CN110106186A - 一个与甜瓜绿色果皮性状相关的aprr2基因 - Google Patents
一个与甜瓜绿色果皮性状相关的aprr2基因 Download PDFInfo
- Publication number
- CN110106186A CN110106186A CN201910397822.0A CN201910397822A CN110106186A CN 110106186 A CN110106186 A CN 110106186A CN 201910397822 A CN201910397822 A CN 201910397822A CN 110106186 A CN110106186 A CN 110106186A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- muskmelon
- gene
- aprr2
- green
- indel
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 235000009847 Cucumis melo var cantalupensis Nutrition 0.000 title claims abstract description 75
- 101150045622 APRR2 gene Proteins 0.000 title claims abstract description 15
- 244000064895 Cucumis melo subsp melo Species 0.000 title claims description 82
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 53
- 239000000463 material Substances 0.000 claims abstract description 44
- 235000013399 edible fruits Nutrition 0.000 claims abstract description 21
- 238000002372 labelling Methods 0.000 claims abstract description 15
- 238000009395 breeding Methods 0.000 claims abstract description 13
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 claims abstract description 13
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 13
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 claims abstract 2
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 claims description 18
- 239000002585 base Substances 0.000 claims description 15
- 101100435120 Arabidopsis thaliana APRR2 gene Proteins 0.000 claims description 10
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 10
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 claims description 7
- 238000013461 design Methods 0.000 claims description 7
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 6
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 5
- 230000004087 circulation Effects 0.000 claims description 4
- 239000012154 double-distilled water Substances 0.000 claims description 4
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 4
- 238000011895 specific detection Methods 0.000 claims description 3
- 239000003513 alkali Substances 0.000 claims description 2
- 239000010985 leather Substances 0.000 abstract description 31
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 abstract description 18
- 241000565667 Mesodon inflectus Species 0.000 abstract description 17
- 235000006662 Lansium Nutrition 0.000 abstract description 15
- 241001156382 Lansium Species 0.000 abstract description 15
- 235000015510 Cucumis melo subsp melo Nutrition 0.000 abstract description 13
- FJJCIZWZNKZHII-UHFFFAOYSA-N [4,6-bis(cyanoamino)-1,3,5-triazin-2-yl]cyanamide Chemical compound N#CNC1=NC(NC#N)=NC(NC#N)=N1 FJJCIZWZNKZHII-UHFFFAOYSA-N 0.000 abstract description 13
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 abstract description 11
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 abstract description 7
- 238000011161 development Methods 0.000 abstract description 6
- 238000012215 gene cloning Methods 0.000 abstract description 3
- 238000003780 insertion Methods 0.000 abstract description 3
- 230000037431 insertion Effects 0.000 abstract description 3
- 244000241257 Cucumis melo Species 0.000 abstract 8
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 27
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 10
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 10
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 9
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 6
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 5
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 5
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 4
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 4
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 4
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 3
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 3
- 238000012268 genome sequencing Methods 0.000 description 3
- 230000008569 process Effects 0.000 description 3
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DQFBYFPFKXHELB-UHFFFAOYSA-N Chalcone Natural products C=1C=CC=CC=1C(=O)C=CC1=CC=CC=C1 DQFBYFPFKXHELB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 235000009842 Cucumis melo Nutrition 0.000 description 2
- 235000005513 chalcones Nutrition 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 229930003935 flavonoid Natural products 0.000 description 2
- 235000017173 flavonoids Nutrition 0.000 description 2
- 150000002215 flavonoids Chemical class 0.000 description 2
- 230000005078 fruit development Effects 0.000 description 2
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 238000012252 genetic analysis Methods 0.000 description 2
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 2
- 238000001558 permutation test Methods 0.000 description 2
- 230000010152 pollination Effects 0.000 description 2
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 2
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 2
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 2
- DQFBYFPFKXHELB-VAWYXSNFSA-N trans-chalcone Chemical compound C=1C=CC=CC=1C(=O)\C=C\C1=CC=CC=C1 DQFBYFPFKXHELB-VAWYXSNFSA-N 0.000 description 2
- 235000013311 vegetables Nutrition 0.000 description 2
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 2
- 102000007469 Actins Human genes 0.000 description 1
- 108010085238 Actins Proteins 0.000 description 1
- LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M Cetrimonium bromide Chemical compound [Br-].CCCCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)C LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 244000241235 Citrullus lanatus Species 0.000 description 1
- 235000012828 Citrullus lanatus var citroides Nutrition 0.000 description 1
- 244000276331 Citrus maxima Species 0.000 description 1
- 235000001759 Citrus maxima Nutrition 0.000 description 1
- 241000219112 Cucumis Species 0.000 description 1
- 235000010071 Cucumis prophetarum Nutrition 0.000 description 1
- 241000219104 Cucurbitaceae Species 0.000 description 1
- 108700003861 Dominant Genes Proteins 0.000 description 1
- 102000018700 F-Box Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010066805 F-Box Proteins Proteins 0.000 description 1
- 244000269722 Thea sinensis Species 0.000 description 1
- 238000012098 association analyses Methods 0.000 description 1
- 235000021466 carotenoid Nutrition 0.000 description 1
- 150000001747 carotenoids Chemical class 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 238000000546 chi-square test Methods 0.000 description 1
- 229930002875 chlorophyll Natural products 0.000 description 1
- 235000019804 chlorophyll Nutrition 0.000 description 1
- ATNHDLDRLWWWCB-AENOIHSZSA-M chlorophyll a Chemical compound C1([C@@H](C(=O)OC)C(=O)C2=C3C)=C2N2C3=CC(C(CC)=C3C)=[N+]4C3=CC3=C(C=C)C(C)=C5N3[Mg-2]42[N+]2=C1[C@@H](CCC(=O)OC\C=C(/C)CCC[C@H](C)CCC[C@H](C)CCCC(C)C)[C@H](C)C2=C5 ATNHDLDRLWWWCB-AENOIHSZSA-M 0.000 description 1
- 210000003763 chloroplast Anatomy 0.000 description 1
- 238000003200 chromosome mapping Methods 0.000 description 1
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 1
- 239000002131 composite material Substances 0.000 description 1
- 235000009508 confectionery Nutrition 0.000 description 1
- 238000012942 design verification Methods 0.000 description 1
- 230000003828 downregulation Effects 0.000 description 1
- 230000002922 epistatic effect Effects 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 230000008303 genetic mechanism Effects 0.000 description 1
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 1
- 229930182470 glycoside Natural products 0.000 description 1
- 150000002338 glycosides Chemical class 0.000 description 1
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 1
- 235000008216 herbs Nutrition 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 239000010977 jade Substances 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 230000004807 localization Effects 0.000 description 1
- 230000008774 maternal effect Effects 0.000 description 1
- 101150009602 mesh gene Proteins 0.000 description 1
- DFPMSGMNTNDNHN-ZPHOTFPESA-N naringin Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](C)O[C@H]1O[C@H]1[C@H](OC=2C=C3O[C@@H](CC(=O)C3=C(O)C=2)C=2C=CC(O)=CC=2)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O DFPMSGMNTNDNHN-ZPHOTFPESA-N 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000037039 plant physiology Effects 0.000 description 1
- 238000004321 preservation Methods 0.000 description 1
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 1
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 238000012772 sequence design Methods 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 230000007306 turnover Effects 0.000 description 1
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/415—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from plants
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6858—Allele-specific amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Abstract
本申请属于甜瓜基因育种开发技术领域，具体涉及一个与甜瓜绿色果皮性状相关的APRR2基因。该基因长度为1134bp，与甜瓜果皮的绿色性状相关，碱基序列如SEQ ID NO.1所示。本申请同时提供了用于检测APRR2基因的indel分子标记。本申请以黄皮和绿皮材料构建的六世代遗传群体为基础，初步解析了甜瓜果皮颜色的遗传规律，并最终确定了一个与甜瓜绿色果皮形成密切相关的基因。进一步的基因克隆发现该基因在甜瓜白色和黄色果皮材料中存在一个13bp的碱基插入，据此进一步设计了indel标记。总之，该分子标记可用于甜瓜皮色育种中的早期选择。而基于本申请相关研究结果，也可为新的甜瓜品种的培育奠定一定基础。
Description
技术领域
本申请属于甜瓜基因育种开发技术领域，具体涉及一个与甜瓜绿色果皮性状相关的APRR2基因。
背景技术
甜瓜（Cucusis melon L.）是葫芦科（Cucurbitaceae）黄瓜属一年生蔓生草本植物。中国有着悠久的甜瓜栽培历史，也是世界上最大的甜瓜生产和消费大国。据FAO统计，2016年我国甜瓜种植面积达到47.47万hm2，产量占到了世界总产量的51.16%。甜瓜是一个遗传多样性非常丰富的物种，如皮色、果实形状、果实大小。果实皮色不仅是甜瓜果实重要的外观品质，也是影响消费者选择的最直观评价标准。因此，选择符合各地市场需求，具有多样化皮色的甜瓜品种也是育种工作中的一项重要内容。然而现有技术中对于涉及到如果皮颜色、果肉颜色等果实的性状，多数情况下必须等到植株生长后期才能进行选择鉴定，因此周期较长、成本较高。也因此，挖掘控制甜瓜皮色的基因，开发能够用于育种实践的分子标记进行早期选择将大大提高育种选择的效率，降低生产成本。
当前市场上甜瓜的主流皮色为白色、绿色和黄色，其颜色形成主要由植物色素叶绿素、类胡萝卜素和类黄酮等决定。现有关于甜瓜皮色的遗传机制存在不同的研究结论，例如：白立华等（厚皮甜瓜果实主要性状遗传规律的初步研究，北方遗传资源的保护与利用研讨会论文汇编，2010）认为，甜瓜皮色为单基因控制的质量性状，且黄色对绿色和白色为显性；而Monforte 等（Identification of quantitative trait loci involved in fruitquality traits in melon (Cucumis melo, L.)，Theoretical and Applied Genetics,2004）的研究却表明，果皮颜色可能受两个以上具有上位性效应的位点控制。另外，Feder等（A Kelch domain-containing F-box coding gene negatively regulates flavonoidaccumulation in Cucumis melo, plant physiology, 2015）发现甜瓜黄色果皮中有柚皮苷查尔酮积累，并且在10号染色体上定位到一个负调控柚皮苷查尔酮积累的基因（CmKFB），可能控制甜瓜黄色果皮形成。然而，控制甜瓜其他果皮颜色的基因目前尚未被定位。因此，挖掘控制甜瓜皮色的基因、明晰基因内重要的变异位点，进而开发分子标记对于开展甜瓜皮色分子标记辅助育种具有重要意义。
发明内容
本申请目的在于提供一个与甜瓜绿色果皮性状相关的APRR2基因及用于该基因的indel分子标记，从而为甜瓜分子育种奠定一定技术基础。
本申请所采取的技术方案详述如下。
一个与甜瓜绿色果皮性状相关的APRR2基因，该基因长度为1134bp，与甜瓜果皮的绿色性状相关，碱基序列如SEQ ID NO.1所示，具体为：
ATGCAACTCCAATTAGAGAATGAAGACAAGAATGGAGTTCCGGAAGACATGGAAATTCTTTCTTGGATTCAGGACATTGTGTGGGAGCAACCAGAAGGAAGTGATGATAAGTCTCAACTGAACCTTGGAGCATCTAGGCAAGGTAGCTGGGAAAGCGGAGATCAAATGAACTGTTCAATGGAAACAGATTGCAAGGACAAGGACGTGCAGTCTAAATTCGTCGAAACTACTTCACATGATTTAGTTTGTGAAGGCCCCATTCAGGAGGGCCAACCTCAATTATCTGACAAGAAAAAATTTGGTGTCGAGAGTGATCCTTTAGCTGCTGAGAACTCAATCCAAGGAACTGGTGTGAACCAATCTGCTGGATCCAAAGCGAAGAAAACAAAGGTAAAATTATCCGACACAAAGGTGGACTGGACCCCAGAGCTACACAGAAAATTTGTTCAAGCAGTTGAACAGTTAGGGATAGATCATGCAATTCCTTCCAAAATACTTGAGCTTATGAAAGTTGAAGGTTTGACAAGGCACAACATTGCAAGTCATCTCCAGAAGTATAGAATGCAAAAGAAACATGTGATGCAGAGAGAAGAAAATACAAGGTGGTCACATTATCCAAGAAGTACATTACAAACCAATCACTTGAAACCTATAATGGCTTACCCTTCTTATCATCCAAACTGTGGAATATCAGTGTCTGCTGTTTATCCAACATGGAGACAGACCAATGACCGTCCACCTAATATCCACGTCTGTGGTCCGTTTGGTTATCGCCATTGGCCACAACCTGGAATTCAGCCCTGGAATTCCTATGCACGGGTGCAAGCTGATACATGGGGTTGCCCTGTGATGCCGCCTTCTCATGCTCCATATTTTTCATATCCTCAGCTTGTATCAGCATCACAACACAATATGCATACAGTAAATAAGAGCTATGGCATGCCTCAGGGTTTATTTGATCTTCAACCAGATGAGGAGGTGGTTGACAAGATTGTAAAAGAGGCAATGAGGGAGCCATGGTCACCCCTTCCATTAGGGCTTAAGCCTCCTTCTACAGAGAGTGTTCTCACAGAGCTTTCTAAGCAAGGAATCTCCACCGTCCCTCCTCAAATCGACGGCTCCAGATCACCCTGA。
所述与甜瓜绿色果皮性状相关的APRR2基因在甜瓜育种中的应用，该基因与甜瓜果皮的绿色性状相关联，即：该基因在绿色果皮甜瓜中表达量高，含有该基因的甜瓜果皮呈绿色表型性状。
对所述APRR2基因表达量的qRT-PCR检测方法，具体应用时，检测引物设计如下：
APRR2-F：5’-GGACAAGGACGTGCAGTCTAA-3’；
APRR2-R：5’-CAGCAGATTGGTTCACACCAG-3’。
用于检测所述APRR2基因的indel分子标记，该分子标记为一对PCR扩增用引物序列，具体为：
Indel-F：5’- ACAGACCAATGACCGTCCAC-3’；
Indel-R：5’-AATGTGGTTGTTTGGGACTAGA-3’。
所述indel分子标记在甜瓜分子育种中的应用，该分子标记用来标记APRR2的基因；具体检测待判定检材料中是否含有APRR2的基因时，采用PCR方式进行检测，
PCR扩增时，20 μl反应体系设计如下：
DNA ，2 μl；
Mix，10 μl；
ddH2O，6μl；
正反向引物（即：Indel-F、Indel-R）各1μl；
PCR扩增程序为：94℃、4 min；94℃、30 s，55℃、45 s，72℃、50 s，30个循环。
PCR扩增后，对扩增产物进行9%非变性聚丙烯酰胺（PAGE）凝胶电泳，对电泳结果进行比对分析；
具体检测判定时，黄色或白色果皮性状材料中PCR扩增产物序列长度为1126bp，碱基序列如SEQ ID NO.2所示，具体为：
ATGCAACTCCAATTAGAGAATGAAGACAAGAATGGAGTTCCGGAAGACATGGAAATTCTTTCTTGGATTCAGGACATTGTGTGGGAGCAACCAGAAGGAAGTGATGATAAGTCTCAACTGAACCTTGGAGCATCTAGGCAAGGTAGCTGGGAAAGCGGAGATCAAATGAACTGTTCAATGGAAACAGATTGCAAGGACAAGGACGTGCAGTCTAAATTCGTCGAAACTACTTCACATGATTTAGTTTGTGAAGGCCCCATTCAGGAGGGCCAACCTCAATTATCTGACAAGAAAAAATTTGGTGTCGAGAGTGATCCTTTAGCTGCTGAGAACTCAATCCAAGGAACTGGTGTGAACCAATCTGCTGGATCCAAAGCGAAGAAAACAAAGGTGGACTGGACCCCAGAGCTACACAGAAAATTTGTTCAAGCAGTTGAACAGTTAGGGATAGATCATGCAATTCCTTCCAAAATACTTGAGCTTATGAAAGTTGAAGGTTTGACAAGGCACAACATTGCAAGTCATCTCCAGAAGTATAGAATGCAAAAGAAACATGTGATGCAGAGAGAAGAAAATACAAGGTGGTCACATTATCCAAGAAGTACATTACAAACCAATCACTTGAAACCTATAATGGCTTACCCTTCTTATCATCCAAACTGTGGAATATCAGTGTCTGCTGTTTATCCAACATGGAGACAGACCAATGACCGTCCACCTAATATCCACGTCTGTGGTCCGTTTGGTTATCGCCATTGGCCACAACCTGGAATTCAGCCCTGGAATTCAGCCCTGGAATTCCTATGCACGGGTGCAAGCTGATACATGGGGTTGCCCTGTGATGCCGCCTTCTCATGCTCCATATTTTTCATATCCTCAGCTTGTATCAGCATCACAACACAATATGCATACAGTAAATAAGAGCTATGGCATGCCTCAGGGTTTATTTGATCTTCAACCAGATGAGGAGGTGGTTGACAAGATTGTAAAAGAGGCAATGAGGGAGCCATGGTCACCCCTTCCATTAGGGCTTAAGCCTCCTTCTACAGAGAGTGTTCTCACAGAGCTTTCTAAGCAAGGAATCTCCACCGTCCCTCCTCAAATCGACGGCTCCAGATCACCCTGA；
绿色果皮性状材料中PCR扩增产物序列长度为1113bp，碱基序列如SEQ ID NO.3所示，具体为：
ATGCAACTCCAATTAGAGAATGAAGACAAGAATGGAGTTCCGGAAGACATGGAAATTCTTTCTTGGATTCAGGACATTGTGTGGGAGCAACCAGAAGGAAGTGATGATAAGTCTCAACTGAACCTTGGAGCATCTAGGCAAGGTAGCTGGGAAAGCGGAGATCAAATGAACTGTTCAATGGAAACAGATTGCAAGGACAAGGACGTGCAGTCTAAATTCGTCGAAACTACTTCACATGATTTAGTTTGTGAAGGCCCCATTCAGGAGGGCCAACCTCAATTATCTGACAAGAAAAAATTTGGTGTCGAGAGTGATCCTTTAGCTGCTGAGAACTCAATCCAAGGAACTGGTGTGAACCAATCTGCTGGATCCAAAGCGAAGAAAACAAAGGTGGACTGGACCCCAGAGCTACACAGAAAATTTGTTCAAGCAGTTGAACAGTTAGGGATAGATCATGCAATTCCTTCCAAAATACTTGAGCTTATGAAAGTTGAAGGTTTGACAAGGCACAACATTGCAAGTCATCTCCAGAAGTATAGAATGCAAAAGAAACATGTGATGCAGAGAGAAGAAAATACAAGGTGGTCACATTATCCAAGAAGTACATTACAAACCAATCACTTGAAACCTATAATGGCTTACCCTTCTTATCATCCAAACTGTGGAATATCAGTGTCTGCTGTTTATCCAACATGGAGACAGACCAATGACCGTCCACCTAATATCCACGTCTGTGGTCCGTTTGGTTATCGCCATTGGCCACAACCTGGAATTCAGCCCTGGAATTCCTATGCACGGGTGCAAGCTGATACATGGGGTTGCCCTGTGATGCCGCCTTCTCATGCTCCATATTTTTCATATCCTCAGCTTGTATCAGCATCACAACACAATATGCATACAGTAAATAAGAGCTATGGCATGCCTCAGGGTTTATTTGATCTTCAACCAGATGAGGAGGTGGTTGACAAGATTGTAAAAGAGGCAATGAGGGAGCCATGGTCACCCCTTCCATTAGGGCTTAAGCCTCCTTCTACAGAGAGTGTTCTCACAGAGCTTTCTAAGCAAGGAATCTCCACCGTCCCTCCTCAAATCGACGGCTCCAGATCACCCTGA。
总体上，本申请以黄皮和绿皮材料构建的六世代遗传群体为基础，初步解析了甜瓜果皮颜色的遗传规律。具体基因分析过程中，逐步通过BSA-seq、QTL定位、全基因组关联分析将控制甜瓜果皮颜色的基因所在的染色体区间逐步缩小，并预测到一个基因功能为APRR2的候选基因。进一步基于同源序列比对的预测、qRT-PCR证实，证明该候选基因与甜瓜绿色果皮形成密切相关。而基因克隆发现该基因在甜瓜白色和黄色果皮材料中存在一个13bp的碱基插入，据此进一步设计了indel标记，并在F2分离群体中进行验证，结果与皮色表型相符。也因此，该分子标记可用于甜瓜皮色育种中的早期选择。另一方面，基于本申请相关研究结果，也可为新的甜瓜品种的培育奠定一定技术基础。
附图说明
图1为皮色分离群体的BSA-seq分析结果，其中：a、绿皮和非绿皮混池BSA-seq定位结果；b、白皮和黄皮混池BSA-seq定位结果；
图2为QTL分析结果；
图3为全基因组关联分析结果；
图4为候选基因在不同皮色材料果实发育过程中的表达模式；
图5为不同皮色甜瓜材料基因比对结果；
图6为Indel标记在F2群体中的验证结果。
具体实施方式
下面结合实施例对本申请做进一步的解释说明。在介绍具体实施例前，就下述实施例中部分实验背景情况简要介绍说明如下。
实验材料
BSA-seq试验材料由中国农业科学院郑州果树研究所提供；该试验材料以黄皮甜瓜材料B432为母本，绿皮材料B421为父本，杂交获得F1种子，F1自交获得450株F2单株；于2017年冬季在海南三亚基地种植，其中两亲本各定植30株，F2群体定植450株，用于BSA-seq分析；
国家西瓜甜瓜中期保存库提供的300份分布于世界各地的甜瓜材料于2015年春和2015年冬分别在河南中牟和海南三亚进行种植，每份材料各种植5株；
QTL-mapping实验材料由中国农业科学院蔬菜花卉研究所提供，该实验材料以一个绿皮材料为父本，分别与一个白皮（白玉）和黄皮（IVF红）材料杂交配制F1，F1自交获得F2群体；于2017年冬季在中国农业科学院蔬菜花卉所基地种植，其中两亲本各定植30株，F2群体各定植274株，用于BSA-seq分析；
所有材料均单蔓单瓜，正常管理；在幼苗5叶1心期采其幼嫩叶片，用液氮速冻后保存于超低温冰箱保存备用。
实施例
（一）遗传表型初步研究
分别对亲本B432（黄皮）和B421（绿皮）及其F2群体材料的各单株皮色性状进行调查、记录并拍照。
对所有甜瓜材料的皮色性状进行统计分析，结果表明：
BSA-seq试验材料中：母本B432皮色为黄色，父本B421为绿色，F1皮色表现一致，全部为绿色；而BC1P1后代皮色发生分离，其中绿皮为42株，白皮为15株，黄皮为21株，经卡方检验，χ2=1.39，小于χ2 0.05,2=5.99，说明BC1P1后代皮色分离比符合理论值（绿皮：白皮：黄皮=2:1:1）；
进一步地，F2群体中也发生皮色的分离，其中292株表现为绿皮，59株表现为白皮，16株表现为黄皮，χ2=4.63，小于χ2 0.05,2=5.99，说明F2群体果实绿皮、白皮、黄皮的分离比符合12:3:1。
以上这些结果表明：甜瓜皮色符合显性上位模型，显性绿色果皮基因对显性白色果皮基因有上位性作用，白色对黄色为显性。
（二）皮色性状基因的初步定位
（1）极端混池的建立及BSA-seq重测序分析
从BSA-seq试验材料的F2分离群体中，选取30株绿皮、29株白皮、9株黄皮单株分别构建极端混池；两个亲本各取15株分别构建亲本池；具体操作时：
取各单株幼嫩叶片采用改良的CTAB法提取DNA后，单株取等量DNA混合建池；
分别对各极端池进行建库，用Illumina Novaseq 分别对亲本和3个混合池开展20×覆盖度的全基因组测序（PE150测序）。
对质量控制后的序列数据比对甜瓜参考基因组，筛选亲本间纯合差异的多态性位点，并筛选极端池的SNP位点信息，计算SNP-index值，进行1000次置换检验，选取95%置信水平作为筛选的阈值。
针对测序结果，若定位区间内的ΔSNPindex值在0.5以上并且接近于1，即出现了超过临界值水平的极显著峰，说明这些区间可能包含与性状相关的目的基因。具体分析时，在对绿皮和非绿皮（白和黄）、白皮和黄皮极端池间分别进行分析时，在4号（0.02-5.7 Mb）和10号（0.08-9.5 Mb）染色体各定位到一个ΔSNPindex值大于0.5的区域（结果如图1所示），说明这两个区间内可能包含控制甜瓜果皮颜色的基因。其中，与甜瓜黄色果皮相关的CmKFB位于10号染色体的定位区域内。
（2）QTL-mapping分析
针对QTL-mapping实验材料，于果实成熟期对亲本、F1、F2单株皮色性状进行调查、记录和拍照，并对种植期间所采集的幼嫩叶片样品进行全基因组测序，测序深度分别为20×、20×、5×。针对性状统计结果及测序结果，具体分析方式说明如下。
亲本SNP分析：
利用SequenceAlignment/Map 工具（SAMtools）(Li H, et al. The sequencealignment/map format and SAMtools，Bioinformatics, 2009) 识别亲本之间SNP。为保证SNP 基因型的可靠度，减少因测序错误、比对错误、重复序列等复杂情况导致的假阳性，用以下条件严格过滤筛选SNP 位点：
（1）SNP 位点在亲本中有且仅有两种等位基因型；
（2）SNP 位点在9110s双亲中纯合；
（3）SNP mapping质量值>=20；
（4) SNP 测序质量值QUAL>=20。
基因分型：
（1）在每个F2个体基因组中，识别亲本SNP 位点，获得亲本SNP 在子代个体中的基因型信息；
（2）对SNP 基因型和染色体重组位点运用隐马尔科夫模型（Hidden Markov Model）进行推断；
（3）推断后的F2个体SNP 基因型得到修正，连续的基因型相同的SNP 应位于同一重组片段（recombination fragment）；不同重组片段之间的转折区域为重组位点区域（crossover）；若一重组片段长度小于300kb，则该片段被认为是基因转换（gene conversion）或者是推断可靠性较差，而不是基因重组；为避免假阳性，这种片段在下游的分析中，被当做缺失数据，其基因型不予考虑。
构建遗传图谱：
将F2个体已经确定的染色体基因型和重组位点合并起来进行比对；所有个体的重组位点按顺序在基因组上排列，最后得到所有的bin的遗传位置。
定位：
使用linux 平台上运行的QTL定位软件R/qtl (http://www.rqtl.org/) (Broman KW, Wu H, Sen Ś, et al. R/qtl: QTL mapping in experimental crosses，Bioinformatics, 2003)，对QTL 定位采用复合区间作图法 (Zeng et al.，1994，Precision mapping of quantitative trait loci. Genetics)，LOD值大于3的区间即为QTL候选区间；提取区间内的基因及其注释信息，用于进一步筛选候选基因。
通过对两个群体的亲本及群体内各单株进行全基因组重测序和QTL分析，结果如图2所示，分析可以看出：仅在4号染色体定位到QTL。在绿皮×白皮和绿皮×黄皮F2分离群体中分别定位在1.26 M（LOD值=47.6～65.0）和1.4 M（LOD值=15.0～27.6）的区间内，进一步缩小了BSA-seq定位到的染色体区间。
（3）全基因组关联分析
针对300份甜瓜资源，对五叶一心期采集的幼嫩叶片进行全基因组测序，平均测序深度5×；另一方面，于果实成熟期，进行皮色性状调查，并记录、拍照。
针对各样品测序数据，首先对基因型进行过滤（missing data <=40%，MAF>=0.05），然后对所有的表型文件进行数字化。借助软件EMMAX在混合线性模型下对基因型和表型进行全基因组关联分析，协变量为群体结构分层的结果。
关联分析完成后使用置换检验确定阈值。阈值线以上的信号峰即为候选区域，最后结合LD-decay和基因的功能注释信息进一步筛选候选基因。
通过对300份甜瓜资源皮色性状进行全基因组关联分析，结果如图3所示，分析可以看出：在4号染色体鉴定到一个强烈的关联信号，将甜瓜皮色相关的基因定位到0.5 kb的区间内。该区间与通过QTL-mapping定位的区间重叠。我们在该染色体区间内发现一个具有较高的P-value值（9.96），编码two-component response regulator-like protein APRR2的基因，具体碱基序列如SEQ ID NO.1所示，具体为（1134bp）：
ATGCAACTCCAATTAGAGAATGAAGACAAGAATGGAGTTCCGGAAGACATGGAAATTCTTTCTTGGATTCAGGACATTGTGTGGGAGCAACCAGAAGGAAGTGATGATAAGTCTCAACTGAACCTTGGAGCATCTAGGCAAGGTAGCTGGGAAAGCGGAGATCAAATGAACTGTTCAATGGAAACAGATTGCAAGGACAAGGACGTGCAGTCTAAATTCGTCGAAACTACTTCACATGATTTAGTTTGTGAAGGCCCCATTCAGGAGGGCCAACCTCAATTATCTGACAAGAAAAAATTTGGTGTCGAGAGTGATCCTTTAGCTGCTGAGAACTCAATCCAAGGAACTGGTGTGAACCAATCTGCTGGATCCAAAGCGAAGAAAACAAAGGTAAAATTATCCGACACAAAGGTGGACTGGACCCCAGAGCTACACAGAAAATTTGTTCAAGCAGTTGAACAGTTAGGGATAGATCATGCAATTCCTTCCAAAATACTTGAGCTTATGAAAGTTGAAGGTTTGACAAGGCACAACATTGCAAGTCATCTCCAGAAGTATAGAATGCAAAAGAAACATGTGATGCAGAGAGAAGAAAATACAAGGTGGTCACATTATCCAAGAAGTACATTACAAACCAATCACTTGAAACCTATAATGGCTTACCCTTCTTATCATCCAAACTGTGGAATATCAGTGTCTGCTGTTTATCCAACATGGAGACAGACCAATGACCGTCCACCTAATATCCACGTCTGTGGTCCGTTTGGTTATCGCCATTGGCCACAACCTGGAATTCAGCCCTGGAATTCCTATGCACGGGTGCAAGCTGATACATGGGGTTGCCCTGTGATGCCGCCTTCTCATGCTCCATATTTTTCATATCCTCAGCTTGTATCAGCATCACAACACAATATGCATACAGTAAATAAGAGCTATGGCATGCCTCAGGGTTTATTTGATCTTCAACCAGATGAGGAGGTGGTTGACAAGATTGTAAAAGAGGCAATGAGGGAGCCATGGTCACCCCTTCCATTAGGGCTTAAGCCTCCTTCTACAGAGAGTGTTCTCACAGAGCTTTCTAAGCAAGGAATCTCCACCGTCCCTCCTCAAATCGACGGCTCCAGATCACCCTGA
（4）基因表达分析
为进一步明确候选基因的功能，选取绿皮（B168）、白皮（543）和黄皮（B122）材料，分别于授粉后20天、25天、30天、35天、40天对果皮进行取样，进行qRT-PCR分析，用2–∆CT法计算目的基因相对表达量（3次重复）。
qRT-PCR分析过程中，引物序列设计如下：
目标基因（候选APRR2的基因）引物序列：
APRR2-F：GGACAAGGACGTGCAGTCTAA；
APRR2-R：CAGCAGATTGGTTCACACCAG；
Actin引物序列：
Actin-F：CCTGGTATCGCTGACCGTAT；
Actin-R：TACTGAGCGATGCAAGGATG；
PCR扩增时20 μl反应体系设计如下：
cDNA，2 μl；
Mix，10 μl；
ddH2O，6μl；
正反向引物各1μl；
PCR扩增程序为：94 ℃、5 min；95 ℃、10 s，60 ℃、10 s，72 ℃、10 s，45个循环；95℃、5 s，65 ℃、1min，40 ℃、30 s。
通过qRT-PCR方法分析了候选基因在不同皮色材料果实发育过程中的表达模式，结果发现，该基因在不同皮色甜瓜材料中具有不同的表达模式。结果如图4所示，具体而言：
绿色果皮甜瓜材料从授粉后20天开始该基因的表达量明显上升，35天后直线下降；而在白色和黄色果皮甜瓜材料中该基因的表达量无明显变化。
（5）Indel分子标记
前述测序结果基础上，通过比对不同皮色甜瓜材料中该基因（APRR2的基因）的序列，结果发现，与绿色果皮材料相比，在白色和绿色果皮甜瓜材料的基因中均存在一个13bp的碱基插入。也因此我们认为该13bp的碱基插入影响了甜瓜果皮中叶绿体的发育或叶绿素的合成。据此我们设计了indel标记，并在F2群体中进行了进一步验证。
验证时采用PCR扩增方式进行验证，验证时，设计验证用indel标记引物序列如下：
Indel-F：ACAGACCAATGACCGTCCAC；
Indel-R：AATGTGGTTGTTTGGGACTAGA；
PCR扩增时，10 μl反应体系设计如下：
DNA ，1 μl；
Mix，5 μl；
ddH2O，3μl；
正反向引物各0.5μl；
PCR扩增程序为：94℃、4 min；94℃、30 s，55℃、45 s，72℃、50 s，30个循环。
PCR扩增后，对扩增产物进行9%非变性聚丙烯酰胺（PAGE）凝胶电泳，对电泳结果进行比对分析。
基于电泳比对结果，结果如图5所示。分析表明，所设计indel标记与表型完全相符，也即：基于indel标记标记的APRR2的基因在绿色果皮甜瓜材料与白色和黄色果皮甜瓜材料确实存在13bp的碱基差异；即：绿色材料与黄色（或白色）材料相比，在789~801处缺少13bp（具体确实序列为：AGCCCTGGAATTC）。
黄色（或白色）材料PCR扩增所得产物序列如SEQ ID NO.2所示（共1126bp，与绿色材料相比，差别碱基如下划线处所示，即789~801位），具体为：
ATGCAACTCCAATTAGAGAATGAAGACAAGAATGGAGTTCCGGAAGACATGGAAATTCTTTCTTGGATTCAGGACATTGTGTGGGAGCAACCAGAAGGAAGTGATGATAAGTCTCAACTGAACCTTGGAGCATCTAGGCAAGGTAGCTGGGAAAGCGGAGATCAAATGAACTGTTCAATGGAAACAGATTGCAAGGACAAGGACGTGCAGTCTAAATTCGTCGAAACTACTTCACATGATTTAGTTTGTGAAGGCCCCATTCAGGAGGGCCAACCTCAATTATCTGACAAGAAAAAATTTGGTGTCGAGAGTGATCCTTTAGCTGCTGAGAACTCAATCCAAGGAACTGGTGTGAACCAATCTGCTGGATCCAAAGCGAAGAAAACAAAGGTGGACTGGACCCCAGAGCTACACAGAAAATTTGTTCAAGCAGTTGAACAGTTAGGGATAGATCATGCAATTCCTTCCAAAATACTTGAGCTTATGAAAGTTGAAGGTTTGACAAGGCACAACATTGCAAGTCATCTCCAGAAGTATAGAATGCAAAAGAAACATGTGATGCAGAGAGAAGAAAATACAAGGTGGTCACATTATCCAAGAAGTACATTACAAACCAATCACTTGAAACCTATAATGGCTTACCCTTCTTATCATCCAAACTGTGGAATATCAGTGTCTGCTGTTTATCCAACATGGAGACAGACCAATGACCGTCCACCTAATATCCACGTCTGTGGTCCGTTTGGTTATCGCCATTGGCCACAACCTGGAATTCAGCCCTGGAATTCAGCCCTGGAATTCCTATGCACGGGTGCAAGCTGATACATGGGGTTGCCCTGTGATGCCGCCTTCTCATGCTCCATATTTTTCATATCCTCAGCTTGTATCAGCATCACAACACAATATGCATACAGTAAATAAGAGCTATGGCATGCCTCAGGGTTTATTTGATCTTCAACCAGATGAGGAGGTGGTTGACAAGATTGTAAAAGAGGCAATGAGGGAGCCATGGTCACCCCTTCCATTAGGGCTTAAGCCTCCTTCTACAGAGAGTGTTCTCACAGAGCTTTCTAAGCAAGGAATCTCCACCGTCCCTCCTCAAATCGACGGCTCCAGATCACCCTGA。
绿色材料PCR扩增所得产物序列如SEQ ID NO.3所示（1113bp），具体为：
ATGCAACTCCAATTAGAGAATGAAGACAAGAATGGAGTTCCGGAAGACATGGAAATTCTTTCTTGGATTCAGGACATTGTGTGGGAGCAACCAGAAGGAAGTGATGATAAGTCTCAACTGAACCTTGGAGCATCTAGGCAAGGTAGCTGGGAAAGCGGAGATCAAATGAACTGTTCAATGGAAACAGATTGCAAGGACAAGGACGTGCAGTCTAAATTCGTCGAAACTACTTCACATGATTTAGTTTGTGAAGGCCCCATTCAGGAGGGCCAACCTCAATTATCTGACAAGAAAAAATTTGGTGTCGAGAGTGATCCTTTAGCTGCTGAGAACTCAATCCAAGGAACTGGTGTGAACCAATCTGCTGGATCCAAAGCGAAGAAAACAAAGGTGGACTGGACCCCAGAGCTACACAGAAAATTTGTTCAAGCAGTTGAACAGTTAGGGATAGATCATGCAATTCCTTCCAAAATACTTGAGCTTATGAAAGTTGAAGGTTTGACAAGGCACAACATTGCAAGTCATCTCCAGAAGTATAGAATGCAAAAGAAACATGTGATGCAGAGAGAAGAAAATACAAGGTGGTCACATTATCCAAGAAGTACATTACAAACCAATCACTTGAAACCTATAATGGCTTACCCTTCTTATCATCCAAACTGTGGAATATCAGTGTCTGCTGTTTATCCAACATGGAGACAGACCAATGACCGTCCACCTAATATCCACGTCTGTGGTCCGTTTGGTTATCGCCATTGGCCACAACCTGGAATTCAGCCCTGGAATTCCTATGCACGGGTGCAAGCTGATACATGGGGTTGCCCTGTGATGCCGCCTTCTCATGCTCCATATTTTTCATATCCTCAGCTTGTATCAGCATCACAACACAATATGCATACAGTAAATAAGAGCTATGGCATGCCTCAGGGTTTATTTGATCTTCAACCAGATGAGGAGGTGGTTGACAAGATTGTAAAAGAGGCAATGAGGGAGCCATGGTCACCCCTTCCATTAGGGCTTAAGCCTCCTTCTACAGAGAGTGTTCTCACAGAGCTTTCTAAGCAAGGAATCTCCACCGTCCCTCCTCAAATCGACGGCTCCAGATCACCCTGA。
综上研究，本发明以黄皮和绿皮材料构建的六世代遗传群体为基础，初步解析了甜瓜果皮颜色的遗传规律。具体基因分析过程中，逐步通过BSA-seq、QTL定位、全基因组关联分析将控制甜瓜果皮颜色的基因所在的染色体区间逐步缩小，并预测到一个候选基因APRR2的基因。进一步基于同源序列比对的预测、qRT-PCR证实，证明该候选基因与甜瓜绿色果皮形成密切相关。而基因克隆发现该基因在甜瓜白色和黄色果皮材料中存在一个13bp的碱基插入，据此设计indel标记，并在F2分离群体中进行验证（验证结果如图6所示），与皮色表型相符。该分子标记可用于甜瓜皮色育种中的早期选择。
SEQUENCE LISTING
<110> 中国农业科学院郑州果树研究所
中国农业科学院深圳农业基因组研究所
<120> 一个与甜瓜绿色果皮性状相关的APRR2基因
<130> none
<160> 3
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 1134
<212> DNA
<213> Cucusis melon
<400> 1
atgcaactcc aattagagaa tgaagacaag aatggagttc cggaagacat ggaaattctt 60
tcttggattc aggacattgt gtgggagcaa ccagaaggaa gtgatgataa gtctcaactg 120
aaccttggag catctaggca aggtagctgg gaaagcggag atcaaatgaa ctgttcaatg 180
gaaacagatt gcaaggacaa ggacgtgcag tctaaattcg tcgaaactac ttcacatgat 240
ttagtttgtg aaggccccat tcaggagggc caacctcaat tatctgacaa gaaaaaattt 300
ggtgtcgaga gtgatccttt agctgctgag aactcaatcc aaggaactgg tgtgaaccaa 360
tctgctggat ccaaagcgaa gaaaacaaag gtaaaattat ccgacacaaa ggtggactgg 420
accccagagc tacacagaaa atttgttcaa gcagttgaac agttagggat agatcatgca 480
attccttcca aaatacttga gcttatgaaa gttgaaggtt tgacaaggca caacattgca 540
agtcatctcc agaagtatag aatgcaaaag aaacatgtga tgcagagaga agaaaataca 600
aggtggtcac attatccaag aagtacatta caaaccaatc acttgaaacc tataatggct 660
tacccttctt atcatccaaa ctgtggaata tcagtgtctg ctgtttatcc aacatggaga 720
cagaccaatg accgtccacc taatatccac gtctgtggtc cgtttggtta tcgccattgg 780
ccacaacctg gaattcagcc ctggaattcc tatgcacggg tgcaagctga tacatggggt 840
tgccctgtga tgccgccttc tcatgctcca tatttttcat atcctcagct tgtatcagca 900
tcacaacaca atatgcatac agtaaataag agctatggca tgcctcaggg tttatttgat 960
cttcaaccag atgaggaggt ggttgacaag attgtaaaag aggcaatgag ggagccatgg 1020
tcaccccttc cattagggct taagcctcct tctacagaga gtgttctcac agagctttct 1080
aagcaaggaa tctccaccgt ccctcctcaa atcgacggct ccagatcacc ctga 1134
<210> 2
<211> 1126
<212> DNA
<213> Cucusis melon
<400> 2
atgcaactcc aattagagaa tgaagacaag aatggagttc cggaagacat ggaaattctt 60
tcttggattc aggacattgt gtgggagcaa ccagaaggaa gtgatgataa gtctcaactg 120
aaccttggag catctaggca aggtagctgg gaaagcggag atcaaatgaa ctgttcaatg 180
gaaacagatt gcaaggacaa ggacgtgcag tctaaattcg tcgaaactac ttcacatgat 240
ttagtttgtg aaggccccat tcaggagggc caacctcaat tatctgacaa gaaaaaattt 300
ggtgtcgaga gtgatccttt agctgctgag aactcaatcc aaggaactgg tgtgaaccaa 360
tctgctggat ccaaagcgaa gaaaacaaag gtggactgga ccccagagct acacagaaaa 420
tttgttcaag cagttgaaca gttagggata gatcatgcaa ttccttccaa aatacttgag 480
cttatgaaag ttgaaggttt gacaaggcac aacattgcaa gtcatctcca gaagtataga 540
atgcaaaaga aacatgtgat gcagagagaa gaaaatacaa ggtggtcaca ttatccaaga 600
agtacattac aaaccaatca cttgaaacct ataatggctt acccttctta tcatccaaac 660
tgtggaatat cagtgtctgc tgtttatcca acatggagac agaccaatga ccgtccacct 720
aatatccacg tctgtggtcc gtttggttat cgccattggc cacaacctgg aattcagccc 780
tggaattcag ccctggaatt cctatgcacg ggtgcaagct gatacatggg gttgccctgt 840
gatgccgcct tctcatgctc catatttttc atatcctcag cttgtatcag catcacaaca 900
caatatgcat acagtaaata agagctatgg catgcctcag ggtttatttg atcttcaacc 960
agatgaggag gtggttgaca agattgtaaa agaggcaatg agggagccat ggtcacccct 1020
tccattaggg cttaagcctc cttctacaga gagtgttctc acagagcttt ctaagcaagg 1080
aatctccacc gtccctcctc aaatcgacgg ctccagatca ccctga 1126
<210> 3
<211> 1113
<212> DNA
<213> Cucusis melon
<400> 3
atgcaactcc aattagagaa tgaagacaag aatggagttc cggaagacat ggaaattctt 60
tcttggattc aggacattgt gtgggagcaa ccagaaggaa gtgatgataa gtctcaactg 120
aaccttggag catctaggca aggtagctgg gaaagcggag atcaaatgaa ctgttcaatg 180
gaaacagatt gcaaggacaa ggacgtgcag tctaaattcg tcgaaactac ttcacatgat 240
ttagtttgtg aaggccccat tcaggagggc caacctcaat tatctgacaa gaaaaaattt 300
ggtgtcgaga gtgatccttt agctgctgag aactcaatcc aaggaactgg tgtgaaccaa 360
tctgctggat ccaaagcgaa gaaaacaaag gtggactgga ccccagagct acacagaaaa 420
tttgttcaag cagttgaaca gttagggata gatcatgcaa ttccttccaa aatacttgag 480
cttatgaaag ttgaaggttt gacaaggcac aacattgcaa gtcatctcca gaagtataga 540
atgcaaaaga aacatgtgat gcagagagaa gaaaatacaa ggtggtcaca ttatccaaga 600
agtacattac aaaccaatca cttgaaacct ataatggctt acccttctta tcatccaaac 660
tgtggaatat cagtgtctgc tgtttatcca acatggagac agaccaatga ccgtccacct 720
aatatccacg tctgtggtcc gtttggttat cgccattggc cacaacctgg aattcagccc 780
tggaattcct atgcacgggt gcaagctgat acatggggtt gccctgtgat gccgccttct 840
catgctccat atttttcata tcctcagctt gtatcagcat cacaacacaa tatgcataca 900
gtaaataaga gctatggcat gcctcagggt ttatttgatc ttcaaccaga tgaggaggtg 960
gttgacaaga ttgtaaaaga ggcaatgagg gagccatggt caccccttcc attagggctt 1020
aagcctcctt ctacagagag tgttctcaca gagctttcta agcaaggaat ctccaccgtc 1080
cctcctcaaa tcgacggctc cagatcaccc tga 1113
Claims (7)
1.一个与甜瓜绿色果皮性状相关的APRR2基因，其特征在于，该基因长度为1134bp，与甜瓜果皮的绿色性状相关，碱基序列如SEQ ID NO.1所示。
2.权利要求1所述与甜瓜绿色果皮性状相关的APRR2基因在甜瓜育种中的应用，其特征在于，该基因与甜瓜果皮的绿色性状相关联，即：含有该基因的甜瓜果皮呈绿色表型性状。
3.对权利要求1所述APRR2基因表达量的qRT-PCR检测方法，其特征在于，具体检测时，检测引物设计如下：
APRR2-F：5’-GGACAAGGACGTGCAGTCTAA-3’；
APRR2-R：5’-CAGCAGATTGGTTCACACCAG-3’。
4.用于检测权利要求1所述APRR2基因的indel分子标记，其特征在于，该分子标记为一对PCR扩增用引物序列，具体为：
Indel-F：5’- ACAGACCAATGACCGTCCAC-3’；
Indel-R：5’-AATGTGGTTGTTTGGGACTAGA-3’。
5.权利要求4所述indel分子标记在甜瓜分子育种中的应用，其特征在于，该分子标记用来标记APRR2的基因；具体检测待判定检材料中是否含有APRR2的基因时，采用PCR方式进行检测，具体检测判定时，黄色或白色果皮性状材料中PCR扩增产物序列长度为1126bp，碱基序列如SEQ ID NO.2所示；绿色果皮性状材料中PCR扩增产物序列长度为1113bp，碱基序列如SEQ ID NO.3所示。
6.利用权利要求4所述indel分子标记的甜瓜果皮颜色检测判定方法，其特征在于，采用PCR扩增方法进行检测判定，若PCR扩增产物序列长度为1126bp，则判定甜瓜果皮颜色形状为黄色或白色；若PCR扩增产物序列长度为1113bp，则判定甜瓜果皮颜色形状为绿色。
7.如权利要求6所述利用indel分子标记的甜瓜果皮颜色检测判定方法，其特征在于，PCR扩增时，10 μl反应体系设计如下：
DNA，1 μl；
Mix，5 μl；
ddH2O，3μl；
Indel-F引物，0.5μl；
Indel-R引物，0.5μl；
PCR扩增程序为：94℃、4 min；94℃、30 s，55℃、45 s，72℃、50 s，30个循环。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201910397822.0A CN110106186A (zh) | 2019-05-14 | 2019-05-14 | 一个与甜瓜绿色果皮性状相关的aprr2基因 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201910397822.0A CN110106186A (zh) | 2019-05-14 | 2019-05-14 | 一个与甜瓜绿色果皮性状相关的aprr2基因 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN110106186A true CN110106186A (zh) | 2019-08-09 |
Family
ID=67489980
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201910397822.0A Pending CN110106186A (zh) | 2019-05-14 | 2019-05-14 | 一个与甜瓜绿色果皮性状相关的aprr2基因 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN110106186A (zh) |
Cited By (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN111961124A (zh) * | 2020-08-19 | 2020-11-20 | 中国农业科学院作物科学研究所 | 一种植物早熟蛋白及其编码基因与应用 |
| CN112375839A (zh) * | 2020-12-09 | 2021-02-19 | 北京市农林科学院 | 一种与甜瓜果皮颜色相关的分子标记及其方法与应用 |
| CN113088580A (zh) * | 2021-06-09 | 2021-07-09 | 天津科润农业科技股份有限公司 | 一种与黄瓜果皮颜色基因连锁的分子标记及应用 |
| CN113812340A (zh) * | 2021-11-24 | 2021-12-21 | 天津科润农业科技股份有限公司 | 一种具有白色果皮的黄瓜及其利用 |
| CN116042643A (zh) * | 2022-09-05 | 2023-05-02 | 广东省农业科学院蔬菜研究所 | 与茄子果实叶绿素合成相关的基因、分子标记及其应用 |
| CN116497148A (zh) * | 2023-05-04 | 2023-07-28 | 华中农业大学 | 一种与苦瓜果皮颜色相关联的分子标记及其应用 |
| CN116970053A (zh) * | 2023-09-22 | 2023-10-31 | 南京农业大学三亚研究院 | 植物类胡萝卜素合成相关蛋白DcAPRR2及其编码基因与应用 |
Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN102186877A (zh) * | 2008-08-20 | 2011-09-14 | 巴斯夫植物科学有限公司 | 具有增强的产量相关性状的植物和用于产生该植物的方法 |
| US20140137296A1 (en) * | 2010-09-30 | 2014-05-15 | Syngenta Participations Ag | Modulation of solanaceae fruit ripening |
| AU2015203792A1 (en) * | 2008-08-20 | 2015-08-13 | Basf Plant Science Gmbh | Plants having enhanced yield-related traits and a method for making the same |
| CN105802962A (zh) * | 2014-12-29 | 2016-07-27 | 深圳华大农业与循环经济科技有限公司 | 分子标记及其应用 |
-
2019
- 2019-05-14 CN CN201910397822.0A patent/CN110106186A/zh active Pending
Patent Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN102186877A (zh) * | 2008-08-20 | 2011-09-14 | 巴斯夫植物科学有限公司 | 具有增强的产量相关性状的植物和用于产生该植物的方法 |
| AU2015203792A1 (en) * | 2008-08-20 | 2015-08-13 | Basf Plant Science Gmbh | Plants having enhanced yield-related traits and a method for making the same |
| US20140137296A1 (en) * | 2010-09-30 | 2014-05-15 | Syngenta Participations Ag | Modulation of solanaceae fruit ripening |
| CN105802962A (zh) * | 2014-12-29 | 2016-07-27 | 深圳华大农业与循环经济科技有限公司 | 分子标记及其应用 |
Non-Patent Citations (6)
| Title |
|---|
| CUCURBIT GENOMICS DATABASE(CUGENDB): ""Cucurbit Genomics Database(CuGenDB)：MELO3C003375T4 (mRNA) Melon (DHL92) v3.5.1"" * |
| CUCURBIT GENOMICS DATABASE(CUGENDB): ""Cucurbit Genomics Database(CuGenDB)：MELO3C003375T4 (mRNA) Melon (DHL92) v3.5.1"", 《CUCURBIT GENOMICS DATABASE》 * |
| ELAD OREN 等: ""The multi-allelic APRR2 gene is associated with fruit pigment accumulation in melon and watermelon"" * |
| ELAD OREN 等: ""The multi-allelic APRR2 gene is associated with fruit pigment accumulation in melon and watermelon"", 《JOURNAL OF EXPERIMENTAL BOTANY》 * |
| GENBANK: ""PREDICTED: Cucumis melo two-component response regulator-like APRR2 (LOC103503507), transcript variant X2, mRNA，ACCESSION：XM_008467710.2"", 《GENBANK》 * |
| 欧点点: ""甜瓜果皮颜色遗传分析及绿色果皮基因定位"", 《中国优秀博硕士学位论文全文数据库(硕士) 农业科技辑》 * |
Cited By (10)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN111961124A (zh) * | 2020-08-19 | 2020-11-20 | 中国农业科学院作物科学研究所 | 一种植物早熟蛋白及其编码基因与应用 |
| CN112375839A (zh) * | 2020-12-09 | 2021-02-19 | 北京市农林科学院 | 一种与甜瓜果皮颜色相关的分子标记及其方法与应用 |
| CN113088580A (zh) * | 2021-06-09 | 2021-07-09 | 天津科润农业科技股份有限公司 | 一种与黄瓜果皮颜色基因连锁的分子标记及应用 |
| CN113812340A (zh) * | 2021-11-24 | 2021-12-21 | 天津科润农业科技股份有限公司 | 一种具有白色果皮的黄瓜及其利用 |
| CN113812340B (zh) * | 2021-11-24 | 2022-02-18 | 天津科润农业科技股份有限公司 | 一种具有白色果皮的黄瓜及其利用 |
| CN116042643A (zh) * | 2022-09-05 | 2023-05-02 | 广东省农业科学院蔬菜研究所 | 与茄子果实叶绿素合成相关的基因、分子标记及其应用 |
| CN116497148A (zh) * | 2023-05-04 | 2023-07-28 | 华中农业大学 | 一种与苦瓜果皮颜色相关联的分子标记及其应用 |
| CN116497148B (zh) * | 2023-05-04 | 2024-01-23 | 华中农业大学 | 一种与苦瓜果皮颜色相关联的分子标记及其应用 |
| CN116970053A (zh) * | 2023-09-22 | 2023-10-31 | 南京农业大学三亚研究院 | 植物类胡萝卜素合成相关蛋白DcAPRR2及其编码基因与应用 |
| CN116970053B (zh) * | 2023-09-22 | 2024-01-30 | 南京农业大学三亚研究院 | 植物类胡萝卜素合成相关蛋白DcAPRR2及其编码基因与应用 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN110106186A (zh) | 一个与甜瓜绿色果皮性状相关的aprr2基因 | |
| CN108486276B (zh) | 辣椒熟性snp分子标记及其应用 | |
| CN107488659B (zh) | 一种与柑橘果皮红黄颜色性状相关的序列及其应用 | |
| CN109251995B (zh) | 一种鉴定西瓜果皮底色的caps分子标记及其应用 | |
| CN108048597B (zh) | 与水稻抗旱相关的snp分子标记及其应用 | |
| CN108165653B (zh) | 用于鉴定辣椒熟性的InDel分子标记及其应用 | |
| CN108411027A (zh) | 一种检测辣椒cms雄性不育恢复基因的caps分子标记引物及应用 | |
| CN108384875A (zh) | 一种与辣椒成熟果颜色基因相关的插入/缺失位点、分子标记、分子标记引物和应用 | |
| CN110205396B (zh) | 一种与黄瓜果实不规则条纹性状紧密连锁的snp标记及其应用 | |
| CN107881256A (zh) | 用于鉴定桃果实苦仁/甜仁性状的单核苷酸多态性标记位点、引物对、试剂盒及应用 | |
| CN107674922A (zh) | 黄瓜抗黄瓜花叶病毒病基因cmv的InDel标记及其应用 | |
| CN111621586B (zh) | 一种南瓜黄茎性状紧密连锁的snp分子标记及其应用 | |
| CN110093346A (zh) | 与紫菜薹薹色基因连锁的分子标志物及其用途 | |
| CN106086007B (zh) | 与番茄紫黑色果实基因atv紧密连锁的分子标记及其应用 | |
| CN110499390B (zh) | 用于烟草抗斑萎病rtsw基因辅助选择的分子标记引物、辅助选择的方法及其应用 | |
| CN104946630B (zh) | 黄瓜靶斑病抗病连锁分子标记及其专用引物和应用 | |
| KR101699149B1 (ko) | 수박의 과형 구별용 dna 마커 | |
| CN108588261B (zh) | 一种鉴定位于萝卜R02染色体上的晚抽薹QTL的InDel引物及其应用 | |
| CN107619875B (zh) | 一种用于鉴定西瓜果实形状的插入缺失标记位点、引物及应用 | |
| CN110484648A (zh) | 一种鉴定辣椒新型单簇生花序的Indel分子标记，引物及应用 | |
| Graner et al. | Barley genome organization, mapping, and synteny | |
| KR101783347B1 (ko) | 배의 화분 유무 판별용 caps 마커 및 이의 용도 | |
| KR101426466B1 (ko) | 고려인삼 엽록체 지놈 완전 해독기반 품종 및 종 간 구별 마커와 프라이머 세트 및 이를 포함하는 키트 | |
| CN112921112B (zh) | 鉴定万寿菊瓣型的caps分子标记、检测引物及检测试剂盒 | |
| CN115747363A (zh) | 用于检测黄瓜对灰霉病抗性性状的snp分子标记及其应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination |