CN115398231A - 与治疗b细胞恶性肿瘤的细胞疗法相关的毒性和反应的相关方法 - Google Patents
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Abstract
提供了用于确定毒性(例如，神经毒性)风险和/或对细胞疗法的反应的可能性的方法。在一些方面，所述方法总体上涉及评估与毒性和/或反应相关的参数或生物标记(例如，血液分析物)。在一些方面，所述方法涉及过继细胞疗法，所述过继细胞疗法涉及施用一定剂量的细胞以用于治疗患有特定B细胞恶性肿瘤的受试者，所述特定B细胞恶性肿瘤例如慢性淋巴细胞白血病(CLL)如复发性或难治性CLL，或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)。用于所述过继细胞疗法的细胞通常表达重组受体，如嵌合抗原受体(CAR)。在一些方面，所述方法可用于鉴定或选择用于例如用细胞疗法治疗的受试者。
Description
相关申请的交叉引用
本申请要求2019年12月6日提交的标题为“与治疗B细胞恶性肿瘤的细胞疗法相关的毒性和反应的相关方法(METHODS RELATED TO TOXICITY AND RESPONSE ASSOCIATEDWITH CELL THERAPY FOR TREATING B CELL MALIGNANCIES)”的美国临时申请62/945,105的优先权，出于所有目的将其内容通过引用以其整体并入。
通过引用并入序列表
本申请与电子格式的序列表一起提交。序列表以2020年12月3日创建的名为735042022840SeqList.TXT的文件提供，其大小为36,864字节。将在电子格式的序列表中的信息通过引用以其整体并入。
技术领域
在一些方面，本公开文本涉及用于确定毒性(例如，神经毒性)风险和/或对细胞疗法的反应的可能性的方法。在一些方面，所述方法总体上涉及评估与毒性和/或反应相关的参数或生物标记(例如，血液分析物)。在一些方面，所述方法涉及过继细胞疗法，所述过继细胞疗法涉及施用一定剂量的细胞以用于治疗患有特定B细胞恶性肿瘤的受试者，所述特定B细胞恶性肿瘤例如慢性淋巴细胞白血病(CLL)如复发性或难治性CLL，或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)。用于所述过继细胞疗法的细胞通常表达重组受体，如嵌合抗原受体(CAR)。在一些方面，所述方法可用于鉴定或选择用于例如用细胞疗法治疗的受试者。
背景技术
慢性淋巴细胞白血病(CLL)和小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)是惰性癌症，其中不成熟的淋巴细胞发现于血液和骨髓中和/或淋巴结中。CLL和SLL被认为是不可治愈的，并且患者最终复发或变得对于可用疗法是难治的。有某些方法可用于使用表达重组受体(如嵌合抗原受体(CAR))的工程化细胞进行过继细胞疗法。需要改进的方法，例如，以降低毒性风险和/或增强对治疗的反应。提供满足此类需求的方法、用途和制品。
发明内容
本文提供了确定施用细胞疗法之后发生毒性的风险的方法和确定施用细胞疗法之后的反应的可能性的方法。在任何实施方案的一些中，所述方法涉及将参数的值或者生物标记或分析物的水平、浓度或量与该特定参数、生物标记或分析物的阈值进行比较。在任何实施方案的一些中，所述比较可用于确定毒性风险和/或对细胞疗法的反应的可能性。在任何实施方案的一些中，所述比较可用于确定毒性风险。在任何实施方案的一些中，所述比较可用于确定对细胞疗法的反应的可能性。在任何实施方案的一些中，所述细胞疗法包括一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包括表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞。在任何实施方案的一些中，所述参数、生物标记或分析物是从患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的受试者或从所述受试者获得的样品中评估的。在一些实施方案中，所述受试者患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)。在一些实施方案中，所述受试者患有小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)。在任何实施方案的一些中，所述受试者是用细胞疗法治疗的候选者，和/或已经接受了用细胞疗法的治疗。在任何实施方案的一些中，所述受试者是用细胞疗法治疗的候选者。在一些实施方案中，所述受试者已经接受了用细胞疗法的治疗。在任何实施方案的一些中，所提供的方法可用于鉴定或选择具有发生毒性的风险和/或可能对细胞疗法有反应的受试者；和/或选择用于特定治疗(如用另外的治疗剂)的受试者。在任何实施方案的一些中，所提供的方法可用于鉴定或选择具有发生毒性的风险的受试者。在任何实施方案的一些中，所提供的方法可用于鉴定或选择可能对细胞疗法有反应的受试者。在任何实施方案的一些中，所提供的方法可用于选择用于特定治疗(如用另外的治疗剂)的受试者。
本文提供了确定施用细胞疗法之后发生毒性的风险的方法，其中所述方法涉及：在患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者中，评估选自淋巴结肿瘤负荷、血液肿瘤负荷、和血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的一个或多个疾病负荷参数，所述细胞疗法包括一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包括表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述参数是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者评估的；以及将所述一个或多个参数的值单独地与相应参数的阈值水平进行比较，其中如果：所述淋巴结肿瘤负荷等于或高于淋巴结肿瘤负荷的阈值水平；所述血液肿瘤负荷低于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率低于所述比率的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后有发生神经毒性的风险；或者如果：所述淋巴结肿瘤负荷低于肿瘤负荷的阈值水平；所述血液肿瘤负荷等于或高于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率高于所述比率的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后没有发生神经毒性的风险。
在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括：向所述受试者施用所述细胞疗法，任选地以减少的剂量施用，任选地其中所述方法进一步包括向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，和/或在或指定为在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下向所述受试者施用所述细胞疗法；或向所述受试者施用除所述细胞疗法之外的用于治疗所述CLL或SLL的替代治疗。在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括以减少的剂量向所述受试者施用所述细胞疗法。在一些实施方案中，如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，所述方法进一步包括向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗。在一些实施方案中，如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则在或指定为在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下向所述受试者进行所述细胞疗法的施用。在一些实施方案中，如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则所述方法包括向所述受试者施用除所述细胞疗法之外的用于治疗所述CLL或SLL的替代治疗。
在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括向所述受试者施用所述细胞疗法，任选地其中不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出毒性的体征或症状，任选地在所述受试者展现出持续发热或者在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热时或之后；和/或在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访，任选地除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括向所述受试者施用所述细胞疗法。在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出毒性的体征或症状。在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。在一些实施方案中，如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访。在一些实施方案中，如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访，除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。
本文提供了选择用细胞疗法治疗的受试者的方法，其中所述方法涉及：在患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者中，评估选自淋巴结肿瘤负荷、血液肿瘤负荷、和血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的一个或多个疾病负荷参数，所述细胞疗法包括一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包括表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述参数是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者评估的；以及将所述一个或多个参数的值单独地与相应参数的阈值水平进行比较，其中如果所述淋巴结肿瘤负荷等于或高于淋巴结肿瘤负荷的阈值水平；所述血液肿瘤负荷低于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率低于所述比率的阈值水平，则选择所述受试者用于：以减少的剂量施用所述细胞疗法；施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗；施用所述细胞疗法，所述细胞疗法的施用是在或指定为在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下进行的；和/或施用除所述细胞疗法之外的用于治疗所述CLL或SLL的替代治疗；或者如果所述淋巴结肿瘤负荷低于肿瘤负荷的阈值水平；所述血液肿瘤负荷等于或高于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率高于所述比率的阈值水平，则选择所述受试者用于：施用所述细胞疗法，任选地其中不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出毒性的体征或症状，任选地在所述受试者展现出持续发热或者在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热时或之后；和/或在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访，任选地除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。
本文还提供了选择用细胞疗法治疗的受试者的方法，其中所述方法涉及：在患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者中，评估选自淋巴结肿瘤负荷、血液肿瘤负荷、和血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的一个或多个疾病负荷参数，所述细胞疗法包括一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包括表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述参数是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者评估的；以及将所述一个或多个参数的值单独地与相应参数的阈值水平进行比较，其中如果所述淋巴结肿瘤负荷等于或高于淋巴结肿瘤负荷的阈值水平；所述血液肿瘤负荷低于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率低于所述比率的阈值水平，则选择所述受试者用于：以减少的剂量施用所述细胞疗法；施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗；施用所述细胞疗法，所述细胞疗法的施用是在或指定为在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下进行的；和/或施用除所述细胞疗法之外的用于治疗所述CLL或SLL的替代治疗；或者如果所述淋巴结肿瘤负荷低于肿瘤负荷的阈值水平；所述血液肿瘤负荷等于或高于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率高于所述比率的阈值水平，则选择所述受试者用于：施用所述细胞疗法。在一些实施方案中，不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出毒性的体征或症状。在一些实施方案中，不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出毒性的体征或症状，如在所述受试者展现出持续发热或者在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热时或之后。在一些实施方案中，在门诊基础上进行所述细胞疗法的施用和任何随访。在一些实施方案中，在不使所述受试者入院的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访。在一些实施方案中，不在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访。在一些实施方案中，在不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访。在一些实施方案中，在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访，除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。
在任何实施方案的一些中，所述方法进一步包括向所述受试者施用所述细胞疗法，能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，和/或替代治疗。在任何实施方案的一些中，所述方法进一步包括向所述受试者施用所述细胞疗法。在任何实施方案的一些中，所述方法进一步包括向所述受试者施用所述药剂。在任何实施方案的一些中，所述方法进一步包括向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的其他治疗。在任何实施方案的一些中，所述方法进一步包括向所述受试者施用所述替代治疗。
在任何实施方案的一些中，评估血液肿瘤负荷包括确定受试者的血液中的淋巴细胞浓度。在任何实施方案的一些中，所述浓度是每微升(μL)血液的淋巴细胞计数。在任何实施方案的一些中，血液肿瘤负荷的阈值水平是在为或约800个淋巴细胞/μL与为或约3000个淋巴细胞/μL之间的值。在任何实施方案的一些中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约800个淋巴细胞/μL、900个淋巴细胞/μL、1000个淋巴细胞/μL、1250个淋巴细胞/μL、1500个淋巴细胞/μL、1750个淋巴细胞/μL、2000个淋巴细胞/μL、2250个淋巴细胞/μL、2500个淋巴细胞/μL、2750个淋巴细胞/μL或3000个淋巴细胞/μL的值，或任何前述值之间的值。在任何实施方案的一些中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约800个淋巴细胞/μL的值。在任何实施方案的一些中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约900个淋巴细胞/μL的值。在任何实施方案的一些中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约1000个淋巴细胞/μL的值。在任何实施方案的一些中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约1250个淋巴细胞/μL的值。在任何实施方案的一些中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约1500个淋巴细胞/μL的值。在任何实施方案的一些中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约1750个淋巴细胞/μL的值。在任何实施方案的一些中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约2000个淋巴细胞/μL的值。在任何实施方案的一些中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约2250个淋巴细胞/μL的值。在任何实施方案的一些中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约2500个淋巴细胞/μL的值。在任何实施方案的一些中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约2750个淋巴细胞/μL的值。在任何实施方案的一些中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约3000个淋巴细胞/μL的值。
在任何实施方案的一些中，评估淋巴结负荷包括确定最大淋巴结直径。在任何实施方案的一些中，所述最大淋巴结直径以厘米(cm)度量。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是在为或约4cm与为或约7cm之间的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约4cm、4.25cm、4.5cm、4.75cm、5cm、5.25cm、5.5cm、5.75cm、6cm、6.25cm、6.5cm、6.75cm或7cm的值，或任何前述值之间的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约4cm的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约4.25cm的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约4.5cm的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约4.75cm的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约5cm的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约5.25cm的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约5.5cm的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约5.75cm的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约6.0cm的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约6.25cm的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约6.5cm的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约6.75cm的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约7.0cm的值。
在任何实施方案的一些中，评估血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率包括确定每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是在为或约300与为或约1000之间的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950或1000的值，或任何前述值之间的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约300的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约350的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约400的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约450的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约500的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约550的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约600的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约650的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约700的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约750的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约800的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约850的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约900的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约950的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约1000的值。
在任何实施方案的一些中，评估淋巴结负荷包括确定直径乘积之和(SPD)。在任何实施方案的一些中，SPD以平方厘米(cm2)度量。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是在为或约10cm2与为或约40cm2之间的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约10cm2、12.5cm2、15cm2、17.5cm2、20cm2、22.5cm2、25cm2、27.5cm2、30cm2、32.5cm2、35cm2、37.5cm2或40cm2的值，或任何前述值之间的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约10cm2的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约12.5cm2的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约15cm2的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约17.5cm2的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约20cm2的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约22.5cm2的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约25cm2的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约27.5cm2的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约30cm2的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约32.5cm2的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约35cm2的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约37.5cm2的值。在任何实施方案的一些中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约40cm2的值。
在任何实施方案的一些中，评估血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率包括确定每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以平方厘米(cm2)计的直径乘积之和(SPD)的比率。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是在为或约25与为或约500之间的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约25、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450或500的值，或任何前述值之间的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约25的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约50的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约75的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约100的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约150的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约200的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约250的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约300的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约350的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约400的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约450的值。在任何实施方案的一些中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约500的值。
本文提供了确定在施用细胞疗法后发生毒性的风险的方法，其中所述方法涉及：测定生物样品中肿瘤坏死因子(TNF)和/或白介素-16(IL-16)的水平、量或浓度，其中所述生物样品来自患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包括一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包括表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前或在CAR+ T细胞扩增峰值之前和/或在开始施用所述细胞疗法之后为或约11天内从所述受试者获得的；以及将TNF和/或IL-16的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较，其中TNF的阈值水平是在为或约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值；和/或IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约900pg/mL之间的值；以及如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后有发生神经毒性的风险；或者如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后没有发生神经毒性的风险。
本文提供了确定在施用细胞疗法后发生毒性的风险的方法，其中所述方法涉及：测定生物样品中肿瘤坏死因子(TNF)和/或白介素-16(IL-16)的水平、量或浓度，其中所述生物样品来自患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包括一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包括表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得的；以及将TNF和/或IL-16的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较，其中TNF的阈值水平是在为或约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值；和/或IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约900pg/mL之间的值；以及如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后有发生神经毒性的风险；或者如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后没有发生神经毒性的风险。
在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括：向所述受试者施用所述细胞疗法，任选地以减少的剂量施用，任选地其中所述方法进一步包括向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，和/或在或指定为在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下向所述受试者施用所述细胞疗法；或向所述受试者施用除所述细胞疗法之外的用于治疗所述CLL或SLL的替代治疗。在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括向所述受试者施用所述细胞疗法。在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括以减少的剂量向所述受试者施用所述细胞疗法。在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗。在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则在或指定为在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下向所述受试者进行所述细胞疗法的施用。在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括向所述受试者施用除所述细胞疗法之外的用于治疗所述CLL或SLL的替代治疗。
在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括向所述受试者施用所述细胞疗法，任选地其中不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出毒性的体征或症状，任选地在所述受试者展现出持续发热或者在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热时或之后；和/或在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访，任选地除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括向所述受试者施用所述细胞疗法。在一些实施方案中，如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出毒性的体征或症状。在一些实施方案中，如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。在一些实施方案中，如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访。在一些实施方案中，如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访，除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。
本文提供了选择受试者用于用细胞疗法治疗的方法，其中所述方法涉及：测定生物样品中肿瘤坏死因子(TNF)和/或白介素-16(IL-16)的水平、量或浓度，其中所述生物样品来自患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包括一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包括表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得的；以及将TNF和/或IL-16的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较，其中TNF的阈值水平是在为或约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值；和/或IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约900pg/mL之间的值；以及如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则选择所述受试者用于：以减少的剂量施用所述细胞疗法；施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗；施用所述细胞疗法，所述细胞疗法的施用是在或指定为在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下进行的；和/或施用除所述细胞疗法之外的用于治疗所述CLL或SLL的替代治疗；或者如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则选择所述受试者用于：施用所述细胞疗法，任选地其中不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出毒性体征或症状，任选地在所述受试者展现出持续发热或者在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热时或之后；和/或在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访，任选地除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。
在任何实施方案的一些中，所述方法进一步包括向所述受试者施用所述细胞疗法，能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，和/或替代治疗。在任何实施方案的一些中，所述方法进一步包括向所述受试者施用所述细胞疗法。在任何实施方案的一些中，所述方法进一步包括向所述受试者施用所述药剂。在任何实施方案的一些中，所述方法进一步包括施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的其他治疗。在任何实施方案的一些中，所述方法进一步包括向所述受试者施用所述替代治疗。
本文提供了确定在施用细胞疗法后发生毒性的风险的方法，其中所述方法涉及：测定来自受试者的生物样品中TNF和/或IL-16的水平、量或浓度，所述受试者已经接受了用于治疗CLL或SLL的细胞疗法的施用，所述细胞疗法包括一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包括表达CAR的T细胞，其中所述生物样品是在CAR+ T细胞扩增峰值之前和/或在开始施用所述细胞疗法之后为或约11天内从所述受试者获得的；以及将TNF和/或IL-16的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较，其中TNF的阈值水平是在为或约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值；和/或IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约900pg/mL之间的值；以及如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为有发生神经毒性的风险；或者如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为没有发生神经毒性的风险。
在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括任选地在CAR+ T细胞扩增峰值之前和/或在向所述受试者施用细胞疗法的为或约11天内，向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗；和/或在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下进行随访。在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行随访，任选地除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗。在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括在CAR+ T细胞扩增峰值之前，向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗。在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括在向所述受试者施用细胞疗法的为或约11天内，向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗。在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下进行随访。在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行随访。在任何实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行随访，除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。
本文提供了治疗方法，其中所述方法涉及：向被鉴定为有发生神经毒性的风险的受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，所述受试者已经在先前接受了用于治疗CLL或SLL的细胞疗法的施用，其中，在施用所述药剂时或紧临施用所述药剂之前，如果在CAR+ T细胞扩增峰值之前和/或在开始施用所述细胞疗法的为或约11天内从所述受试者获得的生物样品中的TNF和/或IL-16的水平或量或浓度高于各自的阈值水平，则所述受试者被选择或鉴定为有发生神经毒性的风险，其中TNF的阈值水平是在为或约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值；和/或IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约900pg/mL之间的值。在一些实施方案中，TNF的阈值水平是在为或约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值。在一些实施方案中，IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约900pg/mL之间的值。
本文提供了选择受试者用于用药剂治疗的方法，其中所述方法涉及：测定来自受试者的生物样品中TNF和/或IL-16的水平、量或浓度，所述受试者已经接受了用于治疗CLL或SLL的细胞疗法的施用，所述细胞疗法包括一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包括表达与CD19结合的CAR的T细胞，其中所述生物样品是在CAR+ T细胞扩增峰值之前和/或在开始施用所述细胞疗法之后为或约11天内从所述受试者获得的；以及将TNF和/或IL-16的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较，其中所述TNF的阈值水平是在为或约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值；和/或所述IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约900pg/mL之间的值；以及如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则选择所述受试者用于施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗。
在任何实施方案的一些中，所述方法进一步包括向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗。在任何实施方案的一些中，施用所述药剂或其他治疗是在所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热时进行的。在任何实施方案的一些中，在门诊基础上向所述受试者进行所述细胞疗法的施用，并且如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度高于阈值水平，则所述方法涉及使患者入院一天或多天。
在任何实施方案的一些中，TNF的阈值水平是为或约7pg/mL、8pg/mL、9pg/mL、10pg/mL、15pg/mL、20pg/mL或25pg/mL的值，或任何前述值之间的值。在任何实施方案的一些中，TNF的阈值水平是在为或约8pg/mL与为或约10pg/mL之间的值。在任何实施方案的一些中，TNF的阈值水平是为或约7pg/mL的值。在任何实施方案的一些中，TNF的阈值水平是为或约8pg/mL的值。在任何实施方案的一些中，TNF的阈值水平是为或约9pg/mL的值。在任何实施方案的一些中，TNF的阈值水平是为或约10pg/mL的值。在任何实施方案的一些中，TNF的阈值水平是为或约15pg/mL的值。在任何实施方案的一些中，TNF的阈值水平是为或约20pg/mL的值。在任何实施方案的一些中，TNF的阈值水平是为或约25pg/mL的值。
在任何实施方案的一些中，IL-16的阈值水平是为或约400pg/mL、500pg/mL、600pg/mL、700pg/mL、800pg/mL、900pg/mL或1000pg/mL的值，或任何前述值之间的值。在任何实施方案的一些中，IL-16的阈值水平是在为或约500pg/mL与为或约700pg/mL之间的值。在任何实施方案的一些中，IL-16的阈值水平是为或约400pg/mL的值。在任何实施方案的一些中，IL-16的阈值水平是为或约500pg/mL的值。在任何实施方案的一些中，IL-16的阈值水平是为或约600pg/mL的值。在任何实施方案的一些中，IL-16的阈值水平是为或约700pg/mL的值。在任何实施方案的一些中，IL-16的阈值水平是为或约800pg/mL的值。在任何实施方案的一些中，IL-16的阈值水平是为或约900pg/mL的值。在任何实施方案的一些中，IL-16的阈值水平是为或约1000pg/mL的值。
在任何实施方案的一些中，评估TNF和IL-16二者的水平、量或浓度；并且TNF的阈值水平是为或约7pg/mL、8pg/mL、9pg/mL、10pg/mL、15pg/mL、20pg/mL或25pg/mL的值，或任何前述值之间的值；IL-16的阈值水平是为或约400pg/mL、500pg/mL、600pg/mL、700pg/mL、800pg/mL、900pg/mL或1000pg/mL的值，或任何前述值之间的值。
在任何实施方案的一些中，评估TNF和IL-16二者的水平、量或浓度；并且TNF的阈值水平是在为或约8pg/mL与为或约10pg/mL之间的值；并且IL-16的阈值水平是在为或约500pg/mL与为或约700pg/mL之间的值。
在任何实施方案的一些中，所述生物样品是或获得自血液、血浆或血清样品。在任何实施方案的一些中，评估包括使生物样品与能够检测TNF和/或IL-16或对于TNF和/或IL-16具有特异性的一种或多种试剂接触，任选地其中所述一种或多种试剂包括特异性识别TNF和/或IL-16的抗体；以及检测包含所述一种或多种试剂和TNF和/或IL-16的复合物的存在或不存在。在任何实施方案的一些中，评估包括使生物样品与一种或多种能够检测TNF或对于TNF具有特异性的一种或多种试剂接触，以及检测包括所述一种或多种试剂和TNF的复合物的存在或不存在。在一些实施方案中，所述一种或多种试剂包括特异性识别TNF的抗体。在任何实施方案的一些中，评估包括使生物样品与能够检测IL-16或对于IL-16具有特异性的一种或多种试剂接触，以及检测包括所述一种或多种试剂和IL-16的复合物的存在或不存在。在一些实施方案中，所述一种或多种试剂包括特异性识别IL16的抗体。在任何实施方案的一些中，评估包括免疫测定。在一些实施方案中，所述评估包括酶联免疫吸附测定(ELISA)、免疫印迹、免疫沉淀、放射免疫测定(RIA)、免疫染色、流式细胞术测定、表面等离子体共振(SPR)、化学发光测定、侧流免疫测定、抑制测定或亲合力测定。在一些实施方案中，所述评估包括酶联免疫吸附测定(ELISA)。在一些实施方案中，所述评估包括夹心酶联免疫吸附测定(ELISA)。在一些实施方案中，ELISA是基于珠的ELISA。
在任何实施方案的一些中，所述药剂或其他治疗是或包括抗IL-6抗体、抗IL-6R抗体或类固醇。在任何实施方案的一些中，所述药剂或其他治疗是或包括抗IL-6抗体。在任何实施方案的一些中，所述药剂或其他治疗是或包括抗IL-6R抗体。在任何实施方案的一些中，所述药剂或其他治疗是或包括类固醇。在任何实施方案的一些中，所述药剂是或包括托珠单抗、司妥昔单抗或地塞米松。在任何实施方案的一些中，所述药剂是或包括托珠单抗。在任何实施方案的一些中，所述药剂是或包括司妥昔单抗。在任何实施方案的一些中，所述药剂是或包括地塞米松。在任何实施方案的一些中，所述神经毒性是重度神经毒性。在任何实施方案的一些中，所述神经毒性是3级或更高分级的神经毒性。在任何实施方案的一些中，所述神经毒性是3级神经毒性。在任何实施方案的一些中，所述神经毒性是4级神经毒性。在任何实施方案的一些中，所述神经毒性是5级神经毒性。
本文提供了评估对细胞疗法的反应的可能性的方法，其中所述方法涉及：评估生物样品中血管内皮生长因子C(VEGFC)和/或血管内皮生长因子受体1(VEGFR1)的水平、量或浓度，其中所述生物样品来自患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包括一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包括表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得的；以及将所述样品中所述VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度单独地与阈值水平进行比较；其中如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有高的实现反应的可能性；或者如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有低的实现反应的可能性。
本文提供了选择用于用细胞疗法治疗的受试者的方法，其中所述方法涉及：评估生物样品中血管内皮生长因子C(VEGFC)和/或血管内皮生长因子受体1(VEGFR1)的水平、量或浓度，其中所述生物样品来自患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包括一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包括表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得的；以及基于通过将所述样品中所述VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较来确定受试者将实现对所述细胞疗法的反应的可能性的结果，选择可能对治疗有反应的受试者；其中如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有高的实现反应的可能性；或者如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有低的实现反应的可能性。在任何实施方案的一些中，所述方法进一步包括向被选择用于治疗的受试者施用所述细胞疗法。
本文提供了治疗方法，其中所述方法涉及：基于通过将生物样品中血管内皮生长因子C(VEGFC)和/或血管内皮生长因子受体1(VEGFR1)的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较来确定受试者将实现对所述细胞疗法的反应的可能性的结果，选择可能对治疗有反应的受试者，其中如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有高的实现反应的可能性；或者如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有低的实现反应的可能性；其中所述生物样品来自患有CLL或SLL的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包括一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包括表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前从受试者获得的和/或所述受试者不包括表达CAR的T细胞；以及向被选择用于治疗的受试者施用所述细胞疗法。
在任何实施方案的一些中，所述阈值水平是在接受细胞疗法之前从受试者组获得的生物样品中的VEGFC和/或VEGFR1的中值或平均水平、量或浓度25％内、20％内、15％内、10％内或5％内和/或一个标准差内，是为或约或超过所述中值或平均水平、量或浓度，其中在施用用于治疗CLL或SLL的一定剂量的表达CAR的工程化细胞之后所述组中的每名受试者实现反应；所述阈值水平是在接受细胞疗法之前从受试者组获得的生物样品中的VEGFC和/或VEGFR1的中值或平均水平、量或浓度的1.25倍或大于1.25倍、1.3倍或大于1.3倍、1.4倍或大于1.4倍、或1.5倍或大于1.5倍，其中在施用用于治疗CLL或SLL的一定剂量的表达CAR的工程化细胞之后所述组中的每名受试者实现反应；所述阈值水平是从并非作为用所述细胞疗法治疗的候选者的正常或健康受试者组获得的生物样品中的VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度的1.25倍或大于1.25倍、1.3倍或大于1.3倍、1.4倍或大于1.4倍、或1.5倍或大于1.5倍。在任何实施方案的一些中，VEGFC的阈值水平是在为或约60pg/mL与为或约70pg/mL之间的值。在任何实施方案的一些中，VEGFR1的阈值水平是在为或约80pg/mL与为或约120pg/mL之间的值。在任何实施方案的一些中，评估VEGFC和VEGFR1二者的水平、量或浓度；并且VEGFC的阈值水平是在为或约60pg/mL与为或约70pg/mL之间的值；并且VEGFR1的阈值水平是在为或约80pg/mL与为或约120pg/mL之间的值。在任何实施方案的一些中，VEGFC的阈值水平是为或约60pg/mL的值。在任何实施方案的一些中，VEGFC的阈值水平是为或约65pg/mL的值。在任何实施方案的一些中，VEGFC的阈值水平是为或约70pg/mL的值。在任何实施方案的一些中，VEGFR1的阈值水平是为或约80pg/mL的值。在任何实施方案的一些中，VEGFR1的阈值水平是为或约90pg/mL的值。在任何实施方案的一些中，VEGFR1的阈值水平是为或约100pg/mL的值。在任何实施方案的一些中，VEGFR1的阈值水平是为或约11pg/mL的值。在任何实施方案的一些中，VEGFR1的阈值水平是为或约120pg/mL的值。
在任何实施方案的一些中，所述生物样品是或获得自血液、血浆或血清样品。在任何实施方案的一些中，评估包括使生物样品与能够检测VEGFC和/或VEGFR1或对于VEGFC和/或VEGFR1具有特异性的一种或多种试剂接触，任选地其中所述一种或多种试剂包括特异性识别VEGFC和/或VEGFR1的抗体；以及检测包含所述一种或多种试剂和VEGFC和/或VEGFR1的复合物的存在或不存在。在任何实施方案的一些中，评估包括使生物样品与一种或多种能够检测VEGFC或对于VEGFC具有特异性的一种或多种试剂接触，以及检测包括所述一种或多种试剂和VEGFC的复合物的存在或不存在。在任何实施方案的一些中，所述一种或多种试剂包括特异性识别VEGFC的抗体。在任何实施方案的一些中，评估包括使生物样品与能够检测VEGFR1或对于VEGFR1具有特异性的一种或多种试剂接触，以及检测包括所述一种或多种试剂和VEGFR1的复合物的存在或不存在。在任何实施方案的一些中，所述一种或多种试剂包括特异性识别VEGFR1的抗体。在任何实施方案的一些中，所述评估包括免疫测定。在任何实施方案的一些中，所述反应包括客观反应。在任何实施方案的一些中，所述客观反应包括完全反应(CR；在一些情况下也称为完全缓解)、伴不完全血细胞计数恢复的完全缓解(CRi)、完全缓解(CR)、伴不完全骨髓恢复的CR(CRi)、结节部分缓解(nPR)、部分反应(PR)。在任何实施方案的一些中，在开始施用所述细胞疗法之后为或约1、2或3个月或更长时间评估反应。
在任何实施方案的一些中，在开始施用所述细胞疗法之后为或约1个月评估反应。在任何实施方案的一些中，在开始施用所述细胞疗法之后为或约2个月评估反应。在任何实施方案的一些中，反应是在开始施用所述细胞疗法之后为或约3个月评估的反应。
在任何实施方案的一些中，所述方法进一步包括在施用所述细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。在任何实施方案的一些中，已对所述受试者用淋巴细胞清除疗法进行了预调理。在任何实施方案的一些中，所述淋巴细胞清除疗法包括施用氟达拉滨和/或环磷酰胺。在一些实施方案中，在向所述受试者施用所述淋巴细胞清除疗法之前，从所述受试者获得所述生物样品。在一些实施方案中，所述一个或多个疾病负荷参数的值是在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前的所述一个或多个疾病负荷参数的值。在一些实施方案中，在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前，评估所述一个或多个疾病负荷参数。
在任何实施方案的一些中，所述淋巴细胞清除疗法包括施用氟达拉滨。在任何实施方案的一些中，所述淋巴细胞清除疗法包括施用环磷酰胺。在任何实施方案的一些中，所述淋巴细胞清除疗法包括施用氟达拉滨和环磷酰胺。在任何实施方案的一些中，所述淋巴细胞清除疗法包括每天以约200-400mg/m2，任选地以或以约300mg/m2并包含端值施用环磷酰胺，和/或以约20-40mg/m2，任选地30mg/m2施用氟达拉滨，持续2-4天，任选地持续3天。在任何实施方案的一些中，所述淋巴细胞清除疗法包括每天以或以约300mg/m2施用环磷酰胺和以约30mg/m2施用氟达拉滨，持续3天，任选地其中在所述淋巴细胞清除疗法之后至少或至少约2-7天或者在开始所述淋巴细胞清除疗法之后至少或至少约2-7天施用细胞的所述剂量。
在任何实施方案的一些中，所述方法进一步包括向所述受试者施用布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂(BTKi)。在任何实施方案的一些中，所述BTKi是依鲁替尼。在任何实施方案的一些中，在开始施用所述细胞疗法之前开始BTKi施用。在任何实施方案的一些中，所述BTKi施用继续进行直到开始施用所述细胞疗法之后。在任何实施方案的一些中，在开始施用所述细胞疗法之后，所述BTKi施用继续进行至少或至少约90天。在任何实施方案的一些中，将所述依鲁替尼以每天为或约140mg至为或约840mg的剂量施用。在任何实施方案的一些中，将所述依鲁替尼以每天为或约280mg至为或约560mg的剂量施用。在任何实施方案的一些中，将所述依鲁替尼以每天为或约420mg的剂量施用。在任何实施方案的一些中，所述疾病或病症是复发性或难治性(r/r)CLL。在任何实施方案的一些中，所述疾病或病症是复发性或难治性(r/r)SLL。
在任何实施方案的一些中，工程化细胞的剂量包括限定比率的表达CAR的CD4+细胞与表达CAR的CD8+细胞，任选地其中所述比率在大约1:3与大约3:1之间。在任何实施方案的一些中，工程化细胞的剂量包括限定比率的表达CAR的CD4+细胞与表达CAR的CD8+细胞。在一些实施方案中，所述比率在大约1:3与大约3:1之间。在任何实施方案的一些中，工程化细胞的剂量包括限定比率的表达CAR的CD4+细胞与表达CAR的CD8+细胞，所述限定比率为或为大约1:1。在任何实施方案的一些中，工程化细胞的剂量包括为或约2.5x107个总CAR表达细胞至为或约1.0x108个总CAR表达细胞。在任何实施方案的一些中，工程化细胞的剂量包括为或约2.5x107个总CAR表达细胞。
在任何实施方案的一些中，工程化细胞的剂量包括为或约5x107个总细胞或总CAR表达细胞。在任何实施方案的一些中，工程化细胞的剂量包括为或约1x108个总细胞或总CAR表达细胞。在任何实施方案的一些中，施用所述细胞疗法包括施用多种单独组合物，其中所述多种单独组合物包括含有CD4+ T细胞和CD8+ T细胞中的一种的第一组合物以及含有CD4+ T细胞和CD8+ T细胞中的另一种的第二组合物。在任何实施方案的一些中，所述第一组合物包括CD8+ T细胞，并且所述第二组合物包括CD4+ T细胞。
在任何实施方案的一些中，开始施用所述第一组合物是在开始施用所述第二组合物之前进行的，任选地间隔不超过48小时进行。在任何实施方案的一些中，开始施用所述第一组合物是在开始施用所述第二组合物之前不超过48小时进行的。在任何实施方案的一些中，所述CD4+ T细胞包含的CAR和/或所述CD8+ T细胞包含的CAR包含相同的CAR，和/或其中对所述CD4+ T细胞和/或所述CD8+ T细胞进行了基因工程化以表达相同的CAR。在任何实施方案的一些中，由CD4+ T细胞表达的CAR和由CD8+ T细胞表达的CAR是相同的。在一些实施方案中，所述CD4+ T细胞和所述CD8+ T细胞被基因工程化以表达相同的CAR。在任何实施方案的一些中，在施用所述细胞疗法之前，已经用除另一剂量的表达CAR的细胞或淋巴细胞清除疗法之外的针对所述CLL或SLL的一种或多种先前疗法、任选地至少两种先前疗法对所述受试者进行了治疗。在任何实施方案的一些中，在施用所述细胞疗法之前，已经用除另一剂量的表达CAR的细胞或淋巴细胞清除疗法之外的针对所述CLL或SLL的一种或多种先前疗法对所述受试者进行了治疗。在任何实施方案的一些中，在施用所述细胞疗法之前，已经用除另一剂量的表达CAR的细胞或淋巴细胞清除疗法之外的针对所述CLL或SLL的至少两种先前疗法对所述受试者进行了治疗。在任何实施方案的一些中，在施用所述细胞疗法之前，所述受试者已经在用两种或更多种先前疗法的治疗之后缓解后复发，或变得对于用两种或更多种先前疗法的治疗是难治的，对于用两种或更多种先前疗法的治疗经历失败，和/或对用两种或更多种先前疗法的治疗不耐受。
在任何实施方案的一些中，所述一种或多种先前疗法选自激酶抑制剂，任选地布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)的抑制剂，任选地依鲁替尼；维奈妥拉；包括氟达拉滨和利妥昔单抗的组合疗法；放射疗法；以及造血干细胞移植(HSCT)。在任何实施方案的一些中，所述一种或多种先前疗法包括依鲁替尼。在任何实施方案的一些中，所述一种或多种先前疗法包括维奈妥拉。在任何实施方案的一些中，所述一种或多种先前疗法包括布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)的抑制剂和/或维奈妥拉。在任何实施方案的一些中，所述一种或多种先前疗法包括依鲁替尼和维奈妥拉。
在任何实施方案的一些中，所述受试者已经在用布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)的抑制剂和/或维奈妥拉的治疗之后缓解后复发，变得对于用布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)的抑制剂和/或维奈妥拉的失败治疗是难治的，和/或对布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)的抑制剂和/或维奈妥拉不耐受。在任何实施方案的一些中，所述受试者已经在用依鲁替尼治疗后在缓解后复发，变得对于依鲁替尼是难治的，对于依鲁替尼的治疗经历失败，和/或对依鲁替尼不耐受。在任何实施方案的一些中，所述受试者已经用维奈妥拉治疗后在缓解后复发，变得对于维奈妥拉是难治的，对于用维奈妥拉的治疗经历失败，和/或对维奈妥拉不耐受。在任何实施方案的一些中，所述受试者已经在用依鲁替尼和维奈妥拉的治疗之后缓解后复发，变得对于依鲁替尼和维奈妥拉是难治的，对于用依鲁替尼和维奈妥拉的治疗经历失败，和/或对依鲁替尼和维奈妥拉不耐受。在任何实施方案的一些中，所述工程化细胞是从受试者获得的原代T细胞。在任何实施方案的一些中，所述工程化细胞对所述受试者是自体的。
在任何实施方案的一些中，所述CAR包括对CD19具有特异性的细胞外抗原结合结构域、跨膜结构域、源自共刺激分子任选4-1BB的胞质信号传导结构域、和源自含有ITAM的初级信号传导分子任选CD3ζ的胞质信号传导结构域，以及所述CAR依次包括对CD19具有特异性的细胞外抗原结合结构域、跨膜结构域、源自共刺激分子的胞质信号传导结构域、和源自含有ITAM的初级信号传导分子的胞质信号传导结构域。在任何实施方案的一些中，所述抗原结合结构域是scFv。
在任何实施方案的一些中，所述scFv包括RASQDISKYLN(SEQ ID NO:35)的CDRL1序列、SRLHSGV(SEQ ID NO:36)的CDRL2序列、和/或GNTLPYTFG(SEQ ID NO:37)的CDRL3序列，和/或DYGVS(SEQ ID NO:38)的CDRH1序列、VIWGSETTYYNSALKS(SEQ ID NO:39)的CDRH2序列、和/或YAMDYWG(SEQ ID NO:40)的CDRH3序列；所述scFv包括FMC63的可变重链区和FMC63的可变轻链区和/或FMC63的CDRL1序列、FMC63的CDRL2序列、FMC63的CDRL3序列、FMC63的CDRH1序列、FMC63的CDRH2序列和FMC63的CDRH3序列，或者与前述任一者结合相同表位或与前述任一者竞争结合；所述scFv包括SEQ ID NO:41中所示的VH和SEQ ID NO:42中所示的VL，任选地其中所述VH和VL由柔性接头分开，任选地其中所述柔性接头是或包括SEQ ID NO:24中所示的序列；和/或所述scFv是或包括SEQ ID NO:43中所示的序列。
在任何实施方案的一些中，共刺激信号传导区是CD28或4-1BB的信号传导结构域。在任何实施方案的一些中，共刺激信号传导区是4-1BB的信号传导结构域。在任何实施方案的一些中，共刺激结构域包括SEQ ID NO:12或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体。在任何实施方案的一些中，所述初级信号传导结构域是CD3ζ信号传导结构域。在任何实施方案的一些中，所述初级信号传导结构域包括与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的SEQ ID NO:13或14或15。
在任何实施方案的一些中，所述CAR进一步包括在跨膜结构域与scFv之间的间隔子。在任何实施方案的一些中，所述间隔子是多肽间隔子，所述多肽间隔子包括以下或由以下组成：全部或部分免疫球蛋白铰链或其修饰形式，任选IgG4铰链或其修饰形式。在任何实施方案的一些中，所述间隔子是约15个氨基酸或更少，并且不包括CD28细胞外区域或CD8细胞外区域。在任何实施方案的一些中，所述间隔子的长度是为或约12个氨基酸。在任何实施方案的一些中，所述间隔子具有以下或由以下组成：SEQ ID NO:1的序列、由SEQ ID NO:2编码的序列、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34，或与前述任一者具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的前述任一者的变体；和/或包括式X1PPX2P或由其组成，其中X1是甘氨酸、半胱氨酸或精氨酸，并且X2是半胱氨酸或苏氨酸。
在任何实施方案的一些中，所述scFv包括RASQDISKYLN的氨基酸序列(SEQ ID NO:35)、SRLHSGV的氨基酸序列(SEQ ID NO:36)、和/或GNTLPYTFG的氨基酸序列(SEQ ID NO:37)和/或DYGVS的氨基酸序列(SEQ ID NO:38)、VIWGSETTYYNSALKS的氨基酸序列(SEQ IDNO:39)、和/或YAMDYWG的氨基酸序列(SEQ ID NO:40)，或者其中所述scFv包括FMC63的可变重链区和FMC63的可变轻链区和/或FMC63的CDRL1序列、FMC63的CDRL2序列、FMC63的CDRL3序列、FMC63的CDRH1序列、FMC63的CDRH2序列、以及FMC63的CDRH3序列，或者与前述任一者结合相同表位或与前述任一者竞争结合，并且任选地其中所述scFv依次包括VH、接头(任选地包括SEQ ID NO:24)和VL，和/或所述scFv包括柔性接头和/或包括如SEQ ID NO:43所示的氨基酸序列；和/或所述间隔子是多肽间隔子，所述多肽间隔子(a)包括全部或部分免疫球蛋白铰链或所述免疫球蛋白铰链的修饰形式或由其组成，或包括约15个氨基酸或更少，并且不包括CD28细胞外区域或CD8细胞外区域，(b)包括全部或部分免疫球蛋白铰链任选IgG4铰链或所述免疫球蛋白铰链的修饰形式或由其组成，和/或包括约15个氨基酸或更少，并且不包括CD28细胞外区域或CD8细胞外区域，或(c)长度是为或约12个氨基酸，和/或包括全部或部分免疫球蛋白铰链任选IgG4或所述免疫球蛋白铰链的修饰形式或由其组成；或(d)具有以下或由以下组成：SEQ ID NO:1的序列、由SEQ ID NO:2编码的序列、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34，或与前述任一者具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的前述任一者的变体，或(e)包括式X1PPX2P或由其组成，其中X1是甘氨酸、半胱氨酸或精氨酸，并且X2是半胱氨酸或苏氨酸；和/或所述共刺激结构域包括SEQ ID NO:12或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体；和/或所述初级信号传导结构域包括与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的SEQ ID NO:13、14或15。
在任何实施方案的一些中，所述抗原结合结构域包括scFv，所述scFv包括FMC63的可变重链区和FMC63的可变轻链区；所述间隔子是多肽间隔子，所述多肽间隔子包括SEQ IDNO:1的序列；所述共刺激结构域包括SEQ ID NO:12；并且所述初级信号传导结构域包括SEQID NO:13、14或15。在任何实施方案的一些中，所述受试者是人受试者。
本文提供了一种制品，所述制品包括：用于细胞疗法的组合物、或用于细胞疗法的多种组合物中的一种，所述组合物或所述多种组合物中的一种包括表达与CD19结合的CAR的T细胞；以及用于施用所述细胞疗法的说明书，其中所述说明书规定根据任何所提供的方法施用所述T细胞组合物。
附图说明
图1A示出在以DL1(5x107个CAR表达T细胞)或DL2(1x108个CAR表达T细胞)施用了抗CD19 CAR+ T细胞的患有R/R CLL的受试者(N＝22)中最佳总体反应的结果。PD，疾病进展；SD，疾病稳定；PR，部分反应；nPR，结节部分反应；CR，完全反应；CRi，伴不完全骨髓恢复的完全反应。图1B示出在向患有R/R CLL的受试者以DL1(5x107个CAR表达T细胞)或DL2(1x108个CAR表达T细胞)施用抗CD19 CAR表达T细胞后的任何时间点，通过流式细胞术得出的在血液中或通过下一代测序(NGS)得出的在骨髓中的不可检测的微小残留病(uMRD)的结果。
图2示出在以DL1(5x107个CAR表达T细胞)或DL2(1x108个CAR表达T细胞)施用了抗CD19 CAR+ T细胞的患有R/R CLL的受试者(N＝22)中反应持续时间随时间推移的游泳图。b检测深度＝10-4
图3示出在以DL1(5x107个CAR表达T细胞)或DL2(1x108个CAR表达T细胞)施用了抗CD19 CAR+ T细胞的患有R/R CLL的受试者中根据剂量水平随时间推移的中值细胞/μl的图。上误差棒代表第三四分位数；下误差棒代表第一四分位数。在第1天给予抗CD19 CAR+ T细胞的剂量。a上误差棒代表第三四分位数；下误差棒代表第一四分位数。
图4A示出在患有R/R CLL的受试者(N＝22)或已经对于用布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂(BTKi)和维奈妥拉二者的先前治疗经历失败的受试者(N＝9)中的最佳总体反应的结果。图4B示出在患有R/R CLL的受试者(N＝20)或已经对于用BTKi和维奈妥拉二者的先前治疗经历失败的受试者(N＝8)中施用后的任何时间点，通过流式细胞术得出的在血液中或通过下一代测序(NGS)得出的在骨髓中的不可检测的微小残留病(uMRD)的结果。a反应可评价，定义为具有治疗前评估和≥1基线后评估；MRD可评价，定义为在基线处具有可检测MRD的患者。对一名受试者无法评价反应。b维奈妥拉失败，定义为因在疗法≥3个月后PD或<PR而中止。c对两名受试者无法评价MRD。d对一名受试者无法评价MRD。CI，置信区间；CRi，伴不完全血细胞计数恢复的完全反应；NGS，下一代测序；nPR，结节部分反应；PD，疾病进展；PR，部分反应；SD，疾病稳定；uMRD，不可检测的微小残留病。
图5示出在患有R/R CLL的已经对于用BTKi和维奈妥拉二者的先前治疗经历失败的个体受试者中以及其他治疗的受试者中反应持续时间随时间推移的游泳图。*MRD不可评价。有7人在研究中死亡的案例：5名受试者死于疾病进展；1名受试者具有与CAR+ T细胞疗法治疗无关的5级呼吸衰竭(DL1)；1名受试者具有与CAR+ T细胞疗法治疗无关的脓毒症休克、急性肾损伤和肺炎(DL2)。在最初30天内没有发生死亡。ND，未进行；RT，里希特转化。
图6示出在可评价的经治疗受试者和已经对于用BTKi和维奈妥拉二者的先前治疗经历失败的受试者中根据剂量水平随时间推移的中值细胞/μL的图。上误差棒代表第三四分位数。下误差棒代表第一四分位数。在第1天给予CAR+ T细胞疗法。
图7A示出在没有发生神经学事件(N＝Gr0)的受试者或具有1-5级神经毒性(Y＝Gr1-5)的受试者中的血液肿瘤负荷(如通过淋巴细胞计数(1000/μL)测量)和淋巴结肿瘤负荷(如通过观察到的最大淋巴结直径(cm)测量)(血液p＝0.018；淋巴结p＝0.043)。具有重度神经毒性(3级或更高分级)的受试者以实心圆圈示出。图7B示出在没有发生神经学事件(Gr0)的受试者或具有1-4级神经毒性(Gr1-4；没有5级NE)的受试者中的淋巴结肿瘤负荷(如通过直径乘积之和(SPD)测量)(p＝0.025)。a没有5级NE。图7C示出在没有发生神经学事件的受试者(空心圆圈)、具有1级或2级神经学事件的受试者(空心方块)和具有重度(3级或更高分级)神经学事件的受试者(Y，填充菱形)中血液与淋巴结肿瘤负荷之间的关系。框中的区域指示5名具有重度(3级或更高分级)神经学事件的受试者中有5名展现出低血液肿瘤负荷。图7D示出在没有发生神经学事件(N＝Gr0)的受试者或具有1-5级神经毒性(Y＝Gr1-5)的受试者中血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率。(P＝0.005)。具有重度神经毒性(3级或更高分级)的受试者以实心圆圈示出。
图8示出在没有展现出神经学事件(Ntx Gr＝0)或展现出1级或更高分级的神经学事件(Ntx Gr>0)的受试者组中，在施用CAR+ T细胞之前以及在施用CAR+ T细胞之后30天内的各个时间点TNF和IL-16的几何平均(+/-SEM)浓度。
图9A示出在没有展现出神经学事件(Gr 0)或分别针对IL-16(Gr 1-4；p＝0.0001)和TNF(Gr 1-4；p＝0.0028)展现出1级或更高分级的神经学事件的受试者组中，从受试者获得的样品中的IL-16和TNF的水平。a没有观察到5级NE。图9B示出在没有展现出神经学事件(Gr 0NE；空心圆圈)、展现出1或2级神经学事件(Gr 1-2NE；空心方块)或者3或4级神经学事件(Gr 3-4NE；填充菱形)的受试者组中，在施用CAR+ T细胞之后两天血液中IL-16和TNF的水平与淋巴结肿瘤负荷(如通过直径乘积之和(SPD)测量)之间的关系。图9C示出在没有展现出神经学事件(Gr 0NE；空心圆圈)、展现出1或2级神经学事件(Gr 1-2NE；空心方块)或者3或4级神经学事件(Gr 3-4NE；填充菱形)的受试者组中，在施用CAR+ T细胞之后两天血液中IL-16和TNF的水平与淋巴结肿瘤负荷(如通过观察到的最大淋巴结直径(cm)测量)之间的关系。
图10A-图10B示出在施用CAR+ T细胞之后3个月时的反应者(M3 R；在施用之后3个月时实现CR、CRi、PR或nPR的受试者)以及在3个月时的无反应者(M3 NR；在施用之后3个月时或之前展现出SD或PD的受试者)中，在紧临施用CAR+ T细胞之前获得的来自受试者的样品中以pg/mL测量的血管内皮生长因子C(VEGFC；图10A)和血管内皮生长因子受体1(VEGFR1；图10B)的水平。
图11A示出在3个月时的反应者(M3 R；在施用后3个月时实现CR、CRi、PR或nPR的受试者)以及在3个月时的无反应者(M3 NR；在施用后3个月时或之前展现出SD或PD的受试者)中，评价的在输注后第1天直到第3个月的平均CD3+CAR+ T细胞浓度(以细胞/μL测量)。图11B示出对接受单独的CAR+ T细胞(仅CAR T细胞)的受试者和接受CAR+ T细胞和依鲁替尼的组合(CAR T细胞和依鲁替尼)的受试者评价平均CD3CAR+ T细胞浓度，在输注后第1天直到第3个月评价。
图12示出在施用抗CD19 CAR+ T细胞之后第30天或3个月时，一致和不一致MRD状态的数量以及在通过基于NGS的测定(以10-4的灵敏度)测量的骨髓(BM)微小残留病(MRD)状态与通过流式细胞术(以10-4的灵敏度)测量的外周血(PB)MRD状态之间的总体一致性。
具体实施方式
本文提供了在作为细胞疗法候选者和/或已被施用细胞疗法的受试者中，确定发生与细胞疗法相关的毒性的风险的方法和确定对细胞疗法的反应的可能性的方法。在一些方面，所述方法涉及评估与受试者的疾病或障碍相关的一个或多个参数，如与受试者的肿瘤负荷相关的参数。在一些方面，所述方法涉及评估生物标记或分析物(例如，血液分析物，包括细胞因子和生长因子以及受体)的水平、浓度和/或量。在一些方面，所述参数、生物标记或分析物与可与细胞疗法相关的毒性(如神经毒性)相关，与所述毒性相关联或指示所述毒性。在一些方面，所述参数、生物标记或分析物与受试者对细胞疗法的反应(例如，客观反应、部分反应和/或完全反应)相关，与所述反应相关联或指示所述反应。在一些情况下，如下使用所述方法：结合细胞疗法、在细胞疗法的背景下、或作为细胞疗法的一部分，所述细胞疗法例如涉及施用工程化细胞(如表达重组受体如嵌合抗原受体(CAR)的工程化T细胞)的细胞疗法；并且在一些情况下结合施用另外的药剂、在施用另外的药剂的背景下、或作为施用另外的药剂的一部分。
在一些实施方案中，所提供的方法和用途在一些方面涉及工程化细胞(例如，T细胞)和/或其组合物用于治疗患有疾病或病症的受试者的用途，所述疾病或病症通常是或包括癌症或肿瘤，如白血病或淋巴瘤，最特别是慢性淋巴细胞白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)。在一些方面，如与某些替代性方法相比，例如，在所治疗受试者的特定组中，所述方法和用途提供或实现改善的反应和/或更持久的反应或功效和/或降低的毒性或其他副作用的风险。在一些实施方案中，所述方法由于以下是有利的：在施用CAR+ T细胞后能够确定毒性(例如，神经毒性)风险和/或受试者对细胞疗法的反应的可能性。在其他方面，所述方法还可以包括细胞疗法，所述细胞疗法涉及施用指定数量或相对数量的工程化细胞，施用限定比率的特定类型的细胞，治疗特定患者群体(如具有特定风险概况、分期和/或先前治疗史的那些)，和/或其组合。
在一些方面，提供了包括评估可能与毒性的发生相关联的特定参数(例如，肿瘤负荷测量、和/或特定生物标记或分析物的表达)的方法，以及用于治疗(例如，干预疗法)以预防和/或改善毒性的方法。还提供了涉及评估可能与结局相关联的特定参数(例如，肿瘤负荷测量、肿瘤负荷测量的比率、和/或特定生物标记或分析物的表达)的方法，所述结局如治疗结局，包括反应，如客观反应(OR)、完全反应(CR)或部分反应(PR)；或安全性结局，如在施用细胞疗法后毒性(例如，神经毒性)的发生。还提供了基于对所述参数(如肿瘤负荷测量、肿瘤负荷测量的比率、和/或生物标记或分析物的表达)的评估来评估反应的可能性和/或毒性风险的可能性的方法。还提供了用于细胞疗法中的组合物。还提供了例如用于本文所提供方法中的制品和试剂盒。在一些实施方案中，所述制品和试剂盒任选地含有根据本文所提供方法使用的说明书。
特定地，所提供的实施方案包括评估在患有CLL或SLL的受试者中发生毒性的风险和/或对细胞疗法的反应的可能性的方法。在一些方面，CLL被认为是不可治愈的疾病，并且受试者最终复发或变得对于可用疗法或治疗是难治的。在任何实施方案的一些中，所述受试者患有高风险疾病。在所提供方法的一些实施方案中，所述受试者患有高风险CLL或SLL。在一些情况下，对于高风险和极高风险受试者的现有治疗策略可以包括氟达拉滨、环磷酰胺和利妥昔单抗(FCR)、布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)抑制剂(例如依鲁替尼)、和/或同种异体干细胞移植。(Puiggros等人,BioMed Research International,2014卷(2014),文章ID435983)。许多现有疗法包括口服靶向药，其对于一些患有CLL的患者具有改善的治疗结局。尽管如此，但一些患者显示对于疗法不耐受或有耐药性，和/或不能实现伴不可检测的MRD(uMRD)的完全反应。在一些方面，在用可用疗法治疗之后具有疾病进展的受试者具有不良结局。例如，在一些方面，针对CLL治疗的受试者展现出不良长期结局。例如，在一些情况下，在依鲁替尼中止之后难治性(R/R)高风险CLL受试者展现出不良存活率(Jain等人(2015)Blood 125(13):2062-2067)。需要改进的治疗CLL的方法，并且在一些方面，需要改进的适合于治疗高和/或极高风险CLL和/或已经复发或变得对于多种先前疗法是难治的受试者的方法。
在一些方面，过继细胞疗法(包括涉及施用表达对目的疾病或障碍具特异性的嵌合受体(如嵌合抗原受体(CAR)和/或其他重组抗原受体)的细胞的那些过继细胞疗法，以及其他过继免疫细胞和过继T细胞疗法)可以用于治疗癌症(如B细胞恶性肿瘤)以及其他疾病和障碍。在某些情况下，过继细胞疗法的可行途径可能并不总是完全令人满意。在一些背景下，最佳功效可以取决于所施用的细胞的以下能力：识别并结合至靶标(例如，靶抗原)，运输、定位至并成功进入受试者、肿瘤和其环境内的适当部位，被激活，扩增，发挥各种效应子功能(包括细胞毒性杀伤和分泌各种因子(如细胞因子))，持续(包括长期)存在，分化、转变或参与重编程为某些表型状态(如效应子、长期记忆、较低分化和效应子状态)，在清除和再暴露于靶配体或抗原后提供有效且稳健的回忆反应，以及避免或减少耗竭、无反应性、终末分化和/或分化为抑制状态。
在一些方面，所提供的实施方案是基于以下观察结果：过继细胞疗法的功效可能受到被施用此类细胞的受试者中的毒性(如神经毒性)发生的限制，并且所述特定参数和/或生物标记可以与毒性的发生相关联，与毒性的发生相关和/或预测毒性的发生。在任何实施方案的一些中，此类发现可用于确定在施用细胞疗法之后(例如，在施用细胞疗法之后的早期时间点)或甚至在施用细胞疗法之前特定受试者的毒性风险。在一些情况下，毒性(如神经毒性)可能是重度的。例如，在一些情况下，施用一定剂量的表达重组受体(例如CAR)的细胞可导致毒性或毒性风险，如神经毒性，在一些情况下包括重度神经毒性。在一些情况下，虽然较高剂量的此类细胞可以增加治疗的功效(例如，通过增加对细胞的暴露，例如通过促进扩增和/或持久性)，但是它们也可能导致甚至更高的发生毒性或更严重毒性的风险。而且，在一些情况下，具有较高疾病负荷(如较高的淋巴结肿瘤负荷)的受试者也可能具有更高的发生毒性或更严重毒性的风险。
用于治疗或改善毒性(如可能与细胞疗法有关的毒性，例如神经毒性)的某些可用方法可能并不总是完全令人满意的。许多此类途径集中于例如靶向毒性的下游效应(如通过细胞因子阻断)，和/或递送药剂如高剂量类固醇，所述药剂也可能消除或损害所施用的细胞的功能。另外，此类方法通常仅在检测到毒性的体征或症状时才涉及施用此类干预，在一些情况下，所述毒性的体征或症状可能在受试者中产生重度毒性时出现。这些其他途径中的许多也不防止可能与过继细胞疗法相关的其他形式的毒性，如神经毒性。在一些情况下，仅在受试者出现毒性的体征或症状后才施用此类疗法。在一些情况下，这是在此类症状为重度的时候，并且因此可能需要甚至更严厉或更极端的治疗(例如更高的剂量或增加的施用频率)来改善或治疗所述毒性。还需要改进的治疗CLL的方法，并且在一些方面，还需要改进的通过以下方式降低毒性(例如，神经毒性)风险的方法：早期(例如，在施用之前，或在施用之后的早期时间点)确定毒性风险并采取措施减轻或消除潜在毒性。
某些替代性途径的使用不会为此类问题提供满意的解决方案。例如，如下的方法可能不令人满意：其中与施用细胞并行、或在施用细胞之后但在体征或症状或者重度体征或症状发生之前(至少没有出现适当的风险评估水平)的时间窗内施用用于改善毒性的药剂。例如，并非施用细胞疗法的所有受试者都将会或确实会发生毒性结局，或者会发生需要干预的这种毒性结局。因此，在一些背景下，此类替代方案将涉及不必要地治疗可能不需要这种治疗的某些受试者。另外，在一些情况下，此类药剂和疗法(例如类固醇)它们本身与毒性副作用相关。在较高剂量或频率(其中需要施用所述药剂或疗法或用所述药剂或疗法治疗以便治疗或改善可能由细胞疗法引起的毒性的严重性)下，此类副作用可能甚至更大。此外，在一些情况下，用于治疗毒性的药剂或疗法可能限制细胞疗法的功效，如作为细胞疗法的一部分提供的在细胞上表达的嵌合受体(例如CAR)的功效(Sentman(2013)Immunotherapy,5:10)。
所提供的方法相对于解决、预测和治疗或预防毒性结局风险的可用方法和替代解决方案具有优势。特定地，在一些实施方案中，所提供的方法导致仅鉴定被预测为有发生毒性(如与细胞疗法有关的毒性)的风险或高于发生毒性(如与细胞疗法有关的毒性)的特定阈值风险水平的那些受试者。因此，在一些实施方案中，所提供的方法允许仅在更可能发生毒性的受试者子集中对毒性结局进行干预。在许多情况下，这避免了在所有将被施用细胞疗法的受试者中治疗毒性，如果许多受试者将永远不会发生毒性和/或可导致不希望的作用，则如上所述可能不需要这种治疗。
在一些方面，所提供的实施方案还提供与以下特征相关的优点：可以在早期如在施用之前、在施用或开始治疗(如细胞疗法)之后不久、或在施用或开始第一剂量的细胞疗法之后预测发生毒性如神经毒性(例如，重度神经毒性)的风险和/或反应的可能性。因此，在一些情况下，那些被预测为有发生毒性(例如，神经毒性，如重度神经毒性)的风险和/或更可能有发生所述毒性的风险的受试者可以在早期，并且通常在毒性(例如，重度神经毒性)体征或症状发生(其原本导致干预性治疗)之前接受干预。在一些情况下，早期干预毒性结局的治疗或毒性结局的可能性的能力可能意味着可以给予降低的剂量的用于治疗或改善毒性的药剂和/或可以给予降低的施用频率的这种药剂或疗法。
在一些实施方案中，所提供的方法是基于以下观察结果：在后期发生毒性的受试者中、在治疗之前获得的样品中或在施用过继细胞疗法之后早期获得的样品中，某些参数、生物标记或分析物(如某些细胞因子生物标记)是不同的。在其他方面，所提供的方法还基于以下观察结果：在施用过继细胞疗法之后，在后期实现反应(如持久反应)的受试者中的某些参数、生物标记或分析物是不同的。因此，如本文所述的此类生物标记可用于用以鉴定可能或更可能发生针对细胞疗法的毒性和/或不可能反应的受试者的预测方法中，使得可以在治疗之前选择受试者和有效剂量和/或可以在治疗期间在早期进行对治疗的修改(例如，另外的治疗剂和/或监测中的变化)。在一些情况下，如本文所述的此类生物标记可用于用以鉴定可能或更可能发生针对细胞疗法的毒性的受试者的预测方法中，使得可以在治疗之前选择受试者和有效剂量和/或可以在治疗期间在早期进行对治疗的修改(例如，另外的治疗剂和/或监测中的变化)。在一些情况下，如本文所述的此类生物标记可用于用以鉴定可能或更可能对治疗有反应的受试者的预测方法中，使得可以在治疗之前选择受试者和有效剂量和/或可以在治疗期间在早期进行对治疗的修改(例如，另外的治疗剂和/或监测中的变化)。此类方法可以为早期干预提供合理的策略，从而促进过继细胞疗法(如CAR-T细胞疗法)的安全有效的临床应用。
在一些实施方案中，所提供的方法和用途可以在用细胞疗法治疗的方法的背景下使用，所述用细胞疗法治疗的方法包括向被选择或鉴定为具有一定的CLL预后或风险的受试者施用工程化细胞。慢性淋巴细胞白血病(CLL)通常是一种可变的疾病。一些患有CLL的受试者可以在不进行治疗的情况下存活，而其他受试者可能需要立即干预。在一些情况下，可以将患有CLL的受试者分类为可以告知疾病预后和/或推荐的治疗策略的组。在一些情况下，这些组可能是“低风险”、“中度风险”、“高风险”和/或“极高风险”，并且可以根据多种因素将患者如此分类，所述因素包括但不限于遗传异常和/或形态或身体特征。在一些实施方案中，基于CLL的风险对根据所述方法治疗的受试者进行分类或鉴定。在一些实施方案中，所述受试者是具有高风险CLL的受试者。在一些实施方案中，如与某些替代方法相比，所提供的方法和用途还可以提供或实现如在所治疗的特定受试者组(如患有白血病如CLL或SLL的患者)中改善的反应或功效。
此外，还提供了可用于预测或评估特定受试者对细胞疗法的反应的可能性的方法。在某些方面，确定受试者在细胞疗法后达到特定结局或状态(如特定治疗结局，包括反应结局或毒性结局)的可能性可以是以下方面的因素：鉴定和选择用于治疗的受试者(如通过基于确定受试者将实现对细胞疗法的反应的可能性的结果来选择可能对治疗有反应的受试者)，和/或修改治疗方案，选择用于用另外的治疗剂治疗的受试者，或鉴定用于施用的适当剂量。在一些实施方案中，所述方法由于以下是有利的：在治疗之前或在开始治疗之后不久确定这种结局或状态，使得改进对治疗的反应而不会增加毒性的风险。
在一些实施方案中，所述方法还包括向受试者施用另外的治疗剂，如用于改善毒性的药剂和/或其他另外的治疗剂，如激酶抑制剂。
本申请中提及的所有出版物(包括专利文献、科学文章和数据库)出于所有目的通过引用以其整体并入，在程度上如同每个单独的出版物通过引用单独并入。如果本文所述的定义与通过引用并入本文的专利、申请、公开的申请和其他出版物中所述的定义相反或在其他方面不一致，则本文所述的定义优先于通过引用并入本文的定义。
本文使用的章节标题仅用于组织目的，而不应解释为限制所描述的主题。I.评估参数和生物标记以及鉴定或选择用于用细胞疗法治疗的受试者的方法
所提供的方法和用途包括评估在受试者中发生与细胞疗法相关的毒性的风险的方法，所述方法涉及评估或检测与毒性(例如，神经毒性，如重度神经毒性)相关的生物标记(例如，分析物)或参数。所提供的方法还包括评估受试者对细胞疗法的反应的可能性的方法，所述方法涉及评估或检测与反应结局(如客观反应(OR)，包括完全反应(CR)、伴不完全骨髓恢复的CR(CRi)、结节部分缓解(nPR)、部分反应(PR))相关的生物标记(例如，分析物)或参数。
在任何实施方案的一些中，所述方法涉及评估一个或多个疾病负荷参数，如淋巴结肿瘤负荷、血液肿瘤负荷、和血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率。在任何实施方案的一些中，所述方法涉及评估淋巴结肿瘤负荷。在任何实施方案的一些中，所述方法涉及评估血液肿瘤负荷。在任何实施方案的一些中，所述方法涉及评估血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率。在任何实施方案的一些中，所述方法涉及评估一种或多种生物标记或分析物(如白介素16(IL-16)、肿瘤坏死因子(TNF)、血管内皮生长因子C(VEGFC)或血管内皮生长因子受体1(VEGFR1))的水平、浓度或量。在任何实施方案的一些中，所述方法涉及评估白介素16(IL-16)的水平、浓度或量。在任何实施方案的一些中，所述方法涉及评估肿瘤坏死因子(TNF)的水平、浓度或量。在任何实施方案的一些中，所述方法涉及评估血管内皮生长因子C(VEGFC)的水平、浓度或量。在任何实施方案的一些中，所述方法涉及评估血管内皮生长因子受体1(VEGFR1)的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述方法涉及将参数的值或者生物标记或分析物的水平、浓度或量与该特定参数、生物标记或分析物的阈值进行比较。在一些实施方案中，所述比较可用于确定毒性风险和/或对细胞疗法的反应的可能性。
在一些实施方案中，所述细胞疗法包括一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包括表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞。在一些实施方案中，所述参数、生物标记或分析物是从患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的受试者或从所述受试者获得的样品中评估的。在一些实施方案中，所述受试者是用细胞疗法治疗的候选者，和/或已经接受了用细胞疗法的治疗。在一些实施方案中，所提供的方法可用于鉴定或选择具有发生毒性的风险和/或可能对细胞疗法有反应的受试者；和/或选择用于特定治疗(如用另外的治疗剂，例如用以改善任何毒性的药剂或治疗)的受试者。
在一些方面，所述方法还涉及基于根据所提供的实施方案，例如通过评估参数或生物标记和/或将所述参数或生物标记与所述特定参数或生物标记的参考值或阈值水平相比较而确定的毒性风险，进一步监测受试者可能的毒性症状。在一些方面，所述方法还涉及基于根据所提供的实施方案，例如通过评估参数或生物标记和/或将所述参数或生物标记与所述特定参数或生物标记的参考值或阈值水平相比较而确定的反应可能性，进一步监测受试者可能的反应。
在一些实施方案中，所述方法涉及评估或检测一个或一组生物标记(例如，分析物)的存在或不存在和/或与一个或一组生物标记(例如，分析物)相关的参数(例如，浓度、量、水平或活性)。在一些情况下，所述方法可以包括将所述一个或多个参数与特定参考值如阈值水平比较，所述参数例如与发生毒性(例如，神经毒性)的风险相关的那些或与特定反应(如OR、CR、ORR、CRi、PR、nPR、SD或PD，和/或持久反应，如在初始反应后在3个月、6个月、9个月、12个月或更长时间内持久的反应)相关的那些。
在一些实施方案中，所述方法还涉及基于对生物标记的存在或不存在的评估和/或生物标记与所述生物标记的参考值或阈值水平的比较来选择受试者用于用细胞疗法治疗。
在一些实施方案中，所评估的参数是或包括患者和/或疾病或病症的属性、因素、特征，和/或生物标记的表达。在一些实施方案中，参数是或包括指示患者的状态和/或患者的疾病或病症的一个或多个因素。在一些实施方案中，所述参数指示肿瘤负荷。在一些实施方案中，所述参数指示特定器官或组织中的肿瘤负荷，如淋巴结肿瘤负荷或血液肿瘤负荷。在一些实施方案中，所述参数是或包括患者和/或疾病或病症的属性、因素、特征。在一些实施方案中，所述参数是与肿瘤负荷相关的参数，例如，肿瘤负荷的测量值。
在一些方面，可以获得来自受试者的生物样品(例如，血液样品或组织样品)用于检测生物标记(例如，分析物)的存在或不存在，如用于检测或测量生物标记的参数(例如浓度、量、水平或活性)和/或评估生物标记的存在，用于特定结局和/或毒性的分析、关联和/或检测。在一些实施方案中，可以从在施用细胞疗法之前或之后来自受试者的生物样品(例如，血液)评估某些与生物标记相关的生理学或生物学参数(包括生物标记的表达)和/或临床和实验室参数。在一些实施方案中，可以从在施用细胞疗法之前(治疗前)来自受试者的生物样品(例如，血液)评估生物标记或分析物的表达和/或临床和实验室参数。在一些实施方案中，可以从在施用细胞疗法之后(治疗后)来自受试者的生物样品(例如，血液)评估生物标记或分析物的表达和/或临床和实验室参数。在一些实施方案中，可以在施用细胞疗法之前或之后的一个或多个时间点评估生物标记(例如，分析物)的浓度、量、水平或活性和/或临床和实验室参数。在一些实施方案中，还可以确定在指定时间段期间生物标记(例如，分析物)的峰值浓度、量、水平或活性和/或临床和实验室参数。
在一些实施方案中，生物标记或分析物是由生物样品(包括细胞)或在所述生物样品中表达的可客观测量的特征或分子，可以指示特定状态或现象(如生物过程、治疗结局、细胞表型或疾病状态)或与所述特定状态或现象相关。在一些方面，可以测量或检测生物标记或分析物或与生物标记或分析物相关的参数。例如，可以检测生物标记或分析物的表达的存在或不存在。在一些方面，可以测量或检测生物标记或分析物的参数，如浓度、量、水平或活性。在一些实施方案中，生物标记的存在、不存在、表达、浓度、量、水平和/或活性可与受试者的特定状态(如特定治疗结局或状态)相关，与所述特定状态相关联，指示所述特定状态和/或预测所述特定状态。在一些方面，生物标记或分析物(如本文所述的任一种)的存在、不存在、表达、浓度、量、水平和/或活性可以用于评估特定结局或状态(如特定治疗结局，包括反应结局或毒性结局)的可能性。在一些实施方案中，示例性生物标记包括细胞因子、细胞表面分子、趋化因子、受体、可溶受体、可溶血清蛋白和/或降解产物。在一些实施方案中，生物标记或分析物还可以包括患者和/或疾病或病症的特定属性、因素、特征，或指示患者的状态和/或患者的疾病或病症的因素(包括疾病负荷)和/或临床或实验室参数。在一些方面，生物标记是细胞因子。在一些方面，生物标记是趋化因子。在一些方面，生物标记是生长因子。在一些方面，生物标记是受体。在一些方面，生物标记是可溶性受体。
在一些实施方案中，生物标记可以单独使用或与其他生物标记组合使用，例如以生物标记组来使用。在一些实施方案中，可以将特定生物标记的表达与特定结局或毒性(例如，神经毒性的发生)相关联。在一些实施方案中，特定生物标记的表达可以与如以下的特定结局或反应相关联：客观反应(OR)、完全反应(CR)、伴不完全骨髓恢复的CR(CRi)、结节部分缓解(nPR)或部分反应(PR)。
在一些实施方案中，所述方法包括检测如以下的一种或多种生物标记的存在或不存在：与一种或多种生物标记相关的参数(例如，浓度、量、水平或活性)，其中所述一种或多种生物标记选自白介素16(IL-16)、肿瘤坏死因子(TNF)、血管内皮生长因子C(VEGFC)或血管内皮生长因子受体1(VEGFR1)。
在一些实施方案中，从生物样品评估所述参数和/或一种或多种生物标记(例如，分析物)的存在或不存在和/或参数。在一些方面，生物样品是体液或组织。在一些此类实施方案中，生物样品(例如，体液)是或含有全血、血清或血浆。
在一些实施方案中，在施用细胞疗法之前(例如，输注前)评估所述参数和/或一种或多种生物标记(例如，分析物)的存在或不存在和/或参数，例如，在开始施用工程化细胞之前多达2天、多达7天、多达14天、多达21天、多达28天、多达35天或多达40天获得。在一些实施方案中，生物样品是在施用细胞疗法之前(例如，输注前)从受试者获得，例如，在开始施用工程化细胞之前多达2天、多达7天、多达14天、多达21天、多达28天、多达35天或多达40天获得。
在一些实施方案中，生物样品是血液、血清或血浆样品。在一些实施方案中，生物样品是血液样品。在一些实施方案中，生物样品是单采术或白细胞单采术样品。在一些实施方案中，评估所述参数和/或一种或多种生物标记(例如，分析物)的存在或不存在和/或参数，或者生物样品是在施用细胞疗法之后获得。在一些实施方案中，试剂可以在施用细胞疗法之前或施用细胞疗法之后用于诊断目的，以鉴定受试者和/或评估治疗结局和/或毒性。
在一些实施方案中，评估所述参数和/或一种或多种生物标记(例如分析物)的存在或不存在和/或参数，和/或在开始施用基因工程化细胞之后为或约1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天或15天内的时间从受试者获得样品。在任何此类实施方案的一些中，评估所述参数和/或一种或多种生物标记(例如分析物)的存在或不存在和/或参数，和/或在开始施用基因工程化细胞之后在或在约1天与15天、1天与12天、1天与8天、1天与5天、1天与3天或1天与2天之间(每个都包含端值)的时间从受试者获得样品。
在一些实施方案中，测量一种或多种生物标记的值包括进行体外测定。在一些方面，体外测定是免疫测定、基于适体的测定、组织学或细胞学测定或mRNA表达水平测定。在一些实施方案中，通过以下方式测量一种或多种生物标记的值：酶联免疫吸附测定(ELISA)、免疫印迹、免疫沉淀、放射免疫测定(RIA)、免疫染色、流式细胞术测定、表面等离子体共振(SPR)、化学发光测定、侧流免疫测定、抑制测定或亲合力测定。在一些情况下，一种或多种生物标记中至少一种的值是使用与至少一种生物标记特异性结合的结合试剂来确定。在一些方面，所述结合试剂是抗体或其抗原结合片段、适体或核酸探针。
在一些实施方案中，测量一种或多种生物标记(例如，分析物)的值包括使能够直接或间接检测分析物的试剂与生物样品接触，以及确定所述生物样品中所述分析物的存在或不存在、水平、量或浓度。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标记(例如分析物)是白介素-16(IL-16)、肿瘤坏死因子(TNF)、血管内皮生长因子C(VEGFC)或血管内皮生长因子受体1(VEGFR1)。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标记(例如，分析物)是或包括TNF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标记(例如分析物)是或包括IL-16。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标记(例如，分析物)是或包括VEGFC。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标记(例如分析物)是或包括VEGFR1。
在一些实施方案中，使用一种或多种能够检测参数或对所述参数具有特异性的试剂检测参数，例如生物标记和/或分析物。
在一些实施方案中，测量一个或多个参数(例如，生物标记)的值包括使能够直接或间接检测分析物的试剂与生物样品接触并确定所述分析物在所述生物样品中的存在或不存在、水平、量或浓度。在一些实施方案中，所述一种或多种参数，例如生物标记，是或包括IL-16、TNF、VEGFC或VEGFR1中的一种或多种。在一些方面，所述试剂是特异性结合至生物标记的结合分子。例如，在一些实施方案中，所述试剂是抗体或其抗原结合片段。在一些实施方案中，所述试剂是或包括生物标记的底物或结合配偶体。
在一些实施方案中，使用免疫测定评估参数和/或生物标记。例如，可以使用酶联免疫吸附测定(ELISA)、酶免疫测定(EIA)、放射免疫测定(RIA)、表面等离子体共振(SPR)、蛋白质印迹、侧向流测定、免疫组织化学、蛋白质阵列或免疫PCR(iPCR)来检测患者属性、因素和/或生物标记。在一些实施方案中，ELISA是夹心ELISA。在一些实施方案中，ELISA是基于珠的ELISA。在一些实施方案中，使用制品包括检测指示肿瘤负荷的患者属性、因素和/或生物标记。在一些情况下，使用流式细胞术测定或评估患者属性、因素和/或生物标记。在一些情况下，所述试剂是可溶性蛋白质，其结合患者属性、因素和/或生物标记。在一些方面，用于评估参数和/或一种或多种生物标记的测定是免疫测定。在一些方面，用于评估参数和/或一种或多种生物标记的测定是多重免疫测定，例如，以用于确定多个(如多于一个)生物标记或分析物的参数，如水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述方法涉及将样品中分析物的水平、量或浓度单独地与阈值水平进行比较，由此确定在施用细胞疗法之后发生毒性的风险，或者由此确定受试者将实现对细胞疗法的反应的可能性。在一些方面，可以基于在接受细胞疗法之前从受试者组获得的生物样品中生物标记(例如分析物)的水平、量或浓度的平均值或中值以及在所述平均值或中值的范围或标准差内的值来确定示例性阈值水平，其中所述组中的每名受试者继续展现特定结局，如特定治疗结局，包括展现反应或不展现反应；或者发生毒性或不发生毒性。在一些实施方案中，确定阈值的特定方面包括下文在章节I.A.1和I.A.2中描述的那些。
A.与毒性结局相关的示例性生物标记、分析物或参数
在一些实施方案中，分析物或生物标记与已经施用细胞疗法(如使用含有基因工程化细胞的组合物)的受试者中的特定结局相关，与所述特定结局相关联，指示所述特定结局和/或预测所述特定结局，所述特定结局如毒性的发生。在一些实施方案中，在施用细胞疗法之前从受试者获得的生物样品中的一种或多种生物标记(例如分析物)的存在、表达、水平、量或浓度可与特定结局相关，与所述特定结局相关联，指示所述特定结局和/或预测所述特定结局，所述特定结局如毒性的发生，如本文(例如，章节II.D)中所述的任何毒性结局。在一些实施方案中，特定生物标记的存在、表达、水平、量或浓度可以与特定结局或毒性(例如，NT的发生)相关联。在一些实施方案中，所述毒性是可能与细胞疗法相关的毒性，如本文(例如，章节II.D)中所述的任一种。在一些实施方案中，所述毒性是神经毒性(NT；在一些情况下也称为神经学事件、神经病学事件或NE)。在一些实施方案中，所述毒性是任何分级的神经毒性，如1级或更高分级的神经毒性(NT)。在一些实施方案中，所述毒性是重度NT。在一些实施方案中，所述毒性是2级或更高分级的NT。在一些实施方案中，所述毒性是3级或更高分级的NT。在一些实施方案中，所述毒性是4级或5级NT。
在一些实施方案中，所述参数是与肿瘤负荷有关的参数，例如肿瘤负荷如淋巴结肿瘤负荷或血液肿瘤负荷的测量值。在一些实施方案中，所述参数是与肿瘤负荷有关的参数，例如，肿瘤负荷(如血液肿瘤负荷和淋巴结肿瘤负荷)的两个测量值的比率。在一些实施方案中，生物标记(例如分析物)(包括其参数)包括IL-16和TNF。
在一些实施方案中，所述方法涉及评估在施用细胞疗法之后发生毒性的风险。在一些实施方案中，所述方法涉及评估生物样品中一种或多种生物标记(例如分析物)的水平、量或浓度，其中所述生物样品来自作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法任选地包括表达重组受体(例如CAR)的基因工程化细胞的剂量或组合物；并且所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得和/或所述生物样品不包含所述重组受体和/或所述工程化细胞。在一些方面，所述方法涉及将所述样品中所述分析物的水平、量或浓度单独地与阈值水平进行比较，由此确定在施用所述细胞疗法之后发生毒性的风险。在一些方面，所述比较可以用于确定在施用细胞疗法之后受试者的反应的可能性或发生毒性的风险。
在一些实施方案中，所述方法涉及评估在施用细胞疗法后受试者反应的可能性或发生毒性的风险。在一些实施方案中，所述方法涉及评估生物样品中一种或多种生物标记(例如分析物)的水平、量或浓度，其中所述生物样品是如在早期时间点，例如在CAR+ T细胞扩增峰值之前和/或在开始施用细胞疗法之后为或约15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1天内或由前述任何时间限定的范围内来自已接受细胞疗法的受试者，所述细胞疗法任选地包含表达重组受体(例如，CAR)的基因工程化细胞的剂量或组合物。在一些方面，所述方法涉及将所述样品中所述分析物的水平、量或浓度单独地与阈值水平进行比较，由此确定在施用所述细胞疗法之后发生毒性的风险。在一些方面，所述比较可以用于确定在施用细胞疗法之后受试者的反应的可能性或发生毒性的风险。在一些实施方案中，所述方法还涉及基于对生物标记的存在或不存在的评估和/或生物标记与所述生物标记的参考值或阈值水平的比较来选择受试者用于用细胞疗法(如特定剂量的细胞疗法，包括施用特定剂量的细胞疗法，如本文所述的那些)治疗。在一些实施方案中，所述方法还涉及基于对生物标记的存在或不存在的评估和/或生物标记与所述生物标记的参考值或阈值水平的比较来选择受试者用于用另一种药剂(如能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗)治疗。
在一些实施方案中，所述方法包括将样品中分析物的水平、量或浓度单独地与阈值水平进行比较，由此确定在施用细胞疗法之后发生毒性的风险。在一些实施方案中，所述方法包括基于通过将样品中分析物的水平、量或浓度单独地与阈值水平进行比较，鉴定具有在施用细胞疗法之后发生毒性的风险的受试者。在一些实施方案中，所述方法还包括在所述评估后或基于所述评估的结果，向受试者施用细胞疗法以及任选地能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗。在一些实施方案中，所述方法还涉及如果受试者被施用细胞疗法并且被鉴定为具有发生毒性的风险，则监测所述受试者的毒性症状。
在任何实施方案的一些中，所述阈值水平是在接受细胞疗法之前从受试者组评估的参数的中值或平均值或者从受试者组获得的生物样品中的中值或平均水平、量或浓度的25％内、20％内、15％内、10％内或5％内和/或一个标准差内，是为或约或超过所述中值或平均值或者所述中值或平均水平、量或浓度，其中在施用用于治疗所述CLL或所述SLL的一定剂量的表达CAR的工程化细胞之后所述组中的每名受试者没有展现出任何分级的神经毒性。在任何实施方案的一些中，所述阈值水平是在接受细胞疗法之前从受试者组评估的参数的中值或平均值或者从受试者组获得的生物样品中的中值或平均水平、量或浓度的1.25倍或大于1.25倍、1.3倍或大于1.3倍、1.4倍或大于1.4倍、或1.5倍或大于1.5倍，其中在施用用于治疗所述CLL或所述SLL的一定剂量的表达所述CAR的工程化细胞之后所述组中的每名受试者未展现出任何分级的神经毒性。在任何实施方案的一些中，所述阈值水平是从并非作为用所述细胞疗法治疗的候选者的正常或健康受试者组评估的参数或者从所述受试者组获得的生物样品中的水平、量或浓度的1.25倍或大于1.25倍、1.3倍或大于1.3倍、1.4倍或大于1.4倍、或1.5倍或大于1.5倍。
在一些实施方案中，高于阈值的参数或标记的测量值与增加大约2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍或更高的发生NT的风险相关。在一些实施方案中，低于阈值的参数或标记的测量值与降低大约2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍或更高的发生NT的风险相关。
在一些方面，所述方法还涉及基于根据所提供的实施方案，例如通过评估参数或生物标记和/或将所述参数或生物标记与所述特定参数或生物标记的参考值或阈值水平相比较而确定的毒性风险，进一步监测受试者可能的毒性症状。
在一些实施方案中，如果样品中生物标记(例如，分析物)的水平、量或浓度等于或高于分析物的阈值水平，则在开始将细胞疗法施用于受试者之前、在开始将细胞疗法施用于受试者的1、2或3天内、与开始将细胞疗法施用于受试者同时和/或在开始将细胞疗法施用于受试者后第一次发热时，将能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗施用于受试者。与所提供方法结合用于治疗、预防、延迟、降低或减弱发生毒性的风险的示例性药剂或干预描述于章节III中。
在一些情况下，如果样品中生物标记的水平、量或浓度等于或高于阈值水平，则将细胞疗法以降低的剂量或如下剂量施用于受试者：与施用细胞疗法后发生毒性或重度毒性的风险无关，或在大多数受试者和/或患有所述受试者患有或怀疑患有的疾病或病症的大多数受试者中与施用细胞疗法后发生毒性或重度毒性的风险无关。在一些情况下，如果样品中生物标记的水平、量或浓度等于或高于阈值水平，则在住院环境中和/或在入院一天或多天的情况下将细胞疗法施用于受试者，任选地其中原本要在门诊基础上或在没有入院一天或多天的情况下将细胞疗法施用于受试者。
在一些实施方案中，如果生物标记(例如，分析物)的水平、量或浓度低于分析物的阈值水平，则任选地以未降低的剂量将细胞疗法施用于受试者。在一些情况下，任选地在门诊基础上或在没有入院一天或多天的情况下施用细胞疗法。在一些实施方案中，如果分析物的水平、量或浓度低于阈值水平，则细胞疗法的施用不包括在施用细胞疗法之前或伴随施用细胞疗法和/或在发生除了发热以外的毒性的体征或症状之前施用能够治疗、预防、延迟或减弱毒性的发生的药剂或治疗；和/或要将或可以将细胞疗法的施用在门诊环境中和/或在不使受试者入院过夜或连续入院一或多天的情况下和/或在不使受试者入院一或多天的情况下施用于受试者。
在所提供方法的一些方面，通过将生物标记(例如，分析物)或单独地每种生物标记(例如，分析物)的参数(例如，浓度、量、水平或活性)与所述生物标记或每种生物标记的相应参数的参考值(如阈值水平)比较，确定受试者有发生毒性(例如，神经毒性，如重度神经毒性或3级或更高分级的神经毒性)的风险。在一些实施方案中，所述比较指示受试者有或没有发生毒性(例如神经毒性，如重度神经毒性或3级或更高分级的神经毒性)的风险，和/或指示发生所述毒性的风险程度。在一些实施方案中，所述参考值是阈值水平或截止值，在所述阈值水平或截止值下，存在预测这种毒性将发生或者可能单独或与组中的一种或多种生物标记组合发生的良好预测价值(例如，准确度、灵敏度和/或特异性)。在一些情况下，这个参考值(例如，阈值水平)可以是或者是在进行所述方法之前预定或已知的，如从先前用细胞疗法治疗并针对生物标记或单独地在组套中的每种生物标记的参数与毒性结局的存在(例如，神经毒性(如重度神经毒性或3级或更高分级的神经毒性)的存在)的相关进行了评估的多个受试者来预定或已知。
在一些实施方案中，高于或大于相应参数的参考值(例如，阈值水平)的生物标记(例如，TNF或IL-16)参数与毒性风险的阳性预测相关(单独或结合对组套中其他生物标记的评估)。在一些实施方案中，生物标记的等于或低于相应参数的参考值(例如，阈值水平)的参数与毒性风险的阴性预测相关(单独或结合对组中其他生物标记的评估)。
在一些实施方案中，阈值水平是基于对生物标记呈阳性的样品中生物标记(例如，分析物)的水平、量、浓度或其他量度来确定。在一些方面，阈值水平是在接受表达重组受体的治疗性细胞组合物之前从受试者组获得的生物样品中分析物或参数的平均水平、量或浓度或量度的25％内、20％内、15％内、10％内或5％内，和/或是在所述平均水平、量或浓度或量度的一个标准差内，其中所述组中的每名受试者在接受用于治疗相同疾病或病症的表达重组受体的治疗性细胞组合物后继续发生毒性(例如，神经毒性，如重度神经毒性或3级或更高分级的神经毒性)。
在任何所提供方法的一些实施方案中，所述生物标记(例如，分析物)与发生重度神经毒性(如重度神经毒性或3级或更高分级的神经毒性)的风险相关联，和/或预测所述风险。在一些实施方案中，阈值水平是在接受表达重组受体的治疗性细胞组合物之前从受试者组获得的生物样品中分析物或参数的平均水平、量或浓度或量度的25％内、20％内、15％内、10％内或5％内，和/或是在所述平均水平、量或浓度或量度的标准差内，其中在接受用于治疗相同疾病或病症的表达重组受体的治疗性细胞组合物后，所述组中的每名受试者继续发生重度神经毒性或3级或更高分级的神经毒性。
在一些实施方案中，包括体积肿瘤测量的参数与对细胞疗法的反应和/或发生毒性(例如，神经毒性(NT))的风险相关。
本文提供了治疗方法，所述方法涉及：(1)如果所述受试者具有等于或高于阈值水平的淋巴结肿瘤负荷和/或等于或高于阈值水平的TNF和/或IL-16的水平、量或浓度；和/或如果血液肿瘤负荷和/或血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率低于阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用细胞疗法后有发生神经毒性的风险，并且所述方法包括：(i)以减少的剂量向所述受试者施用细胞疗法；(ii)进一步向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗；和/或(iii)在或指定为在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下向所述受试者进行所述细胞疗法的施用；或者(2)如果所述受试者具有低于阈值水平的淋巴结肿瘤负荷和/或低于阈值水平的TNF和/或IL-16的水平、量或浓度；和/或如果血液肿瘤负荷和/或血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率等于或高于阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用细胞疗法后没有发生神经毒性的风险，并且所述方法包括：(i)不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出毒性体征或症状，任选地在所述受试者展现出持续发热或者在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热时或之后；和/或(ii)细胞疗法的施用和任何随访是在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行，任选地除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热；其中所述参数是从患有CLL或SLL的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者评估的，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述参数是在施用细胞疗法之前从所述受试者评估的和/或所述受试者不包含表达CAR的T细胞。
1.疾病负荷
在一些实施方案中，所述参数或因素是指示疾病负荷(如肿瘤负荷)的参数。在一些方面，指示肿瘤负荷的参数是肿瘤的体积量度。在一些方面，指示肿瘤负荷的参数是血液中的肿瘤负荷。在一些实施方案中，示例性参数包括血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率。
在一些实施方案中，所述体积量度是一个或多个病灶的量度，例如肿瘤大小、肿瘤直径、肿瘤体积、肿瘤质量、肿瘤负担或体积、肿瘤相关水肿、肿瘤相关坏死和/或转移的数量或范围。在一些实施方案中，是二维量度。例如，在一些实施方案中，将一个或多个病灶的面积计算为所有可测量肿瘤的最长直径与最长垂直直径的乘积。在一些情况下，是一维量度。在一些情况下，将可测量病灶的大小评估为最长直径。在一些实施方案中，测量直径乘积之和(SPD)、最长肿瘤直径(LD)、最长肿瘤直径之和(SLD)、坏死、肿瘤体积、坏死体积、坏死-肿瘤比率(NTR)、瘤周水肿(PTE)和水肿-肿瘤比率(ETR)。在一些方面，指示肿瘤负荷(如淋巴结肿瘤负荷)的参数是直径乘积之和(SPD)(测定为最长的总肿瘤直径和垂直于所述最长的总直径的最长直径)。
在一些实施方案中，指示肿瘤负荷的因素是血液中的肿瘤负荷，如每体积血液的淋巴细胞计数，如每微升(μL)血液的淋巴细胞计数。
用于测量和评估肿瘤负荷的示例性方法包括描述于例如以下文献中的那些：Carceller等人,Pediatr Blood Cancer.(2016)63(8):1400-1406和Eisenhauer等人,EurJ Cancer.(2009)45(2):228-247。在一些实施方案中，所述参数是通过确定所有可测量肿瘤的最大垂直直径的乘积之和来测量的直径乘积之和(SPD)。在CLL或SLL的情况下，可以针对淋巴结测量这样的参数。在一些方面，在一个维度上用最长直径(LD)和/或通过确定所有可测量病灶的最长肿瘤直径之和(SLD)来测量肿瘤或病灶。在CLL或SLL的情况下，可以针对淋巴结测量这样的参数。在一些实施方案中，指示肿瘤负荷的参数是肿瘤坏死的体积定量，例如坏死体积和/或坏死-肿瘤比(NTR)，参见Monsky等人，Anticancer Res.(2012)32(11):4951-4961。在一些方面，指示肿瘤负荷的参数是肿瘤相关水肿的体积定量，如瘤周水肿(PTE)和/或水肿-肿瘤比率(ETR)。在一些实施方案中，测量可以使用受试者的成像技术来进行，所述成像技术如计算断层成像(CT)、正电子发射断层成像(PET)和/或磁共振成像(MRI)。
在一些实施方案中，指示肿瘤负荷的参数是在筛选期间(如常规评估或抽血)确定的，以证实和/或鉴定受试者的病症或疾病。在一些实施方案中，指示肿瘤负荷的参数是在向受试者施用淋巴细胞清除疗法之前确定的。在一些实施方案中，所述参数是在向受试者施用淋巴细胞清除疗法之前从受试者评估的。
在CLL或SLL中，肿瘤细胞可以存在于宿主的各种器官或区室中，如血液、骨髓、淋巴结或脾脏中。存在肿瘤细胞的器官或区室会影响肿瘤细胞的存活和增殖，并且血液是肿瘤细胞至少的支持性微环境。在一些情况下，CLL或SLL肿瘤细胞在微环境中饥饿时会开始死亡。在次级淋巴器官(如淋巴结)内，肿瘤细胞与T细胞之间的相互作用可以支持CLL或SLL肿瘤细胞的生长，并且B细胞的激活对于将CLL或SLL肿瘤细胞保留在次级淋巴器官中很重要。在一些方面，特别是对于CLL和SLL，淋巴结中的肿瘤负荷可以是不同的量度，并且不一定与血液中的肿瘤负荷相关联。
在一些实施方案中，所述评估包括，如果：(a)淋巴结肿瘤负荷等于或高于淋巴结肿瘤负荷的阈值水平；(b)血液肿瘤负荷低于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或(c)血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率低于所述比率的阈值水平；则将所述受试者鉴定为在施用细胞疗法后有发生神经毒性的风险；或者(2)如果：(a)淋巴结肿瘤负荷低于肿瘤负荷的阈值水平；(b)血液肿瘤负荷等于或高于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或(c)血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率高于所述比率的阈值水平，则将受试者鉴定为在施用细胞疗法后没有发生神经毒性的风险。因此，在一些实施方案中，如果血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率高于阈值水平，则将受试者鉴定为在施用细胞疗法后没有发生神经毒性的风险。相反地，在一些实施方案中，如果血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率低于阈值水平，则将受试者鉴定为在施用细胞疗法后有发生神经毒性的风险。
本文还提供了确定施用细胞疗法之后发生毒性的风险的方法，所述方法涉及：在患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者中，评估选自淋巴结肿瘤负荷、血液肿瘤负荷、和血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的一个或多个疾病负荷参数，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述参数是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者评估的；以及将所述一个或多个参数的值单独地与相应参数的阈值水平进行比较，其中：(1)如果：(a)所述淋巴结肿瘤负荷等于或高于淋巴结肿瘤负荷的阈值水平；(b)所述血液肿瘤负荷低于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或(c)所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率低于所述比率的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后有发生神经毒性的风险；或者(2)如果：(a)所述淋巴结肿瘤负荷低于肿瘤负荷的阈值水平；(b)所述血液肿瘤负荷等于或高于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或(c)所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率高于所述比率的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后没有发生神经毒性的风险。
在任何所提供的实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括：(i)向所述受试者施用所述细胞疗法，任选地以减少的剂量施用，任选地其中：(a)所述方法进一步包括向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗；和/或(b)在或指定为在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下向所述受试者施用所述细胞疗法；或(ii)向所述受试者施用除所述细胞疗法之外的用于治疗所述CLL或SLL的替代治疗。
在任何所提供的实施方案的一些中，如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括：(i)向所述受试者施用所述细胞疗法，任选地其中：(a)不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出毒性的体征或症状，任选地在所述受试者展现出持续发热或者在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热时或之后；和/或(b)在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访，任选地除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。
本文还提供了选择用细胞疗法治疗的受试者的方法，其中所述方法包括：在患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者中，评估选自淋巴结肿瘤负荷、血液肿瘤负荷、和血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的一个或多个疾病负荷参数，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述参数是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者评估的；以及将所述一个或多个参数的值单独地与相应参数的阈值水平进行比较，其中：(1)如果(a)所述淋巴结肿瘤负荷等于或高于淋巴结肿瘤负荷的阈值水平；(b)所述血液肿瘤负荷低于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或(c)所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率低于所述比率的阈值水平，则选择所述受试者用于：(i)以减少的剂量施用所述细胞疗法；(ii)施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗；(iii)施用所述细胞疗法，所述细胞疗法的施用是在或指定为在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下进行的；和/或(iv)施用除所述细胞疗法之外的用于治疗所述CLL或SLL的替代治疗；或者(2)如果(a)所述淋巴结肿瘤负荷低于肿瘤负荷的阈值水平；(b)所述血液肿瘤负荷等于或高于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或(c)所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率高于所述比率的阈值水平，则选择所述受试者用于：(i)施用所述细胞疗法，任选地其中：(a)不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出毒性的体征或症状，任选地在所述受试者展现出持续发热或者在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热时或之后；和/或(b)在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访，任选地除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。
在任何所提供的实施方案的一些中，所述方法还包括向所述受试者施用所述细胞疗法，能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，和/或替代治疗。
在一些实施方案中，示例性参数包括血液肿瘤负荷。在一些实施方案中，所述评估包括确定所述受试者的血液中的淋巴细胞浓度。在一些实施方案中，所述浓度是每微升(μL)血液的淋巴细胞计数。在一些实施方案中，血液肿瘤负荷的阈值水平是在为或约800个淋巴细胞/μL与为或约3000个淋巴细胞/μL之间的值，包含端值。在一些实施方案中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约800个淋巴细胞/μL、900个淋巴细胞/μL、1000个淋巴细胞/μL、1250个淋巴细胞/μL、1500个淋巴细胞/μL、1750个淋巴细胞/μL、2000个淋巴细胞/μL、2250个淋巴细胞/μL、2500个淋巴细胞/μL、2750个淋巴细胞/μL或3000个淋巴细胞/μL的值，或任何前述值之间的值。在一些实施方案中，血液肿瘤负荷的阈值水平是在为或约1250个淋巴细胞/μL与为或约1750个淋巴细胞/μL之间的值。在一些实施方案中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约800个淋巴细胞/μL的值。在一些实施方案中，血液肿瘤负荷的阈值水平是900个淋巴细胞/μL的值。在一些实施方案中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约1000个淋巴细胞/μL的值。在一些实施方案中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约1250个淋巴细胞/μL的值。在一些实施方案中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约1500个淋巴细胞/μL的值。在一些实施方案中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约1750个淋巴细胞/μL的值。在一些实施方案中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约2000个淋巴细胞/μL的值。在一些实施方案中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约2250个淋巴细胞/μL的值。在一些实施方案中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约2500个淋巴细胞/μL的值。在一些实施方案中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约2750个淋巴细胞/μL的值。在一些实施方案中，血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约3000个淋巴细胞/μL的值。
在一些实施方案中，示例性参数包括淋巴结肿瘤负荷。在一些实施方案中，评估淋巴结负荷包括确定受试者中的最大淋巴结直径。在一些实施方案中，评估淋巴结负荷包括确定以厘米(cm)计的最大淋巴结直径。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是在为或约4cm与为或约7cm之间的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约4cm、4.25cm、4.5cm、4.75cm、5cm、5.25cm、5.5cm、5.75cm、6cm、6.25cm、6.5cm、6.75cm或7cm的值，或任何前述值之间的值。在一些实施方案中，淋巴结负荷的阈值水平是在为或约4.5cm与为或约5.5cm之间的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约4cm的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约4.25cm的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约4.5cm的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约4.75cm的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约5cm的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约5.25cm的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约5.5cm的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约5.75cm的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约6cm的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约6.25cm的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约6.5cm的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约6.75cm的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约7cm的值。
在一些实施方案中，示例性参数包括血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率。在一些实施方案中，所述评估包括确定每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是在为或约300与为或约1000之间的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950或1000的值，或任何前述值之间的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约300的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约350的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约400的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约450的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约500的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约550的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约600的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约650的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约700的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约750的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约800的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约850的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约900的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约950的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约1000的值。
在一些实施方案中，示例性参数包括淋巴结肿瘤负荷。在一些实施方案中，评估淋巴结负荷包括确定直径乘积之和(SPD)。在一些实施方案中，SPD以平方厘米(cm2)度量。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是在为或约10cm2与为或约40cm2之间的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约10cm2、12.5cm2、15cm2、17.5cm2、20cm2、22.5cm2、25cm2、27.5cm2、30cm2、32.5cm2、35cm2、37.5cm2或40cm2的值，或任何前述值之间的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约的值，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约10cm2的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约12.5cm2的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约15cm2的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约17.5cm2的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约20cm2的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约22.5cm2的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约25cm2的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约27.5cm2的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约30cm2的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约32.5cm2的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约35cm2的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约37.5cm2的值。在一些实施方案中，作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约40cm2的值。
在一些实施方案中，示例性参数包括血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率。在一些实施方案中，评估包括确定每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以平方厘米(cm2)计的直径乘积之和(SPD)的比率。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是在为或约25与为或约500之间的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约25、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450或500的值，或任何前述值之间的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约25的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约50的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约75的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约100的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约150的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约200的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约250的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约300的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约350的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约400的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约450的值。在一些实施方案中，作为血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约500的值。
2.血液分析物
在一些实施方案中，可以评估的一种或多种生物标记或分析物(包括其参数)包括白介素-16(IL-16)或肿瘤坏死因子(TNF)。在一些实施方案中，如与参考值或阈值水平相比，一种或多种此类生物标记(例如，生物标记)的升高的水平或增加的水平可与神经毒性的发生相关。在一些实施方案中，如与参考值或阈值水平相比，一种或多种此类生物标记(例如，分析物)的升高的水平或增加的水平可与神经毒性的发生相关。在一些实施方案中，指示毒性(例如神经毒性)或与所述毒性相关的示例性生物标记(例如，血液分析物)是TNF和IL-16中的一种或多种。
在一些实施方案中，如果所述受试者被鉴定为具有发生毒性的风险，则可以进行一个或多个以下步骤，将其施用于所述受试者：(a)(1)能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，和(2)所述细胞疗法，其中所述药剂的施用要在以下时间施用：(i)在开始将所述细胞疗法施用于所述受试者之前，(ii)在开始将所述细胞疗法施用于所述受试者的1、2或3天内，(iii)与开始将所述细胞疗法施用于所述受试者相伴随，和/或(iv)在开始将所述细胞疗法施用于所述受试者之后第一次发热时；和/或(b)以降低的剂量或如下剂量向所述受试者施用细胞疗法：与施用所述细胞疗法后发生毒性或重度毒性的风险无关，或在大多数受试者和/或大多数患有所述受试者患有或怀疑患有的疾病或病症的受试者中与施用所述细胞疗法后发生毒性或重度毒性的风险无关；和/或(c)在住院环境中和/或在入院一天或多天的情况下向所述受试者施用细胞疗法，任选地其中原本要在门诊基础上或在没有入院一天或多天的情况下将所述细胞疗法施用于受试者。
在一些方面，关于施用细胞疗法之后发生毒性的风险的评估可以进行评估或分析的示例性分析物或生物标记包括选自IL-16或肿瘤坏死因子(TNF)的一种或多种分析物。在一些实施方案中，对于前述分析物或生物标记中的任一种，如果一种或多种分析物的水平、量或浓度高于阈值水平，则所述受试者具有发生毒性的风险，并且如果一种或多种分析物的水平、量或浓度低于阈值水平，则所述受试者具有低的发生毒性的风险。在一些实施方案中，所述毒性是神经毒性。在一些方面，在施用细胞疗法之前(治疗前)从受试者获得的生物样品中IL-16或肿瘤坏死因子(TNF)的升高的水平可与较高的发生神经毒性的风险相关。
在一些实施方案中，阈值水平是在接受细胞疗法之前从受试者组获得的生物样品中IL-16或TNF的中值或平均水平、量或浓度之上25％内、20％内、15％内、30％内或5％内，和/或一个标准差内，其中在接受用于治疗相同疾病或病症的表达重组受体的治疗性细胞组合物之后，所述组中的每名受试者仍不发生任何毒性。
在一些实施方案中，阈值水平是在接受细胞疗法之前从受试者组获得的生物样品中IL-16或TNF的中值或平均水平、量或浓度之下25％内、20％内、15％内、30％内或5％内，和/或一个标准差内，其中在接受用于治疗相同疾病或病症的表达重组受体的治疗性细胞组合物之后，所述组中的每名受试者继续发生毒性。
本文还提供了确定在施用细胞疗法后发生毒性的风险的方法，所述方法涉及：测定生物样品中肿瘤坏死因子(TNF)和/或白介素-16(IL-16)的水平、量或浓度，其中所述生物样品来自患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前或在CAR+ T细胞扩增峰值之前和/或在开始施用所述细胞疗法之后为或约11天内从所述受试者获得的；以及将TNF和/或IL-16的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较，其中：TNF的阈值水平是在为或约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值；和/或IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约1000pg/mL之间的值；以及(1)如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后有发生神经毒性的风险；或者(2)如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后没有发生神经毒性的风险。
本文还提供了确定在施用细胞疗法后发生毒性的风险的方法，所述方法涉及：测定生物样品中肿瘤坏死因子(TNF)和/或白介素-16(IL-16)的水平、量或浓度，其中所述生物样品来自患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得的；以及将TNF和/或IL-16的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较，其中：TNF的阈值水平是在为或约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值；和/或IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约1000pg/mL之间的值；以及(1)如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后有发生神经毒性的风险；或者(2)如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后没有发生神经毒性的风险。
在一些实施方案中，如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括：(i)向所述受试者施用所述细胞疗法，任选地以减少的剂量施用，任选地其中：(a)所述方法进一步包括向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗；和/或(b)在或指定为在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下向所述受试者施用所述细胞疗法；或(ii)向所述受试者施用除所述细胞疗法之外的用于治疗所述CLL或SLL的替代治疗。
在一些实施方案中，如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括：(i)向所述受试者施用所述细胞疗法，任选地其中：(a)不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出毒性的体征或症状，任选地在所述受试者展现出持续发热或者在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热时或之后；和/或(b)在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访，任选地除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。
本文还提供了选择受试者用于用细胞疗法治疗的方法，其中所述方法包括：测定生物样品中肿瘤坏死因子(TNF)和/或白介素-16(IL-16)的水平、量或浓度，其中所述生物样品来自患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得的；以及将TNF和/或IL-16的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较，其中：TNF的阈值水平是在为或约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值；和/或IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约1000pg/mL之间的值；以及(1)如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则选择所述受试者用于：(i)以减少的剂量施用所述细胞疗法；(ii)施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗；(iii)施用所述细胞疗法，所述细胞疗法的施用是在或指定为在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下进行的；和/或(iv)施用除所述细胞疗法之外的用于治疗所述CLL或SLL的替代治疗；或者(2)如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则选择所述受试者用于：(i)施用所述细胞疗法，任选地其中：(a)不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出毒性体征或症状，任选地在所述受试者展现出持续发热或者在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热时或之后；和/或(b)在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访，任选地除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。
在一些实施方案中，所述方法还包括向所述受试者施用所述细胞疗法，能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，和/或替代治疗。
本文还提供了确定在施用细胞疗法后发生毒性的风险的方法，所述方法涉及：测定来自受试者的生物样品中TNF和/或IL-16的水平、量或浓度，所述受试者已经接受了用于治疗CLL或SLL的细胞疗法的施用，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达CAR的T细胞，其中所述生物样品是在CAR+ T细胞扩增峰值之前和/或在开始施用所述细胞疗法之后为或约11天内从所述受试者获得的；以及将TNF和/或IL-16的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较，其中：所述TNF的阈值水平是在为或约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值；和/或所述IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约1000pg/mL之间的值；以及(1)如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为有发生神经毒性的风险；或者(2)如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为没有发生神经毒性的风险。
在一些实施方案中，如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括任选地在CAR+ T细胞扩增峰值之前和/或在向所述受试者施用细胞疗法的为或约11天内，向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗；和/或在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下进行随访。
在一些实施方案中，如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行随访，任选地除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。
本文还提供了治疗方法，其中所述方法包括：向被鉴定为有发生神经毒性的风险的受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，所述受试者已经在先前接受了用于治疗CLL或SLL的细胞疗法的施用，其中，在施用所述药剂时或紧临施用所述药剂之前，如果在CAR+ T细胞扩增峰值之前和/或在开始施用所述细胞疗法的为或约11天内从所述受试者获得的生物样品中的TNF和/或IL-16的水平、量或浓度高于各自的阈值水平，则所述受试者被选择或鉴定为有发生神经毒性的风险，其中：TNF的阈值水平是在为或约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值；和/或IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约1000pg/mL之间的值。
本文还提供了选择受试者用于用药剂治疗的方法，其中所述方法包括：测定来自受试者的生物样品中TNF和/或IL-16的水平、量或浓度，所述受试者已经接受了用于治疗CLL或SLL的细胞疗法的施用，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与CD19结合的CAR的T细胞，其中所述生物样品是在CAR+ T细胞扩增峰值之前和/或在开始施用所述细胞疗法之后为或约11天内从所述受试者获得的；以及将TNF和/或IL-16的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较，其中：所述TNF的阈值水平是在为或约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值；和/或所述IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约1000pg/mL之间的值；以及如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则选择所述受试者用于施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗。
在一些实施方案中，所述方法还包括向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗。
在一些实施方案中，施用所述药剂或其他治疗是在所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热时进行的。
在一些实施方案中，在门诊基础上向所述受试者进行所述细胞疗法的施用，并且如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度高于阈值水平，则所述方法包括使患者入院一天或多天。
在一些实施方案中，在施用所述细胞疗法之前，从所述受试者获得所述生物样品。在一些实施方案中，在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前，从所述受试者获得所述生物样品。在一些实施方案中，在CAR+ T细胞扩增峰值之前和/或在开始施用所述细胞疗法之后为或约11天内，从所述受试者获得所述生物样品。在一些实施方案中，在CAR+ T细胞扩增峰值之前和/或在开始施用所述细胞疗法为或约11天内，从所述受试者获得所述生物样品。
在一些实施方案中，阈值水平是在接受细胞疗法之前从受试者组获得的生物样品中IL-16或TNF的中值或平均水平、量或浓度之上25％内、20％内、15％内、32％内或5％内，和/或一个标准差内，其中在接受用于治疗相同疾病或病症的表达重组受体的治疗性细胞组合物之后，所述组中的每名受试者仍不发生任何毒性。
在一些实施方案中，阈值水平是在接受细胞疗法之前从受试者组获得的生物样品中IL-16或TNF的中值或平均水平、量或浓度之下25％内、20％内、15％内、32％内或5％内，和/或一个标准差内，其中在接受用于治疗相同疾病或病症的表达重组受体的治疗性细胞组合物之后，所述组中的每名受试者继续发生毒性。
在一些实施方案中，TNF的阈值水平是在为或约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值。在一些实施方案中，TNF的阈值水平是为或约7pg/mL、8pg/mL、9pg/mL、10pg/mL、15pg/mL、20pg/mL或25pg/mL的值，或任何前述值之间的值。在一些实施方案中，TNF的阈值水平是为或约7pg/mL的值。在一些实施方案中，TNF的阈值水平是为或约8pg/mL的值。在一些实施方案中，TNF的阈值水平是为或约9pg/mL的值。在一些实施方案中，TNF的阈值水平是为或约10pg/mL的值。在一些实施方案中，TNF的阈值水平是为或约15pg/mL的值。在一些实施方案中，TNF的阈值水平是为或约20pg/mL的值。在一些实施方案中，TNF的阈值水平是为或约25pg/mL的值。在一些实施方案中，TNF的阈值水平是在为或约8pg/mL与为或约10pg/mL之间的值。
在一些实施方案中，IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约1000pg/mL之间的值。在一些实施方案中，IL-16的阈值水平是为或约400pg/mL、500pg/mL、600pg/mL、700pg/mL、800pg/mL、900pg/mL或1000pg/mL的值，或任何前述值之间的值。在一些实施方案中，IL-16的阈值水平是为或约400pg/mL的值。在一些实施方案中，IL-16的阈值水平是为或约500pg/mL的值。在一些实施方案中，IL-16的阈值水平是为或约600pg/mL的值。在一些实施方案中，IL-16的阈值水平是为或约700pg/mL的值。在一些实施方案中，IL-16的阈值水平是为或约800pg/mL的值。在一些实施方案中，IL-16的阈值水平是为或约900pg/mL的值。在一些实施方案中，IL-16的阈值水平是为或约1000pg/mL的值。在一些实施方案中，IL-16的阈值水平是在为或约500pg/mL与为或约700pg/mL之间的值。
在任何实施方案的一些中，评估TNF和IL-16二者的水平、量或浓度；并且TNF的阈值水平是为或约7pg/mL、8pg/mL、9pg/mL、10pg/mL、15pg/mL、20pg/mL或25pg/mL的值，或任何前述值之间的值；以及IL-16的阈值水平是为或约400pg/mL、500pg/mL、600pg/mL、700pg/mL、800pg/mL或900pg/mL的值，或任何前述值之间的值。
在任何实施方案的一些中，评估TNF和IL-16二者的水平、量或浓度；并且TNF的阈值水平是在为或约8pg/mL与为或约10pg/mL之间的值；并且IL-16的阈值水平是在为或约500pg/mL与为或约700pg/mL之间的值。在任何此类实施方案的一些中，阈值可以是本文提供的TNF和IL-16中的每一个的阈值的任何组合。
B.与反应结局相关的示例性生物标记、分析物或参数
在一些实施方案中，分析物或生物标记与特定结局相关，与所述特定结局相关联，指示所述特定结局和/或预测所述特定结局，所述特定结局如特定反应结局，如客观反应(OR)、完全反应(CR)或部分反应(PR)，或持久反应，如持续3、6、9个月或更久的OR或CR或PR。在一些实施方案中，如与参考值或阈值水平相比，一种或多种此类生物标记(例如，分析物)的较低或降低的水平或增加的水平可与反应相关，所述反应如OR、CR或PR或本文(例如，在章节II.C中)所述的任何反应结局。在一些实施方案中，评估有效治疗的标准包括总体反应率(ORR；在一些情况下也称为客观反应率)、完全反应(CR；在一些情况下也称为完全缓解)、伴不完全骨髓恢复的完全反应(CRi)、部分反应(PR)或结节部分缓解(nPR)。在一些实施方案中，相关反应结局包括持久反应，如在初始反应后持续3个月、6个月、9个月、12个月或更久的反应。
在一些实施方案中，分析物或生物标记与已经施用细胞疗法(如使用含有基因工程化细胞的组合物)的受试者中的特定结局相关，与所述特定结局相关联，指示所述特定结局和/或预测所述特定结局，所述特定结局如特定反应或持久反应结局。在一些实施方案中，在施用细胞疗法之前从受试者获得的生物样品中一种或多种生物标记(例如，分析物)的存在、表达、水平、量或浓度可以与特定结局相关，与所述特定结局相关联，指示所述特定结局和/或预测所述特定结局，所述特定结局如特定反应或持久反应结局。在一些实施方案中，特定生物标记的存在、表达、水平、量或浓度可以与特定反应或持久反应结局相关联。在一些实施方案中，所述反应结局可以是本文(例如，在章节II.C中)所述的任何反应结局。
在一些实施方案中，分析物或生物标记与已经施用细胞疗法(如使用含有基因工程化细胞的组合物)的受试者中的特定结局相关，与所述特定结局相关联，指示所述特定结局和/或预测所述特定结局，所述特定结局如特定反应或持久反应结局。在一些实施方案中，在施用细胞疗法之前从受试者获得的生物样品中一种或多种生物标记(例如，分析物)的存在、表达、水平、量或浓度可以与特定结局相关，与所述特定结局相关联，指示所述特定结局和/或预测所述特定结局，所述特定结局如特定反应或持久反应结局。在一些实施方案中，特定生物标记的存在、表达、水平、量或浓度可以与特定反应或持久反应结局相关联。在一些实施方案中，所述反应结局可以是本文(例如，在章节II.C中)所述的任何反应结局。
在一些实施方案中，所述方法包括将样品中分析物的水平、量或浓度单独地与阈值水平进行比较，由此确定受试者将实现对细胞疗法的反应的可能性。在一些实施方案中，所述方法包括基于通过将样品中分析物的水平、量或浓度单独地与阈值水平进行比较来确定受试者将实现对细胞疗法的反应的可能性的结果，选择可能对治疗有反应的受试者。在一些实施方案中，所述方法还包括将细胞疗法施用于被选择用于治疗的受试者。在一些实施方案中，如果受试者被确定为不太可能实现反应或持久反应，则进一步包括将另外的治疗剂施用于所述受试者。
在一些实施方案中，生物标记(例如，分析物)包括与反应结局和/或持久反应相关的那些。在一些实施方案中，生物标记(例如分析物)(包括其参数)包括VEGFC或VEGFR1。
在一些方面，关于施用细胞疗法之后的反应可能性的评估可以进行评估或分析的示例性分析物或生物标记包括选自VEGFC或VEGFR1的一种或多种分析物。在一些实施方案中，对于前述分析物或生物标记中的任一种，如果一种或多种分析物的水平、量或浓度低于阈值水平，则所述受试者可能实现反应，并且如果一种或多种分析物的水平、量或浓度高于阈值水平，则所述受试者不可能实现反应。在一些实施方案中，所述反应是或包含客观反应。在一些实施方案中，所述客观反应是或包含完全反应(CR)或部分反应(PR)。在一些方面，在施用细胞疗法之前(治疗前)从受试者获得的生物样品中VEGFC或VEGFR1的降低的水平可与实现客观反应(包括完全反应(CR)或部分反应(PR))相关。
在一些实施方案中，所述反应包括客观反应(OR)。在一些实施方案中，所述客观反应包括完全反应(CR；在一些情况下也称为完全缓解)、伴不完全骨髓恢复的完全缓解(CRi)、完全缓解(CR)、伴不完全骨髓恢复的CR(CRi)、结节部分缓解PR(nPR)或部分反应(PR；在一些情况下也称为部分缓解)。
本文还提供了评估对细胞疗法的反应的可能性的方法，所述方法涉及：评估生物样品中血管内皮生长因子C(VEGFC)和/或血管内皮生长因子受体1(VEGFR1)的水平、量或浓度，其中所述生物样品来自患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得的；以及将所述样品中所述VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度单独地与阈值水平进行比较；其中：如果(1)VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有高的实现反应的可能性；或者(2)如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有低的实现反应的可能性。
本文还提供了选择用于用细胞疗法治疗的受试者的方法，其中所述方法包括：评估生物样品中血管内皮生长因子C(VEGFC)和/或血管内皮生长因子受体1(VEGFR1)的水平、量或浓度，其中所述生物样品来自患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得的；以及基于通过将所述样品中所述VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较来确定受试者将实现对所述细胞疗法的反应的可能性的结果，选择可能对治疗有反应的受试者；其中：(1)如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有高的实现反应的可能性；或者(2)如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有低的实现反应的可能性。在一些实施方案中，所述方法还包括将细胞疗法施用于被选择用于治疗的受试者。
本文还提供了治疗方法，其中所述方法包括：(a)基于通过将生物样品中血管内皮生长因子C(VEGFC)和/或血管内皮生长因子受体1(VEGFR1)的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较来确定受试者将实现对所述细胞疗法的反应的可能性的结果，选择可能对治疗有反应的受试者，其中：(1)如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有高的实现反应的可能性；或者(2)如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有低的实现反应的可能性；其中所述生物样品来自患有CLL或SLL的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前从受试者获得的和/或所述受试者不包含表达CAR的T细胞；以及(b)向被选择用于治疗的受试者施用所述细胞疗法。
在一些实施方案中，所述阈值水平是在接受细胞疗法之前从受试者组评估的参数的中值或平均值或者从受试者组获得的生物样品中的中值或平均水平、量或浓度的25％内、20％内、15％内、10％内或5％内和/或一个标准差内，是为或约或超过所述中值或平均值或者所述中值或平均水平、量或浓度，其中在施用用于治疗所述CLL或所述SLL的一定剂量的表达CAR的工程化细胞之后所述组中的每名受试者实现反应。
在一些实施方案中，所述阈值水平是在接受细胞疗法之前从受试者组评估的参数的中值或平均值或者从受试者组获得的生物样品中的中值或平均水平、量或浓度的1.25倍或大于1.25倍、1.3倍或大于1.3倍、1.4倍或大于1.4倍、或1.5倍或大于1.5倍，其中在施用用于治疗所述CLL或所述SLL的一定剂量的表达所述CAR的工程化细胞之后所述组中的每名受试者实现反应。
在一些实施方案中，所述阈值水平是从并非作为用所述细胞疗法治疗的候选者的正常或健康受试者组评估的参数或者从所述受试者组获得的生物样品中的水平、量或浓度的1.25倍或大于1.25倍、1.3倍或大于1.3倍、1.4倍或大于1.4倍、或1.5倍或大于1.5倍。
在一些实施方案中，阈值水平是在接受细胞疗法之前从受试者组获得的生物样品中VEGFC或VEGFR1的中值或平均水平、量或浓度之下25％内、20％内、15％内、10％内或5％内，和/或一个标准差内，其中在施用用于治疗相同疾病或病症的表达重组受体的治疗性细胞组合物之后，所述组中的每名受试者继续实现反应。在一些实施方案中，所述阈值水平是在接受细胞疗法之前从受试者组获得的生物样品中VEGFC或VEGFR1的中值或平均水平、量或浓度之上25％内、20％内、15％内、10％内或5％内和/或一个标准差内，其中在施用用于治疗相同疾病或病症的表达重组受体的治疗性细胞组合物之后所述组中的每名受试者继续展现疾病稳定(SD)和/或疾病进展(PD)。
在一些方面，关于施用细胞疗法之后的持久反应可能性的评估可以进行评估或分析的示例性分析物或生物标记包括选自VEGFC或VEGFR1的一种或多种分析物。在一些实施方案中，对于前述分析物或生物标记中的任一种，如果一种或多种所述分析物的水平、量或浓度低于阈值水平，则所述受试者可能实现持久反应，并且如果一种或多种所述分析物的水平、量或浓度高于阈值水平，则所述受试者不可能实现持久反应。在一些实施方案中，所述持久反应是或包含持续等于或大于3个月、4个月、5个月或6个月的完全反应(CR)或部分反应(PR)。在一些实施方案中，所述持久反应是或包含持续至少3个月的CR或PR。在一些方面，在施用细胞疗法之前(治疗前)从受试者获得的生物样品中VEGFC或VEGFR1的降低的水平可与实现持久反应(如持续至少3个月的CR或PR)相关。
在一些实施方案中，示例性生物标记或分析物是VEGFC。在一些实施方案中，VEGFC的阈值水平是在为或约60pg/mL与为或约70pg/mL之间的值。在一些实施方案中，VEGFC的阈值水平是为或约60pg/mL、61pg/mL、62pg/mL、63pg/mL、64pg/mL、65pg/mL、66pg/mL、67pg/mL、68pg/mL、69pg/mL或70pg/mL的值，或前述任何值之间的值。在一些实施方案中，VEGFC的阈值水平是为或约60pg/mL。在一些实施方案中，VEGFC的阈值水平是为或约61pg/mL。在一些实施方案中，VEGFC的阈值水平是为或约62pg/mL。在一些实施方案中，VEGFC的阈值水平是为或约63pg/mL。在一些实施方案中，VEGFC的阈值水平是为或约64pg/mL。在一些实施方案中，VEGFC的阈值水平是为或约65pg/mL。在一些实施方案中，VEGFC的阈值水平是为或约66pg/mL。在一些实施方案中，VEGFC的阈值水平是为或约67pg/mL。在一些实施方案中，VEGFC的阈值水平是为或约68pg/mL。在一些实施方案中，VEGFC的阈值水平是为或约69pg/mL。在一些实施方案中，VEGFC的阈值水平是为或约70pg/mL。
在一些实施方案中，示例性生物标记或分析物是VEGFR1。在一些实施方案中，VEGFR1的阈值水平是在为或约80pg/mL与为或约120pg/mL之间的值。在一些实施方案中，VEGFR1的阈值水平是为或约80pg/mL、85pg/mL、90pg/mL、95pg/mL、100pg/mL、105pg/mL、110pg/mL、115pg/mL或120pg/mL的值，或任何前述值之间的值。在一些实施方案中，VEGFR1的阈值水平是为或约80pg/mL的值。在一些实施方案中，VEGFR1的阈值水平是为或约85pg/mL的值。在一些实施方案中，VEGFR1的阈值水平是为或约90pg/mL的值。在一些实施方案中，VEGFR1的阈值水平是为或约95pg/mL的值。在一些实施方案中，VEGFR1的阈值水平是为或约100pg/mL的值。在一些实施方案中，VEGFR1的阈值水平是为或约105pg/mL的值。在一些实施方案中，VEGFR1的阈值水平是为或约110pg/mL的值。在一些实施方案中，VEGFR1的阈值水平是为或约115pg/mL的值。在一些实施方案中，VEGFR1的阈值水平是为或约120pg/mL的值。
在一些实施方案中，评估VEGFC和VEGFR1二者的水平、量或浓度；并且VEGFC的阈值水平是在为或约60pg/mL与为或约70pg/mL之间的值；并且VEGFR1的阈值水平是在为或约80pg/mL与为或约120pg/mL之间的值。在任何此类实施方案的一些中，阈值可以是本文提供的VEGFC和VEGFR1中的每一个的阈值的任何组合。
II.使用基因工程化细胞的细胞疗法的方法和用途
在一些实施方案中，本文提供的方法和用途(包括确定毒性风险和/或对细胞疗法的反应的可能性)涉及治疗的方法，所述治疗的方法涉及在过继细胞疗法中向所述受试者施用表达基因工程化(重组)细胞表面受体的细胞，所述基因工程化(重组)细胞表面受体通常是嵌合受体(如嵌合抗原受体(CAR))，识别由白血病或淋巴瘤和/或其衍生细胞类型表达、与白血病或淋巴瘤和/或其衍生细胞类型相关和/或对白血病或淋巴瘤和/或其衍生细胞类型具有特异性的抗原。如下使用提供于上文章节I中的方法和用途：结合细胞疗法、在细胞疗法的背景下、或作为细胞疗法的一部分，所述细胞疗法例如涉及施用工程化细胞(如表达嵌合抗原受体(CAR)的工程化T细胞)的细胞疗法，所述细胞疗法例如如章节II中所述；并且在一些情况下结合施用另外的药剂、在施用另外的药剂的背景下、或作为施用另外的药剂的一部分，所述另外的药剂如章节III中所述的那些。
在一些方面，所述细胞通常在配制用于施用的组合物中施用；所述方法通常涉及将一个或多个剂量的所述细胞施用于所述受试者，所述一个或多个剂量可以包括特定数量或相对数量的细胞或所述工程化细胞，和/或所述组合物内限定比率的两种或更多种亚型(如CD4与CD8 T细胞)或其组合物。
在一些实施方案中，例如通过过继细胞疗法如过继T细胞疗法将细胞、群体和组合物施用于患有待治疗的特定疾病或病症的受试者。在一些实施方案中，所述方法涉及用一定剂量的抗原受体表达细胞(例如，CAR表达细胞)治疗患有淋巴瘤或白血病(如慢性淋巴细胞白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL))的受试者。
在一些方面，所提供的实施方案是基于以下观察结果，如在本文提供的实施例中所述的那些：与用于细胞疗法的某些可用方法相比，所提供的方法可以用于实现具有高持久性的高反应率，而无增加的毒性风险。在一些实施方案中，所提供的方法允许用于细胞疗法的过继转移细胞的延长的持久性，和/或所述受试者中的低毒性发生率。在一些实施方案中，所述方法可以用于选择可能或更可能响应所述疗法的受试者用于用细胞疗法治疗，和/或用于确定合适的剂量或给药方案，以实现更高反应率和/或更持久反应，同时使毒性风险最小化。此类方法可以告知合理策略以促进过继细胞疗法(如CAR-T细胞疗法)的安全且有效的临床应用。
在一些实施方案中，所提供的方法在患有高风险CLL(或SLL)的受试者的深度预治疗群体中实现了高反应率，这些受试者均已接受包括依鲁替尼的一种或多种先前疗法。在一些实施方案中，所治疗的受试者包括已经在用依鲁替尼初始缓解后复发或对用依鲁替尼的治疗是难治的或不耐受的受试者。在特定实施方案中，所治疗的受试者包括已经用以下疗法缓解后复发或对以下疗法是难治的或不耐受的受试者：一种或多种除依鲁替尼之外还有其他先前疗法如1、2、3、4、5或更多种先前疗法。在一些实施方案中，所述受试者已经复发或对于依鲁替尼和维奈妥拉二者的先前治疗是难治的。在一些实施方案中，对于这种治疗是难治的受试者已经在一种或多种先前疗法后进展。在一些实施方案中，所治疗的受试者，包括用一种或多种先前疗法(例如依鲁替尼和/或维奈妥拉)治疗的那些，包括具有高风险细胞遗传学(包括TP53突变、复杂核型(即至少三个染色体改变)和del17(p))的受试者。在一些实施方案中，用于根据本文提供的实施方案进行治疗的受试者包括对于BTK抑制剂(例如依鲁替尼)和维奈妥拉二者经历失败的受试者。如本文所证明的，正在进行的临床试验的结果展现出大于65％的跨剂量水平治疗的受试者的高总体反应率(ORR)，包括在大于35％的所治疗受试者中伴不完全血细胞计数恢复的完全缓解(也称为完全反应；CR)(CRi)。在此类受试者中，所有受试者先前都曾用依鲁替尼治疗，并且大约一半先前曾用依鲁替尼和维奈妥拉治疗。在一些方面，结果与实现不可检测的MRD(uMRD)相关；据报道，实现uMRD与改善的结局相关(Kovacs等人(2016)J.Clin.Oncol.,34:3758-3765；Thompson and Wierda(2016)Blood,127:279-286)。在一些实施方案中，所提供的方法导致高百分比的持续反应持续无进展超过1个月、超过3个月、超过6个月或更长时间。
与某些其他替代疗法相比，在高风险受试者中实现的此类结果更好。特别是，CLL通常被认为是不可治愈的，并且患者通常最终会复发或变得对可用疗法是难治的(Dighiero和Hamblin(2008)The Lancet,371:1017-1029)。在一些情况下，CR和uMRD不充分和/或受试者在用诸如以下的某些其他药剂治疗后进展或具有不良结局：单药剂依鲁替尼、维奈妥拉-利妥昔单抗、苯达莫司汀-利妥昔单抗、或依鲁替尼和维奈妥拉二者。此外，报告已表明某些其他CAR T细胞疗法可能无法实现如此持久的反应率。
在一些实施方案中，所述方法和用途包括在过继细胞疗法中向所述受试者施用表达基因工程化(重组)细胞表面受体的细胞，所述基因工程化(重组)细胞表面受体通常是嵌合受体(如嵌合抗原受体(CAR))，识别由白血病或淋巴瘤和/或其衍生细胞类型表达、与白血病或淋巴瘤和/或其衍生细胞类型相关和/或对白血病或淋巴瘤和/或其衍生细胞类型具有特异性的抗原。在特定实施方案中，靶向的抗原是CLL。所述细胞通常在配制用于施用的组合物中施用；所述方法通常涉及将一个或多个剂量的所述细胞施用于所述受试者，所述一个或多个剂量可以包括特定数量或相对数量的细胞或所述工程化细胞，和/或所述组合物内限定比率的两种或更多种亚型(如CD4+与CD8+ T细胞)或其组合物。
在特定实施方案中，用治疗性T细胞产品进行方法，涉及分开施用CD4+和CD8+CART细胞组合物，所述组合物以特定或精确数量作为平剂量和/或作为限定比率的CD4+和CD8+CAR T细胞施用。在一些情况下，方法包括通过包括从生物样品中分别分离、选择或富集CD4+和CD8+ T细胞的过程来生产或工程化CAR T细胞组合物。在一些情况下，产生包括富集CD4+和CD8+ T细胞的CAR-T细胞组合物的方法避免了在CAR-T细胞产品中或在CAR-T细胞产品的制造过程中包含肿瘤细胞的风险。与其他疾病相比，CLL是一种肿瘤细胞位于外周的癌症，其在一些情境下可干扰和/或影响CAR-T产品的功效，所述产品可能包含此类细胞或源自含有此类细胞的初始组合物。在一些方面，用于根据所述方法进行治疗的受试者患有复发性或难治性(r/r)CLL。在一些方面，用于根据所述方法进行治疗的受试者患有复发性或难治性(r/r)SLL。
在一些实施方案中，所提供的方法涉及评估在受试者中发生与细胞疗法相关的毒性的风险，其涉及在特定的受试者组或子集(例如，被鉴定为患有高风险疾病例如高风险CLL的受试者)中评估或检测与毒性(例如，神经毒性，如重度神经毒性，和/或CRS，如重度CRS)相关的生物标记(例如，分析物)或参数。在一些方面，所述方法治疗患有某种形式的侵袭性和/或预后不良CLL(如对于标准疗法是复发性或难治性(R/R)的且具有不良预后的CLL)的受试者。在一些实施方案中，受试者已经对一种或多种先前疗法经历失败。在一些实施方案中，受试者没有资格进行其他先前疗法。在一些实施方案中，受试者已经对用布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂(BTKi)如依鲁替尼的先前疗法经历失败。在一些实施方案中，受试者已经对依鲁替尼和维奈妥拉经历失败。在一些情况下，对于疾病和/或疗法所指示的患者群体，对可用疗法、对护理标准、或对参考疗法的总体反应率(ORR；在一些情况下也称为客观反应率)小于40％和/或完全反应(CR；在一些情况下也称为完全缓解)小于20％。
在一些实施方案中，所述方法、用途和制品涉及或用于通过以下方式评估在受试者中发生与细胞疗法相关的毒性的风险：在受试者中评估或检测与毒性(例如，神经毒性，如重度神经毒性，和/或CRS，如重度CRS)相关的生物标记(例如，分析物)或参数，其中涉及例如基于具体的疾病类型、诊断标准、先前治疗和/或对先前治疗的反应来选择或鉴定特定的受试者组或子集。在一些实施方案中，所述方法涉及治疗已经在用一种或多种先前疗法的治疗之后缓解后复发或对于所述一种或多种先前疗法变为难治性的受试者；或对一种或多种先前疗法(例如，一个或多个标准治疗线)具有复发性或难治性(R/R)的受试者。在一些实施方案中，所述方法涉及治疗患有慢性淋巴细胞白血病的受试者。在一些实施方案中，所述方法涉及治疗患有小淋巴细胞淋巴瘤的受试者。在一些实施方案中，所述方法涉及治疗具有0-1的东部肿瘤协作组体能状态(ECOG)的受试者。在一些实施方案中，所述方法治疗通常对疗法或特定参考疗法反应不良的CLL患者或其受试者的不良预后群体，例如具有高风险细胞遗传学(即，Del(17p)、TP53突变、突变IGHV、和复杂核型)的所述群体。
在一些实施方案中，抗原受体(例如，CAR)特异性地结合至与疾病或病症相关(如与CLL相关)的靶抗原。在一些实施方案中，抗原受体结合至与SLL相关的靶抗原。在一些实施方案中，与疾病或障碍相关的抗原是CD19。
在一些实施方案中，所述方法包括将细胞或含有所述细胞的组合物施用于受试者、组织或细胞，如患有疾病、病症或障碍，具有疾病、病症或障碍的风险，或怀疑患有疾病、病症或障碍的受试者、组织或细胞。在一些实施方案中，受试者是成年人。在一些实施方案中，受试者超过或超过约50、60或70岁。
在一些实施方案中，在施用表达所述重组受体的细胞之前，所述受试者先前已用靶向所述疾病或病症(例如，CLL或SLL)的疗法或治疗剂来治疗。在一些实施方案中，所述受试者先前已用造血干细胞移植(HSCT)(例如，同种异体HSCT或自体HSCT)来治疗。在一些实施方案中，所述受试者在用标准疗法治疗后具有不良预后和/或对于一个或多个先前治疗线(例如至少或至少约1、2、3、4或更多种先前疗法)已经历失败。在一些实施方案中，所述受试者已经进行治疗或先前已经接受除了淋巴细胞清除疗法和/或表达抗原受体的细胞的所述剂量之外的至少或约至少或约1、2、3或4种用于治疗CLL的其他疗法。在一些实施方案中，所述受试者先前已经用化学疗法或放射疗法治疗。在一些方面，所述受试者对于其他疗法或治疗剂是难治的或无反应的。在一些实施方案中，所述受试者例如在用另一种疗法或治疗性干预(包括化学疗法或放射)治疗后患有持续性或复发性疾病。在一些实施方案中，受试者患有复发性或难治性(R/R)慢性淋巴细胞白血病(CLL)，并且已经对于布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂(BTKi)疗法经历失败或没有资格进行此疗法。
在一些实施方案中，在施用表达重组抗原受体的细胞之前，所述受试者先前已经用靶向所述疾病或病症(例如，CLL)的疗法或治疗剂来治疗。在一些实施方案中，所述治疗剂是激酶抑制剂，如布鲁顿酪氨酸激酶(Btk)的抑制剂，例如依鲁替尼。在一些实施方案中，所述治疗剂是B细胞淋巴瘤-2(Bcl-2)的抑制剂，例如维奈妥拉。在一些实施方案中，所述治疗剂是与CLL或NHL细胞表达的抗原特异性结合的抗体(例如单克隆抗体)，所述抗原例如为来自以下中任何一个或多个的抗原：CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igκ、Igλ、CD79a、CD79b或CD30。在一些实施方案中，所述治疗剂是抗CD20抗体，例如利妥昔单抗。在一些实施方案中，治疗剂是耗尽性化学疗法，其是包括利妥昔单抗的组合疗法，例如氟达拉滨和利妥昔单抗的组合疗法或蒽环类和利妥昔单抗的组合疗法。在一些实施方案中，所述受试者先前已经用造血干细胞移植(HSCT)(例如，同种异体HSCT或自体HSCT)来治疗。在一些实施方案中，所述受试者已经进行治疗或先前已经接受除了淋巴细胞清除疗法和/或表达抗原受体的细胞的所述剂量之外的至少或约至少或约1、2、3或4种用于治疗CLL的其他疗法。在一些实施方案中，所述受试者先前已经用化学疗法或放射疗法治疗。
在一些方面，所述受试者对于其他疗法或治疗剂是难治的或无反应的。在一些实施方案中，所述受试者例如在用另一种疗法或治疗性干预(包括化学疗法或放射)治疗后患有持续性或复发性疾病。
在一些实施方案中，所述受试者是有资格进行移植，如有资格进行造血干细胞移植(HSCT)(例如，同种异体HSCT)的受试者。在一些此类实施方案中，在将工程化细胞(例如，CAR-T细胞)或含有所述细胞的组合物施用如本文所提供的受试者之前，所述受试者虽然有资格进行移植，但先前没有接受移植。
在一些实施方案中，所述受试者是没有资格进行移植，如没有资格进行造血干细胞移植(HSCT)(例如，同种异体HSCT)的受试者。在一些实施方案中，根据本文所提供的实施方案向这种受试者施用工程化细胞(例如，CAR-T细胞)或含有所述细胞的组合物。
在一些实施方案中，所述方法包括将细胞施用于被选择或鉴定为患有高风险CLL的受试者。在一些实施方案中，所述受试者展现一种或多种细胞遗传异常，如与高风险CLL相关的细胞遗传异常。在一些方面，待治疗的群体包括具有等于0-1之间的任何值的东部肿瘤协作组体能状态(ECOG)的受试者。
在任何实施方案的一些方面，待治疗的受试者已经经历过两种或更多种先前疗法的失败。在任何实施方案的一些方面，待治疗的受试者已经对三种或更多种先前疗法经历失败。在一些实施方案中，所述先前疗法包括以下中的任何一种：用布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)的抑制剂如依鲁替尼的疗法；维奈妥拉；包含氟达拉滨和利妥昔单抗的组合疗法；放射疗法；以及造血干细胞移植(HSCT)。在一些实施方案中，受试者或患者先前已经接受过用依鲁替尼和/或维奈妥拉的治疗，但在缓解后复发，对于用依鲁替尼和/或维奈妥拉的治疗是难治的，已经对于用依鲁替尼和/或维奈妥拉的治疗经历失败和/或对用依鲁替尼和/或维奈妥拉的治疗不耐受。在一些实施方案中，受试者或患者先前已经接受过用依鲁替尼和维奈妥拉的治疗，但在缓解后复发，对于用依鲁替尼和维奈妥拉的治疗是难治的，已经对于用依鲁替尼和维奈妥拉的治疗经历失败和/或对用依鲁替尼和维奈妥拉的治疗不耐受。
在一些实施方案中，提供了评估在受试者中发生与细胞疗法相关的毒性的风险的方法，和评估在被选择或鉴定为已经在缓解后复发或对用依鲁替尼和维奈妥拉的先前治疗(以治疗CLL或SLL)难治的受试者中对治疗的反应的可能性的方法。在一些方面，根据所提供的方法向选择或鉴定的受试者施用CAR T细胞疗法，例如抗CD19 CAR-T细胞疗法。
在一些实施方案中，所述受试者从未实现完全反应(CR)，从未接受过自体干细胞移植(ASCT)，对于一种或多种二线疗法是难治的，患有原发性难治性疾病，和/或具有在0与1之间的ECOG体能得分。
在一些方面，根据所提供的实施方案治疗的受试者包括诊断为CLL或SLL的受试者。在一些实施方案中，患有CLL的受试者包括基于国际慢性淋巴细胞白血病研讨会(iwCLL)指南和临床可测量疾病(骨髓受累>30％淋巴细胞，外周血淋巴细胞增多>5x109/L，和/或可测量的淋巴结和/或肝或脾肿大)具有治疗指征的CLL诊断者。在一些实施方案中，患有SLL的受试者包括基于在诊断时的淋巴结病和/或脾肿大以及外周血中<5×109个CD19+CD5+克隆B淋巴细胞/L[<5000/μL]伴随可测量疾病(定义为活检证实为SLL的至少一个病灶的最大横径>1.5cm)的SLL诊断者。
在一些方面，因需要全剂量抗凝或病史或心律失常，受试者没有资格用布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂(BTKi，例如依鲁替尼)进行治疗，或者已经在先前施用BTKi之后治疗失败，如通过疾病稳定(SD)或疾病进展(PD)为最佳反应、在先前反应后的PD、或由于不耐受(例如无法控制的毒性)而中止所确定的。在一些方面，如果受试者患有高风险疾病(如由复杂的细胞遗传学异常(例如复杂核型)、del(17p)、TP53突变、未突变的IGVH所确定)并且已经对于大于或等于(例如至少)2种先前疗法经历失败；或者如果他们患有标准风险疾病并且已经对于大于或等于(例如至少)3种先前疗法经历失败，则根据所提供的实施方案治疗受试者。在一些方面，有待根据所提供的实施方案治疗的受试者排除患有活动性未治疗的CNS疾病、具有ECOG>1或里希特转化的受试者。
在一些方面，提供了用于通过以下方式评估受试者中发生与细胞疗法相关的毒性的风险的组合物、方法和用途：检测与毒性相关的生物标记(例如，分析物)或参数，以及在与高反应率和/或高反应持久性以及低的毒性水平和/或发生率相关的特定剂量下施用细胞疗法的限定组合物。在一些实施方案中，所施用的组合物或剂量是平剂量和/或固定剂量(如精确平剂量)的细胞和/或一种或多种具有特定表型的细胞，如特定数量的此类细胞或如与目标数量相比在特定的变化性或差异范围和/或程度内的数量。在一些实施方案中，所施用的组合物或剂量含有限定比率的CD4+和CD8+细胞(例如，1:1比率的CD4+:CD8+CAR+ T细胞)和/或含有在这个比率的某个变化性程度内的比率，所述变化性程度如不超过+10％，如不超过+8％，如变化性或差异程度不超过+10％，如不超过+8％。在一些实施方案中，所述CD4+和CD8+细胞是单独配制和施用的。在一些实施方案中，所施用的细胞展现一致的活性和/或功能，例如，细胞因子产生、细胞凋亡和/或扩增。在一些实施方案中，在组合物中或在制剂之间，所提供的组合物在细胞之间，例如在细胞数、细胞功能和/或细胞活性方面，展现高度一致和限定的活性以及低变化性。在一些实施方案中，组合物制剂之间的活性和/或功能的一致性，例如低变化性，允许改进的功效和/或安全性。在一些实施方案中，与施用具有高异质性的细胞组合物相比，施用限定组合物导致低产物变化性和低毒性(例如，CRS或神经毒性)。在一些实施方案中，限定的一致性组合物还展现一致的细胞扩增。这种一致性可以促进剂量、治疗窗的确定、对剂量反应的评价以及对受试者中可能与安全性或毒性结局相关联的因素的鉴定。
在一些实施方案中，在接受特定剂量水平的单次输注的某一群组受试者中，一些群组中的受试者可以实现大于80％的总体反应率(ORR，在一些情况下也称为客观反应率)，3个月时大于50％的完全反应(CR)率。在一些实施方案中，接受限定剂量的受试者显示出改善的安全性结局。在一些方面，重度CRS或重度NT的比率较低。
在一些实施方案中，受试者的特定因素，例如某些生物标记或分析物(例如，TNF、IL-16)和/或参数(例如，与肿瘤负荷有关的参数，如淋巴结肿瘤负荷和/或血液肿瘤负荷)，可用于预测毒性风险。在一些实施方案中，受试者的特定因素，例如某些生物标记或分析物(例如VEGFC1或VEGFR1)，可用于预测反应的可能性。在一些实施方案中，所提供的实施方案可以用于实现具有低毒性风险的高反应率。
在一些实施方案中，在施用细胞疗法之前或之后向不超过25％、不超过20％、不超过15％、不超过10％或不超过5％的使用所提供组合物、制品、试剂盒、方法和用途治疗的受试者施用药剂(例如，托珠单抗和/或地塞米松)以改善、治疗或预防毒性。在一些实施方案中，在接受工程化细胞(例如，CAR-T细胞)之前，不向受试者施用任何预防性治疗。
在一些实施方案中，所提供的实施方案提供优点，例如，允许在门诊基础上施用细胞疗法。在一些实施方案中，根据所提供的实施方案施用细胞疗法(例如T细胞剂量)可以在门诊基础上进行或者不需要使受试者入院，如需要过夜停留的入院。在一些实施方案中，这种门诊施用可以允许增加可及性并降低成本，同时维持高的持久反应率和低毒性。在一些方面，对于已经因先前治疗而以其他方式免疫受损(例如，淋巴细胞清除后)并且在住院期或在住院环境中具有更高暴露风险的患者，门诊治疗可以是有利的。在一些方面，门诊治疗还增加了可能无法到达住院、医院环境或移植中心的受试者的治疗选择，由此扩展治疗的可及性。
在一些实施方案中，所述方法和用途提供或实现较高反应率和/或更持久的反应或功效和/或降低的毒性或可能与细胞疗法相关的其他副作用(如神经毒性(NT)或细胞因子释放综合征(CRS))的风险。在一些方面，所提供的观察结果指示较低的重度NT(sNT)或重度CRS(sCRS)的比率，以及较高的不具有任何毒性(例如，NT或CRS)的患者的比率。
在一些实施方案中，至少至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％或至少75％或更多的根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者实现完全反应(CR)。在一些实施方案中，至少75％、至少80％或至少90％的根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者实现客观反应(OR)。在一些实施方案中，至少35％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％或更多的根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者截至一个月、截至两个月或截至三个月时实现CR或OR。在一些实施方案中，至少至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％或至少75％或更多的已经对于用布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂(BTKi)和维奈妥拉的先前治疗经历失败的根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者实现完全反应(CR)。在一些实施方案中，至少75％、至少80％或至少90％的已经对于用BTKi和维奈妥拉的先前治疗经历失败的根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者实现客观反应(OR)。在一些实施方案中，至少35％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％或更多的已经对于用BTKi和维奈妥拉的先前治疗经历失败的根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者截至一个月、截至两个月或截至三个月时实现CR或OR。在一些实施方案中，在施用细胞的所述剂量之后至少一个月、至少两个月、至少三个月或至少6个月内，在根据所述方法治疗的受试者中大于50％、大于60％或大于70％具有不可检测的微小残留病(MRD)。在一些实施方案中，在已经对于用BTKi和维奈妥拉的先前治疗经历失败的根据所述方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者中，大于50％、大于60％或大于70％在施用细胞的所述剂量之后至少一个月、至少两个月、至少三个月或至少6个月内具有不可检测的微小残留病(MRD)。
在一些实施方案中，到开始施用细胞疗法之后三个月，至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％或更多的根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者保持反应，如保持CR或OR和/或具有不可检测的MRD。在一些实施方案中，这种反应，如CR或OR，可持续至少三个月。在一些实施方案中，到开始施用细胞疗法之后三个月，至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％或更多的已经对于用BTKi和维奈妥拉的先前治疗经历失败的根据所提供方法和/或所提供制品或组合物治疗的受试者保持反应，如保持CR或OR和/或具有不可检测的MRD。在一些实施方案中，这种反应，如CR或OR，可持续至少三个月。
在一些实施方案中，通过根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物进行的治疗在此类受试者中观察到的所得反应在大多数所治疗受试者中与任何毒性的低风险或重度毒性的低风险相关或导致任何毒性的低风险或重度毒性的低风险。在一些实施方案中，大于或大于约30％、35％、40％、50％、55％、60％或更多的根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者未展现出任何分级的CRS或任何分级的神经毒性(NT)。在一些实施方案中，大于或大于约50％、60％、70％、80％或更多的根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者未展现出重度CRS或3级或更高分级的CRS。在一些实施方案中，大于或大于约50％、60％、70％、80％或更多的根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者,未展现出重度神经毒性或3级或更高分级的神经毒性，如4级或5级神经毒性。
在一些实施方案中，通过根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物进行的治疗，在已经对于用BTKi和维奈妥拉的先前治疗经历失败的此类受试者中观察到的所得反应在大多数所治疗受试者中与任何毒性的低风险或重度毒性的低风险相关或导致任何毒性的低风险或重度毒性的低风险。在一些实施方案中，大于或大于约30％、35％、40％、50％、55％、60％或更多的已经对于用BTKi和维奈妥拉的先前治疗经历失败的根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者未展现出任何分级的CRS或任何分级的神经毒性(NT)。在一些实施方案中，大于或大于约50％、60％、70％、80％或更多的已经对于用BTKi和维奈妥拉的先前治疗经历失败的根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者未展现出重度CRS或3级或更高分级的CRS。在一些实施方案中，大于或大于约50％、60％、70％、80％或更多的已经对于用BTKi和维奈妥拉的先前治疗经历失败的根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者,未展现出重度神经毒性或3级或更高分级的神经毒性，如4级或5级神经毒性。
在一些实施方案中，至少或至少约45％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的根据所述方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者未展现出早发性CRS或神经毒性和/或未展现出开始施用后早于1天、2天、3天或4天的CRS发作。在一些实施方案中，至少或至少约45％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的根据所述方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者未展现出开始施用后早于3天、4天、5天、6天或7天的神经毒性发作。在一些方面，在根据所述方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者之间神经毒性的中值发作是在根据所述方法治疗的受试者的CRS的中值峰处或之后、或中值消退时间时或之后。在一些情况下，在根据所述方法治疗的受试者之间神经毒性的中值发作大于或大于约8、9、10或11天。
在一些实施方案中，至少或至少约45％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的已经对于用BTKi和维奈妥拉的先前治疗经历失败的根据所述方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者未展现出早发性CRS或神经毒性和/或未展现出开始施用后早于1天、2天、3天或4天的CRS发作。在一些实施方案中，至少或至少约45％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的已经对于用BTKi和维奈妥拉的先前治疗经历失败的根据所述方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者未展现出开始施用后早于3天、4天、5天、6天或7天的神经毒性发作。在一些方面，在已经对于用BTKi和维奈妥拉的先前治疗经历失败的根据所述方法和/或用所提供制品或组合物治疗的受试者中，神经毒性的中值发作是在根据所述方法治疗的受试者的CRS的中值峰处或之后、或中值消退时间时或之后。在一些情况下，在已经对于用BTKi和维奈妥拉的先前治疗经历失败的根据所述方法治疗的受试者中，神经毒性的中值发作大于或大于约8、9、10或11天。
在一些实施方案中，在施用以下后观察到此类结果：从或从约2.5x107至为或约1.5x108(如从约5x107至为或约1x108)个总重组受体表达T细胞(例如CAR+ T细胞)，如一定剂量的T细胞(包括CD4+和CD8+ T细胞)，其是按以下施用的：如本文所述的限定比率(例如，为或为约1:1比率)，和/或精确或平或固定数量的CAR+ T细胞，或精确或平或固定数量的特定类型的CAR+ T细胞(如CD4+CAR+ T细胞和/或CD8+CAR+ T细胞)，和/或一定数量的任何此类细胞，所述数量如与这个精确或平或固定数量相比在指定差异程度内，如不超过+或-(加或减，在一些情况下指示为±)5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％或15％。在一些实施方案中，这样的平或固定数量的细胞为或为约2.5x107个总CAR+ T细胞或CD8+和/或CD4+CAR+ T细胞、5×107个总CAR+ T细胞或CD8+和/或CD4+CAR+ T细胞、或1x108个总CAR+ T细胞或CD8+和/或CD4+CAR+ T细胞。在一些实施方案中，所述剂量中的细胞数量包括2.5x107个CAR+ T细胞(任选地1.25x107CD4+CAR+ T细胞和1.25x107个CD8+CAR+ T细胞)或由其组成或基本上由其组成；在一些实施方案中，它包括5×107CAR+ T细胞(任选地2.5x107个CD4+CAR+ T细胞和2.5x107个CD8+CAR+ T细胞)或由其组成或基本上由其组成；在一些实施方案中，它包括1x108个CAR+ T细胞(任选地0.5x108个CD4+CAR+ T细胞和0.5x108个CD8+CAR+ T细胞)。在一些方面，所施用的细胞数在前述实施方案中此类数量的某一差异程度内，例如如与细胞的此类一个或多个数量相比，在加或减(±)5％、6％、7％、8％、9％或10％内，如在加或减8％内。在一些方面，所述剂量在一个范围内，在所述范围中在此类细胞(例如，总CAR+T细胞或CD8+和/或CD4+CAR+ T细胞)的数量与一种或多种结局之间观察到相关(任选地线性关系)，所述结局指示治疗反应或其持续时间(例如，实现缓解、完全缓解和/或缓解的特定持续时间的可能性)和/或前述任何项的持续时间。在一些方面，发现施用较高细胞剂量可以在受试者中导致更大反应，而没有或基本上没有影响(impact)或影响(affect)毒性(例如，CRS或神经毒性)的发生率或风险、或毒性(例如，重度CRS或重度神经毒性)的发生率或风险的程度。
在一些方面，有待根据所提供的实施方案治疗的受试者具有足够的器官功能。例如，在一些方面，受试者展现出以下中的一个或多个：血清肌酐≤1.5×按年龄调整的正常上限(ULN)或计算的肌酐清除率(Cockcroft和Gault)>30mL/min；丙氨酸氨基转移酶(ALT)≤5×ULN和总胆红素<2.0mg/dL(或者对于患有吉尔伯特综合征或白血病浸润肝脏的受试者为<3.0mg/dL)；足够的肺功能，定义为≤不良事件通用术语标准(CTCAE)1级呼吸困难和饱和氧(SaO2)≥92％室内空气；和/或足够的心脏功能，定义为左心室射血分数(LVEF)≥40％，如通过在针对施用工程化细胞组合物评估受试者之前30天内进行的超声心动图(ECHO)或多次吸收闸门探测(MUGA)扫描评估的。
在一些方面，所提供的方法可以实现高的或特定的反应率(如在施用后一定时间段如一个月或三个月之后评估的群体中的反应率)，例如为或约75％或更多、80％或更多、85％或更多的ORR(如1个月或3个月ORR)，以及为或约30％或更多、35％或更多、40％或更多、45％或更多、50％或更多、55％或更多、60％或更多、65％或更多、70％或更多、71％或更多、72％或更多、73％或更多、74％或更多或大约75％或更多的CR率(如1个月或3个月CR率)。在一些实施方案中，在这种疗法的仅单一施用或剂量后收到此类反应率和持久性。在一些实施方案中，通过所提供方法和/或用所提供制品或组合物对此类受试者的治疗还使所述受试者实现高反应率，但即使在较高细胞剂量下也未展现出发生毒性(如神经毒性或CRS)的较高发生率。
因此，在一些实施方案中，所提供的方法、制品和/或组合物可以提供优于用于治疗(如用于过继细胞疗法)的其他可用方法或解决方案或方式的优点。特定地，所提供的实施方案尤其是通过以高比率实现持久反应和降低的毒性或副作用发生率而向患有高风险CLL的受试者提供优点的那些。
在一些实施方案中，在CAR治疗之前、期间或之后监测一种或多种炎性细胞因子、趋化因子或生长因子或受体。在一些实施方案中，例如根据本文的方法评估或监测受试者的TNF或IL-16。在一些实施方案中，例如根据本文的方法评估或监测受试者的VEGFC或VEGFR1。
在一些方面，所提供的方法还涉及施用T细胞疗法，如包含用于过继细胞疗法的细胞(如CAR表达T细胞，例如抗CD19 CAR+ T细胞)的组合物。在一些实施方案中，所述方法还包括在T细胞疗法之前的淋巴细胞清除疗法，例如环磷酰胺、氟达拉滨或其组合。
A.治疗方法
本文提供了评估在受试者中发生与细胞疗法相关的毒性的风险的方法，所述方法涉及评估或检测与毒性相关的生物标记(例如，分析物)或参数，以及施用工程化细胞或含有工程化细胞(如工程化T细胞)的组合物。还提供了工程化细胞(例如，T细胞)和/或其组合物的方法和用途，包括用于治疗患有疾病或病症(如白血病或淋巴瘤，例如，慢性淋巴细胞白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL))的受试者的方法和用途，所述方法和用途涉及施用所述工程化细胞和/或其组合物。在一些实施方案中，如与某些替代性方法相比，所提供的方法和用途可以例如在所治疗受试者的特定组中实现改善的反应和/或更持久的反应或功效和/或降低的毒性或其他副作用的风险。在一些方面，还提供了将工程化细胞(如工程化T细胞)或含有工程化细胞的组合物施用于受试者(如患有疾病或障碍的受试者)的方法。在一些方面，还提供了工程化细胞(如工程化T细胞)或含有工程化细胞的组合物用于治疗疾病或障碍的用途。在一些方面，还提供了工程化细胞(如工程化T细胞)或含有工程化细胞的组合物用于制造用于治疗疾病或障碍的药物的用途。在一些方面，还提供了将用于治疗疾病或障碍或用于施用的工程化细胞(如工程化T细胞)或含有工程化细胞的组合物施用患有疾病或障碍的受试者的方法。在一些方面，所述工程化细胞(如工程化T细胞)或含有工程化细胞的组合物的所述用途是根据本文所述的任何方法来进行。
本文所述的表达重组受体如嵌合抗原受体(CAR)的工程化细胞或包含所述工程化细胞的组合物可用于多种治疗性、诊断性和预防性情形。例如，所述工程化细胞或包含所述工程化细胞的组合物可用于治疗受试者的多种疾病和障碍。此类方法和用途包括治疗性方法和用途，例如涉及将工程化细胞或含有所述工程化细胞的组合物施用于患有疾病、病症或障碍(如肿瘤或癌症)的受试者。在一些实施方案中，以有效量施用工程化细胞或包含所述工程化细胞的组合物以实现疾病或障碍的治疗。用途包括工程化细胞或组合物在此类方法和治疗中以及在制备药物以实施此类治疗方法中的用途。在一些实施方案中，工程化细胞或包含所述工程化细胞的组合物用于例如根据治疗方法治疗受试者的多种疾病和障碍。在一些实施方案中，通过向患有或怀疑患有所述疾病或病症的受试者施用工程化细胞或包含所述工程化细胞的组合物来进行所述方法。在一些实施方案中，所述方法从而治疗所述受试者的所述疾病或病症或障碍。
用于施用用于过继细胞疗法的细胞的通用方法是已知的，并且可以与所提供的方法和组合物结合使用。例如，过继T细胞治疗方法描述于例如Gruenberg等人的美国专利申请公开号2003/0170238；Rosenberg的美国专利号4,690,915；Rosenberg(2011)Nat RevClin Oncol.8(10):577-85)。参见例如Themeli等人(2013)Nat Biotechnol.31(10):928-933；Tsukahara等人(2013)Biochem Biophys Res Commun 438(1):84-9；Davila等人(2013)PLoS ONE 8(4):e61338。
所治疗的疾病或病症可以是任何疾病或病症，其中抗原的表达与疾病、病症或障碍的病因相关和/或参与所述病因，例如引起、加重或以其他方式参与这种疾病、病症或障碍。示例性疾病和病症可以包括与恶性肿瘤或细胞转化(例如癌症)、自身免疫性疾病或炎性疾病或者例如由细菌、病毒或其他病原体引起的感染性疾病相关的疾病或病症。示例性抗原(其包括与可以治疗的各种疾病和病症相关的抗原)描述于上文中。在特定实施方案中，嵌合抗原受体或转基因TCR特异性结合至与疾病或病症相关的抗原。
疾病、病症和障碍包括肿瘤，包括实体瘤、血液恶性肿瘤和黑色素瘤，并且包括局部和转移性肿瘤；感染性疾病，如病毒或其他病原体的感染，例如HIV、HCV、HBV、CMV、HPV和寄生虫病；以及自身免疫性和炎性疾病。在一些实施方案中，疾病、障碍或病症是肿瘤、癌症、恶性肿瘤、肿疡或其他增殖性疾病或障碍。根据本文提供的方法治疗的此类疾病包括但不限于白血病、淋巴瘤，例如慢性淋巴细胞白血病(CLL)和小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)。
在一些实施方案中，东部肿瘤协作组(ECOG)体能状态指示物可以用于评估或选择用于治疗的受试者，例如，因先前疗法而具有较差体能的受试者(参见例如，Oken等人(1982)Am J Clin Oncol.5:649-655)。ECOG体能状态量表描述患者在其自理能力、日常活动和体能(例如，步行、工作等)方面的机能水平。在一些实施方案中，ECOG体能状态为0指示，受试者可以进行正常活动。在一些方面，ECOG体能状态为1的受试者展现体力活动中的一些限制，但是所述受试者能完全走动。在一些方面，ECOG体能状态为2的患者能大于50％走动。在一些情况下，ECOG体能状态为2的受试者也可能能够自理；参见例如
等人,(1993)Br J Cancer 67(4)773-775。反映ECOG体能状态的标准描述于下表1中：
在一些实施方案中，受体(例如CAR)靶向的抗原包括与B细胞恶性肿瘤相关的抗原，如许多已知B细胞标记中的任何一种。在一些实施方案中，所述抗原是或包括CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igκ、Igλ、CD79a、CD79b或CD30。在一些实施方案中，所述抗原是CD19。
在一些实施方案中，细胞疗法(例如，过继T细胞疗法)通过自体转移进行，其中从接受细胞疗法的受试者或从源自这种受试者的样品中分离和/或以其他方式制备细胞。因此，在一些方面，细胞源自需要治疗的受试者(例如，患者)，并且在分离和处理后将细胞施用于同一受试者。
在一些实施方案中，所述细胞疗法(例如，过继T细胞疗法)通过同种异体转移进行，其中从将要接受或最终接受细胞疗法的受试者以外的受试者(例如，第一受试者)分离和/或以其他方式制备细胞。在此类实施方案中，然后将细胞施用于相同物种的不同受试者，例如第二受试者。在一些实施方案中，所述第一和第二受试者在遗传上是相同的。在一些实施方案中，所述第一和第二受试者在遗传上是相似的。在一些实施方案中，所述第二受试者与所述第一受试者表达相同的HLA类别或超类型。
可以将所述细胞通过任何合适的方式施用，例如通过推注输注，通过注射例如静脉内或皮下注射、眼内注射、眼周注射、视网膜下注射、玻璃体内注射、经中隔注射、巩膜下注射、脉络膜内注射、前房注射、结膜下(subconjectval)注射、结膜下(subconjuntival)注射、眼球筋膜囊下(sub-Tenon)注射、眼球后注射、眼球周注射或后近巩膜(posteriorjuxtascleral)递送。在一些实施方案中，将它们通过肠胃外、肺内和鼻内以及(如果需要用于局部治疗的话)病灶内施用来施用。肠胃外输注包括肌内、静脉内、动脉内、腹膜内或皮下施用。在一些实施方案中，给定剂量是通过所述细胞的单次推注施用来施用。在一些实施方案中，给定剂量通过例如在不超过3天的时间段内细胞的多次推注施用，或通过细胞的连续输注施用来施用。在一些实施方案中，细胞剂量或任何其他疗法(例如，淋巴细胞清除疗法、干预疗法和/或组合疗法)的施用是经由门诊递送进行的。
对于疾病的预防或治疗，适当的剂量可取决于待治疗的疾病类型、细胞或重组受体的类型、疾病的严重程度和病程、是针对预防目的还是针对治疗目的而施用细胞、先前治疗、受试者的临床病史和对细胞的反应以及主治医师的决断。在一些实施方案中，适合将组合物和细胞一次或在一系列治疗中施用于受试者。
在一些实施方案中，所述方法包括施用化学治疗剂，例如调理性化学治疗剂。
在一些方面，用免疫清除(例如，淋巴细胞清除)疗法预调理受试者可以改善过继细胞疗法(ACT)的效果。
因此，在一些实施方案中，所述方法包括在开始所述细胞疗法之前将预调理剂施用于受试者，所述预调理剂如淋巴细胞清除剂或化学治疗剂，如环磷酰胺、氟达拉滨或其组合。例如，可以在开始所述细胞疗法之前至少2天(如之前至少3、4、5、6或7天)，向所述受试者施用预调理剂。在一些实施方案中，在开始所述细胞疗法之前不超过7天(如之前不超过6、5、4、3或2天)，向所述受试者施用预调理剂。
在一些实施方案中，对受试者用在或在约20mg/kg与100mg/kg之间、如在或在约40mg/kg与80mg/kg之间的剂量的环磷酰胺进行预调理。在一些方面，对所述受试者用或用约60mg/kg的环磷酰胺进行预调理。在一些实施方案中，可以将环磷酰胺按单剂量施用或者可以按多个剂量施用，如每日给予、每隔一天给予或每三天给予。在一些实施方案中，将环磷酰胺每日施用一次，持续一天或两天。在一些实施方案中，在淋巴细胞清除剂包含环磷酰胺的情况下，按以下剂量向受试者施用环磷酰胺：在或在约100mg/m2与500mg/m2之间，如在或在约200mg/m2与400mg/m2之间或者250mg/m2与350mg/m2之间，包含端值。在一些情形中，向受试者施用约300mg/m2的环磷酰胺。在一些实施方案中，可以将环磷酰胺按单剂量施用或者可以按多个剂量施用，如每日给予、每隔一天给予或每三天给予。在一些实施方案中，每天施用环磷酰胺，如持续1-5天，例如持续3至5天。在一些情形中，在开始细胞疗法之前，每天向受试者施用约300mg/m2的环磷酰胺，持续3天。
在一些实施方案中，当淋巴细胞清除剂包含氟达拉滨时，向受试者施用剂量在或在约1mg/m2与100mg/m2之间、如在或在约10mg/m2与75mg/m2之间、15mg/m2与50mg/m2之间、20mg/m2与40mg/m2之间或24mg/m2与35mg/m2之间的氟达拉滨(包含端值)。在一些情形中，向受试者施用约30mg/m2的氟达拉滨。在一些实施方案中，可以将氟达拉滨按单一剂量施用或者可以按多个剂量施用，如每日给予、每隔一天给予或每三天给予。在一些实施方案中，每天施用氟达拉滨，如持续1-5天，例如持续3至5天。在一些情形中，在开始细胞疗法之前，每天向受试者施用约30mg/m2的氟达拉滨，持续3天。
在一些实施方案中，淋巴细胞清除剂包含药剂的组合，如环磷酰胺和氟达拉滨的组合。因此，药剂的组合可包括任何剂量或给药时间表(如上述那些剂量或给药时间表)下的环磷酰胺以及任何剂量或给药时间表(如上述那些剂量或给药时间表)下的氟达拉滨。例如，在一些方面，在第一剂量或后续剂量之前，向受试者施用60mg/kg(约2g/m2)的环磷酰胺和3至5个剂量的25mg/m2氟达拉滨。
在一些实施方案中，在施用细胞后，例如通过许多已知方法中的任一种测量工程化细胞群的生物学活性。待评估的参数包括工程化或天然T细胞或其他免疫细胞与抗原的特异性结合，其在体内例如通过成像进行评估，或离体例如通过ELISA或流式细胞术进行评估。在某些实施方案中，工程化细胞破坏靶细胞的能力可以使用任何合适的已知方法来测量，所述方法例如描述于例如以下文献中的细胞毒性测定：Kochenderfer等人,J.Immunotherapy,32(7):689-702(2009)，和Herman等人J.Immunological Methods,285(1):25-40(2004)。在一些实施方案中，通过测定一种或多种细胞因子(如CD107a、IFNγ、IL-2和TNF)的表达和/或分泌来测量细胞的生物学活性。
在某些实施方案中，将工程化细胞以任何数量的方式进一步修饰，使得其治疗或预防功效增加。例如，可以将群体表达的工程化CAR或TCR直接或通过接头间接缀合至靶向部分。将化合物(例如，CAR或TCR)与靶向部分缀合的实践在本领域是已知的。参见例如Wadwa等人,J.Drug Targeting 3:1 1 1(1995)和美国专利5,087,616。在一些实施方案中，将所述细胞作为组合治疗的一部分施用，如与另一种治疗性干预如抗体或工程化细胞或受体或药剂(如细胞毒性剂或治疗剂)同时施用或以任何顺序依序施用。在一些实施方案中，将所述细胞与一种或多种另外的治疗剂共同施用或与另一种治疗性干预联合施用(同时或以任何顺序依序施用)。在一些情境下，将所述细胞与另一种疗法在时间上足够接近地共同施用，使得所述细胞群增强一种或多种另外的治疗剂的效果，或反之亦然。在一些实施方案中，在所述一种或多种另外的治疗剂之前施用所述细胞。在一些实施方案中，在所述一种或多种另外的治疗剂之后施用所述细胞。在一些实施方案中，所述一种或多种另外的药剂包括细胞因子(如IL-2)例如以增强持久性。
B.给药
在一些实施方案中，根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物将一定剂量的细胞施用于受试者。在一些实施方案中，剂量的大小或时间安排根据受试者的特定疾病或病症确定。在一些情况下，可以根据所提供的描述凭经验确定用于特定疾病的剂量的大小或时间安排。
在某些实施方案中，所述细胞或单独的细胞亚型群体以约100万至约1000亿个细胞和/或按每公斤体重所述细胞量的范围施用于受试者，例如，100万至约500亿个细胞(例如，约500万个细胞、约2500万个细胞、约5亿个细胞、约10亿个细胞、约50亿个细胞、约200亿个细胞、约300亿个细胞、约400亿个细胞或由任两个前述值定义的范围)，如约1000万至约1000亿个细胞(例如，约2000万个细胞、约3000万个细胞、约4000万个细胞、约6000万个细胞、约7000万个细胞、约8000万个细胞、约9000万个细胞、约100亿个细胞、约250亿个细胞、约500亿个细胞、约750亿个细胞、约900亿个细胞或由任两个前述值定义的范围)，并且在一些情况下约1亿个细胞至约500亿个细胞(例如，约1.2亿个细胞、约2.5亿个细胞、约3.5亿个细胞、约4.5亿个细胞、约6.5亿个细胞、约8亿个细胞、约9亿个细胞、约30亿个细胞、约300亿个细胞、约450亿个细胞)或在这些范围和/或每公斤体重的这些范围之间的任何值。剂量可以根据疾病或障碍和/或患者和/或其他治疗特有的属性而变化。在一些实施方案中，这些值是指表达重组受体的细胞的数量；在其他实施方案中，它们是指施用的T细胞或PBMC或总细胞的数量。在一些实施方案中，细胞数量是作为活细胞的此类细胞的数量。
在一些实施方案中，细胞剂量是细胞的平剂量或细胞的固定剂量，使得细胞剂量不依赖于或基于受试者的体表面积或体重。
在一些实施方案中，基因工程化细胞的剂量包含从为或约1x105至为或约5x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x105至为或约2.5x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x105至为或约1x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x105至为或约5x107个总CAR表达T细胞、从为或约1x105至为或约2.5x107个总CAR表达T细胞、从为或约1x105至为或约1x107个总CAR表达T细胞、从为或约1x105至为或约5x106个总CAR表达T细胞、从为或约1x105至为或约2.5x106个总CAR表达T细胞、从为或约1x105至为或约1x106个总CAR表达T细胞、从为或约1x106至为或约5x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x106至为或约2.5x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x106至为或约1x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x106至为或约5x107个总CAR表达T细胞、从为或约1x106至为或约2.5x107个总CAR表达T细胞、从为或约1x106至为或约1x107个总CAR表达T细胞、从为或约1x106至为或约5x106个总CAR表达T细胞、从为或约1x106至为或约2.5x106个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x106至为或约5x108个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x106至为或约2.5x108个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x106至为或约1x108个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x106至为或约5x107个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x106至为或约2.5x107个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x106至为或约1x107个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x106至为或约5x106个总CAR表达T细胞、从为或约5x106至为或约5x108个总CAR表达T细胞、从为或约5x106至为或约2.5x108个总CAR表达T细胞、从为或约5x106至为或约1x108个总CAR表达T细胞、从为或约5x106至为或约5x107个总CAR表达T细胞、从为或约5x106至为或约2.5x107个总CAR表达T细胞、从为或约5x106至为或约1x107个总CAR表达T细胞、从为或约1x107至为或约5x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x107至为或约2.5x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x107至为或约1x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x107至为或约5x107个总CAR表达T细胞、从为或约1x107至为或约2.5x107个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x107至为或约5x108个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x107至为或约2.5x108个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x107至为或约1x108个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x107至为或约5x107个总CAR表达T细胞、从为或约5x107至为或约5x108个总CAR表达T细胞、从为或约5x107至为或约2.5x108个总CAR表达T细胞、从为或约5x107至为或约1x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x108至为或约5x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x108至为或约2.5x108个总CAR表达T细胞、或从为或约2.5x108至为或约5x108个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，细胞数量是作为活细胞的此类细胞的数量。
在一些实施方案中，基因工程化细胞的所述剂量包含从为或约2.5x107至为或约1.5x108个总CAR表达T细胞，如5x107至1x108个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，基因工程化细胞的所述剂量包含至少或至少约2.5x107个CAR表达细胞、至少或至少约5x107个CAR表达细胞、或至少或至少约1x108个CAR表达细胞。在一些实施方案中，T细胞的所述剂量包含：为或约2.5×107个CAR表达T细胞。在一些实施方案中，T细胞的所述剂量包含为或约1x108个CAR表达T细胞。在一些实施方案中，T细胞的所述剂量包含为或约5x107个CAR表达T细胞。在一些实施方案中，细胞数量是作为活细胞的此类细胞的数量。
在一些实施方案中，所述数量是关于CD3+、CD8+或CD4+和CD8+的总数量，在一些情况下还关于重组受体表达(例如CAR+)细胞的总数量。在一些实施方案中，所述数量是关于CD3+重组受体表达(例如CAR+)细胞的总数量。在一些实施方案中，所述数量是关于CD4+和CD8+重组受体表达(例如，CAR+)细胞的总数量。在一些实施方案中，细胞数量是作为活细胞的此类细胞的数量。
在一些实施方案中，细胞疗法包括施用包含一定数量的细胞的剂量，所述数量的细胞为从或从约1x105至或至约5x108个CD3+、CD8+、或CD4+和CD8+总T细胞或CD3+、CD8+、或CD4+和CD8+重组受体(例如CAR+)表达细胞，从或从约5x105至或至约1x107个CD3+、CD8+、或CD4+和CD8+总T细胞或CD3+、CD8+、或CD4+和CD8+重组受体(例如CAR+)表达细胞，或从或从约1x106至或至约1x107个CD3+、CD8+、或CD4+和CD8+总T细胞或CD3+、CD8+、或CD4+和CD8+重组受体(例如CAR+)表达细胞，每个都包含端值。在一些实施方案中，细胞疗法包括施用包含一定数量的细胞的剂量，所述数量的细胞为从或从约1x105至或至约5x108个总CD3+/CAR+、CD8+/CAR+或CD4+/CD8+/CAR+细胞，从或从约5x105至或至约1x107个总CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+细胞，或从或从约1x106至或至约1x107个总CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+细胞，每个都包含端值。在一些实施方案中，细胞数量是作为活细胞的此类细胞的数量。
在一些实施方案中，基因工程化细胞的所述剂量包含从或从约2.5x107至1.5x108个总CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞，如5x107至1x108个总CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞。在一些实施方案中，基因工程化细胞的所述剂量包含至少或至少约2.5x107个CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞，至少或至少约5x107个CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞，或至少或至少约1x108个CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞。在一些实施方案中，基因工程化细胞的所述剂量包含为或约2.5x107个CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞，为或约5x107个CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞，或为或约1x108个CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+T细胞。在一些实施方案中，细胞数量是作为活细胞的此类细胞的数量。
在一些实施方案中，T细胞的所述剂量包含：为或约5x107个重组受体(例如CAR)表达T细胞或为或约2.5x107个重组受体(例如CAR)表达CD8+ T细胞。在一些实施方案中，T细胞的所述剂量包含：为或约1x108个重组受体(例如CAR)表达T细胞或为或约5x107个重组受体(例如CAR)表达CD8+ T细胞。在一些实施方案中，T细胞的所述剂量包含：为或约1.5x108个重组受体(例如CAR)表达T细胞或为或约0.75x108个重组受体(例如CAR)表达CD8+ T细胞。在一些实施方案中，细胞数量是作为活细胞的此类细胞的数量。
在一些实施方案中，所述剂量的所述T细胞包括CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或CD4+和CD8+ T细胞。在一些实施方案中，例如，当受试者是人时，所述剂量(包括在包含CD4+和CD8+T细胞的剂量中)的CD8+ T细胞包括约2.5x107与1x108个之间的总重组受体(例如CAR)表达CD8+细胞，或其一部分，如以1:3至3:1(任选地为或约1:1)的CD4+细胞与CD8+ T细胞的比率存在。
在一些实施方案中，向患者施用多个剂量，并且每个剂量或总剂量可以在任何前述值内。在一些实施方案中，细胞的所述剂量包括施用从或从约1x105至或至约5x108个总重组受体(例如CAR)表达T细胞或总T细胞、从或从约1x105至或至约1.5x108个总重组受体(例如CAR)表达T细胞或总T细胞、从或从约1x105至或至约1x108个总重组受体(例如CAR)表达T细胞或总T细胞、从或从约5x105至或至约1x107个总重组受体(例如CAR)表达T细胞或总T细胞、或从或从约1x106至或至约1x107个总重组受体(例如CAR)表达T细胞或总T细胞，每个都包含端值。
在一些实施方案中，细胞剂量是细胞的平剂量或细胞的固定剂量，使得细胞剂量不依赖于或基于受试者的体表面积或体重。
在一些实施方案中，基因工程化细胞的所述剂量包含从或从约1x105至5x108个表达CAR的总T细胞、1x105至2.5x108个表达CAR的总T细胞、1x105至1x108个表达CAR的总T细胞、1x105至5x107个表达CAR的总T细胞、1x105至2.5x107个表达CAR的总T细胞、1x105至1x107个表达CAR的总T细胞、1x105至5x106个表达CAR的总T细胞、1x105至2.5x106个表达CAR的总T细胞、1x105至1x106个表达CAR的总T细胞、1x106至5x108个表达CAR的总T细胞、1x106至2.5x108个表达CAR的总T细胞、1x106至1x108个表达CAR的总T细胞、1x106至5x107个表达CAR的总T细胞、1x106至2.5x107个表达CAR的总T细胞、1x106至1x107个表达CAR的总T细胞、1x106至5x106个表达CAR的总T细胞、1x106至2.5x106个表达CAR的总T细胞、2.5x106至5x108个表达CAR的总T细胞、2.5x106至2.5x108个表达CAR的总T细胞、2.5x106至1x108个表达CAR的总T细胞、2.5x106至5x107个表达CAR的总T细胞、2.5x106至2.5x107个表达CAR的总T细胞、2.5x106至1x107个表达CAR的总T细胞、2.5x106至5x106个表达CAR的总T细胞、5x106至5x108个表达CAR的总T细胞、5x106至2.5x108个表达CAR的总T细胞、5x106至1x108个表达CAR的总T细胞、5x106至5x107个表达CAR的总T细胞、5x106至2.5x107个表达CAR的总T细胞、5x106至1x107个表达CAR的总T细胞、1x107至5x108个表达CAR的总T细胞、1x107至2.5x108个表达CAR的总T细胞、1x107至1x108个表达CAR的总T细胞、1x107至5x107个表达CAR的总T细胞、1x107至2.5x107个表达CAR的总T细胞、2.5x107至5x108个表达CAR的总T细胞、2.5x107至2.5x108个表达CAR的总T细胞、2.5x107至1x108个表达CAR的总T细胞、2.5x107至5x107个表达CAR的总T细胞、5x107至5x108个表达CAR的总T细胞、5x107至2.5x108个表达CAR的总T细胞、5x107至1x108个表达CAR的总T细胞、1x108至5x108个表达CAR的总T细胞、1x108至2.5x108个表达CAR的总T细胞、或2.5x108至5x108个表达CAR的总T细胞。在一些实施方案中，细胞数量是作为活细胞的此类细胞的数量。
在一些实施方案中，基因工程化细胞的所述剂量包含从为或约2.5x107至为或约1.5x108个总CAR表达T细胞，如5x107至1x108个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，基因工程化细胞的所述剂量包含至少或至少约2.5x107个CAR表达细胞、至少或至少约5x107个CAR表达细胞、或至少或至少约1x108个CAR表达细胞。在一些实施方案中，T细胞的所述剂量包含：为或约2.5×107个CAR表达T细胞。在一些实施方案中，T细胞的所述剂量包含为或约1x108个CAR表达T细胞。在一些实施方案中，T细胞的所述剂量包含为或约5x107个CAR表达T细胞。在一些实施方案中，细胞数量是作为活细胞的此类细胞的数量。
在一些实施方案中，所述数量是关于CD3+、CD8+或CD4+和CD8+的总数量，在一些情况下还关于重组受体表达(例如CAR+)细胞的总数量。在一些实施方案中，细胞数量是作为活细胞的此类细胞的数量。
在一些实施方案中，细胞疗法包括施用包含一定数量的细胞的剂量，所述数量的细胞为从或从约1x105至或至约5x108个CD3+、CD8+、或CD4+和CD8+总T细胞或CD3+、CD8+、或CD4+和CD8+重组受体(例如CAR+)表达细胞，从或从约5x105至或至约1x107个CD3+、CD8+、或CD4+和CD8+总T细胞或CD3+、CD8+、或CD4+和CD8+重组受体(例如CAR+)表达细胞，或从或从约1x106至或至约1x107个CD3+、CD8+、或CD4+和CD8+总T细胞或CD3+、CD8+、或CD4+和CD8+重组受体(例如CAR+)表达细胞，每个都包含端值。在一些实施方案中，细胞疗法包括施用包含一定数量的细胞的剂量，所述数量的细胞为从或从约1x105至或至约5x108个总CD3+/CAR+、CD8+/CAR+或CD4+/CD8+/CAR+细胞，从或从约5x105至或至约1x107个总CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+细胞，或从或从约1x106至或至约1x107个总CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+细胞，每个都包含端值。在一些实施方案中，细胞数量是作为活细胞的此类细胞的数量。
在一些实施方案中，基因工程化细胞的所述剂量包含从或从约2.5x107至1.5x108个总CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞，如5x107至1x108个总CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞。在一些实施方案中，基因工程化细胞的所述剂量包含至少或至少约2.5x107个CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞，至少或至少约5x107个CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞，或至少或至少约1x108个CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞。在一些实施方案中，基因工程化细胞的所述剂量包含为或约2.5x107个CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞，为或约5x107个CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞，或为或约1x108个CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+T细胞。在一些实施方案中，细胞数量是作为活细胞的此类细胞的数量。
在一些实施方案中，T细胞的所述剂量包含：为或约5x107个重组受体(例如CAR)表达T细胞或为或约2.5x107个重组受体(例如CAR)表达CD8+ T细胞。在一些实施方案中，T细胞的所述剂量包含：为或约1x108个重组受体(例如CAR)表达T细胞或为或约5x107个重组受体(例如CAR)表达CD8+ T细胞。在一些实施方案中，T细胞的所述剂量包含：为或约1.5x108个重组受体(例如CAR)表达T细胞或为或约0.75x108个重组受体(例如CAR)表达CD8+ T细胞。在一些实施方案中，细胞数量是作为活细胞的此类细胞的数量。
在一些实施方案中，向患者施用多个剂量，并且每个剂量或总剂量可以在任何前述值内。在一些实施方案中，细胞的所述剂量包括施用从或从约1x105至或至约5x108个总重组受体(例如CAR)表达T细胞或总T细胞、从或从约1x105至或至约1.5x108个总重组受体(例如CAR)表达T细胞或总T细胞、从或从约1x105至或至约1x108个总重组受体(例如CAR)表达T细胞或总T细胞、从或从约5x105至或至约1x107个总重组受体(例如CAR)表达T细胞或总T细胞、或从或从约1x106至或至约1x107个总重组受体(例如CAR)表达T细胞或总T细胞，每个都包含端值。
在一些实施方案中，所述剂量的所述T细胞包括CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或CD4+和CD8+ T细胞。
在一些实施方案中，细胞(例如，重组受体表达T细胞)的剂量作为单一剂量施用于受试者，或者在两周、一个月、三个月、六个月、1年或更长的时间段内仅施用一次。
在过继细胞疗法的情况下，施用给定“剂量”涵盖施用作为单一组合物和/或单次不间断施用(例如，作为单次注射或连续输注)的给定量或数量的细胞，并且还涵盖在指定时间段中(如在不超过3天中)施用在多种单独组合物或输注中提供的作为分割剂量或作为多种组合物的给定量或数量的细胞。因此，在一些情况下，剂量是指定数量的细胞的单次或连续施用，在单个时间点给予或开始。然而，在一些情况下，剂量在不超过三天的时间段内以多次注射或输注的方式施用，例如每天一次持续三天或两天或者通过在一天的时间内多次输注。
因此，在一些方面，所述剂量的细胞以单一药物组合物施用。在一些实施方案中，所述剂量的细胞以共同含有所述剂量的细胞的多种组合物施用。
在一些实施方案中，所述剂量的细胞可以通过施用多种组合物或溶液(如第一和第二，任选地更多)来施用，每种组合物或溶液含有所述剂量的一些细胞。在一些方面，任选地在某一时间段内，分开地或独立地施用各自含有不同细胞群和/或细胞亚型的多个组合物。例如，细胞的群体或亚型可以分别包括CD8+和CD4+ T细胞，和/或分别富含CD8+和富含CD4+的群体，例如，各自单独地包括基因工程化以表达重组受体的细胞的CD4+和/或CD8+ T细胞。在一些实施方案中，所述剂量的施用包括施用第一组合物，所述第一组合物包含一定剂量的CD8+ T细胞或一定剂量的CD4+ T细胞，以及施用第二组合物，所述第二组合物包含所述剂量的CD4+ T细胞和CD8+ T细胞中的另一种。
在一些实施方案中，所述组合物或剂量的施用(例如，所述多种细胞组合物的施用)涉及分开施用所述细胞组合物。在一些方面，分开施用同时或按任何顺序依序进行。在特定实施方案中，单独施用是通过按任何顺序施用以下来依序进行：第一组合物，所述第一组合物包含CD8+ T细胞的剂量或CD4+ T细胞的剂量，以及第二组合物，所述第二组合物包含CD4+ T细胞和CD8+ T细胞的剂量中的另一者。在一些实施方案中，所述剂量包含第一组合物和第二组合物，并且将所述第一组合物和所述第二组合物在彼此相隔48小时内施用，如彼此相隔不超过36小时或彼此相隔不超过24小时内施用。在一些实施方案中，将所述第一组合物和所述第二组合物相隔为或约0至为或约12小时、相隔从为或约0至为或约6小时、或相隔从为或约0至为或约2小时施用。在一些实施方案中，开始施用第一组合物和开始施用第二组合物是相隔不超过或不超过约2小时、不超过或不超过约1小时或不超过或不超过约30分钟，相隔不超过或不超过约15分钟、不超过或不超过约10分钟或不超过或不超过约5分钟进行的。在一些实施方案中，开始和/或完成施用第一组合物和完成和/或开始施用第二组合物是相隔不超过或不超过约2小时、不超过或不超过约1小时或不超过或不超过约30分钟，相隔不超过或不超过约15分钟、不超过或不超过约10分钟或不超过或不超过约5分钟进行的。
在一些组合物中，所述第一组合物(例如，所述剂量的第一组合物)包含CD4+T细胞。在一些组合物中，所述第一组合物(例如，所述剂量的第一组合物)包含CD8+ T细胞。在一些实施方案中，第一组合物是在第二组合物之前施用。在特定实施方案中，CD8+ T细胞在CD4+ T细胞之前施用。
在一些实施方案中，细胞的所述剂量或组合物包括限定或目标比率的表达重组受体(例如CAR)的CD4+细胞与表达重组受体(例如CAR)的CD8+细胞和/或限定或目标比率的CD4+细胞与CD8+细胞，所述比率任选地为大约1:1或者在大约1:3与大约3:1之间，如大约1:1。在一些实施方案中，细胞的所述剂量或组合物包括限定或目标比率的表达重组受体(例如CAR)的CD4+细胞与表达重组受体(例如CAR)的CD8+细胞和/或限定或目标比率的CD4+细胞与CD8+细胞，所述比率为大约1:1。在一些方面，具有不同细胞群的目标或所需比率(如CD4+:CD8+比率或CAR+CD4+:CAR+CD8+比率，例如，1:1)的组合物或剂量的施用涉及施用含有所述群体中的一种的细胞组合物，然后施用包含所述群体中的另一种的单独细胞组合物，其中所述施用是以或大约以所述目标或所需比率来进行。在一些方面，定义比率的细胞的剂量或组合物的施用导致改善T细胞疗法的扩增、持久性和/或抗肿瘤活性。
在一些实施方案中，细胞的所述剂量或组合物包括限定或目标比率的表达重组受体的CD4+细胞与表达重组受体的CD8+细胞和/或限定或目标比率的CD4+细胞与CD8+细胞，所述比率任选地为大约1:1。在一些方面，具有不同细胞群的目标或所需比率(如CD4+:CD8+比率或CAR+CD4+:CAR+CD8+比率，例如，1:1)的组合物或剂量的施用涉及施用含有所述群体中的一种的细胞组合物，然后施用包含所述群体中的另一种的单独细胞组合物，其中所述施用是以或大约以所述目标或所需比率来进行。在一些方面，定义比率的细胞的剂量或组合物的施用导致改善T细胞疗法的扩增、持久性和/或抗肿瘤活性。
在特定实施方案中，细胞的数量和/或浓度是指重组受体(例如CAR)表达细胞的数量或重组受体(例如CAR)表达T细胞或其CD3+ T或CD4+和/或CD8+ T细胞子集的数量。在一些实施方案中，细胞的数量和/或浓度是指作为活细胞的细胞的这种数量。
在一些实施方案中，基因工程化细胞的所述剂量为或为约5x107个CD3+CAR+活细胞，包括单独剂量的为或约2.5x107个CD4+CAR+活细胞和为或约2.5x107个CD8+CAR+活细胞。在一些实施方案中，基因工程化细胞的所述剂量为或为约1x108个CD3+CAR+活细胞，其包括单独剂量的为或约5x107个CD4+CAR+活细胞和为或约5x107个CD8+CAR+活细胞。在一些实施方案中，基因工程化细胞的所述剂量为或为约1.5x108个CD3+CAR+活细胞，其包括单独剂量的为或约0.75x108个CD4+CAR+活细胞和为或约0.75x108个CD8+CAR+活细胞。
C.反应、功效和存活
在一些实施方案中，尽管受试者已经对于另一种疗法经历失败、变得对于另一种疗法是难治的和/或已有耐药性，但所述施用有效治疗了受试者。在一些实施方案中，尽管受试者已经变得对于另一种疗法是难治的，但所述施用有效治疗了所述受试者。在一些实施方案中，尽管受试者已经对另一种疗法产生耐药性，但所述施用有效治疗了所述受试者。在一些实施方案中，至少30％的根据所述方法治疗的受试者实现完全缓解(CR)；和/或至少约75％的根据所述方法治疗的受试者实现客观反应(OR)。在一些实施方案中，至少或约至少35％、40％、45％、50％、55％、60％或更多的根据所述方法治疗的受试者实现CR和/或至少或约至少50％、60％、70％或80％实现客观反应(OR)。在一些实施方案中，至少30％的已经对于先前的BTK抑制剂(例如依鲁替尼)疗法和维奈妥拉二者经历失败的根据所述方法治疗的受试者实现完全缓解(CR)；和/或至少约75％的已经对于先前的BTK抑制剂(例如依鲁替尼)疗法和维奈妥拉二者经历失败的根据所述方法治疗的受试者实现客观反应(OR)。在一些实施方案中，至少或约至少35％、40％、45％、50％、55％、60％或更多的已经对于先前的BTK抑制剂(例如依鲁替尼)疗法和维奈妥拉二者经历失败的根据所述方法治疗的受试者实现CR和/或至少或约至少50％、60％、70％或80％实现客观反应(OR)。在一些实施方案中，评估有效治疗的标准包括总体反应率(ORR；在一些情况下也称为客观反应率)、完全反应(CR；在一些情况下也称为完全缓解)、伴不完全血细胞计数恢复(CRi)的完全缓解、疾病稳定(SD)和/或部分疾病(PD)。
在一些实施方案中，进展之前的反应持续时间为大于1个月、大于2个月、大于3个月、大于6个月或更长时间。在一些实施方案中，至少35％、40％、45％、50％、55％、60％或更多的根据本文提供的方法治疗的受试者在施用细胞疗法后为或约3个月或为或约6个月实现完全缓解(CR；在一些情况下也称为完全缓解)。
在一些方面，根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物的施用通常降低或预防所述受试者中所述疾病或病症的扩大或负荷。例如，在疾病或病症是肿瘤的情况下，所述方法通常降低肿瘤大小、体积、转移、骨髓中原始细胞的百分比或可分子检测的癌症，和/或改善预后或存活或与肿瘤负荷相关的其他症状。
疾病负荷可以涵盖受试者体内或受试者的器官、组织或体液(如肿瘤的器官或组织或例如可指示转移的另一位置)中疾病细胞的总数。例如，可以在某些血液恶性肿瘤环境中在血液或骨髓中检测和/或定量肿瘤细胞。在一些实施方案中，疾病负荷可以包括肿瘤的质量、转移的数量或程度和/或骨髓中存在的原始细胞的百分比。
在一些实施方案中，受试者患有白血病。疾病负荷的程度可以通过评估血液或骨髓中的残留白血病来确定。
在一些方面，受试者(如患有CLL的受试者)的反应率是基于国际慢性淋巴细胞白血病研讨会(IWCLL)反应标准(Hallek等人,Blood 2008年6月15日；111(12):5446-5456)。在一些方面，受试者(如患有CLL的受试者)的反应率是基于国际慢性淋巴细胞白血病研讨会(IWCLL)反应标准(Hallek等人,Blood 2018 131(25):2745-2760)。在一些方面，这些标准描述如下：完全缓解(CR；在一些情况下也称为完全缓解)，其在一些方面要求依据免疫表型分析不存在外周血克隆淋巴细胞、不存在淋巴结病、不存在肝肿大或脾肿大、不存在全身症状且血细胞计数令人满意；伴不完全骨髓恢复的完全缓解(CRi)，其在一些方面被描述为上文的CR，但没有正常的血细胞计数；部分缓解(PR；在一些情况下也称为部分反应)，其在一些方面被描述为淋巴细胞计数下降≥50％、淋巴结病减少≥50％、或肝或脾减小≥50％，以及外周血细胞计数改善；疾病进展(PD)，其在一些方面被描述为淋巴细胞计数增加≥50％至>5x109/L、淋巴结病增加≥50％、肝或脾大小增加≥50％、里希特转化或由于CLL所致的新的血细胞减少；和疾病稳定，其在一些方面被描述为不符合CR、CRi、PR或PD的标准。
在一些实施方案中，如果在施用细胞剂量的1个月内，受试者的淋巴结大小小于或小于约20mm、大小小于或小于约10mm或大小小于或小于约10mm，则所述受试者展现出CR或OR。
在一些实施方案中，在受试者的骨髓中(或在大于50％、60％、70％、80％、90％或更多的根据所述方法治疗的受试者的骨髓中)未检测到CLL的指标克隆。在一些实施方案中，通过IgH深度测序评估CLL的指标克隆。在一些实施方案中，在施用细胞之后等于或约或者至少为或至少约1、2、3、4、5、6、12、18或24个月的时间未检测到指标克隆。
在一些实施方案中，如果例如如通过光学显微术检测，骨髓中存在大于或等于5％原始细胞，如骨髓中大于或等于10％原始细胞、骨髓中大于或等于20％原始细胞、骨髓中大于或等于30％原始细胞、骨髓中大于或等于40％原始细胞或骨髓中大于或等于50％原始细胞，则受试者展现出形态学疾病。在一些实施方案中，如果在骨髓中存在大于或等于5％的原始细胞，则受试者展现出形态学疾病。在一些实施方案中，如果骨髓中存在少于5％原始细胞，则受试者展现出完全或临床缓解。
在一些实施方案中，受试者患有白血病。疾病负荷的程度可以通过评估血液或骨髓中的残留白血病来确定。
在一些实施方案中，如果例如如通过光学显微术检测，骨髓中存在大于或等于5％原始细胞，如骨髓中大于或等于10％原始细胞、骨髓中大于或等于20％原始细胞、骨髓中大于或等于30％原始细胞、骨髓中大于或等于40％原始细胞或骨髓中大于或等于50％原始细胞，则受试者展现出形态学疾病。在一些实施方案中，如果在骨髓中存在大于或等于5％的原始细胞，则受试者展现出形态学疾病。在一些实施方案中，如果骨髓中存在少于5％原始细胞，则受试者展现出完全或临床缓解。
在一些实施方案中，受试者可以展现完全缓解，但存在小部分形态学上(通过光学显微术技术)不可检测的残留白血病细胞。如果受试者展现在骨髓中小于5％原始细胞并且展现可分子检测的癌症，则称受试者展现出微小残留病(MRD)。在一些实施方案中，可以使用允许灵敏检测少量细胞的各种分子技术中的任何一种来评估可分子检测的癌症。在一些方面，此类技术包括PCR测定，其可以确定由染色体易位产生的独特Ig/T细胞受体基因重排或融合转录物。在一些实施方案中，流式细胞术可以用于基于白血病特异性免疫表型鉴定癌细胞。在一些实施方案中，癌症的分子检测可以检测100,000个正常细胞中的少至1个白血病细胞。在一些实施方案中，如果如通过PCR或流式细胞术检测到100,000个细胞中的至少或大于1个白血病细胞，则受试者展现出可分子检测的MRD。在一些实施方案中，受试者的疾病负荷是不可分子检测的或MRD-，使得在一些情况下使用PCR或流式细胞术技术不能检测到受试者体内的白血病细胞。
在一些实施方案中，在所述受试者的骨髓中(或在大于50％、60％、70％、80％、90％或更多的根据所述方法治疗的受试者的骨髓中)没有检测到白血病(例如CLL)的指标克隆。在一些实施方案中，通过IGH深度测序来评估白血病(例如CLL)的指标克隆。在一些实施方案中，在施用细胞之后等于或约或者至少为或至少约1、2、3、4、5、6、12、18或24个月的时间未检测到指标克隆。
在一些方面，MRD是通过流式细胞术来检测。可以使用流式细胞术监测骨髓和外周血样品中的癌细胞。在特定方面，使用流式细胞术检测或监测骨髓中癌细胞的存在。在一些方面，使用通过流式细胞术进行的多参数免疫学检测来检测癌细胞(参见例如，Coustan-Smith等人,(1998)Lancet 351:550-554)。在一些方面，使用通过质谱流式细胞技术进行的多参数免疫学检测来检测癌细胞。在一些例子中，可以使用1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45或50个参数来检测癌细胞。用于检测的抗原是基于所检测的癌症选择的(Foon和Todd(1986)Blood 68:1-31)。在一些实施方案中，MRD被描述为受试者在外周血或骨髓中没有CLL证据，即基于残留淋巴结病或脾肿大的CR或PR。在一些方面，MRD是通过外周血的流式细胞术和骨髓的IgHV深度测序来测量。
在一些例子中，通过骨髓抽吸物或骨髓活检收获骨髓，并分离淋巴细胞用于分析。可以使用与荧光染料(例如，异硫氰酸荧光素(FITC)、藻红蛋白、多甲藻素叶绿素蛋白或生物素)缀合的单克隆和/或多克隆抗体检测分离的淋巴细胞上的表位，如末端脱氧核苷酸基转移酶(TdT)、CD3、CD10、CD11c、CD13、CD14、CD33、CD19、CD20、CD21、CD22、CD23、CD34、CD45、CD56、CD79b、IgM和/或KORSA3544。然后可以使用流式细胞术(如多参数流式细胞术或质谱流式细胞术)来检测标记的细胞，以检测多个表位。
可以基于光散射点图鉴定和门控淋巴细胞，然后进行二次门控以鉴定表达目的免疫表型特征的细胞群。示例性表位显示于下表2中。白血病和淋巴瘤的其他免疫学分类提供于Foon和Todd(Blood(1986)68(1):1-31)中。在一些方面，MRD的流式细胞术评估可以通过对带有一种或多种CLL免疫表型(例如，低前向/侧向散射；CD3-；CD5+；CD14-；CD19+；CD23+；CD45+；CD56-)的活淋巴细胞进行定量来实现。
在一些方面，可以使用所收获的B细胞免疫球蛋白重链(IGH)基因座的深度测序来检测微小残留病(MRD)。特定IgG重排的克隆存在可以提供标记以检测B细胞恶性肿瘤(如CLL)的存在和/或其恶性细胞的残留存在。在一些方面，从血液收获并分离细胞，如含有或怀疑含有B细胞的群体。在一些方面，从骨髓(例如从骨髓抽吸物或骨髓活检)和/或从其他生物样品收获并分离细胞。在一些方面，使用针对基因座的V区和J区内的高度保守序列的引物实现互补决定区3(CDR3)的聚合酶链式反应(PCR)扩增，其可用于鉴定细胞的克隆群体，用于评估微小残留病的目的。可以使用用于检测克隆群体的其他方法，如单细胞测序法，包括提供关于特定谱系的和/或表达特定可变链(如可变重链或其结合位点)的细胞(如克隆群体)的数量信息的那些方法。在一些方面，使用简并引物或识别不同细胞克隆之间共有的可变链区的引物(如识别IGH序列的共有V区和简并共有J区的那些引物)扩增IGH DNA。V区的示例性序列是ACACGGCCTCGTGTATTACTGT(SEQ ID NO:57)。J区的示例性简并共有序列是ACCTGAGGAGACGGTGACC(SEQ ID NO:58)。
在一些方面，PCR产物或测序结果是重排的等位基因特有的，并且用作MRD检测的克隆标记。在CDR3区域的PCR扩增之后，可以对PCR产物进行测序以产生患者特异性寡核苷酸，所述患者特异性寡核苷酸被构建为等位基因特异性PCR的探针，用于灵敏地检测在用CAR-T细胞疗法(例如CD19 CAR-T细胞疗法)治疗B细胞恶性肿瘤后的MRD。在不使用共有引物产生PCR产物的例子中，可以替代地使用框架区1的V区家族特异性引物。
在一些方面，在治疗后可PCR检测的肿瘤细胞(如B细胞恶性肿瘤(如CLL)的细胞，如对应于恶性或克隆IGH序列的可检测IGH序列)的持久性与增加的复发风险相关。在一些方面，与具有持续恶性IGH序列的患者相比，治疗后恶性IGH序列呈阴性的患者(在一些方面，即使在其他标准指示疾病进展或仅部分反应(如淋巴结增大的持久性)的情境下或在一些情境下其他标准可能与疾病或缺乏完全反应相关)可能被认为具有增加的进入CR或持久CR或延长的存活期的可能性。在一些实施方案中，例如与其他临床症状(如淋巴结大小)或其他分期标准的消退相比，这种预后和分期确定与在施用所述疗法后的短时间段内观察到恶性细胞清除的治疗特别相关。例如，在一些此类方面，如与其他可用分期或预后方法相比，样品(如骨髓)中可检测IGH或微小残留病的不存在可以是反应或反应可能性或其持久性的优选读数。在一些方面，来自MRD的结果，例如IGH深度测序信息，可以告知进一步干预或其缺乏。例如，所述方法和其他所提供的实施方案在一些背景下提供，被认为恶性IGH呈阴性的受试者在一些方面可以不进行进一步治疗或不被进一步施用所提供疗法的剂量，或者向所述受试者施用较低的或减少的剂量。相反，可以提供或指定经由IGH深度测序展现出MRD的受试者被进一步治疗，例如采用最初以相似或更高剂量施用的疗法或采用进一步治疗。在一些方面，疾病或病症在施用第一剂量后持续存在，和/或施用第一剂量不足以根除受试者中的疾病或病症。
在一些实施方案中，如与通过可比较方法使用替代性给药方案(如其中所述受试者接受一种或多种替代性治疗剂的方法和/或其中所述受试者不根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物接受细胞剂量和/或淋巴细胞清除剂的方法)会观察到的降低相比，所述方法降低疾病或病症的负荷(例如，肿瘤细胞数、肿瘤大小、患者存活或无事件存活的持续时间)至更大程度和/或持续更长时间段。在一些实施方案中，检测、评估或测量受试者中疾病或病症的负荷。在一些方面，可以通过检测受试者中或受试者的器官、组织或体液(如血液或血清)中的疾病细胞或疾病相关细胞(例如肿瘤细胞)的总数来检测疾病负荷。在一些方面，评估受试者的存活、特定时间段内的存活、存活程度、无事件或无症状存活的存在或持续时间或无复发存活。在一些实施方案中，评估疾病或病症的任何症状。在一些实施方案中，指定疾病或病症负荷的量度。
在一些实施方案中，如与其他方法(例如，其中所述受试者接受一种或多种替代性治疗剂的方法和/或其中所述受试者不根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物接受细胞和/或淋巴细胞清除剂的剂量的方法)相比，在通过所述方法治疗后，复发的概率降低。
在一些情况下，确定所施用细胞(例如，过继转移细胞)的药代动力学，以评估利用度，例如，所施用细胞的生物利用度。用于确定过继转移细胞的药代动力学的方法可以包括从已经被施用工程化细胞的受试者中抽取外周血，并确定所述外周血中所述工程化细胞的数量或比率。用于选择和/或分离细胞的方法可以包括使用嵌合抗原受体(CAR)特异性抗体(例如，Brentjens等人,Sci.Transl.Med.2013年3月；5(177):177ra38)蛋白L(Zheng等人,J.Transl.Med.2012年2月；10:29)，直接引入CAR中的特定位点中的表位标签如Strep-标签序列，借此使用Strep-标签的结合试剂直接评估CAR(Liu等人(2016)NatureBiotechnology,34:430；国际专利申请公开号WO 2015095895)以及与CAR多肽特异性地结合的单克隆抗体(参见国际专利申请公开号WO 2014190273)。在一些情况下，外在标记基因可以与工程化细胞疗法结合使用，以允许检测或选择细胞，并且在一些情况下也促进细胞自杀。在一些情况下，截短的表皮生长因子受体(EGFRt)可以与所转导细胞中目的转基因(CAR或TCR)共表达(参见例如，美国专利号8,802,374)。EGFRt可以含有抗体西妥昔单抗
或其他治疗性抗EGFR抗体或结合分子识别的表位，其可以用于鉴定或选择已用EGFRt构建体和另一种重组受体(如嵌合抗原受体(CAR))工程化的细胞，和/或用于消除或分离表达所述受体的细胞。参见美国专利号8,802,374和Liu等人,Nature Biotech.2016年4月；34(4):430-434)。
在一些实施方案中，可以在施用所述细胞疗法后的时间段确定从患者获得的生物样品(例如，血液)中CAR+ T细胞的数量，例如，以确定所述细胞的药代动力学。在一些实施方案中，在所述受试者的血液中或在通过所述方法如此治疗的大多数受试者中可检测的CAR+ T细胞(任选地CAR+CD8+ T细胞和/或CAR+CD4+ T细胞)的数量是大于1个细胞/μL、大于5个细胞/μL或大于10个细胞/μL。
D.毒性
在一些实施方案中，例如，与施用替代性细胞疗法(如替代性CAR+ T细胞组合物)和/或细胞的替代性给药(例如，不以限定比率施用的细胞给药)相比，所提供方法被设计为具有或包括多个特征，所述特征导致较低比率和/或较低程度的毒性、毒性结局或症状、促进毒性的概况、因子或特性，如与细胞因子释放综合征(CRS)或神经毒性相关或指示细胞因子释放综合征(CRS)或神经毒性的症状或结局。
在一些实施方案中，如与某些其他细胞疗法相比，所提供的方法不导致高比率或可能性的毒性或毒性结局，或者降低毒性或毒性结局(如神经毒性(NT)、细胞因子释放综合征(CRS))的比率或可能性。在一些实施方案中，所述方法不导致以下事件或不增加以下事件的风险：重度NT(sNT)、重度CRS(sCRS)、巨噬细胞激活综合征、肿瘤溶解综合征、至少或至少约38摄氏度发热三天或更多天、以及至少或至少约20mg/dL的CRP血浆水平。在一些实施方案中，大于或大于约30％、35％、40％、50％、55％、60％或更多的根据所提供方法治疗的受试者未展现出任何分级的CRS或任何分级的神经毒性。在一些实施方案中，不超过50％的所治疗受试者(例如至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或更多的所治疗受试者)展现出高于2级的细胞因子释放综合征(CRS)和/或高于2级的神经毒性。在一些实施方案中，至少50％的根据所述方法治疗的受试者(例如至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或更多的所治疗受试者)未展现出重度毒性结局(例如重度CRS或重度神经毒性)，如未展现出3级或更高分级的神经毒性和/或未展现出重度CRS，或者在治疗后某一时间段内(如在施用所述细胞的一周、两周或一个月内)未展现出上述情况。在一些实施方案中，大于或大于约30％、35％、40％、50％、55％、60％或更多的已经对于先前的BTK抑制剂(例如依鲁替尼)疗法和维奈妥拉二者经历失败的根据所提供方法治疗的受试者未展现出任何分级的CRS或任何分级的神经毒性。在一些实施方案中，不超过50％的所治疗受试者(例如至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或更多的已经对于先前的BTK抑制剂(例如依鲁替尼)疗法和维奈妥拉二者经历失败的所治疗受试者)展现出高于2级的细胞因子释放综合征(CRS)和/或高于2级的神经毒性。在一些实施方案中，至少50％的已经对于先前的BTK抑制剂(例如依鲁替尼)疗法和维奈妥拉二者经历失败的根据所述方法治疗的受试者(例如至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或更多的所治疗受试者)未展现出重度毒性结局(例如重度CRS或重度神经毒性)，如未展现出3级或更高分级的神经毒性和/或未展现出重度CRS，或者在治疗后某一时间段内(如在施用所述细胞的一周、两周或一个月内)未展现出上述情况。在一些实施方案中，被评估以确定某些毒性的参数包括不良事件(AE)、治疗中出现的不良事件、剂量限制性毒性(DLT)、CRS、神经病学事件和NT。
施用过继T细胞疗法如用表达嵌合抗原受体的T细胞进行的治疗可以诱导毒性作用或结局，如细胞因子释放综合征和神经毒性。在一些例子中，此类效果或结局与高水平的循环细胞因子并行，高水平的循环细胞因子可能是观察到的毒性的基础。
在一些方面，毒性结局是细胞因子释放综合征(CRS)或重度CRS(sCRS)，或与细胞因子释放综合征(CRS)或重度CRS(sCRS)相关，或指示细胞因子释放综合征(CRS)或重度CRS(sCRS)。在一些情况下，在过继T细胞疗法和向受试者施用其他生物制品后可发生CRS，例如sCRS。参见Davila等人,Sci Transl Med 6,224ra25(2014)；Brentjens等人,Sci.Transl.Med.5,177ra38(2013)；Grupp等人,N.Engl.J.Med.368,1509-1518(2013)；和Kochenderfer等人,Blood 119,2709-2720(2012)；Xu等人,Cancer Letters 343(2014)172-78。
通常，CRS由例如通过T细胞、B细胞、NK细胞、单核细胞和/或巨噬细胞介导的过度的全身免疫应答引起。此类细胞可以释放大量炎性介质，如细胞因子和趋化因子。细胞因子可能引发急性炎症应答和/或诱导内皮器官损伤，所述内皮器官损伤可能导致微血管渗漏、心力衰竭或死亡。重度的危及生命的CRS可能导致肺浸润和肺损伤、肾衰竭或弥散性血管内凝血。其他重度的危及生命的毒性可以包括心脏毒性、呼吸窘迫、神经毒性和/或肝衰竭。
可以使用抗炎疗法(如抗IL-6疗法，例如，抗IL-6抗体，例如，托珠单抗)或抗生素或如所述的其他药剂治疗CRS。CRS的结局、体征和症状是已知的，并且包括本文所述的那些。在一些实施方案中，在特定剂量方案或施用实现或不实现给定的CRS相关结局、体征或症状的情况下，可以指定特定结局、体征和症状和/或其量或程度。
在施用CAR表达细胞的情况下，CRS通常在输注表达CAR的细胞后6-20天时发生。参见Xu等人,Cancer Letters 343(2014)172-78。在一些情况下，CRS在CAR T细胞输注后少于6天或超过20天时发生。CRS的发生率和时机可能与在输注时的基线细胞因子水平或肿瘤负荷有关。通常，CRS包括干扰素(IFN)-γ、肿瘤坏死因子(TNF)-α和/或白介素(IL)-2的血清水平升高。可在CRS中快速诱导的其他细胞因子是IL-1β、IL-6、IL-8和IL-10。
与CRS相关的示例性结局包括发热、僵直、寒战、低血压、呼吸困难、急性呼吸窘迫综合征(ARDS)、脑病、ALT/AST升高、肾衰竭、心脏病、缺氧、神经紊乱和死亡。神经系统并发症包括谵妄、癫痫发作样活动、意识错乱、找词困难、失语和/或变得迟钝。与CRS相关的其他结局包括疲劳、恶心、头痛、癫痫发作、心动过速、肌痛、皮疹、急性血管渗漏综合征、肝功能损害和肾衰竭。在一些方面，CRS与一种或多种因子(如血清铁蛋白、d-二聚体、转氨酶、乳酸脱氢酶和甘油三酯)的增加相关，或与低纤维蛋白原血或肝脾肿大相关。与CRS相关的其他示例性体征或症状包括血流动力学不稳定、发热型嗜中性粒细胞减少症、血清C反应蛋白(CRP)增加、凝血参数(例如，国际标准化比率(INR)、凝血酶原时间(PTI)和/或纤维蛋白原)变化、心脏和其他器官功能的变化、和/或绝对嗜中性粒细胞计数(ANC)。
在一些实施方案中，与CRS相关的结局包括以下中的一种或多种：持续发热，例如指定温度(例如大于或大于约38摄氏度)的发热持续两天或更多天，例如三天或更多天，例如四天或更多天或持续至少连续三天；大于或大于约38摄氏度的发热；细胞因子的升高，如至少两种细胞因子(例如，由以下组成的组中的至少两种：干扰素γ(IFNγ)、GM-CSF、IL-6、IL-10、Flt-3L、分形趋化因子(fracktalkine)和IL-5和/或肿瘤坏死因子(TNFα))与治疗前水平相比例如至少或至少约75倍的最大倍数变化，或此类细胞因子中至少一种的例如至少或至少约250倍的最大倍数变化；和/或至少一种毒性临床体征，如低血压(例如，如通过至少一种静脉内血管活性加压药所测量)；缺氧(例如，血浆氧(PO2)水平低于或低于约90％)；和/或一种或多种神经病学障碍(包括精神状态变化、迟钝和癫痫发作)。
示例性CRS相关结局包括增加的或高的一种或多种因子(包括细胞因子和趋化因子和与CRS相关的其他因子)的血清水平。示例性结局进一步包括一种或多种此类因子的合成或分泌的增加。这种合成或分泌可以由T细胞或与T细胞相互作用的细胞(如先天免疫细胞或B细胞)进行。
在一些实施方案中，CRS相关的血清因子或CRS相关的结局包括炎性细胞因子和/或趋化因子，包括干扰素γ(IFN-γ)、TNF-a、IL-1β、IL-2、IL-6、IL-7、IL-8、IL-10、IL-12、sIL-2Ra、粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)、巨噬细胞炎性蛋白(MIP)-1、肿瘤坏死因子α(TNFα)、IL-6和IL-10、IL-1β、IL-8、IL-2、MIP-1、Flt-3L、分形趋化因子和/或IL-5。在一些实施方案中，所述因子或结局包括C反应蛋白(CRP)。除了作为CRS的早期且易于测量的风险因子外，CRP也是细胞扩增的标记。在一些实施方案中，被测量为具有高CRP水平(如≥15mg/dL)的受试者患有CRS。在一些实施方案中，被测量为具有高CRP水平的受试者未患CRS。在一些实施方案中，CRS的量度包括CRP的量度和指示CRS的另一因子。
已经研发出CRS标准，其显现出与CRS的发作相关联，以预测哪些患者更可能有发生sCRS的风险(参见Davilla等人Science translational medicine.2014；6(224):224ra25)。因素包括发热、缺氧、低血压、神经系统改变、升高的炎性细胞因子的血清水平，所述炎性细胞因子如一组七种细胞因子(IFNγ、IL-5、IL-6、IL-10、Flt-3L、分形趋化因子和GM-CSF)，它们的治疗诱导的升高可能与治疗前肿瘤负荷和sCRS症状二者密切相关。关于CRS的诊断和管理的其他指南是已知的(参见例如，Lee等人,Blood.2014；124(2):188-95)。在一些实施方案中，反映CRS分级的标准是下表3中详述的那些。
在一些实施方案中，与重度CRS或3级CRS或更高分级的CRS(如4级或更高分级的CRS)相关的结局包括以下中的一种或多种：持续发热，例如指定温度(例如大于或大于约38摄氏度)的发热持续两天或更多天，例如三天或更多天，例如四天或更多天或持续至少连续三天；大于或大于约38摄氏度的发热；细胞因子的升高，如至少两种细胞因子(例如，由以下组成的组中的至少两种：干扰素γ(IFNγ)、GM-CSF、IL-6、IL-10、Flt-3L、分形趋化因子和IL-5和/或肿瘤坏死因子α(TNFα))与治疗前水平相比例如至少或至少约75倍的最大倍数变化，或此类细胞因子中至少一种的例如至少或至少约250倍的最大倍数变化；和/或至少一种毒性临床体征，如低血压(例如，如通过至少一种静脉内血管活性加压药所测量)；缺氧(例如，血浆氧(PO2)水平低于或低于约90％)；和/或一种或多种神经病学障碍(包括精神状态变化、迟钝和癫痫发作)。在一些实施方案中，重度CRS包括需要在重症监护病房(ICU)中进行管理或护理的CRS。
在一些实施方案中，CRS(如重度CRS)包括以下的组合：(1)持续发热(至少38摄氏度的发热至少三天)和(2)CRP的血清水平为至少或至少约20mg/dL。在一些实施方案中，所述CRS涵盖需要使用两种或更多种血管加压药的低血压或需要机械通气的呼吸衰竭。在一些实施方案中，在第二次或后续施用中增加血管加压药的剂量。
在一些实施方案中，重度CRS或3级CRS涵盖丙氨酸转氨酶的增加、天冬氨酸转氨酶的增加、寒战、发热性嗜中性粒细胞减少症、头痛、左心室功能不全、脑病、脑积水和/或震颤。
可以指定测量或检测各种结局的方法。
在一些方面，毒性结局是神经毒性或与神经毒性相关。在一些实施方案中，与神经毒性的临床风险相关的症状包括意识错乱、谵妄、失语、表达性失语、迟钝、肌阵挛、嗜睡、精神状态改变、惊厥、癫痫发作样活动、癫痫(任选地如通过脑电图[EEG]证实)、升高的β淀粉样蛋白(Aβ)水平，升高的谷氨酸水平和升高的氧自由基水平。在一些实施方案中，基于严重程度对神经毒性进行分级(例如，使用1-5级量表(参见，例如Guido Cavaletti&PaolaMarmiroli Nature Reviews Neurology 6,657-666(2010年12月)；美国国家癌症研究所—常见毒性标准第4.03版(NCI-CTCAE v4.03))。
在一些情形中，神经症状可能是sCRS的最早症状。在一些实施方案中，观察到神经病学症状在细胞疗法输注后5至7天开始。在一些实施方案中，神经病学变化的持续时间可能在3至19天的范围内。在一些情况下，神经病学变化的恢复是在sCRS的其他症状消退后发生。在一些实施方案中，用抗IL-6和/或一种或多种类固醇治疗不会加速神经病学变化消退的时间或程度。
在一些实施方案中，认为受试者响应于或继发于细胞疗法或其细胞剂量的施用而发生“重度神经毒性”，条件是在施用后所述受试者展示以下中的限制自理(例如洗澡、穿衣和脱衣、进食、如厕、服药)的症状：1)外周运动神经病的症状，包括外周运动神经的炎症或退化；2)外周感觉神经病的症状，包括外周感觉神经的炎症或退化、感觉迟钝(如感官知觉失真，导致异常和不适感)、神经痛(如沿神经或神经组的剧烈疼痛感)，和/或感觉异常(如感觉神经元的功能紊乱，导致在没有刺激物的情况下刺痛、麻木、压迫、冷和温的异常皮肤感觉)。在一些实施方案中，重度神经毒性包括3级或更高分级神经毒性，如表4所示。
在一些实施方案中，与其他方法相比，所述方法减轻与CRS或神经毒性相关的症状。在一些方面，与其他方法相比，所提供的方法减轻与CRS相关的症状、结局或因素，包括与重度CRS或3级或更高分级的CRS相关的症状、结局或因素。例如，根据本方法治疗的受试者可能缺少可检测的CRS(例如，重度CRS或3级或更高分级的CRS)的症状、结局或因素和/或具有减少的所述症状、结局或因素，如所述的(例如表3中所示的)任何症状、结局或因素。在一些实施方案中，与通过其他方法治疗的受试者相比，根据本方法治疗的受试者可能具有减轻的神经毒性症状，如四肢无力或麻木、记忆、视力和/或智力受损、无法控制的强迫性和/或强制性行为、妄想、头痛、认知和行为问题(包括丧失运动控制、认知退化和自主神经系统功能障碍)以及性功能障碍。在一些实施方案中，根据本方法治疗的受试者可具有减轻的与外周运动神经病、外周感觉神经病、感觉迟钝、神经痛或感觉异常相关的症状。
在一些实施方案中，所述方法减轻与神经毒性相关的结局，包括对神经系统和/或脑的损伤，如神经元的死亡。在一些方面，所述方法降低与神经毒性相关的因子(如β淀粉样蛋白(Aβ)、谷氨酸和氧自由基)的水平。
在一些实施方案中，所述毒性结局是剂量限制性毒性(DLT)。在一些实施方案中，所述毒性结局是剂量限制性毒性。在一些实施方案中，毒性结局是剂量限制性毒性的不存在。在一些实施方案中，剂量限制性毒性(DLT)被定义为任何3级或更高分级的毒性，如通过任何已知或公开的用于评估特定毒性的指南所评估，如上述任何指南并且包括国家癌症研究所(NCI)的不良事件通用术语标准(Common Terminology Criteria for AdverseEvents，CTCAE)4.0版。
在一些方面，DLT可以描述为任何在治疗中出现的4级或5级AE，除了以下排除项中列出的那些；任何在治疗中出现的在7天内未消退至≤2级的3级AE，除了以下排除项中列出的那些；任何在治疗中出现的在3天内未消退至≤2级的3级癫痫发作；以及任何在治疗中出现的自身免疫毒性分级≥3，除了B细胞发育不全(其为与施用工程化细胞相关的预期风险)；以下列出的排除项不应视为DLT：明显与施用工程化细胞不相关的任何在治疗中出现的AE(例如机动车辆事故)；在8小时内可逆到≤2级的4级输注毒性；3级或4级发热或发热型嗜中性粒细胞减少症持续≤2周；4级转氨酶升高，其被视为CRS的症状；3级转氨酶升高持续≤2周；因骨髓腔室中T细胞扩增所致的3级骨痛持续≤2周；3级或4级TLS持续≤7天；3级或4级低血压(没有其他CRS症状)，其需要单一血管加压药以支持，在≤72小时内消退至<3级；仅伴需要单一血管加压药以支持(不需要插管)的低血压的3级或4级CRS，其在≤72小时内消退至<3级，或者3级CRS伴基于4级转氨酶升高的严重性；3级或4级脑病持续≤7天，其在≤14天内从开始的≥3级事件消退至基线；3级寒战；3级或4级淋巴细胞减少症；3级或4级白细胞减少症；3级或4级无症状电解质异常，其在补充电解质的情况下消退；3级或4级血小板减少症；3级或4级贫血；以及3级或4级B细胞发育不全和低丙种球蛋白血症。
在一些实施方案中，通过根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物施用一定剂量的T细胞观察到的发生毒性(例如，CRS或神经毒性或重度CRS或神经毒性，例如，3级或更高分级的CRS或神经毒性)的低比率、风险或可能性允许在门诊基础上施用所述细胞疗法。在一些实施方案中，根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物施用所述细胞疗法(例如，T细胞(例如，CAR+ T细胞)的剂量)是在门诊基础上进行，或者不需要使受试者入院，如需要过夜停留的入院。
在一些方面，被根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物施用所述细胞疗法(例如，T细胞(例如，CAR+ T细胞)的剂量)的受试者(包括在门诊基础上治疗的受试者)没有在施用所述细胞剂量之前或与其同时被施用用于治疗任何毒性的干预，除非或直到所述受试者展现毒性(如神经毒性或CRS)的体征或症状。用于治疗、延迟、减弱或改善毒性的示例性药剂描述于章节III中。
在一些实施方案中，如果被施用所述细胞疗法(例如，T细胞(例如，CAR+ T细胞)的剂量)的受试者(包括在门诊基础上治疗的受试者)展现出发热，则给予所述受试者治疗或指示所述受试者接受或施用治疗，以减轻发热。在一些实施方案中，将所述受试者的发热表征为所述受试者的体温等于或高于某一阈值温度或水平(或在所述阈值温度或水平下测量)。在一些方面，所述阈值温度是与至少低度发热、与至少中度发热和/或与至少高度发热相关的温度。在一些实施方案中，所述阈值温度是特定的温度或范围。例如，所述阈值温度可以是为或约或至少或至少约38、39、40、41或42摄氏度，和/或可以是为或约38摄氏度至为或约39摄氏度的范围、为或约39摄氏度至为或约40摄氏度的范围、为或约40摄氏度至为或约41度的范围、或为或约41摄氏度至为或约42摄氏度的范围。
在一些实施方案中，被设计为减轻发热的治疗包括用退热药治疗。退热药可以包括减轻发热的任何药剂，例如，化合物、组合物或成分，如已知具有退热作用的任何数量的药剂中的一种，如NSAID(如布洛芬、萘普生、酮洛芬和尼美舒利)、水杨酸盐(如阿司匹林、水杨酸胆碱、水杨酸镁和水杨酸钠)、扑热息痛、醋氨酚、安替比林甲胺甲烷、萘丁美酮、非那宗(Phenaxone)、安替比林、退烧药。在一些实施方案中，所述退热药是对乙酰氨基酚。在一些实施方案中，可以长达每四小时以12.5mg/kg的剂量口服或静脉内施用对乙酰氨基酚。在一些实施方案中，所述退热药是或包含布洛芬或阿司匹林。
在一些实施方案中，如果所述发热是持续发热，则向所述受试者施用用于治疗毒性的替代性治疗，如下文章节III中所述的任何治疗。对于在门诊基础上治疗的受试者，如果所述受试者已经和/或被确定为患有或患有持续发热，则指示所述受试者返回医院。在一些实施方案中，如果所述受试者展现等于或高于相对阈值温度的发热，并且在指定治疗(如被设计为减轻发热的治疗，如使用退热药(例如，NSAID或水杨酸盐，例如，布洛芬、醋氨酚或阿司匹林)的治疗)后，所述受试者的发热或体温没有降低，或者没有降低指定量或超过指定量(例如，超过1℃，并且通常不会变动约或超过约0.5℃、0.4℃、0.3℃或0.2℃)的情况下，所述受试者患有和/或被确定为或认为患有持续发热。例如，如果所述受试者展现或被确定为展现至少或至少约38或39摄氏度的发热，所述发热即使在用诸如对乙酰氨基酚的退热药治疗后，在6小时时间段中、在8小时时间段中、或在12小时时间段中、或在24小时时间段中，没有降低或没有降低超过或超过约0.5℃、0.4℃、0.3℃或0.2℃，或降低或降低约1％、2％、3％、4％或5％，则受试者被认为患有持续发热。在一些实施方案中，所述退热药的剂量是通常在这种受试者中有效减轻发热或特定类型的发热的剂量，所述特定类型的发热如与细菌或病毒感染(例如，局部或全身感染)相关的发热。
在一些实施方案中，如果受试者展现等于或高于相关阈值温度的发热，并且在受试者的发热或体温没有变动约或超过约1℃，并且通常没有变动约或超过约0.5℃、0.4℃、0.3℃或0.2℃的情况下，所述受试者已经患有和/或被确定为或认为患有持续发热。通常，高于或等于某一量的变动的这种不存在是在给定的时间段内测量(如，在24小时、12小时、8小时、6小时、3小时或1小时的时间段内，其可以从发烧的最初体征或最初高于所指示阈值的温度起测量)。例如，在一些实施方案中，如果受试者展现至少或至少约38或39摄氏度的发热，所述发热的温度在6小时时间段内、8小时时间段内、或12小时时间段内、或24小时时间段内没有变动超过或超约0.5℃、0.4℃、0.3℃或0.2℃，则所述受试者被认为或被确定为展现持续发热。
在一些实施方案中，所述发热是持续发热；在一些方面，有可能诱导所述毒性的初始疗法(如所述细胞疗法，如T细胞(例如CAR+ T细胞)的剂量)后，在已经确定受试者患有持续发热时，如在这种确定或首次这种确定的1、2、3、4、5、6小时或更短时间内，治疗所述受试者。
在一些实施方案中，在例如，如根据任何前述实施方案所测量，在确定或确认(如首次确定或确认)所述受试者展现出持续发热时或此前不久的时间，施用用于治疗所述毒性的一种或多种干预或药剂(如靶向毒性的疗法)。在一些实施方案中，在这种确认或确定的某一时间段内，如在这种确认或确定的30分钟、1小时、2小时、3小时、4小时、6小时或8小时内，施用所述一种或多种靶向毒性的疗法。
III.治疗或改善毒性症状的干预或药剂以及组合疗法
在一些实施方案中，所提供的方法和制品可以与用于治疗、预防、延迟或减弱毒性发生的一种或多种药剂或治疗结合使用，或者涉及或包括所述一种或多种药剂或治疗。在一些例子中，能够治疗、预防、延迟或减弱毒性发生的所述药剂或其他治疗是在包含基因工程化细胞的治疗性细胞组合物的施用之前和/或同时施用。
在一些实施方案中，能够治疗、预防、延迟或减弱毒性发生的所述药剂(例如，毒性靶向剂)或治疗是类固醇，是细胞因子受体(如IL-6受体、CD122受体(IL-2Rβ受体)或CCR2)的拮抗剂或抑制剂，或者是细胞因子(如IL-6、MCP-1、IL-10、IFN-γ、IL-8或IL-18)的抑制剂。在一些实施方案中，所述药剂是细胞因子受体和/或细胞因子(如TGF-β)的激动剂。在一些实施方案中，所述药剂(例如，激动剂、拮抗剂或抑制剂)是抗体或抗原结合片段、小分子、蛋白质或肽或核酸。
在一些实施方案中，可以将流体推注用作干预，如用于治疗与CRS相关的低血压。在一些实施方案中，目标血球容积水平>24％。在一些实施方案中，所述干预包括使用具有血液或血浆过滤的吸收性树脂技术。在一些情况下，所述干预包括透析、血浆置换或类似技术。在一些实施方案中，可以使用血管加压药或对乙酰氨基酚。
在一些实施方案中，所述药剂可以与所述疗法(如用于过继细胞疗法的细胞)依序、间歇或同时或在相同组合物中施用。例如，可以在施用所述免疫疗法和/或细胞疗法之前、期间、同时或之后施用所述药剂。
在一些实施方案中，所述药剂是在如本文所述的时间并且根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物来施用。在一些实施方案中，所述毒性靶向剂是在开始所述免疫疗法和/或细胞疗法后(如少于或不超过)3、4、5、6、7、8、9或10天内的时间施用。在一些实施方案中，所述毒性靶向剂是在开始施用所述免疫疗法和/或细胞疗法后1天、2天或3天或约1天、2天或3天内施用。
在一些实施方案中，在开始施用所述免疫疗法和/或细胞疗法后，在受试者不展现出2级或更高的CRS或者2级或更高的神经毒性时向所述受试者施用所述药剂(例如，毒性靶向剂)。在一些方面，在开始施用所述免疫疗法和/或细胞疗法后，在所述受试者不展现出重度CRS或重度神经毒性时施用所述毒性靶向剂。因此，在开始施用所述免疫疗法和/或细胞疗法与所述毒性靶向剂之间，所述受试者是不展现出2级或更高的CRS(如重度CRS)和/或不展现出2级或更高的神经毒性(如重度神经毒性)的受试者。
用于治疗或改善毒性(如重度CRS(sCRS)或重度神经毒性)的干预的非限制性例子描述于表5中。在一些实施方案中，所述干预包括托珠单抗或所描述的其他毒性靶向剂，其可以在所述受试者有高于或约38℃或者高于或高于约39℃的持续或持久发热时。在一些实施方案中，在干预之前，所述受试者发热持续超过10小时、超过12小时、超过16小时或超过24小时。
在一些情况下，所述药剂或疗法或干预(例如，毒性靶向剂)是单独施用或者是作为如本文所述的组合物或配制品(如药物组合物或配制品)的一部分施用。因此，单独的或作为药物组合物的一部分的所述药剂可以静脉内或口服施用，或者通过任何其他可接受的已知施用途径或如本文所述来施用。
在一些实施方案中，与在已经发生或诊断2级或更高分级的CRS或神经毒性，如在已经发生或诊断重度(例如，3级或更高分级)CRS后或在已经发生或诊断重度(例如，3级或更高分级)神经毒性后(例如，在已经表现出3级或更高分级的CRS或神经毒性的身体体征或症状后)，用所述药剂治疗受试者的方法中所述药剂的剂量或其频率相比，剂量方案中药剂的剂量或所述药剂的施用频率有所减小。在一些实施方案中，与在施用所述免疫疗法和/或细胞疗法之后大于3天、4天、5天、6天、1周、2周、三周或更长时间治疗受试者的CRS或神经毒性的方法中所述药剂的剂量或其频率相比，在剂量方案中药剂的剂量或所述药剂的剂量频率有所降低。在一些实施方案中，所述剂量降低大于或大于约1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍或更多倍。在一些实施方案中，所述剂量降低大于或约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更多。在一些实施方案中，给药频率降低，如每日剂量的数目减少或者给药的天数减少。
A.类固醇
在一些实施方案中，治疗和/或预防、延迟或减弱针对免疫疗法和/或细胞疗法的毒性的发生或发生风险的药剂(例如，毒性靶向剂)是类固醇，例如，皮质类固醇。在一些实施方案中，治疗和/或预防、延迟或减弱针对免疫疗法的毒性的发生或发生风险的药剂是类固醇。在一些实施方案中，所述类固醇是皮质类固醇。皮质类固醇通常包括糖皮质激素和盐皮质激素。
任何皮质类固醇(例如，糖皮质激素)可以用于本文提供的方法中。在一些实施方案中，糖皮质激素包括合成和非合成的糖皮质激素。示例性糖皮质激素包括但不限于：阿氯米松(alclomethasone)、阿尔孕酮(algestone)、倍氯米松(beclomethasone)(例如二丙酸倍氯米松)、倍他米松(betamethasone)(例如倍他米松17-戊酸酯、倍他米松醋酸钠、倍他米松磷酸钠、倍他米松戊酸酯)、布地奈德(budesonide)、氯倍他索(clobetasol)(例如丙酸氯倍他索)、氯倍他松(clobetasone)、氯可托龙(clocortolone)(例如氯可托龙新戊酸酯)、氯泼尼醇(cloprednol)、皮质酮、可的松(cortisone)和氢化可的松(hydrocortisone)(例如醋酸氢化可的松)、可的伐唑(cortivazol)、地夫可特(deflazacort)、地奈德(desonide)、去羟米松(desoximethasone)、地塞米松(dexamethasone)(例如地塞米松21-磷酸酯、醋酸地塞米松、地塞米松磷酸钠)、二氟拉松(diflorasone)(例如二氟拉松二醋酸酯)、二氟可龙(diflucortolone)、二氟泼尼酯(difluprednate)、甘草次酸(enoxolone)、氟扎可特(fluazacort)、氟氯奈德(flucloronide)、氟氢可的松(fludrocortisone)(例如醋酸氟氢可的松)、氟米松(flumethasone)(例如特戊酸氟米松)、氟尼缩松(flunisolide)、氟轻松(fluocinolone)(例如丙酮化氟轻松)、醋酸氟轻松(fluocinonide)、氟可丁(fluocortin)、氟可龙(fluocortolone)、氟米龙(fluorometholone)(例如醋酸氟米龙)、氟培龙(fluperolone)(例如醋酸氟培龙)、氟泼尼定(fluprednidene)、氟泼尼龙(fluprednisolone)、丙酮缩氟氢羟龙(flurandrenolide)、氟替卡松(fluticasone)(例如丙酸氟替卡松)、福莫可他(formocortal)、氯氟舒松(halcinonide)、卤倍他索(halobetasol)、卤米松(halometasone)、卤泼尼松(halopredone)、氢可他酯(hydrocortamate)、氢化可的松(例如氢化可的松21-丁酸酯、氢化可的松醋丙酯、醋酸氢化可的松、氢化可的松丁丙酸酯、丁酸氢化可的松、氢化可的松环戊丙酸酯、氢化可的松半琥珀酸酯、氢化可的松丙丁酸酯、磷酸氢化可的松钠、氢化可的松琥珀酸钠、戊酸氢化可的松)、依碳酸氯替泼诺(loteprednol etabonate)、马泼尼酮(mazipredone)、甲羟松(medrysone)、甲泼尼松(meprednisone)、甲基泼尼松龙(乙丙酸甲基泼尼松龙、醋酸甲基泼尼松龙、半琥珀酸甲基泼尼松龙、甲基泼尼松龙琥珀酸钠)、莫米松(mometasone)(如糠酸莫米松)、帕拉米松(如醋酸帕拉米松)、泼尼卡酯(prednicarbate)、泼尼松龙(prednisolone)(例如泼尼松龙25-二乙氨基乙酸酯、泼尼松龙磷酸钠、泼尼松龙21-半琥珀酸盐、醋酸泼尼松龙；泼尼松龙法尼酯、泼尼松龙半琥珀酸盐、泼尼松龙-21(β-D-葡萄糖醛酸苷)、间磺苯甲酸泼尼松龙、泼尼松龙司替酸酯、泼尼松龙叔丁乙酸酯、四氢邻苯二甲酸泼尼松龙)、泼尼松(prednisone)、泼尼松龙戊酸酯(prednival)、泼尼立定(prednylidene)、利美索龙(rimexolone)、替可的松(tixocortol)、曲安西龙(triamcinolone)(例如曲安奈德(triamcinolone acetonide)、苯曲安奈德(triamcinolone benetonide)、己曲安奈德(triamcinolone hexacetonide)、曲安奈德21-棕榈酸酯、醋酸曲安西龙)。这些糖皮质激素及其盐详细论述于例如以下文献中：Remington’s Pharmaceutical Sciences,A.Osol编辑,Mack Pub.Co.,宾夕法尼亚州伊斯顿市(第16版，1980)。
在一些例子中，所述糖皮质激素选自可的松、地塞米松、氢化可的松、甲基泼尼松龙、泼尼松龙和泼尼松。在特定例子中，所述糖皮质激素是地塞米松。
在一些实施方案中，所述药剂是皮质类固醇并且是以对治疗、改善或减轻针对免疫疗法和/或细胞疗法的毒性(如CRS或神经毒性)的一种或多种症状治疗有效的量来施用。在一些实施方案中，改进或成功治疗的指示物包括确定未能在毒性分级量表(例如CRS或神经毒性分级量表)上显示相关得分(如小于3的得分)，或在如本文所讨论的分级量表上的分级或严重性的变化(如从4分到3分的变化或者从4分到2、1或0分的变化)。
在一些方面，所述皮质类固醇是以治疗有效剂量提供。治疗有效浓度可以通过在已知的体外或体内(例如动物模型)系统中进行测试，凭经验确定。例如，可以通过标准临床技术来确定被施用以改善针对免疫疗法和/或细胞疗法的毒性(如CRS或神经毒性)的症状或副作用的所选择的皮质类固醇的量。此外，可以采用动物模型来帮助确定最佳剂量范围。可以凭经验确定的精确剂量可以取决于具体的治疗制剂、方案和给药时间表、施用途径和疾病的严重性。
可以按有效改善与毒性(如与CRS或神经毒性)相关的一种或多种症状的任何量施用所述皮质类固醇。可以将所述皮质类固醇(例如，糖皮质激素)例如以每个剂量的如下量施用70kg成人受试者：介于或介于约0.1与100mg之间、0.1至80mg、0.1至60mg、0.1至40mg、0.1至30mg、0.1至20mg、0.1至15mg、0.1至10mg、0.1至5mg、0.2至40mg、0.2至30mg、0.2至20mg、0.2至15mg、0.2至10mg、0.2至5mg、0.4至40mg、0.4至30mg、0.4至20mg、0.4至15mg、0.4至10mg、0.4至5mg、0.4至4mg、1至20mg、1至15mg或1至10mg。通常，所述皮质类固醇(如糖皮质激素)是以每个剂量的如下量施用普通成人受试者：介于或介于约0.4与20mg之间，例如，为或为约0.4mg、0.5mg、0.6mg、0.7mg、0.75mg、0.8mg、0.9mg、1mg、2mg、3mg、4mg、5mg、6mg、7mg、8mg、9mg、10mg、11mg、12mg、13mg、14mg、15mg、16mg、17mg、18mg、19mg或20mg。
在一些实施方案中，可以将所述皮质类固醇例如以如下剂量施用通常体重为约70kg至75kg的普通成人受试者：为或为约0.001mg/kg(受试者)、0.002mg/kg、0.003mg/kg、0.004mg/kg、0.005mg/kg、0.006mg/kg、0.007mg/kg、0.008mg/kg、0.009mg/kg、0.01mg/kg、0.015mg/kg、0.02mg/kg、0.025mg/kg、0.03mg/kg、0.035mg/kg、0.04mg/kg、0.045mg/kg、0.05mg/kg、0.055mg/kg、0.06mg/kg、0.065mg/kg、0.07mg/kg、0.075mg/kg、0.08mg/kg、0.085mg/kg、0.09mg/kg、0.095mg/kg、0.1mg/kg、0.15mg/kg、0.2mg/kg、0.25mg/kg、0.30mg/kg、0.35mg/kg、0.40mg/kg、0.45mg/kg、0.50mg/kg、0.55mg/kg、0.60mg/kg、0.65mg/kg、0.70mg/kg、0.75mg/kg、0.80mg/kg、0.85mg/kg、0.90mg/kg、0.95mg/kg、1mg/kg、1.05mg/kg、1.1mg/kg、1.15mg/kg、1.20mg/kg、1.25mg/kg、1.3mg/kg、1.35mg/kg或1.4mg/kg。
可以将所述皮质类固醇或糖皮质激素(例如地塞米松)按以下途径施用：口服(片剂、液体或液体浓缩物)(PO)、静脉内(IV)、肌内或通过任何其他已知途径或本文所述的途径(例如，关于药物配制品)。在一些方面，将所述皮质类固醇作为推注施用，并且在其他方面，可以将其在一定时间段内施用。
在一些方面，可以将所述糖皮质激素在超过一天的时间段内施用，如在两天内、在3天内或者在4天或更多天内。在一些实施方案中，可以将所述皮质类固醇每天一次、每天两次或者每天三次或更多次施用。例如，在一些例子中，可以将所述皮质类固醇(例如，地塞米松)每天两次以10mg(或等效量)IV施用，持续三天。
在一些实施方案中，将皮质类固醇(例如，糖皮质激素)的剂量以每次治疗连续降低的剂量施用。因此，在一些此类治疗方案中，皮质类固醇的剂量是逐渐减少的。例如，可以将所述皮质类固醇以4mg的初始剂量(或等效剂量，如关于地塞米松)施用，并且在每次连续施用时可以降低剂量，使得下一次施用的剂量为3mg，下一次施用为2mg，并且下一次施用为1mg。
通常，所施用的皮质类固醇的剂量取决于特定皮质类固醇，因为不同皮质类固醇的效力之间存在差异。通常应理解，药物的效力不同，并且剂量可以因此而变化，以获得等效效果。表6显示根据各种糖皮质激素和施用途径的效力的当量。临床给药中的等效效力是熟知的。有关等效类固醇给药(以非时间治疗方式)的信息可以参见1999年3月的BritishNational Formulary(BNF)37。
因此，在一些实施方案中，将所述类固醇按以下等效剂量量来施用：从或从约1.0mg至20mg地塞米松/天，如1.0mg至15mg地塞米松/天、1.0mg至10mg地塞米松/天、2.0mg至8mg地塞米松/天或2.0mg至6.0mg地塞米松/天，每个都包含端值。在一些情况下，将所述类固醇以为或为约4mg或者为或为约8mg地塞米松/天的等效剂量施用。
在一些实施方案中，如果在用托珠单抗治疗后持续发热，则施用所述类固醇。例如，在一些实施方案中，在继续发热的情况下，将地塞米松以最多每6-12小时5-10mg的剂量口服或静脉内施用。在一些实施方案中，将托珠单抗与补氧同时施用或在补氧后施用。
B.小神经胶质细胞抑制剂
在一些实施方案中，组合疗法中的抑制剂是小神经胶质细胞活性的抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂的施用调节小神经胶质细胞的活性。在一些实施方案中，所述抑制剂是抑制小神经胶质细胞中的信号传导通路的活性的拮抗剂。在一些实施方案中，小神经胶质细胞抑制剂影响小神经胶质细胞的体内平衡、存活和/或增殖。在一些实施方案中，所述抑制剂靶向CSF1R信号传导通路。在一些实施方案中，所述抑制剂是CSF1R的抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是小分子。在一些情况下，所述抑制剂是抗体。
在一些方面，施用所述抑制剂产生一种或多种选自以下的效应：小神经胶质细胞体内平衡和生存力的改变、小神经胶质细胞增殖的减少或阻断、小神经胶质细胞的减少或消除、小神经胶质细胞激活的降低、来自小神经胶质细胞的一氧化氮产生的减少、小神经胶质细胞中一氧化氮合酶活性的降低、或受小神经胶质细胞激活影响的对运动神经元的保护。在一些实施方案中，与即将开始施用所述抑制剂之前相比，所述药剂改变CSF1R抑制的血清或血液生物标记的水平，或者降低尿液胶原蛋白1型交联N-端肽(NTX)的水平。在一些实施方案中，施用所述药剂短暂抑制小神经胶质细胞活性的活性，和/或其中对小神经胶质细胞活性的抑制不是永久性的。在一些实施方案中，施用所述药剂短暂抑制CSF1R的活性，和/或其中对CSF1R活性的抑制不是永久性的。
在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞活性的药剂是小分子、肽、蛋白质、抗体或其抗原结合片段、抗体模拟物、适体或核酸分子。在一些实施方案中，所述方法涉及施用小神经胶质细胞活性的抑制剂。在一些实施方案中，所述药剂是抑制小神经胶质细胞中信号传导通路的活性的拮抗剂。在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞活性的药剂影响小神经胶质细胞内稳态、存活和/或增殖。
在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞激活的药剂选自抗炎剂、NADPH氧化酶(NOX2)的抑制剂、钙通道阻断剂、钠通道阻断剂，抑制GM-CSF，抑制CSF1R，特异性地结合CSF-1，特异性地结合IL-34，抑制核因子κB(NF-κB)的激活，激活CB2受体和/或是CB2激动剂、磷酸二酯酶抑制剂，抑制微小RNA-155(miR-155)，上调微小RNA-124(miR-124)，抑制小神经胶质细胞中的一氧化氮产生，抑制一氧化氮合酶，或激活转录因子NRF2(也称为核因子(红系细胞衍生的2)样2或NFE2L2)。
在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞活性的药剂靶向CSF1(也称为巨噬细胞集落刺激因子MCSF)。在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞活性的药剂影响MCSF刺激的M-CSF受体的磷酸化(Pryer等人Proc Am Assoc Cancer Res,AACR Abstract nr DDT02-2(2009))。在一些情况下，降低小神经胶质细胞活性的药剂是MCS110(国际专利申请公开号WO 2014001802；临床试验研究记录号：A1 NCT00757757；NCT02807844；NCT02435680；NCT01643850)。
在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞活性的药剂是靶向CSF1途径的小分子。在一些实施方案中，所述药剂是结合CSF1R的小分子。在一些实施方案中，所述药剂是通过与ATP竞争结合至CSF1R激酶而抑制CSF1R激酶活性的小分子。在一些实施方案中，所述药剂是抑制CFS1R受体激活的小分子。在一些情况下，CSF-1配体与CSF1R的结合被抑制。在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞活性的药剂是美国专利申请公开号US20160032248中所述的任何抑制剂。
在一些实施方案中，所述药剂是选自以下的小分子抑制剂：PLX-3397、PLX7486、JNJ-40346527、JNJ28312141、ARRY-382、PLX73086(AC-708)、DCC-3014、AZD6495、GW2580、Ki20227、BLZ945、PLX647和PLX5622。在一些实施方案中，所述药剂是以下文献中所述的任何抑制剂：Conway等人,Proc Natl Acad Sci U S A,102(44):16078-83(2005)；Dagher等人,Journal of Neuroinflammation,12:139(2015)；Ohno等人,Mol Cancer Ther.5(11):2634-43(2006)；von Tresckow等人Clin Cancer Res.,21(8)(2015)；Manthey等人MolCancer Ther.(8(11):3151-61(2009)；Pyonteck等人,Nat Med.19(10):1264-1272(2013)；Haegel等人,Cancer Res AACR Abstract nr 288(2015)；Smith等人,Cancer Res AACRAbstract nr 4889(2016)；临床试验研究记录号：NCT01525602；NCT02734433；NCT02777710；NCT01804530；NCT01597739；NCT01572519；NCT01054014；NCT01316822；NCT02880371；NCT02673736；国际专利申请公开号WO2008063888A2、WO 2006009755A2、美国专利申请公开号US 20110044998、US2014/0065141和US 2015/0119267。
在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞活性的所述药剂是4-((2-(((1R,2R)-2-羟基环己基)氨基)苯并[d]噻唑-6-基)氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺(BLZ945)或其药学上可接受的盐或其衍生物。在一些实施方案中，所述药剂是以下化合物：
其中R1是烷基吡唑或烷基甲酰胺，并且R2是羟基环烷基
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞活性的所述药剂是5-((5-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)甲基)-N-((6-(三氟甲基)吡啶-3-基)甲基)吡啶-2-胺,N-[5-[(5-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)甲基]-2-吡啶基]-6-(三氟甲基)-3-吡啶甲胺)(PLX 3397)或其药学上可接受的盐或其衍生物。在一些实施方案中，所述药剂是5-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基甲基)-N-[[4-(三氟甲基)苯基]甲基]-2-吡啶胺二盐酸盐(PLX647)或其药学上可接受的盐或其衍生物。在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞活性的所述药剂是以下化合物：
或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞活性的所述药剂是以下化合物：
或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，所述药剂是美国专利号US7893075中描述的任何抑制剂。
在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞活性的所述药剂是4-氰基-N-[2-(1-环己烯-1-基)-4-[1-[(二甲基氨基)乙酰基]-4-哌啶基]苯基]-1H-咪唑-2-甲酰胺单盐酸盐(JNJ28312141)或其药学上可接受的盐或其衍生物。在一些实施方案中，所述药剂是以下化合物：
或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，所述药剂是美国专利号US7645755中描述的任何抑制剂。
在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞活性的所述药剂是1H-咪唑-2-甲酰胺,5-氰基-N-(2-(4,4-二甲基-1-环己烯-1-基)-6-(四氢-2,2,6,6-四甲基-2H-吡喃-4-基)-3-吡啶基)-,4-氰基-1H-咪唑-2-甲酸N-(2-(4,4-二甲基环己-1-烯基)-6-(2,2,6,6-四甲基四氢吡喃-4-基)吡啶-3-基)酰胺,4-氰基-N-(2-(4,4-二甲基环己-1-烯-1-基)-6-(2,2,6,6-四甲基-四氢-2H-吡喃-4-基)吡啶-3-基)-1H-咪唑-2-甲酰胺(JNJ-40346527)或其药学上可接受的盐或其衍生物。在一些实施方案中，所述药剂是以下化合物：
或其药学上可接受的盐。
在另一个实施方案中，降低小神经胶质细胞活性的所述药剂是5-(3-甲氧基-4-((4-甲氧基苄基)氧基)苄基)嘧啶-2,4-二胺(GW2580)或其药学上可接受的盐或其衍生物。在一些实施方案中，所述药剂是以下化合物：
或其药学上可接受的盐(国际专利申请公开号WO 2009099553)。
在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞活性的所述药剂是4-(2,4-二氟苯胺基)-7-乙氧基-6-(4-甲基哌嗪-1-基)喹啉-3-甲酰胺(AZD6495)或其药学上可接受的盐或其衍生物。在一些实施方案中，所述药剂是以下化合物：
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞活性的所述药剂是N-{4-[(6,7-二甲氧基-4-喹啉基)氧基]-2-甲氧基苯基}-N0-[1-(1,3-噻唑-2-基)乙基]脲(Ki20227)或其药学上可接受的盐或其衍生物。在一些实施方案中，所述药剂是以下化合物：
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞激活的所述药剂是靶向CSF1通路的抗体。在一些实施方案中，所述药剂是结合CSF1R的抗体。在一些实施方案中，所述抗CSF1R抗体阻断CSF1R二聚化。在一些实施方案中，所述抗CSF1R抗体阻断由结构域D4和D5形成的CSF1R二聚化界面(Ries等人Cancer Cell 25(6):846-59(2014))。在一些情况下，所述药剂选自艾马珠单抗(RG7155；RO5509554)、卡比拉珠单抗(Cabiralizumab)(FPA-008)、LY-3022855(IMC-CS4)、AMG-820、TG-3003、MCS110、H27K15、12-2D6、2-4A5(Rovida和Sbarba,JClin Cell Immunol.6:6(2015)；临床试验研究记录号：NCT02760797；NCT01494688；NCT02323191；NCT01962337；NCT02471716；NCT02526017；NCT01346358；NCT02265536；NCT01444404；NCT02713529；NCT00757757；NCT02807844；NCT02435680；NCT01643850)。
在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞激活的所述药剂是四环素抗生素。例如，所述药剂影响小神经胶质细胞中的IL-1b、IL-6、TNFα或iNOS浓度(
等人PNAS 95(26):15769-15774(1998)；临床试验研究记录号：NCT01120899)。在一些实施方案中，所述药剂是阿片样物质拮抗剂(Younger等人Pain Med.10(4):663-672(2009))。在一些实施方案中，所述药剂减少谷氨酸能神经传递(美国专利号5,527,814)。在一些实施方案中，所述药剂调节NFkB信号传导(Valera等人J.Neuroinflammation 12:93(2015)；临床试验研究记录号：NCT00231140)。在一些实施方案中，所述药剂靶向大麻素受体(Ramírez等人J.Neurosci 25(8):1904-13(2005))。在一些实施方案中，所述药剂选自米诺环素、纳洛酮、利鲁唑、来那度胺和大麻素(任选地WIN55或212-2)。
认为在一些情况下，来自小神经胶质细胞的一氧化氮产生导致或增加神经毒性。在一些实施方案中，所述药剂调节或抑制小神经胶质细胞的一氧化氮产生。在一些实施方案中，所述药剂抑制一氧化氮合酶(NOS)。在一些实施方案中，所述NOS抑制剂是罗诺蝶呤(Ronopterin)(VAS-203)，也称为4-氨基-四氢生物蝶呤(4-ABH4)。在一些实施方案中，所述NOS抑制剂是辛尼司他(cindunistat)、A-84643、ONO-1714、L-NOARG、NCX-456、VAS-2381、GW-273629、NXN-462、CKD-712、KD-7040或胍基乙基二硫化物。在一些实施方案中，所述药剂是
等人,Cell Stem Cell.2012年11月2日；11(5):620-32中描述的任何抑制剂。
在一些实施方案中，所述药剂阻断T细胞运输，如向中枢神经系统的运输。在一些实施方案中，阻断T细胞运输可以减少或阻止免疫细胞穿过血管壁进入中枢神经系统，包括穿过血脑屏障。在一些情况下，激活的抗原特异性T细胞在CNS中重新激活后产生促炎性细胞因子，包括IFN-γ和TNF，从而导致常驻细胞(如小神经胶质细胞和星形胶质细胞)激活。参见
等人,Neurology.2009年6月2日；72(22):1922-1930。因此，在一些实施方案中，例如通过阻断运输和/或抑制此类细胞穿过血脑屏障的能力将激活的T细胞与小神经胶质细胞隔离可以减少或消除小神经胶质细胞激活。在一些实施方案中，所述药剂抑制免疫细胞(包括T细胞)上的粘附分子。在一些实施方案中，所述药剂抑制整合素。在一些实施方案中，所述整合素是α-4整合素。在一些实施方案中，所述药剂是那他珠单抗
在一些实施方案中，所述药剂调节细胞表面受体。在一些实施方案中，所述药剂调节鞘氨醇-1-磷酸(S1P)受体，如S1PR1或S1PR5。在一些实施方案中，所述药剂导致细胞受体(如鞘氨醇-1-磷酸(S1P)受体，如S1PR1或S1PR5)的内化。在一些实施方案中，所述药剂是芬戈莫德
或奥扎莫德(ozanimod)(RPC-1063)。
认为转录因子NRF2例如通过打开在其启动子区中含有顺式作用元件的基因来调节抗氧化反应。这种元件的例子包括抗氧化反应元件(ARE)。在一些实施方案中，所述药剂激活NRF2。在一些实施方案中，激活小神经胶质细胞中的NRF2降低小神经胶质细胞对IFN和LPS的反应性。在一些实施方案中，激活NRF2抑制、减缓或减少脱髓鞘、轴突丢失、神经元死亡和/或少突胶质细胞死亡。在一些实施方案中，所述药剂上调NRF2调节的细胞的细胞保护通路。在一些实施方案中，激活NRF2的所述药剂是富马酸二甲酯
在一些实施方案中，所述药剂是美国专利号8,399,514中描述的任何抑制剂。在一些实施方案中，所述药剂是
等人,Cell Stem Cell.2012年11月2日；11(5):620-32中描述的任何抑制剂。
在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞激活的所述药剂是(4S,4aS,5aR,12aS)-4,7-双(二甲基氨基)-3,10,12,12a-四羟基-1,11-二氧代-1,4,4a,5,5a,6,11,12a-八氢并四苯-2-甲酰胺(米诺环素)或其药学上可接受的盐或其衍生物。在一些实施方案中，所述药剂是美国专利申请公开号US 20100190755中描述的任何化合物。在一些实施方案中，所述药剂是以下化合物：
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞激活的所述药剂是3-(7-氨基-3-氧代-1H-异吲哚-2-基)哌啶-2,6-二酮(来那度胺)或其药学上可接受的盐或其衍生物。在一些实施方案中，所述药剂是以下化合物：
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞激活的药剂是(4R,4aS,7aR,12bS)-4a,9-二羟基-3-丙-2-烯基-2,4,5,6,7a,13-六氢-1H-4,12-亚甲基苯并呋喃并[3,2-e]异喹啉-7-酮(纳洛酮)或其药学上可接受的盐或其衍生物。在一些实施方案中，所述药剂是美国专利号US 8247425中描述的任何化合物。在一些实施方案中，所述药剂是以下化合物：
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，降低小胶质细胞激活的所述药剂是2-氨基-6-(三氟甲氧基)苯并噻唑、6-(三氟甲氧基)苯并[d]噻唑-2-胺或6-(三氟甲氧基)-1,3-苯并噻唑-2-胺(利鲁唑)或其药学上可接受的盐或其衍生物，如美国专利号US 5527814中所述。在一些实施方案中，所述药剂是以下化合物：
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞激活的所述药剂是小神经胶质细胞中信号传导通路的调节剂。在一些情况下，所述药剂降低小神经胶质细胞信号传导。在一些实施方案中，所述药剂是GM-CSF(CSF2)抑制剂。在其他实施方案中，降低小神经胶质细胞激活的所述药剂是离子通道阻断剂。在一些特定实施方案中，所述药剂是钙通道阻断剂。例如，在一些特定例子中，所述药剂是二氢吡啶钙通道阻断剂。在一些实施方案中，所述药剂是微小RNA抑制剂。例如，所述药剂靶向miR-155。在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞激活的所述药剂选自MOR103、尼莫地平、IVIg和LNA-抗miR-155(Butoxsky等人Ann Neurol.,77(1):75-99(2015)和Sanz等人,Br J Pharmacol.167(8):1702-1711(2012)；Winter等人,Ann Clin and Transl Neurol.2328-9503(2016)；临床试验研究记录号：NCT01517282、NCT00750867)。
在一些实施方案中，降低小神经胶质细胞激活的所述药剂是3-(2-甲氧基乙基)5-丙-2-基2,6-二甲基-4-(3-硝基苯基)-1,4-二氢吡啶-3,5-二甲酸酯(尼莫地平)或其药学上可接受的盐或其衍生物。在一些实施方案中，所述药剂是美国专利号US 3799934中描述的任何抑制剂。在一些实施方案中，所述药剂是以下化合物：
或其药学上可接受的盐。
在一些情况下，将降低小神经胶质细胞激活的所述药剂以仅影响中枢神经系统和/或不影响肿瘤相关巨噬细胞的形式施用。在一些实施方案中，所述药剂促进小神经胶质细胞休眠，但不消除或减少小神经胶质细胞的数目。在一些实施方案中，所述方法涉及抑制特别是脑中的小神经胶质细胞活性，如Ponomarev等人,Nature Medicine,(1):64–70(2011)中所述。
降低小神经胶质细胞激活的示例性药剂和用于施用此类药剂的示例性给药方案陈述于下表7中。
C.其他药剂(例如，细胞因子靶向剂)
在一些实施方案中，治疗或改善免疫疗法和/或细胞疗法的毒性症状(如CRS或神经毒性)的药剂(例如毒性靶向药剂)是靶向细胞因子的药剂。在一些方面，所述药剂是细胞因子的拮抗剂或抑制剂，所述细胞因子如转化生长因子β(TGF-β)、白介素6(IL-6)、白介素10(IL-10)、IL-2、MIP1β(CCL4)、TNFα、IL-1、干扰素γ(IFN-γ)或单核细胞趋化蛋白-1(MCP-1)。在一些实施方案中，治疗或改善免疫疗法和/或细胞疗法的毒性(如CRS或神经毒性)症状的药剂是靶向细胞因子受体(例如，抑制细胞因子受体或者是细胞因子受体的拮抗剂)，所述细胞因子受体如IL-6受体(IL-6R)、IL-2受体(IL-2R/CD25)、MCP-1(CCL2)受体(CCR2或CCR4)、TGF-β受体(TGF-βI、II或III)、IFN-γ受体(IFNGR)、MIP1β受体(例如，CCR5)、TNFα受体(例如，TNFR1)、IL-1受体(IL1-Rα/IL-1Rβ)或IL-10受体(IL-10R)。
可以通过标准临床技术来确定治疗或改善免疫疗法和/或细胞疗法的毒性(如CRS或神经毒性)症状的所选择的药剂被施用以改善针对免疫疗法和/或细胞疗法的毒性(如CRS或神经毒性)的症状或副作用的量。示例性的不良事件包括但不限于丙氨酸氨基转移酶的增加、天冬氨酸氨基转移酶的增加、寒战、发热型嗜中性粒细胞减少症、头痛、低血压、左心室功能障碍、脑病、脑积水、癫痫发作和/或震颤。
在一些实施方案中，将所述药剂按以下剂量量来施用：为或为约30mg至5000mg，例如50mg至1000mg、50mg至500mg、50mg至200mg、50mg至100mg、100mg至1000mg、100mg至500mg、100mg至200mg、200mg至1000mg、200mg至500mg或500mg至1000mg。
在一些实施方案中，将所述药剂按以下剂量来施用：为或为约0.5mg/kg至100mg/kg，例如为或为约1mg/kg至50mg/kg、1mg/kg至25mg/kg、1mg/kg至10mg/kg、1mg/kg至5mg/kg、5mg/kg至100mg/kg、5mg/kg至50mg/kg、5mg/kg至25mg/kg、5mg/kg至10mg/kg、10mg/kg至100mg/kg、10mg/kg至50mg/kg、10mg/kg至25mg/kg、25mg/kg至100mg/kg、25mg/kg至50mg/kg至50mg/kg至100mg/kg。在一些实施方案中，将所述药剂按以下剂量量来施用：从或从约1mg/kg至10mg/kg、2mg/kg至8mg/kg、2mg/kg至6mg/kg、2mg/kg至4mg/kg或6mg/kg至8mg/kg，每个都包含端值。在一些方面，将所述药剂按以下剂量量来施用：至少或至少约或约1mg/kg、2mg/kg、4mg/kg、6mg/kg、8mg/kg、10mg/kg或更多。在一些实施方案中，将所述药剂以4mg/kg或8mg/kg的剂量施用。
在一些实施方案中，所述药剂是通过注射来施用，例如静脉内或皮下注射、眼内注射、眼周注射、视网膜下注射、玻璃体内注射、经中隔注射、巩膜下注射、脉络膜内注射、前房注射、结膜下注射(subconjectval injection)、结膜下注射(subconjuntivalinjection)、眼球筋膜囊下(sub-Tenon)注射、球后注射、球周注射或后近巩膜(posteriorjuxtascleral)递送。在一些实施方案中，将它们通过肠胃外、肺内和鼻内以及(如果需要用于局部治疗的话)病灶内施用来施用。肠胃外输注包括肌内、静脉内、动脉内、腹膜内或皮下施用。
在一些实施方案中，所述药剂的量是约或大约每天两次、每天、每隔一天、每周三次、每周、每隔一周或每个月一次来施用。
在一些实施方案中，所述药剂是作为组合物或配制品(例如如下文所述的药物组合物或配制品)的一部分施用。因此，在一些情况下，如下所述施用包含所述药剂的组合物。在其他方面，所述药剂是单独施用，并且例如关于组合物和配制品，可以通过任何已知的可接受的施用途径或通过本文所述的途径来施用。
在一些实施方案中，治疗或改善免疫疗法和/或细胞疗法的毒性(如CRS或神经毒性)的症状的所述药剂是抗体或抗原结合片段。在一些实施方案中，所述药剂是托珠单抗、司妥昔单抗、萨瑞鲁单抗、奥洛珠单抗(CDP6038)、艾西莫单抗、ALD518/BMS-945429、司鲁库单抗(CNTO 136)、CPSI-2634、ARGX-109、FE301或FM101。
在一些实施方案中，所述药剂是IL-6或IL-6受体(IL-6R)的拮抗剂或抑制剂。在一些方面，所述药剂是中和IL-6活性的抗体，如结合至IL-6或IL-6R的抗体或抗原结合片段。例如，在一些实施方案中，所述药剂是或包含托西利珠单抗(阿特利珠单抗(atlizumab))或赛利珠单抗、抗IL-6R抗体。在一些实施方案中，所述药剂是美国专利号8,562,991中描述的抗IL-6R抗体。在一些情况下，靶向IL-6的药剂是抗IL-6抗体，例如司妥昔单抗、艾西莫单抗、ALD518/BMS-945429、司鲁库单抗(CNTO 136)、CPSI-2634、ARGX-109、FE301、FM101或奥洛珠单抗(CDP6038)。在一些方面，所述药剂可以通过抑制配体-受体相互作用来中和IL-6活性。这种通用型途径的可行性已经用针对白介素-1的天然存在受体拮抗剂来证明。参见Harmurn,C.H.等人,Nature(1990)343:336-340。在一些方面，IL-6/IL-6R拮抗剂或抑制剂是IL-6突变蛋白，例如美国专利号5591827中描述的IL-6突变蛋白。在一些实施方案中，作为IL-6/IL-6R的拮抗剂或抑制剂的药剂是小分子、蛋白质或肽、或核酸。
在一些实施方案中，所述药剂是托珠单抗。在一些实施方案中，托珠单抗是根据所提供方法作为早期干预来施用，和/或与所提供制品或组合物一起施用，剂量为或为约1mg/kg至12mg/kg，例如为或为约4mg/kg、8mg/kg或10mg/kg。在一些实施方案中，托珠单抗是通过静脉内输注来施用。在一些实施方案中，施用托珠单抗用于持续10小时的高于39℃的持续发热，所述发热对于对乙酰氨基酚无反应。在一些实施方案中，如果在初始剂量48小时后症状复发，则提供托珠单抗的第二次施用。
在一些实施方案中，所述药剂是TGF-β或TGF-β受体(例如，TGF-β受体I、II或III)的激动剂或刺激剂。在一些方面，所述药剂是增加TGF-β活性的抗体，例如结合至TGF-β或其一种受体的抗体或抗原结合片段。在一些实施方案中，作为TGF-β和/或其受体的激动剂或刺激剂的所述药剂是小分子、蛋白质或肽或核酸。
在一些实施方案中，所述药剂是MCP-1(CCL2)或MCP-1受体(例如，MCP-1受体CCR2或CCR4)的拮抗剂或抑制剂。在一些方面，所述药剂是中和MCP-1活性的抗体，例如结合MCP-1或其一种受体(CCR2或CCR4)的抗体或抗原结合片段。在一些实施方案中，MCP-1拮抗剂或抑制剂是在Gong等人J Exp Med.1997年7月7日；186(1):131-137或Shahrara等人JImmunol 2008；180:3447-3456中描述的任何一种。在一些实施方案中，作为MCP-1和/或其受体(CCR2或CCR4)的拮抗剂或抑制剂的所述药剂是小分子、蛋白质或肽、或核酸。
在一些实施方案中，所述药剂是IFN-γ或IFN-γ受体(IFNGR)的拮抗剂或抑制剂。在一些方面，所述药剂是中和IFN-γ活性的抗体，例如结合至IFN-γ或其受体(IFNGR)的抗体或抗原结合片段。在一些方面，IFN-γ中和抗体是在Dobber等人Cell Immunol.1995年2月；160(2):185-92或Ozmen等人J Immunol.1993年4月1日；150(7):2698-705中描述的任何一种。在一些实施方案中，作为IFN-γ/IFNGR的拮抗剂或抑制剂的所述药剂是小分子、蛋白质或肽、或核酸。
在一些实施方案中，所述药剂是IL-10或IL-10受体(IL-10R)的拮抗剂或抑制剂。在一些方面，所述药剂是中和IL-10活性的抗体，如结合至IL-10或IL-10R的抗体或抗原结合片段。在一些方面，IL-10中和抗体是描述于以下文献中的任一种：Dobber等人CellImmunol.1995年2月；160(2):185-92或Hunter等人J Immunol.2005年6月1日；174(11):7368-75。在一些实施方案中，作为IL-10/IL-10R的拮抗剂或抑制剂的药剂是小分子、蛋白质或肽、或核酸。
在一些实施方案中，所述药剂是IL-1或IL-1受体(IL-1R)的拮抗剂或抑制剂。在一些方面，所述药剂是IL-1受体拮抗剂，其是IL-1R的修饰形式，如阿那白滞素(anakinra)(参见例如，Fleischmann等人,(2006)Annals of the rheumatic diseases.65(8):1006-12)。在一些方面，所述药剂是中和IL-1活性的抗体，如与IL-1或IL-1R结合的抗体或抗原结合片段，如卡那单抗(canakinumab)(还参见EP 2277543)。在一些实施方案中，作为IL-1/IL-1R的拮抗剂或抑制剂的药剂是小分子、蛋白质或肽、或核酸。
在一些实施方案中，所述药剂是肿瘤坏死因子(TNF)或肿瘤坏死因子受体(TNFR)的拮抗剂或抑制剂。在一些方面，所述药剂是阻断TNF活性的抗体，例如结合至TNF(例如TNFα)或其受体(TNFR，例如TNFRp55或TNFRp75)的抗体或抗原结合片段。在一些方面，所述药剂选自英夫利昔单抗(infliximab)、阿达木单抗(adalimumab)、聚乙二醇化赛妥珠单抗(certolizumab pegol)、戈利木单抗(golimumab)和依那西普(etanercept)。在一些实施方案中，作为TNF/TNFR的拮抗剂或抑制剂的药剂是小分子、蛋白质或肽或核酸。在一些实施方案中，所述药剂是影响TNF的小分子，如来那度胺(参见例如，Muller等人(1999)Bioorganic&Medicinal Chemistry Letters.9(11):1625)。
在一些实施方案中，所述药剂是通过Janus激酶(JAK)和两个信号传导子及转录激活子(STAT)信号传导级联进行的信号传导的拮抗剂或抑制剂。JAK/STAT蛋白是细胞因子和细胞因子受体信号传导的常见组分。在一些实施方案中，作为JAK/STAT的拮抗剂或抑制剂的所述药剂例如为鲁索替尼(参见例如，Mesa等人(2012)Nature Reviews DrugDiscovery.11(2):103-104)、托西替尼(也称为Xeljanz、Jakvinus tasocitinib和CP-690550)、巴瑞替尼(也称为LY-3009104、INCB-28050)、菲戈替尼(Filgotinib)(G-146034、GLPG-0634)、甘多替尼(Gandotinib)(LY-2784544)、来他替尼(CEP-701)、莫洛替尼(Momelotinib)(GS-0387、CYT-387)、帕利替尼(Pacritinib)(SB1518)和乌帕替尼(Upadacitinib)(ABT-494)。在一些实施方案中，所述药剂是小分子、蛋白质或肽或核酸。
在一些实施方案中，可以使用装置(例如使用血液或血浆过滤的吸收性树脂技术)降低细胞因子的水平。在一些实施方案中，用于降低细胞因子水平的所述装置是物理细胞因子吸收器，如体外细胞因子吸收器。在一些实施方案中，物理细胞因子吸收器可以用于以离体的体外方式从血流消除细胞因子。在一些实施方案中，所述药剂是多孔聚合物。在一些实施方案中，所述药剂是CytoSorb(参见，例如，Basu等人Indian J Crit Care Med.(2014)18(12):822–824)。
D.另外的治疗剂
在一些实施方案中，还提供了组合疗法，所述组合疗法涉及施用细胞疗法和另外的治疗剂。在一些实施方案中，所述另外的治疗剂是本文所述的任何其他治疗剂，包括能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗。在一些方面，所述另外的治疗剂是能够增强或增加细胞的扩增和/或持久性的药剂，在一些情况下，其可以导致改善的对细胞疗法的反应。
在一些实施方案中，此类方法可以包括在施用(例如，开始施用)细胞疗法(例如CAR表达T细胞)之前、与所述施用同时、在所述施用期间，在所述施用的过程期间(包括在所述过程期间一次和/或定期地)和/或在所述施用之后，施用另外的治疗剂。在一些实施方案中，施用可涉及另外的治疗剂和细胞疗法的依序或间歇施用。
在一些实施方案中，所述药剂是激酶抑制剂。在一些实施方案中，激酶TEC家族的抑制剂抑制TEC家族的一种或多种激酶，包括布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)、IL2诱导型T细胞激酶(ITK)、tec蛋白酪氨酸激酶(TEC)、BMX非受体酪氨酸激酶(Etk)以及TXK酪氨酸激酶(TXK)。在一些实施方案中，所述抑制剂是布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂(BTKi)。在一些实施方案中，所述抑制剂是或包含依鲁替尼或阿卡替尼(acalabrutinib)(参见例如，Barrett等人,ASH 58th Annual Meeting San Diego,CA 2016年12月3日-6日,Abstract 654；Ruella等人,ASH 58th Annual Meeting San Diego,CA 2016年12月3日-6日,Abstract 2159)。在一些实施方案中，所述药剂是如以下文献中所述的抑制剂：美国专利号7,514,444；8,008,309；8,476,284；8,497,277；8,697,711；8,703,780；8,735,403；8,754,090；8,754,091；8.957,079；8,999,999；9,125,889；9,181,257；或9,296,753。
在一些方面，BTKi(例如，依鲁替尼)的施用是在从受试者获得样品之前为或至少约5天至为或约7天(如为或约5、6或7天)开始的，并且是按如下给药方案进行的，所述给药方案包括施用BTKi(例如，依鲁替尼)至少直到从受试者获得样品，以及继续和/或进一步施用BTKi(例如，依鲁替尼)，所述继续和/或进一步施用在开始施用细胞疗法之后延长为或约或大于三个月。在一些实施方案中，将BTKi(例如，依鲁替尼)在所述给药方案期间以从或从约140mg至或至约560mg的量在施用其的每一天中每天施用一次。在一些实施方案中，在开始施用BTKi(例如，依鲁替尼)之后且在施用细胞疗法之前，已对受试者用淋巴细胞清除疗法进行了预调理。在一些实施方案中，所述方法还包括在施用BTKi(例如，依鲁替尼)之后并且在施用细胞疗法之前向受试者施用淋巴细胞清除疗法。在一些实施方案中，淋巴细胞清除疗法的施用是在开始施用细胞疗法之前7天内完成的。在一些实施方案中，淋巴细胞清除疗法的施用是在开始施用细胞疗法之前为或约2至为或约7天(如为或约7天)内完成的。在一些实施方案中，所述给药方案包括在淋巴细胞清除疗法期间中止或暂停施用BTKi(例如，依鲁替尼)。在一些实施方案中，所述给药方案包括在完成淋巴细胞清除疗法之后恢复或进一步施用BTKi(例如，依鲁替尼)。
在一些实施方案中，所述方法或用途涉及：向患有癌症的受试者施用BTKi(例如，依鲁替尼)或其药学上可接受的盐；和向受试者施用淋巴细胞清除疗法；以及在完成淋巴细胞清除疗法之后2至7天内向受试者施用细胞疗法。
在一些方面，BTKi(例如，依鲁替尼)的施用是在从受试者获得样品之前为或至少约5至7天(如7天)开始的，并且是按如下给药方案进行的，所述给药方案包括施用BTKi(例如，依鲁替尼)直至开始淋巴细胞清除疗法，在所述淋巴细胞清除疗法期间中止或暂停施用BTKi(例如，依鲁替尼)，以及恢复或进一步施用BTKi(例如，依鲁替尼)持续一定的时间段，所述时间段在开始施用细胞疗法之后延长为或大于三个月，其中将BTKi(例如，依鲁替尼)在所述给药方案期间以从或从约140mg至或至约560mg的量在施用其的每一天中每天施用一次。在一些实施方案中，BTKi(例如，依鲁替尼)的施用在施用其的每一天是从或从约280mg至或至约560mg。在一些实施方案中，BTKi(例如，依鲁替尼)的施用是在从受试者获得样品之前为或至少约7天开始的。
在一些实施方案中，BTKi(例如，依鲁替尼)的施用是在开始施用细胞疗法之前从或从约30至约40天开始的；在开始施用细胞疗法之前从或从约23天至约38天从受试者获得样品；和/或淋巴细胞清除疗法是在开始施用细胞疗法之前为或约5至7天(如7天)完成的。
在一些实施方案中，BTKi(例如，依鲁替尼)的施用是在开始施用细胞疗法之前为或约35天开始的；在开始施用细胞疗法之前从或从约28天至约32天从受试者获得样品；和/或淋巴细胞清除疗法是在开始施用细胞疗法之前约5至约7天(如7天)完成的。
在其中在开始施用细胞疗法之前施用BTKi抑制剂(例如，依鲁替尼)的任何此类实施方案的一些中，BTKi的施用以规则的间隔持续进行直到开始细胞疗法和/或在开始细胞疗法之后持续一段时间。
在任何此类上述实施方案的一些中，在开始施用细胞疗法之前和之后施用BTKi(例如，依鲁替尼)。在一些实施方案中，在施用细胞疗法之后施用BTKi(例如，依鲁替尼)或继续和/或进一步施用BTKi(例如，依鲁替尼)。在一些实施方案中，与开始施用细胞疗法同时，或在开始施用细胞疗法之后在或在约1小时、2小时、6小时、12小时、24小时、48小时、96小时、4天、5天、6天或7天、14天、15天、21天、24天、28天、30天、36天、42天、60天、72天、90天、120天、180天、210天、240天、270天、300天、330天、360天或720天内施用BTKi(例如，依鲁替尼)。在一些实施方案中，所提供的方法包括在开始施用细胞疗法之后，如以规则间隔在开始细胞疗法之后的任何前述时间段的持续时间内继续和/或进一步施用BTKi(例如，依鲁替尼)。
在一些实施方案中，在施用细胞疗法之后继续和/或进一步施用BTKi(例如，依鲁替尼)，如每天施用，持续长达或长达约1天、长达或长达约2天、长达或长达约3天、长达或长达约4天、长达或长达约5天、长达或长达约6天、长达或长达约7天、长达或长达约12天、长达或长达约14天、长达或长达约21天、长达或长达约24天、长达或长达约28天、长达或长达约30天、长达或长达约35天、长达或长达约42天、长达或长达约60天、或长达或长达约90天、长达或长达约120天、长达或长达约180天、长达或长达约240天、长达或长达约360天、或长达或长达约720天或更长时间。在一些实施方案中，在施用细胞之后，继续和/或进一步施用BTKi(例如，依鲁替尼)，如每天施用，持续长达或长达约1周、2周、3周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月、1年或2年或更长时间。在一些实施方案中，继续和/或进一步施用BTKi(例如，依鲁替尼)的时间段在开始施用细胞疗法之后延长为或约或大于四个月。在一些实施方案中，继续施用BTKi(例如，依鲁替尼)的时间段在开始施用细胞疗法之后延长为或约或大于五个月。在一些实施方案中，例如继续施用BTKi(例如，依鲁替尼)的时间段在开始施用细胞疗法之后延长为或约或大于六个月。
在一些实施方案中，BTKi(例如，依鲁替尼)的施用延长至少三个月的时间段。在一些实施方案中，BTKi(例如，依鲁替尼)的施用在开始施用细胞疗法之后延长为或约90天、为或约100天、为或约105天、为或约110天、为或约115天、为或约120天、为或约125天、为或约130天、为或约135天、为或约140天、为或约145天、为或约150天、为或约155天、为或约160天、为或约165天、为或约170天、为或约175天、为或约180天、为或约185天、为或约190天、为或约195天、为或约200天或更长时间的时间段。
在一些实施方案中，以从或从约50mg至420mg、50mg至400mg、50mg至380mg、50mg至360mg、50mg至340mg、50mg至320mg、50mg至300mg、50mg至280mg、100mg至400mg、100mg至380mg、100mg至360mg、100mg至340mg、100mg至320mg、100mg至300mg、100mg至280mg、100mg至200mg、140mg至400mg、140mg至380mg、140mg至360mg、140mg至340mg、140mg至320mg、140mg至300mg、140mg至280mg、140mg至200mg、180mg至400mg、180mg至380mg、180mg至360mg、180mg至340mg、180mg至320mg、180mg至300mg、180mg至280mg、200mg至400mg、200mg至380mg、200mg至360mg、200mg至340mg、200mg至320mg、200mg至300mg、200mg至280mg、220mg至400mg、220mg至380mg、220mg至360mg、220mg至340mg、220mg至320mg、220mg至300mg、220mg至280mg、240mg至400mg、240mg至380mg、240mg至360mg、240mg至340mg、240mg至320mg、240mg至300mg、240mg至280mg、280mg至420mg或300mg至400mg(每个都包含端值)的剂量量施用BTKi(例如，依鲁替尼)。
在一些实施方案中，以至少或至少约50mg/天、100mg/天、140mg/天、150mg/天、175mg/天、200mg/天、250mg/天、280mg/天、300mg/天、350mg/天、400mg/天、420mg/天、440mg/天、460mg/天、480mg/天、500mg/天、520mg/天、540mg/天、560mg/天、580mg/天、600mg/天、700mg/天、750mg/天、800mg/天、850mg/天或960mg/天的总日剂量量施用BTKi(例如，依鲁替尼)。在一些实施方案中，以为或约420mg/天的量施用所述抑制剂。在一些实施方案中，以小于或小于约560mg/天且至少约或至少140mg/天的量施用所述抑制剂。在一些实施方案中，以小于或小于约420mg/天且至少约或至少280mg/天的量施用所述抑制剂。在一些实施方案中，以为或约或至少或至少约140mg/天、280mg/天、420mg/天或560mg/天的量施用所述抑制剂。在一些实施方案中，以为或约或至少或至少约420mg/天或560mg/天的量施用所述抑制剂。在一些实施方案中，以不超过140mg/天、280mg/天、420mg/天或560mg/天的量施用所述抑制剂。在一些实施方案中，以不超过420mg/天或560mg/天的量施用所述抑制剂。在一些实施方案中，所述量包含在施用BTKi(例如，依鲁替尼)的每一天中从或从约140mg至为或约840mg。在一些实施方案中，所述量包含在施用BTKi(例如，依鲁替尼)的每一天中从或从约140mg至或至约560mg。在一些方面，以每天为或约420mg的剂量，或者如果需要减少先前的剂量以控制毒性则以更低的剂量施用BTKi(例如，依鲁替尼)。
在一些实施方案中，每天一次施用所述抑制剂。在一些实施方案中，每天两次施用所述抑制剂。
在任何前述实施方案中，可以口服施用依鲁替尼。
在一些实施方案中，以一个或多个分剂量(如2、3或4个剂量)或以单一配制品施用剂量(如日剂量)。可以单独地、在存在药学上可接受的载体的情况下、或者在存在其他治疗剂的情况下施用所述抑制剂。
在一些方面，在评估用于用细胞疗法(例如，CAR T细胞疗法)治疗的受试者时施用BTKi(例如，依鲁替尼)。在一些实施方案中，BTKi(例如，依鲁替尼)施用继续进行直到开始施用细胞疗法(例如，CAR T细胞疗法)之后。在一些实施方案中，在评估用于用细胞疗法(例如，CAR T细胞疗法)治疗的受试者时不施用BTKi(例如，依鲁替尼)，并且在开始细胞疗法(例如，CAR T细胞疗法)之前施用BTKi(例如，依鲁替尼)。
IV.由细胞表达的重组抗原受体
在一些实施方案中，用于所提供的方法中或与所提供的方法结合施用的细胞含有或被工程化以含有工程化受体，例如工程化抗原受体(如嵌合抗原受体(CAR))或T细胞受体(TCR)。还提供了此类细胞群、含有此类细胞和/或富集此类细胞的组合物，如其中富集或选择某种类型的细胞如T细胞或CD8+或CD4+细胞。所述组合物包括用于施用(如用于过继细胞疗法)的药物组合物和配制品。还提供用于根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物将所述细胞和组合物施用于受试者(例如，患者)的治疗方法。
在一些实施方案中，所述细胞包括经由基因工程引入的一种或多种核酸，从而表达此类核酸的重组或基因工程化产物。在一些实施方案中，通过以下方式完成基因转移：首先刺激细胞，如通过将其与诱导反应(如增殖、存活和/或激活)的刺激物进行组合，例如如通过细胞因子或激活标记的表达测量的，然后转导激活的细胞，并且在培养中扩增至足以用于临床应用的数量。
所述细胞通常表达重组受体，如抗原受体(包括功能性非TCR抗原受体，例如嵌合抗原受体(CAR))和其他抗原结合受体(如转基因T细胞受体(TCR))。受体还包括其他嵌合受体。
A.嵌合抗原受体(CAR)
在所提供的方法和用途的一些实施方案中，嵌合受体(如嵌合抗原受体)含有一个或多个结构域，所述一个或多个结构域将提供针对所期望抗原(例如肿瘤抗原)的特异性的配体结合结构域(例如抗体或抗体片段)与细胞内信号传导结构域组合。在一些实施方案中，所述细胞内信号传导结构域是刺激或激活细胞内结构域部分，如T细胞刺激或激活结构域，从而提供初级激活信号或初级信号。在一些实施方案中，所述细胞内信号传导结构域含有或另外含有共刺激信号传导结构域以促进效应子功能。在一些实施方案中，嵌合受体在被基因工程化至免疫细胞中时，可以调节T细胞活性，并且在一些情况下可以调节T细胞分化或稳态，由此产生在体内具有改善的寿命、存活和/或持久性的基因工程化细胞，如用于过继细胞治疗方法。
示例性抗原受体(包括CAR)以及将此类受体工程化并引入细胞中的方法包括例如国际专利申请公开号WO 200014257、WO 2013126726、WO 2012/129514、WO 2014031687、WO2013/166321、WO 2013/071154、WO 2013/123061；美国专利申请公开号US 2002131960、US2013287748、US 20130149337；美国专利号：6,451,995、7,446,190、8,252,592、8,339,645、8,398,282、7,446,179、6,410,319、7,070,995、7,265,209、7,354,762、7,446,191、8,324,353和8,479,118；以及欧洲专利申请号EP 2537416中描述的那些，和/或Sadelain等人,Cancer Discov.2013年4月；3(4):388-398；Davila等人(2013)PLoS ONE 8(4):e61338；Turtle等人,Curr.Opin.Immunol.,2012年10月；24(5):633-39；Wu等人,Cancer,2012年3月18(2):160-75描述的那些。在一些方面，抗原受体包括如美国专利号7,446,190中描述的CAR，以及国际专利申请公开号WO/2014055668A1中描述的那些。CAR的例子包括如前述出版物中任一项中披露的CAR，所述出版物如WO 2014031687、US 8,339,645、US 7,446,179、US2013/0149337、美国专利号7,446,190、美国专利号8,389,282；Kochenderfer等人,2013,Nature Reviews Clinical Oncology,10,267-276(2013)；Wang等人(2012)J.Immunother.35(9):689-701；和Brentjens等人,Sci Transl Med.2013 5(177)。还参见WO 2014031687、US 8,339,645、US 7,446,179、US 2013/0149337、美国专利号7,446,190和美国专利号8,389,282。
嵌合受体(如CAR)通常包括细胞外抗原结合结构域，如抗体分子的一部分，通常是抗体的可变重(VH)链区和/或可变轻(VL)链区，例如，scFv抗体片段。
在一些实施方案中，受体所靶向的抗原是多肽。在一些实施方案中，其是碳水化合物或其他分子。在一些实施方案中，与正常或非靶标细胞或组织相比，抗原在疾病或病症的细胞(例如，肿瘤或病原细胞)上选择性表达或过表达。在其他实施方案中，抗原在正常细胞上表达和/或在工程化细胞上表达。
在一些实施方案中，受体靶向的抗原选自αvβ6整合素(avb6整合素)、B细胞成熟抗原(BCMA)、B7-H3、B7-H6、碳酸酐酶9(CA9，也称为CAIX或G250)、癌症-睾丸抗原、癌症/睾丸抗原1B(CTAG，也称为NY-ESO-1和LAGE-2)、癌胚抗原(CEA)、细胞周期蛋白、细胞周期蛋白A2、C-C基序趋化因子配体1(CCL-1)、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、硫酸软骨素蛋白聚糖4(CSPG4)、表皮生长因子蛋白(EGFR)、表皮生长因子受体III型突变体(EGFR vIII)、上皮糖蛋白2(EPG-2)、上皮糖蛋白40(EPG-40)、肝配蛋白B2、肝配蛋白受体A2(EPHa2)、雌激素受体、Fc受体样蛋白5(FCRL5；也称为Fc受体同源物5或FCRH5)、胎儿乙酰胆碱受体(胎儿AchR)、叶酸结合蛋白(FBP)、叶酸受体α、神经节苷脂GD2、O-乙酰化GD2(OGD2)、神经节苷脂GD3、糖蛋白100(gp100)、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3(GPC3)、G蛋白偶联受体C类5族成员D(GPRC5D)、Her2/neu(受体酪氨酸激酶erb-B2)、Her3(erb-B3)、Her4(erb-B4)、erbB二聚体、人高分子量黑色素瘤相关抗原(HMW-MAA)、乙型肝炎表面抗原、人白细胞抗原A1(HLA-A1)、人白细胞抗原A2(HLA-A2)、IL-22受体α(IL-22Rα)、IL-13受体α2(IL-13Rα2)、激酶插入结构域受体(kdr)、κ轻链、L1细胞粘附分子(L1-CAM)、L1-CAM的CE7表位、含有富亮氨酸重复序列的蛋白8家族成员A(LRRC8A)、Lewis Y、黑色素瘤相关抗原(MAGE)-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、间皮素(MSLN)、c-Met、鼠类巨细胞病毒(CMV)、粘蛋白1(MUC1)、MUC16、自然杀伤细胞2族成员D(NKG2D)配体、黑色素A(MART-1)、神经细胞粘附分子(NCAM)、癌胚胎抗原、黑色素瘤优先表达抗原(PRAME)、孕酮受体、前列腺特异性抗原、前列腺干细胞抗原(PSCA)、前列腺特异性膜抗原(PSMA)、受体酪氨酸激酶样孤儿受体1(ROR1)、存活蛋白、滋养层糖蛋白(TPBG，也称为5T4)、肿瘤相关糖蛋白72(TAG72)、酪氨酸酶相关蛋白1(TRP1，也称为TYRP1或gp75)、酪氨酸酶相关蛋白2(TRP2，也称为多巴色素互变异构酶、多巴色素δ异构酶或DCT)、血管内皮生长因子受体(VEGFR)、血管内皮生长因子受体2(VEGFR2)、肾母细胞瘤1(WT-1)、病原体特有的或病原体表达的抗原、或与通用标签相关的抗原、和/或生物素化分子、和/或由HIV、HCV、HBV或其他病原体表达的分子。在一些实施方案中，受体靶向的抗原包括与B细胞恶性肿瘤相关的抗原，如许多已知B细胞标记中的任何一种。在一些实施方案中，所述受体靶向的抗原是CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igκ、Igλ、CD79a、CD79b或CD30。在一些实施方案中，抗原是或包括病原体特异性抗原或病原体表达的抗原。在一些实施方案中，抗原是病毒抗原(例如来自HIV、HCV、HBV等的病毒抗原)、细菌抗原和/或寄生虫抗原。
在一些实施方案中，所述抗原是CD19。在一些实施方案中，scFv含有源自对CD19具有特异性的抗体或抗体片段的VH和VL。在一些实施方案中，结合CD19的抗体或抗体片段是小鼠来源的抗体，如FMC63和SJ25C1。在一些实施方案中，抗体或抗体片段是人抗体，例如如美国专利公开号US 2016/0152723中所述。
在一些实施方案中，scFv和/或VH结构域源自FMC63。FMC63通常是指针对人来源的表达CD19的Nalm-1和Nalm-16细胞产生的小鼠单克隆IgG1抗体(Ling,N.R.等人(1987)。Leucocyte typing III.302)。在一些实施方案中，FMC63抗体包含分别在SEQ ID NO:38和39中所示的CDR-H1和CDR-H2，和SEQ ID NO:40或54中所示的CDR-H3；以及SEQ ID NO:35中所示的CDR-L1和SEQ ID NO:36或55中所示的CDR-L2和SEQ ID NO:37或56中所示的CDR-L3。在一些实施方案中，FMC63抗体包含含有SEQ ID NO:41的氨基酸序列的重链可变区(VH)和含有SEQ ID NO:42的氨基酸序列的轻链可变区(VL)。
在一些实施方案中，scFv包含含有SEQ ID NO:35的CDR-L1序列、SEQ ID NO:36的CDR-L2序列和SEQ ID NO:37的CDR-L3序列的可变轻链和/或含有SEQ ID NO:38的CDR-H1序列、SEQ ID NO:39的CDR-H2序列和SEQ ID NO:40的CDR-H3序列的可变重链。在一些实施方案中，scFv包含SEQ ID NO:41中所示的可变重链区和SEQ ID NO:42中所示的可变轻链区。在一些实施方案中，可变重链和可变轻链通过接头连接。在一些实施方案中，接头如SEQ IDNO:24所示。在一些实施方案中，scFv依次包含VH、接头和VL。在一些实施方案中，scFv依次包含VL、接头和VH。在一些实施方案中，scFv由SEQ ID NO:25所示的核苷酸序列或展现出与SEQID NO:25至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性的序列编码。在一些实施方案中，scFv包含SEQ ID NO:43所示的氨基酸序列或展现出与SEQ ID NO:43至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性的序列。
在一些实施方案中，scFv源自SJ25C1。SJ25C1是针对人来源的表达CD19的Nalm-1和Nalm-16细胞产生的小鼠单克隆IgG1抗体(Ling,N.R.等人(1987)。Leucocyte typingIII.302)。在一些实施方案中，SJ25C1抗体包含分别如SEQ ID NO:47-49所示的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3序列，以及分别如SEQ ID NO:44-46所示的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3序列。在一些实施方案中，SJ25C1抗体包含含有SEQ ID NO:50的氨基酸序列的重链可变区(VH)和含有SEQ ID NO:51的氨基酸序列的轻链可变区(VL)。
在一些实施方案中，scFv包含含有SEQ ID NO:44的CDR-L1序列、SEQ ID NO:45的CDR-L2序列和SEQ ID NO:46的CDR-L3序列的可变轻链和/或含有SEQ ID NO:47的CDR-H1序列、SEQ ID NO:48的CDR-H2序列和SEQ ID NO:49的CDR-H3序列的可变重链。在一些实施方案中，scFv包含SEQ ID NO:50中所示的可变重链区和SEQ ID NO:51中所示的可变轻链区。在一些实施方案中，可变重链和可变轻链通过接头连接。在一些实施方案中，接头如SEQ IDNO:52所示。在一些实施方案中，scFv依次包含VH、接头和VL。在一些实施方案中，scFv依次包含VL、接头和VH。在一些实施方案中，scFv包含SEQ ID NO:53所示的氨基酸序列或展现出与SEQ ID NO:53至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性的序列。
在一些实施方案中，嵌合抗原受体包括含有抗体或抗体片段的细胞外部分。在一些方面，嵌合抗原受体包括含有抗体或片段的细胞外部分和细胞内信号传导结构域。在一些实施方案中，抗体或片段包括scFv。
本文中的术语“抗体”在最广泛的意义上使用，并且包括多克隆和单克隆抗体，包括完整抗体和功能性(抗原结合)抗体片段，包括片段抗原结合(Fab)片段、F(ab')2片段、Fab'片段、Fv片段、重组IgG(rIgG)片段、能够特异性地结合抗原的重链可变(VH)区、单链抗体片段(包括单链可变片段(scFv))以及单结构域抗体(例如，sdAb、sdFv、纳米抗体)片段。所述术语涵盖免疫球蛋白的基因工程化的和/或以其他方式修饰的形式，如胞内抗体、肽体、嵌合抗体、全人抗体、人源化抗体和异缀合抗体、多特异性(例如，双特异性或三特异性)抗体、双抗体、三抗体和四抗体、串联双scFv、串联三scFv。除非另有说明，否则术语“抗体”应当理解为涵盖其功能抗体片段，在本文也称为“抗原结合片段”。所述术语还涵盖完整或全长抗体，包括任何类别或亚类(包括IgG及其亚类、IgM、IgE、IgA和IgD)的抗体。
术语“互补决定区”和“CDR”与“高变区”或“HVR”同义，在一些情况下是已知的，是指抗体可变区内的非连续氨基酸序列，其赋予抗原特异性和/或结合亲和力。通常，在每个重链可变区中有三个CDR(CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3)，并且在每个轻链可变区中有三个CDR(CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3)。“框架区”和“FR”是已知的，在一些情况下是指重链和轻链的可变区的非CDR部分。通常，在每个全长重链可变区中有四个FR(FR-H1、FR-H2、FR-H3和FR-H4)，并且在每个全长轻链可变区中有四个FR(FR-L1、FR-L2、FR-L3和FR-L4)。
给定CDR或FR的精确氨基酸序列边界可以使用多种熟知方案中的任一种容易地确定，所述方案包括以下文献中所述的那些：Kabat等人(1991),“Sequences of Proteins ofImmunological Interest,”第5版Public Health Service,National Institutes ofHealth,贝塞斯达,马里兰州(“Kabat”编号方案)；Al-Lazikani等人,(1997)JMB 273,927-948(“Chothia”编号方案)；MacCallum等人,J.Mol.Biol.262:732-745(1996),“Antibody-antigen interactions:Contact analysis and binding site topography,”J.Mol.Biol.262,732-745.(“Contact”编号方案)；Lefranc MP等人,“IMGT uniquenumbering for immunoglobulin and T cell receptor variable domains and Igsuperfamily V-like domains,”Dev Comp Immunol,2003Jan；27(1):55-77(“IMGT”编号方案)；Honegger A和Plückthun A,“Yet another numbering scheme for immunoglobulinvariable domains:an automatic modeling and analysis tool,”J Mol Biol,2001Jun8；309(3):657-70,(“Aho”编号方案)；和Martin等人,“Modeling antibody hypervariableloops:a combined algorithm,”PNAS,1989,86(23):9268-9272,(“AbM”编号方案)。
给定CDR或FR的边界可能根据用于鉴定的方案而变化。例如，Kabat方案是基于结构比对，而Chothia方案是基于结构信息。Kabat和Chothia方案的编号都是基于最常见的抗体区域序列长度，其中通过插入字母(例如“30a”)提供插入，并且在一些抗体中出现缺失。这两种方案将某些插入和缺失(“插入缺失(indel)”)放置在不同的位置，从而产生不同的编号。Contact方案是基于对复杂晶体结构的分析，并且在许多方面与Chothia编号方案相似。AbM方案是Kabat与Chothia定义之间的折衷，是基于Oxford Molecular's AbM抗体建模软件使用的方案。
下表8列出了分别通过Kabat、Chothia、AbM和Contact方案鉴定的CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3以及CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3的示例性位置边界。对于CDR-H1，使用Kabat和Chothia两种编号方案列出残基编号。FR位于CDR之间，例如，FR-L1位于CDR-L1之前，FR-L2位于CDR-L1与CDR-L2之间，FR-L3位于CDR-L2与CDR-L3之间，等等。应注意，因为所示的Kabat编号方案在H35A和H35B处放置插入，所以当使用所示的Kabat编号惯例进行编号时，Chothia CDR-H1环的末端根据环的长度在H32与H34之间变化。
表8.根据各种编号方案的CDR边界。
1-Kabat等人(1991),“Sequences of Proteins of Immunological Interest,”第5版Public Health Service,National Institutes of Health,马里兰州贝塞斯达
2-Al-Lazikani等人,(1997)JMB 273,927-948
因此，除非另有规定，否则应当理解给定抗体或其区域(如其可变区)的“CDR”或“互补决定区”或单独指定的CDR(例如，CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3)涵盖如由任何前述方案或其他已知方案所定义的一个(或特定的)互补决定区。例如，在声明特定的CDR(例如，CDR-H3)含有给定VH或VL区氨基酸序列中的相应CDR的氨基酸序列的情况下，应理解，这种CDR具有在可变区内的相应CDR(例如，CDR-H3)的序列，如由任何前述方案或其他已知方案所定义的。在一些实施方案中，指定了特定的CDR序列。使用各种编号方案描述所提供抗体的示例性CDR序列，但应当理解，所提供抗体可以包括如根据任何其他上述编号方案或熟练技术人员已知的其他编号方案所描述的CDR。
同样，除非另有规定，否则给定抗体或其区域如其可变区的FR或单独指定的一个或多个FR(例如，FR-H1、FR-H2、FR-H3、FR-H4)应理解为涵盖如任何已知方案所定义的一个(或特定)框架区。在一些情形中，指定用于鉴定特定CDR、FR或多个特定FR或CDR的鉴定方案，如通过Kabat、Chothia、AbM或Contact方法或其他已知方案定义的CDR。在其他情况下，给出了CDR或FR的特定氨基酸序列。
术语“可变区”或“可变结构域”是指抗体重链或轻链中参与抗体与抗原的结合的结构域。天然抗体的重链和轻链的可变区(分别为VH和VL)通常具有相似的结构，其中每个结构域包含四个保守的框架区(FR)和三个CDR。(参见例如Kindt等人Kuby Immunology,第6版,W.H.Freeman and Co.,第91页(2007)。单一VH或VL结构域可能足以赋予抗原结合特异性。此外，可以使用来自结合抗原的抗体的VH或VL结构域分离结合所述特定抗原的抗体，以分别筛选互补的VL或VH结构域的文库。参见例如Portolano等人,J.Immunol.150:880-887(1993)；Clarkson等人,Nature 352:624-628(1991)。
包括在所提供的CAR中的抗体包括抗体片段。“抗体片段”或“抗原结合片段”是指除了完整抗体以外的分子，其包含完整抗体的结合完整抗体所结合的抗原的一部分。抗体片段的例子包括但不限于Fv、Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')2；双抗体；线性抗体；重链可变(VH)区、单链抗体分子(如scFv)和仅含有VH区的单结构域抗体；和由抗体片段形成的多特异性抗体。在一些实施方案中，所提供的CAR中的抗原结合结构域是或包括含有可变重链(VH)区和可变轻链(VL)区的抗体片段。在特定实施方案中，抗体是包含重链可变(VH)区和/或轻链可变(VL)区的单链抗体片段(例如scFv)。
术语“可变区”或“可变结构域”是指抗体重链或轻链中参与抗体与抗原的结合的结构域。天然抗体的重链和轻链的可变结构域(分别为VH和VL)通常具有相似的结构，每个结构域包含四个保守的框架区(FR)和三个CDR。(参见例如Kindt等人Kuby Immunology,第6版,W.H.Freeman and Co.,第91页(2007)。单一VH或VL结构域可能足以赋予抗原结合特异性。此外，可以使用来自结合抗原的抗体的VH或VL结构域分离结合所述特定抗原的抗体，以分别筛选互补的VL或VH结构域的文库。参见例如，Portolano等人,J.Immunol.150:880-887(1993)；Clarkson等人,Nature 352:624-628(1991)。
单结构域抗体是包含抗体的全部或部分重链可变结构域或者全部或部分轻链可变结构域的抗体片段。在某些实施方案中，单结构域抗体是人单结构域抗体。在一些实施方案中，CAR包含特异性地结合抗原的抗体重链结构域，所述抗原例如癌症标记或待靶向的细胞或疾病(例如肿瘤细胞或癌细胞)的细胞表面抗原，例如本文所述或已知的任何靶抗原。
抗体片段可以通过各种技术制备，包括但不限于完整抗体的蛋白水解消化以及通过重组宿主细胞产生。在一些实施方案中，所述抗体是重组产生的片段，如包含天然不存在的排列的片段(如具有通过合成接头(例如，肽接头)连接的两个或更多个抗体区或链的那些)，和/或可不通过酶消化天然存在的完整抗体产生的片段。在一些实施方案中，所述抗体片段是scFv。
“人源化”抗体是如下抗体，其中所有或基本上所有CDR氨基酸残基都衍生自非人CDR并且所有或基本上所有FR氨基酸残基都衍生自人FR。人源化抗体任选地可以包括源自人抗体的抗体恒定区的至少一部分。非人抗体的“人源化形式”是指非人抗体的变体，其已经经历人源化以通常降低对人的免疫原性，同时保留亲代非人抗体的特异性和亲和力。在一些实施方案中，人源化抗体中的一些FR残基被来自非人抗体(例如，CDR残基所来源的抗体)的相应残基取代，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
在一些实施方案中，重组受体(例如，CAR)的抗体部分进一步包括免疫球蛋白恒定区的至少一部分，如铰链区，例如，IgG4铰链区和/或CH1/CL和/或Fc区。在一些实施方案中，恒定区或部分是人IgG如IgG4或IgG1的。在一些方面，恒定区的所述部分用作抗原识别组分(例如，scFv)与跨膜结构域之间的间隔子区。与不存在间隔子的情况下相比，间隔子的长度可以提供抗原结合后增强的细胞反应性。示例性间隔子包括但不限于以下文献中所述的那些：Hudecek等人(2013)Clin.Cancer Res.,19:3153；国际专利申请公开号WO 2014031687、美国专利号8,822,647或公开的申请号US2014/0271635。
在一些实施方案中，恒定区或部分是人IgG如IgG4或IgG1的。在一些实施方案中，间隔子具有序列ESKYGPPCPPCP(SEQ ID NO:1中所示)，并且由SEQ ID NO:2中所示的序列编码。在一些实施方案中，间隔子具有SEQ ID NO:3中所示的序列。在一些实施方案中，间隔子具有SEQ ID NO:4中所示的序列。在一些实施方案中，恒定区或部分是IgD的。在一些实施方案中，间隔子具有SEQ ID NO:5中所示的序列。在一些实施方案中，间隔子具有展现出与SEQID NO:1、3、4或5中的任一个至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的序列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，间隔子具有SEQ ID NO:26-34中所示的序列。在一些实施方案中，所述间隔子具有展现出与SEQ ID NO:26-34中的任一个至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，所述抗原受体包含与细胞外结构域直接或间接连接的细胞内结构域。在一些实施方案中，嵌合抗原受体包括连接细胞外结构域和细胞内信号传导结构域的跨膜结构域。在一些实施方案中，所述细胞内信号传导结构域包含ITAM。例如，在一些方面，所述抗原识别结构域(例如细胞外结构域)通常与一种或多种细胞内信号传导组分(如模拟通过抗原受体复合物(如TCR复合物)(在CAR的情况下)进行激活和/或经由另一种细胞表面受体传导信号的信号传导组分)连接。在一些实施方案中，所述嵌合受体包含在细胞外结构域(例如scFv)与细胞内信号传导结构域之间连接或融合的跨膜结构域。因此，在一些实施方案中，所述抗原结合组分(例如，抗体)与一种或多种跨膜结构域和细胞内信号传导结构域连接。
在一个实施方案中，使用与受体(例如，CAR)中的一个结构域天然地缔合的跨膜结构域。在一些情形中，通过氨基酸取代选择或修饰所述跨膜结构域以避免此类结构域与相同或不同表面膜蛋白的跨膜结构域结合，以最小化与所述受体复合物的其他成员的相互作用。
在一些实施方案中，跨膜结构域源自天然或合成来源。当来源是天然的时，在一些方面，所述结构域可以源自任何膜结合蛋白或跨膜蛋白。跨膜区包括源自以下(即包含其至少一个或多个跨膜区)的那些：T细胞受体的α、β或ζ链、CD28、CD3ε、CD45、CD4、CD5、CD8、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154。可替代地，在一些实施方案中，跨膜结构域是合成的。在一些方面，合成跨膜结构域主要包含疏水性残基，例如亮氨酸和缬氨酸。在一些方面，将在合成跨膜结构域的每个末端发现苯丙氨酸、色氨酸和缬氨酸的三联体。在一些实施方案中，所述连接是通过接头、间隔子和/或一个或多个跨膜结构域来实现。在一些方面，跨膜结构域含有CD28的跨膜部分。
在一些实施方案中，所述细胞外结构域和跨膜结构域可以直接或间接连接。在一些实施方案中，所述细胞外结构域和跨膜通过间隔子(如本文描述的任何间隔子)连接。在一些实施方案中，受体含有衍生出跨膜结构域的分子的细胞外部分，如CD28细胞外部分。
细胞内信号传导结构域包括模拟或接近以下的那些：通过天然抗原受体的信号、通过这种受体与共刺激受体的组合的信号、和/或仅通过共刺激受体的信号。在一些实施方案中，存在短的寡肽或多肽接头，例如长度在2与10个氨基酸之间的接头(如含有甘氨酸和丝氨酸的接头，例如甘氨酸-丝氨酸双联体)，并且在CAR的跨膜结构域与胞质信号传导结构域之间形成连接。
在一些方面，将T细胞激活描述为由两个类别的胞质信号传导序列来介导：通过TCR起始抗原依赖性初级激活的那些(初级胞质信号传导序列)，以及以非抗原依赖性方式作用以提供次级或共刺激信号的那些(次级胞质信号传导序列)。在一些方面，CAR包括此类信号传导组分中的一种或两种。
所述受体(例如，CAR)通常包括至少一种或多种细胞内信号传导组分。在一些方面，CAR包括调节TCR复合物的初级激活的初级胞质信号传导序列。以刺激方式起作用的初级胞质信号传导序列可以含有信号传导基序(其称为免疫受体酪氨酸激活基序或ITAM)。含有ITAM的初级胞质信号传导序列的例子包括源自CD3ζ链、FcRγ、CD3γ、CD3δ和CD3ε的那些。在一些实施方案中，CAR中的一种或多种胞质信号传导分子含有源自CD3ζ的胞质信号传导结构域、其部分或序列。
在一些实施方案中，所述受体包括TCR复合物的细胞内组分，如介导T细胞激活和细胞毒性的TCR CD3链，例如CD3ζ链。因此，在一些方面，所述抗原结合部分连接至一个或多个细胞信号传导模块。在一些实施方案中，细胞信号传导模块包括CD3跨膜结构域、CD3细胞内信号传导结构域和/或其他CD跨膜结构域。在一些实施方案中，所述受体(例如，CAR)进一步包括一种或多种另外的分子(如Fc受体γ、CD8、CD4、CD25或CD16)的一部分。例如，在一些方面，CAR或其他嵌合受体包括CD3-zeta(CD3-ζ)或Fc受体γ与CD8、CD4、CD25或CD16之间的嵌合分子。
在一些实施方案中，在连接CAR或其他嵌合受体后，所述受体的胞质结构域或细胞内信号传导结构域激活免疫细胞(例如工程化以表达所述CAR的T细胞)的正常效应子功能或应答中的至少一种。例如，在一些情境下，CAR诱导T细胞的功能,如细胞溶解活性或T辅助活性，如细胞因子或其他因子的分泌。在一些实施方案中，使用抗原受体组分或共刺激分子的细胞内信号传导结构域的截短部分(例如，如果其转导效应子功能信号的话)代替完整的免疫刺激链。在一些实施方案中，一个或多个细胞内信号传导结构域包括T细胞受体(TCR)的胞质序列，并且在一些方面还包括共受体的那些胞质序列，所述共受体在自然环境中与此类受体协同作用以启动抗原受体接合后的信号转导。
在天然TCR的情况下，完全激活通常不仅需要通过TCR进行信号传导，还需要共刺激信号。因此，在一些实施方案中，为了促进完全激活，用于生成次级或共刺激信号的组分也被包括在所述CAR中。在其他实施方案中，所述CAR不包括用于生成共刺激信号的组分。在一些方面，另外的CAR在同一细胞中表达，并且提供用于生成次级或共刺激信号的组分。
在一些实施方案中，嵌合抗原受体含有T细胞共刺激分子的细胞内结构域。在一些实施方案中，CAR包括共刺激受体(如CD28、4-1BB、OX40、DAP10和ICOS)的信号传导结构域和/或跨膜部分。在一些方面，相同的CAR包括激活组分和共刺激组分两者。在一些实施方案中，嵌合抗原受体含有源自T细胞共刺激分子的细胞内结构域或其功能变体，如位于跨膜结构域与细胞内信号传导结构域之间。在一些方面，T细胞共刺激分子是CD28或41BB。
在一些实施方案中，激活结构域包括于一个CAR内，而共刺激组分是由识别另一种抗原的另一种CAR提供。在一些实施方案中，CAR包括均在同一细胞上表达的激活或刺激CAR、共刺激CAR(参见WO 2014/055668)。在一些方面，细胞包括一种或多种刺激或激活性CAR和/或共刺激CAR。在一些实施方案中，细胞进一步包括抑制性CAR(iCAR，参见Fedorov等人,Sci.Transl.Medicine,5(215)(2013年12月)，如识别除了与疾病或病症相关和/或为所述疾病或病症特有的抗原以外的抗原的CAR，其中通过靶向疾病的CAR递送的激活信号由于抑制性CAR与其配体的结合而有所减小或被抑制，例如以减小脱靶效应。
在某些实施方案中，该细胞内信号传导结构域包含与CD3(例如，CD3-ζ)细胞内结构域连接的CD28跨膜和信号传导结构域。在一些实施方案中，细胞内信号传导结构域包含连接至CD3ζ细胞内结构域的嵌合CD28和CD137(4-1BB，TNFRSF9)共刺激结构域。
在一些实施方案中，所述CAR涵盖在胞质部分中的一个或多个(例如，两个或更多个)共刺激结构域和激活结构域(例如，初级激活结构域)。示例性CAR包括CD3ζ、CD28和4-1BB的细胞内组分。
在一些实施方案中，编码抗原受体的载体和/或表达CAR或其他抗原受体的细胞进一步包括编码一种或多种标记的核酸序列。在一些实施方案中，所述一种或多种标记是转导标记、替代标记和/或选择标记。在一些实施方案中，所述标记是替代标记，如细胞表面标记，其可用于确认细胞被转导或工程化以表达受体。
在一些实施方案中，标记是转导标记或替代标记。转导标记或替代标记可用于检测已经引入多核苷酸(例如编码重组受体的多核苷酸)的细胞。在一些实施方案中，转导标记可以指示或确认对细胞的修饰。在一些实施方案中，替代标记是经制备在细胞表面上与重组受体(例如，CAR)共表达的蛋白质。在特定实施方案中，这种替代标记是已经修饰以具有极少或无活性的表面蛋白。在一些实施方案中，替代标记是由编码重组受体的相同多核苷酸编码。在一些实施方案中，编码重组受体的核酸序列与编码标记的核酸序列可操作地连接，任选地由内部核糖体进入位点(IRES)或编码自我切割肽或引起核糖体跳跃的肽(如2A序列，如T2A、P2A、E2A或F2A)的核酸隔开。在一些情况下，外在标记基因可以结合工程化细胞用于允许检测或选择细胞，并且在一些情况下还可以用于促进细胞自杀。
示例性替代标记可以包括截短形式的细胞表面多肽，如是非功能性的并且不转导或不能转导信号或通常被细胞表面多肽的全长形式转导的信号、和/或不内化或不能内化的截短形式。示例性截短的细胞表面多肽包括截短形式的生长因子或其他受体，如截短的人表皮生长因子受体2(tHER2)、截短的表皮生长因子受体(tEGFR，在SEQ ID NO:11或76中列出的示例性tEGFR序列)或前列腺特异性膜抗原(PSMA)或其修饰形式。tEGFR可以含有被抗体西妥昔单抗
或其他治疗性抗EGFR抗体或结合分子识别的表位，其可以被用于鉴定或选择已经用tEGFR构建体和编码的外源蛋白质工程化的细胞，和/或用于消除或分离表达所编码的外源蛋白质的细胞。参见美国专利号8,802,374和Liu等人,NatureBiotech.2016年4月；34(4):430-434)。在一些方面，标记(例如替代标记)包括全部或部分(例如截短形式的)CD34、NGFR、CD19或截短的CD19(例如截短的非人CD19)或表皮生长因子受体(例如tEGFR)。在一些实施方案中，标记是或包含荧光蛋白，例如绿色荧光蛋白(GFP)、增强型绿色荧光蛋白(EGFP)(例如超折叠GFP(sfGFP))、红色荧光蛋白(RFP)(例如tdTomato、mCherry、mStrawberry、AsRed2、DsRed或DsRed2)、青色荧光蛋白(CFP)、蓝绿色荧光蛋白(BFP)、增强型蓝色荧光蛋白(EBFP)和黄色荧光蛋白(YFP)及其变体，包括荧光蛋白的物种变体、单体变体和密码子优化的和/或增强的变体。在一些实施方案中，标记是或包含酶(如萤光素酶)、来自大肠杆菌的lacZ基因、碱性磷酸酶、分泌的胚胎碱性磷酸酶(SEAP)、氯霉素乙酰转移酶(CAT)。示例性发光报告基因包括萤光素酶(luc)、β-半乳糖苷酶、氯霉素乙酰转移酶(CAT)、β-葡萄糖醛酸酶(GUS)或其变体。
在一些实施方案中，标记是选择标记。在一些实施方案中，选择标记是或包含赋予对外源药剂或药物的抗性的多肽。在一些实施方案中，选择标记是抗生素抗性基因。在一些实施方案中，选择标记是向哺乳动物细胞赋予抗生素抗性的抗生素抗性基因。在一些实施方案中，选择标记是或包含嘌呤霉素抗性基因、潮霉素抗性基因、杀稻瘟菌素抗性基因、新霉素抗性基因、遗传霉素抗性基因或博莱霉素抗性基因或其修饰形式。
在一些实施方案中，所述分子是非自身分子，例如非自身蛋白，即不被将被过继转移细胞的宿主免疫系统识别为“自身”的分子。
在一些实施方案中，所述标记不提供任何治疗功能和/或不产生除了用作基因工程化标记(例如，用于选择成功工程化的细胞)以外的作用。在其他实施方案中，所述标记可以是治疗性分子或以其他方式发挥一些所需作用的分子，如在体内会遇到的细胞的配体，如用于在过继转移和遇到配体时增强和/或减弱细胞应答的共刺激或免疫检查点分子。
在一些实施方案中，编码标记的核酸与编码接头序列(如可切割接头序列，例如T2A)的多核苷酸可操作地连接。例如，标记和任选地接头序列可以是如PCT公开号WO2014031687。例如，标记可以是截短的EGFR(tEGFR)，其任选地连接至接头序列，如T2A可切割接头序列。
截短的EGFR(例如tEGFR)的示例性多肽包含SEQ ID NO:7或16所示的氨基酸序列或展现出与SEQ ID NO:7或16至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的序列同一性的氨基酸序列。示例性T2A接头序列包含SEQ ID NO:6或17所示的氨基酸序列或展现出与SEQ ID NO:6或17至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，所述标记是并非在T细胞上天然发现的或并非在T细胞表面上天然发现的分子(例如，细胞表面蛋白)或其部分。
在一些情况下，CAR被称为第一代、第二代和/或第三代CAR。在一些方面，第一代CAR是在抗原结合后仅提供CD3链诱导的信号的CAR；在一些方面，第二代CAR是提供这种信号和共刺激信号的CAR，例如包括来自共刺激受体(如CD28或CD137)的细胞内信号传导结构域的CAR；在一些方面，第三代CAR是包括不同共刺激受体的多个共刺激结构域的CAR。
例如，在一些实施方案中，所述CAR含有抗体(例如，抗体片段)、是或含有CD28或其功能变体的跨膜部分的跨膜结构域、以及含有CD28的信号传导部分或其功能变体和CD3ζ的信号传导部分或其功能变体的细胞内信号传导结构域。在一些实施方案中，CAR含有抗体(例如，抗体片段)、跨膜结构域(其是或含有CD28的跨膜部分或其功能变体)以及细胞内信号传导结构域(含有4-1BB的信号传导部分或其功能变体和CD3ζ的信号传导部分或其功能变体)。在一些此类实施方案中，所述受体进一步包括含有Ig分子(如人Ig分子)的一部分(如Ig铰链，例如IgG4铰链)的间隔子，如仅铰链间隔子。
在一些实施方案中，重组受体(例如，CAR)的跨膜结构域是或包括人CD28(例如登录号P01747.1)的跨膜结构域或其变体，如包含SEQ ID NO:8所示的氨基酸序列或展现出与SEQ ID NO:8至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的序列同一性的氨基酸序列的跨膜结构域；在一些实施方案中，重组受体的含有跨膜结构域的部分包含SEQ ID NO:9所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:9具有至少或至少约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，重组受体(例如CAR)的一个或多个细胞内信号传导组分含有人CD28的细胞内共刺激信号传导结构域或其功能变体或部分，如在天然CD28蛋白的位置186-187处具有LL至GG取代的结构域。例如，细胞内信号传导结构域可以包含SEQ ID NO:10或11中所示的氨基酸序列或展现出与SEQ ID NO:10或11至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的序列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，细胞内结构域包含4-1BB(例如登录号Q07011.1)的细胞内共刺激信号传导结构域或其功能变体或部分，如SEQ ID NO:12中所示的氨基酸序列或展现出与SEQID NO:12至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，重组受体(例如，CAR)的细胞内信号传导结构域包含人CD3ζ刺激信号传导结构域或其功能变体，如人CD3ζ(登录号：P20963.2)的同种型3的112个AA的胞质结构域或如美国专利号7,446,190或美国专利号8,911,993中所述的CD3ζ信号传导结构域。例如，在一些实施方案中，细胞内信号传导结构域包含SEQ ID NO:13、14或15所示的氨基酸序列或展现出与SEQ ID NO:13、14或15至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的序列同一性的氨基酸序列。
在一些方面，间隔子仅含有IgG的铰链区，如仅IgG4或IgG1的铰链，如SEQ ID NO:1中所示的仅铰链间隔子。在其他实施方案中，间隔子是或含有Ig铰链，例如IgG4衍生的铰链，其任选地连接至CH2和/或CH3结构域。在一些实施方案中，间隔子是与CH2和CH3结构域连接的Ig铰链，例如IgG4铰链，如SEQ ID NO:4所示。在一些实施方案中，间隔子是仅与CH3结构域连接的Ig铰链，例如IgG4铰链，如SEQ ID NO:3所示。在一些实施方案中，间隔子是或包含富甘氨酸-丝氨酸的序列或其他柔性接头，如已知的柔性接头。
例如，在一些实施方案中，CAR包括抗体(如抗体片段，包括scFv)、间隔子(如含有免疫球蛋白分子的一部分(如铰链区和/或重链分子的一个或多个恒定区)的间隔子，如含有Ig铰链的间隔子)、含有CD28衍生的跨膜结构域的全部或部分的跨膜结构域、CD28衍生的细胞内信号传导结构域和CD3ζ信号传导结构域。在一些实施方案中，CAR包括抗体或片段(如scFv)、间隔子(如任何含Ig铰链的间隔子)、CD28衍生的跨膜结构域、4-1BB衍生的细胞内信号传导结构域和CD3ζ衍生的信号传导结构域。
在特定实施方案中，CAR是针对CD19的CAR，其含有来自FMC63的scFv抗原结合结构域；免疫球蛋白铰链间隔子、跨膜结构域、和含有共刺激信号传导区的细胞内信号传导结构域(其为4-1BB的信号传导结构域和CD3-zeta(CD3ζ)链的信号传导结构域)。在一些实施方案中，scFv含有SEQ ID NO:43中所示的序列。在一些实施方案中，scFv具有VL和VH，所述VL具有含氨基酸序列RASQDISKYLN(SEQ ID NO:35)、氨基酸序列SRLHSGV(SEQ ID NO:36)、和氨基酸序列GNTLPYTFG(SEQ ID NO:37)的CDR，所述VH具有含氨基酸序列DYGVS(SEQ ID NO:38)、氨基酸序列VIWGSETTYYNSALKS(SEQ ID NO:39)和YAMDYWG(SEQ ID NO:40)的CDR。在一些实施方案中，跨膜结构域具有SEQ ID NO:8中所示的序列。在一些实施方案中，跨膜结构域具有与SEQ ID NO:8具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的序列。在一些实施方案中，4-1BB共刺激信号传导结构域具有SEQ ID NO:12中所示的序列。在一些实施方案中，4-1BB共刺激信号传导结构域具有与SEQ ID NO:12有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的序列。在一些实施方案中，CD3-ζ结构域具有SEQ ID NO:13中所示的序列。在一些实施方案中，CD3ζ信号传导结构域具有与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的序列。在一些实施方案中，当在T细胞中表达并经由CAR刺激(如通过结合至CD19)时，针对CD19的CAR结合至CD19并介导针对CD19+靶细胞的细胞因子产生和/或细胞毒性活性。
在一些实施方案中，编码此类CAR构建体的核酸分子例如在编码CAR的序列的下游进一步包括编码T2A核糖体跳跃元件的序列和/或tEGFR序列。在一些实施方案中，所述序列编码SEQ ID NO:6或17中所示的T2A核糖体跳跃元件或展现出与SEQ ID NO:6或17至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的序列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，还可以产生表达抗原受体(例如，CAR)的T细胞以表达截短的EGFR(EGFRt)作为非免疫原性选择表位(例如，通过引入编码由T2A核糖体开关隔开的所述CAR和EGFRt的构建体以从相同构建体表达两种蛋白质)，然后可以使用所述截短的EGFR作为标记来检测此类细胞(参见例如，美国专利号8,802,374)。在一些实施方案中，所述序列编码SEQ ID NO:7或16中所示的tEGFR序列或展现出与SEQ ID NO:7或16至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，单一启动子可以指导RNA的表达，所述RNA在单个开放阅读框(ORF)中含有两个或三个基因(例如，编码参与调节代谢途径的分子和编码重组受体)，所述基因由编码自切割肽(例如2A序列)或蛋白酶识别位点(例如弗林蛋白酶(furin))的序列彼此分开。因此，ORF编码单一多肽，其在翻译期间(在2A的情况下)或翻译后被处理成单独蛋白质。在一些情况下，所述肽(如T2A)可以导致核糖体跳过(核糖体跳跃)2A元件C末端处的肽键的合成，这导致2A序列末端与下游的下一个肽之间的分离(参见例如，deFelipe.Genetic Vaccines and Ther.2:13(2004)和de Felipe等人Traffic 5:616-626(2004))。已知许多2A元件。可以用于本文公开的方法和核酸中的2A序列的例子包括但不限于来自口蹄疫病毒的2A序列(F2A，例如SEQ ID NO:21)、来自马鼻炎A病毒的2A序列(E2A，例如SEQ ID NO:20)、来自明脉扁刺蛾β四体病毒(Thosea asigna virus)的2A序列(T2A，例如SEQ ID NO:6或17)和来自猪捷申病毒(porcine teschovirus)-1的2A序列(P2A，例如SEQID NO:18或19)，如美国专利公开号20070116690中所述。
由施用于受试者的细胞表达的重组受体(如CAR)通常识别或特异性结合至在所治疗的疾病或病症或其细胞中表达、与所治疗的疾病或病症或其细胞相关和/或为所治疗的疾病或病症或其细胞所特有的分子。在与分子例如抗原特异性结合后，受体通常将免疫刺激信号(如ITAM转导的信号)递送到细胞中，从而促进靶向所述疾病或病症的免疫应答。例如，在一些实施方案中，细胞表达CAR，其特异性结合由疾病或病症的细胞或组织表达的或与疾病或病症相关的抗原。
B.T细胞受体(TCR)
在一些实施方案中，与所提供的方法、用途、制品或组合物结合使用的工程化细胞(如T细胞)是表达T细胞受体(TCR)或其抗原结合部分的细胞，所述抗体或其抗原结合部分识别靶多肽(如肿瘤、病毒或自身免疫蛋白的抗原)的肽表位或T细胞表位。
在一些实施方案中，“T细胞受体”或“TCR”是含有可变α和β链(也分别称为TCRα和TCRβ)或可变γ和δ链(也分别称为TCRα和TCRβ)的分子或其抗原结合部分，并且其能够特异性结合至与MHC分子结合的肽。在一些实施方案中，所述TCR呈αβ形式。通常，以αβ和γδ形式存在的TCR一般在结构上相似，但是表达它们的T细胞可以具有不同的解剖位置或功能。TCR可以在细胞的表面上发现或以可溶形式发现。通常，发现TCR在T细胞(或T淋巴细胞)的表面上，在此处它通常负责识别与主要组织相容性复合物(MHC)分子结合的抗原。
除非另有说明，否则术语“TCR”应理解为涵盖完整的TCR以及其抗原结合部分或其抗原结合片段。在一些实施方案中，TCR是完整或全长TCR，包括呈αβ形式或γδ形式的TCR。在一些实施方案中，所述TCR是这样的抗原结合部分，其少于全长TCR但与在MHC分子中结合的特定肽结合(如与MHC-肽复合物结合)。在一些情况下，TCR的抗原结合部分或片段可以仅含有全长或完整TCR的结构性结构域的一部分，但是仍能够结合与完整TCR结合的肽表位(如MHC-肽复合物)。在一些情况下，抗原结合部分含有TCR的可变结构域(如TCR的可变α链和可变β链)，足以形成用于与特定MHC-肽复合物结合的结合位点。通常，TCR的可变链含有参与肽、MHC和/或MHC-肽复合物的识别的互补决定区。
在一些实施方案中，TCR的可变结构域含有超变环或互补决定区(CDR)，其通常是抗原识别和结合能力和特异性的主要贡献者。在一些实施方案中，TCR的CDR或其组合形成给定TCR分子的全部或基本上全部的抗原结合位点。TCR链的可变区内的各个CDR通常由框架区(FR)隔开，与CDR相比，所述框架区通常在TCR分子之间展示较低可变性(参见例如Jores等人,Proc.Nat'l Acad.Sci.U.S.A.87:9138,1990；Chothia等人,EMBO J.7:3745,1988；还参见Lefranc等人,Dev.Comp.Immunol.27:55,2003)。在一些实施方案中，CDR3是负责抗原结合或特异性的主要CDR，或者是在给定TCR可变区的用于所述肽-MHC复合物的加工肽部分的抗原识别和/或用于与其相互作用的三个CDR中最重要的CDR。在一些情境下，所述α链的CDR1可以与某些抗原肽的N末端部分相互作用。在一些情境下，所述β链的CDR1可以与所述肽的C末端部分相互作用。在一些情境下，CDR2对与所述MHC-肽复合物的MHC部分的相互作用或识别具有最强的作用或者是主要的负责CDR。在一些实施方案中，β链的可变区可以含有另外的高变区(CDR4或HVR4)，其通常参与超抗原结合而非抗原识别(Kotb(1995)Clinical Microbiology Reviews,8:411-426)。
在一些实施方案中，TCR还可以含有恒定结构域、跨膜结构域和/或短胞质尾(参见例如，Janeway等人,Immunobiology:The Immune System in Health and Disease,第3版,Current Biology Publications,第4:33页,1997)。在一些方面，TCR的每条链可以具有一个N末端免疫球蛋白可变结构域、一个免疫球蛋白恒定结构域、跨膜区和位于C末端的短胞质尾。在一些实施方案中，TCR与参与介导信号转导的CD3复合物的不变蛋白质缔合。
在一些实施方案中，TCR链含有一个或多个恒定结构域。例如，给定TCR链(例如，α链或β链)的细胞外部分可以含有与细胞膜相邻的两个免疫球蛋白样结构域，如可变结构域(例如，Vα或Vβ；通常为基于Kabat编号的氨基酸1至116，Kabat等人,“Sequences ofProteins of Immunological Interest”,US Dept.Health and Human Services,PublicHealth Service National Institutes of Health,1991,第5版)和恒定结构域(例如，α链恒定结构域或Cα，通常为基于Kabat编号的链的位置117至259；或β链恒定结构域或Cβ，通常为基于Kabat的链的位置117至295)。例如，在一些情况下，由两条链形成的TCR的细胞外部分含有两个膜近端恒定结构域和两个膜远端可变结构域，其中可变结构域各自含有CDR。TCR的恒定结构域可含有短连接序列，其中半胱氨酸残基形成二硫键，由此连接TCR的两条链。在一些实施方案中，TCR可在每条α和β链中具有另外的半胱氨酸残基，使得TCR在恒定结构域中含有两个二硫键。
在一些实施方案中，所述TCR链含有跨膜结构域。在一些实施方案中，所述跨膜结构域带正电荷。在一些情况下，所述TCR链含有胞质尾。在一些情况下，结构允许TCR与其他分子(如CD3和其亚基)缔合。例如，含有恒定结构域与跨膜区的TCR可以将所述蛋白质锚定在细胞膜中并与所述CD3信号传导装置或复合物的不变亚基缔合。CD3信号传导亚基(例如，CD3γ、CD3δ、CD3ε和CD3ζ链)的细胞内尾含有TCR复合物的信号传导能力中所涉及的一个或多个基于免疫受体酪氨酸的激活基序或ITAM。
在一些实施方案中，TCR可以是两条链α和β(或者任选地γ和δ)的异二聚体，或者其可以是单链TCR构建体。在一些实施方案中，TCR是含有两条单独链(α和β链或γ和δ链)的异二聚体，所述链是通过例如一个或多个二硫键连接。
在一些实施方案中，TCR可以从一个或多个已知的TCR序列(如Vα,β链的序列)产生，所述一个或多个已知的TCR序列的基本上全长的编码序列是易于获得的。用于从细胞来源获得全长TCR序列(包括V链序列)的方法是熟知的。在一些实施方案中，编码TCR的核酸可以从多种来源获得，如通过一种或多种给定细胞内的或从所述一种或多种给定细胞分离的编码TCR的核酸的聚合酶链式反应(PCR)扩增获得，或者通过公众可获得的TCR DNA序列的合成获得。
在一些实施方案中，所述TCR是从生物来源获得，如来自细胞(如来自T细胞(例如细胞毒性T细胞))、T细胞杂交瘤或其他公众可获得的来源。在一些实施方案中，T细胞可以从体内分离的细胞获得。在一些实施方案中，TCR是胸腺选择的TCR。在一些实施方案中，TCR是新表位限制性TCR。在一些实施方案中，T细胞可以是培养的T细胞杂交瘤或克隆。在一些实施方案中，TCR或其抗原结合部分或其抗原结合片段可以根据对所述TCR序列的知识以合成方式产生。
在一些实施方案中，TCR是从通过针对靶多肽抗原或其靶T细胞表位筛选候选TCR文库而鉴定或选择的TCR产生的。TCR文库可以通过扩增来自T细胞的Vα和Vβ库来产生，所述T细胞是从受试者分离，包括存在于PBMC、脾或其他淋巴器官中的细胞。在一些情况下，T细胞可以从肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)扩增。在一些实施方案中，TCR文库可以从CD4+或CD8+细胞产生。在一些实施方案中，所述TCR可以从正常或健康受试者的T细胞来源扩增，即正常TCR文库。在一些实施方案中，所述TCR可以从患病受试者的T细胞来源扩增，即患病TCR文库。在一些实施方案中，使用简并引物扩增Vα和Vβ的基因库，如通过在从人获得的样品(如T细胞)中进行RT-PCR。在一些实施方案中，scTv文库可以从天然Vα和Vβ文库组装，其中扩增的产物被克隆或组装以通过接头分开。取决于受试者和细胞的来源，所述文库可以是HLA等位基因特异性的。可替代地，在一些实施方案中，TCR文库可以通过亲本或支架TCR分子的诱变或多样化产生。在一些方面，使TCR经历例如α或β链的定向进化，如通过诱变来进行。在一些方面，所述TCR的CDR内的特定残基被改变。在一些实施方案中，可以通过亲和力成熟来修饰选择的TCR。在一些实施方案中，可以选择抗原特异性T细胞，如通过筛选以评估针对所述肽的CTL活性。在一些方面，可以选择例如存在于抗原特异性T细胞上的TCR，如通过对抗原的结合活性(例如特定亲和力或亲合力)来选择。
在一些实施方案中，TCR或其抗原结合部分是已经修饰或工程化的。在一些实施方案中，使用定向进化方法来产生具有改变的特性如具有较高的对特定MHC-肽复合物的亲和力的TCR。在一些实施方案中，通过展示方法实现定向进化，所述展示方法包括但不限于酵母展示(Holler等人(2003)Nat Immunol,4,55-62；Holler等人(2000)Proc Natl Acad SciU S A,97,5387-92)；噬菌体展示(Li等人(2005)Nat Biotechnol,23,349-54)或T细胞展示(Chervin等人(2008)J Immunol Methods,339,175-84)。在一些实施方案中，展示途径涉及工程化或修饰已知的亲本或参考TCR。例如，在一些情况下，野生型TCR可以用作模板以用于产生诱变的TCR，其中CDR的一个或多个残基被突变，并且选择具有所需改变的特性(如对所需靶抗原具有更高的亲和力)的突变体。
在一些实施方案中，用于产生或产生目的TCR的靶多肽的肽是已知的或者可以容易地鉴定。在一些实施方案中，适用于产生TCR或抗原结合部分的肽可以基于目标靶多肽(如下文所述的靶多肽)中HLA限制性基序的存在来确定。在一些实施方案中，使用可用的计算机预测模型来鉴定肽。在一些实施方案中，对于预测MHC I类结合位点，此类模型包括但不限于ProPred1(Singh和Raghava(2001)Bioinformatics 17(12):1236-1237)和SYFPEITHI(参见Schuler等人(2007)Immunoinformatics Methods in MolecularBiology,409(1):75-93 2007)。在一些实施方案中，MHC限制性表位是HLA-A0201，其在所有高加索人的大约39％-46％中表达，并且因此代表用于制备TCR或其他MHC-肽结合分子的MHC抗原的合适选择。
使用计算机预测模型的蛋白酶体和免疫蛋白酶体的HLA-A0201结合基序和切割位点是已知的。用于预测MHC I类结合位点的此类模型包括但不限于ProPred1(更详细地描述于Singh和Raghava,ProPred:prediction of HLA-DR binding sites.BIOINFORMATICS 17(12):1236-1237 2001)和SYFPEITHI(参见Schuler等人SYFPEITHI,Database forSearching and T-Cell Epitope Prediction.，Immunoinformatics Methods inMolecular Biology,第409(1)卷:75-93 2007)。
在一些实施方案中，所述TCR或其抗原结合部分可以是重组产生的天然蛋白质或其突变形式(其中一种或多种特性(如结合特征)已经被改变)。在一些实施方案中，TCR可以来源于各种动物物种之一，如人、小鼠、大鼠或其他哺乳动物。TCR可以是细胞结合的或呈可溶形式。在一些实施方案中，出于所提供的方法的目的，所述TCR呈在细胞的表面上表达的细胞结合形式。
在一些实施方案中，所述TCR是全长TCR。在一些实施方案中，所述TCR是抗原结合部分。在一些实施方案中，所述TCR是二聚体TCR(dTCR)。在一些实施方案中，所述TCR是单链TCR(sc-TCR)。在一些实施方案中，dTCR或scTCR具有如WO 03/020763、WO 04/033685、WO2011/044186中所述的结构。
在一些实施方案中，TCR含有对应于跨膜序列的序列。在一些实施方案中，所述TCR确实含有对应于胞质序列的序列。在一些实施方案中，所述TCR能够与CD3形成TCR复合物。在一些实施方案中，任何TCR(包括dTCR或scTCR)可以与在T细胞的表面上产生活性TCR的信号传导结构域连接。在一些实施方案中，所述TCR在细胞的表面上表达。
在一些实施方案中，dTCR含有第一多肽(其中对应于TCRα链可变区序列的序列与对应于TCRα链恒定区细胞外序列的序列的N末端融合)和第二多肽(其中对应于TCRβ链可变区序列的序列与对应于TCRβ链恒定区细胞外序列的序列的N末端融合)，所述第一和第二多肽通过二硫键连接。在一些实施方案中，所述键可以对应于天然二聚αβTCR中存在的天然链间二硫键。在一些实施方案中，所述链间二硫键不存在于天然TCR中。例如，在一些实施方案中，可以将一个或多个半胱氨酸掺入dTCR多肽对的恒定区细胞外序列中。在一些情况下，可能需要天然和非天然二硫键。在一些实施方案中，所述TCR含有跨膜序列以锚定至膜。
在一些实施方案中，dTCR含有TCRα链(含有可变α结构域、恒定α结构域和附接至恒定α结构域C末端的第一二聚化基序)和TCRβ链(包含可变β结构域、恒定β结构域和附接至恒定β结构域C末端的第一二聚化基序)，其中所述第一和第二二聚化基序易于相互作用以在第一二聚化基序的氨基酸与第二二聚化基序的氨基酸之间形成共价键，从而将TCRα链与TCRβ链连接在一起。
在一些实施方案中，TCR是scTCR。通常，可以使用已知的方法产生scTCR，参见例如Soo Hoo,W.F.等人PNAS(USA)89,4759(1992)；Wülfing,C.和Plückthun,A.,J.Mol.Biol.242,655(1994)；Kurucz,I.等人PNAS(USA)90 3830(1993)；国际公开PCT号WO96/13593、WO 96/18105、WO99/60120、WO99/18129、WO 03/020763、WO2011/044186；和Schlueter,C.J.等人J.Mol.Biol.256,859(1996)。在一些实施方案中，scTCR含有引入的非天然链间二硫键以促进TCR链的缔合(参见例如，国际公开PCT号WO 03/020763)。在一些实施方案中，scTCR是非二硫键连接的截短的TCR，其中与其C末端融合的异源亮氨酸拉链促进链缔合(参见例如国际公开PCT号WO 99/60120)。在一些实施方案中，scTCR含有经由肽接头与TCRβ可变结构域共价连接的TCRα可变结构域(参见例如，国际公开PCT号WO 99/18129)。
在一些实施方案中，scTCR含有由对应于TCRα链可变区的氨基酸序列构成的第一区段、由对应于TCRβ链可变区序列的氨基酸序列构成的第二区段(融合至对应于TCRβ链恒定结构域细胞外序列的氨基酸序列的N末端)和将第一区段的C末端连接至第二区段的N末端的接头序列。
在一些实施方案中，scTCR含有第一区段(其由与α链细胞外恒定结构域序列的N末端融合的α链可变区序列构成)和第二区段(其由与序列β链细胞外恒定和跨膜序列的N末端融合的β链可变区序列构成)以及任选地接头序列(其将所述第一区段的C末端连接至所述第二区段的N末端)。
在一些实施方案中，scTCR含有第一区段(其由与β链细胞外恒定结构域序列的N末端融合的TCRβ链可变区序列构成)和第二区段(其由与序列α链细胞外恒定和跨膜序列的N末端融合的α链可变区序列构成)以及任选地接头序列(其将所述第一区段的C末端连接至所述第二区段的N末端)。
在一些实施方案中，scTCR的连接所述第一和第二TCR区段的接头可以是能够形成单多肽链同时保留TCR结合特异性的任何接头。在一些实施方案中，接头序列可例如具有式-P-AA-P-，其中P是脯氨酸并且AA代表氨基酸序列，其中所述氨基酸是甘氨酸和丝氨酸。在一些实施方案中，所述第一和第二区段配对，使得其可变区序列定向用于这种结合。因此，在一些情况下，所述接头具有足够的长度以跨越所述第一区段的C末端与所述第二区段的N末端之间的距离，或反之亦然，但是不能太长以阻断或减少所述scTCR与所述靶配体的结合。在一些实施方案中，所述接头可以含有从或从约10至45个氨基酸，如10至30个氨基酸或26至41个氨基酸残基，例如29、30、31或32个氨基酸。在一些实施方案中，所述接头具有式-PGGG-(SGGGG)5-P-，其中P是脯氨酸，G是甘氨酸，并且S是丝氨酸(SEQ ID NO:28)。在一些实施方案中，接头具有序列GSADDAKKDAAKKDGKS(SEQ ID NO:29)。
在一些实施方案中，scTCR含有共价二硫键，其将α链的恒定结构域的免疫球蛋白区域的残基连接至β链的恒定结构域的免疫球蛋白区域的残基。在一些实施方案中，天然TCR中不存在链间二硫键。例如，在一些实施方案中，可以将一个或多个半胱氨酸掺入scTCR多肽的第一和第二区段的恒定区细胞外序列中。在一些情况下，可能需要天然和非天然二硫键。
在含有引入的链间二硫键的dTCR或scTCR的一些实施方案中，不存在天然二硫键。在一些实施方案中，用形成天然链间二硫键的一个或多个天然半胱氨酸取代另一残基，如取代丝氨酸或丙氨酸。在一些实施方案中，可以通过使第一和第二区段上的非半胱氨酸残基突变为半胱氨酸来形成引入的二硫键。TCR的示例性非天然二硫键描述于已公开的国际PCT号WO 2006/000830中。
在一些实施方案中，TCR或其抗原结合片段对靶抗原以平衡结合常数展现出亲和力，所述平衡结合常数在或在约10-5与10-12M之间以及其中的所有单独值和范围。在一些实施方案中，靶抗原是MHC-肽复合物或配体。
在一些实施方案中，编码TCR(如α和β链)的一种或多种核酸可以通过PCR、克隆或其他合适的方法扩增，并且克隆到一种或多种合适的表达载体中。所述表达载体可以是任何合适的重组表达载体，并且可以用于转化或转染任何合适的宿主。合适的载体包括设计用于繁殖和扩增或用于表达或用于两者的那些，如质粒和病毒。
在一些实施方案中，载体可以是以下系列的载体：pUC系列(Fermentas LifeSciences)、pBluescript系列(Stratagene，加利福尼亚州拉霍亚)、pET系列(Novagen，威斯康星州麦迪逊)、pGEX系列(Pharmacia Biotech，瑞典乌普萨拉)或pEX系列(Clontech，加利福尼亚州帕洛阿尔托)。在一些情况下，也可以使用噬菌体载体，如λG10、λGT11、λZapII(Stratagene)、λEMBL4和λNM1149。在一些实施方案中，可以使用植物表达载体，并且包括pBI01、pBI101.2、pBI101.3、pBI121和pBIN19(Clontech)。在一些实施方案中，动物表达载体包括pEUK-Cl、pMAM和pMAMneo(Clontech)。在一些实施方案中，使用病毒载体，如逆转录病毒载体。
在一些实施方案中，可以使用标准重组DNA技术来制备所述重组表达载体。在一些实施方案中，所述载体可以含有调节序列，如转录和翻译起始和终止密码子，其对引入载体的宿主(例如，细菌、真菌、植物或动物)的类型具特异性，酌情并考虑所述载体是基于DNA还是基于RNA。在一些实施方案中，载体可以含有非天然启动子，其可操作地连接至编码TCR或抗原结合部分(或其他MHC-肽结合分子)的核苷酸序列。在一些实施方案中，启动子可以是非病毒启动子或病毒启动子，如巨细胞病毒(CMV)启动子、SV40启动子、RSV启动子和在鼠干细胞病毒的长末端重复序列中发现的启动子。还设想其他已知的启动子。
在一些实施方案中，为了产生编码TCR的载体，将α和β链从表达目标TCR的T细胞克隆分离的总cDNA进行PCR扩增，并将其克隆到表达载体中。在一些实施方案中，将所述α和β链克隆到同一载体中。在一些实施方案中，将所述α和β链克隆到不同的载体中。在一些实施方案中，将所产生的α和β链掺入逆转录病毒(例如慢病毒)载体中。
C.嵌合自身抗体受体(CAAR)
在一些实施方案中，由与所提供的方法、用途、制品和组合物结合使用的工程化细胞表达的重组受体包括嵌合自身抗体受体(CAAR)。在一些实施方案中，CAAR对自身抗体具有特异性。在一些实施方案中，表达CAAR的细胞(如工程化以表达CAAR的T细胞)可以用于特异性地结合并杀伤表达自身抗体的细胞，但不杀伤表达正常抗体的细胞。在一些实施方案中，表达CAAR的细胞可以用于治疗与自身抗原的表达相关的自身免疫性疾病，例如自身免疫性疾病。在一些实施方案中，表达CAAR的细胞可以靶向最终产生自身抗体并在其细胞表面上展示所述自身抗体的B细胞，将这些B细胞标记为用于治疗性干预的疾病特异性靶标。在一些实施方案中，CAAR表达细胞可以用于通过使用抗原特异性嵌合自身抗体受体靶向引起疾病的B细胞，有效靶向和杀伤自身免疫性疾病中的致病性B细胞。在一些实施方案中，所述重组受体是CAAR，如美国专利申请公开号US2017/0051035中所述的任何一种。
在一些实施方案中，CAAR包含自身抗体结合结构域、跨膜结构域和细胞内信号传导区。在一些实施方案中，细胞内信号传导区包含细胞内信号传导结构域。在一些实施方案中，细胞内信号传导结构域是或包含初级信号传导结构域、能够在T细胞中诱导初级激活信号的信号传导结构域、T细胞受体(TCR)组分的信号传导结构域和/或包含基于免疫受体酪氨酸的激活基序(ITAM)的信号传导结构域。在一些实施方案中，细胞内信号传导区包含次级或共刺激信号传导区(次级细胞内信号传导区)。
在一些实施方案中，自身抗体结合结构域包含自身抗原或其片段。自身抗原的选择可以取决于所靶向的自身抗体的类型。例如，所述自身抗原的选择可能是由于其识别与特定疾病状态(例如自身免疫性疾病，例如自身抗体介导的自身免疫性疾病)相关的靶细胞(例如B细胞)上的自身抗体。在一些实施方案中，自身免疫性疾病包括寻常型天疱疮(PV)。示例性自身抗原包括桥粒芯糖蛋白1(Dsg1)和Dsg3。
D.多靶向
在一些实施方案中，与所提供的方法、用途、制品和组合物结合使用的细胞包括采用多靶向策略的细胞，所述多靶向策略如在所述细胞上表达两种或更多种基因工程化受体，每种基因工程化受体识别相同或不同的抗原，并且通常各自包括不同的细胞内信号传导组分。此类多靶向策略描述于例如以下文献中：国际专利申请公开号WO2014055668A1(描述激活和共刺激CAR的组合，例如，靶向单独存在于脱靶(例如正常细胞)上，但仅一起存在于待治疗疾病或病症的细胞上的两种不同抗原)和Fedorov等人,Sci.Transl.Medicine,5(215)(2013)(描述了表达激活性和抑制性CAR的细胞，例如其中激活性CAR结合同时在正常或非患病细胞和待治疗疾病或病症的细胞上表达的一种抗原，并且抑制性CAR结合仅在正常细胞或不希望治疗的细胞上表达的另一种抗原的那些细胞)。
例如，在一些实施方案中，所述细胞包括表达第一基因工程化抗原受体(例如，CAR或TCR)的受体，其通常在特异性结合至由第一受体识别的抗原(例如第一抗原)后，能够诱导激活或刺激信号至所述细胞。在一些实施方案中，所述细胞进一步包括第二基因工程化抗原受体(例如，CAR或TCR)，例如嵌合共刺激受体，所述受体通常在特异性结合至由第二受体识别的第二抗原后，能够将共刺激信号诱导至免疫细胞。在一些实施方案中，第一抗原与第二抗原是相同的。在一些实施方案中，第一抗原与第二抗原是不同的。
在一些实施方案中，第一和/或第二基因工程化抗原受体(例如CAR或TCR)能够诱导激活信号至所述细胞。在一些实施方案中，受体包括含有ITAM或ITAM样基序的细胞内信号传导组分。在一些实施方案中，由第一受体诱导的激活涉及信号转导或细胞中蛋白质表达的变化，导致启动免疫应答(例如ITAM磷酸化)和/或启动ITAM介导的信号转导级联、形成免疫突触和/或所结合受体(例如CD4或CD8等)附近的分子的聚簇、激活一种或多种转录因子(例如NF-κB和/或AP-1)、和/或诱导因子(如细胞因子)的基因表达、增殖和/或存活。
在一些实施方案中，第一和/或第二受体包括共刺激受体(如CD28、CD137(4-1BB)、OX40和/或ICOS)的细胞内信号传导结构域或区域。在一些实施方案中，第一受体和第二受体包括不同的共刺激受体的细胞内信号传导结构域。在一个实施方案中，第一受体含有CD28共刺激信号传导区，并且第二受体含有4-1BB共刺激信号传导区，或反之亦然。
在一些实施方案中，第一和/或第二受体包括含有ITAM或ITAM样基序的细胞内信号传导结构域和共刺激受体的细胞内信号传导结构域。
在一些实施方案中，第一受体含有包含ITAM或ITAM样基序的细胞内信号传导结构域，并且第二受体含有共刺激受体的细胞内信号传导结构域。与在相同细胞中诱导的激活信号组合的共刺激信号是导致免疫应答的共刺激信号，所述免疫应答是例如稳健且持续的免疫应答，如增加的基因表达、细胞因子和其他因子的分泌、以及T细胞介导的效应子功能(如细胞杀伤)。
在一些实施方案中，单独的第一受体的连接和单独的第二受体的连接都不会诱导稳健的免疫应答。在一些方面，如果仅连接一个受体，则细胞变得耐受抗原或对抗原无反应，或被抑制，和/或不被诱导增殖或分泌因子或实现效应子功能。然而，在一些此类实施方案中，在连接多个受体时，如在遇到表达第一和第二抗原的细胞时，实现所需应答，如完全免疫激活或刺激，例如如通过一种或多种细胞因子的分泌、增殖、持久性和/或执行免疫效应子功能(如靶细胞的细胞毒性杀伤)所指示的。
在一些实施方案中，两种受体分别将激活和抑制信号诱导至细胞，使得一种受体与其抗原的结合激活细胞或诱导反应，但是第二抑制性受体与其抗原的结合诱导了抑制或减弱所述反应的信号。例子是激活性CAR与抑制性CAR或iCAR的组合。例如，可以使用这种策略，其中激活性CAR结合在疾病或病症中表达但也在正常细胞上表达的抗原，并且抑制性受体结合在正常细胞上表达但不在疾病或病症的细胞上表达的单独抗原。
在一些实施方案中，多靶向策略用于以下情况：其中与特定疾病或病症相关的抗原在未患病细胞上表达和/或在工程化细胞本身上表达，所述表达为瞬时表达(例如，在与基因工程化相关的刺激后)或永久表达。在此类情况下，通过需要连接两个分开的和单独特异性抗原受体，可以改善特异性、选择性和/或功效。
在一些实施方案中，多种抗原(例如第一和第二抗原)在所靶向的细胞、组织或疾病或病症上(例如在癌细胞上)表达。在一些方面，细胞、组织、疾病或病症是多发性骨髓瘤或多发性骨髓瘤细胞。在一些实施方案中，多种抗原中的一种或多种通常也在不需要用细胞疗法靶向的细胞(例如正常或未患病细胞或组织，和/或工程化细胞本身)上表达。在此类实施方案中，通过需要连接多个受体以实现细胞的反应，实现特异性和/或功效。
V.基因工程化细胞和产生细胞的方法
在一些实施方案中，所提供的方法涉及向患有疾病或病症的受试者施用表达重组抗原受体的细胞。用于引入基因工程化组分例如重组受体(例如CAR或TCR)的各种方法是熟知的，并且可以与所提供的方法和组合物一起使用。示例性方法包括用于转移编码受体的核酸的那些，包括通过病毒(如逆转录病毒或慢病毒)、转导、转座子和电穿孔来进行。
表达受体并通过所提供的方法施用的细胞包括工程化细胞。基因工程通常涉及将编码重组或工程化组分的核酸引入含有细胞的组合物中，如通过逆转录病毒转导、转染或转化。
在特定实施方案中，所述工程化细胞通过如下过程来产生，所述过程从一种或多种输入组合物和/或从单个生物样品产生经富集T细胞的输出组合物。在某些实施方案中，所述输出组合物含有表达重组受体(例如CAR，如抗CD19 CAR)的细胞。在特定实施方案中，所述输出组合物的细胞适合于作为疗法(例如自体细胞疗法)施用于受试者。在一些实施方案中，所述输出组合物是经富集CD4+或CD8+ T细胞的组合物。
在一些实施方案中，用于生成或产生工程化细胞的过程是通过如下过程来进行的，所述过程包括以下中的一些或全部步骤：收集或获得生物样品；从生物样品中分离、选择或富集输入细胞；冷冻保存和储存输入细胞；解冻和/或在刺激条件下孵育输入细胞；将所刺激的细胞进行工程化以表达或含有重组多核苷酸，例如编码重组受体如CAR的多核苷酸；将工程化细胞培育至例如阈值量、密度或扩增；将培育的细胞配制在输出组合物中；和/或冷冻保存和储存配制的输出细胞，直到细胞被释放用于输注和/或适合于被施用于受试者。在某些实施方案中，所述过程用经富集T细胞的两种或更多种输入组合物(如单独的CD4+组合物和单独的CD8+组合物)进行，所述两种或更多种输入组合物分别从相同的起始或初始生物样品处理和工程化，并以CD4+与CD8+ T细胞的限定比率，例如1:1比率重新输注回受试者体内。在一些实施方案中，经富集T细胞是或包含工程化的T细胞，例如，转导以表达重组受体的T细胞。
在特定实施方案中，表达重组受体(例如抗CD19 CAR)的工程化细胞的输出组合物由细胞的初始和/或输入组合物产生。在一些实施方案中，所述输出组合物是经富集T细胞、经富集CD4+ T细胞和/或经富集CD8+ T细胞的组合物(在下文也分别称为经富集T细胞的组合物、经富集CD4+ T细胞的组合物和经富集CD8+ T细胞的组合物)。在一些实施方案中，在本文提供的实施方案中采用的用于施用于受试者的工程化T细胞的所述剂量富集CD4+或CD8+ T细胞。在一些方面，将富集与存在于输入组合物和/或单个生物样品(例如从受试者获得的样品)中的CD4+或CD8+细胞的量或百分比进行比较。在一些实施方案中，富集CD4+ T细胞的组合物含有至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％、99％或99.9％CD4+ T细胞。在特定实施方案中，所述经富集CD4+ T细胞的组合物含有100％CD4+ T细胞、或含有约100％CD4+ T细胞。在某些实施方案中，所述经富集T细胞的组合物包含或含有少于20％、少于10％、少于5％、少于1％、少于0.1％或少于0.01％的CD8+ T细胞，和/或不含有CD8+ T细胞，和/或不含或基本上不含CD8+ T细胞。在一些实施方案中，所述细胞群基本上由CD4+ T细胞组成。在一些实施方案中，富集CD8+ T细胞的组合物含有至少75％、80％、85％、90％、95％、98％、99％或99.9％CD8+T细胞，或者含有或含有约100％CD8+ T细胞。在某些实施方案中，所述经富集CD8+ T细胞的组合物包括或含有少于20％、少于10％、少于5％、少于1％、少于0.1％或少于0.01％的CD4+ T细胞，和/或不含有CD4+ T细胞，和/或不含或基本上不含CD4+ T细胞。在一些实施方案中，所述细胞群基本上由CD8+ T细胞组成。
在某些实施方案中，用于产生工程化细胞的过程还可以包括以下中的一种或多种：激活和/或刺激细胞，例如输入组合物的细胞；和/或将激活和/或刺激的细胞进行基因工程化，例如以通过转导或转染引入编码重组蛋白的多核苷酸；和/或例如在促进增殖和/或扩增的条件下，培育工程化细胞。在特定实施方案中，所提供的方法可以与收获、收集和/或配制在细胞已经被孵育、激活、刺激、工程化、转导、转染和/或培育之后产生的输出组合物结合使用。
在一些实施方案中，通过用于选择、分离、激活、刺激、扩增、培育和/或配制细胞的过程产生或生成根据所提供的方法使用的工程化细胞，如表达如所描述的抗CD19 CAR的那些。在一些实施方案中，此类方法包括如所描述的任何一种。
在一些实施方案中，通过用于选择、分离、激活、刺激、扩增、培育和/或配制细胞的过程产生或生成根据所提供的方法和用途使用的工程化细胞，如表达如所描述的抗CD19CAR的那些。在一些实施方案中，此类方法包括如所描述的任何一种。
在一些实施方案中，根据所提供的方法和用途使用的工程化细胞(如表达如所述的抗CD19 CAR的那些)通过如例如WO 2019/089855和WO 2015/164675中所述的示例性过程产生或生成。
在任何实施方案的一些中，用于生成、产生或制造所述工程化细胞(如表达如所述的抗CD19 CAR的那些)或包含此类细胞的组合物(如包含各自表达相同抗CD19嵌合抗原受体(CAR)的工程化CD4+ T细胞和工程化CD8+ T细胞的组合物)的示例性过程涉及使经富集CD4+和经富集CD8+细胞群分别经历处理步骤。在用于生成或制造工程化细胞的示例性过程的一些方面，CD4+和CD8+细胞分别选自例如通过白细胞单采术获得的人外周血单核细胞(PBMC)，产生单独的经富集CD4+细胞组合物和经富集CD8+细胞组合物。在一些方面，此类细胞可以被冷冻保存。在一些方面，可以随后将CD4+和CD8+组合物解冻，并使其分别经历刺激、转导和扩增的步骤。
在用于生成或制造工程化细胞的示例性过程的一些方面，将解冻的CD4+和CD8+细胞分别例如在与抗CD3和抗CD28抗体偶联的聚苯乙烯包被的顺磁珠(如在1:1珠与细胞比率下)的存在下进行刺激。在一些方面，在含有人重组IL-2、人重组IL-15和N-乙酰半胱氨酸(NAC)的培养基中进行刺激。在一些方面，用于CD4+细胞的细胞培养基还可以包括人重组IL-7。
在用于生成或制造工程化细胞的示例性过程的一些方面，在引入珠后，用编码相同CAR(如相同的抗CD19 CAR)的慢病毒载体分别转导CD4+和CD8+细胞。在一些方面，所述CAR可以含有源自鼠类抗体的抗CD19 scFv、免疫球蛋白间隔子、源自CD28的跨膜结构域、源自4-1BB的共刺激区和CD3-ζ细胞内信号传导结构域。在一些方面，所述载体可以编码截短受体，所述截短受体用作CAR表达的替代标记并且通过T2A序列连接至CAR构建体。在示例性方法的一些方面，在10μg/ml硫酸鱼精蛋白的存在下转导所述细胞。
在用于生成或制造工程化细胞的示例性方法的一些方面，在转导后，通过暴露于磁场将珠从所述细胞组合物中除去。在一些方面，通过生物反应器(例如，Xuri W25生物反应器)，在连续混合和氧气转移的情况下，分别培育CD4+和CD8+细胞组合物以进行扩增。在一些情况下，将泊洛沙姆添加到培养基中。在一些方面，在IL-2和IL-15的存在下培育CD4+和CD8+细胞组合物两者。在一些方面，CD4+细胞培养基还包含IL-7。在一些情况下，在收获之前，将CD4+和CD8+细胞各自培育至4倍扩增。在一些方面，达到阈值后一天，分别收获、配制和冷冻保存来自每种组合物的细胞。在一些方面，用于生成、产生或制造所述工程化细胞(如表达如所述的抗CD19 CAR的那些)或包含此类细胞的组合物(如包含各自表达相同抗CD19嵌合抗原受体(CAR)的工程化CD4+ T细胞和工程化CD8+ T细胞的组合物)的示例性过程包括下表11中所述的那些。
表11：用于产生CD4+和CD8+CAR-T细胞的示例性过程
*大约
在其他方面，用于生成、产生或制造所述工程化细胞或包含此类细胞的组合物的不同示例性过程包括与上述示例性过程的不同之处在于以下项的过程：在刺激期间未将NAC添加至培养基中；CD4+细胞培养基不含有IL-2；以3:1的珠与细胞比率刺激细胞；用更高浓度的硫酸鱼精蛋白转导细胞；在约第7天进行珠去除；并且在静态设置下(即不进行连续混合或灌注(例如，半连续和/或逐步灌注的情况下)并且在无泊洛沙姆的情况下进行扩增。
在一些实施方案中，经富集CD4+ T细胞的至少一种单独组合物和经富集CD8+T细胞的至少一种单独组合物是从单一生物样品(例如，来自同一供体(如患者或健康个体)的PBMC或其他白细胞样品)中分离、选择、富集或获得的。在一些实施方案中，最初从同一生物样品(如获得、收集、和/或获取自单一受试者的单一生物样品)中来源(例如分离、选择和/或富集)经富集CD4+ T细胞的单独组合物和经富集CD8+ T细胞的单独组合物。在一些实施方案中，首先使生物样品经历CD4+ T细胞的选择，其中保留了阴性和阳性级分，并且进一步使阴性级分经历CD8+ T细胞的选择。在其他实施方案中，首先使生物样品经历CD8+ T细胞的选择，其中保留了阴性和阳性级分，并且进一步使阴性级分经历CD4+ T细胞的选择。在一些实施方案中，如在国际PCT公开号WO2015/164675中所述进行选择方法。在一些实施方案中，如在国际PCT公开号WO2019/089855中所述进行选择方法。在一些方面，首先对生物样品阳性选择CD8+ T细胞以产生经富集CD8+ T细胞的至少一种组合物，并且然后对阴性级分阳性选择CD4+ T细胞以产生经富集CD4+ T细胞的至少一种组合物，使得经富集CD8+ T细胞的至少一种组合物和经富集CD4+ T细胞的至少一种组合物是来自同一生物样品(例如来自同一供体患者或健康个体)的单独组合物。在一些方面，将经富集T细胞的两种或更多种单独组合物(例如，至少一种是来自同一供体的富集CD4+ T细胞的组合物，并且至少一种是富集CD8+ T细胞的单独组合物)单独地冷冻(例如冷冻保护或冷冻保存)在冷冻保存介质中。
在一些方面，将来自同一生物样品的经富集T细胞的两种或更多种单独组合物(例如至少一种是经富集CD4+ T细胞的组合物并且至少一种是经富集CD8+ T细胞的单独组合物)通过与刺激试剂接触(例如通过与用于T细胞激活的抗CD3/抗CD28缀合的磁珠一起孵育)进行激活和/或刺激。在一些方面，例如使用编码重组蛋白(例如CAR)的病毒载体对激活/刺激的细胞组合物中的每一种进行工程化、转导和/或转染，以在每种细胞组合物的CD4+ T细胞和CD8+ T细胞中表达相同的重组蛋白。在一些方面，所述方法包括从细胞组合物中去除刺激试剂，例如磁珠。在一些方面，分别培育含有工程化CD4+ T细胞的细胞组合物和含有工程化CD8+ T细胞的细胞组合物，例如用于其中的CD4+ T细胞和CD8+ T细胞群的扩增。在某些实施方案中，例如通过在配制缓冲液中洗涤细胞组合物来收获和/或收集和/或配制来自培育的细胞组合物。在某些实施方案中，将包含CD4+ T细胞的配制细胞组合物和包含CD8+ T细胞的配制细胞组合物冷冻(例如冷冻保护或冷冻保存)在冷冻保存介质中。在一些方面，每种配制品中的工程化CD4+ T细胞和CD8+ T细胞源自同一供体或生物样品并表达相同的重组蛋白(例如CAR，如抗CD19 CAR)。在一些方面，将单独的工程化CD4+配制品和单独的工程化CD8+配制品以限定比率(例如1:1)施用于有需要的受试者，如同一供体。
A.用于基因工程化的细胞和细胞的制备
在一些实施方案中，与所提供的方法、用途、制品或组合物结合使用的细胞(如T细胞)是已经进行基因工程化以表达本文所述的重组受体(例如，CAR或TCR)的细胞。在一些实施方案中，工程化细胞是在细胞疗法(例如，过继细胞疗法)的情况下使用。在一些实施方案中，工程化细胞是免疫细胞。在一些实施方案中，工程化细胞是T细胞，如CD4+或CD8+ T细胞。
在一些实施方案中，核酸(如编码重组受体的核酸)是异源的，即通常在细胞或从所述细胞获得的样品中不存在，如从另一种生物体或细胞获得的核酸，所述核酸通常在被工程化的细胞和/或衍生出这种细胞的生物体中没有发现。在一些实施方案中，核酸不是天然存在的如自然界中未发现的核酸，包括包含编码来自多种不同细胞类型的各种结构域的核酸的嵌合组合的核酸。
细胞通常是真核细胞，例如哺乳动物细胞，并且通常是人细胞。在一些实施方案中，所述细胞源自血液、骨髓、淋巴或淋巴器官，是免疫系统的细胞，如先天或适应性免疫的细胞，例如骨髓或淋巴细胞，包括淋巴细胞，通常为T细胞和/或NK细胞。其他示例性细胞包括干细胞，如多潜能干细胞和多能干细胞，包括诱导多能干细胞(iPSC)。细胞通常是原代细胞如直接从受试者分离和/或从受试者分离并冷冻的那些原代细胞。在一些实施方案中，细胞包括T细胞或其他细胞类型的一个或多个子集，如整个T细胞群、CD4+细胞、CD8+细胞及其亚群，如由以下各项所定义的那些亚群：功能、激活状态、成熟度、分化的可能性、扩增、再循环、定位和/或持久能力、抗原特异性、抗原受体类型、在特定器官或区室中的存在、标记或细胞因子分泌特征和/或分化程度。关于待治疗的受试者，细胞可以是同种异体的和/或自体的。所述方法包括现成的方法。在一些方面，如对于现有技术，所述细胞是多能的和/或多潜能的，如干细胞，如诱导多能干细胞(iPSC)。在一些实施方案中，所述方法包括从受试者分离细胞、制备、加工、培养和/或将它们工程化，并在冷冻保存之前或之后将它们重新引入同一受试者中。
T细胞和/或CD4+和/或CD8+ T细胞的亚型和亚群包括幼稚T(TN)细胞、效应T细胞(TEFF)、记忆T细胞及其亚型(如干细胞记忆T(TSCM)、中枢记忆T(TCM)，效应记忆T(TEM)或终末分化效应记忆T细胞)、肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)、未成熟T细胞、成熟T细胞、辅助T细胞、细胞毒性T细胞、粘膜相关不变T(MAIT)细胞、天然存在和适应性调节T(Treg)细胞、辅助T细胞(如TH1细胞、TH2细胞、TH3细胞、TH17细胞、TH9细胞、TH22细胞、滤泡辅助细胞T细胞)、α/βT细胞和δ/γT细胞。
在一些实施方案中，所述细胞是自然杀伤(NK)细胞。在一些实施方案中，所述细胞是单核细胞或粒细胞，例如骨髓细胞、巨噬细胞、嗜中性粒细胞、树突细胞、肥大细胞、嗜酸性粒细胞和/或嗜碱性粒细胞。
在一些实施方案中，所述细胞包括经由基因工程引入的一种或多种核酸，从而表达此类核酸的重组或基因工程化产物。在一些实施方案中，所述核酸是异源的，即通常不存在于细胞或从细胞获得的样品中，如从另一种生物或细胞获得的核酸，例如，所述核酸通常不在被工程化的细胞和/或这种细胞所来源的生物中发现。在一些实施方案中，核酸不是天然存在的如自然界中未发现的核酸，包括包含编码来自多种不同细胞类型的各种结构域的核酸的嵌合组合的核酸。
在一些实施方案中，工程化细胞的制备包括一个或多个培养和/或制备步骤。用于引入编码转基因受体(如CAR)的核酸的细胞可以从样品(如生物样品，例如，从受试者获得或衍生的生物样品)分离。在一些实施方案中，分离出细胞的受试者是患有疾病或病症或需要细胞疗法或将对其施用细胞疗法的受试者。在一些实施方案中，所述受试者是需要特定治疗性干预(如过继细胞疗法，其中细胞被分离、加工和/或工程化)的人。
因此，在一些实施方案中，细胞是原代细胞，例如原代人细胞。样品包括直接取自受试者的组织、流体和其他样品、以及来源于一个或多个加工步骤(如分离、离心、基因工程化(例如用病毒载体转导)、洗涤和/或孵育)的样品。所述生物样品可以是直接从生物来源获得的样品或经过加工的样品。生物样品包括但不限于体液(如血液、血浆、血清、脑脊液、滑液、尿液和汗液)、组织和器官样品，包括由其衍生的加工样品。
在一些方面，细胞从其中衍生或分离的样品是血液或血液衍生的样品，或者是或源自单采术或白细胞单采术产物。示例性样品包括全血、外周血单核细胞(PBMC)、白细胞、骨髓、胸腺、组织活检、肿瘤、白血病、淋巴瘤、淋巴结、肠相关淋巴组织、粘膜相关淋巴组织、脾、其他淋巴组织、肝、肺、胃、肠、结肠、肾、胰腺、乳房、骨、前列腺、子宫颈、睾丸、卵巢、扁桃体或其他器官和/或由其衍生的细胞。在细胞疗法(例如，过继细胞疗法)的背景下，样品包括来自自体和同种异体来源的样品。
在一些实施方案中，细胞衍生自细胞系，例如T细胞系。在一些实施方案中，细胞获得自异种来源，例如获得自小鼠、大鼠、非人灵长类动物和猪。
在一些实施方案中，细胞的分离包括一个或多个制备和/或基于非亲和力的细胞分离步骤。在一些例子中，将细胞在存在一种或多种试剂的情况下洗涤、离心和/或孵育，例如以去除不需要的组分、针对所需组分进行富集、裂解或去除对特定试剂敏感的细胞。在一些例子中，基于一种或多种特性(如密度、粘附特性、尺寸、对特定组分的敏感性和/或抗性)分离细胞。
在一些例子中，例如通过单采术或白细胞单采术获得来自受试者的循环血液的细胞。在一些方面，样品含有淋巴细胞(包括T细胞、单核细胞、粒细胞、B细胞)、其他有核白细胞、红细胞和/或血小板，并且在一些方面含有除红细胞和血小板之外的细胞。
在一些实施方案中，洗涤从受试者收集的血细胞以例如去除血浆级分，并将所述细胞置于适当缓冲液或介质中以用于后续的处理步骤。在一些实施方案中，用磷酸盐缓冲盐水(PBS)洗涤所述细胞。在一些实施方案中，所述洗涤溶液缺乏钙和/或镁和/或许多或所有二价阳离子。在一些方面，根据制造商的说明书，通过半自动“流通”离心机(例如，Cobe2991细胞加工器，Baxter)完成洗涤步骤。在一些方面，根据制造商的说明书，通过切向流过滤(TFF)完成洗涤步骤。在一些实施方案中，洗涤后将细胞重悬于多种生物相容性缓冲液(例如像不含Ca++/Mg++的PBS)中。在某些实施方案中，去除血细胞样品的组分并将所述细胞直接重悬于培养基中。
在一些实施方案中，所述方法包括基于密度的细胞分离方法，如通过裂解红细胞并通过Percoll或Ficoll梯度离心而从外周血制备白细胞。
在一些实施方案中，选择步骤的至少一部分包括将细胞与选择试剂一起孵育。与一种或多种选择试剂一起孵育，例如作为选择方法的一部分可以使用一种或多种选择试剂来进行，以用于基于一种或多种特定分子(如表面标记(例如表面蛋白)、细胞内标记或核酸)在细胞中或细胞上的表达或存在来选择一种或多种不同的细胞类型。在一些实施方案中，可以使用任何已知的利用一种或多种选择试剂基于此类标记进行分离的方法。在一些实施方案中，一种或多种选择试剂导致分离，所述分离是基于亲和力或免疫亲和力的分离。例如，在一些方面，选择包括与一种或多种试剂一起孵育，用于基于一种或多种标记(通常是细胞表面标记)的细胞表达或表达水平来分离细胞和细胞群，例如通过与特异性地结合至此类标记的抗体或结合配偶体一起孵育，之后通常进行洗涤步骤并分离已结合抗体或结合配偶体的细胞与未结合至抗体或结合配偶体的那些细胞。
在此类过程的一些方面，将一定体积的细胞与一定量的基于亲和力的所需选择试剂混合。基于免疫亲和力的选择可以使用任何系统或方法进行，所述系统或方法使得在分离的细胞与特异性结合至细胞上的标记的分子(例如，固体表面(例如颗粒)上的抗体或其他结合配偶体)之间产生有利的能量相互作用。在一些实施方案中，方法是使用颗粒如珠(例如磁珠)进行，所述颗粒包被有对细胞的标记具有特异性的选择剂(例如抗体)。可以将颗粒(例如珠)与细胞在容器(如管或袋)中一起孵育或混合，同时振荡或混合，其中细胞密度与颗粒(例如，珠)的比率是恒定的，以帮助促进能量上有利的相互作用。在其他情况下，所述方法包括选择细胞，其中所述选择的全部或一部分是在离心室的内部空腔中进行，例如在离心旋转下进行。在一些实施方案中，将细胞与选择试剂(如基于免疫亲和力的选择试剂)一起孵育是在离心室中进行。在某些实施方案中，使用在国际专利申请公开号WO 2009/072003或US 20110003380 A1中所述的系统、装置或设备进行分离或分开。在一个例子中，所述系统是如国际公开号WO 2016/073602中所述的系统。
在一些实施方案中，通过在离心室的空腔中实施此类选择步骤或其部分(例如，与抗体涂覆的颗粒(例如磁珠)一起孵育)，用户能够控制某些参数，例如各种溶液的体积、在处理期间溶液的添加及其时间安排，与其他可用方法相比，这可以提供多种优势。例如，在孵育期间减少空腔中液体体积的能力可以增加选择中使用的颗粒(例如珠试剂)的浓度，并由此增加溶液的化学势，而不影响空腔中的细胞总数量。这又可以增强正在处理的细胞与用于选择的颗粒之间的成对相互作用。在一些实施方案中，例如，在与如本文所述的系统、电路和控制相关联时，在室中进行孵育步骤，允许用户在孵育期间的一个或多个所需时间实现对溶液的搅动，这也可以改善相互作用。
在一些实施方案中，选择步骤的至少一部分是在离心室中进行，其包括将细胞与选择试剂一起孵育。在此类过程的一些方面，将一定体积的细胞与一定量的基于亲和力的所需选择试剂混合，所述量远少于根据制造商的说明书在管或容器中进行类似选择以用于选择相同数量的细胞和/或相同体积的细胞时通常采用的量。在一些实施方案中，所采用的一种或多种选择试剂的量为根据制造商的说明针对相同数量的细胞和/或相同体积的细胞在基于管或容器的孵育中用于选择细胞的相同的一种或多种选择试剂的量的不超过5％、不超过10％、不超过15％、不超过20％、不超过25％、不超过50％、不超过60％、不超过70％或不超过80％。
在一些实施方案中，对于细胞的选择，例如基于免疫亲和力的选择，将细胞在室空腔中在组合物中孵育，所述组合物还含有具有选择试剂的选择缓冲液，所述选择试剂例如特异性地结合至希望富集和/或耗尽的细胞上(而不是组合物中其他细胞上)的表面标记的分子，例如抗体，其任选地偶联到支架(例如聚合物或表面，例如珠，例如磁珠，例如与对CD4和CD8具有特异性的单克隆抗体偶联的磁珠)。在一些实施方案中，如所描述的，将选择试剂添加至室空腔中的细胞，所添加的量与在振荡或旋转的管中进行选择时，对相同数量的细胞或相同体积的细胞实现大致相同或类似的选择效率通常使用或将需要的选择试剂的量相比显著较小(例如不大于所述量的5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％)。在一些实施方案中，在向细胞和选择试剂添加选择缓冲液的情况下进行孵育，以实现例如10mL至200mL，诸如至少或约至少10mL、20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mL、100mL、150mL或200mL试剂的孵育的目标体积。在一些实施方案中，将选择缓冲液和选择试剂在添加至所述细胞之前预先混合。在一些实施方案中，将所述选择缓冲液和选择试剂单独添加至所述细胞。在一些实施方案中，选择孵育是在周期性温和混合条件下进行的，这可有助于促进能量上有利的相互作用，从而允许在实现高选择效率的同时使用较少的总选择试剂。
在一些实施方案中，与选择试剂一起孵育的总持续时间为或为约5分钟至6小时，例如30分钟至3小时，例如至少或约至少30分钟、60分钟、120分钟或180分钟。
在一些实施方案中，孵育通常在混合条件下进行，例如在旋转的存在下，通常以相对低的力或速度旋转，例如速度低于用于使细胞沉淀的速度，例如从或从约600rpm至1700rpm(例如，为或约或至少600rpm、1000rpm或1500rpm或1700rpm)，例如在样品或室壁或其他容器壁处的一定RCF下，所述RCF为或为约80g至100g(例如，为或约或至少80g、85g、90g、95g或100g)。在一些实施方案中，所述旋转是使用以这种低速旋转和之后的休息时间段的重复间隔来进行，例如旋转和/或休息1、2、3、4、5、6、7、8、9或10秒，例如旋转大约1或2秒，然后休息大约5、6、7或8秒。
在一些实施方案中，这种过程是在与所述室为整体的完全封闭的系统内进行的。在一些实施方案中，这个过程(并且在一些方面还有一个或多个另外的步骤，例如预先洗涤步骤洗涤含有细胞的样品，例如单采术样品)以自动化方式进行，使得将细胞、试剂和其他组分在适当时间吸入和推出所述室并进行离心，以便使用自动化程序在单一封闭系统中完成洗涤和结合步骤。
在一些实施方案中，在孵育和/或混合细胞和一种和/或多种选择试剂后，使所孵育的细胞经受分离，以基于一种或多种特定试剂的存在或不存在来选择细胞。在一些实施方案中，在同一封闭系统中进行分离，其中将细胞与所述选择试剂一起进行孵育。在一些实施方案中，在与所述选择试剂一起孵育后，将所孵育的细胞(包括其中已经结合选择试剂的细胞)转移到系统中用于基于免疫亲和力来分离细胞。在一些实施方案中，用于基于免疫亲和力的分离的系统是或含有磁分离柱。
在一些实施方案中，分离方法包括基于一种或多种特定分子(如表面标记(例如，表面蛋白)、细胞内标记或核酸)在细胞中的表达或存在来分离不同的细胞类型。在一些实施方案中，可以使用任何已知的基于此类标记的用于分离的方法。在一些实施方案中，分开是基于亲和力或基于免疫亲和力的分开。例如，在一些方面，所述分离包括基于所述细胞的一种或多种标记(通常为细胞表面标记)的表达或表达水平来分离细胞和细胞群，例如通过和与此类标记特异性结合的抗体或结合配偶体一起孵育，然后通常是洗涤步骤和从那些未与所述抗体或结合配偶体结合的细胞中分离已结合所述抗体或结合配偶体的细胞。
此类分离步骤可以基于阳性选择(其中保留已经结合所述试剂的细胞以供进一步使用)和/或阴性选择(其中保留未与所述抗体或结合配偶体结合的细胞)。在一些例子中，保留两种级分以供进一步使用。在一些方面，在没有可用于特异性鉴定异质群体中的细胞类型的抗体的情况下，阴性选择可能特别有用，使得最好基于由除所需群体之外的细胞表达的标记进行分离。
所述分离不需要导致100％富集或去除特定细胞群或表达特定标记的细胞。例如，针对特定类型的细胞(如表达标记的那些)的阳性选择或富集是指增加此类细胞的数量或百分比，但不需要导致不表达所述标记的细胞的完全不存在。同样地，特定类型的细胞(如表达标记的那些)的阴性选择、去除或耗尽是指减少此类细胞的数量或百分比，但不需要导致所有此类细胞的完全去除。
在一些例子中，进行多轮分离步骤，其中来自一个步骤的阳性或阴性选择的级分经受另一个分离步骤，如随后的阳性或阴性选择。在一些例子中，单个分离步骤可以同时耗尽表达多种标记的细胞，如通过将细胞与多种抗体或结合配偶体(每种抗体或结合配偶体对被靶向用于阴性选择的标记具特异性)一起孵育。同样地，通过将细胞与在各种细胞类型上表达的多种抗体或结合配偶体一起孵育，可以同时阳性选择多种细胞类型。
例如，在一些方面，T细胞的特定亚群(如对一种或多种表面标记呈阳性或高水平表达的细胞(例如，CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+和/或CD45RO+ T细胞))通过阳性或阴性选择技术来分离。
例如，可以使用抗CD3/抗CD28缀合的磁珠(例如，
M-450CD3/CD28T Cell Expander)阳性选择CD3+、CD28+ T细胞。
在一些实施方案中，通过经由阳性选择富集特定细胞群，或经由阴性选择耗尽特定细胞群来进行分离。在一些实施方案中，通过将细胞与一种或多种抗体或其他结合剂一起孵育来完成阳性或阴性选择，所述一种或多种抗体或其他结合剂与分别在阳性或阴性选择的细胞上表达或以相对较高水平(标记高)(标记+)的一种或多种表面标记特异性结合。
在特定实施方案中，使生物样品(例如PBMC或其他白细胞的样品)经受CD4+T细胞的选择，其中同时保留阴性和阳性级分。在某些实施方案中，CD8+ T细胞选自阴性级分。在一些实施方案中，使生物样品经受CD8+ T细胞的选择，其中同时保留阴性和阳性级分。在某些实施方案中，CD4+ T细胞选自阴性级分。
在一些实施方案中，通过阴性选择在非T细胞(如B细胞、单核细胞或其他白细胞，如CD14)上表达的标记，将T细胞与PBMC样品分离。在一些方面，CD4+或CD8+选择步骤用于分离CD4+辅助T细胞和CD8+细胞毒性T细胞。通过对在一种或多种幼稚、记忆和/或效应T细胞亚群上表达或以相对较高程度表达的标记的阳性或阴性选择，可以将此类CD4+和CD8+群体还分类成亚群。
在一些实施方案中，如通过基于与相应子群体相关的表面抗原进行阳性或阴性选择，将CD8+细胞针对幼稚、中枢记忆、效应子记忆和/或中枢记忆干细胞进一步富集或耗尽。在一些实施方案中，针对中枢记忆T(TCM)细胞进行富集以增加功效，如以改善施用后的长期存活、扩增和/或植入，这在一些方面在此类亚群中特别稳健。参见Terakura等人(2012)Blood.1:72-82；Wang等人(2012)J Immunother.35(9):689-701。在一些实施方案中，组合富含TCM的CD8+ T细胞与CD4+ T细胞进一步增强功效。
在实施方案中，记忆T细胞存在于CD8+外周血淋巴细胞的CD62L+和CD62L-两个子集中。可以例如使用抗CD8和抗CD62L抗体将PBMC针对CD62L-CD8+和/或CD62L+CD8+级分进行富集或耗尽。
在一些实施方案中，对中枢记忆T(TCM)细胞的富集是基于CD45RO、CD62L、CCR7、CD28、CD3和/或CD127的阳性或高表面表达；在一些方面，它是基于表达或高度表达CD45RA和/或颗粒酶B的细胞的阴性选择。在一些方面，富含TCM细胞的CD8+群体的分离是通过耗尽表达CD4、CD14、CD45RA的细胞以及对表达CD62L的细胞的阳性选择或富集来进行的。在一个方面，中枢记忆T(TCM)细胞的富集从基于CD4表达所选择的阴性细胞级分开始进行，所述阴性细胞级分基于CD14和CD45RA的表达进行阴性选择且基于CD62L进行阳性选择。在一些方面这种选择是同时进行的，而在其他方面以任何顺序依序进行。在一些方面，用于制备CD8+细胞群或亚群的相同的基于CD4表达的选择步骤也用于生成CD4+细胞群或亚群，使得来自基于CD4的分离的阳性和阴性级分被保留并用于所述方法的后续步骤中，任选地在一个或多个其他阳性或阴性选择步骤之后。
在特定例子中，PBMC样品或其他白细胞样品进行CD4+细胞的选择，其中保留了阴性和阳性级分。然后所述阴性级分基于CD14和CD45RA或CD19的表达进行阴性选择，并基于中枢记忆T细胞(如CD62L或CCR7)的标记特征进行阳性选择，其中以任何顺序进行所述阳性和阴性选择。
通过鉴定具有细胞表面抗原的细胞群，将CD4+ T辅助细胞分类为幼稚、中枢记忆和效应细胞。CD4+淋巴细胞可以通过标准方法获得。在一些实施方案中，幼稚CD4+T淋巴细胞是CD45RO-、CD45RA+、CD62L+、CD4+ T细胞。在一些实施方案中，中枢记忆CD4+细胞是CD62L+且CD45RO+。在一些实施方案中，效应CD4+细胞是CD62L-且CD45RO-。
在一个例子中，为了通过阴性选择富集CD4+细胞，单克隆抗体混合剂通常包括针对CD14、CD20、CD11b、CD16、HLA-DR和CD8的抗体。在一些实施方案中，所述抗体或结合配偶体与固体支持物或基质(如磁珠或顺磁珠)结合，以允许细胞分离以用于阳性和/或阴性选择。例如，在一些实施方案中，使用免疫磁性(或亲和磁性)分离技术来分开或分离细胞和细胞群(综述于以下文献中：Methods in Molecular Medicine,第58卷:MetastasisResearch Protocols,第2卷:Cell Behavior In Vitro and In Vivo,第17-25页S.A.Brooks和U.Schumacher编辑
Humana Press Inc.,新泽西州托托瓦)。
在一些方面，将待分离的细胞的样品或组合物与小的可磁化或磁响应材料(如磁响应颗粒或微粒，如顺磁珠(例如像
或
珠))一起孵育。磁响应材料(例如，颗粒)通常直接或间接地附着于结合配偶体(例如，抗体)，所述结合配偶体与希望分离(例如，希望阴性地或阳性地选择)的一个细胞、多个细胞或细胞群上存在的分子(例如，表面标记)特异性结合。
在一些实施方案中，所述磁性颗粒或珠包含与特异性结合成员(如抗体或其他结合配偶体)结合的磁响应材料。有许多在磁分离方法中使用的熟知的磁响应材料。合适的磁性颗粒包括在Molday,美国专利号4,452,773和欧洲专利说明书EP 452342B中所述的那些，将所述专利通过引用特此并入。胶体大小的颗粒(例如在Owen美国专利号4,795,698；和Liberti等人的美国专利号5,200,084中所述的那些)是其他的例子。
孵育通常在这样的条件下进行，由此抗体或结合配偶体或者与附着于磁性颗粒或珠的此类抗体或结合配偶体特异性结合的分子(如二抗或其他试剂)与细胞表面分子(如果存在于所述样品内的细胞上的话)特异性结合。
在一些方面，将样品置于磁场中，并且具有附着于其上的磁响应或可磁化颗粒的那些细胞将被吸引到磁体并与未标记的细胞分离。对于阳性选择，保留被磁铁吸引的细胞；对于阴性选择，保留未被吸引的细胞(未标记的细胞)。在一些方面，在同一选择步骤期间进行阳性和阴性选择的组合，其中保留阳性和阴性级分并进一步处理或经受另外的分离步骤。
在某些实施方案中，磁响应颗粒被包被在一抗或其他结合伴侣、二抗、凝集素、酶或链霉亲和素中。在某些实施方案中，所述磁性颗粒通过对一种或多种标记具特异性的一抗的包被而附着于细胞。在某些实施方案中，用一抗或结合配偶体标记细胞而不是珠，然后添加细胞类型特异性二抗或其他结合配偶体(例如，链霉亲和素)包被的磁粒。在某些实施方案中，将链霉亲和素包被的磁性颗粒与生物素化的一抗或二抗结合使用。
在一些实施方案中，磁响应颗粒保持附着于所述细胞，所述细胞随后被孵育，培养和/或工程化；在一些方面，所述颗粒保持附着于所述细胞以用于施用于患者。在一些实施方案中，从所述细胞中去除可磁化或磁响应颗粒。从细胞中去除可磁化颗粒的方法是已知的，并且包括例如使用竞争性非标记抗体和与可切割接头缀合的可磁化颗粒或抗体。在一些实施方案中，所述可磁化颗粒是可生物降解的。
在一些实施方案中，基于亲和力的选择是经由磁激活细胞分选(MACS)(MiltenyiBiotec，加利福尼亚州奥本)。磁激活细胞分选(MACS)系统能够高纯度选择附着有磁化颗粒的细胞。在某些实施方案中，MACS以这样的模式操作，其中在施加外部磁场之后依序洗脱非靶标和靶标种类。也就是说，附着于磁化颗粒的细胞保持在适当的位置，而未附着的种类被洗脱。然后，在完成第一次洗脱步骤之后，以某种方式释放被捕获在磁场中并被阻止洗脱的种类，使得它们可以被洗脱和回收。在某些实施方案中，所述非靶细胞被标记并从异质细胞群中耗尽。
在某些实施方案中，使用这样的系统、装置或设备进行分离或分开，所述系统、装置或设备进行所述方法的分离、细胞制备、分开、加工、孵育、培养和/或制备步骤中的一种或多种。在一些方面，所述系统用于在封闭或无菌环境中进行这些步骤中的每一个，例如以最小化错误、用户操作和/或污染。在一个例子中，所述系统是如国际专利申请公开号WO2009/072003或US 20110003380 A1中所述的系统。
在一些实施方案中，所述系统或设备在集成或独立系统中和/或以自动化或可编程方式进行分离、处理、工程化和配制步骤中的一个或多个(例如，全部)。在一些方面，所述系统或设备包括与所述系统或设备通信的计算机和/或计算机程序，其允许用户对加工、分离、工程化和配制步骤的各个方面进行编程、控制、评估其结局和/或调整。
在一些方面，使用CliniMACS系统(Miltenyi Biotec)进行所述分离和/或其他步骤，例如以用于在封闭和无菌系统中在临床规模水平上自动分离细胞。部件可以包括集成微计算机、磁分离单元、蠕动泵和各种夹管阀。在一些方面，所述集成计算机控制所述仪器的所有部件并指示所述系统以标准化顺序执行重复程序。在一些方面，所述磁分离单元包括可移动的永磁体和用于选择柱的支架。所述蠕动泵控制整个管组的流速，并与夹管阀一起确保缓冲液通过所述系统的受控流动和细胞的连续悬浮。
在一些方面，所述CliniMACS系统使用抗体偶联的可磁化颗粒，其在无菌，无热原的溶液中提供。在一些实施方案中，在用磁性颗粒标记细胞后，洗涤所述细胞以去除过量的颗粒。然后将细胞制备袋连接到管组，所述管组又连接到含有缓冲液的袋和细胞收集袋。所述管组由预装配的无菌管(包括预柱和分离柱)组成，并且仅供一次性使用。在启动分离程序后，所述系统自动将细胞样品施加到分离柱。标记的细胞保留在柱内，而未标记的细胞通过一系列洗涤步骤去除。在一些实施方案中，用于与本文描述的方法一起使用的细胞群是未标记的并且不保留在柱中。在一些实施方案中，用于与本文描述的方法一起使用的细胞群被标记并保留在柱中。在一些实施方案中，用于与本文描述的方法一起使用的细胞群在去除磁场后从柱中洗脱，并且收集在细胞收集袋内。
在某些实施方案中，使用CliniMACS Prodigy系统(Miltenyi Biotec)进行分离和/或其他步骤。在一些方面，CliniMACS Prodigy系统配备有细胞加工联合体，其允许通过离心自动化洗涤和分级分离细胞。CliniMACS Prodigy系统还可以包括机载相机和图像识别软件，其通过辨别源细胞产物的宏观层来确定最佳的细胞分级分离终点。例如，外周血自动分离成红细胞、白细胞和血浆层。CliniMACS Prodigy系统还可以包括集成细胞培育室，其实现细胞培养方案，例如像细胞分化和扩增、抗原负载和长期细胞培养。输入端口可允许无菌移除和补充培养基，并且可以使用集成显微镜监测细胞。参见例如Klebanoff等人(2012)J Immunother.35(9):651-660；Terakura等人(2012)Blood.1:72-82；和Wang等人(2012)J Immunother.35(9):689-701。
在一些实施方案中，通过流式细胞术收集和富集(或耗尽)本文描述的细胞群，其中针对多种细胞表面标记染色的细胞在流体流中载携。在一些实施方案中，通过制备规模(FACS)分类收集和富集(或耗尽)本文描述的细胞群。在某些实施方案中，通过使用微机电系统(MEMS)芯片结合基于FACS的检测系统来收集和富集(或耗尽)本文所述的细胞群(参见例如WO 2010/033140；Cho等人(2010)Lab Chip 10,1567-1573；和Godin等人(2008)JBiophoton.1(5):355-376。在两种情况下，细胞可以用多种标记来标记，允许以高纯度分离明确定义的T细胞子集。
在一些实施方案中，用一种或多种可检测标记来标记抗体或结合配偶体，以促进分离供阳性和/或阴性选择。例如，分离可以基于与荧光标记的抗体的结合。在一些例子中，基于对一种或多种细胞表面标记具有特异性的抗体或其他结合配偶体的结合来分离细胞携载于流体流中，如通过荧光激活细胞分选(FACS)(包括制备规模(FACS))和/或微机电系统(MEMS)芯片，例如与流式细胞检测系统组合。此类方法允许基于多种标记同时进行阳性和阴性选择。
在一些实施方案中，制备方法包括在分离、孵育和/或工程化之前或之后冷冻(例如，冷冻保存)所述细胞的步骤。在一些实施方案中，所述冷冻和后续解冻步骤去除所述细胞群中的粒细胞，并且在一定程度上去除单核细胞。在一些实施方案中，例如在洗涤步骤后将细胞悬浮在冷冻溶液中以去除血浆和血小板。在一些方面，可以使用多种已知的冷冻溶液和参数中的任何一种。一个例子涉及使用含有20％DMSO和8％人血清白蛋白(HSA)的PBS，或其他合适的细胞冷冻培养基。然后将其用培养基1:1稀释，使得DMSO和HSA的最终浓度分别为10％和4％。然后通常将细胞以1°/分钟的速率冷冻至-80℃并储存在液氮储罐的气相中。
在一些实施方案中，所述分离和/或选择产生经富集T细胞，例如CD3+ T细胞、CD4+T细胞和/或CD8+ T细胞的一种或多种输入组合物。在一些实施方案中，从单一生物样品中分离、选择、富集或获得两种或更多种单独的输入组合物。在一些实施方案中，从单独的生物样品中分离、选择、富集和/或获得单独的输入组合物，所述单独的生物样品从同一受试者收集、获取和/或获得。
在某些实施方案中，所述一种或多种输入组合物是或包括经富集T细胞的组合物，所述组合物包含至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％、至少99.5％、至少99.9％或为或为约100％的CD3+ T细胞。在特定实施方案中，所述经富集T细胞的输入组合物基本上由CD3+ T细胞组成。
在某些实施方案中，所述一种或多种输入组合物是或包括经富集CD4+ T细胞的组合物，所述组合物包含至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％、至少99.5％、至少99.9％或为或为约100％的CD4+ T细胞。在某些实施方案中，所述CD4+ T细胞的输入组合物包含少于40％、少于35％、少于30％、少于25％、少于20％、少于15％、少于10％、少于5％、少于1％、少于0.1％或少于0.01％的CD8+ T细胞，和/或不含有CD8+ T细胞，和/或不含或基本上不含CD8+ T细胞。在一些实施方案中，所述经富集T细胞的组合物基本上由CD4+ T细胞组成。
在某些实施方案中，所述一种或多种组合物是或包括CD8+ T细胞的组合物，所述组合物是或包含至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％、至少99.5％、至少99.9％或为或为约100％的CD8+ T细胞。在某些实施方案中，所述CD8+ T细胞的组合物含有少于40％、少于35％、少于30％、少于25％、少于20％、少于15％、少于10％、少于5％、少于1％、少于0.1％或少于0.01％的CD4+ T细胞，和/或不含有CD4+ T细胞，和/或不含或基本上不含CD4+ T细胞。在一些实施方案中，所述经富集T细胞的组合物基本上由CD8+ T细胞组成。
B.激活和刺激
在一些实施方案中，在基因工程化之前或与其相连地孵育和/或培养细胞。所述孵育步骤可以包括培养、培育、刺激、激活和/或繁殖。孵育和/或工程化可以在培养容器中进行，所述培养容器是如单元、室、孔、柱、管、管组、阀、小瓶、培养皿、袋或其他用于培养或培育细胞的容器。在一些实施方案中，在存在刺激条件或刺激剂的情况下孵育所述组合物或细胞。此类条件包括设计为诱导群体中细胞的增殖、扩增、激活和/或存活，模拟抗原暴露和/或引发细胞用于基因工程化(如用于引入重组抗原受体)的那些。
所述条件可以包括以下中的一种或多种：特定培养基、温度、氧含量、二氧化碳含量、时间、药剂(例如，营养素、氨基酸、抗生素、离子和/或刺激因子(如细胞因子、趋化因子、抗原、结合配偶体、融合蛋白、重组可溶性受体和旨在激活细胞的任何其他药剂))。
在一些实施方案中，刺激条件或刺激剂包括能够刺激或激活TCR复合物的细胞内信号传导结构域的一种或多种药剂(例如，配体)。在一些方面，所述药剂在T细胞中开启或启动TCR/CD3细胞内信号传导级联。此类药剂可包括抗体如对于TCR具有特异性的抗体，例如抗CD3。在一些实施方案中，刺激条件包括一种或多种药剂例如配体，其能够刺激共刺激受体，例如抗CD28。在一些实施方案中，这种药剂和/或配体可结合至固体支撑物如珠和/或一种或多种细胞因子。任选地，扩增方法还可以包括向培养基中添加抗CD3和/或抗CD28抗体(例如，以至少约0.5ng/mL的浓度)的步骤。在一些实施方案中，所述刺激剂包括IL-2、IL-15和/或IL-7。在一些方面，IL-2浓度为至少约10单位/mL。
在一些方面，孵育是根据多种技术，如以下文献中所述的那些技术来进行：授予Riddell等人的美国专利号6,040,177；Klebanoff等人(2012)J Immunother.35(9):651-660；Terakura等人(2012)Blood.1:72-82；和/或Wang等人(2012)J Immunother.35(9):689-701。
在一些实施方案中，通过以下方式扩增T细胞：向培养起始组合物中添加饲养细胞(如非分裂外周血单核细胞(PBMC))(例如，使得对于要扩增的初始群体中的每个T淋巴细胞，所得细胞群含有至少约5、10、20或40个或更多个PBMC饲养细胞)；以及孵育培养物(例如，持续足以扩增所述T细胞数量的时间)。在一些方面，非分裂饲养细胞可以包含γ辐射的PBMC饲养细胞。在一些实施方案中，用约3000至3600拉德范围内的γ射线辐射PBMC以防止细胞分裂。在一些方面，在添加T细胞群之前将饲养细胞加入到培养基中。
在一些实施方案中，刺激条件包括适合于人T淋巴细胞生长的温度，例如至少约25摄氏度，通常为至少约30摄氏度，并且通常在或约在37摄氏度。任选地，孵育还可以包括加入非分裂的EBV转化的类淋巴母细胞(LCL)作为饲养细胞。可以用约6000至10,000拉德范围内的γ射线辐射LCL。在一些方面，所述LCL饲养细胞以任何合适的量(如LCL饲养细胞与初始T淋巴细胞的比率为至少约10:1)提供。
在实施方案中，抗原特异性T细胞(如抗原特异性CD4+和/或CD8+ T细胞)是通过用抗原刺激幼稚或抗原特异性T淋巴细胞来获得。例如，可以通过从受感染的受试者中分离T细胞并用相同的抗原在体外刺激细胞，针对巨细胞病毒抗原产生抗原特异性T细胞系或克隆。
在一些实施方案中，在一种或多种刺激条件或刺激剂存在下进行的孵育的至少一部分是在离心室的内部空腔中进行，例如在离心旋转下进行，如国际公开号WO2016/073602中所述的。在一些实施方案中，在离心室中进行的孵育的至少一部分包括与一种或多种试剂混合以诱导刺激和/或激活。在一些实施方案中，将细胞(如选择的细胞)与刺激条件或刺激剂在离心室中混合。在此类过程的一些方面，将一定体积的细胞与一定量的一种或多种刺激条件或刺激剂混合，所述刺激条件或刺激剂远小于在细胞培养板或其他系统中进行类似刺激时通常使用的刺激条件或刺激剂。
在一些实施方案中，将所述刺激剂以一定的量添加至室空腔中的细胞，所述一定的量与例如在周期性振荡或旋转的管或袋中进行选择而不在离心室中混合时，对相同细胞数量或相同细胞体积实现大致相同或类似的选择效率通常使用或将需要的刺激剂的量相比显著较小(例如不大于所述量的5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％)。在一些实施方案中，在向细胞和刺激剂中添加孵育缓冲液的情况下进行孵育，以实现例如10mL至200mL(如至少或约至少或为约或为10mL、20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mL、100mL、150mL或200mL)试剂的孵育的目标体积。在一些实施方案中，在添加细胞之前预先混合孵育缓冲液和刺激剂。在一些实施方案中，将所述孵育缓冲液和刺激剂单独添加至所述细胞中。在一些实施方案中，在周期性温和混合条件下进行刺激孵育，这可能有助于促进能量上有利的相互作用，并且从而允许在实现细胞的刺激和激活的同时使用较少的总体刺激剂。
在一些实施方案中，孵育通常在混合条件下进行，例如在旋转的存在下，通常以相对低的力或速度旋转，例如速度低于用于使细胞沉淀的速度，例如从或从约600rpm至1700rpm(例如，为或约或至少600rpm、1000rpm或1500rpm或1700rpm)，例如在样品或室壁或其他容器壁处的一定RCF下，所述RCF为或为约80g至100g(例如，为或约或至少80g、85g、90g、95g或100g)。在一些实施方案中，所述旋转是使用以这种低速旋转和之后的休息时间段的重复间隔来进行，例如旋转和/或休息1、2、3、4、5、6、7、8、9或10秒，例如旋转大约1或2秒，然后休息大约5、6、7或8秒。
在一些实施方案中，例如与刺激剂一起孵育的总持续时间在或在约1小时与96小时之间、1小时与72小时之间、1小时与48小时之间、4小时与36小时之间、8小时与30小时之间或12小时与24小时之间，例如至少或约至少6小时、12小时、18小时、24小时、36小时或72小时。在一些实施方案中，进一步孵育进行如下时间：在或约在1小时与48小时之间、4小时与36小时之间、8小时与30小时之间或12小时与24小时之间并包含端值。
在特定实施方案中，所述刺激条件包括用一种或多种细胞因子和/或在一种或多种细胞因子存在下孵育、培养和/或培育经富集T细胞的组合物。在特定实施方案中，所述一种或多种细胞因子是重组细胞因子。在一些实施方案中，所述一种或多种细胞因子是人重组细胞因子。在某些实施方案中，所述一种或多种细胞因子结合和/或能够结合由T细胞表达的和/或对T细胞而言内源的受体。在特定实施方案中，所述一种或多种细胞因子是或包括细胞因子的4-α-螺旋束家族的成员。在一些实施方案中，细胞因子的4-α-螺旋束家族的成员包括但不限于白介素2(IL-2)、白介素4(IL-4)、白介素7(IL-7)、白介素9(IL-9)、白介素12(IL-12)、白介素15(IL-15)、粒细胞集落刺激因子(G-CSF)和粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)。
在一些实施方案中，所述刺激导致例如在转导之前细胞的激活和/或增殖。
C.用于基因工程化的载体和方法
在一些实施方案中，与所提供的方法、用途、制品或组合物结合使用的工程化细胞(如T细胞)是已经基因工程化以表达本文所述的重组受体(例如，CAR或TCR)的细胞。在一些实施方案中，所述细胞是通过引入、递送或转移编码所述重组受体和/或其他分子的核酸序列来工程化。
在一些实施方案中，用于产生工程化细胞的方法包括将编码重组受体(例如，抗CD19 CAR)的多核苷酸引入至细胞，例如像经刺激或激活的细胞中。在特定实施方案中，重组蛋白是重组受体，如任何所述的。将编码重组蛋白(如重组受体)的核酸分子引入细胞中可以使用许多已知载体中的任一种进行。此类载体包括病毒和非病毒系统，包括慢病毒和γ逆转录病毒系统，以及基于转座子的系统，如基于PiggyBac或Sleeping Beauty的基因转移系统。示例性方法包括用于转移编码受体的核酸的那些，包括通过病毒(如逆转录病毒或慢病毒)、转导、转座子和电穿孔来进行。在一些实施方案中，工程化产生经富集T细胞的一种或多种工程化组合物。
在某些实施方案中，所述经刺激T细胞的一种或多种组合物是或包括经富集T细胞的两种单独的经刺激组合物。在特定实施方案中，将经富集T细胞的两种单独组合物，例如，已从相同生物样品中选择、分离和/或富集的经富集T细胞的两种单独组合物分别工程化。在某些实施方案中，所述两种单独组合物包括经富集CD4+ T细胞的组合物。在特定实施方案中，所述两种单独组合物包括经富集CD8+ T细胞的组合物。在一些实施方案中，将经富集CD4+ T细胞和经富集CD8+ T细胞的两种单独组合物分别基因工程化。
在一些实施方案中，通过以下方式完成基因转移：首先刺激细胞，如通过将其与诱导反应(如增殖、存活和/或激活)的刺激物进行组合，例如如通过细胞因子或激活标记的表达测量的，然后转导激活的细胞，并且在培养中扩增至足以用于临床应用的数量。在某些实施方案中，通过如下方式完成基因转移：首先将细胞在刺激条件下孵育，如所述方法中的任一种。
在一些实施方案中，用于基因工程化的方法通过使组合物的一个或多个细胞与编码重组蛋白(例如，重组受体)的核酸分子接触来进行。在一些实施方案中，所述接触可以通过离心如旋转接种(例如离心接种)来实现。此类方法包括如国际公开号WO2016/073602中所述的那些方法中的任一种。示例性离心室包括由Biosafe SA生产和销售的那些，包括用于
和
2系统的那些，包括A-200/F和A-200离心室以及用于此类系统的各种试剂盒。示例性室、系统以及处理仪器和机柜描述于例如以下文献中：美国专利号6,123,655、美国专利号6,733,433和公开的美国专利申请公开号US2008/0171951，以及公开的国际专利申请公开号WO 00/38762，将其各自的内容通过引用以其整体并入本文。用于此类系统的示例性试剂盒包括但不限于由BioSafe SA以产品名CS-430.1、CS-490.1、CS-600.1或CS-900.2销售的一次性试剂盒。
在一些实施方案中，接触可以通过离心如旋转接种(例如，离心接种)来实现。在一些实施方案中，可以使含有细胞、病毒颗粒和试剂的组合物旋转，通常以相对较低的力或速度旋转，例如速度低于用于沉淀细胞的速度，例如为或为约600rpm至1700rpm(例如，为或为约或至少600rpm、1000rpm或1500rpm或1700rpm)。在一些实施方案中，旋转是以从或从约100g至3200g(例如，为或约或至少或至少约100g、200g、300g、400g、500g、1000g、1500g、2000g、2500g、3000g或3200g)的力(例如，相对离心力)来进行，如例如在室或空腔的内壁或外壁处所测量。术语“相对离心力”或RCF通常被理解为在如与旋转轴相比在空间的特定点处，相对于地球的重力，施加在物体或物质(例如细胞、样品或团粒和/或所旋转的室或其他容器中的点)上的有效力。所述值可以使用熟知的公式来确定，所述公式考虑到重力、旋转速度和旋转半径(与旋转轴的距离以及测量RCF的物体、物质或颗粒)。
在一些实施方案中，所述引入是通过使组合物的一个或多个细胞与编码重组蛋白(例如，重组受体)的核酸分子接触来进行。在一些实施方案中，所述接触可以通过离心如旋转接种(例如离心接种)来实现。此类方法包括如国际公开号WO 2016/073602中所述的那些方法中的任一种。示例性离心室包括由Biosafe SA生产和销售的那些，包括用于
和
2系统的那些，包括A-200/F和A-200离心室以及用于此类系统的各种试剂盒。示例性室、系统以及处理仪器和机柜描述于例如以下文献中：美国专利号6,123,655、美国专利号6,733,433和公开的美国专利申请公开号US 2008/0171951，以及公开的国际专利申请公开号WO 00/38762，将其各自的内容通过引用以其整体并入本文。用于此类系统的示例性试剂盒包括但不限于由BioSafe SA以产品名CS-430.1、CS-490.1、CS-600.1或CS-900.2销售的一次性试剂盒。
在一些实施方案中，将系统与其他仪器一起包括和/或置于与其他仪器相关联，所述其他仪器包括用于操作、自动化、控制和/或监测转导步骤以及在系统中执行的一个或多个各种其他处理步骤(例如，可以使用或结合如本文或在国际公开号WO 2016/073602中所述的离心室系统进行的一个或多个处理步骤)的方面的仪器。在一些实施方案中，这种仪器容纳于机柜中。在一些实施方案中，所述仪器包括机柜，所述机柜包括外壳，所述外壳含有控制电路、离心机、罩、电机、泵、传感器、显示器和用户界面。示例性装置描述于美国专利号6,123,655、美国专利号6,733,433和US 2008/0171951中。
在一些实施方案中，所述系统包含一系列容器，例如袋、管路、旋塞、夹子、连接器和离心室。在一些实施方案中，所述容器(如袋子)包括一个或多个容器(例如袋子)，其在同一容器或单独容器(例如同一袋子或单独袋子)中含有待转导的细胞和病毒载体颗粒。在一些实施方案中，所述系统进一步包括一个或多个容器(如袋)，所述容器含有介质，例如稀释剂和/或洗涤溶液，在所述方法期间将所述介质抽入室和/或其他部件中以稀释、重悬和/或洗涤组分和/或组合物。所述容器可以连接在系统中的一个或多个位置，例如连接在对应于输入管线、稀释剂管线、洗涤管线、废液管线和/或输出管线的位置。
在一些实施方案中，所述室与离心机相关联，离心机能够实现所述室的旋转，例如围绕其旋转轴旋转。结合细胞的转导和/或在一个或多个其他处理步骤中，旋转可以发生在孵育之前、期间和/或之后。因此，在一些实施方案中，各个处理步骤中的一个或多个在旋转下(例如在特定的力下)进行。所述室通常能够竖直或大致竖直地旋转，使得所述室在离心期间竖直放置，并且侧壁和轴是竖直或大致竖直的，且一个或多个端壁是水平或大致水平的。
在一些实施方案中，可以使含有细胞、载体(例如病毒颗粒)和试剂的组合物旋转，通常以相对较低的力或速度旋转，如速度低于用于沉淀细胞的速度，如从或从约600rpm至1700rpm(例如为或为约或至少600rpm、1000rpm或1500rpm或1700rpm)。在一些实施方案中，旋转是以为或为约100g至3200g(例如，为或为约或至少或至少约100g、200g、300g、400g、500g、1000g、1500g、2000g、2500g、3000g或3200g)的力(例如，相对离心力)来进行，如例如在室或空腔的内壁或外壁处所测量。术语“相对离心力”或RCF通常被理解为在如与旋转轴相比在空间的特定点处，相对于地球的重力，施加在物体或物质(例如细胞、样品或团粒和/或所旋转的室或其他容器中的点)上的有效力。所述值可以使用熟知的公式来确定，所述公式考虑到重力、旋转速度和旋转半径(与旋转轴的距离以及测量RCF的物体、物质或颗粒)。
在一些实施方案中，在基因工程的至少一部分(例如转导)期间，和/或在基因工程之后，将细胞转移到生物反应器袋组件中，用于培养经基因工程化的细胞，例如用于培育或扩增细胞。
在一些实施方案中，使用重组感染性病毒颗粒(如例如源自猿猴病毒40(SV40)、腺病毒、腺相关病毒(AAV)的载体)将重组核酸转移至细胞中。在一些实施方案中，使用重组慢病毒载体或逆转录病毒载体(如γ-逆转录病毒载体)将重组核酸转移到T细胞中(参见例如Koste等人(2014)Gene Therapy 2014年4月3日.doi:10.1038/gt.2014.25；Carlens等人(2000)Exp Hematol 28(10):1137-46；Alonso-Camino等人(2013)Mol Ther Nucl Acids2,e93；Park等人,Trends Biotechnol.2011年11月29日(11):550-557。
在一些实施方案中，所述逆转录病毒载体具有长末端重复序列(LTR)，例如源自莫洛尼鼠白血病病毒(MoMLV)、骨髓增生性肉瘤病毒(MPSV)、鼠胚胎干细胞病毒(MESV)、鼠干细胞病毒(MSCV)或脾病灶形成病毒(SFFV)的逆转录病毒载体。大多数逆转录病毒载体源自鼠逆转录病毒。在一些实施方案中，逆转录病毒包括源自任何禽类或哺乳动物细胞来源的那些。所述逆转录病毒通常是双嗜性的，这意味着它们能够感染包括人在内的若干种物种的宿主细胞。在一个实施方案中，待表达的基因替代逆转录病毒gag、pol和/或env序列。已经描述了许多例示性逆转录病毒系统(例如，美国专利号5,219,740、6,207,453、5,219,740；Miller和Rosman(1989)BioTechniques 7:980-990；Miller,A.D.(1990)Human GeneTherapy 1:5-14；Scarpa等人(1991)Virology 180:849-852；Burns等人(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:8033-8037；以及Boris-Lawrie和Temin(1993)Cur.Opin.Genet.Develop.3:102-109。
慢病毒转导的方法是已知的。示例性方法描述于例如以下文献中：Wang等人(2012)J.Immunother.35(9):689-701；Cooper等人(2003)Blood.101:1637–1644；Verhoeyen等人(2009)Methods Mol Biol.506:97-114；以及Cavalieri等人(2003)Blood.102(2):497-505。
在一些实施方案中，病毒载体颗粒含有源自基于逆转录病毒基因组的载体(例如源自基于慢病毒基因组的载体)的基因组。在所提供的病毒载体的一些方面，编码重组受体(如抗原受体，如CAR)的异源核酸被包含在和/或位于载体基因组的5'LTR与3'LTR序列之间。
在一些实施方案中，病毒载体基因组是慢病毒基因组，如HIV-1基因组或SIV基因组。例如，已经通过多次减弱毒力基因生成慢病毒载体，例如，可以使基因env、vif、vpu和nef缺失，使得载体对于治疗目的更安全。慢病毒载体是已知的。参见Naldini等人,(1996和1998)；Zufferey等人,(1997)；Dull等人,1998,美国专利号6,013,516；以及5,994,136)。在一些实施方案中，这些病毒载体是基于质粒的或基于病毒的，并且被配置为携带用于掺入外来核酸的基本序列，用于选择和用于将核酸转移到宿主细胞中。已知的慢病毒可以容易地从保管机构或保藏中心(如美国典型培养物保藏中心(“ATCC”；弗吉尼亚州马纳萨斯大学大道(University Blvd.)10801号20110-2209))获得，或者使用常用技术从已知来源分离。
慢病毒载体的非限制性例子包括源自慢病毒的那些，例如人免疫缺陷病毒1(HIV-1)、HIV-2、猿猴免疫缺陷病毒(SIV)、人嗜T淋巴细胞病毒1(HTLV-1)、HTLV-2或马感染贫血病毒(E1AV)。例如，已经通过多次减弱HIV毒力基因生成慢病毒载体，例如，使基因env、vif、vpr、vpu和nef缺失，使得载体对于治疗目的更安全。慢病毒载体是本领域已知的，参见Naldini等人,(1996和1998)；Zufferey等人,(1997)；Dull等人,1998，美国专利号6,013,516；以及5,994,136)。在一些实施方案中，这些病毒载体是基于质粒的或基于病毒的，并且被配置为携带用于掺入外来核酸的基本序列，用于选择和用于将核酸转移到宿主细胞中。已知的慢病毒可以容易地从保管机构或保藏中心(如美国典型培养物保藏中心(“ATCC”；弗吉尼亚州马纳萨斯大学大道(University Blvd.)10801号20110-2209))获得，或者使用常用技术从已知来源分离。
在一些实施方案中，病毒基因组载体可以含有逆转录病毒(例如慢病毒)的5'和3'LTR的序列。在一些方面，病毒基因组构建体可含有来自慢病毒的5'和3'LTR的序列，并且具体而言可以含有来自慢病毒的5'LTR的R和U5序列以及来自慢病毒的失活或自失活3'LTR。LTR序列可以是来自任何物种的任何慢病毒的LTR序列。例如，它们可以是来自HIV、SIV、FIV或BIV的LTR序列。通常，LTR序列是HIV LTR序列。
在一些实施方案中，病毒载体(例如HIV病毒载体)的核酸缺乏另外的转录单元。载体基因组可以含有失活或自失活的3'LTR(Zufferey等人J Virol 72：9873,1998；Miyoshi等人,J Virol 72:8150,1998)。例如，用于产生病毒载体RNA的核酸的3'LTR的U3区中的缺失可以用于产生自失活(SIN)载体。然后可以在逆转录期间将此缺失转移到原病毒DNA的5'LTR。自失活载体通常具有自3'长末端重复序列(LTR)的增强子和启动子序列缺失，所述缺失在载体整合期间被拷贝到5'LTR中。在一些实施方案中，可以消除足够的序列，包括去除TATA盒，以消除LTR的转录活性。这可以防止在经转导细胞中产生全长载体RNA。在一些方面，3'LTR的U3元件含有其增强子序列、TATA盒、Sp1和NF-κB位点的缺失。由于自失活3'LTR，在进入和逆转录之后产生的原病毒含有失活的5'LTR。这可以通过降低动员载体基因组的风险和LTR对附近细胞启动子的影响来提高安全性。可以通过本领域已知的任何方法来构建自失活3'LTR。在一些实施方案中，这不会影响载体滴度或载体的体外或体内特性。
任选地，来自慢病毒5'LTR的U3序列可以在病毒构建体中用启动子序列(如异源启动子序列)替代。这可以增加从包装细胞系中回收的病毒的滴度。还可以包括增强子序列。可以使用增加病毒RNA基因组在包装细胞系中的表达的任何增强子/启动子组合。在一个例子中，使用CMV增强子/启动子序列(美国专利号5,385,839和美国专利号5,168,062)。
在某些实施方案中，可以通过将逆转录病毒载体基因组(例如慢病毒载体基因组)构建为整合缺陷性来使插入诱变的风险降至最低。可以采用多种途径来产生非整合型载体基因组。在一些实施方案中，可以将一种或多种突变工程化至pol基因的整合酶组分中，使得其编码具有无活性整合酶的蛋白质。在一些实施方案中，可以修饰载体基因组本身以通过例如使一个或两个附接位点突变或缺失来防止整合，或者通过缺失或修饰使3'LTR近端多嘌呤束(PPT)没有功能。在一些实施方案中，可以使用非遗传途径；这些途径包括抑制整合酶的一种或多种功能的药理学药剂。这些方法并不相互排斥；也就是说，可以一次使用多于一种所述方法。例如，整合酶和附接位点两者可以都没有功能，或者整合酶和PPT位点可以没有功能，或者附接位点和PPT位点可以没有功能，或者它们全部都可以没有功能。此类方法和病毒载体基因组是已知的并且是可获得的(参见Philpott和Thrasher,Human GeneTherapy 18:483,2007；Engelman等人J Virol 69:2729,1995；Brown等人J Virol 73:9011(1999)；WO 2009/076524；McWilliams等人,J Virol 77:11150,2003；Powell和Levin JVirol 70:5288,1996)。
在一些实施方案中，载体含有用于在宿主细胞(例如原核宿主细胞)中繁殖的序列。在一些实施方案中，病毒载体的核酸含有用于在原核细胞(如细菌细胞)中繁殖的一个或多个复制起点。在一些实施方案中，包括原核复制起点的载体还可以含有这样的基因，其表达赋予可检测或可选择标记，如抗药性。
所述病毒载体基因组通常以质粒形式构建，其可以转染到包装细胞系或生产细胞系中。可以使用多种已知方法中的任何一种来产生逆转录病毒颗粒，其基因组含有病毒载体基因组的RNA拷贝。在一些实施方案中，至少两种组分参与制备基于病毒的基因递送系统：第一，包装质粒，包括结构蛋白以及产生病毒载体颗粒所必需的酶，第二，病毒载体本身，即，要转移的遗传物质。可以在设计这些组分之一或两者时引入生物安全保护措施。
在一些实施方案中，包装质粒可以含有除了包膜蛋白以外的所有逆转录病毒(如HIV-1)蛋白(Naldini等人，1998)。在其他实施方案中，病毒载体可能缺乏另外的病毒基因(例如与毒力有关的那些，例如vpr、vif、vpu和nef和/或Tat(HIV的主要反式激活因子))。在一些实施方案中，慢病毒载体(例如基于HIV的慢病毒载体)仅包含三种亲本病毒的基因：gag、pol和rev，这减少或消除了野生型病毒通过重组而重构的可能性。
在一些实施方案中，将病毒载体基因组引入包装细胞系中，所述细胞系含有将从病毒载体基因组转录的病毒基因组RNA包装至病毒颗粒中所需的所有组分。可替代地，除了所述一种或多种目的序列(例如重组核酸)以外，病毒载体基因组可包含一种或多种编码病毒组分的基因。然而，在一些方面，为了防止基因组在靶细胞中复制，将复制所需的内源病毒基因去除，并且在包装细胞系中单独提供。
在一些实施方案中，用含有产生颗粒所必需的组分的一种或多种质粒载体转染包装细胞系。在一些实施方案中，用含有病毒载体基因组(包括LTR、顺式作用包装序列和目标序列，即编码抗原受体(例如CAR)的核酸)的质粒；以及编码病毒酶和/或结构组分(例如Gag、pol和/或rev)的一种或多种辅助质粒转染包装细胞系。在一些实施方案中，利用多种载体分离产生逆转录病毒载体颗粒的各种遗传组分。在一些此类实施方案中，向包装细胞提供单独的载体减少了重组事件的可能性，否则可能产生有复制能力的病毒。在一些实施方案中，可以使用具有所有逆转录病毒组分的单个质粒载体。
在一些实施方案中，将逆转录病毒载体颗粒(例如慢病毒载体颗粒)假型化以增加宿主细胞的转导效率。例如，在一些实施方案中，将逆转录病毒载体颗粒(例如慢病毒载体颗粒)用VSV-G糖蛋白假型化，其提供宽细胞宿主范围，从而扩展可以转导的细胞类型。在一些实施方案中，用编码非天然包膜糖蛋白的质粒或多核苷酸转染包装细胞系，以例如包括嗜异性、多嗜性或双嗜性包膜，如辛德比斯病毒包膜、GALV或VSV-G。
在一些实施方案中，包装细胞系提供将病毒基因组RNA包装至慢病毒载体颗粒中反式作用所需的组分，包括病毒调节蛋白和结构蛋白。在一些实施方案中，包装细胞系可以是能够表达慢病毒蛋白并产生功能性慢病毒载体颗粒的任何细胞系。在一些方面，合适的包装细胞系包括293(ATCC CCL X)、293T、HeLA(ATCC CCL 2)、D17(ATCC CCL 183)、MDCK(ATCC CCL 34)、BHK(ATCC CCL-10)和Cf2Th(ATCC CRL 1430)细胞。
在一些实施方案中，包装细胞系稳定地表达一种或多种病毒蛋白质。例如，在一些方面，可以构建含有gag、pol、rev和/或其他结构基因但没有LTR和包装组分的包装细胞系。在一些实施方案中，可以用编码一种或多种病毒蛋白的核酸分子以及含有编码异源蛋白的核酸分子的病毒载体基因组和/或编码包膜糖蛋白的核酸对包装细胞系进行瞬时转染。
在一些实施方案中，将病毒载体和包装质粒和/或辅助质粒通过转染或感染引入包装细胞系中。包装细胞系产生含有病毒载体基因组的病毒载体颗粒。用于转染或感染的方法是熟知的。非限制性例子包括磷酸钙、DEAE-葡聚糖和脂质转染方法、电穿孔和显微注射。
在将重组质粒和逆转录病毒LTR和包装序列引入特殊细胞系(例如，通过磷酸钙沉淀)中时，包装序列可以允许待包装至病毒颗粒中的重组质粒的RNA转录，然后所述病毒颗粒可能会被分泌到培养基中。在一些实施方案中，随后收集含有重组逆转录病毒的培养基，任选地将其浓缩，并用于基因转移。例如，在一些方面，在将包装质粒和转移载体共转染至包装细胞系后，从培养基回收病毒载体颗粒，并通过本领域技术人员使用的标准方法进行滴定。
在一些实施方案中，可以通过引入质粒以允许产生慢病毒颗粒，而在包装细胞系(例如示例性HEK 293T细胞系)中产生逆转录病毒载体，例如慢病毒载体。在一些实施方案中，包装细胞被转染和/或含有编码gag和pol的多核苷酸，以及编码重组受体(例如抗原受体，例如CAR)的多核苷酸。在一些实施方案中，包装细胞系被任选地和/或另外用编码rev蛋白的多核苷酸转染和/或含有所述多核苷酸。在一些实施方案中，包装细胞系被任选地和/或另外用编码非天然包膜糖蛋白(例如VSV-G)的多核苷酸转染和/或含有所述多核苷酸。在一些此类实施方案中，在转染细胞(例如，HEK 293T细胞)后大约两天，细胞上清液含有重组慢病毒载体，可以回收并滴定所述重组慢病毒载体。
所回收和/或产生的逆转录病毒载体颗粒可以用于使用如所述的方法转导靶细胞。一旦进入靶细胞中，病毒RNA就被逆转录，进入细胞核中并稳定整合到宿主基因组中。在病毒RNA整合后一天或两天，可以检测到重组蛋白(例如抗原受体，例如CAR)的表达。
在一些实施方案中，所提供的方法涉及通过使包含多个细胞的细胞组合物与病毒颗粒接触(例如孵育)来转导细胞的方法。在一些实施方案中，待转染或转导的细胞是或包含从受试者获得的原代细胞，例如从受试者富集和/或选择的细胞。
在一些实施方案中，组合物中的待转导的细胞的浓度为从或从约1.0x105个细胞/mL至1.0x108个细胞/mL，如至少或约至少或约1.0x105个细胞/mL、5x105个细胞/mL、1x106个细胞/mL、5x106个细胞/mL、1x107个细胞/mL、5x107个细胞/mL或1x108个细胞/mL。
在一些实施方案中，病毒颗粒是以病毒载体颗粒拷贝或其感染单位(IU)与待转导的细胞总数的某一比率(IU/细胞)来提供。例如，在一些实施方案中，病毒颗粒在接触期间是以为或约或至少为或至少约每个细胞0.5、1、2、3、4、5、10、15、20、30、40、50或60IU的病毒载体颗粒存在。
在一些实施方案中，病毒载体颗粒的滴度在或在约1x106IU/mL与1x108IU/mL之间，如在或在约5x106IU/mL与5x107IU/mL之间，如至少6x106IU/mL、7x106IU/mL、8x106IU/mL、9x106IU/mL、1x107IU/mL、2x107IU/mL、3x107IU/mL、4x107IU/mL或5x107IU/mL。
在一些实施方案中，可以按小于100(如通常小于60、50、40、30、20、10、5或更小)的感染复数(MOI)来实现转导。
在一些实施方案中，所述方法涉及使细胞与病毒颗粒接触或孵育。在一些实施方案中，接触进行30分钟至72小时，例如30分钟至48小时、30分钟至24小时或1小时至24小时，例如至少或约至少30分钟、1小时、2小时、6小时、12小时、24小时、36小时或更长时间。
在一些实施方案中，接触是在溶液中进行。在一些实施方案中，使细胞和病毒颗粒以如下体积接触：从或从约0.5mL至500mL，如从或从约0.5mL至200mL、0.5mL至100mL、0.5mL至50mL、0.5mL至10mL、0.5mL至5mL、5mL至500mL、5mL至200mL、5mL至100mL、5mL至50mL、5mL至10mL、10mL至500mL、10mL至200mL、10mL至100mL、10mL至50mL、50mL至500mL、50mL至200mL、50mL至100mL、100mL至500mL、100mL至200mL或200mL至500mL。
在某些实施方案中，用包含结合分子的颗粒对输入细胞进行处理、孵育或接触，所述结合分子结合至或识别由病毒DNA编码的重组受体。
在一些实施方案中，细胞与病毒载体颗粒的孵育导致或产生包含用病毒载体颗粒转导的细胞的输出组合物。
在一些实施方案中，通过电穿孔将重组核酸转移到T细胞中(参见例如Chicaybam等人,(2013)PLoS ONE 8(3):e60298；和Van Tedeloo等人(2000)Gene Therapy7(16):1431-1437)。在一些实施方案中，通过转座将重组核酸转移到T细胞中(参见例如Manuri等人(2010)Hum Gene Ther 21(4):427-437；Sharma等人(2013)Molec Ther Nucl Acids 2,e74；以及Huang等人(2009)Methods Mol Biol 506:115-126)。在免疫细胞中引入和表达遗传物质的其他方法包括磷酸钙转染(例如，如在Current Protocols in MolecularBiology,John Wiley&Sons,New York.N.Y.中所述)、原生质体融合、阳离子脂质体介导的转染；钨粒子促进的微粒轰击(Johnston,Nature,346:776-777(1990))；以及磷酸锶DNA共沉淀(Brash等人,Mol.Cell Biol.,7:2031-2034(1987))。
用于转移编码所述重组产物的核酸的其他方法和载体是例如在国际专利申请公开号WO 2014055668和美国专利号7,446,190中所述的那些。
在一些实施方案中，细胞(例如，T细胞)可以在扩增期间或之后例如用T细胞受体(TCR)或嵌合抗原受体(CAR)进行转染。例如，这种用于引入所需受体的基因的转染可以用任何合适的逆转录病毒载体进行。然后可以使基因修饰的细胞群摆脱初始刺激物(例如，抗CD3/抗CD28刺激物)，随后用第二类型的刺激物例如通过从头引入的受体进行刺激。所述第二种类型的刺激物可以包括肽/MHC分子形式的抗原刺激物、遗传引入的受体的同源(交联)配体(例如CAR的天然配体)或在新受体的框架内直接结合(例如通过识别受体内的恒定区)的任何配体(如抗体)。参见例如，Cheadle等人,“Chimeric antigen receptors for T-cell based therapy”Methods Mol Biol.2012；907:645-66或Barrett等人,ChimericAntigen Receptor Therapy for Cancer Annual Review of Medicine第65卷:333-347(2014)。
在一些情况下，可以使用不需要激活细胞(例如，T细胞)的载体。在一些此类情形中，可以在激活之前选择和/或转导细胞。因此，可以在培养细胞之前或之后将细胞工程化，并且在一些情况下在培养的同一时间或至少一部分期间将细胞工程化。
另外的核酸(例如，用于引入的基因)包括：用于改进治疗功效的那些，如通过促进所转移细胞的活力和/或功能；用于提供用于选择和/或评价细胞(如用于评估体内存活或定位)的遗传标记的基因；用于改进安全性的基因，例如通过使细胞在体内对阴性选择易感，如以下文献中所述：Lupton S.D.等人,Mol.and Cell Biol.,11:6(1991)和Riddell等人,Human Gene Therapy 3:319-338(1992)；还参见Lupton等人的PCT/US91/08442和PCT/US94/05601的出版物，其描述了使用由将显性阳性选择性标记与阴性选择性标记融合而得到的双功能选择性融合基因。参见例如，Riddell等人,美国专利号6,040,177,第14-17栏。
D.工程化细胞的培育、扩增和配制
在一些实施方案中，用于产生例如用于根据所提供的方法、用途、制品或组合物中的任一种的细胞疗法的工程化细胞的方法包括用于培育细胞(例如，在促进增殖和/或扩增的条件下培育细胞)的一个或多个步骤。在一些实施方案中，在基因工程化的步骤(例如通过转导或转染将重组多肽引入细胞)之后，在促进增殖和/或扩增的条件下培育细胞。在特定实施方案中，在刺激条件下孵育细胞并用重组多核苷酸(例如编码重组受体的多核苷酸)转导或转染细胞之后培育细胞。因此，在一些实施方案中，将已通过用编码CAR的重组多核苷酸转导或转染工程化的CAR阳性T细胞的组合物在促进增殖和/或扩增的条件下培育。
在某些实施方案中，工程化T细胞的一种或多种组合物是或包括经富集T细胞的两种单独组合物，如已用编码重组受体(例如CAR)的多核苷酸工程化的经富集T细胞的两种单独组合物。在特定实施方案中，将经富集T细胞的两种单独组合物，例如，从相同生物样品中选择、分离和/或富集的经富集T细胞的两种单独组合物分别在刺激条件下培育，如在基因工程化(例如通过转导或转染将重组多肽引入细胞)的步骤之后。在某些实施方案中，所述两种单独组合物包括经富集CD4+ T细胞的组合物，如已用编码重组受体(例如CAR)的多核苷酸工程化的经富集CD4+ T细胞的组合物。在特定实施方案中，所述两种单独组合物包括经富集CD8+ T细胞的组合物，如已用编码重组受体(例如CAR)的多核苷酸工程化的经富集CD4+ T细胞的组合物。在一些实施方案中，将经富集CD4+ T细胞和经富集CD8+ T细胞的两种单独组合物，如已各自用编码重组受体(例如CAR)的多核苷酸分别工程化的经富集CD4+T细胞的组合物和经富集CD8+ T细胞的组合物例如在促进增殖和/或扩增的条件下分别培育。
在一些实施方案中，培育是在促进增殖和/或扩增的条件下进行的。在一些实施方案中，此类条件可以经设计以诱导群体中的细胞的增殖、扩增、激活和/或存活。在特定实施方案中，刺激条件可以包括以下中的一种或多种：特定培养基、温度、氧含量、二氧化碳含量、时间、药剂(例如，营养素、氨基酸、抗生素、离子和/或刺激因子(如细胞因子、趋化因子、抗原、结合配偶体、融合蛋白、重组可溶性受体和任何其他被设计成促进细胞的生长、分裂和/或扩增的药剂))。
在特定实施方案中，在一种或多种细胞因子存在下培育所述细胞。在特定实施方案中，所述一种或多种细胞因子是重组细胞因子。在一些实施方案中，所述一种或多种细胞因子是人重组细胞因子。在某些实施方案中，所述一种或多种细胞因子结合和/或能够结合由T细胞表达的和/或对T细胞而言内源的受体。在特定实施方案中，所述一种或多种细胞因子(例如重组细胞因子)是或包括细胞因子的4-α-螺旋束家族的成员。在一些实施方案中，细胞因子的4-α-螺旋束家族的成员包括但不限于白介素2(IL-2)、白介素4(IL-4)、白介素7(IL-7)、白介素9(IL-9)、白介素12(IL-12)、白介素15(IL-15)、粒细胞集落刺激因子(G-CSF)和粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)。在一些实施方案中，所述一种或多种重组细胞因子包括IL-2、IL-7和/或IL-15。在一些实施方案中，在存在如下浓度的细胞因子(例如，重组人细胞因子)的情况下培育所述细胞(例如，工程化细胞)：在1IU/mL与2,000IU/mL之间、在10IU/mL与100IU/mL之间、在50IU/mL与200IU/mL之间、在100IU/mL与500IU/mL之间、在100IU/mL与1,000IU/mL之间、在500IU/mL与2,000IU/mL之间或在100IU/mL与1,500IU/mL之间。
在一些实施方案中，培育是在如下条件下进行，所述条件通常包括适合于原代免疫细胞(如人T淋巴细胞)生长的温度，例如至少约25摄氏度，通常为至少约30摄氏度，并且通常为或为约37摄氏度。在一些实施方案中，所述经富集T细胞的组合物在25℃至38℃，如30℃至37℃，例如为或约37℃±2℃的温度下孵育。在一些实施方案中，将孵育进行一段时间直至培养(例如培育或扩增)产生所希望的或阈值密度、数量或剂量的细胞。在一些实施方案中，所述孵育是大于或大于约或持续约或24小时、48小时、72小时、96小时、5天、6天、7天、8天、9天或更长时间。
在特定实施方案中，在封闭系统中进行培育。在某些实施方案中，在无菌条件下在封闭系统中进行培育。在特定实施方案中，在与所提供系统的一个或多个步骤相同的封闭系统中进行培育。在一些实施方案中，将经富集T细胞的组合物从封闭系统中去除并且置于用于培育的生物反应器中和/或与其连接。合适的用于培育的生物反应器的例子包括但不限于GE XuriTMW25、GE XuriTMW5、Sartorius
RM 20|50、Finesse SmartRockerTM生物反应器系统和Pall XRS生物反应器系统。在一些实施方案中，生物反应器用于在培育步骤的至少一部分期间灌注和/或混合细胞。
在一些实施方案中，混合是或包括摇摆和/或运动。在一些情况下，生物反应器可以经受运动或摇摆，其在一些方面可以增加氧气传递。使生物反应器运动可以包括但不限于沿着水平轴线旋转、沿着竖直轴线旋转、沿着生物反应器的倾斜(tilted或inclined)的水平轴线的摇摆运动、或其任何组合。在一些实施方案中，在摇摆的情况下进行孵育的至少一部分。可以调节摇摆速度和摇摆角度以实现所希望的搅动。在一些实施方案中，摇摆角度为20°、19°、18°、17°、16°、15°、14°、13°、12°、11°、10°、9°、8°、7°、6°、5°、4°、3°、2°或1°。在某些实施方案中，摇摆角度在6-16°之间。在其他实施方案中，摇摆角度在7-16°之间。在其他实施方案中，摇摆角度在8-12°之间。在一些实施方案中，摇摆速率为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40rpm。在一些实施方案中，摇摆速率在4rpm与12rpm之间，例如在4rpm与6rpm之间并包含端值。
在一些实施方案中，使生物反应器保持等于或接近37℃的温度和等于或接近5％的CO2水平，具有如下稳定空气流量：为、为约或至少0.01L/min、0.05L/min、0.1L/min、0.2L/min、0.3L/min、0.4L/min、0.5L/min、1.0L/min、1.5L/min、或2.0L/min或大于2.0L/min。在某些实施方案中，在灌注的情况下，如以290ml/天、580ml/天和/或1160ml/天的速率(例如，这取决于与培育起始相关的时间安排和/或经培育细胞的密度)进行培育的至少一部分。在一些实施方案中，在摇摆运动(如以在5°与10°之间(如6°)的角度，以恒定摇摆速度(如在5RPM与15RPM之间(如6RMP或10RPM)的速度))的情况下进行细胞培养物扩增的至少一部分。
在一些实施方案中，用于制造、生成或产生根据所提供的方法、用途或制品的细胞疗法和/或工程化细胞的方法可以包括在孵育、工程化和培育之前或之后配制细胞(如配制由处理步骤产生的基因工程化细胞)和/或一个或多个如所述的其他处理步骤。在一些实施方案中，一个或多个加工步骤(包括配制细胞)可以在封闭系统中进行。在一些情况下，将细胞在用于制造、生成或产生细胞疗法和/或工程化细胞的一个或多个步骤(例如在离心室和/或封闭系统中进行)中加工可以包括在培养(例如培育和扩增)和/或一个或多个如所述的其他加工步骤之前或之后配制细胞，如配制由转导加工步骤产生的基因工程化细胞。在一些实施方案中，将基因工程化细胞作为单位剂型组合物配制，所述单位剂型组合物包括用于以给定剂量或其部分施用的细胞数量。
在一些实施方案中，提供包含用重组抗原受体(例如，CAR或TCR)工程化的细胞的所述剂量的细胞作为组合物或配制品，如药物组合物或配制品。这种组合物可以根据所提供的方法如在治疗疾病、病症和障碍，或在检测、诊断和预后方法、以及用途和制品中使用。在一些情况下，可以以用于剂量施用(如用于单一单位剂量施用或多剂量施用)的量配制细胞。
在一些实施方案中，可以将细胞配制到容器(如袋或小瓶)中。在一些实施方案中，小瓶可以是输注小瓶。在一些实施方案中，使小瓶配制为具有所述工程化细胞的单一单位剂量，所述单一单位剂量如包括用于以给定剂量或其部分施用的细胞数量。
在一些实施方案中，将细胞配制在药学上可接受的缓冲液中，所述药学上可接受的缓冲液在一些方面可以包括药学上可接受的载体或赋形剂。在一些实施方案中，处理包括将介质交换成药学上可接受的或施用于受试者所需的介质或配制缓冲液。在一些实施方案中，处理步骤可以涉及洗涤转导的和/或扩增的细胞以替代药学上可接受的缓冲液中的细胞，所述药学上可接受的缓冲液可以包括一种或多种任选的药学上可接受的载体或赋形剂。包括药学上可接受的载体或赋形剂的此类药物形式的例子可以是下文与将细胞和组合物施用于受试者可接受的形式结合描述的任何形式。在一些实施方案中，药物组合物以有效治疗或预防疾病或病症的量(如治疗有效量或预防有效量)含有细胞。
在一些实施方案中，配制缓冲液含有冷冻保存剂。在一些实施方案中，用冷冻保存剂溶液配制细胞，所述冷冻保存剂溶液含有1.0％至30％的DMSO溶液，如5％至20％的DMSO溶液或5％至10％的DMSO溶液。在一些实施方案中，冷冻保存剂溶液是或含有例如含有20％DMSO和8％人血清白蛋白(HSA)的PBS、或其他合适的细胞冷冻介质。在一些实施方案中，冷冻保存剂溶液是或含有例如至少或约7.5％DMSO。在一些实施方案中，加工步骤可以涉及洗涤经转导的和/或扩增的细胞以交换在冷冻保存剂溶液中的细胞。在一些实施方案中，将所述细胞冷冻，例如冷冻保护或冷冻保存在介质和/或溶液中，所述介质和/或溶液具有最终浓度为或为约12.5％、12.0％、11.5％、11.0％、10.5％、10.0％、9.5％、9.0％、8.5％、8.0％、7.5％、7.0％、6.5％、6.0％、5.5％或5.0％的DMSO，或在1％与15％之间、在6％与12％之间、在5％与10％之间、或在6％与8％之间的DMSO。在特定实施方案中，将所述细胞在介质和/或溶液中冷冻(例如，冷冻保护或冷冻保存)，所述介质和/或溶液具有最终浓度为或为约5.0％、4.5％、4.0％、3.5％、3.0％、2.5％、2.0％、1.5％、1.25％、1.0％、0.75％、0.5％、或0.25％的HSA，或者在0.1％与5％之间、在0.25％与4％之间、在0.5％与2％之间、或在1％与2％之间的HSA。
在一些实施方案中，使用一个或多个处理步骤进行配制，所述步骤包括洗涤、稀释或浓缩细胞，如培养或扩增的细胞。在一些实施方案中，处理可以包括将细胞稀释或浓缩至所需浓度或数量，如包括用于以给定剂量或其部分用的细胞数量的单位剂型组合物。在一些实施方案中，处理步骤可以包括减小体积，从而根据需要增加细胞的浓度。在一些实施方案中，处理步骤可以包括增加体积，从而根据需要减小细胞的浓度。在一些实施方案中，处理包括向转导的和/或扩增的细胞添加一定体积的配制缓冲液。在一些实施方案中，配制缓冲液的体积是从或从约10mL至1000mL，如至少或至少约或约或50mL、100mL、200mL、300mL、400mL、500mL、600mL、700mL、800mL、900mL或1000mL。
在一些实施方案中，用于配制细胞组合物的此类处理步骤在封闭系统中进行。此类处理步骤的例子可以使用与跟细胞处理系统相关的一个或多个系统或套件结合的离心室(例如由Biosafe SA生产和出售的离心室，包括用于与
或
细胞处理系统一起使用的那些)来进行。在国际公开号WO 2016/073602中描述了示例性系统和过程。在一些实施方案中，所述方法涉及：实现自离心室的内部空腔输送经配制组合物，所述经配制组合物是在如所述的任何以上实施方案中，在配制缓冲液(如药学上可接受的缓冲液)中配制的所得细胞组合物。在一些实施方案中，将经配制组合物输送至作为封闭系统的一部分与离心室可操作地连接的容器(如本文所述的生物医学材料器皿的小瓶)。在一些实施方案中，所述生物医学材料器皿被配置用于整合至和或可操作连接至并且/或者被整合至或可操作地连接至进行一个或多个处理步骤的封闭系统或装置。在一些实施方案中，所述生物医学材料器皿在输出管线或输出位置处连接至系统。在一些情况下，所述封闭系统在入口管处连接至生物医学材料器皿的小瓶。与本文所述的生物医学材料器皿一起使用的示例性封闭系统包括
和
2系统。
在一些实施方案中，如与离心室或细胞处理系统相关联的封闭系统包括多端口输出试剂盒，所述试剂盒含有在管线各末端与端口相关联的多路管歧管，所述端口可以连接至一个或多个容器以供经配制组合物输送。在一些方面，所需数量或多个小瓶可以无菌连接至多端口输出中的一个或多个，通常两个或更多个，如至少3、4、5、6、7、8个或更多个端口。例如，在一些实施方案中，一个或多个容器(例如生物医学材料器皿)可以附接至所述端口或少于全部的所述端口。因此，在一些实施方案中，所述系统可以实现将输出组合物输送至生物医学材料器皿的多个小瓶中。
在一些方面，可以将细胞以用于剂量施用(如用于单一单位剂量施用或多剂量施用)的量输送至多个输出容器(例如，小瓶)中的一个或多个。例如，在一些实施方案中，小瓶可以各自含有以给定剂量或其部分施用的细胞数量。因此，在一些方面，每个小瓶可以含有用于施用的单一单位剂量，或者可以含有所需剂量的一部分，使得多个小瓶中的多于一个，如两个小瓶或3个小瓶一起构成用于施用的剂量。在一些实施方案中，4个小瓶一起构成施用剂量。
因此，所述容器(例如袋或小瓶)通常含有待施用的细胞，例如，其一个或多个单位剂量。单位剂量可以是要施用于受试者的细胞的量或数量，或者是要施用的细胞的数量的两倍(或更多数量)。它可以是要施用于受试者的细胞的最低剂量或最低可能剂量。在一些方面，所提供的制品包括所述多个输出容器中的一个或多个。
在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)单独地包含单位剂量的细胞。因此，在一些实施方案中，每个容器包含相同或大致或基本相同数量的细胞。在一些实施方案中，每个单位剂量含有为或约或至少或至少约1x106、2x106、5x106、1x107、5x107或1x108个工程化细胞、总细胞、T细胞或PBMC。在一些实施方案中，每个单位剂量含有为或约或至少或至少约1x106、2x106、5x106、1x107、5x107或1x108个为CD3+(如CD4+或CD8+)的CAR+ T细胞或其活子集。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积是在为或约10mL与为或约100mL之间，如为或约或至少或至少约20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mL或100mL。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积是在为或约1mL与为或约10mL之间，如在为或约1mL与为或约5mL之间。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积是在为或约4mL与为或约5mL之间。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积为或为约4.4mL。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积为或为约4.5mL。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积为或为约4.6mL。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积为或为约4.7mL。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积为或为约4.8mL。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积为或为约4.9mL。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积为或为约5.0mL。
在一些实施方案中，所配制的细胞组合物的浓度为大于或大于约0.5x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约1.0x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约1.5x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约2.0x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约2.5x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约2.6x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约2.7x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约2.8x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约2.9x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约3.0x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约3.5x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约4.0x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约4.5x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL或大于或大于约5x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL。在一些实施方案中，CD3+细胞是CD4+ T细胞。在一些实施方案中，CD3+细胞是CD8+ T细胞。在一些实施方案中，CD3+ T细胞是CD4+和CD8+ T细胞。
在一些实施方案中，容器(例如袋或小瓶)中的细胞可以是冷冻保存的。在一些实施方案中，容器(例如小瓶)可以储存在液氮中，直到进一步使用。
在一些实施方案中，例如根据本文所述的方法、用途和制品，将通过所述方法产生的此类细胞或包含此类细胞的组合物施用于受试者以治疗疾病或病症。
VI.组合物和配制品
在一些实施方案中，提供包含用重组抗原受体(例如，CAR或TCR)工程化的细胞的所述剂量的细胞作为组合物或配制品，如药物组合物或配制品。示例性组合物和配制品如上所述，包括与对细胞进行工程化的方法相结合产生的那些。此类组合物可以根据所提供的方法或用途和/或用所提供制品或组合物来使用，如用于预防或治疗疾病、病症和障碍，或用于检测、诊断和预后方法。
术语“药物配制品”是指这样的制剂，其处于使得其中所含活性成分的生物活性有效的形式，并且不含对施用配制品的受试者具有不可接受的毒性的另外的组分。
“药学上可接受的载体”是指药物配制品中除了活性成分之外对受试者无毒的成分。药学上可接受的载体包括但不限于缓冲液、赋形剂、稳定剂或防腐剂。
在一些方面，载体的选择部分地由特定细胞或药剂和/或通过施用方法确定。因此，存在多种合适的配制品。例如，所述药物组合物可以含有防腐剂。合适的防腐剂可以包括例如对羟基苯甲酸甲酯、对羟基苯甲酸丙酯、苯甲酸钠和苯扎氯铵。在一些方面，使用两种或更多种防腐剂的混合物。所述防腐剂或其混合物通常以按总组合物的重量计约0.0001％至约2％的量存在。载体描述于例如Remington’sPharmaceuticalSciences第16版,Osol,A.编辑(1980)。药学上可接受的载体在所用剂量和浓度下通常对接受者无毒，并且包括但不限于：缓冲液，如磷酸盐、柠檬酸盐和其他有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(如十八烷基二甲基苄基氯化铵；六甲氯铵；苯扎氯铵；苄索氯铵；苯酚、丁醇或苄醇；烷基对羟基苯甲酸酯，如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯；儿茶酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，如EDTA；糖类，如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；成盐抗衡离子，如钠；金属络合物(例如锌-蛋白质络合物)；和/或非离子表面活性剂，如聚乙二醇(PEG)。
在一些方面，在所述组合物中包括缓冲剂。合适的缓冲剂包括例如柠檬酸、柠檬酸钠、磷酸、磷酸钾和各种其他酸和盐。在一些方面，使用两种或更多种缓冲剂的混合物。所述缓冲剂或其混合物通常以按总组合物的重量计约0.001％至约4％的量存在。用于制备可施用的药物组合物的方法是已知的。示例性方法更详细地描述于例如Remington:TheScience and Practice of Pharmacy,Lippincott Williams&Wilkins；21st ed.(2005年5月1日)中。
配制品或组合物还可含有多于一种活性成分，其可用于用细胞或药剂预防或治疗的特定适应症、疾病或病症，其中各自的活性不会相互产生不利影响。此类活性成分以有效用于既定目的的量以合适的方式组合存在。因此，在一些实施方案中，药物组合物进一步包含其他药物活性剂或药物如化学治疗剂，例如天冬酰胺酶、白消安、卡铂、顺铂、柔红霉素、多柔比星、氟尿嘧啶、吉西他滨、羟基脲、甲氨蝶呤、紫杉醇、利妥昔单抗、长春碱、长春新碱等。在一些实施方案中，所述药剂或细胞以盐(例如药学上可接受的盐)的形式施用。合适的药学上可接受的酸加成盐包括源自无机酸(如盐酸、氢溴酸、磷酸、偏磷酸，硝酸和硫酸)和有机酸(如酒石酸、乙酸、柠檬酸、苹果酸、乳酸、富马酸、苯甲酸、乙醇酸、葡萄糖酸、琥珀酸和芳基磺酸，例如对甲苯磺酸)的那些盐。
在一些实施方案中，药物组合物含有有效治疗或预防疾病或病症的量(如治疗有效量或预防有效量)的药剂或细胞。在一些实施方案中，通过定期评估所治疗的受试者来监测治疗或预防功效。对于数天或更长时间的重复施用，取决于病症，重复所述治疗直至出现所需疾病症状的抑制。然而，其他剂量方案可能是有用的并且可以被确定。所需剂量可以通过单次推注施用所述组合物、通过多次推注施用所述组合物或通过连续输注施用所述组合物来递送。
所述药剂或细胞可以通过任何合适的方式施用，例如通过推注输注，通过注射例如静脉内或皮下注射、眼内注射、眼周注射、视网膜下注射、玻璃体内注射、经中隔注射、巩膜下注射、脉络膜内注射、前房注射、结膜下(subconjectval)注射、结膜下(subconjuntival)注射、眼球筋膜囊下(sub-Tenon)注射、球后注射、球周注射或后近巩膜(posterior juxtascleral)递送。在一些实施方案中，将它们通过肠胃外、肺内和鼻内以及(如果需要用于局部治疗的话)病灶内施用来施用。肠胃外输注包括肌内、静脉内、动脉内、腹膜内或皮下施用。在一些实施方案中，给定剂量通过细胞或药剂的单次推注给药来施用。在一些实施方案中，其是通过例如在不超过3天的时间段内对细胞或药剂的多次推注施用或通过细胞或药剂的连续输注施用来施用。
对于疾病的预防或治疗，适当的剂量可以取决于待治疗的疾病类型、一种或多种药剂的类型、细胞或重组受体的类型、疾病的严重程度和病程、施用药剂或细胞是用于预防目的还是治疗目的、先前疗法、受试者的临床病史和对药剂或细胞的反应以及主治医师的决断。在一些实施方案中，所述组合物适合一次或在一系列治疗中施用于受试者。
可以使用标准施用技术、配制品和/或设备施用细胞或药剂。提供了用于储存和施用所述组合物的配制品和装置(如注射器和小瓶)。关于细胞，施用可以是自体的或异源的。例如，免疫应答细胞或祖细胞可以获得自一名受试者，并且施用于同一受试者或不同的相容受试者。外周血衍生的免疫应答细胞或其后代(例如，体内、离体或体外衍生的)可以经由局部注射施用，包括导管施用、全身注射、局部注射、静脉内注射或肠胃外施用。当施用治疗性组合物(例如，含有基因修饰的免疫反应性细胞或治疗或改善神经毒性症状的药剂的药物组合物)时，通常将其配制成单位剂量可注射形式(溶液、悬浮液、乳液)。
配制品包括用于口服、静脉内、腹膜内、皮下、经肺、透皮、肌内、鼻内、经颊、舌下或栓剂施用的那些。在一些实施方案中，肠胃外施用药剂或细胞群。如本文所用术语“肠胃外”包括静脉内、肌内、皮下、直肠、阴道和腹膜内施用。在一些实施方案中，使用通过静脉内、腹膜内或皮下注射的外周全身递送向受试者施用药剂或细胞群。
在一些实施方案中，组合物作为无菌液体制剂提供，例如等渗水溶液、悬浮液、乳液、分散体或粘性组合物，其在一些方面可以缓冲至选择的pH。液体制剂一般比凝胶、其他粘性组合物和固体组合物制备起来更容易。另外地，液体组合物稍微更方便施用，特别是通过注射。在另一方面，粘性组合物可以配制在适当的粘度范围内，以提供与特定组织的更长的接触时间。液体或粘性组合物可以包含载体，其可以是溶剂或分散介质，其含有例如水、盐水、磷酸盐缓冲盐水、多元醇(例如，甘油、丙二醇、液体聚乙二醇)及其合适的混合物。
无菌可注射溶液可以通过以下方式来制备：将所述药剂或细胞掺入溶剂中，如掺入与合适的载体、稀释剂或赋形剂(如无菌水、生理盐水、葡萄糖、右旋糖等)的混合物中。
用于体内施用的配制品通常是无菌的。可以例如通过经无菌滤膜过滤容易地实现无菌。
VII.制品和试剂盒
还提供了制品和试剂盒，其含有表达重组受体的工程化细胞或其组合物，以及任选地使用说明书，例如根据所提供的方法进行施用的说明书。
在一些实施方案中，提供了制品和/或试剂盒，其包括包含治疗有效量的本文所述的任何工程化细胞的组合物，以及向受试者施用以治疗疾病或病症的说明书。在一些实施方案中，所述说明书可以指定本文所提供方法的一些或所有要素。在一些实施方案中，所述说明书指定施用用于细胞疗法的细胞的具体指导，例如，用于施用的剂量、时间安排、受试者的选择和/或鉴定以及用于施用的条件。在一些实施方案中，所述制品和/或试剂盒进一步包括用于疗法(例如，淋巴细胞清除疗法和/或组合疗法，如本文所述的任一种)的一种或多种另外的药剂，并且任选地进一步包括用于施用用于疗法的另外的药剂的说明书。在一些实施方案中，所述制品和/或试剂盒进一步包含用于淋巴细胞清除疗法的药剂，并且任选地进一步包括用于施用淋巴细胞清除疗法的说明书。在一些实施方案中，所述说明书可以作为伴随用于施用的组合物的标签或包装说明书而包含在内。
在一些实施方案中，此类标准包括患有复发性/难治性CLL和/或高风险CLL或SLL的受试者。在一些方面，待治疗的群体包括例如具有等于0-1之间的任何值的东部肿瘤协作组体能状态(ECOG)的受试者。在任何实施方案的一些实施方案中，待治疗的受试者已经历过两种或更多种先前疗法的失败。
在一些实施方案中，说明书指定了待施用的细胞的剂量。例如，在一些实施方案中，说明书中指定的剂量包括总重组受体(例如，CAR)表达细胞，例如2.5x107、5x107或1x108个总此类细胞。
在一些实施方案中，所述制品或试剂盒包含含有表达重组受体(例如CAR)的多种CD4+ T细胞的容器(任选地小瓶)，和含有表达重组受体(例如CAR)的多种CD8+T细胞的容器(任选地小瓶)。在一些实施方案中，所述制品或试剂盒包含含有表达重组受体的多种CD4+T细胞的容器(任选地小瓶)，并且在同一容器中进一步包含表达重组受体(例如CAR)的多种CD8+ T细胞。在一些实施方案中，冷冻保护剂与所述细胞一起被包括。在一些方面，所述容器是袋。在一些方面，所述容器是小瓶。
在一些实施方案中，所述容器如小瓶包含大于或大于约0.5x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约1.0x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约1.5x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约2.0x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约2.5x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约2.6x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约2.7x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约2.8x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约2.9x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约3.0x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约3.5x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约4.0x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约4.5x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL或大于或大于约5x106个重组受体表达(例如CAR+)/CD3+细胞或此类活细胞/mL。在一些实施方案中，CD3+细胞是CD4+ T细胞。在一些实施方案中，CD3+细胞是CD8+ T细胞。在一些实施方案中，CD3+ T细胞是CD4+和CD8+ T细胞。
在一些实施方案中，指定用于施用的多个小瓶或多个细胞或单位剂量的细胞均包含一定剂量的细胞，细胞的所述剂量包含从或从约2.5x107至5x107个总重组受体表达T细胞或总T细胞，或5x107至1x108个总重组受体表达T细胞或总T细胞。在一些实施方案中，T细胞是CD3+细胞。在一些实施方案中，CD3+细胞是CD8+ T细胞。在一些实施方案中，CD3+ T细胞是CD4+和CD8+ T细胞。在一些实施方案中，指定用于施用的多个小瓶或多个细胞或单位剂量的细胞包括一个或多个单位剂量的重组受体(例如CAR)表达CD3+CD4+ T细胞和一个或多个单位剂量的重组受体(例如CAR)表达CD3+CD8+ T细胞。在一些实施方案中，每个单位剂量的所述数量的细胞是活细胞。
在一些方面，所述制品包含一个或多个单位剂量的所述CD4+和CD8+细胞或CD4+受体+(例如CAR+)细胞和CD8+受体+(例如CAR+)细胞，其中所述单位剂量包含在为或约1x107个与为或约2x108个之间的重组受体(例如CAR)表达T细胞、在为或约5x107个与为或约1.5x108个之间的重组受体(例如CAR)表达T细胞、为或约5x107个重组受体(例如CAR)表达T细胞、为或约1x108个重组受体(例如CAR)表达T细胞、或为或约1.5x108个重组受体(例如CAR)表达T细胞，任选地其中所述制品中的信息指定施用一个或多个单位剂量和/或对应于此一个或多个单位剂量的体积。在一些情况下，所述制品包含一个或多个单位剂量的所述CD8+细胞，其中所述剂量包含在为或约5x106个与为或约1x108个之间的重组受体(例如CAR)表达CD8+T细胞，所述剂量包含在为或约1x107个与为或约0.75x108个之间的重组受体(例如CAR)表达CD8+ T细胞，所述剂量包含为或约2.5x107个重组受体(例如CAR)表达CD8+ T细胞，或所述剂量包含为或约5x107个重组受体(例如)表达CD8+ T细胞，或所述剂量包含为或约0.75x108个重组受体(例如CAR)表达CD8+ T细胞，任选地其中所述制品中的信息指定施用一个或多个单位剂量和/或对应于此一个或多个单位剂量的体积。在一些情况下，所述制品包含一个或多个单位剂量的所述CD4+细胞，其中所述剂量包含在为或约5x106个与为或约1x108个之间的重组受体(例如CAR)表达CD4+ T细胞，所述剂量包含在为或约1x107个与为或约0.75x108个之间的重组受体(例如CAR)表达CD4+ T细胞，所述剂量包含为或约2.5x107个重组受体(例如CAR)表达CD4+ T细胞，或所述剂量包含为或约5x107个重组受体(例如)表达CD4+ T细胞，或所述剂量包含为或约0.75x108个重组受体(例如CAR)表达CD4+ T细胞，任选地其中所述制品中的信息指定施用一个或多个单位剂量和/或对应于此一个或多个单位剂量的体积。在一些实施方案中，所述制品中的细胞均包含一定剂量的细胞，细胞的所述剂量包含不多于或不多于约1x108个总重组受体(例如CAR)表达T细胞或总T细胞或CD3+细胞、不多于或不多于约1x107个总重组受体(例如CAR)表达T细胞或总T细胞或CD3+细胞、不多于或不多于约0.5x107个总重组受体(例如CAR)表达T细胞或总T细胞或CD3+细胞、不多于或不多于约1x106个总重组受体(例如CAR)表达T细胞或总T细胞或CD3+、不多于或不多于约0.5x106个总重组受体(例如CAR)表达T细胞或总T细胞或CD3+细胞。在一些实施方案中，每个单位剂量的所述数量的细胞是活细胞。
在一些实施方案中，指定用于施用的每个小瓶或所述多个小瓶或多个细胞或单位剂量的细胞共同包含细胞的平剂量或细胞的固定剂量，使得细胞的所述剂量与受试者的体表面积或体重无关或不基于受试者的体表面积或体重。
在一些实施方案中，细胞的单位剂量是或包含可以按单一剂量施用于受试者或患者的数量或量的细胞(如工程化T细胞)。在一些实施方案中，所述单位剂量是以给定剂量施用的细胞数量的一部分。
在一些实施方案中，施用剂量的说明书指定施用一定数量的细胞，所述数量的细胞包含至少或至少约2.5x107个CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞，至少或至少约5x107个CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞，或至少或至少约1x108个CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞。在一些实施方案中，施用剂量的说明书指定施用一定数量的细胞，所述数量的细胞包含为或约2.5x107个CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞，为或约5x107个CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞，或为或约1x108个CD3+/CAR+、CD8+/CAR+、或CD4+/CD8+/CAR+ T细胞。在一些实施方案中，细胞数量是作为活细胞的此类细胞的数量。
在一些实施方案中，所述制品或试剂盒包含表达重组受体的多个CD4+ T细胞；和用于向患有疾病或病症的受试者施用全部或一部分所述多个CD4+ T细胞以及进一步施用表达重组受体的CD8+ T细胞的说明书。在一些实施方案中，所述说明书指定在施用所述CD8+细胞之前施用所述CD4+ T细胞。在一些情况下，所述说明书指定在施用所述CD4+细胞之前施用所述CD8+ T细胞。在一些实施方案中，所述制品或试剂盒包含表达重组受体的多个CD8+ T细胞；和用于向患有疾病或病症的受试者施用全部或一部分所述多个CD8+ T细胞以及表达重组受体的CD4+ T细胞的说明书。在一些实施方案中，所述说明书指定施用所述细胞的剂量方案和时间安排。
在一些实施方案中，施用剂量的说明书指定施用一定数量的细胞，所述数量的细胞为或为约5x107个CD3+CAR+活细胞，其包括单独剂量的为或约2.5x107个CD4+CAR+活细胞和为或约2.5x107个CD8+CAR+活细胞。在一些实施方案中，施用剂量的说明书指定施用一定数量的细胞，所述数量的细胞为或为约1x108个CD3+CAR+活细胞，其包括单独剂量的为或约5x107个CD4+CAR+活细胞和为或约5x107个CD8+CAR+活细胞。在一些实施方案中，施用剂量的说明书指定施用一定数量的细胞，所述数量的细胞为或为约1.5x108个CD3+CAR+活细胞，其包括单独剂量的为或约0.75x108个CD4+CAR+活细胞和为或约0.75x108个CD8+CAR+活细胞。
在一些方面，所述说明书指定将全部或一部分CD4+ T细胞和全部或一部分CD8+ T细胞相隔48小时施用，如相隔不超过36小时、相隔不超过24小时、相隔不超过12小时，如相隔0至12小时、相隔0至6小时或相隔0至2小时施用。在一些情况下，所述说明书指定将所述CD4+ T细胞和所述CD8+ T细胞相隔不超过2小时、不超过1小时、不超过30分钟、不超过15分钟、不超过10分钟或不超过5分钟施用。在一些实施方案中，所述说明书指定在CD4+ T细胞之前施用CD8+ T细胞。
在一些实施方案中，所述制品和/或试剂盒进一步包括用于疗法(例如如本文所述的淋巴细胞清除疗法)的一种或多种另外的药剂，以及任选的用于施用所述另外的药剂的说明书。
在一些实施方案中，所述制品和/或试剂盒进一步包括用于治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的一种或多种药剂或治疗和/或用于在所述受试者中施用治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的一种或多种药剂或治疗的说明书。在一些实施方案中，所述药剂是或包含抗IL-6抗体或抗IL-6受体抗体。例如，在一些实施方案中，所述药剂或治疗是或包含选自以下的药剂：托珠单抗、司妥昔单抗、克拉吉珠单抗、萨瑞鲁单抗、奥洛吉珠单抗(CDP6038)、伊西莫单抗、ALD518/BMS-945429、司卢库单抗(CNTO136)、CPSI-2634、ARGX-109、FE301和FM101。例如，在一些实施方案中，所述药剂或治疗是或包含以下中的一种或多种：类固醇；选自IL-10、IL-10R、IL-6、IL-6受体、IFNγ、IFNGR、IL-2、IL-2R/CD25、MCP-1、CCR2、CCR4、MIP1β、CCR5、TNFα、TNFR1、IL-1和IL-1Rα/IL-1β的细胞因子受体或细胞因子的拮抗剂或抑制剂；或能够预防、阻断或降低小神经胶质细胞活性或功能的药剂。
在一些实施方案中，能够阻止、阻断或降低小神经胶质细胞活性或功能的所述药剂选自抗炎剂、NADPH氧化酶(NOX2)抑制剂、钙通道阻断剂、钠通道阻断剂，抑制GM-CSF，抑制CSF1R，特异性地结合CSF-1，特异性地结合IL-34，抑制核因子κB(NF-κB)的激活，激活CB2受体，和/或是CB2激动剂、磷酸二酯酶抑制剂，抑制微小RNA-155(miR-155)，或者上调微小RNA-124(miR-124)。在一些情况下，所述药剂选自米诺环素、纳洛酮、尼莫地平、利鲁唑、MOR103、来那度胺、大麻素(任选地WIN55或212-2)、静脉内免疫球蛋白(IVIg)、异丁司特、抗miR-155锁核酸(LNA)、MCS110、PLX-3397、PLX647、PLX108-D1、PLX7486、JNJ-40346527、JNJ28312141、ARRY-382、AC-708、DCC-3014、5-(3-甲氧基-4-((4-甲氧基苄基)氧基)苄基)嘧啶-2,4-二胺(GW2580)、AZD6495、Ki20227、BLZ945、艾马珠单抗、IMC-CS4、FPA008、LY-3022855、AMG-820和TG-3003。在一些实施方案中，所述药剂是集落刺激因子1受体(CSF1R)的抑制剂。例如，所述药剂是PLX-3397、PLX647、PLX108-D1、PLX7486、JNJ-40346527、JNJ28312141、ARRY-382、AC-708、DCC-3014、5-(3-甲氧基-4-((4-甲氧基苄基)氧基)苄基)嘧啶-2,4-二胺(GW2580)、AZD6495、Ki20227、BLZ945或其药用盐或前药；艾马珠单抗、IMC-CS4、FPA008、LY-3022855、AMG-820和TG-3003，或是其抗原结合片段，或前述任何项的组合。
在一些实施方案中，所述制品和/或试剂盒进一步包括用于测定生物样品(例如，来自作为施用候选者或已施用所述疗法的受试者的生物样品)的一种或多种试剂，以及任选的所述试剂或测定的使用说明书。在一些实施方案中，所述生物样品是或者获得自血液、血浆或血清样品。在一些实施方案中，所述试剂可以在施用所述细胞疗法之前或在施用细胞疗法之后用于诊断目的，以鉴定受试者和/或评估治疗结局和/或毒性。例如，在一些实施方案中，所述制品和/或试剂盒进一步含有用于测量与毒性相关的特定生物标记(例如，细胞因子、分析物或受体)的水平的试剂，以及测量说明书。在一些实施方案中，所述试剂包括用于进行体外测定以测量所述生物标记(例如，分析物)的组分，所述体外测定如免疫测定、基于适体的测定、组织学或细胞学测定或mRNA表达水平测定。在一些实施方案中，所述体外测定选自酶联免疫吸附测定(ELISA)、免疫印迹、免疫沉淀、放射免疫测定(RIA)、免疫染色、流式细胞术测定、表面等离子体共振(SPR)、化学发光测定、侧流免疫测定、抑制测定和亲合力测定。在一些方面，所述试剂是特异性地结合所述生物标记(例如，分析物)的结合试剂。在一些情况下，结合试剂是抗体或其抗原结合片段、适配体或核酸探针。
在一些实施方案中，制品和/或试剂盒包含一种或多种能够检测一种或多种生物标记、分析物或受体的试剂，以及使用所述试剂测定来自作为治疗候选者的受试者的生物样品的说明书，其中所述一种或多种生物标记、分析物或受体可以是TNF、IL-16、VEGFC或VEGFR1。在一些实施方案中，还包括用于测定与分析物或受体的阈值水平相比，所述受试者中所述分析物或受体的存在或不存在、水平、量或浓度的说明书。在一些实施方案中，所述说明书指定了用于根据任何所提供的方法进行此类生物标记、分析物或受体(例如TNF、IL-16、VEGFC或VEGFR1)的评估或监测的方法。
在一些实施方案中，包括所述说明书，其指定，如果所述样品中所述分析物或受体的水平、量或浓度等于或高于所述分析物或受体的阈值水平，则在以下时间向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗：(i)在开始将所述细胞疗法施用于所述受试者之前，(ii)在开始将所述细胞疗法施用于所述受试者的1、2或3天内，(iii)与开始将所述细胞疗法施用于所述受试者同时，和/或(iv)在开始将所述细胞疗法施用于所述受试者之后第一次发热时。在一些情况下，所述说明书指定，如果所述样品中所述分析物或受体的水平、量或浓度等于或高于所述分析物或受体的阈值水平，则将细胞疗法以降低的剂量或如下剂量施用所述受试者：与施用所述细胞疗法后发生毒性或重度毒性的风险无关，或在大多数受试者和/或大多数患有所述受试者患有或怀疑患有的疾病或病症的受试者中与施用所述细胞疗法后发生毒性或重度毒性的风险无关。在一些情况下，所述说明书指定，如果所述样品中所述分析物或受体的水平、量或浓度等于或高于所述分析物或受体的阈值水平，则在住院环境中和/或在入院一天或多天的情况下施用所述细胞疗法，任选地其中原本要在门诊基础上或在没有入院一天或多天的情况下将所述细胞疗法施用于受试者。
在一些实施方案中，用于施用细胞疗法的说明书指定，如果样品中分析物或受体的水平、量或浓度低于阈值水平，则任选地在门诊基础上或在没有入院一天或多天的情况下，任选地以未降低的剂量向受试者施用细胞疗法。在一些实施方案中，用于施用细胞疗法的说明书指定，如果样品中分析物或受体的水平、量或浓度低于阈值水平，则在施用细胞疗法之前或与施用细胞疗法同时和/或在发生除了发热以外的毒性的体征或症状之前，不将能够治疗、预防、延迟或减弱毒性的发生的药剂或治疗施用于受试者。在一些方面，用于施用细胞疗法的说明书指定，如果样品中分析物或受体的水平、量或浓度低于阈值水平，则要将或可以将细胞疗法的施用在门诊环境中和/或在不使受试者入院过夜或连续入院一或多天的情况下和/或在不使受试者入院一或多天的情况下施用于受试者。
所述制品和/或试剂盒可以进一步包括细胞疗法和/或进一步包括与使用所述细胞疗法的治疗一起使用、在使用所述细胞疗法的治疗之前使用和/或结合使用所述细胞疗法的治疗使用的说明书。在一些实施方案中，包括用于施用药剂的说明书，并且说明书指定如果样品中分析物或受体的水平、量或浓度等于或高于阈值水平，则向受试者施用所述药剂。在一些方面，所述说明书进一步指定将细胞疗法施用于所述受试者，其中所述药剂的施用要在以下时间进行：(i)在开始将所述细胞疗法施用于所述受试者之前，(ii)在开始将所述细胞疗法施用于所述受试者的1、2或3天内，(iii)与开始将所述细胞疗法施用于所述受试者同时，和/或(iv)在开始将所述细胞疗法施用于所述受试者之后第一次发热时。
所述制品和/或试剂盒可以包括容器以及在所述容器上或与所述容器相关联的标签或包装说明书。合适的容器包括例如瓶子、小瓶、注射器、IV溶液袋等。容器可以由各种材料(例如玻璃或塑料)形成。在一些实施方案中，容器容纳组合物自身或组合物与有效治疗、预防和/或诊断病症的另一种组合物的组合。在一些实施方案中，容器具有无菌入口。示例性容器包括静脉内溶液袋、小瓶(包括具有可被注射针刺穿的塞子的那些溶液袋、小瓶)或用于口服施用剂的瓶子或小瓶。标签或包装说明书可以指示将组合物用于治疗疾病或病症。所述制品可以包括(a)其中含有组合物的第一容器，其中所述组合物包括表达重组受体的工程化细胞；和(b)其中含有组合物的第二容器，其中所述组合物包括第二药剂。在一些实施方案中，所述制品可以包括(a)其中含有第一组合物的第一容器，其中所述组合物包括表达重组受体的工程化细胞的亚型；和(b)其中含有组合物的第二容器，其中所述组合物包括表达重组受体的工程化细胞的不同亚型。制品还可以包括包装说明书，其指示组合物可以用于治疗特定病症。可替代地或另外，所述制品还可以包括另一种或相同的容器，所述容器包含药学上可接受的缓冲剂。它还可以包括其他材料，如其他缓冲剂、稀释剂、过滤器、针头和/或注射器。
VIII.示例性实施方案
所提供的实施方案包括：
1.一种确定在施用细胞疗法后发生毒性的风险的方法，所述方法包括：
在患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者中，评估选自淋巴结肿瘤负荷、血液肿瘤负荷、和血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的一个或多个疾病负荷参数，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述参数是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者评估的；以及将所述一个或多个参数的值单独地与相应参数的阈值水平进行比较，其中：
(1)如果：(a)所述淋巴结肿瘤负荷等于或高于淋巴结肿瘤负荷的阈值水平；(b)所述血液肿瘤负荷低于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或(c)所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率低于所述比率的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后有发生神经毒性的风险；或者
(2)如果：(a)所述淋巴结肿瘤负荷低于肿瘤负荷的阈值水平；(b)所述血液肿瘤负荷等于或高于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或(c)所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率高于所述比率的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后没有发生神经毒性的风险。
2.根据实施方案1所述的方法，其中如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括：
(i)向所述受试者任选地以减少的剂量施用所述细胞疗法，任选地其中：
(a)所述方法进一步包括向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗；和/或
(b)在或指定为在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下向所述受试者进行所述细胞疗法的施用；或者
(ii)向所述受试者施用除所述细胞疗法之外的用于治疗CLL或SLL的替代治疗。
3.根据实施方案1所述的方法，其中如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括：
(i)向所述受试者施用所述细胞疗法，任选地其中：
(a)不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出毒性的体征或症状，任选地在所述受试者展现出持续发热或者在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热时或之后；和/或
(b)在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访，任选地除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。
4.一种选择受试者用于用细胞疗法治疗的方法，其中所述方法包括：
在患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者中，评估选自淋巴结肿瘤负荷、血液肿瘤负荷、和血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的一个或多个疾病负荷参数，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述参数是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者评估的；以及将所述一个或多个参数的值单独地与相应参数的阈值水平进行比较，其中：
(1)如果(a)所述淋巴结肿瘤负荷等于或高于淋巴结肿瘤负荷的阈值水平；(b)所述血液肿瘤负荷低于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或(c)所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率低于所述比率的阈值水平，则选择所述受试者用于：
(i)以减少的剂量施用所述细胞疗法；
(ii)施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗；
(iii)施用所述细胞疗法，所述细胞疗法的施用是在或指定为在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下进行的；和/或
(iv)施用除所述细胞疗法之外的用于治疗所述CLL或SLL的替代治疗；或者
(2)如果(a)所述淋巴结肿瘤负荷低于肿瘤负荷的阈值水平；(b)所述血液肿瘤负荷等于或高于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或(c)所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率高于所述比率的阈值水平，则选择所述受试者用于：
(i)施用所述细胞疗法，任选地其中：
(a)不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出毒性的体征或症状，任选地在所述受试者展现出持续发热或者在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热时或之后；和/或
(b)在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访，任选地除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。
5.根据实施方案4所述的方法，所述方法进一步包括向所述受试者施用所述细胞疗法，能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，和/或替代治疗。
6.根据实施方案1-5中任一项所述的方法，其中评估血液肿瘤负荷包括确定所述受试者的血液中的淋巴细胞浓度。
7.根据实施方案6所述的方法，其中所述浓度是每微升(μL)血液的淋巴细胞计数。
8.根据实施方案1-7中任一项所述的方法，其中所述血液肿瘤负荷的阈值水平是在为或约800个淋巴细胞/μL与为或约3000个淋巴细胞/μL之间的值。
9.根据实施方案8所述的方法，其中所述血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约800个淋巴细胞/μL、900个淋巴细胞/μL、1000个淋巴细胞/μL、1250个淋巴细胞/μL、1500个淋巴细胞/μL、1750个淋巴细胞/μL、2000个淋巴细胞/μL、2250个淋巴细胞/μL、2500个淋巴细胞/μL、2750个淋巴细胞/μL或3000个淋巴细胞/μL的值，或任何前述值之间的值。
10.根据实施方案1-9中任一项所述的方法，其中评估淋巴结负荷包括确定最大淋巴结直径。
11.根据实施方案10所述的方法，其中所述最大淋巴结直径以厘米(cm)度量。
12.根据实施方案10或实施方案11所述的方法，其中作为所述淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是在为或约4cm与为或约7cm之间的值。
13.根据实施方案10-12中任一项所述的方法，其中作为淋巴结负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约4cm、4.25cm、4.5cm、4.75cm、5cm、5.25cm、5.5cm、5.75cm、6cm、6.25cm、6.5cm、6.75cm或7cm的值，或任何前述值之间的值。
14.根据实施方案1-19中任一项所述的方法，其中评估所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率包括确定每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率。
15.根据实施方案14所述的方法，其中作为所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是在为或约300与为或约1000之间的值。
16.根据实施方案14或实施方案15所述的方法，其中作为所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950或1000的值，或任何前述值之间的值。
17.根据实施方案1-9中任一项所述的方法，其中评估淋巴结负荷包括确定直径乘积之和(SPD)。
18.根据实施方案17所述的方法，其中所述SPD以平方厘米(cm2)度量。
19.根据实施方案17或实施方案18所述的方法，其中作为淋巴结负荷的SPD的阈值水平是在为或约10cm2与为或约40cm2之间的值。
20.根据实施方案17-19中任一项所述的方法，其中作为所述淋巴结负荷的SPD的阈值水平是为或约10cm2、12.5cm2、15cm2、17.5cm2、20cm2、22.5cm2、25cm2、27.5cm2、30cm2、32.5cm2、35cm2、37.5cm2或40cm2的值，或任何前述值之间的值。
21.根据实施方案1-9和17-20中任一项所述的方法，其中评估所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率包括确定每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以平方厘米(cm2)计的直径乘积之和(SPD)的比率。
22.根据实施方案21所述的方法，其中作为所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是在为或约25与为或约500之间的值。
23.根据实施方案21或实施方案22所述的方法，其中作为所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约25、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450或500的值，或任何前述值之间的值。
24.一种确定在施用细胞疗法后发生毒性的风险的方法，所述方法包括：
测定生物样品中肿瘤坏死因子(TNF)和/或白介素-16(IL-16)的水平、量或浓度，其中所述生物样品来自患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前或在CAR+ T细胞扩增峰值之前和/或在开始施用所述细胞疗法之后为或约11天内从所述受试者获得的；以及
将TNF和/或IL-16的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较，其中：
所述TNF的阈值水平是在为和约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值；和/或
所述IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约1000pg/mL之间的值；以及
(1)如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后有发生神经毒性的风险；或者
(2)如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后没有发生神经毒性的风险。
25.一种确定在施用细胞疗法后发生毒性的风险的方法，所述方法包括：
测定生物样品中肿瘤坏死因子(TNF)和/或白介素-16(IL-16)的水平、量或浓度，其中所述生物样品来自患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得的；以及
将TNF和/或IL-16的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较，其中：
所述TNF的阈值水平是在为和约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值；和/或
所述IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约1000pg/mL之间的值；以及
(1)如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后有发生神经毒性的风险；或者
(2)如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后没有发生神经毒性的风险。
26.根据实施方案24或实施方案25所述的方法，其中如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括：
(i)向所述受试者任选地以减少的剂量施用所述细胞疗法，任选地其中：
(a)所述方法进一步包括向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗；和/或
(b)在或指定为在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下向所述受试者进行所述细胞疗法的施用；或者
(ii)向所述受试者施用除所述细胞疗法之外的用于治疗CLL或SLL的替代治疗。
27.根据实施方案24或实施方案25所述的方法，其中如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括：
(i)向所述受试者施用所述细胞疗法，任选地其中：
(a)不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出毒性的体征或症状，任选地在所述受试者展现出持续发热或者在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热时或之后；和/或
(b)在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访，任选地除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。
28.一种选择受试者用于用细胞疗法治疗的方法，其中所述方法包括：
测定生物样品中肿瘤坏死因子(TNF)和/或白介素-16(IL-16)的水平、量或浓度，其中所述生物样品来自患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得的；以及
将TNF和/或IL-16的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较，其中：
所述TNF的阈值水平是在为和约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值；和/或
所述IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约1000pg/mL之间的值；以及
(1)如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则选择所述受试者用于：
(i)以减少的剂量施用所述细胞疗法；
(ii)施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗；
(iii)施用所述细胞疗法，所述细胞疗法的施用是在或指定为在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下进行的；和/或
(iv)施用除所述细胞疗法之外的用于治疗所述CLL或SLL的替代治疗；或者
(2)如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则选择所述受试者用于：
(i)施用所述细胞疗法，任选地其中：
(a)不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出毒性的体征或症状，任选地在所述受试者展现出持续发热或者在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热时或之后；和/或
(b)在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访，任选地除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。
29.根据实施方案28所述的方法，所述方法进一步包括向所述受试者施用所述细胞疗法，能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，和/或替代治疗。
30.一种确定在施用细胞疗法后发生毒性的风险的方法，所述方法包括：
测定来自受试者的生物样品中的TNF和/或IL-16的水平、量或浓度，所述受试者已经接受了用于治疗CLL或SLL的细胞疗法的施用，所述细胞疗法包含一定剂量的包含表达CAR的T细胞的工程化细胞，其中所述生物样品是在CAR+ T细胞扩增峰值之前和/或在开始施用所述细胞疗法之后为或约11天内从所述受试者获得的；并且
将TNF和/或IL-16的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较，其中：
所述TNF的阈值水平是在为和约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值；和/或
所述IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约1000pg/mL之间的值；以及
(1)如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为有发生神经毒性的风险；或者
(2)如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为没有发生神经毒性的风险。
31.根据实施方案24或实施方案30所述的方法，其中如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括任选地在CAR+ T细胞扩增峰值之前和/或在向所述受试者施用细胞疗法的为或约11天内，向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗；和/或在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下进行随访。
32.根据实施方案24或实施方案30所述的方法，其中如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，则在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行随访，任选地除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。
33.一种治疗方法，其中所述方法包括向被鉴定为有发生神经毒性的风险的受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，所述受试者已经在先前接受了用于治疗CLL或SLL的细胞疗法的施用，其中，在施用所述药剂时或紧临施用所述药剂之前，如果在CAR+ T细胞扩增峰值之前和/或在开始施用所述细胞疗法的为或约11天内从所述受试者获得的生物样品中的TNF和/或IL-16的水平或量或浓度高于各自的阈值水平，则所述受试者被选择或鉴定为有发生神经毒性的风险，其中：
所述TNF的阈值水平是在为和约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值；和/或
所述IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约1000pg/mL之间的值。
34.一种选择受试者用于用药剂治疗的方法，其中所述方法包括：
测定来自受试者的生物样品中的TNF和/或IL-16的水平、量或浓度，所述受试者已经接受了用于治疗CLL或SLL的细胞疗法的施用，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与CD19结合的CAR的T细胞，其中所述生物样品是在CAR+ T细胞扩增峰值之前和/或在开始施用所述细胞疗法之后为或约11天内从所述受试者获得的；并且
将TNF和/或IL-16的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较，其中：
所述TNF的阈值水平是在为和约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值；和/或
所述IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约1000pg/mL之间的值；以及
如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则选择所述受试者用于施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗。
35.根据实施方案34所述的方法，所述方法进一步包括向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗。
36.根据实施方案35所述的方法，其中施用所述药剂或其他治疗是在所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热时进行的。
37.根据实施方案24-36中任一项所述的方法，其中向所述受试者施用所述细胞疗法是在门诊基础上进行的，并且如果所述TNF和/或IL-16的水平、量或浓度高于阈值水平，则所述方法包括使患者入院一天或多天。
38.根据实施方案24-37中任一项所述的方法，其中所述TNF的阈值水平是为或约7pg/mL、8pg/mL、9pg/mL、10pg/mL、15pg/mL、20pg/mL或25pg/mL的值，或任何前述值之间的值。
39.根据实施方案24-38中任一项所述的方法，其中所述TNF的阈值水平是在为和约8pg/mL与为或约10pg/mL之间的值。
40.根据实施方案24-39中任一项所述的方法，其中所述IL-16的阈值水平是为或约400pg/mL、500pg/mL、600pg/mL、700pg/mL、800pg/mL、900pg/mL或1000pg/mL的值，或任何前述值之间的值。
41.根据实施方案24-40中任一项所述的方法，其中所述IL-16的阈值水平是在为或约500pg/mL与为或约700pg/mL之间的值。
42.根据实施方案24-41中任一项所述的方法，其中评估TNF和IL-16二者的水平、量或浓度；并且
所述TNF的阈值水平是为或约7pg/mL、8pg/mL、9pg/mL、10pg/mL、15pg/mL、20pg/mL或25pg/mL的值，或任何前述值之间的值
所述IL-16的阈值水平是为或约400pg/mL、500pg/mL、600pg/mL、700pg/mL、800pg/mL、900pg/mL或1000pg/mL的值，或任何前述值之间的值。
43.根据实施方案24-42中任一项所述的方法，其中评估TNF和IL-16二者的水平、量或浓度；并且
所述TNF的阈值水平是在为和约8pg/mL与为或约10pg/mL之间的值；以及
所述IL-16的阈值水平是在为或约500pg/mL与为或约700pg/mL之间的值。
44.根据实施方案24-43中任一项所述的方法，其中所述生物样品是或获得自血液、血浆或血清样品。
45.根据实施方案24-44中任一项所述的方法，其中所述评估包括：
(a)使生物样品与能够检测TNF和/或IL-16或对于TNF和/或IL-16具有特异性的一种或多种试剂接触，任选地其中所述一种或多种试剂包括特异性识别TNF和/或IL-16的抗体；以及
(b)检测包含所述一种或多种试剂和TNF和/或IL-16的复合物的存在或不存在。
46.根据实施方案24-45中任一项所述的方法，其中所述评估包括免疫测定。
47.根据实施方案2-19和26-46中任一项所述的方法，其中所述药剂或其他治疗是或包含抗IL-6抗体、抗IL-6R抗体或类固醇。
48.根据实施方案2-19和26-47中任一项所述的方法，其中所述药剂是或包含托珠单抗、司妥昔单抗或地塞米松。
49.根据实施方案1-48中任一项所述的方法，其中所述神经毒性是重度神经毒性。
50.根据实施方案1-49中任一项所述的方法，其中所述神经毒性是3级或更高分级的神经毒性。
51.一种评估对细胞疗法的反应的可能性的方法，所述方法包括：
评估生物样品中血管内皮生长因子C(VEGFC)和/或血管内皮生长因子受体1(VEGFR1)的水平、量或浓度，其中所述生物样品来自患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得的；以及
将所述样品中的VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度单独地与阈值水平进行比较；其中：
(1)如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有高的实现反应的可能性；或者
(2)如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有低的实现反应的可能性。
52.一种选择受试者用于用细胞疗法治疗的方法，其中所述方法包括：
评估生物样品中血管内皮生长因子C(VEGFC)和/或血管内皮生长因子受体1(VEGFR1)的水平、量或浓度，其中所述生物样品来自患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得的；以及
基于通过将所述样品中所述VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较来确定受试者将实现对所述细胞疗法的反应的可能性的结果，选择可能对治疗有反应的受试者；其中：
(1)如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有高的实现反应的可能性；或者
(2)如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有低的实现反应的可能性。
53.根据实施方案51或实施方案52所述的方法，所述方法进一步包括将所述细胞疗法施用于被选择用于治疗的受试者。
54.一种用于治疗的方法，其中所述方法包括：
(a)基于通过将生物样品中血管内皮生长因子C(VEGFC)和/或血管内皮生长因子受体1(VEGFR1)的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较来确定受试者将实现对所述细胞疗法的反应的可能性的结果，选择可能对治疗有反应的受试者，其中：
(1)如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有高的实现反应的可能性；或者
(2)如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有低的实现反应的可能性；
其中所述生物样品来自患有CLL或SLL的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得的和/或所述受试者不包含表达所述CAR的T细胞；以及
(b)将所述细胞疗法施用于被选择用于治疗的受试者。
55.根据实施方案51-54中任一项所述的方法，其中：
所述阈值水平是在接受细胞疗法之前从受试者组获得的生物样品中的VEGFC和/或VEGFR1的中值或平均水平、量或浓度25％内、20％内、15％内、10％内或5％内和/或一个标准差内，是为或约或超过所述中值或平均水平、量或浓度，其中在施用用于治疗所述CLL或所述SLL的一定剂量的表达所述CAR的工程化细胞之后所述组中的每名受试者实现反应；
所述阈值水平是在接受细胞疗法之前从受试者组获得的生物样品中的VEGFC和/或VEGFR1的中值或平均水平、量或浓度的1.25倍或大于1.25倍、1.3倍或大于1.3倍、1.4倍或大于1.4倍、或1.5倍或大于1.5倍，其中在施用用于治疗所述CLL或所述SLL的一定剂量的表达所述CAR的工程化细胞之后所述组中的每名受试者实现反应；
所述阈值水平是从并非作为用所述细胞疗法治疗的候选者的正常或健康受试者组获得的生物样品中的VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度的1.25倍或大于1.25倍、1.3倍或大于1.3倍、1.4倍或大于1.4倍、或1.5倍或大于1.5倍。
56.根据实施方案51-55中任一项所述的方法，所述VEGFC的阈值水平是在为和约60pg/mL与为或约70pg/mL之间的值。
57.根据实施方案51-56中任一项所述的方法，所述VEGFR1的阈值水平是在为或约80pg/mL与为或约120pg/mL之间的值。
58.根据实施方案51-57中任一项所述的方法，其中评估VEGFC和VEGFR1二者的水平、量或浓度；并且
所述VEGFC的阈值水平是在为和约60pg/mL与为或约70pg/mL之间的值；以及所述VEGFR1的阈值水平是在为或约80pg/mL与为或约120pg/mL之间的值。
59.根据实施方案51-58中任一项所述的方法，其中所述生物样品是或获得自血液、血浆或血清样品。
60.根据实施方案51-59中任一项所述的方法，其中所述评估包括：
(a)使生物样品与能够检测VEGFC和/或VEGFR1或对于VEGFC和/或VEGFR1具有特异性的一种或多种试剂接触，任选地其中所述一种或多种试剂包括特异性识别VEGFC和/或VEGFR1的抗体；以及
(b)检测包含所述一种或多种试剂和VEGFC和/或VEGFR1的复合物的存在或不存在。
61.根据实施方案51-60中任一项所述的方法，其中所述评估包括免疫测定。
62.根据实施方案51-61中任一项所述的方法，其中所述反应包括客观反应。
63.根据实施方案62所述的方法，其中所述客观反应包括完全反应(CR；在一些情况下也称为完全反应)、伴不完全血细胞计数恢复的完全缓解(CRi)、完全缓解(CR)、伴不完全骨髓恢复的CR(CRi)、结节部分缓解PR(nPR)、部分缓解(PR)。
64.根据实施方案51-63中任一项所述的方法，其中所述反应是在开始施用所述细胞疗法之后为或约1、2或3个月或更长时间评估的反应。
65.根据实施方案51-64中任一项所述的方法，其中所述反应是在开始施用所述细胞疗法之后为或约3个月评估的反应。
66.根据实施方案1-65中任一项所述的方法，所述方法进一步包括在施用所述细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。
67.根据实施方案1-66中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括，已对所述受试者用淋巴细胞清除疗法进行了预调理。
68.根据实施方案66或实施方案67所述的方法，其中所述淋巴细胞清除疗法包括施用氟达拉滨和/或环磷酰胺。
69.根据实施方案66-68中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞清除疗法包括每天以约200-400mg/m2，任选地以或以约300mg/m2(包含端值)施用环磷酰胺，和/或以约20-40mg/m2，任选地30mg/m2施用氟达拉滨，持续2-4天，任选地持续3天。
70.根据实施方案66-69中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞清除疗法包括每天以或以约300mg/m2施用环磷酰胺和以约30mg/m2施用氟达拉滨，持续3天，任选地其中在所述淋巴细胞清除疗法之后至少为或约2-7天或者在开始所述淋巴细胞清除疗法之后至少为或约2-7天施用细胞的所述剂量。
71.根据实施方案1-70中任一项所述的方法，所述方法进一步包括向所述受试者施用布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂(BTKi)。
72.根据实施方案71所述的方法，其中所述BTKi是依鲁替尼。
73.根据实施方案71或实施方案72所述的方法，其中在开始施用所述细胞疗法之前开始BTKi施用。
74.根据实施方案73所述的方法，其中所述BTKi施用继续进行直到开始施用所述细胞疗法之后。
75.根据实施方案73或实施方案74所述的方法，其中在开始施用所述细胞疗法之后，所述BTKi施用继续进行至少或至少约90天。
76.根据实施方案72-75中任一项所述的方法，其中将所述依鲁替尼以每天为或约140mg至为或约840mg的剂量施用。
77.根据实施方案72-76中任一项所述的方法，其中将所述依鲁替尼以每天为或约280mg至为或约560mg的剂量施用。
78.根据实施方案72-77中任一项所述的方法，其中将所述依鲁替尼以每天为或约420mg的剂量施用。
79.根据实施方案1-78中任一项所述的方法，其中所述疾病或病症是复发性或难治性(r/r)CLL。
80.根据实施方案1-79中任一项所述的方法，其中所述疾病或病症是复发性或难治性(r/r)SLL。
81.根据实施方案1-80中任一项所述的方法，其中工程化细胞的所述剂量包含限定比率的表达所述CAR的CD4+细胞与表达所述CAR的CD8+细胞，任选地其中所述比率在大约1:3与大约3:1之间。
82.根据实施方案1-81中任一项所述的方法，其中工程化细胞的所述剂量包含限定比率的表达所述CAR的CD4+细胞与表达所述CAR的CD8+细胞，所述限定比率为或为大约1:1。
83.根据实施方案1-82中任一项所述的方法，其中工程化T细胞的所述剂量包含为或约2.5x107个总CAR表达细胞至为或约1.0x108个总CAR表达细胞。
84.根据实施方案1-83中任一项所述的方法，其中工程化细胞的所述剂量包含为或约2.5x107个总CAR表达细胞。
85.根据实施方案1-83中任一项所述的方法，其中工程化细胞的所述剂量包含为或约5x107个总细胞或总CAR表达细胞。
86.根据实施方案1-83中任一项所述的方法，其中工程化细胞的所述剂量包含为或约1x108个总细胞或总CAR表达细胞。
87.根据实施方案1-86中任一项所述的方法，其中施用所述细胞疗法包括施用多种单独组合物，其中所述多种单独组合物包含含有所述CD4+ T细胞和所述CD8+ T细胞中的一种的第一组合物以及含有所述CD4+ T细胞和所述CD8+ T细胞中的另一种的第二组合物。
88.根据实施方案1-87中任一项所述的方法，其中所述第一组合物包含所述CD8+T细胞并且所述第二组合物包含所述CD4+ T细胞。
89.根据实施方案88所述的方法，其中开始施用所述第一组合物是在开始施用所述第二组合物之前进行的，任选地间隔不超过48小时进行。
90.根据实施方案81-89中任一项所述的方法，其中所述CD4+ T细胞包含的CAR和/或所述CD8+ T细胞包含的CAR包含相同的CAR，和/或其中对所述CD4+ T细胞和/或所述CD8+T细胞进行了基因工程化以表达相同的CAR。
91.根据实施方案1-90中任一项所述的方法，其中在施用所述细胞疗法之前，已经用除另一剂量的表达CAR的细胞或淋巴细胞清除疗法之外的针对所述CLL或SLL的一种或多种先前疗法、任选地至少两种先前疗法对所述受试者进行了治疗。
92.根据实施方案1-91中任一项所述的方法，其中在施用所述细胞疗法之前，所述受试者已经在用两种或更多种先前疗法的治疗之后缓解后复发，或变得对于用两种或更多种先前疗法的治疗是难治的，对于用两种或更多种先前疗法的治疗经历失败，和/或对用两种或更多种先前疗法的治疗不耐受。
93.根据实施方案91或实施方案92所述的方法，其中所述一种或多种先前疗法选自激酶抑制剂，任选布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)的抑制剂，任选依鲁替尼；维奈妥拉；包含氟达拉滨和利妥昔单抗的组合疗法；放射疗法；以及造血干细胞移植(HSCT)。
94.根据实施方案91-93中任一项所述的方法，其中所述一种或多种先前疗法包括布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)的抑制剂和/或维奈妥拉。
95.根据实施方案91-94中任一项所述的方法，其中所述一种或多种先前疗法包含依鲁替尼和维奈妥拉。
96.根据实施方案91-94中任一项所述的方法，其中所述受试者已经在用布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)的抑制剂和/或维奈妥拉的治疗之后缓解后复发，变得对于用布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)的抑制剂和/或维奈妥拉的失败治疗是难治的，和/或对布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)的抑制剂和/或维奈妥拉不耐受。
97.根据实施方案91-96中任一项所述的方法，其中所述受试者已经在用依鲁替尼和维奈妥拉的治疗之后缓解后复发，变得对于依鲁替尼和维奈妥拉是难治的，对于用依鲁替尼和维奈妥拉的治疗经历失败，和/或对依鲁替尼和维奈妥拉不耐受。
98.根据实施方案1-97中任一项所述的方法，其中所述工程化细胞是从受试者获得的原代T细胞。
99.根据实施方案1-98中任一项所述的方法，其中所述工程化细胞对于所述受试者是自体的。
100.根据实施方案1-99中任一项所述的方法，其中：
所述CAR包含对CD19具有特异性的细胞外抗原结合结构域、跨膜结构域、源自共刺激分子任选4-1BB的胞质信号传导结构域以及源自含有ITAM的初级信号传导分子任选CD3ζ的胞质信号传导结构域；
所述CAR依次包含对CD19具有特异性的细胞外抗原结合结构域、跨膜结构域、源自共刺激分子的胞质信号传导结构域、和源自含有ITAM的初级信号传导分子的胞质信号传导结构域。
101.根据实施方案100所述的方法，其中所述抗原结合结构域是scFv。
102.根据实施方案101所述的方法，其中：
所述scFv包含RASQDISKYLN(SEQ ID NO:35)的CDRL1序列、SRLHSGV(SEQ ID NO:36)的CDRL2序列、和/或GNTLPYTFG(SEQ ID NO:37)的CDRL3序列，和/或DYGVS(SEQ ID NO:38)的CDRH1序列、VIWGSETTYYNSALKS(SEQ ID NO:39)的CDRH2序列、和/或YAMDYWG(SEQ IDNO:40)的CDRH3序列；
所述scFv包含FMC63的可变重链区和FMC63的可变轻链区和/或FMC63的CDRL1序列、FMC63的CDRL2序列、FMC63的CDRL3序列、FMC63的CDRH1序列、FMC63的CDRH2序列、和FMC63的CDRH3序列，或者与前述任一者结合相同表位或与前述任一者竞争结合；
所述scFv包含SEQ ID NO:41中所示的VH和SEQ ID NO:42中所示的VL，任选地其中所述VH和VL由柔性接头分开，任选地其中所述柔性接头是或包含SEQ ID NO:24中所示的序列；和/或
所述scFv是或包含SEQ ID NO:43中所示的序列。
103.根据实施方案100-102中任一项所述的方法，其中所述共刺激信号传导区是CD28或4-1BB的信号传导结构域。
104.根据实施方案100-103中任一项所述的方法，其中所述共刺激信号传导区是4-1BB的信号传导结构域。
105.根据实施方案100-104中任一项所述的方法，其中所述共刺激结构域包含SEQID NO:12或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体。
106.根据实施方案100-105中任一项所述的方法，其中所述初级信号传导结构域是CD3ζ信号传导结构域。
107.根据实施方案100-106中任一项所述的方法，其中所述初级信号传导结构域包含与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的SEQ ID NO:13或14或15。
108.根据实施方案100-107中任一项所述的方法，其中所述CAR进一步包含在所述跨膜结构域与所述scFv之间的间隔子。
109.根据实施方案108所述的方法，其中所述间隔子是多肽间隔子，所述多肽间隔子包含以下或由以下组成：全部或部分免疫球蛋白铰链或其修饰形式，任选IgG4铰链或其修饰形式。
110.根据实施方案108或实施方案109所述的方法，其中所述间隔子是约15个氨基酸或更少，并且不包含CD28细胞外区域或CD8细胞外区域。
111.根据实施方案108-110中任一项所述的方法，其中所述间隔子的长度为或为约12个氨基酸。
112.根据实施方案108-111中任一项所述的方法，其中：
所述间隔子具有以下或由以下组成：SEQ ID NO:1的序列、由SEQ ID NO:2编码的序列、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34，或与前述任一者具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的前述任一者的变体；和/或
包含式X1PPX2P或由其组成，其中X1是甘氨酸、半胱氨酸或精氨酸并且X2是半胱氨酸或苏氨酸。
113.根据实施方案100-112中任一项所述的方法，其中：
所述scFv包含RASQDISKYLN(SEQ ID NO:35)的氨基酸序列、SRLHSGV(SEQ ID NO:36)的氨基酸序列和/或GNTLPYTFG(SEQ ID NO:37)的氨基酸序列和/或DYGVS(SEQ ID NO:38)的氨基酸序列、VIWGSETTYYNSALKS(SEQ ID NO:39)的氨基酸序列和/或YAMDYWG(SEQ IDNO:40)的氨基酸序列，或者其中所述scFv包含FMC63的可变重链区和FMC63的可变轻链区和/或FMC63的CDRL1序列、FMC63的CDRL2序列、FMC63的CDRL3序列、FMC63的CDRH1序列、FMC63的CDRH2序列和FMC63的CDRH3序列，或者与前述任一项结合相同的表位或与前述任一项竞争结合，并且任选地其中所述scFv依次包含VH、任选地包含SEQ ID NO:24的接头和VL，和/或所述scFv包含柔性接头和/或包含如SEQ ID NO:43所示的氨基酸序列；和/或
所述间隔子是多肽间隔子，所述多肽间隔子(a)包含全部或部分免疫球蛋白铰链或所述免疫球蛋白铰链的修饰形式或由其组成，或者包含约15个氨基酸或更少，并且不包含CD28细胞外区域或CD8细胞外区域，(b)包含全部或部分免疫球蛋白铰链任选IgG4铰链或所述免疫球蛋白铰链的修饰形式或由其组成，和/或包含约15个氨基酸或更少，并且不包含CD28细胞外区域或CD8细胞外区域，或者(c)长度是为或约12个氨基酸和/或包含全部或部分免疫球蛋白铰链任选IgG4或所述免疫球蛋白铰链的修饰形式或由其组成；或者(d)具有以下或由以下组成：SEQ ID NO:1的序列、由SEQ ID NO:2编码的序列、SEQ ID NO:30、SEQID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34，或与前述任一者具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的前述任一者的变体，或者(e)包含式X1PPX2P或由其组成，其中X1是甘氨酸、半胱氨酸或精氨酸，并且X2是半胱氨酸或苏氨酸；和/或
所述共刺激结构域包含SEQ ID NO:12或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体；和/或
所述初级信号传导结构域包含具有与其至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的SEQ ID NO:13、14或15。
114.根据实施方案100-113中任一项所述的方法，其中：
所述抗原结合结构域包含scFv，所述scFv包含FMC63的可变重链区和FMC63的可变轻链区；
所述间隔子是多肽间隔子，所述多肽间隔子包含SEQ ID NO:1的序列；
所述共刺激结构域包含SEQ ID NO:12；以及
所述初级信号传导结构域包含SEQ ID NO:13、14或15。
115.根据实施方案1-114中任一项所述的方法，其中所述受试者是人类受试者。
116.根据实施方案51-115中任一项所述的方法，其中所述评估包括酶联免疫吸附测定(ELISA)、免疫印迹、免疫沉淀、放射免疫测定(RIA)、免疫染色、流式细胞术测定、表面等离子体共振(SPR)、化学发光测定、侧流免疫测定、抑制测定或亲合力测定。
117.根据实施方案51-116中任一项所述的方法，其中所述评估包括酶联免疫吸附测定(ELISA)，任选基于珠的ELISA。
118.根据实施方案1-23和65-117中任一项所述的方法，其中所述一个或多个疾病负荷参数的值是在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前所述一个或多个疾病负荷参数的值。
119.根据实施方案1-23和65-118中任一项所述的方法，其中在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前评估所述一个或多个疾病负荷参数。
120.根据实施方案24-117中任一项所述的方法，其中在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前，从所述受试者获得所述生物样品。
121.一种包含表达与CD19结合的CAR的T细胞的细胞疗法，用于根据实施方案1-120中任一项所述的方法治疗患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的受试者的方法中。
122.一种制品，所述制品包含：用于细胞疗法的组合物、或用于细胞疗法的多种组合物中的一种，所述组合物或所述多种组合物中的一种包含表达与CD19结合的CAR的T细胞；以及用于施用所述细胞疗法的说明书，其中所述说明书指定根据实施方案1-120中任一项所述的方法施用所述T细胞组合物。
IX.定义
除非另外定义，否则本文使用的所有领域术语、符号和其他技术和科学术语或命名旨在具有与所要求保护的主题所属领域的普通技术人员通常理解的含义相同的含义。在一些情况下，为了清楚和/或为了便于参考而在本文中定义具有通常理解的含义的术语，并且本文中包含的此类定义不应被解释为表示与本领域通常理解的实质性差异。
术语“多肽”与“蛋白质”可互换使用以指代氨基酸残基的聚合物，并且不限于最小长度。多肽(包括所提供的受体和其他多肽，例如接头或肽)可以包括氨基酸残基，包括天然和/或非天然氨基酸残基。所述术语还包括多肽的表达后修饰，例如糖基化、唾液酸化、乙酰化和磷酸化。在一些方面，多肽可以含有关于自然或天然序列的修饰，只要蛋白质维持所需活性即可。这些修饰可能是故意的(例如通过定点诱变)，或者可能是偶然的(例如通过产生所述蛋白质的宿主的突变或由于PCR扩增引起的错误)。
如本文所用，“受试者”是哺乳动物，如人或其他动物，并且通常是人。在一些实施方案中，被施用一种或多种药剂、细胞、细胞群或组合物的受试者(例如，患者)是哺乳动物，通常是灵长类动物，如人。在一些实施方案中，所述灵长类动物是猴或猿。所述受试者可以是雄性或雌性，并且可以处于任何合适的年龄，包括婴儿、幼年、青春期、成年和老年受试者。在一些实施方案中，所述受试者是非灵长类哺乳动物，如啮齿动物。
如本文所用，“治疗(treatment)”(及其语法变体如“治疗”(“treat”或“treating”))是指疾病或病症或障碍、或者与之相关的症状、不良效果或结局或表型的完全或部分改善或减轻。理想的治疗效果包括但不限于预防疾病的发生或复发、症状的缓解、疾病的任何直接或间接病理后果的减少、预防转移、降低疾病进展的速度、改善或缓解疾病状态以及缓解或改善预后。所述术语并不暗示完全治愈疾病或完全消除任何症状或对所有症状或结局的影响。
如本文所用，“延迟疾病的发生”意指推迟、阻碍、减缓、延缓、稳定、抑制和/或延期疾病(如癌症)的发生。此延迟可以具有不同的时间长度，这取决于病史和/或所治疗的个体。在一些实施方案中，足够或显著的延迟实际上可以涵盖预防，因为个体不会患上疾病。例如，可能延迟晚期癌症，如转移的发展。
如本文所用，“预防”包括提供关于受试者的疾病的发生或复发的预防，所述受试者可能易患所述疾病但尚未被诊断患有所述疾病。在一些实施方案中，所提供的细胞和组合物用于延迟疾病的发展或延缓疾病的进展。
如本文所用的，“抑制”功能或活性是当与除了目标条件或参数之外在其他方面相同的条件相比时，或者可替代地，与另一种情况相比时，减少功能或活性。例如，与不存在所述细胞的情况下的肿瘤生长速率相比，抑制肿瘤生长的细胞降低了肿瘤的生长速率。
在施用的情况下，药剂(例如药物配制品、细胞或组合物)的“有效量”是指在必要的剂量/量下和必要的时间段内有效实现所需结果(例如治疗或预防结果)的量。
药剂(例如，药物配制品或细胞)的“治疗有效量”是指在所需剂量下和所需时间段中有效实现所需治疗结果(如针对疾病、病症或障碍的治疗)和/或治疗的药代动力学或药效学作用的量。治疗有效量可以根据诸如以下的因素而变化：疾病状态、受试者的年龄、性别和体重和所施用的细胞群。在一些实施方案中，所提供的方法涉及以有效量(例如，治疗有效量)施用细胞和/或组合物。
“预防有效量”是指在必要的剂量和持续必要的时间段的情况下能有效实现所需预防结果的量。通常但不是必须的，因为预防剂量是在疾病之前或早期在受试者体内使用的，所以预防有效量将小于治疗有效量。在肿瘤负荷较低的情况下，在一些方面，预防有效量将高于治疗有效量。
如本文所用的术语“约”是指本技术领域的技术人员容易知道的相应值的常用误差范围。本文对“约”某一值或参数的提及包括(并描述)针对所述值或参数本身的实施方案。
除非上下文明确指示其他含义，否则如本文所用的单数形式“一个”、“一种”和“所述”包括复数指示物。例如，“一种/个(a或an)”意指“至少一种/个”或“一种/个或多种/个”。
贯穿本公开文本，所要求保护的主题的各个方面以范围形式呈现。应当理解，范围形式的描述仅仅是为了方便和简洁，并且不应被解释为对所要求保护的主题的范围的僵硬限制。因此，应当认为范围的描述具体公开了所有可能的子范围以及所述范围内的各个数值。例如，在提供一系列值的情况下，应当理解，在所述范围的上限和下限之间的每个中间值以及在所述范围内的任何其他所述或中间值包含在所要求保护的主题内。这些较小范围的上限和下限可以独立地被包括在所述较小范围内，并且也涵盖在所要求保护的主题内，受制于在所陈述范围内任何确切排除的限制。在所陈述范围包括限制中的一者或两者的情况下，排除了那些包括的限制中的任一者或两者的范围也包括在所要求保护的主题内。无论范围的广度如何，这都适用。
如本文所用，组合物是指两种或更多种产物、物质或化合物(包括细胞)的任何混合物。其可以是溶液、悬浮液、液体、粉末、糊剂、水性、非水性或其任何组合。
如本文所用，当提及一种或多种特定细胞类型或细胞群时，“富集”是指例如与所述组合物中的总细胞数或组合物体积相比，或者相对于其他细胞类型，如通过基于所述群体或细胞表达的标记的阳性选择，或通过基于在要耗尽的所述细胞群或细胞上不存在的标记的阴性选择，增加所述细胞类型或群体的数量或百分比。所述术语不需要从组合物完全去除其他细胞、细胞类型或群体，并且不需要如此富集的细胞在被富集组合物中以等于或甚至接近100％存在。
如本文所用，细胞或细胞群对特定标记呈“阳性”的陈述是指特定标记(通常为表面标记)在细胞上或细胞中的可检测的存在。当提及表面标记时，所述术语是指如通过流式细胞术(例如通过用特异性地结合至所述标记的抗体染色并检测所述抗体)所检测的表面表达的存在，其中所述染色可通过流式细胞术以如下水平检测到：显著高于在其他都相同的条件下用同种型匹配的对照或荧光减一(FMO)门控对照通过实施相同程序检测到的染色的水平，和/或与已知对所述标记呈阳性的细胞的水平基本上相似的水平，和/或显著高于已知对所述标记呈阴性的细胞的水平的水平。
如本文所用，细胞或细胞群对特定标记呈“阴性”的陈述是指特定标记(通常为表面标记)在细胞上或细胞中不存在实质上可检测的存在。当提及表面标记时，所述术语是指如通过流式细胞术(例如通过用特异性地结合至所述标记的抗体染色并检测所述抗体)所检测的表面表达的不存在，其中所述染色未通过流式细胞术以如下水平检测到：显著高于在其他都相同的条件下用同种型匹配的对照或荧光减一(FMO)门控对照通过实施相同程序检测到的染色的水平，和/或显著低于已知对所述标记呈阳性的细胞的水平的水平，和/或与已知对所述标记呈阴性的细胞的水平基本上相似的水平。
如本文所用，术语“载体”是指能传播其所连接的另一核酸分子的核酸分子。所述术语包括作为自我复制核酸结构的载体以及掺入已引入其的宿主细胞基因组中的载体。某些载体能够指导它们可操作地连接的核酸的表达。此类载体在本文中称为“表达载体”。
除非另外定义，否则本文使用的所有技术术语、符号和其他技术和科学术语或用辞旨在具有与所要求保护的主题所属领域通常理解的含义相同的含义。在一些情况下，为了清楚和/或为了便于引用而在本文中定义具有通常理解的含义的术语，并且本文中包含此类定义不一定应当被解释为代表与通常所理解的含义有实质性差异。
本申请中提及的所有出版物(包括专利文献、科学文章和数据库)出于所有目的通过引用以其整体并入，在程度上如同每个单独的出版物通过引用单独并入。如果本文所述的定义与通过引用并入本文的专利、申请、公开的申请和其他出版物中所述的定义相反或在其他方面不一致，则本文所述的定义优先于通过引用并入本文的定义。
本文使用的章节标题仅用于组织目的，而不应解释为限制所描述的主题。
X.实施例
以下实施例被包括在内仅用于说明目的，并不旨在限制本发明的范围。
实施例1：向患有复发性和难治性慢性淋巴细胞白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤
(SLL)的受试者施用抗CD19 CAR表达细胞
将含有表达对CD19具有特异性的嵌合抗原受体(CAR)的自体T细胞的治疗性CAR+T细胞组合物施用于患有慢性淋巴细胞白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的人受试者。
受试者年龄在十八岁以上，且诊断为CLL或SLL。CLL诊断基于国际慢性淋巴细胞白血病研讨会(iwCLL)指南和临床可测量疾病(骨髓受累>30％淋巴细胞，外周血淋巴细胞增多>5x109/L，和/或可测量的淋巴结和/或肝或脾肿大)具有治疗指征。SLL诊断是基于在诊断时的淋巴结病和/或脾肿大以及外周血中<5×109个CD19+CD5+克隆B淋巴细胞/L[<5000/μL]，伴随可测量疾病(定义为活检证实为SLL的至少一个病灶的最大横径>1.5cm)。
受试者在先前施用布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂(BTKi，例如依鲁替尼)后治疗失败，如由疾病稳定(SD)或疾病进展(PD)为最佳反应、先前反应后PD、或因耐受性(例如，不可控制的毒性)而停药所确定的；或因需要全剂量抗凝或病史或心律失常而无资格用BTKi治疗。更具体地，如果受试者患有高风险疾病(如由复杂的细胞遗传学异常(例如复杂核型)、del(17p)、TP53突变、未突变的IGVH所确定)并且已经对于大于或等于(例如至少)2种先前疗法(包括用BTKi例如依鲁替尼的治疗，除非医学上禁忌)经历失败；或者如果他们患有标准风险疾病并且已经对于大于或等于(例如至少)3种先前疗法(包括用BTKi例如依鲁替尼的治疗，除非医学上禁忌)经历失败并且具有小于或等于1的东部肿瘤协作组体能状态(ECOGPS)，则受试者是有资格的。排除患有活动性未治疗的CNS疾病、ECOG>1或里希特转化的受试者。
A.治疗
对有资格的受试者施用含有表达抗CD19 CAR的工程化细胞的治疗性T细胞组合物。所施用的治疗性T细胞组合物是通过包括基于免疫亲和力(例如，免疫磁性选择)从来自待治疗的单独受试者的白细胞单采术样品富集CD4+和CD8+细胞的过程来产生。将分离的CD4+和CD8+ T细胞单独激活并用编码抗CD19 CAR的病毒载体(例如，慢病毒载体)独立转导，之后以低体积对工程化细胞群进行单独扩增和冷冻保存。所述CAR含有源自鼠类抗体的抗CD19 scFv(源自FMC63的可变区，VL-接头-VH取向)、免疫球蛋白来源的间隔子、源自CD28的跨膜结构域、源自4-1BB的共刺激区和CD3-ζ细胞内信号传导结构域。病毒载体还含有编码截短的受体的序列，所述截短的受体用作CAR表达的替代标记；所述序列通过T2A核糖体跳跃序列与所述CAR序列隔开。
在静脉内施用之前解冻冷冻保存的细胞组合物。通过施用以大约1:1的目标比率施用的经配制CD4+CAR+细胞群和经配制CD8+CAR+群体，将治疗性T细胞剂量作为限定的细胞组合物来施用。
向受试者施用CAR表达T细胞的单剂量(每个单剂量通过分别单独输注CD4+CAR表达T细胞和CD8+CAR表达T细胞来施用)，如下：剂量水平1(DL-1)的单剂量含有5x107个总CAR表达T细胞，或者剂量水平2(DL-2)的单剂量含有1x108个总CAR表达T细胞。如果确定有必要，将剂量水平降低至2.5×107个CAR+ T细胞。剂量递增遵循改进的毒性概率区间-2(mTIPI-2)算法(Guo等人(2017)Contemp Clin Trials,2017；58:23-33)。施用后二十八天对剂量限制性毒性(DLT)进行评价。
在CAR+ T细胞输注之前，受试者接受使用氟达拉滨(flu，30mg/m2)和环磷酰胺(Cy，300mg/m2)的淋巴细胞清除化疗持续三(3)天。所述受试者在淋巴细胞清除之后接受CAR表达T细胞。
B.反应评估
在施用CAR+ T细胞后的不同时间点监测受试者对治疗的反应。通过iwCLL标准(2008年标准：Hallek等人Blood 2008；111(12):5446-5456；2018年标准Hallek等人,Blood2018 131(25):2745-2760)评估反应，不同之处在于初始功效评价在第30天进行。根据iwCLL指南以完全缓解(CR)、伴不完全骨髓恢复的CR(CRi)、结节部分缓解(nPR)、部分反应(PR)、疾病稳定(SD)、或疾病进展(PD)评估反应。在之后至少八周以重复评估来确认nPR和PR。如事件时间表所指示，还在探索性基础上在基线处和用CAR表达T细胞治疗之后用PET评估疾病。
在如下时间进行反应评估：治疗后第三十天；第二个月(仅血液学)、第三个月、第六个月、第九个月、第十二个月、第十八个月和第二十四个月(+十四天)，或直到PD、证明临床进展、退出研究或需要替代疗法。在施用CAR+ T细胞之后长达二十四个月监测受试者的反应。功效评估包括(视情况而定)：血液学(CBC并分类)、CT(诊断质量)、PET、骨髓抽吸物(BMA)/骨髓活检(BMB)(在基线处和第三十天评价，此后仅当其他结果新符合CR时，并且在外周血或骨髓中没有CLL证据但基于残留淋巴结病或脾肿大有PR的受试者中)、评估微小残留病(MRD；在外周血或骨髓中没有CLL证据，即基于残留淋巴结病或脾肿大有CR或PR的受试者中)。
通过六色流式细胞术使用外周血以1x10-4灵敏度评估微小残留病(MRD)，并且对于通过流式不可检测的那些受试者，在骨髓中使用下一代测序(NGS)以1x10-6灵敏度通过对骨髓(BM)抽吸物进行
(Adaptive)深度测序来评估微小残留病。
根据如上所述的临床研究的合格性，在本实施例中呈现的在特定时间点处的分析基于总计23名受试者，这些受试者已被施用抗CD19 CAR表达细胞(含有5x107个总CAR表达T细胞的单剂量的剂量水平1(DL-1)(n＝6)或含有1x108个总CAR表达T细胞的单剂量的剂量水平2(DL-2)(n＝10))。两名受试者(9％)对依鲁替尼不耐受。所治疗的受试者的基线特征显示在表E1中。对于一名受试者的抗CD19治疗性T细胞组合物的制造不成功。中值研究随访时间为九个月，最短随访时间为一个月。
a巨大肿块定义为至少一个病灶最长直径>5cm。
b至少三种染色体畸变。
c十二名受试者在用维奈妥拉后出现进展；一名受试者在治疗三个月后具有疾病稳定的最佳反应。
反应率示于图1A-1B和图2中。二十二名受试者的反应可评价，定义为具有治疗前评估和至少一次基线后评估。对一名受试者无法评价反应。最佳总体反应示于图1A中。如图1A中所示，在可评价的受试者的总数量中，4.5％展现疾病进展，13.6％展现疾病稳定，36.4％展现部分反应或结节部分反应，并且45.5％展现完全反应或伴不完全血细胞计数恢复的完全反应。在施用了DL1(5x107个CAR表达T细胞)的九名可评价受试者中，22.2％展现疾病稳定，11.1％展现部分反应或结节部分反应，并且66.7％展现完全反应或伴不完全血细胞计数恢复的完全反应。在施用了DL2(1x108个CAR表达T细胞)的十三名受试者中，7.7％展现疾病进展，7.7％展现疾病稳定，53.8％展现部分反应或结节部分反应，并且30.8％展现完全反应或伴不完全血细胞计数恢复的完全反应。最佳总体反应率(ORR)为82％(95％置信区间：59.7-94.8)，并且CR/CRi率为46％(具有不可评价的MRD的一名受试者实现CR，但后来出现进展)。在评估时间点，百分之六十八(15/22)的受试者在输注之后第30天实现客观反应。输注后随访超过9个月的反应者中有78％(7/9)保持无进展。
二十名受试者的微小残留病可评价，定义为在基线时具有可检测的微小残留病(图1B)。如图1B中所示，在75％的受试者外周血和65％的受试者骨髓中实现了不可检测的微小残留病(uMRD)(一名受试者在血液/BM中实现uMRD，然后后来具有可检测的MRD)。在施用了DL1(5x107个CAR表达T细胞)的8名受试者中，在75％外周血和骨髓中实现了uMRD。在施用了DL2(1x108个CAR表达T细胞)的12名受试者中，在75％外周血和58％骨髓中实现了uMRD。
根据无进展时间计的反应持续时间随着时间的推移持续改善(图2)。在二十二名受试者中，27％(6/22)在第三十天后展现反应加深：3名展现部分反应(PR)的受试者后来实现CR，2名受试者从疾病稳定(SD)转为PR，并且1名受试者从SD转为CR。六个月时具有CR的六名受试者中有五名(83％)保持CR，其中三名受试者在十二个月后仍保持完全反应。
二十名可评价受试者中有十二名(60％)在第三十天具有通过下一代测序得出的不可检测的MRD。在60％的受试者中观察到的早期uMRD在12个月时和后来的评估时间点持续存在。
C.安全性评估
收集了不良事件(AE)、严重不良事件(SAE)和实验室异常(类型、频率和严重程度)。特殊关注的不良事件(AESI)包括输液反应、细胞因子释放综合征(CRS)、神经毒性、巨噬细胞活化综合征(MAS)和肿瘤溶解综合征(TLS)。
评估在施用所述CAR-T细胞疗法后，治疗中出现的不良事件(TEAE)的存在或不存在。评估并监测受试者的神经毒性(NT；神经学并发症，包括以下症状：意识错乱、失语、脑病、肌阵挛发作、惊厥、嗜睡和/或精神状态改变；也称为神经病学事件(NE))，根据美国国家癌症研究所—常见毒性标准(CTCAE)量表4.03版(NCI-CTCAE v4.03)，按1-5量表分级。参见美国卫生和公共服务部的不良事件通用术语(CTCAE)第4版，公开于：2009年5月28日(v4.03：2010年6月14日)；和Guido Cavaletti&Paola Marmiroli Nature ReviewsNeurology 6,657-666(2010年12月)。确定并监测细胞因子释放综合征(CRS)，并且基于严重程度进行分级。参见Lee等人,Blood.2014；124(2):188-95。在输注CAR表达T细胞后的28天内确定剂量限制性毒性(DLT)。
在所有剂量水平下，在≥25％的受试者中报告了TEAE(表E2)。在一个评估时间点，在96％的受试者中观察到3级或4级贫血。一些受试者发生了严重的TEAE(表E3)。表E4报告了包括细胞因子释放综合征(CRS)和神经病学事件(NE)在内的某些不良事件的发生率。没有发生5级CRS或NE。神经学事件并不相互排斥。三名受试者出现脑病。失语症、意识错乱状态、肌肉无力和嗜睡各见于一名受试者。在接受DL2(1x108个CAR表达T细胞)的两名受试者中发生了剂量限制性毒性。一名受试者经历了4级高血压，而一名受试者经历了3级脑病、3级肌肉无力和4级肿瘤溶解综合征。在施用了DL1(5x107个CAR表达T细胞)的受试者中观察到一例5级呼吸衰竭的TEAE。对于CRS和/或NE的管理，61％(n＝14)的受试者接受托珠单抗，48％(n＝11)接受皮质类固醇。两种剂量水平下的不良事件均可控，3级CRS(8.7％)和3级或4级NE(21.7％)的比率较低。1-2级CRS的较高比率与该组受试者中抗CD19 CAR+ T细胞组合物的有利安全性一致。淋巴结肿瘤负荷显示与NE相关(P＝0.025)。
a NE是治疗相关事件
b NE不是相互排斥的
D.药代动力学和药效学
使用流式细胞术测定抗CD19 CAR表达T细胞的血液药代动力学，以评估在施用细胞后的各个时间点(例如，在第1、4、8、11、15、22、30天，第2个月和第3个月)外周血中CD3+CAR+ T细胞的浓度。还在每个时间点评估CD19+表达细胞的浓度。
结果示于图3中，其中在研究第1天给予抗CD19 CAR+ T细胞。在图3中，上误差棒代表第三四分位数，而下误差棒代表第一四分位数。PK/PD参数汇总示于表E5中，包括血液中细胞的最大浓度(Cmax)、达到最大(峰值)浓度的时间(Tmax)和从第0天至第29天的曲线下面积(AUC0–29)。
Q，四分位数
E.已经对于先前的BTKi和维奈妥拉治疗经历失败的受试者中的反应、安全性和药代动力学评估
在不同的分析时间点，在总计23名受试者中，在一组九名受试者中评估了反应、安全性和药代动力学，这九名受试者已经对于用布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂(BTKi)和维奈妥拉二者的先前治疗经历失败。表E6示出如上文所述评估的23名受试者的基线特征，以及已经对于BTKi和维奈妥拉二者经历失败的受试者的基线特征。
a巨大肿块，定义为≥1个病灶的最长直径>5cm。b≥3种染色体畸变。c维奈妥拉失败，定义为治疗≥3个月之后因PD或<PR中止。LDH，乳酸脱氢酶；SPD，垂直直径的乘积之和。
1.Soumerai JD等人Lancet Haematol.2019；6(7):e366-e374.
表E7示出总计23名受试者或九名对于BTKi和维奈妥拉二者经历失败的受试者中的治疗中出现的不良事件(TEAE)。在接受DL2的工程化细胞的两名受试者中观察到剂量限制性毒性(DLT)：一名受试者展现4级高血压，并且在BTKi和维奈妥拉失败组中的一名受试者展现3级脑病、3级肌肉无力和4级肿瘤溶解综合征。
表E8示出总计23名受试者或九名对于BTKi和维奈妥拉二者经历失败的受试者中的特殊关注的治疗中出现的不良事件(TEAE)。
a剂量水平之间的TEAE概况没有差异。bNE是由研究者定义的治疗相关事件。cNE不是相互排斥的；脑病(n＝3)；失语症(n＝1)；意识错乱状态(n＝1)；肌肉无力(n＝1)；嗜睡(n＝1)。
图4A和4B示出最佳总体反应(图4A)和通过流式细胞术得出的在血液中或通过下一代测序(NGS)得出的在骨髓中的不可检测的微小残留病(uMRD)(图4B)。中值研究随访时间为11个月。如所示，观察到高比例的包括CR在内的持久反应，在所有可评价受试者中具有81.5％的高最佳ORR，并且在对BTKi和维奈妥拉经历失败的受试者中为89％。
图5示出对于BTKi和维奈妥拉二者经历失败的所治疗受试者和其他可评价受试者的个体反应评估。结果显示，大多数受试者到第30天实现早期客观反应(68％；n＝15/22)和uMRD(75％；n＝15/20)，包括对于BTKi和维奈妥拉二者经历失败的6名受试者(67％)。结果显示，随着时间的推移，总体上27％(n＝6/22)的受试者和33％的对于BTKi和维奈妥拉二者经历失败的受试者(n＝3/9)中的反应加深。结果还显示，大多数受试者在施用后6个月时保持持久反应，包括所有受试者的87％(n＝13/15)和对于BTKi和维奈妥拉二者经历失败的受试者的83％(n＝5/6)。在6个月时具有CR的受试者中的83％(n＝5/6)在9个月时仍然保持CR，其中3名受试者在过去12个月中处于CR。对于BTKi和维奈妥拉二者经历失败的两名受试者在过去12个月保持反应。
在施用抗CD19 CAR+ T细胞之后，来自受试者的CD3+CAR+细胞和CD19+细胞随时间推移的中值浓度显示在图6中。结果显示，对于BTKi和维奈妥拉二者经历失败的受试者的子集具有与完整受试者群体相似的PK/PD概况。在这次分析时，在所有受试者(n＝23)中，中值(Q1，Q3)CD3+细胞Cmax(细胞/μL)为124.81(3.25，326.47)，Tmax(研究日)为14(14，21)，并且AUC1–29(天细胞/μL)为1108.35(26.19，2329.97)。受试者展现出CD19表达细胞的快速消除，在6个月时CD19表达细胞受到长期抑制(80％(12/15)的受试者维持CAR T细胞，并且87％(13/15)在6个月时展现出CD19表达细胞受到抑制)。
F.结论
结果证实：在临床研究中，对于经深度预治疗的患有复发性/难治性CLL/SLL的受试者(例如，包括已经接受过先前依鲁替尼的那些以及已经对于先前的维奈妥拉和依鲁替尼二者经历失败的那些)，在抗CD19 CAR表达T细胞输注后迅速实现客观反应、完全反应和uMRD，并且在过去6个月观察到持久反应。将抗CD19 CAR表达细胞施用于经深度预治疗的患有高风险CLL/SLL的受试者导致可控的毒性和良好的临床反应，这些受试者均已经对于先前的依鲁替尼经历失败，其中超过一半的受试者还已经对于先前的维奈妥拉治疗经历失败。观察到与抗CD19 CAR表达T细胞施用相关的不良事件(包括细胞因子释放综合征(CRS)和神经病学事件(NE))在测试的两个剂量水平下均可控，包括在已经对于BTKi和维奈妥拉二者经历失败的受试者子集中如此。观察到3级CRS(9％)和3级或4级NE(22％)的比率较低。
在11个月的中值随访期中，抗CD19 CAR表达细胞的施用导致高比例的包括CR在内的持久反应，包括在已经对于先前的BTKi和维奈妥拉二者经历失败的受试者中是这样的。观察到临床反应迅速，随着时间的推移而改善，并且深入而持久。例如，大多数初始反应是到第30天实现的，并且随着时间的推移，27％的所评价受试者和33％的已经对于先前的BTKi和维奈妥拉二者经历失败的受试者中的反应加深。施用后6个月保持持久的客观反应(87％的所评价受试者，83％的已经对于先前的BTKi和维奈妥拉二者经历失败的受试者)。在6个月时具有CR的受试者中的83％在9个月时仍然保持CR，其中3名受试者在过去12个月中处于CR。大多数受试者显示出CD19表达细胞的快速消除和长期疾病抑制，伴随着循环抗CD19 CAR T细胞的持久存在。对于先前的BTKi和维奈妥拉二者经历失败的受试者展现与完整受试者群体相似的PK/PD特征。结果支持将抗CD19 CAR+细胞施用于患有CLL/SLL的受试者，包括患有高风险CLL/SLL的那些和已经对于多次先前疗法如先前的BTKi疗法和维奈妥拉经历失败的那些。
实施例2：对血清分析物、肿瘤负荷和神经学事件(NE)的评估
在如上文实施例1中所述经治疗的受试者中，在施用抗CD19 CAR表达细胞之前和之后评估血清分析物和肿瘤负荷。事后确定肿瘤负荷或血清分析物水平与神经学事件(NE；也称为神经毒性，NT或NTx)的发生率和严重程度之间的关联性。
A.肿瘤负荷
在淋巴细胞清除化疗和向受试者施用CAR+ T细胞(如实施例1中所述)之前，测量淋巴结中的肿瘤负荷(如通过观察到的最大淋巴结直径(cm)或直径乘积之和(SPD；cm2)所测量)和血液中的肿瘤负荷(如通过淋巴细胞计数(1000/μL)所测量)。
如图7A中所示，观察到较低血液肿瘤负荷(p＝0.018)和通过观察到的最大淋巴结直径测量的较高淋巴结肿瘤负荷(p＝0.043)与1级或更高分级的神经学事件(Y＝Gr1-5)相关。如图7B中所示，观察到通过SPD测量的较高淋巴结肿瘤负荷(p＝0.025)与1级或更高分级的神经学事件相关(Gr 1-4；未观察到5级事件)相关。如图7C中所示，具有1级或更高分级的神经学事件的受试者(空心方块和实心菱形)通常具有低血液肿瘤负荷和高淋巴结肿瘤负荷，其中5个受试者中有5个具有重度(3级或更高分级；实心菱形)神经学事件且展现出低血液肿瘤负荷(图7C中的框中区域)。如图7D中所示，在具有1级或更高分级的神经学事件(任何NT，Y＝Gr 1-5)的受试者中，观察到血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率显著更低(p＝0.005)。在14名具有1级或更高分级的神经毒性的受试者中，有13名呈现患有淋巴结病。结果支持，测量血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率作为与在作为治疗性CAR+ T细胞组合物候选者和/或已被施用治疗性CAR+ T细胞组合物的受试者中的神经学事件风险相关的参数。
B.血清分析物
在实施例1所述的受试者中评估包括肿瘤坏死因子(TNF)和白介素16(IL-16)在内的分析物的水平。在施用CAR+ T细胞之前以及在施用的前三十天内的几个时间点测量分析物。
图8示出在没有展现出神经学事件(Ntx Gr＝0)或展现出1级或更高分级的神经学事件(Ntx Gr>0)的受试者组中，在治疗之前(PT；CAR+ T细胞施用前)以及在施用CAR+ T细胞之后30天内的各个时间点TNF和IL-16的几何平均(+/-SEM)浓度。结果显示，在继续发生1级或更高分级的神经学事件的受试者组中，在治疗之前和输注后的早期时间点，受试者血液中的TNF水平和IL-16水平更高。
如图9A中所示，早期阶段(例如，施用后第2天)IL-16(p＝0.0001)和TNF(p＝0.0028)水平与1级或更高分级的神经学事件显著相关。
如图9B中所示，还观察到血液中的IL-16(p＝0.0135)和TNF(p＝0.0032)水平与如通过直径乘积之和(SPD；cm2)测量的淋巴结肿瘤负荷正相关。具有任何NE分级(空心方块和实心菱形)的所有受试者(9/9)具有大于15的SPD值。如图9C中所示，还观察到在输注抗CD19CAR T细胞后第2天，血液中的IL-16(p＝0.0209)和TNF(p＝0.0091)水平与如通过观察到的最大淋巴结直径(cm)测量的淋巴结肿瘤负荷正相关。结果显示，IL-16和TNF水平与淋巴结肿瘤负荷正相关。
综上，结果显示，更大的淋巴结肿瘤负荷和升高的IL-16或TNF水平与神经学事件相关。此外，结果表明，较高的血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率与神经病学事件不相关，而较低的血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率与神经学事件相关。结果支持测量淋巴结肿瘤负荷、血液肿瘤负荷、治疗前和早期IL-16水平和/或TNF水平作为在作为治疗性CAR+ T细胞组合物候选者和/或已被施用治疗性CAR+ T细胞组合物的受试者中的神经学事件风险相关的参数的效用。
实施例3：对生物标记和反应的评估
从实施例1所述的受试者中，测定在紧临施用抗CD19-CAR表达细胞之前获得的样品中血管内皮生长因子C(VEGFC)和血管内皮生长因子受体1(VEGFR1)的水平，并且事后确定VEGFC和VEGFR1的水平与受试者对CAR+ T细胞施用的反应之间的关联性。
如图10A-图10B中所示，观察到在紧临在CAR+ T细胞施用之前获得的来自受试者的样品中的血管内皮生长因子C(VEGFC；图10A)和血管内皮生长因子受体1(VEGFR1；图10B)的水平与3个月时的反应相关。具体来说，与3个月时的无反应者(M3NR；在施用后3个月时或之前展现出SD或PD的受试者)相比，在3个月时的反应者(M3R；在施用后3个月时实现CR、CRi、PR或nPR的受试者)中的治疗前VEGFC和VEGFR1水平更低。
结果与评估VEGFC和VEGFR1作为与作为治疗性CAR+ T细胞组合物候选者的受试者中的反应相关的参数的效用一致。
实施例4：药代动力学和反应
评价在实施例1中所述的受试者和来自同一研究的其他受试者中，施用的抗CD19CAR表达细胞的药代动力学。通过流式细胞术评估在施用后血液中的CD3 CAR+ T细胞随时间推移的浓度，总体上如实施例1.D中所述。确定了血液中的CAR+ T细胞水平与反应之间的关联性。
图11A示出与在3个月时的无反应者(M3 NR；在施用后3个月时或之前展现出SD或PD的受试者)相比，在3个月时的反应者(M3 R；在施用后3个月时实现CR、CRi、PR或nPR的受试者)中评价的在输注后第1天直到第3个月的CD3+CAR+ T细胞药代动力学曲线。如所示，与第3个月的无反应者相比，在第3个月实现反应的受试者展现出更高的CD3+CAR+ T细胞浓度。
将接受抗CD19 CAR表达T细胞的受试者组中的CAR+ T细胞水平(n＝48)与接受抗CD19 CAR表达T细胞和依鲁替尼的组合的另一受试者群组(n＝16)进行比较。对于与依鲁替尼的组合疗法，受试者在筛选时正在接受依鲁替尼并继续接受依鲁替尼；或对于先前已停用依鲁替尼的受试者，在入组时开始以每天420mg的剂量(如果需要减少先前的剂量以控制毒性，则以更低的剂量)用依鲁替尼。继续施用依鲁替尼直到长达在输注CAR+ T细胞后90天，或者对于展现来自依鲁替尼组合治疗的益处的受试者则持续更长时间。在分析的时间点，对15名已接受依鲁替尼作为与CAR+ T细胞的组合疗法的受试者进行了评价。图11B示出对于仅接受CAR+ T细胞的受试者(“仅CAR T细胞”)和接受CAR+ T细胞和依鲁替尼的组合的受试者(“CAR T细胞和依鲁替尼”)评价的CD3CAR+ T细胞药代动力学曲线。结果显示，与仅接受CAR+ T细胞的受试者相比，接受依鲁替尼与CAR+ T细胞的组合的受试者总体上在3个月内显示出更高的CD3+CAR+ T细胞浓度。
实施例5；髓和外周血中微小残留病(MRD)的评估
在总体上如实施例1中所述的受试者中，分别地，通过基于NGS的测定(以10-4灵敏度)测量骨髓(BM)微小残留病(MRD)，并且通过流式细胞术(以10-4灵敏度)测量外周血(PB)MRD。
在施用抗CD19 CAR+ T细胞之后第30天或3个月，通过BM或PB的评估确定的MRD阳性(MRD+)或MRD阴性(MRD-)的受试者的数量列于表E9中。表E9和图12还示出在所有评估的受试者以及在第30天或第3个月评估的受试者中BM与PB MRD状态之间的总体一致性。这些结果示出根据BM或PB确定的MRD状态之间的高度一致性。在这些时间点和受试者上的观察结果与随时间推移而增加的一致性程度的增加一致。
本发明并不旨在限于具体公开的实施方案的范围，所提供的实施例例如是为了说明本发明的各个方面。根据本文的描述和传授，对组合物和方法的各种修改将变得清楚。可以在不脱离本公开文本的真实范围和精神的情况下实践这些变化，并且这些变化旨在落入本公开文本的范围内。
本发明并不旨在限于具体公开的实施方案的范围，所提供的实施例例如是为了说明本发明的各个方面。根据本文的描述和传授，对组合物和方法的各种修改将变得清楚。可以在不脱离本公开文本的真实范围和精神的情况下实践这些变化，并且这些变化旨在落入本公开文本的范围内。
序列
序列表
<110> 朱诺治疗学股份有限公司
<120> 与治疗B细胞恶性肿瘤的细胞疗法相关的毒性和反应的相关方法
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<141> 同此一起
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<213> 智人(Homo sapiens)
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Arg Arg Gly Lys Gly His Asp Gly Leu Tyr Gln Gly Leu Ser Thr Ala
85 90 95
Thr Lys Asp Thr Tyr Asp Ala Leu His Met Gln Ala Leu Pro Pro Arg
100 105 110
<210> 16
<211> 335
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> tEGFR
<400> 16
Arg Lys Val Cys Asn Gly Ile Gly Ile Gly Glu Phe Lys Asp Ser Leu
1 5 10 15
Ser Ile Asn Ala Thr Asn Ile Lys His Phe Lys Asn Cys Thr Ser Ile
20 25 30
Ser Gly Asp Leu His Ile Leu Pro Val Ala Phe Arg Gly Asp Ser Phe
35 40 45
Thr His Thr Pro Pro Leu Asp Pro Gln Glu Leu Asp Ile Leu Lys Thr
50 55 60
Val Lys Glu Ile Thr Gly Phe Leu Leu Ile Gln Ala Trp Pro Glu Asn
65 70 75 80
Arg Thr Asp Leu His Ala Phe Glu Asn Leu Glu Ile Ile Arg Gly Arg
85 90 95
Thr Lys Gln His Gly Gln Phe Ser Leu Ala Val Val Ser Leu Asn Ile
100 105 110
Thr Ser Leu Gly Leu Arg Ser Leu Lys Glu Ile Ser Asp Gly Asp Val
115 120 125
Ile Ile Ser Gly Asn Lys Asn Leu Cys Tyr Ala Asn Thr Ile Asn Trp
130 135 140
Lys Lys Leu Phe Gly Thr Ser Gly Gln Lys Thr Lys Ile Ile Ser Asn
145 150 155 160
Arg Gly Glu Asn Ser Cys Lys Ala Thr Gly Gln Val Cys His Ala Leu
165 170 175
Cys Ser Pro Glu Gly Cys Trp Gly Pro Glu Pro Arg Asp Cys Val Ser
180 185 190
Cys Arg Asn Val Ser Arg Gly Arg Glu Cys Val Asp Lys Cys Asn Leu
195 200 205
Leu Glu Gly Glu Pro Arg Glu Phe Val Glu Asn Ser Glu Cys Ile Gln
210 215 220
Cys His Pro Glu Cys Leu Pro Gln Ala Met Asn Ile Thr Cys Thr Gly
225 230 235 240
Arg Gly Pro Asp Asn Cys Ile Gln Cys Ala His Tyr Ile Asp Gly Pro
245 250 255
His Cys Val Lys Thr Cys Pro Ala Gly Val Met Gly Glu Asn Asn Thr
260 265 270
Leu Val Trp Lys Tyr Ala Asp Ala Gly His Val Cys His Leu Cys His
275 280 285
Pro Asn Cys Thr Tyr Gly Cys Thr Gly Pro Gly Leu Glu Gly Cys Pro
290 295 300
Thr Asn Gly Pro Lys Ile Pro Ser Ile Ala Thr Gly Met Val Gly Ala
305 310 315 320
Leu Leu Leu Leu Leu Val Val Ala Leu Gly Ile Gly Leu Phe Met
325 330 335
<210> 17
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> T2A
<400> 17
Glu Gly Arg Gly Ser Leu Leu Thr Cys Gly Asp Val Glu Glu Asn Pro
1 5 10 15
Gly Pro
<210> 18
<211> 22
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> P2A
<400> 18
Gly Ser Gly Ala Thr Asn Phe Ser Leu Leu Lys Gln Ala Gly Asp Val
1 5 10 15
Glu Glu Asn Pro Gly Pro
20
<210> 19
<211> 19
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> P2A
<400> 19
Ala Thr Asn Phe Ser Leu Leu Lys Gln Ala Gly Asp Val Glu Glu Asn
1 5 10 15
Pro Gly Pro
<210> 20
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> E2A
<400> 20
Gln Cys Thr Asn Tyr Ala Leu Leu Lys Leu Ala Gly Asp Val Glu Ser
1 5 10 15
Asn Pro Gly Pro
20
<210> 21
<211> 22
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> F2A
<400> 21
Val Lys Gln Thr Leu Asn Phe Asp Leu Leu Lys Leu Ala Gly Asp Val
1 5 10 15
Glu Ser Asn Pro Gly Pro
20
<210> 22
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 接头
<220>
<221> 重复
<222> (5)..(9)
<223> SGGGG重复5次
<400> 22
Pro Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Pro
1 5 10
<210> 23
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 接头
<400> 23
Gly Ser Ala Asp Asp Ala Lys Lys Asp Ala Ala Lys Lys Asp Gly Lys
1 5 10 15
Ser
<210> 24
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 接头
<400> 24
Gly Ser Thr Ser Gly Ser Gly Lys Pro Gly Ser Gly Glu Gly Ser Thr
1 5 10 15
Lys Gly
<210> 25
<211> 735
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 编码scFv的序列
<400> 25
gacatccaga tgacccagac cacctccagc ctgagcgcca gcctgggcga ccgggtgacc 60
atcagctgcc gggccagcca ggacatcagc aagtacctga actggtatca gcagaagccc 120
gacggcaccg tcaagctgct gatctaccac accagccggc tgcacagcgg cgtgcccagc 180
cggtttagcg gcagcggctc cggcaccgac tacagcctga ccatctccaa cctggaacag 240
gaagatatcg ccacctactt ttgccagcag ggcaacacac tgccctacac ctttggcggc 300
ggaacaaagc tggaaatcac cggcagcacc tccggcagcg gcaagcctgg cagcggcgag 360
ggcagcacca agggcgaggt gaagctgcag gaaagcggcc ctggcctggt ggcccccagc 420
cagagcctga gcgtgacctg caccgtgagc ggcgtgagcc tgcccgacta cggcgtgagc 480
tggatccggc agccccccag gaagggcctg gaatggctgg gcgtgatctg gggcagcgag 540
accacctact acaacagcgc cctgaagagc cggctgacca tcatcaagga caacagcaag 600
agccaggtgt tcctgaagat gaacagcctg cagaccgacg acaccgccat ctactactgc 660
gccaagcact actactacgg cggcagctac gccatggact actggggcca gggcaccagc 720
gtgaccgtga gcagc 735
<210> 26
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 铰链
<220>
<221> 变体
<222> (1)..(1)
<223> Xaa是甘氨酸、半胱氨酸或精氨酸
<220>
<221> 变体
<222> (4)..(4)
<223> Xaa是半胱氨酸或苏氨酸
<400> 26
Xaa Pro Pro Xaa Pro
1 5
<210> 27
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 铰链
<400> 27
Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro
1 5 10 15
<210> 28
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 铰链
<400> 28
Glu Arg Lys Cys Cys Val Glu Cys Pro Pro Cys Pro
1 5 10
<210> 29
<211> 61
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 铰链
<400> 29
Glu Leu Lys Thr Pro Leu Gly Asp Thr His Thr Cys Pro Arg Cys Pro
1 5 10 15
Glu Pro Lys Ser Cys Asp Thr Pro Pro Pro Cys Pro Arg Cys Pro Glu
20 25 30
Pro Lys Ser Cys Asp Thr Pro Pro Pro Cys Pro Arg Cys Pro Glu Pro
35 40 45
Lys Ser Cys Asp Thr Pro Pro Pro Cys Pro Arg Cys Pro
50 55 60
<210> 30
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 铰链
<400> 30
Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Ser Cys Pro
1 5 10
<210> 31
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 铰链
<400> 31
Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro
1 5 10
<210> 32
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 铰链
<400> 32
Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro
1 5
<210> 33
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 铰链
<400> 33
Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro
1 5 10
<210> 34
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 铰链
<400> 34
Glu Val Val Val Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro
1 5 10
<210> 35
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR L1
<400> 35
Arg Ala Ser Gln Asp Ile Ser Lys Tyr Leu Asn
1 5 10
<210> 36
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR L2
<400> 36
Ser Arg Leu His Ser Gly Val
1 5
<210> 37
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR L3
<400> 37
Gly Asn Thr Leu Pro Tyr Thr Phe Gly
1 5
<210> 38
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR H1
<400> 38
Asp Tyr Gly Val Ser
1 5
<210> 39
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR H2
<400> 39
Val Ile Trp Gly Ser Glu Thr Thr Tyr Tyr Asn Ser Ala Leu Lys Ser
1 5 10 15
<210> 40
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR H3
<400> 40
Tyr Ala Met Asp Tyr Trp Gly
1 5
<210> 41
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH
<400> 41
Glu Val Lys Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Ala Pro Ser Gln
1 5 10 15
Ser Leu Ser Val Thr Cys Thr Val Ser Gly Val Ser Leu Pro Asp Tyr
20 25 30
Gly Val Ser Trp Ile Arg Gln Pro Pro Arg Lys Gly Leu Glu Trp Leu
35 40 45
Gly Val Ile Trp Gly Ser Glu Thr Thr Tyr Tyr Asn Ser Ala Leu Lys
50 55 60
Ser Arg Leu Thr Ile Ile Lys Asp Asn Ser Lys Ser Gln Val Phe Leu
65 70 75 80
Lys Met Asn Ser Leu Gln Thr Asp Asp Thr Ala Ile Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Lys His Tyr Tyr Tyr Gly Gly Ser Tyr Ala Met Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Ser Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 42
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL
<400> 42
Asp Ile Gln Met Thr Gln Thr Thr Ser Ser Leu Ser Ala Ser Leu Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gln Asp Ile Ser Lys Tyr
20 25 30
Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Asp Gly Thr Val Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr His Thr Ser Arg Leu His Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Asn Leu Glu Gln
65 70 75 80
Glu Asp Ile Ala Thr Tyr Phe Cys Gln Gln Gly Asn Thr Leu Pro Tyr
85 90 95
Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Thr
100 105
<210> 43
<211> 245
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> scFv
<400> 43
Asp Ile Gln Met Thr Gln Thr Thr Ser Ser Leu Ser Ala Ser Leu Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gln Asp Ile Ser Lys Tyr
20 25 30
Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Asp Gly Thr Val Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr His Thr Ser Arg Leu His Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Asn Leu Glu Gln
65 70 75 80
Glu Asp Ile Ala Thr Tyr Phe Cys Gln Gln Gly Asn Thr Leu Pro Tyr
85 90 95
Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Thr Gly Ser Thr Ser Gly
100 105 110
Ser Gly Lys Pro Gly Ser Gly Glu Gly Ser Thr Lys Gly Glu Val Lys
115 120 125
Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Ala Pro Ser Gln Ser Leu Ser
130 135 140
Val Thr Cys Thr Val Ser Gly Val Ser Leu Pro Asp Tyr Gly Val Ser
145 150 155 160
Trp Ile Arg Gln Pro Pro Arg Lys Gly Leu Glu Trp Leu Gly Val Ile
165 170 175
Trp Gly Ser Glu Thr Thr Tyr Tyr Asn Ser Ala Leu Lys Ser Arg Leu
180 185 190
Thr Ile Ile Lys Asp Asn Ser Lys Ser Gln Val Phe Leu Lys Met Asn
195 200 205
Ser Leu Gln Thr Asp Asp Thr Ala Ile Tyr Tyr Cys Ala Lys His Tyr
210 215 220
Tyr Tyr Gly Gly Ser Tyr Ala Met Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Ser
225 230 235 240
Val Thr Val Ser Ser
245
<210> 44
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR L1
<400> 44
Lys Ala Ser Gln Asn Val Gly Thr Asn Val Ala
1 5 10
<210> 45
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR L2
<400> 45
Ser Ala Thr Tyr Arg Asn Ser
1 5
<210> 46
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR L3
<400> 46
Gln Gln Tyr Asn Arg Tyr Pro Tyr Thr
1 5
<210> 47
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR H1
<400> 47
Ser Tyr Trp Met Asn
1 5
<210> 48
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR H2
<400> 48
Gln Ile Tyr Pro Gly Asp Gly Asp Thr Asn Tyr Asn Gly Lys Phe Lys
1 5 10 15
Gly
<210> 49
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR H3
<400> 49
Lys Thr Ile Ser Ser Val Val Asp Phe Tyr Phe Asp Tyr
1 5 10
<210> 50
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH
<400> 50
Glu Val Lys Leu Gln Gln Ser Gly Ala Glu Leu Val Arg Pro Gly Ser
1 5 10 15
Ser Val Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Ala Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Trp Met Asn Trp Val Lys Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Gln Ile Tyr Pro Gly Asp Gly Asp Thr Asn Tyr Asn Gly Lys Phe
50 55 60
Lys Gly Gln Ala Thr Leu Thr Ala Asp Lys Ser Ser Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Gln Leu Ser Gly Leu Thr Ser Glu Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys
85 90 95
Ala Arg Lys Thr Ile Ser Ser Val Val Asp Phe Tyr Phe Asp Tyr Trp
100 105 110
Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 51
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL
<400> 51
Asp Ile Glu Leu Thr Gln Ser Pro Lys Phe Met Ser Thr Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Ser Val Thr Cys Lys Ala Ser Gln Asn Val Gly Thr Asn
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Lys Pro Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ala Thr Tyr Arg Asn Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Thr Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Thr Asn Val Gln Ser
65 70 75 80
Lys Asp Leu Ala Asp Tyr Phe Cys Gln Gln Tyr Asn Arg Tyr Pro Tyr
85 90 95
Thr Ser Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg
100 105
<210> 52
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 接头
<400> 52
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
1 5 10 15
<210> 53
<211> 245
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> scFv
<400> 53
Glu Val Lys Leu Gln Gln Ser Gly Ala Glu Leu Val Arg Pro Gly Ser
1 5 10 15
Ser Val Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Ala Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Trp Met Asn Trp Val Lys Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Gln Ile Tyr Pro Gly Asp Gly Asp Thr Asn Tyr Asn Gly Lys Phe
50 55 60
Lys Gly Gln Ala Thr Leu Thr Ala Asp Lys Ser Ser Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Gln Leu Ser Gly Leu Thr Ser Glu Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys
85 90 95
Ala Arg Lys Thr Ile Ser Ser Val Val Asp Phe Tyr Phe Asp Tyr Trp
100 105 110
Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
115 120 125
Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Asp Ile Glu Leu Thr Gln Ser
130 135 140
Pro Lys Phe Met Ser Thr Ser Val Gly Asp Arg Val Ser Val Thr Cys
145 150 155 160
Lys Ala Ser Gln Asn Val Gly Thr Asn Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys
165 170 175
Pro Gly Gln Ser Pro Lys Pro Leu Ile Tyr Ser Ala Thr Tyr Arg Asn
180 185 190
Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Thr Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe
195 200 205
Thr Leu Thr Ile Thr Asn Val Gln Ser Lys Asp Leu Ala Asp Tyr Phe
210 215 220
Cys Gln Gln Tyr Asn Arg Tyr Pro Tyr Thr Ser Gly Gly Gly Thr Lys
225 230 235 240
Leu Glu Ile Lys Arg
245
<210> 54
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR H3
<400> 54
His Tyr Tyr Tyr Gly Gly Ser Tyr Ala Met Asp Tyr
1 5 10
<210> 55
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR L2
<400> 55
His Thr Ser Arg Leu His Ser
1 5
<210> 56
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR L3
<400> 56
Gln Gln Gly Asn Thr Leu Pro Tyr Thr
1 5
<210> 57
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IGH引物
<400> 57
acacggcctc gtgtattact gt 22
<210> 58
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> IGH引物
<400> 58
acctgaggag acggtgacc 19
Claims (100)
1.一种确定在施用细胞疗法后发生毒性的风险的方法，所述方法包括：
在患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者中，评估选自淋巴结肿瘤负荷、血液肿瘤负荷、和血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的一个或多个疾病负荷参数，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述参数是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者评估的；以及
将所述一个或多个参数的值单独地与相应参数的阈值水平进行比较，其中：
(1)如果：(a)所述淋巴结肿瘤负荷等于或高于淋巴结肿瘤负荷的阈值水平；(b)所述血液肿瘤负荷低于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或(c)所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率低于所述比率的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后有发生神经毒性的风险；或者
(2)如果：(a)所述淋巴结肿瘤负荷低于肿瘤负荷的阈值水平；(b)所述血液肿瘤负荷等于或高于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或(c)所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率高于所述比率的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后没有发生神经毒性的风险。
2.根据权利要求1所述的方法，其中如果所述受试者被鉴定为有发生神经毒性的风险，则所述方法进一步包括：
(i)向所述受试者任选地以减少的剂量施用所述细胞疗法，任选地其中：
(a)所述方法进一步包括向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗；和/或
(b)在或指定为在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下向所述受试者进行所述细胞疗法的施用；或者
(ii)向所述受试者施用除所述细胞疗法之外的用于治疗CLL或SLL的替代治疗。
3.根据权利要求1所述的方法，其中如果所述受试者被鉴定为没有发生神经毒性的风险，所述方法进一步包括：
(i)向所述受试者施用所述细胞疗法，任选地其中：
(a)不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出毒性的体征或症状，任选地在所述受试者展现出持续发热或者在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热时或之后；和/或
(b)在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访，任选地除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。
4.一种选择受试者用于用细胞疗法治疗的方法，其中所述方法包括：
在患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者中，评估选自淋巴结肿瘤负荷、血液肿瘤负荷、和血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的一个或多个疾病负荷参数，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述参数是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者评估的；以及
将所述一个或多个参数的值单独地与相应参数的阈值水平进行比较，其中：
(1)如果(a)所述淋巴结肿瘤负荷等于或高于淋巴结肿瘤负荷的阈值水平；(b)所述血液肿瘤负荷低于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或(c)所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率低于所述比率的阈值水平，则选择所述受试者用于：
(i)以减少的剂量施用所述细胞疗法；
(ii)施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱神经毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗；
(iii)施用所述细胞疗法，所述细胞疗法的施用是在或指定为在住院环境中和/或入院一天或多天的情况下进行的；和/或
(iv)施用除所述细胞疗法之外的用于治疗所述CLL或SLL的替代治疗；或者
(2)如果(a)所述淋巴结肿瘤负荷低于肿瘤负荷的阈值水平；(b)所述血液肿瘤负荷等于或高于血液肿瘤负荷的阈值水平；和/或(c)所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率高于所述比率的阈值水平，则选择所述受试者用于：
(i)施用所述细胞疗法，任选地其中：
(a)不向所述受试者施用能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，除非或直到所述受试者展现出毒性的体征或症状，任选地在所述受试者展现出持续发热或者在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热时或之后；和/或
(b)在门诊基础上和/或在不使所述受试者入院的情况下和/或不在医院过夜停留的情况下和/或不需要入院或在医院过夜停留的情况下进行所述细胞疗法的施用和任何随访，任选地除非或直到所述受试者展现出持续发热或在用退热药治疗后未降低或尚未降低或未降低大于1℃的发热。
5.根据权利要求4所述的方法，所述方法进一步包括向所述受试者施用所述细胞疗法，能够治疗、预防、延迟、降低或减弱毒性的发生或发生风险的药剂或其他治疗，和/或替代治疗。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中评估所述血液肿瘤负荷包括确定所述受试者的血液中的淋巴细胞浓度。
7.根据权利要求6所述的方法，其中所述浓度是每微升(μL)血液的淋巴细胞计数。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述血液肿瘤负荷的阈值水平是在为或约800个淋巴细胞/μL与为或约3000个淋巴细胞/μL之间的值。
9.根据权利要求8所述的方法，其中所述血液肿瘤负荷的阈值水平是为或约800个淋巴细胞/μL、900个淋巴细胞/μL、1000个淋巴细胞/μL、1250个淋巴细胞/μL、1500个淋巴细胞/μL、1750个淋巴细胞/μL、2000个淋巴细胞/μL、2250个淋巴细胞/μL、2500个淋巴细胞/μL、2750个淋巴细胞/μL或3000个淋巴细胞/μL的值，或任何前述值之间的值。
10.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其中评估所述淋巴结肿瘤负荷包括确定最大淋巴结直径。
11.根据权利要求10所述的方法，其中所述最大淋巴结直径以厘米(cm)度量。
12.根据权利要求10或权利要求11所述的方法，其中作为所述淋巴结肿瘤负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是在为或约4cm与为或约7cm之间的值。
13.根据权利要求10-12中任一项所述的方法，其中作为所述淋巴结肿瘤负荷的最大淋巴结直径的阈值水平是为或约4cm、4.25cm、4.5cm、4.75cm、5cm、5.25cm、5.5cm、5.75cm、6cm、6.25cm、6.5cm、6.75cm或7cm的值，或任何前述值之间的值。
14.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其中评估所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率包括确定每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率。
15.根据权利要求14所述的方法，其中作为所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是在为或约300与为或约1000之间的值。
16.根据权利要求14或权利要求15所述的方法，其中作为所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以厘米(cm)计的最大淋巴结直径的比率的阈值水平是为或约300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950或1000的值，或任何前述值之间的值。
17.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其中评估所述淋巴结肿瘤负荷包括确定直径乘积之和(SPD)。
18.根据权利要求17所述的方法，其中所述SPD以平方厘米(cm2)度量。
19.根据权利要求17或权利要求18所述的方法，其中作为所述淋巴结肿瘤负荷的SPD的阈值水平是在为或约10cm2与为或约40cm2之间的值。
20.根据权利要求17-19中任一项所述的方法，其中作为所述淋巴结肿瘤负荷的SPD的阈值水平是为或约10cm2、12.5cm2、15cm2、17.5cm2、20cm2、22.5cm2、25cm2、27.5cm2、30cm2、32.5cm2、35cm2、37.5cm2或40cm2的值，或任何前述值之间的值。
21.根据权利要求1-9和17-20中任一项所述的方法，其中评估所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率包括确定每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与以平方厘米(cm2)计的直径乘积之和(SPD)的比率。
22.根据权利要求21所述的方法，其中作为所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是在为或约25与为或约500之间的值。
23.根据权利要求21或权利要求22所述的方法，其中作为所述血液肿瘤负荷与淋巴结肿瘤负荷的比率的每微升(μL)血液的淋巴细胞计数与SPD的比率的阈值水平是为或约25、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450或500的值，或任何前述值之间的值。
24.根据权利要求1-23中任一项所述的方法，其中所述一个或多个疾病负荷参数的值是在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前所述一个或多个疾病负荷参数的值。
25.一种确定在施用细胞疗法后发生毒性的风险的方法，所述方法包括：
测定生物样品中肿瘤坏死因子(TNF)和/或白介素-16(IL-16)的水平、量或浓度，其中所述生物样品来自患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前或在CAR+T细胞扩增峰值之前和/或在开始施用所述细胞疗法之后为或约11天内从所述受试者获得的；以及
将TNF和/或IL-16的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较，其中：
所述TNF的阈值水平是在为或约7pg/mL与为或约25pg/mL之间的值；和/或
所述IL-16的阈值水平是在为或约400pg/mL与为或约1000pg/mL之间的值；以及
(1)如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后有发生神经毒性的风险；或者
(2)如果TNF和/或IL-16的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为在施用所述细胞疗法后没有发生神经毒性的风险。
26.根据权利要求2-24中任一项所述的方法，其中所述药剂或其他治疗是或包含抗IL-6抗体、抗IL-6R抗体或类固醇。
27.根据权利要求2-24中任一项所述的方法，其中所述药剂是或包含托珠单抗、司妥昔单抗或地塞米松。
28.根据权利要求1-27中任一项所述的方法，其中所述神经毒性是重度神经毒性。
29.根据权利要求1-28中任一项所述的方法，其中所述神经毒性是3级或更高分级的神经毒性。
30.一种评估对细胞疗法的反应的可能性的方法，所述方法包括：
评估生物样品中血管内皮生长因子C(VEGFC)和/或血管内皮生长因子受体1(VEGFR1)的水平、量或浓度，其中所述生物样品来自患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得的；以及
将所述样品中的VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度单独地与阈值水平进行比较；其中：
(1)如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有高的实现反应的可能性；或者
(2)如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有低的实现反应的可能性。
31.一种选择受试者用于用细胞疗法治疗的方法，其中所述方法包括：
评估生物样品中血管内皮生长因子C(VEGFC)和/或血管内皮生长因子受体1(VEGFR1)的水平、量或浓度，其中所述生物样品来自患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得的；以及
基于通过将所述样品中所述VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较来确定受试者将实现对所述细胞疗法的反应的可能性的结果，选择可能对治疗有反应的受试者；其中：
(1)如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有高的实现反应的可能性；或者
(2)如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有低的实现反应的可能性。
32.根据权利要求30或权利要求31所述的方法，所述方法进一步包括将所述细胞疗法施用于所述被选择用于治疗的受试者。
33.一种用于治疗的方法，其中所述方法包括：
(a)基于通过将生物样品中血管内皮生长因子C(VEGFC)和/或血管内皮生长因子受体1(VEGFR1)的水平、量或浓度单独地与各自的阈值水平进行比较来确定受试者将实现对所述细胞疗法的反应的可能性的结果，选择可能对治疗有反应的受试者，其中：
(1)如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度低于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有高的实现反应的可能性；或者
(2)如果VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度等于或高于相应的阈值水平，则将所述受试者鉴定为对所述细胞疗法具有低的实现反应的可能性；
其中所述生物样品来自患有CLL或SLL的作为用细胞疗法治疗的候选者的受试者，所述细胞疗法包含一定剂量的工程化细胞，所述工程化细胞包含表达与分化簇19(CD19)结合的嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述生物样品是在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得的和/或所述受试者不包含表达所述CAR的T细胞；以及
(b)将所述细胞疗法施用于被选择用于治疗的受试者。
34.根据权利要求30-33中任一项所述的方法，其中：
所述阈值水平是在接受细胞疗法之前从受试者组获得的生物样品中的VEGFC和/或VEGFR1的中值或平均水平、量或浓度25％内、20％内、15％内、10％内或5％内和/或一个标准差内，是为或约或超过所述中值或平均水平、量或浓度，其中在施用用于治疗所述CLL或所述SLL的一定剂量的表达所述CAR的工程化细胞之后所述组中的每名受试者实现反应；
所述阈值水平是在接受细胞疗法之前从受试者组获得的生物样品中的VEGFC和/或VEGFR1的中值或平均水平、量或浓度的1.25倍或大于1.25倍、1.3倍或大于1.3倍、1.4倍或大于1.4倍、或1.5倍或大于1.5倍，其中在施用用于治疗所述CLL或所述SLL的一定剂量的表达所述CAR的工程化细胞之后所述组中的每名受试者实现反应；
所述阈值水平是从并非作为用所述细胞疗法治疗的候选者的正常或健康受试者组获得的生物样品中的VEGFC和/或VEGFR1的水平、量或浓度的1.25倍或大于1.25倍、1.3倍或大于1.3倍、1.4倍或大于1.4倍、或1.5倍或大于1.5倍。
35.根据权利要求30-34中任一项所述的方法，所述VEGFC的阈值水平是在为或约60pg/mL与为或约70pg/mL之间的值。
36.根据权利要求30-35中任一项所述的方法，所述VEGFR1的阈值水平是在为或约80pg/mL与为或约120pg/mL之间的值。
37.根据权利要求30-36中任一项所述的方法，其中：
评估VEGFC和VEGFR1二者的水平、量或浓度；
所述VEGFC的阈值水平是在为或约60pg/mL与为或约70pg/mL之间的值；以及
所述VEGFR1的阈值水平是在为或约80pg/mL与为或约120pg/mL之间的值。
38.根据权利要求30-37中任一项所述的方法，其中所述生物样品是或获得自血液样品、血浆样品或血清样品。
39.根据权利要求30-38中任一项所述的方法，其中所述评估包括：
(a)使生物样品与能够检测VEGFC和/或VEGFR1或对于VEGFC和/或VEGFR1具有特异性的一种或多种试剂接触，任选地其中所述一种或多种试剂包括特异性识别VEGFC和/或VEGFR1的抗体；以及
(b)检测包含所述一种或多种试剂和VEGFC和/或VEGFR1的复合物的存在或不存在。
40.根据权利要求30-39中任一项所述的方法，其中所述评估包括免疫测定。
41.根据权利要求30-40中任一项所述的方法，其中所述评估包括酶联免疫吸附测定(ELISA)、免疫印迹、免疫沉淀、放射免疫测定(RIA)、免疫染色、流式细胞术测定、表面等离子体共振(SPR)、化学发光测定、侧流免疫测定、抑制测定或亲合力测定。
42.根据权利要求30-41中任一项所述的方法，其中所述评估包括酶联免疫吸附测定(ELISA)，任选基于珠的ELISA。
43.根据权利要求30-42中任一项所述的方法，其中所述反应包括客观反应。
44.根据权利要求43所述的方法，其中所述客观反应包括完全反应(CR；在一些情况下也称为完全缓解)、伴不完全血细胞计数恢复的完全缓解(CRi)、完全缓解(CR)、伴不完全骨髓恢复的CR(CRi)、结节部分缓解(nPR)、部分反应(PR)。
45.根据权利要求30-44中任一项所述的方法，其中所述反应是在开始施用所述细胞疗法之后为或约1、2或3个月或更长时间评估的反应。
46.根据权利要求30-45中任一项所述的方法，其中所述反应是在开始施用所述细胞疗法之后为或约3个月评估的反应。
47.根据权利要求1-46中任一项所述的方法，其进一步包括，在施用所述细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。
48.根据权利要求1-47中任一项所述的方法，其中已对所述受试者用淋巴细胞清除疗法进行了预调理。
49.根据权利要求48所述的方法，其中在向所述受试者施用所述淋巴细胞清除疗法之前，从所述受试者获得所述生物样品。
50.根据权利要求48所述的方法，其中在向所述受试者施用所述淋巴细胞清除疗法之前评估所述一个或多个疾病负荷参数。
51.根据权利要求47-50中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞清除疗法包括施用氟达拉滨和/或环磷酰胺。
52.根据权利要求47-51中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞清除疗法包括每天以约200-400mg/m2，任选地以或以约300mg/m2并包含端值施用环磷酰胺，和/或以约20-40mg/m2，任选地30mg/m2施用氟达拉滨，持续2-4天，任选地持续3天。
53.根据权利要求47-52中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞清除疗法包括每天以或以约300mg/m2施用环磷酰胺和以约30mg/m2施用氟达拉滨，持续3天，任选地其中在所述淋巴细胞清除疗法之后至少或至少约2-7天或者在开始所述淋巴细胞清除疗法之后至少或至少约2-7天施用细胞的所述剂量。
54.根据权利要求1-53中任一项所述的方法，所述方法进一步包括向所述受试者施用布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂(BTKi)。
55.根据权利要求54所述的方法，其中所述BTKi是依鲁替尼。
56.根据权利要求54或权利要求55所述的方法，其中在开始施用所述细胞疗法之前开始BTKi施用。
57.根据权利要求56所述的方法，其中所述BTKi施用继续进行直到开始施用所述细胞疗法之后。
58.根据权利要求56或权利要求57所述的方法，其中在开始施用所述细胞疗法之后，所述BTKi施用继续进行至少约或约90天。
59.根据权利要求55-58中任一项所述的方法，其中将所述依鲁替尼以每天为或约140mg至为或约840mg的剂量施用。
60.根据权利要求55-59中任一项所述的方法，其中将所述依鲁替尼以每天为或约280mg至为或约560mg的剂量施用。
61.根据权利要求55-60中任一项所述的方法，其中将所述依鲁替尼以每天为或约420mg的剂量施用。
62.根据权利要求1-61中任一项所述的方法，其中所述疾病或病症是复发性或难治性(r/r)CLL。
63.根据权利要求1-62中任一项所述的方法，其中所述疾病或病症是复发性或难治性(r/r)SLL。
64.根据权利要求1-63中任一项所述的方法，其中工程化细胞的所述剂量包含限定比率的表达所述CAR的CD4+细胞与表达所述CAR的CD8+细胞，任选地其中所述比率在大约1:3与大约3:1之间。
65.根据权利要求1-64中任一项所述的方法，其中工程化细胞的所述剂量包含限定比率的表达所述CAR的CD4+细胞与表达所述CAR的CD8+细胞，所述限定比率为或为大约1:1。
66.根据权利要求1-65中任一项所述的方法，其中工程化细胞的所述剂量包含为或约2.5x 107个总CAR表达细胞至为或约1.0x 108个总CAR表达细胞。
67.根据权利要求1-66中任一项所述的方法，其中工程化细胞的所述剂量包含为或约2.5x 107个总CAR表达细胞。
68.根据权利要求1-66中任一项所述的方法，其中工程化细胞的所述剂量包含为或约5x 107个总细胞或总CAR表达细胞。
69.根据权利要求1-66中任一项所述的方法，其中工程化细胞的所述剂量包含为或约1x 108个总细胞或总CAR表达细胞。
70.根据权利要求1-69中任一项所述的方法，其中施用所述细胞疗法包括施用多种单独组合物，其中所述多种单独组合物包含含有所述CD4+T细胞和所述CD8+T细胞中的一种的第一组合物以及含有所述CD4+T细胞和所述CD8+T细胞中的另一种的第二组合物。
71.根据权利要求1-70中任一项所述的方法，其中所述第一组合物包含所述CD8+T细胞，并且所述第二组合物包含所述CD4+T细胞。
72.根据权利要求71所述的方法，其中开始施用所述第一组合物是在开始施用所述第二组合物之前进行的，任选地其中开始施用所述第一组合物和开始施用所述第二组合物是以不超过48小时的间隔进行的。
73.根据权利要求64-72中任一项所述的方法，其中所述CD4+T细胞包含的CAR和/或所述CD8+T细胞包含的CAR包含相同的CAR，和/或其中对所述CD4+T细胞和/或所述CD8+T细胞进行了基因工程化以表达相同的CAR。
74.根据权利要求1-73中任一项所述的方法，其中，在施用所述细胞疗法之前，已经用除另一剂量的表达CAR的细胞或淋巴细胞清除疗法之外的针对所述CLL或SLL的一种或多种先前疗法、任选地至少两种先前疗法对所述受试者进行了治疗。
75.根据权利要求1-74中任一项所述的方法，其中，在施用所述细胞疗法之前，所述受试者已经在用两种或更多种先前疗法的治疗之后缓解后复发，或变得对于用两种或更多种先前疗法的治疗是难治的，对于用两种或更多种先前疗法的治疗经历失败，和/或对用两种或更多种先前疗法的治疗不耐受。
76.根据权利要求74或权利要求75所述的方法，其中所述一种或多种先前疗法选自激酶抑制剂，任选地布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)的抑制剂，任选地依鲁替尼；维奈妥拉；包含氟达拉滨和利妥昔单抗的组合疗法；放射疗法；以及造血干细胞移植(HSCT)。
77.根据权利要求74-76中任一项所述的方法，其中所述一种或多种先前疗法包括布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)的抑制剂和/或维奈妥拉。
78.根据权利要求74-77中任一项所述的方法，其中所述一种或多种先前疗法包括依鲁替尼和维奈妥拉。
79.根据权利要求74-77中任一项所述的方法，其中所述受试者已经在用布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)的抑制剂和/或维奈妥拉的治疗之后缓解后复发，变得对于用布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)的抑制剂和/或维奈妥拉的失败治疗是难治的，和/或对布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)的抑制剂和/或维奈妥拉不耐受。
80.根据权利要求74-79中任一项所述的方法，其中所述受试者已经在用依鲁替尼和维奈妥拉的治疗之后缓解后复发，变得对于依鲁替尼和维奈妥拉是难治的，对于用依鲁替尼和维奈妥拉的治疗经历失败，和/或对依鲁替尼和维奈妥拉不耐受。
81.根据权利要求1-80中任一项所述的方法，其中所述工程化细胞是从受试者获得的原代T细胞。
82.根据权利要求1-81中任一项所述的方法，其中所述工程化细胞对所述受试者是自体的。
83.根据权利要求1-82中任一项所述的方法，其中：
所述CAR包含对CD19具有特异性的细胞外抗原结合结构域、跨膜结构域、源自共刺激分子任选4-1BB的胞质信号传导结构域以及源自含有ITAM的初级信号传导分子任选CD3ζ的胞质信号传导结构域；和/或
所述CAR依次包含对CD19具有特异性的细胞外抗原结合结构域、跨膜结构域、源自共刺激分子的胞质信号传导结构域、和源自含有ITAM的初级信号传导分子的胞质信号传导结构域。
84.根据权利要求83所述的方法，其中所述抗原结合结构域是scFv。
85.根据权利要求84所述的方法，其中：
所述scFv包含RASQDISKYLN(SEQ ID NO:35)的CDRL1序列、SRLHSGV(SEQ ID NO:36)的CDRL2序列、和/或GNTLPYTFG(SEQ ID NO:37)的CDRL3序列，和/或DYGVS(SEQ ID NO:38)的CDRH1序列、VIWGSETTYYNSALKS(SEQ ID NO:39)的CDRH2序列、和/或YAMDYWG(SEQ ID NO:40)的CDRH3序列；
所述scFv包含FMC63的可变重链区和FMC63的可变轻链区和/或FMC63的CDRL1序列、FMC63的CDRL2序列、FMC63的CDRL3序列、FMC63的CDRH1序列、FMC63的CDRH2序列、和FMC63的CDRH3序列，或者与前述任一者结合相同表位或与前述任一者竞争结合；
所述scFv包含SEQ ID NO:41中所示的VH和SEQ ID NO:42中所示的VL，任选地其中所述VH和VL由柔性接头分开，任选地其中所述柔性接头是或包含SEQ ID NO:24中所示的序列；和/或
所述scFv是或包含SEQ ID NO:43中所示的序列。
86.根据权利要求83-85中任一项所述的方法，其中所述共刺激信号传导区是CD28或4-1BB的信号传导结构域。
87.根据权利要求83-86中任一项所述的方法，其中所述共刺激信号传导区是4-1BB的信号传导结构域。
88.根据权利要求83-87中任一项所述的方法，其中所述共刺激结构域包含SEQ ID NO:12或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体。
89.根据权利要求83-88中任一项所述的方法，其中所述初级信号传导结构域是CD3ζ信号传导结构域。
90.根据权利要求83-89中任一项所述的方法，其中所述初级信号传导结构域包含具有与其至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的SEQ ID NO:13、14或15。
91.根据权利要求83-90中任一项所述的方法，其中所述CAR进一步包含在所述跨膜结构域与所述抗原结合结构域之间的间隔子。
92.根据权利要求91所述的方法，其中所述间隔子是多肽间隔子，所述多肽间隔子包含以下或由以下组成：全部或部分免疫球蛋白铰链或其修饰形式，任选IgG4铰链或其修饰形式。
93.根据权利要求91或权利要求92所述的方法，其中所述间隔子是约15个氨基酸或更少，并且不包含CD28细胞外区域或CD8细胞外区域。
94.根据权利要求91-93中任一项所述的方法，其中所述间隔子的长度为或为约12个氨基酸。
95.根据权利要求91-94中任一项所述的方法，其中：
所述间隔子具有以下或由以下组成：SEQ ID NO:1的序列、由SEQ ID NO:2编码的序列、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34，或与前述任一者具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的前述任一者的变体；和/或
包含式X1PPX2P或由其组成，其中X1是甘氨酸、半胱氨酸或精氨酸并且X2是半胱氨酸或苏氨酸。
96.根据权利要求83-95中任一项所述的方法，其中：
所述scFv包含RASQDISKYLN(SEQ ID NO:35)的氨基酸序列、SRLHSGV(SEQ ID NO:36)的氨基酸序列和/或GNTLPYTFG(SEQ ID NO:37)的氨基酸序列和/或DYGVS(SEQ ID NO:38)的氨基酸序列、VIWGSETTYYNSALKS(SEQ ID NO:39)的氨基酸序列和/或YAMDYWG(SEQ ID NO:40)的氨基酸序列，或者其中所述scFv包含FMC63的可变重链区和FMC63的可变轻链区和/或FMC63的CDRL1序列、FMC63的CDRL2序列、FMC63的CDRL3序列、FMC63的CDRH1序列、FMC63的CDRH2序列和FMC63的CDRH3序列，或者与前述任一项结合相同的表位或与前述任一项竞争结合，并且任选地其中所述scFv依次包含VH、任选地包含SEQ ID NO:24的接头和VL，和/或所述scFv包含柔性接头和/或包含如SEQ ID NO:43所示的氨基酸序列；
所述间隔子是多肽间隔子，所述多肽间隔子(a)包含全部或部分免疫球蛋白铰链或所述免疫球蛋白铰链的修饰形式或由其组成，或者包含约15个氨基酸或更少，并且不包含CD28细胞外区域或CD8细胞外区域，(b)包含全部或部分免疫球蛋白铰链任选IgG4铰链或所述免疫球蛋白铰链的修饰形式或由其组成，和/或包含约15个氨基酸或更少，并且不包含CD28细胞外区域或CD8细胞外区域，或者(c)长度是为或约12个氨基酸和/或包含全部或部分免疫球蛋白铰链任选IgG4或所述免疫球蛋白铰链的修饰形式或由其组成；或者(d)具有以下或由以下组成：SEQ ID NO:1的序列、由SEQ ID NO:2编码的序列、SEQ ID NO:30、SEQID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34，或与前述任一者具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的前述任一者的变体，或者(e)包含式X1PPX2P或由其组成，其中X1是甘氨酸、半胱氨酸或精氨酸，并且X2是半胱氨酸或苏氨酸；
所述共刺激结构域包含SEQ ID NO:12或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体；和/或
所述初级信号传导结构域包含具有与其至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的SEQ ID NO:13、14或15。
97.根据权利要求83-96中任一项所述的方法，其中：
所述抗原结合结构域包含scFv，所述scFv包含FMC63的可变重链区和FMC63的可变轻链区；
所述CAR进一步包含间隔子，所述间隔子是包含SEQ ID NO:1的序列的多肽间隔子；
所述共刺激结构域包含SEQ ID NO:12；以及
所述初级信号传导结构域包含SEQ ID NO:13、14或15。
98.根据权利要求1-97中任一项所述的方法，其中所述受试者是人受试者。
99.一种制品，所述制品包含：用于细胞疗法的组合物、或用于细胞疗法的多种组合物中的一种，所述组合物或所述多种组合物中的一种包含表达与CD19结合的CAR的T细胞；以及用于施用所述细胞疗法的说明书，其中所述说明书指定根据权利要求1-98中任一项所述的方法施用所述T细胞组合物。
100.一种包含表达与CD19结合的CAR的T细胞的细胞疗法，用于根据权利要求1-98中任一项所述的方法治疗患有慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)或小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)的受试者的方法中。
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| PB01 | Publication | ||
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| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
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