CN114107516A - 一种用于评估猪背膘厚的snp标记及其检测方法 - Google Patents

一种用于评估猪背膘厚的snp标记及其检测方法 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种与猪背膘厚显著相关的SNP标记及其检测方法和应用、基于SNP标记开发分子标记的方法、用于检测SNP标记的引物对、低背膘厚种猪选育系统及其应用，所述SNP标记位于ENSSSCG00000004081基因上，其对应于国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体第139,495,55处的T>C突变。本发明公开的SNP标记，丰富了SNP密度，能够准确、高效地选育出低背膘厚的优良猪品种，为猪背膘厚相关的育种提供了新的分子标记资源和应用。

Description

一种用于评估猪背膘厚的SNP标记及其检测方法
技术领域
本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及用于评估猪背膘厚的SNP标记及其检测方法和用途。
背景技术
畜牧业是我国国民经济的基础产业，也是农业经济的支柱产业。其中，生猪养殖业是畜牧业中的重中之重，关系到国计民生。生长育肥阶段是生猪养殖过程中的关键一环，该环节成功与否主要由猪生长性能的优劣决定。猪生长性状主要包括达100kg体重日龄、活体背膘厚和眼肌面积等。生长性状一般为中高等遗传力的数量性状，使用传统育种方式的遗传进展相对缓慢。
随着一些分子遗传标记的发现，遗传评估可以将这些标记的信息纳入到育种体系，进而缩短世代间隔，提高遗传进展，该过程即为分子标记辅助选择。分子标记的类型由最初的生化标记、微卫星标记发展为如今的单核苷酸多态性标记(single nucleotidepolymorphisms，SNPs)。高通量SNP检测技术的发展，为我们快速、准确地寻找数量性状基因座(Quantitative Trait Loci，QTL)提供了必要的信息，使基因组选择成为可能。QTL数据库(https://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/index)是一个储存已发表的畜禽QTL信息的数据库，目前包含猪、牛、羊和鸡等主要的农业动物。在猪的QTL数据库中，目前已收录了来自281篇文献的6,347条QTL记录，包括了593个不同的性状类型。该数据库将这些性状分成了五大类，分别是外部性状、疾病、肉质、生长和繁殖性状。但是QTL数据库也存在一些问题，例如QTL区间较宽，SNP密度不高等不足。
随着国民生活品质的提高，人们对猪肉品质的要求愈来愈高，更加青睐对瘦肉的消费。其中，猪瘦肉率与背膘厚性状存在负相关，背膘厚性状易于活体度量，而瘦肉率不易度量，并且背膘厚性状具有较高的遗传力，因此其是用于瘦肉猪遗传改良的重要指标。猪基因组计划的完成，使得单核苷酸多态性分子标记以及商业化高密度芯片技术快速发展，截至目前，已经发现了很多控制猪背膘厚性状的基因，如MC4R、Ob、HSL等，部分基因标记也已经应用到猪育种实践。但是，由于背膘厚是由多基因共同控制的，目前仍缺少功能明确、效应显著且可直接用于育种的与猪背膘厚相关的SNP标记。
因此，迫切需要提供用于评估猪背膘厚的SNP标记，以丰富QTL数据库中的SNP密度，全面深入揭示猪生长性能的分子机制，从而提高猪育种进程和猪产业化利润。
发明内容
为了克服上述问题，本发明人进行了锐意研究，提出了与猪背膘厚显著相关的SNP标记及其检测方法和应用、基于SNP标记开发分子标记的方法、用于检测SNP标记的引物对、低背膘厚种猪选育系统及其应用，由此，提供了用于评估猪背膘厚的SNP标记，丰富了SNP密度，能够准确、高效地选育出低背膘厚的优良猪品种，为猪背膘厚相关的育种提供了新的分子标记资源和应用，从而完成了本发明。
具体来说，本发明的目的在于提供以下方面：
本发明提供一种与猪背膘厚相关的SNP标记，其中，所述SNP标记位于ENSSSCG00000004081基因上，
其对应于国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体第139,495,55处的T>C突变。
其中，所述SNP标记位于核苷酸片段一的第151个核苷酸处，该处的碱基类型的差异导致猪背膘厚度不同，所述核苷酸片段一的序列如SEQ ID NO：1所示。
其中，所述与猪背膘厚相关的SNP标记位点的等位基因为T和C，包括CC和TC两种基因型；
优选地，SNP位点的基因型为CC的猪背膘厚低于SNP位点基因型为TC的猪背膘厚。
本发明还提供一种基于上述SNP标记开发分子标记的方法，其中，以含有所述SNP标记的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使所述的SNP标记转化为分子标记。
本发明还提供一种用于检测上述SNP标记的引物对，其中，所述引物对的上游引物为P6，其包括如SEQ ID NO：7所示的核苷酸序列；所述引物对的下游引物为P7，其包括如SEQID NO：8所示的核苷酸序列。
本发明还提供一种上述SNP标记的检测方法，其中，所述方法包括以下步骤：
步骤1，根据SNP标记的核苷酸序列设计引物；
步骤2，以被检测猪的基因组DNA作为模板进行扩增；
步骤3，判断扩增产物中是否存在该SNP标记。
本发明还提供一种上述SNP标记在预测猪背膘厚中的应用，其中，所述应用包括检测待测猪的国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体第139,495,55处SNP标记的基因型的步骤。
其中，所述应用包括以下步骤：
步骤I，提取待测猪的基因组DNA；
步骤II，以基因组DNA为模板，进行PCR扩增；
步骤III，确定待测猪所述SNP标记的基因型；
步骤IV，根据基因型确定待测猪的背膘厚度。
本发明还提供一种低背膘厚种猪选育系统，其中，所述系统包括：
候选猪获取设备，用于提供多头候选猪；
性状预测设备，其与候选猪获取设备相连，用于预测猪背膘厚；
培育设备，其与性状预测设备相连，用于基于性状预测设备的预测结果，选择并培育具有低背膘厚的候选猪。
本发明还提供上述的SNP标记、引物对、种猪选育系统在猪育种中的应用，所述猪育种为分子标记辅助育种。
本发明所具有的有益效果包括：
本发明提供的SNP标记与猪背膘厚显著相关，可以通过鉴定该SNP标记的基因型来筛选不同背膘厚的种猪，有利于缩短育种周期、降低育种成本，提高育种精准度，丰富了分子标记辅助育种的SNP标记，所得低背膘厚的种猪具有更高的瘦肉率，具有更大的经济效益与社会价值。
附图说明
图1示出本发明实施例1中SNP位点rs321528342不同基因型间的表型差异。
具体实施方式
下面通过优选实施方式和实施例对本发明进一步详细说明。通过这些说明，本发明的特点和优点将变得更为清楚明确。
在这里专用的词“示例性”意为“用作例子、实施例或说明性”。这里作为“示例性”所说明的任何实施例不必解释为优于或好于其它实施例。
本发明的第一方面，发明人通过基因分型技术并参阅Ensembl(基因序列数据库)，经过大量的试验和研究，提供了一种与猪背膘厚相关的SNP标记，其位于ENSSSCG00000004081基因上。
其中，SNP表现出的多态性涉及单个碱基的变异，包括转换、颠换、插入和缺失。
根据本发明一种优选的实施方式，所述SNP标记对应于国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体第139,495,55处的T>C突变。
其中，所述SNP标记在Ensembl上对应的位点号为rs321528342。
优选地，所述与猪背膘厚相关的SNP标记及其两端的侧翼序列组成的核苷酸序列为核苷酸片段一，其序列如SEQ ID NO：1所示，
所述SNP标记在SEQ ID NO：1所示核苷酸序列的第151bp处存在T/C突变，该处的碱基类型的差异导致猪背膘厚度不同
其中，核苷酸片段一为Ensembl上显示的SNP位点rs321528342两侧的序列，本发明中的测序结果与Ensembl上的突变位点互补。
在进一步优选的实施方式中，所述与猪背膘厚相关的SNP标记位点的等位基因为T和C，包括CC和TC两种基因型；
优选地，SNP位点的基因型为CC的猪背膘厚低于SNP位点基因型为TC的猪背膘厚。
其中，基因型为CC表示该SNP位点为C的纯合子，基因型为TC表示该SNP位点为杂合子。
本发明人研究发现，猪上述SNP标记的CC基因型个体的背膘厚度显著低于TC基因型个体的背膘厚度，能够根据该SNP位点的基因型对猪的肉质性状进行遗传评估。因此，本发明中所述的位于国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体第139,495,55处的SNP位点与猪背膘厚性状紧密相关，能够有效用于猪的分子标记辅助育种，具有早期筛选、成本低廉、准确性高的优点，可以通过选育位于国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体第139,495,55处的SNP位点的CC基因型个体作为种猪，以筛选出更低背膘厚的猪个体。
此外，研究rs321528342位点对猪背膘厚的影响有助于解析ENSSSCG00000004081基因的功能，利于提高养猪业的经济效益。
在本发明中，对SNP位点进行基因分型可以在一定程度上排除表型选择中的饲养环境、饲料、疾病等因素对猪优良基因的误淘和误选，增强目标性状选择准确性。
对基因型的检测可以采用现有技术中常用的方法，如基因芯片技术、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术等，本发明中优选采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术进行基因分型，其主要步骤是：首先PCR扩增目标序列，然后加入SNP序列特异延伸引物，在SNP位点上延伸1个碱基。将制备的样品分析物与芯片基质共结晶后在质谱仪的真空管经瞬时纳秒(10-9s)强激光激发，核酸分子解吸附并转变为亚稳态离子，电场中离子飞行时间与离子质量成反比，通过飞行时间检测器检测核酸分子在真空管中的飞行时间而获得样品分析物的精确分子量，从而检测出SNP位点信息。
由于多态性位点碱基不同，延伸产物不同的末端碱基将导致延伸后的产物分子量的差异，因此由SNP多态性引起的碱基差异通过分子量的差异而体现。
由上述可知，在对SNP位点就那些基因分型的过程中涉及猪基因组DNA的提取、PCR扩增反应和单碱基延伸反应等步骤。
根据本发明一种优选的实施方式，所述PCR扩增反应的扩增引物为P1和P2，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示。
在进一步有优选的实施方式中，所述单碱基延伸引物为P3、P4和P5，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示。
在本发明中，SNP标记的单碱基引物具有3条，分别为UEP(P3)、EXT1(P4)和EXT2(P5)，其中，UEP为延伸引物，EXT1和EXT2为针对位点不同基因型设计的检测引物。
上述引物对优选采用Sequenom公司的引物设计软件Assay design3.1，综合考虑引物设计的各项原则设计得到。
本发明的第二方面，提供了一种基于上述SNP位点开发分子标记的方法，以含有第一方面所述SNP标记的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使所述的SNP标记转化为分子标记。
优选地，所述猪种为约克夏猪。
其中，所述的引物对序列的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：7所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：8所示。
优选地，所述分子标记为包括SEQ ID NO：1所示核苷酸序列的DNA片段，所述DNA片段的长度为适当长度，但并不特别限定，例如：小于10000bp、小于5000bp、小于2000bp、小于1500bp、小于1000bp、或者小于800bp。
更优选地，所述分子标记为SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列。
SNP位点位于第151位，存在T/C多态性。
本发明的第三方面，提供了一种用于检测第一方面所述SNP标记的引物对，所述引物对的上游引物为P6，其包括如SEQ ID NO：7所示的核苷酸序列；所述引物对的下游引物为P7，其包括如SEQ ID NO：8所示的核苷酸序列；
优选地，所述上游引物P6的核苷酸序列如SEQ ID NO：7所示，所述下游引物P7的核苷酸序列如SEQ ID NO：8所示。
在本发明中，采用上述引物对能够有效对待测猪个体中含有与猪背膘厚显著相关的SNP标记的核苷酸片段进行PCR扩增，进而确定SNP位点的基因型，获得待测猪个体的猪背膘厚度。
本发明的第四方面，提供了一种用于检测上述SNP标记的试剂盒，所述试剂盒包括第三方面所述的引物对，还包括PCR扩增体系，优选包括PCR缓冲液、dNTP和DNA聚合酶。
本发明的第五方面，提供了一种上述SNP标记的检测方法，所述方法包括以下步骤：
步骤1，根据SNP标记的核苷酸序列设计引物；
步骤2，以被检测猪的基因组DNA作为模板进行扩增；
步骤3，判断扩增产物中是否存在该SNP标记。
例如，可以以被检测猪的基因组DNA为模板，以上述引物P6和P7进行PCR扩增，得到扩增产物，优选将得到的扩增产物进行测序或者凝胶电泳。
本发明的第六方面，提供了一种上述SNP标记在预测猪背膘厚中的应用。由此，可以预测猪背膘厚，准确、高效地选育出猪优良品种。
在本发明中，上述针对与猪背膘厚相关的SNP标记、用于检测SNP标记的引物对和试剂盒所描述的特征和优点，同样适用于该应用，在此不再赘述。
本发明的第七方面，提供了一种预测猪背膘厚的方法，所述方法包括检测待测猪的国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体第139,495,55处SNP标记的基因型的步骤，
优选地，所述方法包括以下步骤：
步骤I，提取待测猪的基因组DNA；
步骤II，以基因组DNA为模板，进行PCR扩增；
步骤III，确定待测猪所述SNP标记的基因型；
步骤IV，根据基因型确定待测猪的背膘厚度。
其中，步骤II中，利用上述检测SNP标记的引物对或包含该引物对的试剂盒进行PCR扩增，所得到的扩增产物包含位于国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体第139,495,55处的SNP标记。
步骤III中，对SNP标记的基因型检测方法不做特别限定，可以采用现有技术中常用的直接测序法、基因芯片技术、单链构象多态性聚合酶链式反应(PCR-SSCP)、限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(PCR-RFLP)及飞行时间质谱等技术。
其中，测序是一种准确性高、灵活性强、通量大、检测周期短的检测技术，可直接检测SNP位点的基因型。
步骤IV中，若待测猪的位于国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体第139,495,55处的SNP标记的基因型为CC，则其具有较低的背膘厚；若待测猪的位于国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体第139,495,55处的SNP标记的基因型为TC，则其具有较高的背膘厚。
本发明的第八方面，提供了一种种猪选育系统，所述系统包括：
候选猪获取设备，用于提供多头候选猪；
性状预测设备，其与候选猪获取设备相连，用于预测猪背膘厚；
培育设备，其与性状预测设备相连，用于基于性状预测设备的预测结果，选择并培育具有低背膘厚的候选猪。
本发明提供的种猪选育系统，可以选育出具有较低背膘厚的优良猪品种，有利于缩短育种周期、降低育种成本，且能有效提高育种精准度。
本发明的第九方面，提供了一种上述SNP标记、引物对、试剂盒、种猪选育系统在猪育种中的应用，所述猪育种为分子标记辅助育种。
实施例
以下通过具体实例进一步描述本发明，不过这些实例仅仅是范例性的，并不对本发明的保护范围构成任何限制。
实施例1
1、试验猪群体
本实施例所采用的试验猪群体为来自于河北衡水种猪场的约克夏纯种猪，共384头，其中，母猪27头，公猪357头。
2、背膘厚的测定与校正
在猪个体体重处于85～105kg范围时测定活体背膘厚(Backfat Thickness,BFT)，采用B超扫描测定群体中猪个体的倒数第3～4肋间处背膘厚，以毫米为单位。然后，采用河北省地方标准(DB13/T 2065-2014)文件《种猪场场内生产性能测定技术规程》的遗传评估性状测定规程对采集的数据进行表型数据校正，具体按如下校正公式计算猪达100kg体重的活体背膘厚：
校正背膘厚＝实测背膘厚×CF；
CF＝A÷{A+[B×(实测体重-100)]}。
其中，A、B为背膘厚度校正系数，实测体重单位为kg。
约克夏公猪的A为12.402，B为0.106530；约克夏母猪的A为13.706，B为0.119624。
对测定后的表型数据进行质量控制：清除表型值缺失的个体，清除与平均值的偏差大于3倍标准差的个体。
3、基因组DNA提取
采集384头猪耳组织，参考天根生物科技公司组织DNA提取试剂盒说明书，按以下步骤顺序进行DNA提取：
(1)先在缓冲液GD和漂洗液PW中分别加入68mL和200mL无水乙醇，充分混匀。
(2)采集组织样约100mg置于2mL EP管内，完全剪碎后加200μL缓冲液GA，振荡至彻底悬浮。
(3)加入20μL蛋白酶K溶液，混匀后放在56℃金属浴中消化过夜，直至耳样组织溶解，简短离心以去除管盖内壁的水珠。
(4)加入200μL缓冲液GB，充分颠倒混匀，放在70℃金属浴10min，溶液应变清亮，简短离心以去除管盖内壁的水珠。
(5)加入200μL无水乙醇，充分振荡混匀15sec，此时可能会出现絮状沉淀，简短离心以去除管盖内壁的水珠。
(6)将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB3中，吸附柱放入收集管中，随后以12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放回收集管中。
(7)向吸附柱CB3中加入500μL缓冲液GD，12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。
(8)向吸附柱CB3中加入600μL漂洗液PW，以12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。
(9)重复操作步骤(8)。
(10)将吸附柱CB3放回收集管中，12,000rpm离心2min，倒掉废液；将吸附柱CB3置于室温放置数分钟，以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液。
(11)将吸附柱CB3转入一个干净的离心管中，向吸附膜的中间部位悬空滴加100μL洗脱缓冲液TE，室温放置2-5min，12,000rpm离心2min，将溶液收集到离心管中，将离心得到的溶液再加入吸附柱CB3中，室温放置2min，12,000rpm离心2min将溶液收集到离心管中。
(12)经过Nanodrop-100分光光度计检测质量与浓度后将浓度同一稀释到50ng/μL于-20℃下保存备用。
4、基因分型检测
基于Sequenom平台，采用基因分型384孔试剂盒Complete iPLEX GoldGenotyping Reagent Set 384Kit进行分型检测。
(1)以提取的384个约克夏纯种猪的DNA为模板，采用如SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示的引物序列进行扩增，扩增体系(384孔PCR板+38％的试剂损耗)如表1所示：
表1
Figure BDA0002661682860000121
Figure BDA0002661682860000131
扩增反应的循环参数如表2所示：
表2
Figure BDA0002661682860000132
(2)对PCR扩增产物进行SAP消化处理，反应体系(384孔PCR板+38％的试剂损耗)如表3：
表3
试剂 浓度 体积(ul)
水 NA 810.9
SAP Buffer 10x 90.1
SAP 1.7U/ul 159.0
Total 2/孔
将上述体系混匀，离心后加入PCR反应检测板中，置于PCR仪中，反应条件为：37℃孵育40min，85℃孵育5min，4℃维持。
(3)向消化处理后的体系中加入单碱基延伸引物，进行延伸反应，反应体系如表4：
表4
试剂 浓度 体积(ul)
水 NA 400.2
iPLEX buffer plus 10x 106
iPLEX terminator NA 106
引物混合物 0.6-1.3uM 426.1
iPlex酶 NA 21.7
total 2/孔
其中，单碱基延伸的引物分别如SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示。
反应的循环参数如表5所示：
表5
Figure BDA0002661682860000141
(4)将反应产物(共9μL)稀释3倍，使用树脂进行脱盐，将脱盐处理后的样品点在样品靶上，自然结晶；上机进行质谱检测，收集数据，判读rs81408425位点的基因型。
清除最小等位基因频率(Minimum Allele Frequency，MAF)小于1％的个体，并且检验Hardy-Weinberg平衡。
5、rs321528342分子标记分型结果与猪背膘厚关联分析
采用GEMMA统计分析软件的混合线性模型进行统计分析，具体模型为：
y＝Wa+xβ+μ+ε
其中，y代表个体表型值；W代表协变量；a代表对应系数；x代表SNP基因型；β代表对应的SNP效应；μ代表剩余多基因效应；ε代表剩余残差效应。
6、结果
(1)采用PopGene 3.2计算SNP标记位点的基因型频率和等位基因频率，结果如表6所示：
表6
Figure BDA0002661682860000151
由表6可知，rs321528342位点检测到两个基因型：CC和TC，其中，C的等位基因频率为97.31％，T的等位基因频率为2.69％。
(2)rs321528342位点不同基因型在约克夏猪群体中对猪背膘厚度的影响如图1和表7所示：
表7
Figure BDA0002661682860000152
由图1和表7可知，rs321528342位点与猪背膘厚显著关联(P<0.1)，其中CC型个体背膘厚显著低于TC型个体(P<0.1)。由此可见，在猪群体中，继代选育rs321528342位点为CC型的猪，可逐步降低猪背膘厚度，提高生猪养殖业的经济效益。
以上结合具体实施方式和范例性实例对本发明进行了详细说明，不过这些说明并不能理解为对本发明的限制。本领域技术人员理解，在不偏离本发明精神和范围的情况下，可以对本发明技术方案及其实施方式进行多种等价替换、修饰或改进，这些均落入本发明的范围内。
SEQUENCE LISTING
<110> 中国农业科学院农业基因组研究所
<120> 一种用于评估猪背膘厚的SNP标记及其检测方法
<130> 2020
<160> 8
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 401
<212> DNA
<213> 核苷酸片段一（人工序列）
<400> 1
cgttagcatc tgtgattagc caatggaatg actatctaga gtggaaaaac cagttggagc 60
agtggatgga agaagtggat cagaaagtag aacatccttt gcaactgcag cctggtctga 120
aagagaagtt ttcgcttctg gaccattttc agtccctagt atcggaggcg gaagatcacg 180
ctggagccct gcagcggctc gttgccaagg ccagggagct ttaccagaag actgaggatg 240
agtcattcaa ggagaccgct caagaggaac tgaaaacaca gttcaatgat ataatgacag 300
tttctaaggt tagtgctcta tagtgaggaa aaaacttcaa ggttcagata aagaatgccc 360
tgtaggttaa attgtagggg acttggctgc tctgaagcca g 401
<210> 2
<211> 30
<212> DNA
<213> 扩增引物P1（人工序列）
<400> 2
acgttggatg ttcagtccct agtatcggag 30
<210> 3
<211> 30
<212> DNA
<213> 扩增引物P2（人工序列）
<400> 3
acgttggatg tcttctggta aagctccctg 30
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 单碱基延伸引物P3（人工序列）
<400> 4
gggcgccctg gccttggcaa 20
<210> 5
<211> 21
<212> DNA
<213> 单碱基延伸引物P4（人工序列）
<400> 5
gggcgccctg gccttggcaa c 21
<210> 6
<211> 21
<212> DNA
<213> 单碱基延伸引物P5（人工序列）
<400> 6
gggcgccctg gccttggcaa t 21
<210> 7
<211> 30
<212> DNA
<213> 上游引物P6（人工序列）
<400> 7
acgttggatg ttcagtccct agtatcggag 30
<210> 8
<211> 30
<212> DNA
<213> 下游引物P7（人工序列）
<400> 8
acgttggatg tcttctggta aagctccctg 30

Claims (10)

1.一种与猪背膘厚相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于ENSSSCG00000004081基因上，
其对应于国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体第139,495,55处的T>C突变。
2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于核苷酸片段一的第151个核苷酸处，该处的碱基类型的差异导致猪背膘厚度不同，所述核苷酸片段一的序列如SEQ ID NO：1所示。
3.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述与猪背膘厚相关的SNP标记位点的等位基因为T和C，包括CC和TC两种基因型；
优选地，SNP位点的基因型为CC的猪背膘厚低于SNP位点基因型为TC的猪背膘厚。
4.一种基于权利要求1至3之一所述SNP标记开发分子标记的方法，其特征在于，以含有所述SNP标记的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使所述的SNP标记转化为分子标记。
5.一种用于检测权利要求1至3之一所述SNP标记的引物对，其特征在于，所述引物对的上游引物为P6，其包括如SEQ ID NO：7所示的核苷酸序列；所述引物对的下游引物为P7，其包括如SEQ ID NO：8所示的核苷酸序列。
6.一种权利要求1至3之一所述SNP标记的检测方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
步骤1，根据SNP标记的核苷酸序列设计引物；
步骤2，以被检测猪的基因组DNA作为模板进行扩增；
步骤3，判断扩增产物中是否存在该SNP标记。
7.一种权利要求1至3之一所述SNP标记在预测猪背膘厚中的应用，其特征在于，所述应用包括检测待测猪的国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体第139,495,55处SNP标记的基因型的步骤。
8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述应用包括以下步骤：
步骤I，提取待测猪的基因组DNA；
步骤II，以基因组DNA为模板，进行PCR扩增；
步骤III，确定待测猪所述SNP标记的基因型；
步骤IV，根据基因型确定待测猪的背膘厚度。
9.一种低背膘厚种猪选育系统，其特征在于，所述系统包括：
候选猪获取设备，用于提供多头候选猪；
性状预测设备，其与候选猪获取设备相连，用于预测猪背膘厚；
培育设备，其与性状预测设备相连，用于基于性状预测设备的预测结果，选择并培育具有低背膘厚的候选猪。
10.权利要求1至3之一所述的SNP标记、权利要求5所述的引物对、权利要求9所述的低背膘厚种猪选育系统在猪育种中的应用，所述猪育种为分子标记辅助育种。
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CN116694784A (zh) * 2023-07-11 2023-09-05 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所 猪胴体性状关联的分子标记、引物、试剂盒、方法及应用
CN117625813A (zh) * 2024-01-23 2024-03-01 江西农业大学 影响长白猪背膘厚的snp分子标记的应用

Non-Patent Citations (1)

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佚名: "rs321528342", 《ENSEMBL》 *

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CN117625813B (zh) * 2024-01-23 2024-04-16 江西农业大学 影响长白猪背膘厚的snp分子标记的应用

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