CN109234406A - 一种人类肤质快速检测组合引物及其应用 - Google Patents

一种人类肤质快速检测组合引物及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种人类肤质快速检测组合引物及其应用，涉及基因检测技术领域，所述组合引物包括皮肤美白相关基因位点、皮肤保湿相关基因位点、皮肤弹性相关基因位点和皮肤敏感性相关基因位点。本发明采用自主研发的检测试剂，其价格要远远低于进口仪器和试剂，使得检测成本大大降低；并且进行一次本发明的方法，至少可以检测30份样品，从而使其可以被广泛地用于肤质检测服务的提供。

Description

一种人类肤质快速检测组合引物及其应用
技术领域：
本发明涉及基因检测技术领域，具体涉及一种人类肤质快速检测组合引物及其应用。
背景技术：
肤质是指人类皮肤的多样化所形成的特殊属性，在实际生活中，我们需要根据不同的肤质来进行针对性的皮肤保养。如皮肤美白能力较弱的人群要特别注意防晒；皮肤弹性较差的人群要注意防皱；皮肤保湿能力较弱的人群要特别注意皮肤的补水；皮肤敏感性较高的人群要特别关注护肤品的选用。因此，及早的获取我们肌肤的特质信息能够让我们更有效的呵护肌肤。
单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms，SNP)是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，是人类可遗传变异中最常见的一种。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万。数量庞大的SNP位点与生命的多种进程都密切相关，尤其是在疾病的鉴定方面SNP起着重大的作用。
目前已经发现IRF4、HREC2、SLC45A2基因与肌肤美白相关；ST14、FLG、AQP3基因与皮肤保湿能力相关；MMP1、MMP3、ELN基因与皮肤弹性相关；TLR1、TLR2、TLR6基因与皮肤敏感性相关。每个基因的特异SNP位点的改变都可能会导致相应肌肤特质的改变。而目前针对这些基因位点多态性的研究主要是Sanger测序法，该方法只能针对某一个样本的某一段区域进行检测，检测效率低，成本高。
基于此，本发明提供了一种人类肤质快速检测组合引物及其应用。
发明内容：
本发明所要解决的技术问题在于提供一种检测便捷、准确率高、经济实惠的人类肌肤相关基因位点的检测方法；通过多组基因引物对样品DNA进行实时定量PCR扩增，并通过各位点的熔解曲线与标准熔解曲线相比较获取其基因型，最终判断出肌肤的相应特质。
本发明的一个技术方案如下：
一种人类肤质快速检测组合引物，所述组合引物包括皮肤美白相关基因位点：IRF4基因上的rs12203592位点、HREC2基因上的rs12913832位点、SLC45A2基因上的rs16891982位点，皮肤保湿相关基因位点：ST14基因上的rs137852931位点、FLG基因上的rs11103631位点、AQP3基因上的rs17553719位点，皮肤弹性相关基因位点：MMP1基因上的rs1799750位点、MMP3基因上的rs3025058位点、ELN基因上的rs7787362位点，皮肤敏感性相关基因位点：TLR1基因上的rs5743611位点、TLR2基因上的rs5743704位点、TLR6基因上的rs5743810位点；所述组合引物包含了所有所选位点的正向引物和反向引物，如IRF4基因的rs12203592位点的引物包含了正向引物序列SEQ ID NO:1和反向引物序列SEQ ID NO:2，其它位点的引物序列详见引物序列详情表。
本发明的另一个技术方案是上述组合引物在制备人类肤质快速检测试剂盒中的应用。
所述人类肤质快速检测试剂盒包括上述组合引物和一组包含饱和染料的PCR反应mix，所述组合引物的序列如SEQ ID NO:1-24所示。
本发明的另一个技术方案是上述试剂盒在人类肤质快速检测中的应用。
所述人类肤质快速检测的方法包括以下步骤：
1)样品采集、DNA提取和PCR扩增引物的设计：所述扩增引物设计为上述组合引物；
2)高分辨率溶解荧光定量PCR扩增上述组合引物：将步骤1)中不同的组合引物按照等比例混合，混合后作为一个的引物池，按照试剂盒要求配置反应体系，体系如下：
用此引物按照荧光定量PCR的方法进行扩增，扩增条件如下：95℃预变性10min；然后按95℃变性10s，65-55℃退火10s，每个循环下降0.5℃，72℃延伸30s的程序进行45个循环；扩增出的DNA片段即为扩增文库；
3)步骤2)中的DNA片段按照高分辨率熔解曲线法进行高分辨率溶解曲线过程，扩增产物的熔解步骤在PCR循环结束后立即进行，程序为：升温至95℃1min，然后降温至40℃1min，再升温至65℃1s。从65℃连续升温到95℃的过程中进行荧光收集，25次/℃，最后，降温至40℃。
所述组合引物为12对组合引物，上游组合引物与下游组合引物之间的退火温度在3度内，且引物对与引物对之间形成的引物二聚体的△G的绝对值小于5。
为了更好地理解本发明，下面提供相关术语的定义和解释。
如本文中所使用的术语“高分辨率熔解曲线法”，主要是指基于核酸分子物理性质的不同。不同核酸分子的片段长短、GC含量、GC分布等是不同的，因此任何双链DNA分子在加热变性时都会有自己熔解曲线的形状和位置。高分辨率熔解曲线技术的基本原理就是根据熔解曲线的不同来对样品来进行区分。
设计主要遵循：用软件进行比对，保证引物对之间的退火温度相差不大，最好在3度内。引物对与引物对之间形成的引物二聚体的△G的绝对值小于5。组合引物的长度在20-40bp，所以在合成引物时，要选用较高纯化标准。
一个优选实施方案中，本发明的“组合引物”可用于制备试剂盒，所述试剂盒可用于肤质相关基因位点检测。
本发明的“组合引物”可用于制备试剂盒，所述试剂盒可用于肤质相关基因位点检测。
本发明的另一个方面提供了用于对一个或多个样本进行肤质相关基因位点检测的方法。所述方法包括使用上文描述的“组合引物”对多个样本的DNA进行扩增，然后进行测序以获得样本的序列的步骤。
本发明的有益效果是：
1)高通量。通过一代测序获得的结果只是单个碱基的结果，而进行一次本发明的方法，至少可以检测30份样品，从而使其可以被广泛地用于肤质检测服务的提供；基于多重PCR技术的高分辨率溶解曲线法，可同时检测常见的人类肤质相关基因的12个突变位点的方法。
2)低成本。采用自主研发的检测试剂，其价格要远远低于进口仪器和试剂，使得检测成本大大降低。
附图说明：
图1为本发明组合引物的设计示意图。
具体实施方式：
为了使本发明实现的技术手段、创作特征、达成目的与功效易于明白了解，下面结合具体图示和实施例，进一步阐述本发明。
注意：为了保证样本不被食物或者饮料污染，取样前30min内请勿进食和饮水。
1)从检测者口腔拭子样本中提取基因组DNA；
2)将不同的组合引物(如图1所示)按照等比例混合，混合后作为一个的引物池。使用96孔板或者384孔板，按照试剂盒要求配置反应体系，贴封板膜，短暂离心，使管壁上的溶液收集到管底；(注意：贴膜时，使用Roche LightCycler 480Ⅱ专配刮板，使膜贴紧PCR板。)
体系如下：
Roche Light Cycler 480Ⅱ实时荧光定量PCR系统，开机；
用此引物按照荧光定量PCR的方法进行扩增，扩增条件如下：95℃预变性10min；然后按95℃变性10s，65-55℃退火(每个循环下降0.5℃)10s，72℃延伸30s的程序进行45个循环；扩增出的DNA片段即为扩增文库，；
3)步骤2)中的DNA片段按照高分辨率熔解曲线条件进行高分辨率溶解曲线过程，扩增产物的熔解步骤在PCR循环结束后立即进行，程序为：升温至95℃1min，然后降温至40℃1min，再升温至65℃1s。从65℃连续升温到95℃的过程中进行荧光收集(25次/℃)。最后，降温至40℃。
以上显示和描述了本发明的基本原理和主要特征和本发明的优点。本行业的技术人员应该了解，本发明不受上述实施例的限制，上述实施例和说明书中描述的只是说明本发明的原理，在不脱离本发明精神和范围的前提下，本发明还会有各种变化和改进，这些变化和改进都落入要求保护的本发明范围内。本发明要求保护范围由所附的权利要求书及其等效物界定。

Claims (6)

1.一种人类肤质快速检测组合引物，其特征在于：所述组合引物包括皮肤美白相关基因位点：IRF4基因上的rs12203592位点、HREC2基因上的rs12913832位点、SLC45A2基因上的rs16891982位点，皮肤保湿相关基因位点：ST14基因上的rs137852931位点、FLG基因上的rs11103631位点、AQP3基因上的rs17553719位点，皮肤弹性相关基因位点：MMP1基因上的rs1799750位点、MMP3基因上的rs3025058位点、ELN基因上的rs7787362位点，皮肤敏感性相关基因位点：TLR1基因上的rs5743611位点、TLR2基因上的rs5743704位点、TLR6基因上的rs5743810位点；所述组合引物包含了所有所选位点的正向引物和反向引物，如IRF4基因的rs12203592位点的引物包含了正向引物序列SEQ ID NO:1和反向引物序列SEQ ID NO:2，其它位点的引物序列详见引物序列详情表。
2.权利要求1所述的组合引物在制备人类肤质快速检测试剂盒中的应用。
3.如权利要求2所述的人类肤质快速检测试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包括权利要求1所述的组合引物和一组包含饱和染料的PCR反应mix，所述组合引物的序列如SEQ IDNO:1-24所示。
4.权利要求3所述的试剂盒在人类肤质快速检测方法中的应用。
5.如权利要求4所述的应用，其特征在于：包括以下步骤：
1)样品采集、DNA提取和PCR扩增引物的设计：所述扩增引物设计为权利要求1所述的组合引物；
2)高分辨率溶解荧光定量PCR扩增上述组合引物：将步骤1)中不同的组合引物按照等比例混合，混合后作为一个的引物池，按照试剂盒要求配置反应体系，体系如下：
用此引物按照荧光定量PCR的方法进行扩增，扩增条件如下：95℃预变性10min；然后按95℃变性10s，65-55℃退火10s，每个循环下降0.5℃，72℃延伸30s的程序进行45个循环；扩增出的DNA片段即为扩增文库；
3)步骤2)中的DNA片段按照高分辨率熔解曲线法进行高分辨率溶解曲线过程，扩增产物的熔解步骤在PCR循环结束后立即进行，程序为：升温至95℃1min，然后降温至40℃1min，再升温至65℃1s。从65℃连续升温到95℃的过程中进行荧光收集，25次/℃，最后，降温至40℃。
6.如权利要求5所述的应用，其特征在于：所述组合引物为12对组合引物，上游组合引物与下游组合引物之间的退火温度在3度内，且引物对与引物对之间形成的引物二聚体的△G的绝对值小于5。
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