CN101113469A - 与黄瓜雌性性状相关的分子标记及其应用 - Google Patents

与黄瓜雌性性状相关的分子标记及其应用 Download PDF

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CN101113469A
CN101113469A CNA2007100351597A CN200710035159A CN101113469A CN 101113469 A CN101113469 A CN 101113469A CN A2007100351597 A CNA2007100351597 A CN A2007100351597A CN 200710035159 A CN200710035159 A CN 200710035159A CN 101113469 A CN101113469 A CN 101113469A
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cucumber
primer
female
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primer sets
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徐向丽
易克
陈刚
卢向阳
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Hunan Agricultural University
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Hunan Agricultural University
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Abstract

本发明公开了一种与黄瓜雌性性状相关的分子标记,该分子标记是黄瓜EIN3基因在153bp和501bp处发生的两个单核苷酸变异(SNP)位点,其中纯雌株EIN3基因上带有G153bp和T501bp分子标记或两者之一。获得该分子标记的方法为:提取黄瓜幼嫩叶片的基因组DNA,设计引物进行PCR扩增,然后进行PCR产物的克隆测序及测序结果的比对分析,最后重新设计引物在亲本及F2群体中进行验证。该分子标记可作为黄瓜雌性选择的特异性标记,用于黄瓜性别决定基因标记辅助选择育种,能大大缩短育种时间。

Description

与黄瓜雌性性状相关的分子标记及其应用
技术领域
本发明属于分子标记育种技术领域,具体涉及一种与黄瓜雌性性状相关的分子标记、该分子标记的获得方法及该标记在黄瓜雌性选育中的应用。
背景技术
黄瓜是世界上栽培面积最大的蔬菜作物之一。黄瓜植株性别表达类型丰富,雌性系黄瓜是指植株只长雌花而不长雄花或长极少量雄花的品系,往往表现出早熟、瓜密、丰产等优点。利用雌性系制一代杂种无需去雄,节约了劳动力,降低了制种成本,所制成的一代杂种纯度很高。用雌性系作母本配制的一代杂种也多表现早熟、雌花多、采瓜期集中、丰产等优点。因此,雌性系的选育与应用便成为黄瓜育种中一个重要的研究内容。
目前,我国至少有80%以上的黄瓜品种实现了杂种一代优势利用,并且相应地育成了一批雌性、强雌性杂种一代品种。但我国黄瓜生产上F1代制种仍主要采用化学(AgNO3)去雄、人工去雄法来进行,因此雌性系的选育工作进展较慢,迫切需要在黄瓜性别决定基因的遗传规律、雌性基因的分子标记辅助选择等工作上有所突破,从而加速强雌材料的选育与利用。
随着乙烯的生物合成、信号转导途径研究的深入,从分子水平上深入研究黄瓜性别决定机制成为可能。研究发现,ACC合酶是乙烯生物合成过程中的关键酶,因而ACC合酶在高等植物性别表达过程中起着重要作用。乙烯不敏感转录调节基因(ethylene insensitive 3,EIN3)是定位在细胞核上的乙烯信号转导下游元件,其编码的EIN3蛋白定位在核内,与乙烯反应相关基因的启动子特殊序列结合,并激活这些基因的表达。EIN3基因不是通过乙烯直接诱导,而是通过乙烯在蛋白质水平上进行调节。因此,从乙烯合成酶关键基因和乙烯信号转导基因为切入点,筛选用于植物性别分化研究和分子标记辅助选择育种的分子标记无疑是很有意义的。
单核苷酸多态性(SNPs)是指染色体基因组水平上由单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性,是继限制性酶切片断长度多态性(RFLP,restrictionfragment length polymorphism)、可变数量重复序列(VNTR,variable number oftandem repeat)和微卫星多态性(microsatellite polymorphism)之后的新一代多态性遗传标记,已渐渐成为与分子标记有关各领域研究的焦点。作为第三代遗传标记,具有分布广、密度高、多态性丰富等特点,且由于具有能直接反映植物基因DNA水平上的差异、其测定过程不受植物发育阶段的影响等优点,近十年来已被越来越多地用于植物性别分化研究和分子标记辅助选择育种中。
发明内容
本发明的目的之一在于克服现有黄瓜雌性系选育方法落后、效率低的不足,提供一种用于黄瓜雌性系选育的雌性性状相关分子标记。
与黄瓜雌性性状相关的分子标记,是EIN3基因在153bp和501bp处发生两个单核苷酸的变异(SNP)。其中纯雌株带有G153bp和T501bp特异性碱基或两者之一,两性花株带有A153bp或A501bp
本发明目的之二在于提供与黄瓜雌性性状相关的分子标记的获得方法。该方法包括以下步骤:
1、按常规方法进行材料培养和黄瓜性别的鉴定;
2、采用改进的CTAB法提取黄瓜幼嫩叶片基因组DNA,即在提取过程中分别用1%CTAB、5M KAc和1M NaCl处理。
3、根据EIN3与EIL基因mRNA的保守序列设计引物进行PCR扩增,引物为:上游引物:5’-ttg gag agg agg atg tgg ag-3’,下游引物:5’-ata atagca agc cag gta gc-3’。PCR扩增的反应程序为:94℃预变性5min,94℃变性1min、60℃退火1min、72℃延伸2min,共40个循环后于72℃延伸7min。
4、PCR产物的克隆测序以及测序结果的比对分析,结果表明:WI1983G和WI1983H的EIN3基因序列基本相同,只是在153bp和501bp处发生两个单核苷酸的变异(SNPs),分别为G153bp和A153bp、T501bp和A501bp
5、设计引物在亲本及F2群体中进行验证,它包括两组引物,其中引物组I上游引物具有序列表中SEQ ID NO.3所述的核苷酸序列,引物组I下游引物具有序列表中SEQ ID NO.4所述的核苷酸序列,引物组II上游引物具有序列表中SEQ ID NO.5所述的核苷酸序列,引物组II下游引物具有序列表中SEQID NO.6所述的核苷酸序列。
6、群体验证结果表明:通过引物组I扩增后性状为全雌性的植株扩增产物为382bp左右,而两性花株在相应位置没有出现扩增产物;通过引物组II扩增后性状为全雌性的植株扩增产物为605bp左右,而两性花株在相应位置没有出现扩增产物。
本发明目的之三在于提供该分子标记在黄瓜雌性选育中的应用:
1、提取黄瓜幼嫩叶片基因组DNA,设计引物进行PCR扩增,再进行PCR产物的克隆测序及测序结果的比对分析,若EIN3基因上带有G153bp和T501bp分子标记或两者之一,则可判定该植株为纯雌株。
2、设计用于群体验证的引物,其中引物组I上游引物具有序列表中SEQID NO.3所述的核苷酸序列,引物组I下游引物具有序列表中SEQ ID NO.4所述的核苷酸序列,引物组II上游引物具有序列表中SEQ ID NO.5所述的核苷酸序列,引物组II下游引物具有序列表中SEQ ID NO.6所述的核苷酸序列。
若通过引物组I可特异性扩增得到一条382bp大小的条带或通过引物组II可特异性扩增得到一条605bp大小的条带,即可判定该黄瓜植株为纯雌株。
本发明的技术方案能产生以下技术效果:
通过引物组I和引物组II扩增后只有性状为全雌性的植株才可扩增得到特异性产物。说明两个SNPs伴随着性状差异而分离,与控制黄瓜雌性性别表达密切相关。与主要性别决定基因连锁的分子标记的获得,可作为黄瓜雌性选择的特异性标记,有利于黄瓜作物性别决定基因标记辅助选择育种,大大缩短育种时间。
附图说明
图1F2代部分群体DNA电泳检测图
1:Mark  2:12  3:4  4:22  5:17  6:102  7:113  8:499:55  10:37  11:72  12:33  13:43  14:111  15:14916:133  17:122  18:138  19:2  20:6  21:51  22:8123:94  24:107  25:118  26:Mark
图2PCR扩增产物电泳检测图
M:Mark  1:WI1983G  2:WI1983H  3:F1
图3质粒DNA电泳检测
M:Mark  1:WI1983G  2:WI1983H  3:F1
图4质粒DNA的PCR检测
M:Mark  1:WI1983G/A  2:WI1983H/A  3:F1/A  4:WI1983G/B5:WI1983H/B  6:F1/B
图5重组质粒DNA的酶切检测
M:Mark  1:WI1983G  2:WI1983H    3:F1
图6亲本、F1代及部分F2代群体PCR产物电泳检测图(引物组I)
M:Mark  1:WI1983G  2:WI1983H  3:F1  4:15  5:25  6:377:46  8:54  9:60  10:70  11:83  12:85  13:99  14:11515:139  16:152  17:153
图7部分F2代群体PCR产物电泳检测图(引物组I)
M:Mark  1:9  2:32  3:119  4:134  5:133  6:8  7:18  8:719:11  10:3  11:36
图8亲本、F1代及部分F2代群体PCR产物电泳检测图(引物组II)
M:Mark  1:WI1983G  2:WI1983H  3:F1  4:4  5:37  6:46  7:518:94  9:99  10:100  11:112  12:115  13:126  14:129  15:13116:133  17:134
图9部分F2代群体PCR产物电泳检测图(引物组II)
M:Mark  1:18  2:35  3:44  4:88  5:77  6:153  7:24  8:399:32  10:119  11:25
具体实施方式
实施例1:与黄瓜雌性性状相关的分子标记的获得
一、材料与试剂
纯雌株系WI1983G和两性花株系WI1983H为一对近等基因材料,由威斯康星大学园艺系美国农业部农业研究中心J.E.Staub教授赠送,其中WI1983G雌性系来源于WI3122和WI3121杂交后代系统选育的高代自交系。两性花株系WI1983H来源于以抗枯萎、两性花WI2189作为供体与WI1983G经5代回交3代自交的自交系。F1代为WI1983G与WI1983H的杂交后第一代。F2代为F1代自交后代,共156株。
10×buffer、MgCl2、dNTP、TaqE均购自大连宝生物公司;引物由上海生工合成,均为PAGE级纯化。
二、方法
1、材料的培养和黄瓜性别的鉴定
采用营养钵育苗,一个月后移栽于防虫网隔离的大棚内,于先一天下午进行雄、雌花人工套袋,第二天上午人工杂交或自交。以WI1983G为母本,WI1983H为父本,获得其杂交组合,获得它们的F2群体材料。
黄瓜性别的鉴定按以下方法进行:纯雌株,在主蔓及侧蔓上没有雄花,所有的节位均为雌花;雌雄同株,在低节位具有一段较长的雄花节,然后一段雌雄混合的节位,末端不出现连续的雌花节;雌雄同株型的强雌株(强雌株),第1~7节多数为雄花,8~11节以上为连续的雌花节,雌花率较高(平均61%~63%,而普通的雌雄同株一般为21%~35%),末端表现连续的雌花节;两性花株,全部表现两性花,果实为大小不等的椭圆形。
2、基因组DNA的提取
由于黄瓜是含糖量较高的园艺作物,为避免糖类物质的影响,本试验采用传统的CTAB法提取基因组DNA,在提取过程中,还分别用1%CTAB、5M KAc和1M NaCl处理。具体操作过程如下:
2.1称取3.0g黄瓜幼嫩健康叶片,用双蒸水洗净后加液氮于研钵中研磨成粉末。转入50mL离心管,加入10mL预热(60℃)的DNA提取缓冲液(2%W/VCTAB,1.4mmol/L NaCl,20mmol/L EDTA,100mmol/L Tris-HCl,pH8.0,0.2%V/Vβ-巯基乙醇,1%PVP)中,充分混匀,60℃水浴60~70min,其间摇匀几次;
2.2加入1/3体积的5mol/L KAc(pH4.8),充分轻柔混匀后,冰浴30min;
2.3加入等体积氯仿∶异戊醇(24∶1)轻柔且充分混匀。静置10min,1,5000rpm离心30min;
2.4取上清,加入1/10体积的10%CTAB溶液,轻柔混匀,60℃水浴10min至CTAB彻底溶解;
2.5加入等体积氯仿∶异戊醇(24∶1)混匀,静置10min,1,5000rpm离心30min;
2.6取上清,加入0.7体积的冷异丙醇,轻柔摇动离心管充分混匀,置于-20℃30min或者过夜;
2.7 1,5000rpm离心10min;
2.8小心弃去上清,加入3mL洗涤缓冲液(76%V/V乙醇,10mmol/L乙酸铵)。室温下静置30min,间或轻柔摇动;
2.9 1,5000rpm离心5min;
2.10重复步骤2.8~2.9;
2.11将沉淀转移至1.5mL Eppendorf管中,加入400μL TE,(过夜放置)使之溶解;
2.12加入RNAase(100μg/mL溶液),37℃水浴2~4h;
2.13加入100μL 5M的NaCl。混匀后室温下静置15min;
2.14加入等体积的氯仿∶异戊醇(24∶1)混匀,静置10min,1,0000rpm离心10min;
2.15取上清,加入2倍体积95%冷乙醇沉淀DNA,轻柔且充分混匀,于-20℃放置30min或过夜;
2.16 1,0000rpm离心5min;
2.17弃上清,按步骤(2.15)~(2.16)洗涤沉淀一至两次,然后于空气中干燥;
2.18加入200~500μL ddH2O,过夜放置使沉淀溶解;
2.19 1,0000rpm离心5min,取上清测定DNA浓度。余下保存于-40℃冰箱中备用。
3、DNA样品的检测
取5μl DNA原液,上样于0.8%琼脂糖凝胶中,以1×TBE为电泳缓冲液,120V稳压电泳进样后,100V稳压电泳至指示剂距底端约1cm处结束。
提取DNA原液稀释20倍后,在分光光度计上测定DNA浓度及OD260/OD280。OD260/OD280不足1.8或超过2.0的均进行重新纯化。将纯化后的DNA分别稀释至5-30ng/μL备用。
4、获得外显子序列的引物设计
根据Genebank所报道的拟南芥、烟草和甜瓜EIN3与EIL基因mRNA的保守序列,采用Primer Premier 5.0和Oligo 6软件设计引物,扩增外显子序列。引物由上海生工生物工程技术服务有限公司合成:
上游引物:5’-ttg gag agg agg atg tgg ag-3’
下游引物:5’-ata ata gca agc cag gta gc-3’
5、PCR扩增
5.1PCR反应体系
成分                        用量
ddH2O                       12.2μL
10×buffer(+Mg2+)           2.0μL
dNTP(2.5mM/each)            1.6μL
Forward primer(15ng/μL)    1.0μL
Reverse primer(15ng/μL)    1.0μL
模板DNA(30-50ng/μL)        2.0μL
TaqE(5U/μL)                0.2μL
Total volume                20μL
混匀后,在反应液上覆盖一薄层液体石蜡油。
5.2PCR反应程序
扩增程序为:94℃预变性5min,94℃变性1min、60℃退火1min、72℃延伸2min,共40个循环后于72℃延伸7min,反应结束后4℃保存扩增产物。
6、PCR产物的克隆测序
6.1PCR产物的纯化回收
采用北京天为公司的DNA凝胶回收试剂盒回收PCR产物。
6.2PCR产物与载体的连接
Taq DNA聚合酶会在3’端加上多余的非模板依据碱基,而且对A优先聚合,所以PCR产物末端的多余碱基大部分为A。利用T-Vector上3’端T与PCR产物末端A互补并进行连接,采用Promega公司的pGEM-T easyvector系统,反应体系(10μL)如下:
T4 DNA连接酶的2×快速连接缓冲液     5μL
pGEM-T Easy载体(50ng)             1μL
PCR产物                             2μL
T4DNA连接酶(3Weiss单位/μL)         1μL
补加去离子水至终体积                10uL
用移液器吹打连接反应液使之混匀后,室温孵育1h。
6.3感受态细胞的制备
参照《分子克隆》第三版,采用CaCl2法制备。
6.4感受态细胞的转化
参照《分子克隆》第三版进行。
6.5重组质粒的提取
参照《分子克隆》第三版,采用碱式裂解法进行质粒提取。
6.6重组质粒的筛选与鉴定
PCR鉴定:取培养的菌液1μL按外显子的PCR混合体系和反应条件在PCR仪中进行反应。
酶切鉴定:pGEM T-easy Vector两头均有一个EcoR I酶切位点,故可利用EcoR I进行酶切鉴定。反应体系共20μL,即:2.0μL纯化质粒DNA(如少量可加大到5μL)、2.0μL buffer、1.0μL EcoR I、15μL ddH2O,在反应液上加一滴矿物油,37℃下反应4h或过夜,1.5%琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物。
6.7阳性克隆测序
将经过酶切和PCR检测为阳性克隆的质粒送上海生工生物工程技术服务有限公司测序。
7、序列分析、引物的设计及验证
根据测序结果利用Primier Premier 5.0软件重新设计引物,并在亲本及F2群体中进行验证,用于群体验证的上游引物3’端前6个碱基序列为3’ttg aag,由10~20个碱基组成的DNA片段。反应体系及程序同4.1和4.2,优选的引物序列组合由引物组I和引物组II组成,其中引物组I上游引物具有序列表中SEQ ID NO.3所述的核苷酸序列,引物组I下游引物具有序列表中SEQ IDNO.4所述的核苷酸序列,引物组II上游引物具有序列表中SEQ ID NO.5所述的核苷酸序列,引物组II下游引物具有序列表中SEQ ID NO.6所述的核苷酸序列。
三、结果与分析
1、基因组DNA的提取
结果显示:提取的DNA分子量均在23kb左右(附图1),OD260/OD280为1.8-2.0之间.RNA去除效果好,纯度较高,符合实验要求。
2、PCR产物的电泳结果
利用合成的引物对不同性别黄瓜基因组DNA进行PCR扩增,得到与预期片段大小一致的725bp的目的片段(附图2)。
3、重组质粒的转化、筛选与鉴定
利用Amp抗性筛选与α-互补现象筛选相结合的办法对重组质粒进行筛选。将筛选到的重组质粒转入50μg/mL Amp LB液体培养基中37℃振荡培养12小时。通过碱式裂解法提取质粒(附图3)。质粒DNA分别经过PCR检测(附图4)和EcoR I酶切检测(附图5),箭头所指示的是目的片段大小和位置。将双重鉴定后的阳性克隆送到上海生工生物工程技术服务有限公司进行测序,结果表明序列的两端均有引物的结合位点,进一步证实了克隆片段的正确性。
4、序列分析
由SEQ NO.1序列可知,WI1983G和WI1983H的EIN3基因序列基本相同,只是分别在153bp和501bp处发生两个单核苷酸的变异(SNPs),分别为G153bp和A153bp、T501bp和A501bp
5、对亲本、F1代及F2代群体进行PCR验证
通过引物组I扩增后的结果表明(附图6和附图7),性状为全雌性的植株(WI1983G、F1、15、25、54、70、85、139、153和9、32、134、8、18、3)扩增产物为382bp左右,而两性花株(WI1983H、37、46、60、83、99、115、152和119、133、71、11、36)在相应位置没有出现扩增产物。在整个F2群体中验证的准确率达96%以上。
通过引物组II扩增后的结果表明(附图8和附图9),性状为全雌性的植株(WI1983G、F1、4、51、94、100、112、126、129、134和18、35、153、24、32、25)扩增产物为605bp左右,而两性花株(WI1983H、37、46、99、115、131、133和44、88、77、39、119)在相应位置没有出现扩增产物。在整个F2群体中验证的准确率也达96%以上。
上述结果表明,引物组I和引物组II可以作为全雌性黄瓜选育的分子标记。
SEQUENCE LISTING
<110>易克
     湖南农业大学
<120>与黄瓜雌性性状相关的分子标记及其应用
<130>
<160>6
<170>PatentIn version 3.3
<210>1
<211>725
<212>DNA
<213>Cucumis sativus
<400>
ttggagagga ggatgtggag ggacaagatg cgtctcaaac gtcttaaaga gcaaagcaag
60
gttaaggaag ggatcgatat tgtgaagcaa cgacaatctc aagaccaggc taggaggaag
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gccatagcca agtaccaggc agacaatgca attcctggac gaaatgatgg ctgtaattca
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caccattcct cgactcca
18
<210>5
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列
<400>5
catgatggga tcttgaag
18
<210>6
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<400>6
ataatagcaa gccaggtagc
20

Claims (10)

1.与黄瓜雌性性状相关的分子标记,其特征在于该分子标记是黄瓜EIN3基因在153bp和501bp处发生的两个单核苷酸变异,见序列表SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2,这两个单核苷酸变异分别为G153bp和A153bp、T501bp和A501bp
2.利用权利要求1所述的两个单核苷酸的变异设计的两组引物,其特征在于:上游引物3’端前6个碱基序列为3’ttg aag,为10~20个碱基组成的DNA片段。
3.根据权利要求2所述的引物,其特征在于:它包括两组引物,其中引物组I上游引物具有序列表中SEQ ID NO.3所述的核苷酸序列,引物组I下游引物具有序列表中SEQ ID NO.4所述的核苷酸序列,引物组II上游引物具有序列表中SEQ ID NO.5所述的核苷酸序列,引物组II下游引物具有序列表中SEQID NO.6所述的核苷酸序列。
4.一种获得黄瓜雌性性状分子标记的方法,其特征在于包括以下步骤:
1)材料培养和黄瓜性别的鉴定;
2)黄瓜幼嫩叶片基因组DNA的提取;
3)根据EIN3或EIL基因mRNA的保守序列设计引物进行PCR扩增;
4)PCR产物的克隆测序及测序结果的比对分析;
5)根据序列比对结果设计两组引物引物,在亲本及F2群体中进行验证。
5.根据权利要求4所述的获得黄瓜雌性性状分子标记的方法,其特征在于基因组DNA提取过程中分别用1%CTAB、5M KAc和1M NaCl处理。
6.根据权利要求4所述的获得黄瓜雌性性状分子标记的方法,其特征在于PCR扩增的反应程序为:94℃预变性5min,94℃变性1min、60℃退火1min、72℃延伸2min,共40个循环后于72℃延伸7min。
7.根据权利要求4所述的获得黄瓜雌性性状分子标记的方法,其特征在于用于群体验证的上游引物3’端前6个碱基序列为3’ttg aag,为10~20个碱基组成的DNA片段。
8.根据权利要求4所述的获得黄瓜雌性性状分子标记的方法,其特征在于用于群体验证的两组引物分别为:由序列表中SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4构成的引物组I和由序列表中SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.6构成的引物组II。
9.黄瓜EIN3基因的分子标记在选择育种上的的应用,其特征在于:EIN3基因上带有G153bp和T501bp分子标记或两者之一的植株均为纯雌株。
10.黄瓜EIN3基因的分子标记在选择育种上的应用,其特征在于:通过引物组I可特异性扩增得到一条382bp大小的条带;或通过引物组II可特异性扩增得到一条605bp大小的条带,即可判定该黄瓜植株为纯雌株。
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