CN111961760A - 基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组、探针组、试剂盒及用途 - Google Patents

基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组、探针组、试剂盒及用途 Download PDF

Info

Publication number
CN111961760A
CN111961760A CN202010909795.3A CN202010909795A CN111961760A CN 111961760 A CN111961760 A CN 111961760A CN 202010909795 A CN202010909795 A CN 202010909795A CN 111961760 A CN111961760 A CN 111961760A
Authority
CN
China
Prior art keywords
primer
hiv
detection
sequence
ddpcr
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202010909795.3A
Other languages
English (en)
Inventor
胥萍
徐俊驰
程军平
吴敏娟
宋华峰
陈慧
宋翌琰
张惠丹
戴敬
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Suzhou Desipu Biotechnology Co ltd
Fifth People's Hospital Of Suzhou
Original Assignee
Suzhou Desipu Biotechnology Co ltd
Fifth People's Hospital Of Suzhou
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Suzhou Desipu Biotechnology Co ltd, Fifth People's Hospital Of Suzhou filed Critical Suzhou Desipu Biotechnology Co ltd
Priority to CN202010909795.3A priority Critical patent/CN111961760A/zh
Publication of CN111961760A publication Critical patent/CN111961760A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • C12Q1/701Specific hybridization probes
    • C12Q1/702Specific hybridization probes for retroviruses
    • C12Q1/703Viruses associated with AIDS
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6851Quantitative amplification

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • AIDS & HIV (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种基于ddPCR自动化检测HIV‑1的引物组、探针组、试剂盒及用途。本发明中基于ddPCR定量检测HIV‑1的引物组、探针组包含的各引物、探针序列分别如SEQ ID NO.1~9所示。本发明还提供了一种基于ddPCR自动化检测HIV‑1的试剂盒;配套的8连管可直接置于自动化检测仪器的试剂卡槽中,操作简便。本发明提供的引物组特异性高,实现高效反转录、扩增反应,并能覆盖HIV‑1的多个亚型;同时本发明提供的包含试剂盒的产品操作简便,自动化操作,灵敏度高,抑制物耐受度高,而且本发明供了一种自动化、快速、高精度HIV‑1定量检测方法。

Description

基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组、探针组、试剂盒及用途
技术领域
本发明属于核酸检测技术领域,具体涉及一种基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组、探针组、试剂盒及用途。
背景技术
人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)一种RNA病毒,属于慢病毒属。参考《中国艾滋病诊疗指南(2018版)》,截至2017年底,全球现存活HIV/AIDS患者3690 万例。通过侵犯、破坏CD4+T淋巴细胞,导致机体免疫细胞和功能受损,并发各种严重的机会感染和肿瘤,是一种传播迅速、发病缓慢、死亡率高的传染性疾病。HIV在感染后6-8年处于无症状期。在此期间无明显临床表现,但病毒在患者体内复制并持续破坏患者的免疫系统,直到出现明显的病发症状。病毒载量测定的临床意义为预测疾病进程、评估治疗效果、指导治疗方案调整。
HIV/AIDS的实验室检测主要包括HIV抗体检测、HIV核酸定性和定量检测、CD4+T淋巴细胞计数。HIV-1/2抗体检测是HIV感染诊断的金标准,HIV核酸检测(定性和定量)也用于HIV感染诊断;HIV核酸定量(病毒载量)和CD4+T淋巴细胞计数是判断疾病进展、临床用药、疗效和预后的两项重要指标;相较与抗原抗体检测,核酸检测对于急性期/窗口期诊断、晚期患者诊断、HIV感染诊断和小于18月龄的婴幼儿HIV感染诊断有显著优势。目前,核酸检测技术已经在各实验室普及,还可以通过将病毒核酸扩增提高检测的灵敏度,缩短病毒检测的窗口期。
HIV核酸检测过程中需要高级别的防护,实现全自动化对更安全的检测环境具有重大意义,还可以节省人力,避免操作过程中可能出现的样本错误。快检体系可以缩短检测时间,对临床检测意义重大。因此,实现HIV的自动化、快速、高精度定量检测是HIV的临床快检急需的。
发明内容
本发明的主要目的在于提供一种基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组、探针组、试剂盒及用途,以克服现有技术的不足。
HIV核酸检测常用的方法有qPCR、数字PCR;qPCR技术有良好的特异性,平台建设普及,检测下限不及数字PCR;数字PCR具有更高的灵敏度和更低的检测下限,特别是搭配自动化数字PCR工作站,可以实现自动化、更高精度的检测。
为实现前述发明目的,本发明采用的技术方案包括:
本发明实施例提供了一种基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组,其包括:
第一引物,其序列如SEQ ID NO.1所示;
第二引物,其序列如SEQ ID NO.2所示;
第三引物,其序列如SEQ ID NO.3所示;
第四引物,其序列如SEQ ID NO.4所示;
第五引物,其序列如SEQ ID NO.5所示;
第六引物,其序列如SEQ ID NO.6所示。
本发明实施例提供了一种基于ddPCR自动化检测HIV-1的探针组,其包括:
第一探针,其序列如SEQ ID NO.7所示;
第二探针,其序列如SEQ ID NO.8所示;
第三探针,其序列如SEQ ID NO.9所示。
本发明实施例还提供了一种基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组和探针组的组合物,其至少包括前述引物组和前述的探针组。
本发明实施例还提供了一种基于ddPCR自动化检测HIV-1的试剂盒,其至少包括前述引物组和前述的探针组。
本发明实施例还提供了前述试剂盒于制备基于ddPCR自动化检测HIV-1的产品中的用途。
本发明实施例还提供了一种产品,其包含前述试剂盒,所述产品应用于基于ddPCR自动化检测HIV-1的方法,并且所述方法包括:
提供待检测样本;
将所述待检测样本与所述试剂盒中的PCR扩增检测的常规组件混合形成混合液;
将所述混合液形成微液滴,之后采用数字PCR检测技术,对所述微液滴进行PCR扩增;
以及,对PCR扩增产物进行定量检测分析。
与现有技术相比,本发明的有益效果在于:本发明提供的包含试剂盒的产品操作简便、引物特异性高、灵敏度高、抑制物耐受度高:(1)操作简便:自动化操作,人工操作非常少; (2)特异性高:本发明引物组的特异性高,能高效完成反转录、扩增反应;(3)灵敏度高:检测灵敏度低至1/1000000,能够完成对样本的绝对定量;(4)抑制物耐受度高:由于微液滴可以将PCR反应液分在约5000000个微液滴中,有限的PCR抑制物只能影响少量微液滴,大大增加了对PCR抑制物的耐受度。
附图说明
为了更清楚地说明本申请实施例或现有技术中的技术方案,下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍,显而易见地,下面描述中的附图仅仅是本申请中记载的一些实施例,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动的前提下,还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1a-1b是本发明中试剂盒所用八连管的立体图;
图2a-2c是本发明实施例1中阴性样本检测结果图;
图3a-3c是本发明实施例2中阳性样本检测结果图。
具体实施方式
鉴于现有技术的缺陷,本案发明人经长期研究和大量实践,得以提出本发明的技术方案,下面将对本发明的技术方案进行清楚、完整地描述,显然,所描述的实施例是本发明一部分实施例,而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例,都属于本发明保护的范围。
本发明实施例的一个方面提供了一种基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组,其包括:
第一引物(即LTR-F),其序列如SEQ ID NO.1所示;
第二引物(即LTR-F),其序列如SEQ ID NO.2所示;
第三引物(即Pol-F),其序列如SEQ ID NO.3所示;
第四引物(即Pol-R),其序列如SEQ ID NO.4所示;
第五引物(即ALD-F),其序列如SEQ ID NO.5所示;
第六引物(即ALD-R),其序列如SEQ ID NO.6所示。
进一步的,所述引物组所含序列如下表:
引物名称 序列
LTR-F 5’-CTCTCGACGCAGGACTCG-3’
LTR-F 5’-GCACCCATCTCTCTCCTTCT-3’
Pol-F 5’-TGGCAGTATTCATCCACAATTTT-3’
Pol-R 5’-GGTACAGTGCAGGGGAAAGA-3’
ALD-F 5’-TCATTATGATCGCCACGGGT-3’
ALD-R 5’-ACAGTCCGGATTATACGCGT-3’
进一步的,所述引物组中第一引物、第二引物、第三引物、第四引物、第五引物、第六引物的摩尔比为0.7-0.9:0.7-0.9:1.1-1.3:1.1-1.3:0.9-1.0:0.9-1.0,优选为0.8:0.8:1.2:1.2:1.0:1.0。
本发明实施例的另一个方面一种基于ddPCR自动化检测HIV-1的探针组,其包括:
第一探针(即LTR-P),其序列如SEQ ID NO.7所示;
第二探针(即Pol-P),其序列如SEQ ID NO.8所示;
第三探针(即ALD-P),其序列如SEQ ID NO.9所示。
进一步的,所述探针组中第一探针、第二探针、第三探针的摩尔比为 0.35-0.45:0.5-0.7:0.4-0.6,优选为0.4:0.6:0.5。
进一步的,所述探针组所含序列如下表:
引物名称 序列
LTR-P 5’-FAM-CGCCAAAAATTTTGACTAGCGG-MGB-3’
Pol-P 5’-CY5-GGATTGGGGGGTACAGTGC-MGB-3’
ALD-P 5’-VIC-TAACCAGACGGCTCCATTGT-MGB-3’
本发明实施例的另一个方面还提供了一种基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组和探针组的组合物,其至少包括前述的引物组和前述的探针组。
本发明实施例的另一个方面还提供了一种基于ddPCR自动化检测HIV-1的试剂盒,其至少包括前述的引物组和前述的探针组。
在一些较为具体的实施方案中,所述试剂盒还包括PCR扩增检测的常规组件。
进一步的,所述PCR扩增检测的常规组件包括热启动快速Taq酶缓冲液、三磷酸碱基脱氧核苷酸混合液、热启动快速Taq酶、RNA逆转录酶。
进一步的,将上述所获混合物分装保存于专用8连管中,封膜后-20℃保存,干冰运输;优选的,所述检测试剂在使用前置于4℃溶解,溶解后需在规定时间内使用,不得反复冻融;
在一些较为具体的实施方案中,所述试剂盒还包括荧光标记基因FAM、CY5、VIC。
进一步的,所述探针组中的每一探针的5’端标记有报告基团,3’端标记有荧光淬灭基团;所述报告基团选自FAM、CY5、VIC,所述荧光淬灭基团选自MGB。
在一些较为具体的实施方案中,所述试剂盒还包括阴性质控品和阳性质控品。
进一步的,所述阴性质控品包括包裹含ALD RNA待检序列的假病毒和保存液。
进一步的,所述阴性质控品中裹含ALD RNA待检序列的假病毒的浓度滴度为102/100μL。
进一步的,所述阳性质控品包括包裹含ALD RNA待检序列、HIV-1待检序列的假病毒和保存液。
进一步的,所述阳性质控品中包裹含ALD RNA待检序列、HIV待检序列的假病毒的浓度滴度为102/100μL。
进一步的,所述ALD RNA目标序列如SEQ ID NO.10所示,其序列如下所示: 5’-CUCUCGACGCAGGACUCGGCUUGCUGAAGCGCGCACGGCAAGAGGCGAGGGGCGG CGACUGGUGAGUACGCCAAAAAUUUUGACUAGCGGAGGCUAGAAGGAGAGAGAUGG GUGC-3’。
本发明实施例的另一个方面还提供了前述试剂盒于制备基于ddPCR自动化检测HIV-1的产品中的用途。
本发明实施例的另一个方面还提供了一种产品,其包含前述试剂盒,所述产品应用于基于ddPCR自动化检测HIV-1的方法,并且所述方法包括:
提供待检测样本;
将所述待检测样本与所述试剂盒中的PCR扩增检测的常规组件混合形成混合液;
将所述混合液形成微液滴,之后采用数字PCR检测技术,对所述微液滴进行PCR扩增;
以及,对PCR扩增产物进行定量检测分析。
进一步的,所述产品包括配套有8连管自动化检测仪器,所述8连管的立体图如图1a-1b 所示;
进一步的,所述试剂盒分装于8连管中。
本发明中提供的产品推荐使用自动化提取试剂系统提取的PCR扩增产物进行HIV-1的定量检测,但不限于此,其它提取试剂系统提取的PCR扩增产物同样适用于本发明提供的产品用来HIV-1的定量检测。
在一些更为具体的实施方案中,本发明提供的检测HIV-1的引物、探针组,包括:
引物名称 引物mix比例(摩尔比) 荧光信号
LTR-F 0.8
LTR-R 0.8
LTR-P 0.4 FAM
Pol-F 1.2
Pol-R 1.2
Pol-P 0.6 CY5
ALD-F 1
ALD-R 1
ALD-P 0.5 VIC
本发明提供了快速检测试剂盒(10μL体系):热启动快速Taq酶缓冲液(1x)、三磷酸碱基脱氧核苷酸混合液(2mM dNTPs)、热启动快速Taq酶(1U)、RNA逆转录酶(10U)、、引物组、探针组。试剂盒以液体形式保存于与自动化检测仪器配套的8连管(如图1a-1b所示)中。
本发明提供的试剂盒可以与相应的自动化提取试剂相配,实现自动化提取产物直接用于扩增。
本发明提供的试剂盒可以配合其他方案,以提取产物为检测模板。
本试剂盒在4℃溶解后,加入液体模板10-20μL(优选的,15μL)后振荡混匀,混匀后的反应液被吸入液滴生成芯片,与相应的油相配合,在芯片内置液滴生成程序识别后,完成生成液滴。
本试剂盒提供的试剂完成液滴生成后被储存与PCR管中,完成封膜后,在内置PCR金属板上完成PCR反应。
本发明提供的试剂盒可以在完成扩增后,被特制针头转移至检测芯片中,用于后期检测。
本发明提供试剂盒工作原理为微液滴数字PCR,其工作过程为:
(1)配制ddPCR反应液:通过加样针向10μL检测试剂中加入10-20μL(优选的,15μL)的提取产物,提取产物可来自自动化提取产物或其他方案提取产物;震动试剂1min,混匀后静置2min;
(2)制备微液滴:通过加样针将试剂盒中混匀的样本加入到液滴生成芯片的样本孔中,与相应的油相孔中预封的油相在液滴生成芯片中预设的程序生成微液滴;生成时间约10min;
(3)完成PCR扩增程序:生成的微液滴收集于新的8连管中,放置于PCR加热板中,按预设程序完成PCR反应,PCR程序为50℃反转录3min,1个循环;95℃预变性5min,1 个循环;95℃预变性10s,60℃退火10s,68℃延伸5s,40个循环;
(4)微液滴检测:自动加样针将完成PCR后的微液滴转移到检测芯片中,自动化完成聚焦、拍照、分析、计数,并给出分析结果图。
下面结合若干优选实施例及附图对本发明的技术方案做进一步详细说明,本实施例在以发明技术方案为前提下进行实施,给出了详细的实施方式和具体的操作过程,但本发明的保护范围不限于下述的实施例。
下面所用的实施例中所采用的实验材料,如无特殊说明,均可由常规的生化试剂公司购买得到。
实施例1(阴性样本)
本实施例涉及引物组以及荧光标记信息如下表所列:
Figure RE-GDA0002705372830000061
Figure RE-GDA0002705372830000071
本实施例采用的试剂包括:
组分 体积 存储条件
检测试剂(特制8连管中,10μL/管) 48反应(盒) -20℃
阴性质控品(10<sup>2</sup>滴度) 8反应(盒) -20℃
阳性质控品(10<sup>2</sup>滴度) 8反应(盒) -20℃
制备ddPCR反应液:
本实施例推荐使用相应的自动化提取试剂及自动化提取方案。使用其他使用有备案资质的提取试剂盒,建议回收体积20-40μL,取1/2体积10-20μL(优选的,15μL)进行检测。
选择阴性样本,应用推荐的提取方案提取样本,回收体积10-20μL(优选的,15μL),全部用于检测。每批次设置阴性质控品及阳性质控品。
1.通过加样针向提前解冻的试剂盒中加入10-20μL(优选的,15μL)的提取产物;
2.震动试剂1min,充分混匀,静置2min;
制备微液滴:
1.通过加样针将八连管中混匀的透明样本加入到液滴生成芯片的样本孔中;
2.相应对应的油相孔中已预封30μL的油相试剂;
3.启动程序后,仪器会识别液滴生成芯片中预设的程序生成微液滴,开始微液滴生成;
4.生成时间10min;
完成PCR扩增程序:
1.生成的微液滴收集与8连管中;
2.对反应管进行封膜处理后,置于PCR加热板上;
3.开始预设程序完成PCR反应;
4.PCR程序为:
Figure RE-GDA0002705372830000072
Figure RE-GDA0002705372830000081
微液滴检测:
1.自动进样针将完成PCR后的微液滴转移到检测芯片中;
2.完成微液滴进样后,等待5min至微液滴不再移动;
3.自动化完成聚焦、拍照、分析、计数,并给出分析结果图。
数据分析后输出检测结果图像如图2a-2c所示。阴性对照品及阳性对照品符合预期;阴性样本只显示内参基因ALD相应的对照荧光信号VIC。目标基因检测应该信号CY5(Pol)、 FAM(LTR)均无被阳性微液滴出现。
实施例2(阳性样本)
配制ddPCR反应液:
选择拷贝数为102拷贝/mL的阳性样本,应用推荐的提取方案提取样本,回收体积10-20μL (优选的,15μL),全部用于检测。增加阴性对照品及阳性对照品。
1.通过加样针向提前解冻的试剂盒中加入10-20μL(优选的,15μL)的提取产物;
2.左右震动试剂盒1min,充分混匀,静置2min;
制备微液滴:
1.通过加样针将八连管中混匀的透明样本加入到液滴生成芯片的样本孔中;
2.相应对应的油相孔中已预封30μL的油相试剂;
3.启动程序后,仪器会识别液滴生成芯片中预设的程序生成微液滴,开始微液滴生成;
4.生成时间约10min;
完成PCR扩增程序:
1.生成的微液滴收集与8连管中;
2.对反应管进行封膜处理后,置于PCR加热板上;
3.开始预设程序完成PCR反应;
4.PCR程序为:
1 50℃ 3min
2 95℃ 5min
3 95℃ 10
4 60℃ 10
5 68℃ 5s
6 Goto 2 For 39times
微液滴检测
1.自动进样针将完成PCR后的微液滴转移到检测芯片中;
2.完成微液滴进样后,等待5min至微液滴不再移动;
3.自动化完成聚焦、拍照、分析、计数,并给出分析结果图。
数据分析后输出检测结果图像如图3a-3c所示。阴性对照品及阳性对照品符合预期;待测阳性样本显示内参基因ALD相应的对照荧光信号VIC,及目标基因检测信号CY5(Pol)、 FAM(LTR),目标基因检测信号CY5(Pol)、FAM(LTR)有80%以上同时在同一微液滴中被检测到阳性信号被认为是有效结果。
此外,本案发明人还参照前述实施例,以本说明书述及的其它原料、工艺操作、工艺条件进行了试验,并均获得了较为理想的结果。
本发明的各方面、实施例、特征及实例应视为在所有方面为说明性的且不打算限制本发明,本发明的范围仅由权利要求书界定。在不背离所主张的本发明的精神及范围的情况下,所属领域的技术人员将明了其它实施例、修改及使用。
在本发明案中标题及章节的使用不意味着限制本发明;每一章节可应用于本发明的任何方面、实施例或特征。
在本发明案通篇中,在将组合物描述为具有、包含或包括特定组份之处或者在将过程描述为具有、包含或包括特定过程步骤之处,预期本发明教示的组合物也基本上由所叙述组份组成或由所叙述组份组成,且本发明教示的过程也基本上由所叙述过程步骤组成或由所叙述过程步骤组组成。
应理解,各步骤的次序或执行特定动作的次序并非十分重要,只要本发明教示保持可操作即可。此外,可同时进行两个或两个以上步骤或动作。
尽管已参考说明性实施例描述了本发明,但所属领域的技术人员将理解,在不背离本发明的精神及范围的情况下可做出各种其它改变、省略及/或添加且可用实质等效物替代所述实施例的元件。另外,可在不背离本发明的范围的情况下做出许多修改以使特定情形或材料适应本发明的教示。因此,本文并不打算将本发明限制于用于执行本发明的所揭示特定实施例,而是打算使本发明将包含归属于所附权利要求书的范围内的所有实施例。此外,除非具体陈述,否则术语第一、第二等的任何使用不表示任何次序或重要性,而是使用术语第一、第二等来区分一个元素与另一元素。
Figure RE-GDA0002705372830000101
Figure RE-GDA0002705372830000111
Figure RE-GDA0002705372830000121
序列表
<110> 苏州市第五人民医院、苏州德思普生物科技有限公司
<120> 基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组、探针组、试剂盒及用途
<160> 10
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(人工序列)
<400> 1
ctctcgacgc aggactcg 18
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(人工序列)
<400> 2
gcacccatct ctctccttct 20
<210> 3
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(人工序列)
<400> 3
tggcagtatt catccacaat ttt 23
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(人工序列)
<400> 4
ggtacagtgc aggggaaaga 20
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(人工序列)
<400> 5
tcattatgat cgccacgggt 20
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(人工序列)
<400> 6
acagtccgga ttatacgcgt 20
<210> 7
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(人工序列)
<400> 7
cgccaaaaat tttgactagc gg 22
<210> 8
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(人工序列)
<400> 8
ggattggggg gtacagtgc 19
<210> 9
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(人工序列)
<400> 9
taaccagacg gctccattgt 20
<210> 10
<211> 115
<212> RNA
<213> 人工序列(人工序列)
<400> 10
cucucgacgc aggacucggc uugcugaagc gcgcacggca agaggcgagg ggcggcgacu 60
ggugaguacg ccaaaaauuu ugacuagcgg aggcuagaag gagagagaug ggugc 115

Claims (10)

1.一种基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组,其特征在于包括:
第一引物,其序列如SEQ ID NO.1所示;
第二引物,其序列如SEQ ID NO.2所示;
第三引物,其序列如SEQ ID NO.3所示;
第四引物,其序列如SEQ ID NO.4所示;
第五引物,其序列如SEQ ID NO.5所示;
第六引物,其序列如SEQ ID NO.6所示。
2.根据权利要求1所述的基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组,其特征在于:所述引物组中第一引物、第二引物、第三引物、第四引物、第五引物、第六引物的摩尔比为0.7-0.9:0.7-0.9:1.1-1.3:1.1-1.3:0.9-1.0:0.9-1.0,优选为0.8:0.8:1.2:1.2:1.0:1.0。
3.一种基于ddPCR自动化检测HIV-1的探针组,其特征在于包括:
第一探针,其序列如SEQ ID NO.7所示;
第二探针,其序列如SEQ ID NO.8所示;
第三探针,其序列如SEQ ID NO.9所示。
4.根据权利要求3所述的基于ddPCR自动化检测HIV-1的探针组,其特征在于:所述探针组中第一探针、第二探针、第三探针的摩尔比为0.35-0.45:0.5-0.7:0.4-0.6,优选为0.4:0.6:0.5。
5.一种基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组和探针组的组合物,其特征在于至少包括权利要求1所述的引物组和权利要求3所述的探针组。
6.一种基于ddPCR自动化检测HIV-1的试剂盒,其特征在于至少包括权利要求1所述的引物组和权利要求3所述的探针组。
7.根据权利要求6所述的基于ddPCR自动化检测HIV-1的试剂盒,其特征在于还包括PCR扩增检测的常规组件;优选的,所述PCR扩增检测的常规组件包括热启动快速Taq酶缓冲液、三磷酸碱基脱氧核苷酸混合液、热启动快速Taq酶、RNA逆转录酶。
8.根据权利要求6所述的基于ddPCR自动化检测HIV-1的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒还包括荧光标记基因FAM、CY5、VIC;
和/或,所述试剂盒还包括阴性质控品和阳性质控品;优选的,所述阴性质控品包括包裹含ALD RNA待检序列的假病毒和保存液;优选的,所述阴性质控品中裹含ALD RNA待检序列的假病毒的浓度滴度为102/100μL;优选的,所述阳性质控品包括包裹含ALD RNA待检序列、HIV待检序列的假病毒和保存液;优选的,所述阳性质控品中包裹含ALD RNA待检序列、HIV-1待检序列的假病毒的浓度滴度为102/100μL;优选的,所述ALD RNA目标序列如SEQ IDNO.10所示。
9.权利要求6-8中任一项所述试剂盒于制备基于ddPCR自动化检测HIV-1的产品中的用途。
10.一种产品,其特征在于包含权利要求6-8中任一项所述试剂盒,所述产品应用于基于ddPCR自动化检测HIV-1的方法,并且所述方法包括:
提供待检测样本;
将所述待检测样本与所述试剂盒中的PCR扩增检测的常规组件混合形成混合液;
将所述混合液形成微液滴,之后采用数字PCR检测技术,对所述微液滴进行PCR扩增;
以及,对PCR扩增产物进行定量检测分析;
优选的,所述产品包括配套有8连管自动化检测仪器;优选的,所述试剂盒分装于8连管中。
CN202010909795.3A 2020-09-02 2020-09-02 基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组、探针组、试剂盒及用途 Pending CN111961760A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202010909795.3A CN111961760A (zh) 2020-09-02 2020-09-02 基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组、探针组、试剂盒及用途

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202010909795.3A CN111961760A (zh) 2020-09-02 2020-09-02 基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组、探针组、试剂盒及用途

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN111961760A true CN111961760A (zh) 2020-11-20

Family

ID=73392825

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202010909795.3A Pending CN111961760A (zh) 2020-09-02 2020-09-02 基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组、探针组、试剂盒及用途

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN111961760A (zh)

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1694966A (zh) * 2002-11-13 2005-11-09 株式会社日立高新技术 核酸的扩增方法及其装置
US20180066325A1 (en) * 2015-05-18 2018-03-08 Calimmune, Inc. Methods for discriminating between hiv-1 and lentiviral vectors
US20180202009A1 (en) * 2014-10-31 2018-07-19 Keio University Hiv pathology marker and examination method
CN109457052A (zh) * 2018-12-18 2019-03-12 苏州德思普生物科技有限公司 检测人类免疫缺陷病毒核酸的引物、探针、试剂盒及检测方法
CN110923361A (zh) * 2019-12-11 2020-03-27 湖南圣洲生物科技有限公司 基于数字pcr用于血源筛查的引物、探针及试剂盒

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1694966A (zh) * 2002-11-13 2005-11-09 株式会社日立高新技术 核酸的扩增方法及其装置
US20180202009A1 (en) * 2014-10-31 2018-07-19 Keio University Hiv pathology marker and examination method
US20180066325A1 (en) * 2015-05-18 2018-03-08 Calimmune, Inc. Methods for discriminating between hiv-1 and lentiviral vectors
CN109457052A (zh) * 2018-12-18 2019-03-12 苏州德思普生物科技有限公司 检测人类免疫缺陷病毒核酸的引物、探针、试剂盒及检测方法
CN110923361A (zh) * 2019-12-11 2020-03-27 湖南圣洲生物科技有限公司 基于数字pcr用于血源筛查的引物、探针及试剂盒

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
潘克女等: "基于TaqMan-MGB荧光定量PCR技术检测 HIV-1 DNA基因方法的建立", 《中国预防医学杂志》 *

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Kalikiri et al. High-throughput extraction of SARS-CoV-2 RNA from nasopharyngeal swabs using solid-phase reverse immobilization beads
CN109576397B (zh) 一种人类免疫缺陷病毒1型核酸定量检测试剂盒
CN109929924B (zh) 一种基于高通量测序的igh基因重排检测方法
Chen et al. Development of a generic microfluidic device for simultaneous detection of antibodies and nucleic acids in oral fluids
Lim et al. Microfluidic point-of-care device for detection of early strains and B. 1.1. 7 variant of SARS-CoV-2 virus
US20230193369A1 (en) Composition, reaction liquid and method for improving qpcr test performance, and use thereof
CN110923361A (zh) 基于数字pcr用于血源筛查的引物、探针及试剂盒
CN111850172B (zh) 用于检测SARS-CoV-2的LAMP引物组及试剂盒
CN111961760A (zh) 基于ddPCR自动化检测HIV-1的引物组、探针组、试剂盒及用途
CN112725475A (zh) 一种结核分枝杆菌检测引物和探针组合物、试剂盒及应用
WO2020125295A1 (zh) 检测人类免疫缺陷病毒核酸的引物、探针、试剂盒及检测方法
JP6641350B2 (ja) 乾燥スポットに対する自動化hiv−1ウイルス量検査方法
CN111394518A (zh) 一种用于新冠病毒核酸体外扩增检测方法及其试剂盒
CN115948607B (zh) 同时检测多种病原体基因的方法和试剂盒
US20130122484A1 (en) Diagnostic method for determining animals persistently infected (pi) with bovine viral diarrhea virus (bvdv)
CN113481326A (zh) 一种等温核酸扩增反应试剂、等温核酸扩增方法及其应用
JP2013230146A (ja) 陽性対照の概念
CN114592094B (zh) 一种特异性信号采集和输出一体化的核酸探针及其应用
RU2744665C1 (ru) Способ выявления рнк вируса луйо методом обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции с учетом результатов в режиме реального времени
Karino et al. Evaluation of the efficacy of LAMP-based SARS-CoV-2 detection with simple RNA extraction from nasopharyngeal swabs: A prospective observational study
Borysiak et al. Point-of-care HIV-1 diagnostic with integrated nucleic acid extraction and amplification from whole blood
Anveshi et al. Validation and Implementation of Pooled Testing Protocol for SARS-CoV-2 RTPCR: a strategy to counter delays in COVID-19 diagnosis
Morehouse et al. Speeding Up COVID-19 Detection Using Shaker-Mill Homogenization and a Direct-to-PCR Workflow
CN110982934A (zh) 一种用于消除假阴性的寨卡病毒环介导恒温荧光检测引物组及试剂盒
CN112210625A (zh) 定量检测人类免疫缺陷病毒1型dna载量的试剂盒及方法

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination