BG62142B1 - Нсv геномни последователности за диагностика и лечение - Google Patents
Нсv геномни последователности за диагностика и лечение Download PDFInfo
- Publication number
- BG62142B1 BG62142B1 BG98200A BG9820093A BG62142B1 BG 62142 B1 BG62142 B1 BG 62142B1 BG 98200 A BG98200 A BG 98200A BG 9820093 A BG9820093 A BG 9820093A BG 62142 B1 BG62142 B1 BG 62142B1
- Authority
- BG
- Bulgaria
- Prior art keywords
- hcv
- nucleic acid
- sequence
- acid sequence
- sequences
- Prior art date
Links
- 238000011282 treatment Methods 0.000 title claims abstract description 7
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 34
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 34
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 29
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 27
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 claims description 148
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 33
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 26
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 21
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 14
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims description 5
- 108090001074 Nucleocapsid Proteins Proteins 0.000 claims description 2
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 claims description 2
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 claims 2
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims 2
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 claims 1
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 claims 1
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 claims 1
- 230000004570 RNA-binding Effects 0.000 claims 1
- 239000013256 coordination polymer Substances 0.000 claims 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 abstract description 2
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 abstract description 2
- 241000711549 Hepacivirus C Species 0.000 abstract 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 126
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 126
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 71
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 43
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 36
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 26
- 239000000047 product Substances 0.000 description 22
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 20
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 20
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 20
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 19
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 description 19
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 18
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 14
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 12
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 11
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 10
- 229920001184 polypeptide Chemical group 0.000 description 10
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 9
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 8
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 8
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 8
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 8
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 8
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 8
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 8
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 7
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 7
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 7
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 7
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 7
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 6
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 6
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 6
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 6
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 6
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 5
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 5
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 5
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 5
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 5
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 5
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 5
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 5
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 5
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 5
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 5
- 239000001488 sodium phosphate Substances 0.000 description 5
- 229910000162 sodium phosphate Inorganic materials 0.000 description 5
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 5
- RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K trisodium phosphate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]P([O-])([O-])=O RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 5
- 241000700721 Hepatitis B virus Species 0.000 description 4
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 4
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 4
- 102000019197 Superoxide Dismutase Human genes 0.000 description 4
- 108010012715 Superoxide dismutase Proteins 0.000 description 4
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 4
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 4
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 4
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 4
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 4
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 4
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 4
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 4
- 238000001668 nucleic acid synthesis Methods 0.000 description 4
- -1 precipitants Substances 0.000 description 4
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 4
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 4
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N Acetic anhydride Chemical compound CC(=O)OC(C)=O WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 3
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000709721 Hepatovirus A Species 0.000 description 3
- 108010076039 Polyproteins Proteins 0.000 description 3
- 101710172711 Structural protein Proteins 0.000 description 3
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000004480 active ingredient Substances 0.000 description 3
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 3
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 3
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 3
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 3
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 3
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 3
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 3
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 3
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 3
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 3
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 3
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 3
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 3
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 3
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 3
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 3
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 3
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 3
- 239000000829 suppository Substances 0.000 description 3
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 3
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 3
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 3
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 3
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 3
- QMXCRMQIVATQMR-UHFFFAOYSA-N (2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 3-pyridin-2-ylsulfanylpropanoate Chemical compound O=C1CCC(=O)N1OC(=O)CCSC1=CC=CC=N1 QMXCRMQIVATQMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- TVZRAEYQIKYCPH-UHFFFAOYSA-N 3-(trimethylsilyl)propane-1-sulfonic acid Chemical compound C[Si](C)(C)CCCS(O)(=O)=O TVZRAEYQIKYCPH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000701022 Cytomegalovirus Species 0.000 description 2
- 208000005176 Hepatitis C Diseases 0.000 description 2
- 206010019791 Hepatitis post transfusion Diseases 0.000 description 2
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100039019 Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1 Human genes 0.000 description 2
- 108010058846 Ovalbumin Proteins 0.000 description 2
- DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N Trifluoroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(F)(F)F DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010067390 Viral Proteins Proteins 0.000 description 2
- 208000036142 Viral infection Diseases 0.000 description 2
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 2
- NWMHDZMRVUOQGL-CZEIJOLGSA-N almurtide Chemical compound OC(=O)CC[C@H](C(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)CO[C@@H]([C@H](O)[C@H](O)CO)[C@@H](NC(C)=O)C=O NWMHDZMRVUOQGL-CZEIJOLGSA-N 0.000 description 2
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 2
- 239000010836 blood and blood product Substances 0.000 description 2
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 2
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 2
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 2
- 239000013043 chemical agent Substances 0.000 description 2
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 2
- NZNMSOFKMUBTKW-UHFFFAOYSA-N cyclohexanecarboxylic acid Chemical compound OC(=O)C1CCCCC1 NZNMSOFKMUBTKW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000000151 cysteine group Chemical group N[C@@H](CS)C(=O)* 0.000 description 2
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 2
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 2
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 2
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 2
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 description 2
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 description 2
- 208000029570 hepatitis D virus infection Diseases 0.000 description 2
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 2
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 2
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 2
- HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L magnesium stearate Chemical compound [Mg+2].CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O.CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 2
- 229940092253 ovalbumin Drugs 0.000 description 2
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 2
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 2
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 2
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 2
- 230000004044 response Effects 0.000 description 2
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 2
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N succinimide Chemical compound O=C1CCC(=O)N1 KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 2
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 2
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 description 2
- DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N β‐Mercaptoethanol Chemical compound OCCS DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N α-D-glucopyranosyl-α-D-glucopyranoside Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OC1C(O)C(O)C(O)C(CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N (6E,10E,14E,18E)-2,6,10,15,19,23-hexamethyltetracosa-2,6,10,14,18,22-hexaene Chemical compound CC(C)=CCCC(C)=CCCC(C)=CCCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)C YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NWUYHJFMYQTDRP-UHFFFAOYSA-N 1,2-bis(ethenyl)benzene;1-ethenyl-2-ethylbenzene;styrene Chemical compound C=CC1=CC=CC=C1.CCC1=CC=CC=C1C=C.C=CC1=CC=CC=C1C=C NWUYHJFMYQTDRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WOJKKJKETHYEAC-UHFFFAOYSA-N 6-Maleimidocaproic acid Chemical compound OC(=O)CCCCCN1C(=O)C=CC1=O WOJKKJKETHYEAC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150026173 ARG2 gene Proteins 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N Alpha-Lactose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N 0.000 description 1
- 241000972773 Aulopiformes Species 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 102100026189 Beta-galactosidase Human genes 0.000 description 1
- 101150111062 C gene Proteins 0.000 description 1
- 241000744472 Cinna Species 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- 241000699802 Cricetulus griseus Species 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N D-Mannitol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N Dihydrogen disulfide Chemical compound SS BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BVTJGGGYKAMDBN-UHFFFAOYSA-N Dioxetane Chemical compound C1COO1 BVTJGGGYKAMDBN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000013138 Drug Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010065556 Drug Receptors Proteins 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 1
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- 101000872838 Hepatitis B virus genotype C subtype adr (isolate China/NC-1/1988) Small envelope protein Proteins 0.000 description 1
- 208000005331 Hepatitis D Diseases 0.000 description 1
- 206010057212 Hepatitis viral infections Diseases 0.000 description 1
- 101100005166 Hypocrea virens cpa1 gene Proteins 0.000 description 1
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 1
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 1
- FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N L-Phenylalanyl-L-lysin Natural products NCCCCC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N Lactose Natural products OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)C(O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N 0.000 description 1
- 206010067125 Liver injury Diseases 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- 229930195725 Mannitol Natural products 0.000 description 1
- JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA) Chemical compound CCN(C(C)C)C(C)C JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108700015872 N-acetyl-nor-muramyl-L-alanyl-D-isoglutamine Proteins 0.000 description 1
- 108700020354 N-acetylmuramyl-threonyl-isoglutamine Proteins 0.000 description 1
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 1
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 1
- 102000004316 Oxidoreductases Human genes 0.000 description 1
- 108090000854 Oxidoreductases Proteins 0.000 description 1
- 238000009004 PCR Kit Methods 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 241000282579 Pan Species 0.000 description 1
- FADYJNXDPBKVCA-STQMWFEESA-N Phe-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 FADYJNXDPBKVCA-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- 239000004698 Polyethylene Substances 0.000 description 1
- 108010020346 Polyglutamic Acid Proteins 0.000 description 1
- 108010039918 Polylysine Proteins 0.000 description 1
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 1
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 1
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 241000702670 Rotavirus Species 0.000 description 1
- 101100404032 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) arg6 gene Proteins 0.000 description 1
- 108091081021 Sense strand Proteins 0.000 description 1
- 229920002684 Sepharose Polymers 0.000 description 1
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 1
- 108010071390 Serum Albumin Proteins 0.000 description 1
- 102000007562 Serum Albumin Human genes 0.000 description 1
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920002472 Starch Polymers 0.000 description 1
- BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N Tetramethylsqualene Natural products CC(=C)C(C)CCC(=C)C(C)CCC(C)=CCCC=C(C)CCC(C)C(=C)CCC(C)C(C)=C BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000009843 Thyroglobulin Human genes 0.000 description 1
- 108010034949 Thyroglobulin Proteins 0.000 description 1
- HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N Trehalose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N 0.000 description 1
- 101100379634 Xenopus laevis arg2-b gene Proteins 0.000 description 1
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 1
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 239000013543 active substance Substances 0.000 description 1
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 1
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 description 1
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 description 1
- HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N alpha,alpha-trehalose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N 0.000 description 1
- WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K aluminium hydroxide Chemical compound [OH-].[OH-].[OH-].[Al+3] WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 description 1
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N beta-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 1
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 1
- 230000001588 bifunctional effect Effects 0.000 description 1
- 239000012148 binding buffer Substances 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 1
- KDPAWGWELVVRCH-UHFFFAOYSA-N bromoacetic acid Chemical compound OC(=O)CBr KDPAWGWELVVRCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 244000309464 bull Species 0.000 description 1
- 210000002421 cell wall Anatomy 0.000 description 1
- 235000010980 cellulose Nutrition 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 1
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 1
- 239000012050 conventional carrier Substances 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 229920001577 copolymer Polymers 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 239000008121 dextrose Substances 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- FFYPMLJYZAEMQB-UHFFFAOYSA-N diethyl pyrocarbonate Chemical compound CCOC(=O)OC(=O)OCC FFYPMLJYZAEMQB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N dodecahydrosqualene Natural products CC(C)CCCC(C)CCCC(C)CCCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)C PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 239000003995 emulsifying agent Substances 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 239000004931 filters and membranes Substances 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 238000005194 fractionation Methods 0.000 description 1
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 1
- 239000008187 granular material Substances 0.000 description 1
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 1
- 150000002357 guanidines Chemical class 0.000 description 1
- 108060003552 hemocyanin Proteins 0.000 description 1
- 231100000234 hepatic damage Toxicity 0.000 description 1
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 description 1
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 1
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 1
- 239000000677 immunologic agent Substances 0.000 description 1
- 229940124541 immunological agent Drugs 0.000 description 1
- 238000010324 immunological assay Methods 0.000 description 1
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 1
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 1
- 238000010255 intramuscular injection Methods 0.000 description 1
- 239000007927 intramuscular injection Substances 0.000 description 1
- JDNTWHVOXJZDSN-UHFFFAOYSA-N iodoacetic acid Chemical compound OC(=O)CI JDNTWHVOXJZDSN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003456 ion exchange resin Substances 0.000 description 1
- 229920003303 ion-exchange polymer Polymers 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 1
- 239000004816 latex Substances 0.000 description 1
- 229920000126 latex Polymers 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 239000007791 liquid phase Substances 0.000 description 1
- 239000006193 liquid solution Substances 0.000 description 1
- 239000006194 liquid suspension Substances 0.000 description 1
- 230000008818 liver damage Effects 0.000 description 1
- 208000019423 liver disease Diseases 0.000 description 1
- 239000000891 luminescent agent Substances 0.000 description 1
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 1
- ZLNQQNXFFQJAID-UHFFFAOYSA-L magnesium carbonate Chemical compound [Mg+2].[O-]C([O-])=O ZLNQQNXFFQJAID-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000001095 magnesium carbonate Substances 0.000 description 1
- 229910000021 magnesium carbonate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000014380 magnesium carbonate Nutrition 0.000 description 1
- 235000019359 magnesium stearate Nutrition 0.000 description 1
- 239000000594 mannitol Substances 0.000 description 1
- 235000010355 mannitol Nutrition 0.000 description 1
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- JMUHBNWAORSSBD-WKYWBUFDSA-N mifamurtide Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)OC[C@@H](OC(=O)CCCCCCCCCCCCCCC)COP(O)(=O)OCCNC(=O)[C@H](C)NC(=O)CC[C@H](C(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](C)O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)OC(O)[C@@H]1NC(C)=O JMUHBNWAORSSBD-WKYWBUFDSA-N 0.000 description 1
- 229960005225 mifamurtide Drugs 0.000 description 1
- 108700007621 mifamurtide Proteins 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 1
- 229940035032 monophosphoryl lipid a Drugs 0.000 description 1
- 229940031348 multivalent vaccine Drugs 0.000 description 1
- 210000004897 n-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 230000003472 neutralizing effect Effects 0.000 description 1
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 1
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 1
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 1
- 239000006174 pH buffer Substances 0.000 description 1
- 238000010647 peptide synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 1
- 229920001515 polyalkylene glycol Polymers 0.000 description 1
- 229920000573 polyethylene Polymers 0.000 description 1
- 229920002643 polyglutamic acid Polymers 0.000 description 1
- 229920000656 polylysine Polymers 0.000 description 1
- 230000000379 polymerizing effect Effects 0.000 description 1
- 235000010482 polyoxyethylene sorbitan monooleate Nutrition 0.000 description 1
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 1
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 1
- 229920000136 polysorbate Polymers 0.000 description 1
- 229920000053 polysorbate 80 Polymers 0.000 description 1
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 1
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 1
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 1
- 238000001742 protein purification Methods 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 1
- 230000003014 reinforcing effect Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 235000019515 salmon Nutrition 0.000 description 1
- 239000012266 salt solution Substances 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 1
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011083 sodium citrates Nutrition 0.000 description 1
- 159000000000 sodium salts Chemical class 0.000 description 1
- 229940031439 squalene Drugs 0.000 description 1
- TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N squalene Natural products CC(=CCCC(=CCCC(=CCCC=C(/C)CCC=C(/C)CC=C(C)C)C)C)C TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000008107 starch Substances 0.000 description 1
- 235000019698 starch Nutrition 0.000 description 1
- 238000010254 subcutaneous injection Methods 0.000 description 1
- 239000007929 subcutaneous injection Substances 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 229960002317 succinimide Drugs 0.000 description 1
- 238000010189 synthetic method Methods 0.000 description 1
- 229960000814 tetanus toxoid Drugs 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 150000003568 thioethers Chemical class 0.000 description 1
- 229960002175 thyroglobulin Drugs 0.000 description 1
- 150000003626 triacylglycerols Chemical class 0.000 description 1
- 238000002604 ultrasonography Methods 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- 238000009736 wetting Methods 0.000 description 1
- 239000000080 wetting agent Substances 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
- A61K38/04—Peptides having up to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
- A61K38/08—Peptides having 5 to 11 amino acids
- A61K38/09—Luteinising hormone-releasing hormone [LHRH], i.e. Gonadotropin-releasing hormone [GnRH]; Related peptides
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
- A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- A61K38/162—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from virus
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
- A61P31/20—Antivirals for DNA viruses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
- C12Q1/706—Specific hybridization probes for hepatitis
- C12Q1/707—Specific hybridization probes for hepatitis non-A, non-B Hepatitis, excluding hepatitis D
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/24011—Flaviviridae
- C12N2770/24211—Hepacivirus, e.g. hepatitis C virus, hepatitis G virus
- C12N2770/24222—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
Description
Област на техниката
Изобретението се отнася до състав и метод за диагностика и лечение на хепатит С вирусна инфекция (HCV), считана по-рано за нито- А, нито- В хепатитна вирусна инфекция. По-специално, изобретението се отнася до състав за диагностика и лечение на HCV инфекция, метод за получаване на хибридизационен продукт с HCV последователност от нуклеинови киселини и метод за откриване на един или повече HCV генотипове.
Предшестващо състояние на техниката
Избирането и охарактеризирането на прототипа на HCV е описано в заявка за патент US 122 714 (виж също ЕР 318 216). Терминът “HCV”, така както е използван тук, включва нови изолати от същия вид вируси. Терминът “HCV-1” е обяснен в US 122 714.
HCV е трансмисивен тип заболяване, което се отличава от другите форми, свързани с вирусни инфекции, чернодробни заболявания, включително тези, причинени от известните хепатитни вируси, напр., вируса на хепатит А (HAV), вируса на хепатит В (HBV), и вируса на делта хепатита (HDV), а така също и хепатита, индуциран от цитомегаловируса (CMV) или вируса на Epstein-Barr (EBV). HCV за първи път е установен у индивиди, подлагани на кръвопреливане.
Необходимостта от чувствителни, специфични методи за скрининг и идентифициране на преносителите на HCV и заразена с HCV кръв и кръвни продукти е значителна. Посттрансфузионен хепатит (РТН) се явява в около 10% от подложените на кръвопреливане пациенти, като HCV възлиза на около 90% от тези случаи. Често това заболяване прогресира до хронично чернодробно увреждане (2555%).
Грижата за пациентите, както и предотвратяването на предаването на HCV с кръв и кръвни продукти или при тесен контакт на персонала, изискват сигурни средства за скрининг, диагностика и прогнозиране с оглед откриване на нуклеинови киселини, антигени и антитела, свързани с HCV.
Инфекцията в това описание предполага, че HCV притежава няколко генотипа. Което означава, че генетичната информация за HCV вируса може да не е напълно идентична за целия HCV, а обхваща групи с различна генетична информация.
Генетичната информация се съхранява във верижни молекули ДНК и РНК. ДНК се състои от ковалентно свързани вериги на дезоксирибонуклеотиди, а РНК се състои от ковалентно свързани вериги на рибонуклеотиди. Всеки нуклеотид се характеризира с една от четирите бази: аденин (А), гуанин (G), тимин (Т) и цитозин (С). Базите са комплементарни в този смисъл, че благодарение на ориентацията на функционалните групи, някои двойки бази се привличат и свързват една с друга чрез водородни мостове и π-координационни връзки. Аденинът в една от веригите на ДНК формира двойка с тимина в противоположната комплементарна верига. Гуанинът в една от веригите на ДНК формира двойка с цитозина от противоположната комплементарна верига. В РНК тиминовата база е заместена с урацил (U), който формира двойка с аденина в противоположната комплементарна верига. Генетичният код на живите организми се определя от последователността на двойките бази. Живите клетки интерпретират, транскрибират и транслират информацията от нуклеиновите киселини за създаване на протеини и пептиди.
HCV геномът се състои от единична позитивна РНК верига. От друга страна, HCV геномът притежава непрекъсната, транслационна отворена рамка на разчитане (ORF), която кодира полипротеин с около 3 000 аминокиселини. В ORF структурният протеин (и) очевидно са кодирани в приблизително първата четвърт на N-крайния участък, повечето от полипротеините, отговорни за неструктурни протеини.
HCV полипротеинът съдържа от амино края към карбоксилния край нуклеокапсидния протеин (С), покривния протеин (Е) и неструктурните протеини <\S) l,2(b), 3,4(Ь) и 5.
HCV от различните генотипове може да кодира протеини, които водят до изменение на отговора на гостоприемниковата имунна система. HCV от различаващи се генотипове може трудно да бъде открита чрез имуно дигностични техники и техники на нуклеокиселинни проби, които не са специфично насочени към такъв генотип.
По-долу са изложени дефиниции на избраните термини, използвани в описанието, с което да се улесни разбирането на изобретението. Терминът “съответни” означава хомоложни на или комплементарни на определена последователност от нуклеонови киселини. Както между нуклеинови киселини и пептиди, съответни се отнася и до аминокиселини на пептид в ред. получен от последователността на дадена нуклеинова киселина или нейния комплемент.
Терминът “несрешана в природата аминокиселина” се отнася до част от геномна нуклеинова киселина, с ДНК, полусинтетична нуклеинова киселина, или синтетична оригинална нуклеинова киселина, която чрез произхода си или при преработване: (1) не е свързана с всички нуклеинови киселини, с които е свързана в природата. (2) е присъединена към нуклеинова киселина или друг химичен агент, различен от този, към който е присъединена в природата, или (3) - не се среща в природата.
По подобен начин терминът “несрещан в природата пептид се отнася до част от голям природен пептид или протеин, или полусинтетичен или синтетичен пептид, който чрез произхода си или при преработка ; (1) не се свързва с всички пептиди, с които е свързан в природата, (2) се присъединява към пептиди, функционални групи или химични агенти, различни от тези, към които се присъединява в природата, или (3) не се среща в природата.
Терминът “праймер” се отнася до нуклеинова киселина, която е способна да инициира синтезата на по-голяма нуклеинова киселина, когато е поставена в подходящи условия. Праймерът би бил напълно или по същество комплементарен на участък от нуклеиновата киселина, от която ще бъде копиран. Така, при условия на хибридизация, праймерът ще доведе до комплементарен участък от по-голяма нуклеинова киселина. При добавяне на подходящи реактиви, праймерът се разширява чрез полимеризиращият агент за образуване на копие от по-голямата нуклеинова киселина.
Терминът “свързваща двойка” се отнася до която и да е двойка молекули, проявяващи взаимен афинитет или свързващ капацитет. Терминът “лиганд” се отнася до една молекула от свързващата двойка, а терминът “антилиганд” или “рецептор” или “мишена” се отнася до противоположна на свързващата двойка молекула. Например, по отношение на нуклеиновите киселини, свързващата двойка може да включва две комплементарни нуклеинови киселини. Една от нуклеиновите киселини може да бъде означена като лиганд, а другата верига да е означена като антилиганд, рецептор или мишена. Означаването като лиганд или антилиганд е въпрос на условност. Други свързващи двойки съдържат, например, антигени и антитела, лекарства и сайтове за лекарствени рецептори и ензими или ензимни субстрати и т.н.
Терминът “маркер” се отнася до част от молекула, която може да бъде открита, например, чрез радиоактивни изотопи, ензим-луминисцентни средства, преципитиращи средства, и багрила.
Терминът “носител” включва обичайните носители като филтри и мембрани, а така също и възстановени носители, които могат да бъдат по същество диспергирани в средата и отстранени или разделени от средата чрез имобилизация, филтриране, разделяне или по друг подобен начин. Терминът “носещи средства” означава носители, които могат да се свър жат с нуклеинови киселини, пептиди или антитела, чрез свързващи партньори, или ковалентни или нековалентни връзки.
Идентифицирани са няколко щама и изолата. При сравняване с последователността на изходния изолат, получен от USA (“HCV1”; виж Q.-L.Choo et al. (1989) Science 244:359362, Q.-L.Choo et al. (1990) Brit.Med.Bull. 46: 423-441, Q.-L.Choo et al., Proc. Natl.Acad.Sci. 88: 2451-2455 (1991), и EP No. 318 216, бе установено, че японският изолат (HCV Л) се отличава значително, както по отношение на нуклеотидната, така и по отношение на полипептидната последователности в рамките на NS3 и NS4 областите. Това заключение покъсно се разпростря и върху NS5 и покривните (E1/S и E2/NS1) участъци (виж К.Takeuchi et al., J.Gen Virol. (1990) 71: 3027-3033, Y.Kubo, Nucl. Acids.Res (1989) 17: 10367-10372, и
K.Takeuchi et al.. Gene (1990) 91: 287-281). Предшестващата група изолати, идентифицирани в USA, се нарича “Генотип I” в настоящото описание, докато по-нататъшните групи се означават като “Генотип II”.
Техническа същност на изобретението
Настоящото изобретение се отнася до състав, съдържащ нуклеинова киселина, съответстваща на HCV вирусния геном, който определя различни генотипове. По-специално, изобретението се отнася до състав с терапевтични и диагностични свойства, който включва несрещани в природата последователности от нуклеинови киселини от конкретна област на HCV. Изобретението предлага също и методи за приложение на съставите, съответстващи на последователностите от HCV вирусният геном, определящи различни генотипове, описани тук.
А. Състав на нуклеинови киселини
Нуклеиновата киселина съгласно изобретението, съответстваща на HCV вирусния геном, който определя различни генотипове, има приложение като проба в хибридизационни реакции, като праймер на реакции, включващи синтезата на нуклеинова киселина, като свързващ партньор за разделяне на HCV вирусната нуклеинова киселина от други присъстващи състави, и като антисенс (anti-sense) нуклеинова киселина за предотвратяване транскрипцията или транслацията на вирусната нуклеинова киселина.
По-специално настоящото изобретение се отнася до несрещана в природата нуклеинова киселина, съдържаща аминокиселинна последователност от поне осем последователни нуклеотида, съответстващи на не- HCV-1 нуклеотидната последователност на хепатит С вирусния геном. За предпочитане нуклеотидната последователност е подбрана от поне една област, състояща се от NS5 областта, покривната 1 област, 5' UT област и централната област. По-конкретно съгласно настоящото изобретение, нуклеотидната последователност се подбира от 5’UT областта, като последователностите, съответстващи на 5’UT областта са номерирани съответно от 34 до 51. Последователност No 33 съответства на HCV-1. Последователностите от 33 до 51 са представени на секвенционния листинг към настоящото описание.
Съставите по настоящото изобретение образуват хибридизационни продукти с нуклеинова киселина, съответстваща на различни генотипове на HCV.
HCV притежава поне пет генотипа, които за улеснение в настоящото описание са означени като GI-GV. Първият генотип, GI, е илюстриран от последователностите, номерирани 1-6, 23-25, 33-38 и 52-57. Вторият генотип, GII, е представен от последователностите с номера 7-12, 26-28, 39-45 и 58-64. Третият генотип, GUI, е илюстриран от последователностите с номера 13-17,32,46-47 и 65-66. Четвъртият генотип, GIV, е илюстриран от последователностите с номера 20-22, 29-31 и 48-49. Петият генотип, GV, е илюстриран от последователностите с номера 18, 19, 50 и 51.
По-специално, изобретението се отнася до не- HCV-1 последователност от аминокиселини, представляваща последователност от един или повече (първи, втори, трети, чет4 върти и пети) генотипове, подбрана от аминокиселинна последователност в рамките на SEQ ID No. 34-39 и 41-51. За предпочитане съставът съгласно изобретението включва несрещана в природата аминокиселинна последователност от първи генотип, подбрана от SEQ ID номера 34-38.
В. Метод за образуване на хибридизационен продукт
Обект на настоящото изобретение е също и метод за образуване на хибридизационен продукт с такава нуклеинова киселина, която да притежава последователност, отговаряща на HCV нуклеинова киселина. Този метод включва етапите на поставяне на несрещана в природата нуклеинова киселина с не- HCV-1 последователност, съответстваща на HCV нуклеинова киселина в условия на хибридизация. Несрещаната в природата нуклеинова киселина е способна да формира хибридизационен продукт с HCV нуклеинова киселина в условия на хибридизация. Методът по-нататък предвижда етапа на прилагане на хибридизационни условия за формиране на хибридизационен продукт в присъствието на нуклеинова киселина, съответстваща на определен участък от HCV генома.
Формирането на хибридизационен продукт е приложимо за установяване присъствието на един или повече генотипове на HCV. За предпочитане несрещаната в природата нуклеинова киселина формира хибридизационен продукт с нуклеинова киселина от HCV в една или повече области, включващи NS5 областта, покривната 1 област, 5’UT областта и централната област. За откриване на хибридизационния продукт е целесъобразно свързването на несрещаната в природата нуклеинова киселина с определен маркер. Формирането на хибридизационния продукта се установява чрез разделянето му от маркираната несрещана в природата нуклеинова киселина, която не е формирала хибридизационен продукт.
Формирането на хибридизационен продукт е приложимо като средство за разделяне на един или повече генотипове HCV нуклеинови киселини от други евентуално присъстващи съставки. За целта целесъобразно е несрещаната в природата нуклеинова киселина да бъде свързана с носител, за да се раздели полученият в резултат хибридизационен продукт от другите съставки.
“Сандвич анализ” на нуклеиновите киселини предвижда свързване на една нуклеинова киселина с маркер и на втора нуклеинова киселина с носител. Един вариант на настоящото изобретение включва сандвич анализ, включващ две нуклеинови киселини, и двете притежаващи последователности, които съответстват на HCV нуклеиновите киселини; обаче, поне една несрещана в природата нуклеинова киселина притежава последователност , съответстваща на не-HCV-1 HCV нуклеинова киселина. Поне една нуклеинова киселина е в състояние да се свърже с маркер, а другата - да се свърже с носител. Носителят, свързан с неприродно срещана нуклеинова киселина, се използва за разделяне на хибридизационния продукт, който включва HCV нуклеинова киселина и несрещана в природата нуклеинова киселина, притежаваща неHCV-1 последователност.
Един вариант на изпълнение на настоящото изобретение предвижва метод за установяване на един или повече генотипове на HCV. Методът включва етапите на поставяне на несрещана в природата нуклеинова киселина в условия на хибридизация. Несрещаната в природата нуклеинова киселина е способна да формира хибридизационен продукт с нуклеинова киселина от един или повече генотипове на HCV.
Хибридизационният продукт на HCV нуклеинова киселина с несрещана в природата нуклеинова киселина, притежаваща неHCV-1 последователност, съответстваща на последователности от HCV генома е приложим за иницииране на реакция на синтезата на нуклеинова киселина.
Хибридизационният продукт на HCV нуклеинова киселина с несрещана в природата нуклеинова киселина, притежаваща последователност, съответна на определен (в случая първи) генотип на HCV е приложим за иницииране на реакцията на синтез на нуклеинова киселина от такъв генотип. В един вариант на изпълнение, синтезираната нуклеинова киселина е показателна за присъствието на един или повече генотипове на HCV.
Синтезът на нуклеинова киселина може също да улесни клонирането на нуклеиновата киселина в експресионен вектор, който от своя страна синтезира вирусни протеини.
Варианти на настоящите методи са приложими като anti-sense агенти за предотвратяване транскрипцията или транслацията на вирусна нуклеинова киселина. Образуването на хибридизационен продукт на несрещана в природата нуклеинова киселина, притежаваща последователности, които отговарят на определен генотип на HCV генома, може да блокира транслацията или транскрипцията на такъв генотип. Това дава възможност за разработване на такива терапевтични агенти, които да включват всичките пет генотипа.
С. Пептиди и състави на антитела
Друг вариант на настоящото изобретение е състав, който съдържа несрещан в природата пептид от три или повече аминокиселини, отговарящи на нуклеинова киселина с не-HCV-1 последователност. За предпочитане не-HCV-l последователността съответства на тази, включена в 5’UT областта. По-специално пептидите, отговарящи на нуклеинова киселина с не-HCV-l последователност, насочена срещу 5’UT областта, са със секвенционни номера 34-39 и 41-51. Последователността с номер 33 съответства на HCV-1. Последователностите с номера 33 до 51 са представени на приложения списък на последователностите.
Друг вариант на изпълнение на настоящото изобретение представлява пептиден състав, съответстващ на последователности на нуклеинови киселини от HCV генотипа. 5’UT областта, която както бе посочено, обхваща нуклеинови киселини с номера от 33 до 51, включва последователности от първи, втори, трети, четвърти и пети генотип. Съгласно настоящото изобретение, не-HCV-l последователността от нуклеинови киселини е от първи генотип и включва нуклеинови киселини със секвенционни номера 34-38.
Несрещаните в природата пептиди от настоящото изобретение са приложими като компонент на ваксина. Секвенционната информация от настоящото изобретение позволява създаването на ваксина, включваща нуклеинови киселини от конкретен генотип. Насочването на ваксината към определен генотип позволява профилактично приложение с оглед постигане на максимална защита на инфектираните обекти, а насочването на ваксината към повече от един генотип позволява нейното комплексно действие. Пептидните състави са приложими още и за създаване на специфични антитела срещу HCV протеините. Един вариант на изпълнение на настоящото изобретение предвижда антитяло срещу пептиди, отговарящи на не-HCV-l последователност от HCV генома. За предпочитане, не-HCV-l последователността е подбрана от тези, включени в 5’UT областта. Това е пептидът, отговарящ на последователност, ограничена от нуклеинови киселини със секвенционни идентификационни номера от 34 до 51.
Антителата, насочени срещу пептиди, които отразяват определен генотип, са приложими за откриване на такъв генотип от HCV и като лечебни средства.
Един вариант на изпълнение на настоящото изобретение е антитяло, насочено спрямо пептид, отговарящ на нуклеинова киселина с последователност от определен генотип. Както бе посочено по-горе (стр. 10), първият генотип, G1, е представен от последователности с номера 7-12, 23-25, 33-38 и 52-57. В конкретния случай антитялото съгласно настоящото изобретение е насочено срещу пептид от първи генотип с SEQ ID No 34-38.
Изобретението е илюстрирано с фигури, които представляват последователности, демонстриращи генотиповете на HCV. Последователностите са означени с номера от 33 до 51, показани на списъка на последователностите.
Кратко описание на фигурите и списъка на последователностите
Фигура 1 изобразява схематично генетичната организация на HCV.
Фигура 2 описва последователностите на нуклеинови киселини с номера от 33 до 51, които произхождат от 5'L'T областта на HCV вирусния геном.
Списъкът на последователностите представя последователностите, номерирани съответно с номера от 33 до 51.
По-подробно изобретението е илюстрирано със следните примерни изпълнения, без да го ограничава.
Пример 1.
Изобретението се описва в детайли за целите на диагностиката и профилактиката по отношение на нуклеинова киселина и произхождащите пептиди и свързващи партньори, притежаващи последователности, които отговарят на HCV генома.
За осъществяване на изобретението са използвани, освен ако не е указано специално нещо друго, обичайните за химията, молекулярната биология, микробиологията, рекомбинантната ДНК технология и имунологията техники, които са добре известни на специалистите в областта. Виж напр. Maniatis, Fitsch & Sambrook, Molekular Cloning, A Laboratory Manual (1982); DNA Cloning Volumes 1 and II (D.N.Gaot ed, 1984); Nucleic Acid Hydridization (B.D.Hames & S.J. Higgins eds. 1984); the series, Methods in Enzymology (Academic Press, Inc.), Particularly Vol. 154 and Vol. 155 (Wu and Grossman, eds.).
ДНК библиотеките са получени от последователности на нуклеинови киселини, намиращи се в плазмата на инфектирано с HCV шимпанзе. Структурата на една от тези библиотеки, “с” библиотека (ATCC No. 40394), е описана във No.WO90/14436.
Нуклеиновите киселини, изолирани или синтезирани в съответствие с настоящото изобретение, са приложими без ограничение като проби, праймери, anti sense гени и за създаване на експресионни системи за синтезата на пептиди, отговарящи на съответните последователности от 34 до 51.
Фигура 1 представя схематично организацията на HCV. Четирите области от специален интерес са NS5 областта, покривната 1 област, 5’UT областта и централната област.
За удобство в настоящото изобретение различните генотипове са обозначени с рамки цифри и буквата “G”.
Последователностите на нуклеинови киселини с номера 34 до 51 предполагат пет генома в 5’UT областта на HCV. Последователностите с номера 33 до 51 са представени на фигура 2, както и на списъка на последователностите. Тъй като обект на настоящото изобретение са последователностите от 5’UT областта, представляващи първи генотип (GI) на HCV, той се илюстрира с последователности, номерирани от 34 до 38. Всяка от последователностите с номера от 34 до 51 е получена от нуклеинова киселина, притежаваща 252 нуклеотида от областта 5’UT, като при това последователностите 50 и 51 са малко по-къси и притежават приблизително 180 нуклеотида.
Различните генотипове, описани с оглед на всеки участък, са съвместими. Това означава, че HCV, притежаващ характерните особености на първия генотип по отношение на NS5 областта, по същество потвърждава характерните особености на първия генотип от покривната 1 област, характерните особености на 5’UT областта, както и тези на централната област.
Нуклеиновите киселини, изолирани или синтезирани в съответствие с последователностите, означени с номера от 34 до 51, могат да бъдат използвани като проби, праймери, свързващи лиганди и anti-sense агенти. Като такива, нуклеиновите киселини обикновено притежават приблизително осем или повече нуклеотида за специфичност, а така също и способност да образува стабилни хибридизационни продукти.
Проби
Нуклеинова киселина, изолирана или синтезирана съгласно последователност, опре деляща конкретен генотип от област на HCV генома, може да бъде използвана като проба за откриване на този генотип, или в комбинация с други проби от нуклеинови киселини, за откриване на практически всички генотипове на HCV.
Със секвенционната информация, изложена в настоящото изобретение, са идентифицирани последователности от осем или повече нуклеотида, което осигурява желаната инклузивност или ексклузивност по отношение на различните генотипове в HCV, и външни последователности на нуклеинови киселини, които могат да бъдат установени при условия на хибридизация.
За специалистите в областта е очевидно, че при използването им като проби, последователностите от нуклеинови киселини могат да бъдат белязани за по-лесно установяване на хибридизационния продукт.
Свързващи лиганди
За да бъде използвана като свързващ лиганд, нуклеиновата киселина, подбрана по описания по-горе начин за получаване на проби, може лесно да бъде свързана с носител. Начинът, по който нуклеиновата киселина се свързва с носител, е добре известен на специалистите в областта. Нуклеинова киселина, притежаваща последователности, съответстващи на последователности със секвенционни номера 1 до 66, в това число и тези с номера от 34 до 51, имат способността да разделят вирусната нуклеинова киселина от един генотип от нуклеиновата киселина на HCV на друг генотип. Нуклеиновата киселина, изолирана или синтезирана в съответствие с последователностите с номера 1-66, използвани в комбинация, намира приложение за улавяне на практически всички нуклеинови киселини от всички HCV генотипове.
Праймери
Нуклеиновите киселини, които са изолирани или синтезирани в съответствие с описаните тук последователности, са приложими като праймери за амплификацията на HCV последователности. С оглед на техниката на полимеразната верижна реакция (PCR), пос ледователностите на нуклеинови киселини с осем или повече нуклеитода, отговарящи на една или повече от последователностите с номера 1-66, в това число и тези с номера от 34 до 51, намират приложение заедно с подходящи ензими и реагенти за създаване на копия от вирусната нуклеинова киселина. Могат да бъдат използвани множество праймери, притежаващи различни последователности, отговарящи на повече от един генотип, за създаване на копия на вирусната нуклеинова киселина за дадените генотипове.
Тези копия могат да бъдат използвани в диагностични проби за откриване на HCV вируса. Копията също могат да бъдат включени във вектори за клониране или експресия за създаване на полипептиди, отговарящи на нуклеиновата киселина, синтезирана чрез PCR, както ще бъде подробно описано по-долу.
Anti-sense
Изолираните или синтезирани в съответствие с описаните тук последователности нуклеинови киселини, са приложими като antisense гени за предотвратяване експресията на HCV.
Нуклеинова киселина, съответстваща на генотип на HCV, се натоварва в подходящ носител, напр. липозоми за въвеждане в клетка, инфектирана с HCV. Нуклеинова киселина, притежаваща осем или повече нуклеотида е способна да се свърже с вирусна нуклеинова киселина или вирусна информационна РНК. За предпочитане, anti-sense нуклеиновата киселина обхваща 30 или повече нуклеотида за осигуряване необходимата стабилност на хибридизационния продукт на вирусна нуклеинова киселина или вирусна информационна РНК. Методите за натоварване на anti-sense нуклеинова киселина са добре известни на специалистите в областта, както е показано в US 4 241 046.
Синтез на пептида
Нуклеиновите киселини, изолирани или синтезирани в съответствие с последователностите, описани по-горе, са приложими за получаване на пептиди. Последователностите с номера от 34 до 51 могат да бъдат клонирани в подходящи вектори, или използвани за изолиране на нуклеинова киселина. Изолираната нуклеинова киселина се комбинира с подходящи ДНК линкери и се клонира в подходящ вектор. Векторът може да бъде използван за трансформиране на подходящ организъм гостоприемник, като E.coli и кодираният от последователността пептид да бъде изолиран.
Техниките на молекулярно клониране са описани в текста на Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Maniatis et al., Coldspring Harbor Laboratory (1982).
Изолираният пептид се използва като антигенно средство за получаване на ваксини и антитела, насочени спрямо определен генотип на HCV.
Ваксини и антитела
Пептидите от настоящото изобретение са приложими за получаване на антитела и ваксини.
Наличието на сДНК последователности, или нуклеотидни последователности, получени от тях (включително сегменти и модификации на последователността), позволява конструиране на вектори за експресия, кодиращи антигенно активни области от пептида, кодиран във всяка от веригите. От 5’UT области могат да бъдат получени антигенно активни области.
Фрагменти, кодиращи желаните пептиди, се получават от сДНК клоновете чрез обичайното разграждане е рестрикционни ензими или чрез синтетични методи, и са свързани във вектори, които могат, например, да съдържат части от слети последователности, такива като β-галактозидаза или супероксиддисмутаза (SOD), за предпочитане SOD. Методи и вектори, които са приложими за получаване на полипептиди, съдържащи слети последователности от SOD са описани в ЕР 0196056.
Всяка желана част на HCV сДНК, съдържаща отворена рамка на разчитане, във всяка sense верига, може да бъде получена като рекомбинантен пептид, като зрял или слят протеин; обратно, пептид, кодиран в сДНК може да бъде осигурен чрез химичен синтез.
ДНК, кодираща желаният пептид, независимо дали е в зряла или слята форма и дали съдържа или не сигнална последователност, която да позволи секретирането, може да бъде включена във вектори за експресия, подходящи за всеки удобен гостоприемник. Понастоящем се използват както прокариотни, така и еукариотни системи на гостоприемници за получаване на рекомбинантни пептиди. Пептидът, след това се изолира от лизираните клетки или от културалната среда и се пречиства до необходимата степен с оглед на понататъшното му използване. Пречистването се осъществява с помощта на известни на специалистите техники, например, диференциална екстракция, фракциониране на соли, хроматография върху йонообменни смоли, афинитетна хроматография, центрофугиране и други. Виж Методи в ензимологията за различни методи за пречистване на протеини. Такива протеини могат да бъдат използвани като диагностици, или такива, които водят до неутрализиращи антитела могат да бъдат формирани като ваксини. Антителата, създадени срещу тези пептиди, могат също да бъдат използвани като диагностици или за пасивна имунотерапия или за изолиране и идентифициране на HCV.
Антигенният участък на пептида е относително малък - обикновено с дължина от 8 до 10 аминокиселини или по-малко. Фрагменти малки колкото 5 аминокиселини могат да характеризират даден антигенен участък. Тези сегменти могат да отговарят както на централната област на HCV молекулата, така и на останалите известни области. Съответно, с помощта на сДНК от такива области, ДНК и кодиращи къси сегменти на HCV пептиди съответстващи на подобни области, могат да бъдат експресирани рекомбинантно както като слети протеини, така и като изолирани пептиди. Къси аминокиселинни последователности могат да бъдат получени по удобен начин чрез химичен синтез. В случаите, когато синтезираният пептид е с правилна конфигурация, така че да осигури правилен епитоп, но е твър де малък за да бъде имуногенен, пептидът може да бъде прикрепен към подходящ носител.
На специалистите в областта са известни множество техники за свързване, включително формирането на дисулфидни мостове с помощта на М-сукцинимидил-3-(2-пиридилтио)пропионат (SPDP) и сукцинимидил 4-(Nмалеимидо-метил)циклохексан-1-карбоксилат (SMCC), получен от Piers Company, Rockford, Illinois, (ако пептидът не притежава сулфохидрилна група, тя може да се набави от цистеинов остатък). Тези реагенти създават дисулфидна връзка между тях и пептидните цистеинови остатъци на един протеин и амидна връзка чрез ε амино в един лизин, или друга свободна аминогрупа в другата. Известни са множество такива дисулфид/амид-формиращи агенти. Виж, например, Immun Rev (1982) 62:185. Други бифункционални свързващи агенти формират тиоетер вместо дисулфидна връзка. Много от тези тио-етер-формиращи агенти са търговско достъпни и включват реактивни естери на 6-малеимидокапронова киселина, 2бромоцетна киселина, 2-йодооцетна киселина, 4-М-малеимидометил) циклохексан-1 -карбоксилна киселина и др. Карбоксилните групи могат да бъдат активирани чрез комбинирането им със сукцинимид или 1-хидроксил-2-нитро4-сулфонова киселина, натриева сол. Допълнителни методи за свързващи антигени използват системата ротавируси/ “свързващ пептид”, описана в ЕР 259149. Изложеният списък не е изчерпателен и могат да бъдат използвани различни модификации на посочените съединения.
Може да бъде използван който и да е носител, който сам по себе си не индуцира продуциране на антитела, вредни за гостоприемника. Подходящите носители са обикновено големи, бавно метаболизиращи се макромолекули като протеини; полизахариди, като функционално модифицирана с латекс сефароза, агароза, целулоза,целулозни перли и други; полимерни аминокиселини, като полиглутаминова киселина, полилизин и др.; аминокиселинни кополимери; и инактивирани вирусни частици. Специално приложими протеинови субстрати са серумни албумини, хемоцианин, имуноглобулинови молекули, тироглобулин, овалбумин, тетанусов токсоид и други протеини, добре познати на специалистите в областта.
Пептиди, съдържащи HCV аминокиселинни последователности, кодиращи поне един вирусен епитоп, получен от централната област, са приложими като имунологични агенти. Например пептиди, съдържащи такива срязани последователности, могат да бъдат използвани като реагенти в дадено имунологично изследване. Тези пептиди могат също да бъдат кандидат-субединици на антигени в състави за получаване на антисерум или ваксини. Доколкото срязаните последователности могат да бъдат получени чрез различни известни третирания на природния вирусен протеин, обикновено се предпочита създаването на синтетични или рекомбинантни пептиди, вкючващи HCV последователности. Пептиди, съдържащи тези срязани HCV последователности могат да бъдат направени почти напълно от HCV последователности (един или повече епитопи, както съседни, така и несъседни) или HCV последователности и хетероложни последователности в слят протеин. Приложимите хетероложни последователности са тези, които осигуряват секретирането от рекомбинантен гостоприемник, повишават на имунологичната реактивност на HCV епитопа(те), или улесняват свързването на полипептида към даден носител в имунологична проба или ваксинален носител. Виж, напр. E.G., ЕР 116201; US 4 722840; ЕР 259149; US 4 629783.
Размерът на пептидите, включващи срязаните HCV последователности, широко варира, като минималният размер е достатъчен да осигури HCV епитоп, а максималният е неограничен. За удобство максималният размер по същество е не по-голям от необходимия за осигуряване на желаните HCV епитопи и функции на хетероложната последователност, ако имат такива. Обикновено срязаната аминокиселинна последователност граничи с около 5 до около 100 аминокиселини в дължина. По-типичен е максимален размер от около 50 аминокиселини дължина, за предпо читане - максимум около 30 аминокиселини. Обикновено, желателно е да се подберат последователности поне от около 10, 12 или 15 аминокиселини, до максимум около 20 или 25 аминокиселини.
HCV аминокиселинните последователности, съдържащи епитопи, могат да бъдат идентифицирани по различни начини. Например пълната протеинова последователност, съответстваща на централната област, може да бъде скринирана чрез изготвяне на серии от къси пептиди, които заедно покриват пълната протеинова последователност на този участък. Започвайки с пептиди с приблизително 100 аминокиселини, въпрос на практика е тестването на всеки пептид за наличие на епитоп(и), показващи желаната активност, и след това чрез тестване на прогресивно намаляващи или припокриващи се фрагменти от идентифицирани пептиди от 100 аминокиселини за картиране на търсения епитоп. Скринингът на такива пептиди в дадена имунологична проба е във възможностите на специалиста в областта. Известно е също, че е напълно възможно провеждане на компютърен анализ на дадена протеинова последователност за идентифициране на потенциални епитопи, и след това изготвяне на пептиди, съдържащи идентифицираните участъци за скрининг.
Имуногенността на HCV епитопите може да бъде повишена чрез изготвянето им в бозайникови или дрождеви системи, слети с или комбинирани с формиращи частици протеини, като например тези, свързани с хепатит В повърхностен антиген. Виж, например, US 4722840. Структури, където HCV епитопът е свързан директно с формиращи частички протеини, които кодират последователности, образуват хибриди, които са имуногенни по отношение на HCV епитопа. В допълнение, всички изготвени вектори включват епитопи, специфични за HBV, притежават различни степени на имуногенност, като например, npe-S пептида. Така, частиците, конструирани от формиращите частици протеини, които включват HCV последователност, са имуногенни по отношение на HCV и HBV.
Показано е, че хепатитен повърхностен антиген (HBsAg) се образува и свързва в частички в S. cerevisiae (Р. Valenzuela et al. (1982)), както и в клетки на бозайник (Р. Valenzuela et al. (1984)). Образуването на такива частички е показано, че ускорява имуногенността на мономерната субединица. Структурите могат да включат също и имунодоминантния епитоп на HBsAg, съдържащ 55 аминокиселини на pre- S областта (Neurath et al., (1984)). Структури на pre- S- HBsAg частички, експресирани в дрожди, са описани в ЕР 175 261, хибриди, включващи хетероложни вирусни последователности за експресиране в дрожди, са описани в ЕР 175 261. Тези структури могат да се експресират също и в клетки на бозайник като овариални клетки на китайски хамстер (СНО) при използване на SV40-диxидpoφoлaτ редуктазен вектор (Michaelle et al., 1984).
Освен това, порции от последователността, кодиращи формиращият частички протеин, могат да бъдат заместени с кодони за HCV епитоп. При това заместване, участъци, които не са необходими за медииране на агрегацията на единиците за формиране на имуногенни частици в дрожди, могат да бъдат делегирани, като по този начин се елиминират допълнителни HBV антигенни сайтове от конкуренция с HCV епитопа.
Ваксини:
Ваксини могат да бъдат получени от един или повече имуногенни пептиди, получени от HCV.
От един или повече от епитопите на 5' UT областта може да се получи многовалентна ваксина срещу HCV. По-специално, имат се предвид ваксините, включващи един или повече протеини или антигенни субединици, получени от централната област.
Получаването на ваксини, съдържащи един имуногенен пептид като активна съставка, е известно на специалистите в областта. Обикновено те се изготвят като инжекционни или течни разтвори или суспензии; могат да се изготвят и твърди форми, подходящи за раз11 тваряне или суспендиране в течност преди инжектирането. Препаратът може също така да бъде емулгируем или протеинът, да се капсулира в липозоми. Активната имуногенна съставка често се смесва с фармацевтично приемливи и съвместими с активния компонент засилващи действието вещества. Подходящи в това отношение са например вода, разтвор на сол, декстроза, глицерол, етанол и др., както и комбинации от тях. В допълнение, при желание ваксината може да съдържа минимални количества спомагателни вещества като омокрящи или емулгиращи средства, pH буфериращи средства и/или добавки, които повишават ефективността на ваксината. Примери на такива добавки, без да са ограничаващи, са: алуминиев хидрооксид, 1Ч-ацетил-мурамил-Ь-теронилD-изоглутамин (thr- MDP), N-ацетил-нор-мурамил-1_-аланин-П-изоглутамин (CGP 11637, означено като нор-MDP), N-ацетилмурамилЬ-аланил-О-изоглутаминил-1.-аланил-2- (1-2дипалмитоил- sn- глицеро-3-хидроксофосфорилокси)-етиламин (CGP 19835 А, означено като МТР- РЕ), и RIBI, които съдържат три компонента, екстрахирани от бактерия, монофосфорил липид А, трехалозо димиколат и клетъчни стени (MPL+TDM+CWS) в 2% емулсия на сквален/Tween 80. Ефективността на засилващото действието вещество може да бъде определена чрез измерване на количеството антитела, насочени срещу имуногенен пептид, съдържащ HCV антигенна последователност, получена в резултат от въвеждането на този пептид във ваксини, които също са съставени от различни засилващи действието вещества.
Обикновено ваксините се прилагат парентерално, чрез инжектиране било мускулно или подкожно. Други форми, подходящи за приложение, са супозитории, и в някои случаи форми за приложение per os. При супозиториите традиционни свързващи вещества и носители могат да бъдат примерно полиалкилен гликоли или триглицериди; като супозитории могат да се формират и състави, съдържащи от 0,5 до 10% от активното вещество, за предпочитане 1-2%. Формите за приложение през устата обикновено съдържат такива пълнители като манитол, лактоза, нишесте, магнезиев стеарат, натриев цитрат, целулоза, магнезиев карбонат и др., всички в съответната степен фармацевтично чисти.
Възможни са следните варианти на изпълнение на настоящото изобретение, които го илюстрират и не ограничават неговия обхват.
I. Откриване на HCV РНК от серум
РНК се екстрахира от серум при използване на гуанидинова сол, фенол и хлороформ, съгласно инструкциите на производителя (RNAzol™ В kit, Cinna/Biotech). Екстрахираната РНК се преципитира с изопропанол и се промива с етанол. Общо за изолирането на РНК се обработват 25 μΐ серум и пречистената РНК се суспендира отново в обработена с 5 μΐ диетилпирокарбонат вода за последващ синтез на сДНК.
II. сДНК синтез и амплификация с полимеразна верижна реакция
За сДНК синтеза и PCR амплификация се използва комплект разработен от PerkinElmer/Cetus (GeneAmpR RNA PCR kit). Използват се както случаен хексамер, така и праймери със специфични комплементарни последователности към HCV за иницииране на реакцията на обратно транскрибиране (RT). Всички процеси, с изключение на добавянето и на смесването на компонентите на реакцията, се осъществяват в “термален циклер” (MJ Research, Inc.). Реакцията на синтезиране на първата верига на сДНК се инактивира за 5 min при 99°С преди да се добавят компонентите на реакцията за последващото амплифициране. След първоначалните пет цикъла при 97°С за 1 min следват 2 min при 50°С и 3 min при 72°С, 30 цикъла при 94°С за 1 min при 55°С за 2 min и при 72°С за 3 min и накрая 7 min продължение при 72°С.
При генотипните анализи се използват последователностите 67 и 68 като праймери в PCR реакцията. Тези праймери амплифицират сегмент, отговарящ на централния и покривен участък от HCV молекулата. След амплифицирането, продуктите на реакцията се отделят върху агарозен гел, след което се прехвърлят върху найлонова мембрана. Имобилизираните реакционни продукти се оставят да хибридизират с 32Р-белязана нуклеинова киселина, отговаряща на всеки от генотипите I. С други думи, Генотип I проба хибридизират само с продукти, амплифицирани от изолати, които притежават последователности от генотип I.
III. Откриване на HCV GI-GIV с помощта на сандвич-хибридизационен анализ за HCV РНК
В този опит е описан сандвич-хибридизационен анализ с амплифицирана нуклеинова киселина в течна фаза. В анализа се използват няколко нуклеинови киселини в качеството им на проби, за да се получи ефект на улавяне и откриване. Улавящата проба нуклеинова киселина е способна да се асоциира с комплементарна проба, свързана с твърд носител и HCV нуклеинова киселина за осъществяване на улавянето. Пробата за откриване (нуклеинова киселина) притежава първи сегмент (А), който се свързва с HCV и втори сегмент (В), който хибридизира с втора амплифицираща нуклеинова киселина.
Амплифициращата нуклеинова киселина има един първи сегмент (В+), който хибридизира до сегмент (В) на пробата нуклеинова киселина, и също включва петнадесет повторения (итерации) на един сегмент (С). Сегмент С на амплифициращата нуклеинова киселина е способен да хибридизира до три белязани нуклеинови киселини.
Нуклеокиселинни последователности, които отговарят на тези в С гена и на 5' UT областта, са изложени в последователности 119-145. Таблица 1 идентифицира последователностите с предпочитано използване.
Таблица 1
| Вид на | № на |
| пробата | последователността |
| уловена | 119 |
| белязана | 120 |
| белязана | 121 |
| белязана | 122 |
уловена 123 белязана 124 белязана 125 белязана 126 уловена 127 белязана 128 белязана 129 белязана 130 уловена 131 белязана 132 белязана 133 белязана 134 белязана 135 уловена 136 белязана 137 белязана 138 белязана 139 уловена 140 белязана 141 белязана 142 белязана 143 уловена 144 белязана 145
Откриващите и улавящи проби HCV специфични сегменти, както и техните съответни наименования, както се използват тук са както следва:
Улавящи последователности са последователностите с номера 119 до 122 и 141-144.
Откриващи последователности са последователностите с номера 119-140.
Всяка откриваща последователност съдържа в допълнение на последователностите по същество комплементарни на HCV последователностите едно 5' удължение (В), което удължение (В) е комплементарно на сегмент от втората амплификаторна нуклеинова киселина. Удължаващата (В) последователност е идентифицирана в списъка на последователности с последователност № 147 и е дадена по-долу.
AGGCATAGGACCCGTGTCTT
Всяка улавяща последователност съдържа в допълнение на последователностите по същество комплементарни на HCV последователностите последователност, комплементарна на ДНК, свързана към твърда фаза. Последователността, комплементарна на ДНК, свързана към твърда фаза носител, се носи по време на реакцията от улавящата последователност. Последователността, комплементарна на свързаната към носителя ДНК, е изложена като последователност с № 147 и е дадена по-долу:
CTTCTTTGGAGAAAGTGGTG
Микротитърни плаки се приготовляват както следва: бели Микролайт I Ремовауел ленти (полистирол микротитърни плаки, 96 ямки на плака се доставят от Дунатех Инк.
Всяка ямка се запълва с 200 μΐ 1 N солна киселина и се инкубира при стайна температура в продължение на 15-20 min. След това плаките се промиват 4 пъти с 1 х PBS и ямките се аспирират, за да се отстрани течността. След това ямките се запълват с 200 μΐ 1 N разтвор на натриев хидрооксид и се инкубират при стайна температура 15-20 min. Плаките отново се промиват 4 пъти с 1 х PBS и ямките се аспирират, за да се отстрани течността.
Поли (phe-Lys) се доставя от Sigma Chemicals, Inc. Този полипептид съдържа 1:1 моларно съотношение на phe:lys и средно молекулно тегло от 47,900 mg/mol. Има средна дължина от 309 аминокиселини и съдържа 155 амино/mol. Един mg/ml разтвор на полипептида се смесва с 2 М натриев хлорид/1 х PBS до крайна концентрация 0,1 mg/ml (pH 6,0). Във всяка ямка се поставят по 200 μΐ от този разтвор. Плаките се опаковат в пластмасово фолио, за да се предотврати изсушаване, и се инкубират при 30°С една нощ. След това плаките се промиват 4 пъти с 1 х PBS и ямките се аспирират, за да се отстрани течността.
Използва се следния начин на работа за свързване на нуклеиновата киселина, комплементарна последователност към последователност № 147, към плаките, по-нататък означена като имобилизирана нуклеинова киселина. Синтезата на имобилизирана нуклеинова киселина, притежаваща последователност, комплементарна на последователност № 133, е описана в ЕРА 883096976. Количество от 20 mg дисукцинимидил субстрат се разтваря в 300 μΐ диметилформамид (ДМФ). Прибавя се количество от 26 ОД260 единици имобилизирана нуклеинова киселина към 100 μΐ свързващ буфер (50 тМ натриев фосфат, pH 7,8). След това свързващата смес се прибавя към DSS-диметилформамидния разтвор и се бърка с магнитна бъркалка 30 min. NAP-25 колона се уравновесява с 10 тМ натриев фосфат, pH 6,5. Свързващата смес DSS-диметилформамид се прибавя след това към 2 ml 10 тМ натриев фосфат, pH 6,5, при температура 4°С. Сместа се слага на вортекс (апарат за разбъркване) , за да се смеси и се зарежда в уравновесен NAP-25 колона. DSS-активираната имобилизирана нуклеинова киселина ДНК се елюира от колоната с 3,5 ml 10 тМ натриев фосфат, pH 6,5. Към 1500 ml 50 тМ натриев фосфат, pH 7,8 се прибавя количество от 5,6 ОД260 единици елюирана DSS-активирана имобилизирана нуклеинова киселина ДНК. Обем от 50 μΐ от този разтвор се прибавя във всяка ямка и плаките се инкубират една нощ. Плаката се промива след това 4 пъти с 1 х PBS и ямките се аспирират, за да се отстрани течността.
Крайното промиване на плаките се извършва както следва. Към всяка ямка се прибавя обем от 200 μΐ 0,2 N натриева основа, съдържаща 0,5% (т/о) SDS. Плаката се обвива в пластмасова опаковка и се инкубира при 65°С 60 min. След това плаката се промива 4 пъти с 1 х PBS и ямките се аспирират, за да се отстрани течността. Промитите плаки се съхраняват със сушилни гранули при 28°С.
Серумни проби, които трябва да се изпитват, се анализират при използване на PCR, последвано от анализ на последователността, за да се определи генотипа. Проби, съставени от 50 μΐ от серумната проба и 150 μΐ Р-К буфер (2 mg/ml протеиназа К в 53 тМ Трис-HCl, pH 8,0/0,6 М NaCl/0,06 М натриев цитрат/8 mM EDTA, pH 8,1/1,3% SDS/ μΐ-ml обработена е ултразвук ДНК от сперма на сьомга/7С. ±юрмамид/50 f mol уловени проби/16А f mol еткриващи проби) се поставят във всяка ямкд. Плаките се клатят, за да се смеси съдържанието в ямките, покриват се и се инкубират 16 h при 62°С.
След това се оставят при стайна температура 10 min. всяка ямка се аспирира, за да се отстрани на пътно течността и ямките се промиват два пъти с промиващ буфер (0,1 % SDS/ 0,015 М натриев х.торид/0,0015 М натриев цитрат) . След това се прибавя амплификаторната нуклеинова киселина към всяка ямка (50 μΐ от 0,7 f mol/μ! разтвор в 0,48 М натриев хлорид/0,048 М натриев цитрат/0,1% SDS/0,5% “блокиращ реактив“ (Бьорингер Манхайм, каталожен № 1096 1 '6)). След покриване на плаките и разклащане, за да се смеси съдържанието на кладенчетата. плаките се инкубират 20 min при 52°С.
В продължение на 10 min плаките се държат при стайна температура и ямките се промиват, както е описано по-горе.
Към всяка ямка се прибавя алкална фозфатаза белязана нуклеинова киселина, описана в ЕР 883096976. (50 μΐ/на ямка от 2,66 f mol/μΐ). След като се инкубира при 52°С 15 min и престояване 10 min при стайна температура, ямките се промиват два пъти, както е описано по-горе и след това 3 х с 0,015 М натриев хлорид/0.0015 М натриев цитрат.
Използва се диоксетан, който има ензимна мишена (Sc-дар et al., Tet. Lett., (1987) 28: 1159-1162 и EP 0254051), доставен от Лумиген, Инк. Към всяка ямка се прибавя количество от по 50 Лимифос 530 (Лумиген). Ямките леко се потупват, за да падне реактивът на дъното, и леко се завъртат, за да се разпредели реактивът равномерно по дъното. Ямките се покриват и се инкубират при 37°С в продължение на 20-40 min.
Плаките се отчитат след това на Динотех ML 1000 луминометър. Излъчването се дава като пълен интеграл на светлината, получена при реакцията.
Изпитанията откриват позитивно всяка от серумните проби, независимо от генотипа.
IV. Експресиране на полипептид, кодиран в последователности, дефинирани от различни генотипове.
HCV полипептиди, кодирани чрез последователност в последователностите 1-66,се експресират като слят полипептид със супероксидаминокиселини към иглите. Блокът след това се отстранява и иглите се промиват с диметилформамид (2 min), с метанол (4x2 min), и отново с диметилформамид (2 min), за да се пречистят и да се премахне защитната група от свързаните аминокиселини. Тази процедура се повтаря за всяка допълнителна свързана аминокиселина, докато се приготвят всичките октамери.
Свободните N-краища след това се ацетилират, за да компенсират свободния амид, тъй като повечето от епитопите не се намират в N-края и така няма да имат асоциираното положително натоварване. Ацетилирането се извършва като се напътват ямките на микротитърна плака с диметилформамид/оцетен анхидрид/ триетиламин (5:2:1 о/о/о) и се оставят игли да взаимодействат в кладенчетата 90 min при 20°С. След това иглите се промиват с диметилформамид (2 min) и метанол (4x2 min) и се сушат на въздух поне 10 min.
Защитните групи на страничните вериги се отстраняват чрез третиране на иглите с трифлуороцетна киселина/фенол/дитиоетан (95:2,5:1,5, о/о/о) в полиетиленови торбички при стайна температура в продължение на 4 h. След това иглите се промиват в дихлорметан (2x2 min), с 5% ди-изопропилетиламин/дихлорметан (2x5 min), в дихлорметан (5 min) и се сушат на въздух поне 10 min. След това иглите се промиват с вода (2 min), оставят се в метанол (18 h), сушат се под вакуум и се съхраняват в запечатани полиетиленови торбички над силикагел. lV.B.15.b. Assoy of Peptides.
Октамер-носещи игли се третират с ултразвук в продължение на 30 min в разграждащ буфер (1% натриев додецилбензолеулфонат, 0,1% 2-меркаптоетанол, 0,1 М
NaH2PO4) при 60°C. След това иглите се потапят неколкократно във вода (60°С), след това във врящ метанол (2 min) и се оставят да съхнат на въздуха.
След това иглите се припокриват, като се държат в продължение на един час при 25°С в микротитърни ямки, съдържащи 200 ц1 блокиращ буфер (1% овалбумин, 1% BSA, 0,1% Tween и 0,05% NaN3 и PBS), при разклащане. След това иглите се потапят в микротитърни ямки, съдържащи 175 μΐ антисерум, получен от хора, диагностицирани като имащи HCV, и се оставят да се инкубират една нощ при 4°С. Образуването на комплекс между поликлоналните антитела на серума и полипептида показва, че пептидите дават имунен отговор ин виво (на живо). Такива пептиди са кандидати за развиването на ваксини.
За специалистите в областта е ясно, че могат да се направят много вариации и модификации на така описаното изобретение, без при това да се излезе от обхвата на приложените претенции.
Списък на последователностите (1) Обща информация (i) Заявител: Tai-An Cha (ii) Заглавие на изобретението: HCV геномни последователности за диагностика и лечение (iii) Брой на последователностите: 19 (iv) Адрес на кореспонденция:
A) Адрес: Wolf, Greenfield & Sacks, Р.С.
B) Улица: 600 Atlantic Avenue
C) Boston
D) Щат: Massachusetts
E) Държава: USA
F) ZIP: 02210 (I) Четящо устройство:
(E) Среден тип: Diskette, 5,25 inch (F) Компютър: IBM compatible (G) Оперативна система: MS-DOS Version 3.3 (H) Софтуер: WordPerfect 5.1 (I) Текущи данни за заявката:
(F) Номер на заявяване: неизвестен (G) Дата на заявяване: неизвестен (H) Класификация: неизвестна (I) Първични данни за заявката:
(G) Номер на заявяване: 07/697326 (H) Дата на заявяване: 8 май 1991 (I) Патентен представител:
(H) Име: Janiuk, Anthony J.
(I) Регистрационен номер: 29 809 (J) Референс номер: С0772/7000 (1) Телекомуникационни данни:
(I) Телефон: (617) 720-3500 (J) Телефакс: (617) 720-2441 (K) Телекс: EZEKIEL (1) Информация за Seq Id No: 33 (ii) Характеристика на последователността:
(A) Дължина: 252 нуклеотида (B) Тип: нуклеинова киселина (C) Верижност: едноверижна (D) Топология: линейна (i) Молекулен тип: ДНК (vi) Произход: (АТСС # 40394) (С) Отделен изолат: hcv 1 <xi) Описание на последователността: Seq ID NO: 33
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80 GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC 120 GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCAAGACTG 160 CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200 TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240 AGACCGTGCA CC 262 (2) Информация за Seq ID NO: 34 (ii) Характеристика на последователността (A) Дължина: 252 нуклеотида (B) Тип: нуклеинова киселина (C) Верижност: едноверижна (D) Топология: линейна (i) Молекулен тип: ДНК (vi) Произход:
(С) Индивидуален изолат: us5 (xi) Описание на последователността:
Seq ID NO: 34
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40 CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80 GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC 120 GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCAAGACTG 160 CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200 TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240 AGACCGTGCA CC 252 (2) Информация за Seq ID NO: 35 (ii) Секвенционна характеристика:
(A) Дължина: 252 нуклеотида (B) Тип: нуклеинова киселина (C) Верижност: едноверижна (D) Топология: линейна (i) Молекулен тип: ДНК (vi) Произход:
(С) Индивидуален изолат: aus 1 (xi) Описание на последователността: Seq ID NO: 35:
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40 CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80 GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC 120 GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCACGCCCC CGCAAGATCA ISO CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200 TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240 AGACCGTGCA CC 252 (2) Информация за Seq ID NO: 36 (ii) Секвенционна характеристика:
(A) Дължина: 252 нуклеотида (B) Тип: нуклеинова киселина (C) Верижност: едноверижна (D) Топология: линейна (i) Молекулен тип: ДНК (vi) Произход:
(С) Индивидуален изолат: sp2 (xi) Описание на последователността: Seq ID NO: 36:
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40 CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80 GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC 120 GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG 160 CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200 TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240 AGACCGTGCA CC 252 (2) Информация за Seq ID NO: 37 (ii) Секвенционна характеристика:
(A) Дължина: 252 нуклеотида (B) Тип: нуклеинова киселина (C) Верижност: едноверижна (D) Топология: линейна (i) Молекулен тип: ДНК (vi) Произход:
(С) Индивидуален изолат: gm2 (xi) Описание на последователността: Seq ID NO: 37:
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40 CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80 GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC 120 GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCAAGACTG 160 CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200 TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240 AGACCGTGCA CC 252 (2) Информация за Seq ID NO: 38 (ii) Секвенционна характеристика:
(A) Дължина: 252 нуклеотида (B) Тип: нуклеинова киселина (C) Верижност: едноверижна (D) Топология: линейна (1) Молекулен тип: ДНК (vi) Произход:
(С) Индивидуален изолат: 121 (xi) Описание на последователността: Seq ID NO: 38:
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40 CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC 120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCAAGACTG 160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200 TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240
AGACCGTGCA CC 252 (2) Информация за Seq ID NO: 39 (ii) Секвенционна характеристика:
(A) Дължина: 252 нуклеотида (B) Тип: нуклеинова киселина (C) Верижност: едноверижна (D) Топология: линейна (i) Молекулен тип: ДНК (vi) Произход:
(С) Индивидуален изолат: us4 (xi) Описание на последователността: Seq ID NO: 39:
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
AGACCGTGCA CC252 (2) Информация за Seq ID NO: 40 (ii) Секвенционна характеристика:
(A) Дължина: 252 нуклеотида (B) Тип: нуклеинова киселина (C) Верижност: едноверижна (D) Топология: линейна (i) Молекулен тип: ДНК <vi) Произход:
(С) Индивидуален изолат: jhl (xi) Описание на последователността: Seq
ID NO: 40:
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
AGACCGTGCA CC
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC <0 CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC BO GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC 120 GCTCMXGCC TSGMATTTO GGCGTGCCCC CGCGAGACTG 160 CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200 TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240 AGACCGTGCA TC 252 (2) Информация за Seq ID NO: 41 (ii) Секвенционна характеристика:
(A) Дължина: 252 нуклеотида (B) Тип: нуклеинова киселина (C) Верижност: едноверижна (D) Топология: линейна (i) Молекулен тип: ДНК (vi) Произход:
(С) Индивидуален изолат: пас5 (xi) Описание на последователността: Seq
ID NO: 41:
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40 CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80 GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC 120 GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG 160 CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200 TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240 AGACCGTGCA CC 252 (2) Информация за Seq ID NO: 42 (ii) Секвенционна характеристика:
(A) Дължина: 252 нуклеотида (B) Тип: нуклеинова киселина (C) Верижност: едноверижна (D) Топология: линейна (i) Молекулен тип: ДНК (vi) Произход:
(С) Индивидуален изолат: arg2 (xi) Описание на последователността: Seq ID NO: 42:
(2) Информация за Seq ID NO: 43 (ii) Секвенционна характеристика:
(A) Дължина: 252 нуклеотида (B) Тип: нуклеинова киселина (C) Верижност: едноверижна (D) Топология: линейна (1) Молекулен тип: ДНК (vi) Произход:
(С) Индивидуален изолат: spl (xi) Описание на последователността: Seq ID NO: 43:
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40 CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80 GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC 120 GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG 160 CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200 TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240 AGACCGTGCA CC 252 (2) Информация за Seq ID NO: 44 (ii) Секвенционна характеристика:
(A) Дължина: 252 нуклеотида (B) Тип: нуклеинова киселина (C) Верижност: едноверижна (D) Топология: линейна (i) Молекулен тип: ДНК (vi) Произход:
(С) Индивидуален изолат: ghl (xi) Описание на последователността: Seq ID NO: 44:
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC120
GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
AGACCGTGCA CC252 (2) Информация за Seq ID NO: 45 (ii) Секвенционна характеристика:
(A) Дължина: 252 нуклеотида (B) Тип: нуклеинова киселина (C) Верижност: едноверижна (D) Топология: линейна (i) Молекулен тип: ДНК (vi) Произход:
(С) Индивидуален изолат: il5 (xi) Описание на последователността:
Seq ID NO: 45:
GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40 CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80 GGAATTGCCA GGACGACCGG GTCCTTTCTT GGATCAACCC 120 GCTCAATGCC TGGAGATTT3 GGCGTGCCCC CGCGAGACTG 160 CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200 TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT. 240 AGACCGTGCA CC 252 (2) Информация за Seq ID NO: 46 (ii) Секвенционна характеристика:
(A) Дължина: 252 нуклеотида (B) Тип: нуклеинова киселина (C) Верижност: едноверижна (D) Топология: линейна (i) Молекулен тип: ДНК (vi) Произход:
(С) Индивидуален изолат: НО (xi) Описание на последователността: Seq ID NO: 46:
GCTAGTATCA GTGTCGTACA GCCTCCAGGC CCCCCCCTCC40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GGAATTGCCG GGAAGACTGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC120
ACTCTATGCC CGGCCATT7G GGCGTGCCCC CGCAAGACTG160
CTAGCCGAGT AGCGTTGGGT TGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
TGCCTGATAG GGTGCTTGGG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
AGACCGTGCA TC252 (2) Информация за Seq ID NO: 47 (i) Секвенционна характеристика:
(A) Дължина: 252 нуклеотида (B) Тип: нуклеинова киселина (C) Верижност: едноверижна (D) Топология: линейна (i) Молекулен тип: ДНК (vi) Произход:
(С) Индивидуален изолат: arg6 (xi) Описание на последователността:
Seq ID NO: 47:
GTTAGTATGA GTCTCGTACA GCCTCCAGGC CCCCCCCTCC 40 CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80
GGAATTGCTG GGAAGACTGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC 120
ACTCTATGCC CAGCCATTTG GGCGTGCCCC CGCAAGACTG 160
CTAGCCGAGT AGCGTTGGGT TGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
AGACCGTGCA TC_____252 (2) Информация за Seq ID NO: 48 (i) Секвенционна характеристика:
(A) Дължина: 252 нуклеотида (B) Тип: нуклеинова киселина (C) Верижност: едноверижна (D) Топология: линейна (i) Молекулен тип: ДНК (vi) Произход:
(С) Индивидуален изолат: S21 (xi) Описание на последователността: Seq ID NO: 48:
GTTAGTACGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CTCCCCCTCC40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GGAATCGCTG GGGTGACCGG GTCCTTTCTT GGAGCAACCC120
GCTCAATACC CAGAAATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGATCA160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC200
TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT240
AGACCGTGCA AC252 (2) Информация за Seq ID NO: 49 (i) Секвенционна характеристика:
(A) Дължина: 252 нуклеотида (B) Тип: нуклеинова киселина (C) Верижност: едноверижна (D) Топология: линейна (i) Молекулен тип: ДНК (vi) Произход:
(С) Индивидуален изолат: gj61329 (xi) Описание на последователността: Seq ID NO: 49:
GTTAGTACGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40 CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80 GGAATCGCTG GGGTGACCGG GTCCTTTCTT GGAGTAACCC 120 GCTCAATACC CAGAAATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGATCA 160 CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGAAAGGC CTTGTGGTAC 200 TGCCTGATAG GGTGCTTGCG AGTGCCCCGG GAGGTCTCGT 240 AGACCGTGCA AC 252 (2) Информация за Seq ID NO: 50 (i) Секвенционна характеристика:
(A) Дължина: 180 нуклеотида (B) Тип: нуклеинова киселина (C) Верижност: едноверижна (D) Топология: линейна (i) Молекулен тип: ДНК <vi> Произход:
(С) Индивидуален изолат: sa3 (xi) Описание на последователността: Seq ID NO: 50:
GTTAGTATGA GTGTCGAACA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC 40 CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC 80 GGAATTGCCG GGATGACCGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC 120 GCTCAATGCC CGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG 160 CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT 1B0 (2) Информация за Seq ID NO: 51 (i) Секвенционна характеристика:
(A) Дължина: 180 нуклеотида (B) Тип: нуклеинова киселина (C) Верижност: едноверижна (D) Топология: линейна (i) Молекулен тип: ДНК (vi) Произход:
(С) Индивидуален изолат: sa4 (xi) Описание на последователността: Seq ID NO: 51:
GTTAGTATGA GTGTCGAACA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC40
CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT GCGGAACCGG TGAGTACACC80
GGAATTGCCG GGATGACCGG GTCCTTTCTT GGATAAACCC120
GCTCAATGCC CGGAGATTTG GGCGTGCCCC CGCGAGACTG160
CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT180
Claims (8)
- Патентни претенции1. Състав за диагностика и лечение, отнасящ се до HCV, който съдържа несрещана в природата последователност от нуклеинови киселини, характеризиращ се с това, че посочената последователност съдържа не-HCV-1 последователност от нуклеинови киселини с поне осем непрекъснати нуклеотида от 5’UT участъка, избрани от последователността със Seq ID номера 34-39 и 41-51.
- 2. Състав съгласно претенция 1, характеризиращ се с това, че посочената не-HCV1 последователност представлява един или повече генотипа на HCV.
- 3. Състав съгласно претенция 2, характеризиращ се с това, че посочената не-HCV1 последователност на аминокиселини представлява последователност от първия генотип и е подбрана от последователността със Seq ID номера 34-38.
- 4. Състав съгласно която и да е от претенции 1-3, характеризиращ се с това, че включва още и маркер.
- 5. Състав, съгласно която и да е от претенции 1-4, характеризиращ се с това, че посочената не-HCV-1 последователност от нуклеинови киселини е фиксирана към твърда фаза.
- 6. Състав съгласно която и да е от претенции 1-3, характеризиращ се с това, че посочената не-HCV-1 последователност от нуклеинови киселини е праймер за ДНК синтеза.
- 7. Метод за образуване на хибридизационен продукт с HCV последователност от нуклеинови киселини, характеризиращ се с това, че:а) несрещаната в природата последователност от нуклеинови киселини се поставя в контакт с проба, за която се предполага, че съдържа HCV последователност от аминокиселини в условия на хибридизация;в) прилагат се хибридизационни условия за формиране на хибридизационен продукт в присъствието на HCV последователност от нуклеинови киселини; ис) открива се посочения хибридизационен продукт, характеризиращ се с това, че посочената несрещана в природата последователност от нуклеинови киселини е не-HCV1 последователност, съгласно която и да е от претенции 1-5.
- 8. Метод за откриване на един или повече генотипа HCV, характеризиращ се с това, че:а) неприродна последователност от нуклеинови киселини се поставя в контакт с проба, съдържаща HCV последователност от аминокиселини, за която се цели определяне на генотипа, в условия на хибридизация;в) прилагат се хибридизационни условия за формиране на хибридизационен продукт в присъствието на HCV последователност от аминокиселини; ис) открива се хибридизационният продукт, който е показателен за присъствието на генотипа на HCV, характеризиращ се с това, че несрещаната в природата последователност от аминокиселини е не-HCV-l последователността, съгласно която и да е от претенции 1-5.Приложение: 2 фигуриИздание на Патентното ведомство на Република България 1113 София, бул. Д-р Г. М. Димитров 52-БЕксперт: Д.КацароваПор. 39466Редактор: Р.ГеоргиеваТираж: 40 СРГени5' —4 & I Si I Ez7№i I N521 Mgs Г NSiMS5 Т3'Големина на протеина1н дрЗЗ др/2 -23 (52)11161Функция хеликаза/Предполагаеми пР°тваза гликопротеини на обвивкатаРНК-зависима РНК-полимеразаРНК-свързващ нуклеокапсиден протеинФиг. IФИГ. 2а област SE0 генотипID N0
31 01 1 GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTQCTCT 34 1 GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT 35 1 GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT 36 1 GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT 37 1 GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT 38 1 GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT 39 GII 1 GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT 40 1 GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT 41 1 GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT 42 1 GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT 43 1 GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT 44 1 GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT 45 1 GTTAGTATGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATACTCGTCT 46 OXII 1 GCTAGTATCA CTGTCGTACA GCCTCCAGGC CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT 47 1 GTTAGTATGA GTCTCGTACA CCCTCCAGGC CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT 48 OIV 1 GTTAGTACGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CTCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT 49 1 GTTAGTACGA GTGTCGTGCA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT 50 GV 1 GTTAGTATGA GTGTCGAACA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT 51 1 GTTAGTATGA GTCTCGAACA GCCTCCAGGA CCCCCCCTCC CGGGAGAGCC ATAGTGGTCT
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US69732691A | 1991-05-08 | 1991-05-08 | |
| PCT/US1992/004036 WO1992019743A2 (en) | 1991-05-08 | 1992-05-08 | Hcv genomic sequences for diagnostics and therapeutics |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| BG98200A BG98200A (bg) | 1995-01-31 |
| BG62142B1 true BG62142B1 (bg) | 1999-03-31 |
Family
ID=24800701
Family Applications (3)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| BG101876A BG64627B1 (bg) | 1991-05-08 | 1993-11-05 | Нсv геномни последователности за диагностика и лечение |
| BG98200A BG62142B1 (bg) | 1991-05-08 | 1993-11-05 | Нсv геномни последователности за диагностика и лечение |
| BG101876A BG101876A (bg) | 1991-05-08 | 1997-09-04 | Нсv геномни последователности за диагностика и лечение |
Family Applications Before (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| BG101876A BG64627B1 (bg) | 1991-05-08 | 1993-11-05 | Нсv геномни последователности за диагностика и лечение |
Family Applications After (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| BG101876A BG101876A (bg) | 1991-05-08 | 1997-09-04 | Нсv геномни последователности за диагностика и лечение |
Country Status (20)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (2) | EP1394256A3 (bg) |
| JP (7) | JPH06508026A (bg) |
| KR (1) | KR100193801B1 (bg) |
| AT (1) | ATE252154T1 (bg) |
| BG (3) | BG64627B1 (bg) |
| CA (1) | CA2108466C (bg) |
| CZ (2) | CZ288720B6 (bg) |
| DE (1) | DE69233234T2 (bg) |
| DK (1) | DK0585398T3 (bg) |
| ES (1) | ES2207633T3 (bg) |
| FI (1) | FI115725B (bg) |
| HU (1) | HU227548B1 (bg) |
| IE (1) | IE921482A1 (bg) |
| NO (1) | NO309532B1 (bg) |
| PL (2) | PL170151B1 (bg) |
| PT (1) | PT100472B (bg) |
| RO (1) | RO117267B1 (bg) |
| RU (1) | RU2155228C2 (bg) |
| SK (1) | SK284205B6 (bg) |
| WO (1) | WO1992019743A2 (bg) |
Families Citing this family (34)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5428145A (en) * | 1991-08-09 | 1995-06-27 | Immuno Japan, Inc. | Non-A, non-B, hepatitis virus genome, polynucleotides, polypeptides, antigen, antibody and detection systems |
| EP0532167A3 (en) * | 1991-08-09 | 1993-03-31 | Immuno Japan Inc. | Non-a, non-b hepatitis virus genome, polynucleotides, polypeptides, antigen, antibody and detection systems |
| US5427909A (en) * | 1991-09-09 | 1995-06-27 | Immuno Japan Inc. | Oligonucleotides and determination system of HCV genotypes |
| AU671967B2 (en) * | 1991-11-21 | 1996-09-19 | Common Services Agency | Hepatitis-C virus testing |
| US6667387B1 (en) | 1996-09-30 | 2003-12-23 | N.V. Innogenetics S.A. | HCV core peptides |
| US6709828B1 (en) | 1992-03-06 | 2004-03-23 | N.V. Innogenetics S.A. | Process for the determination of peptides corresponding to immunologically important epitopes and their use in a process for determination of antibodies or biotinylated peptides corresponding to immunologically important epitopes, a process for preparing them and compositions containing them |
| US5686272A (en) * | 1992-05-29 | 1997-11-11 | Abbott Laboratories | Amplification of RNA sequences using the ligase chain reaction |
| NZ286209A (en) * | 1992-09-10 | 2000-09-29 | Isis Pharmaceuticals Inc | Use of HCV RNA anti-sense nucleotide sequences for treating Hepatitis C virus related disease |
| US6423489B1 (en) * | 1992-09-10 | 2002-07-23 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Compositions and methods for treatment of Hepatitis C virus-associated diseases |
| JPH06153961A (ja) * | 1992-11-27 | 1994-06-03 | Imuno Japan:Kk | Ｃ型肝炎ウイルス部分遺伝子、ならびにｃ型肝炎ウイルス遺 伝子の高感度検出法 |
| EP0905258A3 (en) | 1992-11-27 | 2001-01-31 | Innogenetics N.V. | Method for detecting nucleic acid sequences based on the use of solid phase immobilised nucleotide probes (line probe assay) |
| US7258977B1 (en) | 1992-11-27 | 2007-08-21 | Innogenetics N.V. | Process for typing of HCV isolates |
| US7255997B1 (en) | 1993-04-27 | 2007-08-14 | N.V. Innogenetics S.A. | Sequences of hepatitis C virus genotypes and their use as therapeutic and diagnostic agents |
| ATE552340T1 (de) * | 1993-04-27 | 2012-04-15 | Innogenetics Nv | Hepatitis c virus genotypsequenzen sowie ihre verwendung als behandlungs- und nachweismitteln |
| JPH0775585A (ja) * | 1993-06-14 | 1995-03-20 | Immuno Japan:Kk | Ｃ型肝炎ウイルス関連オリゴヌクレオチドならびにｃ型肝炎 ウイルス遺伝子型判定方法 |
| US7070790B1 (en) | 1993-06-29 | 2006-07-04 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Nucleotide and deduced amino acid sequences of the envelope 1 and core genes of isolates of hepatitis C virus and the use of reagents derived from these sequences in diagnostic methods and vaccines |
| US5514539A (en) * | 1993-06-29 | 1996-05-07 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Nucleotide and deduced amino acid sequences of the envelope 1 gene of 51 isolates of hepatitis C virus and the use of reagents derived from these sequences in diagnostic methods and vaccines |
| US5882852A (en) * | 1993-06-29 | 1999-03-16 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services | Hepatitic C virus (HCV) core gene nucleotide sequences and related methods of detecting major and minor genotypes of HCV isolates |
| EP0729973A4 (en) * | 1993-10-29 | 1998-12-30 | Srl Inc | AN ANTIQUE PEPTIDE COMPOUND AND IMMUNOASSAY PROCEDURE |
| WO1995030746A1 (en) * | 1994-05-10 | 1995-11-16 | The General Hospital Corporation | Antisense inhibition of hepatitis c virus |
| US7129337B1 (en) | 1994-10-21 | 2006-10-31 | Innogenetics N.V. | Sequences of hepatitis C virus genotypes and their use as prophylactic, therapeutic and diagnostic agents |
| US5851759A (en) * | 1996-04-19 | 1998-12-22 | Chiron Corporation | Heteroduplex tracking assay (HTA) for genotyping HCV |
| IT1284847B1 (it) * | 1996-06-07 | 1998-05-22 | Sorin Biomedica Diagnostics Sp | Procedimento per la rivelazione di acidi nucleici specifici di hcv |
| WO1999024606A2 (de) | 1997-11-04 | 1999-05-20 | Roche Diagnostics Gmbh | Spezifisches und sensitives nukleinsäurenachweisverfahren |
| US6858590B2 (en) | 2000-08-17 | 2005-02-22 | Tripep Ab | Vaccines containing ribavirin and methods of use thereof |
| AU2001292151B2 (en) | 2000-08-17 | 2006-05-04 | Tripep Ab | Vaccines containing ribavirin and methods of use thereof |
| US7022830B2 (en) | 2000-08-17 | 2006-04-04 | Tripep Ab | Hepatitis C virus codon optimized non-structural NS3/4A fusion gene |
| US6680059B2 (en) | 2000-08-29 | 2004-01-20 | Tripep Ab | Vaccines containing ribavirin and methods of use thereof |
| US6586584B2 (en) | 2001-01-29 | 2003-07-01 | Becton, Dickinson And Company | Sequences and methods for detection of Hepatitis C virus |
| US7196183B2 (en) | 2001-08-31 | 2007-03-27 | Innogenetics N.V. | Hepatitis C virus genotype, and its use as prophylactic, therapeutic and diagnostic agent |
| US8124747B2 (en) | 2003-08-29 | 2012-02-28 | Innogenetics | HCV clade and prototype sequences thereof |
| CN1977050B (zh) | 2004-01-07 | 2012-09-05 | 第三次浪潮技术公司 | 丙型肝炎病毒基因型的确定 |
| KR100733186B1 (ko) * | 2005-05-31 | 2007-06-27 | 재단법인 목암생명공학연구소 | Ｈｃｖ 유전자에 특이적인 작은 간섭 ｒｎａ 및 그를유효성분으로 포함하는 ｃ형 간염 치료제 |
| US8071561B2 (en) | 2007-08-16 | 2011-12-06 | Chrontech Pharma Ab | Immunogen platform |
Family Cites Families (8)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| ES2012739T5 (es) * | 1987-11-18 | 2001-12-01 | Chiron Corp | Diagnosticos para nanbv. |
| HUT54896A (en) * | 1989-03-17 | 1991-04-29 | Chiron Corp | Process for producing aquous diagnosticum and vaccine of nanbv |
| ES2029171A6 (es) * | 1989-12-18 | 1992-07-16 | Wellcome Found | Un procedimiento para preparar un polipeptido virico de hepatitis no a y no b post-transfusional (pt-nanbh) |
| WO1991014779A1 (en) * | 1990-03-28 | 1991-10-03 | Mitsui Toatsu Chemicals, Incorporated | Diagnostic for hepatitis virus |
| AU660925B2 (en) * | 1990-04-06 | 1995-07-13 | Genelabs Technologies, Inc. | Hepatitis C virus epitopes |
| FI913068A (fi) * | 1990-06-25 | 1991-12-26 | Univ Osaka Res Found | Non-a-, non-b-hepatitisviruspartiklar. |
| EP0933426A1 (en) * | 1990-06-25 | 1999-08-04 | The Research Foundation for Microbial Diseases of Osaka University | Non-a, non-b hepatitis virus genomic cdna fragments and antigen polypeptides |
| EP0510952A1 (en) * | 1991-04-26 | 1992-10-28 | Immuno Japan Inc. | Oligonucleotide primers and their application for high-fidelity detection of non-a, non-b hepatitis virus |
-
1992
- 1992-05-08 DK DK92913881T patent/DK0585398T3/da active
- 1992-05-08 CZ CZ19932377A patent/CZ288720B6/cs not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 JP JP4512055A patent/JPH06508026A/ja not_active Withdrawn
- 1992-05-08 PL PL92312096A patent/PL170151B1/pl unknown
- 1992-05-08 EP EP03013389A patent/EP1394256A3/en not_active Withdrawn
- 1992-05-08 PL PL92301282A patent/PL169880B1/pl unknown
- 1992-05-08 CA CA002108466A patent/CA2108466C/en not_active Expired - Lifetime
- 1992-05-08 ES ES92913881T patent/ES2207633T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1992-05-08 RU RU93058449/13A patent/RU2155228C2/ru active
- 1992-05-08 EP EP92913881A patent/EP0585398B1/en not_active Revoked
- 1992-05-08 WO PCT/US1992/004036 patent/WO1992019743A2/en not_active Application Discontinuation
- 1992-05-08 SK SK1232-93A patent/SK284205B6/sk not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 RO RO93-01493A patent/RO117267B1/ro unknown
- 1992-05-08 DE DE69233234T patent/DE69233234T2/de not_active Revoked
- 1992-05-08 KR KR1019930703367A patent/KR100193801B1/ko not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 HU HU9303166A patent/HU227548B1/hu unknown
- 1992-05-08 PT PT100472A patent/PT100472B/pt not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 AT AT92913881T patent/ATE252154T1/de not_active IP Right Cessation
- 1992-05-08 CZ CZ19961210A patent/CZ288722B6/cs not_active IP Right Cessation
- 1992-07-01 IE IE148292A patent/IE921482A1/en not_active IP Right Cessation
-
1993
- 1993-11-05 BG BG101876A patent/BG64627B1/bg unknown
- 1993-11-05 BG BG98200A patent/BG62142B1/bg unknown
- 1993-11-05 NO NO934019A patent/NO309532B1/no not_active IP Right Cessation
- 1993-11-08 FI FI934937A patent/FI115725B/fi not_active IP Right Cessation
-
1997
- 1997-09-04 BG BG101876A patent/BG101876A/bg unknown
-
2002
- 2002-05-10 JP JP2002134998A patent/JP2003024090A/ja not_active Withdrawn
- 2002-05-10 JP JP2002135000A patent/JP2003009893A/ja not_active Withdrawn
- 2002-05-10 JP JP2002134999A patent/JP2003009892A/ja not_active Withdrawn
- 2002-05-10 JP JP2002134997A patent/JP2003009891A/ja not_active Withdrawn
-
2004
- 2004-06-04 JP JP2004167859A patent/JP2004290204A/ja not_active Withdrawn
-
2008
- 2008-03-05 JP JP2008055639A patent/JP2008178416A/ja active Pending
Also Published As
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| BG62142B1 (bg) | Нсv геномни последователности за диагностика и лечение | |
| US6210675B1 (en) | PT-NANB hepatitis polypeptides | |
| EP0804584B2 (en) | Sequences of hepatitis c virus genotype 7 and their use as prophylactic, therapeutic and diagnostic agents | |
| US6214583B1 (en) | HCV genomic sequences for diagnostics and therapeutics | |
| US5563032A (en) | Mosaic polypeptide and methods for detecting the hepatitis E virus | |
| US7166287B1 (en) | Viral agent | |
| MAERTENS et al. | Patent 2201703 Summary |