CN108103160A - 一种XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法 - Google Patents
一种XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN108103160A CN108103160A CN201711446589.8A CN201711446589A CN108103160A CN 108103160 A CN108103160 A CN 108103160A CN 201711446589 A CN201711446589 A CN 201711446589A CN 108103160 A CN108103160 A CN 108103160A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- sample
- sites
- nucleic acid
- xpc
- mass spectrometry
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims abstract description 22
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims abstract description 19
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims abstract description 19
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims abstract description 19
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 title claims abstract description 14
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims abstract description 21
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 18
- 230000030609 dephosphorylation Effects 0.000 claims abstract description 11
- 238000006209 dephosphorylation reaction Methods 0.000 claims abstract description 11
- 101150042620 Xpc gene Proteins 0.000 claims abstract description 6
- 230000008569 process Effects 0.000 claims abstract description 5
- 239000011347 resin Substances 0.000 claims description 27
- 229920005989 resin Polymers 0.000 claims description 27
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 claims description 9
- 108010000178 IGF-I-IGFBP-3 complex Proteins 0.000 claims description 8
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 8
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 8
- 230000007850 degeneration Effects 0.000 claims description 7
- 239000012528 membrane Substances 0.000 claims description 7
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 6
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 claims description 6
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 6
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 5
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 5
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 claims description 4
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 4
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 3
- 238000011033 desalting Methods 0.000 claims description 3
- 238000012545 processing Methods 0.000 claims description 3
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 claims description 2
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 claims description 2
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 claims description 2
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 239000010931 gold Substances 0.000 claims description 2
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 claims description 2
- 238000007789 sealing Methods 0.000 claims 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 abstract description 6
- 238000000137 annealing Methods 0.000 abstract description 4
- 238000000926 separation method Methods 0.000 abstract description 4
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 abstract 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 abstract 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 14
- 102100022477 DNA repair protein complementing XP-C cells Human genes 0.000 description 4
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 4
- 210000004379 membrane Anatomy 0.000 description 4
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 4
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 4
- 230000005778 DNA damage Effects 0.000 description 3
- 231100000277 DNA damage Toxicity 0.000 description 3
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 description 3
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 3
- 238000001819 mass spectrum Methods 0.000 description 3
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 2
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 2
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 239000012154 double-distilled water Substances 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010076525 DNA Repair Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 102000011724 DNA Repair Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 230000033616 DNA repair Effects 0.000 description 1
- 208000001154 Dermoid Cyst Diseases 0.000 description 1
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 206010061902 Pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 1
- 206010048218 Xeroderma Diseases 0.000 description 1
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 1
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 230000007849 functional defect Effects 0.000 description 1
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 description 1
- 210000001156 gastric mucosa Anatomy 0.000 description 1
- 206010021198 ichthyosis Diseases 0.000 description 1
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 1
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000015486 malignant pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6858—Allele-specific amplification
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明提供了一种XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法，首先通过第一步PCR反应扩增出含有SNP位点的片段，而非单独扩增SNP位点，以提高样品的可操作性以及后续操作的精度；通过SAP对步骤S1得到的扩增产物进行去磷酸化处理，防止DNA分子5'端与3'端连接，在后续步骤准备好之前让DNA分子保持线性状态，从而保证后续实验的准确度；最后通过步骤S3对rs2228001位点进行单碱基延伸，利用变性‑退火内循环使DNA双链充分解螺旋、分离，从而实现不同SNP的精确分型。通过上述方法，可以快速、准确地获得XPC基因rs2228001位点的SNP分型信息，操作简便、可靠性强，可以为后续的相关研究提供可靠的参考信息。
Description
技术领域
本发明属于SNP检测技术领域，特别涉及一种XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法。
背景技术
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90％以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。
XPC基因位于3号染色体25区域，属于着色性干皮病基因组，是一种重要的DNA损伤修复基因。XPC作为一个进化保守的DNA修复酶，参与DNA损伤识别和NER(核苷酸切除修复)系统的启动，在DNA损伤修复中起着重要作用。XPC功能缺陷可能导致DNA修复能力下降，从而导致包括肿瘤在内的一系列疾病。研究表明，XPC的多态性可能影响肺癌的发病几率，还可能与试管鳞状上皮细胞癌胃贲门腺癌、胰腺癌等多种癌症的发病具有相关性。
XPC基因上存在中多SNP位点，每个SNP位点的不同表达形式均可能对上述病症产生不同的影响。因此，提供一种高效、准确的SNP检测方法，将会为研究XPC对上述疾病的影响机制提供重要的参考信息和理论支持。
发明内容
为了解决上述技术问题，本发明提供了一种XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法。
本发明具体技术方案如下：
本发明一方面提供了一种XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测引物组，包括如下引物：
上游引物rs2228001-F：5`-ACGTTGGATGAACTGGTGGGTGCCCCTCTA-3`(如SEQ.ID.No.1所示)；
下游引物rs2228001-R：5`-ACGTTGGATGGCCTCAAAACCGAGAAGATG-3`(如SEQ.ID.No.2所示)；
延伸引物rs2228001-E：5`-AAACCTGTTCCCATTTGAG-3`(如SEQ.ID.No.3所示)；
XPC基因rs2228001位点野生型碱基序列如SEQ.ID.No.4所示。
S1：用上游引物rs2228001-F和下游引物rs2228001-R进行第一轮PCR，对模板DNA进行扩增，得到含有所述rs2228001位点的片段；
S2：对步骤S1得到的片段进行去磷酸化处理，得到脱磷酸片段；
S3：用延伸引物rs2228001-E对所述脱磷酸片段进行单碱基延伸，对不同SNP进行分型；
S4：对步骤S3得到的样品进行脱盐处理，用质谱仪进行检测。
进一步地，步骤S1中，第一轮PCR的反应体系中包括如下组分：
模板DNA 2ng/μl、rs2228001-F引物0.05μM、rs2228001-R引物0.05μM、Mg2+4mM、1×PCR Buffer、dNTP 10μM以及Taq DNA聚合酶1U。
进一步地，步骤S1中，第一轮PCR的反应条件如下：
(1)预变性：95℃2min；
(2)扩增：95℃30s，56℃30s，72℃60s，共45个循环；
(3)延伸：72℃5min，4℃∞。
步骤S1的目的是扩增出含有SNP位点的片段，而非单独扩增SNP位点，以提高样品的可操作性以及后续操作的精度；“4℃∞”即为保持在4℃下，以防止外界温度剧烈变化对扩增产物造成影响。
进一步地，步骤S2中，去磷酸化的反应体系在第一轮PCR扩增产物的基础上还包括如下成分：
0.24×SAP Buffer以及SAP酶0.5U。
进一步地，步骤S2中，去磷酸化的反应条件如下：
(1)去磷酸化：37℃40min；
(2)SAP酶灭活：85℃5min，4℃∞。
步骤S2的目的是通过SAP对步骤S1得到的扩增产物进行去磷酸化处理，防止DNA分子5'端与3'端连接，在后续步骤准备好之前让DNA分子保持线性状态，从而保证后续实验的准确度。
进一步地，步骤S3中，单碱基延伸的反应体系在去磷酸化产物的基础上还包括如下成分：
0.222×iPLEX GOLD Buffer、1×iPLEX Termination mix、iPLEX延伸引物0.15μM以及1×iPLEX Enzyme。
进一步地，步骤S3中，单碱基延伸的反应条件如下：
(1)预变性：94℃30s；
(2)扩增内循环：94℃5s，52℃5s，共5个循环；
(3)扩增外循环：94℃5s，52℃5s，80℃5s，共40个循环；
(4)延伸：72℃4min，4℃∞。
步骤S3的目的是对rs2228001位点的序列进行单碱基延伸，从而实现不同SNP的分型。
本方案中，在变性-退火-延伸的外循环中间还对变性-退火设置内循环，以便充分将DNA的双链解旋、分离，从而提高DNA单链的分离程度以及单碱基延伸的准确性。
进一步地，所述步骤S4包括如下步骤：
S4.1：在树脂板上铺好洁净树脂待用，每孔6mg树脂，风干10～20分钟；
S4.2：向样本板的样本空内加入待测样品，每个样本孔再加15～20μL ddH2O，用封口膜密封，进行瞬时离心；
S4.3：打开覆盖所述样本孔的封口膜，将所述样本板倒扣在所述树脂板上固定，将固定好的样本板和树脂板整体翻转，轻敲树脂板，以使树脂板中的树脂完全落入样本板上相应样本孔，用封口膜密封，进行瞬时离心；
S4.4：将样本树脂混合物摇匀，在旋转器上慢速旋转15min后，在4000rpm条件下离心5min，离心后点样上机、用质谱仪对样品进行检测。
步骤S4的目的是去除样品中溶解的盐类，防止盐类对质谱系统造成污染、影响信号的生成，从而保证测量结果的可靠性。
本发明的有益效果如下：本发明提供了一种XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法，首先通过第一步PCR反应扩增出含有SNP位点的片段，而非单独扩增SNP位点，以提高样品的可操作性以及后续操作的精度；通过SAP对步骤S1得到的扩增产物进行去磷酸化处理，防止DNA分子5'端与3'端连接，在后续步骤准备好之前让DNA分子保持线性状态，从而保证后续实验的准确度；最后通过步骤S3对rs2228001位点进行单碱基延伸，利用变性-退火内循环使DNA双链充分解螺旋、分离，从而实现不同SNP的精确分型。通过上述方法，可以快速、准确地获得XPC基因rs2228001位点的SNP分型信息，操作简便、可靠性强，可以为后续的相关研究提供可靠的参考信息。
附图说明
图1为实验例1中不同方法的rs2228001位点SNP分型结果比较；
图2为实验例2中所有样品的rs2228001位点SNP分型示意图；
图3为实验例2中样品rs2228001位点的TT纯合型的质谱图；
图4为实验例2中样品rs2228001位点的GT杂合型的质谱图；
图5为实验例2中样品rs2228001位点的GG纯合型的质谱图。
具体实施方式
实验例
一种XPC基因的rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法，包括如下步骤：
S1：用上游引物rs2228001-F和下游引物rs2228001-R进行第一轮PCR，对模板DNA进行扩增，引物的碱基序列如下：
上游引物rs2228001-F：5`-ACGTTGGATGAACTGGTGGGTGCCCCTCTA-3`；
下游引物rs2228001-R：5`-ACGTTGGATGGCCTCAAAACCGAGAAGATG-3`；
反应体系如下：
反应条件如下：
(1)预变性：95℃2min；
(2)扩增：95℃30s，56℃30s，72℃60s，共45个循环；
(3)延伸：72℃5min，4℃∞；
S2：对所述步骤S1得到的扩增产物进行去磷酸化处理，得到脱磷酸片段，去磷酸化操作使用的SAP混合液体系如下：
| 使用浓度 | 加入量(μL) | |
| Nanopure Water,Autoclaved | N/A | 1.53 |
| SAP Buffer | 0.24× | 0.17 |
| SAP Enzyme(1.7U/μL) | 0.5U | 0.30 |
| 总体积[μL] | 2/rnx |
将上述SAP混合液加入到步骤S1得到的扩增产物中，并按照如下反应条件进行去磷酸化处理：
(1)去磷酸化：37℃40min；
(2)SAP酶灭活：85℃5min，4℃∞；
S3：用延伸引物rs2228001-E对所述脱磷酸片段进行单碱基延伸，对不同SNP进行分型，延伸引物的碱基序列如下：
rs2228001-E：5`-AAACCTGTTCCCATTTGAG-3`；
反应体系如下：
反应条件如下：
(1)预变性：94℃30s；
(2)扩增内循环：94℃5s，52℃5s，共5个循环；
(3)扩增外循环：94℃5s，52℃5s，80℃5s，共40个循环；
(4)延伸：72℃4min，4℃∞；
S4：对所述步骤S3得到的样品进行脱盐处理，用质谱仪进行检测，具体包括如下步骤：
S4.1：在树脂板上铺好洁净树脂待用，每孔6mg树脂，风干10～20分钟；
S4.2：向样本板的样本空内加入待测样品，每个样本孔再加15～20μL ddH2O，用封口膜密封，进行瞬时离心；
S4.3：打开覆盖所述样本孔的封口膜，将所述样本板倒扣在所述树脂板上固定，将固定好的样本板和树脂板整体翻转，轻敲树脂板，以使树脂板中的树脂完全落入样本板上相应样本孔，用封口膜密封，进行瞬时离心；
S4.4：将样本树脂混合物摇匀，在旋转器上慢速旋转15min后，在4000rpm条件下离心5min，离心后点样上机、用质谱仪对样品进行检测。
对照例
一种XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法，其中单碱基扩增的反应条件如下：
(1)预变性：94℃30s；
(2)扩增内循环：52℃5s，80℃5s，共5个循环；
(3)扩增外循环：94℃5s，52℃5s，80℃5s，共40个循环；
(4)延伸：72℃4min，4℃∞；
其余步骤和反应体系均与实验例相同。
实验例1
以本发明提供的方法作为实验组，以对照例提供的方法作为对照组1，以常规的Taqman方法作为对照组2，分别对15ng的XPC基因rs2228001位点标准品(包括5ng GT杂合、5ng GG纯合以及5ng TT纯合)进行检测，并对各组实验的分型定量结果进行比较。
如图1所示，实验组与对照组1的分型结果均好于对照组2，并且实验组的定量结果高于对照组1、更加接近标准品的含量。表明本发明提供的方法对XPC基因rs2228001位点的SNP分型检测较现有方法更加准确、效果更好，同时说明本方法在单碱基延伸过程中设置的变性-退火内循环，比常规的退火-延伸内循环具有更好的SNP分离和延伸效果。
实验例2
随机选取26名健康的成年(18～60周岁)志愿者，分别采集血样并提取全血基因组，按照实施例中提供的方法对26个样品进行rs2228001位点SNP检测，并对上述多个样品的质谱检测结果进行分析。
实验结果如图2～5所示，共有22个样品得到了可分析的结果，其中11个样品为TT纯合，9个样品为GT杂合，2个样品为GG纯合。表明该SNP位点上TT的纯合子较多，GG的纯合子以及G-T杂合子也有检出。图2中不同基因型的样品点彼此分离、互相无相交，同时图3～5中不同分型的峰型和分离情况良好，表明本发明提供的引物特异性良好、灵敏度高，分型结果准确。
以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式，其描述较为具体和详细，但并不能因此而理解为对本发明专利范围的限制。应当指出的是，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于本发明的保护范围。因此，本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。
序列表
<110> 沃森克里克（北京）生物科技有限公司
<120> 一种XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法
<160> 4
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工合成()
<400> 1
acgttggatg aactggtggg tgcccctcta 30
<210> 2
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工合成()
<400> 2
acgttggatg gcctcaaaac cgagaagatg 30
<210> 3
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工合成()
<400> 3
aaacctgttc ccatttgag 19
<210> 4
<211> 201
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 4
ccaccaccag gggctgggca tgcccagggc aggtgtgggg cctgtagtgg ggcagcagca 60
actggtgggt gcccctctag tgggcgctca gctcacagct gctcaaatgg gaacaggtgg 120
gaagctgctg ctttcttttc ccttttggtc ttcttgggcc cacccttcag cttctgcttt 180
tcttcatctt ctcggttttg a 201
Claims (9)
1.一种XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测引物组，其特征在于，包括如下引物：
上游引物rs2228001-F：5`-ACGTTGGATGAACTGGTGGGTGCCCCT CTA-3`；
下游引物rs2228001-R：5`-ACGTTGGATGGCCTCAAAACCGAGAAG ATG-3`；
延伸引物rs2228001-E：5`-AAACCTGTTCCCATTTGAG-3`。
2.一种应用权利要求1所述引物组的XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法，其特征在于，包括如下步骤：
S1：用上游引物rs2228001-F和下游引物rs2228001-R进行第一轮PCR，对模板DNA进行扩增，得到含有所述rs2228001位点的片段；
S2：对步骤S1得到的片段进行去磷酸化处理，得到脱磷酸片段；
S3：用延伸引物rs2228001-E对所述脱磷酸片段进行单碱基延伸，对SNP碱基序列进行扩增，从而实现不同SNP的分型；
S4：对步骤S3得到的样品进行脱盐处理，用质谱仪进行检测。
3.如权利要求2所述的XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法，其特征在于，步骤S1中，第一轮PCR的反应体系中包括如下组分：
模板DNA 2ng/μl、rs2228001-F引物0.05μM、rs2228001-R引物0.05μM、Mg2+4mM、1×PCRBuffer、dNTP 10μM以及Taq DNA聚合酶1U。
4.如权利要求3所述的XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法，其特征在于，步骤S1中，第一轮PCR的反应条件如下：
(1)预变性：95℃ 2min；
(2)扩增：95℃ 30s，56℃ 30s，72℃ 60s，共45个循环；
(3)延伸：72℃ 5min，4℃ ∞。
5.如权利要求2所述的XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法，其特征在于，步骤S2中，去磷酸化的反应体系在第一轮PCR扩增产物的基础上还包括如下成分：
0.24×SAP Buffer以及SAP酶0.5U。
6.如权利要求5所述的XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法，其特征在于，步骤S2中，去磷酸化的反应条件如下：
(1)去磷酸化：37℃ 40min；
(2)SAP酶灭活：85℃ 5min，4℃ ∞。
7.如权利要求2所述的XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法，其特征在于，步骤S3中，单碱基延伸的反应体系在去磷酸化产物的基础上还包括如下成分：
0.222×iPLEX GOLD Buffer、1×iPLEX Termination mix、iPLEX延伸引物混合物0.84～1.57μM以及1×iPLEX Enzyme。
8.如权利要求7所述的XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法，其特征在于，步骤S3中，单碱基延伸的反应条件如下：
(1)预变性：94℃ 30s；
(2)扩增内循环：94℃ 5s，52℃ 5s，共5个循环；
(3)扩增外循环：94℃ 5s，52℃ 5s，80℃ 5s，共40个循环；
(4)延伸：72℃ 4min，4℃ ∞。
9.如权利要求2所述的XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法，其特征在于，所述步骤S4包括如下步骤：
S4.1：在树脂板上铺好洁净树脂待用，每孔6mg树脂，风干10～20分钟；
S4.2：向样本板的样本空内加入待测样品，每个样本孔再加15～20μL ddH2O，用封口膜密封，进行瞬时离心；
S4.3：打开覆盖所述样本孔的封口膜，将所述样本板倒扣在所述树脂板上固定，将固定好的样本板和树脂板整体翻转，轻敲树脂板，以使树脂板中的树脂完全落入样本板上相应样本孔，用封口膜密封，进行瞬时离心；
S4.4：将样本树脂混合物摇匀，在旋转器上慢速旋转15min后，在4000rpm条件下离心5min，离心后点样上机、用质谱仪对样品进行检测。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201711446589.8A CN108103160A (zh) | 2017-12-27 | 2017-12-27 | 一种XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201711446589.8A CN108103160A (zh) | 2017-12-27 | 2017-12-27 | 一种XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN108103160A true CN108103160A (zh) | 2018-06-01 |
Family
ID=62213888
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201711446589.8A Pending CN108103160A (zh) | 2017-12-27 | 2017-12-27 | 一种XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN108103160A (zh) |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110923359A (zh) * | 2019-11-29 | 2020-03-27 | 中国食品药品检定研究院 | 检测ⅰ型脊灰减毒活疫苗核酸突变的质谱检测引物组及其方法 |
| CN110923360A (zh) * | 2019-11-29 | 2020-03-27 | 中国食品药品检定研究院 | 检测ⅲ型脊灰减毒活疫苗核酸突变的质谱检测引物组及其方法 |
| WO2022033407A1 (zh) * | 2020-08-11 | 2022-02-17 | 北京毅新博创生物科技有限公司 | 核酸质谱检测dna/rna的产品及检测方法 |
Citations (8)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20090029375A1 (en) * | 2007-07-11 | 2009-01-29 | Intergenetics, Inc. | Genetic models for stratification of cancer risk |
| CN101984077A (zh) * | 2010-11-25 | 2011-03-09 | 中国农业大学 | 用于荷斯坦牛群体的亲子鉴定snp标记组合及检测方法 |
| CN102978286A (zh) * | 2012-12-08 | 2013-03-20 | 上海迪道科技有限公司 | 利用特定snp组合进行亲子鉴定的方法 |
| CN104830978A (zh) * | 2015-04-26 | 2015-08-12 | 中国人民武装警察部队总医院 | 一种与肝癌术后肿瘤复发相关的基因及其检测方法 |
| CN105063208A (zh) * | 2015-08-10 | 2015-11-18 | 北京吉因加科技有限公司 | 一种血浆中游离的目标dna低频突变富集测序方法 |
| CN105695604A (zh) * | 2016-03-31 | 2016-06-22 | 天津脉络生物科技有限公司 | 用于xpc癌症易感基因的荧光pcr试剂盒及其应用 |
| CN106498035A (zh) * | 2016-09-30 | 2017-03-15 | 厦门飞朔生物技术有限公司 | 一种用于高通量测序检测化疗药物基因snp变异文库的构建方法及其应用 |
| US20170081724A1 (en) * | 2014-03-19 | 2017-03-23 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Method and kits for determining sensitivity to cancer treatment |
-
2017
- 2017-12-27 CN CN201711446589.8A patent/CN108103160A/zh active Pending
Patent Citations (8)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20090029375A1 (en) * | 2007-07-11 | 2009-01-29 | Intergenetics, Inc. | Genetic models for stratification of cancer risk |
| CN101984077A (zh) * | 2010-11-25 | 2011-03-09 | 中国农业大学 | 用于荷斯坦牛群体的亲子鉴定snp标记组合及检测方法 |
| CN102978286A (zh) * | 2012-12-08 | 2013-03-20 | 上海迪道科技有限公司 | 利用特定snp组合进行亲子鉴定的方法 |
| US20170081724A1 (en) * | 2014-03-19 | 2017-03-23 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Method and kits for determining sensitivity to cancer treatment |
| CN104830978A (zh) * | 2015-04-26 | 2015-08-12 | 中国人民武装警察部队总医院 | 一种与肝癌术后肿瘤复发相关的基因及其检测方法 |
| CN105063208A (zh) * | 2015-08-10 | 2015-11-18 | 北京吉因加科技有限公司 | 一种血浆中游离的目标dna低频突变富集测序方法 |
| CN105695604A (zh) * | 2016-03-31 | 2016-06-22 | 天津脉络生物科技有限公司 | 用于xpc癌症易感基因的荧光pcr试剂盒及其应用 |
| CN106498035A (zh) * | 2016-09-30 | 2017-03-15 | 厦门飞朔生物技术有限公司 | 一种用于高通量测序检测化疗药物基因snp变异文库的构建方法及其应用 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| PEIPEI XU等: ""Polymorphisms in XPC provide prognostic information in acute myeloid leukemia"", 《INTERNATIONAL JOURNAL OF HEMATOLOGY》 * |
| 汤芳芳等: "XPA、XPC、XPD、XRCC1基因单核苷酸多态性与急性淋巴细胞白血病易感性的关系", 《中华内科杂志》 * |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110923359A (zh) * | 2019-11-29 | 2020-03-27 | 中国食品药品检定研究院 | 检测ⅰ型脊灰减毒活疫苗核酸突变的质谱检测引物组及其方法 |
| CN110923360A (zh) * | 2019-11-29 | 2020-03-27 | 中国食品药品检定研究院 | 检测ⅲ型脊灰减毒活疫苗核酸突变的质谱检测引物组及其方法 |
| WO2022033407A1 (zh) * | 2020-08-11 | 2022-02-17 | 北京毅新博创生物科技有限公司 | 核酸质谱检测dna/rna的产品及检测方法 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Wang et al. | Genome-wide single-cell analysis of recombination activity and de novo mutation rates in human sperm | |
| JP2007509613A (ja) | 遺伝子発現プロファイリングのためのｑＲＴ−ＰＣＲアッセイシステム | |
| CN114085903B (zh) | 检测线粒体3243a＞g突变的引物对探针组合产品及其试剂盒与检测方法 | |
| US11028431B2 (en) | Detection of short homopolymeric repeats | |
| CN103261437B (zh) | 用于hpa基因分型的方法及所用引物 | |
| CN108103160A (zh) | 一种XPC基因rs2228001位点SNP核酸质谱检测方法 | |
| CN110923314A (zh) | 一组检测SNP位点rs9263726的引物、crRNA序列及其应用 | |
| CN110846399A (zh) | 一种心血管疾病个体化用药基因检测体系试剂盒及其应用 | |
| WO2016165591A1 (zh) | 基于焦磷酸测序技术的mgmt基因启动子甲基化检测 | |
| CN108018335A (zh) | 一种KIF1B基因rs17401966位点SNP核酸质谱检测方法 | |
| CN105886606A (zh) | 焦磷酸测序法快速检测华法林代谢酶基因多态性的试剂盒及其应用 | |
| CN114317803B (zh) | 一种小孔异担子菌的特异性检测靶标Hpar1567及其应用 | |
| CN109923215B (zh) | 序列变体的检测 | |
| CN117230184B (zh) | 基于飞行时间核酸质谱技术检测阿尔兹海默病基因的核酸组合及应用 | |
| CN104988223A (zh) | 同时检测vkorc1和cyp2c9基因多态性的引物与方法 | |
| CN110184376B (zh) | 高卢蜜环菌的pcr-rflp鉴别方法 | |
| CN102424833A (zh) | 多基因突变位点的实时pcr基因检测芯片及其检测方法 | |
| CN104988146A (zh) | 一种检测ercc1基因多态性的引物与方法 | |
| CN111235251A (zh) | 降高血压药物尼群地平个体化用药指导基因检测试剂盒 | |
| CN101246142B (zh) | 一种检测单核苷酸多态性的方法 | |
| CN103205489A (zh) | 一种Micro RNA表达检测方法及其定量检测试剂盒 | |
| CN112592972B (zh) | 弥漫性毒性甲状腺肿易感基因的早筛方法及试剂盒 | |
| CN108070660A (zh) | 一种ERCC2基因的rs13181位点SNP核酸质谱检测方法 | |
| CN108060229A (zh) | 一种TERT基因rs10069690位点SNP核酸质谱检测方法 | |
| CN108103161A (zh) | 一种PLCE1基因rs2274223位点SNP核酸质谱检测方法 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20180601 |
|
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |