CN107995863A - 通过线粒体分析预测对阿伏西地的应答 - Google Patents

Abstract

本公开提供了可用于预测患者对阿伏西地的应答并指导向患者施用阿伏西地的医师决定的诊断方法。

Description

通过线粒体分析预测对阿伏西地的应答

相关申请的交叉引用

本申请根据35 U.S.C.§119(e)要求2015年4月20日提交的美国临时申请第62/150,138号的权益，其全部内容通过引用并入本文。

发明领域

本公开总体上涉及通过将含有阿伏西地(alvocidib)的方案施用于对含有阿伏西地的方案具有高度应答可能性的患者来治疗癌症的方法。在一些实施方案中，所述方法包括预测患者对含有阿伏西地的治疗方案的应答。

背景

与靶向癌症疗法配合的预测和预后生物标志物的使用，可能是减少药物开发时间，提高药物疗效和指导临床决策的关键。虽然在癌症治疗方面有进步，但化疗仍然在很大程度上是低效和无效的。化疗总体表现不佳的一个原因是，所选择的治疗通常与个体患者的疾病并非紧密匹配。将精确诊断与治疗相结合的个性化医学方法可能缓解这个问题。

到目前为止，只有少量生物标志物对临床肿瘤学实践有附加价值。部分原因是，感知标志物通常与药物机制相关，但与其却并不存在因果关系。即使当“生物标志物”生物学确实符合伴随疗法的药理学时，预测药物在患者中如何起作用仍然存在重大挑战。除此之外，临床开发的路径需要能看到测试的价值并相信它可为其患者带来好处的医师科学家参与。

抗凋亡Bcl-2家族蛋白是癌细胞对化疗的应答的关键性起因。测量这些蛋白质在调节线粒体凋亡中的功能，已被证明为癌症患者对治疗应答提供预测性生物标志物。多种化疗依赖于凋亡有效，并且在某些情况下，通过特异性抗凋亡蛋白与对特定治疗的应答性相关而调节凋亡。然后特定蛋白质的测量为药物应答提供生物标志物。因此，还有待于继续寻找能确定针对治疗剂的预期应答的生物标志物。

发明概述

因此，在一个实施方案中，本公开提供了治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：

a)请求从患者骨髓获得的癌细胞样本的BH3分析数据；和

b)如果所述癌细胞样本中的NOXA启动(priming)为至少15％时，向患者施用包含阿伏西地的治疗方案。

在另一实施方案中，本公开涉及治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：

a)请求从患者骨髓获得的癌细胞样本的MCL-1表达数据；和

b)如果所述癌细胞样本中的MCL-1表达为正常细胞中的MCL-1表达的至少1.1倍，向患者施用包含阿伏西地的治疗方案。

在进一步的其他实施方案中，本公开涉及确定患者对包含阿伏西地的治疗方案的应答可能性的方法，所述方法包括：

使来自患者骨髓的透化癌细胞样本与一种或多种BH3结构域肽接触；

确定所述样本中的NOXA启动；和

如果所述样本中的NOXA启动为至少15％，将患者归类为所述治疗方案的可能应答者。

在其他相关的实施方案中，本公开提供确定患者对包含阿伏西地的治疗方案的应答可能性的方法，所述方法包括：

确定来自患者骨髓的癌细胞样本中的MCL-1表达；和

如果所述样本中的MCL-1表达为正常细胞中的MCL-1表达的至少1.1倍，将患者归类为所述治疗方案的可能应答者。

在另一个方面，本发明提供用于选择患者的癌症治疗的方法，其包括使用患者癌细胞的BH3分析来确定对扰乱MCL1和BFL1蛋白功能以隔绝促凋亡蛋白的试剂的应答，并确定患者的一种或多种临床因素，以及针对对于扰乱MCL1功能的一种或多种癌症治疗的临床应答可能性来对患者进行分类。

在一些实施方案中，并且如本文所示，患者癌症样本由从骨髓抽吸物纯化的癌细胞组成。将癌细胞暴露于选择性扰乱MCL1、或MCL1和BFL1结合促凋亡蛋白Bim、Bid、Bax或Bak的试剂，其使用包含仅有BH3的蛋白NOXA或对MCL1、或MCL1和BFL1有选择性的BH3模拟物的肽来确定。

在一些实施方案中，并且如本文所示，比较了由来自骨髓抽吸物纯化的癌细胞组成的患者癌症样本的BH3试验读数和来自外周血的BH3分析读数。不同的读数预测对不同治疗选择的应答。此外，对从患者骨髓获得的AML细胞进行的BH3分析已经显示可预测FLAM治疗，而对来自外周血的AML细胞的BH3分析不可预测FLAM治疗，但是可预测7+3治疗。

在一些实施方案中，并且如本文所示，多种临床因素，甚至是与凋亡无关或不知道与凋亡相关的那些临床因素，可用于增加BH3分析的预测能力，将该测试转化为预测性测试，而不仅仅是预后性测试。

在一些实施方案中，本文描述的方法提供预测白血病患者对CDK-9抑制性化合物的应答的诊断测试。在一些方面，CDK-9抑制剂是夫拉平度(flavopiridol)(阿伏西地)。在另外的方面，作为治疗方案的一部分，CDK-9抑制剂可以与一种或多种另外的化合物共同施用。例如，一种方案可以是阿伏西地与ara-C和米托蒽醌(FLAM)组合。可以考虑另外的变量以增加测定变量的灵敏度。例如，患者的细胞遗传学概况或状态和/或年龄可以被考虑到预测算法中。在一些实施方案中，诊断测试包括测量MCL1的功能，包括测量在对BH3肽Noxa或MCL1/Bfl-1选择性BH3模拟化合物EU5346应答时线粒体膜电位的变化(化合物9，参见D.Richard et al.Molecular Cancer Therapeutics,2013)。

在另一个方面，本发明提供用于确定患者的癌症治疗的方法，其包括使患者的透化癌细胞与一种或多种BH3结构域肽接触以确定启动的程度；通过免疫组织化学和/或荧光原位杂交(FISH)确定患者癌细胞是否存在一种或多种临床因素；并针对对于一种或多种癌症治疗的临床应答可能性来对患者进行分类。

在另一个方面，本发明提供确定AML患者对阿伏西地或FLAM治疗的应答的方法，其包括：确定从骨髓收集的患者的AML癌细胞样本的BH3概况；确定患者的一种或多种临床因素，并且其中所述一种或多种临床因素选自年龄概况和/或细胞遗传学状态；并针对对于一种或多种癌症治疗的临床应答可能性来对患者进行分类。

在另一个方面，本发明提供确定AML患者对阿伏西地或FLAM治疗或单独的基于阿糖胞苷的治疗的应答的方法，其包括：确定从骨髓收集的患者的AML癌细胞样本的BH3概况；确定患者的一种或多种临床因素，并且其中所述一种或多种临床因素选自年龄概况和/或细胞遗传学状态；并针对对于一种或多种癌症治疗的临床应答可能性来对患者进行分类。然后将该读数与来自外周血样本的BH3概况读数进行比较。具体来说，Bim BH3肽在0.1PM时的BH3概况读数被证明可预测不含阿伏西地的基于ara-C的治疗。

在另一个方面，本发明提供确定AML患者对(白介素-6)IL-6拮抗性治疗剂或MCL1选择性BH3模拟物的应答的方法，其包括：确定从骨髓收集的患者的AML癌细胞样本的BH3概况；确定患者的一种或多种临床因素，并且其中所述一种或多种临床因素选自年龄概况和/或细胞遗传学状态；并针对对于一种或多种癌症治疗的临床应答可能性来对患者进行分类。然后将该读数与来自外周血样本的BH3概况读数进行比较。

在以下的描述中阐述本发明实施方案的细节。尽管与本文所述相似或等同的方法和材料可用于本发明的实践或测试中，但现在描述的是示例性方法和材料。从说明书和权利要求书中，本发明的其他特征、目的和优点将是显而易见的。除非上下文另有明确规定，在说明书和所附权利要求中，单数形式还包括复数形式。除非另有定义，本文使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员通常理解的相同含义。

此外，癌细胞的体内环境影响MCL1蛋白参与癌症发病和维持的程度，以及MCL1靶向疗法的功效。具体来说，骨髓性白血病以及在骨髓基质中的骨髓瘤细胞比在外周血中循环的那些更依赖于MCL1而存活。此外，已经确定来自外周血样本的BIM BH3肽与AML患者对ara-c以及蒽环类药物(7+3)的应答相关。然而，该读数和来自外周血中白血病细胞的任何BH3分析读数，均无法预测AML患者对FLAM或其他MCL1抑制疗法的应答。

已知BH3分析本身就能提供化疗灵敏度或对治疗的化学应答性的一般常识。然而，在这里认识到集中于MCL1蛋白的机制的具体相关性，为预测患者对影响MCL1的治疗的应答提供了一种独特的敏感方法。然而，这仅适用于癌细胞分离自骨髓的基质时的某些MCL1靶向疗法。

附图的简要说明

图1A-E显示了从用FLAM方案治疗的患者获得的骨髓样品的代表性BH3分析数据。该图显示了来自AML患者的高与低启动母细胞的模式差异。通过ROC分析确定的截止值是理想的，在骨髓中的NOXA启动是10.7％左右。图A-C显示每个细胞遗传学风险类别(Fav-有利，adv-不利，和int-中等)的实例，其显示较高的NOXA启动并经历CR。图D-E显示出具有治疗失败的低NOXA启动的中等风险和不利风险。

图2A-F显示通过接受者操作通道(ROC)曲线分析的BH3肽与在所有FLAM治疗的患者样本中的应答的相关性。图A、C和E显示BAD、BIM100和PUMA与细胞遗传学风险因素和MDS史临床变量的组合的接受者操作通道(ROC)曲线分析。图B、D和F显示相对应的点图，其显示与没有达到CR的患者相比，来自达到CR的患者的组合度量的每个患者的数据点。

图3A-C显示了通过斑点印迹相关分析的Noxa BH3肽与在骨髓来源的FLAM治疗患者样本中的应答的相关性。单独的NOXA启动显示在骨髓样品中的预测价值。图A-C显示了代表在所有样品(A)，以及从骨髓(B)或外周血(C)获取的样品中测量的NOXA启动的点图。从骨髓获得的样品显示与CR的显著关联，这在从外周血中取出的样品中没有观察到。

图4A-D显示通过接受者操作通道(ROC)曲线分析的Noxa BH3肽与在骨髓来源的FLAM治疗的患者样本中的应答的相关性。图A和B显示在所有样品中的NOXA肽启动与细胞遗传学风险因素和MDS史临床变量的组合的接受者操作通道(ROC)曲线分析。图C和D显示，在从骨髓抽吸的样品中相同，但在来自外周血的样品中不同。细胞遗传学风险因素和MDS史的添加，提高了该测试的预测能力，在具有细胞遗传学风险因素和MDS史的BM NOXA启动中AUC值为0.92。

图5A-B显示BIM 0.1和NOXA分析的实例。

图6显示用于鉴定在治疗初始AML患者的癌症疗法之间进行选择的算法的方法。通过比较相对的IM 0.1和NOXA分析，患者可以被分配到FLAM疗法、7+3疗法、或被鉴定为不适合二者中任一疗法。

图7A-B提供的数据显示，针对MV-4-11细胞，阿伏西地以剂量和时间依赖性方式抑制致癌mRNA。

图8的数据显示，针对A549细胞，阿伏西地以剂量依赖性方式抑制致癌mRNA。

图9A-B的凝胶显示，在有洗涤步骤(图9A)和无洗涤步骤(图9B)下，阿伏西地以时间依赖性方式抑制MCL-1的表达。

图10A-B是另外的凝胶，其显示针对MV-4-11细胞，阿伏西地以剂量和时间依赖性方式抑制关键的致癌蛋白。

图11示出了针对SK-N-AS细胞(实体瘤，神经母细胞瘤)，阿伏西地以时间依赖性方式抑制N-Myc的表达。

图12显示当使用重复给药方案时，针对A549细胞，阿伏西地以时间依赖性方式抑制致癌蛋白的表达。

图13A-B显示针对Panc-1细胞，在有洗涤步骤(图13A)和无洗涤步骤(图13B)下，阿伏西地以时间依赖性方式抑制致癌蛋白的表达。

图14显示当使用重复给药方案时，针对Panc-1细胞，阿伏西地以时间依赖性方式抑制致癌蛋白的表达。

图15A-B显示了针对Yugen8细胞，在有洗涤步骤(图15A)和无洗涤步骤(图15B)下，阿伏西地以时间依赖性方式抑制致癌蛋白的表达。

图16显示当使用重复给药方案时，针对Yugen8细胞，阿伏西地以时间依赖性方式抑制致癌蛋白的表达。

图17A-B显示当用于ACM(或FLAM)组合时，阿伏西地抑制MCL-1。提供处理时间表(图17A)以及免疫印迹的结果(图17B)。

表1显示了FLAM患者研究。总体的患者概述如表所示，针对每个度量为阳性的患者数量在针对每个值可用的数据的总数量之上。

表2显示了FLAM治疗的患者的总结分析。该表列出所有获得的样品。患者在三种不同的方案(J0669、J0856和J01101)上登记，并且大多数是新诊断的AML患者。从外周血或骨髓抽吸物获得样品。在诊断时计算年龄。使用CALGB指南确定细胞遗传学风险因素。细胞遗传学、FLT-3和NPM1突变状态、MDS史、化疗史、骨髓母细胞百分比、白细胞计数(WBC)计数、治疗和应答均得到。带灰色阴影的样品未成功测定BH3启动，并从随后的所有分析排除(MRD-最小残留疾病、TF-治疗失败、PR-部分应答、CR-完全缓解)中。

表3显示了临床特征与FLAM应答的相关性。相对于应答进行临床变量的统计分析。通过秩和曼-惠特尼检验和逻辑回归分析，测试指示的每个度量的显著性。从ROC曲线分析得到AUC(曲线下面积)。

表4显示了来自FLAM患者研究的BH3分析数据。对表2中列出的所有患者样品进行BH3分析。带灰色阴影的行是在处理过程中不符合BH3分析验收标准的样品。含有破折号(-)的任何细胞，没有足够的细胞来进行针对所示样品的各自的BH3肽测定。信噪比是DMSO JC-1红色平均荧光强度(MFI)相对于CCCP JC-1读数MFI的量度。通过用台盼蓝排除法手动细胞计数来确定细胞计数和活力百分比。母细胞百分比是透化活细胞的CD45-dim、CD3/CD20阴性和SSC-低的百分比。所有BH3分析在那些门控的母细胞上进行。

表5显示了单个BH3肽概况与CR的相关性。相对于应答进行BH肽的统计分析，其中CR样品与所有部分应答、最小残留疾病和治疗失败(NR-无应答者)进行比较。通过秩和曼-惠特尼检验和逻辑回归分析，测试指示的每个度量的显著性。从ROC曲线分析得到AUC(曲线下面积)。

表6显示了在FLAM研究中BH3肽分析与其他临床变量的多变量分析。相对于应答进行BH3肽的统计分析，其中CR样品与NR样品进行比较。使用逻辑回归测试变量的组合，以在逻辑回归模型下确定系数和常数，然后通过秩和曼-惠特尼检验和ROC曲线分析测试这些系数和常数。

表7显示了骨髓样品中各BH3肽概况与CR的相关性。如表5中所进行的一样，仅在从骨髓获得的那些样品中进行BH3肽的统计分析。通过秩和曼-惠特尼检验和逻辑回归分析测试指示的每个度量的显著性。从ROC曲线分析得到AUC(曲线下面积)。该分析显示，与无应答者相比，NOXA启动在治疗应答的患者中显著更高。

表8显示了仅在那些从骨髓获得的样品中进行的BH3肽的统计分析。如表6中所进行的一样，仅在从骨髓获得的那些样品中进行BH3肽的统计分析。使用逻辑回归测试变量的组合，以在逻辑回归模型下确定系数和常数，然后通过秩和曼-惠特尼检验和ROC曲线分析测试这些系数和常数。该分析表明，BAD、BIM 100和PUMA的组合也与单独的骨髓样品中的应答相关。NOXA和这三种肽读数均与细胞遗传学风险类别和MDS病史是相加的，并导致更高的显著性和AUC值。

发明详述

本公开部分基于以下发现：通过测量从患者骨髓抽吸物专门收集的癌细胞中的应答，可以实现BH3分析测定用于预测针对单独的或共同治疗方案中的CDK抑制剂，如CDK-9抑制剂(例如阿伏西地)的应答的医疗应用。BH3分析测量的灵敏度和/或特异性，相对于从外周血收集的血液或外周血样品和骨髓样品的组合显著改善。可以看到，与来自同一患者的外周血样品相比，当从骨髓专门收集样品时，Noxa产生的信号的相关性发生了显著的改善，0.445的p-值改善至0.0007。(表6和表7)。当将临床变量细胞遗传学和年龄在分析中作为因素考虑时，分析的灵敏度从0.805(AUC)提高到0.91(AUC)。

本文描述的诊断方法提供了预测对MCL1扰乱疗法的应答的新方法。

在一方面，本发明提供一种用于确定患者的癌症治疗的方法，其包括确定从骨髓专门收集的患者肿瘤或癌细胞样本中的MCL1依赖的程度；确定患者的一种或多种临床因素，以及针对对于一种或多种癌症治疗的临床应答可能性来对患者进行分类；其中选择一种或多种临床因素以增加与临床应答相关的MCL1特异性BH3分析读数的特异性和/或灵敏度。

在另一个方面，本发明提供用于确定患者的癌症治疗的方法，其包括使患者的透化癌细胞与Noxa BH3结构域肽接触以确定启动的程度；通过免疫组织化学和/或荧光原位杂交(FISH)确定患者癌细胞中是否存在一种或多种临床因素；并针对对于一种或多种癌症治疗的临床应答可能性来对患者进行分类。

在另一个方面，本发明提供一种用于确定AML患者对阿糖胞苷和/或FLAM的应答的方法，其包括：确定来自骨髓或外周血的患者的AML癌细胞样本的BH3概况；比较来自两种癌细胞来源的读数，并使用该信息来指导基于FLAM或阿糖胞苷的治疗。

在不同的实施方案中，临床因素是年龄、细胞遗传学状态、表现、组织学亚型、性别和疾病阶段中的一种或多种。在另一实施方案中，所述方法还包括测量选自突变状态、单核苷酸多态性、稳态蛋白水平和动态蛋白水平的另外的生物标志物，其可以进一步增加测试的特异性和/或灵敏度。在另一实施方案中，所述方法还包括预测患者的临床应答。在另一实施方案中，所述临床应答为至少约1年、约2年、约3年或约5年无进展/无事件生存率。

在某些实施方案中，所述启动由以下等式定义：其中AUC包含曲线下面积或信号强度；DMSO包含基线阴性对照；并且CCCP(羰基氰基间氯苯基腙)包含作为在线粒体的电子传递链中的电子载体正常活动期间建立的质子梯度的解偶联剂的蛋白质合成效应物，包括基线阳性对照。在一些实施方案中，曲线下面积由均匀的时间分辨荧光(HTRF)建立。在一些实施方案中，时间发生在约0分钟至约300分钟到约0分钟至约30分钟的窗口中。在一些实施方案中，通过荧光激活细胞分选(FACS)建立曲线下面积。在一些实施方案中，信号强度是发生在约5分钟至约300分钟的单时间点测量。

示例性临床决定

在一些实施方案中，本文描述的方法可用于评估患者，例如，用于评估诊断、预后和对治疗的应答。在不同的方面，本发明包括评估肿瘤或血液癌。在不同的实施方案中，所述评估可选自诊断、预后和对治疗的应答。

诊断是指尝试确定或鉴定可能的疾病或病症如癌症的过程。预后是指预测疾病或病症如癌症的可能结果。完整的预后通常包括预期的持续时间、功能和对疾病进程的描述，如进展性降低、间歇性危机或突发性不可预测的危机。对治疗的应答是预测接受治疗的患者的医疗结果。以非限制性实例的方式，对治疗的应答可以是病理性完全应答、生存率和无进展生存率、进展时间、复发概率。

在不同的实施方案中，本发明的方法指导关于患者是否接受特定治疗的临床决定。在一个实施方案中，本发明的方法可预测对新辅助化疗和/或辅助化疗的积极应答或对新辅助化疗和/或辅助化疗的无应答性。在一个实施方案中，本发明的方法可预测对促凋亡剂、或通过凋亡起作用的药剂、和/或不通过凋亡起作用的药剂的积极应答，或对凋亡效应剂和/或不通过凋亡起作用的药剂的无应答性。在不同的实施方案中，本发明指导癌症患者的治疗，包括例如，应该施用或拒绝何种类型的治疗。

在一个实施方案中，本发明的方法指导关于患者是否在初次、主要或初始治疗后接受辅助疗法(包括但不限于单次辅助疗法)的临床决定。辅助疗法，也称为辅助护理，是除了初次、主要或初始治疗以外所给予的治疗。以非限制性实例的方式，辅助疗法可以是手术后通常给予的额外治疗，其中所有可检测的疾病已被消除，但是由于隐匿性疾病仍然存在复发的统计风险。

在一些实施方案中，本发明的方法指导患者的治疗以包括辅助疗法。例如，评分为对特定治疗有应答的患者可以接受该治疗来作为辅助疗法。此外，本发明的方法可指导将辅助疗法鉴定为，以非限制性实例的方式，以促凋亡方式诱导和/或起作用的治疗或者不以促凋亡方式诱导和/或起作用的治疗。在一个实施方案中，本发明的方法可指示患者对特定治疗将不会应答或应答较差，从而这样的患者可以不接受该治疗来作为辅助疗法。因此，在一些实施方案中，本发明的方法提供了根据患者的可能应答来提供或拒绝辅助疗法。这样，可以改善患者的生活质量和护理成本。

在一些实施方案中，本发明的方法指导关于患者是否接受特定治疗类型的临床决定。因此，在一些实施方案中，本发明的方法是患者治疗的指导性测试。

在一些实施方案中，本发明的方法提供了患者将对特定治疗可能应答的信息。在一些实施方案中，本发明的方法提供了高的应答可能性，并可指导治疗(包括积极治疗)。在一些实施方案中，本发明的方法提供了低的应答可能性，并可指导治疗(包括积极治疗)的停止，以及采用姑息护理以便为了更好的生活质量而避免来自无效化疗的不必要的毒性。

在示例性实施方案中，本发明的方法将指示对具体治疗的应答可能性。例如，在一些实施方案中，本发明的方法指示对促凋亡剂、和/或通过凋亡起作用的药剂、和/或通过直接的蛋白调节驱动的凋亡来起作用的药剂的高或低的应答可能性。在不同的实施方案中，示例性促凋亡剂、和/或通过凋亡起作用的药剂和/或通过直接的蛋白调节驱动的凋亡来起作用的药剂，包括ABT-263(Navitoclax)和Obatoclax、WEP、硼替佐米和卡非佐米。在一些实施方案中，本发明的方法指示对不通过凋亡起作用的药剂和/或不通过直接的蛋白调节驱动的凋亡起作用的药剂的高或低的应答可能性。在不同的实施方案中，不通过凋亡起作用的示例性药剂，包括驱动蛋白纺锤体蛋白抑制剂、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂、三氧化二砷(TRISENOX)、MEK抑制剂、泊马度胺(pomolidomide)、氮胞苷、地西他滨(decitibine)、伏立诺他、恩替诺特(entinostat)、地纳昔布(dinaciclib)、吉妥珠单抗、BTK抑制剂、PI3激酶Δ抑制剂、来那度胺、蒽环类药物、阿糖胞苷、美法仑、Akt抑制剂、mTOR抑制剂。

在示例性实施方案中，本发明的方法将指示患者是否接受促凋亡剂或通过凋亡起作用的药剂进行癌症治疗。在另一示例性实施方案中，本发明的方法将指示患者是否接受不通过凋亡起作用的药剂。

在具体的实施方案中，本发明的方法可用于预测癌症患者对本文所述的任何治疗(包括药剂)的应答。在示例性实施方案中，本发明预测AML患者对阿糖胞苷和氮胞苷的应答可能性，并包括评估患者的BH3概况、年龄概况和细胞遗传因素。

在不同的实施方案中，根据本文描述的方法施用或拒绝癌症治疗。示例性治疗包括：手术切除、放疗(包括使用本文所述的化合物作为放射增敏剂或与放射增敏剂组合使用)、化疗、药效学疗法、靶向疗法、免疫疗法和支持性疗法(例如止痛药、利尿剂、抗利尿剂、抗病毒药、抗生素、营养补充剂、贫血治疗剂、凝血治疗剂、骨治疗剂、以及精神和心理治疗学)。

在不同的其他实施方案中，本发明涉及治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：

a)请求从患者骨髓获得的癌细胞样本的BH3分析数据；和

b)如果所述癌细胞样本中的NOXA启动为至少15％，向患者施用包含阿伏西地的治疗方案。

在上述的一些实施方案中，仅在所述癌细胞样本中的NOXA启动为至少20％、至少25％、至少30％、至少35％或至少40％时，向患者施用所述治疗方案。

在进一步的更多实施方案中，所述癌细胞样本中的MCL-1表达也用于确定患者对含有阿伏西地的治疗方案的适用性，所述方法还包括：请求从癌细胞样本获得的MCL-1表达数据，并且仅在所述癌细胞样本中的MCL-1表达为正常细胞中的MCL-1表达的至少1.1倍时，向患者施用所述治疗方案。在进一步的实施方案中，仅在所述癌细胞样本中的MCL-1表达为正常细胞中的MCL-1表达的至少1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍或甚至10倍时，向患者施用所述治疗方案。

在进一步的其他实施方案中，仅在患者的细胞遗传学处于高风险时，向患者施用所述治疗方案。

在上述的更多实施方案中，仅在患者具有骨髓增生异常综合征(MDS)的既往史时，向患者施用治疗方案。

在上述的进一步其他实施方案中，所述BH3分析数据是从这样的方法获得的，其包括：透化癌细胞样本，确定在透化的细胞与一种或多种BH3结构域肽接触时线粒体膜电位的变化；并将线粒体膜电位的损耗与所述细胞对凋亡诱导化疗剂的化学敏感性相关联。

在更多示例性实施方案中，BH3结构域肽是BIM、BIM2A、BAD、BID、HRK、PUMA、NOXA、BMF、BIK或PUMA2A、或以上的组合。例如，在一些实施方案中，BH3结构域肽以范围为0.1μM至200μM的浓度使用。

在进一步的其他实施方案中，MCL-1表达被用作确定患者对含有阿伏西地的治疗方案的适应性的主要指南。例如，在一些实施方案中，本发明提供治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：

a)请求从患者骨髓获得的癌细胞样本的MCL-1表达数据；和

b)如果所述癌细胞样本中的MCL-1表达为正常细胞中的MCL-1表达的至少1.1倍，向患者施用包含阿伏西地的治疗方案。在一些实施方案中，所述癌细胞是肿瘤细胞。

在上述的其他实施方案中，仅在所述癌细胞样本中的MCL-1表达为正常细胞中的MCL-1表达的至少1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍或甚至10倍时，向患者施用所述治疗方案

在进一步的更多实施方案中，NOXA启动与MCL-1表达一起被考虑，并且所述方法还包括：请求所述癌细胞样本的BH3分析数据，并且仅在在肿瘤或癌细胞样本中的NOXA启动为至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％或至少40％时，施用所述治疗方案。

在进一步的更多实施方案中，仅在患者的细胞遗传学处于高风险时，向患者施用所述治疗方案。在其他实施方案中，仅在患者具有骨髓增生异常综合征(MDS)的既往史时，向患者施用所述治疗方案。

在任何上述治疗方法中，所述癌症是血液癌。例如，在一些实施方案中，血液癌选自急性骨髓性白血病(AML)、多发性骨髓瘤、滤泡淋巴瘤、急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、慢性淋巴细胞白血病和非霍奇金淋巴瘤。在一些特定实施方案中，血液癌是急性骨髓性白血病(AML)。

在上述的一些其他实施方案中，血液癌是骨髓增生异常综合征(MDS)。在上述的不同实施方案中，血液癌是慢性淋巴细胞白血病(CLL)。

在上述的任何其他实施方案中，包含阿伏西地的治疗方案包括阿伏西地、阿糖胞苷和米托蒽醌(FLAM)。

在上述的进一步的更多实施方案中，癌细胞样本来源于非实体瘤的活组织检查。例如，在一些实施方案中，癌细胞样本来源于患有多发性骨髓瘤、急性骨髓性白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性淋巴球性白血病、套细胞淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤或非霍奇金淋巴瘤的患者的活组织检查。

在进一步的更多其他实施方案中，癌细胞样本是通过用固体基质或珠结合的抗CD138抗体从活组织检查样品中进行选择而富集的多发性骨髓瘤细胞。例如，在一些实施方案中，癌细胞样本是通过与针对CD45的抗体结合而富集的急性骨髓性白血病细胞。在其他实施方案中，癌细胞样本是通过非B细胞消耗而富集的慢性淋巴球性白血病或弥漫性大B细胞淋巴瘤。

在进一步的更多实施方案中，本发明涉及用于确定患者对包含阿伏西地的治疗方案的应答可能性的方法，所述方法包括：

使来自患者骨髓的透化癌细胞样本与一种或多种BH3结构域肽接触；

确定所述样本中的NOXA启动；和

如果所述样本中的NOXA启动为至少15％，将患者归类为所述治疗方案的可能应答者。

“可能应答者”是对治疗有50％以上的有利应答(例如部分或完全缓解)机会的患者。

在进一步的其他实施方案中，本发明提供确定患者对包含阿伏西地的治疗方案的应答可能性的方法，所述方法包括：

确定来自患者骨髓的癌细胞样本中的MCL-1表达；和

如果述样本中的MCL-1表达为正常细胞中的MCL-1表达的至少1.1倍，将患者归类为所述治疗方案的可能应答者。

在上述的另外的实施方案中，所述方法还包括将该治疗方案施用于被归类为可能应答者的患者。

在进一步的更多实施方案中，本发明涉及一种在预治疗AML患者中选择癌症治疗策略的方法，所述方法包括

(a)请求测试结果以确定患者的骨髓(BM)样品中的NOXA启动；

(b)请求测试结果以确定患者的外周血(PB)样品中的BIM 0.1启动；

(c)将NOXA启动与BIM 0.1启动进行比较；和

(i)在BM NOXA>10.8％和BM/PB BIM 0.1<35％时，向患者施用含有阿伏西地的方案(例如FLAM)；

(ii)在BM NOXA<10.8％和BM/PB BIM 0.1>15％时，向患者施用7+3方案；

(iii)在BM NOXA<10.8％和BM/PB BIM 0.1>35％时，向患者施用7+3方案；或

(iv)在BM NOXA<10.8％和BM/PB BIM 0.1<15％时，向患者施用另一种疗法。

示例性治疗

在示例性的实施方案中，本发明选择一种治疗工具。这种工具的实例包括但不限于抗癌药物、化疗、手术、辅助疗法和新辅助疗法中的一种或多种。在一个实施方案中，癌症治疗是BH3模拟物、表观遗传修饰剂、拓扑异构酶抑制剂、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂和驱动蛋白纺锤体蛋白稳定剂中的一种或多种。在另一实施方案中，癌症治疗是一种蛋白酶体抑制剂；和/或细胞周期调控的调节剂(以非限制性实例的方式，细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂)；和/或细胞表观遗传学机制的调节剂(以非限制性实例的方式，组蛋白脱乙酰酶(HDAC)中的一种或多种(例如伏立诺他或恩替诺特的一种或多种)、氮胞苷、地西他滨)；和/或蒽环类药物或蒽醌(以非限制性实例的方式，表柔比星、多柔比星、米托蒽醌、柔红霉素、伊达比星中的一种或多种)；和/或铂基治疗剂(以非限制性实例的方式，卡铂、顺铂和奥沙利铂中的一种或多种)；阿糖胞苷或基于阿糖胞苷的化疗；BH3模拟物(以非限制性实例的方式，BCL2、BCLXL或MCL1中的一种或多种)；和MCL1抑制剂。

在不同的实施方案中，本发明涉及癌症治疗，包括但不限于：在美国专利公开号US2012-0225851和国际专利公开号WO 2012/122370中描述的癌症治疗，其内容通过引用整体并入本文。

在不同的实施方案中，本发明涉及癌症治疗，包括但不限于以下的一种或多种：烷化剂，如噻替派和CYTOXAN环磷酰胺；烷基磺酸盐，如白消安、英丙舒凡和派泊舒凡；氮丙啶，如苯并多巴、卡波醌、美妥多巴(meturedopa)和脲多巴(uredopa)；二甲亚胺和甲基蜜胺，包括六甲蜜胺、三乙撑蜜胺、三乙撑磷酰胺、三乙撑硫代磷酰胺和三羟甲基蜜胺；乙酰精宁(acetogenin)(例如，布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮)；喜树碱(包括合成类似物拓扑替康)；苔藓抑素；卡利他汀(callystatin)；CC-1065(包括其阿多来新、卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；念珠藻环肽(cryptophycin)(例如念珠藻环肽1和念珠藻环肽8)；多拉司他汀；双卡霉素(包括合成类似物，KW-2189和CB 1-TM1)；Eleutherobin；水鬼蕉碱(pancratistatin)；匍枝珊瑚醇(sarcodictyin)；海绵抑制素(spongistatin)；氮芥子，如苯丁酸氮芥、萘氮芥、氯膦酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、氮芥、盐酸氧氮芥、美法仑、新恩比兴、苯芥胆固醇(phenesterine)、泼尼莫司汀、曲磷胺、尿嘧啶氮芥；亚硝基脲，如卡莫司汀、氯脲霉素、福莫司汀、洛莫司汀、尼莫司汀和雷莫司汀；抗生素如烯二炔抗生素(例如，卡奇霉素，特别是卡奇霉素γll和卡奇霉素Ωll(参见，例如Agnew,Chem.Intl.Ed.Engl.,33:183-186(1994))；达内霉素(dynemicin)，包括达内霉素A；二膦酸盐，如氯膦酸盐；埃斯培拉霉素；以及新抑癌素发色团和相关的发色蛋白烯二炔抗生素发色团)、阿克拉霉素、放线菌素、安曲霉素、重氮丝氨酸、博来霉素、放线菌素C(cactinomycin)、卡柔比星、洋红霉素、嗜癌霉素、色霉素、更生霉素、道诺霉素、地托比星、6-重氮-5-氧代-L-正亮氨酸、ADRIAMYCIN多柔比星(包括吗啉代-多柔比星、氰基吗啉代-多柔比星、2-吡咯啉-多柔比星和脱氧多柔比星)、表柔比星、伊索比星、伊达比星、麻西罗霉素、丝裂霉素如丝裂霉素C、霉酚酸、诺加霉素、橄榄霉素、培洛霉素、Potfimromycin、嘌呤霉素、三铁阿霉素、罗多比星、链黑霉素、链脲霉素、杀结核菌素、乌苯美司、净司他汀(zinostatin)、佐柔比星；抗代谢物如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，如二甲叶酸、甲氨蝶呤、蝶罗呤、三甲曲沙；嘌呤类似物，如氟达拉滨、6-巯基嘌呤、硫咪嘌呤、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，如安西他滨、阿扎胞苷、6-氮杂尿苷、卡莫氟、阿糖胞苷、二脱氧尿苷、去氧氟尿苷、依诺他滨、氟尿苷；雄性激素，如卡鲁睾酮、丙酸屈他雄酮、环硫雄醇、美雄烷、睾内酯；抗肾上腺素，如安鲁米特、米托坦、曲洛司坦；叶酸补充剂，如亚叶酸；醋葡醛内酯；醛磷酰胺糖苷；氨基乙酰丙酸；恩尿嘧啶；安吖啶；贝他布昔(bestrabucil)；比生群；伊达曲沙(edatraxate)；美可辛；地吖醌(diaziquone)；elformithine；醋酸羟吡咔唑；埃博霉素；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；基脲；香菇多糖；氯尼达明(lonidainine)；美登木素生物碱，如美登素和安丝菌素；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌；莫哌达醇(mopidanmol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他丁；苯来美特(phenamet)；吡柔比星；洛索蒽醌；鬼臼酸；2-乙基酰肼；甲基苄肼；PSK多糖复合物(JHS天然产物,Eugene,Oreg.)；雷佐生；根霉素；西佐呋喃(sizofuran)；锗螺胺；细交链孢菌酮酸；三亚胺醌；2,2',2"-三氯三乙胺；单端孢霉烯类毒素(例如T-2毒素、疣孢霉素(verracurin)A、杆孢菌素A和蛇形菌素(anguidine))；氨基甲酸乙酯；长春地辛；达卡巴嗪；甘露莫司汀；二溴甘露醇；二溴卫矛醇；哌泊溴烷(pipobroman)；gacytosine；阿拉伯糖苷(“Ara-C”)；环磷酰胺；噻替派；紫杉醇，例如TAXOL紫杉醇(Bristol-Myers Squibb Oncology,Princeton,N.J.)、ABRAXANE无聚氧乙烯蓖麻油、紫杉醇的工程化白蛋白纳米颗粒制剂(American Pharmaceutical Partners,Schaumberg,111.)和TAXOTERE多西他赛(Rhone-Poulenc Rorer,Antony,France)；苯丁酸氮芥(chloranbucil)；GEMZAR吉西他滨；6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；甲氨蝶呤；铂类似物，如顺铂、奥沙利铂和卡铂；长春碱；铂；依托泊苷(VP-16)；异环磷酰胺；米托蒽醌；长春新碱；NAVELBINE。长春瑞滨；盐酸米托蒽醌；替尼泊苷；依达曲沙；道诺霉素；氨蝶呤；希罗达；伊班膦酸盐；伊立替康(Camptosar,CPT-11)(包括伊立替康与5-FU和亚叶酸的治疗方案)；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类维生素A，如视黄酸；卡培他滨；康普瑞汀(combretastatin)；甲酰四氢叶酸(LV)；奥沙利铂，包括奥沙利铂治疗方案(FOLFOX)；拉帕替尼(Tykerb)；降低细胞增殖的PKC-Raf、H-Ras、EGFR(例如埃罗替尼(Tarceva))和VEGF-A的抑制剂，地西他滨(dacogen)，万珂(velcade)以及上述任一项的药学可接受的盐、酸或衍生物。

示例性检测方法

在不同的实施方案中，本发明的方法包括评估蛋白和/或核酸的存在、不存在或水平。在不同的实施方案中，本发明的方法包括评估可增强BH3分析的特异性和/或灵敏度的蛋白和/或核酸的存在、不存在或水平。在一些实施方案中，所述评估是评估患者应答的标志物。在一些实施方案中，本发明的方法包括使用免疫组织化学染色、Western印迹、In-cell Western、免疫荧光染色、ELISA和荧光激活细胞分选(FACS)、或本文所述的或本领域已知的任何其他方法中的一种或多种进行测量。本发明的方法可以包括使抗体与肿瘤样本(例如，活组织检查样品或组织或体液)接触，以鉴定对组织或体液具有特异性并且指示癌症状态的表位。

通常使用两种策略检测体液或组织中的抗原表位，直接法和间接法。直接法包括一步法染色，并且可涉及与体液或组织样品中的抗原直接反应的标记抗体(例如FITC缀合的抗血清)。间接法包括与体液或组织抗原反应的未标记的一抗，以及与一抗反应的标记的二抗。标记物可以包括放射性标记物、荧光标记物、半抗原标记物(如生物素)、或酶(如辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶)。进行这些测定的方法是本领域公知的。参见例如，Harlow etal.(Antibodies,Cold Spring Harbor Laboratory,NY,1988)，Harlow et al.(UsingAntibodies,A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory,NY,1999)，Virella(Medical Immunology,6th edition,Informa HealthCare,New York,2007)，以及Diamandis et al.(Immunoassays,Academic Press,Inc.,New York,1996)。进行这些测定的试剂盒商购自，例如，Clontech Laboratories,LLC.(Mountain View,CA)。

在不同的实施方案中，抗体包括全抗体和/或任何抗原结合片段(例如，抗原结合部分)和/或这些的单链(例如，包含通过二硫键相互连接的至少两条重(H)链和两条轻(L)链的抗体，Fab片段，其为由VL、VH、CL和CH1结构域组成的单价片段；F(ab)2片段，其为包含通过铰链区的二硫键连接的两个Fab片段的二价片段；由VH和CH1结构域组成的Fd片段；由抗体单臂的VL和VH结构域组成的Fv片段等)。在不同的实施方案中，可使用多克隆和单克隆抗体，其为分离的人或人源化抗体、或其功能片段。

用于评估抗体对不同物种的靶标的结合能力的标准测定是本领域已知的，包括例如ELISA、Western印迹和RIA。抗体的结合动力学(例如，结合亲和力)也可以通过本领域已知的标准测定例如通过Biacore分析进行评估。

在另一实施方案中，所述测量包括评估核酸的存在、不存在或水平。本领域技术人员将理解，可以使用多种方法来检测或定量适当标志物的DNA/RNA水平。

可以使用例如Low-to-Mid-Plex技术测量基因表达，包括但不限于：报告基因测定、Northern印迹、荧光原位杂交(FISH)和逆转录PCR(RT-PCR)。也可以使用例如Higher-Plex技术来测量基因表达，包括但不限于基因表达连续分析(SAGE)、DNA微阵列、覆瓦式(Tiling)阵列、RNA-Seq/全转录组鸟枪测序(WTSS)、高通量测序、多重PCR、多重连接依赖性探针扩增(MLPA)、通过连接进行的DNA测序和Luminex/XMAP。本领域技术人员将理解，可以使用多种方法来检测或定量样品内的生物标志物的RNA产物水平，包括阵列如微阵列、RT-PCR(包括定量PCR)、核酸酶保护测定和Northern印迹分析。

示例性癌症和患者

在一些实施方案中，本发明提供了用于确定癌症治疗的方法和/或包括患者的肿瘤或癌细胞样本。癌症或肿瘤是指干扰身体器官和系统正常功能的不受控制的细胞生长和/或异常增加的细胞存活和/或凋亡的抑制。具有癌症或肿瘤的对象是其体内存在具有客观可测量的癌细胞的对象。本发明包括良性和恶性癌症，以及休眠性肿瘤或微转移。从其原始位置迁移并散播于重要器官的癌症可通过受累器官的功能恶化而最终导致对象的死亡。

在不同的实施方案中，本发明适用于转移前癌症或转移性癌症。转移是指癌症从其最初的部位扩散到身体其他部位。癌细胞可以脱离原发性肿瘤，浸润淋巴管和血管，通过血液进行循环，并在身体其他部位的正常组织的远端病灶中(转移)生长。转移可以是局部的或远端的。转移是连续的过程，取决于肿瘤细胞从原发性肿瘤脱落，经过血液，并停留在远端部位。细胞在新的部位建立血液供应，并可以生长以形成危及生命的团块。肿瘤细胞内的刺激和抑制性分子通路调节这种行为，并且远端部位的肿瘤细胞和宿主细胞之间的相互作用也是显著的。除了具体症状的监测之外，通常通过磁共振成像(MRI)扫描、计算机断层扫描(CT)、血液和血小板计数、肝功能研究、胸部X射线和骨扫描的单独和组合使用来检测转移。

本文描述的方法涉及癌症的预后、癌症的诊断、癌症的治疗、和/或与增加的细胞存活或凋亡的抑制相关的恶性肿瘤和增生性病症的诊断、预后、治疗、生长、进展和/或转移的预防或改善。在一些实施方案中，癌症是血液癌，包括但不限于：急性骨髓性白血病(AML)、多发性骨髓瘤、滤泡性淋巴瘤、急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、慢性淋巴细胞白血病和非霍奇金淋巴瘤(包括但不限于套细胞淋巴瘤和弥漫性大B细胞淋巴瘤)。在一些实施方案中，癌症是实体瘤，包括但不限于：非小细胞肺细胞癌、卵巢癌和黑素瘤。

在一些实施方案中，本发明涉及以下一种或多种癌症：急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、急性骨髓性白血病(AML)、肾上腺皮质癌、AIDS相关癌症、肛门癌、阑尾癌、星形细胞瘤(例如儿童小脑的或大脑的)、基底细胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨肿瘤(例如骨肉瘤、恶性纤维组织细胞瘤)、脑干胶质瘤、脑癌、脑肿瘤(例如小脑星形细胞瘤、脑星形细胞瘤/恶性胶质瘤、室管膜瘤、成神经管细胞瘤、幕上原始神经外胚层肿瘤、视觉通路和下丘脑胶质瘤)、乳腺癌、支气管腺瘤/类癌、伯基特淋巴瘤、类癌肿瘤、中枢神经系统淋巴瘤、小脑星形细胞瘤、宫颈癌、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、慢性骨髓性白血病(CML)、慢性骨髓增生性病症、结肠癌、皮肤T细胞淋巴瘤、结缔组织增生性小圆细胞肿瘤、子宫内膜癌、室管膜瘤、食管癌、尤文氏肉瘤、颅外生殖细胞瘤、外生殖细胞瘤、肝外胆管癌、眼癌、胆囊癌、胃癌、胃肠道间质瘤(GIST)、生殖细胞肿瘤(例如颅外、性腺外、卵巢)、妊娠滋养细胞瘤、神经胶质瘤(例如脑干、脑星形细胞瘤、视觉通路和下丘脑)、胃类癌、头颈癌、心脏癌、肝细胞癌(肝癌)、下咽癌、下丘脑和视觉通路胶质瘤、眼内黑素瘤、胰岛细胞癌(内分泌胰腺)、肾癌(肾细胞癌)、喉癌、白血病(例如急性淋巴细胞白血病、急性骨髓性白血病、慢性淋巴细胞白血病、慢性骨髓性白血病、毛细胞)、唇癌和口腔癌、脂肪肉瘤、肝癌、肺癌(例如非小细胞癌、小细胞癌)、淋巴瘤(例如AIDS相关的、伯基特、皮肤T细胞霍奇金、非霍奇金、原发性中枢神经系统淋巴瘤)、成神经管细胞瘤、黑素瘤、梅克尔细胞癌、间皮瘤、转移性鳞状颈癌、口腔癌、多发性内分泌瘤综合征、多发性骨髓瘤、蕈样真菌病、骨髓增生异常综合征、骨髓增生异常/骨髓增生性疾病、髓性白血病、骨髓性白血病、骨髓性白血病、骨髓增生性病症、慢性鼻腔和鼻旁窦癌、鼻咽癌、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、口腔癌、口咽癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰腺癌、胰腺癌、鼻旁窦和鼻腔癌、甲状旁腺癌、阴茎癌、咽癌、嗜铬细胞瘤、松果体星形细胞瘤和/或生殖细胞瘤、松果体母细胞瘤和幕上原始神经外胚层肿瘤、垂体腺瘤、浆细胞瘤形成/多发性骨髓瘤、胸膜肺母细胞瘤、原发性中枢神经系统淋巴瘤、前列腺癌、直肠癌、肾细胞癌(肾癌)、肾盂和输尿管癌、视网膜母细胞瘤、横纹肌肉瘤、唾液腺癌、肉瘤(例如尤文氏家族、卡波西、软组织、子宫肉瘤)、塞扎里氏综合征、皮肤癌(例如非黑色素瘤、黑素瘤、梅克尔细胞癌)、小细胞肺癌、小肠癌、软组织肉瘤、鳞状细胞癌、鳞状颈癌、胃癌、幕上原始神经外胚层肿瘤、T细胞淋巴瘤、睾丸癌、咽喉癌、胸腺瘤和胸腺癌、甲状腺癌、滋养细胞肿瘤、输尿管和肾盂癌、尿道癌、子宫癌、子宫肉瘤、阴道癌、视觉通路和下丘脑神经胶质瘤、外阴癌、瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症和威尔姆氏肿瘤。

在一个实施方案中，癌症是AML。AML是第二常见的白血病，美国每年约有13,000例新诊断的病例和9,000例死亡病例。虽然存在批准的疗法，但许多白血病患者的预后较差，治疗成功的可能性较低。目前AML护理标准是诱导胞嘧啶阿拉伯糖苷(ara-C)与蒽环类药剂(如柔红霉素、伊达比星或米托蒽醌)的组合。通常这种治疗方案之后是施用高剂量阿糖胞苷和/或进行干细胞移植。这些治疗改善了年轻患者的疗效。治疗急性早幼粒细胞白血病也有进展，其中全反式视黄酸(ATRA)或三氧化二砷的靶向疗法已经导致了优异的存活率。然而，代表绝大多数AML病例的超过60岁的患者，仍然存在治疗困惑。虽然65-85％的患者最初对现有的治疗有应答，但65％的此类应答者复发，许多患者死于该疾病。至少由于这个原因，并且因为上述治疗可能具有严重的副作用，所以本发明的预测性测试可以指导采用缓解这些争执的治疗。在一些实施方案中，本发明通过将恰当的患者匹配恰当的治疗来提高成功治疗的可能性。此外，目前还没有能预测AML患者对治疗的应答的测试。

除非另有定义，本文所用术语对象是哺乳动物，例如人、小鼠、大鼠、仓鼠、豚鼠、狗、猫、马、牛、山羊、绵羊、猪或非人灵长类(如猴子、黑猩猩或狒狒)。术语“对象”和“患者”可互换使用。

示例性样本

在某些实施方案中，样本是人肿瘤来源的细胞系。在某些实施方案中，样本是癌症干细胞。在其他实施方案中，样本来源于实体瘤的活组织检查，例如，结肠直肠、乳腺、前列腺、肺癌、胰腺、肾或卵巢的原发性肿瘤的活组织检查。

在某些实施方案中，样本来源于非实体瘤，例如本文所述的任何癌症的活组织检查。在具体的实施方案中，样本来自多发性骨髓瘤、急性骨髓性白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性淋巴球性白血病、套细胞淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤和非霍奇金淋巴瘤患者的活组织检查。在具体的实施方案中，样本是通过用固体基质或珠结合的抗CD138抗体从活组织检查样品中进行选择而富集的多发性骨髓瘤细胞。在具体的实施方案中，样本是通过与针对CD45的抗体结合而富集的急性骨髓性白血病细胞。在具体的实施方案中，样本是通过非B细胞消耗而富集的慢性淋巴球性白血病或弥漫性大B细胞淋巴瘤。

在一些实施方案中，样本来源于循环的肿瘤细胞。

BH3分析

在不同的实施方案中，本发明包括BH3分析。在不同的实施方案中，本发明包括BH3分析，其中一次评估至少两种、或三种、或四种、或五种、或六种、或七种、或八种、或九种或十种BH3肽。在一些实施方案中，与一种BH3肽的评价相反，本发明的方法包括多种肽的分析。在一些实施方案中，针对单个患者样本筛选了一组BH3肽。

可用于这种方法的BH3分析和试剂，描述于美国专利第7,868,133号、第8,221,966号和第8,168,755号，以及美国专利公开第2011/0130309号中，其内容通过引用整体并入本文。

简而言之，不希望受到理论的约束，由于异常表型，癌细胞发展出凋亡途径的阻断。这些阻断使得癌细胞既能抵抗某些疗法，又能令人惊讶地使一些癌细胞对其他疗法敏感。“癌基因成瘾”的概念描述了癌细胞对用于存活的特定蛋白质的获得性依赖性或成瘾的现象。BH3分析确定此类对某些凋亡调节蛋白的依赖性是否发生在给定的癌细胞中，并鉴别依赖的蛋白。癌细胞可以但并不总被预先设定为经历凋亡，并且这是这些细胞依赖于用于其原本非预期存活的任何或所有抗凋亡Bcl-2家族蛋白的功能。这提供了对于癌细胞对治疗的应答可能性的理解。

不希望被理论束缚，癌细胞表现出异常，如DNA损伤、遗传不稳定、异常生长因子信号转导以及异常或缺失的基质相互作用，其中任何一种通常应当通过内在的(线粒体)凋亡途径来诱导凋亡。然而，癌细胞存活，而不是对这些凋亡信号作出应答。通常，在这样做时，这些细胞变得高度依赖于所选择的对慢性凋亡信号的阻断。这种适应性提供了癌细胞的存活机制；然而，这些适应性也可以使癌细胞对特定凋亡诱导疗法敏感。通过内在凋亡导致细胞死亡的关键事件，是线粒体外膜(MOMP)的透化和激活效应物半胱天冬酶的分子的释放。在许多情况下，MOMP是内在凋亡途径中的无返回点。Bcl-2家族蛋白是MOMP的关键调节剂，它们的活性与淋巴癌和几种实体瘤癌症的发病有关，并被认为是许多癌症对化疗耐药的关键介质。

通过促存活(抗凋亡)和促凋亡成员之间不同的蛋白-蛋白相互作用来调节Bcl-2蛋白。这些相互作用主要通过BH3(Bcl-2同源结构域-3)介导的结合发生。凋亡起始信号转导大部分发生在线粒体上游，并导致短的、仅有BH3的Bcl-2家族成员转移到线粒体中并在此激活或致敏MOMP。激活剂，即仅有BH3的蛋白Bim和Bid结合并直接激活效应物促凋亡蛋白Bax和Bak，并且还结合并抑制抗凋亡Bcl-2家族蛋白Bcl-2、MCL1、Bfl-1、Bcl-w和Bcl-xL。致敏剂BH3蛋白Bad、Bik、Noxa、Hrk、Bmf和Puma，仅与抗凋亡Bcl-2家族蛋白Bcl-2、MCL1、Bfl-1、Bcl-w和Bcl-xL结合，以阻断其抗凋亡功能。不希望受理论束缚，每种致敏蛋白都具有独特的特异性概况。例如，Noxa(A和B)以高亲和力结合MCL1，Bad与Bcl-xL和Bcl-2结合，但仅与MCL1弱结合，并且Puma与所有三种靶标均结合良好。这些蛋白的抗凋亡功能隔离了激活剂BH3蛋白Bim和Bid。由致敏肽替代这些激活剂导致Bax/Bak介导的凋亡保证。这些相互作用可以有不同的结果，包括但不限于：体内平衡、细胞死亡、对凋亡的致敏和凋亡阻断。

癌细胞中凋亡信号转导被阻断的确定特征是，仅有BH3的激活蛋白在线粒体表面上的积累，这是这些蛋白被抗凋亡蛋白隔离的结果。这种积累和与其效应物靶蛋白的接近，解释了在“BH3启动”状态下对Bcl-2家族蛋白的拮抗作用的灵敏度增加。

在一些实施方案中，对Noxa(A或B)产生高的凋亡应答的细胞是MCL1启动的，尽管对于肽Bad的高应答表明Bcl-xL或Bcl-2提供了凋亡阻断。在一些实施方案中，Puma反映了pan-Bcl-2家族的启动。以这种方式，依赖于MCL1或Bcl-xL，或这两种蛋白，或几种Bcl-2家族成员的细胞容易区分，从而可以相应地调整适当的治疗。线粒体对这些肽的应答区别，指导采用已知通过这样的途径而起作用的疗法，该途径集中于受MCL1或Bcl-xL影响的内在信号转导。在这种情况下可指示出Bcl-2抑制化合物或MCL1抑制化合物的使用。在一些实施方案中，本发明的方法也表明或禁忌针对在MCL1或Bcl-xL上游的实体的疗法。

BH3分析测定鉴定出癌细胞何时处于启动状态，以及在哪种配置中发生启动，并且这具有预测价值。

示例性临床因素和另外的生物标志物

在一些实施方案中，本发明包括对临床因素的评估。在一些实施方案中，本发明包括对BH3分析和/或临床因素的评估以评估患者应答。在一些实施方案中，提供患者应答信息的临床因素与BH3分析研究结合可能与凋亡无关。在一些实施方案中，临床因素是非凋亡影响的。

在一个实施方案中，临床因素如表3所示。

在一个实施方案中，临床因素是以下中的一种或多种：年龄、细胞遗传学状态、表现、组织学亚型、性别和疾病阶段。

在一个实施方案中，临床因素是年龄。在一个实施方案中，患者年龄概况被分类为超过约10岁、或超过约20岁、或超过约30岁、或超过约40岁、或超过约50岁、或超过约60岁、或超过约70岁、或超过约80岁。

在一个实施方案中，临床因素是细胞遗传学状态。在诸如威尔姆氏肿瘤和视网膜母细胞瘤的某些癌症中，例如，基因缺失或失活负责启动癌症进展，因为与肿瘤抑制因子相关的染色体区域通常被缺失或突变，所以。例如，在胶质瘤、非小细胞肺癌、白血病和黑素瘤的染色体区域9p21中，通常检测到缺失、倒位和易位。不希望受理论束缚，这些染色体变化可以使肿瘤抑制因子细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2A失活。伴随着特定基因的这些缺失，染色体的大部分也能丢失。例如，在实体瘤细胞中染色体1p和16q通常丢失。基因重复和基因拷贝数的增加也能导致癌症，并且可以用转录分析或拷贝数变异阵列来检测。例如，在许多肉瘤中染色体区域12q13-q14被扩增。该染色体区域编码称为MDM2的结合蛋白，其已知结合称为p53的肿瘤抑制因子。当MDM2被扩增时，它阻止p53调节细胞生长，这能导致肿瘤形成。此外，某些乳腺癌与编码人表皮生长因子受体2的ERBB2基因的过表达和拷贝数增加相关。另外，染色体数目(如染色体1q和3q)的增加，也与增加的癌症风险相关。

可以用本领域已知的各种方式测量细胞遗传学状态。例如，可以使用FISH、传统核型分析和虚拟核型分析(例如比较基因组杂交阵列、CGH和单核苷酸多态性阵列)。例如，FISH可用于评估特定位点的染色体重排，并且这些现象与疾病风险状态相关。在一些实施方案中，细胞遗传学状态是有利的、中等的或不利的。

在一个实施方案中，临床因素是表现。可以使用任何系统来量化表现状态，并且用于对患者的表现状态进行评分的方法是本领域中是已知的。该措施通常用于确定患者是否可以接受化疗、剂量调节以及确定姑息治疗的强度。有多种评分系统，包括Karnofsky评分和Zubrod评分。平行评分系统包括全面功能评估(GAF)评分，其已作为精神病学诊断和统计手册(DSM)的第五个轴。更高的表现状态(例如使用Karnofsky评分系统，至少80％，或至少70％)可指示预防疾病状态进展，并增强患者接受化疗和/或放疗的能力的治疗。例如，在这些实施方案中，患者是能走动的，并且能够自理。在其他实施方案中，评估指示的是低表现状态的患者(例如，使用Karnofsky评分系统，小于50％，小于30％，或小于20％)，从而允许耐受常规放疗/或化疗。在这些实施方案中，患者主要局限于床上或椅子上，并且即使是自理，也是残疾的。

Karnofsky评分从100到0运行，其中100是“完美”健康，0是死亡。可以采用间隔为10分的评分，其中：100％是正常、无抱怨、无病征；90％是能够正常活动，症状或病征很少，80％是正常活动有些困难，有些症状或病征；70％是自理，不能正常活动或工作；60％是需要一些帮助，可以照顾大多数的个人要求；50％是需要经常帮助，需要频繁的医疗护理；40％是残疾，需要特别照顾和帮助；30％是重度残疾，指示入院但无死亡风险；20％是病情严重，急需入院，需要支持措施或治疗；10％是濒死，快速进展的致命疾病进程。

表现状态的Zubrod评分系统包括：0，充分活跃，能够不受限制地进行所有疾病前的表现；1，身体剧烈活动受限但能走动，并且能够开展轻度或久坐性质的工作，例如，轻度家务、办公室工作；2，能走动和能全部自理，但无法开展任何工作活动，长达且约50％以上的清醒时间；3，仅能够有限的自理，局限于床上或椅子上50％以上的清醒时间；4，完全残疾，不能进行任何自理，完全局限于床上或椅子上；5，死亡。

在一个实施方案中，临床因素是组织学亚型。在一些实施方案中，根据Elston&Ellis,Histopathology,1991,19:403-10将肿瘤组织学样品分级，其内容通过引用整体并入本文。

在一个实施方案中，临床因素是性别。在一个实施方案中，性别是男性。在另一个实施方案中，性别是女性。

在一个实施方案中，临床因素是疾病阶段。以非限制性实例的方式，使用整体阶段分组，I期癌症局限于身体的一部分；II期癌症是局部晚期的，III期癌症也是。癌症是否被指定为II期或III期，可取决于具体的癌症类型。在一个非限制性实例中，霍奇金病，II期指示仅在隔膜的一侧的受累淋巴结，而III期指示隔膜上方和下方的受累淋巴结。因此，II期和III期的具体标准因诊断而不同。IV期癌症通常已转移或扩散到其他器官或整个身体。

在一些实施方案中，临床因素是血液疾病的法-美-英(FAB)分类系统(例如表明存在骨髓生成异常以及成髓细胞和成红细胞的量化)。在一个实施方案中，急性成淋巴细胞性白血病的FAB为L1-L3，或急性骨髓性白血病的FAB为M0-M7。在另一实施方案中，该方法还包括选自突变状态、单核苷酸多态性、稳态蛋白水平和动态蛋白水平的另外生物标志物的测量。在另一实施方案中，该方法还包括预测患者的临床应答。在另一实施方案中，临床应答为约1年、约2年、约3年、或约5年的无进展/无事件生存率。

已经确定了多种临床因素，如年龄概况和表现状态。还已经使用许多静态的诊断测量，如细胞遗传学和分子事件，包括但不限于在基因MLL、AML/ETO、Flt3-ITD、NPM1(NPMc+)、IDH1、IDH2、RUNX1、ras和WT1以及表观遗传修饰基因TET2和ASXL中的突变，以及细胞信号转导蛋白概况的变化。

在一些实施方案中，预防方法包括在本文描述的方法指导下对可能会受癌症所累的患者施用治疗。在一些实施方案中，如果对象的特征是以下一种或多种，则对象可能会受癌症所累：癌症的高风险、癌症的遗传倾向(例如遗传风险因素)、既往的癌症经历(例如新的癌症和/或复发)、癌症的家族史、暴露于癌症诱导剂(例如环境因素)和药物基因组信息(基因型对治疗剂的药代动力学、药效学或功效概况的影响)。

在一些实施方案中，如果对象以癌症高风险为特征，那么对象可能会受癌症所累。在一些实施方案中，如果对象以癌症的遗传倾向为特征，那么对象可能会受癌症所累。在一些实施方案中，本领域已知癌症的遗传倾向是遗传临床因素。对于至少结肠癌、子宫癌、小肠癌、胃癌、尿道癌，这样的临床因素以实例的方式可以包括HNPCC、MLH1、MSH2、MSH6、PMS1、PMS2。在一些实施方案中，如果对象以既往的癌症经历为特征，那么对象可能会受癌症所累。在一些实施方案中，对象已经受到1次、或2次、或3次、或4次、或5次或6次既往的癌症经历所累。在一些实施方案中，如果对象以癌症家族史为特征，那么对象可能会受癌症所累。在一些实施方案中，父母和/或祖父母和/或兄弟姐妹和/或姑姨/叔伯和/或叔祖母和/或叔祖父，和/或堂表兄弟姐妹已经受癌症所累或受癌症所累。在一些实施方案中，如果对象的特征是暴露于癌症诱导剂(例如环境因素)，则对象可能会受癌症所累。例如，将皮肤暴露于强烈的阳光下是皮肤癌的临床因素。举例来说，吸烟是肺、口、喉、膀胱、肾和其他几个器官的癌症的临床因素。

此外，在一些实施方案中，以下临床因素中的任何一种可用于本文描述的方法中：性别、遗传风险因素、家族史、个人史、人种和种族、某些组织的特征、各种良性病况(例如非增生性病变)、既往的胸部辐射、致癌物暴露等。

此外，在一些实施方案中，以下临床因素中的任何一种可用于本文描述的方法中：细胞表面标志物CD33、细胞表面标志物CD34、FLT3突变状态、p53突变状态、MEK-1激酶的磷酸化状态，以及Bcl-2的第70位的丝氨酸的磷酸化中的一种或多种。

在一些实施方案中，临床因素是细胞因子的表达水平，包括但不限于白介素-6。在一些实施方案中，白介素-6水平与MM患者的应答可能性(包括患者预后较差或患者预后良好)相关。

在某些实施方案中，应答可能性是通过评估启动百分比来确定的。在某些实施方案中，启动由以下等式定义：

其中AUC包含曲线下面积或信号强度；DMSO包含基线阴性对照；并且CCCP(羰基氰基间氯苯基腙)包含作为在线粒体的电子传递链中的电子载体正常活动期间建立的质子梯度的解偶联剂的蛋白质合成效应物，包括基线阳性对照。在一些实施方案中，曲线下面积由均匀的时间分辨荧光(HTRF)建立。在一些实施方案中，时间发生在约0分钟至约300分钟至约0分钟至约30分钟的窗口中。在一些实施方案中，通过荧光激活细胞分选(FACS)建立曲线下面积。在一些实施方案中，信号强度是发生在约5分钟至约300分钟的单时间点测量。

在另一实施方案中，所述方法包括测量BH3分析测定和以下的一种或多种：细胞表面标志物CD33、细胞表面标志物CD34、FLT3突变状态、p53突变状态、MEK-1激酶的磷酸化状态，以及Bcl-2的第70位的丝氨酸的磷酸化；并与用阿糖胞苷或基于阿糖胞苷的化疗和/或氮胞苷治疗AML患者的疗效相关联。

在另一实施方案中，所述方法包括测量BH3分析测定和以下的一种或多种：细胞表面标志物CD33、细胞表面标志物CD34、FLT3突变状态、p53突变状态、MEK-1激酶的磷酸化状态，以及Bcl-2的第70位的丝氨酸的磷酸化；并与用化疗治疗MM患者的疗效相关联。

在进一步的另一实施方案中，癌症是AML和/或MM，且临床因素是年龄概况和/或细胞遗传学状态；或癌症是AML和/或MM，且癌症治疗是阿糖胞苷或基于阿糖胞苷的化疗或/或氮胞苷，或癌症治疗是阿糖胞苷或基于阿糖胞苷的化疗和/或氮胞苷且临床因素是年龄概况和/或细胞遗传学状态，或癌症治疗是阿糖胞苷或基于阿糖胞苷的化疗和/或氮胞苷；癌症是AML和/或MM；临床因素是年龄概况和/或细胞遗传学状态。

本发明还提供可简化肿瘤或癌细胞样本评估的试剂盒。本发明的典型试剂盒包含各种试剂，包括例如一种或多种检测BH3肽的试剂。试剂盒还可以包含一种或多种用于检测的试剂，包括可用于各种检测方法的试剂，例如抗体。试剂盒还可以包含用于评估所需的材料，包括焊接的板、注射器等。试剂盒还可以包含指导使用所述试剂的标签或印刷说明书。试剂盒还可以包含待测试的治疗。

当术语“约”与提及的数字标示结合使用时，意指所提及的数字标示加或减达该所提及数字标示的10％。例如，语言“约50”涵盖的范围为45-55。

如本文所用，词语“包括”及其变体意为非限制性的，使得列表中记载的项目不排除也可能用于该技术的材料、组合物、设备和方法中的其他类似项目。类似地，术语“能够”和“可以”及其变体意为非限制性的，使得记载的实施方案能够或可以包括某些元素或特征，但不排除不包含那些元素或特征的本技术中的其他实施方案。虽然本文中使用开放式术语“包含”作为诸如包括、含有或具有这些术语的同义词来描述和保护本发明，但是可选地，本技术或其实施方案可以使用更限制性的术语如“由所列的成分组成”或“基本上由所列的成分组成”来描述。

除非另有定义，本文所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员通常理解的相同含义。尽管与本文所述相似或等同的任何方法和材料可以用于本发明的实践或测试中，但是本文描述了优选的方法和材料。出于所有目的，所引用的所有出版物、专利和专利出版物通过引用整体并入本文。

通过以下非限制性实施例进一步说明本发明的实施方案。

实施例

实施例1

采用基于AML患者的群组的研究

约翰霍普金斯大学医院和诊所在其组织储存库中有来自两个先前进行的临床试验的活的冷冻AML患者样本。获得并分析了来自约翰霍普金斯大学的方案NCT00795002(J0856)、NCT00407966(J0669)或NCT01349972(J1101)登记的新诊断的AML或MDS患者的63例外周血和骨髓样品。患者用FLAM：阿伏西地(夫拉平度)、Ara-C和米托蒽醌(n＝54)，或7+3(Ara C和柔红霉素，n＝9)进行治疗。完全应答，其特征为：所有细胞系小于5％的成髓细胞正常成熟，ANC 1000个/μL，以及血小板计数100,000个/μL，外周血中不存在母细胞，骨髓中不存在白血病细胞，清除与疾病相关的细胞遗传学，以及清除以前的髓外病。BH3分析完成后由约翰霍普金斯大学提供总体患者特征，并总结于表1中，包括患者年龄、细胞遗传学风险、FLT-3突变、NPM1突变、MDS/骨髓病史、先前化疗史、BM母细胞％、诊断时的WBC计数，以及对治疗的应答。单个患者特征列于表2。

表1：患者概述

	阳性数量/总数量
		患者数	63
中位数年龄	58
		中位数BM母细胞％	38
诊断时的中位数WBC计数	6020
		不良细胞遗传学	26/63
中等细胞遗传学	34/63
		有利细胞遗传学	3/63
FLT3突变	11/62
		NPM1突变	10/37
MDS/骨髓病史	25/63
		先前化疗史	7/63
FLAM治疗	54/63
		完全缓解	29/63

线粒体分析

简言之，将冷冻的提取的白细胞样品迅速解冻，并通过台盼蓝排除法确定细胞活力。在FACS缓冲液(1xPBS，2％FBS)中洗涤细胞，并用荧光标记的CD45、CD3和CD20单克隆抗体进行免疫表型分析。然后将细胞重新悬浮在用于扰动步骤的Newmeyer缓冲液(10mM海藻糖，10mM HEPES，80mM KCl，20μM EGTA，20μM EDTA，5mM琥珀酸盐，pH 7.4)中。将BH3肽稀释于Newmeyer缓冲液中，以制备以下最终浓度的工作溶液：BIM(100μM)，BIM(0.1μM)，NOXA(100μM)，Puma(10μM)，HRK(100μM)，BAD 100μM)和BID(1.0μM)。DMSO和CCCP用作阴性和阳性肽对照。将洋地黄皂苷和寡霉素加入各个FACS管中，随后加入BH3肽。然后将细胞加入到FACS管中，并在室温下孵育2小时15分钟，以便发生细胞透化、递送肽或化合物，以及线粒体去极化。孵育后，在Newmeyer缓冲液中制备JC-1染料，并将其直接加到处理过的细胞中。未用肽或化合物处理的另外的细胞管，用碘化丙啶(PI)染色，以确保细胞被洋地黄皂苷有效地透化。与JC-1孵育45分钟后，在3激光BD FACSCanto II上分析细胞。基于4个参数对AML母细胞设门：1)透化(通过PI染色测定)，2)基于SSC的单重辨别，3)CD45dim和CD3/CD20阴性，4)SSC低。随后将门控的母细胞群的中位数JC-1红色荧光，用于计算与DMSO(阴性)和CCCP(阳性)对照相比的去极化％。由约翰霍普金斯大学提供细胞遗传学风险状态测定的细胞遗传学分析。从癌症和白血病B组(CALGB)指南中确定个体患者细胞遗传学风险分类(有利、中等和不良)：有利＝inv16，t(8:21)，T(15；17)；中等＝二倍体；不利＝-5，-7，+8，t(6；9)，11q，PH1+，3种不相关的细胞遗传学异常等。

统计分析：对于每种肽，使用以下公式计算启动百分比，该公式基于DMSO阴性对照作为完全未启动，以及CCCP作为100％启动参考来确定启动：

对于分析，所有未分类为CR的患者均作为无应答者[最小残留疾病(MRD)，部分缓解(PR)和TF(治疗失败)]治疗。使用GraphPad Prism的5.04版和MedCalc的14.8.1版计算BH3肽(和其他肿瘤特征，如细胞遗传学等)和应答之间的学生t检验、曼-惠特尼秩和非参数检验、多变量逻辑回归和ROC曲线分析。

在FLAM方案登记的AML患者样品的线粒体分析。共收到并处理了63例患者样品，并且将这些样品总结在表1和表2中。从43份样品中获得全部概况，另外9份(9)用该概况的子集进行处理(由于细胞数量不足以进行整个测定)。由于信噪比较差(细胞在测定前已经凋亡)或细胞数量不足，剩余的11份样品质量不足以确定任何BH3分析。所有后续分析仅在那些针对任何BH3分析进行成功处理的样品(总共52份)上进行。

将从患者获得的临床变量与应答进行比较，以确定这些因素中哪些(如果有的话)影响患者是否会对治疗作出应答(表3)。唯有发现与CR具有显著相关性的变量才是细胞遗传学风险因素，其中那些具有不良分类的变量不太可能对治疗作出应答。WBC、MDS史和遵循的哪个方案都接近显著，较高的WBC值以及MDS史与对治疗的应答相关。方案J0856具有较高的CR率(25例患者中的13例CR)，高于方案J1101(25例中为8例)，而方案J0669只有成功实现了BH3分析的两例患者代表。在该数据集中，年龄、BM母细胞百分比和NPM/FLT-3突变状态与应答并不显著相关。

表3：临床特征与应答的相关性

所有BH3个体患者数据总结在表4和表5中，其详细说明了每种BH3肽在母细胞中诱导线粒体去极化的能力。观察所有应答，BIM 100μM肽导致最高的中位数去极化(99.2％)，而NOXA具有最低的总启动(16.0％)。然后在表6中将对治疗应答(CR)的患者与没有应答(NR)的患者的单个肽BH3概况进行比较。没有单个肽与应答显著相关；然而，BAD肽以p-值为0.09接近显著，但AUC值仅为0.65。这表明使用整个患者组，没有单个BH3肽足以鉴别对含有阿伏西地的方案如FLAM治疗作出应答的患者。

表5：单个BH3肽概况与CR的相关性

表6：BH3肽概况与其他临床变量的多变量分析

接下来，在有其他BH3肽概况和临床变量的多变量分析中测试了BH3肽(表7)。该分析显示BIM 100μM加BAD加PUMA与应答之间存在强烈的显著相关性，p值为0.009，ROC AUC为0.732(图1)。当这3种肽与细胞遗传学风险类别相结合时，p值为0.0001，AUC为0.84。将MDS史进一步添加到分析中产生了进一步的显著性，p值为0.0001，AUC为0.85。单独的细胞遗传学风险类别，仅产生0.60的AUC值(细胞遗传学风险加MDS史，给出的AUC为0.72)。这表明向该分析中加入BH3肽启动大大提高了鉴别那些对阿伏西地(例如FLAM)作出应答的患者的能力。在使用BH3肽数据以及细胞遗传学风险类别和MDS史的理想截止值(Youden指数)下，该测定在鉴定本研究中对治疗应答的患者时的灵敏度为89.5％，特异性为76％。这表明使用来自这3种肽的BH3肽启动数据以及临床信息在对于用阿伏西地治疗的预测价值中是有价值的。

表7：骨髓样品中各BH3肽概况与CR的相关性

在本研究过程中，我们还研究了可能在BH3启动中发挥作用的其他因素。由于白血病细胞的来源(即外周血或骨髓)可能潜在地分离不同的细胞群，所以我们仅在从患者骨髓获得的那些样品中进行分析。表8显示了各BH3肽与仅在骨髓样品中的应答的相关性。在这个样品子集中，与不应答治疗的患者相比，在应答治疗的患者中的NOXA启动显著(p＝0.006)更高(分别为44.5％和5.2％)，并且AUC值为0.805(图2和图3)。其他单个肽都没有显示与单独骨髓样品中的应答的显著相关性。截止值高于10.78％的NOXA启动时，测试灵敏度为92％，特异性为67％。15％或更高的NOXA启动显示与对阿伏西地治疗(例如FLAM)的高应答可能性相关，而约30％或更高的NOXA启动可预示近乎100％对含有阿伏西地的方案的应答。向该算法中添加细胞遗传学风险因素和MDS史表明，NOXA启动增强了这些变量对治疗应答的预测，并且在理想截止值时产生的AUC值为0.92，灵敏度为92％，特异性为80％(表8和图3)。

表8：仅在从骨髓获得的那些样品中进行BH3肽的统计分析

该研究的结果表明，BH3分析可证明有助于鉴定可能对阿伏西地治疗如FLAM治疗有应答的患者。观察整个数据集，尽管单个BH3肽与应答不相关，但是几种肽(BIM、BAD和PUMA)的组合显示出与阿伏西地应答的强相关性。在该研究中，这几种肽在骨髓和外周血样品中都显示出与应答的相关性。令人鼓舞的是，这些数据与已知的患者风险因素是相加的，以确定将细胞遗传学状态以及患者的MDS史并入到预测患者应答的单个度量中的算法。

这项研究的另一个有趣的发现是，尽管在整个数据集中没有发现NOXA信号转导与FLAM应答显著相关，但单独的骨髓样品的检查显示与应答的非常强的相关性。由于AML肿瘤细胞的壁龛(niche)将是骨髓，因此与骨髓相比，外周血中BH3概况存在不同是不足为奇的，因为与骨髓相比，在外周血中母细胞表型标志物可能不同(1,2)。此外，以前已经显示骨髓基质通过直接细胞接触和通过存在于骨髓中的可溶性因子来赋予AML细胞对各种治疗的抗性(3)。由于骨髓抽吸将会潜在地收集到AML母细胞、可溶性因子和潜在地收集到实际的基质细胞，所以骨髓中的BH3启动测定可能代表其正常环境背景下白血病细胞的更直接的测试。以前在用FLT3激酶抑制剂单一疗法的AML中观察到功能差异，其中通过该治疗将循环的母细胞从外周血清除，而骨髓母细胞受到最小的影响(4)。NOXA读数可能检测到类似的功能差异，其中用NOXA启动导致Mcl-1置换，并导致凋亡以鉴定可能对FLAM作出应答的那些癌症。

本研究中确定的两种算法，即NOXA和[BAD+BIM 100+PUMA]启动，都可以鉴定出Mcl-1启动的癌细胞。据说，对NOXA产生高的凋亡应答的细胞是Mcl-1启动的，而对于肽Bad的高应答表明Bcl-xL或Bcl-2提供凋亡阻断。由于PUMA可以反映pan-Bcl-2家族启动，并且[BAD+BIM 100+PUMA]背后的算法实际上是PUMA-BAD-BIM100，所以实际上，这些读数都可以有效地测量Mcl-1的启动状态，以及最终那些对阿伏西地治疗如FLAM方案应答的患者可能是Mcl-1依赖性的。因此，MCL-1在患者癌细胞中的过度表达被认为与对阿伏西地的高应答可能性相关。

实施例2

在FLAM治疗方案相对于传统7+3治疗策略之间进行辨别的算法

AIM患者骨髓或外周血中的BIM 0.1启动与对7+3方案(阿糖胞苷加蒽环类药物)的应答相关；参见Pierceall,et al.“BH3Profiling Discriminates Response toCytarabine-based Treatment of Acute Myelogenous Leukemia”Molecular CancerTherapeutics。如上所述，NOXA骨髓启动与对FLAM(阿伏西地、ara-C、米托蒽醌)方案的应答相关。我们研究了什么算法可分辨应使用FLAM还是7+3来治疗初始AML患者。

BIM 0.1可预测在BM样品子集中对7+3的应答，AUC值为0.80，灵敏度和特异性分别为64.3％和100％，低于左侧。然而，在这些相同的样品中，NOXA基本上没有预测能力，AUC值为0.54，灵敏度和特异性分别为42.9％和100％。参见图5(相比用FLAM治疗时，0.81的AUC和92％/67％的灵敏度/特异性)。这表明在从预治疗的AML患者取得的骨髓细胞中检测时，NOXA启动与应答FLAM而不是7+3相关，而从治疗前测试的AML患者外周血的读出BIM 0.1与应答7+3而不是FLAM相关。

与BIM 0.1启动相比，NOXA启动的进一步检测显示，存在有启动值的患者亚类，这些启动值将表明他们不太可能应答一种药剂却可能应答另一试剂。图6示出了来自原始7+3研究的骨髓样品(n＝23)的NOXA启动相对于BIM 0.1启动。图6中的数据提供了通过将骨髓样品中的NOXA启动与患者外周血(PB)样品中的BIM 0.1启动相比较，在预治疗的AML患者中的癌症治疗策略之间进行选择的方法。如果BM NOXA>10.8％，且BM/PB BIM 0.1<35％，则患者是FLAM的候选者。如果BMNOXA<10.8％，且BM/PB BIM 0.1>15％，则患者是7+3疗法的候选者。如果BM NOXA<10.8％，且BM/PB BIM 0.1>35％，则患者也是7+3疗法的候选者。最后，如果BM NOXA<10.8％，且BM/PB BIM 0.1<15％，则患者既不是FLAM也不是7+3疗法的候选者。

实施例3

阿伏西地以时间和剂量依赖性方式降低MV-411细胞中的MCL-1mRNA表达

AML细胞系MV-4-11表达MCL-1。MCL-1是MV-4-11细胞中的关键抗凋亡蛋白。阿伏西地是CDK9抑制剂，其降低MCL-1mRNA的表达，这已经在文献中有详细记载。阿伏西地以剂量依赖性方式下调MV-4-11细胞中的MCL-1mRNA(图7A)。当以0-8μM浓度的阿伏西地向细胞给药时，通过监测与对照相比，MCL-1mRNA的相对表达来观察剂量依赖性。在体外用阿伏西地处理MV-4-11细胞2小时。处理后，使用标准实时PCR(RT-PCR)测定来收集并制备细胞用于检测MCL-1mRNA，以探测相对于对照的变化。

此外，阿伏西地还以时间依赖性方式下调MV-4-11中的MCL-1mRNA(图7B)。通过监测与对照相比，MCL-1mRNA随时间的相对表达来观察时间依赖性。在给予100nM的阿伏西地后，在0.5-16小时时间点测量MCL-1mRNA的相对表达。

在体外用100nM的阿伏西地处理MV-4-11细胞如图7B所示的时间。处理后，使用标准RT-PCR测定来收集并制备细胞以用于检测MCL-1mRNA的表达。阿伏西地最早在治疗后30分钟降低MCL-1mRNA表达。MCL-1mRNA的相对表达显示，阿伏西地降低MV-4-11细胞中MCL-1mRNA的表达。

实施例4

阿伏西地以剂量依赖性方式降低A549细胞中的MCL-1mRNA表达，以及以时间依赖性方式降低致癌蛋白表达

A549细胞系是表达MCL-1的人腺癌细胞系。阿伏西地以剂量依赖性方式下调A549细胞中的MCL-1mRNA(图8)。当以0-8μM浓度的阿伏西地向细胞给药时，通过监测与对照相比，MCL-1mRNA的相对表达来观察剂量依赖性。在体外用阿伏西地处理A549细胞2小时。处理后，使用标准RT-PCR测定来收集并制备细胞用于检测MCL-1mRNA，以探测相对于对照的变化。

此外，阿伏西地也以时间依赖性方式下调A549中的MCL-1(图9A-B)。通过监测与β-肌动蛋白相比，MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2随时间的相对表达来观察时间依赖性。在给予350nM的阿伏西地后，在0-96小时的时间点测量MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的相对表达。在一组中，处理24小时后，去除培养基并用含有350nM阿伏西地的新鲜培养基替换(即洗涤步骤；参见图9A)。

在体外用350nM的阿伏西地处理A549细胞如图9A-B所示的时间。经处理(以及如果适用的洗涤步骤)后，使用标准的免疫印迹技术收集并制备细胞以用于检测MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的表达。与β-肌动蛋白相比，MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的相对表达显示，阿伏西地降低A549细胞中致癌蛋白的表达。

实施例5

阿伏西地以时间和剂量依赖性方式降低MV-4-11细胞中的致癌蛋白表达

阿伏西地以剂量依赖性方式下调MV-4-11细胞中的MCL-1(图10A)。当以0-8μM浓度的阿伏西地向细胞给药时，通过监测与β-肌动蛋白相比，MCL-1的相对表达来观察剂量依赖性。在体外用阿伏西地处理MV4-11细胞2小时。处理后，使用标准的免疫印迹技术收集并制备细胞用于检测MCL-1，以探测相对于β-肌动蛋白的变化。

此外，阿伏西地也以时间依赖性方式下调MV-4-11中的MCL-1(图10B)。通过监测与β-肌动蛋白相比，MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2随时间的相对表达来观察时间依赖性。在给予80nM的阿伏西地后，在1-96小时时间点测量MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的相对表达。

在体外用80nM的阿伏西地处理MV4-11细胞如图10B所示的时间。处理后，使用标准的免疫印迹技术收集并制备细胞，以用于检测MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的表达。与β-肌动蛋白相比，MCL-1，Bcl-xL和Bcl-2的相对表达显示，阿伏西地降低MV-4-11细胞中致癌蛋白的表达。

实施例6

阿伏西地以时间依赖性方式降低SK-N-AS细胞中的N-Myc表达

SK-N-AS细胞系是表达N-Myc(其为关键的致癌蛋白)的人神经母细胞瘤细胞系。阿伏西地以时间依赖性方式下调SK-N-AS细胞中的N-Myc(图11)。通过监测与β-肌动蛋白相比，N-Myc随时间的相对表达来观察时间依赖性。在给予300nM的阿伏西地后，在1-24小时时间点测量N-Myc的相对表达。

在体外用300nM的阿伏西地处理SK-N-AS细胞如图11中所示的时间。处理后，使用标准的免疫印迹技术收集并制备细胞，以用于检测N-Myc的表达。N-Myc的相对表达显示，阿伏西地降低了SK-N-AS细胞中N-Myc的表达。

实施例7

采用重复给药方案，阿伏西地以时间依赖性方式降低A549细胞中的MCL-1表达

阿伏西地以时间依赖性方式下调A549细胞中的MCL-1(图12)。通过监测与β-肌动蛋白相比，MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2随时间的相对表达来观察时间依赖性。在给予350nM的阿伏西地后，在0-96小时的时间点测量MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的相对表达。

在体外用350nM的阿伏西地处理细胞3次(3个24小时，被2个24小时的间隔隔断)。处理后，使用标准的免疫印迹技术收集并制备细胞，以用于检测MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的表达。与β-肌动蛋白相比，MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的相对表达显示，阿伏西地降低A549细胞中致癌蛋白的表达。

实施例8

阿伏西地以时间依赖性方式降低Panc-1细胞中的致癌蛋白表达

Panc-1细胞系是表达MCL-1的人胰腺癌细胞系。阿伏西地以时间依赖性方式下调Panc-1细胞中的MCL-1。通过监测与β-肌动蛋白相比，MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2随时间的相对表达来观察时间依赖性。在给予730nM的阿伏西地后，在0-96小时的时间点测量MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的相对表达。在一组中，处理24小时后，去除培养基，并用含有730nM阿伏西地的新鲜培养基替换(即洗涤步骤；参见图13A)。

在体外用730nM的阿伏西地处理Panc-1细胞如图13A-B所示的时间。经处理(以及如果适用的洗涤步骤)后，使用标准的免疫印迹技术收集并制备细胞，以用于检测MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的表达。与β-肌动蛋白相比，MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的相对表达显示，阿伏西地降低Panc-1细胞中致癌蛋白的表达。

实施例9

采用重复给药方案，阿伏西地以时间依赖性方式降低Panc-1细胞中的致癌蛋白表达

当采用重复给药方案时，阿伏西地以时间依赖性方式下调Panc-1细胞中的MCL-1(图14)。通过监测与β-肌动蛋白相比，MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2随时间的相对表达来观察时间依赖性。在给予730nM的阿伏西地后，在0-96小时的时间点测量MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的相对表达。

在体外用730nM阿伏西地将细胞处理3次(3个24小时，被2个24小时的间隔隔断)。处理后，使用标准的免疫印迹技术收集并制备细胞，以用于检测MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的表达。与β-肌动蛋白相比，MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的相对表达显示，阿伏西地降低Panc-1细胞中致癌蛋白的表达。

实施例10

阿伏西地以时间依赖性方式降低Yugen8细胞中的致癌蛋白表达

Yugen8细胞系是表达MCL-1的皮肤癌细胞系。阿伏西地以时间依赖性方式下调Yugen8细胞中的MCL-1。通过监测与β-肌动蛋白相比，MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2随时间的相对表达来观察时间依赖性。在给予280nM的阿伏西地后，在0-96小时的时间点测量MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的相对表达。在一组中，在处理24小时后，去除培养基，并用含有280nM阿伏西地的新鲜培养基替换(即洗涤步骤；参见图15A)。

在体外用280nm的阿伏西地处理Yugen8细胞如图15A-B所示的时间。经处理(以及如果适用的洗涤步骤)后，使用标准的免疫印迹技术收集并制备细胞，以用于检测MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的表达。与β-肌动蛋白相比，MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的相对表达显示，阿伏西地降低了Yugen8细胞中致癌蛋白的表达。

实施例11

采用重复给药方案，阿伏西地以时间依赖性方式降低Yugen8细胞中的致癌蛋白表达

当采用重复给药方案时，阿伏西地以时间依赖性方式下调了Yugen8中的MCL-1(图16)。通过监测与β-肌动蛋白相比，MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2随时间的相对表达来观察时间依赖性。在给予280nM的阿伏西地后，在0-96小时的时间点测量MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的相对表达。

在体外用280nM阿伏西地将细胞处理3次(3个24小时，被2个24小时的间隔隔断)。处理后，使用标准的免疫印迹技术收集并制备细胞，以用于检测MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的表达。与β-肌动蛋白相比，MCL-1、Bcl-xL和Bcl-2的相对表达显示，阿伏西地降低了Yugen8细胞中致癌蛋白的表达。

实施例12

阿伏西地与ACM(或FLAM)组合抑制MCL-1表达

所在体外所模拟的，阿伏西地随ACM(或FLAM)方案的进程抑制超增强复合物调节的基因，包括MCL-1的表达(图17A)。

在体外用80nM的阿伏西地、1μM的帕博昔布(palbociclib)或50nM的地纳昔布(dinaciclib)处理MV-4-11细胞。如图17A所示，在各自的24小时EC 50时给予各处理。处理后，使用标准的免疫印迹技术收集并制备细胞，以检测MCL-1。相对于β-肌动蛋白，MCL-1的相对表达显示不同的处理如何降低MV-4-11细胞中MCL-1的表达(图17B)。

使用不超过常规的实验，本领域技术人员将认识到或能够确定本文具体描述的特定实施方案的许多等同物。这些等同物意图涵盖在某些实施方案的范围内。

参考文献

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3.Zeng,Z.,et al."Targeting the Leukemia Microenvironment byCXCR4Inhibition Overcomes Resistance to Kinase Inhibitors and Chemotherapy inAML."Blood 113.24(2009):6215-6224.

4.Yang,X."Bone Marrow Stroma-mediated Resistance to FLT3 Inhibitorsin FLT3-ITD AML Is Mediated by Persistent Activation of ExtracellularRegulated Kinase."Br J Haematol 164.1(2014):61-72.

在本说明书或所附的申请数据表中所提及的所有美国专利、美国专利申请出版物、美国专利申请、外国专利、外国专利申请和非专利出版物的全部内容，通过引用以不与本说明书不符的程度并入本文。

从上述可以理解，虽然为了说明的目的在本文中描述了本发明的特定实施方案，但是在不脱离本发明的精神和范围的情况下，可以进行各种修改。因此，除了所附权利要求之外，本发明不受限制。

Claims (31)

1.治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：

a)请求从患者骨髓获得的癌细胞样本的BH3分析数据；和

b)如果所述癌细胞样本中的NOXA启动为至少15％，向患者施用包含阿伏西地的治疗方案。

2.如权利要求1所述的方法，其中仅在所述癌细胞样本中的NOXA启动为至少20％时，向患者施用所述治疗方案。

3.如权利要求1所述的方法，其中仅在所述癌细胞样本中的NOXA启动为至少25％时，向患者施用所述治疗方案。

4.如权利要求1所述的方法，其中仅在所述癌细胞样本中的NOXA启动为至少30％时，向患者施用所述治疗方案。

5.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其还包括请求从所述癌细胞样本获得的MCL-1表达数据，以及仅在所述癌细胞样本中的MCL-1表达为正常细胞中的MCL-1表达的至少1.1倍时，向患者施用所述治疗方案。

6.如权利要求1-5中任一项所述的方法，其中仅在患者的细胞遗传学具处于高风险时，向患者施用所述治疗方案。

7.如权利要求1-6中任一项所述的方法，其中仅在患者具有骨髓增生异常综合征(MDS)的既往史时，向患者施用所述治疗方案。

8.如权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述BH3分析数据是从包括以下步骤的方法获得：透化癌细胞样本，确定在透化的细胞与一种或多种BH3结构域肽接触时的线粒体膜电位的变化；以及将线粒体膜电位的损耗与所述细胞对凋亡诱导化疗剂的化学敏感性相关联。

9.如权利要求8的方法，其中所述BH3结构域肽是BIM、BIM2A、BAD、BID、HRK、PUMA、NOXA、BMF、BIK或PUMA2A、或以上的组合。

10.如权利要求8或9中任一项所述的方法，其中所述BH3结构域肽以范围为0.1μM至200μM的浓度使用。

11.治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：

a)请求从患者骨髓获得的癌细胞样本的MCL-1表达数据；和

b)如果所述癌细胞样本中的MCL-1表达为正常细胞中的MCL-1表达的至少1.1倍，向患者施用包含阿伏西地的治疗方案。

12.如权利要求11所述的方法，其中仅在所述癌细胞样本中的MCL-1表达为正常细胞中的MCL-1表达的至少1.5倍时，向患者施用所述治疗方案。

13.如权利要求11所述的方法，其中仅在所述癌细胞样本中的MCL-1表达为正常细胞中的MCL-1表达的至少2倍时，向患者施用所述治疗方案。

14.如权利要求11所述的方法，其中仅在所述癌细胞样本中的MCL-1表达为正常细胞中的MCL-1表达的至少5倍时，向患者施用所述治疗方案。

15.如权利要求11-14中任一项所述的方法，其还包括请求所述癌细胞样本的BH3分析数据，并仅在肿瘤或癌细胞样本中的NOXA启动为至少15％时，施用所述治疗方案。

16.如权利要求11-15中任一项所述的方法，其中仅在患者的细胞遗传学处于高风险时，向患者施用所述治疗方案。

17.如权利要求11-16中任一项所述的方法，其中仅在患者具有骨髓增生异常综合征(MDS)的既往史时，向患者施用所述治疗方案。

18.如权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述癌症是血液癌。

19.如权利要求18所述的方法，其中所述血液癌选自：急性骨髓性白血病(AML)、多发性骨髓瘤、滤泡性淋巴瘤、急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、慢性淋巴细胞白血病和非霍奇金淋巴瘤。

20.如权利要求19的方法，其中所述血液癌为急性骨髓性白血病(AML)。

21.如权利要求18所述的方法，其中所述血液癌为骨髓增生异常综合征(MDS)。

22.如权利要求18所述的方法，其中所述血液癌为慢性淋巴细胞白血病(CLL)。

23.如权利要求1-22中任一项所述的方法，其中所述治疗方案包括阿伏西地、阿糖胞苷和米托蒽醌(FLAM)。

24.如权利要求1-23中任一项所述的方法，其中所述癌细胞样本来源于非实体瘤的活组织检查。

25.如权利要求24所述的方法，其中所述癌细胞样本来源于患有多发性骨髓瘤、急性骨髓性白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性淋巴球性白血病、套细胞淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤或非霍奇金淋巴瘤的患者的活组织检查。

26.如权利要求25所述的方法，其中所述癌细胞样本是通过用固体基质或珠结合的抗CD138抗体从活组织检查样品中进行选择而富集的多发性骨髓瘤细胞。

27.如权利要求26所述的方法，其中所述癌细胞样本是通过与针对CD45的抗体结合而富集的急性骨髓性白血病细胞。

28.如权利要求26所述的方法，其中所述癌细胞样本是通过非B细胞消耗而富集的慢性淋巴球性白血病或弥漫性大B细胞淋巴瘤。

29.确定患者对包含阿伏西地的治疗方案的应答可能性的方法，所述方法包括：

使来自患者骨髓的透化的癌细胞样本与一种或多种BH3结构域肽接触；

确定所述样本中的NOXA启动；和

如果所述样本中的NOXA启动为至少15％，将患者归类为所述治疗方案的可能应答者。

30.确定患者对包含阿伏西地的治疗方案的应答可能性的方法，所述方法包括：

确定来自患者骨髓的癌细胞样本中的MCL-1表达；和

如果所述样本中的MCL-1表达为正常细胞中的MCL-1表达的至少1.1倍，将患者归类为所述治疗方案的可能应答者。

31.如权利要求29或30所述的方法，其还包括将所述治疗方案施用于被归类为可能应答者的患者。