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Hintergrund
der Erfindung
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Gebiet der
Erfindung
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Die
Erfindung betrifft allgemein gezielte Gentherapie unter Verwendung
rekombinanter Vektoren und insbesondere Adenovirus Vektoren. Die
Erfindung betrifft insbesondere replikationsabhängige Vektoren und Verfahren
zu ihrer Verwendung. Solche Vektoren sind in der Lage, selektiv
in einem Zielgewebe zu replizieren, um einen therapeutischen Vorteil
aus der Anwesenheit des Vektors per se oder von heterologen Genprodukten,
die von dem Vektor exprimiert werden und über das Gewebe verteilt werden,
bereitzustellen. In solchen Vektoren wird ein Gen, das für Replikation
essentiell ist, unter der Kontrolle einer heterologen gewebespezifischen
transkriptionalen regulatorischen Sequenz angeordnet. Somit ist
die Replikation abhängig
von der Anwesenheit eines Faktor(s), der die Transkription induziert
oder der Abwesenheit eines Faktor(s), der die Transkription eines
Gens durch die transkriptionale regulatorische Sequenz inhibiert.
Mit diesem Vektor kann deshalb ein Zielgewebe selektiv behandelt
werden. Die Erfindung betrifft auch Verfahren zur Verwendung der
Vektoren, um ein Gewebe hinsichtlich der Anwesenheit oder Abwesenheit
von transkriptionalen regulatorischen Funktionen zu screenen, die
Vektor Replikation durch die transkriptionale regulatorische Sequenz
erlauben. Die Erfindung betrifft auch Zellen zur Herstellung rekombinanter
replikationsabhängiger
Vektoren, die für
die gezielte Gentherapie nützlich
sind.
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Stand der
Technik
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Ziel (Targeting) Vektoren
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Eines
der Hauptziele für
die therapeutische Verwendung von exogenen Genen ist das Zelltargeting
mit hoher Spezifität.
Allgemeine Ansätze
haben das systemische Einführen
von DNA, DNA-Proteinkomplexen und Liposomen eingeschlossen. Die
in situ Verabreichung von Retroviren wurde auch für Zellen
verwendet, die aktiv replizieren.
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Jedoch
war aufgrund des Mangels an, oder der signifikant geringen, Zellspezifität und dem
ineffizienten Gentransfer das Targeting von gewünschten Genen an spezifische
Zellen in einem Organismus ein Haupthindernis für exogene Gen basierte Therapie.
So war die Verwendung solcher Gene begrenzt.
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Tumorzellen
sind unter jenen Zellen, für
die es besonders wünschenswert
wäre, ein
Mittel für
exogenes Gentargeting bereitzustellen. In einer Ausführungsform
der vorliegenden Erfindung werden Zusammensetzungen und Verfahren
bereitgestellt, um exogene Gene sicher und effizient zu Tumorzellen
zu transportieren.
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Adenoviren
im Allgemeinen
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Adenoviren
sind nicht umhüllte
reguläre
Ikosaeder. Die Proteinhülle
(Kapsid) ist aus 252 Capsomeren zusammengesetzt, von denen 240 Hexone
und 12 Pentone sind. Die meisten der detaillierten strukturellen Studien
der Adenovirus Polypeptide wurden für die Adenovirus Typen 2 und
5 durchgeführt.
Die virale DNA ist 23,85 × 106 Dalton bei Adenovirus 2 groß und variiert
abhängig
vom Serotyp leicht in der Größe. Die
DNA besitzt invertierte terminate Repetitionen, und ihre Länge variiert
mit dem Serotyp.
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Der
replikative Zyklus ist in frühe
(early - E) und späte
(late - L) Phasen unterteilt. Die späte Phase definiert den Beginn
der viralen DNA Replikation. Die Adenovirus Strukturproteine werden
für gewöhnlich während der
späten
Phase synthetisiert. Nach der Adenovirus Infektion wird die Wirts
DNA und Proteinsynthese in den Zellen durch die meisten infizierenden
Serotypen inhibiert. Der Adenovirus lytische Zyklus ist bei Adenovirus
2 und Adenovirus 5 sehr effizient und führt zu ungefähr 10.000
Virionen pro infizierter Zelle zusammen mit der Synthese von überschüssigem viralen
Protein und DNA, die nicht in das Virion eingebaut wird. Die frühre Adenovirus
Transkription ist eine komplizierte Folge von miteinander verbundenen
biochemischen Ereignissen, aber sie führt im Wesentlichen zur Synthese
von viralen RNAs vor dem Beginn der viralen DNA Replikation.
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Die
Organisation des Adenovirus Genom ist in allen Adenovirus Gruppen ähnlich,
und spezifische Funktionen sind im Allgemeinen an identischen Orten
in jedem untersuchten Serotyp angeordnet. Die frühen zytoplasmatischen Boten
RNAs sind komplementär
zu vier definierten, nicht benachbarten Regionen auf der viralen
DNA. Diese Regionen werden als (E1–E4) bezeichnet. Die frühen Transkripte
wurden in eine Anordnung von sehr frühen (immediate early - E1a),
verzögert
frühen
(delayed early – E1b,
E2a, E2b, E3 und E4) und dazwischenliegenden (intermediate - IVa2.IX)
Regionen klassifiziert.
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Die
E1a Region ist in die transkriptionale Transaktivierung von viralen
und zellulären
Genen ebenso wie in die transkriptionale Repression von anderen
Sequenzen involviert. Das E1a Gen übt eine wichtige Kontrollfunktion
auf alle anderen frühen
Adenovirus Boten RNAs aus. In normalen Geweben wird, um die Regionen E1b,
E2a, E2b, E3 oder E4 effizient zu transkribieren, aktives E1a Produkt
benötigt.
Jedoch kann, wie unten diskutiert, die E1a Funktion umgangen werden.
Zellen können
manipuliert werden, um E1a ähnliche
Funktionen bereitzustellen, oder sie können natürlicherweise solche Funktionen
enthalten. Das Virus kann auch manipuliert werden, um, wie unten
beschrieben, die Funktionen zu umgehen.
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Die
E1b Region wird für
die normale Progression von viralen Ereignissen, die spät in der
Infektion stattfinden, benötigt.
Das E1b Produkt wirkt im Wirtskern. Mutanten, die innerhalb der
E1b Sequenzen gebildet werden, zeigen eine verringerte Akkumulation
der späten
viralen mRNA ebenso wie eine Beeinträchtigung in der Inhibition
des zellulären
Transports des Wirtes, der normalerweise spät in der Adenovirus Infektion
beobachtet wird (Berkner, K.L., Biotechniques 6: 616–629 (1988)).
E1b wird für
die Veränderung
von Funktionen der Wirtszelle benötigt, so dass die Verarbeitung
und der Transport zugunsten der viralen späten Genprodukte verlagert werden.
Diese Produkte führen
dann zur viralen Verpackung und Freisetzung von Virionen. E1b bildet
ein 19 kD Protein, das Apoptose verhindert. E1b bildet auch ein
55 kD Protein, das an p53 bindet.
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Für eine vollständige Übersicht über Adenoviren
und ihre Replikation, siehe Horwitz, M.S., Virology 2. Aufl., Fields,
B.N., Hrsg., Raven Press Limited, New York (1990), Kapitel 60, S.
1679–1721.
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Adenovirus
als rekombinantes Transportvehikel
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Das
Adenovirus liefert Vorteile als ein Vektor für den adäquaten Gentransport aus den
folgenden Gründen.
Es ist ein doppelsträngiges
DNA nicht umhülltes
Virus mit einem Tropismus für
das menschliche Atemwegssystem und den Magendarmtrakt. Es verursacht
eine milde Grippe-ähnliche
Erkrankung. Adenovirale Vektoren treten in Zellen durch Rezeptor
vermittelte Endozytose ein. Das große (36 Kilobasen) Genom erlaubt die
Entfernung von Genen, die für
die Replikation essentiell sind und nicht essentieller Regionen,
so dass Fremd DNA eingebaut und von dem viralen Genom exprimiert
werden kann. Adenoviren infizieren eine große Vielzahl von Zelttypen in
vivo und in vitro. Adenoviren wurden als Vektoren für die Gentherapie
und zur Expression von heterologen Genen verwendet. Die Expression
von viralen oder fremden Genen aus dem Adenovirus Genom benötigt keine
replizierende Zelle. Adenovirus Vektoren integrieren selten in das
Wirtschromosom; das Adenovirus Genom verbleibt als ein extrachromosomales
Element im zellulären
Kern. Es gibt keine Verbindung von menschlichen bösartigen
Erkrankungen mit Adenovirus Infektion; es wurden attenuierte Stämme entwickelt
und in Menschen als Lebenvakzine verwendet.
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Für eine detaillierte
Diskussion der Verwendung von Adenovirus Vektoren für die Gentherapie,
siehe Berkner, K.L., Biotechniques 6:616–629 (1988); Trapnell, B.C.,
Advanced Drug Delivery Reviews 12:185–199 (1993).
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Die
Adenovirus Vektoren sind im Allgemeinen in der E1 Region des Virus
deletiert. Die E1 Region kann dann mit den interessierenden DNA
Sequenzen substituiert werden. Es wurde jedoch in einem kürzlichen
Artikel über
menschliche Gentherapie hervorgehoben, dass "der Hauptnachteil in der Verwendung
von Adenovirus als ein Gentransfer Vektor die Tatsache ist, dass
der vitale Vektor im Allgemeinen episomal verbleibt und nicht repliziert,
so dass die Zellteilung schließlich
zum Verlust des Vektors aus den Tochterzellen führt" (Morgan, R.A., et al., Annual Review
of Biochemistry 62:191–217
(1993)) (Hervorhebung hinzugefügt).
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Die
Nichtreplikation des Vektors führt
nicht nur zum schließlichen
Verlust des Vektors ohne Expression in den meisten oder allen Zielzellen,
sondern führt
auch zur nicht ausreichenden Expression in den Zellen, die den Vektor
aufnehmen, weil die Kopienzahl des Gens, dessen Expression gewünscht ist,
für einen
maximalen Effekt nicht ausreichend ist. Das Nichtausreichen der
Genexpression ist eine allgemeine Beschränkung aller nicht replizierenden
Transportvektoren. Deshalb ist es wünschenswert, einen Vektor einzuführen, der
multiple Kopien eines Gens und damit größere Mengen des Produkts des
Gens bereitstellen kann. Die vorliegende Erfindung überwindet
die Nachteile, die oben diskutiert wurden, durch das Bereitstellen
eines gewebespezifischen und insbesondere eines tumorspezifischen
replizierenden Vektors mit mehrfachen DNA Kopien und damit gesteigerten
Mengen des Genprodukts.
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Herstellung
von adenoviralen Vektoren
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Adenovirale
Vektoren für
rekombinante Genexpression wurden in der menschlichen embryonalen
Nieren Zelllinie 293 hergestellt (Graham, F.L., et al., J. Gen.
Virol. 36:59–72
(1977)). Diese Zelllinie, die ursprünglich mit menschlichem Adenovirus
5 transformiert wurde, enthält
jetzt das linke Ende des Adenovirus 5 Genoms und exprimiert E1.
Deshalb sind diese Zellen permissiv für das Wachstum von Adenovirus
2 und Adenovirus 5 Mutanten, die in E1 Funktionen defizient sind.
Sie wurden weitreichend für
die Isolierung und Vermehrung von E1 Mutanten verwendet. Deshalb
wurden 293 Zellen für
Helfer unabhängige
Klonierung und die Ex pression von Adenovirus Vektoren in Säugertierzellen
verwendet. E1 Gene, die in zelluläre DNA von 293 Zellen integriert
sind, werden in Mengen exprimiert, welche die Deletion dieser Gene
aus dem viralen Vektorgenom erlauben. Die Deletion stellt eine nicht
essentielle Region bereit, in die DNA eingebaut werden kann. Für einen Überblick,
siehe Young, C.S.H., et al. in The Adenoviruses, Ginsberg, H.S.,
Hrsg., Plenum Press, New York und London (1984), S. 125–172.
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Jedoch
weisen 293 Zellen ernste Beschränkungen
als Herstellungs (Producer) Zellen für Adenovirus Vektoren auf.
Die Wachstumsgeschwindigkeiten sind gering. Die Titer sind begrenzt,
insbesondere wenn der Vektor ein heterologes Genprodukt bildet,
das sich toxisch für
die Zellen zeigt. Die Rekombination mit der viralen E1 Sequenz in
dem Genom kann zu der Kontamination des rekombinanten defekten Virus
mit unsicherem Wildtyp Virus führen.
Die Qualität
mancher viralen Präparationen
ist bezüglich
des Verhältnisses
von Virus Partikel zu Plaque bildender Einheit schlecht. Darüber hinaus
unterstützt
die Zelllinie nicht das Wachstum von weiterreichend deletierten
Mutanten, weil die Expression von E1 in Kombination mit anderen
viralen Genen in dem zellulären
Genom (notwendig um die weitere Deletion zu komplementieren), wie
E4, für
die Zellen toxisch ist. Deshalb ist die Menge an heterologer DNA,
die in das virale Genom eingebaut werden kann, in diesen Zellen
begrenzt. Es ist deshalb wünschenswert,
Adenovirus Vektoren für
die Gentherapie in einer Zelle herzustellen, die keine Wildtyp Rekombinanten
herstellen kann und hohe Titer von Virus mit hoher Qualität bilden
kann. Die vorliegende Erfindung überwindet
diese Beschränkungen.
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Zusammenfassung
der Erfindung
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Angesichts
der oben diskutierten Beschränkungen
ist es ein allgemeines Ziel der Erfindung, neue Vektoren für gewebespezifische
Vektor Replikation und Genexpression von dem replizierenden Vektor
bereitzustellen. Folglich ist die Erfindung auf einen adenoviralen
Vektor gerichtet, der ein Gen enthält, das für die Replikation essentiell
ist, und dieses Gen ist funktional mit einer heterologen transkriptionalen
regulatorischen Sequenz verbunden, so dass ein Vektor gebildet wird,
dessen Replikation von der Anwesenheit eines trans-wirkenden transkriptionalen
regulatorischen Faktors(en), der die Transkription von der transkriptionalen
regulatorischen Sequenz erlaubt, oder von der Abwesenheit eines
transkriptionalen regulatorischen Faktors(en), der normalerweise
die Transkription von der transkriptionalen regulatorischen Sequenz
verhindert, abhängt.
So werden diese regulatorischen Sequenzen spezifisch in dem Zielgewebe
aktiviert oder dereprimiert, so dass die Replikation des Vektors
in diesem Gewebe stattfindet.
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Ein
anderes Ziel der Erfindung ist es, eine gewebespezifische Behandlung
von abnormalem Gewebe bereitzustellen. Somit ist es ein weiteres
Ziel der Erfindung, ein Verfahren zur selektiven Verteilung eines
Vektors in vivo in einem Zielgewebe bereitzustellen, so dass eine
größere Anzahl
von Zellen behandelt wird als mit einem nicht replizierenden Vektor
behandelt werden würde,
und die Behandlung in Nichtzielgewebe verhindert oder signifikant
verringert wird. Folglich wird ein Verfahren zur selektiven Verteilung
eines Vektors in einem Zielgewebe durch Einführen des erfindungsgemäßen replikationsabhängigen Vektors
in ein Zielgewebe, das einen transkriptionalen regulatorischen Faktor(en)
enthält,
der die Replikation des Vektors erlaubt, oder das in einem transkriptionsinhibierenden
Faktor(en) defizient ist, der die Replikation des Vektors verhindert,
bereitgestellt.
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Zur
Bereitstellung von gewebespezifischer Behandlung ist es ein anderes
Ziel der Erfindung ein Polynukleotid in einem Zielgewebe in vivo
selektiv zu verteilen. Folglich ist die Erfindung auf ein Verfahren
zur selektiven Verteilung eines Polynukleotids in einem Zielgewebe
in vivo durch Einführen
eines erfindungsgemäßen replikationsabhängigen Vektors,
der das Polynukleotid enthält,
in das Zielgewebe, das einen transkriptionalen regulatorischen Faktor(en)
enthält,
der die Replikation des Vektors erlaubt oder das in dem transkriptionsinhibierenden
Faktor(en), der die Replikation des Vektors verhindert, defizient
ist, gerichtet.
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Zum
Bereitstellen einer gewebespezifischen Behandlung ist es ein weiteres
Ziel der Erfindung, ein heterologes Genprodukt in einem Zielgewebe
selektiv zu verteilen. Folglich werden die erfindungsgemäßen replikationsabhängigen Vektoren konstruiert,
so dass sie eine heterologe DNA Sequenz enthalten, die ein Genprodukt
kodiert, das in dem Vektor exprimiert wird. Wenn der Vektor in dem
Zielgewebe repliziert, werden auch effektive Mengen des gewünschten
Genprodukts in dem Zielgewebe hergestellt.
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Ein
anderes Ziel der Erfindung ist es, ein Verfahren zum Identifizieren
abnormalen Gewebes, das durch die erfindungsgemäßen Vektoren behandelt werden
kann, bereitzustellen. Deshalb ist es ein weiteres Ziel der Erfindung,
ein Gewebe zu identifizieren, in dem die erfindungsgemäßen replikationsabhängigen Vektoren
durch die transkriptionale regulatorische Sequenz, die auf dem Vektor
enthalten ist, repliziert werden können. Folglich ist die Erfindung
weiterhin auf ein Verfahren gerichtet, in dem die erfindungsgemäßen replikationsabhängigen Vektoren
einem gegebenen abnormalen Gewebe ausgesetzt sind. Wenn das Gewebe
einen transkriptionalen regulatorischen Faktor(en) enthält, der
die Replikation des Vektors erlaubt, oder das in einem transkriptionsinhibierenden
Faktor(en) defizient ist, wird die Replikation des Vektors stattfinden
und kann nachgewiesen werden. Nach dem Identifizieren eines solchen
Gewebes kann die gezielte Behandlung dieses Gewebes durch gewebespezifische
Transkription und die anschließende
Vektor Replikation in diesem Gewebe in vivo stattfinden.
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Somit
wird ein Verfahren zum Untersuchen der Nützlichkeit des Vektors für Gewebebehandlung
bereitgestellt, umfassend die Schritte des Entfernens einer Gewebebiopsie
aus einem Patienten, des Explantierens der Biopsie in Gewebekultur,
des Einführens
eines replikationsabhängigen
Vektors in die Zellen der Biopsie und des Untersuchens hinsichtlich
Vektor Replikation in den Zellen.
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Ein
anderes Ziel der Erfindung ist es, Herstellungszelllinien für die Vektor
Herstellung bereitzustellen. Vorzugsweise weisen die Zelllinien
eine oder mehrere der folgenden Eigenschaften auf: Virus Herstellung
mit hohen Titern, Resistenz gegenüber toxischen Effekten aufgrund
der heterologen Genprodukte, die in dem Vektor exprimiert werden,
Abwesenheit der Herstellung von Wildtyp Virus, das die Virus Präparation
kontaminiert und aus der Rekombination zwischen integrierten viralen
Sequenzen und Vektorsequenzen resultiert, Wachstum zu hoher Dichte
und in Suspension, unbegrenztes Passagierpotenzial, hohe Wachstumsgeschwindigkeit und
das Erlauben des Wachstums von stark deletierten Viren, die hinsichtlich
viraler Funktionen beeinträchtigt sind,
und die Fähigkeit,
große
Stücke
heterologer DNA aufzunehmen.
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Folglich
wird in einer weiteren Ausführungsform
der Erfindung eine Zelllinie bereitgestellt, die den erfindungsgemäßen replikationsabhängigen Vektor
enthält,
die Zellen dieser Zelllinie enthalten einen transkriptionalen regulatorischen
Faktor(en), der die Replikation des Vektors erlaubt, oder sie sind
in einem transkriptionsinhibierenden Faktor(en), der die Replikation
des Vektors verhindert, defizient.
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In
weiteren Ausführungsformen
der Erfindung enthält
die Zelllinie Nukleinsäure
Kopien des replizierten Vektors.
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In
weiteren Ausführungsformen
wird ein Verfahren zur Herstellung eines replikationsabhängigen Vektors
oder Virions bereitgestellt, umfassend die Schritte des Züchtens der
oben beschriebenen Herstellungszelllinie und des Gewinnens des Vektors
oder Virions aus den Zellen. In noch weiteren Ausführungsformen
wird ein Verfahren zur Herstellung replikationsabhängiger Virionen,
die frei von Wildtyp Virionen sind, oder viraler Vektoren, die frei
sind von Wildtyp Vektoren, bereitgestellt, umfassend die Schritte
des Züchtens
der oben beschriebenen Herstellungszelllinie und des Gewinnens der
replikationsdefizienten Virionen oder Vektoren aus den Zellen.
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In
bevorzugten Verfahren zur Behandlung und Diagnose proliferiert das
Gewebe abnormal, und es ist insbesondere ein Tumorgewebe. Jedoch
sind die Verfahren auch auf anderes abnormales Gewebe, wie hier beschrieben,
gerichtet.
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In
einer am meisten bevorzugten Ausführungsform ist der Vektor ein
Adenovirus Vektor. Jedoch wird verstanden, dass potenziell irgendeine
Vektorquelle nützlich
ist, wenn sie ein Gen enthält,
das essentiell für die
Replikation ist, das funktional mit einer gewebespezifischen transkriptionalen
regulatorischen Sequenz verbunden werden kann.
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In
weiteren Verfahren zur Behandlung und Diagnose wird der Vektor in
das Gewebe durch Infektion eingeführt.
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In
einer noch weiter bevorzugten Ausführungsform der Erfindung ist
ein Gen in der Adenovirus E1 Region funktional mit der gewebespezifischen
transkriptionalen regulatorischen Sequenz verbunden. Vorzugsweise
ist das E1a oder das E1b Gen funktional mit der gewebespezifischen
transkriptionalen regulatorischen Sequenz verbunden.
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In
einer weiteren Ausführungsform
der Erfindung kodiert der Vektor ein heterologes Genprodukt. Dieses
heterologe Genprodukt wird von dem Vektor, der in dem Zielgewebe
repliziert, exprimiert.
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In
einer weiteren Ausführungsform
der Verfahren zur Behandlung ist das heterologe Genprodukt für das Zielgewebe
toxisch.
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In
einer weiteren Ausführungsform
der Verfahren wirkt das heterologe Genprodukt auf ein nicht toxisches
Vorläufer
Arzneimittel und wandelt das nicht toxische Vorläufer Arzneimittel in eine Form
um, die für
das Zielgewebe toxisch ist. Vorzugsweise besitzt das Toxin Antitumor-Aktivität oder eliminiert
die Zell Proliferation.
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In
bevorzugten Ausführungsformen
der Erfindung ist die transkriptionale regulatorische Sequenz ein Promotor.
Bevorzugte Promotoren schließen
ein, aber sind nicht beschränkt
auf carzinoembryonales Antigen (CEA), DE3, α-Fetoprotein (AFP), Erb-B2,
grenzflächenaktives
Mittel, und insbesondere Lungen grenzflächenaktives Mittel, und den
Tyrosinase Promotor. Jedoch kann irgendeine genetische Kontrollregion,
welche die Transkription des essentiellen Gens kontrolliert, verwendet
werden, um das Gen zu aktivieren (oder zu dereprimieren). Somit
können
andere genetische Kontrollelemente, wie Enhancer, reprimierbare
Sequenzen und Silencer verwendet werden, um die Replikation des
Vektors in der Zielzelle zu regulieren. Die einzige Notwendigkeit
ist es, dass das genetische Element durch Faktoren in der Wirtszelle
und, bezüglich
der Verfahren zur Behandlung, nicht in der Nichtzielzelle, aktiviert,
dereprimiert, verstärkt
oder auf andere Weise genetisch reguliert wird.
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Bevorzugte
Enhancer schließen
den DF3 Brustkrebs spezifischen Enhancer und Enhancer von Viren und
die Steroid Rezeptorfamilie ein. Andere bevorzugte transkriptionale
regulatorische Sequenzen schließen NF1,
SP1, AP1 und FOS/JUN ein.
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In
weiteren Ausführungsformen
werden die Promotoren nicht notwendigerweise durch Faktoren in dem
Zielgewebe aktiviert, sondern durch Faktoren dereprimiert, die in
dem Zielgewebe anwesend sind. Somit wird in dem Zielgewebe die Repression
gelöst.
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Transkriptionale
regulatorische Faktoren schließen
ein, aber sind nicht beschränkt
auf, transaktivierende Faktoren, die durch endogene virale Sequenzen
gebildet werden, wie von Cytomegalovirus (CMV), HIV, Epstein-Barr
Virus (EBV), Herpes simplex Virus (HSV), SV40 und andere solche
Viren, die pathogen in Säugetieren
und insbesondere im Menschen sind.
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Verfahren
zur Herstellung solcher Vektoren sind dem Fachmann gut bekannt.
Der Stand der Technik lehrt ausreichend die Herstellung von rekombinanten
Vektoren mit Deletionen oder Modifikationen in spezifischen kodierenden
Sequenzen und die funktionale Verbindung mit einer heterologen Transkriptionskontrollsequenz,
so dass die Expression einer gewünschten
kodierenden Region unter der Kontrolle der heterologen transkriptionalen
regulatorischen Sequenz steht. Viele virale Sequenzen wurden ausreichend
kartiert, so dass es Routinearbeit ist, ein Gen der Wahl zu identifizieren
und geeignete, gut bekannte Techniken (wie homologe Rekombination
des Virus mit deletierten oder auf andere Weise modifizierten Plasmi den)
zu verwenden, um die Vektoren für
gewebespezifische Replikation und Expression zu konstruieren.
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Kurzbeschreibung
der Figuren
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1.
Klonierung von pAVE1a02i: pAVSAFP.TK1 wurde mit NheI/MunI gespalten.
Ein 10667 bp Fragment wurde isoliert. pSE280-E1 wurde mit SpeI/MunI
gespalten. Ein 3397 bp Fragment wurde isoliert. Die isolierten Fragmente
wurden ligiert, um pAVE1a02i zu bilden.
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2A–C.
PCR Identifizierung von rekombinantem Adenovirus mit E1a, das von
dem Heptatom spezifischen AFP Promotor exprimiert wird. 2A zeigt, dass virale Plaques durch virale
Genome gebildet werden, die den AFP Promotor funktional verknüpft mit
E1a enthalten. 2B zeigt, dass es keine
Kontamination mit Wildtyp Virus gab. 2C zeigt,
dass es keine Kontamination mit AV1lacZ DNA gab.
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3A–F. Gewebespezifisches Adenovirus mit E1a,
das von dem AFP Promotor exprimiert wird. Das Experiment zeigt zytopathogene
Effekte und die Ausbreitung von Zelltod nach Infektion mit dem Virus AVAFPE1a.
Die 3A–3C zeigen
nicht infizierte Kontrollen jeweils in A549.30, A549 und HuH 7 Zellen.
Die 3D–3F zeigen
die Ergebnisse der Infektion mit dem Virus jeweils in A549.30, A549
und HuH 7 Zellen.
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Detaillierte Beschreibung
der bevorzugten Ausführungsformen
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Definitionen
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Der
Begriff "abnormal
proliferierend" soll
eine Zelle mit einem höheren
mitotischen Index als ihr normal funktionierendes Gegenstück bedeuten,
so dass es eine abnormale Akkumulation solcher Zellen gibt.
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Der
Begriff "Antitumor-Aktivität" soll irgendeine
Aktivität
bedeuten, die das Wachstum eines Tumors inhibiert, verhindert oder
zerstört.
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Ein
Begriff "Verteilen" soll die Ausbreitung
eines Vektors und seines begleitenden heterologen Gens (Produkts)
(wenn es auf dem Vektor anwesend ist) in dem Zielgewebe, und insbesondere
in abnormal proliferierendem Gewebe (nicht bösartig oder bösartig)
bedeuten. Das Ziel der Verteilung ist es, den Vektor, das Genprodukt
oder die Effekte des Genprodukts (wie zum Beispiel durch einen unbeteiligten
Effekt) zu im Wesentlichen allen oder einer signifikanten Zahl von
Zellen des Zielgewebes zu transportieren, so dass im Wesentlichen
das gesamte Zielgewebe behandelt wird.
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Der
Begriff "Enhancer" wird gemäß seiner
Bedeutung im Stand der Technik verwendet. Er soll eine Sequenz bedeuten,
die in Eukaryonten und gewissen eukaryonten Viren gefunden wird,
welche die Transkription von einem Gen verstärken kann, wenn sie (in jeder
Orientierung) bis zu einigen Kilobasen von dem untersuchten Gen
entfernt angeordnet ist. Diese Sequenzen wirken für gewöhnlich als
Enhancer, wenn sie auf der 5' Seite
(oberhalb) des fraglichen Gens angeordnet sind. Jedoch sind einige
Enhancer aktiv, wenn sie auf der 3' Seite (unterhalb) des Gens angeordnet
sind. In einigen Fällen
können
Enhancer Elemente die Transkription von einem Gen mit keinem (bekannten)
Promotor aktivieren.
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Der
Begriff "funktionale
Inaktivierung" soll
eine genetische Läsion
bedeuten, welche die normale Aktivität eines Genprodukts verhindert.
Somit könnte
funktionale Inaktivierung von einer Mutation in dem Gen, welches
das Genprodukt kodiert, stammen. Eine solche Läsion schließt Insertionen, Deletionen
und Basenänderungen
ein. Alternativ dazu kann eine funktionale Inaktivierung in der
abnormalen Interaktion des normalen Genprodukts mit einem oder mehreren
anderen zellulären
Genprodukten stattfinden, die an die funktionale Aktivität des Genprodukts
binden oder sie auf andere Weise verhindern. Somit kann das Genprodukt
ein Protein sein, das von einem normalen Gen hergestellt wird, aber
das seine ge wöhnliche
und normale Funktion aufgrund einer Interaktion mit einem zweiten
Faktor nicht ausführen
kann.
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Der
Begriff "essentielles
Gen für
Replikation" betrifft
eine genetische Sequenz, deren Transkription benötigt wird, damit der Vektor
in der Zielzelle repliziert.
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Der
Begriff "Genprodukt" soll DNA, RNA, Protein,
Peptide oder virale Partikel bedeuten. Somit dient die Verteilung,
zum Zweck der Erfindung, irgendeiner dieser Bestandteile.
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Der
Begriff "heterolog" bedeutet eine DNA
Sequenz, die in dem nativen Vektor Genom nicht gefunden wird. Bezüglich einer "heterologen transkriptionalen
regulatorischen Sequenz" bezeichnet "heterolog", dass die transkriptionale
regulatorische Sequenz nicht natürlicherweise
mit der DNA Sequenz für
das Gen ligiert ist, das für
die Replikation des Vektors essentiell ist.
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Der
Begriff "Promotor" wird gemäß seiner
Bedeutung im Stand der Technik verwendet. Er soll die DNA Region,
für gewöhnlich oberhalb
der kodierenden Sequenz eines Gens oder eines Operons, bedeuten,
die RNA Polymerase bindet und das Enzym zu der richtigen transkriptionalen
Startseite leitet.
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Der
Begriff "Replikation" bedeutet die Duplikation
eines Vektors. Diese Duplikation kann im Fall von Viren auf der
Ebene von Nukleinsäure
oder auf der Ebene von infektiösen
viralen Partikeln stattfinden. Im Fall von DNA Viren ist die Replikation
auf der Ebene der Nukleinsäure
DNA Replikation. Im Fall von RNA Viren ist die Nukleinsäure Replikation
die Replikation in Plus- oder Minusstrang (oder beides). Im Fall
von Retroviren schließt
die Replikation auf Nukleinsäure
Ebene die Herstellung von cDNA ebenso wie die weitere Herstellung von
RNA viralen Genomen ein. Das wesentliche Merkmal sind Nukleinsäure Kopien
des original viralen Vektors. Jedoch schließt Replikation auch die Bildung
von infektiösen
DNA oder RNA viralen Partikeln ein. Solche Partikel können erfolgreich
Zellen in einem gegebe nen Zielgewebe infizieren, wodurch der Vektor
durch das gesamte oder einen signifikanten Anteil des Zielgewebes
verteilt wird.
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Der
Begriff "replikationsabhängiger Vektor" betrifft einen Vektor
der, wenn er in ein Gewebe eingeführt wird, nicht repliziert,
es sei denn eine transkriptionale regulatorische Sequenz in diesem
Vektor wird aktiviert oder in diesem Gewebe dereprimiert. Das bedeutet,
dass die Replikation von der Transkription durch diese transkriptionale
regulatorische Sequenz abhängt.
Ein solcher Vektor ist, wie oben beschrieben, replikationsabhängig, weil
er in der folgenden Weise modifiziert wurde. Ein Gen, das für die Replikation
essentiell ist, wurde modifiziert durch Austauschen der transkriptionalen
regulatorischen Sequenz, von der die Transkription des Gens normalerweise
abhängt,
gegen eine heterologe transkriptionale regulatorische Sequenz. Diese
transkriptionale regulatorische Sequenz hängt von der Anwesenheit von
transkriptionalen regulatorischen Faktoren oder von der Abwesenheit
von transkriptionalen regulatorischen Inhibitoren ab. Die Anwesenheit
dieser Faktoren in einem gegebenen Gewebe oder die Abwesenheit von
solchen Inhibitoren in einem gegebenen Gewebe stellt die Replikationsabhängigkeit
bereit. Folglich kann die native transkriptionale regulatorische
Sequenz durch die heterologe transkriptionale regulatorische Sequenz
ersetzt werden. Alternativ dazu kann die native transkriptionale
regulatorische Sequenz unterdrückt
oder durch teilweise Entfernung (Deletion) oder andere Mutation
(eine oder mehrere Basenänderungen,
Insertionen, Inversionen, etc.) gestört sein.
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Die
Gensequenz kann eine kodierende Sequenz sein. Sie kann einen oder
mehrere offene Leserahmen, ebenso wie Intronsequenzen enthalten.
Jedoch ist eine solche Sequenz nicht auf eine kodierende Sequenz
beschränkt,
sondern sie schließt
Sequenzen ein, die in RNA transkribiert werden, wobei die RNA selbst essentiell
für die
Vektor Replikation ist. Es ist das wesentliche Merkmal, dass die
Transkription der Gensequenzen nicht von den nativen transkriptionalen
regulatorischen Sequenzen abhängt.
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Der
Begriff "Silencer", verwendet in seiner
Bedeutung des Standes der Technik, bedeutet eine Sequenz, die in
eukaryonten Viren und Eukaryonten gefunden wird, welche die Transkription
eines Gens verringern oder ruhigstellen kann, wenn sie innerhalb
einiger Kilobasen von diesem Gen angeordnet ist.
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Der
Begriff "gewebespezifisch" soll bedeuten, dass
die transkriptionale regulatorische Sequenz, mit der das für die Replikation
essentielle Gen funktional verbunden ist, spezifisch in diesem Gewebe
wirkt, so dass die Replikation in diesem Gewebe stattfindet. Dies
kann durch die Anwesenheit von positiven Transkriptionsfaktoren
in diesem Gewebe, und nicht in Nichtzielgeweben, stattfinden, welche
die transkriptionale regulatorische Sequenz aktivieren. Dies kann
auch durch die Abwesenheit von transkriptionsinhibierenden Faktoren
stattfinden, die normalerweise in Nichtzielgeweben auftreten und
Transkription als ein Ergebnis der transkriptionsregulatorischen
Sequenz verhindern. Wenn somit Transkription auftritt, schreitet
sie in das Gen, das für
die Replikation essentiell ist, fort, so dass in diesem Zielgewebe
die Replikation des Vektors und seiner begleitenden Funktionen stattfindet.
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So
wie hier beschrieben, ist Gewebespezifität insbesondere in der Behandlung
der abnormalen Gegenstücke
eines normalen Gewebes relevant. Solche Gegenstücke schließen ein, aber sind nicht beschränkt auf
Lebergewebe und Leberkrebs, Brustgewebe und Brustkrebs, Melanome
und normales Hautgewebe. Gewebespezifität schließt auch die Anwesenheit eines
abnormalen Gewebetyps, der verteilt zwischen normalem Gewebe eines
anderen Gewebetyps vorkommt, wie zum Beispiel im Fall von Metastasen
von Darmkrebs, Brustkrebs und ähnlichem,
in Geweben, wie der Leber, ein. In diesem Fall ist das Zielgewebe
das abnormale Gewebe, und die Gewebespezifität reflektiert die Beschränkung der
Vektorreplikation auf das abnormale Gewebe, das verteilt zwischen
dem normalen Gewebe vorkommt. Es wird auch verstanden, dass Gewebespezifität, im Zusammenhang
mit Behandlung, insbesondere in vivo relevant ist. Jedoch fallen,
wie hier beschrieben, die ex vivo Behandlung und der Gewebeaustausch
ebenfalls innerhalb das Konzept der Gewebespezifität gemäß der vorliegenden
Erfindung.
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Der
Begriff "transkriptionale
regulatorische Funktion" oder "transkriptionaler
regulatorischer Faktor" soll
irgendeine zelluläre
Funktion, deren Anwesenheit die hier beschriebene heterologe transkriptionale
regulatorische Sequenz aktiviert oder deren Abwesenheit die Transkription
als ein Ergebnis der hier beschriebenen transkriptionalen regulatorischen
Sequenzen erlaubt, bedeuten. Es wird verstanden, dass in einem gegebenen Zielgewebe
sich ein Gewebe, das "den
transkriptionalen regulatorischen Faktor nicht aufweist" oder hinsichtlich
des transkriptionalen regulatorischen Faktors "defizient" ist, auf entweder die Abwesenheit des
Faktors oder die funktionale Inaktivierung des Faktors in dem Zielgewebe
beziehen könnte.
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Der
Begriff "transkriptionale
regulatorische Sequenz" wird
gemäß seiner
Bedeutung im Stand der Technik verstanden. Er soll irgendeine DNA
Sequenz bedeuten, die, durch ihre Sequenz, bewirkt, dass das verbundene
Gen in einer bestimmten Zelle entweder hoch oder herunter reguliert
wird. In einer Ausführungsform
der vorliegenden Erfindung ist die native transkriptionale regulatorische
Sequenz vollständig
aus dem Vektor deletiert und durch eine heterologe transkriptionale
regulatorische Sequenz ersetzt. Die transkriptionale regulatorische
Sequenz kann benachbart zu der kodierenden Region für das Gen,
das für
die Replikation essentiell ist, liegen, oder es kann von ihr entfernt
sein. Folglich wird im Falle eines Promotors der Promotor für gewöhnlich benachbart
zu der kodierenden Region liegen. Im Falle eines Enhancers kann
der Enhancer jedoch in einiger Entfernung von der kodierenden Region
gefunden werden, so dass es eine zwischenliegende DNA Sequenz zwischen
dem Enhancer und der kodierenden Region gibt. In einigen Fällen verbleibt
die native transkriptionale regulatorische Sequenz auf dem Vektor,
aber sie ist nicht funktional bezüglich der Transkription des
Gens, das für
die Replikation essentiell ist.
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Verschiedene
Kombinationen von transkriptionalen regulatorischen Sequenzen können in
einen Vektor eingeschlossen werden. Eine oder mehrere können heterolog
sein. Weiterhin können
eine oder mehrere die Gewebespezifität aufweisen.
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Zum
Beispiel könnte
eine einzige transkriptionale regulatorische Sequenz verwendet werden,
um die Replikation von mehr als einem Gen, das für die Replikation essentiell
ist, zu steuern. Dies ist zum Beispiel der Fall, wenn das Genprodukt
eines der Gene die Transkription eines weiteren Gens/von weiteren
Genen steuert. Ein Beispiel ist ein heterologer Promotor, der mit
einer Kassette verbunden ist, die eine E1a kodierende Sequenz (E1a
Promotor deletiert) und das gesamte E1b Gen enthält. In einer solchen Kaskade
kann nur eine heterologe transkriptionale regulatorische Sequenz
notwendig sein. Wenn jedoch Gene individuell (getrennt) kontrolliert
werden, kann mehr als eine transkriptionale regulatorische Sequenz
verwendet werden, wenn mehr als ein solches Gen die Replikation
kontrollieren soll.
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Die
erfindungsgemäßen Vektoren
schließen
deshalb auch Kombinationen von transkriptionalen regulatorischen
Sequenzen ein, in denen mehr als eine heterologe transkriptionale
regulatorische Sequenz vorkommt, aber in denen eine oder mehrere
davon nicht gewebespezifisch ist/sind. Zum Beispiel kann eine transkriptionale
regulatorische Sequenz eine konstitutive transkriptionale regulatorische
Sequenz auf Ausgangsniveau sein. Zum Beispiel kann ein gewebespezifischer
Enhancer mit einem konstitutiven Promotor auf Ausgangsniveau kombiniert
werden.
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Vektoren
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Die
bevorzugten Vektoren der vorliegenden Erfindung sind adenovirale
Vektoren. In einer bevorzugten Ausführungsform der Erfindung enthält ein Adenovirus
Vektor eine gewebespezifische transkriptionale regulatorische Sequenz,
die mit einem Gen in der E1 Region verbunden ist. In einer alternativen
Ausführungsform ist
nur E1a verbunden; E1b bleibt intakt.
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Die
Erfindung führt
weiterhin die Verwendung von Plasmiden und Vektoren aus, in denen
nur die essentiellen Regionen von Adenovirus, die für die Replikation
mit entweder E1a, E1b 19 kDa Gen oder E1b 55 kDa Gen oder einige
Kombinationen davon, benötigt
werden, modifiziert sind. Ein solches Plasmid, das keine Struktur gene
aufweist, wäre
in der Lage, DNA Replikation zu durchlaufen. Folglich können die
erfindungsgemäßen Vektoren
im Wesentlichen aus der transkriptionalen regulatorischen Sequenz
oder einem oder mehreren Genen, die essentiell für die Replikation des Vektors
sind, bestehen. Im Fall von viralen Vektoren können die Vektoren im Wesentlichen
aus der transkriptionalen regulatorischen Sequenz und dem Gen oder
den Genen, das/die essentiell ist/sind für die Replikation oder für Funktionen
des Lebenszyklus des Virus, bestehen. Es wird auch verstanden, dass
diese Vektoren weiterhin auch im Wesentlichen aus einer DNA Sequenz
bestehen können,
die ein oder mehrere toxische heterologe Genprodukte kodiert, wenn
es beabsichtigt ist, solche Vektoren als Expressionsvektoren für die Behandlung
zu verwenden.
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Die
alternativen Viren werden vorzugsweise aus irgendeiner Gruppe von
Viren ausgewählt,
in denen die für
die Replikation des Virus essentiellen Gene unter der Kontrolle
einer gewebespezifischen transkriptionalen regulatorischen Sequenz
angeordnet werden können.
Alle Serotypen von Adenoviren sind eingeschlossen. Die einzige gemeinsame
Eigenschaft solcher Viren ist es deshalb, dass sie in Zielgewebe
transduzierbar, genetisch manipulierbar und nichttoxisch, wenn sie
nicht replizieren, sind.
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Die
hier beschriebenen Vektoren können
unter Verwendung von Standard molekularbiologischen Techniken hergestellt
werden. Standardtechniken für
die Herstellung solcher Vektoren sind dem Fachmann gut bekannt,
und sie können
in Referenzen wie Sambrook et al., in Molecular Cloning: A Laboratory
Manual, Cold Spring Harbor, New York (1989) oder in irgendeiner
der Vielzahlen von Laborhandbüchern über rekombinante DNA
Technologie, die weitreichend zur Verfügung stehen, gefunden werden.
Eine Vielzahl von Strategien steht zur Ligation von Fragmenten von
DNA zur Verfügung,
die Auswahl hängt
von der Natur der Enden der DNA Fragmente ab und kann einfach durch
den Fachmann bestimmt werden.
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Ein
Adenovirus Vektor wird in einer bevorzugten Ausführungsform zunächst hergestellt
durch das Herstellen eines Shuttle Plasmids nach Standardtechniken,
das, beginnend am 5' Ende,
die "kritischen
linksseitigen Elemente" enthält, die
einen adenoviralen 5' ITR,
ein adenovirales Verpackungssignal und eine E1a Enhancer Sequenz;
einen Promotor (der ein adenoviraler Promotor oder ein fremder Promotor
sein kann); eine dreiteilige Leitsequenz, eine multiple Klonierungsstelle
(die derart sein kann wie hier beschrieben); ein poly A Signal;
und ein DNA Segment, das einem Segment des adenoviralen Genoms entspricht,
enthält.
Ein solches DNA Segment dient als ein Substrat für die homologe Rekombination
mit einem modifizierten oder mutierten Adenovirus. Das Plasmid kann
auch einen selektierbaren Marker und einen Replikationsursprung
einschließen.
Der Replikationsursprung kann ein bakterieller Replikationsursprung
sein. Repräsentative
Beispiele solcher Shuttle Plasmide schließen pAVS6, wie hier diskutiert,
ein und siehe Trapnell, B., et al., Adv. Drug Deliv. Rev. 12: 185–189 (1994).
Ein gewünschte
DNA Sequenz, die ein heterologes Gen enthält, kann anschließend in
die multiple Klonierungsstelle eingeführt werden, um einen Plasmid
Vektor herzustellen.
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Dieses
Konstrukt kann anschließend
verwendet werden, um einen adenoviralen Vektor herzustellen. Die
homologe Rekombination wird anschließend mit einem modifizierten
oder mutierten Adenovirus durchgeführt, indem eine oder mehrere
native transkriptionale regulatorische Sequenzen deletiert wurden
und gegen die gewünschte
transkriptionale regulatorische Sequenz ausgetauscht wurden. Eine
solche homologe Rekombination kann durch Kotransfektion des Plasmidvektors
und des modifizierten Adenovirus in eine Helferzelllinie durch CaPO4 Präzipitation
durchgeführt
werden.
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Durch
eine solche homologe Rekombination wird ein Vektor gebildet, der
adenovirale DNA einschließt, die
frei ist von einer oder mehreren der nativen transkriptionalen regulatorischen
Sequenzen. Dieser Vektor kann anschließend in eine Helferzelllinie
zur viralen Replikation und zur Bildung infektiöser viraler Partikel transfiziert
werden. Transfektionen können
durch Elektroporation, Calciumphosphat Präzipitation, Mikroinjektion
oder durch Proteoliposomen stattfinden.
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Der
Vektor kann eine multiple Klonierungsstelle einschließen, um
den Einbau von DNA Sequenz(en), die das heterologe Gen enthält/enthalten,
in den Kloniervektor, zu erleichtern. Im Allgemeinen schließt die multiple
Klonierungsstelle "seltene" Restriktionsenzymstellen
ein; d.h. Stellen, die in eurkaryonten Genen mit einer Häufigkeit
von ungefähr
einer in 10.000 bis ungefähr
einer in 100.000 Basenpaaren gefunden werden. Ein geeigneter Vektor
wird somit durch Schneiden des Kloniervektors durch Standardtechniken
an geeigneten Restriktionsstellen in der multiplen Klonierungsstelle
und dem anschließenden
Ligieren der DNA Sequenz, die das heterologe Gen enthält, in den
Kloniervektor, gebildet.
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Die
DNA Sequenz, die das heterologe Genprodukt enthält, steht unter der Kontrolle
eines geeigneten Promotors. Geeignete Promotoren, die verwendet
werden können,
schließen
ein, aber sind nicht beschränkt auf
adenovirale Promotoren, wie den adenoviralen Major Late Promotor;
oder heterologe Promotoren, wie den Cytomegalovirus Promotor; den
Rous Sarkom Virus Promotor; induzierbare Promotoren, wie den Maus
Mamma Tumorvirus (MMTV) Promotor, den Metallothionein Mamma Promotor;
Hitzestock Promotoren; den Albumin Promotor; den ApoE Promotor;
und den ApoAl Promotor. Es wird jedoch verstanden, dass der Schutzbereich
der vorliegenden Erfindung nicht auf spezifische Fremdgene oder
Promotoren beschränkt
ist.
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In
einer Ausführungsform
kann das Adenovirus durch Verwendung eines künstlichen Hefechromosoms, welches
das adenovirale Genom enthält,
gemäß dem Verfahren,
das in Ketner, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. 91:6186–6190 (1994)
in Übereinstimmung
mit den hier enthaltenen Lehren, hergestellt werden. In dieser Ausführungsform
wird das Adenovirus künstliche
Hefechromosom durch homologe Rekombination in vivo zwischen adenoviraler
DNA und künstlichen
Hefechromosom Plasmid Vektoren, die Segmente der adenoviralen linken
und rechten genomischen Enden tragen, hergestellt. Eine DNA Sequenz,
die das heterologe Gen enthält,
kann anschließend
in die adenovirale DNA kloniert werden. Das modifizierte adenovirale
Genom kann anschließend
aus dem Adenovirus künstlichen Hefechromosom
ausgeschnitten werden, um zur Herstellung infektiöser adenoviraler
Partikel verwendet zu werden.
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Die
infektiösen
viralen Partikel können
anschließend
in vivo an einen Wirt verabreicht werden. Der Wirt kann ein tierischer
Wirt, einschließlich
Säugetier,
nicht menschlichen Primaten und menschlichen Wirten sein.
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Die
viralen Partikel können
in Kombination mit einem pharmazeutisch verträglichen Träger verabreicht werden, der
zur Verabreichung an einen Patienten geeignet ist. Der Träger kann
ein flüssiger
Träger
(zum Beispiel eine Salzlösung)
oder ein fester Träger,
wie zum Beispiel Mikroträger
Kügelchen,
sein.
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Behandlung
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In
bevorzugten Ausführungsformen
sind die Verfahren insbesondere auf die Einführung eines replikationsabhängigen adenoviralen
Vektors in ein Zielgewebe gerichtet. Dieser Vektor repliziert selektiv
in den Zellen des Zielgewebes. Die Replikation hängt von der Funktion einer
transkriptionalen regulatorischen Sequenz ab, mit der das virale
Gen funktional verknüpft
ist, wobei dieses Gen für
die Vektor Replikation notwendig ist. Somit kann in dem Zielgewebe
die Replikation stattfinden, weil entweder eine zelluläre Funktion
in der Zielzelle die Transkription erlaubt. Alternativ dazu gibt
es eine Defizienz in einer zellulären Funktion in dem Zielgewebe, die
normalerweise die Transkription verhindert oder inhibiert. Die Anwesenheit
oder Abwesenheit solcher Funktionen stellt die Selektivität bereit,
welche die Behandlung eines spezifischen Gewebes mit einem minimalen
Effekt auf das umliegende Gewebe/die umliegenden Gewebe erlaubt.
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Die
vorliegende Erfindung stellt somit Verfahren zur selektiven Verteilung
eines Polynukleotids in einem gegebenen Gewebe in vivo bereit, die
signifikant die Verteilung in Nichtzielgewebe reduzieren oder verhindern.
Das Polynukleotid wird in einem replikationsabhängigen Vektor bereitgestellt,
der selektiv in einem gegebenen Gewebe verteilt ist.
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Die
vorliegende Erfindung stellt auch Verfahren zum selektiven Exprimieren
eines Genprodukts in einem gegebenen Gewebe bereit, welche die Expression
in Nichtziel- oder Nichttumorgewebe verhindern oder signifikant
reduzieren. Die Erfindung stellt Verfahren zur Verteilung der oben
genannten in einer größeren Anzahl
von Zielzellen, als jene die unter Verwendung eines nicht replizierenden
Vektors erreicht würden,
bereit. Die anschließende
Infektion stellt einen "Dominoeffekt" bereit, so dass
alle oder im Wesentlichen alle der Zellen des Zielgewebes erreicht
werden. So werden Zellen zusätzlich
zu jenen, die zunächst
gegenüber
dem Polynukleotid, Vektor oder Genprodukt ausgesetzt waren, möglicherweise
durch diese Verfahren erreicht.
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Eine
solche Behandlung ist insbesondere notwendig in den Fällen, in
denen ein chirurgischer Eingriff nicht machbar ist. Zum Beispiel
kann in Patienten, in denen abnormales Gewebe unmittelbar mit neuronalem Gewebe
assoziiert ist, eine Operation ausgeschlossen oder sehr gefährlich sein.
Darüber
hinaus ist im Fall von multiplen Metastasen oder mikroskopischen
Metastasen eine Operation nicht machbar.
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In
dem Zielgewebe kann die DNA Replikation alleine stattfinden. Auch
die späten
viralen Funktionen, die zur Verpackung von Vektor DNA in Virionen
führen,
können
stattfinden.
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Der
Vektor kann in das Zielgewebe als nackte DNA oder mittels Verkapselung
(als ein infektiöses
Viruspartikel oder Virion) eingeführt werden. Im zuletzt genannten
Fall wird die Verteilung durch anschließende Infektion von Zellen
im Gewebe durch das Virus erreicht, so dass im Wesentlichen alle
oder eine signifikante Anzahl der Tochterzellen infiziert werden.
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Gewebespezifität ist insbesondere
relevant bezüglich
des Targetings eines abnormalen Gegenstücks eines bestimmten Gewebetyps,
während
das normale Gegenstück
des Gewebes vermieden werden soll, oder das Vermeiden des umge benden
Gewebes einer anderen Art als das abnormale Gewebe, während das
abnormale Gewebe behandelt wird. Zum Beispiel sind die erfindungsgemäßen Vektoren
zur Behandlung von Metastasen der Leber nützlich. Ein spezifisches Beispiel
ist Darmkrebs, der häufig
in die Leber metastasiert. Es wurde gefunden, dass selbst wenn Darmkrebs
in die Leber metastasiert, der CEA Promotor in den Zellen der Metastasen,
aber nicht in normalen Leberzellen aktiv ist. Folglich sollte normale
menschliche Leber eines Erwachsenen die Replikation eines Virus
nicht unterstützen,
das vitale Gene, die für
die Replikation essentiell sind, verbunden mit dem Darmkrebs CEA
spezifischen Promotor aufweist. Die Replikation sollte in den primären Krebszellen
stattfinden. Ein anderes Beispiel ist Brustkrebs, der auch in die
Leber metastasiert. In diesem Fall ist der DF3 Mucin Enhancer mit
einem Gen verbunden, das essentiell für die Replikation ist, wie
E1a. Die Replikation sollte im Brustkrebs aber nicht in der normalen
Leber stattfinden. Ein weiteres Beispiel ist der α-Fetoprotein
Promotor, der in hepatozellulärem
Karzinom aktiv ist. Dieser Promotor ist mit einem Gen verbunden, das
essentiell für
die Replikation ist. Es wurde gefunden, dass der Promotor nur im
hepatozellulären
Karzinom aktiv ist. Folglich wird ein Virus verwendet, das ein für die Replikation
essentielles Gen verbunden mit diesem Promotor aufweist. Die Replikation
sollte auf das hepatozelluläre
Karzinom beschränkt
sein. Ein weiteres Beispiel ist der Tyrosinase Promotor. Dieser
Promotor ist mit einem für
die Replikation essentiellen Gen verbunden. Die Replikation sollte
im Melanom und nicht in der normalen Haut stattfinden. In jedem
der Fälle
wird erwartet, dass die Replikation in den abnormalen aber nicht
in den normalen Zellen stattfindet.
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In
einer weiteren Ausführungsform
der Erfindung kodiert der Vektor ein heterologes Genprodukt, das von
dem Vektor in Gewebezellen exprimiert wird. Das heterologe Genprodukt
kann für
die Zellen in dem Zielgewebe toxisch sein oder eine andere gewünschte Eigenschaft
verleihen.
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Ein
Genprodukt, das durch den Vektor hergestellt wird, kann in dem Gewebe
verteilt werden, weil der Vektor selbst in dem Gewebe verteilt ist.
Alternativ dazu, obwohl die Expression des Genprodukts lokalisiert sein
kann, kann ihr Effekt auf grund von unbeteiligten Effekten oder der
Herstellung von Molekülen,
die lang anhaltende Effekte, wie Chemokine, haben, weitreichender
sein. Das Genprodukt kann RNA, wie Antisense RNA oder Ribozym oder
Protein sein. Beispiele von toxischen Produkten schließen ein,
aber sind nicht beschränkt
auf Thymidin Kinase in Verbindung mit Ganciclovir.
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Ein
weiter Bereich von toxischen Effekten ist möglich. Toxische Effekte können direkt
oder indirekt sein. Indirekte Effekte können aus der Umwandlung eines
Vorläufer
Arzneimittels in ein direkt toxisches Arzneimittel resultieren.
Zum Beispiel phosphoryliert die Herpes simplex Virus Thymidin Kinase
Ganciclovir, um das Nukleotidtoxin Ganciclovirphosphat herzustellen.
Diese Verbindung wirkt als ein Kettenterminator und DNA Polymerase
Inhibitor, verhindert die DNA Synthese, und ist somit zytotoxisch.
Ein anderes Beispiel ist die Verwendung von Cytosindesaminase, um
5'-Fluorcytosin
in das Antikrebs Arzneimittel 5'-Fluoruracil
umzuwandeln. Zur Diskussion solcher "Suizid" Gene, siehe Blaese, R.M., et al., Eur.
J. Cancer 30A: 1190–1193 (1994).
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Direkte
Toxine schließen
ein, aber sind nicht beschränkt
auf Diphtherietoxin (Brietman et al., Mol. Cell Biol. 10:474–479 (1990)),
Pseudomonastoxin, Cytokine (Blankenstein, T., et al., J. Exp. Med.
173.1047–1052 (1991);
Colombo, M.P., et al., J. Exp. Med. 173:889–897 (1991), Leone, A., et
al., Cell 65:25–35
(1991)), Antisense RNAs und Ribozyme (Zaia, J.A. et al., Ann. N.
Y. Acad. Sci. 660:95–106
(1992)), Tumorvakzinierungsgene und DNA, die für Ribozyme kodiert.
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In Übereinstimmung
mit der vorliegenden Erfindung kann das Mittel, das befähigt ist,
die Inhibition, Verhinderung oder Zerstörung des Wachstums des Zielgewebes
oder der Tumorzellen nach der Expression eines solchen Mittels bereitzustellen,
ein negativer Selektionsmarker, d.h. ein Material, das in Kombination
mit einem chemotherapeutischen oder Interaktionsmittel das Wachstum
der Zielzellen inhibiert, verhindert oder zerstört, sein.
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Somit
wird nach der Einführung
des negativen Selektionsmarkers in die Zellen ein Interaktionsmittel an
den Wirt verabreicht. Das Interaktionsmittel interagiert mit dem
negativen Selektionsmarker, um das Wachstum der Zielzellen zu verhindern,
zu inhibieren oder zu zerstören.
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Die
negativen Selektionsmarker, die verwendet werden können, schließen ein,
aber sind nicht beschränkt
auf Thymidin Kinase und Cytosindesaminase. In einer Ausführungsform
ist der negative Selektionsmarker eine virale Thymidin Kinase, die
aus der Gruppe ausgewählt
ist, die aus der Herpes simplex Virus Thymidin Kinase, Cytomegalovirus
Thymidin Kinase und Varicellazoster Virus Thymidin Kinase besteht.
Wenn virale Thymindin Kinasen verwendet werden, ist die Interaktion
oder das chemotherapeutische Mittel vorzugsweise ein Nukleosidanalogon,
zum Beispiel, eines, das aus der Gruppe ausgewählt ist, die aus Ganciclovir, Acyclovir
und 1-2-Desoxy-2-fluor-β-D-arabinofuranosil-5-ioduracil
(FIAU) besteht. Solche Interaktionsmittel werden effizient von den
viralen Thymidin Kinasen als Substrate verwendet, und solche Interaktionsmittel
werden somit letal in die DNA der Tumorzellen eingebaut, welche
die viralen Thymidin Kinasen exprimieren, was zu dem Tod der Zielzellen
führt.
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Wenn
Cytosindesaminase der negative Selektionsmarker ist, ist ein bevorzugtes
Interaktionsmittel 5-Fluorcytosin. Cytosindesaminase wandelt 5-Fluorcytosin
in 5-Fluoruracil,
das sehr zytotoxisch ist, um. Somit wandeln die Zielzellen, die
das Cytosindesaminase Gen exprimieren, das 5-Fluorcytosin in 5-Fluoruracil
um und werden getötet.
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Das
Interaktionsmittel wird in einer Menge verabreicht, die wirksam
ist, um das Wachstum der Zielzellen zu inhibieren, zu verhindern
oder zu zerstören.
Zum Beispiel wird das Interaktionsmittel in einer Menge verabreicht,
die auf dem Körpergewicht
und der Gesamttoxizität
gegenüber
einem Patienten beruht. Das Interaktionsmittel wird vorzugsweise
systemisch verabreicht, wie zum Beispiel durch intravenöse Verabreichung, durch
parenterale Verabreichung, durch intraperitoneale Verabreichung
oder durch intramuskuläre
Verabreichung.
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Wenn
die erfindungsgemäßen Vektoren
einen negativen Selektionsmarker induzieren und an ein Gewebe oder
einen Tumor in vivo verabreicht werden, kann ein "unbeteiligter Effekt" entstehen, d.h.
Zellen, die zunächst
nicht mit der Nukleinsäure
Sequenz transduziert wurden, die den negativen Selektionsmarker
kodiert, können
nach Verabreichung des Interaktionsmittels abgetötet werden. Obwohl es nicht
beabsichtigt ist, den Schutzbereich der vorliegenden Erfindung durch
irgendeine theoretische Begründung
zu beschränken, könnten die
transduzierten Zellen eine diffundierbare Form des negativen Selektionsmarkers
bilden, der entweder extrazellulär
auf das Interaktionsmittel wirkt oder durch benachbarte, Nichtzielzellen
aufgenommen wird, die anschließend
für die
Wirkung des Interaktionsmittels empfänglich werden. Es ist auch
möglich,
dass der negative Selektionsmarker und das Interaktionsmittel, entweder
eines davon oder beide, zwischen den Zielzellen vermitteln.
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In
einer Ausführungsform
ist das Mittel, welches die Inhibition, die Verhinderung oder die
Zerstörung des
Wachstums der Tumorzellen bereitstellt, ein Cytokin. In einer Ausführungsform
ist das Cytokin ein Interleukin. Andere Cytokine, die verwendet
werden können,
schließen
Interferone und Kolonie stimulierende Faktoren, wie GM-CSF, ein.
Interleukine schließen
ein, aber sind nicht beschränkt
auf, Interleukin-1, Interleukin-1β und
Interleukine-2-15. In einer Ausführungsform
ist das Interleukin Interleukin-2.
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In
einer bevorzugten erfindungsgemäßen Ausführungsform
proliferiert das Zielgewebe abnormal, und es ist vorzugsweise Tumorgewebe.
Der Vektor oder das Virus wird in dem Gewebe oder der Tumormasse
verteilt.
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Alle
Tumore sind potenziell der Behandlung mit den erfindungsgemäßen Verfahren
zugänglich.
Tumorarten schließen
ein, aber sind nicht beschränkt
auf hämatopoetische,
pankreatische, neurologische, hepatische, Magendarmtrakt, endokrine,
Gallentrakt, sinopulmonare, Kopf und Hals, Weichgewebesarkom und Karzinom,
dermatologisch, Reproduktionstrakt und ähnliche. Bevorzugte Tumoren
zur Be handlung sind jene mit einem hohen mitotischen Index im Vergleich
zu normalem Gewebe. Bevorzugte Tumoren sind feste Tumore, und insbesondere
Tumore des Gehirns, am meisten bevorzugt Gliome.
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Die
Verfahren können
auch für
das Targeting von anderen abnormalen Zellen, zum Beispiel irgendwelcher
Zellen, die gefährlich
oder auf andere Weise ungewünscht
in vivo sind, verwendet werden. Breite Beispiele schließen Zellen
ein, die Autoimmunerkrankung, Restenose und Narbengewebebildung
verursachen.
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Weiterhin
kann die Behandlung ex vivo sein. Die ex vivo Transduktion von Tumorzellen
würde viele der
Probleme mit gegenwärtigen
viralen Transportsystemen überwinden.
Das Gewebe wird unter sterilen Bedingungen geerntet, mechanisch
und/oder enzymatisch getrennt und unter sterilen Bedingungen in
geeigneten Medien angezogen. Vektor Präparationen, von denen gezeigt
wurde, dass sie frei von Endotoxinen und bakterieller Kontamination
sind, werden verwendet, um Zellen unter sterilen Bedingungen in
vitro unter Verwendung von Standardprotokollen zu transduzieren.
Der Eintritt von Virus in Zellen in Kultur ist gegenwärtig der
in vivo Injektion überlegen
und ertaubt die Einführung
von Vektor viralen Sequenzen in im Wesentlichen alle Zellen. Nach
dem Entfernen von Virus enthaltendem Medium werden die Zellen sofort
in den Patienten zurückgeführt oder
für einige
Tage in Kultur gehalten, während
Tests hinsichtlich Funktion oder Sterilität durchgeführt werden.
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Zum
Beispiel wurden Patienten mit Hypercholesterolämie erfolgreich behandelt durch
das Entfernen von Leberteilen, dem Explantieren der Hepatozyten
in Kultur, deren genetische Modifikation durch Aussetzen gegenüber einem
Retrovirus und dem Reinfundieren der korrigierten Zellen in die
Leber (Grossmann et al., 1994).
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Die
virale Transduktion findet auch mögliche Anwendungen im Bereich
der experimentellen Medizin. Die transiente Expression von biologischen
Modifizierern von Immunsystemfunktion, wie IL-2, IFN-γ, GM-CSF oder
dem B7 kostimulatorischen Protein wurde als ein mögliches
Mittel zur Induktion von Antitumor Antworten in Krebspatienten vorgeschlagen.
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Diagnostik
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Es
ist wichtig zu wissen, ob die erfindungsgemäßen Vektoren in einem spezifischen
Gewebe eines Patienten replizieren. Wenn gefunden wird, dass die
Vektorreplikation vorteilhaft für
die Therapie ist, wird ein Screen für jene Patienten bereitgestellt,
die am besten auf die hier offenbarte Therapie ansprechen. Wenn
gefunden wird, dass sie schädlich
ist, gibt es einen Screen zur Verhinderung der Behandlung von Patienten,
die eine gegenteilige Antwort auf die Behandlung hervorrufen würden. Gegenwärtig sind
die einzigen nicht biologischen Assays, die allgemein verwendet
werden, das Expressionsscreening, PCR und Sequenzierung. Diese führen oft
zu falsch negativen Ergebnissen, sind zeitaufwändig, teuer und liefern in
den besten Fällen
nur Information über
den Status der Gene und nicht über
ihre biologische Funktion.
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Folglich
wird ein Verfahren zum Identifizieren eines abnormalen Gewebes bereitgestellt,
dessen Zellen einen Transkriptionsfaktor enthalten, der die Replikation
eines replikationsabhängigen
Vektors erlaubt, oder die in einem inhibitorischen Faktor der Transkription
defizient sind.
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In
diesem Verfahren wird eine Gewebebiopsie explantiert, ein replikationsabhängiger Vektor
wird in die Zellen der Biopsie eingeführt, und die Vektor DNA Replikation
in den Zellen wird quantifiziert. Folglich wird ein Verfahren zum
Screenen von Gewebe hinsichtlich der Anwesenheit von Faktoren, welche
die Vektor Replikation erlauben oder hinsichtlich einer Defizienz
in einem Faktor, der die Transkription inhibiert, bereitgestellt.
Ein solches Screen ist unter anderem nützlich zum Identifizieren von
Gewebe vor der Behandlung, das der Behandlung mit einem bestimmten
Vektor, der in dem Gewebe repliziert werden soll, zugänglich ist.
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Deshalb
wird ein Verfahren zum Testen der Nützlichkeit eines Vektors zur
Behandlung durch Entfernen einer Gewebebiopsie aus einem Patienten,
Explantieren der Biopsie in Gewebekultur, Einführen des replikationsabhängigen Vektors
in die Biopsie und Testen der Vektor Replikation in den Zellen der
Biopsie bereitgestellt.
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Das
Testen oder Screenen von Geweben schließt einen Test hinsichtlich
Vektor Nukleinsäure
Replikation oder hinsichtlich Virus Replikation ein, wenn der Vektor
befähigt
ist, infektiöse
Virionen zu bilden.
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Somit
stellt die Erfindung ein Verfahren um Screenen eines Tumors hinsichtlich
transkriptionaler Funktionen, die Vektor Replikation erlauben oder
hinsichtlich der Abwesenheit dieser Funktionen, die normalerweise
die Replikation eines Virus Vektors verhindern, bereit.
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Jedoch
kann jedes abnormale Gewebe hinsichtlich der oben beschriebenen
Funktionen durch einen Test für
Nukleinsäure
oder Virus Replikation gescreent werden.
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Herstellungszellen
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In
einer weiteren Ausführungsform
der Erfindung wird eine Zelle bereitgestellt, die ein Virion enthält, das
in der Zelle durch Replikation von erfindungsgemäßen replikationsabhängigen Vektoren
in der Zelle hergestellt wurde. Somit stellt die Erfindung "Herstellungszellen" für die effiziente
und sichere Herstellung von rekombinanten replikationsabhängigen Vektoren
zur weiteren Verwendung für
gezielte Gentherapie in vivo bereit.
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Eines
der Hauptprobleme der gegenwärtig
zur Verfügung
stehenden Herstellungszellen ist es, dass solche Zellen im Genom
virale Sequenzen enthalten, die komplementierende Funktionen für den replizierenden
Vektor bereitstellen. Weil die Zelle solche Sequenzen enthält, kann
homologe Rekombination zwischen der viralen Sequenz im Genom und
den viralen Vektorsequenzen stattfinden. Eine solche Rekombination
kann rekombinante Wildtyp Viren regenerieren, welche die Vektor-
oder Viruspräparation,
die in der Herstellungszelle hergestellt wird, kontaminieren. Eine
solche Kontamination ist ungewünscht,
weil die Wildtyp Viren oder Vektoren anschließend in Nichtzielgewebe replizieren
können
und dadurch Nichtzielzellen beeinträchtigen oder abtöten können. Deshalb
ist einer der primären
Vorteile der erfindungsgemäßen Herstellungszellen,
dass sie keine endogenen viralen Sequenzen enthalten, die homolog
sind zu Sequenzen, die im Vektor gefunden werden, der in den Zellen
repliziert werden soll. Die Abwesenheit solcher Sequenzen verhindert
die homologe Rekombination und die Herstellung von Wildtyp viralen
Rekombinanten, die Nichtzielgewebe beeinflussen können.
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Folglich
führt die
Erfindung Verfahren zur Konstruktion und Herstellung replikationsabhängiger Virionen
in einer Zelle aus, umfassend das Einführen des erfindungsgemäßen replikationsabhängigen Vektors
in die Zelle, wobei das Genom der Zelle keine Vektorsequenzen aufweist,
das Replizieren des Vektors in der Zelle, das Bilden des Virions,
und das Reinigen des Virions aus der Zelle. Bevorzugte Vektoren
sind DNA virale Vektoren, einschließlich, aber nicht beschränkt auf
Herpes Virus, Papillom Virus, Hepatitis Virus und Papova Virus Vektoren.
In bevorzugten Ausführungsformen
der Erfindung ist das Virion ein adenovirales Virion, und der Vektor
ist ein adenoviraler Vektor. In weiteren Ausführungsformen der Erfindung
ist die Zelle eine Tumorzelle.
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In
einer weiteren bevorzugten Ausführungsform
kodiert der Vektor ein heterologes Genprodukt, so dass das Virion
auch das Genprodukt kodiert, und wenn der Vektor oder das Virion
für die
Gentherapie verwendet werden, wird die Therapie durch die Expression
des heterologen Genprodukts ermöglicht.
Alternativ dazu kann die Herstellungszelle für die Herstellung eines heterologen
Genprodukts, das per se von dem Vektor kodiert wird, verwendet werden.
Wenn der Vektor in der Herstellungszelle repliziert, wird das Genprodukt
von den multiplen Kopien des Gens, welches das Genprodukt kodiert,
exprimiert. Nach der Expression kann das Genprodukt aus den Herstellungszellen
durch herkömmliche
Lyseverfahren gereinigt oder aus der Herstellungszelle durch geeignete
Sekretionssignale, die mit dem heterologen Gen durch bekannte Verfahren
verbunden sind, sekretiert werden. Die Transduktion von Zellen durch
adenovirale Vektoren wurde beschrieben. Die Transfektion von Plasmid
DNA in Zellen durch Calciumphosphat (Hanahan, D., J. Mol. Biol.
166:577 (1983)), Lipofektion (Feigner, et al., PNAS 84: 7413 (1987))
oder Elektroporation (Seed, B., Nature 329: 840 ()) wurde beschrieben.
DNA, RNA und Virus Reinigungsverfahren wurden beschrieben (Graham
et al., J. Gen. Virol. 36: 59–72
(1977).
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Bevorzugte
Wirte für
Herstellungszelllinien schließen
ein, aber sind nicht beschräkt
auf HuH7, SW480, BIGF10, HepG2, MCF-7 und SK-MEL2. Primäre Tumore,
von denen Zelllinien abgeleitet sein können, oder bestehende Zelllinien,
können
hinsichtlich der Fähigkeit,
die Replikation durch die gewebespezifische transkriptionale regulatorische
Sequenz zu erlauben, untersucht werden. Irgendein Primärtumor könnte explantiert und
zu Herstellungszellen für
die erfindungsgemäßen Vektoren
entwickelt werden. Solange die Zelle nicht endogene Vektor oder
virale Sequenzen enthält,
die mit dem Vektor oder dem Virus rekombinieren könnten, um Wildtyp
Vektor oder Virus zu bilden, ist die Zelle potenziell als ein Wirt
geeignet. Es wird verstanden, dass irgendeine Zelle, und nicht nur
Tumorzellen, potenziell nützlich
ist.
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Das
ultimative Ziel für
eine Herstellungszelllinie, und insbesondere für eine adenovirale Herstellungslinie,
ist es, die größtmögliche Ausbeute
an Vektor mit der geringsten Möglichkeit
an Kontamination durch Wildtyp Vektor zu bilden. Die Ausbeute hängt von
der Zahl der infizierten Zellen ab. Je mehr Zellen somit angezogen
und infiziert werden können,
desto mehr Virus wird möglicherweise
gebildet. Folglich haben Kandidatenzellen eine hohe Wachstumsgeschwindigkeit
und wachsen in einer hohen Dichte. Die Zelle sollte auch eine große Menge
an viralem Rezeptor aufweisen, so dass das Virus leicht die Zelle
infizieren kann. Eine andere Eigenschaft ist die Qualität des gebildeten
Vektors (d.h. die Präparation
sollte nicht hohe Mengen an nicht infektiösen viralen Partikeln enthalten).
Folglich sollten Kandidaten Herstellungszellen ein niedriges Verhältnis von
Partikel zu Plaque bildender Einheit aufweisen. Somit sind diese
Zellen ein bevorzugter Zelltyp für das
Herstellen einer Herstellungszelllinie. Primäre Explantate und die bekannten
Zelllinien können
verwendet werden.
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Somit
können
derart erhältliche
Zellen als Herstellungszellen für
rekombinante replikationsabhänige Vektoren,
Viren und Genprodukte dienen.
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Einführung von
Vektoren in Zellen
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Eine
Vielzahl von Wegen wurde entwickelt, um Vektoren in Zellen in Kultur
und in Zellen und Gewebe in einem tierischen oder einem menschlichen
Patienten einzuführen.
Verfahren zum Einführen
von Vektoren in Säugetier
oder andere tierische Zellen schließen Calciumphosphat Transfektion,
die DEAE-Dextrantechnik, Mikroinjektion, Liposomen vermittelte Techniken,
kationische Lipid basierte Techniken, Transfektion unter Verwendung
von Polybren, Protoplasten Fusionstechniken, Elektroporation und
andere ein. Diese Techniken sind dem Fachmann gut bekannt, sind
in vielen einfach zur Verfügung
stehenden Veröffentlichungen
beschrieben und wurden weitreichend in Übersichtsartikeln zusammengefasst.
Einige der Techniken sind in Transcription and Translation, A Practical
Approach, Hames, B.D. und Higgins, S.J., Hrsg., IRL Press, Oxford
(1984), hier durch Bezugnahme in seiner Gesamtheit eingeschlossen,
und Molecular Cloning, Zweite Auflage, Maniatis et al., Cold Spring
Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York (1989), hier
durch Bezugnahme in seiner Gesamtheit eingeschlossen, zur Übersicht
zusammengefasst.
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Einige
dieser Techniken wurden verwendet, um Vektoren in Gewebe und Zellen
in tierischen und menschlichen Patienten einzuführen. Am meisten wurden die
systemische Verabreichung und die direkte Injektion in Stellen in
situ verwendet. In Abhängigkeit
vom Verabreichungsweg und dem Vektor wurden die Techniken verwendet,
um nackte DNA, DNA komplexiert mit kationischem Lipid, viralen Vektoren
und Vektor Herstellungszelllinien in normale und abnormale Zellen
und Gewebe, im Allgemeinen durch direkte Injektion in eine Zielstelle,
einzuführen.
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Die
zuvor genannten Techniken zum Einführen von Polynukleotiden, viralen
und anderen Vektoren in Zellen in Kultur, in Tiere und in Patienten
können
verwendet werden, um Vektoren in Übereinstimmung mit der Erfindung
zu entwickeln, zu testen und herzustellen, ebenso wie zu verwenden.
Zum Beispiel können
Zellen, die einen Vektor, der durch diese Verfahren eingeführt wurde,
enthalten, zur Herstellung des Vektors verwendet werden. Zusätzlich können Zellen,
die einen Vektor enthalten, als Herstellungszellen und eingeführt in Zellen
oder Gewebe eines Tieres, um den Vektor in situ herzustellen, verwendet
werden.
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Assay von
DNA und viraler Replikation
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Die
Replikation eines Polynukleotids, eines viralen oder anderen Vektors
kann durch gut bekannte Techniken untersucht werden. Assays zur
Replikation eines Vektors in einer Zelle schließen im Allgemeinen das Nachweisen
eines Polynukleotids oder eines infektiösen Virus ein. Eine Vielzahl
von gut bekannten Verfahren, die für diesen Zweck verwendet werden
können,
schließen
das Bestimmen der Menge eines markierten Substrats, das in ein Polynukleotid
während
eines gegebenen Zeitraums in einer Zelle eingebaut wird, ein.
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Wenn
die Replikation ein DNA Polynukleotid einschließt, wird 3H-Thymidin
häufig
als das markierte Substrat verwendet. In diesem Fall wird die Menge
der Replikation bestimmt durch das Trennen der DNA des Vektors von
der Masse der zellulären
DNA und dem Messen der Menge von Tritium, das spezifisch in die
Vektor DNA eingebaut wurde.
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Die
Replikation eines Polynukleotid Vektors kann auch nachgewiesen werden
durch das Lysieren oder das Veranlassen von Zellen, das Polynukleotid
freizusetzen, das anschließende
Isolieren des Polynukleotids und das direkte Quantifizieren der
DNA oder RNA, die gewonnen wurde. Polynukleotid Replikation kann
auch durch quantitative PCR unter Verwendung von Primern, die spezifisch
für das
untersuchte Polynukleotid sind, nachgewiesen werden.
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Irgendeine
dieser gut bekannten Techniken kann unter anderem verwendet werden,
um die Replikation eines Vektors in einer Zelle oder einem Gewebe
in Übereinstimmung
mit der Erfindung zu untersuchen. Es wird verstanden, dass verschiedene
Techniken für
manche Vektoren und für
manche Zellen oder Gewebe besser geeignet sind als für andere.
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Nachdem
die Erfindung hier in allgemeinen Begriffen beschrieben wurde, werden
die folgenden Beispiele angegeben, um die Erfindung darzustellen.
Die Beispiele 1–4
zeigen den Austausch des konstitutiven E1a Promotors auf einem adenoviralen
Vektor gegen einen tumorspezifischen Promotor. Die Konstrukte, die auf
diese Weise hergestellt wurden, exprimieren das E1a Protein nur
in Tumorzellen und werden deshalb nur in Tumorzellen replizieren.
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Beispiel 1
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Der Hepatom spezifische
Promotor, α-Fetoprotein
Promotor, verbunden mit E1a
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Von
dem α-Fetoprotein
Promotor wurde kürzlich
gezeigt, dass er in Hepatomzellen sehr aktiv und in adulten Hepatozyten
und anderen adulten Geweben in Ruhe ist. Ein 4,9 kb α-Fetoprotein
Promotor enthaltendes Konstrukt wurde verwendet, um den Promotor
zu erhalten. Alternativ dazu könnte
der Promotor basierend auf den zur Verfügung stehenden Referenzen hergestellt
werden.
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Das
Adenovirus Shuttle Plasmid pAVS21.TK1 (1), welches
das TK Gen unter der Kontrolle des 4,9 kb α-Fetoprotein Promotors aufweist,
wurde exakt wie in den 11 und 12 der US Patentanmeldung von Chiang et
al., für "Gene Therapy of Hepatocellular
Carcinoma Through Cancer-Specific Gene Expression", eingereicht am
18. Mai 1995, das hier durch Bezugnahme hinsichtlich seiner relevanten
Lehre eingeschlossen ist, hergestellt, pAVE1a02i (1),
das die E1a/E1b Gene unter die Kontrolle des α-Fetoprotein Promotors in einem
Adenovirus Shuttle Plasmid anordnet, wurde durch Reinigen des Restriktionsfragments, das
nur die E1a kodierende Region und das gesamte E1b Gen durch Spalten
des Plasmids pSE280-E1 (1) mit SpeI und MunI und sein
Ligieren in pAVS21.TK1, gespalten mit MunI und NheI, enthielt, kloniert.
Das Plasmid SE280-E1,
das den E1A ORF und das gesamte E1b enthält, wurde wie in der US Patentanmeldung
Nr. 08/458,403 an Kadan et al. für "Improved Adenoviral
Vectors and Producer Cells",
eingereicht am 2. Juni 1995, das hier durch Bezugnahme hinsichtlich
seiner relevanten Lehre eingeschlossen ist, beschrieben, hergestellt. pAVE1a02i
wird mit dem großen
ClaI Fragment von AddI327 durch Standardverfahren in 293 Zellen
kotransfiziert, um rekombinantes Virus zu bilden.
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Konstruktion eines Virus
mit dem Hepatom spezifischen AFP Promotor, der funktional mit dem
E1a Gen verbunden ist
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Das
Adenovirus AVE1a04i wurde durch homologe Rekombination des Shuttle
Plasmids, pAVE1a04i (siehe 2) mit dem
großen
(ClaI) Fragment der AV1lacZ4 DNA in 293 Zellen hergestellt. Die
Herstellung des Plasmids pAVE1a02i ist oben beschrieben. Die Herstellung
von pAVE1a04i ist nahezu identisch zu jener von pAVE1a02i. pAVE1a02i
enthält
den gesamten AFP Promotor. pAVE1a04i verwendet ein Derivat dieses Promotors,
der sechs Silencer Elemente und eine duplizierte Enhancer Region
aufweist.
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Das
Plasmid pAF(AB)2(Sd)6-CAT wurde hergestellt indem sechs Kopien
des distalen Silencers unmittelbar oberhalb des basalen 200 Basenpaar
AFP Promotors angeordnet wurden. Zwei Kopien der Enhancer AB Region,
in gegenläufiger
Orientierung, wurden unmittelbar oberhalb der Silencer Elemente
angeordnet. Dieser Promotor, der sich von dem Enhancer Element über den
basalen AFP Promotor erstreckte, wurde verwendet, um das AV/AFP
kurze E1a Virus mit dem hier beschriebenen Shuttle Plasmid herzustellen.
Das distale Silencer Element, der basale Promotor und die Enhancer
Elemente sind in Nakabayashi et al. (Molec. & Cell. Biol. 11:5885–5893 (1991))
beschrieben.
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Das
Plasmid pAVE1a04i wurde in STBL2 Zellen angezogen und wurde durch
Standard Cäsiumbanden
Verfahren vor der Verwendung in der Transfektion gereinigt. Genomische
AV1lacZ4 DNA wurde aus Cäsiumgradienten
gereinigtem Virus (hier beschrieben) isoliert. Das AV1lacZ4 gereinigte
Virus wurde durch mit Proteinase K gespalten, und die DNA wurde
durch Phenol/Chloroform Extraktion isoliert. Die gereinigte DNA wurde
mit ClaI gespalten, und das große
Fragment wurde durch Gelelektrophorese isoliert und quantifiziert.
5 μg des
Plasmids pA-VE1a04i
und 2,5 μg
des großen
ClaI Fragments von AV1lacZ4 wurden in 293 Zellen unter Verwendung
eines Calciumphosphat vermittelten Transfektionsverfahrens (Promega,
E1200 Kit) kotransfiziert. Die Transfektionsplatte wurde mit einer
1 % Agaroseschicht überschichtet
und inkubiert bis sich Plaques bildeten. Sobald sich die Plaques
gebildet hatten, wurden sie gepickt, und das Virus wurde in 500 μl IMEM Medium
durch alternierende Zyklen von Gefrieren und Auftauen (5 x) freigesetzt.
Die eluierten vitalen Plaques wurden auf A30 Zellen für 48 Stunden
reamplifiziert, und anschließend
wurden die Zellen zur Verwendung im Screenen durch PCR lysiert.
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Spezifische
Primer für
den kurzen AFP (sAFP) Promotor in dem Plasmid pA-VE1a04i wurden verwendet, um die putativen
Plaques zu identifizieren. Die 2A zeigt,
dass die vitalen Plaques eine sAFP spezifische Bande mit dem vorhergesagten
Molekulargewicht und die spezifisch ist für die sAFP Primer, enthält. Um zu
bestätigen,
dass dieses rekombinant Virus nicht mit Ad5dl327 (Wildtyp) kontaminiert
war, wurden E1a Primer verwendet. Die 2B zeigt,
dass kein Wildtyp Virus anwesend war und dass pAVE1a04i Plasmidsequenzen
in dem rekombinanten Virus anwesend waren. Die 2C zeigt,
dass wenig oder gar kein AV1lacZ4 anwesend war. Die Daten zeigen
die Herstellung eines Virus mit E1a unter der Kontrolle eines gewebespezifischen
Promotors und dass das Virus zur Replikation in A30 Zellen befähigt ist.
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Einzelne
Plaques wurden in A30 Zellen angezogen und durch PCR hinsichtlich
der Anwesenheit des AFP Promotors (2) analysiert.
Der Pfeil zeigt die AFP spezifische Bande, die durch die PCR gebildet
wird. Die Figur zeigt, dass die Ban de in jedem der Viren in den
ausgewählten
Plaques (L6, L10, L11, M1 und M2) anwesend ist. Die Kontrolle in
dem Experiment war ein A30 Zelllysat, von dem erwartet wurde, dass
es keine Bande enthält.
Das Experiment schloss auch die PCR Reaktion mit dem Plasmid pAVE1a04i
(das Shuttle Plasmid aus dem das Virus hergestellt wurde und das
deshalb das AFP spezifische Fragment bilden sollte) ein. So bestätigt 2A die Anwesenheit eines rekombinanten
Virus, das den AFP Promotor enthält.
Die 2B und 2C bestätigen, dass
diese Ergebnisse nicht das Ergebnis von Kontamination in den einzelnen
Plaques war. Die 2B verwendet E1a
spezifische Primer, um die Anwesenheit irgendeines kontaminierenden
Wildtyp Virus nachzuweisen. Der Pfeil zeigt die Bande, die mit E1a
spezifischen Primern gebildet wurde. Die Figur zeigt, dass keines
der rekombinanten Viren die relevante Bande bildete. Die 2C bestätigt, dass es keine AV1.lacZ
Kontamination in den viralen Plaques gibt (weil die Viren unter
Verwendung von AV1.lacZ DNA hergestellt wurden). Die Figur zeigt,
dass nur die Spur, die AV1.lacZ DNA enthält, die Bande bildet.
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Gewebespezifische
virale Replikation
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Zytopathisches
virales Lysat dieses Virus ("AVAFPE1a") wurde in Reihen
in Logstufen von 10 auf A549.30 Zellen, A549 Zellen und HuH7 Zellen
verdünnt.
Die A549.30 Zellen exprimieren das E1a von dem Glucocorticoid Rezeptor
(GRE) Promotor in der Anwesenheit von Dexamethason, weil dieses
Konstrukt in das Genom dieser Zelllinie integriert ist. Somit sollte
irgendein E1a deletiertes Virus oder irgendein Virus, das kein E1a
exprimiert, in der Lage sein, in dieser Zelllinie zu replizieren.
Dies wurde kürzlich
für E1
deletierte Vektoren (nicht veröffentlichte
Mitteilung) gezeigt. Wie auf den 3A und 3D gesehen werden kann, repliziert der AVAFPE1a
Vektor in den infizierten Zellen, wie durch charakteristische zytopathogene
Effekte und das Ausbreiten des Zelltods angezeigt wird. Die A549
Zellen exprimieren kein AFP und sollten nicht befähigt sein,
den AFP Promotor zu transaktivieren. Zusätzlich exprimieren A549 Zellen
kein E1a. Somit sollte AVAFPE1a nicht in der Lage sein, in dieser
Zelllinie zu replizieren. Wie aus den 3B und 3E entnommen werden kann, scheinen sowohl
nicht infizierte als auch infizierte Vertiefungen identisch, mit
keinen charakteristischen zytopathogenen Effekten oder dem Ausbreiten,
das bei allen getesteten Verdünnungen
beobachtet wird. HuH7 Zellen exprimieren kein AFP, sie sollten den
AFP Promotor transaktivieren, und sie sollten E1a mit anschließender Replikation
bilden. Wie in den 3C und 3F gezeigt ist, repliziert AVAFPE1a eindeutig,
wie durch die zytopathogenen Effekte angezeigt wird. Zusätzlich begann
die Replikation auf einigen Vertiefungen von infizierten HuH7 Zellen
mit einem einzelnen Plaque, der sich über den Rest der Vertiefung
innerhalb einer Woche ausbreitete. Alle HuH7 Vertiefungen, die zytopathogene
Effekte zeigten, wurden durch PCR untersucht, und es wurde gezeigt,
dass sie frei von Wildtyp Virus von AV1LacZ4 Virus waren, und dass
sie einen intakten AFP Promotor enthalten. Diese Daten zeigen klar,
dass ein Virus hergestellt wurde, das zur Replikation spezifisch in
Tumorzellen, die AFP exprimieren, befähigt ist.
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Beispiel 2
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Der Brustkrebs spezifische
DF3 Mucin Enhancer
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Das
DF3 Brustkarzinom assoziiertes Antigen (MUC1) wird in menschlichen
Brustkarzinomen stark überexprimiert.
Die Expression des Gens wird auf der transkriptionellen Ebene reguliert.
Die DNA Sequenz zwischen -458 -588 ist notwendig und hinreichend
um einen mehr als 10-fachen Anstieg der Transkription des Reportergens
CAT zu verleihen, wenn dieses unmittelbar oberhalb des basalen Promotors,
der von dem Herpesvirus TK Promotor abgeleitet ist, angeordnet wird,
in transienten Transfektionsassays, die in der humanen Brustkrebs
Zelllinie MCF-7 durchgeführt
wurden. Ein spezifischer Transkriptionsfaktor, der an diese Region
der DNA bindet, wurde auch innerhalb von Zellen gefunden, die von
der Brustkrebs Zelllinie MCF-7 abgeleitet sind, aber nicht in der
Nichtbrustkrebs Zelllinie HL-60. Von derselben Region der DNA wurde
gefunden, dass sie die Brustkrebs spezifische Expression des TK
Gens im Kontext eines retroviralen Konstrukts oder eines adenoviralen
Konstrukts fördert.
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Der
DF3 Enhancer von –598
bis –485
(erhalten aus der GenBank) wurde synthetisiert indem vier Oligonukleotide
hergestellt wurden, die in einer solchen Weise synthetisiert waren,
dass sie überlappen
und sich aneinander anlagern würden.
Die Oligonukleotide sind in Tabelle 1 gezeigt. Zusätzliche
Restriktionsstellen wurden an beiden Enden für die zukünftige Erleichterung in der
Klonierung hinzugefügt.
Ein Ende wurde glatt belassen, um die Klonierung in die SmaI-Stelle
des Vektors pTK-Luc zu erlauben. Dieser Vektor enthält den basalen
Promotor des Herpesvirus TK Gens, der niedrige Mengen an Basalaktivität in einer
Vielzahl von Zellen ergibt. Er wurde als eine Quelle für diesen
basalen Promotor verwendet. Das andere Ende wies eine überlappende
BglII Stelle zur Erleichterung der Klonierung in die BglII Stelle
des pTK-Luc auf. 1.000 ng jedes Oligonukleotids wurden in 0,017
M Tris, pH 8,0, 0,16 M NaCl in einem Gesamtvolumen von 26,5 μl durch Erhitzen bei
95°C für zwei Minuten
und Abkühlen
auf Raumtemperatur nach einigen Stunden aneinander angelagert. Schließlich wurde
1 μl dieses
Gemisches mit 100 ng von zuvor SmaI/BglII – und Glasmilch (BIO 101) – gereinigtem
Vektor durch Standardbedingungen ligiert. Nach der Transformation
in DH5α Zellen
(GIBCO) wurden die Kolonien hinsichtlich der Anwesenheit des Inserts
durch Standard Restriktionsspaltungen gescreent. Die DNA, die von
diesem Vektor abstammt, wird anschließend mit HindIII gespalten
und mit Klenow stumpfendig gemacht. Anschließend wird sie mit AscI gespalten.
Dieses Fragment, das den DF3 Enhancer verbunden mit dem basalen
TK Promotor enthält,
wird anschließend
durch Agarosegel Elektrophorese und Glasmilch gereinigt und in das
Plasmid pAVE1a02i ligiert, mit SpeI gespalten und mit AscI stumpfendig
gemacht und wie oben gereinigt. Das resultierende Plasmid weist
das E1a Genprodukt unter der Kontrolle des DF3 Enhancers und des
basalen TK Promotors auf, und es ist ein adenovirales Shuttle Plasmid.
5 μg dieses
Plasmids, pAVE1a03i, wird mit 5 μg
des rechten ClaI Fragmentarmes, der von Addl327 abgeleitet ist,
in 293 Zellen kotransfiziert. Die Plaques werden hinsichtlich des
erwarteten rekombinanten Virus durch Standardverfahren gescreent.
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Ein
Roh Viruslysat wird verwendet, um MCF-7 mit einer MOI von 10 zu
infizieren. Es wird durch Standardverfahren bestätigt, dass die Virusstocks
spezifisch in Brustkrebszellen replizieren. Das Virus wird in MCF-7
Zellen und/oder in 293 Zellen in größerem Maßstab, wie zuvor für die Maßstabsvergrößerung und
die Reinigung von 293 Zellen beschrieben, verwendet. Die Virusstocks
werden hinsichtlich der Replikation in vivo unter Verwendung eines
Mode Maus Modells von MCF-7 getestet und, als eine Negativkontrolle,
wird ein Gebärmutterhalskrebs
(HeLa) abgeleiteter Tumor verwendet. Das Virus wurde mittels PCR
Assay des Original E1a Promotors, der nur in Wildtyp Virus vorhanden
wäre hinsichtlich
eines rekombinatorischen Ereignisses in 293 Zellen getestet, die
ein Wildtyp Virus bilden würden.
Eine Vielzahl von anderen menschlichen und Ratten Brustkrebs Zelllinien
und nicht verwandten Zelllinien wurden ebenfalls getestet. Das TK
Gen kann in die E3 Region eingebaut und durch TK gesteuert werden,
entweder durch einen E1a abhängigen
Promotor, der dort anwesend ist, oder unter der Kontrolle des RSV
oder CMV Promotors.
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Beispiel 3
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Der Melanom spezifische
Tyrosinase Promotor
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PCR
Primer und PCR wurden verwendet, um ein DNA Fragment 800 bp oberhalb
des Tyrosinase Gens aus der Maus genomischen DNA unter Verwendung
von PFU und den beschriebenen Primern, wie bei Stratogene beschrieben,
zu klonieren. Das resultierende PCR Fragment wurde in pCRSCRIPT
kloniert und anschließend
in pAVE1a02i durch Spalten des neuen Plasmids mit AscI/SpeI und
pAVE1a01 i mit AscI/SpeI und Ligieren der beiden aneinander, erneut
kloniert. Das End Shuttle Plasmid, pAVE1a04i, das E1a/E1b unter
der Kontrolle des Tyrosinase Promotors aufweist, wurde verwendet,
um ein rekombinantes Virus, identisch wie oben beschrieben, herzustellen.
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Beispiel 4
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Der Darmkrebs spezifische
CEA Promotor
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Der
CEA Promotor wurde aus menschlicher genomischer DNA wie oben beschrieben
kloniert, und er wurde in einer ähnlichen
Weise in das pAVE1a01i Plasmid unter Verwendung der in Tabelle 1
gezeigten Primer kloniert. Das End Shuttle Plasmid, pAVE1a05i, wurde
verwendet, um rekombinantes Virus wie oben beschrieben zu bilden.
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Beispiel 5
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A. Austausch des Promotors
von E2a auf einem retroviralen Vektor gegen einen Tumor spezifischen
Promotor
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Die
wie oben hergestellten Konstrukte werden das E2a Protein (essentiell
für virale
Replikation) nur in Tumorzellen exprimieren. Deshalb findet die
Replikation des Vektors nur in Tumorzellen statt. Alle vier dieser spezifischen
Promotoren (in den Beispielen oben) werden verwendet, um die E2a
kodierende Region, die von pSE280-E2a (siehe US Patentanmeldung
an Kayden et al., "Improved
adenoviral vectors and producer cells", eingereicht am 2. Juni 1995) unter
der Kontrolle dieses Tumor spezifischen Promotors anzuordnen. Das
resultierende Plasmid wird mit Addl327 unter Verwendung von Standardverfahren
der homologen Rekombination, rekombiniert. Das Endvirus wird in
den Zelllinien, die in der oben genannten Patentanmeldung beschrieben sind
oder in den Tumor spezifischen Zelllinien angezogen. Das E2a Protein,
weil es in stöchiometrischen
Mengen benötigt
wird, besitzt die Fähigkeit,
den Grad der Replikation über
einen weiten Bereich zu regulieren. Dies ist für die Therapie wünschenswert.
Die verwendeten Verfahren sind die gleichen wie die für E1a beschriebenen.
Der Unterschied ist, dass ein Shuttle Plasmid verwendet wird, das
E2a unter der Kontrolle des Tumor spezifischen Promotors anordnet
und es an das Virus Rückgrad
(durch homologe Rekombination), in welchem die E2a und E3 Gene deletiert
sind, zurückgibt.
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B. Austausch von anderen
therapeutisch toxischen Genen in den Tumor spezifischen replikationskompetenten Vektoren
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Gene
wie TK, Cytokine oder irgendwelche anderen therapeutischen Gene
können
in der E3 Region des Vektor Rückgrads
durch Standard Plasmid Herstellung und homologe Rekombination angeordnet
werden. Diese Gene können
unter der Kontrolle eines E1a abhängigen Promotors oder eines
konstitutiven Promotors, wie RSV oder CMV, angeordnet werden.
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Tabelle
1: Oligonukleotid Primer zur Konstruktion von gewebespezifischen
Promotoren
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