CN110885892A - 一种多杀性巴氏杆菌的检测方法及其引物和探针 - Google Patents
一种多杀性巴氏杆菌的检测方法及其引物和探针 Download PDFInfo
- Publication number
- CN110885892A CN110885892A CN201911060238.2A CN201911060238A CN110885892A CN 110885892 A CN110885892 A CN 110885892A CN 201911060238 A CN201911060238 A CN 201911060238A CN 110885892 A CN110885892 A CN 110885892A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- probe
- group
- primer
- pasteurella multocida
- thf
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 239000000523 sample Substances 0.000 title claims abstract description 67
- 241000606856 Pasteurella multocida Species 0.000 title claims abstract description 29
- 229940051027 pasteurella multocida Drugs 0.000 title claims abstract description 29
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims description 8
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 40
- WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N Tetrahydrofuran Chemical compound C1CCOC1 WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 31
- 238000010791 quenching Methods 0.000 claims abstract description 14
- 230000000171 quenching effect Effects 0.000 claims abstract description 14
- YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N tetrahydrofuran Natural products C=1C=COC=1 YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 14
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 14
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 14
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 8
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 6
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 6
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 6
- 108010091086 Recombinases Proteins 0.000 claims description 5
- 102000018120 Recombinases Human genes 0.000 claims description 5
- 238000003556 assay Methods 0.000 claims description 4
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 claims description 4
- UDGUGZTYGWUUSG-UHFFFAOYSA-N 4-[4-[[2,5-dimethoxy-4-[(4-nitrophenyl)diazenyl]phenyl]diazenyl]-n-methylanilino]butanoic acid Chemical compound COC=1C=C(N=NC=2C=CC(=CC=2)N(C)CCCC(O)=O)C(OC)=CC=1N=NC1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1 UDGUGZTYGWUUSG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- WCKQPPQRFNHPRJ-UHFFFAOYSA-N 4-[[4-(dimethylamino)phenyl]diazenyl]benzoic acid Chemical compound C1=CC(N(C)C)=CC=C1N=NC1=CC=C(C(O)=O)C=C1 WCKQPPQRFNHPRJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 claims description 2
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 claims description 2
- ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N tetramethylrhodamine Chemical compound C=12C=CC(N(C)C)=CC2=[O+]C2=CC(N(C)C)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C([O-])=O ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 125000003396 thiol group Chemical group [H]S* 0.000 claims description 2
- 108700011325 Modifier Genes Proteins 0.000 claims 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 abstract description 7
- 241000282898 Sus scrofa Species 0.000 description 22
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 11
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 10
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 9
- 206010035148 Plague Diseases 0.000 description 7
- 241000607479 Yersinia pestis Species 0.000 description 7
- 229940031551 inactivated vaccine Drugs 0.000 description 6
- 241000282887 Suidae Species 0.000 description 5
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 5
- 239000008213 purified water Substances 0.000 description 5
- 238000013112 stability test Methods 0.000 description 5
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 5
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 241000186779 Listeria monocytogenes Species 0.000 description 4
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 4
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 4
- 241000588779 Bordetella bronchiseptica Species 0.000 description 3
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 3
- 241000204031 Mycoplasma Species 0.000 description 3
- 206010035664 Pneumonia Diseases 0.000 description 3
- 241000191967 Staphylococcus aureus Species 0.000 description 3
- 241000194021 Streptococcus suis Species 0.000 description 3
- 208000024949 Swine Erysipelas Diseases 0.000 description 3
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 3
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 3
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 description 3
- 238000011901 isothermal amplification Methods 0.000 description 3
- 201000006509 pleuropneumonia Diseases 0.000 description 3
- 238000010998 test method Methods 0.000 description 3
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 2
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 2
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 2
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 2
- 206010034107 Pasteurella infections Diseases 0.000 description 2
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 2
- GYOZYWVXFNDGLU-XLPZGREQSA-N dTMP Chemical group O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 GYOZYWVXFNDGLU-XLPZGREQSA-N 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 2
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 2
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 2
- 201000005115 pasteurellosis Diseases 0.000 description 2
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 2
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 2
- 229910021642 ultra pure water Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000012498 ultrapure water Substances 0.000 description 2
- BZTDTCNHAFUJOG-UHFFFAOYSA-N 6-carboxyfluorescein Chemical compound C12=CC=C(O)C=C2OC2=CC(O)=CC=C2C11OC(=O)C2=CC=C(C(=O)O)C=C21 BZTDTCNHAFUJOG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010014596 Encephalitis Japanese B Diseases 0.000 description 1
- 201000000297 Erysipelas Diseases 0.000 description 1
- 241001646719 Escherichia coli O157:H7 Species 0.000 description 1
- 208000007212 Foot-and-Mouth Disease Diseases 0.000 description 1
- 241000710198 Foot-and-mouth disease virus Species 0.000 description 1
- 201000005807 Japanese encephalitis Diseases 0.000 description 1
- 241000710842 Japanese encephalitis virus Species 0.000 description 1
- 241001528553 Malus asiatica Species 0.000 description 1
- 208000030852 Parasitic disease Diseases 0.000 description 1
- 206010037660 Pyrexia Diseases 0.000 description 1
- 206010037742 Rabies Diseases 0.000 description 1
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- 229960000074 biopharmaceutical Drugs 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 239000012154 double-distilled water Substances 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 210000002429 large intestine Anatomy 0.000 description 1
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 1
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 230000002906 microbiologic effect Effects 0.000 description 1
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 125000006853 reporter group Chemical group 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 230000035939 shock Effects 0.000 description 1
- 210000000813 small intestine Anatomy 0.000 description 1
- 210000000952 spleen Anatomy 0.000 description 1
- 230000001954 sterilising effect Effects 0.000 description 1
- 238000004659 sterilization and disinfection Methods 0.000 description 1
- 208000006531 swine vesicular disease Diseases 0.000 description 1
- 238000012422 test repetition Methods 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- 231100000820 toxicity test Toxicity 0.000 description 1
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/166—Oligonucleotides used as internal standards, controls or normalisation probes
Abstract
本发明属于分子生物学检测领域,公开了一种检测多杀性巴氏杆菌的引物和探针,所述引物和探针的序列为:F‑引物:5’‑CGCTCTACCGTTAATGGCTTCAATAATGGCCATAA‑3’,R‑引物:5’‑GGACGTTATTTATTACTCAGCTTATTGTTATTTGC‑3’,探针:5’‑CATAAGAAACGTAACTCAACATGGAAATATTGATAATCAGACTGACAAGGA‑3’;所述探针上标记有荧光基团、淬灭基团和THF,所述荧光基团与所述淬灭基团均标记在T碱基上,所述荧光基团与所述淬灭基团的间距为1~5nt;所述荧光基团与所述淬灭基团之间设有所述THF,所述THF距所述探针5’端≥30nt,所述THF距所述探针3’端≥15nt。本发明所述检测方法的特异性强、灵敏度高、稳定性好,还具有简便、快速的特点。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学检测领域,具体涉及一种多杀性巴氏杆菌的检测方法及其引物和探针。
背景技术
猪肺疫(Swine pasteurellosis)又称猪巴氏杆菌病,是猪感染多杀性巴氏杆菌(Pasteurellamultocida)引起的一种急性热性传染病,一年四季均可发病,但多发于春初或秋末等气候骤变时期。猪肺疫在中国爆发具有小范围、高频次爆发的特点。感染多杀性巴氏杆菌的病猪死亡率较高,未死亡的也多转为慢性,是一种造成较大危害的疾病。
《供港澳活猪检疫管理办法》中规定,供港澳活猪的检疫项目包括有猪瘟、猪丹毒、猪肺疫、猪水疱病、口蹄疫、狂犬病、日本脑炎和其他动物传染病、寄生虫病,目前对于口蹄疫和猪瘟已有较为完善的分子生物学检测方法,而对于猪肺疫仍沿用传统的检测方法,如细菌分离、免疫学试验等,费时费力,不适用于实际检测的需求,也不适用于大规模流行病学的调查。
因此,建立一种简便、快速、准确的多杀性巴氏杆菌快速等温检测方法是十分有必要的。
发明内容
本发明旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此,本发明提出一种检测多杀性巴氏杆菌的引物和探针,以及基于所述引物和探针的RAA(重组酶介导核酸扩增)检测方法。本发明所述检测方法的特异性强、灵敏度高、稳定性好,还具有简便、快速的特点。
一种检测多杀性巴氏杆菌的引物,所述引物的序列为:
F-引物:5’-CGCTCTACCGTTAATGGCTTCAATAATGGCCATAA-3’,
R-引物:5’-GGACGTTATTTATTACTCAGCTTATTGTTATTTGC-3’。
一种检测多杀性巴氏杆菌的探针,所述探针的序列为:
探针:5’-CATAAGAAACGTAACTCAACATGGAAATATTGATAATCAGACTGACAAGGA-3’;
所述探针上标记有荧光基团、淬灭基团和THF,所述荧光基团与所述淬灭基团均标记在T碱基上,所述荧光基团与所述淬灭基团的间距为1~5nt;所述荧光基团与所述淬灭基团之间设有所述THF,所述THF距所述探针5’端≥30nt,所述THF距所述探针3’端≥15nt。
其中所述THF为四氢呋喃,所述THF的数量为一个。
本发明根据多杀性巴氏杆菌KMT基因的高度保守区域设计特异性引物和探针,设计了多组不同的引物和探针组合,并经过筛选和分析,从而确定上述引物和探针的检测效果最佳。
优选的,所述荧光报告基团包括FAM(羧基荧光素)、TET(四氯-6-羧基荧光素)、HEX(六氯-6-甲基荧光素)、CY3(3H-吲哚菁)或JOE(2,7-二甲基-4,5-二氯-6-羧基荧光素)。
优选的,所述淬灭基团包括BHQ1、BHQ2、TAMRA、DABCYL、MGB或Eclipse。
优选的,所述探针的3’末端还标记有修饰基团。
更优选的,所述修饰基因包括胺基、磷酸基团、生物素-TEG、巯基或C3-spacer。所述修饰基团对探针3’末端起封闭和阻断作用,阻止探针3’末端发生进一步的延伸。
一种用于检测多杀性巴氏杆菌的试剂盒,所述试剂盒包括上述的引物和探针。
优选的,所述试剂盒还包括阳性标准品和阴性标准品。所述阳性标准品为插入多杀性巴氏杆菌的KMT基因序列的质粒,所述阴性标准品为超纯水或纯净水。其中超纯水由双蒸水经高温杀菌制得。
一种非诊断目的的多杀性巴氏杆菌的检测方法,包括以下步骤:
(1)提取样品DNA;
(2)以所述样品DNA为模板,利用上述引物和探针进行实时荧光重组酶介导核酸扩增检测;
(3)收集荧光信号,得出样品检测结果。
本发明采用RAA(重组酶介导的等温核酸扩增)技术结合上述的引物和探针进行多杀性巴氏杆菌的检测,样品检测结果可通过荧光分析仪进行读取。
RAA技术与RPA(重组酶聚合酶等温扩增)技术为类似的体外等温扩增技术,但RAA技术是基于RPA技术的改良,其扩增时温度为37~42℃,属于更接近等温的体外等温扩增技术,因此具备一定的优势。
优选的,所述样品DNA的OD260/280为1.8~2.0。由于RAA技术对模板的要求较低,样品DNA的提取可采用人工提取或试剂盒提取,具体提取方法不作限制。为保证检测的准确性,当所提取样品DNA的OD260/280不为1.8~2.0时,需重新提取样品DNA。
优选的,所述RAA检测的反应体系中:F-引物的浓度为10μmol/L,R-引物的浓度为10μmol/L,探针的浓度10μmol/L。
优选的,所述RAA检测的反应体系中:F-引物的用量为2μL,R-引物的用量为2μL,探针的用量为0.6μL。
优选的,所述RAA检测的反应程序为:39℃40s,1个循环;39℃30s,30~40个循环。
相对于现有技术,本发明的有益效果如下:
(1)本发明通过采用实时荧光RAA检测技术,可在恒温条件下完成实时荧光RAA检测,降低了对设备的要求;
(2)本发明所述检测方法的特异性强,灵敏度高;
(3)本发明所述检测方法操作简便,且检测效率高,通常情况下仅需15~20分钟即可完成,实现了多杀性巴氏杆菌的快速检测,尤其适用于动物卫生监督、海关检疫部门或医院等场所。
附图说明
图1为实施例3中特异性试验的结果;
图2为实施例4中灵敏度试验的结果;
图3为实施例5中样品的检测结果;
图4为实施例6中第1次稳定性试验的结果;
图5为实施例6中第2次稳定性试验的结果。
具体实施方式
为了让本领域技术人员更加清楚明白本发明所述技术方案,现列举以下实施例进行说明。需要指出的是,以下实施例对本发明要求的保护范围不构成限制作用。
实施例1
根据GenBank中公布的多杀性巴氏杆菌的KMT基因序列,使用分子生物学软件Oligo7.0设计特异性引物和探针。
其中引物的序列为:
F-引物:5’-CGCTCTACCGTTAATGGCTTCAATAATGGCCATAA-3’,
R-引物:5’-GGACGTTATTTATTACTCAGCTTATTGTTATTTGC-3’。
其中探针的序列为:
探针:5’-CATAAGAAACGTAACTCAACATGGAAATATTGA(FAM-dT)A(THF)A(BHQ1-dT)CAGACTGACAAGGA-C3 spacer-3’;
其中THF位点距探针5’端35个核苷酸,距探针3’端16个核苷酸;其中FAM-dT表示标记有荧光基团FAM的胸腺嘧啶脱氧核苷酸,BHQ1-dT表示标记有淬灭基团BHQ1的胸腺嘧啶脱氧核苷酸。其中荧光基团与淬灭基团的间距为3nt。
上述引物和探针委托生工生物(上海)股份有限公司合成。
实施例2
一种非诊断目的的多杀性巴氏杆菌的检测方法,包括以下步骤:
(1)提取样品DNA;
(2)以样品DNA为模板,利用实施例1中的引物和探针进行实时荧光RAA检测;
(3)收集荧光信号,得出样品检测结果。
采用DNA提取试剂盒进行样品DNA的提取,其中DNA提取试剂盒为美国OMEGA公司的E.Z.N.A.TM Tissue DNA Kit产品。
采用购自杭州众测生物科技有限公司的RAA核酸扩增试剂(荧光型)进行实时荧光RAA检测。
RAA检测的反应体系:
上述Buffer均来自杭州众测生物科技有限公司的RAA核酸扩增试剂(荧光型)。
RAA检测的反应程序如表1所示:
表1
步骤 | 温度 | 时间 | 循环数 | 是否收集荧光 |
预热 | 39℃ | 40s | 1 | 否 |
扩增 | 39℃ | 30s | 40 | 是 |
采用ViiA 7Real Time PCR System(厂家:美国Applied Biosystems公司)对荧光信号进行检测,根据扩增曲线直接读取检测结果。
实施例3
特异性试验
采用实施例2中检测方法对以下材料进行检测,验证该检测方法的特异性。
生物材料:猪肺疫CA株、猪丹毒GC42株、猪链球菌II型灭活疫苗、大肠杆菌O157:H7株、金黄色葡萄球菌ATCC25923株、猪传染性胸膜肺炎灭活疫苗III型、单核细胞增生李斯特菌ATCC株、猪源支气管败血波氏杆菌833株。
其中猪肺疫CA株购买自山东华宏生物工程有限公司,猪丹毒GC42株和猪链球菌II型灭活疫苗购买自广东永顺生物制药股份有限公司,大肠杆菌O157:H7株和金黄色葡萄球菌ATCC25923株购买自广东环凯微生物科技有限公司,猪传染性胸膜肺炎灭活疫苗III型购买自武汉科前动物生物制品有限责任公司,单核细胞增生李斯特菌ATCC株购买自通派(上海)生物科技有限公司,猪源支气管败血波氏杆菌833株购买自西班牙海博莱生物大药厂。
阴性对照组:纯净水。
如图1所示,只有Pm(猪肺疫CA株)随着循环数的增加,荧光信号得到明显增强,出现显著的扩增曲线;而Ecoil(大肠埃希氏菌O157:H7株)、S.aureus(金黄色葡萄球菌ATCC25923株)、App(传染性胸膜肺炎灭活疫苗III型)、L.monocytogenes(单核细胞增生李斯特菌ATCC株)、Bb(猪源支气管败血波氏杆菌833株)、Pcv2(猪链球菌II型灭活疫苗)、Er(猪丹毒GC42株)和N(阴性对照组)均未出现扩增曲线。由此可见,本发明所建立的检测方法具备良好的特异性。
实施例4
灵敏度试验
委托上海旭冠生物科技有限公司合成克隆质粒,该克隆质粒中插入多杀性巴氏杆菌的KMT基因序列,得到大小为2962bp的质粒。取2μg该质粒用100μL的纯净水充分溶解,经换算,其初始拷贝数为2.55×1010。以10倍梯度对该质粒样品进行稀释,直至稀释为2.55×101,将不同稀释梯度的质粒样品作为灵敏度试验的阳性标准品。
对经梯度稀释后的阳性标准品分别使用实施例2中检测方法进行检测,验证该检测方法的灵敏度。
如图2所示,除101(拷贝数为2.55×101)和N(阴性对照组)没有检测到荧光信号的显著变化外,其余阳性标准品均出现明显的扩增曲线,循环数均在6-18之间,能检测到的最小拷贝数约2.55×102(对应图2中的102曲线)。由于当最低拷贝数约2.55×102时,此时的循环数仍不大于18。因此在一些情况下,为追求更高的检测效率,可对RAA检测的反应程序进行调整,将扩增的循环数调整至30以下,使得检测时间小于15分钟。
实施例5
样品检测
通过实施例2的检测方法对不同超市采购的猪样品进行检测,其中猪样品共25份:淋巴结、脾脏、肝脏、大小肠和肌肉组织各5份。取实施例4中稀释至拷贝数为2.55×105的阳性标准品为阳性对照组,取纯净水作为阴性对照组。
如图3所示,除P(阳性对照组)出现明显的扩增曲线外,25份猪样品和N(阴性对照组)均未检测到荧光型号的变化,得出该25份猪样品均未受到多杀性巴氏杆菌的污染。
为了验证此次检测的准确性,将该25份猪样品在实验室中经细菌分离培养、细菌生化鉴定及毒性试验,最终确认该25份样品中不含有多杀性巴氏杆菌。
实施例6
稳定性试验
取实施例4中稀释至2.55×105的多杀性巴氏杆菌质粒的阳性标准品为模板,使用实施例2的检测方法进行两次稳定性试验,试验间隔为15天,单次试验重复数为16个。
每次试验开展前使用紫外分光光度计测量阳性标准品的初始DNA浓度,其中第1次为2.2ng/μL、第2次为2.1ng/μL,即两次试验的初始DNA浓度基本相同。
如图3-4所示,多杀性巴氏杆菌质粒在第1次和第2次稳定性试验中的检测结果保持一致,具有高度的相关性和重现性,证实本发明所建立的检测方法具有良好的稳定性。
实施例7
一种用于检测多杀性巴氏杆菌的试剂盒,包括实施例1中的引物和探针,实施例4中拷贝数为2.55×105的阳性标准品和阴性标准品(纯净水)。
Claims (10)
1.一种检测多杀性巴氏杆菌的引物,其特征在于,所述引物的序列为:
F-引物:5’-CGCTCTACCGTTAATGGCTTCAATAATGGCCATAA-3’,
R-引物:5’-GGACGTTATTTATTACTCAGCTTATTGTTATTTGC-3’。
2.一种检测多杀性巴氏杆菌的探针,其特征在于,所述探针的序列为:
探针:5’-CATAAGAAACGTAACTCAACATGGAAATATTGATAATCAGACTGACAAG GA-3’;
所述探针上标记有荧光基团、淬灭基团和THF,所述荧光基团与所述淬灭基团均标记在T碱基上,所述荧光基团与所述淬灭基团的间距为1~5nt;所述荧光基团与所述淬灭基团之间设有所述THF,所述THF距所述探针5’端≥30nt,所述THF距所述探针3’端≥15nt。
3.根据权利要求2所述的探针,其特征在于,所述荧光基团包括FAM、TET、HEX、CY3或JOE,所述淬灭基团包括BHQ1、BHQ2、TAMRA、DABCYL、MGB或Eclipse。
4.根据权利要求2所述的探针,其特征在于,所述探针的3’末端还标记有修饰基团。
5.根据权利要求4所述的探针,其特征在于,所述修饰基因包括胺基、磷酸基团、生物素-TEG、巯基或C3-spacer。
6.一种用于检测多杀性巴氏杆菌的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括权利要求1所述的引物和权利要求2至5中任一项所述的探针。
7.根据权利要求6所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括阳性标准品和阴性标准品。
8.一种非诊断目的的多杀性巴氏杆菌的检测方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)提取样品DNA;
(2)以所述样品DNA为模板,利用权利要求1所述的引物和权利要求2至5中任一项所述的探针进行实时荧光重组酶介导核酸扩增检测;
(3)收集荧光信号,得出样品检测结果。
9.根据权利要求8所述的检测方法,其特征在于,所述样品DNA的OD260/280为1.8~2.0。
10.根据权利要求8所述的检测方法,其特征在于,所述RAA检测的反应程序为:39℃40s,1个循环;39℃30s,30~40个循环。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201911060238.2A CN110885892A (zh) | 2019-11-01 | 2019-11-01 | 一种多杀性巴氏杆菌的检测方法及其引物和探针 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201911060238.2A CN110885892A (zh) | 2019-11-01 | 2019-11-01 | 一种多杀性巴氏杆菌的检测方法及其引物和探针 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN110885892A true CN110885892A (zh) | 2020-03-17 |
Family
ID=69746757
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201911060238.2A Pending CN110885892A (zh) | 2019-11-01 | 2019-11-01 | 一种多杀性巴氏杆菌的检测方法及其引物和探针 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN110885892A (zh) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN111621580A (zh) * | 2020-06-15 | 2020-09-04 | 中国动物卫生与流行病学中心 | 一种检测多杀性巴氏杆菌病的raa引物、探针及检测方法 |
Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN106755462A (zh) * | 2017-01-11 | 2017-05-31 | 南阳师范学院 | 一种牛多杀性巴氏杆菌的环介导等温扩增检测引物组合物、检测盒及其应用 |
CN106811541A (zh) * | 2017-03-23 | 2017-06-09 | 山东师范大学 | 用于现场快速检测多杀性巴氏杆菌的引物、探针及试剂盒 |
CN106834516A (zh) * | 2017-03-23 | 2017-06-13 | 山东师范大学 | 一种检测环境气溶胶样本中多杀性巴氏杆菌的试剂盒及用途 |
CN107164557A (zh) * | 2017-07-25 | 2017-09-15 | 中国农业科学院哈尔滨兽医研究所 | 一种同时检测多杀性巴氏杆菌及其荚膜a型双重实时荧光定量pcr方法的引物及应用 |
CN108315401A (zh) * | 2018-04-26 | 2018-07-24 | 华南农业大学 | 检测猪链球菌2型、猪多杀性巴氏杆菌和副猪嗜血杆菌的三重pcr引物、方法及试剂盒 |
CN109402274A (zh) * | 2018-11-09 | 2019-03-01 | 北京市农林科学院 | 一种鉴别a型和b型牛源多杀性巴氏杆菌的荧光定量rt-pcr方法 |
CN109628622A (zh) * | 2019-02-02 | 2019-04-16 | 广西壮族自治区兽医研究所 | 一种检测多杀性巴氏杆菌的实时定量lamp引物组及试剂盒 |
CN110157823A (zh) * | 2019-05-24 | 2019-08-23 | 中国人民解放军疾病预防控制中心 | Raa荧光法检测鼠疫耶尔森氏菌的引物探针组、试剂盒及其应用 |
-
2019
- 2019-11-01 CN CN201911060238.2A patent/CN110885892A/zh active Pending
Patent Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN106755462A (zh) * | 2017-01-11 | 2017-05-31 | 南阳师范学院 | 一种牛多杀性巴氏杆菌的环介导等温扩增检测引物组合物、检测盒及其应用 |
CN106811541A (zh) * | 2017-03-23 | 2017-06-09 | 山东师范大学 | 用于现场快速检测多杀性巴氏杆菌的引物、探针及试剂盒 |
CN106834516A (zh) * | 2017-03-23 | 2017-06-13 | 山东师范大学 | 一种检测环境气溶胶样本中多杀性巴氏杆菌的试剂盒及用途 |
CN107164557A (zh) * | 2017-07-25 | 2017-09-15 | 中国农业科学院哈尔滨兽医研究所 | 一种同时检测多杀性巴氏杆菌及其荚膜a型双重实时荧光定量pcr方法的引物及应用 |
CN108315401A (zh) * | 2018-04-26 | 2018-07-24 | 华南农业大学 | 检测猪链球菌2型、猪多杀性巴氏杆菌和副猪嗜血杆菌的三重pcr引物、方法及试剂盒 |
CN109402274A (zh) * | 2018-11-09 | 2019-03-01 | 北京市农林科学院 | 一种鉴别a型和b型牛源多杀性巴氏杆菌的荧光定量rt-pcr方法 |
CN109628622A (zh) * | 2019-02-02 | 2019-04-16 | 广西壮族自治区兽医研究所 | 一种检测多杀性巴氏杆菌的实时定量lamp引物组及试剂盒 |
CN110157823A (zh) * | 2019-05-24 | 2019-08-23 | 中国人民解放军疾病预防控制中心 | Raa荧光法检测鼠疫耶尔森氏菌的引物探针组、试剂盒及其应用 |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
L BABITA DEVI等: "Virulence gene profiling of porcine Pasteurella multocida isolates of Assam", 《VETERINARY WORLD》 * |
NULL: "TwistAmp® DNA Amplifcation Kits Assay Design Manual", 《TWISTAMP》 * |
孙建华等: "猪多杀性巴氏杆菌环介导等温扩增检测方法的建立", 《中国预防兽医学报》 * |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN111621580A (zh) * | 2020-06-15 | 2020-09-04 | 中国动物卫生与流行病学中心 | 一种检测多杀性巴氏杆菌病的raa引物、探针及检测方法 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN111187856B (zh) | 一种用于新冠病毒核酸快速检测的Cpf1试剂盒及其制备方法与应用 | |
CN111593141A (zh) | 基于rpa的恒温可视化新型冠状病毒快速检测试剂盒及检测方法 | |
CN106399590B (zh) | 呼吸道感染相关腺病毒的通用型核酸等温检测试剂 | |
CN110551853A (zh) | 一种快速区分非洲猪瘟病毒野毒株与基因缺失株的三重pcr检测引物及试剂盒 | |
CN110951916A (zh) | 一种基于实时荧光逆转录重组酶聚合酶核酸扩增技术检测SADS-CoV的引物和试剂盒 | |
CN108504778B (zh) | 一种同时检测猪圆环病毒2型和猪伪狂犬病毒的试剂盒及应用 | |
CN110004240B (zh) | 基于rpa的鸡毒支原体的实时荧光检测试剂盒、试纸条检测试剂盒及其用途 | |
CN112239794B (zh) | 检测新型冠状病毒SARS-CoV-2的引物对、探针、试剂盒及其应用 | |
CN110016512A (zh) | 同时检测三种牛呼吸道病原体的多重荧光定量pcr检测试剂盒及方法 | |
EP4006172A1 (en) | Composition for detecting pathogens, and kit and method therefor | |
CN110878337A (zh) | 一种红斑丹毒丝菌的检测方法及其引物和探针 | |
CN110885892A (zh) | 一种多杀性巴氏杆菌的检测方法及其引物和探针 | |
CN113186312A (zh) | 一种区分布鲁氏菌a19疫苗株与野毒株的分子标记 | |
CN111926110B (zh) | 非洲猪瘟病毒实时荧光pcr扩增引物对、探针引物、及制备的试剂盒 | |
CN115044686B (zh) | 一种同时检测brdc七种病原体的实时荧光定量pcr引物对和探针组合 | |
CN116004874A (zh) | 一种基于等温扩增法检测鹦鹉热衣原体的引物组合及试剂盒 | |
CN111926109A (zh) | 非洲猪瘟病毒荧光热对流pcr扩增引物对、探针引物、及制备的试剂盒 | |
CN116121413A (zh) | B群链球菌的实时荧光核酸恒温扩增检测试剂盒及其专用引物和探针 | |
CN112501321B (zh) | 结核分枝杆菌的分子分型方法 | |
KR102274011B1 (ko) | 결핵균 및 비결핵항산균을 동시에 감별하여 검출할 수 있는 고감도 다중 등온증폭반응용 프라이머 세트 | |
CN110157836B (zh) | 一种检测ibrv和bvdv的引物、探针及方法 | |
CN112899385A (zh) | 鉴别布鲁氏菌s2疫苗株与野毒株的引物组、探针及其应用 | |
CN116515840B (zh) | 一种用于检测牛病毒性腹泻病毒3型的试剂盒与检测方法 | |
CN114540525B (zh) | 一种检测或辅助检测鹦鹉热衣原体的引物组合物及其应用 | |
CN110819724B (zh) | 用于结核分枝杆菌复合群检测的核酸序列、试剂盒及检测方法和应用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
RJ01 | Rejection of invention patent application after publication | ||
RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20200317 |