CN113502335B - 一种与绵羊生长性状相关的分子标记及其应用 - Google Patents

一种与绵羊生长性状相关的分子标记及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明提供了一种与绵羊生长性状相关的分子标记，以及该分子标记的检测方法和应用。本发明通过对绵羊CTNNA3基因进行PCR扩增和序列分析，发现在扩增片段的第469位存在一个A/G多态性位点，进一步使用KASPar引物对1346只绵羊的多态性位点进行检测和建立最小二乘模型，对基因型与生长性状进行关联分析，最终确定了本发明扩增的CTNNA3基因片段可以作为与绵羊生长性状相关的分子标记。本发明的分子标记可用于选留AA纯合的绵羊进入核心群，以改善绵羊的生长性状，有助于增加经济效益。

Description

一种与绵羊生长性状相关的分子标记及其应用
技术领域
本发明属于分子标记制备技术领域，具体涉及CTNNA3基因片段作为影响绵羊生长性状的分子标记及其应用。
背景技术
CTNNA3(α-T-catenin)是一个蛋白质编码基因。CTNNA3编码一种属于α-连环蛋白家族的蛋白质(Janssens,Goossens,Staes,Gilbert,&Roy,2001)。α-T-catenin是哺乳动物中α-catenin的三个亚型之一(Scott&Yap,2006)。α-catenin是一种关键的细胞质分子，被认为是维持组织形态发生所必需的，因为它可以与钙粘蛋白结合伙伴β-catenin，γ-catenin和肌动蛋白细胞骨架相互作用(Drees,Pokutta,Yamada,Nelson,&Weis,2005)。一些研究表明，α-连环蛋白在新生儿心脏的连接重构和组装中是重要的(Li et al.,2015)。
绵羊是一种重要的家畜品种，具有温顺、胆小的特点，世界羊肉产量为9261万吨，是世界第四大肉类品种(Z.Feng et al.,2020)。羊肉在市场上很受欢迎，因为它有瘦肉，脂肪少，易于消化的优点(Zhang et al.,2015)。单核苷酸多态性(Single nucleotidepolymorphisms,SNPs)是群体中重要亚群之间单个基因组位点上的核苷酸变化，基因组变异的主要来源是SNPs。SNPs作为一种分子标记，因其与家畜许多重要的生产性状相关而越来越受到人们的青睐(Benavides,Sonstegard,&Van Tassell,2016)。本发明通过对CTNNA3基因进行测序和分析，探讨其不同基因型与绵羊生长性状之间的关联，旨在为提高绵羊生长性状的遗传改良方面提供基因素材，加速我国自主知识产权的节粮型优质肉羊新品种的培育进程。
发明内容
本发明的目的在于克服现有技术的缺陷，提供一种作为与绵羊生长性状相关的分子标记及其应用。本发明的分子标记从绵羊CTNNA3基因中扩增得到，其具体核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。通过扩增绵羊CTNNA3基因的DNA序列并测序，寻找CTNNA3基因的多态性位点，从而可以建立绵羊生长性状相关分子标记的检测方法，并可将该分子标记应用于节粮型优质肉羊新品种的培育中。
具体地，本发明的技术方案如下所述：
一方面，本发明提供了一种与绵羊生长性状相关的分子标记，该分子标记通过对绵羊CTNNA3基因进行扩增而获得，具体的，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，即
ATTAATTATTTCTCCTGTGACTCTGAAAATAAAATGACTGTTTATATCACTCCTGAGTCCTTGTCACATACTGTTTATTCATGTAATGCTTTAATTACTCAACGCAAGTTTTACTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTCATTTTATAGGAGCAGCAGACAGACTGTACGTTTCTTGAAAGTAGGACTGAATCTAAGACCCCTTTGAACTGCCTAGCTGATCTTTCAGTGTACTTTGTATATACAATGACTATAAAGTTCAGTAAGGCTAAGACATCTGTGTAGCCCTCTTTGTAAGAAGGGCCTTTCAGCAATTTGCAGCCCTTTTAACAGAAAACAGTTTGAAATGATCCTATGAAAAAAACGAAGGACAGTCTGTCCCCAAGAGAGACCTCCAGGGAATGATTATTCAGGATGTGTAAATTTCTGGGCTTTTGTTTCCCTTTTACCTAGAGACCTCTACAGAAACCRTTTCCATAATACCTATCAAAAGTGTAGTTAAAAAAATTTTTTAAGTACAGATCATTCAGAATTGTTCCTTTTTAGAAGCTTTAGAACAGGAAAACGTT
其中第469位的R表示A或G，由于上述序列在第469位碱基处有一个A/G突变，从而导致了绵羊CTNNA3基因在该位点的A/G多态性。基因型与性状关联分析的结果显示，随着测定周期的延长，CTNNA3 g.2018018A>G突变位点与绵羊生长性状显著相关。携带AA基因型羊的生长性状要优于携带GG基因型的羊(p<0.05)。由此可知A等位基因为优势等位基因。并且存在GA杂种优势。
第二方面，本发明提供了一种检测上述分子标记的引物对，任何可特异性扩增本发明分子标记或包含上述多态性位点的片段的引物均适用于对该分子标记进行检测，优选地，所述检测分子标记的引物对的核苷酸序列为：
正向引物M-F:TTTGCAGCCCTTTTAACAGA(SEQ ID NO:2)；
反向引物M-R:GATACCACATACATAAGGCAT(SEQ ID NO:3)。
此外，本发明的引物对可以为KASPar引物对，优选地，所述KASPar引物对的核苷酸序列为：
用于检测AlleleA的正向引物A1：
CCTAGAGACCTCTACAGAAACCA(SEQ ID NO:4)；
用于检测AlleleG的正向引物A2：
CTAGAGACCTCTACAGAAACCG(SEQ ID NO:5)；
通用反向引物C：
TACTTAAAAAATTTTTTTAACTACACTTTTGATAGGTAT(SEQ ID NO:6)。
第三方面，本发明提供了一种检测上述分子标记的试剂盒，所述试剂盒中包含了本发明第二方面的引物对或KASPar引物对。
第四方面，本发明提供了一种检测与绵羊生长性状相关的分子标记的方法，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，所述方法包括利用本发明的引物对或试剂盒对绵羊CTNNA3基因进行检测，本发明的具体检测方法包括如下步骤：
a)使用本发明的引物对、KASPar引物对或包含上述引物对的试剂盒，对绵羊基因组DNA进行扩增；
b)对步骤a)获得的扩增产物的多态性位点进行鉴定。
其中，在步骤b)中，任何SNP分型方法均可适用于本发明中分子标记的检测，上述SNP分型的方法包括但不限于直接测序法、探针法、基因芯片法、高分辨率溶解曲线法。
在本发明的分子标记序列和多态性位点已知的情况下，针对该多态性位点设计相应的探针，以及利用上述SNP分型方法对分子标记和多态性位点进行检测均属于本领域中较为常规且成熟的技术，针对该多态性位点设计的探针也可包含于本发明的第三方面的试剂盒中。
更为具体的，本发明中利用上述引物对检测与绵羊生长性状相关分子标记的方法，包括如下步骤：
a)以绵羊血液为样品提取基因组DNA，利用SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示的引物对绵羊CTNNA3基因进行PCR扩增；
b)对上述PCR扩增产物进行测序和序列分析，从而通过多态性位点的碱基类型确定基因型。
此外，本发明还涉及利用KASPar引物对检测与绵羊生长性状相关分子标记的方法，包括如下步骤：
a)以绵羊血液为样品提取基因组DNA，利用SEQ ID NO:4-6所示的引物对进行高通量水浴PCR扩增；
b)扩增结束后，利用BMG PHERAstar仪器检测荧光信号并查看分型结果。
第五方面，本发明提供了上述分子标记、引物对或试剂盒的检测方法在绵羊生长性状检测中的应用，通过在待测绵羊中检测本发明的分子标记，并分析多态性位点的类型，从而可以确定绵羊生长性状的高低，进而筛选出快速生长型的绵羊。
第六方面，本发明提供了上述分子标记、引物对或试剂盒的检测方法在绵羊育种中的应用，通过利用本发明的引物对或试剂盒对CTNNA3基因进行扩增和检测，确定待测样品的基因型，从而可以从中选育出快速生长型绵羊品种。
寻找基因的变异位点，通过与性状间的关联分析发现基因与性状间的关系是研究基因功能的一个重要手段，也是进行标记辅助选择的基础。本发明通过对绵羊代表品种湖羊CTNNA3进行PCR扩增和测序，发现在扩增片段的第2018018位存在一个A/G多态性位点，并通过检测1346只湖羊的多态性和建立的最小二乘模型，确定了一种与湖羊生长性状相关的分子标记，该分子标记可以用于快速生长型湖羊的选育，为湖羊生长性状的遗传改良提供了有效的基因工程手段，具有重大的实际应用价值。
本发明通过设计KASPar引物对分子标记进行检测，KASP是竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive Allele Specific PCR)的缩写，该技术不需要针对每个SNP位点都去合成特异的荧光探针，而是基于自己独特的ARM PCR原理，让所有的位点检测最终都使用通用荧光引物扩增，大大降低了试剂的成本，同时还保留了Taqman探针金标准的准确性，为本发明的分子标记的检测提供了一种简便、准确、低成本的操作方法。
附图说明
图1.本发明中用于作为分子标记的湖羊CTNNA3基因片段的凝胶电泳图。其中，M泳道：DL 2000Marker，1-10泳道：CTNNA3基因扩增结果。
图2.本发明中湖羊CTNNA3基因g.2018018A>G突变位点KASPar SNP分型结果。其中，靠近左侧的红色点表示GG基因型，靠近中间的绿色点表示GA基因型，靠近右侧的蓝点表示AA基因型。
具体实施方式
下面结合实例详细介绍本发明，本发明的优点将会随着描述而更为清楚。应理解，本发明要求保护的范围不受所述具体实施方式的限制，本发明提供的具体实例仅是范例性的，不对本发明的范围构成任何限制，本领域技术人员参照说明书的描述对本发明的具体实施方式进行修改或者对部分技术特征进行等同替换，这些无需创造性劳动的改进和替换也应落入本发明所附权利要求书的保护范围之内。
实例1CTNNA3基因的扩增
(1)引物设计
以湖羊CTNNA3基因DNA(GenBank收录号：NC_040260.1)为模板，利用Oligo7.0软件设计一对引物M-F和M-R，引物序列如下
CTNNA3：
M-F：5＇-TTTGCAGCCCTTTTAACAGA-3＇(SEQ ID NO:2)，
M-R：5＇-GATACCACATACATAAGGCAT-3＇(SEQ ID NO:3)
(2)CTNNA3基因的扩增和测序
PCR反应总体积25μL,其中DNA模板1μL，2×PCR Master Mix 12.4μL，上游引物0.8μL，下游引物0.8μL，ddH2O 10μL。PCR扩增程序是：94℃预变性3min，94℃变性30s，54.5℃退火30s，72℃延伸30s，循环35次，最后72℃延伸10min。PCR反应产物用1.5％琼脂糖凝胶电泳检测，结果显示得到469bp特异扩增片段(图1)。将扩增得到的PCR片段进行测序，测序的结果显示该扩增片段的具体核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，其中在该469bp片段中存在一个多态性位点，即扩增的CTNNA3基因片段在第469bp位点存在A/G多态性。
DNA序列同源性检索鉴定：
通过美国国家生物技术信息中心(NCBI，National Center for BiotechnologyInformation，http://www.ncbi.nlm.nih.gov)网站的BLAST(Basic Local AlignmentSearch Tool)软件，将测序后获得的DNA序列与GenBank数据库中公布的已知生理功能基因进行序列同源性比较，以鉴定和获得该DNA序列的功能信息。检索结果表明所测序列与湖羊CTNNA3基因DNA(GenBank收录号：NC_040260.1)的部分序列同源性达99％。
实例2基因分型检测方法的建立
(1)引物序列设计
针对实例1中扩增片段的A/G多态性位点设计KASPar引物对，从而用于所述多态性位点的特异性检测，所述KASPar引物对的核苷酸序列为：
用于检测AlleleC的正向引物A1：
CCTAGAGACCTCTACAGAAACCA(SEQ ID NO:4)；
用于检测AlleleT的正向引物A2：
CTAGAGACCTCTACAGAAACCG(SEQ ID NO:5)；
通用反向引物C：
TACTTAAAAAATTTTTTTAACTACACTTTTGATAGGTA(SEQ ID NO:6)。
以上引物委托北京生工生物工程有限公司合成，将KASPar引物对中各组引物均稀释成10μmol/L，并按照体积比为12:12:30(引物A1：引物A2：引物C)的比例混匀备用。
(2)DNA质控
通过1％琼脂糖电泳和Nanodrop2100分别对提取得到的基因组DNA的质量进行检测，合格的DNA要求：琼脂糖电泳显示DNA条带单一，没有明显弥散；Nanodrop2100检测A260/280介于1.8-2.0之间(DNA样品没有蛋白污染)；A260/230介于1.8-2.0之间(DNA样品盐离子浓度低)；270nm没有明显的光吸收(DNA样品没有酚污染)。根据英国LGC公司的KASP检测技术和基因组大小换算出DNA用量为10～20ng/每样品，稀释DNA浓度成为10～20ng/μL备用。
(3)基因分型
首先利用K-pette分液工作站将稀释好的待测DNA模板(10～20ng/μL)1.5uL和空白对照(No template control,NTC)分别加入384孔反应板中，60℃烘干30min(干燥箱，LGC公司)，DNA变成干粉备用。然后在Kraken操作系统下利用Meridian加样工作站分别向每个反应孔中加入1×Master mix(1536微孔板货号Part No.KBS-1016-011)与引物混合液，Mix分装完毕立即将微孔板依次放在Kube热封仪和Fusion激光封膜仪上封膜，利用Hydrocyler进行高通量水浴PCR扩增。PCR反应在高通量水浴系统Hydrocycler中进行，具体程序为：
94℃预变性，15分钟；
94℃，20秒(变性)—61℃-55℃，1分钟(复性&延伸)，以touch down序扩增10个循环，每循环降低0.6℃；
94℃，20秒(变性)—55℃，60秒继续扩增26个循环。
扩增结束后，利用BMG PHERAstar仪器检测荧光信号并查看分型情况，具体结果如图2所示，图中每个圆点代表一份待测材料，其中靠近左侧的红色圆点表示该位点是纯合基因型“GG”；靠近右侧的蓝色圆点表示该位点是纯合基因型“AA”；靠近中间的绿色圆点表示该位点是杂合基因型“GA”或“AG”。
(4)本发明的分子标记在湖羊生长性状标记关联分析中的应用
试验共检测了1346只湖羊的多态性，确定其基因型，并建立如下所述的最小二乘模型，进行基因型与生长性状进行关联分析。
Yijkl＝μ+Genotypei+Pj+Fk+Ml+εijkl
其中，Yijlk为生长性状(体重、体高、体长、胸围)的观察值，μ为总体均数，Genotypei为基因型效应，Pj为批次效应，Fk为父系效应，Ml为母系效应，εijkl为随机误差，假定εijkl相互独立，服从N(0，σ2)分布。
基因型检测结果表明在1304个个体中GG基因型有137个，GA基因型有601个个体，AA基因型有566个个体。基因型与性状关联分析的结果如表1所示，结果显示，随着测定周期的延长，CTNNA3 g.2018018A>G突变位点与湖羊生长性状显著相关。携带AA或GA基因型羊的体高要优于携带TT基因型的羊(p<0.05)。由此可知A等位基因为优势等位基因。同时具备杂种优势。在育种时选择AA基因型进行保种，繁育时以AA基因型作为种羊，与其它羊进行杂交。尤其是采用AA基因型种公羊精液进行人工受精，可以极大提升繁育效率，得到体高具有优势的羊群。
表1湖羊CTNNA3基因多态性与生长性状关联分析
注：BW表示体重，单位为kg；Height表示体高，Length表示体长；Chest表示胸围，单位均为cm。其中BW80表示80天体重，BW100表示100天体重，其他含义表示方法类似。同列数据间角标不同字母表示差异显著(P<0.05)，标相同字母表示差异不显著(P>0.05)。
SEQUENCE LISTING
<110> 甘肃农业大学
<120> 一种与绵羊生长性状相关的分子标记及其应用
<130>
<160> 6
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 584
<212> DNA
<213> Ovis aries
<220>
<221> misc_feature
<222> (469)..(469)
<223> "R" is "A or "G"
<400> 1
attaattatt tctcctgtga ctctgaaaat aaaatgactg tttatatcac tcctgagtcc 60
ttgtcacata ctgtttattc atgtaatgct ttaattactc aacgcaagtt ttactgttgc 120
tgctgctgct gctgctgtca ttttatagga gcagcagaca gactgtacgt ttcttgaaag 180
taggactgaa tctaagaccc ctttgaactg cctagctgat ctttcagtgt actttgtata 240
tacaatgact ataaagttca gtaaggctaa gacatctgtg tagccctctt tgtaagaagg 300
gcctttcagc aatttgcagc ccttttaaca gaaaacagtt tgaaatgatc ctatgaaaaa 360
aacgaaggac agtctgtccc caagagagac ctccagggaa tgattattca ggatgtgtaa 420
atttctgggc ttttgtttcc cttttaccta gagacctcta cagaaaccrt ttccataata 480
cctatcaaaa gtgtagttaa aaaaattttt taagtacaga tcattcagaa ttgttccttt 540
ttagaagctt tagaacagga aaacgtt 567
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
tttgcagccc ttttaacaga 20
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
gataccacat acataaggca t 21
<210> 4
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
cctagagacc tctacagaaa cca 23
<210> 5
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
ctagagacct ctacagaaac cg 22
<210> 6
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
tacttaaaaa atttttttaa ctacactttt gataggtat 39

Claims (10)

1.一种与绵羊生长性状相关的分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，其中第469bp处的R是A或G，该突变导致分子标记的A/G多态性。
2.一种检测权利要求1所述的分子标记的PCR引物对，其特征在于，所述引物对的正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。
3.一种检测权利要求1所述的分子标记的KASPar引物对，其特征在于，所述KASPar引物对中：
用于检测AlleleA的正向引物A1的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示，用于检测AlleleG的正向引物A2的核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示，通用反向引物C的核苷酸序列如SEQ IDNO:6所示。
4.一种检测权利要求1所述的分子标记的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含权利要求2或3所述的引物对。
5.一种检测权利要求1所述的分子标记的方法，其包括如下步骤：
a）使用权利要求2或3所述的引物对，或者使用权利要求4所述的试剂盒，对绵羊基因组DNA进行扩增；
b）对步骤a）获得扩增产物的多态性位点进行鉴定。
6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，步骤b）中的鉴定方法选自测序法、荧光探针法、基因芯片法、高分辨率溶解曲线法。
7.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，利用权利要求3所述的KASPar引物对进行PCR扩增，扩增结束后，再通过检测荧光信号确定分型结果。
8.权利要求1所述的分子标记、或权利要求2或3所述的引物对，或权利要求4所述的试剂盒，或权利要求5-7任一项所述的方法在绵羊生长性状检测中的应用。
9.权利要求1所述的分子标记、或权利要求2或3所述的引物对，或权利要求4所述的试剂盒，或权利要求5-7任一项所述的方法在绵羊育种中的应用。
10.根据权利要求9所述的应用，其特征在于，所述育种为培育快速生长型绵羊。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114959052A (zh) * 2021-12-31 2022-08-30 甘肃润牧生物工程有限责任公司 一种与湖羊体尺相关的分子标记及其应用
CN114717336B (zh) * 2022-05-13 2023-08-11 甘肃农业大学 一种与绵羊内脏器官重量相关的分子标记及其应用
CN117385060B (zh) * 2023-12-08 2024-03-26 中国科学院遗传与发育生物学研究所 一种与绵羊生长性能相关的snp标记及其应用

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2007012119A1 (en) * 2005-07-26 2007-02-01 Commonwealth Scientific And Industrial Research Organisation A method for assessing traits selected from longissimus dorsi peak force, intramuscular fat, retail beef yield and net feed intake in bovine animals
CN109694915A (zh) * 2019-01-08 2019-04-30 甘肃农业大学 一种与绵羊尾脂重相关的分子标记及其应用
CN109694916A (zh) * 2019-01-08 2019-04-30 甘肃农业大学 一种与绵羊饲料转化率相关的分子标记及其应用
CN109913559A (zh) * 2019-03-28 2019-06-21 甘肃农业大学 Ryr2基因作为影响绵羊饲料转化率的分子标记及其应用
CN112921101A (zh) * 2021-02-24 2021-06-08 甘肃农业大学 一种与绵羊剩余采食量相关的分子标记及其应用

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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7977052B2 (en) * 2005-03-11 2011-07-12 Celera Corporation Genetic polymorphisms associated with coronary heart disease, methods of detection and uses thereof

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2007012119A1 (en) * 2005-07-26 2007-02-01 Commonwealth Scientific And Industrial Research Organisation A method for assessing traits selected from longissimus dorsi peak force, intramuscular fat, retail beef yield and net feed intake in bovine animals
CN109694915A (zh) * 2019-01-08 2019-04-30 甘肃农业大学 一种与绵羊尾脂重相关的分子标记及其应用
CN109694916A (zh) * 2019-01-08 2019-04-30 甘肃农业大学 一种与绵羊饲料转化率相关的分子标记及其应用
CN109913559A (zh) * 2019-03-28 2019-06-21 甘肃农业大学 Ryr2基因作为影响绵羊饲料转化率的分子标记及其应用
CN112921101A (zh) * 2021-02-24 2021-06-08 甘肃农业大学 一种与绵羊剩余采食量相关的分子标记及其应用

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