BR112020001559A2 - vetores virais oncolíticos e usos dos mesmos - Google Patents

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Christophe Quéva
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Abstract

A presente divulgação se refere a vetores virais recombinantes para o tratamento e prevenção de câncer. Os vetores virais oncolíticos incorporam uma ou mais das seguintes características: restrição da replicação viral por inserção de sequências alvo de microRNA (miRNA) no genoma viral; interrupção da função do miRNA oncogênico; remodelamento do microambiente canceroso; e direcionamento de células cancerosas pela incorporação de anticorpos ativados por protease na partícula viral.

Description

VETORES VIRAIS ONCOLÍTICOS E USOS DOS MESMOS Referência a Pedidos Relacionados
[001] Este pedido reivindica prioridade ao Pedido Provisório US 62/537.359, depositado em 26 de julho de 2017; e Pedido Provisório US 62/686.802, depositado em 19 de junho de 2018, cujas divulgações são incorporadas neste documento por referência em sua totalidade.
DECLARAÇÃO QUANTO À LISTAGEM DE SEQUÊNCIA
[002] A Listagem de Sequência associada a este pedido é fornecida em formato de texto ao invés de uma cópia em papel e é incorporada por meio do presente instrumento por referência no relatório descritivo. O nome do arquivo de texto que contém a listagem de sequências éONCR_010_02WO_ST25.txt. O arquivo de texto tem 500 KB, criado em 26 de julho de 2018 e está sendo enviado eletronicamente via EFS-Web. Campo da Invenção
[003] A presente divulgação se refere a vetores virais recombinantes para o tratamento e prevenção de câncer. Em particular, a divulgação refere-se a vetores virais oncolíticos. Fundamentos da Invenção
[004] As atuais terapêuticas dirigidas contra o câncer são eficazes apenas em uma gama limitada de câncer devido à heterogeneidade dos perfis de expressão da proteína tumoral. Além disso, muitos tratamentos contra o câncer, incluindo os vetores virais existentes, quimioterapia, radiação e cirurgia carecem da especificidade para tratar selectivamente células cancerosas, mantendo a saúde e a viabilidade de células normais não cancerosas e podem produzir efeitos indesejáveis fora do alvo. Como tal, existe uma necessidade na técnica de terapias do câncer que sejam largamente eficazes em múltiplos cânceres e sejam capazes de eliminar selectivamente células cancerígenas.
[005] Os vírus oncolíticos são vírus que preferencialmente infectam células cancerígenas e foram usados em vários estudos pré-clínicos e clínicos para o tratamento do câncer. O uso de vírus oncolíticos acarreta o risco de infecção viral não específica de células saudáveis, levando à morte de células e tecidos não cancerosos. No entanto, a manipulação genética dos vírus para explorar vias,
proteínas e genes que são diferencialmente expressos em tecido normal versus tecido canceroso pode aumentar a especificidade desses vírus e limitar a infecção e a morte celular fora de alvo.
[006] Os microRNAs (miRNAs ou miRs) são pequenos RNAs endógenos não-codificadores que regulam a expressão gênica direcionando seus RNAs mensageiros alvo para degradação ou repressão traducional. Os miRNAs estão intimamente associados a processos celulares normais e, portanto, a desregulação de miRNAs contribui para uma ampla gama de doenças, incluindo o câncer. Muitos genes de miR estão localizados em regiões genômicas associadas ao câncer, ou em sítios frágeis, fortalecendo adicionalmente a evidência de que os miRs desempenham um papel fundamental no câncer. Os miRs são diferencialmente expressos em tecidos cancerígenos em comparação com tecidos normais e podem ter uma relação causativa com a tumorigênese. Explorando esta expressão diferencial de miRNA em diversos tipos de tumores, a terapêutica de câncer descrita neste documento possui um perfil de segurança e eficácia de amplo espectro, em que a replicação viral oncolítica é regulada com base na expressão de um determinado miR ou grupo de miRs. Além disso, os vírus oncolíticos descritos neste documento também podem expressar proteínas que facilitam a propagação viral em todo um tumor, como aqueles que alteram a expressão de genes e proteínas que regulam a matriz extracelular, aumentando assim a sua eficácia terapêutica.
[007] Ainda existe uma necessidade na técnica de aprimorar os vetores virais oncolíticos. A presente divulgação fornece esses vetores virais oncolíticos aprimorados e muito mais. Sumário
[008] A presente divulgação fornece vetores virais oncolíticos que exibem efeitos técnicos aprimorados em comparação com a técnica anterior. Os presentes inventores projetaram vários vetores virais oncolíticos e realizaram extensas experiências, descritas neste documento, para identificar os vetores virais oncolíticos com propriedades superiores para uso clínico no tratamento de câncer.
[009] A invenção se relaciona com vetores de recombinação viral que são úteis para o tratamento e prevenção do câncer. Os vetores virais oncolíticos descritos neste documento são capazes de restringir a replicação de vetores virais a células tumorais ou em virtude de sequências alvo de microRNA (miR) que são inseridas no genoma viral. Em modalidades particulares descritas neste documento, os vetores virais compreendem duas, três, quatro ou mais cópias de uma sequência alvo de miR incorporada em um ou mais genes virais essenciais. Em modalidades adicionais, os vetores virais compreendem a incorporação de uma ou mais sequências polinucleotídicas no genoma viral cujos produtos interrompem a função de um miR oncogênico e/ou alteram a matriz extracelular. Em modalidades adicionais, os vetores virais compreendem anticorpos ativados por protease incorporados na partícula viral, permitindo assim um direcionamento altamente seletivo dos vetores para células cancerígenas/tumorais. As composições dos vetores virais e métodos de uso na morte de células cancerígenas e no tratamento de câncer são fornecidos adicionalmente neste documento.
[010] Em uma modalidade, a presente divulgação fornece vírus herpes simplex (HSV) oncolítico recombinante que compreende pelo menos duas sequências alvo de micro-RNA (miRNA) inseridas em um locus de um ou mais genes virais essenciais, em que um ou mais genes virais são selecionados a partir do grupo que consiste em ICP4, ICP27, ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 e UL42. Em uma modalidade, a replicação do HSV recombinante é reduzida em uma célula não cancerosa em comparação com a replicação do HSV recombinante em uma célula cancerosa do mesmo tipo celular. Em uma modalidade, um ou mais genes virais são selecionados do grupo que consiste em ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 e UL42. Em uma modalidade, um ou mais genes virais são selecionados do grupo que consiste em UL8, ICP8 e UL30. Numa modalidade, um ou mais genes virais são selecionados do grupo que consiste em ICP27 e ICP4. Em uma modalidade, um ou mais genes virais são selecionados do grupo que consiste em ICP4, ICP27, UL8, UL42 e ICP34.5.
[011] Numa modalidade, a célula é selecionada do grupo que consiste em uma célula neuronal, uma célula cardíaca, uma célula muscular e uma célula hepática. Em uma modalidade, a célula neuronal é uma célula do sistema nervoso central, uma célula do sistema nervoso periférico, uma célula cerebral ou uma célula da medula espinhal. Numa modalidade, a célula muscular é uma célula muscular estriada ou uma célula muscular lisa. Em uma modalidade, a célula não cancerosa e a célula cancerosa são células cerebrais e em que pelo menos duas sequências alvo de miRNA são sequências alvo de um miRNA selecionado a partir do grupo que consiste em miR-137, miR-219a, miR-124, miR-9, miR-487b e miR-
128. Em uma modalidade, pelo menos duas sequências alvo de miRNA são sequências alvo para um miRNA selecionado do grupo que consiste em miR-137, miR-219a, miR-124 e miR-128 Em uma modalidade, a célula não cancerosa e a célula cancerosa são células musculares estriadas ou cardíacas, e pelo menos duas sequências alvo de miRNA são sequências alvo de um miRNA selecionado do grupo que consiste em miR-208b, miR-1, miR-208a, miR-133a, miR-4284, miR -499a, miR-126, miR-30e, miR-378i, miR-30b e miR-378. Em uma modalidade, pelo menos duas sequências alvo de miRNA são sequências alvo para um miRNA selecionado do grupo que consiste em miR-208b, miR-1 e miR-208a. Em uma modalidade, a célula não cancerosa e a célula cancerosa são células da médula espinhal e pelo menos duas sequências alvo de miRNA são sequências alvo de um miRNA selecionado do grupo que consiste em miR-219a, miR-9, miR-204, miR- 577, miR-99a, miR-100, miR-132 e miR-135. Em uma modalidade, pelo menos duas sequências alvo de miRNA são sequências alvo para um miRNA selecionado do grupo que consiste em miR-219a, miR-9 e miR-204. Em uma modalidade, a célula não cancerosa e a célula cancerosa são células do sistema nervoso periférico e pelo menos duas sequências alvo de miRNA são sequências alvo de um miRNA selecionado a partir do grupo que consiste em miR-204, miR-1, miR- 206, miR-9, miR-99a, miR-199b, miR-145, miR-100, miR-574. Em uma modalidade, a célula não cancerosa e a célula cancerosa são células do fígado e pelo menos duas sequências alvo de miRNA são sequências alvo de um miRNA selecionado a partir do grupo que consiste em miR-122 e miR-126. Em uma modalidade, a célula não cancerosa e a célula cancerosa são células cerebrais e pelo menos duas sequências alvo de miRNA são sequências alvo de um miRNA selecionado a partir do grupo que consiste em miR-143 e miR-145.
[012] Em uma modalidade, as duas ou mais sequências alvo de miR são incorporadas em uma cassete de miR-T que é inserida na região não traduzida 5
'(UTR) ou UTR 3' dos a um ou mais genes virais essenciais. Numa modalidade, a cassete miR-T compreende um comprimento de menos do que 1000 nucleotídeos. Numa modalidade, a cassete miR-T compreende um comprimento entre cerca de 25 e cerca de 500 nucleotídeos. Numa modalidade, a cassete miR-T compreende um comprimento entre cerca de 100 e cerca de 500 nucleotídeos.
[013] Em uma modalidade, a presente divulgação fornece um vírus herpes simplex recombinante oncolítico (HSV) compreendendo: (i) uma primeira cassete de sequência alvo de microRNA (miRNA) (cassete miR-TS) inserida em um primeiro gene viral e compreendendo pelo menos 2 sequências alvo para cada um dos miR-124, miR-1 e miR-143; (ii) uma segunda cassete miR-TS inserida em um segundo gene viral e compreendendo pelo menos 2 sequências alvo para cada um dos miR-128, miR-219a e miR-122; e (iii) uma terceira cassete miR-TS inserida em um terceiro gene viral e compreendendo pelo menos 2 sequências alvo para cada um dos miR-219a, miR-204 e miR-128. Em uma modalidade, o HSV recombinante compreende adicionalmente uma quarta cassete de miR-TS inserida em um quarto gene viral, em que a quarta cassete de miR-TS compreende: (a) pelo menos 2 sequências alvo de cada um dentre miR-137, miR-208b- 3p e miR-126; ou (b) pelo menos 2 sequências alvo de cada um dentre miR-137, miR-217 e miR-126.
[014] Numa modalidade, cada uma das cassetes miR-TS compreende 4 sequências alvo para cada um dos respectivos miRNAs. Numa modalidade, o primeiro gene viral é ICP4. Numa modalidade, o segundo gene viral é ICP27. Numa modalidade, o terceiro gene viral é ICP34.5. Numa modalidade, o quarto gene viral é UL8. Em uma modalidade, a replicação do HSV recombinante é reduzida em uma célula não cancerosa em comparação com a replicação do HSV recombinante em uma célula cancerosa do mesmo tipo celular, em que a célula é selecionada a partir do grupo que consiste em uma célula neuronal, uma célula cardíaca, uma célula muscular e uma célula hepática.
[015] Em uma modalidade, a primeira cassete miR-TS compreende uma sequência de ácido nucleico que é pelo menos 95% idêntica à SEQ ID NO: 852. Numa modalidade, a primeira cassete miR-TS compreende ou consiste na sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 852. Em uma modalidade, a segunda cassete miR-TS compreende uma sequência de ácido nucleico que é pelo menos
95% idêntica à SEQ ID NO: 853. Em uma modalidade, a segunda cassete miR-TS compreende ou consiste na sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 853. Em uma modalidade, a terceira cassete miR-TS compreende uma sequência de ácido nucleico que é pelo menos 95% idêntica à SEQ ID NO: 854. Numa modalidade, a terceira cassete miR-TS compreende ou consiste na sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 854. Em uma modalidade, a quarta cassete miR-TS compreende uma sequência de ácido nucleico que é pelo menos 95% idêntica à SEQ ID NO:
855. Em uma modalidade, a quarta cassete miR-TS compreende ou consiste na sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 855.
[016] Numa modalidade, o HSV recombinante compreende adicionalmente uma sequência polinucleotídica heteróloga que codifica uma ou mais moléculas com payload. Em uma modalidade, a sequência polinucleotídica heteróloga codifica uma com payload selecionada a partir do grupo que consiste em IL-12, CCL4 e CXCL10. Em uma modalidade, a sequência polinucleotídica heteróloga codifica duas ou mais com payload selecionadas do grupo que consiste em IL-12, CCL4 e CXCL10. Numa modalidade, a sequência polinucleotídica heteróloga codifica três com payload compreendendo IL-12, CCL4 e CXCL10.
[017] Em uma modalidade, a presente divulgação fornece um vírus oncolítico recombinante compreendendo uma ou mais sequências alvo de micro- RNA (miR) inseridas em um locus de um ou mais genes virais necessários para replicação viral, em que o vírus é o vírus herpes simplex (HSV) e em que um ou mais genes virais são selecionados a partir do grupo que consiste em UL8, ICP34.5, UL42, UL19, ICP4 e ICP27. Em algumas modalidades, uma ou mais sequências alvo de miR são incorporadas na região 5' não traduzida (UTR) ou 3' UTR de um ou mais genes virais necessários para replicação viral. Em uma modalidade, a sequência alvo de miR é uma sequência alvo de um miR selecionado a partir do grupo que consiste em miR-122, miR-184, miR-34a, let7a, miR-145-5p, miR-199a- 5p, miR-451a, miR-125a, miR-125a-5p, miR-126-3p, miR-233-3p, miR-143-3p, miR-1-3p, miR-133a-3p, miR-127a-3p, miR-133b, miR-134-3p, miR-124, miR-101, miR-125b, miR-145, miR-559, miR-213, miR-31-5p e miR-205p.
[018] Em uma modalidade, uma ou mais cópias das uma ou mais sequências alvo de miR são inseridas em um locus de um ou mais genes virais.
Em uma modalidade, duas, três, quatro ou mais cópias da uma ou mais sequências alvo de miR são inseridas em um locus de um ou mais genes virais. Em uma modalidade, a replicação do vírus é reduzida ou atenuada em uma primeira célula em comparação com a replicação do vírus em uma segunda célula, em que a primeira célula tem uma expressão aumentada de um miR capaz de se ligar a uma ou mais sequências alvo de miR em comparação com a expressão do miR na segunda célula. Numa modalidade, o nível de expressão do miR na primeira célula é pelo menos 5% maior que o nível de expressão do miR na segunda célula. Numa modalidade, a primeira célula é uma célula não cancerosa. Em uma modalidade, a segunda célula tem uma expressão reduzida de um miR capaz de se ligar a uma ou mais sequências alvo de miR em comparação com a expressão do miR na primeira célula. Numa modalidade, a expressão de nível do miR na segunda célula é pelo menos 5% menos que o nível de expressão do miR na primeira célula. Numa modalidade, a segunda célula é uma célula cancerosa.
[019] Numa modalidade, uma cópia de uma sequência alvo de miR-122 é inserida no locus de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral. Em uma modalidade, quatro cópias da sequência alvo miR-122 são inseridas no locus de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral. Em uma modalidade, um ou mais genes virais é ICP27. Numa modalidade, uma cópia de uma sequência alvo de miR-125a é inserida no locus de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral. Em uma modalidade, quatro cópias da sequência alvo miR-125a são inseridas no locus de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral. Em uma modalidade, um ou mais genes virais é UL42. Numa modalidade, quatro cópias de uma sequência alvo de miR-122 são inseridas no locus de ICP27 e uma cópia de uma sequência alvo de miR-125a é inserida no locus de UL42. Numa modalidade, uma cópia de uma sequência alvo de miR-122 é inserida no locus de ICP27 e uma cópia de uma sequência alvo de miR-125a é inserida no locus de UL42. Numa modalidade, uma cópia de uma sequência alvo de miR-122 é inserida no locus de ICP27 e três cópias de uma sequência alvo de miR-125a são inseridas no locus de UL42. Numa modalidade, quatro cópias de uma sequência alvo de miR-122 são inseridas no locus de ICP27 e quatro cópias de uma sequência alvo de miR-125a é inserida no locus de UL42.
[020] Em uma modalidade, a presente divulgação fornece um vírus oncolítico recombinante compreendendo: (a) uma ou mais sequências alvo de micro-RNA (miR) inseridas em um locus de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral; e (b) um ou mais polinucleotídeos que codificam (i) uma ou mais proteínas ou oligonucleotídeos, em que as proteínas ou oligonucleotídeos reduzem a expressão ou inibem a função de um miR, um gene ou um inibidor de tecido de metaloproteinases (TIMP); ou (ii) um anticorpo ativado por protease; em que o vírus é um HSV, em que um ou mais genes virais são selecionados do grupo que consiste em UL42, UL19, ICP4 e ICP27. Em uma modalidade, o miR é um miR oncogênico ou um miR de remodelação de microambiente. Em uma modalidade, o miR oncogênico é selecionado dentre os miRs listados na Tabela 4. Numa modalidade, o gene é um gene oncogênico. Em algumas modalidades, o gene oncogênico é selecionado a partir dos genes listados na Tabela 7. Em algumas modalidades, o miR de remodelação do microambiente é selecionado a partir dos miRs listados na Tabela 5. Em algumas modalidades, uma ou mais sequências alvo de miR são incorporadas na região 5' não traduzida (UTR) ou 3' UTR de um ou mais genes virais necessários para replicação viral. Em uma modalidade, a sequência alvo de miR é uma sequência alvo de um miR selecionado a partir do grupo que consiste em miR-122, miR-184, miR-34a, let7a, miR-145-5p, miR-199a- 5p, miR-451a, miR-125a, miR-125a-5p, miR-126-3p, miR-233-3p, miR-143-3p, miR-1-3p, miR-133a-3p, miR-127a-3p, miR-133b, miR-134-3p, miR-124, miR-101, miR-125b, miR-145, miR-559, miR-213, miR-31-5p e miR-205p.
[021] Em uma modalidade, uma ou mais cópias das uma ou mais sequências alvo de miR são inseridas em um locus de um ou mais genes virais. Em uma modalidade, duas, três, quatro ou mais cópias da uma ou mais sequências alvo de miR são inseridas em um locus de um ou mais genes virais. Numa modalidade, uma cópia de uma sequência alvo de miR-122 é inserida no locus de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral. Em uma modalidade, quatro cópias da sequência alvo miR-122 são inseridas no locus de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral. Em uma modalidade, um ou mais genes virais é ICP27. Numa modalidade, uma cópia de uma sequência alvo de miR- 125a é inserida no locus de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral. Em uma modalidade, quatro cópias da sequência alvo miR-125a são inseridas no locus de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral. Em uma modalidade, um ou mais genes virais é UL42. Numa modalidade, quatro cópias de uma sequência alvo de miR-122 são inseridas no locus de ICP27 e uma cópia de uma sequência alvo de miR-125a é inserida no locus de UL42. Numa modalidade, uma cópia de uma sequência alvo de miR-122 é inserida no locus de ICP27 e uma cópia de uma sequência alvo de miR-125a é inserida no locus de UL42. Numa modalidade, uma cópia de uma sequência alvo de miR-122 é inserida no locus de ICP27 e três cópias de uma sequência alvo de miR-125a são inseridas no locus de UL42. Numa modalidade, quatro cópias de uma sequência alvo de miR-122 são inseridas no locus de ICP27 e quatro cópias de uma sequência alvo de miR-125a é inserida no locus de UL42.
[022] Em uma modalidade, o TIMP é selecionado dentre TIMP1, TIMP2, TIMP3 e TIMP4. Numa modalidade, o oligonucleotídeo é um shRNA ou um oligonucleotídeo chamariz. Em uma modalidade, a proteína é uma nuclease, um acoplador de células T biespecífico (BiTE), uma proteína anti-imunossupressora ou um antígeno imunogênico. Em algumas modalidades, a nuclease é selecionada dentre uma endonuclease associada a Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente Interespaçadas (CRISPR), uma nuclease de dedo de zinco (ZFN) ou uma nuclease efetora tipo ativador de transcrição (TALEN). Em uma modalidade, a endonuclease associada a CRISPR é selecionada dentre SpCas9, SpCas9-HF1, SpCas9-HF2, SpCas9-HF3, SpCas9-HF4, SaCas9, FnCpf, FnCas9, eSpCas9, C2C1, C2C3, Cpf1, Casl, CaslB, Cas2, Cas3, Cas4, Cas5, Cas6, Cas7, Cas8, Cas9, Cas10, Csyl, Csy2, Csy3, Csel, Cse2, Cscl, Csc2, Csa5, Csn2, Csm2, Csm3, Csm4, Csm5, Csm6, Cmrl, Cmr3, Cmr4, Cmr5, Cmr6, Csbl, Csb2, Csb3, Csxl7, Csxl4, Csx10, Csx16, CsaX, Csx3, Csxl, Csxl5, Csfl, Csf2, Csf3 e Csf4. Em uma modalidade, o vírus oncolítico compreende adicionalmente um polinucleotídeo heterólogo que codifica um tracr-RNA (trRNA) e um crispr-RNA (crRNA), em que o crRNA é direcionado a uma sequência de DNA genômico que codifica um miR ou um TIMP e em que o trRNA facilita a ligação e a ativação de uma endonuclease associada a CRISPR.
[023] Em uma modalidade, a proteína anti-imunossupressora é uma proteína anti-células T reguladoras (Treg) ou uma proteína anti-célula supressora derivada de linhagem mieloide (MDSC). Em uma modalidade, a proteína anti- imunossupressora é um bloqueador derivado de VHH ou um BiTE derivado de VHH. Numa modalidade, a proteína induz uma resposta imune antitumoral. Em uma modalidade, a proteína se liga a um antígeno expresso em uma superfície celular, em que o antígeno é selecionado a partir do grupo que consiste em EpCAM, CTLA- 4, PD1, FGF2, FGFR/FGFR2b, receptor de endotelina B e SEMA4D. Em uma modalidade, a proteína é selecionada dentre folato, IFNβ, A2A, CCL5, CD137, CD200, CD38, CD44, CSF-1R, CXCL10, CXCL13, IL-12, IL-15, IL-2, IL-21, IL-35, ISRE7, LFA-1, NG2 (também conhecido como SPEG4), uma proteína SMAD, STING, TGFβ e VCAM1. Numa modalidade, pelo menos um anticorpo ativado por protease é incorporado em um envelope de glicoproteína viral. Em uma modalidade, o anticorpo ativado por protease é ativado por uma protease selecionada dentre uma cisteína catepsina, um aspártico catepsina, uma calicreína (hK), uma serina protease, uma caspase, uma metaloproteinase de matriz (MMP), e uma desintegrina e metaloproteinase (ADAM). Em uma modalidade, a protease é selecionada dentre catepsina K, catepsina B, catepsina L, catepsina E, catepsina D, hK1, PSA (hK3), hK10, hK15, uPA, uPAR, MMP-1, MMP-2, MMP-3, MMP-7, MMP-8, MMP-9, MMP-10, MMP-11, MMP-12, MMP-13, MMP-14, MMP-15, MMP- 16, MMP-17, MMP-18, MMP-19, MMP-20, MMP-21, MMP-23A, MMP-23B, MMP- 24, MMP-25, MMP-26, MMP-27, MMP-28, ou uma protease listada na Tabela 6. Em uma modalidade, o anticorpo ativado por protease liga-se a uma proteína expressa mais fortemente por uma célula cancerígena ou num microambiente cancerígeno do que por uma célula não cancerígena ou num microambiente não cancerígeno. Em uma modalidade, o anticorpo ativado por protease se liga a NKG2D, c-met, HGFR, CD8, sulfato de heparano, VSPG4 (também conhecido como NG2), EGFR, EGFRvIII, CD133, CXCR4, antígeno carcinoembrionário (CEA), CLC-3, anexina II, receptor da transferrina humana, ou EpCAM.
[024] Em uma modalidade, um ou mais polinucleotídeos são inseridos em um locus genético do genoma viral, ou inseridos entre dois loci genéticos do genoma viral. Em um modalidade, os loci gênicos virais são selecionados a partir do grupo que consiste na região de junção de repetição interna (compreendendo uma cópia de cada dos genes diploides ICP0, ICP34.5, LAT, ICP4, e o promotor ICP47), ICP0, LAT, UL1, UL5, UL6, UL7, UL8, UL9, UL11, UL12, UL14, UL15, UL17, UL18, UL19, UL20, UL22, UL25, UL26, UL26.5, UL27, UL28, UL29, UL30, UL31, UL32, UL33, UL34, UL35, UL36, UL37, UL38, UL39, UL40, UL42, UL48, UL49, UL52, UL53, UL54, ICP0, ICP4, ICP22, ICP27, ICP47, gamma-34.5, US3, US4, US5, US6, US7, US8, US9, US10, US11 e US12.
[025] Em uma modalidade, a presente divulgação fornece uma molécula de ácido nucleico que codifica um vírus oncolítico descrito neste documento. Em uma modalidade, a presente divulgação fornece um estoque viral compreendendo um vírus oncolítico descrito neste documento. Em uma modalidade, a presente divulgação fornece uma composição compreendendo um vírus oncolítico descrito neste documento e um carreador farmaceuticamente aceitável.
[026] Em uma modalidade, a presente invenção fornece um método de matar uma célula cancerosa, compreendendo expor a célula cancerosa a um vírus oncolítico descrito neste documento ou as suas composições em condições suficientes para o vírus oncolytic infectar e replicar dentro da referida célula cancerosa, e em que a replicação do vírus oncolytic dentro da célula cancerosa resulta em morte celular. Em uma modalidade, a célula cancerosa tem uma expressão reduzida de um miR capaz de se ligar a uma ou mais sequências alvo de miR em comparação com a expressão do miR em uma célula não cancerosa. Numa modalidade, o nível de expressão do miR na célula cancerosa é pelo menos 5% menos que o nível de expressão do miR na célula não cancerosa. Em uma modalidade, a replicação do vírus oncolítico é aumentada ou mantida nas células cancerosas com uma expressão reduzida do miR capaz de se ligar a uma ou mais sequências alvo de miR. Em uma modalidade, a replicação viral é pelo menos 5% maior nas células cancerosas em comparação com a replicação viral na célula não cancerosa.Numa modalidade, a célula está in vivo. Em uma modalidade, a célula está em um tumor.
[027] Em uma modalidade, a presente divulgação fornece um método de tratamento de câncer em um sujeito em necessidade do mesmo, compreendendo a administração de um vírus oncolítico descrito neste documento ou composições do mesmo a um sujeito em necessidade do mesmo. Em uma modalidade, o sujeito é um camundongo, um rato, um coelho, um gato, um cão, um cavalo, um primata não humano ou um humano. Em uma modalidade, o vírus oncolitico ou suas composições são administrados intravenosa, subcutânea, intratumoral, intramuscular ou intranasalmente. Em uma modalidade, o câncer é selecionado dentre câncer pulmonar, câncer de mama, câncer ováriano, câncer de colo de útero, câncer de próstata, câncer de testículo, câncer colorretal, câncer de cólon, câncer pâncreas, câncer hepático, câncer de estômago, câncer de cabeça e pescoço, câncer de tireoide, glioma maligno, glioblastoma, melanoma, leucemia linfocítica crônica de células B, linfoma difuso de grandes células B (DLBCL), e linfoma da zona marginal (MZL). Numa modalidade, o câncer pulmonar é câncer de pulmão de pequenas células ou câncer de pulmão de células não pequenas. Numa modalidade, o câncer hepático é carcinoma hepatocelular (HCC).
[028] Em uma modalidade, um vírus oncolítico recombinante descrito neste documento compreende adicionalmente uma molécula com payload, em que a molécula ou proteína com payload é um engajador de célula T biespecífica anti- FAP/anti-CD3. Em uma modalidade, um vírus oncolítico recombinante descrito neste documento compreende adicionalmente uma molécula com payload, em que a molécula ou proteína com payload é uma proteína anti-PD1-Fc-41BBL.
BREVE DESCRIÇÃO DAS FIGURAS
[029] A Figura 1 ilustra um mapa de calor de um perfil de expressão de miRNA em tecido cerebral canceroso e não canceroso correspondendo a 25 miRNAs selecionados.
[030] A Figura 2 ilustra um mapa de calor de um perfil de expressão de miRNA em tecido de bexiga canceroso e não canceroso correspondendo a 25 miRNAs selecionados.
[031] A Figura 3 ilustra um mapa de calor de um perfil de expressão de miRNA em tecido mamário canceroso e não canceroso correspondendo a 25 miRNAs selecionados.
[032] A Figura 4 ilustra um mapa de calor de um perfil de expressão de miRNA em tecido de cólon canceroso e não canceroso correspondendo a 25 miRNAs selecionados.
[033] A Figura 5 ilustra um mapa de calor de um perfil de expressão de miRNA em tecido de glioblastoma canceroso e não canceroso correspondendo a 25 miRNAs selecionados.
[034] A Figura 6 ilustra um mapa de calor de um perfil de expressão de miRNA em tecido da cabeça e do pescoço canceroso e não canceroso correspondendo a 25 miRNAs selecionados.
[035] A Figura 7 ilustra um mapa de calor de um perfil de expressão de miRNA em tecido pulmonar canceroso e não canceroso correspondendo a 25 miRNAs selecionados.
[036] A Figura 8 ilustra um mapa de calor de um perfil de expressão de miRNA em tecido pancreático canceroso e não canceroso correspondendo a 25 miRNAs selecionados.
[037] A Figura 9 ilustra um mapa de calor de um perfil de expressão de miRNA em schwannoma e tecido não-schwannoma correspondente a 25 miRNAs selecionados.
[038] A Figura 10A - Figura 10C ilustra um sistema de gene repórter de expressão e atenuação de miRNA descrito no Exemplo 2. A Figura 10A mostra um esquema de um plasmídeo repressor de pTetR tet que induz a expressão de um plasmídeo de expressão de miRNA. A Figura 10B mostra um esquema de um plasmídeo de expressão de miRNA pTF-002 contendo uma cassete de expressão mCherry e miRNA indutível por tet. A Figura 10C mostra um esquema de um repórter de atenuação de miRNA pTF-004 permitindo a leitura de GFP desestabilizado (dsGFP).
[039] A Figura 11 ilustra a expressão e atenuação de miR-122 utilizando o sistema repórter mostrado na Figura 10e descrito no Exemplo 2.
[040] A Figura 12 ilustra atenuação de GFP mediada por miR-122, miR- 184, miR-34a e Let7a utilizando o sistema de repórter mostrado na Figura 10 e descrito no Exemplo 2. Poços circulares indicam níveis reduzidos de expressão de GFP.
[041] A Figura 13 ilustra a expressão de MiR-122, Mir-184, Mir-34a e Let7a, indicada pela expressão de mCherry, utilizando o sistema repórter mostrado na Figura 10 e descrita no Exemplo 2.
[042] A Figura 14 ilustra a atenuação de GFP mediada por miR-122, miR-
124, miR-145, miR-199 e miR-451 utilizando o sistema repórter mostrado na Figura 10 e descrito no Exemplo 2. Poços circulares indicam níveis reduzidos de expressão de GFP.
[043] A Figura 15 ilustra a expressão de miR-122, miR-124, miR-145, miR- 199 e miR-451, indicada pela expressão mCherry, utilizando o sistema repórter mostrado na Figura 10 e descrito no Exemplo 2.
[044] A Figura 16 mostra que a quantificação de miR-122 e miR-184 atenuou fluorescência de GFP.
[045] A Figura 17 mostra que a quantificação de miR-34a e miR-184 atenuou fluorescência de GFP.
[046] A Figura 18 mostra que a quantificação de Let7a e miR-184 atenuou fluorescência de GFP.
[047] A Figura 19 mostra que a quantificação de miR-124 e miR-184 atenuou fluorescência de GFP.
[048] A Figura 20 mostra que a quantificação de miR-145 e miR-184 atenuou fluorescência de GFP.
[049] A Figura 21 mostra que a quantificação de miR-199 e miR-451 atenuou fluorescência de GFP.
[050] A Figura 22 mostra que a quantificação de miR-125 e miR-451 atenuou fluorescência de GFP.
[051] A Figura 23 mostra que a quantificação de miR-126 e miR-451 atenuou fluorescência de GFP.
[052] A Figura 24 mostra que a quantificação de miR-127 e miR-451 atenuou fluorescência de GFP.
[053] A Figura 25 mostra que a quantificação de miR-133 e miR-451 atenuou fluorescência de GFP.
[054] A Figura 26 mostra que a quantificação de miR-223 e miR-451 atenuou fluorescência de GFP.
[055] A Figura 27A - Figura 27D ilustram a quantificação baseada em fluorescência da atenuação do HSV por miR-125 em células pulmonares pós- mitóticas não cancerosas e células A253 cancerígenas. A Figura 27A mostra a quantificação baseada em fluorescência da atenuação do HSV em células pulmonares pós-mitóticas. A Figura 27B mostra a quantificação da atenuação do HSV baseada em fluorescência, em células A253. A Figura 27C mostra a quantificação da atenuação do HSV, baseada em qPCR em células pulmonares pós-mitóticas. A Figura 27D mostra a quantificação baseada da atenuação do HSV, baseada em qPCR, em células A253.
[056] A Figura 28A - Figura 28B ilustram quantificação baseada em fluorescência (Figura 28A) e baseada em qPCR (Figura 28B) da atenuação do HSV por miR-145 em células HCC1395 vs. A253.
[057] A Figura 29A - Figura 29B ilustra a quantificação baseada em fluorescência (Figura.29A) e baseada em qPCR (Figura 29B) da atenuação do HSV por miR-199a-5p vs. miR-143-3p em células pulmonares normais.
[058] A Figura 30A - Figura 30C ilustram expressão e efeito de miRNA- 125a (Figura 30A) e miRNA-122 (Figura 30B) e efeito na replicação viral (Figura 30C) nas linhas celulares A253, Huh7 e Hep3B.
[059] A Figura 31 mostra um Western blot ilustrando a propagação viral reduzida e expressão de proteína após infecção com miR-T122 e/ou miR-T125a contendo HSV em células que expressam miR-122 e miR-125a.
[060] A Figura 32A - Figura 32D ilustram efeitos da expressão de miRNA na replicação do HSV atenuada por miR. A Figura 32A - A Figura 32B mostra uma expressão intracelular aumentada de miR-125a e mir-122 após a transfecção com um mímico de miR-125a (Figura 32A) ou um mímico de miR-122 (Figura 32B). A Figura 32C mostra a atenuação da replicação de vetores oncolíticos do HSV com sequências alvo de miR cognato em loci genéticos distintos mostrados por imagens de fluorescência e quantificação da fluorescência de GFP (Figura 32D).
[061] A Figura 33 ilustra um esquema de um vetor do HSV atenuado por ICP4-TmiRNA para o tratamento de câncer ou distúrbios hiperproliferativos benignos. gB: NT: dupla mutação para aprimoramento da entrada de vírus no gene gB; BAC: resistência ao coranfenicol flanqueada por loxP e sequências lacZ; Δjunção: deleção da região de repetição interna completa incluindo uma cópia do gene ICP4; ICP4: TmiRNA: inserção de sequências alvo de miRNA (por exemplo, let-7, miR-34a, miR-101, miR-125b, miR-145, etc.) na UTR 3 'do gene ICP4 restante (também pode ser colocado em 5 'UTR).
[062] A Figura 34 mostra um esquema de um vetor do HSV atenuado por ICP27-TmiRNA para o tratamento de câncer ou distúrbios hiperproliferativos benignos. gB: NT: dupla mutação para aprimoramento para entrada de vírus no gene gB; BAC: resistência ao coranfenicol flanqueada por loxP e sequências lacZ; Δjunção: deleção da região de repetição interna completa incluindo uma cópia do gene ICP4; ICP27: TmiRNA: inserção de sequências alvo de miRNA (por exemplo, let-7, miR-34a, miR-101, miR-125b, miR-145, etc.) na UTR 3 'do gene ICP27 (também pode ser colocado em 5’ UTR)
[063] A Figura 35 mostra um esquema de um vetor do HSV atenuado por UL19-TmiRNA para o tratamento de câncer ou distúrbios hiperproliferativos benignos. gB: NT: dupla mutação para aprimoramento para entrada de vírus no gene gB; BAC: resistência ao coranfenicol flanqueada por loxP e sequências lacZ; Δjunção: deleção da região de repetição interna completa incluindo uma cópia do gene ICP4; UL19: TmiRNA: inserção de sequências alvo de miRNA (por exemplo, let-7, miR-34a, miR-101, miR-125b, miR-145, etc.) na UTR 3 'do gene UL19 (também pode ser colocado em 5 'UTR).
[064] A Figura 36 ilustra um esquema de um vetor do HSV atenuado por ICP27-TmiRNA e UL19-TmiRNA para o tratamento de câncer ou distúrbios hiperproliferativos benignos. gB: NT: dupla mutação para aprimoramento da entrada de vírus no gene gB; BAC: resistência ao coranfenicol flanqueada por loxP e sequências lacZ; Δjunção: deleção da região de repetição interna completa incluindo uma cópia do gene ICP4; UL19:TmiRNA & ICP27:TmiRNA: inserção de sequências alvo de miRNA (por exemplo, let-7, miR-34a, miR-101, miR-125b, miR- 145, etc.) na UTR 3’ dos genes UL19 e ICP27 (também pode ser colocado em 5’ UTR)
[065] A Figura 37 ilustra um esquema de um vetor do HSV atenuado por ICP4-TmiRNA e UL19-TmiRNA para o tratamento de câncer ou distúrbios hiperproliferativos benignos. gB: NT: dupla mutação para aprimoramento da entrada de vírus no gene gB; BAC: resistência ao coranfenicol flanqueada por loxP e sequências lacZ; Δjunção: deleção da região de repetição interna completa incluindo uma cópia do gene ICP4; UL19: TmiRNA & ICP4:TmiRNA: inserção de sequências alvo de miRNA (por exemplo, let-7, miR-34a, miR-101, miR-125b, miR-
145, etc.) na UTR 3’ dos genes UL19 e ICP4 restantes (também pode ser colocado em 5’ UTR)
[066] A Figura 38 mostra um esquema de um vetor do HSV atenuado por UL19-TmiRNA, ICP27-TmiRNA, e ICP4-TmiRNA para o tratamento de câncer ou distúrbios hiperproliferativos benignos. gB: NT: dupla mutação para aprimoramento para entrada de vírus no gene gB; BAC: resistência ao coranfenicol flanqueada por loxP e sequências lacZ; Δjunção: deleção da região de repetição interna completa incluindo uma cópia do gene ICP4; UL19:TmiRNA, ICP27:TmiRNA, & ICP4:TmiRNA: inserção de sequências alvo de miRNA (por exemplo, let-7, miR- 34a, miR-101, miR-125b, miR-145, etc.) na UTR 3’ do gene ICP4 r UL19, ICP27 (também pode ser colocado em 5’ UTR).
[067] A Figura 39 mostra um esquema de um vetor do HSV de edição de genoma atenuado por ICP4-TmiRNA para o tratamento de câncer. gB: NT: dupla mutação para aprimoramento para entrada de vírus no gene gB; BAC: resistência ao coranfenicol flanqueada por loxP e sequências lacZ; Δjunção: deleção da região de repetição interna completa incluindo uma cópia do gene ICP4; ICP4: TmiRNA: inserção de sequências alvo de miRNA (por exemplo, let-7, miR-34a, miR-101, miR-125b, miR-145) na UTR 3’ do gene ICP4 restante (também pode ser colocado na UTR 5’); Promotor Pol II: constitutivo (CAG, UbC, EF1a, PGK) ou específico de célula (por exemplo, TRPV1, Nav1.7, hSYN); Endonuclease: endonuclease associada ao CRISPR (por exemplo, SpCas9, SaCas9, FnCpf1, FnCas9, etc.); Poli (A): sinal de poliadenilação (por exemplo, bGH); gRNA: fusão de crRNA-trRNA única (DR-crRNA-DR-trRNA); crRNA direcionado ao microRNA oncogênico (por exemplo, miR-17, miR-21, miR-155); Promotor Pol III: por exemplo, U6, H1, 7SK.
[068] A Figura 40 mostra um esquema de um vetor do HSV de remodelamento de microambiente, edição de genoma atenuado por ICP4-TmiRNA para o tratamento de câncer. gB: NT: dupla mutação para aprimoramento para entrada de vírus no gene gB; BAC: resistência ao coranfenicol flanqueada por loxP e sequências lacZ; Δjunção: deleção da região de repetição interna completa incluindo uma cópia do gene ICP4; ICP4: TmiRNA: inserção de sequências alvo de miRNA (por exemplo, let-7, miR-34a, miR-101, miR-125b, miR-145) na UTR 3’ do gene ICP4 restante (também pode ser colocado na UTR 5’); Promotor Pol II:
constitutivo (CAG, UbC, EF1a, PGK) ou específico de célula (por exemplo, TRPV1, Nav1.7, hSYN); Endonuclease: endonuclease associada ao CRISPR (por exemplo, SpCas9, SaCas9, FnCpf1, FnCas9, etc.); Poli (A): sinal de poliadenilação (por exemplo, bGH); gRNA2: crRNA direcionado ao miRNA de remodelamento do microambiente (por exemplo, miR-143, miR-218) ou TIMP (por exemplo, TIMP1, TIMP2); Promotor Pol III: por exemplo, U6, H1, 7SK.
[069] A Figura 41 mostra um esquema de um vetor do HSV atenuado por ICP4-TmiRNA e ICP27-TmiRNA para o tratamento de câncer de pâncreas, pulmão e cólon. gB: NT: dupla mutação para aprimoramento para entrada de vírus no gene gB; BAC: resistência ao coranfenicol flanqueada por loxP e sequências lacZ; Δjunção: deleção da região de repetição interna completa incluindo uma cópia do gene ICP4; ICP4: TmiRNA: inserção da cassete da sequência alvo de miR-124 na UTR 3' do gene ICP4 restante (também pode ser colocado na UTR 5'); ICP27: TmiRNA: inserção de cassetes de sequência alvo miR-451a, miR-143-3p e miR- 559 na UTR 3' do gene ICP-27 (também pode ser colocado na UTR 5').
[070] A Figura 42 mostra um esquema de um vetor do HSV atenuado por ICP4-TmiRNA e ICP27-TmiRNA para o tratamento de vários tipos de câncer. gB: NT: dupla mutação para aprimoramento da entrada de vírus no gene gB; BAC: resistência ao coranfenicol flanqueada por loxP e sequências lacZ; Δjunção: deleção da região de repetição interna completa incluindo uma cópia do gene ICP4; ICP4: TmiRNA: inserção da cassete da sequência alvo de miR-124 na UTR 5’ do gene ICP4 restante (também pode ser colocado na UTR 3’); ICP27: TmiRNA: inserção das cassetes de sequência alvo miR-451a, miR-145-5p e miR-559 na UTR 3’ do gene ICP-27 (também pode ser colocado na UTR 5’).
[071] A Figura 43 mostra um esquema de um vetor do HSV atenuado por ICP4-TmiRNA e ICP27-TmiRNA para o tratamento de schwannoma. gB: NT: dupla mutação para aprimoramento da entrada de vírus no gene gB; BAC: resistência ao coranfenicol flanqueada por loxP e sequências lacZ; Δjunção: deleção da região de repetição interna completa incluindo uma cópia do gene ICP4; ICP4: TmiRNA: inserção da cassete da sequência alvo de miR-124 na UTR 3’ do gene ICP4 restante (também pode ser colocado na UTR 5’); ICP27: TmiRNA: inserção de cassetes de sequência alvo miR-205p, miR-141-5p e miR-31-5p na UTR 3’ do gene
ICP-27 (também pode ser colocado na UTR 5’).
[072] A Figura 44 mostra um esquema de um vírus HSV atenuado por miR, em que várias cópias dos sítios alvos de miR-122, miR-125a e/ou miR-124 são inseridas em ICP27, UL42 e/ou ICP4.
[073] A Figura 45 mostra um esquema de um vírus HSV atenuado por miR (ONCR-157), em que as cassetes do sítio alvo de miR são inseridos em UL8, ICP12, ICP4 e ICP34.5
[074] A Figura 46 mostra um esquema de um vírus HSV atenuado por miR (ONCR-159), em que as cassetes do sítio alvo de miR são inseridos em UL8, ICP12, ICP4 e ICP34.5.
[075] A Figura 47A mostra a intensidade de GFP gerada por um vírus repórter manipulado para expressão de GFP em células tratadas com siRNAs agrupadas contra vários genes virais. A Figura 47B mostra resultados no mesmo ensaio para siRNAs individuais.
[076] As Figuras 48A e 48B mostram a intensidade de GFP gerada por um vírus repórter manipulado para expressão de GFP em células tratadas com siRNAs agrupadas contra vários genes virais usando o vetor ONCR-003 (à esquerda) ou ONCR-010 (à direita) de HSV.
[077] A Figura 49 mostra um Western blot para detectar a expressão de proteínas virais em células infectadas com o vetor HSV e tratadas com siRNA contra genes virais, como indicado. A beta-actina é um controle positivo para o Western blot.
[078] As Figuras 50A e 50B mostram dados do ensaio Nanostring para tecido cerebral normal em comparação com tecido maligno como razão da expressão de miRNA (Figura 50A) e contagens normalizadas (Figura 50B).
[079] As Figuras 51A e 51B mostram dados do ensaio Nanostring para tecido cardíaco normal em comparação com tecido maligno como razão da expressão de miRNA (Figura 51A) e contagens normalizadas (Fig. 51B).
[080] As Figuras 52A mostra os dados do ensaio Nanostring para tecido medula espinhal normal em comparação com tecido maligno como razão da expressão de miRNA. As Figuras 52A e 52B mostram dados do ensaio Nanostring para tecido normal de nervoso ou gânglios em comparação com tecido maligno como razão da expressão de miRNA (Figura 52A) e contagens normalizadas (Figura 52C).
[081] As Figuras 53A e 53B mostram teste ensaio de luciferase de cassetes miR-TS para cassete 1 (Figura 53A) ou cassete 2 (Figura 53B)
[082] A Figura 54A - Figura 54G mostra citotoxicidade dos vetores virais oncolíticos do HSV ONCR-125, ONCR-131, ONCR-142 e ONCR-157 nas células cancerígenas que estão em SW837 (Figura 54A), SKMEL28 (Figura 54B), COLO 205 (Figura 54C), A375 (Figura 54D), H446 (Figura 54E), BXPC3 (Figura 54F) e BT549 (Figura 54G).
[083] A Figura 55 mostra o efeito inibidor de crescimento dos tumores do veículo em comparação com o vírus (como indicado na legenda) em uma experiência com xenoenxerto de camundongo. O aumento no volume tumoral do tumor injetado é comparado com o aumento no volume tumoral do tumor não injetado. O ONCR-133 inibiu significativamente o crescimento de tumores injetados em comparação com os controles tratados com veículo (p <0,0001). O tratamento com ONCR-133 também inibiu significativamente o crescimento tumoral de tumores não injetados (p <0,005), indicando um efeito abscopal aprimorado.
[084] A Figura 56 mostra o efeito inibidor de crescimento dos tumores do veículo em comparação com o vírus (como indicado na legenda) em uma experiência com xenoenxerto de camundongo. O aumento no volume tumoral do tumor injetado é comparado com o aumento no volume tumoral do tumor não injetado. Camundongos tratados com ONCR-133 + ONCR-007 (uma construção HSV que expressa ULBP3) ou ONCR-133 + ONCR-002 (uma construção HSV que não expressa moléculas com payload adicionais) ambas demonstraram uma inibição significativa do crescimento do tumor em comparação com os controles tratados com o veículo.
[085] A Figura 57 mostra o efeito inibidor de crescimento do tumor do veículo em comparação com o vírus (como indicado na legenda) em uma experiência com xenoenxerto de camundongo. O aumento no volume tumoral do tumor injetado é comparado com o aumento no volume tumoral do tumor não injetado. A expressão adicional de CXCL10 no grupo tratado com ONCR-106 + ONCR-113 não aprimorou a inibição do crescimento tumoral em tumores injetados ou não injetados em comparação com camundongos tratados com ONCR-031 + ONCR-113.
[086] A Figura 58 mostra o efeito inibidor de crescimento do tumor do veículo em comparação com o vírus (como indicado na legenda) em uma experiência com xenoenxerto de camundongo. O aumento no volume tumoral do tumor injetado é comparado com o aumento no volume tumoral do tumor não injetado. A expressão adicional de CXCL10 no grupo tratado com ONCR-106 + ONCR-113 não aprimorou a inibição do crescimento tumoral em tumores injetados ou não injetados em comparação com camundongos tratados com ONCR-031 + ONCR-113.
[087] A Figura 59A – Figura 59B mostra que a replicação do vírus injetado ocorre apenas no tumor injetado, não no tumor não injetado, sugerindo que o efeito antitumoral observado no tumor não injetado é imunomediado. Os dados são representados como cópias genômicas brutas por micrograma de DNA (Figura 59A) ou como expressão normalizada (Figura 59B). O HSV foi detectado nos tumores injetados, mas não nos tumores não injetados, indicando que a inibição do crescimento do tumor observada nos tumores não injetados não era devida à propagação viral, mas sim aos efeitos abscopais da administração do vírus.
[088] A Figura 60A - Figura 60C mostram a expressão com payload nos picos dos tumores injetados 24 horas após o tratamento e diminuiu posteriormente.
[089] A Figura 61A - Figura 61C mostra os níveis com payload no soro de camundongos tratados com ONCR-153, em que apenas a expressão de CXCL10 foi observada.
[090] A Figura 62A mostra o nível de expressão de interferon gama nos tumores injetados e não injetados. O tratamento de camundongos com ONCR-153 induziu uma resposta intra-tumoral de IFNγ em tumores injetados e não injetados. A Figura 62B mostra o nível de expressão do interferon gama no plasma do animal hospedeiro.
[091] A Figura 63 mostra o efeito inibidor de crescimento do tumor do veículo em comparação com o vírus (como indicado na legenda) em uma experiência com xenoenxerto de camundongo. O aumento no volume tumoral do tumor injetado é comparado com o aumento no volume tumoral do tumor não injetado.
[092] A Figura 64 mostra o efeito inibidor de crescimento do tumor do veículo em comparação com o vírus (como indicado na legenda) em uma experiência com xenoenxerto de camundongo. O aumento no volume tumoral do tumor injetado é comparado com o aumento no volume tumoral do tumor não injetado.
[093] A Figura 65 mostra o efeito inibidor de crescimento do tumor do veículo em comparação com o vírus (como indicado na legenda) em uma experiência com xenoenxerto de camundongo. O aumento no volume tumoral do tumor injetado é comparado com o aumento no volume tumoral do tumor não injetado.
[094] A Figura 66A mostra o efeito inibidor de crescimento do tumor do veículo em comparação com o vírus (como indicado na legenda) em uma experiência com xenoenxerto de camundongo. A figura 66B mostra diminuição do incidente de metástases no pulmão. A Figura 66C mostra imagens de tecido pulmonar a partir do controle de veículo (PBS) ou animais tratados com vetor.
[095] A Figura 67 mostra o efeito inibidor de crescimento do tumor do veículo em comparação com o vírus (como indicado na legenda) em uma experiência com xenoenxerto de camundongo. O aumento no volume tumoral do tumor injetado é comparado com o aumento no volume tumoral do tumor não injetado. O tratamento com ONCR-152 e -139 demonstrou um efeito aprimorado na inibição de crescimento tumoral em comparação com o tratamento apenas com ONCR-139. Descrição Detalhada
[096] Em alguns aspectos, a presente invenção utiliza perfis de expressão diferenciais de miR para restringir efetivamente a replicação de vetores virais para células tumorais incorporando sequências alvo de miR em um ou mais genes necessários para a replicação viral. Em modalidades particulares, os vetores virais compreendem duas, três, quatro ou mais cópias de uma sequência alvo de miR incorporada em um ou mais genes virais. Em algumas modalidades, os vetores virais descritos neste documento também interrompem a expressão de miRNAs específicos para redução da proliferação tumoral, metástase e/ou remodelação do microambiente tumoral para permitir uma propagação viral aprimorada. Em algumas modalidades, os vetores virais descritos neste documento abrangem a utilização de moléculas de superfície em vetores virais para facilitar o direcionamento nas células tumorais. Estes aspectos podem ser aplicados individualmente ou em combinação para desenvolver vetores virais potencialmente capazes de tratar uma ampla gama de tipos de câncer com um único vetor viral. Como tal, o invento abrange adicionalmente vectores virais oncolíticos recombinantes para utilização no tratamento e prevenção de doenças e distúrbios (por exemplo, câncer). Em algumas modalidades, esta invenção utiliza microRNA endógeno (miRNA) para permitir um vetor viral recombinante seguro e eficaz adequado para tratar uma ampla gama de cânceres.
[097] Os títulos das seções usados neste documento são para fins organizacionais apenas e não devem ser interpretados como limitadores do objeto descrito. Todos os documentos, ou partes de documentos, citados neste documento, incluindo, mas não limitado a, patentes, pedidos de patente, artigos, livros, e tratados, são expressamente incorporados neste documento por referência em sua totalidade para qualquer finalidade. No caso em que um ou mais dos documentos incorporados ou partes de documentos definem um termo que contradiz a definição do termo no aplicativo, a definição que aparece nos controles deste aplicativo. No entanto, a menção de qualquer referência, artigo, publicação, patente, publicação de patentes e pedido de patente citado neste documento não é e não deve ser tomado como reconhecimento ou qualquer forma de sugestão de que eles constituem uma técnica anterior válida ou fazem parte do conhecimento geral comum em qualquer país do mundo. Definições
[098] Na presente descrição, qualquer gama de concentração, gama de porcentagem, gama de razão, ou gama de número inteiro deve ser entendido como incluindo o valor de qualquer número inteiro dentro da gama recitada e, quando apropriado, frações do mesmo (como um décimo e um centésimo de um número inteiro), a menos que indicado de outra forma. Deve ser entendido que os termos "a" e "um" como usado aqui referir-se a "um ou mais" dos componentes enumerados salvo indicação em contrário. O uso da alternativa (por exemplo, "ou")
deve ser entendida como significando qualquer uma, ambas, ou qualquer combinação das alternativas. Como usado neste documento, os termos "incluir" e "compreender" são usados como sinônimos. Conforme utilizado neste documento, “pluralidade” pode referir-se a um ou mais componentes (por exemplo, uma ou mais sequências alvo de miRNA).
[099] Conforme utilizado neste pedido, os termos "cerca de" e "aproximadamente" são usados como equivalentes. Quaisquer numerais usados neste pedido com ou sem cerca de/aproximadamente destinam-se a abranger quaisquer flutuações normais apreciadas por alguém com habilidade ordinária na técnica relevante. Em determinadas modalidades, o termo “aproximadamente” ou “cerca de” refere-se a uma gama de quantidades que se enquadram dentro de 25%, 20%, 19%, 18%, 17%, 16%, 15%, 14%, 13%, 12%, 11%, 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, ou menos em qualquer direção (maior ou menor do que) do valor de referência declarada salvo indicação em contrário ou caso contrário evidente do contexto (exceto onde tal número excede 100% de uma quantidade possível).
[100] "Diminuir" ou "reduzir" refere-se a uma diminuição ou redução em um valor específico de pelo menos 5%, por exemplo, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 99 ou 100% em comparação com um valor de referência. Uma diminuição ou redução em um valor específico também pode ser representada como uma fold-change no valor em comparação com um valor de referência, por exemplo, pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 200, 500, 1000 dobras ou mais diminuem em comparação com um valor de referência.
[101] "Aumento" refere-se a um aumento em um valor específico de pelo menos 5%, por exemplo, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 99, 100, 200, 300, 400, 500% ou mais em comparação com um valor de referência. Um aumento em um valor específico também pode ser representado como uma fold-change no valor comparado a um valor de referência, por exemplo, pelo menos 1 dobra, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 200, 500, 1000 dobras ou mais, aumentam em comparação com o nível de um valor de referência.
[102] O termo "identidade de sequência" refere-se à porcentagem de bases ou aminoácidos entre duas sequências polinucleotídicas ou polipeptídicas que são iguais e na mesma posição relativa. Como tal, uma sequência polinucleotídica ou polipeptídica possui uma certa porcentagem de identidade de sequência em comparação com outra sequência polinucleotídica ou polipeptídica. Para comparação de sequências, tipicamente uma sequência atua como uma sequência de referência, com a qual as sequências de teste são comparadas. O termo "sequência de referência" refere-se a uma molécula à qual uma sequência de teste é comparada.
[103] "Complementar" refere-se à capacidade de emparelhar, através do empilhamento de bases e ligação específica de hidrogênio, entre duas sequências que compreendem bases de ocorrência naturais ou não naturais (por exemplo, modificadas conforme descrito acima) (nucleosídeos) ou seus análogos. Por exemplo, se uma base em uma posição de um ácido nucleico é capaz de ligação de hidrogênio com uma base na posição correspondente de um alvo, então as bases são consideradas complementares uma à outra nessa posição. Os ácidos nucléicos podem compreender bases universais ou espaçadores abásicos inertes que não fornecem contribuição positiva ou negativa para a ligação de hidrogênio. Os pares de bases podem incluir tanto o emparelhamento de base Watson-Crick canônico quanto não-Watson-Crick (por exemplo, emparelhamento de base Wobble e emparelhamento de base Hoogsteen). Entende-se que, para pares de bases complementares, bases do tipo de adenosina (A) são complementares às bases do tipo de timidina (T) ou bases de uracilo-tipo (U), que as bases do tipo de citosina (C) são complementares às bases do tipo guanosina (L), e que as bases universais, tais como, 3-nitropirrolo ou 5-nitroindole pode hibridar com e são consideradas complementares a qualquer A, C, U, ou T. Nichols et ai, Nature, 1994; 369:.492- 493 e Loakes et ai., Nucleic Acids Res., 1994; 22: 4039-4043. A inosina (I) também foi considerada na técnica como uma base universal e é considerada complementar a qualquer A, C, U ou T. Ver Watkins e SantaLucia, Nucl. Acids Research, 2005; 33 (19): 6258-6267.
[104] "Operacionalmente conectado" refere-se a uma justaposição em que os componentes funcionais assim descritos estão em uma relação que lhes permite funcionar da sua maneira pretendida. Por exemplo, um promotor está operativamente conectado a uma sequência polinucleotídica se o promotor afeta a transcrição ou a expressão da sequência polinucleotídica.
[105] O termo "sujeito" inclui animais, como, por exemplo, mamíferos. Em algumas modalidades, o mamífero é um primata. Em algumas modalidades, o mamífero é um humano. Em algumas modalidades, os sujeitos são animais como gado, ovelhas, cabras, vacas, suínos e similares; ou animais domesticados, como cães e gatos. Em algumas modalidades (por exemplo, particularmente em contextos de pesquisa) os sujeitos são roedores (por exemplo, camundongos, ratos, hamsters), coelhos, primatas ou suínos, tais como porcos endocruzados e semelhantes. "Sujeito" e "paciente" são usados de forma intercambiável neste documento.
[106] O termo "quantidade eficaz" refere-se à quantidade mínima de um agente ou composição necessária para resultar em um efeito fisiológico específico (por exemplo, uma quantidade necessária para aumentar, ativar e/ou aprimorar um efeito fisiológico específico). A quantidade eficaz de um agente específico pode ser representada de várias maneiras, com base na natureza do agente, como massa/volume, número de células/volume, partículas/volume (massa do agente)/(massa do sujeito), número de células/(massa do sujeito) ou partículas/(massa do sujeito). A quantidade eficaz de um determinado agente também pode ser expressa como a concentração eficaz semi-máxima (EC50 ), que se refere à concentração de um agente que resulta na magnitude de uma resposta fisiológica específica que fica a meio caminho entre um nível de referência e um nível máximo de resposta.
[107] A expressão “farmaceuticamente aceitável” é empregada neste documento para se referir a esses compostos, materiais, composições e/ou formas de dosagem que são, no escopo do julgamento médico, adequada para utilização em contato com os tecidos dos seres humanos e animais sem toxicidade excessiva, irritação, resposta alérgica ou outro problema ou complicação, avaliados de acordo com uma razão risco/benefício razoável.
[108] Conforme utilizado neste documento, "carreador farmaceuticamente aceitável, diluente ou excipiente" inclui, sem limitação, qualquer adjuvante,
carreador, excipiente, agente de deslizamento, agente edulcorante, diluente, conservante, tintura/corante, intensificador de sabor, surfactante, agente molhante, agente dispersante, agente de suspensão, estabilizador, agente isotônico, solvente ou emulsionante que foi aprovado pela United States Food and Drug Administration como sendo aceitável para utilização em seres humanos ou animais domésticos.
[109] Conforme utilizado neste documento, o termo “vírus oncolítico” refere- se a um vírus que foi modificado para, ou natural, preferencialmente, infectar células cancerígenas.
[110] Os termos "microRNA", "miRNA" e "miR" são usados neste documento de forma intercambiável e se referem a pequenos RNAs endógenos não codificadores de cerca de 21-25 nucleotídeos de comprimento que regulam a expressão gênica, direcionando seus RNAs mensageiros alvo (mRNA) para degradação ou repressão translacional.
[111] "Gene viral essencial", conforme usado neste documento, refere-se a um gene viral necessário para uma ou mais funções virais essenciais, como replicação viral, pacote viral ou infecciosidade viral.
[112] O termo "vetor" é usado neste documento para referir uma molécula de ácido nucleico capaz de transferir ou transportar outra molécula de ácido nucleico. O ácido nucleico transferido está geralmente conectado a, por exemplo, inserido na molécula de ácido nucleico do vetor. Um vetor pode incluir sequências que dirigem a replicação autônoma numa célula, ou podem incluir sequências suficientes para permitir a integração no DNA da célula hospedeira.
[113] Métodos gerais em bioquímica molecular e celular podem ser encontrados em textos padrão, tais como Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3ª Ed. (Sambrook et al., HaRBor Laboratory Press 2001); Short Protocols in Molecular Biology, 4ª Ed. (Ausubel et al., John Wiley et al. & Sons 1999); Protein Methods (Bollag et al., John Wiley & Sons 1996); Nonviral Vectors for Gene Therapy (Wagner et al. eds., Academic Press 1999); Viral Vectors (Kaplift &amp; Loewy eds., Academic Press 1995); Immunology Methods Manual (I. Lefkovits ed., Academic Press 1997); e Cell and Tissue Culture: Laboratory Procedures in Biotechnology (Doyle & Griffiths, John Wiley & Sons 1998), as divulgações das quais são incorporadas neste documento por referência.
Vírus Oncolíticos
[114] Em algumas modalidades, a presente invenção fornece um vírus oncolítico recombinante em que uma ou mais cópias de uma ou mais sequências alvo de micro-RNA (miRNA) são inseridas em um locus de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral. Exemplos de vírus oncolytics são conhecidos na técnica, incluindo, mas não se limitando ao vírus da herpes simplex (HSV), um vírus adenoide, um póliovírus, um vírus vaccinia, um vírus de sarampo, um vírus de estomatite vesiculosa, um ortomixovírus, um parvovírus, um vírus maraba ou um vírus de Coxsackie. Em algumas modalidades, os vírus oncolíticos são descritos neste documento referidos como vetores virais recombinantes ou vetores oncolíticos.
[115] Em certas modalidades, um vírus oncolítico descrito neste documento é um herpes vírus (por exemplo, vírus herpes simplex (por exemplo, HSV-1 ou HSV- 2)), um adenovírus, um poliovírus, um vírus vaccinia, um vírus do sarampo, um vírus de estomatite vesicular, um ortomixovírus, um parvovírus, um vírus maraba ou um vírus de Coxsackie. Em modalidades específicas, o vetor viral recombinante é um HSV capaz de replicação de vetor de tumor seletivo, conforme descrito na publicação internacional de PCT WO 2015/066042, que é incorporado por referência em sua totalidade.
[116] Vectores e métodos baseados em HSV para a sua construção são descritos neste documento, por exemplo, na Patente US 7.078.029, 6.261.552,
5.998.174, 5.879.934, 5.849.572, 5.849.571, 5.837.532, 5.804.413 e 5.658.724, e Pedidos de Patente WO 91/02788, WO 96/04394, WO 98/15637 e WO 99/06583, que são incorporados neste documento por referência na sua totalidade. A sequência do HSV é publicada (No. de Acesso NCBI NC_001806; ver também McGoech et al., J. Gen. Virol, 69 (PT 7), 1531-1574 (1988)), que podem facilitar a projeção de vetores baseados em HSV da invenção. Em alguns casos, o vetor oncolítico da invenção é um vírus herpes simplex (HSV) e compreende adicionalmente uma deleção da região (junção) de repetição interna compreendendo uma cópia de cada um dos genes diploides ICP0, ICP34.5, LAT e ICP4 juntamente com o promotor do gene ICP47.
[117] Em certas modalidades, o vetor viral recombinante da invenção é um
HSV que exibe entrada aprimorada nas células, através de infecção direta e/ou propagação lateral.
Num aspecto, os vectores de HSV da presente invenção podem infectar células directamente através da interação com proteínas celulares que não mediadores típicos da infecção por HSV (por exemplo, para além de proteoglicanos de nectina-1, HVEM ou sulfato de heparano/sulfato de condroitina). Em certas modalidades, o vetor viral recombinante da invenção é um HSV e compreende adicionalmente uma mutação do gene gB ou gH que facilita a entrada do vetor através de receptores não canônicos.
Noutro aspecto, a invenção fornece um vetor de HSV compreendendo adicionalmente glicoproteínas gH mutantes que exibem propagação lateral em células tipicamente resistentes à propagação lateral de HSV, tais como células sem receptores gD.
Em algumas modalidades, um vetor de HSV da invenção compreende um ou mais das proteínas de gB ou gH mutantes, conforme descrito na Publicação de Patente US 2013/0096186, que é incorporada neste documento por referência.
Em certos aspectos, a proteína de entrada mutante dentro de um vetor de HSV é uma glicoproteína envolvida com entrada viral, tal como gB, gH, e o vetor HSV mutante pode compreender versões mutadas de ambas.
No entanto, a proteína de entrada mutante pode ser qualquer proteína que efetue a entrada do vetor de HSV nas células.
Em certas modalidades, a proteína de entrada mutante é diferente de gD, embora o vetor de HSV possa adicionalmente compreender uma gD mutante, tal como contendo um ligante ou outra mutação desejada.
Mutações não limitantes da glicoproteína gB ou gH para utilização no vector de HSV da invenção ocorrem em um ou mais dos seguintes resíduos: gB: D285, gB: A549, gB: S668, gH: N753 e gH: A778. Em algumas modalidades, o vetor de HSV da invenção compreende mutações em ambos gB:D285 e gB:A549, em ambos gH:N753 e gH:A778, e/ou em cada gB:S668, gH:N753 e gH:A778. Em certas modalidades, o vetor de HSV contém duas ou mais dessas mutações (por exemplo, 3 ou mais, 4 ou mais), e o vetor de HSV pode compreender mutações em todos os cinco desses resíduos.
Numa modalidade, um vetor de HSV tem mutações em gB:285, gB;549, gH:753, e gH:778. As mutações são referidas neste documento em relação à numeração do códon (aminoácido) dos genes gD, gB e gH do derivado da cepa de HSV-1 KOS, K26GFP.
As sequências para gB e gH de K26GFP diferem das sequências para gB como divulgado em GenBank (#AF311740 (incorporado neste documento por referência)) e para gH (GenBank #X03896 (incorporado neste documento por referência)) como refletido na Tabela 9 abaixo: Tabela 9: Posição de AF311740 K26GFP Posição(ões) AF311740 K26GFP aminoácido de nucleotídeo gB 313 T S 938-939 ACG AGC 315 A T 943 GCC ACC 515 H R 1,544 CAC CGC X03896 X03896 gH 12 I L 1,011 ATT CTT 110 P S 1,305 CCG TCG 127 T I 1,357 ACC ATC 138 S A 1,389 TCG GCG 150 A T 1,425 GCC ACC 532 A A 2,573 GCT GCG 633 R R 2,876 CGT CGC
[118] No entanto, K26GFP pode conter diferenças adicionais na região do gene correspondente aos nucleótidos 2.079-2.102 do GenBank X03896. Assim, entender-se-á que a sequência do derivado de KOS K26GFP ou do No. de Acesso GenBank AF311740 pode servir como uma sequência de referência para as mutações de gB discutidas aqui. Além disso, a seqüência de derivado de KOS K26GFP ou No. de Acesso GenBank X03896 pode servir como uma sequência de referência para as mutações de gH discutidas neste documento. No entanto, os vetores de HSV da invenção podem incluir mutações homólogas em gB e gH de qualquer fita de HSV.
[119] Em alguns aspectos, a mutação da proteína de entrada para inclusão em um vetor de HSV é uma mutação de substituição; no entanto, as mutações não estão limitadas a mutantes de substituição. Em certas modalidades, as glicoproteínas do mutante gB ou gH para uso em um vetor de HSV são selecionadas do grupo de mutações de substituição consistindo em gB:D285N,
gB:A549T, gB:S668N, gH:N753K, gH:A778V. Em certos aspectos, um vetor de HSV inclui combinações dessas substituições (como duas ou mais dessas substituições (por exemplo, 3 ou mais, 4 ou mais, ou todas)), com o mutante duplo gB:D285N/gB:A549T, o mutante duplo gH:N753K/gH:A778V e o tripleto mutante gB:S668N/gH:N753K/gH:A778V são exemplos de formas de realização. Numa modalidade, um vetor de HSV compreende gB:D285N/gB:A549T/gH:N753K/gH:A778V.
[120] Em certos aspectos, um vetor de HSV compreende um uma glicoproteína de gH mutante e/ou gB mutante, em que as mutações nas glicoproteínas são mutações de substituição em pelo menos dois resíduos, em que, quando o vetor é HSV -1 K26GFP, os resíduos de pelo menos dois são selecionados do grupo composto que consiste de gB:D285, gB:A549, gB:S668, gH:N753, e gH:A778, ou em que, quando o vetor é um homólogo de HSV, pelo menos dois resíduos são selecionados de aminoácidos que se correlacionam com gB:D285, gB:A549, gB:S668, gH:N753, e gH:A778, em que o resíduo gB:D285 se correlaciona com X em VYPYXEFVL (SEQ ID NO:838), o resíduo de gB:A549 se correlaciona com X em KLNPNXIAS (SEQ ID NO:839), o resíduo de gB:S668 se correlaciona com X em ITTVXTFID (SEQ ID NO:840), o resíduo de gH:N753 se correlaciona com X em VDTDXTQQQ (SEQ ID NO:841), e o resíduo de gH:A778 se correlaciona com X em VPSTXLLLF (SEQ ID NO:842); e no qual o vetor de HSV é um vetor de HSV-1 ou HSV-2.
[121] Em algumas modalidades, os vírus oncolíticos do HSV descritos neste documento compreendem uma ou mais mutações no gene UL37 que reduzem a infecção pelo HSV de células neuronais, como as descritas na Publicação Internacional PCT WO 2016/141320 e Richard et al., Plos Pathogens, 2017, 13 (12), e1006741. Vírus Oncolíticos atenuados por miRNA
[122] Os miRs são expressos diferencialmente em uma ampla variedade de estados de doenças, incluindo vários tipos de câncer. É importante que os miRNAs são diferencialmente expressos nos tecidos cancerígenos em comparação aos tecidos normais, permitindo que sirvam como mecanismo de direcionamento em uma ampla variedade de câncer. Os miRNAs que são associados (positiva ou negativamente) à carcinogênese, transformação maligna ou metástase são conhecidos como "oncomiRs".
[123] Em alguns aspectos, o nível de expressão de um determinado oncomiR está associado positivamente ao desenvolvimento ou manutenção de um câncer em particular. Tais miRs são referidos neste documento como "miRs oncogênicos". Em algumas modalidades, a expressão de um miR oncogênico é aumentada em células ou tecidos cancerosos em comparação com o nível de expressão observado em células de controle não cancerosas (isto é, controles normais ou saudáveis) ou é aumentada em comparação com o nível de expressão observado em células cancerosas derivadas de um tipo diferente de câncer. Em algumas formas de realização, a expressão de um miR oncogênico é aumentada em pelo menos 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 150%, 200%, 300%, 400%, 500%, 1000% ou mais em comparação com a expressão do miR oncogênico em uma célula de controle não cancerosa ou uma célula cancerosa derivada de um tipo de câncer diferente. Em alguns aspectos, uma célula ou tecido cancerígeno pode expressar um miR oncogênico que não é expresso em células ou tecidos de controle não cancerosos. Exemplos de miRNAs oncogênicos que frequentemente são superexpressos em tecidos cancerígenos incluem, mas não estão limitados a miR-21, miR-155 e miR- 17-92. Exemplos adicionais de miRs oncogênicos estão listados na Tabela 4.
[124] Em algumas modalidades, a expressão de um oncomiR específico está associada negativamente ao desenvolvimento ou manutenção de um câncer e/ou metástase específicos. Tais oncomiRs são referidos neste documento como “miRs supressores de tumor” ou “miRs supressores de tumor”, pois sua expressão previne ou suprime o desenvolvimento de câncer. Em algumas modalidades, a expressão de um miRNA supressor de tumor é diminuída em células ou tecidos cancerosos em comparação com o nível de expressão observado em células de controle não-cancerosas (isto é, controles normais ou saudáveis), ou é diminuída em comparação com o nível de expressão do miRNA supressor de tumor observado em células cancerosas derivadas de um tipo de câncer diferente. Por exemplo, a expressão de um miRNA supressor de tumor em uma célula cancerosaa pode ser diminuída em pelo menos 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%,
45%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% ou 100% em comparação com a expressão do miRNA supressor de tumor em uma célula de controle não-cancerosa ou em uma célula cancerosa derivada de um tipo de câncer diferente. Em alguns aspectos, uma célula de controle não-cancerosa pode expressar um miRNA supressor de tumor que não é expresso em células cancerosas. Exemplos de miRNAs supressores de tumor incluem, mas não estão limitados a miR-122, miR-184, miR- 34a, let7a, miR-145-5p, miR-199a-5p, miR-451a, miR-125a, miR-125a-5p, miR- 126-3p, miR-233-3p, miR-143-3p, miR-1-3p, miR-133a-3p, miR-127a-3p, miR- 133b, miR-134-3p, miR-124, miR-101, miR-125b, miR-145, miR-559, miR-213, miR-31-5p, miR-205p, miR-15a, miR-16-1, miR-34, também como miRNAs da família let-7. Exemplos adicionais de miRs supressores de tumor estão listados na Tabela 3 e na Tabela 8.
[125] A patogênese do câncer é um processo heterogêneo e multigênico. Como tal, a ativação de vias particulares e a expressão de genes particulares podem levar ao desenvolvimento do câncer em um contexto e resultar em resultados distintos ou opostos quando ativados ou expressos em um contexto diferente. Portanto, a caracterização de um gene ou miR específico como um "oncogene" ou "miR oncogênico" ou como "supressor de tumor" ou "miR supressor de tumor" não é uma distinção binária e varia de acordo com o tipo de câncer. Por exemplo, a expressão de um miRNA pode ser aumentada em um câncer em particular e associada ao desenvolvimento desse câncer, enquanto a expressão do mesmo miRNA pode ser diminuída em um câncer diferente e associada à prevenção do desenvolvimento desse câncer. No entanto, alguns miRNAs podem funcionar como miRNAs oncogênicos, independentemente do tipo de câncer. Por exemplo, alguns miRNAs têm como alvo transcritos de mRNA de genes supressores de tumores para degradação, reduzindo assim a expressão da proteína supressora de tumores. Por exemplo, o miR-152b funciona como um miR oncogênico na grande maioria das malignidades hematológicas, mas funciona como um miR supressor de tumores em muitos tumores sólidos. Adicionalmente, um miR particular pode ser altamente expresso em células cancerosas e não cancerosas. Por exemplo, o miR-155 é altamente expresso em células normais, desempenhando um papel essencial na polarização de macrófagos e também é altamente expresso em células cancerígenas. Como tal, o desenvolvimento dos vírus oncolíticos atenuados por miR, edição genômica e remodelamento de microambiente descritos neste documento é baseado na expressão diferencial de um miR em particular ou grupo de miRs em uma população de células ou tecido comparado a outra população de células ou tecido. Uma pessoa versada na técnica entenderá que o termo miR supressor de tumor geralmente se refere a um miR que é mais altamente expresso em uma célula ou tecido não canceroso comparado a uma célula ou tecido canceroso, e que o termo miR oncogênico geralmente se refere a um miR que é mais altamente expresso em uma célula ou tecido canceroso comparado a uma célula ou tecido não canceroso. Uma pessoa versada na técnica compreenderá ainda que um miR caracterizado como um miR supressor de tumores num tipo de cancro pode ou não funcionar como um miR supressor de tumores num tipo diferente de cancro, e que um miR caracterizado como um miR oncogênico em um tipo de câncer pode ou não mais pode funcionar como um miR oncogênico em um tipo diferente de câncer.
[126] A Tabela 1 mostra a relação entre 12 receptores oncomiRs seletos (9 supressores de tumor e 3 miRNAs oncogênicos) e numerosos cânceres. Uma lista de 3.410 relações de câncer-oncomiR é mostrada na Tabela 2. Os miRNAs regulam muitos transcritos de proteínas que estão envolvidas no controle da proliferação celular e apoptose. As proteínas reguladas incluem proto-oncoproteínas convencionais e supressores de tumor tais como Ras, Myc, Bcl2, PTEN e p53. A expressão aberrante de miRNAs, portanto, está freqüentemente envolvida no desenvolvimento de câncer e pode ser terapeuticamente corrigida pela inibição de miRNAs oncogênicos ou pela substituição do miRNA supressor de tumor depletado. Adicionalmente, a expressão diferencial de oncomiRs particulares em células cancerosas versus células não cancerosas pode ser explorada como um meio para direcionar terapias de câncer especificamente para células cancerígenas. Como tal, em algumas modalidades, os vetores virais oncolítios descritos neste documento podem compreender as seguintes propriedades individualmente ou em combinação: inserção de sequências alvo de miRNA no genoma viral, restringindo assim a replicação vetorial viral no câncer ou células de tumor; um ou mais polinucleotídeos incorporados no genoma viral cujo produto(s)
interrompa a função de um miRNA oncogênico; modular a matriz extracelular de câncer, e/ou aprimorar ou ativar uma resposta imuno anti-cancerígena; e/ou anticorpos ativados pela protease incorporados na partícula viral a fim de seletivamente direcionarem os vetores no câncer e/ou nas células tumorais.
[127] Um aspecto da invenção compreende um vírus oncolítico recombinante (ou vetor viral) compreendendo uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA inseridas em um locus de um ou mais genes virais essenciais. Em certas modalidades, um vírus oncolítico recombinante pode compreender sequências alvo de miRNA inseridas em um locus de pelo menos um, pelo menos dois, pelo menos três, pelo menos três, pelo menos quatro, pelo menos cinco, pelo menos seis, pelo menos sete, pelo menos oito, pelo menos nove ou pelo menos dez genes virais essenciais. Os miRNAs expressos em células normais (não cancerosas) podem se ligar a essas sequências alvo e suprimir a expressão do gene viral que contém a sequência alvo de miRNA, limitando assim a replicação viral em células saudáveis e não cancerosas. Tais vírus oncolíticos recombinantes são referidos neste documento como "atenuados por miR" ou "restritos a replicação", pois demonstram replicação viral reduzida ou atenuada em células que expressam um ou mais miRNAs capazes de se ligar às sequências alvo de miR incorporadas em comparação com células que não expressam ou têm expressão reduzida do miR. Ao incorporar sequências alvo de miRNA em genes-chave necessários para replicação viral, a replicação viral pode ser suprimida condicionalmente em células diplóides normais que expressam os miRNAs e pode prosseguir normalmente em células que não expressam os miRNAs. Em tais modalidades, as células saudáveis não cancerosas são protegidas das células normais a partir dos efeitos líticos da infecção pelo vetor viral recombinante.
[128] Em certas modalidades, uma ou mais sequências alvo de miRNA é incorporada na região não traduzida 5’ (UTR) e/ou UTR 3’ de um ou mais genes virais essenciais. Em algumas modalidades, um vírus oncolítico é um vírus herpes simplex (HSV) e o genes virais necessários para a replicação viral incluem quais dentre UL1, UL5, UL6, UL7, UL8, UL9, UL11, UL12, UL14, UL15, UL17, UL18, UL19, UL20, UL22, UL25, UL26, UL26.5, UL27, UL28, UL29, UL30, UL31, UL32, UL33, UL34, UL35, UL36, UL37, UL38, UL39, UL40, UL42, UL48, UL49, UL52,
UL53, UL54, ICP0, ICP4, ICP22, ICP27, ICP34.5, ICP47, gamma-34.5, US3, US4, US5, US6, US7, US8, US9, US10, US11 e/ou US12. Em certas modalidades, o vírus oncolítico é HSV e compreende uma ou mais sequências alvo de miRNA incorporadas na UTR 5’ ou 3’ de um ou mais genes virais essenciais. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico é HSV, e uma ou mais sequências alvo de miRNA são incorporadas em um ou mais de ICP4, ICP27, UL8, UL42, UL19 e ICP34.5. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico é HSV, uma ou mais sequências alvo de miRNA são incorporadas na UTR 5’ ou 3’ de um ou mais de ICP4, ICP27, UL8, UL42, UL19 e ICP34.5. Cassetes de sequência alvo miRNA
[129] Em animais, os genes para miRNAs são transcritos para um miRNA primário (pri-miRNA), que é processado no núcleo por Drosha, uma enzima classe 2 da RNase III, para formar um hairpin precursor de miRNA (pré-miRNA). O hairpin pré-miRNA é transportado para o citoplasma, onde é clivado pela enzima RNase III em Dicer. Esta endorribonuclease interage com as extremidades 5' e 3' do hairpin e corta para longe a alça que une a alça que junta os braços 3 'e 5', produzindo uma molécula de RNA duplex com cerca de 22 nucleotídeos de comprimento. Embora qualquer cadeia do duplex possa atuar potencialmente como um miRNA funcional, normalmente uma fita do miRNA é degradada e apenas uma fita é carregada na proteína Argonaute (Ago) para produzir o complexo silenciador induzido por RNA (RISC), em que o miRNA e seu alvo de mRNA interage (Wahid et al., 1803: 11, 2010, 1231-1243).
[130] Neste documento, o gene que codifica um miRNA específico é referenciado como "MIR" seguido pelo número do miRNA. As moléculas intermediárias de pré-miRNA em hairpin são referenciadas como "mir-" seguidas pelo número de miRNA, enquanto a molécula de miRNA maduro de fita única é referenciada como "miR-" seguida pelo número de miRNA. Por exemplo, "MIR122" refere-se ao gene que codifica uma molécula de pré-miRNA mir-122 em hairpin, que é então processada em uma molécula de miR-122 maduro. Devido à estrutura em hairpin do pré-miRNA, é possível que dois microRNAs maduros possam se originar de braços opostos do mesmo pré-miRNA. Em alguns casos, os dados de expressão identificam claramente uma fita como o miRNA predominantemente expresso e o outro como um produto secundário. Nesses casos, as sequências maduras de miRNA recebem nomes da forma miR -## (o produto predominante) e miR-## * (produto secundário do braço oposto do precursor). Por exemplo, os produtos principais e secundários de mir-56 são indicados como miR-56 e miR-56 *, respectivamente. Quando os dados existentes não são suficientes para determinar qual sequência é a predominante ou quando são encontrados em quantidades aproximadamente semelhantes, os dois produtos maduros de miRNA são indicados como miR - ## - 5p (do braço 5' do hairpin pré-miRNA) e miR - ## - 3p (do braço 3 'do hairpin do pré-miRNA). Por exemplo, os dois produtos maduros de miRNA de mir-142 denotam-se como miR-142-5p e miR-142-3p. Como eles se originam a partir de extremidades opostas do hairpin em pré-miRNA, os produtos - 3p e -5p de um determinado miRNA compreenderão diferentes sequências de RNA e, portanto, reconhecerão diferentes sequências alvo.
[131] Neste documento, as sequências alvo de miRNA são inseridas no locus de um ou mais genes virais essenciais na forma de uma "cassete de sequência alvo de miR" ou "cassete de miR-TS". Uma cassete miR-TS que se refere a uma sequência polinucleotídica compreendendo uma ou mais sequências alvo de miRNA e capaz de ser inserida em um locus específico de um gene viral. Quando transcritos, os transcritos de mRNA de um gene viral compreendendo uma cassete de miR-TS compreenderão uma ou mais sequências alvo de miRNA. Em algumas modalidades, as cassetes de miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos uma sequência alvo de miRNA. Em algumas modalidades, as cassetes de miR-TS descritas neste documento compreendem uma pluralidade de sequências alvo de miRNA. Por exemplo, em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritos neste documento compreendem 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 ou mais sequências alvo de miRNA. Em tais modalidades, em que as cassetes miR-TS compreendem duas ou mais sequências alvo de miRNA, as duas ou mais sequências alvo são dispostas de modo que o comprimento total da cassete miR-TS (m) seja menor ou igual ao comprimento médio das sequências alvo de miRNA (n) multiplicadas pelo número total de sequências alvo de miRNA na cassete (y) mais o comprimento médio de uma sequência conectante (l) multiplicada pelo número total de sequências alvo de miRNA na cassete mais 1 (y + 1). Assim, o comprimento de uma cassete miR-TS (m) pode ser representado pela fórmula: m ≤ (n * y) + (l * (y +1)), em que n = o comprimento médio das sequências alvo de miRNA, l = o comprimento médio das sequências conectantes e y = o número total de sequências alvo na cassete miR- TS). Como um exemplo ilustrativo, se uma cassete miR-TS compreende 4 sequências alvo de miRNA (y) com um comprimento médio de 21 nt (n), e o comprimento médio das sequências ligantes está entre 4 e 25 nt (l), o comprimento da cassete miR-TS (m) está entre cerca de 104 nt e cerca de 205 nt.
[132] Conforme usado neste documento, o "comprimento" de uma cassete miR-TS é definido como o número total de nucleotídeos (pares de bases para polinucleotídeos de fita dupla) do nucleotídeo 5’ do primeiro miR-TS ao nucleotídeo 3’ do último miR -TS no polinucleotídeo, incluindo quaisquer sequências intervenientes. Para miR-TSs não sobrepostos, o comprimento mínimo de uma fita miR-TS será a soma dos comprimentos dos miR-TSs. Os espaçadores aumentam o comprimento. A escolha do comprimento do espaçador determina o número de nucleotídeos adicionais na cassete. Espaçadores mais longos aumentam o comprimento da cassete mais do que espaçadores mais curtos. Ao reconhecer que espaçadores mais curtos (tão curtos quanto 0, 1, 2, 3, 4, 5 ou 6 nt) podem ser usados quando os miR-TSs são intercalados (minimizando o número de mi-TSs para o mesmo miRNA adjacente a uns aos outros) — os miR-TSs intercalados servindo para aumentar o espaço entre os outros miR-TSs — os presentes inventores determinaram que é possível gerar cassetes miR-TS mais curtos do que é possível em cassetes miR-TS nos quais miR-TSs para o mesmo miRNA são ordenados em tandem, por exemplo, quatro de um tipo seguido por quatro do próximo tipo. Em algumas modalidades, o comprimento da cassete miR-TS é menos que 1000 nt. Em algumas modalidades, o comprimento da cassete miR-TS é menos de 900 nt, menos de 800 nt, menos de 700 nt, menos de 600 nt, menos de 500 nt, menos de 400 nt, menos de 300 nt, menos de 200 nt, menos de 100 nt ou menos de 50 nt. Em algumas modalidades, o comprimento da cassete miR-TS é menos de 26, 27, 28, 29 ou 30 nt vezes o número de sítios miR-TS, menos de cerca de 30 nt vezes o número de sítios miR-TS, menos cerca de 35 nt vezes o número de sítios miR-TS ou menos de cerca de 40 nt vezes o número de sítios miR-TS.
[133] Em algumas modalidades, as cassetes de miR-TS compreendem uma pluralidade de sequências alvo de miRNA, em que cada sequência alvo de miRNA na pluralidade é uma sequência alvo para o mesmo miRNA. Por exemplo, as cassetes miR-TS podem compreender 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais cópias da mesma sequência alvo miR. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS compreendem entre 2 a 6 cópias da mesma sequência alvo de miR. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS compreendem 3 cópias da mesma sequência alvo de miR. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS compreendem 4 cópias da mesma sequência alvo de miR.
[134] Em algumas modalidades, as cassetes de miR-TS descritas neste documento compreendem uma pluralidade de sequências alvo de miRNA, em que a pluralidade compreende pelo menos duas sequências alvo de miRNA diferentes. Em algumas modalidades, as cassetes de miR-TS descritas neste documento compreendem 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10 diferentes sequências alvo de miRNA. Por exemplo, em algumas modalidades, a cassete miR-TS pode ser uma ou mais cópias de uma primeira sequência alvo de miRNA e uma ou mais cópias de uma segunda sequência alvo de miRNA. Em algumas modalidades, a cassete miR-TS compreende pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais cópias de uma primeira sequência alvo de miR e pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais cópias de uma segunda sequência alvo de miR. Em algumas modalidades, a cassete miR-TS compreende 3 ou 4 cópias de uma primeira sequência alvo de miR e 3 ou 4 cópias de uma segunda sequência alvo de miR. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA compreende pelo menos três sequências alvo de miRNA diferentes. Por exemplo, em algumas modalidades, a cassete miR-TS compreende uma ou mais cópias de uma primeira sequência alvo de miR, uma ou mais cópias de uma segunda sequência alvo de miR e uma ou mais cópias de uma terceira sequência alvo de miR. Em algumas modalidades, a cassete miR-TS compreende pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais cópias de uma primeira sequência alvo de miR, pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais cópias de uma segunda sequência alvo de miR e pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais cópias de uma terceira sequência alvo de miR. Em algumas modalidades, a cassete miR-TS compreende 3 ou 4 cópias de uma primeira sequência alvo de miR, 3 ou 4 cópias de uma segunda sequência alvo de miR e 3 ou 4 cópias de uma terceira sequência alvo de miR. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA compreende pelo menos 4 sequências alvo de miRNA diferentes. Por exemplo, em algumas modalidades, a cassete miR-TS compreende uma ou mais cópias de uma primeira sequência alvo de miR, uma ou mais cópias de uma segunda sequência alvo de miR e uma ou mais cópias de uma terceira sequência alvo de miR, e uma ou mais copias de uma quarta sequência alvo de miR. Em algumas modalidades, a cassete miR-TS compreende pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais cópias de uma primeira sequência alvo de miR, pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais cópias de uma segunda sequência alvo de miR, pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais cópias de uma terceira sequência alvo de miR, e pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais cópias de uma quarta sequência alvo de miR. Em algumas modalidades, a cassete miR-TS compreende 3 ou 4 cópias de uma primeira sequência alvo de miR, 3 ou 4 cópias de uma segunda sequência alvo de miR, 3 ou 4 cópias de uma terceira sequência alvo de miR, e 3 ou 4 cópias de uma quarta sequência alvo de miR. Em algumas modalidades, as cassetes de miR-TS descritas neste documento compreendem uma pluralidade de sequências alvo de miRNA, em que
[135] Em alguns aspectos, em que as cassetes miR-TS compreendem uma pluralidade de sequências alvo de miRNA, a pluralidade de sequências alvo de miRNA podem ser dispostas em tandem, sem nenhuma sequência de ácido nucleico interveniente. Em alguns aspectos, a pluralidade de sequências alvo de miRNA pode ser separada por uma sequência conectante. Em algumas modalidades, a sequência conectante compreende 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 ou mais nucleotídeos. Em algumas modalidades, a sequência conectante compreende cerca de 4 a cerca de 20 nucleotídeos. Em modalidades adicionais, a sequência conectante compreende cerca de 4 a cerca de 16 nucleotídeos. Como uma modalidade ilustrativa, uma cassete miR-TS pode compreender 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais das seguintes subunidades: (a) uma primeira sequência alvo de miRNA – conectante – uma segunda sequência alvo de miRNA, em que subunidades adjacentes são separadas por uma sequência conectante adicional.
Em algumas modalidades, a primeira e a segunda sequência alvo de miRNA são alvos do mesmo miRNA. Em algumas modalidades, a primeira e a segunda sequência alvo de miRNA são alvos de diferentes miRNAs.
[136] Em algumas modalidades, as cassetes de miR-TS descritas neste documento compreendem uma sequência alvo de miRNA que é pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idêntica ao complemento reverso de uma sequência selecionado de SEQ ID NOs: 1 – 803. Em algumas modalidades, as cassetes de miR-TS descritas neste documento compreendem uma sequência alvo de miRNA que compreende ou consiste no complemento reverso de uma sequência selecionada de SEQ ID NOs: 1 – 803.
[137] Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-122-5p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-122-5p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 804. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-122-5p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 804. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-124-3p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-124-3p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 805. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-124-3p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 805. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-125-5p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-125-5p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 806. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-125-5p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 806.
[138] Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-126-3p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-126-3p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 807 ou SEQ ID NOs: 808. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-126-3p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 807 ou SEQ ID NO: 808. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-127-3p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-127-3p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 809. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-127-3p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 809.
[139] Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-128-3p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-128-3p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 810 ou SEQ ID NOs: 811. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-128-3p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 810 ou SEQ ID NO: 811. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-129-3p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-129-3p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 812. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-129-3p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 812.
[140] Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-129-5p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-129-5p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 813. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-129-5p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 813. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-130b-3p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-130b-3p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 814. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-130b-3p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 814. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-130b-5p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-130b-5p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 815. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-130b-5p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 815.
[141] Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-133a-3p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-133a-3p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 816. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-133a-3p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 816. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-133b-3p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-133b-3p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 817. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-133b-3p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 817. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-134-3p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-134-3p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 818. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-134-3p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 818.
[142] Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-137-3p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-137-3p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 819. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-137-3p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 819. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-1-3p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-1-3p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 820. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-1-3p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 820. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-143-3p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-143-3p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 821. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-143-3p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 821.
[143] Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-145-3p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-145-3p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 822. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-145-3p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 822. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-145-5p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-145-5p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 823. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-145-5p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 823. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-184-3p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-184-3p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 824. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-184-3p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 824.
[144] Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-199-3p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-199-3p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 825. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-199-3p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 825. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-199-5p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-199-5p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 826. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-199-5p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 826. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-204-5p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-204-5p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 827. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-204-5p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 827.
[145] Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-208b-3p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-208b-3p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 828. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-208b-3p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 828. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-214-3p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-214-3p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos
97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 829. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-214-3p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 829. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-217-5p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-217-5p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 830. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-217-5p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 830.
[146] Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-219-5p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-219-5p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 831. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-219-5p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 831. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-223-3p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-223-3p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 832. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-223-3p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 832. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-34-5p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-34-5p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 833. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-34-5p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 833.
[147] Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-451a. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-451a são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 834. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-451a compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 834. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-559-5p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-559-5p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 835. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-559-5p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 835. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-Let-7a-5p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-Let-7a-5p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 836. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-Let-7a-5p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 836. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS descritas neste documento compreendem pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3 ou pelo menos 4 sequências alvo de miR-9-5p. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-9-5p são pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98% ou pelo menos 99% idênticas à SEQ ID NO: 837. Em algumas modalidades, as sequências alvo de miR-9-5p compreendem ou consistem em SEQ ID NO: 837.
[148] A Tabela 10 abaixo fornece sequências de miRNAs exemplares que podem se ligar às sequências alvo de miRNA nos vírus oncolíticos descritos neste documento. Sequências de miRNA adicionais são fornecidas nas SEQ ID NOs: 33 – 803. Tabela 10: miRNAs e sequências alvo exemplares miRN Sequência miRNA SE miR-TS SE
A Q ID Q ID 122-5p uggagugugacaaugguguuug 1 caaacaccattgtcacactcca 804 124-3p uaaggcacgcggugaaugcc 2 ggcattcaccgcgtgcctta 805 125a- ucccugagacccuuuaaccugug 3 tcacaggttaaagggtctcaggg 806 5p a a
126-3p ucguaccgugaguaauaaugcg 4 cgcattattactcacggtacga 807 cacattattactcacggtacga 808 127a- ucggauccgucugagcuuggcu 5 agccaagctcagacggatccga 809 3p 128-3p ucacagugaaccggucucuuu 6 aaagagaccggttcactgtga 810 aaagagaccggttcactgtgg 811 129-3p aagcccuuaccccaaaaaguau 7 atactttttggggtaagggctt 812 129-5p cuuuuugcggucugggcuugc 8 gcaagcccagaccgcaaaaag 813 130b- cagugcaaugaugaaagggcau 9 atgccctttcatcattgcactg 814 3p 130b- acucuuucccuguugcacuac 10 gtagtgcaacagggaaagagt 815 5p 133a- uuugguccccuucaaccagcug 11 cagctggttgaaggggaccaaa 816 3p 133b- uuugguccccuucaaccagcua 12 tagctggttgaaggggaccaaa 817 3p 134-3p ccugugggccaccuagucaccaa 13 ttggtgactaggtggcccacagg 818 137-3p uuauugcuuaagaauacgcguag 14 ctacgcgtattcttaagcaataa 819 1-3p uggaauguaaagaaguauguau 15 atacatacttctttacattcca 820 143-3p ugagaugaagcacuguagcuc 16 gagctacagtgcttcatctca 821 145-3p ggauuccuggaaauacuguucu 17 agaacagtatttccaggaatcc 822 145-5p guccaguuuucccaggaaucccu 18 agggattcctgggaaaactggac 823 184-3p uggacggagaacugauaagggu 19 acccttatcagttctccgtcca 824 199a- acaguagucugcacauugguua 20 taaccaatgtgcagactactgt 825 3p 199a- cccaguguucagacuaccuguuc 21 gaacaggtagtctgaacactggg 826 5p 204-5p uucccuuugucauccuaugccu 22 aggcataggatgacaaagggaa 827 208b- auaagacgaacaaaagguuugu 23 acaaaccttttgttcgtcttat 828 3p 214-3p acagcaggcacagacaggcagu 24 actgcctgtctgtgcctgctgt 829
217-5p uacugcaucaggaacugauugga 25 tccaatcagttcctgatgcagta 830 219a- ugauuguccaaacgcaauucu 26 agaattgcgtttggacaatca 831 5p 223-3p ugucaguuugucaaauacccca 27 tggggtatttgacaaactgaca 832 34a-5p uggcagugucuuagcugguugu 28 acaaccagctaagacactgcca 833 451a aaaccguuaccauuacugaguu 29 aactcagtaatggtaacggttt 834 559-5p uaaaguaaauaugcaccaaaa 30 ttttggtgcatatttacttta 835 Let7a- ugagguaguagguuguauaguu 31 aactatacaacctactacctca 836 5p 9-5p ucuuugguuaucuagcuguauga 32 tcatacagctagataaccaaaga 837
[149] Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS compreendem uma ou mais sequências polinucleotídicas adicionais que permitem que a cassete seja inserida no locus de um gene viral. Por exemplo, uma cassete miR-TS pode compreender adicionalmente uma sequência polinucleotídica curta nas extremidades 5’ e 3’ que são complementares a uma sequência de ácido nucleico em um local desejado no genoma viral. Tais sequências referidas neste documento como "braços de homologia" e facilitam a inserção de uma fita miR-TS em uma localização específica no genoma viral.
[150] Em algumas modalidades, as cassetes de miR-TS divulgadas compreendem duas ou mais pluralidades de miR-TSs, cada uma correspondendo a um miRNA diferente e os miR-TSs são selecionados para proteger diversos tipos de células ou órgãos de um vírus oncolítico. Em algumas modalidades, as pluralidades de miR-TSs são intercaladas em vez de em tandem. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS possuem espaçadores curtos (por exemplo, de 4 a 15 nt de comprimento), resultando em uma cassete mais compacta. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS estão livres de (ou têm reduzido) estruturas secundárias de RNA que inibem a atividade dos miR-TSs. Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS estão livres de (ou reduziram) sequências de sementes para miRNAs associados à carcinogênese, transformação maligna ou metástase (isto é, "oncomiRs"). Em algumas modalidades, as cassetes miR-TS estão livres de (ou têm reduzido) sítios de poliadenilação. Vírus oncolíticos compreendendo cassetes miR-TS
[151] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante pode compreender uma cassete de miR-TS incorporada em um locus de um gene viral essencial, em que a cassete de miR-TS compreende uma pluralidade de sequências alvo de miRNA, de modo que o vírus oncolítico recombinante compreenda uma pluralidade de sequências alvo de miRNA incorporadas no locus de um gene viral essencial. Em alguns aspectos, a cassete miR-TS pode compreender uma pluralidade de sequências alvo de miRNA, em que cada sequência alvo de miRNA da pluralidade é um alvo para o mesmo miRNA, de modo que o vírus oncolítico recombinante compreenda uma pluralidade (por exemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais) cópias da mesma sequência alvo de miRNA incorporada no locus de um gene viral essencial. Por exemplo, em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo 2, 3, 4, 5, 6 ou mais sequências alvo inseridas em uma dentre ICP4, ICP27, ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo 2, 3, 4 ou mais sequências alvo inseridas em um dentre ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39 / 40, ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo 2, 3, 4, 5, 6 ou mais sequência alvo inserida em um de ICP4, ICP27, ICP34.5, UL8 ou UL9.
[152] Em alguns aspectos, a pluralidade de sequências alvo de miRNA compreende pelo menos duas sequências alvo de miRNA diferentes, pelo menos três sequências alvo de miRNA diferentes ou pelo menos quatro sequências alvo de miRNA diferentes, de modo que o vírus oncolítico recombinante compreenda uma ou mais cópias de pelo menos 2, 3 ou 4 sequências alvo de miRNA diferentes incorporadas no locus de um gene viral essencial. Por exemplo, em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-122-5p, miR-34a- 5p e miR-Let-7a-5p inseridas em uma dentre ICP4, ICP27, ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-122-5p, miR-34a-5p e miR-Let-7a-5p inseridas em um dentre ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-122-5p, miR-34a-5p e miR-Let-7a-5p inseridos em um dentre ICP4, ICP27, ICP34.5, UL8 ou UL9. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-122-5p, miR-184a-3p e miR-Let-7a-5p inseridas em uma dentre ICP4, ICP27, ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-122-5p, miR-184-3p e miR-Let-7a-5p inseridas em uma dentre ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-122-5p, miR- 184a-3p e miR-Let-7a-5p inseridos em um dentre ICP4, ICP27, ICP34.5, UL8 ou UL9.
[153] Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-122-5p e miR-Let-7a-5p inseridas em uma dentre ICP4, ICP27, ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-122-5p e miR-Let- 7a-5p inseridas em uma dentre ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-122-5p e miR-Let-7a-5p inseridos em um dentre ICP4, ICP27, ICP34.5, UL8 ou UL9. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-145-5p, miR-199a-5p e miR-599-5p inseridas em uma dentre ICP4, ICP27, ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-145-5p,
miR-199a-5p e miR-599-5p inseridas em um dentre ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-145-5p, miR-199a-5p e miR-599-5p inseridos em um dentre ICP4, ICP27, ICP34.5, UL8 ou UL9.
[154] Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-124-3p, miR-1-3p e miR-124-3p inseridas em uma dentre ICP4, ICP27, ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo paramiR-124-3p, miR-1-3p e miR-124-3p inseridas em uma dentre ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-124-3p, miR-1-3p e miR-124-3p inseridos em uma dentre ICP4, ICP27, ICP34.5, UL8 ou UL9. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-219a-5p, miR-122-5p e miR-128-3p inseridas em uma dentre ICP4, ICP27, ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-219a-5p, miR-122-5p e miR-128-3p inseridas em um dentre ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-219a-5p, miR-122-5p, and miR-128-3p inseridos em uma dentre ICP4, ICP27, ICP34.5, UL8 ou UL9.
[155] Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-137-3p, miR-208b-3p e miR-126-3p inseridas em uma dentre ICP4, ICP27, ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-137-3p, miR-208b-3p e miR-126-3p inseridas em uma dentre ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-137-3p, miR-208b-3p e miR-126-3p inseridos em uma dentre ICP4, ICP27, ICP34.5, UL8 ou UL9. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-137-3p, miR-217-3p e miR-126-3p inseridas em uma dentre ICP4, ICP27, ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-137-3p, miR-217-3p e miR-126-3p inseridas em uma dentre ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-137-3p, miR-217-3p e miR-126-3p inseridos em uma dentre ICP4, ICP27, ICP34.5, UL8, ou UL9.
[156] Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-128-3p, miR-204-5p e miR-219-5p inseridas em uma dentre ICP4, ICP27, ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-128-3p, miR-204- 5p e miR-219-5p inseridas em uma dentre ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, um HSV oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais sequências alvo para miR-128-3p, miR-204-5p e miR-219-5p inseridos em um dentre ICP4, ICP27, ICP34.5, UL8, ou UL9.
[157] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante pode compreender uma fita miR-TS incorporada na região não traduzida 3’ ou 5’ (UTR) do genoma viral. Em tais modalidades, a cassete miR-TS pode compreender uma cópia de uma sequência alvo de miRNA, de modo que o vírus oncolítico recombinante compreenda uma cópia de uma sequência alvo de miRNA incorporada na UTR 3’ ou 5’ do genoma viral. Por exemplo, em algumas modalidades, um poliovírus recombinante, SVV ou Coxsackievirus pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma sequência alvo de miRNA mostrada na Tabela 10 inserida na UTR 3’ ou 5’ do genoma viral. Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS incorporada na UTR 3’ ou 5’ do genoma viral, em que a cassete miR-TS compreende uma pluralidade de sequências alvo de miRNA mostradas na Tabela 10, de modo que o o vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de sequências alvo de miRNA incorporadas na UTR 3’ ou 5’ do genoma viral.
[158] Em alguns aspectos, a pluralidade de sequências alvo de miRNA compreende pelo menos duas sequências alvo de miRNA diferentes, pelo menos três sequências alvo de miRNA diferentes ou pelo menos quatro sequências alvo de miRNA diferentes, de modo que o vírus oncolítico recombinante compreenda uma ou mais cópias de pelo menos 2, 3 ou 4 sequências alvo de miRNA diferentes incorporadas na UTR 3’ or 5’ do genoma viral. Por exemplo, em algumas modalidades, um poliovírus recombinante, SVV ou Coxsackievirus pode compreender uma cassete miR-TS compreendendo uma ou mais cópias de pelo menos 2, 3 ou 4 sequências alvo de miRNA diferentes selecionadas da Tabela 10 inseridas na tabela 3’ ou 5’ UTR do genoma viral.
[159] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante pode compreender uma cassete miR-TS incorporada em um locus de dois ou mais genes virais essenciais. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV e os dois ou mais genes virais essenciais são selecionados do grupo que consiste em ICP4, ICP27, ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV e os dois ou mais genes virais essenciais são selecionados do grupo que consiste em ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 ou UL42. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV e os dois ou mais genes virais essenciais são selecionados do grupo que consiste em ICP4, ICP27, ICP34.5, UL8 ou UL9. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV e os dois ou mais genes virais essenciais são selecionados do grupo que consiste em ICP27, ICP4, ICP34.5, UL8 e UL42.
[160] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV compreendendo (i) uma primeira cassete miR-TS compreendendo uma pluralidade de sequências alvo de miRNA inseridas em um locus de ICP4 e uma segunda cassete miR-TS compreendendo uma pluralidade de sequências alvo de miRNA em um locus de ICP27. Em algumas modalidades, a primeira cassete miR- TS é inserida em um locus de ICP4 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR-124. Em algumas modalidades, a primeira cassete miR- TS é inserida em um locus de ICP4 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR-124; 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR- 1-3p; e 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR-143-3p. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA nas primeiras cassetes de miR-TS são dispostas da seguinte forma: (a) (124-3p) – (124-3p) – (124-3p) – (124-3p); (b) (124-3p) – (124-3p) – (124-3p) – (124-3p) – (1-3p) – (143-3p) – (1-3p) – (143-3p) – (1-3p) – (143-3p) – (1-3p) – (143-3p).
[161] Em algumas modalidades, a segunda cassete miR-TS é inserida em um locus de ICP27 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR-1-3p; 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR-145-5p; 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR-199-5p; e 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR-559. Em algumas modalidades, a segunda cassete miR- TS é inserida em um locus de ICP27 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR-219a-5p; 1, 2, 3, ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR-122-5p; e 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR-128.
[162] Em algumas modalidades, a primeira cassete miR-TS compreende 4 cópias de uma sequência alvo para miR-124 e a segunda cassete miR-TS compreende 2, 3 ou mais cópias de uma sequência alvo para cada um de 1-3p, 145-5p, 199a-5p e 559. Em algumas modalidades, a primeira cassete miR-TS compreende 4 cópias de uma sequência alvo para miR-124 e a segunda cassete miR-TS compreende 4 cópias de uma sequência alvo para cada uma das 219a-5p, 122-5p, 128T.
[163] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus
HSV compreendendo (i) uma primeira cassete miR-TS compreendendo uma pluralidade de sequências alvo de miRNA inseridas em um locus de ICP4; e (ii) uma segunda cassete miR-TS compreendendo uma pluralidade de sequências alvo de miRNA inserida em um locus de UL42. Em algumas modalidades, a primeira cassete miR-TS é inserida em um locus de ICP4 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR-124. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA nas segundas cassetes de miR-TS são dispostas da seguinte forma: (c) (124-3p) – (124-3p) – (124-3p) – (124-3p).
[164] Em algumas modalidades, a segunda cassete miR-TS é inserida em um locus de UL42 compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR-122-5p. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA nas segundas cassetes de miR-TS são dispostas da seguinte forma: (d) (122-5p) – (122-5p) – (122-5p).
[165] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV compreendendo (i) uma primeira cassete miR-TS compreendendo 4 cópias de uma sequência alvo para miR-124 inserida em um local de ICP4; e (ii) uma segunda cassete miR-TS compreendendo 3 cópias de uma sequência alvo para miR-122-5p inserida em um locus de UL42.
[166] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV compreendendo (i) uma primeira cassete miR-TS compreendendo uma pluralidade de sequências alvo de miRNA inseridas em um locus de ICP4; (ii) uma segunda cassete miR-TS compreendendo uma pluralidade de sequências alvo de miRNA inseridas em um locus de ICP27; e (iii) uma terceira cassete miR-TS compreendendo uma pluralidade de sequências alvo de miRNA é inserida em um locus de UL42. Em algumas modalidades, a primeira cassete miR-TS é inserida em um locus de ICP4 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR-124. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA nas segundas cassetes de miR-TS são dispostas da seguinte forma: (e) (124-3p) – (124-3p) – (124-3p) – (124-3p).
[167] Em algumas modalidades, a segunda cassete miR-TS é inserida em um locus de ICP27 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR-122. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA nas segundas cassetes de miR-TS são dispostas de acordo com um dos seguintes: (f) (122-5p); (g) (122-5p) – (122-5p) – (122-5p) – (122-5p); (h) (122-5p) – (122-5p) – (122-5p).
[168] Em algumas modalidades, a terceira cassete miR-TS é inserida em um locus de UL42 compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR-125-5p. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA nas terceiras cassetes de miR-TS são dispostas de acordo com um dos seguintes: (i) (122-5p); (j) (122-5p) – (122-5p) – (122-5p) – (122-5p); (k) (122-5p) – (122-5p) – (122-5p).
[169] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV compreendendo (i) uma primeira cassete miR-TS inserida em um locus de ICP4 e compreendendo 4 cópias de uma sequência alvo para miRNA-124-3p; (ii) uma segunda cassete miR-TS inserida em um local de ICP27 e compreendendo 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR-122-5p; e (iii) uma terceira cassete miR-TS inserida em um locus de UL42 e compreendendo 4 cópias de uma sequência alvo para miR-125-5p. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV compreendendo (i) uma primeira cassete miR-TS inserida em um locus de ICP4 e compreendendo 4 cópias de uma sequência alvo para miRNA-124; (ii) uma segunda cassete miR-TS inserida em um locus de ICP27 e compreendendo 4 cópias de uma sequência alvo para miR-122; e (iii) uma terceira cassete miR-TS inserida em um locus de UL42 e compreendendo 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR-125-5p. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV compreendendo (i) uma primeira cassete miR-TS inserida em um locus de ICP4 e compreendendo 4 cópias de uma sequência alvo para miRNA-124; (ii) uma segunda cassete miR-TS inserida em um locus de ICP27 e compreendendo 4 cópias de uma sequência alvo para miR-122- 3p; e (iii) uma terceira cassete miR-TS inserida em um locus de UL42 e compreendendo 4 cópias de uma sequência alvo para miR-125-5p. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV compreendendo (i)
uma primeira cassete miR-TS inserida em um locus de ICP4 e compreendendo 4 cópias de uma sequência alvo para miRNA-124-3p; (ii) uma segunda cassete miR- TS inserida em um local de ICP27 e compreendendo 3 cópias de uma sequência alvo para miR-122-3p; e (iii) uma terceira cassete miR-TS inserida em um locus de UL42 e compreendendo 4 cópias de uma sequência alvo para miR-125-5p.
[170] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV compreendendo (i) uma primeira cassete miR-TS compreendendo uma pluralidade de sequências alvo de miRNA inseridas em um locus de ICP4; e (ii) uma segunda cassete miR-TS compreendendo uma pluralidade de sequências alvo de miRNA inserida em um locus de UL8. Em algumas modalidades, a primeira cassete miR-TS é inserida em um locus de ICP4 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR-124. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA nas segundas cassetes de miR-TS são dispostas da seguinte forma: (l) (124-3p) – (124-3p) – (124-3p) – (124-3p).
[171] Em algumas modalidades, a segunda cassete miR-TS é inserida em um locus de UL8 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para miR-137, miR-208b-3p e miR-126. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA nas segundas cassetes de miR-TS são dispostas da seguinte forma: (m) (208b-3p) - (126-3p) - (137-3p) - (208b-3p) - (137-3p) - (126- 3p) - (208b-3p) - (137-3p) - (126-3p) - (137-3p) - (126-3p) - (208b-3p).
[172] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV compreendendo (i) uma primeira cassete miR-TS inserida em um locus de ICP4 e compreendendo 4 cópias de uma sequência alvo para miR-124; (ii) uma segunda cassete miR-TS inserida em um locus de UL8 e compreendendo 4 cópias de uma sequência alvo miR-137, 4 cópias de uma sequência alvo miR-208b-3p e 4 cópias de uma sequência alvo miR-126-3p.
[173] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV compreendendo (i) uma primeira cassete miR-TS compreendendo uma pluralidade de sequências alvo de miRNA inseridas em um locus de ICP4; (ii) uma segunda cassete miR-TS compreendendo uma pluralidade de sequências alvo de miRNA inseridas em um locus de ICP27; e (iii) uma terceira cassete miR-TS compreendendo uma pluralidade de sequências alvo de miRNA é inserida em um locus de UL8. Em algumas modalidades, a primeira cassete miR-TS é inserida em um locus de ICP4 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para cada um dentre miR-124, miR-1-3p, e miR-143-3p. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA na primeira cassete de miR-TS são dispostas da seguinte forma: (n) (124-3p) – (124-3p) – (124-3p) – (124-3p) – (1-3p) – (143-3p) – (1-3p) – (143-3p) – (1-3p) – (143-3p) – (1-3p) – (143-3p).
[174] Em algumas modalidades, a segunda cassete miR-TS é inserida em um locus de ICP27 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para cada um dentre miR-219a-5p, miR-122-5p e miR-128. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA na segunda cassete de miR-TS são dispostas da seguinte forma: (o) (219a-5p) - (122-5p) - (128-3p) - (122-5p) - (219a-5p) - (128- 3p) - (122-5p) - (128-3p) - (219a-5p) - (128-3p) - (122-5p) - (219a-5p).
[175] Em algumas modalidades, a terceira cassete miR-TS é inserida em um locus de UL8 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para um dentre miR-137, miR-208a e miR-126. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA na terceira cassete de miR-TS são dispostas da seguinte forma: (p) (208b-3p) - (126-3p) - (137-3p) - (208b-3p) - (137-3p) - (126- 3p) - (208b-3p) - (137-3p) - (126-3p) - (137-3p) - (126-3p) - (208b-3p).
[176] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV compreendendo (i) uma primeira cassete miR-TS inserida em um locus de ICP4 e compreendendo 4 cópias de uma sequência alvo para cada um dentre miR- 124, miR-1-3p e miR-143-3p; (ii) uma segunda cassete miR-TS inserida em um locus de ICP27 e compreendendo 4 cópias de uma sequência alvo para miR-219a- 5p, 4 cópias de uma sequência alvo para miR-122-5p e 4 cópias de uma sequência alvo para miR-128; e (iii) uma terceira cassete miR-TS inserida em um locus de UL8 e compreendendo 4 cópias de uma sequência alvo para miR-137, 4 cópias de uma sequência alvo para miR-208a e 4 cópias de uma sequência alvo para miR-126.
[177] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV compreendendo (i) uma primeira cassete miR-TS compreendendo uma pluralidade de sequências alvo de miRNA inseridas em um locus de ICP4; (ii) uma segunda cassete miR-TS compreendendo uma pluralidade de sequências alvo de miRNA inseridas em um locus de ICP27; (iii) uma terceira cassete miR-TS compreendendo uma pluralidade de sequências alvo de miRNA inserida em um locus de UL8; e (iv) uma quarta cassete mIR-TS compreendendo uma pluralidade de sequências alvo de miRNA inseridos em um locus de ICP34.5. Em algumas modalidades, a primeira cassete miR-TS é inserida em um locus de ICP4 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para cada um dentre miR- 124, miR-1-3p e miR-143-3p. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA na primeira cassete de miR-TS são dispostas da seguinte forma: (q) (124-3p) – (124-3p) – (124-3p) – (124-3p) – (1-3p) – (143-3p) – (1-3p) – (143-3p) – (1-3p) – (143-3p) – (1-3p) – (143-3p).
[178] Em algumas modalidades, a segunda cassete miR-TS é inserida em um locus de ICP27 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para cada um dentre miRNA 219a-5p, miRNA 122-5p e miRNA 128. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA na segunda cassete de miR-TS são dispostas da seguinte forma: (r) (219a-5p) - (122-5p) - (128-3p) - (122-5p) - (219a-5p) - (128- 3p) - (122-5p) - (128-3p) - (219a-5p) - (128-3p) - (122-5p) - (219a-5p).
[179] Em algumas modalidades, a terceira cassete miR-TS é inserida em um locus de UL8 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para um dentre miR-137, miR-208a e miR-126. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA na terceira cassete de miR-TS são dispostas da seguinte forma: (s) (208b-3p) - (126-3p) - (137-3p) - (208b-3p) - (137-3p) - (126- 3p) - (208b-3p) - (137-3p) - (126-3p) - (137-3p) - (126-3p) - (208b-3p).
[180] Em algumas modalidades, a terceira cassete miR-TS é inserida em um locus de UL8 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para um dentre miR137, miR-217-5p e miR-126. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA na terceira cassete de miR-TS são dispostas da seguinte forma: (t) (137-3p) - (126-3p) - (217-5p) - (126-3p) - (217-5p) - (137-3p) - (217-5p) - (126-3p) - (137-3p) - (126-3p) - (217-5p) - (137-3p).
[181] Em algumas modalidades, a terceira cassete miR-TS é inserida em um locus de UL8 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para um dentre miR-137, miR-217-5p e miR-127. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA na terceira cassete de miR-TS são dispostas da seguinte forma: (u) (137-3p) - (127-3p) - (217-5p) - (127-3p) - (217-5p) - (137-3p) - (217-5p) - (127-3p) - (137-3p) - (127-3p) - (217-5p) - (137-3p).
[182] Em algumas modalidades, a terceira cassete miR-TS é inserida em um locus de UL8 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para um dentre miR-137, miR-217-5p e miR-128. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA na terceira cassete de miR-TS são dispostas da seguinte forma: (v) (137-3p) - (128-3p) - (217-5p) - (128-3p) - (217-5p) - (137-3p) - (217-5p) - (128-3p) - (137-3p) - (128-3p) - (217-5p) - (137-3p).
[183] Em algumas modalidades, a terceira cassete miR-TS é inserida em um locus de UL8 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para uma dentre miR-137, miR-217-5p e miR-129. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA na terceira cassete de miR-TS são dispostas da seguinte forma: (w) (137-3p) - (129-3p) - (217-5p) - (129-3p) - (217-5p) - (137-3p) - (217-5p) - (129-3p) - (137-3p) - (129-3p) - (219-5p) - (137-3p).
[184] Em algumas modalidades, a terceira cassete miR-TS é inserida em um locus de UL8 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para uma dentre miR-137, miR-217-5p e miR-130. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA na terceira cassete de miR-TS são dispostas da seguinte forma: (x) (137-3p) - (130-3p) - (217-5p) - (130-3p) - (217-5p) - (130-3p) - (217-5p) - (127-3p) - (137-3p) - (130-3p) - (217-5p) - (137-3p).
[185] Em algumas modalidades, a quarta cassete miR-TS é inserida em um locus de ICP34.5 e compreende 1, 2, 3 ou 4 cópias de uma sequência alvo para cada uma dentre miRNA 128M, miRNA 204 e miRNA 219-3p. Em algumas modalidades, a pluralidade de sequências alvo de miRNA na quarta cassete de miR-TS são dispostas da seguinte forma: (y) (128-3p) - (219a-5p) - (204-5p) - (128-3p) - (219a-5p) - (204- 5p) - (128-3p) - (219a-5p) - (204-5p) - (128-3p) - (219a-5p) - (204-5p).
[186] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV compreendendo (i) uma primeira cassete miR-TS inserida em um locus de ICP4 e compreendendo quatro cópias de uma sequência alvo para cada uma dentre miR-124, miR-1-3p e miR-14; (ii) uma segunda cassete miR-TS inserida em um locus de ICP27 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para cada uma dentre miR-219a-5p, miR-122-5p e miR-128; (iii) uma terceira cassete miR-TS inserida em um locus de UL8 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para cada uma dentre miR-137, miR-208b-3p e miR-126; e (iv) uma quarta cassete miR-TS inserida em um locus de ICP34.5 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para miR-128, 4 cópias de uma sequência alvo para miR-204 e 4 cópias de uma sequência alvo para miR -219-3p. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV compreendendo (i) uma primeira cassete miR-TS inserida em um locus de ICP4 e compreendendo quatro cópias de uma sequência alvo para cada uma dentre miR-124, miR-1-3p e miR-14; (ii) uma segunda cassete miR-TS inserida em um locus de ICP27 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para cada uma dentre miR-219a-5p, miR-122-5p e miR-128; e (iii) uma terceira cassete miR-TS inserida em um locus de UL8 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para cada uma dentre miR-137, miR-208a e miR-126.
[187] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV compreendendo (i) uma primeira cassete miR-TS inserida em um locus de ICP4 e compreendendo quatro cópias de uma sequência alvo para cada uma dentre miR-124, miR-1-3p e miR-14; (ii) uma segunda cassete miR-TS inserida em um locus de ICP27 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para cada uma dentre miR-219a-5p, miR-122-5p e miR-128; (iii) uma terceira cassete miR-TS inserida em um locus de UL8 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para miR-
137-3p, 4 de uma sequência alvo para miR-217-5p e 4 de uma sequência alvo para miR-126 -3p; e (iv) uma quarta cassete miR-TS inserida em um locus de ICP34.5 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para miR-128, 4 cópias de uma sequência alvo para miR-204 e 4 cópias de uma sequência alvo para miR -219-3p.
[188] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV compreendendo (i) uma primeira cassete miR-TS inserida em um locus de ICP4 e compreendendo quatro cópias de uma sequência alvo para cada uma dentre miR-124, miR-1-3p e miR-14; (ii) uma segunda cassete miR-TS inserida em um locus de ICP27 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para cada uma dentre miR-219a-5p, miR-122-5p e miR-128; (iii) uma terceira cassete miR-TS inserida em um locus de UL8 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para miR- 137-3p, 4 de uma sequência alvo para miR-217-5p, e 4 de uma sequência alvo para miR-127; e (iv) uma quarta cassete miR-TS inserida em um locus de ICP34.5 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para miR-128, 3 cópias de uma sequência alvo para miR-204 e 3 cópias de uma sequência alvo para miR-219-5p.
[189] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV compreendendo (i) uma primeira cassete miR-TS inserida em um locus de ICP4 e compreendendo quatro cópias de uma sequência alvo para cada uma dentre miR-124, miR-1-3p e miR-14; (ii) uma segunda cassete miR-TS inserida em um locus de ICP27 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para cada uma dentre miR-219a-5p, miR-122-5p e miR-128; (iii) uma terceira cassete miR-TS inserida em um locus de UL8 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para miR- 137-3p, 4 de uma sequência alvo para miR-217-5p, e 4 de uma sequência alvo para miR-128; e (iv) uma quarta cassete miR-TS inserida em um locus de ICP34.5 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para miR-128, 3 cópias de uma sequência alvo para miR-204 e 3 cópias de uma sequência alvo para miR-219-5p. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV compreendendo (i) uma primeira cassete miR-TS inserida em um locus de ICP4 e compreendendo quatro cópias de uma sequência alvo para cada uma dentre miR- 124, miR-1-3p e miR-14; (ii) uma segunda cassete miR-TS inserida em um locus de ICP27 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para cada uma dentre miR- 219a-5p, miR-122-5p e miR-128; (iii) uma terceira cassete miR-TS inserida em um locus de UL8 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para miR-137-3p, 4 de uma sequência alvo para miR-217-5p e 4 de uma sequência alvo para miR-129; e (iv) uma quarta cassete miR-TS inserida em um locus de ICP34.5 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para miR-128, 3 cópias de uma sequência alvo para miR-204 e 3 cópias de uma sequência alvo para miR-219-5p. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante é um vírus HSV compreendendo (i) uma primeira cassete miR-TS inserida em um locus de ICP4 e compreendendo quatro cópias de uma sequência alvo para cada um dentre miR- 124, miR-1-3p e miR-14; (ii) uma segunda cassete miR-TS inserida em um locus de ICP27 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para cada uma dentre miR- 219a-5p, miR-122-5p e miR-128; (iii) uma terceira cassete miR-TS inserida em um locus de UL8 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para miR-137-3p, 4 de uma sequência alvo para miR-217-5p e 4 de uma sequência alvo para miR-130; e (iv) uma quarta cassete miR-TS inserida em um locus de ICP34.5 e compreendendo 4 de uma sequência alvo para miR-128, 3 cópias de uma sequência alvo para miR-204 e 3 cópias de uma sequência alvo para miR-219-5p.
[190] Em algumas modalidades, os vetores virais descritos neste documento compreendem uma cópia de uma sequência alvo de miR-125a incorporada em um gene viral essencial. Em algumas modalidades, os vetores virais descritos neste documento compreendem uma cópia de uma sequência alvo de miR-125a incorporada no locus UL42. Em algumas modalidades, os vetores virais descritos neste documento compreendem uma cópia de uma sequência alvo de miR-122 incorporada em um gene viral essencial. Em algumas modalidades, os vetores virais descritos neste documento compreendem uma cópia de uma sequência alvo de miR-122 incorporada no locus ICP27 (por exemplo, ONCR-036).
[191] Em outras modalidades, os vetores virais descritos neste documento compreendem 3 cópias de uma sequência alvo de miR-125a incorporada num gene viral necessário para replicação viral. Em outras modalidades, os vetores virais descritos neste documento podem compreender 3 cópias de uma sequência alvo de miR-125a incorporada no locus UL42. Em algumas modalidades, 4 cópias de uma sequência alvo de miR são incorporadas na UTR 3' de um gene viral essencial. Em outras modalidades, os vetores virais descritos neste documento podem compreender 4 cópias de uma sequência alvo de miR-125a incorporada em um gene viral essencial. Em outras modalidades, os vetores virais descritos neste documento podem compreender 4 cópias de uma sequência alvo de miR-125a incorporada no locus UL42. Em algumas modalidades, os vetores virais descritos neste documento podem compreender 4 cópias de uma sequência alvo de miR- 122 incorporada em um gene viral essencial. Em algumas modalidades, os vetores virais descritos neste documento podem compreender 4 cópias de uma sequência alvo de miR-122 incorporada no locus ICP27 (por exemplo, ONCR-063).
[192] Em algumas modalidades, 1 cópia de uma sequência alvo de miR-122 é incorporada na UTR 3' de um primeiro gene viral essencial e 1 cópia de uma sequência alvo de miR-125a é incorporada na UTR 3' de um segundo gene viral essencial. Em algumas modalidades, 1 cópia de uma sequência alvo de miR-122 é incorporada na UTR 3' do locus ICP27 e 1 cópia de uma sequência alvo de miR- 125a é incorporada na UTR 3' do locus UL42 (por exemplo, ONCR -094).
[193] Em algumas modalidades, 1 cópia de uma sequência alvo de miR-122 é incorporada na UTR 3' de um primeiro gene viral essencial e 3 cópias de uma sequência alvo de miR-125a são incorporadas na UTR 3' de um segundo gene viral essencial. Em algumas modalidades, 1 cópia de uma sequência alvo de miR-122 é incorporada na UTR 3' do locus ICP27 e 3 cópias de uma sequência alvo de miR- 125a são incorporadas na UTR 3' do locus UL42 (por exemplo, ONCR -095).
[194] Em algumas modalidades, 4 cópias de uma sequência alvo de miR é incorporada na UTR 3' de um primeiro gene viral essencial e 1 cópia de uma segunda sequência alvo de miR é incorporada na UTR 3' de um segundo gene viral essencial. Em algumas modalidades, 4 cópias de uma sequência alvo de miR-122 são incorporadas na UTR 3' de um primeiro gene viral essencial e 1 cópia de uma sequência alvo de miR-125a é incorporada na UTR 3' de um segundo gene viral essencial. Em algumas modalidades, 4 cópias de uma sequência alvo de miR-122 são incorporadas na UTR 3' do locus ICP27 e 1 cópia de uma sequência alvo de miR-125a é incorporada na UTR 3' do locus UL42 (por exemplo, ONCR -093).
[195] Em algumas modalidades, 4 cópias de uma sequência alvo de miR são incorporadas na UTR 3' de um primeiro gene viral essencial e 4 cópias de uma segunda sequência alvo de miR são incorporadas na UTR 3' de um segundo gene viral essencial. Em algumas modalidades, 4 cópias de uma sequência alvo de miR- 122 são incorporadas na UTR 3' de um primeiro gene viral essencial e 4 cópias de uma sequência alvo de miR-125a são incorporadas na UTR 3' de um segundo gene viral essencial. Em algumas modalidades, 4 cópias de uma sequência alvo de miR- 122 são incorporadas na UTR 3' do locus ICP27 e 4 cópias de uma sequência alvo de miR-125a são incorporadas na UTR 3' do locus UL42 (por exemplo, ONCR - 096).
[196] Em algumas modalidades, os vírus oncolíticos atenuados com miR descritos neste documento resultam numa replicação viral reduzida numa célula que expressa um miR capaz de se ligar a uma ou mais das sequências alvo de miR incorporadas. "Replicação viral" refere-se ao número total de ciclos de replicação viral que ocorrem em uma determinada célula ou população de células durante um determinado período de tempo. Em algumas modalidades, a replicação viral pode ser medida diretamente pela avaliação do título viral total presente no decurso da quantidade de tempo dada, ou pela avaliação do número de cópias do genoma viral presentes (por exemplo, por sequenciamento). Em algumas modalidades, o vetor viral pode adicionalmente compreender um marcador detectável, tal como um repórter fluorescente. Em tais modalidades, a replicação viral pode ser avaliada medindo a intensidade de fluorescência do repórter, ou o número de células que expressam o repórter. Em algumas modalidades, a replicação viral pode ser medida indiretamente pela avaliação do número de células viáveis ao longo do período de tempo determinado. Por exemplo, espera-se que o nível de replicação viral se correlacione inversamente com o número de células viáveis ao longo do tempo.
[197] "Redução da replicação viral", conforme usado neste documento, refere-se a um nível de replicação viral que é menor em uma primeira célula ou primeira população de células em comparação com uma segunda célula ou uma segunda população de células. Em algumas modalidades, o nível de replicação viral na primeira célula ou primeira população de células é reduzido em pelo menos 5% em comparação com o nível de replicação viral na segunda célula ou população de células. Em algumas modalidades, o nível de replicação viral na primeira célula ou primeira população de células é reduzido em pelo menos 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% ou mais em comparação com o nível de replicação viral na segunda célula ou população de células. Em algumas modalidades, a replicação viral na primeira célula ou na primeira população de células é completamente inibida em comparação com a replicação viral na segunda célula ou população de células.
[198] Em algumas modalidades, a replicação viral reduzida na primeira célula ou na primeira população de células correlaciona-se com a expressão de um miR capaz de se ligar a uma ou mais sequências alvo de miR incorporadas em um ou mais genes virais requeridos para replicação. Em algumas modalidades, a expressão de um miR correspondente à sequência alvo de miR incorporada inibe ou reduz a expressão do gene de replicação, inibindo ou reduzindo assim a replicação viral. Em algumas modalidades, a segunda célula ou segunda população de células não expressa, ou tem um nível de expressão do miR. Em algumas modalidades, a expressão ausente ou reduzida de um miR (por exemplo, numa célula cancerígena) correspondente à sequência alvo de miR incorporada, permite que a replicação viral prossiga. Em algumas modalidades, o nível de expressão do miR na segunda célula ou população de células é pelo menos 5% inferior ao nível de expressão do miR na primeira célula ou população. Em algumas modalidades, o nível de expressão do miR na segunda célula ou população de células é reduzido pelo menos em 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% ou mais em comparação com o nível de expressão do miR na primeira célula ou população. Em algumas modalidades, a segunda célula não expressa o miR. Em modalidades particulares, a primeira célula é uma célula não cancerosa e a segunda célula é uma célula cancerosa.
[199] Em algumas modalidades, um vetor viral de replicação restrita (por exemplo, um vetor viral atenuado com miR) compreende pelo menos uma sequência alvo de let-7 e é utilizado para tratar câncer de pulmão. Em algumas modalidades, um vetor viral restrito à replicação compreende pelo menos um miR- 15a e/ou pelo menos uma sequência alvo miR-16A e é usado para tratar a leucemia linfocítica crônica da célula B. Em algumas modalidades, um vetor viral de replicação restrita compreende pelo menos uma sequência alvo de miR-125b, pelo menos uma de miR-145, pelo menos uma de miR-21, e / ou pelo menos uma de miR-155 utilizadas para tratar câncer de mama. Noutras modalidades, um vetor viral de replicação restrita compreende pelo menos uma sequência alvo de miR- 143 e/ou pelo menos uma sequência alvo de miR-145 e é utilizado para tratar câncer colorretal. Em certas modalidades, um vetor viral de replicação restrita compreende pelo menos uma sequência alvo de miR-181a, pelo menos uma de miR-181b e/ou pelo menos uma de miR-181c e [é utilizado para tratar o glioblastoma. Em algumas modalidades, um vetor viral de replicação restrita compreende pelo menos uma sequência alvo de miR-199a*, pelo menos uma de miR-195, pelo menos uma de miR-199a, pelo menos uma de miR-200a e / ou pelo menos uma de miR-125a e é usado para tratar câncer de fígado (por exemplo, carcinoma hepatocelular).
[200] Em modalidades particulares, um vetor viral de replicação restrita compreende pelo menos uma sequência alvo de miR-451a, pelo menos uma sequência alvo de miR-143-3p, pelo menos uma sequência alvo de miR-559 e pelo menos uma sequência alvo de miR-124 e é utilizado para o tratamento do câncer de pâncreas, de pulmão e/ou de câncer de cólon. Em tais modalidades, as sequências alvo para miR-451a, miR-143-3p, miR-559 e miR-124 são incorporadas em dois ou mais genes necessários para a replicação viral (por exemplo, ICP4 e ICP27). Em outras modalidades particulares, um vetor viral restrito à replicação compreende pelo menos uma seqüência alvo de miR-451a, pelo menos uma seqüência alvo de miR-145-5p, pelo menos uma seqüência alvo de miR-559, e pelo menos uma seqüência alvo de miR-124 e é utilizado para o tratamento de qualquer tipo de câncer descrito neste documento. Em tais modalidades, as sequências alvo para miR-451a, miR-145-5p, miR-559 e miR-124 são incorporadas em dois ou mais genes necessários para a replicação viral (por exemplo, ICP4 e ICP27). Noutras modalidades particulares, um vetor viral de replicação restrita compreende pelo menos uma sequência alvo de miR-205p, pelo menos uma sequência alvo de miR- 141-5p, pelo menos uma sequência alvo de miR-31-5p e pelo menos um sequência alvo de miR-124 e é usado para o tratamento de schwannoma. Em tais modalidades, as sequências alvo para miR-205p, miR-141-5p, miR-31-5p, e miR- 124 são incorporadas em dois ou mais genes necessários para a replicação viral (por exemplo, ICP4 e ICP27).
[201] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA para miR-136-3p, miR-432-5p, miR-1-3p, miR-127-3p, miR-379-5p, miR-493-5p, miR-223-5p, miR-223-5p, miR-136-5p, miR-451a, miR-487b-3p, miR-370-3p, miR- 410-3p, miR-431-3p, miR-4485-3p, miR-4485-5p, miR-127-5p, miR-409-3p, miR- 338-3p, miR-559, miR-411-5p, miR-133a-5p, miR-143-3p, miR-376b-3p, miR-758- 3p, miR-1, miR-101, miR-1180, miR-1236, miR-124-3p, miR-125b, miR-126, miR- 1280, miR-133a, miR-133b, miR-141, miR-143, miR-144, miR-145, miR-155, miR- 16, miR-18a, miR-192, miR-195, miR-200a, miR-200b, miR-200c, miR-203, miR- 205, miR-214, miR-218, miR-23b, miR-26a, miR-29c, miR-320c, miR-34a, miR-370, miR-409-3p, miR-429, miR-451, miR-490-5p, miR-493, miR-576-3p, e/ou miR-99a inserido na UTR 5' ou UTR 3' de um ou mais genes virais necessários para replicação viral. Este vírus oncolítico pode ser utilizado em métodos e composições para o tratamento de câncer de bexiga.
[202] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA para miR-1251-5p, miR-219a-5p, miR-219a-2-3p, miR-124-3p, miR-448, miR-138- 2-3p, miR-490-5p, miR-129-1-3p, miR-1264, miR-3943, miR-490-3p, miR-383-5p, miR-133b, miR-129-2-3p, miR-128-2-5p, miR-133a-3p, miR-129-5p, miR-1-3p, miR-885-3p, miR-124-5p, miR-759, miR-7158-3p, miR-770-5p, miR-135a-5p, miR- 885-5p, let-7g-5p, miR-100, miR-101, miR-106a, miR-124, miR-124a, miR-125a, miR-125a-5p, miR-125b, miR-127-3p, miR-128, miR-129, miR-136, miR-137, miR- 139-5p, miR-142-3p, miR-143, miR-145, miR-146b-5p, miR-149, miR-152, miR- 153, miR-195, miR-21, miR-212-3p, miR-219-5p, miR-222, miR-29b, miR-31, miR- 3189-3p, miR-320, miR-320a, miR-326, miR-330, miR-331-3p, miR-340, miR-342, miR-34a, miR-376a, miR-449a, miR-483-5p, miR-503, miR-577, miR-663, miR-7, miR-7-5p, miR-873, let-7a, let-7f, miR-107, miR-122, miR-124-5p, miR-139, miR- 146a, miR-146b, miR-15b, miR-16, miR-181a, miR-181a-1, miR-181a-2, miR-181b, miR-181b-1, miR-181b-2, miR-181c, miR-181d, miR-184, miR-185, miR-199a-3p, miR-200a, miR-200b, miR-203, miR-204, miR-205, miR-218, miR-23b, miR-26b, miR-27a, miR-29c, miR-328, miR-34c-3p, miR-34c-5p, miR-375, miR-383, miR- 451, miR-452, miR-495, miR-584, miR-622, miR-656, miR-98, miR-124-3p, miR- 181b-5p, miR-200b, e/ou miR-3189-3p inserido na UTR 5' ou UTR 3' de um ou mais genes virais necessários para replicação viral. Este vírus oncolítico pode ser usado em métodos e composições para tratamento de câncer de cérebro. Em certas modalidades, o câncer cerebral é astrocitoma, glioblastoma ou glioma.
[203] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA para miR-10b-5p, miR-126-3p, miR-145-3p, miR-451a, miR-199b-5p, miR-5683, miR-3195, miR-3182, miR-1271-5p, miR-204-5p, miR-409-5p, miR-136-5p, miR- 514a-5p, miR-559, miR-483-3p, miR-1-3p, miR-6080, miR-144-3p, miR-10b-3p, miR-6130, miR-6089, miR-203b-5p, miR-4266, miR-4327, miR-5694, miR-193b, let- 7a, let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3, let-7b, let-7c, let-7d, let-7e, let-7f-1, let-7f-2, let-7g, let-7i, miR-100, miR-107, miR-10a, miR-10b, miR-122, miR-124, miR-1258, miR- 125a-5p, miR-125b, miR-126, miR-127, miR-129, miR-130a, miR-132, miR-133a, miR-143, miR-145, miR-146a, miR-146b, miR-147, miR-148a, miR-149, miR-152, miR-153, miR-15a, miR-16, miR-17-5p, miR-181a, miR-1826, miR-183, miR-185, miR-191, miR-193a-3p, miR-195, miR-199b-5p, miR-19a-3p, miR-200a, miR-200b, miR-200c, miR-205, miR-206, miR-211, miR-216b, miR-218, miR-22, miR-26a, miR-26b, miR-300, miR-30a, miR-31, miR-335, miR-339-5p, miR-33b, miR-34a, miR-34b, miR-34c, miR-374a, miR-379, miR-381, miR-383, miR-425, miR-429, miR-450b-3p, miR-494, miR-495, miR-497, miR-502-5p, miR-517a, miR-574-3p, miR-638, miR-7, miR-720, miR-873, miR-874, miR-92a, miR-98, miR-99a, mmu- miR-290-3p, e/ou mmu-miR-290-5p inserido na UTR 5' ou UTR 3' de um ou mais genes virais necessários para replicação viral. Este vírus oncolítico pode ser usado em métodos e composições para tratamento de câncer de mama.
[204] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA para miR-143, miR-145, miR-17-5p, miR-203, miR-214, miR-218, miR-335, miR- 342-3p, miR-372, miR-424, miR-491-5p, miR-497, miR-7, miR-99a, miR-99b, miR- 100, miR-101, miR-15a, miR-16, miR-34a, miR-886-5p, miR-106a, miR-124, miR- 148a, miR-29a, e/ou miR-375 inseridos na UTR 5' ou UTR 3' de um ou mais genes virais necessários para replicação viral. Este vírus oncolítico pode ser usado em métodos e composições para tratamento de câncer cervical.
[205] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de cópias de um ou sequências alvo de miRNA para miR-133a-5p, miR-490-5p, miR-124-3p, miR-137, miR-655-3p, miR-376c-3p, miR- 369-5p, miR-490-3p, miR-432-5p, miR-487b-3p, miR-342-3p, miR-223-3p, miR- 136-3p, miR-136-3p, miR-143-5p, miR-1-3p, miR-214-3p, miR-143-3p, miR-199a- 3p, miR-199b-3p, miR-451a, miR-127-3p, miR-133a-3p, miR-145-5p, miR-145-3p, miR-199a-5p, let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3, let-7b, let-7c, let-7d, let-7e, let-7f-1, let-7f- 2, let-7g, let-7i, miR-100, miR-101, miR-126, miR-142-3p, miR-143, miR-145, miR- 192, miR-200c, miR-21, miR-214, miR-215, miR-22, miR-25, miR-302a, miR-320, miR-320a, miR-34a, miR-34c, miR-365, miR-373, miR-424, miR-429, miR-455, miR-484, miR-502, miR-503, miR-93, miR-98, miR-186, miR-30a-5p, miR-627, let- 7a, miR-1, miR-124, miR-125a, miR-129, miR-1295b-3p, miR-1307, miR-130b, miR-132, miR-133a, miR-133b, miR-137, miR-138, miR-139, miR-139-5p, miR-140- 5p, miR-148a, miR-148b, miR-149, miR-150-5p, miR-154, miR-15a, miR-15b, miR- 16, miR-18a, miR-191, miR-193a-5p, miR-194, miR-195, miR-196a, miR-198, miR- 199a-5p, miR-203, miR-204-5p, miR-206, miR-212, miR-218, miR-224, miR-24-3p, miR-26b, miR-27a, miR-28-3p, miR-28-5p, miR-29b, miR-30a-3p, miR-30b, miR- 328, miR-338-3p, miR-342, miR-345, miR-34a-5p, miR-361-5p, miR-375, miR-378, miR-378a-3p, miR-378a-5p, miR-409-3p, miR-422a, miR-4487, miR-483, miR-497, miR-498, miR-518a-3p, miR-551a, miR-574-5p, miR-625, miR-638, miR-7, miR-96- 5p, miR-202-3p, miR-30a, e/ou miR-451 inserido na UTR 5' ou UTR 3' de um ou mais genes virais necessários para replicação viral. Este vírus oncolítico pode ser usado em métodos e composições para o tratamento de câncer de cólon ou colorretal.
[206] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA para miR-101, miR-130a, miR-130b, miR-134, miR-143, miR-145, miR-152, miR- 205, miR-223, miR-301a, miR-301b, miR-30c, miR-34a, miR-34c, miR-424, miR- 449a, miR-543, e/ou miR-34b inseridos na UTR 5' ou UTR 3' de um ou mais genes virais necessários para replicação viral. Este vírus oncolítico pode ser usado em métodos e composições para tratamento de câncer de endométrio.
[207] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA para miR-125b, miR-138, miR-15a, miR-15b, miR-16, miR-16-1, miR-16-1-3p, miR- 16-2, miR-181a, miR-181b, miR-195, miR-223, miR-29b, miR-34b, miR-34c, miR- 424, miR-10a, miR-146a, miR-150, miR-151, miR-155, miR-2278, miR-26a, miR- 30e, miR-31, miR-326, miR-564, miR-27a, let-7b, miR-124a, miR-142-3p, let-7c, miR-17, miR-20a, miR-29a, miR-30c, miR-720, miR-107, miR-342, miR-34a, miR- 202, miR-142-5p, miR-29c, miR-145, miR-193b, miR-199a, miR-214, miR-22, miR- 137, e/ou miR-197 inserido na 5' UTR ou na 3' UTR de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral. Este vírus oncolítico pode ser usado em métodos e composições para tratamento de câncer hematológico. Em algumas modalidades, o câncer hematológico é leucemia, linfoma ou mieloma.
[208] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA para miR-1, miR-145, miR-1826, miR-199a, miR-199a-3p, miR-203, miR-205, miR- 497, miR-508-3p, miR-509-3p, let-7a, let-7d, miR-106a*, miR-126, miR-1285, miR- 129-3p, miR-1291, miR-133a, miR-135a, miR-138, miR-141, miR-143, miR-182-5p, miR-200a, miR-218, miR-28-5p, miR-30a, miR-30c, miR-30d, miR-34a, miR-378, miR-429, miR-509-5p, miR-646, miR-133b, let-7b, let-7c, miR-200c, miR-204, miR- 335, miR-377, e/ou miR-506 inserido na 5' UTR ou na 3' UTR de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral. Este vírus oncolítico pode ser usado em métodos e composições para tratamento de câncer do rim.
[209] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA para let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3, let-7b, let-7c, let-7d, let-7e, let-7f, let-7f-1, let-7f-2, let-7g, let-7i, miR-1, miR-100, miR-101, miR-105, miR-122, miR-122a, miR-1236, miR-124, miR-125b, miR-126, miR-127, miR-1271, miR-128-3p, miR-129-5p, miR- 130a, miR-130b, miR-133a, miR-134, miR-137, miR-138, miR-139, miR-139-5p, miR-140-5p, miR-141, miR-142-3p, miR-143, miR-144, miR-145, miR-146a, miR- 148a, miR-148b, miR-150-5p, miR-15b, miR-16, miR-181a-5p, miR-185, miR-188- 5p, miR-193b, miR-195, miR-195-5p, miR-197, miR-198, miR-199a, miR-199a-5p, miR-199b, miR-199b-5p, miR-200a, miR-200b, miR-200c, miR-202, miR-203, miR- 204-3p, miR-205, miR-206, miR-20a, miR-21, miR-21-3p, miR-211, miR-212, miR- 214, miR-217, miR-218, miR-219-5p, miR-22, miR-223, miR-26a, miR-26b, miR-
29a, miR-29b-1, miR-29b-2, miR-29c, miR-302b, miR-302c, miR-30a, miR-30a-3p, miR-335, miR-338-3p, miR-33a, miR-34a, miR-34b, miR-365, miR-370, miR-372, miR-375, miR-376a, miR-377, miR-422a, miR-424, miR-424-5p, miR-433, miR- 4458, miR-448, miR-450a, miR-451, miR-485-5p, miR-486-5p, miR-497, miR-503, miR-506, miR-519d, miR-520a, miR-520b, miR-520c-3p, miR-582-5p, miR-590-5p, miR-610, miR-612, miR-625, miR-637, miR-675, miR-7, miR-877, miR-940, miR- 941, miR-98, miR-99a, miR-132, e/ou miR-31 inserido na 5' UTR ou na 3' UTR de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral. Este vírus oncolítico pode ser usado em métodos e composições para tratamento de câncer de fígado. Em algumas modalidades, o câncer de fígado é carcinoma hepatocelular.
[210] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA para miR-143-3p, miR-126-3p, miR-126-5p, miR-1266-3p, miR-6130, miR-6080, miR-511-5p, miR-143-5p, miR-223-5p, miR-199b-5p, miR-199a-3p, miR-199b-3p, miR-451a, miR-142-5p, miR-144, miR-150-5p, miR-142-3p, miR-214-3p, miR-214- 5p, miR-199a-5p, miR-145-3p, miR-145-5p, miR-1297, miR-141, miR-145, miR-16, miR-200a, miR-200b, miR-200c, miR-29b, miR-381, miR-409-3p, miR-429, miR- 451, miR-511, miR-99a, let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3, let-7b, let-7c, let-7d, let-7e, let- 7f-1, let-7f-2, let-7g, let-7i, miR-1, miR-101, miR-133b, miR-138, miR-142-5p, miR- 144, miR-1469, miR-146a, miR-153, miR-15a, miR-15b, miR-16-1, miR-16-2, miR- 182, miR-192, miR-193a-3p, miR-194, miR-195, miR-198, miR-203, miR-217, miR- 218, miR-22, miR-223, miR-26a, miR-26b, miR-29c, miR-33a, miR-34a, miR-34b, miR-34c, miR-365, miR-449a, miR-449b, miR-486-5p, miR-545, miR-610, miR-614, miR-630, miR-660, miR-7515, miR-9500, miR-98, miR-99b, miR-133a, let-7a, miR- 100, miR-106a, miR-107, miR-124, miR-125a-3p, miR-125a-5p, miR-126, miR- 126*, miR-129, miR-137, miR-140, miR-143, miR-146b, miR-148a, miR-148b, miR- 149, miR-152, miR-154, miR-155, miR-17-5p, miR-181a-1, miR-181a-2, miR-181b, miR-181b-1, miR-181b-2, miR-181c, miR-181d, miR-184, miR-186, miR-193b, miR- 199a, miR-204, miR-212, miR-221, miR-224, miR-27a, miR-27b, miR-29a, miR- 30a, miR-30b, miR-30c, miR-30d, miR-30d-5p, miR-30e-5p, miR-32, miR-335, miR- 338-3p, miR-340, miR-342-3p, miR-361-3p, miR-373, miR-375, miR-4500, miR- 4782-3p, miR-497, miR-503, miR-512-3p, miR-520a-3p, miR-526b, miR-625*, e/ou miR-96 inserido na 5' UTR ou na 3' UTR de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral. Este vírus oncolítico pode ser usado em métodos e composições para tratamento de câncer de pulmão.
[211] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA let-7b, miR-101, miR-125b, miR-1280, miR-143, miR-146a, miR-146b, miR-155, miR-17, miR-184, miR-185, miR-18b, miR-193b, miR-200c, miR-203, miR-204, miR-205, miR-206, miR-20a, miR-211, miR-218, miR-26a, miR-31, miR-33a, miR- 34a, miR-34c, miR-376a, miR-376c, miR-573, miR-7-5p, miR-9, e/ou miR-98 inserido na 5' UTR ou na 3' UTR de um ou mais genes virais necessários para replicação viral. Este vírus oncolítico pode ser usado em métodos e composições para tratamento de melanoma.
[212] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA para let-7d, miR-218, miR-34a, miR-375, miR-494, miR-100, miR-124, miR-1250, miR-125b, miR-126, miR-1271, miR-136, miR-138, miR-145, miR-147, miR-148a, miR-181a, miR-206, miR-220a, miR-26a, miR-26b, miR-29a, miR-32, miR-323-5p, miR-329, miR-338, miR-370, miR-410, miR-429, miR-433, miR-499a-5p, miR-503, miR-506, miR-632, miR-646, miR-668, miR-877, e/ou miR-9 inserido na 5' UTR ou na 3' UTR de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral. Este vírus oncolítico pode ser usado em métodos e composições para tratamento de câncer oral.
[213] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA para let-7i, miR-100, miR-124, miR-125b, miR-129-5p, miR-130b, miR-133a, miR- 137, miR-138, miR-141, miR-145, miR-148a, miR-152, miR-153, miR-155, miR- 199a, miR-200a, miR-200b, miR-200c, miR-212, miR-335, miR-34a, miR-34b, miR- 34c, miR-409-3p, miR-411, miR-429, miR-432, miR-449a, miR-494, miR-497, miR- 498, miR-519d, miR-655, miR-9, miR-98, miR-101, miR-532-5p, miR-124a, miR- 192, miR-193a, e/ou miR-7 inserido na 5' UTR ou na 3' UTR de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral. Este vírus oncolítico pode ser usado em métodos e composições para tratamento de câncer de ovário.
[214] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA para miR-216a-5p, miR-802, miR-217, miR-145-3p, miR-143-3p, miR-451a, miR- 375, miR-214-3p, miR-216b-3p, miR-432-5p, miR-216a-3p, miR-199b-5p, miR- 199a-5p, miR-136-3p, miR-216b-5p, miR-136-5p, miR-145-5p, miR-127-3p, miR- 199a-3p, miR-199b-3p, miR-559, miR-129-2-3p, miR-4507, miR-1-3p, miR-148a- 3p, miR-101, miR-1181, miR-124, miR-1247, miR-133a, miR-141, miR-145, miR- 146a, miR-148a, miR-148b, miR-150*, miR-150-5p, miR-152, miR-15a, miR-198, miR-203, miR-214, miR-216a, miR-29c, miR-335, miR-34a, miR-34b, miR-34c, miR-373, miR-375, miR-410, miR-497, miR-615-5p, miR-630, miR-96, miR-132, let- 7a, let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3, let-7b, let-7c, let-7d, let-7e, let-7f-1, let-7f-2, let-7g, let-7i, miR-126, miR-135a, miR-143, miR-144, miR-150, miR-16, miR-200a, miR- 200b, miR-200c, miR-217, miR-218, miR-337, miR-494, e/ou miR-98 inserido na 5' UTR ou na 3' UTR de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral. Este vírus oncolítico pode ser usado em métodos e composições para tratamento de câncer de pâncreas.
[215] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA para let-7a-3p, let-7c, miR-100, miR-101, miR-105, miR-124, miR-128, miR-1296, miR-130b, miR-133a-1, miR-133a-2, miR-133b, miR-135a, miR-143, miR-145, miR- 146a, miR-154, miR-15a, miR-187, miR-188-5p, miR-199b, miR-200b, miR-203, miR-205, miR-212, miR-218, miR-221, miR-224, miR-23a, miR-23b, miR-25, miR- 26a, miR-26b, miR-29b, miR-302a, miR-30a, miR-30b, miR-30c-1, miR-30c-2, miR- 30d, miR-30e, miR-31, miR-330, miR-331-3p, miR-34a, miR-34b, miR-34c, miR- 374b, miR-449a, miR-4723-5p, miR-497, miR-628-5p, miR-642a-5p, miR-765, e/ou miR-940 inserido na 5' UTR ou na 3' UTR de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral. Este vírus oncolítico pode ser usado em métodos e composições para tratamento de câncer de próstata.
[216] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA para miR-101, miR-183, miR-204, miR-34a, miR-365b-3p, miR-486- 3p, e/ou miR- 532-5p inseridos na UTR 5' ou UTR 3' de um ou mais genes virais necessários para replicação viral. Este vírus oncolítico pode ser usado em métodos e composições para tratamento de retinoblastoma.
[217] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico descrito neste documento é um vírus herpes simplex e em que o um ou mais genes virais necessários para a replicação viral são selecionados do grupo consistindo em UL1, UL5, UL6, UL7, UL8, UL9, UL11, UL12, UL14, UL15, UL17, UL18, UL19, UL20, UL22, UL25, UL26, UL26.5, UL27, UL28, UL29, UL30, UL31, UL32, UL33, UL34, UL35, UL36, UL37, UL38, UL39, UL40, UL42, UL48, UL49, UL52, UL53, UL54, ICP0, ICP4, ICP22, ICP27, ICP47, gama-34.5, US3, US4, US5, US6, US7, US8, US9, US10, US11 e US12. Moléculas de Payload
[218] Em algumas modalidades, os vírus oncolíticos descritos neste documento compreendem uma sequência de ácido nucleico que codifica uma molécula de payload. Conforme usado neste documento, uma "molécula de payload" refere-se a uma molécula capaz de aprimorar ainda mais a eficácia terapêutica de um vírus. As moléculas de payload adequadas para uso na presente divulgação incluem moléculas de ligação a antígenos, como anticorpos ou fragmentos de ligação a antígenos destas, citocinas, quimiocinas, receptores solúveis, ligantes de receptores de superfície celular, peptídeos bipartidos, enzimas e ácidos nucleicos (por exemplo, shRNAs, siRNAs, RNAs antisense, antagomirs, ribozimas, apatâmeros, um oligonucleotídeo de isca ("decoy") ou um antagomir). A natureza da molécula de payload variará com o tipo de doença e o resultado terapêutico desejado. Em algumas modalidades, uma ou mais sequências alvo de miRNA são incorporadas na UTR 3' ou 5' de uma sequência polinucleotídica que codifica uma molécula de payload. Em tais modalidades, a tradução e a expressão subsequente de payload não ocorrem, ou são substancialmente reduzidas, nas células onde o miRNA correspondente é expresso. Em algumas modalidades, uma ou mais sequências alvo de miRNA são inseridas na UTR 3' e/ ou 5' da sequência polinucleotídica que codifica o polipeptídeo terapêutico.
[219] Em algumas modalidades, os vírus oncolíticos recombinantes descritos neste documento compreendem pelo menos um polinucleotídeo que codifica uma molécula de payload que reduz a expressão ou inibe a função de um miRNA endógeno, um gene ou um inibidor de metaloproteinases (TIMP). Esses vírus oncolíticos recombinantes são referidos neste documento como vírus ou vetores de “edição de genoma” ou “remodelação de microambiente”. A proteína ou oligonucleotídeo codificado pode reduzir a expressão ou inibir a função de um miRNA, gene ou TIMP em qualquer número de maneiras, incluindo o direcionamento da proteína (por exemplo, um TIMP) para a degradação (por exemplo, por ubiquitinação e degradação proteossômica ou direcionamento para degradação lisossomal), bloqueando interações com receptores cognatos (por exemplo, bloqueando anticorpos ou fragmentos de ligação ao antígeno ou inibidores peptídicos destes), degradando transcritos de RNA mensageiro (por exemplo, RNA de interferência curto ou RNA de hairpin curto), e/ou alteração da sequência de DNA genômico que codifica o miRNA, gene ou proteína específica (por exemplo, por uma endonuclease).
[220] Em modalidades particulares, a proteína ou oligonucleotídeo reduz a expressão de um miR ou de um gene envolvido na carcinogênese ou metástase (por exemplo, um miR oncogênico ou um oncogene). Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende pelo menos um polinucleotídeo que codifica uma molécula de payload que reduz a expressão ou função de um miRNA que é um miRNA oncogênico (por exemplo, um ou mais dos miRNAs listados na Tabela 4). Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante compreende pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais polinucleotídeos que codificam para uma proteína ou oligonucleotídeo que reduz a expressão ou função de um miRNA oncogênico. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante compreende pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais polinucleotídeos que codificam para uma pluralidade de proteínas ou oligonucleotídeos que reduzem a expressão ou função de uma pluralidade de miRNAs oncogênicos. Em algumas modalidades, a proteína ou oligonucleotídeo reduz a expressão de miR-17-92 e é usado para tratar o câncer de pulmão (por exemplo, câncer de pulmão de células pequenas). Noutras modalidades, a proteína ou oligonucleotídeo reduz a expressão de miR-221 e/ou miR-21 e é usada para tratar glioblastoma. Em certas modalidades, a proteína ou oligonucleotídeo reduz a expressão de miR-155 e/ou miR-17-92 e é utilizada para tratar o linfoma (por exemplo, linfoma de Burkitt,
linfoma difuso de grandes células B, linfoma da zona marginal ou leucemia linfocítica crônica). Em algumas modalidades, a proteína ou oligonucleotídeo reduz a expressão de miR-221, miR-222 e / ou miR-146 e é utilizada para tratar o câncer de tireoide. Em algumas modalidades, a proteína ou oligonucleotídeo reduz a expressão de miR-372 e/ou miR-373 e é utilizada para tratar o câncer de testículo (por exemplo, tumores de células germinativas testiculares). Em algumas modalidades, a proteína ou oligonucleotídeo reduz a expressão de miR-18 e/ou miR-224 e é utilizada para tratar o câncer de fígado (por exemplo, carcinoma hepatocelular).
[221] Em algumas modalidades, os vetores virais recombinantes descritos neste documento compreendem um polinucleotídeo que codifica uma molécula de payload que degrada a matriz extracelular do tumor (ECM), o que em alguns aspectos leva a uma propagação viral aprimorada. As metaloproteinases de matriz (MMPs) são proteases dependentes de zinco que são classificadas, com base em sua atividade, em colagenases, gelatinases, estromelisinas e matrilisinas. Estas proteases são geralmente secretadas como pró-enzimas (zimogênios) e são ativadas por remoção proteolítica do pró-domínio de pró-peptídeo. O principal papel que as MMPs desempenham no câncer está na degradação de MEC, o que facilita a invasão tumoral e a metástase. As MMPs também estão envolvidas na progressão tumoral, transição epitelial a mesênquima (EMT) e angiogênese. MMPs são regulados por miRs, bem como por TIMPs, que compreendem uma família de quatro inibidores de protease (TIMP1, TIMP2, TIMP3 e TIMP4). Uma ampla gama de microambientes tumorais pode ser degradada pela quebra de miRNAs ou TIMPs que regulam negativamente a família MMP com os vetores virais recombinantes da invenção. Exemplos de interações miR/MMP são mostrados na Tabela 5. Muitas dessas interações mostram que múltiplas MMPs são reguladas por um único miRNA: por exemplo, let-7 regula MMP-2, MMP-9 e MMP-14; o miR-143 regula MMP-2, MMP-9 e MMP-13; miR-218 regula MMP-2, MMP-7 e MMP-9. Além disso, a grande maioria das MMPs pode ser regulada por um único interruptor mestre de TIMP: por exemplo, o TIMP1 é conhecido por inibir a maioria das MMPs conhecidas e também promove a proliferação celular em uma ampla gama de tipos de células; o TIMP2 interage com a MMP-14 e a MMP-2.
[222] Em algumas modalidades, os vírus oncolíticos recombinantes descritos neste documento compreendem pelo menos um polinucleotídeo que codifica uma proteína ou um oligonucleotídeo que reduz a expressão ou função de um miRNA que é capaz de alterar a matriz extracelular ou capaz de modular uma via que altera a matriz extracelular, particularmente em um microambiente tumoral (por exemplo, um ou mais dos miRNAs listados na Tabela 5). Um miR de remodelação de microambiente, conforme usado neste documento, refere-se a um miR. Em algumas modalidades, a proteína ou oligonucleotídeo reduz a expressão ou função de um miR de remodelação de microambiente. Em algumas modalidades, a proteína ou oligonucleotídeo reduz a expressão ou função de pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10 ou mais miRs de remodelação de microambiente. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de polinucleotídeos que codificam uma pluralidade de proteínas ou oligonucleotídeos que reduzem a expressão ou função de uma pluralidade de miRs de remodelação de microambiente. Em algumas modalidades, as estratégias descritas neste documento podem ser utilizadas por vetores virais recombinantes da presente invenção para fazer knockdown ou quebrar a expressão ou função de miRs ou TIMPs que regulam negativamente as MMPs. Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante reduz a expressão de um TIMP selecionado de TIMP1, TIMP2, TIMP3 e TIMP4.
[223] Em algumas modalidades, os vírus oncolíticos recombinantes descritos neste documento compreendem pelo menos um polinucleotídeo que codifica uma proteína ou um oligonucleotídeo que reduz a expressão ou função de um gene no genoma da célula hospedeira. Em alguns aspectos, o gene é um gene oncogênico (por exemplo, um gene selecionado dos genes listados na Tabela 7). Em alguns aspectos, o gene codifica um miR oncogênico (por exemplo, um miRNA listado na Tabela 4), um miR de remodelação do microambiente (por exemplo, um miRNA listado na Tabela 5), ou um regulador negativo da degradação de MEC (por exemplo, um TIMP). A redução da expressão e / ou função gênica pode ser realizada no nível da transcrição (por exemplo, mutação, deleção ou silenciamento da sequência do DNA genômico) ou no nível da tradução (por exemplo, inibindo a produção do produto gênico através da degradação do mRNA). Em algumas modalidades, os vírus oncolíticos recombinantes descritos neste documento compõem um ou mais polinucleotídeos que codificam para nucleases que reduzem a expressão ou função de um gene, permitindo a mutação, supressão ou repressão da transcrição de uma sequência de genes. Em modalidades específicas, a nuclease é selecionada dentre uma endonuclease associada a Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente Interespaçadas (CRISPR), uma nuclease de dedo de zinco (ZFN) ou uma nuclease efetora tipo ativador de transcrição (TALEN). Em exemplos não limitantes, uma endonuclease associada a CRISPR é selecionada dentre SpCas9, SpCas9-HF1, SpCas9-HF2, SpCas9-HF3, SpCas9-HF4, SaCas9, FnCpf, FnCas9, eSpCas9, C2C1, C2C3, Cpf1, Casl, CaslB, Cas2, Cas3, Cas4, Cas5, Cas6, Cas7, Cas8, Cas9 (também conhecido como Csnl e Csx12), Cas10, Csyl, Csy2, Csy3, Csel, Cse2, Cscl, Csc2, Csa5, Csn2, Csm2, Csm3, Csm4, Csm5, Csm6, Cmrl, Cmr3, Cmr4, Cmr5, Cmr6, Csbl, Csb2, Csb3, Csxl7, Csxl4, Csx10, Csx16, CsaX, Csx3, Csxl, Csxl5, Csfl, Csf2, Csf3 e Csf4.
[224] Os vetores virais recombinantes da invenção podem utilizar o sistema de nuclease de CRISPR (Grupos de Repetições Palindrômicas Curtas Regularmente Espaçadas) / Cas (Associado a CRISPR), que é um sistema de nuclease projetado com base em um sistema bacteriano que pode ser usado para manipulação de genoma de mamíferos. Geralmente, o sistema compreende uma nuclease Cas e um RNA guia (gRNA). O gRNA é composto de duas partes; um crispr-RNA (crRNA) que é específico para uma sequência de DNA genômico alvo, e um RNA tracr (trRNA) que facilita a ligação de Cas. O crRNA e trRNA podem estar presentes como oligonucleotídeos de RNA separados, ou podem estar presentes no mesmo oligonucleotídeo de RNA, referido como um único RNA guia (sgRNA). Conforme usado neste documento, o termo “RNA guia” ou “gRNA” refere- se à combinação de um trRNA individual e um crRNA individual ou um sgRNA. Ver, por exemplo, Jinek et al. (2012) Science 337:816-821; Cong et al. (2013) Science 339:819-823; Mali et al. (2013) Science 339:823-826; Qi et al. (2013) Cell 152:1173- 1183; Jinek et al. (2013), eLife 2:e00471; David Segal (2013) eLife 2:e00563; Ran et al. (2013) Nature Protocols 8(11):2281-2308; Zetsche et al. (2015) Cell 163(3):759-771; Publicação PCT Nºs. WO 2007/025097, WO 2008/021207, WO 2010/011961, WO 2010/054108, WO 2010/054154, WO 2012/054726, WO
2012/149470, WO 2012/164565, WO 2013/098244, WO 2013/126794, WO 2013/141680 e WO 2013/142578; Publicações de Patente US Nos. 2010-0093617, 2013-0011828, 2010-0257638, 2010-0076057, 2011-0217739, 2011-0300538, 2013-0288251 e 2012-0277120; e Patente US No. 8,546,553, cada uma das quais é incorporada neste documento por referência na sua totalidade.
[225] Vários sistemas CRISPR-Cas de classe 1, que incluem os sistemas tipo I e tipo III, foram identificados e funcionalmente caracterizados em detalhe, revelando a complexa arquitetura e dinâmica dos complexos efetores (Brouns et al., 2008, Marraffini e Sontheimer, 2008, Hale et al., 2009, Sinkunas et al., 2013, Jackson et al., 2014, Mulepati et al., 2014). Além disso, vários sistemas CRISPR- Cas II de tipo classe 2 que empregam endonucleases homólogas guiadas por RNA da família Cas9 como efetores também foram identificadas e experimentalmente caracterizadas (Barrangou et al., 2007, Garneau et al., 2010, Deltcheva et al., 2011, Sapranauskas et al., 2011, Jinek et al., 2012, Gasiunas et al., 2012). Um segundo sistema putativo de classe 2 tipo V CRISPR-Cas foi recentemente identificado em vários genomas bacterianos. Os sistemas putativos do tipo V CRISPR-Cas contêm uma grande proteína de ∼1300 aminoácidos chamada Cpf1 (CRISPR de Prevotella e Francisella 1).
[226] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico descrito neste documento compreende ainda pelo menos um polinucleotídeo que codifica um trRNA e um crRNA direccionado para o miRNA ou para o TIMP. Em alguns casos, o pelo menos um polinucleotídeo que codifica um trRNA e um crRNA é inserido em um locus no genoma viral. Em algumas modalidades, o polinucleotídeo é uma sequência isolada compreendendo um isolante sintético ou um isolante viral nativo (por exemplo, HSV). Em certas modalidades, um vírus oncolítico é um vírus herpes simplex e pelo menos um polinucleotídeo que codifica um sítio de ligação ao RNA é inserido em ou entre um ou mais loci incluindo a região de junção interna repetida (compreendendo uma cópia de cada um dos genes diploides ICP0, ICP34,5, LAT, ICP4, e o promotor de ICP47), ICP0, LAT, UL1, UL5, UL6, UL7, UL8, UL9, UL11, UL12, UL14, UL15, UL17, UL18, UL19, UL20, UL22, UL25, UL26, UL26.5, UL27, UL28, UL29, UL30, UL31, UL32, UL33, UL34, UL35, UL36, UL37, UL38, UL39, UL40, UL42, UL48, UL49, UL52, UL53, UL54, ICP0, ICP4, ICP22, ICP27, ICP47,
gama-34,5, US3, US4, US5, US6, US7, US8, US9, US10, US11 e US12. Em uma modalidade, um vírus oncolítico é um vírus do herpes simplex (HSV) e pelo menos um polinucleotídeo que codifica um sítio de ligação ao RNA é inserido em um locus entre os quadros de leitura abertos de UL4 e UL3 (por exemplo, FIG. 39 e FIG. 40).
[227] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante compreende pelo menos um polinucleotídeo que codifica uma molécula de payload que ativa ou melhora uma resposta imune antitumoral. Em algumas modalidades, a molécula de payload é uma citocina, uma quimiocina, um anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno deste, um ativador biespecífico de células T (BiTE). Por exemplo, em algumas modalidades, a molécula de payload é um anticorpo ou fragmentos de ligação ao antígeno deste que se ligam e inibem os receptores do ponto de verificação imune (por exemplo , CTLA4, LAG3, PD1, PDL1 e outros). Em algumas modalidades, a molécula de payload é um anticorpo anti-PD1 ou um fragmento de ligação ao antígeno deste, um anticorpo anti-PDL1 ou um fragmento de ligação ao antígeno deste, ou um anticorpo anti-CTLA4 ou um fragmento de ligação ao antígeno deste.
[228] Em algumas modalidades, a molécula de payload é uma proteína que se liga e ativa um receptor da superfície celular. Por exemplo, em algumas modalidades, a molécula de payload compreende um ligante endógeno da superfície celular, como o domínio extracelular de 41BBL, o domínio extracelular de CD40L, FLT3L. Em algumas modalidades, a molécula de payload é uma citocina (por exemplo, IFNγ, IFNα, IFNβ, TNFα, IL-12, IL-2, IL-6, IL-8, IL-15, GM-CSF, IL- 21, IL -35, TGFβ e outros) ou quimiocina (por exemplo, CCL4, CXCL10, CCL5, CXCL13 ou XCL1).
[229] Em algumas modalidades, a molécula de payload é uma proteína que se liga e ativa um receptor ativador (por exemplo, FcγRI, FcγIIa, FcγIIIa, receptores co-estimuladores e outros). Em modalidades particulares, a proteína é selecionada a partir de EpCAM, folato, A2A, anti-FGF2, anti-FGFR/FGFR2b, anti- SEMA4D, CD137, CD200, CD38, CD44, CSF-1R, receptor de endotelina B, ISRE7, LFA-1, NG2 (também conhecido como SPEG4), SMADs, STING e VCAM1.
[230] Em certas modalidades, um polinucleotídeo que codifica uma proteína ou um oligonucleotídeo direcionado para reduzir a expressão de um miRNA, um gene ou um TIMP é inserido num locus no genoma viral de um vírus oncolítico recombinante. Em algumas modalidades, o polinucleotídeo é uma sequência isolada compreendendo um isolante sintético ou um isolante viral nativo (por exemplo, HSV). Em certas modalidades, o vírus oncolítico é um vírus do herpes simplex e pelo menos um polinucleotídeo que codifica um sítio de ligação ao RNA é inserido em ou entre um ou mais loci incluindo a região de junção interna repetida (compreendendo uma cópia de cada um dos genes diploides ICP0, ICP34,5, LAT, ICP4, e o promotor de ICP47), ICP0, LAT, UL1, UL5, UL6, UL7, UL8, UL9, UL11, UL12, UL14, UL15, UL17, UL18, UL19, UL20, UL22, UL25, UL26, UL26.5, UL27, UL28, UL29, UL30, UL31, UL32, UL33, UL34, UL35, UL36, UL37, UL38, UL39, UL40, UL42, UL48, UL49, UL52, UL53, UL54, ICP0, ICP4, ICP22, ICP27, ICP47, gama-34,5, US3, US4, US5, US6, US7, US8, US9, US10, US11, e US12. Numa modalidade, o vírus é um vírus do herpes simplex (HSV) e pelo menos um polinucleotídeo é inserido em um locus entre os quadros de leitura abertos de UL4 e UL3 (ver, por exemplo, por exemplo, Fig. 39 e Fig. 40).
[231] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante compreende pelo menos um anticorpo ativado por protease. Anticorpos ativados por proteases, como os descritos por Metz et al. (Protein Eng Des Sel, 25 (10): 571- 80, 2012) são ativados e se ligam apenas aos alvos após a clivagem da protease de uma capa protetora. Em alguns casos, os microambientes tumorais possuem uma série de proteases que são bem diferenciadas dos tecidos saudáveis adjacentes. Por exemplo, a protease catepsina B está superexpressa em numerosos tipos de câncer, incluindo câncer de mama, colo do útero, cólon, colorretal, gástrico, cabeça e pescoço, fígado, pulmão, melanoma, ovário, pâncreas, próstata e tireoide. O degradoma humano, composto por uma lista completa de proteases sintetizadas por células humanas, é composto de pelo menos 569 proteases que são distribuídas em cinco classes amplas (em ordem de maior a menor número): metaloproteinases (MMPs), serina, cisteína, treonina e proteases aspticas (Lopez-Otin et al., Nat Rev Cancer, 7 (10): 800-8, 2007). Em particular, anticorpos de protease especificamente clivados por MMPs podem servir como um excelente meio de direcionar os vetores virais recombinantes descritos neste documento para o microambiente tumoral, uma vez que as MMPs são encontradas nas áreas extracelular e pericelular da célula. A Tabela 6 resume proteases que são superexpressas em cânceres que podem ser exploradas para permitir a ligação específica de vetores virais recombinantes pseudotipados com anticorpos ativados por proteases.
[232] Em certas modalidades, o anticorpo ativado por protease é incorporado no envelope de glicoproteína viral. Os anticorpos ativados por protease podem ser incorporados no envelope de glicoproteína de um vetor viral recombinante da invenção (por exemplo, um vetor de HSV) para aumentar o índice terapêutico e reduzir a infecção fora do alvo. No caso de um vetor de HSV, em algumas modalidades, a glicoproteína pode ser gC ou gD. Em algumas modalidades, os vírus oncolíticos recombinantes descritos neste documento compreendem pelo menos um polinucleotídeo que codifica um anticorpo ativado por protease. Em certas modalidades, um anticorpo ativado por protease é ativado por uma protease selecionada dentre uma cisteína catepsina, um ácido aspártico catepsina, uma calicreína (hK), uma serina protease, uma caspase, uma metaloproteinase de matriz (MMP), e uma desintegrina e metaloproteinase (ADAM). Em algumas modalidades, uma protease é selecionada dentre catepsina K, catepsina B, catepsina L, catepsina E, catepsina D, hK1, PSA (hK3), hK10, hK15, uPA, uPAR, MMP-1, MMP-2, MMP-3, MMP-7, MMP-8, MMP-9, MMP-10, MMP-11, MMP-12, MMP-13, MMP-14, MMP-15, MMP-16, MMP-17, MMP-18, MMP-19, MMP-20, MMP-21, MMP-23A, MMP-23B, MMP-24, MMP-25, MMP-26, MMP-27, MMP-28, ou uma protease listada na Tabela 6.
[233] Em algumas modalidades, o anticorpo ativado por protease liga-se a uma proteína expressa mais fortemente por células cancerígenas ou em microambientes do câncer do que por células não cancerígenas ou em microambientes não cancerígenos. Em certos aspectos, um anticorpo ativado por protease se liga a NKG2D, c-met, HGFR, CD8, heparan sulfato, VSPG4 (também conhecido como NG2), EGFR, EGFRvIII, CD133, CXCR4, antígeno carcinoembrionário (CEA), CLC-3, anexina II, receptor da transferrina humana, ou EpCAM. Em certos casos, podem ser incorporados múltiplos anticorpos ativados por proteases numa única partícula de vetor viral para assegurar que são dirigidos diversos histotipos de tumores. Por exemplo, pelo menos 1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais anticorpos ativados por protease podem ser incorporados no envelope de glicoproteína viral. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico recombinante compreende pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais polinucleotídeos que codificam para pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais anticorpos ativados por protease. Em algumas modalidades, um vírus oncolítico compreende um primeiro anticorpo ativado por protease que se liga a uma primeira proteína expressa mais fortemente por células cancerígenas ou em microambientes cancerígenos do que por células não cancerígenas ou em microambientes não cancerígenos, e um segundo anticorpo activado por protease que liga-se a uma segunda proteína expressa mais fortemente por células cancerígenas ou em microambientes cancerígenos do que por células não cancerígenas ou em microambientes não cancerígenos. Noutras modalidades, um vírus oncolítico compreende uma pluralidade de anticorpos ativados por protease ligando uma pluralidade de proteína expressa mais fortemente por células cancerígenas ou em microambientes cancerígenos do que por células não cancerígenas ou em microambientes não cancerígenos. Um vírus oncolítico compreende, por exemplo, um anticorpo ativado por protease que é um anticorpo humano, um anticorpo humanizado ou um anticorpo quimérico. Em algumas modalidades, um vírus oncolítico compreende um anticorpo que é uma imunoglobulina de comprimento completo, um scFv, um Fab, um Fab', um F(ab')2, um Fv, um diacorpo, um triacorpo, um minicorpo, um anticorpo de domínio único, ou um anticorpo multiespecífico.
[234] Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende uma ou mais de: uma ou mais sequências alvo de micro-RNA (miR) inseridas num locus de um ou mais genes virais requeridos para replicação viral; um ou mais polinucleotídeos que codificam uma ou mais proteínas ou oligonucleotídeos, em que as proteínas ou oligonucleotídeos reduzem a expressão ou inibem a função de um miR, um gene ou um TIMP; pelo menos um anticorpo ativado por protease; e/ou um polinucleotídeo que codifica pelo menos um anticorpo ativado por protease. Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende: uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA inseridas num locus de um gene viral requerido para replicação viral em células não cancerosas; e/ou um primeiro polinucleotídeo que codifica uma proteína ou um oligonucleotídeo direcionado a reduzir a expressão de um miRNA oncogênico ou um gene oncogênico; e/ou um segundo polinucleotídeo que codifica uma proteína ou um oligonucleotídeo direcionado para reduzir a expressão de um miRNA de remodelação de microambiente ou de um TIMP. Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende: uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA num locus de um gene viral requerido para replicação viral em células não cancerosas; e/ou um polinucleotídeo que codifica uma proteína ou um oligonucleotídeo direcionado a reduzir a expressão de um miRNA oncogênico ou um gene oncogênico; e/ou pelo menos um anticorpo ativado por protease. Em modalidades adicionais, um vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA inseridas em um locus de um gene viral requerido para a replicação viral em células não cancerosas; e/ou um polinucleotídeo que codifica uma proteína ou um oligonucleotídeo direcionado para reduzir a expressão de um miRNA de remodelação de microambiente ou de um TIMP; e/ou pelo menos um anticorpo ativado por protease. Em uma modalidade, um vírus oncolítico recombinante compreende uma pluralidade de cópias de uma ou mais sequências alvo de miRNA inseridas num locus de um gene viral requerido para replicação viral em células não cancerosas; e/ou um primeiro polinucleotídeo que codifica uma proteína ou um oligonucleotídeo direcionado a reduzir a expressão de um miRNA oncogênico ou um gene oncogênico; e/ou um segundo polinucleotídeo que codifica uma proteína ou um oligonucleotídeo direcionado a reduzir a expressão de um miRNA de remodelação do microambiente ou de um TIMP; e/ou pelo menos um anticorpo ativado por protease. Em algumas modalidades específicas, um vírus oncolítico descrito neste parágrafo é um vírus do herpes simplex e o gene viral requerido para replicação viral em células não cancerosas é UL1, UL5, UL6, UL7, UL8, UL9, UL11, UL12, UL14, UL15, UL17, UL18, UL19, UL20, UL22, UL25, UL26, UL26.5, UL27, UL28, UL29, UL30, UL31, UL32, UL33, UL34, UL35, UL36, UL37, UL38, UL39, UL40, UL42, UL48, UL49, UL52, UL53, UL54, ICP0, ICP4, ICP22, ICP27, ICP47, gama-34,5, US3, US4, US5, US6, US7, US8, US9, US10, US11, e US12.
[235] Em certos aspectos, a invenção refere-se a um vírus oncolítico recombinante composto por um primeiro polinucleotídeo codificando uma proteína ou um oligonucleotídeo direcionado a reduzir a expressão de um miRNA oncogênico ou um gene oncogênico; e um segundo polinucleotídeo que codifica uma proteína ou um oligonucleotídeo direcionado a reduzir a expressão de um miRNA de remodelação de microambiente ou um TIMP. Em outras modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende um polinucleotídeo que codifica uma proteína ou um oligonucleotídeo direcionado para reduzir a expressão de um miRNA oncogênico ou um gene oncogênico; e pelo menos um anticorpo ativado por protease. Em algumas modalidades, um vírus oncolítico recombinante compreende um polinucleotídeo que codifica uma proteína ou um oligonucleotídeo direcionado a reduzir a expressão de um miRNA de remodelação de microambiente ou um TIMP; e pelo menos um anticorpo ativado por protease. Numa modalidade, um vírus oncolítico recombinante compreende um primeiro polinucleotídeo que codifica uma proteína ou um oligonucleotídeo direcionado a reduzir a expressão de um miRNA oncogênico ou um gene oncogênico; e/ou um segundo polinucleotídeo que codifica uma proteína ou um oligonucleotídeo direcionado para reduzir a expressão de um miRNA de remodelação de microambiente ou um TIMP; e/ou pelo menos um anticorpo ativado por protease.
[236] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico é um vírus HSV compreendendo uma primeira cassete de miR-TS inserida na UTR 3' de ICP4 compreendendo 4 sequências alvo para cada um de miR-124-3p, miR-1-3p e miR- 143- 3p; uma segunda cassete de miR-TS inserida na UTR 3' de ICP27 compreendendo 4 sequências alvo para cada um de miR-219a-5p, miR-122-5p e miR128-3p; e uma terceira cassete de miR-TS inserida na UTR 3' de UL8 compreendendo 4 sequências alvo para cada um de miR-137-3p, miR-208b-3p e miR-126-3p. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e MMP9. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica CXCL10. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e CXCL10. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica CXCL10 e MMP9. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12, CXCL10 e XCL1. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12, CXCL10 e CCL4. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12, CXCL10 e FLT3L. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e 41BBL. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e CD40L. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica 41BBL e CD40L. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica um anticorpo anti-CTLA4 ou fragmento de ligação ao antígeno deste. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica um anticorpo anti-PD1 ou anti-PDL1 ou fragmento de ligação ao antígeno deste. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende uma sequência de ácido nucleico que é pelo menos 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% idêntica a uma das SEQ ID NOs: 843, 844, 847 ou 848. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ou consiste na sequência de ácido nucleico de uma das SEQ ID NOs: 843, 844, 847 ou 848.
[237] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico é um vírus HSV compreendendo uma primeira cassete de miR-TS inserida na UTR 3' de ICP4 compreendendo 4 sequências alvo para cada um de miR-124-3p, miR-1-3p e miR- 143- 3p; uma segunda cassete de miR-TS inserida na UTR 3' de ICP27 compreendendo 4 sequências alvo para cada um de miR-219a-5p, miR-122-5p e miR128-3p; e uma terceira cassete de miR-TS inserida na UTR 3' de UL8 compreendendo 4 sequências alvo para cada um de miR-137-3p, miR-208b-3p e miR-126-3p. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e MMP9. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica CXCL10. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e CXCL10. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica CXCL10 e MMP9. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12, CXCL10 e XCL1. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12, CXCL10 e CCL4. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12, CXCL10 e FLT3L. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e 41BBL. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e CD40L. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica 41BBL e CD40L. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica um anticorpo anti-CTLA4 ou fragmento de ligação ao antígeno deste. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica um anticorpo anti-PD1 ou anti-PDL1 ou fragmento de ligação ao antígeno deste. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende uma sequência de ácido nucleico que é pelo menos 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% idêntica a uma das SEQ ID NOs: 845 ou 846. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ou consiste na sequência de ácido nucleico de uma das SEQ ID NOs: 845 ou 846.
[238] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico é um vírus HSV compreendendo uma primeira cassete de miR-TS inserida na UTR 3' de ICP4 compreendendo 4 sequências alvo para cada um de miR-124-3p, miR-1-3p e miR- 143- 3p; uma segunda cassete de miR-TS inserida na UTR 3' de ICP27 compreendendo 4 sequências alvo para cada um de miR-219a-5p, miR-122-5p e miR128-3p; e uma terceira cassete de miR-TS inserida na UTR 3' de UL8 compreendendo 4 sequências alvo para cada um de miR-137-3p, miR-208b-3p e miR-126-3p; e uma quarta cassete de miR-TS inserida na UTR 3' de ICP34.5 compreendendo 4 sequências alvo para cada um de miR-128-3p, miR-204-5p e miR-219a-5p. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e MMP9. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica CXCL10. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e CXCL10. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica CXCL10 e MMP9. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12, CXCL10 e XCL1. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12, CXCL10 e CCL4. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12, CXCL10 e FLT3L. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e 41BBL. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e CD40L. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica 41BBL e CD40L. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica um anticorpo anti-CTLA4 ou fragmento de ligação ao antígeno deste. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica um anticorpo anti-PD1 ou anti-PDL1 ou fragmento de ligação ao antígeno deste. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende uma sequência de ácido nucleico que é pelo menos 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% idêntica a SEQ ID NOs: 850. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ou consiste na sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO:
850.
[239] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico é um vírus HSV compreendendo uma primeira cassete de miR-TS inserida na UTR 3' de ICP4 compreendendo 4 sequências alvo para cada um de miR-124-3p, miR-1-3p e miR- 143- 3p; uma segunda cassete de miR-TS inserida na UTR 3' de ICP27 compreendendo 4 sequências alvo para cada um de miR-219a-5p, miR-122-5p e miR128-3p; e uma terceira cassete de miR-TS inserida na UTR 3' de UL8 compreendendo 4 sequências alvo para cada um de miR-137-3p, miR-217-5p e miR-126-3p; e uma quarta cassete de miR-TS inserida na UTR 3' de ICP34.5 compreendendo 4 sequências alvo para cada um de miR-128-3p, miR-204-5p e miR-219a-5p.
Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e MMP9. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica CXCL10. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e CXCL10. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica CXCL10 e MMP9. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12, CXCL10 e XCL1. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12, CXCL10 e CCL4. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12, CXCL10 e FLT3L.
Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e 41BBL.
Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e CD40L.
Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica 41BBL e CD40L.
Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica um anticorpo anti-CTLA4 ou fragmento de ligação ao antígeno deste.
Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica um anticorpo anti-PD1 ou anti-PDL1 ou fragmento de ligação ao antígeno deste.
Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende uma sequência de ácido nucleico que é pelo menos 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% idêntica a SEQ ID NO: 849. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ou consiste na sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO:
849.
[240] Em algumas modalidades, o vírus oncolítico é um vírus HSV compreendendo uma primeira cassete de miR-TS inserida na UTR 3' de ICP4 compreendendo 4 sequências alvo para cada um de miR-124-3p, miR-1-3p e miR- 143- 3p; uma segunda cassete de miR-TS inserida na UTR 3' de ICP27 compreendendo 4 sequências alvo para cada um de miR-219a-5p, miR-122-5p e miR128-3p; e uma terceira cassete de miR-TS inserida na UTR 3' de UL8 compreendendo 4 sequências alvo para cada um de miR-137-3p, miR-217-5p e miR-126-3p; e uma quarta cassete de miR-TS inserida na UTR 3' de ICP34.5 compreendendo 4 sequências alvo para cada um de miR-128-3p, miR-204-5p e miR-219a-5p. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e MMP9. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica CXCL10. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e CXCL10. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica CXCL10 e MMP9. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12, CXCL10 e XCL1. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12, CXCL10 e CCL4. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12, CXCL10 e FLT3L. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e 41BBL. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica IL-12 e CD40L. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica 41BBL e CD40L. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica um anticorpo anti-CTLA4 ou fragmento de ligação ao antígeno deste. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ainda uma sequência polinucleotídica que codifica um anticorpo anti-PD1 ou anti-PDL1 ou fragmento de ligação ao antígeno deste. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende uma sequência de ácido nucleico que é pelo menos 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% idêntica a SEQ ID NO: 851. Em algumas modalidades, o vírus oncolítico compreende ou consiste na sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO:
851.
[241] A invenção engloba também uma molécula de ácido nucleico que codifica um vírus oncolítico descrito neste documento. Composições e Métodos de Uso
[242] Certos aspectos da invenção referem-se a estoques e composições compreendendo os vírus oncolíticos descritos neste documento. Em alguns aspectos, a invenção refere-se a um estoque viral compreendendo um vírus oncolítico descrito neste documento. Em algumas modalidades, um estoque viral é um estoque homogêneo. A preparação e análise de estoques virais é bem conhecida na técnica. Por exemplo, um estoque viral pode ser fabricado em garrafas rotativas contendo células transduzidas com o vetor viral. O estoque viral pode então ser purificado num gradiente contínuo de nicodenze e aliquotado e armazenado até ser necessário. Os estoques virais variam consideravelmente de acordo com o título, dependendo em grande parte do genótipo viral e do protocolo e das linhagens celulares usadas para prepará-los.
[243] Em modalidades particulares, o título de um estoque viral (por exemplo, um vetor viral baseado em HSV) contemplado neste documento é pelo menos, cerca de 105 unidades formadoras de placa (pfu), como pelo menos cerca de 106 pfu ou ainda mais preferencialmente pelo menos cerca de 107 pfu. Em certas modalidades, o título pode ser pelo menos cerca de 10 8 pfu, ou pelo menos cerca de 109 pfu, e estoques de alto título de pelo menos cerca de 1010 pfu ou pelo menos cerca de 1011 pfu são os mais preferidos.
[244] A invenção contempla ainda uma composição composta por um vírus oncolítico ou uma molécula de ácido nucleico descrita neste documento e um carreador farmaceuticamente aceitável. A frase "farmaceuticamente aceitável" refere-se a entidades moleculares e composições que não produzem uma reação alérgica ou similar desagradável quando administrada a um sujeito (por exemplo,
um ser humano). O termo “composição”, conforme usado neste documento, refere- se a uma formulação de um ou mais vírus oncolítico ou moléculas de ácido nucleico descritos neste documento que é capaz de ser administrado ou distribuído a um sujeito e/ou a uma célula. Tipicamente, as formulações incluem todas as composições fisiologicamente aceitáveis, incluindo derivados e/ou pró-drogas, solvatos, estereoisômeros, racematos ou tautômeros, com quaisquer carreadores, diluentes e/ou excipientes que sejam fisiologicamente aceitáveis. Uma "composição terapêutica" ou "composição farmacêutica" (utilizadas de forma intercambiável neste documento) é uma composição de um ou mais agentes capazes de serem administrados ou distribuídos a um paciente e/ou sujeito e/ou célula para o tratamento de uma doença ou distúrbio em particular.
[245] As composições divulgadas neste documento podem ser formuladas numa forma neutra ou salina. "Sal farmaceuticamente aceitável" incluem ambos os sais de adição de ácido e de base. Sais farmaceuticamente aceitáveis incluem os sais de adição de ácido (formados com os grupos aminoácidos livres da proteína) e que são formados com ácidos inorgânicos, tais como, por exemplo, ácido clorídrico, ácido bromídrico, ácido sulfúrico, ácido nítrico, ácido fosfórico e similares, e ácidos orgânicos, tais como, mas não se limitando a ácido acético, ácido 2,2- dicloroacético, ácido adípico, ácido algínico, ácido ascórbico, ácido aspártico, ácido benzenossulfônico, ácido benzóico, ácido 4-acetamidobenzóico, ácido canfórico, ácido cânfora-10-sulfônico, ácido cáprico, ácido capróico, ácido caprílico, ácido carbônico, ácido cinâmico, ácido cítrico, ácido ciclâmico, ácido dodecilsulfúrico, ácido etano-1,2-dissulfônico, ácido etanossulfônico, ácido 2-hidroxietanossulfônico, ácido fórmico, ácido fumárico, ácido galactárico, ácido gentísico, ácido glucoheptônico, ácido glucônico, ácido glucurônico, ácido glutâmico, ácido glutárico, ácido 2-oxo-glutárico, ácido glicerofosfórico, ácido glicólico, ácido hipúrico, ácido isobutírico, ácido láctico, lactobiônico, ácido láurico, ácido maleico, ácido málico, ácido malônico, ácido mandélico, ácido metanossulfônico, ácido múcico, naftaleno-1,5-dissulfônico, naftaleno-2-sulfônico, ácido 1-hidroxi-2- naftóico, ácido nicotínico , ácido oleico, ácido orótico, ácido oxálico, ácido palmítico, ácido pamóico, ácido propiônico, ácido piroglutâmico, ácido pirúvico, ácido salicílico, ácido 4-aminossalicílico, ácido sebácico, ácido esteárico, ácido succínico,
ácido tartárico, ácido tiociânico, ácido p-toluenossulfônico, ácido trifluoroacético, ácido undecilênico, e semelhantes. Sais formados com os grupos carboxil livres podem também ser derivados de bases inorgânicas tais como, por exemplo, sódio, potássio, lítio, amónio, cálcio, magnésio, ferro, zinco, cobre, manganês, sais de alumínio e semelhantes. Sais derivados de bases orgânicas incluem, mas não estão limitados a, sais de aminas primárias, secundárias e terciárias, aminas substituídas incluindo aminas substituídas de ocorrência natural, aminas cíclicas e resinas de troca iônica básicas, tais como amônia, isopropilamina, trimetilamina, dietilamina, trietilamina, tripropilamina, dietanolamina, etanolamina, deanol, 2- dimetilaminaetanol, 2-dietilaminaetanol, diciclohexilamina, lisina, arginina, histidina, cafeína, procaína, hidrabamina, colina, betaína, benetamina, benzatina, etilenodiamina, glucosamina, metilglucamina, teobromina, tiretanolamina, trometamina, purinas, piperazina, piperidina, N-etilpiperidina, resinas de amina e semelhantes. Bases orgânicas particularmente preferenciais são isopropilamina, dietilamina, etanolamina, trimetilamina, diciclohexilamina, colina e cafeína. Após a formulação, as soluções serão administradas de forma compatível com a formulação de dosagem e em tal quantidade que seja terapeuticamente eficaz. As formulações podem ser facilmente administradas em uma variedade de formas de dosagem, tais como soluções injetáveis, cápsulas de liberação de drogas e similares.
[246] Conforme usado neste documento, "carreador " inclui quaisquer solventes, meio de dispersão, veículos, revestimentos, diluentes, agentes antibacterianos e antifúngicos, agentes isotônicos e retardadores de absorção, tampões, soluções carreadoras, suspensões, coloides e similares. A utilização de tais meios e agentes para substâncias farmaceuticamente ativas é bem conhecida na técnica. Exceto na medida em que qualquer meio ou agente convencional é incompatível com o ingrediente ativo, seu uso nas composições terapêuticas é contemplado. Ingredientes ativos suplementares também podem ser incorporados nas composições.
[247] Conforme usado neste documento, "carreador farmaceuticamente aceitável" inclui, sem limitação, qualquer adjuvante, carreador, excipiente, deslizante, agente edulcorante, diluente, conservante, corante/tintura,
intensificador de sabor, surfactante, agente molhante, agente dispersante, agente de suspensão, estabilizador, agente isotônico, solvente, surfactante, meio de dispersão, revestimentos, agentes antibacterianos e antifúngicos, agentes isotônicos e retardantes da absorção, e semelhantes que sejam fisiologicamente compatíveis, incluindo meios de cultura de células e/ou emulsionantes farmaceuticamente aceitáveis que tenham sido aprovados pela Food and Drug Administration dos Estados Unidos como aceitáveis para uso em humanos e/ou animais domésticos. Carreadores farmaceuticamente aceitáveis exemplificativos incluem, mas não estão limitados a açúcares, como glicose, lactose e sacarose; amidos, tais como o amido de milho e fécula de batata; celulose e seus derivados, tais como carboximetilcelulose de sódio, etilcelulose e acetato de celulose; tragacanto; malte; gelatina; talco; manteiga de cacau, ceras, gorduras animais e vegetais, parafinas, silicones, bentonitas, ácido silícico, óxido de zinco; óleos, como óleo de amendoim, óleo de girassol, óleo de cártamo, óleo de gergelim, azeite de oliva, óleo de milho e óleo de soja; glicois, como o propileno glicol; poliois, tais como a glicerina, sorbitol, manitol e glicol de polietileno; ésteres, tais como o oleato de etila e laurato de etila; ágar-ágar; agentes tamponadores, tais como o hidróxido de magnésio e hidróxido de alumínio; ácido algínico; pirogênio- água livre; solução salina isotônica; solução de Ringer; álcool etílico; soluções de tampão de fosfato; e quaisquer outras substâncias compatíveis empregadas em formulações farmacêuticas. Exceto na medida em que qualquer meio convencional e/ou agente é incompatível com os agentes da presente divulgação, a sua utilização em composições terapêuticas é contemplada. Ingredientes ativos suplementares também podem ser incorporados nas composições.
[248] Os agentes molhantes, emulsificantes e lubrificantes, tais como laurilsulfato de sódio e estearato de magnésio, bem como agentes corantes, agentes de liberação, agentes de revestimento, agentes suavizantes e aromatizantes, conservantes e antioxidantes podem também estar presentes nas composições.
[249] Exemplos de antioxidantes farmaceuticamente aceitáveis incluem: (1) antioxidantes solúveis em água, tais como ácido ascórbico, cloridrato de cisteína, bissulfato de sódio, metabissulfito de sódio, sulfito de sódio e afins; (2) antioxidantes solúveis em óleo, tais como palmitato de ascorbil, hidroxianisol butilado (BHA), hidroxitolueno butilado (BHT), lecitina, galato de propil, alfa-tocoferol e similares; e (3) agentes quelantes de metal, tais como ácido cítrico, ácido etilenodiaminotetracético (EDTA), sorbitol, ácido tartárico, ácido fosfórico e similares.
[250] Numa modalidade, uma composição compreendendo um carreador é adequada para administração parentérica, por exemplo, administração intravascular (intravenosa ou intra-arterial), intraperitoneal ou intramuscular. Carreadores farmaceuticamente aceitáveis incluem soluções ou dispersões aquosas estéreis e pós estéreis para a preparação extemporânea de soluções ou dispersões injetáveis estéreis. A utilização de tais meios e agentes para substâncias farmaceuticamente ativas é bem conhecida na técnica. Exceto na medida em que qualquer meio ou agente convencional é incompatível com um vetor viral ou molécula de ácido nucleico, a sua utilização nas composições farmacêuticas da invenção é contemplada.
[251] As composições da invenção podem compreender um ou mais polipeptídeos, polinucleotídeos, vetores compreendendo as mesmas células infectadas, etc.., conforme descrito neste documento, formulados em soluções farmaceuticamente aceitáveis ou fisiologicamente aceitáveis para administração a uma célula ou a um animal, sozinho ou em combinação com uma ou mais outras modalidades de terapia. Será também entendido que, se desejado, as composições da invenção podem ser administradas em combinação com outros agentes, tais como, por exemplo, citocinas, fatores de crescimento, hormônios, moléculas pequenas ou vários agentes farmaceuticamente ativos. Não há virtualmente nenhum limite para outros componentes que também podem ser incluídos nas composições, desde que os agentes adicionais não afectem adversamente a capacidade da composição para administrar a terapia pretendida.
[252] Nas composições farmacêuticas da invenção, a formulação de excipientes farmaceuticamente aceitáveis e soluções carreadoras é bem conhecida dos versados na técnica, bem como desenvolvimento de regimes de dosagem e tratamento adequados para utilizar as composições particulares descritas neste documento numa variedade de regimes de tratamento. Sobre a formulação,
soluções são administradas de forma compatível com a formulação de dosagem e em tal quantidade que é terapeuticamente eficaz para resultar em uma melhoria ou remediação dos sintomas. As formulações são administradas facilmente em uma variedade de formas de dosagem, tais como soluções ingeríveis, cápsulas de liberação de drogas e similares. Alguma variação na dosagem pode ocorrer dependendo da condição do sujeito a ser tratado. O responsável pela administração pode, em qualquer caso, determinar a dose adequada para o sujeito individual. Além disso, para a administração humana, preparações encontram esterilidade, segurança geral e normas de pureza conforme exigido pelos padrões do FDA Center for Biologics Evaluation and Research. A via de administração varia, naturalmente, com a localização e a natureza da doença a ser tratada e pode incluir, por exemplo intradérmica, transdérmica, subcutânea, parenteral, nasal, intravenosa, intramuscular, subcutânea, percutânea, intratraqueal, intraperitoneal, intratumoral, perfusão, lavagem, injeção direta e a administração oral.
[253] Em certas circunstâncias, será desejável distribuir as composições, vetores recombinantes virais, e moléculas de ácidos nucleicos divulgados neste documento por via parenteral, por via intravenosa, intramuscular, ou mesmo intraperitonealmente, conforme descrito, por exemplo, na Patente US Nº N5.543.158; Patente US Nº. 5.641.515 e Patente US Nº. 5.399.363 (cada uma especificamente incorporada neste documento por referência na sua totalidade). As soluções dos compostos ativos como base livre ou sais farmacologicamente aceitáveis podem ser preparados em água devidamente misturada com um surfactante, como hidroxipropilcelulose. Dispersões também podem ser preparadas em glicerol, polietilenoglicóis líquidos e misturas dos mesmos e em óleos. Em condições normais de armazenamento e uso, essas preparações contém um conservante para evitar o crescimento de micro-organismos.
[254] As formas farmacêuticas apropriadas para uso em injeção podem incluir soluções ou dispersões aquosas estéreis e pós estéreis para a preparação extemporânea de soluções ou dispersões injetáveis estéreis (Pat. US Nº 5.466.468, especificamente incorporada neste documento por referência na sua totalidade). Em todos os casos, a forma deve ser estéril e deve ser fluida à medida que exista fácil seringabilidade. Deve ser estável sob as condições de fabricação e armazenamento e deve ser preservada contra a ação contaminante de microrganismos, tais como bactérias e fungos. O carreador pode ser um solvente ou meio de dispersão contendo, por exemplo, água, etanol, poliol (por exemplo, glicerol, propilenoglicol e polietilenoglicol líquido e similares), misturas apropriadas e óleos vegetais destes. A fluidez apropriada pode ser mantida, por exemplo, pela utilização de um revestimento como lecitina, pela manutenção do tamanho de partícula necessário no caso da dispersão e pela utilização de surfactantes. A prevenção da ação de micro-organismos pode ser facilitada por vários agentes antibacterianos e antifúngicos, por exemplo, parabenos, clorobutanol, fenol, ácido sórbico, timerosal e similares. Em muitos casos, será preferível incluir agentes isotônicos, por exemplo, açúcares ou cloreto de sódio. Absorção prolongada das composições injetáveis pode ser provocada pelo uso nas composições de agentes, atrasando a absorção, por exemplo, gelatina e monoestearato de alumínio. A preparação de uma composição aquosa que contém uma proteína como ingrediente activo é bem conhecida na técnica. Tipicamente, tais composições são preparadas como injectáveis, quer como soluções ou suspensões líquidas; formas sólidas adequadas para solução ou suspensão em líquido antes da injecção podem também ser preparadas. A preparação também pode ser emulsionada.
[255] Para a administração parentérica numa solução aquosa, por exemplo, a solução deve ser adequadamente tamponada se necessário e o diluente líquido primeiro produziu isotônico com salina ou glicose suficientes. Essas soluções aquosas particulares são especialmente adequadas para administração por via intravenosa, intramuscular, subcutânea e intraperitoneal. A este respeito, um meio aquoso estéril que pode ser utilizado será conhecido pelos versados na técnica à luz da presente divulgação. Por exemplo, uma dose pode ser dissolvida em 1 ml de solução isotônica de NaCl e adicionada a 1000 ml de líquido para hipodermóclise ou injectada no local de perfusão proposto (Ver, por exemplo, Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 20ª edição. Baltimore, MD: Lippincott Williams & Wilkins, 2000). Alguma variação na dosagem ocorrerá necessariamente dependendo da condição do sujeito a ser tratado. O responsável pela administração pode, em qualquer caso, determinar a dose adequada para o sujeito individual. Além disso, para administração a seres humanos, as preparações devem satisfazer esterilidade, pirogenicidade, segurança geral e padrões de pureza como requerido pelo Escritório da FDA de padrões Biológicos (FDA Office of Biologics standards).
[256] As soluções injetáveis estéreis podem ser preparadas pela incorporação de compostos ativos nas quantidades necessárias, no solvente adequado, com os vários outros ingredientes enumerados acima, conforme necessário, seguido da esterilização filtrada. Geralmente, as dispersões podem ser preparadas pela incorporação dos vários ingredientes ativos esterilizados a um veículo estéril que contém um meio de dispersão básico e os outros ingredientes necessários daqueles acima enumerados. No caso de pós estéreis para a preparação de soluções injetáveis estéreis, os métodos de preparação preferenciais são secagem a vácuo e de liofilização que produz um pó de um ingrediente ativo mais qualquer ingrediente adicional desejado a partir de uma solução previamente filtrada e esterilizada deste.
[257] Em certas modalidades, as composições podem ser administradas por pulverizações intranasais, por inalação e/ou outros veículos de distribuição de aerossol. Métodos para distribuição de polinucleotídeos e composições de peptídeo diretamente aos pulmões via pulverizações de aerossol nasal foram descritos, por exemplo, na Pat. US. Nº 5.756.353 e Pat. US. Nº 5.804.212 (cada uma especificamente incorporada neste documento por referência na sua totalidade). Da mesma forma, a distribuição de drogas com resinas de micropartículas intranasais (Takenaga et al., 1998) e compostos de lisofosfatidil-glicerol (Pat. US. Nº 5.725, 871, especificamente incorporada neste documento por referência na sua totalidade) também é bem conhecida na técnica farmacêutica. Da mesma forma, a distribuição transmucosa de drogas na forma de uma matriz de suporte de politetrafluoroetileno é descrita na Pat. US. Nº 5.780.045 (especificamente incorporada neste documento por referência na sua totalidade).
[258] Em certas modalidades, a distribuição pode ocorrer pela utilização de lipossomas, nanocápsulas, micropartículas, microesferas, partículas lipídicas, vesículas, opcionalmente misturando com polipeptídeos de CPP e semelhantes, para a introdução das composições da presente invenção em células hospedeiras adequadas. Em particular, as composições da presente invenção podem ser formuladas para distribuição ou encapsuladas em uma partícula lipídica, um lipossoma, uma vesícula, uma nanosfera, uma nanopartícula ou algo parecido. A formulação e utilização de tais veículos de distribuição podem ser realizadas utilizando técnicas conhecidas e convencionais. As formulações e composições da invenção podem incluir um ou mais polipeptídeos, polinucleotídeos e pequenas moléculas, conforme descrito neste documento, formuladas em soluções farmacêuticamente aceitáveis ou fisiologicamente aceitáveis. (por exemplo, meio de cultura) para administração a uma célula ou a um animal, isoladamente ou em combinação com uma ou mais outras modalidades de terapia. Será também entendido que, se desejado, as composições da invenção podem ser administradas em combinação com outros agentes também, tais como, por exemplo, células, outras proteínas ou polipeptídeos ou vários agentes farmaceuticamente ativos.
[259] Numa determinada modalidade, uma formulação ou composição de acordo com a presente invenção compreende uma célula contactada com uma combinação de qualquer número de polinucleotídeos ou vetores virais, conforme contemplado neste documento.
[260] Em certos aspectos, a presente invenção fornece formulações ou composições adequadas para a distribuição de sistemas de vetores virais.
[261] As formulações exemplificativas para a distribuição ex vivo podem igualmente incluir o uso de vários agentes de transfecção conhecidos na técnica, tais como o fosfato do cálcio, eletroporação, o choque térmico e as várias formulações de lipossoma (ou seja, transfecção mediada por lipídios). Os lipossomas são bicamadas lipídicas que capturam uma fração do fluido aquoso. O DNA associa-se espontaneamente à superfície externa dos lipossomas catiônicos (em virtude da sua carga) e estes lipossomas irão interagir com a membrana celular.
[262] Modalidades particulares da invenção podem compreender outras formulações, tais como as que são bem conhecidas na técnica farmacêutica, e são descritas, por exemplo, em Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 20a Edição. Baltimore, MD: Lippincott Williams & Wilkins, 2000.
[263] Em certos aspectos, a presente invenção fornece composições farmaceuticamente aceitáveis que compreendem uma quantidade terapeuticamente eficaz de um ou mais vetores virais ou polinucleotídeos, conforme descrito neste documento, formulados em conjunto com um ou mais carreadores farmaceuticamente aceitáveis (aditivos) e/ou diluentes (por exemplo, meio de cultura de células farmaceuticamente aceitável). Conforme usado neste documento, uma “quantidade terapeuticamente eficaz” refere-se à quantidade de uma composição ou vírus recombinante descrito neste documento requerida para alcançar um resultado fisiológico e/ou biológico desejado. Uma “quantidade terapeuticamente eficaz” de um vírus, um estoque viral ou uma composição pode variar de acordo com fatores como o estado da doença, idade, sexo e peso do indivíduo, e a capacidade das células-tronco e progenitoras de induzir uma resposta desejada no indivíduo. Uma quantidade terapeuticamente eficaz é também aquela em que quaisquer efeitos tóxicos ou prejudiciais do vírus ou células terapêuticas transduzidas são contrabalanceados pelos efeitos terapeuticamente benéficos. O termo “quantidade terapeuticamente eficaz” inclui uma quantidade que é eficaz para “tratar” um sujeito (por exemplo, um paciente). A quantidade terapeuticamente eficaz pode ser quantificada pelo número total de unidades formadoras de placa (pfu) (por exemplo, pelo menos 1e1 pelo menos 1e20, particularmente sobre 1e4 para cerca de 1e15, mais particularmente sobre 1e6 para cerca de 1e12 pfu), ou número de genomas virais (por exemplo, pelo menos 1e1 pelo menos 1e20, particularmente cerca de 1e4 para cerca de 1e15, mais particularmente cerca de 1e6 para cerca de 1e12 genomas virais). Um versado na técnica compreenderá que a quantidade terapeuticamente eficaz irá variar com base no tipo de vírus a ser administrado, natureza da formulação, via de administração, natureza e/ou gravidade da doença a ser tratada, e/ou estado geral de saúde e bem-estar do sujeito.
[264] Alguns aspectos da invenção englobam um método de matar uma célula cancerosa, compreendendo expor a célula cancerosa a um vírus oncolítico descrito neste documento ou as composições deste sob condições suficientes para o vírus oncolítico infectar e replicar dentro da referida célula cancerosa, e em que a replicação do vírus oncolítico dentro da célula cancerosa resulta em morte celular. Em certas modalidades, a célula cancerosa tem uma expressão reduzida de um miR em comparação com uma célula não cancerosa. Em algumas modalidades, uma célula cancerosa morta por este método é in vivo. Em certas modalidades, uma célula cancerosa morta por este método está dentro de um tumor.
[265] A invenção refere-se a um método de tratamento do câncer em um sujeito em necessidade deste, compreendendo a administração de um montante profilaticamente efetivo ou uma quantidade terapeuticamente eficaz de um vírus oncolítico, um estoque viral, ou uma composição descrita neste documento para o sujeito. Um “sujeito”, conforme usado neste documento, inclui qualquer animal que exiba um sintoma de uma doença, distúrbio ou condição que possa ser tratado com os vetores, composições e métodos virais recombinantes descritos neste documento. Sujeitos adequados (por exemplo, pacientes) incluem animais de laboratório (como camundongo, rato, coelho ou porquinho-da-índia), animais de fazenda (como cavalo ou vaca) e animais domésticos ou animais de estimação (como gato ou cachorro). Os primatas não humanos e, preferencialmente, os pacientes humanos, estão incluídos.
[266] "Administração" refere-se neste documento à introdução de um vírus oncolítico, um estoque viral, ou uma composição do mesmo em um sujeito ou em contato com um vírus oncolítico, um estoque viral, ou uma composição do mesmo com uma célula e/ou tecido. A administração pode ocorrer por injeção, irrigação, inalação, consumo, eletro-osmose, hemodiálise, iontoforese, e outros métodos conhecidos na técnica. A via de administração varia, naturalmente, com o local e a natureza da doença a ser tratada e pode incluir, por exemplo perfusão, lavagem, injeção direta e a administração oral auricular, bucal, conjuntival, cutânea, dental, endocervical, endosinusial, endotraqueal, enteral, epidural, intersticial, intra- articular, intra-arterial, intra-abdominal, intra-auricular, intrabiliar, intra-brônquica, intrabursal, intracavernosa, intracerebral, intracisternal, intra-corneal, intracronal, Intracoronária, intracraniana, intradérmica, intradiscal, intraductal, intraduodenal, intraduodenal, intradural, intraepicardial, intra-epidérmica, intraesofageal, intragástrica, intragengival, intrahepática, intraileal, intralesional, intralingual, intraluminal, intralinfática, intramamária, intramedular, intrameningeal, instramuscular, intranasal, intranodal, intra-ocular, intraomento, intraovariana, intraperitoneal, Intrapericárdica, intrapleural, intraprostática, intrapulmonar, intraruminal, intrasinal, intraespinhal, intrasinovial, intratendinosa, intratesticular, intratraqueal, intratecal, intratorácica, intratubular, intratumoral, intratimpânica, intra-uterina, intraperitoneal, intravascular, intravesical intraventricular,
intravestibular, intravenosa, intravitreal, laríngea, nasal, sonda nasogástrica, oral, oftálmica, orofaríngea, parenteral, percutânea, periarticular, peridural, perineural, periodontal, respiratória, retrotubular, retal, espinhal, subaracnoide, subconjuntival, subcutânea, subdermal, subgengival, sublingual, submucosa, subretinal, tópica, transdérmica, transendocárdica, transmucosal, transplacentária, transtraqueal, transtimpânica, ureteral, uretral e/ou vaginal.
[267] O termo "tratando" e "tratamento" conforme usado neste documento refere-se a administrar a um sujeito uma quantidade terapeuticamente eficaz de um vírus recombinante ou sua composição conforme descrito neste documento, para que o sujeito tenha uma melhoria numa doença ou condição, ou um sintoma da doença ou condição. A melhoria é qualquer melhoria ou correção da doença ou condição ou sintoma da doença ou condição. A melhoria é uma melhoria observável ou mensurável, ou pode ser uma melhoria no sentimento geral de bem-estar do sujeito. Assim, aquele versado na técnica percebe que um tratamento pode melhorar a condição de doença, mas pode não ser uma completa cura para a doença. Uma “quantidade profilaticamente eficaz” refere-se a uma quantidade de um vírus, um estoque viral ou uma composição eficaz para alcançar o resultado profilático desejado. Conforme usado neste documento, "profilaxia" pode significar a prevenção completa dos sintomas de uma doença, um atraso no aparecimento dos sintomas de uma doença, ou uma diminuição na severidade de sintomas da doença posteriormente desenvolvidos. Normalmente, mas não necessariamente, uma vez que uma dose profilática é usada em sujeitos antes da ou em uma fase inicial da doença, a quantidade profilaticamente eficaz é menor do que a quantidade terapeuticamente eficaz.
[268] "Câncer" neste documento refere-se ou descreve a condição fisiológica em mamíferos que normalmente é caracterizada pelo crescimento de células desregulado. Exemplos de câncer incluem mas não estão limitados a carcinoma, linfoma, blastoma, sarcoma (incluindo o lipossarcoma, sarcoma osteogênico, angiossarcoma, endoteliossarcoma, linfangiossarcoma, linfagioendoteliossarcoma, leiomiossarcoma, rabdomiossarcoma, fibrossarcoma, mixossarcoma, condrossarcoma), osteoclastoma, tumores neuroendócrinos, mesotelioma, cordoma, sinovioma, schwanoma, meningioma, adenocarcinoma,
melanoma e leucemia ou malignidades linfoides. Exemplos mais específicos desses cânceres incluem câncer de células escamosas (câncer de células escamosas epiteliais, por exemplo), incluindo câncer de pulmão de células pequenas, câncer de pulmão de células não-pequenas, adenocarcinoma do pulmão e carcinoma escamoso do pulmão, carcinoma de pulmão de células pequenas, câncer de peritônio, câncer hepatocelular, câncer gástrico ou de estômago, incluindo câncer gastrointestinal, câncer pancreático, glioblastoma, câncer de colo uterino, câncer de ovário, câncer de fígado, câncer de bexiga, hepatoma, câncer de mama, câncer de cólon, câncer de reto, câncer colorretal, carcinoma endometrial ou uterino, carcinoma de glândula salivar, câncer do rim ou renal, câncer de próstata, câncer de vulva, câncer de tireoide, carcinoma hepático, carcinoma anal, carcinoma do pênis, câncer testicular, câncer esofágico, tumores do tracto biliar, tumor de Ewing, carcinoma basocelular, adenocarcinoma, carcinoma de glândula sudorípara, carcinoma de glândula sebácea, carcinoma papilar, adenocarcinoma papilar, cistadenocarcinoma, carcinoma medular, carcinoma broncogênico, carcinoma de células renais, hepatoma, carcinoma do duto biliar, coriocarcinoma, seminoma, carcinoma embrionário, tumor de Wilms, tumor testicular, carcinoma de pulmão, carcinoma de bexiga, carcinoma epitelial, glioma, astrocitoma, meduloblastoma, craniofaringioma, ependimoma, pinealoma, hemangioblastoma, neurinoma do acústico, oligodendroglioma, meningioma, melanoma, neuroblastoma, retinoblastoma, leucemia, linfoma, mieloma múltiplo, macroglobulinemia de Waldenstrom, doença mielodisplásica, doença de cadeia pesada, tumores neuroendócrinos, schwanoma e outros carcinomas, bem como câncer de cabeça e pescoço.
[269] Em certas modalidades, um vírus oncolítico (por exemplo, um HSV), um estoque viral ou uma composição conforme descrito neste documento são usados para tratar um câncer selecionado de câncer de pulmão (por exemplo, câncer de pulmão de células pequenas ou câncer de pulmão de células não pequenas), câncer de mama, câncer de ovário, câncer cervical, câncer de próstata, câncer de testículo, câncer colorretal, câncer de cólon, câncer de pâncreas, câncer de fígado (por exemplo, carcinoma hepatocelular (HCC)), câncer gástrico, câncer de cabeça e pescoço, câncer de tireoide, glioma maligno, glioblastoma, melanoma,
leucemia linfocítica crônica de células B, linfoma difuso de grandes células B (DLBCL) e linfoma de zona marginal (MZL).
[270] Em certos aspectos, a invenção está relacionada a um vetor viral oncolítico, conforme mostrado em qualquer uma das figuras ou modalidades divulgadas neste documento.
EXEMPLOS
[271] Os exemplos seguintes têm o objetivo de ilustrar várias modalidades da invenção e não pretendem limitar a presente invenção de qualquer forma. Os presentes exemplos, juntamente com os métodos descritos neste documento, são exemplificativos e não pretendem ser limitações do escopo da invenção. Alterações, modificações e outras mudanças nas modalidades descritas que são englobadas dentro do espírito da invenção, conforme definido pelo escopo das reivindicações, são especificamente contempladas. EXEMPLO 1- ANÁLISE DE SEQUÊNCIA DE MIR DE CÉLULAS NORMAIS E MALIGNAS
[272] A expressão diferencial de miR é uma característica de muitos tipos de câncer (Lu et al, Nature, 2005). Experimentos foram realizados para determinar os miRs que foram em sua maioria altamente diferencialmente expressos em oito diferentes linhagens celulares de câncer. A expressão diferencial foi determinada por comparações a tecidos de controle não cancerosos. No total, 108 amostras foram sequenciadas. Os detalhes da amostra são fornecidos na Tabela 11. Tabela 11: Tipo de Câncer # de Linhagens de # de Amostras de Tecido Células de Câncer de Controle Bexiga 8 4 Cólon 8 3 Mama 12 4 Pancreático 7 3 Pulmão 8 5 Cabeça e 6 6 Pescoço Schwannoma 7 4* Glioblastoma 14 4*
Controles Adicionais Fígado Normal 3 Medula Óssea 3 Normal * Mesmas amostras de controle usadas para análise de Schwannoma e glioblastoma
[273] Para facilitar a identificação de seqüências apropriadas do alvo de miRNA apropriadas para a atenuação de HSV em tipos seletos de célula, perfilamento de seqüência de miRNA de linhagens do câncer e do tecido de controle do não-câncer foi executado. As bibliotecas de sequenciação de RNAs processados em dicer foram geradas para células cancerígenas e não cancerígenas, incluindo bexiga, cólon, mama, pâncreas, pulmão, cabeça e pescoço, schwannoma, glioblastoma, cérebro, fígado e medula óssea. Estas bibliotecas de sequenciamento de miRNA foram normalizadas para o RNA total e sequenciadas usando um sistema de sequenciamento de alto rendimento HiSeq 2500 com reagentes químicos HiSeq V4 para sequenciamento de leituras até 3e 8 leituras/execução (Illumina). Os arquivos FASTQ das execuções de sequenciamento foram analisados usando a ferramenta de Análise de miRNAs no Basespace (Illumina). As classificações foram feitas calculando a média do normal, a média do câncer e classificando a proporção de normal/câncer de alto para baixo. Mapas de calor foram gerados com valores logarítmicos naturais com valores zero e negativos convertidos em zero (escala: preto é alta, branco é baixa expressão). Os dados normalizados nas amostras foram expressos como contagens de leitura de miRNA normalizadas numa dada amostra. A normalização está relacionada ao número total de leituras em uma determinada amostra em relação a outras amostras na comparação.
[274] A Fig. 1 exemplifica o mapa térmico do perfil de expressão de miRNA em tecido cerebral não canceroso e canceroso de vinte e cinco miRNAs. Exemplos adicionais de mapas térmicos de perfis de expressão de miRNA são mostrados para tecido de bexiga não cancerosa e cancerosa (Fig. 2), mama (Fig. 3), cólon (Fig. 4), cérebro (Fig. 5), cabeça e pescoço (Fig. 6), pulmão (Fig. 7), pâncreas (Fig. 8) e schwannoma (Fig. 9) correspondendo a vinte e cinco miRNAs em cada exemplo.
A Tabela 12 mostra um resumo dos níveis de expressão de miRs específicos entre tecido canceroso e não canceroso.
Conforme mostrado, os níveis de miR-451a são regulados negativamente em todos os tipos de tumor em comparação com o tecido não-canceroso, representando um potencial miRNA supressor de pan-tumor.
O miR-1-3p é regulado negativamente em todos os tipos de tumor testados, presente em níveis moderados em tecidos não-cancerosos e presente em altos níveis em tecido de cabeça e pescoço.
O miR-559 é regulado negativamente em todos os tipos de tumores testados, presentes geralmente em baixos níveis no tecido não-canceroso e presentes em altos níveis no tecido pulmonar não-canceroso.
O miR-145-5p é regulado negativamente em todos os tipos de tumores testados e apresenta-se geralmente em altos níveis na maioria dos tipos de tecidos não cancerosos testados.
O miR-143-3p é regulado negativamente nos tumores do cólon, pulmão e pancreático, e está presente em altos níveis em todos os tipos de tecidos normais e em algumas linhagens de tumores da mama.
A análise dos dados de miRNA revelou pelo menos onze miRNAs que representam novos e inesperados perfis de expressão de miRNA não identificados anteriormente na literatura.
Tabela 12: miR-145- mir-451a miR-1-3p miR-559 5p miR-143-3p Norm Ca Nor Ca Nor Ca Nor Can Tecido . n. m. n. m. n. m. . Norm.
Can. 1402, 21, 971, 39, 48902 1490 Bexiga 9 1 175 0,8 14 0,4 5 8 8,8 4,6 2262, 406, 106 12594 9154 Mama 1 3,9 3 0,3 88,4 0,9 1 ,6 3,9 3,1 3606, 149, 1177 80995 Cólon 9 22 3 1,6 40,8 2,1 ,3 0,5 5,6 193,9 4269, 16, 162, 2399 51411 1248, Glioma 7 7 75,2 1 7 0,4 ,2 7,2 4,8 6 Cabeça 1191 10, 2846 690, 30, 33103 2070 e 9,8 3 ,6 2,6 71,2 2,2 9 4 4,2 6,2
Pescoço 3144 10, 548, 1547 43613 Pulmão 2 5 73,3 1,4 3 0,1 ,5 1 6,8 390,9 Pancreát 1035, 13, ico 8 3 4,1 0,4 13,3 0,5 81,7 0,5 25557 269,8
[275] Muitos desses miRNAs identificados são específicos para pan ou múltiplos tumores. Por exemplo, a expressão de miR-451a, miR-559, miR-1-3p, miR-145-3p e miR143-3p foram geralmente reguladas negativamente em todas as linhagens celulares de câncer testadas em comparação com os tecidos de controle. Isto foi particularmente notável para o miR-451a, que foi altamente expresso em todos os tipos de tecidos normais e substancialmente regulado negativemente em todos os tipos de câncer, representando assim um miRNA supressor de tumor pan- específico. A expressão de miR-559 foi menor nos tipos de tecido normal, exceto no tecido pulmonar normal, e a expressão de miR-1-3p e mir-145-3p no tecido normal foi variável. Apesar da variabilidade na magnitude das diferenças e dos níveis absolutos de expressão, a expressão média de cada miR nas linhagens celulares de câncer foi substancialmente menor em comparação com os níveis nos tecidos normais correspondentes. Estes miRNAs são candidatos para gerar vírions pan-tumorais de HSV que são capazes de tratar amplamente uma variedade de tipos de câncer. Embora a expressão média para miR-451a, miR-559, miR-1-3p, miR-145-3p e miR143-3p tenha sido menor nas linhagens de células de câncer em comparação aos controles normais, a expressão diminuída não foi totalmente penetrante em todas as linhagens celulares de câncer. Por exemplo, 2/3 das amostras de bexiga normais testadas apresentaram expressão aumentada de miR- 145-3p, enquanto a expressão na amostra restante foi substancialmente similar à média observada nas linhagens celulares de câncer. Resultados semelhantes foram observados em linhagens celulares de câncer de mama. Embora a contagem média de leitura para todas as amostras de câncer de mama tenha sido de 106, 5/12 amostras tiveram uma contagem de leitura normalizada> 1000 contagens, 2 das quais foram > 40.000 contagens.
[276] Estes dados indicam o potencial para gerar um único vírus oncolítico atenuado por miR, capaz de direcionar uma ampla matriz de tipos de tumores. Por exemplo, um construto compreendendo sequências alvo para miR-124, miR-451a, miR-559, miR-1 e miR-145-3p pode ser usado no tratamento de todos os tipos de tumor testados (por exemplo, bexiga, cólon, mama, pâncreas, pulmão, cabeça e pescoço, Schwannoma e glioblastoma). A variabilidade nos níveis de expressão de miRs em diferentes tipos de câncer indica a necessidade potencial de estratificar pacientes pela expressão de miR ou através do uso de um biomarcador adicional.
[277] Foi realizado perfil adicional de miRNA entre tecidos cancerosos e não cancerosos usando um ensaio de expressão quantitativa da Nanostring. Os resultados dessas experiências são mostrados para amostras cerebrais (Fig. 50) e demonstram a identificação de miRNAs adicionais que exibem expressão diferencial em tecidos cerebrais cancerosos e não cancerosos que não foram identificados anteriormente pelos estudos anteriores descritos acima, nomeadamente miR-9-5p, miR-128-3p, miR-137, miR-129-2-3p e miR-487b-3p. Resultados adicionais são mostrados para amostras de coração (Fig. 51), demonstrando expressão diferencial de miR-208b-3p, miR-1-3p, miR-208a-3p, miR133-3p, miR-4284 e miR-499a-5p entre tecido cardíaco canceroso e não canceroso. Resultados adicionais são mostrados para amostras do sistema nervoso periférico (Fig. 52A-B), demonstrando expressão diferencial de miR-204- 5p, miR-1-3p, miR-206, miR-9-5p, miR-199b-5p, miR -145-5p, miR-100-5p, miR- 574-3p. Especificamente, miR-219a-2-3p, miR-9-5, miR-219a-5p e miR-204-5p são expressos diferencialmente na medula espinhal. EXEMPLO 2 - IDENTIFICAÇÃO DE GENES VIRAIS PARA ATENUAÇÃO DE MIR-T
[278] As triagens de siRNA foram realizadas para testar os genes do fenótipo de atenuação do HSV. Uma triagem de siRNA é a modalidade ideal para testar o fenótipo de atenuação de RISC de genes precoces imediatos e selecionar genes precoces. siRNAs direcionados aos genes do HSV ICP27, ICP4, ICP0, UL5, UL8, UL9, ICP8, ULC39/40, ICP22, UL30, UL42 e VP19 foram transfectados individualmente e em conjuntos nas células A253. 24 horas após a transfecção de siRNA, as células foram infectadas com ONCR-003 ou ONCR-010 (descrito abaixo na Tabela 13), cada uma das quais compreendendo uma cassete de GFP. A propagação viral foi medida 48 horas após a infecção quantificando a intensidade da GFP. Os genes do HSV identificados como possíveis ocorrências foram validados por Western blots, medições de títulos virais e RT-PCR.
[279] Os resultados dessa triagem são mostrados nas Fig. 47A e 47B. Os siRNAs individuais mediando> 75% de knockdown do gene HSV correspondente são indicados por setas na Fig. 47A e intensidade de GFP para um subconjunto selecionado dos siRNAs são mostrados na Fig. 47B. Conforme mostrado na Fig. 48, o knockdown mediado por siRNA de ICP4, UL5, UL8, ICP8, ICP22 e UL30 reduziu substancialmente a replicação viral de ONCR-003, conforme indicado por uma redução na intensidade de GFP. Além disso, o knockdown mediado por siRNA de ICP27, ICP4, UL5, UL8, UL9, ICP8, ICP22 e ICP30 reduziu substancialmente a replicação viral do ONCR-010, conforme indicado por uma redução na intensidade de GFP. As células infectadas com ONCR-010 foram posteriormente analisadas por Western blot para expressão de proteínas virais específicas. Conforme mostrado na Fig. 49, uma redução significativa desses genes do HSV também foi observada no nível da proteína. EXEMPLO 3 - CONSTRUÇÃO E USO DE UM SISTEMA DE REPÓRTER PARA ANALISAR
RAPIDAMENTE A ATENUAÇÃO DO GENE BASEADO EM MIRNA
[280] Um sistema de repórter foi desenvolvido para avaliar a atenuação do gene baseado em miRNA usando virtualmente qualquer sequência alvo de miRNA e miRNA cognato. Neste sistema (mostrado na FIG. 10), a sequência alvo reconhecida pelos miRNAs (ou seja, hsa-miR-122) foi inserida na UTR 3' da proteína fluorescente verde desestabilizada (dsGFP). O miRNA cognato foi então expresso através de um promotor induzível por tetraciclina (tet) utilizando mCherry como controle para expressão de miRNA. Todos os vetores de expressão foram clonados em um vetor tet repressível pcDNA5 Frt / To que também expressa mCherry (pTF002). Todos os miRNAs para expressão gerados pela síntese gênica do DNA genômico humano e foram clonados em pTF002. Para gerar vetores repórter de atenuação, o dsGFP foi clonado em cDNA3.1+, gerando o vetor pTF004. Vetores de atenuação contêm quatro repetições em tandem do complemento inverso da sequência de miRNA de interesse separadas por 8-16 nucleotídeos. Os plasmídeos foram construídos por inserção de oligonucleotídeos gerados sinteticamente na UTR 3' do gene dsGFP de pTF004 utilizando técnicas de biologia molecular padrão. No dia um, as células HEK293TetR foram transfectadas com os plasmídeos de expressão de atenuação de miRNA e repórter (0,15 μg cada, para um total de 0,3 μg de plasmídeo contendo promotor de CMV) utilizando Lipofectamine 2000 segundo o protocolo do fabricante (Invitrogen). No dia dois, as células foram tratadas com tetraciclina a 5 ng/ml e deixadas a incubar durante até 72 horas. Após a incubação, os sinais de fluorescência GFP e mCherry foram detectados diariamente usando um leitor de microplacas multimodo SpectraMax® i3x Minimax (Molecular Devices) e analisados usando Softmax Pro ou software de imagem Metamorph (Molecular Devices). As imagens de fase foram adquiridas com uma exposição de 5-6 ms. As imagens de fluorescência foram adquiridas com uma exposição GFP (canal de 541nm) de 10 ms e uma mCherry (canal de 713nm) de 200 a 1500 ms.
[281] A Fig. 11 exemplifica a atenuação mediada por miR-122 da expressão de GFP na indução da expressão de miR-122 via tet em 24 horas. Os mímicos de controle de miRNA, miR-184, miR-34a, and Let7a não atenuam os níveis de GFP, nem a atenuação de GFP observada na ausência do tet. A Fig. 12 mostra o efeito de mímicos de miR-122, miR-184, miR-34a e Let7a na atenuação de cassetes de GFP com cassetes de miR-TS compreendendo cada sequência alvo de miR individualmente e em combinações de cassetes de miR-122/Let7a, miR - 122/Let7a/miR-34a ou miR-122/Let7a/miR-184. Diminuição de GFP é observada apenas quando o miR apropriado e a sequência alvo cognata estão presentes juntos (poços circulados). A Fig. 13 serve como um controle não atenuado e mostra a expressão de mCherry como uma medida da expressão dos mímicos de miR- 122, miR-184, miR-34a e Let7a. A Fig. 14 mostra os efeitos da expressão de mímicos de miR-122, miR-124, miR-145, miR-199 e miR-451m em cassetes de GFP atenuadas com cassetes de miR-TS compreendendo cada sequência alvo de miR individualmente (poços circulados). Os controles não atenuados são mostrados na Fig. 15 e mostram a expressão miR-122, miR-124, miR-145, miR- 199 e miR-451 e expressão de mCherry usando cada sequência alvo individualmente.
[282] A capacidade de combinações adicionais da sequência alvo de miR para atenuar a expressão de GFP na presença de mímicos de miR cognatos é mostrada na Figura 16 - Figura 26. Em cada figura, a fluorescência da GFP é medida 72 horas após a transfecção. Em cada caso, a inserção das sequências alvo de miR indicadas resultou em expressão de GFP atenuada quando os miRs cognatos também eram expressão. Os efeitos da inserção das sequências alvo de miR-122 e miR-184 (Fig. 16), sequências alvo de miR-34a e miR-184 (Fig. 17), sequências alvo de Let-7a e miR-184 (Fig. 18), sequências alvo de miR-124 e miR- 184 (Fig. 19), sequências alvo de miR-145 e miR-184 (Fig. 20), sequências alvo de miR-199 e miR-451 (Fig. 21), sequências alvo de miR-125 e miR-451 (Fig. 22), sequências alvo de miR-126 e miR-451 (Fig. 23), sequências alvo de miR-127 e miR-451 (Fig. 24), sequências alvo de miR-133 e miR-451 (Fig. 25), e as sequências alvo de miR-223 e miR-451 (Fig. 26) são mostradas.
[283] Como tal, estes dados indicam que a expressão de miR pode resultar na atenuação específica de genes que expressam a sequência alvo de miR cognato. EXEMPLO 4 - GERAÇÃO DE HSV ATENUADO POR MIRNA
[284] Após a validação de repórter baseada em genes de sequências alvo de miRNA e pares de miRNA cognatos, foram gerados vírus baseados em HSV compreendendo cassetes de miR-TS. Uma série de modificações foi feita no KOS- 37 BAC, um clone genômico de comprimento total da cepa KOS do HSV-1 em um cromossomo bacteriano artificial (BAC) como descrito (Mazzacurati et al., Mol Ther., 2015). O produto, KGBAC, foi eliminado para a região de repetição interna (junção) contendo uma cópia de cada um dos genes diploides ICP0, ICP34.5, LAT e ICP4 juntamente com o promotor para o gene ICP47. Essa eliminação facilita a manipulação das cópias remanescentes dos 4 genes eliminados, fornece espaço abundante para a incorporação potencial de transgenes que aprimoram a atividade oncolítica do vírus e aumenta a especificidade do tumor reduzindo a expressão do fator de neurovirulência ICP34.5; a eliminação da expressão de ICP47 beneficia o reconhecimento imunológico de células de câncer infectadas por células T específicas de vírus. KGBAC também contém o quadro de leitura aberta (ORF) de GFP fundido com o ORF de glicoproteína C (gC) através de uma sequência de peptídeo 2A para permitir o monitoramento de expressão genética viral tardia (pós- replicação). Por fim, o KGBAC contém um par de mutações no gene gB que melhoram a entrada do HSV através de receptores não canônicos (Ver, por exemplo, publicação internacional PCT Nº WO 2011/130749). Uma cassete de miR-TS compreendendo 4 repetições de uma sequência alvo para miR-124-3p foi recombinada na UTR 3' de ICP4 para gerar o vetor 2A5B.
Ver, por exemplo, Publicação Internacional PCT Nº.
WO 2015/066042) e uma cassete de expressão para MMP9 foi inserida na região intergênica entre os genes UL3 e UL4 para gerar o vetor 2A5B-MMP9 (ONCR-003). Cassetes adicionais de sequência alvo de miRNA foram recombinadas na UTR 3' dos genes ICP4, ICP27, UL8, UL42 e/ou ICP34.5 do ONCR-003 para gerar os construtos mostrados na Tabela 13 abaixo.
Todos os construtos de BAC foram convertidos em partículas virais com remoção simultânea das sequências de BAC localizadas entre os sítios loxP por transfecção de células Vero-Cre.
Após a purificação da placa, os estoques de vírus foram preparados e titulados em células Vero.
Tabela 13: Construtos exemplificativos de HSV atenuados por miRNA Construto ICP27 UL8 ICP34.5 ICP4 UL42 124-3p ONCR-003 Nenhum ✖ ✖ ✖ (4x) 122-5p 124-3p ONCR-010 34a-5p ✖ ✖ ✖ (4x) Let-7a-5p 125a-5p 124-3p ONCR-011 ✖ ✖ ✖ (1x) (4x) 124-3p ONCR-012 143-3p (1x) ✖ ✖ ✖ (4x) 124-3p ONCR-013 145-5p (1x) ✖ ✖ ✖ (4x) 199a-5p 124-3p ONCR-014 ✖ ✖ ✖ (1x) (4x) 124-3p ONCR-015 1-3p (1x) ✖ ✖ ✖ (4x) 133a-3p 124-3p ONCR-016 ✖ ✖ ✖ (1x) (4x) ONCR-017 223-3p (1x) ✖ ✖ 124-3p ✖
(4x) 124-3p ONCR-018 451a# (1x) ✖ ✖ ✖ (4x) 124-3p ONCR-019 126-3p (1x) ✖ ✖ ✖ (4x) 127a-3p 124-3p ONCR-020 ✖ ✖ ✖ (1x) (4x) 133b-3p 124-3p ONCR-021 ✖ ✖ ✖ (1x) (4x) 124-3p ONCR-022 134-3p (1x) ✖ ✖ ✖ (4x) 199a-3p 124-3p ONCR-030 ✖ ✖ ✖ (1x) (4x) 124-3p ONCR-035 214-3p (1x) ✖ ✖ ✖ (4x) 124-3p ONCR-036 122-5p (1x) ✖ ✖ ✖ (4x) 124-3p ONCR-039 122-5p (2x) ✖ ✖ ✖ (4x) 124-3p ONCR-040 122-5p (3x) ✖ ✖ ✖ (4x) 124-3p ONCR-043 137-3p ✖ ✖ ✖ (4x) 124-3p ONCR-047 34a-5p ✖ ✖ ✖ (4x) 124-3p ONCR-048 184-3p ✖ ✖ ✖ (4x) 124-3p ONCR-053 Let7a-5p ✖ ✖ ✖ (4x) 122-5p 124-3p ONCR-054 184-3p ✖ ✖ ✖ (4x) Let-7a-5p
124-3p ONCR-055 145-3p ✖ ✖ ✖ (4x) 124-3p ONCR-062 559-5p ✖ ✖ ✖ (4x) 124-3p ONCR-063 122-5p ✖ ✖ ✖ (4x) 122-5p 124-3p ONCR-064 ✖ ✖ ✖ Let-7a-5p (4x) 124-3p 125a-5p ONCR-081 ✖ ✖ ✖ (4x) (1x) 124-3p 125a-5p ONCR-082 ✖ ✖ ✖ (4x) (2x) 124-3p 125a-5p ONCR-083 ✖ ✖ ✖ (4x) (3x) 124-3p 125a-5p ONCR-084 ✖ ✖ ✖ (4x) (4x) 124-3p 125a-5p ONCR-092 122-5p (1x) ✖ ✖ (4x) (4x) 124-3p 125a-5p ONCR-093 122-5p (4x) ✖ ✖ (4x) (1x) 124-3p 125a-5p ONCR-094 122-5p (1x) ✖ ✖ (4x) (1x) 124-3p 125a-5p ONCR-095 122-5p (1x) ✖ ✖ (4x) (3x) 124-3p 125a-5p ONCR-096 122-5p (4x) ✖ ✖ (4x) (4x) 1-3p ONCR-098 145-5p 124-3p ✖ ✖ ✖ ONCR-099 199a-5p (4x) 559-5p ONCR-100 ✖ ✖ ✖ 124-3p 122-5p
(4x) (3x) 124-3p 125a-5p ONCR-103 122-5p (3x) ✖ ✖ (4x) (1x) 124-3p 125a-5p ONCR-104 122-5p (3x) ✖ ✖ (4x) (4x) 219a-5p 124-3p ONCR-129 (4x) (4x), 1-3p ✖ ✖ ✖ ONCR-144 122-5p (4x) (4x), 143- 128-3p (4x) 3p (4x) 219a-5p (4x) 124-3p ONCR-130 ✖ ✖ ✖ 122-5p (4x) (4x) 128-3p (4x) 219a-5p 137-3p (4x) 124-3p ONCR-131 (4x) 208b-3p (4x), 1-3p ONCR-136 ✖ ✖ 122-5p (4x) (4x) (4x), 143- ONCR-155 128-3p (4x) 126-3p (4x) 3p (4x) 137-3p (4x) 208b-3p 124-3p ONCR-132 ✖ ✖ ✖ (4x) (4x) 126-3p (4x) # miR-451a é processado de forma não canônica pelo Ago2 e não possui braços - 3p e -5p EXEMPLO 5- ENSAIO DE INFECCIOSIDADE VIRAL USANDO HSV ATENUADO POR
MIRNA
[285] Para testar a infecciosidade e replicação viral em células normais e cancerosas, as partículas de HSV atenuadas por miRNA foram testadas no seguinte ensaio in vitro. No primeiro dia, para cada tipo de célula infectada, as partículas de HSV foram introduzidas para alcançar uma multiplicidade de infecção (moi) de 0,01. Nos dias dois a cinco, a infecciosidade viral foi avaliada por detecção de GFP utilizando um leitor de microplacas multimodo Minimax SpectraMax® i3x (Molecular Devices) e analisada utilizando o software de imagem Softmax Pro ou
Metamorph (Molecular Devices). As imagens de fase foram adquiridas com uma exposição de 5-6 ms. As imagens de fluorescência foram adquiridas com uma exposição à GFP (canal de 541 nm) de 10 ms e uma exposição à mCherry (canal de 713 nm) de 200 a 1.500 ms para avaliar qualquer sinal potencial de autofluorescência não específica.
[286] A replicação de ONCR-011 foi significativamente atenuada no tecido pulmonar mitótico devido à presença da cassete de miR-T125 no gene ICP27 e níveis elevados de miR-125a (> 3000 contagens, Tabela 14 abaixo) nestas células, conforme mostrado na Fig. 27A (lidos por quantificação de célula positiva de GFP) e Fig. 27C (leitura por PCR quantitativa). Embora o ONCR-011 e o vírus de controle, ONCR-003, contenham sequências alvo de miR-124 no gene ICP4, o miR-124 está presente em baixos níveis (<100 contagens, Tabela 14 abaixo) que foram insuficientes para atenuar a replicação viral (Fig. 27B e Fig. 27D). Tanto o ONCR- 011 como o ONCR-003 replicaram-se livremente nas células de câncer de cabeça e pescoço (A253) porque estas células contêm baixos níveis de miR-125a e miR- 124 (<100 contagens) (Tabela 14). Tabela 14: contagem de miR-125a e miR-124 em pulmão pós-mitótico e células A253 Célula contagens de contagens de miRNA 125a miRNA 124 PM- > 3000 < 100 pulmão H&N CA < 100 < 100
[287] A Fig. 28 mostra a replicação de um construto atenuado de miR-145, ONCR-013, nas células HCC1395 e A253. Conforme mostrado na Fig. 28A (lida por quantificação celular positiva de GFP) e Fig. 28B (lida por PCR quantitativa), a replicação do ONCR-013 foi significativamente atenuada nas células HCC1395, mas não nas células A253 devido à alta expressão de miR-145 em A253 e ausência de expressão em células HCC1395 (Tabela 15). Tabela 15: contagem de miR-145 nas células A253 e HCC1395 Célula contagens de miRNA 145
A253 0 HCC1395 4487
[288] A Fig. 29 mostra a atenuação de um construto atenuado por miR-143- 3p (ONCR-012) e um construto atenuado por miR-199a-5p (ONCR-014) em células pulmonares normais BEAS-2B. Conforme mostrado, a replicação do ONCR-014 foi significativamente atenuada no tecido pulmonar não canceroso (Fig. 29A, lida por quantificação celular positiva de GFP e Fig. 29B, lida por PCR quantitativa), indicando que as sequências alvo de miR-199a-5p podem atenuar a replicação viral em células pulmonares normais. EXEMPLO 6 - REPLICAÇÃO ATENUADA DE OHSV COMPREENDENDO VÁRIAS
SEQUÊNCIAS ALVO DE MIRNA EM VÁRIOS LOCI GENÉTICOS
[289] A infectividade viral e a replicação de construtos compreendendo cassetes de miR-TS em múltiplos loci genéticos foram avaliadas nas células A253, Hep3B e Huh7. Os resultados para construtos de HSV atenuados por miR ONCR- 036, ONCR-063, ONCR-093, ONCR-094, ONCR-095 e ONCR-096 são fornecidos neste documento. Cada um desses vírus compreendia uma ou mais sequências alvo de miR-124, uma ou mais sequências alvo de miR-122 e/ou uma ou mais sequências alvo de miR-125a inseridas nos loci ICP4, ICP27 e/ou UL42. A expressão de miR-122 e miR-125a em cada uma das linhagens celulares foi avaliada por um ensaio TaqMan. Resumidamente, o RNA total, incluindo a pequena fração de RNA, foi isolado a partir de células em crescimento com colunas miRNeasy. O RNA foi então usado como substrato para os ensaios TaqMan específicos para miR-122 e miR-125, e um ensaio paralelo TaqMan para o snRNA U6 foi realizado para normalizar os níveis de expressão por tipo de célula pelo método ΔΔCT. Os dados são representados como uma alteração fold em relação à linhagem celular mais baixa em questão em cada ensaio (células A253, Fig. 30A; Hep3B, Fig. 30B). Como mostrado, as células A253 não expressam miR-122 ou miR-125a. As células Hep3B expressam altos níveis de miR-125 e baixos níveis de miR-122, e as células Huh7 expressam miR-125a e altos níveis de miR-122.
[290] A infectividade e replicação viral foram avaliadas em um ensaio in vitro . Resumidamente, as células foram plaqueadas a 45.000 células/poço em uma placa de 48 poços e cultivadas durante a noite. No dia um, foram introduzidas partículas de HSV em cada tipo de célula para atingir uma multiplicidade de infecção (moi) de 0,01. 48 horas após a infecção, a infectividade viral foi avaliada por microscopia de fluorescência. Os resultados desta experiência são mostrados na Fig. 30C, e a replicação viral é indicada pelos níveis de eGFP. Esses dados demonstram atenuação aprimorada da replicação viral em células que expressam níveis intermediários a altos de miR-122 e miR-125a (células Huh7) em comparação com a atenuação observada em células que expressam apenas um dos miRs cognatos (Hep3B, expressando altos níveis de miR-125a) ou comparado a células que não expressam miR cognato (célula A253, que não expressam miR- 125a nem miR-122).
[291] A propagação viral e expressão de proteínas também foram avaliadas. Resumidamente, os lisados celulares foram colhidos 72 horas após a infecção e submetidos a análise por PAGE e Western blot. Um anticorpo anti-capsídeo HSV1 (VP5) foi usado para monitorar a expressão viral de propagação/proteína e o anticorpo B-actina foi usado como controle de carregamento. Nas células A253, onde não há expressão de miR-125a ou miR-122, foi observado um nível de alta replicação viral em todos os vírus atenuados por miR (Fig. 31, faixas 3 a 6) em comparação com os controles não atenuados (Fig. 31, ONCR-003 como controle não atenuado). No entanto, a replicação viral foi reduzida nas células Huh7, que expressam miRNAs cognatos e níveis especialmente altos de miR-122. Esses dados exemplificam a atenuação viral por miRs específicos em relação ao vírus de controle.
[292] Para confirmar ainda que a replicação viral reduzida de vírus HSV atenuados por miR foi mediada pela expressão de miRs específicos, as células A253, que não expressam miR-122 ou miR-125a endógenos, foram transfectadas com mímicos de miR-122 e miR-125a. Resumidamente, as células A253 foram plaqueadas a 35.000 células/poço em uma placa de 48 poços e cultivadas durante a noite. As células foram então transfectadas com mímicos Ambion miRNA a 2,5 pM/poço com Lipofectamine RNAiMAX. O RNA total, incluindo a pequena fração de RNA, foi isolado a partir de células em crescimento com colunas miRNeasy. O RNA dessas amostras foi então usado como substrato para os ensaios TaqMan específicos para miR-122 e miR-125, e um ensaio paralelo TaqMan para o snRNA
U6 foi realizado para normalizar os níveis de expressão por tipo de célula pelo método ΔΔCT. Os resultados são mostrados na Fig. 32. Conforme mostrado nas Fig. 32A e Fig. 32B, o miR-122 e os mímicos de miR-125 aumentaram especificamente os níveis intracelulares de expressão de miR-122 e miR-125 nas células A253 por ordem de magnitude.
[293] No dia seguinte, as células foram contadas e infectadas individualmente com partículas de HSV atenuadas por miR ONCR-036, ONCR-063, ONCR-093, ONCR-094, ONCR-095 ou ONCR-096 e controles não atenuados por ONCR-003 a um MOI de 0,01; cada um dos vírus oHSV foi adicionado em 50 μL por 1 hora, seguido pela adição de meio completo. A eGFP expressa por infecção viral produtiva foi avaliada por imagens de microscopia de fluorescência tiradas 48 horas pós infecção. Todas as imagens foram expostas e processadas de forma idêntica. Os resultados desta experiência são mostrados na Fig. 32C e quantificados por detecção de GFP usando um leitor de microplacas multimodo SpectraMax® i3x Minimax (Molecular Devices) e analisados usando Softmax Pro na FIG. 32D. Esses dados exemplificam replicação viral atenuada na presença de mímicos de miR-122 para todos os vírus, com exceção do ONCR-003 (WT). Além disso, o nível de atenuação foi proporcional ao número de cópias de sequências alvo de miR presentes nos construtos de HSV, com a maior redução de GFP em ONCR-063, ONCR-093, ONCR-096, cada uma compreendendo 4 repetições de sequência alvo de miR-122 no gene ICP27. Além disso, esses dados exemplificam replicação viral atenuada na presença de mímicos de miR-125a para ONCR-093, - 094, -095 e -096, em relação a ONCR-003 (WT) e ONCR-036/ONCR-063 (cada um compreendendo apenas sequências alvo de miR-122).
[294] Experiências semelhantes foram realizadas para avaliar a replicação viral de construtos adicionais que compreendem várias cassetes de miR-TS em dois ou mais genes virais (por exemplo, ONCR-129, ONCR-131, ONCR-125, ONCR-126, ONCR-128, ONCR-130). Em cada caso, a expressão de um ou mais miRNAs foi capaz de atenuar a replicação viral de um construto particular compreendendo uma sequência alvo correspondente ao miRNA expresso (dados não mostrados). EXEMPLO 7 - MÉTODO COMPUTACIONAL PARA GERAR CASSETES DE MIR-TS
[295] Com base nos dados descritos nos exemplos anteriores, foram geradas cassetes de sequência alvo de miR (miR-TS) para inserção em genes específicos de HSV. As sequências alvo de miR que exibem expressão diferencial entre células cancerosas e não-cancerosas de diferentes tipos de tecido foram selecionadas para gerar cassetes capazes de atenuar a replicação viral em uma ampla variedade de células saudáveis, permitindo a replicação viral em células cancerosas onde a expressão dos miRs cognatos está diminuída.
[296] Estes exemplos ilustram um método de geração de cassetes candidatas de miR-TS e candidatos preferidos selecionados da lista. O método, implementado na linguagem de computador Python, está representado na Fig. 1. As entradas para o método incluem uma lista de sementes para exclusão - neste exemplo, sequências de sementes para miRNAs que são expressas em cânceres foram excluídas - e uma lista de miR-TSs para incluir na cassete. Os miR-TSs incluídos usados neste exemplo são fornecidos na Tabela 10, juntamente com a sequência do miRNA de origem e o comprimento em nucleotídeos (nt) de cada um. Os miR-TSs toleram correspondências imperfeitas entre o microRNA e o miR-TS; portanto, será entendido que as cassetes podem ser feitas com miR-TSs imperfeitos. As cassetes miR-TS podem ser fabricadas com outros miR-TSs, incluem miR-TSs com base em qualquer um dos microRNAs conhecidos na técnica ou descobertos prospectivamente.
[297] Para este exemplo, projetamos quatro cassetes de miR-TS, uma para cada um dos quatro genes virais essenciais: ICP4, ICP27, ICP34.5 e UL8, conforme mostrado na Tabela 16. Mas, em princípio, essas cassetes poderiam ser usadas com outros genes virais (ou não virais). Como os genes virais estão na orientação complementar inversa em nossos vetores favoritos, em cada caso a sequência complementar inversa foi usada. A abreviação "miR-126m" refere-se a uma versão do sítio miR-126 mutagenizado para melhorar o sítio, removendo uma correspondência de sementes para o oncomiR miR-155. A abreviação "miR-128m" refere-se a uma versão do sítio miR-128 mutagenizado para melhorar o sítio, removendo uma correspondência de sementes para o oncomiR miR-27a-3p. Tabela 16: Cassetes candidatas de miR-TS e genes alvo Casset miR-T Gene Tecido Protegido Especificidad e HSV e da indicação 1 miR-124-3p ICP4 CNS/Cérebro/PNS, Pulmão, HnN miR-1-3p músculo liso, músculo miR-143-3p estriado/coração 2 miR-128-3p ICP27 CNS/Cérebro/PNS/oli Pulmão, HnN miR-219a-5p godendrócitos, fígado miR-122-5p 3 miR-137-3p UL8 CNS/Cérebro/PNS, Pulmão, HnN, miR-208b-3p coração, vasculatura, Bexiga miR-126-3p células-tronco hematopoiéticas 4 miR-219a-5p ICP34.5 Coluna vertebral, Todos miR-204-5p PNS, CNS miR-128-3p (oligodendrócitos, células da glia, neurônios)
[298] A cassete projetada para o ICP4 pode ser usada para regular negativamente qualquer gene, ao qual ela esteja operacionalmente conectada, no músculo liso (por causa do sítio alvo do miR-143) e na musculatura estriada (por causa do sítio alvo do miR-1). A cassete projetada para o ICP27 pode ser usada para regular negativamente qualquer gene, ao qual esteja operacionalmente conectada, em tecidos saudáveis por causa de sítios alvo de miR-128m (expresso nos neurônios corticais), miR-122 (expresso no fígado) e miR- 219 (expressos no cérebro, coluna vertebral e nervos). A cassete projetada para ICP27 pode ser usada para regular negativamente qualquer gene, ao qual ela esteja operacionalmente conectada, em tecidos saudáveis por causa dos sítios alvo de miR-128m, miR-204 e miR-219. A cassete projetada para UL8 pode ser usada para regular negativamente qualquer gene, ao qual esteja operacionalmente conectada, em tecidos não-tumorais, devido aos sítios alvo de mRNA: miR-217, miR-137 e miR- 126m.
[299] O programa foi executado, produzindo de 10.000 a 100.000 cassetes para cada combinação que atendiam aos critérios usados para exemplo de lista
(cada um dos quais é opcional): (1) quatro cópias de cada sítio de miR-TS (em orientação complementar reversa) dispostos em uma ordem aleatória; (2) exceto que o mesmo miR-TS não pode se repetir adjacente a si mesmo; (3) separados por 4 espaçadores de nucleotídeos com sequência aleatória; (4) nenhuma semente da lista de sementes excluídas; e (4) nenhuma sequência de poliadenilação (AATAAA). O programa também pode, opcionalmente, adicionar sequências de braço de 5' (CATGGACGAGCTGTACAAGTAAAGC) e braço de 3' (GCGACCGGCTAGCGTACTAGCTTAG) para a clonagem de montagem de Gibson (Nat Methods 2009; 6 (5): 343-5).
[300] Em seguida, o programa calculou um delta-G para fazer o dobramento das sequências candidatas usando a sub-rotina “fold” do pacote ViennaRNA (Lorenz et al. Algorithms for Molecular Biology, 6: 1 26, 2011; disponível em https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/) com uma janela deslizante de 40 nt. Os valores para esse cálculo da janela deslizante foram armazenados como uma lista para cada sequência candidata, e as sequências candidatas são classificadas pelo valor máximo dos valores absolutos de todos os valores delta-G da lista (ou seja, pela energia de dobramento do elemento de estrutura secundária mais forte no RNA). As sequências foram posteriormente revisadas manualmente para eliminar sequências candidatas com múltiplos mínimos de energia mais baixa. Sempre que possível, uma sequência candidata sem mínimos locais foi escolhida. Deste modo, identificaram-se sequências candidatas nas quais não existe uma estrutura secundária de RNA forte (baixo máximo de abs do delta-G) e também não há mínimos locais, ou poucos mínimos locais, na energia de dobramento prevista da estrutura secundária.
[301] Finalmente, um algoritmo de varredura de alvo de microRNA (miranda v3.3a) foi executado em cada sequência candidata para garantir que os miR-TSs desejados estivessem presentes e que nenhum miR-TS indesejável fosse inserido pelo programa.
[302] As sequências de exemplo geradas por este método são fornecidas na Tabela 17. O comprimento da cassete é definido como o número de nucleotídeos do primeiro miR-TS ao último miR-TS, incluindo o primeiro e o último miR-TS. Como o programa adiciona um primeiro espaçador de 5' de 4 nt e um último espaço de 3', sem incluir a definição de comprimento usada neste documento, o comprimento da cassete é o comprimento da sequência de saída do programa menos 8 nt (= 2 * 4 primeiro e último espaçador). Tabela 17: Cassete Sequência SEQ Nº de Compr Nucleot ID miR- imento ídeos/ TS miR-TS miRT-1- ccatatacatacttctttacattccatcc 852 8 200 25 143_1736 tgagctacagtgcttcatctcattgcat acatacttctttacattccaacgtgag ctacagtgcttcatctcatccgataca tacttctttacattccacggcgagcta cagtgcttcatctcaccttatacatact tctttacattccaaaaagagctacagt gcttcatctcaccat miRT- cacgagaattgcgtttggacaatcag 853 12 300 25 128m-122- acacaaacaccattgtcacactccat 219_6793 cttaaagagaccggttcactgtggat gtcaaacaccattgtcacactccaac ttagaattgcgtttggacaatcaagg gaaagagaccggttcactgtggcca gcaaacaccattgtcacactccaaa acaaagagaccggttcactgtggta cgagaattgcgtttggacaatcaga aaaaagagaccggttcactgtgga atacaaacaccattgtcacactcca acaaagaattgcgtttggacaatca ggtt miRT- aagtaaagagaccggttcactgtgg 854 12 300 25 128m-204- aataagaattgcgtttggacaatcaa 219_9304 ggtaggcataggatgacaaaggga acagcaaagagaccggttcactgtg
Cassete Sequência SEQ Nº de Compr Nucleot ID miR- imento ídeos/ TS miR-TS gggctagaattgcgtttggacaatca cgtaaggcataggatgacaaaggg aacgagaaagagaccggttcactgt gggggaagaattgcgtttggacaat catactaggcataggatgacaaag ggaattagaaagagaccggttcact gtggatttagaattgcgtttggacaat catagaaggcataggatgacaaag ggaattgt miRT-217- tatgctacgcgtattcttaagcaataa 855 12 300 25 137- gacttccaatcagttcctgatgcagta 126m_3163 cgaccacattattactcacggtacga aagcctacgcgtattcttaagcaata accgccacattattactcacggtacg ataaatccaatcagttcctgatgcagt aattactacgcgtattcttaagcaata actattccaatcagttcctgatgcagt acccccacattattactcacggtacg agaattccaatcagttcctgatgcagt acagtcacattattactcacggtacg atcaactacgcgtattcttaagcaata accaa
[303] A capacidade das cassetes de miR-TS mostradas na Tabela 17 para atenuar a replicação viral é mostrada na Figura 53A- Figura 53B.
[304] Construtos adicionais compreendendo cassetes de miR-TS projetadas com este método são mostradas na Tabela 18. Tabela 18: Construtos de HSV compreendendo cassetes candidatas de miR-TS
Construto ICP27 UL8 ICP34.5 ICP4 UL42 128-3pM 124-3p 219a-5p 137-3p (4x) (4x) (4x) 1-3p ONCR-142 (4x) 208b-3p 204-5p (4x) ✖ ONCR-154 122-5p (4x) (4x) (4x)ѱ 143-3p 128-3p (4x) 126-3p (4x) 219a-5p (4x) (4x) ѱ 124-3p 219a-5p 137-3p (4x) (4x) 1-3p ONCR-156 (4x) 208b-3p (4x) ✖ 122-5p (4x) (4x) 143-3p 128-3p (4x) 126-3p (4x) (4x) 128-3pM 124-3p 219a-5p 137-3p (4x) (4x) (4x) 1-3p (4x) 208b-3p ONCR-158 204-5p (4x) (4x) 122-5p (4x) (4x) 219a-5p 143-3p 128-3p (4x) 126-3p (4x) (4x) (4x) 128-3pM 124-3p 219a-5p 137-3p (4x) (4x) (4x) 1-3p (4x) ONCR-157 217-5p (4x) 204-5p (4x) (4x) ✖ 122-5p (4x) 126-3p (4x) 219a-5p 143-3p 128-3p (4x) (4x) (4x) ONCR-159 ONCR-165 ONCR-166 128-3pM 124-3p ONCR-167 219a-5p 137-3p (4x) (4x) (4x) 1-3p ONCR-168 (4x) 217-5p (4x) 204-5p (4x) (4x) ✖ ONCR-169 122-5p (4x) 126-3pM 219a-5p 143-3p ONCR-170 128-3p (4x) (4x) (4x) (4x) ONCR-171 ONCR-172 ONCR-173
Construto ICP27 UL8 ICP34.5 ICP4 UL42 ONCR-174 ONCR-175 ONCR-176 ONCR-177 128-3pM 124-3p 219a-5p 137-3p (4x) 204-5p (4x) 1-3p (4x) 208b-3p ONCR-160 (4x)ѱ (4x) ✖ 122-5p (4x) (4x) 219a-5p 143-3p 128-3p (4x) 126-3p (4x) (4x)ѱ (4x) 128-3pM 124-3p 219a-5p 137-3p (4x) (4x) (4x) 1-3p (4x) 208b-3p 204-5p ONCR-161 (4x) ✖ 122-5p (4x) (4x) (4x)ѱ 143-3p 128-3p (4x) 127 (4x) 219-5p (4x) (4x)ѱ 128-3pM 124-3p 219a-5p 137-3p (4x) (4x) (4x) 1-3p (4x) 208b-3p 204-5p ONCR-162 (4x) ✖ 122-5p (4x) (4x) (4x)ѱ 143-3p 128-3p (4x) 128-3p (4x) 219-5p (4x) (4x)ѱ 128-3pM 124-3p 219a-5p 137-3p (4x) (4x) (4x) 1-3p (4x) 208b-3p 204-5p ONCR-163 (4x) ✖ 122-5p (4x) (4x) (4x)ѱ 143-3p 128-3p (4x) 129 (4x) 219-5p (4x) (4x)ѱ 219a-5p 137-3p (4x) 128-3pM 124-3p (4x) 208b-3p (4x) (4x) 1-3p ONCR-164 ✖ 122-5p (4x) (4x) 204-5p (4x) 128-3p (4x) 130 (4x) (4x)ѱ 143-3p
Construto ICP27 UL8 ICP34.5 ICP4 UL42 219-5p (4x) (4x)ѱ ѱ uma das 4 sequências alvo não estava funcional devido a erro de clonagem M compreende uma sequência alvo modificada EXEMPLO 8 - CITOTOXICIDADE DE CONSTRUTOS DE HSV ATENUADOS POR MIR
[305] Foram realizadas experiências para avaliar a citotoxicidade in vitro de construtos selecionados de HSV atenuados por miR, ONCR-125, ONCR-131, ONCR-142 e ONCR-157. Várias linhagens celulares de câncer foram infectadas com os construtos indicados em MOIs de 30, 10, 3,33, 1,11, 0,37, 0,12, 0,04, 0,13, 0,0045 e 0,0015 e a viabilidade celular foi avaliada 72 horas após a infecção. As linhagens celulares utilizadas incluem as linhagens celulares de adenocarcinoma colorretal SW837 e COLO205, as linhagens celulares de melanoma SKMEL28 e A375, a linhagem celular de câncer de pulmão de células pequenas H446, a linhagem celular de adenocarcinoma pancreático BXPC3 e a linhagem de células de câncer de mama BT 549. O IC50 de cada construto foi calculado e é mostrado abaixo na Tabela 19. Os resultados de cada uma dessas experiências são mostrados na Figura 54A - Figura 54E. Tabela 19: ONCR-125 ONCR-131 ONCR-142 ONCR-157 SW837 0,07 0,04 0,05 0,07 COLO205 0,45 0,12 0,223 0,45 SKMEL28 0,12 0,04 0,12 0,25 A375 0,87 0,26 0,89 1,5 H446 0,13 0,05 0,15 0,15 BXPC3 0,08 0,002 0,08 0,07 BT549 0,45 0,17 0,6 1,0 EXEMPLO 9 - IL-12 AUMENTA A EFICÁCIA ABSCOPAL DO HSV
[306] Foram realizadas experiências para avaliar os efeitos da IL-12 no efeito abscopal do HSV oncolítico. Resumidamente, o construto de ONCR-133, compreendendo uma cassete de ICP4 miR-TS compreendendo 4 repetições de miR-124-3p e uma cassete de expressão que codifica IL-12 murina foi administrada a camundongos em um modelo de tumor MC38. Conforme mostrado na Fig. 55, o ONCR-133 inibiu significativamente o crescimento de tumores injetados em comparação com os controles tratados com veículo (p <0,0001). O tratamento com ONCR-133 também inibiu significativamente o crescimento tumoral de tumores não injetados (p <0,005), indicando um efeito abscopal aprimorado.
[307] Surpreendentemente, a expressão de um payload de ativação imune adicional, ULBP3, não aprimorou ainda mais os efeitos de inibição do crescimento tumoral do HSV que expressa IL-12. Conforme mostrado na Fig. 56, os camundongos tratados com ONCR-133 + ONCR-007 (um construto de HSV que expressa ULBP3) ou ONCR-133 + ONCR-002 (um construto de HSV que não expressa moléculas de payload adicionais) ambas demonstraram uma inibição significativa do crescimento tumoral em comparação com os controles tratados com o veículo. No entanto, não houve benefício adicional da expressão de ULBP3 na inibição do crescimento de tumores injetados ou não injetados. De fato, conforme mostrado na tabela na Fig. 56, a expressão adicional de ULBP3 diminuiu ligeiramente a inibição do crescimento tumoral observada apenas com a expressão de IL-12.
[308] Da mesma forma, a expressão adicional de CXCL10 não aprimorou ainda mais a eficácia antitumoral do HSV que expressa IL-12. Camundongos tratados com ONCR-113 (um construto de HSV que expressa IL-12 e MMP9) + ONCR-106 (um construto de HSV que expressa CXCL10 e MMP9) ou ONCR-113 + ONCR-031 (um construto de HSV que expressa MMP9). Conforme mostrado na Fig. 57, a expressão adicional de CXCL10 no grupo tratado com ONCR-106 + ONCR-113 não aprimorou a inibição do crescimento tumoral em tumores injetados ou não injetados em comparação com camundongos tratados com ONCR-031 + ONCR-113. De fato, conforme mostrado na tabela na Fig. 57, a expressão adicional de CXCL10 diminuiu ligeiramente a inibição do crescimento tumoral em tumores injetados e não injetados. EXEMPLO 10 - EXPRESSÃO DE CCL4 APRIMORA AINDA MAIS A EFICÁCIA ABSCOPAL
DO HSV
[309] Foram realizadas experiências para avaliar os efeitos do CCL4 na inibição do crescimento tumoral no modelo MC38 descrito no Exemplo F. Os resultados desta experiência são mostrados na Fig. 58 e na Tabela 20 abaixo. Os camundongos foram tratados com um dos 4 construtos, ONCR-133 (expressando IL-12), ONCR-151 (expressando IL-12, CXCL10 e XCL1), ONCR-152 (expressando IL-12, CXCL10 e FLT3), ou ONCR-153 (expressando IL-12, CXCL10 e CCL4). Conforme mostrado na Fig. 58, o tratamento com todos os ONCR-133, -151, -152 e -153 inibiu significativamente o crescimento tumoral de tumores injetados e não injetados em comparação com os controles do veículo. No entanto, os camundongos tratados com ONCR-153 demonstraram um aumento na inibição do crescimento tumoral nos tumores injetados e nos não injetados em comparação ao tratamento com ONCR-133, enquanto ONCR-151 ou -152 demonstraram uma ligeira diminuição na eficácia em comparação com o tratamento com ONCR-133. Estes resultados demonstram que a expressão de CCL4 pode aumentar a inibição do crescimento tumoral e o efeito abscopal do HSV oncolítico acima dos efeitos observados apenas com a expressão de IL-12. Tabela 20: Injetado Não injetado Combo Payloads CR % TGI p CR % TGI p ONCR- IL-12 3/8 82 <0,0001 0/8 44 0,19 133 ONCR- IL-12, CXCL10, 3/8 76 <0,0001 0/8 33 0,35 151 XCL1 ONCR- IL-12, CXCL10, 1/8 81 <0,0001 0/8 34 0,3 152 FLT3L ONCR- IL-12, CXCL10, 3/8 89 <0,0001 0/8 58 0,001 153 CCL4
[310] Os tumores de camundongos tratados com ONCR-153 foram colhidos e avaliados quanto à presença de HSV por análise por RT-PCR do gene gD. Conforme mostrado na Fig. 59A e Fig. 59B, o HSV foi detectado nos tumores injetados, mas não nos tumores não injetados, indicando que a inibição do crescimento tumoral observada nos tumores não injetados não era devida à propagação viral, mas sim aos efeitos abscopais da administração do vírus. Os tumores também foram avaliados quanto à presença dos payloads, IL-12, CXCL10 e CCL4. Como mostrado na FIG. 60A-60C, a expressão do payload atingiu o pico nos tumores injetados 24 horas após o tratamento e diminuiu posteriormente. Os níveis dos payloads também foram avaliados no soro (Fig. 61A-61C) de camundongos tratados com ONCR-153, onde apenas a expressão de CXCL10 foi observada. No entanto, conforme mostrado na Fig. 62, o tratamento de camundongos com ONCR-153 induziu uma resposta intra-tumoral de IFNγ em tumores injetados e não injetados (painel esquerdo). Do mesmo modo, foi observada uma expressão aumentada de IFNγ no soro de camundongos tratados com ONCR-153. Estes dados indicam ainda que a combinação da expressão de IL-12 e CCL4 pelo HSV induz uma resposta imune localizada que pode contribuir para o efeito abscopal observado com ONCR-153. EXEMPLO 11 - EXPRESSÃO DE FLT3 APRIMORA AINDA MAIS A EFICÁCIA ABSCOPAL
DO HSV
[311] Foram realizadas experiências para avaliar os efeitos do FLT3 na inibição do crescimento tumoral no modelo MC38 descrito no Exemplo F. Os resultados desta experiência são mostrados na Fig. 63 e na Tabela 21 abaixo. Os camundongos foram tratados com uma das três combinações de construtos que expressam diferentes payloads, conforme descrito na Tabela 21. Conforme mostrado na Fig. 63, o tratamento com uma combinação de ONCR-152 e ONCR- 140 aumentou a inibição do crescimento tumoral em tumores não injetados, indicando que a expressão de FLT3L pode melhorar o efeito abscopal em relação ao observado com IL-12, CXL10 e CCL4. Tabela 21: Injetado Não injetado Combo Payloads CR % TGI p CR % TGI p 152+140 IL12, CXCL10, 8/8 97 <0,0001 3/8 69 0,29 CCL4 153+140 IL12, CXCL10, 8/8 99 <0,0001 3/8 58 0,22 FLT3 152+153 IL12, CXCL10, 8/8 97 <0,0001 3/8 75 0,005 CCL4, FLT3 EXEMPLO 13 - EXPRESSÃO DE CD40L APRIMORA AINDA MAIS A EFICÁCIA ABSCOPAL
DO HSV
[312] Foram realizadas experiências para avaliar os efeitos do CD40L na inibição do crescimento tumoral no modelo MC38 descrito no Exemplo F. Os resultados desta experiência são mostrados na Fig. 64 e na Tabela 22 abaixo. Os camundongos foram tratados com construtos que expressam diferentes payloads, conforme descrito na Tabela 22. Conforme mostrado na Fig. 64, o tratamento com uma combinação de ONCR-153 e ONCR-147 aprimorou a inibição do crescimento tumoral em tumores não injetados, indicando que a expressão de CD40L pode aprimorar o efeito abscopal em relação ao observado com IL-12, CXL10 e CCL4. Tabela 22: Injetado Não injetado Combo Payloads CR % TGI p CR % TGI p 153 IL12, CXCL10, 1/8 65 0,0005 0/8 41 0,02 CCL4 147 CD40L, 41BBL 0/8 14 0,35 0/8 -- 0,83 153+147 IL12, CXCL10, CCL4, CD40L, 2/8 73 <0,0001 0/8 59 0,0005 41BBL EXEMPLO 12 - EXPRESSÃO ANTI-CTLA4 APRIMORA AINDA MAIS A EFICÁCIA ABSCOPAL DO
HSV
[313] Foram realizadas experiências para avaliar os efeitos do CTLA4 na inibição do crescimento tumoral no modelo MC38 descrito no Exemplo F. Os resultados desta experiência são mostrados na Fig. 66A - Fig. 66C e na Tabela 23 abaixo. Os camundongos foram tratados com construtos que expressam diferentes payloads, conforme descrito na Tabela 23. Conforme mostrado na Fig. 66A - Fig. 66C, o tratamento com uma combinação de ONCR-149 e ONCR-139 aumentou a inibição do crescimento tumoral em tumores injetados e não injetados em comparação com o tratamento apenas com ONCR-149, indicando que a expressão anti-CTLA4 pode aprimorar os efeitos antitumorais e abscopais em relação aos observados com a IL-12. Tabela 23: Combo Payloads Injetado Não injetado
% CR p CR % TGI p
TGI 149 IL12 0/8 66 <0,0001 0/8 41 0,0002 149 + IL12, anti-CTLA4 1/8 75 <0,0001 1/8 57 <0,0001 139
[314] Experiências semelhantes foram realizadas para avaliar os efeitos do anti-CTLA4 sobre a expressão de IL-12, CXCL10, FLT3L e CCL4 em um modelo 4T1-luc. Em resumo, 1 x 106 de células 4T1-luc em 100 µL de DPBS foram injetadas subcutaneamente no flanco direito dos camundongos Balb/c. Quando o volume do tumor atingiu uma média de 100 mm 3, os camundongos foram injetados intratumoralmente com HSV-1 na dose de 3e6 de PFU/injeção. A dosagem foi repetida duas vezes a cada três dias para um número total de 3 doses (Q3Dx3). O crescimento tumoral e o peso corporal foram monitorados duas vezes por semana. A experiência foi concluída no dia 22, quando foram observados os primeiros sintomas clínicos da doença metastática. As metástases pulmonares foram visualizadas ex vivo usando o sistema IVIS Lumina LT e analisadas com o software Living Image. Os camundongos foram tratados com uma combinação de construtos, conforme mostrado na Tabela 24. Os resultados desta experiência são mostrados na Fig. 67. Conforme mostrado, o tratamento com ONCR-152 e -139 demonstrou um efeito aprimorado na inibição de crescimento tumoral em comparação com o tratamento apenas com ONCR-139. Tabela 24: Combo Payloads 152 IL12, CXCL10, FLT3L 139 anti-CTLA4 152 + 139 IL12, CXCL10, FLT3L, anti-CTLA4 EXEMPLO 13 - TRATAMENTO COM EXPRESSÃO ANTI-PD1 APRIMORA AINDA MAIS A
EFICÁCIA DO HSV
[315] Foram realizadas experiências para avaliar os efeitos do tratamento anti-PD1 na inibição do crescimento tumoral mediada por HSV no modelo MC38 descrito no Exemplo F. Os resultados desta experiência são mostrados na Fig. 68 e na Tabela 25 abaixo. Os camundongos foram tratados com construtos que expressam diferentes payloads, conforme descrito na Tabela 25. Conforme mostrado na Fig. 68, o tratamento com uma combinação de ONCR-153 e anti-PD1 aprimorou a inibição do crescimento tumoral em tumores injetados em comparação com o observado apenas com ONCR-152 ou anti-PD1. Tabela 25: Injetado Não injetado Combo Payloads % CR p CR % TGI p
TGI 153 IL12, CXCL10, 2/8 79 <0,0001 5/8 84 <0,0001 CCL4 anti-PD1 5/8 65 0,0005 0/8 41 0,02 153+anti- IL12, CXCL10, 2/8 95 <0,0001 0/8 83 <0,0001 PD1 CCL4, anti-PD1 EXEMPLO 14- TRATAMENTO DE UM PACIENTE QUE SOFRE DE CÂNCER PANCREÁTICO, CÂNCER DE PULMÃO OU CÂNCER DE CÓLON
[316] Um paciente que sofre de câncer de pâncreas, câncer de pulmão ou câncer de cólon é tratado utilizando as composições e métodos divulgados neste documento. Podem ser gerados estoques virais baseados em HSV que são atenuados pela incorporação de uma ou mais sequências alvo de miRNA em UL19, ICP4, ICP27 ou UL42 (ou outros genes virais) conforme mostrado nas FIG. 39-50. Em alguns casos, as capacidades de edição do genoma para destruição do tumor e/ou remodelação do microambiente são manipuladas dentro do vírus, além das sequências alvo de miRNA, conforme mostrado nas FIGs. 45-46. Em um exemplo específico, é usado um estoque baseado em HSV contendo cassetes de atenuação de miR-124, miR-451a, miR-143-3p e miR-559 incorporados no ICP4 e ICP27. Em outro exemplo, um estoque baseado em HSV contendo cassetes de atenuação com uma ou mais cópias das sequências alvo de miR-122 e miR-125a incorporadas nos genes ICP27 e/ou UL42. Para qualquer uma dessas composições, o estoque baseado em HSV é gerado de acordo com os métodos descritos no Exemplo 3. As cassetes de sequência alvo de miRNA são introduzidas na UTR 3' dos genes ICP4, ICP27UL19 e/ou UL42. Os construtos de BAC são convertidos em partículas virais com remoção simultânea das sequências de BAC localizadas entre os sítios loxP por transfecção de células Vero-Cre. Após a purificação da placa, os estoques de vírus são ainda mais purificados, trocados por tampão e titulados em células Vero. Para a administração in vivo a um paciente que sofre de câncer pancreático, câncer de pulmão ou câncer de cólon, as partículas de HSV são preparadas em solução de tampão de fosfato (PBS), juntamente com agentes estabilizadores farmacêuticos aceitáveis. No dia do tratamento, 109 genomas de vetor num volume de 1,0 mL de carreador farmaceuticamente aceitável são administrados via infusão intra-tumoral. O paciente é monitorado para regressão do tumor usando procedimentos padrão de atendimento em um intervalo de tempo apropriado com base no prognóstico particular do paciente. EXEMPLO 15 - TRATAMENTO DE PACIENTES QUE SOFREM DE CÂNCER NO CÉREBRO, CÂNCER DE BEXIGA, CÂNCER DE MAMA OU CÂNCER DE CABEÇA E PESCOÇO
[317] Um paciente que sofre de câncer de cérebro, câncer de bexiga, câncer de mama ou câncer de cabeça e pescoço é tratado utilizando as composições e métodos divulgados neste documento. Um estoque viral baseado em HSV é gerado contendo cassetes de atenuação de miR-124, miR-451a, miR-145-3p e miR-559 de acordo com os métodos descritos no Exemplo 3. Os cassetes de sequência alvo de miRNA são introduzidos na UTR 3' dos genes ICP4 (miR-124) e ICP27 (miR- 451a, miR-145-3p, miR-559) como mostrado na FIG. 48 Os construtos de BAC são convertidos em partículas virais com remoção simultânea das sequências de BAC localizadas entre os sítios loxP por transfecção de células Vero-Cre. Após a purificação da placa, os estoques virais são ainda mais purificados, trocados por tampão e titulados em células Vero. Para administração in vivo a um paciente que sofre de câncer de cérebro, câncer de bexiga, câncer de mama ou câncer de cabeça e pescoço, as partículas de HSV são preparadas em solução tamponada com fosfato (PBS) juntamente com agentes estabilizantes farmaceuticamente aceitáveis. No dia do tratamento, 109 os genomas de vetor num volume de 1,0 mL de carreador farmaceuticamente aceitável são administrados via infusão intra- tumoral. O paciente é monitorado usando procedimentos padrão de atendimento em um intervalo de tempo apropriado com base no prognóstico particular do paciente. Os resultados potenciais dessas experiências incluem inibição parcial ou completa do crescimento tumoral, inibição da metástase tumoral, tempo prolongado na remissão e/ou taxa reduzida de recaída em comparação com as terapias padrão de atendimento. EXEMPLO 16 - TRATAMENTO DE UM PACIENTE QUE SOFRE DE SCHWANNOMA
[318] Um paciente que sofre de schwannoma é tratado utilizando as composições e métodos divulgados neste documento. Um estoque viral baseado em HSV é gerado contendo cassetes de atenuação de miR-124-3p, miR-205-5p, miR-141-5p e miR-31-5p de acordo com os métodos descritos no Exemplo 3. Os cassetes de sequência alvo de miRNA foram recombinados na UTR 3 ' dos genes ICP4 (miR-124) e ICP27 (miR-205-5p, miR-141-5p, miR-31-5p) como mostrado na FIG. 49. Os construtos de BAC são convertidos em partículas virais com remoção simultânea das sequências de BAC localizadas entre os sítios loxP por transfecção de células Vero-Cre. Após a purificação da placa, os estoques de vírus foram ainda mais purificados, trocados por tampão e titulados em células Vero. Para administração in vivo a um paciente que sofre de schwannoma, as partículas de HSV são preparadas em solução tamponada com fosfato (PBS) juntamente com agentes estabilizantes farmaceuticamente aceitáveis. No dia do tratamento, 10 9 os genomas de vetor num volume de 1,0 mL de carreador farmaceuticamente aceitável são administrados via infusão intra-tumoral. O paciente é monitorado usando procedimentos padrão de atendimento em um intervalo de tempo apropriado com base no prognóstico particular do paciente. Os resultados potenciais dessas experiências incluem inibição parcial ou completa do crescimento tumoral, inibição da metástase tumoral, tempo prolongado na remissão e/ou taxa reduzida de recaída em comparação com as terapias padrão de atendimento
[319] Embora as modalidades preferenciais da presente invenção sejam mostradas e descritas neste documento, será óbvio para aqueles versados na técnica que tais modalidades são fornecidas a título de exemplo somente. Numerosas variações, alterações e substituições podem ser implementadas pelos versados na técnica sem se afastarem da invenção. Deve-se entender que diversas alternativas às modalidades da invenção descritas neste documento podem ser empregadas na prática da invenção. Pretende-se que as seguintes reivindicações definam o escopo da invenção e que os métodos e estruturas no escopo destas reivindicações e seus equivalentes sejam abrangidos.
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INCORPORAÇÃO A TÍTULO DE REFERÊNCIA
[320] Todas as referências, artigos, publicações, patentes, publicações de patentes e pedidos de patente citados neste documento são incorporados por referência na sua totalidade para todos os fins. No entanto, a menção de qualquer referência, artigo, publicação, patente, publicação de patentes e pedido de patente citado neste documento não é e não deve ser tomado como reconhecimento ou qualquer forma de sugestão de que eles constituem uma técnica anterior válida ou fazem parte do conhecimento geral comum em qualquer país do mundo. Tabela 1: Resumo das relações entre 12 oncomiRs selecionados (9 supressores de tumor e 3 miRNAs oncogênicos) e vários tipos de câncer Regulado Regulado negativamente positivamente let- miR- miR- mir- miR- miR- miR- miR- miR- miR- miR- miR- Malignidade 7 15a 16 29a 34a 98 101 124 202 17 21 155 leucemia
X X linfoblástica aguda leucemia mieloide
X X X X aguda leucemia
X promielocítica aguda carcinoma cortical
X supra-renal astrocitoma
X anaplásico linfoma anaplásico
X de células grandes astrocitoma X Linfoma de células B X X câncer de bexiga X X X X X X câncer de mama X X X X X X X X X
Regulado Regulado negativamente positivamente let- miR- miR- mir- miR- miR- miR- miR- miR- miR- miR- miR- Malignidade 7 15a 16 29a 34a 98 101 124 202 17 21 155 carcinoma de mama X carcinoma
X X bronquíolo-alveolar câncer de colo do
X X X útero carcinoma cervical X X X X carcinoma de células escamosas X X cervicais colangiocarcinoma X X X condrossarcoma X cordoma X coriocarcinoma X leucemia linfocítica
X X X crônica leucemia mieloide
X X crônica câncer de células renais de células X X claras câncer de cólon X X X X X câncer colorretal X X X X X X X X X X carcinoma colorretal X X linfoma cutâneo de
X células T linfoma de células B
X grandes difusas
Regulado Regulado negativamente positivamente let- miR- miR- mir- miR- miR- miR- miR- miR- miR- miR- miR- Malignidade 7 15a 16 29a 34a 98 101 124 202 17 21 155 câncer de
X X X endométrio câncer de ovário
X epitelial câncer de esôfago X X X carcinoma de células escamosas X X X X X X do esôfago colangiocarcinoma
X extra-hepático linfoma folicular X carcinoma da
X vesícula biliar câncer gástrico X X X X X X X X X glioblastoma X X X X glioma X X X X X X X câncer de cabeça e pescoço carcinoma de células escamosas de cabeça e X X X X X pescoço carcinoma carcinoma
X X X X X X X X X X X hepatocelular carcinoma de
X células escamosas
Regulado Regulado negativamente positivamente let- miR- miR- mir- miR- miR- miR- miR- miR- miR- miR- miR- Malignidade 7 15a 16 29a 34a 98 101 124 202 17 21 155 hipofaríngeo câncer do rim X carcinoma laríngeo X X carcinoma de células escamosas X X da laringe câncer de fígado X X X adenocarcinoma do
X X pulmão câncer de pulmão X X X X X X X X X melanoma maligno X X X X X X X linfoma MALT X linfoma das células
X X X X do manto meduloblastoma X X câncer mesenquimal X leucemia monocítica X mieloma múltiplo X câncer nasofaríngeo X carcinoma
X X X X X X nasofaríngeo neuroblastoma X X X X X X X câncer de pulmão de células não X X X X X X X X X X pequenas câncer oral X X X carcinoma de X X X X
Regulado Regulado negativamente positivamente let- miR- miR- mir- miR- miR- miR- miR- miR- miR- miR- miR- Malignidade 7 15a 16 29a 34a 98 101 124 202 17 21 155 células escamosas oral osteossarcoma X X X X X X X X X câncer de ovário X X X X X X carcinoma de ovário X adenocarcinoma
X X pancreático câncer de pâncreas X X X X X adenocarcinoma
X X X X X X ductal pancreático câncer de tireoide
X X X X X X papilar carcinoma
X hipofisário câncer de próstata X X X X X X X câncer de reto X X X carcinoma de
X X X X células renais carcinoma de
X X células renais claras retinoblastoma X X X carcinoma de
X X X X X células escamosas linfoma linfoblástico
X de células T melanoma uveal X Tabela 2: Resumo da expressão de miRNA no câncer
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente câncer de mama let-7a, let-7a-1, let-7a-2, let-7a- mir-10b, mir-125a, mir- 3, let-7b, let-7c, let-7d, let-7e, 135a, mir-140, mir-141, let-7f-1, let-7f-2, let-7g, let-7i, mir-142, mir-150, mir-155, mir-100, mir-107, mir-10a, mir- mir-181a, mir-181b, mir- 10b, mir-122, mir-124, mir- 182, mir-18a, mir-18b, 1258, mir-125a-5p, mir-125b, mir-191, mir-196a, mir- mir-126, mir-127, mir-129, mir- 197, mir-19a, mir-19b, 130a, mir-132, mir-133a, mir- mir-200a, mir-200b, mir- 143, mir-145, mir-146a, mir- 200c, mir-203, mir-205, 146b, mir-147, mir-148a, mir- mir-20a, mir-20b, mir-21, 149, mir-152, mir-153, mir-15a, mir-217, mir-221, mir-224, mir-16, mir-17-5p, mir-181a, mir-23a, mir-24, mir-24-2- mir-1826, mir-183, mir-185, mir- 5p, mir-24-3p, mir-27a, 191, mir-193a-3p, mir-193b, mir-29a, mir-29b-1, mir- mir-195, mir-199b-5p, mir-19a- 29b-2, mir-29c, mir-373, 3p, mir-200a, mir-200b, mir- mir-378, mir-423, mir-429, 200c, mir-205, mir-206, mir-211, mir-495, mir-503, mir-510, mir-216b, mir-218, mir-22, mir- mir-520c, mir-526b, mir- 26a, mir-26b, mir-300, mir-30a, 96 mir-31, mir-335, mir-339-5p, mir-33b, mir-34a, mir-34b, mir- 34c, mir-374a, mir-379, mir-381, mir-383, mir-425, mir-429, mir- 450b-3p, mir-494, mir-495, mir- 497, mir-502-5p, mir-517a, mir- 574-3p, mir-638, mir-7, mir-720, mir-7515, mir-92a, mir-98, mir- 99a, mmu-mir-290-3p, mmu- mir-290-5p condrossarcoma let-7a, mir-100, mir-136, mir-
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente 145, mir-199a, mir-222, mir- 30a, mir-335, mir-376a câncer colorretal let-7a, mir-1, mir-100, mir-101, let-7a, mir-103, mir-106a, mir-124, mir-125a, mir-126, mir- mir-10b, mir-1179, mir- 129, mir-1295b-3p, mir-1307, 1229, mir-1246, mir-125b- mir-130b, mir-132, mir-133a, 2*, mir-1269a, mir-130b, mir-133b, mir-137, mir-138, mir- mir-133b, mir-135a, mir- 139, mir-139-5p, mir-140-5p, 135a-1, mir-135a-2, mir- mir-143, mir-145, mir-148a, mir- 135b, mir-139-3p, mir- 148b, mir-149, mir-150-5p, mir- 145, mir-150, mir-150*, 154, mir-15a, mir-15b, mir-16, mir-155, mir-17, mir-181a, mir-18a, mir-191, mir-192, mir- mir-182, mir-183, mir-18a, 193a-5p, mir-194, mir-195, mir- mir-191, mir-196a, mir- 196a, mir-198, mir-199a-5p, 196b, mir-19a, mir-19b, mir-200c, mir-203, mir-204-5p, mir-200b, mir-200c, mir- mir-206, mir-212, mir-215, mir- 203, mir-204-5p, mir-20a, 218, mir-22, mir-224, mir-24-3p, mir-20a-5p, mir-21, mir- mir-26b, mir-27a, mir-28-3p, 210, mir-211, mir-221, mir-28-5p, mir-29b, mir-30a-3p, mir-223, mir-224, mir-23a, mir-30b, mir-320a, mir-328, mir- mir-25, mir-27a, mir-29a, 338-3p, mir-342, mir-345, mir- mir-301a, mir-31, mir-32, 34a, mir-34a-5p, mir-361-5p, mir-320b, mir-326, mir- mir-375, mir-378, mir-378a-3p, 424, mir-429, mir-494, mir-378a-5p, mir-409-3p, mir- mir-497, mir-499-5p, mir- 422a, mir-4487, mir-483, mir- 592, mir-630, mir-7-5p, 497, mir-498, mir-518a-3p, mir- mir-892a, mir-92, mir-92a, 551a, mir-574-5p, mir-625, mir- mir-93, mir-95, mir-96 638, mir-7, mir-96-5p carcinoma de let-7a, let-7a-1, let-7a-2, let-7a- mir-100, mir-1179, mir- células 3, let-7b, let-7c, let-7d, let-7e, 1290, mir-130b, mir-145,
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente escamosas do let-7f-1, let-7f-2, let-7g, let-7i, mir-16, mir-17, mir-183, esôfago mir-1, mir-100, mir-101, mir- mir-18a, mir-19a, mir-19b, 126, mir-1294, mir-133a, mir- mir-208, mir-20a, mir-21, 133b, mir-138, mir-143, mir- mir-218, mir-223, mir-25, 145, mir-150, mir-185, mir-195, mir-30a-5p, mir-31, mir- mir-200b, mir-203, mir-21, mir- 330-3p, mir-373, mir-9, 210, mir-214, mir-218, mir-22, mir-92a, mir-942 mir-27a, mir-29b, mir-29c, mir- 302b, mir-34a, mir-375, mir- 494, mir-518b, mir-655, mir-98, mir-99a câncer gástrico let-7a, let-7b, let-7g, mir-1, mir- mir-100, mir-103, mir- 101, mir-103a, mir-10a, mir- 106a, mir-106b, mir-107, 10b, mir-1207-5p, mir-122, mir- mir-10a, mir-10b, mir- 1228*, mir-124, mir-124-3p, mir- 1259, mir-125b, mir-126, 125a-3p, mir-126, mir-1266, mir-1274a, mir-1303, mir- mir-1271, mir-129-1-3p, mir- 130b*, mir-135a-5p, mir- 129-2-3p, mir-129-3p, mir-129- 135b, mir-138, mir-143, 5p, mir-133a, mir-133b, mir- mir-146a, mir-147, mir- 137, mir-141, mir-143, mir-144, 148a, mir-150, mir-17, mir-145, mir-146a, mir-146a-5p, mir-17-5p, mir-181a, mir- mir-148a, mir-148b, mir-149, 181a-2*, mir-181a-5p, mir-152, mir-155, mir-155-5p, mir-181c, mir-183, mir- mir-181a, mir-181b, mir-182, 185, mir-18a, mir-191, mir-183, mir-185, mir-194, mir- mir-192, mir-196a, mir- 195, mir-197, mir-199a-3p, mir- 196a*, mir-196a-5p, mir- 200b, mir-200c, mir-202-3p, 196b, mir-199a, mir-199a- mir-204, mir-204-5p, mir-205, 3p, mir-199a-5p, mir-19a, mir-206, mir-210, mir-212, mir- mir-19b, mir-200b, mir- 217, mir-218, mir-22, mir-23b, 20a, mir-21, mir-214, mir-
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente mir-24, mir-26a, mir-29a, mir- 215, mir-221, mir-221*, 29a-3p, mir-29b, mir-29b-1, mir- mir-222, mir-223, mir-224, 29b-2, mir-29c, mir-30a-5p, mir- mir-23a, mir-23b, mir-27a, 30b, mir-31, mir-328, mir-329, mir-27b, mir-296-5p, mir- mir-331-3p, mir-335-5p, mir- 301a, mir-302f, mir-337- 338, mir-338-3p, mir-34a, mir- 3p, mir-340*, mir-34a, 34b, mir-34c, mir-361-5p, mir- mir-362-3p, mir-370, mir- 367, mir-375, mir-378, mir-409- 374a, mir-377, mir-421, 3p, mir-410, mir-429, mir-433, mir-425, mir-500, mir- mir-449, mir-449a, mir-490-3p, 520c-3p, mir-544, mir- mir-494, mir-497, mir-503, mir- 575, mir-601, mir-616*, 506, mir-513b, mir-520d-3p, mir-650, mir-92, mir-98, mir-542-3p, mir-622, mir-625, mir-99a mir-638, mir-663, mir-7, mir- 765, mir-9 glioma let-7a, let-7f, mir-106a, mir-107, mir-106b, mir-106b-5p, mir-122, mir-124, mir-124-5p, mir-10b, mir-125b, mir- mir-124a, mir-125b, mir-128, 132, mir-155, mir-17, mir- mir-136, mir-137, mir-139, mir- 181a, mir-182, mir-183, 143, mir-145, mir-146a, mir- mir-193b, mir-19a, mir- 146b, mir-146b-5p, mir-152, 19b, mir-20a, mir-210, mir-15b, mir-16, mir-181a, mir- mir-214, mir-221, mir-222, 181a-1, mir-181a-2, mir-181b, mir-224, mir-23a, mir-24, mir-181b-1, mir-181b-2, mir- mir-24-3p, mir-25, mir- 181c, mir-181d, mir-184, mir- 26a, mir-27a-3p, mir-27b, 185, mir-195, mir-199a-3p, mir- mir-30a-5p, mir-30e, mir- 200a, mir-200b, mir-203, mir- 30e*, mir-328, mir-335, 204, mir-205, mir-218, mir-219- mir-33a, mir-372, mir-486, 5p, mir-23b, mir-26b, mir-27a, mir-494, mir-497, mir-566, mir-29c, mir-320, mir-326, mir- mir-603, mir-650, mir-675,
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente 328, mir-34a, mir-34c-3p, mir- mir-9, mir-92b, mir-93, 34c-5p, mir-375, mir-383, mir- mir-96 451, mir-452, mir-483-5p, mir- 495, mir-584, mir-622, mir-656, mir-7, mir-98 carcinoma let-7a, let-7a-1, let-7a-2, let-7a- mir-10b, mir-144, mir-149, nasofaríngeo 3, let-7b, let-7c, let-7d, let-7e, mir-155, mir-18a, mir-21, let-7f-1, let-7f-2, let-7g, let-7i, mir-214, mir-24, mir-421, mir-1, mir-101, mir-124, mir- mir-663, mir-7-5p, mir-93 138, mir-143, mir-145, mir- 148a, mir-200b, mir-204, mir- 216b, mir-29c, mir-320a, mir- 324-3p, mir-34c, mir-375, mir- 378, mir-451, mir-506, mir-9, mir-98 câncer de let-7a, let-7c, mir-1, mir-100, mir-10b, mir-125a-5p, mir- pulmão de mir-101, mir-106a, mir-107, mir- 1280, mir-136, mir-140, células não 124, mir-125a-3p, mir-125a-5p, mir-141, mir-142-3p, mir- pequenas mir-126*, mir-129, mir-133a, 145, mir-146a, mir-150, mir-137, mir-138, mir-140, mir- mir-18a, mir-196a, mir- 143, mir-145, mir-146a, mir- 19a, mir-200a, mir-200c, 146b, mir-148a, mir-148b, mir- mir-205, mir-205-5p, mir- 149, mir-152, mir-153, mir-154, 21, mir-212, mir-22, mir- mir-155, mir-15a, mir-16, mir- 221, mir-222, mir-24, mir- 17-5p, mir-181a-1, mir-181a-2, 25, mir-29c, mir-31, mir- mir-181b, mir-181b-1, mir-181b- 328, mir-330-3p, mir-339, 2, mir-181c, mir-181d, mir-184, mir-34a, mir-375, mir-494, mir-186, mir-193b, mir-195, mir- mir-675-5p, mir-9, mir- 199a, mir-204, mir-212, mir- 92b, mir-93, mir-95 221, mir-224, mir-26b, mir-27a,
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente mir-27b, mir-29a, mir-29b, mir- 29c, mir-30a, mir-30b, mir-30c, mir-30d, mir-30d-5p, mir-30e- 5p, mir-32, mir-335, mir-338-3p, mir-340, mir-342-3p, mir-34a, mir-34b, mir-361-3p, mir-365, mir-373, mir-375, mir-429, mir- 449a, mir-4500, mir-451, mir- 4782-3p, mir-497, mir-503, mir- 512-3p, mir-520a-3p, mir-526b, mir-625*, mir-96, mir-99a osteossarcoma let-7a, mir-1, mir-100, mir-101, mir-128, mir-151-3p, mir- mir-122, mir-124, mir-125b, mir- 17, mir-181a, mir-181b, 126, mir-127-3p, mir-132, mir- mir-181c, mir-18a, mir- 133a, mir-141, mir-142-3p, mir- 191, mir-195-5p, mir- 142-5p, mir-143, mir-144, mir- 199a-3p, mir-19a, mir- 145, mir-153, mir-16, mir-183, 19b, mir-20a, mir-21, mir- mir-194, mir-195, mir-199a-3p, 210, mir-214, mir-221, mir-204, mir-212, mir-217, mir- mir-27a, mir-300, mir- 218, mir-22, mir-23a, mir-24, 320a, mir-374a-5p, mir- mir-26a, mir-26b, mir-29b, mir- 720, mir-9, mir-92a 32, mir-320, mir-335, mir-33b, mir-340, mir-34a, mir-34b, mir- 34c, mir-375, mir-376c, mir-382, mir-3928, mir-424, mir-429, mir- 449a, mir-451, mir-454, mir- 503, mir-519d, mir-646 adenocarcinoma let-7a, let-7a-1, let-7a-2, let-7a- mir-10b, mir-186, mir-18a, ductal 3, let-7b, let-7c, let-7d, let-7e, mir-192, mir-194, mir- pancreático let-7f-1, let-7f-2, let-7g, let-7i, 196a, mir-198, mir-203,
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente mir-126, mir-135a, mir-143, mir- mir-21, mir-212, mir-30b- 144, mir-145, mir-148a, mir- 5p, mir-31, mir-34a, mir- 150, mir-15a, mir-16, mir-200a, 369-5p, mir-376a, mir-541 mir-200b, mir-200c, mir-217, mir-218, mir-337, mir-375, mir- 494, mir-615-5p, mir-98 carcinoma de let-7a, let-7d, mir-1, mir-106a*, mir-100, mir-1233, mir- células renais mir-126, mir-1285, mir-129-3p, 1260b, mir-146a, mir- mir-1291, mir-133a, mir-133b, 146b, mir-16, mir-193a- mir-135a, mir-138, mir-141, mir- 3p, mir-203a, mir-21, mir- 143, mir-145, mir-182-5p, mir- 210, mir-27a, mir-362, 199a-3p, mir-200a, mir-205, mir-572, mir-7 mir-218, mir-28-5p, mir-30a, mir-30c, mir-30d, mir-34a, mir- 378, mir-429, mir-509-3p, mir- 509-5p, mir-646 carcinoma let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3, let- bronquíolo- 7b, let-7c, let-7d, let-7e, let-7f-1, alveolar let-7f-2, let-7g, let-7i, mir-98 câncer de cólon let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3, let- mir-1290, mir-145, mir- 7b, let-7c, let-7d, let-7e, let-7f-1, 155, mir-181a, mir-18a, let-7f-2, let-7g, let-7i, mir-100, mir-200c, mir-31, mir-675 mir-101, mir-126, mir-142-3p, mir-143, mir-145, mir-192, mir- 200c, mir-21, mir-214, mir-215, mir-25, mir-302a, mir-320, mir- 320a, mir-34a, mir-34c, mir-365, mir-373, mir-424, mir-429, mir- 455, mir-484, mir-502, mir-503, mir-93, mir-98
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente carcinoma let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3, let- mir-106b, mir-10b, mir- hepatocelular 7b, let-7c, let-7d, let-7e, let-7f, 122, mir-1228, mir-1269, let-7f-1, let-7f-2, let-7g, let-7i, mir-128a, mir-130a, mir- mir-1, mir-100, mir-101, mir- 130b, mir-146a, mir-153, 105, mir-122, mir-122a, mir- mir-155, mir-17-5p, mir- 1236, mir-124, mir-125b, mir- 181a, mir-181a-1, mir- 126, mir-127, mir-1271, mir- 181a-2, mir-181b, mir- 128-3p, mir-129-5p, mir-130a, 181b-1, mir-181b-2, mir- mir-130b, mir-133a, mir-134, 181c, mir-181d, mir-182, mir-137, mir-138, mir-139, mir- mir-183, mir-184, mir- 139-5p, mir-140-5p, mir-141, 190b, mir-191, mir-20a, mir-142-3p, mir-143, mir-144, mir-20b, mir-21, mir-210, mir-145, mir-146a, mir-148a, mir-214, mir-215, mir- mir-148b, mir-150-5p, mir-15b, 216a, mir-217, mir-221, mir-16, mir-181a-5p, mir-185, mir-222, mir-223, mir-224, mir-188-5p, mir-193b, mir-195, mir-23a, mir-24, mir-25, mir-195-5p, mir-197, mir-198, mir-27a, mir-301a, mir- mir-199a, mir-199a-5p, mir- 30d, mir-31, mir-3127, 199b, mir-199b-5p, mir-200a, mir-32, mir-331-3p, mir- mir-200b, mir-200c, mir-202, 362-3p, mir-371-5p, mir- mir-203, mir-204-3p, mir-205, 372, mir-373, mir-423, mir-206, mir-20a, mir-21, mir- mir-429, mir-452, mir-483- 21-3p, mir-211, mir-212, mir- 3p, mir-483-5p, mir-485- 214, mir-217, mir-218, mir-219- 3p, mir-490-3p, mir-494, 5p, mir-22, mir-26a, mir-26b, mir-495, mir-500, mir-501- mir-29a, mir-29b-1, mir-29b-2, 5p, mir-519d, mir-520g, mir-29c, mir-302b, mir-302c, mir-574-3p, mir-590-5p, mir-30a, mir-30a-3p, mir-335, mir-630, mir-650, mir-657, mir-338-3p, mir-33a, mir-34a, mir-664, mir-885-5p, mir- mir-34b, mir-365, mir-370, mir- 9, mir-92a, mir-96
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente 372, mir-375, mir-376a, mir- 377, mir-422a, mir-424, mir- 424-5p, mir-433, mir-4458, mir- 448, mir-450a, mir-451, mir- 485-5p, mir-486-5p, mir-497, mir-503, mir-506, mir-519d, mir- 520a, mir-520b, mir-520c-3p, mir-582-5p, mir-590-5p, mir- 610, mir-612, mir-625, mir-637, mir-675, mir-7, mir-877, mir- 940, mir-941, mir-98, mir-99a câncer de let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3, let- mir-10b, mir-135b, mir- pulmão 7b, let-7c, let-7d, let-7e, let-7f-1, 150, mir-155, mir-17, mir- let-7f-2, let-7g, let-7i, mir-1, mir- 182, mir-183-3p, mir-18a, 101, mir-133b, mir-138, mir- mir-197, mir-19a, mir-19b, 142-5p, mir-144, mir-145, mir- mir-205, mir-20a, mir-21, 1469, mir-146a, mir-153, mir- mir-210, mir-24, mir-30d, 15a, mir-15b, mir-16-1, mir-16- mir-4423, mir-5100, mir- 2, mir-182, mir-192, mir-193a- 570, mir-663, mir-7, mir- 3p, mir-194, mir-195, mir-198, 92a mir-203, mir-217, mir-218, mir- 22, mir-223, mir-26a, mir-26b, mir-29c, mir-33a, mir-34a, mir- 34b, mir-34c, mir-365, mir-449a, mir-449b, mir-486-5p, mir-545, mir-610, mir-614, mir-630, mir- 660, mir-7-5p, mir-9500, mir-98, mir-99b neuroblastoma let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3, let- mir-125b, mir-15a, mir- 7b, let-7c, let-7d, let-7e, let-7f-1, 15b, mir-16-1, mir-16-2,
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente let-7f-2, let-7g, let-7i, mir-124, mir-18a, mir-195, mir-19a, mir-137, mir-145, mir-181c, mir- mir-23a, mir-421, mir-92 184, mir-200a, mir-29a, mir- 335, mir-338-3p, mir-34a, mir- 449a, mir-885-5p, mir-98 câncer de let-7a-3p, let-7c, mir-100, mir- mir-125b, mir-141, mir- próstata 101, mir-105, mir-124, mir-128, 153, mir-155, mir-181a-1, mir-1296, mir-130b, mir-133a-1, mir-181a-2, mir-181b, mir- mir-133a-2, mir-133b, mir-135a, 181b-1, mir-181b-2, mir- mir-143, mir-145, mir-146a, mir- 181c, mir-181d, mir-182, 154, mir-15a, mir-187, mir-188- mir-182-5p, mir-183, mir- 5p, mir-199b, mir-200b, mir- 18a, mir-204, mir-20a, 203, mir-205, mir-212, mir-218, mir-21, mir-221, mir-223- mir-221, mir-224, mir-23a, mir- 3p, mir-31, mir-429, mir- 23b, mir-25, mir-26a, mir-26b, 96 mir-29b, mir-302a, mir-30a, mir- 30b, mir-30c-1, mir-30c-2, mir- 30d, mir-30e, mir-31, mir-330, mir-331-3p, mir-34a, mir-34b, mir-34c, mir-374b, mir-449a, mir-4723-5p, mir-497, mir-628- 5p, mir-642a-5p, mir-720, mir- 940 leucemia let-7b, mir-124a, mir-142-3p mir-128 linfoblástica aguda melanoma let-7b, mir-101, mir-125b, mir- mir-126, mir-141, mir-15b, maligno 1280, mir-143, mir-146a, mir- mir-17, mir-17-5p, mir- 146b, mir-155, mir-17, mir-184, 182, mir-18a, mir-193b, mir-185, mir-18b, mir-193b, mir- mir-200a, mir-200b, mir-
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente 200c, mir-203, mir-204, mir-205, 200c, mir-20a, mir-21, mir-206, mir-20a, mir-211, mir- mir-210, mir-214, mir-221, 218, mir-26a, mir-31, mir-33a, mir-222, mir-429, mir-455- mir-34a, mir-34c, mir-376a, mir- 5p, mir-532-5p, mir-638, 376c, mir-573, mir-7, mir-9, mir- mir-92a 98 carcinoma de let-7b, let-7c, mir-138, mir-141, mir-122, mir-155, mir-630 células renais mir-200c, mir-204, mir-218, mir- claras 335, mir-377, mir-506 leucemia let-7c, mir-17, mir-181a, mir- mir-125b, mir-126-5p, mir- mieloide aguda 20a, mir-223, mir-26a, mir-29a, 128, mir-155, mir-29a, mir-30c, mir-7 mir-32, mir-331, mir-370, mir-378 leucemia let-7c, mir-107, mir-342 mir-181a, mir-181b, mir- promielocítica 92a aguda carcinoma de let-7d, mir-1, mir-107, mir-128, mir-106b, mir-134, mir-16, células mir-133a, mir-138, mir-149, mir- mir-184, mir-196a, mir-21, escamosas de 200c, mir-205, mir-218, mir- mir-25, mir-30a-5p, mir- cabeça e 27a*, mir-29a, mir-29b-1, mir- 31, mir-372, mir-93 pescoço 29b-2, mir-29c, mir-300, mir- 34a, mir-363, mir-375, mir-874 câncer oral let-7d, mir-218, mir-34a, mir- mir-10b, mir-196a-1, mir- 375, mir-494 196a-2, mir-196b, mir-21 câncer de mir-101, mir-130b, mir-138, mir- let-7e, mir-146b, mir- tireoide papilar 146a, mir-16, mir-195, mir- 146b-5p, mir-151-5p, mir- 199a-3p, mir-204-5p, mir-219- 155, mir-181a-1, mir- 5p, mir-26a, mir-34b, mir-613 181a-2, mir-181b-1, mir- 181b-2, mir-181c, mir- 181d, mir-182, mir-183,
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente mir-199b-5p, mir-21, mir- 221, mir-222, mir-339-5p, mir-34a glioblastoma let-7g-5p, mir-100, mir-101, mir- mir-10b, mir-125b, mir- 106a, mir-124, mir-124a, mir- 127-3p, mir-148a, mir- 125a, mir-125a-5p, mir-125b, 18a, mir-196a, mir-196a- mir-127-3p, mir-128, mir-129, 1, mir-196a-2, mir-196b, mir-136, mir-137, mir-139-5p, mir-21, mir-210, mir-210- mir-142-3p, mir-143, mir-145, 3p, mir-223, mir-340, mir- mir-146b-5p, mir-149, mir-152, 576-5p, mir-626, mir-92b mir-153, mir-195, mir-21, mir- 212-3p, mir-219-5p, mir-222, mir-29b, mir-31, mir-3189-3p, mir-320, mir-320a, mir-326, mir- 330, mir-331-3p, mir-340, mir- 342, mir-34a, mir-376a, mir- 449a, mir-483-5p, mir-503, mir- 577, mir-663, mir-7, mir-744 câncer de ovário let-7i, mir-100, mir-124, mir- mir-106a, mir-141, mir- 125b, mir-129-5p, mir-130b, 148b, mir-181b, mir-182, mir-133a, mir-137, mir-138, mir- mir-200a, mir-200c, mir- 141, mir-145, mir-148a, mir- 205, mir-20a, mir-21, mir- 152, mir-153, mir-155, mir- 210, mir-214, mir-221, 199a, mir-200a, mir-200b, mir- mir-224-5p, mir-23b, mir- 200c, mir-212, mir-335, mir-34a, 25, mir-26a, mir-27a, mir- mir-34b, mir-34c, mir-409-3p, 27b, mir-346, mir-378, mir-411, mir-429, mir-432, mir- mir-424, mir-503, mir-572, 449a, mir-494, mir-497, mir- mir-9, mir-96 498, mir-519d, mir-655, mir-9, mir-98
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente câncer de bexiga mir-1, mir-101, mir-1180, mir- mir-103a-3p, mir-10b, mir- 1236, mir-124-3p, mir-125b, 135a, mir-137, mir-141, mir-126, mir-1280, mir-133a, mir-155, mir-17-5p, mir- mir-133b, mir-141, mir-143, mir- 182, mir-182-5p, mir-183, 144, mir-145, mir-155, mir-16, mir-185, mir-19a, mir-203, mir-18a, mir-192, mir-195, mir- mir-205, mir-210, mir-221, 200a, mir-200b, mir-200c, mir- mir-222, mir-223, mir-23a, 203, mir-205, mir-214, mir-218, mir-23b, mir-26b, mir-639, mir-23b, mir-26a, mir-29c, mir- mir-96 320c, mir-34a, mir-370, mir- 409-3p, mir-429, mir-451, mir- 490-5p, mir-493, mir-576-3p, mir-99a cordoma mir-1, mir-222, mir-31, mir-34a, mir-140-3p, mir-148a mir-608 câncer do rim mir-1, mir-145, mir-1826, mir- mir-183, mir-21, mir-210, 199a, mir-199a-3p, mir-203, mir-223 mir-205, mir-497, mir-508-3p, mir-509-3p carcinoma mir-100, mir-101, mir-15a, mir- mir-133b, mir-21, mir-25, cervical 16, mir-34a, mir-886-5p, mir- mir-373 99a, mir-99b câncer mir-100, mir-141, mir-199b-5p, mir-125b-1-3p, mir-182 mesenquimal mir-200a, mir-200b, mir-200c, mir-29a, mir-29b-1, mir-29b-1- 5p, mir-29b-2, mir-29c, mir-335, mir-429, mir-99a carcinoma de mir-100, mir-124, mir-1250, mir- mir-125b, mir-126, mir- células 125b, mir-126, mir-1271, mir- 146a, mir-146b, mir-155, escamosas oral 136, mir-138, mir-145, mir-147, mir-181b, mir-196a-1, mir-
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente mir-148a, mir-181a, mir-206, 196a-2, mir-196b, mir-21, mir-220a, mir-26a, mir-26b, mir- mir-221, mir-222, mir-24, 29a, mir-32, mir-323-5p, mir- mir-27b, mir-31, mir-345 329, mir-338, mir-370, mir-410, mir-429, mir-433, mir-499a-5p, mir-503, mir-506, mir-632, mir- 646, mir-668, mir-877, mir-9 carcinoma de mir-100, mir-101, mir-34b, mir- mir-148b, mir-182 ovário 34c, mir-532-5p colangiocarcinom mir-101, mir-144, mir-200b, mir- mir-17, mir-18a, mir-19a, a 200c mir-19b, mir-20a, mir-21, mir-26a, mir-92a câncer de mir-101, mir-130a, mir-130b, mir-106a, mir-145, mir- endométrio mir-134, mir-143, mir-145, mir- 155, mir-182, mir-200b, 152, mir-205, mir-223, mir- mir-200c, mir-205, mir-21, 301a, mir-301b, mir-30c, mir- mir-222-3p, mir-25, mir-93 34a, mir-34c, mir-424, mir-449a, mir-543 câncer de mir-124, mir-126, mir-140, mir- mir-101, mir-10b, mir- esôfago 197, mir-203, mir-218, mir-223, 130a, mir-141, mir-143, mir-30b, mir-375, mir-454, mir- mir-146b, mir-15a, mir- 486, mir-574-3p 183, mir-196b, mir-200a, mir-203, mir-205, mir-21, mir-210, mir-221, mir-27a, mir-28-3p, mir-31, mir- 452, mir-96, mir-99b câncer de fígado mir-101, mir-122, mir-132, mir- mir-1301, mir-155, mir-21, 140-5p, mir-145, mir-148b, mir- mir-221, mir-27a, mir-525- 31, mir-338-3p, mir-433 3p câncer de mir-101, mir-1181, mir-124, mir- mir-10a, mir-10b, mir-132,
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente pâncreas 1247, mir-133a, mir-141, mir- mir-15a, mir-17-5p, mir- 145, mir-146a, mir-148a, mir- 181a, mir-18a, mir-191, 148b, mir-150*, mir-150-5p, mir- mir-196a, mir-21, mir-212, 152, mir-15a, mir-198, mir-203, mir-214, mir-222, mir-27a, mir-214, mir-216a, mir-29c, mir- mir-301a, mir-301a-3p, 335, mir-34a, mir-34b, mir-34c, mir-367, mir-424-5p, mir- mir-373, mir-375, mir-410, mir- 7, mir-92, mir-99a 497, mir-615-5p, mir-630, mir- 96 retinoblastoma mir-101, mir-183, mir-204, mir- mir-181b, mir-21 34a, mir-365b-3p, mir-486-3p, mir-532-5p carcinoma de mir-106a, mir-124, mir-148a, mir-205 células mir-214, mir-218, mir-29a, mir- escamosas 375 cervicais câncer de células mir-106a-5p, mir-135a-5p, mir- mir-142-5p, mir-155, mir- renais de células 206 21-5p claras carcinoma mir-106b, mir-16, mir-21, laríngeo mir-27a, mir-423-3p meduloblastoma mir-124, mir-128a, mir-199b-5p, mir-106b, mir-17, mir-18a, mir-206, mir-22, mir-31, mir-383 mir-19a, mir-19b, mir-20a, mir-30b, mir-30d, mir-92 carcinoma mir-106b, mir-122, mir- hipofisário 20a, mir-493 carcinoma de mir-107 próstata câncer de colo do mir-143, mir-145, mir-17-5p, mir-10a, mir-155, mir- útero mir-203, mir-214, mir-218, mir- 181a, mir-181b, mir-196a,
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente 335, mir-342-3p, mir-372, mir- mir-19a, mir-19b, mir-205, 424, mir-491-5p, mir-497, mir-7, mir-20a, mir-21, mir-215, mir-99a, mir-99b mir-224, mir-31, mir-494, mir-590-5p, mir-92a, mir- 944 leucemia mir-10a, mir-146a, mir-150, mir- mir-424, mir-96 mieloide crônica 151, mir-155, mir-2278, mir- 26a, mir-30e, mir-31, mir-326, mir-564 câncer mir-122a, mir-148a, mir-152 gastrointestinal astrocitoma mir-124, mir-137 anaplásico astrocitoma mir-124-3p, mir-181b-5p, mir- mir-335 200b, mir-3189-3p câncer de ovário mir-124a, mir-192, mir-193a, mir-372, mir-373 epitelial mir-7 linfoma das mir-142-3p, mir-142-5p, mir- mir-124a, mir-155, mir-17, células do manto 150, mir-223, mir-29a, mir-29b, mir-18a, mir-19a, mir-19b, mir-29c mir-20a, mir-92a leucemia mir-125b, mir-138, mir-15a, mir- mir-150, mir-155 linfocítica crônica 15b, mir-16, mir-16-1, mir-16-1- 3p, mir-16-2, mir-181a, mir- 181b, mir-195, mir-223, mir- 29b, mir-34b, mir-34c, mir-424 câncer folicular NA mir-125b mesotelioma mir-126 maligno câncer de mir-126, mir-138, mir-27a mir-25 pulmão de
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente células pequenas meningioma mir-128, mir-200a mir-224, mir-335 carcinoma de mir-129-5p, mir-203, mir-205, mir-21, mir-9, mir-93 células mir-206, mir-24, mir-370, mir- escamosas da 375 laringe carcinoma mir-129-5p mir-183 medular da tireoide adenocarcinoma mir-1297, mir-141, mir-145, mir- mir-150, mir-155, mir-31 do pulmão 16, mir-200a, mir-200b, mir- 200c, mir-29b, mir-381, mir- 409-3p, mir-429, mir-451, mir- 511, mir-99a carcinoma do mir-132, mir-375 mir-301b pâncreas carcinoma de mir-133a, mir-218 células escamosas do pulmão mieloma múltiplo mir-137, mir-197, mir-214 mir-21 carcinoma de mir-15a, mir-16, mir-203, mir- mir-137, mir-155, mir-184, células 205, mir-375 mir-196a, mir-203, mir-21, escamosas mir-221, mir-27a, mir-34a melanoma uveal mir-137, mir-144, mir-145, mir- NA 182, mir-34a, mir-34b, mir-34c, mir-9 carcinoma mir-138 mir-146b, mir-221, mir- anaplásico da 222 tireoide
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente carcinoma mir-139, mir-143, mir-145, mir- mir-17, mir-182, mir-191, colorretal 202-3p, mir-30a, mir-338-3p, mir-21, mir-95 mir-429, mir-451, mir-93 linfoma MALT mir-142-5p, mir-155 câncer de mir-144, mir-886-3p tireoide linfomas mir-145, mir-193b, mir-199a, primários do cns mir-214 carcinoma mir-199b mir-146b, mir-183, mir- folicular da 197, mir-221, mir-346 tireoide carcinoma da mir-146b-5p mir-155, mir-182 vesícula biliar leucemia de mir-150 células T de adulto linfoma mir-155 anaplásico de células grandes linfoma cutâneo mir-155 de células t linfoma de mir-155, mir-21 células B grandes difusas câncer de reto mir-155, mir-200c, mir-21- 5p, mir-34a câncer de língua mir-15b, mir-200b linfoma de mir-34a mir-17, mir-18a, mir-19a, células b mir-19b, mir-20a, mir-92a carcinoma de mir-17, mir-18a, mir-19a,
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente mama mir-19b, mir-20a, mir-24, mir-92a câncer mir-218, mir-223, mir-29c mir-17, mir-20a nasofaríngeo adenocarcinoma mir-181b, mir-182, mir-200a, mir-23a, mir-27a, mir-373 gástrico mir-302b, mir-449a, mir-9 adenocarcinoma mir-182 colorretal carcinoma do mir-186, mir-30a-5p mir-221, mir-23a cólon carcinoma mir-195, mir-1974, mir-335, mir- mir-21, mir-210, mir-483- cortical supra- 497 3p, mir-483-5p renal adenocarcinoma mir-203 mir-196a, mir-199a-3p, do esôfago mir-199a-5p, mir-199b-3p, mir-200a, mir-223 tumor estromal mir-218, mir-221, mir-222 mir-196a gastrointestinal leiomioma uterino mir-197 coriocarcinoma mir-199b, mir-218, mir-34a linfoma folicular mir-202 carcinoma mir-203 basocelular câncer mir-203 hipofaríngeo adenocarcinoma mir-203, mir-301a pancreático rabdomiossarco mir-203 ma câncer de cabeça NA mir-21
Malignidade miRs regulados miRs regulados negativamente positivamente e pescoço carcinoma de mir-451a, mir-504 mir-21 células escamosas hipofaríngeo linfoma de mir-22 células T carcinoma da mir-221, mir-222 tireoide linfoma da zona mir-223 marginal esplênica câncer de laringe mir-23a linfoma primário mir-26a da tireoide leucemia aguda mir-27a leucemia mir-29a, mir-29b monocítica carcinoma oral mir-375 mir-31 carcinoma mir-335 primário da vesícula biliar adenocarcinoma mir-34b seroso endometrial carcinoma de mir-451 esôfago hepatoblastoma mir-492 adenocarcinoma mir-627 colônico
Tabela 4: miRs oncogênicos exemplificativos Câncer miRNA câncer let-7a, mir-103, mir-106a, mir-10b, mir-1179, mir-1229, mir-1246, colorretal mir-125b-2*, mir-1269a, mir-130b, mir-133b, mir-135a, mir-135a- 1, mir-135a-2, mir-135b, mir-139-3p, mir-145, mir-150, mir-150*, mir-155, mir-17, mir-181a, mir-182, mir-183, mir-18a, mir-191, mir-196a, mir-196b, mir-19a, mir-19b, mir-200b, mir-200c, mir- 203, mir-204-5p, mir-20a, mir-20a-5p, mir-21, mir-210, mir-211, mir-221, mir-223, mir-224, mir-23a, mir-25, mir-27a, mir-29a, mir- 301a, mir-31, mir-32, mir-320b, mir-326, mir-424, mir-429, mir- 494, mir-497, mir-499-5p, mir-592, mir-630, mir-720, mir-892a, mir-92, mir-92a, mir-93, mir-95, mir-96 câncer de let-7e, mir-146b, mir-146b-5p, mir-151-5p, mir-155, mir-181a-1, tireoide mir-181a-2, mir-181b-1, mir-181b-2, mir-181c, mir-181d, mir-182, papilar mir-183, mir-199b-5p, mir-21, mir-221, mir-222, mir-339-5p, mir- 34a carcinoma mir-100, mir-1179, mir-1290, mir-130b, mir-145, mir-16, mir-17, de células mir-183, mir-18a, mir-19a, mir-19b, mir-208, mir-20a, mir-21, mir- escamosas 218, mir-223, mir-25, mir-30a-5p, mir-31, mir-330-3p, mir-373, do esôfago mir-9, mir-92a, mir-942 câncer mir-100, mir-103, mir-106a, mir-106b, mir-107, mir-10a, mir-10b, gástrico mir-1259, mir-125b, mir-126, mir-1274a, mir-1303, mir-130b*, mir- 135a-5p, mir-135b, mir-138, mir-143, mir-146a, mir-147, mir-148a, mir-150, mir-17, mir-17-5p, mir-181a, mir-181a-2*, mir-181a-5p, mir-181c, mir-183, mir-185, mir-18a, mir-191, mir-192, mir-196a, mir-196a*, mir-196a-5p, mir-196b, mir-199a, mir-199a-3p, mir- 199a-5p, mir-19a, mir-19b, mir-200b, mir-20a, mir-21, mir-214, mir-215, mir-221, mir-221*, mir-222, mir-223, mir-224, mir-23a, mir-23b, mir-25, mir-27a, mir-27b, mir-296-5p, mir-301a, mir-302f, mir-337-3p, mir-340*, mir-34a, mir-362-3p, mir-370, mir-374a, mir- 377, mir-421, mir-425, mir-500, mir-520c-3p, mir-544, mir-575, mir-601, mir-616*, mir-650, mir-92, mir-98, mir-99a
Câncer miRNA carcinoma mir-100, mir-1233, mir-1260b, mir-146a, mir-146b, mir-16, mir- de células 193a-3p, mir-203a, mir-21, mir-210, mir-27a, mir-362, mir-572, renais mir-7 câncer de mir-101, mir-10b, mir-130a, mir-141, mir-143, mir-146b, mir-15a, esôfago mir-183, mir-196b, mir-200a, mir-203, mir-205, mir-21, mir-210, mir-221, mir-27a, mir-28-3p, mir-31, mir-452, mir-96, mir-99b câncer de mir-103a-3p, mir-10b, mir-135a, mir-137, mir-141, mir-155, mir- bexiga 17-5p, mir-182, mir-182-5p, mir-183, mir-185, mir-19a, mir-203, mir-205, mir-210, mir-221, mir-222, mir-223, mir-23a, mir-23b, mir-26b, mir-639, mir-96 câncer de mir-106a, mir-145, mir-155, mir-182, mir-200b, mir-200c, mir-205, endométrio mir-21, mir-222-3p, mir-25, mir-93 câncer de mir-106a, mir-141, mir-148b, mir-181b, mir-182, mir-200a, mir- ovário 200c, mir-205, mir-20a, mir-21, mir-210, mir-214, mir-221, mir- 224-5p, mir-23b, mir-25, mir-26a, mir-27a, mir-27b, mir-346, mir- 378, mir-424, mir-503, mir-572, mir-9, mir-96 glioma mir-106b, mir-106b-5p, mir-10b, mir-125b, mir-132, mir-155, mir- 17, mir-181a, mir-182, mir-183, mir-193b, mir-19a, mir-19b, mir- 20a, mir-210, mir-214, mir-221, mir-222, mir-224, mir-23a, mir-24, mir-24-3p, mir-25, mir-26a, mir-27a-3p, mir-27b, mir-30a-5p, mir- 30e, mir-30e*, mir-328, mir-335, mir-33a, mir-372, mir-486, mir- 494, mir-497, mir-566, mir-603, mir-650, mir-675, mir-9, mir-92b, mir-93, mir-96 carcinoma mir-106b, mir-134, mir-16, mir-184, mir-196a, mir-21, mir-25, mir- de células 30a-5p, mir-31, mir-372, mir-93 escamosas de cabeça e pescoço carcinoma mir-106b, mir-10b, mir-122, mir-1228, mir-1269, mir-128a, mir- hepatocelul 130a, mir-130b, mir-146a, mir-153, mir-155, mir-17-5p, mir-181a, ar mir-181a-1, mir-181a-2, mir-181b, mir-181b-1, mir-181b-2, mir-
Câncer miRNA 181c, mir-181d, mir-182, mir-183, mir-184, mir-190b, mir-191, mir- 20a, mir-20b, mir-21, mir-210, mir-214, mir-215, mir-216a, mir- 217, mir-221, mir-222, mir-223, mir-224, mir-23a, mir-24, mir-25, mir-27a, mir-301a, mir-30d, mir-31, mir-3127, mir-32, mir-331-3p, mir-362-3p, mir-362-5p, mir-371-5p, mir-372, mir-373, mir-423, mir-429, mir-452, mir-483-3p, mir-483-5p, mir-485-3p, mir-490-3p, mir-494, mir-495, mir-500, mir-501, mir-501-5p, mir-519d, mir- 520g, mir-574-3p, mir-590-5p, mir-630, mir-650, mir-657, mir-664, mir-885-5p, mir-9, mir-92a, mir-96 carcinoma mir-106b, mir-16, mir-21, mir-27a, mir-423-3p laríngeo meduloblast mir-106b, mir-17, mir-18a, mir-19a, mir-19b, mir-20a, mir-30b, oma mir-30d, mir-92 carcinoma mir-106b, mir-122, mir-17-5p, mir-20a, mir-493 hipofisário câncer de mir-10a, mir-155, mir-181a, mir-181b, mir-196a, mir-19a, mir-19b, colo do mir-205, mir-20a, mir-21, mir-215, mir-224, mir-31, mir-494, mir- útero 590-5p, mir-92a, mir-944 câncer de mir-10a, mir-10b, mir-132, mir-15a, mir-17-5p, mir-181a, mir-18a, pâncreas mir-191, mir-196a, mir-21, mir-212, mir-214, mir-221, mir-222, mir-27a, mir-301a, mir-301a-3p, mir-367, mir-424-5p, mir-7, mir- 92, mir-99a câncer de mir-10b, mir-125a, mir-135a, mir-140, mir-141, mir-142, mir-150, mama mir-155, mir-17, mir-17-5p, mir-181a, mir-181b, mir-182, mir-18a, mir-18b, mir-191, mir-196a, mir-197, mir-19a, mir-19b, mir-200a, mir-200b, mir-200c, mir-203, mir-205, mir-20a, mir-20b, mir-21, mir-217, mir-221, mir-222, mir-224, mir-23a, mir-24, mir-24-2-5p, mir-24-3p, mir-27a, mir-29a, mir-29b-1, mir-29b-2, mir-29c, mir- 373, mir-378, mir-423, mir-429, mir-495, mir-503, mir-510, mir- 520c, mir-526b, mir-96 glioblastom mir-10b, mir-125b, mir-127-3p, mir-148a, mir-18a, mir-196a, mir-
Câncer miRNA a 196a-1, mir-196a-2, mir-196b, mir-21, mir-210, mir-210-3p, mir- 223, mir-340, mir-576-5p, mir-626, mir-92b câncer de mir-10b, mir-135b, mir-150, mir-155, mir-17, mir-182, mir-183-3p, pulmão mir-18a, mir-197, mir-19a, mir-19b, mir-205, mir-20a, mir-21, mir- 210, mir-24, mir-30d, mir-4423, mir-5100, mir-570, mir-663, mir-7, mir-92a carcinoma mir-10b, mir-144, mir-149, mir-155, mir-18a, mir-21, mir-214, mir- nasofarínge 24, mir-421, mir-663, mir-744, mir-93 o câncer de mir-10b, mir-125a-5p, mir-1280, mir-136, mir-140, mir-141, mir- pulmão de 142-3p, mir-145, mir-146a, mir-150, mir-18a, mir-196a, mir-19a, células não mir-200a, mir-200c, mir-205, mir-205-3p, mir-205-5p, mir-21, mir- pequenas 212, mir-22, mir-221, mir-222, mir-24, mir-25, mir-29c, mir-31, mir- 328, mir-330-3p, mir-339, mir-34a, mir-375, mir-494, mir-675-5p, mir-9, mir-92b, mir-93, mir-95 câncer oral mir-10b, mir-196a-1, mir-196a-2, mir-196b, mir-21 adenocarcin mir-10b, mir-186, mir-18a, mir-192, mir-194, mir-196a, mir-198, oma ductal mir-203, mir-21, mir-212, mir-30b-5p, mir-31, mir-34a, mir-369-5p, pancreático mir-376a, mir-541 carcinoma mir-122, mir-155, mir-210, mir-630 de células renais claras linfoma das mir-124a, mir-155, mir-17, mir-18a, mir-19a, mir-19b, mir-20a, células do mir-92a manto leucemia mir-125b, mir-126-5p, mir-128, mir-155, mir-29a, mir-32, mir-331, mieloide mir-370, mir-378 aguda câncer mir-125b folicular
Câncer miRNA neuroblasto mir-125b, mir-15a, mir-15b, mir-16-1, mir-16-2, mir-18a, mir-195, ma mir-19a, mir-23a, mir-421, mir-92 carcinoma mir-125b, mir-126, mir-146a, mir-146b, mir-155, mir-181b, mir- de células 196a-1, mir-196a-2, mir-196b, mir-21, mir-221, mir-222, mir-24, escamosas mir-27b, mir-31, mir-345 oral câncer de mir-125b, mir-141, mir-153, mir-155, mir-181a-1, mir-181a-2, mir- próstata 181b, mir-181b-1, mir-181b-2, mir-181c, mir-181d, mir-182, mir- 182-5p, mir-183, mir-18a, mir-204, mir-20a, mir-21, mir-221, mir- 223-3p, mir-31, mir-429, mir-96 câncer mir-125b-1-3p, mir-182 mesenquim al melanoma mir-126, mir-141, mir-15b, mir-17, mir-17-5p, mir-182, mir-18a, maligno mir-193b, mir-200a, mir-200b, mir-200c, mir-20a, mir-21, mir-210, mir-214, mir-221, mir-222, mir-429, mir-455-5p, mir-532-5p, mir- 638, mir-92a leucemia mir-128 linfoblástica aguda osteossarco mir-128, mir-151-3p, mir-17, mir-181a, mir-181b, mir-181c, mir- ma 18a, mir-191, mir-195-5p, mir-199a-3p, mir-19a, mir-19b, mir-20a, mir-21, mir-210, mir-214, mir-221, mir-27a, mir-300, mir-320a, mir-374a-5p, mir-802, mir-9, mir-92a câncer de mir-1290, mir-145, mir-155, mir-181a, mir-18a, mir-200c, mir-31, cólon mir-675 câncer de mir-1301, mir-155, mir-21, mir-221, mir-27a, mir-525-3p fígado carcinoma mir-133b, mir-21, mir-25, mir-373 cervical carcinoma mir-137, mir-155, mir-184, mir-196a, mir-203, mir-21, mir-221,
Câncer miRNA de células mir-27a, mir-34a escamosas cordoma mir-140-3p, mir-148a câncer de mir-142-5p, mir-155, mir-21-5p células renais de células claras linfoma mir-142-5p, mir-155
MALT carcinoma mir-146b, mir-221, mir-222 anaplásico da tireoide carcinoma mir-146b, mir-183, mir-197, mir-221, mir-346 folicular da tireoide linfoma mir-146b primário da tireoide carcinoma mir-148b, mir-182 de ovário leucemia de mir-150 células T de adulto leucemia mir-150, mir-155 linfocítica crônica adenocarcin mir-150, mir-155, mir-31 oma do pulmão linfoma mir-155
Câncer miRNA anaplásico de células grandes linfoma mir-155 cutâneo de células t linfoma de mir-155, mir-21 células B grandes difusas carcinoma mir-155, mir-182 da vesícula biliar câncer de mir-155, mir-200c, mir-21-5p, mir-34a reto linfoma de mir-17, mir-18a, mir-19a, mir-19b, mir-20a, mir-92a células b carcinoma mir-17, mir-18a, mir-19a, mir-19b, mir-20a, mir-24, mir-92a de mama colangiocar mir-17, mir-18a, mir-19a, mir-19b, mir-20a, mir-21, mir-26a, mir- cinoma 92a carcinoma mir-17, mir-182, mir-191, mir-21, mir-95 colorretal câncer mir-17, mir-20a nasofarínge o leucemia mir-181a, mir-181b, mir-92a promielocíti ca aguda retinoblasto mir-181b, mir-21 ma
Câncer miRNA adenocarcin mir-182 oma colorretal câncer do mir-183, mir-21, mir-210, mir-223 rim carcinoma mir-183 medular da tireoide adenocarcin mir-196a, mir-199a-3p, mir-199a-5p, mir-199b-3p, mir-200a, mir- oma do 223 esôfago tumor mir-196a estromal gastrointesti nal câncer mir-203 hipofarínge o adenocarcin mir-203, mir-301a oma pancreático carcinoma mir-205 de células escamosas cervicais carcinoma mir-21, mir-210, mir-483-3p, mir-483-5p cortical supra-renal câncer de mir-21 cabeça e pescoço
Câncer miRNA carcinoma mir-21 de células escamosas hipofarínge o carcinoma mir-21, mir-9, mir-93 de células escamosas da laringe mieloma mir-21 múltiplo carcinoma mir-221, mir-23a do cólon carcinoma mir-221, mir-222 da tireoide meningioma mir-224, mir-335 adenocarcin mir-23a, mir-27a, mir-373 oma gástrico câncer de mir-23a laringe câncer de mir-25 pulmão de células pequenas carcinoma mir-301b do pâncreas carcinoma mir-31 oral astrocitoma mir-335
Câncer miRNA câncer de mir-372, mir-373 ovário epitelial leucemia mir-424, mir-96 mieloide crônica hepatoblast mir-492 oma Tabela 3: MiRs supressores de tumor exemplares Câncer MiR supressor de tumores regulado negativamente leucemia mir-27a aguda leucemia let-7b, mir-124a, mir-142-3p linfoblástica aguda leucemia let-7c, mir-17, mir-181a, mir-20a, mir-223, mir-26a, mir-29a, mir- mieloide 30c, mir-720 aguda leucemia let-7c, mir-107, mir-342 promielocíti ca aguda carcinoma mir-195, mir-1974, mir-335, mir-497 cortical supra-renal astrocitoma mir-124, mir-137 anaplásico carcinoma mir-138 anaplásico da tireoide astrocitoma mir-124-3p, mir-181b-5p, mir-200b, mir-3189-3p carcinoma mir-203
Câncer MiR supressor de tumores regulado negativamente basocelular linfoma de mir-34a células b câncer de mir-1, mir-101, mir-1180, mir-1236, mir-124-3p, mir-125b, mir- bexiga 126, mir-1280, mir-133a, mir-133b, mir-141, mir-143, mir-144, mir- 145, mir-155, mir-16, mir-18a, mir-192, mir-195, mir-200a, mir- 200b, mir-200c, mir-203, mir-205, mir-214, mir-218, mir-23b, mir- 26a, mir-29c, mir-320c, mir-34a, mir-370, mir-409-3p, mir-429, mir-451, mir-490-5p, mir-493, mir-576-3p, mir-99a câncer de let-7a, let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3, let-7b, let-7c, let-7d, let-7e, let- mama 7f-1, let-7f-2, let-7g, let-7i, mir-100, mir-107, mir-10a, mir-10b, mir- 122, mir-124, mir-1258, mir-125a-5p, mir-125b, mir-126, mir-127, mir-129, mir-130a, mir-132, mir-133a, mir-143, mir-145, mir-146a, mir-146b, mir-147, mir-148a, mir-149, mir-152, mir-153, mir-15a, mir-16, mir-17-5p, mir-181a, mir-1826, mir-183, mir-185, mir-191, mir-193a-3p, mir-193b, mir-195, mir-199b-5p, mir-19a-3p, mir- 200a, mir-200b, mir-200c, mir-205, mir-206, mir-211, mir-216b, mir-218, mir-22, mir-26a, mir-26b, mir-300, mir-30a, mir-31, mir- 335, mir-339-5p, mir-33b, mir-34a, mir-34b, mir-34c, mir-374a, mir-379, mir-381, mir-383, mir-425, mir-429, mir-450b-3p, mir- 494, mir-495, mir-497, mir-502-5p, mir-517a, mir-574-3p, mir-638, mir-7, mir-720, mir-873, mir-874, mir-92a, mir-98, mir-99a, mmu- mir-290-3p, mmu-mir-290-5p carcinoma let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3, let-7b, let-7c, let-7d, let-7e, let-7f-1, let- bronquíolo- 7f-2, let-7g, let-7i, mir-98 alveolar câncer de mir-143, mir-145, mir-17-5p, mir-203, mir-214, mir-218, mir-335, colo do mir-342-3p, mir-372, mir-424, mir-491-5p, mir-497, mir-7, mir-99a, útero mir-99b carcinoma mir-100, mir-101, mir-15a, mir-16, mir-34a, mir-886-5p, mir-99a, cervical mir-99b
Câncer MiR supressor de tumores regulado negativamente carcinoma mir-106a, mir-124, mir-148a, mir-214, mir-218, mir-29a, mir-375 de células escamosas cervicais colangiocar mir-101, mir-144, mir-200b, mir-200c cinoma condrossarc let-7a, mir-100, mir-136, mir-145, mir-199a, mir-222, mir-30a, mir- oma 335, mir-376a cordoma mir-1, mir-222, mir-31, mir-34a, mir-608 coriocarcino mir-199b, mir-218, mir-34a ma leucemia mir-125b, mir-138, mir-15a, mir-15b, mir-16, mir-16-1, mir-16-1- linfocítica 3p, mir-16-2, mir-181a, mir-181b, mir-195, mir-223, mir-29b, mir- crônica 34b, mir-34c, mir-424 leucemia mir-10a, mir-138, mir-146a, mir-150, mir-151, mir-155, mir-16, mieloide mir-2278, mir-26a, mir-30e, mir-31, mir-326, mir-564 crônica câncer de mir-106a-5p, mir-135a-5p, mir-206 células renais de células claras câncer de let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3, let-7b, let-7c, let-7d, let-7e, let-7f-1, let- cólon 7f-2, let-7g, let-7i, mir-100, mir-101, mir-126, mir-142-3p, mir-143, mir-145, mir-192, mir-200c, mir-21, mir-214, mir-215, mir-22, mir- 25, mir-302a, mir-320, mir-320a, mir-34a, mir-34c, mir-365, mir- 373, mir-424, mir-429, mir-455, mir-484, mir-502, mir-503, mir-93, mir-98 carcinoma mir-186, mir-30a-5p do cólon adenocarcin mir-627
Câncer MiR supressor de tumores regulado negativamente oma colônico câncer let-7a, mir-1, mir-100, mir-101, mir-124, mir-125a, mir-126, mir- colorretal 129, mir-1295b-3p, mir-1307, mir-130b, mir-132, mir-133a, mir- 133b, mir-137, mir-138, mir-139, mir-139-5p, mir-140-5p, mir-143, mir-145, mir-148a, mir-148b, mir-149, mir-150-5p, mir-154, mir- 15a, mir-15b, mir-16, mir-18a, mir-191, mir-192, mir-193a-5p, mir- 194, mir-195, mir-196a, mir-198, mir-199a-5p, mir-200c, mir-203, mir-204-5p, mir-206, mir-212, mir-215, mir-218, mir-22, mir-224, mir-24-3p, mir-26b, mir-27a, mir-28-3p, mir-28-5p, mir-29b, mir- 30a-3p, mir-30b, mir-320a, mir-328, mir-338-3p, mir-342, mir-345, mir-34a, mir-34a-5p, mir-361-5p, mir-375, mir-378, mir-378a-3p, mir-378a-5p, mir-409-3p, mir-422a, mir-4487, mir-483, mir-497, mir-498, mir-518a-3p, mir-551a, mir-574-5p, mir-625, mir-638, mir-7, mir-96-5p carcinoma mir-139, mir-143, mir-145, mir-202-3p, mir-30a, mir-338-3p, mir- colorretal 429, mir-451, mir-93 câncer de mir-101, mir-130a, mir-130b, mir-134, mir-143, mir-145, mir-152, endométrio mir-205, mir-223, mir-301a, mir-301b, mir-30c, mir-34a, mir-34c, mir-424, mir-449a, mir-543 adenocarcin mir-34b oma seroso endometrial câncer de mir-124a, mir-192, mir-193a, mir-7 ovário epitelial adenocarcin mir-203 oma do esôfago câncer de mir-124, mir-126, mir-140, mir-197, mir-203, mir-218, mir-223, esôfago mir-30b, mir-375, mir-454, mir-486, mir-574-3p
Câncer MiR supressor de tumores regulado negativamente carcinoma mir-451 de esôfago carcinoma let-7a, let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3, let-7b, let-7c, let-7d, let-7e, let- de células 7f-1, let-7f-2, let-7g, let-7i, mir-1, mir-100, mir-101, mir-126, mir- escamosas 1294, mir-133a, mir-133b, mir-138, mir-143, mir-145, mir-150, mir- do esôfago 185, mir-195, mir-200b, mir-203, mir-21, mir-210, mir-214, mir- 218, mir-22, mir-27a, mir-29b, mir-29c, mir-302b, mir-34a, mir- 375, mir-494, mir-518b, mir-655, mir-98, mir-99a linfoma mir-202 folicular carcinoma mir-199b folicular da tireoide carcinoma mir-146b-5p da vesícula biliar adenocarcin mir-181b, mir-182, mir-200a, mir-302b, mir-449a, mir-9 oma gástrico câncer let-7a, let-7b, let-7g, mir-1, mir-101, mir-103a, mir-10a, mir-10b, gástrico mir-1207-5p, mir-122, mir-1228*, mir-124, mir-124-3p, mir-125a- 3p, mir-126, mir-1266, mir-127, mir-1271, mir-129-1-3p, mir-129- 2-3p, mir-129-3p, mir-129-5p, mir-133a, mir-133b, mir-137, mir- 141, mir-143, mir-144, mir-145, mir-146a, mir-146a-5p, mir-148a, mir-148b, mir-149, mir-152, mir-155, mir-155-5p, mir-181a, mir- 181b, mir-182, mir-183, mir-185, mir-194, mir-195, mir-197, mir- 199a-3p, mir-200b, mir-200c, mir-202-3p, mir-204, mir-204-5p, mir-205, mir-206, mir-210, mir-212, mir-217, mir-218, mir-22, mir- 23b, mir-24, mir-26a, mir-29a, mir-29a-3p, mir-29b, mir-29b-1, mir-29b-2, mir-29c, mir-30a-5p, mir-30b, mir-31, mir-328, mir-329, mir-331-3p, mir-335-5p, mir-338, mir-338-3p, mir-34a, mir-34b,
Câncer MiR supressor de tumores regulado negativamente mir-34c, mir-361-5p, mir-367, mir-375, mir-378, mir-409-3p, mir- 410, mir-429, mir-433, mir-449, mir-449a, mir-490-3p, mir-494, mir-497, mir-503, mir-506, mir-513b, mir-520d-3p, mir-542-3p, mir-622, mir-625, mir-638, mir-663, mir-7, mir-874, mir-9 câncer mir-122a, mir-148a, mir-152 gastrointesti nal tumor mir-218, mir-221, mir-222 estromal gastrointesti nal glioblastom let-7g-5p, mir-100, mir-101, mir-106a, mir-124, mir-124a, mir- a 125a, mir-125a-5p, mir-125b, mir-127-3p, mir-128, mir-129, mir- 136, mir-137, mir-139-5p, mir-142-3p, mir-143, mir-145, mir-146b- 5p, mir-149, mir-152, mir-153, mir-195, mir-21, mir-212-3p, mir- 219-5p, mir-222, mir-29b, mir-31, mir-3189-3p, mir-320, mir-320a, mir-326, mir-330, mir-331-3p, mir-340, mir-342, mir-34a, mir- 376a, mir-449a, mir-483-5p, mir-503, mir-577, mir-663, mir-7, mir- 7-5p, mir-873 glioma let-7a, let-7f, mir-106a, mir-107, mir-122, mir-124, mir-124-5p, mir- 124a, mir-125b, mir-128, mir-136, mir-137, mir-139, mir-143, mir- 145, mir-146a, mir-146b, mir-146b-5p, mir-152, mir-15b, mir-16, mir-181a, mir-181a-1, mir-181a-2, mir-181b, mir-181b-1, mir- 181b-2, mir-181c, mir-181d, mir-184, mir-185, mir-195, mir-199a- 3p, mir-200a, mir-200b, mir-203, mir-204, mir-205, mir-218, mir- 219-5p, mir-23b, mir-26b, mir-27a, mir-29c, mir-320, mir-326, mir- 328, mir-34a, mir-34c-3p, mir-34c-5p, mir-375, mir-383, mir-451, mir-452, mir-483-5p, mir-495, mir-584, mir-622, mir-656, mir-7, mir-98 carcinoma let-7d, mir-1, mir-107, mir-128, mir-133a, mir-138, mir-149, mir- de células 200c, mir-205, mir-218, mir-27a*, mir-29a, mir-29b-1, mir-29b-2,
Câncer MiR supressor de tumores regulado negativamente escamosas mir-29c, mir-300, mir-34a, mir-363, mir-375, mir-874 de cabeça e pescoço carcinoma let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3, let-7b, let-7c, let-7d, let-7e, let-7f, let- hepatocelul 7f-1, let-7f-2, let-7g, let-7i, mir-1, mir-100, mir-101, mir-105, mir- ar 122, mir-122a, mir-1236, mir-124, mir-125b, mir-126, mir-127, mir- 1271, mir-128-3p, mir-129-5p, mir-130a, mir-130b, mir-133a, mir- 134, mir-137, mir-138, mir-139, mir-139-5p, mir-140-5p, mir-141, mir-142-3p, mir-143, mir-144, mir-145, mir-146a, mir-148a, mir- 148b, mir-150-5p, mir-15b, mir-16, mir-181a-5p, mir-185, mir-188- 5p, mir-193b, mir-195, mir-195-5p, mir-197, mir-198, mir-199a, mir-199a-5p, mir-199b, mir-199b-5p, mir-200a, mir-200b, mir- 200c, mir-202, mir-203, mir-204-3p, mir-205, mir-206, mir-20a, mir-21, mir-21-3p, mir-211, mir-212, mir-214, mir-217, mir-218, mir-219-5p, mir-22, mir-223, mir-26a, mir-26b, mir-29a, mir-29b-1, mir-29b-2, mir-29c, mir-302b, mir-302c, mir-30a, mir-30a-3p, mir- 335, mir-338-3p, mir-33a, mir-34a, mir-34b, mir-365, mir-370, mir- 372, mir-375, mir-376a, mir-377, mir-422a, mir-424, mir-424-5p, mir-433, mir-4458, mir-448, mir-450a, mir-451, mir-485-5p, mir- 486-5p, mir-497, mir-503, mir-506, mir-519d, mir-520a, mir-520b, mir-520c-3p, mir-582-5p, mir-590-5p, mir-610, mir-612, mir-625, mir-637, mir-675, mir-7, mir-877, mir-940, mir-941, mir-98, mir- 99a carcinoma mir-451a, mir-504 de células escamosas hipofarínge o câncer do mir-1, mir-145, mir-1826, mir-199a, mir-199a-3p, mir-203, mir- rim 205, mir-497, mir-508-3p, mir-509-3p carcinoma mir-129-5p, mir-203, mir-205, mir-206, mir-24, mir-370, mir-375
Câncer MiR supressor de tumores regulado negativamente de células escamosas da laringe câncer de mir-101, mir-122, mir-132, mir-140-5p, mir-145, mir-148b, mir-31, fígado mir-338-3p, mir-433 adenocarcin mir-1297, mir-141, mir-145, mir-16, mir-200a, mir-200b, mir-200c, oma do mir-29b, mir-381, mir-409-3p, mir-429, mir-451, mir-511, mir-99a pulmão câncer de let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3, let-7b, let-7c, let-7d, let-7e, let-7f-1, let- pulmão 7f-2, let-7g, let-7i, mir-1, mir-101, mir-133b, mir-138, mir-142-5p, mir-144, mir-145, mir-1469, mir-146a, mir-153, mir-15a, mir-15b, mir-16-1, mir-16-2, mir-182, mir-192, mir-193a-3p, mir-194, mir- 195, mir-198, mir-203, mir-217, mir-218, mir-22, mir-223, mir-26a, mir-26b, mir-29c, mir-33a, mir-34a, mir-34b, mir-34c, mir-365, mir- 449a, mir-449b, mir-486-5p, mir-545, mir-610, mir-614, mir-630, mir-660, mir-7515, mir-9500, mir-98, mir-99b carcinoma mir-133a, mir-218 de células escamosas do pulmão melanoma let-7b, mir-101, mir-125b, mir-1280, mir-143, mir-146a, mir-146b, maligno mir-155, mir-17, mir-184, mir-185, mir-18b, mir-193b, mir-200c, mir-203, mir-204, mir-205, mir-206, mir-20a, mir-211, mir-218, mir-26a, mir-31, mir-33a, mir-34a, mir-34c, mir-376a, mir-376c, mir-573, mir-7-5p, mir-9, mir-98 mesoteliom mir-126 a maligno linfoma das mir-142-3p, mir-142-5p, mir-150, mir-223, mir-29a, mir-29b, mir- células do 29c manto carcinoma mir-129-5p
Câncer MiR supressor de tumores regulado negativamente medular da tireoide meduloblast mir-124, mir-128a, mir-199b-5p, mir-206, mir-22, mir-31, mir-383 oma meningioma mir-128, mir-200a câncer mir-100, mir-141, mir-199b-5p, mir-200a, mir-200b, mir-200c, mir- mesenquim 29a, mir-29b-1, mir-29b-1-5p, mir-29b-2, mir-29c, mir-335, mir- al 429, mir-99a leucemia mir-29a, mir-29b monocítica mieloma mir-137, mir-197, mir-214 múltiplo câncer mir-218, mir-223, mir-29c nasofarínge o carcinoma let-7a, let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3, let-7b, let-7c, let-7d, let-7e, let- nasofarínge 7f-1, let-7f-2, let-7g, let-7i, mir-1, mir-101, mir-124, mir-138, mir- o 143, mir-145, mir-148a, mir-200b, mir-204, mir-216b, mir-223, mir- 29c, mir-320a, mir-324-3p, mir-34c, mir-375, mir-378, mir-451, mir-506, mir-9, mir-98 neuroblasto let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3, let-7b, let-7c, let-7d, let-7e, let-7f-1, let- ma 7f-2, let-7g, let-7i, mir-124, mir-137, mir-145, mir-181c, mir-184, mir-200a, mir-29a, mir-335, mir-338-3p, mir-34a, mir-449a, mir- 885-5p, mir-98 câncer de let-7a, let-7c, mir-1, mir-100, mir-101, mir-106a, mir-107, mir-124, pulmão de mir-125a-3p, mir-125a-5p, mir-126, mir-126*, mir-129, mir-133a, células não mir-137, mir-138, mir-140, mir-143, mir-145, mir-146a, mir-146b, pequenas mir-148a, mir-148b, mir-149, mir-152, mir-153, mir-154, mir-155, mir-15a, mir-16, mir-17-5p, mir-181a-1, mir-181a-2, mir-181b, mir- 181b-1, mir-181b-2, mir-181c, mir-181d, mir-184, mir-186, mir- 193b, mir-195, mir-199a, mir-204, mir-212, mir-221, mir-224, mir-
Câncer MiR supressor de tumores regulado negativamente 26b, mir-27a, mir-27b, mir-29a, mir-29b, mir-29c, mir-30a, mir- 30b, mir-30c, mir-30d, mir-30d-5p, mir-30e-5p, mir-32, mir-335, mir-338-3p, mir-340, mir-342-3p, mir-34a, mir-34b, mir-361-3p, mir-365, mir-373, mir-375, mir-429, mir-449a, mir-4500, mir-451, mir-4782-3p, mir-497, mir-503, mir-512-3p, mir-520a-3p, mir- 526b, mir-625*, mir-96, mir-99a câncer oral let-7d, mir-218, mir-34a, mir-375, mir-494 carcinoma mir-375 oral carcinoma mir-100, mir-124, mir-1250, mir-125b, mir-126, mir-1271, mir-136, de células mir-138, mir-145, mir-147, mir-148a, mir-181a, mir-206, mir-220a, escamosas mir-26a, mir-26b, mir-29a, mir-32, mir-323-5p, mir-329, mir-338, oral mir-370, mir-410, mir-429, mir-433, mir-499a-5p, mir-503, mir- 506, mir-632, mir-646, mir-668, mir-877, mir-9 osteossarco let-7a, mir-1, mir-100, mir-101, mir-122, mir-124, mir-125b, mir- ma 126, mir-127-3p, mir-132, mir-133a, mir-141, mir-142-3p, mir-142- 5p, mir-143, mir-144, mir-145, mir-153, mir-16, mir-183, mir-194, mir-195, mir-199a-3p, mir-204, mir-212, mir-217, mir-218, mir-22, mir-23a, mir-24, mir-26a, mir-26b, mir-29b, mir-32, mir-320, mir- 335, mir-33b, mir-340, mir-34a, mir-34b, mir-34c, mir-375, mir- 376c, mir-382, mir-3928, mir-424, mir-429, mir-449a, mir-451, mir- 454, mir-503, mir-519d, mir-646 câncer de let-7i, mir-100, mir-124, mir-125b, mir-129-5p, mir-130b, mir-133a, ovário mir-137, mir-138, mir-141, mir-145, mir-148a, mir-152, mir-153, mir-155, mir-199a, mir-200a, mir-200b, mir-200c, mir-212, mir- 335, mir-34a, mir-34b, mir-34c, mir-409-3p, mir-411, mir-429, mir- 432, mir-449a, mir-494, mir-497, mir-498, mir-519d, mir-655, mir- 9, mir-98 carcinoma mir-100, mir-101, mir-34b, mir-34c, mir-532-5p de ovário câncer de mir-101, mir-1181, mir-124, mir-1247, mir-133a, mir-141, mir-145,
Câncer MiR supressor de tumores regulado negativamente pâncreas mir-146a, mir-148a, mir-148b, mir-150*, mir-150-5p, mir-152, mir- 15a, mir-198, mir-203, mir-214, mir-216a, mir-29c, mir-335, mir- 34a, mir-34b, mir-34c, mir-373, mir-375, mir-410, mir-497, mir- 615-5p, mir-630, mir-96 carcinoma mir-132, mir-375 do pâncreas adenocarcin let-7a, let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3, let-7b, let-7c, let-7d, let-7e, let- oma ductal 7f-1, let-7f-2, let-7g, let-7i, mir-126, mir-135a, mir-143, mir-144, pancreático mir-145, mir-148a, mir-150, mir-15a, mir-16, mir-200a, mir-200b, mir-200c, mir-217, mir-218, mir-337, mir-375, mir-494, mir-615-5p, mir-98 câncer de mir-101, mir-130b, mir-138, mir-146a, mir-16, mir-195, mir-199a- tireoide 3p, mir-204-5p, mir-219-5p, mir-26a, mir-34b, mir-613 papilar linfomas mir-145, mir-193b, mir-199a, mir-214 primários do cns carcinoma mir-335 primário da vesícula biliar linfoma mir-26a primário da tireoide câncer de let-7a-3p, let-7c, mir-100, mir-101, mir-105, mir-124, mir-128, mir- próstata 1296, mir-130b, mir-133a-1, mir-133a-2, mir-133b, mir-135a, mir- 143, mir-145, mir-146a, mir-154, mir-15a, mir-187, mir-188-5p, mir-199b, mir-200b, mir-203, mir-205, mir-212, mir-218, mir-221, mir-224, mir-23a, mir-23b, mir-25, mir-26a, mir-26b, mir-29b, mir- 302a, mir-30a, mir-30b, mir-30c-1, mir-30c-2, mir-30d, mir-30e,
Câncer MiR supressor de tumores regulado negativamente mir-31, mir-330, mir-331-3p, mir-34a, mir-34b, mir-34c, mir-374b, mir-449a, mir-4723-5p, mir-497, mir-628-5p, mir-642a-5p, mir- 765, mir-940 carcinoma mir-107 de próstata carcinoma let-7a, let-7d, mir-1, mir-106a*, mir-126, mir-1285, mir-129-3p, de células mir-1291, mir-133a, mir-135a, mir-138, mir-141, mir-143, mir-145, renais mir-182-5p, mir-199a-3p, mir-200a, mir-205, mir-218, mir-28-5p, mir-30a, mir-30c, mir-30d, mir-34a, mir-378, mir-429, mir-509-3p, mir-509-5p, mir-646 carcinoma let-7b, let-7c, mir-138, mir-141, mir-200c, mir-204, mir-218, mir- de células 335, mir-377, mir-506 renais claras retinoblasto mir-101, mir-183, mir-204, mir-34a, mir-365b-3p, mir-486-3p, mir- ma 532-5p rabdomioss mir-203 arcoma câncer de mir-126, mir-138, mir-27a pulmão de células pequenas linfoma da mir-223 zona marginal esplênica carcinoma mir-15a, mir-16, mir-203, mir-205, mir-375 de células escamosas linfoma de mir-22 células T
Câncer MiR supressor de tumores regulado negativamente câncer de mir-144, mir-886-3p tireoide câncer de mir-15b, mir-200b língua leiomioma mir-197 uterino melanoma mir-137, mir-144, mir-145, mir-182, mir-34a, mir-34b, mir-34c, mir- uveal 9 Tabela 5. Resumo das interações conectadas com microRNA / MMP no câncer.
Tipo MMP e microRN molécula A alvo Tipo de câncer Fenótipo Via let-7 MMP-9 Melanoma Proliferação e - migração celular Ativação de Adenocarcinoma NA Ativação de MMP-14, ductal pancreático ERK1/2, ERK1/2 sinalização de TGF-β1 Quinase de Glioblastoma Migração e AKT e ERK adesão focal invasão (FAK), AKT, ERK, MMP-2 e MMP-9 miR-9 MMP-2, MMP- Melanoma uveal Migração e Sinalização 9 e VEGFA invasão de NF-κB1 MMP-14 Neuroblastoma Invasão, - metástase e angiogênese
Tipo MMP e microRN molécula A alvo Tipo de câncer Fenótipo Via miR-10b MMP-9, E- Células do Proliferação, - caderina e carcinoma migração, vimentina nasofaríngeo invasão MMP-14 e Glioma Invasividade - uPAR celular MMP-2, Glioblastoma Invasão e Vias de EGFR. multiforme migração de EGFR apoptose miR-15b MMP-3 Glioma Invasividade Via de celular MEK-ERK miR-17 MMP-3 Carcinoma Migração e p-AKT Hepatocelular invasão miR-21 RECK, MMP- Câncer de NA - 9 próstata Fosfo-c-Jun, Carcinoma Migração e - MMP-2, MMP- hepatocelular invasão 9 RECK, MMP- Glioma Apoptose, - 2 migração e invasividade MMP-2, Glioblastoma Invasão e Vias de EGFR. multiforme migração de EGFR apoptose miR-26a MMP-2 Câncer de Migração, Fosforilação pulmão invasão e de AKT metástase miR-29b MMP-2 Câncer de cólon Migração -
Tipo MMP e microRN molécula A alvo Tipo de câncer Fenótipo Via MMP-2 Carcinoma Angiogênese Sinalização hepatocelular tumoral, de VEGFR- invasão e 2 metástase MMP-2, Mcl-1, Câncer de invasão e - COL1A1 e próstata metástase COL4A1 miR-29c MMP-2 Tumores da Invasão celular - bainha do nervo e migração miR-30d SOCS1, fosfo- Câncer de Proliferação e Sinalização STAT3, MMP- próstata invasão de STAT3 2 e MMP-9 miR-34a Fra-1, p53 Câncer de cólon Migração e - MMP-1 e invasão MMP-9 miR-92a MMP-2 e -9 Câncer de Migração e Sinalização pulmão invasão de STAT3 miR-101 Potenciador Câncer de Invasividade - do zeste pulmão celular homólogo 2 (EZH2), CDH1 e MMP-2 miR-106b MMP-2 Câncer de mama Migração e Cascata de invasão sinalização de ERK miR-125b MMP-2 e Glioblastoma Invasão - MMP-9
Tipo MMP e microRN molécula A alvo Tipo de câncer Fenótipo Via miR-133 MMP-14 Câncer de Proliferação, - pulmão migração e invasão celular miR-138 RhoC, MMP-2 Colangiocarcinom Proliferação, sinalização e MMP-9 a migração e de p-ERK invasão miR-139 IGF-IR e Câncer colorretal Migração, Sinalização MMP-2 invasão e de IGF- metástase IR/MEK/ER
K miR-143 MMP-13 Câncer de Migração e - próstata invasão MMP-2 e Câncer de Migração e - MMP-9 pâncreas invasão MMP-13 Osteossarcoma Invasividade - celular miR-145 Ets1, MMP-1 Câncer gástrico Invasão, - e -9 metástase e angiogênese miR-146a MMP-1, uPA e Câncer cerebral Migração, - uPAR invasão e metástase MMP-16 Câncer de cólon Invasão - miR-149 MMP-2 e Glioma Proliferação e Sinalização CyclinD1 invasão de AKT miR-152 MMP-3 Glioma Invasividade Via de celular MEK-ERK
Tipo MMP e microRN molécula A alvo Tipo de câncer Fenótipo Via miR-181b MMP-2 e Carcinoma Migração e Sinalização MMP-9 hepatocelular invasão de TGF- β, Smad miR-182 MMP-9, Câncer de mama invasão celular - RECK e capacidade de formação de colônias miR-196b Vimentina, Câncer gástrico Migração e - MMP-2 e invasão MMP-9 miR-203 MMP-9 e Glioblastoma Proliferação, Fosforilação Robo1 migração e de ERK invasão miR-206 MMP-2 e Câncer de mama Invasão e - MMP-9 migração miR-211 MMP-9 Glioblastoma Invasão celular - multiforme e migração miR-218 LEF1, MMP-2, Glioblastoma Invasão - -7 e -9 multiforme miR-218 MMP-9 Gliomas Invasividade Via IKK- celular β/NF-κB miR-224 MMP-9 via Carcinoma Migração e - direcionament hepatocelular invasão o de HOXD10 humano miR-338- SMO e MMP- Carcinoma Invasão e - 3p 9 Hepatocelular metástase
Tipo MMP e microRN molécula A alvo Tipo de câncer Fenótipo Via miR-340 MMP-2 e Câncer de mama Crescimento, - MMP-9 migração e invasão de células tumorais miR-430 ERK, MMP-2 Câncer de bexiga Proliferação, - e MMP-9 migração e formação de colônias miR-451 Akt1, Glioblastoma Proliferação, Sinalização CyclinD1, invasão e de MMP-2, MMP- apoptose PI3K/AKT 9 e Bcl-2 miR-491 MMP-9 Carcinoma Migração - Hepatocelular miR-491- MMP-9 Glioblastoma Invasão - 5p multiforme miRNA- PI3K, Akt, Câncer de bexiga Proliferação, Sinalização 590-3p MMP-2 e migração e de PI3K, MMP-9 formação de Akt colônias miR-874 MMP-2 e -9, Câncer gástrico Ensaios de - Aquaporina-3 humano migração e invasão celular e tumorigenicidad e in vivo
Tipo MMP e microRN molécula A alvo Tipo de câncer Fenótipo Via miR-874 MMP-2 e uPA Carcinoma do Invasividade de - pulmão de células células tumorais não-pequenas e crescimento tumoral in vivo miR-885- MMP-9 Glioblastoma Invasão - 5p multiforme Tabela 6. Proteases e cânceres alvo associados à sua superexpressão. Família Protease Local Câncer Geral Lisossomas, A maioria intracelulares Catepsina Extracelular, osso Mama
K Catepsinas Catepsina Extracelular e Mama, colo do útero, cólon, de B pericelular sob colorretal, gástrico, cabeça e Cisteína condições pescoço, fígado, pulmão, patológicas melanoma, ovário, pâncreas, próstata, tireoide Catepsina Mama, colorretal
L Catepsina Estruturas Adenocarcinomas cervicais, E endossomais, ER, gástricos, pulmonares e Catepsinas Golgi pancreáticos Aspárticas Catepsina Lisossomo Mama, colorretal, ovário
D Geral Intracelular, A maioria secretada Calicreínas hK1 (hK) PSA (hk Próstata, ovário 3)
hK10 Cólon, ovário, pâncreas, cabeça e pescoço hK15 Ovariano, próstata Proteases uPA, Membrana, Cervical, colorretal, gástrico, Serina uPAR Pericelular próstata Caspases Intracelular Geral Extracelular A maioria MMP-1, - Mama 8, -13 MMPs MMP-2, - Mama, colorretal, pulmão, 9 gliomas malignos, ovário MMP-14 Membrana Mama ADAM Extracelular Tabela 7. Lista de oncogenes selecionados associados à malignidade humana Nome do Gene Malignidades Comentários gene Locus associadas com ABL1 (ABL) 9q34.1 Leucemia mieloide veja proteína da leucemia crônica murina de Abelson da tirosina quinase ABL2 1q24- leucemia mieloide Membro da família da (ABLL,ARG) q25 aguda tirosina quinase.
Importante para montagem e remodelação de sinapses AKAP13 15q24- câncer de mama Oncogene da crise da (HT31, LBC. q25 explosão BRX) ARAF1 Xp11.4- linfadenopatia Serina/treonina quinase p11.2 angioimunoblástica com disproteinemia ARHGEF5 7q33- Câncer de mama Códigos para proteína que (TIM) q35 controla a organização do
Nome do Gene Malignidades Comentários gene Locus associadas com citoesqueleto através da regulação de pequenas proteínas de ligação ao GTP ATF1 12q13 Gene de fusão Códigos para o fator de ATF1/EWS associado transcrição dependente de a melanoma maligno cAMP-1 de partes moles (MMSP) ATF1/FUS com histiocitoma.
AXL 19q13.1 Leucemia mieloide gene transformador para -q13.2 crônica leucemia aguda BCL2 18q21.3 Linfoma de Burkitt, Mediador da apoptose. linfoma folicular Translocação é marcador de pior resposta terapêutica BRAF 7q34 Leucemia de células ver proto-oncogenes (BRAF1, pilosas, Melanoma RAFB1) maligno, câncer de tireoide papilar, carcinoma anaplásico da tireoide, câncer de intestino, adenocarcinoma de pulmão, linfoma não- Hogkin BRCA1 17q21 Síndrome hereditária veja BRCA1. do câncer de mama e ovário.
Câncer de mama familiar, Carcinoma papiloso seroso do peritônio
Nome do Gene Malignidades Comentários gene Locus associadas com (PSCP), Câncer de próstata BRCA2 13q12.3 Câncer de mama ver BRCA2 (FANCD1) familiar, câncer de próstata, câncer de pâncreas BRIP1 17q22.2 Câncer de ovário, Proteína de interação câncer de mama BRCA1 do terminal C helicase 1, que é importante na reparação de ruptura de filamento duplo normal CBL (CBL2) 11q23.3 ver proto-oncogenes CSF1R 5q33.2- Tipo M4 de leucemia Códigos para o receptor do (CSF-1, FMS, q33.3 mieloblástica aguda e fator 1 estimulador de MCSF) leucemia colônias, também conhecido mielomonocítica como fator estimulante de crônica colônia de macrófagos DAPK1 9q34.1 Câncer de bexiga Códigos para proteína (DAPK) quinase associada à morte são mediadores positivos de apoptose induzida por interferon-gama.
DEK 6p23 Gene de fusão Códigos para a proteína de (D6S231E) DEK/NUP214(DEK/CA ligação ao DNA envolvida N) associado à na regulação transcricional leucemia mieloide e transdução de sinal como aguda um componente do complexo de splicing que permanece associado a éxons emendados.
Nome do Gene Malignidades Comentários gene Locus associadas com DUSP6 12q22- Câncer de pulmão de Códigos para membro da (MKP3,PYST q23 células não pequenas, família de quinase de 1) câncer de pâncreas proteína ativada por mitógeno (MAP) e tem papel fundamental na transdução de sinal celular EGF ver proto-oncogenes EGFR ver proto-oncogenes (ERBB, ERBB1) ERBB3 12q13 Carcinoma do pulmão níveis elevados de mRNA (HER3) de células não de ERBB3 no câncer de pequenas mama ERG ver proto-oncogenes ETS1 ver proto-oncogenes ETS2 Leucemia mieloide Códigos para um fator de aguda transcrição EWSR1 22q12 EWS/ERG em Gene do breakpoint 1 do (EWS, ES, sarcoma de Ewing, sarcoma de Ewing PNE,) gene de fusão EWS/FEV de estesioneuroblastoma em sarcoma de Ewing, EWS/ZNF278 em sarcoma de pequenas células redondas, EWS/FLI1 em sarcoma de Ewing, EWS/ATF1 em melanoma maligno de
Nome do Gene Malignidades Comentários gene Locus associadas com partes moles (MMSP), EWS/WT1 em tumor desmoplásico de pequena célula redonda FES (FPS) 15q26.1 Linfoma de células B, Códigos para uma proteína leucemia quinase específica da promielocítica aguda, tirosina com um papel na carcinoma da bexiga, regulação da resposta câncer de pulmão, imune câncer de mama, câncer de cólon, neuroblastoma, neoplasia de linfócitos pré-B, plasmocitoma, mieloma múltiplo, linfoma de células T, sarcoma FGF4 11q13 Câncer de estômago, Fator de crescimento de (HSTF1, sarcoma kaposi fibroblastos Importante no KFGF) desenvolvimento de membros.
FGFR1 ver proto-oncogenes FGFR10P 6q27 Gene de fusão (FOP) FGFR1/FGFR1OP2 no linfoma não- Hodgkin FLCN 17p11.2 Câncer do rim, câncer veja FFCN de intestino FOS (c-fos) 14q24.3 ver proto-oncogenes
Nome do Gene Malignidades Comentários gene Locus associadas com FRAP1 veja supressores de tumor FUS (TLS) 16p11.2 ver proto-oncogenes HRAS 11p15.5 ver proto-oncogenes.
GLI1 12q13.2 Glioma, lipossarcoma Códigos para uma proteína -q13.3 mixoide, tumor da de dedo de zinco Kruppel glândula salivar (Kr) GLI2 2q14 Glioma Códigos para uma proteína de dedo de zinco Kruppel (Kr) GPC3 Xq26 Câncer de células veja o GPC3 germinativas, câncer hepatocelular HER2 17q21.1 Câncer de mama, veja HER2. Alvo de (ERBB2, câncer de pulmão Trastuzumab.
TKR1, NEU) HGF (SF) 7q21.1 Câncer de próstata, Códigos para o fator de câncer do rim crescimento de hepatócito (hepatopoietina A, fator de dispersão) que é regulado positivamente em muitos tumores malignos IRF4 (LSIRF, 6p25- Linfoma de células B, Códigos para um fator MUM1) p23 leucemia de células B, regulador do interferon mieloma múltiplo essencial para a função linfocitária JUNB 19p13.2 ver proto-oncogenes KIT (SCFR) 4q12 Tumor estromal O receptor transmembranar gastrointestinal de tirosina quinase para (GISTs), leucemia de fator de células-tronco mastócitos, (SCFR) é necessário para a
Nome do Gene Malignidades Comentários gene Locus associadas com mastocitose, hematopoiese, seminoma e melanogênese e disgerminoma gametogênese.
Mutações causam piebaldismo.
KRAS2 12p12.1 ver proto-oncogenes. (RASK2) LCK 1p35- Câncer de pulmão de códigos para proteína p34.3 células não pequenas, tirosina quinase específica neuroblastoma, de linfócitos linfoma não-Hodgkin LCO 2q14- Carcinoma q21 hepatocelular MAP3K8 10p11.2 Sarcoma de Ewings, Códigos para uma proteína (TPL2, COT, adenocarcinoma de quinase de serina-treonina.
EST) pulmão, carcinoma de tireoide MCF2 (DBL) Xq27 Câncer de mama Códigos para um fator de troca GDP-GTP que modula a atividade de pequenas GTPases da família Rho MDM2 12q14.3 Múltiplo O MDM2 atua como um dos -q15 principais reguladores do supressor tumoral p53, direcionando sua destruição.
A associação direta de p53 com a proteína MDM2 resulta em ubiquitinação e degradação subsequente da p53 MET (HGFR, 7q31 ver proto-oncogenes
Nome do Gene Malignidades Comentários gene Locus associadas com RCCP2) Genes do ver proto-oncogenes tipo MLH MMD 17q Câncer de pulmão de Códigos para proteína células não pequenas, associada à diferenciação carcinoma de monócitos para hepatocelular, câncer macrófagos. de cólon MOS (MSV) 8q11 Linfoma de Burkitt, Função no homem leucemia mieloblástica desconhecido. Associações aguda de gene indireto acima, mas análogo ao vírus do sarcoma murino Moloney. MRAS 3q22.3 Ativado em muitos Códigos para um transdutor (RRAS3) tumores de sinal intracelular ancorado à membrana de proteína de ligação a GTP
RAS Genes do ver proto-oncogenes tipo MSH MYB (AMV) 6q22 Alterações Codifica para proteínas encontradas em mais críticas para a proliferação e de um terço das desenvolvimento de células linhagens tumorais hematopoiéticas sólidas humanas MYC 8q24.12 Linfoma de Burkitt Um fator de transcrição que -q24.13 Sobreexpressão em promove a proliferação muitas doenças celular malignas, possivelmente
Nome do Gene Malignidades Comentários gene Locus associadas com associada a propriedades promotoras invasivas angiogênicas em excesso.
MYCL1 1p34.3 Câncer de pulmão de (LMYC) células pequenas, adenocarcinoma de pulmão, neuroblastoma MYCN 2p24.1 Neuroblastomas Sobrepõe-se a NMYC e é transcrito a partir da cadeia de DNA oposta NCOA4 10q11.2 Câncer de próstata Interage com o receptor (ELE1, androgênico na presença de ARA70, di-idrotestosterona.
PTC3) Genes do veja supressores de tumor tipo NF1 NMYC 2p24 Neuroblastomas, Sobrepõe-se a MYCN e é retinoblastoma transcrito a partir da cadeia de DNA oposta.
Provavelmente uma proteína de ligação ao DNA.
NRAS 1p13.2 ver proto-oncogenes.
NTRK1 (TRK, 1q21- ver proto-oncogenes.
TRKA) q22 NUP214 9q34.1 Gene de fusão Códigos para o componente (CAN, NUP214/DEK nucleoporina do complexo D9S46E) associado à leucemia de poros nucleares de
Nome do Gene Malignidades Comentários gene Locus associadas com mieloide aguda, vertebrados.
NUP214/ABL1 associado à leucemia linfoblástica aguda de células T (T-ALL). OVC 9p24 Adenocarcinoma do Anormal em cerca de 40% ovário de adenocarcinoma ovariano TP53 (P53) 17p13.1 ver supressores de tumor PALB2 16p12 Câncer de mama ver PALB2 PAX3 (HUP2) 2q35 Rabdomiossarcoma O fator de transcrição, STAT1 alveolar causa algumas formas da síndrome de Waardenburg e regula o RET.
PDGFB (SIS) ver proto-oncogenes Genes PIM ver proto-oncogenes PML (MYL) 15q22 ver supressores de tumor Genes PMS ver supressores de tumor (PMSL) PPM1D 17q22- Câncer de mama, Códigos para uma fosfatase (WIP1) q23 Osteossarcoma de proteína serina/treonina que atenua a apoptose e facilita a transformação de células primárias em cooperação com RAS PTEN 10q23.3 ver supressores de tumor (MMAC1) 1 PVT1 8q24 Linfoma de Burkitt RAF1 3p25 Câncer de estômago, Um regulador da (CRAF) câncer do rim, sobrevivência de células
Nome do Gene Malignidades Comentários gene Locus associadas com glioblastoma, câncer endoteliais durante a de laringe angiogênese.
O RAF ativado neutraliza a apoptose suprimindo a ativação da quinase estéril tipo 20 de mamíferos (MST2). RB1 (RB) 13q14.1 Retinoblastoma, ver RB1 -q14.2 sarcoma osteogênico, carcinoma de células pequenas do pulmão, câncer de bexiga RET 10q11.2 Neoplasia endócrina ver RET múltipla tipo 2a e 2b e carcinoma medular da tireoide RRAS2 11pter- Teratocarcinoma, Mutação de ponto único (TC21) p15.5 câncer de ovário ativa seu potencial oncogene ROS1 (ROS, 6q22 Glioblastoma e A proteína de fusão MCF3) provavelmente outros ROS1/FIG é uma tirosina- quinase encontrada no astrocitoma Genes do ver supressores de tumor tipo SMAD SMARCB1 22q11 ver supressores de tumor (SNF5, INI1) SMURF1 7q21.1- Câncer de pâncreas Códigos para um domínio q31.1 HECT E3 de ubiquitina ligase que regula a
Nome do Gene Malignidades Comentários gene Locus associadas com plasticidade e a mobilidade das células tumorais através da degradação de RhoA SRC (AVS) 20q12- câncer de intestino Proteína reguladora da q13 metastático hepático, comunicação intracelular. câncer de cólon, As mutações são leucemia ativadoras, transformadoras, tumorigênicas e promotoras de metástases STAT1 2q32.2- Carcinoma do pulmão ver STAT1 q32.3 de células não pequenas STAT3 17q21 Cânceres epiteliais Os códigos sinalizam proteínas que induzem a transformação celular através de uma inibição combinada da apoptose e ativação do ciclo celular STAT5 17q11.2 Permissivo para uma Os códigos sinalizam ampla gama de proteínas que induzem a doenças malignas transformação celular através de uma inibição combinada da apoptose e ativação do ciclo celular TDGF1 3p23- teratocarcinoma Provavelmente codifica a (CRGF) p21 proteína de sinalização para o desenvolvimento do mesoderma TGFBR2 3p22 ver proto-oncogenes THRA ver proto-oncogenes
Nome do Gene Malignidades Comentários gene Locus associadas com (ERBA, EAR7, etc.) TFG (TRKT3) 3q11- Câncer de tireoide Oncogene quimérico com q12 papilar proto-oncogene NTRK1 TIF1 7q32- Genes de fusão Códigos do fator (TRIM24, q34 associados ao intermediário transcricional 1 TIF1A) carcinoma papilar da tireoide e distúrbio mieloproliferativo.
TNC (TN, 9q33 Neurofibromatose tipo ver TNC HXB) 1, câncer de pâncreas TRK 1q21- ver proto-oncogenes q22 TUSC3 8p22 ver supressores de tumor USP6 (TRE2) 17p13 Vários cânceres Códigos para uma protease específica da ubiquitina encontrados apenas em primatas WNT1 (INT1) 12q12- ver proto-oncogenes q13 WT1 11p13 Tumor de Wilms, Proteína de ligação ao DNA sobreexpresso no do dedo de zinco que atua câncer de mama e como ativador ou repressor pulmão, síndrome da transcrição, dependendo mielodisplásica e do contexto intracelular leucemia mieloide aguda VHL 3p26- ver supressores de tumor p25 Tabela 8. MiRs supressores de tumor que são regulados negativamente em tipos específicos de câncer Câncer miRNA Bexiga mir-1; mir-101; mir-1180; mir-1236; mir-124-3p; mir-125b; mir-126; mir-1280; mir-133a; mir-133b; mir-141; mir-143; mir-144; mir-145; mir-155; mir-16; mir-18a; mir-192; mir-195; mir-200a; mir-200b; mir-200c; mir-203; mir-205; mir-214; mir-218; mir-23b; mir-26a; mir-29c; mir-320c; mir-34a; mir- 370; mir-409-3p; mir-429; mir-451; mir-490-5p; mir-493; mir- 576-3p; mir-99a Cérebro let-7g-5p; mir-100; mir-101; mir-106a; mir-124; mir-124a; (Astrocitoma, mir-125a; mir-125a-5p; mir-125b; mir-127-3p; mir-128; mir- Glioblastoma, 129; mir-136; mir-137; mir-139-5p; mir-142-3p; mir-143; mir- Glioma) 145; mir-146b-5p; mir-149; mir-152; mir-153; mir-195; mir- 21; mir-212-3p; mir-219-5p; mir-222; mir-29b; mir-31; mir- 3189-3p; mir-320; mir-320a; mir-326; mir-330; mir-331-3p; mir-340; mir-342; mir-34a; mir-376a; mir-449a; mir-483-5p; mir-503; mir-577; mir-663; mir-7; mir-7-5p; mir-873; let-7a; let-7f; mir-107; mir-122; mir-124-5p; mir-139; mir-146a; mir- 146b; mir-15b; mir-16; mir-181a; mir-181a-1; mir-181a-2; mir-181b; mir-181b-1; mir-181b-2; mir-181c; mir-181d; mir- 184; mir-185; mir-199a-3p; mir-200a; mir-200b; mir-203; mir- 204; mir-205; mir-218; mir-23b; mir-26b; mir-27a; mir-29c; mir-328; mir-34c-3p; mir-34c-5p; mir-375; mir-383; mir-451; mir-452; mir-495; mir-584; mir-622; mir-656; mir-98; mir-124- 3p; mir-181b-5p; mir-200b; mir-3189-3p Mama mir-193b; let-7a; let-7a-1; let-7a-2; let-7a-3; let-7b; let-7c; let- 7d; let-7e; let-7f-1; let-7f-2; let-7g; let-7i; mir-100; mir-107; mir-10a; mir-10b; mir-122; mir-124; mir-1258; mir-125a-5p; mir-125b; mir-126; mir-127; mir-129; mir-130a; mir-132; mir- 133a; mir-143; mir-145; mir-146a; mir-146b; mir-147; mir- 148a; mir-149; mir-152; mir-153; mir-15a; mir-16; mir-17-5p; mir-181a; mir-1826; mir-183; mir-185; mir-191; mir-193a-3p;
Câncer miRNA mir-195; mir-199b-5p; mir-19a-3p; mir-200a; mir-200b; mir- 200c; mir-205; mir-206; mir-211; mir-216b; mir-218; mir-22; mir-26a; mir-26b; mir-300; mir-30a; mir-31; mir-335; mir-339- 5p; mir-33b; mir-34a; mir-34b; mir-34c; mir-374a; mir-379; mir-381; mir-383; mir-425; mir-429; mir-450b-3p; mir-494; mir-495; mir-497; mir-502-5p; mir-517a; mir-574-3p; mir-638; mir-7; mir-720; mir-873; mir-874; mir-92a; mir-98; mir-99a; mmu-mir-290-3p; mmu-mir-290-5p Cervical mir-143; mir-145; mir-17-5p; mir-203; mir-214; mir-218; mir- 335; mir-342-3p; mir-372; mir-424; mir-491-5p; mir-497; mir- 7; mir-99a; mir-99b; mir-100; mir-101; mir-15a; mir-16; mir- 34a; mir-886-5p; mir-106a; mir-124; mir-148a; mir-29a; mir- 375 Cólon/Colorretal let-7a-1; let-7a-2; let-7a-3; let-7b; let-7c; let-7d; let-7e; let-7f- 1; let-7f-2; let-7g; let-7i; mir-100; mir-101; mir-126; mir-142- 3p; mir-143; mir-145; mir-192; mir-200c; mir-21; mir-214; mir-215; mir-22; mir-25; mir-302a; mir-320; mir-320a; mir- 34a; mir-34c; mir-365; mir-373; mir-424; mir-429; mir-455; mir-484; mir-502; mir-503; mir-93; mir-98; mir-186; mir-30a- 5p; mir-627; let-7a; mir-1; mir-124; mir-125a; mir-129; mir- 1295b-3p; mir-1307; mir-130b; mir-132; mir-133a; mir-133b; mir-137; mir-138; mir-139; mir-139-5p; mir-140-5p; mir-148a; mir-148b; mir-149; mir-150-5p; mir-154; mir-15a; mir-15b; mir-16; mir-18a; mir-191; mir-193a-5p; mir-194; mir-195; mir- 196a; mir-198; mir-199a-5p; mir-203; mir-204-5p; mir-206; mir-212; mir-218; mir-224; mir-24-3p; mir-26b; mir-27a; mir- 28-3p; mir-28-5p; mir-29b; mir-30a-3p; mir-30b; mir-328; mir-338-3p; mir-342; mir-345; mir-34a-5p; mir-361-5p; mir- 375; mir-378; mir-378a-3p; mir-378a-5p; mir-409-3p; mir- 422a; mir-4487; mir-483; mir-497; mir-498; mir-518a-3p; mir- 551a; mir-574-5p; mir-625; mir-638; mir-7; mir-96-5p; mir-
Câncer miRNA 202-3p; mir-30a; mir-451 Endometrial mir-101; mir-130a; mir-130b; mir-134; mir-143; mir-145; mir- 152; mir-205; mir-223; mir-301a; mir-301b; mir-30c; mir-34a; mir-34c; mir-424; mir-449a; mir-543; mir-34b Hematológico mir-125b; mir-138; mir-15a; mir-15b; mir-16; mir-16-1; mir- (Leucemia, 16-1-3p; mir-16-2; mir-181a; mir-181b; mir-195; mir-223; Linfoma, mir-29b; mir-34b; mir-34c; mir-424; mir-10a; mir-146a; mir- Mieloma) 150; mir-151; mir-155; mir-2278; mir-26a; mir-30e; mir-31; mir-326; mir-564; mir-27a; let-7b; mir-124a; mir-142-3p; let- 7c; mir-17; mir-20a; mir-29a; mir-30c; mir-720; mir-107; mir- 342; mir-34a; mir-202; mir-142-5p; mir-29c; mir-145; mir- 193b; mir-199a; mir-214; mir-22; mir-137; mir-197 Rim mir-1; mir-145; mir-1826; mir-199a; mir-199a-3p; mir-203; mir-205; mir-497; mir-508-3p; mir-509-3p; let-7a; let-7d; mir- 106a*; mir-126; mir-1285; mir-129-3p; mir-1291; mir-133a; mir-135a; mir-138; mir-141; mir-143; mir-182-5p; mir-200a; mir-218; mir-28-5p; mir-30a; mir-30c; mir-30d; mir-34a; mir- 378; mir-429; mir-509-5p; mir-646; mir-133b; let-7b; let-7c; mir-200c; mir-204; mir-335; mir-377; mir-506 Fígado mir-137; mir-138; mir-139; mir-139-5p; mir-140-5p; mir-141; (Carcinoma mir-142-3p; mir-143; mir-144; mir-145; mir-146a; mir-148a; Hepatocelular) mir-148b; mir-150-5p; mir-15b; mir-16; mir-181a-5p; mir-185; mir-188-5p; mir-193b; mir-195; mir-195-5p; mir-197; mir-198; mir-199a; mir-199a-5p; mir-199b; mir-199b-5p; mir-200a; mir-200b; mir-200c; mir-202; mir-203; mir-204-3p; mir-205; mir-206; mir-20a; mir-21; mir-21-3p; mir-211; mir-212; mir- 214; mir-217; mir-218; mir-219-5p; mir-22; mir-223; mir-26a; mir-26b; mir-29a; mir-29b-1; mir-29b-2; mir-29c; mir-302b; mir-302c; mir-30a; mir-30a-3p; mir-335; mir-338-3p; mir-33a; mir-34a; mir-34b; mir-365; mir-370; mir-372; mir-375; mir- 376a; mir-377; mir-422a; mir-424; mir-424-5p; mir-433; mir-
Câncer miRNA 4458; mir-448; mir-450a; mir-451; mir-485-5p; mir-486-5p; mir-497; mir-503; mir-506; mir-519d; mir-520a; mir-520b; mir-520c-3p; mir-582-5p; mir-590-5p; mir-610; mir-612; mir- 625; mir-637; mir-675; mir-7; mir-877; mir-940; mir-941; mir- 98; mir-99a; mir-132; mir-31 Pulmão mir-1297; mir-141; mir-145; mir-16; mir-200a; mir-200b; mir- 200c; mir-29b; mir-381; mir-409-3p; mir-429; mir-451; mir- 511; mir-99a; let-7a-1; let-7a-2; let-7a-3; let-7b; let-7c; let-7d; let-7e; let-7f-1; let-7f-2; let-7g; let-7i; mir-1; mir-101; mir- 133b; mir-138; mir-142-5p; mir-144; mir-1469; mir-146a; mir- 153; mir-15a; mir-15b; mir-16-1; mir-16-2; mir-182; mir-192; mir-193a-3p; mir-194; mir-195; mir-198; mir-203; mir-217; mir-218; mir-22; mir-223; mir-26a; mir-26b; mir-29c; mir-33a; mir-34a; mir-34b; mir-34c; mir-365; mir-449a; mir-449b; mir- 486-5p; mir-545; mir-610; mir-614; mir-630; mir-660; mir- 7515; mir-9500; mir-98; mir-99b; mir-133a; let-7a; mir-100; mir-106a; mir-107; mir-124; mir-125a-3p; mir-125a-5p; mir- 126; mir-126*; mir-129; mir-137; mir-140; mir-143; mir-146b; mir-148a; mir-148b; mir-149; mir-152; mir-154; mir-155; mir- 17-5p; mir-181a-1; mir-181a-2; mir-181b; mir-181b-1; mir- 181b-2; mir-181c; mir-181d; mir-184; mir-186; mir-193b; mir- 199a; mir-204; mir-212; mir-221; mir-224; mir-27a; mir-27b; mir-29a; mir-30a; mir-30b; mir-30c; mir-30d; mir-30d-5p; mir- 30e-5p; mir-32; mir-335; mir-338-3p; mir-340; mir-342-3p; mir-361-3p; mir-373; mir-375; mir-4500; mir-4782-3p; mir- 497; mir-503; mir-512-3p; mir-520a-3p; mir-526b; mir-625*; mir-96 Melanoma let-7b; mir-101; mir-125b; mir-1280; mir-143; mir-146a; mir- 146b; mir-155; mir-17; mir-184; mir-185; mir-18b; mir-193b; mir-200c; mir-203; mir-204; mir-205; mir-206; mir-20a; mir- 211; mir-218; mir-26a; mir-31; mir-33a; mir-34a; mir-34c;
Câncer miRNA mir-376a; mir-376c; mir-573; mir-7-5p; mir-9; mir-98 Câncer Oral let-7d; mir-218; mir-34a; mir-375; mir-494; mir-100; mir-124; mir-1250; mir-125b; mir-126; mir-1271; mir-136; mir-138; mir-145; mir-147; mir-148a; mir-181a; mir-206; mir-220a; mir-26a; mir-26b; mir-29a; mir-32; mir-323-5p; mir-329; mir- 338; mir-370; mir-410; mir-429; mir-433; mir-499a-5p; mir- 503; mir-506; mir-632; mir-646; mir-668; mir-877; mir-9 Ovário let-7i; mir-100; mir-124; mir-125b; mir-129-5p; mir-130b; mir- 133a; mir-137; mir-138; mir-141; mir-145; mir-148a; mir-152; mir-153; mir-155; mir-199a; mir-200a; mir-200b; mir-200c; mir-212; mir-335; mir-34a; mir-34b; mir-34c; mir-409-3p; mir- 411; mir-429; mir-432; mir-449a; mir-494; mir-497; mir-498; mir-519d; mir-655; mir-9; mir-98; mir-101; mir-532-5p; mir- 124a; mir-192; mir-193a; mir-7 Pancreático mir-101; mir-1181; mir-124; mir-1247; mir-133a; mir-141; mir-145; mir-146a; mir-148a; mir-148b; mir-150*; mir-150- 5p; mir-152; mir-15a; mir-198; mir-203; mir-214; mir-216a; mir-29c; mir-335; mir-34a; mir-34b; mir-34c; mir-373; mir- 375; mir-410; mir-497; mir-615-5p; mir-630; mir-96; mir-132; let-7a; let-7a-1; let-7a-2; let-7a-3; let-7b; let-7c; let-7d; let-7e; let-7f-1; let-7f-2; let-7g; let-7i; mir-126; mir-135a; mir-143; mir-144; mir-150; mir-16; mir-200a; mir-200b; mir-200c; mir- 217; mir-218; mir-337; mir-494; mir-98 Próstata let-7a-3p; let-7c; mir-100; mir-101; mir-105; mir-124; mir- 128; mir-1296; mir-130b; mir-133a-1; mir-133a-2; mir-133b; mir-135a; mir-143; mir-145; mir-146a; mir-154; mir-15a; mir- 187; mir-188-5p; mir-199b; mir-200b; mir-203; mir-205; mir- 212; mir-218; mir-221; mir-224; mir-23a; mir-23b; mir-25; mir-26a; mir-26b; mir-29b; mir-302a; mir-30a; mir-30b; mir- 30c-1; mir-30c-2; mir-30d; mir-30e; mir-31; mir-330; mir-331- 3p; mir-34a; mir-34b; mir-34c; mir-374b; mir-449a; mir-4723-
Câncer miRNA 5p; mir-497; mir-628-5p; mir-642a-5p; mir-765; mir-940 Retinoblastoma mir-101; mir-183; mir-204; mir-34a; mir-365b-3p; mir-486-3p; mir-532-5p

Claims (118)

REIVINDICAÇÕES
1. Vírus herpes simplex (HSV) oncolítico recombinante caracterizado pelo fato de que compreende pelo menos duas sequências alvo de micro-RNA (miRNA) inseridas em um locus de um ou mais genes virais essenciais, em que um ou mais genes virais são selecionados a partir do grupo que consiste em ICP4, ICP27, ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 e UL42, em que a replicação do HSV recombinante é reduzida em uma célula não cancerosa em comparação com a replicação do HSV recombinante em uma célula cancerosa do mesmo tipo celular.
2. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que um ou mais genes virais são selecionados a partir do grupo que consiste em ICP8, ICP22, ICP34.5, UL5, UL8, UL9, UL30, UL39/40 e UL42.
3. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 2, caracterizado pelo fato de que um ou mais genes virais são selecionados a partir do grupo que consiste em UL8, ICP8 e UL30.
4. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que um ou mais genes virais são selecionados a partir do grupo que consiste em ICP27 e ICP4.
5. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que um ou mais genes virais são selecionados a partir do grupo que consiste em ICP4, ICP27, UL8, UL42 e ICP34.5.
6. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que a célula é selecionada a partir do grupo que consiste em uma célula neuronal, uma célula cardíaca, uma célula muscular e uma célula hepática.
7. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que a célula neuronal é uma célula do sistema nervoso central, uma célula do sistema nervoso periférico, uma célula cerebral ou uma célula da medula espinhal.
8. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que a célula muscular é uma célula muscular estriada ou uma célula muscular lisa.
9. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que a célula não cancerosa e a célula cancerosa são células cerebrais e em que pelo menos duas sequências alvo de miRNA são sequências alvo de um miRNA selecionado a partir do grupo que consiste em miR-137, miR-219a, miR-124, miR- 9, miR-487b e miR-128.
10. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 9, caracterizado pelo fato de que pelo menos duas sequências alvo de miRNA são sequências alvo de um miRNA selecionado a partir do grupo que consiste em miR-137, miR-219a, miR- 124 e miR-128.
11. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que a célula não cancerosa e a célula cancerosa são células musculares estriadas ou cardíacas e em que pelo menos duas sequências alvo de miRNA são sequências alvo de um miRNA selecionado a partir do grupo que consiste em miR- 208b, miR-1, miR-208a, miR-133a, miR-4284, miR-499a, miR-126, miR-30e, miR- 378i, miR-30b e miR-378.
12. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelo fato de que pelo menos duas sequências alvo de miRNA são sequências alvo de um miRNA selecionado a partir do grupo que consiste em miR-208b, miR-1 e miR- 208a.
13. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que a célula não cancerosa e a célula cancerosa são células da medula espinhal e em que pelo menos duas sequências alvo de miRNA são sequências alvo de um miRNA selecionado a partir do grupo que consiste em miR-219a, miR- 9, miR-204, miR-577, miR-99a, miR-100, miR-132 e miR-135.
14. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 13, caracterizado pelo fato de que pelo menos duas sequências alvo de miRNA são sequências alvo de um miRNA selecionado a partir do grupo que consiste em miR-219a, miR-9 e miR-
204.
15. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que a célula não cancerosa e a célula cancerosa são células do sistema nervoso periférico e em que pelo menos duas sequências alvo de miRNA são sequências alvo de um miRNA selecionado a partir do grupo que consiste em miR- 204, miR-1, miR-206, miR-9, miR-99a, miR-199b, miR-145, miR-100, miR-574.
16. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que a célula não cancerosa e a célula cancerosa são células hepáticas e em que pelo menos duas sequências alvo de miRNA são sequências alvo de um miRNA selecionado a partir do grupo que consiste em miR-122 e miR-126.
17. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que a célula não cancerosa e a célula cancerosa são células musculares lisas e em que pelo menos duas sequências alvo de miRNA são sequências alvo de um miRNA selecionado a partir do grupo que consiste em miR-143 e miR-145.
18. Vírus oncolítico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 17, caracterizado pelo fato de que duas ou mais sequências alvo de miR são incorporadas a um cassete de miR-T que é inserido na região não traduzida (UTR) 5' ou na UTR 3' do um ou mais genes virais essenciais.
19. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 18, caracterizado pelo fato de que o cassete de miR-T compreende menos de 1000 nucleotídeos de comprimento.
20. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 19, caracterizado pelo fato de que o cassete de miR-T compreende entre cerca de 25 e cerca de 500 nucleotídeos de comprimento.
21. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 18, caracterizado pelo fato de que o cassete de miR-T compreende entre cerca de 100 e cerca de 500 nucleotídeos de comprimento.
22. Vírus herpes simplex (HSV) oncolítico recombinante caracterizado pelo fato de que compreende: (i) um primeiro cassete de sequência alvo de microRNA (miRNA) (cassete de miR-TS) inserido em um primeiro gene viral e compreendendo pelo menos 2 sequências alvo para cada um dos miR-124, miR-1 e miR-143; (ii) um segundo cassete de miR-TS inserido em um segundo gene viral e compreendendo pelo menos 2 sequências alvo para cada um dos miR-128, miR- 219a e miR-122; e (iii) um terceiro cassete de miR-TS inserido em um terceiro gene viral e compreendendo pelo menos 2 sequências alvo para cada um dos miR-219a, miR- 204 e miR-128.
23. HSV recombinante, de acordo com a reivindicação 22, caracterizado pelo fato de que compreende ainda um terceiro cassete de miR-TS inserido em um terceiro gene viral, em que o terceiro cassete de miR-TS compreende: (a) pelo menos 2 sequências alvo para cada um dos miR-137, miR-208b-
3p e miR-126; ou (b) pelo menos 2 sequências alvo para cada um dos miR-137, miR-217 e miR-126.
24. HSV recombinante, de acordo com a reivindicação 22 ou 23, caracterizado pelo fato de que cada um dos cassetes de miR-TS compreende 4 sequências alvo para cada um dos respectivos miRNAs.
25. HSV recombinante, de acordo com qualquer uma das reivindicações 22 a 23, caracterizado pelo fato de que o primeiro gene viral é ICP4.
26. HSV recombinante, de acordo com qualquer uma das reivindicações 22 a 23, caracterizado pelo fato de que o segundo gene viral é ICP27.
27. HSV recombinante, de acordo com qualquer uma das reivindicações 22 a 23, caracterizado pelo fato de que o terceiro gene viral é ICP34.5.
28. HSV recombinante, de acordo com a reivindicação 23, caracterizado pelo fato de que o quarto gene viral é UL8.
29. HSV recombinante, de acordo com qualquer uma das reivindicações 22 a 28, caracterizado pelo fato de que a replicação do HSV recombinante é reduzida em uma célula não cancerosa em comparação com a replicação do HSV recombinante em uma célula cancerosa do mesmo tipo celular, em que a célula é selecionada a partir do grupo que consiste em uma célula neuronal, uma célula cardíaca, uma célula muscular e uma célula hepática.
30. HSV recombinante, de acordo com qualquer uma das reivindicações 22 a 29, caracterizado pelo fato de que o primeiro cassete de miR-TS compreende uma sequência de ácido nucleico que é pelo menos 95% idêntica à SEQ ID NO:
852.
31. HSV recombinante, de acordo com a reivindicação 30, caracterizado pelo fato de que o primeiro cassete de miR-TS compreende ou consiste na sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 852.
32. HSV recombinante, de acordo com qualquer uma das reivindicações 22 a 29, caracterizado pelo fato de que o segundo cassete de miR-TS compreende uma sequência de ácido nucleico que é pelo menos 95% idêntica à SEQ ID NO:
853.
33. HSV recombinante, de acordo com a reivindicação 32, caracterizado pelo fato de que o segundo cassete de miR-TS compreende ou consiste na sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 853.
34. HSV recombinante, de acordo com qualquer uma das reivindicações 22 a 29, caracterizado pelo fato de que o terceiro cassete de miR-TS compreende uma sequência de ácido nucleico que é pelo menos 95% idêntica à SEQ ID NO:
854.
35. HSV recombinante, de acordo com a reivindicação 34, caracterizado pelo fato de que o terceiro cassete de miR-TS compreende ou consiste na sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 854.
36. HSV recombinante, de acordo com qualquer uma das reivindicações 23 a 29, caracterizado pelo fato de que o quarto cassete de miR-TS compreende uma sequência de ácido nucleico que é pelo menos 95% idêntica à SEQ ID NO: 855.
37. HSV recombinante, de acordo com a reivindicação 36, caracterizado pelo fato de que o quarto cassete de miR-TS compreende ou consiste na sequência de ácido nucleico da SEQ ID NO: 855.
38. HSV recombinante, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 37, caracterizado pelo fato de que compreende ainda uma sequência polinucleotídica heteróloga que codifica uma ou mais moléculas com payload (carga útil).
39. HSV recombinante, de acordo com a reivindicação 38, caracterizado pelo fato de que a sequência polinucleotídica heteróloga codifica um payload selecionado a partir do grupo que consiste em IL-12, CCL4 e CXCL10.
40. HSV recombinante, de acordo com a reivindicação 38, caracterizado pelo fato de que a sequência polinucleotídica heteróloga codifica dois ou mais payloads selecionados a partir do grupo que consiste em IL-12, CCL4 e CXCL10.
41. HSV recombinante, de acordo com a reivindicação 38, caracterizado pelo fato de que a sequência polinucleotídica heteróloga codifica três payload compreendendo IL-12, CCL4 e CXCL10.
42. Vírus oncolítico recombinante caracterizado pelo fato de que compreende uma ou mais sequências alvo de micro-RNA (miR) inseridas em um locus de um ou mais genes virais necessários para replicação viral, em que o vírus é o vírus herpes simplex (HSV) e em que um ou mais genes virais são selecionados a partir do grupo que consiste em UL8, ICP34.5, UL42, UL19, ICP4 e ICP27.
43. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 42, caracterizado pelo fato de que uma ou mais sequências alvo de miR são incorporadas na região não traduzida (UTR) 5' ou na UTR 3' dos um ou mais genes virais necessários para a replicação viral.
44. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 42 ou 43, caracterizado pelo fato de que a sequência alvo de miR é uma sequência alvo de um miR selecionado a partir do grupo que consiste em miR-122, miR-184, miR-34a, let7a, miR-145-5p, miR-199a-5p, miR-451a, miR-125a, miR-125a-5p, miR-126-3p, miR- 233-3p, miR-143-3p, miR-1-3p, miR-133a-3p, miR-127a-3p, miR-133b, miR-134- 3p, miR-124, miR-101, miR-125b, miR-145, miR-559, miR-213, miR-31-5p e miR- 205p.
45. Vírus oncolítico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 42 a 44, caracterizado pelo fato de que uma ou mais cópias de uma ou mais sequências alvo de miR são inseridas em um locus de um ou mais genes virais.
46. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 45, caracterizado pelo fato de que duas, três, quatro ou mais cópias de uma ou mais sequências alvo de miR são inseridas em um locus de um ou mais genes virais.
47. Vírus oncolítico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 42 a 46, caracterizado pelo fato de que a replicação do vírus é reduzida ou atenuada em uma primeira célula em comparação com a replicação do vírus em uma segunda célula, em que a primeira célula tem uma expressão aumentada de um miR capaz de se ligar a uma ou mais sequências alvo de miR em comparação com a expressão do miR na segunda célula.
48. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 47, caracterizado pelo fato de que o nível de expressão do miR na primeira célula é pelo menos 5% superior ao nível de expressão do miR na segunda célula.
49. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 47, caracterizado pelo fato de que a primeira célula é uma célula não cancerosa.
50. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 47, caracterizado pelo fato de que a segunda célula tem uma expressão reduzida de um miR capaz de se ligar a uma ou mais sequências alvo de miR em comparação com a expressão do miR na primeira célula.
51. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 50, caracterizado pelo fato de que o nível de expressão do miR na segunda célula é pelo menos 5% inferior ao nível de expressão do miR na primeira célula.
52. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 47, caracterizado pelo fato de que a segunda célula é uma célula cancerosa.
53. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 42, caracterizado pelo fato de que uma cópia de uma sequência alvo de miR-122 é inserida no locus de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral.
54. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 53, caracterizado pelo fato de que quatro cópias da sequência alvo de miR-122 são inseridas no locus de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral.
55. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 53 ou 54, caracterizado pelo fato de que um ou mais genes virais são ICP27.
56. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 53, caracterizado pelo fato de que compreende ainda uma cópia de uma sequência alvo de miR-125a inserida no locus de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral.
57. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 56, caracterizado pelo fato de que quatro cópias da sequência alvo de miR-125a são inseridas no locus de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral.
58. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 56 ou 58, caracterizado pelo fato de que um ou mais genes virais são UL42.
59. Vírus oncolítico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 42 a 52, caracterizado pelo fato de que quatro cópias de uma sequência alvo de miR- 122 são inseridas no locus de ICP27 e uma cópia de uma sequência alvo de miR- 125a é inserida no locus de UL42.
60. Vírus oncolítico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 42 a 52, caracterizado pelo fato de que uma cópia de uma sequência alvo de miR-122 é inserida no locus de ICP27 e uma cópia de uma sequência alvo de miR-125a é inserida no locus de UL42.
61. Vírus oncolítico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 42 a 52, caracterizado pelo fato de que uma cópia de uma sequência alvo de miR-122 é inserida no locus de ICP27 e três cópias de uma sequência alvo de miR-125a são inseridas no locus de UL42.
62. Vírus oncolítico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 42 a 52, caracterizado pelo fato de que quatro cópias de uma sequência alvo de miR-
122 são inseridas no locus de ICP27 e quatro cópias de uma sequência alvo de miR-125a são inseridas no locus de UL42.
63. Vírus oncolítico recombinante, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) uma ou mais sequências alvo de micro-RNA (miR) inseridas em um locus de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral; e (b) um ou mais polinucleotídeos que codificam (i) uma ou mais proteínas ou oligonucleotídeos, em que as proteínas ou oligonucleotídeos reduzem a expressão ou inibem a função de um miR, de um gene, ou de um inibidor tecidual de metaloproteinases (TIMP); ou (ii) um anticorpo ativado por protease; em que o vírus é um HSV, em que um ou mais genes virais são selecionados a partir do grupo que consiste em UL42, UL19, ICP4 e ICP27.
64. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 63, caracterizado pelo fato de que o miR de é um miR oncogênico ou um miR de remodelamento de microambiente.
65. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 64, caracterizado pelo fato de que o miR oncogênico é selecionado a partir dos miRs listados na Tabela
4.
66. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 63, caracterizado pelo fato de que o gene é um gene oncogênico.
67. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 66, caracterizado pelo fato de que o gene oncogênico é selecionado a partir dos genes listados na Tabela
7.
68. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 63, caracterizado pelo fato de que o miR de remodelamento de microambiente é selecionado a partir dos miRs listados na Tabela 5.
69. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 22, caracterizado pelo fato de que uma ou mais sequências alvo de miR são incorporadas na região não traduzida (UTR) 5' ou na UTR 3' dos um ou mais genes virais necessários para a replicação viral.
70. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 69, caracterizado pelo fato de que a sequência alvo de miR é uma sequência alvo de um miR selecionado a partir do grupo que consiste em miR-122, miR-184, miR-34a, let7a, miR-145-5p, miR-199a-5p, miR-451a, miR-125a, miR-125a-5p, miR-126-3p, miR-233-3p, miR- 143-3p, miR-1-3p, miR-133a-3p, miR-127a-3p, miR-133b, miR-134-3p, miR-124, miR-101, miR-125b, miR-145, miR-559, miR-213, miR-31-5p e miR-205p.
71. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 63, caracterizado pelo fato de que uma mais cópias de uma ou mais sequências alvo de miR são inseridas em um locus de um ou mais genes virais.
72. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 71, caracterizado pelo fato de que duas, três, quatro ou mais cópias de uma ou mais sequências alvo de miR são inseridas em um locus de um ou mais genes virais.
73. Vírus oncolítico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 63 a 72, caracterizado pelo fato de que uma cópia de uma sequência alvo de miR-122 é inserida no locus de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral.
74. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 73, caracterizado pelo fato de que quatro cópias da sequência alvo de miR-122 são inseridas no locus de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral.
75. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 73 ou 74, caracterizado pelo fato de que um ou mais genes virais são ICP27.
76. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 73, caracterizado pelo fato de que compreende ainda uma cópia de uma sequência alvo de miR-125a inserida no locus de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral.
77. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 76, caracterizado pelo fato de que quatro cópias da sequência alvo de miR-125a são inseridas no locus de um ou mais genes virais necessários para a replicação viral.
78. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 76 ou 77, caracterizado pelo fato de que um ou mais genes virais são UL42.
79. Vírus oncolítico, de acordo com qualquer a reivindicação 63, caracterizado pelo fato de que quatro cópias de uma sequência alvo de miR-122 são inseridas no locus de ICP27 e uma cópia de uma sequência alvo de miR-125a é inserida no locus de UL42.
80. Vírus oncolítico, de acordo com qualquer a reivindicação 63, caracterizado pelo fato de que uma cópia de uma sequência alvo de miR-122 é inserida no locus de ICP27 e uma cópia de uma sequência alvo de miR-125a é inserida no locus de UL42.
81. Vírus oncolítico, de acordo com qualquer a reivindicação 63, caracterizado pelo fato de que uma cópia de uma sequência alvo de miR-122 é inserida no locus de ICP27 e três cópias de uma sequência alvo de miR-125a são inseridas no locus de UL42.
82. Vírus oncolítico, de acordo com qualquer a reivindicação 63, caracterizado pelo fato de que quatro cópias de uma sequência alvo de miR-122 são inseridas no locus de ICP27 e quatro cópias de uma sequência alvo de miR- 125a é inserida no locus de UL42.
83. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 63, caracterizado pelo fato de que o TIMP de é selecionado dentre TIMP1, TIMP2, TIMP3 e TIMP4.
84. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 63, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo é um shRNA ou um oligonucleotídeo de isca ("decoy").
85. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 63, caracterizado pelo fato de que a proteína é uma nuclease, um anticorpo biespecífico ativador de células T (BiTE), uma proteína anti-imunossupressora ou um antígeno imunogênico.
86. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 85, caracterizado pelo fato de que a nuclease é selecionada dentre uma endonuclease associada a Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente Interespaçadas (CRISPR), uma nuclease de dedo de zinco (ZFN) ou uma nuclease efetora tipo ativador de transcrição (TALEN).
87. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 86, caracterizado pelo fato de que a endonuclease associada a CRISPR é selecionada dentre SpCas9, SpCas9-HF1, SpCas9-HF2, SpCas9-HF3, SpCas9-HF4, SaCas9, FnCpf, FnCas9, eSpCas9, C2C1, C2C3, Cpf1, Casl, CaslB, Cas2, Cas3, Cas4, Cas5, Cas6, Cas7, Cas8, Cas9, Cas10, Csyl, Csy2, Csy3, Csel, Cse2, Cscl, Csc2, Csa5, Csn2, Csm2, Csm3, Csm4, Csm5, Csm6, Cmrl, Cmr3, Cmr4, Cmr5, Cmr6, Csbl, Csb2, Csb3, Csxl7, Csxl4, Csx10, Csx16, CsaX, Csx3, Csxl, Csxl5, Csfl, Csf2, Csf3, e Csf4.
88. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 87, caracterizado pelo fato de que compreende ainda um polinucleotídeo heterólogo que codifica um tracr- RNA (trRNA) e um crispr-RNA (crRNA), em que o crRNA é direcionado a uma sequência de DNA genômico que codifica um miR ou um TIMP e em que o trRNA facilita a ligação e a ativação de uma endonuclease associada a CRISPR.
89. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 85, caracterizado pelo fato de que a proteína anti-imunossupressora é uma proteína anti-células T reguladoras (Treg) ou uma proteína anti-células supressoras derivadas da linhagem mieloide (MDSC).
90. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 85, caracterizado pelo fato de que a proteína anti-imunossupressora é um bloqueador derivado de VHH ou um BiTE derivado de VHH.
91. Vírus oncolítico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 63 a 90, caracterizado pelo fato de que a proteína induz uma resposta imune antitumoral.
92. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 91, caracterizado pelo fato de que a proteína se liga a um antígeno expresso em uma superfície celular, em que o antígeno é selecionado a partir do grupo que consiste em EpCAM, CTLA- 4, PD1, FGF2, FGFR/FGFR2b, receptor de endotelina B e SEMA4D.
93. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 91, caracterizado pelo fato de que a proteína é selecionada dentre folato, IFNβ, A2A, CCL5, CD137, CD200, CD38, CD44, CSF-1R, CXCL10, CXCL13, IL-12, IL-15, IL-2, IL-21, IL-35, ISRE7, LFA-1, NG2 (também conhecido como SPEG4), uma proteína SMAD, STING, TGFβ e VCAM1.
94. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 63, caracterizado pelo fato de que pelo menos um anticorpo ativado por protease é incorporado em um envelope de glicoproteína viral.
95. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 63 ou 94, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ativado por protease é ativado por uma protease selecionada dentre uma cisteína catepsina, uma ácido aspártico catepsina, uma calicreína (hK), uma serina protease, uma caspase, uma metaloproteinase de matriz (MMP), e uma desintegrina e metaloproteinase (ADAM).
96. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 95, caracterizado pelo fato de que a protease é selecionada dentre catepsina K, catepsina B, catepsina L, catepsina E, catepsina D, hK1, PSA (hK3), hK10, hK15, uPA, uPAR, MMP-1, MMP- 2, MMP-3, MMP-7, MMP-8, MMP-9, MMP-10, MMP-11, MMP-12, MMP-13, MMP-
14, MMP-15, MMP-16, MMP-17, MMP-18, MMP-19, MMP-20, MMP-21, MMP-23A, MMP-23B, MMP-24, MMP-25, MMP-26, MMP-27, MMP-28, ou uma protease listada na Tabela 6.
97. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 63 ou 94, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ativado por protease se liga a uma proteína expressa mais agudamente por uma célula cancerosa ou em um microambiente canceroso do que por uma célula não cancerosa ou em um microambiente não canceroso.
98. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 97, caracterizado pelo fato de que o anticorpo ativado por protease se liga a NKG2D, c-met, HGFR, CD8, heparan sulfato, VSPG4 (também conhecido como NG2), EGFR, EGFRvIII, CD133, CXCR4, antígeno carcinoembrionário (CEA), CLC-3, anexina II, receptor da transferrina humana, ou EpCAM.
99. Vírus oncolítico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 63 a 98, caracterizado pelo fato de que o um ou mais polinucleotídeos são inseridos em um locus gênico do genoma viral ou inseridos entre dois loci gênicos do genoma viral.
100. Vírus oncolítico, de acordo com a reivindicação 99, caracterizado pelo fato de que os loci gênicos virais são selecionados a partir do grupo que consiste na região de junção de repetição interna (compreendendo uma cópia cada dos genes diploides ICP0, ICP34.5, LAT, ICP4, e o promotor ICP47), ICP0, LAT, UL1, UL5, UL6, UL7, UL8, UL9, UL11, UL12, UL14, UL15, UL17, UL18, UL19, UL20, UL22, UL25, UL26, UL26.5, UL27, UL28, UL29, UL30, UL31, UL32, UL33, UL34, UL35, UL36, UL37, UL38, UL39, UL40, UL42, UL48, UL49, UL52, UL53, UL54, ICP0, ICP4, ICP22, ICP27, ICP47, gamma-34.5, US3, US4, US5, US6, US7, US8, US9, US10, US11 e US12.
101. Molécula de ácido nucleico caracterizada pelo fato de que codifica o vírus oncolítico, de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores.
102. Reserva de vírus caracterizada pelo fato de que compreende o vírus oncolítico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 100.
103. Composição caracterizada pelo fato de que compreende o vírus oncolítico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 42 a 100, e um carreador farmaceuticamente aceitável.
104. Método de eliminação de uma célula cancerosa, caracterizado pelo fato de que compreende a exposição da célula cancerosa ao vírus oncolítico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 100, ou suas composições em condições suficientes para que o vírus oncolítico infecte e se replique dentro da referida célula cancerosa, e em que a replicação do vírus oncolítico dentro da célula cancerosa resulta na morte da célula.
105. Método, de acordo com a reivindicação 104, caracterizado pelo fato de que a célula cancerosa tem uma expressão reduzida de um miR capaz de se ligar a uma ou mais sequências alvo de miR em comparação com a expressão do miR em uma célula não cancerosa.
106. Método, de acordo com a reivindicação 105, caracterizado pelo fato de que o nível de expressão do miR na célula cancerosa é pelo menos 5% inferior ao nível de expressão do miR na célula não cancerosa.
107. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 104 a 106, caracterizado pelo fato de que a replicação do vírus oncolítico é aumentada ou mantida nas células cancerosas com uma expressão reduzida do miR capaz de se ligar a uma ou mais sequências alvo de miR.
108. Método, de acordo com a reivindicação 107, caracterizado pelo fato de que a replicação viral é pelo menos 5% maior nas células cancerosas em comparação com a replicação viral nas células não cancerosas.
109. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 104 a 108, caracterizado pelo fato de que a célula está in vivo.
110. Método, de acordo com a reivindicação 109, caracterizado pelo fato de que a célula está dentro de um tumor.
111. Método de tratamento de câncer em um sujeito em necessidade, caracterizado pelo fato de que compreende a administração do vírus oncolítico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 100, ou de suas composições a um sujeito em necessidade.
112. Método, de acordo com a reivindicação 111, caracterizado pelo fato de que o sujeito é um camundongo, um rato, um coelho, um gato, um cão, um cavalo, um primata não humano ou um ser humano.
113. Método, de acordo com a reivindicação 111 ou 112, caracterizado pelo fato de que o vírus oncolítico ou suas composições são administrados por via intravenosa, subcutânea, intratumoral, intramuscular ou intranasal.
114. Método, de acordo com a reivindicação 111, caracterizado pelo fato de que o câncer é selecionado dentre câncer de pulmão, câncer de mama, câncer de ovário, câncer de colo de útero, câncer de próstata, câncer de testículo, câncer colorretal, câncer de cólon, câncer de pâncreas, câncer de fígado, câncer de estômago, câncer de cabeça e pescoço, câncer de tireoide, glioma maligno, glioblastoma, melanoma, leucemia linfocítica crônica de células B, linfoma difuso de grandes células B (DLBCL), e linfoma da zona marginal (MZL).
115. Método, de acordo com a reivindicação 114, caracterizado pelo fato de que o câncer de pulmão é o câncer de pulmão de pequenas células ou o câncer de pulmão de células não pequenas.
116. Método, de acordo com a reivindicação 114, caracterizado pelo fato de que o câncer de fígado é o carcinoma hepatocelular (HCC).
117. HSV recombinante, de acordo com a reivindicação 38, ou vírus oncolítico recombinante, de acordo com qualquer uma das reivindicações 63 a 90, caracterizado pelo fato de que a molécula ou proteína com payload é um anticorpo biespecífico ativador de células T anti-FAP/anti-CD3.
118. HSV recombinante, de acordo com a reivindicação 38, ou vírus oncolítico recombinante, de acordo com qualquer uma das reivindicações 63 a 90, caracterizado pelo fato de que a molécula ou proteína com payload é uma proteína anti-PD1-Fc-41BBL.
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