CN110923361A - 基于数字pcr用于血源筛查的引物、探针及试剂盒 - Google Patents

基于数字pcr用于血源筛查的引物、探针及试剂盒 Download PDF

Info

Publication number
CN110923361A
CN110923361A CN201911265129.4A CN201911265129A CN110923361A CN 110923361 A CN110923361 A CN 110923361A CN 201911265129 A CN201911265129 A CN 201911265129A CN 110923361 A CN110923361 A CN 110923361A
Authority
CN
China
Prior art keywords
detection
detection probe
seq
nucleotide sequence
primer
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201911265129.4A
Other languages
English (en)
Other versions
CN110923361B (zh
Inventor
梁军
景奉香
吴东平
颜进取
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Hunan Shengzhou Biotechnology Co Ltd
Original Assignee
Hunan Shengzhou Biotechnology Co Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Hunan Shengzhou Biotechnology Co Ltd filed Critical Hunan Shengzhou Biotechnology Co Ltd
Priority to CN201911265129.4A priority Critical patent/CN110923361B/zh
Publication of CN110923361A publication Critical patent/CN110923361A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN110923361B publication Critical patent/CN110923361B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • C12Q1/701Specific hybridization probes
    • C12Q1/706Specific hybridization probes for hepatitis
    • C12Q1/707Specific hybridization probes for hepatitis non-A, non-B Hepatitis, excluding hepatitis D
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6851Quantitative amplification
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • C12Q1/701Specific hybridization probes
    • C12Q1/702Specific hybridization probes for retroviruses
    • C12Q1/703Viruses associated with AIDS
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • C12Q1/701Specific hybridization probes
    • C12Q1/706Specific hybridization probes for hepatitis
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/166Oligonucleotides used as internal standards, controls or normalisation probes
    • YGENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02ATECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • AIDS & HIV (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明提供了基于数字PCR用于血源筛查的引物组合、探针组合及包括了上述引物组合和探针组合的试剂盒及其检测方法。本发明所提供的试剂盒根据HBV、HCV、HIV、TP的基因序列设计扩增引物和taqman探针,特异性检测目标基因,检测位点的筛选主要标准为序列保守,无重复序列。使用本发明所提供的试剂盒,无需标准曲线,即可绝对定量,其对HBV、HCV、HIV及TP检测的灵敏度相比荧光PCR提高10倍以上,病原体检出的窗口期进一步缩短。

Description

基于数字PCR用于血源筛查的引物、探针及试剂盒
技术领域
本申请涉及数字PCR技术领域,尤其涉及一种基于数字PCR用于血源筛查的引物、探针及试剂盒。
背景技术
为了保障临床用血的安全和血液制品的质量、防止供受血之间的交叉感染和采血及血液制品工作者的健康,必须防止乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、人类免疫缺陷病毒等疾病的感染者进入供血队伍,防止上述疾病病原体阳性血浆直接输注病人或用于血液制品生产。
目前,在临床上筛选各种血源性传播疾病的方法,主要是免疫学诊断方法。但由于受免疫学诊断方法的灵敏度及与生俱来的限制,依然不能完全杜绝阳性病毒血样的漏检,漏检率较高。其主要原因在于:免疫学诊断主要依赖抗原抗体介导的免疫反应,而病毒感染机体后,机体产生可检测水平的高滴度抗体的需要一段相对较长的时间。另外,由于个体免疫机能不同,其中有少数感染者感染后机体所产生的抗体滴度有可能低于免疫学检测限以下,甚至不产生抗体。因此,免疫学诊断方法不能检测出处于窗口期和新近感染病毒的献血员,这样势必导致漏检。其次,抗原出现变异以及稀有亚型也可导致漏检,因此,免疫学筛查后,输血相关疾病传播依然存在一定的概率。
近5年来,随着以核酸检测(Nucleic acid test,NAT)为代表的分子生物学技术在血液筛查方面的应用,输血及血制品安全性有了很大的提高。在理论上,NAT技术能够显著缩短病原体检出的窗口期,NAT技术灵敏度和特异性均较显著的高于免疫学方法。核酸检测HBV,HCV,HIV病毒的窗口期较抗体检测分别提前:9天、25天、14天。而应用NAT技术筛查,可将献血员传播以上病毒性疾病的概率分别降低42%、72%和50%。除以上三种病毒外,梅毒的发病率近年来呈上升趋势,也是影响血液安全的一大因素。
随着NAT技术在临床检验中应用的日趋完善和成熟,现阶段在世界范围内开展大规模血液筛查多采用NAT技术。应用最多最常见的NAT技术是荧光-PCR(TaqMan技术),但是,荧光PCR定量时需要标准品,是一种相对定量方法,结果判断依赖扩增效率,抑制剂耐受性较低。
发明内容
鉴于背景技术中存在的问题,本申请的目的在于提供一种基于数字PCR用于血源筛查的引物、探针及试剂盒。
为了达到上述目的,本申请的第一方面提供了一种基于数字PCR用于血源筛查的引物组合,包括HBV检测引物、HCV检测引物、HIV1检测引物、HIV2检测引物和内标检测引物;所述HBV检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ IDNO.2所示的下游引物;所述HCV检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示的下游引物;所述HIV1检测引物包括核苷酸序列如SEQ IDNO.7所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示的下游引物;所述HIV2检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示的下游引物;所述内标检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.14所示的下游引物。
优选地,本申请所提供的用于血源筛查的引物组合,还包括TP检测引物,所述TP检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.17所示的下游引物。
本申请的第二方面提供了一种基于数字PCR用于血源筛查的探针组合,包括HBV检测探针、HCV检测探针、HIV1检测探针、HIV2检测探针和内标检测探针;所述HBV检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示;所述HCV检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示;所述HIV1检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示;所述HIV2检测探针的核苷酸序列如SEQID NO.12所示;所述内标检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示;所述HBV检测探针、HCV检测探针、HIV1检测探针、HIV2检测探针和内标检测探针上标记有荧光报告基团和荧光猝灭基团。
优选地,本申请所提供的基于数字PCR用于血源筛查的探针组合,还包括TP检测探针,所述TP检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.18所示,所述TP检测探针上标记有荧光报告基团和荧光猝灭基团。
优选地,本申请所提供的基于数字PCR用于血源筛查的探针组合中,所述HBV检测探针的5’端标记FAM荧光基团,3’端标记BHQ1荧光猝灭基团;所述HCV检测探针的5’端标记HEX荧光基团,3’端标记BHQ1荧光猝灭基团;所述HIV1检测探针的5’端标记ROX荧光基团,3’端标记BHQ2荧光猝灭基团;所述HIV2检测探针的5’端标记ROX荧光基团,3’端标记BHQ2荧光猝灭基团;所述内标检测探针的5’端标记CY5荧光基团,3’端标记BHQ3荧光猝灭基团;所述TP检测探针的5’端标记Alexa Fluor700荧光基团,3’端标记BBQ 650荧光猝灭基团。
本申请的第三方面提供一种基于数字PCR用于血源筛查的试剂盒,包括HBV检测引物及探针、HCV检测引物及探针、HIV1检测引物及探针、HIV2检测引物及探针和内标检测引物和探针;所述HBV检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的下游引物,所述HBV检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示;所述HCV检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示的下游引物,所述HCV检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示;所述HIV1检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示的下游引物,所述HIV1检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示;所述HIV2检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示的下游引物,所述HIV2检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示;所述内标检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.14所示的下游引物,所述内标检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示;所述HBV检测探针、HCV检测探针、HIV1检测探针、HIV2检测探针和内标检测探针上标记有荧光报告基团和荧光猝灭基团。
优选地,本申请所提供的基于数字PCR用于血源筛查的试剂盒还包括TP检测引物和探针,所述TP检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.17所示的下游引物,所述TP检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.18所示,所述TP检测探针上标记有荧光报告基团和荧光猝灭基团。
优选地,本申请所提供的基于数字PCR用于血源筛查的试剂盒中,所述HBV检测探针的5’端标记FAM荧光基团,3’端标记BHQ1荧光猝灭基团;所述HCV检测探针的5’端标记HEX荧光基团,3’端标记BHQ1荧光猝灭基团;所述HIV1检测探针的5’端标记ROX荧光基团,3’端标记BHQ2荧光猝灭基团;所述HIV2检测探针的5’端标记ROX荧光基团,3’端标记BHQ2荧光猝灭基团;所述内标检测探针的5’端标记CY5荧光基团,3’端标记BHQ3荧光猝灭基团;所述TP检测探针的5’端标记Alexa Fluor700荧光基团,3’端标记BBQ 650荧光猝灭基团。
优选地,本申请所提供的基于数字PCR用于血源筛查的试剂盒还包括dPCRBuffer、酶、无核酶水、阴性对照、阳性对照和内标。
优选地,本申请所提供的基于数字PCR用于血源筛查的试剂盒中,所述阳性对照为含HBV、HCV、HIV特异性片段的假病毒;所述内标为含人工设计特异性序列的RNA假病毒。
采用本申请所提供的试剂盒进行血源筛查的方法包括以下步骤:步骤1:从血清或者血浆样本中提取核酸。步骤2:将样本、阳性对照、阴性对照提取核酸加入PCR反应体系,完成液滴制备。步骤3:对步骤2液滴进行数字PCR扩增和结果定量分析。
相对于现有技术而言,本发明基于数字PCR技术,提供了用于血源筛查的引物组合、探针组合及包括了上述引物组合和探针组合的试剂盒。本申请所提供的试剂盒根据HBV、HCV、HIV、TP的基因序列设计扩增引物和taqman探针,特异性检测目标基因,检测位点的筛选主要标准为序列保守,无重复序列。使用本申请所提供的试剂盒,无需标准曲线,即可绝对定量,其对HBV、HCV、HIV及TP检测的灵敏度相比荧光PCR提高10倍以上,病原体检出的窗口期进一步缩短。
具体实施方式
实施例1
本实施例是一种基于数字PCR血源筛查试剂盒的具体应用例。本实施例中所提供的试剂盒根据HBV、HCV、HIV的基因序列设计扩增引物和taqman探针,特异性检测目标基因,检测位点的筛选主要标准为序列保守,无重复序列。HBV检测位点探针标记为FAM,HCV探针标记为HEX,HIV探针标记为ROX,内标探针标记为CY5。
本实施例的试剂盒中,所包括的引物和探针及其设计原则如下:
引物和探针设计原则:采用primer express3.0.1对筛选到的序列进行引物和探针设计,引物退火温度在59℃左右,探针退火温度在68℃左右,不易形成二聚体和发夹结构,GC含量正常,检测的扩增范围在65-250bp,并进行引物和探针特异性检测。
引物和探针的核苷酸序列如下表1所示:
表1实施例1引物和探针序列表
Figure BDA0002312613490000051
Figure BDA0002312613490000061
使用本实施例的试剂盒进行检测的方法如下:
1、待测样本制备
使用磁珠法病毒核酸提取试剂盒提取1mL血清或者血浆样本中病毒DNA/RNA备用,阴阳性对照与样本同步处理(提取时加入内标)。
2、试剂配制
按照下表2配方制备数字PCR反应液(推荐数字PCR反应体系,1个反应):
表2实施例1数字PCR反应液
组分 体积
10×dPCR Buffer 3.5μL
1.0μL
引物和探针 2.8μL
检测模板 1.0~17.5μL
总体积 用无核酶水补至30~35μL
将上述反应液混合均匀,涡旋混匀30秒,瞬时离心将反应液收集于管底后置于冰上待用。
3、按照下表3制备油相混合液(1个反应):
表3实施例1油相混合液
Figure BDA0002312613490000062
Figure BDA0002312613490000071
按上表配方将反应油相混合后,涡旋混匀30s,瞬时离心除去气泡,并将液体收集于管底,置于冰上待用(注:混合后的油相混合液请在30min以内使用)。
4、芯片进样
(1)本发明使用上海小海龟科技有限公司数字PCR系统biodigital·青,系统为5路荧光通道(FAM、HEX、ROX、CY5、Alexa Fluor 700),可并行处理96个样本,芯片有效液滴数为20万个,每样本检测使用1张生物芯片。
(2)进样操作
按照数字PCR进样仪使用操作说明书的要求,开启芯片进样程序,完成芯片进样。
5、芯片热循环反应
将芯片置于核酸扩增仪的芯片槽内,进行热循环反应,反应程序如下表4:
表4实施例1反应程序
Figure BDA0002312613490000072
6、芯片阅读分析
热循环反应结束后将芯片移至生物芯片阅读仪上,按照生物芯片阅读仪使用操作说明书的要求进行阅读分析,得到每个荧光通道拷贝数,并计算每个样本中HBV、HCV、HIV、内标浓度。
7、结果判定
质控:阳性对照FAM、HEX、ROX、CY5通道拷贝数≥200copies/mL;阴性对照FAM、HEX、ROX通道无拷贝数,CY5通道拷贝数≥200copies/mL;以上要求需同时满足,否则实验无效。样本结果判定见下表5:
表5实施例1结果判定
Figure BDA0002312613490000081
复测结果仍在灰区,判定为阳性。
实施例2
本实施例是另一种基于数字PCR用于血源筛查的试剂盒的具体应用例。本实施例中所提供的试剂盒根据HBV、HCV、HIV、TP的基因序列设计扩增引物和taqman探针,特异性检测目标基因,检测位点的筛选主要标准为序列保守,无重复序列。HBV检测位点探针标记为FAM,HCV探针标记为HEX,HIV探针标记为ROX,内标探针标记为CY5,TP探针标记为AlexaFluor 700。
本实施例的试剂盒中,所包括的引物和探针及其设计原则如下:
引物和探针设计原则:采用primer express3.0.1对筛选到的序列进行引物和探针设计,引物退火温度在59℃左右,探针退火温度在68℃左右,不易形成二聚体和发夹结构,GC含量正常,检测的扩增范围在65-250bp,并进行引物和探针特异性检测。引物和探针的核苷酸序列如下表6:
表6实施例2引物和探针序列表
Figure BDA0002312613490000091
使用本实施例的试剂盒进行检测的方法如下:
1、待测样本制备
使用磁珠法病毒核酸提取试剂盒提取1mL血清或者血浆样本中病毒DNA/RNA备用,阴阳性对照与样本同步处理(提取时加入内标)。
2、试剂配制
按照下表7配方制备数字PCR反应液(推荐数字PCR反应体系,1个反应):
表7实施例2数字PCR反应液
Figure BDA0002312613490000092
Figure BDA0002312613490000101
将上述反应液混合均匀,涡旋混匀30秒,瞬时离心将反应液收集于管底后置于冰上待用。
3、按照下表8制备油相混合液(1个反应):
表8实施例2油相混合液
组分 用量
油相A 30μL
油相B 10μL
总计 40μL
按上表配方将反应油相混合后,涡旋混匀30s,瞬时离心除去气泡,并将液体收集于管底,置于冰上待用(注:混合后的油相混合液请在30min以内使用)。
4、芯片进样
(1)本发明使用上海小海龟科技有限公司数字PCR系统biodigital·青,系统为5路荧光通道(FAM、HEX、ROX、CY5、Alexa Fluor 700),可并行处理96个样本,芯片有效液滴数为20万个,每样本检测使用1张生物芯片。
(2)进样操作
按照数字PCR进样仪使用操作说明书的要求,开启芯片进样程序,完成芯片进样。
5、芯片热循环反应
将芯片置于核酸扩增仪的芯片槽内,进行热循环反应,反应程序如下表9所示:
表9实施例2反应程序
Figure BDA0002312613490000102
Figure BDA0002312613490000111
6、芯片阅读分析
热循环反应结束后将芯片移至生物芯片阅读仪上,按照生物芯片阅读仪使用操作说明书的要求进行阅读分析,得到每个荧光通道拷贝数,并计算每个样本中HBV、HCV、HIV、TP、内标浓度。
7、结果判定
质控:阳性对照FAM、HEX、ROX、Alexa Fluor 700通道拷贝数≥200copies/mL;阴性对照FAM、HEX、ROX、Alexa Fluor 700通道无拷贝数,CY5通道拷贝数≥200copies/mL;以上要求需同时满足,否则实验无效。
样本结果判定见下表10:
表10实施例2结果判定
Figure BDA0002312613490000112
Figure BDA0002312613490000121
复测结果仍在灰区,判定为阳性。
根据上述说明书的揭示和教导,本领域技术人员还可以对上述实施方式进行变更和修改。因此,本申请并不局限于上面揭示和描述的具体实施方式,对本申请的一些修改和变更也应当落入本申请的权利要求的保护范围内。此外,尽管本说明书中使用了一些特定的术语,但这些术语只是为了方便说明,并不对本申请构成任何限制。
SEQUENCE LISTING
<110> 湖南圣洲生物科技有限公司
<120> 基于数字PCR用于血源筛查的引物、探针及试剂盒
<130> 191570CN-CH-I
<160> 18
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
ttactagygc catttgttca gtggtt 26
<210> 2
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
cccaatacca catcatccat ataact 26
<210> 3
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
tagggctttc ccccactgty tggc 24
<210> 4
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
cggaattgcc ggaaagr 17
<210> 5
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
tttggttttt ctttgaggtt tagga 25
<210> 6
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
tctcgtagac cgtgcatcat gagcaca 27
<210> 7
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
tgcacacatc tagaaggaaa agtca 25
<210> 8
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
tgctgggata acttctgctt ctatatat 28
<210> 9
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 9
cctggtagca gtccacgtgg cca 23
<210> 10
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 10
atggccccaa cttcacttca 20
<210> 11
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 11
ttaggtggtg attcattgct tctact 26
<210> 12
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 12
tggagtacct tacaacccac aaagccagg 29
<210> 13
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 13
tttctctctg gcttttaggt cgtt 24
<210> 14
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 14
gccactggtg taatgatgaa tatca 25
<210> 15
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 15
tactaacatt gctggtctcg tcaccccct 29
<210> 16
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 16
attgtgaaac ggatggattg c 21
<210> 17
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 17
aagcctctgc ttcctgaaag c 21
<210> 18
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 18
tccgcacgat acacgtctgg tcg 23

Claims (10)

1.一种基于数字PCR用于血源筛查的引物组合,其特征在于,包括HBV检测引物、HCV检测引物、HIV1检测引物、HIV2检测引物和内标检测引物:
所述HBV检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的上游引物和核苷酸序列如SEQID NO.2所示的下游引物;
所述HCV检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的上游引物和核苷酸序列如SEQID NO.5所示的下游引物;
所述HIV1检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示的下游引物;
所述HIV2检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示的下游引物;
所述内标检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.14所示的下游引物。
2.根据权利要求1所述的基于数字PCR用于血源筛查的引物组合,其特征在于,还包括TP检测引物,所述TP检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.17所示的下游引物。
3.一种基于数字PCR用于血源筛查的探针组合,其特征在于,包括HBV检测探针、HCV检测探针、HIV1检测探针、HIV2检测探针和内标检测探针;
所述HBV检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示;
所述HCV检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示;
所述HIV1检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示;
所述HIV2检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示;
所述内标检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示;
所述HBV检测探针、HCV检测探针、HIV1检测探针、HIV2检测探针和内标检测探针上标记有荧光报告基团和荧光猝灭基团。
4.根据权利要求3所述的基于数字PCR用于血源筛查的探针组合,其特征在于,还包括TP检测探针,所述TP检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.18所示,所述TP检测探针上标记有荧光报告基团和荧光猝灭基团。
5.根据权利要求4所述的基于数字PCR用于血源筛查的探针组合,其特征在于,
所述HBV检测探针的5’端标记FAM荧光基团,3’端标记BHQ1荧光猝灭基团;所述HCV检测探针的5’端标记HEX荧光基团,3’端标记BHQ1荧光猝灭基团;所述HIV1检测探针的5’端标记ROX荧光基团,3’端标记BHQ2荧光猝灭基团;所述HIV2检测探针的5’端标记ROX荧光基团,3’端标记BHQ2荧光猝灭基团;所述内标检测探针的5’端标记CY5荧光基团,3’端标记BHQ3荧光猝灭基团;所述TP检测探针的5’端标记Alexa Fluor700荧光基团,3’端标记BBQ 650荧光猝灭基团。
6.一种基于数字PCR用于血源筛查的试剂盒,其特征在于,包括HBV检测引物及探针、HCV检测引物及探针、HIV1检测引物及探针、HIV2检测引物及探针和内标检测引物和探针;
所述HBV检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的上游引物和核苷酸序列如SEQID NO.2所示的下游引物,所述HBV检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示;
所述HCV检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的上游引物和核苷酸序列如SEQID NO.5所示的下游引物,所述HCV检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示;
所述HIV1检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示的下游引物,所述HIV1检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示;
所述HIV2检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示的下游引物,所述HIV2检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示;
所述内标检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.14所示的下游引物,所述内标检测探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示;
所述HBV检测探针、HCV检测探针、HIV1检测探针、HIV2检测探针和内标检测探针上标记有荧光报告基团和荧光猝灭基团。
7.根据权利要求6所述的基于数字PCR用于血源筛查的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括TP检测引物和探针,所述TP检测引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.17所示的下游引物,所述TP检测探针的核苷酸序列如SEQID NO.18所示,所述TP检测探针上标记有荧光报告基团和荧光猝灭基团。
8.根据权利要求6所述的基于数字PCR用于血源筛查的试剂盒,其特征在于:
所述HBV检测探针的5’端标记FAM荧光基团,3’端标记BHQ1荧光猝灭基团;所述HCV检测探针的5’端标记HEX荧光基团,3’端标记BHQ1荧光猝灭基团;所述HIV1检测探针的5’端标记ROX荧光基团,3’端标记BHQ2荧光猝灭基团;所述HIV2检测探针的5’端标记ROX荧光基团,3’端标记BHQ2荧光猝灭基团;所述内标检测探针的5’端标记CY5荧光基团,3’端标记BHQ3荧光猝灭基团;所述TP检测探针的5’端标记Alexa Fluor700荧光基团,3’端标记BBQ 650荧光猝灭基团。
9.根据权利要求8所述的基于数字PCR用于血源筛查的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒中还包括dPCR Buffer、酶、无核酶水、阴性对照、阳性对照和内标。
10.根据权利要求9所述的基于数字PCR用于血源筛查的试剂盒,其特征在于,所述阳性对照为含HBV、HCV、HIV特异性片段的假病毒;所述内标为含人工设计特异性序列的RNA假病毒。
CN201911265129.4A 2019-12-11 2019-12-11 基于数字pcr用于血源筛查的引物、探针及试剂盒 Active CN110923361B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201911265129.4A CN110923361B (zh) 2019-12-11 2019-12-11 基于数字pcr用于血源筛查的引物、探针及试剂盒

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201911265129.4A CN110923361B (zh) 2019-12-11 2019-12-11 基于数字pcr用于血源筛查的引物、探针及试剂盒

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN110923361A true CN110923361A (zh) 2020-03-27
CN110923361B CN110923361B (zh) 2023-08-11

Family

ID=69859949

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201911265129.4A Active CN110923361B (zh) 2019-12-11 2019-12-11 基于数字pcr用于血源筛查的引物、探针及试剂盒

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN110923361B (zh)

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111206123A (zh) * 2020-04-21 2020-05-29 珠海丽珠试剂股份有限公司 用于血液筛查的核酸组合物和试剂盒
CN111961760A (zh) * 2020-09-02 2020-11-20 苏州市第五人民医院 基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组、探针组、试剂盒及用途
CN114369649A (zh) * 2022-02-08 2022-04-19 山东见微生物科技有限公司 一种特异的选择扩增及多重pcr方法和应用

Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2012117367A1 (en) * 2011-03-03 2012-09-07 Bigtec Private Limited Probe and primer sequences for detection of hepatitis b virus by real-time pcr, pcr reaction mixture and kits thereof.
CN105525035A (zh) * 2014-09-29 2016-04-27 天津华大基因科技有限公司 血液筛查试剂盒、方法及装置
CN105695631A (zh) * 2016-03-18 2016-06-22 广东出入境检验检疫局检验检疫技术中心 人免疫缺陷病毒、乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒快速联检试剂盒及其制备和应用
CN107653344A (zh) * 2017-10-13 2018-02-02 杭州迪安医学检验中心有限公司 一种用于丙型肝炎病毒检测的核酸序列及试剂盒
CN108342507A (zh) * 2017-03-05 2018-07-31 北京天健惠康生物科技有限公司 基于微液滴数字pcr技术的hbv核酸定量检测系统
CN109439777A (zh) * 2018-10-15 2019-03-08 江苏医诺万细胞诊疗有限公司 梅毒螺旋体(tp)-pcr荧光检测试剂盒
CN109777893A (zh) * 2019-04-02 2019-05-21 重庆医科大学附属儿童医院 微滴式数字pcr隐匿性乙肝病毒检测试剂盒

Patent Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2012117367A1 (en) * 2011-03-03 2012-09-07 Bigtec Private Limited Probe and primer sequences for detection of hepatitis b virus by real-time pcr, pcr reaction mixture and kits thereof.
CN105525035A (zh) * 2014-09-29 2016-04-27 天津华大基因科技有限公司 血液筛查试剂盒、方法及装置
CN105695631A (zh) * 2016-03-18 2016-06-22 广东出入境检验检疫局检验检疫技术中心 人免疫缺陷病毒、乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒快速联检试剂盒及其制备和应用
CN108342507A (zh) * 2017-03-05 2018-07-31 北京天健惠康生物科技有限公司 基于微液滴数字pcr技术的hbv核酸定量检测系统
CN107653344A (zh) * 2017-10-13 2018-02-02 杭州迪安医学检验中心有限公司 一种用于丙型肝炎病毒检测的核酸序列及试剂盒
CN109439777A (zh) * 2018-10-15 2019-03-08 江苏医诺万细胞诊疗有限公司 梅毒螺旋体(tp)-pcr荧光检测试剂盒
CN109777893A (zh) * 2019-04-02 2019-05-21 重庆医科大学附属儿童医院 微滴式数字pcr隐匿性乙肝病毒检测试剂盒

Non-Patent Citations (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
HAIYI等: "Application of droplet digital PCR to detect the pathogens of infectious diseases", 《BIOSCIENCE REPORTS》 *
HAIYI等: "Application of droplet digital PCR to detect the pathogens of infectious diseases", 《BIOSCIENCE REPORTS》, vol. 38, no. 6, 15 November 2018 (2018-11-15), pages 1 - 8 *
JUN等: "Screening for Human Immunodeficiency Virus, Hepatitis B Virus, Hepatitis C Virus, and Treponema pallidum by Blood Testing Using a Bio-Flash Technology-Based Algorithm before Gastrointestinal Endoscopy", 《JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY》, vol. 54, no. 12, pages 3000 - 3006 *
NEBENZAHL等: "Prevalence of human immunodeficiency virus, hepatitis C virus, hepatitis B virus and syphilis among individuals attending anonymous testing for HIV in Luanda, Angola", 《SOUTH AFRICAN MEDICAL JOURNAL》, vol. 103, no. 3, pages 186 - 188 *
OKOROIWU等: "Seroprevalence of transfusion-transmissible infections (HBV, HCV, syphilis and HIV) among prospective blood donors in a tertiary health care facility in Calabar, Nigeria; an eleven years evaluation", 《BMC PUBLIC HEALTH》, vol. 18, no. 1, pages 645 - 652 *
TAFESSE等: "Seroprevalence and diagnosis of HIV, HBV, HCV and syphilis infections among blood donors", 《HUMAN ANTIBODIES》, vol. 25, no. 1, pages 39 - 55 *
UDAYKUMAR等: "Enhanced diagnostic efficiency of the polymerase chain reaction by co-amplification of multiple regions of HIV-1 and HIV-2", 《JOURNAL OF VIROLOGICAL METHODS》 *
UDAYKUMAR等: "Enhanced diagnostic efficiency of the polymerase chain reaction by co-amplification of multiple regions of HIV-1 and HIV-2", 《JOURNAL OF VIROLOGICAL METHODS》, vol. 49, no. 1, 31 August 1994 (1994-08-31), pages 38 *
张孝明 等: "血源筛查核酸检测体系的发展、应用及监管", 《中国药事》, vol. 33, no. 9, pages 1063 - 1070 *
张海青: "《现代作物学实践指导》", 31 January 2019, 湖南科学技术出版社, pages: 178 *
金晶 等: "《全国高等医药院校医学检验技术专业第四轮规划教材 分子诊断学实验指导 供医学检验技术专业使用 第3版》", 30 September 2019, 中国医药科学技术出版社, pages: 78 - 80 *

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111206123A (zh) * 2020-04-21 2020-05-29 珠海丽珠试剂股份有限公司 用于血液筛查的核酸组合物和试剂盒
CN111961760A (zh) * 2020-09-02 2020-11-20 苏州市第五人民医院 基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组、探针组、试剂盒及用途
CN114369649A (zh) * 2022-02-08 2022-04-19 山东见微生物科技有限公司 一种特异的选择扩增及多重pcr方法和应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN110923361B (zh) 2023-08-11

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN108060269B (zh) 用于猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒以及猪轮状病毒检测的dpo引物组及其应用
CN111235316A (zh) 鉴定新型冠状病毒的引物探针及在三重荧光rpa的应用
CN110923361B (zh) 基于数字pcr用于血源筛查的引物、探针及试剂盒
CN113881812B (zh) 检测SARS-CoV-2突变株的组合物、试剂盒、方法及其用途
CN111394431B (zh) 一种使用双重实时荧光等温扩增技术检测核酸的方法
CN111286559B (zh) 检测非洲猪瘟病毒的引物、探针及试剂盒
CN114369688B (zh) 检测SARS-CoV-2奥密克戎变异株的组合物、试剂盒、方法及其用途
CN108977580A (zh) 一种2-8℃保存的快速检测丙型肝炎病毒核酸的试剂盒
CN113981152A (zh) 检测SARS-CoV-2变异株的组合物、试剂盒、方法及其用途
CN111206123B (zh) 用于血液筛查的核酸组合物和试剂盒
CN114410848B (zh) 检测SARS-CoV-2的组合物、试剂盒、方法及其用途
CN113025726A (zh) Lfd-rpa可视化快速检测日本血吸虫核酸的引物、探针、试剂盒及方法
CN109182600B (zh) 一种同步检测乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、人免疫缺陷病毒1型的荧光定量pcr试剂盒
CN113930529A (zh) 用于肺炎支原体检测的核酸片段、引物探针组、试剂盒及其应用
CN111424117A (zh) 一种用于新型布尼亚病毒核酸现场快速检测的实时荧光rt-raa检测试剂盒
CN110846439A (zh) 一种hcmv检测产品及其应用
CN113817870B (zh) 同时检测七种呼吸道相关病毒的引物组合物及其应用
CN114085929B (zh) 一种用于检测非洲猪瘟病毒野毒株和疫苗株的试剂盒
KR101503039B1 (ko) C형 간염 바이러스 진단용 프라이머, 프로브, 이를 포함하는 키트 및 상기 키트를 이용한 c형 간염 바이러스 진단 방법
CN102061341A (zh) 风疹病毒荧光定量pcr试剂盒及其检测方法
CN111004869B (zh) 用于h1n1亚型流感病毒遗传进化谱系鉴别的荧光定量pcr引物和参考标准品
CN111500768B (zh) 鉴定新型冠状病毒的引物探针及在双重数字pcr的用途
CN109593887B (zh) 一种丙型肝炎病毒核酸定量检测的试剂盒
KR102076343B1 (ko) 실시간 lamp법을 이용한 아데노바이러스 55형 검출용 조성물 및 이의 용도
CN113481326A (zh) 一种等温核酸扩增反应试剂、等温核酸扩增方法及其应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant