CN114250305A - 一种基于glrx3基因检测猪产活仔数和仔猪出生窝重的方法及应用 - Google Patents

一种基于glrx3基因检测猪产活仔数和仔猪出生窝重的方法及应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种用于评估猪产活仔数和仔猪出生窝重的SNP标记、检测所述SNP标记的引物对及其应用、检测猪产活仔数和仔猪出生窝重的方法、预测猪产活仔数和仔猪出生窝重的系统、猪选育系统等。本发明公开的用于评估猪产活仔数和仔猪出生窝重的SNP标记，不受猪的生长阶段的限制，可用于猪的早期选育，显著促进猪的育种进程；提供的检测猪产活仔数和仔猪出生窝重的方法，操作方便，能够辅助早期实现短时间、低成本、高准确性地选育猪优良品种。

Description

一种基于GLRX3基因检测猪产活仔数和仔猪出生窝重的方法 及应用
技术领域
本发明属于分子标记技术领域，具体涉及位于GLRX3基因内的与猪产活仔数和仔猪出生窝重相关的分子标记，尤其涉及一种基于GLRX3基因检测猪产活仔数和仔猪出生窝重的方法及应用。
背景技术
猪繁殖性状是一类重要的经济性状，其优劣不仅影响母猪的繁殖力，而且与生猪养殖业的经济效益息息相关。因此，猪育种工作者越来越重视对繁殖性状的遗传改良。猪繁殖性状属于中低等遗传力的数量性状，主要包括产活仔数和仔猪出生窝重等，这些性状难以通过传统育种手段进行改良，而且不同的繁殖性状之间存在着一定程度的相互影响，研究它们之间的相互关系，对于加速性状的遗传改良是非常重要的。
单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)是普遍存在于生物基因组中的一种新型分子标记，该标记主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异而引起的DNA序列多态性变化，具体包括单个碱基的转换、颠换、插入和缺失。根据SNP在基因组分布位置的不同，一般可以分成两种形式：一种是基因编码区(coding region)，称为cSNP，可能造成基因功能的改变；另一种是在非编码区，存在大量单碱基的变异，可能改变了基因组调控元件的活性。在猪遗传改良中，通过鉴定与猪繁殖性状，尤其是产活仔数和仔猪出生窝重相关的遗传位点和候选基因，将会很大程度上提高繁殖性状的选择准确性，并加快遗传进展。
然而，目前与猪产活仔数和仔猪出生窝重相关的分子标记，仍然有待挖掘。
发明内容
为了克服上述问题，本发明人进行了锐意研究，在GLRX3 基因内获得了与猪产活仔数和仔猪出生窝重相关的分子标记，所述SNP标记位于国际猪参考基因组10.2版本参考序列14号染色体第151,219,997核苷酸处，该SNP标记不受猪的生长阶段的限制，可用于猪的早期选育，显著促进猪的育种进程；还提出了基于GLRX3基因检测猪产活仔数和仔猪出生窝重的方法及应用等，丰富了SNP标记的密度，为猪繁殖性状的遗传改良提供了新的分子标记资源，从而完成了本发明。
具体来说，本发明的目的在于提供以下方面：
本发明提供了一种用于评估猪产活仔数和仔猪出生窝重的 SNP标记，其中，所述SNP标记在GLRX3基因内，位于国际猪基因组10.2版本参考序列14号染色体第151,219,997核苷酸处，具有T/C多态性
其中，所述位于国际猪基因组10.2版本参考序列14号染色体第151,219,997核苷酸处的SNP标记的等位基因为C和T，包括两种基因型，分别为CC和TC，
所述SNP标记的基因型为TC的猪个体相较于该SNP位点的基因型为CC的猪个体，具有较高的产活仔数和较高的仔猪出生窝重。
其中，所述SNP标记采用试剂盒进行基因分型，所述试剂盒包括PCR扩增引物和单碱基延伸引物，
所述PCR扩增引物为P1和P2，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示；
所述单碱基延伸引物为P3、P4和P5，其核苷酸序列分别如 SEQ ID NO：4、SEQ IDNO：5和SEQ ID NO：6所示。
本发明还提供了一种用于检测上述SNP标记的引物对，其中，所述引物对包括引物P6和引物P7，
引物P6包括如SEQ ID NO：7所示的核苷酸序列；
引物P7包括如SEQ ID NO：8所示的核苷酸序列。
本发明还提供了一种上述的SNP标记或引物对在猪选育中的用途。
其中，所述猪为杜洛克猪、长白猪和约克夏猪中的一种或多种。
本发明还提供了一种检测猪产活仔数和仔猪出生窝重的方法，其中，所述方法包括检测猪GLRX3基因内、位于国际猪基因组10.2版本参考序列14号染色体第151,219,997核苷酸处的 SNP标记的多态性或基因型的步骤。
其中，所述方法包括以下步骤：
步骤1，提取待测猪的基因组DNA；
步骤2，以基因组DNA为模板，进行PCR扩增；
步骤3，确定待测猪与产活仔数和仔猪出生窝重相关的SNP 标记的基因型；
步骤4，根据基因型确定猪的产活仔数和仔猪出生窝重。
本发明还提供了一种预测猪产活仔数和仔猪出生窝重的系统，其中，所述系统包括依次连接的扩增单元、测序单元和预测单元，其中，
扩增单元，用于对待测猪的基因组DNA进行扩增；
测序单元，用于对扩增产物进行测序，确定SNP标记的多态性或基因型；
预测单元，用于根据SNP标记预测猪的产活仔数和仔猪出生窝重。
本发明还提供了一种猪选育系统，其中，所述系统包括：
候选猪获取单元，用于提供多头候选猪；
性状预测单元，用于预测猪产活仔数和仔猪出生窝重；
培育单元，用于根据性状预测单元的预测结果选育产活仔数和仔猪出生窝重高的候选猪。
本发明所具有的有益效果包括：
(1)本发明提供的用于评估猪产活仔数和仔猪出生窝重的 SNP标记，不受猪的生长阶段的限制，可用于猪的早期选育，显著促进猪的育种进程；
(2)本发明提供的检测猪产活仔数和仔猪出生窝重的方法，操作方便，能够辅助早期实现短时间、低成本、高准确性地选育猪优良品种。
具体实施方式
下面通过优选实施方式和实施例对本发明进一步详细说明。通过这些说明，本发明的特点和优点将变得更为清楚明确。
在这里专用的词“示例性”意为“用作例子、实施例或说明性”。这里作为“示例性”所说明的任何实施例不必解释为优于或好于其它实施例。
GLRX3(Glutaredoxin 3)是谷氧环蛋白家族成员之一，其作为一个广谱性表达的蛋白在许多生理活动中起到重要作用，如维持机体氧化还原平衡，参与铁硫蛋白的成熟、胚胎形成和调控细胞生长等。本发明人推测编码该蛋白的GLRX3基因可能影响到猪的繁殖发育，因此，本发明以猪为研究对象，通过基因分型和群体性状关联分析，在GLRX3基因内，获得了同时与猪产活仔数和仔猪出生窝重相关的SNP标记。
所述猪可以为杜洛克猪、长白猪、约克夏猪，优选为约克夏猪。
根据本发明一种优选的实施方式，所述与猪产活仔数和仔猪出生窝重相关的SNP标记，位于国际猪基因组10.2版本参考序列14号染色体第151,219,997核苷酸处，具有T/C多态性。
其中，所述SNP标记在Ensembl上的参考编号为rs81217795。
优选地，所述与猪产活仔数和仔猪出生窝重相关的SNP标记表现为SEQ ID NO：1所示核苷酸片段第151位核苷酸的多态性。
其中，所述多态性表现为该位置的碱基类型为C或T。
在进一步优选的实施方式中，与猪产活仔数和仔猪出生窝重相关的SNP位点的等位基因为C和T，具有两种基因型，分别为CC和TC，
该SNP位点的基因型为TC的猪相较于该SNP位点的基因型为CC的猪，具有较高的产活仔数和较高的仔猪出生窝重。
其中，基因型为CC表示该SNP位点为C的纯合子，基因型为TC表示该SNP位点为杂合子。
优选地，位于国际猪基因组10.2版本参考序列14号染色体第151,219,997核苷酸处的SNP位点的TC基因型的个体，表现为产活仔数在11.25头左右，仔猪出生窝重为16.59kg左右；位于国际猪基因组10.2版本参考序列14号染色体第151,219,997核苷酸处的SNP位点的CC基因型的个体，表现为产活仔数在10.42 头左右，仔猪出生窝重为15.00kg左右。
本发明人发现，通过检测猪基因组DNA上述SNP标记的多态性或基因型，能够有效确定猪的产活仔数和仔猪出生窝重。具体地，如前所述，该SNP位点的TC基因型的个体，表现为产活仔数在11.25头左右，仔猪出生窝重为16.59kg左右；该SNP 位点的CC基因型个体，表现为产活仔数在10.42头左右，仔猪出生窝重为15.00kg左右。从而，检测到猪该SNP标记的基因型为TC时，则能够确定其产活仔数和仔猪出生窝重均较高；检测到猪该SNP标记的基因型为CC时，则能够确定其产活仔数和仔猪出生窝重均较低。
因此，发明人确定，本发明所述的位于国际猪基因组10.2 版本参考序列14号染色体第151,219,997核苷酸处的SNP标记与猪产活仔数和仔猪出生窝重紧密相关，能够有效用于猪的分子标记辅助育种，能够根据实际育种中对猪产活仔数和仔猪出生窝重的需求，对猪育种个体进行早期选择，提高育种效率和准确性，提高猪繁殖群体的遗传水平，从而有效选育出猪优良品种。
此外，与猪产活仔数和仔猪出生窝重性状相关的SNP标记的检出，为猪繁殖性状的标记辅助选择提供了科学依据。
在本发明中，对SNP位点进行基因分型可以在一定程度上排除表型选择中的饲养环境、饲料、疾病等因素对猪优良基因的误淘和误选，增强目标性状选择准确性。
对基因型的检测可以采用现有技术中常用的方法，如基因芯片技术、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术等，本发明中优选采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术进行基因分型。
优选地，基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术的主要步骤是：首先PCR扩增目标序列，然后加入SNP序列特异延伸引物，在SNP位点上延伸1个碱基。将制备的样品分析物与芯片基质共结晶后在质谱仪的真空管经瞬时纳秒(10-9s)强激光激发，核酸分子解吸附并转变为亚稳态离子，电场中离子飞行时间与离子质量成反比，通过飞行时间检测器检测核酸分子在真空管中的飞行时间而获得样品分析物的精确分子量，从而检测出SNP位点信息。
由于多态性位点碱基不同，延伸产物不同的末端碱基将导致延伸后的产物分子量的差异，因此由SNP多态性引起的碱基差异通过分子量的差异而体现。
由上述可知，在对SNP位点进行基因分型的过程中涉及猪基因组DNA的提取、PCR扩增反应和单碱基延伸反应等步骤，基于此，本发明还提供了一种对上述SNP位点进行基因分型的试剂盒，所述试剂盒包括PCR扩增引物和单碱基延伸引物。
根据本发明一种优选的实施方式，所述PCR扩增引物为P1 和P2，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示；
所述单碱基延伸引物为P3、P4和P5，其核苷酸序列分别如 SEQ ID NO：4、SEQ IDNO：5和SEQ ID NO：6所示。
在本发明中，SNP标记的单碱基引物具有3条，分别为UEP (P3)、EXT1(P4)和EXT2(P5)，其中，UEP为延伸引物，EXT1和EXT2为针对位点不同基因型设计的检测引物。
在进一步优选的实施方式中，所述试剂盒还包括PCR扩增缓冲液、MgCl2、dNTP、DNA聚合酶、SAP缓冲液和SAP(碱性磷酸酶)。
本发明的又一方面，提供了一种用于检测上述SNP标记的引物对，包括引物P6和引物P7，所述引物P6包括如SEQ ID NO： 7所示的核苷酸序列；引物P7包括如SEQ ID NO：8所示的核苷酸序列；
优选地，所述引物P6的核苷酸序列如SEQ ID NO：7所示，引物P7的核苷酸序列如SEQ ID NO：8所示。
其中，在上述SEQ ID NO：7和SEQ ID NO：8所述序列中，可在其5'端或3'端分别增加1～10个碱基，所增加的碱基类型可根据猪基因组DNA上与SEQ ID NO：7和SEQ ID NO：8相匹配区域的碱基类型并依据碱基配对原则来确定，由此得到的SEQ ID NO：7和SEQ ID NO：8的扩增产物基本相同，即上游和下游引物之间的DNA序列相同。因此，SEQ ID NO：7和SEQ IDNO： 8的5'端或3'端分别增加1～10个碱基并能扩增得到基本相同 DNA片段的引物对，均包括在本发明的引物对中。
在本发明中，利用所述引物对能够有效地对待测猪的上述与猪产活仔数和仔猪出生窝重相关的SNP标记所在的核苷酸片段进行PCR扩增，进而能够有效实现对该SNP标记的检测。
其中，可以采用现有技术常用方法实现对SNP标记的多态性或基因型的检测，优选采用测序的方法。
本发明的又一方面，还提供了上述SNP标记、引物对在猪选育中的用途。
其中，所述猪可以为杜洛克猪、长白猪、约克夏猪，优选为约克夏猪；所述猪选育为选择猪产活仔数和仔猪出生窝重高的猪品种进行培育。
如上所述，通过能够用于检测本发明所述的与猪产活仔数和仔猪出生窝重相关的SNP标记的物质，例如所述引物对或包含该引物对的试剂盒等，可以有效地确定待测猪是否具有上述 SNP标记，并进一步确定SNP标记的多态性或基因型。
具体地，当采用针对该SNP标记的特异性引物对待测猪基因组DNA进行PCR扩增和测序检测时，能够有效确定待测猪的产活仔数和仔猪出生窝重，从而有效辅助猪选育。
本发明人研究发现，利用上述SNP标记、引物对进行猪优良品种选育，不受猪生长阶段的影响，显著促进猪的育种进程。
本发明的又一方面，还提供了一种检测猪产活仔数和仔猪出生窝重的方法，所述方法包括检测猪GLRX3基因内、位于国际猪基因组10.2版本参考序列14号染色体第151,219,997核苷酸处的SNP标记的多态性或基因型的步骤。
优选地，所述方法包括以下步骤：
步骤1，提取待测猪的基因组DNA。
采用现有技术中常用的方法或试剂盒提取猪的基因组 DNA，优选采集猪耳组织进行基因组DNA的提取，用紫外分光光度计和凝胶电泳进行DNA质量检测，将检测合格的DNA放置于-20℃保存，以用于后续分型测定。
在本发明中，待测猪可以为杜洛克猪、长白猪、约克夏猪，优选为约克夏猪。
步骤2，以基因组DNA为模板，进行PCR扩增。
其中，利用上述检测SNP标记的引物对进行PCR扩增，所得到的扩增产物包含位于国际猪基因组10.2版本参考序列14号染色体第151,219,997核苷酸处的SNP标记。
步骤3，确定待测猪所述SNP标记的基因型。
其中，对SNP标记的基因型检测方法不做特别限定，可以采用现有技术中常用的直接测序法、基因芯片技术、单链构象多态性聚合酶链式反应(PCR-SSCP)、限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(PCR-RFLP)及飞行时间质谱等技术。
步骤4，根据基因型确定猪的产活仔数和仔猪出生窝重。
若待测猪的位于国际猪参考基因组10.2版本参考序列14号染色体第151,219,997核苷酸处的SNP标记的基因型为TC，则其具有较高的猪产活仔数和仔猪出生窝重；若待测猪的位于国际猪参考基因组10.2版本参考序列14号染色体第151,219,997核苷酸处的SNP标记的基因型为CC，则其具有较低的猪产活仔数和仔猪出生窝重。
本发明人发现，上述的检测猪产活仔数和仔猪出生窝重的方法能够有效用于猪的分子标记辅助育种，从而能够辅助早期实现短时间、低成本、高准确性地选育猪优良品种。
本发明的又一方面，还提供了一种预测猪产活仔数和仔猪出生窝重的系统，所述系统包括依次连接的扩增单元、测序单元和预测单元，其中，
扩增单元，用于对待测猪的基因组DNA进行扩增；
测序单元，用于对扩增产物进行测序，确定所述SNP标记的多态性或基因型；和
预测单元，用于根据SNP标记预测猪的产活仔数和仔猪出生窝重。
其中，所述SNP标记处基因型为TC的猪的产活仔数和仔猪出生窝重显著高于基因型为CC的猪。
在本发明中，优选采用上述的引物对P6和P7对待测猪的基因组DNA进行扩增，前述针对与猪的产活仔数和仔猪出生窝重相关的SNP标记、用于检测SNP标记的引物对所描述的特征和优点，同样适用于该预测猪产活仔数和仔猪出生窝重的系统，在此不再赘述。
本发明的又一方面，还提供了一种猪选育系统，所述系统包括：
候选猪获取单元，用于提供多头候选猪；
性状预测单元，用于预测猪产活仔数和仔猪出生窝重；和
培育单元，用于根据性状预测单元的预测结果选育产活仔数和仔猪出生窝重高的候选猪。
其中，所述性状预测单元优选为上述的预测猪产活仔数和仔猪出生窝重的系统。
本发明所述的猪选育系统可以选育出具有较高产活仔数和仔猪出生窝重的优良猪品种，具有早期筛选、成本低廉、周期短、准确性高的优点。
实施例
以下通过具体实例进一步描述本发明，不过这些实例仅仅是范例性的，并不对本发明的保护范围构成任何限制。
实施例1
1、试验猪群体
本实施例所采用的试验猪群体为来自于河北衡水种猪场的约克夏纯种母猪，共357头。
2、基因组DNA提取
采集357头猪耳组织，参考天根生物科技公司组织DNA提取试剂盒说明书，按以下步骤顺序进行DNA提取：
(1)先在缓冲液GD和漂洗液PW中分别加入68mL和 200mL无水乙醇，充分混匀。
(2)采集组织样约100mg置于2mL EP管内，完全剪碎后加 200μL缓冲液GA，振荡至彻底悬浮。
(3)加入20μL蛋白酶K溶液，混匀后放在56℃金属浴中消化过夜，直至耳样组织溶解，简短离心以去除管盖内壁的水珠。
(4)加入200μL缓冲液GB，充分颠倒混匀，放在70℃金属浴10min，溶液应变清亮，简短离心以去除管盖内壁的水珠。
(5)加入200μL无水乙醇，充分振荡混匀15sec，此时可能会出现絮状沉淀，简短离心以去除管盖内壁的水珠。
(6)将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB3 中，吸附柱放入收集管中，随后以12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放回收集管中。
(7)向吸附柱CB3中加入500μL缓冲液GD，12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。
(8)向吸附柱CB3中加入600μL漂洗液PW，以12,000rpm 离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。
(9)重复操作步骤(8)。
(10)将吸附柱CB3放回收集管中，12,000rpm离心2min，倒掉废液；将吸附柱CB3置于室温放置数分钟，以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液。
(11)将吸附柱CB3转入一个干净的离心管中，向吸附膜的中间部位悬空滴加100μL洗脱缓冲液TE，室温放置2-5min， 12,000rpm离心2min，将溶液收集到离心管中，将离心得到的溶液再加入吸附柱CB3中，室温放置2min，12,000rpm离心2min 将溶液收集到离心管中。
(12)经过Nanodrop-100分光光度计检测质量与浓度后将浓度同一稀释到50ng/μL于-20℃下保存备用。
3、猪产活仔数和仔猪出生窝重的测定
其中，猪产活仔数是指同一窝出生的所有活仔数，通过统计得出；仔猪出生窝重是指同一窝出生的所有活仔数的重量，通过称重得出。
4、基因分型检测
基于Sequenom平台，采用基因分型384孔试剂盒Complete iPLEX GoldGenotyping Reagent Set 384Kit进行分型检测。
(1)以提取的357个约克夏纯种猪的DNA为模板，采用如 SEQ ID NO：2和SEQ IDNO：3所示的引物序列进行扩增，扩增体系(384孔PCR板+38％的试剂损耗)如表1所示：
表1
试剂 浓度 体积(ul)
水(HPLC grade) NA 927.5
PCR缓冲液(15mM MgCl<sub>2</sub>) 10x 331.25
MgCl<sub>2</sub> 25mM 172.25
dNTP Mix 25mM 53
Primer Mix 0.5uM 530
HotStar Taq 5U/μl 106
DNA模板 10ng/ul 1/孔
Total 5/孔
扩增反应的循环参数如表2所示：
表2
Figure BDA0002697403250000131
(2)对PCR扩增产物进行SAP消化处理，反应体系(384 孔PCR板+38％的试剂损耗)如表3：
表3
Figure BDA0002697403250000132
Figure BDA0002697403250000141
将上述体系混匀，离心后加入PCR反应检测板中，置于PCR 仪中，反应条件为：37℃孵育40min，85℃孵育5min，4℃维持。
(3)向消化处理后的体系中加入单碱基延伸引物，进行延伸反应，反应体系如表4：
表4
试剂 浓度 体积(ul)
水 NA 400.2
iPLEX buffer plus 10x 106
iPLEX terminator NA 106
引物混合物 0.6-1.3uM 426.1
iPlex酶 NA 21.7
total 2/孔
其中，单碱基延伸的引物分别如SEQ ID NO：4、SEQ ID NO： 5和SEQ ID NO：6所示。
反应的循环参数如表5所示：
表5
Figure BDA0002697403250000142
Figure BDA0002697403250000151
(4)将反应产物(共9μL)稀释3倍，使用树脂进行脱盐，将脱盐处理后的样品点在样品靶上，自然结晶；上机进行质谱检测，收集数据，判读rs81217795位点的基因型。
清除最小等位基因频率(Minimum Allele Frequency，MAF) 小于1％的个体，并且检验Hardy-Weinberg平衡。
5、关联分析
采用GEMMA统计分析软件的混合线性模型对SNP基因型与表型值进行统计分析，具体模型为：
y＝Wa+xβ+μ+ε
其中，y代表个体表型值；W代表协变量；a代表对应系数； x代表SNP基因型；β代表对应的SNP效应；μ代表剩余多基因效应；ε代表剩余残差效应。
6、结果
(1)采用PopGene 3.2计算SNP标记位点的基因型频率和等位基因频率，结果如表6所示：
表6
Figure BDA0002697403250000152
其中，CC基因型为猪参考国际猪基因组10.2版本参考序列 14号染色体第151,219,997核苷酸处的SNP位点为C的纯合型；TC基因型为猪参考国际猪基因组10.2版本参考序列14号染色体第151,219,997核苷酸处的SNP位点为T和C的杂合型。
由表6可知，等位基因C的频率为96.9％，等位基因T的频率为3.1％，CC基因型为实验群体优势基因型，C为优势等位基因。
(2)对rs81217795位点不同基因型个体间的猪产活仔数和仔猪出生窝重差异进行显著性检验，P-value＜0.01表明差异极显著，结果如表7所示：
表7
Figure BDA0002697403250000161
由表7可以看出，rs81217795位点TC型个体产活仔数和仔猪出生窝重均高于CC型(P<0.01)。因此，在猪群体中，继代选育rs81217795位点的TC型个体，可逐步提高猪群体产活仔数和仔猪出生窝重，达到提高仔猪成活和母猪的繁殖力的效率。若与产活仔数和仔猪出生窝重相关的SNP标记的CC基因型个体全部选育成TC基因型个体，则产活仔数平均增加0.83头，在猪出生窝重平均增加1.59kg，可以显著提高猪的繁殖力，增加生产效益。
以上结合具体实施方式和范例性实例对本发明进行了详细说明，不过这些说明并不能理解为对本发明的限制。本领域技术人员理解，在不偏离本发明精神和范围的情况下，可以对本发明技术方案及其实施方式进行多种等价替换、修饰或改进，这些均落入本发明的范围内。
SEQUENCE LISTING
<110> 中国农业科学院农业基因组研究所
<120> 一种基于GLRX3基因检测猪产活仔数和仔猪出生窝重的方法及应用
<130> 2020
<160> 8
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 801
<212> DNA
<213> 核苷酸片段（人工序列）
<400> 1
tctaacctga tgttgtccag agaaaactcc agataaatgt gtatcttgag atgacttact 60
ctgtggtacc tgacggatta agaagtaaaa tcacctccag ttttgcacag gacattttgt 120
tagcaacaaa atagtattac ttttctgcac taattttgaa acatcaaata ggttttgtga 180
tttttgtgta aaactctttc ttttctcgtt aagatgcttt tcctttttgc agtgtcgact 240
acgagacgtt cgacatactg gaggatgagg aagtaagagc cgtgttttat gtttcgtcct 300
gcgtcttagc tttagtcacg agggcccgag aggcaggtct cagggttcct gttgtttccg 360
taggtccgac agggattgaa aacctactcc aactggccga cgtaccctca gctgtatgtg 420
aaaggggagc tggtcggagg cctggatatt gttaaggtaa gggtggagtt cccctgccat 480
tccggagagc tgaaaactcg ggcgtgtttg aaacggtccc ttccgtgggc tcgttcttgt 540
ctagcctcgt gtctaatcac ttctggacct gcgccaccac ctctgtggct gacgtacccc 600
ggcccgccct cacctcccct gagccggccc ggtcagctgc cttactgctc ggcctcttct 660
gcaggctggt cctttcagaa cctcgtccag cgtggggtcg ctgccggccc cgatcccaag 720
ggtaactcgg cattcagagc agctcggggt gtggccaggc tcagagctgt gccaagccct 780
aacgcgcctc agccttcctt c 801
<210> 2
<211> 30
<212> DNA
<213> 扩增引物P1（人工序列）
<400> 2
acgttggatg agctcccctt tcacatacag 30
<210> 3
<211> 30
<212> DNA
<213> 扩增引物P2（人工序列）
<400> 3
acgttggatg tcctgttgtt tccgtaggtc 30
<210> 4
<211> 27
<212> DNA
<213> 单碱基延伸引物P3（人工序列）
<400> 4
tcccctttca catacagctg agggtac 27
<210> 5
<211> 28
<212> DNA
<213> 单碱基延伸引物P4（人工序列）
<400> 5
tcccctttca catacagctg agggtaca 28
<210> 6
<211> 28
<212> DNA
<213> 单碱基延伸引物P5（人工序列）
<400> 6
tcccctttca catacagctg agggtacg 28
<210> 7
<211> 20
<212> DNA
<213> 引物P6（人工序列）
<400> 7
ttgtttccgt aggtccgaca 20
<210> 8
<211> 21
<212> DNA
<213> 引物P7（人工序列）
<400> 8
agctcccctt tcacatacag c 21

Claims (10)

1.一种用于评估猪产活仔数和仔猪出生窝重的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记在GLRX3基因内，位于国际猪基因组10.2版本参考序列14号染色体第151,219,997核苷酸处，具有T/C多态性。
2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述位于国际猪基因组10.2版本参考序列14号染色体第151,219,997核苷酸处的SNP标记的等位基因为C和T，包括两种基因型，分别为CC和TC，
所述SNP标记的基因型为TC的猪个体相较于该SNP位点的基因型为CC的猪个体，具有较高的产活仔数和较高的仔猪出生窝重。
3.根据权利要求2所述的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记采用试剂盒进行基因分型，所述试剂盒包括PCR扩增引物和单碱基延伸引物，
所述PCR扩增引物为P1和P2，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示；
所述单碱基延伸引物为P3、P4和P5，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示。
4.一种用于检测权利要求1至3之一所述SNP标记的引物对，其特征在于，所述引物对包括引物P6和引物P7，
引物P6包括如SEQ ID NO：7所示的核苷酸序列；
引物P7包括如SEQ ID NO：8所示的核苷酸序列。
5.一种权利要求1至3之一所述的SNP标记或权利要求4所述的引物对在猪选育中的用途。
6.根据权利要求5所述的用途，其特征在于，所述猪为杜洛克猪、长白猪和约克夏猪中的一种或多种。
7.一种检测猪产活仔数和仔猪出生窝重的方法，其特征在于，所述方法包括检测猪GLRX3基因内、位于国际猪基因组10.2版本参考序列14号染色体第151,219,997核苷酸处的SNP标记的多态性或基因型的步骤。
8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
步骤1，提取待测猪的基因组DNA；
步骤2，以基因组DNA为模板，进行PCR扩增；
步骤3，确定待测猪与产活仔数和仔猪出生窝重相关的SNP标记的基因型；
步骤4，根据基因型确定猪的产活仔数和仔猪出生窝重。
9.一种预测猪产活仔数和仔猪出生窝重的系统，其特征在于，所述系统包括依次连接的扩增单元、测序单元和预测单元，其中，
扩增单元，用于对待测猪的基因组DNA进行扩增；
测序单元，用于对扩增产物进行测序，确定SNP标记的多态性或基因型；
预测单元，用于根据SNP标记预测猪的产活仔数和仔猪出生窝重。
10.一种猪选育系统，其特征在于，所述系统包括：
候选猪获取单元，用于提供多头候选猪；
性状预测单元，用于预测猪产活仔数和仔猪出生窝重；
培育单元，用于根据性状预测单元的预测结果选育产活仔数和仔猪出生窝重高的候选猪。
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