CN105274190A - 一种检测cyp3a4*1g和mdr1c1236t的基因多态性的hrm方法 - Google Patents
一种检测cyp3a4*1g和mdr1c1236t的基因多态性的hrm方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN105274190A CN105274190A CN201410350926.3A CN201410350926A CN105274190A CN 105274190 A CN105274190 A CN 105274190A CN 201410350926 A CN201410350926 A CN 201410350926A CN 105274190 A CN105274190 A CN 105274190A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- dna
- goal gene
- gene
- pcr
- primer
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明属于分子生物学和医学领域,公开了一种检测CYP3A4*1G和MDR1C1236T的基因多态性的HRM分析技术。包含以下步骤:(1)查找目的基因的DNA序列;(2)针对目的基因的突变位点设计筛选合适的引物对;(3)提取样本DNA,利用步骤(2)筛选的引物进行基因扩增;(4)琼脂糖凝胶电泳法分析PCR产物是否为特异性扩增;(5)根据高分辨率溶解曲线法对扩增后的目的基因的突变位点进行检测,选用SYTO-9饱和荧光染料。试验中无需序列特异性探针,无需测序,也不受突变碱基位点与类型的局限,简便快速的为临床个体化用药提供基因信息,为合理用药和临床药物监测提供帮助。
Description
技术领域
本发明涉及生物技术和医学领域,涉及与药物动力学相关的基因检测。尤其涉及一种检测CYP3A4*1G和MDR1C1236T的基因多态性的HRM方法。利用本发明的方法,一次可完成大量样本的快速检测,方法简便,准确可靠省时省力,为临床个体化合理用药提供方便。
背景技术
高分辨率熔解曲线分析技术(HighResolutionMelting),简称HRM,是由美国犹他大学和爱德华科技公司合作开发的一种SNP以及突变研究的工具,能检测人类84%的SNP(单核苷酸多态性)。HRM基于核酸分子物理性质的不同影响解链温度,通过实时检测升温过程中饱和荧光染料与PCR扩增产物的结合情况,从荧光强度和时间曲线上判断是否存在SNP。核苷酸双链的热稳定性受碱基组成、长度和GC含量的影响,序列改变会引起升温过程DNA解链行为的改变。SNP位点若不匹配会使双链DNA在升温过程中解链,荧光染料从局部解链的DNA分子上释放,仪器获得的荧光信号将会减弱。不同SNP位点、杂合子与纯合子等都会影响熔解曲线的峰型,进而有效区分不同基因型。应用HRM曲线对样品进行分析,极高的温度均一性和温度分辨率使分辨精度达到单个碱基差异的区分。单个碱基引起的解链温度差异可能不到1℃,HRM具有很高的温度分辨率,可以每步升温0.02~0.1℃,每升高一摄氏度采集荧光25次,可满足单碱基差异的区分。HRM基于高效稳健的PCR技术,不受突变碱基位点与类型局限,无需序列特异性探针,在PCR结束后直接运行HRM即可完成对样品突变、SNP、甲基化等的分析。
HRM技术应用于基因突变检测依据于饱和荧光染料,根据荧光信号强度的微妙变化来判断基因类别,有着很高的灵敏度和准确度。相对于非饱和染料,饱和染料具有更强的DNA结合作用和较小的PCR抑制作用,使得DNA在解链过程中不会发生重排,熔解曲线有更高的分辨率。近年来在HRM中应用较多的饱和染料有LCGreen、LCGreenPlus、EvaGreen和SYTO-9。
基因指导下的个体化用药越来越受到重视,20%~95%的药物反应和处置的个体差异是由遗传因素引起的。基因多态性的存在可能导致治疗中不同患者的疗效和不良反应的差异,许多科学家认为编码药物代谢酶、药物转运体和药物作用。
靶点的基因序列的不同是引起同一种药物相似剂量在不同个体间产生不同反应的主要原因。FDA和欧洲EMEA分别于2005年和2010年颁布或起草了关于新药临床试验中提供药物基因组学数据的指导文件。
CYP3A4是CYP3A家族中一个高表达的亚族酶系,CYP3A4*1G在亚洲人的变异频率较高。CYP3A4*1G位于CYP3A4内含子10,造成82266位置G到A的取代(20230G>A,rs2242480),有研究报道CYP3A4*1G的表达对CNI类免疫抑制剂如环孢素和他克莫司的药动学有影响。
P-gp是MDR1编码的ATP依赖的跨膜受体,通过在肠道的外排泵活性阻碍环境毒素和药物等外源物质的吸收,保护敏感组织及作用底物的排泄,因此会造成药物处置和相互作用上的差异,进而影响到药物的疗效和不良反应。目前已研究了95个MDR1位点,其中有74个位点具有多态性,研究较多的位点有MDR1C1236T、G2677T/A、C3435T等。C1236T(rs1128503)位点位于第12个外显子,其变异属于不引起氨基酸变化的同义突变。
SNP的主要检测方法有以凝胶电泳为基础的传统经典法和近些年来发展起来的高通量、自动化程度较高的测序法,如限制性片段长度多态性法(RFLP)、单链构象多态性法、变性梯度凝胶电泳、等位基因特异性PCR、DNA直接测序法、DNA芯片检测、飞行质谱仪检测、变性高效液相色谱法等。目前普遍应用的基因突变检测方法有RFLP法和DNA直接测序法。RFLP法将PCR与限制性酶切相结合,因其实验操作繁琐、检测周期较长、第一轮酶切不完全导致假阳性结果以及只能用于已知SNP的判断,无酶切位点的不能检测等因素,只适合少量样本的检测。变性梯度电泳法有商品化的电泳装置,适合大样本检测筛选,但因为该法是利用温度和梯度凝胶迁移率来进行检测的,需要进行凝胶电泳,DNA链二级结构容易造成人工假相,导致结果出现偏差。DNA直接测序法中PCR产物在全自动测序仪上电泳后进行测序,方法先进,但是工作量大,耗时较长,价格昂贵,不适合大样本的检测。
从临床检测效率、准确性以及病患经济条件出发,理想的SNP分析方法应该具备简单快速、灵敏准确、经济实用的特点,近些年发展起来的HRM可以满足。HRM分析技术以快速的操作方法获得需要的基因信息,满足临床个体化用药的时效性和经济性要求,为临床合理用药提供帮助。
发明内容
本发明主要目的在于提供一种检测与药物动力学相关的基因的检测方法,尤其涉及一种检测CYP3A4*1G和MDR1C1236T基因多态性的简便快速方法。本发明涉及的HRM曲线法灵敏度高、特异性好、方法简单且能实现高通量筛选,操作不需要进行酶切、纯化等步骤,避免人工接触有毒有害试剂和紫外照射等,安全性较好,并且能实现闭管操作,降低样本污染,分析不需要探针,仅在PCR反应体系中增加微量饱和荧光染料,成本较低。
具体的,本发明提供了一种检测CYP3A4*1G和MDR1C1236T基因多态性的方法,所述的方法是在高分辨率熔解曲线分析技术基础上,针对目的基因的检测位点,筛选特异性引物对和检测反应条件,完成目的基因的检测;
所述的目的基因的检测位点是CYP3A4*1G和MDR1C1236T。
所述方法包含以下步骤:
(1)查找目的基因的DNA序列;
(2)针对目的基因的突变位点设计筛选特异性引物对;
(3)提取样本DNA,利用步骤(2)筛选的特异性引物进行基因扩增;
(4)琼脂糖凝胶电泳法分析PCR产物是否为特异性扩增;
(5)根据高分辨率溶解曲线法对扩增后的目的基因的突变位点进行检测,选用DNA饱和染料,参照对照样本HRM曲线完成对样本基因型的判断。
优选的,所述引物对含有目的基因靶序列中18-27个连续的核苷酸构成的连续核苷酸序列。
优选的,所述方法在PCR反应体系中进行,所述PCR反应体系包括引物、DNA聚合酶、dNTPs、Mgcl2、模板DNA、PCR缓冲液和荧光染料。
在本发明的一个优选实施例中,选用的TaKaRaPremixTaq试剂盒包含TaqTMHS、PCR缓冲液(含Mg2+)、dNTPs。
所述PCR反应体系终浓度组成为:
所述dNTPs混合液包括0.4mMdATP、0.4mMdTTP、0.4mMdGTP、0.4mMdCTP的混合液。
优选的,所述的20μLPCR反应体系各组分体积:
优选的,所述荧光染料为DNA饱和染料SYTO-9。
优选的,所述PCR扩增程序中进行PCR扩增反应的条件为95℃预变性10min,95℃变性30s,50-65℃退火30s,72℃延伸30s,72℃继续延伸5min,40个循环。
优选的,所述琼脂糖凝胶电泳法分析PCR产物是否为特异性扩增,梯度PCR选择目的基因扩增产物退火温度分别为,CYP3A4*1G:57℃,MDR1C1236T:60℃。
优选的,所述HRM曲线法对扩增后的目的基因的突变位点进行检测。所述进行突变位点检测的产物熔解程序中进行产物熔解检测的条件为95℃变性2min,40℃复性2min;然后初始熔解温度60-65℃开始程序升温熔解至95℃,并在熔解过程中实时检测荧光信号,25-45次每秒;然后40℃进行冷却10s。熔解曲线温度设定范围分别:CYP3A4*1G为79~88℃,MDR1C1236T为80~88℃。
优选的,所述方法具体按照如下步骤进行:
1)查找目的基因CYP3A4*1G和MDR1C1236T的DNA序列;
2)针对目的基因的突变位点设计筛选合适的引物对;
3)提取样本DNA,利用步骤(2)筛选的引物进行基因扩增;
4)琼脂糖凝胶电泳法分析PCR产物是否为特异性扩增;
5)根据高分辨率溶解曲线法对扩增后的目的基因的突变位点进行检测,选用SYTO-9饱和荧光染料,参照对照样本HRM曲线完成对样本基因型的判断。
优选的,所述模板DNA从健康人全血样本中提取。
本发明进行HRM检测突变位点基因型时,按照PCR反应程序的预选范围,优化基因扩增程序的确定,产物熔解条件预选范围以及优化条件的筛选。
本发明中,所述PCR反应程序预选范围选自以下设置程序:
经过若干次梯度PCR和琼脂糖凝胶电泳试验后,最终优化程序设置如下:
CYP3A4*1G:
MDR1C1236T:
产物熔解条件预选范围选自以下设置程序:
CYP3A4*1G:
MDR1C1236T:
所述基因靶向区域设计引物符合优化PCR扩增和HRM检测条件。本发明基因检测整体操作过程,其特征为所述操作包括以下步骤:
设计待检目的基因靶向区域连续核苷酸序列,筛选适合的引物对,所述引物设计要按一定要求设计。根据引物条件预选PCR条件,筛选最优PCR扩增条件,锁定扩增条件之后,再用设定的扩增条件筛选设计的引物。提取样本DNA,利用筛选出来的若干基因扩增引物,集体加样后上机后,利用集成化反应条件进行基因扩增。根据高分辨率熔解曲线法对扩增后的目的基因进行突变位点的基因型分析。模板DNA从健康人全血样本中提取。
相应的,本发明还提供了一种检测CYP3A4*1G和MDR1C1236T基因多态性的试剂盒,所述的试剂盒包括针对目的基因的突变位点设计的特异性引物对。在本发明的一个实施例中,所述的试剂盒针对的目的基因的检测位点是CYP3A4*1G或者MDR1C1236T。
较好的,所述的试剂盒还包括高分辨率熔解曲线分析技术所用试剂。
更好地,所述的试剂盒还可以包括分离提纯DNA所需的试剂。
相对于现有技术中的方案,本发明的优点是:
利用HRM检测突变位点的基因分型,达到省时省力的目的。试验中无需序列特异性探针,无需测序,也不受突变碱基位点与类型的局限,参照对照曲线,即可完成样本基因型的判断,从而简便快速的为临床个体化用药提供基因信息,为合理用药和临床药物监测提供帮助。
附图说明
图1为本发明实施例CYP3A4*1G位点DNA在不同退火温度下进行PCR扩增得到的电泳图;
图2为本发明实施例MDR1C1236T位点DNA在不同退火温度下进行PCR扩增得到的电泳图;
图3为本发明实施例CYP3A4*1G位点对照基因型的高分辨率熔解曲线图;
图4为本发明实施例MDR1C1236T位点对照基因型的高分辨率熔解曲线图;
图5为本发明实施例CYP3A4*1G位点对照基因型DNA的测序图;
图6为本发明实施例MDR1C1236T位点对照基因型DNA的测序图;
图7为本发明应用健康志愿者全血DNA模板CYP3A4*1G位点对照基因型的高分辨率熔解曲线图;
图8为本发明应用健康志愿者全血DNA模板MDR1C1236T位点对照基因型的高分辨率熔解曲线图。
具体实施方式
以下结合具体实施例对上述方案做进一步说明。
HRM基因分型技术包括特异性扩增目的基因靶序列的引物对,所述目的基因为CYP3A4*1G和MDR1C1236T,所述引物对为目的基因靶向区域18-27个连续核苷酸构成的连续核苷酸序列。
严格控制摸索的PCR反应条件和HRM分析条件。所述反应条件包括模板的提取,加样的试剂成分,各个成分的反应浓度以及PCR扩增条件;所述HRM分析条件包括各个熔解温度条件。
所述目的基因靶序列来自Genebank。
所述目的基因引物对为采用PrimerPremier5软件设计。
所述PCR反应包括PCR缓冲液、dNTPs、Mgcl2、DNA聚合酶、引物、模板DNA和荧光染料。
所述PCR反应体系终浓度组成为:
优选的,所述PCR反应体系终浓度组成为:
所述荧光染料为SYTO-9饱和性染料。
所述dNTPs混合液包括0.4mMdATP、0.4mMdTTP、0.4mMdGTP、0.4mMdCTP的混合液。
所述引物对为目的基因靶向区域18-27个连续核苷酸构成的连续核苷酸序列,配对的正反序列为:
CYP3A4*1G:
1 | Forward primers | TATGAAACCACGAGCAGT(SEQ ID NO1) |
Reverse primers | GTGGTGAGGAGGCATTTT(SEQ ID NO2) | |
2 | Forward primers | TATGAAACCACGAGCAGT(SEQ ID NO3) |
Reverse primers | GGTTTCACCTCCTCCCTC(SEQ ID NO4) | |
3 | Forward primers | TATGAAACCACGAGCAGT(SEQ ID NO5) |
Reverse primers | AAGTGGTGAGGAGGCATT(SEQ ID NO6) |
MDR1C1236T:
1 | Forward primers | TGTCTGTGAATTGCCTTGA(SEQ ID NO7) |
Reverse primers | GCTCTTCCCACAGCCACT(SEQ ID NO8) | |
2 | Forward primers | TTTCTCACTCGTCCTGGTA(SEQ ID NO9) |
Reverse primers | CCCACAGCCACTGTTTCC(SEQ ID NO10) |
优选的,是下表序列:
CYP3A4*1G:
1 | Forward primers | TATGAAACCACGAGCAGT(SEQ ID NO5) |
Reverse primers | AAGTGGTGAGGAGGCATT(SEQ ID NO6) |
MDR1C1236T:
1 | Forward primers | TTTCTCACTCGTCCTGGTA(SEQ ID NO9) |
Reverse primers | CCCACAGCCACTGTTTCC(SEQ ID NO10) |
所述的模板DNA从健康人全血样本中提取。
本发明应用相关的试剂盒,以及制备的DNA模板,根据本发明所述的反应条件,在荧光定量PCR仪上进行序列扩增,然后分析数据,运行高分辨率熔解仪看熔解曲线是否是单峰,再运行Genescan自动分析程序,得到分型的图谱。
所述的荧光定量PCR仪,为QiagenRotor-Gene6000(德国Qiagen公司,杜塞尔多夫,德国)。在使用时,将待测样本稀释到近似浓度,同时放入对照,加入MIX,进行PCR反应,即可区分野生型与突变型。
以下对本发明的一些专用术语进行解释说明:
在本发明应用中,术语“引物”是指一种寡核苷酸,可以使天然的也可以是合成的,它可以作为在一定条件下诱发DNA合成的起始点,在上述条件下可以诱发合成与核苷酸相互补的引物扩增产物,即在四种不同的三磷酸脱氧核糖核酸即一种聚合试剂(即DNA聚合酶或逆转录酶)存在下,在一种合适的缓冲液并在合适的温度下进行上述合成。引物的合适长度取决于该引物的设计用途,一般在18-27bp,较短的引物分子通常需要较低的温度,从而与模板形成充分稳定的杂交复合物。引物不必反应模板的准确序列,但必须充分互补,已与模板杂交并引发DNA合成。引物是PCR特异性反应的关键,将决定PCR产物的大小、位置、以及扩增区域的Tm值,好的引物可以避免背景和非特异产物的产生。
引物设计一般遵循以下原则:1)引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性;2)引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构;3)引物长度一般在15~30碱基之间;4)G+C含量在40%~60%之间;5)碱基要随机分布;6)引物自身不能有连续4个碱基的互补;7)引物之间不能有连续4个碱基的互补;8)引物5′端可以修饰;9)引物3′端不可修饰;10)引物3′端要避开密码子的第3位。进行引物设计的软件有Primer3、Primer5。
本发明引物进行筛选,确定引物片段大小,最后确定最佳引物为18-20bp大小的引物。本发明的引物有上海生工生物有限公司(SangonBiotech(Shanghai))Co.Ltd.来合成。
优选的PCR扩增条件如下。
CYP3A4*1G:
MDR1C1236T:
产物熔解条件预选范围选自以下设置程序。
CYP3A4*1G:
MDR1C1236T:
实施例1CYP3A4*1G引物的筛选
以CYP3A4*1G基因为例,选用PrimerPremier软件进行引物设计。
CYP3A4*1G基因的序列:
(SEQIDNO11)
GGCTATGAAACCACGAGCAGTGTTCTCTCCTTCATTATGTATGAACTGGCCACTCACCCTGATGTCCAGCAGAAACTGCAGGAGGAAATTGATGCAGTTTTACCCAATAAGGTGAGTGGATGRTACATGGAGAAGGAGGGAGGAGGTGAAACCTTAGCAAAAATGCCTCCTCACCACTTCCCAGGAGAA
(R表示基因突变位点)
引物片段的大小会影响PCR扩增的特异性,影响如下:
因此,参考上述影响,选用大小为18-23bp的引物片段进行设计,引物由上海生工生物技术有限公司负责合成。经琼脂糖凝胶电泳法进行引物验证,得出优选的正反向引物,见上表。图1为本发明实施例CYP3A4*1G位点DNA在不同退火温度下进行PCR扩增得到的电泳图。
实施例2CYP3A4*1G的PCR反应体系的确定
所述PCR反应包括PCR缓冲液、dNTPs、Mgcl2、DNA聚合酶、引物、模板DNA和荧光染料,所述PCR反应体系为(总体积为20μL):
实施例3CYP3A4*1G的HRM条件的确定
HRM条件的优化主要在熔解温度的起始温度、每秒钟监测荧光的次数两方面进行优化调整。
最佳条件:
PCR和HRM反应条件为:
图3为本发明实施例CYP3A4*1G位点对照基因型的高分辨率熔解曲线图;
实施例4CYP3A4*1G对照DNA的提取
1、抽取正常人外周血2.5mL于枸橼酸钠(1:9)抗凝管中。
2、DNA的提取按照如下步骤进行:取正常人的混匀的抗凝全血2mL,然后使用QiagenDNA提取试剂盒(QIA,DNAMiniKit(50),QiagenLtd.,USA),按照试剂盒操作说明,提取DNA。使用Nano1000定量仪定量,测定DNA浓度。
对照DNA符合以下条件时可以视为合格:1)符合OD值A260/A230:2.0-2.2之间;2)A260/A280:1.8-2.0之间;2)电泳条带主条带清晰(上样6μL,1.8%琼脂糖凝胶电泳,200V,20分钟);3)测定基因序列物任何异常突变存在。
实施例5MDR1C1236T引物的筛选
以MDR1C1236T基因为例,选用PrimerPremier软件进行引物设计。
MDR1C1236T基因的序列:
(SEQIDNO12)
TTAAACCTAGTGAACAGTCAGTTCCTATATCCTGTGTCTGTGAATTGCCTTGAAGTTTTTTTCTCACTCGTCCTGGTAGATCTTGAAGGGRCTGAACCTGAAGGTGCAGAGTGGGCAGACGGTGGCCCTGGTTGGAAACAGTGGCTGTGGGAAGAGCACAACAGTCCAGCTGAT(R表示基因突变位点)
引物片段的大小会影响PCR扩增的特异性,影响如下:
因此,参考上述影响,选用大小为18-23bp的引物片段进行设计,引物由上海生工生物技术有限公司负责合成。经琼脂糖凝胶电泳法进行引物验证,得出优选的正反向引物,见上表。图2为本发明实施例MDR1C1236T位点DNA在不同退火温度下进行PCR扩增得到的电泳图。
实施例6MDR1C1236T的PCR反应体系的确定
所述PCR反应包括PCR缓冲液、dNTPs、Mgcl2、DNA聚合酶、引物、模板DNA和荧光染料,所述PCR反应体系为(总体积为20μL):
实施例7MDR1C1236T的HRM条件的确定
HRM条件的优化主要在熔解温度的起始温度、每秒钟监测荧光的次数两方面进行优化调整。
最佳条件:
PCR和HRM反应条件为:
图4为本发明实施例MDR1C1236T位点对照基因型的高分辨率熔解曲线图。
实施例8MDR1C1236T对照DNA的提取
1、抽取正常人外周血2.5mL于枸橼酸钠(1:9)抗凝管中。
2、DNA的提取按照如下步骤进行:取正常人的混匀的抗凝全血2mL,然后使用QiagenDNA提取试剂盒(QIA,DNAMiniKit(50),QiagenLtd.,USA),按照试剂盒操作说明,提取DNA。使用Nano1000定量仪定量,测定DNA浓度。
对照DNA符合以下条件时可以视为合格:1)符合OD值A260/A230:2.0-2.2之间;2)A260/A280:1.8-2.0之间;2)电泳条带主条带清晰(上样6μL,1.8%琼脂糖凝胶电泳,200V,20分钟);3)测定基因序列物任何异常突变存在。
本说明书中所描述的以上内容仅仅是对本发明所作的举例说明。本发明所属技术领域的技术人员可以对所描述的具体实施例作各种各样的修改或补充或采用类似的方式替代,只要不偏离本发明说明书的内容或者超越本权利要求书所定义的范围,均应属于本发明的保护范围。
SEQUENCELISTING
<110>复旦大学附属华山医院
<120>一种检测CYP3A4*1G和MDR1C1236T的基因多态性的HRM方法
<130>20140704
<160>12
<170>PatentInversion3.1
<210>1
<211>18
<212>DNA
<213>Artificial
<400>1
tatgaaaccacgagcagt18
<210>2
<211>18
<212>DNA
<213>Artificial
<400>2
gtggtgaggaggcatttt18
<210>3
<211>18
<212>DNA
<213>Artificial
<400>3
tatgaaaccacgagcagt18
<210>4
<211>18
<212>DNA
<213>Artificial
<400>4
ggtttcacctcctccctc18
<210>5
<211>18
<212>DNA
<213>Artificial
<400>5
tatgaaaccacgagcagt18
<210>6
<211>18
<212>DNA
<213>Artificial
<400>6
aagtggtgaggaggcatt18
<210>7
<211>19
<212>DNA
<213>Artificial
<400>7
tgtctgtgaattgccttga19
<210>8
<211>18
<212>DNA
<213>Artificial
<400>8
gctcttcccacagccact18
<210>9
<211>19
<212>DNA
<213>Artificial
<400>9
tttctcactcgtcctggta19
<210>10
<211>18
<212>DNA
<213>Artificial
<400>10
cccacagccactgtttcc18
<210>11
<211>189
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<221>misc_feature
<222>(123)..(123)
<223>R=AorGorTorC
<400>11
ggctatgaaaccacgagcagtgttctctccttcattatgtatgaactggccactcaccct60
gatgtccagcagaaactgcaggaggaaattgatgcagttttacccaataaggtgagtgga120
tgrtacatggagaaggagggaggaggtgaaaccttagcaaaaatgcctcctcaccacttc180
ccaggagaa189
<210>12
<211>174
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<221>misc_feature
<222>(91)..(91)
<223>R=AorGorTorC
<400>12
ttaaacctagtgaacagtcagttcctatatcctgtgtctgtgaattgccttgaagttttt60
ttctcactcgtcctggtagatcttgaagggrctgaacctgaaggtgcagagtgggcagac120
ggtggccctggttggaaacagtggctgtgggaagagcacaacagtccagctgat174
Claims (18)
1.一种检测CYP3A4*1G和MDR1C1236T的基因多态性的HRM方法,其特征在于,其包括:在高分辨率熔解曲线分析技术基础上,针对目的基因的检测位点,选择特异性引物对和检测反应条件,完成目的基因的检测;
所述的目的基因的检测位点是CYP3A4*1G或者MDR1C1236T。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述方法包含以下步骤:
(1)查找目的基因的DNA序列;
(2)针对目的基因的突变位点设计筛选特异性引物对;
(3)提取样本DNA,利用步骤(2)筛选的特异性引物进行基因扩增;
(4)琼脂糖凝胶电泳法分析PCR产物;
(5)根据高分辨率溶解曲线法对扩增后的目的基因的突变位点进行检测,选用DNA饱和染料,参照对照样本HRM曲线完成对样本基因型的判断。
3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述的特异性引物对含有目的基因靶序列中18-27个核苷酸构成的连续核苷酸序列。
4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述的方法在PCR反应体系中进行;
所述的PCR反应体系包括引物、DNA聚合酶、dNTPs、Mgcl2、模板DNA、PCR缓冲液和荧光染料。
5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,所述的PCR反应体系的组成及其终浓度为:
。
6.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,所述dNTPs混合液是包括0.4mMdATP、0.4mMdTTP、0.4mMdGTP、0.4mMdCTP的混合液。
7.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,所述的荧光染料为DNA饱和染料SYTO-9。
8.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,所述方法在PCR反应体系中进行;
所述PCR反应体系按照20μL为单位,各组分及其体积比例如下:
。
9.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,在目的基因的PCR扩增程序中,进行PCR扩增反应的条件为95℃预变性10min,95℃变性30s,50-65℃退火30s,72℃延伸30s,72℃继续延伸5min,40个循环。
10.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,所述琼脂糖凝胶电泳法分析PCR产物,是通过梯度PCR,进行目的基因扩增产物退火温度的选择。
11.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,所述HRM曲线法对扩增后的目的基因的突变位点进行检测;
所述的进行突变位点检测的产物熔解程序中,进行产物熔解检测的条件为95℃变性2min,40℃复性2min;然后初始熔解温度60-65℃开始程序升温熔解至95℃,并在熔解过程中实时检测荧光信号,25-45次每秒;然后40℃进行冷却10s。
12.根据权利要求11所述的方法,其特征在于,CYP3A4*1G的熔解曲线温度设定范围为79~88℃。
13.根据权利要求11所述的方法,其特征在于,MDR1C1236T的熔解曲线温度设定范围为80~88℃。
14.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述的方法按照如下步骤进行:
1)查找目的基因CYP3A4*1G和MDR1C1236T的DNA序列;
2)针对目的基因的突变位点设计筛选合适的引物对;
3)提取样本DNA,利用步骤(2)筛选的引物进行基因扩增;
4)琼脂糖凝胶电泳法分析PCR产物是否为特异性扩增;
5)根据高分辨率溶解曲线法对扩增后的目的基因的突变位点进行检测,选用SYTO-9饱和荧光染料,参照对照样本HRM曲线完成对样本基因型的判断。
15.根据权利要求1-14中任意一种所述的方法,其特征在于,所述的模板DNA从健康人全血样本中提取。
16.一种检测CYP3A4*1G和MDR1C1236T的基因多态性的试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒包括针对目的基因的突变位点设计的特异性引物对;
所述的目的基因的检测位点是CYP3A4*1G或者MDR1C1236T。
17.根据权利要求16所述的试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒还包括高分辨率熔解曲线分析技术所用试剂。
18.根据权利要求16所述的试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒还包括分离提纯DNA所需的试剂。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201410350926.3A CN105274190A (zh) | 2014-07-22 | 2014-07-22 | 一种检测cyp3a4*1g和mdr1c1236t的基因多态性的hrm方法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201410350926.3A CN105274190A (zh) | 2014-07-22 | 2014-07-22 | 一种检测cyp3a4*1g和mdr1c1236t的基因多态性的hrm方法 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN105274190A true CN105274190A (zh) | 2016-01-27 |
Family
ID=55144017
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201410350926.3A Pending CN105274190A (zh) | 2014-07-22 | 2014-07-22 | 一种检测cyp3a4*1g和mdr1c1236t的基因多态性的hrm方法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN105274190A (zh) |
Cited By (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN107090499A (zh) * | 2017-04-21 | 2017-08-25 | 云南仁桥医疗科技有限公司 | 一种检测cyp21基因突变的试剂盒 |
CN107893114A (zh) * | 2017-12-29 | 2018-04-10 | 韩林志 | 用于指导芬太尼类药物个体化用药相关基因检测的引物对、试剂盒及方法 |
CN108342462A (zh) * | 2018-05-11 | 2018-07-31 | 济南艾迪康医学检验中心有限公司 | Hrm技术检测nod1基因单核苷酸多态性的方法 |
CN108546754A (zh) * | 2018-05-08 | 2018-09-18 | 上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心 | 一种基于多色探针熔解曲线分析的喹硫平、阿立哌唑药物基因组学检测方法 |
CN109295192A (zh) * | 2018-10-29 | 2019-02-01 | 湖南健基生物技术有限公司 | 一种检测人mdr1基因多态性的组合物、试剂盒、样品处理方法和应用 |
CN110106236A (zh) * | 2019-05-06 | 2019-08-09 | 上海派森诺生物科技股份有限公司 | 利用高分辨率熔解曲线法检测左乙拉西坦用药相关基因scn1a多态性的试剂盒及其方法 |
CN111676281A (zh) * | 2019-12-31 | 2020-09-18 | 安徽医科大学第一附属医院 | 一种基于hrm法检测人线粒体nd3基因10191位点基因型的试剂盒及方法 |
CN114657176A (zh) * | 2022-01-12 | 2022-06-24 | 南昌艾迪康医学检验实验室有限公司 | 一组探针和利用杂交捕获法检测药物基因组学相关基因cyp3a4多态性的建库试剂盒 |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN105154568A (zh) * | 2015-05-14 | 2015-12-16 | 长沙三济生物科技有限公司 | 焦磷酸测序法检测cyp3a4基因分型的引物对及试剂盒 |
-
2014
- 2014-07-22 CN CN201410350926.3A patent/CN105274190A/zh active Pending
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN105154568A (zh) * | 2015-05-14 | 2015-12-16 | 长沙三济生物科技有限公司 | 焦磷酸测序法检测cyp3a4基因分型的引物对及试剂盒 |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
张在丽: "CYP3A4/5和MDR1基因多态性的HRM检测及与西罗莫司健康人药动学的关系研究", 《中国优秀硕士学位论文全文数据库》 * |
Cited By (10)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN107090499A (zh) * | 2017-04-21 | 2017-08-25 | 云南仁桥医疗科技有限公司 | 一种检测cyp21基因突变的试剂盒 |
CN107893114A (zh) * | 2017-12-29 | 2018-04-10 | 韩林志 | 用于指导芬太尼类药物个体化用药相关基因检测的引物对、试剂盒及方法 |
CN108546754A (zh) * | 2018-05-08 | 2018-09-18 | 上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心 | 一种基于多色探针熔解曲线分析的喹硫平、阿立哌唑药物基因组学检测方法 |
CN108546754B (zh) * | 2018-05-08 | 2021-12-03 | 上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心 | 一种基于多色探针熔解曲线分析的喹硫平、阿立哌唑药物基因组学检测方法 |
CN108342462A (zh) * | 2018-05-11 | 2018-07-31 | 济南艾迪康医学检验中心有限公司 | Hrm技术检测nod1基因单核苷酸多态性的方法 |
CN109295192A (zh) * | 2018-10-29 | 2019-02-01 | 湖南健基生物技术有限公司 | 一种检测人mdr1基因多态性的组合物、试剂盒、样品处理方法和应用 |
CN110106236A (zh) * | 2019-05-06 | 2019-08-09 | 上海派森诺生物科技股份有限公司 | 利用高分辨率熔解曲线法检测左乙拉西坦用药相关基因scn1a多态性的试剂盒及其方法 |
CN111676281A (zh) * | 2019-12-31 | 2020-09-18 | 安徽医科大学第一附属医院 | 一种基于hrm法检测人线粒体nd3基因10191位点基因型的试剂盒及方法 |
CN114657176A (zh) * | 2022-01-12 | 2022-06-24 | 南昌艾迪康医学检验实验室有限公司 | 一组探针和利用杂交捕获法检测药物基因组学相关基因cyp3a4多态性的建库试剂盒 |
CN114657176B (zh) * | 2022-01-12 | 2023-10-27 | 南昌艾迪康医学检验实验室有限公司 | 一组探针和利用杂交捕获法检测药物基因组学相关基因cyp3a4多态性的建库试剂盒 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN105274190A (zh) | 一种检测cyp3a4*1g和mdr1c1236t的基因多态性的hrm方法 | |
CN101270390B (zh) | 线粒体测序用26对pcr引物及基于该引物的分型方法 | |
CN104087683B (zh) | 微卫星不稳定性多重检测体系及试剂盒 | |
CN103667514B (zh) | 一种人白介素28b基因多态性荧光pcr检测试剂盒 | |
CN105755109A (zh) | 一种新的苯丙酮尿症基因筛查和诊断体系及试剂盒 | |
CN106498035A (zh) | 一种用于高通量测序检测化疗药物基因snp变异文库的构建方法及其应用 | |
CN106498036A (zh) | 一种用于高通量测序检测的药物基因组snp变异文库的构建方法及其应用 | |
CN106148484B (zh) | 一种诊断y染色体微缺失的试剂盒 | |
CN104862312A (zh) | 哺乳类实验动物snp标记筛查的引物对及其应用 | |
CN104830852A (zh) | 一种检测hla-b*15:02等位基因的多重实时荧光pcr方法 | |
CN104862401B (zh) | 检测kras基因热点突变位点的引物、试剂盒及其pcr方法 | |
CN107513577A (zh) | 一种高效检测egfrt790m突变体的方法以及用于检测的探针和试剂盒 | |
CN109576363A (zh) | 一种人abcc2基因多态性检测的引物设计方法及试剂盒 | |
CN105316401A (zh) | 一种测定人abcc2基因多态性的方法 | |
CN103103259A (zh) | 确定核酸样本的两个预定位点是否具有已知突变的方法、试剂盒以及引物 | |
CN107828869A (zh) | 一种分子信标探针法检测人类mthfr基因多态性的试剂盒、方法及其应用 | |
CN104830992A (zh) | 检测亚甲基四氢叶酸还原酶c677t多态性位点的引物、试剂盒及其pcr方法 | |
CN104561336A (zh) | 利用高分辨熔解曲线分析技术检测ugt2b7基因多态性的方法 | |
CN104073548A (zh) | 基于溶解曲线的单核苷酸多态性检测方法及其试剂盒 | |
CN104004823A (zh) | 一种单核苷酸多态性熔解曲线分析方法 | |
CN103305600B (zh) | 使用石蜡包埋切片样品同步检测14种抗肿瘤用药相关基因表达水平的试剂盒及其检测方法 | |
Combaret et al. | Analysis of genomic alterations in neuroblastoma by multiplex ligation-dependent probe amplification and array comparative genomic hybridization: a comparison of results | |
CN105969842A (zh) | 基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型试剂盒及其分型方法 | |
CN103397102A (zh) | 一种对基因突变丰度定量的检测方法 | |
CN104131101A (zh) | 一种检测p53基因snp位点的试剂及其应用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
C06 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication | ||
WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication |
Application publication date: 20160127 |