CN102140543A - 鉴定发热伴出疹症候群传染病相关病毒病原体的多重实时定量pcr的引物、探针及检测方法 - Google Patents

鉴定发热伴出疹症候群传染病相关病毒病原体的多重实时定量pcr的引物、探针及检测方法 Download PDF

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Abstract

本发明公开了鉴定发热伴出疹症候群传染病相关病毒病原体的多重实时定量PCR的引物、探针及检测方法。包括对水痘-带状疱疹病毒、人类小DNA病毒B19、肠道病毒(肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型)、登革热病毒、风疹病毒和麻疹病毒的的多重实时荧光定量PCR检测。可通过两管多重PCR反应对多种类型标本中人的以上八种病毒同时进行定性或定量检测,本检测方法操作简单,耗时短,灵敏度高,特异性强,适用于现场检测、早期诊断和流行病学检测研究等,对发热伴出疹症候群起到辅助和鉴别诊断作用。

Description

鉴定发热伴出疹症候群传染病相关病毒病原体的多重实时定量PCR的引物、探针及检测方法
技术领域
本发明涉及生物技术领域,具体涉及一种用于检测和鉴定发热伴出疹症候群传染病病毒病原体的引物、探针、试剂盒和检测方法。
背景技术
发热伴出疹症候群传染病是指发热伴出疹,发热≥37.5℃,持续一天以上,伴有全身或局部皮肤或粘膜出疹。其病毒病原体主要包括肠道病毒(Enterovirus, EV)、风疹病毒(Rubella virus, RV)、麻疹病毒(Measles virus, MV)、登革病毒(Dengue virus, DEV)、水痘带状疱疹病毒(VZV)、人类DNA细小病毒(HPV B19)、肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A16型(Cox A16)等。
发热伴出疹症候群一般以症状进行临床诊断。部分轻症和不典型病例则需进行微生物学检查以求确诊,病毒分离、血清学诊断及病毒核酸检查是其确切的诊断方法。在实际临床工作中,由于发热伴出疹症候群具有不同的毒力,且均具有一定的传染性。因而发热伴出疹症候群的快速诊断就成为提高治疗效果和控制病毒扩散的关键。传统的分离培养及血清学检测方法费时繁琐,导致检测不及时,灵敏度不够,因此迫切需要开发快速正确检测的新技术以筛查可疑病例、控制疫情蔓延和及时给予对症治疗。分子生物学检测手段的介入,使这种需要成为了可能。实时荧光定量PCR具有快速检测、减少污染、准确定量、灵敏度高和特异性强的优点,多重定量PCR则可同时检测多种病毒病原,两者相结合的多重实时定量PCR(multiplex real-time quantitative polymerase chain reaction)集合了两者的优点,更由于减少了酶和荧光染料或探针的使用量,降低了成本。故本研究建立了单管荧光RT - PCR同时检测4种发热伴出疹症候群病毒病原体,两管即可全部检测以上8种发热伴出疹症候群病毒病原体,并应用于临床标本的检测。
发明内容
为了克服现有技术缺陷,本发明提供了一种能用于检测和鉴定发热伴出疹症候群传染病相关病毒病原体的多重实时定量PCR的引物。
为了实现上述目的,本发明采用如下技术方案:
一种用于检测和鉴定发热伴出疹症候群传染病相关病毒病原体的多重实时定量PCR的引物,检测和鉴定的对象包括水痘-带状疱疹病毒、人类小DNA病毒B19、肠道病毒、登革热病毒、风疹病毒和麻疹病毒,所述肠道病毒包括肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型;
第1组引物用于检测和鉴定肠道病毒的通用引物核苷酸序列,其上游引物如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列,其下游引物如SEQ ID NO:2所示核苷酸序列;
第2组引物用于检测和鉴定风疹病毒的通用引物核苷酸序列,其上游引物如SEQ ID NO:4所示核苷酸序列,其下游引物如SEQ ID NO:5所示核苷酸序列;
第3组引物用于检测和鉴定麻疹病毒的通用引物核苷酸序列,其上游引物如SEQ ID NO:7所示核苷酸序列,其下游引物如SEQ ID NO:8所示核苷酸序列;
第4组引物用于检测和鉴定登革病毒的通用引物核苷酸序列,其上游引物如SEQ ID NO:10所示核苷酸序列,其下游引物如SEQ ID NO:11所示核苷酸序列;
第5组引物用于检测和鉴定水痘-带状疱疹病毒的引物核苷酸序列,其上游引物如SEQ ID NO:13所示核苷酸序列,其下游引物如SEQ ID NO:14所示核苷酸序列;
第6组引物用于检测和鉴定人类小DNA病毒B19的引物核苷酸序列,其上游引物如SEQ ID NO:16所示核苷酸序列,其下游引物如SEQ ID NO:17所示核苷酸序列;
第7组引物用于检测和鉴定肠道病毒中的肠道病毒71型的引物核苷酸序列,其上游引物如SEQ ID NO:19所示核苷酸序列,其下游引物如SEQ ID NO:20所示核苷酸序列;
第8组引物用于检测和鉴定肠道病毒中的柯萨奇病毒A16型的引物核苷酸序列,其上游引物如SEQ ID NO:22所示核苷酸序列,其下游引物如SEQ ID NO:23所示核苷酸序列。
本发明的第二个目的是提供一种用于检测和鉴定发热伴出疹症候群传染病相关病毒病原体的多重实时定量PCR的探针,检测和鉴定的对象包括水痘-带状疱疹病毒、人类小DNA病毒B19、肠道病毒、登革热病毒、风疹病毒和麻疹病毒,所述肠道病毒包括肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型;
第1组引物用于检测和鉴定肠道病毒的探针核苷酸序列,其特征在于如SEQ ID NO:3所示核苷酸序列,该序列5’端荧光标记为Cy5,3’端荧光标记为BHQ3。
第2组引物用于检测和鉴定风疹病毒的探针核苷酸序列,其特征在于如SEQ ID NO:6所示核苷酸序列,该序列5’端荧光标记为ROX,3’端荧光标记为BHQ2。
第3组引物用于检测和鉴定麻疹病毒的探针核苷酸序列,其特征在于如SEQ ID NO:9所示核苷酸序列,该序列5’端荧光标记为HEX,3’端荧光标记为BHQ1。
第4组引物用于检测和鉴定登革病毒的探针核苷酸序列,其特征在于如SEQ ID NO:12所示核苷酸序列,该序列5’端荧光标记为FAM,3’端荧光标记为MGB。
第5组引物用于检测和鉴定水痘-带状疱疹病毒的探针核苷酸序列,其特征在于如SEQ ID NO:15所示核苷酸序列,该序列5’端荧光标记为FAM,3’端荧光标记为TAMRA。
第6组引物用于检测和鉴定人类小DNA病毒B19的探针核苷酸序列,其特征在于如SEQ ID NO:18所示核苷酸序列,该序列5’端荧光标记为HEX,3’端荧光标记为BHQ1。
第7组引物用于检测和鉴定肠道病毒中的肠道病毒71型的探针核苷酸序列,其特征在于如SEQ ID NO:21所示核苷酸序列,该序列5’端荧光标记为ROX,3’端荧光标记为BHQ2。
第8组引物用于检测和鉴定肠道病毒中的柯萨奇病毒A16型的探针核苷酸序列,其特征在于如SEQ ID NO:24所示核苷酸序列,该序列5’端荧光标记为Cy5,3’端荧光标记为BHQ3。
本发明的第三个目的是提供一种用于检测和鉴定发热伴出疹症候群传染病相关病毒病原体的多重实时荧光定量PCR检测方法,其使用上述引物和探针进行组合PCR扩增,其有如下检测组合:A组合:第1组至第4组引物和探针组合同时使用可一次性检测鉴定出所述四种病毒的一种或几种;B组合:第5组至第10组引物和探针组合同时使用可一次性检测鉴定出所述四种病毒的一种或几种。用A组合或/和B组合2管实时荧光定量PCR可检测及鉴定出8种病毒。
采用多重实时荧光定量PCR技术扩增样品的核酸片段,PCR总体系中添加各种引物浓度为0.2 μmol/l,PCR总体系中添加各种探针量为0.1 μmol/l;其他试剂可使用常规的的实时定量PCR反应混合液,包括Taq酶,逆转录酶,一步法RT-PCR反应缓冲液;PCR运行条件为:逆转录50℃,30min,预变性95℃5min,变性95℃ 15s,退火55℃ 1min,回到步骤3,重复循环45次;在退火步骤内进行单点荧光采集。
本发明用2管实时荧光定量PCR可检测及鉴定出8种病毒,如第1组至第4组引物和探针组合同时使用可一次性检测鉴定出四种病毒的一种或几种,第5组至第10组引物和探针组合同时使用可一次性检测鉴定出四种病毒的一种或几种。
本发明的具体原理是利用一对待测病毒病原体核酸序列的特异性引物和探针,采用一步法实时荧光定量RT-PCR试剂盒,通过PCR技术实现靶核酸序列片段的扩增。所使用的探针为两端分别标记荧光报告基团和荧光淬灭基团的寡核苷酸。当探针完整时,报告基团发出的荧光被淬灭基团吸收,在PCR扩增过程中,DNA聚合酶的5'端外切酶活性将特异结合在靶核苷酸片段上的荧光探针酶切降解,使报告基团的荧光信号可以被检测,荧光信号量的变化与扩增产物量成正比,从而可以通过荧光强弱来判断待测样本中靶核苷酸序列的存在。
本发明将多重PCR与Tagman荧光探针技术结合起来,即在一次检测过程中,可对多种可能引发的病原体进行同时检测,达到快速诊断、指导治疗的目的,从而克服常规PCR的局限性解决了临床上的检测通量的瓶颈问题,缩短了工作时间,较少了原料耗损,并且具有敏感性、特异性更强,有效解决了PCR污染等问题,自动化程度更高等特点。荧光探针定量PCR检测技术巧妙的利用了PCR技术DNA高效扩增、探针技术高特异性和光谱技术的敏感性及定量分析的优点。同时克服了传统PCR技术易污染、假阳性率高且不能定量的缺点,称为目前最先进的检测技术。
本发明的优点如下:
1. 检测速递快,效率高,可根据需要,随机两重、三重或多重组合同时检测多种致病病原体,也可以检测单个病原体。
2. 灵敏度高,可检测到病毒的最小浓度为10-11pM,高于经典的病原分离法的敏感性
3. 特异性强,由于扩增过程中的引物和检测过程中探针双重作用,再次保证了病原体检测的特异性
4. 操作简单,结果稳定,整个过程只需要
5. 适用于早期诊断,适用于不明原因发热引起的重大传染疾病的早期快速检测,多种病原体的随机组合检测以及大量样品的检测。
6. 适用范围广,取样简单。样品中DNA、肝素、EDTA、柠檬酸盐、血红蛋白、白蛋白和脂质等的污染将不会对结果造成影响,因而适用于各种待测样品如咽喉拭子、血液等。
附图说明
图1 利用A组合引物和探针进行Real-time PCR检测肠道病毒的荧光扩增曲线图,Ct值为9.35;以及阴性对照组扩增曲线图。
图2 利用A组合引物和探针进行Real-time PCR检测风疹病毒的荧光扩增曲线图,Ct值为16.65;以及阴性对照组扩增曲线图。
图3 利用A组合引物和探针进行Real-time PCR检测麻疹病毒的荧光扩增曲线图,Ct值为21.18;以及阴性对照组扩增曲线图。
图4 利用A组合引物和探针进行Real-time PCR检测登革病毒的荧光扩增曲线图,Ct值为18.96;以及阴性对照组扩增曲线图。
图 5 利用B组合引物和探针进行Real-time PCR检测水痘-带状疱疹病毒的荧光扩增曲线图,Ct值为10.21;以及阴性对照组扩增曲线图。
图6 利用B组合引物和探针进行Real-time PCR检测人类小DNA病毒B19的荧光扩增曲线图,Ct值为13.31;以及阴性对照组扩增曲线图。
图7 利用B组合引物和探针进行Real-time PCR检测肠道病毒中的肠道病毒71型的荧光扩增曲线图,Ct值为8.96;以及阴性对照组扩增曲线图。
图8 利用B组合引物和探针进行Real-time PCR检测肠道病毒中的柯萨奇病毒A16型的荧光扩增曲线图,Ct值为10.99;以及阴性对照组扩增曲线图。
具体实施方式
为使本发明更加容易理解,下面结合具体实施例,进一步阐述本发明。应理解,这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。
本领域的技术人员可以对其进行各种改造和修改,这些等价形式同样落入本发明的保护范围。
下面实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件,或按照制造厂商所建议的条件。
实施例1:引物和探针的设计
通过分别对所有已知的病毒的基因序列进行比对分析,选择高度保守的区段,设计多对引物和探针,引物长度一般为20碱基左右。最优引物探针序列组合如下:
分析上述病毒特异性基因的信息,经序列分析软件DNASTAR进行引物间/内二聚体的排除,并经BLAST验证引物的特异性与相近病原体的同源性,设计出针对上述病原体检测的引物和探针。
实施例2:PCR反应体系的构建与优化
1.标本中总核酸的提取
各毒株由本实验室所保存提供。同时,对肠道病毒、风疹病毒、麻疹病毒、登革病毒、水痘带状疱疹病毒、人类DNA细小病毒、肠道病毒71型、柯萨奇病毒A16型病毒进行病毒效价滴定(TCID50/ml),TCID50即是组织细胞培养半数感染剂量,各组病毒株均去1 TCID50/ml的病毒量。
利用灭活的病毒作为待测样品,采用QIAGen RNeasy Mini Kit (Qiagen, Chatsworth, CA ,catalog #74104)试剂盒抽提核酸。操作按照说明书进行。提取过程及主要参数:
(1)第一次使用此试剂盒时,在AW1和AW2缓冲液中按照试剂瓶上提示体积加入100%乙醇,19 ml AW1中加入25 ml无水乙醇,13 ml AW1中加30 ml无水乙醇;在AL中加入28 μg/ml carrier RNA。
(2) 取25 μl Qiagen Protease 放入1.5 ml离心管中。
(3) 在生物安全柜内从标本中取出200 μl加入此管中,充分混匀。
(4) 在每管分别加入200 μl AL(内需要提前加入28 μg/ml carrier RNA),充分混匀振荡15 s。56 ℃孵育15 min。短暂离心,将管盖上的液体离到管底。
(5) 加入250 μl无水乙醇,充分混匀振荡15 s,室温(15~25℃)裂解5 min。短暂离心,将管盖上的液体离到管底。
(6)将上述裂解液加入QIAamp MinElute离心柱上, 8000 rpm,室温离心1 min,弃收集管中的离心液。滤柱仍放回收集管上,将步骤③剩余的混合液全部吸入滤柱中,离心后弃离心液。
(7)于滤柱中加入500 μl AW1液,12000 rpm, 8000 rpm,室温离心1 min,弃收集管中的离心液。
(8) 从试剂盒中取一支干净的2 ml收集管,将离心后的滤柱移到新的收集管上,于滤柱中加入500 μl AW2液, 8000 rpm,室温离心1 min。将滤柱移到一个干净的收集管中,加入500 μl无水乙醇, 8000 rpm,室温离心1 min。
(9)将滤柱移到一个干净的收集管中, 14 000 rpm,室温离心3 min。将滤柱放室温精置3 min以干燥滤膜。
(10) 将滤柱放在1.5 ml Eppendorf管上,向滤柱中加入100 μl的AVE或RNase-free Water,室温静置1 min。14 000 rpm室温离心1 min,收集离心液即为提取的核酸。可立即用于检测或-70 ℃保存。
2、RNA纯度和浓度检测
取2 μl RNA溶液,以核酸蛋白定量仪(NanoDrop 1000, Thermo)分别测定并计算出其260 nm和280 nm波长的吸光度值A260与A280的比值及RNA浓度,1.8≥ A260/A280 ≤2.0表明纯度符合要求。各组RNA所测得的浓度和纯度均符合要求。
3、Real-time RT-PCR反应体系
(1)待测组探针法Real-time PCR反应体系在原试剂盒(QIAGEN One step RT-PCR Kit,Qiagen, Chatsworth, CA ,catalog #210212)说明书要求的基础上作适当的修改,如表1。阴性对照组探针法Real-time PCR反应体系如表2。
表1
cDNA or DNA 1 μl
RT-PCR反应液 20 μl
Taq酶 0.2 μl
DEPC-ddH2O 3.8 μl
Total 25 μl
表2
cDNA or DNA 0 μl
RT-PCR反应液 20 μl
Taq酶 0.2 μl
DEPC-ddH2O 4.8 μl
Total 25 μl
(2)反应程序参数按照各个试剂盒说明书要求进行设置,具体如表3:
表3
Figure 866223DEST_PATH_IMAGE001
(3)仪器检测通道的选择:选择的荧光检测通道应与探针所标记的报告荧光基团一致,具体按照仪器使用说明书进行设置。
(4)数据分析:程序运行完毕,仪器自动给出Ct值,Ct 值≥35 时,判断为阴性; Ct 值< 35 时,判断为阳性。如果待测样品中含有病毒,则显示阳性扩增曲线,如果待测样本中没有病毒,则显示阴性扩增曲线,即无扩增信号,见图1至图8,提示上述引物和探针具有良好的特异性和灵敏度。
实施例3:多重荧光定量RT-PCR的灵敏度分析
按上述方法对上述发热伴出疹症候群传染病病毒病原体(包括、风疹病毒、麻疹病毒、登革病毒、水痘带状疱疹病毒、人类DNA细小病毒、肠道病毒71型、柯萨奇病毒A16型)提取核酸后,利用建立的多重实时荧光定量RT-PCR方法,采用相同的反应体系和循环参数进行检测鉴定。结果显示各组反应对于全部8株病毒的核酸模板均出现相应的特异性荧光扩增曲线,相对应的其他病毒株模板均为阴性(图1-8),这显示了所建立的多重实时荧光定量PCR方法具有良好的特异性。
实施例4:多重荧光定量RT-PCR的灵敏度及稳定性分析
1、对肠道病毒、风疹病毒、麻疹病毒、登革病毒、水痘带状疱疹病毒、人类DNA细小病毒、肠道病毒71型、柯萨奇病毒A16型病毒进行病毒效价滴定(TCID50/ml),TCID50即是组织细胞培养半数感染剂量。
2、对所提供的不同TCID50浓度的病毒参考株分别提取RNA后,进行多重荧光定量RT PCR 反应,确定方法的反应灵敏度。通过将MV 和RV 参考株10 倍稀释成10-2、10-1、100、101、102、103 TCID50/ml共6组稀释度,提取RNA后分别进行多重荧光RT-PCR 反应的检测比较,每个样品重复4次测定,通过计算CT值的变异系数验证多重荧光定量RT-PCR反应体系的稳定性。结果显示肠道病毒、风疹病毒、麻疹病毒、登革病毒、水痘带状疱疹病毒、人类DNA细小病毒、肠道病毒71型、柯萨奇病毒A16型病毒的最低检出限分别达到0.2 TCID50/ml、0.7TCID50/ml、0.2 TCID50/ml、0.3 TCID50/ml、0.5 TCID50/ml、1 TCID50/ml、0.8 TCID50/ml、1.1 TCID50/ml、。
3、同时各取6个稀释度(10-2、10-1、100、101、102、103 TCID50/ml)平行进行单重荧光定量RT-PCR与多重荧光定量RT-PCR 反应的检测比较,每个样品进行4次重复试验,结果显示对各稀释度样品的4次检测所获得的CT值变异系数均在0.8 %以下。分别比较各组的单重与多重荧光定量RT-PCR检测结果,发现对各组病毒(肠道病毒、风疹病毒、麻疹病毒、登革病毒、水痘带状疱疹病毒、人类DNA细小病毒、肠道病毒71型、柯萨奇病毒A16型病毒)单重荧光定量RT-PCR要比多重荧光RT-PCR方法的检测CT值平均分别小0.6、0.9、0.2、0.6、0.2、0.5、0.1、1.0。以上数据表明本研究建立的多重荧光RT-PCR方法具有较好的稳定性,相对各自单重荧光RT-PCR 方法而言,多重方法各引物探针之间存在着一定干扰,但对结果影响不明显,因而多重方法可同时对各组病毒进行稳定、可靠的检测。
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Claims (4)

1.一种鉴定发热伴出疹症候群传染病相关病毒病原体的多重实时荧光定量PCR引物,其特征在于,鉴定的对象包括水痘-带状疱疹病毒、人类小DNA病毒B19、肠道病毒、登革热病毒、风疹病毒和麻疹病毒,所述肠道病毒包括肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型;
第1组引物用于检测和鉴定肠道病毒的通用引物核苷酸序列,其上游引物如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列,其下游引物如SEQ ID NO:2所示核苷酸序列;
第2组引物用于检测和鉴定风疹病毒的通用引物核苷酸序列,其上游引物如SEQ ID NO:4所示核苷酸序列,其下游引物如SEQ ID NO:5所示核苷酸序列;
第3组引物用于检测和鉴定麻疹病毒的通用引物核苷酸序列,其上游引物如SEQ ID NO:7所示核苷酸序列,其下游引物如SEQ ID NO:8所示核苷酸序列;
第4组引物用于检测和鉴定登革病毒的通用引物核苷酸序列,其上游引物如SEQ ID NO:10所示核苷酸序列,其下游引物如SEQ ID NO:11所示核苷酸序列;
第5组引物用于检测和鉴定水痘-带状疱疹病毒的引物核苷酸序列,其上游引物如SEQ ID NO:13所示核苷酸序列,其下游引物如SEQ ID NO:14所示核苷酸序列;
第6组引物用于检测和鉴定人类小DNA病毒B19的引物核苷酸序列,其上游引物如SEQ ID NO:16所示核苷酸序列,其下游引物如SEQ ID NO:17所示核苷酸序列;
第7组引物用于检测和鉴定肠道病毒中的肠道病毒71型的引物核苷酸序列,其上游引物如SEQ ID NO:19所示核苷酸序列,其下游引物如SEQ ID NO:20所示核苷酸序列;
第8组引物用于检测和鉴定肠道病毒中的柯萨奇病毒A16型的引物核苷酸序列,其上游引物如SEQ ID NO:22所示核苷酸序列,其下游引物如SEQ ID NO:23所示核苷酸序列。
2.一种鉴定发热伴出疹症候群传染病相关病毒病原体的多重实时荧光定量PCR探针,其特征在于,鉴定的对象包括水痘-带状疱疹病毒、人类小DNA病毒B19、肠道病毒、登革热病毒、风疹病毒和麻疹病毒,所述肠道病毒包括肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型;
第1组引物用于检测和鉴定肠道病毒的探针核苷酸序列,其特征在于如SEQ ID NO:3所示核苷酸序列,该序列5’端荧光标记为Cy5,3’端荧光标记为BHQ3;
第2组引物用于检测和鉴定风疹病毒的探针核苷酸序列,其特征在于如SEQ ID NO:6所示核苷酸序列,该序列5’端荧光标记为ROX,3’端荧光标记为BHQ2;
第3组引物用于检测和鉴定麻疹病毒的探针核苷酸序列,其特征在于如SEQ ID NO:9所示核苷酸序列,该序列5’端荧光标记为HEX,3’端荧光标记为BHQ1;
第4组引物用于检测和鉴定登革病毒的探针核苷酸序列,其特征在于如SEQ ID NO:12所示核苷酸序列,该序列5’端荧光标记为FAM,3’端荧光标记为MGB;
第5组引物用于检测和鉴定水痘-带状疱疹病毒的探针核苷酸序列,其特征在于如SEQ ID NO:15所示核苷酸序列,该序列5’端荧光标记为FAM,3’端荧光标记为TAMRA;
第6组引物用于检测和鉴定人类小DNA病毒B19的探针核苷酸序列,其特征在于如SEQ ID NO:18所示核苷酸序列,该序列5’端荧光标记为HEX,3’端荧光标记为BHQ1;
第7组引物用于检测和鉴定肠道病毒中的肠道病毒71型的探针核苷酸序列,其特征在于如SEQ ID NO:21所示核苷酸序列,该序列5’端荧光标记为ROX,3’端荧光标记为BHQ2;
第8组引物用于检测和鉴定肠道病毒中的柯萨奇病毒A16型的探针核苷酸序列,其特征在于如SEQ ID NO:24所示核苷酸序列,该序列5’端荧光标记为Cy5,3’端荧光标记为BHQ3。
3.一种鉴定发热伴出疹症候群传染病相关病毒病原体的多重实时荧光定量PCR检测方法,其特征在于,使用权利要求1所述引物和权利要求2所述探针进行组合扩增,包括如下组合:
A组合:第1组至第4组引物和探针组合同时使用可一次性检测鉴定出所述四种病毒的一种或几种;B组合:第5组至第10组引物和探针组合同时使用可一次性检测鉴定出所述四种病毒的一种或几种;用A组合或/和B组合2管实时荧光定量PCR可检测及鉴定出8种病毒。
4.根据权利要求3所述的检测方法,其特征在于,采用多重实时荧光定量PCR技术扩增样品的核酸片段,PCR总体系中添加各种引物浓度为0.2 μmol/l,PCR总体系中添加各种探针量为0.1 μmol/l,PCR运行条件为:逆转录50℃,30min,预变性95℃5min,变性95℃ 15s,退火55℃ 1min,回到步骤3,重复循环45次;在退火步骤内进行单点荧光采集。
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Cited By (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102634610A (zh) * 2012-05-07 2012-08-15 镇江和创生物科技有限公司 麻疹病毒和风疹病毒的特异性检测用引物探针组合和试剂盒
CN102851393A (zh) * 2012-07-31 2013-01-02 刘昊智 风疹病毒检测诊断试剂盒及其用途
CN102851391A (zh) * 2012-07-20 2013-01-02 宁波检验检疫科学技术研究院 人类肠道病毒四色荧光rt-pcr检测试剂盒及检测方法
CN102952897A (zh) * 2012-10-17 2013-03-06 浙江省疾病预防控制中心 一种风疹病毒rt-pcr荧光检测试剂盒及检测方法
CN103146841A (zh) * 2013-01-25 2013-06-12 海尔施生物医药股份有限公司 一种同步检测十八种发热伴出疹病原体的试剂盒及其检测方法
CN105907888A (zh) * 2016-04-14 2016-08-31 中国人民解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所 九种发热伴出疹病原体检测基因芯片的制备和用途
CN108424977A (zh) * 2018-02-09 2018-08-21 上海伯杰医疗科技有限公司 肠道病毒分型鉴定用引物探针和鉴定方法
WO2020072409A1 (en) * 2018-10-01 2020-04-09 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for amplifying or detecting varicella-zoster virus
CN114410847A (zh) * 2022-03-03 2022-04-29 广东省人民医院 嗜肺军团菌和登革热核酸定量联合检测试剂

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20050239055A1 (en) * 2004-04-22 2005-10-27 Mariani Brian D Enterovirus primers and probes
CN1746319A (zh) * 2005-09-22 2006-03-15 广州华银医药科技有限公司 一种呼吸道病原体的实时荧光聚合酶链式反应检测方法

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20050239055A1 (en) * 2004-04-22 2005-10-27 Mariani Brian D Enterovirus primers and probes
CN1746319A (zh) * 2005-09-22 2006-03-15 广州华银医药科技有限公司 一种呼吸道病原体的实时荧光聚合酶链式反应检测方法

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
《中国公共卫生》 20070731 严菊英等 肠道病毒TaqMan 荧光定量RT-PCR法快速检测 818-820 1-4 第23卷, 第7期 *
何雅青等: "荧光定量RT-PCR快速检测手足口病病原研究", 《中国热带医学》 *

Cited By (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102634610A (zh) * 2012-05-07 2012-08-15 镇江和创生物科技有限公司 麻疹病毒和风疹病毒的特异性检测用引物探针组合和试剂盒
CN102634610B (zh) * 2012-05-07 2016-11-23 江苏和创生物科技有限公司 麻疹病毒和风疹病毒的特异性检测用引物探针组合和试剂盒
CN102851391A (zh) * 2012-07-20 2013-01-02 宁波检验检疫科学技术研究院 人类肠道病毒四色荧光rt-pcr检测试剂盒及检测方法
CN102851393A (zh) * 2012-07-31 2013-01-02 刘昊智 风疹病毒检测诊断试剂盒及其用途
CN102952897A (zh) * 2012-10-17 2013-03-06 浙江省疾病预防控制中心 一种风疹病毒rt-pcr荧光检测试剂盒及检测方法
CN103146841A (zh) * 2013-01-25 2013-06-12 海尔施生物医药股份有限公司 一种同步检测十八种发热伴出疹病原体的试剂盒及其检测方法
CN103146841B (zh) * 2013-01-25 2014-10-01 海尔施生物医药股份有限公司 一种同步检测十八种发热伴出疹病原体的试剂盒及其检测方法
CN105907888A (zh) * 2016-04-14 2016-08-31 中国人民解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所 九种发热伴出疹病原体检测基因芯片的制备和用途
CN108424977A (zh) * 2018-02-09 2018-08-21 上海伯杰医疗科技有限公司 肠道病毒分型鉴定用引物探针和鉴定方法
CN108424977B (zh) * 2018-02-09 2021-06-25 上海伯杰医疗科技有限公司 肠道病毒分型鉴定用引物探针和鉴定方法
WO2020072409A1 (en) * 2018-10-01 2020-04-09 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for amplifying or detecting varicella-zoster virus
CN114410847A (zh) * 2022-03-03 2022-04-29 广东省人民医院 嗜肺军团菌和登革热核酸定量联合检测试剂

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