CN105969842A - 基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型试剂盒及其分型方法 - Google Patents
基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型试剂盒及其分型方法 Download PDFInfo
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Abstract
基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型试剂盒及其分型方法,涉及单核苷酸多态性。试剂盒包括实时荧光定量PCR试剂、阳性对照及阴性对照;所述Glu504lys为NCBI所提供人12号染色体ALDH2基因中的SNP位点;分型方法:1)采用常规方法提取EDTA抗凝全血样本中的DNA;2)采用所述基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型试剂盒提供的实时荧光定量PCR试剂将DNA进行实时荧光定量PCR扩增;3)根据检测到的荧光信号对人ALDH2基因Glu504lys进行分型。AllGlo探针在保持高特异性和敏感性的前提下,检测价格比直接测序法更低廉,并且过程更简易耗时更短。
Description
技术领域
本发明涉及单核苷酸多态性(SNP),尤其是涉及一种基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型试剂盒及其分型方法。
背景技术
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。SNPs在人类基因组中广泛存在,平均每500~1000个碱基对中就有1个,估计其总数可达300万个甚至更多。作为第三代遗传标志,SNP与人体许多表型差异、药物易感性与疾病易感性密切相关。SNP在基因组中的大量存在,使其成为一个强有力的工具,在疾病定位与克隆、药物的设计和测试以及生物学的基础研究中起了非常重要的作用。
个体化诊断治疗是未来医学发展的大方向。将个体化的靶点定位于某个基因,甚至是单个核苷酸,发现疾病的遗传标志物,将有助于根据每个患者的不同遗传背景来开展疾病预防、诊断和治疗。基因的SNP是形成个体间差异的重要遗传学基础,通过SNP与疾病和药物治疗的关联性分析,使得医生不仅可以通过所检测出的SNP预测、确定与疾病有关的基因,同时也将能够事先把握患者个体对于某种药物的反应特点,并根据这一特点选择治疗效果最好,不良反应等危险性最小的药物对患者进行精准治疗。
SNP在疾病的预防、诊断、治疗及个体化医学发展中扮演着重要的角色,因此准确快速的进行SNP检测分型具有重大的意义。
目前,SNP分型的方法主要有直接测序技术法、限制性片段长度多态性技术(RFLP)、Tagman荧光探针法、扩增阻滞突变系统(ARMS)、高分辨熔解曲线分析法(HRM)等。其中,直接测序法是目前最直观,准确性相对而言最高的SNP分型方法,但其步骤多而分散,成本较高,工作量大,周期长,价格昂贵,不适合大样本多位点检测;限制性片段长度多态性技术(RFLP)作为一种最早的DNA标记技术,对仪器要求低,只需要一台PCR仪以及电泳仪器即可进行实验,但其实验操作繁琐,检测周期长,不适合大样本检测;Tagman荧光探针法准确度较好,但其设计合成程序复杂,并且不适合多位点少量样本的分型,尤其是频率偏低的位点;扩增阻滞突变系统(ARMS法)快速、简便,但是不能闭管操作,对基因多态性分析难以实现高通量、自动化;高分辨熔解曲线分析法(HRM)具有简单、快速等优点,但该方法特异性不足,仪器选择少。
AllGlo探针作为新一代的荧光探针,在具备TaqMan-MGB探针优点的基础上,大大提高信噪比,减少背景荧光信号。目前,AllGlo探针已经成功应用于检测疱疹病毒、乙型肝炎病毒基因突变(Feng,Z.L.Yu,X.Y.Lu,Z.M.Geng,D.Y.Zhang,L.Chen,S.J.Rapid detection of thehepatitis B virus YMDD mutant using AllGloTM probes[J].Clin Chim Acta,2011,412(11-12):1018-1021)、侵袭性曲霉菌病(Wu,D.S.Shen,J.Z.Zhou,X.Q.Shen,S.F.Wu,X.M.Theestablishment and evaluation of diagnostic accuracy of AllGlo(TM)probe-based techniques forinvasive aspergillosis[J].Zhong hua Nei Ke Za Zhi,2010,49(2):142-145)。
硝酸甘油是临床上广泛用于治疗及预防冠心病心绞痛的常用药,在治疗心绞痛方面已有100多年的历史。虽然硝酸甘油是治疗心绞痛的一线药物,但其临床的治疗效果在不同个体间却有很大的差异,尤其在中国汉族人群中含服硝酸甘油无效的比例可高达25%以上。乙醛脱氢酶(ALDH2)是体内催化硝酸甘油生物转化的关键酶,其酯酶活性可以通过将硝酸甘油脱硝形成一氧化氮,进而发挥作用。ALDH2第12外显子存在一个SNP位点—Glu504lys,该SNP位点会导致ALDH2活性发生改变,进而造成硝酸甘油无法产生一氧化氮,丧失药效。Glu504lys在白种人中少见,但是在东亚黄种人中却高达30%-50%(Goedde HW,et al.Population genetic studies of aldehyde dehydrogenase isozyme deficiency and alcohol sensitivity.Am.J.Hum.Genet.1983;35:769–772),因此在用药前对患者进行Glu504lys的检测分型,能够为患者选择更为合适的治疗药物,避免无效用药,为临床治疗用药提供重要的参考依据。在个体化诊断与治疗快速发展的背景下,Glu504lys与硝酸甘油的紧密联系使其成为了一个极具医学潜力的SNP位点,因此急需一种更快速高效的SNP分型方法来满足精准医学的发展。
发明内容
本发明的目的之一在于针对现有检测SNP方法中使用的试剂盒和检测方法存在的上述缺陷,提供基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型试剂盒。
本发明的目的之二在于提供基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型方法。
所述基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型试剂盒,包括实时荧光定量PCR试剂、阳性对照及阴性对照;
所述Glu504lys为美国国家生物技术信息中心(NCBI)所提供人12号染色体ALDH2基因中的SNP位点;
所述实时荧光定量PCR试剂包括以下组份:10×Taq缓冲液、10m mol的MgCl2、5u/μL的Taq Hotstart DNA聚合酶、10m mol dNTPs混合液、50×Low ROX、100mL无核酶水、10μmol/L Glu504lys的特异正向引物、10μmol/L Glu504lys的特异反向引物和AllGlo探针;所述10×Taq缓冲液包括100m mol Tris-HCl和500m mol KCl。
所述Glu504lys的特异正向引物的核苷酸序列为:
SEQ ID NO.1:5'-GGCTACAAGATGTCGGGGAG-3';
所述Glu504lys的特异反向引物的核苷酸序列为:
SEQ ID NO.2:5'-GCCACCAGCAGACCCTCA-3'。
所述AllGlo探针为Glu504lys的特异探针,其核苷酸序列为:
SEQ ID NO.3:Glu504lys-A:MAR-CAGGCATACACTAAAG-MAR;
SEQ ID NO.4:Glu504lys-G:JUP-CAGGCATACACTGAAG-JUP;
所述阳性对照包括:阳性纯合对照品1、阳性纯合对照品2、阳性杂合对照品。所述阳性纯合对照品1为Glu504lys分型为AA的DNA样品,所述阳性纯合对照品2为Glu504lys分型为GG的DNA样品,所述阳性杂合对照品为Glu504lys分型为AG的DNA样品。
所述阴性对照为1mL的无核酶水。
所述基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型方法,包括以下步骤:
1)采用常规方法提取EDTA抗凝全血样本中的DNA;
2)采用所述基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型试剂盒提供的实时荧光定量PCR试剂将DNA进行实时荧光定量PCR扩增;
3)根据检测到的荧光信号对人ALDH2基因Glu504lys进行分型。
所述AllGlo探针可采用美国A1leLogic Biosciences Corporation公司的荧光定量探针,它拥有普通Taqman,Taqman-MGB及分子信标(molecular beacon)探针所有优点,克服了目前这几种探针的最大弊端,它打破了传统Taqman一端报告基团一端淬灭基团的限制,利用了美国A1leLogic Biosciences Corporation公司研制的几种常见波长的特制荧光染料,标记在寡核苷酸上面互为报告基团和粹灭基团,而且上面含有特殊的可以提高Tm值(退火温度)的化学基团,提高探针特异性,杂交特异性大大提高,在杂交水解之后两端标记的染料又全部变为报告基团,提高荧光增量。
所述AllGlo探针具有以下优势:①提高Tm值(可达10℃以上),探针更短可以达到15~16个碱基,可以适用A,T含量比较高的序列设计探针;②加大了多重荧光定量的选择,因为每种染料即是报告基团又是淬灭基团,打破传统Taqman探针因波长原因标记选择困难,不受淬灭基团波长限制;③大大提高信噪比,无背景信号,空间距离近,更好的淬灭效果;④成本较低,价格仅相当于Taqman-MGB探针的一半,具有MGB探针所有优势。
本发明采用了AllGlo探针技术,设计了特异性引物和相应的AllGlo探针,探针分别标记2种特殊荧光基团(MAR、JUP),并对该技术反应条件进行优化,建立了一种AllGlo探针SNP检测分型方法,应用前景广阔。
本发明的有益效果如下:
本发明提供了一种基于AllGlo探针的SNP检测分型试剂盒和检测方法,其特异性和敏感性高,可快速准确进行SNP分型,与现有的常见技术相比具有以下优势:
1.与直接测序法相比,AllGlo探针在保持高特异性和敏感性的前提下,检测价格比直接测序法更低廉,并且过程更简易耗时更短。
2.与taqman-MGB探针相比,AllGlo探针采用相同的荧光基团,互为报告基团和淬灭基团,一方面释放的荧光信号更强,另一方面本底信号更低;而且合成程序简单,价格仅相当于Taqman-MGB的一半。
3.与限制性片段长度多态性技术(RFLP)相比,基于AllGlo探针的SNP分型方法将反应时间大大缩短,通量更大,并且敏感性与特异性要明显高于基于限制性酶切位点的SNP分型方法。
4.与扩增阻滞突变系统(ARMS)相比,基于AllGlo探针SNP分型方法检测灵敏度更强,可以实现“闭管操作”,有效防止外界污染,具有良好的特异性和准确性。
5.与高分辨熔解曲线分析法(HRM)相比,基于AllGlo探针SNP分型方法特异性更高,并且多种仪器可应用AllGlo探针进行SNP检测分型,可用仪器选择多,不需要特定技术人员操作,应用范围更广阔。
6.本发明建立了基于AllGlo探针进行Glu504lys的检测分型方法,适合人群进行个体化的SNP检测分型,推动了SNP在临床药物研究及个体化用药的发展。
具体实施方式
实施例1
本发明基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型试剂盒包括以下组份:
实时荧光定量PCR试剂、阳性对照及阴性对照。
①实时荧光定量PCR试剂包括以下组份:10×Taq缓冲液(10×Taq缓冲液包括100m molTris-HCl和500m mol KCl)、10m mol的MgCl2、5u/μL的Taq Hotstart DNA聚合酶、10m moldNTPs混合液、50×Low ROX、100mL无核酶水、10μmol/L Glu504lys的特异正向引物、10μmol/L Glu504lys的特异反向引物和AllGlo探针。
②阳性对照包括:阳性纯合对照品1、阳性纯合对照品2、阳性杂合对照品。所述阳性纯合对照品1为Glu504lys分型为AA的DNA样品,所述阳性纯合对照品2为Glu504lys分型为GG的DNA样品,所述阳性杂合对照品为Glu504lys分型为AG的DNA样品。
③阴性对照为1mL的无核酶水。
实施例2
外周血Glu504lys的检测分型,包括以下步骤:
1.收集EDTA抗凝外周血:
抽取新鲜血液标本2mL装于EDTA抗凝管并分装多管,每管分装400~500μL,取200μL用于DNA提取,其余全血标本置于-80℃冻存。
2.提取DNA:
采用天根生物科技有限公司的生产的血液基因组DNA提取试剂盒(DP348),按照操作说明书进行样本(全血)DNA提取,200μLEDTA抗凝全血按照说明书操作进行,最后用50μL的洗脱缓冲液TB溶解DNA,于核酸分光光度仪器Nano Drop2000上分别测定浓度和纯度,取纯度A260/A280比值在1.7~1.9之间,取浓度10~50ng/μL的已提取的DNA用于SNP分型检测,其余的DNA均于-80℃冻存。
3.实时荧光定量PCR扩增:
3.1将荧光定量PCR的各组分置于室温溶解,混匀后置于冰上。
3.2配制PCR反应混合液如表1。
表1
3.3于8联管中分装配制好PCR反应混合液,每管加入1μL的DNA,充分混匀,整个过程在冰上进行,避免气泡的产生。每次实验设置一个阴性对照,设置一个阳性纯合对照品1,一个阳性纯合对照品2和一个阳性杂合对照品。
3.4检测在实时荧光定量PCR仪器上进行,可使用ABI7300,7500(美国AppliedBiosystems公司)等多种仪器。
3.5设置荧光定量PCR反应条件如表2。
表2
4.结果分析与处理:应用ABI仪器自带软件进行结果分析。根据对照扩增结果,分型产生三种基因型:
第一种基因型:AA,与阳性纯合对照品1在同一轴上;
第二种基因型:AG,与阳性杂合对照品在同一轴上;
第三种基因型:GG,与阳性纯合对照品2在同一轴上。
实施例3.组织样本SNP检测分型
1.组织样本处理:
组织(脾组织用量应少10mg)应打碎处理为细胞悬液,然后10000rpm(~11200×g)离心1min,倒尽上清,加200μL缓冲液GA(天根DNA提取试剂盒DP304),震荡至彻底悬浮;
2.组织样本DNA提取和富集:
采用天根生物科技有限公司的生产的DNA提取试剂盒(DP304),按照操作说明书进行组织样本的DNA提取,最后用50μL的洗脱缓冲液TE溶解DNA,于核酸分光光度仪器NanoDrop2000上分别测定浓度和纯度;
3.组织样本的SNP检测分型。
后续步骤参照实施例2的步骤3~4。
可应用范围:
基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型试剂盒及其检测方法可应用于人类组织样本和血细胞Glu504lys的检测分型,以上显示和描述了本发明的基本原理、主要特征和本发明的优点。
Claims (7)
1.基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型试剂盒,其特征在于包括实时荧光定量PCR试剂、阳性对照及阴性对照;
所述Glu504lys为美国国家生物技术信息中心所提供人12号染色体ALDH2基因中的SNP位点。
2.如权利要求1所述基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型试剂盒,其特征在于所述实时荧光定量PCR试剂包括以下组份:10×Taq缓冲液、10m mol的MgCl2、5u/μL的Taq HotstartDNA聚合酶、10m mol dNTPs混合液、50×Low ROX、100mL无核酶水、10μmol/L Glu504lys的特异正向引物、10μmol/L Glu504lys的特异反向引物和AllGlo探针;所述10×Taq缓冲液包括100m mol Tris-HCl和500m mol KCl。
3.如权利要求1所述基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型试剂盒,其特征在于所述Glu504lys的特异正向引物的核苷酸序列为:
SEQ ID NO.1:5'-GGCTACAAGATGTCGGGGAG-3';
所述Glu504lys的特异反向引物的核苷酸序列为:
SEQ ID NO.2:5'-GCCACCAGCAGACCCTCA-3';
所述AllGlo探针为Glu504lys的特异探针,其核苷酸序列为:
SEQ ID NO.3:Glu504lys-A:MAR-CAGGCATACACTAAAG-MAR;
SEQ ID NO.4:Glu504lys-G:JUP-CAGGCATACACTGAAG-JUP。
4.如权利要求1所述基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型试剂盒,其特征在于所述阳性对照包括:阳性纯合对照品1、阳性纯合对照品2、阳性杂合对照品,所述阳性纯合对照品1为Glu504lys分型为AA的DNA样品,所述阳性纯合对照品2为Glu504lys分型为GG的DNA样品,所述阳性杂合对照品为Glu504lys分型为AG的DNA样品。
5.如权利要求1所述基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型试剂盒,其特征在于所述阴性对照为1mL的无核酶水。
6.基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型方法,其特征在于包括以下步骤:
1)采用常规方法提取EDTA抗凝全血样本中的DNA;
2)采用如权利要求1~5中任一所述基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型试剂盒提供的实时荧光定量PCR试剂将DNA进行实时荧光定量PCR扩增;
3)根据检测到的荧光信号对人ALDH2基因Glu504lys进行分型。
7.如权利要求6所述基于AllGlo探针的Glu504lys检测分型方法,其特征在于所述AllGlo探针采用美国A1leLogic Biosciences Corporation公司的荧光定量探针。
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Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
C06 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
C10 | Entry into substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
RJ01 | Rejection of invention patent application after publication | ||
RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20160928 |