CZ288722B6 - Nukleová kyselina, kompozice s jejím obsahem, způsob tvorby hybridizačního produktu a způsob detekce genotypů HCV - Google Patents
Nukleová kyselina, kompozice s jejím obsahem, způsob tvorby hybridizačního produktu a způsob detekce genotypů HCV Download PDFInfo
- Publication number
- CZ288722B6 CZ288722B6 CZ19961210A CZ121096A CZ288722B6 CZ 288722 B6 CZ288722 B6 CZ 288722B6 CZ 19961210 A CZ19961210 A CZ 19961210A CZ 121096 A CZ121096 A CZ 121096A CZ 288722 B6 CZ288722 B6 CZ 288722B6
- Authority
- CZ
- Czechia
- Prior art keywords
- nucleic acid
- seq
- hcv
- sequence
- dna
- Prior art date
Links
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims abstract description 283
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims abstract description 276
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims abstract description 276
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 title claims description 39
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims description 26
- 239000000203 mixture Substances 0.000 title claims description 24
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title description 13
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 182
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 182
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 15
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 claims description 7
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 claims description 4
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 claims description 3
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 claims description 2
- 241000711549 Hepacivirus C Species 0.000 abstract 3
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 166
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 72
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 46
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 32
- 239000000047 product Substances 0.000 description 27
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 24
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 23
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 description 23
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 22
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 19
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 19
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 18
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 18
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 18
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- 229920001184 polypeptide Chemical group 0.000 description 14
- -1 HCV nucleic acid Chemical class 0.000 description 12
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 10
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 10
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 9
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 9
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 9
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 9
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 9
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 8
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 8
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 8
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 8
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 8
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 8
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 8
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 101100282617 Bovine herpesvirus 1.1 (strain Cooper) gC gene Proteins 0.000 description 7
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 7
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 7
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 7
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 7
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 7
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 7
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 6
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 6
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 6
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 6
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 6
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 6
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 5
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 5
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 5
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 5
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 5
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 5
- 239000001488 sodium phosphate Substances 0.000 description 5
- 229910000162 sodium phosphate Inorganic materials 0.000 description 5
- RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K trisodium phosphate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]P([O-])([O-])=O RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 5
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 4
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N Dihydrogen disulfide Chemical compound SS BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 241000700721 Hepatitis B virus Species 0.000 description 4
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 4
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000004480 active ingredient Substances 0.000 description 4
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 4
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 4
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 4
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 4
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 4
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 4
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000011161 development Methods 0.000 description 4
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 4
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 4
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 4
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 4
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 4
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 4
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 4
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 4
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 4
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 4
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N Acetic anhydride Chemical compound CC(=O)OC(C)=O WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 3
- 108010076039 Polyproteins Proteins 0.000 description 3
- 101710172711 Structural protein Proteins 0.000 description 3
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 3
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 3
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 3
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 3
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 3
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 3
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 3
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 3
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 3
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 description 3
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 description 3
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 3
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 3
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 3
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 3
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 3
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 3
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 3
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 3
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 3
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 3
- 238000001668 nucleic acid synthesis Methods 0.000 description 3
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 3
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 3
- 239000000376 reactant Substances 0.000 description 3
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 3
- 239000000829 suppository Substances 0.000 description 3
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 3
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 3
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 3
- QMXCRMQIVATQMR-UHFFFAOYSA-N (2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 3-pyridin-2-ylsulfanylpropanoate Chemical compound O=C1CCC(=O)N1OC(=O)CCSC1=CC=CC=N1 QMXCRMQIVATQMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- TVZRAEYQIKYCPH-UHFFFAOYSA-N 3-(trimethylsilyl)propane-1-sulfonic acid Chemical compound C[Si](C)(C)CCCS(O)(=O)=O TVZRAEYQIKYCPH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 2
- 101150026173 ARG2 gene Proteins 0.000 description 2
- 101150076293 ATG33 gene Proteins 0.000 description 2
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 2
- QUSNBJAOOMFDIB-UHFFFAOYSA-N Ethylamine Chemical compound CCN QUSNBJAOOMFDIB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010019791 Hepatitis post transfusion Diseases 0.000 description 2
- 241000709721 Hepatovirus A Species 0.000 description 2
- 101100005166 Hypocrea virens cpa1 gene Proteins 0.000 description 2
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA) Chemical compound CCN(C(C)C)C(C)C JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100039019 Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1 Human genes 0.000 description 2
- 108010058846 Ovalbumin Proteins 0.000 description 2
- NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N Piperidine Chemical compound C1CCNCC1 NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101100404032 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) arg6 gene Proteins 0.000 description 2
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 2
- DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N Trifluoroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(F)(F)F DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010067390 Viral Proteins Proteins 0.000 description 2
- 101100379634 Xenopus laevis arg2-b gene Proteins 0.000 description 2
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 2
- NWMHDZMRVUOQGL-CZEIJOLGSA-N almurtide Chemical compound OC(=O)CC[C@H](C(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)CO[C@@H]([C@H](O)[C@H](O)CO)[C@@H](NC(C)=O)C=O NWMHDZMRVUOQGL-CZEIJOLGSA-N 0.000 description 2
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 description 2
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 2
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 2
- 239000010836 blood and blood product Substances 0.000 description 2
- 229940125691 blood product Drugs 0.000 description 2
- 239000013043 chemical agent Substances 0.000 description 2
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 2
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 2
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 2
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 2
- 208000029570 hepatitis D virus infection Diseases 0.000 description 2
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 2
- NPZTUJOABDZTLV-UHFFFAOYSA-N hydroxybenzotriazole Substances O=C1C=CC=C2NNN=C12 NPZTUJOABDZTLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 2
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 2
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 2
- HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L magnesium stearate Chemical compound [Mg+2].CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O.CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 2
- 229940092253 ovalbumin Drugs 0.000 description 2
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 2
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 2
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 2
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 2
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 2
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 2
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 2
- KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N succinimide Chemical compound O=C1CCC(=O)N1 KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000003568 thioethers Chemical class 0.000 description 2
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 2
- DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N β‐Mercaptoethanol Chemical compound OCCS DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N (6E,10E,14E,18E)-2,6,10,15,19,23-hexamethyltetracosa-2,6,10,14,18,22-hexaene Chemical compound CC(C)=CCCC(C)=CCCC(C)=CCCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)C YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150084750 1 gene Proteins 0.000 description 1
- NWUYHJFMYQTDRP-UHFFFAOYSA-N 1,2-bis(ethenyl)benzene;1-ethenyl-2-ethylbenzene;styrene Chemical compound C=CC1=CC=CC=C1.CCC1=CC=CC=C1C=C.C=CC1=CC=CC=C1C=C NWUYHJFMYQTDRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ASOKPJOREAFHNY-UHFFFAOYSA-N 1-Hydroxybenzotriazole Chemical compound C1=CC=C2N(O)N=NC2=C1 ASOKPJOREAFHNY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 108010088751 Albumins Proteins 0.000 description 1
- 102000009027 Albumins Human genes 0.000 description 1
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N Alpha-Lactose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N 0.000 description 1
- 101100329429 Arabidopsis thaliana CRL gene Proteins 0.000 description 1
- 102100030356 Arginase-2, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 241000972773 Aulopiformes Species 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 102100026189 Beta-galactosidase Human genes 0.000 description 1
- 101100121600 Caenorhabditis elegans gcy-33 gene Proteins 0.000 description 1
- 108010039939 Cell Wall Skeleton Proteins 0.000 description 1
- 241000744472 Cinna Species 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 241000699802 Cricetulus griseus Species 0.000 description 1
- 241000701022 Cytomegalovirus Species 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N D-Mannitol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100027723 Endogenous retrovirus group K member 6 Rec protein Human genes 0.000 description 1
- 101710091045 Envelope protein Proteins 0.000 description 1
- 241000710831 Flavivirus Species 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- ZRALSGWEFCBTJO-UHFFFAOYSA-N Guanidine Chemical class NC(N)=N ZRALSGWEFCBTJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000005176 Hepatitis C Diseases 0.000 description 1
- 208000005331 Hepatitis D Diseases 0.000 description 1
- 206010019799 Hepatitis viral Diseases 0.000 description 1
- 101000792835 Homo sapiens Arginase-2, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101000612746 Homo sapiens Tetratricopeptide repeat protein 33 Proteins 0.000 description 1
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 1
- FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N L-Phenylalanyl-L-lysin Natural products NCCCCC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N Lactose Natural products OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)C(O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N 0.000 description 1
- 206010067125 Liver injury Diseases 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 229930195725 Mannitol Natural products 0.000 description 1
- 108700015872 N-acetyl-nor-muramyl-L-alanyl-D-isoglutamine Proteins 0.000 description 1
- 108700020354 N-acetylmuramyl-threonyl-isoglutamine Proteins 0.000 description 1
- 108090001074 Nucleocapsid Proteins Proteins 0.000 description 1
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 1
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 1
- 102000004316 Oxidoreductases Human genes 0.000 description 1
- 108090000854 Oxidoreductases Proteins 0.000 description 1
- 238000009004 PCR Kit Methods 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 241000282579 Pan Species 0.000 description 1
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- FADYJNXDPBKVCA-STQMWFEESA-N Phe-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 FADYJNXDPBKVCA-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- 239000004698 Polyethylene Substances 0.000 description 1
- 108010020346 Polyglutamic Acid Proteins 0.000 description 1
- 108010039918 Polylysine Proteins 0.000 description 1
- 239000004743 Polypropylene Substances 0.000 description 1
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 1
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 1
- 101710188315 Protein X Proteins 0.000 description 1
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 241000702670 Rotavirus Species 0.000 description 1
- WINXNKPZLFISPD-UHFFFAOYSA-M Saccharin sodium Chemical compound [Na+].C1=CC=C2C(=O)[N-]S(=O)(=O)C2=C1 WINXNKPZLFISPD-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 229920002684 Sepharose Polymers 0.000 description 1
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920002472 Starch Polymers 0.000 description 1
- 102000019197 Superoxide Dismutase Human genes 0.000 description 1
- 108010012715 Superoxide dismutase Proteins 0.000 description 1
- BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N Tetramethylsqualene Natural products CC(=C)C(C)CCC(=C)C(C)CCC(C)=CCCC=C(C)CCC(C)C(=C)CCC(C)C(C)=C BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100040943 Tetratricopeptide repeat protein 33 Human genes 0.000 description 1
- 102000009843 Thyroglobulin Human genes 0.000 description 1
- 108010034949 Thyroglobulin Proteins 0.000 description 1
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 1
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000000996 additive effect Effects 0.000 description 1
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 description 1
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 description 1
- WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K aluminium hydroxide Chemical compound [OH-].[OH-].[OH-].[Al+3] WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 230000002788 anti-peptide Effects 0.000 description 1
- 230000002238 attenuated effect Effects 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N beta-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 1
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 1
- 230000001588 bifunctional effect Effects 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 239000002981 blocking agent Substances 0.000 description 1
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 1
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 1
- 244000309464 bull Species 0.000 description 1
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 1
- 210000004520 cell wall skeleton Anatomy 0.000 description 1
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 1
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 1
- 239000012050 conventional carrier Substances 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 229920001577 copolymer Polymers 0.000 description 1
- 239000007822 coupling agent Substances 0.000 description 1
- NZNMSOFKMUBTKW-UHFFFAOYSA-N cyclohexanecarboxylic acid Chemical compound OC(=O)C1CCCCC1 NZNMSOFKMUBTKW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000005378 cyclohexanecarboxylic acids Chemical class 0.000 description 1
- 125000000151 cysteine group Chemical group N[C@@H](CS)C(=O)* 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 239000002274 desiccant Substances 0.000 description 1
- 239000008121 dextrose Substances 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- FFYPMLJYZAEMQB-UHFFFAOYSA-N diethyl pyrocarbonate Chemical compound CCOC(=O)OC(=O)OCC FFYPMLJYZAEMQB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- ZWIBGKZDAWNIFC-UHFFFAOYSA-N disuccinimidyl suberate Chemical compound O=C1CCC(=O)N1OC(=O)CCCCCCC(=O)ON1C(=O)CCC1=O ZWIBGKZDAWNIFC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N dodecahydrosqualene Natural products CC(C)CCCC(C)CCCC(C)CCCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)C PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 239000003995 emulsifying agent Substances 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 238000011049 filling Methods 0.000 description 1
- 239000004931 filters and membranes Substances 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 238000005194 fractionation Methods 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 1
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 1
- 108060003552 hemocyanin Proteins 0.000 description 1
- 231100000234 hepatic damage Toxicity 0.000 description 1
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 description 1
- 208000010710 hepatitis C virus infection Diseases 0.000 description 1
- 230000005745 host immune response Effects 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 1
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 1
- 230000000984 immunochemical effect Effects 0.000 description 1
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 1
- 239000000677 immunologic agent Substances 0.000 description 1
- 229940124541 immunological agent Drugs 0.000 description 1
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 239000003456 ion exchange resin Substances 0.000 description 1
- 229920003303 ion-exchange polymer Polymers 0.000 description 1
- 238000005304 joining Methods 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 1
- 239000004816 latex Substances 0.000 description 1
- 229920000126 latex Polymers 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 239000006193 liquid solution Substances 0.000 description 1
- 239000006194 liquid suspension Substances 0.000 description 1
- 230000008818 liver damage Effects 0.000 description 1
- 208000019423 liver disease Diseases 0.000 description 1
- 239000000891 luminescent agent Substances 0.000 description 1
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 1
- ZLNQQNXFFQJAID-UHFFFAOYSA-L magnesium carbonate Chemical compound [Mg+2].[O-]C([O-])=O ZLNQQNXFFQJAID-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000001095 magnesium carbonate Substances 0.000 description 1
- 229910000021 magnesium carbonate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000019359 magnesium stearate Nutrition 0.000 description 1
- 239000000594 mannitol Substances 0.000 description 1
- 235000010355 mannitol Nutrition 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- JMUHBNWAORSSBD-WKYWBUFDSA-N mifamurtide Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)OC[C@@H](OC(=O)CCCCCCCCCCCCCCC)COP(O)(=O)OCCNC(=O)[C@H](C)NC(=O)CC[C@H](C(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](C)O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)OC(O)[C@@H]1NC(C)=O JMUHBNWAORSSBD-WKYWBUFDSA-N 0.000 description 1
- 229960005225 mifamurtide Drugs 0.000 description 1
- 108700007621 mifamurtide Proteins 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 229940035032 monophosphoryl lipid a Drugs 0.000 description 1
- 210000004897 n-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 238000006386 neutralization reaction Methods 0.000 description 1
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 1
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 1
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 1
- 239000006179 pH buffering agent Substances 0.000 description 1
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 1
- 229920001515 polyalkylene glycol Polymers 0.000 description 1
- 229920000573 polyethylene Polymers 0.000 description 1
- 229920002643 polyglutamic acid Polymers 0.000 description 1
- 229920000656 polylysine Polymers 0.000 description 1
- 235000010482 polyoxyethylene sorbitan monooleate Nutrition 0.000 description 1
- 229920001155 polypropylene Polymers 0.000 description 1
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 1
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 1
- 229920000136 polysorbate Polymers 0.000 description 1
- 229920000053 polysorbate 80 Polymers 0.000 description 1
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 1
- 230000003449 preventive effect Effects 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 1
- 235000019833 protease Nutrition 0.000 description 1
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 1
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 239000012429 reaction media Substances 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 235000019515 salmon Nutrition 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 1
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000000527 sonication Methods 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 229940031439 squalene Drugs 0.000 description 1
- TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N squalene Natural products CC(=CCCC(=CCCC(=CCCC=C(/C)CCC=C(/C)CC=C(C)C)C)C)C TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000008107 starch Substances 0.000 description 1
- 235000019698 starch Nutrition 0.000 description 1
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 1
- 229960002317 succinimide Drugs 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 238000010189 synthetic method Methods 0.000 description 1
- 229960000814 tetanus toxoid Drugs 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 125000003396 thiol group Chemical group [H]S* 0.000 description 1
- XETCRXVKJHBPMK-MJSODCSWSA-N trehalose 6,6'-dimycolate Chemical compound C([C@@H]1[C@H]([C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](COC(=O)C(CCCCCCCCCCC3C(C3)CCCCCCCCCCCCCCCCCC)C(O)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC)O2)O)O1)O)OC(=O)C(C(O)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC)CCCCCCCCCCC1CC1CCCCCCCCCCCCCCCCCC XETCRXVKJHBPMK-MJSODCSWSA-N 0.000 description 1
- 150000003626 triacylglycerols Chemical class 0.000 description 1
- 201000001862 viral hepatitis Diseases 0.000 description 1
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 1
- 238000009736 wetting Methods 0.000 description 1
- 239000000080 wetting agent Substances 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
- A61K38/04—Peptides having up to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
- A61K38/08—Peptides having 5 to 11 amino acids
- A61K38/09—Luteinising hormone-releasing hormone [LHRH], i.e. Gonadotropin-releasing hormone [GnRH]; Related peptides
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
- A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- A61K38/162—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from virus
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
- A61P31/20—Antivirals for DNA viruses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
- C12Q1/706—Specific hybridization probes for hepatitis
- C12Q1/707—Specific hybridization probes for hepatitis non-A, non-B Hepatitis, excluding hepatitis D
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/24011—Flaviviridae
- C12N2770/24211—Hepacivirus, e.g. hepatitis C virus, hepatitis G virus
- C12N2770/24222—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Virology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Oncology (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Reproductive Health (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Endocrinology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
Abstract
Nukleov kyseliny, kter maj terapeutick a diagnostick vyu it , t²kaj c se HCV, kompozice na jejich b zi, zp soby tvorby hybridiza n ch produkt s t mito kyselinami a zp soby detekce infekce virov hepatitidy C (HCV), d° ve ozna ovan jako non A non B krv p°enosn virov hepatitida (NANBV).\
Description
Nukleová kyselina, kompozice s jejím obsahem, způsob tvorby hybridizačního produktu a způsob detekce genotypů HCV
Oblast techniky
Vynález se týká nukleové kyseliny, která má terapeutické a diagnostické použití týkající se HCV, kompozic na její bázi, způsobu tvorby hybridizačního produktu a způsobů detekce infekce virové hepatitidy C (HCV), dříve označované jako non A non B krví přenosná virová hepatitida (NANBV). Přesněji se vynález týká využití vlastností kompozic a metod pro detekci HCV a pro vývoj vakcín pro profylaktickou léčbu infekcí HCV a vývoj protilátkových produktů pro navození pasivní imunity vůči HCV.
Dosavadní stav techniky
Prototypový izolát HCV byl charakterizován v EPO publikaci č. 318216. Používaný výraz „HCV“ zde zahrnuje nové izoláty, stejného virového druhu.
HCV je přenosná choroba odlišná od jiných forem viry způsobených jatemích chorob, včetně těch, které způsobují známé viry hepatitidy, tj. hepatitida A virus (HAV), hepatitida B virus (HBV) a delta hepatitida virus (HDV), jakož i hepatitidy způsobené cytomegalovirem (CNV) nebo vorem Epstein-Barrové (EBV). HCV byl poprvé identifikován u jednotlivců, kteří obdrželi krevní transfuzi.
Požadavky pro senzitivitu, specifické metody pro screening a identifikaci nosičů HCV a HCV kontaminované krve nebo krevních produktů jsou podstatné. Posttransfúzní hepatitida (PTH) se vyskytuje u přibližně 10 % transformovaných pacientů a HCV se počítá více než 90 % těchto případů. Nemoc často prograduje do chronického jatemího poškození (25 až 55 %).
Péče o pacienta jakož i prevence přenosu HCV krví nebo krevními produkty nebo těsným osobním kontaktem, vyžaduje spolehlivý screening, diagnostické a prognostické prostředky pro detekci nukleových kyselin, antigenu a protilátek, týkajících se HCV.
Informace v této přihlášce napovídají, že HCV má několik genotypů. To znamená, že genetická informace HCV viru nemusí být zcela identická pro všechny HCV, ale obsahuje skupiny s různou genetickou informací.
Genetická informace je uchovávána v závitových molekulách DNA a RNA. DNA se sestává z kovalentně navázaných řetězců deoxyribonukleotidů a RNA se sestává z kovalentně navázaných řetězců ribonukleotidů. Každý nukleotid je charakterizován jednou ze čtyř bází: adenin (A), guanin (G), thymin (T) a cytosin (C). Báze jsou komplementární v tom smyslu, že podle orientace funkčních skupin se určité páry bází přitahují a vážou jedna na druhou vodíkovými můstky a interakcemi π-vrstev. Adenin v jednom řetězci DNA se páruje s thyminem v protilehlém komplementárním řetězci. Guanin v jednom řetězci DNA se páruje scytosinem v protilehlém komplementárním řetězci, v RNA je thyminová báze nahrazena uracilem (U), který se páruje s adeninem v protilehlém komplementárním řetězci. Genetický kód živých organismů je nesen v sekvenci párů bází. Živé organismy interpretují, transkribují a translatují informaci nukleových kyselin k vytvoření proteinů a peptidů.
HCV genom je obsažen v jednom pozitivním řetězci RNA. HCV genom má pokračování, translaci obsahující čtecí rámeček (ORF), který kóduje polyprotein o asi 3000 aminokyselinách. V ORF se strukturální protein(y) zdají být kódovány v přibližně první čtvrtině N-koncové oblasti, s převahou polyproteinů, odpovědných za nestrukturální proteiny.
- 1 CZ 288722 B6
HCV-polyprotein obsahuje, od aminokoncové po karboxykonec, nukleokapsidový protein (C), obalový protein (E) a nestrukturální proteiny (NS) 1, 2 (b), 3, 4 (b) a 5.
HCV odlišných genotyp mohou kódovat proteiny, které dávají změněnou odpověď imunitního systému hostitele. Může být obtížné detegovat HCV odlišných genotypů imunodiagnostickými technikami, které nejsou specifické pro tento genotyp.
Definice vybraných termínů použitých v přihlášce, jsou dále uvedeny pro usnadnění pochopení vynálezu. Termín „korespondující“ znamená homologní nebo komplementární k části sekvence nukleové kyseliny. Tak mezi nukleovými kyselinami a peptidy označuje - korespondující aminokyseliny peptidu tak aby byly odvozeny ze sekvencí nukleových kyselin nebo jejich komplementu.
Termín „nepřirozeně se vyskytující nukleová kyselina“ označuje část genomové nukleové kyseliny, cDNA, semisyntetickou nukleovou kyselinu nebo nukleovou kyselinu syntetického původu, která v důsledku svého původu nebo zpracování: 1) není spojena s celou nukleovou kyselinou, se kterou je spojena v přírodě, 2) je navázána na nukleovou kyselinu nebo jiné chemické agens odlišné od toho, na které je vázána v přírodě, nebo 3) v přírodě se nevyskytuje.
Podobný termín „nepřirozeně se vyskytující peptid“ označuje část velkého, v přírodě se nevyskytujícího peptidu nebo proteinu, nebo semisyntetického nebo syntetického peptidu, která díky svému původu nebo zpracování: 1) není spojena s celým peptidem se kterým je spojena v přírodě, 2) je navázána na peptid, funkční skupinu nebo chemické agens, jiné, než na které je navázán v přírodě, nebo 3) v přírodě se nevyskytuje.
Výraz „primer“ označuje nukleovou kyselinu, která je schopna iniciace syntézy větší nukleové kyseliny, je-li umístěn do vhodných podmínek. Primer bude plně nebo částečně komplementární k oblasti nukleové kyseliny, která má být kopírována. Tak za podmínek, vedoucích k hybridizaci bude primer anelovat komplementární oblast větší nukleové kyseliny. Při přidání vhodných reaktantů je primer prodloužen polymeračním činidlem pro vytvoření kopie větší nukleové kyseliny. Tak za podmínek, vedoucích k hybridizaci bude primer anelovat komplementární oblast větší nukleové kyseliny. Při přidání vhodných reaktantů je primer prodloužen polymeračním činidlem pro vytvoření kopie větší nukleové kyseliny.
Výraz „vazebné páry“ označuje jakýkoliv pár molekul, který vykazuje vzájemnou afinitu nebo vazebnou kapacitu. Pro účely předloženého popisu označuje výraz „Ligand“ jednu molekulu vazebného páru a termín „antiligand“ nebo „receptor“ nebo „cíl“ bude označovat opačnou molekulu vazebného páru. Například u nukleových kyselin může vazebný pár zahrnovat dvě komplementární nukleové kyseliny. Jedna nukleová kyselina může být označena jako ligand a druhý řetězec je označen jako antiligandový receptor nebo cíl. Označení ligand nebo antiligand je věcí dohodnuté konvence. Jiný vazebný pár obsahuje například antigen a protilátku, léčiva a místa pro léčiva a enzym a enzymový substrát, které jsou zde uvedeny jako příklady.
Výraz „značení“ označuje molekulovou skupinu schopnou detekce, která zahrnuje, ale není tím omezena, radioaktivní izotopy, enzymy, luminiscenční činidla, srážecí činidla a barviva.
Výraz „nosič“ zahrnuje obvyklé nosiče jako jsou filtry a membrány, jakož i znovu získatelné nosiče, které mohou být rozptýleny v reakčním prostředí a lze je z něho odstranit imobilizací, filtrací, dělením vrstev a podobně. Výraz „nosné prostředky“ označuje nosiče schopné spojení s nukleovými kyselinami, peptidy nebo protilátkami prostřednictvím vazebných partnerů nebo kovalentními nebo nekovalentními vazbami.
Bylo identifikováno mnoho HCV kmenů a izolátů. Při srovnání se sekvencí originálního izolátu, získaného z USA („HCV-1“, viz Q.L. Choo a spol. (1989) Science 244:359-362, Q.L. Choo a spol. (1990) Brit. Med. Bull, 46:423-441, Q.L. Choo a spol., Proč. Nati. Acad. Sci. 88:2451
- 2 CZ 288722 B6
2455 (1991) a EP-patentová publikace č. 318216 citovaný výše) bylo zjištěno, že japonský izolát („HCV JI“) se významně lišil ve dvou nukleotidových a poly-peptidových sekvencích uvnitř oblasti NS3 a NS4. Tento závěr byl dále rozšířen na NS5 a obalové (E 1/S a E2/NS1) oblasti (viz K. Takeuchi a spol., J. Gen: Virol. (1990) 71:302 7-3022, Y. Kubo, Nucl. Acids. Res. (1989) 17:10367- a k. Tacheuchi a spol., Gene (1990) 91:287-291). První skupina izolátů, originálně identifikována v USA, je nazvána „genotyp I“ podle uvedeného vysvětlení a pozdější skupiny izolátů, prvně identifikovaná v Japonsku, je nazvána „genotyp II“.
Podstata vynálezu
Předložený vynález poskytuje nukleovou kyselinu, mající terapeutické a diagnostické využití, týkající se HCV, obsahující nepřirozeně se vyskytující non-HCV-1 nukleotidovou sekvenci alespoň osmi po sobě následujících nukleotidů z oblasti jádra, která je vybrána z nukleotidových sekvencí SEQ ID čísla 53 až 66.
Výhodně je nukleová kyselina podle vynálezu taková, že non-HCV-1 nukleotidové sekvence odpovídají jednomu nebo více genotypům HCV.
Výhodně je nukleová kyselina podle vynálezu taková, ve které uvedená non-HCV-1 nukleotidová sekvence představuje sekvenci prvního genotypu a je vybrána z nukleotidových sekvencí SEQ ID čísla 53 až 57.
Nukleová kyselina podle vynálezu výhodně obsahuje detegovatelné značení.
Nukleová kyselina podle vynálezu je dále výhodně taková, ve které uvedená non-HCV-1 nukleotidová sekvence je fixována k pevné fázi.
Dále je předmětem vynálezu kompozice pro terapeutické a diagnoastické použití, která obsahuje nukleovou kyselinu, obsahující nepřirozeně se vyskytující non-HCV-1 nukleotidovou sekvenci alespoň osmi po sobě následujících nukleotidů z oblasti jádra, která je vybrána z nukleotidových sekvencí SEQ ID čísla 53 až 66.
Dále je předmětem vynálezu použití nukleové kyseliny podle kteréhokoliv z nároků 1 až 3 jako priméru pro DNA syntézu.
Dále je předmětem vynálezu způsob tvorby hybridizačního produktu s HCV nukleotidovou sekvencí, in vitro, při kterém se provádějí následující stupně: (a) za podmínek, kdy může být hybridizace využita, se uvede do kontaktu nepřirozeně se vyskytující nukleová kyselina se vzorkem, o kterém se předpokládá, že obsahuje HCV nukleotidovou sekvenci, (b) vytvoří se hybridizační podmínky pro tvorbu hybridizačního produktu za přítomnosti HCV nukleotidové sekvence a (c) detekuje se uvedený hybridizační produkt, přičemž uvedenou nepřirozeně se vyskytující nukleovou kyselinou je nukleová kyselina, obsahující nepřirozeně se vyskytující non-HCV-1 nukleotidovou sekvenci alespoň osmi po sobě následujících nukleotidů z oblasti jádra, která je vybrána z nukleotidových sekvencí SEQ ID čísla 53 až 66.
Předmětem vynálezu je také i způsob detekce jednoho nebo více genotypů HCV, in vitro, při kterém se provádějí následující stupně: (a) za podmínek, kdy může hybridizace být využita, ale uvede do kontaktu nepřirozeně se vyskytující nukleová kyselina se vzorkem, o kterém se předpokládá, že obsahuje HCV nukleotidovou sekvenci, pro kterou se má stanovit genotyp, (b) vytvoří se hybridizační podmínky pro tvorbu hybridizačního produktu za přítomnosti HCV nukleotidové sekvence a (c) detekuje se uvedený hybridizační produkt, který je indikativní pro přítomnost alespoň jednoho stanovovaného genotypu HCV, přičemž uvedenou nepřirozeně se vyskytující nukleovou kyselinou je nukleová kyselina, obsahující nepřirozeně se
- 3 CZ 288722 B6 vyskytující nukleovou kyselinou je nukleová kyselina, obsahující nepřirozeně se vyskytující non-HCV-1 nukleotidovou sekvenci alespoň osmi po sobě následujících nukleotidů z oblasti jádra, která je vybrána z nukleotidových sekvencí SEQ ID čísla 53 až 66.
Nukleová kyselina podle předloženého vynálezu, odpovídající HCV virovému genomu, který definuje různé genotypy, mají využití jako sonda ve zkouškách hybridizace nukleových kyselin, jako vazebný partner pro separaci HCV virové nukleové kyseliny z jiných složek, které mohou být přítomny a jako pozitivní nukleová kyselina pro zabránění transkripce nebo translace virové nukleové kyseliny.
Kompozice podle předkládaného vynálezu tvoří hybridizační produkty s nukleovou kyselinou, odpovídající různým genotypům HCV:
HCV má nejméně pět genotypů, které budou v této přihlášce označeny GI-GV. První genotyp, GI, je doložen příkladem sekvencí, označených 1-6, 23-25, 33-38 a 52-57. Druhý genotyp, GII, je doložen příkladem sekvencí, označených 7-12, 26-28, 39-45 a 58-64. Třetí genotyp GIII je doložen příkladem sekvencí označených 13-17, 32, 46-47 a 65-66. Čtvrtý genotyp GIV, je doložen příkladem sekvencí označených 20-22 a 29-31 a 48^9. Pátý genotyp, GV, je doložen příkladem sekvencí, označených 18, 19, 50 a 51.
Možným provedením vynálezu je nukleová kyselina, obsahující sekvenci, která odpovídá jedné nebo více sekvencím, jejichž příkladem je genotyp HCV, nebo kompozice na její bázi.
Tvorba hybridizačního produktu má použití pro detekci přítomnosti jednoho nebo více genotypů HCV. Vznik tohoto hybridizačního produktu se zjišťuje oddělením tohoto hybridizačního od značené, nepřirozeně se vyskytující nukleové kyseliny, která nevytvořila hybridizační produkt.
Tvorba hybridizačního produktu má využití jako prostředek pro separaci jednoho nebo více genotypů HCV nukleové kyseliny od jiných složek, které mohou být potenciálně přítomny. Pro takové aplikace je výhodné spojit nepřirozeně se vyskytující nukleovou kyselinu s nosičem, aby se výsledný hybridizační produkt mohl oddělit.
Při „sendvičových testech“ na nukleové kyseliny se pracuje s jednou nukleovou kyselinou, spojenou se značením, a s druhou nukleovou kyselinou, spojenou s nosičem. Konkrétní možné provedení tohoto testu podle vynálezu využívá dvou nukleových kyselin, které mají obě sekvence, odpovídající non-HCV-1 HCV nukleové kyselině. Alespoň jedna z těchto nukleových kyselin je při tom schopna se spojit se značením a druhá je schopna se spojit s nosičem. Pro separaci hybridizačních produktů, které obsahují nějakou HCV nukleovou kyselinu a zmíněnou první nepřirozeně se vyskytující nukleovou kyselinu, obsahující non-HCV-l-sekvenci, se pak používá druhá nepřirozeně se vyskytující nukleová kyselina, která je spojena s nosičem.
Při detekci podle vynálezu je nepřirozeně se vyskytující nukleová kyselina podle vynálezu schopna vytvářet hybridizační produkt s nukleovou kyselinou jednoho nebo více genotypů HCV. První genotyp, GI, je doložen příkladem sekvencí, označených 1-6, 23-25, 33-38 a 52-57. Druhý genotyp, GII, je doložen příkladem sekvencí, označených 7-12, 26-28, 39-45 a 58-64. Třetí genotyp GIII je doložen příkladem sekvencí označených 13-17, 32, 46-47 a 65-66. Čtvrtý genotyp GIV, je doložen příkladem sekvencí označených 20-22 a 29-31 a 48-49. Pátý genotyp, GV, je doložen příkladem sekvencí, označených 18,19, 50 a 51.
Hybridizační produkt HCV nukleové kyseliny s nepřirozeně se vyskytující nukleovou kyselinou, mající non-HCV-1 sekvenci, odpovídající sekvencím v HCV genomu, je využitelný pro první reakci v syntéze nukleových kyselin.
- 4 CZ 288722 B6
Hybridizační produkt HCV nukleové kyseliny s nepřirozeně se vyskytující nukleovou kyselinou, mající sekvenci, odpovídající určitému genotypu HCV, je využitelný pro první reakci v syntéze nukleové kyseliny tohoto genotypu.
Syntéza nukleové kyseliny může také umožňovat klonování nukleové kyseliny do expresních vektorů, které syntetizují virové proteiny.
Předkládané metody mají i použití opačném smyslu (dále „anti-sense“), pro zabránění transkripce nebo translace virové nukleové kyseliny. Tvorba hybridizačního produktu nepřirozeně se vyskytující nukleové kyseliny, která má sekvence, které odpovídají určitému genotypu HCV genomové sekvence, s HCV nukleovou kyselinou, může blokovat translaci nebo transkripci takového genotypu. Terapeutické prostředky a kompozice se mohou připravit tak, aby zahrnovaly všech pět genotypů.
Přirozeně se nevyskytující peptidy podle vynálezu jsou užitečné jako účinné složky vakcíny. Informace o sekvenci, dodaná vynálezem, umožňuje přípravu vakcín, které účinkují pro všechny genotypy HCV. Řízení vakcíny proti určitému typu umožňuje preventivní podávání s cílem maximalizovat ochrannou účinnost prostředků, se kterými se počítá. Řízení vakcíny proti více než jednomu genotypu umožňuje větší rozsah její účinnosti.
Peptidové kompozice jsou také použitelné pro přípravu specifických protilátek proti HCV proteinům. Podle jednoho z možných provedení kompozice podle předloženého vynálezu obsahuje protilátku proti peptidům, odpovídajícím non-HCV-1 sekvenci HCV genomu.
Protilátky proti peptidům, které reflektují určitý genotyp, jsou také využitelné pro detekci těchto genotypů HCV a jako léčiva.
Protilátka proti peptidu, odpovídající určité nukleové kyselině, může být sekvence určitého genotypu. Příklady těchto genotypů jsou uvedeny podle čísel sekvencí. První genotyp, GI, je doložen příkladem sekvencí, označených 1-6, 23-25, 33-38 a 52-57. Druhý genotyp, GII, je doložen příkladem sekvencí, označených 7-12, 26-28, 39-45 a 58-64. Třetí genotyp GIII je doložen příkladem sekvencí označených 13-17, 32, 46-47 a 65-66. Čtvrtý genotyp GIV, je doložen příkladem sekvencí označených 20-22 a 29-31 a 48-59. Pátý genotyp, GV, je doložen příkladem sekvencí, označených 18, 19, 50 a 51.
Odborníkům v oboru bude zřejmé, že kompozice podle vynálezu mohou být baleny s instrukcemi pro použití ve formě souprav pro hybridizaci nukleových kyselin nebo pro imunochemické reakce.
Vynález je dále popsán v následujícími obrázky, které znázorňují sekvence, ilustrující genotypy HCV. Sekvence jsou číslovány 1-145, přičemž číslování odpovídá přiloženému „Seznamu sekvencí“. Sekvence 146 a 147 umožňují posoudit testování shodnosti číslování a shodnosti sekvencí se „Seznamem sekvencí“.
Popis obrázků na připojených výkresech
Obr. 1 představuje schematicky uspořádání genů HCV.
Obr. 2 představuje sekvenci nukleových kyselin, číslované 1-22, které jsou získány zNS5 regionu HCV virového genomu,
Obr. 3 představuje sekvence nukleové kyseliny číslované 23-32, které jsou odvozeny od obalového 1 regionu HCV virového genomu,
- 5 CZ 288722 B6
Obr. 4 představuje sekvence nukleové kyseliny číslované 33-51, které jsou odvozeny od 5'UT regionu HCV virového genomu a
Obr. 5 představuje sekvence nukleové kyseliny číslované 52-66, odvozené od jádrového regionu HCV virového genomu.
Seznam sekvencí zahrnuje sekvence číslované 1-147.
Předložený vynález bude detailněji popsán jako nukleová kyselina, mající sekvence, odpovídající HCV genomu a jí se týkajících peptidů a vazebných partnerů, pro diagnostické a terapeutické aplikace.
Provedení předkládaného vynálezu využívá, pokud není uvedeno jinak, konvenčních technik chemie, molekulární biologie, mikrobiologie, rekombinantní DNA a imunologie, které jsou známé v oboru. Takové techniky jsou plně vysvětleny v literatuře. Viz: např. Maniatis, Fitsch and Sambrook, Molecular Cloning; A Laboratory Manual (1982); DNA Cloning Vol. I a II (D.N.Clover vyd. 1985), Oligonucleotide Synthesis (M.J. Gait vyd. 1984), Nucleic Acid Hybridization (B.D. Hames a S.J. Higgins vyd., 1984), serie, Methods in Enzymology (Academie Press, lne.), zejména Vol. 154 a Vol. 155 (Wu a Grossman, vyd.).
cDNA knihovny jsou odvozeny ze sekvencí nukleové kyseliny přítomné v plazmě HCV-infikovaných šimpanzů. Vytvoření těchto knihoven, konstrukce jedné z nich, „c“ knihovna (ATCC č. 40394), je popsána v PCT pub.4. WO90/14436. Sekvence knihovny relativní k předkládanému vy nálezu jsou zde uvedeny pod sekvencemi číslo 1, 23,33 a 52.
Nukleové kyseliny izolované nebo syntetizované v souladu s rysy předkládaného vynálezu jsou využitelné například, ale neznamená to omezení, jako sondy, primery, „anti-sense“ geny a pro vývoj expresních systémů pro syntézu peptidů, odpovídajících takovým sekvencím.
Popsané sekvence nukleové kyseliny definují genotypy HCV s ohledem na čtyři oblasti virového genomu. Obr. 1 znázorňuje schematicky uspořádání HCV. Čtyři jednotlivé regiony jsou NS5 region, obalový 1 region, 5'UT region a jaderný region.
Sekvencemi danými v předložené přihlášce jsou sekvence označené 1-22, potvrzujícími alespoň pět genotypů v NS5 regionu. Sekvence, označené 1-22 jsou zobrazeny na obr. 2 jakož i v seznamu sekvencí. Každá ze sekvencí, označených 1-22 je odvozena z nukleové kyseliny, mající 340 nukleotidů z NS5 regionu.
Pět genotypů je definováno seskupeními sekvencí definovaných sekvencemi číslovanými 1-22. Podle dohody budou v této přihlášce různé genotypy označovány římskými číslicemi a písmenem „G“.
První genotyp (GI) je exemplifikován sekvencemi v sekvencích číslovaných 1-6. Druhý genotyp (GII) je exemplifikován v sekvencích číslovaných 7-12. Třetí genotyp (GIII) je exemplifikován sekvencemi v sekvencích číslovaných 13-17. Čtvrtý genotyp (GIV) je exemplifikován sekvencemi v sekvencích číslovaných 20-22. Pátý genotyp (GV) je exemplifikován sekvencemi v sekvencích číslovaných 18 a 19.
Sekvence uvedené v předkládané přihlášce jako sekvence číslované 23-32 napovídají o alespoň čtyřech genotypech v obalovém 1 regionu HCV. Sekvence označené 23-32 jsou znázorněny na obr. 3 jakož i v seznamu sekvencí. Každá ze sekvencí číslovaných 23—32 je odvozena od nukleové kyseliny, mající 100 nukleotidů z obalového 1 regionu.
První skupina obalového 1 genotypu (GI) je exemplifikována sekvencemi ze sekvencí číslovaných 23-52. Druhý obalový 1 genotypový (GII) region je exemplifikován sekvencemi ze
- 6 CZ 288722 B6 sekvencí označených 26-28. Třetí obalový 1 genotyp (GIII) je doložen příkladem sekvencí ze sekvencí označených 32. Čtvrtý obalový 1 genotyp (GIV) je doložen příklady sekvencí ze sekvencí označených 29-31.
Sekvence uvedené v předkládaném vynálezu jako sekvence označené 33-51 vypovídají o alespoň třech genotypech v 5'UT oblasti HCV. Sekvence označené 33-51 jsou zobrazeny na obr, 4 jakož i v seznamu sekvencí. Každá sekvence označená 33-51 je odvozena z nukleové kyseliny, mající 252 nukleotidů z 5'UT oblasti, i když sekvence 50 a 51 jsou o něco kratší- přibližně 180 nukleotidů.
První 5'UT genotyp (GI) je doložen sekvencemi ze sekvencí označených 33-38. Druhý genotyp (GII) je doložen sekvencemi ze sekvencí označených 39-45. Třetí 5'UT genotyp (GIII) je doložen sekvencemi ze sekvencí označených 46-47. Čtvrtý 5'UT genotyp je doložen sekvencemi ze sekvencí označených 48 a 49. Pátý 5'UT genotyp (GV) je doložen sekvencemi ze sekvencí označených 50-51.
Sekvence označené 48-62 vypovídají o alespoň třech jaderných genotypech v oblasti HCV. Sekvence označené 52-66 jsou znázorněny na obr. 5 jakož jsou i uvedeny v seznamu sekvencí.
První genotyp jaderné oblasti (GI) je exemplifikován sekvencemi ze sekvencí, označených 52-57. Druhý genotyp jaderné oblasti (GII) je exemplifikován sekvencemi ze sekvencí označených 58-64. Třetí genotyp jaderné oblasti (GIII) je doložen sekvencemi ze sekvencí označených 65-66. Sekvence 52-65 jsou složeny z 549 nukleotidů. Sekvence 66 je složena z 510 nukleotidů.
Různé genotypy pospané s ohledem na každou oblast, jsou shodné. Tak HCV, mající vlastnosti prvního genotypu s ohledem na oblast NS5, bude důsledně vyhovovat vlastnostem prvního genotypu v obalovém 1 regionu, 5'UT regionu a jaderném regionu.
Nukleové kyseliny izolované nebo syntetizované v souladu se sekvencemi danými v sekvencích 1-66, jsou vhodné jako primery, záchytné ligandy a „anti-sense“ agens. Jako proby, primery, záchytné ligandy nebo anti-sense agens, bude nukleová kyselina normálně zahrnovat přibližně osm nebo více nukleotidů pro specifiku i pro schopnost formace stabilních hybridizačních produktů.
Sondy (proby)
Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu se sekvencí, definují jednotlivý' genotyp oblasti HCV genomu, může být využita jako sonda pro detekci takového genotypu, nebo užita v kombinaci s jinými sondami znukleových kyselin k detekci v podstatě všech genotypů HCV.
Pomocí informací o sekvencích uvedených v tomto popise, jsou identifikovány sekvencemi osmi nebo více nukleotidů, které poskytují požadovanou vlastnost a výlučnost vzhledem k různým genotypům a HCV a nepatřičným sekvencím nukleových kyselin, vznikajících pravděpodobně během hybridizačních podmínek.
Odborníkům bude zřejmé, že sekvence nukleové kyseliny mohou být - při jejich využití jako sond - opatřeny značením pro usnadnění detekce hybridizačních produktů.
Záchytné ligandy
Pro použití jako záchytný ligand mohou nukleové kyseliny vybrané způsobem popsaným výše u sond, snadno asociovat s nosičem. Způsob, kterým je nukleová kyselina asociována s nosiči je
- 7 CZ 288722 B6 dobře znám. Nukleová kyselina mající sekvenci, odpovídající sekvenci ze sekvencí označených
1-66, je využitelná k separaci virové nukleové kyseliny jednoho genotypu znukleové kyseliny
HCV různých genotypů. Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu se sekvencemi ze sekvencí, označených 1-66, použitá v kombinacích, má schopnost vychytat v podstatě všechnu nukleovou kyselinu všech HCV genotypů.
Primery
Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu se sekvencemi zde popsanými, je ío využitelná jako primer pro amplifikaci HCV sekvencí. S ohledem na techniky polymerázové řetězové reakce (PCR), sekvence nukleové kyseliny o osmi nebo více nukleotidech, odpovídající jedné nebo více sekvencím ze sekvencí, označených 1—66 mají využití ve spojení se vhodnými enzymy a činidly, pro vytvoření kopií virové nukleové kyseliny. Pro vytvoření kopií virové nukleové kyseliny takových genotypů může být použito mnoho primerů, majících různé 15 sekvence, odpovídající více než jednomu genotypu.
Kopie mohou být použity v diagnostických zkouškách detekce HCV viru. Kopie mohou být také zabudovány do vektorů pro klonování a expresi pro získání polypeptidů, odpovídajících nukleové kyselině syntetizované pomocí PCR, jako bude dále podrobněji popsáno.
Anti-sense
Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu se sekvencemi, které jsou zde popsány, má využitelnost jako „anti-sense“-geny pro prevenci exprese HCV.
Nukleová kyselina, odpovídající genotypu HCV je vložena do vhodného nosiče jako je liposom pro zavedení do buňky infikované HCV. Nukleová kyselina, mající osm nebo více nukleotidů je schopna vazby k virové nukleové kyselině nebo virové messenger-RNA. Výhodně je anti-sense nukleová kyselina tvořena 30 nebo více nukleotidy pro poskytnutí nezbytné stability 30 hybridizačního produktu virové nukleové kyseliny nebo virové messenger-kyseliny. Způsoby vložení anti-sense nukleové kyseliny jsou v oboru známé - např. US patent 4241046 vydaný 23. prosince 1980, Papahadjopoulos a spol.
Syntéza peptidů
Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu s výše popsanými sekvencemi je vhodná pro generování peptidů. Sekvence exemplifikované sekvencemi číslovanými 1—32 a 52-66 mohou být klonovány do vhodných vektorů nebo použity pro izolaci nukleové kyseliny. Izolovaná nukleová kyselina se spojí se vhodnými DNA linkery a klonuje se do vhodného 40 vektoru. Vektor může být použit pro transformaci vhodného hostitelského organismu jako je E.coli a peptid, kódovaný sekvencemi může být izolován.
Techniky molekulového klonování jsou popsány v textu Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Maniatis a spol., Coldspring Harbor Laboratory (1982).
Izolovaný peptid má použití jako antigenní substance pro přípravu vakcín a protilátek řízených k jednotlivému genotypu HCV.
Vakcíny a protilátky
Peptidové materiály podle předloženého vynálezu mají použití při vývoji protilátek a vakcín.
Dostupnost cDNA sekvencí nebo nukleotidových sekvencí z nich získaných (zahrnujících segmenty a modifikaci sekvence), umožňuje konstrukci expresních vektorů, kódujících antigenně
- 8 CZ 288722 B6 aktivní oblasti peptidu kódovaného v jednom ze dvou řetězců. Antigenně aktivní regiony mohou být odvozeny z NS5 regionu, obaleného 1 regionu a jaderného regionu.
Fragmenty kódující požadované peptidy jsou získány z cDNA klonů za použití běžných restrikčních štěpení nebo syntetickými metodami a jsou ligovány do vektorů, které mohou, například, obsahovat části fuzních sekvencí jako je beta-galaktosidáza nebo speroxid-dismutáza (SOD), výhodně SOD. způsoby a vektory, které jsou vhodné pro přípravu polypeptidů, které obsahují fúzní sekvence SOD jsou popsány v evropské patentové publikaci číslo 0196056, publikované 1. října 1986.
Jakákoliv požadovaná část HCV cDNA, obsahující otevřený čtecí rámeček, v jednom nebo druhém negativním DNA řetězci, může být získána jako rekombinantní peptid, jako je zralý nebo fúzní protein; alternativně, peptid kódovaný v cDNA může být získán chemickými syntézami.
DNA kódující požadovaný peptid, ať ve fúzované nebo zralé formě a ať obsahující nebo neobsahující signální sekvenci pro umožnění sekvence, může být ligován do vektorů pro expresi, vhodných pro jakéhokoliv obvyklého hostitele. Jak eukaryotické tak prokaryotické hostitelské systémy se v současnosti používají při tvorbě rekombinantních peptidů. Peptid se potom izoluje z lyžovaných buněk nebo z kultivačního média a čistí se podle toho, jak to vyžaduje jeho zamýšlené použití. Čištění může být prováděno technikami známými v oboru, například diferenciální extrakcí, solnou frakcionací, chromatografií na iontovýměnných pryskyřicích, afinitní chromatografií, a podobně. Viz např. Methods in Enzymology for a variety of methods for purifying proteins. Takové peptidy mohou být použity jako diagnostika, nebo ty, které poskytují zvýšení neutralizace protilátek, mohou být formulovány do vakcín. Protilátky zvýšené proti těmto peptidům mohou být také použity jako diagnostika, nebo pro pasivní imunoterapii nebo pro izolaci nebo pro izolaci a identifikaci HCV.
Antigenní region peptidu je obecně relativně malý - typicky 8 až 10 aminokyselin nebo méně. Tak malé fragmenty jako 5 aminokyseliny mohou charakterizovat antigenní region. Tyto segmenty mohou odpovídat NS5 regionu, obalovému 1 regionu a jádrovému regionu HCV genomu. 5'UT region není ještě známo translatovat. V souladu s tím, použitím cDNA takových regionů, DNA kódující krátké segmenty HCV peptidů, odpovídajících takovým regionům, mohou být rekombinantně exprimovány buď jako fúzní proteiny, nebo jako izolované peptidy. Dále krátké aminokyselinové sekvence mohou být obvykle získány chemickou syntézou. V případech, kdy syntetizovaný peptid je správně konfigurován, takže poskytuje správný epitop, aleje příliš malý, aby byl imunogenní, může být peptid připojen ke vhodnému nosiči.
Pro získání takového spojení je známo mnoho technik v oboru, zahrnujících tvorbu disulfidového spojení za použití N-sukcinimidyl-3-(2-pyridylthio)propionátu (SPDP) a sukcinimidyl-4-(Nmaloimido-methyl)cyklohexan-l-karboxylátu (SMCC), získaného od Pierce Company, Rockford, Illinois (jestliže peptidu chybí sulfhydrylová skupina, může tato být poskytnuta přídavkem cysteinového zbytku). Tato činidla vytvoří disulfidové spojení mezi sebou a peptidovými systémovými zbytky na jednom proteinu a amidové spojené přes epsilon-amino na lysinu, nebo jiné volné aminoskupině jinde. Je známo mnoho činidel, tvořících disulfid/amid. Viz například Immun Rev. (1982) 62:185. Jiná bifunkční kopulační činidla tvoří thioether spíše než disulfidové spojení. Mnoho z těchto thioether tvořících činidel je komerčně dostupných a zahrnuje reaktivní estery kyseliny 6-maleimidokapronové, 2-bromoctové, 2-jodoctové, 4-N-maleimidokapronové, 2-bromoctové, 2-jodoctové, 4-N-maleimido-methyl)cyklohexan-lkarboxylové a podobně. Karboxylové skupiny mohou být aktivovány kombinací se sukcinimidem nebo sodnou solí kyseliny l-hydroxyl-2-nitro-4-sulfonové. Další metody kopulace antigenů využívají systém rotavirus/“vazebný peptid“ popsaný vEPO pub. č. 259149, který je zde uváděn jako odkaz. Předcházející seznam není míněn jako omezující a zcela zřejmě mohou být použity modifikace uvedených sloučenin.
- 9 CZ 288722 B6
Může být použit jakýkoliv nosič, který sám neindukuje produkci protilátek, které jsou škodlivé hostiteli. Vhodnými nosiči jsou typicky velké, pomalu metabolizující makromolekuly jako jsou proteiny; polysacharidy jako je latexem funkcionalizovaná Sepharose, agaróza, celulóza, celulózové peroličky a podobně; polymemí aminokyseliny jako je polyglutamová kyselina, polylysin a podobně; aminokyselinové kopolymery a inaktivní virové částice. Zvláště vhodnými proteinovými substráty jsou sérové albuminy, „klíčovou dírkou procházející“ hemocyanin, imunoglobulinové molekuly, thyroglobuliny, ovalbumin, tetanový toxoid a jiné proteiny dobře známé v oboru odborníkům.
Peptidy, obsahující HCV aminokyselinové sekvence, kódující alespoň jeden virový epitom získaný zNS5, obalové 1 a jaderné oblasti, jsou vhodné jako imunologická činidla. 5'UT region, pokud je známo, nebyl translatován. Například, peptidy, obsahující takové zkrácené sekvence, mohou být použity jako činidla v imunozkouškách. Tyto peptidy jsou také kandidáty podjednotek antigenů v přípravcích pro přípravu antiséra nebo vakcín. I když zkrácené sekvence mohou být produkovány mnoha různými známými zpracováními nativního virového proteinu, jek obecně preferováno připravení syntetických nebo rekombinantních peptidů, obsahujících HCV sekvence. Peptidy, obsahující tyto zkrácené sekvence mohou být připraveny z celých HCV sekvencí (jeden nebo více epitopů, buď sousedících nebo nesousedících), nebo HCV sekvencí a heterologních sekvencí ve fúzním proteinu. Vhodné heterologní sekvence zahrnují sekvence, které poskytují sekreci u rekombinantního hostitele, které poskytují sekreci u rekombinantního hostitele, zvyšují imunologickou reaktivitu HCV epitopu(ů), nebo usnadňují kopulaci polypeptidu nebo podklad pro imunozkoušku nebo vakcínový nosič. Viz např. EPO pub. č. 116201, US patent č. 4722840, EPO pub. č. 259149, US patent č. 4629783.
Velikost peptidů, obsahujících zeslabené HCV sekvence se může měnit v širokém rozsahu s tím, že minimální velikost sekvence je velikost dostačující pro poskytnutí HCV epitopu, přičemž maximální velikost není podstatná. Obvykle není maximální velikost podstatně větší než velikost požadovaná pro poskytnutí žádoucího HCV epitopu a funkce(í) heterologní sekvence, jsou-li nějaké. Typicky budou mít zkrácené HCV aminokyselinové sekvence délku v rozmezí od asi 5 do asi 100 aminokyselin. Typičtěji bude HCV aminokyselinová sekvence mít maximální délku asi 50 aminokyselin, výhodně maximálně asi 30 aminokyselin. Je obvykle žádoucí zvolit HCV sekvence o alespoň asi 10, 12 nebo 15 aminokyselinách, až do maxima asi 20 nebo 25 aminokyselin.
HCV aminokyselinové sekvence, obsahující epitopy, mohou být identifikovány mnoha způsoby. Například celá proteinová sekvence, odpovídající každému zNS5, obalovému 1 a jadernému regionu, může být screenována přípravou série krátkých peptidů, které spolu překlenují celou proteinovou sekvenci takových regionů. Jestliže se vychází například z peptidů o přibližně 100 aminokyselinách, mělo by týt rutinou testovat každý peptid na přítomnost epitopu(ů), vykazujících požadovanou reaktivitu a potom postupně testovat menší a přesahující fragmenty z identifikovaných peptidů o 100 aminokyselinách pro zmapování epitopu, který je středem zájmu. Screening takových peptidů v imunozkoušce je odborníkovi zřejmý. Rovněž je známé provádění počítačové analýzy proteinové sekvence pro identifikaci potenciálních epitopů a potom příprava peptidů, obsahujících identifikované regiony pro screening.
Imunogenicita epitopů HCV může být také zvýšena jejich přípravou v savčích nebo kvasinkových systémech fúzovaných nebo uspořádaných s proteiny tvořícími částice jako jsou například ty, které jsou spojeny s povrchovým antigenem hepatitidy B. Viz např. US 4722840. Konstrukty, kde HCV epitop je připojen přímo k sekvencím, kódujícím protein, tvořící částice, produkují hybridy, které jsou imunogenní vzhledem k HCV epitopu. Dále všechny připravené vektory zahrnují epitopy specifické k HBV, mající různé stupně imunogenicity, jako je například pre-S peptid. Částice konstruované z proteinu, tvořícího částice, které zahrnují HCV sekvence, jsou imunogenní vzhledem k HCV a HBV.
-10CZ 288722 B6
Povrchový antigen hepatitidy (HBSAg) byl vytvořen a uspořádán do částic v S. cerevisiae (P. Valenzuela a spol., (1982)) jakož i například, savčích buněk (P. Valenzuella a spol., 1984)). Tvorba takových částic byla shledána jako zvyšující imunogenicitu monomerové podjednotky. Konstrukty mohou také obsahovat imunodominantní epitop HBSAg, obsahující 55 aminokyselin z prepovrchové oblasti (pre-S). Neurath a spol. (1984). Konstrukty pre-S-HBSAg částice exprimující v kvasince jsou popsány vEPO 174444, publikované 19. března 1986; hybridy, obsahující heterologní virové sekvence pro kvasinkovou expresi jsou popsány vEPO 175261, publikované 26. března 1966. Tyto konstrukty mohou být také exprimovány v savčích buňkách jako jsou buňky vaječníků čínského křečka (CHO) za použití vektoru SV40-dihydrofolát reduktása (Michelle a spol. (1984)).
Dále, části sekvence kódující částice tvořící protein mohou být nahrazeny kodony, kódujícími HCV epitop. V tomto nahrazení regiony, které nejsou vyžadovány pro zprostředkování agregace jednotek pro tvorbu imunogenních částic v kvasinkách savců mohou být vypuštěny. Takto se eliminují další HBV antigenní místa z soupeření s HCV epitopem.
Vakcíny
Vakcíny mohou být připraveny z jednoho nebo více imunogenních peptidů získaných z HCV. Pozorovaná homologie mezi HCV a Flaviviry poskytuje informaci o peptidech, které jsou pravděpodobně nejúčinnější jako vakcíny, jakož i regiony genomu, ve kterém jsou kódovány.
Multivalentní vakcíny proti HCV mohou obsahovat jeden nebo více epitopů z jednoho nebo více proteinů získaných zNS5, obalového 1 a jádrového regionu. Výhodně jsou vakcíny zamýšleny tak, že obsahují jeden nebo více HCV proteinů nebo podjednotek antigenů získaných zNS5, obalového 1 a jádrového regionu. 5'UT region, pokud je známo, nebyl translatován.
Příprava vakcín, které obsahují imunogenní peptid jako aktivní složku, je známá odborníkům v oboru. Typicky se takové vakcíny připraví jako injektovatelné přípravky, buď jako kapalné roztoky nebo suspenze; pevné formy vhodné pro rozpuštění nebo suspendaci v kapalině pro přípravu injekce, mohou být rovněž připraveny. Přípravky mohou byt také emulgovány nebo protein může být enkapsulován v liposimech. Aktivní imunogenní ingredience se často smísí s přísadami, které jsou farmaceuticky přijatelné a kompatibilní s aktivní složkou. Vhodnými přísadami jsou například voda, salinický roztok, dextróza, glycerol, ethanol a podobně ajejich kombinace. Dále, je-li to žádoucí, může vakcína obsahovat malá množství pomocných látek jako jsou smáčecí nebo emulgační činidla, pH pufrující činidla a/nebo přísady, které zvyšují účinnost vakcíny. Příklady přísad, které mohou být účinné zahrnují, ale nejsou na ně omezeny: hydroxid hlinitý, N-acetyl-muramyl-L-theronyl-D-isoglutamin (thr-MDP), N-acetyl-nor-muramyl-Lalanyl-D-isoglutamin (CGP 11637, označený jako nor-MDP), N-acetylmuramyl-L-alanyl-Disoglutaminyl-L-alanin-2-(l-2-dipalmitoy!-sn-glycero-3-hydroxyfosforyloxy)-ethylamin (CGP 19835A, označený jako MTP-PE) a RIBI, který obsahuje tři složky extrahované z bakterií, monofosforyl lipid A, trehalóze dimykolát a skelet buněčné stěny (MPL+TDM+CWS) ve 2% squalen/Tween 80 emulzi. Účinnost přísady může být stanovena měřením množství protilátek řízených proti imunogennímu peptidů, obsahujícímu HCV antigenní sekvenci, vzniklých z podání takového peptidů ve vakcínách, které také obsahují různé přísady.
Vakcíny se obvykle podávají parenterálně, injekcemi, například buď subkutánně nebo intramuskulámě. Další přípravky, které jsou vhodné pro jiný způsob podání zahrnují čípky, a v některých případech, orální přípravky. Pro čípky mohou být použity tradiční pojivá a nosiče, například polyalkylenglykoly nebo triglyceridy; takové čípky mohou být vytvořeny ze směsí, obsahujících aktivní složky v rozmezí 0/5 % až 10 %, výhodně 1 % až 2 %. Orální přípravky zahrnují takové normální používané přísady jako jsou například farmaceuticky čistý mannitol, laktóza, škrob, stearát hořečnatý, sodná sůl sacharinu, celulóza, uhličitan hořečnatý a podobně.
-11 CZ 288722 B6
Dále uvedené příklady jsou uvedeny pro ilustraci a v žádném případě nejsou míněny jako omezující rozsah předloženého vynálezu.
Příklady provedení vynálezu
I. Detekce HCV RNA ze séra
RNA byla extrahována ze séra za použití guanidiniové soli, fenolu a chloroformu podle instrukcí výrobce, připojených ke kitu (RNAzol(tm) B kit, Cinna/Biotecx). Extrahovaná RNA byla srážena isopropanolem a promyta ethanolem. Pro izolaci RNA bylo zpracováno celkem 25 μΐ séra a purifikována RNA byla resuspendována v 5 μΐ diethylpyrokarbonátu zpracovaného vodou pro následující syntézu cDNA.
II. cDNA syntéza a amplifikace polymerázovou řetězcovou reakcí (PCR)
Tabulka 1 uvádí sekvence a polohy (s odkazem kHCVl) všech PCR primerů a sond, použitých v těchto příkladech. Písmena, označující nukleotidy, jsou v souladu s 37 C.F.R. par. 1.821-1.825. Písmena A,C,G,T a U jsou použita řádně pro adenin, cytosin, guanin, thymin a uráčil. Písmeno M znamená A nebo C, R znamená A nebo G, W znamená A nebo T/U, S znamená C nebo G, Y znamená C nebo T/U, K znamená G nebo T/U, V znamená A nebo C nebo G, ne T/U, H znamená A nebo C nebo T/U, ne G, D znamená A nebo G nebo T/U, ne C, B znamená C nebo T nebo T/U, ne A, N znamená (A nebo C nebo G nebo T/U), nebo (neznamená nebo jiné). Tabulka 1 je uvedená dále.
Tabulka 1
Sekv. č.
sekvence (5' - 3') poloha nukleotidu
| 67 | CAAACGTAACACCAACCGRCGCCCACAGG | 374-402 |
| 68 | ACAGAYCCGCAKAGRTCCCCCACG | 1192-1169 |
| 69 | GCAACCTCGAGGTAGACGTCAGCCTATCCC | 509-538 |
| 70 | GCAACCTCGTGGAAGGCGACAACCTATCCC | 509-538 |
| 71 | GTCACCAATGATTGCCCTAACTCGAGTATT | 948-977 |
| 72 | GTCACGAACGACTGCTCCAACTCAAG | 948-973 |
| 73 | TGGACATGATCGCTGGWGCYCACTGGGG | 1375-1402 |
| 74 | TGGAYATGGTGGYGGGGGCYCACTGGGG | 1375-1402 |
| 75 | ATGATGAACTGGTCVCCYAC | 1308-1327 |
| 76 | ACCTTVGCCCAGTTSCCCRCCATGGA | 1453-1428 |
| 77 | AACCCACTCTATGYCCGGYCAT | 205-226 |
| 78 | GAATCGCTGGGGTGACCG | 171-188 |
| 79 | CCATGAATCACTCCCCTGTGAGGAACTA | 30-57 |
| 80 | TTGCGGGGGCACGCCCAA | 244-227 |
-12CZ 288722 B6
Pro cDNA syntézu a PCR amplifikaci byl použit protokol vyvinutý u Perkin-Elmer/Cetus (GeneAmpR RNA PCR kit). Jak náhodný hexamer tak primery se specifickými komplementárními sekvencemi k HCV byly použity pro podnícení reakce reverzní transkripce (RT). Všechny procesy, s výjimkou přidání a smísení reakčních složek, byly prováděny v termálním cyklovači (MJ Research, lne.). Reakce syntézy prvního řetězce cDNA byla inaktivována 5 minut při 99 °C a pak ochlazena na 50 °C na 5 minut před přídavkem složek pro následující amplifikaci. Po počátečních 5 cyklech při 97 °C po 1 minutu následuje 50 °C po 2 min, a 72 °C po 3 min, 30 cyklech při 94 °C po 1 min, 55 °C po 2 min a 72 °C po 3 min a pak konečných 7 minut prodlužování při 72 °C.
Pro genotypovou analýzu byly použity sekvence 67 a 68 jako primery v PCR reakci. Tyto primery amplifikují segment odpovídající jadernému a obalovému regionu. Po amplifikaci se reakční produkty oddělí na agarózovém gelu a pak se přenesou na nylonovou membránu. Imobilizované reakční produkty se ponechávají hybridizovat se 32P-značenou nukleovou kyselinou, odpovídající buď genotypu I (jádro nebo obal 1) nebo genotypu II (jádro nebo obal 1). Nukleová kyselina, odpovídající genotypu 1 obsahuje sekvence číslované 69 (jádro), 71 (obal) a 73 (obal). Nukleová kyselina, odpovídající genotyp II obsahující sekvence číslované 70 (jádro), 72 (obal) a 74 (obal).
Sondy genotypu I pouze hybridizují k produktu amplifikovanému z izolátů, které měly sekvence genotypu I. Podobně sondy genotypu II pouze hybridizují k produktu amplifikovanému z izolátů, které měly sekvence genotypu II.
V dalším pokusu byly PCR produkty generovány za použití sekvencí 79 a 80. Produkty byly analyzovány jak je popsáno výše s tím rozdílem, že sekvence č. 73 byla použita pro detegování genotypu I, sekvence č. 74 byla použita pro detegování genotypu II, sekvence č. 77 (5'UT) byla použita pro detegování genotypu III a sekvence č. 78 (5'UT) byla použita pro detegování genotypu IV. Každá sekvence hybridizuje v genotypu specifickým způsobem.
III. Detekce HCV GI-GIV za použití sendvičové hybridizační zkoušky pro HCV RNA
V tomto příkladu je popsáno provedení sendvičové hybridizační zkoušky amplifíkované roztoky fáze nukleové kyseliny. Provedení zkoušky využívá několik sond nukleové kyseliny pro uskutečnění zachycení a detekce. Záchytná sonda nukleové kyseliny je schopna spojení komplementární sondy navázané na pevné nosič a HCV nukleové kyseliny pro uskutečnění zachycení. Detekční sonda nukleové kyseliny má první segment (A), který se váže kHCV nukleové kyselině a druhý segment (B), který hybridizuje ke druhé amplifíkované nukleové kyselině. Amplifikovaná nukleová kyselina má první segment (Bx), který hybridizuje k segmentu (B) sondy nukleové kyseliny a také obsahuje patnáct opakování segmentu (C). Segment C amplifíkované nukleové kyseliny je schopen hybridizovat ke třem značeným nukleovým kyselinám.
Sekvence nukleové kyseliny, které odpovídají nukleotidovým sekvencím obalového 1 genu skupiny 1 HCV izolátů jsou uvedeny v sekvencích číslovaných 81-99. Tabulka 2 uvádí plochu HCV genomu, které odpovídají sekvence nukleové kyseliny a výhodné užití sekvencí.
-13CZ 288722 B6
Tabulka 2
| Typ sondy | sekvence č. | komplement nukleotidů č. |
| značená | 81 | 879-911 |
| značená | 82 | 912-944 |
| záchytná | 83 | 945-977 |
| značená | 84 | 978-1010 |
| značená | 85 | 1011-1043 |
| značená | 86 | 1044-1076 |
| značená | 87 | 1077-1109 |
| záchytná | 88 | 1110-1142 |
| značená | 89 | 1143-1175 |
| značená | 90 | 1176-1208 |
| značená | 91 | 1209-1241 |
| značená | 92 | 1242-1274 |
| záchytná | 93 | 1275-1307 |
| značená | 94 | 1308-1340 |
| značená | 95 | 1341-1373 |
| značená | 96 | 1374-1406 |
| značená | 97 | 1407-1439 |
| záchytná | 98 | 1440-1472 |
| značená | 99 | 1473-1505 |
Sekvence nukleové kyseliny, které odpovídají nukleotidovým sekvencím obalového 1 genu skupiny II HCV izolátů jsou uvedeny v sekvencích 100-118. Tabulka 3 uvádí oblasti HCV genomu, kterým odpovídá nukleová kyselina a výhodné použití sekvencí.
Tabulka 3
| Typ sondy | sekvence č. | komplement nukleotidů č. |
| značená | 100 | 879-911 |
| značená | 101 | 912-944 |
| záchytná | 102 | 945-977 |
| značená | 103 | 978-1010 |
| značená | 104 | 1011-1043 |
| značená | 105 | 1044-1076 |
| značená | 106 | 1077-1109 |
| záchytná | 107 | 1110-1142 |
| značená | 108 | 1143-1175 |
| značená | 109 | 1176-1208 |
| značená | 110 | 1209-1241 |
| značená | 111 | 1242-1274 |
| záchytná | 112 | 1275-1307 |
| značená | 113 | 1308-1340 |
| značená | 114 | 1341-1373 |
| značená | 115 | 1374-1406 |
| značená | 116 | 1407-1439 |
| záchytná | 117 | 1440-1472 |
| značená | 118 | 1473-1505 |
-14CZ 288722 B6
Sekvence nukleové kyseliny, které odpovídají nukleotidovým sekvencím vC genu a 5'UT regionu jsou uvedeny v sekvencích 119-145. Tabulka 4 identifikuje sekvence s preferovaným užitím.
Tabulka 4
| Typ sondy | sekvence č. |
| záchytná | 119 |
| značená | 120 |
| značená | 121 |
| značená | 122 |
| záchytná | 123 |
| značená | 124 |
| značená | 125 |
| značená | 126 |
| záchytná | 127 |
| značená | 128 |
| značená | 129 |
| značená | 130 |
| záchytná | 131 |
| značená | 132 |
| značená | 133 |
| značená | 134 |
| značená | 135 |
| záchytná | 136 |
| značená | 137 |
| značená | 138 |
| značená | 139 |
| záchytná | 140 |
| značená | 141 |
| značená | 142 |
| značená | 143 |
| záchytná | 144 |
| značená | 145 |
Detekční a záchytné sondy HCV-specifických segmentů a jejich názvy použité v této zkoušce byly následující.
Záchytné sekvence jsou sekvence číslované 119-122 a 141-144.
Detekční sekvence jsou sekvence číslované 119-140.
Každá detekční sekvence obsahuje, navíc k sekvencím v podstatě komplementárních kHCV sekvencím 5' prodloužení (B), kde toto prodloužení (B) je komplementární k segmentu druhé amplifikované nukleové kyseliny. Prodlužovací (B) sekvence je identifikována v seznamu sekvencí jako sekvence č. 146 a je reprodukována dále.
AGGCATAGGACCCGTGTCTT
Každá záchytná sekvence obsahuje, navíc k sekvencím v podstatě komplementárním k HCV sekvencím, sekvence komplementární k DNA navázané k pevné fázi. Sekvence komplementární
-15CZ 288722 B6 k DNA navázané k pevnému nosiči byla provedena po směru od záchytné sekvence. Sekvence komplementární k DNA navázané k nosiči je označena jako sekvence č. 147 a je reprodukována dále.
CTTCTTTGGAGAAAGTGGTG
Mikrotitrační plotny byly připraveny následovně. Bílé Microlite 1 Removawell pásky (polystyrénové mikrotitrační plotny, 96 jamek/plotnu) byla získána od Dynatech lne.
Každá jamka byla naplněna 200 μΐ IN HC1 a inkubována při teplotě místnosti 15 až 20 minut. Plotny pak byly promyty 4krát IX PBS a jamky byly odsáty pro odstranění kapaliny. Jamky pak byly naplněny 200 μΐ IN NaOH a inkubovány při teplotě místnosti 15 až 20 minut. Plotny byly opět promyty 4krát IX PBS a jamky byly odsáty pro odstranění kapaliny.
Poly(phe-lys) byl získán od Sigma Chemicals, lne. Tento polypeptid má 1:1 molámí poměr phe:lys a průměrnou molekulovou hmotnost 47900 gm/mol. Má průměrnou délku 309 aminokyselin a obsahuje 155 aminů/mol. 1 mg/ml roztoku polypeptidů byl smísen se 2M NaCl/lX PBS na konečnou koncentraci 0,1 mg/ml (pH 6,0). Do každé jamky byl vložen objem 200 μΐ tohoto roztoku. Plotna byla zabalena do plastiku pro zabránění vysušení a inkubována při 30 °C přes noc. Plotna pak byla promyta 4krát IX PBS a jamky byly odsáty pro odstranění kapaliny.
Následující postup byl použit pro kopulaci nukleové kyseliny, komplementární sekvence č. 147, k plotnám, označované zde jako imobilizovaná nukleová kyselina. Syntéza imobilizované nukleové kyseliny, mající sekvenci komplementární k sekvenci č. 133 byla popsána vEPA 883096976. 20 mg disukcinimidyl-suberátu bylo rozpuštěno ve 300 μΐ dimethylformamidu (DMF). 26 OD260 jednotek imobilizované nukleové kyseliny bylo přidáno ke 100 μΐ kopulačního pufru (50 mM fosforečnan sodný, pH 7,8). Kopulační směs pak byla přidána k DSS-DMF roztoku a míchána magnetickým míchadlem 30 minut. NAP-25 kolona byla ekvilibrována s 10 mM fosforečnanu sodného, pH 6,5. Roztok kopulační směsi DSS-DMF byl přidán ke 2 ml 10 mM fosforečnanu sodného, pH 6,5 při 4 °C. Směs byla míchána a nanesena na ekvilibrovanou NAP-25 kolonu. DSS-aktivovaná imobilizovaná nukleová kyselina DNA byla eluována z kolony 3,5 ml 10 mM fosforečnanu sodného, pH 6,5. 5,6 OD260 jednotek eluované DSS-aktivované imobilizované nukleové kyseliny DNA bylo přidáno ke 1500 ml 50 mM fosforečnanu sodného, pH 7,8. Objem 50 μΐ tohoto roztoku byl přidán do každé jamky a plotny byly inkubovány přes noc. Plotna pak byla promyta 4krát IX PBS a jamky byly odsáty pro odstranění kapaliny.
Konečný uvolnění ploten bylo provedeno následovně. Objem 200 μΐ 0,2N NaOH, obsahujícího 0,5 % (hmotn./obj.) SDS byl přidán do každé jamky. Plotna pak byla zabalena do plastiku a inkubována při 65 °C 60 minut. Plotna pak byla promyta 4krát lx PBS a jamky byly odsáty pro odstranění kapaliny. Uvolněné plotny byla skladována se sikativovými kuličkami při 2 až 8 °C.
Vzorky séra, které jsou zkoumány, byly analyzovány za použití PCR a následující sekvenční analýzou pro stanovení genotypu.
Vzorek přípravku obsahuje 50 μΐ vzorku séra a 150 μΐ P-K pufru (2 mg/ml proteináza Kve 53 mM Tris-HCl, pH 8,0/0,6 M NaCV0,06 M citrát sodný/8mM EDTA, pH 8,0/1,3% SDS/16 pg/ml sonifikované DNA lososího sperma/7% formamid/50 fmol záchytných sond/160 fmol detekčních sond) na každou jamku. Plotny byly třepány pro promíchání obsahu jamky, přikryty a inkubována 16 hodin při 62 °C.
-16CZ 288722 B6
Po další lOminutové periodě při teplotě místnosti byly obsahy každé zjamek odsáty pro odstranění všech kapalin a jamky byly promyty 2X promývacím pufrem (0,1% SDS/0,015 MNaCl/0,0015 M citrát sodný). Amplifikovaná nukleová kyselina pak byla přidána ke každé jamce (50 μΐ 0,7 fmol/μΐ roztoku v 0,048M NaCl/,048 citrát sodný/0,1% SDS/0,5% „blokující činidlo/ (Boehringer Mannheim, katalogové číslo 1096 176)). Po pokrytí ploten a protřepání pro promísení obsahů v jamkách, byly plotny inkubovány 30 minut při 52 °C.
Pro další lOminutové periodě při teplotě místnosti, byly jamky promyty jak je popsáno výše.
Alkalickou fosfatázou značená nukleová kyselina, popsána v EP 883096976 pak byla přidána do každé jamky (50 μΐ/jamku 2,66 fmol/μΐ). Po inkubaci při 52 °C po 15 minut, a 10 minut při teplotě místnosti, byly jamky promyty dvakrát jako výše a pak 3X 0,015 M NaCl/0,0015 citrát sodný.
Byl použit enzym aktivovaný dioxetanem (Schaap a spol., Tet. Lett. (1987) 28:1159-1162 a EPA pub.č. 0254051), získaný od Lumigen, lne.. Do každé jamky bylo vloženo 50 μΐ Lumiphosu 530 (Lumigen). Jamky byly slavě poklepány tak, aby činidlo spadlo na dno a opatrně otáčeny pro rozdělení činidla po celém dně. Jamky byly pokryty a inkubovány při 37 °C 20 až 40 min.
Plotny pak byly čteny na Dynatech ML 1000 luminometru. Výstup byl udán jako celý integrál světla produkovaného během reakce.
Zkouška pozitivně deteguje každý ze sérových vzorků bez ohledu na genotyp.
IV. Exprese polypeptidu kódovaného v sekvencích definovaných různými genotypy
HCV polypeptidy kódované sekvencí ze sekvencí 1-66 jsou exprimovány jako fúzní polypeptid se superoxid dismutázou (SOD). cDNA nesoucí takové sekvence je subklonována do expresního vektoru pSODcfl (Steimer a spol., 1986)).
Nejprve se DNA izolovaná z pSODcfl zpracuje s BamHI a EcoRI a následující linker se liguje do lineární DNA vytvořené restrikčními enzymy:
5' GAT CCT CGA ATT CTG ATA AGA
CCT TA A GAC TAT TTT AA 3'
Po klonování se izoluje plazmid, obsahující inzert.
Plazmid, obsahující inzert je štěpen pomocí EcoRI. HCV cDNA a liguje do takto EcoRI linearizované plazmidové DNA. DNA směs se použije pro transformování E.coli kmene D1210 (Sadler a spol. (1980)). Polypeptidy se izolují na gelech.
V. Antigenicita polypeptidů
Antigenicita polypeptidů vytvořených v sekci IV se hodnotí následujícím způsobem. Polyethylenové roubíky uspořádané na bloku v 8 12 řadách (Coselco Mimetopes, Victoria, Austrálie) se připraví umístěním roubíků v lázni (20 % obj./obj. piperidinu v dimethylformamidu (DMF() na 30 minut při teplotě místnosti. Roubíky se odstraní, promyjí se v DMF po 5 minut, potom se čtyřikrát promývají v methanolu (2 min/promývání). Roubíky se ponechají vyschnout na vzduchu po alespoň 10 minut, potom se nakonec promyjí v DMF (5 min). 1-Hydroxybenzotriazol (HOBt, 367 mg) se rozpustí v DMF (80 μΐ) pro použití v kopulaci Fmocchráněných polypeptidů připravených v sekci IV.
-17CZ 288722 B6
Chráněné aminokyseliny se umístí do jamek mikrotitrační plotny s HOBt a nad plotnu se umístí roubíkový blok, a roubíky se ponoří do jamek. Uspořádání se pak uzavře do plastikového pytle a ponechá reagovat při 25 °C 18 hodin pro kopulaci prvních aminokyselin k roubíkům. Blok se pak odstraní a roubíky se promyjí DMF (2 min), MeOH (4 x, 2 min) a opět DMF (2 min) pro čištění a deprotekci navázaných aminokyselin. Postup se opakuje pro každou další kopulovanou aminokyselinu, až jsou připraveny všechny oktamery.
Volné N-konce se pak acylují pro kompenzaci volných aminů, protože většina epitopů se nenachází na N-konci a tento by neměl mít připojen pozitivní náboj. Acetylace se provede naplněním jamek mikrotitrační plotny DMF/acetanhydrid(triethylamin (5:2:1 obj./obj./obj.) a roubíky se ponechají reagovat v jamkách po 90 min při 20 °C. Roubíky se pak promyjí DMF (2 min) a MeOH (4x, 2 min) a suší vzduchem alespoň 10 minut.
Chrániči skupiny vedlejšího řetězce se odstraní zpracováním roubíků s kyselinou trifluoroctovou/fenolem/dithioethanem (95:2,5:1,5 obj./obj./obj.) v polypropylenových pytlích po 4 hodiny při teplotě místnosti. Roubíky se pak promyjí v dichlormethanu (2x, 2 min), 5% diisopropylethylaminu/dichlormethanu (2x, 5 min), dichlormethanu (5 min) a suší se na vzduchu po alespoň 10 minut. Roubíky se pak promývají ve vodě (2 min), MeOH (18 hodin), suší se ve vakuu a uchovávají v zatavených plastikových pytlích nad silikagelem.
IV.B.15.b Zkouška peptidů
Oktamer nesoucí roubíky se zpracují sonifíkací 30 minut v rozrušovacím pufru (1 % dodecylsulfát sodný, 0,1 % 2-merkaptoethanol, 0,lMNaH2PO4) při 60 °C. Roubíky se pak ponoří několikrát do vody (60 °C), potom do vroucího MeOH (2 min) a nechají schnout na vzduchu.
Roubíky se pak předem obalují po 1 hodinu při 25 °C v mikrotitračních jamkách, obsahujících 200 μΐ blokovacího činidla (1 % ovalbumin, 1 % BSA, 0,1 % Tween a 0,05 % NaN3 v PBS) za míchání. Roubíky se pak ponoří do mikrotitračních jamek, obsahujících 175 μΐ antiséra získaného od lidských pacientů, diagnostikovaných jako mající HCV a ponechá se inkubovat při 4 °C přes noc. Formace komplexu mezi polyklonálními protilátkami séra a polypeptidem předznamenává, že peptidy poskytují zvýšení k imunní odezvě in vivo. Takové peptidy jsou kandidáty pro vývoj vakcín.
Předložený vynález byl popsán a ilustrován. Odborníkům bude zřejmé, že je možno provést mnoho variací a modifikací bez porušení rozsahu připojených nároků a bez vybočení z poznatků a rozsahu předloženého vynálezu.
Seznam sekvencí (1) Obecné informace:
(i) přihlašovatel: Tai-An Cha (ii) název vynálezu: HCV genomické sekvence pro diagnostiku a terapii (iii) počet sekvencí: 147 (iv) adresa pro korespondenci:
(A) adresát: Wolf, Greenfield and Sack, P.C.
(B) ulice: 600 Atlantic Avenue (C) město: Boston (D) stát: Massachusetts (E) země: USA
-18CZ 288722 B6 (F) ZIP: 02210 (v) počítačová čtecí forma:
(A) typ média: disketa, 5,25 inch (B) počítač: IBM kompatibilní (C) operační systém: MS-DOS Version 3.3 (D) software: WordPerfect 5.1 (vi) údaje o přihlášce:
(A) číslo přihlášky: nedostupné (B) datum podání: nedostupné (C) klasifikace: nedostupná (vii) data prioritní přihlášky:
(A) číslo přihlášky: 07/697, 326 (B) datum podání: 8. května 1991 (viii) zástupce/agent:
(A) jméno: Juniuk Anthony J.
(B) číslo registrace: 29,809 (C) číslo spisu: C0772/7000 (ix) telefonní spojení:
(A) telefon: (617) 720-3500 (B) telefax: (617) 720-2441 (C) telex: EZEKIEL (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 1:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj: (ATCC # 40394) (C) individuální izolát: ns5hcvl (ix) Popis sekvence SEQ ID NO 1
CTCCACAGTC ACTGAGAGCG ACATCCGTAC GGAGGAGGCA
ATCTACCAAT GTTGTGACCT CGACCCCCAA GCCCGCGTGG
CCATCAAGTC CCTCACCGAG AGGCTTTATG TTGGGGGCCC
TCTTACCAAT TCAAGGGGGG AGAACTGCGG CTATCGCAGG
TGCCGCGCGA GCGGCGTACT GACAACTAGC TGTGGTAACA
CCCTCACTTG CTACATCAAG GCCCGGGCAG CCTGTCGAGC
CGCAGGGCTC CAGGACTGCA CCATGCTCGT GTGTGGCGAC
GACTTAGTCG TTATCTGTGA AAGCGCGGGG GTCCAGGAGG
ACGCGGCGAG CCTGAGAGCC
120
160
200
240
280
320
340
- 19CZ 288722 B6 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 2:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární ío (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5i21 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 2
CTCCACAGTC ACTGAGAGCG
ATTTACCAAT GTTGTGACCT
CCATCAAGTC CCTCACTGAG
TCTTACCAAT TCAAGGGGGG
TGCCGCGCGA GCGGCGTACT
CCCTCACTTG CTACATCAAG
CGCAGGGCTC CAGGACTGCA
GACTTAGTCG TTATCTGTGA
ACGCGGCGAG CCTGAGAGCC
ACATCCGTAC GGAGGAGGCA40
GGACCCCCAA GCCCGCATGG80
AGGCTTTATG TCGGGGGCCC120
AGAACTGCGG CTACCGCAGG160
GACAACTAGC TGTGGTAACA200
GCCCGGGCAG CCTGTCGAGC240
CCATGCTTGT GTGTGGCGAC280
AAGTGCGGGG GTCCAGGAGG320
340 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 3: 20 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5ptl
-20CZ 288722 B6 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 3
CTCCACAGTC ACTGAGAGCG ACATCCGTAC GGAGGAGGCA 40
ATCTACCAAT GTTGTGATCT GGACCCCCAA GCCCGCGTGG 80
CCATCAAGTC CCTCACTGAG AGGCTTTACG TTGGGGGCCC120
TCTTACCAAT TCAAGGGGGG AGAACTGCGG CTACCGCAGG160
TGCCGGGCGA GCGGCGTACT GACAACTAGC TGTGGTAATA200
CCCTCACTTG CTACATCAAG GCCCGGGCAG CCTGTCGAGC240
CGCAGGGCTC CGGGACTGCA CCATGCTCGT GTGTGGTGAC280
GACTTGGTCG TTATCTGTGA GAGTGCGGGG GTCCAGGAGG320
ACGCGGCGAG CCTGAGAGCC340 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 4:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5gm2 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 4
CTCTACAGTC ACTGAGAACG
ATTTACCAAT GTTGTGACCT
CCATCAAGTC CCTCACTGAG
CCTTACCAAT TCAAGGGGGG
TGCCGCGCGA GCGGCGTACT
CCCTCACTTG CTACATTAAG
CGCAGGGCTC CAGGACTGCA
GACTTAGTCG TTATCTGTGA
ACGCGGCGAA CTTGAGAGCC
ACATCCGTAC GGAGGAGGCA40
GGACCCCCAA GCCCGCGTGG80
AGGCTTTATG TTGGGGGCCC120
AAAACTGCGG CTATCGCAGG160
GACAACTAGC TGTGGTAACA200
GCCCGGGCAG CCTGTCGAGC240
CCATGCTCGT GTGTGGCGAC280
GAGTGCGGGA GTCCAGGAGG320
340 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 5:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární
-21 CZ 288722 B6 (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5usl7 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 5
CTCCACAGTC ACTGAGAGCG ATATCCGTAC GGAGGAGGCA40
ATCTACCAGT GTTGTGACCT GGACCCCCAA GCCCGCGTGG80
CCATCAAGTC CCTCACCGAG AGGCTTTATG TCGGGGGCCC120
TCTTACCAAT TCAAGGGGGG AAAACTGCGG CTATCGCAGG160
TGCCGCGCAA GCGGCGTACT GACAACTAGC TGTGGTAACA200
CCCTCACTTG TTACATCAAG GCCCAAGCAG CCTGTCGAGC240
CGCAGGGCTC CGGGACTGCA CCATGCTCGT GTGTGGCGAC280
GACTTAGTCG TTATCTGTGA AAGTCAGGGA GTCCAGGAGG320
ATGCAGCGAA CCTGAGAGCC340 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 6:
(i) charakteristiky' sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) ty p: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5sp2 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 6
CTCTACAGTC ACTGAGAGCG ATATCCGTAC GGAGGAGGCA40
ATCTACCAAT GTTGTGACCT GGACCCCGAA GCCCGTGTGG80
CCATCAAGTC CCTCACTGAG AGGCTTTATG TTGGGGGCCC120
TCTTACCAAT TCAAGGGGGG AGAACTGCGG CTACCGCAGG160
TGCCGCGCAA GCGGCGTACT GACGACTAGC TGTGGTAATA200
CCCTCACTTG TTACATCAAG GCCCGGGCAG CCTGTCGAGC240
CGCAGGGCTC CAGGACTGCA CCATGCTCGT GTGTGGCGAC280
GACCTAGTCG TTATCTGCGA AAGTGCGGGG GTCCAGGAGG 320
ACGCGGCGAG CCTGAGAGCC340
-22CZ 288722 B6 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 7:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5jl (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 7
CTCCACAGTC
ACTGAGAATG
ACACCCGTGT
TGAGGAGTCA
ATTTACCAAT
GTTGTGACTT
GGCCCCCGAA
GCCAGACAGG
CCATAAGGTC
GCTCACAGAG
CGGCTCTATG
TCGGGGGTCC
120
TATGACTAAC
TCCAAAGGGC
AGAACTGCGG
CTATCGCCGG
160
TGCCGCGCGA
GCGGCGTGCT
GACGACTAGC
TGCGGTAATA
200
CCCTCACATG
CTACCTGAAG
GCCACAGCGG
CCTGTCGAGC
240
TGCCAAGCTC
CAGGACTGCA
CGATGCTCGT
GAACGGAGAC
280
GACCTTGTCG
TTATCTGTGA
AAGCGCGGGG
AACCAAGAGG
320
ACGCGGCAAG
CCTACGAGCC
340 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 8:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5kl (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 8
-23CZ 288722 B6
CTCAACGGTC ACTGAGAATG ACATCCGTGT TGAGGAGTCA 40
ATTTACCAAA GTTGTGACTT GGCCCCCGAG GCCAGACAAG 80
CCATAAGGTC GCTCACAGAG CGGCTTTACA TCGGGGGCCC 120
CCTGACTAAT TCAAAAGGGC AGAACTGCGG CTATCGCCGA 160
TGCCGCGCCA GCGGTGTGCT GACGACTAGC TGCGGTAATA 200
CCCTCACATG TTACTTGAAG GCCACTGCGG CCTGTAGAGC240
TGCGAAGCTC CAGGACTGCA CGATGCTCGT GTGCGGAGAC280
GACCTTGTCG TTATCTGTGA AAGCGCGGGA ACCCAGGAGG320
ATGCGGCGAG CCTACGAGTC340 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 9:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5kl.l (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 9
CTCAACGGTC ACCGAGAATG
ATTTATCAAT GTTGTGCCTT
CCATAAGGTC GCTCACAGAG
CCTGACCAAT TCAAAGGGGC
TGCCGCGCCA GCGGCGTACT
CCCTTACATG TTACTTGAAG
CGCGAAGCTC CAGGACTGCA
GACCTTGTCG TTATCTGTGA
ACGCGGCGAA CCTACGAGTC
| ACATCCGTGT TGAGGAGTCA | 40 |
| GGCCCCCGAG GCTAGACAGG | 80 |
| CGGCTTTATA TCGGGGGCCC | 120 |
| AGAACTGCGG TTATCGCCGG | 160 |
| GACGACCAGC TGCGGTAATA | 200 |
| GCCTCTGCAG CCTGTCGAGC | 240 |
| CGATGCTCGT GTGTGGGGAC | 280 |
| AAGCGCGGGA ACCCAGGAGG | 320 |
340 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 10:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární
-24CZ 288722 B6 (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5gh6 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 10
CTCAACGGTC ACTGAGAGTG ACATCCGTGT CGAGGAGTCG40
ATTTACCAAT GTTGTGACTT GGCCCCCGAA GCCAGGCAGG80
CCATAAGGTC GCTCACCGAG CGACTTTATA TCGGGGGCCC120
CCTGACTAAT TCAAAAGGGC AGAACTGCGG TTATCGCCGG160
TGCCGCGCGA GCGGCGTGCT GACGACTAGC TGCGGTAATA200
CCCTCACATG TTACTTGAAG GCCTCTGCAG CCTGTCGAGC240
TGCAAAGCTC CAGGACTGCA CGATGCTCGT GAACGGGGAC280
GACCTTGTCG TTATCTGCGA GAGCGCGGGA ACCCAAGAGG320
ACGCGGCGAG CCTACGAGTC340 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 11:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5spl (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 11
CTCCACAGTC ACTGAGAGTG
ATTTACCAAT GTTGTGACTT
CTATAAGGTC GCTCACAGAG
CCTGACTAAT TCAAAAGGGC
TGCCGCGCAA GCGGCGTGCT
CCCTCACATG TTACTTGAAG
TGCGAAGCTC CAGGACTGCA
GACCTTGTCG TTATCTGTGA
ACGCGGCGAG CCTACGAGTC (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 12:
ACATCCGTGT TGAGGAGTCA 40 GGCCCCCGAA GCCAGACAGG 80 CGGCTGTACA TCGGGGGTCC 120 AGAACTGCGG CTATCGCCGG 160 GACGACTAGC TGCGGTAACA 200 GCCTCTGCGG CCTGTCGAGC 240 CGATGCTCGT GTGCGGTGAC 280 GAGCGCGGGA ACCCAAGAGG 320
340
-25CZ 288722 B6 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5sp3 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 12
CTCAACAGTC ACTGAGAGTG
ATCTACCAAT GTTGTGACTT
CTATAAGGTC GCTCACAGAG
CCTGACTAAT TCAAAAGGGC
TGCCGCGCAA GCGGCGTGCT
CCCTCACATG TTACCTGAAG
TGCGAAGCTC CAGGACTGCA
GACCTTGTCG TTATCTGTGA
ACGCGGCGAG CCTACGAGTC (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 13:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5k2 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 13
ACATCCGTGT TGAGGAGTCA40
GGCCCCCGAA GCCAGACAGG80
CGGCTTTACA TCGGGGGTCC120
AGAACTGCGG CTATCGCCGG160
GACGACTAGC TGCGGTAATA200
GCCAGTGCGG CCTGTCGAGC240
CAATGCTCGT GTGCGGTGAC280
GAGCGCGGGG ACCCAAGAGG320
340
CTCAACCGTC ACTGA6AGAG ACATCAGAAC TGAGGAGTCC40
ATATACCGAG CCTGCTCCCT GCCTGAGGAG GCTCACATTG80
CCATACACTC GCTGACTGAG AGGCTCTACG TGGGAGGGCC120
CATGTTCAAC AGCAAGGGCC AGACCTGCGG GTACAGGCGT160
TGCCGCGCCA GCGGGGTGCT CACCACTAGC ATGGGGAACA200
CCATCACATG CTATGTAAAA GCCCTAGCGG CTTGCAAGGC240
TGCAGGGATA GTTGCACCCT CAATGCTGGT ATGCGGCGAC280
GACTTAGTTG TCATCTCAGA AAGCCAGGGG ACTGA6GAGG320
ACGAGCGGAA CCTGAGAGCT340
-26CZ 288722 B6 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 14:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární o
(ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5arg8 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 14
CTCTACAGTC ACGTAAAAGG
ATCTACCAGT CCTGTTCACT
CTATACACTC ACTGACTGAG
CATGACAAAC AGCAAGGGCC
TGCCGCGCGA GCGCAGTGCT
CACTCACGTG CTACGTAAAA
CGCGGGGATT GTTGCTCCCA
GACCTGGTCG TCATCTCAGA
ACGAGCAGAA CCTGAGAGTC (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 15 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5il0
ACATCACATC CTAGGAGTCC40
GCCCGAGGAG GCTCGAACTG80
AGACTATACG TAGGGGGGCC120
AATCCTGCGG GTACAGGCGT160
CACCACCAGC ATGGGCAACA200
GCCAGGGCGG CGTGTAACGC240
CCATGCTGGT GTGCGGTGAC280
GAGTCAAGGG GCTGAGGAGG320
340
-27CZ 288722 B6 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 15
CTCTACAGTC ACAGAGAGGG ACATCAGAAC CGAGGAGTCC 40 ATCTATCTGT CCTGCTCACT GCCTGAGGAG GCCCGAACTG 80 CTATACACTC ACTGACTGAG AGACTGTACG TAGGGGGGCC 120 CATGACAAAC AGCAAGGGGC AATCCTGCGG GTACAGGCGT 160 TGCCGCGCGA GCGGAGTGCT CACCACCAGC ATGGGCAACA 200 CCnrrsr/lTn Λ » n CGCGGGCATT GTTGCTCCCA CCATGTTGGT GTGCGGCGAC 280 GACCTGGTTG TCATCTCAGA GAGTCAGGGG GTCGAGGAAG 320 ATGAGCGGAA CCTGAGAGTC 340 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 16:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů ίο (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5arg6 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 16
CTCTACAGTC ACGGAGAGGG
ATCTATCTGT CCTGTTCACT
CCATACACTC ACTGACTGAG
CATGACAAAC AGCAAAGGGC
TGCCGCGCGA GCGGAGTGCT
CACTCACGTG CTACGTGAAA
CGCGGGCATT GTTGCCCCCA
GACCTAGTCG TCATCTCAGA
ATGAGCGAAA CCTGAGAGCT
ACATCAGAAC CGAGGAGTCC 40 GCCTGAGGAG GCTCGAACTG 80 AGGCTGTACG TAGGGGGGCC 120 AATCCTGCGG GTACAGGCGT 160 CACCACCAGC ATGGGTAACA 200 GCTAAAGCGG CATGTAACGC 240 CCATGTTGGT GTGCGGCGAC 280 GAGTCAAGGG GTCGAGGAGG 320
340 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 17:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden
-28CZ 288722 B6 (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5k2b (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 17
CTCAACCGTC ACGGAGAGGG ACATAAGAAC AGAAGAATCC40
ATATATCAGG GTTGTTCCCT GCCTCAGGAG GCTAGAACTG80
CTATCCACTC GCTCACTGAG AGACTCTACG TAGGAGGGCC120
CATGACAAAC AGCAAGGGAC AATCCTGCGG TTACAGGCGT160
TGCCGCGCCA GCGGGGTCTT CACCACCAGC ATGGGGAATA200
CCATGACATG CTACATCAAA GCCCTTGCAG CGTGCAAAGC240
TGCAGGGATC GTGGACCCTA TCATGCTGGT GTGTGGAGAC280
GACCTGGTCG TCATCTCGGA GAGCGAAGGT AACGAGGAGG320
ACGAGCGAAA CCTGAGAGCT340 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 18:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5sa283 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 18
CTCGACCGTT ACCGAACATG
ATTTACCAAT CATTGTACTT
CAATACGGTC ACTCACCCAA
CATGTATAAC AGCAAGGGGC
TGCCGCGCCA GCGGCGTCTT
CCATGACGTG CTACATTAAG
CGCAAAGCTC CAGGACTGCA
GATAAAGCGA CCTGAGAGCC
ACATAATGAC TGAAGAGTCT40
GCAGCCTGAG GCGCGTGTGG80
CGCCTGTACT GTGGAGGCCC120
AACAATGTGG TTATCGTAGA160
CACCACTAGT ATGGGCAACA200
GCTTTAGCCT CCTGTAGAGC240
CGCTCCTGGT GTGTGGTGAT320
340
-29CZ 288722 B6 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 19:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5sal56 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 19
CTCGACCGTT ACCGAACATG
ATTTACCAAT CATTGTACTT
CAATACGGTC ACTCACCCAA
CATGTATAAC AGCAAGGGGC
TGCCGCGCCA GCGGCGTCTT
CCATGACGTG CTACATCAAG
TGCAAAGCTC CAGGACTGCA
ACCTTGGTGG CCATTTGCGA
ATGAAGCGTG CCTGAGAGTC
ACATAATGAC TGAAGAGTCC 40
GCAGCCTGAG GCACGCGCGG 80
CGCCTGTACT GTGGAGGCCC 120
AACAATGTGG TTACCGTAGA 160
CACCACCAGT ATGGGCAACA 200
GCTTCAGCCG CCTGTAGAGC 240
CGCTCCTGGT GTGTGGTGTG 280
GAGCCAAGGG ACGCACGAGG 320
340 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 20:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5ill (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 20
-30CZ 288722 B6
CTCTACTGTC ACTGAACAGG ACATCAGGGT GGAAGAGGAG 40
ATATACCAGT GCTGTAACCT TGAACCGGAG GCCAGGAAAG 80
TGATCTCCTC CCTCACGGAG CGGCTTTACT GCGGGGGCCC 120
TATGTTCAAC AGCAAGGGGG CCCAGTGTGG TTATCGCCGT 160
TGCCGTGCTA GTGGAGTCCT GCCTACCAGC TTCGGCAACA 200
CAATCACTTG TTACATCAAG GCTAGAGCGG CTTCGAAGGC240
CGCAGGCCTC CGGAACCCGG ACTTTCTTGT CTGCGGAGAT280
GATCTGGTCG TGGTGGCTGA GAGTGATGGC GTCGACGAGG320
ATAGAGCAGC CCTGAGAGCC340 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 21:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5i4 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 21
CTCGACTGTC ACTGAACAGG ACATCAGGGT GGAAGAGGAG 40
ATATACCAAT GCTGTAACCT TGAACCGGAG GCCAGGAAAG 80
TGATCTCCTC CCTCACGGAG CGGCTTTACT GCGGGGGCCC 120
TATGTTCAAT AGCAAGGGGG CCCAGTGTGG TTATCGCCGT 160
TGCCGTGCTA GTGGAGTTCT GCCTACCAGC TTCGGCAACA 200
CAATCACTTG TTACATCAAG GCTAGAGCGG CTGCGAAGGC 240
CGCAGGGCTC CGGACCCCGG ACTTTCTCGT CTGCGGAGAT 280
GATCTGGTTG TGGTGGCTGA GAGTGATGGC GTCGACGAGG 320 ATAGAACA6C CCTGCGAGCC 340 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 22:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden
-31 CZ 288722 B6 (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5gh8 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 22
CTCAACTGTC ACTGAACAGG ACATCAGGGT GGAAGAGGAG 40 ATATACCAAT GCTGTAACCT TGAACCGGAG GCCAGGAAAG 80 TGATCTCCTC CCTCACGGAA CGGCTTTACT GCGGGGGCCC 120 TATGTTCAAC AGCAAGGGGG CCCAGTGTGG TTATCGCCGT 160 TGCCGTGCCA GTGGAGTTCT GCCTACCAGC TTCGGCAACA 200 CAATCACTTG TTACATCAAA GCTAGAGCGG CTGCCGAAGC 240 CGCAGGCCTC CGGAACCCGG ACTTTCTTGT CTGCGGAGAT 280 GATCTGGTTG TGGTGGCTGA GAGTGATGGC GTCAATGAGG 320 ATAGAGCAGC CCTGGGAGCC 340 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 23:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj: (ATCC # 40394) (C) individuální izolát: hcvl (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 23
6ACGGCGTTG GTAATGGCTC AGCTGCTCCG GATCCCACAA40
GCCATCTTGG ACATGATCGC TGGTGCTCAC TGGGGAGTCC80
TGGCGGGCAT AGCGTATTTC100 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 24:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární
-32CZ 288722 B6
GACGGCGTTG GTGGTAGCTC AGGTACTCCG GATCCCACAA 40
GCCATCATGG ACATGATCGC TGGAGCCCAC TGGGGAGTCC 80
TGGCGGGCAT AGCGTATTTC 100 (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: US5 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 24
| 10 | (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 25: | |
| 15 | (i) charakteristiky sekvence: (A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární | |
| (ii) Typ molekuly: DNA | ||
| 20 | (vi) Originální zdroj: (C) individuální izolát: AUS5 | |
| 25 | (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 25 | |
| AACGGCGCTG GTAGTAGCTC A6CTGCTCAG GGTCCCGCAA | 40 | |
| GCCATCGTGG ACATGATCGC TGGTGCCCAC TGGGGAGTCC | 80 | |
| TAGCGGGCAT AGCGTATTTT | 100 |
(2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 26:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: US4 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 26
GACAGCCCTA GTGGTATCGC AGTTACTCCG GATCCCACAA40
GCCGTCATGG ATAT66TGGC GGGGGCCCAC TGGGGAGTCC80
TGGCGGGCCT TGCCTACTAT100
-33CZ 288722 B6 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 27:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly; DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ARG2 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 27
AGCAGCCCTA GTGGTGTCGC AGTTACTCCG GATCCCACAA40
AGCATCGTGG ACATGGTGGC GGGGGCCCAC TGGGGAGTCC80
TGGCGGGCCT TGCTTACTAT100 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 28:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: 115 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 28
GGCAGCCCTA GTGGTGTCGC AGTTACTCCG GATCCCGCAA40
GCTGTCGTGG ACATGGTGGC GGGGGCCCAC TGGGGAATCC80
TAGCGGGTCT T6CCTACTAT100 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 29:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA
-34CZ 288722 B6 (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: GH8 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 29
TGTGGGTATG GTGGTGGCGC ACGTCCTGCG TTTGCCCCAG40
ACCTTGTTCG ACATAATAGC CGGGGCCCAT TGGGGCATCT80
TGGCGGGCTT GGCCTATTAC100 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 30:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: 14 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 30
TGTGGGTATG GTGGTAGCAC ACGTCCTGCG TCTGCCCCAG40
ACCTTGTTCG ACATAATAGC CGGGGCCCAT TGGGGCATCT80
TGGCAGGCCT AGCCTATTAC100 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 31:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: 111 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 31
TGTGGGTATG GTGGTGGCGC AAGTCCTGCG TTTGCCCCAG40
ACCTTGTTCG ACGTGCTAGC CGGGGCCCAT TGGGGCATCT80
TGGCGGGCCT GGCCTATTAC100
-35CZ 288722 B6 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 32:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: 110 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 32
TACCACTATG CTCCTGGCAT ACTTGGTGCG CATCCCGGAG40
GTCATCCTGG ACATTATCAC GGGAGGACAC TGGGGCGTGA80
TGTTTGGCCT GGCTTATTTC100 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 33:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj: (ATCC # 40394) (C) individuální izolát: hcvl (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 33
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCAAGACTG160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
AGACCGTGCA CC252 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 34:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů
-36CZ 288722 B6 (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: us5 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 34
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA
CGGQAGAGCC ATAGTGGTCT
GGAATTGCCA GGACGACCGG
GCTCAATGCC TGGAGATTTG
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGACCGTGCA CC (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 35:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ausl (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 35
GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GTCCTTTCTT GGATCAACCC120
GGCGTGCCCC CGCAAGACTG160
CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
252
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC 120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCACGCCCC CGCAAGATCA 160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240 AGACCGTGCA CC 252 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 36:
(i) charakteristiky sekvence:
-37CZ 288722 B6 (A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: sp2 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 36
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
AGACCGTGCA CC252 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 37:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: gm2 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 37
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT
GGAATTGCCA GGACGACCGG
GCTCAATGCC TGGAGATTTG
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG
AGACCGTGCA CC
GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GTCCTTTCTT GGATCAACCC120
GGCGTGCCCC CGCAAGACTG160
CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
252 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 38:
-38CZ 288722 B6 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: i21 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 38
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCAAGACTG160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
AGACCGTGCA CC252 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 39:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: us4 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 39
GTTAGTATGA -GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
AGACCGTGCA CC252 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 40:
-39CZ 288722 B6 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: jhl (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 40
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT
GGAATTGCCA GGACGACCGG GCTCAATGCC TGGAGATTTG CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGACCGTGCA TC
GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40
GCGGAACCGG TGAGTACACC 80
GTCCTTTCTT GGATCAACCC 120
GGCGTGCCCC CGCGAGACTG 160
CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200
AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240
252 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 41:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: nac5 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 41
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT
GCCTCCAGGA
GCGGAACCGG
GGAATTGCCA
GGACGACCGG
GTCCTTTCTT
CCCCCCCTCC
TGAGTACACC
GGATCAACCC
120
GCTCAATGCC CTAGCCGAGT TGCCTGATAG AGACCGTGCA
TGGAGATTTG
AGTGTTGGGT
GGCGTGCCCC
CGCGAAAGGC
CGCGAGACTG
CTTGTGGTAC
160
200
GGTGCTTGCG
AGTGCCCCGG
GAGGTCTCGT
240
CC
252
-40CZ 288722 B6 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 42:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: arg2 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 42
GTTAGTATGA
GTGTCGTGCA
GCCTCCAGGA
CCCCCCCTCC
CGGGAGAGCC
ATAGTGGTCT
GCGGAACCGG
TGAGTACACC
GGAATTGCCA
GCTCAATGCC
GGACGACCGG
TGGAGATTTG
GTCCTTTCTT
GGCGTGCCCC
GGATCAACCC
CGCGAGACTG
120
160
CTAGCCGAGT
AGTGTTGGGT
CGCGAAAGGC
CTTGTGGTAC
200
TGCCTGATAG
GGTGCTTGCG
AGTGCCCCGG
GAGGTCTCGT
240
AGACCGTGCA
CC
252 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 43:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: spi (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 43
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
AGACCGTGCA CC252
-41 CZ 288722 B6 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 44:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ghl (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 44
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GGAATTGCCA GGACGACCGG GCTCAATGCC TGGAGATTTG CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGACCGTGCA CC (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 45:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: il5 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 45
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GGAATTGCCA GGACGACCGG GCTCAATGCC TGGAGATTTG CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGACCGTGCA CC
GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GTCCTTTCTT GGATCAACCC120
GGCGTGCCCC CGCGAGACTG160
CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
252
GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40 GCGGAACCGG TGAGTACACC 80 GTCCTTTCTT GGATCAACCC 120 GGCGTGCCCC CGCGAGACTG 160 CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200 AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240
252
-42CZ 288722 B6 (2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 46:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj:
(C) individuální izolát: ilO (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 46
GCTAGTATCA GTGTCGTACA
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT
GGAATTGCCG GGAAGACTGG
ACTCTATGCC CGGCCATTTG
CTAGCCGAGT AGCGTTGGGT
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG
AGACCGTGCA TC (2) informace o SEQ ID NO: 47 (i) charakteristika sekvence:
(A) délka: 252 (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: arg6 (xi): SEQ ID NO: 47
GTTAGTATGA GTCTCGTACA
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT
GGAATTGCTG GGAAGACTGG
CTAGCCGAGT AGCGTTGGGT
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AÓACCGTGCA TC
GCCTCCAGGC CCCCCCCTCC 40
GCGGAACCGG TGAGTACACC 80
GTCCTTTCTT GGATAAACCC 120
GGCGTGCCCC CGCAAGACTG 160
TGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200
AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240
252
GCCTCCAGGC CCCCCCCTCC 40
GCGGAACCGG TGAGTACACC 80
GTCCTTTCTT GGATAAACCC 120
TGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200
AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240
252
-43CZ 288722 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 48 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: s21 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 48
GTTAGTACGA GTGTCGTGCA
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT
GGAATCGCTG GGGTGACCGG
GCTCAATACC CAGAAATTTG
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGACCGTGCA AC (2) informace o SEQ ID NO: 49 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: gj61329 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 49
GCCTCCAGGA CTCCCCCTCC 40 GCGGAACCGG TGAGTACACC 80 GTCCTTTCTT GGAGCAACCC 120 GGCGTGCCCC CGCGAGATCA 160 CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200 AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240
252
GTTAGTACGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GGAATCGCTG GGGTGACCGG GTCCTTTCTT GGAGTAACCC120
GCTCAATACC CAGAAATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGATCA160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240
AGACCGTGCA AC
252 (2) informace o SEQ ID NO: 50 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 180 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: sa31 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 50
GTTAGTATGA GTGTCGAACA
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT
GGAATTGCCG GGATGACCGG
GCTCAATGCC CGGAGATTTG
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT (2) informace o SEQ ID NO: 51 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 180 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (ví) originální zdroj:
(C) individuální izolát: sa4 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 51
GTTAGTATGA GTGTCGAACA
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT
GGAATTGCCG GGATGACCGG
GCTCAATGCC CGGAGATTTG
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT
GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GTCCTTTCTT GGATAAACCC120
GGCGTGCCCC CGCGAGACTG160
180
GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GTCCTTTCTT GGATAAACCC120
GGCGTGCCCC CGCGAGACTG160
180 (2) informace o SEQ ID NO: 52
-45CZ 288722 B6 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj: (ATCC # 40394) (C) individuální izolát: hcvl (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 52
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAAAAAA AACAAACGTA 40
ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGTGG 80
CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG 120
GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG CGCGACGAGA AAGACTTCCG 160
AGCGGTCGCA ACCTCGAGGT AGACGTCAGC CTATCCCCAA 200
GGCTCGTCGG CCCGAGGGCA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG 240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGC TGCGGGTGGG 280
CGGGATGGCT CCTGTCTCCC CGTGGCTCTC GGCCTAGCTG 320
GGGCCCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT 360
AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA 400
TGGGGTACAT ACCGCTCGTC GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC 440
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC 480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAACCTTCCT GGTTGCTCTT 520
TCTCTATCTT CCTTCTGGCC CTGCTCTCT 549 (2) informace o SEQ ID NO: 53 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: us5 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 53
-46CZ 288722 B6
ATGAGCACGA ATCCTAAACC ACACCAACCG TCGCCCACAG CGGTCAGATC GTTGGTGGAG GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG AGCGGTCGCA ACCTCGAGGT GGCGCGTCGG CCCGAGGGCA TACCCTTGGC CCCTCTATGG CGGGATGGCT CCTGTCTCCC GGGCCCCACA GACCCCCGGC AAGGTCATCG ATACCCTTAC TGGGGTACAT ACCGCTCGTC TGCCAGGGCT CTGGCGCATG GGCGTGAACT ATGCAACAGG TCTCTATCTT CCTTCTGGCC
TCAAAGAAAA ACCAAACGTA 40
GACGTCAAGT TCCCGGGTGG 80
TTTACTTGTT GCCGCGCAGG 120
CGCGACGAGG AAGACTTCCG 160
AGACGTCAGC CTATCCCCAA 200
GGACCTGGGC TCAGCCCGGG240
CAATGAGGGT TGCGGGTGGG280
CGTGGCTCTC GGCCTAGTTG320
GTAGGTCGCG CAAWTGGGT360
GTGCGGCTTC GCCGACCACA400
GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC440
GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC480
GAACCTTCCT GGTTGCTCTT520
CTGCTCTCT549 (2) informace o SEQ ID NO: 54 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden io (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ausl
-47CZ 288722 B6 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 54
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA 40
ACACCAACCG TCGCCCACAG. GACGTTAAGT TCCCGGGTGG 80
CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG 120
GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG CGCGACGAGG AAGACTTCCG 160
AGCGGTCGCA ACCTCGAGGT AGACGTCAGC CTATCCCTAA 200
GGCGCGTCGG CCCGAGGGCA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG 240
TACCCCTGGC CCCTCTATGG TAATGAGGGT TGCGGATGGG 280
CGGGATGGCT CCTGTCCCCC CGTGGCTCTC GGCCTAGTTG 320
GGGCCCTACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT 360
AAGGTCATCG ATACCCTCAC GTGCGGCTTC GCCGACCACA 400
TGGGGTACAT TCCGCTCGTT GGCGCCCCTC TTGGGGGCGC 440
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC 480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATCTTCCT GGTTGCTCTT 520
TCTCTATCTT CCTTCTGGCC CTTCTCTCT 549 (2) informace o SEQ ID NO: 55 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina ío (C) počet řetězců: j eden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: sp2
-48CZ 288722 B6 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 55
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA40
ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGTGG80
CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG120
GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG CACGACGAGG AAGACTTCCG160
AGCGGTCGCA ACCTCGAGGT AGACGTCAGC CCATCCCCAA200
GGCTCGTCGA CCCGAGGGCA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGC TGCGGGTGGG280
CGGGATGGCT CCTGTCTCCC CGTGGCTCTC GGCCTAGCTG320
GGGCCCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT360
AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA400
TGGGGTACAT ACCGCTCGTC GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC440
TGCCAGAGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAACCTTCCC GGTTGCTCTT520
TCTCTATCTT CCTTCTGGCC CTGCTCTCT549 (2) informace o SEQ ID NO: 56 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina io (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: gm2
-49CZ 288722 B6 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 56
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAGA ACCAAACGTA40
ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGTGG80
CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG120
GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG CGCGACGAGG AAGACTTCCG160
AGCGGTCGCA ACCTCGAGGT AGACGTCAGC CTATCCCCAA200
GGCACGTCGG CCCGAGGGTA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT TGCGGGTGGG280
CGGGATGGCT CCTGTCTCCC CGCGGCTCTC GGCCTAACTG320
GGGCCCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT360
AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA400
TGGGGTACAT ACCGCTCGTC GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC440
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAACCTTCCT GGTTGCTCTT520
TCTCTATCTT CCTTCTGGCC CTGCTCTCT549 (2) informace o SEQ ID NO: 57 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů ίο (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: i21
-50CZ 288722 B6 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 57
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA40
ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGTGG80
CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG120
GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG CGCGACGAGG AAGACTTCCG160
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGT AGACGCCAGC CTATCCCCAA200
GGCGCGTCGG CCCGAGGGCA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT TGCGGGTGGG280
CGGGATGGCT CCTGTCTCCC CGTGGCTCTC GGCCTAGCTG320
GGGCCCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT360
AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA400
TGGGGTACAT ACCGCTCGTC GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC440
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAACCTTCCT GGTTGCTCTT520
TTTCTATTTT CCTTCTGGCC CTGCTCTCT549 (2) informace o SEQ ID NO: 58 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: us4
-51 CZ 288722 B6 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 58
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA40
ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTTAAGT TCCCGGGCGG80
TGGCCAGGTC GTTGGTGGAG TTTACCTGTT GCCGCGCAGG120
GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG160
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA200
GGCTCGCCAG CCCGAGGGCA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT ATGGGGTGGG280
CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGTGGCTCTC GGCCTAGTTG320
GGGCCCCACG GACCCCCGGC GTAGGTCGCG TAATTTGGGT360
AAGGTCATCG ATACCCTCAC ATGCGGCTTC GCCGACCTCA400
TGGGGTACAT TCCGCTCGTC GGCGCCCCCC TTAGGGGCGC440
TGCCAGGGCC TTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAGGAC480
GGCGTGAACT ACGCAACAGG GAATCTGCCC GGTTGCTCCT520
TTTCTATCTT CCTCTTGGCT CTGCTGTCC549 (2) informace o SEQ ID NO: 59 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: jhl (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 59
-52CZ 288722 B6
ATGAGCACAA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACCTGTT GCCGCGCAGG GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA GGCTCGCCAG CCCGAGGGCA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAACGAGGGT ATGGGGTGGG CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGTGGCTCTC GGCCTAGTTG GGGCCCCACG GACCCCCGGC GTAGGTCGCG TAATTTGGGT AAGGTCATCG ATACCCTCAC ATGCGGCTTC GCCGACCTCA TGGGGTACAT TCCGCTTGTC GGCGCCCCCC TAGGGGGCGC TGCCAGGGCC CTGGCACATG GTGTCCGGGT TCTGGAGGAC GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATTTGCCC GGTTGCTCTT TCTCTATCTT CCTCTTGGCT CTGCTGTCC (2) informace o SEQ ID NO: 60 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: nac5 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 60
ATGAGCACAA ATCCTAAACC CCAAAGAAAA ACCAAACGTA ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACCTGTT GCCGCGCAGG GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA GGCTCGCCGG CCCGAGGGCA GGTCCTGGGC TCAGCCCGGG TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAACGAGGGT ATGGGGTGGG CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGCGGCTCCC GGCCTAGTTG GGGCCCCACG GACCCCCGGC GTAGGTCGCG TAATTTGGGT AAGGTCATCG ATACCCTCAC ATGCGGCTTC GCCGACCTCA
120
160
200
240
280
320
360
400
440
480
520
549
120
160
200
240
280
320
360
400
-53CZ 288722 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 61 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: arg2
TGGGGTACAT TCCGCTCGTC
TGCCAGGGCC CTGGCACATG GGCGTGAACT ATGCAACAGG TCTCTATCTT CCTCTTGGCT (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 61
GGCGCCCCCC TAGGGGGCGC440
GTGTCCGGGT TCTGGAGGAC480
GAATTTGCCT GGTTGCTCTT520
CTGCTGTCC549
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA40
ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG80
TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG120
GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG160
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA200
GGCTCGCCAG CCCGAGGGTA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT ATGGGGTGGG280
CAGGGTGGCT CCTGTCCCCC CGCGGCTCCC GGCCTAGTTG320
GGGCCCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG TAATTTGGGT360
AAGGTCATCG ATACCCTCAC ATGCGGCTTC GCCGACCTCA400
TGGGGTACAT TCCGCTCGTC GGCGCCCCCC TAGGGGGCGC440
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAGGAC480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATCTGCCC GGTTGCTCTT520
TCTCTATCTT CCTCTTGGCT TTGCTGTCC549 (2) informace o SEQ ID NO: 62 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA
-54CZ 288722 B6 (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: spi (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 62
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA 40
ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG 80
TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACCTGTT GCCGCGCAGG 120
GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG 160
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA 200
GGCTCGCCGG CCCGAGGGCA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG 240
TATCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT CTGGGGTGGG 280
CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGCGGCTCTC GGCCTAGCTG 320
GGGCCCTACC GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAACTTGGGT 360
AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA 400
TGGGGTACAT TCCGCTCGTC GGCGCCCCCC TTAGGGGCGC 440
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAGGAC 480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATTTGCCC GGTTGCTCTT 520
TCTCTATCTT CCTCTTGGCT TTGCTGTCC 549 (2) informace o SEQ ID NO: 63 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ghl (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 63
-55CZ 288722 B6
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG
GGCTCGCCGG CCCGAGGGCA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT ATGGGGTGGG
CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGTGGTTCTC GGCCTAGTTG GGGCCCCACG GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT AAGATCATCG ATACCCTCAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA TGGGGTACAT TCCGCTCGTC GGCGCCCCCC TAGGGGGCGC TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAGGAC GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATCTGCCC GGTTGCTCCT TTTCTATCTT CCTTCTGGCT TTGCTGTCC (2) informace o SEQ ID NO: 64 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ill5 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 64
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACCTGTT GCCGCGCAGG
120
160
240
280
320
360
400
440
480
520
549
120
-56CZ 288722 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 65
GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA
GGCTCGCCAG CCCGAGGGCA
TACCCCTGGC CCCTCTATGG
CAGGATGGCT CCTGTCACCC
GGGCCCCAAA GACCCCCGGC
AAGGTCATCG ATACCCTCAC
TGGGGTACAT TCCGCTCGTC
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG
GGCGTGAACT ATGCAACAGG
TCTCTATCTT CCTCTTGGCT (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA
CGCGACTAGG AAGACTTCCG160
AGGCGACAAC CTATCCCCAA200
GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG240
CAATGAGGGT ATGGGGTGGG280
CGCGGCTCCC GGCCTAGTTG320
GTAGGTCGCG TAATTTGGGT360
ATGCGGCTTC GCCGACCTCA400
GGCGCCCCCT TAGGGGGCGC440
GCGTCCGGGT TCTGGAGGAC480
GAATCTACCC GGTTGCTCTT520
TTGCTGTCC549 (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ilO (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 65
ATGAGCACAA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAAAGAA 40 ACACTAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG 80 TGGCCAGATC GTTGGCGGAG TATACTTGCT GCCGCGCAGG 120 GGCCCGAGAT TGGGTGTGCG CGCGACGAGG AAAACTTCCG 160 AACGATCCCA GCCACGCGGA AGGCGTCAGC CCATCCCTAA 200 AGATCGTCGC ACCGCTGGCA AGTCCTGGGG AAGGCCAGGA 240 TATCCTTGGC CCCTGTATGG GAATGAGGGT CTCGGCTGGG 280 CAGGGTGGCT CCTGTCCCCC CGTGGCTCTC GCCCTTCATG 320 GGGCCCCACT GACCCCCGGC ATAGATCGCG CAACTTGGGT 360 AAGGTCATCG ATACCCTAAC GTGCGGTTTT GCCGACCTCA 400 TGGGGTACAT TCCCGTCATC GGCGCCCCCG TTGGAGGCGT 440 TGCCAGAGCT CTCGCCCACG GAGTGAGGGT TCTGGAGGAT 480 GGGGTAAATT ATGCAACAGG GAATTTGCCC GGTTGCTCTT 520 TCTCTATCTT TCTCTTAGCC CTCTTGTCT 549
-57CZ 288722 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 66 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 510 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: arg6 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 66
ATGAGCACAA ATCCTCAACC ACACTAACCG CCGCCCACAG TGGTCAGATC GTTGGCGGAG GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG AACGGTCCCA GCCACGTGGG AGATCGGCGC ACCACTGGCA TACCCTTGGC CCCTGTATGG CAGGGTGGCT CCTGTCCCCC GGGCCCCACT GACCCCCGGC AAGGTCATCG ATACCCTAAC TGGGGTACAT TCCCGTCGGT CGCCAGAGCC CTTGCCCATG GGGATAAATT ATGCAACAGG
TCAAAGAAAA ACCAAAAGAA GACGTCAAGT TCCCGGGCGG TATACTTGTT GCCGCGCAGG CGCGACGAGG AAAACTTCCG AGGCGCCAGC CCATCCCCAA AGTCCTGGGG GAAGCCAGGA GAATGAGGGT CTCGGCTGGG CGCGGTTCTC GCCCTTCATG ATAGATCACG CAACTTGGGT GTGTGGTTTT GCCGACCTCA GGTGCCCCCG TTGGTGGTGT GGGTGAGGGT TCTGGAAGAC GAATCTGCCC
120
160
200
240
280
320
360
400
440
480
510 (2) informace o SEQ ID NO: 67 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 29 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 67
CAAACGTAAC ACCAACCGRC GCCCACAGG29 (2) informace o SEQ ID NO: 68 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 24 nukleotidů
-58CZ 288722 B6 (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 68 ACAGAYCCGC AKAGRTCCCC CACG24 (2) informace o SEQ ID NO: 69 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 30 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 69
CGAACCTCGA GGTAGACGTC AGCCTATCCC30 (2) informace o SEQ ID NO: 70 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 30 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 70
GCAACCTCGT GGAAGGCGAC AACCTATCCC30 (2) informace o SEQ ID NO: 71 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 30 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 71
GTCACCAATG ATTGCCCTAA CTCGAGTATT30 (2) informace o SEQ ID NO: 72 (i) charakteristiky sekvence:
-59CZ 288722 B6 (A) délka: 26 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 72
GTCACGAACG ACTGCTCCAA CTCAAG26 (2) informace o SEQ ID NO: 73 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 28 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 73
TGGACATGAT CGCTGGWGCY CACTGGGG28 (2) informace o SEQ ID NO: 74 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 28 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 74
TGGAYATGGT GGYGGGGGCY CACTGGGG28 (2) informace o SEQ ID NO: 75 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 20 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 75
ATGATGAACT GGTCVCCYAC20 (2) informace o SEQ ID NO: 76
-60CZ 288722 B6 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 26 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 76
ACCTTVGCCC AGTTSCCCRC CATGGA26 (2) informace o SEQ ID NO: 77 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 22 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 77
AACCCACTCT ATGYCCGGYC AT22 (2) informace o SEQ ID NO: 78 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 18 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 78
GAATCGCTGG GGTGACCG18 (2) informace o SEQ ID NO: 79 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 28 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 79
CCATGAATCA CTCCCCTGTG AGGAACTA28 (2) informace o SEQ ID NO: 80
-61 CZ 288722 B6 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 18 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 80 TTGCGGGGGC ACGCCCAA18 (2) informace o SEQ ID NO: 81 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 81
YGAAGCGGGC ACAGTCARRC AAGARAGCAG GGC33 (2) informace o SEQ ID NO: 82 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 82
RTARAGCCCY GWGGAGTTGC GCACTTGGTR GGC33 (2) informace o SEQ ID NO: 83 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 83
RATACTCGAG TTAGGGCAAT CATTGGTGAC RTG33
-62CZ 288722 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 84 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 84
AGYRTGCAGG ATGGYATCRK BCGYCTCGTA CAC33 (2) informace o SEQ ID NO: 85 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 85
GTTRCCCTCR CGAACGCAAG GGACRCACCC CGG33 (2) informace o SEQ ID NO: 86 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 86
CGTRGGGGTY AYCGCCACCC AACACCTCGA GRC33 (2) informace o SEQ ID NO: 87 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 87
CGTYGYGGGG AGTTTGCCRT CCCTGGTGGC YAC33
-63CZ 288722 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 88 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 88
CCCGACAAGC AGATCGATGT GACGTCGAAG CTG33 (2) informace o SEQ ID NO: 89 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 89
CCCCACGTAG ARGGCCGARC AGAGRGTGGC GCY33 (2) informace o SEQ ID NO: 90 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 90
YTGRCCGACA AGAAAGACAG ACCCGCAYAR GTC33 (2) informace o SEQ ID NO: 91 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 91
-64CZ 288722 B6
CGTCCAGTGG YGCCTGGGAG AGAAGGTGAA CAG33 (2) informace o SEQ ID NO: 92 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 92
GCCGGGATAG ATRGARCAAT TGCARYCTTG CGT33 (2) informace o SEQ ID NO: 93 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 93
CATATCCCAT GCCATGCGGT GACCCGTTAY ATG33 (2) informace o SEQ ID NO: 94 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 94
YACCAAYGCC GTCGTAGGGG ACCARTTCAT CAT33 (2) informace o SEQ ID NO: 95 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 95
-65CZ 288722 B6
GATGGCTTGT GGGATCCGGA GYASCTGAGC YAY33 (2) informace o SEQ ID NO: 96 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 96
GACTCCCCAG TGRGWCCAG CGATCATRTC CAW33 (2) informace o SEQ ID NO: 97 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 97
CCCCACCATG GAGAAATACG CTATGCCCGC YAG33 (2) inirmace o SEQ ID NO: 98 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 98
TAGYAGCAGY ACTACYARGA CCTTCGCCCA GTT33 (2) informace o SEQ ID NO: 99 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA
-66CZ 288722 B6 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 99
GSTGACGTGR GTKTCYGCGT CRACGCCGGC RAA33 (2) informace o SEQ ID NO: 100 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 100
GGAAGYTGGG ATGGTYARRC ARGASAGCAR AGC33 (2) informace o SEQ ID NO: 101 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 101
GTAYAYYCCG GACRCGTTGC GCACTTCRTA AGC33 (2) informace o SEQ ID NO: 102 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 102
AATRCTTGMG TTGGAGCART CGTTYGTGAC ATG33 (2) informace o SEQ ID NO: 103 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA
-67CZ 288722 B6 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 103
RGYRTGCATG ATCAYGTCCG YYGCCTCATA CAC33 (2) informace o SEQ ID NO: 104 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 104
RTTGTYYTCC CGRACGCARG GCACGCACCC RGG33 (2) informace o SEQ ID NO: 105 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 105
CGTGGGRGTS AGCGCYACCC AGCARCGGGA GSW33 (2) informace o SEQ ID NO: 106 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 106
YGTRGTGGGG AYGCTGKHRT TCCTGGCCGC VAR33 (2) informace o SEQ ID NO: 107 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární
-68CZ 288722 B6 (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 107
CCCRACGAGC AARTCGACRT GRCGTCGTAW TGT33 (2) informace o SEQ ID NO: 108 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 108
YCCCACGTAC ATAGCSGAMS AGARRGYAGC CGY33 (2) informace o SEQ ID NO: 109 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 109
CTGGGAGAYR AGRAAAACAG ATCCGCARAG RTC33 (2) informace o SEQ ID NO: 110 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 110
YGTCTCRTGC CGGCCAGSBG AGAAGGTGAA YAG33 (2) informace o SEQ ID NO: 111 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární
-69CZ 288722 B6 (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 111
GCCGGGATAG AKKGAGCART TGCAK.TCCTG YAC33 (2) informace o SEQ ID NO: 112 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 112
CATATCCCAA GCCATRCGRT GGCCTGAYAC CTG33 (2) informace o SEQ ID NO: 113 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 113
CACTARGGCT GYYGTRGGYG ACCAGTTCAT CAT33 (2) informace o SEQ ID NO: 114 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 114
GACRGCTTGT GGGATCCGGA GTAACTGCGA YAC33 (2) informace o SEQ ID NO: 115 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden
-70CZ 288722 B6 (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 115
GACTCCCCAG TGRGCCCCCG CCACCATRTC CAT33 (2) informace o SEQ ID NO: 116 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 116
SCCCACCATG GAWWAGTAGG CAAGGCCCGC YAG33 (2) informace o SEQ ID NO: 117 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 117
GAGTAGCATC ACAATCAADA CCTTAGCCCA GTT33 (2) informace o SEQ ID NO: 118 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 118
YGWCRYGYRG GTRTKCCCGT CAACGCCGGC AAA33 (2) informace o SEQ ID NO: 119 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina
-71 CZ 288722 B6 (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 119
TCCTCACAGG GGAGTGATTC ATGGTGGAGT GTC33 (2) informace o SEQ ID NO: 120 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 120
ATGGCTAGAC GCTTTCTGCG TGAAGACAGT AGT33 (2) informace o SEQ ID NO: 121 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 121
GCCTGGAGGC TGCACGRCAC TCATACTAAC GCC33 (2) informace o SEQ ID NO: 122 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 122
CGCAGACCAC TATGGCTCTY CCGGGAGGGG GGG33 (2) informace o SEQ ID NO: 123 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů
-72CZ 288722 B6 (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 123
TCRTCCYGGC AATTCCGGTG TACTCACCGG TTC33 (2) informace o SEQ ID NO: 124 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 124
GCATIGAGCG GGTTDATCCA AGAAAGGACC CGG33 (2) informace o SEQ ID NO: 125 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) ty p: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 125
AGCAGTCTYG CGGGGGCACG CCCAARTCTC CAG33 (2) informace o SEQ ID NO: 126 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 126
ACAAGGCCTT TCGCGACCCA ACACTACTCG GCT33 (2) informace o SEQ ID NO: 127 (i) charakteristiky sekvence:
-73CZ 288722 B6 (A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 127
GGGGCACTCG CAAGCACCCT ATCAGGCAGT ACC33 (2) informace o SEQ ID NO: 128 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 128
YGTGCTCATG RTGCACGGTC TACGAGACCT CCC33 (2) informace o SEQ ID NO: 129 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 129
GTTACGTTTG KTTYTTYTTT GRGGTTTRGG AWT33 (2) informace o SEQ ID NO: 130 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 130
CGGGAACTTR ACGTCCTGTG GGCGRCGGTT GGT33 (2) informace o SEQ ID NO: 131
-74CZ 288722 B6 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 131
CARGTAAACT CCACCRACGA TCTGRCCRCC RCC33 (2) informace o SEQ ID NO: 132 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 132
RCGCACACCC AAYCTRGGGC CCCTGCGCGG CAA33 (2) informace o SEQ ID NO: 133 (í) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 133
AGGTTGCGAC CGCTCGGAAG TCTTYCTRGT CGC33 (2) informace o SEQ ID NO: 134 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 134
RCGHRCCTTG GGGATAGGCT GACGTCWACC TCG33 (2) informace o SEQ ID NO: 135
-75CZ 288722 B6 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 135
RCGHRCCTTG GGGATAGGTT GTCGCCWTCC ACG33 (2) informace o SEQ ID NO: 136 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 136
YCCRGGCTGR GCCCAGRYCC TRCCCTCGGR YYG33 (2) informace o SEQ ID NO: 137 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 137
BSHRCCCTCR TTRCCRTAGA GGGGCCADGG RTA33 (2) informace o SEQ ID NO: 138 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 138
GCCRCGGGGW GACAGGAGCC ATCCYGCCCA CCC33
-76CZ 288722 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 139 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 139
CCGGGGGTCY GTGGGGCCCC AYCTAGGCCG RGA33 (2) informace o SEQ ID NO: 140 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 140
ATCGATGACC TTACCCAART TRCGCGACCT RCG33 (2) informace o SEQ ID NO: 141 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 141
CCCCATGAGRTCGGCGAAGC CGCAYGTRAG GGT33 (2) informace o SEQ ID NO: 142 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 142
GCCYCCWARR GGGGCGCCGA CGAGCGGWAT RTA33
-77CZ 288722 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 143 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 143
AACCCGGACR CCRTGYGCCA RGGCCCTGGC AGC33 (2) informace o SEQ ID NO: 144 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 144
RTTCCCTGTT GCATAGTTCA CGCCGTCYTC CAG33 (2) informace o SEQ ID NO: 145 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 145
CARRAGGAAG AKAGAGAAAG AGCAACCRGG MAR33 (2) informace o SEQ ID NO: 146 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 20 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 146
-78CZ 288722 B6
AGGCATAGGA CCCGTGTCTT20 (2) informace o SEQ ID NO: 147 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 20 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 147
CTTCTTTGGA GAAAGTGGTG20
Claims (9)
- PATENTOVÉ NÁROKY1. Nukleová kyselina, mající terapeutické a diagnostické využití, týkající se HCV, obsahující nepřirozeně se vyskytující non-HCV-1 nukleotidovou sekvenci alespoň osmi po sobě následujících nukleotidů z oblasti jádra, vybraná z nukleotidových sekvencí SEQ ID čísla 53 až 66.
- 2. Nukleová kyselina podle nároku 1, kde non-HCV-1 nukleotidové sekvence odpovídají jednomu nebo více genotypům HCV.
- 3. Nukleová kyselina podle nároku 2, ve které uvedená non-HCV-1 nukleotidová sekvence představuje sekvenci prvního genotypu a je vybrána z nukleotidových sekvencí SEQ ID čísla 53 až 57.
- 4. Nukleová kyselina podle kteréhokoliv z nároků 1 až 3, která obsahuje detekovatelné značení.
- 5. Nukleová kyselina podle kteréhokoliv z nároků 1 až 4, kde uvedená non-HCV-1 nukleotidová sekvence je fixována k pevné fázi.
- 6. Kompozice pro terapeutické a diagnostické použití, vyznačující se tím, že tato kompozice zahrnuje nukleovou kyselinu podle kteréhokoliv z nároků 1 až 5.
- 7. Použití nukleové kyseliny podle kteréhokoliv z nároků 1 až 3 jako priméru pro DNA syntézu.
- 8. Způsob tvorby hybridizačního produktu s HCV nukleotidovou sekvencí, in vitro, při kterém se provádějí následující stupně:(a) za podmínek, kdy může být hybridizace využita, se uvede do kontaktu nepřirozeně se vyskytující nukleová kyselina se vzorkem, o kterém se předpokládá, že obsahuje HCV nukleotidovou sekvenci, (b) vytvoří se hybridizační podmínky pro tvorbu hybridizačního produktu za přítomnosti HCV nukleotidové sekvence a-79CZ 288722 B6 (b) detekuje se uvedený hybridizační produkt, vyznačující se tím, že uvedenou nepřirozeně se vyskytující nukleovou kyselinou je nukleová kyselina podle nároku 1.
- 9. Způsob detekce jednoho nebo více genotypů HCV, in vitro, při kterém se provádějí následující stupně:(a) za podmínek, kdy může hybridizace být využita, se uvede do kontaktu nepřirozeně se vyskytující nukleová kyselina se vzorkem, o kterém se předpokládá, že obsahuje HCV nukleotidovou sekvenci, pro kterou se má stanovit genotyp, (b) vytvoří se hybridizační podmínky pro tvorbu hybridizačního produktu za přítomnosti HCV nukleotidové sekvence a (c) detekuje se uvedený hybridizační produkt, který je indikativní pro přítomnost alespoň jednoho stanovovaného genotypu HCV, vyznačující se tím, že uvedenou nepřirozeně se vyskytující nukleovou kyselinou je nukleová kyselina podle nároku 1.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US69732691A | 1991-05-08 | 1991-05-08 | |
| CZ19932377A CZ288720B6 (cs) | 1991-05-08 | 1992-05-08 | Nukleová kyselina, kompozice s jejím obsahem, způsob tvorby hybridizačního produktu a způsob detekce genotypů HCV |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CZ121096A3 CZ121096A3 (en) | 1996-08-14 |
| CZ288722B6 true CZ288722B6 (cs) | 2001-08-15 |
Family
ID=24800701
Family Applications (2)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CZ19932377A CZ288720B6 (cs) | 1991-05-08 | 1992-05-08 | Nukleová kyselina, kompozice s jejím obsahem, způsob tvorby hybridizačního produktu a způsob detekce genotypů HCV |
| CZ19961210A CZ288722B6 (cs) | 1991-05-08 | 1992-05-08 | Nukleová kyselina, kompozice s jejím obsahem, způsob tvorby hybridizačního produktu a způsob detekce genotypů HCV |
Family Applications Before (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CZ19932377A CZ288720B6 (cs) | 1991-05-08 | 1992-05-08 | Nukleová kyselina, kompozice s jejím obsahem, způsob tvorby hybridizačního produktu a způsob detekce genotypů HCV |
Country Status (20)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (2) | EP1394256A3 (cs) |
| JP (7) | JPH06508026A (cs) |
| KR (1) | KR100193801B1 (cs) |
| AT (1) | ATE252154T1 (cs) |
| BG (3) | BG62142B1 (cs) |
| CA (1) | CA2108466C (cs) |
| CZ (2) | CZ288720B6 (cs) |
| DE (1) | DE69233234T2 (cs) |
| DK (1) | DK0585398T3 (cs) |
| ES (1) | ES2207633T3 (cs) |
| FI (1) | FI115725B (cs) |
| HU (1) | HU227548B1 (cs) |
| IE (1) | IE921482A1 (cs) |
| NO (1) | NO309532B1 (cs) |
| PL (2) | PL169880B1 (cs) |
| PT (1) | PT100472B (cs) |
| RO (1) | RO117267B1 (cs) |
| RU (1) | RU2155228C2 (cs) |
| SK (1) | SK284205B6 (cs) |
| WO (1) | WO1992019743A2 (cs) |
Families Citing this family (34)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5428145A (en) * | 1991-08-09 | 1995-06-27 | Immuno Japan, Inc. | Non-A, non-B, hepatitis virus genome, polynucleotides, polypeptides, antigen, antibody and detection systems |
| EP0532167A3 (en) * | 1991-08-09 | 1993-03-31 | Immuno Japan Inc. | Non-a, non-b hepatitis virus genome, polynucleotides, polypeptides, antigen, antibody and detection systems |
| US5427909A (en) * | 1991-09-09 | 1995-06-27 | Immuno Japan Inc. | Oligonucleotides and determination system of HCV genotypes |
| EP0610436B9 (en) | 1991-11-21 | 2003-03-26 | Common Services Agency | Hepatitis-c virus testing |
| US6709828B1 (en) | 1992-03-06 | 2004-03-23 | N.V. Innogenetics S.A. | Process for the determination of peptides corresponding to immunologically important epitopes and their use in a process for determination of antibodies or biotinylated peptides corresponding to immunologically important epitopes, a process for preparing them and compositions containing them |
| US6667387B1 (en) | 1996-09-30 | 2003-12-23 | N.V. Innogenetics S.A. | HCV core peptides |
| CA2136764A1 (en) * | 1992-05-29 | 1993-12-09 | Ronald L. Marshall | Ligase chain reaction starting with rna sequences |
| DK0662157T3 (da) * | 1992-09-10 | 2001-08-27 | Isis Pharmaceuticals Inc | Præparater og fremgangsmåde til behandling af Hepatitis C-virus-associerede sygdomme |
| US6423489B1 (en) * | 1992-09-10 | 2002-07-23 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Compositions and methods for treatment of Hepatitis C virus-associated diseases |
| JPH06153961A (ja) * | 1992-11-27 | 1994-06-03 | Imuno Japan:Kk | Ｃ型肝炎ウイルス部分遺伝子、ならびにｃ型肝炎ウイルス遺 伝子の高感度検出法 |
| CA2128528C (en) * | 1992-11-27 | 2012-02-14 | Geert Maertens | Process for typing of hcv isolates |
| US7258977B1 (en) | 1992-11-27 | 2007-08-21 | Innogenetics N.V. | Process for typing of HCV isolates |
| US7255997B1 (en) | 1993-04-27 | 2007-08-14 | N.V. Innogenetics S.A. | Sequences of hepatitis C virus genotypes and their use as therapeutic and diagnostic agents |
| EP1004670B1 (en) * | 1993-04-27 | 2012-04-11 | Innogenetics N.V. | Sequences of hepatitis C virus genotypes and their use as therapeutic and diagnostic agents |
| JPH0775585A (ja) * | 1993-06-14 | 1995-03-20 | Immuno Japan:Kk | Ｃ型肝炎ウイルス関連オリゴヌクレオチドならびにｃ型肝炎 ウイルス遺伝子型判定方法 |
| US7070790B1 (en) | 1993-06-29 | 2006-07-04 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Nucleotide and deduced amino acid sequences of the envelope 1 and core genes of isolates of hepatitis C virus and the use of reagents derived from these sequences in diagnostic methods and vaccines |
| US5882852A (en) * | 1993-06-29 | 1999-03-16 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services | Hepatitic C virus (HCV) core gene nucleotide sequences and related methods of detecting major and minor genotypes of HCV isolates |
| US5514539A (en) * | 1993-06-29 | 1996-05-07 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Nucleotide and deduced amino acid sequences of the envelope 1 gene of 51 isolates of hepatitis C virus and the use of reagents derived from these sequences in diagnostic methods and vaccines |
| AU8003894A (en) * | 1993-10-29 | 1995-05-22 | Srl Inc. | Antigen peptide compound and immunoassay method |
| JPH10503364A (ja) * | 1994-05-10 | 1998-03-31 | ザ ジェネラル ホスピタル コーポレーション | Ｃ型肝炎ウイルスのアンチセンス阻害 |
| WO1996013590A2 (en) | 1994-10-21 | 1996-05-09 | Innogenetics N.V. | New sequences of hepatitis c virus genotypes and their use as prophylactic, therapeutic and diagnostic agents |
| US5851759A (en) * | 1996-04-19 | 1998-12-22 | Chiron Corporation | Heteroduplex tracking assay (HTA) for genotyping HCV |
| IT1284847B1 (it) * | 1996-06-07 | 1998-05-22 | Sorin Biomedica Diagnostics Sp | Procedimento per la rivelazione di acidi nucleici specifici di hcv |
| EP1029084A2 (de) * | 1997-11-04 | 2000-08-23 | Roche Diagnostics GmbH | Spezifisches und sensitives nukleinsäurenachweisverfahren |
| US6680059B2 (en) | 2000-08-29 | 2004-01-20 | Tripep Ab | Vaccines containing ribavirin and methods of use thereof |
| RU2286172C2 (ru) | 2000-08-17 | 2006-10-27 | Трипеп Аб | Вакцины, содержащие рибавирин, и способы их использования |
| CA2419418A1 (en) | 2000-08-17 | 2002-02-21 | Tripep Ab | Vaccines containing ribavirin and methods of use thereof |
| US7022830B2 (en) | 2000-08-17 | 2006-04-04 | Tripep Ab | Hepatitis C virus codon optimized non-structural NS3/4A fusion gene |
| US6586584B2 (en) | 2001-01-29 | 2003-07-01 | Becton, Dickinson And Company | Sequences and methods for detection of Hepatitis C virus |
| US7196183B2 (en) | 2001-08-31 | 2007-03-27 | Innogenetics N.V. | Hepatitis C virus genotype, and its use as prophylactic, therapeutic and diagnostic agent |
| ES2596753T3 (es) | 2003-08-29 | 2017-01-11 | Fujirebio Europe N.V. | Nuevo clado del virus de la hepatitis C y secuencias prototipo del mismo |
| US7473773B2 (en) | 2004-01-07 | 2009-01-06 | Third Wave Technologies, Inc. | Determination of hepatitis C virus genotype |
| KR100733186B1 (ko) * | 2005-05-31 | 2007-06-27 | 재단법인 목암생명공학연구소 | Ｈｃｖ 유전자에 특이적인 작은 간섭 ｒｎａ 및 그를유효성분으로 포함하는 ｃ형 간염 치료제 |
| WO2009022236A2 (en) | 2007-08-16 | 2009-02-19 | Tripep Ab | Immunogen platform |
Family Cites Families (9)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| UA42668C2 (uk) * | 1987-11-18 | 2001-11-15 | Чірон Корпорейшн | Поліпептид, що має антигенні властивості вірусу гепатиту с (hcv) (варіанти), діагностичний реагент для виявлення антитіл до вірусу гепатиту с (варіанти), набір для виявлення антитіл до вірусу гепатиту с (варіанти), спосіб виявлення антитіл до вірусу гепатиту с (варіанти) |
| SU1645302A1 (ru) * | 1989-01-05 | 1991-04-30 | Московский Научно-Исследовательский Институт Педиатрии И Детской Хирургии Минздрава Рсфср | Способ дифференциальной индикации вирусспецифических нуклеотидных последовательностей вируса герпеса простого типа 1 и 2. |
| HU225068B1 (en) * | 1989-03-17 | 2006-05-29 | Chiron Corp | Process for producing diagnostics and vaccine of nanbh |
| CA2032381C (en) * | 1989-12-18 | 2006-02-21 | Peter E. Highfield | Viral agent |
| WO1991014779A1 (en) * | 1990-03-28 | 1991-10-03 | Mitsui Toatsu Chemicals, Incorporated | Diagnostic for hepatitis virus |
| KR100217483B1 (ko) * | 1990-04-06 | 1999-09-01 | 프랭크 쿵 | C형 간염 바이러스 에피토프 |
| EP0464287A1 (en) * | 1990-06-25 | 1992-01-08 | The Research Foundation for Microbial Diseases of Osaka University | Non-A, non-B hepatitis virus genomic cDNA and antigen polypeptide |
| CA2045326A1 (en) * | 1990-06-25 | 1991-12-26 | Hiroto Okayama | Non-a, non-b, hepatitis virus particles |
| EP0510952A1 (en) * | 1991-04-26 | 1992-10-28 | Immuno Japan Inc. | Oligonucleotide primers and their application for high-fidelity detection of non-a, non-b hepatitis virus |
-
1992
- 1992-05-08 CZ CZ19932377A patent/CZ288720B6/cs not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 CA CA002108466A patent/CA2108466C/en not_active Expired - Lifetime
- 1992-05-08 RU RU93058449/13A patent/RU2155228C2/ru active
- 1992-05-08 PL PL92301282A patent/PL169880B1/pl unknown
- 1992-05-08 JP JP4512055A patent/JPH06508026A/ja not_active Withdrawn
- 1992-05-08 AT AT92913881T patent/ATE252154T1/de not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 WO PCT/US1992/004036 patent/WO1992019743A2/en not_active Application Discontinuation
- 1992-05-08 KR KR1019930703367A patent/KR100193801B1/ko not_active Expired - Lifetime
- 1992-05-08 CZ CZ19961210A patent/CZ288722B6/cs not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 SK SK1232-93A patent/SK284205B6/sk not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 PT PT100472A patent/PT100472B/pt not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 HU HU9303166A patent/HU227548B1/hu unknown
- 1992-05-08 DE DE69233234T patent/DE69233234T2/de not_active Revoked
- 1992-05-08 PL PL92312096A patent/PL170151B1/pl unknown
- 1992-05-08 ES ES92913881T patent/ES2207633T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1992-05-08 EP EP03013389A patent/EP1394256A3/en not_active Withdrawn
- 1992-05-08 DK DK92913881T patent/DK0585398T3/da active
- 1992-05-08 RO RO93-01493A patent/RO117267B1/ro unknown
- 1992-05-08 EP EP92913881A patent/EP0585398B1/en not_active Revoked
- 1992-07-01 IE IE148292A patent/IE921482A1/en not_active IP Right Cessation
-
1993
- 1993-11-05 NO NO934019A patent/NO309532B1/no not_active IP Right Cessation
- 1993-11-05 BG BG98200A patent/BG62142B1/bg unknown
- 1993-11-05 BG BG101876A patent/BG64627B1/bg unknown
- 1993-11-08 FI FI934937A patent/FI115725B/fi not_active IP Right Cessation
-
1997
- 1997-09-04 BG BG101876A patent/BG101876A/xx unknown
-
2002
- 2002-05-10 JP JP2002134999A patent/JP2003009892A/ja not_active Withdrawn
- 2002-05-10 JP JP2002134997A patent/JP2003009891A/ja not_active Withdrawn
- 2002-05-10 JP JP2002134998A patent/JP2003024090A/ja not_active Withdrawn
- 2002-05-10 JP JP2002135000A patent/JP2003009893A/ja not_active Withdrawn
-
2004
- 2004-06-04 JP JP2004167859A patent/JP2004290204A/ja not_active Withdrawn
-
2008
- 2008-03-05 JP JP2008055639A patent/JP2008178416A/ja active Pending
Also Published As
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| KR100193801B1 (ko) | 진단 및 치료용 c형 간염 바이러스(hcv) 게놈서열 | |
| US6214583B1 (en) | HCV genomic sequences for diagnostics and therapeutics | |
| RU2148587C1 (ru) | Полипептид и способ его получения, реагент для иммуноанализа, способ определения присутствия антител и способ индукции иммунного ответа | |
| EP0804584B2 (en) | Sequences of hepatitis c virus genotype 7 and their use as prophylactic, therapeutic and diagnostic agents | |
| IE83867B1 (en) | HCV genomic sequences for diagnostics and therapeutics | |
| PT95329B (pt) | Novos isolados de hcv | |
| JPH10503642A (ja) | Ｇ型肝炎ウイルスおよびその分子クローニング | |
| US5563032A (en) | Mosaic polypeptide and methods for detecting the hepatitis E virus |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PD00 | Pending as of 2000-06-30 in czech republic | ||
| MK4A | Patent expired |
Effective date: 20120508 |