CN110923333A - 山羊zbp1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记及其应用 - Google Patents

山羊zbp1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN110923333A
CN110923333A CN201911266436.4A CN201911266436A CN110923333A CN 110923333 A CN110923333 A CN 110923333A CN 201911266436 A CN201911266436 A CN 201911266436A CN 110923333 A CN110923333 A CN 110923333A
Authority
CN
China
Prior art keywords
seq
zbp1g
site
sequence
goat
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201911266436.4A
Other languages
English (en)
Other versions
CN110923333B (zh
Inventor
陶虎
陈明新
张年
杨娟
熊琪
李晓锋
索效军
杨前平
刘洋
�田宏
张鹤山
熊军波
张凤
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Institute of Animal Science and Veterinary of Hubei Academy of Agricultural Sciences
Original Assignee
Institute of Animal Science and Veterinary of Hubei Academy of Agricultural Sciences
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Institute of Animal Science and Veterinary of Hubei Academy of Agricultural Sciences filed Critical Institute of Animal Science and Veterinary of Hubei Academy of Agricultural Sciences
Priority to CN201911266436.4A priority Critical patent/CN110923333B/zh
Publication of CN110923333A publication Critical patent/CN110923333A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN110923333B publication Critical patent/CN110923333B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/172—Haplotypes

Abstract

本发明提供了山羊ZBP1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记，位于山羊ZBP1基因的第一内含子中，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，在该序列的第249bp处存在一处C>T碱基突变、在第852bp处存在一个C>T碱基突变、在第1777bp处存在一个G>A碱基突变、在第2463bp处存在一个C>T碱基突变；本发明还提供了山羊ZBP1基因与产羔数性状关联的SNP检测试剂盒，包括如SEQ ID NO.6～13所示的引物对；如SEQ ID NO.14～17所示的SNaPshot单碱基延伸引物。本发明为山羊产羔数性状的分子标记辅助育种提供了由4个SNP位点组成的新的单倍型分子育种标记。

Description

山羊ZBP1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记及其 应用
技术领域
本发明涉及山羊分子标记筛选技术领域，尤其涉及山羊ZBP1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记及其应用。
背景技术
产羔性状是山羊的最重要的经济性状之一。提高每胎的产羔数对于山羊而言是提升生产经济效益的重要措施。应用基因组学方法的研究能在整个基因组的水平去筛选出与山羊重要经济性状相关的候选基因和分子标记，使研究人员能够更深入的理解山羊性状的遗传机理。由于山羊产羔数是低遗传力性状，通过常规的育种方法很难在短期内获得较大遗传进展，随着应用基因组学、分子生物学和分子遗传学理论技术的不断发展，遗传标记技术可以较好的解决这一难题，并能有效的加快山羊产羔数性状的选择进展，可对我国山羊产业的可持续发展将带来巨大的经济效益。
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记指由基因组单核苷酸变异引起的DNA序列多态性，包括碱基转换、颠换、单碱基插入或缺失等，被公认为是最新的第三代DNA分子标记。根据SNP在基因中的位置可分为基因编码区SNP(coding-regionSNP cSNP)、基因周边SNP(perigenic SNP，pSNP)以及基因间SNP(intergenic SNP，iSNP)三类。其中基因编码区的SNP可能导致基因所编码的氨基酸序列发生改变，进而改变蛋白的高级形态，影响基因所编码的蛋白类激素的功能。
SnaPshot技术是一种基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术，也称小测序，主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶，四种荧光标记的ddNTP，紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经ABI测序仪电泳后，根据峰的颜色可知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型，根据峰移动的胶位置确定该延伸产物对应的SNP位点，通常用于5-30个SNP位点分析。
Z-DNA结合蛋白1(Z-DNABinding Protein 1,ZBP1)基因是一种细胞质传感器，当前研究重要集中在疾病和炎症反应等方面。迄今为止，尚无有关山羊ZBP1基因做为山羊产羔数性状的分子标记的研究的相关报道。
发明内容
本发明的目的在于克服现有技术之缺陷，提供了山羊ZBP1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记及其应用，本发明发掘了山羊ZBP1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记，为山羊产羔数性状的分子标记辅助育种提供了一种新的单倍型标记。
本发明的目的之一在于提供一种山羊ZBP1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记，所述的单倍型标记位于山羊ZBP1基因第一内含子的部分DNA序列中，所述单倍型标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，该序列长度为2463bp；所述单倍型标记包括：
ZBP1 g.352C>T位点的分子标记：即在SEQ ID NO.1所示序列中第249bp处存在一处C>T碱基突变；
ZBP1 g.955C>T位点的分子标记：即在SEQ ID NO.1所示序列中第852bp处存在一处C>T碱基突变；
ZBP1 g.1880G>A位点的分子标记：即在SEQ ID NO.1所示序列中第1777bp处存在一处G>A碱基突变；
ZBP1 g.2566T>C位点的分子标记：即在SEQ ID NO.1所示序列中第2463bp处存在一处T>C碱基突变。
本发明的目的之二在于提供所述的单倍型标记在山羊产羔数性状标记辅助选择中的应用。
本发明的目的之三在于提供一种山羊ZBP1基因第一内含子内与山羊产羔数性状相关SNP的检测试剂盒，包括：
用于扩增包含ZBP1 g.352C>T位点的SEQ ID NO.2所示序列的引物对：上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示；
用于扩增包含ZBP1 g.955C>T位点的SEQ ID NO.3所示序列的引物对：上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示；
用于扩增包含ZBP1 g.1880G>A位点的SEQ ID NO.4所示序列的引物对：上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示；
用于扩增包含ZBP1 g.2566T>C位点的SEQ ID NO.5所示序列的引物对：上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示；
以及四个SNaPshot单碱基延伸引物，包括：
用于检测ZBP1 g.352C>T位点的单碱基延伸引物如SEQ ID NO.14所示；
用于检测ZBP1 g.955C>T位点的单碱基延伸引物如SEQ ID NO.15所示；
用于检测ZBP1 g.1880G>A位点的单碱基延伸引物如SEQ ID NO.16所示；
用于检测ZBP1 g.2566T>C位点的单碱基延伸引物如SEQ ID NO.17所示。
本发明的目的之四在于提供使用所述检测试剂盒山羊ZBP1基因第一内含子内与山羊产羔数性状相关SNP的方法，包括以下步骤：
步骤1、以从待测山羊血液样本中提取的基因组DNA为模板，通过选自所述SEQ IDNO.6～13所示PCR引物对构建多重PCR扩增体系进行PCR扩增，并对PCR产物进行纯化处理；
步骤2、以所述纯化的PCR产物为模版，通过选自所述SEQ ID NO.14～17所示SNaPshot单碱基延伸引物构建SNaPshot反应体系进行单碱基延伸反应，并对反应制备的单碱基延伸产物进行纯化处理；
步骤3、使用遗传学分析仪检测所述纯化后的单碱基延伸产物，并使用基因分析软件对结果进行分析。
本发明的目的之五在于提供所述的检测试剂盒在山羊产羔数性状标记辅助选择中的应用。
本发明的有益效果：
本发明发掘了山羊ZBP1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记所述的单倍型标记位于山羊ZBP1基因第一内含子的部分DNA序列中，含有ZBP1g.352C>T、ZBP1g.955C>T、ZBP1 g.1880G>A和ZBP1 g.2566T>C四个SNP位点；由上述4个SNP位点组成的单倍型可以作为山羊产羔数性状的单倍型标记，本发明为山羊产羔数性状的分子标记辅助育种提供了一种新的单倍型标记，实现了对山羊产羔数性状进行早期选择，检测方法快速、准确，且不受养殖环境条件因素影响。
附图说明
图1是本发明中山羊ZBP1基因第一内含子中ZBP1 g.352C>T位点的GeneMapperV4.0软件读取结果图；A图：TT基因型；B图：CT基因型；C图：CC基因型；
图2是本发明中山羊ZBP1基因第一内含子中ZBP1 g.955C>T位点的GeneMapperV4.0软件读取结果图；A图：CC基因型；B图：CT基因型；C图：TT基因型；
图3是本发明中山羊ZBP1基因第一内含子中ZBP1 g.1880G>A位点的GeneMapperV4.0软件读取结果图；A图：GG基因型；B图：GA基因型；C图：AA基因型；
图4是本发明中山羊ZBP1基因第一内含子中ZBP1 g.2566T>C位点的GeneMapperV4.0软件读取结果图；A图：TT基因型；B图：CT基因型；C图：CC基因型；
图5是山羊ZBP1基因SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5序列片段琼脂糖凝胶电泳图谱；1：如SEQ ID NO.2所示序列，2：如SEQ ID NO.3所示序列，3：如SEQ ID NO.4所示序列，4：如SEQ ID NO.5所示序列；
图6是ZBP1 g.352C>T、ZBP1 g.955C>T、ZBP1 g.1880G>A和ZBP1g.2566T>C位点在波尔山羊、黑头羊和麻城黑山羊群体中均为强连锁不平衡结果。
具体实施方式
实施例1山羊ZBP1基因第一内含子片段的获得及多态性位点检测方法的建立
1、山羊基因组DNA的提取
本发明的试验山羊品种为波尔山羊、麻城黑山羊和黑头羊(波尔山羊与麻城黑山羊杂交品种)，样本来源于湖北省农业科学院畜牧兽医研究所种羊场。山羊基因组DNA采用北京天根生化科技有限公司生产的血液基因组DNA提取试剂盒(货号：DP348)进行提取，具体步骤参照试剂盒说明书。对提取出的DNA进行浓度和质量检测，置于-40℃下保存备用。
2、山羊ZBP1基因第一内含子片段的获得
(1)PCR扩增
根据山羊ZBP1基因的基因组序列(GenBank登陆号：NC_030820.1)中的第一内含子序列(如SEQ ID NO.1所示)设计四对引物，分别扩增包含4个多态性位点的片段(图5)。引物如表1所示。
表1
Figure BDA0002312978140000061
利用上述引物在波尔山羊、麻城黑山羊和黑头羊基因组DNA中进行PCR扩增，PCR反应体系如表2所示，总体积为50μL；PCR反应程序如表3所示。
表2
Figure BDA0002312978140000062
表3
Figure BDA0002312978140000063
(2)PCR产物纯化
上述PCR产物用上海生工生物工程有限公司的Gel Extraction Kit试剂盒(货号：B610353)进行纯化，具体步骤如下：首先从琼脂糖凝胶上切下含目的片段的凝胶，放入1.5mL离心管，加入400μL溶胶液，50-60℃水浴至胶彻底融化，加热融胶时，每2min混匀一次，冷却至室温；将离心柱放入收集管中，把混合液移至离心柱，室温放置2min；12000r/min离心1min，此时DNA被吸附到柱上；倒掉收集管中废液，将离心柱放入同一个收集管中，加入700μL洗脱液，12000r/min离心1min；倒掉收集管中的废液，12000r/min离心1min；将离心柱放入一预先准备好的灭菌1.5mL离心管中，加入40μL洗脱液或双蒸水(pH＞7.0)，室温或37℃放置2-3min；12000r/min离心1min，离心管中的液体即为回收的DNA片段。
3、将纯化后的PCR产物纯化后通过SNaPshot方法检测分子标记
根据山羊ZBP1基因的基因组序列(GenBank登陆号：NC_030820.1)设计ZBP1g.352C>T、ZBP1 g.955C>T、ZBP1 g.1880G>A和ZBP1 g.2566T>C位点的SNaPshot延伸引物如表4所示：
表4
Figure BDA0002312978140000071
在15μL纯化后的PCR产物中加入5U SAP和2U Exo I，震荡混匀，37℃保温1h，然后75℃保温15min以灭活SAP(New England Biolabs)和ExoI酶(New England Biolabs)；使用Applied Biosystems公司的SNaPshot Multiplex Kit将处理后的15μL PCR产物吸出3μL进行SNaPshot检测，PCR反应体系10μL，Reaction Mix试剂5μL，SAP和ExoI酶处理后PCR产物3μL，延伸引物各0.5μL，去离子水1μL，PCR扩增程序为96℃变性10s，50℃退火5s，60℃延伸30s，25个循环，4℃保存；将SNaPshot产物稀释20倍，稀释体系为Hi-Di Formamide 9.25μL，GS-120LIZ 0.25μL,SNaPshot产物0.5μL，反应体系为95℃变性5min，冰浴4min；配制含有350μL Hi-Di甲酰胺和50μL Matrix标准品的混合液，95℃变性5min，迅速冰冷5min，平分2管，分装至上机板后对3730XL DNAAnalyzer仪器进行光谱校正；使用3730XL DNAAnalyzer对制备好的样品进行毛细管电泳并搜集信号；最后使用GeneMapper V4.0软件对实验结果进行分析(如图1、图2、图3和图4所示)。
实施例2本发明制备的分子标记在杜洛克猪中的多态性分布检测
本实施例分别在波尔山羊、黑头羊和麻城黑山羊群体中检测山羊ZBP1基因第一内含子中ZBP1 g.352C>T、ZBP1 g.955C>T、ZBP1 g.1880G>A和ZBP1g.2566T>C位点的多态性，检测结果如表5所示。
表5-山羊ZBP1基因四个位点在山羊群体中的基因型频率和等位基因频率
Figure BDA0002312978140000091
由表5结果可知：ZBP1 g.352C>T、ZBP1 g.955C>T、ZBP1 g.1880G>A和ZBP1g.2566T>C位点在波尔山羊、黑头羊和麻城黑山羊群体中均表现为三种基因型，其中基因型以纯合型占据优势。在波尔山羊、黑头羊和麻城黑山羊群体中优势等位基因保持一致，ZBP1g.352C>T和ZBP1 g.955C>T位点在三个山羊群体中等位基因C均为优势等位基因，ZBP1g.1880G>A位点中等位基因G为优势等位基因，ZBP1 g.2566T>C位点中等位基因T为优势等位基因。
由图6结果表明：ZBP1 g.352C>T、ZBP1 g.955C>T、ZBP1 g.1880G>A和ZBP1g.2566T>C位点在波尔山羊、黑头羊和麻城黑山羊群体中均为连锁不平衡，其中ZBP1g.955C>T和ZBP1 g.1880G>A在波尔山羊和麻城黑山羊群体中表现为完全连锁不平衡(D’＝1)。
实施例3本发明制备的分子标记与山羊产羔数性状的关联分析及应用
为了确定山羊ZBP1基因第一内含子中ZBP1 g.352C>T、ZBP1 g.955C>T、ZBP1g.1880G>A和ZBP1 g.2566T>C位点与波尔山羊、黑头羊和麻城黑山羊产羔数性状差异是否相关，采用实施例1建立的方法进行多态性检测，并分析山羊ZBP1基因中ZBP1 g.352C>T、ZBP1 g.955C>T、ZBP1 g.1880G>A和ZBP1g.2566T>C位点的三种基因型与山羊产羔数性状的相关性。采用SAS统计软件(SAS Institute Inc,Version 9.1)GLM程序进行不同SNP基因型组合的方差分析，并进行显著性检验，所采用模型为：
Yijklm＝μ+Pi+Sj+Fk+Gl+Mm+eijklm；
Yijklm为性状表型值，μ为平均值，Pi为第i个胎次的影响(i＝1、2、3、4)，Sj为基因型效应(包括基因加性效应和显性效应；加性效应用1，0和-1分别代表CC、CT和TT基因型或AA、GA和GG基因型，显性效应用1，-1和1分别代表CC、CT和TT基因型或AA、GA和GG基因型)，Fk为第k个羊场的影响(k＝1、2)，Gl为影响第l个基因型(l＝1-3)，Mm为母畜效应，eijklm为残差效应。分别在波尔山羊、黑头羊和麻城黑山羊群体中进行三种基因型与产羔数性状间的关联分析，统计分析结果如表6、表7、表8和表9所示：
表6-山羊ZBP1基因ZBP1 g.352C>T位点与产羔数性状的关联分析
Figure BDA0002312978140000101
注：a和b表示差异显著(P<0.05)，A和B表示差异极显著(P<0.01)；*表示差异极显著(P<0.05)，**表示差异极显著(P<0.01)。
由表6可知，在波尔山羊群体中，ZBP1 g.352C>T位点的CC基因型基因型的总产羔数显著高于CT基因型(P<0.05)；在黑头羊群体中，CC基因型和TT基因型的总产羔数极显著高于CT基因型(P<0.01)；由此可见，即纯合基因型的总产羔数显著高于杂合基因型。
表7-山羊ZBP1基因ZBP1 g.955C>T位点与产羔数性状的关联分析
Figure BDA0002312978140000111
注：a和b表示差异显著(P<0.05)，A和B表示差异极显著(P<0.01)；*表示差异极显著(P<0.05)，**表示差异极显著(P<0.01)。
由表7可知，在波尔山羊群体中，ZBP1 g.955C>T位点的TT基因型的总产羔数显著高于CC基因型(P<0.05)；ZBP1 g.955C>T位点在黑头羊和麻城黑山羊群体中的头胎产羔数和总体产羔数均无显著差异。
表8-山羊ZBP1基因ZBP1 g.1880G>A位点与产羔数性状的关联分析
Figure BDA0002312978140000112
注：a和b表示差异显著(P<0.05)，A和B表示差异极显著(P<0.01)；*表示差异极显著(P<0.05)，**表示差异极显著(P<0.01)。
由表8可知，在波尔山羊群体中，ZBP1 g.1880G>A位点的AA基因型和GA基因型的总产羔数显著高于GG基因型(P<0.05)；ZBP1 g.1880G>A位点在黑头羊和麻城黑山羊群体中的头胎产羔数和总体产羔数均无显著差异。
表9-山羊ZBP1基因ZBP1 g.2566T>C位点与产羔数性状的关联分析
Figure BDA0002312978140000121
注：a和b表示差异显著(P<0.05)，A和B表示差异极显著(P<0.01)；*表示差异极显著(P<0.05)，**表示差异极显著(P<0.01)。
由表9可知，在波尔山羊群体中，ZBP1 g.2566T>C位点的TT基因型的总产羔数显著高于CT基因型(P<0.05)；在麻城黑山羊群体中，CC基因型的总产羔数显著高于TT基因型(P<0.05)；ZBP1 g.2566T>C位点在黑头羊群体中的头胎产羔数和总体产羔数均无显著差异。上述四个多态性位点在波尔山羊、黑头羊和麻城黑山羊群体中加性效应和显性效应均未达到显著水平(P>0.05)。以上结果表明，在波尔山羊和黑头羊群体中山羊ZBP1基因的ZBP1g.352C>T位点与总产羔数显著相关；ZBP1 g.955C>T位点和ZBP1 g.1880G>A在波尔山羊群体中与总产羔数显著相关；ZBP1 g.2566T>C在波尔山羊和麻城黑山羊群体中与总产羔数显著相关。上述四个SNP位点所组成的单倍型可作为山羊产羔数性状遗传改良的新的单倍型分子标记。
所述仅为本发明的较佳实施例而已，并不用以限制本发明，凡在本发明的精神和原则之内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包括在本发明的保护范围之内。
序列表
<110> 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所
<120> 山羊ZBP1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记及其应用
<160> 17
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 2516
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<221> allele
<222> (249)..(249)
<223> y=c或t
<220>
<221> allele
<222> (852)..(852)
<223> y=c或t
<220>
<221> allele
<222> (1777)..(1777)
<223> r=g或a
<220>
<221> allele
<222> (2463)..(2463)
<223> y=c或t
<400> 1
gtactttttt ccttctaagg acccgcggga gtgcccgggc gggacttaac ttttcttctg 60
gttccttttc ttggttcaga tgacaaccac gataggctaa tacctgaagg caccaccgta 120
acaagagagg gagagagcat tgcatcgggt tcaatccgtg tgcgttttgc aggaactctc 180
aggggaagcc cgctgaggtt cccacctcac tcccgagatc acaggcaaca caggtgaaat 240
gactcaggyg gctgagcgtg gggcctgaac acctgccttc actttcgttt tgaggaagga 300
gggcagttgc tttgcttgta tgtggctttc ctcctgctgc tgttctttta ttgaatggcg 360
cacacgaaac ttaactggca ctgaacatag ctgattccta gggtccccac cgaaagggtg 420
tgggctgggg gctgaggtgc tttttgtctg tctttgttct gtgatcagta actatctgaa 480
cctcaccatg atctgaagta gtcatgaatc tcaccatttc aaagatgggt aaatggaggt 540
cacacagctg gtaggtggca gagttttggc tcaaacccag gaaaatatgc tgtgtcaggg 600
aggggggtta actgggagtg gcccagaatc ccagggtggg ttcccaggtt cctgttgtat 660
tttcccaagg agacttgtca ggggcactgg gtaactgaat ttaactttcc cagcaggttt 720
tccttttaac tgatgtatcg tttacacctc atcccatttt gcaatttctg gttcagcagc 780
cagaagactc agtgggggag gcaagcccag ccttcactgc atggacccca tttcctcttt 840
ggggtyaggg gactgcagga ggaggaagag agataggctc acccaggagc aggtttttca 900
ggaatcaaaa ctcttttcaa ggctaggcaa agcatcagtg ggtgggacgg gtatgacagt 960
ctcgggggta gtgtttagtg agtgaagttc aggctgggtg accccagggg ttgtaatgca 1020
catcacctgc ccccagaaga aagcaaacat tccacccaca agagcaagcc acagtgccca 1080
gcgcagagct ggcaaacagg tcatccccta gtgctgccca ctcagaatcc agcaagaacc 1140
cagaagtcaa agggttgggc tgctgccctg ggagggtaac ttggtcttcc caagaaaggc 1200
cctgctttgc attcccatgg tgttcccagg ggcagacact ttctctccca gcgccatgca 1260
ctgttggctc tgcgcccacc agttctctca ctccccacag ggcagccggc ttgggtttat 1320
gggagcctgc ctgggaggag tagaggctat ttggaaagtt cctctttgag cctagaggca 1380
tcctgcttag gaccattaac tctggcagag gggaggcgga aacagaggcc ttggaggaga 1440
gcccatcccc tgcccaggcc atctgagcac acatctaccc agtagtggac actcactctt 1500
tcatccagtc cctcctccat ccaaatgctg ttaatagttc gtgagaccct actgcatgcc 1560
tggcccatgg ctagacacag aaccactaca gtgaacctgg cagtcacagc agcggatccc 1620
tggggacact ctgcagggga cccacaggac cagcgtccca cctgctcagg gcactcagga 1680
cagccttcca gcattggagt ctgagtgaga actcacactg gacaggtgga gaggggggga 1740
agagcatgcc tggcaaaggg aatggcatgc rcaaaggccc aggggtgagt atggctgaaa 1800
ggaattcaaa caggttggca cttgacgggc agtagagggt gggtaaagat gaggctggtt 1860
ctgccagcca agaggagggt ggactggagg gaacctggac ttggtggaac tgctgtcatc 1920
gaggggatgc tgacaaggag tggggagtgg aggcagagga aaggagaagg ggttgagaga 1980
gtctcgagcg gcaccaccag gactccatgg ttgggcagca gggtgaaagc tctgtttctg 2040
gatgcctgct gggtttctgg ggcggggggg gatgaacagt gacatcgccc ctgtggatgg 2100
tgagcccgag gagcagattc cgcagggcgg ggtggatggg ggatggaggg caccagggac 2160
aggcctcact tccccggctc ctctgctccg cccttaccct cctgcatcct gccgcctcca 2220
ctctcctctg ctctgaggac acctgagggc tgactgttct catctgtcct ccagtgctca 2280
cacaggcagg ggacactcgg aaggcctggc agctcctctg gccaccagac tgtccggccc 2340
aggtcacttc tgagcagccc acgcgcccct ccctgaggac aaggagacac tgatgggtgt 2400
ctgcttcaac ctctgttcct ccgtctgccc tagacccctc tctggggggc gcctgayggc 2460
ccaggctggg tcgtggggac ctcagttctg tctctgcccc tgtctccctc tcccag 2516
<210> 2
<211> 270
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<221> allele
<222> (141)..(141)
<223> y=c或t
<400> 2
ggcaccaccg taacaagaga gggagagagc attgcatcgg gttcaatccg tgtgcgtttt 60
gcaggaactc tcaggggaag cccgctgagg ttcccacctc actcccgaga tcacaggcaa 120
cacaggtgaa atgactcagg ygaccacggc tgagcgtggg gcctgaacac ctgccttcac 180
tttcgttttg aggaaggagg gcagttgctt tgcttgtatg tggctttcct cctgctgctg 240
ttcttttatt gaatggcgca cacgaaactt 270
<210> 3
<211> 234
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<221> allele
<222> (80)..(80)
<223> y=c或t
<400> 3
tctggttcag cagccagaag actcagtggg ggaggcaagc ccagccttca ctgcatggac 60
cccatttcct ctttggggty aggggactgc aggaggagga agagagatag gctcacccag 120
gagcaggttt ttcaggaatc aaaactcttt tcaaggctag gcaaagcatc agtgggtgga 180
acgggtatga cagtctcggg ggtagtgttt agtgagtgaa gttcaggctg ggtg 234
<210> 4
<211> 267
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<221> allele
<222> (136)..(136)
<223> r=g或a
<400> 4
ggacccacac aggaccagcg tcccacctgc tcagggcact caggacagcc ttccagcatt 60
ggagtctgag tgagaactca cactggacag gtggagaggg ggggaagagc atgcctggca 120
aagggaatgg catgcrcaaa ggcccagggg tgagtatggc tgaaaggaat tcaaacaggt 180
tggcacttga cgggcagtag agggtgggta aagatgaggc tggttctgcc agccaagagg 240
agggtggact ggagggaacc tggactt 267
<210> 5
<211> 302
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<221> allele
<222> (231)..(231)
<223> y=c或t
<400> 5
tctgctctga ggacacctga gggctgactg ttctcatctg tcctccagtg ctcacacagg 60
caggggacac tcggaaggcc tggcagctcc tctggccacc agactgtccg gcccaggtca 120
cttctgagca gcccacgcgc ccctccctga ggacaaggag acactgatgg gtgtctgctt 180
caacctctgt ccctccgtct gccctagacc cctctctggg gggcgcctga yggcccaggc 240
tgggtcgtgg ggacctcagt tctgtctctg cccctgtctc cctctcccag accttgagca 300
ga 302
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
ggcaccaccg taacaagaga 20
<210> 7
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
aagtttcgtg tgcgccattc 20
<210> 8
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
tctggttcag cagccagaag 20
<210> 9
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
cacccagcct gaacttcact 20
<210> 10
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
ggacccacac aggaccag 18
<210> 11
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
aagtccaggt tccctccagt 20
<210> 12
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
tctgctctga ggacacctga 20
<210> 13
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
tctgctcaag gtctgggaga 20
<210> 14
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
ttttttttta cacaggtgaa atgactcagg 30
<210> 15
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
tttttttttt tttttttttt cctcctgcag tcccct 36
<210> 16
<211> 57
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt caaagggaat ggcatgc 57
<210> 17
<211> 52
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttg gggggcgcct ga 52

Claims (10)

1.一种山羊ZBP1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记，其特征在于，所述的单倍型标记位于山羊ZBP1基因第一内含子的部分DNA序列中，所述单倍型标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，该序列长度为2463bp；所述单倍型标记包括：
ZBP1 g.352C>T位点的分子标记：即在SEQ ID NO.1所示序列中第249bp处存在一处C>T碱基突变；
ZBP1 g.955C>T位点的分子标记：即在SEQ ID NO.1所示序列中第852bp处存在一处C>T碱基突变；
ZBP1 g.1880G>A位点的分子标记：即在SEQ ID NO.1所示序列中第1777bp处存在一处G>A碱基突变；
ZBP1 g.2566T>C位点的分子标记：即在SEQ ID NO.1所示序列中第2463bp处存在一处T>C碱基突变。
2.如权利要求1所述的单倍型标记，其特征在于，所述ZBP1 g.352C>T位点的分子标记的序列如SEQ ID NO.2所示；所ZBP1 g.955C>T位点的分子标记的序列如SEQ ID NO.3所示；所述ZBP1 g.1880G>A位点的分子标记的序列如SEQ ID NO.4所示；所述ZBP1 g.2566T>C位点的分子标记的序列如SEQ ID NO.5所示。
3.如权利要求1所述的单倍型标记，其特征在于，所述序列SEQ ID NO.1的第249bp处的C或T的碱基多态性位点，表现为CC、CT或TT三种基因型，其中C为优势等位基因。
4.如权利要求1所述的单倍型标记，其特征在于，所述序列SEQ ID NO.1的第852bp处的C或T的碱基多态性位点，表现为CC、CT或TT三种基因型，其中C为优势等位基因。
5.如权利要求1所述的单倍型标记，其特征在于，所述序列SEQ ID NO.1的第1777bp处的G或A的碱基多态性位点，表现为GG、GA或AA三种基因型，其中G为优势等位基因。
6.如权利要求1所述的单倍型标记，其特征在于，所述序列SEQ ID NO.1的第2463bp处的C或T的碱基多态性位点，表现为CC、CT或TT三种基因型，其中T为优势等位基因。
7.权利要求1-6任一所述的单倍型标记在山羊产羔数性状标记辅助选择中的应用。
8.一种山羊ZBP1基因第一内含子内与山羊产羔数性状相关SNP的检测试剂盒，其特征在于，包括：
用于扩增包含ZBP1 g.352C>T位点的SEQ ID NO.2所示序列的引物对：上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示；
用于扩增包含ZBP1 g.955C>T位点的SEQ ID NO.3所示序列的引物对：上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示；
用于扩增包含ZBP1 g.1880G>A位点的SEQ ID NO.4所示序列的引物对：上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示；
用于扩增包含ZBP1 g.2566T>C位点的SEQ ID NO.5所示序列的引物对：上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示；
以及四个SNaPshot单碱基延伸引物，包括：
用于检测ZBP1 g.352C>T位点的单碱基延伸引物如SEQ ID NO.14所示；
用于检测ZBP1 g.955C>T位点的单碱基延伸引物如SEQ ID NO.15所示；
用于检测ZBP1 g.1880G>A位点的单碱基延伸引物如SEQ ID NO.16所示；
用于检测ZBP1 g.2566T>C位点的单碱基延伸引物如SEQ ID NO.17所示。
9.一种使用权利要求8所述检测试剂盒山羊ZBP1基因第一内含子内与山羊产羔数性状相关SNP的方法，其特征在于，包括以下步骤：
步骤1、以从待测山羊样本中提取的基因组DNA为模板，通过选自所述SEQ ID NO.6～13所示PCR引物对构建多重PCR扩增体系进行PCR扩增，并对PCR产物进行纯化处理；
步骤2、以所述纯化的PCR产物为模版，通过选自所述SEQ ID NO.14～17所示SNaPshot单碱基延伸引物构建SNaPshot反应体系进行单碱基延伸反应，并对反应制备的单碱基延伸产物进行纯化处理；
步骤3、使用遗传学分析仪检测所述纯化后的单碱基延伸产物，并使用基因分析软件对结果进行分析。
10.权利要求8所述的检测试剂盒在山羊产羔数性状标记辅助选择中的应用。
CN201911266436.4A 2019-12-11 2019-12-11 山羊zbp1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记及其应用 Active CN110923333B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201911266436.4A CN110923333B (zh) 2019-12-11 2019-12-11 山羊zbp1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201911266436.4A CN110923333B (zh) 2019-12-11 2019-12-11 山羊zbp1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记及其应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN110923333A true CN110923333A (zh) 2020-03-27
CN110923333B CN110923333B (zh) 2020-09-29

Family

ID=69858951

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201911266436.4A Active CN110923333B (zh) 2019-12-11 2019-12-11 山羊zbp1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN110923333B (zh)

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112176076A (zh) * 2020-11-05 2021-01-05 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所 一种与山羊生长性状相关的nfat5基因分子标记及其应用
CN116814813A (zh) * 2023-08-16 2023-09-29 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所 山羊3bhsd基因中与产羔数关联的分子标记及其应用
CN116904615A (zh) * 2023-09-04 2023-10-20 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所 一种山羊20号染色体上与繁殖性状相关的snp分子标记及应用

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101899526A (zh) * 2010-08-26 2010-12-01 西北农林科技大学 一种山羊产羔性状的分子标记选择方法
CN104204803A (zh) * 2012-02-09 2014-12-10 米密德诊断学有限公司 用于诊断感染的标记和决定因素和其使用方法
EP3289080A2 (en) * 2015-04-30 2018-03-07 The Trustees of Columbia University in the City of New York Gene therapy for autosomal dominant diseases
EP3129488B1 (en) * 2014-04-10 2019-06-12 The Regents of The University of California Methods and compositions for using argonaute to modify a single stranded target nucleic acid
CN110468218A (zh) * 2019-09-17 2019-11-19 西北农林科技大学 一种山羊igf2bp1基因插入/缺失标记的检测方法

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107090490A (zh) * 2009-10-26 2017-08-25 雅培分子公司 用于测定非小细胞肺癌预后的诊断方法

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101899526A (zh) * 2010-08-26 2010-12-01 西北农林科技大学 一种山羊产羔性状的分子标记选择方法
CN104204803A (zh) * 2012-02-09 2014-12-10 米密德诊断学有限公司 用于诊断感染的标记和决定因素和其使用方法
EP3129488B1 (en) * 2014-04-10 2019-06-12 The Regents of The University of California Methods and compositions for using argonaute to modify a single stranded target nucleic acid
EP3289080A2 (en) * 2015-04-30 2018-03-07 The Trustees of Columbia University in the City of New York Gene therapy for autosomal dominant diseases
CN110468218A (zh) * 2019-09-17 2019-11-19 西北农林科技大学 一种山羊igf2bp1基因插入/缺失标记的检测方法

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BANG ZHONG LIN等: "Genetic Diversity and Structure in Asian Native Goat Analyzed by Newly Developed SNP Markers", 《ANIM SCI J》 *
梁永厚等: "绵羊多胎基因研究进展", 《当代畜牧》 *

Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112176076A (zh) * 2020-11-05 2021-01-05 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所 一种与山羊生长性状相关的nfat5基因分子标记及其应用
CN116814813A (zh) * 2023-08-16 2023-09-29 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所 山羊3bhsd基因中与产羔数关联的分子标记及其应用
CN116814813B (zh) * 2023-08-16 2024-03-22 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所 山羊3bhsd基因中与产羔数关联的分子标记及其应用
CN116904615A (zh) * 2023-09-04 2023-10-20 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所 一种山羊20号染色体上与繁殖性状相关的snp分子标记及应用
CN116904615B (zh) * 2023-09-04 2024-02-02 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所 一种山羊20号染色体上与繁殖性状相关的snp分子标记及应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN110923333B (zh) 2020-09-29

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN110791574B (zh) 与山羊产羔数、生长性状关联的分子标记及其应用
CN111286541B (zh) 山羊zbp1基因3′utr内与产羔数关联的单倍型标记及其应用
CN110923333B (zh) 山羊zbp1基因第一内含子内与产羔数关联的单倍型标记及其应用
CN109837347B (zh) Catsper4基因第三外显子的snp作为猪精液品质性状的遗传标记
CN112251518B (zh) 山羊rsad2基因中与产羔数、生长性状关联的分子标记及其应用
CN111996264B (zh) 一种猪snp分子标记在猪繁殖性状筛选和猪育种中的应用
CN110157811B (zh) 一种与猪背膘厚关联的ghr基因内sine转座子多态分子标记、检测方法及应用
CN109112217B (zh) 一种与猪体长和乳头数显著关联的遗传标记及应用
CN110144408B (zh) 位于猪7号染色体上与总乳头数相关的snp分子标记及应用
CN113502335B (zh) 一种与绵羊生长性状相关的分子标记及其应用
CN112176076B (zh) 一种与山羊生长性状相关的nfat5基因分子标记及其应用
CN107475413B (zh) 一种筛选高不饱和脂肪酸c20:3ω6含量长牡蛎亲贝的方法
CN107828897B (zh) 与猪达100kg体重日龄性状相关的SNP分子标记及其应用
CN112899373A (zh) 与中国南方荷斯坦奶牛乳脂率相关的snp标记及其应用
CN113151497B (zh) 一种用于检测奶牛产奶性状的COL6A1基因SNPs标记及其应用
CN107815499B (zh) 一个与猪100kg体重背膘厚相关的SNP位点及其应用
CN115109856A (zh) 与绵羊阶段体重相关的分子标记、其检测方法及应用
CN111705144B (zh) 一个与猪背膘厚关联的znf2基因内sine转座子多态分子标记及其检测方法
CN114250305B (zh) 一种基于glrx3基因检测猪产活仔数和仔猪出生窝重的方法及应用
CN114921568A (zh) 一种秦川牛体尺及肉质性状相关的snp分子标记及其应用
CN112094923B (zh) 一种与猪生长速度关联的sine转座子多态分子标记及其检测方法和应用
CN110628919B (zh) 检测绵羊MSTN基因g.+6723位点基因型的方法
CN110373480B (zh) 猪spata6基因第八内含子内与猪精液品质性状相关的分子标记与应用
CN110468214B (zh) 猪spata6基因第十内含子内与猪精液品质性状相关的分子标记与应用
CN110468215B (zh) 猪spata6基因第十内含子内与猪精液品质性状相关的单倍型标记与应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant