CN114574594A - 加州鲈性别特异snp分子标记引物及其应用 - Google Patents
加州鲈性别特异snp分子标记引物及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN114574594A CN114574594A CN202210206595.0A CN202210206595A CN114574594A CN 114574594 A CN114574594 A CN 114574594A CN 202210206595 A CN202210206595 A CN 202210206595A CN 114574594 A CN114574594 A CN 114574594A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- micropterus salmoides
- sex
- identifying
- assisting
- kit
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 title abstract description 11
- 241000269799 Perca fluviatilis Species 0.000 title description 2
- 241001125889 Micropterus salmoides Species 0.000 claims abstract description 56
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims abstract description 17
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims abstract description 17
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 16
- 238000009395 breeding Methods 0.000 claims description 11
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 claims description 11
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 claims description 8
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 4
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 4
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 claims description 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 2
- JLVVSXFLKOJNIY-UHFFFAOYSA-N Magnesium ion Chemical compound [Mg+2] JLVVSXFLKOJNIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 238000004090 dissolution Methods 0.000 claims description 2
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 claims description 2
- 229910001425 magnesium ion Inorganic materials 0.000 claims description 2
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 claims description 2
- 238000013211 curve analysis Methods 0.000 claims 1
- 238000011880 melting curve analysis Methods 0.000 abstract description 2
- 239000000047 product Substances 0.000 description 13
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 12
- 241000251468 Actinopterygii Species 0.000 description 11
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 7
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 6
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 5
- 241000376029 Tachysurus fulvidraco Species 0.000 description 4
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 4
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 4
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 4
- 239000011347 resin Substances 0.000 description 4
- 229920005989 resin Polymers 0.000 description 4
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 3
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 3
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 description 3
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 description 3
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 3
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000012070 whole genome sequencing analysis Methods 0.000 description 3
- 241001014350 Cynoglossus semilaevis Species 0.000 description 2
- 241000252233 Cyprinus carpio Species 0.000 description 2
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 2
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 2
- 241000277275 Oncorhynchus mykiss Species 0.000 description 2
- 241000276703 Oreochromis niloticus Species 0.000 description 2
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 2
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 2
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 2
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 2
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 2
- 238000005265 energy consumption Methods 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 2
- 229940057995 liquid paraffin Drugs 0.000 description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 2
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 2
- 230000010355 oscillation Effects 0.000 description 2
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 2
- 238000012257 pre-denaturation Methods 0.000 description 2
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 2
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 2
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 1
- 241001597062 Channa argus Species 0.000 description 1
- 241000252500 Ictalurus Species 0.000 description 1
- 241000252498 Ictalurus punctatus Species 0.000 description 1
- 241000404975 Synchiropus splendidus Species 0.000 description 1
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 description 1
- 238000009360 aquaculture Methods 0.000 description 1
- 244000144974 aquaculture Species 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 238000002224 dissection Methods 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 238000001976 enzyme digestion Methods 0.000 description 1
- 238000007710 freezing Methods 0.000 description 1
- 230000008014 freezing Effects 0.000 description 1
- 238000012268 genome sequencing Methods 0.000 description 1
- 210000002149 gonad Anatomy 0.000 description 1
- 125000005842 heteroatom Chemical group 0.000 description 1
- 238000012165 high-throughput sequencing Methods 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 1
- 230000021332 multicellular organism growth Effects 0.000 description 1
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 230000020509 sex determination Effects 0.000 description 1
- 230000001568 sexual effect Effects 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 210000001550 testis Anatomy 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 description 1
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6858—Allele-specific amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A40/00—Adaptation technologies in agriculture, forestry, livestock or agroalimentary production
- Y02A40/80—Adaptation technologies in agriculture, forestry, livestock or agroalimentary production in fisheries management
- Y02A40/81—Aquaculture, e.g. of fish
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了加州鲈性别特异SNP分子标记引物及其应用。通过所述SNP分子标记区分样本属于纯合子(XX)或是杂合子(XY)，从而鉴别样本加州鲈的性别，其判断准确率为100％。还包括用于扩增上述SNP分子标记的引物对、试剂盒。另外还提供了供鉴别加州鲈性别的方法，包括步骤：(a)提取待测加州鲈的DNA；(b)以提取的DNA为样本，使用上述引物对或上述试剂盒进行扩增，得到扩增产物；(c)使用高分辨溶解曲线分析(Lightscanner)系统鉴别扩增产物的基因型，若扩增产物为纯合子即待测加州鲈为雌性，若扩增产物为杂合子即待测加州鲈为雄性。
Description
技术领域
本发明涉及基因检测技术领域，特别涉及加州鲈性别特异SNP分子标记引 物及其应用。
背景技术
水产养殖和野外调查发现，许多鱼类的雌雄个体间存在显著差异，如在鲤鱼(Cyprinus carpio)、虹鳟和半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)等鱼类中，卵巢成熟 比精巢晚，性成熟期间大部分营养物质转化为身体的增长，因而雌性个体比雄性 大；相反，尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)、黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco) 和斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)等鱼类的精巢成熟比卵巢晚，雄性生长速率比 雌性快，因而雄性个体大。鱼类养殖生产中单性苗养殖具有规格整齐，降低繁殖 耗能等优势，是当前养殖新品种开发的热点。开发和获得性别特异的分子标记是 培育单性苗的必要前提。
随着测序费用的不断降低，通过全基因组测序(WGS)、简化基因组测序 (RAD-seq)等高通量测序技术大大加快了性别连锁标记研究的步伐。已有多种 鱼类的性别特异分子标记被开发出来，如黄颡鱼，鳜鱼，江黄颡鱼，乌鳢等。
加州鲈(Micropterus salmoides)养殖过程中存在大吃小的现象，雌雄个体 存在一定的生长差异，同时雌鱼由于繁殖耗能，生长降低速度降低，淘汰增加， 影响养殖效益。培育单性加州鲈苗种将可以很好的解决这些问题，具有重要的经 济效益。目前，国内外还没有加州鲈性别特异分子标记的报道。因此开发加州鲈 性别特异的分子标记对于培育单性加州鲈苗具有重要的生产应用价值。
发明内容
本发明目的在于提供加州鲈性别特异SNP分子标记引物及其应用，以解决 现有技术中所存在的一个或多个技术问题，提供至少一种有益的选择或创造条 件。
本发明的第一方面在于提供一种用于扩增上述SNP分子标记的引物对。所 述引物对包括：
上游引物：5’-GAGAAGTCAGAGACGATCAG-3’(SEQ ID NO.1)；
下游引物：5’-TCCTCGAACTCTATGGTGCT-3’(SEQ ID NO.2)。
本发明的第二方面在于提供上述引物对的应用。所述引物对可用于：(1)鉴 定或辅助鉴定大口黑鲈遗传性别/(2)大口黑鲈辅助育种/(3)制备用于鉴定或 辅助鉴定大口黑鲈遗传性别的产品/(4)制备用于大口黑鲈辅助育种的产品。
本发明的第三方面在于提供一种试剂盒，其包含上述引物对。
优选地，所述试剂盒还包括：含有镁离子的10×buffe、LC Green饱和荧 光染料、dNTP、Taq酶。
本发明的第六方面在于提供上述试剂盒的应用。所述试剂盒可用于：(1)鉴 定或辅助鉴定大口黑鲈遗传性别/(2)大口黑鲈辅助育种/(3)制备用于鉴定或 辅助鉴定大口黑鲈遗传性别的产品/(4)制备用于大口黑鲈辅助育种的产品。
本发明的第七方面在于提供鉴别加州鲈性别的方法，包括步骤：
(a)提取待测加州鲈的DNA；
(b)以提取的DNA为样本，使用上述引物对或上述试剂盒进行扩增，得 到扩增产物；
(c)使用高分辨溶解曲线分析(Lightscanner)系统鉴别扩增产物的基因型。
进一步，若扩增产物的序列是如SEQ ID NO.3所示的纯合子，即待测加州 鲈为雌性；若扩增产物的序列是如SEQ ID NO.3或SEQ ID NO.4所示的杂合子， 即待测加州鲈为雄性。
所述步骤(a)中的DNA提取方法，可以选择chelex100煮沸法或其他等效 的提取方法。chelex100煮沸法具体包括：
(a-1)配置5％chelex100溶液；
(a-2)取5mg尾鳍组织置于0.2mL PCR管中，震荡chelex100溶液使树脂 颗粒均匀悬浮在溶液中，用扩口吸头吸取150uL至装有尾鳍组织的PCR管中；
(a-3)往PCR管中加入5uL 20mg/mL蛋白酶K溶液，震荡混匀，放置于 PCR仪上，设定条件热盖105℃，模块55℃，40min；98℃，5min；
(a-4)反应结束后立即拿出，涡旋振荡3次，每次5s；
(a-5)将PCR管放入离心机中，4000rpm离心5min；
(a-6)得到的上清即为提取的DNA溶液。
所述步骤(b)的扩增体系包括：
扩增程序：94℃预变性4min；94℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸25s， 40个循环；72℃终延伸5min。12℃条件保存。
所述步骤(c)使用Lightscanner系统进行鉴别，具体步骤包括：将扩增产 物滴入样品孔，悬空滴加液体石蜡，放入HRM仪器板槽中，设置起始扫描温度 68℃，终止扫描温度94℃，开始扫描；扫描结束后，选择Small Amplicon模式 进行分析，点击New subset选择需要分析的样品孔，归为一组；点击Normalize 调整分析分温度区间；点击Grouping-Autogroup进行选定样本的分组，得到分 离曲线。
本发明提供的鉴别加州鲈性别的方法，能够适用常规的DNA提取方法和 PCR扩增技术，并通过Lightscanner系统能够实现高通量检测判断加州鲈样本性 别，具有快速、批量、高效的优点。
附图说明
图1是实施例3中对96个加州鲈样本的标准化溶解曲线图，图中深色曲线 为各个纯合子样本(XX)的集合，图中浅色曲线为各个杂合子样本(XY)的集 合；
图2是实施例3中对96个加州鲈样本的基因型视觉总结图。
具体实施方式
下面将结合具体实施例，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描 述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。 基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获 得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
实施例1，加州鲈性别特异SNP分子标记的获得
1)在繁殖季节通过解剖观察性腺的方式鉴定出加州鲈雌鱼和雄鱼各24尾， 剪取尾鳍并提取其全基因组DNA。
2)将16尾雌性加州鲈DNA等量混合为雌性混合池，16尾雄性加州鲈DNA等 量混合为雄性混合池。
将雌性混合池、雄性混合池以及剩下的8尾雌性和8尾雄性样品共18个样品， 在Illumina Hiseq X Ten平台进行全基因组测序。将原始数据过滤后的所有clean reads从5’端开始逐一进行AC、AG、AT、GA、GC和GT六种碱基起始的60bp片 段化电子酶切，起始碱基不符合要求则向后位移。8尾雌性和8尾雄性样品的clean reads同样按照这个方法进行60bp片段化的酶切。
3)雌性混合池、雄性混合池间的片段化数据进行比对，获得两混合池特有 的片段以及共有的片段。在两混合池特有片段中，查看是否在8尾雌性和8尾雄性 片段化的数据中出现。结果发现仅来源于8尾雄性的片段远多于8尾雌性的片段， 以此判断加州鲈为XX/XY性别决定类型。
4)接下来从一条测序的雄鱼clean data数据中，调出所有仅来源于8尾雄性片 段的reads序列，采用Velvet软件组装为雄性特异的Contigs。将这些Contigs与雌性 混合池的60bp片段进行比对。挑出含有SNPs的候选Contigs。
5)将这些候选Contigs与8尾雌性和8尾雄性样品的clean reads比对。使用IGV 软件，进行可视化Manual check。判断SNPs位点在8尾雄鱼中是否都是杂合的， 在8尾雌鱼中是否都是纯合的。如果是则在SNPs的左右两侧设计共有引物，进行 有效性验证，最终获得含有效区分雌雄个体的SNP分子标记序列，其核苷酸序列 为：
5’-GAGAAGTCAGAGACGATCAGAGAGACTTCCTGAATAAAAGGATAAGG GGAAGACCAAGAAGCACAAATGTCTTCCACTGTCAATCCCTTGTGCAGCA CCATAGAGTTCGAGGA-3’(SEQ ID NO.3)，以及
5’-GAGAAGTCAGAGACGATCAGAGAGACTTCCTGAATAAAAGGATAAGG GGAAGACCAAGAAGCACAAATGTCTTCCACTCTCAATCCCTTGTGCAGCA CCATAGAGTTCGAGGA-3’(SEQ ID NO.4)。
因此，可针对加州鲈中包含SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示序列的核苷酸序列设计引物进行加州鲈性别鉴定。
实施例2，加州鲈性别特异SNP分子标记在鉴定中的应用过程
1)根据SEQ ID NO.3所示序列设计出上游引物SEQ ID NO.1和下游引物SEQ IDNO.2。
2)基因组DNA提取(chelex100煮沸法)
配置5％chelex100溶液；取5mg尾鳍组织置于0.2mLPCR管中，震荡chelex100 溶液使树脂颗粒均匀悬浮在溶液中，用扩口吸头吸取150uL至装有尾鳍组织的 PCR管中；往PCR管中加入5uL 20mg/mL蛋白酶K溶液，震荡混匀，放置于PCR 仪上，设定条件热盖105℃，模块55℃，40min；98℃，5min；反应结束后立即 拿出，涡旋振荡3次，每次5s；将PCR管放入离心机中，4000rpm离心5min；得到 的上清即为DNA溶液，可直接用于PCR扩增。
3)PCR扩增
扩增体系包括：
扩增程序：94℃预变性4min；94℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸25s， 40个循环；72℃终延伸5min。12℃条件保存。
4)使用Lightscanner系统进行鉴别，具体步骤包括：将扩增产物滴入样品孔， 悬空滴加液体石蜡，放入HRM仪器板槽中，设置起始扫描温度68℃，终止扫描 温度94℃，开始扫描；扫描结束后，选择Small Amplicon模式进行分析，点击New subset选择需要分析的样品孔，归为一组；点击Normalize调整分析分温度区间； 点击Grouping-Auto group进行选定样本的分组，得到分离曲线。
实施例3，加州鲈性别特异SNP分子标记稳定性检测
1)从市场随机收集加州鲈鱼体，给予编号1-96，通过解剖确定鱼体性别，雌 鱼54尾，雄鱼42尾，采集鳍条组织样本保存于96孔板中冷冻保存。
2)按实施例2提供的应用过程进行HRM分型。
HRM分型结果如图1和图2所示。图1中深色的曲线代表检出的SNP位点为杂 合子的样本，因此判断为雄性(XY)；浅色曲线代表检出的SNP位点为纯合子 的样本，因此判断为雌性(XX)。图2针对96孔板的检测结果，图中两个“S” 标记是软件自动选取的标准曲线参照，其中深色块代表检出杂合子的样本，浅色 块代表检出纯合子的样本，白色块为样品明显扩增异常而剔除掉的样品；检出杂 合子的样本40个，纯合子样本54个。利用本发明提供的SNP标记进行鉴定，对于 雌性加州鲈的检测结果与已知结果完全一致，鉴定的准确率达到了100％；对于 雄性加州鲈的检测结果与已知结果高度接近，鉴定准确率为95.24％。
对于本领域技术人员而言，显然本发明不限于上述示范性实施例的细节，而 且在不背离本发明的精神或基本特征的情况下，能够以其他的具体形式实现本发 明。因此，无论从哪一点来看，均应将实施例看作是示范性的，而且是非限制性 的，本发明的范围由所附权利要求而不是上述说明限定，因此旨在将落在权利要 求的等同要件的含义和范围内的所有变化囊括在本发明内。
SEQUENCE LISTING
<110> 佛山市南海百容水产良种有限公司;荆州百容水产良种有限公司;海南百容水产良种有限公司
<120> 加州鲈性别特异SNP分子标记引物及其应用
<130> 2022
<160> 4
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
gagaagtcag agacgatcag 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
tcctcgaact ctatggtgct 20
<210> 3
<211> 113
<212> DNA
<213> Micropterus salmoides
<400> 3
gagaagtcag agacgatcag agagacttcc tgaataaaag gataagggga agaccaagaa 60
gcacaaatgt cttccactgt caatcccttg tgcagcacca tagagttcga gga 113
<210> 4
<211> 113
<212> DNA
<213> Micropterus salmoides
<400> 4
gagaagtcag agacgatcag agagacttcc tgaataaaag gataagggga agaccaagaa 60
gcacaaatgt cttccactct caatcccttg tgcagcacca tagagttcga gga 113
Claims (7)
1.引物对，其特征在于，包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的下游引物。
2.权利要求1所述引物对在鉴定或辅助鉴定加州鲈遗传性别、加州鲈辅助育种、制备用于鉴定或辅助鉴定加州鲈遗传性别的产品、制备用于加州鲈辅助育种的产品中的应用。
3.一种试剂盒，其特征在于，包括权利要求1所述的引物对。
4.根据权利要求3所述试剂盒，其特征在于，还包括含有镁离子的10×buffe、LC Green饱和荧光染料、dNTP、Taq酶。
5.权利要求3或4所述试剂盒在鉴定或辅助鉴定加州鲈遗传性别、加州鲈辅助育种、制备用于鉴定或辅助鉴定加州鲈遗传性别的产品、制备用于加州鲈辅助育种的产品中的应用。
6.一种鉴别加州鲈性别的方法，其特征在于，包括步骤：
提取待测加州鲈的DNA；
以提取的DNA为样本，使用如权利要求1所述引物对或权利要求3至4任一项所述试剂盒进行扩增，得到扩增产物；
使用高分辨溶解曲线分析系统鉴别扩增产物的基因型，从而判断加州鲈的性别。
7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述扩增产物的第79位若为纯合子即待测加州鲈为雌性，若为杂合子即待测加州鲈为雄性。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202210206595.0A CN114574594B (zh) | 2022-03-03 | 2022-03-03 | 加州鲈性别特异snp分子标记引物及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202210206595.0A CN114574594B (zh) | 2022-03-03 | 2022-03-03 | 加州鲈性别特异snp分子标记引物及其应用 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN114574594A true CN114574594A (zh) | 2022-06-03 |
| CN114574594B CN114574594B (zh) | 2023-12-22 |
Family
ID=81777687
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202210206595.0A Active CN114574594B (zh) | 2022-03-03 | 2022-03-03 | 加州鲈性别特异snp分子标记引物及其应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN114574594B (zh) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN116904474A (zh) * | 2023-06-30 | 2023-10-20 | 中国长江三峡集团有限公司中华鲟研究所 | 一种斑鳜雄性性别特异性分子标记和遗传性别鉴定方法 |
Citations (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2018214187A1 (zh) * | 2017-05-23 | 2018-11-29 | 中国科学院南海海洋研究所 | 一种与凡纳滨对虾耐低盐性状相关的snp标记、扩增引物及其应用 |
| CN112111582A (zh) * | 2020-11-08 | 2020-12-22 | 湖州师范学院 | 一种大口黑鲈性别相关的分子标记 |
| WO2021097878A1 (zh) * | 2019-11-21 | 2021-05-27 | 南京师范大学 | 暗纹东方鲀snp分子标记及其在遗传育种的应用 |
| CN113637766A (zh) * | 2021-07-30 | 2021-11-12 | 中国水产科学研究院珠江水产研究所 | 与大口黑鲈遗传性别鉴定相关的InDel分子标记及其应用 |
| CN113637765A (zh) * | 2021-07-16 | 2021-11-12 | 中国水产科学研究院珠江水产研究所 | 鉴定大口黑鲈遗传性别的分子标记及应用 |
| CN113774122A (zh) * | 2021-03-15 | 2021-12-10 | 中国科学院水生生物研究所 | 鉴别黄河鲤遗传性别的分子标记、引物、试剂盒及应用 |
-
2022
- 2022-03-03 CN CN202210206595.0A patent/CN114574594B/zh active Active
Patent Citations (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2018214187A1 (zh) * | 2017-05-23 | 2018-11-29 | 中国科学院南海海洋研究所 | 一种与凡纳滨对虾耐低盐性状相关的snp标记、扩增引物及其应用 |
| WO2021097878A1 (zh) * | 2019-11-21 | 2021-05-27 | 南京师范大学 | 暗纹东方鲀snp分子标记及其在遗传育种的应用 |
| CN112111582A (zh) * | 2020-11-08 | 2020-12-22 | 湖州师范学院 | 一种大口黑鲈性别相关的分子标记 |
| CN113774122A (zh) * | 2021-03-15 | 2021-12-10 | 中国科学院水生生物研究所 | 鉴别黄河鲤遗传性别的分子标记、引物、试剂盒及应用 |
| CN113637765A (zh) * | 2021-07-16 | 2021-11-12 | 中国水产科学研究院珠江水产研究所 | 鉴定大口黑鲈遗传性别的分子标记及应用 |
| CN113637766A (zh) * | 2021-07-30 | 2021-11-12 | 中国水产科学研究院珠江水产研究所 | 与大口黑鲈遗传性别鉴定相关的InDel分子标记及其应用 |
Non-Patent Citations (5)
| Title |
|---|
| JINXING DUA, 等: "A PCR-based method for genetic sex identification and evidence of the XX/ XY sex determination system in largemouth bass (Micropterus salmoides L.)", AQUACULTURE 545, pages 1 - 6 * |
| MI OU等: "Performance evaluation of XY all-male hybrids derived from XX female Channa argus and YY super-males Channa maculate", AQUACULTURE REPORTS20, pages 1 - 10 * |
| 卢建峰;白俊杰;李胜杰;樊佳佳;徐浩;: "大口黑鲈遗传连锁图谱的构建", 大连海洋大学学报, no. 02, pages 44 - 49 * |
| 周家辉: "大口黑鲈性别特异性标记开发及性逆转研究", 中国优秀硕士学位论文全文数据库, pages 052 - 94 * |
| 梁素娴;孙效文;白俊杰;高俊生;: "微卫星标记对中国引进加州鲈养殖群体遗传多样性的分析", 水生生物学报, no. 05, pages 82 - 88 * |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN116904474A (zh) * | 2023-06-30 | 2023-10-20 | 中国长江三峡集团有限公司中华鲟研究所 | 一种斑鳜雄性性别特异性分子标记和遗传性别鉴定方法 |
| CN116904474B (zh) * | 2023-06-30 | 2024-04-02 | 中国长江三峡集团有限公司中华鲟研究所 | 一种斑鳜雄性性别特异性分子标记和遗传性别鉴定方法 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN114574594B (zh) | 2023-12-22 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN106381331B (zh) | 草鱼生长速度相关的snp标记及其应用 | |
| CN108220408B (zh) | 一种节粮型青胫隐性白羽肉鸡新品系的选育方法 | |
| CN111088370B (zh) | 一种卵形鲳鲹性别特异性分子标记引物、鉴别方法及其应用 | |
| CN111394445B (zh) | 用于斑鳢性别鉴定的Indel标记及应用 | |
| CN110607359B (zh) | 一种虾夷扇贝雌性特异性标记组合及应用 | |
| CN113957155B (zh) | 与草鱼性状相关的snp分子标记及其应用 | |
| CN106755326A (zh) | 一种与鸭产蛋性状相关的分子遗传标记及应用 | |
| CN113881785B (zh) | 用于凡纳滨对虾多性状育种的snp位点引物组合及应用 | |
| CN111378731B (zh) | 一种卵形鲳鲹性别特异性分子标记引物及其应用 | |
| CN105441576B (zh) | 一种用于长牡蛎亲子鉴定的微卫星多重pcr方法 | |
| CN111206082B (zh) | 一种卵形鲳鲹性别特异性分子标记引物、试剂盒及其应用 | |
| CN113930525B (zh) | 用于乌鳢性别鉴定的特异性序列及应用 | |
| CN114574594B (zh) | 加州鲈性别特异snp分子标记引物及其应用 | |
| CN109182557B (zh) | 一种鉴定瓦氏黄颡鱼低溶氧耐受性和肥满度的snp分子标记及其应用 | |
| CN107475414B (zh) | 一种筛选长牡蛎高糖原含量亲贝的方法 | |
| CN108796107B (zh) | 与黄瓜果刺硬度基因Hard共分离的SNP分子标记及其应用 | |
| CN111073983B (zh) | 与大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种鉴定相关的snp标记及其应用 | |
| CN109439771B (zh) | 一种利用微卫星标记鉴定杂交鲷家系的方法 | |
| CN111996261A (zh) | 罗氏沼虾性别分子标记引物及其应用 | |
| CN113718043B (zh) | 一种鉴定多纹钱蝶鱼遗传性别的特异性分子标记、引物及其方法和应用 | |
| KR102000878B1 (ko) | 넙치 암수판별용 마커 및 이를 이용한 hrm-pcr 분석방법 | |
| CN111118130B (zh) | 快速鉴别罗氏沼虾性别的方法 | |
| JP7362054B2 (ja) | Ｈｉｇｈ Ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ Ｍｅｌｔｉｎｇ（ＨＲＭ）解析によるマグロ類の遺伝的性判別方法 | |
| CN111118131B (zh) | 一种三疣梭子蟹性别鉴定标记 | |
| Liao et al. | Identification of sex-linked codominant markers and development of a rapid LAMP-based genetic sex identification method in channel catfish (Ictalurus punctatus) |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| CB02 | Change of applicant information |
Address after: Waishawei", Xia'an village, Danzao Town, Nanhai District, Foshan City, Guangdong Province Applicant after: Guangdong Bairong Aquatic Breeding Group Co.,Ltd. Applicant after: JINGZHOU BAIRONG AQUATIC PRODUCT EXCELLENT VARIETY Co.,Ltd. Applicant after: Hainan Bairong aquatic products Co.,Ltd. Address before: Waishawei", Xia'an village, Danzao Town, Nanhai District, Foshan City, Guangdong Province Applicant before: FOSHAN NANHAI BAIRONG AQUATIC SEED Co.,Ltd. Applicant before: JINGZHOU BAIRONG AQUATIC PRODUCT EXCELLENT VARIETY Co.,Ltd. Applicant before: Hainan Bairong aquatic products Co.,Ltd. |
|
| CB02 | Change of applicant information | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant |