CZ288720B6 - Nukleová kyselina, kompozice s jejím obsahem, způsob tvorby hybridizačního produktu a způsob detekce genotypů HCV - Google Patents
Nukleová kyselina, kompozice s jejím obsahem, způsob tvorby hybridizačního produktu a způsob detekce genotypů HCV Download PDFInfo
- Publication number
- CZ288720B6 CZ288720B6 CZ19932377A CZ237793A CZ288720B6 CZ 288720 B6 CZ288720 B6 CZ 288720B6 CZ 19932377 A CZ19932377 A CZ 19932377A CZ 237793 A CZ237793 A CZ 237793A CZ 288720 B6 CZ288720 B6 CZ 288720B6
- Authority
- CZ
- Czechia
- Prior art keywords
- nucleic acid
- seq
- hcv
- type
- dna
- Prior art date
Links
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims abstract description 276
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims abstract description 268
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims abstract description 268
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 title claims abstract description 38
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 26
- 239000000203 mixture Substances 0.000 title claims abstract description 23
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title abstract description 15
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 claims abstract description 8
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 178
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 178
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 14
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 claims description 4
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 claims description 3
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 claims description 2
- 241000700605 Viruses Species 0.000 abstract description 6
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 abstract description 5
- 239000002253 acid Substances 0.000 abstract description 4
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 abstract description 4
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 abstract description 4
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 abstract description 2
- 241000711549 Hepacivirus C Species 0.000 abstract 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 abstract 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 164
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 73
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 46
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 35
- 239000000047 product Substances 0.000 description 24
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 description 23
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 22
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 22
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 21
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 19
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 19
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 19
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 18
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 18
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- 229920001184 polypeptide Chemical group 0.000 description 14
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 11
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 10
- -1 filters Substances 0.000 description 10
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 9
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 9
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 9
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 9
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 9
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 9
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 8
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 8
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 8
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 8
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 8
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 7
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 7
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 7
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 7
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 7
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 7
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 7
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 7
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 7
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 7
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 7
- 101100282617 Bovine herpesvirus 1.1 (strain Cooper) gC gene Proteins 0.000 description 6
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 102000019197 Superoxide Dismutase Human genes 0.000 description 6
- 108010012715 Superoxide dismutase Proteins 0.000 description 6
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 5
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 5
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 5
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 5
- 238000011161 development Methods 0.000 description 5
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 5
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 5
- 239000001488 sodium phosphate Substances 0.000 description 5
- 229910000162 sodium phosphate Inorganic materials 0.000 description 5
- RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K trisodium phosphate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]P([O-])([O-])=O RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 5
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 4
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N Dihydrogen disulfide Chemical compound SS BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 241000700721 Hepatitis B virus Species 0.000 description 4
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 4
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000004480 active ingredient Substances 0.000 description 4
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 4
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 4
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 4
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 4
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 4
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 4
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 4
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 4
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 4
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 4
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 4
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 4
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 4
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 4
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 4
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 4
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 4
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 4
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N Acetic anhydride Chemical compound CC(=O)OC(C)=O WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 3
- 108010076039 Polyproteins Proteins 0.000 description 3
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 101710172711 Structural protein Proteins 0.000 description 3
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 3
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 3
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 3
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 3
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 3
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 3
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 3
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 3
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 3
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 3
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 3
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 3
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 3
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 3
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 3
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 3
- 238000001668 nucleic acid synthesis Methods 0.000 description 3
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 3
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 3
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 3
- 239000000829 suppository Substances 0.000 description 3
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 3
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 3
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 3
- QMXCRMQIVATQMR-UHFFFAOYSA-N (2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 3-pyridin-2-ylsulfanylpropanoate Chemical compound O=C1CCC(=O)N1OC(=O)CCSC1=CC=CC=N1 QMXCRMQIVATQMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- TVZRAEYQIKYCPH-UHFFFAOYSA-N 3-(trimethylsilyl)propane-1-sulfonic acid Chemical compound C[Si](C)(C)CCCS(O)(=O)=O TVZRAEYQIKYCPH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 2
- 101150026173 ARG2 gene Proteins 0.000 description 2
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 2
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 2
- QUSNBJAOOMFDIB-UHFFFAOYSA-N Ethylamine Chemical compound CCN QUSNBJAOOMFDIB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010019791 Hepatitis post transfusion Diseases 0.000 description 2
- 241000709721 Hepatovirus A Species 0.000 description 2
- 241000701044 Human gammaherpesvirus 4 Species 0.000 description 2
- 101100005166 Hypocrea virens cpa1 gene Proteins 0.000 description 2
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA) Chemical compound CCN(C(C)C)C(C)C JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100039019 Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1 Human genes 0.000 description 2
- 108010058846 Ovalbumin Proteins 0.000 description 2
- NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N Piperidine Chemical compound C1CCNCC1 NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101100404032 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) arg6 gene Proteins 0.000 description 2
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 2
- DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N Trifluoroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(F)(F)F DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010067390 Viral Proteins Proteins 0.000 description 2
- 101100379634 Xenopus laevis arg2-b gene Proteins 0.000 description 2
- NWMHDZMRVUOQGL-CZEIJOLGSA-N almurtide Chemical compound OC(=O)CC[C@H](C(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)CO[C@@H]([C@H](O)[C@H](O)CO)[C@@H](NC(C)=O)C=O NWMHDZMRVUOQGL-CZEIJOLGSA-N 0.000 description 2
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 description 2
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 2
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 2
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 2
- 239000010836 blood and blood product Substances 0.000 description 2
- 229940125691 blood product Drugs 0.000 description 2
- 239000013043 chemical agent Substances 0.000 description 2
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 2
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 2
- 125000000151 cysteine group Chemical group N[C@@H](CS)C(=O)* 0.000 description 2
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 2
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 2
- 208000029570 hepatitis D virus infection Diseases 0.000 description 2
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 2
- NPZTUJOABDZTLV-UHFFFAOYSA-N hydroxybenzotriazole Substances O=C1C=CC=C2NNN=C12 NPZTUJOABDZTLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 2
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 2
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 2
- HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L magnesium stearate Chemical compound [Mg+2].CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O.CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 2
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 2
- 229940092253 ovalbumin Drugs 0.000 description 2
- 239000000376 reactant Substances 0.000 description 2
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 2
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 2
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 2
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 2
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 2
- KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N succinimide Chemical compound O=C1CCC(=O)N1 KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JJAHTWIKCUJRDK-UHFFFAOYSA-N succinimidyl 4-(N-maleimidomethyl)cyclohexane-1-carboxylate Chemical compound C1CC(CN2C(C=CC2=O)=O)CCC1C(=O)ON1C(=O)CCC1=O JJAHTWIKCUJRDK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000003568 thioethers Chemical class 0.000 description 2
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 2
- DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N β‐Mercaptoethanol Chemical compound OCCS DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N (6E,10E,14E,18E)-2,6,10,15,19,23-hexamethyltetracosa-2,6,10,14,18,22-hexaene Chemical compound CC(C)=CCCC(C)=CCCC(C)=CCCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)C YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150084750 1 gene Proteins 0.000 description 1
- ASOKPJOREAFHNY-UHFFFAOYSA-N 1-Hydroxybenzotriazole Chemical compound C1=CC=C2N(O)N=NC2=C1 ASOKPJOREAFHNY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WOJKKJKETHYEAC-UHFFFAOYSA-N 6-Maleimidocaproic acid Chemical compound OC(=O)CCCCCN1C(=O)C=CC1=O WOJKKJKETHYEAC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 108010088751 Albumins Proteins 0.000 description 1
- 102000009027 Albumins Human genes 0.000 description 1
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N Alpha-Lactose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N 0.000 description 1
- 102100030356 Arginase-2, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 241000972773 Aulopiformes Species 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 102100026189 Beta-galactosidase Human genes 0.000 description 1
- 101150111062 C gene Proteins 0.000 description 1
- 101100121600 Caenorhabditis elegans gcy-33 gene Proteins 0.000 description 1
- 108010039939 Cell Wall Skeleton Proteins 0.000 description 1
- 241000744472 Cinna Species 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 241000699802 Cricetulus griseus Species 0.000 description 1
- 241000701022 Cytomegalovirus Species 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N D-Mannitol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100027723 Endogenous retrovirus group K member 6 Rec protein Human genes 0.000 description 1
- 101710091045 Envelope protein Proteins 0.000 description 1
- 241000710831 Flavivirus Species 0.000 description 1
- 102000020897 Formins Human genes 0.000 description 1
- 108091022623 Formins Proteins 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- ZRALSGWEFCBTJO-UHFFFAOYSA-N Guanidine Chemical class NC(N)=N ZRALSGWEFCBTJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000005176 Hepatitis C Diseases 0.000 description 1
- 208000005331 Hepatitis D Diseases 0.000 description 1
- 206010019799 Hepatitis viral Diseases 0.000 description 1
- 101000792835 Homo sapiens Arginase-2, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101150062179 II gene Proteins 0.000 description 1
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 1
- FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N L-Phenylalanyl-L-lysin Natural products NCCCCC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N Lactose Natural products OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)C(O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N 0.000 description 1
- 206010067125 Liver injury Diseases 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 229930195725 Mannitol Natural products 0.000 description 1
- 108700015872 N-acetyl-nor-muramyl-L-alanyl-D-isoglutamine Proteins 0.000 description 1
- 108700020354 N-acetylmuramyl-threonyl-isoglutamine Proteins 0.000 description 1
- 108090001074 Nucleocapsid Proteins Proteins 0.000 description 1
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 1
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 1
- 102000004316 Oxidoreductases Human genes 0.000 description 1
- 108090000854 Oxidoreductases Proteins 0.000 description 1
- 238000009004 PCR Kit Methods 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 241000282579 Pan Species 0.000 description 1
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- FADYJNXDPBKVCA-STQMWFEESA-N Phe-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 FADYJNXDPBKVCA-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- 239000004698 Polyethylene Substances 0.000 description 1
- 108010020346 Polyglutamic Acid Proteins 0.000 description 1
- 108010039918 Polylysine Proteins 0.000 description 1
- 239000004743 Polypropylene Substances 0.000 description 1
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 1
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 1
- 101710188315 Protein X Proteins 0.000 description 1
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 241000702670 Rotavirus Species 0.000 description 1
- WINXNKPZLFISPD-UHFFFAOYSA-M Saccharin sodium Chemical compound [Na+].C1=CC=C2C(=O)[N-]S(=O)(=O)C2=C1 WINXNKPZLFISPD-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 229920002684 Sepharose Polymers 0.000 description 1
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920002472 Starch Polymers 0.000 description 1
- BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N Tetramethylsqualene Natural products CC(=C)C(C)CCC(=C)C(C)CCC(C)=CCCC=C(C)CCC(C)C(=C)CCC(C)C(C)=C BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000009843 Thyroglobulin Human genes 0.000 description 1
- 108010034949 Thyroglobulin Proteins 0.000 description 1
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 1
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000000996 additive effect Effects 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 description 1
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 description 1
- WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K aluminium hydroxide Chemical compound [OH-].[OH-].[OH-].[Al+3] WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 230000002238 attenuated effect Effects 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N beta-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 1
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 1
- 230000001588 bifunctional effect Effects 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 1
- KDPAWGWELVVRCH-UHFFFAOYSA-N bromoacetic acid Chemical compound OC(=O)CBr KDPAWGWELVVRCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 244000309464 bull Species 0.000 description 1
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 1
- 210000004520 cell wall skeleton Anatomy 0.000 description 1
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 1
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 239000012050 conventional carrier Substances 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 229920001577 copolymer Polymers 0.000 description 1
- 239000007822 coupling agent Substances 0.000 description 1
- NZNMSOFKMUBTKW-UHFFFAOYSA-N cyclohexanecarboxylic acid Chemical compound OC(=O)C1CCCCC1 NZNMSOFKMUBTKW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 239000002274 desiccant Substances 0.000 description 1
- 230000001627 detrimental effect Effects 0.000 description 1
- 239000008121 dextrose Substances 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- FFYPMLJYZAEMQB-UHFFFAOYSA-N diethyl pyrocarbonate Chemical compound CCOC(=O)OC(=O)OCC FFYPMLJYZAEMQB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- ZWIBGKZDAWNIFC-UHFFFAOYSA-N disuccinimidyl suberate Chemical compound O=C1CCC(=O)N1OC(=O)CCCCCCC(=O)ON1C(=O)CCC1=O ZWIBGKZDAWNIFC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N dodecahydrosqualene Natural products CC(C)CCCC(C)CCCC(C)CCCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)C PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 239000003995 emulsifying agent Substances 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 238000011049 filling Methods 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 238000005194 fractionation Methods 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 1
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 1
- 108060003552 hemocyanin Proteins 0.000 description 1
- 231100000234 hepatic damage Toxicity 0.000 description 1
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 description 1
- 208000010710 hepatitis C virus infection Diseases 0.000 description 1
- 230000005745 host immune response Effects 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 1
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 1
- 230000000984 immunochemical effect Effects 0.000 description 1
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 1
- 239000000677 immunologic agent Substances 0.000 description 1
- 229940124541 immunological agent Drugs 0.000 description 1
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- JDNTWHVOXJZDSN-UHFFFAOYSA-N iodoacetic acid Chemical compound OC(=O)CI JDNTWHVOXJZDSN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000005304 joining Methods 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 239000006193 liquid solution Substances 0.000 description 1
- 239000006194 liquid suspension Substances 0.000 description 1
- 230000008818 liver damage Effects 0.000 description 1
- 208000019423 liver disease Diseases 0.000 description 1
- 239000000891 luminescent agent Substances 0.000 description 1
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 1
- ZLNQQNXFFQJAID-UHFFFAOYSA-L magnesium carbonate Chemical compound [Mg+2].[O-]C([O-])=O ZLNQQNXFFQJAID-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000001095 magnesium carbonate Substances 0.000 description 1
- 229910000021 magnesium carbonate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000019359 magnesium stearate Nutrition 0.000 description 1
- 239000000594 mannitol Substances 0.000 description 1
- 235000010355 mannitol Nutrition 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- JMUHBNWAORSSBD-WKYWBUFDSA-N mifamurtide Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)OC[C@@H](OC(=O)CCCCCCCCCCCCCCC)COP(O)(=O)OCCNC(=O)[C@H](C)NC(=O)CC[C@H](C(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](C)O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)OC(O)[C@@H]1NC(C)=O JMUHBNWAORSSBD-WKYWBUFDSA-N 0.000 description 1
- 229960005225 mifamurtide Drugs 0.000 description 1
- 108700007621 mifamurtide Proteins 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 229940035032 monophosphoryl lipid a Drugs 0.000 description 1
- 210000004897 n-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 238000006386 neutralization reaction Methods 0.000 description 1
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 1
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 1
- 239000006179 pH buffering agent Substances 0.000 description 1
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 1
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 1
- 229920001515 polyalkylene glycol Polymers 0.000 description 1
- 229920000573 polyethylene Polymers 0.000 description 1
- 229920002643 polyglutamic acid Polymers 0.000 description 1
- 229920000656 polylysine Polymers 0.000 description 1
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 235000010482 polyoxyethylene sorbitan monooleate Nutrition 0.000 description 1
- 229920001155 polypropylene Polymers 0.000 description 1
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 1
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 1
- 229920000136 polysorbate Polymers 0.000 description 1
- 229920000053 polysorbate 80 Polymers 0.000 description 1
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 1
- 230000003449 preventive effect Effects 0.000 description 1
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 1
- 235000019833 protease Nutrition 0.000 description 1
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 1
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 235000019515 salmon Nutrition 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 1
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000000638 solvent extraction Methods 0.000 description 1
- 238000000527 sonication Methods 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 229940031439 squalene Drugs 0.000 description 1
- TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N squalene Natural products CC(=CCCC(=CCCC(=CCCC=C(/C)CCC=C(/C)CC=C(C)C)C)C)C TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000008107 starch Substances 0.000 description 1
- 235000019698 starch Nutrition 0.000 description 1
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 1
- 229960002317 succinimide Drugs 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 238000010189 synthetic method Methods 0.000 description 1
- 229960000814 tetanus toxoid Drugs 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 125000003396 thiol group Chemical group [H]S* 0.000 description 1
- 229960002175 thyroglobulin Drugs 0.000 description 1
- XETCRXVKJHBPMK-MJSODCSWSA-N trehalose 6,6'-dimycolate Chemical compound C([C@@H]1[C@H]([C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](COC(=O)C(CCCCCCCCCCC3C(C3)CCCCCCCCCCCCCCCCCC)C(O)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC)O2)O)O1)O)OC(=O)C(C(O)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC)CCCCCCCCCCC1CC1CCCCCCCCCCCCCCCCCC XETCRXVKJHBPMK-MJSODCSWSA-N 0.000 description 1
- 150000003626 triacylglycerols Chemical class 0.000 description 1
- 201000001862 viral hepatitis Diseases 0.000 description 1
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 1
- 238000009736 wetting Methods 0.000 description 1
- 239000000080 wetting agent Substances 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
- A61K38/04—Peptides having up to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
- A61K38/08—Peptides having 5 to 11 amino acids
- A61K38/09—Luteinising hormone-releasing hormone [LHRH], i.e. Gonadotropin-releasing hormone [GnRH]; Related peptides
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
- A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- A61K38/162—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from virus
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
- A61P31/20—Antivirals for DNA viruses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
- C12Q1/706—Specific hybridization probes for hepatitis
- C12Q1/707—Specific hybridization probes for hepatitis non-A, non-B Hepatitis, excluding hepatitis D
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/24011—Flaviviridae
- C12N2770/24211—Hepacivirus, e.g. hepatitis C virus, hepatitis G virus
- C12N2770/24222—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Virology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Oncology (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Reproductive Health (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Endocrinology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
Abstract
eÜ se nukleov kyseliny, kter maj terapeutick a diagnostick vyu it , t²kaj c se HCV, kompozice na jejich b zi, zp soby tvorby hybridiza n ch produkt s t mito kyselinami a zp soby detekce infekce virov hepatitidy C (HCV), d° ve ozna ovan jako non A non B krv p°enosn virov hepatitida (NANBV).\
Description
Oblast techniky
Vynález se týká nukleové kyseliny, která má terapeutické a diagnostické využití, týkající se HCV, kompozic na její bázi, způsobu tvorby hybridizačního produktu a způsobů detekce infekce virové hepatitidy C (HCV), dříve označované jako non A non B krví přenosná virová hepatitida (NANBV). Přesněji se vynález týká využití vlastností kompozic a metod pro detekci HCV a pro vývoj vakcín pro profýlaktickou léčbu infekcí HCV a vývoj protilátkových produktů pro navození pasivní imunity vůči HCV.
Dosavadní stav techniky
Prototypový izolát HCV byl charakterizován vEPO publikaci č. 318216. Používaný výraz „HCV“ zde zahrnuje nové izoláty, stejného virového druhu.
HCV je přenosná choroba odlišná od jiných forem viry způsobených jatemích chorob, včetně těch, které způsobují známé viry hepatitidy, tj. hepatitida A virus (HAV), hepatitida B virus (HBV) a delta hepatitida virus (HDV), jakož i hepatitidy způsobené cytomegalovirem (CNV) nebo virem Epstein-Barrové (EBV). HCV byl poprvé identifikován u jednotlivců, kteří obdrželi krevní transfuzi.
Požadavky pro senzitivitu, specifické metody pro screening a identifikaci nosičů HCV a HCV kontaminované krve nebo krevních produktů jsou podstatné. Posttransfuzní hepatitida (PTH) se vyskytuje u přibližně 10 % transformovaných pacientů a HCV se přičítá více než 90 % těchto případů. Nemoc často prograduje do chronického jatemího poškození (25 až 55 %).
Péče o pacienta jakož i prevence přenosu HCV krví nebo krevními produkty nebo těsným osobním kontaktem, vyžaduje spolehlivý screening, diagnostické a prognostické prostředky pro detekci nukleových kyselin, antigenů a protilátek, týkajících se HCV.
Informace v této přihlášce napovídají, že HCV má několik genotypů. To znamená, že genetická informace HCV viru nemusí být zcela identická pro všechny HCV, ale obsahuje skupiny s různou genetickou informací.
Genetická informace je uchovávána v závitových molekulách DNA a RNA. DNA se sestává z kovalentně navázaných řetězců deoxyribonukleotidů a RNA se sestává z kovalentně navázaných řetězců ribonukleotidů. Každý nukleotid je charakterizován jednou ze čtyř bází: adenin (A), guanin (G), thymin (T) a cytosin (C). Báze jsou komplementární v tom smyslu, že podle orientace funkčních skupin se určité páry bází přitahují a vážou jedna na druhou vodíkovými můstky a interakcemi π-vrstev. Adenin v jednom řetězci DNA se páruje s thyminem v protilehlém komplementárním řetězci. Guanin v jednom řetězci DNA se páruje scytosinem v protilehlém komplementárním řetězci, v RNA je thyminová báze nahrazena uracilem (U), který se páruje s adeninem v protilehlém komplementárním řetězci. Genetický kód živoucích organismů je nesen v sekvenci párů bází. Živé organismy interpretují, transkribují a transplantují informaci nukleových kyselin k vytvoření proteinů a peptidů.
HCV genom je obsažen vjednom pozitivním řetězci RNA. HCV genom má pokračování, translaci obsahující čtecí rámeček (ORF), který kóduje polyprotein o asi 3000 aminokyselinách. V ORF se strukturální protein(y) zdají být kódovány v přibližně první čtvrtině N-koncové oblasti, s převahou polyproteinů odpovědných za nestrukturální proteiny.
-1 CZ 288720 B6
HCV-polyprotein obsahuje, od aminokonce po karboxykonec, nukleokapsidový protein (C), obalový protein (E) a nestrukturální proteiny (NS) 1, 2 (b), 3,4 (b) a 5.
HCV odlišných genotypů mohou kódovat proteiny, které dávají změněnou odpověď imunitního systému hostitele. Může být obtížné detegovat HCV odlišných genotypů imunodiagnostickými technikami, které nejsou specifické pro tento genotyp.
Definice vybraných termínů použitých v přihlášce, jsou dále uvedeny pro usnadnění pochopení vynálezu. Termín „korespondující“ znamená homologní nebo komplementární k části sekvence nukleové kyseliny. Tak mezi nukleovými kyselinami a peptidy označuje - korespondující aminokyseliny peptidu tak, aby byly odvozeny ze sekvencí nukleových kyselin nebo jejich komplementu.
Termín „nepřirozeně se vyskytující nukleová kyselina“ označuje část genomové nukleové kyseliny, cDNA, semisyntetickou nukleovou kyselinu nebo nukleovou kyselinu syntetického původu, která v důsledku svého původu nebo zpracování: 1) není spojena s celou nukleovou kyselinou, se kterou je spojena v případě, 2) je navázána na nukleovou kyselinu nebo jiné chemické agens odlišné od toho, na které je vázána v přírodě, nebo 3) v přírodě se nevyskytuje.
Podobný termín „nepřirozeně se vyskytující peptid“ označuje část velkého, v přírodě se nevyskytujícího peptidu nebo proteinu, nebo semisyntetického nebo syntetického peptidu, která díky svému původu nebo zpracování: 1) není spojena s celým peptidem, se kterým je spojena v přírodě, 2) je navázána na peptid, funkční skupinou nebo chemické agens jiné, než na které je navázán v přírodě, nebo 3) v přírodě se nevyskytuje.
Výraz „primer“ označuje nukleovou kyselinu, která je schopna iniciace syntézy větší nukleové kyseliny, je-li umístěna do vhodných podmínek. Primer bude plně nebo částečně komplementární k oblasti nukleové kyseliny, která má být kopírována. Tak za podmínek vedoucích k hybridizaci bude primer anelovat komplementární oblast větší nukleové kyseliny. Při přidání vhodných reaktantů je primer prodloužen polymeračním činidlem pro vytvoření kopie větší nukleové kyseliny.
Výraz „vazebné páry“ označuje jakýkoliv pár molekul, který vykazuje vzájemnou afinitu nebo vazebnou kapacitu. Pro účely předložené přihlášky označuje výraz „ligand“ jednu molekulu vazebného páru a termín „antiligand“ nebo „receptor“ nebo „cíl“ bude označovat opačnou molekulu vazebného páru. Například u nukleových kyselin může vazebný pár zahrnovat dvě komplementární nukleové kyseliny. Jedna nukleová kyselina může být označena jako ligand a druhý řetězec je označen jako antiligandový receptor nebo cíl. Označení ligand nebo antiligand je věcí dohodnuté konvence. Jiný vazebný pár obsahuje například antigen a protilátku, léčiva a místa pro léčiva a enzym a enzymový substrát, které jsou zde uvedeny jako příklady.
Výraz „značení“ označuje molekulovou skupinu schopnou detekce, která zahrnuje, ale není tím omezena, radioaktivní izotopy, enzymy, luminiscenční činidla, srážecí činidla a barviva.
Výraz „nosič“ zahrnuje konvenční nosiče jako jsou filtry, membrány jakož i znovuzískatelné nosiče, které mohou být částečně rozpuštěny v médiu a odstraněny nebo odděleny z média imobilizací, filtrací, rozdělením a pod.
Výraz „nosné prostředky“ označuje nosiče schopné spojeni s nukleovými kyselinami, peptidy nebo protilátkami prostřednictvím vazebných partnerů nebo kovalentními nebo nekovalentními vazbami.
Bylo identifikováno mnoho HCV kmenů a izolátů. Při srovnání se sekvenci originálního izolátu, získaného z USA („HCV-l“, viz Q. L. Choo a spol. (1989) Science 244:359-362, Q.L. Choo a spol. (1990) Brit. Med. Bull, 46:423^441, Q.L. Choo a spol., Proč. Nati. Acad. Sci. 88:2451
-2CZ 288720 B6
2455 (1991) a EP-patentová publikace č. 318216 citovaný výše) bylo zjištěno, že japonský izolát („HCV JI“) se významně lišil ve dvou nukleotidových a polypeptidových sekvencích uvnitř oblasti NS3 a NS4. Tento závěr byl dále rozšířen na NSS a obalové (E 1/S a E2/NS1) oblasti (viz K. Takeuchi a spol., J. Gen: Virol. (1990) 11:302 7-3033, Y. Kubo, Nucl.Acids. Res. (1989) 17:10367-10372 a k. Takeuchi a spol., Gene (1990) 9 1:287-291). První skupina izolátů, originálně identifikovaná v USA, je nazvána „genotyp I“ podle uvedeného vysvětlení a pozdější skupiny izolátů, prvně identifikovaná v Japonsku, je nazvána „genotyp II“.
Podstata vynálezu
Předložený vynález poskytuje nukleovou skupinu, mající terapeutické a diagnostické využití, týkající se HCV, obsahující nepřirozeně se vyskytující non-HCV-1 nukleotidovou sekvenci alespoň osmi po sobě následujících nukleotidů z 5'UT oblasti, která je vybraná z nukleotidových sekvencí SEQ ID čísla 34 a 39 a 41 až 51.
Výhodně je nukleová kyselina podle vynálezu taková, že non-HCV-1 nukleotidové sekvence odpovídající jednomu nebo více genotypům HCV.
V7hodně je nukleová kyselina podle vynálezu taková, ve které uvedená non-HCV-1 nukleotidová sekvence představuje sekvenci prvního genotypu a je vybrána z nukleotidových sekvencí SEQ ID čísla 34 až 38.
Nukleová kyselina podle vynálezu výhodně obsahuje detegovatelné značení.
Nukleová kyselina podle vynálezu je dále výhodně taková, ve které uvedená non-HCV-1 nukleotidová sekvence je fixována k pevné fázi.
Dále je předmětem vynálezu kompozice pro terapeutické a diagnostické použití, která obsahuje nukleovou kyselinu, obsahující nepřirozeně se vyskytující non-HCV-1 nukleotidovou sekvenci alespoň osmi po sobě následujících nukleotidů z 5'UT oblasti, která je vybraná z nukleotidových sekvencí SEQ ID čísla 34 až 39 a 41 až 51.
Dále je předmětem vynálezu použití nukleové kyseliny podle kteréhokoliv z nároků 1 až 3 jako priméru pro DNA syntézu.
Dále je předmětem vynálezu způsob tvorby hybridizačního produktu s HCV nukleotidovou sekvencí, in vitro, při kterém se provádějí následující stupně: (a) za podmínek, kdy může být hybridizace využita, se uvede do kontaktu nepřirozeně se vyskytující nukleová kyselina se vzorkem, o kterém se předpokládá, že obsahuje HCV nukleotidovou sekvenci, (b) vytvoří se hybridizační podmínky pro tvorbu hybridizačního produktu za přítomnosti HCV nukleotidové sekvence a (c) detekuje se uvedený hybridizační produkt, přičemž uvedenou nepřirozeně se vyskytující nukleovou kyselinu je nukleová kyselina, obsahující nepřirozeně se vyskytující non-HCV-1 nukleotidovou sekvenci alespoň osmi po sobě následujících nukleotidů z 5'UT oblasti, která je vybraná z nukleotidových sekvencí SEQ ID čísla 34 až 39 a 41 až 51.
Předmětem vynálezu je také i způsob detekce jednoho nebo více genotypů HCV, in vitro, při kterém se provádějí následující stupně: (a) za podmínek, kdy může hybridizace být využita, se uvede do kontaktu nepřirozeně se vyskytující nukleová kyselina se vzorkem, o kterém se předpokládá, že obsahuje HCV nukleotidovou sekvenci, pro kterou se má stanovit genotyp, (b) vytvoří se hybridizační podmínky pro tvorbu hybridizačního produktu za přítomnosti HCV nukleotidové sekvence a (c) detekuje se uvedený hybridizační produkt, kteiý je indikativní pro přítomnost alespoň jednoho stanovovaného genotypu HCV, přičemž uvedenou nepřirozeně se vyskytující nukleovou kyselinou je nukleová kyselina, obsahující nepřirozeně se vyskytující
-3CZ 288720 B6 non-HCV-1 nukleotidovou sekvenci alespoň osmi po sobě následujících nukleotidů z 5'UT oblasti, která je vybrána z nukleotidových sekvencí SEQ ID čísla 34 až 39 a 41 a 51.
Nukleová kyselina podle předloženého vynálezu, odpovídající HCV virovému genomu, který definuje různé genotypy, má využití jako sonda ve zkouškách hybridizace nukleových kyselin, jako vazebný partner pro separaci HCV virové nukleové kyseliny z jiných složek, které mohou být přítomny a jako pozitivní nukleová kyselina pro zabránění transkripce nebo translace virové nukleové kyseliny.
Kompozice podle předloženého vynálezu tvoří hybridizační produkty s nukleovou kyselinou, odpovídající různým genotypům HCV.
HCV má nejméně pět genotypů, které budou v této přihlášce označeny GI-GV. První genotyp, GI, je doložen příkladem sekvencí, označených 1-6, 23-25, 33-38 a 52-57. Druhý genotyp, GII, je doložen příkladem sekvencí, označených 7-12, 26-28, 39-45 a 58-64. Třetí genotyp GIII je doložen příkladem sekvencí označených 13-17, 32, 46-47 a 65-66. Čtvrtý genotyp GIV, je doložen příkladem sekvencí označených 20-22 a 29-31 a 48-49. Pátý genotyp, GV, je doložen příkladem sekvencí, označených 18, 19, 50 a 51.
Možným provedením vynálezu je nukleová kyselina, obsahující sekvenci, která odpovídá jedné nebo více sekvencím, jejichž příkladem je genotyp HCV, nebo kompozice na její bázi.
Tvorba hybridizačního produktu má použití pro detekci přítomnosti jednoho nebo více genotypů HCV. Vznik tohoto hybridizačního produktu se zjišťuje oddělením tohoto hybridizačního od značené, nepřirozeně se vyskytující nukleové kyseliny, která nevytvořila hybridizační produkt.
Tvorba hybridizačního produktu má využití jako prostředek pro separaci jednoho nebo více genotypů HCV nukleové kyseliny od jiných složek, které mohou být potenciálně přítomny. Pro takové aplikace je výhodné spojit nepřirozeně se vyskytující nukleovou kyselinu s nosiče, aby se výsledný hybridizační produkt mohl oddělit.
Při „sendvičových testech“ na nukleové kyseliny se pracuje s jednou nukleovou kyselinou, spojenou se značením, a s druhou nukleovou kyselinou, spojenou s nosičem. Konkrétní možné provedení tohoto testu podle vynálezu využívá dvou nukleových kyselin, které mají obě sekvence, odpovídající non-HCV-1 HCV nukleové kyselině. Alespoň jedna z těchto nukleových kyselin je při tom schopna se spojit se značením a druhá je schopna se spojit s nosičem. Pro separaci hybridizačních produktů, které obsahují nějakou HCV nukleovou kyselinu a zmíněnou první nepřirozeně se vyskytující nukleovou kyselinu, obsahující non-HCV-l-sekvenci, se pak používá druhá nepřirozeně se vyskytující nukleová kyselina, která je spojena s nosičem.
Při detekci podle vynálezu je nepřirozeně se vyskytující nukleová kyselina podle vynálezu schopna vytvářet hybridizační produkt s nukleovou kyselinou jednou nebo více genotypů HCV. První genotyp, GI, je doložen příkladem sekvencí, označených 1-6, 23-25, 33-38 a 52-57. Druhý genotyp GII, je doložen příkladem sekvencí, označených 7-12, 26-28, 39-45 a 58-64. Třetí genotyp GIII je doložen příkladem sekvencí označených 13-17, 32, 46-47 a 65-66. Čtvrtý genotyp GIV, je doložen příkladem sekvencí označených 20-22 a 29-31 a 48-49. Pátý genotyp, GV, je doložen příkladem sekvencí, označených 18,19,50 a 51.
Hybridizační produkt HCV nukleové kyseliny s nepřirozeně se vyskytující nukleovou kyselinou, mající non-HCV-1 sekvenci, odpovídající sekvencím v HCV genomu, je využitelný pro první reakci v syntéze nukleových kyselin.
Hybridizační produkt HCV nukleové kyseliny s nepřirozeně se vyskytující nukleovou kyselinou, mající sekvenci, odpovídající určitému genotypu HCV, je využitelný pro první reakci v syntéze nukleové kyseliny tohoto genotypu.
-4CZ 288720 B6
Syntéza nukleové kyseliny může také umožňovat klonování nukleové kyseliny do expresních vektorů, které syntetizují virové proteiny.
Předkládané metody mají i použití v opačném smyslu (dále „anti-sense“) pro zabránění transkripce nebo translace virové nukleové kyseliny. Tvorba hybridizačního produktu nepřirozeně se vyskytující nukleové kyseliny, která má sekvence, která odpovídají určitému genotypu HCV genomové sekvence, s HCV nukleovou kyselinou, může blokovat translaci nebo transkripci takového genotypu. Terapeutické prostředky a kompozice se mohou připravit tak, aby zahrnovaly všech pět genotypů.
Přirozeně se nevyskytující peptidy podle vynálezu jsou užitečné jako účinné složky vakcíny. Informace o sekvenci, dodaná vynálezem, umožňuje přípravu vakcín, které účinkují pro všechny genotypy HCV. Řízení vakcíny proti určitému typu umožňuje preventivní podávání s cílem maximalizovat ochrannou účinnost prostředků, se kterými se počítá. Řízení vakcíny proti více než jednomu genotypu umožňuje větší rozsah její účinnosti.
Peptidové kompozice jsou také použitelné pro přípravu specifických protilátek proti HCV proteinům. Podle jednoho zmožných provedení kompozice podle předloženého vynálezu obsahuje protilátku proti peptidům, odpovídajícím non-HCV-1 sekvenci HCV genomu.
Protilátky proti peptidům, které reflektují určitý genotyp, jsou také využitelné pro detekci těchto genotypů HCV a jako léčiva.
Protilátka proti peptidu, odpovídající určité nukleové kyselině, může mít sekvence určitého genotypu. Příklady těchto genotypů jsou uvedeny podle čísel sekvencí. První genotyp, GI, je doložen příkladem sekvencí, označených 1-6, 23-25, 33-38 a 52-57. Druhý genotyp, GII, je doložen příkladem sekvencí, označených 7-12, 26-28, 39-45 a 58-64. Třetí genotyp GIII je doložen příkladem sekvencí označených 13-17, 32, 46-48 a 65-66. Čtvrtý genotyp GIV, je doložen příkladem sekvencí označených 20-22 a 29-31 a 48—49. Pátý genotyp, GV, je doložen příkladem sekvencí, označených 18, 19, 50 a 51.
Odborníkům v oboru bude zřejmé, že kompozice podle vynálezu mohou být baleny s instrukcemi pro použití ve formě souprav pro hybridizaci nukleových kyselin nebo pro imunochemické reakce.
Vynález je dále popsán následujícími obrázky, které znázorňují sekvence, ilustrující genotypy HCV. Sekvence jsou číslovány 1 až 145, přičemž číslování odpovídá přiloženému „Seznamu sekvencí“. Sekvence 146 až 147 umožňují posoudit testování shodnosti číslování a shodnosti sekvencí se „Seznamem sekvencí“.
Popis obrázků na připojených výkresech
Obr. 1 představuje schematicky uspořádání genů HCV:
Obr. 2 představuje sekvence nukleových kyselin, číslované 1 až 22, které jsou získány zNS5 regionu HCV virového genomu, obr. 3 představuje sekvence nukleové kyseliny číslované 23 až 32, které jsou odvozeny od obalového 1 regionu HCV virového genomu, obr. 4 představuje sekvence nukleové kyseliny číslované 33 až 51, které jsou odvozeny od 5'UT regionu HCV virového genomu a
-5CZ 288720 B6 obr. 5 představuje sekvence nukleové kyseliny číslované 52 až 66, odvozené od jádrového regionu HCV virového genomu.
Seznam sekvencí zahrnuje sekvence číslované 1 až 147.
Předložený vynález bude detailněji popsán jako nukleová kyselina, mající sekvence, odpovídající HCV genomu a jí se týkajících peptidů a vazebných partnerů, pro diagnostické a terapeutické aplikace.
Provedení předkládaného vynálezu využívá, pokud není uvedeno jinak, konvenčních technik chemie, molekulární biologie, mikrobiologie, rekombinantní DNA a imunologie, které jsou známo v oboru. Takové techniky jsou plně vysvětleny v literatuře. Viz: např. Maniatis, Fitsch and Sambrook, Molecular Cloning; A Laboratory Manual (1982); DNA Cloning Vol. I a II (D.N. Clover vyd. 1985), Oligohucleotide Synthesi (M. J. Gait vyd., 1984), Nuckleic Acid Hybridization (B.D. Hames a S.J. Higgins vyd., 1984), série, Methos in Enzymology (Academie Press, lne.), zejména Vol. 154 a Vol. 155 (Wu a Grossman, vyd.).
cDNA knihovny jsou odvozeny ze sekvencí nukleové kyseliny přítomné v plasmě HCVinfikovaných šimpanzů. Vytvoření těchto knihoven, konstrukce jedné z nich, „c“ knihovna (ATCC č. 40394), je popsáno v PCT pub. č. WO90/14436. Sekvence knihovny relevantní k předkládanému vynálezu jsou zde uvedeny pod sekvencemi číslo 1, 23, 33 a 52.
Nukleové kyseliny izolované nebo syntetizované v souladu s rysy předkládaného vynálezu jsou využitelné například, ale neznamená to omezení, jako sondy, primery, „anti-sense“ geny a pro vývoj expresních systémů pro syntézu peptidů, odpovídajících takovým sekvencím.
Popsané sekvence nukleové kyseliny definují genotypy HCV s ohledem na čtyři oblasti virového genomu. Obr. 1 znázorňuje schematicky uspořádání HCV. Čtyři jednotlivé regiony jsou NS5 region, obalový 1 region, 5'UT region a jaderný region.
Sekvencemi danými v předložené přihlášce jsou sekvence označené 1 až 22, potvrzujícími alespoň pět genotypů v NS5 regionu. Sekvence, označené 1 až 22 jsou zobrazeny na obr. 2 jakož i v seznamu sekvencí. Každá ze sekvencí, označených 1 až 22 je odvozena z nukleové kyseliny, mající 340 nukleotidů z NS5 regionu.
Pět genotypů je definováno seskupením sekvencí definovaných sekvencemi číslovanými 1 až 22. Podle dohody budou v této přihlášce různé genotypy označovány římskými číslicemi a písmenem „G“.
První genotyp (GI) je exemplifikován sekvencemi v sekvencích číslovaných 1 až 6. Druhý genotyp (GII) je exemplifikován v sekvencích číslovaných 7 až 12. Třetí genotyp (GIII) je exemplifikován sekvencemi v sekvencích číslovaných 13 až 17. Čtvrtý genotyp (GIV) je exemplifikován sekvencemi v sekvencích číslovaných 20 až 22. Pátý genotyp (GV) je exemplifikován sekvencemi v sekvencích číslovaných 18 a 19.
Sekvence uvedené v předpokládané přihlášce jako sekvence číslované 23 až 32 napovídající o alespoň čtyřech genotypech v obalovém 1 regionu HCV. Sekvence označené 23 až 32 jsou znázorněny na obr. 3 jakož i v seznamu sekvencí. Každá ze sekvencí číslovaných 23 až 32 je odvozena od nukleové kyseliny, mající 100 nukleotidů z obalového 1 regionu.
První skupina obalového 1 genotypu (GI) je exemplifikována sekvencemi ze sekvencí číslovaných 23 až 25. Druhý obalový 1 genotypový (GII) region je exemplikován sekvencemi ze sekvencí označených 26 až 28. Třetí obalový 1 genotyp (GIII) je doložen příkladem sekvencí ze sekvencí označených 32. Čtvrtý obalový 1 genotyp (GIV) je doložen příklady sekvencí ze sekvencí označených 29 až 31.
-6CZ 288720 B6
Sekvence uvedené v předkládaném vynálezu jako sekvence označené 33 až 51 vypovídají o alespoň třech genotypech v 5'UT oblasti HCV. Sekvence označené 33 až 51 jsou zobrazeny v obr. 4 jakož i v seznamu sekvencí. Každá sekvence označená 33 až 51 je odvozena z nukleové kyseliny, mající 252 nukleotidů z 5'UT oblasti, i když sekvence 50 až 51 jsou o něco kratší přibližně 180 nukleotidů.
První 5'UT genotyp (GI) je doložen sekvencemi ze sekvencí označených 33 až 38. Druhý genotyp (GII) je doložen sekvencemi ze sekvencí označených 39 až 45. Třetí 5'UT genotyp (GIII) je doložen sekvencemi ze sekvencí označených 46 až 47. Čtvrtý 5'UT genotyp je doložen sekvencemi ze sekvencí označených 48 a 49. Pátý 5'UT genotyp (GV) je doložen sekvencemi ze sekvencí označených 50 až 51.
Sekvence označené 48 až 62 vypovídají o alespoň třech jaderných genotypech v oblasti HCV. Sekvence označené 52 až 66 jsou znázorněny na obr. 5 jakož jsou i uvedeny v seznamu sekvencí.
První genotyp jaderné oblasti (GI) je exemplifikován sekvencemi ze sekvencí, označených 52 až 57. Druhý genotyp jaderné oblasti (GI) je exemplifikován sekvencemi ze sekvencí označených 58 až 64. Třetí genotyp jaderné oblasti (GIII) je doložen sekvencemi ze sekvencí označených 65 až 66. Sekvence 52 až 65 jsou složeny z 549 nukleotidů. Sekvence 66 je složena z 510 nukleotidů.
Různé genotypy popsané s ohledem na každou oblast, jsou shodné. Tak HCV, mající vlastnosti prvního genotypu s ohledem na oblast NS5, bude důsledně vyhovovat vlastnostem prvního genotypu v obalovém 1 regionu, 5'UT regionu a jaderném regionu.
Nukleové kyseliny izolované nebo syntetizované v souladu se sekvencemi danými v sekvencích 1 až 66, jsou vhodné jako primery, záchytné ligandy a „anti-sense“ agens. Jako proby, primery, záchytné ligandy nebo anti-sense agens, bude nukleová kyselina normálně zahrnovat přibližně osm nebo více nukleotidů pro specifiku i pro schopnost formace stabilních hybridizačních produktů.
Sondy (proby)
Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu se sekvencí, definující jednotlivý genotyp oblasti HCV genomu, může být využita jako sonda pro detekci takového genotypu, nebo užita v kombinaci s jinými sondami znukleových kyselin k detekci v podstatě všech genotypů HCV.
Pomocí informací o sekvencích uvedených v tomto popise, jsou identifikovány sekvence osmi nebo více nukleotidů, které poskytují požadovanou vlastnost a výlučnost vzhledem k různým genotypům v HCV a nepatřičným sekvencím nukleových kyselin, vznikajících pravděpodobně během hybridizačních podmínek.
Odborníkům bude zřejmé, že sekvence nukleové kyseliny mohou být - při jejich využití jako sond - opatřeny značením pro usnadnění detekce hybridizačních produktů.
Záchytné ligandy
Pro použití jako záchytný ligand mohou nukleové kyseliny vybrané způsobem popsaným výše u sond, snadno asociovat s nosičem. Způsob, kterým je nukleová kyselina asociována s nosiči je dobře znám. Nukleová kyselina, mající sekvenci, odpovídající sekvenci ze sekvencí označených 1 až 66, je využitelná k separaci virové nukleové kyseliny jednoho genotypu z nukleové kyseliny HCV různých genotypů. Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu se
-7CZ 288720 B6 sekvencemi ze sekvencí, označených 1 až 66, použitá v kombinacích, má schopnost vychytat v podstatě všechnu nukleovou kyselinu všech HCV genotypů.
Primeiy
Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu se sekvencemi zde popsanými, je využitelná jako primer pro amplifikaci HCV sekvencí. S ohledem na techniky polymerázové řetězové reakce (PCR), sekvence nukleové kyseliny o osmi nebo více nukleotidech, odpovídající jedné nebo více sekvencím ze sekvencí, označených 1 až 66 mají využití ve spojení se vhodnými enzymy a činidly, pro vytvoření kopií virové nukleové kyseliny. Pro vytvoření kopií virové nukleové kyseliny takových genotypů může být použito mnoho příměrů, majících různé sekvence, odpovídající více než jednomu genotypu.
Kopie mohou být použity v diagnostických zkouškách detekce HCV viru. Kopie mohou být také zabudovány do vektorů pro klonování a expresi pro získání polypeptidů, odpovídajících nukleové kyseliny syntetizované pomocí PCR, jak bude dále podrobněji popsáno.
Anti-sense
Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu se sekvencemi, které jsou zde popsány, má využitelnost jako „anti-sense“- geny pro prevenci exprese HCV.
Nukleová kyselina, odpovídající genotypu HCV je vložena do vhodného nosiče jako je liposom pro zavedení do buňky infikované HCV. Nukleová kyselina, mající osm nebo více nukleotidů je schopna vazby k virové nukleové kyselině nebo virové messenger-RNA. Výhodně je anti-sense nukleová kyselina tvořena 30 nebo více nukleotidy pro poskytnutí nezbytné stability hybridizačního produktu virové nukleové kyseliny nebo virové messenger-kyseliny. Způsoby vložení anti-sense nukleové kyseliny jsou v oboru známé - např. US patent 4241046 vydaný 23. prosince 1980. Papahadjopoulos a spol.
Syntéza peptidů
Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu s výše popsanými sekvencemi je vhodná pro generování peptidů. Sekvence exemplifíkované sekvencemi číslovanými 1 až 32 a 52 až 66 mohou být klonovány do vhodných vektorů nebo použity pro izolaci nukleové kyseliny. Izolovaná nukleová kyselina se spojí se vhodnými DNA linkery a klonují se do vhodného vektoru. Vektor může být použit pro transformaci vhodného hostitelského organismu jako je E. coli a peptid, kódovaný sekvencemi může být izolován.
Techniky molekulového klonování jsou popsány v textu Moleculac Cloning: A Laboratory Manual, Maniatis a spol., Coldspring harbor laboratory (1982).
Izolovaný peptid má použití jako antigenní substance pro přípravu vakcín a protilátek řízených k jednotlivému genotypu HCV.
Vakcíny a protilátky
Peptidové materiály podle předloženého vynálezu mají použití při vývoji protilátek a vakcín.
Dostupnost cDNA sekvencí nebo nukleotidových sekvencí z nich získaných (zahrnujících segmenty a modifikaci sekvence), umožňuje konstrukci expresních vektorů, kódujících antigenně aktivní oblasti peptidů kódovaného v jednom ze dvou řetězců. Antigenně aktivní regiony mohou být odvozeny z NS5 regionu, obalované 1 regionu a jaderného regionu.
-8CZ 288720 B6
Fragmenty kódující požadované peptidy jsou získány zcDNA klonů za použití běžných restrikčních štěpení nebo syntetickými metodami a jsou ligovány do vektorů, které mohou, například, obsahovat části fúzních sekvencí jako je beta-galaktosidása nebo superoxid-dismutása (SOD), výhodně SOD. Způsoby a vektory, které jsou vhodné pro přípravu polypeptidů, které obsahují fusní sekvence SOD jsou popsány v evropské patentové publikaci číslo 0196056, publikace 1. října 1986.
Jakákoliv požadovaná část HCV cDNA, obsahující otevřený čtecí rámeček, vjednom nebo druhém negativním DNA řetězci, může být získána jako rekombinantní peptid, jako je zralý nebo fúzní protein; alternativně, peptid kódovaný v cDNA může být získán chemickými syntézami.
DNA kódující požadovaný peptid, ať ve fúzované nebo zralé formě a ať obsahující nebo neobsahující signální sekvenci pro umožnění sekrece, může být ligován do vektorů pro expresi, vhodných pro jakéhokoliv obvyklého hostitele. Jak eukaryotické tak prokaryotické hostitelské systémy se v současnosti používají při tvorbě rekombinantních peptidů. Peptid se potom izoluje z lyžovaných buněk nebo z kultivačního média a čistí se podle toho, jak to vyžaduje jeho zamýšlené použití. Čištění může být prováděno technikami známými v oboru, například diferenciální extrakcí, solnou frakcionací, chromatografií, a podobně. Viz např. Methods in Enzymology for a variety of methods for purifying proteins. Takové peptidy mohou být použity jako diagnostika, nebo ty, které poskytují zvýšení neutralizace protilátek, mohou být formulovány do vakcín. Protilátky zvýšené proti těmto peptidům mohou být také použity jako diagnostika, nebo pro pasivní imunoterapii nebo pro izolaci nebo pro izolaci a identifikaci HCV.
Antigenní region peptidu je obecně relativně malý - typicky 8 až 10 aminokyselin nebo méně. Tak malé fragmenty jako 5 aminokyselin mohou charakterizovat antigenní region. Tyto segmenty mohou odpovídat NS5 regionu, obalovému 1 regionu a jádrovému regionu HCV genomu. 5'UT region není ještě známo translatovat. V souladu s tím, použitím cDNA takových regionů, DNA kódující krátké segmenty HCV peptidů, odpovídajících takovým regionům, mohou být rekombinantně exprimovány buď jako fúzní proteiny, nebo jako izolované peptidy. Dále krátké aminokyselinové sekvence mohou být obvykle získány chemickou syntézou. V případech, kde syntetizovaný peptid je správně konfigurován, takže poskytuje správný epitop, aleje příliš malý, aby byl imunogenní, může být peptid připojen ke vhodnému nosiči.
Pro získání takového spojení je známo mnoho technik v oboru, zahrnujících tvorbu disulfidového spojení za použití N-sukcinimidyl-3-(2-pyridylthio)propionátu (SPDP) a sukcinimidyl-4-(Nmaleimido-methyl)cyklohexan-l-karboxylátu (SMCC), získaného od Pierce Company, Rockford, Illinois (jestliže peptidu chybí sulfhydrylová skupina, může tato být poskytnuta přídavkem cysteinového zbytku). Tato činidla vytvářejí disulfidové spojení mezi sebou a peptidovými cysteinovými zbytky na jednom proteinu a amidové spojení přes epsilon-amino na lysinu, nebo jiné volné aminoskupině jinde. Je známo mnoho činidel, tvořících disulfid/amid. Viz například Immun Rev. (1982) 62:185. Jiná bifunkční kopulační činidla tvoří thioether spíše než disulfidové spojení. Mnoho z těchto thioether tvořících činidel je komerčně dostupných a zahrnuje reaktivní estery kyseliny 6-maleimidokapronové, 2-bromoctové, 2-jodoctové, 4-N-maleimido-methyl)cyklohexan-l-karboxylové a podobně. Karboxylové skupiny mohou být aktivovány kombinací se sukcinimidem nebo sodnou solí kyseliny l-hydroxyl-2-nitro-4sulfonové. Další metodou kopulace antigenů využívají systém rotavirus/“vazebný peptid“ popsaný vEPO pub. č. 259149, který je zde uváděn jako odkaz. Předcházející seznam není míněn jako omezující a zcela zřejmě mohou být použity modifikace uvedených sloučenin.
Může být použit jakýkoliv nosič, který sám neindukuje produkci protilátek, které jsou škodlivé hostiteli. Vhodnými nosiči jsou typicky velké, pomalu metabolizující makromolekuly jako jsou proteiny; polysacharidy jako je latexem fimkcionalizovaná Sepharose, agaroza, celulóza, celulózové perličky a podobně; polymemí aminokyseliny jako je polyglutamová kyselina, polylysin a podobně; aminokyselinové kopolymery a inaktivní virové částice. Zvláště vhodnými proteinovými substráty jsou sérové albuminy, „klíčovou dírkou procházející“ hemocyanin,
-9CZ 288720 B6 imunoglobulinové molekuly, thyroglobulin, ovalbumin, tetanové toxoid a jiné proteiny dobře známé v oboru odborníkům.
Peptidy, obsahující HCV aminokyselinové sekvence, kódující alespoň jeden virový epitop získaný zNS5, obalové 1 a jaderné oblasti, jsou vhodné jako imunologická činidla. 5'UT region, pokud je známo, nebyl translatován. Například, peptidy, obsahující takové zkrácené sekvence, mohou být použity jako činidla v imunozkouškách. Tyto peptidy jsou také kandidáty podjednotek antigenů v přípravcích pro přípravu antiséra nebo vakcín. I když zkrácené sekvence mohou být produkovány mnoha různými známými zpracováními nativního virového proteinu, je obecně preferováno připravení syntetických nebo rekombinantních peptidů, obsahujících HCV sekvence. Peptidy, obsahující tyto zkrácené sekvence mohou být připraveny z celých HCV sekvencí (jeden nebo více epitopů, buď sousedících nebo nesousedících), nebo HCV sekvencí a heterologních sekvencí ve fúzním proteinu. Vhodné heterologní sekvence zahrnují sekvence, které poskytují sekreci u rekombinantního hostitele, zvyšují imunologickou reaktivitu HCV epitopu(ů), nebo usnadňují kopulaci polypeptidu na podklad pro imunozkoušku nebo vakcínový nosič. Viz např. EPO pub. č. 116201, US patent č. 4722840, EPO pub. č. 259149, US patent č. 4629783.
Velikost peptidů, obsahujících zeslabené HCV sekvence se může měnit v širokém rozsahu s tím, že minimální velikost sekvence je velikost dostačující pro poskytnutí HCV epitopu, přičemž maximální velikost není podstatná. Obvykle není maximální velikost podstatně větší než velikost požadovaná pro poskytnutí žádoucího HCV epitopu a funkce(í) heterologní sekvence, jsou-li nějaké. Typicky budou mít zkrácené HCV aminokyselinové sekvence délku v rozmezí od asi 5 do asi 100 aminokyselin. Typičtěji bude HCV aminokyselinová sekvence mít maximální délku asi 50 aminokyselin, výhodně maximálně asi 30 aminokyselin. Je obvykle žádoucí zvolit HCV sekvence o alespoň asi 10, 12 nebo 15 aminokyselinách, až do maxima asi 20 nebo 25 aminokyselin.
HCV aminokyselinové sekvence, obsahující epitopy, mohou být identifikovány mnoha způsoby. Například celá proteinová sekvence, odpovídající každému zNS5, obalovému 1 a jadernému regionu, může být screenována přípravou série krátkých peptidů, které spolu překlenují celou proteinovou sekvenci takových regionů. Jestliže se vychází například z peptidů o přibližně 100 aminokyselinách, mělo by být rutinou testovat každý peptid na přítomnost epitopu(ů), vykazujících požadovanou reaktivitu a potom postupně testovat menší a přesahující fragmenty z identifikovaných peptidů o 100 aminokyselinách pro zmapování epitopu, který je středem zájmu. Screening takových peptidů v imunozkoušce je odborníkovi zřejmý. Rovněž je známé provádění počítačové analýzy proteinové sekvence pro identifikaci potenciálních epitopů a potom příprava peptidů, obsahujících identifikované regiony pro screening.
Imunogenicita epitopů HCV může být také zvýšena jejich přípravou v savčích nebo kvasinkových systémech fúzovaných nebo uspořádaných s proteiny tvořícími částice jako jsou například ty, které jsou spojeny s povrchovým antigenem hepatitidy B. Viz. např. US 4722840. Konstrukty, kde HCV epitop je připojen přímo k sekvencím kódujícím protein, tvořící částice, produkující hybridy, které jsou imunogenní vzhledem k HCV epitopu. Dále všechny připravené vektory zahrnují epitopy specifické k HBV, mající různé stupně imunogenicity, jako je například pre-S peptid. Částice Konstruované z proteinu, tvořícího částice, které zahrnují HCV sekvence, jsou imunogenní vzhledem k HCV a HBV.
Povrchový antigen hepatitidy (HBSAg) byl vytvořen a uspořádán do částic vS. cesevisiae (P. Valenzuala a spol., (1982)) jakož i například, savčích buněk (P. Valenzuella a spol, 1984)). Tvorba takových částic byla shledána jako zvyšující imunogenicitu monomerové podjednotky. Konstrukty mohou také obsahovat imunodominantní epitop HBSAg, obsahující 55 aminokyselin z prepovrchové oblasti (pre-S). Neurath a spol. (1984). Konstrukty pre-S-HBSAg částice expriminující v kvasince jsou popsány v EPO 174444, publikované 19. března 1986; hybridy, obsahující heterologní virové sekvence pro kvasinkovou expresi jsou popsány v EPO 175261,
-10CZ 288720 B6 publikované 26. března 1966. Tyto konstrukty mohou být také exprimovány v savčích buňkách jako jsou buňky vaječníků čínského křečka (CHO) za použití vektoru SV40-dihydrofolát reduktása (Michelle a spol. (1984)).
Dále, části sekvence kódující částice tvořící protein mohou být nahrazeny kodony, kódujícími HCV epitop. V tomto nahrazení regiony, které nejsou vyžadovány pro zprostředkování agregace jednotek pro tvorbu imunogenních částic v kvasinkách savců mohou být vypuštěny. Takto se eliminují další HBV antigenní místa z soupeření s HCV epitopem.
Vakcíny
Vakcíny mohou být připraveny z jednoho nebo více imunogenních peptidů získaných z HCV. Pozorovaná homologie mezi HCV a Flaviviry poskytuje informaci o peptidech, které jsou pravděpodobně nejůčinnější jako vakcíny, jakož i regiony genomu, ve kterém jsou kódovány.
Multivalentní vakcíny proti HCV mohou obsahovat jeden nebo více epitopů z jednoho nebo více proteinů získaných zNS5, obalového 1 a jádrového regionu. V7hodně jsou vakcíny zamýšleny tak, že obsahují jeden nebo více HCV proteinů nebo podjednotek antigenů získaných zNS5, obalového 1 a jádrového regionu. 5'UT region, pokud je známo, nebyl translatován.
Příprava vakcín, které obsahují imunogenní peptid jako aktivní složku, je známá odborníkům v oboru. Typicky se takové vakcíny připraví jako injektovatelné přípravky, buď jako kapalné roztoky nebo suspenze; pevné formy vhodné pro rozpuštění nebo suspendaci v kapalině pro přípravu injekce, mohou být rovněž připraveny. Přípravky mohou být také emulgovány nebo protein může být enkapsulován v liposomech. Aktivní imunogenní ingredience se často smísí s přísadami, které jsou farmaceuticky přijatelné a kompatibilní s aktivní složkou. Vhodnými přísadami jsou například voda, salinický roztok, dextróza, glycerol, ethanol a podobně a jejich kombinace. Dále, je-li to žádoucí, může vakcína obsahovat malá množství pomocných látek jako jsou smáčecí nebo emulgační činidla, pH pufrující činidla a/nebo přísady, které zvyšují účinnost vakcíny. Příklady přísad, které mohou být účinné zahrnují, ale nejsou na ně omezeny: hydroxid hlinitý, N-acetyl-muramyl-L-theronyl-D-isoglutamin (thr-MDP), N-acetyl-nor-muramyl-Lalanyl-D-isoglutamin (CGP 11637, označený jako nor-MDP), N-acetylmuramyl-L-alanyl-Disoglutaminyl-L-alanin-2-(l-2-dipaImitoyl-sn-glycero-3-hydroxyfosforyloxy)-ethylamin (CGP 19835A, označený jako MTP-PE) a RIBI, který obsahuje tři složky extrahované z bakterií, monofosforyl lipid A, trehalose dimykolát a skelet buněčné stěny (MPL+TDM+CWS) ve 2% squalen/Tween 80 emulzi. Účinnost přísady může být stanovena měřením množství protilátek řízených proti imunogennímu peptidu, obsahující HCV antigenní sekvenci, vzniklých z podání takového peptidu ve vakcínách, které také obsahují různé přísady.
Vakcíny se obvykle podávají parenterálně, injekcemi, například buď subkutánně nebo intramuskulámě. Další přípravky, které jsou vhodné pro jiný způsob podání zahrnují čípky a v některých případech, orální přípravky. Pro čípky mohou být použity tradiční pojivá a nosiče, například polyalkylenglykoly nebo triglyceridy; takové čípky mohou být vytvořeny ze směsí, obsahujících aktivní složku v rozmezí 0/5 % až 10%, výhodně 1 % až 2 %. Orální přípravky zahrnují takové normálně používané přísady jako jsou například farmaceuticky čistý mannitol, laktóza, škrob, stearát hořečnatý, sodná sůl sacharinu, celulóza, uhličitan hořečnatý a podobně.
Dále uvedené příklady jsou uvedeny pro ilustraci a v žádném případě nejsou míněny jako omezující rozsah předloženého vynálezu.
-11CZ 288720 B6
Příklady provedení vynálezu
I. Detekce HCV RNA ze séra
RNA byla extrahována ze séra za použití guanidiniové soli, fenolu a chloroformu podle instrukcí výrobce, připojených ke kitu (RNAzol™ B kit, Cinna/Biotecx). Extrahovaná RNA byla srážena isopropanolem a promyta ethanolem. Pro izolaci RNA bylo zpracováno celkem 25 μΐ séra a purifikovaná RNA byla resuspendována v 5 μΐ diethylpyrokarbonátu zpracovaného vodou pro io následující syntézu cDNA.
II. cDNA syntéza a amplifikace polymerásou řetězcovou reakcí (PCR)
Tabulka 1 uvádí sekvence a polohy (s odkazem k HCV1) všech PCR primerů a sond, použitých 15 v těchto příkladech. Písmena, označující nukleotidy, jsou v souladu s 37 C.F.R. par. 1.821-1.825.
Písmena A, C, G, T a U jsou použita řádně pro adenin, cytosin, guanin, thymin a uráčil. Písmeno M znamená A nebo C, R znamená S nebo G, W znamená A nebo T/U, S znamená C nebo G,Y znamená C nebo T/U, K znamená G nebo T/U, V znamená A nebo C nebo G, ne T/U, H znamená A nebo C nebo T/U, ne G, D znamená A nebo G nebo T/U, ne C, B znamená C nebo G 20 nebo T/U, nebo A, N znamená (A nebo C nebo G nebo T/U) nebo neznámé nebo jiné). Tabulka 1 je uvedena dále.
Tabulka 1
| Sekv. č. | sekvence (5-3') | poloha nukleotidu |
| 67 | CAAACGTAACACCAACCGRCGCCCACAGG | 374-402 |
| €8 | ACAGAYCCGCAKAGRTCCCCCACG | 1192-1169 |
| 69 | GCAACCTCGAGGTAGACGTCAGCCTATCCC | 509-538 |
| 70 | GCAACCTCGTGGAAGGCGACAACCTATCCC | 509-538 |
| 71 | gtcaccaatgattgccctaactcgagtatt | 948-977 |
| 72 | GTCACGAACGACTGCTCCAACTCAAG | 948-973 |
| 73 | TGGACATGATCGCTGGWGCYCACTGGGG | 1375-1402 |
| 74 | TGGAYATGGTGGYGGGGGCYCACTGGGG | 1375-1402 |
| 75 | ATGATGAACTGGTCVCCYAC | 1308-1327 |
| 76 | ACCTTVGCCCAGTTSCCCRCCATGGA | 1453-1428 |
| 77 | AACCCACTCTATGYCCGGYCAT | 205-226 |
| 78 | GAATCGCTGGGGTGACCG | 171-188 |
| 79 | CCATGAATCACTCCCCTGTGAGGAACTA | 30-57 |
| 80 | TTGCGGGGGCACGCCCAA | 244-227 |
Pro cDNA syntézu a PCR amplifíkaci byl použit protokol vyvinutý u Perkin-Elmer/Cetus 30 (GeneAmpR RNA PCR kit). Jak náhodný hexamer tak primery se specifickými komplementárními sekvencemi kHCV byly použity pro podnícení reakce reverzní transkripce (RT). Všechny procesy, s výjimkou přidání a smísení reakčních složek, byly prováděny v termálním cyklovači (MJ Research, lne.). Reakce syntézy prvního řetězce cDNA byla
-12CZ 288720 B6 inaktivována 5 minut při 99 °C a pak ochlazena na 50 °C na 5 minut před přídavkem složek pro následující amplifikaci. Po počátečních 5 cyklech při 97 °C po 1 minutu následuje 50 °C po min, a 72 °C po 3 min, 30 cyklech při 94 °C po 1 min, 55 °C po 2 min a 72 °C po 3 min a pak konečných 7 minut prodlužování při 72 °C.
Pro genotypovou analýzu byly použity sekvence 67 a 68 jako primery vPCR reakci. Tyto primery amplifikují segment, odpovídající jadernému a obalovému regionu. Po amplifikaci se reakční produkty oddělí na agarosovém gelu a pak se přenesou na nylonovou membránu. Imobilizované reakční produkty se ponechají hybridizovat se 32P-značenou nukleovou kyselinou, odpovídající buď genotypu I (jádro nebo obal 1) nebo genotypu II (jádro nebo obal 1). Nukleová kyselina, odpovídající genotypu 1 obsahuje sekvence číslované 69 (jádro), 71 (obal) a 73 (obal). Nukleová kyselina odpovídající genotypu II obsahují sekvence číslované 70 (jádro), 72 (obal) a 74 (obal).
Sondy genotypu I pouze hybridizují k produkci amplifíkovanému z izolátů, které měly sekvence genotypu I. Podobně sondy genotypu II pouze hybridizují k produkci amplifíkovanému z izolátů, které měly sekvence genotypu II.
V dalším pokuse byly PCR produkty generovány za použití sekvencí 79 a 80. Produkty byly analyzovány jak je popsáno výše s tím rozdílem, že sekvence č. 73 byla použita pro detegování genotypu I, sekvence č. 74 byla použita pro detegování genotypu II, sekvence č. 77 (5'UT) byla použita pro detegování genotypu III a sekvence č. 78 (5'UT) byla použita pro detegování genotypu IV. Každá sekvence hybridizuje v genotypu specifickým způsobem.
III. Detekce HCV GI-GIV za použití sendvičové hydridizační zkoušky pro HCV RNA
V tomto příkladu je popsáno provedení sendvičové hybridizační zkoušky amplifikované roztoky fáze nukleové kyseliny. Provedení zkoušky využívá několika sond nukleové kyseliny pro uskutečnění zachycení a detekce. Záchytná sonda nukleové kyseliny je schopna spojení komplementární sondy navázané na pevný nosič a HCV nukleové kyseliny má první segment (A), který váže kHCV nukleové kyselině a druhý segment (B), který hybridizuje ke druhé amplifikované nukleové kyselině. Amplifikovaná nukleová kyselina má první segment (Bx), který hybridizuje k segmentu (B) sondy nukleové kyseliny a také obsahuje patnáct opakování segmentu (C). Segment C amplifikované nukleové kyseliny je schopen hybridizovat ke třem značeným nukleovým kyselinám.
Sekvence nukleové kyseliny, které odpovídajíc nukleotidovým sekvencím obalového 1 genu skupiny I HCV izolátů jsou uvedeny v sekvencích číslovaných 81-99. Tabulka 2 uvádí ploch HCV genomu, které odpovídají sekvence nukleové kyseliny a výhodné užití sekvencí.
-13CZ 288720 B6
Tabulka 2
| Typ sondy | sekvence č. | komplement nukleotidů č. |
| značená | 81 | 879-911 |
| značená | 82 | 912-944 |
| záchytná | 83 | 945-977 |
| značená | 84 | 978-1010 |
| značená | 85 | 1011-1043 |
| značená | 86 | 1044-1076 |
| značená | 87 | 1077-1109 |
| záchytná | 88 | 1110-1142 |
| značená | 89 | 1143-1175 |
| značená | 90 | 1176-1208 |
| značená | 91 | 1209-1241 |
| značená | 92 | 1242-1274 |
| záchytná | 93 | 1275-1307 |
| značená | 94 | 1308-1340 |
| značená | 95 | 1341-1373 |
| značená | 96 | 1374-1406 |
| značená | 97 | 1407-1439 |
| záchytná | 98 | 1440-1472 |
| značená | 99 | 1473-1505 |
Sekvence nukleové kyseliny, které odpovídají nukleotidovým sekvencím obalového 1 genu skupiny II HCV izolátů jsou uvedeny v sekvencích 100 až 118. Tabulka 3 uvádí oblasti HCV genomu, kterým odpovídá nukleová kyselina a výhodné použití sekvencí.
io Tabulka 3
| Typ sondy | sekvence č. | komplement nukleotidů č. |
| značená | 100 | 879-911 |
| značená | 101 | 912-944 |
| záchytná | 102 | 945-977 |
| značená | 103 | 978-1010 |
| značená | 104 | 1011-1043 |
| značená | 105 | 1044-1076 |
| značená | 106 | 1077-1109 |
| záchytná | 107 | 1110-1142 |
| značená | 108 | 1143-1175 |
| značená | 109 | 1176-1208 |
| značená | 110 | 1209-1241 |
| značená | 111 | 1242-1274 |
| záchytná | 112 | 1275-1307 |
| značená | 113 | 1308-1340 |
| značená | 114 | 1341-1373 |
| značená | 115 | 1374-1406 |
| značená | 116 | 1407-1439 |
| záchytná | 117 | 1440-1472 |
| značená | 118 | 1473-1505 |
-14CZ 288720 B6
Sekvence nukleové kyseliny, které odpovídají nukleotidovým sekvencím vC genu a 5'UT regionu jsou uvedeny v sekvencích 119 až 145. Tabulka 4 identifikuje sekvence s preferovaným užitím.
Tabulka 4
| Typ sondy | sekvence č. |
| záchytná | 119 |
| značená | 120 |
| značená | 121 |
| značená | 122 |
| záchytná | 123 |
| značená | 124 |
| značená | 125 |
| značená | 126 |
| záchytná | 127 |
| značená | 128 |
| značená | 129 |
| značená | 130 |
| záchytná | 131 |
| značená | 132 |
| značená | 133 |
| značená | 134 |
| značená | 135 |
| záchytná | 136 |
| značená | 137 |
| značená | 138 |
| značená | 139 |
| záchytná | 140 |
| značená | 141 |
| značená | 142 |
| značená | 143 |
| záchytná | 144 |
| značená | 145 |
Detekční a záchytné sondy HCV-specifických segmentů a jejich názvy použité v této zkoušce byly následující.
Záchytné sekvence jsou sekvence číslované 119 až 122 a 141 až 144.
Detekční sekvence jsou sekvence číslované 119 až 140.
Každá detekční sekvence obsahuje, navíc k sekvencím v podstatě komplementárních k HCV sekvencím, 5' prodloužení (B), kde toto prodloužení (B) je komplementární k segmentu druhé amplifikované nukleové kyseliny. Prodlužovací (B) sekvence je identifikována v seznamu sekvencí jako sekvence č. 146 a je reprodukována dále.
AGGCATAGGACCCGTGTCTT
Každá záchytná sekvence obsahuje, navíc k sekvencím v podstatě komplementárním kHCV sekvencím, sekvence komplementární k DNA navázané k pevné fázi. Sekvence komplementární
-15CZ 288720 B6 k DNA navázané k pevnému nosiči byla provedena po směru od záchytné sekvence. Sekvence komplementární kDNA navázané k nosiči je označena jako sekvence č. 147 a je reprodukována dále.
CTTCTTTGGAGAAAGTGGTG
Mikrotitrační plotny byly připraveny následovně. Bílé Microlite 1 Removawell pásky (polystyrénové mikrotitrační plotny, 96 jamek/plotnu) byly získány od Dynatech lne.
Každá jamka byla naplněna 200 μΐ IN HC1 a inkubována při teplotě místnosti 15 až 20 minut. Plotny pak byly promyty 4krát IX PBS a jamky byly odsáty pro odstranění kapaliny. Jamky pak byly naplněny 200 μΐ lNNaOH a inkubovány při teplotě místnosti 15 až 20 minut. Plotny byly opět promyty 4krát IX PBS a jamky byly odsáty pro odstranění kapaliny.
Poly(phe-lys) byl získán od Sigma Chemicals, lne. Tento polypeptid má 1:1 molámí poměr phe: lys a průměrnou molekulovou hmotnost 47900 gm/mol. Má průměrnou délku 309 aminokyselin a obsahuje 155 aminů/mol. 1 mg/ml roztoku polypeptidu byl smísen se 2M NaCl/lX PBS na konečnou koncentraci 0,1 mg/ml (pH 6,0). Do každé jamky byl vložen objem 200 μΐ tohoto roztoku. Plotna byla zabalena do plastiku pro zabránění vysušení a inkubována při 30 °C přes noc. Plotna pak byla promyta 4krát IX PBS a jamky byly odsáty pro odstranění kapaliny.
Následující postup byl použit pro kopulaci nukleové kyseliny, komplementární sekvence č. 147, k plotnám, označované zde jako imobilizovaná nukleová kyselina. Syntéza imobilizované nukleové kyseliny, mající sekvenci komplementární k sekvenci č. 133 byla popsána v EPA 883096976. 20 mg disukcinimidyl-suberátu bylo rozpuštěno ve 300 μΐ dimethylformamidu (DMF). 26 OD260 jednotek imobilizované nukleové kyseliny bylo přidáno ke 100 μΐ kopulačního pufru (50 mM fosforečnan sodný, pH 7,8). Kopulační směs pak byla přidána k DSS-DMF roztoku a míchána magnetickým míchadlem 30 minut. NAP-25 kolona byla ekvilibrována s 10 mM fosforečnanu sodného, pH 6,5. Roztok kopulační směsi DSS-DMF byl přidán ke 2 ml 10 mM fosforečnanu sodného, pH 6,5 při 4 °C. Směs byla míchána a nanesena na ekvilibrovanou NAP-25 kolonu. DSS-aktivovaná imobilizovaná nukleová kyselina DNA byla eluována z kolony 3,5 ml 10 mM fosforečnanu sodného, pH 6,5. 5,6 0D26o jednotek eluované DSS-aktivované imobilizované nukleové kyseliny DNA bylo přidáno ke 1500 ml 50 mM fosforečnanu sodného, pH 7,8. Objem 50 μΐ tohoto roztoku byl přidán do každé jamky a plotny byly inkubovány přes noc. Plotna pak byla promyta 4krát IX PBS a jamky byly odsáty pro odstranění kapaliny.
Konečné uvolnění ploten bylo provedeno následovně. Objem 200 μΐ, 0,2N NaOH, obsahujícího 0,5% (hmotn./obj.) SDS byl přidán do každé jamky. Plotna pak byla zabalena do plastiku a inkubována při 65 °C 60 minut. Plotna pak byla promyta 4krát IX PBS a jamky byly odsáty pro odstranění kapaliny. Uvolněné plotny byly skladovány se sikativovými kuličkami při 2 až 8 °C.
Vzorky séra, které jsou zkoumány, byly analyzovány za použití PCR a následující sekvenční analýzou pro stanovení genotypu.
Vzorek přípravku obsahuje 50 μΐ vzorku séra a 150 μΐ P-K pufru (2 mg/ml proteinása Kve 53 mM Tris-HCl, pH 8,0/0,6 MNaCl/0,6 M citrát sodný/8 mM EDTA, pH 8,0/l,3%SDS/16 pg/ml sonifikované DNA lososího sperma/7% formamid/50 fmol záchytných sond/160 fmol detekčních sond) na každou jamku. Plotny byly třepány pro promíchání obsahu jamky, přikryty a inkubována 16 hodin při 62 °C.
-16CZ 288720 B6
Po další lOminutové periodě při teplotě místnosti byly obsahy každé z jamek odsáty pro odstranění všech kapalin a jamky byly promyty 2X promývacím pufrem (0,1 % SDS/0,015 MNaCl/0,0015 M citrát sodný). Amplifíkovaná nukleová kyselina pak byla přidána ke každé jamce (50 μΐ 0,7 fmol/μΐ roztoku v 0,048M NaCl/0,048 citrát sodný/0,1% SDS/0,5% „blokující číslo/ (Boehringer Mannheim, katalogové číslo 1096 176)). Po pokrytí ploten a protřepání pro promísení obsahů v jamkách, byly plotny inkubovány 30 minut při 52 °C.
Po další lOminutové periodě při teplotě místnosti, byly jamky promyty jak je popsáno výše.
Alkalickou fosfatázou značená nukleová kyselina, popsaná v EP 883096976 pak byla přidána do každé jamky (50 μΐ/jamku 2,66 mol/μΐ). Po inkubaci při 52 °C po 15 minut, a 10 min při teplotě místnosti, byly jamky promyty dvakrát jako výše a pak 3X 0,015 M NaCl/0,0015 citrát sodný.
Byl použit enzym aktivovaný dioxetanem (Schaap a spol., Tet. Lett. (1987) 28:1159-1162 a EPA pub. č. 0254051), získaný od Lumigen, lne.. Do každé jamky bylo vloženo 50 μΐ Lumiphosu 530 (Lumigen). Jamky byly slabě poklepány tak, aby činidlo spadlo na dno a opatrně otáčeny pro rozdělení činidla po celém dně. Jamky byly pokiyty a inkubovány při 37 °C 20 až 40 min.
Plotny pak byly čteny na Dynatech ML 1000 luminometru. Výstup byl udán jako celý integrál světla produkované během reakce.
Zkouška pozitivně deteguje každý ze sérových vzorků bez ohledu na genotyp.
IV. Exprese polypeptidu kódovaného v sekvencích definovaných různými genotypy
HCV polypeptidy kódované sekvencí ze sekvencí 1 až 66 jsou exprimovány jako fúzní polypeptid se superoxid dismutásou (SOD). cDNA nesoucí takové sekvence je subklonována do expresního vektoru pSODcfl (Steimer a spol., 1986)).
Nejprve se NDA izolovaná z pSODcfl zpracuje s BamHI a EcoRI a následující linker se liguje do lineární DNA vytvořené restrikčními enzymy:
GATCCT GGA ATT CTG ATA AGA
CCT TAA GAC TAT TTT AA 3
Po kolonování se izoluje plasmid, obsahující inzert.
Plasmid, obsahující inzert je štěpen pomocí EcoRI. HCV cDNA se liguje do takto EcoRI linearizované plasmidové DNA. DNA směs se použije pro transformování E.coli kmene D1210 (Sadler a spol. (1980)). Polypeptidy se izolují na gelech.
V. Antigenicita polypeptidů
Antigenicita polypeptidů vytvořených v sekci IV se hodnotí následujícím způsobem. Polyethylenové roubíky uspořádané na bloku v 8 12 řadách (Coselco Mimetopes, Victoria, Austrálie) se připraví umístěním roubíků v lázni (20 % obj./obj. piperidinu v dimethylformamidu (DMF)) na 30 minut při teplotě místnosti. Roubíky se odstraní, promyjí se v DMF po 5 minut, potom se čtyřikrát promývají v methanolu (2 min/promývání). Roubíky se ponechají vyschnout na vzduchu po alespoň 10 minut, potom se nakonec promyjí v DMF (5 min). 1-Hydroxybenzotriazol (HOBt, 367 mg) se rozpustí v DMF (80 μΐ) pro použití v kopulaci Fmocchráněných polypeptidů připravených v sekci IV.
-17CZ 288720 B6
Chráněné aminokyseliny se umístí do jamek mikrotitrační plotny s HOBt a nad plotnu se umístí roubíkový blok, a roubíky se ponoří do jamek. Uspořádání se pak uzavře do plastikového pytle a ponechá reagovat při 25 °C 18 hodin pro kopulaci prvních aminokyselin k roubíkům. Blok se pak odstraní a roubíky se promyjí DMF (2 min), MeOH (4 x, 2 min) a opět DMF (2 min) pro čištění a deprotonaci navázaných aminokyselin. Postup se opakuje pro každou další kopulovanou aminokyselinu, až jsou připraveny všechny oktamery.
Volné N-konce se pak acylují pro kompenzaci volných aminů, protože většina epitopů se nenachází na N-konci a tento by neměl mít připojen pozitivní náboj. Acetylace se provede naplněním jamek mikrotitrační plotny DMF/acetanhydrid(triethylamin (5:2:1 obj./obj./obj.) a roubíky se ponechají reagovat v jamkách po 90 minut při 20 °C. Roubíky se pak promyjí DMF (2 min) a MeOH) (4x, 2 min) a suší vzduchem alespoň 10 minut.
Chránící skupiny vedlejšího řetězce se odstraní zpracováním roubíků s kyselinou trifluoroctovou/fenolem/dithioethanem (95:2,5:1,5 obj./obj./obj.) v polypropylenových pytlích po 4 hodiny při teplotě místnosti. Roubíky se pak promyjí v dichlormethanu (2x, 2 min), 5% diisopropylethylaminu/dichlormethanu (2x, 5 min), dichlormethanu (5 min) a suší se na vzduchu po alespoň 10 minut. Roubíky se pak promývají ve vodě (2 min), MeOH (18 hodin), suší se ve vakuu a uchovávají v zatavených plastikových pytlích nad silikagelem.
IV.B.15.b Zkouška peptidů
Oktamer nesoucí roubíky se zpracují sonifikací 30 minut v rozrušovacím pufru (1 % dodecylsulfát sodný, 0,1 % 2-merkaptoethanol, 0,1Μ NaH2PO4) při 60 °C. Roubíky se pak ponoří několikrát do vody (60 °C), potom do vroucího MeOH (2 min) a nechají schnout na vzduchu.
Roubíky se pak předem obalují po 1 hodinu při 25 °C v mikrotitračních jamkách, obsahujících 200 μΐ blokovacího činidla (1 % ovalbumin, 1 % BSA, 0,1 % Tween a 0,05 % NaN3 v PBS) za míchání. Roubíky se pak ponoří do mikrotitračních jamek, obsahujících 175 μΐ antiséra získaného od lidských pacientů, diagnostikovaných jako mající HCV a ponechá se inkubovat při 4°C přes noc. Formace komplexu mezi polyklonálními protilátkami séra a polypeptidem předznamenává, že peptidy poskytují zvýšení k imunní odezvě in vivo. Takové peptidy jsou kandidáty pro vývoj vakcín.
Předložený vynález byl popsán a ilustrován. Odborníkům bude zřejmé, že je možno provést mnoho variací a modifikací bez porušení rozsahu připojených nároků a bez vybočení z poznatků a rozsahu předloženého vynálezu.
Seznam sekvencí
1) Obecné informace:
(i) přihlašovatel: Tai-An Cha (ii) název vynálezu: HCV genomické sekvence pro diagnostiku a terapii (iii) počet sekvencí: 147 (iv) adresa pro korespondenci:
(A) adresát: Wolf, Greenfíeld and Sack. P.C.
(B) ulice: 600 Atlantic Avenue (C) město: Boston (D) stát: Massachusetts
-18CZ 288720 B6 (E) země: USA (F) ZIP:02210 (v) počítačová čtecí forma:
(A) typ média: disketa, 5,25 inch (B) počítač: IBM kompatibilní (C) operační systém: MS-DOS Version 3.3 (D) software: WordPerfect 5.1 (vi) údaje o přihlášce:
(A) číslo přihlášky: nedostupné (B) datum podání: nedostupné (C) klasifikace: nedostupná (vii) data prioritní přihlášky:
(A) číslo přihlášky: 07/697,326 (B) datum podání: 8. května 1991 (viii) zástupce/agent:
(A) jméno: Janiuk Anthony J.
(B) číslo registrace: 29,809 (C) číslo spisu: C0772/7000 (x) telefonní spojení:
(A) telefon: (617) 720-3500 (B) telefax: (617) 720-2441 (C) telex: EZEKIEL
2) informace o sekvenci SEQ ID NO: 1:
(i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj: (ATCC # 40394) (C) individuální izolát: ns5hcvl
-19CZ 288720 B6 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 1
CTCCACAGTC ACTGAGAGCG
ATCTACCAAT GTTGTGACCT
CCATCAAGTC CCTCACCGAG
TCTTACCAAT TCAAGGGGGG
TGCCGCGCGA GCGGCGTACT
CCCTCACTTG CTACATCAAG
CGCAGGGCTC CAGGACTGCA
GACTTAGTCG TTATCTGTGA
ACGCGGCGAG CCTGAGAGCC
ACATCCGTAC GGAGGAGGCA CGACCCCCAA GCCCGCGTGG AGGCTTTATG TTGGGGGCCC AGAACTGCGG CTATCGCAGG GACAACTAGC TGTGGTAACA GCCCGGGCAG CCTGTCGAGC CCATGCTCGT GTGTGGCGAC AAGCGCGGGG GTCCAGGAGG
120
160
200
240
280
320
340
2) Informace o SEQ ID NO: 2:
(i) Charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) TYP: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj (C) individuální izolát: ns5i21 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 2
CTCCACAGTC ACTGAGAGCG
ATTTACCAAT GTTGTGACCT
CCATCAAGTC CCTCACTGAG
TCTTACCAAT TCAAGGGGGG
TGCCGCGCGA GCGGCGTACT
CCCTCACTTG CTACATCAAG
CGCAGGGCTC CAGGACTGCA
GACTTAGTCG TTATCTGTGA
ACGCGGCGAG CCTGAGAGCC
ACATCCGTAC GGAGGAGGCA40
GGACCCCCAA GCCCGCATGG80
AGGCTTTATG TCGGGGGCCC120
AGAACTGCGG CTACCGCAGG160
GACAACTAGC TGTGGTAACA200
GCCCGGGCAG CCTGTCGAGC240
CCATGCTTGT GTGTGGCGAC280
AAGTGCGGGG GTCCAGGAGG320
340
-20CZ 288720 B6
2) Informace o SEQ ID NO: 3:
(i) Charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) TYP: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj (C) individuální izolát: ns5ptl (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 3
CTCCACAGTC ACTGAGAGCG ACATCCGTAC GGAGGAGGCA40
ATCTACCAAT GTTGTGATCT GGACCCCCAA GCCCGCGTGG80
CCATCAAGTC CCTCACTGAG AGGCTTTACG TTGGGGGCCC120
TCTTACCAAT TCAAGGGGGG AGAACTGCGG CTACCGCAGG160
TGCCGGGCGA GCGGCGTACT GACAACTAGC TGTGGTAATA200
CCCTCACTTG CTACATCAAG GCCCGGGCAG CCTGTCGAGC240
CGCAGGGCTC CGGGACTGCA CCATGCTCGT GTGTGGTGAC280
GACTTGGTCG TTATCTGTGA GAGTGCGGGG GTCCAGGAGG320
ACGCGGCGAG CCTGAGAGCC340
2) Informace o SEQ ID NO: 4:
(i) Charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) TYP: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj (C) individuální izolát: ns5gm2 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 4
CTCTACAGTC ACTGAGAACG ACATCCGTAC GGAGGAGGCA 40
ATTTACCAAT GTTGTGACCT GGACCCCCAA GCCCGCGTGG 80
CCATCAAGTC CCTCACTGAG AGGCTTTATG TTGGGGGCCC 120
CCTTACCAAT TCAAGGGGGG AAAACTGCGG CTATCGCAGG 160
TGCCGCGCGA GCGGCGTACT GACAACTAGC TGTGGTAACA 200
CCCTCACTTG CTACATTAAG GCCCGGGCAG CCTGTCGAGC 240
CGCAGGGCTC CAGGACTGCA CCATGCTCGT GTGTGGCGAC 280
GACTTAGTCG TTATCTGTGA GAGTGCGGGA GTCCAGGAGG 320
ACGCGGCGAA CTTGAGAGCC 340
-21CZ 288720 B6
2) Informace o SEQ ID NO: 5 (i) Charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) TYP: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj (C) individuální izolát: ns5usl7 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 5
CTCCACAGTC ACTGAGAGCG ATATCCGTAC GGAGGAGGCA40
ATCTACCAGT GTTGTGACCT GGACCCCCAA GCCCGCGTGG80
CCATCAAGTC CCTCACCGAG AGGCTTTATG TCGGGGGCCC120
TCTTACCAAT TCAAGGGGGG AAAACTGCGG CTATCGCAGG160
TGCCGCGCAA GCGGCGTACT GACAACTAGC TGTGGTAACA200
CCCTCACTTG TTACATCAAG GCCCAAGCAG CCTGTCGAGC240
CGCAGGGCTC CGGGACTGCA CCATGCTCGT GTGTGGCGAC280
GACTTAGTCG TTATCTGTGA AAGTCAGGGA GTCCAGGAGG320
ATGCAGCGAA CCTGAGAGCC340
2) Informace o SEQ ID NO: 6 (i) Charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) TYP: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj (C) individuální izolát: ns5sp2 (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO:6
CTCTACAGTC ACTGAGAGCG ATATCCGTAC GGAGGAGGCA40
ATCTACCAAT GTTGTGACCT GGACCCCGAA GCCCGTGTGG80
CCATCAAGTC CCTCACTGAG AGGCTTTATG TTGGGGGCCC120
TCTTACCAAT TCAAGGGGGG AGAACTGCGG CTACCGCAGG160
TGCCGCGCAA GCGGCGTACT GACGACTAGC TGTGGTAATA200
CCCTCACTTG TTACATCAAG GCCCGGGCAG CCTGTCGAGC240
CGCAGGGCTC CAGGACTGCA CCATGCTCGT GTGTGGCGAC280
GACCTAGTCG TTATCTGCGA AAGTGCGGGG GTCCAGGAGG 320
ACGCGGCGAG CCTGAGAGCC340
-22CZ 288720 B6
2) Informace o SEQ ID NO: 7 (i) Charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) TYP: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) Typ molekuly: DNA (vi) Originální zdroj (C) individuální izolát: ns5jl (xi) Popis sekvence: SEQ ID NO: 7
CTCCACAGTC ACTGAGAATG ACACČCGTGT TGAGGAGTCA ATTTACCAAT GTTGTGACTT GGCCCCCGAA GCCAGACAGG CCATAAGGTC GCTCACAGAG CGGCTCTATG TCGGGGGTCC TATGACTAAC TCCAAAGGGC AGAACTGCGG CTATCGCCGG tgccgcgcga gcggcgtgct gacgactagc tgcggtaata CCCTCACATG CTACCTGAAG GCCACAGCGG CCTGTCGAGC TGCCAAGCTC CAGGACTGCA CGATGCTCGT GAACGGAGAC GACCTTGTCG TTATCTGTGA AAGCGCGGGG AACCAAGAGG ACGCGGCAAG CCTACGAGCC (2) Informace o SEQ ID NO: 8 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5kl (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 8
CTCAACGGTC ACTGAGAATG ACATCCGTGT TGAGGAGTCA ATTTACCAAA GTTGTGACTT GGCCCCCGAG GCCAGACAAG CCATAAGGTC GCTCACAGAG CGGCTTTACA TCGGGGGCCC CCTGACTAAT TCAAAAGGGC AGAACTGCGG CTATCGCCGA TGCCGCGCCA GCGGTGTGCT GACGACTAGC TGCGGTAATA CCCTCACATG TTACTTGAAG GCCACTGCGG CCTGTAGAGC TGCGAAGCTC CAGGACTGCA CGATGCTCGT GTGCGGAGAC GACCTTGTCG TTATCTGTGA AAGCGCGGGA ACCCAGGAGG ATGCGGCGAG CCTACGAGTC
120
160
200
240
280
320
340
120
160
200
240
280
320
340
-23CZ 288720 B6 (2) Informace o SEQ ID NO: 9 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5kl.l (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 9
CTCAACGGTC ACCGAGAATG ACATCCGTGT TGAGGAGTCA40
ATTTATCAAT GTTGTGCCTT GGCCCCCGAG GCTAGACAGG80
CCATAAGGTC GCTCACAGAG CGGCTTTATA TCGGGGGCCC120
CCTGACCAAT TCAAAGGGGC AGAACTGCGG TTATCGCCGG160
TGCCGCGCCA GCGGCGTACT GACGACCAGC TGCGGTAATA200
CCCTTACATG TTACTTGAAG GCCTCTGCAG CCTGTCGAGC240
CGCGAAGCTC CAGGACTGCA CGATGCTCGT GTGTGGGGAC280
GACCTTGTCG TTATCTGTGA AAGCGCGGGA ACCCAGGAGG320
ACGCGGCGAA CCTACGAGTC340 (2) Informace o SEQ ID NO: 10 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5gh6 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 10
CTCAACGGTC ACTGAGAGTG ACATCCGTGT CGAGGAGTCG40
ATTTACCAAT GTTGTGACTT GGCCCCCGAA GCCAGGCAGG80
CCATAAGGTC GCTCACCGAG CGACTTTATA TCGGGGGCCC120
CCTGACTAAT TCAAAAGGGC AGAACTGCGG TTATCGCCGG160
TGCCGCGCGA GCGGCGTGCT GACGACTAGC TGCGGTAATA200
CCCTCACATG TTACTTGAAG GCCTCTGCAG CCTGTCGAGC240
TGCAAAGCTC CAGGACTGCA CGATGCTCGT GAACGGGGAC280
GACCTTGTCG TTATCTGCGA GAGCGCGGGA ACCCAAGAGG320
ACGCGGCGAG CCTACGAGTC340
-24CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 11 (i) charakteristiky sekvence (A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5spl (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 11
CTCCACAGTC ACTGAGAGTG ACATCCGTGT TGAGGAGTCA 40 ATTTACCAAT GTTGTGACTT GGCCCCCGAA GCCAGACAGG 80 CTATAAGGTC GCTCACAGAG CGGCTGTACA TCGGGGGTCC 120 CCTGACTAAT TCAAAAGGGC AGAACTGCGG CTATCGCCGG 160 TGCCGCGCAA GCGGCGTGCT GACGACTAGC TGCGGTAACA 200 CCCTCACATG TTACTTGAAG GCCTCTGCGG CCTGTCGAGC 240 TGCGAAGCTC CAGGACTGCA CGATGCTCGT GTGCGGTGAC 280 GACCTTGTCG TTATCTGTGA GAGCGCGGGA ACCCAAGAGG 320 ACGCGGCGAG CCTACGAGTC 340 (2) informace o SEQ ID NO: 12 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5sp3 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 12
CTCAACAGTC ACTGAGAGTG ACATCCGTGT TGAGGAGTCA40
ATCTACCAAT GTTGTGACTT GGCCCCCGAA GCCAGACAGG80
CTATAAGGTC GCTCACAGAG CGGCTTTACA TCGGGGGTCC120
CCTGACTAAT TCAAAAGGGC AGAACTGCGG CTATCGCCGG160
TGCCGCGCAA GCGGCGTGCT GACGACTAGC TGCGGTAATA200
CCCTCACATG TTACCTGAAG GCCAGTGCGG CCTGTCGAGC240
TGCGAAGCTC CAGGACTGCA CAATGCTCGT GTGCGGTGAC280
GACCTTGTCG TTATCTGTGA GAGCGCGGGG ACCCAAGAGG320
ACGCGGCGAG CCTACGAGTC340
-25CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 13 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5k2 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 13
CTCAACCGTC ACTGAGAGAG ACATCAGAAC TGAGGAGTCC ATATACCGAG CCTGCTCCCT GCCTGAGGAG GCTCACATTG CCATACACTC GCTGACTGAG AGGCTCTACG TGGGAGGGCC CATGTTCAAC AGCAAGGGCC AGACCTGCGG GTACAGGCGT TGCCGCGCCA GCGGGGTGCT CACCACTAGC ATGGGGAACA CCATCACATG CTATGTAAAA GCCCTAGCGG CTTGCAAGGC TGCAGGGATA GTTGCACCCT CAATGCTGGT ATGCGGCGAC gacttagttg tcatctcaga aagccagggg actgaggagg ACGAGCGGAA CCTGAGAGCT (2) informace o SEQ ID NO: 14 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5arg8 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 14
CTCTACAGTC ACGTAAAAGG ACATCACATC CTAGGAGTCC ATCTACCAGT CCTGTTCACT GCCCGAGGAG GCTCGAACTG CTATACACTC ACTGACTGAG AGACTATACG TAGGGGGGCC
CATGACAAAC AGCAAGGGCC AATCCTGCGG GTACAGGCGT TGCCGCGCGA GCGCAGTGCT CACCACCAGC ATGGGCAACA CACTCACGTG CTACGTAAAA GCCAGGGCGG CGTGTAACGC CGCGGGGATT GTTGCTCCCA CCATGCTGGT GTGCGGTGAC GACCTGGTCG TCATCTCAGA GAGTCAAGGG GCTGAGGAGG ACGAGCAGAA CCTGAGAGTC
120
160
200
240
280
320
340
120
160
200
240
280
320
340
-26CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 15 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5il0 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 15
CTCTACAGTC ACAGAGAGGG ACATCAGAAC CGAGGAGTCC 40 ATCTATCTGT CCTGCTCACT GCCTGAGGAG GCCCGAACTG 80 CTATACACTC ACTGACTGAG AGACTGTACG TAGGGGGGCC 120 CATGACAAAC AGCAAGGGGC AATCCTGCGG GTACAGGCGT 160
TGCCGCGCGA GCGGAGTGCT CACCACCAGC ATGGGCAACA200
CGCTCACGTG CTACGTGAAA GCCAGAGCGG CGTGTAACGC240
CGCGGGCATT GTTGCTCCCA CCATGTTGGT GTGCGGCGAC280
GACCTGGTTG TCATCTCAGA GAGTCAGGGG GTCGAGGAAG320
ATGAGCGGAA CCTGAGAGTC340 (2) informace o SEQ ID NO: 16 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5arg6 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 16
CTCTACAGTC ACGGAGAGGG ACATCAGAAC CGAGGAGTCC40
ATCTATCTGT CCTGTTCACT GCCTGAGGAG GCTCGAACTG80
CCATACACTC ACTGACTGAG AGGCTGTACG TAGGGGGGCC120
CATGACAAAC AGCAAAGGGC AATCCTGCGG GTACAGGCGT160
TGCCGCGCGA GCGGAGTGCT CACCACCAGC ATGGGTAACA200
CACTCACGTG CTACGTGAAA GCTAAAGCGG CATGTAACGC240
CGCGGGCATT GTTGCCCCCA CCATGTTGGT GTGCGGCGAC280
GACCTAGTCG TCATCTCAGA GAGTCAAGGG GTCGAGGAGG320
ATGAGCGAAA CCTGAGAGCT340
-27CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 17 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5k2b (xi) popis sekvence: SEQ ID NO:17
CTCAACCGTC ACGGAGAGGG ACATAAGAAC AGAAGAATCC40
ATATATCAGG GTTGTTCCCT GCCTCAGGAG GCTAGAACTG80
CTATCCACTC GCTCACTGAG AGACTCTACG TAGGAGGGCC120
CATGACAAAC AGCAAGGGAC AATCCTGCGG TTACAGGCOT160
TGCCGCGCCA GCGGGGTCTT CACCACCAGC ATGGGGAATA200
CCATGACATG CTACATCAAA GCCCTTGCAG CGTGCAAAGC240
TGCAGGGATC GTGGACCCTA TCATGCTGGT GTGTGGAGAC280
GACCTGGTCG TCATCTCGGA GAGCGAAGGT AACGAGGAGG320
ACGAGCGAAA CCTGAGAGCT340 (2) informace o SEQ ID NO: 18 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5sa283 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 18
CTCGACCGTT ACCGAACATG ACATAATGAC TGAAGAGTCT 40
ATTTACCAAT CATTGTACTT GCAGCCTGAG GCGCGTGTGG 80
CAATACGGTC ACTCACCCAA CGCCTGTACT GTGGAGGCCC 120
CATGTATAAC AGCAAGGGGC AACAATGTGG TTATCGTAGA 160
TGCCGCGCCA GCGGCGTCTT CACCACTAGT ATGGGCAACA 200
CCATGACGTG CTACATTAAG GCTTTAGCCT CCTGTAGAGC 240
CGCAAAGCTC CAGGACTGCA CGCTCCTGGT GTGTGGTGAT 320
GATAAAGCGA CCTGAGAGCC 340
-28CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 19 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5sal56 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 19
CTCTACTGTC ACTGAACAGG ACATCAGGGT GGAAGAGGAG
ATATACCAGT GCTGTAACCT TGAACCGGAG GCCAGGAAAG
TGATCTCCTC CCTCACGGAG CGGCTTTACT GCGGGGGCCC
TATGTTCAAC AGCAAGGGGG CCCAGTGTGG TTATCGCCGT
TGCCGTGCTA GTGGAGTCCT GCCTACCAGC TTCGGCAACA
CAATCACTTG TTACATCAAG GCTAGAGCGG CTTCGAAGGC
CGCAGGCCTC CGGAACCCGG ACTTTCTTGT CTGCGGAGAT
GATCTGGTCG TGGTGGCTGA GAGTGATGGC GTCGACGAGG
ATAGAGCAGC CCTGAGAGCC (2) informace o SEQ ID NO: 20 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5ill (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 20
CTCTACTGTC ACTGAACAGG ACATCAGGGT GGAAGAGGAG
ATATACCAGT GCTGTAACCT TGAACCGGAG GCCAGGAAAG
TGATCTCCTC CCTCACGGAG CGGCTTTACT GCGGGGGCCC
TATGTTCAAC AGCAAGGGGG CCCAGTGTGG TTATCGCCGT
TGCCGTGCTA GTGGAGTCCT GCCTACCAGC TTCGGCAACA
CAATCACTTG TTACATCAAG GCTAGAGCGG CTTCGAAGGC
CGCAGGCCTC CGGAACCCGG ACTTTCTTGT CTGCGGAGAT
GATCTGGTCG TGGTGGCTGA GAGTGATGGC GTCGACGAGG
ATAGAGCAGC CCTGAGAGCC
120
160
200
240
280
320
340
120
160
200
240
280
320
340
-29CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 21 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5i4 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 21
CTCGA.CTGTC ACTGAACAGG ACATCAGGGT GGAAGAGGAG 40 ATATACCAAT GCTGTAACCT TGAACCGGAG GCCAGGAAAG 80 TGATCTCCTC CCTCACGGAG CGGCTTTACT GCGGGGGCCC 120 TATGTTCAAT AGCAAGGGGG CCCAGTGTGG TTATCGCCGT 160 TGCCGTGCTA GTGGAGTTCT GCCTACCAGC TTCGGCAACA 200 CAATCACTTG TTACATCAAG GCTAGAGCGG CTGCGAAGGC 240 CGCAGGGCTC CGGACCCCGG ACTTTCTCGT CTGCGGAGAT 280 GATCTGGTTG TGGTGGCTGA GAGTGATGGC GTCGACGAGG 320 ATAGAACAGC CCTGCGAGCC 340 (2) informace o SEQ ID NO: 22 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 340 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ns5gh8 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 22
CTCAACTGTC ACTGAACAGG ACATCAGGGT GGAAGAGGAG40
ATATACCAAT GCTGTAACCT TGAACCGGAG GCCAGGAAAG80
TGATCTCCTC CCTCACGGAA CGGCTTTACT GCGGGGGCCC120
TATGTTCAAC AGCAAGGGGG CCCAGTGTGG TTATCGCCGT160
TGCCGTGCCA GTGGAGTTCT GCCTACCAGC TTCGGCAACA200
CAATCACTTG TTACATCAAA GCTAGAGCGG CTGCCGAAGC240
CGCAGGCCTC CGGAACCCGG ACTTTCTTGT CTGCGGAGAT280
GATCTGGTTG TGGTGGCTGA GAGTGATGGC GTCAATGAGG320
ATAGAGCAGC CCTGGGAGCC340
-30CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ÍD NO: 23 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj: (ATCC # 40394) (C) individuální izolát: hcvl (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 23
GACGGCGTTG GTAATGGCTC AGCTGCTCCG GATCCCACAA40
GCCATCTTGG ACATGATCGC TGGTGCTCAC TGGGGAGTCC80
TGGCGGGCAT AGCGTATTTC100 (2) informace o SEQ ID NO: 24 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: US5 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 24
GACGGCGTTG GTGGTAGCTC AGGTACTCCG GATCCCACAA40
GCCATCATGG ACATGATCGC TGGAGCCCAC TGGGGAGTCC80
TGGCGGGCAT AGCGTATTTC100 (2) informace o SEQ ID NO: 25 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: AUS5
-31CZ 288720 B6 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 25
AACGGCGCTG GTAGTAGCTC AGCTGCTCAG GGTCCCGCAA40
GCCATCGTGG ACATGATCGC TGGTGCCCAC TGGGGAGTCC80
TAGCGGGCAT AGCGTATTTT100 (2) informace o SEQ ID NO: 26 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: US4 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 26
GACAGCCCTA GTGGTATCGC AGTTACTCCG GATCCCACAA40
GCCGTCATGG ATATGGTGGC GGGGGCCCAC TGGGGAGTCC80
TGGCGGGCCT TGCCTACTAT100 (2) informace o SEQ ID NO: 27 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ARG2 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 27
AGCAGCCCTA GTGGTGTCGC AGTTACTCCG GATCCCACAA40
AGCATCGTGG ACATGGTGGC GGGGGCCCAC TGGGGAGTCC80
TGGCGGGCCT TGCTTACTAT100
-32CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 28 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: 115 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 28
GGCAGCCCTA GTGGTGTCGC AGTTACTCCG GATCCCGCAA40
GCTGTCGTGG ACATGGTGGC GGGGGCCCAC TGGGGAATCC80
TAGCGGGTCT TGCCTACTAT100 (2) informace o SEQ ID NO: 29 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: GH8 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 29
TGTGGGTATG GTGGTGGCGC ACGTCCTGCG TTTGCCCCAG40
ACCTTGTTCG ACATAATAGC CGGGGCCCAT TGGGGCATCT80
TGGCGGGCTT GGCCTATTAC100 (2) informace o SEQ ID NO: 30 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: 14
-33CZ 288720 B6 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 30
TGTGGGTATG GTGGTAGCAC ACGTCCTGCG TCTGCCCCAG40
ACCTTGTTCG ACATAATAGC CGGGGCCCAT TGGGGCATCT80
TGGCAGGCCT AGCCTATTAC100 (2) informace o SEQ ID NO: 31 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: 111 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 31
TGTGGGTATG GTGGTGGCGC AAGTCCTGCG TTTGCCCCAG40
ACCTTGTTCG ACGTGCTAGC CGGGGCCCAT TGGGGCATCT80
TGGCGGGCCT GGCCTATTAC100 (2) informace o SEQ ID NO: 32 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 100 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: 110 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 32
TACCACTATG CTCCTGGCAT ACTTGGTGCG CATCCCGGAG40
GTCATCCTGG ACATTATCAC GGGAGGACAC TGGGGCGTGA80
TGTTTGGCCT GGCTTATTTC100
-34CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 33 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj: (ATCC # 40394) (C) individuální izolát: hcvl (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 33
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCAAGACTG160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
AGACCGTGCA CC252 (2) informace o SEQ ID NO: 34 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: us5 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 34
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC 120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCAAGACTG 160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240
AGACCGTGCA CC 252
-35CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 35 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ausl (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 35
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCACGCCCC CGCAAGATCA CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT AGACCGTGCA CC (2) informace o SEQ ID NO: 36 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: sp2 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 36
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT
AGACCGTGCA CC
120
160
200
240
252
120
160
200
240
252
-36CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 37 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: gm2 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 37
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCAAGACTG160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
AGACCGTGCA CC252 (2) informace o SEQ ID NO: 38 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: i21 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 38
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC 120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCAAGACTG 160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240
AGACCGTGCA CC 252
-37CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 39 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: us4 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 39
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
AGACCGTGCA CC252 (2) informace o SEQ ID NO: 40 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: jhl (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 40
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC 120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG 160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240
AGACCGTGCA TC 252
-38CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 41 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: nac5 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 41
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
AGACCGTGCA CC252 (2) informace o SEQ ID NO: 42 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: arg2 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 42
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC 120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG 160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240
AGACCGTGCA CC 252
-39CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 43 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: spi (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 43
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
AGACCGTGCA CC252 (2) informace o SEQ ID NO: 44 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ghl (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 44
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC 120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG 160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240
AGACCGTGCA CC 252
-40CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 45 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: il5 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 45
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC 120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG 160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240 AGACCGTGCA CC 252 (2) informace o SEQ ID NO: 46 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ilO (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 46
GCTAGTATCA GTGTCGTACA GCCTCCAGGC CCCCCCCTCC 40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80
GGAATTGCCG GGAAGACTGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC 120
ACTCTATGCC CGGCCATTTG GGCGTGCCCC CGCAAGACTG 160
CTAGCCGAGT AGCGTTGGGT TGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240
AGACCGTGCA TC 252
-41CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 47 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární to (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: arg6 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 47
GTTAGTATGA GTCTCGTACA GCCTCCAGGC CCCCCCCTCC40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GGAATTGCTG GGAAGACTGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC120
ACTCTATGCC CAGCCATTTG GGCGTGCCCC CGCAAGACTG160
CTAGCCGAGT AGCGTTGGGT TGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
TGCCTGAXAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
AGACCGTGCA TC252 (2) informace o SEQ ID NO: 48 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: s21 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 48
GTTAGTACGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CTCCCCCTCC 40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80
GGAATCGCTG GGGTGACCGG GTCCTTTCTT GGAGCAACCC 120
GCTCAATACC CAGAAATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGATCA 160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240
AGACCGTGCA AC 252
-42CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 49 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 252 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: gj61329 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 49
GTTAGTACGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC GGAATCGCTG GGGTGACCGG GTCCTTTCTT GGAGTAACCC GCTCAATACC CAGAAATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGATCA CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT AGACCGTGCA AC (2) informace o SEQ ID NO: 50 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 180 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: sa3 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 50
GTTAGTATGA GTGTCGAACA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC GGAATTGCCG GGATGACCGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC GCTCAATGCC CGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT
120
160
200
240
252
120
160
180
-43CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 51 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 180 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: sa4 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 51
GTTAGTATGA GTGTCGAACA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GGAATTGCCG GGATGACCGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC120
GCTCAATGCC CGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT180 (2) informace o SEQ ID NO: 52 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj: (ATCC # 40394) (C) individuální izolát: hcvl (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 52
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAAAAAA AACAAACGTA40
ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGTGG80
CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG120
GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG CGCGACGAGA AAGACTTCCG160
AGCGGTCGCA ACCTCGAGGT AGACGTCAGC CTATCCCCAA200
GGCTCGTCGG CCCGAGGGCA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGC TGCGGGTGGG280
CGGGATGGCT CCTGTCTCCC CGTGGCTCTC GGCCTAGCTG320
GGGCCCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT360
AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA400
TGGGGTACAT ACCGCTCGTC GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC 440 TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC 480 GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAACCTTCCT GGTTGCTCTT 520 TCTCTATCTT CCTTCTGGCC CTGCTCTCT 549
-44CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 53 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární ío (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: us5 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 53
ATGA6CACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA 40 ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGTGG BO CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG 120 GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG CGCGACGAGG AAGACTTCCG 160 AGCGGTCGCA ACCTCGAGGT AGACGTCAGC CTATCCCCAA 200 GGCGCGTCGG CCCGAGGGCA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG 240 TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT TGCGGGTGGG 280 CGGGATGGCT CCTGTCTCCC CGTGGCTCTC GGCCTAGTTG 320 GGGCCCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT 360 AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCACA 400 TGGGGTACAT ACCGCTCGTC GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC 440 TGCCAGGGCT CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC 480 GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAACCTTCCT GGTTGCTCTT 520 TCTCTATCTT CCTTCTGGCC CTGCTCTCT 549
-45CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 54 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ausl (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 54
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA40
ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTTAAGT TCCCGGGTGG80
CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG120
GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG CGCGACGAGG AAGACTTCCG160
AGCGGTCGCA ACCTCGAGGT AGACGTCAGC CTATCCCTAA200
GGCGCGTCGG CCCGAGGGCA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG240
TACCCCTGGC CCCTCTATGG TAATGAGGGT TGCGGATGGG280
CGGGATGGCT CCTGTCCCCC CGTGGCTCTC GGCCTAGTTG320
GGGCCCTACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT360
AAGGTCATCG ATACCCTCAC GTGCGGCTTC GCCGACCACA400
TGGGGTACAT TCCGCTCGTT GGCGCCCCTC TTGGGGGCGC440
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATCTTCCT GGTTGCTCTT520
TCTCTATCTT CCTTCTGGCC CTTCTCTCT549
-46CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 55 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární io (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: sp2 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 55
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA40
ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGTGG80
CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG120
GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG CACGACGAGG AAGACTTCCG160
AGCGGTCGCA ACCTCGAGGT AGACGTCAGC CCATCCCCAA200
GGCTCGTCGA CCCGAGGGCA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGC TGCGGGTGGG280
CGGGATGGCT CCTGTCTCCC CGTGGCTCTC GGCCTAGCTG320
GGGCCCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT360
AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA400
TGGGGTACAT ACCGCTCGTC GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC440
TGCCAGAGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAACCTTCCC GGTTGCTCTT520
TCTCTATCTT CCTTCTGGCC CTGCTCTCT549
-47CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 56 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární io (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: gm2 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 56
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAGA ACCAAACGTA40
ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGTGG80
CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG120
GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG CGCGACGAGG AAGACTTCCG160
AGCGGTCGCA ACCTCGAGGT AGACGTCAGC CTATCCCCAA200
GGCACGTCGG CCCGAGGGTA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT TGCGGGTGGG280
CGGGATGGCT CCTGTCTCCC CGCGGCTCTC GGCCTAACTG320
GGGCCCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT360
AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA400
TGGGGTACAT ACCGCTCGTC GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC440
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAACCTTCCT GGTTGCTCTT520
TCTCTATCTT CCTTCTGGCC CTGCTCTCT549
-48CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 57 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: i21 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 57
ATGAGCACGA ATCCTAAACC
ACACCAACCG TCGCCCACAG
CGGTCAGATC GTTGGTGGAG
GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGT
GGCGCGTCGG CCCGAGGGCA
TACCCTTGGC CCCTCTATGG
CGGGATGGCT CCTGTCTCCC
GGGCCCCACA GACCCCCGGC
AAGGTCATCG ATACCCTTAC
TGGGGTACAT ACCGCTCGTC
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG
GGCGTGAACT ATGCAACAGG
TTTCTATTTT CCTTCTGGCC
TCAAAGAAAA ACCAAACGTA40
GACGTCAAGT TCCCGGGTGG80
TTTACTTGTT GCCGCGCAGG120
CGCGACGAGG AAGACTTCCG160
AGACGCCAGC CTATCCCCAA200
GGACCTGGGC TCAGCCCGGG240
CAATGAGGGT TGCGGGTGGG280
CGTGGCTCTC GGCCTAGCTG320
GTAGGTCGCG CAATTTGGGT360
GTGCGGCTTC GCCGACCTCA400
GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC440
GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC480
GAACCTTCCT GGTTGCTCTT520
CTGCTCTCT549
-49CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 58 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární ío (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: us4 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 58
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA40
ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTTAAGT TCCCGGGCGG80
TGGCCAGGTC GTTGGTGGAG TTTACCTGTT GCCGCGCAGG120
GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG160
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA200
GGCTCGCCAG CCCGAGGGCA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT ATGGGGTGGG280
CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGTGGCTCTC GGCCTAGTTG320
GGGCCCCACG GACCCCCGGC GTAGGTCGCG TAATTTGGGT360
AAGGTCATCG ATACCCTCAC ATGCGGCTTC GCCGACCTCA400
TGGGGTACAT TCCGCTCGTC GGCGCCCCCC TTAGGGGCGC440
TGCCAGGGCC TTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAGGAC480
GGCGTGAACT ACGCAACAGG GAATCTGCCC GGTTGCTCCT520
TTTCTATCTT CCTCTTGGCT CTGCTGTCC549
-50CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 59 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární io (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: jhl (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 59
ATGAGCACAA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA40
ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG80
TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACCTGTT GCCGCGCAGG120
GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG160
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA200
GGCTCGCCAG CCCGAGGGCA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAACGAGGGT ATGGGGTGGG280
CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGTGGCTCTC GGCCTAGTTG320
GGGCCCCACG GACCCCCGGC GTAGGTCGCG TAATTTGGGT360
AAGGTCATCG ATACCCTCAC ATGCGGCTTC GCCGACCTCA400
TGGGGTACAT TCCGCTTGTC GGCGCCCCCC TAGGGGGCGC440
TGCCAGGGCC CTGGCACATG GTGTCCGGGT TCTGGAGGAC480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATTTGCCC GGTTGCTCTT520
TCTCTATCTT CCTCTTGGCT CTGCTGTCC549
-51CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 60 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární io (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: nac5 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 60
ATGAGCACAA ATCCTAAACC CCAAAGAAAA ACCAAACGTA 40
ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG 80
TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACCTGTT GCCGCGCAGG 120
GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG 160
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA 200
G6CTCGCCGG CCCGAGGGCA GGTCCTGGGC TCAGCCCGGG 240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAACGAGGGT ATGGGGTGGG 280
CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGCGGCTCCC GGCCTAGTTG 320
GGGCCCCACG GACCCCCGGC GTAGGTCGCG TAATTTGGGT 360
AAGGTCATCG ATACCCTCAC ATGCGGCTTC GCCGACCTCA 400
TGGGGTACAT TCCGCTCGTC GGCGCCCCCC TAGGGGGCGC 440
TGCCAGGGCC CTGGCACATG GTGTCCGGGT TCTGGAGGAC 480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATTTGCCT GGTTGCTCTT 520
TCTCTATCTT CCTCTTGGCT CTGCTGTCC 549
-52CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 61 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární ío (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: arg2 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 61
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA40
ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG80
TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG120
GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG160
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA200
GGCTCGCCAG CCCGAGGGTA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT ATGGGGTGGG280
CAGGGTGGCT CCTGTCCCCC CGCGGCTCCC GGCCTAGTTG320
GGGCCCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG TAATTTGGGT360
AAGGTCATCG ATACCCTCAC ATGCGGCTTC GCCGACCTCA400
T6GGGTACAT TCCGCTCGTC GGCGCCCCCC TAGGGGGCGC440
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAGGAC480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATCTGCCC GGTTGCTCTT520
TCTCTATCTT CCTCTTGGCT TTGCTGTCC549
-53CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 62 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: spi (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 62
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA40
ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG80
TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACCTGTT GCCGCGCAGG120
GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG160
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA200
GGCTCGCCGG CCCGAGGGCA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG240
TATCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT CTGGGGTGGG280
CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGCGGCTCTC GGCCTAGCTG320
GGGCCCTACC GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAACTTGGGT360
AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA400
TGGGGTACAT TCCGCTCGTC GGCGCCCCCC TTAGGGGCGC440
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAGGAC480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATTTGCCC GGTTGCTCTT520
TCTCTATCTT CCTCTTGGCT TTGCTGTCC549
-54CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 63 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ghl (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 63
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA40
ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG80
TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG120
GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG160
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA200
GGCTCGCCGG CCCGAGGGCA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT ATGGGGTGGG280
CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGTGGTTCTC GGCCTAGTTG320
GGGCCCCACG GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT360
AAGATCATCG ATACCCTCAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA400
TGGGGTACAT TCCGCTCGTC GGCGCCCCCC TAGGGGGCGC440
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAGGAC480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATCTGCCC GGTTGCTCCT520
TTTCTATCTT CCTTCTGGCT TTGCTGTCC549
-55CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 64 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: i 15 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 64
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA40
ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG80
TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACCTGTT GCCGCGCAGG120
GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG160
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA200
GGCTCGCCAG CCCGAGGGCA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG240
TACCCCTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT ATGGGGTGGG280
CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGCGGCTCCC GGCCTAGTTG320
GGGCCCCAAA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG TAATTTGGGT360
AAGGTCATCG ATACCCTCAC ATGCGGCTTC GCCGACCTCA400
TGGGGTACAT TCCGCTCGTC GGCGCCCCCT TAGGGGGCGC440
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAGGAC480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATCTACCC GGTTGCTCTT520
TCTCTATCTT CCTCTTGGCT TTGCTGTCC549
-56CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 65 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 549 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: ilO (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 65
ATGAGCACAA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAAAGAA40
ACACTAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG80
TGGCCAGATC GTTGGCGGAG TATACTTGCT GCCGCGCAGG120
GGCCCGAGAT TGGGTGTGCG CGCGACGAGG AAAACTTCCG160
AACGATCCCA GCCACGCGGA AGGCGTCAGC CCATCCCTAA200
AGATCGTCGC ACCGCTGGCA AGTCCTGGGG AAGGCCAGGA240
TATCCTTGGC CCCTGTATGG GAATGAGGGT CTCGGCTGGG280
CAGGGTGGCT CCTGTCCCCC CGTGGCTCTC GCCCTTCATG320
GGGCCCCACT GACCCCCGGC ATAGATCGCG CAACTTGGGT360
AAGGTCATCG ATACCCTAAC GTGCGGTTTT GCCGACCTCA400
TGGGGTACAT TCCCGTCATC GGCGCCCCCG TTGGAGGCGT440
TGCCAGAGCT CTCGCCCACG GAGTGAGGGT TCTGGAGGAT480
GGGGTAAATT ATGCAACAGG GAATTTGCCC GGTTGCTCTT520
TCTCTATCTT TCTCTTAGCC CTCTTGTCT549
-57CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 66 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 510 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (vi) originální zdroj:
(C) individuální izolát: arg6 (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 66
ATGAGCACAA ATCCTCAACC
ACACTAACCG CCGCCCACAG
TGGTCAGATC GTTGGCGGAG
GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG
AACGGTCCCA GCCACGTGGG
AGATCGGCGC ACCACTGGCA
TACCCTTGGC CCCTGTATGG
CAGGGTGGCT CCTGTCCCCC
GGGCCCCACT GACCCCCGGC
AAGGTCATCG ATACCCTAAC
TGGGGTACAT TCCCGTCGGT
CGCCAGAGCC CTTGCCCATG
GGGATAAATT ATGCAACAGG (2) informace o SEQ ID NO: 67 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 29 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 67
TCAAAGAAAA ACCAAAAGAA40
GACGTCAAGT TCCCGGGCGG80
TATACTTGTT GCCGCGCAGG120
CGCGACGAGG AAAACTTCCG160
AGGCGCCAGC CCATCCCCAA200
AGTCCTGGGG GAAGCCAGGA240
GAATGAGGGT CTCGGCTGGG280
CGCGGTTCTC GCCCTTCATG320
ATAGATCACG CAACTTGGGT360
GTGTGGTTTT GCCGACCTCA400
GGTGCCCCCG TTGGTGGTGT440
GGGTGAGGGT TCTGGAAGAC480
GAATCTGCCC510
CAACGTAAC ACCAACCGRC GCCCACAGG 29
-58CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 68 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 24 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 68
ACAGAYCCGC AKAGRTCCCC CACG 24 (2) informace o SEQ ID NO: 69 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 30 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 69
CGAACCTCGA GGTAGACGTC AGCCTATCCC 30 (2) informace o SEQ ID NO: 70 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 30 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 70
GCAACCTCGT GGAAGGCGAC AACCTATCCC 30
-59CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 71 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 30 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 71
GTCACCAATG ATTGCCCTAA CTCGAGTATT 30 (2) informace o SEQ ID NO: 72 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 26 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 72
GTCACGAACG ACTGCTCCAA CTCAAG 26 (2) informace o SEQ ID NO: 73 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 28 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 73
TGGACATGAT CGCTGGWGCY CACTGGGG
-60CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 74 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 28 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 74
TGGAYATGGT GGYGGGGGCY CACTGGGG 28 (2) informace o SEQ ID NO: 75 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 20 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 75
ATGATGAACT GGTCVCCYAC 20 (2) informace o SEQ ID NO: 76 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 26 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 76
ACCTTVGCCC AGTTSCCCRC CATGGA
-61CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 77 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 22 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 77
AACCCACTCT ATGYCCGGYC AT 22 (2) informace o SEQ ID NO: 78 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 18 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 78
GAATCGCTGG GGTGACCG 18 (2) informace o SEQ ID NO: 79 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 28 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 79
CCATGAATCA CTCCCCTGTG AGGAACTA 28
-62CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 80 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 18 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologieO: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 80
TTGCGGGGGC ACGCCCAA 18 (2) informace o SEQ ID NO: 81 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 81
YGAAGCGGGC ACAGTCARRC AAGARAGCAG GGC (2) informace o SEQ ID NO: 82 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 82
RTARAGCCCY GWGGAGTTGC GCACTTGGTR GGC 33
-63CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 83 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 83
RATACTCGAG TTAGGGCAAT CATTGGTGAC RTG 33 (2) informace o SEQ ID NO: 84 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 84
AGYRTGCAGG ATGGYATCRK BCGYCTCGTA CAC 33 (2) informace o SEQ ID NO: 85 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 85
GTTRCCCTCR CGAACGCAAG GGACRCACCC CGG 33
-64CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 86 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 86
CGTRGGGGTY AYCGCCACCC AACACCTCGA GRC 33 (2) informace o SEQ ID NO: 87 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 87
CGTYGYGGGG AGTTTGCCRT CCCTGGTGGC YAC 33 (2) informace o SEQ ID NO: 88 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 88
CCCGACAAGC AGATCGATGT GACGTCGAAG CTG 33
-65CZ 288720 Β6 (2) informace o SEQ ID NO: 89 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 89
CCCCACGTAG ARGGCCGARC AGAGRGTGGC GCY 33 (2) informace o SEQ ID NO: 90 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 90
YTGRCCGACA AGAAAGACAG ACCCGCAYAR GTC 33 (2) informace o SEQ ID NO: 91 (Í) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 91
CGTCCAGTGG YGCCTGGGAG AGAAGGTGAA CAG 33
-66CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 92 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 92
GCCGGGATAG ATRGARCAAT TGCARYCTTG CGT 33 (2) informace o SEQ ID NO: 93 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 93
CATATCCCAT GCCATGCGGT GACCCGTTAY ATG 33 (2) informace o SEQ ID NO: 94 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 94
YACCAAYGCC GTCGTAGGGG ACCARTTCAT CAT 33
-67CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 95 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 95
GATGGCTTGT GGGATCCGGA GYASCTGAGC YAY 33 (2) informace o SEQ ID NO: 96 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 96
GACTCCCCAG TGRGCWCCAG CGATCATRTC CAW 33 (2) informace o SEQ ID NO: 97 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 97
CCCCACCATG GAGAAATACG CTATGCCCGC YAG 33
-68CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 98 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 98
TAGYAGCAGY ACTACYARGA CCTTCGCCCA GTT 33 (2) informace o SEQ ID NO: 99 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 99
GSTGACGTGR GTK.TCYGCGT CRACGCCGGC RAA 33 (2) informace o SEQ ID NO: 100 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (i i) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 100
GGAAGYTGGG ATGGTYARRC ARGASAGCAR AGC 33
-69CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 101 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 101
GTAYAYYCCG GACRCGTTGC GCACTTCRTA AGC 33 (2) informace o SEQ ID NO: 102 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 102
AATRCTTGMG TTGGAGCART CGTTYGTGAC ATG 33 (2) informace o SEQ ID NO: 103 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 103
RGYRTGCATG ATCAYGTCCG YYGCCTCATA CAC 33
-70CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 104 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 104
RTTGTYYTCC CGRACGCARG GCACGCACCC RGG 33 (2) informace o SEQ ID NO: 105 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 105
CGTGGGRGTS AGCGCYACCC AGCARCGGGA GSW 33 (2) informace o SEQ ID NO: 106 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 106
YGTRGTGGGG AYGCTGKHRT TCCTGGCCGC VAR 33
-71CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 107 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 107
CCCRACGAGC AARTCGACRT GRCGTCGTAW TGT 33 (2) informace o SEQ ID NO: 108 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 108
YCCCACGTAC ATAGCSGAMS AGARRGYAGC CGY 33 (2) informace o SEQ ID NO: 109 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 109
CTGGGAGAYR AGRAAAACAG ATCCGCARAG RTC 33
72CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 110 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 110
YGTCTCRTGC CGGCCAGSBG AGAAGGTGAA YAG 33 (2) informace o SEQ ID NO: 111 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 111
GCCGGGATAG AKKGAGCART TGCAKTCCTG YAC 33 (2) informace o SEQ ID NO: 112 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 112
CATATCCCAA GCCATRCGRT GGCCTGAYAC CTG 33
-73CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 113 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 113
CACTARGGCT GYYGTRGGYG ASCCAGTTCAT CAT (2) informace o SEQ ID NO: 114 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 114
GACRGCTTGT GGGATCCGGA GTAACTGCGA YAC 33 (2) informace o SEQ ID NO: 115 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 115
GACTCCCCA TGRGCCCCCG CCACCATRTC CAT 33
-74CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 116 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 116
SCCCACCATG GAWWAGTAGG CAAGGCCCGC YAG (2) informace o SEQ ID NO: 117 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 117
GAGTAGCATC ACAATCAADA CCTTAGCCCA GTT 33 (2) informace o SEQ ID NO: 118 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 118
YGWCRYGYRG GTRTKCCCGT CAACGCCGGC AAA 33
-75CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 119 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 119
TCCTCACAGG GGAGTGATTC ATGGTGGAGT GTC 33 (2) informace o SEQ ID NO: 120 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 120
ATGGCTAGAC GCTTTCTGCG TGAAGACAGT AGT 33 (2) informace o SEQ ID NO: 121 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 121
GCCTGGAGGC TGCACGRCAC TCATACTAAC GCC 33
-76CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 122 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 122
CGCAGACCAC TATGGCTCTY CCGGGAGGGG GGG 33 (2) informace o SEQ ID NO: 123 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 123
TCRTCCYGGC AATTCCGGTG TACTCACCGG TTC 33 (2) informace o SEQ ID NO: 124 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 124
GCATIGAGCG GGTTDATCCA AGAAAGGACC CGG 33
-77CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 125 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 125
AGCAGTCTYG CGGGGGCACG CCCAARTCTC CAG 33 (2) informace o SEQ ID NO: 126 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 126
ACAAGGCCTT TCGCGACCCA ACACTACTCG GCT 33 (2) informace o SEQ ID NO: 127 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 127
GGGGCACTCG CAAGCACCCT ATCAGGCAGT ACC 33
-78CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 128 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 128
YGTGCTCATG RTGCACGGTC TACGAGACCT CCC 33 (2) informace o SEQ ID NO: 129 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 129
GTTACGTTTG K.TTYTTYTTT GRGGTTTRGG AWT 33 (2) informace o SEQ ID NO: 130 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 130
CGGGAACTTR ACGTCCTGTG GGCGRCGGTT GGT 33
-79CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 131 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 131
CARGTAAACT CCACCRACGA TCTGRCCRCC RCC 33 (2) informace o SEQ ID NO: 132 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 132
RCGCACACCC AAYCTRGGGC CCCTGCGCGG CAA 33 (2) informace o SEQ ID NO: 133 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 133
AGGTTGCGAC CGCTCGGAAG TCTTYCTRGT CGC 33
-80CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 134 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (i i) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 134
RCGHRCCTTG GGGATAGGCT GACGTCWACC TCG 33 (2) informace o SEQ ID NO: 135 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 135
RCGHRCCTTG GGGATAGGTT GTCGCCWTCC ACG 33 (2) informace o SEQ ID NO: 136 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 136
YCCRGGCTGR GCCCAGRYCC TRCCCTCGGR YYG 33
-81CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 137 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 137
BSHRCCCTCR TTRCCRTAGA GGGGCCADGG RTA 33 (2) informace o SEQ ID NO: 138 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 138
GCCRCGGGGW GACAGGAGCC ATCCYGCCCA CCC (2) informace o SEQ ID NO: 139 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 139
CCGGGGTCY GTGGGGCCCC AYCTAGGCCG RGA 33
-82CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 140 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 140
ATCGATGACC TTACCCAART TRCGCGACCT RCG 33 (2) informace o SEQ ID NO: 141 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 141
CCCCATGAGR TCGGCGAAGC CGCAYGTRAG GGT 33 (2) informace o SEQ ID NO: 142 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 142
GCCYCCWARR GGGGCGCCGA CGAGCGGWAT RTA
-83CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 143 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 143
AACCCGGACR CCRTGYGCCA RGGCCTGGC AGC 33 (2) informace o SEQ ID NO: 144 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 144
RTTCCCTGTT GCATAGTTCA CGCCGTCYTC CAG 33 (2) informace o SEQ ID NO: 145 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 33 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 145
CARRAGGAAG AKAGAGAAAG AGCAACCRGG MAR
-84CZ 288720 B6 (2) informace o SEQ ID NO: 146 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 20 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 146
AGGCATAGGA CCCGTGTCTT 20 (2) informace o SEQ ID NO: 147 (i) charakteristiky sekvence:
(A) délka: 20 nukleotidů (B) typ: nukleová kyselina (C) počet řetězců: jeden (D) topologie: lineární (ii) typ molekuly: DNA (xi) popis sekvence: SEQ ID NO: 147
CTTCTTTGGA GAAAGTGGTG 20
Claims (9)
- PATENTOVÉ NÁROKY1. Nukleová kyselina, mající terapeutické a diagnostické využití týkající se HCV, obsahující nepřirozeně se vyskytující non-HCV-l-nukleotidovou sekvenci alespoň osmi po sobě následujících nukleotidů z 5'UT oblasti, vybraná z nukleotidových sekvencí SEQ ID čísla 34 až 39a41 až51.
- 2. Nukleová kyselina podle nároku 1, kde non-HCV-1 nukleotidové sekvence odpovídají jednomu nebo více genotypům HCV.
- 3. Nukleová kyselina podle nároku 2, ve které uvedená non-HCV-1 nukleotidová sekvence představuje sekvenci prvního genotypu a je vybrána z nukleotidových sekvencí SEQ ID čísla 34 až 38.
- 4. Nukleová kyselina podle kteréhokoliv z nároku 1 až 3, která obsahuje detegovatelné značení.-85CZ 288720 B6
- 5. Nukleová kyselina podle kteréhokoliv z nároků 1 až 4, kde uvedená non-HCV-1 nukleotidová sekvence je fixována k pevné fázi.
- 6. Kompozice pro terapeutické a diagnostické použití, vyznačující se tím, že tato kompozice zahrnuje nukleovou kyselinu podle kteréhokoliv z nároků 1 až 5.
- 7. Použití nukleové kyseliny podle kteréhokoliv z nároků 1 až 3 jako priméru pro DNA syntézu.
- 8. Způsob tvorby hybridizačního produktu s HCV nukleotidovou sekvencí, in vitro, při kterém se provádějí následující stupně:(a) za podmínek, kdy může být hybridizace využita, se uvede do kontaktu nepřirozeně se vyskytující nukleová kyselina se vzorkem, o kterém se předpokládá, že obsahuje HCV nukleotidovou sekvenci, (b) vytvoří se hybridizační podmínky pro tvorbu hybridizačního produktu za přítomnosti HCV nukleotidové sekvence a (c) detekuje se uvedený hybridizační produkt, vyznačující se tím, že uvedenou nepřirozeně se vyskytující nukleovou kyselinou je nukleová kyselina podle nároku 1.
- 9. Způsob detekce jednoho nebo více genotypů HCV, in vitro, při kterém se provádějí následující stupně:(a) za podmínek, kdy může hybridizace být využita, se uvede do kontaktu nepřirozeně se vyskytující nukleová kyselina se vzorkem, o kterém se předpokládá, že obsahuje HCV nukleotidovou sekvenci, pro kterou se má stanovit genotyp, (b) vytvoří se hybridizační podmínky pro tvorbu hybridizačního produktu za přítomnosti HCV nukleotidové sekvence a (c) detekuje se uvedený hybridizační produkt, kteiý je indikativní pro přítomnost alespoň jednoho stanovovaného genotypu HCV, vyznačující se tím, že uvedenou nepřirozeně se vyskytující nukleovou kyselinou je nukleová kyselina podle nároku 1.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CZ19961210A CZ288722B6 (cs) | 1991-05-08 | 1992-05-08 | Nukleová kyselina, kompozice s jejím obsahem, způsob tvorby hybridizačního produktu a způsob detekce genotypů HCV |
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US69732691A | 1991-05-08 | 1991-05-08 | |
| PCT/US1992/004036 WO1992019743A2 (en) | 1991-05-08 | 1992-05-08 | Hcv genomic sequences for diagnostics and therapeutics |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CZ237793A3 CZ237793A3 (en) | 1994-04-13 |
| CZ288720B6 true CZ288720B6 (cs) | 2001-08-15 |
Family
ID=24800701
Family Applications (2)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CZ19932377A CZ288720B6 (cs) | 1991-05-08 | 1992-05-08 | Nukleová kyselina, kompozice s jejím obsahem, způsob tvorby hybridizačního produktu a způsob detekce genotypů HCV |
| CZ19961210A CZ288722B6 (cs) | 1991-05-08 | 1992-05-08 | Nukleová kyselina, kompozice s jejím obsahem, způsob tvorby hybridizačního produktu a způsob detekce genotypů HCV |
Family Applications After (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CZ19961210A CZ288722B6 (cs) | 1991-05-08 | 1992-05-08 | Nukleová kyselina, kompozice s jejím obsahem, způsob tvorby hybridizačního produktu a způsob detekce genotypů HCV |
Country Status (20)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (2) | EP1394256A3 (cs) |
| JP (7) | JPH06508026A (cs) |
| KR (1) | KR100193801B1 (cs) |
| AT (1) | ATE252154T1 (cs) |
| BG (3) | BG62142B1 (cs) |
| CA (1) | CA2108466C (cs) |
| CZ (2) | CZ288720B6 (cs) |
| DE (1) | DE69233234T2 (cs) |
| DK (1) | DK0585398T3 (cs) |
| ES (1) | ES2207633T3 (cs) |
| FI (1) | FI115725B (cs) |
| HU (1) | HU227548B1 (cs) |
| IE (1) | IE921482A1 (cs) |
| NO (1) | NO309532B1 (cs) |
| PL (2) | PL169880B1 (cs) |
| PT (1) | PT100472B (cs) |
| RO (1) | RO117267B1 (cs) |
| RU (1) | RU2155228C2 (cs) |
| SK (1) | SK284205B6 (cs) |
| WO (1) | WO1992019743A2 (cs) |
Families Citing this family (34)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5428145A (en) * | 1991-08-09 | 1995-06-27 | Immuno Japan, Inc. | Non-A, non-B, hepatitis virus genome, polynucleotides, polypeptides, antigen, antibody and detection systems |
| EP0532167A3 (en) * | 1991-08-09 | 1993-03-31 | Immuno Japan Inc. | Non-a, non-b hepatitis virus genome, polynucleotides, polypeptides, antigen, antibody and detection systems |
| US5427909A (en) * | 1991-09-09 | 1995-06-27 | Immuno Japan Inc. | Oligonucleotides and determination system of HCV genotypes |
| EP0610436B9 (en) | 1991-11-21 | 2003-03-26 | Common Services Agency | Hepatitis-c virus testing |
| US6709828B1 (en) | 1992-03-06 | 2004-03-23 | N.V. Innogenetics S.A. | Process for the determination of peptides corresponding to immunologically important epitopes and their use in a process for determination of antibodies or biotinylated peptides corresponding to immunologically important epitopes, a process for preparing them and compositions containing them |
| US6667387B1 (en) | 1996-09-30 | 2003-12-23 | N.V. Innogenetics S.A. | HCV core peptides |
| CA2136764A1 (en) * | 1992-05-29 | 1993-12-09 | Ronald L. Marshall | Ligase chain reaction starting with rna sequences |
| DK0662157T3 (da) * | 1992-09-10 | 2001-08-27 | Isis Pharmaceuticals Inc | Præparater og fremgangsmåde til behandling af Hepatitis C-virus-associerede sygdomme |
| US6423489B1 (en) * | 1992-09-10 | 2002-07-23 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Compositions and methods for treatment of Hepatitis C virus-associated diseases |
| JPH06153961A (ja) * | 1992-11-27 | 1994-06-03 | Imuno Japan:Kk | Ｃ型肝炎ウイルス部分遺伝子、ならびにｃ型肝炎ウイルス遺 伝子の高感度検出法 |
| CA2128528C (en) * | 1992-11-27 | 2012-02-14 | Geert Maertens | Process for typing of hcv isolates |
| US7258977B1 (en) | 1992-11-27 | 2007-08-21 | Innogenetics N.V. | Process for typing of HCV isolates |
| US7255997B1 (en) | 1993-04-27 | 2007-08-14 | N.V. Innogenetics S.A. | Sequences of hepatitis C virus genotypes and their use as therapeutic and diagnostic agents |
| EP1004670B1 (en) * | 1993-04-27 | 2012-04-11 | Innogenetics N.V. | Sequences of hepatitis C virus genotypes and their use as therapeutic and diagnostic agents |
| JPH0775585A (ja) * | 1993-06-14 | 1995-03-20 | Immuno Japan:Kk | Ｃ型肝炎ウイルス関連オリゴヌクレオチドならびにｃ型肝炎 ウイルス遺伝子型判定方法 |
| US7070790B1 (en) | 1993-06-29 | 2006-07-04 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Nucleotide and deduced amino acid sequences of the envelope 1 and core genes of isolates of hepatitis C virus and the use of reagents derived from these sequences in diagnostic methods and vaccines |
| US5882852A (en) * | 1993-06-29 | 1999-03-16 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services | Hepatitic C virus (HCV) core gene nucleotide sequences and related methods of detecting major and minor genotypes of HCV isolates |
| US5514539A (en) * | 1993-06-29 | 1996-05-07 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Nucleotide and deduced amino acid sequences of the envelope 1 gene of 51 isolates of hepatitis C virus and the use of reagents derived from these sequences in diagnostic methods and vaccines |
| AU8003894A (en) * | 1993-10-29 | 1995-05-22 | Srl Inc. | Antigen peptide compound and immunoassay method |
| JPH10503364A (ja) * | 1994-05-10 | 1998-03-31 | ザ ジェネラル ホスピタル コーポレーション | Ｃ型肝炎ウイルスのアンチセンス阻害 |
| WO1996013590A2 (en) | 1994-10-21 | 1996-05-09 | Innogenetics N.V. | New sequences of hepatitis c virus genotypes and their use as prophylactic, therapeutic and diagnostic agents |
| US5851759A (en) * | 1996-04-19 | 1998-12-22 | Chiron Corporation | Heteroduplex tracking assay (HTA) for genotyping HCV |
| IT1284847B1 (it) * | 1996-06-07 | 1998-05-22 | Sorin Biomedica Diagnostics Sp | Procedimento per la rivelazione di acidi nucleici specifici di hcv |
| EP1029084A2 (de) * | 1997-11-04 | 2000-08-23 | Roche Diagnostics GmbH | Spezifisches und sensitives nukleinsäurenachweisverfahren |
| US6680059B2 (en) | 2000-08-29 | 2004-01-20 | Tripep Ab | Vaccines containing ribavirin and methods of use thereof |
| RU2286172C2 (ru) | 2000-08-17 | 2006-10-27 | Трипеп Аб | Вакцины, содержащие рибавирин, и способы их использования |
| CA2419418A1 (en) | 2000-08-17 | 2002-02-21 | Tripep Ab | Vaccines containing ribavirin and methods of use thereof |
| US7022830B2 (en) | 2000-08-17 | 2006-04-04 | Tripep Ab | Hepatitis C virus codon optimized non-structural NS3/4A fusion gene |
| US6586584B2 (en) | 2001-01-29 | 2003-07-01 | Becton, Dickinson And Company | Sequences and methods for detection of Hepatitis C virus |
| US7196183B2 (en) | 2001-08-31 | 2007-03-27 | Innogenetics N.V. | Hepatitis C virus genotype, and its use as prophylactic, therapeutic and diagnostic agent |
| ES2596753T3 (es) | 2003-08-29 | 2017-01-11 | Fujirebio Europe N.V. | Nuevo clado del virus de la hepatitis C y secuencias prototipo del mismo |
| US7473773B2 (en) | 2004-01-07 | 2009-01-06 | Third Wave Technologies, Inc. | Determination of hepatitis C virus genotype |
| KR100733186B1 (ko) * | 2005-05-31 | 2007-06-27 | 재단법인 목암생명공학연구소 | Ｈｃｖ 유전자에 특이적인 작은 간섭 ｒｎａ 및 그를유효성분으로 포함하는 ｃ형 간염 치료제 |
| WO2009022236A2 (en) | 2007-08-16 | 2009-02-19 | Tripep Ab | Immunogen platform |
Family Cites Families (9)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| UA42668C2 (uk) * | 1987-11-18 | 2001-11-15 | Чірон Корпорейшн | Поліпептид, що має антигенні властивості вірусу гепатиту с (hcv) (варіанти), діагностичний реагент для виявлення антитіл до вірусу гепатиту с (варіанти), набір для виявлення антитіл до вірусу гепатиту с (варіанти), спосіб виявлення антитіл до вірусу гепатиту с (варіанти) |
| SU1645302A1 (ru) * | 1989-01-05 | 1991-04-30 | Московский Научно-Исследовательский Институт Педиатрии И Детской Хирургии Минздрава Рсфср | Способ дифференциальной индикации вирусспецифических нуклеотидных последовательностей вируса герпеса простого типа 1 и 2. |
| HU225068B1 (en) * | 1989-03-17 | 2006-05-29 | Chiron Corp | Process for producing diagnostics and vaccine of nanbh |
| CA2032381C (en) * | 1989-12-18 | 2006-02-21 | Peter E. Highfield | Viral agent |
| WO1991014779A1 (en) * | 1990-03-28 | 1991-10-03 | Mitsui Toatsu Chemicals, Incorporated | Diagnostic for hepatitis virus |
| KR100217483B1 (ko) * | 1990-04-06 | 1999-09-01 | 프랭크 쿵 | C형 간염 바이러스 에피토프 |
| EP0464287A1 (en) * | 1990-06-25 | 1992-01-08 | The Research Foundation for Microbial Diseases of Osaka University | Non-A, non-B hepatitis virus genomic cDNA and antigen polypeptide |
| CA2045326A1 (en) * | 1990-06-25 | 1991-12-26 | Hiroto Okayama | Non-a, non-b, hepatitis virus particles |
| EP0510952A1 (en) * | 1991-04-26 | 1992-10-28 | Immuno Japan Inc. | Oligonucleotide primers and their application for high-fidelity detection of non-a, non-b hepatitis virus |
-
1992
- 1992-05-08 CZ CZ19932377A patent/CZ288720B6/cs not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 CA CA002108466A patent/CA2108466C/en not_active Expired - Lifetime
- 1992-05-08 RU RU93058449/13A patent/RU2155228C2/ru active
- 1992-05-08 PL PL92301282A patent/PL169880B1/pl unknown
- 1992-05-08 JP JP4512055A patent/JPH06508026A/ja not_active Withdrawn
- 1992-05-08 AT AT92913881T patent/ATE252154T1/de not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 WO PCT/US1992/004036 patent/WO1992019743A2/en not_active Application Discontinuation
- 1992-05-08 KR KR1019930703367A patent/KR100193801B1/ko not_active Expired - Lifetime
- 1992-05-08 CZ CZ19961210A patent/CZ288722B6/cs not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 SK SK1232-93A patent/SK284205B6/sk not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 PT PT100472A patent/PT100472B/pt not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 HU HU9303166A patent/HU227548B1/hu unknown
- 1992-05-08 DE DE69233234T patent/DE69233234T2/de not_active Revoked
- 1992-05-08 PL PL92312096A patent/PL170151B1/pl unknown
- 1992-05-08 ES ES92913881T patent/ES2207633T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1992-05-08 EP EP03013389A patent/EP1394256A3/en not_active Withdrawn
- 1992-05-08 DK DK92913881T patent/DK0585398T3/da active
- 1992-05-08 RO RO93-01493A patent/RO117267B1/ro unknown
- 1992-05-08 EP EP92913881A patent/EP0585398B1/en not_active Revoked
- 1992-07-01 IE IE148292A patent/IE921482A1/en not_active IP Right Cessation
-
1993
- 1993-11-05 NO NO934019A patent/NO309532B1/no not_active IP Right Cessation
- 1993-11-05 BG BG98200A patent/BG62142B1/bg unknown
- 1993-11-05 BG BG101876A patent/BG64627B1/bg unknown
- 1993-11-08 FI FI934937A patent/FI115725B/fi not_active IP Right Cessation
-
1997
- 1997-09-04 BG BG101876A patent/BG101876A/xx unknown
-
2002
- 2002-05-10 JP JP2002134999A patent/JP2003009892A/ja not_active Withdrawn
- 2002-05-10 JP JP2002134997A patent/JP2003009891A/ja not_active Withdrawn
- 2002-05-10 JP JP2002134998A patent/JP2003024090A/ja not_active Withdrawn
- 2002-05-10 JP JP2002135000A patent/JP2003009893A/ja not_active Withdrawn
-
2004
- 2004-06-04 JP JP2004167859A patent/JP2004290204A/ja not_active Withdrawn
-
2008
- 2008-03-05 JP JP2008055639A patent/JP2008178416A/ja active Pending
Also Published As
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CZ288720B6 (cs) | Nukleová kyselina, kompozice s jejím obsahem, způsob tvorby hybridizačního produktu a způsob detekce genotypů HCV | |
| US6214583B1 (en) | HCV genomic sequences for diagnostics and therapeutics | |
| EP0804584B1 (en) | Sequences of hepatitis c virus genotype 7 and their use as prophylactic, therapeutic and diagnostic agents | |
| RU2148587C1 (ru) | Полипептид и способ его получения, реагент для иммуноанализа, способ определения присутствия антител и способ индукции иммунного ответа | |
| JP4296174B2 (ja) | Ｇ型肝炎ウイルスおよびその分子クローニング | |
| AU668355C (en) | HCV genomic sequences for diagnostics and therapeutics |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PD00 | Pending as of 2000-06-30 in czech republic | ||
| MK4A | Patent expired |
Effective date: 20120508 |