CN114395624A - 用于癌症的治疗和诊断方法 - Google Patents

用于癌症的治疗和诊断方法 Download PDF

Info

Publication number
CN114395624A
CN114395624A CN202111577622.7A CN202111577622A CN114395624A CN 114395624 A CN114395624 A CN 114395624A CN 202111577622 A CN202111577622 A CN 202111577622A CN 114395624 A CN114395624 A CN 114395624A
Authority
CN
China
Prior art keywords
antibody
cases
level
binding antagonist
patient
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202111577622.7A
Other languages
English (en)
Inventor
R·布尔贡
D·法布里齐奥
G·法恩
G·M·弗兰普顿
P·赫格德
S·马里亚萨桑
P·J·史蒂芬斯
J·X·孙
R·耶伦斯基
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Genentech Inc
Foundation Medicine Inc
Original Assignee
Genentech Inc
Foundation Medicine Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Genentech Inc, Foundation Medicine Inc filed Critical Genentech Inc
Publication of CN114395624A publication Critical patent/CN114395624A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/395—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum
    • A61K39/39533—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals
    • A61K39/3955—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals against proteinaceous materials, e.g. enzymes, hormones, lymphokines
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P13/00—Drugs for disorders of the urinary system
    • A61P13/10—Drugs for disorders of the urinary system of the bladder
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A61P35/04—Antineoplastic agents specific for metastasis
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2803—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily
    • C07K16/2818—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily against CD28 or CD152
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2803—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily
    • C07K16/2827—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily against B7 molecules, e.g. CD80, CD86
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2896—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against molecules with a "CD"-designation, not provided for elsewhere
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
    • G16H20/00—ICT specially adapted for therapies or health-improving plans, e.g. for handling prescriptions, for steering therapy or for monitoring patient compliance
    • G16H20/10—ICT specially adapted for therapies or health-improving plans, e.g. for handling prescriptions, for steering therapy or for monitoring patient compliance relating to drugs or medications, e.g. for ensuring correct administration to patients
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
    • G16H50/00—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
    • G16H50/30—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for calculating health indices; for individual health risk assessment
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/505—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/57—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2
    • A61K2039/577—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2 tolerising response
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/20—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin
    • C07K2317/24—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin containing regions, domains or residues from different species, e.g. chimeric, humanized or veneered
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
    • C07K2317/76—Antagonist effect on antigen, e.g. neutralization or inhibition of binding
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A90/00—Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
    • Y02A90/10—Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change, e.g. for weather forecasting or climate simulation

Abstract

本发明涉及用于癌症的治疗和诊断方法。本发明提供用于癌症，例如膀胱癌的治疗和诊断方法和组合物。本发明提供治疗膀胱癌的方法；确定患有膀胱癌的患者是否可能对包含PD‑L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答的方法；预测患有膀胱癌的患者对包含PD‑L1轴结合拮抗剂的治疗的应答性的方法；以及基于本发明基因的体细胞突变水平(例如，从患者获得的肿瘤样品中的体细胞突变水平)为患有膀胱癌的患者选择疗法的方法。

Description

用于癌症的治疗和诊断方法
本申请是申请日为2017年02月27日、中国申请号为201780024162.0、发明名称为“用于癌症的治疗和诊断方法”的发明申请的分案申请。
序列表
本申请含有已经呈ASCII格式以电子方式提交并且据此以引用的方式整体并入的序列表。所述ASCII副本于2017年2月23日创建，名称为50474-131WO3_Sequence_Listing_2_23_17_ST25，且大小为23,628字节。
发明领域
本文提供用于病理病状，诸如癌症(例如，膀胱癌(例如，尿路上皮膀胱癌))的治疗和诊断方法和组合物，以及使用PD-L1轴结合拮抗剂的方法。特别地，本发明提供了用于患者选择和诊断的方法、治疗方法、制品、诊断试剂盒和检测方法。
背景技术
癌症仍然是对人类健康最致命的威胁之一。癌症或恶性肿瘤以不受控制的方式快速转移和生长，使得及时检测和治疗极其困难。在美国，每年有近130万新患者受癌症影响，并且癌症是继心脏病之后的第二大死亡诱因，约占死亡人数的四分之一。实体瘤是导致大多数死亡的原因。膀胱癌是全球第五大常见恶性肿瘤，每年报告近40万例新诊断病例和约150,000例相关死亡病例。特别地，转移性尿路上皮膀胱癌与不良结果相关联，迄今为止几乎没有有效的疗法来满足主要的医疗需求。
程序性死亡配体1(PD-L1)是一直与慢性感染、妊娠、组织同种异体移植、自身免疫性疾病和癌症期间的免疫系统应答抑制有关的蛋白质。PD-L1通过结合到被称为程序性死亡1(PD-1)的抑制性受体来调节免疫应答，所述程序性死亡1表达于T细胞、B细胞和单核细胞的表面上。PD-L1还通过与另一种受体B7-1的相互作用负调节T细胞功能。PD-L1/PD-1和PD-L1/B7-1复合物的形成负调节T细胞受体信号传导，导致随后的T细胞活化的下调和抗肿瘤免疫活性的抑制。
尽管癌症(例如膀胱癌(例如，尿路上皮膀胱癌))的治疗已有了显着进步，但仍在寻求改进的疗法和诊断方法。
发明内容
本发明提供用于癌症，例如膀胱癌(例如，尿路上皮膀胱癌，UBC)的治疗和诊断方法和组合物。
在第一方面，本发明的特征在于一种治疗患有膀胱癌的患者的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂，其中已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少一种基因中的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变水平有所增加。在一些实施方案中，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少三分之一的基因中的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少三分之一的基因中的参照体细胞突变水平有所增加。在一些实施方案中，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少一半的基因中的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少一半的基因中的参照体细胞突变水平有所增加。在一些实施方案中，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少三分之二的基因中的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少三分之二的基因中的参照体细胞突变水平有所增加。在一些实施方案中，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少四分之三的基因中的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少四分之三的基因中的参照体细胞突变水平有所增加。在一些实施方案中，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的基因中的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述基因中的参照体细胞突变水平有所增加。在其他实施方案中，体细胞突变是取代、缺失和/或插入。在一些实施方案中，取代、缺失和/或插入是在编码区发生的。在一些实施方案中，缺失和/或插入是插入缺失。在另一些实施方案中，从患者获得的肿瘤样品的全基因组突变负荷高于参照水平全基因组突变负荷。在一些实施方案中，中值全基因组突变负荷是每兆碱基(Mb)至少约10个突变。
在第二方面，本发明的特征在于一种用于确定患有膀胱癌的患者是否可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答的方法，所述方法包括确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少一种基因中的体细胞突变水平，并将表1中列出的所述至少一种基因中的体细胞突变水平与表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变水平进行比较，其中表1中列出的所述至少一种基因中的体细胞突变水平相对于参照水平有所增加表明所述患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。
在第三方面，本发明的特征在于一种用于预测患有膀胱癌的患者对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的应答性的方法，所述方法包括确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少一种基因中的体细胞突变水平，并将表1中列出的所述至少一种基因中的体细胞突变水平与表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变水平进行比较，其中表1中列出的所述至少一种基因中的体细胞突变水平相对于参照水平有所增加表明所述患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。
在第四方面，本发明的特征在于一种用于为患有膀胱癌的患者选择疗法的方法，所述方法包括确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少一种基因中的体细胞突变水平，并基于表1中列出的所述至少一种基因中的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变水平的增加，为所述患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。
在第二、第三和第四方面的一些实施方案中，所述方法还包括基于所述肿瘤样品中表1中列出的所述至少一种基因中的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变水平的增加，向患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在前述任一方面的一些实施方案中，所述PD-L1轴结合拮抗剂是选自由以下组成的组：PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂。在一些实施方案中，所述PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些实施方案中，所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一种或多种的结合。在一些实施方案中，所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。在一些实施方案中，所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。在其他实施方案中，所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。在另一个实施方案中，所述PD-L1结合拮抗剂是抗体。在一些实施方案中，例如，所述抗体是选自由以下组成的组：阿特珠单抗(MPDL3280A)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。在一些实施方案中，所述抗体包含具有SEQ ID NO:19的HVR-H1序列、SEQ ID NO:20的HVR-H2序列和SEQ ID NO:21的HVR-H3序列的重链以及具有SEQ IDNO:22的HVR-L1序列、SEQ ID NO:23的HVR-L2序列和SEQ ID NO:24的HVR-L3序列的轻链。在一些实施方案中，所述抗体包含具有SEQ ID NO:26的氨基酸序列的重链可变区和具有SEQID NO:4的氨基酸序列的轻链可变区。在其他实施方案中，所述PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。在一些实施方案中，所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一种或多种的结合。在一些实施方案中，所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。在另一些实施方案中，所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。在一些实施方案中，所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2两者的结合。在其他实施方案中，所述PD-1结合拮抗剂是抗体。在一些实施方案中，例如，所述抗体是选自由以下组成的组：MDX 1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、CT-011(皮地利珠单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。在另一个实施方案中，所述PD-1结合拮抗剂是Fc融合蛋白。在一些实施方案中，所述Fc融合蛋白为AMP-224。在其他实施方案中，所述方法还包括向患者施用有效量的第二治疗剂。在一些实施方案中，所述第二治疗剂是选自由以下组成的组：细胞毒性剂、生长抑制剂、放射疗法剂、抗血管生成剂以及它们的组合。在另一些实施方案中，所述膀胱癌是尿路上皮膀胱癌(UBC)。在一些实施方案中，所述UBC是转移性UBC。在其他实施方案中，所述UBC是局部晚期UBC。在一些实施方案中，所述患者在用基于铂的化学治疗剂治疗后取得进展(即，所述患者的疾病(例如，UBC，例如局部晚期或转移性UBC)在接受针对UBC，例如局部晚期或转移性UBC的使用基于铂的化学治疗剂的先前治疗后取得进展)。在一些实施方案中，所述患者不适合用基于铂的化学治疗剂(例如，基于顺铂的化学疗法)治疗，并且未接受过先前治疗，例如，针对局部晚期或转移性UBC的先前治疗。在其他实施方案中，肿瘤样品可为福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)肿瘤样品、存档肿瘤样品、新鲜肿瘤样品或冷冻肿瘤样品。
附图说明
图1A是示出使用双峰应答标准，群组2应答者中的中值突变负荷/Mb(12.4/Mb)相比群组2无应答者(6.4/Mb)显着增加(p<0.001)的图。该图示出了由于值粒度和歪斜，使用Wilcoxon秩和检验法进行的突变负荷和应答之间的比较(完全应答/部分应答(CR/PR)与稳定疾病/进展性疾病(SD/PD)比较)。
图1B是示出群组2应答者中的中值突变负荷/Mb相比群组2无应答者显着增加(p<0.01)的图。图1B显示比图1A中所示的统计分析晚执行的群组2患者数据的统计分析，并且在群组2无应答者组中并入了“不可估”(NE)患者亚组。该图示出了由于值粒度和歪斜使用Wilcoxon秩和检验法进行的突变负荷和应答之间的比较(CR/PR与SD/PD/NE比较)(左图)以及客观应答状态的中值突变负荷/Mb(右图)。
图1C是Kaplan-Meier曲线图，示出具有以下突变负荷范围的群组2患者的总体存活(OS)概率：第1四分位数(Q1)(≥0/Mb,≤5.4/Mb)，第2四分位数(Q2)(>5.4/Mb,≤8.1/Mb)，第3四分位数(Q3)(>8.1/Mb,≤13.5/Mb)，第4四分位数(Q4)(>13.5/Mb,≤46.8/Mb)。具有最高突变负荷的患者具有显着更长的OS。突变负荷(四分位数切割)与OS之间的关联p<0.01。
图2A是示出群组1应答者中的中值突变负荷/Mb相比群组1无应答者显着增加(p＝0.02)的图。该图示出了由于值粒度和歪斜使用Wilcoxon秩和检验法进行的突变负荷和应答之间的比较(CR/PR与SD/PD/NE比较)(左图)以及客观应答状态的中值突变负荷/Mb(右图)。
图2B是Kaplan-Meier曲线图，示出具有以下突变负荷范围的群组1患者的OS概率：Q1(≥0.9/Mb,≤5.4/Mb)，Q2(>5.4/Mb,≤8.1/Mb)，Q3(>8.1/Mb,≤16/Mb)，Q4(>16/Mb,≤62.2/Mb)。与具有Q1-Q3的患者相比，具有最高突变负荷(Q4)的患者具有显着更长的OS。关于Q1-Q3和Q4之间的OS差异，对数秩p<0.01。
图3是示出TCGA膀胱尿路上皮癌外显子组序列数据中全外显子组和表1和表2中列出的基因的选择突变/重排之间的比较的图。
具体实施方式
I.引言
本发明提供用于癌症，例如膀胱癌(例如，尿路上皮膀胱癌，UBC)的治疗和诊断方法和组合物。本发明至少部分基于以下发现：确定从患者获得的样品(例如，肿瘤样品)中升高的体细胞突变(例如，表1中列出的基因中的突变)水平可用于治疗患有癌症的患者，用于诊断患有癌症的患者，用于确定患有癌症的患者是否可能对使用包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A)的抗癌疗法的治疗产生应答，用于优化包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)的抗癌疗法的治疗功效，和/或为患者选择包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗)的抗癌疗法。
II.定义
应理解，本文中描述的本发明的方面和实施方案包括方面和实施方案、由方面和实施方案组成以及主要由方面和实施方案组成。如本文所用，除非另外指明，否则单数形式“一个”、“一种”和“该”包括复数指代物。
如本文所用的术语“约”是指本技术领域的技术人员容易知晓的相应值的常见误差范围。本文提及“约”值或参数包括(并描述)针对该值或参数本身的实施方案。例如，涉及“约X”的描述包括“X”的描述。
如本文所用，术语“突变负荷”、“突变载荷”或“肿瘤突变载荷”中的每一个可互换使用，是指预先确定的一组基因中(例如，所述预先确定的一组基因的编码区中)每预选单元(例如，每兆碱基)的改变(例如，一个或多个改变，例如一个或多个体细胞改变)的水平(例如，数量)。突变负荷可以例如基于全基因组或外显子组测量，或者基于基因组或外显子组的子集测量。在某些实施方案中，可以外推基于基因组或外显子组的子集测量的突变负荷以确定全基因组或外显子组突变负荷。在一些实施方案中，突变负荷是指个体(例如，动物(例如，人))内累积的体细胞突变的水平。突变负荷可以指患有癌症(例如，膀胱癌(例如，尿路上皮膀胱癌(UBC))的患者中累积的体细胞突变。在一些实施方案中，突变负荷是指个体的全基因组中的累积突变。在一些实施方案中，突变负荷是指从个体收集的特定样品(例如，组织样品、活检物)内的累积突变。在一些实施方案中，突变负荷是指患者样品(例如，肿瘤样品(例如，膀胱癌肿瘤样品))中的累积突变。
术语“体细胞突变”或“体细胞改变”是指在体细胞组织(例如，生殖系外的细胞)中发生的遗传改变。遗传改变的实例包括但不限于点突变(例如，单个核苷酸与另一个核苷酸的交换(例如，沉默突变、错义突变和无义突变))、插入和缺失(例如，一个或多个核苷酸的添加和/或去除(例如，插入缺失))、扩增、基因重复、拷贝数改变(CNA)、重排和剪接变体。特定突变的存在可能与疾病状态(例如，癌症(例如，膀胱癌(例如尿路上皮膀胱癌，UBC))相关。
在某些实施方案中，体细胞改变是沉默突变(例如，同义改变)。在其他实施方案中，体细胞改变是非同义单核苷酸变体(SNV)。在其他实施方案中，体细胞改变是乘客突变(例如，对克隆的适合性没有可检测影响的改变)。在某些实施方案中，体细胞改变是意义不明的的变体(VUS)，例如，致病性既不能被确认也不能被排除的改变。在某些实施方案中，尚未确定体细胞改变与癌症表型相关。
在某些实施方案中，体细胞改变与对细胞分裂、生长或存活的影响无关或尚未知与其相关。在其他实施方案中，体细胞改变与对细胞分裂、生长或存活的影响相关。
在某些实施方案中，体细胞改变的数量排除了亚基因组间隔中的功能性改变。
在一些实施方案中，功能性改变是与参照序列(例如，野生型或未突变序列)相比对细胞分裂、生长或存活产生影响(例如，促进细胞分裂、生长或存活)的改变。在某些实施方案中，功能性改变通过纳入功能性改变的数据库例如COSMIC数据库中而照此认定(参见Forbes等人Nucl.Acids Res.43(D1):D805-D811,2015，其以引用的方式整体并入本文中)。在其他实施例中，功能性改变是具有已知功能状态的改变(例如，作为COSMIC数据库中的已知体细胞改变而发生)。在某些实施方案中，功能性改变是具有可能的功能状态的改变(例如，肿瘤抑制基因中的截短)。在某些实施方案中，功能性改变是驱动突变(例如，在克隆的微环境中为其提供选择性优势的改变，方式为例如增加细胞存活或繁殖)。在其他实施方案中，功能性改变是能够引起克隆扩增的改变。在某些实施方案中，功能性改变是能够引起以下一种、两种、三种、四种、五种或全部六种的改变：(a)生长信号的自给自足；(b)对抗生长信号的(例如)不敏感性降低；(c)细胞凋亡减少；(d)复制潜力增加；(e)持续血管生成；或(f)组织侵入或转移。
在某些实施方案中，功能性改变不是乘客突变(例如，不是对细胞克隆的适合性没有可检测影响的改变)。在某些实施方案中，功能性改变不是意义不明的的变体(VUS)(例如，不是致病性既不能被确认也不能被排除的改变)。
在某些实施方案中，排除预先确定的一组基因中预选肿瘤基因中的多个(例如，约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更多)功能性改变。在某些实施方案中，排除预先确定的一组基因中预选基因(例如，肿瘤基因)中的所有功能性改变。在某些实施方案中，排除预先确定的一组基因中多个预选基因(例如，肿瘤基因)中的多个功能性改变。在某些实施方案中，排除预先确定的一组基因中所有基因(例如，肿瘤基因)中的所有功能性改变。
在某些实施方案中，体细胞改变的数量排除了亚基因组间隔中的生殖系改变。
在某些实施方案中，生殖系改变是SNP、碱基取代、插入、缺失、插入缺失或沉默突变(例如，同义突变)。
在某些实施方案中，通过使用不与匹配的正规序列进行比较的方法排除生殖系改变。在其他实施方案中，通过包括使用算法的方法排除生殖系改变。在某些实施方案中，生殖系改变通过纳入生殖系改变的数据库例如dbSNP数据库中而照此认定(参见Sherry等人Nucleic Acids Res.29(1):308-311,2001，其全部内容以引用的方式并入本文中)。在其他实施方案中，生殖系改变通过纳入ExAC数据库的一个或多个计数中而照此认定(参见ExomeAggregation Consortium等人bioRxiv preprint，2015年10月30日，其以引用的方式整体并入本文中)。在一些实施方案中，生殖系改变通过纳入1000Genome Project数据库中而照此认定(McVean等人Nature 491,56–65,2012，其全部内容以引用的方式并入本文中)。在一些实施方案中，生殖系改变通过纳入ESP数据库中而照此认定(Exome Variant Server，NHLBI GO Exome Sequencing Project(ESP)，Seattle，WA)。
术语“PD-L1轴结合拮抗剂”是指抑制PD-L1轴结合配偶体与其结合配偶体中的一种或多种相互作用的分子，以便除去由PD-1信号轴上的信号传导所产生的T细胞功能失调—结果是恢复或增强T细胞功能。如本文所用，PD-L1轴结合拮抗剂包括PD-L1结合拮抗剂和PD-1结合拮抗剂，以及干扰PD-L1和PD-1之间相互作用的分子(例如，PD-L2-Fc融合物)。
在免疫功能失调的背景下，术语“功能失调”是指对抗原刺激的免疫应答性降低的状态。该术语包括可能发生抗原识别的“耗尽”和/或“无变应性”的共同要素，但随后的免疫应答对控制感染或肿瘤生长无效。
如本文所用，术语“功能失调”还包括对抗原识别的难治性或无应答性，具体地说，将抗原识别转化为下游T细胞效应子功能(诸如增殖、细胞因子产生(例如，IL-2))和/或靶细胞杀伤的能力受损。
术语“无变应性”是指由通过T细胞受体递送的不完全或不充足的信号(例如，在不存在Ras活化时细胞内Ca2+增加)引起的对抗原刺激的无应答性的状态。在没有共刺激的情况下，在用抗原刺激时也可以产生T细胞无反应性，导致细胞变得难以被随后的抗原激活，即使在共刺激的情况下也是如此。白细胞介素-2的存在通常可以推翻无应答的状态。无变应性的T细胞未进行克隆扩增和/或获得效应子功能。
术语“耗尽”是指T细胞耗尽，是指由在许多慢性感染和癌症期间发生的持续TCR信号传导引起的T细胞功能失调的状态。耗尽区别于无变应性，因为它并非由不完全或缺乏的信号传导引起，而是由持续信号传导引起。其被定义为较差的效应子功能、抑制性受体的持续表达，以及与功能效应子或记忆T细胞的转录状态不同的转录状态。耗尽防止对感染和肿瘤的最佳控制。耗尽可由外在负调节途径(例如，免疫调节细胞因子)以及细胞内在负调节(共刺激)途径(PD-1、B7-H3、B7-H4等)引起。
“增强T细胞功能”意指诱导、引起或刺激T细胞具有持续或扩增的生物学功能，或更新或再活化耗尽或无活性的T细胞。增强T细胞功能的实例包括：相对于干预前的水平，CD8+T细胞的γ-干扰素分泌增加，增殖增加，抗原应答性(例如，病毒、病原体或肿瘤清除)增加。在一个实施方案中，增强水平为至少50％，或者60％、70％、80％、90％、100％、120％、150％或200％增强。测量此增强的方式是本领域普通技术人员已知的。
“肿瘤免疫”是指肿瘤逃避免疫识别和清除的过程。因此，作为治疗概念，当所述逃避减弱时，肿瘤免疫被“治疗”，并且肿瘤被免疫系统识别并攻击。肿瘤识别的实例包括肿瘤结合、肿瘤收缩和肿瘤清除。
“免疫原性”是指特定物质引发免疫应答的能力。肿瘤是免疫原性的并且增强肿瘤免疫原性有助于通过免疫应答清除肿瘤细胞。增强肿瘤免疫原性的实例包括用PD-L1轴结合拮抗剂治疗。
如本文所用，“PD-L1结合拮抗剂”是减少、阻断、抑制、消除或干扰由PD-L1与其结合配偶体中的一种或多种(诸如PD-1和/或B7-1)的相互作用所产生的信号转导的分子。在一些实施方案中，PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1与其结合配偶体的结合的分子。在具体方面，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和/或B7-1的结合。在一些实施方案中，PD-L1结合拮抗剂包括抗PD-L1抗体及其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白、寡肽、小分子拮抗剂、多核苷酸拮抗剂以及减少、阻断、抑制、消除或干扰由PD-L1与其结合配偶体中的一种或多种(诸如PD-1和/或B7-1)的相互作用所产生的信号转导的其他分子。在一个实施方案中，PD-L1结合拮抗剂减少由或通过T淋巴细胞和其他细胞上表达的细胞表面蛋白通过PD-L1或PD-1介导的负信号，使得功能失调性T细胞的功能失调减轻。在一些实施方案中，PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。在具体方面，抗PD-L1抗体是本文所述的YW243.55.S70。在另一具体方面，抗PD-L1抗体是本文所述的MDX-1105。在另一具体方面，抗PD-L1抗体是本文所述的阿特珠单抗(MPDL3280A)。在另一具体方面，抗PD-L1抗体是本文所述的MEDI4736(德瓦鲁单抗)。在另一具体方面，抗PD-L1抗体是本文所述的MSB0010718C(阿维单抗)。
如本文所用，“PD-1结合拮抗剂”是减少、阻断、抑制、消除或干扰由PD-1与其结合配偶体中的一种或多种(诸如PD-L1和/或PD-L2)的相互作用所产生的信号转导的分子。在一些实施方案中，PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1与其结合配偶体的结合的分子。在具体方面，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和/或PD-L2的结合。例如，PD-1结合拮抗剂包括抗PD-1抗体及其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白、寡肽、小分子拮抗剂、多核苷酸拮抗剂以及减少、阻断、抑制、消除或干扰由PD-1与PD-L1和/或PD-L2的相互作用所产生的信号转导的其他分子。在一个实施方案中，PD-1结合拮抗剂减少由或通过T淋巴细胞和其他细胞上表达的细胞表面蛋白通过PD-1或PD-L1介导的负信号，使得功能失调性T细胞的功能失调减轻。在一些实施方案中，PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体。在具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述的MDX-1106(纳武单抗)。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述的MK-3475(派姆单抗)。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述的CT-011(皮地利珠单抗)。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述的MEDI-0680(AMP-514)。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述的PDR001。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述的REGN2810。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述的BGB-108。在另一具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述的AMP-224。
术语“程序性死亡配体1”和“PD-L1”在本文中是指天然序列PD-L1多肽、多肽变体和天然序列多肽和多肽变体的片段(这些在本文中进一步定义)。本文所述的FD-L1多肽可以是从多种来源诸如人组织类型或另一种来源分离，或者通过重组或合成的方法制备的多肽。
“天然序列PD-L1多肽”包含与衍生自天然的相应PD-L1多肽具有相同的氨基酸序列的多肽。
“PD-L1多肽变体”或其变型意指如本文所定义的与本文所公开的任何天然序列PD-L1多肽序列具有至少约80％的氨基酸序列同一性的PD-L1多肽，通常为活性PD-L1多肽。此类PD-L1多肽变体包括例如在天然氨基酸序列的N端或C端添加或缺失一个或多个氨基酸残基的PD-L1多肽。通常，PD-L1多肽变体将与本文所公开的天然序列PD-L1多肽序列具有至少约80％的氨基酸序列同一性，或者至少约81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的氨基酸序列同一性。通常，PD-L1变体多肽的长度为至少约10个氨基酸，或者长度为至少约20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、281、282、283、284、285、286、287,、288或289个氨基酸或更多。任选地，与天然PD-L1多肽序列相比，PD-L1变体多肽将具有不超过一个保守氨基酸取代，或者与天然PD-L1多肽序列相比具有不超过2、3、4、5、6、7、8、9或10个保守氨基酸取代。
如本文可互换使用的“多核苷酸”或“核酸”是指具有任何长度的核苷酸的聚合物，并且包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、经修饰的核苷酸或碱基和/或它们的类似物，或可通过DNA或RNA聚合酶或通过合成反应合并为聚合物的任何底物。因此，例如，如本文所定义的多核苷酸包括但不限于单链和双链DNA、包括单链区和双链区的DNA、单链和双链RNA、及包括单链区和双链区的RNA、包含DNA和RNA的杂合分子，所述杂合分子可以是单链的，或更通常地是双链的，或包括单链区和双链区。另外，如本文所用的术语“多核苷酸”是指包含RNA或DNA或RNA和DNA两者的三链区。这些区域中的链可以来自相同分子或来自不同分子。这些区域可包括一个或多个分子的所有区域，但更通常地仅涉及一些分子的一个区域。三螺旋区域的其中一个分子通常是寡核苷酸。术语“多核苷酸”具体地包括cDNA。
多核苷酸可包含经修饰的核苷酸，诸如经甲基化核苷酸和它们的类似物。如果存在对核苷酸结构的修饰，则这些修饰可以在聚合物组装之前或之后实施。核苷酸的序列可以被非核苷酸组分中断。多核苷酸可在合成后进一步修饰，诸如通过与标记缀合。其他类型的修饰包括例如“帽”、用类似物取代一个或多个天然存在的核苷酸、核苷酸间修饰以及未修饰形式的多核苷酸，该核苷酸间修饰诸如例如具有不带电荷的键(例如，甲基膦酸酯、磷酸三酯、磷酸酰胺、氨基甲酸酯等)和具有带电荷的键(例如，硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)的那些修饰、含有侧基部分诸如例如蛋白质(例如，核酸酶、毒素、抗体、信号肽、聚-L-赖氨酸等)的那些修饰、具有嵌入剂(例如，吖啶、补骨脂素等)的那些修饰、含有螯合剂(例如，金属、放射性金属、硼、氧化性金属等)的那些修饰、含有烷化剂的那些修饰、具有经修饰的键的那些修饰(例如，α异头核酸)。此外，通常存在于糖中的任何羟基可被(例如)膦酸酯基团、磷酸酯基团置换；被标准保护基团保护；或被活化以提供与另外核苷酸的另外的键；或可与固相或半固相支持物缀合。5'和3'末端OH可被磷酸化或被胺或具有1至20个碳原子的有机封端基团部分而取代。其他羟基也可衍生化为标准保护基团。多核苷酸还可含有本领域中通常已知的核糖或脱氧核糖糖类的类似形式，包括例如2'-O-甲基-核糖、2'-O-烯丙基-核糖、2'-氟-核糖或2'-叠氮基-核糖、碳环糖类似物、α-异头糖、差向异构糖(如阿拉伯糖、木糖或来苏糖、吡喃糖、呋喃糖、景天庚酮糖)、无环类似物及脱碱基核苷类似物(如甲基核糖核苷)。一个或多个磷酸二酯键可被替代连接基团替换。这些替代连接基团包括但不限于其中磷酸酯被P(O)S(“硫代磷酸酯”)、P(S)S(“二硫代磷酸酯”)、(O)NR2(“酰胺”)、P(O)R、P(O)OR’、CO或CH2(“甲缩醛”)替换的实施方案，其中每个R或R’独立地为H或任选地含有醚(-O-)键、芳基、烯基、环烷基、环烯基或芳烷基(araldyl)的取代的或未取代的烷基(1-20个碳)。多核苷酸中并非所有键都需要相同。多核苷酸可含有如本文所述的一种或多种不同类型的修饰和/或相同类型的多种修饰。前文描述适用于本文所提及的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。
如本文所用，“寡核苷酸”通常是指短的单链多核苷酸，其长度小于约250个核苷酸，但不是必须的。寡核苷酸可以是合成的。术语“寡核苷酸”和“多核苷酸”不是互相排斥的。以上对多核苷酸的描述同样且完全适用于寡核苷酸。
术语“引物”是指能够与核酸杂交并允许互补核酸聚合(通常通过提供游离的3'-OH基团)的单链多核苷酸。
术语“小分子”是指分子量为约2000道尔顿或更低，优选约500道尔顿或更低的任何分子。
术语“宿主细胞”、“宿主细胞系”和“宿主细胞培养物”可互换使用并且是指已引入外源性核酸的细胞，包括此类细胞的子代。宿主细胞包括“转化体”和“转化细胞”，其包括初级转化细胞和源于其的子代而不考虑传代次数。子代在核酸内含物方面可能不完全与亲本细胞相同，而是可能含有突变。在本文中包括具有如在原始转化细胞中筛选或选择的相同功能或生物活性的突变子代。
如本文所用的术语“载体”是指能够使其所连接的另一种核酸增殖的核酸分子。该术语包括作为自我复制的核酸结构的载体以及并入已经引入该载体的宿主细胞的基因组内的载体。某些载体能够指导与它们可操作地连接的核酸的表达。此类载体在本文中称为“表达载体”。
“分离的核酸”是指已与天然环境的组分分离的核酸分子。分离的核酸包括通常含有核酸分子的细胞中所含有的核酸分子，但核酸分子存在于染色体外或存在于不同于其天然染色体位置的染色体位置处。
术语“抗体”在本文中是以最广泛意义使用且涵盖各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如双特异性抗体)和抗体片段，只要它们展现所需抗原结合活性即可。
“分离的”抗体是已经从天然环境的组分中鉴别和分离和/或回收的抗体。抗体的天然环境的污染组分是会干扰抗体的研究、诊断和/或治疗用途的物质，并且可包括酶，、激素和其他蛋白质或非蛋白质溶质。在一些实施方案中，抗体将被纯化至：(1)例如通过Lowry法测定，高于95重量％的抗体，并且在一些实施方案中，高于99重量％的抗体；(2)足以通过使用例如转杯式测序仪获得N端或内部氨基酸序列的至少15个残基的程度；或(3)在还原或非还原条件下使用考马斯蓝(Coomassie blue)或银染色通过SDS-PAGE达到的均一性。分离的抗体包括重组细胞内的原位抗体，因为抗体自然环境的至少一种组分将不存在。然而，通常将通过至少一个纯化步骤来制备分离的抗体。
“天然抗体”通常是约150,000道尔顿的异四聚体糖蛋白，它由两条相同的轻(L)链和两条相同的重(H)链组成。每条轻链通过一个共价二硫键与重链连接，而二硫键的数目在不同免疫球蛋白同种型的重链之间变化。各重链和轻链还具有规律间隔的链内二硫桥键。各重链在一端具有可变结构域(VH)，随后是多个恒定结构域。各轻链在一端具有可变结构域(VL)，在另一端具有恒定结构域；轻链的恒定结构域与重链的第一恒定结构域对齐，而轻链的可变结构域与重链的可变结构域对齐。据信，特定的氨基酸残基形成了轻链可变结构域与重链可变结构域之间的界面。
来自任何脊椎动物物种的抗体(免疫球蛋白)的轻链可基于其恒定结构域的氨基酸序列指定为两种明显不同的类型(称为κ和λ)中的一者。
术语“恒定结构域”是指相对于免疫球蛋白的含有抗原结合位点的另一部分(可变结构域)，具有更保守的氨基酸序列的免疫球蛋白分子部分。恒定结构域含有重链的CH1、CH2和CH3结构域(统称为CH)和轻链的CHL(或CL)结构域。
抗体的“可变区”或“可变结构域”是指抗体的重链或轻链的氨基末端结构域。重链的可变结构域可以称为“VH”。轻链的可变结构域可以称为“VL”。这些结构域通常是抗体中可变性最大的部分并且含有抗原结合位点。
术语“可变”是指这样的事实，可变结构域的某些部分在抗体间的序列上广泛不同，并且用于各特定抗体对它的特定抗原的结合和特异性。然而，可变性并非在抗体的整个可变结构域中均匀分布。在轻链可变结构域与重链可变结构域中，所述可变性集中在三个称为高变区(HVR)的片段中。可变结构域的更高度保守的部分称为框架区(FR)。天然重链和轻链的可变结构域各自包含四个FR区，它们大部分采用通过三个HVR连接的β-折叠构型，这三个HVR形成环连接，并且在一些情况下形成β-折叠结构的一部分。每条链中的HVR通过FR区与另一条链中的HVR紧密靠近在一起，有助于形成抗体的抗原结合位点(参见Kabat等，Sequences of Proteins of Immunological Interest,Fifth Edition,NationalInstitute of Health,Bethesda,Md.(1991))。虽然恒定结构域并不直接参与抗体与抗原的结合，但表现出各种效应子功能，诸如抗体参与抗体依赖性细胞毒性。
如本文所用，术语“高变区”、“HVR”或“HV”是指抗体可变结构域的在序列上高变和/或形成结构定义环的区域。通常，抗体包含六个HVR；三个在VH中(H1、H2、H3)，且三个在VL中(L1、L2、L3)。在天然抗体中，H3和L3显示所述六个HVR的大部分多样性，特别是H3被认为在赋予对抗体的良好特异性方面发挥独特作用。参见，例如，Xu等人，Immunity 13:37-45(2000)；Johnson and Wu,in Methods in Molecular Biology 248:1-25(Lo,ed.,HumanPress,Totowa,N.J.,2003)。实际上，仅由重链组成的天然存在的骆驼抗体在没有轻链的情况下表现出功能性和稳定性。参见，例如，Hamers-Casterman等人，Nature 363:446-448(1993)；Sheriff et al.,Nature Struct.Biol.3:733-736(1996)。
许多HVR描述是在用的并且包括在本文中。Kabat互补决定区(CDR)是基于序列可变性并且是最常用的(Kabat等人，Sequences of Proteins of Immunological Interest，第5版，Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))。而Chothia是指结构环的位置(Chothia和Lesk J.Mol.Biol.196:901-917(1987))。AbM HVR代表Kabat HVR与Chothia结构环之间的折衷，并且被Oxford Molecular's AbM抗体建模软件使用。“接触”HVR是基于可用的复合晶体结构的分析。来自这些HVR中的每个的残基注释如下。
Figure BDA0003425813700000181
Figure BDA0003425813700000191
HVR可以包含如下的“延伸HVR”：VL中的24-36或24-34(L1)、46-56或50-56(L2)和89-97或89-96(L3)以及VH中的26-35(H1)、50-65或49-65(H2)和93-102、94-102或95-102(H3)。可变结构域残基是按照Kabat等人(上文)针对这些定义中的每一个进行编号。
“框架”或“FR”残基是除如本文所定义的HVR残基以外的那些可变结构域残基。
术语“如Kabat中的可变结构域残基编号”或“如Kabat中的氨基酸位置编号”以及它们的变体是指用于Kabat等人(上文)中的抗体编译的重链可变结构域或轻链可变结构域的编号系统。使用此编号系统，实际线性氨基酸序列可含有较少或另外的氨基酸，这些氨基酸对应于可变结构域的FR或HVR的缩短或对其进行的插入。例如，重链可变结构域可包括H2的残基52之后的单个氨基酸插入(根据Kabat的残基52a)和重链FR残基82之后的插入残基(例如根据Kabat的残基82a、82b和82c等)。可通过在抗体序列的同源区处与“标准”Kabat编号序列比对来确定给定抗体的残基的Kabat编号。
当提及可变结构域中的残基时，通常使用Kabat编号系统(大约轻链的残基1-107和重链的残基1-113)(例如，Kabat等人，Sequences of Immunological Interest.第5版.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))。“EU编号系统”或“EU索引”通常在提及免疫球蛋白重链恒定区中的残基时使用(例如，Kabat等人(上文)中报告的EU索引)。“如Kabat中的EU索引”是指人IgG1 EU抗体的残基编号。
术语“全长抗体”、“完整抗体”和“全抗体”在本文中可互换使用，是指基本上完整形式的抗体，而不是如下定义的抗体片段。该术语特别指具有含有Fc区的重链的抗体。
“抗体片段”包含完整抗体的一部分，优选包含抗体的抗原结合区。在一些实施方案中，本文所述的抗体片段是抗原结合片段。抗体片段的实例包括Fab、Fab'、F(ab’)2和Fv片段；双抗体；线性抗体；单链抗体分子；以及由抗体片段形成的多特异性抗体。
木瓜蛋白酶消化抗体产生两个称为“Fab”片段的相同抗原结合片段，各自具有单个抗原结合位点和残余“Fc”片段，它们的名称反映其易于结晶的能力。胃蛋白酶处理产生具有两个抗原结合位点并且仍能够交联抗原的F(ab’)2片段。“Fv”是含有完全抗原结合位点的最小抗体片段。在一个实施方案中，双链Fv物质由处于紧密、非共价缔合的一个重链可变结构域和一个轻链可变结构域的二聚体构成。在单链Fv(scFv)物质中，一个重链可变结构域和一个轻链可变结构域可通过柔性肽接头共价连接，使得轻链和重链可以与双链Fv物质中的“二聚”结构类似的“二聚”结构缔合。在此构型中，每个可变结构域的三个HVR相互作用以将抗原结合位点限定在VH-VL二聚体的表面上。总之，六个HVR赋予抗体抗原结合特异性。然而，即使是单个可变结构域(或仅包含三个特异于抗原的HVR的一半Fv)也具有识别和结合抗原的能力，尽管与完整结合位点相比，亲和力较低。
Fab片段含有重链可变结构域和轻链可变结构域，并且还含有轻链的恒定结构域和重链的第一恒定结构域(CH1)。Fab’片段因在重链CH1结构域的羧基端添加少量残基(包括一个或多个来自抗体铰链区的半胱氨酸)而不同于Fab片段。Fab’-SH是恒定结构域的半胱氨酸残基带有自由硫醇基的Fab’在本文中的名称。F(ab’)2抗体片段最初以之间具有铰链半胱氨酸的Fab’片段对形式产生。抗体片段的其他化学偶联也是已知的。
“单链Fv”或“scFv”抗体片段包含抗体的VH和VL结构域，其中这些结构域存在于单个多肽链中。通常，scFv多肽还包含VH与VL结构域之间的多肽接头，所述接头能够使scFv形成用于抗原结合的所需结构。对于scFv的综述，参见，例如Pluckthün，The Pharmacologyof Monoclonal Antibodies,第113卷,Rosenburg和Moore编,(Springer-Verlag,NewYork,1994),第269-315页。
术语“双抗体”是指具有两个抗原结合位点的抗体片段，所述片段包含在相同多肽链(VH-VL)中与轻链可变结构域(VL)连接的重链可变结构域(VH)。通过使用太短而不允许在相同链上的两个结构域之间配对的接头，迫使所述结构域与另一链的互补结构域配对并产生两个抗原结合位点。双抗体可为二价的或双特异性的。双抗体更完整地描述于例如EP404,097；WO 1993/01161；Hudson等人,Nat.Med.9:129-134(2003)；以及Hollinger等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448(1993)中。三抗体和四抗体也描述于Hudson等人,Nat.Med.9:129-134(2003)中。
抗体的“类别”是指抗体的重链所具有的恒定结构域或恒定区的类型。存在五种主要的抗体类别：IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，并且若干这些类别还可进一步分成亚类(同种型)，例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2。对应于不同抗体类别的重链恒定结构域分别称为α、δ、ε、γ和μ。
如本文所用的术语“单克隆抗体”是指从基本上均质的抗体的群体获得的抗体，例如除可能的突变如可以少量存在的天然存在的突变之外，构成所述群体的个别抗体是相同的。因此，修饰语“单克隆”表示抗体的特征，即并非不同抗体的混合物。在某些实施方案中，这种单克隆抗体通常包括含有结合靶标的多肽序列的抗体，其中所述靶标结合多肽序列通过包括从多个多肽序列中选择单个靶标结合多肽序列的方法获得。例如，选择过程可以是从多个克隆中选择独特的克隆，如杂交瘤克隆、噬菌体克隆或重组DNA克隆的库。应当理解，可以进一步改变所选的靶标结合序列，目的是例如提高对靶标的亲和力，使靶标结合序列人源化，改善细胞培养物中靶标结合序列的产生，降低靶标结合序列的体内免疫原性，产生多特异性抗体等，而且包含改变的靶结合序列的抗体也是本发明的单克隆抗体。与通常包含针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制剂不同，单克隆抗体制剂的每个单克隆抗体是针对抗原上的单一决定簇的。单克隆抗体制剂除了特异性之外，它们的优点还在于它们通常不被其他免疫球蛋白污染。
修饰语“单克隆”指示抗体是从基本上均质的抗体群体获得的特性，且不应解释为需要通过任何特定方法来产生所述抗体。例如，根据本发明使用的单克隆抗体可以通过多种技术制备，这些技术包括例如杂交瘤方法(例如，Kohler和Milstein,Nature 256:495-97(1975)；Hongo等人,Hybridoma 14(3):253-260(1995)；Harlow等人,Antibodies:ALaboratory Manual(Cold Spring Harbor Laboratory Press,第二版1988)；Hammerling等人,Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas 563-681(Elsevier,N.Y.,1981))、重组DNA方法(参见，例如美国专利No.4,816,567)、噬菌体展示技术(参见，例如Clackson等人,Nature,352:624-628(1991)；Marks等人,J.Mol.Biol.222:581-597(1992)；Sidhu等人,J.Mol.Biol.338(2):299-310(2004)；Lee等人,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004)；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467-12472(2004)；和Lee等人,J.Immunol.Methods 284(1-2):119-132(2004))以及在具有部分或全部人免疫球蛋白基因座或编码人免疫球蛋白序列的基因的动物中产生人或类人抗体的技术(参见，例如WO1998/24893；WO 1996/34096；WO1996/33735；WO 1991/10741；Jakobovits等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:2551(1993)；Jakobovits等人,Nature 362:255-258(1993)；Bruggemann等人,Year in Immunol.7:33(1993)；美国专利No.5,545,807；5,545,806；5,569,825；5,625,126；5,633,425；和5,661,016；Marks等人,Bio/Technology 10:779-783(1992)；Lonberg等人,Nature 368:856-859(1994)；Morrison,Nature 368:812-813(1994)；Fishwild等人,Nature Biotechnol.14:845-851(1996)；Neuberger,NatureBiotechnol.14:826(1996)；以及Lonberg等人,Intern.Rev.Immunol.13:65-93(1995))。
本文中的单克隆抗体明确包括“嵌合”抗体，其中一部分重链和/或轻链与源于特定物种或属于特定抗体类别或子类的抗体中的相应序列相同或同源，而所述链的剩余部分与源于另一物种或属于另一抗体类别或子类的抗体中的相应序列相同或同源；以及所述抗体的片段，只要它们展现所需生物活性即可(参见，例如美国专利No.4,816,567；和Morrison等人,(1984)Proc.Natl.Acad.Sci.USA81:6851-6855))。嵌合抗体包括
Figure BDA0003425813700000231
抗体，其中抗体的抗原结合区源于通过例如用目标抗原免疫猕猴产生的抗体。
“人抗体”为具有某一氨基酸序列的抗体，所述氨基酸序列对应于由人或人细胞产生或源于利用人抗体组库或其他人抗体编码序列的非人来源的抗体的氨基酸序列。人抗体的这种定义明确排除包含非人抗原结合残基的人源化抗体。
“人源化”抗体是指包含来自非人HVR的氨基酸残基和来自人框架区(FR)的氨基酸残基的嵌合抗体。在某些实施方案中，人源化抗体将包含基本上所有的至少一个以及通常两个可变结构域，其中所有的或者基本上所有的HVR(例如，CDR)对应于非人抗体的HVR，并且所有的或者基本上所有的FR对应于人抗体的FR。人源化抗体任选可包含源于人抗体的抗体恒定区的至少一部分。抗体(例如非人抗体)的“人源化形式”是指已进行人源化的抗体。
术语“抗PD-L1抗体”和“结合PD-L1的抗体”是指能够以足以使抗体在靶向PD-L1方面用作诊断剂和/或治疗剂的亲和力结合PD-L1的抗体。在一个实施方案中，如例如通过放射免疫测定(RIA)所测量的，抗PD-L1抗体与无关的非PD-L1蛋白结合的程度小于抗体与PD-L1的结合的约10％。在某些实施方案中，抗PD-L1抗体结合在来自不同物种的PD-L1中保守的PD-L1的表位。
术语“抗PD-1抗体”和“结合PD-1的抗体”是指能够以足以使抗体在靶向PD-1方面用作诊断剂和/或治疗剂的亲和力结合PD-1的抗体。在一个实施方案中，如例如通过放射免疫测定(RIA)所测量的，抗PD-1抗体与无关的非PD-1蛋白结合的程度小于抗体与PD-1的结合的约10％。在某些实施方案中，抗PD-1抗体结合在来自不同物种的PD-1中保守的PD-1的表位。
“阻断”抗体或“拮抗剂”抗体是抑制或减少所结合的抗原的生物活性的一种抗体。优选的阻断抗体或拮抗剂抗体基本上或完全地抑制抗原的生物活性。
“亲和力”是指分子(例如抗体)的单个结合位点与其结合配偶体(例如抗原)之间的非共价相互作用的总和的强度。除非另外指示，否则如本文所用，“结合亲和力”是指反映结合对的成员(例如抗体和抗原)之间的1:1相互作用的内在结合亲和力。分子X对其配偶体Y的亲和力可通常由解离常数(Kd)表示。亲和力可通过本领域已知的常见方法包括本文所述的那些方法进行测量。测量结合亲和力的具体说明性和示例性实施方案在下文中描述。
如本文所用，术语“特异性结合”或“对...特异性的”是指可测量的和可再现的相互作用，诸如靶标与抗体的结合，所述结合在存在包括生物分子的分子的异质群体的情况下确定靶标的存在。例如，结合或特异性地结合靶标(可以是表位)的抗体是相比结合其他靶标，以更大的亲和力、亲合力更容易地和/或以更长的持续时间结合此靶标的抗体。在一个实施方案中，如例如通过放射免疫测定(RIA)所测量的，抗体与无关的靶标结合的程度小于抗体与靶标的结合的约10％。在某些实施方案中，特异性地结合靶标的抗体的解离常数(Kd)为≤1μM、≤100nM、≤10nM、≤1nM或≤0.1nM。在某些实施方案中，抗体特异性地结合在来自不同物种的蛋白质中保守的蛋白质上的表位。在另一个实施方案中，特异性结合可包括但不需要专一性结合。
“亲和力成熟的”抗体是指与在一个或多个高变区(HVR)中不具有一个或多个改变的亲本抗体相比，具有此类改变的抗体，此类改变会导致抗体对抗原的亲和力得到改善。
作为参照抗体的“结合相同表位的抗体”是指在竞争测定中使参照抗体与其抗原的结合被阻断50％或更多的抗体，且相反，参照抗体在竞争测定中使所述抗体与其抗原的结合被阻断50％或更多。
“免疫缀合物”为缀合至一个或多个异源分子(包括但不限于细胞毒性剂)的抗体。
如本文所用，术语“免疫粘附素”指代将异源蛋白质(“粘附素”)的结合特异性与免疫球蛋白恒定结构域的效应子功能组合的抗体样分子。在结构上，免疫粘附素包含不同于抗体的抗原识别和结合位点(即，是“异源的”)的具有所需结合特异性的氨基酸序列和免疫球蛋白恒定结构域序列的融合。免疫粘附素分子的粘附素部分通常是至少包含受体或配体的结合位点的连续氨基酸序列。免疫粘附素中的免疫球蛋白恒定结构域序列可从诸如以下的任何免疫球蛋白获得：IgG1、IgG2(包括IgG2A和IgG2B)、IgG3或IgG4亚型、IgA(包括IgA1和IgA2)、IgE、IgD或IgM。Ig融合优选地包括在Ig分子内的至少一个可变区的位置中替代本文所述的多肽或抗体的结构域。在特别优选的实施方案中，免疫球蛋白融合包括IgG1分子的铰链、CH2和CH3或铰链、CH1、CH2和CH3区。关于免疫球蛋白融合的产生，另外参见美国专利No.5,428,130。例如，作为药物用于本文疗法的有用的免疫粘附素包括包含分别与免疫球蛋白序列的恒定结构域融合的PD-L1或PD-L2的细胞外结构域(ECD)或PD-1结合部分，或PD-1的细胞外或PD-L1结合部分或PD-L2结合部分的多肽，诸如PD-L1ECD-Fc、PD-L2 ECD-Fc和PD-1ECD-Fc。细胞表面受体的Ig Fc和ECD的免疫粘附素组合有时称为可溶性受体。
“融合蛋白”和“融合多肽”是指具有共价连接在一起的两个部分的多肽，其中每个部分为具有不同特性的多肽。所述特性可为生物特性，诸如体外或体内活性。所述特性还可为简单的化学或物理特性，诸如与靶分子的结合、反应的催化等。所述两个部分可通过单个肽键或通过肽接头直接连接，但是彼此处于阅读框中。
关于本文鉴别的多肽序列的“氨基酸序列同一性百分比(％)”定义为在比对序列并且必要时引入间隙以实现最大序列同一性百分比，并且不考虑任何保守性置换作为序列同一性的一部分之后，候选序列中与所比较的多肽中的氨基酸残基相同的氨基酸残基的百分比。用于测定氨基酸序列同一性百分比的目的的比对可以属于本领域中的技能的多种方式实现，所述方式例如使用可公开获得的计算机软件，诸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域技术人员可确定测量比对的适当参数，包括对所比较的序列的全长获得最大比对所需的任何算法。然而，为了本文目的，使用序列比较计算机程序ALIGN-2来生成氨基酸序列同一性％值。ALIGN-2序列比较计算机程序由Genentech,Inc.创作，并且源代码已与用户文档一起提交到美国版权局(U.S.Copyright Office),Washington D.C.,20559，其被登记在美国版权登记号TXU510087下。ALIGN-2程序可通过Genentech,Inc.(South San Francisco,California)公开获得。ALIGN-2程序应编译用于UNIX操作系统，优选数字UNIX V4.0D。所有序列比较参数皆由ALIGN-2程序设置且不改变。
在采用ALIGN-2进行氨基酸序列比较的情形下，给定氨基酸序列A对于、与或相对于给定氨基酸序列B的氨基酸序列同一性％(或者可表达为给定氨基酸序列A对于、与或相对于给定氨基酸序列B具有或包含某一氨基酸序列同一性％)如下计算：
100×分数X/Y
其中X为通过序列比对程序ALIGN-2在所述程序的A和B的比对中评分为相同匹配的氨基酸残基的数目，并且其中Y为B中的氨基酸残基的总数。应了解，在氨基酸序列A的长度不等于氨基酸序列B的长度的情况下，A与B的氨基酸序列同一性％将不等于B与A的氨基酸序列同一性％。除非另外特别说明，否则本文中使用的所有％氨基酸序列同一性值是如在前一段中所描述的那样使用ALIGN-2计算机程序所获得。
术语“检测”包括任何检测手段，包括直接和间接检测。
如本文所用的术语“生物标记”是指可以在样品中检测出的指示物，例如预测、诊断和/或预后指示物，例如特定基因或由所述基因编码的蛋白质，或所述特定基因的一个或多个体细胞突变。生物标记可用作特征在于某些分子、病理学、组织学和/或临床特征(例如，对包括PD-L1轴结合拮抗剂的疗法的应答性)的疾病或病症(例如，癌症)的特定亚型的指示物。在一些实施方案中，生物标记是基因集合中基因或集体数量的突变/改变(例如，体细胞突变)的集合。生物标记包括但不限于多核苷酸(例如，DNA和/或RNA)、多核苷酸改变(例如，多核苷酸拷贝数改变，例如DNA拷贝数改变)、多个多肽、一个多肽和多核苷酸修饰(例如，翻译后修饰)、碳水化合物和/或基于糖脂的分子标记。
与个体的临床益处增加相关的体细胞突变的“量”或“水平”是生物样品中可检测的水平。这些可通过本领域技术人员已知且也在本文中公开的方法来测量。估计的体细胞突变的表达水平或量可用于确定对治疗的应答。
术语“水平”是指生物样品中体细胞突变的量
体细胞突变的“一个水平增加”、“多个水平增加”或“水平升高”是指相对于对照，个体中的体细胞突变水平增加，所述对照诸如未患有疾病或病症(例如，癌症)的一个个体或多个个体或内部对照(例如，参照基因)。在一些实施方案中，在个体的全基因组中存在增加的体细胞突变水平。在其他实施方案中，在从个体收集的样品(例如，组织样品)中存在增加的体细胞突变水平。在一些实施方案中，所述个体患有癌症(例如，膀胱癌(例如，UBC))。
体细胞突变的“一个水平降低”、“多个水平降低”、“一个水平减少”或“多个水平减少”是指相对于对照，个体中的体细胞突变水平降低，所述对照诸如未患有疾病或病症(例如，癌症)的一个个体或多个个体或内部对照(例如，参照基因)。在一些实施方案中，在个体的全基因组中存在降低的体细胞突变水平。在其他实施方案中，在从个体收集的样品(例如，组织样品)中存在降低的体细胞突变水平。在一些实施方案中，所述个体患有癌症(例如，膀胱癌(例如，尿路上皮膀胱癌，UBC))。
术语“表达水平(level of expression)”或“表达水平(expression level)”通常可互换使用，并且通常是指生物样品中生物标记的量。“表达”通常是指将信息(例如，基因编码的信息和/或表观遗传信息)转变成存在于细胞中并在细胞中操作的结构的过程。因此，如本文所用，“表达”可以指转录成多核苷酸，翻译成多肽，或甚至多核苷酸和/或多肽修饰(例如，多肽的翻译后修饰)。转录的多核苷酸、翻译的多肽或多核苷酸和/或多肽修饰(例如，多肽的翻译后修饰)的片段也应被视为表达的，无论它们是源自通过选择性剪接产生的转录物或降解的转录物，还是源自多肽的翻译后加工(例如通过蛋白水解)。“表达的基因”包括转录成多核苷酸mRNA然后翻译成多肽的那些基因，以及转录成RNA但不翻译成多肽的那些基因(例如，转移RNA和核糖体RNA)。
“表达增加”、“表达水平增加”、“水平增加”、“表达升高”、“表达水平升高”或“水平升高”是指相对于对照，个体中生物标记的表达增加或水平增加，所述对照诸如未患有疾病或病症(例如，癌症)的一个个体或多个个体或内部对照(例如，持家生物标记)。
“表达降低”、“表达水平降低”、“水平降低”、“表达减少”、“表达水平减少”或“水平减少”是指相对于对照，个体中生物标记的表达降低或水平降低，所述对照诸如未患有疾病或病症(例如，癌症)的一个个体或多个个体或内部对照(例如，持家生物标记)。
如本文所用，“扩增”通常是指产生所需序列的多个拷贝的过程。“多个拷贝”意味着至少两个拷贝。“拷贝”不一定意味着与模板序列具有完全的序列互补性或同一性。例如，拷贝可包括核苷酸类似物(诸如脱氧肌苷)、有意序列改变(诸如通过包含可与模板杂交但不互补的序列的引物引入的序列改变)，和/或在扩增过程中发生的序列错误。
术语“多重PCR”是指使用多于一个引物组对从单一来源(例如，个体)获得的核酸进行的单一PCR反应，目的是在单一反应中扩增两种或更多种DNA序列。
如本文所用的“聚合酶链反应”或“PCR”技术通常是指如例如美国专利No.4,683,195中所述的那样扩增微量的核酸、RNA和/或DNA的特定片段的方法。通常，需要获得目标区域末端或更远处的序列信息，以便可以设计寡核苷酸引物；这些引物在序列上与待扩增模板的相反链相同或相似。两个引物的5'末端核苷酸可以与扩增物的末端重合。PCR可用于扩增特定RNA序列、来自总基因组DNA的特定DNA序列以及从总细胞RNA、噬菌体或质粒序列转录的cDNA等。大体参见Mullis等人,Cold Spring Harbor SympQuant.Biol.51:263(1987)和Erlich编,PCR Technology,(Stockton Press,NY,1989)。如本文所用，PCR被认为是用于扩增核酸测试样品的核酸聚合酶反应方法的一个实例，但不是唯一的实例，该方法包括使用已知的核酸(DNA或RNA)作为引物并利用核酸聚合酶来扩增或产生特定的核酸片段或扩增或产生与特定核酸互补的特定核酸片段。
“定量实时聚合酶链反应”或“qRT-PCR”是指一种PCR形式，其中PCR产物的量在PCR反应的每个步骤都进行测量。该技术已在各种出版物中描述，包括例如Cronin等人,Am.J.Pathol.164(1):35-42(2004)和Ma等人,Cancer Cell 5:607-616(2004)。
术语“微阵列”是指在基底上可杂交阵列元件，优选多核苷酸探针的有序排列。
术语“诊断”在本文用来指分子或病理状态、疾病或病状(例如，癌症)的鉴别或分类。例如，“诊断”可以是指特定类型的癌症的鉴别。“诊断”还可以是指例如通过组织病理学标准或通过分子特征(例如，特征在于生物标记(例如，特定基因或由所述基因编码的蛋白质)中的一种或组合的表达的亚型)进行的癌症的特定亚型的分类。
术语“辅助诊断”在本文用来指有助于对疾病或病症(例如，癌症)的特定类型的症状或病状的存在或性质进行临床确定的方法。例如，帮助诊断疾病或病状(例如，癌症)的方法可以包括测量来自个体的生物样品中的某些体细胞突变。
如本文所用，术语“样品”是指从目标受试者和/或个体获得或来源于目标受试者和/或个体的组合物，所述目标受试者和/或个体含有将要例如基于物理、生化、化学和/或生理特性来表征和/或鉴别的细胞和/或其他分子实体。例如，短语“疾病样品”及其变型是指从预计或已知含有待表征的细胞和/或分子实体的目标受试者获得的任何样品。样品包括但不限于组织样品、原代或培养细胞或细胞系、细胞上清液、细胞裂解液、血小板、血清、血浆、玻璃体液、淋巴液、滑液、卵泡液、精液、羊水、乳汁、全血、血液来源细胞、尿液、脑脊髓液、唾液、痰液、泪液、汗液、粘液、肿瘤裂解液和组织培养基、组织提取物诸如匀浆组织、肿瘤组织、细胞提取物以及它们的组合。
“组织样品”或“细胞样品”是指从受试者或个体的组织获得的相似细胞的集合。组织或细胞样品的来源可为如来自新鲜、冷冻和/或防腐器官、组织样品、活检物和/或吸出物的固体组织；血液或任何血液成分，诸如血浆；体液，诸如脑脊髓液、羊水、腹膜液或间质液；来自受试者妊娠或发育的任何时间的细胞。组织样品也可以是原代或培养的细胞或细胞系。任选地，组织或细胞样品从疾病组织/器官获得。例如，“肿瘤样品”是从肿瘤或其他癌组织获得的组织样品。组织样品可含有混合的细胞类型群体(例如，肿瘤细胞和非肿瘤细胞，癌细胞和非癌细胞)。组织样品可含有本质上不与组织天然混杂的化合物，诸如防腐剂、抗凝血剂、缓冲剂、固定剂、营养素、抗生素等。
如本文所用，“肿瘤细胞”是指存在于肿瘤或其样品中的任何肿瘤细胞。可使用本领域已知和/或本文所述的方法将肿瘤细胞与可存在于肿瘤样品中的其他细胞(例如，基质细胞和肿瘤浸润性免疫细胞)区分。
如本文所用的“参照样品”、“参照细胞”、“参照组织”、“对照样品”、“对照细胞”或“对照组织”是指用于比较目的的样品、细胞、组织、标准或水平。在一个实施方案中，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织获自相同受试者或个体的身体的健康和/或非患病部分(例如，组织或细胞)。例如，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织可为与患病细胞或组织相邻的健康和/或非患病细胞或组织(例如，与肿瘤相邻的细胞或组织)。在另一个实施方案中，参照样品获自相同受试者或个体的身体的未处理组织和/或细胞。在另一个实施方案中，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织获自不是受试者或个体的个体的身体的健康和/或非患病部分(例如，组织或细胞)。在另一个实施方案中，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织获自不是受试者或个体的个体的身体的未处理组织和/或细胞。
出于本文的目的，组织样品的“切片”意指组织样品的单个部分或片，例如从组织样品(例如，肿瘤样品)切下的组织薄片或细胞。应当理解，可将多个组织样品切片采集并进行分析，条件是应当理解，可在形态和分子水平上分析相同的组织样品切片，或者关于肽(例如，通过免疫组织化学)和/或多核苷酸(例如，通过原位杂交)来分析相同的组织样品切片。
“关联(correlate)”或“关联(correlating)”意指以任何方式对第一次分析或方案的性能和/或结果与第二次分析或方案的性能和/或结果进行比较。例如，可在执行第二方案中使用第一分析或方案的结果，并且/或者可使用第一分析或方案的结果来确定是否应当进行第二分析或方案。关于多肽分析或方案的实施方案，可使用多肽表达分析或方案的结果来确定是否应当进行具体治疗方案。关于多核苷酸分析或方案的实施方案，可使用多核苷酸表达分析或方案的结果来确定是否应当进行具体治疗方案。
可使用指示对个体的益处的任何端点来评估“个体应答”或“应答”，所述益处包括但不限于(1)在一定程度上抑制疾病进展(例如，癌症进展)，包括减缓或完全停滞；(2)肿瘤尺寸的减小；(3)抑制(即，减少、减缓或完全停止)癌细胞浸润到相邻的外周器官和/或组织中；(4)抑制(即，减少、减缓或完全停止)转移；(5)在一定程度上减轻与疾病或病症(例如，癌症)相关的一种或多种症状；(6)存活(包括总体存活和无进展存活)的长度的增加或延长；和/或(7)治疗后给定时间点处的死亡率降低。
患者的“有效应答”或患者对用药物进行的治疗的“应答性”和类似措辞是指赋予有风险患有或已患有疾病或病症(诸如癌症)的患者的临床或治疗益处。在一个实施方案中，此类益处包括以下任何一种或多种：延长存活(包括总体存活和/或无进展存活)；致使客观应答(包括完全应答或部分应答)；或改善癌症的体征或症状。在一个实施方案中，例如如使用本文公开的方法确定的肿瘤细胞中的体细胞突变水平用于鉴别相对于不具有相同体细胞突变水平的患者，预计对用药物进行的治疗(例如，包含PD-L1轴结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体的治疗)产生应答的可能性增加的患者。在一个实施方案中，例如如使用本文公开的方法确定的肿瘤细胞中增加的体细胞突变水平用于鉴别相对于不具有增加的体细胞突变水平的患者，预计对用药物(例如，抗PD-L1抗体)进行的治疗产生应答的可能性增加的患者。
“客观应答”是指可测量的应答，包括完全应答(CR)或部分应答(PR)。在一些实施方案中，“客观应答率(ORR)”是指完全应答(CR)率和部分应答(PR)率的总和。
“完全应答”或“CR”意指响应于治疗的癌症的所有体征的消失(例如，所有靶损伤的消失)。这不总是意味着癌症已被治愈。
“持续应答”是指在停止治疗后对减少肿瘤生长的持续作用。例如，肿瘤尺寸与药物施用阶段开始时的尺寸相比可以是相同尺寸或更小。在一些实施方案中，持续应答具有与治疗持续时间至少相同的持续时间、至少1.5x、2.0x、2.5x或3.0x治疗持续时间的长度或更长。
如本文所用，“减少或抑制癌症复发”意指减少或抑制肿瘤或癌症复发，或肿瘤或癌症进展。如本文所公开，癌症复发和/或癌症进展包括但不限于癌症转移。
如本文所用，“部分应答”或“PR”是指响应于治疗的一个或多个肿瘤的尺寸或损伤的减小或体内癌症程度的降低。例如，在一些实施方案中，PR是指以基线SLD作为参照，靶损伤的最长直径(SLD)之和的至少30％减少。
如本文所用，“稳定疾病”或“SD”是指以自治疗开始以来的最小SLD作为参照，既没有足够的靶损伤收缩以符合PR，又没有足够的增加以符合PD。
如本文所用，“进行性疾病”或“PD”是指以自治疗开始或一个或多个新损伤的存在以来记录的最小SLD作为参照，靶损伤的SLD的至少20％增加。
术语“存活”是指患者保持活着，并且包括总体存活以及无进展存活
如本文所用，“无进展存活”(PFS)是指治疗期间和之后所治疗的疾病(例如，癌症)未变差的的时间长度。无进展存活可包括患者已经历完全应答或部分应答的时间量，以及患者经历稳定疾病的时间量。
如本文所用，“总体存活”(OS)是指在特定持续时间之后组中可能活着的个体的百分比。
“延长存活”意指相对于未治疗的患者(即，相对于未用药物治疗的患者)，或相对于不具有指定水平的体细胞突变的患者，和/或相对于用抗肿瘤剂治疗的患者，增加治疗的患者中的总体存活或无进展存活。
如本文所用，术语“基本上相同”表示两个数值之间的足够高的相似度，以使得本领域技术人员将认为在通过所述值(例如，Kd值或突变水平)测量的生物学特性的背景下这两个值之间的差异几乎没有或没有生物学和/或统计显著性。所述两个值之间的差异随着参照/比较值的变化而例如小于约50％、小于约40％、小于约30％、小于约20％和/或小于约10％。
如本文所用，短语“基本上不同”表示两个数值之间的足够高的差异程度，以使得本领域技术人员将认为在通过所述值(例如，Kd值或突变水平)测量的生物学特征的背景下这两个值之间的差异具有统计显著性。所述两个值之间的差异随着参照/比较分子的值的变化而例如大于约10％、大于约20％、大于约30％、大于约40％和/或大于约50％。
当本文使用时词语“标记”是指被直接或间接缀合或融合至诸如多核苷酸探针或抗体的剂并且促进所缀合或融合的剂的检测的化合物或组合物。标记本身可以是可检测的(例如，放射性同位素标记或荧光标记)或在酶促标记的情况下可以催化可检测的底物化合物或组合物的化学改变。术语旨在涵盖通过将可检测物质偶联(即，物理连接)至探针或抗体实现的探针或抗体的直接标记以及通过与直接标记的另一种剂的反应性实现的探针或抗体的间接标记。间接标记的实例包括使用荧光标记的二级抗体检测一级抗体以及用生物素末端标记DNA探针，使之可以用荧光标记的链霉抗生素蛋白来检测。
“治疗有效量”是指治疗或预防哺乳动物中的疾病或病症的治疗剂的量。就癌症而言，治疗剂的治疗有效量可减少癌细胞的数量；减小原发性肿瘤的尺寸；抑制(即，在某种程度上减慢并优选阻止)癌细胞对周边器官的浸润；抑制(即，在某种程度上减慢并优选阻止)肿瘤转移；在某种程度上抑制肿瘤生长；和/或在某种程度上减轻与病症相关的一种或多种症状。在药物可防止生长和/或杀死现有的癌细胞的程度上，它可为细胞抑制的和/或细胞毒性的。对于癌症疗法，可例如通过评估存活的持续时间、疾病进展时间(TTP)、应答率(例如，CR和PR)、应答持续时间和/或生命质量来测量体内功效。
“病症”是将受益于治疗的任何病状，包括但不限于慢性和急性病症或疾病，包括使哺乳动物易患所考虑的病症的那些病理病状。
术语“癌症”和“癌性”是指或描述哺乳动物中的特征通常在于细胞生长不受调控的生理病状。该定义包括良性和恶性癌症。“早期癌症”或“早期肿瘤”是指非侵袭性或转移性的或被分类为0、1或2期癌症的癌症。癌症的实例包括但不限于恶性肿瘤、淋巴瘤、胚细胞瘤(包括成神经管细胞瘤和视网膜母细胞瘤)、肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤)、神经内分泌肿瘤(包括类癌肿瘤、胃泌素瘤和胰岛细胞癌)、间皮瘤、神经鞘瘤(包括听神经瘤)、脑膜瘤、腺癌、黑色素瘤和白血病或淋巴恶性肿瘤。此类癌症的更特定实例包括膀胱癌(例如，尿路上皮膀胱癌(例如，移行细胞癌或尿路上皮癌、非肌肉浸润性膀胱癌、肌肉浸润性膀胱癌和转移性膀胱癌)和非尿路上皮膀胱癌)、鳞状细胞癌(例如上皮鳞状细胞癌)、肺癌(包括小细胞肺癌(SCLC)、非小细胞肺癌(NSCLC)、肺腺癌和肺鳞状细胞癌)、腹膜癌、肝细胞癌、胃癌(包括胃肠癌)、胰腺癌、成胶质细胞瘤、子宫颈癌、卵巢癌、肝癌、肝细胞瘤、乳腺癌(包括转移性乳腺癌)、结肠癌、直肠癌、结肠直肠癌、子宫内膜或子宫癌、唾液腺癌、肾癌、前列腺癌、外阴癌、甲状腺癌、肝恶性肿瘤、肛门癌、阴茎癌、梅克尔细胞癌、真菌病、睾丸癌、食管癌、胆道肿瘤以及头颈癌和血液恶性肿瘤。在一些实施方案中，癌症是三阴性转移性乳腺癌，包括伴有局部复发或转移性疾病(其中局部复发性疾病不适合进行切除术用于治愈目的)的任何组织学确认的三阴性(ER-，PR-，HER2-)乳腺腺癌。在一些实施方案中，癌症是膀胱癌。在特定的实施方案中，膀胱癌是尿路上皮膀胱癌。
如本文所用，术语“肿瘤”是指所有赘生性细胞生长和增殖(无论恶性还是良性)以及所有癌前和癌性细胞和组织。如本文所提及的，术语“癌症”、“癌性”和“肿瘤”不是相互排斥的。
术语“药物制剂”是指以下制剂：其呈允许其中所含的活性成分的生物活性有效的形式，且不含对将施用制剂的受试者具有不可接受毒性的另外组分。
“药学上可接受的载剂”是指药物制剂中除活性成分以外的对受试者无毒的成分。药学上可接受的载剂包括但不限于缓冲剂、赋形剂、稳定剂或防腐剂。
如本文所用，“治疗(treatment)”(及其语法变化形式，诸如“治疗(treat)”或“治疗(treating)”)是指企图改变所治疗个体的天然病程，且可为实现防治或在临床病变过程中进行的临床介入。合乎需要的治疗效果包括但不限于防止疾病发生或复发、减轻症状、减弱疾病的任何直接或间接病理学后果、防止转移、降低疾病进展速率、改善或缓解疾病状态以及缓和或改善预后。在一些实施方案中，抗体(例如，抗PD-L1抗体和/或抗PD-1抗体)用来延迟疾病发展或减缓疾病进展。
术语“抗癌疗法”是指可用于治疗癌症的疗法。抗癌治疗剂的实例包括但不限于细胞毒性剂、化学治疗剂、生长抑制剂、用于放射疗法的剂、抗血管生成剂、凋亡剂、抗微管蛋白剂和治疗癌症的其他剂，例如抗CD20抗体、血小板衍生生长因子抑制剂(例如，GLEEVECTM(甲磺酸伊马替尼))、COX-2抑制剂(例如塞来昔布)、干扰素、细胞因子、结合以下靶标中的一种或多种的拮抗剂(例如中和抗体)：PDGFR-β、BlyS、APRIL、BCMA受体、TRAIL/Apo2、其他生物活性和有机化学剂等。这些抗癌治疗剂的组合也包括在本发明中。
如本文所用的术语“细胞毒性剂”是指抑制或阻止细胞功能和/或导致细胞破坏的物质。该术语旨在包括放射性同位素(例如，At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32和Lu的放射性同位素)；化学治疗剂(例如甲胺蝶呤(methotrexate)、阿德力霉素(adriamicin)、长春花生物碱(长春新碱(vincristine)、长春花碱(vinblastine)、依托泊苷(etoposide))、阿霉素、美法仑(melphalan)、丝裂霉素C(mitomycin C)、苯丁酸氮芥(chlorambucil)、道诺霉素(daunorubicin)或其他插入剂)；酶及其片段，诸如溶核酶；抗生素；和毒素，诸如小分子毒素或细菌、真菌、植物或动物来源的酶活性毒素，包括其片段和/或变体；以及以下公开的各种抗肿瘤剂或抗癌剂。其他细胞毒性剂在下面描述。杀肿瘤剂导致肿瘤细胞的破坏。
“化学治疗剂”是可用于治疗癌症的化学化合物。化学治疗剂的实例包括烷基化剂，诸如噻替派(thiotepa)和
Figure BDA0003425813700000371
环磷酰胺；烷基磺酸盐，诸如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶，诸如本多帕(benzodopa)、卡巴醌(carboquone)、米特多帕(meturedopa)和优多帕(uredopa)；乙烯亚胺和甲基蜜胺(methylamelamine)，包括六甲蜜胺(altretamine)、三乙烯蜜胺(triethylenemelamine)、三乙烯磷酰胺(triethylenephosphoramide)、三乙烯硫代磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)和三羟甲基蜜胺(trimethylolomelamine)；多聚乙酰(acetogenin)(尤其是布拉它辛(bullatacin)和布拉它辛酮(bullatacinone))；δ-9-四氢大麻酚(tetrahydrocannabinol)(屈大麻酚(dronabinol)，
Figure BDA0003425813700000372
)；β-拉帕醌(beta-lapachone)；拉帕醇(lapachol)；秋水仙碱(colchicine)；桦木酸(betulinicacid)；喜树碱(camptothecin)(包括合成类似物拓扑替康(topotecan)
Figure BDA0003425813700000373
CPT-11(伊立替康(irinotecan)，
Figure BDA0003425813700000374
)、乙酰基喜树碱(acetylcamptothecin)、莨菪素(scopolectin)和9-氨基喜树碱(aminocamptothecin))；苔藓抑素(bryostatin)；凯利他汀(callystatin)；CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin)、卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；足叶草素(podophyllotoxin)；足叶草酸(podophyllinic acid)；替尼泊苷(teniposide)；念珠藻素(cryptophycin)(具体是念珠藻素1和念珠藻素8)；多拉司他汀(dolastatin)；倍癌霉素(duocarmycin)(包括合成类似物KW-2189和CB1-TM1)；软珊瑚醇(eleutherobin)；潘卡他汀(pancratistatin)；匍枝珊瑚醇(sarcodictyin)；海绵抑制素(spongistatin)；氮芥，诸如苯丁酸氮芥(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、氯磷酰胺(cholophosphamide)、雌氮芥(estramustine)、异环磷酰胺(ifosfamide)、二氯甲基二乙胺(mechlorethamine)、二氯甲基二乙胺氧化物盐酸盐、美法仑、新恩比兴(novembichin)、苯芥胆甾醇(phenesterine)、泼尼莫司汀(prednimustine)、氯乙环磷酰胺(trofosfamide)、尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；亚硝基脲，诸如卡莫司汀(carmustine)、吡葡亚硝脲(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)和雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素，诸如烯二炔抗生素(例如卡里奇霉素，尤其卡里奇霉素γ1I和卡里奇霉素ω1I(参见，例如Nicolaou等,.Angew.Chem Intl.编Engl.,33:183-186(1994))；达内霉素(dynemicin)，包括达内霉素A；埃斯培拉霉素(esperamicin)；以及新制癌菌素(neocarzinostatin)发色团和相关色蛋白烯二炔抗生素发色团、阿克拉霉素(aclacinomysin)、放线菌素(actinomycin)、安曲霉素(authramycin)、重氮丝氨酸(azaserine)、博莱霉素(bleomycin)、放线菌素C(cactinomycin)、卡拉比星(carabicin)、洋红霉素(carminomycin)、嗜癌菌素(carzinophilin)、色霉素(chromomycin)、放线菌素D(dactinomycin)、道诺霉素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-重氮基-5-氧代-L-正亮氨酸、
Figure BDA0003425813700000381
阿霉素(包括吗啉代-阿霉素、氰基吗啉代-阿霉素、2-吡咯啉基-阿霉素和脱氧阿霉素)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊达比星(idarubicin)、麻西罗霉素(marcellomycin)、丝裂霉素(mitomycin)(诸如丝裂霉素C)、霉酚酸(mycophenolic acid)、诺加霉素(nogalamycin)、橄榄霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、泊非霉素(porfiromycin)、嘌呤霉素(puromycin)、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星(rodorubicin)、链黑菌素(streptonigrin)、链脲霉素(streptozocin)、杀结核菌素(tubercidin)、乌苯美司(ubenimex)、净司他汀(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物，诸如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，诸如二甲叶酸(denopterin)、甲氨蝶呤、蝶罗呤(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物，诸如氟达拉滨(fludarabine)、6-巯基嘌呤(6-mercaptopurine)、硫咪嘌呤(thiamiprine)、硫鸟嘌呤(thioguanine)；嘧啶类似物，诸如环胞苷(ancitabine)、阿扎胞苷(azacitidine)、6-氮尿苷(6-azauridine)、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、二脱氧尿苷(dideoxyuridine)、脱氧氟尿苷(doxifluridine)、依诺他滨(enocitabine)、氟尿苷(floxuridine)；雄激素(androgen)，诸如二甲睾酮(calusterone)、屈他雄酮丙酸盐(dromostanolone propionate)、环硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睾内酯(testolactone)；抗肾上腺剂，诸如氨鲁米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)；叶酸(folicacid)补充剂，诸如弗罗林酸(frolinic acid)；乙酰葡醛酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamide glycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；倍曲布西(bestrabucil)；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地佛法明(defofamine)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；依洛尼塞(elfornithine)；依利醋铵(elliptinium acetate)；埃博霉素(epothilone)；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓(gallium nitrate)；羟基脲(hydroxyurea)；香菇多糖(lentinan)；洛尼代宁(lonidainine)；美登木素，诸如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫匹丹莫(mopidanmol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他汀(pentostatin)；苯来美特(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；2-乙基酰肼；丙卡巴肼(procarbazine)；
Figure BDA0003425813700000391
多糖复合物(JHS Natural Products,Eugene,OR)；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西索菲兰(sizofiran)；螺旋锗(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2’,2”-三氯三乙胺；单端孢霉烯(trichothecene)(尤其T-2毒素、维拉库林A(verracurin A)、杆孢菌素A(roridin A)和蛇形菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)
Figure BDA0003425813700000401
达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；格塞图辛(gacytosine)；阿拉伯糖苷(arabinoside)(“Ara-C”)；噻替派(thiotepa)；紫杉烷(taxoid)，例如紫杉烷(taxane)，包括
Figure BDA0003425813700000402
紫杉醇(paclitaxel)(Bristol-Myers Squibb Oncology,Princeton,N.J.)、ABRAXANETM无聚氧乙烯蓖麻油(Cremophor-free)的白蛋白工程改造的紫杉醇纳米颗粒制剂(American PharmaceuticalPartners,Schaumberg,Illinois)和
Figure BDA0003425813700000403
多西他赛(docetaxel)(
Figure BDA0003425813700000404
Rorer,Antony,France)；苯丁酸氮芥；吉西他滨(gemcitabine)
Figure BDA0003425813700000405
6-硫代鸟嘌呤(6-thioguanine)；巯基嘌呤(mercaptopurine)；甲氨蝶呤；铂或基于铂的化学治疗剂和铂类似物，诸如顺铂(cisplatin)、卡铂(carboplatin)、奥利沙铂(oxaliplatin)(ELOXATINTM)、赛特铂(satraplatin)、吡铂(picoplatin)、奈达铂(nedaplatin)、三核铂(triplatin)和lipoplatin；长春花碱(vinblastine)
Figure BDA0003425813700000406
铂；依托泊苷(VP-16)；异环磷酰胺；米托蒽醌；长春新碱(vincristine)
Figure BDA0003425813700000407
奥沙利铂(oxaliplatin)；亚叶酸(leucovovin)；长春瑞滨(vinorelbine)
Figure BDA0003425813700000408
诺消灵(novantrone)；依达曲沙(edatrexate)；道诺霉素；氨基蝶呤(aminopterin)；伊班膦酸盐(ibandronate)；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟胺酸(DMFO)；类视色素(retinoid)，诸如视黄酸(retinoic acid)；卡培他滨(capecitabine)
Figure BDA0003425813700000409
任何上述各物的药学上可接受的盐、酸或衍生物；以及上述各物中两种或更多种的组合，诸如CHOP，即环磷酰胺、阿霉素、长春新碱和泼尼松龙(prednisolone)的组合疗法的缩写，以及FOLFOX，即用奥沙利铂(ELOXATINTM)与5-FU和亚叶酸组合进行的治疗方案的缩写。另外的化学治疗剂包括用作抗体药物缀合物的细胞毒性剂，例如像美登木素(例如，DM1)和奥里斯他汀(auristatin)MMAE和MMAF。
“化学治疗剂”还包括用来调节、减少、阻断或抑制可促进癌生长的激素作用并且常常为系统性或全身治疗形式的“抗激素剂”或“内分泌治疗剂”。它们可能为激素本身。实例包括抗雌激素和选择性雌激素受体调节剂(SERM)，包括例如他莫昔芬(tamoxifen)(包括
Figure BDA0003425813700000411
他莫昔芬)、
Figure BDA0003425813700000412
雷洛昔芬(raloxifene)、屈洛昔芬(droloxifene)、4-羟基他莫昔芬、曲沃昔芬(trioxifene)、keoxifene、LY117018、奥那司酮(onapristone)和
Figure BDA0003425813700000413
托瑞米芬(onapristone)；抗孕酮；雌激素受体下调剂(ERD)；用来抑制或停止卵巢的药剂，例如，促黄体激素释放激素(leutinizing hormone-releasing hormone)(LHRH)激动剂，诸如
Figure BDA0003425813700000414
和
Figure BDA0003425813700000415
醋酸亮丙瑞林、醋酸戈舍瑞林、醋酸布舍瑞林和曲普瑞林(tripterelin)；其他抗雄激素,诸如氟他米特(flutamide)、尼鲁米特(nilutamide)和比卡鲁胺(bicalutamide)；和抑制调节肾上腺中雌激素产生的酶芳香酶的芳香酶抑制剂，诸如4(5)-咪唑、氨鲁米特(aminoglutethimide)、
Figure BDA0003425813700000416
醋酸甲地孕酮、
Figure BDA0003425813700000417
依西美坦(exemestane)、福美司坦(formestanie)、法倔唑、
Figure BDA0003425813700000418
伏氯唑、
Figure BDA0003425813700000419
来曲唑和
Figure BDA00034258137000004110
阿那曲唑。此外，化学治疗剂的此类定义包括二膦酸盐，诸如氯膦酸盐(例如
Figure BDA00034258137000004111
或
Figure BDA00034258137000004112
)、
Figure BDA00034258137000004113
依替膦酸盐、NE-58095、
Figure BDA00034258137000004114
唑来膦酸/唑来膦酸盐、
Figure BDA00034258137000004115
阿仑膦酸盐、
Figure BDA00034258137000004116
帕米膦酸盐、
Figure BDA00034258137000004117
替鲁膦酸盐或
Figure BDA00034258137000004118
利塞膦酸盐；以及曲沙他滨(troxacitabine)(1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；反义寡核苷酸，特别是抑制与异常细胞增殖有关的信号通路方面的基因表达的那些反义寡核苷酸，诸如PKC-α、Raf、H-Ras和表皮生长因子受体(EGFR)；疫苗，诸如
Figure BDA00034258137000004119
疫苗和基因疗法疫苗，例如
Figure BDA00034258137000004120
疫苗、
Figure BDA00034258137000004121
疫苗和
Figure BDA00034258137000004122
疫苗；
Figure BDA00034258137000004123
拓扑异构酶1抑制剂；
Figure BDA00034258137000004124
rmRH；拉帕替尼二甲苯磺酸盐(ErbB-2和EGFR双酪氨酸激酶小分子抑制剂，也称为GW572016)；以及任何上述各物的药学上可接受的盐、酸或衍生物。
化学治疗剂还包括抗体，诸如阿仑珠单抗(Campath)、贝伐珠单抗(
Figure BDA0003425813700000421
Genentech)；西妥昔单抗(
Figure BDA0003425813700000422
Imclone)；帕尼单抗(
Figure BDA0003425813700000423
Amgen)、利妥昔单抗(
Figure BDA0003425813700000424
Genentech/Biogen Idec)、帕妥珠单抗(
Figure BDA0003425813700000425
2C4，Genentech)、曲妥珠单抗(
Figure BDA0003425813700000426
Genentech)、托西莫单抗(Bexxar，Corixia)和抗体药物缀合物，吉妥珠单抗奥唑米星(
Figure BDA0003425813700000427
Wyeth)。另外的与本发明的化合物组合的具有作为化学治疗剂的治疗潜力的人源化单克隆抗体包括：阿泊珠单抗、阿塞珠单抗、那他珠单抗、巴品珠单抗、莫比伐单抗、莫坎妥珠单抗、西利珠单抗、赛妥珠单抗、cidfusituzumab、cidtuzumab、达利珠单抗、依库珠单抗、依法珠单抗、依帕珠单抗、厄利珠单抗、非维珠单抗、芳妥珠单抗、吉妥珠单抗奥唑米星、奥英妥珠单抗、伊匹单抗、拉贝珠单抗、林妥珠单抗、马妥珠单抗、美泊利单抗、莫维珠单抗、motovizumab、那他珠单抗、尼妥珠单抗、nolovizumab、numavizumab、奥瑞珠单抗、奥马珠单抗、帕利珠单抗、帕考珠单抗、pecfusituzumab、pectuzumab、培克珠单抗、ralivizumab、雷珠单抗、reslivizumab、瑞利珠单抗、resyvizumab、罗维珠单抗、卢利珠单抗、西罗珠单抗、西利珠单抗、索土珠单抗、替他珠单抗、他度珠单抗、他利珠单抗、特非珠单抗、托珠单抗、托利珠单抗、西莫白介素单抗、tucusituzumab、umavizumab、乌珠单抗、优特克单抗、维西珠单抗，以及抗白细胞介素-12(ABT-874/J695,Wyeth Research and Abbott Laboratories)，这是一种经过基因修饰以识别白细胞介素-12p40蛋白质的专门重组的人序列全长IgG1λ抗体。
化学治疗剂还包括“EGFR抑制剂”，EGFR抑制剂是指与EGFR结合或以其他方式直接与EGFR相互作用并阻止或降低EGFR信号传导活性的化合物，并且可选地称为“EGFR拮抗剂”。此类剂的实例包括抗体和与EGFR结合的小分子。与EGFR结合的抗体的实例包括MAb579(ATCC CRL HB 8506)、MAb 455(ATCC CRL HB8507)、MAb 225(ATCC CRL 8508)、MAb 528(ATCC CRL 8509)(参见，美国专利No.4,943,533，Mendelsohn等人)及其变体，诸如嵌合225(C225或西妥昔单抗；
Figure BDA0003425813700000431
)和重塑人225(H225)(参见WO 96/40210，ImcloneSystems Inc.)；IMC-11F8，一种全人EGFR靶向性抗体(Imclone)；结合II型突变型EGFR的抗体(美国专利No.5,212,290)；如美国专利No.5,891,996中所述的结合EGFR的人源化和嵌合抗体；以及结合EGFR的人抗体，诸如ABX-EGF或帕尼单抗(参见WO98/50433,Abgenix/Amgen)；EMD 55900(Stragliotto等人Eur.J.Cancer 32A:636-640(1996))；EMD7200(马妥珠单抗)，一种针对EGFR的人源化EGFR抗体，其与EGF和TGF-α竞争EGFR结合(EMD/Merck)；人EGFR抗体，HuMax-EGFR(GenMab)；称为E1.1、E2.4、E2.5、E6.2、E6.4、E2.11、E6.3和E7.6.3且在US 6,235,883中描述的全人抗体；MDX-447(Medarex Inc)；以及mAb 806或人源化mAb806(Johns等人,J.Biol.Chem.279(29):30375-30384(2004))。抗EGFR抗体可以与细胞毒性剂缀合，从而产生免疫缀合物(参见，例如，EP 659,439A2，Merck Patent GmbH)。EGFR拮抗剂包括小分子，诸如在美国专利No:5,616,582、5,457,105、5,475,001、5,654,307、5,679,683、6,084,095、6,265,410、6,455,534、6,521,620、6,596,726、6,713,484、5,770,599、6,140,332、5,866,572、6,399,602、6,344,459、6,602,863、6,391,874、6,344,455、5,760,041、6,002,008和5,747,498，以及下列PCT公布：WO 98/14451、WO 98/50038、WO 99/09016和WO 99/24037中描述的化合物。特定的小分子EGFR拮抗剂包括OSI-774(CP-358774，厄洛替尼(erlotinib)，
Figure BDA0003425813700000432
Genentech/OSI Pharmaceuticals)；PD 183805(CI1033，N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-7-[3-(4-吗啉基)丙氧基]-6-喹唑啉基]-2-丙烯酰胺二盐酸盐，Pfizer Inc.)；ZD1839，吉非替尼(gefitinib)
Figure BDA0003425813700000433
4-(3'-氯-4'-氟苯胺基)-7-甲氧基-6-(3-吗啉代丙氧基)喹唑啉，AstraZeneca)；ZM 105180((6-氨基-4-(3-甲基苯基、氨基)-喹唑啉，Zeneca)；BIBX-1382(N8-(3-氯-4-氟-苯基)-N2-(1-甲基-哌啶-4-基)-嘧啶并[5,4-d]嘧啶-2,8-二胺，Boehringer Ingelheim)；PKI-166((R)-4-[4-[(1-苯乙基)氨基]-1H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基]-苯酚)；(R)-6-(4-羟基苯基)-4-[(1-苯基乙基)氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶)；CL-387785(N-[4-[(3-溴苯基)氨基]-6-喹唑啉基]-2-丁炔酰胺)；EKB-569(N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-3-氰基-7-乙氧基-6-喹啉基]-4-(二甲基氨基)-2-丁烯酰胺)(Wyeth)；AG1478(Pfizer)；AG1571(SU 5271；Pfizer)；以及双EGFR/HER2酪氨酸激酶抑制剂，诸如拉帕替尼(
Figure BDA0003425813700000443
GSK572016或N-[3-氯-4-[(3氟苯基)甲氧基]苯基]-6[5[[[2-甲基磺酰基]乙基]氨基]甲基]-2-呋喃基]-4-喹唑啉胺)。
化学治疗剂还包括“酪氨酸激酶抑制剂”，包括前一段中提到的EGFR靶向性药物；小分子HER2酪氨酸激酶抑制剂，诸如购自Takeda的TAK165；CP-724,714，一种ErbB2受体酪氨酸激酶的口服选择性抑制剂(Pfizer和OSI)；双HER抑制剂，诸如优先结合EGFR但抑制HER2和EGFR过表达细胞的EKB-569(购自Wyeth)；拉帕替尼(GSK572016；购自Glaxo-SmithKline)，一种口服HER2和EGFR酪氨酸激酶抑制剂；PKI-166(购自Novartis)；泛HER抑制剂，诸如卡奈替尼(canertinib)(CI-1033；Pharmacia)；Raf-1抑制剂，诸如购自ISISPharmaceuticals的抑制Raf-1信号传导的反义剂ISIS-5132；非HER靶向性TK抑制剂，诸如甲磺酸伊马替尼(
Figure BDA0003425813700000441
购自Glaxo SmithKline)；多靶向性酪氨酸激酶抑制剂，诸如舒尼替尼(sunitinib)(
Figure BDA0003425813700000442
购自Pfizer)；VEGF受体酪氨酸激酶抑制剂，诸如瓦他拉尼(vatalanib)(PTK787/ZK222584，购自Novartis/Schering AG)；MAPK细胞外调节激酶I抑制剂CI-1040(购自Pharmacia)；喹唑啉，诸如PD 153035，4-(3-氯苯胺基)喹唑啉；吡啶并嘧啶；嘧啶并嘧啶；吡咯并嘧啶，诸如CGP 59326、CGP 60261和CGP 62706；吡唑并嘧啶，4-(苯基氨基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶；姜黄素(二阿魏酰基甲烷(diferuloyl Methane)，4,5-双(4-氟苯胺基)邻苯二甲酰亚胺)；含有硝基噻吩部分的酪弗斯汀(tyrphostine)；PD-0183805(Warner-Lamber)；反义分子(例如，与编码HER的核酸结合的分子)；喹喔啉(美国专利No.5,804,396)；tryphostin(美国专利No.5,804,396)；ZD6474(Astra Zeneca)；PTK-787(Novartis/Schering AG)；泛HER抑制剂，诸如CI-1033(Pfizer)；Affinitac(ISIS 3521；Isis/Lilly)；甲磺酸伊马替尼
Figure BDA0003425813700000451
PKI 166(Novartis)；GW2016(GlaxoSmithKline)；CI-1033(Pfizer)；EKB-569(Wyeth)；司马沙尼(Semaxinib)(Pfizer)；ZD6474(AstraZeneca)；PTK-787(Novartis/Schering AG)；INC-1C11(Imclone)、雷帕霉素(西罗莫司(sirolimus)，
Figure BDA0003425813700000452
)；或如以下任何专利公布中所述：美国专利No.5,804,396；WO 1999/09016(American Cyanamid)；WO 1998/43960(American Cyanamid)；WO1997/38983(Warner Lambert)；WO 1999/06378(Warner Lambert)；WO 1999/06396(WarnerLambert)；WO 1996/30347(Pfizer,Inc)；WO 1996/33978(Zeneca)；WO 1996/3397(Zeneca)和WO 1996/33980(Zeneca)。
化学治疗剂还包括地塞米松、干扰素、秋水仙碱、氯苯氨啶、环孢霉素、两性霉素、甲硝挫、阿仑珠单抗、阿利维A酸、别嘌呤醇、氨磷汀、三氧化二砷、天冬酰胺酶、活卡介苗(BCG live)、贝伐珠单抗、贝沙罗汀(bexarotene)、克拉屈滨(cladribine)、氯法拉宾(clofarabine)、阿法达贝泊汀(darbepoetinalfa)、地尼白介素(denileukin)、右雷佐生(dexrazoxane)、阿法依泊汀(epoetinalfa)、厄洛替尼、非格司亭(filgrastim)、醋酸组氨瑞林、替伊莫单抗、干扰素α-2a、干扰素a-2b、来那度胺、左旋咪挫、美司那(mesna)、甲氧沙林(methoxsalen)、诺龙(nandrolone)、奈拉滨(nelarabine)、诺非单抗(nofetumomab)、奥普瑞白介素(oprelvekin)、帕利夫明(palifermin)、帕米膦酸盐(pamidronate)、培加酶(pegademase)、培门冬酶(pegaspargase)、培非格司亭(pegfilgrastim)、培美曲塞二納、普卡霉素(plicamycin)、卟吩姆钠(porfimersodium)、奎纳克林(quinacrine)、拉布立酶(rasburicase)、沙格司亭(sargramostim)、替莫挫胺(temozolomide)、VM-26、6-TG、托瑞米芬(toremifene)、维甲酸(tretinoin)、ATRA、戊柔比星(valrubicin)、挫来膦酸盐和挫来膦酸以及它们药学上可接受的盐。
化学治疗剂还包括氢化可的松、醋酸氢化可的松、醋酸可的松、特戊酸硫氢可的松、曲安奈德、去炎松醇、莫米松、安西缩松、布地奈德、地奈德、氟轻松醋酸酯、氟轻松、倍他米松、倍他米松磷酸钠、地塞米松、地塞米松磷酸钠、氟可龙、17-丁酸氢化可的松、17-戊酸氢化可的松、二丙酸阿氯米松、戊酸倍他米松、二丙酸倍他米松、泼尼卡酯(prednicarbate)、17-丁酸氯倍他松、17-丙酸氯倍他松、己酸氟可龙、特戊酸氟可龙和醋酸氟泼尼定；免疫选择性抗炎肽(ImSAID)，诸如苯丙氨酸-谷氨酰胺-甘氨酸(FEG)及其D-异构形式(feG)(IMULAN BioTherapeutics,LLC)；抗风湿药，诸如硫唑嘌呤、环孢素(环孢霉素A)、D-青霉胺、金盐、羟氯喹、来氟米特环素、柳氮磺胺吡啶、肿瘤坏死因子α(TNFα)阻断剂如依那西普
Figure BDA0003425813700000461
英夫利昔单抗
Figure BDA0003425813700000462
阿达木单抗
Figure BDA0003425813700000463
赛妥珠单抗
Figure BDA0003425813700000464
戈利木单抗
Figure BDA0003425813700000465
白细胞介素1(IL-1)阻断剂，诸如阿那白滞素
Figure BDA0003425813700000466
T细胞共刺激阻断剂，诸如阿巴西普(abatacept)
Figure BDA0003425813700000467
白细胞介素6(IL-6)阻断剂，诸如托珠单抗
Figure BDA0003425813700000468
白细胞介素13(IL-13)阻断剂，诸如罗氏单抗；干扰素α(IFN)阻断剂如罗塔利珠单抗；β7整合素阻断剂，诸如rhuMAb Beta7；IgE通路阻断剂，诸如抗M1 prime；分泌同源三聚体LTa3和膜结合异源三聚体LTa1/β2阻断剂，诸如抗淋巴毒素α(LTa)；各种各样的试验剂，诸如硫铂、PS-341、苯基丁酸酯、ET-18-OCH3和法呢基转移酶抑制剂(L-739749、L-744832)；多酚，诸如槲皮素、白藜芦醇、白皮杉醇、表没食子儿茶素没食子酸酯、茶黄素、黄烷醇、原花青素、桦木酸以及它们的衍生物；自噬抑制剂，诸如氯喹；δ-9-四氢大麻酚(屈大麻酚，
Figure BDA0003425813700000469
)；β-拉帕醌；拉帕醇；秋水仙碱；桦木酸；乙酰喜树碱、司克来亭和9-氨基喜树碱)；鬼臼毒素；替加氟
Figure BDA00034258137000004610
贝沙罗汀
Figure BDA00034258137000004611
双膦酸盐，诸如氯膦酸盐(例如
Figure BDA00034258137000004612
或
Figure BDA00034258137000004613
)、依替膦酸盐
Figure BDA00034258137000004614
NE-58095、唑来膦酸/唑来膦酸盐
Figure BDA00034258137000004615
阿仑膦酸盐
Figure BDA00034258137000004616
帕米膦酸盐
Figure BDA00034258137000004617
替鲁膦酸盐
Figure BDA00034258137000004618
或利塞膦酸盐
Figure BDA0003425813700000471
和表皮生长因子受体(EGF-R)；疫苗，诸如如
Figure BDA0003425813700000472
疫苗；哌立福辛、COX-2抑制剂(例如塞来昔布或依托昔布)、蛋白酶体抑制剂(例如PS341)；CCI-779；替吡法尼(R11577)；索拉非尼，ABT510；Bcl-2抑制剂，诸如奥利默森钠
Figure BDA0003425813700000473
匹杉琼；法呢基转移酶抑制剂，诸如洛那法尼(Ionafarnib)(SCH 6636，SARASARTM)；以及任何上述各物药学上可接受的盐、酸或衍生物；以及上述各物两种或更多种的组合。
如本文所用的术语“前药”是指药物活性物质的前体或衍生物形式，其与母体药物相比对肿瘤细胞的细胞毒性较小，并且能够被酶促活化或转化为更具活性的母体形式。参见，例如Wilman,“Prodrugs in Cancer Chemotherapy”Biochemical SocietyTransactions,14,第375-382页,615th Meeting Belfast(1986)和Stella等人,“Prodrugs:AChemical Approach to Targeted Drug Delivery,”Directed DrugDelivery,Borchardt等人,(编),第247-267页,Humana Press(1985)。本发明的前药包括但不限于含磷酸盐的前药、含硫代磷酸盐的前药、含硫酸盐的前药、含肽的前药、D-氨基酸修饰的前药、糖基化的前药、含β-内酰胺的前药、含任选取代的苯氧基乙酰胺的前药或含任选取代的苯基乙酰胺的前药、5-氟胞嘧啶和其他5-氟尿苷前药，这些前药可转化成更具活性的无细胞毒性药物。可以衍生成用于本发明的前药形式的细胞毒性药物的实例包括但不限于上述那些化学治疗剂。
当在本文中使用时，“生长抑制剂”是指在体外或体内抑制细胞(例如，生长依赖于PD-L1表达的细胞)的生长和/或增殖的化合物或组合物。因此，生长抑制剂可为显着降低处于S期的细胞的百分比的生长抑制剂。生长抑制剂的实例包括阻断细胞周期进展(在不同于S期的地方)的剂，诸如诱导G1停滞和M期停滞的剂。经典的M期阻断剂包括长春碱(vincas)(长春新碱和长春花碱)、紫杉烷和拓扑异构酶II抑制剂，诸如蒽环类抗生素阿霉素((8S-顺)-10-[(3-氨基-2,3,6-三脱氧-α-L-来苏-己吡喃糖基)氧]-7,8,9,10-四氢-6,8,11-三羟基-8-(羟基乙酰基)-1-甲氧基-5,12-并四苯二酮)、表柔比星、道诺霉素、依托泊苷和博来霉素。停滞G1的那些剂也外溢到S期停滞，例如DNA烷化剂诸如他莫昔芬、泼尼松、达卡巴嗪、氮芥、顺铂、甲氨蝶呤、5-氟尿嘧啶和阿糖胞苷。另外的信息可见于“The MolecularBasis of Cancer,”Mendelsohn和Israel,编,第1章,名称为“Cell cycle regulation,oncogenes,and antineoplastic drugs”，Murakami等人(WB Saunders:Philadelphia,1995)，尤其是第13页。紫杉烷(紫杉醇和多西他赛)是来源于紫杉树的抗癌药。来源于欧洲紫衫的多西他赛(
Figure BDA0003425813700000481
Rhone-Poulenc Rorer)是紫杉醇(
Figure BDA0003425813700000482
Bristol-Myers Squibb)的半合成类似物。紫杉醇和多西他赛促进由微管蛋白二聚体组装微管并通过防止解聚来稳定微管，这导致细胞中有丝分裂的抑制。
“放射疗法”是指使用定向的γ射线或β射线来诱导对细胞的足够损伤，以便限制细胞正常发挥功能的能力或完全破坏细胞。应当理解，将存在许多在本领域中已知的方法来确定治疗的剂量和持续时间。典型的治疗作为一次性施用给予，并且典型剂量的范围为每天10至200个单位(戈瑞)。
如本文所用，术语“患者”或“受试者”可互换地使用，并且是指期望治疗的任何单个动物，更优选地哺乳动物(包括例如像狗、猫、马、兔、动物园动物、奶牛、猪、绵羊以及非人灵长类动物那样的非人动物)。在特定实施方案中，本文中的患者为人。
如本文所用，“施用”意指向受试者(例如，患者)给予一定剂量的化合物(例如，拮抗剂)或药物组合物(例如，包含拮抗剂的药物组合物)的方法。施用可通过任何合适的方式进行，包括肠胃外、肺内和鼻内，以及(如果局部治疗需要)损伤内施用。肠胃外输注包括例如肌肉内、静脉内、动脉内、腹膜内或皮下施用。可以通过任何合适的途径，例如通过注射(诸如静脉内或皮下注射)来给药，这部分地取决于施用是短暂的或长期的。本文涵盖各种给药排程，包括但不限于单次施用或各种时间点内的多次施用、推注施用和脉冲输注。
术语“同时地”在本文中是指施用两种或更多种治疗剂，其中至少部分施用在时间上重叠。因此，同时施用包括在停止施用一种或多种剂之后继续施用一种或多种其他剂的给药方案。
“减少或抑制”意指引起总体上减少20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的能力。减少或抑制可以指例如所治疗的病症的症状、转移的存在或尺寸、或原发性肿瘤的尺寸。
术语“包装插页”是用来指通常包含在治疗产品的商业包装中的说明书，其含有关于适应症、用法、剂量、施用、联合疗法、禁忌症的信息和/或关于使用这类治疗产品的警告。
“无菌”制剂是无菌的或不含所有活微生物及其孢子。
“制品”是包含至少一种试剂(例如用于治疗疾病或病症(例如，癌症)的药物)、或用于特异性检测本文描述的生物标记(例如，PD-L1)的探针的任何制品(例如，包装或容器)或试剂盒。在某些实施方案中，制品或试剂盒作为用于实施本文所述方法的单元被推广、分发或出售。
当在本文中使用时，短语“基于”是指关于一种或多种生物标记的信息用来通知治疗决定、包装插页上提供信息或营销/促销指导等。
III.方法
A.基于癌症相关基因水平的诊断方法
本文提供了用于确定患有癌症(例如，膀胱癌(例如，尿路上皮膀胱癌(UBC))的患者是否可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答的方法。本文还提供了用于预测患有癌症(例如，膀胱癌(例如，UBC))的患者对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的应答性的方法。本文还提供了用于为患有癌症(例如，膀胱癌(例如，尿路上皮膀胱癌))的患者选择疗法的方法。前述任一方法可以基于肿瘤样品中本文所述的任何基因中的体细胞突变水平。所述任何方法还可包括向患者施用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文D部分所述)。所述任何方法还可包括向患者施用有效量的第二治疗剂。
本发明提供了一种用于治疗患有膀胱癌的患者的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂，其中已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300或更多种)基因中的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变水平有所增加。在其他情况下，确定表1中列出的约1％或更多(例如，约2％或更多，约3％或更多，约4％或更多，约5％或更多，约6％或更多，约7％或更多，约8％或更多，约9％或更多，约10％或更多，约11％或更多，约12％或更多，约13％或更多，约14％或更多，约15％或更多，约20％或更多，约25％或更多，约30％或更多，约35％或更多，约40％或更多，约45％或更多，约50％或更多，约55％或更多，约60％或更多，约65％或更多，约70％或更多，约75％或更多，约80％或更多，约85％或更多，约90％或更多，约95％或更多，或约99％或更多)的基因具有增加的体细胞突变。例如，在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少一半或约50％的基因中的体细胞突变水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少三分之二或约67％的基因中的体细胞突变水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少四分之三或约75％的基因中的体细胞突变水平增加。
表1.癌症相关基因
Figure BDA0003425813700000501
Figure BDA0003425813700000511
Figure BDA0003425813700000521
体细胞突变的存在和/或水平(量)可以基于本领域已知的任何合适的标准来定性和/或定量确定，包括但不限于测量个体中的DNA、mRNA、cDNA、蛋白质、蛋白质片段和/或基因拷贝数水平。在一些情况下，确定个体的综合基因组谱。在一些情况下，确定从个体收集的样品(例如，组织样品、福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)组织样品、核心或细针活检物)的综合基因组谱。在一些情况下，基因组谱的确定包括应用本领域已知的或本文描述的下一代测序方法，以鉴别已知是癌症(例如，实体瘤)的明确驱动因素的基因组改变(例如，体细胞突变(例如，碱基取代、插入和缺失(插入缺失))、拷贝数改变(CNA)和重排)。在一些情况下，该测试同时对315种癌症相关基因的编码区和来自28种基因的内含子进行测序，这些基因通常在癌症中重排或改变，达到大于500x的典型中值覆盖深度。在一些情况下，每个覆盖的测序读数代表独特的DNA片段，以使得能够高度灵敏且特异性地检测出由于肿瘤异质性、低肿瘤纯度和小组织样品而以低频率发生的基因组改变。
本发明提供了一种用于确定患有膀胱癌的患者是否可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答的方法，所述方法包括确定从所述患者获得的肿瘤样品中的体细胞突变水平，其中肿瘤样品中表1中列出的至少一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300或更多种)基因中的体细胞突变水平增加表明所述患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。例如，在一些情况下，肿瘤样品中表1中列出的至少约三分之一的基因中的体细胞突变水平增加表明患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，肿瘤样品中表1中列出的至少约三分之二的基因中的体细胞突变水平增加表明患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，肿瘤样品中表1中列出的至少约四分之三的基因中的体细胞突变水平增加表明患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，确定表1中列出的约1％或更多(例如，约2％或更多，约3％或更多，约4％或更多，约5％或更多，约6％或更多，约7％或更多，约8％或更多，约9％或更多，约10％或更多，约11％或更多，约12％或更多，约13％或更多，约14％或更多，约15％或更多，约20％或更多，约25％或更多，约30％或更多，约35％或更多，约40％或更多，约45％或更多，约50％或更多，约55％或更多，约60％或更多，约65％或更多，约70％或更多，约75％或更多，约80％或更多，约85％或更多，约90％或更多，约95％或更多，或约99％或更多)的基因具有增加的体细胞突变。例如，在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少一半或约50％的基因中的体细胞突变水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少三分之二或约67％的基因中的体细胞突变水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少四分之三或约75％的基因中的体细胞突变水平增加。
本发明还提供了一种用于预测患有膀胱癌的患者对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的应答性的方法，所述方法包括确定从所述患者获得的肿瘤样品中的体细胞突变水平，其中肿瘤样品中表1中列出的至少一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300或更多种)基因中的体细胞突变水平增加表明所述患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。例如，在一些情况下，肿瘤样品中表1中列出的至少约三分之一的基因中的体细胞突变水平增加表明患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，肿瘤样品中表1中列出的至少约三分之二的基因中的体细胞突变水平增加表明患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，肿瘤样品中表1中列出的至少约四分之三的基因中的体细胞突变水平增加表明患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，确定表1中列出的约1％或更多(例如，约2％或更多，约3％或更多，约4％或更多，约5％或更多，约6％或更多，约7％或更多，约8％或更多，约9％或更多，约10％或更多，约11％或更多，约12％或更多，约13％或更多，约14％或更多，约15％或更多，约20％或更多，约25％或更多，约30％或更多，约35％或更多，约40％或更多，约45％或更多，约50％或更多，约55％或更多，约60％或更多，约65％或更多，约70％或更多，约75％或更多，约80％或更多，约85％或更多，约90％或更多，约95％或更多，或约99％或更多)的基因具有增加的体细胞突变。例如，在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少一半或约50％的基因中的体细胞突变水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少三分之二或约67％的基因中的体细胞突变水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少四分之三或约75％的基因中的体细胞突变水平增加。
本发明还提供了一种用于为患有膀胱癌的患者选择疗法的方法，所述方法包括确定从所述患者获得的肿瘤样品中的体细胞突变水平，其中肿瘤样品中表1中列出的至少一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300或更多种)基因中的体细胞突变水平增加表明所述患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。例如，在一些情况下，肿瘤样品中表1中列出的至少约三分之一的基因中的体细胞突变水平增加表明患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，肿瘤样品中表1中列出的至少约三分之二的基因中的体细胞突变水平增加表明患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，肿瘤样品中表1中列出的至少约四分之三的基因中的体细胞突变水平增加表明患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，确定表1中列出的约1％或更多(例如，约2％或更多，约3％或更多，约4％或更多，约5％或更多，约6％或更多，约7％或更多，约8％或更多，约9％或更多，约10％或更多，约11％或更多，约12％或更多，约13％或更多，约14％或更多，约15％或更多，约20％或更多，约25％或更多，约30％或更多，约35％或更多，约40％或更多，约45％或更多，约50％或更多，约55％或更多，约60％或更多，约65％或更多，约70％或更多，约75％或更多，约80％或更多，约85％或更多，约90％或更多，约95％或更多，或约99％或更多)的基因具有增加的体细胞突变。例如，在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少一半或约50％的基因中的体细胞突变水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少三分之二或约67％的基因中的体细胞突变水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少四分之三或约75％的基因中的体细胞突变水平增加。
在前述任一方法中，已确定表1中列出的基因中的体细胞突变相对于表1中列出的所述基因中的参照体细胞突变水平增加了约1％或更多(例如，约2％或更多，约3％或更多，约4％或更多，约5％或更多，约6％或更多，约7％或更多，约8％或更多，约9％或更多，约10％或更多，约11％或更多，约12％或更多，约13％或更多，约14％或更多，约15％或更多，约20％或更多，约25％或更多，约30％或更多，约35％或更多，约40％或更多，约45％或更多，约50％或更多，约60％或更多，约65％或更多，约70％或更多，约75％或更多，约80％或更多，约85％或更多，或约90％或更多)。例如，在一些情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平增加了约1％或更多。在一些情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平增加了约5％或更多。在其他情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平增加了约10％或更多。在一些情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平增加了约15％或更多。在另一些情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平增加了约20％或更多。在其他情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平增加了约25％或更多。在一些情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平增加了约30％或更多。在一些情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平增加了约35％或更多。在一些情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平增加了约40％或更多。在一些情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平增加了约50％或更多。在其他情况下，确定表1中列出的约1％或更多(例如，约2％或更多，约3％或更多，约4％或更多，约5％或更多，约6％或更多，约7％或更多，约8％或更多，约9％或更多，约10％或更多，约11％或更多，约12％或更多，约13％或更多，约14％或更多，约15％或更多，约20％或更多，约25％或更多，约30％或更多，约35％或更多，约40％或更多，约45％或更多，约50％或更多，约55％或更多，约60％或更多，约65％或更多，约70％或更多，约75％或更多，约80％或更多，约85％或更多，约90％或更多，约95％或更多，或约99％或更多)的基因具有增加的体细胞突变。例如，在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少一半或约50％的基因中的体细胞突变水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少三分之二或约67％的基因中的体细胞突变水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少四分之三或约75％的基因中的体细胞突变水平增加。
在前述任一方法中，所述方法还可包括基于肿瘤样品中的体细胞突变水平向患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。所述PD-L1轴结合拮抗剂可以是本领域已知的或本文描述的例如在下文D部分中描述的任何PD-L1轴结合拮抗剂。
例如，在一些情况下，所述PD-L1轴结合拮抗剂是选自由以下组成的组：PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂。在一些情况下，所述PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些情况下，所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一种或多种的结合。在其他情况下，所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。在另一些情况下，所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。在一些情况下，所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。在一些情况下，所述PD-L1结合拮抗剂为抗体。在一些情况下，所述抗体是选自由以下组成的组：YW243.55.S70、MPDL3280A(阿特珠单抗))、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。在一些情况下，所述抗体包含具有SEQ ID NO:19的HVR-H1序列、SEQ ID NO:20的HVR-H2序列和SEQ ID NO:21的HVR-H3序列的重链以及具有SEQ ID NO:22的HVR-L1序列、SEQ ID NO:23的HVR-L2序列和SEQ ID NO:24的HVR-L3序列的轻链。在一些情况下，所述抗体包含具有SEQ ID NO:26的氨基酸序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:4的氨基酸序列的轻链可变区。
在一些情况下，所述PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。例如，在一些情况下，所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一种或多种的结合。在一些情况下，所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。在其他情况下，所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。在另一些情况下，所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2两者的结合。在一些情况下，所述PD-1结合拮抗剂为抗体。在一些情况下，所述抗体是选自由以下组成的组：MDX 1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、CT-011(皮地利珠单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。在一些情况下，所述PD-1结合拮抗剂为Fc融合蛋白。例如，在一些情况下，所述Fc融合蛋白为AMP-224。
在一些情况下，所述方法还包括向患者施用有效量的第二治疗剂。在一些情况下，所述第二治疗剂是选自由以下组成的组：细胞毒性剂、生长抑制剂、放射疗法剂、抗血管生成剂以及它们的组合。
在前述任一情况下，所述膀胱癌可以是尿路上皮膀胱癌，包括但不限于非肌肉浸润性尿路上皮膀胱癌、肌肉浸润性尿路上皮膀胱癌或转移性尿路上皮膀胱癌。
体细胞突变的存在和/或水平(量)可以基于本领域已知的任何合适的标准来定性和/或定量确定，所述标准包括但不限于DNA、mRNA、cDNA、蛋白质、蛋白质片段和/或基因拷贝数。
在前述任一情况下，所述体细胞突变可以是取代、缺失和/或插入。
在前述任一方法中，从患者获得的样品是选自由以下组成的组：组织、全血、血浆、血清以及它们的组合。在一些情况下，所述样品为组织样品。在一些情况下，所述组织样品为肿瘤样品。在一些情况下，所述肿瘤样品包含肿瘤浸润性免疫细胞、肿瘤细胞、基质细胞或它们的任何组合。在前述任一情况下，所述肿瘤样品可为福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)肿瘤样品、存档肿瘤样品、新鲜肿瘤样品或冷冻肿瘤样品。
在某些情况下，第一样品中体细胞突变的存在和/或水平(量)与第二样品中此类体细胞突变的存在/不存在和/或水平(量)相比，有所增加或升高。在某些情况下，第一样品中体细胞突变的存在/不存在和/或水平(量)与第二样品中此类体细胞突变的存在和/或水平(量)相比，有所降低或减少。在某些情况下，所述第二样品为参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织。本文描述了用于确定体细胞突变的存在/不存在和/或水平(量)的其他公开内容。
在某些情况下，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自相同受试者或个体的在不同于测试样品获得时间的一个或多个时间点获得的单个样品或多个样品的组合。例如，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织是在比测试样品获得时间较早的时间点从相同的受试者或个体获得的。如果在癌症的初始诊断期间获得参照样品并且随后在癌症变为转移性时获得测试样品，则此类参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织可能是有用的。
在某些情况下，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自一个或多个非患者的健康个体的多个样品的组合。在某些情况下，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自一个或多个非受试者或个体的患有疾病或病症(例如，癌症)的个体的多个样品的组合。在某些情况下，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自正常组织的合并RNA样品或来自一个或多个非患者的个体的合并血浆或血清样品。在某些情况下，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自肿瘤组织的合并RNA样品或来自一个或多个非患者的患有疾病或病症(例如，癌症)的个体的合并血浆或血清样品。
在本文所述任何方法的一些情况下，升高或增加的水平是指通过本文所述的标准本领域已知方法所检测的，与参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更大的总体体细胞突变水平增加。在某些情况下，升高的水平是指样品中体细胞突变的水平/量的增加，其中所述增加为参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织中各体细胞突变的水平/量的至少约1.5x、1.75x、2x、3x、4x、5x、6x、7x、8x、9x、10x、25x、50x、75x或100x。在一些情况下，升高的水平是指与参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比大于约1.5倍、约1.75倍、约2倍、约2.25倍、约2.5倍、约2.75倍、约3.0倍、或约3.25倍的总体增加。在一些情况下，升高或增加的体细胞突变水平是指与参照水平相比，样品中一种或多种体细胞突变(例如，点突变、插入和缺失(例如，插入缺失)、扩增、基因重复、拷贝数改变(CNA)和重排)水平的总体增加和/或特定体细胞突变水平的总体增加。
在本文所述任何方法的一些情况下，减少的水平是指通过本文所述的标准本领域已知方法所检测的，与参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更大的总体体细胞突变水平减少。在某些情况下，减少的水平是指样品中体细胞突变的水平/量的降低，其中所述降低为参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织中各体细胞突变的水平/量的至少约0.9x、0.8x、0.7x、0.6x、0.5x、0.4x、0.3x、0.2x、0.1x、0.05x或0.01x。在一些情况下，减少或降低的体细胞突变水平是指与参照水平相比，样品中一种或多种体细胞突变(例如，点突变、插入和缺失(例如，插入缺失)、扩增、基因重复、拷贝数改变(CNA)和重排)水平的总体降低和/或特定体细胞突变水平的总体降低。
B.基于癌症中重排基因水平的诊断方法
本文提供了可以单独使用或与上文A部分中呈现的前述任一方法组合使用的方法，所述方法用于基于表2中列出的任何一种基因的重排水平确定患有癌症(例如，膀胱癌(例如，UBC))的患者是否可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。例如，表2中列出的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20或更多种)基因的重排可以确定患有癌症(例如，膀胱癌(例如，UBC))的患者是否可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，例如，表2中列出的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20或更多种)基因的重排水平的增加结合表1中列出的1种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300或更多种)基因的体细胞突变的增加可以确定患有癌症(例如，膀胱癌(例如，UBC))的患者是否可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。
本文还提供了可以单独使用或与上文A部分中呈现的前述任一方法组合使用的方法，所述方法用于基于表2中列出的任何一种基因的重排水平预测患有癌症(例如，膀胱癌(例如，尿路上皮膀胱癌))的患者对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的应答性。例如，表2中列出的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20或更多种)基因的重排可以预测患有癌症(例如，膀胱癌(例如，UBC))的患者是否可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，例如，表2中列出的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20或更多种)基因的重排水平的增加结合表1中列出的1种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300或更多种)基因的体细胞突变的增加可以预测患有癌症(例如，膀胱癌(例如，UBC))的患者是否可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。所述任何方法还可包括向患者施用PD-L1轴结合拮抗剂(例如，如下文D部分所述)。所述任何方法还可包括向患者施用有效量的第二治疗剂。
本发明提供了一种用于治疗患有膀胱癌的患者的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂，其中已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表2中列出的至少一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20更多种)基因中的重排水平相对于表2中列出的所述至少一种基因中的参照重排水平有所增加。在其他情况下，确定表2中列出的约1％或更多(例如，约2％或更多，约3％或更多，约4％或更多，约5％或更多，约6％或更多，约7％或更多，约8％或更多，约9％或更多，约10％或更多，约11％或更多，约12％或更多，约13％或更多，约14％或更多，约15％或更多，约20％或更多，约25％或更多，约30％或更多，约35％或更多，约40％或更多，约45％或更多，约50％或更多，约55％或更多，约60％或更多，约65％或更多，约70％或更多，约75％或更多，约80％或更多，约85％或更多，约90％或更多，约95％或更多，或约99％或更多)的基因具有增加的重排水平。例如，在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表2中列出的至少一半或约50％的基因中的重排水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表2中列出的至少三分之二或约67％的基因中的重排水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表2中列出的至少四分之三或约75％的基因中的重排水平增加。在一些情况下，与表2中列出的任何基因中的重排水平升高结合，已确定如表1中列出的至少一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300或更多种)基因的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变有所增加。
表2.在癌症中重排的基因
Figure BDA0003425813700000621
体细胞突变的存在和/或水平(量)可以基于本领域已知的任何合适的标准来定性和/或定量确定，包括但不限于测量个体中的DNA、mRNA、cDNA、蛋白质、蛋白质片段和/或基因拷贝数水平。在一些情况下，确定个体的综合基因组谱。在一些情况下，确定从个体收集的样品(例如，组织样品、福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)组织样品、核心或细针活检物)的综合基因组谱。在一些情况下，基因组谱的确定包括应用本领域已知的或本文描述的下一代测序方法，以鉴别已知是癌症(例如，实体瘤)的明确驱动因素的基因组改变(例如，体细胞突变(例如，碱基取代、插入和缺失(插入缺失))、拷贝数改变(CNA)和重排)。在一些情况下，该测试同时对315种癌症相关基因的编码区和来自28种基因的内含子进行测序，这些基因通常在癌症中重排，达到大于500x的典型中值覆盖深度。在一些情况下，每个覆盖的测序读数代表独特的DNA片段，以使得能够高度灵敏且特异性地检测出由于肿瘤异质性、低肿瘤纯度和小组织样品而以低频率发生的基因组改变。
本发明提供了一种用于确定患有膀胱癌的患者是否可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答的方法，所述方法包括确定从所述患者获得的肿瘤样品中的重排水平，其中肿瘤样品中表2中列出的至少一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20或更多种)基因中的重排水平增加表明所述患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。例如，在一些情况下，肿瘤样品中表2中列出的至少约三分之一的基因中的重排水平增加表明患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，肿瘤样品中表2中列出的至少约三分之二的基因中的重排水平增加表明患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，肿瘤样品中表2中列出的至少约四分之三的基因中的重排水平增加表明患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，确定表2中列出的约1％或更多(例如，约2％或更多，约3％或更多，约4％或更多，约5％或更多，约6％或更多，约7％或更多，约8％或更多，约9％或更多，约10％或更多，约11％或更多，约12％或更多，约13％或更多，约14％或更多，约15％或更多，约20％或更多，约25％或更多，约30％或更多，约35％或更多，约40％或更多，约45％或更多，约50％或更多，约55％或更多，约60％或更多，约65％或更多，约70％或更多，约75％或更多，约80％或更多，约85％或更多，约90％或更多，约95％或更多，或约99％或更多)的基因具有增加的重排。例如，在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表2中列出的至少一半或约50％的基因中的重排水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表2中列出的至少三分之二或约67％的基因中的重排水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表2中列出的至少四分之三或约75％的基因中的重排水平增加。在一些情况下，与表2中列出的任何基因中的体细胞突变水平升高结合，已确定如表1中列出的至少一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300或更多种)基因的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变有所增加。
本发明还提供了一种用于预测患有膀胱癌的患者对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的应答性的方法，所述方法包括确定从所述患者获得的肿瘤样品中的重排水平，其中肿瘤样品中表2中列出的至少一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20或更多种)基因中的重排水平增加表明所述患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。例如，在一些情况下，肿瘤样品中表2中列出的三分之一的基因中的重排水平增加表明患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，肿瘤样品中表2中列出的三分之二的基因中的重排水平增加表明患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，肿瘤样品中表2中列出的四分之三的基因中的重排水平增加表明患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，确定表2中列出的约1％或更多(例如，约2％或更多，约3％或更多，约4％或更多，约5％或更多，约6％或更多，约7％或更多，约8％或更多，约9％或更多，约10％或更多，约11％或更多，约12％或更多，约13％或更多，约14％或更多，约15％或更多，约20％或更多，约25％或更多，约30％或更多，约35％或更多，约40％或更多，约45％或更多，约50％或更多，约55％或更多，约60％或更多，约65％或更多，约70％或更多，约75％或更多，约80％或更多，约85％或更多，约90％或更多，约95％或更多，或约99％或更多)的基因具有增加的重排。例如，在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表2中列出的至少一半或约50％的基因中的重排水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表2中列出的至少三分之二或约67％的基因中的重排水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表2中列出的至少四分之三或约75％的基因中的重排水平增加。在一些情况下，与表2中列出的任何基因中的重排水平升高结合，已确定如表1中列出的至少一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300或更多种)基因的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变有所增加。
本发明还提供了一种用于为患有膀胱癌的患者选择疗法的方法，所述方法包括确定从所述患者获得的肿瘤样品中的重排水平，其中肿瘤样品中表2中列出的至少一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20或更多种)基因中的重排水平增加表明所述患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。例如，在一些情况下，肿瘤样品中表2中列出的三分之一的基因中的重排水平增加表明患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，肿瘤样品中表2中列出的三分之二的基因中的重排水平增加表明患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，肿瘤样品中表2中列出的四分之三的基因中的重排水平增加表明患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。在其他情况下，确定表2中列出的约1％或更多(例如，约2％或更多，约3％或更多，约4％或更多，约5％或更多，约6％或更多，约7％或更多，约8％或更多，约9％或更多，约10％或更多，约11％或更多，约12％或更多，约13％或更多，约14％或更多，约15％或更多，约20％或更多，约25％或更多，约30％或更多，约35％或更多，约40％或更多，约45％或更多，约50％或更多，约55％或更多，约60％或更多，约65％或更多，约70％或更多，约75％或更多，约80％或更多，约85％或更多，约90％或更多，约95％或更多，或约99％或更多)的基因具有增加的重排。例如，在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表2中列出的至少一半或约50％的基因中的重排水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表2中列出的至少三分之二或约67％的基因中的重排水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表2中列出的至少四分之三或约75％的基因中的重排水平增加。在一些情况下，与表2中列出的任何基因中的重排水平升高结合，已确定如表1中列出的至少一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300或更多种)基因的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变有所增加。
在前述任一方法中，已确定表2中列出的基因中的重排相对于表2中列出的所述基因中的参照重排水平增加了约1％或更多(例如，约2％或更多，约3％或更多，约4％或更多，约5％或更多，约6％或更多，约7％或更多，约8％或更多，约9％或更多，约10％或更多，约11％或更多，约12％或更多，约13％或更多，约14％或更多，约15％或更多，约20％或更多，约25％或更多，约30％或更多，约35％或更多，约40％或更多，约45％或更多，约50％或更多，约60％或更多，约65％或更多，约70％或更多，约75％或更多，约80％或更多，约85％或更多，或约90％或更多)。例如，在一些情况下，确定一种或多种重排的水平增加了约1％或更多。在一些情况下，确定一种或多种重排的水平增加了约5％或更多。在其他情况下，确定一种或多种重排的水平增加了约10％或更多。在一些情况下，确定一种或多种重排的水平增加了约15％或更多。在另一些情况下，确定一种或多种重排的水平增加了约20％或更多。在其他情况下，确定一种或多种重排的水平增加了约25％或更多。在一些情况下，确定一种或多种重排的水平增加了约30％或更多。在一些情况下，确定一种或多种重排的水平增加了约35％或更多。在一些情况下，确定一种或多种重排的水平增加了约40％或更多。在一些情况下，确定一种或多种重排的水平增加了约50％或更多。在其他情况下，确定表2中列出的约1％或更多(例如，约2％或更多，约3％或更多，约4％或更多，约5％或更多，约6％或更多，约7％或更多，约8％或更多，约9％或更多，约10％或更多，约11％或更多，约12％或更多，约13％或更多，约14％或更多，约15％或更多，约20％或更多，约25％或更多，约30％或更多，约35％或更多，约40％或更多，约45％或更多，约50％或更多，约55％或更多，约60％或更多，约65％或更多，约70％或更多，约75％或更多，约80％或更多，约85％或更多，约90％或更多，约95％或更多，或约99％或更多)的基因具有增加的重排。例如，在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表2中列出的至少一半或约50％的基因中的重排水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表2中列出的至少三分之二或约67％的基因中的重排水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表2中列出的至少四分之三或约75％的基因中的重排水平增加。在一些情况下，与表2中列出的任何基因中的重排水平升高结合，已确定如表1中列出的至少一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300或更多种)基因的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变有所增加。
在前述任一方法中，所述方法还可包括基于肿瘤样品中的体细胞突变水平向患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。所述PD-L1轴结合拮抗剂可以是本领域已知的或本文描述的例如在下文D部分中描述的任何PD-L1轴结合拮抗剂。
例如，在一些情况下，所述PD-L1轴结合拮抗剂是选自由以下组成的组：PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂。在一些情况下，所述PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些情况下，所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一种或多种的结合。在其他情况下，所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。在另一些情况下，所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。在一些情况下，所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。在一些情况下，所述PD-L1结合拮抗剂为抗体。在一些情况下，所述抗体是选自由以下组成的组：YW243.55.S70、MPDL3280A(阿特珠单抗))、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。在一些情况下，所述抗体包含具有SEQ ID NO:19的HVR-H1序列、SEQ ID NO:20的HVR-H2序列和SEQ ID NO:21的HVR-H3序列的重链以及具有SEQ ID NO:22的HVR-L1序列、SEQ ID NO:23的HVR-L2序列和SEQ ID NO:24的HVR-L3序列的轻链。在一些情况下，所述抗体包含具有SEQ ID NO:26的氨基酸序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:4的氨基酸序列的轻链可变区。
在一些情况下，所述PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。例如，在一些情况下，所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一种或多种的结合。在一些情况下，所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。在其他情况下，所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。在另一些情况下，所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2两者的结合。在一些情况下，所述PD-1结合拮抗剂为抗体。在一些情况下，所述抗体是选自由以下组成的组：MDX 1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、CT-011(皮地利珠单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。在一些情况下，所述PD-1结合拮抗剂为Fc融合蛋白。例如，在一些情况下，所述Fc融合蛋白为AMP-224。
在一些情况下，所述方法还包括向患者施用有效量的第二治疗剂。在一些情况下，所述第二治疗剂是选自由以下组成的组：细胞毒性剂、生长抑制剂、放射疗法剂、抗血管生成剂以及它们的组合。
在前述任一情况下，所述膀胱癌可以是尿路上皮膀胱癌，包括但不限于非肌肉浸润性尿路上皮膀胱癌、肌肉浸润性尿路上皮膀胱癌或转移性尿路上皮膀胱癌。
在前述任一情况下，体细胞突变的存在和/或水平(量)可以基于本领域已知的任何合适的标准来定性和/或定量确定，所述标准包括但不限于DNA、mRNA、cDNA、蛋白质、蛋白质片段和/或基因拷贝数。
在前述任一情况下，所述体细胞突变可以是取代、缺失和/或插入。例如，在一些情况下，所述体细胞突变可以是拷贝数改变和/或重排。
在前述任一方法中，从患者获得的样品是选自由以下组成的组：组织、全血、血浆、血清以及它们的组合。在一些情况下，所述样品为组织样品。在一些情况下，所述组织样品为肿瘤样品。在一些情况下，所述肿瘤样品包含肿瘤浸润性免疫细胞、肿瘤细胞、基质细胞或它们的任何组合。在前述任一情况下，所述肿瘤样品可为福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)肿瘤样品、存档肿瘤样品、新鲜肿瘤样品或冷冻肿瘤样品。
在某些情况下，第一样品中体细胞突变的存在和/或水平(量)与第二样品中此类体细胞突变的存在/不存在和/或水平(量)相比，有所增加或升高。在某些情况下，第一样品中体细胞突变的存在/不存在和/或水平(量)与第二样品中的存在和/或水平(量)相比，有所降低或减少。在某些情况下，所述第二样品为参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织。本文描述了用于确定体细胞突变的存在/不存在和/或水平(量)的其他公开内容。
在某些情况下，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自相同受试者或个体的在不同于测试样品获得时间的一个或多个时间点获得的单个样品或多个样品的组合。例如，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织是在比测试样品获得时间较早的时间点从相同的受试者或个体获得的。如果在癌症的初始诊断期间获得参照样品并且随后在癌症变为转移性时获得测试样品，则此类参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织可能是有用的。
在某些情况下，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自一个或多个非患者的健康个体的多个样品的组合。在某些情况下，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自一个或多个非受试者或个体的患有疾病或病症(例如，癌症)的个体的多个样品的组合。在某些情况下，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自正常组织的合并RNA样品或来自一个或多个非患者的个体的合并血浆或血清样品。在某些情况下，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织是来自肿瘤组织的合并RNA样品或来自一个或多个非患者的患有疾病或病症(例如，癌症)的个体的合并血浆或血清样品。
在本文所述任何方法的一些情况下，升高或增加的水平是指通过本文所述的标准本领域已知方法所检测的，与参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更大的总体体细胞突变水平增加。在某些情况下，升高的水平是指样品中体细胞突变的水平/量的增加，其中所述增加为参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织中各体细胞突变的水平/量的至少约1.5x、1.75x、2x、3x、4x、5x、6x、7x、8x、9x、10x、25x、50x、75x或100x。在一些情况下，升高的水平是指与参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比大于约1.5倍、约1.75倍、约2倍、约2.25倍、约2.5倍、约2.75倍、约3.0倍、或约3.25倍的总体增加。在一些情况下，升高或增加的体细胞突变水平是指与参照水平相比，样品中一种或多种体细胞突变(例如，点突变、插入和缺失(例如，插入缺失)、扩增、基因重复、拷贝数改变(CNA)和重排)水平的总体增加和/或特定体细胞突变水平的总体增加。
在本文所述任何方法的一些情况下，减少的水平是指通过本文所述的标准本领域已知方法所检测的，与参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织相比约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更大的总体体细胞突变水平减少。在某些情况下，减少的水平是指样品中体细胞突变的水平/量的降低，其中所述降低为参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞或对照组织中各体细胞突变的水平/量的至少约0.9x、0.8x、0.7x、0.6x、0.5x、0.4x、0.3x、0.2x、0.1x、0.05x或0.01x。在一些情况下，减少或降低的体细胞突变水平是指与参照水平相比，样品中一种或多种体细胞突变(例如，点突变、插入和缺失(例如，插入缺失)、扩增、基因重复、拷贝数改变(CNA)和重排)水平的总体降低和/或特定体细胞突变水平的总体降低。
C.治疗方法
本发明提供了用于治疗患有癌症(例如，膀胱癌(例如，UBC)的患者的方法。在一些情况下，所述UBC是1L UBC。在其他实施方案中，所述UBC是肌肉浸润性UBC。在其他情况下，所述UBC是非肌肉浸润性UBC。在一些情况下，所述患者在用含铂疗法(例如，基于铂的化学治疗剂，例如基于顺铂的化学疗法)治疗后得到进展。在其他情况下，所述患者可能不适合用含铂疗法(例如基于铂的化学治疗剂，例如基于顺铂的化学疗法)治疗，并且未接受过先前治疗，例如针对局部晚期或转移性尿路上皮膀胱癌的先前治疗。在其他情况下，所述患者正在辅助环境(即，手术后环境)中进行UBC治疗。在一些情况下，本发明的方法包括向所述患者施用包括PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌疗法。本文所述的(参见，例如下文D部分)或本领域已知的任何PD-L1轴结合拮抗剂可用于这些方法中。在一些情况下，这些方法涉及确定从患者获得的样品中(例如，肿瘤样品中)的体细胞突变的存在和/或水平，并基于样品中体细胞突变的存在和/或表达，使用本文所述的(例如，在A部分和B部分或在以下实施例中描述的那些)或本领域已知的任何方法向所述患者施用抗癌疗法。
本发明提供了一种治疗患有膀胱癌的患者的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂，其中已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1和/或表2中列出的至少一种基因中的体细胞突变水平相对于表1和/或表2中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变水平有所增加。
在前述任一方法中，已确定表1和/或表2中列出的基因中的体细胞突变相对于表1和/或表2中列出的所述基因中的参照体细胞突变水平增加了约1％或更多(例如，约2％或更多，约3％或更多，约4％或更多，约5％或更多，约6％或更多，约7％或更多，约8％或更多，约9％或更多，约10％或更多，约11％或更多，约12％或更多，约13％或更多，约14％或更多，约15％或更多，约20％或更多，约25％或更多，约30％或更多，约35％或更多，约40％或更多，约45％或更多，约50％或更多，约60％或更多，约65％或更多，约70％或更多，约75％或更多，约80％或更多，约85％或更多，或约90％或更多)。例如，在一些情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平(例如，来自不同类别(例如，插入、缺失和/或重排)的一种或多种体细胞突变的水平、特定类别的体细胞突变的水平和/或特定体细胞突变的水平)增加了约1％或更多。在一些情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平增加了约5％或更多。在其他情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平增加了约10％或更多。在一些情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平增加了约15％或更多。在另一些情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平增加了约20％或更多。在其他情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平增加了约25％或更多。在一些情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平增加了约30％或更多。在一些情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平增加了约35％或更多。在一些情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平增加了约40％或更多。在一些情况下，确定一种或多种体细胞突变的水平增加了约50％或更多。
在前述任一方法中，确定表1和/或表2中列出的约1％或更多(例如，约2％或更多，约3％或更多，约4％或更多，约5％或更多，约6％或更多，约7％或更多，约8％或更多，约9％或更多，约10％或更多，约11％或更多，约12％或更多，约13％或更多，约14％或更多，约15％或更多，约20％或更多，约25％或更多，约30％或更多，约35％或更多，约40％或更多，约45％或更多，约50％或更多，约55％或更多，约60％或更多，约65％或更多，约70％或更多，约75％或更多，约80％或更多，约85％或更多，约90％或更多，约95％或更多，或约99％或更多)的基因具有增加的体细胞突变。例如，在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1和/或表2中列出的至少一半或约50％的基因中的体细胞突变水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1和/或表2中列出的至少三分之二或约67％的基因中的体细胞突变水平增加。在一些情况下，已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1和/或表2中列出的至少四分之三或约75％的基因中的体细胞突变水平增加。
在前述任一方法中，突变负荷反映了在表1和/或表2中列出的基因中检测到的体细胞突变和/或重排的水平，估计已确定或确定为至少约7个突变/兆碱基(Mb)或更多(例如，约8个突变/Mb或更多，约9个突变/Mb或更多，约10个突变/Mb或更多，约11个突变/Mb或更多，约12个突变/Mb或更多，约13个突变/Mb或更多，约14个突变/Mb或更多，约15个突变/Mb或更多，约16个突变/Mb或更多，约17个突变/Mb或更多，约18个突变/Mb或更多，约19个突变/Mb或更多，约20个突变/Mb或更多，约25个突变/Mb或更多，约30个突变/Mb或更多，约35个突变/Mb或更多，约40个突变/Mb或更多，和约50个突变/Mb或更多)的突变负荷预示了对治疗(例如，包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗)的应答性。在一些情况下，预示了对治疗(例如，包括PD-L1轴结合拮抗剂的治疗)的应答性的突变负荷可以在约7个突变/Mb至约20个突变/Mb之间。在一些情况下，预示了对治疗的应答性的突变负荷可以在约10个突变/Mb至约15个突变/Mb之间。在一些情况下，预示了对治疗的应答性的突变负荷可以在约11个突变/Mb至约13个突变/Mb之间。在一些情况下，预示了对治疗的应答性的突变负荷可以为约12.5个突变/Mb。
在前述任一方法中，所述PD-L1轴结合拮抗剂可以是本领域已知的或本文描述的例如在下文D部分中描述的任何PD-L1轴结合拮抗剂。
例如，在一些情况下，所述PD-L1轴结合拮抗剂是选自由以下组成的组：PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂。在一些情况下，所述PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些情况下，所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一种或多种的结合。在其他情况下，所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。在另一些情况下，所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。在一些情况下，所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。在一些情况下，所述PD-L1结合拮抗剂为抗体。在一些情况下，所述抗体是选自由以下组成的组：YW243.55.S70、MPDL3280A(阿特珠单抗))、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。在一些情况下，所述抗体包含具有SEQ ID NO:19的HVR-H1序列、SEQ ID NO:20的HVR-H2序列和SEQ ID NO:21的HVR-H3序列的重链以及具有SEQ ID NO:22的HVR-L1序列、SEQ ID NO:23的HVR-L2序列和SEQ ID NO:24的HVR-L3序列的轻链。在一些情况下，所述抗体包含具有SEQ ID NO:26的氨基酸序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:4的氨基酸序列的轻链可变区。
在一些情况下，所述PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。例如，在一些情况下，所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一种或多种的结合。在一些情况下，所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。在其他情况下，所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。在另一些情况下，所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2两者的结合。在一些情况下，所述PD-1结合拮抗剂为抗体。在一些情况下，所述抗体是选自由以下组成的组：MDX 1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、CT-011(皮地利珠单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。在一些情况下，所述PD-1结合拮抗剂为Fc融合蛋白。例如，在一些情况下，所述Fc融合蛋白为AMP-224。
在一些情况下，所述方法还包括向患者施用有效量的第二治疗剂。在一些情况下，所述第二治疗剂是选自由以下组成的组：细胞毒性剂、生长抑制剂、放射疗法剂、抗血管生成剂以及它们的组合。在一些情况下，所述第二治疗剂是针对活化共刺激分子的激动剂。在一些情况下，所述第二种治疗剂是针对抑制性共刺激分子的拮抗剂。
在前述任一情况下，所述尿路上皮膀胱癌可以是，例如非肌肉浸润性尿路上皮膀胱癌、肌肉浸润性尿路上皮膀胱癌或转移性尿路上皮膀胱癌。
在另一方面，本发明提供PD-L1轴结合拮抗剂在制造或制备药物中的用途。在一种情况下，所述药物用于治疗癌症。在另一种情况下，所述药物用于治疗癌症的方法，所述方法包括向患有癌症(例如，膀胱癌(例如尿路上皮膀胱癌))的患者施用有效量的所述药物。在一种这样的情况下，所述方法还包括向所述个体施用有效量的至少一种例如如下所述的另外的治疗剂。
用于本文描述的方法中的组合物(例如，PD-L1轴结合拮抗剂)可通过任何合适的方法来施用，所述合适的方法包括例如：以静脉内方式、以肌内方式、以皮下方式、以皮内方式、以经皮方式、以动脉内方式、以腹膜内方式、以损伤内方式、以颅内方式、以关节内方式、以前列腺内方式、以胸膜内方式、以气管内方式、以鞘内方式、以鼻内方式、以阴道内方式、以直肠内方式、以局部方式、以肿瘤内方式、以腹膜方式、以结膜下方式、以囊内方式、以粘膜方式、以心包内方式、以脐内方式、以眼内方式、以眶内方式、以口服方式、以局部方式、以透皮方式、以玻璃体内方式(例如，通过玻璃体内注射)、通过滴眼剂、通过吸入、通过注射、通过植入、通过输注、通过连续输注、通过直接沐浴靶细胞的局部灌注、通过导管、通过灌洗、以乳膏形式或以脂质组合物形式。用于本文描述的方法中的组合物还可以全身方式或以局部方式施用。施用方法可以根据各种因素(例如，所施用的化合物或组合物以及所治疗的病状、疾病或病症的严重性)而变化。在一些情况下，以静脉内方式、以肌内方式、以皮下方式、以局部方式、以口服方式、以透皮方式、以腹膜内方式、以眶内方式、通过植入、通过吸入、以鞘内方式、以心室内方式或以鼻内方式施用所述PD-L1轴结合拮抗剂)。可以通过任何合适的途径，例如通过注射(诸如静脉内或皮下注射)来给药，这部分地取决于施用是短暂的或长期的。本文涵盖各种给药排程，包括但不限于单次施用或各种时间点内的多次施用、推注施用和脉冲输注。
本文所述的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗体、结合多肽和/或小分子))(任何另外的治疗剂)可以符合良好医疗实践的方式配制、给药和施用。在此情形下的考虑因素包括所治疗的特定病症、所治疗的特定哺乳动物、各个患者的临床病状、病症的病因、药剂递送部位、施用方法、施用排程和医学从业者已知的其他因素。PD-L1轴结合拮抗剂无需但任选地与一种或多种当前用来预防或治疗所考虑的病症的药剂一起配制和/或同时施用。此类其他药剂的有效量取决于制剂中存在的PD-L1轴结合拮抗剂的量、病症或治疗的类型以及以上论述的其他因素。这些药剂通常以如本文所述的相同剂量以及用如本文所述的施用途径，或以本文所述的剂量的约1％至99％，或以凭经验/临床上确定为适当的任何剂量且通过凭经验/临床上确定为适当的任何途径加以使用。
对于癌症(例如，膀胱癌(例如尿路上皮膀胱癌))的预防或治疗，本文描述的PD-L1轴结合拮抗剂的适当剂量(当单独使用或与一种或多种其他另外的治疗剂组合使用时)将取决于待治疗的疾病的类型、疾病的严重性和病程、是否出于预防性或治疗性目的而施用PD-L1轴结合拮抗剂、先前疗法、患者的临床病史和对PD-L1轴结合拮抗剂的应答，以及主治医师的判断。PD-L1轴结合拮抗剂适宜一次或通过一系列治疗施用于患者。根据以上提及的因素，一种典型的每日剂量的范围可为约1μg/kg至100mg/kg或更多。对于几天或更长时间内的重复施用(这取决于病状)，将通常维持治疗直到疾病症状发生所需的抑制为止。此类剂量可间歇地施用，例如每周或每三周(例如，使得患者接受例如约两剂至约二十剂，或例如约六剂PD-L1轴结合拮抗剂)。可施用初始的较高负荷剂量，随后施用一次或多次较低剂量。然而，可使用其他给药方案。此疗法的进展易于通过常规技术和测定来监测。
例如，作为一般提议，无论是否通过一次或多次施用进行，向人施用的PD-L1轴结合拮抗剂抗体的治疗有效量将处于约0.01至约50mg/kg患者体重的范围内。在一些情况下，例如，每日、每周、每两周、每三周或每月施用的所用抗体为约0.01mg/kg至约45mg/kg、约0.01mg/kg至约40mg/kg、约0.01mg/kg至约35mg/kg、约0.01mg/kg至约30mg/kg、约0.01mg/kg至约25mg/kg、约0.01mg/kg至约20mg/kg、约0.01mg/kg至约15mg/kg、约0.01mg/kg至约10mg/kg、约0.01mg/kg至约5mg/kg或约0.01mg/kg至约1mg/kg。在一些情况下，所述抗体以15mg/kg施用。然而，可使用其他给药方案。在一种情况下，在21天周期(每三周，q3w)的第1天，以约100mg、约200mg、约300mg、约400mg、约500mg、约600mg、约700mg、约800mg、约900mg、约1000mg、约1100mg、约1200mg、约1300mg、约1400mg、约1500mg、约1600mg、约1700mg或约1800mg的剂量向人施用本文所述的PD-L1抗体。在一些情况下，抗PD-L1抗体MPDL3280A每三周(q3w)以1200mg静脉内施用。剂量可作为单个剂量或作为多个剂量(例如2或3个剂量)施用，诸如输注。与单个治疗相比，可减少组合治疗中施用的抗体的剂量。通过常规技术易于监测此疗法的进展。
在一些情况下，所述方法还涉及向患者施用有效量的第二治疗剂。在一些情况下，所述第二治疗剂是选自由以下组成的组：细胞毒性剂、化学治疗剂、生长抑制剂、放射疗法剂、抗血管生成剂以及它们的组合。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与化学疗法或化学治疗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与放射疗法联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向疗法或靶向治疗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与免疫疗法或免疫治疗剂(例如单克隆抗体)联合施用。在一些情况下，所述第二治疗剂是针对活化共刺激分子的激动剂。在一些情况下，所述第二种治疗剂是针对抑制性共刺激分子的拮抗剂。
上述的此类组合疗法包括组合施用(其中两种或多种治疗剂包括在相同或分开的制剂中)和分开施用，在分开施用的情况下，PD-L1轴结合拮抗剂的施用可以在施用另外的一种或多种治疗剂之前、同时和/或之后进行。在一种情况下，PD-L1轴结合拮抗剂的施用和另外的治疗剂的施用在彼此的约一个月内，或约一周、两周或三周内，或约一天、两天、三天、四天、五天或六天内进行。
不希望受理论束缚，认为通过促进活化共刺激分子或通过抑制负共刺激分子来增强T细胞刺激可促进肿瘤细胞死亡，从而治疗或延迟癌症的进展。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对活化共刺激分子的激动剂联合施用。在一些情况下，活化共刺激分子可包括CD40、CD226、CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、HVEM或CD127。在一些情况下、针对活化共刺激分子的激动剂是结合CD40、CD226、CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、HVEM或CD127的激动剂抗体。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对抑制性共刺激分子的拮抗剂联合施用。在一些情况下，抑制性共刺激分子可包括CTLA-4(也称为CD152)、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7-H3、B7-H4、IDO、TIGIT、MICA/B或精氨酸酶。在一些情况下，针对抑制性共刺激分子的拮抗剂是结合CTLA-4、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7-H3、B7-H4、IDO、TIGIT、MICA/B或精氨酸酶的拮抗剂抗体。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对CTLA-4(也称为CD152)的拮抗剂(例如阻断抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与伊匹单抗(ipilimumab)(也称为MDX-010、MDX-101或
Figure BDA0003425813700000791
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与曲美木单抗(tremelimumab)(也称为替西木单抗(Ticilimumab)或CP-675,206)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对B7-H3(也称为CD276)的拮抗剂(例如阻断抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与MGA271联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对TGF-β的拮抗剂，例如美替木单抗(metelimumab)(也称为CAT-192)、夫苏木单抗(fresolimumab)(也称为GC1008)或LY2157299联合施用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与包括过继转移表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞(例如，细胞毒性T细胞或CTL)的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与包括过继转移包含显性负TGFβ受体(例如，显性负TGFβII型受体)的T细胞的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与包括HERCREEM方案(参见，例如ClinicalTrials.gov Identifier NCT00889954)的治疗联合施用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对CD137(也称为TNFRSF9、4-1BB或ILA)的激动剂(例如活化抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与urelumab(也称为BMS-663513)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对CD40的激动剂(例如活化抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与CP-870893联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对OX40(也称为CD134)的激动剂(例如活化抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与抗OX40抗体(例如，AgonOX)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对CD27的激动剂(例如活化抗体)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与CDX-1127联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对吲哚胺-2,3-双加氧酶(IDO)的拮抗剂联合施用。在某些情况下，IDO拮抗剂是1-甲基-D-色氨酸(也称为1-D-MT)。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与抗体-药物缀合物联合施用。在一些情况下，所述抗体-药物缀合物包含美坦辛(mertansine)或单甲基奥里斯他汀E(monomethylauristatin E，MMAE)。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与抗NaPi2b抗体-MMAE缀合物(也称为DNIB0600A或RG7599)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与曲妥珠单抗(trastuzumab emtansine)(也称为T-DM1、ado-trastuzumab emtansine或
Figure BDA0003425813700000801
Genentech)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与DMUC5754A联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向内皮素B受体(EDNBR)的抗体-药物缀合物(例如，针对EDNBR的与MMAE缀合的抗体)联合施用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与抗血管生成剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对VEGF(例如VEGF-A)的抗体联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与贝伐单抗(也称为
Figure BDA0003425813700000802
Genentech)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对血管生成素2(也称为Ang2)的抗体联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与MEDI3617联合施用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与抗肿瘤剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向CSF-1R(也称为M-CSFR或CD115)的剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与抗CSF-1R(也称为IMC-CS4)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与干扰素(例如干扰素α或干扰素γ)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与Roferon-A(也称为重组干扰素α-2a)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与GM-CSF(也称为重组人粒细胞巨噬细胞集落刺激因子、rhu GM-CSF、沙格司亭或
Figure BDA0003425813700000811
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与IL-2(也称为阿地白介素或
Figure BDA0003425813700000812
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与IL-12联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向CD20的抗体联合施用。在一些情况下，所述靶向CD20的抗体是奥比妥珠单抗(obinutuzumab)(也称为GA101或
Figure BDA0003425813700000813
)或利妥昔单抗。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向GITR的抗体联合施用。在一些情况下，所述靶向GITR的抗体是TRX518。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与癌症疫苗联合施用。在一些情况下，所述癌症疫苗是肽癌症疫苗，该肽癌症疫苗在一些情况下是个体化肽疫苗。在一些情况下，所述肽癌疫苗是多价长肽、多肽、肽混合物、杂合肽或肽脉冲的树突细胞疫苗(参见，例如，Yamada等人,Cancer Sci.104:14-21,2013)。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与佐剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与包含TLR激动剂(例如，Poly-ICLC(也称为
Figure BDA0003425813700000814
)、LPS、MPL或CpG ODN)的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与肿瘤坏死因子(TNF)α联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与IL-1联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与HMGB1联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与IL-10拮抗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与IL-4拮抗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与IL-13拮抗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与HVEM拮抗剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与ICOS拮抗剂联合施用，例如通过施用ICOS-L或针对ICOS的拮抗剂抗体。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向CX3CL1的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向CXCL9的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向CXCL10的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向CCL5的治疗联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与LFA-1或ICAM1激动剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与选择蛋白激动剂(Selectin agonist)联合施用。
在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向疗法联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与B-Raf的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与维莫非尼(vemurafenib)(也称为
Figure BDA0003425813700000821
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与达拉菲尼(dabrafenib)(也称为
Figure BDA0003425813700000822
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与厄洛替尼(也称为
Figure BDA0003425813700000823
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与MEK(诸如MEK1(也称为MAP2K1)或MEK2(也称为MAP2K2))的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与考比替尼(cobimetinib)(也称为GDC-0973或XL-518)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与曲美替尼(trametinib)(也称为
Figure BDA0003425813700000824
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与K-Ras的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与c-Met的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与onartuzumab(也称为MetMAb)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与Alk的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与AF802(也称为CH5424802或艾乐替尼(alectinib))联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与BKM120联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与艾代拉利司(idelalisib)(也称为GS-1101或CAL-101)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与哌立福辛(也称为KRX-0401)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与Akt的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与MK2206联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与GSK690693联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与GDC-0941联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与mTOR的抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与西罗莫司(也称为雷帕霉素)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与替西罗莫司(temsirolimus)(也称为CCI-779或
Figure BDA0003425813700000831
)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与依维莫司(everolimus)(也称为RAD001)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与地磷莫司(ridaforolimus)(也称为AP-23573、MK-8669或deforolimus)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与OSI-027联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与AZD8055联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与INK128联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与双PI3K/mTOR抑制剂联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与XL765联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与GDC-0980联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与BEZ235(也称为NVP-BEZ235)联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与BGT226联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与GSK2126458联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与PF-04691502联合施用。在一些情况下，PD-L1轴结合拮抗剂可以与PF-05212384(也称为PKI-587)联合施用。
D.用于本发明方法的PD-L1轴结合拮抗剂
本文提供了用于治疗或延迟患者中的癌症(例如，膀胱癌(例如，尿路上皮癌))的进展的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。本文提供了用于确定患有癌症(例如，膀胱癌(例如，尿路上皮膀胱癌))的患者是否可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答的方法。本文提供了用于预测患有癌症(例如，膀胱癌(例如，尿路上皮膀胱癌))的患者对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的应答性的方法。本文提供了用于为患有癌症(例如，膀胱癌(例如，尿路上皮膀胱癌))的患者选择疗法的方法。前述任一方法可以基于肿瘤样品中本文提供的体细胞突变(例如表1或表2中列出的基因的突变)的水平。
例如，PD-L1轴结合拮抗剂包括PD-1结合拮抗剂、PD-L1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂。PD-1(程序性死亡1)在本领域中还被称为“程序性细胞死亡1”、“PDCD1”、“CD279”和“SLEB2”。示例性人PD-1显示在UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q15116中。PD-L1(程序性死亡配体1)在本领域中还被称为“程序性细胞死亡1配体1”、“PDCD1LG1”、“CD274”、“B7-H”和“PDL1”。示例性人PD-L1显示在UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9NZQ7.1中。PD-L2(程序性死亡配体2)在本领域中还被称为“程序性细胞死亡1配体2”、“PDCD1LG2”、“CD273”、“B7-DC”、“Btdc”和“PDL2”。示例性人PD-L2显示在UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9BQ51中。在一些情况下，PD-1、PD-L1和PD-L2为人PD-1、PD-L1和PD-L2。
在一些情况下，PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1与其配体结合配偶体结合的分子。在具体方面，PD-1配体结合配偶体为PD-L1和/或PD-L2。在另一种情况下，PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1与其结合配体结合的分子。在具体方面，PD-L1结合配偶体为PD-1和/或B7-1。在另一种情况下，PD-L2结合拮抗剂是抑制PD-L2与其配体结合配偶体结合的分子。在具体方面，PD-L2结合配体配偶体为PD-1。拮抗剂可为抗体、其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白或寡肽。
在一些情况下，PD-1结合拮抗剂为例如如以下所述的抗PD-1抗体(例如，人抗体、人源化抗体或嵌合抗体)。在一些情况下，所述抗PD-1抗体是选自由以下组成的组：MDX1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、CT-011(皮地利珠单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。MDX-1106(也称为MDX-1106-04、ONO-4538、BMS-936558或纳武单抗)是WO2006/121168中描述的抗PD-1抗体。MK-3475(也称为派姆单抗或lambrolizumab)是WO 2009/114335中描述的抗PD-1抗体。CT-011(也称为hBAT、hBAT-1或pidilizumab)是WO2009/101611中描述的抗PD-1抗体。在一些情况下，所述PD-1结合拮抗剂为免疫粘附素(例如，包含与恒定区(例如，免疫球蛋白序列的Fc区)融合的PD-L1或PD-L2的胞外或PD-1结合部分的免疫粘附素。在一些情况下，所述PD-1结合拮抗剂为AMP-224。AMP-224(也称为B7-DCIg)是WO 2010/027827和WO 2011/066342中描述的PD-L2-Fc融合可溶性受体。
在一些情况下，所述抗PD-1抗体为MDX-1106。“MDX-1106”的可替代的名称包括MDX-1106-04、ONO-4538、BMS-936558和纳武单抗。在一些情况下，所述抗PD-1抗体为纳武单抗(CAS登记号：946414-94-4)。在另一种情况下，提供了分离的抗PD-1抗体，所述抗PD-1抗体包含具有来自SEQ ID NO:1的重链可变区氨基酸序列的重链可变区和/或包含具有来自SEQ ID NO:2的轻链可变区氨基酸序列的轻链可变区。在另一种情况下，提供了包含重链序列和/或轻链序列的分离的抗PD-1抗体，其中：
(a)所述重链序列与以下重链序列具有至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的序列同一性：QVQLVESGGGVVQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSKRYYADSVKGRFTISRDNSKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCATNDDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK(SEQ ID NO:1)，并且
(b)所述轻链序列与以下轻链序列具有至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的序列同一性：EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ IDNO:2)。
在一些情况下，所述PD-L1轴结合拮抗剂为PD-L2结合拮抗剂。在一些情况下，所述PD-L2结合拮抗剂为抗PD-L2抗体(例如，人抗体、人源化抗体或嵌合抗体)。在一些情况下，所述PD-L2结合拮抗剂为免疫粘附素。
在一些情况下，所述PD-L1结合拮抗剂为例如如以下所述的抗PD-L1抗体。在一些情况下，所述抗PD-L1抗体能够抑制PD-L1与PD-1之间和/或PD-L1与B7-1之间的结合。在一些情况下，所述抗PD-L1抗体为单克隆抗体。在一些情况下，所述抗PD-L1抗体为选自由以下组成的组的抗体片段：Fab、Fab’-SH、Fv、scFv和(Fab’)2片段。在一些情况下，所述抗PD-L1抗体为人源化抗体。在一些情况下，所述抗PD-L1抗体为人抗体。在一些情况下，所述抗PD-L1抗体是选自由以下组成的组：YW243.55.S70、MPDL3280A(阿特珠单抗))、MDX-1105和MEDI4736(德瓦鲁单抗)以及MSB0010718C(阿维单抗)。抗体YW243.55.S70是WO2010/077634中描述的抗PD-L1。MDX-1105(也称为BMS-936559)是在WO2007/005874中描述的抗PD-L1抗体。MEDI4736(德瓦鲁单抗)是在WO2011/066389和US2013/034559中描述的抗PD-L1单克隆抗体。用于本发明方法的抗PD-L1抗体的实例及其制备方法描述于PCT专利申请WO 2010/077634、WO 2007/005874、WO 2011/066389、美国专利No.8,217,149和US 2013/034559中，所述专利以引用的方式并入本文中。
WO 2010/077634 A1和US 8,217,149中描述的抗PD-L1抗体可用于本文所述的方法中。在一些情况下，所述抗PD-L1抗体包含SEQ ID NO:3的重链可变区序列和/或SEQ IDNO:4的轻链可变区序列。在另一种情况下，提供了包含重链可变区序列和/或轻链可变区序列的分离的抗PD-1抗体，其中：
(a)所述重链序列与以下重链序列具有至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的序列同一性：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPG KGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLR AEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSA(SEQ ID NO:3)，并且
(b)所述轻链序列与以下轻链序列具有至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的序列同一性：
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGK APKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQ YLYHPATFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:4)。
在一种情况下，所述抗PD-L1抗体包含具有HVR-H1、HVR-H2和HVR-H3序列的重链可变区，其中：
(a)所述HVR-H1序列是GFTFSX1SWIH(SEQ ID NO:5)；
(b)所述HVR-H2序列是AWIX2PYGGSX3YYADSVKG(SEQ ID NO:6)；
(c)所述HVR-H3序列是RHWPGGFDY(SEQ ID NO:7)；
进一步地，其中：X1是D或G；X2是S或L；X3是T或S。在一个具体方面，X1是D；X2是S并且X3是T。在另一方面，所述多肽还包含根据下式的并置在HVR之间的可变区重链框架序列：(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)。在另一方面，所述框架序列来源于人共有框架序列。在另一方面，所述框架序列是VH亚组III共有框架。在另一方面，所述框架序列中的至少一个如下：
FR-H1是EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAAS(SEQ ID NO:8)
FR-H2是WVRQAPGKGLEWV(SEQ ID NO:9)
FR-H3是RFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAR(SEQ ID NO:10)
FR-H4是WGQGTLVTVSA(SEQ ID NO:11)。
在另一方面，所述重链多肽进一步与包含HVR-L1、HVR-L2和HVR-L3的可变区轻链组合，其中：
(a)所述HVR-L1序列是RASQX4X5X6TX7X8A(SEQ ID NO:12)；
(b)所述HVR-L2序列是SASX9LX10S，(SEQ ID NO:13)；
(c)所述HVR-L3序列是QQX11X12X13X14PX15T(SEQ ID NO:14)；
其中：X4是D或V；X5是V或I；X6是S或N；X7是A或F；X8是V或L；X9是F或T；X10是Y或A；X11是Y、G、F,或S；X12是L、Y、F或W；X13是Y、N、A、T、G、F或I；X14是H、V、P、T或I；X15是A、W、R、P或T。在另一方面，X4是D；X5是V；X6是S；X7是A；X8是V；X9是F；X10是Y；X11是Y；X12是L；X13是Y；X14是H；X15是A。
在另一方面，所述轻链还包含根据下式的并置在HVR之间的可变区轻链框架序列：(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)。在另一方面，所述框架序列来源于人共有框架序列。在另一方面，所述框架序列是VLκI共有框架。在另一方面，所述框架序列中的至少一个如下：
FR-L1是DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITC(SEQ ID NO:15)
FR-L2是WYQQKPGKAPKLLIY(SEQ ID NO:16)
FR-L3是GVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYC(SEQ ID NO:17)
FR-L4是FGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:18)。
在另一种情况下，提供了包含重链可变区序列和轻链可变区序列的分离的抗PD-L1抗体或抗原结合片段，其中：
(a)所述重链包含HVR-H1、HVR-H2和HVR-H3，其中进一步地：
(i)所述HVR-H1序列是GFTFSX1SWIH；(SEQ ID NO:5)
(ii)所述HVR-H2序列是AWIX2PYGGSX3YYADSVKG(SEQ ID NO:6)
(iii)所述HVR-H3序列是RHWPGGFDY，并且(SEQ ID NO:7)
(b)所述轻链包含HVR-L1、HVR-L2和HVR-L3，其中进一步地：
(i)所述HVR-L1序列是RASQX4X5X6TX7X8A(SEQ ID NO:12)
(ii)所述HVR-L2序列是SASX9LX10S；并且(SEQ ID NO:13)
(iii)所述HVR-L3序列是QQX11X12X13X14PX15T；(SEQ ID NO:14)
其中：X1是D或G；X2是S或L；X3是T或S；X4是D或V；X5是V或I；X6是S或N；X7是A或F；X8是V或L；X9是F或T；X10是Y或A；X11是Y、G、F,或S；X12是L、Y、F或W；X13是Y、N、A、T、G、F或I；X14是H、V、P、T或I；X15是A、W、R、P或T。在具体方面，X1是D；X2是S并且X3是T。在另一方面，X4是D；X5是V；X6是S；X7是A；X8是V；X9是F；X10是Y；X11是Y；X12是L；X13是Y；X14是H；X15是A。在另一方面，X1是D；X2是S并且X3是T、X4是D；X5是V；X6是S；X7是A；X8是V；X9是F；X10是Y；X11是Y；X12是L；X13是Y；X14是H并且X15是A。
在另一方面，所述重链可变区包含如下的并置在HVR之间的一个或多个框架序列：(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)，并且所述轻链可变区包含如下的并置在HVR之间的一个或多个框架序列：(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)。在另一方面，所述框架序列来源于人共有框架序列。在另一方面，所述重链框架序列来源于Kabat亚组I、II或III序列。在另一方面，所述重链框架序列是VH亚组III共有框架。在另一方面，所述重链框架序列中的一个或多个如SEQ ID NO:8、9、10和11所示。在另一方面，所述轻链框架序列来源于KabatκI、II、II或IV亚组序列。在另一方面，所述轻链框架序列是VLκI共有框架。在另一方面，所述轻链框架序列中的一个或多个如SEQ ID NO:15、16、17和18所示。
在另一具体方面，所述抗体还包含人或鼠恒定区。在另一方面，所述人恒定区是选自由以下组成的组：IgG1、IgG2、IgG2、IgG3和IgG4。在另一具体方面，所述人恒定区是IgG1。在另一方面，所述鼠恒定区是选自由以下组成的组：IgG1、IgG2A、IgG2B和IgG3。在另一具体方面，所述鼠恒定区是IgG2A。在另一具体方面，所述抗体具有减少的或极小的效应子功能。在另一具体方面，所述极小的效应子功能由“较差效应子Fc突变(effector-less Fcmutation)”或去糖基化作用(aglycosylation)而引起。在另一种情况下，所述较差效应子Fc突变是恒定区中的N297A或D265A/N297A取代。
在另一种情况下，提供了包含重链可变区序列和轻链可变区序列的抗PD-L1抗体，其中：
(a)所述重链还包含分别与GFTFSDSWIH(SEQ ID NO:19)、AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:20)和RHWPGGFDY(SEQ ID NO:21)具有至少85％序列同一性的HVR-H1、HVR-H2和HVR-H3序列，或者
(b)所述轻链还包含分别与RASQDVSTAVA(SEQ ID NO:22)、SASFLYS(SEQ ID NO:23)和QQYLYHPAT(SEQ ID NO:24)具有至少85％序列同一性的HVR-L1、HVR-L2和HVR-L3序列。
在具体方面，所述序列同一性为86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。
在另一方面，所述重链可变区包含如下的并置在HVR之间的一个或多个框架序列：(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)，并且所述轻链可变区包含如下的并置在HVR之间的一个或多个框架序列，如下：(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)。在另一方面，所述框架序列来源于人共有框架序列。在另一方面，所述重链框架序列来源于Kabat亚组I、II或III序列。在另一方面，所述重链框架序列是VH亚组III共有框架。在另一方面，所述重链框架序列中的一个或多个如SEQIDNO:8、9、10和11所示。在另一方面，所述轻链框架序列来源于KabatκI、II、II或IV亚组序列。在另一方面，所述轻链框架序列是VLκI共有框架。在另一方面，所述轻链框架序列中的一个或多个如SEQ ID NO:15、16、17和18所示。
在另一具体方面，所述抗体还包含人或鼠恒定区。在另一方面，所述人恒定区是选自由以下组成的组：IgG1、IgG2、IgG2、IgG3和IgG4。在另一具体方面，所述人恒定区是IgG1。在另一方面，所述鼠恒定区是选自由以下组成的组：IgG1、IgG2A、IgG2B和IgG3。在另一具体方面，所述鼠恒定区是IgG2A。在另一具体方面，所述抗体具有减少的或极小的效应子功能。在另一具体方面，所述极小的效应子功能由“较差效应子Fc突变”或去糖基化作用而引起。在另一种情况下，所述较差效应子Fc突变是恒定区中的N297A或D265A/N297A取代。
在另一种情况下，提供了包含重链可变区序列和轻链可变区序列的分离的抗PD-L1抗体，其中：
(a)所述重链序列与以下重链序列具有至少85％的序列同一性：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPG KGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLR AEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:25)，并且/或者
(b)所述轻链序列与以下轻链序列具有至少85％的序列同一性：
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGK APKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQ YLYHPATFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:4)。
在具体方面，所述序列同一性为86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。在另一方面，所述重链可变区包含如下的并置在HVR之间的一个或多个框架序列：(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)，并且所述轻链可变区包含如下的并置在HVR之间的一个或多个框架序列，如下：(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)。在另一方面，所述框架序列来源于人共有框架序列。在另一方面，所述重链框架序列来源于Kabat亚组I、II或III序列。在另一方面，所述重链框架序列是VH亚组III共有框架。在另一方面，所述重链框架序列中的一个或多个如SEQ ID NO:8、9、10和WGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:27)所示。
在另一方面，所述轻链框架序列来源于KabatκI、II、II或IV亚组序列。在另一方面，所述轻链框架序列是VLκI共有框架。在另一方面，所述轻链框架序列中的一个或多个如SEQ ID NO:15、16、17和18所示。
在另一具体方面，所述抗体还包含人或鼠恒定区。在另一方面，所述人恒定区是选自由以下组成的组：IgG1、IgG2、IgG2、IgG3和IgG4。在另一具体方面，所述人恒定区是IgG1。在另一方面，所述鼠恒定区是选自由以下组成的组：IgG1、IgG2A、IgG2B和IgG3。在另一具体方面，所述鼠恒定区是IgG2A。在另一具体方面，所述抗体具有减少的或极小的效应子功能。在另一具体方面，所述极小的效应子功能由原核细胞产生而引起。在另一具体方面，所述极小的效应子功能由“较差效应子Fc突变”或去糖基化作用而引起。在另一种情况下，所述较差效应子Fc突变是恒定区中的N297A或D265A/N297A取代。
在另一方面，所述重链可变区包含如下的并置在HVR之间的一个或多个框架序列：(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)，并且所述轻链可变区包含如下的并置在HVR之间的一个或多个框架序列：(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)。在另一方面，所述框架序列来源于人共有框架序列。在另一方面，所述重链框架序列来源于Kabat亚组I、II或III序列。在另一方面，所述重链框架序列是VH亚组III共有框架。在另一方面，所述重链框架序列中的一个或多个如下：
FR-H1 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFS(SEQ ID NO:29)
FR-H2 WVRQAPGKGLEWVA(SEQ ID NO:30)
FR-H3 RFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAR
(SEQ ID NO:10)
FR-H4 WGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:27)。
在另一方面，所述轻链框架序列来源于KabatκI、II、II或IV亚组序列。在另一方面，所述轻链框架序列是VLκI共有框架。在另一方面，所述轻链框架序列中的一个或多个如下：
FR-L1 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITC (SEQ ID NO:15)
FR-L2 WYQQKPGKAPKLLIY (SEQ ID NO:16)
FR-L3 GVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYC(SEQ ID NO:17)
FR-L4 FGQGTKVEIK(SEQ ID NO:28)。
在另一具体方面，所述抗体还包含人或鼠恒定区。在另一方面，所述人恒定区是选自由以下组成的组：IgG1、IgG2、IgG2、IgG3和IgG4。在另一具体方面，所述人恒定区是IgG1。在另一方面，所述鼠恒定区是选自由以下组成的组：IgG1、IgG2A、IgG2B和IgG3。在另一具体方面，所述鼠恒定区是IgG2A。在另一具体方面，所述抗体具有减少的或极小的效应子功能。在另一具体方面，所述极小的效应子功能由“较差效应子Fc突变”或去糖基化作用而引起。在另一种情况下，所述较差效应子Fc突变是恒定区中的N297A或D265A/N297A取代。
在另一种情况下，提供了包含重链可变区序列和轻链可变区序列的抗PD-L1抗体，其中：
(c)所述重链还包含分别与GFTFSDSWIH(SEQ ID NO:19)、AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:20)和RHWPGGFDY(SEQ ID NO:21)具有至少85％序列同一性的HVR-H1、HVR-H2和HVR-H3序列，并且/或者
(d)所述轻链还包含分别与RASQDVSTAVA(SEQ ID NO:22)、SASFLYS(SEQ ID NO:23)和QQYLYHPAT(SEQ ID NO:24)具有至少85％序列同一性的HVR-L1、HVR-L2和HVR-L3序列。
在具体方面，所述序列同一性为86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。
在另一方面，所述重链可变区包含如下的并置在HVR之间的一个或多个框架序列：(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)，并且所述轻链可变区包含如下的并置在HVR之间的一个或多个框架序列，如下：(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)。在另一方面，所述框架序列来源于人共有框架序列。在另一方面，所述重链框架序列来源于Kabat亚组I、II或III序列。在另一方面，所述重链框架序列是VH亚组III共有框架。在另一方面，所述重链框架序列中的一个或多个如SEQIDNO:8、9、10和WGQGTLVTVSSASTK(SEQ ID NO:31)所示。
在另一方面，所述轻链框架序列来源于KabatκI、II、II或IV亚组序列。在另一方面，所述轻链框架序列是VLκI共有框架。在另一方面，所述轻链框架序列中的一个或多个如SEQ ID NO:15、16、17和18所示。在另一具体方面，所述抗体还包含人或鼠恒定区。在另一方面，所述人恒定区是选自由以下组成的组：IgG1、IgG2、IgG2、IgG3和IgG4。在另一具体方面，所述人恒定区是IgG1。在另一方面，所述鼠恒定区是选自由以下组成的组：IgG1、IgG2A、IgG2B和IgG3。在另一具体方面，所述鼠恒定区是IgG2A。在另一具体方面，所述抗体具有减少的或极小的效应子功能。在另一具体方面，所述极小的效应子功能由“较差效应子Fc突变”或去糖基化作用而引起。在另一种情况下，所述较差效应子Fc突变是恒定区中的N297A或D265A/N297A取代。
在另一种情况下，提供了包含重链可变区序列和轻链可变区序列的分离的抗PD-L1抗体，其中：
(a)所述重链序列与以下重链序列具有至少85％的序列同一性：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTK(SEQ ID NO:26)，或者
(b)所述轻链序列与以下轻链序列具有至少85％的序列同一性：
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:4)。
在一些情况下，提供了分离的抗PD-L1抗体，所述抗PD-L1抗体包含重链可变区序列和轻链可变区序列，其中所述轻链可变区序列与SEQ ID NO:4的氨基酸序列具有至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的序列同一性。在一些情况下，提供了分离的抗PD-L1抗体，所述抗PD-L1抗体包含重链可变区序列和轻链可变区序列，其中所述重链可变区序列与SEQ ID NO:26的氨基酸序列具有至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的序列同一性。在一些情况下，提供了分离的抗PD-L1抗体，所述抗PD-L1抗体包含重链可变区序列和轻链可变区序列，其中所述轻链可变区序列与SEQ ID NO:4的氨基酸序列具有至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的序列同一性，并且所述重链可变区序列与SEQ IDNO:26的氨基酸序列具有至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的序列同一性。在一些情况下，重链和/或轻链的N端的一个、两个、三个、四个或五个氨基酸残基可缺失掉、被取代或被修饰。
在另一种情况下，提供了包含重链序列和/或轻链序列的分离的抗PD-L1抗体，其中：
(a)所述重链序列与以下重链序列具有至少85％的序列同一性：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG(SEQ ID NO:32)，并且/或者
(b)所述轻链序列与以下轻链序列具有至少85％的序列同一性：
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ IDNO:33)。
在一些情况下，提供了分离的抗PD-L1抗体，所述抗PD-L1抗体包含重链序列和轻链序列，其中所述轻链序列与SEQ ID NO:33的氨基酸序列具有至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性。在一些情况下，提供了分离的抗PD-L1抗体，所述抗PD-L1抗体包含重链序列和轻链序列，其中所述重链序列与SEQ ID NO:32的氨基酸序列具有至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性。在一些情况下，提供了分离的抗PD-L1抗体，所述抗PD-L1抗体包含重链序列和轻链序列，其中所述轻链序列与SEQ ID NO:33的氨基酸序列具有至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性，并且所述重链序列与SEQID NO:32的氨基酸序列具有至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性。
在一些情况下，所述分离的抗PD-L1抗体为去糖基化的。抗体的糖基化通常是N-连接的或O-连接的。N-连接是指碳水化合物部分与天门冬酰胺残基的侧链连接。三肽序列天冬酰胺-X-丝氨酸和天冬酰胺-X-苏氨酸为用于将碳水化合物部分酶促连接于天冬酰胺侧链的识别序列，其中X为除脯氨酸之外的任何氨基酸。因此，多肽中存在这些三肽序列中的任一者形成了潜在的糖基化位点。O-连接糖基化是指糖N-乙酰半乳糖胺、半乳糖或木糖之一与羟氨基酸(最常见的是丝氨酸或苏氨酸)连接，不过也可使用5-羟基脯氨酸或5-羟基赖氨酸。去除糖基化位点来形成抗体的方式为便利地通过改变氨基酸序列，以使上述三肽序列中的一者被去除(对于N-连接糖基化位点)。可以通过将糖基化位点内的天冬酰胺、丝氨酸或苏氨酸残基用另一个氨基酸残基取代(例如甘氨酸、丙氨酸或保守取代)来进行改变。
在本文的任何情况下，分离的抗PD-L1抗体可结合人PD-L1，例如如UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9NZQ7.1中所示的人PD-L1或其变体。
在另一种情况下，提供了编码本文所述的任何抗体的分离核酸。在一些情况下，所述核酸还包括适于表达编码前述任一抗PD-L1抗体的核酸的载体。在另一具体方面，所述载体处于适于核酸表达的宿主细胞中。在另一具体方面，所述宿主细胞为真核细胞或原核细胞。在另一具体方面，所述真核细胞为哺乳动物细胞，诸如中国仓鼠卵巢(CHO)细胞。
抗体或其抗原结合片段可使用本领域已知的方法，例如通过包括以下的方法来制备：将含有呈适于表达的形式的编码前述任一抗PD-L1抗体或抗原结合片段的核酸的宿主细胞在适于产生此类抗体或片段的条件下培养，以及回收所述抗体或片段。
明确地预期，用于以上枚举的任何情况下的所述PD-L1轴结合拮抗剂抗体(例如，抗PD-L1抗体、抗PD-1抗体和抗PD-L2抗体)或本文描述的其他抗体可具有单一或成组合形式的在以下部分1-7中描述的任何特征。
1.抗体亲和力
在某些情况下，本文提供的抗体(例如，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)具有≤1μM、≤100nM、≤10nM、≤1nM、≤0.1nM、≤0.01nM或≤0.001nM的解离常数(Kd)(例如10-8M或更少，例如10-8M至10-13M，例如10-9M至10-13M)。
在一种情况下，通过放射性标记的抗原结合测定(RIA)测量Kd。在一种情况下，用Fab形式的目标抗体及其抗原进行RIA。例如，通过在滴定系列的未标记抗原的存在下用最小浓度的(125I)标记的抗原平衡Fab，然后用抗Fab抗体涂布的板捕获结合的抗原来测量Fab对抗原的溶液结合亲和力(参见，例如，Chen等人,J.Mol.Biol.293:865-881(1999))。为建立测定条件，将
Figure BDA0003425813700001001
多孔板(Thermo Scientific)用含5μg/ml捕获抗Fab抗体(Cappel Labs)的50mM碳酸钠(pH 9.6)涂布过夜，并且随后在室温(大约23℃)下用含2％(w/v)牛血清白蛋白的PBS阻断2至5小时。在非吸附板(Nunc#269620)中，将100pM或26pM[125I]-抗原与目标Fab的连续稀释液混合(例如与Presta等人,Cancer Res.57:4593-4599(1997))中对抗VEGF抗体Fab-12的评估一致)。然后将目标Fab孵育过夜；然而，孵育可持续较长时期(例如约65小时)以确保达到平衡。此后，将混合物转移到捕获板上，在室温下孵育(例如，1小时)。然后移除溶液并用含在PBS中的0.1％聚山梨醇酯20
Figure BDA0003425813700001011
冲洗板8次。当板已干燥时，每孔添加150μl闪烁体(MICROSCINT-20TM；Packard)，且将板在TOPCOUNTTMγ计数器(Packard)上计数10分钟。选择产生小于或等于最大结合的20％的各Fab的浓度以用于竞争性结合测定中。
根据另一种情况，使用
Figure BDA0003425813700001012
表面等离振子共振测定来测量Kd。例如，在25℃用固定化抗原CM5芯片以～10个应答单位(RU)进行使用
Figure BDA0003425813700001013
或
Figure BDA0003425813700001014
(BIAcore,Inc.,Piscataway,NJ)的测定。在一种情况下，根据供应商的说明书，用N-乙基-N’-(3-二甲基氨基丙基)-碳化二亚胺盐酸盐(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)活化羧甲基化葡聚糖生物传感器芯片(CM5,BIACORE,Inc.)。用10mM乙酸钠，pH 4.8将抗原稀释至5μg/ml(～0.2μM)，之后以5μl/分钟的流速注射以达到约10个应答单位(RU)的偶联蛋白。在注射抗原之后，注射1M乙醇胺以阻断未反应的基团。对于动力学测量，在25℃下以约25μl/min的流速注射Fab于含0.05％聚山梨醇酯20(TWEEN-20TM)表面活性剂的PBS(PBST)中的两倍连续稀释液(0.78nM至500nM)。通过同时拟合缔合和解离传感器图，使用简单一对一朗缪尔结合模型(
Figure BDA0003425813700001015
评估软件3.2版)计算缔合速率(k缔合)和解离速率(k解离)。平衡解离常数(Kd)被计算为比率k解离/k缔合。参见，例如Chen等人，J.Mol.Biol.293:865-881(1999)。如果通过上述的表面等离振子共振测定测得的结合速率超过106M-1s-1，则该结合速率可以通过利用荧光淬灭技术来测定，所述荧光淬灭技术在25℃下，在如分光计中测量的渐增浓度的抗原存在下，测量pH为7.2的PBS中20nM抗抗原抗体(Fab形式)的荧光发射强度的增加或减少(激发＝295nm；发射＝340nm，16nm通带)，所述分光计诸如配备停流(stop-flow)的分光光度计(Aviv Instruments)或具有搅拌的比色杯的8000系列SLM-AMINCOTM分光光度计(ThermoSpectronic)。
2.抗体片段
在某些情况下，本文提供的抗体(例如，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)是抗体片段。抗体片段包括但不限于Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2、Fv和scFv片段以及下述其他片段。关于某些抗体片段的综述，参见Hudson等人Nat.Med.9:129-134(2003)。关于scFv片段的综述，参见例如，Pluckthün，The Pharmacology of Monoclonal Antibodies，第113卷，Rosenburg和Moore编，(Springer-Verlag,New York)，第269-315页(1994)；另外参见WO93/16185；和美国专利No.5,571,894和5,587,458。关于包含补救受体结合表位残基并且具有增加的体内半衰期的Fab和F(ab’)2片段的讨论，参见美国专利No.5,869,046。
双抗体是可为二价或双特异性的具有两个抗原结合位点的抗体片段。参见，例如，EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等人，Nat.Med.9:129-134(2003)；以及Hollinger等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:6444-6448(1993)。三体抗体及四体抗体也描述于Hudson等人，Nat.Med.9:129-134(2003)。
单结构域抗体是包含抗体的整个或部分重链可变结构域或整个或部分轻链可变结构域的抗体片段。在某些情况下，单结构域抗体是人单结构域抗体(Domantis,Inc.，Waltham,MA；参见例如美国专利No.6,248,516B1)。
抗体片段可通过各种技术制备，包括但不限于蛋白水解消化完整抗体以及如本文所述，通过重组宿主细胞(例如大肠杆菌(E.coli)或噬菌体)产生。
3.嵌合抗体和人源化抗体
在某些情况下，本文提供的抗体(例如，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)是嵌合抗体。某些嵌合抗体描述于例如，美国专利No.4,816,567；和Morrison等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851-6855(1984))中。在一个实例中，嵌合抗体包含非人可变区(例如来源于小鼠、大鼠、仓鼠、兔或非人灵长类诸如猴的可变区)和人恒定区。在另一个实例中，嵌合抗体为“类别转换”抗体，其中类别或亚类与亲本抗体的类别或亚类相比已经改变。嵌合抗体包括其抗原结合片段。
在某些情况下，嵌合抗体是人源化抗体。通常，非人抗体被人源化以降低对人的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。通常，人源化抗体包含一个或多个可变结构域，其中HVR，例如CDR(或其部分)来源于非人抗体，并且FR(或其部分)来源于人抗体序列。人源化抗体任选还将包含至少一部分人恒定区。在一些情况下，人源化抗体中的一些FR残基被来自非人抗体(例如HVR残基所来源的抗体)的相应残基取代，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
人源化抗体及其制备方法综述于例如，Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008)，并且进一步描述于例如，Riechmann等人,Nature 332:323-329(1988)；Queen等人，Proc.Nat’lAcad.Sci.USA 86:10029-10033(1989)；美国专利No.5,821,337、7,527,791、6,982,321和7,087,409；Kashmiri等人，Methods 36:25-34(2005)(描述特异性决定区(SDR)移植)；Padlan,Mol.Immunol.28:489-498(1991)(描述“表面重整”)；Dall’Acqua等人，Methods36:43-60(2005)(描述“FR改组”)；以及Osbourn等人，Methods36:61-68(2005)和Klimka等人，Br.J.Cancer,83:252-260(2000)(描述针对FR改组的“指导选择”法)。
可用于人源化的人框架区包括但不限于：使用“最佳拟合(best-fit)”方法选择的框架区(参见，例如，Sims等人，J.Immunol.151:2296(1993))；来源于人抗体的特定亚组的轻链或重链可变区的共有序列的框架区(参见，例如，Carter等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285(1992)；和Presta等人，J.Immunol.,151:2623(1993))；人成熟(体细胞突变)框架区或人生殖系框架区(参见，例如，Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008))；以及来源于筛选FR库的框架区(参见例如，Baca等人，J.Biol.Chem.272:10678-10684(1997)和Rosok等人，J.Biol.Chem.271:22611-22618(1996))。
4.人抗体
在某些情况下，本文提供的抗体(例如，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)是人抗体。可以使用本领域中已知的各种技术产生人抗体。人抗体一般描述于van Dijk和van deWinkel,Curr.Opin.Pharmacol.5:368-74(2001)以及Lonberg,Curr.Opin.Immunol.20:450-459(2008)。
可以通过向转基因动物施用免疫原来制备人抗体，该转基因动物已经被修饰成响应于抗原激发而产生完整人抗体或具有人可变区的完整抗体。此类动物通常含有全部或一部分的人免疫球蛋白基因座，该基因座置换内源免疫球蛋白基因座或存在于染色体外或随机整合到动物的染色体中。在此类转基因小鼠中，一般已经将内源性免疫球蛋白基因座灭活。关于从转基因动物获得人抗体的方法的综述，参见Lonberg,Nat.Biotech.23:1117-1125(2005)。另外参见，例如美国专利No.6,075,181和6,150,584，其描述XENOMOUSETM技术；美国专利No.5,770,429，其描述
Figure BDA0003425813700001041
技术；美国专利No.7,041,870，其描述K-M
Figure BDA0003425813700001042
技术；以及美国专利申请公布No.US2007/0061900，其描述
Figure BDA0003425813700001043
技术。可以进一步修饰来自由此类动物产生的完整抗体的人可变区，例如通过与不同的人恒定区组合进行。
也可以通过基于杂交瘤的方法制备人抗体。已经描述了用于产生人单克隆抗体的人骨髓瘤和小鼠-人异源骨髓瘤(heteromyeloma)细胞系。(参见，例如，KozborJ.Immunol.,133:3001(1984)；Brodeur等人，Monoclonal Antibody ProductionTechniques and Applications,第51-63页(Marcel Dekker,Inc.,New York,1987)；和Boerner等人，J.Immunol.,147:86(1991)。)通过人B细胞杂交瘤技术产生的人抗体也描述于Li等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103:3557-3562(2006)。另外的方法包括例如在美国专利No.7,189,826(描述了从杂交瘤细胞系产生单克隆人IgM抗体)和Ni,XiandaiMianyixue,26(4):265-268(2006)(描述了人-人杂交瘤)中描述的那些方法。人杂交瘤技术(三源杂交瘤技术)也描述于Vollmers和Brandlein，Histology and Histopathology,20(3):927-937(2005)和Vollmers和Brandlein，Methods and Findings in Experimentaland Clinical Pharmacology,27(3):185-91(2005)中。
还可以通过分离选自来源于人的噬菌体展示文库的Fv克隆可变结构域序列来产生人抗体。然后，可以将此类可变结构域序列与所需的人恒定结构域组合。下文描述了从抗体文库中选择人抗体的技术。
5.来源于文库的抗体
可以通过在组合文库中筛选具有所需的一种或多种活性的抗体(例如，抗PD-L1抗体和抗PD-1抗体)来分离本发明的抗体。例如，用于生成噬菌体展示文库并对此类文库筛选拥有所需结合特征的抗体的多种方法是本领域中已知的。此类方法综述于例如，Hoogenboom等人，Methods in Molecular Biology 178:1-37(O’Brien等人编，HumanPress,Totowa,NJ,2001)并且进一步描述于例如，McCafferty等人，Nature 348:552-554；Clackson等人，Nature 352:624-628(1991)；Marks等人，J.Mol.Biol.222:581-597(1992)；Marks和Bradbury，Methods in Molecular Biology 248:161-175(Lo编，Human Press,Totowa,NJ,2003)；Sidhu等人，J.Mol.Biol.338(2):299-310(2004)；Lee等人，J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004)；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467-12472(2004)；以及Lee等人，J.Immunol.Methods 284(1-2):119-132(2004)中。
在某些噬菌体展示方法中，通过聚合酶链式反应(PCR)分别克隆VH和VL基因的组库，并随机重组在噬菌体文库中，然后可针对抗原结合噬菌体筛选所述噬菌体文库，如Winter等人，Ann.Rev.Immunol.,12:433-455(1994)中所描述。噬菌体通常展示作为单链Fv(scFv)片段或作为Fab片段的抗体片段。来自经免疫的来源的文库提供对免疫原的高亲和力抗体，而不需要构建杂交瘤。或者，可克隆(例如从人克隆)天然组库以提供单一来源的针对广泛范围的非自体抗原以及自体抗原的抗体而不进行任何免疫，如Griffiths等人，EMBOJ,12:725-734(1993)所描述。最后，天然文库也可以通过以下方式合成制备：从干细胞克隆未重排的V基因区段，并使用含有随机序列的PCR引物以编码高度可变的CDR3区并在体外实现重排，如由Hoogenboom和Winter,J.Mol.Biol.,227:381-388(1992)描述。描述人抗体噬菌体库的专利公布包括例如：美国专利No.5,750,373，和美国专利公布No.2005/0079574、2005/0119455、2005/0266000、2007/0117126、2007/0160598、2007/0237764、2007/0292936以及2009/0002360。
从人抗体文库分离的抗体或抗体片段被认为是本文的人抗体或人抗体片段。
6.多特异性抗体
在上述任一方面中，本文提供的抗体(例如，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)可以是多特异性抗体，例如双特异性抗体。多特异性抗体为对至少两个不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在某些情况下，本文提供的抗体是多特异性抗体，例如双特异性抗体。在某些情况下，一种结合特异性是针对PD-L1，并且另一种是针对任何其他抗原。在某些情况下，双特异性抗体可以结合PD-L1的两个不同表位。双特异性抗体也可用于使细胞毒性剂定位于表达PD-L1的细胞。双特异性抗体可制备成全长抗体或抗体片段。
用于制备多特异性抗体的技术包括但不限于具有不同特异性的两个免疫球蛋白重链-轻链对的重组共表达(参见Milstein和Cuello,Nature 305:537(1983))、WO 93/08829和Traunecker等人，EMBO J.10:3655(1991))，和“旋钮入孔洞(knob-in-hole)”工程改造(参见，例如，美国专利No.5,731,168)。也可通过以下技术制备多特异性抗体：对用于制备抗体Fc异源二聚分子的静电转向效应进行工程改造(参见例如，WO 2009/089004A1)；交联两个或更多个抗体或片段(参见例如，美国专利No.4,676,980，和Brennan等人，Science,229:81(1985))；使用亮氨酸拉链产生双特异性抗体(参见例如，Kostelny等人，J.Immunol.,148(5):1547-1553(1992))；使用“双抗体”技术制备双特异性抗体片段(参见例如，Hollinger等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:6444-6448(1993))；使用单链Fv(sFv)二聚体(参见例如，Gruber等人，J.Immunol.,152:5368(1994))；以及如例如，Tutt等人.J.Immunol.147:60(1991)中所描述制备三特异性抗体。
本文还包括具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程改造抗体，包括“章鱼抗体(Octopus antibody)”(参见例如US 2006/0025576A1)。
本文的抗体或片段还包括“双重作用性FAb”或“DAF”，其包含结合PD-L1以及另一不同抗原的抗原结合位点。
7.抗体变体
在某些情况下，涵盖本发明抗体(例如，抗PD-L1抗体和抗PD-1抗体)的氨基酸序列变体。例如，可能需要改善抗体的结合亲和力和/或其他生物特性。可以通过将合适的修饰引入编码抗体的核苷酸序列中，或者通过肽合成来制备抗体的氨基酸序列变体。此类修饰包括例如抗体的氨基酸序列内的残基的缺失和/或插入和/或取代。可对缺失、插入和取代进行任何组合以获得最终构建体，其限制条件为最终构建体具有所需特征，例如抗原结合性。
I.取代、插入和缺失变体
在某些情况下，提供具有一个或多个氨基酸取代的抗体变体。用于取代突变的目标位点包括HVR和FR。保守取代展示于表3中的标题“优选取代”下。更实质性变化提供于表3中的标题“示例性取代”下，且如以下关于氨基酸侧链类别进一步描述。可以将氨基酸取代引入目标抗体中，并且对产物筛选所需的活性，例如保留/改善的抗原结合、降低的免疫原性或改善的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)或补体依赖性细胞毒性(CDC)。
表3.示例性和优选的氨基酸取代
Figure BDA0003425813700001081
根据共同的侧链特性，氨基酸可以分组如下：
(1)疏水性：正亮氨酸、Met、Ala、Val、Leu、Ile；
(2)中性亲水性：Cys、Ser、Thr、Asn、Gln；
(3)酸性：Asp、Glu；
(4)碱性：His、Lys、Arg；
(5)影响链取向的残基：Gly、Pro；
(6)芳族：Trp、Tyr、Phe。
非保守取代将需要将这些类别中的一类的成员更换成另一类别。
一种类型的取代变体涉及取代亲本抗体(例如，人源化抗体或人抗体)的一个或多个高变区残基。一般说来，选择用于进一步研究的所得变体相对于亲本抗体将在某些生物特性方面具有改变(例如改善)(例如亲和力增加和/或免疫原性降低)和/或将基本上保留亲本抗体的某些生物特性。示例性取代变体为亲和力成熟抗体，该抗体可例如使用基于噬菌体展示的亲和力成熟技术(诸如本文描述的那些技术)便利地产生。简而言之，使一个或多个HVR残基突变，并且使变体抗体展示在噬菌体上并针对特定生物活性(例如结合亲和力)进行筛选。
可在HVR中进行改变(例如取代)，例如以改善抗体亲和力。此类改变可在HVR“热点”，即，由在体细胞成熟过程中以高频率发生突变的密码子所编码的残基(参见例如，Chowdhury,Methods Mol.Biol.207:179-196(2008))和/或接触抗原的残基中进行，并且测试所得变异VH或VL的结合亲和力。通过构建二级文库并自其进行再选择来实现亲和力成熟已例如描述于Hoogenboom等人Methods in Molecular Biology 178:1-37(O’Brien等人编,人Press,Totowa,NJ,(2001))中。在亲和力成熟的一些情况下，通过多种方法(例如易错PCR、链改组或寡核苷酸定向诱变)中的任一种将多样性引入选择用于成熟的可变基因中。然后创建二级文库。然后筛选文库以鉴别具有所需亲和力的任何抗体变体。引入多样性的另一方法涉及HVR定向方法，其中使若干HVR残基(例如一次4-6个残基)随机化。可例如使用丙氨酸扫描诱变或模型化来特异性地鉴别抗原结合中涉及的HVR残基。特别地，通常靶向CDR-H3和CDR-L3。
在某些情况下，取代、插入或缺失可发生在一个或多个HVR内，只要这些改变基本上不降低抗体结合抗原的能力即可。例如，可在HVR中进行基本上不降低结合亲和力的保守改变(例如如本文所提供的保守取代)。例如，此类变化可以在HVR中的抗原接触残基外部。在以上提供的变体VH和VL序列的某些情况下，各HVR未被改变或含有不超过一个、两个或三个氨基酸取代。
一种可用于鉴别抗体中可以作为诱变靶位的残基或区域的方法称为“丙氨酸扫描诱变”，如由Cunningham和Wells(1989)Science,244:1081-1085所述。在此方法中，鉴别某一残基或一组目标残基(例如带电荷残基，诸如Arg、Asp、His、Lys和Glu)且置换为中性或带负电荷氨基酸(例如丙氨酸或聚丙氨酸)以确定抗体与抗原的相互作用是否受到影响。可以在对初始取代显示功能敏感性的氨基酸位置引入进一步的取代。可替代地或另外，抗原-抗体复合物的晶体结构用来鉴别抗体与抗原之间的接触点。此类接触残基和相邻残基可作为取代的候选物而被靶向或消除。可筛选变体以确定其是否含有所需特性。
氨基酸序列插入包括长度在一个残基至含有一百个或更多个残基的多肽的范围内的氨基末端和/或羧基末端融合，以及具有单个或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入的实例包括具有N端甲硫氨酰基残基的抗体。抗体分子的其他插入变体包括抗体的N端或C端与酶(例如对于ADEPT)或延长抗体的血清半衰期的多肽的融合物。
II.糖基化变体
在某些情况下，可以改变本发明的抗体以增加或降低抗体糖基化的程度。对本发明的抗体添加糖基化位点或使抗体缺失糖基化位点可通过改变氨基酸序列以使得产生或除去一个或多个糖基化位点来便利地实现。
当抗体包含Fc区时，可改变与其连接的碳水化合物。由哺乳动物细胞产生的天然抗体通常包含一般通过N-键连接到Fc区的CH2域的Asn297的分支双触角寡糖。参见例如，Wright等人.TIBTECH15:26-32(1997)。寡糖可包括各种碳水化合物，例如甘露糖、N-乙酰基葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖和唾液酸，以及连接到双触角寡糖结构的“主干”中的GlcNAc的岩藻糖。在一些情况下，可对本发明的抗体中的寡糖进行修饰以产生具有某些改善特性的抗体变体。
在一种情况下，提供具有缺乏(直接或间接)连接到Fc区上的岩藻糖的碳水化合物结构的抗体变体。例如，这种抗体中的岩藻糖的量可以是1％至80％、1％至65％、5％至65％或20％至40％。如通过MALDI-TOF质谱测定法测量的，通过相对于连接于Asn297的所有糖结构(例如，复合的、杂合的和高甘露糖的结构)的总和，计算Asn297处糖链内岩藻糖的平均量来确定岩藻糖的量，例如如WO 2008/077546中所描述。Asn297是指位于Fc区中大致位置297(Fc区残基的EU编号)上的天冬酰胺残基；然而，Asn297也可由于抗体中的微小序列变化而位于位置297的上游或下游约±3个氨基酸处，即在位置294与300之间。此类岩藻糖基化变体可具有改善的ADCC功能。参见，例如美国专利No.US 2003/0157108和US 2004/0093621。与“去岩藻糖基化”或“岩藻糖缺乏型”抗体变体相关的公布文献的实例包括：US 2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US 2003/0115614；US 2002/0164328；US 2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US 2004/0110282；US 2004/0109865；WO2003/085119；WO 2003/084570；WO 2005/035586；WO 2005/035778；WO2005/053742；WO2002/031140；Okazaki等人.J.Mol.Biol.336:1239-1249(2004)；Yamane-Ohnuki等人.Biotech.Bioeng.87:614(2004)。能够产生去岩藻糖基化抗体的细胞系的实例包括缺乏蛋白质岩藻糖基化的Lec13 CHO细胞(Ripka等人.Arch.Biochem.Biophys.249：533-545(1986)；美国专利申请No.US 2003/0157108 A1；以及WO 2004/056312A1,Adams等人，尤其在实施例11)，以及基因敲除细胞系，诸如α-1,6-岩藻糖转移酶基因、FUT8、基因敲除CHO细胞(参见例如，Yamane-Ohnuki等人.Biotech.Bioeng.87:614(2004)；Kanda,Y.等人，Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006)；以及WO2003/085107)。
进一步提供具有二等分寡糖的抗体变体，例如其中连接到抗体的Fc区的双触角寡糖是由GlcNAc二等分。此类抗体变体可具有降低的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。此类抗体变体的实例描述于例如WO 2003/011878；美国专利No.6,602,684；以及US 2005/0123546中。还提供在连接到Fc区的寡糖中具有至少一个半乳糖残基的抗体变体。此类抗体变体可具有改善的CDC功能。此类抗体变体描述于例如WO 1997/30087；WO 1998/58964；以及WO 1999/22764中。
III.Fc区变体
在某些情况下，可以将一处或多处氨基酸修饰引入本文所提供的抗体的Fc区中，由此生成Fc区变体。Fc区变体可以包含在一个或多个氨基酸位置包含氨基酸修饰(例如替代)的人Fc区序列(例如人IgG1、IgG2、IgG3或IgG4 Fc区)。
在某些情况下，本发明涵盖具有一些而非所有效应子功能的抗体变体，所述效应子功能使所述抗体变体成为抗体的体内半衰期较为重要但某些效应子功能(诸如补体和ADCC)不必要或有害的应用所需要的候选物。可进行体外和/或体内细胞毒性测定以确认CDC和/或ADCC活性的减少/消除。例如，可进行Fc受体(FcR)结合测定以确保抗体缺乏FcγR结合性(因此可能缺乏ADCC活性)，但保留FcRn结合能力。介导ADCC的主要细胞(NK细胞)仅表达FcγRIII，而单核细胞表达FcγRI、FcγRII和FcγRIII。造血细胞上的FcR表达汇总于Ravetch和Kinet,Annu.Rev.Immunol.9:457-492(1991)第464页上的表3中。评估目标分子的ADCC活性的体外测定的非限制性实例描述于在美国专利No.5,500,362(参见例如，Hellstrom,I.等人.Proc.Nat’lAcad.Sci.USA 83:7059-7063(1986))和Hellstrom,I等人，Proc.Nat’lAcad.Sci.USA 82:1499-1502(1985)；美国专利No.5,821,337(参见Bruggemann,M.等人，J.Exp.Med.166:1351-1361(1987))。可替代地，可采用非放射性测定方法(参见例如用于流式细胞术的ACTITM非放射性细胞毒性测定(CellTechnology,Inc.Mountain View,CA；和CYTOTOX
Figure BDA0003425813700001131
非放射性细胞毒性分析(Promega,Madison,WI)))。用于此类测定的有用效应细胞包括外周血液单核细胞(PBMC)和自然杀伤(NK)细胞。可替代地或另外，可以在体内例如在动物模型中评估目标分子的ADCC活性，所述动物模型诸如公开于Clynes等人Proc.Natl.Acad.Sci.USA 95:652-656(1998)。还可进行C1q结合测定以确认抗体不能结合C1q并且因此缺乏CDC活性。参见例如WO2006/029879和WO 2005/100402中的C1q和C3c结合ELISA。为评估补体活化，可以进行CDC测定(参见例如Gazzano-Santoro等人，J.Immunol.Methods 202:163(1996)；Cragg等人，Blood.101:1045-1052(2003)；和Cragg等人,Blood.103:2738-2743(2004))。也可以使用本领域中已知的方法来实施FcRn结合和体内清除/半衰期测定(参见例如，Petkova等人.Int’l.Immunol.18(12):1759-1769(2006))。
具有减少的效应子功能的抗体包括具有Fc区残基238、265、269、270、297、327和329中的一个或多个的取代的那些抗体(美国专利No.6,737,056和8,219,149)。此类Fc突变体包括在氨基酸位置265、269、270、297和327中的两处或更多处具有取代的Fc突变体，包括残基265和297取代成丙氨酸的所谓的“DANA”Fc突变体(美国专利No.7,332,581和8,219,149)。
描述了对FcR的结合有所改善或减弱的某些抗体变体。(参见例如美国专利No.6,737,056；WO 2004/056312，及Shields等人,J.Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001)。)
在某些情况下，抗体变体包含具有改善ADCC的一处或多处氨基酸取代，例如Fc区的位置298、333和/或334(EU残基编号)的取代的Fc区。
在一些情况下，在Fc区中进行导致C1q结合和/或补体依赖性细胞毒性(CDC)改变(即改善或削弱)的改变，例如如美国专利No.6,194,551、WO 99/51642以及Idusogie等人J.Immunol.164:4178-4184(2000)中所描述。
半衰期延长且与负责将母体IgG转移至胎儿的新生儿Fc受体(FcRn)(Guyer等人,J.Immunol.117:587(1976)及Kim等人,J.Immunol.24:249(1994))的结合改善的抗体描述于US2005/0014934A1(Hinton等人)中。那些抗体包含其中具有改善Fc区与FcRn的结合的一处或多处取代的Fc区。此类Fc变体包括在Fc区残基238、256、265、272、286、303、305、307、311、312、317、340、356、360、362、376、378、380、382、413、424或434中的一处或多处具有取代，例如，Fc区残基434的取代的那些(美国专利No.7,371,826)。
还参见Duncan和Winter,Nature 322:738-40(1988)；美国专利No.5,648,260；美国专利No.5,624,821；以及WO 94/29351，其涉及Fc区变体的其他实例。
IV.经半胱氨酸工程改造的抗体变体
在某些情况下，可能需要产生经半胱氨酸工程改造的抗体，例如“巯基单抗(thioMAb)”，其中抗体的一个或多个残基被半胱氨酸残基取代。在特定情况下，取代的残基存在于抗体的可及位点处。通过用半胱氨酸取代那些残基，反应性硫醇基由此定位在抗体的可及位点处且可用于使抗体缀合至其他部分(诸如药物部分或接头-药物部分)以产生如本文进一步所述的免疫缀合物。在某些情况下，以下残基中的任一个或多个可被半胱氨酸取代：轻链的V205(Kabat编号)；重链的A118(EU编号)；以及重链Fc区的S400(EU编号)。可如例如美国专利No.7,521,541中所述来生成经半胱氨酸工程改造的抗体。
V.抗体衍生物
在某些情况下，可以进一步修饰本文所提供的抗体以含有本领域已知的且易于获得的额外非蛋白质部分。适于使抗体衍生化的部分包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性实例包括但不限于聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇共聚物、羧甲基纤维素、葡聚糖、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1,3-二氧戊环、聚-1,3,6-三噁烷、乙烯/马来酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或无规共聚物)、和葡聚糖或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇、丙二醇均聚物、环氧丙烷/环氧乙烷共聚物、聚氧乙烯化多元醇(例如甘油)、聚乙烯醇以及它们的混合物。聚乙二醇丙醛由于其在水中的稳定性可具有制造优势。所述聚合物可具有任何分子量，并且可为分支或未分支的。连接到抗体的聚合物的数目可变化，并且如果连接多于一个聚合物，那么其可为相同或不同分子。一般说来，用于衍生化的聚合物的数目和/或类型可基于包括但不限于有待改善的抗体的特定特性或功能、抗体衍生物是否将在限定条件下用于疗法中等考虑因素加以确定。
在另一种情况下，提供抗体与可通过暴露于放射而选择性加热的非蛋白质部分的缀合物。在一种情况下，非蛋白质部分是碳纳米管(Kam等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA102:11600-11605(2005))。放射可具有任何波长，并且包括但不限于不损害普通细胞但会将非蛋白质部分加热至杀死邻近于抗体-非蛋白质部分的细胞的温度的波长。
VI.免疫缀合物
本发明还提供了免疫缀合物，其包含与一种或多种细胞毒性剂，诸如化学治疗剂或药物、生长抑制剂、毒素(例如，蛋白质毒素、细菌、真菌、植物、或动物起源的酶活性毒素、或它们的片段)或放射性同位素缀合的本文的抗体(例如，抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)。
在一种情况下，免疫缀合物为抗体-药物缀合物(ADC)，其中抗体与一种或多种药物缀合，包括但不限于美登木素(参见美国专利No.5,208,020、5,416,064和欧洲专利EP 0425 235B1)；奥里斯他汀，诸如单甲基奥里斯他汀药物部分DE和DF(MMAE和MMAF)(参见美国专利No.5,635,483和5,780,588,和7,498,298)；多拉司他汀；卡里奇霉素或其衍生物(参见美国专利No.5,712,374、5,714,586、5,739,116、5,767,285、5,770,701、5,770,710、5,773,001以及5,877,296；Hinman等人，Cancer Res.53:3336-3342(1993)；和Lode等人，CancerRes.58:2925-2928(1998))；蒽环类，诸如道诺霉素或阿霉素(参见Kratz等人，CurrentMed.Chem.13:477-523(2006)；Jeffrey等人，Bioorganic&Med.Chem.Letters 16:358-362(2006)；Torgov等人，Bioconj.Chem.16:717-721(2005)；Nagy等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA97:829-834(2000)；Dubowchik等人，Bioorg.&Med.Chem.Letters12:1529-1532(2002)；King等人，J.Med.Chem.45:4336-4343(2002)；以及美国专利No.6,630,579)；甲氨蝶呤；长春地辛；紫杉烷类，诸如多烯紫杉醇、紫杉醇、拉洛他赛、替司他赛和奥他赛；单端孢霉毒素(trichothecene)；以及CC1065。
在另一种情况下，免疫缀合物包含与酶活性毒素或其片段缀合的如本文中所描述的抗体，所述酶活性毒素包括但不限于白喉A链、白喉毒素的非结合活性片段、外毒素A链(来自铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa))、蓖麻毒素A链、相思豆毒素A链、蒴莲根毒素A链、α-帚曲霉素、油桐(Aleurites fordii)蛋白、香石竹(dianthin)蛋白、美洲商陆(Phytolaca americana)蛋白(PAPI、PAPII和PAP-S)、苦瓜(momordica charantia)抑制剂、泻果素、巴豆毒素、肥皂草(sapaonaria officinalis)抑制剂、白树毒素(gelonin)、丝林霉素(mitogellin)、局限曲菌素(restrictocin)、酚霉素(phenomycin)、依诺霉素(enomycin)和单端孢霉烯(tricothecenes)。
在另一种情况下，免疫缀合物包含与放射性原子缀合以形成放射性缀合物的如本文所述的抗体。各种放射性同位素可用于产生放射性缀合物。实例包括At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212和Lu的放射性同位素。在使用放射性缀合物进行检测时，它可以包含供闪烁法研究用的放射性原子(例如tc99m或I123)或供核磁共振(NMR)成像(又称为磁共振成像，mri)用的自旋标记，诸如再一次的碘-123、碘-131、铟-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、钆、锰或铁。可以使用多种双官能蛋白质偶联剂来生成抗体和细胞毒性剂的缀合物，诸如N-琥珀酰亚胺基3-(2-吡啶基二硫醇)丙酸酯(SPDP)、琥珀酰亚胺基-4-(N-马来酰亚胺基甲基)环己烷-1-羧酸酯(SMCC)、亚氨基硫烷(IT)、亚氨酸酯的双官能衍生物(诸如盐酸己二酰亚氨酸二甲酯)、活性酯类(诸如辛二酸二琥珀酰亚胺基酯)、醛类(诸如戊二醛)、双叠氮化合物(诸如双(对-叠氮苯甲酰基)己二胺)、双重氮衍生物(诸如双(对-重氮苯甲酰基)-乙二胺)、二异氰酸酯(诸如甲苯2,6-二异氰酸酯)和双活性氟化合物(诸如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)。例如，可如Vitetta等人,Science 238:1098(1987)中所述的那样制备蓖麻毒素免疫毒素。碳-14标记的1-异硫氰酸苄基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)是用于将放射性核苷酸与抗体缀合的示例性螯合剂。参见WO94/11026。接头可以是便于在细胞中释放细胞毒性药物的“可裂解接头”。例如，可使用酸不稳定接头、肽酶敏感性接头、光不稳定接头、二甲基接头或含二硫化物接头(Chari等人,Cancer Res.52:127-131(1992)；美国专利No.5,208,020)。
本文中的免疫缀合物或ADC明确涵盖，但不限于用交联试剂制备的此类缀合物，所述交联试剂包括但不限于BMPS、EMCS、GMBS、HBVS、LC-SMCC、MBS、MPBH、SBAP、SIA、SIAB、SMCC、SMPB、SMPH、磺基-EMCS、磺基-GMBS、磺基-KMUS、磺基-MBS、磺基-SIAB、磺基-SMCC、磺基-SMPB以及SVSB(琥珀酰亚胺基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯)，所述交联试剂可商购获得(例如，来自Pierce Biotechnology,Inc.,Rockford,IL.,U.S.A)。
V.药物制剂
根据本发明使用的PD-L1轴结合拮抗剂的治疗制剂(例如，抗PD-L1抗体(例如，MPDL3280A))通过将具有所需纯度的拮抗剂与呈冻干制剂或水溶液形式的任选的药学上可接受的载剂、赋形剂或稳定剂混合来制备以存储。对于关于制剂的一般信息，参见，例如Gilman等人(编)The Pharmacological Bases of Therapeutics,第8版,Pergamon Press,1990；A.Gennaro(编),Remington’s Pharmaceutical Sciences,第18版,Mack PublishingCo.,Pennsylvania,1990；Avis等人(编)Pharmaceutical Dosage Forms:ParenteralMedications Dekker,New York,1993；Lieberman等人(编)Pharmaceutical DosageForms:Tablets Dekker,New York,1990；Lieberman等人(编),Pharmaceutical DosageForms:Disperse Systems Dekker,New York,1990；以及Walters(编)Dermatological andTransdermal Formulations(Drugs and the Pharmaceutical Sciences),第119卷,Marcel Dekker,2002。
可接受的载剂、赋形剂或稳定剂在所采用的剂量和浓度下对接受者无毒性，并且包括缓冲剂，诸如磷酸盐、柠檬酸盐和其他有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(诸如十八烷基二甲基苄基氯化铵、氯化六烃季铵(hexamethonium chloride)、氯化苯二甲羟铵(benzalkonium chloride)、氯化苄甲乙氧铵(benzethonium chloride)、苯酚、丁醇或苄醇；对羟苯甲酸烷酯，诸如对羟苯甲酸甲酯或对羟苯甲酸丙酯；儿茶酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇和间甲酚)；低分子量(小于约10个残基)多肽；蛋白质，诸如血清白蛋白、凝胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯基吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸、谷酰氨酸、天冬酰氨酸、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、双糖以及其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，诸如EDTA；糖，诸如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；成盐反离子，诸如钠离子；金属络合物(例如，Zn-蛋白质络合物)；和/或非离子表面活性剂，诸如TWEENTM、PLURONICSTM或聚乙二醇(PEG)。
本文中的制剂还可含有多于一种活性化合物，优选为不会不利地影响彼此的具有互补活性的那些活性化合物。此类药物的类型和有效量取决于例如制剂中存在的拮抗剂的量和类型，以及受试者的临床参数。
所述活性成分也可截留在例如通过凝聚技术或界面聚合作用制备的微胶囊(例如分别为羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙酸甲酯)微胶囊)中、胶状药物递送系统(例如，脂质体、白蛋白微球、微乳液、纳米粒子和纳米胶囊)中或粗乳液中。此类技术公开于Remington’sPharmaceutical Sciences第16版,Osol,A.编(1980)中。
可制备缓释制剂。缓释制剂的合适实例包括含有拮抗剂的固体疏水性聚合物的半透性基质，所述基质呈成形制品的形式，例如膜或微胶囊。缓释基质的实例包括聚酯、水凝胶(例如聚(2-羟乙基-甲基丙烯酸酯)或聚(乙烯醇))、聚乳酸(美国专利No.3,773,919)、L-谷氨酸与γ-乙基-L-谷氨酸酯的共聚物、不可降解乙烯-乙酸乙烯酯、可降解乳酸-乙醇酸共聚物诸如LUPRON DEPOTTM(由乳酸-乙醇酸共聚物和醋酸亮丙瑞林(leuprolide acetate)组成的可注射微球)以及聚-D-(-)-3-羟基丁酸。
有待用于体内施用的制剂必须为无菌的。这易于通过无菌过滤膜过滤来实现。
应理解，任一制品可包括本文所述的免疫缀合物代替PD-L1轴结合拮抗剂或附加于PD-L1轴结合拮抗剂。
VI.诊断试剂盒和制品
本文提供了诊断试剂盒，所述试剂盒包含一种或多种试剂，用于确定来自患有疾病或病症(例如，癌症，包括膀胱癌)的个体或患者的样品中体细胞突变的存在。在一些情况下，当用PD-L1轴结合拮抗剂治疗个体时，样品中存在体细胞突变表明产生功效的可能性较高。在一些情况下，当用PD-L1轴结合拮抗剂治疗患有所述疾病的个体时，样品中不存在体细胞突变表明产生功效的可能性较低。任选地，所述试剂盒还可包括说明书，指示在个体的样本中存在体细胞突变时，使用所述试剂盒来选择用于治疗所述疾病或病症的药物(例如，PD-L1轴结合拮抗剂，诸如抗PD-L1抗体如MPDL3280A)。在另一种情况下，所述说明书指示在个体的样品不表达生物标记时，使用所述试剂盒来选择除PD-L1轴结合拮抗剂之外的药物。
本文还提供了制品，所述制品包括包装在一起的在药学上可接受的载剂中的PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体)和指示所述PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体)是用于基于体细胞突变的存在来治疗患有疾病或病症(例如，癌症)的患者的包装插页。治疗方法包括本文公开的任何治疗方法。本发明还涉及一种制造制品的方法，所述方法包括在包装中组合包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体)的药物组合物和指示所述药物组合物是用于基于体细胞突变(例如，例如在肿瘤细胞中表1和/或表2中列出的基因中的体细胞突变)的存在来治疗患有疾病或病症的患者的包装插页。
所述制品可包括例如容器以及在容器上或与容器相关的标签或包装插页。适合容器包括例如瓶、小瓶、注射器等。容器可由多种材料(诸如玻璃或塑料)形成。容器容纳或包含含有癌症药物作为活性剂的组合物，并且可具有无菌入口(例如，容器可为具有可经皮下注射用注射针刺破的塞子的静脉输液袋或小瓶)。
制品还可包括第二容器，所述第二容器包含药学上可接受的稀释缓冲液，诸如抑菌性注射用水(BWFI)、磷酸盐缓冲盐水、林格氏溶液(Ringer’s solution)和右旋糖溶液。制品还可包括自商业及使用者观点看来合乎需要的其他材料，包括其他缓冲液、稀释剂、过滤器、针头和注射器。
本发明的制品还包括例如包装插页形式的信息，指示该组合物是用于基于本文的体细胞突变的存在来治疗癌症。插页或标签可以采用任何形式，诸如纸或电子介质，诸如磁记录介质(例如，软盘)、CD-ROM、通用串行总线(USB)闪存驱动器等。标签或插页还可以包括关于试剂盒或制品中的药物组合物和剂型的其他信息。
实施例
提供以下实施例以说明，但不限制要求保护的本发明。
实施例1：检查患有局部晚期和转移性癌的患者中阿特珠单抗治疗与突变负荷的关联
评估了尿路上皮膀胱癌(UBC)肿瘤中的突变负荷与对用PD-L1轴结合拮抗剂进行的治疗的应答之间的关联。在所有患者中观察到对用阿特珠单抗(MPDL3280A)、PD-L1轴结合拮抗剂(例如，抗PD-L1抗体)进行的治疗的应答。
研究监督和实行
该研究由每个参与地点的独立审查委员会批准，并完全按照赫尔辛基宣言和良好临床实践指南的规定实行。独立的数据监测委员会在第一位患者登记后每六个月审查一次可用的安全性数据。数据分析和手稿撰写由申办方和作者实行。
研究设计和处理
这项正在进行的II期单臂研究(临床试验编号：NCT02108652(IMvigor210))旨在评估阿特珠单抗(MPDL3280A)治疗对患有局部晚期或转移性尿路上皮膀胱癌的患者的影响。患者入选两个群组中的一个。群组1由未接受过治疗且不适合含铂疗法的患者组成。群组2包含在先前含铂疗法(例如，针对局部晚期或转移性尿路上皮膀胱癌的先前含铂疗法)期间或之后取得进展的患者。
两个群组中的患者均在每个21天周期的第1天接受固定剂量的1200mg静脉注射的阿特珠单抗。允许剂量中断，但不允许剂量减少。作为知情过程的一部分，患者被告知假性进展的可能性，并建议与他们的研究医生讨论进展后治疗。如果患者符合预先指定的临床受益标准，则允许患者在RECIST v1.1进展性疾病标准后继续进行阿特珠单抗治疗以允许识别非常规应答。本研究的主要功效终点是基于以下两种不同方法的客观应答率：按照RECIST版本1.1由独立审查机构(IRF)评估，以及按照改良RECIST标准由研究者评估，以更好地评价利用免疫疗法观察到的非典型应答动力学，参见Eisehauer等人(2009)Eur JCancer 45:228-47,Nishino et al(2015)Eur J Radiol.84:1259-68。选择双重终点是因为人们越来越认识到RECIST v1.1可能不足以完全捕获免疫治疗剂带来的独特应答模式的益处，参见Chiou等人(2015)JClin Oncol.33:3541-3。次要功效终点包括：应答持续时间和无进展存活(由独立审查机构按照RECIST v1.1评估以及由研究者按照改良RECIST评估)、总体存活、12个月总体存活以及安全性。探索性分析包括阿特珠单抗应答和总突变负荷与临床结果之间的关联。
患者
如果患者在组织学或细胞学上记录了局部晚期(T4b，任何N；或任何T，N 2-3)或转移性(M1，IV期)尿路上皮癌(包括肾盂、输尿管、膀胱、尿道)，则其有资格参加本研究。符合条件的患者患有由RECIST v1.1定义的可测量疾病；具有足够的血液学和终末器官功能；没有自身免疫性疾病或活动性感染。在研究登记之前，需要具有足够的活肿瘤内含物的福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)肿瘤标本。群组1-特定入选标准要求，基于肾功能受损，肾小球滤过率(GFR)<60且>30mL/min，两个连续频率下听力损失为25dB，周围神经病变为2级或更高，和/或东部肿瘤协作组(ECOG)表现状态为2，患者不适合用含铂方案(例如基于顺铂的化疗方案，例如针对局部晚期或转移性尿路上皮膀胱癌的基于顺铂的化疗方案)进行治疗。群组2-特定入选标准要求，在用针对不能手术的局部晚期或转移性尿路上皮癌或疾病复发的至少一种含铂方案(例如，吉西他滨和顺铂(GC)；甲氨蝶呤、长春花碱、阿霉素和顺铂(MVAC)；GemCarbo(吉西他滨和卡铂))治疗期间或之后，患者有疾病进展，肌酸清除率≥30mL/min，并且ECOG表现状态为0或1。有关临床方案的更多详细信息，请访问NEJM.org。
研究评估
在治疗前评估并记录可测量和可评价的损伤。在第1周期第1天后的前12个月，患者每9周接受一次肿瘤评估。12个月后，每12周进行一次肿瘤评估。根据美国国家癌症研究所不良事件通用术语标准(NCI CTCAE)版本4.0进行安全性评估。收集存档的肿瘤组织样品以及血清和血浆样品用于探索性生物标记评估。
体细胞突变和突变负荷
为了鉴别体细胞突变，如Frampton等人Nat.Biotechnol.31:1023-31,2013中所述处理肿瘤样品。构建测序文库以测序和分析样品。通过HistoGeneX N.V.(AntwerpBelgium)在外部进行肿瘤DNA提取和制备。除了标准突变处理之外，还应用了突变负荷估测算法，该算法基于表1或表2中分别检测到的体细胞突变和/或重排的数目，外推至外显子组或基因组整体。出于估测突变负荷的目的，对在表1和表2中列出的基因中检测到的所有编码短变体改变、碱基取代和插入缺失进行计数。此外，对表1和表2中列出的基因中的所有编码改变(碱基取代和插入缺失)，包括同源改变进行计数。但是，未对检测到的许多类别的改变进行计数：非编码改变；已知的改变(作为COSMIC数据库中的已知体细胞改变而发生(Forbes等人(2014)Nucl.Acids Res.43：D805-11)和可能的(肿瘤抑制基因中的截短)功能状态；dbSNP数据库中已知的生殖系改变(Sherry等人(2001)Nucleic Acids Res.29(1):308-11)；在ExAC数据库(外显子组聚合联盟(Exome Aggregation Consortium，ExAC),Cambridge,MA)中以两个或更多个计数发生的生殖系改变；在正评估的样本中预测为生殖系改变的改变；以及在一个>60,000个临床标本的群组中预测为生殖系改变的改变。最后，为了计算每兆碱基的突变负荷，将计数的突变总数除以该测试的编码区目标区域，对于当前测试版本而言，该编码区目标区域为1.110兆碱基。
突变负荷分析
通过检查在一组癌症相关基因(参见表1和2)(这些基因代表3％的外显子组(例如，编码序列))中发生的体细胞突变和重排来估测群组1和群组2患者中的突变负荷。与无应答者(6.4/Mb)相比，群组2(310名患者)的应答者中值突变负荷显着增加(12.4/Mb)(P<0.001，图1A-图1B)，并且高突变负荷与总体存活(OS)相关(图1C)。图1B示出了比图1A中所示的统计分析晚执行的群组2患者数据的统计分析。图1B并入了群组2无应答者组中的“不可估”(NE)患者亚组，并且类似地示出与无应答者相比，群组2应答者的中值突变负荷增加。此外，在群组2中，患者的吸烟状态与突变负荷无关(P＝0.245)或者与对阿特珠单抗的应答无关(P＝0.537)。与群组2结果类似，群组1(119名患者)中的应答患者的突变负荷也显着高于无应答者(图2A)。突变负荷与OS相关，并且在第4四分位组中的具有最高突变负荷的患者与第1-3四分位组中的患者相比具有显着更长的OS(图2B)。
虽然相比通常用于突变负荷估测的方法，这种靶向方法询问的外显子组部分小了很多，但对癌症基因组图谱研究网络(TCGA研究网络)膀胱尿路上皮癌(BLCA)突变数据的再分析显示，全外显子组结果与仅使用表1和2中列出的癌症相关基因获得的那些结果相关性良好(图3)。图3比较了通过TCGA产生的由所有序列生成的单核苷酸突变计数与首次将TCGA全外显子组数据中仅与表1和表2中列出的基因一致的那些读数取子集后产生的计数。比较表1和表2中列出的基因或全外显子组中所有突变的计数(图3，右图)或仅蛋白质改变突变的计数(图3，左图)。当仅检查表1和2中列出的那些基因时，检测到的体细胞突变显着减少，但是来自表1和表2的全外显子组计数是高度相关的。因此，通过检查表1和表2中列出的基因产生的突变负荷估测值大致等于用全外显子组测定获得的突变负荷估测值。
其他实施方案
虽然出于清楚理解的目的已通过说明和实施例相当详细地描述了上述发明，但这些描述和实施例不应当被解释为限制本发明的范围。本文引用的所有专利和科学文献的公开内容皆以全文引用的方式明确并入本文。
本发明涉及下述实施方案。
1.一种治疗患有膀胱癌的患者的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂，其中已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少一种基因中的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变水平有所增加。
2.如实施方案1所述的方法，其中已确定从所述患者获得的所述肿瘤样品中表1中列出的至少三分之一的基因中的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少三分之一的基因中的参照体细胞突变水平有所增加。
3.如实施方案2所述的方法，其中已确定从所述患者获得的所述肿瘤样品中表1中列出的至少一半的基因中的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少一半的基因中的参照体细胞突变水平有所增加。
4.如实施方案3所述的方法，其中已确定从所述患者获得的所述肿瘤样品中表1中列出的至少三分之二的基因中的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少三分之二的基因中的参照体细胞突变水平有所增加。
5.如实施方案4所述的方法，其中已确定从所述患者获得的所述肿瘤样品中表1中列出的至少四分之三的基因中的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少四分之三的基因中的参照体细胞突变水平有所增加。
6.如实施方案5所述的方法，其中已确定从所述患者获得的所述肿瘤样品中表1中列出的基因中的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述基因中的参照体细胞突变水平有所增加。
7.如实施方案1-6中任一项所述的方法，其中所述体细胞突变是取代、缺失和/或插入。
8.如实施方案1-6中任一项所述的方法，其中表1中列出的所述至少一种基因的所述体细胞突变是蛋白质改变体细胞突变。
9.如实施方案7或8所述的方法，其中所述取代、缺失和/或插入是在编码区中。
10.如实施方案7-9中任一项所述的方法，其中所述缺失和/或插入是插入缺失。
11.如实施方案1-10中任一项所述的方法，其中从所述患者获得的所述肿瘤样品具有高于参照水平全基因组突变负荷的全基因组突变负荷。
12.如实施方案11所述的方法，其中中值全基因组突变负荷是每兆碱基(Mb)至少约10个突变。
13.一种用于确定患有膀胱癌的患者是否可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答的方法，所述方法包括：
确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少一种基因中的体细胞突变水平，以及
将表1中列出的所述至少一种基因中的所述体细胞突变水平与表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变水平进行比较，其中表1中列出的所述至少一种基因中的体细胞突变水平相对于所述参照水平有所增加表明所述患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。
14.一种用于预测患有膀胱癌的患者对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的应答性的方法，所述方法包括：
确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少一种基因中的体细胞突变水平，以及
将表1中列出的所述至少一种基因中的所述体细胞突变水平与表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变水平进行比较，其中表1中列出的所述至少一种基因中的体细胞突变水平相对于所述参照水平有所增加表明所述患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。
15.一种用于为患有膀胱癌的患者选择疗法的方法，所述方法包括：
确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少一种基因中的体细胞突变水平，以及
基于表1中列出的所述至少一种基因中的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变水平的增加，为所述患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。
16.如实施方案13-15中任一项所述的方法，其还包括基于所述肿瘤样品中表1中列出的所述至少一种基因中的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变水平的增加，向所述患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
17.如实施方案1-16中任一项所述的方法，其中所述PD-L1轴结合拮抗剂是选自由以下组成的组：PD-L1结合拮抗剂、PD-1结合拮抗剂和PD-L2结合拮抗剂。
18.如实施方案17所述的方法，其中所述PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。
19.如实施方案18所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与其配体结合配偶体中的一种或多种的结合。
20.如实施方案19所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1的结合。
21.如实施方案19所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与B7-1的结合。
22.如实施方案19-21中任一项所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和B7-1两者的结合。
23.如实施方案18-22中任一项所述的方法，其中所述PD-L1结合拮抗剂是抗体。
24.如实施方案23所述的方法，其中所述抗体是选自由以下组成的组：阿特珠单抗(MPDL3280A)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)和MSB0010718C(阿维单抗)。
25.如实施方案23所述的方法，其中所述抗体包含具有SEQ ID NO:19的HVR-H1序列、SEQ ID NO:20的HVR-H2序列和SEQ ID NO:21的HVR-H3序列的重链以及具有SEQ ID NO:22的HVR-L1序列、SEQ ID NO:23的HVR-L2序列和SEQ ID NO:24的HVR-L3序列的轻链。
26.如实施方案23所述的方法，其中所述抗体包含具有SEQ ID NO:26的氨基酸序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:4的氨基酸序列的轻链可变区。
27.如实施方案17所述的方法，其中所述PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。
28.如实施方案27所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与其配体结合配偶体中的一种或多种的结合。
29.如实施方案28所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1的结合。
30.如实施方案28所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L2的结合。
31.如实施方案28-30中任一项所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和PD-L2两者的结合。
32.如实施方案27-31中任一项所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂是抗体。
33.如实施方案32所述的方法，其中所述抗体是选自由以下组成的组：MDX 1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗)、CT-011(皮地利珠单抗)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810和BGB-108。
34.如实施方案17-31中任一项所述的方法，其中所述PD-1结合拮抗剂是Fc融合蛋白。
35.如实施方案34所述的方法，其中所述Fc融合蛋白是AMP-224。
36.如实施方案1-12和16-35中任一项所述的方法，其还包括向所述患者施用有效量的第二治疗剂。
37.如实施方案36所述的方法，其中所述第二治疗剂是选自由以下组成的组：细胞毒性剂、生长抑制剂、放射疗法剂、抗血管生成剂以及它们的组合。
38.如实施方案1-37中任一项所述的方法，其中所述膀胱癌是尿路上皮膀胱癌。
39.如实施方案38所述的方法，其中所述尿路上皮膀胱癌是转移性尿路上皮膀胱癌。
40.如实施方案38所述的方法，其中所述尿路上皮膀胱癌是局部晚期尿路上皮膀胱癌。
41.如实施方案1-40中任一项所述的方法，其中所述患者在用基于铂的化学治疗剂治疗后取得进展。
42.如实施方案1-40中任一项所述的方法，其中所述患者不适合用基于铂的化学治疗剂治疗，并且未接受过针对局部晚期或转移性尿路上皮膀胱癌的先前治疗。
43.如实施方案1-42中任一项所述的方法，其中所述肿瘤样品是福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)肿瘤样品、存档肿瘤样品、新鲜肿瘤样品或冷冻肿瘤样品。
序列表
<110> 基因泰克公司（Genentech, Inc.）
基础医疗股份有限公司（Foundation Medicine, Inc.）
<120> 用于癌症的治疗和诊断方法
<130> 50474-131WO3
<150> US 62/405,190
<151> 2016-10-06
<150> US 62/301,595
<151> 2016-02-29
<160> 33
<170> PatentIn 版本3.5
<210> 1
<211> 440
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 1
Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Asp Cys Lys Ala Ser Gly Ile Thr Phe Ser Asn Ser
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Trp Tyr Asp Gly Ser Lys Arg Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Phe
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Thr Asn Asp Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser
100 105 110
Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Cys Ser
115 120 125
Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp
130 135 140
Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr
145 150 155 160
Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr
165 170 175
Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Lys
180 185 190
Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp
195 200 205
Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala
210 215 220
Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro
225 230 235 240
Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val
245 250 255
Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val
260 265 270
Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln
275 280 285
Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln
290 295 300
Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly
305 310 315 320
Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro
325 330 335
Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr
340 345 350
Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser
355 360 365
Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr
370 375 380
Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr
385 390 395 400
Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe
405 410 415
Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys
420 425 430
Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys
435 440
<210> 2
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 2
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Tyr
20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Ser Asn Trp Pro Arg
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210
<210> 3
<211> 118
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 3
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ala
115
<210> 4
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 4
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg
100 105
<210> 5
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<220>
<221> MOD_RES
<222> (6)..(6)
<223> Xaa是Asp或Gly
<400> 5
Gly Phe Thr Phe Ser Xaa Ser Trp Ile His
1 5 10
<210> 6
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<220>
<221> MOD_RES
<222> (4)..(4)
<223> Xaa是Ser或Leu
<220>
<221> MOD_RES
<222> (10)..(10)
<223> Xaa是Thr或Ser
<400> 6
Ala Trp Ile Xaa Pro Tyr Gly Gly Ser Xaa Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
1 5 10 15
Lys Gly
<210> 7
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 7
Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr
1 5
<210> 8
<211> 25
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 8
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser
20 25
<210> 9
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 9
Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
1 5 10
<210> 10
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 10
Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr Leu Gln
1 5 10 15
Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg
20 25 30
<210> 11
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 11
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ala
1 5 10
<210> 12
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<220>
<221> MOD_RES
<222> (5)..(5)
<223> Xaa是Asp或Val
<220>
<221> MOD_RES
<222> (6)..(6)
<223> Xaa是Val或Ile
<220>
<221> MOD_RES
<222> (7)..(7)
<223> Xaa是Ser或Asn
<220>
<221> MOD_RES
<222> (9)..(9)
<223> Xaa是Ala或Phe
<220>
<221> MOD_RES
<222> (10)..(10)
<223> Xaa是Val或Leu
<400> 12
Arg Ala Ser Gln Xaa Xaa Xaa Thr Xaa Xaa Ala
1 5 10
<210> 13
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<220>
<221> MOD_RES
<222> (4)..(4)
<223> Xaa是Phe或Thr
<220>
<221> MOD_RES
<222> (6)..(6)
<223> Xaa是Tyr或Ala
<400> 13
Ser Ala Ser Xaa Leu Xaa Ser
1 5
<210> 14
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<220>
<221> MOD_RES
<222> (3)..(3)
<223> Xaa是Tyr、Gly、Phe或Ser
<220>
<221> MOD_RES
<222> (4)..(4)
<223> Xaa是Leu、Tyr、Phe或Trp
<220>
<221> MOD_RES
<222> (5)..(5)
<223> Xaa是Tyr、Asn、Ala、Thr、Gly、Phe或Ile
<220>
<221> MOD_RES
<222> (6)..(6)
<223> Xaa是His、Val、Pro、Thr或Ile
<220>
<221> MOD_RES
<222> (8)..(8)
<223> Xaa是Ala、Trp、Arg、Pro或Thr
<400> 14
Gln Gln Xaa Xaa Xaa Xaa Pro Xaa Thr
1 5
<210> 15
<211> 23
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 15
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys
20
<210> 16
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 16
Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr
1 5 10 15
<210> 17
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 17
Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr
1 5 10 15
Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys
20 25 30
<210> 18
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 18
Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg
1 5 10
<210> 19
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 19
Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser Trp Ile His
1 5 10
<210> 20
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 20
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
1 5 10 15
Lys Gly
<210> 21
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 21
Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr
1 5
<210> 22
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 22
Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala Val Ala
1 5 10
<210> 23
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 23
Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser
1 5
<210> 24
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 24
Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala Thr
1 5
<210> 25
<211> 118
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 25
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser
115
<210> 26
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 26
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys
115 120
<210> 27
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 27
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
1 5 10
<210> 28
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 28
Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
1 5 10
<210> 29
<211> 30
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 29
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser
20 25 30
<210> 30
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 30
Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val Ala
1 5 10
<210> 31
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 31
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys
1 5 10 15
<210> 32
<211> 447
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 32
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro
115 120 125
Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly
130 135 140
Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn
145 150 155 160
Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln
165 170 175
Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser
180 185 190
Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser
195 200 205
Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr
210 215 220
His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser
225 230 235 240
Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg
245 250 255
Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro
260 265 270
Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala
275 280 285
Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Ala Ser Thr Tyr Arg Val Val
290 295 300
Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr
305 310 315 320
Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr
325 330 335
Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu
340 345 350
Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys
355 360 365
Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser
370 375 380
Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp
385 390 395 400
Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser
405 410 415
Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala
420 425 430
Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly
435 440 445
<210> 33
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 33
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210

Claims (4)

1.一种治疗患有膀胱癌的患者的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂，其中已确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少一种基因中的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变水平有所增加。
2.一种用于确定患有膀胱癌的患者是否可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答的方法，所述方法包括：
确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少一种基因中的体细胞突变水平，以及
将表1中列出的所述至少一种基因中的所述体细胞突变水平与表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变水平进行比较，其中表1中列出的所述至少一种基因中的体细胞突变水平相对于所述参照水平有所增加表明所述患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。
3.一种用于预测患有膀胱癌的患者对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的应答性的方法，所述方法包括：
确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少一种基因中的体细胞突变水平，以及
将表1中列出的所述至少一种基因中的所述体细胞突变水平与表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变水平进行比较，其中表1中列出的所述至少一种基因中的体细胞突变水平相对于所述参照水平有所增加表明所述患者可能对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗产生应答。
4.一种用于为患有膀胱癌的患者选择疗法的方法，所述方法包括：
确定从所述患者获得的肿瘤样品中表1中列出的至少一种基因中的体细胞突变水平，以及
基于表1中列出的所述至少一种基因中的体细胞突变水平相对于表1中列出的所述至少一种基因中的参照体细胞突变水平的增加，为所述患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。
CN202111577622.7A 2016-02-29 2017-02-27 用于癌症的治疗和诊断方法 Pending CN114395624A (zh)

Applications Claiming Priority (6)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201662301595P 2016-02-29 2016-02-29
US62/301,595 2016-02-29
US201662405190P 2016-10-06 2016-10-06
US62/405,190 2016-10-06
PCT/US2017/019682 WO2017151502A1 (en) 2016-02-29 2017-02-27 Therapeutic and diagnostic methods for cancer
CN201780024162.0A CN109196121B (zh) 2016-02-29 2017-02-27 用于癌症的治疗和诊断方法

Related Parent Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201780024162.0A Division CN109196121B (zh) 2016-02-29 2017-02-27 用于癌症的治疗和诊断方法

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN114395624A true CN114395624A (zh) 2022-04-26

Family

ID=58264645

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201780024162.0A Active CN109196121B (zh) 2016-02-29 2017-02-27 用于癌症的治疗和诊断方法
CN202111577622.7A Pending CN114395624A (zh) 2016-02-29 2017-02-27 用于癌症的治疗和诊断方法

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201780024162.0A Active CN109196121B (zh) 2016-02-29 2017-02-27 用于癌症的治疗和诊断方法

Country Status (10)

Country Link
US (2) US11279767B2 (zh)
EP (2) EP4155415A1 (zh)
JP (2) JP6821693B2 (zh)
KR (2) KR102500659B1 (zh)
CN (2) CN109196121B (zh)
AU (1) AU2017225854B2 (zh)
CA (1) CA3015528A1 (zh)
IL (1) IL261422B2 (zh)
MX (1) MX2018010361A (zh)
WO (1) WO2017151502A1 (zh)

Families Citing this family (21)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA2994544C (en) 2015-08-03 2021-03-30 Enb Therapeutics, Llc Compositions and methods for treating cancers associated with etbr activation
CN107949573B (zh) 2015-09-01 2022-05-03 艾吉纳斯公司 抗-pd-1抗体及其使用方法
US10596257B2 (en) 2016-01-08 2020-03-24 Hoffmann-La Roche Inc. Methods of treating CEA-positive cancers using PD-1 axis binding antagonists and anti-CEA/anti-CD3 bispecific antibodies
CN109196121B (zh) 2016-02-29 2022-01-04 基因泰克公司 用于癌症的治疗和诊断方法
EP3423488A4 (en) 2016-02-29 2019-11-06 Foundation Medicine, Inc. METHOD FOR THE TREATMENT OF CANCER
CN110418851A (zh) 2016-10-06 2019-11-05 基因泰克公司 癌症的治疗和诊断方法
WO2018132369A1 (en) * 2017-01-11 2018-07-19 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Biomarkers predictive of anti-immune checkpoint response
EP3634496A4 (en) * 2017-06-06 2021-09-08 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. METHOD FOR RISING AWARENESS IN CANCER CELLS AGAINST T-CELL-MEDIATED KILLING BY MODULATING MOLECULAR SIGNAL PATHS
CN111492245A (zh) 2017-07-21 2020-08-04 基因泰克公司 癌症的治疗和诊断方法
JP2020536894A (ja) 2017-10-15 2020-12-17 ブリストル−マイヤーズ スクイブ カンパニーＢｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ Ｃｏｍｐａｎｙ 腫瘍処置法
WO2019090156A1 (en) 2017-11-03 2019-05-09 Guardant Health, Inc. Normalizing tumor mutation burden
EA202091630A1 (ru) 2018-01-12 2020-12-04 Инб Терапьютикс, Инк. Дейтерированные соединения, композиции и способы для лечения раков, связанных с активацией etbr
SG11202100344WA (en) 2018-07-23 2021-02-25 Guardant Health Inc Methods and systems for adjusting tumor mutational burden by tumor fraction and coverage
JP2021535489A (ja) 2018-08-31 2021-12-16 ガーダント ヘルス， インコーポレイテッド 無細胞ｄｎａにおけるマイクロサテライト不安定性の検出
AU2019342099A1 (en) * 2018-09-19 2021-04-08 Genentech, Inc. Therapeutic and diagnostic methods for bladder cancer
JP2022513068A (ja) * 2018-11-15 2022-02-07 パーソナル ゲノム ダイアグノスティクス インコーポレイテッド 免疫療法で治療されたがん患者の応答の予測を改善する方法
WO2020121226A1 (en) * 2018-12-12 2020-06-18 Medimmune, Llc Blood-based tumor mutation burden predicts overall survival in non-small cell lung cancer
EP3921443A1 (en) * 2019-02-08 2021-12-15 F. Hoffmann-La Roche AG Diagnostic and therapeutic methods for cancer
US20240003888A1 (en) 2022-05-17 2024-01-04 Guardant Health, Inc. Methods for identifying druggable targets and treating cancer
WO2024077166A1 (en) 2022-10-05 2024-04-11 Genentech, Inc. Methods and compositions for classifying and treating lung cancer
WO2024077095A1 (en) 2022-10-05 2024-04-11 Genentech, Inc. Methods and compositions for classifying and treating bladder cancer

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2014151006A2 (en) * 2013-03-15 2014-09-25 Genentech, Inc. Biomarkers and methods of treating pd-1 and pd-l1 related conditions
WO2015095418A1 (en) * 2013-12-17 2015-06-25 Genentech, Inc. Methods of treating her2-positive cancers using pd-1 axis binding antagonists and anti-her2 antibodies

Family Cites Families (157)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US533A (en) 1837-12-26 Truss for hermta
US4943A (en) 1847-01-26 Harness-buckle
US3773919A (en) 1969-10-23 1973-11-20 Du Pont Polylactide-drug mixtures
CU22545A1 (es) 1994-11-18 1999-03-31 Centro Inmunologia Molecular Obtención de un anticuerpo quimérico y humanizado contra el receptor del factor de crecimiento epidérmico para uso diagnóstico y terapéutico
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
US4943533A (en) 1984-03-01 1990-07-24 The Regents Of The University Of California Hybrid cell lines that produce monoclonal antibodies to epidermal growth factor receptor
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
US4676980A (en) 1985-09-23 1987-06-30 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Target specific cross-linked heteroantibodies
US6548640B1 (en) 1986-03-27 2003-04-15 Btg International Limited Altered antibodies
IL85035A0 (en) 1987-01-08 1988-06-30 Int Genetic Eng Polynucleotide molecule,a chimeric antibody with specificity for human b cell surface antigen,a process for the preparation and methods utilizing the same
JP3101690B2 (ja) 1987-03-18 2000-10-23 エス・ビィ・２・インコーポレイテッド 変性抗体の、または変性抗体に関する改良
US5770701A (en) 1987-10-30 1998-06-23 American Cyanamid Company Process for preparing targeted forms of methyltrithio antitumor agents
US5606040A (en) 1987-10-30 1997-02-25 American Cyanamid Company Antitumor and antibacterial substituted disulfide derivatives prepared from compounds possessing a methyl-trithio group
GB8823869D0 (en) 1988-10-12 1988-11-16 Medical Res Council Production of antibodies
EP0368684B2 (en) 1988-11-11 2004-09-29 Medical Research Council Cloning immunoglobulin variable domain sequences.
US5225538A (en) 1989-02-23 1993-07-06 Genentech, Inc. Lymphocyte homing receptor/immunoglobulin fusion proteins
DE3920358A1 (de) 1989-06-22 1991-01-17 Behringwerke Ag Bispezifische und oligospezifische, mono- und oligovalente antikoerperkonstrukte, ihre herstellung und verwendung
CA2066428C (en) 1989-09-08 2000-11-28 Bert Vogelstein Structural alterations of the egf receptor gene in human gliomas
US5208020A (en) 1989-10-25 1993-05-04 Immunogen Inc. Cytotoxic agents comprising maytansinoids and their therapeutic use
CA2026147C (en) 1989-10-25 2006-02-07 Ravi J. Chari Cytotoxic agents comprising maytansinoids and their therapeutic use
US6150584A (en) 1990-01-12 2000-11-21 Abgenix, Inc. Human antibodies derived from immunized xenomice
ATE139258T1 (de) 1990-01-12 1996-06-15 Cell Genesys Inc Erzeugung xenogener antikörper
US6075181A (en) 1990-01-12 2000-06-13 Abgenix, Inc. Human antibodies derived from immunized xenomice
EP0546073B1 (en) 1990-08-29 1997-09-10 GenPharm International, Inc. production and use of transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies
US5545806A (en) 1990-08-29 1996-08-13 Genpharm International, Inc. Ransgenic non-human animals for producing heterologous antibodies
US5770429A (en) 1990-08-29 1998-06-23 Genpharm International, Inc. Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies
US5633425A (en) 1990-08-29 1997-05-27 Genpharm International, Inc. Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies
US5625126A (en) 1990-08-29 1997-04-29 Genpharm International, Inc. Transgenic non-human animals for producing heterologous antibodies
US5661016A (en) 1990-08-29 1997-08-26 Genpharm International Inc. Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies of various isotypes
DK0564531T3 (da) 1990-12-03 1998-09-28 Genentech Inc Berigelsesfremgangsmåde for variantproteiner med ændrede bindingsegenskaber
US5571894A (en) 1991-02-05 1996-11-05 Ciba-Geigy Corporation Recombinant antibodies specific for a growth factor receptor
LU91067I2 (fr) 1991-06-14 2004-04-02 Genentech Inc Trastuzumab et ses variantes et dérivés immuno chimiques y compris les immotoxines
GB9114948D0 (en) 1991-07-11 1991-08-28 Pfizer Ltd Process for preparing sertraline intermediates
US5587458A (en) 1991-10-07 1996-12-24 Aronex Pharmaceuticals, Inc. Anti-erbB-2 antibodies, combinations thereof, and therapeutic and diagnostic uses thereof
WO1993008829A1 (en) 1991-11-04 1993-05-13 The Regents Of The University Of California Compositions that mediate killing of hiv-infected cells
GB9300059D0 (en) 1992-01-20 1993-03-03 Zeneca Ltd Quinazoline derivatives
CA2372813A1 (en) 1992-02-06 1993-08-19 L.L. Houston Biosynthetic binding protein for cancer marker
JP3095175B2 (ja) 1992-11-13 2000-10-03 アイデック ファーマシューティカルズ コーポレイション Ｂ細胞リンパ腫の治療のためのヒトｂリンパ球限定分化抗原に対するキメラ抗体と放射能標識抗体の療法利用
US5635483A (en) 1992-12-03 1997-06-03 Arizona Board Of Regents Acting On Behalf Of Arizona State University Tumor inhibiting tetrapeptide bearing modified phenethyl amides
US5780588A (en) 1993-01-26 1998-07-14 Arizona Board Of Regents Elucidation and synthesis of selected pentapeptides
WO1994029351A2 (en) 1993-06-16 1994-12-22 Celltech Limited Antibodies
GB9314893D0 (en) 1993-07-19 1993-09-01 Zeneca Ltd Quinazoline derivatives
ATE207366T1 (de) 1993-12-24 2001-11-15 Merck Patent Gmbh Immunokonjugate
US5654307A (en) 1994-01-25 1997-08-05 Warner-Lambert Company Bicyclic compounds capable of inhibiting tyrosine kinases of the epidermal growth factor receptor family
IL112249A (en) 1994-01-25 2001-11-25 Warner Lambert Co Pharmaceutical compositions containing di and tricyclic pyrimidine derivatives for inhibiting tyrosine kinases of the epidermal growth factor receptor family and some new such compounds
IL112248A0 (en) 1994-01-25 1995-03-30 Warner Lambert Co Tricyclic heteroaromatic compounds and pharmaceutical compositions containing them
US5773001A (en) 1994-06-03 1998-06-30 American Cyanamid Company Conjugates of methyltrithio antitumor agents and intermediates for their synthesis
EP0772609B1 (en) 1994-07-21 1999-02-24 Akzo Nobel N.V. Cyclic ketone peroxide formulations
US5804396A (en) 1994-10-12 1998-09-08 Sugen, Inc. Assay for agents active in proliferative disorders
US5731168A (en) 1995-03-01 1998-03-24 Genentech, Inc. Method for making heteromultimeric polypeptides
WO1996030347A1 (en) 1995-03-30 1996-10-03 Pfizer Inc. Quinazoline derivatives
US5869046A (en) 1995-04-14 1999-02-09 Genentech, Inc. Altered polypeptides with increased half-life
GB9508538D0 (en) 1995-04-27 1995-06-14 Zeneca Ltd Quinazoline derivatives
JP4312259B2 (ja) 1995-04-27 2009-08-12 アムジェン フレモント インク． 免疫したゼノマウス（ＸｅｎｏＭｏｕｓｅ）に由来するヒト抗体
GB9508565D0 (en) 1995-04-27 1995-06-14 Zeneca Ltd Quiazoline derivative
AU2466895A (en) 1995-04-28 1996-11-18 Abgenix, Inc. Human antibodies derived from immunized xenomice
US5747498A (en) 1996-05-28 1998-05-05 Pfizer Inc. Alkynyl and azido-substituted 4-anilinoquinazolines
US5712374A (en) 1995-06-07 1998-01-27 American Cyanamid Company Method for the preparation of substantiallly monomeric calicheamicin derivative/carrier conjugates
EP0831880A4 (en) 1995-06-07 2004-12-01 Imclone Systems Inc ANTIBODIES AND FRAGMENTS OF ANTIBODIES INHIBITING TUMOR GROWTH
US5714586A (en) 1995-06-07 1998-02-03 American Cyanamid Company Methods for the preparation of monomeric calicheamicin derivative/carrier conjugates
US6140332A (en) 1995-07-06 2000-10-31 Novartis Ag Pyrrolopyrimidines and processes for the preparation thereof
US5760041A (en) 1996-02-05 1998-06-02 American Cyanamid Company 4-aminoquinazoline EGFR Inhibitors
GB9603095D0 (en) 1996-02-14 1996-04-10 Zeneca Ltd Quinazoline derivatives
GB9603256D0 (en) 1996-02-16 1996-04-17 Wellcome Found Antibodies
PL190489B1 (pl) 1996-04-12 2005-12-30 Warner Lambert Co Nieodwracalne inhibitory kinaz tyrozyny, kompozycja farmaceutyczna je zawierająca i ich zastosowanie
EP0912559B1 (en) 1996-07-13 2002-11-06 Glaxo Group Limited Fused heterocyclic compounds as protein tyrosine kinase inhibitors
ID18494A (id) 1996-10-02 1998-04-16 Novartis Ag Turunan pirazola leburan dan proses pembuatannya
KR100643058B1 (ko) 1996-12-03 2006-11-13 아브게닉스, 인크. 복수의 Ｖн 및 Ｖк 영역을 함유하는 인간 면역글로불린 유전자좌를 갖는 트랜스제닉 포유동물 및 이로부터 생성된 항체
US6002008A (en) 1997-04-03 1999-12-14 American Cyanamid Company Substituted 3-cyano quinolines
UA73073C2 (uk) 1997-04-03 2005-06-15 Уайт Холдінгз Корпорейшн Заміщені 3-ціанохіноліни, спосіб їх одержання та фармацевтична композиція
US6235883B1 (en) 1997-05-05 2001-05-22 Abgenix, Inc. Human monoclonal antibodies to epidermal growth factor receptor
CA2288705C (en) 1997-05-06 2008-03-18 American Cyanamid Company Use of quinazoline compounds for the treatment of polycystic kidney disease
WO1998058964A1 (en) 1997-06-24 1998-12-30 Genentech, Inc. Methods and compositions for galactosylated glycoproteins
ZA986732B (en) 1997-07-29 1999-02-02 Warner Lambert Co Irreversible inhibitiors of tyrosine kinases
ZA986729B (en) 1997-07-29 1999-02-02 Warner Lambert Co Irreversible inhibitors of tyrosine kinases
TW436485B (en) 1997-08-01 2001-05-28 American Cyanamid Co Substituted quinazoline derivatives
WO1999022764A1 (en) 1997-10-31 1999-05-14 Genentech, Inc. Methods and compositions comprising glycoprotein glycoforms
HUP0004286A3 (en) 1997-11-06 2002-01-28 American Cyanamid Co Madison Use of quinazoline derivatives for producing pharmaceutical compositions for treating colonic polyps
US6610833B1 (en) 1997-11-24 2003-08-26 The Institute For Human Genetics And Biochemistry Monoclonal human natural antibodies
IL136544A0 (en) 1997-12-05 2001-06-14 Scripps Research Inst Humanization of murine antibody
US6194551B1 (en) 1998-04-02 2001-02-27 Genentech, Inc. Polypeptide variants
CA2323757C (en) 1998-04-02 2011-08-02 Genentech, Inc. Antibody variants and fragments thereof
DK1071700T3 (da) 1998-04-20 2010-06-07 Glycart Biotechnology Ag Glykosylerings-modifikation af antistoffer til forbedring af antistofafhængig cellulær cytotoksicitet
EA003786B1 (ru) 1998-11-19 2003-10-30 Варнер Ламберт Компани N-[4-(3-хлор-4-фторфениламино)-7-(3-морфолин-4-илпропокси)хиназолин-6-ил]акриламид - необратимый ингибитор тирозинкиназ
US6737056B1 (en) 1999-01-15 2004-05-18 Genentech, Inc. Polypeptide variants with altered effector function
EP1141024B1 (en) 1999-01-15 2018-08-08 Genentech, Inc. POLYPEPTIDE COMPRISING A VARIANT HUMAN IgG1 Fc REGION
DK2270150T4 (da) 1999-04-09 2019-08-26 Kyowa Hakko Kirin Co Ltd Fremgangsmåde til at kontrollere aktiviteten af immunologisk funktionelt molekyle.
CA2388245C (en) 1999-10-19 2012-01-10 Tatsuya Ogawa The use of serum-free adapted rat cells for producing heterologous polypeptides
EP1240319A1 (en) 1999-12-15 2002-09-18 Genentech, Inc. Shotgun scanning, a combinatorial method for mapping functional protein epitopes
CA2395660A1 (en) 1999-12-29 2001-07-12 Immunogen, Inc. Cytotoxic agents comprising modified doxorubicins and daunorubicins and their therapeutic use
CN101289511A (zh) 2000-04-11 2008-10-22 杰南技术公司 多价抗体及其应用
PL218428B1 (pl) 2000-10-06 2014-12-31 Kyowa Hakko Kogyo Kk Komórka, sposoby wytwarzania przeciwciał, leki zawierające przeciwciała, komórka CHO i przeciwciało klasy IgG
US6946292B2 (en) 2000-10-06 2005-09-20 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Cells producing antibody compositions with increased antibody dependent cytotoxic activity
US7064191B2 (en) 2000-10-06 2006-06-20 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Process for purifying antibody
US6596541B2 (en) 2000-10-31 2003-07-22 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods of modifying eukaryotic cells
DE60131456T2 (de) 2000-11-30 2008-07-10 Medarex, Inc., Milpitas Transchromosomale transgen-nagetiere zur herstellung von humanen antikörpern
KR20100018071A (ko) 2001-08-03 2010-02-16 글리카트 바이오테크놀로지 아게 항체 의존적 세포 독성이 증가된 항체 글리코실화 변이체
KR100988949B1 (ko) 2001-10-25 2010-10-20 제넨테크, 인크. 당단백질 조성물
US20040093621A1 (en) 2001-12-25 2004-05-13 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd Antibody composition which specifically binds to CD20
US20050031613A1 (en) 2002-04-09 2005-02-10 Kazuyasu Nakamura Therapeutic agent for patients having human FcgammaRIIIa
JPWO2003084569A1 (ja) 2002-04-09 2005-08-11 協和醗酵工業株式会社 抗体組成物含有医薬
JPWO2003085118A1 (ja) 2002-04-09 2005-08-11 協和醗酵工業株式会社 抗体組成物の製造方法
AU2003236018A1 (en) 2002-04-09 2003-10-20 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. METHOD OF ENHANCING ACTIVITY OF ANTIBODY COMPOSITION OF BINDING TO FcGamma RECEPTOR IIIa
CA2481657A1 (en) 2002-04-09 2003-10-16 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Cells of which genome is modified
US7749753B2 (en) 2002-04-09 2010-07-06 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd Cells in which activity of the protein involved in transportation of GDP-fucose is reduced or lost
NZ556507A (en) 2002-06-03 2010-03-26 Genentech Inc Synthetic antibody phage libraries
US7361740B2 (en) 2002-10-15 2008-04-22 Pdl Biopharma, Inc. Alteration of FcRn binding affinities or serum half-lives of antibodies by mutagenesis
ES2347241T3 (es) 2002-12-16 2010-10-27 Genentech, Inc. Variantes de inmunoglobulina y sus utilizaciones.
AU2004205631A1 (en) 2003-01-16 2004-08-05 Genentech, Inc. Synthetic antibody phage libraries
EP1688439A4 (en) 2003-10-08 2007-12-19 Kyowa Hakko Kogyo Kk HYBRID PROTEIN COMPOSITION
AU2004280065A1 (en) 2003-10-09 2005-04-21 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. Process for producing antibody composition by using RNA inhibiting the function of alpha1,6-fucosyltransferase
US9296820B2 (en) 2003-11-05 2016-03-29 Roche Glycart Ag Polynucleotides encoding anti-CD20 antigen binding molecules with increased Fc receptor binding affinity and effector function
ES2697327T3 (es) 2003-11-06 2019-01-23 Seattle Genetics Inc Compuesto intermedio para la preparación de conjugados que comprenden derivados de auristatina y un enlazador
WO2005053742A1 (ja) 2003-12-04 2005-06-16 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. 抗体組成物を含有する医薬
CN1961003B (zh) 2004-03-31 2013-03-27 健泰科生物技术公司 人源化抗TGF-β抗体
US7785903B2 (en) 2004-04-09 2010-08-31 Genentech, Inc. Variable domain library and uses
SG172616A1 (en) 2004-04-13 2011-07-28 Hoffmann La Roche Anti-p-selectin antibodies
TWI380996B (zh) 2004-09-17 2013-01-01 Hoffmann La Roche 抗ｏｘ４０ｌ抗體
JP4948413B2 (ja) 2004-09-23 2012-06-06 ジェネンテック， インコーポレイテッド システイン操作抗体および結合体
KR101498834B1 (ko) 2005-05-09 2015-03-05 오노 야꾸힝 고교 가부시키가이샤 예정 사멸 인자 1(ｐｄ-1)에 대한 인간 모노클로날 항체, 및 항-ｐｄ-1 항체를 단독 사용하거나 기타 면역 요법제와 병용한 암 치료 방법
US8219149B2 (en) 2005-06-29 2012-07-10 Nokia Corporation Mobile communication terminal
HUE026039T2 (en) 2005-07-01 2016-05-30 Squibb & Sons Llc Human monoclonal antibodies programmed for death ligand 1 (PD-L1)
EP2465870A1 (en) 2005-11-07 2012-06-20 Genentech, Inc. Binding polypeptides with diversified and consensus VH/VL hypervariable sequences
EP1973951A2 (en) 2005-12-02 2008-10-01 Genentech, Inc. Binding polypeptides with restricted diversity sequences
EP2016101A2 (en) 2006-05-09 2009-01-21 Genentech, Inc. Binding polypeptides with optimized scaffolds
US20080226635A1 (en) 2006-12-22 2008-09-18 Hans Koll Antibodies against insulin-like growth factor I receptor and uses thereof
CN100592373C (zh) 2007-05-25 2010-02-24 群康科技(深圳)有限公司 液晶显示面板驱动装置及其驱动方法
DK2170959T3 (da) 2007-06-18 2014-01-13 Merck Sharp & Dohme Antistoffer mod human programmeret dødsreceptor pd-1
DK2235064T3 (en) 2008-01-07 2016-01-11 Amgen Inc A process for the preparation of heterodimeric Fc molecules using electrostatic control effects
ES2639857T3 (es) 2008-02-11 2017-10-30 Cure Tech Ltd. Anticuerpos monoclonales para el tratamiento del tumor
WO2009114335A2 (en) 2008-03-12 2009-09-17 Merck & Co., Inc. Pd-1 binding proteins
WO2010098788A2 (en) 2008-08-25 2010-09-02 Amplimmune, Inc. Pd-i antagonists and methods for treating infectious disease
TWI686405B (zh) 2008-12-09 2020-03-01 建南德克公司 抗ｐｄ-ｌ１抗體及其於增進ｔ細胞功能之用途
US20130017199A1 (en) 2009-11-24 2013-01-17 AMPLIMMUNE ,Inc. a corporation Simultaneous inhibition of pd-l1/pd-l2
KR101790767B1 (ko) 2009-11-24 2017-10-26 메디뮨 리미티드 Ｂ７―ｈ１에 대한 표적화된 결합 물질
KR20230141927A (ko) 2010-12-30 2023-10-10 파운데이션 메디신 인코포레이티드 종양 샘플의 다유전자 분석의 최적화
US9157125B2 (en) 2011-02-02 2015-10-13 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services GRIN2A mutations and use thereof for the diagnosis of melanoma
JP2015501974A (ja) 2011-11-07 2015-01-19 インジェヌイティ システムズ インコーポレイテッド 原因ゲノム変異の同定の方法およびシステム。
US20140287937A1 (en) 2013-02-21 2014-09-25 Toma Biosciences, Inc. Methods for assessing cancer
EP2971152B1 (en) 2013-03-15 2018-08-01 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Identification and use of circulating nucleic acid tumor markers
CA2912059A1 (en) 2013-05-10 2014-11-13 Foundation Medicine, Inc. Analysis of genetic variants
CA2934028A1 (en) * 2013-12-17 2015-06-25 Genentech, Inc. Combination therapy comprising ox40 binding agonists and pd-1 axis binding antagonists
PE20161344A1 (es) 2014-01-02 2016-12-23 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Determinantes de respuesta del cancer a la inmunoterapia
US20170175197A1 (en) * 2014-01-29 2017-06-22 Caris Mpi, Inc. Molecular profiling of immune modulators
EP3134436A4 (en) 2014-04-25 2017-12-27 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Treatment of h-ras-driven tumors
SG11201700207WA (en) 2014-07-11 2017-02-27 Genentech Inc Anti-pd-l1 antibodies and diagnostic uses thereof
WO2016018481A2 (en) 2014-07-28 2016-02-04 The Regents Of The University Of California Network based stratification of tumor mutations
EP3888679A1 (en) * 2014-11-13 2021-10-06 The Johns Hopkins University Checkpoint blockade and microsatellite instability
MA40737A (fr) 2014-11-21 2017-07-04 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Déterminants de la réponse d'un cancer à une immunothérapie par blocage de pd-1
SG11201703925VA (en) 2014-12-02 2017-06-29 Celgene Corp Combination therapies
WO2016141169A1 (en) * 2015-03-03 2016-09-09 Caris Mpi, Inc. Molecular profiling for cancer
US20180231554A1 (en) * 2015-09-04 2018-08-16 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Programmed cell death (pd-1) inhibitor therapy for patients with pd-1-expressing cancers
EP3423488A4 (en) 2016-02-29 2019-11-06 Foundation Medicine, Inc. METHOD FOR THE TREATMENT OF CANCER
EP3423828A4 (en) * 2016-02-29 2019-11-13 Foundation Medicine, Inc. METHODS AND SYSTEMS FOR EVALUATING THE MUTATIONAL CHARGE OF A TUMOR
CN109196121B (zh) 2016-02-29 2022-01-04 基因泰克公司 用于癌症的治疗和诊断方法
EP3433373B1 (en) 2016-03-22 2022-01-12 Myriad Women's Health, Inc. Combinatorial dna screening
CN110418851A (zh) * 2016-10-06 2019-11-05 基因泰克公司 癌症的治疗和诊断方法

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2014151006A2 (en) * 2013-03-15 2014-09-25 Genentech, Inc. Biomarkers and methods of treating pd-1 and pd-l1 related conditions
CN105209919A (zh) * 2013-03-15 2015-12-30 豪夫迈·罗氏有限公司 治疗pd-1和pd-l1相关疾患的生物标志物和方法
WO2015095418A1 (en) * 2013-12-17 2015-06-25 Genentech, Inc. Methods of treating her2-positive cancers using pd-1 axis binding antagonists and anti-her2 antibodies

Also Published As

Publication number Publication date
WO2017151502A1 (en) 2017-09-08
IL261422B1 (en) 2023-01-01
CN109196121B (zh) 2022-01-04
EP3423596A1 (en) 2019-01-09
US11279767B2 (en) 2022-03-22
CN109196121A (zh) 2019-01-11
EP4155415A1 (en) 2023-03-29
AU2017225854B2 (en) 2020-11-19
KR20180119632A (ko) 2018-11-02
IL261422B2 (en) 2023-05-01
MX2018010361A (es) 2019-07-08
AU2017225854A1 (en) 2018-09-13
KR102500659B1 (ko) 2023-02-16
KR20210124535A (ko) 2021-10-14
JP2021008470A (ja) 2021-01-28
JP6821693B2 (ja) 2021-01-27
IL261422A (en) 2018-10-31
JP2019513695A (ja) 2019-05-30
CA3015528A1 (en) 2017-09-08
US20220153861A1 (en) 2022-05-19
EP3423596B1 (en) 2022-09-28
US20180371099A1 (en) 2018-12-27

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN109196121B (zh) 用于癌症的治疗和诊断方法
TWI775781B (zh) 癌症之治療性及診斷性方法
TWI823859B (zh) 癌症之治療及診斷方法
JP7144935B2 (ja) 癌のための治療方法及び診断方法
JP7048319B2 (ja) 癌のための治療方法及び診断方法
JP2019521641A (ja) がんを監視及び治療するための方法
CN113196061A (zh) 肉瘤样肾癌的诊断和治疗方法
CN112955747A (zh) 膀胱癌的治疗和诊断方法
JP2023520515A (ja) がんに対する治療方法及び診断方法
CN115066613A (zh) 用于治疗血液癌症的诊断和治疗方法
CN115885050A (zh) 用于非小细胞肺癌免疫疗法的方法和组合物

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
REG Reference to a national code

Ref country code: HK

Ref legal event code: DE

Ref document number: 40069361

Country of ref document: HK