BRPI0617373A2 - composições e métodos do vìrus da raiva - Google Patents

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Abstract

COMPOSIçõES E MéTODOS DO VìRUS DA RAIVA. Composições e métodos do Vírus da Raiva são fornecidos. A sequência completada linhagem Evelyn-Rokitnicki-Abelseth (ERA) do Vírus da Raiva é revelada. Um sistema de genética reversa para a produção de vírus da ERA recombinante e seus derivados é fornecido, juntamente com composições que incluem vírus, ácidos nucléicos e/ou proteínas derivadas da linhagem ERA. Em alguns casos, as composições são composições imunogênicas úteis para os tratamentos à pré ou à pós-exposição ao vírus da Raiva.

Description

RELATÓRIO DESCRITIVO Pedido de Patente de Invenção para "COMPOSIÇOES E
MÉTODOS DO VÍRUS DA RAIVA".
Referência a Pedido(s) de Patente Relacionado(s)
Este pedido de patente reivindica o benefício do Pedido de Patente Provisório No. US 60/727,038, depositado em 14 de outubro de 2005, o qual é aqui incorporado em sua totalidade como referência.
Declaração de Suporte Governamental
Esta invenção foi feita pelos Centros para o Controle e a Prevenção de Doenças (<Centers for Disease Control and Prevention), uma agência do Governo dos Estados Unidos. Em conseqüência, o Governo dos Estados Unidos possui certos direitos sobre a invenção.
Campo
Esta divulgação se refere ao campo da virologia. Mais especificamente, esta divulgação se refere a composições e métodos que são úteis para a produção de composições imunogênicas, para proteger mamíferos da infecção por vírus rábicos.
Fundamentos da Divulgação
A Raiva permanece sendo uma das doenças mais aterradoras, que afeta seres humanos e animais, apesar dos avanços científicos significativos em sua prevenção e em seu controle. A Raiva se apresenta como um problema distinto em diferentes partes do mundo. Nas Américas, existem reservatórios de raiva em muitas espécies animais, incluindo guaxinins, gambás, raposas e morcegos (Rupprecht e outros, Emerg. Infect Dis. 1(4): 107-114, 1995). Epidemias de infecções de raiva nesses mamíferos terrestres são descobertas em vastas regiões geográficas pelos Estados Unidos. Por exemplo, a raiva do guaxinim afeta uma região de mais de 1 milhão de quilômetros quadrados, da Flórida até Maine. Embora a raiva em espécies selvagens ainda exista em países desenvolvidos, fez-se progresso no controle e na eliminação da raiva em espécies selvagens, através do uso da imunização oral de animais selvagens.
Ainda assim, a raiva permanece sendo uma grande ameaça à saúde pública, e persiste ocasionando entre 50.000 e 60.000 mortes humanas a cada ano (Organização Mundial da Saúde, Abril 2003). Os seres humanos tornam-se infectados com o vírus da raiva principalmente através de mordidas de animais rábicos, domésticos e selvagens. Nos países em desenvolvimento, os cães são responsáveis por aproximadamente 94% das mortes humanas por raiva. A raiva de cães ainda é epidêmica na maioria dos países da África, Ásia e América do Sul, e nesses países os cães são responsáveis pela maior parte das mortes pela doença. O controle da infecção do vírus da raiva em animais domésticos e selvagens, portanto, não apenas reduz a mortalidade nesses animais, mas também
reduz o risco à exposição humana. I0 o vírus da raiva é transmitido através de aberturas na pele por
mordida ou arranhão de um animal infectado. A exposição ao vírus da raiva
resulta em sua penetração em extremidades nervosas periféricas, sem mielina,
seguida por seu espalhamento através de transporte axonal retrógrado, a
replicação ocorrendo exclusivamente nos neurônios e, finalmente, a chegada no
sistema nervoso central (SNC). A infecção do SNC causa disfunção celular e
morte (Rupprecht & Dietzschold, Lab. Invest. 57:603, 1987). Como o vírus da
raiva se propaga diretamente de uma célula a outra, ele praticamente contorna o
reconhecimento imunológico (Clark & Prabhakar, Rabiesi Em: Olson e outros,
eds., Comparative Pathology of Viral Disease, 2:165, Boca Raton, FL, EUA,
CRC Press, 1985).
O vírus da raiva (VR) é um rabdovírus-um vírus de RNA não segmentado com polaridade de sentido negativo. Dentro da família dos rhabdovírus, o vírus da raiva é o protótipo do gênero Lyssavirus. O VR é composto de dois principais componentes estruturais: uma núcleocápsideo ou proteína-ribonucléica (PRN), e um envelope na forma de uma membrana de duas camadas que envolve o núcleo de PRN. O componente infeccioso de todos os rhabdovírus é o núcleo de PRN, o qual consiste no genoma de RNA de filamento negativo em encapsidação por nucleoproteína (N) em combinação com RNA- polimerase dependente-RNA (L) e fosfoproteína (Ρ). A membrana que envolve a PRN contém duas proteínas: a glicoproteína trans-membrana (G) e a proteína matricial (M), localizadas no interior da membrana. Portanto, o genoma viral codifica estas cinco proteínas: as três proteínas da PRN (N,Le P), a proteína
matricial (M) e a glicoproteína (G).
Os determinantes moleculares de patogenia de várias linhagens do vírus da raiva não foram totalmente elucidados. A patogenia do VR foi atribuída a eventos multigênicos (Yamada e outros, Microbiol ImmunoL 50:25-32, 2006). Por exemplo, algumas posições no genoma do VR, se sofrerem mutação, afetam a transcrição ou a replicação viral, reduzindo a virulência. Mutações no resíduo serina 389 do local de fosforilação do gene N (Wu e outros, J. Virol 76:4153- 4161, 2002) ou na seqüência central GDN do motivo protéico (motifi C altamente conservado no gene L (Schnell e Conzelmann, Virol 214:522-530, 1995) reduziram dramaticamente a transcrição e a replicação do VR.
A proteína G, também referida como proteína de pico, está envolvida na ligação celular e na fusão de membrana do VR. A região de aminoácido nas posições 330 a 340 (referida como local antigênico III) da proteína G foi identificada como importante para a virulência de certas linhagens do VR. Diversos estudos sustentam o conceito de que a patogenia de linhagens fixas do VR é determinada pela presença de arginina ou lisina no resíduo de aminoácido 333 da glicoproteína (Dietzschold e outros, Proc. Natl Aead Sei. USA 80: 70-74, 1983; Tuffereau e outros, Virol 172: 206-212, 1989). Este fenômeno parece ser aplicável ao menos aos vírus da raiva
fixos tais como as linhagens CVS, ERA, PV, SAD-B19 e HEP-Flury (Anilionis e outros, Nature 294:275-278, 1981; Morimoto e outros, Virol 173:465-477, 1989). Por exemplo, vírus de vacina da raiva possuindo um aminoácido diferente de Arg na posição 333 da glicoproteína como descrito, por exemplo, em WO 00/32755 (que descreve mutantes do VR nos quais todos os três nucleotídeos no códon da proteína G Arg333 são alterados em comparação com o vírus mãe, de maneira que a Arg na posição 333 seja substituída com outro aminoácido); na Patente Européia 350398 (que descreve um mutante do VR não-virulento SAGl derivado da linhagem Bern SAD do VR, em que o Arg na posição 333 da glicoproteína é substituído por Ser); e no pedido de patente Europeu 583998 (que descreve um mutante do VR atenuado, SAG2, no qual o Arg na posição 333 na proteína G é substituído por Glu). Outras linhagens, tais como a linhagem RC-HL, possuem um resíduo de arginina na posição 333 da G, mas não causam infecção letal em camundongos adultos (Ido e outros, MicroL ImmunoL 38:479-482, 1994; Ito e outros, J. ViroL 75:9121-9128, 2001). Desta forma, toda a G pode contribuir para a virulência do VR, embora os determinantes ou as regiões não tenham sido antes identificados. O gene da G codifica a única proteína que induz um anticorpo neutralizante viral. Ao menos três estados da glicoproteína do VR são conhecidos: o estado nativo (N) sendo o responsável pela ligação de receptores; um estado hidrofóbico ativo (A) necessário na etapa inicial no processo de fusão de membrana (Gaudin, J. Cell BioL 150:601-612, 2000), e uma conformação inativa de fusão (I). O dobramento e a maturação corretos da G desempenham papéis importantes para o reconhecimento imunológico. As três posições glicosiladas potenciais no domínio da ERA G extracelular ocorrem nos resíduos de Asn37, Asn247 e Asn319 (Wojczyk e outros, Glycobiology. 8: 121-130, 1998), respectivamente. A não-glicosilação da G não só afeta a conformação, mas também inibe a apresentação da proteína na superfície celular. Portanto, a elucidação dos determinantes moleculares que fundamentam a patogenia do vírus da raiva apresenta um problema complexo.
Síntese da Divulgação A seqüência completa da linhagem de vírus que corresponde à
vacina fixa de Evelyn-Rokitnicki-Abelseth (ERA) para o vírus da raiva é revelada aqui, juntamente com métodos para seqüenciar estas e outras linhagens de Lyssavirus.
Um sistema de genética reversa para o vírus da raiva é também descrito, em particular utilizando a linhagem do vírus da raiva ERA como um exemplo. O uso de uma RNA polimerase de T7, contendo um sinal de localização nuclear (NLS) de oito aminoácidos na extremidade terminal N facilitou a recuperação do vírus. Além da linhagem do vírus da ERA mãe, diversos outros vírus derivados são descritos, incluindo ERA- (remoção da região psi), ERAverdel (gene de proteína fluorescente verde inserido na região psi), ERAverde2 (gene de proteína fluorescente verde inserido na região intergênica de fosfoproteína e proteína matriz), ERA2g (contendo uma cópia extra da glicoproteína na região psi), ERAg3 (com uma mutação no aminoácido 333 na glicoproteína), ERA2g3 (com uma cópia extra da glicoproteína alterada no aminoácido 333 na região psi), ERA-G (em que a glicoproteína foi removida), ERAgm (genes MeG trocados no genoma), e ERAgmg (duas cópias da G na construção rearranjada de ERAgm). A unidade de transcrição extra foi incorporada dentro do genoma do vírus da ERA para a expressão eficiente de Fases Abertas de Leitura (ORFs). Otimizando-se as condições de propagação, as quais são descritas aqui, os vírus resgatados atingem títulos que excedem IO9 ffu/ml tanto em frascos de bioreatores como de tecido estacionário.
É também revelada uma linhagem celular modificada que constitutivamente expressa a glicoproteína da ERA. A linhagem celular, denominada BSR-G, é útil para a produção de vírus da raiva recombinantes,
incluindo os atenuados e/ou os deficientes em replicação.
O acima exposto e outros objetivos, recursos e vantagens da invenção ficarão mais aparentes a partir da seguinte descrição detalhada. Breve Descrição dos Desenhos
Fig. IA - Ilustração esquemática do plasmídeo de transcrição da ERA. Posições das enzimas de ácido ribonucléico (ribozimas) em cabeça-de- martelo e do genoma da ERA anti-genômico são indicadas graficamente. As posições relativas das proteínas Ν, Ρ, M, G e L são mostradas em uma direção de
5' para 3'.
Fig. IB - Diagrama esquemático de construção do plasmídeo pTMF de cDNA genômico do vírus da raiva de comprimento completo.
Fragmentos Fl, F2 de produtos de RT-PCR e locais de reconhecimento de enzima de restrição (Nhel, Kpnl1Blpl, Pstl e Notl) (não desenhado em escala). A barra à esquerda indica uma ribozima em cabeça de martelo RdRz e a barra à direita indica a ribozima do vírus delta da hepatite HDVRz. O símbolo ♦ indica que os locais Kpnl ou Pstl foram removidos, e a seta vertical * indica que os
IocaisNhel ou Notl foram deixados intactos.
Fig. 2 - Ilustração esquemática do mecanismo proposto de
atuação autogênica da RNA polimerase do NLST7. O complexo de reagentes
de transfecção de DNA é trazido para dentro de células por endocitose. A maior parte do DNA liberado dos lisossomos e endossomos é retida no citoplasma da célula. Uma quantidade limitada de plasmídeos são transfectadas para o núcleo: 1) através de um promotor imediato-prematuro de CMV, o gene do NLST7 é transcrito pela RNA polimerase celular II; 2) mRNA de NLST7 maduro é transportado do núcleo para o citoplasma para a síntese de RNA polimerase do NLST7; 3) a RNA polimerase do NLST7 recentemente sintetizada é trans-locada para o núcleo, enquanto que uma quantidade residual de NLST7 permanece no citoplasma; 4) a RNA polimerase do NLST7 inicia a transcrição através de um promotor de pT7. Por modificações pós-transcricionais, mRNA de NLST7 adicional é para a síntese de proteínas, desse modo aumentando a eficiência do resgate de vírus.
Fig. 3 - Diagrama esquemático dos 10 genomas derivados de vírus da ERA. O tamanho de cada gene não é desenhado em escala. O símbolo "*" denota mutações da G no resíduo Aa333 e Ψ é a região Psi.
Fig. 4A - Análise vírus da ERA-G recuperado em células transfectadas, espalhamento e crescimento em uma linha de células BHK-G. Em A, os focos virais de ERA-G foram restringidos mesmo depois de sete dias de pós-transfecção com plasmídeos para a recuperação de vírus. Em B, os vírus da ERA-G resgatados não se espalharam após passarem por células BSR normais. Somente células individuais foram manchadas por DFA. Em C, o vírus da ERA cresceu bem na linhagem celular BHK-G constitutiva.
Fig. 4B - Análise de expressão da G em uma linhagem de células BHK-G. Por indicação indireta de mancha fluorescente, a G do vírus da raiva da ERA foi expresso no citoplasma em uma linhagem de células BHK-G estável.
Fig. 4C - Análise de mRNA da G em células infectadas por vírus da ERA-G por Northern Blot com uma sonda de G. A segunda coluna mostra que o mRNA do gene da G foi detectado em células BHK-G infectadas por vírus da ERA-G, enquanto que no RNA genômico do vírus não foi detectado. A coluna 1 foi o controle do RNA total das células BHK-G infectadas por vírus da raiva da ERA-, onde tanto o mRNA da G quanto o RNA genômico viral foram detectados. Fig. 5 - Curva do crescimento de vírus em uma única etapa.
Todas as linhagens ERA do vírus da raiva recuperadas cresceram até IO9 ou IO10 ffu/ml, mas a ERA-G só chegou até 107ffu/ml.
Fig. 6 - Focos verdes em células BSR infectadas com vírus da raiva da ERAverdel/ERAverde2. Transi é a unidade de transcrição incorporada nas regiões intergênicas Psi e L. Trans2 é a unidade de transcrição nas regiões intergênicas P e M. Ambas as ERAverdel e a ERAverde2 expressaram a proteína GFP de forma estável em células BSR infectadas com vírus, enquanto que a ocorrência dos focos verdes da ERAverde2 ocorreu 48 horas mais cedo depois a infecção com vírus do que a ERAverdel.
Fig. 7 - Análise da expressão do mRNA da G em vírus da raiva da ERA rearranjada em duplo G, e G, M. No Northern blot com uma sonda de G, a medição por fotometria de densidade de mRNA da G na ERA2g (coluna 1), na ERAgm (coluna 3) e na ERA2g3 (coluna 4) representou níveis acentuados de mRNA, em comparação com as células infectadas com vírus da ERA (coluna 2). As razões foram calculadas através do uso de vírus da ERA como 100%.
Fig. 8A - Sobrevivência após desafio em camundongos inoculados com ERA recombinantes e derivados. Camundongos de três semanas de idade foram inoculados intra-muscularmente com os oito vírus recuperados. Em 10 dias após a inoculação, nos grupos ERA, ERA- e ERAverdel, 50%, 50% e 20% dos camundongos mostraram sinais clínicos de raiva, mas sem mortalidade, respectivamente. Nenhum sinal adverso foi
observado nos outros grupos.
Fig. 8B - Sobrevivência após desafio em camundongos inoculados com ERA recombinantes e derivados. Os camundongos sobreviventes ao teste da Fig. 8A foram desafiados intra-muscularmente com um vírus da raiva de cão/coiote do Texas. Em 5 dias após o desafio, nos grupos ERA e ERA-, 40 e 62% dos camundongos mostraram sinais de raiva e foram sacrificados, respectivamente. Em todos os outros grupos, nenhum sinal de raiva foi observado.
Fig. 8C - Sobrevivência após inoculação i.c. com vírus da ERA e ERAg3 recombinantes. Camundongos de três semanas de idade foram inoculados com linhagens de vírus da ERAg3 e ERA-G, respectivamente. Todos os camundongos sucumbiram 15 dias após a inoculação no grupo ERA, enquanto que no grupo ERAg3 todos os camundongos sobreviveram sem sinais clínicos.
Fig. 8D - Sobrevivência após inoculação i.c. de camundongos em amamentação. Camundongos de dois dias em amamentação foram inoculados intra-cerebralmente com construções de vírus da ERAg3 e ERA-G, respectivamente. Todos os camundongos sucumbiram no grupo ERAg3, enquanto que nenhum camundongo morreu no ERA-G.
Fig. 8E - Neutralização de título de anticorpo em camundongos com ERA recombinante e vírus derivados. Títulos de anticorpos de neutralização em camundongos foram determinados pelo RFFIT, na faixa desde 1,36 até 5,61 IU por ml dentre os grupos inoculados com vírus.
Fig. 9A - Sobrevivência após infecção com vírus da Raiva de Morcego do Alabama. Hamsters foram inoculados com Vírus da Raiva de Morcego do Alabama vivos, depois tratados pós-exposição com vírus da ERAg3 ou imunoglobulina de raiva e com vacina de VR inativa disponível comercialmente. A sobrevivência foi avaliada ao longo de um período de mais de três meses.
Fig. 9B - Sobrevivência após infecção com vírus da Raiva de
Cão de Rua da Tailândia. Hamsters foram inoculados com Vírus da Raiva de Morcego do Alabama vivos, depois tratados pós-exposição com vírus da ERAg3 ou imunoglobulina de raiva e com vacina de VR inativa disponível comercialmente. A sobrevivência foi avaliada ao longo de um período de mais de três meses.
Fig. 9C - Sobrevivência após infecção com vírus da Raiva de Cão Coiote do Texas. Hamsters foram inoculados com Vírus da Raiva de Morcego do Alabama vivos, depois tratados pós-exposição com vírus da ERAg3 ou imunoglobulina de raiva e com vacina de VR inativa disponível comercialmente. A sobrevivência foi avaliada ao longo de um período de mais de três meses.
Listagem de Seqüências As seqüências de ácidos nucléicos e de aminoácidos listadas na listagem de seqüências em anexo são mostradas utilizando-se abreviações de letras padronizadas para as bases dos nucleotídeos, e códigos de três letras para os aminoácidos, conforme definido em 37 C.R.F. 1.822. Apenas um filamento de cada seqüência de ácido nucléico é mostrado, mas o filamento complementar deve ser considerado como incluído por qualquer referência ao filamento mostrado a não ser que o contexto deixe claro que apenas um filamento deve ser considerado. Convenientemente, deve ser entendido que uma seqüência apresentada como DNA pode ser convertida para RNA substituindo-se os
resíduos de tiamina por uracilas.
SEQ ID NO: 1. Vírus tipo selvagem da ERA CDC, 11.931
nucleotídeos
nucleotídeos 1-58, Região Líder nucleotídeos 71-1420, gene da N nucleotídeos 1514-2404, gene da P
nucleotídeos 2496-3101, gene da M nucleotídeos 3317-4888, gene da G nucleotídeos 4964-5362, região-Psi nucleotídeos 5417-11797, gene L nucleotídeos 11862-11931, região Seguidora
SEQ ID NO: 2. ERACDC: 71 a 1420: 450 aa, proteína N. SEQ ID NO: 3. ERACDC: 1514 a 2404: 297 aa, proteína P. SEQ ID NO: 4. ERACDC: 2496 a 3101: 202 aa, proteína M. SEQ ID NO: 5. ERACDC: 3317 a 4888: 524 aa, proteína G. SEQ ID NO: 6. ERACDC: 5417 a 11797: 2127 aa, proteína L.
SEQ ID NO: 7. ERA (rERA) recombinante por sistema de genética reversa é de 11.930 nucleotídeos. O tubo de poli (Ag) específico entre o gene da Gea região-psi na linhagem ERA do tipo selvagem passou por mutação para um tubo de poli (A7) em sistema de genética reversa de ERA recombinante como um marcador de seqüência. À luz disso, a rERA é mais curta do que a ERA do tipo selvagem por uma molécula. Todas as outras informações da seqüência são exatamente as mesmas. SEQ ID NO: 8. linhagem ERAg3 (11.930 nucleotídeos), aminoácido na proteína G (333 Aa) foi alterado; os ácidos nucléicos
correspondentes estão nas posições 4370 a 4372.
SEQ ID NO: 9. ERA- (11.577 nucleotídeos), sem a região psi (pseudo-região); uma unidade de transcrição extra foi introduzida nas posições de
nucleotídeo 4950 a 5008.
SEQ ID NO: 10. ERA-2G (13.150 nucleotídeos), esta linhagem
tem duas cópias do gene da G; a segunda cópia é inserida nas posições 4988 a 6559.
SEQ ID NO: 11. ERAverde (12.266 nucleotídeos), esta linhagem contém a seqüência codificadora para a GFP nas posições 4993 e 5673; ela aparece verde sob luz UV após a infecção das células ou do tecido.
SEQ ID NO: 12. ERA-G (10.288 nucleotídeos), esta linhagem não
tem o gene da G.
SEQ ID NO: 13. ERA-2g3 (13.150 nucleotídeos); esta linhagem tem duas cópias do gene da G (sendo que a segunda cópia está nas posições 4988 a 6559), ambas as quais são substituídas no aminoácido 333 (correspondente às posições de nucleotídeo 4370-4372 e 6041-6043 na seqüência mostrada).
SEQ ID NO: 14. ERA-pt (11.976 nucleotídeos, com uma unidade
de transcrição extra após o gene da P, nas posições 2469 a 2521).
SEQ ID NO: 15. Nucleotídeos ERA-pt-GFP (12.662 nucleotídeos,
com gene da GFP inserido após o gene P em 2505 a 3185.
SEQ ID NO: 16. ERA-gm (11.914 nucleotídeos) as posições dos genes da G e da M são trocadas na G nas posições 2505-4076 e da M nas
posições 4122-4127, respectivamente.
SEQ ID NO: 17. ERAg3m (11.914 nucleotídeos) as posições dos
genes da G e da M são trocadas na G nas posições 2505-4076 e da M nas
posições 4122-4127, respectivamente. O gene da G passa por mutação na posição
de aminoácido 333.
SEQ ID NO: 18. ERAgmg (13.556 nucleotídeos), esta linhagem
tem duas cópias do gene da G nas posições 2505-4076 e 4943-6514, flanqueando
o gene da M nas posições 4122-4727. SEQ ID NO: 19. Dez primeiros nucleotídeos da ribozima em cabeça de martelo correspondendo à extremidade 5' do genoma da ERA do vírus da raiva.
SEQ ID NO: 20. Seqüência de nucleotídeos que codifica o sinal de
localização nuclear (NLS) ao antígeno SV40 T.
SEQ ID NOs: 21-23. Seqüência Kozak artificiais.
SEQ ID NOs: 24-57. Oligonucleotídeos sintéticos.
SEQ ID NO: 58. Seqüência de aminoácidos da proteína G com
mutação na posição de aminoácido 333 (de Arg até Glu).
SEQ ID NOs: 59-65. Oligonucleotídeos sintéticos.
DESCRIÇÃO DETALHADA
I, Introdução
As zoonoses virais são difíceis de prevenir. Um grande paradigma é o controle da raiva em animais selvagens por vacinação oral. Todas as vacinas de raiva orais atualmente licenciadas se baseiam em uma fonte comum. O vírus da raiva (VR) fixo de Evelyn-Rokitnicki-Abelseth (ERA) foi derivado da linhagem de Street-Alabama-Duffering (SAD), primeiramente isolada a partir de um cão raivoso no Alabama (EUA) em 1935. A linhagem ERA foi derivada após múltiplas passagens do VR SAD no cérebro de camundongos, em células de rim de filhote de hamster (BHK), e embriões de galinha. A clonagem repetida da ERA em células de BHK resultou eventualmente em um clone B-19, que foi denominado SAD-B19 para estudos sobre vacinas. A primeira linhagem do VR recuperada por genética reversa foi o SAD-B19. Embora o VR SAD-B19 e o ERA sejam derivados da mesma fonte, diferentes resultados foram observados em vários estudos sobre vacinas orais em animais. Por exemplo, o ERA não induziu anticorpos de neutralização evidentes em gambás ou em guaxinins, enquanto que o SAD-B19 induziu. Para elucidar as potenciais diferenças entre essas duas linhagens do VR, um sistema de genética reversa para a linhagem
ERA do VR é necessária.
A genética reversa apresenta um caminho viável para modificar vírus de RNA de formas definidas. Um sistema para a genética reversa de uma linhagem inicial de vírus da raiva foi estabelecida com sucesso em 1994 (Schnell e outros, The EMBO J. 13, 4195-4203, 1994). Na década passada, foram feitos melhoramentos ao sistema, resultando em uma maior eficiência da recuperação do vírus. Essa eficiência aumentada facilitou a elucidação da patogenia do vírus,
interações proteína-proteína, e proteína-RNA.
Dentro do genoma do vírus da raiva, foi proposto que algumas regiões contêm sinais importantes, tais como região de promotores distai viral, encapsidação de nucleoproteína, local de iniciação de transcrição da RNA polimerase L dependente de RNA, poliadenilação e locais de terminação. Esses sinais são importantes para assegurar a recuperação eficiente de vírus e para projetar uma unidade de transcrição extra para aceitar uma Fase Aberta de Leitura (ORF) exógena dentro do genoma do vírus da raiva.
Esta divulgação oferece um sistema de genética reversa eficiente, e descreve o seu uso para produzir variantes do vírus da linhagem ERA. As modificações descritas aqui resultaram em linhagens que são candidatas adequadas para aceitar a expressão da ORF e o desenvolvimento de vacinas.
O sistema de genética reversa é composto de um conjunto de plasmídeos. Um primeiro plasmídeo inclui um cRNA viral de ERA. Para criar extremidades anti-genômicas virais autênticas no cDNA viral transcrito, cDNA ZO genômico de ERA é abordado por uma ribozima em cabeça-de-martelo na extremidade 3' e uma ribozima de vírus delta da hepatite na extremidade 5'. A fita anti-genômica é fundida ao sinal de iniciação de transcrição do fago bacterial T7, que está opcionalmente sob o controle do promotor imediato-prematuro de
citomegalovírus (CMV). O sistema também inclui uma pluralidade de plasmídeos auxiliares
que codificam proteínas envolvidas na encapsidação viral. Por exemplo, o
sistema tipicamente inclui plasmídeos auxiliares que codificam a nucleoproteína
viral (N), a fosfoproteína (P), polimerase dependente de RNA (L), e
opcionalmente a glicoproteína viral (G). O sistema também inclui um plasmídeo
que codifica a RNA polimerase do fago T7, que pode ser modificado pela adição
de um sinal de localização nuclear (NLS) para aumentar a expressão da
polimerase do T7 no núcleo de células transfectadas. O plasmídeo de expressão da RNA polimerase do T7 é construído como um "autogene", que transcreve o comprimento inteiro de cRNA anti-genômico viral para encapsidação de nucleoproteínas após a transfecção para dentro de células.
O sistema de genética reversa é útil na concepção e produção de composições imunogênicas para o tratamento (pré e/ou pós exposição) de vírus da raiva, e para produzir vetores de vírus da raiva ERA para expressar Fases Abertas de Leitura (ORFs) exógenas. Por exemplo, uma unidade de transcrição extra pode ser projetada, testada e incorporada dentro do genoma de ERA na região Psi e/ou na região intergênica de fosfoproteína (P) -matriz (M) de proteína. Essencialmente, qualquer ORF de interesse pode ser expressa no contexto do vetor ERA, incluindo antígenos codificadores de ORFs de vírus e outros patogênios, tais como os antígenos de outros lyssavirus, assim como para
expressar outras proteínas de interesse terapêutico.
Portanto, os métodos e as composições revelados aqui são úteis para a concepção e a produção de composições imunogênicas de vírus da raiva, incluindo composições adequadas como vacinas para o tratamento pré- e/ou pós- exposição do vírus da raiva.
II. Abreviações
ADE intensificação dependente de anticorpos
Ag-ELISA ELISA de captura de antígenos
DNA ácido desoxirribonucléico
ERA linhagem do vírus da Raiva de Evelyn-Rokitnicki-Abelseth
ELiSA ensaio imunoabsorvente com ligação enzimática
G glicoproteína
j.Ci intra-cerebral
IPA ensaio de imunofluorescência indireto
jm intramuscular
L RNA polimerase dependente de RNA
M proteína matricial
mAb anticorpo monoclonal
N nucleoproteína
ORF fase de leitura aberta
ρ fosfoproteína
pçR reação em cadeia de polimerase J1ace rápida amplifícação de extremidades 5' de cDNA
RNA ácido ribonucléico
RNP ribonucleoproteína
RT-PCR reação em cadeia de polimerase de transcrição reversa
RV vínis c^a ra*va
lrans_l unidade de transcrição extra 1
trans-2 unidade de transcrição extra 2
IIL Termos
A não ser que seja explicado de outra forma, todos os termos técnicos e científicos usados aqui têm o mesmo significado entendido comumente por alguém versado no assunto ao qual esta invenção pertence. De forma semelhante, a não ser que indicado de outra forma, os termos técnicos são usados de acordo com o uso convencional. As definições dos termos comuns na biológica molecular podem ser encontradas em Benjamin Lewin, Genes V, publicado por Oxford University Press, 1994 (ISBN 0-19-854287-9); Kendrew e outros (eds.), The Encyclopedia of Molecular Biology, publicada por Blackwell Science Ltd., 1994 (ISBN 0-632-02182-9); e Robert A. Meyers (ed.), Molecular Biology and Biotechnology: a Comprehensive Desk Referencei publicado por
VCHPublishers, Inc., 1995 (ISBN 1-56081-569-8).
Os termos singulares "um", "uma", "o" e "a" incluem os referentes plurais, a não ser que o contexto indique claramente o contrário. De forma semelhante, a palavra "ou" pretende incluir "e", a não ser que o contexto indique claramente o contrário. Assim, "compreendendo A ou B" significa a inclusão de A, ou B, ou de A e B. Deve ser compreendido ainda que todos os tamanhos de bases ou tamanhos de aminoácidos, e todos os valores de peso molecular ou de massa molecular, dados para os ácidos nucléicos ou para os polipeptídios, são
aproximações, e são fornecidos em prol da descrição.
Para facilitar a revisão das várias modalidades da invenção, as
seguintes explanações de termos específicos são fornecidas: Adjuvante: Uma substância que acentua de forma não-específica a
reação imunológica a um antígeno. O desenvolvimento de adjuvantes de vacinas para uso em seres humanos é revisado em Singh e outros (.Nat. Biotechnol 17:1075-1081, 1999), o qual revela que, ao tempo de sua publicação, os sais de
20 alumínio e a micro-emulsão MF59 eram os únicos adjuvantes de vacina
aprovados para o uso em seres humanos.
Amplificação: A amplificação de uma molécula de ácido nucléico
(por ex., uma molécula de DNA ou de RNA) se refere ao uso de uma técnica de laboratório que aumente o número de réplicas de uma molécula de ácido nucléico em uma amostra. Um exemplo de amplificação é a reação em cadeia de polimerase (PCR), em que uma amostra é posta em contato com um par de primers de oligonucleotídeos sob condições que permitem a hibridação dos primers para um molde (ou modelo) de ácido nucléico na amostra. Os primers são estendidos sob condições adequadas, dissociados do molde, re-anelados, estendidos e dissociados para amplificar o número de réplicas do ácido nucléico. O produto da amplificação pode ser caracterizado por técnicas como a eletroforese, padrões de clivagem de endonuclease de restrição, hibridação ou ligação de oligonucleotídeos, e/ou seqüenciamento de ácidos nucléicos. Outros exemplos de métodos de amplificação incluem a
amplificação de deslocamento de filamento, como revelada na Patente US5744311; amplificação isotérmica sem transcrição, como revelada na Patente US6033881; amplificação de reação em cadeia de reparo, como revelada em W090/010Ó9; amplificação de reação em cadeia de ligase, como revelada em EP-A-320308; amplificação de reação em cadeia de ligase por preenchimento de espaços vazios, como revelada na Patente US5427930; e a amplificação sem transcrição de RNA NASBA™, como revelada na Patente US6025134. O método de amplificação pode ser modificado, incluindo, por exemplo, etapas adicionais ou o casamento da amplificação com um outro protocolo. Animal: Organismos vertebrados multicelulares vivos, uma
categoria que inclui, por exemplo, os mamíferos e as aves. O termo "mamífero" inclui tanto mamíferos humanos como não-humanos. De forma semelhante, o termo "sujeito" inclui tanto sujeitos humanos como sujeitos veterinários, por exemplo, seres humanos, primatas não-humanos, cães, gatos, cavalos e vacas. Anticorpo: Uma proteína (ou um complexo de proteínas) que
inclua um ou mais polipeptídios substancialmente codificados por genes de imunoglobulina ou por fragmentos de genes de imunoglobulina. Os genes de imunoglobulina reconhecidos incluem os genes de regiões constantes kappa, lambda, alfa, gama, delta, épsilon e um, assim como os genes de regiões variáveis de imunoglobulina miríades. As cadeias leves são classificadas como kappa ou lambda. As cadeias pesadas são classificadas como gama, um, alfa, delta ou épsilon, que por sua vez definem as classes de imunoglobulina, IgG, IgM, IgA, IgD e IgE, respectivamente. A unidade estrutural de imunoglobulina (anticorpo) básica é geralmente um tetrâmero. Cada tetrâmero é composto por dois pares idênticos de cadeias de polipeptídio, cada uma possuindo uma cadeia "leve" (aproximadamente 25 kDa) e uma "pesada" (aproximadamente 50-70 kDa). A N-terminal de cada cadeia define uma região variável de aproximadamente 100 a 110 ou mais aminoácidos responsáveis principalmente pelo reconhecimento de antígenos. As expressões "cadeia leve variável" (Vl) e "cadeia pesada variável" (Vh) se referem, respectivamente, a estas cadeias leves e pesadas.
Como utilizado aqui, o termo "anticorpo" inclui imunoglobulinas intactas, assim como um número de fragmentos bem caracterizados. Por exemplo, Fabs, Fvs, e Fvs de cadeia simples (SCFvs) que se ligam a proteínas alvo (ou a um epitopo dentro de uma proteína ou uma proteína de fusão) seriam também agentes de ligação específicos para aquela proteína (epitopo), Esses fragmentos de anticorpos são os seguintes; (1) Fab, o fragmento que contém um fragmento de ligação de antígeno monovalente de uma molécula de anticorpo produzida pela digestão de todo o anticorpo com a enzima papaína para dar uma cadeia leve intacta e uma porção de uma cadeia pesada; (2) Fab', o fragmento de uma molécula de anticorpo obtida pelo tratamento de todo o anticorpo com pepsina, seguido por redução, para dar uma cadeia leve intacta e uma porção da cadeia pesada; dois fragmentos Fab' são obtidos para cada molécula de anticorpo; (3) (Fab')2, o fragmento do anticorpo obtido pelo tratamento de todo o anticorpo com a pepsina de enzima sem redução subseqüente; (4) F(ab% um dímero de dois fragmentos Fab' mantidos juntos por duas ligações de dissulfeto; (5) Fv, um fragmento modificado por engenharia genética contendo a região variável da cadeia leve e a região variável da cadeia pesada expresso em duas cadeias; e (6) anticorpo de cadeia simples, uma molécula de engenharia genética contendo a região variável da cadeia leve, a região variável da cadeia pesada, ligada por um ligante de polipeptídio adequado como uma molécula de cadeia simples fundida geneticamente. Os métodos de preparação desses fragmentos são rotineiros (ver, por exemplo, Harlow e Lane, Using Antibodies: A Laboratory Manual CSHL5NovaYork, 1999).
Os anticorpos para uso nos métodos e nas composições desta divulgação podem ser monoclonais ou poli-clonais. Meramente a título de exemplo, anticorpos monoclonais podem ser preparados a partir de hibridomas murinos de acordo com o método clássico de Kohler e Milstein (Nature 256:495- 97, 1975) ou métodos derivados deste.
Afinidade de ligação de anticorpos: A força da ligação entre um único local de ligação de anticorpos e um ligando (por ex., um antígeno ou epitopo). A afinidade de um local de ligação de anticorpos X para um ligando Y é representada pela constante de dissociação (Kd), que é a concentração de Y necessária para ocupar a metade dos locais de ligação X presentes em uma solução. Uma Kd pequena indica uma interação mais forte ou de mais alta afinidade entre XeYe uma concentração mais baixa de ligando é precisa para ocupar os locais. Em geral, a afinidade de ligação de anticorpos pode ser afetada pela alteração, modificação e/ou substituição de um ou mais aminoácidos no epitopo reconhecido pelo paratopo do anticorpo.
Em um exemplo, a afinidade de ligação de anticorpos é medida por titulação de ponto de extremidade em um teste Ag-ELISA. A afinidade de ligação de anticorpos é substancialmente diminuída (ou tem sua medição reduzida) pela modificação e/ou substituição de um ou mais aminoácidos no epitopo reconhecido pelo paratopo do anticorpo se o título de ponto de extremidade de um anticorpo específico para o epitopo modificado/substituído diferir em ao menos 4 vezes, tal como em ao menos 10 vezes, ao menos 100 vezes ou mais, em comparação com o epitopo inalterado.
Antígeno: Um composto, uma composição ou uma substância que possa estimular a produção de anticorpos ou uma reação de células-T em um animal, incluindo as composições que são injetadas ou absorvidas dentro de um animal. Um antígeno reage com os produtos de uma imunidade humoral ou
celular específica, incluindo as induzidas por imunogênios heterólogos. Em uma modalidade, um antígeno é um antígeno de vírus,
Atenuado: No contexto de um vírus vivo, tal como um vírus rábico, o vírus é atenuado se a sua habilidade de infectar uma célula ou um sujeito e/ou a sua habilidade de produzir doença for reduzida (por exemplo, eliminada). Tipicamente, um vírus atenuado conserva ao menos alguma capacidade de provocar uma reação imunológica após administração a um sujeito imuno-competente. Em alguns casos, um vírus atenuado é capaz de provocar uma reação imunológica protetora sem causar quaisquer sinais ou sintomas de infecção.
Ligação ou Ligação Estável: Um oligonucleotídeo se liga ou se liga estavelmente a um ácido nucléico alvo se uma quantidade suficiente do nucleotídeo formar pares de base ou for hibridado em seu ácido nucléico alvo, para permitir a detecção da ligação. A ligação pode ser detectada por propriedades físicas ou funcionais do completo de oligonucleotídeo alvo. Uma ligação entre um alvo e um oligonucleotídeo pode ser detectada por qualquer procedimento conhecido por alguém versado na técnica, incluindo avaliações de ligação físicas ou funcionais. A ligação pode ser detectada funcionalmente determinando-se se a ligação acarreta um efeito observável sobre um processo bio-sintético, tal como a expressão de um gene, replicação de DNA, transcrição, translação, e outros.
Os métodos físicos de detecção de ligação e filamentos complementares de DNA ou de RNA são bem conhecidos na técnica, e incluem métodos tais como o DNase I ou diferenciação química, Por exemplo, um método que é amplamente utilizado, por ser tão simples e confiável, envolve a observação de uma mudança na absorção de luz por uma solução contendo um oligonucleotídeo (ou um análogo) e um ácido nucléico alvo em 220 a 300 nm à medida que a temperatura é lentamente diminuída. Se o oligonucleotídeo ou análogo tiver se ligado ao seu alvo, há um repentino aumento de absorção em uma temperatura característica à medida que o oligonucleotídeo (ou o análogo) e o alvo se dissociam ou derretem. A ligação entre um oligômero e seu ácido nucléico alvo é freqüentemente caracterizada pela temperatura (Tm) na qual 50% do oligômero são derretidos em seu alvo. Uma maior Tm significa um complexo mais forte ou mais estável em relação a um complexo com uma Tm baixa.
cDNA (DNA Complementar): Um pedaço de DNA sem segmentos codificadores internos (íntrons) e seqüências reguladoras que determinam a transcrição. O cDNA é sintetizado em laboratório por transcrição reversa de RNA mensageiro extraído das células.
Eletroforese: A eletroforese se refere à migração de solutos ou de partículas carregados em um meio líquido sob a influência de um campo elétrico. Separações eletroforéticas são amplamente utilizadas para a análise de macro- moléculas. De particular importância é a identificação de proteínas e de seqüências de ácidos nucléicos. Tais separações podem ser baseadas em diferenças de tamanho e/ou de carga. As seqüências de nucleotídeos possuem uma carga uniforme e são portanto separadas com base em diferenças de tamanho. A eletroforese pode ser realizada em um meio líquido sem suporte (por exemplo, eletroforese capilar), mas normalmente o meio líquido passa através de um meio de suporte sólido. Os meios de suporte mais amplamente utilizados são géis, por exemplo, os géis de poliacrilamida e de agarose.
Os géis peneiradores (por exemplo, a agarose) impedem o fluxo de moléculas. O tamanho dos poros do gel determina o tamanho de uma molécula que pode fluir livremente através do gel. A quantidade de tempo para se passar através do gel aumenta conforme o tamanho das moléculas aumente. Em resultado, moléculas pequenas passam através do gel mais rapidamente do que moléculas grandes e portanto andam mais além da área de aplicação da amostra do que as moléculas maiores, em um dado período de tempo. Tais géis são utilizados para separações de seqüências de nucleotídeos baseadas em tamanho.
Os fragmentos de DNA linear migram através dos géis de agarose com uma mobilidade que é inversamente proporcional ao Iogi0 do seu peso molecular. Utilizando-se géis com diferentes concentrações de agarose, tamanhos diferentes de fragmentos de DNA podem ser obtidos. As concentrações mais elevadas de agarose facilitam a separação de pequenos DNAs, enquanto que concentrações baixas de agarose permitem o isolamento de DNAs maiores.
Epitopo: Um determinante antigênico. Eles são grupos químicos particulares, tais como seqüências de peptídeos contíguas ou não-contíguas, em uma molécula, que sejam antigênicas, isto é, que provoquem uma reação imunológica específica. Um anticorpo liga um epitopo antigênico particular com base na estrutura de três dimensões do anticorpo e da estrutura de três dimensões emparelhada (ou cognata) do epitopo.
Um "epitopo substituído" compreende ao menos uma substituição estrutural no epitopo, tal como uma substituição de um aminoácido por outro.
Hibridação (ou Hibridização): Os oligonucleotídeos e seus análogos hibridam por pontes de hidrogênio, que incluem as pontes de hidrogênio de Watson-Crick, de Hoogsteen ou de Hoogsteen reversa, entre bases complementares. Geralmente, o ácido nucléico consiste em bases nitrogenadas que são pirimidinas (citosina (C), uracila (U) e timina (T)) ou purinas (adenina (A) e guanina (G)). Essas bases nitrogenadas formam pontes de hidrogênio entre uma pirimidina e uma purina, e a ligação da pirimidina à purina é referida como "pareamento de base". Mais especificamente, A irá fazer pontes de hidrogênio com T ou com U5 e G irá ligar-se a C. "Complementar" se refere ao pareamento de base que ocorre entre duas seqüências de ácidos nucléicos distintas ou entre duas regiões distintas da mesma seqüência de ácido nucléico.
"Especificamente hibridizável" e "especificamente complementar" são expressões que indicam um grau suficiente de complementaridade tal que ligações estáveis e específicas ocorram entre o oligonucleotídeo (ou o seu análogo) e o DNA ou RNA alvo. O oligonucleotídeo ou análogo de oligonucleotídeo não precisa ser 100% complementar a sua seqüência alvo para ser especificamente hibridizável. Um oligonucleotídeo ou análogo é especificamente hibridizável quando a ligação do oligonucleotídeo ou análogo ao DNA ou RNA alvo interfere com o funcionamento normal do DNA ou RNA alvo, e quando há um grau de complementaridade suficiente para impedir qualquer ligação não-específica do oligonucleotídeo ou análogo a seqüências que não sejam alvo sob condições em que ligações específicas sejam desejadas, por
exemplo, sob condições fisiológicas no caso de exames ou sistemas in vivo. Tal ligação é referida como hibridação específica.
As condições de hibridação resultantes de graus particulares de rigor irão variar dependendo da natureza do método de hibridação de escolha e da composição e do comprimento das seqüências de ácidos nucléicos hibridantes. Geralmente, a temperatura de hibridação e a força iônica (especialmente a concentração de Na+ e/ou de Mg++) do tampão da hibridação irá determinar o rigor da hibridação, embora o número de lavagens também influenciem o rigor. Cálculos sobre condições de hibridação necessárias para se obter graus particulares de rigor são discutidos por Sambrook e outros (ed.), Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2a Ed.., Vols. 1-3, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, EUA, 1989, capítulos 9 e 11; e Ausubel e outros. Short Protocols in Molecular Biology, 4" Ed., John Wiley & Sons, Inc., 1999.
Para os propósitos da presente divulgação, as "condições rigorosas"
abrangem condições sob as quais a hibridação somente irá ocorrer se houver menos de 25% de incompatibilidade entre a molécula de hibridação e a seqüência alvo. As "condições rigorosas" podem ser divididas em níveis particulares de rigor para uma definição mais precisa. Assim, como utilizado aqui, as condições de "rigor moderado" são aquelas sob as quais moléculas com mais de 25% de incompatibilidade de seqüência não irão hibridar; as condições de "rigor médio" são aquelas sob as quais moléculas com mais de 15% de incompatibilidade de seqüência não irão hibridar; e as "condições de elevado rigor" são aquelas sob as quais moléculas com mais de 6% de incompatibilidade de seqüência não irão hibridar.
"Hibridação específica" se refere à ligação, duplexação ou hibridação de uma molécula apenas ou substancialmente apenas a uma seqüência particular de nucleotídeos quando esta seqüência estiver presente em uma mistura complexa (por exemplo, o DNA ou o RNA celular total). A hibridação específica pode ocorrer também sob condições de rigores variados.
Composição imunologicamente estimuladora: Uma expressão utilizada aqui para significar uma composição útil para estimular ou provocar uma reação imunológica específica (ou reação imunogênica) em um vertebrado. A composição imunologicamente estimuladora pode ser um antígeno de proteína ou um vetor de plasmídeo utilizado para expressar um antígeno de proteína. Em algumas modalidades, a reação imunológica é protetora ou oferece imunidade protetora, porque ela permite que o animal vertebrado resista melhor à infecção ou à progressão da doença proveniente do organismo contra o qual a composição imunologicamente estimuladora é direcionada.
Sem querer limitar-se a uma teoria específica, acredita-se que uma reação imunológica induzida por uma composição imunologicamente estimuladora possa surgir da geração de um anticorpo específico para um ou mais dos epitopos fornecidos na composição imunologicamente estimuladora. Alternativamente, a reação pode compreender uma reação baseada em células T- auxiliares ou citotóxicas a um ou mais dos epitopos fornecidos na composição imunologicamente estimuladora. Todas essas três reações podem se originar de células ingênuas ou de memória. Um exemplo específico de um tipo de composição imunologicamente estimuladora é uma vacina.
Em algumas modalidades, uma "quantidade eficaz" ou "quantidade imunologicamente estimuladora" de uma composição imunologicamente estimuladora é uma quantidade que, quando administrada a um sujeito, seja suficiente para gerar uma reação imunológica detectável. Tal reação pode compreender, por exemplo, a geração de um anticorpo específico para um ou mais dos epitopos fornecidos na composição imunologicamente estimuladora. Alternativamente, a reação pode compreender uma reação baseada em célula T- auxiliar (T-helper) ou em CTL (linfócito T citotóxico) a um ou mais dos epitopos fornecidos na composição imunologicamente estimuladora. Todas essas três reações podem se originar de células ingênuas ou de memória. Em outras modalidades uma "quantidade eficaz protetora" de uma composição imunologicamente estimuladora é uma quantidade que, quando administrada a um sujeito, seja suficiente para conferir imunidade protetora sobre o sujeito.
Inibiçâo ou tratamento de uma doença: A inibição do completo desenvolvimento de uma doença ou condição, por exemplo, em um sujeito que esteja em risco para uma doença. Um exemplo específico de doença é a raiva. "Tratamento" se refere a uma intervenção terapêutica que melhore um sinal ou sintoma de uma doença ou condição patológica após esta ter começado a se desenvolver. Como utilizado aqui, o termo "melhorar", com relação a uma doença, condição patológica ou a um sintoma, se refere a qualquer efeito benéfico observável do tratamento. O efeito benéfico pode ser evidenciado, por exemplo, pelo aparecimento demorado de sintomas clínicos da doença em um sujeito suscetível; pela redução de gravidade de alguns ou de todos os sintomas clínicos da doença; por uma progressão mais lenta da doença; pela redução no número de reincidências da doença; por uma melhora na saúde geral ou no bem- estar do sujeito; ou por outros parâmetros bem conhecidos na técnica que sejam
específicos para a doença particular.
Isolado: Um componente biológico "isolado" ou "purificado" (tal como um ácido nucléico, um peptídeo, uma proteína, complexo de proteínas, ou partícula) foi substancialmente separado, produzido a parte de, ou purificado a partir de outros componentes biológicos na célula do organismo em que o componente normalmente ocorra, isto é, outro DNA e RNA cromossômico ou extra-cromossômico, e proteínas. Os ácidos nucléicos, os peptídeos e as proteínas que foram "isolados" ou "purificados" portanto incluem ácidos nucléicos e proteínas purificados através de métodos de purificação convencionais. O termo também abrange ácidos nucléicos, peptídeos e proteínas preparados pela expressão recombinante em uma célula hospedeira, assim como ácidos nucléicos ou proteínas sintetizados quimicamente. O termo "isolado" ou "purificado" não requer pureza absoluta; ao revés, pretende ser um termo relativo. Assim, por exemplo, um componente biológico isolado é aquele em que o componente biológico esteja mais enriquecido do que no componente biológico em seu ambiente natural dentro de uma célula, ou em outro recipiente de produção. Preferivelmente, uma preparação é purificada de forma que o componente biológico represente ao menos 50%, tal como ao menos 70%, ao menos 90%, ao menos 95%, ou mais, do conteúdo de componente biológico total da preparação.
Marcador: Um composto ou uma composição detectável que seja conjugada diretamente ou indiretamente a uma outra molécula para facilitar a detecção desta molécula. Exemplos específicos, não limitativos, de indicadores incluem indicadores fluorescentes, ligações enzimáticas e isótopos radioativos.
Molécula de ácido nucléico: Uma forma polimérica de nucleotídeos, que pode incluir filamentos tanto sense como anti-sense de RNA, cDNA, DNA genômico, e formas sintéticas e polímeros misturados destes acima. Um nucleotídeo se refere a um ribonucleotídeo, desoxinucleotídeo ou a uma forma modificada de qualquer um desses tipos de nucleotídeo. A expressão "molécula de ácido nucléico", como aqui utilizada, é sinônima de "ácido nucléico" e de "polinucleotídeo". Uma molécula de ácido nucléico tem usualmente ao menos 10 bases de comprimento, a não ser que seja especificado de outra forma. A expressão inclui as formas de filamentos simples e duplos de DNA. Um polinucleotídeo pode incluir cada ou ambos os nucleotídeos modificados e os que ocorrem naturalmente, ligados juntos por ligações de nucleotídeos que ocorrem naturalmente e/ou que não ocorrem naturalmente.
Oligonucleotídeo: Uma molécula de ácido nucléico que geralmente compreenda um comprimento de 300 bases ou menos. O termo se refere com freqüência a desoxiribonucleotídeos de filamentos simples, mas também pode se referir a ribonucleotídeos de filamentos simples ou duplos, híbridos de RNA:DNA e DNAs de filamentos duplos, dentre outros. O termo "oligonucleotídeo" também inclui oligonucleosídeos (isto é, um oligonucleotídeo menos o fosfato) e qualquer outro polímero de base orgânica.
Em alguns exemplos, os oligonucleotídeos têm aproximadamente a 90 bases em comprimento, por exemplo, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 ou 20 bases em comprimento. Outros oligonucleotídeos têm aproximadamente 25, aproximadamente 30, aproximadamente 35, aproximadamente 40, aproximadamente 45, aproximadamente 50, aproximadamente 55, aproximadamente 60 bases, aproximadamente 65 bases, aproximadamente 70 bases, aproximadamente 75 bases ou aproximadamente 80 bases em comprimento. Os oligonucleotídeos podem ser de filamentos simples, por exemplo, para uso como sondas ou como primers, ou podem ser de filamentos duplos, por exemplo, para uso na construção de um gene mutante. Os oligonucleotídeos podem ser oligonucleotídeos sense ou anti-sense. Um oligonucleotídeo pode ser modificado como discutido acima em referência às moléculas de ácido nucléico. Os oligonucleotídeos podem ser obtidos a partir de fontes de ácidos nucléicos existentes (por exemplo, genômicos ou de cDNA), mas também podem ser sintéticos (por exemplo, produzidos por síntese de laboratório ou de oligonucleotídeo in vitro).
Fase Aberta de Leitura (ORF, Open Reading Frame): Uma série de trincas de nucleotídeos (códons) que codificam aminoácidos sem quaisquer códons de terminação internos. Essas seqüências são usualmente traduzíveis em um peptídeo/polipeptídeo/proteína/poli-proteína. É reconhecido na técnica que os seguintes códons (mostrados para
RNA) podem ser utilizados de forma equivalente para codificar aminoácidos ou terminações específicas: Alanina (Ala ou A) GCU, GCG, GCA ou GCG; Arginina (Arg ou R) CGU, CGC, CGAs CGG, AGA ou AGG; Asparagina (Asn ou N) AAU ou AAC; Ácido Aspártico (Asp ou D) GAU ou GAC; Cisteína (Cys ou C) UGU ou UGC; Ácido Glutâmico (Glu ou E) GAA ou GAG; Glutamina (Gln ou Q) CAA ou CAG; Glicina (Gly ou G) GGU, GGC, GGA ou GGG; Histidina (His ou H) CAU ou CAC; Isoleucina (lie ou I) AUU, AUC ou AUA; Leucina (Leu ou L) UUA, UUG, CUU, CUC, CUA ou CUG; Lisina (Lys ou K) AAA ou AAG; Metionina (Met ou M) AUG; Fenilalanina (Phe ou F) UUU ou UUC; Prolina (Pro ou P) CCU, CCC, CCA ou CCG; Serina (Ser ou S) UCU, UCC, UCA, UCG, AGU ou AGC; Códon de terminação UAA (ocre) ou UAG (âmbar) ou UGA (opala); Treonina (Thr ou T) ACU, ACC, ACA ou ACG; Tirosina (Tyr ou Y) UAU ou UAC; Triptofan (Trp ou W) UGG; e Valina (Vai ou V) GUU, GUC, GUA ou GUG. Os códons correspondentes para DNA têm T
substituído por U em cada caso.
Ligado de modo operável: Uma primeira seqüência de ácido nucléico está ligada de modo operável a uma segunda seqüência de ácido nucléico quando a primeira seqüência de ácido nucléico é colocada em uma associação funcional com a segunda seqüência de ácido nucléico. Por exemplo, um promotor é ligado de modo operável a uma seqüência codificadora quando o promotor afeta a transcrição ou a expressão da seqüência codificadora. Geralmente, seqüências de DNA ligadas de modo operável são contíguas e, quando for necessário juntar duas regiões codificadoras de proteínas, na mesmo fase de leitura. Se íntrons estiverem presentes, as seqüências de DNA ligadas de modo operável podem não ser contíguas.
Paratopo: A porção de um anticorpo que é responsável por sua ligação a um determinante antigênico (epitopo) em um antígeno.
Portadores farmaceuticamente aceitáveis: Os portadores farmaceuticamente aceitáveis úteis nesta divulgação são convencionais. Remington's Pharmaceutical Sciences, de E. W. Martin, Mack Publishing Co,, Easton, PA, EUA, 15a Edição (1975) descreve composições e formulações adequadas para a distribuição farmacêutica de um ou mais compostos ou moléculas terapêuticas, tais como uma ou mais moléculas de ácido nucléico SARS-CoV, proteínas ou anticorpos que liguem essas proteínas, e agentes farmacêuticos adicionais.
Em geral, a natureza do portador irá depender do modo de administração particular a ser empregado. Por exemplo, as formulações parenterais usualmente compreendem fluidos injetáveis que incluem fluidos farmacêutica e fisiologicamente aceitáveis, tais como a água, o soro fisiológico, soluções de sais equilibradas, dextrose aquosa, glicerol ou outros, como um veículo. Para composições sólidas (por exemplo, formas de pós, pílulas, tabletes ou cápsulas, os portadores sólidos não-tóxicos convencionais incluem, por exemplo, formulações farmacêuticos de manitol, tactose, amido ou de estearato de magnésio. Além dos portadores biologicamente neutros, as composições farmacêuticas a serem administradas podem conter pequenas quantidades de substâncias auxiliares não-tóxicas, tais como agentes de umidade ou emulsificadores, preservativos, e agentes de tampão de pH e similares, por exemplo, acetato de sódio ou sorbitan monolaurato.
Polipeptídio: Um polímero no qual os monômeros sejam resíduos de aminoácido unidos juntos por ligações de amida. Quando os aminoácidos são alfa aminoácidos, tanto o isômero óptico L como o isômero óptico D podem ser utilizados, sendo os isômeros-L preferidos para muitos usos biológicos. Os termos "polipeptídio" ou "proteína", como utilizados aqui, devem abranger qualquer molécula de aminoácido e incluir moléculas de aminoácidos modificadas. O termo "polipeptídio" é especificamente usado para abranger as proteínas que ocorrem naturalmente, assim como aquelas que sejam produzidas de forma recombinante ou sintética.
Substituições conservadoras de aminoácidos são aquelas substituições que, quando feitas, menos interferem nas propriedades da proteína original, isto é, a estrutura e especialmente a função da proteína é conservada e não é significativamente alterada por tais substituições. Exemplos de substituições conservadoras são mostrados abaixo:
Resíduo Original Substituições Conservadoras Ala Ser Arg Lys Asn Gln; His Asp Glu Cys Ser Gln Asn Glu Asp His Asn; Gln Ile Leu, Val Leu He; Val Lys Arg; Gln; Glu Met Leu; Ile Phe Met; Leu; Tyr Ser Thr Thr Ser Trp Tyr Tyr Trp; Phe Val lie; Leu
As substituições conservadoras geralmente mantêm: (a) a estrutura da cadeia de polipeptídio na região da substituição, por exemplo, como uma folha ou de conformação helicoidal, (b) a carga ou a hidrofobia da molécula no local alvo, ou (c) o núcleo da cadeia lateral. Os aminoácidos são tipicamente classificados em uma ou mais categorias, incluindo a polar, hidrofóbica, ácida, básica e aromática, de acordo com suas cadeias laterais. Exemplos de aminoácidos polares incluem os que têm grupos funcionais de cadeia lateral tais como hidroxila, sulfidrila e amida, assim como os aminoácidos ácidos e básicos. Os aminoácidos polares incluem, sem limitações, asparagina, cisteína, glutamina, histidina, selenocisteína, serina, treonina, triptofan e tirosina. Exemplos de aminoácidos hidrofóbicos ou apolares incluem os resíduos que possuem cadeias laterais alifáticas apolares, tais como, sem limitações, leucina, isoleucina, valina, glicina, alanina, prolina, metionina e fenilalanina. Exemplos de resíduos básicos de atninoácido incluem os que têm uma cadeia lateral básica, tal como um grupo amino ou guanidino. Os resíduos básicos de aminoácidos incluem, sem limitações, arginina, homolisina e lisina. Exemplos de resíduos ácidos de aminoácido incluem os que têm um grupo funcional de cadeia lateral ácido, tal como um grupo carboxi. Os resíduos ácidos de aminoácidos incluem, sem limitações, ácido aspártico e ácido glutâmico. Os aminoácidos aromáticos incluem os que têm um grupo de cadeia lateral aromático. Exemplos de aminoácidos aromáticos incluem, sem limitações, bifenilalanina, histidina, 2-naftillalananina, pentafluorofenillalanina, fenilalanina, triptofan e tirosina. Nota-se que alguns aminoáciods são classificados em mais de um grupo, por exemplo, histidina, triptofan e tirosina são classificadas tanto como aminoácidos polares quanto aromáticos. Os aminoácidos adicionais que estão classificados em cada um dos grupos acima são conhecidos pelos técnicos versados no assunto.
As substituições de que em geral se espera a produção das maiores mudanças nas propriedades das proteínas serão não-conservadoras, por exemplo, mudanças em que (a) um resíduo hidrofílico, por exemplo, seril ou treonil, seja substituído para (ou por) um resíduo hidrofóbico, por exemplo, leucil, isoleucil, fenilalanil, valil ou alanil; (b) uma cisteína ou prolina seja substituída para (ou por) qualquer outro resíduo; (c) um resíduo que possui uma cadeia lateral eletropositiva, por exemplo, lisil, arginil ou histadil, seja substituída para (ou por) um resíduo eletronegativo, por exemplo, glutamil ou aspartil; ou (d) um resíduo que tem uma cadeia lateral volumosa, por exemplo, fenilalanina, seja substituído para (ou por) um que não tenha uma cadeia lateral, por exemplo, glicina.
Sondas e Primersx Uma sonda compreende uma molécula de ácido nucléico isolada ligada a um indicador detectável ou a outra molécula relatora. Indicadores típicos incluem isótopos radioativos, substratos de enzima, co- fatores, ligandos, agentes quimio-luminescentes ou fluorescentes, haptenos e enzimas. Métodos para indicação e orientação na escolha de indicadores apropriados para vários propósitos são discutidos, por exemplo, por Sambrook e outros, (ed.), Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2a Ed.., Vols. 1-3, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, EUA, 1989, capítulos 9 e 11; e Ausubel e outros. Short Protocols in Molecular Biology, 4a
Ed., John Wiley & Sons, Inc., 1999.
Primers (ou iniciadores) são moléculas de ácido nucléico curtas, por exemplo, oligonucleotídeos de DNA com 6 nucleotídeos ou mais em comprimento, por exemplo, que se hibridize em nucleotídeos complementares contíguos ou a uma seqüência a ser amplificada. Os oligonucleotídeos de DNA mais compridos podem ter 10, 12, 15, 20, 25, 30 ou 50 nucleotídeos ou mais em comprimento. Os primers podem ser anelados um filamento de DNA alvo complementar por hibridação de ácidos nucléicos para formar um híbrido entre o primer e o filamento de DNA alvo, e então o primer pode ser estendido ao longo do filamento de DNA alvo por uma enzima de DNA polimerase. Pares de primers podem ser utilizados para a amplificação de uma seqüência de ácido nucléico, por exemplo, pela reação em cadeia de polimerase (PCR) ou outros métodos de amplificação de ácidos nucléicos conhecidos na técnica. Outros exemplos de amplificação incluem a amplificação de deslocamento de filamento como revelada na Patente US5744311; amplificação isotérmica sem transcrição como revelada na Patente US6033881; amplificação de reação em cadeia de reparo como revelada em W090/01069; amplificação de reação em cadeia de ligase como revelada em EP-A-320308; amplificação de reação em cadeia de ligase por preenchimento de espaços vazios como revelada na Patente US5427930; e a amplificação de sem transcrição de RNA NASBA™, como revelada na Patente US6025134. Métodos para preparar e utilizar sondas e primers de ácidos nucléicos são descritos, por exemplo, por Sambrook e outros, (ed.), Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2a Ed.., Vols. 1-3, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, EUA, 1989, capítulos 9 e 11; e Ausubel e outros. Short Protocols in Molecular Biology, 4" Ed., John WUey & Sons, Inc., 1999; e Innis e outros, PCR Protocols, A Guide to Methods and Applications, Academic Press, Inc., San Diego5 CA, EUA, 1990. Pares de primers de amplificação podem ser derivados de uma seqüência conhecida, por exemplo, utilizando-se programas de computador feitos para este propósito, tal como o Primer (Versão 0,5, © 1991, Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA, EUA). O versado na técnica irá notar que a especificidade de uma sonda ou de um primer particular aumenta com o seu comprimento. Assim, para se obter maior especificidade, as sondas e os primers podem ser selecionados compreendendo ao menos 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 ou mais nucleotídeos consecutivos de uma seqüência de nucleotídeos alvo.
Proteína: Uma molécula biológica, particularmente um polipeptídio, expressa por um gene e compreendida de aminoácidos.
Purificado: O termo "purificado" não requer pureza absoluta; ao revés, pretende ser um termo relativo. Assim, por exemplo, uma preparação de proteínas purificada é aquela em que a proteína em questão seja mais pura do que em seu ambiente natural dentro de uma célula. Geralmente, uma preparação de proteínas é purificada de forma que a proteína represente ao menos 50% do conteúdo total em proteína da preparação.
Ácido nucléico recombinante: Uma molécula de ácido nucléico que não ocorra naturalmente ou que tenha uma seqüência que seja feita de uma combinação artificial de dois outros segmentos de seqüência que normalmente são separados. Essa combinação artificial é obtida por síntese química ou, mais comumente, através da manipulação artificial de segmentos isolados de ácidos nucléicos, por ex., por técnicas de engenharia genética descritas por Sambrook e outros, (ed.), Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2a Ed.., Vols. 1-3, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, EUA, 1989. O termo "recombinante" inclui ácidos nucléicos que tenham sido alterados unicamente 3J&-
por adição, substituição ou remoção de uma porção de uma molécula de ácido nucléico natural.
Seqüências ou elementos reguladores: Esses termos se referem geralmente a uma classe de seqüências de DNA que influencia ou controla a expressão de genes. Incluídos nos termos estão os promotores, enhancers, regiões controladoras de lócus (LCRs), isolantes/elementos de fronteira, silenciadores, regiões de associação à matriz (MARs, também referidas como regiões de associação ao suporte), repressores, terminações transcricionais, origens de replicações, centrômetros, e locais de mais recombinação meiótica. Promotores são seqüências de DNA perto da extremidade-5' de um gene que atuem como um local de ligação para RNA polimerase dependente de DNA, e a partir do qual a transcrição seja iniciada. Enhancers são elementos de controle que elevam o nível de transcrição de um promotor, usualmente independentemente da orientação do enhancer ou de sua distância do promotor. Os LCRs conferem expressão de tecido-específico e regulada temporalmente aos genes aos quais estejam ligados. Os LCRs funcionam independentemente de sua posição em relação ao gene, mas são dependentes do número de réplicas. Acredita-se que eles funcionam para abrir a estrutura nucleossômica, de modo que outros fatores possam se ligar ao DNA. Os LCRs podem também afetar o tempo e o uso de origem da replicação. Os isolantes (também conhecidos como elementos de fronteira)) são seqüências de DNA que previnem a ativação (ou desativação) da transcrição de um gene, ao bloquearem os efeitos da cromatina circundante. Os silenciadores e os repressores são elementos de controle que suprimem a expressão de genes; eles atuam sobre um gene independentemente de sua orientação ou posição em relação ao gene. Os MARs são seqüências dentro do DNA que se ligam ao suporte nuclear; eles podem afetar a transcrição, possivelmente pela separação de cromossomos em domínios reguladores. Acredita-se que os MARs intermediam estruturas de ordem maior, de laço, dentro dos cromossomos. Terminações transcricionais são regiões nas vizinhanças do gene em que RNA polimerase é liberada do molde. Origens de replicação são regiões do genoma onde, durante a síntese de DNA ou a fase de replicação de divisão celular, começa o processo de replicação de DNA. Locais de mais recorabinação meiótica são regiões do genoma que se recombinam mais
freqüentemente do que a média durante a meiose.
Replicon: Qualquer elemento genético (por ex„ plasmideo,
cromossomo, vírus) que funcione como uma unidade auto-replicadora autônoma
de replicação de DNA in vivo.
Amostra: Uma porção, um pedaço ou segmento que seja
representativo de um todo. Este termo abrange qualquer material, inclusive, por exemplo, as amostras obtidas de um animal, vegetal, ou do ambiente.
Uma "amostra ambiental" inclui uma amostra obtida de objetos 0 inanimados ou de reservatórios dentro de um ambiente fechado ou aberto. As amostras ambientais incluem, mas não se limitam a: solo, água, poeira e amostras de ar; amostras em pacote, incluindo materiais de construção, móveis, e conteúdos de aterro sanitário; e outras amostras de reservatório, tais como
resíduos animais, grãos de colheita e alimentos. ,5 Uma "amostra biológica" é uma amostra obtida de um sujeito
vegetal ou animal. Como utilizadas aqui, as amostras biológicas incluem todas as
amostras úteis à detecção de infecções virais em sujeitos, incluindo, mas não se
limitando a: células, tecidos e fluidos corporais, tais como o sangue; derivações e
frações do sangue (tal como o soro); galhas extraídas; tecido de biópsia ou
removido cirurgicamente, incluindo tecidos que sejam, por exemplo, não fixos,
congelados, fixos em formalina e/ou presos em parafina; lágrimas, leite; crostas
de pele; lavagens de superfície; urina; eatarro; fluido cérebro-espinhal; fluido da
próstata; pus; aspirados de medula óssea; BAL; saliva; «Λ cervicais; swabs
vaginais; lavagem orofaringeal. Identidade de seqüência: A semelhança entre duas seqüências de
ácidos nucléicos, ou entre duas seqüências de aminoácidos, é expressa em termos
da similaridade entre as seqüências, também referida como identidade de
seqüência. A identidade de seqüência é freqüentemente medida em termos do
percentual de identidade (ou similaridade ou homologia); quanto mais alto o
percentual, mais semelhantes são as duas seqüências.
Métodos de alinhamento de seqüências para comparação são bem conhecidos na técnica. Vários programas c algoritmos de alinhamento são descritos em: Smith e Waterman (Adv. Appl Mathi 2:482, 1981); Needleman e Wunsch (J. Mol Biolt 48:443, 1970); Pearson e Lipman (Proe. Natl Acad Sci., 85:2444, 1988); Higgins e Sharp (Gene, 73:237-44, 1988); Higging e Sharp CCABIOS, 5:151-53, 1989); Corpet e outros {Nue. Acids Res., 16: 10881-90, 1988); Huang e outros (Comp. Appls. Biosci., 8:155-65, 1992); e Pearson e outros (Meth. Mol Biol, 24:307-31, 1994). Altschul e outros (.Nature Genet., 6:119-129, 1994) apresentam uma consideração detalhada sobre métodos de alinhamento de seqüência e cálculos de homologia.
As ferramentas de alinhamento ALIGN (Meyers e Miller, CABIOS 4:11-17, 1989) ou LFASTA (Pearson e Lipman, 1988) podem ser utilizadas para realizar comparações de seqüência (Internet Program © 1996, W. R. Pearson e a Universidade de Virgínia, "fasta20u63" versão 2.0u63, data de lançamento Dezembro 1996). O ALIGN compara seqüências inteiras umas às outras, enquanto que o LFASTA compara regiões de similaridade local. Essas ferramentas de alinhamento e seus respectivos tutoriais estão disponíveis na Internet no site da NCSA. Alternativamente, para comparações de seqüências de aminoácidos de mais de aproximadamente 30 aminoácidos, a função "Blast 2 sequences" pode ser empregada utilizando-se o conjunto matricial BLOSUM62 padrão configurado nos parâmetros padrão (custo de abertura de intervalos de 11, e um custo de intervalo por resíduo de 1). Quando se alinha peptídeos curtos (menos do que aproximadamente 30 aminoácidos), o alinhamento deve ser realizado utilizando-se as funções "Blast 2 sequences", empregando-se o conjunto matricial PAM30 configurado nos parâmetros padrões (penalidades de intervalo aberto de 9, e de extensão de intervalo de 1). O sistema de comparação de seqüências BLAST está disponível, por exemplo, no website da NCBI; ver também Altschul e outros, J. Mol BioL, 215:403-10, 1990; Gish e States, Nature Genet., 3:266-72, 1993; Madden e outros, Meth. Enzymoli 266:131-41, 1996; Altschul e outros, Nucleie Acids Res., 25:3389-402, 1997; e Zhang e Madden, Genome Res., 7:649-56, 1997. Os ortólogos (equivalentes às proteínas de outras espécies) de
proteína são em alguns casos caracterizados por possuírem uma identidade de seqüência de mais de 75% contada ao longo do comprimento inteiro do alinhamento com a seqüência de aminoácidos de proteínas específicas utilizando- se o ALIGN com os parâmetros padrões. Proteínas até com mais similaridade a uma seqüência de referência irão apresentar maiores percentuais de identidade quando avaliadas por este método, tais como ao menos 80%, ao menos 85%, ao menos 90%, ao menos 92%, ao menos 95%, ou ao menos 98% de identidade de seqüência. Além disso, a identidade de seqüência pode ser comparada ao longo do comprimento inteiro de cada ou de ambos os domínios de ligação das proteínas de fusão reveladas.
Quando significativamente menos do que a seqüência inteira estiver sendo comparado quanto à identidade de seqüência, as seqüências homólogas irão tipicamente possuir ao menos 80% de identidade de seqüência ao longo de janelas curtas de 10-20, e podem possuir identidades de seqüência de ao menos 85%, ao menos 90%, ao menos 95% ou ao menos 99%, dependendo de sua similaridade com a seqüência de referência. A identidade de seqüência sobre tais janelas curtas pode ser determinada utilizando-se o LFASTA; métodos são descritos no site da NCSA. O versado na técnica irá perceber que essas faixas de identidade de seqüência são fornecidas a título de orientação apenas; é inteiramente possível que homólogos com força significativa possam ser obtidos que estejam fora das faixas fornecidas. Conceitos semelhantes de homologia se aplicam aos ácidos nucléicos como descritos para as proteínas. Um indicador alternativo de que duas moléculas de ácidos nucléicos sejam proximamente relacionadas é quando as duas moléculas se hibridizam uma à outra sob condições rigorosas.
Seqüências de ácidos nucléicos que não apresentem um alto grau de identidade podem assim mesmo codificar seqüências de aminoácidos similares, devido à degeneração do código genético. Deve ser entendido que mudanças na seqüência de ácido nucléico podem ser feitas utilizando-se essa degeneração para produzir múltiplas seqüências de ácidos nucléicos que codifiquem substancialmente a mesma proteína. Agente de ligação específico: Um agente que se ligue
substancialmente somente a um alvo definido. Portanto, um agente de ligação de proteína-específica se liga substancialmente somente à proteína específica, ou a uma região específica dentro da proteína. Como utilizados aqui, os agentes de ligação de proteína-específica incluem anticorpos e outros agentes que se liguem substancialmente a um polipeptídio específico. Os anticorpos podem ser anticorpos monoclonais ou poli-clonais que sejam específicos para o polipeptídio, assim como porções ("fragmentos") imunologicamente eficazes destes.
A determinação se um agente particular se liga substancialmente apenas a um polipeptídio específico pode ser feita prontamente utilizando-se ou adaptando-se procedimentos de rotina. Exemplos de testes in vitro que fazem uso do procedimento Western blot incluem o IFA e o Ag-ELISA, e são descritos em muitos textos convencionais, incluindo Harlow e Lane, Using Ántibodies: A Laboratory Manual CSHL, Nova York, EUA, 1999.
Transformada: Uma célula "transformada" é uma célula na qual foi introduzida uma molécula de ácido nucléico por técnicas de biologia molecular. O termo abrange todas as técnicas através das quais uma molécula de ácido nucléico possa ser introduzida dentro de uma célula, incluindo transfecção com vetores virais, transformação com vetores de plasmídeos, e a introdução de uDNA nu" por eletroporação, lipofecção, e aceleração de pistola de partículas.
Vetor: Uma molécula de ácido nucléico como introduzida dentro de uma célula hospedeira, desse modo produzindo uma célula hospedeira transformada. Um vetor pode incluir seqüências de ácidos nucléicos que permitam que ele se replique em uma célula hospedeira, tal como uma origem de replicação (seqüências de DNA que participam no início da síntese de DNA). Um vetor pode incluir um ou mais genes marcadores selecionáveis e outros
elementos genéticos conhecidos na técnica.
Vírus: Organismo infeccioso microscópico que reproduza células vivas internas. Um vírus tipicamente consiste essencialmente em um núcleo de um único ácido nucléico circundado por uma camada de proteína, e tem a habilidade de se replicar somente dentro de uma célula viva. "Replicação viral" é a produção de vírus adicional pela ocorrência de ao menos um ciclo de vida viral. Um vírus pode corromper as funções normais da célula hospedeira, fazendo com que a célula se comporte de uma maneira determinada pelo vírus. Por exemplo, jysf
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uma infecção viral pode resultar em uma célula produzindo uma citocina, ou reagindo a uma citocina, enquanto a célula não infectada normalmente não o faz.
Embora métodos e materiais semelhantes ou equivalentes aos descritos aqui possam ser utilizados na prática ou testando-se a presente invenção, métodos e materiais adequados são descritos abaixo.
Todas as publicações, os pedidos de patente, patentes e outras referências mencionadas aqui são incorporadas como referências em suas totalidades. Em caso de conflito, a presente descrição, incluindo a explanação dos termos, assumirá o controle. Além disso, os materiais, métodos e exemplos são ilustrativos apenas e não pretendem ser limitativos.
IV. Descrição Geral de Diversas Modalidades
É fornecido aqui em uma primeira modalidade um genoma de vírus da raiva recombinante compreendendo o ácido nucléico como apresentado na SEQ ID NO: 1 (comprimento completo da seqüência da ERA). São também fornecidas proteínas do vírus da raiva codificadas por esse genoma, incluindo proteínas específicas que compreendem uma seqüência de aminoácidos como apresentada na SEQ ID NO: 2 (proteína N); SEQ ID NO: 3 (proteína P); SEQ ID NO: 4 (proteína M); SEQ ID NO: 5 (proteína G); ou na SEQ ID NO: 6 (proteína L); e moléculas de ácidos nucléicos isoladas que codificam tais proteínas. A título de exemplo, tais moléculas de ácidos nucléicos isoladas compreendem uma seqüência de nucleotídeos como apresentada em: nucleotídeos 71-1423 da SEQ ID NO: 1 (proteína N); nucleotídeos 1511-2407 da SEQ ID NO: 1 (proteína P); nucleotídeos 2491-3104 da SEQ ID NO: 1 (proteína M); nucleotídeos 3318-4892 da SEQ ID NO: 1 (proteína G); ou os nucleotídeos 5418-11.801 da SEQ ID NO: 1 (proteína L).
É também fornecido um genoma de vírus recombinante com a seqüência de ácido nucléico como apresenta na SEQ ID NO: 7, que difere da SEQ ID NO: 1, em virtude da remoção de um resíduo de adenosina na cauda Poli-A entre o gene da G e a região-psi. A SEQ ID NO: 7 também codifica as proteínas como mostradas nas SEQ ID NOs: 2-6. São também fornecidos genomas de derivados da linhagem ERA do vírus, como mostrado nas SEQ ID NOs: 8-18. Em certas modalidades, os genomas estão presentes em um vetor, tal como um plasmídeo.
Ainda outra modalidade descrita é um sistema para o seqüenciamento do comprimento completo de genomas do vírus da raiva através da utilização de um método descrito aqui. Sistemas de vetores virais para a expressão de proteínas heterólogas são também descritos.
Uma outra modalidade fornece composições que compreendem uma ou mais moléculas de ácido nucléico, uma ou mais proteínas, fornecidas aqui. Opcionalmente, tais composições contêm um portador farmaceuticamente aceitável, um adjuvante, ou uma combinação de dois ou mais destes.
É também fornecido um método para provocar uma reação imunológica contra um epitopo antigênico em um sujeito, compreendendo a introdução dentro do sujeito de uma composição que compreenda um nucleotídeo, peptídeo, ou polipeptídio descrito aqui, desse modo provocando
uma reação imunológica no sujeito.
Um outro aspecto da divulgação se refere a um sistema de vetores
para produzir vírus da raiva recombinantes. O sistema de vetores inclui um primeiro vetor (vetor de transcrição) que contém um comprimento completo de DNA antigenômico de vírus da raiva (ou um derivado deste) e um conjunto de vetores auxiliares contendo ácidos nucléicos que codifiquem ao menos uma proteína da linhagem ERA do vírus da raiva. A expressão dos vetores em uma célula hospedeira transfectada resulta na produção de um vírus da raiva recombinante vivo. Em certas modalidades, o DNA antigenômico é da linhagem ERA (por exemplo, SEQ ID NO: 1 ou SEQ ID NO: 7) ou de um derivado desta, tal como uma das SEQ ID NOs: 8-18. Em certas modalidades, os vetores são
plasmídeos.
Para facilitar a recuperação do comprimento total de RNA viral, o vetor de transcrição pode incluir, em uma direção de 5' a 3': uma ribozima de cabeça-de-martelo; um cDNA antigenômico de vírus da raiva; e uma ribozima de vírus delta da hepatite. Os nucleotídeos da ribozima de cabeça-de-martelo são selecionados para serem complementares à seqüência genômica anti-sense do vírus da raiva. A transcrição do cDNA antigenômico fica sob o controle regulatório de transcrição de ao menos um dentre o promotor de CMV e o promotor de RNA polimerase do fago T7, e comumente sob o controle de ambos esses promotores.
Os vetores auxiliares tipicamente incluem um vetor que
compreende uma seqüência de polinucleotídeos que codifica uma proteína N do vírus da raiva; um vetor que compreende uma seqüência de polinucleotídeos que codifica uma proteína M do vírus da raiva; um vetor que compreende uma seqüência de polinucleotídeos que codifica uma proteína L do vírus da raiva; e um vetor que compreende uma seqüência de polinucleotídeos que codifica uma RNA polimerase do fago T7. Em uma modalidade, a RNA polimerase do T7 compreende um sinal de localização nuclear (NLS). Opcionalmente, o sistema de vetores pode incluir também um vetor que compreenda uma seqüência de nucleotídeos que codifique uma proteína G do vírus da raiva. A transcrição de uma ou mais das seqüências de polinucleotídeos
que codificam a proteína P5 M, L ou G do vírus da raiva, ou a polimerase de T7 está sob o controle regulatório de transcrição tanto do promotor de CMV como do promotor de T7. Em contraste, a transcrição da seqüência de polinucleotídeos que codifica a proteína N do vírus da raiva fica sob o controle regulatório de transcrição do promotor de T7, e a transcrição é independente de cap.
Ainda mais outras modalidades são vacinas de raiva vivas, cada uma compreendendo um genoma de vírus da raiva recombinante como fornecido aqui. Exemplos de tais genomas da raiva recombinantes compreendem a seqüência mostrada como ERA G333 (SEQ ID NO: 10). Opcionalmente, a
vacina da raiva é atenuada.
É também fornecido um método de produção de um vírus da raiva vivo (por exemplo, para uso em uma composição imunogênica, tal como uma vacina) através da introdução do sistema de vetores dentro de uma célula hospedeira. Após a transfecção do sistema de vetores para dentro de uma célula hospedeira adequada, o vírus vivo e opcionalmente atenuado é recolhido. A produção e a administração de uma vacina da raiva viva produzida por tais métodos são também previstas aqui. SGO
É também revelado um método de vacinação de um sujeito contra a raiva, em que o método compreende a administração de uma quantidade eficaz da vacina de raiva viva de acordo com a descrição fornecida ao sujeito, de modo que as células do sujeito sejam infectadas com a vacina da raiva, quando então uma reação imunológica anti-rábica é produzida no sujeito. Em uma modalidade, o sujeito é um ser humano. Em outra modalidade, o sujeito é um animal não- humano. Por exemplo, o animal não-humano em alguns casos é um gato, cão, rato, camundongo, morcego, raposa, guaxinim, esquilo, gambá, coiote ou lobo.
Em certas modalidades, a vacina da raiva é administrada entericamente. Por exemplo, a administração entérica em alguns casos compreende a administração oral. A administração oral inclui administração através de iscas de comida projetadas para vacinar populações de animais selvagens, por exemplo.
Composições farmacêuticas que incluem as vacinas da raiva vivas (por exemplo, uma vacina de raiva viva atenuada) e um portador ou excipiente farmaceuticamente aceitável são também fornecidos.
K Método de Seqüenciamento do Genoma de Lyssavirus
Inteiro
Para facilitar o seqüenciamento do comprimento completo do genoma ERA, um método para seqüenciar um vírus de RNA de filamento negativo de comprimento completo foi desenvolvido. Esse método é aplicável ao seqüenciamento de um Iyssavirusi tal como um vírus da raiva, assim como outro vírus de RNA de filamento negativo. O vírus da raiva é um vírus de RNA de filamento negativo simples com um genoma de aproximadamente 12 kb, com a faixa entre 11,918 (lyssavirus do morcego Australiano) e 11,940 (vírus Mokola). As seqüências de ácidos nucléicos virais da raiva no GENBANK focalizam principalmente as seqüências que codificam proteínas—proteína de nucleocapsídeo (N), glicoproteína (G), fosfoproteína (P) e genes de proteína matricial (M), que ficam perto da extremidade 3' do genoma. A análise filogenética prévia é principalmente baseada nos genes de N e G. Mas, para linhagens virais de raiva remotamente relacionadas, o gene (L) da RNA polimerase dependente de RNA é o candidato mais adequado para a análise filo genética. Infelizmente, poucas seqüências de genes (L) estão disponíveis em bases de dados de genes públicas. Além disso, foi proposto que tanto as regiões líderes quanto as seguidoras nas terminações virais rábicas desempenham papéis muito importantes para (a regulação da) transcrição e replicação viral. Estas podem ser as regiões conservadas para a encapsidação de nucleoproteína ou os locais de ligação para proteínas L/P, por exemplo. Também as regiões inter- gênicas entre a líder -Ν, N-P, P-M, M-G, a região de pseudo-gene e a G-L servem como os sinais para a iniciação da transcrição viral. Portanto, não apenas regiões codificadas, mas também regiões não-codificadas dentro do mesmo genoma viral, poderiam ser aplicadas à análise filogenética ou à pesquisa de evolução. Todas essas seqüências podem ser analisadas mais prontamente utilizando-se os métodos de seqüenciamento de genoma inteiro fornecidos aqui.
O método inclui uma transcrição reversa de uma etapa e uma clonagem de duas etapas em um vetor adequado. Esse método produz um genoma prontamente seqüenciado no vetor, sem a necessidade de se realizar reações RT-PCR repetidas tendentes a erros. Explorando as repetições invertidas encontradas nas extremidades do genoma rábico (e do genoma de outros lyssavirus), foram desenvolvidos primers universais e são descritos aqui para uso nos procedimentos de seqüenciamento rápido de genoma completo descritos aqui.
As regiões líderes e as regiões seguidoras no vírus da raiva contêm sinais para a transcrição e replicação viral. Com base na análise da seqüência de genomas disponível na GenBank, os nucleotídeos da terminal 11 são rigorosamente conservados em vírus da raiva ou em vírus relacionados à raiva, incluindo o vírus Mokola. O raciocínio por trás dos métodos de seqüenciamento fornecidos aqui se baseia nos nucleotídeos complementares da terminal 11. Como essas duas seqüências de nucleotídeos 11 são complementares, elas poderiam não ser utilizadas nas reações PCR seguintes. Deve ser entendido que outros vírus com repetições invertidas podem ser semelhantemente amplificados através da utilização de primers correspondentes às seqüências daquelas repetições. Os nucleotídeos de antigenoma senso 11 foram projetados como primers de transcrição reversa para o genoma purificado da ERA, cuja integridade foi verificada por comparação de tamanho e Northern Blot. Todo o genoma de cDNA foi confirmado também por Northern Blot com sondas de genes Ν, P, M5 G, L e nucleotídeos 11 por uma sonda de oligonucleotídeos, que
apenas ligava RNA genômico, e não mRNA viral.
É razoavelmente viável a transcrição reversa do genoma viral rábico inteiro em uma reação, utilizando-se cuidadosamente primers de seqüências-correspondentes de terminal conservados, desde que a qualidade da
preparação do genoma viral sela alta.
A seqüência da ERA é proximamente relacionada à da SAD, que é de suas derivadas. Isso não é surpreendente, porque a ERA foi enviada da CDC nos anos da década de 1970 para a Suíça, onde pesquisadores a adaptaram para que crescesse em células, antes de a enviarem para a Alemanha, onde foi mais uma vez derivada, e a derivação foi totalmente seqüenciada em - 1990. Até hoje, os vírus da raiva e relacionados à raiva têm sido classificados em sete tipos S diferentes: o vírus da raiva clássico tipol (ERA está incluída), tipo2 (morcego Lagos), tipo3 (Mokola), tipo4 (Duvenhage), tipo5 (lyssavirus do morcego Europeu (EBL) I), tipoó (EBL II) e tipo7 (vírus do morcego da Austrália) de acordo com proteção cruzada de soro e estudos de genética. A análise de seqüências desempenha um papel importante na filogenética, na pesquisa de 0 evolução, em estudos de previsão da função de genes, e outras áreas relacionadas, incluindo a localização de regiões reguladoras de transcrição e replicação viral, e portanto a bioinformática voltada para potenciais drogas
terapêuticas.
Com o desenvolvimento de técnicas na reação em cadeia de polimerase de transcrição reversa (PCR-TR), que são conhecidas pelos versados na técnica, é atualmente relativamente fácil fazer a transcrição reversa de até 12 kb ou mais de RNA para cDNA em uma reação. Sob condições ideais, a PCR
pode amplificar alvos de mais de 30 kb em uma reação.
Com o fornecimento aqui de métodos para gerar seqüências de genoma de vírus de comprimento completo, em particular seqüências de genomas da raiva, torna-se atualmente prática a análise de diferentes linhagens de vírus. A concepção eficaz de vírus atenuados, por exemplo para uso na imunização ou na produção de composições imunologicamente estimuladoras e vacinas, é também permitida utilizando-se os genomas de comprimento completo resultantes.
Não existe o genoma "geral" do vírus da raiva, mas esses genomas estão relacionados. As similaridades estão entre 60% e 100% nos diferentes tipos. Algumas regiões, tais como a do gene L, parecem ser mais conservadas, enquanto que outras, tais como a região psi, que não codifica um polipeptídio, são mais variáveis. Os vírus da raiva e os relacionados à raiva não só irão variar, mas também qualquer vírus de RNA irá mudar com o tempo. Como os vírus se adaptam e surgem é uma questão em aberto. Por este motivo, a análise de seqüências de genomas inteiros é importante para os estudos evolucionários, sobre patogenia e sobre a função de genes.
Esse sistema descrito aqui é o primeiro para o vírus da raiva no que diz respeito ao seqüenciamento de genomas completo. Acredita-se que pode ser útil para outros vírus de RNA, particularmente no gênero lyssavirus. Atualmente, para os estudos filogenéticos do vírus da raiva, os cientistas fazem uso somente dos genes Ν, P ou G, que são mais abundantes nas células ou tecidos infectados. Sabe-se que para a comparação de linhagens remotas, o gene L compreendendo mais da metade do genoma pode ser o local candidato ideal, o que deve ser usado. Infelizmente, tais comparações evolucionárias não são possíveis devido aos dados disponíveis serem muito limitados, ainda mais quanto à seqüência de genoma completo. Também para os estudos sobre transcrição e replicação viral, supõe-se que as regiões líderes e as seguidoras localizadas nas extremidades 3' e 5' do genoma desempenhem papéis importantes. As regiões inter-gênicas são também os sinais para estudos de eis e trans viral. Todos esses dados são bastante limitados, porque não estão incluídos no mRNA. Somente a seqüência de genoma completa pode fornecer a informação necessária neste nível. O seqüenciamento de genomas completos não só é útil para o desenvolvimento de vacinas, mas também é aplicável para os estudos sobre transcrição e replicação básicas de vírus, É também igualmente aplicável ao desenvolvimento de siRNA e terapia de genes.
VI. Seqüência do Genoma da ERA Utilizando o método descrito aqui, a seqüência única do genoma do vírus da raiva ERA foi gerada. Esta seqüência é mostrada na SEQ ID NO: 1. As cinco proteínas do vírus da raiva ERA (SEQ ID NOs: 2-6) são codificadas nas seguintes posições do genoma: N, 71-1423; P, 1511-2407; M1 2491-3104; G, 3318-4892; e Lj 5418-11801. A homologia entre ERA e SAD-B19 são: N 99,56%, P 98,65%, M 96,53%, G 99,05% e L 99,20%, respectivamente. Uma diferença específica entre a ERA e a SAD-B19 é a região intergênica entre Geo pseudo-gene, com o sinal de parada/poliadenilação de transcrição da SAD-B19 destruído.
A seqüência do genoma completo do vírus da raiva ERA é pré- requisito para o desenvolvimento de vacinas e para os estudos de patogema através da utilização de genética reversa.
VII. Sistema Otimizado para a Produção de Vírus
Os exemplos 6 e 7 fornecem um conjunto de condições ideais para a produção de vírus da ERA, em que os títulos atinjam até IO10 ffu por ml. Em bioreatores, o vírus resgatado pode crescer em -IO9 a IO10 fíu/ml. tais elevados níveis de produção são da maior importância para o desenvolvimento de vacinas orais, de modo que se possa produzir material de vacina suficiente em uma quantidade de tempo razoável com uma alocação de recursos razoável.
As condições de crescimento fornecidas podem produzir estavelmente tal título de vírus elevado para ambas as linhagens parenteral e ERA. Esses dados de produção são muito importantes for o potencial
desenvolvimento de vacinas de raiva orais.
VIII. Linhagem de Células BSR-Gpara a Produção de Vírus -G
Embora linhagens do VR com remoções da proteína G tenham sido
previamente resgatadas a partir de células de BHK, isso não foi possível com vírus da linhagem ERA sem a proteína G. Após a inoculação intra-cerebral ou intramuscular de camundongos com ERA-G, nenhum camundongo morreu ou
mostrou qualquer sintoma de raiva.
A ERA-G (sem glicoproteína) só pode crescer em células com a suplementação da glicoproteína. Caso contrário, o vírus mutante não pode se espalhar. Para ajudar no crescimento da ERA-G, uma linhagem de células BSR- G foi estabelecida, que expressa constitutivamente a glicoproteína da ERA. A produção dessa linhagem de células é descrita nos Exemplos abaixo. Essa linhagem de células é útil para a recuperação de linhagens do VR tais como a ERA-G que sejam refratárias à recuperação na ausência da Gi assim como para a
otimização da recuperação de outros sinais.
IX. Sistema de Genética Reversa para Vacinas de Vírus da
Raiva de Engenharia e Expressão de Proteínas Heterólogas
O RNA não pode ser prontamente manipulado diretamente por métodos de biologia molecular. As vacinas de vírus de RNA tradicionais são de isolados naturalmente atenuados, que são difíceis de controlar e apresentam resultados imprevisíveis. A tecnologia da genética reversa torna possível manipular vírus de RNA como DNAi que pode sofrer mutação, remoção e reconstrução de acordo com concepções deliberadas. Cada função dos genes pode ser estudada cuidadosamente, independentemente, e em conjunto, o que beneficia o desenvolvimento de vacinas. A genética reversa envolve a transcrição reversa do genoma viral de RNA em cDNA, e a clonagem em um vetor, tal como um plasmídeo. Após a transfecção das células hospedeiras, o vetor é transcrito em RNA, a ser encapsidade por proteínas estruturais, que também podem ser supridas por plasmídeos. O RNA encapsidado forma um complexo de ribonucleoproteína, resultando em partículas de vírus que podem ser resgatadas.
Embora três sistemas para a genética reversa do vírus da raiva (VR) tenham sido publicados (Schnell β outros, The EMBO 1 13, 4195-4203, 1994; Inoue e outros, J. Virol Method 107, 229-236, 2003; Ito e outros, Microbiol Immunol 47, 613-617, 2003), esses sistemas não são prontamente adaptáveis a outras linhagens. Atualmente, nenhuma linhagem do vírus da raiva foi resgatada com o auxílio de plasmídeos auxiliares de uma linhagem diferente, nem mesmo quando as linhagens são proximamente relacionadas. Assim, para qualquer mutação específica de linhagens do vírus ou para o desenvolvimento de vacinas, um sistema modelado especificamente tem que ser desenvolvido.
a linhagem ERA é uma boa candidata para o desenvolvimento de
vacinas orais para a raiva, mas sua patogenia residual é óbvia. Durante os anos da década de 1970, o VR da ERA passou por extenso desenvolvimento de vacinas (Black e Lawson, Can. J. Comp. Med 44:169-176, 1980; Charlton e Casey, Can. J. VeL Res. 20:168-172, 1978; Lawson e Crawley, Can. J. VeL Res. 36:339-344, 1972). Tanto a ERA como a SAD-B19 são derivadas da SAD. Hm testes de vacinas orais preliminares, a SAD-B19 foi eficaz em guaxinins e também em gambás, enquanto que a ERA não foi. Adicionalmente, a ERA mata camundongos de duas semanas de idade administrados por via intra-cerebral (i.c.), como demonstrado em testes com animais. Essas observações levantam dúvidas sobre o relacionamento dessas duas linhagens do VR e sobre os potenciais efeitos de alterações sutis. A partir de uma comparação da seqüência de genoma viral completa, a ERA e a SAD-B19 compartilham identidades de nucleotídeos extremamente altas e homologias de aminoácidos. Para clarificar a fundamentação genética da imunogenicidade e da ρ ato geni cidade dessas linhagens altamente relacionadas do vírus da raiva, um sistema de genética reversa eficiente foi desenvolvido para a ERA, diferente dos sistemas de genética reversa relatados previamente para o vírus da raiva.
O sistema de genética reversa da raiva revelado aqui é útil para uma variedade de propósitos, incluindo: (1) atenuar o vírus da ERA de uma maneira definida para o desenvolvimento de vacinas; (2) produzir vetores de vírus da ERA para expressar ORFs heterólogos (por ex., no contexto de composições terapêuticas, tais como vacinas e terapia genética.); (3) definir a base geral da patogênese do VR da ERA; e (4) determinar os efeitos biológicos das diferenças
genéticas entre os vírus da ERA e da SAD.
O sistema de genética reversa possui algumas ou todas as características seguintes, ilustradas esquematicamente na Fig. IA utilizando-se o cDNA antigenômico da linhagem ERA exemplificativo.
Esse sistema é baseado em um plasmídeo de transcrição de comprimento completo e mais uma pluralidade de plasmídeos auxiliares (por ex., cinco plasmídeos auxiliares). Os plasmídeos auxiliares codificam as proteínas N, P, L e opcionalmente a proteína G, assim como a polimerase de T7. Embora a proteína G não seja necessária para o resgate do vírus, ela melhora a eficiência da recuperação de vírus ou a germinação de vírus quando incluída na transfecção. A transcrição envolve tanto a RNA polimerase II dependente de RjSfA, que é disponível nas células dos mamíferos, como a polimerase do T7, que é suprida por plasmídeos pNLST7. A polimerase dual resulta em uma eficaz recuperação de vírus que é alta e também estável.
No plasmídeo de transcrição, ribozimas de cabeça-de-martelo e do vírus delta da hepatite abordam um cDNA antigenômico de vírus da raiva (por ex., linhagem ERA), permitindo a produção de extremidades 5' e 3' autênticas de vRNA genômico por transcrição. Os dez primeiros nucleotídeos da seqüência em cabeça-de-martelo são projetados para serem complementares aos dez primeiros nucleotídeos da seqüência genômica anti-senso. Por exemplo, os dez primeiros nucleotídeos da seqüência em cabeça-de-martelo para o cDNA antigenômico da ERA são: TGTTAAGCGT (SEQ ID NO: 19).
Duas construções de RNA polimerase do T7 modificadas foram estabelecidas, as quais suportam a recuperação de vírus mais eficientemente do que a RNA polimerase do T7 do tipo selvagem aplicada anteriormente. Uma RNA polimerase do T7 passou por mutação do primeiro ATG para AT. A segunda RNA polimerase do T7 tem um sinal de localização nuclear (NLS) de oito aminoácidos derivada do antígeno SV40 T grande de vírus fundida depois do primeiro ATG a partir do T7 mãe: ATG CCA AAA AAG AAG AGA AAG GTA GAA (SEQ ID NO: 20). O NLS está sublinhado. A adição do NLS resulta na RNA polimerase do T7 estando presente predominantemente no núcleo. Após o mecanismo de transfecção do plasmídeo de NLS modificado, o complexo de reagentes de transfecção de DNA se une à superfície da célula. Através de endocitose, o complexo é trazido até o endossomo/lisossomo, e o DNA é liberado para dentro do citosol. Na ausência do NLS, a maior parte dos plasmídeos transfectados fica retida no citosol e apenas uma porcentagem pequena do DNA liberado atinge o núcleo, onde é transcrito em RNA. Após a síntese de proteínas, a RNA polimerase do NLST7 é transportada de volta ao núcleo da célula, e os plasmídeos auxiliares (com promotores de T7/CMV) no núcleo serão transcritos por ambas as polimerases do NLST7 e celular II. Assim, mais mRNAs dos plasmídeos auxiliares e cRNA do pTMF de comprimento completo ou seus derivados foram sintetizados e resultaram na alta eficiência do resgate de vírus.
Após a expressão inicial do NLST7 pelo promotor de CMV, a polimerase do NLST7 se liga ao pT7 para a transcrição do gene do NLST7. Através da modificação dos transcritores no núcleo, mais mRNA de NLST7 é sintetizado, o que resulta em mais expressão de polimerase de NLST7. O pT7 da polimerase de NLST7 assim como o da unidade de transcrição de antigenômica de comprimento completo fica sob o controle da polimerase de NLST7, que atua como um "auto-gene". O mecanismo de auto-gene da polimerase do NLST7 é ilustrado na Fig. 2. Após a expressão da RNA polimerase de T7 no núcleo, as estruturas de T7 transfectadas continuam a transcrever o modelo de RNA de comprimento completo para encapsidação da proteína N e/ou ligação da proteína L, acentuando a eficiência da recuperação de vírus.
A polimerase de T7, e todos os outros plasmídeos, a não ser pelo plasmídeo codificador da proteína N pTN, são colocados sob o controle de ambos os elementos reguladores de transcrição de CMV e de T7. O ácido nucléico de codificação da proteína N fica sob o controle de um promotor de Tl e é traduzido de maneira cap-independente com base em um IRES (Local de Entrada de Ribossomo Interno). A RNA polimerase celular II sozinha pode ajudar na recuperação do VR se todos os plasmídeos forem clonados sob o controle do promotor de CMV (19). No sistema de genética reversa da ERA revelado aqui, apenas o pTN fica sob o controle do promotor de T7 e foi traduzido de maneira cap-independente. Todas as outras construções estão sob o controle de ambos os elementos reguladores de transcrição de CMV e de T7. Tipicamente, no VR, a síntese de N é abundante e a razão entre Ν, P e L é de aproximadamente 50:25:1. Para simular a transcrição viral do tipo selvagem e a montagem na genética reversa do VR, a expressão da N deve ser a mais alta. Com o auxílio da polimerase de NLST7 e do modo de tradução IRES, a proteína N foi expressa de eficientemente após a transfecção de plasmídeos. Isso reduz a competição para a transcrição com genes de manutenção em células hospedeiras, porque o sinal de iniciação de transcrição de T7 não existe em células de mamíferos, e resulta em uma maior eficiência da transcrição de T7. Para acentuar a produção de proteínas virais, os plasmídeos auxiliares podem ser construídos para que incorporem uma seqüência de Kozac que tenha sido otimizada para a eficiência da tradução para cada seqüência de codificação de proteína. Seqüências de Kozak otimizadas exemplificativas são mostradas na Tabela 2.
Tabela 2 - Seqüências de Kozak Otimizadas
Construções Promotores Contexto da Kozak SEQ ID NO: Caracteres Especiais pTMF CMV/T7 n/a n/a HamRZ/HdvRZ nas extremidades pTN T7/IRES ACCACCATGG SEQ ID NO: 21 n/a pMP CMV/T7 ACCACCATGA SEQ ID NO: 22 n/a pMG CMV/T7 ACCACCATGG SEQ ID NO: 21 n/a pML CMV/T7 ACCACCATGC SEQ ID NO: 23 n/a pNLST7 CMV/T7 ACCACCATGA SEQ ID NO: 22 NLS de 8 aminoácidos
CMV/T7 simboliza o promotor de CMV à frente do promotor de T7. HdRZ indica uma ribozima em cabeça-de-martelo e HDVRz é a ribozima do vírus delta da hepatite. pTMF é o plasmídeo de transcrição de comprimento completo, e PTN, pMP, pMG, pML e pNLST7 são
plasmídeos auxiliares.
Depois de cinco dias pós-transfecção no sistema de genética reversa da ERA, o vírus resgatado cresceu para IO7 ffu/ml de forma estável e contínua sem amplificação adicional. X, Vírus Derivados
O mecanismo completo da patogenia do vírus da Raiva não foi completamente caracterizado, o que torna o desenvolvimento racional de vacinas problemático. Por exemplo, a glicoproteína do VR parece desempenhar um papel tanto na patogenia quanto na imunogenicidade do vírus da raiva. As mutações (tais como na posição 333 da glicoproteína) resultam em vírus que não causa infecção letal em camundongos adultos (Ito e outros, Microl Immunol 38, 479- 482, 1994; Ito e outros, J. Virol 75, 9121-9128, 2001). Contudo, a super- expressão da glicoproteína do VR demonstrou levar à acentuação de apoptose e reação imunológica viral (Faber e outros, J. Virol 76, 3374-3381, 2002). Portanto, o vírus da linhagem ERA com uma proteína G modificada (por exemplo, removida, com substituição de aminoácidos) poderia ser uma linhagem particular para o desenvolvimento de vacinas.
Vírus da raiva recombinantes com propriedades favoráveis podem ser projetados utilizando-se o sistema de genética reversa revelado aqui. Os vírus recombinantes exemplificativos revelados aqui incluem, além da linhagem ERA mãe, ERA sem região-Psi (ERA-), ERAverdel (gene fluorescente verde inserido na regiao-Psi), ERAverde2 (gene fluorescente verde clonado na região intergênica P-M), ERAg2 (contendo uma cópia extra da G na região-Psi), ERAgm (genes MeG trocados no genoma), e ERAgmg (duas cópias da G na construção da ERAgm rearranjada). Essas linhagens exemplifícativas são
ilustradas esquematicamente na Fig. 3.
As linhagens modificadas possuindo glicoproteínas removidas e/ou
alteradas por mutação são particularmente adequadas para o uso como composições imunogênicas para o tratamento pré- e pós- exposição do vírus da raiva porque tais vírus são incapazes de se espalhar entre células e causa doença. Adicionalmente, os vírus modificados tais como na ERA2g3, a qual super- expressa a proteína G devido a uma duplicação de seqüências que codificam uma glicoproteína alterada por mutação, acentuam a apoptose e provocam uma reação
imunológica anti-viral aumentada.
Por exemplo, após inoculação intra-cerebral e intramuscular de
camundongos com uma remoção da G (ERA-G)5 nenhum efeito adverso foi observado. Além disso, a ERA-G protegeu camundongos do desafio letal de uma linhagem de rua do VR. Assim, a ERA-G parece ser uma linhagem mais segura do que a ERA para o desenvolvimento de vacinas. Adicionalmente, a mutação da arginina na posição de aminoácido 333 da ERA-G para ácido glutâmico (dos nucleotídeos AGA para GAG, como nas linhagens ERAg3 e ERA2g3) resulta em um vírus atenuado. A atenuação foi confirmada através de testes de inoculação em animais. Como a super-expressão da G do VR resulta na acentuação da apoptose e das reações imunológicas anti-virais, vírus atenuados tais como na ERA2g3 que possuem múltiplas cópias da G são particularmente favoráveis como candidatos a vacinas. O sistema para o desenvolvimento de vacinas da raiva descrito aqui não se limita a modificações no gene da G, e é aplicável de forma semelhante a cada uma das proteínas virais. Para facilitar uma abordagem sistemática para a modificação dos vários componentes de proteína, o mapeamento da patogenia pode ser resolvido por genética reversa com base nos dados de seqüência
apresentados aqui.
O sistema de genética reversa descrito aqui também permite um
sistema de vetores do vírus da raiva para a expressão de genes estranhos
(heterólogos). A modalidade descrita, não-limitativa, se baseia no vírus da ERA.
Uma unidade de transcrição extra é mostrada aqui sendo funcional em dois locais
diferentes após a incorporação ao genoma do VR da ERA. Em uma modalidade,
uma unidade de transcrição extra é incorporada na posição da região psi (trans 1).
Em uma modalidade alternativa, uma unidade de transcrição extra é inserida
dentro da região intergênica P-M do VR.
Em vírus de RNA negativos de filamento simples, as seqüências distais-3' do genoma servem principalmente como um promotor de transcrição, enquanto que as seqüências de terminal-5' do genoma servem como um promotor de replicação (Conzelmann e Schnell, J. ViroL 68:713-719, 1994; Finke et al., J. Virol 71:7281-7288, 1997). Assim, a trans2 ocupa uma posição que resulta em uma transcrição mais forte para comandar a expressão de ORFs do que a transi. Portanto, os vetores revelados aqui podem ser utilizados para modular a expressão de uma ORF heteróloga para um nível desejado, simplesmente selecionando a posição em que a ORF é inserida em um vetor. Por exemplo, quando um nível alto de expressão de uma proteína for desejado, a trans2 será tipicamente uma posição ideal para a inserção da ORF heteróloga. De forma semelhante, caso níveis de expressão mais moderados de expressão sejam desejados, a ORF heteróloga pode ser inserida na transi. Os níveis de expressão ideais para cada ORF e para aplicações particulares podem ser determinados pelo
versado na técnica sem experimentações indevidas.
Portanto, os vetores virais fornecidos aqui são excelentes construções para a inserção e a expressão de genes estranhos, como é demonstrado aqui com relação à expressão do gene de proteína fluorescente verde. Embora a utilidade e a eficácia dos vetores desejados sejam demonstradas em relação ao GFP, deve-se notar que os vetores são igualmente adequados para a expressão de qualquer gene ou ORF de interesse.
Como se nota, o sistema de expressão heteróloga baseado na raiva fornecido aqui pode ser utilizado para expressar quaisquer proteínas estranhas (heterólogas). É particularmente previsto, a título de exemplo, que tais genes heterólogos sejam de outro organismo patogênico, tal como outros vírus patogênicos, por exemplo o vírus SARS, o vírus Nipah, etc. Além disso, os vetores revelados podem ser utilizados para a distribuição de outros genes terapêuticos, incluindo, por exemplo, genes que codifiquem proteínas de valor terapêutico ou moléculas de RNA funcionais, tais como as siRNAs.
XI. Composições Farmacêuticas e Imunologicamente
Estimuladoras e seus Usos
As composições farmacêuticas que incluem vírus resgatados atenuados ou fixos, seqüências de ácidos nucléicos de vírus ou polipeptídios de vírus compreendendo ao menos um epitopo de vírus são também abrangidos pela presente divulgação. Essas composições farmacêuticas incluem uma quantidade terapeuticamente eficaz de um ou mais compostos ativos, tais como um vírus atenuado ou fixo, polipeptídios de vírus compreendendo ao menos um epitopo de vírus, ou uma ou mais moléculas de ácidos nucléicos que codificam esses polipeptídios, em conjunto com um portador farmaceuticamente aceitável. E previsto que, em certas modalidades, seqüências de ácidos nucléicos de vírus ou polipeptídios de vírus compreendendo múltiplos epitopos de vírus sejam úteis na preparação das composições farmacêuticas da divulgação.
São aqui reveladas substâncias adequadas para uso como composições imunologicamente estimuladoras para a inibição ou o tratamento (seja pré-exposição ou pós-exposição) de uma infecção de vírus, por exemplo, uma infecção de vírus da raiva.
Em uma modalidade, uma composição imunologicamente estimuladora contém um vírus (recombinante) resgatado atenuado ou fixo. Em uma outra modalidade, a composição contém um polipeptídeo de vírus isolado ou recombinante incluindo ao menos um epitopo de vírus (tal como uma proteína G do vírus da raiva). Em uma modalidade adicional, a composição imunologicamente estimuladora contém um vetor de ácido nucléico que inclui ao menos uma molécula de ácido nucléico revelada aqui, ou que inclui uma seqüência de ácido nucléico que codifica ao menos um epitopo de vírus. Em um exemplo específico, não limitativo, uma seqüência de ácido nucléico codificando ao menos um epitopo de vírus é expressa em uma unidade de transcrição, tal como as descritas nas Publicações PCT Nos. PCT/US99/12298 e PCT7US02/10764 (ambas as quais são aqui incorporadas em suas totalidades).
Os vírus, polipeptídios de vírus, construções, ou vetores que codifiquem tais polipeptídios, imunologicamente estimuladores são combinados com um portador ou veículo farmaceuticamente aceitável para a administração como uma composição imunologicamente estimuladora para sujeitos humanos ou animais.
As formulações imunogênicas podem ser convenientemente apresentadas em forma de dosagem única e preparadas através da utilização de técnicas farmacêuticas convencionais. Tais técnicas incluem a etapa de colocar em associação o ingrediente ativo e o(s) portadore(s) ou excipiente(s) farmacêutico(s). Em geral, as formulações são preparadas colocando-se em associação uniforme e intimamente o ingrediente ativo com portadores líquidos. As formulações adequadas para a administração parenteral incluem soluções de injeção estéreis aquosas e nao-aquosas que podem conter antioxidantes, tampões, bacteriostatos e solutos que tornam a formulação isotônica com o sangue do recipiente pretendido; e suspensões estéreis aquosas e não-aquosas que podem incluir agentes de suspensão e agentes de engrossamento. As formulações podem ser apresentadas em recipientes de dose única ou de dose múltipla, por exemplo, ampolas vedadas e frascos, e podem ser armazenadas em uma condição liofilizada que requeira apenas a adição de um portador líquido estéril, por exemplo, água para as injeções, imediatamente antes do uso. Soluções de injeções e suspensões extemporâneas podem ser preparadas a partir de pós, grânulos ou tabletes estéreis, utilizados comumente pelos versados na técnica.
Em certas modalidades, formulações de dosagem de unidade são as que contenham uma dose ou unidade, ou uma fração apropriada destas, do ingrediente administrado. Deve ser entendido que além dos ingredientes particularmente mencionados acima, as formulações abrangidas aqui podem incluir outros agentes comumente utilizados pelo versado na técnica.
As composições fornecidas aqui, incluindo aquelas para uso como composições imunologicamente estimuladoras, podem ser administradas por vias diferentes, tais como a oral, incluindo a bucal e a sublingual, retal, parenteral, aerossol, nasal, intramuscular, subcutânea, intra-dermal e tópica. Elas podem ser administradas de diferentes formas, incluindo mas não se limitando a soluções, emulsões e suspensões, micro-esferas, partículas, micro-partículas,
) nanopartículas e lipossomos.
O volume da administração irá depender da via de administração. A
título de exemplo, as injeções intramusculares podem estar na faixa de aproximadamente 0,1 ml a aproximadamente 10 ml. Os versados na técnica saberão os volumes apropriados para as diferentes vias de administração. Um progresso relativamente recente no campo dos compostos
imunoIogicamente estimuladores (por exemplo, vacinas) é a injeção direta de moléculas de ácido nucléico que codificam antígenos de peptídeo (amplamente descrita por Janeway & Traversl Immunobiology: The Immune System in Health and Disease, página 13, 25, Garland Publishing, Inc., Nova York, EUA, 1997; e 0 Mcdonnell & Askari, N. Engl J. Med. 334:42-45, 1996). Vetores que incluam as moléculas de ácidos nucléicos descritas aqui, ou que incluam uma seqüência de ácido nucléico de codificação de um polipeptídeo de vírus que compreenda ao menos um epitopo de vírus, podem ser utilizados em tais métodos de vacinação
de DNA.
Portanto, a expressão "composição imuno logicamente
estimuladora", como utilizada aqui, também inclui vacinas de ácidos nucléicos em que uma molécula de ácido nucléico codificando um polipeptídeo de vírus que compreenda ao menos um epitopo de vírus seja administrada a um sujeito em uma composição farmacêutica. Para a imunização genética, métodos de distribuição adequados conhecidos pelos versados na técnica incluem a injeção direta de DNA plasmídeo em músculos (Wolff e outros, Hum. Mol Genet. 1:363, 1992), a distribuição de DNA complexado com portadores de proteína específicos (Wu e outros, J. BioL Chem. 264:16985, 1989), a co-precipitação de DNA com fosfato de cálcio (Benvenisty e Reshef, Proc. NatL Aead ScL 83:9551, 1986), a encapsidação de DNA em lipossomos (Kaneda e outros, Science 243:375, 1989), o bombardeio de partículas (Tang e outros, Nature 356:152, 1992; Eisenbraun e outros, DNA Cell BioL 12:791, 1993), e a infecção in vivo utilizando-se vetores retro-virais clonados (Seeger e outros, Proc. NatL Acad ScL 81:5849, 1984). De forma semelhante, as preparações de vacinas de ácidos nucléicos podem ser administradas através de portadores virais.
A quantidade de composto imuno-estimulador em cada dose de uma composição imunologicamente estimuladora é selecionada como uma quantidade que induza uma reação imuno-estimuladora ou imuno-protetora sem efeitos colaterais adversos significativos. Tal quantidade irá variar dependendo de qual imunogênico específico for empregado e como ele é apresentado. As injeções iniciais podem ficar na faixa de aproximadamente 1 μg a aproximadamente 1 mg, com algumas modalidades tendo uma faixa de aproximadamente 10 a aproximadamente 80 μδ, e ainda outras modalidades tendo uma faixa de aproximadamente 25 μg a aproximadamente 500 μδ. Após uma administração inicial da composição imunologicamente estimuladora, os sujeitos podem receber uma ou várias administrações de reforço, adequadamente espaçadas. As administração de reforço podem estar na faixa de aproximadamente 1 μ§ a aproximadamente 1 mg, com outras modalidades tendo uma faixa de aproximadamente 10 μg a aproximadamente 750 e ainda outras tendo uma faixa de aproximadamente 50 μg a aproximadamente 500 Reforços periódicos em intervalos de 1-5 anos, por exemplo, três anos, podem ser desejáveis para manter os níveis desejados de imunidade protetora.
É também previsto que as moléculas e composições imuno- estimuladoras fornecidas sejam administradas a um sujeito indiretamente, primeiro estimulando-se uma célula in vitro, após o qual a célula estimulada é administrada ao sujeito para provocar uma reação imunológica. Adicionalmente, as composições imunologicamente estimuladoras ou os métodos de tratamento podem ser administrados em combinação com outros tratamentos terapêuticos.
20 A preparação de iscas de alimentos contendo composições imunologicamente estimuladoras também se encontra dentro da habilidade dos versados na técnica. Por exemplo, a preparação de iscas de alimentos contendo vacinas do VR vivas é revelada por Wandeler e outros (Rev. InfecL Dis. 10 (suppl. 4):649-653, 1988), Aubert e outros (pp. 219-243, em Lyssavirus (Rupprecht e outros, eds.), Springer-V erlag, Nova York, 1994), e Fu e outros (pp. 607-617, em New Generation Vaccines (2a Ed.) (Levine e outros, eds.), Mareei Dekker, Inc., Nova York, 1997), cujas divulgações completas são aqui incorporadas como referências.
XIII. Kits
São também fornecidos aqui kits úteis na detecção e/ou no diagnóstico de infecção por vírus, por exemplo, infecção com um vírus da raiva ou outros lyssavirus. Um exemplo de um kit de ensaio fornecido aqui é um polipeptídio de vírus recombinante (ou fragmento deste) como um antígeno e um anticorpo anti-humano conjugado com enzima como um segundo anticorpo. Exemplos de tais kits podem incluir também um ou mais substratos enzimáticos. Tais kits podem ser usados para testar se uma amostra de um sujeito contém anticorpos contra uma proteína específica de vírus. Em tal kit, uma quantidade apropriada de um polipeptídio de vírus (ou fragmento deste) é fornecida em um ou mais recipientes, ou mantida sobre um substrato. Um polipeptídio de vírus pode ser fornecido em uma solução aquosa ou como um pó liofílizado, por exemplo. Os recipientes em que os polipeptídios de vírus são supridos podem ser qualquer recipiente convencional que seja capaz de conservar a forma suprida, por exemplo, tubos de centrifugação, ampolas ou garrafas.
A quantidade de cada polipeptídio suprido no kit pode ser qualquer quantidade apropriada, e pode depender do mercado para o qual o produto é direcionado. Por exemplo, se o kit for adaptado para pesquisa ou uso clínico, a quantidade de cada polipeptídio fornecido seria provavelmente uma quantidade suficiente para diversos ensaios. Orientações gerais para determinar quantidades apropriadas podem ser encontradas, por exemplo, em Ausubel e outros (eds.), Short Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Nova York, NY, EUA, 1999 e Harlow e Lane, Using Antibodies: A Laboratory Manual, CSHL,
Nova York, EUA, 1999.
Os exemplos a seguir são fornecidos para ilustrar certos recursos
e/ou modalidades. Esses exemplos não devem ser vistos como se limitassem a
invenção às características ou modalidades descritas.
Exemplos
Exemplo X: Seqüenciamento do VR da ERA
Esse exemplo fornece uma descrição de um método para o seqüenciamento do genoma de comprimento completo de um rabdovírus, particularmente nesse caso um vírus da raiva.
A linhagem ERA do vírus da raiva foi obtida dos arquivos da CDC e foi propagada células do rim de filhotes de hamsters (BHK-21). O vírus foi colhido após quatro dias de infecção a 37°C, em um incubador de CO2 5% e foi purificado. Em breves palavras, o sobrenadante da célula foi coletado e centrifugado a 2.000 rpm por 15 minutos para remover os detritos de célula. O sobrenadante clareado foi submetido a mais uma centrifugação a 18.000 rpm por 1 hora. O grão foi re-suspenso em PBS e submetido à extração de RNA
genômico da raiva.
O RNA total das células BHK-21 infectadas com ERA foi extraído
com o reagente Trizol (GlBCO Invitrogen) de acordo com o protocolo
recomendado pelo fabricante. O RNA genômico de ERA foi purificado do
sobrenadante de vírus da ERA concentrado com um kit de RNA viral de alta
pureza da Roche.
A integridade do RNA genômico de ERA purificado foi verificada
por eletroforese de gel e Northern blot por sondas de hibridação de Ν, P, G e M.
Em breves palavras, 5 μg de RNA genômico foram carregados em um gel de
RNA desnaturado e transferidos para uma membrana de nylon para hibridação. A
sonda foi marcada utilizando-se o kit de marcação de DNA Dig da Roche, de
acordo com as instruções do fabricante. S&
Os 11 nucleotídeos conservados do antigenoma 5' do vírus da raiva foram projetados como um primer para transcrição reversa. A reação de RT foi realizada com um kit de síntese de cDNA de primeiro filamento da Invitrogen. O cDNA completo da genoma da ERA foi confirmado por Northern blot utilizando-se hibridação com sonda de Ν, Ρ, M e G, assim como os 11 nucleotídeos conservados como sondas de oligonucleotídeos marcadas por Digoxina.
Dois conjuntos de primers foram escolhidos para reações de PCR, que amplificam todo o genoma da ERA em dois fragmentos contíguos. Um conjunto de primers é composto dos 11 nucleotídeos na extremidade de antigenoma 5', Le5: ACGCTT AACAA (SEQ ID NO: 24) e BLp3; GTCGCTTGCTAAGCACTCCTGGTA (SEQ ID NO: 25). Um outro conjunto contém os 11 nucleotídeos complementares na extremidade de genoma 5', Le3: TGCGAATTGTT (SEQ ID NO: 26) e BLp5 CCAG GAGTGCTTAGCAAGCGACCT (SEQ ID NO: 27). Os primers Blp3 e Blp5 ficam localizados em uma região relativamente conservada no genoma do vírus da raiva.
Fragmentos da PCR foram purificados e clonados no vetor TOPO comprado da Invitrogen. O seqüenciamento foi conduzido em um seqüenciador ABI 310 e a seqüência foi montada pelo software BioEdit ou pelo software SeqMerge da Accelrys no ambiente GCG.
A seqüência alinhada completa do genoma da ERA é fornecida na SEQ ID NO: 1. As posições de seqüências codificadoras de proteína individuais são fornecidas na Tabela 3, com referência à SEQ ID NO: 1. As seqüências de aminoácido das proteínas N, P, M, G e L são fornecidas nas SEQ ID Nos: 2 a 6, respectivamente.
Tabela 3 - Posições de Seqüências Codificadoras de Proteína da linha ERA do Vírus da Raiva Gene/genoma NT Posições na seqüência da rERA ERA 11930 1-11930 N 1412 71-1423 P 962 1511-2407 M 789 2491-3104 G 1647 3318-4892 Região-Psi 398 L 6445 5418-11801 Líder 58 Seguidor 70
Esse método pode ser utilizado tanto para o vírus da raiva como para vírus relacionados à raiva. Os vírus da raiva e relacionados à raiva têm ao menos sete supostos tipos de espécie. O método de seqüência fornecido pode ser utilizado também para outros vírus de RNA de filamento negativo. Isso é assim porque quase todos os genomas de vírus de RNA de filamento negativo têm aproximadamente 12 nucleotídeos conservados em ambas extremidades distais, que podem servir de forma semelhante como primers para RT-PCR. Os primers irão evidentemente ser diferentes para diferentes espécies virais, e as seqüências de primers específicos podem ser determinadas por alguém versado na técnica
com base nos ensinamentos daqui.
Exemplo 2: Construção de Plasmídeos para um Sistema de
Genética Reversa para o Vírus da Raiva
Esse exemplo descreve o projeto e o desenvolvimento de um sistema de Genética Reversa para o Vírus da Raiva. A linhagem ERA do vírus da raiva foi obtida da ATCC e foi preparada como descrito (Wu e outros, J. Virol 76, 4153-4161). Para se obter o genoma de cDNA de vírus de comprimento completo, células BSR (um clone das células de rim de filhote de hamster, BHK) foram infectadas com vírus da linhagem ERA e desenvolvidas no meio essencial mínimo de Dulbecco suplementado com 100% se soro bovino fetal. O sobrenadantes foram resgatados e submetidos a centrifugação a 22.000 g por 1 hora. Os grãos de vírus foram coletados para a purificação de RNA genômico viral utilizando-se um kit de extração de vírus de RNA comprado da Qiagen (Valencia, CA, EUA) de acordo com as instruções do fabricante. A integridade do RNA genômico viral foi confirmada por eletroforese de gel. O cDNA genômico viral foi transcrito com o kit de síntese de cDNA de primeiro filamento da Invitrogen (Calrsbad5 CA, EUA). A mistura da reação de transcrição reversa (RT) foi aplicada à amplificação através da reação em cadeia de polimerase (PCR) para a síntese do cDNA genômico viral de comprimento completo e dos genes Ν, P, G e L, respectivamente. Para montar o cDNA genômico de vírus de comprimento completo, um plasmídeo PTMF foi construído em quatro etapas seqüenciais como ilustrado esquematicamente na Fig. 1B. Uma transcriptase reversa Superscript III e polimerase pfx de platina com prova de leitura (Invitrogen, Carlsbad5 CA, EUA) foram aplicadas à síntese de transcrição de cDNA e às amplificações de PCR consecutivas. Para as reações de transcrição reversa, 1 μg de RNA genômico purificado foi utilizado na mistura de reação RT e incubado a 50°C por 80 minutos, seguido por aquecimento a 85°C por 5 minutos para desativar a Superscript IIl Após a reação de RT, 1 unidade de RNaseH foi adicionada ao RNA modelo de digestão nos híbridos de cDNA- RNA.
Para gerar cDNA genômico de vírus de comprimento completo, dois fragmentos sobrepostos foram amplificados por RT-PCR da seguinte forma: Um fragmento (Fl) foi amplificado por RT-PCR com primers: Le-5Kpn (CCGGGTAÇCACGCTTAAC AACCAGATCAAAGA; SEQ ID NO: 28, local de reconhecimento da Kpnl sublinhado) e Le3-Bpl (TAGGTCGCTTGCTAAGÇACTCCTGGTAGGAC; SEQ ID NO: 29, local de reconhecimento da Blpl sublinhado). Um fragmento (F2) foi amplificado por RT-PCR com primers: Tr5-Blp
(GTCCTACCAGGAGTGCTTAGÇAAGCGACCTA; SEQ ID NO: 30, local de reconhecimento da Blpl sublinhado) e Tr3-Pst
CAAAACTGCAGACGCTTAACAAATAAACAACAAAA; SEQ ID NO: 31, local de reconhecimento da Pstl sublinhado). Após a síntese bem sucedida dos dois fragmentos acima, o Fl digerido pelas enzimas de restrição Kpnl e Blpl foi submetido à purificação de gel e clonado para o fagemídeo pBluescriptIISK(+) (Stratagene, La Jolla, CA, EUA) para formar o plasmídeo pSKFl. O fragmento F2 purificado com gel, cortado pela Blpl e Pstl foi consecutivamente clonado para o plasmídeo pSKFl para formar o cDNA antigenômico viral de comprimento completo. Uma ribozima em cabeça-de-martelo (oligol,
caaggctagctgttaagcgtctgatgagtccgtgaggacgaaactat
aggaaaggaattcctatagtcggtaççacgct; SEQ ID NO: 32, locais de reconhecimento de Nhel e Kpnl sublinhados; 01igo2,
agcgtggtaccgactataggaattcctttcctatagtttcgtcctcac
ggactcatcagacgcttaacagctagccttg; SEQ ID NO: 33, locais de reconhecimento de Kpnl e Nhel sublinhados) foi sintetizada contendo um local de reconhecimento de Nhel na extremidade 5' e um local de Kpnlna extremidade 3'. Ela foi fundida à frente da extremidade 5' do fragmento Fl. Uma ribozima de vírus delta da hepatite (oligo3,
gacctgcaggggtcggcatggcatctccacctcctcgcggtccgacct gggcatccgaaggaggacgcacgtccactcggatggctaagggagg gcgcggccgcactc; SEQ ID NO: 34 , (locais de reconhecimento de Pstl e Notl sublinhados; 01igo4,
gagtgcggccgcgccctcccttagccatccgagtggacgtgcgtcctc
cttcggatgcccaggtcggaccgcgaggaggtggagatgccatgccg
ACCCCTGCAGGTC; SEQ ID NO: 35, locais de reconhecimento de Notl e Pstl sublinhados)(Symons, Annu. Rev. Biochem. 61:641-671, 1992) foi sintetizada, possuindo um local de Pstl em sua extremidade 5' e um local de Notl em sua extremidade 3', e foi fundida à extremidade 3' do fragmento F2. O local de reconhecimento conjuntivo Kpnl, entre a ribozima em cabeça-de-martelo e o fragmento Fl, e o local de Pstl entre o fragmento F2 e a ribozima de vírus delta da hepatite, foram removidos por mutagênese direcionada local. O cDNA antigenômico viral de comprimento completo ficou espremido entre as ribozimas em cabeça-de-martelo e do vírus delta da hepatite. Ele foi removido e clonado para o fagemídeo pBluescriptIISK(+) para fazer uma construção de pSKF. O cDNA antigenômico viral completo com duas ribozimas foi fundido abaixo do local de iniciação de transcrição do T7 sob o controle do promotor prévio- imediato de CMV no plasmídeo pcDNA3.1/Neo (+) (lnvitrogen, Carlsbad5 CA). Essa última etapa finalizou a construção do plasmídeo pTMF. O genoma viral da ERA do tipo selvagem inclui um tubo de poliA de oito resíduos (poliA8) na região intergênica entre as regiões G e Psi. Para distinguir os vírus da ERA (rERA) resgatados da linhagem mãe, um comprimento de sete As (poliA?) foi introduzido à construção de pTMF pela remoção de um A ao invés do A8 original. Após o vírus rERA ter sido resgatado, RT-PCR foi feita e os dados seqüenciais subseqüentes confirmaram a existência do marcador de seqüência de poli A7 introduzido.
plasmídeo pTN: o gene N foi amplificado por RT-PCR com primers: (5N: ACCACC47GGATGCCGACAAGATTG; SEQ ID NO: 36, local de reconhecimento da Ncol e códon inicial sublinhados); e 3N: GGCCCATGGmiTGAGTCACTCGAATATGTCTT; SEQ ID NO: 37, local de reconhecimento da Ncol EcoRl e códon terminal sublinhados) e clonado para o plasmídeo pCITE-2a(+) (Promotor de Tradução Independente de Cap) (Novagen, Madison, WI, EUA).
plasmídeo pMP: o gene P foi amplificado por RT-PCR com primers: (5P: TTGGTACCACCATGAGCAAGATCTTTGTCAATC; SEQ ID NO: 38, local de reconhecimento da Kpnl e códon inicial sublinhados); e 3P: GGAGAGGAATTC77MGCAAGATGTATAGCGATTC; SEQ ID NO: 39, local de reconhecimento da EcoRl e códon terminal sublinhados) e clonado para o plasmídeo pcDNA3.1/Neo (+).
plasmídeo pMG: o gene G foi amplificado por RT-PCR com primers: (5G: TTGGTACCACC^TGGTTCCTCAGGCTCTCCTG; SEQ ID NO: 40, local de reconhecimento da Kpnl e códon inicial sublinhados); e 3G: AAAACTGCAGTCiCAGTCTGGTCTCACCCCCAC; SEQ ID NO: 41, local de reconhecimento da Pstl e códon terminal sublinhados) e clonado para o plasmídeo pcDNA3.1/Neo (+).
plasmídeo pML: o gene L foi amplificado por RT-PCR com primers: (5L: ACCGCTAGCACCACC^TGCTCGATCCTGGAGAGGTC; SEQ ID NO: 42, local de reconhecimento da Nhel e códon inicial sublinhados; e 3L: AAAACTGCAGrC4CAGGCAACTGTAGTCTAGTAG; SEQ ID NO: 43, local de reconhecimento da Pstl e códon terminal sublinhados) e clonado para o plasmídeo pcDNA3.1/Neo (+). plasmídeo pT7: cDNA genômico da bactéria BL-21 (.Novagene, Madison, WI, EUA) foi extraído com o Kit de Tecido Dneasy (Qiagen, Valencia, CA, EUA) de acordo com as instruções do fabricante. O gene da RNA polimerase do T7 foi purificado do DNA genômico por PCR com primers (5T7; TCGCTAGCACCACCATGAACACGATTAACATCGCTAAG; SEQ ID NO: 44, local de reconhecimento da Nhel e códon inicial sublinhados; e 3T7: GATGAATTC2X4CGCGAACGCGAAGTCCGACTC; SEQ ID NO: 45, local de reconhecimento da EcoRl e códon terminal sublinhados) e clonado para o plasmídeo pcDNA3.1/Neo (+).
plasmídeo NLST7: um sinal de localização nuclear (NLS) com oito aminoácidos, derivado do antígeno SV40 de T grande, foi adicionado à N terminal da RNA polimerase do T7 por PCR, utilizando-se o plasmídeo pT7 como o modelo, com primers (5T7NLS:
TrorTAOCCACCATGCCAAAAAAGAAGAGAAAGGTAGAAAACACGA TTAACATCGCTAAGAAC; SEQ ID NO: 46, NLS sublinhado; e primer 3T7). O fragmento amplificado foi designado NLST7, e foi clonado para pcDNA3.1/Neo (+) para formar a construção de pNLST7.
plasmídeo pGFP: Plasmídeo phMGFP de Proteína Fluorescente Verde (GFP) Monster foi comprado da Promega (Madison, WI, EUA). O gene do GFP foi amplificado por PCR com primers (GFP5: AAAACTGCAGGCCACC^rGGGCGTGATCAAG; SEQ ID NO: 47, local de reconhecimento da Pstl e códon inicial sublinhados; e GFP3: CCGCTCGGTACCTATTMGCCGGCCTGGCGGG; SEQ ID NO: 48, local de reconhecimento da Kpnl e códon terminal sublinhados) e clonado para o plasmídeo pcDNA3.1/Neo (+).
Todas as construções de plasmídeos foram seqüenciadas ao menos três vezes para confirmar a ausência de mutações ou remoções inesperadas após a clonagem, a mutagênese direcionada local, ou a remoção de genes. Adicionalmente, a presença de uma seqüência marcadora consistindo em um tubo de poliA contendo sete resíduos de adenosina ao invés dos oito resíduos observados no genoma da ERA do tipo selvagem entre a glicoproteína e a região Psi foi confirmada. Exemplo 3: Expressão de RNA Polimerase do T7 em Células
BSR
Esse exemplo demonstra que a adição de um sinal de localização nuclear à RNA polimerase do fago T7 direciona a expressão da polimerase no núcleo de células transfectadas. A transfecção de células BSR foi realizada como descrito por Wu e outros (J. Virol 76, 4153-4161, 2002). Em breves palavras, as células BSR com confluência de quase 80% em uma placa de seis poços foram transfectadas com 0,5 \xg de P7 ou de plasmídeo pNLST7 por poço, respectivamente. Em 48 horas após transfecção, as células foram fixadas com 80% acetona iria por 1 hora e secadas na temperatura ambiente. O anticorpo monoclonal de camundongo contra a RNA polimerase do T7 e o conjugado FITC-IgG de cabra anti-camundongo foram sucessivamente adicionados, e foram lavados no procedimento de manchas fluorescentes indireto de duas etapas. Os resultados foram gravados após microscopia de UV. A RNA polimerase do T7 expressa de um pT7 sem um sinal de localização nuclear foi observado principalmente no citosol, enquanto que a polimerase de NLST7 incluindo um sinal de localização nuclear estava presente predominantemente no núcleo das células. Esses resultados indicam que a adição de um NLS direcionou eficientemente a RNA polimerase do T7 para o núcleo das células transfectadas.
Exemplo 4: Estabelecimento de linhagem celular BSR de glicoproteína da ERA expressa constitutivamente
Esse exemplo descreve a concepção e a produção de uma linhagem celular BHK que expressa constitutivamente a glicoproteína da ERA. Uma linhagem de células BHK que expressava a glicoproteína da ERA foi construída utilizando-se o sistema Flp-In™ (.Invitrogen, Carlsbad, CA, EUA). Em breves palavras, as células BHK-Flp-InT™ (possuindo um único local alvo de recombinação Flp integrado) foram desenvolvidas para aproximadamente 20% de confluência em uma placa de seis poços e mantidas em meio de DMEM comum, suplementado com 100 μ^πιΐ de Zeocina, antes da transfecção. O gene da G da ERA foi amplificado por PCR utilizando-se o plasmídeo pMG como modelo com primers EF5G5 (CACCATGGTTCCTCAGGCTCTCCTG; SEQ ID NO: 49) e EF5G3 (TCACAGTCTGGTCTCACCCCCAC; SEQ ID NO: 50), e clonados em um vetorpEF5/FRT/V5-D~TOPO vector (Invitrogen, Carlsbad, CAs EUA) para criar a construção de pEFG. O plasmídeo pOG44 expressando recombinase de Flp junto com pEFG na razão de 10:1 foi co-transfectado para as células Flp-In™-BHK. Após a transfecção, as células foram guardadas em DMEM sem Zeocina, mas com higromicina B a 4000 μ^πιΐ. Após 48 horas, as células foram divididas de modo que não mais do que 20% de confluência ocorresse no próximo dia. As células foram desenvolvidas em meio seletivo de higromicina B a 37°C por aproximadamente uma semana. A expressão de G da ERA alvo foi detectada por manchas fluorescentes indiretas com anticorpo monoclonal anti-G humano e conjugado FITC-IgG de cabra anti-humano. A linhagem de células que expressava constitutivamente a G foi designada BHK-G, e foi utilizada para o crescimento do vírus da ERA-G.
Exemplo 5: Modificação Definida da Linhagem de Evelyn- Rokitnicki-Abelseth (ERA) do Vírus da Raiva
Além da linhagem de vírus da ERA mãe descrita acima, linhas de vírus derivadas foram desenvolvidas utilizando-se o sistema de genética reversa revelado aqui. Diversos vírus modificados exemplificativos foram produzidos, quais sejam, da ERA- (remoção de toda a região psi), ERAverdel (gene de proteína verde fluorescente inserido em fosfoproteína e na região intergênica de proteína matricial), ERA2g (contendo uma cópia extra de glicoproteína na região psi), ERAg3 (com uma mutação no aminoácido 333 na glicoproteína), ERA2g3 (com uma cópia extra da glicoproteína com mutação em Aa333 na região psi), ERA-G (com a glicoproteína removida), ERAgm (genes MeG trocados no genoma), e ERAgmg (duas cópias da G na construção da ERAgm rearranjada). Esses derivados são ilustrados esquematicamente na Fig. 3. Otimizando-se as condições de crescimento da forma descrita, todos os vírus resgatados podem ser obtidos com títulos de vírus de IO9 a IO10 ffu/ml tanto em frascos de cultivo de tecidos como em bio-reatores.
Remoção de genes e mutagênese local direcionada no sistema de
genética reversa
Remoção da resião Psi do genoma da ERA do vírus da raiva A região Psi completa do genoma da ERA do vírus da raiva foi removida da seguinte forma: um fragmento de 3'Δψ foi amplificado utilizando-se pTMF como modelo por PCR com primers: 5Δψ: CCCTCTGCAGTTTGGTACCGTCGAGAAAAAAACATTAGATCAGAAG; SEQ ID NO: 51, locais de reconhecimento da Pstl e Kpnl sublinhados; e primer Le3-Blp) e foi clonado para o vetor pCR-BluntII -TOPO (Invitrogen, Carlsbad, CA5 EUA) para a construção do plasmídeo ρΡΔ5ψ. O fragmento de 5'Δψ foi amplificado utilizando-se o mesmo modelo por PCR com primers: (SnaB5: ATG A ACTTTCTACGTAAG AT AGTG; SEQ ID NO: 52, local de reconhecimento da SnaBl sublinhado; e 3Δψ:
CAAACTGCAGAGGGGTGTTAGTTTTTTTCAAAAAGAACCCCCCAAG; SEQ ID NO: 53, local de reconhecimento da Pstl sublinhado) e sucessivamente clonado para o plasmídeo ρΡΔ5ψ acima para finalizar a construção do plasmídeo ρΡΔψ. O fragmento recuperado pela digestão por enzima de restrição SnaBl e Pstl do plasmídeo ρΡΔψ substituiu o correspondente na construção de pSKF para fazer o plasmídeo pSKFAy. O fragmento de DNA inteiro contendo o cDNA genômico da ERA, digerido por Nhel e Notl do plasmídeo pSKFA\|/, foi re- clonado para o plasmídeo pcDNA3.1/Neo (+) para finalizar a construção do pTMFAy. Para a verificação da linhagem resgatada sem Psi, os primers designados Era- encobrindo a região Psi foram aplicados em RT-PCR com o RNA total das células BSR infectadas com ERA. Um fragmento de 400 bp correspondente à região Psi foi amplificado somente a partir de vírus da rERA, mas não da ERA. Os dados de seqüência verificaram a remoção completa da região Psi.
Remoção do serie da glicoproteína no genoma da ERA do vírus da
raiva:
O fragmento de 5^Δψ foi amplificado utilizando-se pSKF como modelo por PCR com primers {primer SnaB5, e 3Ag: CAAACTGCAGAGGGGTGTTAGTTTTTTTCACATCCAAGAGGATC; SEQ ID NO: 54). Após digestão pelas enzimas de restrição SnaBl e Pstl, esse fragmento recuperado foi clonado para substituir seu correspondente na construção do ρ8ΚΡΔψ. O fragmento de 3'gA\|/ foi amplificado utilizando-se o mesmo modelo por PCR com primers (5 Ag: CCTCTGCAGTTTGGTACCTTGAAAAAAACCTGGGTTCAATAG; SEQ ID NO: 55, e primer Le3-Blp), e foi consecutivamente clonado para o pSKFAy modificado, para substituir seu correspondente. O fragmento final, recuperado pelas enzimas de restrição SnaBl e Blpl cortadas desse pSKFAy sem o gene da G, foi re-clonado para o plasmídeo pcDNA3.1/Neo (+), para formar a construção de pTMFAg para a recuperação de vírus.
Mutagênese local direcionada de sene da elicoproteína
Uma mutagênese local direcionada para introduzir uma mudança em três nucleotídeos de AGA para GAG na posição do aminoácido 333 da glicoproteína foi feita como descrito anteriormente (Wu e outros, J. Virol 76: 4153-4161, 2002). Os primers na reação de mutagênese foram o primer M5G: CTCACTACAAGTCAGTCGAGACTTGGAATGAGATC (SEQ ID NO: 56, os três nucleotídeos que tiveram mutação em negrito), e o primer M3G; GACTGACTTTGAGTGAGCATCGGCTTCCATCAAGG (SEQ ID NO: 57). Para a linhagem recuperada (ERAg3), as mudanças de três nucleotídeos de AGA para GAG na posição do aminoácido 333 (aa333) foram confirmadas por seqüenciamento após RT-PCR com primers 5G e 3G. Após a confirmação por seqüenciamento de DNA, a G que passara por mutação foi clonada de volta para o plasmídeo pTMF para fazer a construção de pTMFg3 para a recuperação de vírus. A glicoproteína codificada por essa proteína alterada por mutação é representada pela SEQ ID NO: 58.
Incorporação de uma ORF exógena em genoma de vírus da raiva da ERA
Para expressar ORFs exógenas no VR3 uma unidade de transcrição extra com locais de reconhecimento de Pstl e Kpnl foi criada e incorporada nas regiões intergênicas Psi ou P-M, respectivamente. Em breves palavras, para a criação de uma unidade de transcrição extra na região Psi, as mesmas etapas foram seguidas, com a exceção da etapa de amplificação do fragmento de 5'Δψ, e o primer 3Δψ foi mudado para 3A\|/cis: CCAAACTGCAGCGAAAGGAGGGGTGTTAGTTTTTTTCATGATGAACC CCCCAAGGGGAGG (SEQ ID NO: 59). A construção final sem a região Psi, mas com uma unidade de transcrição extra, foi designada pMTFA\|/cis. O GFP, a G da ERA ou a G alterada por mutação nos resíduos do aminoácido 333 foi clonada para essa unidade de transcrição para formar as construções de pMTFgfpl, pMTF2g, pMTFg3, pMTF2g3, respectivamente, para o resgate do
vírus.
Para incorporar uma unidade de transcrição extra à região intergênica P-Mi o fragmento de cisp5 foi amplificado utilizando-se o pMTF como modelo com os primers cis55:
GACTCACTATAGGGAGACCCAAGCTGGCTAGCTGTTAAG (SEQ ID NO: 60), cis53: CCAAACTGCAGCGAAAGGAGGGGTGTTAGTTTTT TTCATGTTGACTTT AGGACATCTCG G (SEQ ID NO: 61), e foi clonada em substituição de seu correspondente no plasmídeo pMTF. O fragmento cisp3 foi amplificado e clonado de uma forma semelhante com os primers cis35: CCTTTCGCTGCAGTTTGGTACCGTCGAGAAAAAAACAGGCAACACCA
CTGAT AAAATGAAC (SEQ ID NO: 62) e cis33: CCTCCCCTTCAAGAGGGCCCCTGGAATCAG (SEQ ID NO: 63). Após a montagem dos fragmentos cisp5 e cisp 3 juntos, a construção final foi designada pMTFcisp, para aceitar ORFs. A construção recombinante contendo o gene do GFP foi denominada pTMFgíp2 para o resgate do vírus.
Para produzir um derivado da ERA, a designada ERAgm, na qual a seqüência codificadora de glicoproteína foi invertida em ordem com a seqüência codificadora de proteína matricial, o gene da glicoproteína foi removido como descrito acima. O gene da G (amplificado como revelado acima) foi então inserido entre os genes M e P, dando um genoma de vírus da raiva na ordem N- P-G-M-L. De forma semelhante, a mesma estratégia foi aplicada para produzir o derivado de ERAg3m, no qual a glicoproteína tem uma mutação de nucleotídeo tripla na resíduo de aminoácido 333 (de AGA para GAG) através da substituição do gene da G produzido por mutagênese local direcionada como descrito acima. Para produzir a construção de ERAgmg, uma cópia extra do gene da glicoproteína foi inserida entre os genes P e M, e fez o genoma de vírus da raiva na ordem N-P-G-M-G-L. Μ?
q/
Uma unidade de transcrição extra foi modificada e incorporada em duas regiões diferentes do genoma da ERA, quais sejam, a região psi e a região intergênica P-M. Quando ORFs heterólogas são incorporadas dentro dessas unidades de transcrição, designadas transi e trans2, respectivamente, o resultado é a produção eficaz do produto codificado.
A seqüência da unidade de transcrição é: CTAACACCCCTCCTTTCGCTGÇAGTTTGGTAÇÇGTCGAGAAAAA
AA (SEQ ID NO: 64, Pstl e Kpnl foram sublinhadas).
Exemplo 6: Recuperação de vírus mãe e derivados
Esse exemplo descreve a recuperação de vírus da ERA mãe e de
derivados exemplificativos utilizando o sistema de genética reversa revelado aqui. Células BSR foram transfectadas em confluência próxima a 80% em placas de seis poços com o plasmídeo pTMF (pTMFAy, pTMFg3, pTMF2g, pTMF2g3, pTMFgfpl, pTMFgfp2, pTMFAg, pTMFgm, ou pTMFgmg, respectivamente) com 3 μg/poço, juntamente com cinco plasmídeos auxiliares (pTN (^g/poço), pMP (O^g/poço), pML (O^g/poço), pMG (O^g/poço) e pNLST7 (^g/poço) pelo reagente TransIT-LTl (Mirus, Madison, WI) seguindo-se o protocolo recomendado pelo fabricante. Quatro dias após a transfecção, 1 ml de suspensão de células BSR fresca (aproximadamente 5x105 células) foi adicionado a cada poço. As células foram incubadas em 37°C, 5% CO2 por 3 dias. Os sobrenadantes das células foram coletados para a titulação do vírus.
Para titular o vírus resgatado, monocamadas de células BSR em placas de oito poços LAB-TEK (Naperville, IL) foram infectadas com diluições seriais de 10 vezes de sobrenadante de vírus e incubadas a 37°C, 0,5% CO2 por 48 horas. As células foram fixadas em 80% acetona fria na temperatura ambiente por 1 hora e manchadas com anticorpo monoclonal N de vírus anti-raiva marcado com FITC a 37°C por 30 minutos. Após três lavagens das placas com PBS, os focos manchados foram contados utilizando-se microscopia fluorescente direta. Detalhe sobre o ensaio fluorescente de VR direto (DFA) podem ser encontrados na Internet em cdc.gov/ncidod/dvrd/rabies/professional/publications/DFA- diagnosis/DF A_protocol.htm. Todos os virus com exce^So do ERA-G foram recuperados com alto titulo de celulas BSK cultivadas como indicado na Tabela 3. Surpreendentemente,ο rearranjo e a troca do gene da G com ο gene da M nao prejudicaram a recuperapSo do virus da ERA derivado recombinante. O rearranjo do gene da G nos genomas do VR anteriormente nao era considerado viavel devido a morte celular por causa da expressao excessiva de proteina G (Faber e outros, J. Virol 76:3374—3381, 2002). Contudo, esses resultados demonstram que ο rearranjo e possivel na linhagem ERA. Sendo assim, e provavel ο embaralho dos genes do VR e possivel nao apenas para ο gene da G, mas tambem para outros genes.
O virus da ERA-G (sem G) foi recuperado apos transfecpao com plasmideos seguindo-se ο mesmo procedimento dos outros resgates de constru9oes virais,mas os focos de virus foram muito limitados e restritos em areas locais apos ο primeiro estagio de transfec^ao. O virus resgatado nao foi capaz de se espalhar mais as celulas BSR saudaveis que estavam por perto (Fig. 4A), mesmo apos um semana de incuba?ao a 37°C, 5% CO2. A infecQao de celulas BSR normais com os sobrenadantes de transfec?ao acima apresentou manchas simples de celula no teste DFA, ο que sugere que ο virus resgatado foi incapaz de se espalhar. Para amplificar ο virus da ERA-G, uma linhagem de celulas BHK expressando constitutivamente a ERA-G foi estabelecida como descrito no Exemplo 4 (designada BHK-G). Por exame de ensaio fluorescente indireto, um agrupamento de celulas BHK expressando a G foi selecionado e mantido para amplificat?So do virus da ERA-G (Fig. 4B). Com ο auxilio da linhagem de celulas BHK-G, ο virus da ERA-G cresceu para IO7 ffu/mi. O RNA total das celulas BHK-G infectadas com virus da ERA-G foi extraido por analise de Northern blot (Fig. 4C) com uma sonda de gene G. O gene G estava ausente no RNA genomico viral, contudo, G mRNA foi detectado, proveniente de celulas BHK-G de suporte infectadas, No RNA genomico viral de ERA-G purificado, nenhum sinal de hibridapao foi detectado pela sonda G,indicando a remogao do gene da G no genoma da ERA.
Exemplo 7: Crescimento de Virus da ERA resgatado e de sens derivados para um alto titulo em bio-reator. No desenvolvimento de vacinas orais, um alto titulo de virus e tipicamente necessario para provocar uma imunidade confiavel apos a administra9ao. Esse exemplo demonstra que ο virus da ERA e sens derivados podem ser desenvolvidos para um alto titulo em um bio-reator em volumes aplicaveis a escala comercial. Todos os virus da ERA regatados foram amplificados em um bio-reator CELLine ADlOOO (IBS Integra Bioscience, Chur, Sui?a) ate titulos na faixa de IO7 a IO10 ffu/ml. Em poucas palavras, celulas BSR foram transfectadas com os vetores de transcriySo de anti-genoma exemplificativos e vetores auxiliares, como descrito acima. As celulas foram inoculadas em uma multiplicidade de infect?ao de 1 particula de virus (virion) por celula, em uma concentm饼ο de IO6 celulas/ml em um decimo do volume do recipiente do bio-reator. As celulas transfectadas foram desenvolvidas a 37°C, 5% CO2 em DMEM suplementado com 10% soro bovino fetal. O sobrenadante foi colhido a cada tres a cinco dias para entre duas e tres colheitas. A ERA-G deficiente cresceu menos bem em comparapSo com outros virus, com apenas 10 ffii/ml para a ERA-G (Tabela 3 e Fig. 5).
Tabela 3. Construcdes de plasmideos de comprimento coin ρ let ο e virus reseatados corresponde rites
Plasmid Rescued Titers ffu/ml from Titers ffu/ml constructs viruses cultured cells in bioreactors pTMF rERA 5 χ 10' 3 χ IOlu ρΤΜΡΔψ ERA- 6.3 χ 10' 3,2 χ 10ιυ pTMFg3 ERAg3 3 χ IOb 1,8 χ IOy pTMFgfpl ERAverdel 3.5 χ IO0 5,6 χ IOy pTMFgfp2 ERAverde2 2 χ 10' 6,2 χ IOy pTMF2g ERA2g 1,6 χ 10° 3,9 χ IOy pTMF2g3 ERA2g3 8 χ 10' 4,6 χ IOy pTMFAg ERA-G 1,2 χ 10' 1,5 χ 10' pTMFgm ERAgm 5,31 XlO0 1,9 χ IOv pTMFgmg ERAgmg 3,1 XlO0 1,2 χ 109
Exemplo 8: Expressao de protein as exogenas a partir de
unidades transcricionais extras em virus da raiva
Esse exemplo demonstra a expressao de proteinas recombinantes de uma ORF heterologa inserida dentro de um vetor de virus da raiva. Nesse exemplo, ο vetor de virus da ERA e utilizado como um prototipo de vetor de virus da raiva. Para construir ο virus da ERA como um vetor para aceitar ORFs,
uma unidade transcricional do VR conservadora entre os genes N e P foi modificada e introduzida dentro do genoma da ERA em dois locais diferentes: 1) na regiao psi,e 2) na regiao intergenica P-M (trans 2). A unidade transcricional foi projetada para possuir dois locais de reconhecimento de enzimas de transcri?ao iinicos, para facilitar a introdu9ao de seqiiencias de polinucleotideos
heterologos:
(TTTTTTTGATTGTGGGGAGGAAAGCS^^XQAAA££Aia^CAGCTCT TTTTTT: SEQ ID NO: 65,locais da Pstl e Kpnl sublinhados).
Em um primeiro exemplo, ο gene do GFP foi clonado nessa unidade para ο resgate de virus, uma vez que a expressao de GFP poderia ser observada diretamente sob um microscopio de UV quando as celulas BSR transfectadas estivessem ainda em incuba饼o. A expressao da proteina do GFP foi visivel diretamente por microscopia fluorescente com um filtro de excita<^o de 470±20nm. As celulas infectadas com a ERAverde2 (gene do GFP inserido apos ο gene P no genoma do VR trans-2) mostraram focos verde claros apos tres dias de transfecpao de plastnideos, enquanto que a ERAverdel (gene do GFP inserido apos ο gene G na regiao Ψ "tradicional" trans-1) nao apresentou focos verdes obvios ate cinco dias pos-Iransfec9So (Fig. 6). A unidade transcricional introduzida foi funcional no genoma do VR em ambos os locais, embora a expressao e ο acumulo tenham se tornado mais rapidamente aparentes quando ο GFP foi expresso da trans2. Portanto, esses resultados tambem indicam que ο nivel de expressao a partir de uma ORF heterologa pode ser modulado selecionando-se a unidade de transcri^ao na qual a ORF e clonada.
Em outros exemplos,1) uma copia adicional da G da ERA; on 2) uma copia adicional da G da ERA com uma substitui9ao de aminoacido na pOSi?ao 333, foi incorporada dentro do genoma viral da ERA. Os virus que tiveram recuperaiao bem sucedida foram denominados ERA2g e ERA2g3, respectivamente. Como a quantifica9ao da expressao da G viral nao era pratica, ο aumento relative nos niveis de expressao da G em celulas infectadas com ERA2g e ERA2g3 foi confirmado por Northern blot com uma sonda de G. Em breves termos, a sonda de gene da G da ERA foi marcada utilizando-se ο Kit de Marcagao de DNA Dig (Roche, Indianapolis, IN, EUA) e mapeada com ο Kit de Detec9So de Acido Nucleico Dig {Roche, Indianapolis, IN, EUA) e foi medida por espectrofotometria de densidade (Fig. 7). Os genes da G ligados em serie nos virus recuperados foram tambem confirmados por RT-PCR com primers 5G e 3G. Uma faixa predominante indicando uma tnica copia da G foi observada em l,5kb. Alem disso, uma segunda faixa mais fraca foi observada em aproximadamente 3,0kb, ο que indica ο arranjo em serie das duas Gs.
Esses resultados demonstram que a introdu^ao de unidades de transcri^ao dentro do genoma da ERA pode ser utilizada para expressar diversas proteinas heterologas de ORFs introduzidas. Alem disso, a expressao de proteinas codificadas pela ORF heterologa e modulada pela posi诉ο em que a ORF e inserida. Assim, ο virus da ERA e um vetor amplamente adaptavel para a
expressao de proteinas recombinantes.
Exemplo 9: Rea^ao imunologica in vivo a virus modificados por
engenharia
Esse exemplo demonstra os efeitos in vivo da inoculapao com ο virus da ERA modificado pro engenharia e de seus derivados exemplificativos. Todos os cuidados com os animais e procedimentos experimentais foram realizados de acordo com as OrientagSes Institucionais sobre Cuidados e Usos de Animais da CDC. Camundongos de oitenta e tres semanas de idade foram divididos em 8 grupos de 10 cada para a administrapao intramuscular (i.m.) de virus recuperados (IO6 ffu de virus por camundongo). Dez camundongos saudaveis foram mantidos como controles de teste nao infectados. Para as constru<?oes de ERA e ERAg3,inje^oes intra-cerebrais (i.e.) adicionais da mesma dose de virus foram aplicadas a um outro grupo de dez camundongos de tres semanas de idade. Em camundongos de dois dias de idade em amamentagao, somente os virus da ERAg3 e da ERA-G foram inoculados por via intra-cerebral, com a mesma dose. Os animais foram checados diariamente quanto a doen^as. Os animais doentes foram sacrificados por intoxicapao com CO2 e os cerebros foram removidos para diagnosticos do virus da raiva. Dez dias apos a infec^ao, sangue foi coletado atraves da via retro-orbital e os soros obtidos para a neutraliza<?ao de testes de anticorpos, segundo ο teste padrao rapido de inibi?ao de foco fluorescente (RFFIT) (Smith e outros, Bulletin of the World Health Organization. 48:535-541, 1973). Um mes apos a infecgao, os animais 73
sobreviventes foram desafiados com uma dose letal de virus da raiva de rua (homogenato de glandula salivar de cao/coiote) (Orciari e outros, Vaccine. 19:4511-4518,2001).
O anticorpo monoclonal de camundongo (Mab 523-11) contra a G do virus da raiva foi mantida na CDC (Hamir e outros, Vet Rec. 136, 295-296, 1995) e ο anticorpo monoclonal anti-N conjugado FITC foi comprado da Centocor (Horsham, PA). O anticorpo monoclonal da RNA polimerase do T7 foi adquirido da Novagen (Madison, WI, EUA). O conjugado FITC-IgG de cabra anti-camundongo foi comprado da Sigma-Aldrich (St. Louis, MI, EUA). Entre os camundongos de 3 semanas de idade inoculados por via
intramuscular pelas oito construt?oes de virus diferentes, 50% dos camundongos inoculados com ERA (rERA) ou ERA-, e 20% dos ratos inoculados com ERAverdel mostraram sinais neurologicos moderados 10 dias apos a inocula^ao. Nenhum outro grupo mostrou qualquer sinal sugestivo de infec^ao de virus da raiva (Fig. 8A). Os soros foram coletados para neutralizar a titulagao de anticorpos antes do desafio. A ERA2g (5,60 IU) e a ERA2g3 (5,61 IU) provocou titulos mais elevados do que as construpSes de virus de copia unica da G (Fig. 8E). Os camundongos sobreviventes 1 mes apos a inoculagao foram submetidos a um desafio com um virus de rua de cao/coiote letal (0,05 ml, mantido na CDC para os testes padronizados de desafio em animais). Nos grupos ERA e ERA-, de 40 a 62% dos camundongos demonstraram sinais de raiva moderados, respectivamente, e foram sacrificados. Todos os outros grupos sobreviveram sem quaisquer sinais de raiva (Fig. 8B). Nos grupos de i.e.,camundongos de tres semanas de idade sobreviveram apos inocula<?ao de ERAg3, mas sucumbiram apos a injegao de ERA (Fig. 8C). A constru9ao ERA-G nao matou camundongos de dois dias de idade em amamentapao, contudo, a ERAg3 foi virulenta ο suficiente para matar todos os camundongos em amamentagao infectados (Fig. 8D). Titulos de anticorpos exemplificativos sao mostrados na Tabela 4.
Tabela 4; Produiyao de anticorpos especiilcos da raiva
Grupo Titulo Medio
ERA 433
G333 468
2G 560 2G333 561 -PSI 490 GFP 437 G verde 833 G menos 136 Controles <1/5
Esses dados demonstram que todos os virus baseados na ERA foram capazes de provocar uxna rea<?So imunologica apos a inocula?ao. Como esperado, os varios derivados exemplificativos provocaram uma reapao imunologica protetora quando os camundongos foram inoculados antes do
desafio.
Alem da avaliaiao pos-exposigao descrita acima, a habilidade dos derivados do virus da ERA de provocar uma rea^o imunologica protetora apos infeciao com virus da raiva virulentos foi determinada. Em breves palavras, grupos de hamsters foram infectados com uma dentre tres linhagens diferentes de virus da raiva (n二9 por grupo), e receberam a vacina recombinante (HRA-g33), on imunoglobulina rabica mais vacinas rabicas comerciais desativadas. Aproximadamente 80-100% dos animais de controle sucumbiram, enquanto que aproximadamente 60-100% dos animais vacinados sobreviveram como mostra as Figs· 9A-C. Esses resultados demonstram que a administra^ao pos-exposipao dos virus da raiva derivados confere substancial prote沩ο contra diferentes linhagens
do virus da raiva.
Tendo em vista as varias modalidades possiveis a que os principios
da inven9ao revelada podem ser aplicados, sera compreendido que as
modalidades ilustradas sao apenas exemplos preferidos da inven9ao e nao devem
ser consideradas como limitativas do escopo da inven^o, Ao reves, ο escopo da
inven^ao e definido pelas reivindicagoes a seguir. E portanto reivindicado como
invenpao tudo ο que estiver dentro do escopo e do espirito dessas reivindica^es. SOQb LISTAGEM DE SEQtJENCIAS
<110> O govemo dos Estados Unidos da America, como representado pelo Secretariado do
Departamento de Servigos da Saude e Humanos, Centro para ο ContiOle e a Prevengao de Doengas, Charles Wu, Xianfu
<120 > Metodos e Composigoes do Virus da Raiva
<130> 6395-70462-02
<150> 60/727,038 <151> 2005-10-14
<160> 65
<170> Patentln versao 3.3
<210> 1
<211> 11931
<212> DNA
<213 > virus da raiva
<220 > <221 > <222 > <223 > misc feature (1)--158) Regiao Lider <220 > <221> <222 > <223 > CDS (71)..(1420) gene da N <220 > <221> <222 > <223 > CDS (1514). gene dc ,(2404) 1 P <220 > <221 > <222 > <223 > CDS (2496). gene d« ..(3101) 1 M <20 > <221> <222 > <223 > CDS (3317). gene dc ,.(4888) a G <220 > <221 > <222 > <223 > misc feature (4964)..(5362) Regiao Psi <220 > <221 > <22 > <223 > CDS (5417) gene d. ..(1 1797) a L WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
<220> <221> <222> <223>
misc一feature (11862)..(11931) Trailer region
<400> 1
acgcttaaca accagatcaa agaaaaaaca gacattgtca attgcaaagc aaaaatgtaa 60
cacccctaca atg gat gcc gac aag att gta ttc aaa gtc aat aat cag 109
Met Asp Ala Asp Lys lie Val Phe Lys Val Asn Asn Gln
5
10
gtg gtc tct ttg aag cct gag att ate gtg gat caa cat gag tac aag Val Val Ser Leu Lys Pro Glu 工Ie lie Val Asp Gln His Glu Tyr Lys 20 25
157
tac cct gcc ate aaa gat ttg aaa aag ccc tgt ata acc cta gga aag Tyr Pro Ala lie Lys Asp Leu Lys Lya Pro Cys lie Thr Leu Gly Lys 35 40 45
205
get ccc Ala Pro
gat
tta Leu
aat Asn
aaa gca Lys Ala
tac aag Tyr Lys
tea Ser 55
gtt Val
ttg Leu
tea ggc atg Ser Gly Met 60
age Ser
253
gcc gcc aaa ctt gat cct gac gat gta tgt tcc tat ttg gca gcg gca Ala Ala Lys Leu Asp Pro Asp Asp Val Cys Ser Tyr Leu Ala Ala Ala 65 70 75
301
atg cag Met Gln
ttt Phe 80
ttt Phe
gag
Glu
ggg
Qly
Thr
tgt Cys 85
ccg Pro
gaa Glu
gac Asp
tgg Trp
acc Thr 90
age Ser
tat Tyr
gga
Gly
349
ate gtg att gca cga aaa gga gat aag ate acc cca ggt.tct ctg gtg lie Val lie Ala Arg Lys Gly Asp Lys lie Thr Pro Gly Ser Leu Val 95 IOO 105
397
atg gaa Met Glu
ctg Leu
aca Thr
aga Arg 130
gac
ccc Pro
Thr
gtc Val
cct Pro 135
gag Glu
cat His
gcg Ala
tcc Ser
tta Leu 140
gtc Val
4 93
ggt ctt Gly Leu
ctc Leu
ttg Leu 145
agt Ser
ctg Leu
tat Tyr
agg Arg
ttg Leu 150
age Ser
Lys
ata lie
tcc Ser
ggg
Gly 155
caa Gln
Asn
541
act ggt Thr Gly
aac Asn 160
tat Tyr
aag Lys
Thr Asn
att lie 165
gca Ala
gac Asp
agg Arg
ata 工Ie
gag Glu 170
cag Gln
att lie
ttt Phe
589
gag aca Glu Thr 175
gcc Ala
cct Pro
ttt Phe
gtt Val
Lys 180
ate lie
gtg
Val
gaa Glu
cac His
cat His 185
act Thr
cta Leu
atg Met
Thr
637
act cac aaa atg tgt get aat tgg agt act ata cca aac ttc aga ttt Thr His Lys Met Cys Ala Asn Trp Ser Thr lie Pro Asn Phe Arg Phe
2/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
tea aat get Ser Asn Ala
gtt Val 305
ggt
Gly
cac His
gtg
Val
ttc Phe
aat ctc Asn Leu 310
att lie
cac His
ttt Phe
ttc ate cac Phe lie His
ttc cgt Phe Arg 290
tea Ser
cta Leu
ggc Gly
ttg agt Leu Ser 295
ggg
Gly
Lys
tct Ser
cct Pro
tat Tyr 300
tea Ser
aca Thr
get Ala 280
gtt Val
cct cac Pro His
tct Ser
tat Tyr 285
925
aga aga atg ttt gag cca Arg Arg Met Phe Glu Pro 270 275
ctt caa gaa Leu Gln Glu
tac Tyr
gag Glu 370
gcg Ala
get Ala
gaa Glu
ctg aca Leu Thr 375
aag Lys
act Thr
gac Asp
gta Val
gca Ala 380
ctg Leu
1213
gca gat gat gga act gtc aac tct gac gac gag gac tac ttc tea ggt Ala Asp Asp Gly Thr Val Asn Ser Asp Asp Glu Asp Tyr Phe Ser Gly 385 390 395
1261
gaa acc aga agt ccg gag get gtt tat act cga ate atg atg aat gga Glu Thr Arg Ser Pro Glu Ala Val Tyr Thr Arg lie Met Met Asn Gly 400 405 410
1309
ggt cga cta Gly Arg Leu 415
aag Lys
aga Arg
tct cac Ser His 420
ata lie
egg aga Arg Arg
tat Tyr
gtc Val 425
tea Ser
gtc Val
agt Ser
tcc Ser
1357
aat cat
gcc cgt cca
tea ttc gcc gag ttt cta
aag
1405
1117
1165
get cct cat Ala Pro His 335
gaa Glu
atg Met
tct Ser
gtt Val 340
cta Leu
ggg ggc Gly Gly
tat Tyr
ctg Leu 345
9Sa Gly
gag Qlu
gaa Glu
ttc Phe
1021
tat atg ggt caa gtc aga tcc cta aat gca acg gtt att get gca tgt Tyr Met Gly Gln Val Arg Ser Leu Asn Ala Thr Val 工:Le Ala Ala Cys 320 325 330
1069
190
195
200
205
ttg gcc gga acc tat gac Leu Ala Gly Thr Tyr Asp 210
atg ttt ttc tcc egg att gag cat cta tat Met Phe Phe Ser Arg lie Glu His Leu Tyr 215 220
733
tea gca ate aga gtg ggc aca gtt gtc act get tat gaa gac tgt tea Ser Ala lie Arg Val Gly Thr Val Val Thr Ala Tyr Glu Asp Cys Ser 225 230 235
781
gga ctg gta Gly Leu Val 240
tea ttt act ggg ttc ata aaa caa ate aat ctc acc get Ser Phe Thr Gly Phe lie Lys Gln lie Asn Leu Thr Ala 245 250
829
aga gag gca Arg Glu Ala 255
ata cta tat lie Leu Tyr
ttc Phe 260
ttc Phe
cac aag His Lys
Asn
ttt gag gaa Phe Glu Glu 265
gag Glu
ata lie
877
ggg cag gag Gly Gln Glu
3/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
gag aga 1852
Glu Arg
gaa Glu
aat Asn
gtt Val 550
gga Gly
gtc Val
Gln
ata lie
gtc Val 555
aga Arg
Gln
atg Met
agg Arg
tea Ser 550
ctt Leu
age Ser 540
ttc Phe
ctg Leu
ttc Phe
cag Gln
tea Ser 545
tac ctg Tyr Leu
cga Arg 505
ctt Leu
cac His
ctg Leu
gat Asp
gat
510
gga Gly
Lys
tcg Ser
CCC
Pro
Asn. 515
1708
CGt Pro 500
ttt Phe
ctc Leu 565
aag Lys
ata lie
tgg Trp
tea Ser
cag Gln 570
acc Thr
gta Val
gaa Glu
gag
Glu
att lie 575
ata lie
tcc Ser
tat gtc Tyr Val
1900
gcg
Ala 580
gtc Val
Asn
ttt Phe
ccc Pro
Asn 585
cct Pro
cca Pro
gga Gly
aag Lys
tct Ser 590
tea
Ser
gag
Glu
gat Asp
Lys
tea Ser 595
acc Thr
cag Gln
act Thr
act Thr
ggc Gly 600
cga Arg
gag
Glu
CtC
Leu
aag Lys
aag Lys 605
gag Glu
Thr
aca Thr
CCC
Pro
act Thr 610
cct Pro
1996
tct Ser
cag Gln
aga Arg
gaa Glu 615
age Ser
caa Gln
tea Ser
tcg Ser
Lys 620
gcc agg Ala Arg
atg Met
gcg Ala
get Ala 625
caa Gln
att lie
2044
get Ala
tct Ser
ggc
Gly 630
cct Pro
cca
gcc Ala
ctt Leu
gaa Glu 635
tgg
Trp
tcg gcc Ser Ala
acc Thr
aat Asn 640
gaa Glu
gag gat Glu Asp
2092
cag atg gat Gln Met Asp
Asrx 430
His Qln Ala Arg
Pro Asn Ser Phe 435
Ala Glu Phe Leu Asn Lys Thr 440 445
tat Tyr
tcg Ser
agt Ser
gac
tea Ser 450
taagaagttg
tgccggaaat ctacggattg
1460
tgtatatcca tcatgaaaaa aactaacacc cctcctttcg aaccatccca aac atg
Met
1516
age aag ate ttt gtc aat cct agt get att aga gcc ggt ctg gcc gat Ser Lys lie Phe Val Asn Pro Ser Ala lie Arg Ala Gly Leu Ala Asp 455 460 465
1564
ctt Leu
gag Glu
atg Met 470
get Ala
gaa Glu
gaa Glu
act Thr
gtt Val 475
gat Asp
ctg Leu
ate Xle
aat Asn
aga Arg
aat Asn
ate lie
gaa Glu
1612
gac
aat Asn 485
cag Gln
get Ala
cat His
ctc Leu
caa Gln
ggg
Gly
gaa Glu
ccc Pro
ata lie
gaa Glu 495
gtg Val
gac
aat Asn
ctc Leu
1660
CCt
Pro
ggt Gly
gag Glu
atg Met
gcc Ala 520
aag Lys
gtg Val
gga Gly
gaa Glu
ggc Gly 525
aag Lys
tat Tyr
cga Arg
gag
Glu
gac ttt Asp Phe 530
1756
gga Gly
ga<
Gli
4/137 WO 2007/047459 PCTAJS2006/040134
ccg Pro
gta gtt Val Val
aac tgg Asn Trp
agg atg ate ggg Arg Met lie Gly
tct cca gtc cct Ser Pro Val Pro
att gga lie Gly 845
ctg get Leu Ala
ttg tea Leu Ser
tta Leu
gcc Ala
Lys
gag
Glu
ata lie
tat
Tyr 830
tct Ser
Asn
atg Met
agg
Arg
Asn
ttt Phe
tgt Cys
ate lie
Asn
gta tac aaa ttg agg aga acc ttt ate ttc cag tgg get gat tcc agg
5/137
aat ggt tac tcg ttc agg ate ctg egg cac Asn Gly Tyr Ser Phe Arg lie Leu Arg His 815 820
att ctg aaa tea ttc gac lie Leu Lys Ser Phe Asp 825
gat Asp
cta Leu 645
tea Ser
gtg
Val
gag Glu
get Ala
gag Glu 650
ate lie
get Ala
cac His
cag Gln
att lie 655
gca Ala
gaa Glu
agt Ser
ttc Phe
tcc Ser 660
Lys Lys
tat Tyr
aag Lys
ttt Phe 665
CCC
Pro
tct Ser
cga Arg
tcc Ser
tea Ser 670
ggg
Gly
ata lie
ctc Leu
ttg lieu
tat Tyr 675
aat Asn
ttt Phe
gag Glu
Gln
ttg Leu
Lys
atg Met
Asn
ctt Leu
gat
685
gat Asp
ata 工Ie
gtt Val
Lys
gag
Glu 690
gca Ala
Lys
aat Asn
gta Val
cca Pro 695
ggt
Gly
gtg Val
acc Thr
cgt Arg
tta Leu 700
gcc Ala
cat His
gac Asp
ggg
Gly
tcc Ser 705
Lys
ctc Leu
ccc cta aga tgt gta ctg gga tgg gtc get ttg gcc aac cct aag aaa Pro Leu Arg Cys Val Leu Gly Trp Val Ala Leu Ala Asn Pro Lys Lys 710 715 720
ttc Phe
cag Gln 725
ttg Leu
tta Leu
gtc Val
gaa Glu
tcc Ser 730
gac
aag Lys
ctg Leu
agt Ser
Lys 735
ate lie
atg Met
Gln
gat Asp
gac ttg aat cgc tat aca tct tgc taaccgaacc tctccactca gtccctctag Asp Leu Asn Arg Tyr Thr Ser Cys 740 745
acaataaagt ccgagatgtc ctaaagtcaa catgaaaaaa acaggcaaca ccactgataa
a atg aac ttt cta cgt aag ata gtg aaa aat tgc agg gac gag gac act Met Asn Phe Leu Arg Lys Xle Val Lys Asn Cys Arg Asp Glu Asp Thr
750
755
760
caa aaa ccc tct ccc gtg tea gcc cct ctg gat gac gat gac ttg tgg Gln Lys Pro Ser Pro Val Ser Ala Pro Leu Asp Asp Asp Asp Leu Trp 765 770 775
ctt Leu 780
cca Pro
ccc Pro
cct Pro
gaa Glu
tac Tyr 785
gtc Val
ccg Pro
ctg Leu
Lys
gaa Glu 790
ctt Leu
aca Thr
age Ser
aag Lys
aag Lys 795
2140
2236
2284
2332
2380
2434
2494 2543
2591
2639
2687
2735
2783
2831
2879
gga Gly
cat His
gga Gly 850
ggg
Glv WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
gaa gga tgc acc aac ctg tea ggg ttc Glu Gly Cys Thr Asn Leu Ser Gly Phe ‘1005
gga tac
Gly Tyr
ate Xle
tta Leu 1020
gcc Ala
ata lie
Lys
atg Met
3496
3541
ccg Pro
gac Asp 1000
aag ctt Lys Leu
aac aat Asn Asn 995
tcc ·tac atg gaa ctt aaa Ser Tyr Met Glu Leu Lys 1010 1015
ttg gta gtg Leu Val Val
att gac ata cat cac ctc age tgc cca lie Asp lie His His Leu Ser Cys Pro 985 990
ccc tgg Pro Trp
Gln
agg
Arg
aac ggg ttc act tgc aca ggc gtt gtg acg gag get gaa acc tat 3586
Asn Gly Phe Thr Cys Thr Gly Val Val Thr Glu Ala Glu Thr Tyr 1025 1030 1035
act aac ttc gtt ggt tat gtc aca acc acg ttc aaa aga aag cat 3631
Thr Asn Phe Val Gly Tyr Val Thr Thr Thr Phe Lys Arg Lys His 1040 1045 1050
ttc egc cca aca cca gat gca tgt aga gcc gcg tac aac tgg aag 3675
Pile Arg Pro Thr Pro Asp Ala Cys Arg Ala Ala Tyr Asn Trp Lys
tct ctg ctt cta gaa Ser Leu Leu Leu Glu 945
taatcagatt atatcccgca 3121
3071
ate lie
act Thr
tgg Trp
2927
Jcy 91 9G
CCt Ctt
Pro Leu
gaa Glu
ggg
Gly
Sag Glu
gag Glu
ttg Leu
gaa Glu
tac Tyr
tct Ser
aatttatcac ttgtttacct ctggaggaga
agcaatataa caaaaaacat gttafcggtgc
gttgattacc tttacatttt gatcctcttg
aagactcaag gaaag atg gtt cct cag Met Val Pro Qln 950
gaacatatgg gctcaactcc cattaaaccg ctgcatttca gatgtgaaaa aaactattaa
aacccttggg tcaaagtcaa catccctcaa
get ctc ctg ttt gta ccc ctt ctg Ala Leu Leu Phe Val Pro Leu Leu
gtt ttt Val Phe
cca Pro
ttg tgt Leu Cys 965
ttt Phe
ggg
Gly
Lys
ttc Phe 970
955
cct att Pro lie
tac Tyr
acg Thr
ata lie 975
960
cca Pro
gac Asp
3181 3241 3301 3352
3400
gat gat gat
act Thr 895
gag Glu
ttc Phe
gtc Val
gga Gly
ttg Leu 900
caa Gln
ata lie
aga Arg
gtg
Val
att lie 905
gca Ala
Lys
2975
cag Gln
tgt
Cys
cat His 910
ate 工Ie
cag Gln
ggc
Gly
aga Arg
ate lie 915
tgg
Trp
tgt Cys
ate Xle
Asn
atg Met 92 0
Asn
ccg aga Pro Arg
3023
Val Tyr Lys Leu Arg
Arg 865
Thr Phe lie Phe
Gln 870
Trp Ala Asp Ser
Arg 875
a; S'
9' G:
ggt Gly 980
6/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
1055
1060
1065
atg Met 1070
gcc ggt gac ccc Ala Gly Asp Pro
aga Arg 1075
tat
Tyr
gaa Glu
gag tct Glu Ser
cat gac tac cac tgg ctt cga act gta Pro Asp Tyr Hie Trp Leu Arg Thr Val 1085 1090
acc
ccg tac Pro Tyr
«β» «wiw acc aag gag tct Lys Thr Thr Lys Glu Ser 1095
3721
3766
ctc Leu 1100
gtt Val
ate lie
ata lie
tct Ser
cca Pro 1105
agt Ser
gtg Val
gca Ala
gat Asp
ttg Leu 1110
gac Asp
cca Pro
tat gac Tyr Asp
3811
aga Arg 1115
tcc Ser
ctt Leu
cac His
tcg Ser
agg Arg 1120
gtc Val
ttc Phe
cct Pro
age Ser
ggg
Gly 1125
aag Lys
tgc Cys
tea gga Ser Gly
3856
gta Val 1130
gcg Ala
gtg Val
tct Ser
tct Ser
acc Thr 1135
tac Tyr
tgc
Cys
tcc Ser
act Thr
1140
cac His
gat Asp
tac acc Tyr Thr
3901
att lie 1145
tgg
Trp
atg Met
CCC
Pro
gag Glu
aat Asn 1150
ccg Pro
aga Arg
cta Leu
ggg
Gly
atg Met 1155
tct Ser
tgt Cys
gac att Asp lie
3946
ttt acc aat agt agg ggg aag aga Phe Thr Asn Ser Arg Gly Lys Arg 1160 1155
gca Ala
tcc Ser
Lys 1170
ggg agt
Gly Ser
gag act Glu Thr
3991
tgc Cys 1175
ggc Gly
ttt Phe
gta Val
gat Asp
gaa Glu 1180
aga Arg
ggc Gly
cta Leu
tat Tyr
aag Lys 1185
tct Ser
tta Leu
aaa gga Lys Gly
4036
gca tgc aaa ctc aag tta Ala Cys Lys Leu Lys Leu 1190 1195
tgt gga gtt cta gga ctt aga ctt atg Cys Gly Val Leu Gly Leu Arg Leu Met 1200
gat
1205
gga Gly
Thr
tgg
Trp
gtc Val
gcg
Ala 1210
atg Met
Gln Thr
tea aat Ser Asn 1215
gaa Glu
acc Thr
aaa tgg Lys Trp
4126
tgc Cys 1220
CCC Pro
CCC Pro
gat Asp
cag Gln
ttg Leu 1225
9tg Val
Asn
ctg cac gac Leu His Asp 1230
ttt Phe
cgc Arg
tea gac Ser Asp
4171
gaa Glu 1235
att Xle
gag Glu
cac His
ctt Leu
gtt Val 1240
gta Val
gag Glu
gag ttg gtc Glu Leu Val 1245
agg Arg
aag aga gag Lys Arg Glu
4216
gag Glu 1250
tgt Cys
ctg Leu
gat Asp
gca Ala
cta Leu 1255
gag Glu
tcc Ser
ate lie
atg Met
Thr 1260
acc Thr
aag tea gtg Lys Ser Val
4261
agt Ser 1265
ttc Phe
aga Arg
cgt Arg
CCC
Pro
agt Ser 1270
cat His
tta aga aaa Leu Arg Lys
ctt Leu 1275
C 1 t a 9 V
CCt ggg ttt Pro Gly Phe
4306
gga
gca tat acc ata ttc
aag acc ttg atg gaa gcc gat
4351
7/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
gcc ctg act gcc ttg atg ttg ata att ttc ctg Ala Leu Thr Ala Leu Met Leu lie lie Phe Leu 1415 ‘ 1420 1425
ttg ggt ctc ccg aac tgg ggg aag tat gta tta ctg agt gca Leu Gly Leu Pro Asn Trp Gly Lys Tyr Val Leu Leu Ser Ala 1400 1405 1410
Gly Lys Ala Tyr Thr lie Phe Asn Lys Thr Leu Met Glu Ala Asp 1280 1285 1290
get cac tac aag tea gtc aga act tgg aat gag ate ctc cct tea 4396
Ala His Tyr Lys Ser Val Arg Thr Trp Asn Glu lie Leu Pro Ser 1295 1300 1305
aaa ggg tgt tta aga gtt ggg ggg agg tgt cat cct cat gtg aac 4441
Lys Gly Cys Leu Arg Val Gly Gly Arg Cys His Pro His Val Asn 1310 1315 1320
ggg gtg ttt ttc aat ggt ata ata tta gga cct gac ggc aat gtc 4486
Gly Val Phe Phe Asn Gly lie 工Ie Leu Gly Pro Asp Gly Asn Val 1325 1330 1335
tta ate cca gag atg caa tea tcc ctc ctc cag caa cat atg gag 4531
Leu lie Pro Glu Met Gln Ser Ser Leu Leu Gln Gln His Met Glu 1340 1345 1350
ttg ttg gaa tcc tcg gtt ate ccc ctt gtg cac ccc ctg gca gac 4576
Leu Leu Glu Ser Ser Val lie Pro Leu Val His Pro Leu Ala Asp 1355 1360 1365
ccg tct acc gtt ttc aag gac ggt gac gag get gag gat ttt gtt 4621
Pro Ser Thr Val Phe Lys Aep Gly Asp Glu Ala Glu Asp Phe Val 1370 1375 1380
gaa gtt cac ctt ccc gat gtg cac aat cag gtc tea gga gtt gac 4666
Glu Val His Leu Pro Asp Val His Asn Gln Val Ser Gly Val Asp 1385 1390 1395
agg Arg
gag Glu
gtg Val
tea Ser 1450
gtc Val
act Thr
ccc Pro
Qln
age Ser 14SS
ggg
Gly
aag Lys
ate lie
ata 工Ie
Thr 1445
4711
4756
tct Ser 1460
tea Ser
tgg
Trp
gaa Gly
tea Ser
cac Hxb 1465
aag Lys
agt Ser
ggg
Gly
ggt Gly
gag Glu 1470
acc Thr
aga Arg
tgaggactgg ccgtcctttc aacgatccaa gtcctgaaga tcacctcccc ctttttgaaa aaaaacctgg gttcaatagt cctcctcgaa ctccatgcaa tcaagagtca tgagattttc attaatcctc tcagttgatc aagcaagatc tcabaatagg ggagatcttc tagcagtttc agtgactaac ggtactttca
ctg Leu
ttggggggtt 4 94 8
ctgggtagat 5008
atgtagattc 5068
ttctccagga 5128
aga aga gtc aat cga tea gaa cct acg caa cac aat ctc aga ggg Arg Arg Val Asn Arg Ser Glu Pro Thr Gln His Asn Leu Arg Gly 1430 1435 1440
ggg
Gly
ggg Gly
8/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
tta Leu
agt Ser 1625
tgc 5875
Cys
tat tcc aag tcg tcc ccc ata gag aag Tyr Ser Lys Ser Ser Pro lie Glu Lys 1600 1605
gga aat aga ggg ctg aga ate ccc cca Gly Asn Arg Gly Leu Arg lie Pro Pro 1615 1620
ctg ttg aat ctc Leu Leu Asn Leu
acg Thr 1610
cta 5830
Leu
gga atg 5695
Gly Met
1565
tct ctc Ser Leu 1560
tat ttc aag aag Tyr Phe Lys Lys 1555
cct gga gag gtc tat gat gac cct att gac cca ate gag tta Pro Gly Glu Val Tyr Asp Asp Pro lie Asp Pro lie Qlu Leu 1480 1485 . 149(
5470
ctt gag agg gtt gat tat gat aat gca ttt gga agg tat ctt gcc 5920
Leu Glu Arg Val Asp Tyr Asp Asn Ala Phe Gly Arg Tyr Leu Ala 1630 1635 1640
aac acg tat tcc tct tac ttg ttc ttc cat gta ate acc tta tac 5965
Asn Thr Tyr Ser Ser Tyr Leu Phe Phe His Val lie Thr Leu Tyr 1645 1650 1655
get gca cag tea atg att tct ctc tgg tta tat ggt gcc cac tct 5740
Ala Ala Gln Ser Met lie Ser Leu Trp Leu Tyr Gly Ala His Ser 1570 1575 1580
gaa tcc aac agg age egg aga tgt ata aca gac ttg gcc cat ttc 5785
Glu Ser Asn Arg Ser Arg Arg Cys lie Thr Asp Leu Ala His Phe 1585 1590 1595
gat gaa Asp Glu
ccc aga Pro Arg 1495
gga acc Gly Thr
ccc Pro
act Thr
gtc Val 1500
GCC
Pro
aac Asn
ate lie
ttg agg Leu Arg 1505
Asn
5515
tct gac Ser Asp
tac aat Tyr Asn 1510
ctc aac Leu Asn
tct Ser
cct Pro
ttg Leu 1515
ata lie
gaa gat Glu Asp
cct get Pro Ala 1520
aga Arg
5560
cta atg Leu Met
tta Leu
gaa Glu 1525
tgg Trp
tta Leu
Lys Thr
ggg
Gly 1530
aat Asn
aga Arg
cct Pro
tat egg Tyr Arg 1535
atg Met
5605
act cta aca gac aat tgc tcc agg tct ttc aga gtt ttg aaa Thr Leu Thr Asp Asn Cys Ser Arg Ser Phe Arg Val Leu Lys 1540 1545 1550
gat
5650
actgacacca cagacaaagg cagtcttcct gtgtgcaCaa atcagaagaa
acagttgtag acaaaccacg gggtgtctcg ggtgactctg tgcttgggca tcatggtgtg ttccatgata gcggactcag gatgagttaa ttgagagagg cccgtgaagg acataagcag tagctcacaa
taagcttttc cctgagacct
ttataaagtg ctgggtcatc caactggcaa cacttctcaa
tcatcccgcg tctcagcaaa agtcgagaaa aaaacattag
acttcaag atg ctc gat Met Leu Asp 1475
5248 5308 5368 5425
g U
a 1 9G
9/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
ttg Leu
tct Ser 1725
cgc Arg
ttc Phe
Asn
tcc tta Ser Leu 1730
atg Met
6190
ccg ate gtg aca aag gac ttt 6100
Pro lie Val Thr Lys Asp Phe 1695 1700
gtc ttg Val Leu
ctc Leu
tct Ser 1735
CCC
Pro
cca Pro
gag Glu
CCC Pro
cga Arg 1740
tac Tyr
tea Ser
gat
gac Asp
ttg Leu 1745
ata lie
6235
tct caa Ser Gln
cta Leu
tgc Cys 1750
cag Gln
ctg Leu
tac Tyr
att lie
get Ala 1755
ggg
Gly
gat Asp
caa Gln
gtc Val
ttg Leu 1760
tct Ser
atg tgt Met Cys
tat gtc Tyr Val
gga
Gly
gtg Val
Asn 1765
aat Asn 1780
tcc Ser
ggc Gly
tat Tyr
gaa Glu
gtc Val 1770
agt tta gtc Ser Leu Val
cag aga Gln Arg 1785
ate lie
gca Ala
Lys
ata lie
gaa aag Glu Lys
ttg Leu
ttt Phe
gag Glu 1775
agg
Arg 1790
cca Pro
cct Pro
6325
6370
ctc att Leu lie
6415
gta agt caa Val Ser Gln
ctt Leu IBlO
ttt agg get ctg Phe Arg Ala Leu 1825
gaa Glu
gag Glu
acg Thr
ttc Phe
ggt Gay 1815
ccc Pro
tgt Cys
gca aga Ala Arg
agg
Arg 1820
1830
1835
ttc Phe
gat caa ttc gac aac ata cat gac ttg gtt ttt Asp Gln Phe Asp Asn 工Ie His Asp Leu Val Phe
6505
gtg tat ggc Val Tyr Gly
cga aag ggt Arg Lys Gly
cat tgg His Trp
cta tat Lys Leu Tyr
sgg
Gly 1845
gat
cac His
cca Pro
cag gtt Gln Val
tat ata Tyr lie
cac att His lie
gat Asp 1850
LyB 1865
tat Tyr
Lys
6550
6595
ctt atg cta aaa Leu Met Leu Lys 1720
ttc aaa gac caa Phe Lys Asp Gln 1690
ata gat lie Astd
aag Lys
tcc Ser
tac Tyr
cag gag Gln Glu
tgc
Cys
tta gca Leu Ala
age gac Ser Asp
cta Leu
gcc Ala
Asn
gcc Ala
cta Leu 1660
gac Asp
tgg Trp
gat Aep
gaa Glu
gaa Glu 1665
aag Lys
acc Thr
ate lie
cta gca Leu Ala 1670
tta Leu
gtt tac Val Tyr
tcc Ser
caa Gln 1705
agt Ser
tcc Ser
aat Asn
tgt Cys
ctt Leu 1710
ttt Phe
gac Asp
aga Arg
aac tac Asn Tyr 1715
aca Thr
6145
tgg aaa Trp Lys
ttg gta Leu Val 1685
aag
Lys
6055
9
1
91 t e aM
10/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
tgg aat cta aga ttg tat ttt gtc ate act gaa aaa ctc ttg gcc 7135
Trp Asn Leu Arg Leu Tyr Phe Val lie Thr Glu Lys Leu Leu Ala 2035 2040 2045
aac tac ate ttg cca ctt ttt gac gcg ctg act atg aca gac aac 7180
Asn Tyr lie Leu Pro Leu Phe Asp Ala Leu Thr Met Thr Asp Asn 2050 2055 2060
ctg aac aag gtg ttt aaa aag cfcg ate gac agg gtc acc ggg caa 7225
Leu Asn Lys Val Phe Lys Lys Leu lie Asp Arg Val Thr Gly Gln 2065 2070 2075
aag Lys
ccg Pro
cct Pro
gtc Val 1990
aat Asn
CCG
Pro
cga Arg
gag Glu
ttt Phe 1995
ctg Leu
agg Arg
tct Ser
ata lie
gac
2000
ctc Leu
7000
ate aaa acc caa aca tgg cca ccc aaa cat att gta gac ttg lie Lys Thr Gln Thr Trp Pro Pro Lys His lie Val Asp Leu 1915 1920 1925
7270
cca gat gaa gac ttg ata att ggc ctc aag cca aag 7045
Pro Asp Glu Asp Leu lie Xle Gly Leu Lys Pro Lys 2 0 05 2010 2015
ttg aag att gaa ggt cga ttc ttt get cta atg tea 7090
Leu Lys lie Glu Gly Arg Phe Phe Ala Leu Met Ser 2020 2025 2030
6955
ggg gat aca Gly Asp Thr
tgg
Trp 1930
cac His
aag Lys
ctc Leu
ccg Pro
ate lie 1935
acg Thr
cag Gln
ate lie
ttt Phe
gag Glu 1940
att lie
cct gaa Pro Glu
tea Ser
atg Met 1945
gat Asp
ccg Pro
tea Ser
gaa Glu
ata lie 1950
ttg Leu
gat Asp
gac Asp
Lys
tea Ser 1955
cat His
tct Ser
ttc Phe
acc Thr
aga Arg 1960
acg Thr
aga Arg
cta Leu
get Ala
tct Ser 1965
tgg
Trp
ctg Leu
tea Ser
gaa Glu
Asn 1970
cga Arg
6910
6775
tat gaa aag tgg
cat
aga tta gag tea
gag gat 7315
1870
1875
agg agg Arg Arg
ggt ttt gat Gly Phe Asp
aag Lys
tac Tyr
tcc Ser
aag Lys
tgg
Trp 1895
tat Tyr
ctg gat Leu Asp
tea Ser
aga Arg 1900
ttc Phe
cta Leu
gcc cga gac Ala Arg Asp 1905
cac His
ccc Pro
ttg Leu
act Thr
ccc Pro 1910
tat Tyr
6730
91 t a g V
ggg
Gly
11/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
tcc aaa aga tgg gcc aga gtc tct Ser Lys Arg Trp Ala Arg Val Ser 2280 2285
7855
afca ttg lie Leu 2275
2240
cag gat ggc 7495
Gln Asp Gly 2165
tta gat Leu Asp
gcg Ala
tcc Ser 2155
aac ggc Asn Gly
cca Pro
acc Thr
tgt Cys 2160
tgg aat Trp Asn
tcc Set
acc Thr 2305
aat Asn
gcg Ala
cta Leu
Thr
gtg Val 2310
gca Ala
Gln
cac His
tct Ser
Gln 2315
tct Ser
7945
tct Ser
aag Lys 2245
cta Leu
ggg ctg Gly Leu
ate lie
acc Thr 2250
aag Lys
Lys
gaa Glu
gag
Glu
acc Thr 2255
atg Met
7765
7675
7720
aga ata tea agg aat gca ctt tcg ata tac aga gcc Arg lie Ser Arg Asn Ala Leu Ser 工Ie Tyr Arg Ala 2230 2235
ttg tcg cca ggg cta tct caa gag ggg ctc ctc tat gaa ttg gag Leu Ser Pro Gly Leu Ser Gln Glu Gly Leu Leu Tyr Glu Leu Glu 2215 2220 2225
ggg cta gaa ggc tta egg cag aag ggc tgg agt cta gtc age tta 7540
Gly Leu Glu Gly Leu Arg Gln Lys Gly Trp Ser Leu Val Ser Leu 2X70 2175 2180
ttg atg ata gat aga gaa tct caa ate agg aac aca aga acc aaa 7585
Leu Met lie Asp Arg Glu Ser Gln lie Arg Asn Thr Arg Thr Lys 2185 2190 2195
ata cta get caa gga gac aac cag gtt tta tgt ccg aca tat atg 7630
lie Leu Ala Gln Gly Asp Asn Gln Val Leu Cys Pro Thr Tyr Met 2200 2205 2210
tgc gtc Cys Val
tct Ser
aat Asn 2290
gac Asp
Gln
ata lie
gtc Val
Asn 2295
ctc Leu
gcc Ala
aat
ata lie
atg Met 2300
tcg Ser
7900
tgt agt tat Cys Ser Tyr
gac Aep 2260
ttc Phe
ctc Leu
ate lie
tat Tyr
gga
Gly 2265
Lys
acc Thr
cct Pro
ttg Leu
ttt Phe 2270
aga Arg
7810
Tyr Glu Lys Trp 2095
Asn His Gln Arg Leu Glu Ser Thr Glu Asp 2100 2105
gta ttt Val Phe
tct Ser
gtc Val 2110
cta gat Leu Αερ
caa gtg ttt Gln Val Phe 2115
gga ttg Gly Leu
aag aga gtg Lys Arg Val 2120
ttt Phe
7360
tct aga aca Ser Arg Thr
cac His 2125
gag
Glu
ttt Phe
ttt Phe
caa aag Gln Lys 2130
gcc tgg Ala Trp
ate lie
tat tat Tyr Tyr 2135
tea Ser
7405
gac aga Asp Arg
tea gac Ser Asp 2140
ctc Leu
ate lie
ggg Gly
tta egg Leu Arg 2145
gag gat Glu Asp
caa Gln
ata tac 工Ie Tyr 2150
tgc Cys
7450
ggc Gly
g 1
9G
12/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
atg Met
tcc ctc Ser Leu
gga Gly 2380
aga Arg
ttc Phe
cat His
ata lie
cga Arg 2385
cag
Gln
ttc Phe
tea Ser
gac
cct Pro 23 90
gtc Val
B170
tct Ser
gaa ggg Glu Gly
tta Leu 2395
tcc Ser
ttc Phe
tgg
Trp
aga Arg
gag Glu 2400
ate lie
tgg Trp
tta Leu
age Ser
tcc Ser 2405
cac His
8215
gag Glu
tcc tgg Ser Trp
gtt Val 2410
cac His
9cg Ala
ttg Leu
tgt
Cys
Gln 2415
gag Glu
get Ala
gga Gly
Abii
cca Pro 2420
gat Asp
ctt Leu
gga gag Gly Glu
aga Arg 2425
aca Thr
ctc Leu
gag Glu
age Ser
ttc Phe 2430
act Thr
cgc Arg
ctt Leu
cta Leu
gaa Glu 2435
gat
8305
cct Pro
acc acc Thr Thr
tta Leu 2440
aat Asn
ate 工Ie
aga Arg
gga Gly
993 Gly 2445
gcc Ala
agt Ser
cct Pro
acc Thr
att lie 2450
cta Leu
8350
etc Leu
aag gat Lys Asp
gca Ala 2455
ate 工Ie
aga Arg
aag Lys
get Ala
tta Leu 2460
tat Tyr
gac Asp
gag Glu
gtg Val
gac Asp 2465
aag Lys
8395
gtg Val
cat His
gag aat Glu Aan
aga gat Arg Asp
tea Ser 2470
ctg Leu
ttt Phe
cct cga Pro Arg
ttt Phe 2500
ctc Leu
agt Ser
gag Glu
cta Leu
ttc Phe 2505
agt Ser
tcg Ser
tct Ser
ttt Phe
ttg Leu 2510
gga Gly
8530
ate lie
ccc gag Pro Glu
tea Ser 2515
ate lie
att lie
gga Gly
ttg Leu
ata Xle 2520
Gln
aac Asn
tcc Ser
cga Arg
acg Tiir 2525
ata Xle
8575
aga Arg
agg cag Arg Gln
ttt Phe 2530
aga Arg
aag Lys
agt Ser
ctc Leu
tea Ser 2535
Lys
act Thr
tta Leu
gaa Glu
gaa Glu 2540
tcc Ser
tac Tyr
aag att Lys lie
ctg Leu 2350
age Ser
get Ala
gaa Glu
ggg
Gly
gat
2355
age Ser
ttt Phe
ctc Leu
cta Leu
gcc Ala 2360
tea Ser
agg ata Arg lie
ate lie 2365
tat Tyr
cta Leu
gat Asp
cct Pro
tct Ser 2370
ttg Leu
gga Gly
ggg
Gly
gta Val
tct Ser 2375
cag gca 7590
Gln Ala
2330
gat
ttt Phe
ctg Leu 2325
CtC Leu
atg Met
tea Ser
ttg ate aaa ccg atg Leu lie Lys Pro Met 2320
8125
atg Met
gtc Val
ttt cac Phe His
tac Tyr 2335
ctg Leu
cta Leu
ttt Phe
age Ser
cca Pro 2340
ate lie
tta Leu
aag Lys
gga Gly
aga Arg 2345
gtt Val
8035
a y 91 9G
g y
91 g G
13/137 WO 2007/047459 FCT/US2006/040134
tct ctg aca Ser Leu Thr
gtg tgg cct Val Trp Pro 2565
tgc tct tea gag agg gca Cys Ser Ser Glu Arg Ala 2570
8710
cct Pro
gat
ttc Phe
cct Pro
cta Leu 2700
gag Glu
gag Glu
gcc Ala
cct Pro
gtc Val 2705
ttc Phe
9115
tct att tct tgc Ser lie Ser Cys 2605
act tgt gga gca aca gga gga ggc aat cct aga Thr Cys Gly Ala Thr Gly Gly Gly Asn Pro Arg 2610 2615
gtt
Val
tct gta Ser Val
tea Ser 2 62 0
gta Val
ctc Leu
ccg Pro
tcc Ser
ttt Phe 2625
gat
cag Gln
tea Ser
ttt Phe
ttt Phe 2630
tea Ser
cga ggc ccc cta Arg GXy Pro Leu 2635
aag ggg tac ttg ggc tcg tcc acc tct atg tcg Lys Gly Tyr Leu Qly Ser Ser Thr Ser Met Ser 2640 2645
8935
acc Thr
cag cta Gln Leu
ttc Phe 2650
cat His
gca Ala
tgg Trp
gaa Glu
Lys 2655
C 1 t a g V
act Thr
aat Asn
gtt Val
cat His 2660
91 t a g V
gtg Val
act Thr
aag aga Lys Arg
aga gat Arg
9025
9070
cct cag agg gtt Pro Gln Arg Val 2560
aca gtt cct cac cct tct gag atg ttg Thr Val Pro His Pro Ser Glu Met Leu 2590 2555
aaa agg acg ggg tea gcc ttg cat agg ttc aag tct gcc aga tac 9160
Lys Arg Thr Gly Ser Ala Leu His Arg Phe Lys Ser Ala Arg Tyr 2710 2715 2720
age gaa gga ggg tat tct tct gtc tgc ccg aac ctc ctc tct cat 9205
Ser Glu Gly Gly Tyr Ser Ser Val Cys Pro Asel Leu Leu Ser His 2725 2730 2735
att tct gtt agt aca gac acc atg tct gat ttg acc caa gac ggg 9250
lie Ser Val Ser Thr Asp Thr Met Ser Asp Leu Thr Gln Asp Gly 2740 2745 2750
aag aac tac gat ttc atg ttc cag cca ttg atg ctt tat gca cag 9295
hVB Asn Tyr Asp Phe Met Phe Gln Pro Leu Met Leu Tyr Ala Gln
gat cta ctt agg Asp Leu Leu Arg 2575
gag ate tct tgg gga aga aaa gtg gta ggc acg Glu lie Ser Trp Gly Arg Lys Val Val Gly Thr 2580 2585
8755
ttc tac aac Phe Tyr Asn
tea Ser
2545
gag Glu
ate lie
cac ggg His Gly
att lie 2550
agt Ser
egg Arg
atg Met
acc Thr
cag Gln 2555
Thr
ggc Gly 2695
ggg
Gly
14/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
ctc tta Leu Leu
tac tea ate Tyr Ser 工Ie
tta Leu
9tg Val 2865
gca Ala
att lie
cac gac HiB Asp
tea Ser 2870
gga
Gly
acc ate ttc Thr lie Phe
tac aat gat Tyr Asn Aap
gat gtg tcg aaa aga ata tcc aga atg gtt tct ggg get gtg cct Asp Val Ser Lys Arg lie Ser Arg Met Val Ser Gly Ala Val Pro 2815 2820 2825
cac ttc cag agg His Phe Gln Arg 2830
ctt ccc gat Leu Pro Asp
ate cgt lie Arg 2835
ctg Leu
aga Arg
cca gga gat Pro Gly Asp
ttt Phe
gaa tct cta age Glu Ser Leu Ser 2845
ggt aga gaa Gly Arg Glu
aag Lys
tct Ser 2850
cac His
cat His
ate gga lie Gly
tea Ser 2855
get Ala
tcc cct aga gac Ser Pro Arg
gga tcc tcg Gly Ser Ser
tat ttg aga ggg ctc gca agg gga gta ttg ata Tyr Leu Arg Gly Leu Ala Arg Gly Val Leu lie 2895 2900
tgc ttc ttg aca Cys Phe Leu Thr
aga Arg 2910
atg Met
aca Thr
aat ate Asn lie
aat Asn 2915
att lie
aat aga cct Asn Arg Pro
ctt Leu 2920
gaa ttg ate Glu Leu lie
tea Ser
ggg
Gly 2925
gta Val
ate lie
tea tat Ser Tyr
att lie 2930
ctc Leu
ctg agg cta Leu Arg Leu
gat
Aep 2935
aac cat ccc Asn His Pro
tcc Ser
ttg Leu 2940
tac Tyr
ata lie
atg ctc Met Leu
aga Arg 2945
gaa Glu
ceg tct ctt Pro Ser Leu
aga Arg 2950
gga gag ata Gly Glu lie
ttt Phe
tct Ser 2955
ate lie
cct Pro
cag aaa Gln Lys
ate lie 2960
CCC
gcc get tat Ala Ala Tyr
acc act atg Thr Thr Met
Lys
Aen
cca Pro 2965
tgt tat ctc caa cat gtg cta cgc tat gag cga gag ata ate acg
gaa GlU 2970
ggc Qly
aga tea Arg Ser
ate lie 2975
ttg Leu
15/137
acc ctg gag acc tct cag ate ttc gag ttt ccg Thr Leu Glu Thr Ser Gln lie Phe Glu Phe Pro 2805 2810
2755
2760
2765
aca tgg aca tea Thr Trp Thr Ser 2770
gag ctg gta cag aga Qlu Leu Val Gln Arg 2775
gac aca agg cta aga Asp Thr Arg Leu Arg 2780
gac
tct acg ttt cat Ser Tlir Phe His 2785
tgg cac ctc cga tgc aac agg tgt gtg aga ccc Trp His Leu Arg Cys Asn Arg Cys Val Arg Pro 2790 2795
9340
9475
9520
9565
9610
9655
9700
9745
9790
9925
9970
a y 7 918 9 G 2 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
gca get aga acc atg act Ala Ala Arg Thr Met Thr 3085 3090
get cat 10465
Ala His
3155
gtt cag tgg gca acc Val Gln Trp Ala Thr 3150
ttg ate tcg ggc ttg Leu lie Ser Gly Leu 3145
tac age Tyr Ser
ccc Pro 3095
•aac 10285
Asn
ctg cta aaa gac tct tta cga agg aca aga Leu Leu Lys Asp Ser Leu Arg Arg Thr Arg 3070 3075
10240
Cys Tyr Leu Gln
His Val Leu Arg Tyr Qlu Arg Glu lie lie Thr 2985 2990
gcg tct Ala Ser
cca Pro
gag Glu 2995
aat Asn
gac
tgg cta Trp Leu
tgg Trp 3000
ate lie
ttt Phe
tea Ser
gac Asp
ttt Phe 3005
aga Arg
10015
agt gcc aaa Ser Ala Lys
atg Met 3010
acg tac Thr Tyr
cta acc Leu Thr
ctc Leu 3015
att lie
act Thr
tac Tyr
cag Gln
tct Ser 3020
cat His
10060
ctt cta Leu Leu
ctc Leu
cag Gln 3025
agg gtt Arg Val
gag aga Glu Arg
Asn 3030
cta Leu
tct Ser
aag Lys
agt Ser
atg Met 3035
Arg
10105
gat aac ctg cga caa ttg agt tcc ttg atg agg cag gtg ctg ggc Asp Asn Leu Arg Gln Leu Ser Ser Leu Met Arg Gln Val Leu Gly 3040 3045 3050
10150
ggg cac Gly His
gga Gly
gaa Glu 3055
gat Asp
acc Thr
tta gag Leu Glu
tea Ser 3060
gac gac
Asn
att lie
Gln 3065
cga Arg
10195
tat aag ctt aag cct att cta gat gat ctc aat gtt ttc ccc tct 10510
Tyr Lys Leu Lys Pro lie Leu Asp Asp Leu Asn Val Phe Pro Ser 3160 3165 ι 3170
ctc tgc ctt gta gtt ggg gac ggg tea ggg ggg ata tea agg gca 10555
Leu Cys Leu Val Val Gly Asp Gly Ser Gly Gly lie Ser Arg Ala 3175 3180 3185
gtc ctc aac atg ttt cca gat gcc aag ctt gtg ttc aac agt ctc 10600
Val Leu Asn Met Phe Pro Asp Ala Lys Leu Val Phe Asn Ser Leu 3190 3195 3200
aag aag gtg tcc cgt aag gta gga tgt tea gaa tgg gtc tgc tct 10330
Lys Lys Val Ser Arg Lys Val Gly Cys Ser Glu Trp Val Cys Ser
3100 3105 3110
get caa cag gtt gca gtc tct acc tea gca aac ccg gcc cct gtc 10375
Ala Gln Gln Val Ala Val Ser Thr Ser Ala Asn Pro Ala Pro Val
3115 3120 3125
tcg gag ctt gac ata agg gcc ctc tct aag agg ttc cag aac cct 10420
Ser Glu Leu Asp lie Arg Ala Leu Ser Lys Arg Phe Gln Asn Pro
3130 3135 3140
ggt Gly
9 1
aga Arg
16/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
cct tea gca ate atg agg gga gga aat Pro Ser Ala 工Ie Met Arg Gly Gly Asn 3220 3225
ggt ate gtc tcc aga gtg Gly lie Val Ser Arg Val 3230
10690
ata gat ttt gac tea ate tgg gaa aaa lie Asp Phe Asp Ser lie Trp Glu Lys 3235 3240
ccg tcc gac Pro Ser Asp
ttg aga Leu Arg 3245
Asn
10735
ttg gca Leu Ala
acc Thr
tgg Trp 3250
aaa tac ttc cag Lye Tyr Phe Gln
tea Ser 3255
gtc Val
caa
Gln
aag Iiys
cag Gln
gtc Val 3260
aac Asn
10780
atg Met
tcc Ser
tat
Tyr
gac
3265
ctc Leu
att att tgc lie lie Cys
gat Asp 3270
gca Ala
gaa Glu
gtt Val
act Thr
gac Asp 3275
att 工Ie
10825
gca Ala
tct Ser
ate lie
Asn 3280
egg Arg
ata acc ctg lie Thr Le-u
tta Leu 3285
atg Met
tcc Ser
gat
ttt Phe
gca Ala 3290
ttg Leu
tct Ser
at a lie
gat
gga Gly 3295
cca Pro
ctc tat ttg Leu Tyr Leu
gtc Val 3300
ttc Phe
Lys
act Thr
tat Tyr
ggg Gly
3305
act Thr
10915
atg Met
cta Leu
gta Val
aat Asn 3310
cca Pro
aac ta:c aag Asn Tyr Lys
get Ala 3315
att Xle
caa Gln
cac His
ctg Leu
tea Ser 3320
aga Arg
10960
gcg Ala
ttc Phe
CCC
Pro
tcg Ser 3325
gtc Val
aca ggg ttt Thr Gly Phe
ate lie 3330
acc Thr
Gln
gta Val
act Thr
tcg Ser 3335
tct Ser
11005
ttt Phe
tea Ser
tct Ser
gag Glu 3340
CtC
Leu
tac ctc cga Tyr Leu Arg
ttc Phe 3345
tcc Ser
Lys
cga Arg
ggg
Gly
aag Lys 3350
ctt Leu
11050
ttc Phe
aga Arg
gat Asp
get Ala 3355
gag Glu
tac ttg acc Tyr Leu Thr
tct Ser 3360
tcc Ser
acc Thr
ctt Leu
cga Arg
gaa Glu
3365
atg Met
11095
age Ser
ctt Leu
gtg
Val
tta Leu 3370
ttc Phe
aat tgt age Asn Cys Ser
age Ser 3375
ccc Pro
aag Lys
agt Ser
gag Glu
atg Met 3380
cag Gln
11140
aga get cgt tcc Arg Ala Arg Ser 3385
ttg aac tat cag gat Leu Asn Tyr Gln Asp 3390
ctt gtg aga gga ttt cct Leu Val Arg Qly Phe Pro 3395
11185
aca cat cca Thr His Pro
ctg Leu 3215
CCt 10645
Pro
tta gag gtg aat gac ctg atg get tcc Leu Glu Val Asn Asp Leu Met Ala Ser 3205 3210
ata tea aat cct tac aat gag atg ate ata act ctg 11230 lie Ser Asn Pro Tyr Asn Glu Met lie lie Thr Leu 3400 3405 3410
att lie
gac
agt Ser
gat Asp 3415
gta Val
gaa tct ttt Glu Ser Phe
cta Leu 3420
gtc Val
cac His
aag Lya
atg Met
gtt Val 3425
gat
1X275
gga
Gly
17/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
gtt ggc age ate aag Val Gly Ser lie Lys 3565
cat agg tac aac agg His Arg Tyr Asn Arg 3580
tea tcc cta cta gac Ser Ser Leu Leu Asp 3595
gat cta Asd Leu
tgg ate Trp lie
tcc Ser
acc Thr
tac agt tgc Tyr Ser Cys
aga Arg 3570
cta Leu 3585
ctg Leu 3600
a U a 1 9 G
gag Glu
gtg Val
gat
gaa Glu
ate 工Ie
aga cac Arg His 3575
aga tct Arg Ser 3590
ctt Leu
aga Arg
tgaaccggat actcctggaa
gcctgcccat gctaagactc ttgtgtgatg aacctttggt tgtttgattg tttttctcat
tatcttgaaa aaaacaagat cctaaatctg ttttgttgtt tatttgttaa gcgt
11725
11770
11817
11877 11931
<210> <211> <212> <213 >
2
450 PRT
rabies virus
aag get acc Lye Ala Thr
Arg 3560
ctc Leu
cac tgg ate agg ttg att tac aag ata His Trp lie Arg Leu 工Ie Tyr Lys lie 3550 3555
gat ctt gag tta Asp Leu Glu Leu 3430
cag agg gga act ctg Gln Arg Gly Thr Leu 3435
tct aaa gtg get ate att Ser Lys Val Ala lie lie 3440
11320
ata gcc lie Ala
aaa ccc Lys Pro
ate atg 工Ie Met 3445
cta act Leu Thr
ata gtt ttc lie Val Phe
gac ccc ttg Asp Pro Leu
tcc aac aga gtc Ser Asn Arg Val 3450
ttc tat Pbe Iyr 3465
cca Pro
ccg Pro
ttc aac gtt Phe Asn Val 3455
tct gat Ser Asp
ccc
Pro 3470
tcc Ser
Lys
11365
11410
ate ctg lie Leu
agg cac Arg His 3475
ttc aac ata Phe Asix lie
tgt cgc Cys Arg
agt Ser
act Thr
atg Met
atg Met
tat Tyr 3485
cta Leu
11455
tct act Ser Thr
get tta Ala Leu 3490
ggt gac gtc Gly Asp Val
cct age Pro Ser 3495
ttc gca aga Phe Ala Arg
ctt Leu
cac His 3500
gac
11500
ctg tat Leu Tyr
aac aga Asn Arg 3505
cct Pro
ata act 工Ie Thr
tat tac Tyr Tyr 3510
ttc Phe
aga Arg
aag Lys
caa Gln
ttc Phe 3515
att lie
11545
cga ggg
gtt
Arg Gly Asn Val 3520
tat cta tct tgg agt tgg tcc aac gac acc tea Tyr Leu Ser Trp Ser Trp Ser Asn Asp Thr Ser 3525 3530
11590
gtg ttc aaa agg gta gcc tgt aat tct age ctg agt ctg tea tct Val Phe Lys Arg Val Ala Cys Asn Ser Ser Leu Ser Leu Ser Ser 3535 3540 3545
11635
9 1
18/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
<400> 2 Met Asp Ala
Lys Xle Val Phe Lys Val Asn Asn Gln Val Val Ser 10 15
Leu Lys Pro Glu lie lie Val Asp Gln His Qlu Tyr Lys Tyr Pro Ala 25 30
lie Lys Asp Leu Lys Lys Pro Cys lie Thr Leu Qly Lys Ala Pro 40 45
Leu Asn Lys Ala Tyr Lys Ser Val Leu Ser Gly Met Ser Ala Ala Lys 50 55 60
Leu Asp Pro Asp Asp Val Cys Ser Tyr Leu Ala Ala Ala Met Gln Phe 65 70 75 80
Phe Glu Gly Thr Cys Pro Glu Asp Trp Thr Ser Tyr Gly lie Val lie 85 90 95
Ala Arg Lys Gly Asp Lys lie Thr Pro Gly Ser Leu Val Glu lie Lys 100 105 110
Arg Thr Asp Val Glu Gly Asn Trp Ala Leu Thr Gly Gly Met Glu Leu 115 120 125
Thr Arg Asp Pro Thr Val Pro Glu His Ala Ser Leu Val Gly Leu Leu 130 135 140
Leu Ser Leu Tyr Arg Leu Ser Lys lie Ser Gly Gln Asn Thr Gly Aen 145 150 155 160
Tyr Lys Thr Asn lie Ala Asp Arg lie Glu Gln lie Phe Glu Thr Ala 165 170 175
Pro Phe Val Lya lie Val Glu His His Thr Leu Met Thr Thr His Lys 180 185 190
Met Cys Ala Asn Trp Ser Thr lie Pro Asn Phe Arg Phe Leu Ala Gly 195 200 205
Thr Tyr Asp Met Phe Phe Ser Arg lie Glu His Leu Tyr Ser Ala lie 210 215 220
Arg Val Qly Thr Val Val Thr Ala Tyr Glu Aep Cys Ser Gly Leu Val
19/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
225
230 235 240
Ser Phe Thr Gly Phe lie Lys Gln lie Asn Leu Thr Ala Arg Glu Ala
245 250
255
lie Leu Tyr Phe Phe His Lys Asn Phe Glu Glu Glu lie Arg Arg Met
260 265
270
Phe Glu Pro Gly Gln Glu Thr Ala Val Pro His Ser Tyr Phe lie His
275
280
285
Phe Arg Ser Leu Gly Leu Ser Gly Lys Ser Pro Tyr Ser Ser Asn Ala
290
2 95 300
Val Gly His Val Phe Asn Leu lie His Phe Val Gly Cys Tyr Met Gly
305 310
315 320
Gln Val Arg Ser Leu Asn Ala Thr Val lie Ala Ala Cys Ala Pro His 325 330 335
Qlu Met Ser Val Leu Gly Gly Tyr Leu Gly Glu Glu Phe Phe Gly Lys 340 345 350
Gly Thr Phe Glu Arg Arg Phe Phe Arg Asp Glu Lys Glu Leu Gln Glu 355 360 365
Tyr Glu Ala Ala Glu Leu Thr Lys Thr Asp Val Ala Leu Ala Asp Asp 370 375 380
Gly Thr Val Asn Ser Asp Asp Glu Asp Tyr Phe Ser Gly Glu Thr Arg
385 390 395
400
Ser Pro Glu Ala Val Tyr Thr Arg lie Met Met Asn Gly Gly Arg Leu
405 410
415
Lys Arg Ser His lie Arg Arg Tyr Val Ser Val Ser Ser Asn His Gln
420 425
430
Ala Arg Pro Asn Ser Phe Ala Glu Phe Leu Asn Lys Thr Tyr Ser Ser
435
440
445
Asp Ser 450
20/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
<210> <211> <212> <213>
3
297 PRT
rabies virus
<400> 3
Met Ser Lys lie Phe Val Asn Pro Ser Ala 10
lie krg Ala Gly Leu Ala 15
Asp Leu Glu Met Ala Glu Glu Thr Val 25
Leu lie Asn Arg Asn lie
Glu Asp Asn Gln Ala His Leu Gln Gly Glu Pro lie Glu Val Asp Asn 40 45
Leu Pro Glu Asp Met Gly Arg Leu His Leu Asp Asp Gly Lys Ser Pro 50 55 60
Asn Pro Gly Glu Met Ala Lys Val Gly Glu Gly Lys Tyr Arg Glu As】 65 70 75 80
Phe Gln Met Asp Glu Gly Glu 85
Leu Ser Phe Leu Phe Gln Ser Tyr 90 95
Leu Glu Asn Val Gly Val Gln lie Val Arg Gln Met Arg Ser Gly Glu 100 105 110
Arg Phe Leu Lys lie Trp Ser Gln Thr Val Glu Glu lie lie Ser Tyr 115 12 0 125
Val Ala Val Asn Phe Pro Asn Pro Pro Gly Lys Ser Ser Glu Asp Lya 130 135 140
Ser Thr Gln Thr Thr Gly Arg Glu Leu Lys Lys Glu Thr Thr Pro Thr 145 150 155 160
Pro Ser Gln Arg Glu Ser Gln Ser Ser Lys Ala Arg Met Ala Ala Gln 165 170 175
lie Ala Ser Gly Pro Pro Ala Leu Glu Trp Ser Ala Thr Asn Glu Glu 180 185 190
Asp Asp Leu Ser Val Glu Ala Glu lie Ala His Gln lie Ala Glu Ser 195 200 205
21/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
Phe Ser Lys Lys Tyr Lys Phe Pro Ser Arg Ser Ser Gly lie Leu Leu 210 215 220
Tyr Asn Phe Glu Gln Leu Lys Met Asn Leu Asp Asp lie Val Lys Glu 225 230 235 240
Ala Lys Asn Val Pro Gly Val Thr Arg Leu Ala His Asp Gly Ser Lys 245 250 255
Leu Pro Leu Arg Cys Val Leu Gly Trp Val Ala Leu Ala Asn Pro Lys 260 265 270
Lys Phe Gln Leu Leu VaX Glu Ser 275 280
Lys Leu Ser Lys lie Met Gln 285
Asp Asp Leu Asn Arg Tyr Thr Ser Cys 290 295
<210> <211> <212> <213>
4
202
PRT
rabies virus
<400> 4
Met Asn Phe Leu Arg Lys lie Val Lys Asn Cys Arg Asp Glu Asp Thr 1 5 10 15
Gln Lys Pro Ser Pro Val Ser Ala Pro Leu Asp Asp Asp Asp Leu Trp 25 30
Leu Pro Pro Pro Glu Tyr Val Pro Leu Lys Glu Leu Thr Ser Lys Lys 40 45
Asn Met Arg Asn Phe Cyg lie Asn Gly Gly Val Lys Val Cys Ser Pro 50 55 60
Asn Gly Tyr Ser Phe Arg lie Leu Arg His lie Leu Lys Ser Phe Asp 65 70 75 80
GHu lie Tyr Ser Gly Asn His Arg Met lie Gly Leu Ala Lys Val Val 85 90 95
lie Gly Leu Ala Leu Ser Gly Ser Pro Val Pro Glu Gly Met Asn Trp 100 105 no
22/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
Val Tyr Lys Leu Arg Arg Thr Phe lie Phe Gln Trp Ala Asp Ser Arg
115 120
125
Gly Pro Leu Glu Gly Glu Glu Leu Glu Tyr Ser Gln Glu lie Thr Trp
130
135
140
Asp Asp Asp Thr Glu Phe Val Gly Leu Gln lie Arg Val lie Ala Lys
145
0 155
160
Gln Cys His lie Gln Gly Arg lie Trp Cys lie Asn Met Asn Pro Arg
165 170
175
Ala Cys Gln Leu Trp Ser Asp Met Ser Leu Gln Thr Gln Arg Ser Glu 180 185 190
Glu Asp Lys Asp Ser Ser Leu Leu Leu Glu 195 200
<210> 5
<211> 524
<212> PRT
<213> rabies virus
<400> 5
Met Val Pro Gln Ala Leu Leu Phe Val Pro Leu Leu Val Phe Pro Leu 1 5 10 15
Cys Phe Gly Lys Phe Pro lie Tyr Thr lie Pro Asp Lys Leu Gly Pro 25 30
Trp Ser Pro lie Asp 工Ie His His Leu Ser Cys Pro Asn Asn Leu Val
35
40 45
Val Glu Asp Glu Gly Cye Thr Asn Leu Ser Gly Phe Ser Tyr Met Glu
50
55 60
Leu Lys Val Gly Tyr lie Leu Ala lie Lys Met Asn Gly Phe Thr Cys 65 70 75 80
Thr Gly Val Val Thr Glu Ala Glu Thr Tyr Thr Asn Phe Val Gly Tyr 85 90 95
Val Thr Thr Thr Phe Lys Arg Lys Hie Phe Arg Pro Thr Pro Asp Ala 100 105 110
23/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
Cys Arg Ala Ala Tyr Asn Trp Lys Met Ala Gly Asp Pro Arg Tyr Glu 115 120 125
Glu Ser Leu His Asn Pro Tyr Pro Asp Tyr His Trp Leu Arg Thr Val 130 135 140
Lys Thr Thr Lys Glu Ser Leu Val lie lie Ser Pro Ser Val Ala Asp 145 150 155 160
Leu Asp Pro Tyr Asp Arg Ser Leu His Ser Arg Val Phe Pro Ser Gly 165 170 175
Lys Cys Ser Gly Val Ala Val Ser Ser Thr Tyr Gys Ser Thr Asn His 180 185 190
Asp Tyr Thr lie Trp Met Pro Glu Asn Pro Arg Leu Gly Met Ser Cys 195 200 205
Asp lie Phe Thr Asn Ser Arg Gly Lys Arg Ala Ser Lys Gly Ser Glu 210 215 220
Thr Cys Gly Phe Val Asp Glu Arg Gly Leu Tyr Lys Ser Leu Lys Gly 225 230 235 240
Ala Cys Lys Leu Lys Leu Cys Gly Val Leu Gly Leu Arg Leu Met Asp 245 250 255
Gly Thr Trp Val Ala Met Gln Thr Ser Asn Glu Thr Lys Trp Cys Pro 260 265 270
Pro Asp Gln Leu Val Asn Leu His 275 280
Phe Arg Ser Asp Glu lie Glu 285
His Leu Val Val Glu Glu Leu Val Arg Lys Arg Glu Glu Cys Leu Asp 290 295 300
Ala Leu Glu Ser Xle Met Thr Thr Lys Ser Val Ser Phe Arg Arg Pro 305 310 315 320
Ser His Leu Arg Lys Leu Val Pro Gly Phe Gly Lys Ala Tyr Thr lie 325 330 335
Phe Asn Lys Thr Leu Met Glu Ala Asp Ala His Tyr Lys Ser Val Arg 340 345 350
24/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
Thr Trp Asn Glu 工Ie Leu Pro Ser Lys Gly Cys Leu Arg Val Gly Gly 355 360 3 65
Arg Cys His Pro His Val Asn Gly Val Phe Phe Asn Gly lie lie Leu 370 375 380
Gly Pro Asp Qly Asn Val Leu lie Pro Glu Met Gln Ser Ser Leu Leu 385 390 395 400
Gln Gln His Met Glu Leu Leu Glu Ser Ser Val lie Pro Leu Val His 405 410 415
Pro Leu Ala Asp Pro Ser Thr Val Phe Lys Asp Gly Asp Glu Ala Glu 420 425 430
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Val Asp Leu Gly Leu Pro Asri Trp Gly LyB Tyr Val Leu Leu Ser Ala 450 455 460
Gly Ala Leu Thr Ala Leu Met Leu lie 工Ie Phe Leu Met Thr Cys Cys 465 470 475 480
Arg Arg Val Asn Arg Ser Glu Pro Thr Gln His Asn Leu Arg Gly Thr 485 490 495
Gly Arg Glu Val Ser Val Thr Pro Gln Ser Gly Lys lie lie Ser Ser 500 505 510
Trp Glu Ser His Lys Ser Gly Gly Glu Thr Arg Leu 515 520
<210> 6
<211> 2127
<212> PRT
<213> rabies virus
<400> 6
Met Leu Asp Pro
Gly Glu Val Tyr Asp As| 10
Pro lie Asp Pro lie Glu 15
Leu Glu Asp Glu Pro Arg Gly Thr Pro Thr Val Pro Asn lie Leu Arg
20
25
25/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
Asn Ser Asp Tyr Asn Leu Asri Ser Pro Leu lie Glu Asp Pro Ala Arg 40 45
Leu Met Leu Glu Trp Leu Lys Thr Gly Asn Arg Pro Tyr Arg Met Thr 50 55 60
Leu Thr Asp Asn Cys Ser Arg Ser Phe Arg Val Leu Lys Asp Tyr Phe 65 70 75 80
Lys Lys Val Asp Leu Gly Ser Leu Lys Val Gly Gly Met Ala Ala Gln 85 90 95
Ser Met lie Ser Leu Trp Leu Tyr Gly Ala His Ser Glu Ser Asn Arg 100 105 110
Ser Arg Arg Cys 工Ie Thr 115
Leu Ala His Phe Tyr Ser Lys Ser Ser 120 125
Pro lie Glu Lys Leu Leu Asn Leu Thr Leu Gly Asn Arg Gly Leu Arg 13 0 135 140
lie Pro Pro Glu Gly Val Leu Ser Cys Leu Glu Arg Val Asp Tyr Asp 14 5 150 155 160
Asn Ala Phe Gly Arg Tyr Leu Ala Asn Thr Tyr Ser Ser Tyr Leu Phe 165 170 175
Phe His Val lie Thr Leu Tyr Met Asn Ala Leu Asp Trp Asp Glu Glu 180 185 190
Lys Thr lie Leu Ala Leu Trp Lys Asp Leu Thr Ser Val Asp lie Gly 195 200 205
Lye Asp Leu Val Lys Phe Lys 210 215
Gln lie Trp Gly Leu Pro lie Val 220 ·
Thr Lys Asp Phe Val Tyr Ser Gln Ser Ser Asn Cys Leu Phe Asp Arg 225 230 235 240
Asn Tyr Thr Leu Met Leu Lys Glu Leu Phe Leu Ser Arg Phe Asn Ser 245 250 255
Leu Met Val Leu Leu Ser Pro Pro Glu Pro Arg Tyr Ser Asp Asp Leu 260 265 270
26/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
lie Ser Gln Leu Cys Gln Leu Tyr lie Ala Gly Asp Gln Val Leu Ser 275 280 285
Met Cys Gly Asn Ser Gly Tyr Glu Val lie Lys lie Leu Glu Pro Tyr 290 295 300
Val Val Asn Ser Leu Val Gln Arg AXa Glu Lys Phe Arg Pro Leu lie 305 310 315 320
His Ser Leii Gly Asp Phe Pro VaX Phe lie Lys Asp Lye Val Ser Gln 325 330 335
Leu Glu Glu Thr Phe Gly Pro Cys Ala Arg Arg Phe Phe Arg Ala Leu 340 345 350
Asp Gln Phe Asp Asn lie His Asp Leu Val Phe Val Tyr Gly Cys Tyr 355 360 365
Arg His Trp Gly His Pro Tyr lie Asp Tyr Arg Lys Gly Leu Ser Lys 370 375 380
Leu Tyr Aap Gln Val Hie lie Lys Lys Val lie Asp Lya Ser Tyr Gln 385 390 395 400
Glu Cys Leu Ala Ser 405
Leu Ala Arg Arg lie Leu Arg Trp Gly Phe 410 415
Asp Lys Tyr Ser Lys Trp Tyr Leu Asp Ser Arg Phe Leu Ala Arg Asp 420 425 430
His Pro Leu Thr Pro Tyr lie Lys Thr Gln Thr Trp Pro Pro Lys His 435 440 445
lie Val Asp Leu VaI Gly Asp Thr Trp His Lys Leu Pro lie Thr Gln 450 455 460
lie Phe Glu lie Pro Glu Ser Met Asp Pro Ser Glu lie Leu Asp Asp 465 470 475 480
Lys Ser His Ser Phe Thr Arg Thr Arg Leu Ala Ser Trp Leu Ser Glu 485 490 495
Asn Arg Gly Gly Pro Val Pro Ser Glu Lys Val lie lie Thr Ala Leu
27/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
500
505
510
Ser Lys Pro Pro Val Asn Pro Arg Glu Phe Leu Arg Ser Ile Asp Leu 515 520 525
GXy Gly Leu Pro Asp Glu Asp Leu lie Xle Gly Leu Lys Pro Lys Glu 530 535 540
Arg Qlu Leu Lys lie Glu Gly Arg Phe Phe Ala Leu Met Ser Trp Asn 545 550 555 560
Leu Arg Leu Tyr Phe Val lie Thr Glu Lys Leu Leu Ala Asn Tyr lie 565 570 575
Leu Pro Leu Phe 580
Ala Leu Thr Met Thr Asp Asn Leu Asn Lys Val 585 590
Phe Lys Lys Leu lie Asp Arg Val Thr Gly Gln Gly Leu Leu Asp Tyr 595 600 605
Ser Arg Val Thr Tyr Ala Phe His Leu 610 615
Tyr Glu Lys Trp Asn Asn 620
His Gln Arg Leu Glu Ser Thr Glu 625 630
Val Phe Ser Val Leu Asp Gln 635 640
Val Phe Gly Leu Lys Arg Val Phe Ser Arg Thr His Glu Phe Phe Gln 645 650 655
Lys Ala Trp lie Tyr Tyr Ser Asp Arg Ser 660 665
Leu lie Gly Leu Arg 670
Glu Asp Gln lie Tyr Cys Leu Asp Ala Ser Asn Gly Pro Thr Cys Trp 675 680 685
Asn Gly Gln Asp Gly Gly Leu Glu Gly Leu Arg Gln Lys Gly Trp Ser 690 695 700
Leu Val Ser Leu Leu Met lie Asp Arg Glu Ser Gln lie Arg Asn Thr 705 710 715 720
Arg Thr Lys lie Leu Ala Gln Gly 725
Asn Gln Val Leu Cys Pro Thr 730 735
28/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
Tyr Met Leu Ser Pro Gly Leu Ser Gln Glu Gly Leu Leu Tyr Glu Leu 740 745 750
Glu Arg lie Ser Arg Asn Ala Leu Ser lie Tyr Arg Ala Val Glu Glu 755 7S0 765
Gly Ala Ser Lys Leu Gly Leu lie Thr Lys Lys Glu Glu Thr Met Cys 770 775 780
Ser Tyr Asp Phe Leu lie Tyr Gly Lys Thr Pro Leu Phe Arg Gly Asn 785 7 90 795 800
S
lie Leu Val Pro Glu Ser Lys Arg Trp Ala Arg Val Ser Cys Val Ser 805 810 815
Asn Asp Qln lie Val Aen Leu Ala Asn lie Met Ser Thr Val Ser Thr 820 825 830
Asn Ala Leu Thr Val Ala Gln His Ser Gln Ser Leu lie Lys Pro Met 835 840 845
Gly Asp Phe Leu Leu Met Ser Val Gln Ala Val Phe His Tyr Leu Leu 850 855 860
Phe Ser Pro lie Leu Lys Gly Arg Val Tyr Lys lie Leu Ser Ala Glu 865 870 875 880
Gly Asp Ser Phe Leu Leu Ala Met Ser Arg lie lie Tyr Leu Asp Pro Ratx 890 895
Ser Leu Gly Gly Val Ser Gly Met Ser Leu Gly Arg Phe His lie Arg 900 905 910
Gln Phe Ser 915
Pro Val Ser Glu Gly Leu Ser Phe Trp Arg Glu lie 920 925
Trp Leu Ser Ser His Glu Ser Trp Val His Ala Leu Cys Gln Glu Ala 930 935 940
Gly Asn 945
Leu Gly Glu Arg Thr Leu Glu Ser Phe Thr Arg Leu 950 955 960
Leu Glu Asp Pro Thr Thr Leu Asn lie Arg Gly Gly Ala Ser Pro Thr 965 970 975
29/137 wo 2007/047459 PCT/US2006/040134 lie Leu Leu Lys Asp Ala lie Arg Lys Ala Leu Tyr Asp Glu Val Asp 980 985 990
Lys Val Glu Asn Ser Glu Phe Arg Glu Ala lie Leu Leu Ser Lys Thr
995
1000 1005
His Arg Asp Asn Phe lie Leu Phe Leu Thr Ser Val Glu Pro Leu
1010
1015 1020
Phe Pro Arg Phe Leu Ser Qlu Leu Phe Ser Ser Ser . Phe Leu Gly
1025
1030 1035
lie Pro Glu Ser lie lie Gly Leu lie Gln Asn Ser Arg Thr lie
1040
1045 1050
Arg Arg Gln Phe Arg Lys Ser Leu Ser Lys Thr Leu Glu Glu Ser
1055
1060 1065
Phe Tyr Asn Ser Glu lie His Gly lie Ser Arg Met Thr Gln Thr
1070
1075
Pro Gln Arg Val Gly Gly Val Trp Pro Cys Ser Ser Glu Arg Ala
1085
1090 1095
Asp Leu Leu Arg Glu lie Ser Trp Gly Arg Lys Val Val Gly Thr
1100
1105 1110
Thr Val Pro His Pro Ser Glu Met Leu Gly Le-U Leu Pro Lys Ser
1115
1120 1125
Ser lie Ser Cys Thr Cys Qly 1130 1135
Val Ser Val Ser Val Leu Pro 1145 1150
Ala Thr Gly Gly Gly 1140
Ser Phe Asp Gln Ser 1155
Asn
Arg
Phe Phe Ser
Arg Gly Pro Leu Lys Gly Tyr Leu Gly Ser Ser Thr Ser Met Ser
1160
1165
1170
Thr Gln Leu Phe His Ala Trp Glu Lys Val Thr Asn Val His Val
1175
1180
1185
Val Lys Arg Ala Leu Ser Leu Lys Glu Ser lie Asn Trp Phe lie
1190
1195
1200
30/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
Thr Arg Asp Ser Asn Leu Ala Gln Ala Leu lie Arg Asn 工Ie Met 1205 1210 1215
Ser Leu Thr Gly Pro Asp Phe Pro Leu Glu Glu Ala Pro Val Phe 1220 1225 1230
Lys Arg Thr Gly Ser Ala Leu His Arg Phe Lys Ser Ala Arg Tyr 1235 1240 1245
Ser Qlu Gly Gly Tyr Ser Ser Val Cys Pro Asn Leu Leu Ser His 1250 1255 1260
He ser Val Ser Thr Asp Thr Met Ser Asp Leu Thr Gln Asp Gly 1265 1270 1275
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Thr Trp Thr Ser Glu Leu Val Gln Arg Asp Thr Arg Leu Arg Asp 1295 1300 1305
Ser Thr Phe His Trp His Leu Arg Cys Aen Arg Cys Val Arg Pro
1310 1315
1320
lie Abp Asp Val Thr Leu Glu Thr Ser Gln lie Phe Glu Phe Pro
1325 1330
1335
Asp
Val Ser Lys Arg lie Ser Arg Met Val Ser Gly Ala Val Pro
1340 1345
1350
His Phe Gln Arg Leu Pro Asp lie Arg Leu Arg Pro Gly Asp Phe
1355 1360
1365
Glu
Gln
Ser Leu Ser Gly Arg Glu Lys Ser His His lie Gly Ser Ala
1370 1375
1380
Gly Le-u Leu Tyr Ser lie Leu Val Ala lie His Asp Ser Gly
1385 1390
1395
Tyr Asii Asp Gly Thr 工:Le Phe Pro Ala Asn lie Tyr Gly Lys Val
1410
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Ser Pro Arg Asp Tyr Leu Arg Gly Leu Ala Arg Gly Val Leu lie
31/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
1415
1420 1425
Gly ser Ser lie Cys Phe Leu Thr Arg Met Thr Asn lie Asn 工Ie
1430
1435
1440
Asn Arg Pro Leu Glu Leu lie Ser Gly Val Xle Ser Tyr lie Leu
1445
1450
1455
Leu Arg Leu Asp Asn His Pro Ser Leu Tyr lie Met Leu Arg Glu
1460
1465
1470
Pro Ser Leu Arg Gly Glu lie Phe Ser lie Pro Gln Lys lie Pro
1475
1485
Ala Ala Tyr Pro Thr Thr Met Lys Glu Gly Asn Arg Ser lie Leu
1490
1495 1500
Cys Tyr Leu Gln His Val Leu Arg Tyr Glu Arg Glu lie lie Thr
1505
1510 1515
Ala Ser Pro Glu Asn Asp Trp Leu Trp lie Phe Ser Asp Phe Arg
1520
1525 1530
Ser Ala Lys Met Thr Tyr Leu Thr Leu lie Thr Tyr Gln Ser His
1535
1540 1545
Leu Leu Leu Gln Arg Val Glu Arg Asn Leu Ser Lys Ser Met Arg
1550
1555 1560
Asp Asn Leu Arg Gln Leu Ser Ser Leu Met Arg Gln Val Leu Gly
1565
1570 1575
Gly His Gly Glu Asp Thr Leu Glu Ser Asp Asp Asn lie Gln Arg
1580
.1585 1590
Leu Leu Lys Asp Ser Leu Arg Arg Thr Arg Trp Val Asp Qln Glu
1595
1600 1605
Val Arg His Ala Ala Arg Thr Met Thr Gly Asp Tyr Ser Pro Asn
1610
1615 1620
Lys Lys Val Ser Arg Lys Val Gly Cys Ser Glu Trp Val Cys Ser
1625
1630 1635
32/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
Ala Gln Gln Val Ala Val Ser Thr Ser Ala Asn Pro Ala Pro Val
1640
1645
1650
Ser Glu Leu Asp lie Arg Ala Leu Ser Lys Arg Phe Gln Asn Pro
1655
1660
1665
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1670
1675
Tyr Lys Leu Lys Pro lie Leu Asp Asp Leu Asn Val Phe Pro Ser
1685
1690
1695
Leu Cys Leu Val Val Gly Asp Gly Ser Gly Gly lie Ser Arg Ala
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1715
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1730
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1745
1750
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1760
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1775
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1790
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1835
1845
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33/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
Phe Ser Ser Glu Leu Tyr Leu Arg Phe Ser Lys Arg Gly Lys Leu 1865 1870 1875
Phe Arg Asp Ala Glu Tyr Leu Thr Ser Ser Thr Leu Arg Glu Met
Ser Leu Val Leu Phe Asn Cys Ser Ser Pro Lys Ser Glu Met Gin. !895 1900 1905
Arg Ala Arg Ser Leu Asn Tyr Gln Asp Leu Val Arg Gly Phe Pro 1910 1915 1920
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Xle Asp Ser Asp Val Glu Ser Phe Leu Val His Lys Met Val 1940 1945 1950
Leu Glu Leu Gln Arg Gly Thr Leu Ser Lys Val Ala lie lie 1955 I960 1965
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2015
2020 2025
Leu Tyr Asn Arg Pro lie Thr Tyr Tyr Phe Arg Lys Gln Phe lie
2030
2035 2040
Arg Gly Asn Val Tyr Leu Ser Trp Ser Trp Ser Asn Asp Thr Ser
2045
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Val Phe Lys Arg Val Ala Cys Asn Ser Ser Leu Ser Leu Ser Ser
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Arg His Leu
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Arg Ser Arg
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acgcttaaca accagatcaa agaaaaaaca gacattgtca attgcaaagc aaaaatgtaa SO
cacccctaca atggatgccg acaagattgt attcaaagtc aataatcagg tggtctcttt 12 0
gaagcctgag attatcgtgg atcaacatga gtacaagtac cctgccatca aagatttgaa 180
aaagccctgt ataaccctag gaaaggctcc cgatttaaat aaagcataca agtcagtttt 240
gtcaggcatg agcgccgcca aacttgatcc tgacgatgta tgttcctatt tggcagcggc 300
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gtatcgagag gactttcaga tggatgaagg agaggatctt agcttcctgt tccagtcata 1800
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cctggaaaat gttggagtcc aaatagtcag acaaatgagg tcaggagaga gatttctcaa 1860 gatatggtca cagaccgtag aagagattat atcctatgtc gcggtcaact ttcccaaccc 1920 tccaggaaag tcttcagagg ataaatcaac ccagactact ggccgagagc tcaagaagga 1980 gacaacaccc actccttctc agagagaaag ccaatcatcg aaagccagga tggcggctca 2040 aattgcttct ggccctccag cccttgaatg gtcggccacc aatgaagagg atgatctatc 2100 agtggaggct gagatcgctc accagattgc agaaagtttc tccaaaaaat ataagtttcc 2160 ctctcgatcc tcagggatac tcttgtataa ttttgagcaa ttgaaaatga accttgatga 2220 tatagttaaa gaggcaaaaa atgtaccagg tgtgacccgt ttagcccatg acgggtccaa 2280 actcccccta agatgtgtac tgggatgggt cgctttggcc aaccctaaga aattccagtt 2340 gttagtcgaa tccgacaagc tgagtaaaat catgcaagat gacttgaatc gctatacatc 2400 ttgctaaccg aacctctcca ctcagtccct ctagacaata aagtccgaga tgtcctaaag 2460 tcaacatgaa aaaaacaggc aacaccactg ataaaatgaa ctttctacgt aagatagtga 2520 aaaattgcag ggacgaggac actcaaaaac cctctcccgt gtcagcccct ctggatgacg 2580 atgacttgtg gcttccaccc cctgaatacg tcccgctgaa agaacttaca agcaagaaga 2640 acatgaggaa cttttgtatc aacggagggg ttaaagtgtg tagcccgaat ggttactcgt 2700 tcaggatcct gcggcacatt ctgaaatcat tcgacgagat atattctggg aatcatagga 2760 tgatcgggtt agccaaagta gttattggac tggctttgtc aggatctcca gtccctgagg 2820 gcatgaactg ggtatacaaa ttgaggagaa cctttatctt ccagtgggct gattccaggg 2880 gccctcttga aggggaggag ttggaatact ctcaggagat cacttgggat gatgatactg 2940 agttcgtcgg attgcaaata agagtgattg caaaacagtg tcatatccag ggcagaatct 3000 ggtgtatcaa catgaacccg agagcatgtc aactatggtc tgacatgtct cttcagacac 3060 aaaggtccga agaggacaaa gattcctctc tgcttctaga ataatcagat tatatcccgc 3120 aaatttatca cttgtttacc tctggaggag agaacatatg ggctcaactc caacccttgg 3180 gagcaatata acaaaaaaca tgttatggtg ccattaaacc gctgcatttc atcaaagtca 3240 agttgattac ctttacattt tgatcctctt ggatgtgaaa aaaactatta acatccctca 3300 aaagactcaa ggaaagatgg ttcctcaggc tctcctgttt gtaccccttc tggtttttcc 3360 attgtgtttt gggaaattcc ctatttacac gataccagac aagcttggtc cctggagccc 3420 gattgacata catcacctca gctgcccaaa caatttggta gtggaggacg aaggatgcac 3480 caacctgtca gggttctcct acatggaact taaagttgga tacatcttag ccataaaaat 3540
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gaacgggttc acttgcacag gcgttgtgac ggaggctgaa acctatacta acttcgttgg 3600 ttatgtcaca accacgttca aaagaaagca tttccgccca acaccagatg catgtagagc 3660 cgcgtacaac tggaagatgg ccggtgaccc cagatatgaa gagtctctac acaatccgta 3720 ccctgactac cactggcttc gaactgtaaa aaccaccaag gagtctctcg ttatcatatc 3780 tccaagtgtg gcagatttgg acccatatga cagatccctt cactcgaggg tcttccctag 3840 cgggaagtgc tcaggagtag cggtgtcttc tacctactgc tccactaacc acgattacac 3900 catttggatg cccgagaatc cgagactagg gatgtcttgt gacattttta ccaatagtag 3960 ggggaagaga gcatccaaag ggagtgagac ttgcggcttt gtagatgaaa gaggcctata 4020 taagtcttta aaaggagcat gcaaactcaa gttatgtgga gttctaggac ttagacttat 4080 ggatggaaca tgggtcgcga tgcaaacatc aaatgaaacc aaatggtgcc cccccgatca 4140 gttggtgaac ctgcacgact ttcgctcaga cgaaattgag caccttgttg tagaggagtt 4200 ggtcaggaag agagaggagt gtctggatgc actagagtcc atcatgacaa ccaagtcagt 4260 gagtttcaga cgtcccagtc atttaagaaa acttgtccct gggtttggaa aagcatatac 4320 catattcaac aagaccttga tggaagccga tgctcactac aagtcagtca gaacttggaa 4380 tgagatcctc ccttcaaaag ggtgtttaag agttgggggg aggtgtcatc ctcatgtgaa 4440 cggggtgttt ttcaatggta taatattagg acctgacggc aatgtcttaa tcccagagat 4500 gcaatcatcc ctcctccagc aacatatgga gttgttggaa tcctcggtta tcccccttgt 4560 gcaccccctg gcagacccgt ctaccgtttt caaggacggt gacgaggctg aggattttgt 4620 tgaagttcac cttcccgatg tgcacaatca ggtctcagga gttgacttgg gtctcccgaa 4680 ctgggggaag tatgtattac tgágtgcagg ggccctgact gccttgatgt tgataatttt 4740 cctgatgaca tgttgtagaa gagtcaatcg atcagaacct acgcaacaca atctcagagg 4800 gacagggagg gaggtgtcag tcactcccca aagcgggaag atcatatctt catgggaatc 4860 acacaagagt gggggtgaga ccagactgtg aggactggcc gtcctttcaa cgatccaagt 4920 cctgaagatc acctcccctt ggggggttct ttttgaaaaa aacctgggtt caatagtcct 4980 cctcgaactc catgcaactg ggtagattca agagtcatga gattttcatt aatcctctca 5040 gttgatcaag caagatcatg tagattctca taatagggga gatcttctag cagtttcagt 5100 gactaacggt actttcattc tccaggaact gacaccaaca gtfcgtagaca aaccacgggg 5160 tgtctcgggt gactctgtgc ttgggcacag acaaaggtca tggtgtgttc catgatagcg 5220 gactcaggat gagttaattg agagaggcag tcttcctccc gtgaaggaca taagcagtag 5280 ctcacaatca tcccgcgtct cagcaaagtg tgcataatta taaagtgctg ggtcatctaa 5340
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<220> <221> mise feature <222 > (5416) .. (11796) <400> 8 acgcttaaca accagatcaa agaaaaaaca gacattgtca attgcaaagc aaaaatgtaa 60 cacccctaca atggatgccg acaagattgt attcaaagtc aataatcagg tggtctcttt 120 gaagcctgag attatcgtgg atcaacatga gtacaagtac cctgccatca aagatttgaa 180 aaagccctgt ataaccctag gaaaggctcc cgatttaaat aaagcataca agtcagtttt 240 gtcaggcatg agcgccgcca aacttgatcc tgacgatgta tgttcctatt tggcagcggc 300 aatgcagttt tttgagggga catgtccgga agactggacc agctatggaa tcgtgattgc 360 acgaaaagga gataagatca ccccaggttc tctggtggag ataaaacgta ctgatgtaga 420 agggaattgg gctctgacag gaggcatgga actgacaaga gaccccactg tccctgagca 480 tgcgtcctta gtcggtcttc tcttgagtct gtataggttg agcaaaatat ccgggcaaaa 540 cactggtaac tataagacaa acattgcaga caggatagag cagatttttg agacagcccc 600 ttttgttaaa atcgtggaac accatactct aatgacaact cacaaaatgt gtgctaattg 660 gagtactata ccaaacttca gatttttggc cggaacctat gacatgtttt tctcccggat 720 tgagcatcta tattcagcaa tcagagtggg cacagttgtc actgcttatg aagactgttc 780 aggactggta tcatttactg ggttcataaa acaaatcaat ctcaccgcta gagaggcaat 840 actatatttc ttccacaaga actttgagga agagataaga agaatgtttg agccagggca 900 ggagacagct gttcctcact cttatttcat ccacttccgt tcactaggct tgagtgggaa 960 atctccttat tcatcaaatg ctgttggtca cgtgttcaat ctcattcact ttgtaggatg 1020 ctatatgggt caagtcagat ccctaaatgc aacggttatt gctgcatgtg ctcctcatga 1080 aatgtctgtt ctagggggct atctgggaga ggaattcttc gggaaaggga catttgaaag 1140 aagattcttc agagatgaga aagaacttca agaatacgag gcggctgaac tgacaaagac 1200 tgacgtagca ctggcagatg atggaactgt caactctgac gacgaggact acttctcagg 1260 tgaaaccaga agtccggagg ctgtttatac tcgaatcatg atgaatggag gtcgactaaa 1320
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gagatctcac atacggagat atgtctcagt cagttccaat catcaagccc gtccaaactc 1380 attcgccgag tttctaaaca agacatattc gagtgactca taagaagttg aacaacaaaa 1440 tgccggaaat ctacggattg tgtatatcca tcatgaaaaa aactaacacc cctcctttcg 15 0 0 aaccatccca aacatgagca agatctttgt caatcctagt gctattagag ccggtctggc 1560 cgatcttgag atggctgaag aaactgttga tctgatcaat agaaatatcg aagacaatca 1620 ggctcatctc caaggggaac ccatagaagt ggacaatctc cctgaggata tggggcgact 1680 tcacctggat gatggaaaat cgcccaaccc tggtgagatg gccaaggtgg gagaaggcaa 1740 gtatcgagag gactttcaga tggatgaagg agaggatctt agcttcctgt tccagtcata 1800 cctggaaaa.t gttggagtcc aaatagtcag acaaatgagg tcaggagaga gatttctcaa 1860 gatatggtca cagaccgtag aagagattat atcctatgtc gcggtcaact ttcccaaccc 1920 tccaggaaag tcttcagagg ataaatcaac ccagactact ggccgagagc tcaagaagga 1980 gacaacaccc actccttctc agagagaaag ccaatcatcg aaagccagga tggcggctca 2040 aattgcttct ggccctccag cccttgaatg gtcggccacc aatgaagagg atgatctatc 2100 agtggaggct gagatcgctc accagattgc agaaagtttc tccaaaaaat ataagtttcc 2160 ctctcgatcc tcagggatac tcttgtataa ttttgagcaa ttgaaaatga accttgatga 2220 tatagttaaa gaggcaaaaa atgtaccagg tgtgacccgt ttagcccatg acgggtccaa 2280 actcccccta agatgtgtac tgggatgggt cgctttggcc aaccctaaga aattccagtt 2340 gttagtcgaa tccgacaagc tgagtaaaat catgcaagat gacttgaatc gctatacatc 2400 ttgctaaccg aacctctcca ctcagtccct ctagacaata aagtccgaga tgtcctaaag 2460 tcaacatgaa aaaaacaggc aacaccactg ataaaatgaa ctttctacgt aagatagtga 2520 aaaattgcag ggacgaggac actcaaaaac cctctcccgt gtcagcccct ctggatgacg 2580 atgacttgtg gcttccaccc cctgaatacg tcccgctgaa agaacttaca agcaagaaga 2640 acatgaggaa cttttgtatc aacggagggg ttaaagtgtg tagcccgaat ggttactcgt 2700 tcaggatcct gcggcacatt ctgaaatcat tcgacgagat atattctggg aatcatagga 27 60 tgatcgggtt agccaaagta gttattggac tggctttgtc aggatctcca gtccctgagg 2820 gcatgaactg ggtatacaaa ttgaggagaa cctttatctt ccagtgggct gattccaggg 2880 gccctcttga aggggaggag ttggaatact ctcaggagat cacttgggat gatgatactg 2940 agttcgtcgg attgcaaata agagtgattg caaaacagtg tcatatccag ggcagaatct 3000 ggtgtatcaa catgaacccg agagcatgtc aactatggtc tgacatgtct cttcagacac 3060
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aaaggtccga agaggacaaa gattcctctc tgcttctaga ataatcagat tatatcccgc 3120 aaatttatca cttgtttacc tctggaggag agaacatatg ggctcaactc caacccttgg 3180 gagcaatata acaaaaaaca tgttatggtg ccattaaacc gctgcatttc atcaaagtca 3240 agttgattac ctttacattt tgatcctctt ggatgtgaaa aaaactatta acatccctca 3300 aaagactcaa ggaaagatgg ttcctcaggc tctcctgttt gtaccccttc tggtttttcc 3360 attgtgtttt gggaaattcc ctatttacac gataccagac aagcttggtc cctggagccc 3420 gattgacata catcacctca gctgcccaaa caatttggta gtggaggacg aaggatgcac 3480 caacctgtca gggttctcct acatggaact taaagttgga tacatcttag ccataaaaat 3540 gaacgggttc acttgcacag gcgttgtgac ggaggctgaa acctatacta acttcgttgg 3600 ttatgtcaca accacgttca aaagaaagca tttccgccca acaccagatg catgtagagc 3660 cgcgtacaac tggaagatgg ccggtgaccc cagatatgaa gagtctctac acaatccgta 3720 ccctgactac cactggcttc gaactgtaaa aaccaccaag gagtctctcg ttatcatatc 3780 tccaagtgtg gcagatttgg acccatatga cagatccctt cactcgaggg tcttccctag 3840 cgggaagtgc tcaggagtag cggtgtcttc tacctactgc tccactaacc acgattacac 3900 catttggatg cccgagaatc cgagactagg gatgtcttgt gacattttta ccaatagtag 3960 ggggaagaga gcatccaaag ggagtgagac ttgcggcttt gtagatgaaa gaggcctata 4020 taagtcttta aaaggagcat gcaaactcaa gttatgtgga gttctaggac ttagacttat 4080 ggatggaaca tgggtcgcga tgcaaacatc aaatgaaacc aaatggtgcc cccccgatca 4140 gttggtgaac ctgcacgact ttcgctcaga cgaaattgag caccttgttg tagaggagtt 4200 ggtcaggaag agagaggagt gtctggatgc actagagtcc atcatgacaa ccaagtcagt 4260 gagtttcaga cgtcccagtc atttaagaaa acttgtccct gggtttggaa aagcatatac 4320 catattcaac aagaccttga tggaagccga tgctcactac aagtcagtcg agacttggaa 4380 tgagatcctc ccttcaaaag ggtgtttaag agttgggggg aggtgtcatc ctcatgtgaa 4440 cggggtgttt ttcaatggta taatattagg acctgacggc aatgtcttaa tcccagagat 4500 gcaatcatcc ctcctccagc aacatatgga gttgttggaa tcctcggtta tcccccttgt 4560 gcaccccctg gcagacccgt ctaccgtttt caaggacggt gacgaggctg aggattttgt 4620 tgaagttcac cttcccgatg tgcacaatca ggtctcagga gttgacttgg gtctcccgaa 4680 ctgggggaag tatgtattac tgagtgcagg ggccctgact gccttgatgt tgataatttt 4740 cctgatgaca tgttgtagaa gagtcaatcg atcagaacct acgcaacaca atctcagagg 4800 gacagggagg gaggtgtcag tcactcccca aagcgggaag atcatatctt catgggaatc 4860
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acacaagagt gggggtgaga ccagactgtg aggactggcc gtcctttcaa ctatccaagt 4920 cctgaagatc acctcccctt ggggggttct ttttgaaaaa aacctgggtt caatagtcct 4980 cctcgaactc catgcaactg ggtagattca agagtcatga gattttcatt aatcctctca 5040 gttgatcaag caagatcatg tagattctca taatagggga gatcttctag cagtttcagt 5100 gactaacggt actttcattc tccaggaact gacaccaaca gttgtagaca aaccacgggg 5160 tgtctcgggt gactctgtgc ttgggcacag acaaaggtca tggtgtgttc catgatagcg 5220 gactcaggat gagttaattg agagaggcag tcttcctccc gtgaaggaca taagcagtag 5280 ctcacaatca tcccgcgtct cagcaaagtg tgcataatta taaagtgctg ggtcatctaa 5340 gcttttcagt cgagaaaaaa acattagatc agaagaacaa ctggcaacac ttctcaacct 5400 gagacctact tcaagatgct cgatcctgga gaggtctatg atgaccctat tgacccaatc 5460 gagttagagg atgaacccag aggaaccccc actgtcccca acatcttgag gaactctgac 5520 tacaatctca actctccttt gatagaagat cctgctagac taatgttaga atggttaaaa 5580 acagggaata gaccttatcg gatgactcta acagacaatt gctccaggtc tttcagagtt 5640 ttgaaagatt atttcaagaa ggtagatttg ggttctctca aggtgggcgg aatggctgca 5700 cagtcaatga tttctctctg gttatatggt gcccactctg aatccaacag gagccggaga 5760 tgtataacag acttggccca tttctattcc aagtcgtccc ccatagagaa gctgttgaat 5820 ctcacgctag gaaatagagg gctgagaatc cccccagagg gagtgttaag ttgccttgag 5880 agggttgatt atgataatgc atttggaagg tatcttgcca acacgtattc ctcttacttg 5940 ttcttccatg taatcacctt atacatgaac gccctagact gggatgaaga aaagaccatc 6000 ctagcattat ggaaagattt aacctcagtg gacatcggga aggacttggt aaagttcaaa 6060 gaccaaatat ggggactgcc gatcgtgaca aaggactttg tttactccca aagttccaat 6120 tgtctttttg acagaaacta cacacttatg ctaaaagaac ttttcttgtc tcgcttcaac 6180 tccttaatgg tcttgctctc tcccccagag ccccgatact cagatgactt gatatctcaa 6240 ctatgccagc tgtacattgc tggggatcaa gtcttgtcta tgtgtggaaa ctccggctat 6300 gaagtcatca aaatattgga gccatatgtc gtgaatagtt tagtccagag agcagaaaag 6360 tttaggcctc tcattcattc cttgggagac tttcctgtat ttataaaaga caaggtaagt 6420 caacttgaag agacgttcgg tccctgtgca agaaggttct ttagggctct ggatcaattc 6480 gacaacatac atgacttggt ttttgtgtat ggctgttaca ggcattgggg gcacccatat 6540 atagattatc gaaagggtct gtcaaaacta tatgatcagg ttcacattaa aaaagtgata 6600
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gataagtcct accaggagtg cttagcaagc gacctagcca ggaggatcct tagatggggt 6660 tttgataagt actccaagtg gtatctggat tcaagattcc tagcccgaga ccaccccttg 6720 actccttata tcaaaaccca aacatggcca cccaaacata ttgtagactt ggtggçggat 6780 acatggcaca agctcccgat cacgcagatc tttgagattc ctgaatcaat ggatccgtca 6840 gaaatattgg atgacaaatc acattctttc accagaacga gactagcttc ttggctgtca 6900 gaaaaccgag ggggacctgt tcctagcgaa aaagttatta tcacggccct gtctaagccg 6960 cctgtcaatc cccgagagtt tctgaggtct atagacctcg gaggattgcc agatgaagac 7020 ttgataattg gcctcaagcc aaaggaacgg gaattgaaga ttgaaggtcg attctttgct 7080 ctaatgtcat ggaatctaag attgtatttt gtcatcactg aaaaactctt ggccaactac 7140 atcttgccac tttttgacgc gctgactatg acagacaacc tgaacaaggt gtttaaaaag 7200 ctgatcgaca gggtcaccgg gcaagggctt ttggactatt caagggtcac atatgcattt 7260 cacctggact atgaaaagtg gaacaaccat caaagattag agtcaacaga ggatgtattt 7320 tctgtcctag atcaagtgtt tggattgaag agagtgtttt ctagaacaca cgagtttttt 7380 caaaaggcct ggatctatta ttcagacaga tcagacctca tcgggttacg ggaggatcaa 7440 atatactgct tagatgcgtc caacggccca acctgttgga atggccagga tggcgggcta 7500 gaaggcttac ggcagaaggg ctggagtcta gtcagcttat tgatgataga tagagaatct 7560 caaatcagga acacaagaac caaaatacta gctcaaggag acaaccaggt tttatgtccg 7620 acatatatgt tgtcgccagg gctatctcaa gaggggctcc tctatgaatt ggagagaata 7680 tcaaggaatg cactttcgat atacagagcc gtcgaggaag gggcatctaa gctagggctg 7740 atcatcaaga aagaagagac catgtgtagt tatgacttcc tcatctatgg aaaaacccct 7800 ttgtttagag gtaacatatt ggtgcctgag tccaaaagat gggccagagt ctcttgcgtc 7860 tctaatgacc aaatagtcaa cctcgccaat ataatgtcga cagtgtccac caatgcgcta 7920 acagtggcac aacactctca atctttgatc aaaccgatga gggattttct gctcatgtca 7980 gtacaggcag tctttcacta cctgctattt agcccaatct taaagggaag agtttacaag 8040 attctgagcg ctgaagggga tagctttctc ctagccatgt caaggataat ctatctagat 8100 ccttctttgg gaggggtatc tggaatgtcc ctcggaagat tccatatacg acagttctca 8160 gaccctgtct ctgaagggtt atccttctgg agagagatct ggttaagctc ccacgagtcc 8220 tggattcacg cgttgtgtca agaggctgga aacccagatc ttggagagag aacactcgag 8280 agcttcactc gccttctaga agatcctacc accttaaata tcagaggagg ggccagtcct 8340 accattctac tcaaggatgc aatcagaaag gctttatatg acgaggtgga caaggtggag 8400
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cacccctaca atggatgccg acaagattgt attcaaagtc aataatcagg tggtctcttt 120
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gttagtcgaa tccgacaagc tgagtaaaat catgcaagat gacttgaatc gctatacatc 2400 ttgctaaccg aacctctcca ctcagtccct ctagacaata aagtccgaga tgtcctaaag 2460 tcaacatgaa aaaaacaggc aacaccactg ataaaatgaa ctttctacgt aagatagtga 2520 aaaattgcag ggacgaggac actcaaaaac cctctcccgt gtcagcccct ctggatgacg 2580 atgacttgtg gcttccaccc cctgaatacg tcccgctgaa agaacttaca agcaagaaga 2640 acatgaggaa cttttgtatc aacggagggg ttaaagtgtg tagcccgaat ggttactcgt 2700 tcaggatcct gcggcacatt ctgaaatcat tcgacgagat atattctggg aatcatagga 2760 tgatcgggtt agtcaaagta gttattggac tggctttgtc aggatctcca gtccctgagg 2820 gcatgaactg ggtatacaaa ttgaggagaa cctttatctt ccagtgggct gattccaggg 2880 gccctcttga aggggaggag ttggaatact ctcaggagat cacttgggat gatgatactg 2940 agttcgtcgg attgcaaata agagtgattg caaaacagtg tcatatccag ggcagaatct 3000 ggtgtatcaa catgaacccg agagcatgtc aactatggtc tgacatgtct cttcagacac 3060 aaaggtccga agaggacaaa gattcctctc tgcttctaga ataatcagat tatatcccgc 3120 aaatttatca cttgtttacc tctggaggag agaacatatg ggctcaactc caacccttgg 3180 gagcaatata acaaaaaaca tgttatggtg ccattaaacc gctgcatttc atcaaagtca 3240 agttgattac ctttacattt tgatcctctt ggatgtgaaa aaaactatta acatccctca 3300 aaagactcaa ggaaagatgg ttcctcaggc tctcctgttt gtaccccttc tggtttttcc 3360 attgtgtttt gggaaattcc ctatttacac gataccagac aagcttggtc cctggagccc 3420 gattgacata catcacctca gctgcccaaa caatttggta gtggaggacg aaggatgcac 3480 caacctgtca gggttctcct acatggaact taaagttgga tacatcttag ccataaaaat 3540 gaacgggttc acttgcacag gcgttgtgac ggaggctgaa acctacacta acttcgttgg 3600 ttatgtcaca accacgttca aaagaaagca tttccgccca acaccagatg catgtagagc 3660 cgcgtacaac tggaagatgg ccggtgaccc cagatatgaa gagtctctac acaatccgta 3720 ccctgactac cactggcttc gaactgtaaa aaccaccaag gagtctctcg ttatcatatc 3780 tccaagtgtg gcagatttgg acccatatga cagatccctt cactcgaggg tcttccctag 3840 cgggaagtgc tcaggagtag cggtgtcttc tacctactgc tccactaacc acgattacac 3900 catttggatg cccgagaatc cgagactagg gatgtcttgt gacattttta ccaatagtag 3960 agggaagaga gcatccaaag ggagtgagac ttgcggcttt gtagatgaaa gaggcctata 4020 taagtcttta aaaggagcat gcaaactcaa gttatgtgga gttctaggac ttagacttat 4080 ggatggaaca tgggtcgcga tgcaaacatc aaatgaaacc aaatggtgcc ctcccgatca 4140
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gttggtgaac ctgcacgact ttcgctcaga cgaaattgag caccttgttg tagaggagtt 4200 ggtcaggaag agagaggagt gtctggatgc actagagtcc atcatgacaa ccaagtcagt 4260 gagtttcaga cgtctcagtc atttaagaaa acttgtccct gggtttggaa aagcatatac 4320 catattcaac aagaccttga tggaagccga tgctcactac aagtcagtca gaacttggaa 4380 tgagatcctc ccttcaaaag ggtgtttaag agttgggggg aggtgtcatc ctcatgtgaa 4440 cggggtgttt ttcaatggta taatattagg acctgacggc aatgtcttaa tcccagagat 4500 gcaatcatcc ctcctccagc aacatatgga gttgttggaa tcctcggtta tcccccttgt 4560 gcaccccctg gcagacccgt ctaccgtttt caaggacggt gacgaggctg aggattttgt 4620 tgaagttcac cttcccgatg tgcacaatca ggtctcagga gttgacttgg gtctcccgaa 4680 ctgggggaag tatgtattac tg^gtgcagg ggccctgact gccttgatgt tgataatttt 4740 cctgatgaca tgttgtagaa gagtcaatcg atcagaacct acgcaacaca atctcagagg 4800 gacagggagg gaggtgtcag tcactcccca aagcgggaag atcatatctt catgggaatc 4860 acacaagagt gggggtgaga ccagactgtg aggactggcc gtcctttcaa ctatccaagt 4920 cctgaagatc acctcccctt ggggggttca tcatgaaaaa aactaacacc cctcctttcg 4980 ctgcaggatg gttcctcagg ctctcctgtt tgtacccctt ctggtttttc cattgtgttt 5040 tgggaaattc cctatttaca cgataccaga caagcttggt ccctggagcc cgattgacat 5100 acatcacctc agctgcccaa acaatttggt agtggaggac gaaggatgca ccaacctgtc 5160 agggttctcc tacatggaac ttaaagttgg atacatctta gccataaaaa tgaacgggtt 5220 cacttgcaca ggcgttgtga cggaggctga aacctacact aacttcgttg gttatgtcac 5280 aaccacgttc aaaagaaagc atttccgccc aacaccagat gcatgtagag ccgcgtacaa 5340 ctggaagatg gccggtgacc ccagatatga agagtctcta cacaatccgt accctgacta 5400 ccactggctt cgaactgtaa aaaccaccaa ggagtctctc gttatcatat ctccaagtgt 5460 ggcagatttg gacccatatg acagatccct tcactcgagg gtcttcccta gcgggaagtg 5520 ctcaggagta gcggtgtctt ctacctactg ctccactaac cacgattaca ccatttggat 5580 gcccgagaat ccgagactag ggatgtcttg tgacattttt accaatagta gagggaagag 5640 agcatccaaa gggagtgaga cttgcggctt tgtagatgaa agaggcctat ataagtcttt 5700 aaaaggagca tgcaaactca agttatgtgg agttctagga cttagactta tggatggaac 5760 atgggtcgcg atgcaaacat caaatgaaac caaatggtgc cctcccgatc agttggtgaa 5820 cctgcacgac tttcgctcag acgaaattga gcaccttgtt gtagaggagt tggtcaggaa 5880
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gagagaggag tgtctggatg cactagagtc catcatgaca accaagtcag tgagtttcag 5940 acgtctcagt catttaagaa aacttgtccc tgggtttgga aaagcatata ccatattcaa 6000 caagaccttg atggaagccg atgctcacta caagtcagtc agaacttgga atgagatcct 6060 cccttcaaaa gggtgtttaa gagttggggg gaggtgtcat cctcatgtga acggggtgtt 6120 tttcaatggt ataatattag gacctgacgg caatgtctta atcccagaga tgcaatcatc 6180 cctcctccag caacatatgg agttgttgga atcctcggtt atcccccttg tgcaccccct 6240 ggcagacccg tctaccgttt tcaaggacgg tgacgaggct gaggattttg ttgaagttca 6300 ccttcccgat gtgcacaatc aggtctcagg agttgacttg ggtctcccga actgggggaa 6360 gtatgtatta ctgagtgcag gggccctgac tgccttgatg ttgataattt . tcctgatgac 6420 atgttgtaga agagtcaatc gatcagaacc tacgcaacac aatctcagag ggacagggag 6480 ggaggtgtca gtcactcccc aaagcgggaa gatcatatct tcatgggaat cacacaagag 6540 tgggggtgag accagactgt gaggtaccgt cgagaaaaaa acattagatc agaagaacaa 6600 ctggcaacac ttctcaacct gagacctact tcaagatgct cgatcctgga gaggtctatg 6660 atgaccctat tgacccaatc gagttagagg atgaacccag aggaaccccc actgtcccca 6720 acatcttgag gaactctgac tacaatctca actctccttt gatagaagat cctgctagac 6780 taatgttaga atggttaaaa acagggaata gaccttatcg gatgactcta acagacaatt 6840 gctccaggtc tttcagagtt ttgaaagatt atttcaagaa ggtagatttg ggttctctca 6900 aggtgggcgg aatggctgca cagtcaatga tttctctctg gttatatggt gcccactctg 6960 aatccaacag gagccggaga tgtataacag acttggccca tttctattcc aagtcgtccc 7020 ccatagagaa gctgttgaat ctcacgctag gaaatagagg gctgagaatc cccccagagg 7080 gagtgttaag ttgccttgag agggttgatt atgataatgc atttggaagg tatcttgcca 7140 acacgtattc ctcttacttg ttcttccatg taatcacctt atacatgaac gccctagact 7200 gggatgaaga aaagaccatc ctagcattat ggaaagattt aacctcagtg gacatcggga 7260 aggacttggt aaagttcaaa gaccaaatat ggggactgct gatcgtgaca aaggactttg 7320 tttactccca aagttccaat tgtctttttg acagaaacta cacacttatg ctaaaagatc 7380 ttttcttgtc tcgcttcaac tccttaatgg tcttgctctc tcccccagag ccccgatact 7440 cagatgactt gatatctcaa ctatgccagc tgtacattgc tggggatcaa gtcttgtcta 7500 tgtgtggaaa ctccggctat gaagtcatca aaatattgga gccatatgtc gtgaatagtt 7560 tagtccagag agcagaaaag tttaggcctc tcattcattc cttgggagac tttcctgtat 7620 ttataaaaga caaggtaagt caacttgaag agacgttcgg tccctgtgca agaaggttct 7680
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ttagggctct ggatcaattc gacaacatac atgacttggt ttttgtgtat ggctgttaca 7740 ggcattgggg gcacccatat atagattatc gaaagggtct gtcaaaacta tatgatcagg 7800 ttcacattaa aaaagtgata gataagtcct accaggagtg cttagcaagc gacctagcca 7860 ggaggatcct tagatggggt tttgataagt actccaagtg gtatctggat tcaagattcc 7920 tagcccgaga ccaccccttg actccttata tcaaaaccca aacatggcca cccaaacata 7980 ttgtagactt ggtgggggat acatggcaca agctcccgat cacgcagatc tttgagattc 8040 ctgaatcaat ggatccgtca gaaatattgg atgacaaatc acattctttc accagaacga 8100 gactagcttc ttggctgtca gaaaaccgag ggggacctgt tcctagcgaa aaagttatta 8160 tcacggccct gtctaagccg cctgtcaatc cccgagagtt tctgaggtct atagacctcg 8220 gaggattgcc agatgaagac ttgataattg gcctcaagcc aaaggaacgg gaattgaaga 8280 ttgaaggtcg attctttgct ctaatgtcat ggaatctaag attgtatttt gtcatcactg 8340 aaaaactctt ggccaactac atcttgccac tttttgacgc gctgactatg acagacaacc 8400 tgaacaaggt gtttaaaaag ctgatcgaca gggtcaccgg gcaagggctt ttggactatt 8460 caagggtcac atatgcattt cacctggact atgaaaagtg gaacaaccat caaagattag 8520 agtcaacaga ggatgtattt tctgtcctag atcaagtgtt tggattgaag agagtgtttt 8580 ctagaacaca cgagtttttt caaaaggcct ggatctatta ttcagacaga tcagacctca 8640 tcgggttacg ggaggatcaa atatactgct tagatgcgtc caacggccca acctgttgga 8700 atggccagga tggcgggcta gaaggcttac ggcagaaggg ctggagtcta gtcagcttat 8760 tgatgataga tagagaatct caaatcagga acacaagaac caaaatacta gctcaaggag 8820 acaaccaggt tttatgtccg acatatatgt tgtcgccagg gctatctcaa gaggggctcc 8880 tctatgaatt ggagagaata tcaaggaatg cactttcgat atacagagcc gtcgaggaag 8940 gggcatctaa gctagggctg atcatcaaga aagaagagac catgtgtagt tatgacttcc 9000 tcatctatgg aaaaacccct ttgtttagag gtaacatatt ggtgcctgag tccaaaagat 9060 gggccagagt ctcttgcgtc tctaatgacc aaatagtcaa cctcgccaat ataatgtcga 9120 cagtgtccac caatgcgcta acagtggcac aacactctca atctttgatc aaaccgatga 9180 gggattttct gctcatgtca gtacaggcag tctttcacta cctgctattt agcccaatct 9240 taaagggaag agtttacaag attctgagcg ctgaagggga tagctttctc ctagccatgt 9300 caaggataat ctatctagat ccttctttgg gaggggtatc tggaatgtcc ctcggaagat 9360 tccatatacg acagttctca gaccctgtct ctgaagggtt atccttctgg agagagatct 9420
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ccggatactc ctggaagcct gcccatgcta agactcttgt gtgatgtatc ttgaaaaaaa 13080
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actcccccta agatgtgtac tgggatgggt cgctttggcc aactctaaga aattccagtt 2340
gttagtcgaa tccgacaagc tgagtaaaab catgcaagat gacttgaatc gctatacatc 2400
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67/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
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atgacttgtg gcfctccaccc cctgaatacg tcccgctgaa agaacttaca agcaagaaga 2640
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catattcaac aagaccttga tggaagcega tgctcactac aagtcagtcg agacttggaa 4380 tgagatcctc ccttcaaaag ggtgtttaag agttgggggg aggtgtcatc ctcatgtgaa 4440 cggggtgttt ttcaatggta taatattagg acctgacggc aatgtcttaa tcccagagat 4500 gcaatcatcc ctcctccagc aaeatatgga gttgttggaa tcctcggtta tcccccttgt 4560 gcaccccctg gcagacecgt etacegtttt caaggacggt gacgaggctg aggattttgt 4620 tgaagttcac ettcccgatg tgeaeaatca ggtctcagga gttgacttgg gtctcccgaa 4680 ctgggggaag tatgtattac tgagtgcagg ggccctgact gccttgatgt tgataatttt 4740 cctgatgaca tgttgtagaa gagtcaatcg atcagaacct acgcaacaca atctcagagg 4800 gacagggagg gaggtgtcag tcactcccca aagcgggaag atcatatctt catgggaatc 4860 acacaagagt gggggtgaga ccagactgtg aggactggcc gtcctttcaa ctatccaagt 4920 cctgaagatc acetcccctt ggggggttca tcatgaaaaa aactaacacc cctcctttcg 4980 ctgcaggatg gttcctcagg ctctcctgtt tgtacccctt ctggtttttc cattgtgttt 5040 tgggaaattc cctatttaca cgataccaga caagcttggt ccctggagcc cgattgacat 5100 acatcacctc agctgeceaa acaatttggt agtggaggac gaaggatgca ccaacctgtc 5160 agggttctcc taeatggaae ttaaagttgg atacatctta gccataaaaa tgaacgggtt 5220 cacttgcaca ggcgttgtga cggaggctga aacctacact aacttcgttg gttatgtcac 5280 aaccacgttc aaaagaaagc atttccgccc aacaccagat gcatgtagag ccgcgtacaa 5340 ctggaagatg gccggtgacc ccagatatga agagtctcta cacaatccgt accctgacta 5400 ccactggctt egaaetgtaa aaaccaccaa ggagtetctc gttatcatat ctccaagtgt 5460 ggcagatttg gacccatatg acagatccct tcactcgagg gtcttcccta gcgggaagtg 5520 ctcaggagta geggtgtctt ctacctactg ctccactaac cacgattaca ccatttggat 5580 gcccgagaat ccgagactag ggatgtcttg tgacattttt accaatagta gagggaagag 5640 agcatccaaa gggagtgaga cttgcggctt tgtagatgaa agaggcctat ataagtcttt 5700 aaaaggagca tgcaaaetea agttatgtgg agttctagga cttagactta tggatggaac 5760 atgggtcgcg atgeaaacat caaatgaaac caaatggtgc cctcccgatc agttggtgaa 5820 cctgcacgac tttcgcteag acgaaattga gcaccttgtt gtagaggagt tggtcaggaa 5880 gagagaggag tgtctggatg eactagagtc catcatgaca accaagtcag tgagtttcag 5940 acgtctcagt catttaagaa aacttgtccc tgggtttgga aaagcatata ccatattcaa 5000 caagaccttg atggaagccg atgctcacta caagtcagtc gagacttgga atgagatcct 6060 cccttcaaaa gggtgtttaa gagttggggg gaggtgtcat cctcatgtga acggggtgtt 6120
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tttcaatggt ataatattag gacctgacgg caatgtctta atcccagaga tgcaatcatc 6180 cctcctccag caacatatgg agttgttgga atcctcggtt atcccccttg tgcaccccct 6240 ggcagacccg tctaccgttt tcaaggacgg tgacgaggct gaggattttg ttgaagttca 6300 ccttcccgat gtgcacaatc aggtctcagg agttgacttg ggtctcccga actgggggaa 6360 gtatgtatta ctgagtgcag gggccctgac tgccttgatg ttgataattt tcctgatgac 6420 atgttgtaga agagtcaatc gatcagaacc tacgcaacac aatctcagag ggacagggag 6480 ggaggtgtca gtcactcccc aaagcgggaa gatcatatct tcatgggaat cacacaagag 6540 tgggggtgag accagactgt gaggtaccgt cgagaaaaaa acattagatc agaagaacaa 6600 ctggcaacac ttctcaacct gagacctact tcaagatgct cgatcctgga gaggtctatg 6660 atgaccctat tgacccaatc gagttagagg atgaacccag aggaaccccc actgtcccca 6720 acatcttgag gaactctgac tacaatctca actctccttt gatagaagat cctgctagac 6780 taatgttaga atggttaaaa acagggaata gaccttatcg gatgactcta acagacaatt 6840 gctccaggtc tttcagagtt ttgaaagatt atttcaagaa ggtagatttg ggttctctca 6900 aggtgggcgg aatggctgca cagtcaatga tttctctctg gttatatggt gcccactctg 6960 aatccaacag gagccggaga tgtataacag acttggccca tttctattcc aagtcgtccc 7020 ccatagagaa gctgttgaat ctcacgctag gaaatagagg gctgagaatc cccccagagg 7080 gagtgttaag ttgccttgag agggttgatt atgataatgc atttggaagg tatcttgcca 7140 acacgtattc ctcttacttg ttcttccatg taatcacctt atacatgaac gccctagact 7200 gggatgaaga aaagaccatc ctagcattat ggaaagattt aacctcagtg gacatcggga 7260 aggacttggt aaagttcaaa gaccaaatat ggggactgct gatcgtgaca aaggactttg 7320 tttactccca aagttccaat tgtctttttg acagaaacta cacacttatg ctaaaagatc 7380 ttttcttgtc tcgcttcaac tccttaatgg tcttgctctc tcccccagag ccccgatact 7440 cagatgactt gatatctcáa ctatgccagc tgtacattgc tggggatcaa gtcttgtcta 7500 tgtgtggaaa ctccggctat gaagtcatca aaatattgga gccatatgtc gtgaatagtt 7560 tagtccagag agcagaaaag tttaggcctc tcattcattc cttgggagac tttcctgtat 7620 ttataaaaga caaggtaagt caacttgaag agacgttcgg tccctgtgca agaaggttct 7680 ttagggctct ggatcaattc gacaacatac atgacttggt ttttgtgtat ggctgttaca 7740 ggcattgggg gcacccatat atagattatc gaaagggtct gtcaaaacta tatgatcagg 7800 ttcacattaa aaaagtgata gataagtcct accaggagtg cttagcaagc gacctagcca 7860
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ccctcaaaag actcaaggaa agatggttcc tcaggctctc ctgtttgtac cccttctggt 4980 ttttccattg tgttttggga aattccctat ttacacgata ccagacaagc ttggtccctg 5040 gagcccgatt gacatacatc acctcagctg cccaaacaat ttggtagtgg aggacgaagg 5100 atgcaccaac ctgtcagggt tctcctacat ggaacttaaa gttggataca tcttagccat 5160 aaaaatgaac gggttcactt gcacaggcgt tgtgacggag gctgaaacct acactaactt 5220 cgttggttat gtcacaacca cgttcaaaag aaagcatttc cgcccaacac cagatgcatg 5280 tagagccgcg tacaactgga agatggccgg tgaccccaga tatgaagagt ctctacacaa 5340 tccgtaccct gactaccact ggcttcgaac tgtaaaaacc accaaggagt ctctcgttat 5400 catatctcca agtgtggcag atttggaccc atatgacaga tcccttcact cgagggtctt 5460 ccctagcggg aagtgctcag gagtagcggt gtcttctacc tactgctcca ctaaccacga 5520 ttacaccatt tggatgcccg agaatccgag actagggatg tcttgtgaca tttttaccaa 5580 tagtagaggg aagagagcat ccaaagggag tgagacttgc ggctttgtag atgaaagagg 5640 cctatataag tctttaaaag gagcatgcaa actcaagtta tgtggagttc taggacttag 5700 acttatggat ggaacatggg tcgcgatgca aacatcaaat gaaaccaaat ggtgccctcc 5760 cgatcagttg gtgaacctgc acgactttcg ctcagacgaa attgagcacc ttgttgtaga 5820 ggagttggtc aggaagagag aggagtgtct ggatgcacta gagtccatca tgacaaccaa 5880 gtcagtgagt ttcagacgtc tcagtcattt aagaaaactt gtccctgggt ttggaaaagc 5940 atataccata ttcaacaaga ccttgatgga agccgatgct cactacaagt cagtcagaac 6000 ttggaatgag atcctccctt caaaagggtg tttaagagtt ggggggaggt gtcatcctca 6060 tgtgaacggg gtgtttttca atggtataat attaggacct gacggcaatg tcttaatccc 6120 agagatgcaa tcatccctcc tccagcaaca tatggagttg ttggaatcct cggttatccc 6180 ccttgtgcac cccctggcag acccgtctac cgttttcaag gacggtgacg aggctgagga 6240 ttttgttgaa gttcaccttc ccgatgtgca caatcaggtc tcaggagttg acttgggtct 6300 cccgaactgg gggaagtatg tattactgag tgcaggggcc ctgactgcct tgatgttgat 6360 aattttcctg atgacatgtt gtagaagagt caatcgatca gaacctacgc aacacaatct 6420 cagagggaca gggagggagg tgtcagtcac tccccaaagc gggaagatca tatcttcatg 6480 ggaatcacac aagagtgggg gtgagaccag actgtgagga ctggccgtcc tttcaactat 6540 ccaagtcctg aagatcacct ccccttgggg ggttcttttt gaaaaaaacc tgggttcaat 6600 agtcctcctt gaactccatg caactgggta gattcaagag tcatgagatt ttcattaatc 6660
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ctctcagttg atcaagcaag atcatgtaga ttctcataat aggggagatc ttctagcagt 6720 ttcagtgact aacggtactt tcattctcca ggaactgaca ccaacagttg tagacaaacc 6780 acggggtgtc tcgggtgact ctgtgcttgg gcacagacaa aggtcatggt gtgttccatg 6840 atagcggact caggatgagt taattgagag aggcagtctt cctcccgtga aggacataag 6900 cagtagctca caatcatctc gcgtctcagc aaagtgtgca taattataaa gtgctgggtc 6960 atctaagctt ttcagtcgag aaaaaaacat tagatcagaa gaacaactgg caacacttct 7020 caacctgaga cctacttcaa gatgctcgat cctggagagg tctatgatga ccctattgac 7080 ccaatcgagt tagaggatga acccagagga acccccactg tccccaacat cttgaggaac 7140 tctgactaca atctcaactc tcctttgata gaagatcctg ctagactaat gttagaatgg 7200 ttaaaaacag ggaatagacc ttatcggatg actctaacag acaattgctc caggtctttc 7260 agagttttga aagattattt caagaaggta gatttgggtt ctctcaaggt gggcggaatg 7320 gctgcacagt caatgatttc tctctggtta tatggtgccc actctgaatc caacaggagc 7380 cggagatgta taacagactt ggcccatttc tattccaagt cgtcccccat agagaagctg 7440 ttgaatctca cgctaggaaa tagagggctg agaatccccc cagagggagt gttaagttgc 7500 cttgagaggg ttgattatga taatgcattt ggaaggtatc ttgccaacac gtattcctct 7560 tacttgttct tccatgtaat caccttatac atgaacgccc tagactggga tgaagaaaag 762 0 accatcctag cattatggaa agatttaacc tcagtggaca tcgggaagga cttggtaaag 7680 ttcaaagacc aaatatgggg actgctgatc gtgacaaagg actttgttta ctcccaaagt 7740 tccaattgtc tttttgacag aaactacaca cttatgctaa aagatctttt cttgtctcgc 7800 ttcaactcct taatggtctt gctctctccc ccagagcccc gatactcaga tgacttgata 7860 tctcaactat gccagctgta cattgctggg gatcaagtct tgtctatgtg tggaaactcc 7920 ggctatgaag tcatcaaaat attggagcca tatgtcgtga atagtttagt ccagagagca 7980 gaaaagttta ggcctctcat tcattccttg ggagactttc ctgtatttat aaaagacaag 8040 gtaagtcaac ttgaagagac gttcggtccc tgtgcaagaa ggttctttag ggctctggat 8100 caattcgaca acatacatga cttggttttt gtgtatggct gttacaggca ttgggggcac 8160 ccatatatag attatcgaaa gggtctgtca aaactatatg atcaggttca cattaaaaaa 8220 gtgatagata agtcctacca ggagtgctta gcaagcgacc tagccaggag gatccttaga 8280 tggggttttg ataagtactc caagtggtat ctggattcaa gattcctagc ccgagaccac 8340 cccttgactc cttatatcaa aacccaaaca tggccaccca aacatattgt agacttggtg 8400 ggggatacat ggcacaagct cccgatcacg cagatctttg agattcctga atcaatggat 8460
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ccgtcagaaa tattggatga caaatcacat tctttcacca gaacgagact agcttcttgg 8520
ctgtcagaaa accgaggggg acctgttcct agcgaaaaag ttattatcac ggccctgtct 8580
aagccgcctg tcaatccccg agagtttctg aggtctatag acctcggagg attgccagat 8640
gaagacttga taattggcct caagccaaag gaacgggaat tgaagattga aggtcgattc 8700
tttgctctaa tgtcatggaa tctaagattg tattttgtca tcactgaaaa actcttggcc 8760
aactacatct tgccactttt tgacgcgctg actatgacag acaacctgaa caaggtgttt 8820
aaaaagctga tcgacagggt caccgggcaa gggcttttgg actattcaag ggtcacatat 8880
gcatttcacc tggactatga aaagtggaac aaccatcaaa gattagagtc aacagaggat 8940
gtattttctg tcctagatca agtgtttgga ttgaagagag tgttttctag aacacacgag 9000
ttttttcaaa aggcctggat ctattattca gacagatcag acctcatcgg gttacgggag 9060
gatcaaatat actgcttaga tgcgtccaac ggcccaacct gttggaatgg ccaggatggc 9X20
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tgtccgacat atatgttgtc gccagggcta tctcaagagg ggctcctcta tgaattggag 9300
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gggctgatca tcaagaaaga agagaccatg tgtagttatg acttcctcat ctatggaaaa 9420
acccctttgt ttagaggtaa catattggtg cctgagtcca aaagatgggc cagagtctct 9480
tgcgtctcta atgaccaaat agtcaacctc gccaatataa tgtcgacagt gtccaccaat 9540
gcgctaacag tggcacaaca ctctcaatct ttgatcaaac cgatgaggga ttttctgctc 9600
atgtcagtac aggcagtctt tcactacctg ctatttagcc caatcttaaa gggaagagtt 9660
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ctagatcctt ctttgggagg ggtatctgga atgtccctcg gaagattcca tatacgacag 9780
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gagtcctgga ttcacgcgtt gtgtcaagag gctggaaacc cagatcttgg agagagaaca 9900
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agaaggcagt ttagaaagag tctctcaaaa actttagaag aatccttcta caactcagag 10260 atccacggga ttagtcggat gacccagaca cctcagaggg ttgggggggt gtggccttgc 10320 tcttcagaga gggcagatct acttagggag atctcttggg gaagaaaagt ggtaggcacg 10380 acagttcctc acccttctga gatgttgggg ttacttccca agtcctctat ttcttgcact 10440 tgtggagcaa caggaggagg caatcctaga gtttctgtat cagtactccc gtcctttgat IO5OO cagtcatttt tttcacgagg ccccctaaag gggtacttgg gctcgtccac ctctatgtcg 10550 acccagctat tccatgcatg ggaaaaagtc actaatgttc atgtggtgaa gagagctcta 10620 tcgttaaaag aatctataaa ctggttcatt actagagatt ccaacttggc tcaagctcta 10680 attaggaaca ttatgtctct gacaggccct gattCccctc tagaggaggc ccctgtcttc 10740 aaaaggacgg ggtcagcctt gcataggttc aagtctgcca gatacagcga aggagggtat 10800 tcttctgtct gcccgaacct cctctctcat atttctgtta gtacagacac catgtctgat 10860 ttgacccaag acgggaagaa ctacgatttc atgttccagc cattgatgct ttatgcacag 10920 acatggacat cagagctggt acagagagac acaaggctaa gagactctac gtttcattgg 10980 cacctccgat gcaacaggtg tgtgagaccc attgacgacg tgaccctgga gacctctcag 11040 atcttcgagt ttccggatgt gtcgaaaaga atatccagaa tggtttctgg ggctgtgcct llioo cacttccaga ggcttcccga tatccgtctg agaccaggag attfctgaatc tctaagcggt Hi6O agagaaaagt ctcaccatat cggatcagct caggggctct tatactcaat cttagtggca 1122 0 attcacgact caggatacaa tgatggaacc atcttccctg tcaacatata cgacaaggtt 11280 tcccctagag actatttgag agggctcgca aggggagtat tgataggatc ctcgatttgc 11340 ttcttgacaa gaatgacaaa tatcaatatt aatagacctc ttgaattgat ctcaggggta 11400 atctcatata ttctcctgag gctagataac catccctcct tgtacataat gctcagagaa 11460 ccgtctctta gaggagagat attttctatc cctcagaaaa tccccgccgc fctatccaacc 1152 0 actatgaaag aaggcaacag atcaatcttg tgttatctcc aacatgtgct acgctatgag H580 cgagagataa tcacggcgtc tccagagaat gactggctat ggatcttttc agactfctaga 11640 agtgccaaaa tgacgtacct aaccctcatt acttaccagt ctcatcttct actccagagg H700 gttgagagaa acctatctaa gagtatgaga gataacctgc gacaattgag ttccttgatg 11760 aggcaggtgc tgggcgggca cggagaagat accttagagt cagacgacaa cattcaacga 11820 ctgctaaaag actctttacg aaggacaaga tgggtggatc aagaggtgcg ccatgcagct 11880 agaaccatga ctggagatta cagccccaac aagaaggtgt cccgtaaggt aggatgttca 11940 gaatgggtct gctctgctca acaggttgca gtctctacct cagcaaaccc ggcccctgtc 12000
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tcggagcttg acataagggc cctctctaag aggttccaga accctttgat ctcgggcttg 12060 agagtggttc agtgggcaac cggtgctcat tataagctta agcctattct agatgatctc 12120 aatgttttcc catctctctg ccttgtagtt gSSSacgggt caggggggat atcaagggca 12180 gtcctcaaca tgtttccaga tgccaagctt gtgttcaaca gtctcttaga ggtgaatgac 12240 ctgatggctt ccggaacaca tccactgcct ccttcagcaa tcatgagggg aggaaatgat 12300 atcgtctcca gagtgataga ttttgactca atctgggaaa aaccgtccga cttgagaaac 12360 ttggcaacct ggaaatactt ccagtcagtc caaaagcagg tcaacatgtc ctatgacctc 12420 attatttgcg atgcagaagt tactgacatt gcatctatca accggataac cctgttaatg 12480 tccgattttg cattgtctat agatggacca ctctatttgg tcttcaaaac ttatgggact 12540 atgctagtaa atccaaacta caaggctatt caacacctgt caagagcgtt cccctcggtc 12600 acagggttta tcacccaagt aacttcgtct ttttcatctg agctctacct ccgattctcc 12660 aaacgaggga agtttttcag agatgctgag tacttgacct cttccaccct tcgagaaatg 12720 agccttgtgt tattcaattg tagcagcccc aagagtgaga tgcagagagc tcgttccttg 12780 aactatcagg atcttgtgag aggatttcct gaagaaatca tatcaaatcc ttacaatgag 12840 atgatcataa ctctgattga cagtgatgta gaatcttttc tagtccacaa gatggttgat 12900 gatcttgagt tacagagggg aactctgtct aaagtggcta tcattatagc catcatgata 12960 gttttctcca acagagtctt caacgtttcc aaacccctaa ctgacccctt gttctatcca 13020 ccgtctgatc ccaaaatcct gaggcacttc aacatatgtt gcagtactat gatgtatcta 13080 tctactgctt taggtgacgt ccctagcttc gcaagacttc acgacctgta taacagacct 13140 ataacttatt acttcagaaa gcaattcatt cgagggaacg tttatctatc ttggagttgg 13200 tccaacgaca cctcagtgtt caaaagggta gcctgtaatt ctagectgag tctgtcatct 13260 cactggatca ggttgattta caagatagtg aagactacca gactcgttgg cagcatcaag 13320 gatctatcca gagaagtgga aagacacctt cataggtaca acaggtggat caccctagag 13380 gatatcagat ctagatcatc cctactagac tacagttgcc tgtgatccgg atactcctgg 13440 aagcctgccc atgctaagac tcttgtgtga tgtatcttga aaaaaacaag atcctaaatc 13500 tgaacctttg gttgtttgat tgtttttctc atttttgttg tttatttgtt aagcgt 13556
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ccgggtacca cgcttaacaa ccagatcaaa ga
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cgcttaacag ctagccttg
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<213> artificial
sequence
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32
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tcgctagcac caccatgaac acgattaaca tcgctaag 3
<210> 45
<211> 33
<212> DNA
<213 > artificial sequence <220>
<223> oligonucleotide primer 3T7
<4 00 > 45
gatgaattct tacgcgaacg cgaagtccga ctc 3,
<210> 46 <211> 63 <212> DNA
<213> artificial sequence <220>
<223> oligonucleotide primer 5T7NLS <4 00> 46
tcgctagcca ccatgccaaa aaagaagaga aaggtagaaa acacgattaa catcgcfcaag 60 aac
63
<210> 47 <211> 31 <212> DNA
<213 > artificial sequence <220>
<223> oligonucleotide primer GFP5 <400> 47
aaaactgcag gccaccatgg gcgtgatcaa g
130/137 WO 2007/047459 <210> 48 <211> 31 <212> DNA <213 > artificial sequence <220> <223 > oligonucleotide primer <400 > 48
ccgctcggta cctattagcc ggcctggcgg g
<210> 49 <211> 25 <212> DNA <213 > artificial sequence <22 0 > <223 > oligonucleotide primer <400> 49 caccatggtt cctcaggctc tcctg <210 > 50 <211> 23 <212 > DNA <213> artificial sequence <220> <223 > oligonucleotide primer <400> 50
tcacagtctg gtctcacccc cac
<210> 51 <211> 46
<212> DNA
<213> artificial seguence <220>
<223> oligonucleotide primer 5delpsi
<4 00> 51
ccctctgcag tttggtaccg tcgagaaaaa aacattagat
<210> 52
<211> 24
<212> DNA
<213> artificial sequence ' <220>
<223> oligonucleotide primer SnaBS
<4 0 0> 52
atgaactttc tacgtaagat agtg
PCT/US2006/040134
31
25
23
46
131/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
<210> 53
<211> 46
<212> DNA
<213> artificial sequence <22 0>
<223> oligonucleotide primer 3delpsi
<400> 53
caaactgcag aggggtgtta gtttttttca aaaagaaccc cccaag 4 6
<210> 54 <211> 44 <212> DNA <213 > artificial sequence <220> <223 > oligonucleotide primer <400> 54
caaactgcag aggggtgtta gtttttttca catccaagag gatc 44
<210> 55
<211> 42
<212> DITA
<213> artificial sequence <220>
<223> oligonucleotide primer Sdeltag
<400> 55
cctctgcagt ttggtacctt gaaaaaaacc tgggttcaat ag 42
<210> 55
<211> 35
<212> DNA
<213 > artificial sequence <220>
<223> oligonucleotide primer M5G
<400> 56
ctcactacaa gtcagtcgag acttggaatg agatc 35
<210 > 57
<211> 35
<212 > DNA
<213 > artificial sequence <220>
<223> oligonucleotide primer M3G
<400 > 57
gactgacttt gagtgagcat cggcttccat caagg 35
132/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
<210> 58 <211> 524 <212> PRT
<213 > artificial sequen.ce <22 0>
<223> Mutated G protein Aa333 <400> 58
Met Val Pro Gln Ala Leu Leu Phe Val Pro Leu Leu Val Phe Pro Leu 10 15
Cys Phe Gly Lys Phe Pro Ile Tyr Thr Ile Pro Asp Lys Leu Gly Pro 25 30
Trp Ser Pro Ile Asp Ile His His Leu Ser Cys Pro Asn Asn Leu Val 40 45
Val Glu Asp Glu Gly Cys Thr Asn Leu Ser Gly Phe Ser Tyr Met Glu 50 55 60
Leu Lys Val Gly Tyr Ile Leu Ala Ile Lys Met Asn Gly Phe Thr Cys 65 70 75 80
Thr Gly Val Val Thr Glu Ala Glu Thr Tyr Thr Asn Phe Val Gly Tyr 85 90 95
Val Thr Thr Thr Phe Lys Arg Lys His Phe Arg Pro Thr Pro Asp Ala 100 105 lio
Cye Arg Ala Ala Tyr Asn Trp Lys Met Ala Gly Asp Pro Arg Tyr Glu 115 120 125
Glu Ser Leu His Asn Pro Tyr Pro Asp Tyr His Trp Leu Arg Thr Val 130 135 140
Lys Thr Thr Lys Glu Ser Leu Val Ile Ile Ser Pro Ser Val Ala Asp 145 150 155 160
Leu Asp Pro Tyr Asp Arg Ser Leu His Ser Arg Val Phe Pro Ser Gly 165 170 175
Lys Cys Ser Gly Val Ala Val Ser Ser Thr Tyr Cys Ser Thr Asn His 180 185 190
133/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
Asp Tyr Thr Ile Trp Met Pro Glu Asn Pro Arg Leu Gly Met Ser Cys 195 200 205
Asp Ile Phe Thr Asn Ser Arg Gly Lys Arg Ala Ser Lys Gly Ser Glu 210 215 220
Thr Cys Gly Phe Val Asp Glu Arg Gly Leu Tyr Lys Ser Leu Lys Gly 225 230 235 240
Ala Cys Lys Leu Lys Leu Cys Gly Val Leu Gly Leu Arg Leu Met Asp 245 250 255
Gly Thr Trp Val Ala Met Gln Thr Ser Asn Glu Thr Lys Trp Cys Pro 260 265 270
Pro Asp Gln Leu Val Asn Leu His Asp Phe Arg Ser Asp Glu Ile Glu 275 280 285
His Leu Val Val Glu Glu Leu Val Arg Lys Arg Glu Glu Cys Leu Asp 290 295 300
Ala Leu Glu Ser Ile Met Thr Thr Lys Ser Val Ser Phe Arg Arg Pro 305 310 315 320
Ser His Leu Arg Lys Leu Val Pro Gly Phe Gly Lys Ala Tyr Thr Ile 325 330 335
Phe Asn Lys Thr Leu Met Glu Ala Asp Ala His Tyr Lys Ser Val Glu 340 345 350
Thr Trp Asn Glu Ile Leu Pro Ser Lys Gly Cys Leu Arg Val Gly Gly 355 360 365
Arg Cys His Pro His Val Asn Gly Val Phe Phe Asn Gly Ile Ile Leu 370 375 380
Gly Pro Asp Gly Asn Val Leu Ile Pro Glu Met Gln Sèr Ser Leu Leu 385 390 395 400
Gln Gln His Met Glu Leu Leu Glu Ser Ser Val Ile Pro Leu Val His 405 410 415
Pro Leu Ala Asp Pro Ser Thr Val Phe Lys Asp Gly Asp Glu Ala Glu 420 425 430
134/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134 Asp Phe Val Glu Val His Leu Pro Asp Val His Aen Gln Val Ser Gly 435 440 445
Val Asp Leu Gly Leu Pro Asn Trp Gly Lys Tyr Val Leu Leu Ser Ala 450 '455 460
Gly Ala Leu Thr Ala Leu Met Leu Ile Ile Phe Leu Met Thr Cys Cys 465 470 475 480
Arg Arg Val Asn Arg Ser Glu Pro Thr Gln His Asn Leu Arg Gly Thr 485 490 495
Gly Arg Glu Val Ser Val Thr Pro Gln Ser Gly Lys Ile Ile Ser Ser 500 505 510
Trp Glu Ser His Lys Ser Gly Gly Glu Thr Arg Leu 515 520
<210> 59 <211> 60 <212> DNA <213> artificial sequence <220 > <223 > oligonucleotide primer <400> 59
ccaaactgca gcgaaaggag gggtgttagt ttttttcatg atgaaccccc caaggggagg 60
<210> 60
<211> 39
<212> DNA
<213> artificial sequence <220>
<223> oligonucleotide primer cis55
<400 > 60
gactcactat agggagaccc aagctggcta gctgttaag 3 9
<210> 61
<211> 60
<212> DNA
<213> artificial sequence <220>
<223> oligonucleotide primer cis53
<400> 61
135/137 WO 2007/047459 PCT/US2006/040134
ccaaactgca gcgaaaggag gggtgttagt ttttttcatg ttgactttag gacatctcgg 60
<210> 62 <211> 61 <212> DNA <213> artif χcial sequence <220> <223 > oligonucleotide primer <400> 62
cctttcgctg cagtttggta ccgtcgagaa aaaaacaggc aacaccactg ataaaatgaa 60 c 61
<210> 63 <211> 30 <212> DNA <213> artificial <220> <223> cis33 <400> 63
cctccccttc aagagggccc ctggaatcag 3 0
<210> 64
<211> 46
<212> DNA
<213 > artificial sequence <220>
<223> oligonucleotide primer TUl
<400> 64
ctaacacccc tcctttcgct gcagtttggt accgtcgaga aaaaaa 4 6
<210> 65
<211> 53
<212> DNA
<213> artificial sequence <22 0>
<223 > TU2
<400> 65
tttttttgat tgtggggagg aaagcgacgt caaaccatgg cagctctttt ttt 53
136/137 DECLARAÇÃO ANEXADA À LISTAGEM DE SEQÜÊNCIAS A listagem de seqüências não inclui matéria que vá além da divulgação do pedido de patente internacional.
A impressão da Listagem de Seqüências anexada é idêntica à seqüência de leitura por computador no disco de computador encaminhado.

Claims (40)

1. Sistema de vetores compreendendo: - um primeiro vetor compreendendo DNA antigenômico de vírus da raiva completo, caracterizado pelo DNA antigenômico completo ser selecionado a partir de um DNA antigenômico de vírus da raiva completo ou de um derivado deste; e, - uma pluralidade de vetores auxiliares compreendendo ácidos nucléicos que codifiquem ao menos uma proteína de vírus da raiva da linhagem ERA, em que a expressão da pluralidade de vetores em uma célula hospedeira transfectada resulta na produção de um vírus da raiva recombinante.
2. Sistema de vetores de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo DNA antigenômico completo compreender um DNA antigenômico da linhagem ERA ou um derivado deste.
3. Sistema de vetores de acordo com a reivindicação 2, caracterizado pelo DNA antigenômico completo ser selecionado dentre SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17 ou SEQ ID NO: 18.
4. Sistema de vetores de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 3, caracterizado pelos vetores serem plasmídeos.
5. Sistema de vetores de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 4, caracterizado pelo primeiro vetor compreender em uma direção de 5' para 3': uma ribozima de peixe-martelo; um cDNA antigenômico de vírus da raiva; e uma ribozima de vírus da hepatite D, em que uma pluralidade de nucleotídeos da ribozima de peixe-martelo são complementares à seqüência genômica de sentido contrário do vírus da raiva.
6. Sistema de vetores de acordo com a reivindicação 5, caracterizado pela transcrição do cDNA antigenômico estar sob o controle regulatório de transcrição de ao menos um dos promotores de CVM e promotores RNA-polimerase de bacteriófago T7.
7. Sistema de vetores de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pela transcrição do cDNA antigenômico estar sob o controle regulatório de transcrição tanto do promotor CMV e como do promotor de RNA- polimerase de bacteriófago T7.
8. Sistema de vetores de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 4, caracterizado pela pluralidade de vetores auxiliares compreender: - um vetor compreendendo uma seqüência de nucleotídeos que codifique uma proteína N de vírus da raiva; - um vetor compreendendo uma seqüência de nucleotídeos que codifique uma proteína P de vírus da raiva; - um vetor compreendendo uma seqüência de nucleotídeos que codifique uma proteína L de vírus da raiva; e - um vetor compreendendo uma seqüência de nucleotídeos que codifique uma RNA-polimerase de bacteriófago T7.
9. Sistema de vetores de acordo com a reivindicação 8, caracterizado por compreender ainda um vetor compreendendo uma seqüência de nucleotídeos que codifique uma proteína G de vírus da raiva.
10. Sistema de vetores de acordo com a reivindicação 8 ou 9, caracterizado pela RNA-polimerase de bacteriófago T7 compreender um sinal de localização nuclear (SLN).
11. Sistema de vetores de acordo com a reivindicação 10, caracterizado pela transcrição da seqüência de nucleotídeos que codifica a proteína N de vírus da raiva estar sob o controle regulatório de transcrição do promotor de T7, e pela transcrição ser independente de cap.
12. Sistema de vetores de acordo com qualquer uma das reivindicações 8 a 11, caracterizado pela transcrição de uma ou mais das seqüências de nucleotídeos que codificam a proteína Ρ, M, L ou G do vírus da raiva ou a polimerase de T7 estar sob o controle regulatório de transcrição tanto do promotor CMV como do promotor de T7.
13. Genoma de vírus recombinante caracterizado por compreender o ácido nucléico como definido em SEQ ID NO:l.
14. Genoma de vírus recombinante caracterizado por compreender o ácido nucléico como definido em SEQ ID N0:7, ou um derivado deste.
15. Genoma de vírus recombinante de acordo com a reivindicação 14, caracterizado pelo genoma de vírus compreender SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17 ou SEQ ID NO: 18.
16. Genoma de vírus recombinante de acordo com qualquer uma das reivindicações 13-15, caracterizado por compreender ainda um vetor.
17. Genoma de vírus recombinante de acordo com a reivindicação 16, caracterizado pelo vetor ser um plasmídeo.
18. Vírus recombinante caracterizado por compreender um genoma como definido na reivindicação 14 ou 15.
19. Vírus recombinante de acordo com a reivindicação 18, caracterizado pelo vírus ser um vírus atenuado.
20. Vacina anti-rábica viva compreendendo ao menos um genoma de vírus de raiva recombinante, caracterizada pelo genoma de vírus de raiva recombinante compreender: - a seqüência mostrada em SEQID NO: 8; - a seqüência mostrada em SEQ ID NO: 10; ou - a seqüência mostrada em SEQ ID NO: 13.
21. Vacina anti-rábica de acordo com a reivindicação 20, caracterizada por ser atenuada.
22. Proteína isolada caracterizada por compreender a seqüência de aminoácidos como definida em: SEQ ID NO: 2 (proteína N); SEQ ID NO: 3 (proteína P); SEQ ID NO: 4 (proteína M); SEQ ID NO: 5 (proteína G); SEQ ID NO: 6 (proteína L); ou SEQ ID NO: 58 (proteína G Aa333).
23. Molécula de ácido nucléico isolada caracterizada por codificar qualquer uma das proteínas segundo a reivindicação 22.
24. Molécula de ácido nucléico isolada de acordo com a reivindicação 23, caracterizada por compreender uma seqüência de nucleotídeos como definida em: a) nucleotídeos 71-1423 da SEQ ID NO: 1 (proteína N); b) nucleotídeos 1511-2407 da SEQ ID NO: 1 (proteína P); c) nucleotídeos 2491-3104 da SEQ ID NO: 1 (proteína M); d) nucleotídeos 3318-4892 da SEQ ID NO: 1 (proteína G); e) nucleotídeos 5418-11,801 da SEQ ID NO: 1 (proteína L), ou f) uma seqüência de nucleotídeos que se diferencie das seqüências em a) até e) apenas devido à degeneração do código genético.
25. Molécula de ácido nucléico isolada de acordo com a reivindicação 23, caracterizada por compreender uma seqüência de nucleotídeos como definida nos nucleotídeos 3317-4888 da SEQ ID NO: 8; ou uma seqüência de nucleotídeos que se diferencie desta apenas devido à degeneração do código genético.
26. Composição caracterizada por compreender ao menos uma proteína isolada da reivindicação 22.
27. Composição de acordo com a reivindicação 26, caracterizada por compreender ainda um portador farmaceuticamente aceitável, um adjuvante, ou uma combinação de dois ou mais destes.
28. Método para provocar uma reação imunológica contra um epitopo antigênico em um sujeito, caracterizado por introduzir no sujeito a composição da reivindicação 26, desse modo provocando uma reação imunológica no sujeito.
29. Método para seqüenciar genoma de vírus da raiva completo, caracterizado por compreender: a transcrição reversa de um genoma de vírus da raiva para produzir um filamento de DNA complementar; a amplificação de uma primeira porção e de uma segunda porção do filamento de DNA complementar para produzir um primeiro e um segundo segmentos genômicos de vírus da raiva amplificados; a clonagem do primeiro e do segundo segmentos genômicos de vírus da raiva amplificados em um vetor para produzir um antigenoma de vírus da raiva contíguo; e o seqüenciamento do antigenoma de vírus da raiva completo.
30. Método para produzir uma vacina viva de vírus da raiva, caracterizado por compreender a introdução do sistema de vetores de qualquer uma das reivindicações 8 a 19 em uma célula hospedeira, e a recuperação de vírus da raiva recombinante.
31. Método de acordo com a reivindicação 30, caracterizado pelo vírus da raiva recombinante ser adequado ao uso como uma vacina viva de vírus da raiva.
32. Vacina viva de vírus da raiva caracterizada por ser produzida através do método da reivindicação 31.
33. Método para vacinar um sujeito contra a raiva, compreendendo a administração de uma quantidade eficaz da vacina viva anti- rábica segundo a reivindicação 20 ou a reivindicação 32 ao sujeito, de maneira que células do sujeito sejam infectadas com a vacina anti-rábica, caracterizado por uma reação anti-rábica ser produzida no sujeito.
34. Método de acordo com a reivindicação 33, caracterizado pelo sujeito ser um ser humano.
35. Método de acordo com a reivindicação 33, caracterizado pelo sujeito ser um animal não-humano.
36. Método de acordo com a reivindicação 35, caracterizado pelo animal não-humano ser um gato, cachorro, rato, camundongo, morcego, raposa, guaxinim, esquilo, gambá, coiote ou lobo.
37. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 34 a 36, caracterizado pela administração compreender a administração oral.
38. Método de acordo com a reivindicação 37, caracterizado pela administração oral compreender a administração através de iscas de alimentos projetada para vacinar populações animais selvagens.
39. Composição farmacêutica caracterizada por compreender a vacina anti-rábica viva da reivindicação 20 ou da reivindicação 32 e um portador ou excipiente farmaceuticamente aceitável.
40. Composição farmacêutica de acordo com a reivindicação 39, caracterizada pela vacina anti-rábica ser atenuada.
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