WO2020125246A1 - 检测乙型肝炎病毒核酸的引物、探针、试剂盒及检测方法 - Google Patents

检测乙型肝炎病毒核酸的引物、探针、试剂盒及检测方法 Download PDF

Info

Publication number
WO2020125246A1
WO2020125246A1 PCT/CN2019/115837 CN2019115837W WO2020125246A1 WO 2020125246 A1 WO2020125246 A1 WO 2020125246A1 CN 2019115837 W CN2019115837 W CN 2019115837W WO 2020125246 A1 WO2020125246 A1 WO 2020125246A1
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
nucleic acid
primer
probe
droplet
virus
Prior art date
Application number
PCT/CN2019/115837
Other languages
English (en)
French (fr)
Inventor
张惠丹
戴敬
赵洪玉
节淳皓
Original Assignee
苏州绘真生物科技有限公司
苏州德思普生物科技有限公司
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 苏州绘真生物科技有限公司, 苏州德思普生物科技有限公司 filed Critical 苏州绘真生物科技有限公司
Publication of WO2020125246A1 publication Critical patent/WO2020125246A1/zh

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • C12Q1/701Specific hybridization probes
    • C12Q1/706Specific hybridization probes for hepatitis
    • C12Q1/707Specific hybridization probes for hepatitis non-A, non-B Hepatitis, excluding hepatitis D
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686Polymerase chain reaction [PCR]

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

提供一种检测乙型肝炎病毒核酸的引物、探针、试剂盒及检测方法。所述检测乙型肝炎病毒核酸的引物对包括:第一引物和第二引物,其序列分别如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2所示。所述探针的序列如SEQ ID NO.3所示。所述试剂盒包括前述引物对和探针。所述乙型肝炎病毒核酸的检测方法包括:采用样品处理装置,使待检测的核酸样本与PCR反应液混合,并使形成的混合液被液滴生成液包裹,形成包含单个核酸或者不包含核酸的液滴;利用所述试剂盒对所述液滴进行PCR扩增,对PCR扩增产物进行检测。该试剂盒检测下限低,灵敏度高,特异性好,该检测方法简单快速,检测效率很高,成本低。

Description

检测乙型肝炎病毒核酸的引物、探针、试剂盒及检测方法 技术领域
本申请涉及分子生物学技术领域,更具体地,涉及用于核酸技术领域,特别是指一种高灵敏检测乙型肝炎病毒(HBV)核酸的引物、探针及相应试剂盒,以及利用该试剂盒检测乙型肝炎病毒核酸的方法。
背景技术
乙型肝炎病毒(Hepatitis B Virus,HBV)属于嗜肝DNA病毒科(hepadnaviridae),是目前已知的感染人的最小的DNA病毒之一,同时也是最难治愈的病毒之一。HBV可以通过血液、母婴、性以及医源等途径侵入人体,引起肝脏炎性病变和多器官损害,是严重威胁人类健康的流行性病毒。HBV在我国属于乙类传染疾病,仅2017年新发病患者就多达100万人。感染HBV病毒的患者,如果未能及时发现尽早治疗,导致长期持续感染的,可能发展为慢性肝炎。如果不进行适当的干预,约15%-40%的慢性HBV感染者最终将发生肝硬化、终末期肝病乃至肝癌,尤其肝癌患者约80%-90%都有HBV感染背景。HBV感染者应积极进行抗病毒治疗,并监测其病毒载量变化。因此,HBV核酸高灵敏度的定量检测对临床诊断治疗合理用药和判断预后具有重要意义。
目前,HBV的常用检测方法包括病毒蛋白抗体检测、抗原检测、核酸检测等方法。病毒抗原抗体检测法常选用酶联免疫吸附试验(ELISA),即将特异性抗原或抗体吸附于固相载体上,使其与待测样品中的相应抗体或抗原结合,然后加酶标记的抗原或抗体,再加底物显色,最后根据色泽深浅推算待测抗原或抗体的含量。但刚进入机体的病毒含量很低,病毒自身抗原含量往往低于ELISA法的检测下限,并且机体需要经过一段时间才会产生抗体,在此期间血液抗体检测呈阴性,抗原抗体通常是在感染后3-6周后才能被检测出来。近年来随着分子生物学的发展,基因检测技术已经在各实验室普及,尤其是荧光定量PCR技术,不仅有良好的特异性,还可以通过将病毒核酸扩增提高检测的灵敏度,缩短病毒检测的窗口期。
目前国内外已有多种基于荧光定量PCR技术的病毒检测试剂盒,但是国内的检测试剂盒定 量检测下限较高,灵敏度较差。而国外进口的高灵敏诊断试剂盒价格过于昂贵,提高了医疗卫生成本。
因此,目前迫切需要开发一种检测下限低,灵敏度高的检测乙型肝炎病毒核酸的试剂盒及检测方法,以满足临床用药和检测诊断的要求。
发明内容
本申请的主要目的就是针对以上现状,提供一种检测乙型肝炎病毒核酸的引物、探针,以克服现有技术中的不足。
本申请的另一主要目的在于提供一种检测乙型肝炎病毒核酸的试剂盒。
本申请的另一目的还在于提供前述试剂盒在检测乙型肝炎病毒核酸中的用途。
本申请的另一目的还在于提供一种检测乙型肝炎病毒核酸的新方法。
为实现前述发明目的,本申请采用的技术方案包括:
本申请实施例提供了一种检测乙型肝炎病毒核酸的引物对,其包括:
第一引物,其序列如SEQ ID NO.1所示;
第二引物,其序列如SEQ ID NO.2所示。
本申请实施例还提供了一种检测乙型肝炎病毒核酸的探针,所述探针的序列如SEQ ID NO.3所示。
本申请实施例还提供了一种检测乙型肝炎病毒核酸的试剂盒,其包括至少一组引物对和至少一条探针,其中一组引物对包括第一引物和第二引物,所述第一引物的序列如SEQ ID NO.1所示,所述第二引物的序列如SEQ ID NO.2所示,其中一条探针为前述的探针。
本申请实施例还提供了前述的试剂盒于制备检测乙型肝炎病毒核酸的产品中的用途。
进一步地,应用所述产品检测乙型肝炎病毒核酸的方法包括:
提供待检测的人乙型肝炎病毒核酸样本;
采用样品处理装置,使所述待检测的核酸样本与PCR反应液混合,并使形成的混合液被液滴生成液包裹,形成包含单个核酸或者不包含核酸的液滴;
利用所述试剂盒所包含的引物对与探针对所述液滴进行PCR扩增;
对PCR扩增产物进行检测。
本申请实施例还提供了一种包含前述试剂盒的产品,所述产品应用于乙型肝炎病毒核酸的检测方法,所述检测方法包括:
提供待检测的人乙型肝炎病毒核酸样本;
采用样品处理装置,使所述待检测的核酸样本与PCR反应液混合,并使形成的混合液被液滴生成液包裹,形成包含单个核酸或者不包含核酸的液滴;
利用所述试剂盒所包含的引物对与探针对所述液滴进行PCR扩增;
对PCR扩增产物进行检测。
与现有技术相比,本申请的优点包括:
1)本申请提供的高灵敏检测乙型肝炎病毒的方法,检测结果的灵敏度及特异度更高,并可有效降低检测成本;
2)本申请利用离心力使得核酸溶液与PCR反应液在流道中被包裹于液滴生成液中,形成单分子PCR反应体系,增加了检测的灵敏度,降低了检测下限,有利于尽早发现病毒感染;
3)在本申请中,由于经过处理后的液滴中仅包含单分子核酸模板,在扩增时受到的干扰减少,可以避免产生不确定的结果,提高反应特异性;
4)与其他仅能检测部分常见病毒亚型核酸的试剂盒不同,本申请提供的试剂盒通过优化引物设计,使得乙型肝炎病毒核酸的检测可以覆盖所有已知亚型,同时,本申请通过优化引物设计,使得扩增产物的片段长度在100-150bp之间,且退火温度在56-62℃之间,并通过赛默飞引物分析在线工具对所设计引物之间的相互作用进行分析,确保引物之间的相互作用不会对体系产生影响;
5)本申请通过优化引物探针,使得针对每种病毒的引物探针仅可检测该种病毒,不会与人基因组或者人丙型肝炎病毒(HCV)核酸、人疱疹病毒(EBV)核酸、巨细胞病毒(CMV)核酸等常见的病毒核酸发生交叉反应,保证了阳性结果的精确性。
附图说明
图1是本申请一典型实施方案中采用的样品处理装置的结构示意图。
图2是本申请实施例1中阴性对照的液滴荧光检测结果。
图3是本申请实施例1中1号阳性样品的液滴荧光检测结果。
图4是本申请实施例1中2号阳性样品液滴的荧光检测结果。
图5是本申请实施例2中参考品A的液滴荧光强度检测结果。
图6是本申请实施例2中参考品B的液滴荧光强度检测结果。
图7是本申请实施例2中参考品C的液滴荧光强度检测结果。
图8是本申请实施例2中参考品D的液滴荧光强度检测结果。
图9是本申请实施例3中HCV、CMV、EBV与HBV阳性样品的液滴荧光强度检测结果。
具体实施方式
下文将对本申请的技术方案作更为详尽的解释说明。但是,应当理解,在本申请范围内,本申请的上述各技术特征和在下文(如实施例)中具体描述的各技术特征之间都可以互相组合,从而构成新的或优选的技术方案。限于篇幅,在此不再一一累述。
本申请将根据具体事例做进一步的描述,但其仅为例证性的目的而不起到限制性作用。
在对实例描述前,有必要提供一些备注说明:
采用不同厂家、不同批次的试剂会造成实验结果的差异,属于正常现象。
在进行小规模实验时,为保证平行实验间的重复性,建议配置试剂后,充分混匀并分装,以保证每次实验试剂的均一性。
本申请实施例的一个方面提供了一种检测乙型肝炎病毒核酸的引物对,其包括:
第一引物,即正向引物,其序列如SEQ ID NO.1所示;
第二引物,即反向引物,其序列如SEQ ID NO.2所示。
进一步地,所述引物对所含引物序列如下表:
HBV-F(正向引物) 5'-CCTCGCCTCCAAGAATGTAAGT-3'
HBV-R(反向引物) 5'-GACATTCTGCATTTTAACTATGGCTCT-3'
与其他仅能检测部分常见HBV病毒亚型核酸的试剂盒不同,本申请提供的试剂盒通过优化引物设计,使得本试剂盒可以覆盖所有已知HBV病毒亚型核酸,同时,本申请通过优化引物设计,使得HBV核酸的扩增产物在100-150bp之间,且退火温度在56-62℃之间,并通过赛默飞引物分析(thermofisher primer analyzer)在线工具对所设计引物之间的相互作用进行分析,确保引物之间的相互作用不会对体系产生影响。
本申请实施例的另一个方面还提供了一种检测乙型肝炎病毒核酸的探针,所述探针的序列如SEQ ID NO.3所示。
进一步地,所述探针的序列如下表:
HBV-Probe 5'-FAM-GCCTGATAGGGTGCTTGCGA-BHQ-3'
本申请通过优化引物探针,使得针对每种病毒的引物探针仅可检测该种病毒,不会与人基因组或者人丙型肝炎病毒(HCV)核酸、人疱疹病毒(EBV)核酸、巨细胞病毒(CMV)核酸等常见的病毒核酸发生交叉反应,保证了阳性结果的精确性。
本申请实施例的另一个方面还提供了一种检测乙型肝炎病毒核酸的试剂盒,其包括至少一组引物对和至少一条探针,其中一组引物对包括第一引物和第二引物,所述第一引物的序列如SEQ ID NO.1所示,所述第二引物的序列如SEQ ID NO.2所示,其中所述探针的序列如SEQID NO.3所示。
在一些实施例中,所述试剂盒还包括病毒内标引物对、内标探针,其中所述病毒内标引物对包括第一内标引物(即内标正向引物)和第二内标引物(即内标反向引物),所述第一内标引物的序列如SEQ ID NO.4所示,所述第二内标引物的序列如SEQ ID NO.5所示,其中内标探针的序列如SEQ ID NO.6所示。
进一步地,本申请试剂盒中内标引物混合液中包含的内标正向引物及反向引物的序列如下表:
内标-F(内标正向引物) 5'-ATTAACCTTATGTGTGACAT-3'
内标-R(内标反向引物) 5'-CATATTCGTCCACAAAATGATTCTG-3'
进一步地,内标探针溶液中内标探针的序列为:5'-Cy5-5-CTGTATCGTCAAGGCACT-BHQ-3'。
在一些实施例中,所述试剂盒还包括PCR反应液、水以及液滴生成液。
进一步地,所述PCR反应液包括PCR反应用缓冲液、三磷酸碱基脱氧核苷酸混合液(2.5mM dNTPs)、DNA聚合酶、尿嘧啶DNA糖基化酶。
更进一步地,所述PCR反应用缓冲液包含20mM氯化钾、50mM的PH8.0Tris-HCl、1.5mM二价镁离子。
在一些更为具体的实施例中,所述试剂盒具体包括:PCR反应液、水、阴性参照物、阳性参照物、定量标准品以及液滴生成液。
进一步地,PCR反应液中包含PCR反应用缓冲液、2.5mM dNTPs、靶核苷酸引物混合液、靶核苷酸探针溶液、内标引物混合液、内标探针溶液、5U/μL耐热DNA聚合酶、5U/μL尿嘧啶DNA糖基化酶。
其中,所述靶核苷酸引物混合液包含前述的第一引物和第二引物。
其中,所述靶核苷酸探针溶液包含HBV特异性探针。
其中,所述内标引物混合液中包含内标正向引物及内标反向引物。
本申请实施例的另一个方面还提供了前述试剂盒于制备检测乙型肝炎病毒核酸的产品中的用途。
进一步地,应用所述产品检测乙型肝炎病毒核酸的方法包括:
提供待检测的人乙型肝炎病毒核酸样本;
采用样品处理装置,使所述待检测的核酸样本与PCR反应液混合,并使形成的混合液被液滴生成液包裹,形成包含单个核酸或者不包含核酸的液滴;
利用所述试剂盒所包含的引物对与探针对所述液滴进行PCR扩增;
对PCR扩增产物进行检测。
在一些实施例中,所述方法具体包括:
利用前述的试剂盒所包含的引物对与探针对所述液滴进行液滴PCR扩增;
对PCR扩增后的液滴的荧光强度进行检测,根据该荧光强度判断核酸样本是否包含乙型肝炎病毒核酸。
进一步地,所述样品处理装置包括定位孔、进样孔、试剂孔、反应孔以及连接流道。本处理装置为PC材料制成,长40mm,宽20mm,厚度2mm,其中进样孔容积为50μL,试剂孔容积为50μL,反应孔容积为100μL。
在一些更为具体的实施例中,所述检测方法具体包括:将液滴生成液加入所述试剂孔,将待检测的核酸样本与PCR反应液加入所述进样孔,在离心力的作用下使进样孔与试剂孔中液体通过连接流道混合,并使形成的混合液被液滴生成液包裹,形成包含单个核酸或者不包含核酸的液滴,并进入反应孔。
进一步地,所述检测方法可以包括:将样品处理装置通过定位孔安装在离心机上,将液滴生成液加入试剂孔,将提取好的核酸溶液与PCR反应液按比例混匀加入进样孔。以3000rpm顺时针离心,在离心力的作用下进样孔与试剂孔中液体通过流道混合,让核酸样品被包裹进PCR反应液中形成液滴,最终收集到反应孔中。
进一步地,所述液滴生成液包括矿物油等油相物质。
在一些较为具体的实施方案中,所述方法具体可以包括以下步骤:
将PCR反应液预先从冰箱中取出解冻,完全融化后涡旋混匀并瞬时离心。取10-19μL反应 液置于PCR管中,向其中加入1-10μL新提取的核酸样品,用枪头混匀,保证总液体量为20μL。吸取20μL混合液体加入进样孔中,吸取20μL液滴生成液加入试剂孔中。通过定位孔,将处理装置固定于离心机适配器上,需注意在安装时保持中心对称。以3000rpm离心3分钟,使得核酸样品与PCR反应液在离心力的作用下流入流道中,并在流道中被液滴生成液包裹,形成仅包含单个核酸或者不包含核酸的液滴。
将反应孔中生成的液滴转移到PCR管中,放入聚合酶链式反应扩增仪(PCR扩增仪)中,按下列表1的条件进行扩增:
表1:PCR扩增条件
Figure PCTCN2019115837-appb-000001
将扩增产物使用8通道液滴阅读系统进行分析,首先根据未加入模板的空白对照确定背景荧光强度,设定超过背景荧光强度的液滴为阳性液滴,测量每个反应液滴的荧光强度,并计数阳性液滴个数。
通过计数阳性液滴个数与确定加入核酸样品体积,则可以计算核酸样品中乙型肝炎病毒核酸数量。
本申请利用离心力使得核酸溶液与PCR反应液在流道中被包裹于液滴生成液中,形成单分子PCR反应体系,增加了检测的灵敏度,降低了检测下限,有利于尽早发现病毒感染;在本申请中,由于经过处理后的液滴中仅包含单分子核酸模板,在扩增时受到的干扰减少,可以避免产生不确定的结果,提高反应特异性。
本申请实施例的另一个方面还提供了一种包含前述试剂盒的产品,所述产品应用于乙型肝炎病毒核酸的检测方法,所述检测方法包括:
提供待检测的人乙型肝炎病毒核酸样本;
采用样品处理装置,使所述待检测的核酸样本与PCR反应液混合,并使形成的混合液被液滴生成液包裹,形成包含单个核酸或者不包含核酸的液滴;
利用所述的试剂盒所包含的引物对与探针对所述液滴进行PCR扩增;
对PCR扩增产物进行检测。
进一步地,所述产品包括:利用所述的试剂盒所包含的引物对与探针对所述液滴进行液滴PCR扩增;
对PCR扩增后的液滴的荧光强度进行检测,根据该荧光强度判断核酸样本是否包含乙型肝炎病毒核酸。
以下结合附图和若干较佳实施例对本申请的技术方案作进一步的解释说明,但其中的实验条件和设定参数不应视为对本申请基本技术方案的局限。并且本申请的保护范围不限于下述的实施例。
实施例1
1.本实施例所用样品包括HBV核酸阳性核酸溶液2例,以及阴性核酸溶液1例。
2.PCR反应体系制备
(1)将PCR反应液预先从冰箱中取出解冻,完全融化后涡旋混匀并瞬时离心;
(2)取19μL PCR反应液置于PCR管中,向其中加入1μL核酸样品,用枪头混匀;
(3)吸取20μL混合液体加入进样孔中,吸取20μL液滴生成液加入试剂孔中;
(4)通过定位孔,将样品处理装置固定于离心机适配器上,需注意在安装处理装置时保持中心对称;
(5)以3000rpm离心3分钟,使得核酸样品与PCR反应液在离心力的作用下流入流道中,并在流道中被液滴生成液包裹,形成仅包含单个核酸或者不包含核酸的液滴;
(6)将反应孔中生成的液滴转移到PCR管中。
3.PCR扩增
扩增在聚合酶链式反应扩增仪(PCR扩增仪)中进行,反应程序如下表所示:
Figure PCTCN2019115837-appb-000002
4.结果分析
将扩增产物使用8通道液滴阅读系统(苏州昊通生物科技有限公司)进行分析,首先分析阴性对照中各个液滴的荧光强度,以此确定背景荧光强度。再通过设定超过背景荧光强度的液滴为阳性液滴,测量每个反应液滴的荧光强度,并计数阳性液滴个数。每个样品的检测结果以每个液滴检测时的次序为横坐标,以该液滴的荧光强度为纵坐标,绘制每个液滴荧光强度的散点图。通过阴性对照确定的背景荧光值确定荧光强度阈值线,荧光强度超过阈值线的液滴即为阳性液滴。
由于本次实验中均加入1μL核酸样品,所以每个样品检测的阳性液滴个数,就代表了每1μL核酸样品中包含的HBV病毒核酸拷贝数。
如图2为阴性对照液滴荧光强度检测结果。
如图3为1号阳性样品液滴荧光强度检测结果,可以得出该核酸样品中HBV病毒核酸载量为436copies/μL。
如图4为2号阳性样品液滴荧光强度检测结果,可以得出该核酸样品中HBV病毒核酸载量为268copies/μL。
实施例2
1.本实施例所用样品包括,4种浓度的含有HBV特异性序列的质粒定量参考品,其中质粒浓度分别为A(10copies/μL)、B(5copies/μL)、C(2copies/μL)和D(1copies/μL)。
2.PCR反应体系制备
(1)将PCR反应液预先从冰箱中取出解冻,完全融化后涡旋混匀并瞬时离心;
(2)取10μL PCR反应液置于PCR管中,向其中加入10μL核酸样品,用枪头混匀;
(3)吸取20μL混合液体加入进样孔中,吸取20μL液滴生成液加入试剂孔中;
(4)通过定位孔,将样品处理装置固定于离心机适配器上,需注意在安装处理装置时保持中心对称;
(5)以3000rpm离心3分钟,使得核酸样品与PCR反应液在离心力的作用下流入流道中,并在流道中被液滴生成液包裹,形成仅包含单个核酸或者不包含核酸的液滴;
(6)将反应孔中生成的液滴转移到PCR管中。
3.PCR扩增
扩增在聚合酶链式反应扩增仪(PCR扩增仪)中进行,反应程序如下表所示:
Figure PCTCN2019115837-appb-000003
4.结果分析
将扩增产物使用8通道液滴阅读系统(苏州昊通生物科技有限公司)进行分析,首先分析阴性对照中各个液滴的荧光强度,以此确定背景荧光强度。再通过设定超过背景荧光强度的液滴为阳性液滴,测量每个反应液滴的荧光强度,并计数阳性液滴个数。每个样品的检测结果以每个液滴检测时的次序为横坐标,以该液滴的荧光强度为纵坐标,绘制每个液滴荧光强度的散点图。通过阴性对照确定的背景荧光值确定荧光强度阈值线,荧光强度超过阈值线的液滴即为阳性液滴。
由于本次实验中均加入10μL核酸样品,所以每个样品检测的阳性液滴个数,就代表了每10μL核酸样品中包含的HBV病毒核酸拷贝数。
如图5为参考品A的液滴荧光强度检测结果,可以得出该参考品中HBV病毒核酸载量为10copies/μL。
如图6为参考品B的液滴荧光强度检测结果,可以得出该参考品中HBV病毒核酸载量为5copies/μL。
如图7为参考品C的液滴荧光强度检测结果,可以得出该参考品中HBV病毒核酸载量为2copies/μL。
如图8为参考品D的液滴荧光强度检测结果,可以得出该参考品中HBV病毒核酸载量为1copies/μL。
实施例3
1.本实施例所用样品包含人丙型肝炎病毒(HCV)核酸阳性、人疱疹病毒(EBV)核酸阳性、巨细胞病毒(CMV)核酸阳性以及HBV核酸阳性样品各1例。
2.PCR反应体系制备
(1)将PCR反应液预先从冰箱中取出解冻,完全融化后涡旋混匀并瞬时离心;
(2)取10μL PCR反应液置于PCR管中,向其中加入10μL核酸样品,用枪头混匀;
(3)吸取20μL混合液体加入进样孔中,吸取20μL液滴生成液加入试剂孔中;
(4)通过定位孔,将样品处理装置固定于离心机适配器上,需注意在安装处理装置时保持中心对称;
(5)以3000rpm离心3分钟,使得核酸样品与PCR反应液在离心力的作用下流入流道中,并在流道中被液滴生成液包裹,形成仅包含单个核酸或者不包含核酸的液滴;
(6)将反应孔中生成的液滴转移到PCR管中。
3.PCR扩增
扩增在聚合酶链式反应扩增仪(PCR扩增仪)中进行,反应程序如下表所示:
Figure PCTCN2019115837-appb-000004
4.结果分析
将扩增产物使用8通道液滴阅读系统(苏州昊通生物科技有限公司)进行分析,首先分析阴性对照中各个液滴的荧光强度,以此确定背景荧光强度。再通过设定超过背景荧光强度的液滴为阳性液滴,测量每个反应液滴的荧光强度,并计数阳性液滴个数。每个样品的检测结果以每个液滴检测时的次序为横坐标,以该液滴的荧光强度为纵坐标,绘制每个液滴荧光强度的散点图。通过阴性对照确定的背景荧光值确定荧光强度阈值线,荧光强度超过阈值线的液滴即为阳性液滴。
由于本次实验中均加入10μL核酸样品,所以每个样品检测的阳性液滴个数,就代表了每10μL核酸样品中包含的HBV病毒核酸拷贝数。
如图9从左到右依次为HCV、CMV、EBV与HBV阳性样品的液滴荧光强度检测结果,可以得出与HCV、CMV、EBV病毒核酸未发生交叉反应,HBV阳性样品中病毒核酸载量为30.5copies/μL。
综上所述,藉由上述技术方案,本申请的试剂盒检测下限低,灵敏度高,特异性好,本申 请的检测方法简单快速,检测结果的灵敏度及特异度更高,并可有效降低检测成本。
应当理解,上述实施例仅为说明本申请的技术构思及特点,其目的在于让熟悉此项技术的人士能够了解本申请的内容并据以实施,并不能以此限制本申请的保护范围。凡根据本申请精神实质所作的等效变化或修饰,都应涵盖在本申请的保护范围之内。
Figure PCTCN2019115837-appb-000005
Figure PCTCN2019115837-appb-000006

Claims (10)

  1. 一种检测乙型肝炎病毒核酸的引物对,其特征在于包括:
    第一引物,其序列如SEQ ID NO.1所示;
    第二引物,其序列如SEQ ID NO.2所示。
  2. 一种检测乙型肝炎病毒核酸的探针,其特征在于,所述探针的序列如SEQ ID NO.3所示。
  3. 一种检测乙型肝炎病毒核酸的试剂盒,其特征在于包括至少一组引物对和至少一条探针,其中一组引物对包括第一引物和第二引物,所述第一引物的序列如SEQ ID NO.1所示,所述第二引物的序列如SEQ ID NO.2所示,其中一条探针为权利要求2所述的探针。
  4. 如权利要求3所述的试剂盒,其特征在于还包括病毒内标引物对、内标探针,其中所述病毒内标引物对包括第一内标引物和第二内标引物,所述第一内标引物的序列如SEQ ID NO.4所示,所述第二内标引物的序列如SEQ ID NO.5所示,其中内标探针的序列如SEQ ID NO.6所示。
  5. 如权利要求3或4所述的试剂盒,其特征在于还包括PCR扩增检测的常规组件;优选的,所述PCR扩增检测的常规组件包括PCR反应用缓冲液、三磷酸碱基脱氧核苷酸混合液、DNA聚合酶、尿嘧啶DNA糖基化酶、水以及液滴生成液;尤其优选的,所述PCR反应用缓冲液包含氯化钾、Tris-HCl和二价镁离子。
  6. 权利要求3-5中任一项所述的试剂盒于制备检测乙型肝炎病毒核酸的产品中的用途。
  7. 如权利要求6所述的用途,其特征在于,应用所述产品检测乙型肝炎病毒核酸的方法包括:
    提供待检测的人乙型肝炎病毒核酸样本;
    采用样品处理装置,使所述待检测的核酸样本与PCR反应液混合,并使形成的混合液被液滴生成液包裹,形成包含单个核酸或者不包含核酸的液滴;
    利用所述试剂盒所包含的引物对与探针对所述液滴进行PCR扩增;
    对PCR扩增产物进行检测。
  8. 根据权利要求7所述的检测方法,其特征在于包括:利用前述的试剂盒所包含的引物对与探针对所述液滴进行液滴PCR扩增;
    对PCR扩增后的液滴的荧光强度进行检测,根据该荧光强度判断核酸样本是否包含乙型肝炎病毒核酸;
    和/或,所述液滴生成液包括油相物质;优选的,所述油相物质包括矿物油;
    和/或,所述样品处理装置包括进样孔、试剂孔、反应孔以及连接流道;优选的,所述检测方法包括:将液滴生成液加入所述试剂孔,将待检测的核酸样本与PCR反应液加入所述进样孔,在离心力的作用下使进样孔与试剂孔中液体通过连接流道混合,并使形成的混合液被液滴生成液包裹,形成包含单个核酸或者不包含核酸的液滴,并进入反应孔。
  9. 一种包含权利要求3-5中任一项所述的试剂盒的产品,所述产品应用于乙型肝炎病毒核酸的检测方法,所述检测方法包括:
    提供待检测的人乙型肝炎病毒核酸样本;
    采用样品处理装置,使所述待检测的核酸样本与PCR反应液混合,并使形成的混合液被液滴生成液包裹,形成包含单个核酸或者不包含核酸的液滴;
    利用所述的试剂盒所包含的引物对与探针对所述液滴进行PCR扩增;
    对PCR扩增产物进行检测。
  10. 如权利要求9的产品,其特征在于包括:利用所述的试剂盒所包含的引物对与探针对所述液滴进行液滴PCR扩增;
    对PCR扩增后的液滴的荧光强度进行检测,根据该荧光强度判断核酸样本是否包含乙型肝炎病毒核酸。
PCT/CN2019/115837 2018-12-18 2019-11-06 检测乙型肝炎病毒核酸的引物、探针、试剂盒及检测方法 WO2020125246A1 (zh)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201811548294.6 2018-12-18
CN201811548294.6A CN109457050A (zh) 2018-12-18 2018-12-18 检测乙型肝炎病毒核酸的引物、探针、试剂盒及检测方法

Publications (1)

Publication Number Publication Date
WO2020125246A1 true WO2020125246A1 (zh) 2020-06-25

Family

ID=65613628

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/CN2019/115837 WO2020125246A1 (zh) 2018-12-18 2019-11-06 检测乙型肝炎病毒核酸的引物、探针、试剂盒及检测方法

Country Status (2)

Country Link
CN (1) CN109457050A (zh)
WO (1) WO2020125246A1 (zh)

Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109457050A (zh) * 2018-12-18 2019-03-12 苏州德思普生物科技有限公司 检测乙型肝炎病毒核酸的引物、探针、试剂盒及检测方法
CN109852732A (zh) * 2019-04-02 2019-06-07 重庆医科大学附属儿童医院 荧光定量pcr隐匿性乙肝病毒检测试剂盒
CN109929750A (zh) * 2019-04-11 2019-06-25 石家庄禾柏生物技术股份有限公司 一种液滴生成装置及方法
CN111172320A (zh) * 2019-12-26 2020-05-19 苏州德思普生物科技有限公司 呼吸道合胞病毒f基因的检测引物、试剂盒及方法
CN110951897A (zh) * 2019-12-26 2020-04-03 苏州德思普生物科技有限公司 一种梅毒螺旋体检测引物及试剂盒

Citations (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103642942A (zh) * 2013-12-12 2014-03-19 东北制药集团辽宁生物医药有限公司 一种丙型肝炎病毒(hcv)高精确核酸定量检测试剂盒
WO2015013681A1 (en) * 2013-07-25 2015-01-29 Bio-Rad Laboratories, Inc. Genetic assays
CN105854965A (zh) * 2016-06-12 2016-08-17 北京大学 一种用于离心法产生油包水液滴的油相组合物
CN106381345A (zh) * 2016-12-07 2017-02-08 重庆医科大学附属第二医院 乙型肝炎病毒的数字pcr检测探针、引物对及检测方法
CN106434330A (zh) * 2016-10-09 2017-02-22 戴敬 一种基于高效液滴微反应器的绝对定量数字核酸分析系统
CN107435083A (zh) * 2017-09-04 2017-12-05 上海市第十人民医院 一种可靠的临床hbv dna样本定量检测方法
CN107442191A (zh) * 2017-09-20 2017-12-08 厦门大学 一种用于油包水液滴生成的离心式微流控芯片
CN107893026A (zh) * 2017-12-29 2018-04-10 苏州绘真医学检验所有限公司 检测人类病毒核酸的微流控芯片、检测方法及检测系统
CN108642145A (zh) * 2018-05-18 2018-10-12 上海默礼生物医药科技有限公司 一种用于核酸实时恒温扩增的试剂、扩增体系及其扩增方法和应用
CN109457050A (zh) * 2018-12-18 2019-03-12 苏州德思普生物科技有限公司 检测乙型肝炎病毒核酸的引物、探针、试剂盒及检测方法

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE19832050C2 (de) * 1998-07-16 2002-10-10 Biotest Pharma Gmbh Verfahren zum Nachweis von Hepatitis B- bzw. Hepatitis C-Virusgenomen in Plasmaproben und spezifische Primer
KR20070037234A (ko) * 2005-09-30 2007-04-04 주식회사 바이오세움 Hbv 특이 유전자 검출키트
KR100772616B1 (ko) * 2005-09-30 2007-11-01 주식회사 바이오세움 Hbv 특이 유전자 정량키트
CN102146487B (zh) * 2011-04-12 2013-05-01 武汉百泰基因工程有限公司 乙型肝炎病毒核酸定量检测试剂盒、检测方法、引物及其探针
CN102140558A (zh) * 2011-04-21 2011-08-03 东北制药集团辽宁生物制药有限公司 一种定量检测乙型肝炎病毒(hbv)的方法及其试剂盒
CN103642941B (zh) * 2013-12-12 2016-03-09 东北制药集团辽宁生物医药有限公司 一种乙型肝炎病毒(hbv)核酸定量检测试剂盒
CN104004856B (zh) * 2014-05-20 2015-07-15 广州海力特生物科技有限公司 检测乙型肝炎病毒的pcr引物、引物组、探针及其试剂盒和检测方法
CN105525036B (zh) * 2014-09-30 2019-07-16 上海仁度生物科技有限公司 一种乙型肝炎病毒hbv实时荧光核酸恒温扩增检测试剂盒

Patent Citations (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2015013681A1 (en) * 2013-07-25 2015-01-29 Bio-Rad Laboratories, Inc. Genetic assays
CN103642942A (zh) * 2013-12-12 2014-03-19 东北制药集团辽宁生物医药有限公司 一种丙型肝炎病毒(hcv)高精确核酸定量检测试剂盒
CN105854965A (zh) * 2016-06-12 2016-08-17 北京大学 一种用于离心法产生油包水液滴的油相组合物
CN106434330A (zh) * 2016-10-09 2017-02-22 戴敬 一种基于高效液滴微反应器的绝对定量数字核酸分析系统
CN106381345A (zh) * 2016-12-07 2017-02-08 重庆医科大学附属第二医院 乙型肝炎病毒的数字pcr检测探针、引物对及检测方法
CN107435083A (zh) * 2017-09-04 2017-12-05 上海市第十人民医院 一种可靠的临床hbv dna样本定量检测方法
CN107442191A (zh) * 2017-09-20 2017-12-08 厦门大学 一种用于油包水液滴生成的离心式微流控芯片
CN107893026A (zh) * 2017-12-29 2018-04-10 苏州绘真医学检验所有限公司 检测人类病毒核酸的微流控芯片、检测方法及检测系统
CN108642145A (zh) * 2018-05-18 2018-10-12 上海默礼生物医药科技有限公司 一种用于核酸实时恒温扩增的试剂、扩增体系及其扩增方法和应用
CN109457050A (zh) * 2018-12-18 2019-03-12 苏州德思普生物科技有限公司 检测乙型肝炎病毒核酸的引物、探针、试剂盒及检测方法

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
LIU, PING ET AL.: "Microsatellite Instability in Dysplasia Mucosa and Gastric Cancer", WORLD CHINESE JOURNAL OF DIGESTOLOGY, vol. 12, no. 3, 31 March 2004 (2004-03-31) *
TANG, H.: "Comparison of droplet digital PCR to real-time PCR for quanti- fication of hepatitis B virus DNA", BIOSCIENCE, BIOTECHNOLOGY, AND BIOCHEMISTRY, 16 June 2016 (2016-06-16), XP055677363 *

Also Published As

Publication number Publication date
CN109457050A (zh) 2019-03-12

Similar Documents

Publication Publication Date Title
WO2020125246A1 (zh) 检测乙型肝炎病毒核酸的引物、探针、试剂盒及检测方法
Shen et al. A rapid and sensitive recombinase aided amplification assay to detect hepatitis B virus without DNA extraction
CN108411036B (zh) 一种快速检测甲、乙型流感病毒核酸检测试剂盒及方法
WO2021174674A1 (zh) 检测冠状病毒并分型的组合物、试剂盒及方法
Hu et al. Simultaneous detection, subgrouping, and quantitation of respiratory syncytial virus A and B by real-time PCR
Herrmann et al. Simultaneous detection and typing of influenza viruses A and B by a nested reverse transcription-PCR: comparison to virus isolation and antigen detection by immunofluorescence and optical immunoassay (FLU OIA)
CN103642941B (zh) 一种乙型肝炎病毒(hbv)核酸定量检测试剂盒
JP6329370B2 (ja) 呼吸器系ウイルスによる疾患の同時診断キット
Chen et al. Detection of shrimp hemocyte iridescent virus by recombinase polymerase amplification assay
WO2022095731A1 (zh) 用于检测新型冠状病毒的试剂盒及方法
CN109576397B (zh) 一种人类免疫缺陷病毒1型核酸定量检测试剂盒
CN109517927A (zh) 一种甲型、乙型流感病毒快速分型检测试剂盒及其应用
CN105441589A (zh) 人副流感病毒ⅰ、ⅱ、ⅲ、ⅳ型四重pcr检测试剂盒及其检测方法
Wang et al. Subtyping clinical specimens of influenza A virus by use of a simple method to amplify RNA targets
CN102559930A (zh) 一种荧光定量rt-pcr检测丙型肝炎病毒的试剂盒
WO2020125295A1 (zh) 检测人类免疫缺陷病毒核酸的引物、探针、试剂盒及检测方法
CN113943836B (zh) 检测引起呼吸道感染的病原体并鉴定病原体种类的组合物、试剂盒、方法及用途
CN111286558A (zh) 一种新型冠状病毒2019-nCoV核酸检测技术
CN111218502A (zh) 提升qPCR检测性能的组合物、反应液、用途及方法
WO2020125294A1 (zh) 检测丙型肝炎病毒核酸的引物、探针、试剂盒及检测方法
CN111719018A (zh) 新型冠状病毒环介导等温扩增检测芯片及制备和使用方法
CN109593887B (zh) 一种丙型肝炎病毒核酸定量检测的试剂盒
CN114250325A (zh) 快速检测乙型肝炎病毒9个基因型的引物、探针、试剂盒和方法
Yao et al. A colloidal gold test strip based on catalytic hairpin assembly for the clinical detection of influenza a virus nucleic acid
CN111719017A (zh) 新型冠状病毒环介导等温扩增检测方法及试剂盒

Legal Events

Date Code Title Description
121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application

Ref document number: 19901053

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A1

NENP Non-entry into the national phase

Ref country code: DE

122 Ep: pct application non-entry in european phase

Ref document number: 19901053

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A1

122 Ep: pct application non-entry in european phase

Ref document number: 19901053

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A1