CN113215272B - 一种鲢标记放流和放流效果评价方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种鲢标记放流和放流效果评价方法,具体为:将放流的鲢分为大个体鲢和小个体鲢,并在大个体鲢的腹腔内植入微卫星标,在小个体鲢的背鳍上固定外挂标;对被放流的鲢进行剪鳍条采样并且记录鲢的信息;利用微卫星标记技术鉴定每个鲢的遗传信息,统计每条被放流鲢的等位基因并构建样本遗传档案;对鲢进行放流后,在河流定点位置放置卫星信号接收器,收集卫星标信号,确定放流鲢活动范围,在捕捞期回捕放流区域内的鲢;对回捕的个体进行识别,统计回捕鲢中的放流个体的数量。该方法可以有效鉴定放流水域内被放流的鲢在该水域中鲢的占比,进而对鲢的放流效果进行评价,具有巨大的推广价值。
Description
技术领域
本发明属于增殖放流技术领域,具体涉及一种鲢标记放流和放流效果评价方法。
背景技术
随着人类活动范围增加,鱼类生活环境受到了巨大的影响,鱼类的种类和数量急剧下降。增殖放流是用人工方式向海洋、江河、湖泊等公共水域放流水生生物苗种或亲体的活动。增殖放流的效果应该说是非常好的,从几个方面可以体现出来,第一个方面是通过增殖放流可以补充和恢复生物资源的群体,增加了资源,改善了生物的种群结构,同时也能够维护生物的多样性。有些濒危的物种通过增殖放流的方式可以增加它的数量,起到了对这些濒危物种的保护作用。
鲢是典型的浮游植物鱼类,栖息于平原地区的江河湖泊,一般喜居于水的中下层和近岸多水草区域。性活泼,游泳迅速,常成群觅食。但是随着水资源的破坏,鲢的数量和大小也逐渐减少。对鲢进行人工放流也迫在眉睫。但是对鲢放流能起到多大效果,目前未见报道,亟待一种有效评价鲢人工放流效果的方法。
发明内容
本发明的目的是提供一种鲢标记放流和放流效果评价方法,可以有效鉴定放流水域内被放流的鲢在该水域中鲢的占比,进而对鲢的放流效果进行评价。
本发明所采用的技术方案,一种鲢标记放流和放流效果评价方法,具体包括以下步骤:
步骤1,打标;本方法把放流的鲢分为两组,大于10公斤的分为一组,小于10公斤的分为一组。大个体鲢在腹腔内植入卫星标,小个体鲢的背鳍上固定外挂标;
步骤2,采集样本;对每年被放流的鲢进行剪鳍条采样并且记录好鲢的年龄、体重大小、形态等,以便以后对鲢野外生长进行了解;
步骤3:构建样本遗传档案;利用微卫星标记技术鉴定每个鲢的遗传信息,统计好每条被放流鲢的等位基因并构建样本遗传档案。以后每年进行鲢人工增殖放流前都要把被放流的鲢遗传信息补充到样本遗传档案内;
步骤4,回捕放流群体;对鲢进行放流后,在河流定点位置放置卫星信号接收器,收集卫星标信号,确定放流鱼活动范围。在捕捞期回捕放流区域内的鲢;
步骤5,对回捕的个体进行识别,统计出回捕的鲢中有多少为放流个体。具体统计方法为查看背鳍是否有外挂标,并且检查鱼的腹部是否有放置卫星标时留下的刀口和缝合的痕迹。如果两者皆没有,则利用微卫星标记技术对被回捕的鲢进行个体鉴定。计算其中的被放流的个体在回捕群体中的比例,计算回捕率的公式为:(回捕样品中的放流群体数量/回捕样品总数量)%,回捕率越大,说明增殖放流效果越好,从而估算鲢增殖放流对长江内所有鲢生态量的贡献,进而确定鲢增殖放流的效果。
本发明的特点还在于,
步骤3中,构建样本遗传档案,具体为:
步骤3.1,取所有放流鲢鳍条样品,提取鲢样品DNA,利用10对微卫星引物组成5组双重PCR对鲢样品进行PCR扩增;得到PCR扩增产物;
步骤3.2,将PCR扩增产物在体积百分数为10%的聚丙烯酰胺胶上进行电泳分离,根据分离结果统计PCR扩增产物的基因型。
步骤3.1中,PCR反应体系是25ul:10×PCR Buffer 4ul,2.5mmol/L dNTP 3ul,MgCl2 4ul,两对引物的上下游引物各1ul,Taq酶1ul,DNA模板2ul,超纯水7ul;PCR反应程序为:94℃预变性3min;94℃变性30s,退火温度复性30s,72℃延伸30s,30个循环;72℃延伸10min;4℃保存。
步骤3.1中,10对鲢微卫星引物,具体引物信息如下:
步骤5中,利用微卫星标记技术对被回捕的鲢进行个体鉴定的具体方法为:提取被捕捞鲢的DNA;利用步骤3提供的10对鲢微卫星标记引物组成5组双重PCR对鲢鱼样品进行PCR扩增;把PCR扩增产物在10%聚丙烯酰胺胶上进行电泳分离;根据分离结果统计PCR扩增产物的基因型;把得到的基因型和样本遗传档案做比对,确定捕捞个体中放流个体的数量。
本发明的有益效果是:该方法可以有效鉴定放流水域内被放流的鲢在该水域中鲢的占比,进而对鲢的放流效果进行评价,具有巨大的推广价值。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明进行详细说明。
本发明一种鲢标记放流和放流效果评价方法,具体包括以下步骤:
步骤1,打标;将放流的鲢分为大个体鲢和小个体鲢,并在大个体鲢的腹腔内植入微卫星标,在小个体鲢的背鳍上固定外挂标;
大个体鲢的重量大于等于10公斤,小个体鲢的重量小于10公斤;
步骤2,采集样本;对被放流的鲢进行剪鳍条采样并且记录鲢的信息;
鲢的信息包括年龄、体重大小、形态等,以便以后对鲢鱼野外生长进行了解;
步骤3:构建样本遗传档案;利用微卫星标记技术鉴定每个鲢的遗传信息,统计每条被放流鲢的等位基因并构建样本遗传档案;以后每年进行鲢人工增殖放流前都要把被放流的鲢鱼遗传信息补充到样本遗传档案内;
构建样本遗传档案,具体为:
步骤3.1,取所有放流鲢鳍条样品,提取鲢样品DNA,利用10对微卫星引物对鲢样品进行PCR扩增;得到PCR扩增产物;
PCR反应体系是25ul:10×PCR Buffer 4ul,2.5mmol/L dNTP 3ul,MgCl24ul,上下游引物各1ul,Taq酶1ul,DNA模板2ul,超纯水7ul。
PCR反应程序为:94℃预变性3min;94℃变性30s,退火温度复性30s,72℃延伸30s,30个循环;72℃延伸10min;4℃保存。
10对鲢微卫星引物,具体引物信息如下:
步骤3.2,将PCR扩增产物在体积百分数为10%的聚丙烯酰胺胶上进行电泳分离,根据分离结果统计PCR扩增产物的基因型。
步骤4,回捕放流群体;对鲢进行放流后,在河流定点位置放置卫星信号接收器,收集卫星标信号,确定放流鲢活动范围,在捕捞期回捕放流区域内的鲢;
步骤5,对回捕的个体进行识别,统计回捕鲢中的放流个体的数量;
具体统计方法为:查看鲢背鳍是否有外挂标,并且检查鲢的腹部是否有放置卫星标时留下的刀口和缝合的痕迹;如果两者皆没有,则利用微卫星标记技术对被回捕的鲢进行个体鉴定;计算被放流的个体在回捕群体中的比例,计算回捕率的公式为:(回捕样品中的放流群体数量/回捕样品总数量)%,回捕率越大,说明增殖放流效果越好,从而估算鲢增殖放流对长江内所有鲢生态量的贡献,进而确定鲢增殖放流的效果。
利用微卫星标记技术对被回捕的鲢进行个体鉴定的具体方法为:提取被捕捞鲢的DNA;利用步骤3提供的10对鲢微卫星标记引物对鲢鱼样品进行PCR扩增;把PCR扩增产物在10%聚丙烯酰胺胶上进行电泳分离;根据分离结果统计PCR扩增产物的基因型;把得到的基因型和样本遗传档案做比对,确定捕捞个体中放流个体的数量。
实施例
DNA提取:取鲢尾部鳍条组织小于0.5g,置于1.5mL Eppendorf管中,标编号,先后加入450ul STE DNA抽提缓冲液(10mmol/L Tris-HCl,pH8.0;1mmol/L EDTA,pH8.0)、35ulSDS(10%),最后加入15ul蛋白酶K(0.2%)颠倒混匀。提前打开水浴锅,加适量水,设定温度为55℃,待水温恒定后将混匀后的放入55℃。水浴锅中,每隔30min取出颠倒混匀一次,直到溶液澄清透明,大约需要2h。取出,每管加入RnaseA 1ul,置于水浴锅37℃温浴1h。取出Eppendorf管,加入等体积(约700ul)Tris饱和酚,在DNA混合仪上振荡混匀30min,注意不可左右振荡。将Eppendorf管置于离心机,设定4℃下12000转/min离心10min,结束后使用移液枪将上清液转移入另一个干净的Eppendorf管中,标编号。在上清液中加入等体积酚仿醇混合物(酚、氯仿、异戊醇比例为25:24:1),置于DNA混合仪上振荡混匀15min。重复步骤离心提取。在上清液中加入等体积氯仿约500ul,置于DNA混合仪上振荡混匀15min后,重复步骤上述操作。在上清液中加入-20℃预冷的无水乙醇1mL沉淀DNA,离心机12000r离心5min后去上清液。最后,加入70%乙醇洗涤两次,再加入无水乙醇洗涤一-次,干燥后加入200ulTE,溶解充分。用分光光度仪检测浓度,并各DNA样品稀释成50ng/ul的工作液。
DNA质量检测:用1%琼脂糖凝胶电泳检测DNA的完整性和纯度,琼脂糖凝胶电泳检测DNA的操作步骤如下:用1xTAE电泳缓冲液配制0.8%的琼脂糖凝胶,微波中温加热lmin溶解,自来水充刷外瓶壁降温,待胶冷却至50℃左右后,在锥形瓶中加入2ulEB染液,迅速混匀后,倒入干净的胶槽制胶。将1xTAE电泳缓冲液事先加入到水平电泳仪中,待胶凝固后,轻轻拔出梳子,将琼脂糖凝胶放入水平电泳仪中,确保电泳缓冲液完全淹没琼脂糖凝胶。取准备好的DNA样品5ul与1ul6xloading buffer混匀后,准确加入点样孔中,过程中避免移动凝胶位置。设定电泳仪电压100V,电泳时间约20min左右。电泳完毕后,关闭电泳仪电源,取出琼脂糖凝胶,置于凝胶成像系统中观察电泳结果。
微卫星标记的筛选
用提取的鲢DNA筛选多态性较好的微卫星位点。建立PCR反应体系为25ul:10×PCRBuffer4ul,2.5mmol/L dNTP3ul,MgCl24ul,上下游引物各1ul,Taq酶1ul,DNA模板2ul,超纯水7ul。PCR反应条件为:94℃预变性5min;94℃变性30s,复性30s,72℃45s,30个循环;72℃延伸7min;产物置于4℃保存。将PCR产物放置于10%聚丙烯酰胺凝胶电泳150分钟,电压为220V。然后对聚丙烯酰胺胶进行银染,得到多态性高的微卫星标记位点。
双重PCR微卫星标记筛选
根据PCR产物大小,把两个PCR产物大小有区别的微卫星标记随机组成一组双重PCR反应体系,建立PCR反应体系为25ul:10×PCR Buffer 4ul,2.5mmol/L dNTP3ul,MgCl24ul,两对引物的上下游引物各1ul,Taq酶1ul,DNA模板2ul,超纯水7ul。PCR反应条件为:94℃预变性5min;94℃变性30s,复性30s,72℃45s,30个循环;72℃延伸7min;产物置于4℃保存。将PCR产物放置于10%聚丙烯酰胺凝胶电泳150分钟,电压为220V。然后对聚丙烯酰胺胶进行银染,得到多态性高的双重PCR反应组合。
鲢遗传档案的构建
利用本发明提供的方法对待放流的鲢进行构建遗传档案。取待放流的鲢的鳍条样本,提取DNA。用筛选出来的双重PCR标记引物对所有鲢DNA分别进行PCR扩增。将PCR扩增产物进行聚丙烯酰胺胶电泳。根据电泳显示的条带大小构建放流鲢遗传档案。遗传档案格式如表一所示,第一行为每一个鲢个体外挂标的代号,第一列为本发明所示的微卫星标记,其余为每一个鲢在每一个微卫星标记下的条带大小,如表1所示,该表为鲢鱼遗传档案。
表1鲢鱼遗传档案
6737 | 5978 | 9800 | 8457 | 4863 | |
LY1 | 230\230 | 230\232 | 228\234 | 228\228 | 224\224 |
LY2 | 482\486 | 482\490 | 478\480 | 484\484 | 490\490 |
LY3 | 230\230 | 240\240 | 240\244 | 234\234 | 232\238 |
LY4 | 400\410 | 400\408 | 400\410 | 400\404 | 398\398 |
LY5 | 210\218 | 214\224 | 214\224 | 224\234 | 210\230 |
LY6 | 360\370 | 364\374 | 364\374 | 364\364 | 370\372 |
LY7 | 210\218 | 218\224 | 214\224 | 222\230 | 218\230 |
LY8 | 360\370 | 364\374 | 370\374 | 360\366 | 360\372 |
LY9 | 220\220 | 218\220 | 220\220 | 220\226 | 226\226 |
LY10 | 460\466 | 460\470 | 460\464 | 480\490 | 490\490 |
卫星标在大个体鲢体内的放置
在大个体鲢腹中线侧位、肛门上方3厘米左右,用手术刀划开1厘米左右的口子,把消毒过的卫星标塞入鲢的体内,然后用线把伤口进行缝合。在放流地点的上下游安装卫星信号接收器,收集卫星标信号,实时观测放流个体的运动位置。
对小个体鲢安装外挂标
在待放流小个体鲢的背鳍中部安装外挂标,外挂标标注鲢放流信息二维码和联系人电话。具体做法为用70%酒精对外挂标进行消毒,用放流标枪把外挂标打入鲢背鳍的中部。登记每个外挂标的信息,使外挂标和鲢遗传档案相对应。
鲢放流效果评估
在鲢放流地点的上下游进行回捕鲢。对回捕的个体进行识别,统计出回捕的鲢中有多少为放流个体。具体统计方法为查看背鳍是否有外挂标,并且检查鱼的腹部是否有放置卫星标时留下的刀口和缝合的痕迹。如果两者皆没有,则利用微卫星标记技术对被回捕的鲢进行个体鉴定。计算其中的被放流的个体在回捕群体中的比例,计算回捕率的公式为:(回捕样品中的放流群体数量/回捕样品总数量)%,回捕率越大,说明增殖放流效果越好,从而估算鲢增殖放流对长江内所有鲢生态量的贡献,进而确定鲢增殖放流的效果。
鲢放流效果评估
保存被放流鲢的DNA;
回捕放流水域的鲢1024尾,筛选出有外挂标的鲢和有卫星标的鲢。提取剩余所有鲢的DNA;
利用本发明提供的双重PCR体系,对剩余鲢DNA进行PCR扩增;
把扩增结果在聚丙烯酰胺胶上进行电泳分离;
根据分离结果统计PCR扩增产物的基因型;
根据上一步骤得出的基因型进行对比鲢遗传档案,确定捕捞个体中放流个体的数量为156尾。回捕鲢中,放流个体占比为15.2%。
序列表(SEQUENCE LISTING)
<110>西安理工大学
<120>一种鲢标记放流和放流效果评价方法
<130>16
<160>16
<170>PatentIn version 3.5
<210> 1
<211>19
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 1
TTCCGAAGATGAACGAAG18
<210> 2
<211> 25
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 2
AAATAGCAGCAGCTCCCT18
<210> 3
<211> 18
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 3
AAGTAAGCCCTCCACCAT 18
<210> 4
<211> 24
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 4
TCACAGGCAACCTCACAA18
<210> 5
<211>18
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 5
TTGATTTCTATGGGCTTCT19
<210> 6
<211>18
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 6
ATTGACTGCATCTGGGTC18
<210> 7
<211>19
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 7
AAGGGACTTTACCTTGAT18
<210> 8
<211> 22
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 8
TAGATGTTTGTGCTGGAA18
<210> 9
<211> 18
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 9
AAGGGACTTTACCTTGAT 18
<210> 10
<211>18
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 10
TAGATGTTTGTGCTGGAA18
<210> 11
<211>18
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 11
TGAGCATCTATGAGCCTATC20
<210> 12
<211>18
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 12
TTTTGACTCCCGAGCAGA18
<210> 13
<211>19
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 13
GGCACCTGTAATCCCAAA18
<210> 14
<211>18
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 14
TCAGCGGATCATCTTTGG18
<210> 15
<211> 22
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 15
TGAAGAAACAACAGCATA18
<210> 16
<211>18
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 16
ACTTGAAGCCACTAACAC18
<210> 17
<211> 18
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 17
GGATATTGATTTGGTGGC 18
<210> 18
<211> 20
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 18
CTTCGTTTGACGGACAGC18
<210> 19
<211> 22
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 19
CTCCTGCTCCACCTTCCT18
<210> 20
<211>18
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 20
ATCATTCTCATGGCAAACG19
Claims (2)
1.一种鲢标记放流和放流效果评价方法,其特征在于,具体包括以下步骤:
步骤1,打标;本方法把放流的鲢分为两组,大于10公斤的分为一组,小于10公斤的分为一组;大个体鲢在腹腔内植入卫星标,小个体鲢的背鳍上固定外挂标;
步骤2,采集样本;对每年被放流的鲢进行剪鳍条采样并且记录好鲢的年龄、体重大小、形态,以便以后对鲢野外生长进行了解;
步骤3:构建样本遗传档案;利用微卫星标记技术鉴定每条鲢的遗传信息,统计好每条被放流鲢的等位基因并构建样本遗传档案;以后每年进行鲢人工增殖放流前都要把被放流的鲢遗传信息补充到样本遗传档案内;
构建样本遗传档案,具体为:
步骤3.1,取所有放流鲢鳍条样品,提取鲢样品DNA,利用10对微卫星引物组成的5组双重PCR对鲢样品进行PCR扩增;得到PCR扩增产物;
10对微卫星引物,具体引物信息如下:
步骤3.2,将PCR扩增产物在体积百分数为10%的聚丙烯酰胺胶上进行电泳分离,根据分离结果统计PCR扩增产物的基因型;
步骤4,回捕放流群体;对鲢进行放流后,在河流定点位置放置卫星信号接收器,收集卫星标信号,确定放流鱼活动范围;在捕捞期回捕放流区域内的鲢;
步骤5,对回捕的个体进行识别,统计出回捕的鲢中有多少为放流个体;具体统计方法为查看背鳍是否有外挂标,并且检查鱼的腹部是否有放置卫星标时留下的刀口和缝合的痕迹;如果两者皆没有,则利用微卫星标记技术对被回捕的鲢进行个体鉴定;计算其中的被放流的个体在回捕群体中的比例,计算回捕率的公式为:(回捕样品中的放流群体数量/回捕样品总数量)×100%,回捕率越大,说明增殖放流效果越好,从而估算鲢增殖放流对长江内所有鲢生态量的贡献,进而确定鲢增殖放流的效果。
2.根据权利要求1所述的一种鲢标记放流和放流效果评价方法,其特征在于,所述步骤5中,利用微卫星标记技术对被回捕的鲢进行个体鉴定的具体方法为:提取被捕捞鲢的DNA;利用步骤3提供的10对鲢微卫星标记引物组成的5组双重PCR对鲢鱼样品进行PCR扩增;把PCR扩增产物在10%聚丙烯酰胺胶上进行电泳分离;根据分离结果统计PCR扩增产物的基因型;把得到的基因型和样本遗传档案做比对,确定捕捞个体中放流个体的数量。
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- 2021-05-07 CN CN202110495887.6A patent/CN113215272B/zh active Active
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CN113215272A (zh) | 2021-08-06 |
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