RU95120014A - Способы гашения в растворе флуорисцентномеченых олигонуклеотидных зондов - Google Patents

Способы гашения в растворе флуорисцентномеченых олигонуклеотидных зондов

Info

Publication number
RU95120014A
RU95120014A RU95120014/13A RU95120014A RU95120014A RU 95120014 A RU95120014 A RU 95120014A RU 95120014/13 A RU95120014/13 A RU 95120014/13A RU 95120014 A RU95120014 A RU 95120014A RU 95120014 A RU95120014 A RU 95120014A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
oligonucleotide
label
light
nucleic acid
emission
Prior art date
Application number
RU95120014/13A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2149186C1 (ru
Inventor
Ким Хафф Пиконе Тереза
Original Assignee
Ф.Хоффманн-Ля Рош Аг
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from US08/347,657 external-priority patent/US5571673A/en
Application filed by Ф.Хоффманн-Ля Рош Аг filed Critical Ф.Хоффманн-Ля Рош Аг
Publication of RU95120014A publication Critical patent/RU95120014A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2149186C1 publication Critical patent/RU2149186C1/ru

Links

Claims (6)

1. Способ обнаружения изменения длины олигонуклеотида, меченного светоиспускающей меткой, включающий:
(а) проведение реакции в реакционной смеси в условиях, приводящих к изменению длины олигонуклеотида;
(б) изменение испускания света меткой в реакционной смеси в присутствии ДНК-связывающего соединения, способного взаимодействовать с меткой, изменяя испускание света меткой, причем это взаимодействие зависит от длины нуклеотида; и
(в) обнаружение изменения длины нуклеотида путем измерения испускания света на стадии (б).
2. Способ по п. 1 для обнаружения нуклеиновой кислоты-мишени в образце, включающий:
(а1) приготовление реакционной смеси для реакции, где указанная реакционная смесь включает образец и одноцепочечный олигонуклеотид, меченный светоиспускающей меткой, причем олигонуклеотид содержит последовательность, способную к гибридизации с нуклеиновой кислотой-мишенью, и причем реакция катализирует расщепление олигонуклеотида только в том случае, если олигонуклеотид гибридизирован с нуклеиновой кислотой-мишенью;
(а2) обработку смеси в условиях, при которых олигонуклеотид гибридизируют с последовательностью и расщепляют;
(б) измерение испускания света меткой в реакционной смеси в присутствии ДНК-связывающего соединения, способного изменять испускание света меткой, причем это взаимодействие зависит от длины нуклеотида; и
(в) определение, присутствует ли последовательность-мишень путем измерения испускания света на стадии (б).
3. Способ по п. 2, в котором указанную последовательность-мишень амплифицируют до стадии (б).
4. Способ по п. 3, включающий:
(а1) приготовление смеси для полимеразной реакции синтеза цепи (PCR), включающей образец, пару олигонуклеотидных праймеров, полимеразу нуклеиновой кислоты, обладающую 5'-3' нуклеазной активностью, и олигонуклеотид, способный к гибридизации с областью нуклеиновой кислоты-мишени, причем олигонуклеотид гибридизирует внутри последовательности нуклеиновой кислоты-мишени, связанной олигонуклеотидными праймерами, и причем олигонуклеотидный зонд мечен светоиспускающей меткой;
(а2) обработку смеси для PCR в условиях для PCR, где 5'-3' нуклеазная активность полимеразы нуклеиновой кислоты расщепляет олигонуклеотид, гибридизированный с последовательностью-мишенью;
(б) измерение испускания света меткой в реакционной смеси в присутствии ДНК-связывающего соединения, способного изменять испускание света меткой, причем это взаимодействие зависит от длины нуклеотида, и
(в) определение, присутствует ли последовательность-мишень путем измерения испускания света на стадии (б).
5. Способ по любому из пп. 1 - 4, в котором ДНК-связывающее соединение является полиэтиленимином или его производным.
6. Способ по любому из пп. 1 - 5, в котором указанная метка выбрана из группы, включающей флуоресцин, родамин и их производные.
RU95120014A 1994-11-23 1995-11-23 Способ обнаружения изменения длины олигонуклеотида, меченного светоиспускающей меткой RU2149186C1 (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US347.657 1994-11-23
US08/347,657 US5571673A (en) 1994-11-23 1994-11-23 Methods for in-solution quenching of fluorescently labeled oligonucleotide probes

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU95120014A true RU95120014A (ru) 1999-02-10
RU2149186C1 RU2149186C1 (ru) 2000-05-20

Family

ID=23364666

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU95120014A RU2149186C1 (ru) 1994-11-23 1995-11-23 Способ обнаружения изменения длины олигонуклеотида, меченного светоиспускающей меткой

Country Status (14)

Country Link
US (1) US5571673A (ru)
EP (1) EP0713921B1 (ru)
JP (1) JP3600333B2 (ru)
KR (1) KR100431421B1 (ru)
CN (1) CN1131320C (ru)
AT (1) ATE204333T1 (ru)
AU (1) AU700885B2 (ru)
CA (1) CA2163388C (ru)
DE (1) DE69522176T2 (ru)
DK (1) DK0713921T3 (ru)
ES (1) ES2162630T3 (ru)
NZ (1) NZ280506A (ru)
PT (1) PT713921E (ru)
RU (1) RU2149186C1 (ru)

Families Citing this family (76)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5925517A (en) * 1993-11-12 1999-07-20 The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits
US5837442A (en) 1995-11-29 1998-11-17 Roche Molecular Systems, Inc. Oligonucleotide primers for amplifying HCV nucleic acid
US5763184A (en) 1996-01-30 1998-06-09 Roche Molecular Systems, Inc. Nucleotide sequence variation in the ABO glycosyltransferase gene
EP0892808B1 (en) * 1996-04-12 2008-05-14 PHRI Properties, Inc. Detection probes, kits and assays
US5691145A (en) * 1996-08-27 1997-11-25 Becton, Dickinson And Company Detection of nucleic acids using G-quartets
US7803528B1 (en) * 1997-02-28 2010-09-28 Quest Diagnostics Incorporated Fluorescence energy transfer by competitive hybridization
US6503709B1 (en) 1997-07-03 2003-01-07 Id Biomedical Corporation Methods for rapidly detecting methicillin resistant staphylococci
AU9220498A (en) * 1997-09-04 1999-03-22 Bayer Corporation Oligonucleotide probes bearing quenchable fluorescent labels, and methods of usethereof
US6289229B1 (en) 1998-01-20 2001-09-11 Scimed Life Systems, Inc. Readable probe array for in vivo use
US5952202A (en) * 1998-03-26 1999-09-14 The Perkin Elmer Corporation Methods using exogenous, internal controls and analogue blocks during nucleic acid amplification
GB9815799D0 (en) * 1998-07-21 1998-09-16 Pharmagene Lab Limited Quantitative analysis of gene expression
US6037130A (en) * 1998-07-28 2000-03-14 The Public Health Institute Of The City Of New York, Inc. Wavelength-shifting probes and primers and their use in assays and kits
US7235358B2 (en) 2001-06-08 2007-06-26 Expression Diagnostics, Inc. Methods and compositions for diagnosing and monitoring transplant rejection
US7026121B1 (en) 2001-06-08 2006-04-11 Expression Diagnostics, Inc. Methods and compositions for diagnosing and monitoring transplant rejection
US6905827B2 (en) 2001-06-08 2005-06-14 Expression Diagnostics, Inc. Methods and compositions for diagnosing or monitoring auto immune and chronic inflammatory diseases
PT1421200E (pt) * 2001-08-23 2007-02-28 Merck & Co Inc Ensaios de pcr multiplex fluorescente para hpv usando múltiplos fluoróforos
EP2014671B1 (en) * 2002-03-11 2010-05-26 Lab 21 Limited Methods and compositions for identifying and characterizing hepatitis C
DE60317420T2 (de) * 2002-09-02 2008-09-18 Toyo Boseki K.K. Verfahren zu Identifizierung von Nukleotid-Polymorphismen unter Verwendung von Resonanzenergietransfer
EP1611254B1 (en) 2003-03-31 2014-09-10 Roche Diagnostics GmbH Compositions and methods for detecting certain flaviviruses, including members of the japanese encephalitis virus serogroup
US7820030B2 (en) 2003-04-16 2010-10-26 Handylab, Inc. System and method for electrochemical detection of biological compounds
US7892745B2 (en) 2003-04-24 2011-02-22 Xdx, Inc. Methods and compositions for diagnosing and monitoring transplant rejection
US7939251B2 (en) 2004-05-06 2011-05-10 Roche Molecular Systems, Inc. SENP1 as a marker for cancer
WO2006029184A2 (en) 2004-09-08 2006-03-16 Expression Diagnostics, Inc. Genes useful for diagnosing and monitoring inflammation related disorders
WO2006116276A2 (en) * 2005-04-28 2006-11-02 Merck & Co., Inc. Real-time hpv pcr assays
JP2009540299A (ja) * 2006-06-05 2009-11-19 カリフォルニア インスティテュート オブ テクノロジー リアルタイムマイクロアレイ
US11001881B2 (en) 2006-08-24 2021-05-11 California Institute Of Technology Methods for detecting analytes
US11525156B2 (en) 2006-07-28 2022-12-13 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
US8048626B2 (en) 2006-07-28 2011-11-01 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
WO2008021431A2 (en) 2006-08-14 2008-02-21 Xdx, Inc. Methods and compositions for diagnosing and monitoring the status of transplant rejection and immune disorders
US11560588B2 (en) 2006-08-24 2023-01-24 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
EP2102367A2 (en) 2006-11-09 2009-09-23 XDX, Inc. Methods for diagnosing and monitoring the status of systemic lupus erythematosus
EP3091088B1 (en) 2007-03-28 2019-02-06 Signal Diagnostics System and method for high resolution analysis of nucleic acids to detect sequence variations
FR2915208A1 (fr) * 2007-04-20 2008-10-24 Millipore Corp Composition comprenant l'association d'edta et de pei pour augmenter la permeabilite des parois des microorganismes et utilisations de ladite composition
EP2952588A1 (en) 2007-08-06 2015-12-09 Orion Genomics, LLC Single nucleotide polymorphism in igf2 for determining the allele-specific expression of the igf2 gene
JP2009077712A (ja) 2007-09-11 2009-04-16 F Hoffmann La Roche Ag B−Rafキナーゼ阻害剤に対する感受性についての診断試験
CN102301000B (zh) * 2008-03-15 2015-04-29 豪洛捷公司 核酸分子扩增反应的分析组分及方法
US10669574B2 (en) 2008-11-18 2020-06-02 XCR Diagnostics, Inc. DNA amplification technology
AU2010213727A1 (en) 2009-02-11 2011-09-29 Orion Genomics Llc Combinations of polymorphisms for determining allele-specific expression of IGF2
WO2011128096A1 (en) 2010-04-16 2011-10-20 Roche Diagnostics Gmbh Polymorphism markers for predicting response to interleukin-6 receptor-inhibiting monoclonal antibody drug treatment
KR20140064924A (ko) 2011-08-31 2014-05-28 에프. 호프만-라 로슈 아게 항-혈관신생 치료와 연관된 고혈압 위험성의 예측 방법
MX2014002311A (es) 2011-08-31 2014-08-26 Hoffmann La Roche Capacidad de respuesta a inhibidores de angiogenesis.
JP2014534949A (ja) 2011-09-19 2014-12-25 ジェネンテック, インコーポレイテッド C−metアンタゴニストおよびb−rafアンタゴニストを含む組合せ処置
CA2854568A1 (en) 2011-11-23 2013-05-30 Life Sciences Research Partners Vzw Responsiveness to angiogenesis inhibitors
US10633707B2 (en) 2012-04-10 2020-04-28 Vib Vzw Markers for detecting microsatellite instability in cancer and determining synthetic lethality with inhibition of the DNA base excision repair pathway
US10294529B2 (en) 2012-04-10 2019-05-21 Life Sciences Research Partners Vzw Microsatellite instability markers in detection of cancer
US9828629B2 (en) 2013-03-15 2017-11-28 Roche Molecular Systems, Inc. Nucleic acid target identification by structure based probe cleavage
ES2925313T3 (es) 2013-10-09 2022-10-14 Fluoresentric Inc Método para la detección de secuencias de ácido nucleico diana
US20150176060A1 (en) 2013-12-20 2015-06-25 Roche Molecular Systems, Inc. Method For Coding Of Multiple PCR Reactions For Assay Recognition
US9637791B2 (en) 2013-12-20 2017-05-02 Roche Molecular Systems, Inc. Multiplexed nucleic acid target identification by strucutre based probe cleavage
US9243289B2 (en) 2013-12-23 2016-01-26 Roche Molecular Systems, Inc. Method for screening reagents used in PCR assays
US20160053302A1 (en) 2014-04-22 2016-02-25 Roche Molecular Systems, Inc. Method for visual identification of pcr solutions for accurate reaction setup
CA2954420A1 (en) 2014-07-10 2016-01-14 Fluoresentric, Inc. Dna amplification technology
EP3218515B1 (en) 2014-11-10 2023-04-26 F. Hoffmann-La Roche AG Therapeutic and diagnostic methods for il-33-mediated disorders
US9708647B2 (en) 2015-03-23 2017-07-18 Insilixa, Inc. Multiplexed analysis of nucleic acid hybridization thermodynamics using integrated arrays
TWI710642B (zh) 2015-08-17 2020-11-21 美商庫拉腫瘤技術股份有限公司 以法呢基轉移酶(farnesyltransferase)抑制劑治療癌症病患之方法
US9499861B1 (en) 2015-09-10 2016-11-22 Insilixa, Inc. Methods and systems for multiplex quantitative nucleic acid amplification
WO2017155858A1 (en) 2016-03-07 2017-09-14 Insilixa, Inc. Nucleic acid sequence identification using solid-phase cyclic single base extension
US20190119758A1 (en) 2016-04-22 2019-04-25 Kura Oncology, Inc. Methods of selecting cancer patients for treatment with farnesyltransferase inhibitors
US20190176153A1 (en) 2016-05-18 2019-06-13 Roche Sequencing Solutions, Inc. Quantitative real time pcr amplification using an electrowetting-based device
KR102468633B1 (ko) 2016-09-15 2022-11-18 에프. 호프만-라 로슈 아게 멀티플렉스 실시간 pcr 수행 방법
CA3042747A1 (en) 2016-11-03 2018-05-11 Kura Oncology, Inc. Methods of treating cancer patients with farnesyltransferase inhibitors
US11031099B2 (en) 2016-11-09 2021-06-08 Roche Molecular Systems, Inc. Detection of sequence variants
US10137121B2 (en) 2017-02-21 2018-11-27 Kura Oncology, Inc. Methods of treating cancer with farnesyltransferase inhibitors
AU2018225566B2 (en) 2017-02-21 2019-11-07 Kura Oncology, Inc. Methods of treating cancer with farnesyltransferase inhibitors
KR20200051601A (ko) 2017-08-07 2020-05-13 쿠라 온콜로지, 인크. 파르네실전달효소 억제제를 이용하여 암을 치료하는 방법
US10806730B2 (en) 2017-08-07 2020-10-20 Kura Oncology, Inc. Methods of treating cancer with farnesyltransferase inhibitors
WO2019157358A1 (en) 2018-02-09 2019-08-15 Genentech, Inc. Therapeutic and diagnostic methods for mast cell-mediated inflammatory diseases
JP2022506463A (ja) 2018-11-01 2022-01-17 クラ オンコロジー, インコーポレイテッド ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤でがんを治療する方法
US20220142983A1 (en) 2019-03-01 2022-05-12 Kura Oncology, Inc. Methods of treating cancer with farnesyltransferase inhibitors
EP3937780A4 (en) 2019-03-14 2022-12-07 InSilixa, Inc. METHODS AND SYSTEMS FOR TIMED FLUORESCENCE-BASED DETECTION
CA3134825A1 (en) 2019-03-29 2020-10-08 Kura Oncology, Inc. Methods of treating squamous cell carcinomas with farnesyltransferase inhibitors
WO2020205387A1 (en) 2019-04-01 2020-10-08 Kura Oncology, Inc. Methods of treating cancer with farnesyltransferase inhibitors
WO2020223583A1 (en) 2019-05-02 2020-11-05 Kura Oncology, Inc. Methods of treating acute myeloid leukemia with farnesyltransferase inhibitors
US20230110203A1 (en) 2020-03-13 2023-04-13 Medimmune Limited Therapeutic methods for the treatment of subjects with risk alelles in il33
JP2024500169A (ja) 2020-12-22 2024-01-04 エフ. ホフマン-ラ ロシュ アーゲー 大ストークスシフト蛍光色素を使用して多重化リアルタイムpcrを行うための方法
WO2023104812A1 (en) 2021-12-09 2023-06-15 F. Hoffmann-La Roche Ag Mass based detection of pcr amplicons

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA1307480C (en) * 1985-07-10 1992-09-15 Nanibhushan Dattagupta Prolonged chemiluminescence
FR2627590A1 (fr) * 1988-02-24 1989-08-25 Ire Celltarg Sa Sonde d'acides nucleiques comportant un nucleotide terminal modifie chimiquement en 5(prime) (oh) en vue de son marquage non radioactif et procedes de preparation
ATE199157T1 (de) * 1990-03-14 2001-02-15 Univ California Multichromophore fluoreszierende sonden
US5210015A (en) * 1990-08-06 1993-05-11 Hoffman-La Roche Inc. Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase
US5994056A (en) * 1991-05-02 1999-11-30 Roche Molecular Systems, Inc. Homogeneous methods for nucleic acid amplification and detection
AU687352B2 (en) * 1992-06-08 1998-02-26 Gen-Probe Incorporated Preparation of nucleic acid from mononuclear cells
US5491063A (en) * 1994-09-01 1996-02-13 Hoffmann-La Roche Inc. Methods for in-solution quenching of fluorescently labeled oligonucleotide probes

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU95120014A (ru) Способы гашения в растворе флуорисцентномеченых олигонуклеотидных зондов
JP4527789B2 (ja) 増加した標的特異的tmを持つ修飾オリゴヌクレオチドを用いた核酸配列の検出および増幅のための方法
JP2021100429A (ja) 標的核酸の検出方法
CA1335961C (en) End labeled nucleotide probe
US5635347A (en) Rapid assays for amplification products
KR100226297B1 (ko) 유기상 내로의 추출에 의한 소수성 증폭생성물의 검출방법
KR960017858A (ko) 형광 표지된 올리고뉴클레오타이드 프로브의 용액중에서의 켄칭 방법
JP2014513557A (ja) 標的核酸を検出する方法及び組成物
JP2000509278A (ja) 試験サンプル中の複数の核酸配列を検出するための方法および試薬
EP3417072B1 (en) Method of eliminating background amplification of nucleic acid targets
JP2004506431A5 (ru)
KR20040070206A (ko) 혼성화 부위 조절 올리고뉴클레오타이드 및 그의 용도
WO1997012062A1 (en) Polynucleotide detection by isothermal amplification
JP2002507719A5 (ru)
CA2311931A1 (en) Fluorometric method for monitoring and detecting nucleic acid amplification
US20170037455A1 (en) Metal nanocluster beacons for detection of epigentic modifications
JP2644419B2 (ja) 核酸の固定化
EP2837684A1 (en) Method for detecting target nucleic acid using molecular beacon-type probe
US20050176014A1 (en) Fluorescent hybridization probes with reduced background
JP2022516250A (ja) 固相モログラフィーによる標的核酸の検出
EP0622464A2 (en) Nucleic acid assay procedure
JP6321318B2 (ja) 標的核酸の検出方法
WO2015008508A1 (ja) 核酸クロマトグラフィー
EP2824180B1 (en) Method for detecting target nucleic acid
US20050042618A1 (en) Fluorescent resonance energy transfer probes