CN108315435B - 与绵羊产羔数性状相关的snp分子标记及应用 - Google Patents

Abstract

本发明提供一种与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记及其应用，所述SNP分子标记位于绵羊如SEQ ID NO:1所示的GLIS1基因序列的第4389位碱基，该处碱基为A或G。本发明还提供利用Sequenom

Description

与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记及应用

技术领域

本发明涉及分子标记检测技术，具体地说，涉及一种与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记及应用。

背景技术

产羔数性状是绵羊最重要的经济性状之一，因其受微效多基因控制且遗传力低，难以用常规育种方法来快速改良，而分子技术能有效快速地提高其遗传进展，因此鉴定与产羔数相关的主效基因或分子遗传标记是现代分子育种的关键。

GLISl为GLIS家族锌指1(GLIS Family Zinc Finger 1，GLIS1)基因，是一种在小鼠卵母细胞和受精卵一、二细胞期高表达的蛋白，在小鼠胚胎发育中起着重要的作用。GLIS1基因在成纤维细胞的重编排过程中发挥重要作用，能够促进成纤维细胞向诱导多功能干细胞转变。GLIS1位于绵羊1号染色体上，包含9个外显子和8个内含子，编码区总长1878bp，编码蛋白含625个氨基酸。为了对GLIS1基因的表达及其转录本对牛植入前胚胎的影响进行研究，Takahashi等检测了体外培养条件下卵母细胞以及胚胎发育不同阶段的细胞中的GLIS1基因，发现该基因能够在卵母细胞中表达，并且对于牛胚胎植入前的胚胎发育非常重要。

王小海等通过对小鼠GLIS1基因新转录本的功能进行研究发现，该基因在小鼠的胚胎发育以及成纤维细胞的重编排过程中均发挥重要作用。Kim等研究发现该基因编码的蛋白质分子量为84.3kD，且富含脯氨酸，另外通过Northern Blot分析得到GLIS1 mRNA在胎盘中表达量最高，实验结果表明GLIS1基因很有可能在胚胎发育过程中的某些特定阶段发挥重要作用。

然而，目前还没有关于GLIS1基因在绵羊繁殖调控中的研究，对其进行研究有助于挖掘出更多与绵羊产羔数相关的分析标记。传统的基因型检测方法，大多采用PCR-RFLP(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism)和PCR-SSCP(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism)检测方法，这些方法通量较低，程序繁多，较难实现高通量自动化测定。

单核苷酸型(single nucleotide polymorphism,SNP)主要是指在基因组水平上，由单个核苷酸变异引起的DNA序列型。是一种十分理想、有效的分子标记。

发明内容

本发明的目的是提供一种与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记及应用。

为了实现本发明目的，本发明提供与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记，其含有一个与绵羊多羔相关的SNP位点，该位点位于绵羊第1号染色体上第27726261bp位点(XM_015091666.1，基于绵羊基因组序列信息版本号Oar_v4.0，2015年12月)，该位点的碱基存在T/C突变，与绵羊多羔具有显著的相关性。

进一步地，所述SNP分子标记位于绵羊如SEQ ID NO:1所示的GLIS1基因序列的第4389位碱基，该处碱基为A或G。SEQ ID NO:1所示序列的第4389位碱基为n，n为A或G。

所述SNP分子标记的GG或AA纯合基因型对应的绵羊产羔数高于GA杂合基因型对应的绵羊产羔数。

本发明还提供基于Sequenom MassARRAY技术开发的用于检测所述SNP分子标记的引物，包括正向引物F、反向引物R和延伸引物S，引物序列分别如SEQ ID NO:2-4所示。

本发明还提供含有上述引物的检测试剂或试剂盒。

优选地，所述试剂盒还包括dNTPs、Taq DNA聚合酶、Mg²⁺、PCR反应缓冲液和SAP酶。

更优选地，所述试剂盒还包括标准阳性模板。

本发明还提供所述SNP分子标记、所述引物或含有所述引物的检测试剂或试剂盒在高产羔数绵羊品种早期筛选中的应用。

所述应用包括以下步骤：

1)提取待测绵羊的基因组DNA；

2)以待测绵羊的基因组DNA为模板，利用所述引物F和R，进行PCR扩增反应；

3)用SAP酶对PCR扩增产物进行消化；

4)以消化后的PCR扩增产物为模板，利用所述延伸引物R进行延伸反应；

5)分析延伸产物，根据绵羊GLIS1基因型的判定结果，从而判定待测绵羊是否为高产羔数绵羊品种。具有纯合基因型GG或AA的绵羊产羔数高，具有杂合基因型GA的绵羊产羔数较低。

优选地，步骤2)中PCR扩增反应使用的反应体系为：基因组DNA50ng，10×PCR反应缓冲液0.5μL，25mM MgCl₂ 0.4μL，25mM dNTPs0.1μL，10μM PCR Primer mix 1μL，5U/μLTaq DNA聚合酶0.2μL，去离子水补齐至5μL。

优选地，所述10×PCR反应缓冲液为：50mM KCl,10mM Tris-HCl，(pH8.0)。

PCR扩增反应的扩增程序为：95℃2min；95℃30s，56℃30s，72℃60s，45个循环；72℃5min。

优选地，步骤3)中对PCR扩增产物进行消化，使用的SAP酶消化体系为：10×SAPBuffer 0.17μL，1.7U/μL SAP酶0.3μL，去离子水补齐至2μL。

反应条件为：37℃40min，然后85℃15min；25℃保存。

优选地，步骤4)中延伸反应使用的反应体系为：10×iplex Buffer0.2μL，25μMTerminator mix 0.2μL，5μM Extend primer mix 0.94μL，32U/μL iplex Enzyme 0.041μL，去离子水补齐至2μL。

延伸反应条件为：94℃30s；[94℃5s，(52℃5s，80℃5s)5个内部循环]，40个外部循环；72℃3min。

优选地，本发明采用质谱检测法分析延伸产物。

本发明还提供所述SNP分子标记、所述引物或含有所述引物的检测试剂或试剂盒在绵羊分子标记辅助育种中的应用。

本发明还提供所述SNP分子标记、所述引物或含有所述引物的检测试剂或试剂盒在绵羊GLIS1基因分型中的应用。

进一步地，本发明提供一种检测绵羊多羔候选基因GLIS1基因型的方法，通过对绵羊第1号染色体上第27726261bp位点(XM_015091666.1，基于绵羊基因组序列信息版本号Oar_v4.0，2015年12月)的核苷酸进行单核苷酸型检测，根据检测结果判定绵羊GLIS1基因为GG、GA或AA。

本发明利用Sequenom

SNP技术实现单核苷酸型检测。该技术结合多重PCR技术、MassARRAY iPLEX单碱基延伸技术和基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱分析质谱技术(matrix-assisted laser desorption/ionization–time of flight，MALDI-TOF)进行分型检测，与传统的PCR-RFLP检测基因型等方法相比，该技术更灵敏，准确性更高，性价比更高，能同时对数百至数千份样本中数十到数百个SNP位点进行检测。

Sequenom

SNP技术的基本原理为：首先使用引物扩增目标SNPs所在片段，在扩增产物中加入SAP酶消化掉反应体系中的引物序列和剩余的dNTPs，然后对待检位点同时进行单碱基延伸，位点特异性的延伸引物将在突变位点处延伸一个碱基并终止。延伸引物将根据突变类型的差异而连接上不同的ddNTPs，形成分子量差异。延伸产物在经过树脂纯化后，将点样至靶片上，并使用质谱仪对不同延伸产物的分子量差异进行检测，通过数据分析，就可得到各突变位点的具体基因型。根据测序结果判定绵羊GLIS1基因为GG、GA或AA；其中，单核苷酸型检测是针对绵羊第1号染色体上第27726261bp位点的核苷酸。

本发明提供的利用Sequenom

SNP技术检测绵羊GLIS1基因型的方法，该技术更灵敏，准确性更高，性价比更高，能同时对数百至数千份样本中数十到数百个SNP位点进行检测。利用本方法可对GLIS1基因的SNP位点实现自动化检测，可以将具有高产羔数性状的GG型和较高产羔数的AA型纯合个体选留下来，淘汰产羔数较低的GA杂合型个体，从而提高绵羊的繁殖力，对绵羊大规模分子育种具有潜在的应用价值。

附图说明

图1为本发明实施例1中利用Sequenom

SNP技术对GLIS1基因的三种基因型，即GG、GA和AA的检测结果。

具体实施方式

以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。若未特别指明，实施例均按照常规实验条件，如Sambrook等分子克隆实验手册(Sambrook J&Russell DW,Molecular Cloning:a Laboratory Manual，2001)，或按照制造厂商说明书建议的条件。

实施例1利用Sequenom

SNP技术检测绵羊GLIS1基因型并预测绵羊窝平均产羔数的方法

1、实验材料

选取379只小尾寒羊绵羊为检测对象。

2、试剂及仪器

试剂：Complete Genotyping Reagent Kit for

Compact 384；

基因扩增：ABI

9700 384Dual；

质谱点样：MassARRAY NanodispenserRS1000；

质谱分析：MassARRAY Compact System；

所用试剂和仪器均购自北京君诺德生物技术有限公司(Beijing GenenodeBiotech Co.,Ltd)。

3、基因组DNA的提取

绵羊颈静脉采血1ml，用EDTA抗凝处理。首先红细胞裂解液裂解去除不含DNA的红细胞，细胞核裂解液裂解包细胞释放出基因组DNA，然后蛋白沉淀液选择性沉淀去除蛋白，最后纯净的基因组DNA通过异丙醇沉淀并重溶解于DNA溶解液。

4、Sequenom

SNP技术进行基因分型

针对绵羊第1号染色体上第27726261bp位点(XM_015091666.1，基于绵羊基因组序列信息版本号Oar_v4.0，2015年12月)设计引物组合。

PCR扩增引物的核苷酸序列如下：

正向引物F：5’-ACGTTGGATGTGCTATACATACCCATCCCG-3’

反向引物R：5’-ACGTTGGATGATGCATGATGTCCCTTCCAG-3’

延伸引物序列及延伸产物如表1所示。

表1延伸引物序列及延伸产物

上述引物由君诺德公司合成。

检测流程如下：

1、提取待测绵羊的基因组DNA；

2、以待测绵羊的基因组DNA为模板，利用所述引物F和R，进行PCR扩增反应；

3、用SAP酶对PCR扩增产物进行消化；

4、以消化后的PCR扩增产物为模板，利用所述延伸引物S进行延伸反应；

5、分析延伸产物，从而对绵羊GLIS1基因型进行判定。

其中，PCR扩增反应使用的反应体系以5μL计为：基因组DNA50ng，10×PCR反应缓冲液0.5μL，25mM MgCl₂ 0.4μL，25mM dNTPs0.1μL，10μM PCR Primer mix 1μL，5U/μL TaqDNA聚合酶0.2μL，去离子水补齐至5μL。

其中，所述10×PCR反应缓冲液为：50mM KCl,10mM Tris-HCl，(pH8.0)。

PCR扩增反应的扩增程序为：95℃2min；95℃30s，56℃30s，72℃60s，45个循环；72℃5min。

对PCR扩增产物进行消化，主要是用SAP酶去除反应产物中的剩余引物和dNTP。使用的SAP酶消化体系以2μL计为：10×SAP Buffer0.17μL，1.7U/μL SAP Enzyme 0.3μL，去离子水补齐至2μL。

反应条件为：37℃40min，85℃15min，25℃保存。

延伸反应体系以2μL计为：10×iplex Buffer 0.2μL，25μMTerminator mix 0.2μL，5μM Extend primer mix 0.94μL，32U/μL iplex Enzyme 0.041μL，去离子水补齐至2μL。

延伸反应条件为：94℃30s；[94℃5s，(52℃5s，80℃5s)5个内部循环]，40个外部循环；72℃3min。

将树脂纯化后的延伸产物移至384孔SpectroCHIP(Sequenom)芯片上，进行MALDI-TOF-MS(基质辅助激光解析电离飞行时间质谱)反应，利用Typer 4.0软件检测质谱峰，并根据质谱峰图判读各样本目标位点基因型。

经质谱分析得到PCR扩增产物大小为130bp，延伸产物的质谱检测结果如图1所示。

待测绵羊第1号染色体上第27726261bp位点不同基因型分析统计结果见表2。

表2待测绵羊第1号染色体上第27726261bp位点不同基因型分析统计

位点	基因型	总数	个体数	基因型频率
					27726261	AA	379	262	0.69

待测绵羊第1号染色体上第27726261bp位点不同基因型与小尾寒羊产羔数关联分析统计结果见表3。

表3待测绵羊第1号染色体上第27726261bp位点不同基因型与小尾寒羊产羔数关联分析

虽然，上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述，但在本发明基础上，可以对之做一些修改或改进，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此，在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进，均属于本发明要求保护的范围。

参考文献

1.Khalesi E,Nakamura H,Lee K L,et al.The Krüppel-like zinc fingertranscription factor,GLI-similar 1,is regulated by hypoxia-inducible factorsvia，non-canonical mechanisms[J].Biochemical and Biophysical ResearchCommunications，2013，441(2):499-506.

2.Takahashi K,Sakurai N,Emura N,et al.Effects of downregulating GLIS1transcript on preimplantation development and gene expression of bovineembryos[J].Journal of Reproduction and Development,2015,61(5):369–374.

3.王小海,杨力侠,吴勇延,等.小鼠Gli-similar-1(Glis1)基因新转录本功能分析[J].农业生物技术学报,2012,20(7):815-821.

4.Kim Y S,Lewandoski M,Perantoni A O,et al.Identification of Glis1,anovel Gli-related,Kruppel-like zinc finger protein containing transactivationand repressor functions.[J].Journal of Biological Chemistry,2002,277(34):30901-30913.

序列表

<110> 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所

<120> 与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记及应用

<130> KHP181110233.0

<160> 4

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 5282

<212> DNA

<213> 绵羊(Ovis aries)

<400> 1

tgttctcatc tggaaaatgg tggtaatgag tccacctcat ggggtgaacg cctcaaagaa 60

ccgaatgttc ctggtaatca agtgggaagg cttgatgaat aggacttgat gcatgctggg 120

ctgccgggca ccttctgggg ccctgtcttc cgcctctccg cataccttcc tgtgggaagg 180

aggaacaggt aatccagagg gggtaggtta cccaacgggc ctactgggga aagaacctca 240

gaaccacatc cttggctcaa aggctctgga agaaagaccc tggcagaaca gccccacgtg 300

atgatgaagc tgtctttgtg ccaaatgcta ttaatggtca taaaattatc cacagctttc 360

tgaggctcag tcccagggtt tgcctcagtg ggacaataaa atcacaagca gaaatgatgt 420

gggaaaggcg gagaccgcca agcagagaca gagttaaatg agtggcagcc tgctctcatt 480

aactcaggcc gttcacattt gttaccaggg atttcttttt aattaaaaaa cggccaattt 540

attaaaaaat aagcttgtga ggggctggcc aagcagcagc caaagccggc gggagtgagc 600

tttcctcaca gcaggatgtt ggccagtgct cggcctgaga aagtgaccag agggccactt 660

ctgaggacat gcttgtctgg agatgcgtca gctgccctgg gaccttgaga gcattgcatt 720

ctcacctgca aactgtaaag agcttggcag gtgaatgcct gtgtctgctg gagctttggg 780

cacacagcaa gttagcactg aggatctggc cttctgtgaa agggctgcct tggtggcgga 840

cagggtagaa ttaggcttgg ggagctggat ccttgagaat gaggttggac gtttgtcact 900

ctgagaggcc actttttatt atatagggat taaaacgtgg ggtttcggtc tgatgggcat 960

gagccagaag tccagcatac tgttactagc tgtgtgatca agtgagcagt ttagccttcc 1020

tgagcctctg ctttctcctc tgtacaatgg gtataaccct gatctctccc tgcaagggca 1080

gtagaaggcc ccagtgaggc agtggagtga ggacctgcgc atactgctca gcaaagggca 1140

cttctcttgt ccttgtcctt aaacttccag gctaattgtg cactgatatc agctcttttc 1200

ccaccttaat ggtttatctt gctcagtgtt gatagtccct agacagtcct tgggccggtt 1260

gttgtttagt cactaagtcg tgtctgactc tcttgtgctg ccatggattg tagccctcca 1320

gtctcctctg tccatggaat ttcctagtcg agagtactgg agtgggttgc catttccttc 1380

tccaggggat cttcccaacc taggaatcga accctcatct cctgcatcgc aggaggattc 1440

tctaccccga gccactggga aagccccttg gagctgttag gaatgtttat ccctgtactt 1500

ttccgggtgc tgttggacgt taggagcact ctccactcct ggtaccccac tcactgggca 1560

cccacgctcg cctaggggct ctgcacctca gctcgcaaca cctgacagca tctggagaac 1620

ttgcacggct gtccccgttt tgttactggg gactcagcct tggggaggga cttgtctgag 1680

tcacaggctt ggttgagggc aggaggggct cacatggggc tcaccaggcc ctgaagccca 1740

taccctttcc tccttcacat aacgctgcca aatgactggg tggaaagttc aggaagacag 1800

gcttcggatt aaccctcatc acactctaaa agaggaaacc gagatgcagg ggggcaatgg 1860

acatgtagca atcatgccta acattcgctt atactttata tagtttttag gggctttctg 1920

tagatttcaa ggggcttccc agatggcaga gaggtaaaga acccacctgc caatgcagga 1980

gccacagaag atgcaggttc agtccctgga tcaggaagat cccctggaat aggcaatggc 2040

aacccactcc agtgggcagt cttgcctggg gaatcccatg gacagaatag cctggcgggc 2100

tacagtccat gggactgtaa acagttggac acgactgagc atgcacatag atttcaagac 2160

tcattgaggc acatctacct cagtttgtct ccttaaaaat ccaggagttg ggtacagcag 2220

ggcctgtgat agcccggcaa agaaccatgg agagagagag gtgtgaatag ctgtgtccta 2280

tgcctctgtg gagtaacgca gtttggagaa caacgtgcat tgagctttgg tgatcgcaag 2340

gacacatgct gcttagtgag cacctcctct ttgacctaca agtgtcggtg acactcaccc 2400

actgggcacc cagcccccgc tgtggccatg catgttgtca gataagtgcc aggatcctag 2460

attgtcagct ccaagaggca ggaatgtgtg tgtctagccc ccgtgttccc gcacccggaa 2520

cagtgtctcg tatgttgtaa gtgttctgcg tttgtatgac gatgaacagt tacccactgg 2580

agctcagcat ctgcatctga gacctgggga gtttagtaca gaccccgttg gtgattatag 2640

gaattaacag gggtccccag tgcctggtac agtggaggtt cgggtagtat tgcgcaaggg 2700

gctctgtgcc ccatgtaccc cagtgactgc cctgcaccca caccttccat aggccgtccc 2760

cactcacttt gtctcctcct gtctctctct gcatagtgaa cgggagctac ggccaatgca 2820

ctccaggctc ggagaagaac ctgctggatc tggaccttgc cgagggccct ggccccacct 2880

gccgccaggg cctgttcctc cccgcaggaa gcccgccacc ccggggacac cccctcgcct 2940

gcgagaggct gctgcatttc ccccacccca gcaggtcccc caggccccag gccacctatg 3000

tgaatggtgg cctccccgcc acacagcaca tcaagcagga atccctccct gactaccgcg 3060

ccatgacgga agctcgcgca cccccatccg cccactgccg ggccccgccg gccacagacc 3120

tggacctccc gggccgaggc cttgccaacc ccgcaccttc ctgctacctt ctgggcagcg 3180

aacccagctc gggcctggga cccccacctg ggcccacctc ccggaggggg ggcctgaagc 3240

gctgctgcct cttggggctg ccccccacct cgtcggtctc cgtctcgccc tgcgccgcct 3300

ccgacatcac ttccatcatc cgctcctccc agacagccct ggttacctgt gtcaacggac 3360

tccggagcac ccctctgccg ggagacacgg ggggccctcc caagcgggcc cggcctagct 3420

ctgcgtccac cgagagccac gagggcagtt tgcggcttga agcctgccgg aaggccagct 3480

tcctgaagca ggagcccgcg gacgagttct cagagctctt cgggcctcac cagcagggcc 3540

tgccgccccc ctaccccctg tctcagctgc cgcctggccc gggccttgga ggcctggggc 3600

tgggcctggc gggcagggcg ttggctgggc ggcaggcgtg ccgctgggtg gactgctgtg 3660

cagcctacga gcagcaggag gagctggtgc ggcacatcga gaagagccac atcgaccagc 3720

gcaagggcga ggacttcacc tgcttctggg caggctgcgt gcgccgctac aagcccttca 3780

acgcccgcta caagctgctc atccatatga gggtgcactc gggggagaag cccaacaagt 3840

gcatgttcga gggctgcagc aaggccttct cgcgcctgga gaacctcaag atccacctgc 3900

ggagccacac gggcgagaag ccgtacctgt gccagcaccc aggctgccag aaggccttca 3960

gcaactccag tgaccccaca cagaagggcg tacgcctggc gggcgccccc cactcacccc 4020

gcctctgccc tctgatgtta cagaagccgt acgcctgcca gatccctggc tgctccaagc 4080

gctacacaga ccccagctcc ctccgcaagc acgtgaaggc ccattcggcc aaagagcagc 4140

aagtgcgcaa gaagctgcac acgggccctg acgctgaggc tgacgtcctg accgagtgtc 4200

tggccctgca gcagctccac acgtccacac agctggctgt cagcgacggg aaggggggcc 4260

gcgccctagg ccagggaact ctcccaggca tgtatcctgg ctccatcacc ccccataacg 4320

ggctggcagc aagcatcctg ccctctatgc atgatgtccc ttccaggcac cacccactgg 4380

aagccaccnc cagttcccac caccatctgt cccctctgcc cacggctgag agcacccggg 4440

atgggttggg acctggcctc ctctcgccca tggtcagtcc actgaagggg cttgggccac 4500

ccccactgcc accatcctcc cagagccatt ctccgggggg ccagcccttt cccacgctcc 4560

ccagcaagcc gccctacccg ccctttcaga gtcctccacc ccagcctctg cccagccctc 4620

aaggctacca gggcagcttc cacatcccct ccccaaccgg ggaagctncc cgatcggccg 4680

agcaggcagc cagtggggac ggactggcgg gggaggccca cggtttcaac cccctgcggc 4740

ccaatggcta tcatggccta agcgcacctt tacctgcccc aggtaagcct cccctgcgtg 4800

cctcctttcc acccctgccc ctgccaccac agtcatccga ggacgtcgtg tccagcggcc 4860

ccgaggactg cggcttcttc cctaacgggg ctttcgacca ctgcctgagt cacatcccct 4920

ccatctacac agacacctga atgccgccca cacctgcccg cctgccaccg ccgatgctac 4980

cctgcccacc tgccggctgt tcccaccttc ggggcagcca gctggagcaa ccaggccact 5040

gctccccaga acgcagctgg gtctggccac gagcgagcct ctaagcccca gccaggcgct 5100

cagaggtgcc cgtcaggatg cgtgacctgt gacatccctt gactgcgtct ctcctcttgt 5160

ctccccagtg gttttgaaat cacagacctc gtgtatataa attgtacaga acttgttttc 5220

cactccctgc cagttttata tttttggttt tacaagaaaa gcattaaaaa ctggaaatga 5280

ga 5282

<210> 2

<211> 30

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 2

acgttggatg tgctatacat acccatcccg 30

<210> 3

<211> 30

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 3

acgttggatg atgcatgatg tcccttccag 30

<210> 4

<211> 16

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 4

gggtggtggg aactgg 16

Claims (5)

1.基于Sequenom MassARRAY技术开发的用于检测与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记的引物在高产羔数绵羊品种早期筛选中的应用；

所述引物包括正向引物F、反向引物R和延伸引物S，引物序列分别如SEQ ID NO:2-4所示；

其中，所述SNP分子标记位于绵羊如SEQ ID NO:1所示的GLIS1基因序列的第4389位碱基，该处碱基为A或G；所述SNP分子标记的GG或AA纯合基因型对应的绵羊产羔数高于GA杂合基因型对应的绵羊产羔数。

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，包括以下步骤：

1)提取待测绵羊的基因组DNA；

2)以待测绵羊的基因组DNA为模板，利用引物F和R，进行PCR扩增反应；

3)用SAP酶对PCR扩增产物进行消化；

4)以消化后的PCR扩增产物为模板，利用权利要求1所述延伸引物R进行延伸反应；

5)分析延伸产物，根据绵羊GLIS1基因型的判定结果，从而判定待测绵羊是否为高产羔数绵羊品种。

3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，步骤2)中PCR扩增反应使用的反应体系为：基因组DNA 50ng，10×PCR反应缓冲液0.5μL，25mM MgCl₂ 0.4μL，25mM dNTPs 0.1μL，10μMPCR Primer mix 1μL，5U/μL Taq DNA聚合酶0.2μL，去离子水补齐至5μL；其中，所述10×PCR反应缓冲液为：50mM KCl,10mM Tris-HCl，pH8.0；

PCR扩增反应的扩增程序为；95℃ 2min；95℃ 30s，56℃ 30s，72℃ 60s，45个循环；72℃ 5min。

4.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，步骤3)中对PCR扩增产物进行消化，使用的SAP酶消化体系为：10×SAP Buffer 0.17μL，1.7U/μL SAP酶0.3μL，去离子水补齐至2μL；

反应条件为：37℃ 40min，然后85℃ 15min；25℃保存。

5.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，步骤4)中延伸反应使用的反应体系为：10×iplex Buffer 0.2μL，25μM Terminator mix 0.2μL，5μM Extend primer mix 0.94μL，32U/μL iplex Enzyme 0.041μL，去离子水补齐至2μL；

延伸反应条件为：94℃ 30s；[94℃ 5s，(52℃ 5s，80℃ 5s)5个内部循环]，40个外部循环；72℃ 3min。

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