CN106498035A - 一种用于高通量测序检测化疗药物基因snp变异文库的构建方法及其应用 - Google Patents

一种用于高通量测序检测化疗药物基因snp变异文库的构建方法及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN106498035A
CN106498035A CN201610871090.0A CN201610871090A CN106498035A CN 106498035 A CN106498035 A CN 106498035A CN 201610871090 A CN201610871090 A CN 201610871090A CN 106498035 A CN106498035 A CN 106498035A
Authority
CN
China
Prior art keywords
ion
dpy
probe
cda
construction method
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201610871090.0A
Other languages
English (en)
Inventor
陈琰
郭飞飞
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Xiamen Spacegen Biotechnology Co Ltd
Original Assignee
Xiamen Spacegen Biotechnology Co Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Xiamen Spacegen Biotechnology Co Ltd filed Critical Xiamen Spacegen Biotechnology Co Ltd
Priority to CN201610871090.0A priority Critical patent/CN106498035A/zh
Publication of CN106498035A publication Critical patent/CN106498035A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B50/00—Methods of creating libraries, e.g. combinatorial synthesis
    • C40B50/06—Biochemical methods, e.g. using enzymes or whole viable microorganisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/136—Screening for pharmacological compounds
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种用于高通量测序检测化疗药物基因SNP变异文库的构建方法，其特征在于：覆盖人类基因DPYD、UGT1A1、MTHFR、ERCC1、UMPS、CDA、DYNC2H1、DHFR、GGH、GSTP1、CYP2B6、SLC22A16、TP53、XRCC1、C8orf34、ABCC4、MTR、CBR3、CYP2D6、ABCB1、ABCC2、SOD2、XPC、SLC19A1、FOLR3和FCGR3A上的总共33遗传性SNP位点。本发明的构建方法针对多个靶序列进行单管，快速完成文库的构建，整个文库构建过程仅需要2～3小时，手动时间仅仅需要15～30分钟即可，结合高通量测序平台可以十分有效的解决目前对于临床上多种肿瘤疾病中临床样本基础上需要对多基因、多靶点检测这一难点，且成本低廉。

Description

一种用于高通量测序检测化疗药物基因SNP变异文库的构建 方法及其应用
技术领域
本发明具体涉及一种用于高通量测序检测化疗药物基因SNP变异文库的构建方法及其应用。
背景技术
药物体内代谢、转运及药物作用靶点基因的遗传变异及其表达水平的变化可通过影响药物的体内浓度和敏感性，导致药物反应性个体差异。近年来随着人类基因组学的发展，化疗药物学领域得到了迅猛发展，越来越多的化疗药物生物标记物及其检测方法相继涌现。化疗药物学已成为指导临床个体化用药、评估严重药物不良反应发生风险、指导新药研发和评价新药的重要工具，部分上市的新药仅限于特定基因型的适应症患者。美国FDA已批准在140余种药物的药品标签中增加化疗药物信息，涉及的化疗药物生物标记物42个。此外，部分行业指南也将部分非FDA批准的生物标记物及其特性(如MGMT基因甲基化)的检测列入疾病的治疗指南。药物反应相关基因及其表达产物的分子检测是实施个体化药物治疗的前提。
药理学与遗传学结合的关键环节包括药物代谢动力学(pharmacokinetics，PK)和药物效应动力学(pharmacodynamics，PD)两方面。药物代谢动力学主要是定量研究药物在生物体内吸收、分布、代谢和排泄规律，侧重于阐明药物的体内过程；药物效应动力学主要研究药物对机体的作用、作用规律及作用机制，其内容包括药物与作用靶位之间相互作用所引起的生化、生理学和形态学变化，侧重于解释药物如何与作用靶点发生作用。对药物代谢酶和药物靶点基因进行检测可指导临床针对特定的患者选择合适的药物和给药剂量，实现个体化用药，从而提高药物治疗的有效性和安全性，防止严重药物不良反应的发生。
根据化疗药物生物标志物检测指导个体化用药主要包括两种类型：一是根据个体的遗传信息调整用药剂量，以增加药物疗效，减少药物不良反应的发生；二是根据个体的遗传信息确定用药的种类，避免应用针对特定基因型个体无效或可能产生严重药物不良反应的药物。药物剂量的调整往往需根据随机对照临床研究的结果；对目前缺乏随机对照临床研究的遗传变异，可依据基因型对药物药代动力学曲线下面积影响的大小估算用药剂量；当一个药物的反应性受多个基因或基因与环境因素间相互作用影响时，可根据国内国际大规模临床试验推导出的、纳入了个体基因型及其他因素的用药剂量计算公式确定用药剂量。常见药物代谢酶和药物作用靶点基因遗传变异检测结果对临床用药的指导建议。
发明内容
本发明的目的在于克服现有技术缺陷，提供一种用于高通量测序检测化疗药物基因SNP变异文库的构建方法。
本发明的另一目的在于提供基于上述构建方法的试剂盒。
本发明的具体技术方案如下：
一种用于高通量测序检测的化疗药物基因SNP变异文库的构建方法，具体包括如下步骤：
(1)针对目的基因DPYD、UGT1A1、MTHFR、ERCC1、UMPS、CDA、DYNC2H1、DHFR、GGH、GSTP1、CYP2B6、SLC22A16、TP53、XRCC1、C8orf34、ABCC4、MTR、CBR3、CYP2D6、ABCB1、ABCC2、SOD2、XPC、SLC19A1、FOLR3和FCGR3A上的总共33种遗传性SNP位点设计一基本扩增引物组，该基本扩增引物组的正向引物和反向引物的5’端设有额外的2～5个T，且该2～5个T的靠近3’端的第一个T具有PNA修饰，同时该第一基本扩增引物组的Tm值相差不超过1℃，具体的，所述基本扩增引物组包括GST-1-F、GST-1-R、FCG-1-F、FCG-1-R、DHF-1-F、DHF-1-R、DPY-1-F、DPY-1-R、XRC-1-F、XRC-1-R、XPC-1-F、XPC-1-R、TP53-1-F、TP53-1-R、MTH-1-F、MTH-1-R、MTR-1-F、MTR-1-R、SOD-1-F、SOD-1-R、CY2D6-1-F、CY2D6-1-R、SLC19-1-F、SLC19-1-R、ABB1-1-F、ABB1-1-R、ERC-1-F、ERC-1-R、CY2B6-1-F、CY2B6-1-R、CDA-1-F、CDA-1-R、DPY-2-F、DPY-2-R、CBR-1-F、CBR-1-R、ABC-1-F、ABC-1-R、DPY-3-F、DPY-3-R、DPY-4-F、DPY-4-R、UMP-1-F、UMP-1-R、ERC-2-F、ERC-2-R、CDA-2-F、CDA-2-R、DYN-1-F、DYN-1-R、C8O-1-F、C8O-1-R、SLC22-1-F、SLC22-1-R、ABC4-1-F、ABC4-1-R、MTH-2-F、MTH-2-R、DHF-2-F、DHF-2-R、GGH-1-F、GGH-1-R、FOL-1-F、FOL-1-R、UGT-1-F和UGT-1-R，其序列依次如SEQ ID 01～SEQ ID 66所示；
(2)设计一不对称连接探针组与一不与人类基因组形成互补的通用引物，不对称连接探针组含有多对不同的不对称连接探针，每对不对称连接探针均包括可自身形成环状的一正向探针和一反向探针，该正向探针和反向探针从3’端至5’端均依次包括一能够与不对称连接探针的5’端若干连续碱基配对的互补序列、一与所述通用引物互补配对的扩增序列和一与上述2～5个T相对应的粘性末端识别序列，同时各正向探针和反向探针均具有相应的标签序列，上述每对不对称连接探针的正向探针和反向探针的Tm值相差不超过1℃，具体的，所述不对称连接探针组包括Ion-BC1-FF、Ion-BC1-FR、Ion-BC1-RF、Ion-BC1-RR、Ion-BC2-FF、Ion-BC2-FR、Ion-BC2-RF、Ion-BC2-RR、Ion-BC3-FF、Ion-BC3-FR、Ion-BC3-RF、Ion-BC3-RR、Ion-BC4-FF、Ion-BC4-FR、Ion-BC4-RF、Ion-BC4-RR、Ion-BC5-FF、Ion-BC5-FR、Ion-BC5-RF、Ion-BC5-RR、Ion-BC6-FF、Ion-BC6-FR、Ion-BC6-RF、Ion-BC6-RR、Ion-BC7-FF、Ion-BC7-FR、Ion-BC7-RF、Ion-BC7-RR、Ion-BC8-FF、Ion-BC8-FR、Ion-BC8-RF和Ion-BC8-RR，其序列依次如SEQ ID 67～SEQ ID 98所示，上述BC1～8分别表示八种不同的标签序列；
(3)将模板、上述基本扩增引物组置于一含有RingCap-Taq酶的PCR反应体系中进行扩增，纯化后得扩增产物；将上述扩增产物、不对称连接探针组、通用引物和上述RingCap-Taq酶混合进行PCR，纯化后获得所述用于高通量测序检测的化疗药物基因SNP变异文库；
上述RingCap-Taq酶由Taq酶、DNA连接酶和DNA末端修饰酶组成。
在本发明的一个优选实施方案中，所述基本扩增引物组由GST-1-F、GST-1-R、FCG-1-F、FCG-1-R、DHF-1-F、DHF-1-R、DPY-1-F、DPY-1-R、XRC-1-F、XRC-1-R、XPC-1-F、XPC-1-R、TP53-1-F、TP53-1-R、MTH-1-F、MTH-1-R、MTR-1-F、MTR-1-R、SOD-1-F、SOD-1-R、CY2D6-1-F、CY2D6-1-R、SLC19-1-F、SLC19-1-R、ABB1-1-F、ABB1-1-R、ERC-1-F、ERC-1-R、CY2B6-1-F、CY2B6-1-R、CDA-1-F、CDA-1-R、DPY-2-F、DPY-2-R、CBR-1-F、CBR-1-R、ABC-1-F、ABC-1-R、DPY-3-F、DPY-3-R、DPY-4-F、DPY-4-R、UMP-1-F、UMP-1-R、ERC-2-F、ERC-2-R、CDA-2-F、CDA-2-R、DYN-1-F、DYN-1-R、C8O-1-F、C8O-1-R、SLC22-1-F、SLC22-1-R、ABC4-1-F、ABC4-1-R、MTH-2-F、MTH-2-R、DHF-2-F、DHF-2-R、GGH-1-F、GGH-1-R、FOL-1-F、FOL-1-R、UGT-1-F和UGT-1-R组成。
在本发明的一个优选实施方案中，所述不对称连接探针组由Ion-BC1-FF、Ion-BC1-FR、Ion-BC1-RF、Ion-BC1-RR、Ion-BC2-FF、Ion-BC2-FR、Ion-BC2-RF、Ion-BC2-RR、Ion-BC3-FF、Ion-BC3-FR、Ion-BC3-RF、Ion-BC3-RR、Ion-BC4-FF、Ion-BC4-FR、Ion-BC4-RF、Ion-BC4-RR、Ion-BC5-FF、Ion-BC5-FR、Ion-BC5-RF、Ion-BC5-RR、Ion-BC6-FF、Ion-BC6-FR、Ion-BC6-RF、Ion-BC6-RR、Ion-BC7-FF、Ion-BC7-FR、Ion-BC7-RF、Ion-BC7-RR、Ion-BC8-FF、Ion-BC8-FR、Ion-BC8-RF和Ion-BC8-RR组成。
在本发明的一个优选实施方案中，所述通用引物为C-primer，其序列如SEQ ID 99所示。
在本发明的一个优选实施方案中，所述RingCap-Taq酶由Taq酶、DNA连接酶和DNA末端修饰酶组成，比例0.8～1.2∶0.8～1.2∶0.8～1.2。
进一步优选的，所述RingCap-Taq酶由Taq酶、DNA连接酶和DNA末端修饰酶组成，比例1∶1∶1。。
一种基于上述构建方法的试剂盒，包括：
一DNA富集反应组件，由所述基本扩增引物组组成；
一RingCap-Taq酶，由Taq酶、DNA连接酶和DNA末端修饰酶组成；
一Barcode1～8反应组件，由所述不对称连接探针组和通用引物组成，具体包括连在一起的八个反应孔，每个反应孔分别装有对应的标签序列的不对称连接探针和通用引物；
一阳性质控品；
和一阴性质控品。
本发明的有益效果是：
1、本发明的构建方法针对多个靶序列进行单管，快速完成文库的构建，整个文库构建过程仅需要2～3小时，手动时间仅仅需要15～30分钟即可，结合高通量测序平台可以十分有效的解决目前对于临床上多种肿瘤疾病中在少量的临床样本基础上需要对多基因、多靶点检测这一难点，且成本低廉。
2、本发明的构建方法所制备的文库序列可被目前高通量测序系统识别并进行检测，从而实现文库构建进行核酸序列的检测的应用，该核酸检测可应用于目前多种高通量测序平台、基因芯片平台、杂交检测平台。
附图说明
图1为本发明的实施例构建的核酸文库进行高通量测序总数据图。
图2为本发明的实施例检测化疗药物基因SNP的检测均一性结果图。
图3为本发明的实施例检测化疗药物基因SNP的检测突变结果。
具体实施方式
以下通过具体实施方式结合附图对本发明的技术方案进行进一步的说明和描述。
下述实施例中的HotStar-Taq酶、T4DNA连接酶、DNA末端修饰酶、RingCap buffer、MgCl2和dNTPs均购自中国大连宝生物公司。
实施例1
一种用于高通量测序检测的肿瘤基因变异文库的构建方法，覆盖人类基因DPYD、UGT1A1、MTHFR、ERCC1、UMPS、CDA、DYNC2H1、DHFR、GGH、GSTP1、CYP2B6、SLC22A16、TP53、XRCC1、C8orf34、ABCC4、MTR、CBR3、CYP2D6、ABCB1、ABCC2、SOD2、XPC、SLC19A1、FOLR3和FCGR3A上的总共33种SNP位点，该33种体细胞突变的信息如下表：
具体包括如下步骤：
(1)针对目的基因DPYD、UGT1A1、MTHFR、ERCC1、UMPS、CDA、DYNC2H1、DHFR、GGH、GSTP1、CYP2B6、SLC22A16、TP53、XRCC1、C8orf34、ABCC4、MTR、CBR3、CYP2D6、ABCB1、ABCC2、SOD2、XPC、SLC19A1、FOLR3和FCGR3A上的总共33种遗传性SNP位点设计一基本扩增引物组，该基本扩增引物组的正向引物和反向引物的5’端设有额外的2～5个T，且该2～5个T的靠近3’端的第一个T具有PNA修饰，同时该第一基本扩增引物组的Tm值相差不超过1℃；所述扩增引物组由GST-1-F、GST-1-R、FCG-1-F、FCG-1-R、DHF-1-F、DHF-1-R、DPY-1-F、DPY-1-R、XRC-1-F、XRC-1-R、XPC-1-F、XPC-1-R、TP53-1-F、TP53-1-R、MTH-1-F、MTH-1-R、MTR-1-F、MTR-1-R、SOD-1-F、SOD-1-R、CY2D6-1-F、CY2D6-1-R、SLC19-1-F、SLC19-1-R、ABB1-1-F、ABB1-1-R、ERC-1-F、ERC-1-R、CY2B6-1-F、CY2B6-1-R、CDA-1-F、CDA-1-R、DPY-2-F、DPY-2-R、CBR-1-F、CBR-1-R、ABC-1-F、ABC-1-R、DPY-3-F、DPY-3-R、DPY-4-F、DPY-4-R、UMP-1-F、UMP-1-R、ERC-2-F、ERC-2-R、CDA-2-F、CDA-2-R、DYN-1-F、DYN-1-R、C8O-1-F、C8O-1-R、SLC22-1-F、SLC22-1-R、ABC4-1-F、ABC4-1-R、MTH-2-F、MTH-2-R、DHF-2-F、DHF-2-R、GGH-1-F、GGH-1-R、FOL-1-F、FOL-1-R、UGT-1-F和UGT-1-R组成，其序列依次如SEQ ID 01～SEQ ID 66所示；
(2)设计一不对称连接探针组与一不与人类基因组形成互补的通用引物，该不对称连接探针组含有多对不同的不对称连接探针，每对不对称连接探针均包括可自身形成环状的一正向探针和一反向探针，该正向探针和反向探针从3’端至5’端均依次包括一能够与不对称连接探针的5’端若干连续碱基配对的互补序列、一与所述通用引物互补配对的扩增序列和一与上述2～5个T相对应的粘性末端识别序列，同时各正向探针和反向探针均具有相应的标签序列，上述每对不对称连接探针的正向探针和反向探针的Tm值相差不超过1℃；具体的，所述第一不对称连接探针组由Ion-BC1-FF、Ion-BC1-FR、Ion-BC1-RF、Ion-BC1-RR、Ion-BC2-FF、Ion-BC2-FR、Ion-BC2-RF、Ion-BC2-RR、Ion-BC3-FF、Ion-BC3-FR、Ion-BC3-RF、Ion-BC3-RR、Ion-BC4-FF、Ion-BC4-FR、Ion-BC4-RF、Ion-BC4-RR、Ion-BC5-FF、Ion-BC5-FR、Ion-BC5-RF、Ion-BC5-RR、Ion-BC6-FF、Ion-BC6-FR、Ion-BC6-RF、Ion-BC6-RR、Ion-BC7-FF、Ion-BC7-FR、Ion-BC7-RF、Ion-BC7-RR、Ion-BC8-FF、Ion-BC8-FR、Ion-BC8-RF和Ion-BC8-RR组成，其序列依次如SEQ ID 67～SEQ ID98所示，上述BC1～8分别表示八种不同的标签序列；所述通用引物为C-primer，其序列如SEQ D 99所示；
(3)将模板、上述基本扩增引物组置于一含有RingCap-Taq酶的PCR反应体系中进行扩增，纯化后得扩增产物；将上述扩增产物、不对称连接探针组、通用引物和上述RingCap-Taq酶混合进行PCR，纯化后获得所述用于高通量测序检测的化疗药物基因SNP变异文库；
(4)通过Ion torrent PGM高通量测序仪进行文库上机检测，获得目标序列信息，通过VC软件进行数据信息比对分析，得到样本突变状态。
上述模板所来自的样品适用范围包括非肝素抗凝外周血标本。
使用Qiagen公司血液DNA提取试剂盒提取基因组DNA，具体步骤按试剂盒操作说明。每次提取全血200μl。所提DNA溶于Tris-HCl(10mmol/L，pH 8.0)，经紫外分光光度计检测提取质量，并确定浓度，用Tris-HCl溶液(10mmol/L，pH 8.0)调整DNA浓度到2ng/μl作为PCR扩增的模板。
基于上述构建方法的试剂盒包括：
一DNA富集反应组件，由基本扩增引物组组成，每人份的DNA富集反应组件的配方如下表所示：
一RingCap-Taq酶，由Taq酶、DNA连接酶和DNA末端修饰酶组成，比例0.8～1.2∶0.8～1.2∶0.8～1.2，优选比例1∶1∶1；
一Barcode1～8反应组件，由不对称连接探针组和通用引物组成，具体包括连在一起的八个反应孔，每个反应孔分别装有对应的标签序列的不对称连接探针和通用引物，每人份的Barcode1～8反应组件的配方如下表所示：
一阴性质控品，无核酸水；
和一阳性质控品，由20个阳性突变质粒序列野生型基因组DNA混合而成，浓度为2ng/μL。
将上述试剂盒用前述的构建方法进行实验，实验样本为100份健康的全血样品。
所述PCR反应体系的模板量(待测样品、阳性质控品和阴性质控品)为5uL，其余组分如下表所示：
PCR扩增程序设置如下表：
上述PCR反应体系所得的扩增产物的纯化具体如下：
取出Agencourt AMPure XP试剂置于室温，同时要打散磁珠，同时配制新鲜的70％的乙醇(230μL无水乙醇+100μL无核酸酶水)，必须是新鲜配制的。
纯化步骤
(1)向上述吸取的上清液25μL中加入30μL(1.2x样本体积)的Agencourt AMPureXP试剂，上下吸取吹打5次，完全混匀重悬DNA；
(2)室温孵育5分钟；
(3)放置在磁力架上面，孵育3分钟，一直到溶液澄清，小心地吸走并弃掉上清，不要扰动磁珠；注意：磁珠上含有扩增文库不要丢弃。
(4)加入150μl新鲜配制的70％乙醇，没过磁珠样品即可，离心管正反方向移动5次，然后磁力架上孵育2分钟，去除上清液；
(5)重复上述步骤4，进行第二次洗涤；
(6)确保乙醇液滴已全部从孔中吸走，将板放置于磁力架上，室温空气干燥5分钟，注意不要过度干燥。
(7)将样品管从磁力架上拿开，在每孔中加入25μL TE(PH8.0)缓冲液充分浸润磁珠。充分振荡混匀，快速离心将液体收集到管底。(也可以选择用枪吸取一半以上的液体上下吹打至少5次来混匀)；注意：上清液含有扩增文库不要丢弃。
将样品管置于磁力架上2分钟。上清液中含有扩增产物。取出20μL上清。
上述纯化所得的扩增产物制备文库产物的PCR反应的模板量为5uL，RingCap-Taq酶(具体由HotStar-Taq酶、T4DNA连接酶和DNA末端修饰酶1∶1∶1的比例组成，物料浓度：5U/μL/每种)的加入量为0.25μL，其余组分如下表所示其余组分如下表所示：
PCR扩增程序设置如下表：
分别按纯化扩增产物方法进行纯化，制得所述用于高通量测序检测的化疗药物基因SNP变异文库。
上述变异文库的检测具体如下：
如图1所示，采用Ion torrent PGM半导体测序仪(Thermofisher公司)一次可以检测32份样品(包括阴阳性对照)。
前述100份全血样品经本发明的体系检测，有检测到多种SNP类型，进一步证明了该方法的特异性。
如图2和图3所示，重复性试验：每个反应分别加入突变细胞系DNA10ng、1ng和100pg，重复10次进行高通量测序检测，10次结果一致，符合率100％。
以上可知本发明化疗药物多基因文库构建反应就可以同时检测26个基因33个SNP位点，文库构建时间仅需3小时，因此本发明省时省力，准确性高，可满足突变的快速诊断。而且，高通量测序法和传统测序方法结果的符合率为100％。
以上所述，仅为本发明的较佳实施例而已，故不能依此限定本发明实施的范围，即依本发明专利范围及说明书内容所作的等效变化与修饰，皆应仍属本发明涵盖的范围内。

Claims (7)

1.一种用于高通量测序检测的化疗药物基因SNP变异文库的构建方法，其特征在于：包括如下步骤：
(1)针对目的基因DPYD、UGT1A1、MTHFR、ERCC1、UMPS、CDA、DYNC2H1、DHFR、GGH、GSTP1、CYP2B6、SLC22A16、TP53、XRCC1、C8orf34、ABCC4、MTR、CBR3、CYP2D6、ABCB1、ABCC2、SOD2、XPC、SLC19A1、FOLR3和FCGR3A上的总共33种遗传性SNP位点设计一基本扩增引物组，该基本扩增引物组的正向引物和反向引物的5’端设有额外的2～5个T，且该2～5个T的靠近3’端的第一个T具有PNA修饰，同时该第一基本扩增引物组的Tm值相差不超过1℃，具体的，所述基本扩增引物组包括GST-1-F、GST-1-R、FCG-1-F、FCG-1-R、DHF-1-F、DHF-1-R、DPY-1-F、DPY-1-R、XRC-1-F、XRC-1-R、XPC-1-F、XPC-1-R、TP53-1-F、TP53-1-R、MTH-1-F、MTH-1-R、MTR-1-F、MTR-1-R、SOD-1-F、SOD-1-R、CY2D6-1-F、CY2D6-1-R、SLC19-1-F、SLC19-1-R、ABB1-1-F、ABB1-1-R、ERC-1-F、ERC-1-R、CY2B6-1-F、CY2B6-1-R、CDA-1-F、CDA-1-R、DPY-2-F、DPY-2-R、CBR-1-F、CBR-1-R、ABC-1-F、ABC-1-R、DPY-3-F、DPY-3-R、DPY-4-F、DPY-4-R、UMP-1-F、UMP-1-R、ERC-2-F、ERC-2-R、CDA-2-F、CDA-2-R、DYN-1-F、DYN-1-R、C8O-1-F、C8O-1-R、SLC22-1-F、SLC22-1-R、ABC4-1-F、ABC4-1-R、MTH-2-F、MTH-2-R、DHF-2-F、DHF-2-R、GGH-1-F、GGH-1-R、FOL-1-F、FOL-1-R、UGT-1-F和UGT-1-R，其序列依次如SEQ ID 01～SEQ ID 66所示；
(2)设计一不对称连接探针组与一不与人类基因组形成互补的通用引物，不对称连接探针组含有多对不同的不对称连接探针，每对不对称连接探针均包括可自身形成环状的一正向探针和一反向探针，该正向探针和反向探针从3’端至5’端均依次包括一能够与不对称连接探针的5’端若干连续碱基配对的互补序列、一与所述通用引物互补配对的扩增序列和一与上述2～5个T相对应的粘性末端识别序列，同时各正向探针和反向探针均具有相应的标签序列，上述每对不对称连接探针的正向探针和反向探针的Tm值相差不超过1℃，具体的，所述不对称连接探针组包括Ion-BC1-FF、Ion-BC1-FR、Ion-BC1-RF、Ion-BC1-RR、Ion-BC2-FF、Ion-BC2-FR、Ion-BC2-RF、Ion-BC2-RR、Ion-BC3-FF、Ion-BC3-FR、Ion-BC3-RF、Ion-BC3-RR、Ion-BC4-FF、Ion-BC4-FR、Ion-BC4-RF、Ion-BC4-RR、Ion-BC5-FF、Ion-BC5-FR、Ion-BC5-RF、Ion-BC5-RR、Ion-BC6-FF、Ion-BC6-FR、Ion-BC6-RF、Ion-BC6-RR、Ion-BC7-FF、Ion-BC7-FR、Ion-BC7-RF、Ion-BC7-RR、Ion-BC8-FF、Ion-BC8-FR、Ion-BC8-RF和Ion-BC8-RR，其序列依次如SEQ ID 67～SEQ ID 98所示，上述BC1～8分别表示八种不同的标签序列；
(3)将模板、上述基本扩增引物组置于一含有RingCap-Taq酶的PCR反应体系中进行扩增，纯化后得扩增产物；将上述扩增产物、不对称连接探针组、通用引物和上述RingCap-Taq酶混合进行PCR，纯化后获得所述用于高通量测序检测的化疗药物基因SNP变异文库；
上述RingCap-Taq酶由Taq酶、DNA连接酶和DNA末端修饰酶组成。
2.如权利要求1所述的构建方法，其特征在于：所述基本扩增引物组由GST-1-F、GST-1-R、FCG-1-F、FCG-1-R、DHF-1-F、DHF-1-R、DPY-1-F、DPY-1-R、XRC-1-F、XRC-1-R、XPC-1-F、XPC-1-R、TP53-1-F、TP53-1-R、MTH-1-F、MTH-1-R、MTR-1-F、MTR-1-R、SOD-1-F、SOD-1-R、CY2D6-1-F、CY2D6-1-R、SLC19-1-F、SLC19-1-R、ABB1-1-F、ABB1-1-R、ERC-1-F、ERC-1-R、CY2B6-1-F、CY2B6-1-R、CDA-1-F、CDA-1-R、DPY-2-F、DPY-2-R、CBR-1-F、CBR-1-R、ABC-1-F、ABC-1-R、DPY-3-F、DPY-3-R、DPY-4-F、DPY-4-R、UMP-1-F、UMP-1-R、ERC-2-F、ERC-2-R、CDA-2-F、CDA-2-R、DYN-1-F、DYN-1-R、C8O-1-F、C8O-1-R、SLC22-1-F、SLC22-1-R、ABC4-1-F、ABC4-1-R、MTH-2-F、MTH-2-R、DHF-2-F、DHF-2-R、GGH-1-F、GGH-1-R、FOL-1-F、FOL-1-R、UGT-1-F和UGT-1-R组成。
3.如权利要求1所述的构建方法，其特征在于：所述不对称连接探针组由Ion-BC1-FF、Ion-BC1-FR、Ion-BC1-RF、Ion-BC1-RR、Ion-BC2-FF、Ion-BC2-FR、Ion-BC2-RF、Ion-BC2-RR、Ion-BC3-FF、Ion-BC3-FR、Ion-BC3-RF、Ion-BC3-RR、Ion-BC4-FF、Ion-BC4-FR、Ion-BC4-RF、Ion-BC4-RR、Ion-BC5-FF、Ion-BC5-FR、Ion-BC5-RF、Ion-BC5-RR、Ion-BC6-FF、Ion-BC6-FR、Ion-BC6-RF、Ion-BC6-RR、Ion-BC7-FF、Ion-BC7-FR、Ion-BC7-RF、Ion-BC7-RR、Ion-BC8-FF、Ion-BC8-FR、Ion-BC8-RF和Ion-BC8-RR组成。
4.如权利要求1所述的构建方法，其特征在于：所述通用引物为C-primer，其序列如SEQID 99所示。
5.如权利要求1所述的构建方法，其特征在于：所述RingCap-Taq酶由Taq酶、DNA连接酶和DNA末端修饰酶组成，比例0.8～1.2∶0.8～1.2∶0.8～1.2。
6.如权利要求5所述的构建方法，其特征在于：所述RingCap-Taq酶由Taq酶、DNA连接酶和DNA末端修饰酶组成，比例1∶1∶1。
7.一种基于权利要求1至6中任一权利要求所述的构建方法的试剂盒，其特征在于：包括：
一DNA富集反应组件，由所述基本扩增引物组组成；
一RingCap-Taq酶，由Taq酶、DNA连接酶和DNA末端修饰酶组成；
一Barcode1～8反应组件，由所述不对称连接探针组和通用引物组成，具体包括连在一起的八个反应孔，每个反应孔分别装有对应的标签序列的不对称连接探针和通用引物；
一阳性质控品；
和一阴性质控品。
CN201610871090.0A 2016-09-30 2016-09-30 一种用于高通量测序检测化疗药物基因snp变异文库的构建方法及其应用 Pending CN106498035A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201610871090.0A CN106498035A (zh) 2016-09-30 2016-09-30 一种用于高通量测序检测化疗药物基因snp变异文库的构建方法及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201610871090.0A CN106498035A (zh) 2016-09-30 2016-09-30 一种用于高通量测序检测化疗药物基因snp变异文库的构建方法及其应用

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN106498035A true CN106498035A (zh) 2017-03-15

Family

ID=58290203

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201610871090.0A Pending CN106498035A (zh) 2016-09-30 2016-09-30 一种用于高通量测序检测化疗药物基因snp变异文库的构建方法及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN106498035A (zh)

Cited By (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106987906A (zh) * 2017-05-15 2017-07-28 重庆市肿瘤研究所 肿瘤治疗心脏毒性预测基因突变检测文库的构建方法
CN107119331A (zh) * 2017-05-15 2017-09-01 重庆市肿瘤研究所 肿瘤放射治疗毒性基因突变文库的构建方法
CN107190080A (zh) * 2017-07-05 2017-09-22 上海赛安生物医药科技股份有限公司 Cda基因多态性检测体系及其试剂盒
CN108103160A (zh) * 2017-12-27 2018-06-01 沃森克里克（北京）生物科技有限公司 一种XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法
CN108251520A (zh) * 2018-01-31 2018-07-06 杭州同欣基因科技有限公司 一种基于高通量测序技术的吸烟成瘾风险预测方法及戒烟指导方法
CN108342466A (zh) * 2018-05-04 2018-07-31 广州海思医疗科技有限公司 一种神经精神类药物相关基因的高通量测序方法及其应用
CN108624660A (zh) * 2018-02-08 2018-10-09 新开源云扬（广州）医疗科技有限公司 一种Hcy代谢关键酶的快速检测试剂盒及检测方法
CN111187828A (zh) * 2020-02-11 2020-05-22 圣湘生物科技股份有限公司 检测人叶酸代谢基因多态性的组合物、试剂盒及方法

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101109018A (zh) * 2007-06-07 2008-01-23 上海交通大学 Cyp2d6基因第九号外显子的单核苷酸多态性的检测方法
WO2009079450A2 (en) * 2007-12-14 2009-06-25 Veridex, Llc Copy number alterations that predict metastatic capability of human breast cancer
CN103074437A (zh) * 2013-01-25 2013-05-01 海尔施生物医药股份有限公司 一种指导铂类药物用药的多重基因检测试剂盒及其检测方法
CN105332063A (zh) * 2015-08-13 2016-02-17 厦门飞朔生物技术有限公司 一种单管高通量测序文库的构建方法

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101109018A (zh) * 2007-06-07 2008-01-23 上海交通大学 Cyp2d6基因第九号外显子的单核苷酸多态性的检测方法
WO2009079450A2 (en) * 2007-12-14 2009-06-25 Veridex, Llc Copy number alterations that predict metastatic capability of human breast cancer
CN103074437A (zh) * 2013-01-25 2013-05-01 海尔施生物医药股份有限公司 一种指导铂类药物用药的多重基因检测试剂盒及其检测方法
CN105332063A (zh) * 2015-08-13 2016-02-17 厦门飞朔生物技术有限公司 一种单管高通量测序文库的构建方法

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
THERASA KIM等: "Pharmacogenomic Biomarker Information in FDA-approved Paediatric Drug Labels", 《BASIC & CLINICAL PHARMACOLOGY & TOXICOLOGY》 *

Cited By (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106987906A (zh) * 2017-05-15 2017-07-28 重庆市肿瘤研究所 肿瘤治疗心脏毒性预测基因突变检测文库的构建方法
CN107119331A (zh) * 2017-05-15 2017-09-01 重庆市肿瘤研究所 肿瘤放射治疗毒性基因突变文库的构建方法
CN107190080A (zh) * 2017-07-05 2017-09-22 上海赛安生物医药科技股份有限公司 Cda基因多态性检测体系及其试剂盒
CN108103160A (zh) * 2017-12-27 2018-06-01 沃森克里克（北京）生物科技有限公司 一种XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法
CN108251520A (zh) * 2018-01-31 2018-07-06 杭州同欣基因科技有限公司 一种基于高通量测序技术的吸烟成瘾风险预测方法及戒烟指导方法
CN108624660A (zh) * 2018-02-08 2018-10-09 新开源云扬（广州）医疗科技有限公司 一种Hcy代谢关键酶的快速检测试剂盒及检测方法
CN108342466A (zh) * 2018-05-04 2018-07-31 广州海思医疗科技有限公司 一种神经精神类药物相关基因的高通量测序方法及其应用
CN108342466B (zh) * 2018-05-04 2019-01-25 广州海思医疗科技有限公司 一种神经精神类药物相关基因的高通量测序方法及其应用
CN111187828A (zh) * 2020-02-11 2020-05-22 圣湘生物科技股份有限公司 检测人叶酸代谢基因多态性的组合物、试剂盒及方法
CN111187828B (zh) * 2020-02-11 2023-09-15 圣湘生物科技股份有限公司 检测人叶酸代谢基因多态性的组合物、试剂盒及方法

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN106498035A (zh) 一种用于高通量测序检测化疗药物基因snp变异文库的构建方法及其应用
CN106498036A (zh) 一种用于高通量测序检测的药物基因组snp变异文库的构建方法及其应用
CN107406885A (zh) 使用血浆dna的尺寸和数目畸变检测癌症
CN104099425A (zh) 一种用于检测B-raf基因突变的试剂盒
CN107119107A (zh) 一种检测人类cyp2c19基因多态性的方法及试剂盒
CN106987640A (zh) Pik3ca基因突变检测引物探针及其试剂盒
CN110144399B (zh) 检测人类循环肿瘤dna中肺癌相关基因突变的引物组、试剂盒及使用方法
CN110396539A (zh) 用于检测高血压用药相关基因多态性的试剂盒和方法
EP3105324B1 (en) Ngs systems control and methods involving the same
CN106757379A (zh) 肺癌多基因变异文库构建方法
CN106939337A (zh) 激素受体阳性乳腺癌复发监测基因突变文库的构建方法
CN105274190A (zh) 一种检测cyp3a4*1g和mdr1c1236t的基因多态性的hrm方法
CN110699440A (zh) 一种检测二甲双胍个体化用药相关基因snp位点的引物及方法
CN103305617A (zh) 一种检测低含量基因突变的pcr扩增方法及其应用
CN106497916A (zh) 一种用于高通量测序检测的nk细胞多基因变异文库的构建方法及其应用
CN108949929A (zh) 用于同时检测mthfr和mtrr基因多态性的产品及其方法和应用
CN102719537A (zh) 耐多药结核分枝杆菌非荧光dna微阵列检测方法及试剂盒
CN102925559B (zh) 一种定量检测mpl基因w515位点突变的试剂盒
CN105603088B (zh) 一种鉴定位于白菜a08染色体上的霜霉病抗性qtl的snp分子位点及其应用
CN109355377B (zh) 华法林个体化用药相关基因多态性检测试剂盒及其制备方法与应用
CN107022620A (zh) N‑ras基因突变检测引物探针及其试剂盒
CN110684854A (zh) 用于检测幽门螺杆菌耐药突变位点的引物和探针组及应用
CN110144386A (zh) 用于检测pole基因突变的引物、探针及试剂盒
CN111235252A (zh) 通过检测产品进行质谱法判别尼群地平个体化用药的方法
CN106811537A (zh) 一种检测表皮生长因子受体基因t790m低频突变引物及其应用

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination