BG64627B1 - Нсv геномни последователности за диагностика и лечение - Google Patents
Нсv геномни последователности за диагностика и лечение Download PDFInfo
- Publication number
- BG64627B1 BG64627B1 BG101876A BG10187693A BG64627B1 BG 64627 B1 BG64627 B1 BG 64627B1 BG 101876 A BG101876 A BG 101876A BG 10187693 A BG10187693 A BG 10187693A BG 64627 B1 BG64627 B1 BG 64627B1
- Authority
- BG
- Bulgaria
- Prior art keywords
- hcv
- nucleic acid
- acid sequence
- sequence
- sequences
- Prior art date
Links
- 238000011282 treatment Methods 0.000 title abstract description 7
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims abstract description 34
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 28
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 27
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 27
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 21
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims abstract description 10
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 claims description 128
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 101
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 101
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 17
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims description 15
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims description 5
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 claims 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 claims 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 claims 1
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 abstract description 19
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 abstract description 8
- 208000005176 Hepatitis C Diseases 0.000 abstract description 3
- 208000036142 Viral infection Diseases 0.000 abstract description 2
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 abstract description 2
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 58
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 32
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 21
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 20
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 18
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 18
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 18
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 15
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 10
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 9
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 8
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 8
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 8
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 8
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 7
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 6
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 6
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 6
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 6
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 6
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 5
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 5
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 5
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 5
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 5
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 4
- 102000019197 Superoxide Dismutase Human genes 0.000 description 4
- 108010012715 Superoxide dismutase Proteins 0.000 description 4
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 4
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 4
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 4
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 4
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 4
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 4
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 4
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 4
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 4
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 3
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 3
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108010076039 Polyproteins Proteins 0.000 description 3
- 101710172711 Structural protein Proteins 0.000 description 3
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 3
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 3
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 3
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 3
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 3
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 3
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 3
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 3
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 3
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 3
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 3
- 238000001668 nucleic acid synthesis Methods 0.000 description 3
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 3
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 3
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 3
- 239000000829 suppository Substances 0.000 description 3
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 3
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 3
- QMXCRMQIVATQMR-UHFFFAOYSA-N (2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 3-pyridin-2-ylsulfanylpropanoate Chemical compound O=C1CCC(=O)N1OC(=O)CCSC1=CC=CC=N1 QMXCRMQIVATQMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000701022 Cytomegalovirus Species 0.000 description 2
- 206010019791 Hepatitis post transfusion Diseases 0.000 description 2
- 241000709721 Hepatovirus A Species 0.000 description 2
- 241000701044 Human gammaherpesvirus 4 Species 0.000 description 2
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 2
- 108010067390 Viral Proteins Proteins 0.000 description 2
- 239000004480 active ingredient Substances 0.000 description 2
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 2
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 2
- 239000010836 blood and blood product Substances 0.000 description 2
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 2
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 2
- 239000013043 chemical agent Substances 0.000 description 2
- 125000000151 cysteine group Chemical group N[C@@H](CS)C(=O)* 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 description 2
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 description 2
- 208000029570 hepatitis D virus infection Diseases 0.000 description 2
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 2
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 2
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 2
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 2
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 2
- HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L magnesium stearate Chemical compound [Mg+2].CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O.CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 2
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 2
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 2
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 2
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 2
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 2
- JJAHTWIKCUJRDK-UHFFFAOYSA-N succinimidyl 4-(N-maleimidomethyl)cyclohexane-1-carboxylate Chemical compound C1CC(CN2C(C=CC2=O)=O)CCC1C(=O)ON1C(=O)CCC1=O JJAHTWIKCUJRDK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 2
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 2
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 2
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 2
- HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N α-D-glucopyranosyl-α-D-glucopyranoside Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OC1C(O)C(O)C(O)C(CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N (6E,10E,14E,18E)-2,6,10,15,19,23-hexamethyltetracosa-2,6,10,14,18,22-hexaene Chemical compound CC(C)=CCCC(C)=CCCC(C)=CCCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)C YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NWUYHJFMYQTDRP-UHFFFAOYSA-N 1,2-bis(ethenyl)benzene;1-ethenyl-2-ethylbenzene;styrene Chemical compound C=CC1=CC=CC=C1.CCC1=CC=CC=C1C=C.C=CC1=CC=CC=C1C=C NWUYHJFMYQTDRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WOJKKJKETHYEAC-UHFFFAOYSA-N 6-Maleimidocaproic acid Chemical compound OC(=O)CCCCCN1C(=O)C=CC1=O WOJKKJKETHYEAC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150026173 ARG2 gene Proteins 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 108010088751 Albumins Proteins 0.000 description 1
- 102000009027 Albumins Human genes 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N Alpha-Lactose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N D-Mannitol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N Dihydrogen disulfide Chemical compound SS BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000013138 Drug Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010065556 Drug Receptors Proteins 0.000 description 1
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- 241000700721 Hepatitis B virus Species 0.000 description 1
- 208000005331 Hepatitis D Diseases 0.000 description 1
- 206010057212 Hepatitis viral infections Diseases 0.000 description 1
- 101000945318 Homo sapiens Calponin-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000652736 Homo sapiens Transgelin Proteins 0.000 description 1
- 101100005166 Hypocrea virens cpa1 gene Proteins 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N Lactose Natural products OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)C(O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N 0.000 description 1
- 206010067125 Liver injury Diseases 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- 229930195725 Mannitol Natural products 0.000 description 1
- 108700015872 N-acetyl-nor-muramyl-L-alanyl-D-isoglutamine Proteins 0.000 description 1
- 108700020354 N-acetylmuramyl-threonyl-isoglutamine Proteins 0.000 description 1
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 1
- 108090001074 Nucleocapsid Proteins Proteins 0.000 description 1
- 108010058846 Ovalbumin Proteins 0.000 description 1
- 241000282577 Pan troglodytes Species 0.000 description 1
- 108010020346 Polyglutamic Acid Proteins 0.000 description 1
- 108010039918 Polylysine Proteins 0.000 description 1
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 1
- 101150098638 RNASE1 gene Proteins 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 102100039832 Ribonuclease pancreatic Human genes 0.000 description 1
- 241000702670 Rotavirus Species 0.000 description 1
- 101100404032 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) arg6 gene Proteins 0.000 description 1
- 108091081021 Sense strand Proteins 0.000 description 1
- 229920002684 Sepharose Polymers 0.000 description 1
- 229920002472 Starch Polymers 0.000 description 1
- BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N Tetramethylsqualene Natural products CC(=C)C(C)CCC(=C)C(C)CCC(C)=CCCC=C(C)CCC(C)C(=C)CCC(C)C(C)=C BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000009843 Thyroglobulin Human genes 0.000 description 1
- 108010034949 Thyroglobulin Proteins 0.000 description 1
- 102100031013 Transgelin Human genes 0.000 description 1
- HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N Trehalose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N 0.000 description 1
- 101100379634 Xenopus laevis arg2-b gene Proteins 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 239000013543 active substance Substances 0.000 description 1
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 1
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 description 1
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 description 1
- NWMHDZMRVUOQGL-CZEIJOLGSA-N almurtide Chemical compound OC(=O)CC[C@H](C(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)CO[C@@H]([C@H](O)[C@H](O)CO)[C@@H](NC(C)=O)C=O NWMHDZMRVUOQGL-CZEIJOLGSA-N 0.000 description 1
- HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N alpha,alpha-trehalose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N 0.000 description 1
- WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K aluminium hydroxide Chemical compound [OH-].[OH-].[OH-].[Al+3] WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N beta-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 1
- 102000005936 beta-Galactosidase Human genes 0.000 description 1
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 1
- 230000001588 bifunctional effect Effects 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- KDPAWGWELVVRCH-UHFFFAOYSA-N bromoacetic acid Chemical compound OC(=O)CBr KDPAWGWELVVRCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000002421 cell wall Anatomy 0.000 description 1
- 235000010980 cellulose Nutrition 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 1
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 1
- 239000011248 coating agent Substances 0.000 description 1
- 238000000576 coating method Methods 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 239000000470 constituent Substances 0.000 description 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 1
- 239000012050 conventional carrier Substances 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 229920001577 copolymer Polymers 0.000 description 1
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 1
- 239000007822 coupling agent Substances 0.000 description 1
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 1
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 1
- NZNMSOFKMUBTKW-UHFFFAOYSA-N cyclohexanecarboxylic acid Chemical compound OC(=O)C1CCCCC1 NZNMSOFKMUBTKW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 239000008121 dextrose Substances 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 230000003467 diminishing effect Effects 0.000 description 1
- 238000004090 dissolution Methods 0.000 description 1
- PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N dodecahydrosqualene Natural products CC(C)CCCC(C)CCCC(C)CCCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)C PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 239000003995 emulsifying agent Substances 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 238000001976 enzyme digestion Methods 0.000 description 1
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 239000004931 filters and membranes Substances 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 238000005194 fractionation Methods 0.000 description 1
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 1
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 1
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 1
- 108060003552 hemocyanin Proteins 0.000 description 1
- 231100000234 hepatic damage Toxicity 0.000 description 1
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 description 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 1
- 239000000677 immunologic agent Substances 0.000 description 1
- 229940124541 immunological agent Drugs 0.000 description 1
- 238000010324 immunological assay Methods 0.000 description 1
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- JDNTWHVOXJZDSN-UHFFFAOYSA-N iodoacetic acid Chemical compound OC(=O)CI JDNTWHVOXJZDSN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003456 ion exchange resin Substances 0.000 description 1
- 229920003303 ion-exchange polymer Polymers 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 1
- 239000004816 latex Substances 0.000 description 1
- 229920000126 latex Polymers 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 239000006193 liquid solution Substances 0.000 description 1
- 239000006194 liquid suspension Substances 0.000 description 1
- 230000008818 liver damage Effects 0.000 description 1
- 208000019423 liver disease Diseases 0.000 description 1
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 1
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 1
- ZLNQQNXFFQJAID-UHFFFAOYSA-L magnesium carbonate Chemical compound [Mg+2].[O-]C([O-])=O ZLNQQNXFFQJAID-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000001095 magnesium carbonate Substances 0.000 description 1
- 229910000021 magnesium carbonate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000014380 magnesium carbonate Nutrition 0.000 description 1
- 235000019359 magnesium stearate Nutrition 0.000 description 1
- 239000000594 mannitol Substances 0.000 description 1
- 235000010355 mannitol Nutrition 0.000 description 1
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 1
- JMUHBNWAORSSBD-WKYWBUFDSA-N mifamurtide Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)OC[C@@H](OC(=O)CCCCCCCCCCCCCCC)COP(O)(=O)OCCNC(=O)[C@H](C)NC(=O)CC[C@H](C(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](C)O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)OC(O)[C@@H]1NC(C)=O JMUHBNWAORSSBD-WKYWBUFDSA-N 0.000 description 1
- 229960005225 mifamurtide Drugs 0.000 description 1
- 108700007621 mifamurtide Proteins 0.000 description 1
- 229940035032 monophosphoryl lipid a Drugs 0.000 description 1
- 229940031348 multivalent vaccine Drugs 0.000 description 1
- 210000004897 n-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 230000003472 neutralizing effect Effects 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 1
- 229940092253 ovalbumin Drugs 0.000 description 1
- 239000006174 pH buffer Substances 0.000 description 1
- 238000010647 peptide synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 1
- 229920001515 polyalkylene glycol Polymers 0.000 description 1
- 229920002643 polyglutamic acid Polymers 0.000 description 1
- 229920000656 polylysine Polymers 0.000 description 1
- 230000000379 polymerizing effect Effects 0.000 description 1
- 235000010482 polyoxyethylene sorbitan monooleate Nutrition 0.000 description 1
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 1
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 1
- 229920000053 polysorbate 80 Polymers 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 1
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 1
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 1
- 238000001742 protein purification Methods 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 101150076131 rib-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 239000012266 salt solution Substances 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 1
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 235000011083 sodium citrates Nutrition 0.000 description 1
- 159000000000 sodium salts Chemical class 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 238000000638 solvent extraction Methods 0.000 description 1
- 229940031439 squalene Drugs 0.000 description 1
- TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N squalene Natural products CC(=CCCC(=CCCC(=CCCC=C(/C)CCC=C(/C)CC=C(C)C)C)C)C TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000008107 starch Substances 0.000 description 1
- 235000019698 starch Nutrition 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- -1 succinimidyl Chemical group 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 238000010189 synthetic method Methods 0.000 description 1
- 229960000814 tetanus toxoid Drugs 0.000 description 1
- 150000003568 thioethers Chemical class 0.000 description 1
- 125000003396 thiol group Chemical group [H]S* 0.000 description 1
- 229960002175 thyroglobulin Drugs 0.000 description 1
- 150000003626 triacylglycerols Chemical class 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000009736 wetting Methods 0.000 description 1
- 239000000080 wetting agent Substances 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
- A61K38/04—Peptides having up to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
- A61K38/08—Peptides having 5 to 11 amino acids
- A61K38/09—Luteinising hormone-releasing hormone [LHRH], i.e. Gonadotropin-releasing hormone [GnRH]; Related peptides
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
- A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- A61K38/162—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from virus
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
- A61P31/20—Antivirals for DNA viruses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
- C12Q1/706—Specific hybridization probes for hepatitis
- C12Q1/707—Specific hybridization probes for hepatitis non-A, non-B Hepatitis, excluding hepatitis D
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/24011—Flaviviridae
- C12N2770/24211—Hepacivirus, e.g. hepatitis C virus, hepatitis G virus
- C12N2770/24222—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Virology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Oncology (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Endocrinology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Reproductive Health (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
Abstract
Изобретението се отнася до състав и метод за диагностика и лечение на хепатит С вирусна инфекция (НСV). Съставът включва несрещана в природата аминокиселинна последователност най-малко с осем последователни нуклеотида от централната част на НСV последователността и може да служи като основен компонент при изготвянето на антитела и ваксини. По метода се получава хибридизационен продукт с НСV аминокиселинна последователност и се определят НСV генотиповете.
Description
(54) HCV ГЕНОМНИ ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТИ ЗА ДИАГНОСТИКА И ЛЕЧЕНИЕ
Област на изобретението
Изобретението се отнася до състав и метод за диагностика и лечение на хепатит С вирусна инфекция (HCV), считана по-рано за нито- А, нито- В хепатитна вирусна инфекция. По-специално изобретението се отнася до състав за диагностициране и лечение на HCV инфекция, метод за получаване на хибридизационен продукт с НС V последователност от нуклеинови киселини и метод за откриване на един или повече HCV генотипове.
Предшестващо състояние на техниката
Прототипът, изолиран от HCV, е охарактеризиран в US заявка за патент N0 122 714 (виж също ЕРО публикация 318216). Терминът “ HCV”, така както е използван тук, включва нови изолати от същия вид вируси. Терминът “HCV-1 “ е обяснен в US заявка за патент No 122714.
HCV е трансмисивен тип заболяване, което се отличава от другите форми вирусно- асоциирани чернодробни заболявания, включително тези, причинени от известните хепатити вируси, напр., вируса на хепатит A (HAV), вируса на хепатит В (НВ V), и вируса на делта хепатита (HDV), а така също и хепатита, индуциран от цитомегаловирус (CMV) или вируса на Epstein- Barr (EBV). HCV за първи път е установен у индивиди, подлагани на кръвопреливане.
Необходимостта от чувствителни, специфични методи за скрининг и идентифициране на преносителите на HCV и контаминирана с HCV кръв и кръвни продукти е значителна. Постгрансфузионен хепатит (РТН) се явява в около 10% от подложените на кръвопреливане пациенти, като HCV възлиза на около 90% от тези случаи. Често това заболяване прогресира до хронично чернодробно увреждане (25-55%).
Грижата за пациентите, както и предотвратяването на предаването на НС V с кръв и кръвни продукти или чрез близък контакт на персонала изискват сигурни средства за скрининг, диагностика и прогнозиране с оглед откриване на нуклеинови киселини, антигени и антитела, свързани с HCV.
Информацията в това описание предполага, че НС V притежава няколко генотипа. Което означава, че генетичната информация за НС V вируса може да не е напълно идентична за целия HCV, но об хваща групи с различна генетична информация.
Генетичната информация се съхранява във верижни молекули ДНК и РНК. HCV геномът се състои от единична позитивна РНК верига. От друга страна HCV геномът притежава непрекъсната, транслационна отворена рамка на разчитане (ORF), която кодира полипротеин с около 3 000 аминокиселини. В ORF структурния протеин(и) очевидно са кодирани в приблизително първата четвърт на Nкрайния участък, повечето от полипротеините, отговорни за не-структурни протеини.
НС V полипротеинът съдържа, от аминокрая към карбоксилния край, нуклеокапсидния протеин (С), покривния протеин (Е), и неструктурните протеини (NS), 12,3,4 (Ь), и 5.
НС V от различните генотипове може да кодира протеини, които предизвикват изменен отговор на гостоприемниковата имунна система. HCV от различаващи се генотипове може трудно да бъде открита чрез имунодиагностични техники и техники на нуклеокиселинни сонди, които не са специфично насочени към такъв генотип.
По-долу са изложени дефиниции на избраните термини, използвани в описанието, с което да се улесни разбирането на изобретението. Терминът “съответни” означава хомоложни на или комплементарни на „определена последователност от нуклеинови киселини. Както между нуклеинови киселини и пептиди, съответни се отнася и до аминокиселини на пептид в ред, получен от последователността на дадена нуклеинова киселина или нейния комплемент.
Терминът “несрещана в природата аминокиселина” се отнася до част от геномна нуклеинова киселина сДНК, полусинтетична нуклеинова киселина, или синтетична оригинална нуклеинова киселина, която чрез произхода си или при преработване: (1) не е свързана с всички нуклеинови киселини, с които е свързана в природата, (2) е присъединена към нуклеинова киселина или друг химичен агент, различен от този, към който е присъединена в природата, или (3) не се среща в природата.
По подобен начин терминът “несрещан в природата пептид” се отнася до част от голям природен пептид или протеин, или полусинтетичен или синтетичен пептид, който чрез произхода си или при преработка: (1) не се свързва с всички пептиди, с които е свързан в природата, (2) се присъединява към пептиди, функционални групи или химични агенти, различни от тези, към които се присъединява в природата, или (3) не се среща в природата.
Терминът “праймер” се отнася до нуклеи нова киселина, която е способна да инициира синтезата на по-голяма нуклеинова киселина, когато е поставена в подходящи условия. Праймерът би бил напълно или по същество комплементарен на участък от нуклеиновата киселина, от която ще бъде копиран. Така, при условия на хибридизация, праймерът ще доведе до комплементарен участък от поголяма нуклеинова киселина. При добавяне на подходящи реактиви, праймерът се разширява чрез полимеризиращият агент за формиране на копие от по-голямата нуклеинова киселина.
Терминът “свързваща двойка” се отнася до която и да е двойка молекули, проявяваща взаимен афинитет или свързващ капацитет. За целите на настоящето описание, терминът “лиганд” се отнася до една молекула от свързващата двойка, а терминът “антилиганд” или “рецептор” или “мишена” се отнася до противоположна на свързващата двойка молекула. Например, по отношение на нуклеиновите киселини, свързваща двойка може да включва две комплементарни нуклеинови киселини. Една от нуклеиновите киселини може да бъде означена като лиганд, а другата верига да е означена като антилиганд, рецептор или мишена. Означаването като лиганд или антилиганд е въпрос на условност. Други свързващи двойки съдържат, например, антигени и антитела, лекарства и места за лекарствени рецептори и ензими или ензимни субстрати и т. н.
Терминът “маркер “ се отнася до част от молекула, която може да бъде открита, например, чрез радиоактивни изотопи, ензимилуминисцентни средства, преципитиращи средства и багрила.
Терминът “носител” включва обичайните носители като филтри и мембрани, а така също и възстановени носители, които могат да бъдат по същество диспергирани в средата и отстранени или разделени от средата чрез имобилизация, филтруване, парциониране или по друг подобен начин. Терминът “носещи средства” означава носители, които могат да се свържат с нуклеинови киселини, пептиди или антитела чрез свързващи партньори, или ковалентни или нековалентни връзки.
Същност на изобретението
Нуклеиновата киселина от настоящето изобретение съответства на HCV вирусния геном, който определя различни генотипове. Изобретението предлага също и методи за приложение на съставите, съответстващи на последователностите от HCV вирусният геном, определящи различни генотипове, описани тук.
A. Състави на нуклеинови киселини
Нуклеиновата киселина съгласно изобретението, съответстваща на HCV вирусния геном, който определя различни генотипове, има приложение като сонда в хибридизационни реакции, като праймер на реакции, включващи синтезата на нукленова киселина, като свързващ партньор за разделяне на HCV вирусната нуклеинова киселина от други присъстващи конституенти, и като анти- смислова нуклеинова киселина за предотвратяване транскрибцията или транслацията на вирусната нуклеинова киселина.
По-специално, настоящето изобретение се отнася до несрещана в природата нуклеинова киселина, съдържаща аминокиселинна последователност от поне осем последователни нуклеотида, съответстващи на не- HCV-1 нуклеотидната последователност на хепатит С вирусния геном. За предпочитане нуклеотидната последователност е подбрана от поне един участък, състоящ се от NS5 участъка, покривният 1 участък, 5' UT участък и централния участък, номерирани съответно от 1 до 147. Поконкретно, нуклеотидната последователност е подбрана от централния участък, като последователностите, съответстващи на централния участък са номерирани съответно от 53 до 66. Последователност No 52 съответства наНСУ-1. Последователностите от 52 до 66 са представени на секвенционния листинг към настоящето описание.
Съставите по настоящето изобретение формират хибридизационни продукти с нуклеинова киселина, съответстваща на различни генотипове на HCV
НС V притежава поне пет генотипа, които за улеснение в настоящето описание са означени като GI- GV. Първият генотип, GI, е илюстриран с последователностите, номерирани 1 -6,23- 25,33- 38 и 5257. Вторият генотип, GII, е представен с последователностите с номера 7- 12,26- 28, 39- 45 и 58- 64. Третият генотип, GUI, е илюстриран с последователностите с номера 13- 17,32,46- 47 и 65- 66. Четвъртият генотип, GIV, е илюстриран с последователностите с номера 20 - 22,29- 31 и 48- 49. Петият генотип, GV, е илюстриран с последователностите с номера 18,19,50 и 51.
По-специално изобретението се отнася до не- HCV-1 последователност от амино киселини, представляваща последователност от първи генотип, подбрана от аминокиселинна последователност в рамките на SEQ ID No. 53- 57.
B. Метод за формиране на хибридизационен продукт Обект на настоящето изобретение е също и метод за формиране на хибридизационен продукт с такава нуклеинова киселина, която да притежава последователност, отговаряща на HCV нуклеинова киселина. Този метод включва етапите на поставяне на несрещана в природата нуклеинова киселина с не- HCV-1 последователност; съответстваща на HCV нуклеинова киселина в условия на хибридизация. Несрещаната в природата нуклеинова киселина е способна да формира хибридизационен продукт с HCV нуклеинова киселина в условия на хибридизация. Метод ът по-нататък предвижда етапа на прилагане на хибридизационни условия за формиране на хибридизационен продукт в присъствието на нуклеинова киселина, съответстваща на определен участък от НС V генома.
Формирането на хибридизационен продукт е приложимо за установяване присъствието на един или повече генотипове на HCV. За предпочитане, несрещаната в природата нуклеинова киселина формира хибридизационен продукт с нуклеинова киселина от HCV в един или повече участъци, включващи NS5 участъка, покривният 1 участък, 5’UT участък и централния участък. За откриване на хибридизационния продукт, е целесъобразно свързването на несрещаната в природата нуклеинова киселина с определен маркер. Формирането на хибридизационния продукт се установява чрез разделянето му от маркираната несрещана в природата нуклеинова киселина, която не е формирала хибридизационен продукт.
Формирането на хибридизационен продукт е приложимо като средство за разделяне на един или повече генотипове HCW нуклеинови киселини от други евентуално присъстващи съставки. За целта, целесъобразно е несрещаната в природата нуклеинова киселина да бъде свързана с носител, за да се раздели полученият в резултат хибридизационен продукт от другите съставки.
“Сандвич анализ” на нуклеиновите киселини предвижда свързване на една нуклеинова киселина с маркер и на втора нуклеинова киселина с носител. Един вариант на настоящето изобретение включва сандвич анализ, включващ две нуклеинови киселини, и двете притежаващи последователности, които съответстват на HCV нуклеиновите киселини; обаче, поне една несрещана в природата нуклеинова киселина притежава последователност, съответстваща на не-HCV-1HCV нуклеинова киселина. Поне една нуклеинова киселина е в състояние да се свърже с маркер, а другата - да се свърже с носител. Носителят, свързан с неприродно срещана нуклеинова киселина, се използва за разделяне на хиб ридизационния продукт; който включва HCV нуклеинова киселина и несрещана в природата нуклеинова киселина, притежаваща не- HCV-1 последователност.
Един вариант на изпълнение на настоящето изобретение предвижда метод за установяване на един или повече генотипове на HCV. Методът включва етапите на поставяне на несрещана в природата нуклеинова киселина в условия на хибридизация. Несрещаната в природата нуклеинова киселина е способна да формира хибридизационен продукт с нуклеинова киселина от един или повече генотипове на HCV.
Хибридизационният продукт на НС V нуклеинова киселина с несрещана в природата нуклеинова киселина, притежаваща не-HCV-1 последователност, съответстваща на последователности от HCV геномът е приложим за иницииране на реакция за синтезата на нуклеинова киселина.
Хибридизационният продукт на HCV нуклеинова киселина с несрещана в природата нуклеинова киселина, притежаваща последователност, съответна на определен аенотип на HCV, е приложим за иницииране на реакцията на синте на нуклеинова киселина от такъв генотип. В един вариант на изпълнение, синтезираната нуклеинова киселина е показателна за присъствието на един или повече генотипове на НС V.
Синтезата на нуклеинова киселина може също да улесни клонирането на нуклеиновата киселина във вектор на експресия, който от своя страна синтезира вирусни протеини.
Варианти на настоящите методи са приложими като антисмислови агенти за предотвратяване транскрибцията или транслацията на вирусна нуклеинова киселина, формирането на хибридизационен продукт на несрещана в природата нуклеинова киселина, притежаваща последователности, които отговарят на определен генотип на HCV генома, може да блокира транслацията или транскрибцията на такъв генотип. Това дава възможност за разработване на такива терапевтични агенти, които да включват всичките пет генотипа.
С. Пептиди и състави на антитела
Друг вариант на настоящето изобретение е състав, който съдържа несрещан в природата пептид от три или повече аминокиселини, отговарящи на нуклеинова киселина с не-HCV-l последователност. За предпочитане, не-HCV-l последователността съответства на тази, включена в един или повече участъка, състоящи се от NS5 участъка, покривният 1 участък, 5' UT участъка и централния участък. По специално, пептидите, отговарящи на нуклеинова киселина с не- HCV-1 последователност, насочена спрямо централния участък, са със секвенционни номера 53- 66. Последователността с номер 52 съответства на НС V-1. Последователностите с номера 52-66 са представени на приложения секвенционен листинг.
Друг вариант на изпълнение на настоящето изобретение представлява пептиден състав, съответстващ на последователности от нуклеинови киселини от HCV генотипа. Централният участък, който както бе посочено, обхваща нуклеинови киселини с номера от 52 до 66, включва последователности от първи, втори и трети генотип. При това съгласно настоящето изобретение, не-HCV-l последователността от нуклеинови киселини е от първи генотип и включва нуклеинови киселини със секвенционни номера 53- 57.
Несрещаните в природата пептиди от настоящето изобретение са приложими като компонент на ваксина. Секвенционната информация от настоящето изобретение позволява създаването на ваксина, включваща нуклеинови киселини от конкретен генотип. Насочването на ваксина към определен генотип позволява профилактично приложение с оглед постигане на максимална защита на инфектираните обекти. От друга страна, насочването на ваксината към повече от един генотип, позволява нейното комплексно действие.
Пептидните състави са приложими още и за създаване на специфични антитела спрямо HCV протеините. Един вариант на изпълнение на настоящото изобретение предвижда антитяло спрямо пептиди, отговарящи на не-HCV-1 последователност от HCV генома. За предпочитане, не- HCV-1 последователността е подбрана от тези, включени в централния участък. Това е пептидът, отговарящ на последователност, ограничена от нуклеинови киселини със секвенционни идентификационни номера 53- 66.
Антителата, насочени спрямо пептиди, които отразяват определен генотип, са приложими за откриване на такъв генотип от HCV и като лечебни средства.
Един вариант на изпълнение на настоящото изобретение е антитяло, насочено спрямо пептид, отговарящ на нуклеинова киселина с последователност от определен генотип. Както е посочено погоре, първият генотип, G1, е представен от последователности с номера 7-12,23- 25,33- 38 и 52- 57.
Изобретението по-нататък е илюстрирано с фигури, които представляват последователности, демонстриращи генотипавете на HCV. Последователностите са означени с номера от 52 до 66, показани на секвенциония листинг.
Кратко описание на фигурите и на секвенционния листинг
Фигура 1 изобразява схематично генетичната организация на HCV.
Фигура 2 (5) описва последователностите на нуклеинови киселини с номера от 52 до 66, които произхождат от централния участък на НС V вирусния геном.
Секвенционният листинг представя последователностите, номерирани с номера от 52 до 66.
По-подробно изобретението се илюстрира със следните примерни изпълнения, без да се ограничава:
Пример 1:
Изобретението се описва в детайли по отношение на нуклеинова киселина за целите на диагностиката и профилактика, притежаваща последователности, които отговарят на HCV генома, и нейни сродни пептиди и свързващи партньори.
За осъществяване на изобретението са използвани, освен ако не е указано специално нещо друго, обичайните за химията, молекулярната биология, микробиологията, рекомбинантната ДНК технология и имунологията техники, които са добре известни на специалистите в областта. Виж напр. Маniatis, Fitsch & Sambrook, Molekular Cloning, A Laboratory Manual (1982); DNA Cloning, Volumes I and II (D. N. Gait ed, 1984); Nucleic Acid Hybridization (B.D. Hames & S.J.Higgins eds. (1984); the series, Methods in Enzymology (Academic Press, Inc.), particulatly Vol. 154 and Vol. 154 (Wu and Grossman, eds.).
ДНК библиотеките са последователности на нуклеинови киселини, намиращи се в плазмата на инфектирано с НС V шимпанзе. Структурата на една от тези библиотеки, “с “ библиотека (ATCC No. 40394), е описана в РСТ публикация No. WO90/14436.
Последователностите от библиотеката, релевантни на настоящето изобретение, са представени със секвенционни номера 1,23,33 и 52.
Нуклеиновите киселини, изолирани или синтезирани в съответствие с настоящето изобретение, са приложими без ограничение като сонди, праймери, анти- смислови гени и за създаване на експресионни системи за синтезата на пептиди, отговарящи на тези последователности.
Описаните последователности на нуклеинови киселини определят генотиповете на HCV с оглед на четири участъка от вирусния геном. Фигура I представя схематично организацията на HCV. Четирите участъка със специален интерес са NS5 участъка, покривния 1 участък, 5' UT участък и централния участък.
За удобство в настоящето изобретение различните генотипове са обозначени с римски цифри и буквата “G“.
Последователностите на нуклеинови киселини с номера 48 до 62 предполагат поне три генотипа в централния участък на HCV. Последователностите с номера 52- 66 са представени на фигура (2), както и на секвенционния листинг.
Първият генотип (GI) от централния участък на HCV се илюстрира с последователности, номерирани от 52 до 57. Вторият генотип от централния участък (GII) е илюстриран с последователности, номерирани от 58 до 64. Третият генотип (GUI) ог централния участък обхваща последователности с номера 65 и 66. Последователностите с номера от 52 до 65 обхващат 549 нуклеотида, а последователността с номер 66 включва 510 нуклеотида.
Различните генотипове, описани с оглед на всеки участък, са съвместими. Това означава, че HCV, притежаващ характерните особености на първия генотип по отношение на NS5 участъка, по същество потвърждава характерните особености на първия генотип от покривния 1 участък, характерните особености на 5' UT участъка, както и тези на централния участък.
Нуклеиновите киселини, изолирани или синтезирани в съответствие с последователностите, означени с номера or 1 до 66, могат да бъдат използвани като сонди, праймери, свързващи лиганди и анти- смислови агенти. Като такива, нуклеиновите киселини обикновено притежават приблизително осем или повече нуклеотида за специфичност, а така също и способност да образува стабилни хибридизационни продукти.
Проби
Нуклеинова киселина, изолирана или синтезирана съпгасно последователност, определяща конкретен генотип от участък на HCV генома, може да бъде използвана като сонда за откриване на този генотип, или в комбинация с други сонди ог нуклеинови киселини, за откриване на практически всички генотипове на HCV.
Със секвенционната информация, изложена в настоящето изобретение, са идентифицирани последователности ог осем или повече нуклеотида, което осигурява желаната инклузивност или ексклузивност по отношение на различните генотипове в HCV, и външни последователности на нуклеинови киселини, които могат да бъдат установени при условия на хибридизация.
За специалистите в областта е очевидно, че при използването им като сонди, последователнос тите от нуклеинови киселини могат да бъдат белязани за по-лесно установяване на хибридизационния продукт.
Свързващи лиганди
За да бъде използвана като свързващ лиганд, нуклеиновата киселина, подбрана по описания погоре начин за получаване на сонди, може лесно да бъде свързана с носител. Начинът, по който нуклеиновата киселина се свързва с носител, е добре известен на специалистите в областта. Нуклеинова киселина, притежаваща последователности, съответстващи на последователности със секвенционни номера 1 -66, имат способността да разделят вирусната нуклеинова киселина от един генотип от нуклеиновата киселина на HCV на друг генотип. Нуклеиновата киселина, изолирана или синтезирана в съответствие с последователностите с номера 1-66, използвани в комбинация, намира приложение за улавяне на практически всички нуклеинови киселини от всички HCV генотипове.
Праймери
Нуклеиновите киселини, които са изолирани или синтезирани в съответствие с описаните тук последователности, са приложими като праймери за амплификацията на HCV последователности. С оглед на техниката на полимеразната верижна реакция (PCR), последователностите на нуклеинови киселини с осем или повече нуклеотида, отговарящи на една или повече от последователностите с номера 1-66, намират приложение заедно с подходящи ензими и реагенти за създаване на копия от вирусната нуклеинова киселина. Могат да бъдат използвани множество праймери, притежаващи различни последователности, отговарящи на повече от един генотип, за създаване на копия на вирусната нуклеинова киселина за дадените генотипове.
Тези копия могат да бъдат използвани в диагностични проби за откриване на HCV вируса. Копията също могат да бъдат включени във вектори за клониране или експресия за създаване на полипептиди, отговарящи на нуклеиновата киселина, синтезирана чрез PCR, както ще бъде подробно описано по-долу.
Анти-сенс
Изолираните или синтезирани в съответствие с описаните тук последователности нуклеинови киселини са приложими като анти-смислови гени за предотвратяване експресията на НСV.
Нуклеинова киселина, съответстваща на генотип на HCV, се натоварва на подходящ носител напр. липозоми за въвеждане в клетка, инфектирана с HCV. Нуклеинова киселина, притежаваща осем или повече нуклеотиди, е способна да се свърже с вирусна нуклеинова киселина или вирусна информационна PHR. За предпочитане, анти-смисловата нуклеинова киселина е обхваната от 30 или повече нуклеотида за обезпечаване необходимата стабилност на хибридизационния продукт на вирусна нуклеинова киселина или вирусна информационна РНК. Методи за натоварване на анти-смислова нуклеинова киселина са добре известни на специалистите в областта, както е показано в US патент 4 241 046, публикуван на 23.12.1980 от Papahajopoulosetal.
Синтез на пептида
Нуклеиновите киселини, изолирани или синтезирани в съответствие с последователностите, описани по-горе, са приложими за получаване на пептиди. Последователностите с номера от 52 до 66 могат да бъдат клонирани в подходящи вектори, или използвани за изолиране на нуклеинова киселина. Изолираната нуклеинова киселина се комбинира с подходящи ДНК линкери и се клонира в подходящ вектор. Векторът може да бъде използван за трансформиране на подходящ гостоприемников организъм, като Е. Coli, и кодираният от последователността пептид да бъде изолиран.
Техниките на молекулярно клониране са описани в текста на Molekular Cloning: A Laboratory Manual, Maniatis et aL, Coldspring Harbor Laboratory (1982).
Изолираният пептид се използва като антигенно средство за получаване на ваксини и антитела, насочени спрямо определен генотип на НС V.
Ваксини и антитела
Пептидите от настоящето изобретение са приложими за получаване на антитела и ваксини.
Наличието на сДНК последователности, или нуклеотидни последователности, получени от тях (включително сегменти и модификации на последователността), позволява конструиране на вектори на експресия, кодиращи антигенно активни участъци от пептида, кодиран във всяка от веригите. От централния участък може да бъдат получени антигенно активни участъци.
Фрагменти, кодиращи желаните пептиди, се получават от сДНК клоновете чрез обичайното разграждане с рестрикционни ензими или чрез синтетични методи, и са свързани във вектори, които могат, например, да съдържат части от слети последователности, такива като бета галактозидаза или супероксиддисмутаза (SOD), за предпочитане SOD. Методи и вектори, които са приложими за получаване на полипептиди, съдържащи фузионни последователности от SOD, са описани в публикация на Европейското патентно ведомство No0196056, публ. 1.10.1986.
Всяка желана част на HCV сДНКц, съдържаща отворена четяща рамка, във всяка смислова верига, може да бъде получена като рекомбинантен пептид, като зрял или фузионен протеин; обратно, пептид, кодиран в сДНК, може да бъде осигурен чрез химична синтеза.
ДНК, кодираща желания пептид, независимо дали е в зряла или фузионна форма и дали съдържа или не сигнална последователност, която да позволи секретирането, може да бъде включена във вектори за експресия, подходящи за всеки удобен гостоприемник. Понастоящем се използват както прокариотични, така и еукариотични системи на гостопиремници за получаване на рекомбинантни пептиди. Пептидът след това се изолира от лизираните клетки или от културалната среда и се пречиствало необходимата степен с оглед на по-нататъшното му използване. Пречистването се осъществява с помощта на известни на специалистите техники, например, диференциална екстракция, фракциониране на соли, хроматография върху йонообменни смоли, афинитета хроматография, центрофугиране и други подобни. Виж, например, методи в ензимологията за различни методи за пречистване на протеини. Такива протеини могат да бъдат използвани като диагностици, или такива, които водят до неутрализиращи антитела могат да бъдат формирани като ваксини. Антителата, създадени срещу тези пептиди, могат също да бъдат използвани като диагностици или за пасивна имунотерапия или за изолиране и идентифициране на HCV.
Антигенният участък на пептида е относително малък - обикновено 8 до 10 аминокиселини или по-малко в дължина. Фрагменти, толкова малки колкото 5 аминокиселини, могат да характеризират даден антигенен участък. Тези сегменти могат да отговарят както на централния участък на НС V молекулата, така и на останалите известни участъци. Съответно, с помощта на сДНК от такива участъци, ДНКи кодиращи къси сегменти на HCV пептиди, съответстващи на подобни участъци, могат да бъдат експресирани рекомбинанптно както като фузионни протеини, така и като изолирани пептиди. В допълнение, къси аминокиселинни последователности могат да бъдат получени по удобен начин чрез химична синтеза. В случаите, когато синтезираният пептид е с правилна конфигурация, така че да осигури правилен епитоп, но е твърде малък, за да бъде имуногенен, пептида може да бъде прикрепен към подходящ носител.
На специалистите в областта са известни множество техники за свързване, включително форми рането на дисулфидни мостове с помощта на Nсукцинимидил-3- (2- пиридилтио)пропионат (SPDP) и сукцинимидил 4- (N- малеимидо-метил)циклохексан-1-карбоксилат (SMCC), получен от Piers Company, Rockford, Illinois, (ако пептидът не притежава сулфхидрилна група, тя може да се набави от цистеинов остатък). Тези реагенти създават дисулфидна връзка между тях и пептидните цистеинови остатъци на един протеин и амидна връзка чрез епсилонамино в един лизин, или друга свободна аминогрупа в другата. Известни са множество такива дисулфид/ амид- формиращи агенти. Виж, например, Immum Rev. (1982) 62:185. Други бифункционални купелуващи агенти формират тиоетер вместо дисулфидна връзка. Много от тези тио-етер-формиращи агенти са търговско достъпни и включват реактивни естери на 6-малеимидокапронова киселина, 2-бромооцетна киселина, 2-йодооцетна киселина, 4№малеимидо-метил)циклохексан-1 -карбоксилна киселина и др. подобни. Карбоксилните групи могат да бъдат активирани чрез комбинирането им със сукцинимидили 1-хидроксил-2-нитро-4-сул фонова киселина, натриева сол. Допълнтелни методи на купелуващи антигени използват системата ротавируси/ “свързващ пептид “, описана в ЕРО публикация No 259149, включена в литературната справка. Изложеният списък не е изчерпателен и могат да бъдат използвани различни модификации на посочените съединения.
Може да бъде използван който и да е носител, който сам по себе си не индуцира продуциране на антитела, вредни за гостоприемника. Подходящите носители са обикновено големи, бавно метаболизиращи се макромолекули като протеини; полизахариди, като функционално модифицирана с латекс сефароза, агароза, целулоза, целулозни перли и други; полимерни аминокиселини, като полиглутаминова киселина, полилизин и др.; аминокиселинни кополимери; и инактивирани вирусни частици. Специално приложими протеинови субстрати са серумни албумини, хемоцианин, имуноглобинови молекули, тироглобулин, овалбумин, тетанусов токсоид и други протеини, добре познати на специалистите в областта.
Пептиди, съдържащи НС V аминокиселинни последователности, кодиращи поне един вирусен епитоп, получен от централния участък, са приложими като имунологични агенти. Например, пептиди, съдържащи такива срязани последователности, могат да бъдат използвани като реагенти в дадено имунологично изследване. Тези пептиди могат също да бъдат кандидат субединици на антигени в състави за получаване на антисерум или ваксини. Доколкото срязаните последователности могат да бъдат получени чрез различни известни третирания на природния вирусен протеин, обикновено се предпочита създаването на синтетични или рекомбинантни пептиди, включващи HCV последователност. Пептиди, съдържащи тези срязани HCV последователности, могат да бъдат направени почти напълно от НС V последователности (един или повече епитопи, както съседни, така и несъседни) или HCV последователности и хетероложни последователности във фузионен протеин. Приложимите хетероложни последователности са тези, които обезпечават секретирането от рекомбинантен гостоприемник, повишаване на имунологичната реактивност на HCV епитопа(те), или улесняват купелуването на полипептида към даден носител в имунологична проба или ваксинаден носител. Виж, напр. E.G., ЕРО pub. No. 116201; US Pat No 4 722840; ЕРО Pub No 259149; US pat, No 4 629783.
Размерът на пегггидите, включващи срязаните HCV последователности, широко варира, като минималният размер, достатъчен да осигури НС V епитоп, докато максималният е неограничен. За удобство, максималният размер е по същество не поголям от необходимият за осигуряване на желаните HCV епитопи и функции на хетероложната последователност, ако имат такива. Обикновено, срязаната аминокиселинна последователност граничи от около 5 до около 100 аминокиселини в дължина. Потипичен е максимален размер от около 50 аминокиселини в дължина, за предпочитане - максимум около 30 аминокиселини. Обикновено, желателно е да се подберат последователности поне от около 10,12 или 15 аминокиселини, до максимум около 20 или 25 аминокиселини.
HCV аминокиселинните последователности, съдържащи епитопи, могат да бъдат идентифицирани по различни начини. Например, пълната протеинова последователност, съответстваща на централния участък, може да бъде скринирана чрез изготвяне на серии от къси пептиди, които заедно покриват пълната протеинова последователност на този участък. Започвайки например, с пептиди с приблизително 100 аминокиселини, въпрос на практика е тестуването на всеки пептид за наличие на епитоп(и), показващи желаната активност, и след това чрез тестуване на прогресивно намаляващи или припокриващи се фрагменти от идентифицирани пептиди от 100 аминокиселини за картиране на търсения епитоп. Скринингът на такива пептиди в дадена имунологична проба е във възможностите на спе циалиста в областта. Известно е също, че е напълно възможно провеждане на компютърен анализ на дадена протеинова последователност за идентифициране на потенциални епитопи, и след това изготвяне на пептиди, съдържащи идентифицираните участъци за скрининг.
Имуногенността на HCV епитопите може да бъде повишена чрез изготвянето им в бозайникови или дрождеви системи, сляти с или комбинирани с формиращи частици протеини, като например тези, свързани с хепатит В повърхностен антиген. Виж, например, US 4722840. Структури, където HCV епитопът е свързан директно с формиращи частички протеини, които кодират последователности, образуват хибриди, които са имуногенни по отношение на НС V епитопа. В допълнение, всички изготвени вектори включват епитопи, специфични за HBV, притежават различни степени на имуногенност, като например, npe-S пептида. Така, частиците, конструирани от формиращите частици протеини, които включват НС V последователност, са имуногенни по отношение на НС V и НВ V.
Освен това, порции от последователността, кодиращ формиращият частички протеин, могат да бъдат заместени с кодони за HCV епитоп. При това заместване, участъци които не са необходими за опосредстване на агрегацията на единиците за формиране на имуногенни частици в дрожди, могат да бъдат делегирани, като по този начин се елиминират допълнителни HBV антигенни места от конкуренция с НС V епитопа.
Ваксини
Ваксини могат да бъдат получени от един или повече имуногенни пептиди, получени от HCV.
От един или повече от епитопите на централния участък да се получи многовалентна ваксина срещу HCV. По- специално, се имат предвид ваксините, включващи един иди повече протеина или антигенни субединици, получени от централния участък.
Получаването на ваксини, съдържащи един имуногенен петид като активна съставка, е известно на специалистите в областта. Обикновено те се изготвят като инжекционни или течни разтвори или суспензии; могат да се изготвят и твърди форми, подходящи за разтваряне или суспендиране в течност преди инжектирането. Препаратът може също така да бъде емулгируем или протеинът да се капсулира в липозоми. Активната имуногенна съставка често се смесва с фармацевтично приемливи и съвместими с активния компонент аджуванти. Подходящи в това отношение са например вода, разтвор на сол, декстроза, глицерол, етанол и др. подобни, както и комбинации от тях. В допълнение, при желание ваксината може да съдържа минимални количества спомагателни вещества като омокрящи или емулгиращи средства, pH буфериращи средства и/ или добавки, които повишават ефективността на ваксината. Примери на такива добавки, без да са ограничаващи, са :алуминиев хидроокис, N-ацетил- мурамил- L-теронил- D- изоглугамин (thr- MDP), N- ацетил- нор- мурамил-аланин- D- изоглугамин (CGP 11637, означено като нор- MDP), N-ацетилмурамилL- аланил- D- изоглутаминил- L- аланил- 2- (1-2-дипалмитоил- sn- птицеро- 3- хидроксофосфорилокси)-етиламен (CGP 19835А, означено като МТР- РЕ), и RIB1, които съдържат три компонента, екстрахирани от бактерия, монофосфорил липид А, трехалозо димиколат и клетъчни стени (MPL+TDM+C WS) в 2% емулсия на сквален/ Tween 80. Ефективността на аджуванта може да бъде определена чрез измерване на количеството антитела, насочени срещу имуногенен пептид, съд ържащ НС V антигенна последователност, получена в резултат от въвеждането на този пептид във ваксини, които също са съставени от различни аджуванти.
Обикновено ваксините се прилагат парентерално, чрез инжектиране, мускулно или подкожно. Други форми, подходящи за приложение, са супозитории, и в някои случаи форми за приложение per os. При супозиториумите, традиционни свързващи вещества и носители могат да бъдат примерно полиалкилен гликоли или триглицериди; като супозитории могат да се формират и състави, съдържащи от 0.5% до 10%от активното вещества, за предпочитане 1- 2%. Формите за приложение през устата обикновено съдържат такива пълнители като манитол, лактоза, нишесте, магнезиев стеарат, натриев цитрат, целулоза, магнезиев карбонат и др., всички в съответната степен фармацевтично чисти.
По-долу е изложен секвенционният листинг на последователностите на НСV централния участък.
СЕКВЕНЦИОНЕН ЛИСТИНГ
ОБЩА ИНФОРМАЦИЯ
ЗАЯВИТЕЛ: Tai- An Cha
ЗАГЛАВИЕ НА ИЗОБРЕТЕНИЕТО: HCV последователности за диагностика и лечение
Брой на последователностите : 14
АДРЕС ЗА КОРЕСПОНДЕНЦИЯ: Адрес: Wolf, Greenfield & Sacks, Р- С.
Улица: 600 Atlantic Avenue
Boston
Щат: Massachusetts
Държава: USA
ZIP: 02210
КОМПЮТЪРНО ЧИТАЕМА ФОРМА:
Среден тип: Diskette, 5.25 inch
Компютър: IBM compatible
Оперативна система: MS-DOS Version 3.3 Софтуер: WordPerfect 5.1 Текущи данни за заявката: Номер на заявяване: неизвестен Дата на заявяване: неизвестен Класификация: неизвестна Първични данни за заявката: Номер на заявяване: 07/ 697326 Дата на заявяване: 8 Май 1991 Патентен представител: Име: Janiuk, Anthony J.
Регистрационен номер: 29 809 геномни
Референс номер: С0772/ 7000 Телекомуникационни данни: Телефон: (617) 720- 3500 Телефакс: (617) 720-2441 Телекс: EZEKIEL ИНФОРМАЦИЯ ЗА SEQ ID NO: 52 СЕКВЕНЦИОННА ХАРАКТЕРИСТИКА: ДЪЛЖИНА: 549 нуклеотида ТИП: нуклеинова киселина ВЕРИЖНОСГ: едноверижна ТОПОЛОГИЯ: линеарна МОЛЕКУЛЕН ТИП: ДНК (vi) ПРОИЗХОД: (ATCC# 40394) (С) ИНДИВИДУАЛЕН ИЗОЛАТ: hcvl · ОПИСАНИЕ НА ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТТА: SEQ ID NO: 52
ATGAGCACGA АТССТАААСС ТСАААААААА AACAAACGTA40
ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCOGOTGOSO
CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG120
GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG CGCGACGAGA AAGACTTCCG160
AGCGGTCGCA ACCTCGAGGT AGACGTCAGC CTATCCCCAA200
GGCTCGTCGG CCCGAGGGCA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGC TGCGGGTGGG280
CGGGATGGCT CCTGTCTCCC CGTGGCTCTC GGCCTAGCTG320
GGGCCCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT360
AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA400
TGGGGTACAT ACCGCTCGTC GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC440
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAACCTTCCT GGTTGCTCTT520
TCTCTATCTT CCTTCTGGCC CTGCTCTCT549
ИНФОРМАЦИЯ ЗА SEQ ID NO: 53
СЕКВЕНЦИОННА ХАРАКТЕРИСТИКА: ДЪЛЖИНА: 549 нуклеотида ТИП: нуклеинова киселина ВЕРИЖНОСТ: едноверижна ТОПОЛОГИЯ: линеарна МОЛЕКУЛЕН ТИП: ДНК (vi) ПРОИЗХОД:
(С) ИНДИВИДУАЛЕН ИЗОЛАТ: и&5
ОПИСАНИЕ НА ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТТА: SEQ ID NO: 53
ATGAGCACGA АТССТАААСС TCAAAGAAAA ACCAAACGTA40
ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGTGG80
CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG120
GGCCCTAGAT TGGGTGTGCG CGCGACGAGG AAGACTTCCG160
AGCGGTCGCA ACCTCGAGGT AGACGTCAGC CTATCCCCAA200
GGCGCGTCGG CCCGAGGGCA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT TGCGGOTGGG280
CGGGATGGCT CCTGTCTCCC CGTGGCTCTC GGCCTAGTTG320
GGGCCCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT360
AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCACA400
TGGGGTACAT ACCGCTCGTC GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC440
TGCCAGGGCT CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAACCTTCCT GGTTGCTCTT520
TCTCTATCTT CCTTCTGGCC CTGCTCTCT549
ИНФОРМАЦИЯ ЗА SEQ ID NO: 54
СЕКВЕНЦИОННА ХАРАКТЕРИСТИКА:
ДЪЛЖИНА: 549 нуклеотида
ТИП: нуклеинова киселина
ВЕРИЖНОСТ: едноверижна
ТОПОЛОГИЯ: линеарна
МОЛЕКУЛЕН ТИП: ДНК (vi) ПРОИЗХОД:
(С) ИНДИВИДУАЛЕН ИЗОЛАТ: ausl (xi) ОПИСАНИЕ НА ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТТА: SEQ ID NO:
ATGAGCACGA АТССТАААСС TCAAAGAAAA ACCAAACGTA 40
ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTTAAGT TCCCGGGTGG 80
CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG 120
GGCCCTAGAT IGGGTGTGCG CGCGACGAGG AAGACTTCCG 160
AGCGGTCGCA ACCTCGAGGT AGACGTCAGC CTATCCCTAA 200
GGCGCGTCGG CCCGAGGGCA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG 240
TACCCCTGGC CCCTCTATGG TAATGAGGGT TGCGGATGGG 280
CGGGATGGCT CCTGTCCCCC CGTGGCTCTC GGCCTAGTTG 320
GGQCCCTACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT 360
AAGGTCATCG ATACCCTCAC GTGCGGCTTC GCCGACCACA 400
TGGGGTACAT TCCGCTCGTT GGCGCCCCTC TTGGGGGCGC 440
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC 480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATCTTCCT GGTTGGTCTT 520
ТСГСТАТСТТ CCTTCTGGCC CTTCTCTCT 549
ИНФОРМАЦИЯ ЗА SEQ ID NO: 55
СЕКВЕНЦИОННА ХАРАКТЕРИСТИКА:
ДЪЛЖИНА 549 нуклеотида*
ТИП: нуклеинова киселина
ВЕРИЖНОСТ: едноверижна
ТОПОЛОГИЯ: линеарна
МОЛЕКУЛЕН ТИП: ДНК (VI) ПРОИЗХОД:
(С) ИНДИВИДУАЛЕН ИЗОЛАТ: sp2 (xi) ОПИСАНИЕ НА ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТТА: SEQ ID NO:
55:
ATGAGCACGA АТССТАААСС ACACCAACCG TCGCCCACAG CGGTCAGATC GTTGGTGGAO ggccctagat TGGOTGTGCG AGCGGTCGCA ACCTCGAGGT GGCTCGTCGA CCCGAGGGCA TACCCTTGGC.CCCTCTATGQ CGGGATGGCT CCTGTCTCCC GGGCCCCACA GACCCCCGGC AAGGTCATCG ATACCCTTAC TGGGGTACAT ACCGCTCGTC TGCCAGAGCC CTGGCGCATG GGCGTGAACT ATGCAACAGG TCTCTATCTT CCTTCTGGCC
TCAAAGAAAA ACCAAACGTA40
GACGTCAAGT TCCCGGGTGG80
TTTACTTGTT GCCGCGCAGG120
CACGACGAGG AAGACTTCCG160
AGACOTCAGC CCATCCCCAA200
GGACCTGGGC TCAGCCCGGG240
CAATGAGGGC TGCGGGTGGG280
CGTGGCTCTC GGCCTAGCTG320
GTAGGTCGCG CAATTTGGGT360
OTGCGGCTTC GCCGACCTCA400
GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC440
GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC480
GAACCTTCCC GGTTGCTCTT520
CTGCTCTCT549
ИНФОРМАЦИЯ ЗА SEQ ID NO: 56 СЕКВЕНЦИОННА ХАРАКТЕРИСТИКА: ДЪЛЖИНА: 549 нуклеотида ТИП: нуклеинова киселина
ВЕРИЖНОСТ: едноверижна ТОПОЛОГИЯ: линеарна МОЛЕКУЛЕН ТИП: ДНК (vi) ПРОИЗХОД:
(С) ИНДИВИДУАЛЕН ИЗОЛАТ: gm2
ОПИСАНИЕ HA atgagcacga атссталасс ЛСЛССЯЛССО TCGCCCACAG CGGTCAGATC GTTGGTGGAG QGCCCTAGAT TGGGTGTGCG agcggtcgca acctcgaggt GGCACGTCGG CCCGAGGGTA tacccttggc CCCTCTATGG CGGGATGGCT CCTGTCTCCC gggccccaca gacccccggc aagotcatcg atacccttac TGGGOTACAT accgctcgtc tgccaoggcc CTGGCGCATG ggcgtgaact ATGCAACAGG TCTCTATCTT CCTTCTGGCC
ПОСЛЕР.ОВАТЕЛНОСГТА: SEQ ID
TCAAAGAAGA ACCAAACOTA40
GACGTCAAOT TCCCGGGTGG80
TTTACTTGTT GCCGCGCAGG120
CGCGACGAGG AAGACTTCCG160
AGACGTCAGC CTATCCCCAA200
GGACCTGGGC TCA0CCCGOG240
CAATGAGGCT TGCGGGTGGG280
CGCGGCTCTC GGCCTAACTG320
GTAGGTCGCG CAATTTGGOT360
GTGCGGCTTC GCCGACCTCA400
GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC440
GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC480
GAACCTTCCT GGTTGCTCTT520
CTGCTCTCT
ИНФОРМАЦИЯ ЗА SEQ ID NO: 57
СЕКВЕНЦИОННА ХАРАКТЕРИСТИКА:
ДЪЛЖИНА: 549 нуклеотида
ТИП: нуклеинова киселина
ВЕРИЖНОСТ: едноВерижна
ТОПОЛОГИЯ: линеарна
МОЛЕКУЛЕН ТИП: ДНК (vi) ПРОИЗХОД:
(С) ИНДИВИДУАЛЕН ИЗОЛАТ: 121 (м) ОПИСАНИЕ НА ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТТА: SEQ ID NO: 5Т:
ATGAGCACGA АТССТАААСС TCAAAGAAAA ACCAAAOGTA 40
ACACCAACCG TCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGTGG 80
CGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG 120
QGCCCTAGAT TGGGTGTGCG CGCGACGAGG AAGACTTCCG 160
AGCGGTCGCA ACCTCGTGOT AGACGCCAGC CTATCCCCAA 200
GGCGCGTCGG CCCGAGGGCA GGACCTGGGC TCAGCCCGGG 240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT TGCGGGTGGG 280
CGGGATGGCT CCTGTCTCCC CGTGGCTCTC GGCCTAGCTG 320
GGGCCCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT 360
AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA 400
TGGGOTACAT ACCGCTCGTC GGCGCCCCTC TTGGAGGCGC 440
TGCCAOGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAAGAC 480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAACCTTCCT GGTTGCTCTT 520
TTTCTATTTT CCTTCTGGCC CTGCTCTCT 549
ИНФОРМАЦИЯ ЗА SEQ ID NO: 58
СЕКВЕНЦИОННА ХАРАКТЕРИСТИКА:
ДЪЛЖИНА: 549 нуклеопшда
ТИП: нуклеинова киселина
ВЕРИЖНОСТ: едноверижна
ТОПОЛОГИЯ: линеарна МОЛЕКУЛЕН ТИП: ДНК (vi) ПРОИЗХОД;
(С) ИНДИВИДУАЛЕН ИЗОЛАТ: us4
ОПИСАНИЕ НА ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТТА: SEQ ID NO: 58
ATGAGCACGA ACACCAACCG TGGCCAGGTC GGCCCCAGGT AGCGGTCGCA GGCTCGCCAG TACCCTTGGC CAGGATGGCT GGGCCCCACG AAGGTCATCG TGGGGTACAT TGCCAGGGCC GGCGTGAACT TTTCTATCTT
ИНФОРМАЦИЯ ЗА SEQ ID NO: 59 СЕКВЕНЦИОННА ХАРАКТЕРИСТИКА:
ATCCTAAACC CCGCCCACAG GTTGGTGGAG tgggtgtgcg
ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CCCGAGGGCA CCCTCTATGG CCTGTCACCC GACCCCCGGC ATACCCTCAC TCCGCTCGTC TTGGCGCATG ACGCAACAGG CCTCTTGGCT
ACCAAACGTA TCCCGGGCGG
GCCGCGCAGG
TCAAAGAAAA GACGTTAAST TTTACCTGTT
CGCGACTAGG AAGACTTCCG
CTATCCCCAA TCAGCCCGGG gggcctgggc
CAATGAGGGT CGTGGCTCTC GTAGGTCGCG ATGCGGCTTC GGCGCCCCCC GCGTCCGGGT GAATCTGCCC CTGCTGTCC
ATGGGGTGGG GGCCTAGTTG TAATTTGGGT GCCGACCTCA TTAGGGGCGC TCTGGAGGAC GGTTGCTCCT
120
160
200
240
280
320
360
400
440
480
520
549
ДЪЛЖИНА: 549 нуклеотида ТИП: нуклеинова киселина ВЕРИЖНОСТ: едноверижна
ТОПОЛОГИЯ: линеарна МОЛЕКУЛЕН ТИП: ДНК (νί) ПРОИЗХОД:
(С) ИНДИВИДУАЛЕН ИЗОЛАТ: jhl (xi) ОПИСАНИЕ HA ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТТА-. SEQ ID NO: 59
ATGAGCACAA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA40 •'ACACCAACCO CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG80 „TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACCTOTT GCCGCGCAGG120
GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG160
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA200
GGCTCGCCAG CCCGAGGGCA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAACGAGGGT ATGGGGTGGG280
CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGTGGCTCTC GGCCTAGTTG320
GGGCCCCACG GACCCCCGGC GTAGGTCGCG TAATTTGGGT360
AAGGTCATCG ATACCCTCAC ATGCGGCTTC GCCGACCTCA400
TGGGGTACAT TCCGCTTGTC GGCGCCCCCC TAGGGGGCGC440
TGCCAGGGCC CTGGCACATG GTGTCCGGGT TCTGGAGGAC480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATTTGCCC GGTTGCTCTT520
TCTCTATCTT CCTCTTGGCT CTGCTGTCC549
ИНФОРМАЦИЯ ЗА SEQ ID NO: 60 СЕКВЕНЦИОННА ХАРАКТЕРИСТИКА: ДЪЛЖИНА: 549 нуклеотида
ТИП: нуклеиноВа киселина ВЕРИЖНОСТ: едноВерижна ТОПОЛОГИЯ: линеарна МОЛЕКУЛЕН ТИП: ДНК (vi) ПРОИЗХОД:
(С) ИНДИВИДУАЛЕН ИЗОЛЛТ: пас5
ОПИСАНИЕ НА ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТТА: SEQ ID NO: 60
ATGAGCACAA ACACCAACCG TGGTCAGATC GGCCCCAGGT AGCGGTCGCA GGCTCGCCGG TACCCTTGGC CAGGATGGCT GGGCCCCACG
ATCCTAAACC TCGCCCACAG GTTGGTGGAG TGGGTGTGCG ACCTCGTGGA CCCGAGGGCA CCCTCTATGG CCTGTCACCC GACCCCCGGC
AAGGTCATCG ATACCCTCAC TGGGGTACAT TCCGCTCGTC .TGCCAGGGCC CTGGCACATG GGCGTGAACT ATGCAACAGG •
TCTCTATCTT CCTCTTGGCT
CCAAAGAAAA GACGTCAAGT TTTACCTOTT CGCGACTAGG AGGCGACAAC GGTCCTGGGC CAACGAGGGT CGCGGCTCCC GTAGGTCGCG ATGCGGCTTC GGCGCCCCCC GTGTCCGGGT GAATTTGCCT CTGCTGTCC
ACCAAACGTA TCCCGGGCGG GCCGCGCAGG AAGACTTCCG CTATCCCCAA TCAGCCCGGG ATGGGGTGGG GGCCTAGTTG TAATTTGGGT GCCGACCTCA TAGGGGGCGC TCTGGAGGAC GGTTGCTCTT
120
160
200
240
280
320
360
400 '
440
480
S20
549
ИНФОРМАЦИЯ ЗА SEQ ID NO: 61
СЕКВЕНЦИОННА ХАРАКТЕРИСТИКА:
ДЪЛЖИНА: 549 нуклеотида
ТИП: нуклеинова киселина
ВЕРИЖНОСГ: едноверижна
ТОПОЛОГИЯ: линеарна
МОЛЕКУЛЕН ТИП: ДНК (νΐ) ПРОИЗХОД:
(С) ИНДИВИДУАЛЕН ИЗОЛАТ: arg2
ОПИСАНИЕ НА ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТТА: SEQ ID NO: 61
ATGAGCACGA АТССТАААСС TCAAAGAAAA ACCAAACGTA 40
ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG 80
TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG 120
GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG 160
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA 200
GGCTCGCCAG CCCGAGGGTA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG 240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT ATGGGCTGGG 280
CAGGGTGGCT CCTGTCCCCC CGCGGCTCCC GGCCTAGTTG 320
GGGCCCCACA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG TAATTTGGGT 360
AAGGTCATCG ATACCCTCAC ATGCGGCTTC GCCGACCTCA 400
TGGGGTACAT TCCGCTCGTC GGCGCCCCCC TAGGG6GCGC 440
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAGGAC 480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATCTGCCC GGTTGCTCTT 520
TCTCTATCTT CCTCTTGGCT TTGCTGTCC 549
ИНФОРМАЦИЯ ЗА SEQ ID NO: 62
СЕКВЕНЦИОННА ХАРАКТЕРИСТИКА:
ДЪЛЖИНА: 549 нуклеотида
ТИП: нуклеинова киселина
ВЕРИЖНОСГ: едноверижна
ТОПОЛОГИЯ: линеарна
МОЛЕКУЛЕН ТИП: ДНК (vi) ПРОИЗХОД:
(С) ИНДИВИДУАЛЕН ИЗОЛАТ: spl
ОПИСАНИЕ НА ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТТА: SEQ ID NO: 62
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACOTA 40
ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG 80
TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACCTGTT GCCGCGCAGG 120
GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG 180
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA 200
GGCTCGCCGG CCCGAGGGCA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG 240
TATCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGOT CTGGGGTGGG 280
CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGCGGCTCTC GGCCTAGCTG 320
GGGCCCTACC GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAACTTGGGT 380
AAGGTCATCG ATACCCTTAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA 400
TGGGOTACAT TCCGCTCOTC GGCGCCCCCC TTAGGGGCGC 440
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAGGAC 480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATTTGCCC GGTTGCTCTT 520
TCTCTATCTT CCTCTTGGCT TTGCTGTCC 549
ИНФОРМАЦИЯ ЗА SEQ ID NO: 63
СЕКВЕНЦИОННА ХАРАКТЕРИСТИКА:
ДЪЛЖИНА: 549 нуклеотида
ТИП: нуклеинова киселина
ВЕРИЖНОСТ: едноберижна
ТОПОЛОГИЯ: линеарна
МОЛЕКУЛЕН ТИП: ДНК (vi) ПРОИЗХОД:
(С) ИНДИВИДУАЛЕН ИЗОЛАТ: ghl
ОПИСАНИЕ НА ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТТА: SEQ ID NO: 63
ATGAGCACGA ATCCTAAACC TCAAAGAAAA ACCAAACGTA 40
ACACCAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG 80
TGGTCAGATC GTTGGTGGAG TTTACTTGTT GCCGCGCAGG 120
GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG 180
AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA 200
GGCTCGCCGG CCCGAGGGCA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG 240
TACCCTTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGOT ATGGGGTGGG 280
CAGGATGGCT CCTGTCACCC CGTGGTTCTC GGCCTAGTTG 380
GGGCCCCACG GACCCCCGGC GTAGGTCGCG CAATTTGGGT 360
MGATCATCG ATACCCTCAC GTGCGGCTTC GCCGACCTCA 400
TGGGGTACAT TCCGCTCOTC GGCGCCCCCC TAGGGGGCGC 440
TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAGGAC 480
GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATCTGCCC GGTTGCTCCT 520
ТТТСТАТСГТ CCTTCTGGCT TTGCTGTCC 54®
ИНФОРМАЦИЯ ЗА SEQ ID NO: 64
СЕКВЕНЦИОННА ХАРАКТЕРИСТИКА:
ДЪЛЖИНА: 549 нуклеотида
ТИП: нуклеинова киселина
ВЕРИЖНОСТ: едноВерижна
ТОПОЛОГИЯ: линеарна МОЛЕКУЛЕН ТИП: ДНК (vi) ПРОИЗХОД:
(С) ИНДИВИДУАЛЕН ИЗОЛАТ: 115
ОПИСАНИЕ НА ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТТА: SEQ ID NO: 64
ATGAGCACGA АТССТАААСС TCAAAGAAAA ACCAAACGTA 40 ACACCAACCG CCGCCCACAO GACGTCAAOT TCCCGGGCGG 80 TGOTCASATC GTTGGTGGAG TTTACCTGTT GCCGCGCAGG 120 GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG AAGACTTCCG 160 AGCGGTCGCA ACCTCGTGGA AGGCGACAAC CTATCCCCAA 200 GGCTCGCCAG CCCGAGGGCA GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG 240 •TACCCCTGGC CCCTCTATGG CAATGAGGGT ATGGGGTGGG 280 CAGGAIGGCT CCTGTCACCC CGCGGCTCCC GGCCTAGTTG 320 GGGCCCCAAA GACCCCCGGC GTAGGTCGCG TAATTTGGGT 360 AAGGTCATCG ATACCCTCAC ATGCGGCTTC GCCGACCTCA 400 TGGGGTACAT TCCGCTCGTC GGCGCCCCCT TAGGGGGCGC 440 TGCCAGGGCC CTGGCGCATG GCGTCCGGGT TCTGGAGGAC 480 GGCGTGAACT ATGCAACAGG GAATCTACCC GGTTGCTCTT 520 TCTCTATCTT CCTCTTGGCT TTGCTGTCC 549
ИНФОРМАЦИЯ ЗА SEQ ID NO: 65
СЕКВЕНЦИОННА ХАРАКТЕРИСТИКА:
ДЪЛЖИНА: 549 нуклеотида
ТИП: нуклеинова киселина
ВЕРИЖНОСТ: едноверижна
ТОПОЛОГИЯ: линеарна МОЛЕКУЛЕН ТИП: ДНК (vi) ПРОИЗХОД:
(С) ИНДИВИДУАЛЕН ИЗОЛАТ: i 10
ОПИСАНИЕ НА ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТТА: SEQ ID NO: 65
ATGAGCACAA АТССТАААСС TCAAAGAAAA ACCAAAAGAA 40
ACRCTAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG 80
TGGCCAGATC GTTGGCGGAG TATACTTGCT GCCOCGCAGG 120
GGCCCGAGAT TGGGTGTGCG CGCGACGAGG AAAACTTCCG 160
AACGATCCCA GCCACGCGGA AGGCGTCAGC CCATCCCTAA 200
AGATCGTCGC ACCGCTGGCA AGTCCTGGGG AAGGCCAGGA 240
TATCCTTGGC CCCTGTATGG GAATGAGGGT CTCGGCTGGG 280
CAGGGTGGCT CCTGTCCCCC CGTGGCTCTC GCCCTTCATG 320
GGGCCCCACT GACCCCCGGC ATAGATCGCG CAACTTGGGT 360
AAGGTCATCG ATACCCTAAC GTGCGGTTTT GCCGACCTCA 400
TGGGGTACAT TCCCGTCATC GGCGCCCCCG TTGGAGGCGT 440
TGCCAGAGCT CTCGCCCACG GAGTGAGGGT TCTGGAGGAT 480
GGGGTAAATT ATGCAACAGG GAATTTGCCC GGTTGCTCTT 520
TCTCEATCTT TCTCTTAGCC CTCTTGTCT 549
ИНФОРМАЦИЯ ЗА SEQ ID NO: 66
СЕКВЕНЦИОННА ХАРАКТЕРИСТИКА:
ДЪЛЖИНА: 549 нуклеотида
ТИП: нуклеинова киселина
ВЕРИЖНОСТ: eg но Верижна
ТОПОЛОГИЯ: линеарна
МОЛЕКУЛЕН ТИП: ДНК (γί). ПРОИЗХОД:
(С) ИНДИВИДУАЛЕН ИЗОЛАТ: arg6
ОПИСАНИЕ НА ПОСЛЕДОВАТЕЛНОСТТА: SEQ ID NO: 66
ATGAGCACAA АТССТСААСС TCAAAGAAAA ACCAAAAGAA40
ACACTAACCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT TCCCGGGCGG80
TGGTCAGATC GTTGGCGGAG TATACTTGTT GCCOCGCAGG120
GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACGAGG AAAACTTCCG160
AACGGTCCCA GCCACGTGGG AGGCGCCAGC CCATCCCCAA200
AGATCGGCGC ACCACTGGCA.AGTCCTGGGG GAAGCCAGGA 240
TACCCTTGGC CCCTGTATGO GAATGAGGGT CTCGGCTGGG 280
CAGGGTGGCT CCTGTCCCCC CGCGGTTCTC GCCCTTCATG 320
GGGCCCCACT GACCCCCGGC ATAGATCACG CAACTTGGGT 360
AAGGTCATCG ATACCCTAAC GTGTGGTTTT GCCGACCTCA 400
TGGGGTACAT TCCCGTCGGT GGTGCCCCCG TTGGTGGTGT 440
CGCCAGAGCC CTTGCCCATG GGGTGAGGGT TCTGGAAGAC 480
GGGATAAATT ATGCAACAGG GAATCTGCCC 510
Claims (8)
- Патентни претенции1. Диагностичен и лечебен състав, отнасящ се до HCV,. който включва несрещана в природата последователност на нуклеинови киселини, характеризиращ се с това, че посочената нуклеинова киселина включва не- HCV-1 последователност на нуклеинови киселини с най-малко осем последователни нуклеотида от централния участък, подбрани от последователност на нуклеинови киселини в рамките на SEQ ID номера 53-66.
- 2. Състав съгласно претенция 1, където посочената не- HCV-1 последователност от нуклеинови киселини представлява един или повече генотипа HCV.
- 3. Състав съгласно претенция 2, където посочената не- HCV-1 последователност от нуклеинови киселини представлява последователност от първи генотип и е подбрана от последователност на нуклеинови киселини със SEQ ID номера 53- 57.
- 4. Състав съгласно която и да е от претенции 1-3, включващ маркер.
- 5. Състав съгласно която и да е от претенции 1-4, където посочената не- HCV последователност от аминокиселини е фиксирана към твърда фаза.
- 6. Състав съгласно която и да е от претенции 1-3, където посочената не- HCV-1 последователност от нуклеинови киселини е праймер за ДНК синтеза.
- 7. Метод за формиране на хибридизационен продукт с НС V последователност от аминокиселини, характеризиращ се с това, че включва етапите на:а) поставяне на несрещана в природата пос ледователност от аминокиселини в контакт с проба, за която се счита, че съдържа HCV последователност от нуклеинови киселини в условия на хибридизация;б) прилагане на хибридизационни условия за формиране на хибридизационен продукт в присъствие на HCV последователност от аминокиселини.с) откриване на посочения хибридизационен продукт, характеризиращо се с това, че несрещната в природата последователност от аминокиселини е не- HCV-1 последователност от нуклеинови киселини съгласно която и да е от претенции 1-5.
- 8. Метод за установяване на един или повече генотипа на HCV, който включва:а) поставяне на несрещана в природата последователност от нуклеинови киселини в контакт с проба, съдържаща НСV последователност от нуклеинови киселини, за които е желателно определянето на генотипа, в условия на хибридизация;б) прилагане на хибридизационни условия за формиране на хибридизационен продукт в присъствие на НС V последователност от нуклеинови киселини; ис) установяване на посочения хибридизационен продукт, който е показателен за присъствието на HCV генотипа, характеризиращ се с това, че посочената несрещана в природата последователност от нуклеинови киселини е не- HCV-1 последователност, съгласно която и да е от претенции 1-5.
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US69732691A | 1991-05-08 | 1991-05-08 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| BG64627B1 true BG64627B1 (bg) | 2005-09-30 |
Family
ID=24800701
Family Applications (3)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| BG101876A BG64627B1 (bg) | 1991-05-08 | 1993-11-05 | Нсv геномни последователности за диагностика и лечение |
| BG98200A BG62142B1 (bg) | 1991-05-08 | 1993-11-05 | Нсv геномни последователности за диагностика и лечение |
| BG101876A BG101876A (bg) | 1991-05-08 | 1997-09-04 | Нсv геномни последователности за диагностика и лечение |
Family Applications After (2)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| BG98200A BG62142B1 (bg) | 1991-05-08 | 1993-11-05 | Нсv геномни последователности за диагностика и лечение |
| BG101876A BG101876A (bg) | 1991-05-08 | 1997-09-04 | Нсv геномни последователности за диагностика и лечение |
Country Status (20)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (2) | EP0585398B1 (bg) |
| JP (7) | JPH06508026A (bg) |
| KR (1) | KR100193801B1 (bg) |
| AT (1) | ATE252154T1 (bg) |
| BG (3) | BG64627B1 (bg) |
| CA (1) | CA2108466C (bg) |
| CZ (2) | CZ288720B6 (bg) |
| DE (1) | DE69233234T2 (bg) |
| DK (1) | DK0585398T3 (bg) |
| ES (1) | ES2207633T3 (bg) |
| FI (1) | FI115725B (bg) |
| HU (1) | HU227548B1 (bg) |
| IE (1) | IE921482A1 (bg) |
| NO (1) | NO309532B1 (bg) |
| PL (2) | PL170151B1 (bg) |
| PT (1) | PT100472B (bg) |
| RO (1) | RO117267B1 (bg) |
| RU (1) | RU2155228C2 (bg) |
| SK (1) | SK284205B6 (bg) |
| WO (1) | WO1992019743A2 (bg) |
Families Citing this family (34)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP0532167A3 (en) * | 1991-08-09 | 1993-03-31 | Immuno Japan Inc. | Non-a, non-b hepatitis virus genome, polynucleotides, polypeptides, antigen, antibody and detection systems |
| US5428145A (en) * | 1991-08-09 | 1995-06-27 | Immuno Japan, Inc. | Non-A, non-B, hepatitis virus genome, polynucleotides, polypeptides, antigen, antibody and detection systems |
| EP0532258A2 (en) * | 1991-09-09 | 1993-03-17 | Immuno Japan Inc. | Oligonucleotides and determination system of HCV genotypes |
| DE610436T1 (de) | 1991-11-21 | 1995-08-03 | Common Services Agency | Detektion des Hepatis-C Virus. |
| US6709828B1 (en) | 1992-03-06 | 2004-03-23 | N.V. Innogenetics S.A. | Process for the determination of peptides corresponding to immunologically important epitopes and their use in a process for determination of antibodies or biotinylated peptides corresponding to immunologically important epitopes, a process for preparing them and compositions containing them |
| US6667387B1 (en) | 1996-09-30 | 2003-12-23 | N.V. Innogenetics S.A. | HCV core peptides |
| CA2136764A1 (en) * | 1992-05-29 | 1993-12-09 | Ronald L. Marshall | Ligase chain reaction starting with rna sequences |
| ATE202383T1 (de) * | 1992-09-10 | 2001-07-15 | Isis Pharmaceuticals Inc | Zusammensetzungen und verfahren für die behandlung von mit hepatitis c viren assoziierten krankheiten |
| US6423489B1 (en) * | 1992-09-10 | 2002-07-23 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Compositions and methods for treatment of Hepatitis C virus-associated diseases |
| JPH06153961A (ja) * | 1992-11-27 | 1994-06-03 | Imuno Japan:Kk | Ｃ型肝炎ウイルス部分遺伝子、ならびにｃ型肝炎ウイルス遺 伝子の高感度検出法 |
| US7258977B1 (en) | 1992-11-27 | 2007-08-21 | Innogenetics N.V. | Process for typing of HCV isolates |
| JP4251407B2 (ja) | 1992-11-27 | 2009-04-08 | イノゲネテイクス・エヌ・ブイ | Ｈｃｖ単離物のタイピング法 |
| SG50563A1 (en) | 1993-04-27 | 1998-07-20 | Innogenetics Nv | New sequences of hepatitis c virus genotypes and their use as therapeutic and diagnostic agents |
| US7255997B1 (en) | 1993-04-27 | 2007-08-14 | N.V. Innogenetics S.A. | Sequences of hepatitis C virus genotypes and their use as therapeutic and diagnostic agents |
| JPH0775585A (ja) * | 1993-06-14 | 1995-03-20 | Immuno Japan:Kk | Ｃ型肝炎ウイルス関連オリゴヌクレオチドならびにｃ型肝炎 ウイルス遺伝子型判定方法 |
| US5882852A (en) * | 1993-06-29 | 1999-03-16 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services | Hepatitic C virus (HCV) core gene nucleotide sequences and related methods of detecting major and minor genotypes of HCV isolates |
| US5514539A (en) * | 1993-06-29 | 1996-05-07 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Nucleotide and deduced amino acid sequences of the envelope 1 gene of 51 isolates of hepatitis C virus and the use of reagents derived from these sequences in diagnostic methods and vaccines |
| US7070790B1 (en) | 1993-06-29 | 2006-07-04 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Nucleotide and deduced amino acid sequences of the envelope 1 and core genes of isolates of hepatitis C virus and the use of reagents derived from these sequences in diagnostic methods and vaccines |
| AU8003894A (en) * | 1993-10-29 | 1995-05-22 | Srl Inc. | Antigen peptide compound and immunoassay method |
| EP0759979A4 (en) * | 1994-05-10 | 1999-10-20 | Gen Hospital Corp | ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDES INHIBITION OF HEPATITIS C VIRUS |
| US7129337B1 (en) | 1994-10-21 | 2006-10-31 | Innogenetics N.V. | Sequences of hepatitis C virus genotypes and their use as prophylactic, therapeutic and diagnostic agents |
| US5851759A (en) * | 1996-04-19 | 1998-12-22 | Chiron Corporation | Heteroduplex tracking assay (HTA) for genotyping HCV |
| IT1284847B1 (it) * | 1996-06-07 | 1998-05-22 | Sorin Biomedica Diagnostics Sp | Procedimento per la rivelazione di acidi nucleici specifici di hcv |
| CA2312779A1 (en) | 1997-11-04 | 1999-05-20 | Roche Diagnostics Gmbh | Specific and sensitive nucleic acid detection method |
| WO2002014362A2 (en) | 2000-08-17 | 2002-02-21 | Tripep Ab | A hepatitis c virus non-structural ns3/4a fusion gene |
| US6680059B2 (en) | 2000-08-29 | 2004-01-20 | Tripep Ab | Vaccines containing ribavirin and methods of use thereof |
| US7022830B2 (en) | 2000-08-17 | 2006-04-04 | Tripep Ab | Hepatitis C virus codon optimized non-structural NS3/4A fusion gene |
| RU2286172C2 (ru) | 2000-08-17 | 2006-10-27 | Трипеп Аб | Вакцины, содержащие рибавирин, и способы их использования |
| US6586584B2 (en) | 2001-01-29 | 2003-07-01 | Becton, Dickinson And Company | Sequences and methods for detection of Hepatitis C virus |
| US7196183B2 (en) | 2001-08-31 | 2007-03-27 | Innogenetics N.V. | Hepatitis C virus genotype, and its use as prophylactic, therapeutic and diagnostic agent |
| US8124747B2 (en) | 2003-08-29 | 2012-02-28 | Innogenetics | HCV clade and prototype sequences thereof |
| JP5138230B2 (ja) | 2004-01-07 | 2013-02-06 | サード・ウェーブ・テクノロジーズ・インク | Ｃ型肝炎ウイルスの遺伝子型の決定方法 |
| KR100733186B1 (ko) * | 2005-05-31 | 2007-06-27 | 재단법인 목암생명공학연구소 | Ｈｃｖ 유전자에 특이적인 작은 간섭 ｒｎａ 및 그를유효성분으로 포함하는 ｃ형 간염 치료제 |
| EP2185195A2 (en) | 2007-08-16 | 2010-05-19 | Tripep Ab | Immunogen platform |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP0318216A1 (en) * | 1987-11-18 | 1989-05-31 | Chiron Corporation | NANBV diagnostics and vaccines |
Family Cites Families (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2656995B2 (ja) * | 1989-03-17 | 1997-09-24 | カイロン コーポレイション | Ｎａｎｂｖの診断用薬 |
| BR9006422A (pt) * | 1989-12-18 | 1991-09-24 | Wellcome Found | Processo para preparar um polipeptidio viral pt-nanbh e processo para detectar o mesmo |
| WO1991014779A1 (en) * | 1990-03-28 | 1991-10-03 | Mitsui Toatsu Chemicals, Incorporated | Diagnostic for hepatitis virus |
| EP1018558A3 (en) * | 1990-04-06 | 2002-06-05 | Genelabs Technologies, Inc. | Hepatitis C Virus Epitopes |
| EP0464287A1 (en) * | 1990-06-25 | 1992-01-08 | The Research Foundation for Microbial Diseases of Osaka University | Non-A, non-B hepatitis virus genomic cDNA and antigen polypeptide |
| FI913068A (fi) * | 1990-06-25 | 1991-12-26 | Univ Osaka Res Found | Non-a-, non-b-hepatitisviruspartiklar. |
| EP0510952A1 (en) * | 1991-04-26 | 1992-10-28 | Immuno Japan Inc. | Oligonucleotide primers and their application for high-fidelity detection of non-a, non-b hepatitis virus |
-
1992
- 1992-05-08 CZ CZ19932377A patent/CZ288720B6/cs not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 WO PCT/US1992/004036 patent/WO1992019743A2/en not_active Application Discontinuation
- 1992-05-08 PT PT100472A patent/PT100472B/pt not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 HU HU9303166A patent/HU227548B1/hu unknown
- 1992-05-08 PL PL92312096A patent/PL170151B1/pl unknown
- 1992-05-08 EP EP92913881A patent/EP0585398B1/en not_active Revoked
- 1992-05-08 RU RU93058449/13A patent/RU2155228C2/ru active
- 1992-05-08 SK SK1232-93A patent/SK284205B6/sk not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 CA CA002108466A patent/CA2108466C/en not_active Expired - Lifetime
- 1992-05-08 RO RO93-01493A patent/RO117267B1/ro unknown
- 1992-05-08 PL PL92301282A patent/PL169880B1/pl unknown
- 1992-05-08 JP JP4512055A patent/JPH06508026A/ja not_active Withdrawn
- 1992-05-08 CZ CZ19961210A patent/CZ288722B6/cs not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 EP EP03013389A patent/EP1394256A3/en not_active Withdrawn
- 1992-05-08 DE DE69233234T patent/DE69233234T2/de not_active Revoked
- 1992-05-08 AT AT92913881T patent/ATE252154T1/de not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 KR KR1019930703367A patent/KR100193801B1/ko not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 ES ES92913881T patent/ES2207633T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1992-05-08 DK DK92913881T patent/DK0585398T3/da active
- 1992-07-01 IE IE148292A patent/IE921482A1/en not_active IP Right Cessation
-
1993
- 1993-11-05 BG BG101876A patent/BG64627B1/bg unknown
- 1993-11-05 BG BG98200A patent/BG62142B1/bg unknown
- 1993-11-05 NO NO934019A patent/NO309532B1/no not_active IP Right Cessation
- 1993-11-08 FI FI934937A patent/FI115725B/fi not_active IP Right Cessation
-
1997
- 1997-09-04 BG BG101876A patent/BG101876A/bg unknown
-
2002
- 2002-05-10 JP JP2002134999A patent/JP2003009892A/ja not_active Withdrawn
- 2002-05-10 JP JP2002134998A patent/JP2003024090A/ja not_active Withdrawn
- 2002-05-10 JP JP2002135000A patent/JP2003009893A/ja not_active Withdrawn
- 2002-05-10 JP JP2002134997A patent/JP2003009891A/ja not_active Withdrawn
-
2004
- 2004-06-04 JP JP2004167859A patent/JP2004290204A/ja not_active Withdrawn
-
2008
- 2008-03-05 JP JP2008055639A patent/JP2008178416A/ja active Pending
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP0318216A1 (en) * | 1987-11-18 | 1989-05-31 | Chiron Corporation | NANBV diagnostics and vaccines |
Also Published As
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| BG64627B1 (bg) | Нсv геномни последователности за диагностика и лечение | |
| BE1005485A5 (fr) | Agent viral. | |
| US6190864B1 (en) | HCV genomic sequences for diagnostics and therapeutics | |
| JP3746291B2 (ja) | Ｅ型肝炎ウィルスワクチン及びその接種方法 | |
| EP0419182A1 (en) | New HCV isolates | |
| EP0423239A1 (en) | Post-transfusion, non-a, non-b hepatitis virus and antigens | |
| IE83377B1 (en) | New HCV isolate J-1 | |
| US5218099A (en) | Post-transfusion, non-A, non-B hepatitis virus polynucleotides | |
| JP3510249B2 (ja) | Ｃ型肝炎ウイルスに特異的な細胞障害性ｔ細胞を刺激するためのペプチド | |
| KR0178399B1 (ko) | 장을 통해 전염되는 비a비b형 간염 바이러스 병원체 및 그것의 특유한 에피토프 | |
| JPH08509692A (ja) | Ｅ型肝炎ウイルスペプチド抗原および抗体 | |
| US5563032A (en) | Mosaic polypeptide and methods for detecting the hepatitis E virus | |
| JP3889808B2 (ja) | Ｅ型肝炎のパキスタン菌株の組み換えタンパク質並びにその診断法及び種痘における利用 | |
| US7166287B1 (en) | Viral agent | |
| Birkett | Expression, Purification and Characterization of Hepatitis C Virus Core Protein from E. Coli Using a Chemically Synthesized Gene (1), and Cloning, Expression, Purification and Characterization of the Major Core Protein (P26) from Equine Infectious Anaemia Virus | |
| MAERTENS et al. | Patent 2201703 Summary |