RU2751363C2 - БИОТЕХНОЛОГИЧЕСКОЕ ПОЛУЧЕНИЕ ω-ФУНКЦИОНАЛИЗИРОВАННЫХ КАРБОНОВЫХ КИСЛОТ И ИХ СЛОЖНЫХ ЭФИРОВ - Google Patents
БИОТЕХНОЛОГИЧЕСКОЕ ПОЛУЧЕНИЕ ω-ФУНКЦИОНАЛИЗИРОВАННЫХ КАРБОНОВЫХ КИСЛОТ И ИХ СЛОЖНЫХ ЭФИРОВ Download PDFInfo
- Publication number
- RU2751363C2 RU2751363C2 RU2016146334A RU2016146334A RU2751363C2 RU 2751363 C2 RU2751363 C2 RU 2751363C2 RU 2016146334 A RU2016146334 A RU 2016146334A RU 2016146334 A RU2016146334 A RU 2016146334A RU 2751363 C2 RU2751363 C2 RU 2751363C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- ala
- ester
- leu
- gly
- cell
- Prior art date
Links
- 150000001735 carboxylic acids Chemical class 0.000 title abstract description 15
- 238000013452 biotechnological production Methods 0.000 title description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims abstract description 164
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims abstract description 164
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 claims abstract description 84
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims abstract description 51
- 102000005297 Cytochrome P-450 CYP4A Human genes 0.000 claims abstract description 42
- 108010081498 Cytochrome P-450 CYP4A Proteins 0.000 claims abstract description 42
- SNRUBQQJIBEYMU-UHFFFAOYSA-N dodecane Chemical compound CCCCCCCCCCCC SNRUBQQJIBEYMU-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 32
- RSJKGSCJYJTIGS-UHFFFAOYSA-N undecane Chemical compound CCCCCCCCCCC RSJKGSCJYJTIGS-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 30
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 21
- 244000005700 microbiome Species 0.000 claims abstract description 21
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 claims abstract description 20
- 108010062385 long-chain-alcohol O-fatty-acyltransferase Proteins 0.000 claims abstract description 20
- -1 carboxylate ester Chemical class 0.000 claims abstract description 17
- 238000012239 gene modification Methods 0.000 claims abstract description 8
- 230000005017 genetic modification Effects 0.000 claims abstract description 8
- 235000013617 genetically modified food Nutrition 0.000 claims abstract description 8
- 101710120269 Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC Proteins 0.000 claims abstract description 4
- 102100022089 Acyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase Human genes 0.000 claims abstract description 4
- 102100025848 Acyl-coenzyme A thioesterase 8 Human genes 0.000 claims abstract description 4
- WWZKQHOCKIZLMA-UHFFFAOYSA-N Caprylic acid Natural products CCCCCCCC(O)=O WWZKQHOCKIZLMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 4
- 108010030975 Polyketide Synthases Proteins 0.000 claims abstract description 4
- 108700021044 acyl-ACP thioesterase Proteins 0.000 claims abstract description 4
- FUZZWVXGSFPDMH-UHFFFAOYSA-N n-hexanoic acid Natural products CCCCCC(O)=O FUZZWVXGSFPDMH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 4
- 102100020959 Alpha/beta hydrolase domain-containing protein 17C Human genes 0.000 claims abstract 4
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 84
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 26
- 150000001733 carboxylic acid esters Chemical class 0.000 claims description 18
- 150000004702 methyl esters Chemical class 0.000 claims description 13
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims description 11
- 150000001732 carboxylic acid derivatives Chemical class 0.000 claims description 8
- 108010011449 Long-chain-fatty-acid-CoA ligase Proteins 0.000 claims description 7
- UQDUPQYQJKYHQI-UHFFFAOYSA-N methyl laurate Chemical compound CCCCCCCCCCCC(=O)OC UQDUPQYQJKYHQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 4
- 102100027841 Acyl-CoA wax alcohol acyltransferase 2 Human genes 0.000 claims description 4
- 102000005870 Coenzyme A Ligases Human genes 0.000 claims description 4
- POULHZVOKOAJMA-UHFFFAOYSA-N methyl undecanoic acid Natural products CCCCCCCCCCCC(O)=O POULHZVOKOAJMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- GUOSQNAUYHMCRU-UHFFFAOYSA-N 11-Aminoundecanoic acid Chemical compound NCCCCCCCCCCC(O)=O GUOSQNAUYHMCRU-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 108700033865 EC 2.3.1.86 Proteins 0.000 claims description 2
- NDBSIOZEOQUDBF-UHFFFAOYSA-N methyl 12-aminododecanoate Chemical group COC(=O)CCCCCCCCCCCN NDBSIOZEOQUDBF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- WVYBBOXJKXXXOY-UHFFFAOYSA-N methyl 12-hydroxydodecanoate Chemical compound COC(=O)CCCCCCCCCCCO WVYBBOXJKXXXOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 claims description 2
- KNRCBASNXNXUQQ-UHFFFAOYSA-N 11-hydroxyundecanoic acid Chemical compound OCCCCCCCCCCC(O)=O KNRCBASNXNXUQQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- PFFITEZSYJIHHR-UHFFFAOYSA-N 2-methyl-undecanoic acid Chemical compound CCCCCCCCCC(C)C(O)=O PFFITEZSYJIHHR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 101710104255 Acyl-CoA wax alcohol acyltransferase 2 Proteins 0.000 claims 1
- 102100033995 Long-chain-fatty-acid-CoA ligase 1 Human genes 0.000 claims 1
- 101710091608 Probable diacyglycerol O-acyltransferase tgs2 Proteins 0.000 claims 1
- TVIDDXQYHWJXFK-UHFFFAOYSA-N dodecanedioic acid Chemical compound OC(=O)CCCCCCCCCCC(O)=O TVIDDXQYHWJXFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 26
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 abstract description 21
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 abstract description 14
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract description 4
- GONOPSZTUGRENK-UHFFFAOYSA-N benzyl(trichloro)silane Chemical compound Cl[Si](Cl)(Cl)CC1=CC=CC=C1 GONOPSZTUGRENK-UHFFFAOYSA-N 0.000 abstract description 3
- 238000010352 biotechnological method Methods 0.000 abstract description 2
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 134
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 50
- 150000001335 aliphatic alkanes Chemical class 0.000 description 40
- 235000014113 dietary fatty acids Nutrition 0.000 description 31
- 229930195729 fatty acid Natural products 0.000 description 31
- 239000000194 fatty acid Substances 0.000 description 31
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 29
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 29
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 29
- 108010021809 Alcohol dehydrogenase Proteins 0.000 description 25
- 150000004665 fatty acids Chemical class 0.000 description 25
- 102000007698 Alcohol dehydrogenase Human genes 0.000 description 23
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 22
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 17
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 16
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 15
- 102000008109 Mixed Function Oxygenases Human genes 0.000 description 13
- 108010074633 Mixed Function Oxygenases Proteins 0.000 description 13
- 241001302584 Escherichia coli str. K-12 substr. W3110 Species 0.000 description 11
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 10
- 230000001588 bifunctional effect Effects 0.000 description 10
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 10
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 10
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 10
- 108010025188 Alcohol oxidase Proteins 0.000 description 9
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 9
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 9
- 239000000047 product Substances 0.000 description 9
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 9
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 8
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 108010047495 alanylglycine Proteins 0.000 description 8
- 230000036983 biotransformation Effects 0.000 description 8
- 239000007789 gas Substances 0.000 description 8
- BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N methanoic acid Natural products OC=O BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 8
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 102000005369 Aldehyde Dehydrogenase Human genes 0.000 description 7
- 108020002663 Aldehyde Dehydrogenase Proteins 0.000 description 7
- 241000045411 Hahella chejuensis Species 0.000 description 7
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 7
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 7
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 7
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 7
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 7
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 7
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 101150071111 FADD gene Proteins 0.000 description 6
- 241000206589 Marinobacter Species 0.000 description 6
- 241000589776 Pseudomonas putida Species 0.000 description 6
- OXXOYNFTOCTMGG-UHFFFAOYSA-N acetic acid;6-amino-2-[[2-(2,6-diaminohexanoylamino)-3-(4-hydroxyphenyl)propanoyl]amino]hexanoic acid Chemical compound CC(O)=O.NCCCCC(N)C(=O)NC(C(=O)NC(CCCCN)C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 OXXOYNFTOCTMGG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 108010087924 alanylproline Proteins 0.000 description 6
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 6
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 6
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 6
- 102000002735 Acyl-CoA Dehydrogenase Human genes 0.000 description 5
- 108010001058 Acyl-CoA Dehydrogenase Proteins 0.000 description 5
- 108010023922 Enoyl-CoA hydratase Proteins 0.000 description 5
- 102000011426 Enoyl-CoA hydratase Human genes 0.000 description 5
- 241001135624 Marinomonas Species 0.000 description 5
- SITLTJHOQZFJGG-UHFFFAOYSA-N N-L-alpha-glutamyl-L-valine Natural products CC(C)C(C(O)=O)NC(=O)C(N)CCC(O)=O SITLTJHOQZFJGG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 102000004316 Oxidoreductases Human genes 0.000 description 5
- 108090000854 Oxidoreductases Proteins 0.000 description 5
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 5
- 239000011942 biocatalyst Substances 0.000 description 5
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 5
- 108010057821 leucylproline Proteins 0.000 description 5
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 5
- 230000008569 process Effects 0.000 description 5
- PBLZLIFKVPJDCO-UHFFFAOYSA-N 12-aminododecanoic acid Chemical compound NCCCCCCCCCCCC(O)=O PBLZLIFKVPJDCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 4-(3-methoxyphenyl)aniline Chemical compound COC1=CC=CC(C=2C=CC(N)=CC=2)=C1 OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- SRBFZHDQGSBBOR-IOVATXLUSA-N D-xylopyranose Chemical compound O[C@@H]1COC(O)[C@H](O)[C@H]1O SRBFZHDQGSBBOR-IOVATXLUSA-N 0.000 description 4
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- GIKFNMZSGYAPEJ-HJGDQZAQSA-N Lys-Thr-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O GIKFNMZSGYAPEJ-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 4
- WUGMRIBZSVSJNP-UHFFFAOYSA-N N-L-alanyl-L-tryptophan Natural products C1=CC=C2C(CC(NC(=O)C(N)C)C(O)=O)=CNC2=C1 WUGMRIBZSVSJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- YBAFDPFAUTYYRW-UHFFFAOYSA-N N-L-alpha-glutamyl-L-leucine Natural products CC(C)CC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CCC(O)=O YBAFDPFAUTYYRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 102100025824 Palmitoyl-protein thioesterase 1 Human genes 0.000 description 4
- ZSLZBFCDCINBPY-ZSJPKINUSA-N acetyl-CoA Chemical compound O[C@@H]1[C@H](OP(O)(O)=O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC(C)(C)[C@@H](O)C(=O)NCCC(=O)NCCSC(=O)C)O[C@H]1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 ZSLZBFCDCINBPY-ZSJPKINUSA-N 0.000 description 4
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 4
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 4
- PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N arabinose Natural products OCC(O)C(O)C(O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108010040443 aspartyl-aspartic acid Proteins 0.000 description 4
- 108010047857 aspartylglycine Proteins 0.000 description 4
- SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N beta-D-Pyranose-Lyxose Natural products OC1COC(O)C(O)C1O SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 description 4
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 4
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 4
- DIOQZVSQGTUSAI-UHFFFAOYSA-N decane Chemical compound CCCCCCCCCC DIOQZVSQGTUSAI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 4
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 4
- 239000003480 eluent Substances 0.000 description 4
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 4
- 235000019253 formic acid Nutrition 0.000 description 4
- 235000021588 free fatty acids Nutrition 0.000 description 4
- VPZXBVLAVMBEQI-UHFFFAOYSA-N glycyl-DL-alpha-alanine Natural products OC(=O)C(C)NC(=O)CN VPZXBVLAVMBEQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 4
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 4
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 4
- 239000003960 organic solvent Substances 0.000 description 4
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 4
- 108010051242 phenylalanylserine Proteins 0.000 description 4
- 239000002994 raw material Substances 0.000 description 4
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 4
- MRERMGPPCLQIPD-NBVRZTHBSA-N (3beta,5alpha,9alpha,22E,24R)-3,5,9-Trihydroxy-23-methylergosta-7,22-dien-6-one Chemical compound C1C(O)CCC2(C)C(CCC3(C(C(C)/C=C(\C)C(C)C(C)C)CCC33)C)(O)C3=CC(=O)C21O MRERMGPPCLQIPD-NBVRZTHBSA-N 0.000 description 3
- 102000052553 3-Hydroxyacyl CoA Dehydrogenase Human genes 0.000 description 3
- 108700020831 3-Hydroxyacyl-CoA Dehydrogenase Proteins 0.000 description 3
- 108010003902 Acetyl-CoA C-acyltransferase Proteins 0.000 description 3
- VGPWRRFOPXVGOH-BYPYZUCNSA-N Ala-Gly-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)NCC(O)=O VGPWRRFOPXVGOH-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 3
- SOBIAADAMRHGKH-CIUDSAMLSA-N Ala-Leu-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O SOBIAADAMRHGKH-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 3
- ZDILXFDENZVOTL-BPNCWPANSA-N Ala-Val-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O ZDILXFDENZVOTL-BPNCWPANSA-N 0.000 description 3
- 108010080691 Alcohol O-acetyltransferase Proteins 0.000 description 3
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 3
- 102000014914 Carrier Proteins Human genes 0.000 description 3
- 108010078791 Carrier Proteins Proteins 0.000 description 3
- 241000588879 Chromobacterium violaceum Species 0.000 description 3
- 101710088194 Dehydrogenase Proteins 0.000 description 3
- 108020005199 Dehydrogenases Proteins 0.000 description 3
- 108010001348 Diacylglycerol O-acyltransferase Proteins 0.000 description 3
- 102100035762 Diacylglycerol O-acyltransferase 2 Human genes 0.000 description 3
- GVKKVHNRTUFCCE-BJDJZHNGSA-N Ile-Leu-Ser Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)N GVKKVHNRTUFCCE-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 3
- FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N L-Phenylalanyl-L-lysin Natural products NCCCCC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- KZNQNBZMBZJQJO-UHFFFAOYSA-N N-glycyl-L-proline Natural products NCC(=O)N1CCCC1C(O)=O KZNQNBZMBZJQJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- ICHZYBVODUVUKN-SRVKXCTJSA-N Ser-Asn-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O ICHZYBVODUVUKN-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 3
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 102000002932 Thiolase Human genes 0.000 description 3
- 108060008225 Thiolase Proteins 0.000 description 3
- XXROXFHCMVXETG-UWVGGRQHSA-N Val-Gly-Val Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O XXROXFHCMVXETG-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 3
- DEGUERSKQBRZMZ-FXQIFTODSA-N Val-Ser-Ala Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O DEGUERSKQBRZMZ-FXQIFTODSA-N 0.000 description 3
- 108010076324 alanyl-glycyl-glycine Proteins 0.000 description 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 108010092854 aspartyllysine Proteins 0.000 description 3
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 3
- 238000013461 design Methods 0.000 description 3
- 150000005690 diesters Chemical class 0.000 description 3
- 239000003925 fat Substances 0.000 description 3
- 235000019197 fats Nutrition 0.000 description 3
- 238000000855 fermentation Methods 0.000 description 3
- 230000004151 fermentation Effects 0.000 description 3
- 108010078144 glutaminyl-glycine Proteins 0.000 description 3
- 108010000434 glycyl-alanyl-leucine Proteins 0.000 description 3
- 108010050848 glycylleucine Proteins 0.000 description 3
- 108010037850 glycylvaline Proteins 0.000 description 3
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 3
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 3
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 3
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 3
- VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N n-Hexane Chemical compound CCCCCC VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 229930027945 nicotinamide-adenine dinucleotide Natural products 0.000 description 3
- BOPGDPNILDQYTO-NNYOXOHSSA-N nicotinamide-adenine dinucleotide Chemical compound C1=CCC(C(=O)N)=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OC[C@@H]2[C@H]([C@@H](O)[C@@H](O2)N2C3=NC=NC(N)=C3N=C2)O)O1 BOPGDPNILDQYTO-NNYOXOHSSA-N 0.000 description 3
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 3
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 3
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 3
- 230000001590 oxidative effect Effects 0.000 description 3
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 3
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 3
- 108010053725 prolylvaline Proteins 0.000 description 3
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 3
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 3
- 108010038745 tryptophylglycine Proteins 0.000 description 3
- 108010020532 tyrosyl-proline Proteins 0.000 description 3
- OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 100676-05-9 Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OCC1C(O)C(O)C(O)C(OC2C(OC(O)C(O)C2O)CO)O1 OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PBKADZMAZVCJMR-UHFFFAOYSA-N 2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid;dihydrate Chemical compound O.O.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O PBKADZMAZVCJMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100029103 3-ketoacyl-CoA thiolase Human genes 0.000 description 2
- HHGYNJRJIINWAK-FXQIFTODSA-N Ala-Ala-Arg Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N HHGYNJRJIINWAK-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- IKKVASZHTMKJIR-ZKWXMUAHSA-N Ala-Asp-Val Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O IKKVASZHTMKJIR-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- NIZKGBJVCMRDKO-KWQFWETISA-N Ala-Gly-Tyr Chemical compound C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 NIZKGBJVCMRDKO-KWQFWETISA-N 0.000 description 2
- YHKANGMVQWRMAP-DCAQKATOSA-N Ala-Leu-Arg Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N YHKANGMVQWRMAP-DCAQKATOSA-N 0.000 description 2
- NINQYGGNRIBFSC-CIUDSAMLSA-N Ala-Lys-Ser Chemical compound NCCCC[C@H](NC(=O)[C@@H](N)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O NINQYGGNRIBFSC-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- DEWWPUNXRNGMQN-LPEHRKFASA-N Ala-Met-Pro Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N DEWWPUNXRNGMQN-LPEHRKFASA-N 0.000 description 2
- HOVPGJUNRLMIOZ-CIUDSAMLSA-N Ala-Ser-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](C)N HOVPGJUNRLMIOZ-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- PEEYDECOOVQKRZ-DLOVCJGASA-N Ala-Ser-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O PEEYDECOOVQKRZ-DLOVCJGASA-N 0.000 description 2
- OEVCHROQUIVQFZ-YTLHQDLWSA-N Ala-Thr-Ala Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@H](O)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O OEVCHROQUIVQFZ-YTLHQDLWSA-N 0.000 description 2
- 108010031025 Alanine Dehydrogenase Proteins 0.000 description 2
- 102100026605 Aldehyde dehydrogenase, dimeric NADP-preferring Human genes 0.000 description 2
- 102100033816 Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial Human genes 0.000 description 2
- GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N Alpha-Lactose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N 0.000 description 2
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N Ammonia Chemical compound N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VBFJESQBIWCWRL-DCAQKATOSA-N Arg-Ala-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CCCNC(N)=N VBFJESQBIWCWRL-DCAQKATOSA-N 0.000 description 2
- OTZMRMHZCMZOJZ-SRVKXCTJSA-N Arg-Leu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O OTZMRMHZCMZOJZ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- AOJYORNRFWWEIV-IHRRRGAJSA-N Arg-Tyr-Asp Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 AOJYORNRFWWEIV-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 2
- JWCCFNZJIRZUCL-AVGNSLFASA-N Arg-Val-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CCCN=C(N)N JWCCFNZJIRZUCL-AVGNSLFASA-N 0.000 description 2
- XQQVCUIBGYFKDC-OLHMAJIHSA-N Asn-Asp-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O XQQVCUIBGYFKDC-OLHMAJIHSA-N 0.000 description 2
- VJTWLBMESLDOMK-WDSKDSINSA-N Asn-Gln-Gly Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)NCC(O)=O VJTWLBMESLDOMK-WDSKDSINSA-N 0.000 description 2
- UYCPJVYQYARFGB-YDHLFZDLSA-N Asn-Phe-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O UYCPJVYQYARFGB-YDHLFZDLSA-N 0.000 description 2
- KTTCQQNRRLCIBC-GHCJXIJMSA-N Asp-Ile-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O KTTCQQNRRLCIBC-GHCJXIJMSA-N 0.000 description 2
- XUVTWGPERWIERB-IHRRRGAJSA-N Asp-Pro-Phe Chemical compound N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(O)=O XUVTWGPERWIERB-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 2
- KNOGLZBISUBTFW-QRTARXTBSA-N Asp-Trp-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O KNOGLZBISUBTFW-QRTARXTBSA-N 0.000 description 2
- 244000063299 Bacillus subtilis Species 0.000 description 2
- 235000014469 Bacillus subtilis Nutrition 0.000 description 2
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 2
- KAKZBPTYRLMSJV-UHFFFAOYSA-N Butadiene Chemical compound C=CC=C KAKZBPTYRLMSJV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241001058118 Caldanaerobacter Species 0.000 description 2
- RGJOEKWQDUBAIZ-IBOSZNHHSA-N CoASH Chemical compound O[C@@H]1[C@H](OP(O)(O)=O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC(C)(C)[C@@H](O)C(=O)NCCC(=O)NCCS)O[C@H]1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 RGJOEKWQDUBAIZ-IBOSZNHHSA-N 0.000 description 2
- 241000186394 Eubacterium Species 0.000 description 2
- 108010074122 Ferredoxins Proteins 0.000 description 2
- 229930091371 Fructose Natural products 0.000 description 2
- 239000005715 Fructose Substances 0.000 description 2
- RFSUNEUAIZKAJO-ARQDHWQXSA-N Fructose Chemical compound OC[C@H]1O[C@](O)(CO)[C@@H](O)[C@@H]1O RFSUNEUAIZKAJO-ARQDHWQXSA-N 0.000 description 2
- PRBLYKYHAJEABA-SRVKXCTJSA-N Gln-Arg-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O PRBLYKYHAJEABA-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- BJVBMSTUUWGZKX-JYJNAYRXSA-N Gln-Tyr-His Chemical compound N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](Cc1ccc(O)cc1)C(=O)N[C@@H](Cc1cnc[nH]1)C(O)=O BJVBMSTUUWGZKX-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 2
- ZJICFHQSPWFBKP-AVGNSLFASA-N Glu-Asn-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O ZJICFHQSPWFBKP-AVGNSLFASA-N 0.000 description 2
- ATVYZJGOZLVXDK-IUCAKERBSA-N Glu-Leu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(O)=O ATVYZJGOZLVXDK-IUCAKERBSA-N 0.000 description 2
- RBXSZQRSEGYDFG-GUBZILKMSA-N Glu-Lys-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O RBXSZQRSEGYDFG-GUBZILKMSA-N 0.000 description 2
- LJPIRKICOISLKN-WHFBIAKZSA-N Gly-Ala-Ser Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O LJPIRKICOISLKN-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 2
- FZQLXNIMCPJVJE-YUMQZZPRSA-N Gly-Asp-Leu Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O FZQLXNIMCPJVJE-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- GNPVTZJUUBPZKW-WDSKDSINSA-N Gly-Gln-Ser Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O GNPVTZJUUBPZKW-WDSKDSINSA-N 0.000 description 2
- SOEATRRYCIPEHA-BQBZGAKWSA-N Gly-Glu-Glu Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O SOEATRRYCIPEHA-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 2
- CCQOOWAONKGYKQ-BYPYZUCNSA-N Gly-Gly-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)CNC(=O)CN CCQOOWAONKGYKQ-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 2
- IGOYNRWLWHWAQO-JTQLQIEISA-N Gly-Phe-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CC1=CC=CC=C1 IGOYNRWLWHWAQO-JTQLQIEISA-N 0.000 description 2
- GGLIDLCEPDHEJO-BQBZGAKWSA-N Gly-Pro-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)CN GGLIDLCEPDHEJO-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 2
- RYAOJUMWLWUGNW-QMMMGPOBSA-N Gly-Val-Gly Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)NCC(O)=O RYAOJUMWLWUGNW-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 2
- YGHSQRJSHKYUJY-SCZZXKLOSA-N Gly-Val-Pro Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)CN YGHSQRJSHKYUJY-SCZZXKLOSA-N 0.000 description 2
- JBCLFWXMTIKCCB-UHFFFAOYSA-N H-Gly-Phe-OH Natural products NCC(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 JBCLFWXMTIKCCB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229920002488 Hemicellulose Polymers 0.000 description 2
- MKWSZEHGHSLNPF-NAKRPEOUSA-N Ile-Ala-Val Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)O)N MKWSZEHGHSLNPF-NAKRPEOUSA-N 0.000 description 2
- FVEWRQXNISSYFO-ZPFDUUQYSA-N Ile-Arg-Glu Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)N FVEWRQXNISSYFO-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 2
- LGMUPVWZEYYUMU-YVNDNENWSA-N Ile-Glu-Gln Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)O)N LGMUPVWZEYYUMU-YVNDNENWSA-N 0.000 description 2
- WUKLZPHVWAMZQV-UKJIMTQDSA-N Ile-Glu-Val Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)O)N WUKLZPHVWAMZQV-UKJIMTQDSA-N 0.000 description 2
- RMNMUUCYTMLWNA-ZPFDUUQYSA-N Ile-Lys-Asp Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)N RMNMUUCYTMLWNA-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 2
- KCTIFOCXAIUQQK-QXEWZRGKSA-N Ile-Pro-Gly Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)NCC(O)=O KCTIFOCXAIUQQK-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 2
- CIJLNXXMDUOFPH-HJWJTTGWSA-N Ile-Pro-Phe Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 CIJLNXXMDUOFPH-HJWJTTGWSA-N 0.000 description 2
- PXKACEXYLPBMAD-JBDRJPRFSA-N Ile-Ser-Ser Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)N PXKACEXYLPBMAD-JBDRJPRFSA-N 0.000 description 2
- 241000588754 Klebsiella sp. Species 0.000 description 2
- PMGDADKJMCOXHX-UHFFFAOYSA-N L-Arginyl-L-glutamin-acetat Natural products NC(=N)NCCCC(N)C(=O)NC(CCC(N)=O)C(O)=O PMGDADKJMCOXHX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RCFDOSNHHZGBOY-UHFFFAOYSA-N L-isoleucyl-L-alanine Natural products CCC(C)C(N)C(=O)NC(C)C(O)=O RCFDOSNHHZGBOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KFKWRHQBZQICHA-STQMWFEESA-N L-leucyl-L-phenylalanine Natural products CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 KFKWRHQBZQICHA-STQMWFEESA-N 0.000 description 2
- GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N Lactose Natural products OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)C(O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N 0.000 description 2
- JHWNWJKBPDFINM-UHFFFAOYSA-N Laurolactam Chemical compound O=C1CCCCCCCCCCCN1 JHWNWJKBPDFINM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000880493 Leptailurus serval Species 0.000 description 2
- OGCQGUIWMSBHRZ-CIUDSAMLSA-N Leu-Asn-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O OGCQGUIWMSBHRZ-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- TWQIYNGNYNJUFM-NHCYSSNCSA-N Leu-Asn-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O TWQIYNGNYNJUFM-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 2
- HQUXQAMSWFIRET-AVGNSLFASA-N Leu-Glu-Lys Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN HQUXQAMSWFIRET-AVGNSLFASA-N 0.000 description 2
- OXRLYTYUXAQTHP-YUMQZZPRSA-N Leu-Gly-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O OXRLYTYUXAQTHP-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- BABSVXFGKFLIGW-UWVGGRQHSA-N Leu-Gly-Arg Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCNC(N)=N BABSVXFGKFLIGW-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 2
- FMEICTQWUKNAGC-YUMQZZPRSA-N Leu-Gly-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O FMEICTQWUKNAGC-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- LAPSXOAUPNOINL-YUMQZZPRSA-N Leu-Gly-Asp Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O LAPSXOAUPNOINL-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- ZRHDPZAAWLXXIR-SRVKXCTJSA-N Leu-Lys-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O ZRHDPZAAWLXXIR-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- RRVCZCNFXIFGRA-DCAQKATOSA-N Leu-Pro-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O RRVCZCNFXIFGRA-DCAQKATOSA-N 0.000 description 2
- XOWMDXHFSBCAKQ-SRVKXCTJSA-N Leu-Ser-Leu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(C)C XOWMDXHFSBCAKQ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- ODRREERHVHMIPT-OEAJRASXSA-N Leu-Thr-Phe Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 ODRREERHVHMIPT-OEAJRASXSA-N 0.000 description 2
- HGLKOTPFWOMPOB-MEYUZBJRSA-N Leu-Thr-Tyr Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 HGLKOTPFWOMPOB-MEYUZBJRSA-N 0.000 description 2
- AXVIGSRGTMNSJU-YESZJQIVSA-N Leu-Tyr-Pro Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(C=C1)O)C(=O)N2CCC[C@@H]2C(=O)O)N AXVIGSRGTMNSJU-YESZJQIVSA-N 0.000 description 2
- CNXOBMMOYZPPGS-NUTKFTJISA-N Lys-Trp-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O CNXOBMMOYZPPGS-NUTKFTJISA-N 0.000 description 2
- RPWQJSBMXJSCPD-XUXIUFHCSA-N Lys-Val-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)CCCCN)C(C)C)C(O)=O RPWQJSBMXJSCPD-XUXIUFHCSA-N 0.000 description 2
- GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N Maltose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)OC(O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N 0.000 description 2
- DNDVVILEHVMWIS-LPEHRKFASA-N Met-Asp-Pro Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N DNDVVILEHVMWIS-LPEHRKFASA-N 0.000 description 2
- NCVJJAJVWILAGI-SRVKXCTJSA-N Met-Gln-Lys Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N NCVJJAJVWILAGI-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- NDJSSFWDYDUQID-YTWAJWBKSA-N Met-Thr-Pro Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCSC)N)O NDJSSFWDYDUQID-YTWAJWBKSA-N 0.000 description 2
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 2
- IMNFDUFMRHMDMM-UHFFFAOYSA-N N-Heptane Chemical compound CCCCCCC IMNFDUFMRHMDMM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- AJHCSUXXECOXOY-UHFFFAOYSA-N N-glycyl-L-tryptophan Natural products C1=CC=C2C(CC(NC(=O)CN)C(O)=O)=CNC2=C1 AJHCSUXXECOXOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010002311 N-glycylglutamic acid Proteins 0.000 description 2
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 2
- LLGTYVHITPVGKR-RYUDHWBXSA-N Phe-Gln-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)NCC(O)=O LLGTYVHITPVGKR-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 2
- HOYQLNNGMHXZDW-KKUMJFAQSA-N Phe-Glu-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O HOYQLNNGMHXZDW-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 2
- KAJLHCWRWDSROH-BZSNNMDCSA-N Phe-Phe-Asp Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 KAJLHCWRWDSROH-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 2
- GRVMHFCZUIYNKQ-UFYCRDLUSA-N Phe-Phe-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O GRVMHFCZUIYNKQ-UFYCRDLUSA-N 0.000 description 2
- IPFXYNKCXYGSSV-KKUMJFAQSA-N Phe-Ser-Lys Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N IPFXYNKCXYGSSV-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 2
- 241000512220 Polaromonas Species 0.000 description 2
- CQZNGNCAIXMAIQ-UBHSHLNASA-N Pro-Ala-Phe Chemical compound C[C@H](NC(=O)[C@@H]1CCCN1)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(O)=O CQZNGNCAIXMAIQ-UBHSHLNASA-N 0.000 description 2
- 101100055324 Pseudomonas oleovorans alkL gene Proteins 0.000 description 2
- NLQUOHDCLSFABG-GUBZILKMSA-N Ser-Arg-Arg Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](NC(=O)[C@H](CO)N)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(O)=O NLQUOHDCLSFABG-GUBZILKMSA-N 0.000 description 2
- GZFAWAQTEYDKII-YUMQZZPRSA-N Ser-Gly-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CO GZFAWAQTEYDKII-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- OQPNSDWGAMFJNU-QWRGUYRKSA-N Ser-Gly-Tyr Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 OQPNSDWGAMFJNU-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 2
- IFPBAGJBHSNYPR-ZKWXMUAHSA-N Ser-Ile-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)NCC(O)=O IFPBAGJBHSNYPR-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- UGTZYIPOBYXWRW-SRVKXCTJSA-N Ser-Phe-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O UGTZYIPOBYXWRW-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- WLJPJRGQRNCIQS-ZLUOBGJFSA-N Ser-Ser-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O WLJPJRGQRNCIQS-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 2
- PCJLFYBAQZQOFE-KATARQTJSA-N Ser-Thr-Lys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CO)N)O PCJLFYBAQZQOFE-KATARQTJSA-N 0.000 description 2
- FRPNVPKQVFHSQY-BPUTZDHNSA-N Ser-Trp-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)NC(=O)[C@H](CO)N FRPNVPKQVFHSQY-BPUTZDHNSA-N 0.000 description 2
- 229920002472 Starch Polymers 0.000 description 2
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 2
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 2
- 241000605261 Thiomicrospira Species 0.000 description 2
- OYTNZCBFDXGQGE-XQXXSGGOSA-N Thr-Gln-Ala Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)O)N)O OYTNZCBFDXGQGE-XQXXSGGOSA-N 0.000 description 2
- RFKVQLIXNVEOMB-WEDXCCLWSA-N Thr-Leu-Gly Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(=O)O)N)O RFKVQLIXNVEOMB-WEDXCCLWSA-N 0.000 description 2
- FLPZMPOZGYPBEN-PPCPHDFISA-N Thr-Leu-Ile Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O FLPZMPOZGYPBEN-PPCPHDFISA-N 0.000 description 2
- 102000003929 Transaminases Human genes 0.000 description 2
- 108090000340 Transaminases Proteins 0.000 description 2
- BDWDMRSGCXEDMR-WFBYXXMGSA-N Trp-Ala-Asn Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)N BDWDMRSGCXEDMR-WFBYXXMGSA-N 0.000 description 2
- VPRHDRKAPYZMHL-SZMVWBNQSA-N Trp-Leu-Glu Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)=CNC2=C1 VPRHDRKAPYZMHL-SZMVWBNQSA-N 0.000 description 2
- VFJIWSJKZJTQII-SRVKXCTJSA-N Tyr-Asp-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O VFJIWSJKZJTQII-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- FGVFBDZSGQTYQX-UFYCRDLUSA-N Tyr-Phe-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O FGVFBDZSGQTYQX-UFYCRDLUSA-N 0.000 description 2
- NVJCMGGZHOJNBU-UFYCRDLUSA-N Tyr-Val-Phe Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC2=CC=C(C=C2)O)N NVJCMGGZHOJNBU-UFYCRDLUSA-N 0.000 description 2
- YFOCMOVJBQDBCE-NRPADANISA-N Val-Ala-Glu Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N YFOCMOVJBQDBCE-NRPADANISA-N 0.000 description 2
- WKWJJQZZZBBWKV-JYJNAYRXSA-N Val-Arg-Tyr Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](NC(=O)[C@@H](N)C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 WKWJJQZZZBBWKV-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 2
- COSLEEOIYRPTHD-YDHLFZDLSA-N Val-Asp-Tyr Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 COSLEEOIYRPTHD-YDHLFZDLSA-N 0.000 description 2
- URIRWLJVWHYLET-ONGXEEELSA-N Val-Gly-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)C(C)C URIRWLJVWHYLET-ONGXEEELSA-N 0.000 description 2
- QPPZEDOTPZOSEC-RCWTZXSCSA-N Val-Met-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](C(C)C)N)O QPPZEDOTPZOSEC-RCWTZXSCSA-N 0.000 description 2
- QSPOLEBZTMESFY-SRVKXCTJSA-N Val-Pro-Val Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O QSPOLEBZTMESFY-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- VIKZGAUAKQZDOF-NRPADANISA-N Val-Ser-Glu Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O VIKZGAUAKQZDOF-NRPADANISA-N 0.000 description 2
- YQYFYUSYEDNLSD-YEPSODPASA-N Val-Thr-Gly Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(O)=O YQYFYUSYEDNLSD-YEPSODPASA-N 0.000 description 2
- ZNGPROMGGGFOAA-JYJNAYRXSA-N Val-Tyr-Val Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 ZNGPROMGGGFOAA-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 2
- 125000002252 acyl group Chemical group 0.000 description 2
- 108010078114 alanyl-tryptophyl-alanine Proteins 0.000 description 2
- 108010070783 alanyltyrosine Proteins 0.000 description 2
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 2
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 2
- PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N arabinose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N 0.000 description 2
- 108010008355 arginyl-glutamine Proteins 0.000 description 2
- 108010084758 arginyl-tyrosyl-aspartic acid Proteins 0.000 description 2
- GLMQHZPGHAPYIO-UHFFFAOYSA-L azanium;2-hydroxypropane-1,2,3-tricarboxylate;iron(2+) Chemical compound [NH4+].[Fe+2].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O GLMQHZPGHAPYIO-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N beta-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 2
- GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N beta-maltose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N 0.000 description 2
- 239000006227 byproduct Substances 0.000 description 2
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 2
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 2
- 235000010980 cellulose Nutrition 0.000 description 2
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 2
- RGJOEKWQDUBAIZ-UHFFFAOYSA-N coenzime A Natural products OC1C(OP(O)(O)=O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC(C)(C)C(O)C(=O)NCCC(=O)NCCS)OC1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 RGJOEKWQDUBAIZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000005515 coenzyme Substances 0.000 description 2
- 239000005516 coenzyme A Substances 0.000 description 2
- 229940093530 coenzyme a Drugs 0.000 description 2
- KDTSHFARGAKYJN-UHFFFAOYSA-N dephosphocoenzyme A Natural products OC1C(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC(C)(C)C(O)C(=O)NCCC(=O)NCCS)OC1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 KDTSHFARGAKYJN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FSXRLASFHBWESK-UHFFFAOYSA-N dipeptide phenylalanyl-tyrosine Natural products C=1C=C(O)C=CC=1CC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 FSXRLASFHBWESK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 2
- 150000002191 fatty alcohols Chemical class 0.000 description 2
- 235000011187 glycerol Nutrition 0.000 description 2
- 108010081551 glycylphenylalanine Proteins 0.000 description 2
- 108010084389 glycyltryptophan Proteins 0.000 description 2
- DCAYPVUWAIABOU-UHFFFAOYSA-N hexadecane Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCC DCAYPVUWAIABOU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000036571 hydration Effects 0.000 description 2
- 238000006703 hydration reaction Methods 0.000 description 2
- 230000007062 hydrolysis Effects 0.000 description 2
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 description 2
- CBFCDTFDPHXCNY-UHFFFAOYSA-N icosane Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCCCCCC CBFCDTFDPHXCNY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 238000011081 inoculation Methods 0.000 description 2
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 2
- 239000004313 iron ammonium citrate Substances 0.000 description 2
- 235000000011 iron ammonium citrate Nutrition 0.000 description 2
- 229930027917 kanamycin Natural products 0.000 description 2
- 229960000318 kanamycin Drugs 0.000 description 2
- SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N kanamycin Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CN)O[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N 0.000 description 2
- 229930182823 kanamycin A Natural products 0.000 description 2
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 2
- 108010044056 leucyl-phenylalanine Proteins 0.000 description 2
- 108010038320 lysylphenylalanine Proteins 0.000 description 2
- 108010017391 lysylvaline Proteins 0.000 description 2
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 108010056582 methionylglutamic acid Proteins 0.000 description 2
- OJURWUUOVGOHJZ-UHFFFAOYSA-N methyl 2-[(2-acetyloxyphenyl)methyl-[2-[(2-acetyloxyphenyl)methyl-(2-methoxy-2-oxoethyl)amino]ethyl]amino]acetate Chemical compound C=1C=CC=C(OC(C)=O)C=1CN(CC(=O)OC)CCN(CC(=O)OC)CC1=CC=CC=C1OC(C)=O OJURWUUOVGOHJZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- XPQPWPZFBULGKT-UHFFFAOYSA-N methyl undecanoate Chemical compound CCCCCCCCCCC(=O)OC XPQPWPZFBULGKT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 235000013379 molasses Nutrition 0.000 description 2
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 2
- BKIMMITUMNQMOS-UHFFFAOYSA-N nonane Chemical compound CCCCCCCCC BKIMMITUMNQMOS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000012074 organic phase Substances 0.000 description 2
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 2
- YCOZIPAWZNQLMR-UHFFFAOYSA-N pentadecane Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCC YCOZIPAWZNQLMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010015796 prolylisoleucine Proteins 0.000 description 2
- 108010090894 prolylleucine Proteins 0.000 description 2
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 2
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 2
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 2
- 239000008107 starch Substances 0.000 description 2
- 235000019698 starch Nutrition 0.000 description 2
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 2
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 2
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 2
- BGHCVCJVXZWKCC-UHFFFAOYSA-N tetradecane Chemical compound CCCCCCCCCCCCCC BGHCVCJVXZWKCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 235000013619 trace mineral Nutrition 0.000 description 2
- 239000011573 trace mineral Substances 0.000 description 2
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 2
- IIYFAKIEWZDVMP-UHFFFAOYSA-N tridecane Chemical compound CCCCCCCCCCCCC IIYFAKIEWZDVMP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010015666 tryptophyl-leucyl-glutamic acid Proteins 0.000 description 2
- 108010051110 tyrosyl-lysine Proteins 0.000 description 2
- 108010003137 tyrosyltyrosine Proteins 0.000 description 2
- ZDPHROOEEOARMN-UHFFFAOYSA-N undecanoic acid Chemical compound CCCCCCCCCCC(O)=O ZDPHROOEEOARMN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000008158 vegetable oil Substances 0.000 description 2
- 235000013311 vegetables Nutrition 0.000 description 2
- 108010027345 wheylin-1 peptide Proteins 0.000 description 2
- 239000012138 yeast extract Substances 0.000 description 2
- BRPMXFSTKXXNHF-IUCAKERBSA-N (2s)-1-[2-[[(2s)-pyrrolidine-2-carbonyl]amino]acetyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)CNC(=O)[C@H]1NCCC1 BRPMXFSTKXXNHF-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- HASUJDLTAYUWCO-UHFFFAOYSA-N 2-aminoundecanoic acid Chemical compound CCCCCCCCCC(N)C(O)=O HASUJDLTAYUWCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100026105 3-ketoacyl-CoA thiolase, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- QFVHZQCOUORWEI-UHFFFAOYSA-N 4-[(4-anilino-5-sulfonaphthalen-1-yl)diazenyl]-5-hydroxynaphthalene-2,7-disulfonic acid Chemical compound C=12C(O)=CC(S(O)(=O)=O)=CC2=CC(S(O)(=O)=O)=CC=1N=NC(C1=CC=CC(=C11)S(O)(=O)=O)=CC=C1NC1=CC=CC=C1 QFVHZQCOUORWEI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000201860 Abiotrophia Species 0.000 description 1
- 241000007909 Acaryochloris Species 0.000 description 1
- 241001495178 Acetivibrio Species 0.000 description 1
- 241000589220 Acetobacter Species 0.000 description 1
- 241001135190 Acetohalobium Species 0.000 description 1
- 241000245942 Acetomicrobium Species 0.000 description 1
- 241000204396 Acetonema Species 0.000 description 1
- 241000590020 Achromobacter Species 0.000 description 1
- 241000604451 Acidaminococcus Species 0.000 description 1
- 241000588624 Acinetobacter calcoaceticus Species 0.000 description 1
- 241000588625 Acinetobacter sp. Species 0.000 description 1
- 241000606750 Actinobacillus Species 0.000 description 1
- 241000186046 Actinomyces Species 0.000 description 1
- 241000123663 Actinosynnema Species 0.000 description 1
- 102000057234 Acyl transferases Human genes 0.000 description 1
- 108700016155 Acyl transferases Proteins 0.000 description 1
- 241000193798 Aerococcus Species 0.000 description 1
- 241000203710 Aeromicrobium Species 0.000 description 1
- 241000607534 Aeromonas Species 0.000 description 1
- 241000190801 Afipia Species 0.000 description 1
- 241001024600 Aggregatibacter Species 0.000 description 1
- 241000589158 Agrobacterium Species 0.000 description 1
- 241001644116 Ahrensia Species 0.000 description 1
- 241000702460 Akkermansia Species 0.000 description 1
- RLMISHABBKUNFO-WHFBIAKZSA-N Ala-Ala-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC(O)=O RLMISHABBKUNFO-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- JBVSSSZFNTXJDX-YTLHQDLWSA-N Ala-Ala-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C)N JBVSSSZFNTXJDX-YTLHQDLWSA-N 0.000 description 1
- JBGSZRYCXBPWGX-BQBZGAKWSA-N Ala-Arg-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)C)CCCN=C(N)N JBGSZRYCXBPWGX-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- PXKLCFFSVLKOJM-ACZMJKKPSA-N Ala-Asn-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O PXKLCFFSVLKOJM-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- CVGNCMIULZNYES-WHFBIAKZSA-N Ala-Asn-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(O)=O CVGNCMIULZNYES-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- ZIBWKCRKNFYTPT-ZKWXMUAHSA-N Ala-Asn-Val Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O ZIBWKCRKNFYTPT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- WXERCAHAIKMTKX-ZLUOBGJFSA-N Ala-Asp-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O WXERCAHAIKMTKX-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- WDIYWDJLXOCGRW-ACZMJKKPSA-N Ala-Asp-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O WDIYWDJLXOCGRW-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- KRHRBKYBJXMYBB-WHFBIAKZSA-N Ala-Cys-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)NCC(O)=O KRHRBKYBJXMYBB-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- JPGBXANAQYHTLA-DRZSPHRISA-N Ala-Gln-Phe Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 JPGBXANAQYHTLA-DRZSPHRISA-N 0.000 description 1
- OMMDTNGURYRDAC-NRPADANISA-N Ala-Glu-Val Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O OMMDTNGURYRDAC-NRPADANISA-N 0.000 description 1
- WGDNWOMKBUXFHR-BQBZGAKWSA-N Ala-Gly-Arg Chemical compound C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N WGDNWOMKBUXFHR-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- NHLAEBFGWPXFGI-WHFBIAKZSA-N Ala-Gly-Asn Chemical compound C[C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)N NHLAEBFGWPXFGI-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- QHASENCZLDHBGX-ONGXEEELSA-N Ala-Gly-Phe Chemical compound C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 QHASENCZLDHBGX-ONGXEEELSA-N 0.000 description 1
- 108010076441 Ala-His-His Proteins 0.000 description 1
- HHRAXZAYZFFRAM-CIUDSAMLSA-N Ala-Leu-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O HHRAXZAYZFFRAM-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- CCDFBRZVTDDJNM-GUBZILKMSA-N Ala-Leu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O CCDFBRZVTDDJNM-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- MNZHHDPWDWQJCQ-YUMQZZPRSA-N Ala-Leu-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(O)=O MNZHHDPWDWQJCQ-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- WUHJHHGYVVJMQE-BJDJZHNGSA-N Ala-Leu-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O WUHJHHGYVVJMQE-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 1
- MEFILNJXAVSUTO-JXUBOQSCSA-N Ala-Leu-Thr Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O MEFILNJXAVSUTO-JXUBOQSCSA-N 0.000 description 1
- IHRGVZXPTIQNIP-NAKRPEOUSA-N Ala-Met-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](C)N IHRGVZXPTIQNIP-NAKRPEOUSA-N 0.000 description 1
- CJQAEJMHBAOQHA-DLOVCJGASA-N Ala-Phe-Asn Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)N CJQAEJMHBAOQHA-DLOVCJGASA-N 0.000 description 1
- KYDYGANDJHFBCW-DRZSPHRISA-N Ala-Phe-Gln Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)O)N KYDYGANDJHFBCW-DRZSPHRISA-N 0.000 description 1
- RUXQNKVQSKOOBS-JURCDPSOSA-N Ala-Phe-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O RUXQNKVQSKOOBS-JURCDPSOSA-N 0.000 description 1
- GMGWOTQMUKYZIE-UBHSHLNASA-N Ala-Pro-Phe Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 GMGWOTQMUKYZIE-UBHSHLNASA-N 0.000 description 1
- DCVYRWFAMZFSDA-ZLUOBGJFSA-N Ala-Ser-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O DCVYRWFAMZFSDA-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- WNHNMKOFKCHKKD-BFHQHQDPSA-N Ala-Thr-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(O)=O WNHNMKOFKCHKKD-BFHQHQDPSA-N 0.000 description 1
- QOIGKCBMXUCDQU-KDXUFGMBSA-N Ala-Thr-Pro Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@H](C)N)O QOIGKCBMXUCDQU-KDXUFGMBSA-N 0.000 description 1
- KTXKIYXZQFWJKB-VZFHVOOUSA-N Ala-Thr-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O KTXKIYXZQFWJKB-VZFHVOOUSA-N 0.000 description 1
- IETUUAHKCHOQHP-KZVJFYERSA-N Ala-Thr-Val Chemical compound CC(C)[C@H](NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](C)N)[C@@H](C)O)C(O)=O IETUUAHKCHOQHP-KZVJFYERSA-N 0.000 description 1
- TVUFMYKTYXTRPY-HERUPUMHSA-N Ala-Trp-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O TVUFMYKTYXTRPY-HERUPUMHSA-N 0.000 description 1
- AENHOIXXHKNIQL-AUTRQRHGSA-N Ala-Tyr-Ala Chemical compound [O-]C(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H]([NH3+])C)CC1=CC=C(O)C=C1 AENHOIXXHKNIQL-AUTRQRHGSA-N 0.000 description 1
- MTDDMSUUXNQMKK-BPNCWPANSA-N Ala-Tyr-Arg Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(C=C1)O)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)O)N MTDDMSUUXNQMKK-BPNCWPANSA-N 0.000 description 1
- 241000611272 Alcanivorax Species 0.000 description 1
- 241001156619 Alicycliphilus Species 0.000 description 1
- 241001147780 Alicyclobacillus Species 0.000 description 1
- 241000672932 Aliivibrio Species 0.000 description 1
- 241000916424 Alkalilimnicola Species 0.000 description 1
- 241000197729 Alkaliphilus Species 0.000 description 1
- 241001655243 Allochromatium Species 0.000 description 1
- 241000947840 Alteromonadales Species 0.000 description 1
- 241000590031 Alteromonas Species 0.000 description 1
- 241001621848 Aminobacterium Species 0.000 description 1
- 241001621927 Aminomonas Species 0.000 description 1
- 241000147157 Ammonifex Species 0.000 description 1
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-O Ammonium Chemical compound [NH4+] QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 1
- 241000187643 Amycolatopsis Species 0.000 description 1
- 241000192542 Anabaena Species 0.000 description 1
- 241000379991 Anaerococcus Species 0.000 description 1
- 241000079561 Anaerofustis Species 0.000 description 1
- 241000633183 Anaerolinea Species 0.000 description 1
- 108020005544 Antisense RNA Proteins 0.000 description 1
- 101100434208 Arabidopsis thaliana ACT9 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100388296 Arabidopsis thaliana DTX51 gene Proteins 0.000 description 1
- DBKNLHKEVPZVQC-LPEHRKFASA-N Arg-Ala-Pro Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(O)=O DBKNLHKEVPZVQC-LPEHRKFASA-N 0.000 description 1
- OLDOLPWZEMHNIA-PJODQICGSA-N Arg-Ala-Trp Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(O)=O OLDOLPWZEMHNIA-PJODQICGSA-N 0.000 description 1
- USNSOPDIZILSJP-FXQIFTODSA-N Arg-Asn-Asn Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O USNSOPDIZILSJP-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- NTAZNGWBXRVEDJ-FXQIFTODSA-N Arg-Asp-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O NTAZNGWBXRVEDJ-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- TTXYKSADPSNOIF-IHRRRGAJSA-N Arg-Asp-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O TTXYKSADPSNOIF-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- IGULQRCJLQQPSM-DCAQKATOSA-N Arg-Cys-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O IGULQRCJLQQPSM-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- PTVGLOCPAVYPFG-CIUDSAMLSA-N Arg-Gln-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O PTVGLOCPAVYPFG-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- KBBKCNHWCDJPGN-GUBZILKMSA-N Arg-Gln-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O KBBKCNHWCDJPGN-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- BJNUAWGXPSHQMJ-DCAQKATOSA-N Arg-Gln-Met Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(O)=O BJNUAWGXPSHQMJ-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- NKBQZKVMKJJDLX-SRVKXCTJSA-N Arg-Glu-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O NKBQZKVMKJJDLX-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- UFBURHXMKFQVLM-CIUDSAMLSA-N Arg-Glu-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O UFBURHXMKFQVLM-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- NXDXECQFKHXHAM-HJGDQZAQSA-N Arg-Glu-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O NXDXECQFKHXHAM-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- AUFHLLPVPSMEOG-YUMQZZPRSA-N Arg-Gly-Glu Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O AUFHLLPVPSMEOG-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- HCIUUZGFTDTEGM-NAKRPEOUSA-N Arg-Ile-Cys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N HCIUUZGFTDTEGM-NAKRPEOUSA-N 0.000 description 1
- HJDNZFIYILEIKR-OSUNSFLBSA-N Arg-Ile-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O HJDNZFIYILEIKR-OSUNSFLBSA-N 0.000 description 1
- MJINRRBEMOLJAK-DCAQKATOSA-N Arg-Lys-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@@H](N)CCCN=C(N)N MJINRRBEMOLJAK-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- QBQVKUNBCAFXSV-ULQDDVLXSA-N Arg-Lys-Tyr Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 QBQVKUNBCAFXSV-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- VVJTWSRNMJNDPN-IUCAKERBSA-N Arg-Met-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)NCC(O)=O VVJTWSRNMJNDPN-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- ZEBDYGZVMMKZNB-SRVKXCTJSA-N Arg-Met-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N ZEBDYGZVMMKZNB-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- KZXPVYVSHUJCEO-ULQDDVLXSA-N Arg-Phe-Lys Chemical compound NC(=N)NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 KZXPVYVSHUJCEO-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- XFXZKCRBBOVJKS-BVSLBCMMSA-N Arg-Phe-Trp Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 XFXZKCRBBOVJKS-BVSLBCMMSA-N 0.000 description 1
- ISJWBVIYRBAXEB-CIUDSAMLSA-N Arg-Ser-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O ISJWBVIYRBAXEB-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- BECXEHHOZNFFFX-IHRRRGAJSA-N Arg-Ser-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O BECXEHHOZNFFFX-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- OQPAZKMGCWPERI-GUBZILKMSA-N Arg-Ser-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O OQPAZKMGCWPERI-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- UZSQXCMNUPKLCC-FJXKBIBVSA-N Arg-Thr-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(O)=O UZSQXCMNUPKLCC-FJXKBIBVSA-N 0.000 description 1
- RYQSYXFGFOTJDJ-RHYQMDGZSA-N Arg-Thr-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O RYQSYXFGFOTJDJ-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- QUBKBPZGMZWOKQ-SZMVWBNQSA-N Arg-Trp-Arg Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(O)=O)=CNC2=C1 QUBKBPZGMZWOKQ-SZMVWBNQSA-N 0.000 description 1
- UVTGNSWSRSCPLP-UHFFFAOYSA-N Arg-Tyr Natural products NC(CCNC(=N)N)C(=O)NC(Cc1ccc(O)cc1)C(=O)O UVTGNSWSRSCPLP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NVPHRWNWTKYIST-BPNCWPANSA-N Arg-Tyr-Ala Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 NVPHRWNWTKYIST-BPNCWPANSA-N 0.000 description 1
- PJOPLXOCKACMLK-KKUMJFAQSA-N Arg-Tyr-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O PJOPLXOCKACMLK-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- JYHIVHINLJUIEG-BVSLBCMMSA-N Arg-Tyr-Trp Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(O)=O JYHIVHINLJUIEG-BVSLBCMMSA-N 0.000 description 1
- WOZDCBHUGJVJPL-AVGNSLFASA-N Arg-Val-Lys Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N WOZDCBHUGJVJPL-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- FXGMURPOWCKNAZ-JYJNAYRXSA-N Arg-Val-Phe Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 FXGMURPOWCKNAZ-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- VDCIPFYVCICPEC-FXQIFTODSA-N Asn-Arg-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O VDCIPFYVCICPEC-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- GMRGSBAMMMVDGG-GUBZILKMSA-N Asn-Arg-Arg Chemical compound C(C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N)CN=C(N)N GMRGSBAMMMVDGG-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- POOCJCRBHHMAOS-FXQIFTODSA-N Asn-Arg-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O POOCJCRBHHMAOS-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- NLCDVZJDEXIDDL-BIIVOSGPSA-N Asn-Asn-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N)C(=O)O NLCDVZJDEXIDDL-BIIVOSGPSA-N 0.000 description 1
- BVLIJXXSXBUGEC-SRVKXCTJSA-N Asn-Asn-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O BVLIJXXSXBUGEC-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- IYVSIZAXNLOKFQ-BYULHYEWSA-N Asn-Asp-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O IYVSIZAXNLOKFQ-BYULHYEWSA-N 0.000 description 1
- FAEFJTCTNZTPHX-ACZMJKKPSA-N Asn-Gln-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O FAEFJTCTNZTPHX-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- IHUJUZBUOFTIOB-QEJZJMRPSA-N Asn-Gln-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(=C1)C(=CN2)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N IHUJUZBUOFTIOB-QEJZJMRPSA-N 0.000 description 1
- GNKVBRYFXYWXAB-WDSKDSINSA-N Asn-Glu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O GNKVBRYFXYWXAB-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- CTQIOCMSIJATNX-WHFBIAKZSA-N Asn-Gly-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O CTQIOCMSIJATNX-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- UDSVWSUXKYXSTR-QWRGUYRKSA-N Asn-Gly-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O UDSVWSUXKYXSTR-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- YGHCVNQOZZMHRZ-DJFWLOJKSA-N Asn-His-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CN=CN1)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N YGHCVNQOZZMHRZ-DJFWLOJKSA-N 0.000 description 1
- NKLRWRRVYGQNIH-GHCJXIJMSA-N Asn-Ile-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O NKLRWRRVYGQNIH-GHCJXIJMSA-N 0.000 description 1
- WIDVAWAQBRAKTI-YUMQZZPRSA-N Asn-Leu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(O)=O WIDVAWAQBRAKTI-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- GLWFAWNYGWBMOC-SRVKXCTJSA-N Asn-Leu-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O GLWFAWNYGWBMOC-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- UBGGJTMETLEXJD-DCAQKATOSA-N Asn-Leu-Met Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(O)=O UBGGJTMETLEXJD-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- JLNFZLNDHONLND-GARJFASQSA-N Asn-Leu-Pro Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N JLNFZLNDHONLND-GARJFASQSA-N 0.000 description 1
- DJIMLSXHXKWADV-CIUDSAMLSA-N Asn-Leu-Ser Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DJIMLSXHXKWADV-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- JWKDQOORUCYUIW-ZPFDUUQYSA-N Asn-Lys-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O JWKDQOORUCYUIW-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 1
- GIQCDTKOIPUDSG-GARJFASQSA-N Asn-Lys-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N)C(=O)O GIQCDTKOIPUDSG-GARJFASQSA-N 0.000 description 1
- VOKWBBBXJONREA-DCAQKATOSA-N Asn-Met-His Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N VOKWBBBXJONREA-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- PLTGTJAZQRGMPP-FXQIFTODSA-N Asn-Pro-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@@H](N)CC(N)=O PLTGTJAZQRGMPP-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- PUUPMDXIHCOPJU-HJGDQZAQSA-N Asn-Thr-Lys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N)O PUUPMDXIHCOPJU-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- BEHQTVDBCLSCBY-CFMVVWHZSA-N Asn-Tyr-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O BEHQTVDBCLSCBY-CFMVVWHZSA-N 0.000 description 1
- DATSKXOXPUAOLK-KKUMJFAQSA-N Asn-Tyr-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O DATSKXOXPUAOLK-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- DPWDPEVGACCWTC-SRVKXCTJSA-N Asn-Tyr-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O DPWDPEVGACCWTC-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- XEGZSHSPQNDNRH-JRQIVUDYSA-N Asn-Tyr-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O XEGZSHSPQNDNRH-JRQIVUDYSA-N 0.000 description 1
- WQAOZCVOOYUWKG-LSJOCFKGSA-N Asn-Val-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N WQAOZCVOOYUWKG-LSJOCFKGSA-N 0.000 description 1
- WSOKZUVWBXVJHX-CIUDSAMLSA-N Asp-Arg-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O WSOKZUVWBXVJHX-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- ZELQAFZSJOBEQS-ACZMJKKPSA-N Asp-Asn-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O ZELQAFZSJOBEQS-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- ICTXFVKYAGQURS-UBHSHLNASA-N Asp-Asn-Trp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(O)=O ICTXFVKYAGQURS-UBHSHLNASA-N 0.000 description 1
- TVVYVAUGRHNTGT-UGYAYLCHSA-N Asp-Asp-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O TVVYVAUGRHNTGT-UGYAYLCHSA-N 0.000 description 1
- BKXPJCBEHWFSTF-ACZMJKKPSA-N Asp-Gln-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O BKXPJCBEHWFSTF-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- CSEJMKNZDCJYGJ-XHNCKOQMSA-N Asp-Gln-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CCC(=O)N)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N)C(=O)O CSEJMKNZDCJYGJ-XHNCKOQMSA-N 0.000 description 1
- VFUXXFVCYZPOQG-WDSKDSINSA-N Asp-Glu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O VFUXXFVCYZPOQG-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- LTXGDRFJRZSZAV-CIUDSAMLSA-N Asp-Glu-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N LTXGDRFJRZSZAV-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- TVIZQBFURPLQDV-DJFWLOJKSA-N Asp-His-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CN=CN1)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N TVIZQBFURPLQDV-DJFWLOJKSA-N 0.000 description 1
- DWOGMPWRQQWPPF-GUBZILKMSA-N Asp-Leu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O DWOGMPWRQQWPPF-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- HKEZZWQWXWGASX-KKUMJFAQSA-N Asp-Leu-Phe Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 HKEZZWQWXWGASX-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- IDDMGSKZQDEDGA-SRVKXCTJSA-N Asp-Phe-Asn Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 IDDMGSKZQDEDGA-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- DINOVZWPTMGSRF-QXEWZRGKSA-N Asp-Pro-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O DINOVZWPTMGSRF-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 1
- OFYVKOXTTDCUIL-FXQIFTODSA-N Asp-Ser-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N OFYVKOXTTDCUIL-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- IWLZBRTUIVXZJD-OLHMAJIHSA-N Asp-Thr-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O IWLZBRTUIVXZJD-OLHMAJIHSA-N 0.000 description 1
- JSNWZMFSLIWAHS-HJGDQZAQSA-N Asp-Thr-Leu Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N)O JSNWZMFSLIWAHS-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- UEFODXNXUAVPTC-VEVYYDQMSA-N Asp-Thr-Met Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N)O UEFODXNXUAVPTC-VEVYYDQMSA-N 0.000 description 1
- JDDYEZGPYBBPBN-JRQIVUDYSA-N Asp-Thr-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O JDDYEZGPYBBPBN-JRQIVUDYSA-N 0.000 description 1
- XOASPVGNFAMYBD-WFBYXXMGSA-N Asp-Trp-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O XOASPVGNFAMYBD-WFBYXXMGSA-N 0.000 description 1
- MFDPBZAFCRKYEY-LAEOZQHASA-N Asp-Val-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O MFDPBZAFCRKYEY-LAEOZQHASA-N 0.000 description 1
- GIKOVDMXBAFXDF-NHCYSSNCSA-N Asp-Val-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O GIKOVDMXBAFXDF-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- RKXVTTIQNKPCHU-KKHAAJSZSA-N Asp-Val-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O RKXVTTIQNKPCHU-KKHAAJSZSA-N 0.000 description 1
- 241000589151 Azotobacter Species 0.000 description 1
- 241000193830 Bacillus <bacterium> Species 0.000 description 1
- 241000194110 Bacillus sp. (in: Bacteria) Species 0.000 description 1
- 108010077805 Bacterial Proteins Proteins 0.000 description 1
- 241000606660 Bartonella Species 0.000 description 1
- 241000053954 Basfia Species 0.000 description 1
- 241000604933 Bdellovibrio Species 0.000 description 1
- 241000190909 Beggiatoa Species 0.000 description 1
- 241000588882 Beijerinckia Species 0.000 description 1
- 241000370812 Bermanella Species 0.000 description 1
- 241001661340 Beutenbergia Species 0.000 description 1
- 241000186000 Bifidobacterium Species 0.000 description 1
- 241001495171 Bilophila Species 0.000 description 1
- 241000084441 Blastopirellula Species 0.000 description 1
- 241001202853 Blautia Species 0.000 description 1
- 241000588807 Bordetella Species 0.000 description 1
- 241000589968 Borrelia Species 0.000 description 1
- 241000186312 Brevibacterium sp. Species 0.000 description 1
- 241001453698 Buchnera <proteobacteria> Species 0.000 description 1
- 241000249959 Bulleidia Species 0.000 description 1
- 241001453380 Burkholderia Species 0.000 description 1
- 241001508395 Burkholderia sp. Species 0.000 description 1
- 241000605902 Butyrivibrio Species 0.000 description 1
- 241000199490 Caldalkalibacillus Species 0.000 description 1
- 241000178334 Caldicellulosiruptor Species 0.000 description 1
- 241000147353 Calditerrivibrio Species 0.000 description 1
- 241001425406 Caminibacter Species 0.000 description 1
- 108010088986 Camphor 5-Monooxygenase Proteins 0.000 description 1
- 241000589876 Campylobacter Species 0.000 description 1
- 241000222120 Candida <Saccharomycetales> Species 0.000 description 1
- 241000016680 Candidatus Accumulibacter Species 0.000 description 1
- 241001519501 Candidatus Baumannia Species 0.000 description 1
- 241001181033 Candidatus Blochmannia Species 0.000 description 1
- 241000189502 Candidatus Carsonella Species 0.000 description 1
- 241001496650 Candidatus Desulforudis Species 0.000 description 1
- 241000877149 Candidatus Endoriftia Species 0.000 description 1
- 241000918666 Candidatus Hamiltonella Species 0.000 description 1
- 241001205295 Candidatus Hodgkinia Species 0.000 description 1
- 241000263905 Candidatus Koribacter Species 0.000 description 1
- 241001660763 Candidatus Odyssella Species 0.000 description 1
- 241001518976 Candidatus Pelagibacter Species 0.000 description 1
- 241000084009 Candidatus Poribacteria Species 0.000 description 1
- 241000327159 Candidatus Puniceispirillum Species 0.000 description 1
- 241000588084 Candidatus Riesia Species 0.000 description 1
- 241000734222 Candidatus Zinderia Species 0.000 description 1
- KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-N Carbamic acid Chemical class NC(O)=O KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000620141 Carboxydothermus Species 0.000 description 1
- 241000207206 Cardiobacterium Species 0.000 description 1
- 241000206594 Carnobacterium Species 0.000 description 1
- 241000946390 Catenibacterium Species 0.000 description 1
- 241001001250 Catenulispora Species 0.000 description 1
- 241000159556 Catonella Species 0.000 description 1
- 241000863012 Caulobacter Species 0.000 description 1
- 241000186321 Cellulomonas Species 0.000 description 1
- 241000863387 Cellvibrio Species 0.000 description 1
- 241001633683 Centipeda <firmicute> Species 0.000 description 1
- 241000486546 Chelativorans Species 0.000 description 1
- 241000195651 Chlorella sp. Species 0.000 description 1
- 241000192733 Chloroflexus Species 0.000 description 1
- 241000588881 Chromobacterium Species 0.000 description 1
- 241000142757 Chromohalobacter Species 0.000 description 1
- 241001176476 Chthoniobacter Species 0.000 description 1
- 241000782906 Citreicella Species 0.000 description 1
- 241000588923 Citrobacter Species 0.000 description 1
- 241001247823 Citromicrobium Species 0.000 description 1
- 241000186650 Clavibacter Species 0.000 description 1
- 241000193403 Clostridium Species 0.000 description 1
- 241000193464 Clostridium sp. Species 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- 241001464956 Collinsella Species 0.000 description 1
- 241001135744 Colwellia Species 0.000 description 1
- 241000589519 Comamonas Species 0.000 description 1
- 241001425834 Conexibacter Species 0.000 description 1
- 241000865251 Congregibacter Species 0.000 description 1
- 229910021591 Copper(I) chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 229910021592 Copper(II) chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 241001464948 Coprococcus Species 0.000 description 1
- 241000186226 Corynebacterium glutamicum Species 0.000 description 1
- 241000186249 Corynebacterium sp. Species 0.000 description 1
- 241000989055 Cronobacter Species 0.000 description 1
- 241001657377 Cryptobacterium Species 0.000 description 1
- 241001528480 Cupriavidus Species 0.000 description 1
- 241000414116 Cyanobium Species 0.000 description 1
- 241000159506 Cyanothece Species 0.000 description 1
- 241001299740 Cylindrospermopsis Species 0.000 description 1
- GMXSSZUVDNPRMA-FXQIFTODSA-N Cys-Arg-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O GMXSSZUVDNPRMA-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- XTHUKRLJRUVVBF-WHFBIAKZSA-N Cys-Gly-Ser Chemical compound SC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O XTHUKRLJRUVVBF-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- JRZMCSIUYGSJKP-ZKWXMUAHSA-N Cys-Val-Asn Chemical compound SC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O JRZMCSIUYGSJKP-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- YQEHNIKPAOPBNH-DCAQKATOSA-N Cys-Val-Lys Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)N YQEHNIKPAOPBNH-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- 102000018832 Cytochromes Human genes 0.000 description 1
- 108010052832 Cytochromes Proteins 0.000 description 1
- 108010090461 DFG peptide Proteins 0.000 description 1
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 1
- 241001245615 Dechloromonas Species 0.000 description 1
- 241000521195 Deferribacter Species 0.000 description 1
- 241000880396 Dehalococcoides Species 0.000 description 1
- 241000896321 Dehalogenimonas Species 0.000 description 1
- 241000192093 Deinococcus Species 0.000 description 1
- 241001600129 Delftia Species 0.000 description 1
- 241000229439 Denitrovibrio Species 0.000 description 1
- 241000579717 Dermacoccus Species 0.000 description 1
- 241000286316 Desmospora Species 0.000 description 1
- 241000776565 Desulfarculus Species 0.000 description 1
- 241001509319 Desulfitobacterium Species 0.000 description 1
- 241000868100 Desulfobacca Species 0.000 description 1
- 241000205145 Desulfobacterium Species 0.000 description 1
- 241000605802 Desulfobulbus Species 0.000 description 1
- 241000605829 Desulfococcus Species 0.000 description 1
- 241000192991 Desulfohalobium Species 0.000 description 1
- 241000605826 Desulfomicrobium Species 0.000 description 1
- 241000284132 Desulfonatronospira Species 0.000 description 1
- 241001560102 Desulfotalea Species 0.000 description 1
- 241000186541 Desulfotomaculum Species 0.000 description 1
- 241000605716 Desulfovibrio Species 0.000 description 1
- 241000865990 Desulfurispirillum Species 0.000 description 1
- 241000907196 Desulfurobacterium Species 0.000 description 1
- 241000605809 Desulfuromonas Species 0.000 description 1
- 241001391473 Dethiobacter Species 0.000 description 1
- 241000214011 Dethiosulfovibrio Species 0.000 description 1
- 241001535083 Dialister Species 0.000 description 1
- 241000606006 Dichelobacter Species 0.000 description 1
- 241001187099 Dickeya Species 0.000 description 1
- 241000863390 Dictyoglomus Species 0.000 description 1
- 241001524109 Dietzia Species 0.000 description 1
- 241000983824 Dinoroseobacter Species 0.000 description 1
- 241001143779 Dorea Species 0.000 description 1
- 241000607473 Edwardsiella <enterobacteria> Species 0.000 description 1
- 241000605314 Ehrlichia Species 0.000 description 1
- 241000588877 Eikenella Species 0.000 description 1
- 241001338693 Elusimicrobium Species 0.000 description 1
- 241001552883 Enhydrobacter Species 0.000 description 1
- 241000588914 Enterobacter Species 0.000 description 1
- 241000194033 Enterococcus Species 0.000 description 1
- 241000204588 Epulopiscium Species 0.000 description 1
- 241000588698 Erwinia Species 0.000 description 1
- 241000186811 Erysipelothrix Species 0.000 description 1
- 241000190844 Erythrobacter Species 0.000 description 1
- 241000588722 Escherichia Species 0.000 description 1
- 241001350695 Ethanoligenens Species 0.000 description 1
- 241001468125 Exiguobacterium Species 0.000 description 1
- 241001608234 Faecalibacterium Species 0.000 description 1
- 108030004411 Ferredoxin-NAD(+) reductases Proteins 0.000 description 1
- 108010046335 Ferredoxin-NADP Reductase Proteins 0.000 description 1
- 241000178316 Ferrimonas Species 0.000 description 1
- 241000206212 Fervidobacterium Species 0.000 description 1
- 241000605898 Fibrobacter Species 0.000 description 1
- 241001617393 Finegoldia Species 0.000 description 1
- 241000204479 Flexistipes Species 0.000 description 1
- 241000589601 Francisella Species 0.000 description 1
- 241000605909 Fusobacterium Species 0.000 description 1
- 241000012732 Gallibacterium Species 0.000 description 1
- 241000862970 Gallionella Species 0.000 description 1
- 241000207202 Gardnerella Species 0.000 description 1
- 241000193789 Gemella Species 0.000 description 1
- 241000589950 Gemmata Species 0.000 description 1
- 241000719958 Gemmatimonas Species 0.000 description 1
- 241000626621 Geobacillus Species 0.000 description 1
- 241001135750 Geobacter Species 0.000 description 1
- 241000187833 Geodermatophilus Species 0.000 description 1
- 241000032147 Glaciecola Species 0.000 description 1
- KVYVOGYEMPEXBT-GUBZILKMSA-N Gln-Ala-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O KVYVOGYEMPEXBT-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- NUMFTVCBONFQIQ-DRZSPHRISA-N Gln-Ala-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O NUMFTVCBONFQIQ-DRZSPHRISA-N 0.000 description 1
- DTMLKCYOQKZXKZ-HJGDQZAQSA-N Gln-Arg-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O DTMLKCYOQKZXKZ-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- KVXVVDFOZNYYKZ-DCAQKATOSA-N Gln-Gln-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O KVXVVDFOZNYYKZ-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- CLPQUWHBWXFJOX-BQBZGAKWSA-N Gln-Gly-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O CLPQUWHBWXFJOX-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- JXBZEDIQFFCHPZ-PEFMBERDSA-N Gln-Ile-Asp Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)N JXBZEDIQFFCHPZ-PEFMBERDSA-N 0.000 description 1
- HYPVLWGNBIYTNA-GUBZILKMSA-N Gln-Leu-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O HYPVLWGNBIYTNA-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- QKCZZAZNMMVICF-DCAQKATOSA-N Gln-Leu-Glu Chemical compound NC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O QKCZZAZNMMVICF-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- WEAVZFWWIPIANL-SRVKXCTJSA-N Gln-Lys-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)N WEAVZFWWIPIANL-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- XZLLTYBONVKGLO-SDDRHHMPSA-N Gln-Lys-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)N)C(=O)O XZLLTYBONVKGLO-SDDRHHMPSA-N 0.000 description 1
- KLKYKPXITJBSNI-CIUDSAMLSA-N Gln-Met-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O KLKYKPXITJBSNI-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- QBEWLBKBGXVVPD-RYUDHWBXSA-N Gln-Phe-Gly Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)NCC(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)N QBEWLBKBGXVVPD-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 1
- LPIKVBWNNVFHCQ-GUBZILKMSA-N Gln-Ser-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O LPIKVBWNNVFHCQ-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- GHAXJVNBAKGWEJ-AVGNSLFASA-N Gln-Ser-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O GHAXJVNBAKGWEJ-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- YRHZWVKUFWCEPW-GLLZPBPUSA-N Gln-Thr-Gln Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)N)O YRHZWVKUFWCEPW-GLLZPBPUSA-N 0.000 description 1
- 241001464794 Gloeobacter Species 0.000 description 1
- 241000257324 Glossina <genus> Species 0.000 description 1
- GCYFUZJHAXJKKE-KKUMJFAQSA-N Glu-Arg-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O GCYFUZJHAXJKKE-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- DSPQRJXOIXHOHK-WDSKDSINSA-N Glu-Asp-Gly Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O DSPQRJXOIXHOHK-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- PAQUJCSYVIBPLC-AVGNSLFASA-N Glu-Asp-Phe Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 PAQUJCSYVIBPLC-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- PNAOVYHADQRJQU-GUBZILKMSA-N Glu-Cys-His Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N PNAOVYHADQRJQU-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- CGOHAEBMDSEKFB-FXQIFTODSA-N Glu-Glu-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O CGOHAEBMDSEKFB-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- AIGROOHQXCACHL-WDSKDSINSA-N Glu-Gly-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O AIGROOHQXCACHL-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- DRLVXRQFROIYTD-GUBZILKMSA-N Glu-His-Asn Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N DRLVXRQFROIYTD-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- WVTIBGWZUMJBFY-GUBZILKMSA-N Glu-His-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O WVTIBGWZUMJBFY-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- VGUYMZGLJUJRBV-YVNDNENWSA-N Glu-Ile-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O VGUYMZGLJUJRBV-YVNDNENWSA-N 0.000 description 1
- PJBVXVBTTFZPHJ-GUBZILKMSA-N Glu-Leu-Asp Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N PJBVXVBTTFZPHJ-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- UGSVSNXPJJDJKL-SDDRHHMPSA-N Glu-Leu-Pro Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N UGSVSNXPJJDJKL-SDDRHHMPSA-N 0.000 description 1
- HRBYTAIBKPNZKQ-AVGNSLFASA-N Glu-Lys-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O HRBYTAIBKPNZKQ-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- HOIPREWORBVRLD-XIRDDKMYSA-N Glu-Met-Trp Chemical compound CSCC[C@H](NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)C(O)=O HOIPREWORBVRLD-XIRDDKMYSA-N 0.000 description 1
- UERORLSAFUHDGU-AVGNSLFASA-N Glu-Phe-Asn Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N UERORLSAFUHDGU-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- YRMZCZIRHYCNHX-RYUDHWBXSA-N Glu-Phe-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)NCC(O)=O YRMZCZIRHYCNHX-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 1
- SYAYROHMAIHWFB-KBIXCLLPSA-N Glu-Ser-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O SYAYROHMAIHWFB-KBIXCLLPSA-N 0.000 description 1
- DMYACXMQUABZIQ-NRPADANISA-N Glu-Ser-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O DMYACXMQUABZIQ-NRPADANISA-N 0.000 description 1
- CQGBSALYGOXQPE-HTUGSXCWSA-N Glu-Thr-Phe Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N)O CQGBSALYGOXQPE-HTUGSXCWSA-N 0.000 description 1
- JLCYOCDGIUZMKQ-JBACZVJFSA-N Glu-Trp-Phe Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC2=CNC3=CC=CC=C32)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N JLCYOCDGIUZMKQ-JBACZVJFSA-N 0.000 description 1
- QXUPRMQJDWJDFR-NRPADANISA-N Glu-Val-Ser Chemical compound CC(C)[C@H](NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O QXUPRMQJDWJDFR-NRPADANISA-N 0.000 description 1
- 241000032681 Gluconacetobacter Species 0.000 description 1
- QSDKBRMVXSWAQE-BFHQHQDPSA-N Gly-Ala-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)CN QSDKBRMVXSWAQE-BFHQHQDPSA-N 0.000 description 1
- QIZJOTQTCAGKPU-KWQFWETISA-N Gly-Ala-Tyr Chemical compound [NH3+]CC(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C([O-])=O)CC1=CC=C(O)C=C1 QIZJOTQTCAGKPU-KWQFWETISA-N 0.000 description 1
- JRDYDYXZKFNNRQ-XPUUQOCRSA-N Gly-Ala-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)CN JRDYDYXZKFNNRQ-XPUUQOCRSA-N 0.000 description 1
- JXYMPBCYRKWJEE-BQBZGAKWSA-N Gly-Arg-Ala Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O JXYMPBCYRKWJEE-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- UPOJUWHGMDJUQZ-IUCAKERBSA-N Gly-Arg-Arg Chemical compound NC(=N)NCCC[C@H](NC(=O)CN)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O UPOJUWHGMDJUQZ-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- GWCRIHNSVMOBEQ-BQBZGAKWSA-N Gly-Arg-Ser Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O GWCRIHNSVMOBEQ-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- XZRZILPOZBVTDB-GJZGRUSLSA-N Gly-Arg-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC(=O)CN)C(O)=O)=CNC2=C1 XZRZILPOZBVTDB-GJZGRUSLSA-N 0.000 description 1
- WJZLEENECIOOSA-WDSKDSINSA-N Gly-Asn-Gln Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)O WJZLEENECIOOSA-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- OCDLPQDYTJPWNG-YUMQZZPRSA-N Gly-Asn-Lys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)CN OCDLPQDYTJPWNG-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- BPQYBFAXRGMGGY-LAEOZQHASA-N Gly-Gln-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)NC(=O)CN BPQYBFAXRGMGGY-LAEOZQHASA-N 0.000 description 1
- BEQGFMIBZFNROK-JGVFFNPUSA-N Gly-Glu-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CCC(=O)O)NC(=O)CN)C(=O)O BEQGFMIBZFNROK-JGVFFNPUSA-N 0.000 description 1
- UFPXDFOYHVEIPI-BYPYZUCNSA-N Gly-Gly-Asp Chemical compound NCC(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O UFPXDFOYHVEIPI-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- QPCVIQJVRGXUSA-LURJTMIESA-N Gly-Gly-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)CN QPCVIQJVRGXUSA-LURJTMIESA-N 0.000 description 1
- ZKLYPEGLWFVRGF-IUCAKERBSA-N Gly-His-Gln Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O ZKLYPEGLWFVRGF-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- YFGONBOFGGWKKY-VHSXEESVSA-N Gly-His-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CC2=CN=CN2)NC(=O)CN)C(=O)O YFGONBOFGGWKKY-VHSXEESVSA-N 0.000 description 1
- LPCKHUXOGVNZRS-YUMQZZPRSA-N Gly-His-Ser Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O LPCKHUXOGVNZRS-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- SWQALSGKVLYKDT-ZKWXMUAHSA-N Gly-Ile-Ala Chemical compound NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O SWQALSGKVLYKDT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- SWQALSGKVLYKDT-UHFFFAOYSA-N Gly-Ile-Ala Natural products NCC(=O)NC(C(C)CC)C(=O)NC(C)C(O)=O SWQALSGKVLYKDT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SXJHOPPTOJACOA-QXEWZRGKSA-N Gly-Ile-Arg Chemical compound NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N SXJHOPPTOJACOA-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 1
- UESJMAMHDLEHGM-NHCYSSNCSA-N Gly-Ile-Leu Chemical compound NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O UESJMAMHDLEHGM-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- FCKPEGOCSVZPNC-WHOFXGATSA-N Gly-Ile-Phe Chemical compound NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 FCKPEGOCSVZPNC-WHOFXGATSA-N 0.000 description 1
- PAWIVEIWWYGBAM-YUMQZZPRSA-N Gly-Leu-Ala Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O PAWIVEIWWYGBAM-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- LRQXRHGQEVWGPV-NHCYSSNCSA-N Gly-Leu-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)CN LRQXRHGQEVWGPV-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- UUYBFNKHOCJCHT-VHSXEESVSA-N Gly-Leu-Pro Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)CN UUYBFNKHOCJCHT-VHSXEESVSA-N 0.000 description 1
- NNCSJUBVFBDDLC-YUMQZZPRSA-N Gly-Leu-Ser Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O NNCSJUBVFBDDLC-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- JPAACTMBBBGAAR-HOTGVXAUSA-N Gly-Leu-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](NC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CC(C)C)C(O)=O)=CNC2=C1 JPAACTMBBBGAAR-HOTGVXAUSA-N 0.000 description 1
- VBOBNHSVQKKTOT-YUMQZZPRSA-N Gly-Lys-Ala Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O VBOBNHSVQKKTOT-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- WDEHMRNSGHVNOH-VHSXEESVSA-N Gly-Lys-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)CN)C(=O)O WDEHMRNSGHVNOH-VHSXEESVSA-N 0.000 description 1
- DBJYVKDPGIFXFO-BQBZGAKWSA-N Gly-Met-Ala Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O DBJYVKDPGIFXFO-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- MTBIKIMYHUWBRX-QWRGUYRKSA-N Gly-Phe-Asn Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)CN MTBIKIMYHUWBRX-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- YYXJFBMCOUSYSF-RYUDHWBXSA-N Gly-Phe-Gln Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O YYXJFBMCOUSYSF-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 1
- JNGHLWWFPGIJER-STQMWFEESA-N Gly-Pro-Tyr Chemical compound NCC(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 JNGHLWWFPGIJER-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- FKESCSGWBPUTPN-FOHZUACHSA-N Gly-Thr-Asn Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O FKESCSGWBPUTPN-FOHZUACHSA-N 0.000 description 1
- CQMFNTVQVLQRLT-JHEQGTHGSA-N Gly-Thr-Gln Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O CQMFNTVQVLQRLT-JHEQGTHGSA-N 0.000 description 1
- ZZWUYQXMIFTIIY-WEDXCCLWSA-N Gly-Thr-Leu Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O ZZWUYQXMIFTIIY-WEDXCCLWSA-N 0.000 description 1
- TVTZEOHWHUVYCG-KYNKHSRBSA-N Gly-Thr-Thr Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O TVTZEOHWHUVYCG-KYNKHSRBSA-N 0.000 description 1
- HQSKKSLNLSTONK-JTQLQIEISA-N Gly-Tyr-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CC1=CC=C(O)C=C1 HQSKKSLNLSTONK-JTQLQIEISA-N 0.000 description 1
- GWCJMBNBFYBQCV-XPUUQOCRSA-N Gly-Val-Ala Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O GWCJMBNBFYBQCV-XPUUQOCRSA-N 0.000 description 1
- IZVICCORZOSGPT-JSGCOSHPSA-N Gly-Val-Tyr Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O IZVICCORZOSGPT-JSGCOSHPSA-N 0.000 description 1
- 241001559576 Halothiobacillus Species 0.000 description 1
- 241000589989 Helicobacter Species 0.000 description 1
- 241000207155 Heliobacterium Species 0.000 description 1
- 241000605016 Herbaspirillum Species 0.000 description 1
- 241000908229 Herminiimonas Species 0.000 description 1
- 241000863029 Herpetosiphon Species 0.000 description 1
- 241001659637 Hippea Species 0.000 description 1
- 241000207190 Hirschia Species 0.000 description 1
- SVHKVHBPTOMLTO-DCAQKATOSA-N His-Arg-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O SVHKVHBPTOMLTO-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- HIAHVKLTHNOENC-HGNGGELXSA-N His-Glu-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O HIAHVKLTHNOENC-HGNGGELXSA-N 0.000 description 1
- BQFGKVYHKCNEMF-DCAQKATOSA-N His-Glu-Gln Chemical compound NC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 BQFGKVYHKCNEMF-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- AKEDPWJFQULLPE-IUCAKERBSA-N His-Glu-Gly Chemical compound N[C@@H](Cc1cnc[nH]1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O AKEDPWJFQULLPE-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- RAVLQPXCMRCLKT-KBPBESRZSA-N His-Gly-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O RAVLQPXCMRCLKT-KBPBESRZSA-N 0.000 description 1
- FYTCLUIYTYFGPT-YUMQZZPRSA-N His-Gly-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O FYTCLUIYTYFGPT-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- KWBISLAEQZUYIC-UWJYBYFXSA-N His-His-Ala Chemical compound C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CN=CN1)NC(=O)[C@H](CC2=CN=CN2)N KWBISLAEQZUYIC-UWJYBYFXSA-N 0.000 description 1
- UVDDTHLDZBMBAV-SRVKXCTJSA-N His-His-Cys Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC2=CN=CN2)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)N UVDDTHLDZBMBAV-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- PMWSGVRIMIFXQH-KKUMJFAQSA-N His-His-Leu Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC=1NC=NC=1)C1=CN=CN1 PMWSGVRIMIFXQH-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- BZKDJRSZWLPJNI-SRVKXCTJSA-N His-His-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O BZKDJRSZWLPJNI-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- FSOXZQBMPBQKGJ-QSFUFRPTSA-N His-Ile-Ala Chemical compound [O-]C(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)CC)NC(=O)[C@@H]([NH3+])CC1=CN=CN1 FSOXZQBMPBQKGJ-QSFUFRPTSA-N 0.000 description 1
- UMBKDWGQESDCTO-KKUMJFAQSA-N His-Lys-Lys Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O UMBKDWGQESDCTO-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- AYUOWUNWZGTNKB-ULQDDVLXSA-N His-Phe-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O AYUOWUNWZGTNKB-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- BSVLMPMIXPQNKC-KBPBESRZSA-N His-Phe-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)NCC(O)=O BSVLMPMIXPQNKC-KBPBESRZSA-N 0.000 description 1
- ZVKDCQVQTGYBQT-LSJOCFKGSA-N His-Pro-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O ZVKDCQVQTGYBQT-LSJOCFKGSA-N 0.000 description 1
- PBVQWNDMFFCPIZ-ULQDDVLXSA-N His-Pro-Phe Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(O)=O)C1=CN=CN1 PBVQWNDMFFCPIZ-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- OWYIDJCNRWRSJY-QTKMDUPCSA-N His-Pro-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O OWYIDJCNRWRSJY-QTKMDUPCSA-N 0.000 description 1
- STGQSBKUYSPPIG-CIUDSAMLSA-N His-Ser-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 STGQSBKUYSPPIG-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- PZUZIHRPOVVHOT-KBPBESRZSA-N His-Tyr-Gly Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)NCC(O)=O)C1=CN=CN1 PZUZIHRPOVVHOT-KBPBESRZSA-N 0.000 description 1
- KDDKJKKQODQQBR-NHCYSSNCSA-N His-Val-Asp Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CN=CN1)N KDDKJKKQODQQBR-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- 241001581234 Histophilus Species 0.000 description 1
- 241000447715 Hoeflea Species 0.000 description 1
- 241000862469 Holdemania Species 0.000 description 1
- 101000836620 Homo sapiens Nucleic acid dioxygenase ALKBH1 Proteins 0.000 description 1
- 241000054208 Hoyosella Species 0.000 description 1
- 241001026343 Hydrogenivirga Species 0.000 description 1
- 241000426592 Hydrogenobaculum Species 0.000 description 1
- JRHFQUPIZOYKQP-KBIXCLLPSA-N Ile-Ala-Glu Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O JRHFQUPIZOYKQP-KBIXCLLPSA-N 0.000 description 1
- YPWHUFAAMNHMGS-QSFUFRPTSA-N Ile-Ala-His Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)N YPWHUFAAMNHMGS-QSFUFRPTSA-N 0.000 description 1
- WUEIUSDAECDLQO-NAKRPEOUSA-N Ile-Ala-Met Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)O)N WUEIUSDAECDLQO-NAKRPEOUSA-N 0.000 description 1
- TZCGZYWNIDZZMR-UHFFFAOYSA-N Ile-Arg-Ala Natural products CCC(C)C(N)C(=O)NC(C(=O)NC(C)C(O)=O)CCCN=C(N)N TZCGZYWNIDZZMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HZMLFETXHFHGBB-UGYAYLCHSA-N Ile-Asn-Asp Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)N HZMLFETXHFHGBB-UGYAYLCHSA-N 0.000 description 1
- NPROWIBAWYMPAZ-GUDRVLHUSA-N Ile-Asp-Pro Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N NPROWIBAWYMPAZ-GUDRVLHUSA-N 0.000 description 1
- DCQMJRSOGCYKTR-GHCJXIJMSA-N Ile-Asp-Ser Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O DCQMJRSOGCYKTR-GHCJXIJMSA-N 0.000 description 1
- CYHJCEKUMCNDFG-LAEOZQHASA-N Ile-Gln-Gly Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)NCC(=O)O)N CYHJCEKUMCNDFG-LAEOZQHASA-N 0.000 description 1
- NZOCIWKZUVUNDW-ZKWXMUAHSA-N Ile-Gly-Ala Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O NZOCIWKZUVUNDW-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- PDTMWFVVNZYWTR-NHCYSSNCSA-N Ile-Gly-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O PDTMWFVVNZYWTR-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- PWDSHAAAFXISLE-SXTJYALSSA-N Ile-Ile-Asp Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O PWDSHAAAFXISLE-SXTJYALSSA-N 0.000 description 1
- KLBVGHCGHUNHEA-BJDJZHNGSA-N Ile-Leu-Ala Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)O)N KLBVGHCGHUNHEA-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 1
- YGDWPQCLFJNMOL-MNXVOIDGSA-N Ile-Leu-Gln Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)O)N YGDWPQCLFJNMOL-MNXVOIDGSA-N 0.000 description 1
- PWUMCBLVWPCKNO-MGHWNKPDSA-N Ile-Leu-Tyr Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 PWUMCBLVWPCKNO-MGHWNKPDSA-N 0.000 description 1
- XLXPYSDGMXTTNQ-DKIMLUQUSA-N Ile-Phe-Leu Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O XLXPYSDGMXTTNQ-DKIMLUQUSA-N 0.000 description 1
- XLXPYSDGMXTTNQ-UHFFFAOYSA-N Ile-Phe-Leu Natural products CCC(C)C(N)C(=O)NC(C(=O)NC(CC(C)C)C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 XLXPYSDGMXTTNQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CIDLJWVDMNDKPT-FIRPJDEBSA-N Ile-Phe-Phe Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC2=CC=CC=C2)C(=O)O)N CIDLJWVDMNDKPT-FIRPJDEBSA-N 0.000 description 1
- KTNGVMMGIQWIDV-OSUNSFLBSA-N Ile-Pro-Thr Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O KTNGVMMGIQWIDV-OSUNSFLBSA-N 0.000 description 1
- JODPUDMBQBIWCK-GHCJXIJMSA-N Ile-Ser-Asn Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O JODPUDMBQBIWCK-GHCJXIJMSA-N 0.000 description 1
- VGSPNSSCMOHRRR-BJDJZHNGSA-N Ile-Ser-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N VGSPNSSCMOHRRR-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 1
- QHUREMVLLMNUAX-OSUNSFLBSA-N Ile-Thr-Val Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)O)N QHUREMVLLMNUAX-OSUNSFLBSA-N 0.000 description 1
- JTBFQNHKNRZJDS-SYWGBEHUSA-N Ile-Trp-Ala Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)O)N JTBFQNHKNRZJDS-SYWGBEHUSA-N 0.000 description 1
- RTSQPLLOYSGMKM-DSYPUSFNSA-N Ile-Trp-Leu Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)O)N RTSQPLLOYSGMKM-DSYPUSFNSA-N 0.000 description 1
- AUIYHFRUOOKTGX-UKJIMTQDSA-N Ile-Val-Gln Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)O)N AUIYHFRUOOKTGX-UKJIMTQDSA-N 0.000 description 1
- 108010065920 Insulin Lispro Proteins 0.000 description 1
- 241000157919 Jonesia Species 0.000 description 1
- 241001393951 Jonquetella Species 0.000 description 1
- 241000048242 Kangiella Species 0.000 description 1
- 241000320427 Ketogulonicigenium Species 0.000 description 1
- 241001468133 Kineococcus Species 0.000 description 1
- 241001454354 Kingella Species 0.000 description 1
- 241000588748 Klebsiella Species 0.000 description 1
- 241000579722 Kocuria Species 0.000 description 1
- 241000168423 Kosmotoga Species 0.000 description 1
- 241001063996 Kribbella Species 0.000 description 1
- 241001430082 Ktedonobacter Species 0.000 description 1
- 241000579706 Kytococcus Species 0.000 description 1
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- TYYLDKGBCJGJGW-UHFFFAOYSA-N L-tryptophan-L-tyrosine Natural products C=1NC2=CC=CC=C2C=1CC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 TYYLDKGBCJGJGW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241001582688 Labrenzia Species 0.000 description 1
- 241000186660 Lactobacillus Species 0.000 description 1
- 241000194036 Lactococcus Species 0.000 description 1
- 241000425901 Laribacter Species 0.000 description 1
- 239000005639 Lauric acid Substances 0.000 description 1
- 241001453171 Leptotrichia Species 0.000 description 1
- CQQGCWPXDHTTNF-GUBZILKMSA-N Leu-Ala-Glu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O CQQGCWPXDHTTNF-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- PBCHMHROGNUXMK-DLOVCJGASA-N Leu-Ala-His Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CN=CN1 PBCHMHROGNUXMK-DLOVCJGASA-N 0.000 description 1
- WSGXUIQTEZDVHJ-GARJFASQSA-N Leu-Ala-Pro Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(O)=O WSGXUIQTEZDVHJ-GARJFASQSA-N 0.000 description 1
- XBBKIIGCUMBKCO-JXUBOQSCSA-N Leu-Ala-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O XBBKIIGCUMBKCO-JXUBOQSCSA-N 0.000 description 1
- GRZSCTXVCDUIPO-SRVKXCTJSA-N Leu-Arg-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O GRZSCTXVCDUIPO-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- DBVWMYGBVFCRBE-CIUDSAMLSA-N Leu-Asn-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O DBVWMYGBVFCRBE-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- RFUBXQQFJFGJFV-GUBZILKMSA-N Leu-Asn-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O RFUBXQQFJFGJFV-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- KKXDHFKZWKLYGB-GUBZILKMSA-N Leu-Asn-Glu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)N KKXDHFKZWKLYGB-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- OIARJGNVARWKFP-YUMQZZPRSA-N Leu-Asn-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(O)=O OIARJGNVARWKFP-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- OXKYZSRZKBTVEY-ZPFDUUQYSA-N Leu-Asn-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O OXKYZSRZKBTVEY-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 1
- BPANDPNDMJHFEV-CIUDSAMLSA-N Leu-Asp-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O BPANDPNDMJHFEV-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- QLQHWWCSCLZUMA-KKUMJFAQSA-N Leu-Asp-Tyr Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 QLQHWWCSCLZUMA-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- VPKIQULSKFVCSM-SRVKXCTJSA-N Leu-Gln-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O VPKIQULSKFVCSM-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- CQGSYZCULZMEDE-UHFFFAOYSA-N Leu-Gln-Pro Natural products CC(C)CC(N)C(=O)NC(CCC(N)=O)C(=O)N1CCCC1C(O)=O CQGSYZCULZMEDE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WIDZHJTYKYBLSR-DCAQKATOSA-N Leu-Glu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O WIDZHJTYKYBLSR-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- ZFNLIDNJUWNIJL-WDCWCFNPSA-N Leu-Glu-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O ZFNLIDNJUWNIJL-WDCWCFNPSA-N 0.000 description 1
- CCQLQKZTXZBXTN-NHCYSSNCSA-N Leu-Gly-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O CCQLQKZTXZBXTN-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- XQXGNBFMAXWIGI-MXAVVETBSA-N Leu-His-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)CC(C)C)CC1=CN=CN1 XQXGNBFMAXWIGI-MXAVVETBSA-N 0.000 description 1
- DBSLVQBXKVKDKJ-BJDJZHNGSA-N Leu-Ile-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O DBSLVQBXKVKDKJ-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 1
- HGFGEMSVBMCFKK-MNXVOIDGSA-N Leu-Ile-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O HGFGEMSVBMCFKK-MNXVOIDGSA-N 0.000 description 1
- ZALAVHVPPOHAOL-XUXIUFHCSA-N Leu-Ile-Met Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)N ZALAVHVPPOHAOL-XUXIUFHCSA-N 0.000 description 1
- QLDHBYRUNQZIJQ-DKIMLUQUSA-N Leu-Ile-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O QLDHBYRUNQZIJQ-DKIMLUQUSA-N 0.000 description 1
- HRTRLSRYZZKPCO-BJDJZHNGSA-N Leu-Ile-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O HRTRLSRYZZKPCO-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 1
- LIINDKYIGYTDLG-PPCPHDFISA-N Leu-Ile-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O LIINDKYIGYTDLG-PPCPHDFISA-N 0.000 description 1
- DSFYPIUSAMSERP-IHRRRGAJSA-N Leu-Leu-Arg Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N DSFYPIUSAMSERP-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- KTOIECMYZZGVSI-BZSNNMDCSA-N Leu-Phe-His Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@@H](N)CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC=1NC=NC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 KTOIECMYZZGVSI-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- YUTNOGOMBNYPFH-XUXIUFHCSA-N Leu-Pro-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O YUTNOGOMBNYPFH-XUXIUFHCSA-N 0.000 description 1
- YRRCOJOXAJNSAX-IHRRRGAJSA-N Leu-Pro-Lys Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N YRRCOJOXAJNSAX-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- IRMLZWSRWSGTOP-CIUDSAMLSA-N Leu-Ser-Ala Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O IRMLZWSRWSGTOP-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- IDGZVZJLYFTXSL-DCAQKATOSA-N Leu-Ser-Arg Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N IDGZVZJLYFTXSL-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- AKVBOOKXVAMKSS-GUBZILKMSA-N Leu-Ser-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O AKVBOOKXVAMKSS-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- SBANPBVRHYIMRR-GARJFASQSA-N Leu-Ser-Pro Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N SBANPBVRHYIMRR-GARJFASQSA-N 0.000 description 1
- SBANPBVRHYIMRR-UHFFFAOYSA-N Leu-Ser-Pro Natural products CC(C)CC(N)C(=O)NC(CO)C(=O)N1CCCC1C(O)=O SBANPBVRHYIMRR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LCNASHSOFMRYFO-WDCWCFNPSA-N Leu-Thr-Gln Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(N)=O LCNASHSOFMRYFO-WDCWCFNPSA-N 0.000 description 1
- QWWPYKKLXWOITQ-VOAKCMCISA-N Leu-Thr-Leu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(C)C QWWPYKKLXWOITQ-VOAKCMCISA-N 0.000 description 1
- AIQWYVFNBNNOLU-RHYQMDGZSA-N Leu-Thr-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O AIQWYVFNBNNOLU-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- LSLUTXRANSUGFY-XIRDDKMYSA-N Leu-Trp-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O LSLUTXRANSUGFY-XIRDDKMYSA-N 0.000 description 1
- SEOXPEFQEOYURL-PMVMPFDFSA-N Leu-Tyr-Trp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(O)=O SEOXPEFQEOYURL-PMVMPFDFSA-N 0.000 description 1
- VKVDRTGWLVZJOM-DCAQKATOSA-N Leu-Val-Ser Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O VKVDRTGWLVZJOM-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- 241000192132 Leuconostoc Species 0.000 description 1
- 241001478324 Liberibacter Species 0.000 description 1
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 1
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 1
- 241000890160 Limnobacter Species 0.000 description 1
- 241000186781 Listeria Species 0.000 description 1
- 241001024519 Loktanella Species 0.000 description 1
- 102100033562 Long-chain-fatty-acid-CoA ligase ACSBG2 Human genes 0.000 description 1
- 239000006142 Luria-Bertani Agar Substances 0.000 description 1
- 208000016604 Lyme disease Diseases 0.000 description 1
- 241001134698 Lyngbya Species 0.000 description 1
- WSXTWLJHTLRFLW-SRVKXCTJSA-N Lys-Ala-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O WSXTWLJHTLRFLW-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- KNKHAVVBVXKOGX-JXUBOQSCSA-N Lys-Ala-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O KNKHAVVBVXKOGX-JXUBOQSCSA-N 0.000 description 1
- ABHIXYDMILIUKV-CIUDSAMLSA-N Lys-Asn-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O ABHIXYDMILIUKV-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- FACUGMGEFUEBTI-SRVKXCTJSA-N Lys-Asn-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN FACUGMGEFUEBTI-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- HKCCVDWHHTVVPN-CIUDSAMLSA-N Lys-Asp-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O HKCCVDWHHTVVPN-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- SSJBMGCZZXCGJJ-DCAQKATOSA-N Lys-Asp-Met Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(O)=O SSJBMGCZZXCGJJ-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- DRCILAJNUJKAHC-SRVKXCTJSA-N Lys-Glu-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O DRCILAJNUJKAHC-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- UETQMSASAVBGJY-QWRGUYRKSA-N Lys-Gly-His Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CNC=N1 UETQMSASAVBGJY-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- IUWMQCZOTYRXPL-ZPFDUUQYSA-N Lys-Ile-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O IUWMQCZOTYRXPL-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 1
- WBSCNDJQPKSPII-KKUMJFAQSA-N Lys-Lys-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O WBSCNDJQPKSPII-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- LUAJJLPHUXPQLH-KKUMJFAQSA-N Lys-Phe-Ser Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)N LUAJJLPHUXPQLH-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- CAVRAQIDHUPECU-UVOCVTCTSA-N Lys-Thr-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O CAVRAQIDHUPECU-UVOCVTCTSA-N 0.000 description 1
- NQOQDINRVQCAKD-ULQDDVLXSA-N Lys-Tyr-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CC=C(C=C1)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)N NQOQDINRVQCAKD-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- IKXQOBUBZSOWDY-AVGNSLFASA-N Lys-Val-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)N IKXQOBUBZSOWDY-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- 241000568397 Lysinibacillus Species 0.000 description 1
- 239000007993 MOPS buffer Substances 0.000 description 1
- 241000973040 Macrococcus Species 0.000 description 1
- 241000342361 Magnetococcus Species 0.000 description 1
- 241000721720 Magnetospirillum Species 0.000 description 1
- 241001346814 Mahella Species 0.000 description 1
- 241001293415 Mannheimia Species 0.000 description 1
- 241001261603 Maricaulis Species 0.000 description 1
- 241001105693 Marinithermus Species 0.000 description 1
- MUYQDMBLDFEVRJ-LSJOCFKGSA-N Met-Ala-His Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CNC=N1 MUYQDMBLDFEVRJ-LSJOCFKGSA-N 0.000 description 1
- ULNXMMYXQKGNPG-LPEHRKFASA-N Met-Ala-Pro Chemical compound C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCSC)N ULNXMMYXQKGNPG-LPEHRKFASA-N 0.000 description 1
- RJEFZSIVBHGRQJ-SRVKXCTJSA-N Met-Arg-Met Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(O)=O RJEFZSIVBHGRQJ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- YNOVBMBQSQTLFM-DCAQKATOSA-N Met-Asn-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O YNOVBMBQSQTLFM-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- RZJOHSFAEZBWLK-CIUDSAMLSA-N Met-Gln-Ser Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)N RZJOHSFAEZBWLK-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- MXEASDMFHUKOGE-ULQDDVLXSA-N Met-His-Tyr Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)N[C@@H](CC2=CC=C(C=C2)O)C(=O)O)N MXEASDMFHUKOGE-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- GETCJHFFECHWHI-QXEWZRGKSA-N Met-Ile-Gly Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)NCC(=O)O)NC(=O)[C@H](CCSC)N GETCJHFFECHWHI-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 1
- UROWNMBTQGGTHB-DCAQKATOSA-N Met-Leu-Asp Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O UROWNMBTQGGTHB-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- KRLKICLNEICJGV-STQMWFEESA-N Met-Phe-Gly Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)NCC(O)=O)CC1=CC=CC=C1 KRLKICLNEICJGV-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- XIGAHPDZLAYQOS-SRVKXCTJSA-N Met-Pro-Pro Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N1[C@H](C(O)=O)CCC1 XIGAHPDZLAYQOS-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- SMVTWPOATVIXTN-NAKRPEOUSA-N Met-Ser-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O SMVTWPOATVIXTN-NAKRPEOUSA-N 0.000 description 1
- FIZZULTXMVEIAA-IHRRRGAJSA-N Met-Ser-Phe Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 FIZZULTXMVEIAA-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- VYXIKLFLGRTANT-HRCADAONSA-N Met-Tyr-Pro Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(C=C1)O)C(=O)N2CCC[C@@H]2C(=O)O)N VYXIKLFLGRTANT-HRCADAONSA-N 0.000 description 1
- 241001303121 Methylibium Species 0.000 description 1
- 241000589325 Methylobacillus Species 0.000 description 1
- 241000589350 Methylobacter Species 0.000 description 1
- 241000589323 Methylobacterium Species 0.000 description 1
- 241000589345 Methylococcus Species 0.000 description 1
- 241000589966 Methylocystis Species 0.000 description 1
- 241001533203 Methylomicrobium Species 0.000 description 1
- 241000122248 Methylophaga Species 0.000 description 1
- 241000589354 Methylosinus Species 0.000 description 1
- 241000198659 Methyloversatilis Species 0.000 description 1
- 241001608865 Methylovorus Species 0.000 description 1
- 241001467578 Microbacterium Species 0.000 description 1
- 241000192041 Micrococcus Species 0.000 description 1
- 241000179980 Microcoleus Species 0.000 description 1
- 241000192701 Microcystis Species 0.000 description 1
- 241001148170 Microlunatus Species 0.000 description 1
- 241000187708 Micromonospora Species 0.000 description 1
- 241000509624 Mitsuokella Species 0.000 description 1
- 241000203736 Mobiluncus Species 0.000 description 1
- 241000178985 Moorella Species 0.000 description 1
- 241000588621 Moraxella Species 0.000 description 1
- 241000592260 Moritella Species 0.000 description 1
- 101100390398 Mus musculus Ptk2 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000186359 Mycobacterium Species 0.000 description 1
- 241000863420 Myxococcus Species 0.000 description 1
- XMBSYZWANAQXEV-UHFFFAOYSA-N N-alpha-L-glutamyl-L-phenylalanine Natural products OC(=O)CCC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 XMBSYZWANAQXEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010079364 N-glycylalanine Proteins 0.000 description 1
- 241000520668 Nakamurella Species 0.000 description 1
- 241000167284 Natranaerobius Species 0.000 description 1
- 241000588653 Neisseria Species 0.000 description 1
- 241001468109 Neorickettsia Species 0.000 description 1
- 241000845808 Neptuniibacter Species 0.000 description 1
- 241000135938 Nitratifractor Species 0.000 description 1
- 241000135924 Nitratiruptor Species 0.000 description 1
- 241000605159 Nitrobacter Species 0.000 description 1
- 241001495402 Nitrococcus Species 0.000 description 1
- 241000605122 Nitrosomonas Species 0.000 description 1
- 241001495394 Nitrosospira Species 0.000 description 1
- 241000192121 Nitrospira <genus> Species 0.000 description 1
- 241000187654 Nocardia Species 0.000 description 1
- 241000187580 Nocardioides Species 0.000 description 1
- 241000203622 Nocardiopsis Species 0.000 description 1
- 241000192673 Nostoc sp. Species 0.000 description 1
- 102100027051 Nucleic acid dioxygenase ALKBH1 Human genes 0.000 description 1
- 101710102974 O-acetyl transferase Proteins 0.000 description 1
- 241000588843 Ochrobactrum Species 0.000 description 1
- 241000522555 Octadecabacter Species 0.000 description 1
- 241000121201 Oligotropha Species 0.000 description 1
- 241000927544 Olsenella Species 0.000 description 1
- 241000777895 Opitutus Species 0.000 description 1
- 241000089925 Oribacterium Species 0.000 description 1
- 241000984031 Orientia Species 0.000 description 1
- 241000224207 Ornithinibacillus Species 0.000 description 1
- 241000192497 Oscillatoria Species 0.000 description 1
- 241001497385 Oscillochloris Species 0.000 description 1
- 241000605937 Oxalobacter Species 0.000 description 1
- 241000179039 Paenibacillus Species 0.000 description 1
- 241000959234 Pedosphaera Species 0.000 description 1
- 241001396897 Pelagibaca Species 0.000 description 1
- 241000863392 Pelobacter Species 0.000 description 1
- 241001425545 Pelotomaculum Species 0.000 description 1
- 241000351207 Peptoniphilus Species 0.000 description 1
- 241000191992 Peptostreptococcus Species 0.000 description 1
- 241001072912 Persephonella Species 0.000 description 1
- 241001135648 Petrotoga Species 0.000 description 1
- 241000892111 Phaeobacter Species 0.000 description 1
- 241001464921 Phascolarctobacterium Species 0.000 description 1
- BJEYSVHMGIJORT-NHCYSSNCSA-N Phe-Ala-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 BJEYSVHMGIJORT-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- CYZBFPYMSJGBRL-DRZSPHRISA-N Phe-Ala-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O CYZBFPYMSJGBRL-DRZSPHRISA-N 0.000 description 1
- XWBJLKDCHJVKAK-KKUMJFAQSA-N Phe-Arg-Gln Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)O)N XWBJLKDCHJVKAK-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- LXVFHIBXOWJTKZ-BZSNNMDCSA-N Phe-Asn-Tyr Chemical compound N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(C=C1)O)C(=O)O LXVFHIBXOWJTKZ-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- XMPUYNHKEPFERE-IHRRRGAJSA-N Phe-Asp-Arg Chemical compound NC(N)=NCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 XMPUYNHKEPFERE-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- ZENDEDYRYVHBEG-SRVKXCTJSA-N Phe-Asp-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 ZENDEDYRYVHBEG-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- MQVFHOPCKNTHGT-MELADBBJSA-N Phe-Asp-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CC(=O)O)NC(=O)[C@H](CC2=CC=CC=C2)N)C(=O)O MQVFHOPCKNTHGT-MELADBBJSA-N 0.000 description 1
- WYPVCIACUMJRIB-JYJNAYRXSA-N Phe-Gln-Lys Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N WYPVCIACUMJRIB-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- IDUCUXTUHHIQIP-SOUVJXGZSA-N Phe-Gln-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CCC(=O)N)NC(=O)[C@H](CC2=CC=CC=C2)N)C(=O)O IDUCUXTUHHIQIP-SOUVJXGZSA-N 0.000 description 1
- CDQCFGOQNYOICK-IHRRRGAJSA-N Phe-Glu-Gln Chemical compound NC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 CDQCFGOQNYOICK-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- JWQWPTLEOFNCGX-AVGNSLFASA-N Phe-Glu-Ser Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 JWQWPTLEOFNCGX-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- ZLGQEBCCANLYRA-RYUDHWBXSA-N Phe-Gly-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O ZLGQEBCCANLYRA-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 1
- APJPXSFJBMMOLW-KBPBESRZSA-N Phe-Gly-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 APJPXSFJBMMOLW-KBPBESRZSA-N 0.000 description 1
- NHCKESBLOMHIIE-IRXDYDNUSA-N Phe-Gly-Phe Chemical compound C([C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 NHCKESBLOMHIIE-IRXDYDNUSA-N 0.000 description 1
- QPVFUAUFEBPIPT-CDMKHQONSA-N Phe-Gly-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O QPVFUAUFEBPIPT-CDMKHQONSA-N 0.000 description 1
- OVJMCXAPGFDGMG-HKUYNNGSSA-N Phe-Gly-Trp Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(O)=O OVJMCXAPGFDGMG-HKUYNNGSSA-N 0.000 description 1
- KPEIBEPEUAZWNS-ULQDDVLXSA-N Phe-Leu-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 KPEIBEPEUAZWNS-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- OQTDZEJJWWAGJT-KKUMJFAQSA-N Phe-Lys-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O OQTDZEJJWWAGJT-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- AUJWXNGCAQWLEI-KBPBESRZSA-N Phe-Lys-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)NCC(O)=O AUJWXNGCAQWLEI-KBPBESRZSA-N 0.000 description 1
- FENSZYFJQOFSQR-FIRPJDEBSA-N Phe-Phe-Ile Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FENSZYFJQOFSQR-FIRPJDEBSA-N 0.000 description 1
- AAERWTUHZKLDLC-IHRRRGAJSA-N Phe-Pro-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O AAERWTUHZKLDLC-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- GLJZDMZJHFXJQG-BZSNNMDCSA-N Phe-Ser-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O GLJZDMZJHFXJQG-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- MCIXMYKSPQUMJG-SRVKXCTJSA-N Phe-Ser-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O MCIXMYKSPQUMJG-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- KLYYKKGCPOGDPE-OEAJRASXSA-N Phe-Thr-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O KLYYKKGCPOGDPE-OEAJRASXSA-N 0.000 description 1
- GTMSCDVFQLNEOY-BZSNNMDCSA-N Phe-Tyr-Asn Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC2=CC=C(C=C2)O)C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)N GTMSCDVFQLNEOY-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- CDHURCQGUDNBMA-UBHSHLNASA-N Phe-Val-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 CDHURCQGUDNBMA-UBHSHLNASA-N 0.000 description 1
- XALFIVXGQUEGKV-JSGCOSHPSA-N Phe-Val-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 XALFIVXGQUEGKV-JSGCOSHPSA-N 0.000 description 1
- 241000863428 Phenylobacterium Species 0.000 description 1
- 241000607568 Photobacterium Species 0.000 description 1
- 241000589956 Pirellula Species 0.000 description 1
- 241000589952 Planctomyces Species 0.000 description 1
- 241000193804 Planococcus <bacterium> Species 0.000 description 1
- 241001423784 Plesiocystis Species 0.000 description 1
- 239000004952 Polyamide Substances 0.000 description 1
- 241000768494 Polymorphum Species 0.000 description 1
- 241000178315 Polynucleobacter Species 0.000 description 1
- DZZCICYRSZASNF-FXQIFTODSA-N Pro-Ala-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 DZZCICYRSZASNF-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- VXCHGLYSIOOZIS-GUBZILKMSA-N Pro-Ala-Arg Chemical compound NC(N)=NCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 VXCHGLYSIOOZIS-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- AJLVKXCNXIJHDV-CIUDSAMLSA-N Pro-Ala-Gln Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O AJLVKXCNXIJHDV-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- KIZQGKLMXKGDIV-BQBZGAKWSA-N Pro-Ala-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 KIZQGKLMXKGDIV-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- IFMDQWDAJUMMJC-DCAQKATOSA-N Pro-Ala-Leu Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O IFMDQWDAJUMMJC-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- HFZNNDWPHBRNPV-KZVJFYERSA-N Pro-Ala-Thr Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O HFZNNDWPHBRNPV-KZVJFYERSA-N 0.000 description 1
- YSUZKYSRAFNLRB-ULQDDVLXSA-N Pro-Gln-Trp Chemical compound N([C@@H](CCC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(O)=O)C(=O)[C@@H]1CCCN1 YSUZKYSRAFNLRB-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- FRKBNXCFJBPJOL-GUBZILKMSA-N Pro-Glu-Glu Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O FRKBNXCFJBPJOL-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- CLNJSLSHKJECME-BQBZGAKWSA-N Pro-Gly-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)CNC(=O)[C@@H]1CCCN1 CLNJSLSHKJECME-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- DMKWYMWNEKIPFC-IUCAKERBSA-N Pro-Gly-Arg Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O DMKWYMWNEKIPFC-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- FKLSMYYLJHYPHH-UWVGGRQHSA-N Pro-Gly-Leu Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O FKLSMYYLJHYPHH-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- IQAGKQWXVHTPOT-FHWLQOOXSA-N Pro-Lys-Trp Chemical compound C1C[C@H](NC1)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC2=CNC3=CC=CC=C32)C(=O)O IQAGKQWXVHTPOT-FHWLQOOXSA-N 0.000 description 1
- MZNUJZBYRWXWLQ-AVGNSLFASA-N Pro-Met-His Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)NC(=O)[C@@H]2CCCN2 MZNUJZBYRWXWLQ-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- ZJXXCGZFYQQETF-CYDGBPFRSA-N Pro-Met-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 ZJXXCGZFYQQETF-CYDGBPFRSA-N 0.000 description 1
- WLJYLAQSUSIQNH-GUBZILKMSA-N Pro-Met-Ser Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 WLJYLAQSUSIQNH-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- BGGWNVWMHNTRDU-BZSNNMDCSA-N Pro-Met-Trp Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)C(=O)O)NC(=O)[C@@H]3CCCN3 BGGWNVWMHNTRDU-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- KDBHVPXBQADZKY-GUBZILKMSA-N Pro-Pro-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@H]1NCCC1 KDBHVPXBQADZKY-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- CGSOWZUPLOKYOR-AVGNSLFASA-N Pro-Pro-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@H]1NCCC1 CGSOWZUPLOKYOR-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- ITUDDXVFGFEKPD-NAKRPEOUSA-N Pro-Ser-Ile Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O ITUDDXVFGFEKPD-NAKRPEOUSA-N 0.000 description 1
- BJCXXMGGPHRSHV-GUBZILKMSA-N Pro-Ser-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 BJCXXMGGPHRSHV-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- KIDXAAQVMNLJFQ-KZVJFYERSA-N Pro-Thr-Ala Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](NC(=O)[C@@H]1CCCN1)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O KIDXAAQVMNLJFQ-KZVJFYERSA-N 0.000 description 1
- JDJMFMVVJHLWDP-UNQGMJICSA-N Pro-Thr-Phe Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O JDJMFMVVJHLWDP-UNQGMJICSA-N 0.000 description 1
- MCPXQHVVCPTRIM-HJOGWXRNSA-N Pro-Trp-Trp Chemical compound N([C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)O)C(=O)[C@@H]1CCCN1 MCPXQHVVCPTRIM-HJOGWXRNSA-N 0.000 description 1
- BVRBCQBUNGAWFP-KKUMJFAQSA-N Pro-Tyr-Gln Chemical compound C1C[C@H](NC1)C(=O)N[C@@H](CC2=CC=C(C=C2)O)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)O BVRBCQBUNGAWFP-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- OOZJHTXCLJUODH-QXEWZRGKSA-N Pro-Val-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 OOZJHTXCLJUODH-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 1
- 241000192138 Prochlorococcus Species 0.000 description 1
- 241000169446 Promethis Species 0.000 description 1
- 241000186429 Propionibacterium Species 0.000 description 1
- 241000588769 Proteus <enterobacteria> Species 0.000 description 1
- 241000588768 Providencia Species 0.000 description 1
- 241000519590 Pseudoalteromonas Species 0.000 description 1
- 241000280572 Pseudoflavonifractor Species 0.000 description 1
- 241000919995 Pseudogulbenkiania Species 0.000 description 1
- 241000589516 Pseudomonas Species 0.000 description 1
- 241000589540 Pseudomonas fluorescens Species 0.000 description 1
- 241000589781 Pseudomonas oleovorans Species 0.000 description 1
- 241000589774 Pseudomonas sp. Species 0.000 description 1
- 241000589614 Pseudomonas stutzeri Species 0.000 description 1
- 241000187603 Pseudonocardia Species 0.000 description 1
- 241000184247 Pseudoramibacter Species 0.000 description 1
- 241001408112 Pseudovibrio Species 0.000 description 1
- 241001647875 Pseudoxanthomonas Species 0.000 description 1
- 241000588671 Psychrobacter Species 0.000 description 1
- 241000948194 Psychromonas Species 0.000 description 1
- LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-M Pyruvate Chemical compound CC(=O)C([O-])=O LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 108010079005 RDV peptide Proteins 0.000 description 1
- 108010003201 RGH 0205 Proteins 0.000 description 1
- 238000012228 RNA interference-mediated gene silencing Methods 0.000 description 1
- 108010025216 RVF peptide Proteins 0.000 description 1
- 241000433127 Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 Species 0.000 description 1
- 241001134718 Rhodoferax Species 0.000 description 1
- 241000191035 Rhodomicrobium Species 0.000 description 1
- 241000084440 Rhodopirellula Species 0.000 description 1
- 241000190932 Rhodopseudomonas Species 0.000 description 1
- 241000190967 Rhodospirillum Species 0.000 description 1
- 241000606701 Rickettsia Species 0.000 description 1
- 241000606241 Rickettsiella Species 0.000 description 1
- 241000605947 Roseburia Species 0.000 description 1
- 241001628297 Roseibium Species 0.000 description 1
- 241000516659 Roseiflexus Species 0.000 description 1
- 241000206220 Roseobacter Species 0.000 description 1
- 241000572738 Roseomonas Species 0.000 description 1
- 241001260013 Roseovarius Species 0.000 description 1
- 241000379619 Ruegeria Species 0.000 description 1
- 101000923556 Saccharolobus solfataricus Arylesterase Proteins 0.000 description 1
- 101100215626 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) ADP1 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000426682 Salinispora Species 0.000 description 1
- 241000607142 Salmonella Species 0.000 description 1
- 241001486845 Scardovia Species 0.000 description 1
- 241001453170 Sebaldella Species 0.000 description 1
- 241000823038 Segniliparus Species 0.000 description 1
- 241000605036 Selenomonas Species 0.000 description 1
- BTKUIVBNGBFTTP-WHFBIAKZSA-N Ser-Ala-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC(O)=O BTKUIVBNGBFTTP-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- HBZBPFLJNDXRAY-FXQIFTODSA-N Ser-Ala-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O HBZBPFLJNDXRAY-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- QGMLKFGTGXWAHF-IHRRRGAJSA-N Ser-Arg-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O QGMLKFGTGXWAHF-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- KNZQGAUEYZJUSQ-ZLUOBGJFSA-N Ser-Asp-Ala Chemical compound C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)NC(=O)[C@H](CO)N KNZQGAUEYZJUSQ-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- BGOWRLSWJCVYAQ-CIUDSAMLSA-N Ser-Asp-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O BGOWRLSWJCVYAQ-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- MMAPOBOTRUVNKJ-ZLUOBGJFSA-N Ser-Asp-Ser Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CO)N)C(=O)O MMAPOBOTRUVNKJ-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- GWMXFEMMBHOKDX-AVGNSLFASA-N Ser-Gln-Phe Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 GWMXFEMMBHOKDX-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- UIGMAMGZOJVTDN-WHFBIAKZSA-N Ser-Gly-Ser Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O UIGMAMGZOJVTDN-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- SFTZWNJFZYOLBD-ZDLURKLDSA-N Ser-Gly-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CO SFTZWNJFZYOLBD-ZDLURKLDSA-N 0.000 description 1
- MOINZPRHJGTCHZ-MMWGEVLESA-N Ser-Ile-Pro Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@H](CO)N MOINZPRHJGTCHZ-MMWGEVLESA-N 0.000 description 1
- ZOPISOXXPQNOCO-SVSWQMSJSA-N Ser-Ile-Thr Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CO)N ZOPISOXXPQNOCO-SVSWQMSJSA-N 0.000 description 1
- AZWNCEBQZXELEZ-FXQIFTODSA-N Ser-Pro-Ser Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O AZWNCEBQZXELEZ-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- CKDXFSPMIDSMGV-GUBZILKMSA-N Ser-Pro-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O CKDXFSPMIDSMGV-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- HHJFMHQYEAAOBM-ZLUOBGJFSA-N Ser-Ser-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O HHJFMHQYEAAOBM-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- BMKNXTJLHFIAAH-CIUDSAMLSA-N Ser-Ser-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O BMKNXTJLHFIAAH-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- PYTKULIABVRXSC-BWBBJGPYSA-N Ser-Ser-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O PYTKULIABVRXSC-BWBBJGPYSA-N 0.000 description 1
- SNXUIBACCONSOH-BWBBJGPYSA-N Ser-Thr-Ser Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@H](O)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O SNXUIBACCONSOH-BWBBJGPYSA-N 0.000 description 1
- YXGCIEUDOHILKR-IHRRRGAJSA-N Ser-Tyr-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CC=C(C=C1)O)NC(=O)[C@H](CO)N YXGCIEUDOHILKR-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- VVKVHAOOUGNDPJ-SRVKXCTJSA-N Ser-Tyr-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O VVKVHAOOUGNDPJ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- UKKROEYWYIHWBD-ZKWXMUAHSA-N Ser-Val-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O UKKROEYWYIHWBD-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- JZRYFUGREMECBH-XPUUQOCRSA-N Ser-Val-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)NCC(O)=O JZRYFUGREMECBH-XPUUQOCRSA-N 0.000 description 1
- 241000607720 Serratia Species 0.000 description 1
- 241000863430 Shewanella Species 0.000 description 1
- 241000607768 Shigella Species 0.000 description 1
- 241000763413 Shuttleworthia Species 0.000 description 1
- 241001273178 Sideroxydans Species 0.000 description 1
- 241000863011 Simonsiella Species 0.000 description 1
- 241001135312 Sinorhizobium Species 0.000 description 1
- 241000589196 Sinorhizobium meliloti Species 0.000 description 1
- 241001657520 Slackia Species 0.000 description 1
- 108020004459 Small interfering RNA Proteins 0.000 description 1
- 241001660101 Sodalis Species 0.000 description 1
- 241000549372 Solobacterium Species 0.000 description 1
- 241000186547 Sporosarcina Species 0.000 description 1
- 241000794705 Stackebrandtia Species 0.000 description 1
- 241000191940 Staphylococcus Species 0.000 description 1
- 241001644330 Starkeya Species 0.000 description 1
- 241000122971 Stenotrophomonas Species 0.000 description 1
- 241000863002 Stigmatella Species 0.000 description 1
- 241001478878 Streptobacillus Species 0.000 description 1
- 241000194017 Streptococcus Species 0.000 description 1
- 241000187747 Streptomyces Species 0.000 description 1
- 241000203590 Streptosporangium Species 0.000 description 1
- 241001136694 Subdoligranulum Species 0.000 description 1
- 241000956269 Succinatimonas Species 0.000 description 1
- 241000864375 Sulfitobacter Species 0.000 description 1
- 241001134777 Sulfobacillus Species 0.000 description 1
- 241000827142 Sulfuricurvum Species 0.000 description 1
- 241001552900 Sulfurihydrogenibium Species 0.000 description 1
- 241001164579 Sulfurimonas Species 0.000 description 1
- 241000580834 Sulfurospirillum Species 0.000 description 1
- 241000091581 Sulfurovum Species 0.000 description 1
- 241000123710 Sutterella Species 0.000 description 1
- 241000207198 Symbiobacterium Species 0.000 description 1
- 241000192584 Synechocystis Species 0.000 description 1
- 241000498538 Syntrophobotulus Species 0.000 description 1
- 241000606017 Syntrophomonas Species 0.000 description 1
- 241000624635 Syntrophothermus Species 0.000 description 1
- 241000158541 Syntrophus <bacteria> Species 0.000 description 1
- 241001148476 Taylorella Species 0.000 description 1
- 241000206217 Teredinibacter Species 0.000 description 1
- 241000862960 Terriglobus Species 0.000 description 1
- 241001464942 Thauera Species 0.000 description 1
- 241001265507 Thermaerobacter Species 0.000 description 1
- 241001621851 Thermanaerovibrio Species 0.000 description 1
- 241000493522 Thermincola Species 0.000 description 1
- 241000186339 Thermoanaerobacter Species 0.000 description 1
- 241001137870 Thermoanaerobacterium Species 0.000 description 1
- 241000050095 Thermobaculum Species 0.000 description 1
- 241001647802 Thermobifida Species 0.000 description 1
- 241001331078 Thermobispora Species 0.000 description 1
- 241001293535 Thermocrinis Species 0.000 description 1
- 241000186423 Thermodesulfobacterium Species 0.000 description 1
- 241000317071 Thermodesulfobium Species 0.000 description 1
- 241001135707 Thermodesulfovibrio Species 0.000 description 1
- 241000588679 Thermomicrobium Species 0.000 description 1
- 241000203640 Thermomonospora Species 0.000 description 1
- 241001133209 Thermosediminibacter Species 0.000 description 1
- 241000035670 Thermosinus Species 0.000 description 1
- 241000204315 Thermosipho <sea snail> Species 0.000 description 1
- 241001313706 Thermosynechococcus Species 0.000 description 1
- 241000204652 Thermotoga Species 0.000 description 1
- 241000693763 Thermovibrio Species 0.000 description 1
- 241000589596 Thermus Species 0.000 description 1
- 241001528280 Thioalkalivibrio Species 0.000 description 1
- 241000605118 Thiobacillus Species 0.000 description 1
- 241001453270 Thiomonas Species 0.000 description 1
- IGROJMCBGRFRGI-YTLHQDLWSA-N Thr-Ala-Ala Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O IGROJMCBGRFRGI-YTLHQDLWSA-N 0.000 description 1
- YRNBANYVJJBGDI-VZFHVOOUSA-N Thr-Ala-Cys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)N)O YRNBANYVJJBGDI-VZFHVOOUSA-N 0.000 description 1
- CAJFZCICSVBOJK-SHGPDSBTSA-N Thr-Ala-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O CAJFZCICSVBOJK-SHGPDSBTSA-N 0.000 description 1
- XDARBNMYXKUFOJ-GSSVUCPTSA-N Thr-Asp-Thr Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O XDARBNMYXKUFOJ-GSSVUCPTSA-N 0.000 description 1
- YZUWGFXVVZQJEI-PMVVWTBXSA-N Thr-Gly-His Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)N)O YZUWGFXVVZQJEI-PMVVWTBXSA-N 0.000 description 1
- YSXYEJWDHBCTDJ-DVJZZOLTSA-N Thr-Gly-Trp Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)C(=O)O)N)O YSXYEJWDHBCTDJ-DVJZZOLTSA-N 0.000 description 1
- JQAWYCUUFIMTHE-WLTAIBSBSA-N Thr-Gly-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O JQAWYCUUFIMTHE-WLTAIBSBSA-N 0.000 description 1
- URPSJRMWHQTARR-MBLNEYKQSA-N Thr-Ile-Gly Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)NCC(O)=O URPSJRMWHQTARR-MBLNEYKQSA-N 0.000 description 1
- MECLEFZMPPOEAC-VOAKCMCISA-N Thr-Leu-Lys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N)O MECLEFZMPPOEAC-VOAKCMCISA-N 0.000 description 1
- ISLDRLHVPXABBC-IEGACIPQSA-N Thr-Leu-Trp Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(O)=O ISLDRLHVPXABBC-IEGACIPQSA-N 0.000 description 1
- WRQLCVIALDUQEQ-UNQGMJICSA-N Thr-Phe-Arg Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O WRQLCVIALDUQEQ-UNQGMJICSA-N 0.000 description 1
- VEIKMWOMUYMMMK-FCLVOEFKSA-N Thr-Phe-Phe Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@@H](N)[C@H](O)C)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 VEIKMWOMUYMMMK-FCLVOEFKSA-N 0.000 description 1
- NDXSOKGYKCGYKT-VEVYYDQMSA-N Thr-Pro-Asp Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O NDXSOKGYKCGYKT-VEVYYDQMSA-N 0.000 description 1
- LKJCABTUFGTPPY-HJGDQZAQSA-N Thr-Pro-Gln Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O LKJCABTUFGTPPY-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- FWTFAZKJORVTIR-VZFHVOOUSA-N Thr-Ser-Ala Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O FWTFAZKJORVTIR-VZFHVOOUSA-N 0.000 description 1
- DOBIBIXIHJKVJF-XKBZYTNZSA-N Thr-Ser-Gln Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(N)=O DOBIBIXIHJKVJF-XKBZYTNZSA-N 0.000 description 1
- GQPQJNMVELPZNQ-GBALPHGKSA-N Thr-Ser-Trp Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)C(=O)O)N)O GQPQJNMVELPZNQ-GBALPHGKSA-N 0.000 description 1
- YRJOLUDFVAUXLI-GSSVUCPTSA-N Thr-Thr-Asp Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O YRJOLUDFVAUXLI-GSSVUCPTSA-N 0.000 description 1
- GRIUMVXCJDKVPI-IZPVPAKOSA-N Thr-Thr-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O GRIUMVXCJDKVPI-IZPVPAKOSA-N 0.000 description 1
- CYCGARJWIQWPQM-YJRXYDGGSA-N Thr-Tyr-Ser Chemical compound C[C@@H](O)[C@H]([NH3+])C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CO)C([O-])=O)CC1=CC=C(O)C=C1 CYCGARJWIQWPQM-YJRXYDGGSA-N 0.000 description 1
- QNXZCKMXHPULME-ZNSHCXBVSA-N Thr-Val-Pro Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N)O QNXZCKMXHPULME-ZNSHCXBVSA-N 0.000 description 1
- 241000159624 Tolumonas Species 0.000 description 1
- 241000589886 Treponema Species 0.000 description 1
- 241000192118 Trichodesmium Species 0.000 description 1
- 241000203807 Tropheryma Species 0.000 description 1
- HYNAKPYFEYJMAS-XIRDDKMYSA-N Trp-Arg-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O HYNAKPYFEYJMAS-XIRDDKMYSA-N 0.000 description 1
- RNFZZCMCRDFNAE-WFBYXXMGSA-N Trp-Asn-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O RNFZZCMCRDFNAE-WFBYXXMGSA-N 0.000 description 1
- UKINEYBQXPMOJO-UBHSHLNASA-N Trp-Asn-Ser Chemical compound C1=CC=C2C(=C1)C(=CN2)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)N UKINEYBQXPMOJO-UBHSHLNASA-N 0.000 description 1
- MDDYTWOFHZFABW-SZMVWBNQSA-N Trp-Gln-Leu Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O)=CNC2=C1 MDDYTWOFHZFABW-SZMVWBNQSA-N 0.000 description 1
- FEZASNVQLJQBHW-CABZTGNLSA-N Trp-Gly-Ala Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)=CNC2=C1 FEZASNVQLJQBHW-CABZTGNLSA-N 0.000 description 1
- HQJOVVWAPQPYDS-ZFWWWQNUSA-N Trp-Gly-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O HQJOVVWAPQPYDS-ZFWWWQNUSA-N 0.000 description 1
- WLQRIHCMPFHGKP-PMVMPFDFSA-N Trp-Leu-Phe Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)CC(C)C)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 WLQRIHCMPFHGKP-PMVMPFDFSA-N 0.000 description 1
- SUEGAFMNTXXNLR-WFBYXXMGSA-N Trp-Ser-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O SUEGAFMNTXXNLR-WFBYXXMGSA-N 0.000 description 1
- RPTAWXPQXXCUGL-OYDLWJJNSA-N Trp-Trp-Val Chemical compound CC(C)[C@H](NC(=O)[C@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)[C@@H](N)Cc1c[nH]c2ccccc12)C(O)=O RPTAWXPQXXCUGL-OYDLWJJNSA-N 0.000 description 1
- PALLCTDPFINNMM-JQHSSLGASA-N Trp-Val-Pro Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC2=CNC3=CC=CC=C32)N PALLCTDPFINNMM-JQHSSLGASA-N 0.000 description 1
- 241000329376 Truepera Species 0.000 description 1
- 241000204066 Tsukamurella Species 0.000 description 1
- 241001425419 Turicibacter Species 0.000 description 1
- VCXWRWYFJLXITF-AUTRQRHGSA-N Tyr-Ala-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 VCXWRWYFJLXITF-AUTRQRHGSA-N 0.000 description 1
- MICSYKFECRFCTJ-IHRRRGAJSA-N Tyr-Arg-Asp Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)N)O MICSYKFECRFCTJ-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- QYSBJAUCUKHSLU-JYJNAYRXSA-N Tyr-Arg-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O QYSBJAUCUKHSLU-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- IJUTXXAXQODRMW-KBPBESRZSA-N Tyr-Gly-His Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC2=CN=CN2)C(=O)O)N)O IJUTXXAXQODRMW-KBPBESRZSA-N 0.000 description 1
- PRONOHBTMLNXCZ-BZSNNMDCSA-N Tyr-Leu-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 PRONOHBTMLNXCZ-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- BJCILVZEZRDIDR-PMVMPFDFSA-N Tyr-Leu-Trp Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 BJCILVZEZRDIDR-PMVMPFDFSA-N 0.000 description 1
- JAGGEZACYAAMIL-CQDKDKBSSA-N Tyr-Lys-Ala Chemical compound C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CC1=CC=C(C=C1)O)N JAGGEZACYAAMIL-CQDKDKBSSA-N 0.000 description 1
- MXFPBNFKVBHIRW-BZSNNMDCSA-N Tyr-Lys-His Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC2=CN=CN2)C(=O)O)N)O MXFPBNFKVBHIRW-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- ZPFLBLFITJCBTP-QWRGUYRKSA-N Tyr-Ser-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)NCC(O)=O ZPFLBLFITJCBTP-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- BIVIUZRBCAUNPW-JRQIVUDYSA-N Tyr-Thr-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O BIVIUZRBCAUNPW-JRQIVUDYSA-N 0.000 description 1
- LYPKCSYAKLTBHJ-ILWGZMRPSA-N Tyr-Trp-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CC2=CNC3=CC=CC=C32)NC(=O)[C@H](CC4=CC=C(C=C4)O)N)C(=O)O LYPKCSYAKLTBHJ-ILWGZMRPSA-N 0.000 description 1
- OJCISMMNNUNNJA-BZSNNMDCSA-N Tyr-Tyr-Asp Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 OJCISMMNNUNNJA-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- FZADUTOCSFDBRV-RNXOBYDBSA-N Tyr-Tyr-Trp Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 FZADUTOCSFDBRV-RNXOBYDBSA-N 0.000 description 1
- LWBHHRRTOZQPDM-UHFFFAOYSA-N Undecanedioic acid Natural products OC(=O)CCCCCCCCCC(O)=O LWBHHRRTOZQPDM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- REJBPZVUHYNMEN-LSJOCFKGSA-N Val-Ala-His Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N REJBPZVUHYNMEN-LSJOCFKGSA-N 0.000 description 1
- ZLFHAAGHGQBQQN-GUBZILKMSA-N Val-Ala-Pro Natural products CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N1CCC[C@H]1C(O)=O ZLFHAAGHGQBQQN-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- COYSIHFOCOMGCF-WPRPVWTQSA-N Val-Arg-Gly Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)NCC(O)=O)CCCN=C(N)N COYSIHFOCOMGCF-WPRPVWTQSA-N 0.000 description 1
- COYSIHFOCOMGCF-UHFFFAOYSA-N Val-Arg-Gly Natural products CC(C)C(N)C(=O)NC(C(=O)NCC(O)=O)CCCN=C(N)N COYSIHFOCOMGCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UDNYEPLJTRDMEJ-RCOVLWMOSA-N Val-Asn-Gly Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)NCC(=O)O)N UDNYEPLJTRDMEJ-RCOVLWMOSA-N 0.000 description 1
- LIQJSDDOULTANC-QSFUFRPTSA-N Val-Asn-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](C(C)C)N LIQJSDDOULTANC-QSFUFRPTSA-N 0.000 description 1
- VUTHNLMCXKLLFI-LAEOZQHASA-N Val-Asp-Gln Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)O)N VUTHNLMCXKLLFI-LAEOZQHASA-N 0.000 description 1
- CWSIBTLMMQLPPZ-FXQIFTODSA-N Val-Cys-Ala Chemical compound C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](C(C)C)N CWSIBTLMMQLPPZ-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- CFSSLXZJEMERJY-NRPADANISA-N Val-Gln-Ala Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O CFSSLXZJEMERJY-NRPADANISA-N 0.000 description 1
- VVZDBPBZHLQPPB-XVKPBYJWSA-N Val-Glu-Gly Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O VVZDBPBZHLQPPB-XVKPBYJWSA-N 0.000 description 1
- ROLGIBMFNMZANA-GVXVVHGQSA-N Val-Glu-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N ROLGIBMFNMZANA-GVXVVHGQSA-N 0.000 description 1
- PIFJAFRUVWZRKR-QMMMGPOBSA-N Val-Gly-Gly Chemical compound CC(C)[C@H]([NH3+])C(=O)NCC(=O)NCC([O-])=O PIFJAFRUVWZRKR-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- FXVDGDZRYLFQKY-WPRPVWTQSA-N Val-Gly-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)C(C)C FXVDGDZRYLFQKY-WPRPVWTQSA-N 0.000 description 1
- HQYVQDRYODWONX-DCAQKATOSA-N Val-His-Ser Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)N HQYVQDRYODWONX-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- PYPZMFDMCCWNST-NAKRPEOUSA-N Val-Ile-Cys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N PYPZMFDMCCWNST-NAKRPEOUSA-N 0.000 description 1
- DJQIUOKSNRBTSV-CYDGBPFRSA-N Val-Ile-Val Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N DJQIUOKSNRBTSV-CYDGBPFRSA-N 0.000 description 1
- XXWBHOWRARMUOC-NHCYSSNCSA-N Val-Lys-Asn Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)N XXWBHOWRARMUOC-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- QRVPEKJBBRYISE-XUXIUFHCSA-N Val-Lys-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](C(C)C)N QRVPEKJBBRYISE-XUXIUFHCSA-N 0.000 description 1
- AJNUKMZFHXUBMK-GUBZILKMSA-N Val-Ser-Arg Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)O)N AJNUKMZFHXUBMK-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- KSFXWENSJABBFI-ZKWXMUAHSA-N Val-Ser-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O KSFXWENSJABBFI-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- PGQUDQYHWICSAB-NAKRPEOUSA-N Val-Ser-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](C(C)C)N PGQUDQYHWICSAB-NAKRPEOUSA-N 0.000 description 1
- QZKVWWIUSQGWMY-IHRRRGAJSA-N Val-Ser-Phe Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 QZKVWWIUSQGWMY-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- DVLWZWNAQUBZBC-ZNSHCXBVSA-N Val-Thr-Pro Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N)O DVLWZWNAQUBZBC-ZNSHCXBVSA-N 0.000 description 1
- SVLAAUGFIHSJPK-JYJNAYRXSA-N Val-Trp-Ser Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)N SVLAAUGFIHSJPK-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- JSOXWWFKRJKTMT-WOPDTQHZSA-N Val-Val-Pro Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N JSOXWWFKRJKTMT-WOPDTQHZSA-N 0.000 description 1
- 241001478283 Variovorax Species 0.000 description 1
- 241001148134 Veillonella Species 0.000 description 1
- 241001447270 Verminephrobacter Species 0.000 description 1
- 241000207196 Verrucomicrobium Species 0.000 description 1
- 241001660006 Verrucosispora Species 0.000 description 1
- 102100023048 Very long-chain acyl-CoA synthetase Human genes 0.000 description 1
- 241000607598 Vibrio Species 0.000 description 1
- 241000947853 Vibrionales Species 0.000 description 1
- 241000703752 Victivallis Species 0.000 description 1
- 239000004164 Wax ester Substances 0.000 description 1
- 241000202221 Weissella Species 0.000 description 1
- 241000498989 Wigglesworthia Species 0.000 description 1
- 241000604961 Wolbachia Species 0.000 description 1
- 241000605941 Wolinella Species 0.000 description 1
- 241000589506 Xanthobacter Species 0.000 description 1
- 241000589634 Xanthomonas Species 0.000 description 1
- 241000607757 Xenorhabdus Species 0.000 description 1
- 241001105588 Xylanimonas Species 0.000 description 1
- 241000204366 Xylella Species 0.000 description 1
- 241000607734 Yersinia <bacteria> Species 0.000 description 1
- 241000588901 Zymomonas Species 0.000 description 1
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 150000001260 acyclic compounds Chemical class 0.000 description 1
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 1
- 108010045350 alanyl-tyrosyl-alanine Proteins 0.000 description 1
- 108010005233 alanylglutamic acid Proteins 0.000 description 1
- 108010044940 alanylglutamine Proteins 0.000 description 1
- 108010070944 alanylhistidine Proteins 0.000 description 1
- 108010011559 alanylphenylalanine Proteins 0.000 description 1
- 150000001298 alcohols Chemical class 0.000 description 1
- 150000001299 aldehydes Chemical class 0.000 description 1
- 101150035861 alkG gene Proteins 0.000 description 1
- 101150063212 alkS gene Proteins 0.000 description 1
- 101150026307 alkT gene Proteins 0.000 description 1
- KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N alpha-L-glutamyl-L-glutamic acid Natural products OC(=O)CCC(N)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(O)=O KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910021529 ammonia Inorganic materials 0.000 description 1
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 description 1
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 description 1
- 239000010775 animal oil Substances 0.000 description 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 1
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 1
- 239000012736 aqueous medium Substances 0.000 description 1
- 108010013835 arginine glutamate Proteins 0.000 description 1
- 108010001271 arginyl-glutamyl-arginine Proteins 0.000 description 1
- 108010009111 arginyl-glycyl-glutamic acid Proteins 0.000 description 1
- 108010094001 arginyl-tryptophyl-arginine Proteins 0.000 description 1
- 108010068380 arginylarginine Proteins 0.000 description 1
- 108010060035 arginylproline Proteins 0.000 description 1
- 108010010430 asparagine-proline-alanine Proteins 0.000 description 1
- 108010069205 aspartyl-phenylalanine Proteins 0.000 description 1
- 108010038633 aspartylglutamate Proteins 0.000 description 1
- 108010068265 aspartyltyrosine Proteins 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 230000004888 barrier function Effects 0.000 description 1
- 239000003225 biodiesel Substances 0.000 description 1
- 229940041514 candida albicans extract Drugs 0.000 description 1
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 1
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 1
- 150000004653 carbonic acids Chemical class 0.000 description 1
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 1
- 239000004359 castor oil Substances 0.000 description 1
- 235000019438 castor oil Nutrition 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 1
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 239000003240 coconut oil Substances 0.000 description 1
- 235000019864 coconut oil Nutrition 0.000 description 1
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 description 1
- 239000003184 complementary RNA Substances 0.000 description 1
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 1
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 1
- OXBLHERUFWYNTN-UHFFFAOYSA-M copper(I) chloride Chemical compound [Cu]Cl OXBLHERUFWYNTN-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- ORTQZVOHEJQUHG-UHFFFAOYSA-L copper(II) chloride Chemical compound Cl[Cu]Cl ORTQZVOHEJQUHG-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000012228 culture supernatant Substances 0.000 description 1
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 1
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 108010078934 cytochrome P-450 CYP153 (Acinetobacter) Proteins 0.000 description 1
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 1
- 238000000354 decomposition reaction Methods 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 1
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 1
- 238000002101 electrospray ionisation tandem mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 125000004494 ethyl ester group Chemical group 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 1
- 101150094039 fadL gene Proteins 0.000 description 1
- 235000019387 fatty acid methyl ester Nutrition 0.000 description 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 1
- 230000005714 functional activity Effects 0.000 description 1
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 1
- 230000009368 gene silencing by RNA Effects 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 1
- 108010055341 glutamyl-glutamic acid Proteins 0.000 description 1
- ZEMPKEQAKRGZGQ-XOQCFJPHSA-N glycerol triricinoleate Natural products CCCCCC[C@@H](O)CC=CCCCCCCCC(=O)OC[C@@H](COC(=O)CCCCCCCC=CC[C@@H](O)CCCCCC)OC(=O)CCCCCCCC=CC[C@H](O)CCCCCC ZEMPKEQAKRGZGQ-XOQCFJPHSA-N 0.000 description 1
- HPAIKDPJURGQLN-UHFFFAOYSA-N glycyl-L-histidyl-L-phenylalanine Natural products C=1C=CC=CC=1CC(C(O)=O)NC(=O)C(NC(=O)CN)CC1=CN=CN1 HPAIKDPJURGQLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010090037 glycyl-alanyl-isoleucine Proteins 0.000 description 1
- 108010075431 glycyl-alanyl-phenylalanine Proteins 0.000 description 1
- 108010027668 glycyl-alanyl-valine Proteins 0.000 description 1
- 108010026364 glycyl-glycyl-leucine Proteins 0.000 description 1
- 108010077435 glycyl-phenylalanyl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 108010045126 glycyl-tyrosyl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 108010015792 glycyllysine Proteins 0.000 description 1
- 108010077515 glycylproline Proteins 0.000 description 1
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 1
- 108010036413 histidylglycine Proteins 0.000 description 1
- 108010028295 histidylhistidine Proteins 0.000 description 1
- 108010025306 histidylleucine Proteins 0.000 description 1
- 230000006801 homologous recombination Effects 0.000 description 1
- 238000002744 homologous recombination Methods 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 1
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 1
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000036512 infertility Effects 0.000 description 1
- 108010044374 isoleucyl-tyrosine Proteins 0.000 description 1
- 108010053037 kyotorphin Proteins 0.000 description 1
- 150000003951 lactams Chemical class 0.000 description 1
- 229940039696 lactobacillus Drugs 0.000 description 1
- 101150041530 ldha gene Proteins 0.000 description 1
- 108010044311 leucyl-glycyl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 108010034529 leucyl-lysine Proteins 0.000 description 1
- 108010025153 lysyl-alanyl-alanine Proteins 0.000 description 1
- 108010009298 lysylglutamic acid Proteins 0.000 description 1
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 150000004667 medium chain fatty acids Chemical class 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 230000002503 metabolic effect Effects 0.000 description 1
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 1
- QVGONMHQKGSFOB-UHFFFAOYSA-N methyl 11-aminoundecanoate Chemical compound COC(=O)CCCCCCCCCCN QVGONMHQKGSFOB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VASIFKMMXNGAGN-UHFFFAOYSA-N methyl 11-hydroxyundecanoate Chemical compound COC(=O)CCCCCCCCCCO VASIFKMMXNGAGN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- LQERIDTXQFOHKA-UHFFFAOYSA-N nonadecane Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCCCCC LQERIDTXQFOHKA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- TVMXDCGIABBOFY-UHFFFAOYSA-N octane Chemical compound CCCCCCCC TVMXDCGIABBOFY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003921 oil Substances 0.000 description 1
- 235000019198 oils Nutrition 0.000 description 1
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 1
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000003346 palm kernel oil Substances 0.000 description 1
- 235000019865 palm kernel oil Nutrition 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 108010018625 phenylalanylarginine Proteins 0.000 description 1
- 108010012581 phenylalanylglutamate Proteins 0.000 description 1
- 238000013492 plasmid preparation Methods 0.000 description 1
- 239000002798 polar solvent Substances 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 238000002264 polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 229920002647 polyamide Polymers 0.000 description 1
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 1
- 108010014614 prolyl-glycyl-proline Proteins 0.000 description 1
- 108010020432 prolyl-prolylisoleucine Proteins 0.000 description 1
- 108010070643 prolylglutamic acid Proteins 0.000 description 1
- 238000003259 recombinant expression Methods 0.000 description 1
- 238000010188 recombinant method Methods 0.000 description 1
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 1
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 1
- 230000014493 regulation of gene expression Effects 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000003362 replicative effect Effects 0.000 description 1
- WBHHMMIMDMUBKC-XLNAKTSKSA-N ricinelaidic acid Chemical compound CCCCCC[C@@H](O)C\C=C\CCCCCCCC(O)=O WBHHMMIMDMUBKC-XLNAKTSKSA-N 0.000 description 1
- 229960003656 ricinoleic acid Drugs 0.000 description 1
- FEUQNCSVHBHROZ-UHFFFAOYSA-N ricinoleic acid Natural products CCCCCCC(O[Si](C)(C)C)CC=CCCCCCCCC(=O)OC FEUQNCSVHBHROZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108060007223 rubredoxin Proteins 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 229930195734 saturated hydrocarbon Natural products 0.000 description 1
- 108010069117 seryl-lysyl-aspartic acid Proteins 0.000 description 1
- 108010026333 seryl-proline Proteins 0.000 description 1
- 235000021309 simple sugar Nutrition 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 229960000268 spectinomycin Drugs 0.000 description 1
- UNFWWIHTNXNPBV-WXKVUWSESA-N spectinomycin Chemical compound O([C@@H]1[C@@H](NC)[C@@H](O)[C@H]([C@@H]([C@H]1O1)O)NC)[C@]2(O)[C@H]1O[C@H](C)CC2=O UNFWWIHTNXNPBV-WXKVUWSESA-N 0.000 description 1
- 239000007921 spray Substances 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 239000011550 stock solution Substances 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 150000007970 thio esters Chemical class 0.000 description 1
- 108010061238 threonyl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 238000010361 transduction Methods 0.000 description 1
- 230000026683 transduction Effects 0.000 description 1
- 230000001960 triggered effect Effects 0.000 description 1
- 108010080629 tryptophan-leucine Proteins 0.000 description 1
- 108010084932 tryptophyl-proline Proteins 0.000 description 1
- 108010005834 tyrosyl-alanyl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 108010015385 valyl-prolyl-proline Proteins 0.000 description 1
- 235000015112 vegetable and seed oil Nutrition 0.000 description 1
- 238000011179 visual inspection Methods 0.000 description 1
- 235000019386 wax ester Nutrition 0.000 description 1
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P13/00—Preparation of nitrogen-containing organic compounds
- C12P13/001—Amines; Imines
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P7/00—Preparation of oxygen-containing organic compounds
- C12P7/62—Carboxylic acid esters
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/52—Genes encoding for enzymes or proenzymes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/0004—Oxidoreductases (1.)
- C12N9/0006—Oxidoreductases (1.) acting on CH-OH groups as donors (1.1)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/0004—Oxidoreductases (1.)
- C12N9/0071—Oxidoreductases (1.) acting on paired donors with incorporation of molecular oxygen (1.14)
- C12N9/0077—Oxidoreductases (1.) acting on paired donors with incorporation of molecular oxygen (1.14) with a reduced iron-sulfur protein as one donor (1.14.15)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/10—Transferases (2.)
- C12N9/1025—Acyltransferases (2.3)
- C12N9/1029—Acyltransferases (2.3) transferring groups other than amino-acyl groups (2.3.1)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/10—Transferases (2.)
- C12N9/1096—Transferases (2.) transferring nitrogenous groups (2.6)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P7/00—Preparation of oxygen-containing organic compounds
- C12P7/02—Preparation of oxygen-containing organic compounds containing a hydroxy group
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P7/00—Preparation of oxygen-containing organic compounds
- C12P7/24—Preparation of oxygen-containing organic compounds containing a carbonyl group
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P7/00—Preparation of oxygen-containing organic compounds
- C12P7/64—Fats; Fatty oils; Ester-type waxes; Higher fatty acids, i.e. having at least seven carbon atoms in an unbroken chain bound to a carboxyl group; Oxidised oils or fats
- C12P7/6436—Fatty acid esters
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y101/00—Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1)
- C12Y101/01—Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1) with NAD+ or NADP+ as acceptor (1.1.1)
- C12Y101/01001—Alcohol dehydrogenase (1.1.1.1)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y101/00—Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1)
- C12Y101/01—Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1) with NAD+ or NADP+ as acceptor (1.1.1)
- C12Y101/01002—Alcohol dehydrogenase (NADP+) (1.1.1.2), i.e. aldehyde reductase
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y101/00—Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1)
- C12Y101/03—Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1) with a oxygen as acceptor (1.1.3)
- C12Y101/0302—Long-chain-alcohol oxidase (1.1.3.20)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y114/00—Oxidoreductases acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen (1.14)
- C12Y114/15—Oxidoreductases acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen (1.14) with reduced iron-sulfur protein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen (1.14.15)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y114/00—Oxidoreductases acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen (1.14)
- C12Y114/15—Oxidoreductases acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen (1.14) with reduced iron-sulfur protein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen (1.14.15)
- C12Y114/15003—Alkane 1-monooxygenase (1.14.15.3)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y203/00—Acyltransferases (2.3)
- C12Y203/01—Acyltransferases (2.3) transferring groups other than amino-acyl groups (2.3.1)
- C12Y203/01075—Long-chain-alcohol O-fatty-acyltransferase (2.3.1.75)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y203/00—Acyltransferases (2.3)
- C12Y203/01—Acyltransferases (2.3) transferring groups other than amino-acyl groups (2.3.1)
- C12Y203/01084—Alcohol O-acetyltransferase (2.3.1.84)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y206/00—Transferases transferring nitrogenous groups (2.6)
- C12Y206/01—Transaminases (2.6.1)
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02E—REDUCTION OF GREENHOUSE GAS [GHG] EMISSIONS, RELATED TO ENERGY GENERATION, TRANSMISSION OR DISTRIBUTION
- Y02E50/00—Technologies for the production of fuel of non-fossil origin
- Y02E50/10—Biofuels, e.g. bio-diesel
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Oil, Petroleum & Natural Gas (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Organic Low-Molecular-Weight Compounds And Preparation Thereof (AREA)
Abstract
Группа изобретений относится к биотехнологическому способу получения сложных эфиров ω-функционализированных карбоновых кислот. Предложены клетка микроорганизма и способ для получения по меньшей мере одного сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты из ундекана и/или додекана. Клетка генетически модифицирована для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа по меньшей мере одной AlkB-алкангидроксилазы и синтазы воска-сложного эфира, где AlkB-алкангидроксилаза характеризуется последовательностью SEQ ID NO:1 и синтаза воска-сложного эфира характеризуется последовательностью SEQ ID NO:2. При этом клетка не содержит генетическую модификацию, которая повышает экспрессию относительно клетки дикого типа следующих ферментов, участвующих в образовании карбоновой кислоты или сложного карбоксилатного эфира из простого источника углерода: ацил-ACP тиоэстеразы под EC 3.1.2.14 или EC 3.1.2.22, ацил-КоА-тиоэстеразы под EC 3.1.2.2, EC 3.1.2.18, EC 3.1.2.19, EC 3.1.2.20 или EC 3.1.2.22, ацил-КоА:ACP-трансацилазы, поликетидсинтазы и синтазы гексановой кислоты. Изобретения позволяют получать из ундекана и/или додекана сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты с помощью одной рекомбинантной клетки. 2 н. и 3 з.п. ф-лы, 3 табл., 7 пр.
Description
ОБЛАСТЬ ТЕХНИКИ, К КОТОРОЙ ОТНОСИТСЯ НАСТОЯЩЕЕ ИЗОБРЕТЕНИЕ
Настоящее изобретение относится к биотехнологическому способу получения сложных эфиров ω-функционализированных карбоновых кислот. В частности, в способе может применяться алкан в качестве исходного материала и генетически модифицированная клетка для превращения алкана в соответствующий сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты.
ПРЕДПОСЫЛКИ СОЗДАНИЯ ИЗОБРЕТЕНИЯ
ω-функционализированные карбоновые кислоты и соответствующие сложные эфиры, в том числе аминокарбоновые кислоты и их соответствующие лактамы, такие как ω-аминолауриновая кислота, ω-аминоундекановая кислота, лауролактам и т.п., представляют собой важные мономеры для получения высококачественных полиамидов. Некоторые из существующих химических технологий, которые применялись для получения этих мономеров из нефтехимического или возобновляемого сырья включают:
i) получение ω-аминолауриновой кислоты из сложного метилового эфира лауриновой кислоты, фракции биодизеля, получаемого из пальмоядрового или кокосового масла;
ii) получение ω-аминоундекановой кислоты из рицинолеиновой кислоты, получаемой из касторового масла;
iii) получение лауролактама из бутадиена.
Хотя все эти три способа получения остаются конкурентноспособными, их конкурентоспособность в указанном местоположении и моменте времени зависит от ряда факторов, в том числе стоимости сырьевых материалов и затрат энергии на выполнение способов.
Из уровня техники известны несколько биотехнологических средств для получения ω-функционализированных карбоновых кислот и/или их сложных эфиров. Например, генетически модифицированные клетки, которые способны производить ω-функционализированные карбоновые кислоты из карбоновой кислоты, применяемой в качестве субстрата, были описаны ранее по меньшей мере в WO2009077461 и EP2322598. Схожая процедура с применением клеток Candida описана в WO2011008232, где в клетках блокирован путь β-окисления, и ω-функционализированные карбоновые кислоты получали из жирной кислоты, применяемой в качестве субстрата. Эти способы обладают недостатком применения жирных кислот в качестве исходного материала. Это обусловлено тем, что применяемые жирные кислоты и их производные большей частью получают исключительно из масел или жиров растительного и животного происхождения. Жиры животного происхождения в качестве сырьевых материалов все еще обладают слабой приемлемостью для клиентов, а масла растительного происхождения, которые содержат жирные кислоты с короткой и средней длины цепью, либо сложно получать, либо их получают только в тропических районах (что является результатом уничтожения дождевых лесов). Кроме того, конкретные сырьевые материалы из масел или жиров растительного и животного происхождения обладают специфическими, но определенными профилями жирных кислот, что приводит к сопряженному получению.
В WO2013024114 раскрыт способ получения ω-функционализированных карбоновых кислот и/или их сложных эфиров из простых источников углерода, таких как глюкоза, сахароза, арабиноза, ксилоза, лактоза, фруктоза, мальтоза, меласса, крахмал, целлюлоза и гемицеллюлоза, но также глицерин или очень простые органические молекулы, такие как CO2, CO или синтез-газ. Эти простые сахара, особенно глюкоза, обычно требуют бóльших затрат при получении. Способ получения ω-функционализированных карбоновых кислот и/или их сложных эфиров из простых источников углерода также может считаться сложным, поскольку клетки, применяемые в этом способе, вначале должны подвергаться генетической модификации для увеличения получения карбоновых кислот из этих простых источников углерода. Это, таким образом, повышает затраты на получение.
Следовательно, в области техники существует потребность в способе получения сложных эфиров ω-функционализированных карбоновых кислот из другого источника сырьевого материала, который обеспечил бы эффективное и продуктивное получение.
ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ
Настоящее изобретение пытается решить вышеупомянутые проблемы путем обеспечения по меньшей мере одной генетически модифицированной клетки микроорганизма, которая способна продуцировать по меньшей мере один сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты из по меньшей мере одного алкана. Сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты может быть выбран из группы, включающей сложные эфиры ω-гидрокси-, ω-оксо-, ω-карбокси- и ω-аминокарбоновых кислот. Применение этих генетически модифицированных клеток в способе получения сложных эфиров ω-функционализированных карбоновых кислот может добавлять гибкость в получение этих соединений путем обеспечения возможности применения более доступного альтернативного нефтехимического сырьевого материала для их получения. Также применение цельноклеточных биокатализаторов, способных объединять все средства для превращения алканов в сложные эфиры жирных кислот и их соответствующие ω-функционализированные производные в пределах их, делает процесс превращения более простым, так как в превращении задействовано лишь небольшое число стадий процесса. Также устраняется зависимость от жирных кислот и простых источников углерода в качестве углеродного субстрата.
Согласно первому аспекту настоящего изобретения предусмотрена клетка микроорганизма для получения по меньшей мере одного сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты из по меньшей мере одного алкана, где в клетке предусмотрена генетическая модификация для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа
(i) фермента E1, способного к превращению алкана в соответствующий 1-алканол;
(ii) фермента E2, способного к превращению 1-алканола из (i) в соответствующий 1-алканаль;
(iii) фермента E3, способного к превращению 1-алканаля из (ii) в соответствующую алкановую кислоту;
(iv) фермента E4, способного к превращению алкановой кислоты из (iii) в соответствующий сложный эфир алкановой кислоты; и
(v) фермента E5, способного к превращению сложного эфира алкановой кислоты из (iv) в соответствующий сложный эфир ω-гидроксиалкановой кислоты.
Клетка микроорганизма согласно любому из аспектов настоящего изобретения относится к клетке, у которой отсутствует ранее существующая/предшествующая модификация для повышения образования карбоновой кислоты или сложного карбоксилатного эфира из по меньшей мере одного простого источника углерода. Подразумевается, что термин «простой источник углерода» означает источники углерода, в которых в углеродном скелете по меньшей мере одна связь C-C была разрушена. В частности, простые источники углерода могут представлять собой по меньшей мере один углевод, такой как, например, глюкоза, сахароза, арабиноза, ксилоза, лактоза, фруктоза, мальтоза, меласса, крахмал, целлюлоза и гемицеллюлоза, источники углерода также могут включать глицерин или очень простые органические молекулы, такие как CO2, CO или синтез-газ. Более конкретно, клетка микроорганизма согласно любому из аспектов настоящего изобретения может не быть подвергнута генетической модификации для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа по меньшей мере одного из следующих ферментов:
- E20 ацил-ACP-тиоэстеразы под EC 3.1.2.14 или EC 3.1.2.22,
- E21 ацил-КоА-тиоэстеразы под EC 3.1.2.2, EC 3.1.2.18, EC 3.1.2.19, EC 3.1.2.20 или EC 3.1.2.22,
- E22 ацил-КоА:ACP-трансацилазы,
- E23 поликетидсинтазы, которая катализирует реакцию, задействованную в синтезе карбоновых кислот и сложных карбоксилатных эфиров, и
- E24 синтазы гексановой кислоты.
В одном примере клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может содержать дополнительную генетическую модификацию для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа
(vi) фермента E6, способного к превращению сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты из (v) в соответствующий сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты; и
(vii) фермента E7, способного к превращению сложного эфира ω-оксоалкановой кислоты из (vi) в соответствующий сложный эфир ω-аминоалкановой кислоты.
В другом примере клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может содержать дополнительную генетическую модификацию для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа
(vi) фермента E6, способного к превращению сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты из (v) в соответствующий сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты;
(vii) фермента E13, способного к превращению сложного эфира ω-оксоалкановой кислоты из (vi) в соответствующий сложный эфир ω-карбоксиалкановой кислоты, и
(viii) фермента E14, способного к превращению сложного эфира ω-карбоксиалкановой кислоты из (vi) в соответствующий сложный диэфир ω-карбоксиалкановой кислоты.
Клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения можно применять для получения сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты из всех алканов с высоким выходом продукта за один проход в единицу времени, высоким выходом углерода и высокой концентрацией в культуральном супернатанте. В результате этих преимуществ облегчается эффективная обработка.
Выражение «дикого типа», применяемое в данном документе в отношении клетки или микроорганизма, может обозначать клетку со структурой генома, которая имеет форму, встречающуюся в естественных условиях в дикой природе. Выражение можно применять, как к цельной клетке, так и к индивидуальным генам. Термин «дикого типа» также может включать клетки, которые были генетически модифицированы в других аспектах (т.е. c точки зрения одного или более генов), но не в отношении генов, представляющих интерес. Следовательно, термин «дикого типа» не включает такие клетки, в которых генные последовательности специфических генов, представляющих интерес, были изменены по меньшей мере частично человеком с применением рекомбинантных способов. Таким образом, клетка дикого типа согласно любому из аспектов настоящего изобретения относится к клетке, которая не содержит генетической мутации применительно к геному целиком и/или конкретному гену. Следовательно, в одном примере клетка дикого типа применительно к ферменту E1 может означать клетку, которая характеризуется естественной/неизмененной экспрессией фермента E1 в клетке. Клетку дикого типа применительно к ферменту E2, E3, E4, E5, E6, E7, E8, E9, E10, E11, E12, E13, E14, E15 и т. д. можно интерпретировать так же, и она может относиться к клетке, которая характеризуется естественной/неизмененной экспрессией фермента E2, E3, E4, E5, E6, E7, E8, E9, E10, E11, E12, E13, E14, E15 и т.д., соответственно, в клетке.
Любые ферменты, применяемые согласно любому из аспектов настоящего изобретения, могут представлять собой выделенный фермент. В частности, ферменты, применяемые согласно любому из аспектов настоящего изобретения, можно применять в активном состоянии и в присутствии всех кофакторов, субстратов, вспомогательных и/или активирующих полипептидов или факторов, необходимых для их активности. Применяемый в данном документе термин «выделенный» означает, что фермент, представляющий интерес, является обогащенным по сравнению с клеткой, в которой он встречается в естественных условиях. Фермент может быть обогащен с соответствии с результатами электрофореза в полиакриламидном геле с добавлением SDS и/или анализов активности. Например, фермент, представляющий интерес, может составлять более 5, 10, 20, 50, 75, 80, 85, 90, 95 или 99 процентов от всех полипептидов, которые присутствуют в препарате, исходя из визуального контроля полиакриламидного геля после окрашивания красителем Кумасси синий.
Фермент, применяемый согласно любого из аспектов настоящего изобретения, может быть рекомбинантным. Применяемый в настоящем документе термин «рекомбинантный» относится к молекуле или продукту, кодируемому с помощью такой молекулы, в частности, полипептиду или нуклеиновой кислоте, которые, как таковые, не встречаются в естественных условиях, но являются результатом генной инженерии, или относится к клетке, которая содержит рекомбинантную молекулу. Например, молекула нуклеиновой кислоты является рекомбинантной, если она содержит промотор, функционально связанный с последовательностью, кодирующей каталитически активный полипептид, и промотор был сконструирован так, чтобы каталитически активный полипептид подвергался сверхэкспрессии относительно уровня полипептида в соответствующей клетке дикого типа, которая содержит исходную неизмененную молекулу нуклеиновой кислоты.
Специалист в данной области сможет применить любой способ, известный из уровня техники, для генетической модификации клетки или микроорганизма. Согласно любому из аспектов настоящего изобретения генетически модифицированная клетка может быть генетически модифицирована таким образом, что за определенный интервал времени, в пределах 2 часов, в частности, в пределах 8 часов или 24 часов, она образует по меньшей мере в несколько раз, предпочтительно по меньшей мере в 10 раз, по меньшей мере в 100 раз, по меньшей мере в 1000 раз или по меньшей мере в 10000 раз больше сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты, чем клетка дикого типа. Увеличение образования продукта можно определить, например, путем культивирования клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения и клетки дикого типа, каждой по-отдельности, в одинаковых условиях (одинаковая плотность клеток, одинаковая питательная среда, одинаковые условия культивирования) в течение определенного интервала времени в подходящей питательной среде и затем определения количества целевого продукта (сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты) в питательной среде.
Генетически модифицированная клетка или микроорганизм может генетически отличаться от клетки или микроорганизма дикого типа. Генетическое отличие между генетически модифицированным микроорганизмом согласно любому из аспектов настоящего изобретения и микроорганизмом дикого типа может состоять в присутствии полного гена, аминокислоты, нуклеотида и т.д. в генетически модифицированном микроорганизме, которые могут отсутствовать в микроорганизме дикого типа. В одном примере генетически модифицированный микроорганизм согласно любому из аспектов настоящего изобретения может содержать ферменты, которые обеспечивают возможность микроорганизму продуцировать большее количество 1-алканолов, 1-алканалов, алкановых кислот, сложных эфиров алкановых кислот, сложных эфиров омега-гидроксиалкановых кислот и т.д. по сравнению с клетками дикого типа. Микроорганизм дикого типа в сравнении с генетически модифицированным микроорганизмом по настоящему изобретению не обладает активностью, или у него отсутствует выявляемая активность ферментов, которые обеспечивают возможность генетически модифицированного микроорганизма производить 1-алканолы, 1-алканали, алкановые кислоты, сложные эфиры алкановых кислот, сложные эфиры омега-гидроксиалкановых кислот и т.д. Применяемый в данном документе термин «генетически модифицированный микроорганизм» может применяться взаимозаменяемо с термином «генетически модифицированная клетка». Генетическую модификацию согласно любому из аспектов настоящего изобретения проводят в клетке микроорганизма.
Клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения являются генетически трансформированными согласно любому из способов, известных из уровня техники. В частности, клетки могут быть получены согласно способу, раскрытому в WO2013024114.
Применяемое в данном документе выражение «генетически модифицированная клетка характеризуется повышенной активностью, в сравнении с клеткой дикого типа, у ферментов» относится к активности соответствующего фермента, которая повышена по меньшей мере в 2 раза, в частности по меньшей мере в 10 раз, более конкретно по меньшей мере в 100 раз, еще более конкретно по меньшей мере в 1000 раз и даже более конкретно по меньшей мере в 10000 раз.
Применяемое в данном документе выражение «повышенная активность фермента» следует понимать как повышенную внутриклеточную активность. В принципе, повышение ферментативной активности может достигаться путем увеличения числа копий генной последовательности или генных последовательностей, которые кодируют фермент, применения сильного промотора или использования гена или аллеля, которые кодируют соответствующий фермент с повышенной активностью, изменения гена в соответствии с частотой использования кодонов, повышения периода полужизни мРНК или фермента различными способами, модификации регуляции экспрессии гена и необязательно путем комбинирования этих средств. Генетически модифицированные клетки, применяемые согласно любому из аспектов настоящего изобретения, получают, например, путем трансформации, трансдукции, конъюгации или комбинирования этих способов с использованием вектора, который содержит требуемый ген, аллель этого гена или его части, и вектора, который делает экспрессию данного гена возможной. В частности, гетерологичная экспрессия достигается путем интеграции гена или аллелей в хромосому клетки или с помощью внехромосомно реплицирующегося вектора.
В том же контексте выражение «сниженная активность фермента Ex», используемое со ссылкой на любой из аспектов настоящего изобретения, можно понимать как означающее активность, сниженную по меньшей мере в 0,5 раза, в частности, по меньшей мере в 0,1 раза, более конкретно по меньшей мере в 0,01 раза, еще более конкретно по меньшей мере в 0,001 раза и наиболее конкретно по меньшей мере в 0,0001 раза. Выражение «сниженная активность» также подразумевает отсутствие выявляемой активности («нулевая активность»). Снижение активности определенного фермента можно осуществлять, например, путем селективной мутации или при помощи других средств снижения активности определенного фермента, известных специалисту в данной области. В частности, специалист в данной области найдет инструкции по модификации и снижению экспрессии белка и сопутствующему понижению ферментативной активности путем нарушения специфичных генов, например, по меньшей мере в Dubeau et al. 2009. Singh & Röhm. 2008., Lee et al., 2009 и т.п. Снижение ферментативной активности в клетке согласно любому из аспектов настоящего изобретения может достигаться путем модификации гена, содержащего одну из последовательностей нуклеиновых кислот, где модификация выбрана из группы, содержащей, включающей вставку чужеродной ДНК в ген, делецию по меньшей мере частей гена, точковые мутации в генной последовательности, РНК-интерференцию (siRNA), антисмысловую РНК или модификацию (вставку, делецию или точковые мутации) регуляторных последовательностей, таких как, например, промоторы и терминаторы, или сайтов связывания рибосом, которые фланкируют данный ген.
В связи с этим чужеродную ДНК следует понимать как подразумевающую любую последовательность ДНК, которая является «чужеродной» для гена (а не для организма), т.e. в связи с этим эндогенные последовательности ДНК могут также выступать в роли «чужеродной ДНК». В связи с этим особенно предпочтительно, чтобы нарушение гена осуществляли путем вставки гена селективного маркера, таким образом, чужеродная ДНК представляет собой ген селективного маркера, при этом вставку предпочтительно осуществляют путем гомологичной рекомбинации в генном локусе.
Экспрессию ферментов и генов, упомянутых выше и всех упоминаемых ниже, можно определять с помощью 1- и 2-мерного разделения белков в геле с последующей оптической идентификацией концентрации белка в геле с помощью подходящего программного обеспечения для оценки.
Если повышение ферментативной активности основано исключительно на повышении экспрессии соответствующего гена, то количественную оценку повышения ферментативной активности можно проводить просто путем сравнения результатов 1- и/или 2-мерного разделения белков в геле у клетки дикого типа и генетически модифицированной клетки. Общепринятым способом для получения гелей с белками бактерий и для идентификации белков является процедура, описанная Hermann et al. (Electrophoresis, 22: 1712-23 (2001). Концентрацию белка также можно анализировать с помощью вестерн-блот-гибридизации с антителом, специфичным в отношении белка, подлежащего определению (Sambrook et al., Molecular Cloning: a laboratory manual, 2nd Ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. USA, 1989), с последующей оптической оценкой с применением подходящего программного обеспечения для определения концентрации (Lohaus and Meyer (1989) Biospektrum, 5: 32-39; Lottspeich (1999), Angewandte Chemie 111: 2630-2647). Данный способ можно выбрать всегда, когда продукты реакции, которая катализируется ферментативной активностью, подлежащей определению, могут быстро метаболизироваться в микроорганизме или же активность у дикого типа сама по себе является слишком низкой, чтобы существовала возможность удовлетворительного определения ферментативной активности, подлежащей определению, на основе образования продукта.
В частности,
- фермент E1 может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (Ea) и AlkB-алкангидроксилазы (Eb) под EC 1.14.15.3;
- фермент E2 может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (Ea), AlkB-алкангидроксилазы (Eb) под EC 1.14.15.3, алкогольоксидазы (Ec) под EC 1.1.3.20 и алкогольдегидрогеназы (Ed);
- фермент E3 выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (Ea) под EC 1.14.15.3-, AlkB-алкангидроксилазы (Eb) под EC 1.14.15.3, альдегиддегидрогеназы (Ee), бифункциональные алкогольоксидазы (Ec) под EC 1.1.3.20, бифункциональные AlkJ-алкогольдегидрогеназы (Edi) и бифункциональные алкогольдегидрогеназы (Edii) под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2, где Ec, Edi и Edii способны окислять 1-алканол через 1-алканаль непосредственно в соответствующую алкановую кислоту;
- фермент E4 может быть выбран из группы, включающей синтазы воска-сложного эфира (Ef) и алкоголь-O-ацилтрансферазы (Eg);
- фермент E5 может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (Ea) и AlkB-алкангидроксилазы (Eb) под EC 1.14.15.3;
- фермент E6 может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (Ea), AlkB-алкангидроксилазы (Eb) под EC 1.14.15.3, алкогольоксидазы (Ec) и алкогольдегидрогеназы (Ed);
- фермент E7 может представлять собой ω-трансаминазу (Eh).
В одном примере каждый из ферментов E1, E2, E3 и E5 может представлять собой различный фермент, который может быть способен осуществлять свою активность. Например, E1 может представлять собой AlkB-алкангидроксилазы (Eb), E2 может представлять собой алкогольоксидазу (Ec), E3 может представлять собой бифункциональную AlkJ-алкогольдегидрогеназу, а E5 может представлять собой AlkB-алкангидроксилазу (Eb). В другом примере E1 может представлять собой P450-алкангидроксилазу (Ea), E2 может представлять собой алкогольдегидрогеназу (Ec), E3 может представлять собой альдегиддегидрогеназу (Ee), а E5 может представлять собой P450-алкангидроксилазу. В частности, любая комбинация ферментов из E1, E2, E3 и E5 может применяться для осуществления их специфических функций. В дополнительном примере E1, E2, E3 и E5 могут представлять собой один и тот же фермент. В этом примере E1, E2, E3 и E5 могут быть выбраны из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (Ea) и AlkB-алкангидроксилазы (Eb). В одном примере E1, E2, E3 и E5 могут представлять собой P450-алкангидроксилазы (Ea). В этом примере клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения характеризуется повышенной экспрессией относительно клетки дикого типа P450-алкангидроксилаз (Ea), что соответствует функции ферментов E1, E2, E3 и E5. В другом примере E1, E2, E3 и E5 могут представлять собой AlkB-алкангидроксилазу (Eb). В этом примере клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения характеризуется повышенной экспрессией относительно клетки дикого типа AlkB-алкангидроксилазы (Eb), что соответствует функции ферментов E1, E2, E3 и E5.
Ферменты Ea - Eh могут содержать полипептидную последовательность, в которой до 60%, предпочтительно до 25%, конкретно до 15%, в частности до 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 или 1% аминокислотных остатков модифицированы по сравнению с приведенными ниже эталонными последовательностями (номера доступа) за счет делеции, вставки, замены или их комбинации, и которая все еще обладает по меньшей мере 50%, предпочтительно 65%, особенно предпочтительно 80%, в частности более чем 90% активностью белка с соответствующей приведенной ниже эталонной последовательностью, где подразумевается, что 100% активность эталонного белка означает повышение активности клеток, применяемых в качестве биокатализатора, т.е. количество вещества, превращаемого за единицу времени, исходя из применяемого количества клеток (единицы на грамм сухого вещества клеток [Ед/г CDW]), в сравнении с активностью биокатализатора в отсутствие эталонного белка.
Специалистам в данной области известны модификации аминокислотных остатков указанной полипептидной последовательности, которые не приводят к значительным модификациям свойств и функции указанного полипептида. Таким образом, например, многие аминокислоты зачастую без проблем можно заменять друг на друга; примерами таких подходящих аминокислотных замен являются: Ala на Ser; Arg на Lys; Asn на Gln или His; Asp на Glu; Cys на Ser; Gln на Asn; Glu на Asp; Gly на Pro; His на Asn или Gln; Ile на Leu или Val; Leu на Met или Val; Lys на Arg, или Gln, или Glu; Met на Leu или Ile; Phe на Met, или Leu, или Tyr; Ser на Thr; Thr на Ser; Trp на Tyr; Tyr на Trp или Phe; Val на Ile или Leu. Также известно, что модификации, в частности, по N- или C-концу полипептида, в форме, например, аминокислотных вставок или делеций, зачастую не оказывают значительного влияния на функцию полипептида.
Номера доступа, излагаемые в связи с настоящим изобретением, упоминаемые по всему настоящему описанию, соответствуют записям в базе данных NCBI ProteinBank на дату 26.07.2011; как правило, номер версии записи обозначен в данном документе с помощью «цифры», например «.1».
Все упомянутые процентные содержания (%) представляют собой, если не указано иное, массовый процент.
Согласно любому из аспектов настоящего изобретения клетка микроорганизма может быть выбрана из видов бактерий из группы, включающей Abiotrophia, Acaryochloris, Accumulibacter, Acetivibrio, Acetobacter, Acetohalobium, Acetonema, Achromobacter, Acidaminococcus, Acidimicrobium, Acidiphilium, Acidithiobacillus, Acidobacterium, Acidothermus, Acidovorax, Acinetobacter, Actinobacillus, Actinomyces, Actinosynnema, Aerococcus, Aeromicrobium, Aeromonas, Afipia, Aggregatibacter, Agrobacterium, Ahrensia, Akkermansia, Alcanivorax, Alicycliphilus, Alicyclobacillus, Aliivibrio, Alkalilimnicola, Alkaliphilus, Allochromatium, Alteromonadales, Alteromonas, Aminobacterium, Aminomonas, Ammonifex, Amycolatopsis, Amycolicicoccus, Anabaena, Anaerobaculum, Anaerococcus, Anaerofustis, Anaerolinea, Anaeromyxobacter, Anaerostipes, Anaerotruncus, Anaplasma, Anoxybacillus, Aquifex, Arcanobacterium, Arcobacter, Aromatoleum, Arthrobacter, Arthrospira, Asticcacaulis, Atopobium, Aurantimonas, Azoarcus, Azorhizobium, Azospirillum, Azotobacter, Bacillus, Bartonella, Basfia, Baumannia, Bdellovibrio, Beggiatoa, Beijerinckia, Bermanella, Beutenbergia, Bifidobacterium, Bilophila, Blastopirellula, Blautia, Blochmannia, Bordetella, Borrelia, Brachybacterium, Brachyspira, Bradyrhizobium, Brevibacillus, Brevibacterium, Brevundimonas, Brucella, Buchnera, Bulleidia, Burkholderia, Butyrivibrio, Caldalkalibacillus, Caldanaerobacter, Caldicellulosiruptor, Calditerrivibrio, Caminibacter, Campylobacter, Carboxydibrachium, Carboxydothermus, Cardiobacterium, Carnobacterium, Carsonella, Catenibacterium, Catenulispora, Catonella, Caulobacter, Cellulomonas, Cellvibrio, Centipeda, Chelativorans, Chloroflexus, Chromobacterium, Chromohalobacter, Chthoniobacter, Citreicella, Citrobacter, Citromicrobium, Clavibacter, Cloacamonas, Clostridium, Collinsella, Colwellia, Comamonas, Conexibacter, Congregibacter, Coprobacillus, Coprococcus, Coprothermobacter, Coraliomargarita, Coriobacterium, corrodens, Corynebacterium, Coxiella, Crocosphaera, Cronobacter, Cryptobacterium, Cupriavidus, Cyanobium, Cyanothece, Cylindrospermopsis, Dechloromonas, Deferribacter, Dehalococcoides, Dehalogenimonas, Deinococcus, Delftia, Denitrovibrio, Dermacoccus, Desmospora, Desulfarculus, Desulphateibacillum, Desulfitobacterium, Desulfobacca, Desulfobacterium, Desulfobulbus, Desulfococcus, Desulfohalobium, Desulfomicrobium, Desulfonatronospira, Desulforudis, Desulfotalea, Desulfotomaculum, Desulfovibrio, Desulfurispirillum, Desulfurobacterium, Desulfuromonas, Dethiobacter, Dethiosulfovibrio, Dialister, Dichelobacter, Dickeya, Dictyoglomus, Dietzia, Dinoroseobacter, Dorea, Edwardsiella, Ehrlichia, Eikenella, Elusimicrobium, Endoriftia, Enhydrobacter, Enterobacter, Enterococcus, Epulopiscium, Erwinia, Erysipelothrix, Erythrobacter, Escherichia, Ethanoligenens, Eubacterium, Eubacterium, Exiguobacterium, Faecalibacterium, Ferrimonas, Fervidobacterium, Fibrobacter, Finegoldia, Flexistipes, Francisella, Frankia, Fructobacillus, Fulvimarina, Fusobacterium, Gallibacterium, Gallionella, Gardnerella, Gemella, Gemmata, Gemmatimonas, Geobacillus, Geobacter, Geodermatophilus, Glaciecola, Gloeobacter, Glossina, Gluconacetobacter, Gordonia, Granulibacter, Granulicatella, Grimontia, Haemophilus, Hahella, Halanaerobiumns, Haliangium, Halomonas, Halorhodospira, Halothermothrix, Halothiobacillus, Hamiltonella, Helicobacter, Heliobacterium, Herbaspirillum, Herminiimonas, Herpetosiphon, Hippea, Hirschia, Histophilus, Hodgkinia, Hoeflea, Holdemania, Hydrogenivirga, Hydrogenobaculum, Hylemonella, Hyphomicrobium, Hyphomonas, Idiomarina, Ilyobacter, Intrasporangium, Isoptericola, Isosphaera, Janibacter, Janthinobacterium, Jonesia, Jonquetella, Kangiella, Ketogulonicigenium, Kineococcus, Kingella, Klebsiella, Kocuria, Koribacter, Kosmotoga, Kribbella, Ktedonobacter, Kytococcus, Labrenzia, Lactobacillus, Lactococcus, Laribacter, Lautropia, Lawsonia, Legionella, Leifsonia, Lentisphaera, Leptolyngbya, Leptospira, Leptothrix, Leptotrichia, Leuconostoc, Liberibacter, Limnobacter, Listeria, Loktanella, Lutiella, Lyngbya, Lysinibacillus, Macrococcus, Magnetococcus, Magnetospirillum, Mahella, Mannheimia, Maricaulis, Marinithermus, Marinobacter, Marinomonas, Mariprofundus, Maritimibacter, Marvinbryantia, Megasphaera, Meiothermus, Melissococcus, Mesorhizobium, Methylacidiphilum, Methylibium, Methylobacillus, Methylobacter, Methylobacterium, Methylococcus, Methylocystis, Methylomicrobium, Methylophaga, Methylophilales, Methylosinus, Methyloversatilis, Methylovorus, Microbacterium, Micrococcus, Microcoleus, Microcystis, Microlunatus, Micromonospora, Mitsuokella, Mobiluncus, Moorella, Moraxella, Moritella, Mycobacterium, Myxococcus, Nakamurella, Natranaerobius, Neisseria, Neorickettsia, Neptuniibacter, Nitratifractor, Nitratiruptor, Nitrobacter, Nitrococcus, Nitrosomonas, Nitrosospira, Nitrospira, Nocardia, Nocardioides, Nocardiopsis, Nodularia, Nostoc, Novosphingobium, Oceanibulbus, Oceanicaulis, Oceanicola, Oceanithermus, Oceanobacillus, Ochrobactrum, Octadecabacter, Odyssella, Oligotropha, Olsenella, Opitutus, Oribacterium, Orientia, Ornithinibacillus, Oscillatoria, Oscillochloris, Oxalobacter, Paenibacillus, Pantoea, Paracoccus, Parascardovia, Parasutterella, Parvibaculum, Parvimonas, Parvularcula, Pasteurella, Pasteuria, Pectobacterium, Pediococcus, Pedosphaera, Pelagibaca, Pelagibacter, Pelobacter, Pelotomaculum, Peptoniphilus, Peptostreptococcus, Persephonella, Petrotoga, Phaeobacter, Phascolarctobacterium, Phenylobacterium, Photobacterium, Pirellula, Planctomyces, Planococcus, Plesiocystis, Polaromonas, Polaromonas, Polymorphum, Polynucleobacter, Poribacteria, Prochlorococcus, Propionibacterium, Proteus, Providencia, Pseudoalteromonas, Pseudoflavonifractor, Pseudomonas, Pseudonocardia, Pseudoramibacter, Pseudovibrio, Pseudoxanthomonas, Psychrobacter, Psychromonas, Puniceispirillum, Pusillimonas, Pyramidobacter, Rahnella, Ralstonia, Raphidiopsis, Regiella, Reinekea, Renibacterium, Rhizobium, Rhodobacter, Rhodococcus, Rhodoferax, Rhodomicrobium, Rhodopirellula, Rhodopseudomonas, Rhodospirillum, Rickettsia, Rickettsiella, Riesia, Roseburia, Roseibium, Roseiflexus, Roseobacter, Roseomonas, Roseovarius, Rothia, Rubrivivax, Rubrobacter, Ruegeria, Ruminococcus, Ruthia, Saccharomonospora, Saccharophagus, Saccharopolyspora, Sagittula, Salinispora, Salmonella, Sanguibacte, Scardovia, Sebaldella, Segniliparus, Selenomonas, Serratia, Shewanella, Shigella, Shuttleworthia, Sideroxydans, Silicibacter, Simonsiella, Sinorhizobium, Slackia, Sodalis, Solibacter, Solobacterium, Sorangium, Sphaerobacter, Sphingobium, Sphingomonas, Sphingopyxis, Spirochaeta, Sporosarcina, Stackebrandtia, Staphylococcus, Starkeya, Stenotrophomonas, Stigmatella, Streptobacillus, Streptococcus, Streptomyces, Streptosporangium, Subdoligranulum, subvibrioides, Succinatimonas, Sulfitobacter, Sulfobacillus, Sulfuricurvum, Sulfurihydrogenibium, Sulfurimonas, Sulfurospirillum, Sulfurovum, Sutterella, Symbiobacterium, Synechocystis, Syntrophobacter, Syntrophobotulus, Syntrophomonas, Syntrophothermus, Syntrophus, taiwanensis, Taylorella, Teredinibacter, Terriglobus, Thalassiobium, Thauera, Thermaerobacter, Thermanaerovibrio, Thermincola, Thermoanaerobacter, Thermoanaerobacterium, Thermobaculum, Thermobifida, Thermobispora, Thermocrinis, Thermodesulphateator, Thermodesulfobacterium, Thermodesulfobium, Thermodesulfovibrio, Thermomicrobium, Thermomonospora, Thermosediminibacter, Thermosinus, Thermosipho, Thermosynechococcus, Thermotoga, Thermovibrio, Thermus, Thioalkalimicrobium, Thioalkalivibrio, Thiobacillus, Thiomicrospira, Thiomonas, Tolumonas, Treponema, tribocorum, Trichodesmium, Tropheryma, Truepera, Tsukamurella, Turicibacter, Variovorax, Veillonella, Verminephrobacter, Verrucomicrobium, Verrucosispora, Vesicomyosocius, Vibrio, Vibrionales, Victivallis, Weissella, Wigglesworthia, Wolbachia, Wolinella, Xanthobacter, Xanthomonas, Xenorhabdus, Xylanimonas, Xylella, Yersinia, Zinderia и Zymomonas.
В частности, клетка микроорганизма может происходить из E. coli, Pseudomonas sp., Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas putida, Pseudomonas stutzeri, Acinetobacter sp., Burkholderia sp., Burkholderia thailandensis, Cyanobakterien, Klebsiella sp., Klebsiella oxytoca, Salmonella sp., Rhizobium sp. и Rhizobium meliloti, Bacillus sp., Bacillus subtilis, Clostridium sp., Corynebacterium sp., Corynebacterium glutamicum, Brevibacterium sp., Chlorella sp. и Nostoc sp. Более конкретно, клетка микроорганизма может происходить из E. coli.
Алканы представляют собой насыщенные углеводороды, которые имеют различное применение в зависимости от количества атомов углерода и от структуры алкана (т.е. разветвленный, линейный, циклический и т.д.). Алканы (строго говоря, всегда ациклические соединения или соединения с открытой цепью) имеют общую химическую формулу CnH2n+2. Алкан, применяемый согласно любому из аспектов настоящего изобретения, может содержать по меньшей мере 6 атомов C.
В частности, алкан, применяемый согласно любому из аспектов настоящего изобретения, может содержать 6-22, 6-20, 6-18, 6-17, 6-16, 6-15, 6-14, 6-13, 6-12, 6-11, 6-10, 8-20, 8-19, 8-18, 8-16, 8-15, 8-12, 8-10 атомов углерода (включительно). Алканы могут быть выбраны из группы, включающей гексан, гептан, октан, нонан, декан, ундекан, додекан, тридекан, тетрадекан, пентадекан, гексадекан и икозан. В частности, применяемый алкан может представлять собой декан, ундекан или додекан.
Фермент E1
Фермент E1 может быть способен к превращению по меньшей мере одного алкана в соответствующий 1-алканол. В частности, E1 может представлять собой по меньшей мере одну P450-алкангидроксилазу (Ea) под EC 1.14.15.1 или AlkB-алкангидроксилазу (Eb) под EC 1.14.15.3. P450-алкангидроксилаза (Ea) является компонентом реакционной системы, содержащей
- два ферментативных компонента: цитохром P450-алкангидроксилазу и NAD(P)H-цитохром P450-оксидоредуктазу под EC 1.6.2.4, или
- три ферментативных компонента: цитохром P450-алкангидроксилазу типа CYP153, ферредоксин NAD(P)+ редуктазы под EC 1.18.1.2 или EC 1.18.1.3 и ферредоксин.
AlkB-алкангидроксилаза (E1b) является компонентом реакционной системы, содержащей
- AlkB-алкангидроксилазы под EC 1.14.15.3, которые являются компонентом реакционной системы, содержащей три ферментативных компонента: AlkB-алкангидроксилазу под EC 1.14.15.3, AlkT-рубредоксин-NAD(P)+ редуктазу под EC 1.18.1.1 или под EC 1.18.1.4 и рубредоксин AlkG.
В частности, E1 может представлять собой AlkB-алкангидроксилазу (Eb), также известную как алканмонооксигеназа. Более конкретно, E1 может характеризоваться по меньшей мере 50% идентичностью последовательности с алканмонооксигеназой из Pseudomonas putida GPo1, кодируемой alkBGT. Даже более конкретно, E1 может характеризоваться по меньшей мере 50% идентичностью последовательности с полипептидом YP_001185946.1. Более конкретно, E1 может содержать полипептид, который характеризуется по меньшей мере 50, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 94, 95, 98 или 100% идентичностью последовательности с полипептидом YP_001185946.1.
Фермент Ea
В частности, фермент E1 может представлять собой по меньшей мере одну из P450-алкангидроксилаз (Ea), выбранных из группы, включающей
AAO73954.1, AAO73953.1, XP_002546279.1, AAA34353.2, P30607.1, XP_002421627.1, XP_718670.1, CAA39366.1, XP_001527524.1, AAO73955.1, AAO73956.1, XP_002546278.1, EEQ43157.1, XP_718669.1, AAA34354.1, P10615.3, XP_002421628.1, 226487, P16141.3, CAA39367.1, Q9Y757.2, XP_001485567.1, AAO73958.1, XP_001383506.2, XP_460111.2, AAO73959.1, Q12586.1, XP_460112.2, AAO73960.1, Q12589.1, AAO73961.1, XP_460110.2, EEQ43763.1, XP_710174.1, EDK41572.2, XP_001482650.1, CAA75058.1, XP_002548818.1, Q12588.1, XP_002422222.1, XP_001383636.2, XP_001525381.1, XP_002548823.1, P30610.1, AAO73952.1, XP_002548428.1, CAA36197.1, XP_002421126.1, AAA34320.1, P16496.3, P30608.1, P24458.1, XP_717999.1, XP_001383817.1, Q9Y758.1, XP_001482092.1, XP_001383710.2, P30609.1, AAB24479.1, XP_457792.1, XP_001524144.1, XP_457727.2, XP_001525578.1, XP_002616743.1, XP_002614836.1, XP_001525577.1, AAO73957.1, Q12585.1, XP_001386440.2, XP_002616857.1, XP_001483276.1, XP_500402.1, EDK39907.2, XP_500560.1, XP_001211376.1, XP_002560027.1, XP_504857.1, XP_500855.1, XP_504406.1, BAA31433.1, XP_500856.1, XP_501148.1, XP_746567.1, XP_001262425.1, XP_001274843.1, XP_002840588.1, XP_002377641.1, XP_001825995.1, XP_001400739.1, XP_718066.1, CAA35593.1, XP_664735.1, XP_002150795.1, XP_500097.1, XP_002483325.1, XP_504311.1, XP_500273.1, XP_002548817.1, EDP54484.1, XP_755288.1, XP_001260447.1, EFY97851.1, ACD75398.1, ADK36660.1, XP_001213081.1, XP_002377989.1, XP_001826299.1, XP_001554811.1, XP_501667.1, XP_002148942.1, ADK36662.1, XP_002565827.1, P30611.1, XP_001267871.1, XP_002372373.1, EFY84686.1, P43083.1, XP_001263094.1, XP_002148355.1, XP_002568429.1, XP_001817314.1, Q12587.1, XP_001396435.1, XP_001938589.1, XP_001388497.2, XP_663661.1, XP_003295335.1, XP_002152088.1, XP_001212071.1, Q12573.1, XP_002379858.1, XP_001821592.1, XP_002844341.1, XP_001394678.1, ACD75400.1, BAK03594.1, XP_003170343.1, XP_001265480.1, XP_002550661.1, EDP55514.1, XP_001528842.1, XP_749919.1, XP_001593058.1, P30612.1, EGC48494.1, EEH04429.1, XP_001585586.1, XP_003236182.1, XP_001400199.1, EEQ46951.1, XP_721410.1, EGP87864.1, XP_002380808.1, XP_001792771.1, XP_001208515.1, XP_001216161.1, XP_003071804.1, EFW16963.1, XP_002542118.1, XP_001936677.1, EGD95268.1, XP_003015678.1, XP_501748.1, XP_003169562.1, EFY96492.1, XP_682653.1, XP_002421356.1, CAK43439.1, EFY93677.1, XP_747767.1, XP_001244958.1, XP_003019635.1, XP_002847463.1, EGP83273.1, EGR52487.1, XP_002622526.1, XP_002563618.1, CBX99718.1, XP_001552081.1, XP_003066638.1, XP_003176049.1, ACD75402.1, BAA05145.1, XP_002482834.1, XP_001257501.1, XP_001934574.1, XP_001269972.1, XP_001587438.1, XP_001215856.1, XP_002149824.1, XP_001550556.1, XP_003011982.1, XP_001827121.1, XP_003233566.1, XP_003022481.1, EGR47044.1, EFQ34695.1, XP_003170005.1, BAG09241.1, XP_002796370.1, XP_003019300.1, XP_002563873.1, CAK40654.1, EEH19741.1, XP_003012518.1, EGD95716.1, XP_003239409.1, BAJ04363.1, XP_001537012.1, BAE66393.1, EGP85214.1, XP_002487227.1, AAV66104.1, EGE07669.1, XP_362943.2, XP_003016806.1, EFQ27388.1, XP_002384360.1, XP_002836323.1, XP_001274959.1, EFZ03093.1, XP_661521.1, XP_002849803.1, XP_001589398.1, AAR99474.1, XP_003189427.1, XP_001823699.1, XP_364111.1, XP_001262753.1, EFY86805.1, XP_001390153.2, XP_002384738.1, XP_001941811.1, XP_001220831.1, XP_003296981.1, XP_002480829.1, BAD83681.1, XP_001827526.2, XP_369556.1, CAK38224.1, EFQ26532.1, XP_002562328.1, XP_001904540.1, EGO52476.1, XP_002382002.1, XP_001225874.1, XP_958030.2, XP_002540883.1, XP_001908957.1, XP_001559255.1, XP_364102.1, EDP48064.1, XP_365075.1, XP_381460.1, CBX95930.1, XP_003054099.1, XP_361347.2, XP_002846867.1, XP_001214985.1, EFQ35175.1, XP_002479062.1, XP_001908613.1, XP_003345380.1, EGR50567.1, XP_002479350.1, XP_001394417.2, XP_001394159.2, XP_002146776.1, EGP86783.1, EFX02953.1, CAK45889.1, XP_003006887.1, XP_002541427.1, XP_750735.1, XP_001257962.1, EGO51720.1, XP_003005336.1, EGP83197.1, XP_002149832.1, XP_003052680.1, XP_365851.1, XP_001799910.1, XP_003347175.1, XP_002565258.1, EGR48918.1, EGR52524.1, XP_964653.2, XP_002147083.1, XP_002843935.1, EEH19393.1, CAC10088.1, EEH47609.1, EEQ92528.1, XP_001246560.1, XP_002626168.1, XP_003024880.1, XP_003169255.1, XP_003013780.1, XP_003235691.1, XP_746816.1, EGD98483.1, XP_001389925.2, XP_002842817.1, XP_002797278.1, ADK36666.1, XP_003305469.1, XP_001548471.1, XP_001806478.1, EFQ34989.1, XP_001552987.1, CAC24473.1, XP_002541530.1, EEQ89262.1, XP_001247332.1, XP_003066043.1, EDP47672.1, XP_002628451.1, XP_001910644.1, EGR44510.1, EFQ36733.1, XP_003052472.1, XP_001393445.2, XP_001522438.1, EGO04179.1, XP_001397944.2, CAK49049.1, EFQ30109.1, XP_001585052.1, EGO30123.1, XP_388496.1, XP_003173913.1, CBF76609.1, XP_003028593.1, EGO04180.1, CAK46976.1, XP_370476.1, XP_002145942.1, XP_003004457.1, ADK36663.1, XP_003040708.1, XP_003351473.1, EFY84692.1, XP_748328.2, XP_003190325.1, XP_002378813.1, EGR46513.1, XP_003033448.1, XP_002145326.1, XP_662462.1, XP_747469.1, XP_001935085.1, EGR45892.1, EGO01601.1, EGP89995.1, XP_001222615.1, XP_001224356.1, EGN93507.1, XP_001934479.1, BAK09464.1, EGO30124.1, XP_001267956.1, ADK36661.1, EFY97845.1, XP_001834501.1, EGO03790.1, XP_001884320.1, XP_003028899.1, AAP79879.1, EFY84206.1, BAK09467.1, XP_003030469.1, XP_001412594.1, XP_001834508.1, XP_001839436.2, XP_002583529.1, XP_001886288.1, XP_002843371.1, XP_001587730.1, BAK09418.1, BAK09442.1, EGO28830.1, EGE03365.1, EFZ01428.1, EGO03065.1, XP_001558890.1, XP_002487181.1, EGO29652.1, AAX49400.1, EFY92529.1, XP_002380252.1, XP_001884460.1, BAK09387.1, XP_001839366.2, XP_003031835.1, EFY99978.1, AAL67906.1, BAG09240.1, XP_002381768.1, XP_001800031.1, XP_001825073.2, BAE63940.1, XP_003028894.1, AAL67905.1, XP_002910303.1, EGO22856.1, XP_003028896.1, XP_681680.1, XP_002486603.1, XP_001838945.2, EGR50064.1, XP_001884349.1, XP_001883816.1, CAK37996.1, CAO91865.1, XP_003031227.1, XP_001258702.1, XP_001586739.1, XP_001560806.1, CBF69707.1, ADN43682.1, XP_001593179.1, XP_001886909.1, XP_001934479.1, XP_001587730.1, XP_001886909.1, XP_001831709.2, XP_001392650.1, XP_366716.2, CAL69594.1, XP_001269140.1, XP_002566307.1, XP_001555473.1, XP_663925.1, XP_001598033.1, XP_001835239.2, EGN97256.1, XP_001554305.1, NP_182075.1, XP_001560475.1, EFQ32286.1, XP_001216788.1, XP_002483975.1, AAC31835.1, NP_850427.1, XP_002143660.1, XP_003327130.1, BAJ78287.1, XP_002880182.1, ACB59278.1, EFQ36688.1, BAJ78285.1, BAJ78286.1, XP_001798699.1, EEH44101.1, BAJ78288.1, BAJ78284.1, EGG02425.1, EGG03011.1, AAA34334.1, NP_001189747.1, EGG02601.1, XP_002978645.1, EGG11203.1, XP_762610.1, XP_762620.1, XP_001545581.1, CAB44684.1, CAN80536.1, AAN05337.1, NP_001049423.1, XP_001791898.1, NP_001031814.1, XP_002279531.1, ABK94777.1, AAZ39646.1, XP_002880183.1, ABC68403.1, XP_002839066.1, EGG03014.1, XP_002320074.1, NP_001182854.1, CBI38795.3, XP_002310605.1, NP_196442.2, XP_002270594.1, ABZ80830.1, XP_002275905.1, CBI38796.3, XP_002476978.1, CAB93726.1, EGG03624.1, EGG06527.1, NP_197710.1, XP_001768338.1, XP_002270673.1, BAJ86572.1, XP_002275806.1, CBI38797.3, XP_002320072.1, CAN60189.1, XP_002986290.1, XP_002465888.1, CAN80040.1, XP_002336104.1, XP_002988354.1, XP_002264277.1, EGD72898.1, XP_002866853.1, EAY95236.1, XP_002979701.1, XP_002988762.1, XP_002304502.1, XP_002873349.1, XP_003192947.1, CAN63571.1, NP_001053615.1, NP_176558.1, EGC49561.1, EGG09027.1, XP_002314581.1, XP_002446966.1, XP_002320802.1, ABC59095.1, XP_003323121.1, XP_002974639.1, XP_002395587.1, XP_002866852.1, XP_002319770.1, NP_001146262.1, NP_001169224.1, AAM65207.1, XP_002529058.1, XP_002886391.1, XP_002320071.1, XP_002446967.1, XP_757870.1, EAY95147.1, XP_002899664.1, EEH05830.1, XP_002874114.1, ADO24345.1, BAJ88802.1, BAA05146.1, XP_002963351.1, EAY88475.1, NP_195658.3, XP_002976944.1, ABC59093.1, XP_002275114.1, XP_003328407.1, CAN75428.1, BAJ86471.1, XP_002981144.1, XP_002277006.1, EAZ26110.1, ACN41008.1, XP_002899542.1, XP_001781614.1, EAY76187.1, BAK06758.1, XP_002511745.1, XP_002982626.1, XP_002963763.1, NP_001065111.1, ABF93892.1, XP_002314117.1, BAK06287.1, XP_001745327.1, NP_001047674.1, XP_002878665.1, XP_002974847.1, NP_179899.1, CAN80156.1, NP_001053543.1, ABC59094.1, XP_002328165.1, XP_002270628.1, XP_002275115.1, XP_002980688.1, XP_002465039.1, AAL91155.1, NP_195910.1, XP_002509820.1, NP_200694.1, CAA62082.1, AAL75903.1, XP_002468241.1, XP_002883546.1, XP_002862636.1, XP_002312905.1, EAY79269.1, AAM12494.1, XP_002875027.1, XP_758010.1, XP_002509524.1, AAP54707.2, XP_002869292.1, NP_001143079.1, ACF82946.1, XP_002270497.1, XP_002979685.1, XP_002465041.1, XP_002533544.1, AAG17470.1, XP_002985393.1, NP_191946.1, XP_002525608.1, AAZ39642.1, XP_002270428.1, XP_002529227.1, CBI24485.3, XP_001763206.1, EGG02922.1, XP_002974848.1, NP_001141467.1, CBI27149.3, NP_001130907.1, XP_002982474.1, NP_001048917.1, XP_002465889.1, ABZ80831.1, XP_002464461.1, EAY88476.1, BAJ90714.1, XP_002893825.1, ACN28568.1, XP_002452782.1, XP_002280004.1, XP_001764611.1, NP_001183394.1, BAJ89570.1, CBI24484.3, BAJ88840.1, ACG38359.1, CAN77648.1, BAJ91452.1, NP_001141345.1, XP_002282185.1, XP_002980994.1, XP_002299820.1, BAJ87982.1, BAJ91842.1, XP_003325270.1, XP_001760399.1, CBI34058.3, ADG34845.1, XP_002523775.1, EEH21852.1, Q50EK3.1, BAK06748.1, XP_002963764.1, ACN34158.1, XP_001764503.1, XP_002311750.1, XP_001782495.1, XP_002988642.1, XP_002465625.1, XP_002892051.1, XP_002279649.1, NP_171666.1, ABK28430.1, BAC42067.1, AED99869.1, NP_174713.1, XP_001781706.1, ABG66204.1, XP_002964775.1, NP_001064901.2, XP_002961706.1, XP_002519477.1, XP_001559854.1, CBH32594.1, BAB92258.1, XP_002264897.1, AAL59025.1, XP_002862576.1, ACL53124.1, XP_002521476.1, NP_200045.1, BAJ89814.1, CBI38794.3, XP_776769.1, NP_001141372.1, EEC74485.1, EAY76557.1, XP_002318861.1, NP_001172660.1, XP_002880978.1, AAO00706.1, BAK07606.1, XP_002979336.1, BAC42841.1, BAF46296.1, XP_002306380.1, XP_002865907.1, ACG34921.1, XP_002876375.1, NP_001056685.1, XP_002264292.1, XP_002893443.1, NP_001066096.1, EEE53477.1, CBH32607.1, EAY94753.1, NP_001130939.1, NP_182121.1, XP_002437749.1, NP_191222.1, XP_002865881.1, XP_569708.1, XP_002279670.1, BAJ94774.1, ABF93894.1, BAD94304.1, ACG33785.1, NP_194944.1, NP_180337.1, AAB63277.1, BAJ85246.1, XP_002456654.1, ACN27732.1, XP_002445325.1, EER40289.1, XP_001838184.2, BAJ85532.1, XP_002866555.1, EAY88477.1, ACG47870.1, XP_002310074.1, XP_002457224.1, EAZ25521.1, BAJ87689.1, NP_001044838.1, XP_002521004.1, XP_002882043.1, XP_002527038.1, XP_002318721.1, XP_002979339.1, NP_176086.1, XP_001560028.1, ABC59092.1, ABF93891.1, ACR38435.1, EAY78983.1, NP_179782.1, CCA21696.1, XP_002334340.1, EFX88387.1, NP_001044554.1, XP_002321857.1, NP_173862.1, NP_195660.1, XP_001554079.1, EAZ13864.1, EEC67630.1, EAY76183.1, AAP54710.2, NP_001065112.2, ACD10924.1, XP_001559275.1, EEC67338.1, XP_002273811.1, ADJ68242.1, NP_001065698.1, CAN66874.1, CAB41474.1, XP_002868908.1, XP_002904660.1, CAR47816.1, NP_189243.1, EAY98229.1, XP_002448320.1, O81117.2, XP_002458797.1, XP_002277129.1, BAJ88829.1, CAN67559.1, BAK08034.1, XP_002894062.1, XP_002894891.1, XP_002279981.1, ABR16451.1, NP_201150.1, AAM60854.1, XP_002521002.1, XP_002521474.1, XP_002875311.1, NP_195661.1, AAP79889.1, NP_175193.1, P98188.1, BAK08270.1, CBI21357.3, XP_002870817.1, XP_002904451.1, ABA95812.1, XP_002998647.1, NP_001066166.2, XP_002894690.1, EFY92064.1, XP_002278009.1, XP_002336002.1, CCA16508.1, XP_002868909.1, EAZ31703.1, C96517, EAY86526.1, XP_002307954.1, XP_002904638.1, XP_002266883.1, XP_002439880.1, XP_002892730.1, ADI52567.1, EGI61791.1, XP_002511196.1, EGG04372.1, XP_002511875.1, ACE75189.1, NP_001055681.1, XP_001589816.1, NP_001170655.1, XP_002300789.1, XP_001934479.1, XP_001587730.1, XP_001554079.1, XP_001559275.1, XP_002868908.1, XP_002998647.1, EFY92064.1, XP_002605799.1, BAC43393.1, ABK28457.1, AAL54887.1, BAC43161.1, XP_002333384.1, ZP_03631129.1, AAL84318.1, BAJ99856.1, XP_002593704.1, YP_001965159.1, XP_002454121.1, EFX88390.1, ABR16969.1, NP_177109.3, XP_002441724.1, NP_001166017.1, BAB92256.1, ACE75340.1, AAZ39645.1, XP_002312417.1, XP_002887239.1, NP_001172609.1, NP_001065766.1, XP_002515053.1, AAL54885.1, ABR16897.1, XP_002878579.1, NP_001140775.1, XP_003275955.1, ZP_08045694.1, BAJ94069.1, XP_001654558.1, XP_002436562.1, EAY88702.1, BAK03685.1, XP_003327629.1, XP_002322606.1, EEH42702.1, XP_002037976.1, NP_172774.1, XP_002282477.1, EFX88388.1, XP_002522465.1, EFZ21470.1, AAO41955.1, AAL54886.1, XP_002450277.1, XP_002862559.1, XP_002335046.1, XP_003328408.1, ACE75187.1, XP_001849294.1, XP_002444132.1, XP_002894061.1, EFN77015.1, EGI69992.1, CBI17962.3, AAL54884.1, XP_002998650.1, XP_002105150.1, XP_002877615.1, EFZ22412.1, XP_002439815.1, XP_002300790.1, CBI40391.3, AEI59774.1, XP_002801151.1, XP_003325267.1, XP_001554577.1, EAY79865.1, XP_002465796.1, XP_002931035.1, ABA91371.1, ACE75338.1, XP_001592850.1, XP_001362981.1, XP_002271246.1, EGB11905.1, NP_176713.1, CBJ27248.1, NP_566155.1, EFX87732.1, EEC71661.1, ACG29046.1, NP_001130576.1, XP_001843663.1, ABK25134.1, EGI65081.1, XP_002722841.1, AAL67908.2, AAO15579.1, YP_122047.1, EFA04617.1, YP_001522424.1, ACB87383.1, NP_001027517.1, EEE52725.1, XP_002078257.1, XP_002722842.1, ZP_05128707.1, XP_003208874.1, AAK31592.1, ABA95747.2, NP_001181472.1, NP_001075572.1, XP_001108915.1, XP_001520882.1, XP_002063219.1, EFZ22408.1, AAL57721.1, EFW47740.1, AAQ20834.1, CAN74644.1, XP_002722849.1, BAC30028.1, CAN75729.1, XP_002115603.1, AAN72309.1, EEC68823.1, CAM18519.1, EAZ13863.1, XP_002906159.1, NP_001003947.1, ZP_01858832.1, XP_002882162.1, XP_002089195.1, XP_002892729.1, CAN68037.1, NP_001130648.1, NP_001166016.1, NP_172773.4, ADJ68241.1, EGI62551.1, EFN63658.1, XP_002300103.1, XP_001658673.1, XP_001367719.1, NP_775146.1, XP_001375048.1, AAH21377.1, NP_727589.1, XP_002271847.1, XP_001809620.1, XP_002897528.1, NP_190421.1, XP_002282468.1, XP_536868.2, EEE58297.1, XP_001992105.1, EAY82190.1, ADD20161.1, XP_001363065.1, EAU77129.3, EAY72807.1, EGG03077.1, NP_001181489.1, NP_001177869.1, XP_001966135.1, BAA99522.1, BAK07250.1, XP_002133118.1, NP_001042228.1, AAL57720.1, XP_002897529.1, AAA35712.1, YP_002275016.1, NP_000770.2, XP_002721578.1, XP_321208.4, AAM09532.1, EFN61085.1, BAK06179.1, EFX88389.1, YP_001602608.1, XP_513140.3, NP_001182438.1, AAD31068.1, NP_001093242.1, XP_001367758.2, EFZ18984.1, YP_691921.1, CAH59968.1, AAS80270.1, CAH59967.1, ACQ99381.2, YP_003810988.1, YP_957888.1, CBW44755.1, ZP_05042596.1, ZP_01913735.1, ZP_05043097.1, ADQ00145.1, YP_004494060.1, ZP_08206912.1, BAE78452.1, NP_114222.1, ACZ56357.1, YP_640381.1, ZP_04384919.1, ZP_08025219.1, ZP_07715822.1, ZP_06847816.1, YP_001702784.1, AEK27137.1, ZP_07716433.1, ZP_08199554.1, YP_004495520.1, YP_345718.1, ZP_08022914.1, YP_001851443.1, BAG50428.1, YP_001135848.1, BAF95905.1, YP_345695.1, ACP39691.1, ACP39664.1, ACP39635.1, ACP39633.1, ACP39710.1, ACP39698.1, ACP39711.1, BAE47475.1, BAE47474.1, ABW76858.1, ACO50699.1, ACP39643.1, ACP39639.1, ACP39708.1, ACM68663.1, ACP39642.1, ACP39684.1, ACP39636.1, ZP_05095005.1, ACP39652.1, BAE47473.1, ACM68664.1, ACP39646.1, ACP39680.1, ACP39692.1, ACP39675.1, ACP39632.1, ZP_05129284.1, ACP39706.1, ACP39695.1, ACM68665.1, ACP39654.1, ACP39665.1, ACP39649.1, BAE47472.1, ACM68668.1, ACP39676.1, ACP39648.1, ACP39647.1, ZP_01102434.1, ACM68666.1, ACP39641.1, ACM68669.1, ZP_01625037.1, ACP39690.1, ACP39696.1, ACP39697.1, ACP39707.1, ACP39682.1, ACP39650.1, ACP39638.1, ZP_05126641.1, CAH04396.1, ACP39658.1, ZP_01102687.1, ACJ06772.1, YP_001413041.1, YP_552058.1, ADE05601.1, ADI19685.1, BAE47479.1, ZP_01626700.1, ZP_01618279.1, CAH61448.1, YP_001411305.1, YP_003591161.1, ZP_01615522.1, ACM68667.1, ACP39651.1, ZP_05095535.1, ZP_01618489.1, NP_418882.1, ADI19983.1, ACP39677.1, BAE47476.1, ACP39655.1, ACP39656.1, ADI19696.1, BAE47477.1, YP_001413399.1, YP_459878.1, BAE47480.1, BAE47481.1, ACP39653.1, BAE47478.1, YP_001681656.1, ZP_01618281.1, ZP_01627262.1, YP_001413057.1, YP_760740.1, YP_001242466.1, YP_001203574.1, CAH61454.1, YP_002129656.1, YP_001672075.1, ACP39709.1, YP_001990805.1, NP_946959.1, YP_001203575.1, YP_783213.1, YP_003059227.1, YP_004110202.1, ACP39645.1, YP_487538.1, CAH61451.1, YP_570816.1, YP_534107.1, YP_001413223.1, YP_001242465.1, YP_557448.1, ZP_08631162.1, NP_773883.1, ZP_00997728.1, ACP39683.1, NP_768493.1, NP_773882.1, ZP_08271781.1, CAH61449.1, YP_003883668.1, YP_003332953.1, YP_004535688.1, YP_495502.1, YP_459378.1, ZP_08700267.1, ZP_01863452.1, ZP_06860085.1, BAE47487.1, YP_617903.1, ZP_08207422.1, BAE47486.1, ZP_01041003.1, BAE47484.1, ACR78197.1, CAH61456.1, ZP_01858113.1, ACP39681.1, BAE47485.1, ACP39673.1, BAE47483.1, ACP39669.1, BAE47482.1, ACP39674.1, ACP39704.1, ACP39703.1, YP_497095.1, ACP39672.1, ACP39702.1, ACP39670.1, ACP39666.1, YP_458852.1, ACP39687.1, ACP39688.1, ACP39634.1, ACP39686.1, ACP39660.1, ACP39700.1, YP_001411309.1, ZP_01465241.1, ACP39701.1, ACP39679.1, ACP39657.1, ACP39694.1, ACP39659.1, ACP39671.1, ACP39693.1 и YP_003342921.1.
Фермент Eb
В другом примере фермент E1 может представлять собой по меньшей мере одну AlkB-алкангидроксилазу (E1b), выбранную из группы, включающей
YP_001185946.1, Q9WWW6.1, YP_957898.1, YP_957728.1, YP_694427.1, BAC98365.1, ZP_00957064.1, CAC86944.1, YP_001672212.1, CAB59525.1, ACH99213.1, ACH99215.1, ACH99216.1, AAK56792.1, ACH99229.1, ACS91348.1, AAP41820.1, ZP_05128075.1, CAM58121.1, CAM58085.1, ACQ44675.1, ACZ62808.1, ZP_01738706.1, ZP_01916228.1, ZP_01225325.1, YP_001023605.1, ACJ22747.1, ACT91140.1, AAT91722.2, CBA27418.1, YP_001889129.1, EGC97932.1, ACT91201.1, ZP_05083049.1, YP_554098.1, ZP_01900149.1, ADG26619.1, ADG26657.1, ADG26640.1, ZP_06838771.1, ADG26649.1, ADG26651.1, ZP_02374120.1, YP_368326.1, ZP_02380481.1, ADG26643.1, ADG26628.1, YP_442346.1, ADG26620.1, ADG26647.1, ZP_07673680.1, ADG26638.1, YP_002232139.1, YP_001118743.1, ZP_01764629.1, YP_108945.1, YP_334185.1, ZP_04897834.1, ZP_02889567.1, YP_620386.1, YP_002897546.1, ZP_02166109.1, ZP_02904755.1, ADG26639.1, YP_001892637.1, ADG26642.1, ZP_04939380.1, ZP_02464124.1, YP_102417.1, CAC36356.1, ACJ22727.1, YP_001764240.1, YP_002765609.1, YP_001945311.1, ZP_03586616.1, ACJ22665.1, ZP_03574223.1, CAC37038.1, ZP_02456517.1, YP_001807560.1, YP_002779449.1, AAK97454.1, YP_002912304.1, ACR55689.1, YP_003397515.1, YP_004361423.1, YP_772734.1, ACJ65014.1, ACT31523.1, ACJ22750.1, ZP_07375042.1, YP_002776786.1, ACB11552.1, ZP_02363472.1, ADG26653.1, ZP_04383196.1, ZP_02356342.1, ACJ22751.1, YP_952571.1, ACU43494.1, YP_001135977.1, YP_002764193.1, YP_003855036.1, YP_004078475.1, AAK97448.1, ZP_04388098.1, ACX30747.1, ADG26632.1, ACJ22719.1, ADO21492.1, ZP_05061580.1, ADR72654.1, ACZ65961.1, ACX30755.1, YP_001849604.1, AAV64895.1, YP_004495037.1, YP_702497.1, YP_001069662.1, ZP_06850622.1, BAF34299.1, CAB51024.2, YP_004008018.1, YP_003768535.1, ACJ65013.1, ZP_07282765.1, YP_886209.1, ACJ22725.1, ZP_08155372.1, YP_004493362.1, ZP_05228000.1, ZP_07717360.1, BAD67020.1, YP_004524245.1, ZP_07715778.1, NP_217769.1, ACS91349.1, YP_960105.1, ZP_07014137.1, YP_004746682.1, ZP_08022271.1, ACN62569.1, ADQ37951.1, YP_003647687.1, YP_003837040.1, ADG26600.1, YP_002768905.1, ZP_08553310.1, ADG26597.1, ACJ22749.1, ADG26598.1, YP_001704327.1, ZP_04385381.1, ZP_04751264.1, ADG26609.1, ADG26610.1, ZP_06417258.1, ADG26607.1, ADP98338.1, YP_003275257.1, YP_004084103.1, ADG26630.1, ADG26625.1, ADG26605.1, ADG26599.1, ZP_05218167.1, ADQ37950.1, YP_921354.1, ADG26645.1, ADG26612.1, YP_004493370.1, YP_638501.1, YP_003809668.1, NP_962298.1, ZP_04750514.1, ADG26608.1, ADT82701.1, ACJ06773.1, YP_120833.1, ADG26618.1, ADG26602.1, ADG26623.1, ZP_04383566.1, ZP_08122407.1, YP_004077166.1, ZP_05041651.1, ZP_04608296.1, ABU93351.2, YP_003658078.1, ADQ37949.1, ADG26652.1, YP_002765850.1, AAK97447.1, CAD24434.1, CAC40954.1, ACT91203.1, YP_120829.1, ZP_07282558.1, YP_003298195.1, YP_001851790.1, ZP_05827357.1, ADG26633.1, CAB51020.1, YP_953908.1, ZP_07990416.1, YP_119532.1, ZP_08442348.1, ZP_08276444.1, ZP_04661203.1, ABO12068.2, YP_001846325.1, ADQ37952.1, ZP_08198697.1, ZP_00996652.1, YP_001707231.1, ZP_08433663.1, ZP_08205256.1, YP_003732372.1, YP_906529.1, ACT91204.1, YP_001506534.1, YP_001713880.1, YP_883357.1, YP_004525252.1, ADG26604.1, YP_001134633.1, ZP_08195602.1, ZP_06690500.1, ZP_05826167.1, ADY81595.1, ZP_06056754.1, AAK31348.1, YP_251715.1, ZP_08461977.1, ZP_05847237.1, YP_712218.1, YP_001084670.1, ZP_04387164.1, YP_260041.1, YP_002873097.1, ADG26614.1, AAK97446.1, YP_001280943.1, ZP_04386125.1, AAC36353.2, CCA29159.1, CAD10804.1, CCA29151.1, CAC40953.1, CCA29161.1, ABA55770.1, AAS93604.4, CCA29173.1, CCA29155.1, CCA29156.1, ABA55772.1, CCA29154.1, ABA55793.1, CCA29162.1, CCA29170.1, ZP_03824539.1, CCA29166.1, CCA29136.1, ZP_06065934.1, ABB54493.1, CCA29169.1, YP_003112137.1, CCA29127.1, CCA29148.1, CCA29160.1, ZP_06057458.1, ABA55773.1, YP_004016090.1, CCA29139.1, YP_480358.1, ABA55787.1, CCA29150.1, CCA29130.1, ZP_07775830.1, ABA55779.1, CCA29132.1, YP_003732938.1, BAB33284.1, CCA29149.1, CCA29145.1, ABA55783.1, CCA29137.1, CCA29129.1, CCA29158.1, CCA29176.1, CCA29142.1, CCA29144.1, BAB33287.1, CCA29133.1, CCA29140.1, CCA29135.1, ZP_06066074.1, ZP_03823182.1, CCA29171.1, CCA29152.1, CCA29131.1, ABA55780.1, CCA29163.1, CCA29143.1, CCA29153.1, YP_001580600.1, CCA29134.1, CCA29138.1, YP_046098.1, ZP_06072466.1, ZP_05361594.1, ACU43504.1, CCA29147.1, CCA29146.1, ZP_06061712.1, ACT91185.1, ACT91147.1, ACT91178.1, ACT91167.1, ACT91181.1, ACT91188.1, ZP_06069784.1, ACT91205.1, ZP_06725872.1, ACT91171.1, CCA29128.1, ABY56787.1, ADE05602.1, ACU43474.1, ACJ22718.1, ABB90688.1, ACU43519.1, ABB96093.1, ACU43485.1, ACU43493.1, ABW76857.1, ACT91163.1, ACJ22673.1, ZP_06188150.1, ACT91242.1, ACT91225.1, ACT91211.1, ACU43479.1, ACU43491.1, ACU43522.1, ACU43486.1, ACT91221.1, ACJ22662.1, ACU43506.1, ACU43487.1, ACT91259.1, AAA97866.1, ACU43502.1, YP_001252544.1, ABB96084.1, ACU43520.1, ACJ22668.1, ACU43503.1, ACT91230.1, ABA55777.1, ACT91231.1, ZP_01748311.1, ACJ22724.1, ACU43475.1, ACU43511.1, ACU43490.1, ZP_08330953.1, ACU43484.1, CBX01596.1, ACT91168.1, YP_096989.1, ACT91215.1, YP_125370.1, ACT91233.1, ACU43478.1, ADE05603.1, ACJ22715.1, ACU43512.1, ACT91196.1, ACJ22692.1, ACU43510.1, ACU43521.1, ACT91174.1, ACT91213.1, ACT91142.1, ACT91206.1, ACT91216.1, ACT91182.1, ACT91255.1, ACT91246.1, ACT91217.1, ACT91155.1, ACT91240.1, ACT91207.1, ACU43495.1, YP_128249.1, ACT91160.1, YP_004052990.1, ACT91226.1, ACU43507.1, ABO61855.1, ACT91214.1, ACT91220.1, YP_001188237.1, ACJ22689.1, ZP_01689499.1, YP_004379711.1, ACJ22748.1, ABB90683.1, ACT91223.1, ACT91235.1, ABO61786.1, ACU43508.1, ACU43492.1, ACT91219.1, ACT91244.1, ABO61856.1, ACT91239.1, ACU43473.1, ABO61850.1, ACT91262.1, ACT91261.1, ACT91224.1, ACU43499.1, ACU43488.1, ADO21767.1, YP_004654946.1, ADO21777.1, ABB96089.1, ABO61852.1, ABO61847.1, ACT91222.1, ADO21764.1, ACU43477.1, ADO21773.1, ABO61787.1, ABB96080.1, ABO61857.1, ACT91228.1, ABB96070.1, ADO21744.1, ACT91245.1, CAG17608.1, ADO21747.1, YP_001349162.1, ABK63807.1, ZP_06879583.1, NP_250216.1, ACT91234.1, ZP_01364874.1, ABO61789.1, ADO21772.1, ACU43516.1, ACU43505.1, ACU43501.1, ACT91236.1, ZP_07792758.1, ACZ64723.1, ADO21743.1, ADO21759.1, ACZ64752.1, ADO21755.1, ACD75517.1, YP_790621.1, ACB11551.1, ADO21748.1, NP_251264.1, ZP_01365940.1, ADO21762.1, ADO21739.1, ACU43496.1, ABO61854.1, ZP_06878434.1, ACU43489.1, ACU43483.1, ADO21746.1, ACT91237.1, ZP_01895378.1, ACT91164.1, ADO21736.1, ACJ22711.1, ACZ64754.1, ZP_05042146.1, ADO21688.1, ADO21648.1, YP_001348003.1, ADP98656.1, ADO21737.1, ADO21760.1, ADO21754.1, ADO21740.1, ACZ64758.1, ACU43497.1, ZP_01912185.1, ABB96111.1, ACU43482.1, ACB11549.1, ADO21775.1, CCA29157.1, ADO21681.1, ADO21668.1, ADO21656.1, ACU43517.1, ACT91165.1, ACJ22695.1, ACJ22688.1, ABB96071.1, ADO21763.1, ACT91241.1, ADO21735.1, ACB11550.1, ADO21778.1, ACT91172.1, ADO21765.1, ABB96087.1, CBJ30233.1, ACJ22752.1, ABB96105.1, ACB15251.1, ACJ22694.1, ACZ64741.1, ACZ64706.1, ABB96108.1, ACT91191.1, ABB96101.1, ABB90691.1, ACZ64745.1, YP_691842.1, ABB96075.1, ABB90682.1, ABB90690.1, ADO21676.1, ADO21679.1, ABO61768.1, YP_435857.1, ACJ22722.1, ACT91238.1, ACZ64725.1, CAC14062.1, ADO21682.1, ACZ64771.1, ACZ64718.1, ACZ64724.1, ADO21670.1, ADO21667.1, CAC37048.1, ACZ64708.1, ABB96092.1, ACJ22687.1, ACZ64703.1, ADO21690.1, ABB92364.1, ACB11547.1, ACZ64720.1, ADO21655.1, ACZ64717.1, ADO21680.1, ACZ64757.1, ACZ64733.1, ACT91144.1, ACU43481.1, ACT91179.1, ZP_02181409.1, ACZ64704.1, ABB96073.1, ACJ22675.1, ACZ64721.1, ABB96090.1, ACJ22729.1, ACU43515.1, ZP_01307000.1, ABB90685.1, YP_003862088.1, ACZ64715.1, ACZ64710.1, ACJ22735.1, ABB90687.1, ADO21661.1, ADO21674.1, ACT91177.1, ABB54492.1, ABB96076.1, ABB92365.1, ACT91194.1, ADO21689.1, ACJ22691.1, ABB90681.1, ADO21649.1, ADO21671.1, ACZ64728.1, ABB96095.1, CAC40945.1, ADO21652.1, ADO21665.1, ADE08461.1, ADO21678.1, ACZ64705.1, ACJ22690.1, ADO21675.1, ADO21685.1, ABB96072.1, ACJ22736.1, ACB11540.1, ABB96091.1, ACI04540.1, ACT91251.1, ACT91146.1, ACT91166.1, ACT91156.1, ADO21752.1, ADO21673.1, ADO21725.1, ABB96104.1, ABB90694.1, ABB90696.1, ACT91173.1, ADO21647.1, ZP_03700804.1, ACT91232.1, ADO21694.1, CAC40949.1, ABB92361.1, ACT91195.1, ACI04538.1, ADO21691.1, ACJ22685.1, ADO21653.1, ABS12461.1, ACZ64736.1, ACZ64772.1, ABB90680.1, ADO21659.1, ACZ64774.1, ADO21684.1, ADO21729.1, ADO21650.1, ADO21733.1, ACZ64755.1, ACZ64751.1, ABA55775.1, ADO21738.1, CCA29174.1, ADO21669.1, ACZ64744.1, ADO21654.1, ADO21768.1, ABB96106.1, CCA29168.1, ACT91176.1, ACB11555.1, ABB90695.1, ADO21660.1, ACJ22666.1, ACZ64778.1, ADO21766.1, ADO21677.1, ZP_02161687.1, CCA29165.1, ADO21745.1, ACB11548.1, ABB90689.1, ABB96107.1, AAT46052.1, ADO21718.1, ADO21722.1, ABB96088.1, EFW40271.1, ADO21686.1, ABB96103.1, ACU43500.1, ACB11536.1, ABB92360.1, CCA29167.1, ACT91199.1, ACZ64770.1, ACJ22716.1, ABA55786.1, ACZ64737.1, ABB96083.1, ACJ22676.1, ACZ64735.1, ACT91212.1, ACJ22765.1, CAJ01371.1, CAC17734.1, ABD36389.1, ACB11537.1, CAC08515.1, ACZ64714.1, ACU43513.1, ABB96082.1, ADN21387.1, ADO21711.1, ABD36392.1, ABR10770.1, CAC37049.1, ABB96098.1, ABB90692.1, ACB11535.1, ACZ64768.1, ACJ22756.1, ABB96094.1, ABA55791.1, ABB96078.1, ACT91141.1, ACZ64779.1, ACZ64750.1, CAJ01370.1, ACZ64753.1, ACU43480.1, ABA55794.1, ABB96085.1, ABB96110.1, YP_004448035.1, ACZ64709.1, ABB96102.1, ACZ64773.1, CCA29175.1, ACZ64749.1, ACZ64756.1, ACZ64781.1, ABO61777.1, ACZ64759.1, ACZ64764.1, ACZ64740.1, ACT91249.1, ZP_03702922.1, ACB11545.1, ACZ64775.1, ACZ64769.1, ACT91145.1, ACZ64742.1, ACT91254.1, ACZ64762.1, ACZ64716.1, ACZ64777.1, ADM26559.1, ABB96096.1, ACZ64780.1, ZP_01201250.1, CAH55829.1, ZP_01052921.1, ABB96077.1, ADO21658.1, ACT91161.1, ABB90684.1, ACR56750.1, ABB90697.1, ACZ64746.1, ABB92367.1, ACT91139.1, ACZ64763.1, ACT91200.1, ABO61773.1, ABB96081.1, ACZ64748.1, ACZ64782.1, ACU43498.1, ADO21651.1, ABB90679.1, BAG06233.1, ACZ64747.1, ABB96086.1, ACZ64761.1, ABB92370.1, ABO61774.1, ACT91175.1, ABB90686.1, ACB11546.1, ZP_01740604.1, ABO61785.1, YP_001531377.1, XP_001434539.1, ABA55767.1, ABO21865.1, ABF55636.1, ABA55751.1, ABB90698.1, ADD12311.1, ACZ64765.1, ABB92366.1, ABB92368.1, ACI04539.1, XP_001023288.1, ACZ64783.1, ADO21692.1, ZP_01753800.1, ACZ64760.1, ACZ64700.1, ZP_01055480.1, ACZ64767.1, ACZ64701.1, ABA55745.1, ABA55752.1, ACZ64766.1, YP_614640.1, ABA55759.1, ADO21723.1, BAG06232.1, ZP_01002389.1, ABB90693.1, ACT91264.1, ABB92358.1, BAF99026.1, ABR10769.1, ZP_00959618.1, AEA08580.1, ADD22986.1, CAB51023.1, CAC40958.1, ADO21709.1, CAB51025.1, ACI15226.1, ACJ22680.1, ZP_05741459.1, ACT91248.1, ABU48567.1, ABO61792.1, ACJ22754.1, EFN53276.1, AAL87644.1, ACT91209.1, ZP_02147281.1, ACU43518.1, ACZ64776.1, ACB11543.1, ACT91151.1, ACJ22764.1, ACT91159.1, ABA18186.1, AEA08579.1, ADO21770.1, ABF55634.1, CAA27179.1, ABA55741.1, ADO21705.1, ZP_01754375.1, ACB11541.1, ACR56751.1, ACT91250.1, ADO21769.1, ADO21753.1, ABB96097.1, ACT91208.1, ABO21867.1, ADO21757.1, ACB11554.1, ABA55749.1, CAC40951.1, ADO21719.1, ABB96074.1, ZP_00954267.1, ZP_05786269.1, AEH76912.1, ABA55742.1, ABA55748.1, BAG06236.1, ADO21732.1, ABA55750.1, ABA55768.1, ACT31522.1, ZP_05090796.1, ACZ64739.1, YP_915886.1, ADO21731.1, CAC40948.1, XP_001032273.1, AEH76911.1, ABA55743.1, ABO61769.1, ABA55755.1, ZP_05122263.1, ADO21756.1, ABA55744.1, ABA55746.1, ZP_01901011.1, ZP_02150761.1, ADO21742.1, ACR56752.1, ABA55747.1, ABF55637.1, ABA55740.1, ABA55760.1, ZP_00948812.1, ABA55804.1, ADO21771.1, ZP_05342453.1, ABF55638.1, YP_508336.1, ABB92357.1, ZP_01049702.1, ABU48546.1, ABU48555.1, ABA55764.1, ABO21866.1, ZP_05079274.1, ZP_01880441.1, ACZ64738.1, ZP_05842058.1, ACT91218.1, ABA55769.1, ABA55739.1, ABA55803.1, ACT91247.1, ABA55782.1, ACZ17539.1, ABB92359.1, ACH69966.1, ZP_01035050.1, ACZ17537.1, ABA55774.1, ACZ64729.1, ACZ17538.1, ZP_01751972.1, ACZ64731.1, ACZ64702.1, AAR13803.1, AEJ28400.1, ZP_05099213.1, CAB51021.1, ACZ17531.1, AEH76914.1, ZP_05051648.1, ACZ64726.1, ACZ17540.1, ACZ64727.1, ZP_02152773.1, ACT91253.1, ACZ17536.1, XP_001423873.1, ACZ17534.1, YP_168645.1, ACZ17520.1, ABY56786.1, ACB11539.1, ZP_01157350.1, AEH76910.1, ABY56784.1, AAY85982.1, ACT91257.1, ACB11544.1, ACZ17532.1, ZP_01746661.1, ABA55771.1, BAG06235.1, EGR32049.1, YP_001166282.1, ABO61799.1, ABA55757.1, AEH76915.1, ACO59264.1, ABO26125.1, AEA08577.1, ACT91265.1, ABY56785.1, ACZ17528.1, ABO61798.1, ADO21749.1, ACT91263.1, ACT91252.1, ACZ64722.1, ABO61771.1, ACZ17526.1, ABO26123.1, ADO21714.1, ZP_01000906.1, ABO61796.1, ADC29534.1, ACB15250.1, ACD47155.1, ACZ17525.1, ACB11553.1, ABD36391.1, AEH76913.1, ACZ17523.1, ABO61781.1, ACZ17524.1, ZP_01914093.1, ACB11538.1, ZP_01015838.1, ACJ22693.1, ACB15252.1, CAC86945.1, ACO59265.1, ABO61791.1, ACZ17521.1, ABO26124.1, ACZ64732.1, ACU43514.1, ACT91256.1, ACM63043.1, ACS75820.1, ZP_08666479.1, CAH03133.1, BAG06234.1, AEH76916.1, ABO61790.1, ABE72965.1, ACZ64711.1, ACB11542.1, AAY26148.1, ABA55776.1, ACZ17522.1, ACZ64734.1, AEA08578.1, ACZ17530.1, ZP_04062748.1, ACJ22755.1, NP_969039.1, AAY26149.1, ACJ22761.1, ABU48543.1, ZP_08414255.1, AAT91720.1, ZP_01444283.1, ABA55796.1, ABU48542.1, YP_001042010.1, YP_001234392.1, YP_351510.1, ACZ64730.1, ZP_08634611.1, ACZ17529.1, ACJ22667.1, AAT91719.1, YP_004283531.1, ABO61801.1, ACZ17519.1, ABO15266.1, CAB51040.1, ACZ64707.1, ACJ22766.1, ABO26121.1, ZP_01878984.1, CAB51039.1, ABA55795.1, ABO15269.1, ABO15247.1, ACJ22763.1, ABO15251.1, ACZ17527.1, ABO15270.1, ACJ22769.1, ADE06670.1, ZP_05780387.1, ABO61770.1, ACT91258.1, ABO15258.1, ABO15257.1, ABU48545.1, CAC86946.1, ABO15267.1, ZP_01741446.1, ABU48544.1, YP_002296646.1, AEH76917.1, ADC29550.1, YP_002527219.1, ABK88246.1, ADN21388.1, ACT91210.1, ZP_05064795.1, ABJ16487.1, XP_002675644.1, ABJ16489.1, ADA71089.1, ADA71088.1, AAT46053.1, ZP_01744806.1, ZP_01037964.1, ZP_00955262.1, ABJ16493.1, YP_001840157.1, ZP_00964204.1, ABB40596.1, ACB15249.1, ADD82963.1, YP_004499590.1, ZP_01011524.1, ACJ22758.1, ZP_01748906.1, ACV30052.1, ZP_06191942.1, YP_001188029.1, ACD63080.1, YP_166583.1, AAV41375.1, ZP_00998265.1, ACJ22757.1, ABB13506.2, ABI13999.1, ABI14004.1, ABB13509.1, YP_371980.1, ZP_01755711.1, ZP_05065835.1, ZP_00959368.1, XP_001020063.1, ABJ16481.1, ABI14006.1, ZP_05101918.1, ZP_01913733.1, ABI14001.1, ABM92270.1, ABI14003.1, CAH03132.1, YP_973211.1, ABA55797.1, YP_003578527.1, ABJ16483.1, ABJ16482.1, CBY78068.1, ACT91260.1, YP_509155.1, ABB13508.1, ABJ16485.1, ABO61779.1, ABI14005.1, ACM63042.1, ADC29543.1, ZP_02153440.1, YP_709335.1, ABI13998.1, ABI14002.1, AAB70825.1, ACX30751.1, ABI14000.1, YP_003617173.1, ZP_01155421.1, ACX30752.1, NP_542887.1, ADC29546.1, AAC38359.1, ADC29541.1, XP_001020064.1, ZP_01442436.1, ZP_05103090.1, ADC29544.1, ABO61809.1, AAY89939.1, ACH99235.1, CAH55830.1, ABO26095.1, YP_004011670.1, ABO26084.1, ADA71083.1, ABO26087.1, ABO61806.1, ADC29531.1, ABO26109.1, ACJ22753.1, ABO26089.1, ABO26093.1, ABO26092.1, ABO61827.1, ABO26105.1, ABO26112.1, AAT91721.1, ABO26120.1, ABO26090.1, ABO26088.1, ABO61811.1, ABO61783.1, CAH55827.1, ACH99232.1, ABO61828.1, ADC29530.1, ACH99234.1, AAQ88276.1, CAH55823.1, ABO26103.1, ACH99233.1, ABO61836.1, ABO26094.1, ABO61840.1, YP_004534277.1, ZP_05845010.1, ABO61821.1, ACH99231.1, AAV68403.1, ABO61839.1, CAH56098.1, ABO26085.1, ABO61826.1, ABO61822.1, ABO26110.1, ABO61810.1, ABO61844.1, ABO61825.1, ABO26099.1, ACJ22767.1, ABO26102.1, YP_004535707.1, ACJ22762.1, ABO26097.1, BAC65444.1, ABO61829.1, YP_114083.1, CAH55828.1, ABO26106.1, YP_552229.1, NP_049190.1, ABO26116.1, CAH56107.1, CAM32407.1, ABO26101.1, ABO61841.1, ABM79805.1, ZP_05075249.1, AAC27438.2, YP_003754872.1, ADC29532.1, ADA71139.1, ADA71107.1, ADA71095.1, YP_001268217.1, ADA71126.1, ADA71094.1, CAH56108.1, ADC29533.1, ADA71085.1, ZP_05054453.1, ADA71097.1, ADA71086.1, ADA71114.1, ADC29548.1, ADA71101.1, ADC29547.1, ADA71138.1, ADC29542.1, ADA71098.1, ADA71128.1, ADA71105.1, ADA71093.1, ADA71135.1, ADA71100.1, YP_557479.1, ADA71113.1, ADA71091.1, ADC29537.1, ADA71084.1, ADA71090.1, CAH56094.1, XP_002945767.1, ADA71137.1, ADA71103.1, ADA71118.1, ADA71133.1, ADA71102.1, ADC29536.1, CAH56100.1, CAH56101.1, ACI15225.1, ACI15225.1, ABO26091.1, CAH55826.1, CAH55824.1, ZP_08484419.1, ADA71111.1, ACJ22759.1, CAH55825.1, CAH56106.1, CAH56099.1, CAC40957.1, ZP_05075037.1, CAH56102.1, ZP_06846296.1, ABJ16491.1, ZP_05067177.1, XP_001698107.1, BAH10789.1, BAH10791.1, BAH10793.1, BAH10788.1, ABJ16490.1, BAH10800.1, BAH10790.1, BAH10792.1, ZP_05075214.1, BAH10799.1, BAH10795.1, BAH10787.1, BAH10798.1, BAH10794.1, BAH10801.1, BAH10796.1, BAH10797.1, BAH10802.1, CAH56095.1, CAH56096.1, ADC29538.1, ABX76425.1, ZP_06727686.1, ZP_07774883.1 и YP_001615042.1.
Фермент E2
Фермент E2 может быть способен к превращению 1-алканола в соответствующий 1-алканаль. В частности, E2 может представлять собой по меньшей мере одну из P450-алкангидроксилаз (Ea) под EC 1.14.15.3, AlkB-алкангидроксилаз (Eb) под EC 1.14.15.3, алкогольоксидаз (Ec) под EC 1.1.3.20 или алкогольдегидрогеназ (Ed) под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2. Более конкретно, E2 может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазу (Ea), AlkB-алкангидроксилазу (Eb), алкогольоксидазу (Ec) под EC 1.1.3.20, AlkJ-алкогольдегидрогеназу (Edi) и алкогольдегидрогеназу (Edii) под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2.
В частности, E2 может представлять собой AlkB-алкангидроксилазу (Eb), также известную как алканмонооксигеназа. Более конкретно, E2 может характеризоваться по меньшей мере 50% идентичностью последовательности с алканмонооксигеназой из Pseudomonas putida GPo1, кодируемой alkBGT. Еще более конкретно, E2 может характеризоваться по меньшей мере 50% идентичностью последовательности с полипептидом YP_001185946.1. Более конкретно, E2 может содержать полипепетид, который характеризуется по меньшей мере 50, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 94, 95, 98 или 100% идентичностью последовательности с полипептидом YP_001185946.1.
Фермент Ec
Алкогольоксидаза (Ec) может быть выбрана из группы, включающей
AAS46878.1, ACX81419.1, AAS46879.1, CAB75353.1, AAS46880.1, XP_712350.1, XP_002422236.1, XP_712386.1, EEQ43775.1, XP_001525361.1, XP_001386087.1, XP_459506.2, CAB75351.1, CAB75352.1, XP_001385255.2, EDK39369.2, XP_001484086.1, XP_002618046.1, XP_002548766.1, XP_002548765.1, XP_003041566.1, XP_003328562.1, XP_001214264.1, XP_001904377.1, XP_658227.1, XP_001591990.1, XP_753079.1, XP_002569337.1, XP_001268562.1, XP_003348911.1, EGP90120.1, XP_001389382.1, EER37923.1, XP_001264046.1, EGO58212.1, XP_001554225.1, XP_003298648.1, XP_959005.1, XP_002841296.1, XP_001940486.1, EGR52262.1, EEQ89581.1, EGD99881.1, EFQ33355.1, XP_001821106.1, XP_002622231.1, EGG03784.1, EGC44059.1, XP_003018036.1, XP_003011696.1, EFY90752.1, XP_001227812.1, XP_758170.1, XP_001243546.1, XP_002479333.1, XP_003344707.1, EFW14100.1, XP_003071927.1, XP_003171263.1, XP_003051757.1, XP_002147053.1, EEH19591.1, EEH50473.1, XP_001792978.1, XP_387094.1, EFY98644.1, XP_002788971.1, XP_002842592.1, EFX04185.1, XP_003231449.1, XP_001729067.1, CBX94189.1, XP_001413535.1, ACF22878.1, B5WWZ9.1, XP_002994642.1, XP_002269629.1, XP_002519938.1, XP_002982582.1, NP_001047464.1, EEC73620.1, XP_002981110.1, XP_002960521.1, NP_566729.1, XP_001541970.1, XP_002967201.1, BAK00483.1, XP_002182547.1, BAK02336.1, XP_002454190.1, XP_002328753.1, XP_002867943.1, XP_002285334.1, CAC87643.1, CAN71289.1, XP_002454188.1, AAL31049.1, XP_002464494.1, AAL31021.1, YP_117187.1, XP_002543430.1, CAA18625.1, XP_002883430.1, NP_193673.2, XP_002529832.1, XP_001753124.1, NP_001142399.1, ACN27562.1, XP_002464495.1, ACR36691.1, BAJ86655.1, B5WWZ8.1, NP_001148058.1, ABR17814.1, EAY78905.1, NP_194586.1, AAM63097.1, AAK64154.1, NP_001064839.2, XP_002869492.1, XP_002314488.1, AAL31024.1, ZP_06967355.1, AAP54248.2, XP_002311685.1, ACF87929.1, YP_907078.1, EGE07035.1, YP_001849908.1, XP_002464496.1, EEC67160.1, AAL31027.1, XP_001761391.1, XP_002961172.1, XP_002528823.1, XP_002966834.1, NP_001176205.1, XP_001763007.1, XP_002272123.1, XP_002889487.1, XP_003003157.1, NP_285451.1, EGG23219.1, NP_171895.2, YP_003395677.1, Q9ZWB9.1, ACF88407.1, ZP_06413771.1, EEE51131.1, YP_003835264.1, YP_003397164.1, YP_004081922.1, XP_003294587.1, EEE51130.1, YP_003647529.1, YP_003647985.1, CBI29206.3, XP_629786.1, ZP_07964664.1, EEE57396.1, EEH09589.1, YP_003265796.1, YP_001840752.1, ZP_08620775.1, ACR36076.1, ZP_05043749.1, YP_980677.1, ZP_05043728.1, YP_692894.1, NP_710223.1, EEC67159.1, AAP03110.1, EFA85697.1, YP_691805.1, YP_551012.1, YP_001174466.1, YP_002796294.1, YP_004716331.1, YP_001019547.1, YP_585737.1, AEA86007.1, YP_960830.1, YP_004743970.1, ZP_03431349.1, ZP_06448642.1, ZP_07430351.1, NP_215006.2, ZP_03535393.1, ZP_06801690.1, YP_001849132.1, NP_854165.1, ZP_03427234.1, CBJ27378.1, NP_334920.1, ZP_08571383.1, YP_728161.1, ZP_01896040.1, ZP_03530923.1, YP_551306.1, YP_003167456.1, YP_606070.1, ZP_06850167.1, ADP99095.1, YP_907986.1, ZP_04924166.1, ZP_08139923.1, YP_001270300.1, YP_521830.1, YP_003147410.1, YP_002007173.1, ADR62464.1, YP_004382294.1, NP_747223.1, YP_004687462.1, NP_902159.1, ZP_04936784.1, YP_003914667.1, ZP_01306356.1, ZP_04750553.1, YP_002875279.1, YP_004704374.1, YP_001671392.1, NP_249055.1, ZP_06876360.1, YP_001345853.1, YP_002437969.1, YP_004356853.1, YP_351075.1, CBI23676.3, YP_001189668.1, YP_001528881.1, YP_001613612.1, YP_001747218.1, YP_003393002.1, YP_001365074.1, ZP_07778129.1, ZP_07392715.1, YP_001553329.1, YP_262925.1, YP_751961.1, YP_564183.1, YP_003811876.1, YP_002356821.1, YP_001051828.1, YP_001837525.1, NP_716513.1, ZP_01915079.1, ZP_02156621.1, YP_001184631.1, YP_001475595.1, ZP_05042393.1, YP_962228.1, YP_001612275.1, ADV55625.1, YP_001675797.1, YP_003555260.1, ZP_01075039.1, YP_003812822.1, YP_001503351.1, EFN52938.1, YP_001759063.1, ZP_06503577.1, YP_871025.1, ZP_08564919.1, YP_002310162.1, YP_732875.1, YP_001092722.1, YP_739324.1, XP_002333995.1, NP_085596.1, YP_928870.1, EGD05748.1, NP_443993.1, ZP_08138057.1, ZP_05041587.1, ZP_07011380.1, YP_001612684.1, ZP_07669342.1, ZP_06508361.1, ZP_03423639.1, YP_923293.1, ZP_05061865.1, ZP_08181496.1, YP_559605.1, ZP_06841320.1, ZP_01620712.1, YP_001896340.1, ZP_03276650.1, YP_004303194.1, ZP_08180715.1, ZP_06382740.1, ZP_01034555.1, YP_004604560.1, YP_001020142.1, YP_935375.1, ZP_01546137.1, ZP_07661079.1, YP_001860640.1, ZP_06052841.1, ZP_01881170.1, ZP_05781455.1, YP_932732.1, ZP_08119300.1, YP_004715268.1, ZP_03697402.1, YP_004126957.1, ZP_06703136.1, NP_642445.1, ZP_08273900.1, YP_004524313.1, ZP_01902993.1, YP_001900094.1, AEA84888.1, YP_004690289.1, NP_714358.1, YP_682471.1, YP_003239.1, YP_997465.1, YP_003452130.1, ZP_01739153.1, YP_004219483.1, YP_001761298.1, ZP_01438251.1, CBI37146.3, ZP_04748383.1, YP_004362245.1, ZP_05912795.1, YP_003390234.1, YP_003122799.1, CCB77579.1, EGB06416.1, ZP_08389346.1, YP_191496.1, ZP_05224727.1, ZP_01125614.1, YP_466287.1, YP_001368620.1, YP_001380256.1, YP_002361951.1, YP_002756103.1, YP_001801399.1, ZP_06847140.1, YP_003200069.1, YP_001940247.1, YP_001584322.1, ZP_04679227.1, YP_002493674.1, YP_002135530.1, YP_004290424.1, YP_001772011.1, ZP_08189046.1, ZP_03423640.1, YP_001834251.1, ZP_01041752.1, YP_001533410.1, YP_269751.1, YP_002432994.1, YP_003694653.1, CAD47896.1, NP_769359.1, YP_004239460.1, YP_004605221.1, YP_001961214.1, YP_001837513.1, YP_004335962.1, YP_004358600.1, ZP_05050026.1, YP_003202983.1, BAD03777.1, ZP_02165013.1, NP_774131.1, YP_432169.1, ZP_05000547.1, YP_001261233.1, XP_002593969.1, XP_002603265.1, YP_003342435.1, ZP_01253183.1, EGO36831.1, YP_001866737.1, YP_001523879.1, YP_133594.1, YP_003768990.1, YP_001237820.1, YP_003133224.1, ZP_01896771.1, ZP_01865125.1, NP_960319.1, YP_826958.1, YP_003326608.1, YP_002219515.1, NP_217926.1, ZP_07441899.2, YP_001208178.1, ADM42038.1, YP_002433510.1, ZP_08274313.1, EGO38668.1, ZP_03393221.1, NP_356358.1, ZP_06055780.1, YP_001684562.1, ZP_08528157.1, BAD03162.1, YP_001800712.1, ACL37106.1, YP_883489.1, ZP_01075202.1, NP_969446.1, ZP_01129577.1, YP_001530285.1, ZP_04746501.1, YP_001341980.1, YP_905003.1, ZP_05218299.1 и ZP_08665577.1.
В частности, алкогольоксидаза (Ec) может быть выбрана из группы, включающей AAS46878.1, ACX81419.1, AAS46879.1, CAB75353.1, AAS46880.1, XP_712350.1, XP_002422236.1, XP_712386.1, EEQ43775.1, CAB75351.1, CAB75352.1, XP_002548766.1 и XP_002548765.1.
Фермент Edi
В частности, AlkJ-алкогольдегидрогеназа (Edi) может быть выбрана из группы, включающей
Q00593.1, Q9WWW2.1, ZP_00957061.1, YP_957894.1, CAC38030.1, YP_694430.1, YP_957725.1, YP_001672216.1, YP_552061.1, YP_130410.1, ZP_06155535.1, ZP_01222730.1, YP_691907.1, YP_002297804.1, YP_004283522.1, YP_001234383.1, YP_004435031.1, ZP_05110316.1, ZP_05042898.1, YP_004466324.1, ZP_08553549.1, YP_004125220.1, ADI22536.1, ADI18461.1, YP_003810975.1, YP_662346.1, YP_004427557.1, YP_692606.1, ZP_05043291.1, YP_440752.1, ZP_02386160.1, ZP_04763547.1, ZP_02361232.1, YP_003376674.1, ZP_02354055.1, ZP_05085930.1, ADQ00130.1, YP_003643016.1, ZP_05040520.1, YP_691922.1, AAX23098.1, BAD07371.1, NP_104379.1, YP_002551960.1, YP_003908558.1, YP_987903.1, ZP_05785860.1, YP_004145612.1, YP_004140926.1, CAZ88300.1, ZP_05041901.1, YP_533645.1, ZP_01754259.1, CBA31223.1, YP_587542.1, YP_106852.1, ZP_08402506.1, ZP_05055020.1, ZP_02400829.1, YP_104747.1, ZP_02409412.1, YP_001057269.1, YP_004229837.1, YP_294429.1, YP_001028112.1, ZP_02479747.1, YP_002874799.1, ZP_03541051.1, YP_003606536.1, ZP_02887167.1, YP_001795572.1, YP_487451.1, ACZ62814.1, YP_560809.1, ZP_02167462.1, YP_004482869.1, YP_001581248.1, ZP_07374066.1, YP_001203981.1, ZP_06840259.1, ZP_01915145.1, NP_774525.1, ZP_03561080.1, YP_001208258.1, YP_001897374.1, YP_001413909.1, YP_366469.1, YP_521854.1, YP_004490642.1, YP_003280349.1, ZP_03588744.1, YP_001562229.1, YP_001120981.1, ZP_03574970.1, YP_004234225.1, ZP_02377531.1, ZP_02149954.1, YP_001237360.1, ZP_03266156.1, YP_782821.1, YP_004754039.1, BAB61732.1, ZP_07046388.1, ZP_02145452.1, BAF45123.1, YP_002129953.1, YP_003812439.1, ZP_01055291.1, BAF45124.1, EGH71399.1, ZP_05060389.1, ZP_05090872.1, BAF45126.1, BAB07804.1, ZP_06053464.1, YP_001238278.1, ZP_04944469.1, YP_001171160.1, YP_002984373.1, YP_002237649.1, ZP_08276443.1, BAF98451.1, ZP_05124197.1, YP_568640.1, ZP_05785341.1, NP_769037.1, YP_370657.1, YP_775005.1, ZP_02911119.1, YP_165460.1, ZP_02891796.1, YP_622328.1, ZP_07675057.1, YP_001901188.1, YP_003592183.1, ZP_02361040.1, NP_518244.1, YP_001809673.1, NP_947032.1, YP_001766369.1, YP_002255997.1, ZP_04940241.1, YP_004012032.1, YP_841049.1, YP_002983249.1, YP_003643276.1, YP_003855487.1, YP_003778137.1, ZP_02361104.1, CBA30511.1, ZP_05781295.1, YP_756865.1, ZP_02461782.1, YP_002007988.1, YP_004110133.1, YP_002229680.1, ZP_02386040.1, YP_004684069.1, YP_373268.1, YP_440614.1, NP_421441.1, YP_264896.1, YP_004362617.1, ZP_06053847.1, YP_366538.1, YP_003812285.1, YP_004154520.1, ZP_01901081.1, ZP_02372179.1, ZP_02453559.1, ADP98564.1, YP_003747084.1, ZP_02487888.1, ZP_01768075.1, ZP_02400664.1, YP_106680.1, YP_724753.1, YP_002907583.1, YP_004482470.1, YP_167582.1, YP_270109.1, YP_004362333.1, ZP_02504034.1, YP_003189363.1, YP_973212.1, ZP_00952746.1, YP_459665.1, YP_777218.1, YP_581107.1, ZP_01878091.1, ZP_01057973.1, YP_002913124.1, ZP_01035570.1, YP_001777560.1, YP_552627.1, ZP_02890876.1, YP_587146.1, YP_004141814.1, YP_001685369.1, ZP_05343380.1, NP_886000.1, ZP_04942359.1, ZP_01913732.1, ZP_08244266.1, YP_002233254.1, ZP_01816670.1, YP_837233.1, ZP_07478008.1, ZP_01985205.1, ZP_07473972.1, ZP_01067090.1, ZP_01867788.1, ZP_01754024.1, EGM19144.1, ZP_07741283.1, ZP_06876839.1, YP_002395287.1, ZP_07795498.1, NP_102692.1, NP_252789.1, YP_004451100.1, ZP_01305514.1, YP_002438481.1, ZP_04930310.1, YP_001810189.1, YP_104187.1, ZP_01367534.1, YP_001346382.1, ZP_01878466.1, YP_789017.1, YP_001115422.1, ZP_05067451.1, ZP_05842072.1, YP_001682976.1, YP_761348.1, YP_004611600.1, YP_004188241.1, NP_419761.1, EFV85163.1, YP_684227.1, ZP_06177455.1, NP_935088.1, YP_004614491.1, ZP_08697916.1, YP_004689366.1, ZP_05052326.1, YP_267420.1, YP_728575.1, YP_001759584.1, YP_557446.1, ZP_06844897.1, ZP_06079799.1, YP_003771143.1, ZP_05094472.1, YP_511622.1, ACF98205.1, YP_582314.1, ZP_07660450.1, YP_004065269.1, YP_003979606.1, YP_002520401.1, YP_003579281.1, ZP_01749397.1, ZP_03265018.1, ZP_07283393.1, YP_001532150.1, YP_298941.1, ZP_06688181.1, ZP_01611660.1, ZP_02367747.1, EGP42870.1, ZP_00993245.1, ABY65992.1, YP_354800.1, ZP_01747277.1, YP_561728.1, ZP_02190947.1, YP_605824.1, YP_001991873.1, ZP_00955792.1, YP_003594401.1, YP_004156101.1, YP_001472858.1, YP_001746950.1, ZP_08410042.1, ZP_01116604.1, ADP99912.1, ZP_01692203.1, YP_001328534.1, YP_999236.1, YP_002278452.1, ZP_01306234.1, YP_002871776.1, ZP_02369920.1, ZP_01896942.1, YP_002289724.1, AEG07584.1, YP_999005.1, YP_003552461.1, YP_270668.1, ZP_06862917.1, YP_001811327.1, YP_001166036.1, ABW06653.1, ZP_01548976.1, ZP_07774606.1, ZP_05888080.1, YP_003301477.1, YP_341748.1, ZP_05100248.1, YP_918038.1, YP_001500869.1, YP_004305296.1, YP_003342584.1, NP_947961.1, ZP_05124765.1, ZP_01904700.1, YP_003696207.1, YP_004156699.1, YP_001241858.1, NP_104253.1, YP_676241.1, ZP_01736903.1, ZP_00960121.1, NP_436019.1, YP_002945716.1, YP_259594.1, EFV86615.1, AAY87334.1, NP_900970.1, AEG07409.1, YP_349087.1, YP_004141055.1, YP_001169476.1, YP_001566960.1, YP_260472.1, ZP_07028078.1, YP_004610468.1, YP_003066461.1, YP_961096.1, ZP_08666573.1, ZP_02187363.1, YP_001631518.1, ZP_08141293.1, YP_001666324.1, NP_387083.1, YP_001526184.1, YP_165213.1, YP_003694923.1, YP_004433897.1, YP_001265431.1, ZP_05068964.1, YP_002313077.1, ZP_02372305.1, YP_004486039.1, YP_341901.1, YP_001862312.1, YP_004681983.1, YP_617373.1, EFV86570.1, YP_001673285.1, BAK39604.1, YP_001669327.1, YP_004353150.1, YP_001888124.1, ZP_08645365.1, YP_003410784.1, YP_841363.1, EGP44033.1, YP_001633470.1, EGP42855.1, ZP_01115125.1, ADR57794.1, YP_784649.1, YP_373898.1, Q47944.1, YP_001117950.1, ZP_02380339.1, ZP_03697092.1, YP_003187112.1, YP_004065439.1, NP_742226.1, YP_002429878.1, YP_003556403.1, AEH81535.1, YP_001887935.1, YP_554605.1, ZP_07333059.1, YP_001991668.1, YP_003694210.1, YP_222680.1, YP_002232672.1, YP_001763402.1, YP_001806802.1, YP_662156.1, ZP_05153429.1, ZP_01893457.1, ZP_04595387.1, ADP99389.1, ZP_02890074.1, YP_001313582.1, NP_387401.1, ZP_01863693.1, YP_750630.1, ZP_04939997.1, YP_268077.1, ZP_05169265.1, NP_888994.1, ZP_08408421.1, YP_001155137.1, NP_699017.1, YP_002008190.1, YP_004493716.1, YP_266277.1, YP_004654190.1, YP_943422.1, ZP_05162503.1, ZP_02905080.1, ZP_02905080.1, ZP_03784461.1, YP_001601784.1, YP_002233786.1, YP_622842.1, YP_002822679.1, ZP_04944312.1, ZP_05179897.1, YP_004483124.1, YP_003390414.1, YP_771968.1, YP_001628465.1, YP_004311599.1, ZP_01037150.1, ZP_01611812.1, ZP_03575238.1, YP_002278603.1, YP_001593845.1, EGD01613.1, YP_297574.1, YP_367509.1, YP_998315.1, ZP_08664883.1, ZP_05114787.1, ZP_05450190.1, YP_298028.1, ZP_01034678.1, YP_002827796.1, YP_372762.1, YP_004466723.1, ZP_01012072.1, YP_320380.1, ZP_01075202.1, YP_001312358.1, YP_681895.1, ZP_07718189.1, EGP55868.1, YP_003750799.1, YP_002984725.1, YP_002543360.1, ZP_01040714.1, ZP_04717111.1, YP_002422932.1, YP_003506115.1, ZP_01444019.1, ZP_03587285.1, YP_771439.1, YP_001947593.1, YP_001049712.1, YP_003979888.1, YP_001553786.1, YP_003980878.1, YP_001578274.1, YP_472442.1, YP_778292.1, EGE56670.1, YP_002779312.1, YP_432169.1, YP_560963.1, YP_001265285.1, YP_002822699.1, YP_002278091.1, ZP_08632361.1, YP_002229178.1, ZP_06840392.1, ZP_05069105.1, ZP_00998644.1, YP_004487901.1, YP_680905.1, YP_728088.1, YP_001985833.1, YP_002007099.1, ZP_05066777.1, ZP_01551182.1, YP_002973332.1, ZP_04681414.1, ZP_07675148.1, AEH83964.1, YP_004692042.1, CBJ36337.1, EGP48473.1, ZP_03585612.1, YP_001369428.1, YP_001897527.1, AEG08472.1, YP_001166065.1, NP_437018.1, NP_294689.1, YP_002541437.1, YP_004692953.1, NP_107484.1, YP_995681.1, YP_765267.1, YP_166223.1, ZP_01740635.1, YP_001234127.1, ZP_02186681.1, YP_004140839.1, YP_001584499.1, ADI17244.1, ZP_08698744.1, YP_001022991.1, EFV84582.1, ZP_01743515.1, YP_001816113.1, YP_004688050.1, YP_001342912.1, ZP_01125614.1, EGD05029.1, ZP_03569823.1, ZP_05089337.1, YP_001901091.1, NP_886663.1, ZP_07718907.1, YP_004687387.1, NP_521464.1, ZP_06688394.1, ZP_08099738.1, ZP_02885452.1, YP_003744085.1, YP_001328823.1, ZP_02488044.1, ZP_01015005.1, YP_002983153.1, ZP_06898725.1, ZP_05886707.1, ZP_08101209.1, ZP_03319462.1, YP_003134969.1, YP_001188857.1, YP_004557767.1, YP_004675666.1, YP_004358728.1, YP_002252541.1, YP_684009.1, ZP_05085667.1, ZP_02144674.1, YP_004127560.1, ZP_01901604.1, YP_004280074.1, AEG67402.1, YP_001416516.1, ZP_01054720.1, ZP_08197897.1, NP_107235.1, YP_002909966.1, ZP_01545876.1, ZP_02147729.1, ZP_00946537.1, ZP_01903844.1, ZP_05085589.1, ACV84069.1, YP_367172.1, ZP_02165272.1, YP_701696.1, ZP_04935724.1, ZP_02191362.1, ZP_01740154.1, ZP_07662819.1, NP_103908.1, YP_003159313.1, YP_003197010.1, ZP_02152342.1, YP_001907189.1, YP_004387414.1, YP_001413869.1, ZP_01916549.1, ZP_03264661.1, AAY82840.1, YP_003277969.1, YP_767433.1, ZP_01226234.1, EGE55950.1, NP_882474.1, ZP_04680938.1, YP_004417965.1, ZP_01367142.1, EGM13684.1, YP_001262083.1, ZP_01881606.1, ZP_01002680.1, YP_003606679.1, YP_001868359.1, ZP_01446736.1, YP_004141411.1, YP_002438878.1, YP_002500414.1, EGP55675.1, ZP_08405873.1, YP_002975318.1, YP_002823637.1, ZP_02188786.1, YP_004617386.1, ABL61001.1, YP_004190679.1, YP_004418710.1, YP_001264994.1, NP_252399.1, ACA21517.1, YP_002541208.1, YP_001369943.1, YP_789454.1, YP_004688060.1, YP_611623.1, ZP_07795086.1, ZP_04929943.1, YP_004444316.1, ZP_01866687.1, ZP_05973466.1, YP_004353327.1, ZP_05780591.1, ZP_05784784.1, NP_936564.1, ZP_05739211.1, ZP_05113045.1, ZP_06689273.1, ZP_06972168.1, ZP_01616404.1, ZP_07659253.1, ZP_05117914.1, YP_585662.1, YP_004230016.1, NP_763554.1, NP_744101.1, ZP_02465308.1, ACN56476.1, YP_004689565.1, YP_001600608.1, ZP_06792595.1, YP_001258553.1, ZP_05165722.1, ZP_03785098.1, YP_002276744.1, YP_002524856.1, ADP98420.1, YP_001669248.1, ZP_04764988.1, ZP_08528163.1, ZP_08529409.1, ZP_05944625.1, YP_676267.1, CBA26630.1, YP_001592413.1, YP_003486465.1, ZP_02187562.1, ZP_03702891.1, YP_760283.1, ZP_05450850.1, YP_004533595.1, ZP_02153313.1, YP_001859265.1, YP_001524099.1, ZP_06126913.1, ZP_07374926.1, ZP_05050787.1, ZP_01035411.1, Q8YFY2.2, YP_002280903.1, EGM21512.1, YP_004603010.1, ZP_05088581.1, YP_004302488.1, YP_004141219.1, NP_697569.1, YP_003908705.1, YP_915505.1, YP_001789228.1, YP_001042739.1, YP_133405.1, ZP_05180516.1, ZP_05174702.1, ZP_01438051.1, ZP_04590345.1, ZP_08411937.1, NP_356519.2, ZP_00964019.1, ZP_00998343.1, ZP_05181994.1, YP_004107969.1, ZP_02168070.1, ZP_01750865.1, YP_574504.1, YP_004579902.1, YP_104440.1, ZP_05452167.1, ZP_05342702.1, YP_001862883.1, YP_004538242.1, ZP_07471513.1, ZP_05169558.1, ZP_00956995.1, ZP_05096699.1, YP_004610916.1, ZP_01218118.1, AAU95210.1, ZP_02405087.1, ZP_04890639.1, YP_352237.1, ZP_02413594.1, ZP_07474023.1, NP_541317.1, YP_001993222.1, ZP_08199001.1, YP_471839.1, ZP_02492080.1, ZP_04901176.1, ZP_06915396.1, ZP_07474845.1, ZP_07477743.1, YP_004152647.1, YP_004755056.1, ZP_05086419.1, YP_004577547.1, ACD99850.1, YP_980426.1, ZP_05457072.1, ZP_05936041.1, NP_700124.1, ADT85599.1, YP_110012.1, ZP_05076113.1, YP_001068288.1, ZP_02457871.1, ZP_01014169.1, EGE60620.1, YP_001346810.1, YP_003408795.1, YP_003769675.1, YP_001257876.1, EGH93583.1, ZP_01442222.1, YP_331617.1, ZP_05636703.1, YP_001594896.1, YP_002822967.1, YP_118823.1, ZP_01878717.1, ZP_07375284.1, YP_001371250.1, ZP_07658682.1, YP_002898825.1, ZP_01547199.1, YP_223070.1, ZP_05161482.1, ZP_04679742.1, YP_002778618.1, ZP_01626756.1, ZP_05101564.1, YP_002947374.1, NP_385053.1, YP_001328117.1, YP_004493948.1, YP_003339515.1, YP_004699488.1, ZP_05101969.1, YP_485352.1, ZP_01746033.1, ZP_06712293.1, ZP_01158125.1, ZP_01058616.1, ZP_05739755.1, NP_949067.1, ZP_02364657.1, YP_570690.1, YP_001208663.1, ZP_02357557.1, ZP_04751682.1, YP_001326253.1, YP_487666.1, ZP_05167919.1, ADI18237.1, YP_002825245.1, ZP_02144858.1, ZP_02188790.1, ZP_06794586.1, YP_001809828.1, YP_997974.1, YP_001476791.1, ZP_08635286.1, YP_676287.1, ZP_07308228.1, ZP_04596242.1, YP_001622726.1, NP_699590.1, ZP_01446884.1, YP_001168504.1, ZP_01616388.1, ZP_05117189.1, ZP_05876432.1, ADT64694.1, ZP_01754911.1, ZP_05880498.1, ZP_02360829.1, ZP_06052433.1, ZP_08663540.1, YP_003768966.1, ZP_02165422.1, ZP_00960985.1, ZP_07026655.1, YP_001753039.1, YP_371288.1, YP_002974725.1, YP_776880.1, ZP_05784963.1, ZP_05124380.1, YP_459030.1, ZP_05090690.1, ZP_05064893.1, ZP_02367982.1, ZP_01890564.1, NP_541848.1, ZP_00960263.1, ZP_02961617.1, YP_001242097.1 и ZP_05838258.1.
В частности Edi может быть выбран из группы, включающей Q00593.1, Q9WWW2.1, ZP_00957061.1, YP_957894.1, CAC38030.1, YP_694430.1, YP_957725.1 и YP_001672216.1.
Фермент Edii
Алкогольдегидрогеназа (Edii) может быть выбрана из группы, включающей AdhE, AdhP, YjgB, YqhD, GldA, EutG, YiaY, AdhE, AdhP, YhhX, YahK, HdhA, HisD, SerA, Tdh, Ugd, Udg, Gmd, YefA, YbiC, YdfG, YeaU, TtuC, YeiQ, YgbJ, YgcU, YgcT, YgcV, YggP, YgjR, YliI, YqiB, YzzH, LdhA, GapA, Epd, Dld, GatD, Gcd, GlpA, GlpB, GlpC, GlpD, GpsA и YphC из бактерий, в частности из E. coli.
Фермент E3
Фермент E3 может быть способен к превращению по меньшей мере одного 1-алканаля в соответствующую алкановую кислоту. В частности, E3 может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (Ea) под EC 1.14.15.3-, AlkB-алкангидроксилазы (Eb) под EC 1.14.15.3, бифункциональные алкогольоксидазы (Ec) под EC 1.1.3.20, бифункциональные AlkJ-алкогольдегидрогеназы (Edi) или бифункциональные алкогольдегидрогеназы (Edii) под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2, способные к окислению 1-алканола через 1-алканаль непосредственно в соответствующую алкановую кислоту, и альдегиддегидрогеназы (Ee).
Фермент Ee
Фермент Ee, альдегиддегидрогеназа, может быть способен к катализу превращения:
ω-оксоалкановая кислота (сложный эфир) = ω-карбоксиалкановая кислота (сложный эфир).
Чтобы катализировать вышеуказанную реакцию, Ee может представлять собой альдегиддегидрогеназу под EC 1.2.1.3, EC 1.2.1.4 или EC 1.2.1.5, оксидазы жирных спиртов под EC 1.1.3.20, AlkJ-алкогольдегидрогеназы под EC 1.1.99.- и алкогольдегидрогеназы под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2.
В одном примере Ee может быть способен к специфическому катализу следующей реакции:
ω-оксоалкановая кислота (сложный эфир) + NAD(P)+ = ω-карбоксиалкановая кислота (сложный эфир) + NAD(P)H + H+.
В этом случае фермент Ee может представлять собой альдегиддегидрогеназу под EC 1.2.1.3, EC 1.2.1.4 или EC 1.2.1.5 и может быть выбран из группы, включающей Prr, Usg, MhpF, AstD, GdhA, FrmA, Feab, Asd, Sad, PuuE, GabT, YgaW, BetB, PutA, PuuC, FeaB, AldA, Prr, EutA, GabD, AldB, TynA и YneI из бактерий, в частности, из E. coli.
В другом примере фермент Ee может быть способен к катализу следующей реакции:
ω-оксоалкановая кислота (сложный эфир) + O2 = -карбоксиалкановая кислота (сложный эфир) + H2O2.
В этом случае Ee может представлять собой оксидазы жирных спиртов под EC 1.1.3.20 и может быть выбран из перечня, предусмотренного для фермента Ec выше.
В другом примере Ee может представлять собой по меньшей мере одну из AlkJ-алкогольдегидрогеназ под EC 1.1.99 и может быть выбран из перечня, предусмотренного выше для Edi.
В дополнительном примере Ee может представлять собой алкогольдегидрогеназы под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2, выбранные из перечня, предусмотренного для фермента Edii.
Фермент E4
Фермент E4 может быть способен к превращению по меньшей мере одной алкановой кислоты в соответствующий сложный эфир алкановой кислоты. В частности, E4 может представлять собой по меньшей мере одну из синтаз воска-сложного эфира, также известных как алкоголь-O-ацилтрансфераза (EC 2.3.1.20, EC 2.3.1.75) (Ef) или алкоголь-O-ацетилтрансфераза (Eg) (EC 2.3.1.20, EC 2.3.1.75 или EC 2.3.1.84).
В одном примере E4 может представлять собой по меньшей мере одну из синтаз воска-сложного эфира (Ef). Более конкретно, E4 может характеризоваться по меньшей мере 50% идентичностью последовательности с ADP1 Acinetobacter calcoaceticus или O-ацетилтрансферазой из Hahella chejuensis. Еще более конкретно, E4 может характеризоваться по меньшей мере 50% идентичностью последовательности с полипептидом YP_045555.1, WP_011398768.1 или NP_808414.2. Более конкретно, E4 может содержать полипептид, который характеризуется по меньшей мере 50, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 94, 95, 98 или 100% идентичностью последовательности с полипептидом, выбранным из группы, включающей полипептид YP_045555.1, WP_011398768.1 и NP_808414.2. В одном примере E4 может содержать полипептид, который характеризуется по меньшей мере 50, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 94, 95, 98 или 100% идентичностью последовательности под SEQ ID NO:2.
Фермент Ef
В частности, фермент Ef может быть выбран из группы, включающей
WP_011398768.1, NP_808414.2, NP_001178653.1, XP_003272721.1, XP_002720111.1, NP_001002254.1, XP_529027.1, XP_002831804.1, BAC28882.1, XP_549056.2, XP_002918053.1, XP_001085075.1, XP_002763005.1, XP_002700092.1, XP_599558.4, EDL95940.1, XP_001496780.1, CAD89267.1, EFB28125.1, YP_004747160.1, YP_004746900.1, YP_004746665.1, YP_004746558.1, YP_004746531.1, YP_004746530.1, YP_004745948.1, YP_004745222.1, YP_004744358.1, YP_004743710.1, YP_002492297.1, AEK40846.1, YP_001847685.1, YP_001712672.1, YP_001706290.1, YP_004724737.1, YP_004723134.1, AEJ51098.1, AEJ48174.1, AEJ47480.1, YP_004392630.1, YP_004099725.1, YP_003912033.1, YP_003652731.1, YP_003301387.1, YP_003298139.1, YP_001509672.1, YP_001505948.1, YP_001432486.1, YP_001432432.1, YP_924893.1, YP_923981.1, YP_922869.1, YP_922597.1, YP_922419.1, ZP_08629145.1, ZP_08628906.1, YP_001380027.1, YP_001280731.1, YP_001280730.1, YP_888966.1, YP_890540.1, YP_888236.1, YP_888223.1, YP_888574.1, YP_884705.1, YP_889488.1, YP_886248.1, YP_882534.1, YP_881069.1, YP_881444.1, YP_883472.1, YP_879642.1, YP_884073.1, YP_880917.1, YP_882201.1, YP_879422.1, YP_707862.1, YP_707847.1, YP_707633.1, YP_707572.1, YP_707571.1, YP_706785.1, YP_706267.1, YP_705586.1, YP_705294.1, YP_702929.1, YP_701572.1, YP_700576.1, YP_700081.1, YP_700033.1, YP_700018.1, YP_700017.1, YP_699999.1, CCB78299.1, CCB78283.1, CCB72233.1, YP_004663601.1, YP_004525283.1, YP_004524901.1, YP_004524237.1, YP_004524223.1, YP_004523752.1, YP_004522677.1, YP_004521797.1, YP_004521441.1, YP_004020500.1, YP_004014348.1, EGO40684.1, EGO38684.1, EGO38655.1, EGO37244.1, EGO36970.1, EGO36701.1, YP_003951335.1, YP_003812176.1, YP_003811992.1, YP_003810691.1, YP_003810418.1, YP_003809501.1, ZP_08574204.1, CCA19760.1, XP_002900672.1, ZP_06414567.1, ZP_06413635.1, ZP_06411773.1, ZP_06411772.1, ZP_06271823.1, ZP_05620754.1, ZP_05360001.1, ZP_04752019.1, ZP_04751943.1, ZP_04750965.1, ZP_04750465.1, ZP_04750453.1, ZP_04750228.1, ZP_04750091.1, ZP_04749363.1, ZP_04749348.1, ZP_04749293.1, ZP_04749287.1, ZP_04749022.1, ZP_04748677.1, ZP_04747379.1, ZP_04747377.1, ZP_04747348.1, ZP_04747282.1, ZP_04747159.1, ZP_04747093.1, ZP_04746958.1, ZP_04717323.1, ZP_04684258.1, ZP_04386203.1, ZP_04385082.1, ZP_04384030.1, ZP_04384029.1, ZP_03534755.1, ZP_01115502.1, ZP_01102322.1, YP_004583872.1, YP_004583323.1, YP_004573656.1, YP_004571392.1, YP_003513699.1, ZP_08553011.1, ZP_08552672.1, YP_003467054.1, YP_003572597.1, YP_579515.1, YP_001136465.1, YP_001136231.1, YP_001135959.1, YP_001135349.1, YP_001133828.1, YP_001133806.1, YP_001133693.1, YP_001133270.1, YP_001132329.1, YP_001131721.1, YP_001131631.1, YP_001073715.1, YP_001073143.1, YP_001072388.1, YP_001072036.1, YP_001071893.1, YP_001071814.1, YP_001071689.1, YP_001070856.1, YP_001069682.1, YP_001069164.1, YP_001068496.1, YP_939377.1, YP_642242.1, YP_641664.1, YP_641419.1, YP_640919.1, YP_640783.1, YP_640704.1, YP_640572.1, YP_640571.1, YP_640494.1, YP_639709.1, YP_639198.1, YP_638523.1, YP_638030.1, YP_637968.1, YP_637380.1, YP_446603.1, NP_001185377.1, NP_200151.2, NP_568547.1, NP_197641.1, NP_200150.1, NP_197139.1, NP_190490.1, NP_190488.1, NP_177356.1, YP_004495408.1, YP_004495023.1, YP_004494197.1, YP_004494168.1, YP_004493973.1, YP_004493936.1, YP_004493628.1, YP_004493589.1, YP_004493509.1, YP_004493477.1, YP_004493462.1, YP_004492352.1, YP_004492155.1, YP_004492039.1, YP_004491716.1, YP_004491715.1, YP_004491501.1, YP_003375642.1, YP_003411203.1, YP_003410436.1, YP_003395271.1, YP_003395089.1, YP_003393635.1, YP_003384208.1, YP_003379551.1, ZP_04388235.1, YP_002134168.1, ZP_01900421.1, ZP_01900085.1, ZP_01899829.1, ZP_01898741.1, BAK05274.1, BAJ93623.1, BAJ97841.1, BAK08349.1, BAJ93204.1, BAJ92722.1, BAK06983.1, BAJ86545.1, BAK02325.1, BAJ85619.1, BAJ84892.1, ZP_05218281.1, ZP_05218149.1, ZP_05217310.1, ZP_05216978.1, ZP_05216447.1, ZP_05216446.1, ZP_05216025.1, ZP_05214687.1, ZP_08476543.1, ZP_04749239.1, YP_823060.1, ADP99639.1, ADP98951.1, ADP98855.1, ADP98710.1, ADP96265.1, ZP_08461736.1, ZP_08461735.1, ZP_07608690.1, YP_045555.1, YP_872243.1, YP_004009106.1, YP_004008736.1, YP_004008003.1, YP_004007600.1, YP_004006799.1, YP_004006436.1, YP_004006072.1, YP_004005008.1, YP_003486913.1, NP_301898.1, ZP_08434757.1, YP_004079491.1, YP_004078785.1, YP_004077880.1, YP_004076486.1, YP_004076464.1, YP_004076350.1, YP_004075391.1, YP_004074864.1, ZP_01103855.1, YP_465274.1, ZP_08403393.1, ZP_08402717.1, ZP_08402716.1, YP_004427559.1, YP_001277083.1, YP_001276783.1, YP_524767.1, YP_522739.1, YP_521788.1, YP_004335162.1, YP_004333708.1, YP_004332973.1, YP_004332349.1, YP_004157731.1, YP_004224204.1, YP_003275673.1, YP_003275371.1, YP_003274979.1, YP_003274924.1, YP_003274705.1, YP_956544.1, YP_955502.1, YP_955007.1, YP_954887.1, YP_954886.1, YP_954859.1, YP_954399.1, YP_953715.1, YP_953073.1, YP_952592.1, YP_951909.1, YP_951298.1, YP_951083.1, ZP_08287899.1, ZP_08272356.1, ZP_08270967.1, CCA60099.1, CCA56737.1, YP_983728.1, YP_550833.1, YP_549124.1, YP_121795.1, YP_120815.1, YP_118589.1, YP_117783.1, YP_117375.1, YP_003646883.1, YP_003646055.1, YP_003645661.1, EGE49469.1, ZP_08234310.1, CBZ53121.1, YP_004010866.1, EGE24961.1, EGE18726.1, EGE15701.1, EGE12950.1, EGE10026.1, EGB03968.1, ZP_08206563.1, ZP_08205089.1, ZP_08204958.1, ZP_08204416.1, ZP_08203326.1, YP_714381.1, YP_713817.1, YP_694462.1, YP_693524.1, YP_003341775.1, YP_003339587.1, ZP_08197177.1, ADW01905.1, YP_004242683.1, ZP_07484742.2, ZP_07441979.2, ZP_07441978.2, ZP_07437333.2, ZP_06960424.1, ZP_06801236.1, ZP_06799517.1, ZP_05769718.1, ZP_05768326.1, ZP_05767970.1, ZP_05766272.1, ZP_05763839.1, YP_003204265.1, YP_003203570.1, YP_003200768.1, YP_003134884.1, YP_003134608.1, ZP_05140320.1, NP_001140997.1, EEE64643.1, EEE55448.1, EEE32548.1, ZP_03534756.1, ZP_03533653.1, ZP_03531929.1, EEC71274.1, EAY98969.1, EAY75974.1, EAY75973.1, ADZ24988.1, ZP_08157247.1, ZP_08156660.1, ZP_08156249.1, ZP_08153292.1, ZP_08152876.1, ZP_08152662.1, YP_002946672.1, YP_960669.1, YP_960629.1, YP_960328.1, YP_958134.1, YP_957462.1, YP_001022272.1, ZP_08123690.1, ZP_08120547.1, ZP_08119498.1, EGB29195.1, EGB27143.1, YP_003770089.1, YP_003769971.1, YP_003764703.1, YP_003764513.1, YP_003103950.1, YP_003168536.1, YP_003168331.1, YP_003166844.1, CAJ88696.1, NP_769520.1, YP_001141853.1, YP_001108534.1, YP_001106516.1, YP_907824.1, YP_907344.1, YP_906945.1, YP_906856.1, YP_906855.1, YP_906831.1, YP_906494.1, YP_906243.1, YP_905962.1, YP_905765.1, YP_905343.1, YP_905239.1, YP_325796.1, YP_130413.1, NP_625255.1, NP_624462.1, NP_338129.1, NP_338004.1, NP_337859.1, NP_337740.1, NP_337694.1, NP_336266.1, NP_335919.1, NP_335351.1, NP_334638.1, NP_218257.1, NP_218251.1, NP_217997.1, NP_217888.1, NP_217751.1, NP_217750.1, NP_217646.1, NP_217604.1, NP_217603.1, NP_217000.1, NP_216801.1, NP_216276.1, NP_215941.1, NP_215410.1, NP_214735.1, ZP_04661667.1, EFW44815.1, EFW44455.1, ZP_08024634.1, ZP_08024620.1, ZP_08023777.1, ZP_08023597.1, YP_002784032.1, YP_002783585.1, YP_002782904.1, YP_002782647.1, YP_002780099.1, YP_002779887.1, YP_002778497.1, YP_002777657.1, YP_002777402.1, ZP_07966321.1, ZP_07944768.1, CBI21867.3, CBI40547.3, CBI40544.3, CBI40540.3, CBI40536.3, CBI40534.3, CBI40533.3, CBI32385.3, ZP_05765756.1, ZP_05765643.1, ZP_05765597.1, ZP_05765596.1, YP_001705267.1, YP_001704692.1, YP_001704281.1, YP_001702654.1, YP_001701260.1, ZP_05770434.1, ZP_05766274.1, ZP_05762133.1, ZP_05762130.1, ZP_01101223.1, YP_481580.1, YP_979623.1, YP_979196.1, ZP_07414300.2, ZP_03537340.1, ZP_03537339.1, ZP_03536772.1, ZP_03536404.1, ZP_03433478.1, ZP_03430367.1, ZP_03430260.1, ZP_03429345.1, ZP_03428583.1, ZP_03426905.1, ZP_03426458.1, ZP_03426456.1, ZP_03426455.1, ZP_03425014.1, ZP_03424082.1, ZP_03421649.1, ZP_03419291.1, ZP_03418394.1, ZP_03417976.1, ZP_03414875.1, ZP_06952098.1, ZP_05528769.1, ZP_05527907.1, ZP_05227984.1, ZP_05227897.1, ZP_05227653.1, ZP_05227585.1, ZP_05227420.1, ZP_05227202.1, ZP_05226387.1, ZP_05226386.1, ZP_05225355.1, ZP_05225200.1, ZP_05223431.1, ZP_05223402.1, ZP_04697793.1, ZP_02550609.1, ZP_02548969.1, EEE25493.1, ABO13188.2, ZP_07205208.1, YP_589436.1, BAJ33896.1, ZP_07718107.1, ZP_07717513.1, ZP_07717390.1, ZP_07716424.1, ZP_04384387.1, ZP_07376578.1, ZP_06871097.1, ZP_06852444.1, ZP_06852442.1, ZP_06852283.1, ZP_06852150.1, ZP_06852032.1, ZP_06850980.1, ZP_06850766.1, ZP_06850644.1, ZP_06849846.1, ZP_06849446.1, ZP_06849265.1, ZP_06848894.1, ZP_06848550.1, ZP_06847321.1, ZP_06847245.1, ZP_06728640.1, ZP_06155537.1, ZP_03822106.1, ZP_03822105.1, ZP_03264909.1, ZP_01915979.1, ZP_01914209.1, ZP_01909198.1, ZP_01895985.1, ZP_01893763.1, ZP_01893601.1, ZP_01893547.1, ZP_01864269.1, ZP_01736818.1, ZP_01693481.1, ZP_01626518.1, ZP_01616172.1, ZP_01461648.1, ZP_01439861.1, ZP_01311414.1, ZP_01222733.1, ZP_01038993.1, ZP_00997001.1, ZP_06533596.1, ZP_07308012.1, ZP_07282351.1, ZP_07282257.1, ZP_07278697.1, ZP_07277986.1, ZP_07277799.1, ZP_07011797.1, ZP_06913634.1, ZP_06711075.1, ZP_06575037.1, ZP_06523715.1, ZP_06522644.1, ZP_06520408.1, ZP_06518751.1, ZP_06514733.1, ZP_06511304.1, ZP_06510466.1, ZP_06509700.1, ZP_06504004.1, ZP_06452618.1, ZP_06451687.1, ZP_06450049.1, ZP_06444722.1, ZP_06443996.1, ZP_06443677.1, ZP_06438510.1, ZP_06435077.1, ZP_06434554.1, ZP_06432969.1, ZP_06431341.1, ZP_06430915.1, ZP_05129423.1, ZP_05127637.1, ZP_05126217.1, ZP_05096686.1, ZP_05095013.1, ZP_05094400.1, ZP_05093434.1, ZP_05043539.1, ZP_05041631.1, ZP_04959394.1, ZP_04956551.1, ZP_01052702.1, YP_437020.1, YP_436128.1, YP_432512.1, YP_432391.1, ZP_06072118.1, ZP_06069021.1, ZP_06065092.1, ZP_06062254.1, YP_003032200.1, YP_003030813.1, YP_002766854.1, YP_002766842.1, YP_002766292.1, YP_002765623.1, YP_002765076.1, YP_002764977.1, YP_002764976.1, YP_002764693.1, YP_002764633.1, YP_002646305.1, YP_002646304.1, YP_001853537.1, YP_001853530.1, YP_001853214.1, YP_001852100.1, YP_001851711.1, YP_001851686.1, YP_001851684.1, YP_001851611.1, YP_001851610.1, YP_001851579.1, YP_001850950.1, YP_001850935.1, YP_001850900.1, YP_001850899.1, YP_001850378.1, YP_001849911.1, YP_001849825.1, YP_001849624.1, YP_001849470.1, YP_001848848.1, YP_001848784.1, YP_001822237.1, YP_001289190.1, YP_001289078.1, YP_001288434.1, YP_001287727.1, YP_001286168.1, YP_001085790.1, YP_856793.1, YP_629387.1, YP_615587.1, YP_615252.1, YP_457389.1, YP_263530.1, NP_962591.1, NP_962411.1, NP_962281.1, NP_961234.1, NP_960903.1, NP_960387.1, NP_960090.1, NP_959281.1, NP_959065.1, NP_857403.1, NP_857149.1, NP_857148.1, NP_857047.1, NP_856907.1, NP_856759.1, NP_856156.1, NP_855443.1, NP_855112.1, NP_853892.1, NP_828432.1, NP_603766.1, XP_003081224.1, YP_003778608.1, YP_003730939.1, XP_003059244.1, ADI13131.1, XP_002992800.1, XP_002963877.1, XP_001419779.1, XP_002988280.1, XP_002987493.1, CBH32551.1, CBH32550.1, CBH19575.1, CBH19574.1, YP_003627553.1, XP_002879777.1, XP_002877657.1, XP_002877655.1, XP_002873570.1, XP_002871716.1, XP_002870738.1, XP_002868506.1, XP_002865972.1, XP_002864239.1, XP_002862308.1, ZP_05823139.1, NP_001043877.1, ZP_06693274.1, ZP_06058985.1, NP_001044374.1, XP_002835451.1, XP_002787542.1, XP_002785958.1, XP_002785645.1, XP_002783220.1, XP_002774061.1, XP_002767852.1, XP_002766051.1, XP_002765456.1, XP_002765455.1, XP_002677788.1, XP_002671612.1, XP_002736281.1, CBA31373.1, XP_002184474.1, XP_002325936.1, XP_002323705.1, XP_002325937.1, XP_002323911.1, XP_002323706.1, XP_002328965.1, XP_002318416.1, XP_002310400.1, ACY38597.1, ACY38596.1, ACY38595.1, ACY38594.1, ACY38593.1, ACY38592.1, ACY38591.1, ACY38590.1, ACX81315.1, ACX81314.1, XP_001868729.1, XP_001847517.1, XP_001847515.1, XP_002502575.1, ACU20370.1, ACU18073.1, XP_002523348.1, XP_002516707.1, XP_002429016.1, BAH89673.1, XP_002440221.1, XP_002459294.1, XP_002458560.1, XP_320167.4, XP_001780431.1, XP_002364905.1, XP_002263196.1, XP_002263137.1, XP_002263409.1, XP_002263252.1, XP_002268615.1, XP_002278404.1, XP_002274522.1, XP_002282418.1, XP_001633379.1, XP_001632267.1, XP_001632004.1, XP_001622638.1, XP_002155609.1, XP_759225.1, XP_002152406.1, XP_001914129.1, XP_001738032.1, XP_001731626.1, XP_001209859.1, CAN79451.1, CAN78449.1, CAN72806.1, CAN71951.1, CAN71950.1, CAN76656.1, CAN62907.1, AAZ08051.1, ABO21022.1, ABO21021.1, ABO21020.1, ABJ96321.1, BAF01088.1, XP_758106.1, BAC42871.1, BAB09801.1 и BAB09102.1.
В другом примере фермент Ef может быть выбран из группы, включающей следующие идентификационные номера генов согласно NCBI:
6647910, 13882037, 13883719, 50084045, 83635736, 118163591, 118569740, 118570272, 119538589, 119959533, 126237252, 126567232, 126629771, 148572721, 148572722, 149823553, 149825234, 169147806, 196196001, 214037899, 219677786, 257447091, 262316603, 283813570, 301796553, 301796826, 311312714, 311696766, 325556018, 332970561, 333482117, 333482229, 333482837, 333484048, 334890574, 334890744, 353189260, 358244577, 359308666, 359732244, 359818908, 363993190, 365814880, 374845325, 377531673, 378802538, 384523048, 391857871, 391858262, 391861199, 396932954, 396935129, 399235093, 400203587, 407372801, 407812577, 432156225, 433296179, 442581482, 443888426, 444755700, 449424446, 464803513, 479864102, 479886236, 479966651, 480005669, 480024154, 480028610, 490485999, 498274456, 500625946, 515076064, 516264416, 516277644, 516906883, 516908681, 516909557, 516913828, 516945324, 517143888, 517432433, 517516200, 518350146, 518501601, 518568414, 518644062, 518944419, 518947555, 521014811, 521056034, 521076792, 521077398, 521090665, 521712969, 521812448, 521986522, 522129827, 522136843, 522139413 и 522139737.
Фермент Eg
В частности, фермент Eg может быть выбран из группы, включающей EGA72844.1, NP_015022.1, S69991, AAP72991.1, EDN63695.1, BAA05552.1, AAP72992.1, S69992, AAP72995.1, XP_002552712.1, XP_001646876.1, XP_002551954.1, EGA82692.1, EDN61766.1, EGA86689.1, EGA74966.1, AAU09735.1, NP_011693.1, XP_445666.1, BAA13067.1, AAP72993.1, EGA62172.1, XP_455762.1 и EGA58658.1.
Фермент E5
Фермент E5 может быть способен к превращению по меньшей мере одного сложного эфира алкановой кислоты в соответствующий сложный эфир ω-гидроксиалкановой кислоты. В частности, E5 может представлять собой любой фермент, перечисленный для E1. В частности, E5 может представлять собой по меньшей мере одну из P450-алкангидроксилаз (Ea) под EC 1.14.15.3 или AlkB-алкангидроксилаз (Eb) под EC 1.14.15.3.
Фермент E6
Фермент E6 может быть способен к превращению по меньшей мере одного сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты в соответствующий сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты. В частности, E6 может представлять собой любой фермент, перечисленный для E2. В частности, E6 может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (Ea) под EC 1.14.15.3-, AlkB-алкангидроксилазы (Eb) под EC 1.14.15.3, алкогольоксидазы (Ec) под EC 1.1.3.20 и алкогольдегидрогеназы (Ed) под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2.
Выражение «если присутствует», применяемое в отношении фермента E6, относится к клеткам, которые были генетически модифицированы для продуцирования сложного эфира ω-оксоалкановой кислоты. Клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения могут характеризоваться повышенной экспрессией фермента E6 относительно клетки дикого типа, таким образом они способны продуцировать сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты. В другом примере клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения также могут не характеризоваться повышенной экспрессией фермента E6 относительно клетки дикого типа, таким образом они не способны продуцировать сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты. Таким образом, эти клетки в основном продуцируют сложный эфир ω-гидроксиалкановой кислоты. Следовательно, если клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения характеризуются повышенной экспрессией фермента E6 (т.e. если он присутствует), то они могут продуцировать сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты.
Фермент E7
Фермент E7 может быть способен к превращению по меньшей мере одной ω-оксоалкановой кислоты в соответствующий сложный эфир ω-аминоалкановой кислоты. В частности, E7 может представлять собой ω-трансаминазу под EC 2.6.1 (Eh).
В частности, фермент E7 может представлять собой аминотрансферазу (Eh), выбранную из группы, включающей фермент из Pseudomonas putida (WP_016502144; WP_016500675.1), Chromobacterium violaceum (NP_901695.1), Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (YP_353455.1) и 3HMU_A, AAD41041.1, AAK15486.1, ABE03917.1, ADR60699.1, ADR61066.1, ADR62525.1, AEL07495.1, CAZ86955.1, EFW82310.1, EFW87681.1, EGC99983.1, EGD03176.1, EGE58369.1, EGH06681.1, EGH08331.1, EGH24301.1, EGH32343.1, EGH46412.1, EGH55033.1, EGH62152.1, EGH67339.1, EGH70821.1, EGH71404.1, EGH78772.1, EGH85312.1, EGH97105.1, EGP57596.1, NP_102850.1, NP_106560.1, NP_248912.1, NP_248990.1, NP_354026.2, NP_421926.1, NP_637699.1, NP_642792.1, NP_744329.1, NP_744732.1, NP_747283.1, NP_795039.1, XP_002943905.1, YP_001021095.1, YP_001059677.1, YP_001061726.1, YP_001066961.1, YP_001074671.1, YP_001120907.1, YP_001140117.1, YP_001170616.1, YP_001185848.1, YP_001188121.1, YP_001233688.1, YP_001268866.1, YP_001270391.1, YP_001345703.1, YP_001412573.1, YP_001417624.1, YP_001526058.1, YP_001579295.1, YP_001581170.1, YP_001668026.1, YP_001669478.1, YP_001671460.1, YP_001685569.1, YP_001747156.1, YP_001749732.1, YP_001765463.1, YP_001766294.1, YP_001790770.1, YP_001808775.1, YP_001809596.1, YP_001859758.1, YP_001888405.1, YP_001903233.1, YP_001977571.1, YP_002229759.1, YP_002231363.1, YP_002280472.1, YP_002297678.1, YP_002543874.1, YP_002549011.1, YP_002796201.1, YP_002801960.1, YP_002875335.1, YP_002897523.1, YP_002912290.1, YP_002974935.1, YP_003060891.1, YP_003264235.1, YP_003552364.1, YP_003578319.1, YP_003591946.1, YP_003607814.1, YP_003641922.1, YP_003674025.1, YP_003692877.1, YP_003755112.1, YP_003896973.1, YP_003907026.1, YP_003912421.1, YP_004086766.1, YP_004142571.1, YP_004147141.1, YP_004228105.1, YP_004278247.1, YP_004305252.1, YP_004356916.1, YP_004361407.1, YP_004378186.1, YP_004379856.1, YP_004390782.1, YP_004472442.1, YP_004590892.1, YP_004612414.1, YP_004676537.1, YP_004693233.1, YP_004701580.1, YP_004701637.1, YP_004704442.1, YP_108931.1, YP_110490.1, YP_168667.1, YP_237931.1, YP_260624.1, YP_262985.1, YP_271307.1, YP_276987.1, YP_334171.1, YP_337172.1, YP_350660.1, YP_351134.1, YP_364386.1, YP_366340.1, YP_369710.1, YP_370582.1, YP_426342.1, YP_440141.1, YP_442361.1, YP_468848.1, YP_521636.1, YP_554363.1, YP_608454.1, YP_610700.1, YP_614980.1, YP_622254.1, YP_625753.1, YP_680590.1, YP_751687.1, YP_767071.1, YP_774090.1, YP_774932.1, YP_788372.1, YP_858562.1, YP_928515.1, YP_983084.1, YP_995622.1, ZP_00948889.1, ZP_00954344.1, ZP_00959736.1, ZP_00998881.1, ZP_01011725.1, ZP_01037109.1, ZP_01058030.1, ZP_01076707.1, ZP_01103959.1, ZP_01167926.1, ZP_01224713.1, ZP_01442907.1, ZP_01446892.1, ZP_01550953.1, ZP_01625518.1, ZP_01745731.1, ZP_01750280.1, ZP_01754305.1, ZP_01763880.1, ZP_01769626.1, ZP_01865961.1, ZP_01881393.1, ZP_01901558.1, ZP_02145337.1, ZP_02151268.1, ZP_02152332.1, ZP_02167267.1, ZP_02190082.1, ZP_02242934.1, ZP_02360937.1, ZP_02367056.1, ZP_02385477.1, ZP_02456487.1, ZP_02883670.1, ZP_03263915.1, ZP_03263990.1, ZP_03400081.1, ZP_03452573.1, ZP_03456092.1, ZP_03517291.1, ZP_03529055.1, ZP_03571515.1, ZP_03572809.1, ZP_03587785.1, ZP_03588560.1, ZP_03697266.1, ZP_03697962.1, ZP_04521092.1, ZP_04590693.1, ZP_04890914.1, ZP_04891982.1, ZP_04893793.1, ZP_04902131.1, ZP_04905327.1, ZP_04941068.1, ZP_04944536.1, ZP_04945255.1, ZP_04959332.1, ZP_04964181.1, ZP_05053721.1, ZP_05063588.1, ZP_05073059.1, ZP_05077806.1, ZP_05082750.1, ZP_05091128.1, ZP_05095488.1, ZP_05101701.1, ZP_05116783.1, ZP_05121836.1, ZP_05127756.1, ZP_05637806.1, ZP_05742087.1, ZP_05783548.1, ZP_05786246.1, ZP_05843149.1, ZP_05945960.1, ZP_06459045.1, ZP_06487195.1, ZP_06492453.1, ZP_06493162.1, ZP_06703644.1, ZP_06731146.1, ZP_06839371.1, ZP_07007312.1, ZP_07266194.1, ZP_07374050.1, ZP_07662787.1, ZP_07778196.1, ZP_07797983.1, ZP_08099459.1, ZP_08138203.1, ZP_08141719.1, ZP_08142973.1, ZP_08177102.1, ZP_08185821.1, ZP_08186468.1, ZP_08208888.1, ZP_08266590.1, ZP_08402041.1, ZP_08406891.1, ZP_08522175.1, ZP_08527488.1, ZP_08631252.1, ZP_08636687.1.
В частности, фермент E7, может представлять собой аминотрансферазу (Eh), выбранную из группы, включающей NP_901695.1, ZP_03697266.1, AAD41041.1, YP_002796201.1, ZP_03697962.1, YP_001859758.1, YP_002229759.1, YP_001120907.1, YP_110490.1, ZP_04964181.1, YP_774932.1, YP_001766294.1, YP_001581170.1, YP_622254.1, ZP_03588560.1, YP_001809596.1, YP_370582.1, ZP_03572809.1, NP_248990.1, YP_001888405.1, ZP_04905327.1, YP_001061726.1, YP_001668026.1, ZP_01750280.1, ZP_07778196.1, EGH71404.1, NP_744329.1, YP_004147141.1, ADR61066.1, ZP_05783548.1, YP_004701637.1, YP_366340.1, YP_003264235.1, EGD03176.1, YP_001268866.1, ZP_01901558.1, ZP_05121836.1, YP_003692877.1, ZP_03517291.1, YP_002974935.1, YP_001668026.1, ADR61066.1, NP_744329.1, YP_001268866.1, YP_004701637.1, ZP_08142973.1, ADR62525.1, YP_610700.1, NP_747283.1, ADR62525.1, YP_001270391.1, YP_004704442.1, YP_610700.1, YP_001747156.1, ZP_08138203.1, ZP_07266194.1, EGH70821.1, YP_351134.1, EGH32343.1, EGH08331.1, EGH67339.1, YP_001668026.1, YP_004701637.1, YP_237931.1, ZP_03400081.1, ZP_05116783.1, ZP_01550953.1, ZP_07662787.1, YP_928515.1, YP_788372.1, YP_001021095.1, ZP_07797983.1, YP_003578319.1, YP_004305252.1, NP_248912.1, ZP_08636687.1, YP_003912421.1, YP_751687.1, ZP_08142973.1, YP_271307.1, ZP_05082750.1, YP_001417624.1 и YP_353455.1.
Выражение «если присутствует», применяемое в отношении фермента E7, относится к клеткам, которые были генетически модифицированы для продуцирования сложного эфира ω-аминоалкановой кислоты. Клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения могут характеризоваться повышенной экспрессией фермента E7 относительно клетки дикого типа, таким образом они способны продуцировать сложный эфир ω-аминоалкановой кислоты. В другом примере клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения также могут не характеризоваться повышенной экспрессией фермента E7 относительно клетки дикого типа, таким образом они не способны продуцировать сложный эфир ω-аминоалкановой кислоты. Таким образом, эти клетки в основном продуцируют сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты. В одном примере клетка, характеризующаяся повышенной экспрессией фермента E6, но не E7, относительно клетки дикого типа, может быть способна продуцировать сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты. В другом примере, если клетка не является генетически модифицированной для повышения экспрессии как E6, так и E7, клетка может продуцировать сложный эфир ω-гидроксиалкановой кислоты.
Фермент Eh
В частности, фермент Eh, может быть выбран из группы, включающей
3HMU_A, AAD41041.1, AAK15486.1, ABE03917.1, ADR60699.1, ADR61066.1, ADR62525.1, AEL07495.1, CAZ86955.1, EFW82310.1, EFW87681.1, EGC99983.1, EGD03176.1, EGE58369.1, EGH06681.1, EGH08331.1, EGH24301.1, EGH32343.1, EGH46412.1, EGH55033.1, EGH62152.1, EGH67339.1, EGH70821.1, EGH71404.1, EGH78772.1, EGH85312.1, EGH97105.1, EGP57596.1, NP_102850.1, NP_106560.1, NP_248912.1, NP_248990.1, NP_354026.2, NP_421926.1, NP_637699.1, NP_642792.1, NP_744329.1, NP_744732.1, NP_747283.1, NP_795039.1, NP_901695.1, XP_002943905.1, YP_001021095.1, YP_001059677.1, YP_001061726.1, YP_001066961.1, YP_001074671.1, YP_001120907.1, YP_001140117.1, YP_001170616.1, YP_001185848.1, YP_001188121.1, YP_001233688.1, YP_001268866.1, YP_001270391.1, YP_001345703.1, YP_001412573.1, YP_001417624.1, YP_001526058.1, YP_001579295.1, YP_001581170.1, YP_001668026.1, YP_001669478.1, YP_001671460.1, YP_001685569.1, YP_001747156.1, YP_001749732.1, YP_001765463.1, YP_001766294.1, YP_001790770.1, YP_001808775.1, YP_001809596.1, YP_001859758.1, YP_001888405.1, YP_001903233.1, YP_001977571.1, YP_002229759.1, YP_002231363.1, YP_002280472.1, YP_002297678.1, YP_002543874.1, YP_002549011.1, YP_002796201.1, YP_002801960.1, YP_002875335.1, YP_002897523.1, YP_002912290.1, YP_002974935.1, YP_003060891.1, YP_003264235.1, YP_003552364.1, YP_003578319.1, YP_003591946.1, YP_003607814.1, YP_003641922.1, YP_003674025.1, YP_003692877.1, YP_003755112.1, YP_003896973.1, YP_003907026.1, YP_003912421.1, YP_004086766.1, YP_004142571.1, YP_004147141.1, YP_004228105.1, YP_004278247.1, YP_004305252.1, YP_004356916.1, YP_004361407.1, YP_004378186.1, YP_004379856.1, YP_004390782.1, YP_004472442.1, YP_004590892.1, YP_004612414.1, YP_004676537.1, YP_004693233.1, YP_004701580.1, YP_004701637.1, YP_004704442.1, YP_108931.1, YP_110490.1, YP_168667.1, YP_237931.1, YP_260624.1, YP_262985.1, YP_271307.1, YP_276987.1, YP_334171.1, YP_337172.1, YP_350660.1, YP_351134.1, YP_364386.1, YP_366340.1, YP_369710.1, YP_370582.1, YP_426342.1, YP_440141.1, YP_442361.1, YP_468848.1, YP_521636.1, YP_554363.1, YP_608454.1, YP_610700.1, YP_614980.1, YP_622254.1, YP_625753.1, YP_680590.1, YP_751687.1, YP_767071.1, YP_774090.1, YP_774932.1, YP_788372.1, YP_858562.1, YP_928515.1, YP_983084.1, YP_995622.1, ZP_00948889.1, ZP_00954344.1, ZP_00959736.1, ZP_00998881.1, ZP_01011725.1, ZP_01037109.1, ZP_01058030.1, ZP_01076707.1, ZP_01103959.1, ZP_01167926.1, ZP_01224713.1, ZP_01442907.1, ZP_01446892.1, ZP_01550953.1, ZP_01625518.1, ZP_01745731.1, ZP_01750280.1, ZP_01754305.1, ZP_01763880.1, ZP_01769626.1, ZP_01865961.1, ZP_01881393.1, ZP_01901558.1, ZP_02145337.1, ZP_02151268.1, ZP_02152332.1, ZP_02167267.1, ZP_02190082.1, ZP_02242934.1, ZP_02360937.1, ZP_02367056.1, ZP_02385477.1, ZP_02456487.1, ZP_02883670.1, ZP_03263915.1, ZP_03263990.1, ZP_03400081.1, ZP_03452573.1, ZP_03456092.1, ZP_03517291.1, ZP_03529055.1, ZP_03571515.1, ZP_03572809.1, ZP_03587785.1, ZP_03588560.1, ZP_03697266.1, ZP_03697962.1, ZP_04521092.1, ZP_04590693.1, ZP_04890914.1, ZP_04891982.1, ZP_04893793.1, ZP_04902131.1, ZP_04905327.1, ZP_04941068.1, ZP_04944536.1, ZP_04945255.1, ZP_04959332.1, ZP_04964181.1, ZP_05053721.1, ZP_05063588.1, ZP_05073059.1, ZP_05077806.1, ZP_05082750.1, ZP_05091128.1, ZP_05095488.1, ZP_05101701.1, ZP_05116783.1, ZP_05121836.1, ZP_05127756.1, ZP_05637806.1, ZP_05742087.1, ZP_05783548.1, ZP_05786246.1, ZP_05843149.1, ZP_05945960.1, ZP_06459045.1, ZP_06487195.1, ZP_06492453.1, ZP_06493162.1, ZP_06703644.1, ZP_06731146.1, ZP_06839371.1, ZP_07007312.1, ZP_07266194.1, ZP_07374050.1, ZP_07662787.1, ZP_07778196.1, ZP_07797983.1, ZP_08099459.1, ZP_08138203.1, ZP_08141719.1, ZP_08142973.1, ZP_08177102.1, ZP_08185821.1, ZP_08186468.1, ZP_08208888.1, ZP_08266590.1, ZP_08402041.1, ZP_08406891.1, ZP_08522175.1, ZP_08527488.1, ZP_08631252.1 и ZP_08636687.1.
Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может быть генетически модифицирована для повышения экспрессии ферментов E1 - E5 относительно клеток дикого типа. Клетка может быть дополнительно генетически модифицирована для повышения экспрессии по меньшей мере ферментов E6 и/или E7. В одном примере ферменты E1, E2, E3, E5 и E6 могут представлять собой по меньшей мере одну из AlkB-алкангидроксилаз (Eb), а фермент E4 может представлять собой синтазу воска-сложного эфира (Ef). В частности,
- AlkB-алкангидроксилаза (Eb) характеризуется по меньшей мере 60% идентичностью последовательности относительно SEQ ID NO:1; и
- синтаза воска-сложного эфира (Ef) характеризуется по меньшей мере 60% идентичностью последовательности относительно SEQ ID NO:2.
В другом примере, если клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения является генетически модифицированной для продуцирования по меньшей мере одного сложного эфира ω-аминоалкановой кислоты, клетка может быть модифицирована для экспрессии по меньшей мере одной ω-трансаминазы (Eh), которая может характеризоваться по меньшей мере 60% идентичностью последовательности относительно SEQ ID NO:3.
Фермент E8
Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может быть дополнительно генетически модифицирована для снижения экспрессии по меньшей мере одного фермента E8, который расщепляет по меньшей мере одно промежуточное соединение в процессе превращения алканов в сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты. В частности, фермент E8 может представлять собой фермент, способный играть роль в функциональной активности клетки в отношении разложения жирных кислот. В частности, E8 может быть выбран из перечня, включающего ацил-КоА-дегидрогеназу (Ei) (FadE), еноил-КоА-гидратазу (Ej) (FadB), 3-гидроксиацил-КоА-дегидрогеназу (Ek) (FadB) и β-кетотиолазу, также известную как 3-кетоацил-КоА-тиолаза (FadA) (El).
Жирные кислоты поглощаются и переносятся через клеточную мембрану посредством транспортного/ацил-активирующего механизма. Первая внутриклеточная стадия включает превращение ацил-КоА в еноил-КоА с помощью ацил-КоА-дегидрогеназы (Ei), последняя называется FadE в случае E. coli. Активность ацил-КоА-дегидрогеназы можно оценить как описано в уровне техники, например, путем отслеживания концентрации NADH спектрофотометрическими методами при 340 нм в 100 мМ MOPS, pH 7,4, 0,2 мМ еноил-КоА, 0,4 мМ NADH. Полученный еноил-КоА превращается в 3-кетоацил-КоА через 3-гидроксиацил-КоА с помощью гидратации и окисления, катализируемых еноил-КоА-гидратазой/(R)-3-гидроксиацил-КоА-дегидрогеназой (Ej/Ek), называемых FadB и FadJ у E. coli. Еноил-КоА-гидратазную/3-гидроксиацил-КоА-дегидрогеназную активность, а именно образование продукта NADH, можно оценить спектрофотометрическими методами, как описано в уровне техники, например, как кратко изложено для FadE. Наконец, 3-кетоацил-КоА-тиолаза (El), FadA и FadI у E. coli катализируют расщепление 3-кетоацил-КоА с образованием ацетил-КоА и исходного ацил-КоА, укороченного на два атома углерода. Активность кетоацил-КоА-тиолазы можно оценить как описано в уровне техники, например, у Antonenkov, V., et al, 1997.
В одном примере применяемый в данном документе термин «ацил-КоА-дегидрогеназа» может означать полипептид, способный к катализу превращения ацил-КоА в еноил-КоА в рамках пути -окисления. Например, полипептид FadE у E. coli (номер доступа: BAA77891.2) может быть ацил-КоА-дегидрогеназой. Применяемый в данном документе термин «еноил-КоА-гидратаза», также называемый 3-гидроксиацил-КоА-дегидрогеназа, относится к полипептиду, способному к катализу превращения еноил-КоА в 3-кетоацил-КоА с помощью гидратации и окисления в рамках пути -окисления. Например, полипептиды FadB и FadJ у E. coli (номера доступа: BAE77457.1 и P77399.1, соответственно) являются еноил-КоА-гидратазами. Применяемый в данном документе термин «кетоацил-КоА-тиолаза» может относиться к полипептиду, способному к катализу расщепления 3-кетоацил-КоА с образованием ацил-КоА, укороченного на два атома углерода, и ацетил-КоА, в качестве заключительной стадии пути -окисления. Например, полипептиды FadA и FadI у E. coli (номер доступа: YP_491599.1 и P76503.1, соответственно) являются кетоацил-КоА-тиолазами.
Ферменты E9 и E10
Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может быть дополнительно генетически модифицирована для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа:
- фермент E9 представляет собой ацил жирной кислоты-кoфермент A-эстеразу сложных метиловых эфиров BioH (Em); и/или
- фермент E10 представляет собой ацил жирной кислоты-кoфермент A-тиоэстеразу (En), выбранную из группы, включающей TesA, TesB, YciA, FadM, YbfF и YbgC.
В частности, Em может быть способен к гидролизу сложных эфиров жирных кислот до свободных жирных кислот и соответствующего спирта; и/или En может быть способен к гидролизу ацила жирной кислоты-кoфермента A до свободных жирных кислот и кoфермента A.
Фермент E11
Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может содержать дополнительную генетическую мутацию, которая повышает экспрессию по меньшей мере одного белка-переносчика относительно клетки дикого типа. Эта дополнительная мутация позволяет клетке увеличивать поглощение по меньшей мере одной жирной кислоты. В частности, белок-переносчик может представлять собой AlkL (SEQ ID NO: 4 или 5) и/или FadL (SEQ ID NO: 6). AlkL и/или FadL могут функционировать в качестве по меньшей мере одного белка-переносчика в сравнении с клеткой дикого типа. В одном примере клетку можно генетически модифицировать для сверхэкспрессии обоих генов fadL и alkL. Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может быть дополнительно генетически модифицирована для повышения экспрессии AlkL и/или FadL относительно клетки дикого типа.
В одном примере фермент E11 может представлять собой FadL или BAA16205.1
Фермент E12
Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может содержать дополнительную генетическую мутацию, которая повышает экспрессию ацил-КоА-синтетазы (фермент E12) под EC 6.2.1.3, EC 2.3.1.86 относительно клетки дикого типа. Фермент E12 может катализировать превращение жирной кислоты в сложный эфир жирной кислоты и КоА, т.е. молекулу, в которой функциональная группа -OH на карбокси-группе заменена на –S-КоА. Например, полипептиды FadD и FadK у E. coli (номер доступа: BAA15609.1 и NP_416216.4, соответственно) представляют собой ацил-КоА-синтетазы. В другом примере E12 может представлять собой длинноцепочечная жирная кислота-КоА-лигазу под YP_001724804.1.
Фермент E13
Фермент E13 может быть способен к превращению сложного эфира ω-оксоалкановой кислоты в соответствующий сложный эфир ω-карбоксиалкановой кислоты, в частности, фермент E13 может представлять собой любой из ферментов E3, определенных выше. Более конкретно, E13 может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (Ea) под EC 1.14.15.3-, AlkB-алкангидроксилазы (Eb) под EC 1.14.15.3, бифункциональные алкогольоксидазы (Ec) под EC 1.1.3.20, бифункциональные AlkJ-алкогольдегидрогеназы (Edi) или бифункциональные алкогольдегидрогеназы (Edii) под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2, способные к окислению сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты через сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты непосредственно в соответствующий сложный эфир ω-карбоксиалкановой кислоты; и альдегиддегидрогеназы (Ee).
Фермент E14
Фермент E14 может быть способен к превращению сложного эфира ω-карбоксиалкановой кислоты в соответствующий сложный диэфир ω-карбоксиалкановой кислоты. В частности, фермент E14 может представлять собой любой из ферментов E4, определенных выше. Более конкретно, E14 может представлять собой по меньшей мере одно из синтазы воска-сложного эфира (Ef) или алкоголь-O-ацилтрансферазы (Eg) (EC 2.3.1.20, EC 2.3.1.75 или EC 2.3.1.84).
Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения не содержит генетическую модификацию, которая повышает экспрессию относительно клетки дикого типа по меньшей мере одного из следующих ферментов E20 - E24, выбранных из группы, включающей:
- E20 ацил-ACP-тиоэстеразу под EC 3.1.2.14 или EC 3.1.2.22,
- E21 ацил-КоА-тиоэстеразу под EC 3.1.2.2, EC 3.1.2.18, EC 3.1.2.19, EC 3.1.2.20 или EC 3.1.2.22,
- E22 ацил-КоА:ACP-трансацилазу,
- E23 поликетидсинтазу и
- E24 синтазу гексановой кислоты.
В частности, клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения характеризуется экспрессией ферментов E20 - E24, свойственной клетке дикого типа. Таким образом, ферменты E20 - E24 не подвергаются ни сверхэкспрессии, ни нокауту в клетках согласно способу по настоящему изобретению. Более конкретно, экспрессия какого-либо из ферментов E20 - E24, иными словами фермента E20, E21, E22, E23 или E24, всех ферментов E20, E21, E22, E23 и E24 не является генетически модифицированной в клетке согласно любому из аспектов настоящего изобретения. Еще более конкретно, клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может характеризоваться естественной экспрессией, свойственной клетке дикого типа, любого из ферментов E20 - E24, который может присутствовать в исходной клетке в естественных условиях. Таким образом, можно считать, что клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения не характеризуются рекомбинантной экспрессией какого-либо из ферментов E20 - E24. Это является особенно предпочтительным, поскольку клетки без повышенной экспрессии какого-либо из ферментов E20 - E24 (то есть с экспрессией любого из ферментов E20 - E24, свойственной клетке дикого типа) затем можно легко отбирать для использования алкана в качестве источника углерода при образовании сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты. В частности, любая клетка с повышенной экспрессией какого-либо из ферментов E20 - E24 может приводить к повышенному продуцированию жирных кислот, которые могут использоваться в качестве источника углерода для образования ω-функционализированных кабоновых кислот и/или их сложных эфиров клеткой с повышенной экспрессией какого-либо из ферментов E20 - E24. Таким образом, клетки с повышенной экспрессией какого-либо из ферментов E20 - E24 могут предпочитать использовать высокую концентрацию жирных кислот в качестве субстрата для продуцирования сложных эфиров ω-функционализированных карбоновых кислот, и, таким образом, алканы не будут использоваться клеткой для образования сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты. Применение других источников углерода, не являющихся алканами, для образования сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты может существенно повышать затраты на получение, поскольку для продуцирования большего количества жирных кислот клеткам будут необходимы другие источники углерода, такие как глюкоза. Соответственно, применение клеток согласно любому из аспектов настоящего изобретения, которые не содержат генетическую модификацию, которая повышает экспрессию относительно клетки дикого типа по меньшей мере одного из следующих ферментов E20 - E24, применяется согласно любому из аспектов настоящего изобретения для получения по меньшей мере одного сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты из по меньшей мере одного алкана.
Ферменты E20 - E24
Ферменты E20 - E24подробно описаны в WO2013024114 в качестве ферментов Ei - Eiv, соответственно, на страницах 60-79 в WO2013024114.
Согласно другому аспекту настоящего изобретения предусмотрен способ получения по меньшей мере одного сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты, при этом способ включает стадию приведения по меньшей мере одной клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения в контакт по меньшей мере с одним алканом. В частности, образуемый сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты может быть выбран из группы, включающей сложные эфиры ω-гидроксиалкановой кислоты, ω-оксоалкановой кислоты, ω-карбоксиалкановой кислоты, ω-аминоалкановой кислоты. В частности, сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты может представлять собой сложный метиловый эфир 12-аминолауриновой кислоты, сложный метиловый эфир 12-гидроксилауриновой кислоты, сложный метиловый (ди)эфир 12-карбоксилауриновой кислоты и/или сложный метиловый эфир лауриновой кислоты из алкана-додекана. В другом примере полученный сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты может представлять собой сложный метиловый эфир 11-аминоундекановой кислоты, сложный метиловый эфир 11-гидроксиундекановой кислоты, сложный метиловый (ди)эфир 11-карбоксиундекановой кислоты и/или сложный метиловый эфир ундекановой кислоты из алкана-ундекана. По меньшей мере в одном дополнительном примере в качестве побочного продукта могут образовываться монофункциональные спирты и/или альдегиды.
Применяемый в данном документе термин «приведение в контакт» означает создание непосредственного контакта между алканом и/или клеткой согласно любому из аспектов настоящего изобретения в водном растворе. Например, клетка и алкан не могут находиться в разных компартментах, разделенных с помощью барьера, такого как неорганическая мембрана. Если алкан является растворимым и может поглощаться клеткой или может диффундировать через биологические мембраны, тогда его можно просто добавить к клетке согласно любому из аспектов настоящего изобретения в водном растворе. В случае, если он является недостаточно растворимым, то его можно растворить в подходящем органическом растворителе перед добавлением к водному раствору. Специалист в данной области может приготовить водные растворы алканов, характеризующихся недостаточной растворимостью, путем добавления подходящего органического и/или полярного растворителей. Такие растворители могут обеспечиваться в форме органической фазы, содержащей жидкий органический растворитель. В одном примере органический растворитель или фаза могут считаться жидкими, если они являются жидкими при 25°C и нормальном атмосферном давлении. В другом примере жирная кислота может обеспечиваться в форме сложного эфира жирной кислоты, такого как соответствующие сложные метиловый или этиловый эфиры. В другом примере соединения и катализаторы могут быть приведены в контакт in vitro, т.е. в более или менее обогащенном или даже очищенном состоянии, или могут быть приведены в контакт in situ, т.е. они составляют часть метаболизма клетки и соответственно вступают в реакцию внутри клетки.
Термин «водный раствор» используется взаимозаменяемо с термином «водная среда» и относится к любому раствору, содержащему воду, в основном воду в качестве растворителя, который можно применять для сохранения клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения, по меньшей мере временно, в метаболически активном и/или жизнеспособном состоянии, и он содержит, если таковые необходимы, любые дополнительные субстраты. Специалисту в данной области известны способы получения многочисленных водных растворов, обычно называемых средами, которые можно применять для сохранения клеток по настоящему изобретению, например, среда LB в случае E. coli. Преимущественным является применение в качестве водного раствора минимальной среды, т.е. среды с достаточно простым составом, которая содержит только минимальный набор солей и питательных веществ, необходимых для сохранения клетки в метаболически активном и/или жизнеспособном состоянии, в отличие от сложных сред, во избежание необязательных загрязнений продуктов нежелательными побочными продуктами. Например, в качестве минимальной среды можно применять среду M9.
Согласно другому аспекту настоящего изобретения предусмотрен способ получения по меньшей мере одного сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты из алкана, при этом способ включает
(a) приведение в контакт с алканом следующих ферментов:
(i) фермента E1, способного к превращению алкана в соответствующий 1-алканол;
(ii) фермента E2, способного к превращению 1-алканола из (i) в соответствующий 1-алканаль;
(iii) фермента E3, способного к превращению 1-алканаля из (ii) в соответствующую алкановую кислоту;
(iv) фермента E4, способного к превращению алкановой кислоты из (iii) в соответствующий сложный эфир алкановой кислоты; и
(v) фермента E5, способного к превращению сложного эфира алкановой кислоты из (iv) в соответствующий сложный эфир ω-гидроксиалкановой кислоты.
Способ согласно любому из аспектов настоящего изобретения может включать стадию
(b) приведения в контакт со сложным эфиром ω-гидроксиалкановой кислоты следующих ферментов:
(vi) фермента E6, способного к превращению соответствующего сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты из (v) в соответствующий сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты; или
(vii) фермента E6, способного к превращению соответствующего сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты из (v) в соответствующий сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты, и фермента E7, способного в превращению сложного эфира ω-оксоалкановой кислоты в соответствующий сложный эфир ω-аминоалкановой кислоты; или
(viii) фермента E6, способного к превращению соответствующего сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты из (v) в соответствующий сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты, и фермента E13, способного к превращению сложного эфира ω-оксоалкановой кислоты в соответствующий сложный эфир ω-карбоксиалкановой кислоты, и фермента E14, способного к превращению сложного эфира ω-карбоксиалкановой кислоты в соответствующий сложный диэфир ω-карбоксиалкановой кислоты.
Ферменты, применяемые согласно любому из аспектов настоящего изобретения, могут быть такими же, как ферменты, раскрытые в контексте клетки согласно настоящему изобретению.
ПРИМЕРЫ
Вышеизложенное описывает предпочтительные варианты осуществления, которые, как будет понятно специалистам в данной области, могут подвергаться изменениям или модификациям при разработке, конструировании или эксплуатации без отклонения от объема формулы изобретения. Подразумевается, что эти изменения, например, охвачены объемом формулы изобретения.
Пример 1
Получение лауриновой кислоты (сложного метилового эфира) и ундекановой кислоты (сложного метилового эфира) из додекана и ундекана (а также метанола в случае сложных метиловых эфиров), соответственно, с помощью цельноклеточного биокатализатора, несущего алканмонооксигеназу и синтазу воска-сложного эфира и ослабленного в отношении ферментов, катализирующих разложение жирных кислот, и фермента, гидролизирующего сложные эфиры жирных кислот до свободных жирных кислот и соответствующего спирта.
Пример 2
Получение сложного метилового эфира 12-аминолауриновой кислоты и сложного метилового эфира 11-аминоундекановой кислоты из додекана и ундекана, соответственно, с помощью цельноклеточного биокатализатора, несущего алканмонооксигеназу, синтазу воска-сложного эфира и ω-трансаминазу и ослабленного в отношении ферментов, катализирующих разложение жирных кислот, и фермента, гидролизирующего сложные эфиры жирных кислот до свободных жирных кислот и соответствующего спирта.
Пример 3
Конструирование вектора экспрессии для сверхэкспрессии гена fadD E. coli и гена Hahella chejuensis, кодирующего синтазу воска-сложного эфира
Вектор pCDF-fadD_Ec-wes_Hche (SEQ ID NO:7) несет ген fadD из E. coli (кодирующий ацил-КоА-синтазу) и ген синтазы воска-сложного эфира из Hahella chejuensis (SEQ ID NO:2), кодон-оптимизированный для экспрессии в E. coli. В то время как ацил-КоА-синтаза ответственна за активацию жирных кислот до соответствующих сложных тиоэфиров КоА, синтаза воска-сложного эфира необходима для образования сложного эфира из ацила жирной кислоты-КоА и спирта, более конкретно, метанола. Вектор основан на плазмиде pCDFDuet-1 (Merck Biosciences; Ноттингем, Великобритания) и несет ген fadD под контролем промотора tac и ген, кодирующий синтазу воска-сложного эфира из Hahella chejuensis, под контролем промотора T5. fadD E. coli, а также кассеты с промоторами tac и T5 амплифицировали с помощью ПЦР из геномной ДНК E. coli W3110, соответственно, ген, кодирующий синтазу воска-сложного эфира из Hahella chejuensis, получали путем синтеза ДНК. Остов вектора и четыре ДНК-фрагмента, представляющие собой fadD E. coli, кассеты с промоторами tac и T5 и ген, кодирующий синтазу воска-сложного эфира из Hahella chejuensis, сливали с применением коммерчески доступного набора для рекомбинации in vitro (набор для клонирования и сборки ДНК NEBuilder HiFi; NEB; Франкфурт-на-Майне, Германия) с получением вектора pCDF-fadD_Ec-wes_Hche (SEQ ID NO:7).
Пример 4
Конструирование штаммов E. coli, способных к превращению алканов в соответствующие сложные метиловые эфиры ω-функционализированных жирных кислот
Вектор экспрессии pBT10_alkL (см. Пример 1 из WO/2011/131420 относительно особенностей конструирования и внесенную в перечень последовательность под SEQ ID NO: 8) содержит гены alkB, alkG, alkT, alkS и alkL из оперона alk Pseudomonas oleovorans. Соответствующие продукты генов катализировали окисление алканов в соответствующие алканолы, алканали и жирные кислоты (AlkBGT), а также поглощение субстратов (AlkL). В дополнение, продукты гена AlkBGT также катализировали окисление сложных метиловых эфиров жирной кислоты, ранее образованные под действием ферментов ацил-КоА-синтетазы и синтетазы воска-сложного эфира из жирных кислот и метанола (см. Пример 1). Вектор pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct) (см. Пример 1 из WO/2013/024114 относительно особенностей конструирования и внесенную в перечень последовательность под SEQ ID NO: 17) несет гены ald из Bacillus subtilis (кодирующий аланиндегидрогеназу) и Cv_2505 из Chromobacterium violaceum (кодирующий -трансаминазу). В то время как -трансаминаза ответственна за превращение OLAME и OUAME в соответствующие амины ALAME и AUAME, аланиндегидрогеназа была необходима для получения донора амина аланина из пирувата и неорганического аммиака.
Плазмиды pBT10_alkL и pCDF-fadD_Ec-wes_Hche, а также при необходимости pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct), трансформировали посредством электропорации в E. coli W3110 ΔbioH ΔfadE, ее высевали на чашки с LB-агаром с добавлением канамицина (50 мкг/мл), ампициллина (100 мкг/мл) и спектиномицина (100 мкг/мл), в зависимости от конкретного случая. Трансформантов подвергали скринингу на присутствие и аутентичность плазмид с помощью получения плазмид и рестрикционного анализа. Получали следующие штаммы:
• E.coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche,
• E.coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct) / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche.
Пример 5
Биотрансформация для превращения алканов в соответствующие сложные метиловые эфиры ω-функционализированных жирных кислот
Штаммы E. coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche и E. coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct) / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche подвергали периодическому культивированию c подпиткой, а затем биотрансформации для исследования их способности продуцировать сложный метиловый эфир омега-гидроксилауриновой кислоты (HLAME), сложный метиловый эфир омега-оксолауриновой кислоты (OLAME), сложный метиловый эфир омега-аминолауриновой кислоты (ALAME), сложный монометиловый эфир додекандиовой кислоты (DDAME) и сложный диметиловый эфир додекандиовой кислоты (DDADME) из додекана. Штаммы также подвергали периодическому культивированию с подпиткой, а затем биотрансформации для исследования их способности продуцировать сложный метиловый эфир омега-гидроксиундекановой кислоты (HUAME), сложный метиловый эфир омега-оксоундекановой кислоты (OUAME), сложный метиловый эфир омега-аминоундекановой кислоты (AUAME), сложный монометиловый эфир ундекандиовой кислоты (UDAME) сложный диметиловый эфир ундекандиовой кислоты (UDADME) из ундекана. Его проводили в 8 параллельных системах культивирования от DASGIP.
Для культивирования применяли реакторы объемом 1 л, которые были оснащены верхнеприводными мешалками и импеллерными турбинами. Для отслеживания процесса в режиме реального времени измеряли pH и pO2. Измерения OTR/CTR служили, кроме прочего, для оценки метаболической активности и пригодности клеток.
pH-зонды калибровали с помощью калибровки по двум точкам с растворами для измерений, pH 4,0 и pH 7,0, в соответствии с технической документацией, предоставленной DASGIP. Реакторы подготавливали в соответствии с технической документацией, предоставленной DASGIP, при этом устанавливали необходимые сенсоры и соединительные узлы, а также вал мешалки. Затем реакторы заполняли 300 мл воды и автоклавировали в течение 20 мин. при 121°С для обеспечения стерильности. рO2-зонды поляризовали на протяжении ночи (по меньшей мере 6 ч.) после присоединения к усилителю измерений. Затем воду удаляли в асептических условиях и заменяли на среду для получения высокой плотности клеток, содержащую 1,76 г/л (NH4)2SO4, 19,08 г/л К2НРO4, 12,5 г/л КН2РO4, 6,66 г/л дрожжевых экстрактов, 11,2 г/л тринатрийцитрата дигидрата, 17 мл/л стерилизованного посредством фильтрации 1% раствора цитрата железа-аммония и 5 мл/л стерилизованного посредством фильтрации исходного раствора микроэлементов (содержащего 36,50 г/л НСl (37%), 1,91 г/л МnСl2*4 Н2O, 1,87 г/л ZnSO4*7 Н2O, 0,84 г/л этилендиаминтетрауксусной кислоты дигидрата, 0,30 г/л Н3ВO3, 0,25 г/л Na2MoO4*2 Н2O, 4,70 г/л СаСl2*2 Н2O, 17,80 г/л FeSO4*7Н2O, 0,15 г/л СuСl2*2 Н2O) с 15 г/л глюкозы в качестве источника углерода (добавленной путем дозированного добавления 30 мл/л стерильного питательного раствора, содержащего 500 г/л глюкозы, 1% (вес/объем) MgSO4*7Н2O и 2,2% (вес/объем) NH4Cl) с 50 мг/л канамицина.
Затем рO2-зонды калибровали с применением калибровки по одной точке (мешалка: 600 об./мин./ насыщение газом: 10 сл/час воздуха) до 100% и каналы для подпитки, введения корректирующего средства и индуцирующего средства очищали с помощью безразборной мойки в соответствии с технической документацией, предоставленной DASGIP. Для этого трубки сначала промывали 70% этанолом, затем 1 М NaOH, впоследствии стерильной деминерализованной водой и в конечном итоге заполняли соответствующей средой.
Все вышеуказанные штаммы Е. coli культивировали вначале из криокультуры в среде LB (25 мл во встряхиваемой колбе с перегородками объемом 100 мл) с 50 мг/л канамицина на протяжении ночи при 37°С и 200 об./мин. в течение приблизительно 18 ч. Затем 2 мл этой культуры переносили для второй стадии предварительного культивирования в 25 мл среды для получения высокой плотности клеток, содержащей 1,76 г/л (NH4)2SO4, 19,08 г/л К2НРO4, 12,5 г/л КН2РO4, 6,66 г/л дрожжевого экстракта, 11,2 г/л тринатрийцитрата дигидрата, 17 мл/л стерилизованного посредством фильтрации 1% раствора цитрата железа-аммония и 5 мл/л стерилизованного посредством фильтрации исходного раствора микроэлементов (содержащего 36,50 г/л НСl (37%), 1,91 г/л МnСl2*4Н2O, 1,87 г/л ZnSO4*7Н2O, 0,84 г/л этилендиаминтетрауксусной кислоты дигидрата, 0,30 г/л Н3ВO3, 0,25 г/л Na2MoO4*2 Н2O, 4,70 г/л СаСl2*2 Н2O, 17,80 г/л FeSO4*7 Н2O, 0,15 г/л СuСl2*2 Н2O) с 15 г/л глюкозы в качестве источника углерода (добавленной путем дозированного добавления 30 мл/л стерильного питательного раствора, содержащего 500 г/л глюкозы, 1% (вес/объем) MgSO4*7 Н2O и 2,2% (вес/объем) NH4Cl), с уже описанными антибиотиками во встряхиваемую колбу объемом 100 мл и инкубировали при 37°С/200 об./мин. в течение дополнительных 6 ч.
Для засевания реакторов при оптической плотности, составляющей 0,1, измеряли OD600 второй стадии предварительного культивирования и рассчитывали количество культуры, необходимое для засевания. Необходимое количество культуры добавляли с помощью шприца объемом 5 мл через прокладку в прогретый и продутый воздухом реактор.
Регулятор DO | Регулятор рН | ||
Предварительная настройка | 0% | Предварительная настройка | 0 мл/ч |
Р | 0,1 | Р | 5 |
Ti | 300 с | Ti | 200 с |
мин. | 0% | мин. | 0 мл/ч |
max | 100% | max | 40 мл/ч |
N (вращение) | от | до | ХО2 (газовая смесь) | от | до | F (скорость потока газа) | от | до |
выращивание и биотрансформация | 0% | 30% | выращивание и биотрансформация | 0% | 100% | выращивание и биотрансформация | 15% | 80% |
400 об./мин. | 1500 об./мин. | 21% | 21% | 6 сл/ч | 72 сл/ч |
Сценарий | |
Пусковой сигнал | 31% DO (1/60 ч) |
Индукция DCPK | 10 ч после начала подпитки |
Запуск подпитки | 50% DO |
Скорость подпитки | 3 [мл/ч] |
рН доводили до рН 6,8 с одной стороны с помощью 12,5%) раствора аммония. Во время культивирования и биотрансформации концентрацию растворенного кислорода (рO2 или DO) в культуре доводили по меньшей мере до 30% с помощью мешалки-питателя и степени насыщения газом. После инокуляции значение DO падало от 100% до 30%, при этом его поддерживали стабильным в течение оставшегося времени культивирования.
Культивирование осуществляли в виде периодического культивирования с подпиткой, где начало подпитки запускалось в виде доставки в течение фазы подпитки 5 г/л*ч питательного раствора глюкозы, содержащего 500 г/л глюкозы, 1% (вес/объем) MgSO4*7 Н2O и 2,2% (вес/объем) NH4Cl, при этом пик DO индуцировал завершение фазы периода культивирования. С момента начала подпитки температуру 37°С снижали до 30°С. Через 10 ч после начала подпитки экспрессию генов ферментов окисления индуцировали с помощью 0,025% (объем/объем) DCPK. Начало продуцирования (= начало биотрансформации) осуществляли через 14 ч после начала подпитки. Для этой цели 150 мл додекана или ундекана добавляли в виде порции в ферментационный бульон.
Для количественной оценки LSME и HLS в ферментационных образцах образцы отбирали через 1/2/4/20/22 ч после начала биотрансформации. Эти образцы готовили для анализа, как описано в примере 6.
Пример 6
Количественная оценка продуктов на основе LC-ESI/MS2
Количественную оценку HLAME, OLAME, ALAME, DDAME и DDADME, а также HUAME, OUAME, AUAME, UDAME и UDADME в ферментационных образцах осуществляли с помощью LC-ESI/MS2 с учетом внешней калибровки для всех анализируемых образцов (0,1-50 мг/л) и с применением внутреннего стандарта аминоундекановой кислоты (AUA для HLSME) и d3-LSME (для LSME).
В данном случае использовали следующие измерительные устройства:
• «систему для ВЭЖХ 1260 (Agilent; Беблинген) с автоматическим дозатором (G1367E), насосом для двухкомпонентных смесей (G1312B) и термостатом для колонок (G1316A);
• масс-спектрометр TripelQuad 6410 (Agilent; Беблинген) с источником ESI;
• «колонку для ВЭЖХ: Kinetex С18, 100×2,1 мм, размер частиц: 2,6 мкм, размер пор 100 A (Phenomenex; Ашаффенбург);
• предколонку: встроенный фильтр для ВЭЖХ-колонки KrudKatcher Ultra; глубина фильтра 0,5 мкм и внутренний диаметр 0,004 мм (Phenomenex; Ашаффенбург).
Образцы подготавливали путем отмеривания с помощью пипетки 1900 мкл растворителя (80% (объем/объем) ацетонитрила, 20% дважды дистиллированной Н2O (объем/объем) + 0,1% муравьиной кислоты) и 100 мкл образца в реакционный сосуд объемом 2 мл. Смесь перемешивали на вортексе в течение приблизительно 10 секунд, а затем центрифугировали при приблизительно 13000 об./мин. в течение 5 мин. Прозрачный супернатант отбирали с применением пипетки и, после соответствующего разведения, анализировали с растворителями (80% (объем/объем) ACN, 20% дважды дистиллированной Н2O (объем/объем) + 0,1% муравьиной кислоты). 100 мкл ISTD отмеряли с помощью пипетки в каждые 900 мкл образца (10 мкл для объема образца, составляющего 90 мкл).
В ЭЖХ-разделение осуществляли с помощью вышеупомянутых колонки и предколонки. Объем вводимой пробы составлял 0,7 мкл, температура колонки 50°С, скорость потока 0,6 мл/мин. Подвижную фазу составляли элюент А (0,1% (объем/объем) водный раствор муравьиной кислоты) и элюент В (ацетонитрил с 0,1% (объем/объем) муравьиной кислоты). Применяли следующий профиль градиента.
Время [мин.] | Элюент А [%] | Элюент В [%] |
0 | 77 | 23 |
0,3 | 77 | 23 |
0,4 | 40 | 60 |
2,5 | 40 | 60 |
2,6 | 2 | 98 |
5,5 | 2 | 98 |
5,6 | 77 | 23 |
9 | 77 | 23 |
Анализ ESI-MS2 проводили в режиме положительной ионизации при следующих параметрах источника ESI:
• температура газа 280°С;
• скорость потока газа 11 л/мин.;
• давление распыления 50 фунтов/кв. дюйм;
• напряжение на капилляре 4000 В.
Выявление и количественную оценку соединений HLAME, OLAME, ALAME, DDAME, DDADME, HUAME, OUAME, AUAME, UDAME и UDADME проводили при следующих MRM-параметрах, при этом в каждом случае дочерний ион применяется для качественного определения и один для количественного определения.
Анализируемый образец | Родительский ион [масса/заряд] | Дочерний ион [масса/заряд] | Время удерживания [мс] | Энергия столкновения [эВ] |
DDSME | 245,2 | 167,1 | 25 | 6 |
DDSME | 245,2 | 149,1 | 50 | 8 |
HLSME | 231,3 | 181,2 | 15 | 2 |
HLSME | 231,3 | 163,2 | 25 | 5 |
DDS | 231,2 | 213,2 | 50 | 0 |
DDS | 231,2 | 149,1 | 25 | 9 |
ALSME | 230,3 | 198,1 | 25 | 10 |
ALSME | 230,3 | 163,2 | 15 | 10 |
OLSME | 229,2 | 197,2 | 50 | 0 |
OLSME | 229,2 | 161,1 | 25 | 5 |
HLS | 217,2 | 181,2 | 35 | 0 |
HLS | 217,2 | 163,1 | 20 | 4 |
OLS | 215,2 | 161,2 | 25 | 0 |
OLS | 215,2 | 95,2 | 60 | 13 |
Таблица 1. Анализируемые образцы LA и LAME обнаруживали в SIM-режиме (масса/заряд 201 и 215)
Пример 7
Превращение алканов в соответствующие сложные метиловые эфиры ω-функционализированных жирных кислот с помощью Е. coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche и E.coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v. (Ct) / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche
С применением вышеописанных протоколов можно было показать, что Е. coli W3110 ΔbiоН ΔfadE pBT10_alkL / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche продуцирует DDAME и DDADME из додекана, а также UDAME и UDADME из ундекана (см. таблицы 1 и 2). Кроме того, можно было показать, что Е. coli W3110 ΔbiоН ΔfadE PBT10_alkL / pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct) / PCDF-fadD_Ec-wes_Hche продуцирует HLAME и ALAME из додекана, а также HUAME и AUAME из ундекана (см. таблицы 2 и 3).
Штамм | сHLAME [мг*л-1] | сOLAME [мг*л-1] | cALAME [мг*л-1] | cDDAME [мг*л-1] | cDDADME [мг*л-1] |
Штамм 1 | Не определено | Не определено | Не определено | 50 | 24 |
Штамм 2 | 50 | Не определено | 60 | Не определено | 12 |
Таблица 2. Концентрация сложных метиловых эфиров ω-функционализированных жирных кислот, полученных из додекана с помощью штаммов Е. coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche (штамм 1) и E.coli W3110 ΔbiоН ΔfadE pBT10_alkL / pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct) / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche (штамм 2)
Штамм | сHUAME [г*л-1] | сOLAME [г*л-1] | cAUAME [г*л-1] | cDUAME [г*л-1] | cDUADME [г*л-1] |
Штамм 1 | 10 | Не определено | Не определено | 50 | 45 |
Штамм 2 | 30 | Не определено | 10 | Не определено | tbd |
Таблица 3. Концентрация сложных метиловых эфиров ω-функционализированных жирных кислот, полученных из ундекана с помощью штаммов Е. coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche (штамм 1) и E.coli W3110 ΔbiоН ΔfadE pBT10_alkL / pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct) / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche (штамм 2)
--->
ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
<110> Эвоник Дегусса ГмбХ
<120> БИОТЕХНОЛОГИЧЕСКОЕ ПОЛУЧЕНИЕ ω-ФУНКЦИОНАЛИЗИРОВАННЫХ КАРБОНОВЫХ КИСЛОТ
И ИХ СЛОЖНЫХ ЭФИРОВ
<130> 201500273EP
<150> EP15196180
<151> 2015-11-25
<160> 7
<170> PatentIn версия 3.5
<210> 1
<211> 401
<212> БЕЛОК
<213> Pseudomonas putida
<400> 1
Met Leu Glu Lys His Arg Val Leu Asp Ser Ala Pro Glu Tyr Val Asp
1 5 10 15
Lys Lys Lys Tyr Leu Trp Ile Leu Ser Thr Leu Trp Pro Ala Thr Pro
20 25 30
Met Ile Gly Ile Trp Leu Ala Asn Glu Thr Gly Trp Gly Ile Phe Tyr
35 40 45
Gly Leu Val Leu Leu Val Trp Tyr Gly Ala Leu Pro Leu Leu Asp Ala
50 55 60
Met Phe Gly Glu Asp Phe Asn Asn Pro Pro Glu Glu Val Val Pro Lys
65 70 75 80
Leu Glu Lys Glu Arg Tyr Tyr Arg Val Leu Thr Tyr Leu Thr Val Pro
85 90 95
Met His Tyr Ala Ala Leu Ile Val Ser Ala Trp Trp Val Gly Thr Gln
100 105 110
Pro Met Ser Trp Leu Glu Ile Gly Ala Leu Ala Leu Ser Leu Gly Ile
115 120 125
Val Asn Gly Leu Ala Leu Asn Thr Gly His Glu Leu Gly His Lys Lys
130 135 140
Glu Thr Phe Asp Arg Trp Met Ala Lys Ile Val Leu Ala Val Val Gly
145 150 155 160
Tyr Gly His Phe Phe Ile Glu His Asn Lys Gly His His Arg Asp Val
165 170 175
Ala Thr Pro Met Asp Pro Ala Thr Ser Arg Met Gly Glu Ser Ile Tyr
180 185 190
Lys Phe Ser Ile Arg Glu Ile Pro Gly Ala Phe Ile Arg Ala Trp Gly
195 200 205
Leu Glu Glu Gln Arg Leu Ser Arg Arg Gly Gln Ser Val Trp Ser Phe
210 215 220
Asp Asn Glu Ile Leu Gln Pro Met Ile Ile Thr Val Ile Leu Tyr Ala
225 230 235 240
Val Leu Leu Ala Leu Phe Gly Pro Lys Met Leu Val Phe Leu Pro Ile
245 250 255
Gln Met Ala Phe Gly Trp Trp Gln Leu Thr Ser Ala Asn Tyr Ile Glu
260 265 270
His Tyr Gly Leu Leu Arg Gln Lys Met Glu Asp Gly Arg Tyr Glu His
275 280 285
Gln Lys Pro His His Ser Trp Asn Ser Asn His Ile Val Ser Asn Leu
290 295 300
Val Leu Phe His Leu Gln Arg His Ser Asp His His Ala His Pro Thr
305 310 315 320
Arg Ser Tyr Gln Ser Leu Arg Asp Phe Pro Gly Leu Pro Ala Leu Pro
325 330 335
Thr Gly Tyr Pro Gly Ala Phe Leu Met Ala Met Ile Pro Gln Trp Phe
340 345 350
Arg Ser Val Met Asp Pro Lys Val Val Asp Trp Ala Gly Gly Asp Leu
355 360 365
Asn Lys Ile Gln Ile Asp Asp Ser Met Arg Glu Thr Tyr Leu Lys Lys
370 375 380
Phe Gly Thr Ser Ser Ala Gly His Ser Ser Ser Thr Ser Ala Val Ala
385 390 395 400
Ser
<210> 2
<211> 458
<212> БЕЛОК
<213> Hahella chejuensis
<400> 2
Met Thr Pro Leu Ser Pro Val Asp Gln Ile Phe Leu Trp Leu Glu Lys
1 5 10 15
Arg Gln Gln Pro Met His Val Gly Gly Leu His Ile Phe Ser Phe Pro
20 25 30
Asp Asp Ala Asp Ala Lys Tyr Met Thr Glu Leu Ala Gln Gln Leu Arg
35 40 45
Ala Tyr Ala Thr Pro Gln Ala Pro Phe Asn Arg Arg Leu Arg Gln Arg
50 55 60
Trp Gly Arg Tyr Tyr Trp Asp Thr Asp Ala Gln Phe Asp Leu Glu His
65 70 75 80
His Phe Arg His Glu Ala Leu Pro Lys Pro Gly Arg Ile Arg Glu Leu
85 90 95
Leu Ala His Val Ser Ala Glu His Ser Asn Leu Met Asp Arg Glu Arg
100 105 110
Pro Met Trp Glu Cys His Leu Ile Glu Gly Ile Arg Gly Arg Arg Phe
115 120 125
Ala Val Tyr Tyr Lys Ala His His Cys Met Leu Asp Gly Val Ala Ala
130 135 140
Met Arg Met Cys Val Lys Ser Tyr Ser Phe Asp Pro Thr Ala Thr Glu
145 150 155 160
Met Pro Pro Ile Trp Ala Ile Ser Lys Asp Val Thr Pro Ala Arg Glu
165 170 175
Thr Gln Ala Pro Ala Ala Gly Asp Leu Val His Ser Leu Ser Gln Leu
180 185 190
Val Glu Gly Ala Gly Arg Gln Leu Ala Thr Val Pro Thr Leu Ile Arg
195 200 205
Glu Leu Gly Lys Asn Leu Leu Lys Ala Arg Asp Asp Ser Asp Ala Gly
210 215 220
Leu Ile Phe Arg Ala Pro Pro Ser Ile Leu Asn Gln Arg Ile Thr Gly
225 230 235 240
Ser Arg Arg Phe Ala Ala Gln Ser Tyr Ala Leu Glu Arg Phe Lys Ala
245 250 255
Ile Gly Lys Ala Phe Gln Ala Thr Val Asn Asp Val Val Leu Ala Val
260 265 270
Cys Gly Ser Ala Leu Arg Asn Tyr Leu Leu Ser Arg Gln Ala Leu Pro
275 280 285
Asp Gln Pro Leu Ile Ala Met Ala Pro Met Ser Ile Arg Gln Asp Asp
290 295 300
Ser Asp Ser Gly Asn Gln Ile Ala Met Ile Leu Ala Asn Leu Gly Thr
305 310 315 320
His Ile Ala Asp Pro Val Arg Arg Leu Glu Leu Thr Gln Ala Ser Ala
325 330 335
Arg Glu Ser Lys Glu Arg Phe Arg Gln Met Thr Pro Glu Glu Ala Val
340 345 350
Asn Tyr Thr Ala Leu Thr Leu Ala Pro Ser Gly Leu Asn Leu Leu Thr
355 360 365
Gly Leu Ala Pro Lys Trp Gln Ala Phe Asn Val Val Ile Ser Asn Val
370 375 380
Pro Gly Pro Asn Lys Pro Leu Tyr Trp Asn Gly Ala Arg Leu Glu Gly
385 390 395 400
Met Tyr Pro Val Ser Ile Pro Val Asp Tyr Ala Ala Leu Asn Ile Thr
405 410 415
Leu Val Ser Tyr Arg Asp Gln Leu Glu Phe Gly Phe Thr Ala Cys Arg
420 425 430
Arg Thr Leu Pro Ser Met Gln Arg Leu Leu Asp Tyr Ile Glu Gln Gly
435 440 445
Ile Ala Glu Leu Glu Lys Ala Ala Gly Val
450 455
<210> 3
<211> 459
<212> БЕЛОК
<213> Chromobacterium violaceum
<400> 3
Met Gln Lys Gln Arg Thr Thr Ser Gln Trp Arg Glu Leu Asp Ala Ala
1 5 10 15
His His Leu His Pro Phe Thr Asp Thr Ala Ser Leu Asn Gln Ala Gly
20 25 30
Ala Arg Val Met Thr Arg Gly Glu Gly Val Tyr Leu Trp Asp Ser Glu
35 40 45
Gly Asn Lys Ile Ile Asp Gly Met Ala Gly Leu Trp Cys Val Asn Val
50 55 60
Gly Tyr Gly Arg Lys Asp Phe Ala Glu Ala Ala Arg Arg Gln Met Glu
65 70 75 80
Glu Leu Pro Phe Tyr Asn Thr Phe Phe Lys Thr Thr His Pro Ala Val
85 90 95
Val Glu Leu Ser Ser Leu Leu Ala Glu Val Thr Pro Ala Gly Phe Asp
100 105 110
Arg Val Phe Tyr Thr Asn Ser Gly Ser Glu Ser Val Asp Thr Met Ile
115 120 125
Arg Met Val Arg Arg Tyr Trp Asp Val Gln Gly Lys Pro Glu Lys Lys
130 135 140
Thr Leu Ile Gly Arg Trp Asn Gly Tyr His Gly Ser Thr Ile Gly Gly
145 150 155 160
Ala Ser Leu Gly Gly Met Lys Tyr Met His Glu Gln Gly Asp Leu Pro
165 170 175
Ile Pro Gly Met Ala His Ile Glu Gln Pro Trp Trp Tyr Lys His Gly
180 185 190
Lys Asp Met Thr Pro Asp Glu Phe Gly Val Val Ala Ala Arg Trp Leu
195 200 205
Glu Glu Lys Ile Leu Glu Ile Gly Ala Asp Lys Val Ala Ala Phe Val
210 215 220
Gly Glu Pro Ile Gln Gly Ala Gly Gly Val Ile Val Pro Pro Ala Thr
225 230 235 240
Tyr Trp Pro Glu Ile Glu Arg Ile Cys Arg Lys Tyr Asp Val Leu Leu
245 250 255
Val Ala Asp Glu Val Ile Cys Gly Phe Gly Arg Thr Gly Glu Trp Phe
260 265 270
Gly His Gln His Phe Gly Phe Gln Pro Asp Leu Phe Thr Ala Ala Lys
275 280 285
Gly Leu Ser Ser Gly Tyr Leu Pro Ile Gly Ala Val Phe Val Gly Lys
290 295 300
Arg Val Ala Glu Gly Leu Ile Ala Gly Gly Asp Phe Asn His Gly Phe
305 310 315 320
Thr Tyr Ser Gly His Pro Val Cys Ala Ala Val Ala His Ala Asn Val
325 330 335
Ala Ala Leu Arg Asp Glu Gly Ile Val Gln Arg Val Lys Asp Asp Ile
340 345 350
Gly Pro Tyr Met Gln Lys Arg Trp Arg Glu Thr Phe Ser Arg Phe Glu
355 360 365
His Val Asp Asp Val Arg Gly Val Gly Met Val Gln Ala Phe Thr Leu
370 375 380
Val Lys Asn Lys Ala Lys Arg Glu Leu Phe Pro Asp Phe Gly Glu Ile
385 390 395 400
Gly Thr Leu Cys Arg Asp Ile Phe Phe Arg Asn Asn Leu Ile Met Arg
405 410 415
Ala Cys Gly Asp His Ile Val Ser Ala Pro Pro Leu Val Met Thr Arg
420 425 430
Ala Glu Val Asp Glu Met Leu Ala Val Ala Glu Arg Cys Leu Glu Glu
435 440 445
Phe Glu Gln Thr Leu Lys Ala Arg Gly Leu Ala
450 455
<210> 4
<211> 230
<212> БЕЛОК
<213> Pseudomonas putida
<400> 4
Met Ser Phe Ser Asn Tyr Lys Val Ile Ala Met Pro Val Leu Val Ala
1 5 10 15
Asn Phe Val Leu Gly Ala Ala Thr Ala Trp Ala Asn Glu Asn Tyr Pro
20 25 30
Ala Lys Ser Ala Gly Tyr Asn Gln Gly Asp Trp Val Ala Ser Phe Asn
35 40 45
Phe Ser Lys Val Tyr Val Gly Glu Glu Leu Gly Asp Leu Asn Val Gly
50 55 60
Gly Gly Ala Leu Pro Asn Ala Asp Val Ser Ile Gly Asn Asp Thr Thr
65 70 75 80
Leu Thr Phe Asp Ile Ala Tyr Phe Val Ser Ser Asn Ile Ala Val Asp
85 90 95
Phe Phe Val Gly Val Pro Ala Arg Ala Lys Phe Gln Gly Glu Lys Ser
100 105 110
Ile Ser Ser Leu Gly Arg Val Ser Glu Val Asp Tyr Gly Pro Ala Ile
115 120 125
Leu Ser Leu Gln Tyr His Tyr Asp Ser Phe Glu Arg Leu Tyr Pro Tyr
130 135 140
Val Gly Val Gly Val Gly Arg Val Leu Phe Phe Asp Lys Thr Asp Gly
145 150 155 160
Ala Leu Ser Ser Phe Asp Ile Lys Asp Lys Trp Ala Pro Ala Phe Gln
165 170 175
Val Gly Leu Arg Tyr Asp Leu Gly Asn Ser Trp Met Leu Asn Ser Asp
180 185 190
Val Arg Tyr Ile Pro Phe Lys Thr Asp Val Thr Gly Thr Leu Gly Pro
195 200 205
Val Pro Val Ser Thr Lys Ile Glu Val Asp Pro Phe Ile Leu Ser Leu
210 215 220
Gly Ala Ser Tyr Val Phe
225 230
<210> 5
<211> 230
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> ALK L
<400> 5
Val Ser Phe Ser Asn Tyr Lys Val Ile Ala Met Pro Val Leu Val Ala
1 5 10 15
Asn Phe Val Leu Gly Ala Ala Thr Ala Trp Ala Asn Glu Asn Tyr Pro
20 25 30
Ala Lys Ser Ala Gly Tyr Asn Gln Gly Asp Trp Val Ala Ser Phe Asn
35 40 45
Phe Ser Lys Val Tyr Val Gly Glu Glu Leu Gly Asp Leu Asn Val Gly
50 55 60
Gly Gly Ala Leu Pro Asn Ala Asp Val Ser Ile Gly Asn Asp Thr Thr
65 70 75 80
Leu Thr Phe Asp Ile Ala Tyr Phe Val Ser Ser Asn Ile Ala Val Asp
85 90 95
Phe Phe Val Gly Val Pro Ala Arg Ala Lys Phe Gln Gly Glu Lys Ser
100 105 110
Ile Ser Ser Leu Gly Arg Val Ser Glu Val Asp Tyr Gly Pro Ala Ile
115 120 125
Leu Ser Leu Gln Tyr His Tyr Asp Ser Phe Glu Arg Leu Tyr Pro Tyr
130 135 140
Val Gly Val Gly Val Gly Arg Val Leu Phe Phe Asp Lys Thr Asp Gly
145 150 155 160
Ala Leu Ser Ser Phe Asp Ile Lys Asp Lys Trp Ala Pro Ala Phe Gln
165 170 175
Val Gly Leu Arg Tyr Asp Leu Gly Asn Ser Trp Met Leu Asn Ser Asp
180 185 190
Val Arg Tyr Ile Pro Phe Lys Thr Asp Val Thr Gly Thr Leu Gly Pro
195 200 205
Val Pro Val Ser Thr Lys Ile Glu Val Asp Pro Phe Ile Leu Ser Leu
210 215 220
Gly Ala Ser Tyr Val Phe
225 230
<210> 6
<211> 446
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> FADL
<400> 6
Met Ser Gln Lys Thr Leu Phe Thr Lys Ser Ala Leu Ala Val Ala Val
1 5 10 15
Ala Leu Ile Ser Thr Gln Ala Trp Ser Ala Gly Phe Gln Leu Asn Glu
20 25 30
Phe Ser Ser Ser Gly Leu Gly Arg Ala Tyr Ser Gly Glu Gly Ala Ile
35 40 45
Ala Asp Asp Ala Gly Asn Val Ser Arg Asn Pro Ala Leu Ile Thr Met
50 55 60
Phe Asp Arg Pro Thr Phe Ser Ala Gly Ala Val Tyr Ile Asp Pro Asp
65 70 75 80
Val Asn Ile Ser Gly Thr Ser Pro Ser Gly Arg Ser Leu Lys Ala Asp
85 90 95
Asn Ile Ala Pro Thr Ala Trp Val Pro Asn Met His Phe Val Ala Pro
100 105 110
Ile Asn Asp Gln Phe Gly Trp Gly Ala Ser Ile Thr Ser Asn Tyr Gly
115 120 125
Leu Ala Thr Glu Phe Asn Asp Thr Tyr Ala Gly Gly Ser Val Gly Gly
130 135 140
Thr Thr Asp Leu Glu Thr Met Asn Leu Asn Leu Ser Gly Ala Tyr Arg
145 150 155 160
Leu Asn Asn Ala Trp Ser Phe Gly Leu Gly Phe Asn Ala Val Tyr Ala
165 170 175
Arg Ala Lys Ile Glu Arg Phe Ala Gly Asp Leu Gly Gln Leu Val Ala
180 185 190
Gly Gln Ile Met Gln Ser Pro Ala Gly Gln Thr Gln Gln Gly Gln Ala
195 200 205
Leu Ala Ala Thr Ala Asn Gly Ile Asp Ser Asn Thr Lys Ile Ala His
210 215 220
Leu Asn Gly Asn Gln Trp Gly Phe Gly Trp Asn Ala Gly Ile Leu Tyr
225 230 235 240
Glu Leu Asp Lys Asn Asn Arg Tyr Ala Leu Thr Tyr Arg Ser Glu Val
245 250 255
Lys Ile Asp Phe Lys Gly Asn Tyr Ser Ser Asp Leu Asn Arg Ala Phe
260 265 270
Asn Asn Tyr Gly Leu Pro Ile Pro Thr Ala Thr Gly Gly Ala Thr Gln
275 280 285
Ser Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Leu Pro Glu Met Trp Glu Val Ser Gly
290 295 300
Tyr Asn Arg Val Asp Pro Gln Trp Ala Ile His Tyr Ser Leu Ala Tyr
305 310 315 320
Thr Ser Trp Ser Gln Phe Gln Gln Leu Lys Ala Thr Ser Thr Ser Gly
325 330 335
Asp Thr Leu Phe Gln Lys His Glu Gly Phe Lys Asp Ala Tyr Arg Ile
340 345 350
Ala Leu Gly Thr Thr Tyr Tyr Tyr Asp Asp Asn Trp Thr Phe Arg Thr
355 360 365
Gly Ile Ala Phe Asp Asp Ser Pro Val Pro Ala Gln Asn Arg Ser Ile
370 375 380
Ser Ile Pro Asp Gln Asp Arg Phe Trp Leu Ser Ala Gly Thr Thr Tyr
385 390 395 400
Ala Phe Asn Lys Asp Ala Ser Val Asp Val Gly Val Ser Tyr Met His
405 410 415
Gly Gln Ser Val Lys Ile Asn Glu Gly Pro Tyr Gln Phe Glu Ser Glu
420 425 430
Gly Lys Ala Trp Leu Phe Gly Thr Asn Phe Asn Tyr Ala Phe
435 440 445
<210> 7
<211> 7387
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> вектор pCDF-fadD_Ec-wes_Hche
<400> 7
cgggatctcg acgctctccc ttatgcgact cctgcgttta gggaaagagc atttgtcaga 60
atatttaagg gcgcctgtca ctttgcttga tatatgagaa ttatttaacc ttataaatga 120
gaaaaaagca acgcacttta aataagatac gttgcttttt cgattgatga acacctataa 180
ttaaactatt catctattat ttatgatttt ttgtatatac aatatttcta gtttgttaaa 240
gagaattaag aaaataaatc tcgaaaataa taaagggaaa atcagttttt gatatcaaaa 300
ttatacatgt caacgataat acaaaatata atacaaacta taagatgtta tcagtattta 360
ttatgcattt agaatacctt ttgtgtcgcc cttattcgac tccctataga agttcctatt 420
ctctagaaag tataggaact tcccttcatt ttggatccaa ttgtgagcgg ataacaatta 480
cgagcttcat gcacagtgat cgacgctgtt gacaattaat catcggctcg tataatgtgt 540
ggatgtggaa ttgtgagcgc tcacaattcc acaacggttt ccctctagaa ataattttgt 600
ttaacaggag gtaaaacata tgttaacggc atgtatatca tttggggttg cgatgacgac 660
gaacacgcat tttagaggtg aagaattgaa gaaggtttgg cttaaccgtt atcccgcgga 720
cgttccgacg gagatcaacc ctgaccgtta tcaatctctg gtagatatgt ttgagcagtc 780
ggtcgcgcgc tacgccgatc aacctgcgtt tgtgaatatg ggggaggtaa tgaccttccg 840
caagctggaa gaacgcagtc gcgcgtttgc cgcttatttg caacaagggt tggggctgaa 900
gaaaggcgat cgcgttgcgt tgatgatgcc taatttattg caatatccgg tggcgctgtt 960
tggcattttg cgtgccggga tgatcgtcgt aaacgttaac ccgttgtata ccccgcgtga 1020
gcttgagcat cagcttaacg atagcggcgc atcggcgatt gttatcgtgt ctaactttgc 1080
tcacacactg gaaaaagtgg ttgataaaac cgccgttcag cacgtaattc tgacccgtat 1140
gggcgatcag ctatctacgg caaaaggcac ggtagtcaat ttcgttgtta aatacatcaa 1200
gcgtttggtg ccgaaatacc atctgccaga tgccatttca tttcgtagcg cactgcataa 1260
cggctaccgg atgcagtacg tcaaacccga actggtgccg gaagatttag cttttctgca 1320
atacaccggc ggcaccactg gtgtggcgaa aggcgcgatg ctgactcacc gcaatatgct 1380
ggcgaacctg gaacaggtta acgcgaccta tggtccgctg ttgcatccgg gcaaagagct 1440
ggtggtgacg gcgctgccgc tgtatcacat ttttgccctg accattaact gcctgctgtt 1500
tatcgaactg ggtgggcaga acctgcttat cactaacccg cgcgatattc cagggttggt 1560
aaaagagtta gcgaaatatc cgtttaccgc tatcacgggc gttaacacct tgttcaatgc 1620
gttgctgaac aataaagagt tccagcagct ggatttctcc agtctgcatc tttccgcagg 1680
cggtgggatg ccagtgcagc aagtggtggc agagcgttgg gtgaaactga ccggacagta 1740
tctgctggaa ggctatggcc ttaccgagtg tgcgccgctg gtcagcgtta acccatatga 1800
tattgattat catagtggta gcatcggttt gccggtgccg tcgacggaag ccaaactggt 1860
ggatgatgat gataatgaag taccaccagg tcaaccgggt gagctttgtg tcaaaggacc 1920
gcaggtgatg ctgggttact ggcagcgtcc cgatgctacc gatgaaatca tcaaaaatgg 1980
ctggttacac accggcgaca tcgcggtaat ggatgaagaa ggattcctgc gcattgtcga 2040
tcgtaaaaaa gacatgattc tggtttccgg ttttaacgtc tatcccaacg agattgaaga 2100
tgtcgtcatg cagcatcctg gcgtacagga agtcgcggct gttggcgtac cttccggctc 2160
cagtggtgaa gcggtgaaaa tcttcgtagt gaaaaaagat ccatcgctta ccgaagagtc 2220
actggtgact ttttgccgcc gtcagctcac gggatacaaa gtaccgaagc tggtggagtt 2280
tcgtgatgag ttaccgaaat ctaacgtcgg aaaaattttg cgacgagaat tacgtgacga 2340
agcgcgcggc aaagtggaca ataaagcctg agcgaattcg gatccatgca cagtgaaatc 2400
atgaaaaatt tatttgcttt gtgagcggat aacaattata atagcatgct ggtcagtatt 2460
gagcgatgca tgcacggttt ccctctagaa ataattttgt ttaactttta ggaggtaaaa 2520
accatgggta gctctcacca tcatcatcat cacagctctg gcctggttcc gcgcggttcc 2580
cacatgacgc cgctgagccc ggtcgatcaa atctttctgt ggctggagaa gcgtcagcag 2640
ccgatgcacg tcggtggctt gcacattttc agcttccctg atgacgcaga cgcgaagtat 2700
atgaccgagc tggcgcagca actgcgtgca tacgcgacgc cgcaggcacc attcaaccgt 2760
cgcctgcgtc agcgctgggg ccgttactat tgggacaccg atgctcagtt cgacctggag 2820
catcattttc gtcacgaagc gctgccgaaa ccgggtcgca ttcgcgaact gttggcccac 2880
gttagcgcgg agcattctaa tctgatggat cgtgaacgtc cgatgtggga gtgccatctg 2940
atcgaaggca tccgtggtcg ccgtttcgcg gtttactaca aggcgcatca ctgtatgctg 3000
gacggtgtag ccgccatgcg tatgtgcgtg aaatcctaca gctttgatcc gaccgcaacg 3060
gagatgccgc cgatttgggc tatcagcaaa gacgttaccc cggctcgtga aactcaagca 3120
ccggcagcgg gtgacctggt gcactccctg tcccagctgg ttgagggtgc cggtcgtcaa 3180
ctggcgaccg tcccgaccct gattcgtgag ctgggcaaaa acttgctgaa ggcgcgtgac 3240
gactctgacg cgggtctgat ttttcgcgct ccgccaagca ttctgaacca acgcatcacc 3300
ggtagccgcc gttttgcggc gcagagctac gcgttggaac gctttaaggc gatcggtaag 3360
gcattccagg ctacggttaa cgatgtggtg ctggcggtgt gcggttccgc actgcgtaac 3420
tatttgctga gccgccaagc cctgccggat caaccgctga ttgcaatggc ccctatgagc 3480
atccgtcagg acgatagcga cagcggcaat cagatcgcga tgatcctggc gaatctgggc 3540
acccacatcg cggacccggt ccgtcgtttg gaactgacgc aagcaagcgc tcgcgagagc 3600
aaagagcgct tccgtcagat gacgccggaa gaggcagtga actataccgc gctgaccctg 3660
gccccgagcg gtctgaatct gctgacgggt ttggccccga aatggcaggc cttcaatgtc 3720
gtgattagca acgttccagg cccgaataag ccgctgtact ggaacggtgc gcgcctggaa 3780
ggcatgtatc cggtttctat tcctgtcgat tatgcggcat tgaatatcac tctggttagc 3840
taccgtgatc aactggaatt tggtttcacc gcatgtcgcc gtaccctgcc gtcgatgcaa 3900
cgtctgttgg attacattga gcaaggcatt gccgagctgg agaaagcggc tggcgtgtaa 3960
ctcgagatcg aatgagcaat aactagcata accccttggg gcctctaaac gggtcttgag 4020
gctcgagtct ggtaaagaaa ccgctgctgc gaaatttgaa cgccagcaca tggactcgtc 4080
tactagcgca gcttaattaa cctaggctgc tgccaccgct gagcaataac tagcataacc 4140
ccttggggcc tctaaacggg tcttgagggg ttttttgctg aaacctcagg catttgagaa 4200
gcacacggtc acactgcttc cggtagtcaa taaaccggta aaccagcaat agacataagc 4260
ggctatttaa cgaccctgcc ctgaaccgac gaccgggtca tcgtggccgg atcttgcggc 4320
ccctcggctt gaacgaattg ttagacatta tttgccgact accttggtga tctcgccttt 4380
cacgtagtgg acaaattctt ccaactgatc tgcgcgcgag gccaagcgat cttcttcttg 4440
tccaagataa gcctgtctag cttcaagtat gacgggctga tactgggccg gcaggcgctc 4500
cattgcccag tcggcagcga catccttcgg cgcgattttg ccggttactg cgctgtacca 4560
aatgcgggac aacgtaagca ctacatttcg ctcatcgcca gcccagtcgg gcggcgagtt 4620
ccatagcgtt aaggtttcat ttagcgcctc aaatagatcc tgttcaggaa ccggatcaaa 4680
gagttcctcc gccgctggac ctaccaaggc aacgctatgt tctcttgctt ttgtcagcaa 4740
gatagccaga tcaatgtcga tcgtggctgg ctcgaagata cctgcaagaa tgtcattgcg 4800
ctgccattct ccaaattgca gttcgcgctt agctggataa cgccacggaa tgatgtcgtc 4860
gtgcacaaca atggtgactt ctacagcgcg gagaatctcg ctctctccag gggaagccga 4920
agtttccaaa aggtcgttga tcaaagctcg ccgcgttgtt tcatcaagcc ttacggtcac 4980
cgtaaccagc aaatcaatat cactgtgtgg cttcaggccg ccatccactg cggagccgta 5040
caaatgtacg gccagcaacg tcggttcgag atggcgctcg atgacgccaa ctacctctga 5100
tagttgagtc gatacttcgg cgatcaccgc ttccctcata ctcttccttt ttcaatatta 5160
ttgaagcatt tatcagggtt attgtctcat gagcggatac atatttgaat gtatttagaa 5220
aaataaacaa atagctagct cactcggtcg ctacgctccg ggcgtgagac tgcggcgggc 5280
gctgcggaca catacaaagt tacccacaga ttccgtggat aagcagggga ctaacatgtg 5340
aggcaaaaca gcagggccgc gccggtggcg tttttccata ggctccgccc tcctgccaga 5400
gttcacataa acagacgctt ttccggtgca tctgtgggag ccgtgaggct caaccatgaa 5460
tctgacagta cgggcgaaac ccgacaggac ttaaagatcc ccaccgtttc cggcgggtcg 5520
ctccctcttg cgctctcctg ttccgaccct gccgtttacc ggatacctgt tccgcctttc 5580
tcccttacgg gaagtgtggc gctttctcat agctcacaca ctggtatctc ggctcggtgt 5640
aggtcgttcg ctccaagctg ggctgtaagc aagaactccc cgttcagccc gactgctgcg 5700
ccttatccgg taactgttca cttgagtcca acccggaaaa gcacggtaaa acgccactgg 5760
cagcagccat tggtaactgg gagttcgcag aggatttgtt tagctaaaca cgcggttgct 5820
cttgaagtgt gcgccaaagt ccggctacac tggaaggaca gatttggttg ctgtgctctg 5880
cgaaagccag ttaccacggt taagcagttc cccaactgac ttaaccttcg atcaaaccac 5940
ctccccaggt ggttttttcg tttacagggc aaaagattac gcgcagaaaa aaaggatctc 6000
aagaagatcc tttgatcttt tctactgaac cgctctagat ttcagtgcaa tttatctctt 6060
caaatgtagc acctgaagtc agccccatac gatataagtt gtaattctca tgttagtcat 6120
gccccgcgcc caccggaagg agctgactgg gttgaaggct ctcaagggca tcggtcgaga 6180
tcccggtgcc taatgagtga gctaacttac attaattgcg ttgcgctcac tgcccgcttt 6240
ccagtcggga aacctgtcgt gccagctgca ttaatgaatc ggccaacgcg cggggagagg 6300
cggtttgcgt attgggcgcc agggtggttt ttcttttcac cagtgagacg ggcaacagct 6360
gattgccctt caccgcctgg ccctgagaga gttgcagcaa gcggtccacg ctggtttgcc 6420
ccagcaggcg aaaatcctgt ttgatggtgg ttaacggcgg gatataacat gagctgtctt 6480
cggtatcgtc gtatcccact accgagatgt ccgcaccaac gcgcagcccg gactcggtaa 6540
tggcgcgcat tgcgcccagc gccatctgat cgttggcaac cagcatcgca gtgggaacga 6600
tgccctcatt cagcatttgc atggtttgtt gaaaaccgga catggcactc cagtcgcctt 6660
cccgttccgc tatcggctga atttgattgc gagtgagata tttatgccag ccagccagac 6720
gcagacgcgc cgagacagaa cttaatgggc ccgctaacag cgcgatttgc tggtgaccca 6780
atgcgaccag atgctccacg cccagtcgcg taccgtcttc atgggagaaa ataatactgt 6840
tgatgggtgt ctggtcagag acatcaagaa ataacgccgg aacattagtg caggcagctt 6900
ccacagcaat ggcatcctgg tcatccagcg gatagttaat gatcagccca ctgacgcgtt 6960
gcgcgagaag attgtgcacc gccgctttac aggcttcgac gccgcttcgt tctaccatcg 7020
acaccaccac gctggcaccc agttgatcgg cgcgagattt aatcgccgcg acaatttgcg 7080
acggcgcgtg cagggccaga ctggaggtgg caacgccaat cagcaacgac tgtttgcccg 7140
ccagttgttg tgccacgcgg ttgggaatgt aattcagctc cgccatcgcc gcttccactt 7200
tttcccgcgt tttcgcagaa acgtggctgg cctggttcac cacgcgggaa acggtctgat 7260
aagagacacc ggcatactct gcgacatcgt ataacgttac tggtttcaca ttcaccaccc 7320
tgaattgact ctcttccggg cgctatcatg ccataccgcg aaaggttttg cgccattcga 7380
tggtgtc 7387
<---
Claims (17)
1. Клетка микроорганизма для получения по меньшей мере одного сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты из ундекана и/или додекана, где клетка генетически модифицирована для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа
по меньшей мере одной AlkB-алкангидроксилазы и
синтазы воска-сложного эфира,
и где клетка не содержит генетическую модификацию, которая повышает экспрессию относительно клетки дикого типа следующих ферментов, которые участвуют в образовании карбоновой кислоты или сложного карбоксилатного эфира из простого источника углерода, где ферменты выбраны из группы, включающей:
- ацил-ACP-тиоэстеразу под EC 3.1.2.14 или EC 3.1.2.22,
- ацил-КоА-тиоэстеразу под EC 3.1.2.2, EC 3.1.2.18, EC 3.1.2.19, EC 3.1.2.20 или EC 3.1.2.22,
- ацил-КоА:ACP-трансацилазу,
- поликетидсинтазу и
- синтазу гексановой кислоты,
и где AlkB-алкангидроксилаза характеризуется последовательностью в соответствии с SEQ ID NO: 1 и где
синтаза воска-сложного эфира характеризуется последовательностью в соответствии с SEQ ID NO: 2.
2. Клетка по п. 1, где клетка дополнительно генетически модифицирована для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа фермента, способного к превращению сложного эфира ω-оксоалкановой кислоты в соответствующий сложный эфир ω-аминоалкановой кислоты, где указанный фермент представляет собой ω-трансаминазу (EС 2.6.1), характеризующийся последовательностью в соответствии с SEQ ID NO: 3.
3. Клетка по любому из предыдущих пунктов, где клетка дополнительно генетически модифицирована для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа по меньшей мере одной ацил-КоА-синтетазы под EC 6.2.1.3 или EC 2.3.1.86.
4. Способ получения по меньшей мере одного сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты, где способ включает стадию приведения по меньшей мере одной клетки по любому из пп. 1-3 в контакт с ундеканом и/или додеканом.
5. Способ по п. 4, где
- сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты представляет собой сложный метиловый эфир 12-аминолауриновой кислоты, сложный метиловый эфир 12-гидроксилауриновой кислоты, сложный метиловый (ди)эфир 12-карбоксилауриновой кислоты и/или сложный метиловый эфир лауриновой кислоты из додекана и/или
- сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты представляет собой сложный метиловый эфир 11-аминоундекановой кислоты, сложный метиловый эфир 11-гидроксиундекановой кислоты, сложный метиловый (ди)эфир 11-карбоксиундекановой кислоты и/или сложный метиловый эфир ундекановой кислоты из ундекана.
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP15196180 | 2015-11-25 | ||
EPEP15196180 | 2015-11-25 |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2016146334A RU2016146334A (ru) | 2018-05-28 |
RU2016146334A3 RU2016146334A3 (ru) | 2020-04-30 |
RU2751363C2 true RU2751363C2 (ru) | 2021-07-13 |
Family
ID=54770815
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2016146334A RU2751363C2 (ru) | 2015-11-25 | 2016-11-25 | БИОТЕХНОЛОГИЧЕСКОЕ ПОЛУЧЕНИЕ ω-ФУНКЦИОНАЛИЗИРОВАННЫХ КАРБОНОВЫХ КИСЛОТ И ИХ СЛОЖНЫХ ЭФИРОВ |
Country Status (15)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US10913960B2 (ru) |
EP (1) | EP3173478A1 (ru) |
JP (2) | JP6925118B2 (ru) |
KR (1) | KR20170061088A (ru) |
CN (1) | CN107034246A (ru) |
AR (1) | AR106816A1 (ru) |
AU (1) | AU2016262715B2 (ru) |
BR (1) | BR102016027703A2 (ru) |
CA (1) | CA2949410A1 (ru) |
MX (1) | MX2016015380A (ru) |
MY (1) | MY191006A (ru) |
RU (1) | RU2751363C2 (ru) |
SG (2) | SG10201609831UA (ru) |
TW (1) | TWI790195B (ru) |
UA (1) | UA127099C2 (ru) |
Families Citing this family (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN108473967B (zh) | 2015-12-17 | 2022-03-29 | 赢创运营有限公司 | 基因修饰的产乙酸细胞 |
CN109790106A (zh) | 2016-07-27 | 2019-05-21 | 赢创德固赛有限公司 | N-乙酰基高丝氨酸 |
CN109486784B (zh) * | 2018-11-30 | 2020-06-09 | 江南大学 | 一种能催化西他沙星五元环关键中间体的ω-转氨酶突变体 |
Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2008119082A2 (en) * | 2007-03-28 | 2008-10-02 | Ls9, Inc. | Enhanced production of fatty acid derivatives |
RU2371474C2 (ru) * | 2003-01-17 | 2009-10-27 | Даниско А/С | Способ получения сложного эфира углерода, сложного эфира белка, сложного эфира белковой субъединицы или сложного эфира гидроксикислоты с использованием липидацилтрансферазы |
US20110072714A1 (en) * | 2009-09-25 | 2011-03-31 | Ls9, Inc. | Production of fatty acid derivatives |
US20130078684A1 (en) * | 2011-09-27 | 2013-03-28 | Exxonmobil Research And Engineering Company | Acyl-acp wax ester synthases |
US20140256904A1 (en) * | 2011-08-15 | 2014-09-11 | Evonik Degussa Gmbh | Biotechnological synthesis process of omega-functionalized carbon acids and carbon acid esters from simple carbon sources |
Family Cites Families (12)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
AU8498298A (en) * | 1997-07-21 | 1999-02-10 | E.I. Du Pont De Nemours And Company | Transformed yeast strains and their use for the production of monoterminal and diterminal aliphatic carboxylates |
WO2007131720A1 (en) | 2006-05-11 | 2007-11-22 | Cosmoferm B.V. | Improved production of sphingoid bases using genetically engineered microbial strains |
DE102007052463A1 (de) | 2007-11-02 | 2009-05-07 | Evonik Degussa Gmbh | Fermentative Gewinnung von Aceton aus erneuerbaren Rohstoffen mittels neuen Stoffwechselweges |
DE102007060705A1 (de) | 2007-12-17 | 2009-06-18 | Evonik Degussa Gmbh | ω-Aminocarbonsäuren oder ihre Lactame, herstellende, rekombinante Zellen |
DE102008040193A1 (de) | 2008-07-04 | 2010-01-07 | Evonik Röhm Gmbh | Verfahren zur Herstellung freier Carbonsäuren |
DE102009000661A1 (de) | 2009-02-06 | 2010-08-12 | Evonik Degussa Gmbh | Verfahren zur Herstellung von 2,6-Dioxabicyclo-(3.3.0)-octan-4,8-dion[1S,5S] |
DE102009009580A1 (de) | 2009-02-19 | 2010-08-26 | Evonik Degussa Gmbh | Verfahren zur Herstellung freier Säuren aus ihren Salzen |
US8158391B2 (en) | 2009-05-06 | 2012-04-17 | Dna Twopointo, Inc. | Production of an α-carboxyl-ω-hydroxy fatty acid using a genetically modified Candida strain |
DE102009046626A1 (de) | 2009-11-11 | 2011-05-12 | Evonik Degussa Gmbh | Candida tropicalis Zellen und deren Verwendung |
DE102009046623A1 (de) | 2009-11-11 | 2011-05-12 | Evonik Röhm Gmbh | Verwendung eines zu einem MeaB-Protein homologen Proteins zur Erhöhung der enzymatischen Aktivität einer 3-Hydroxycarbonsäure-CoA-Mutase |
DE102010015807A1 (de) | 2010-04-20 | 2011-10-20 | Evonik Degussa Gmbh | Biokatalytisches Oxidationsverfahren mit alkL-Genprodukt |
EP2944697A1 (en) * | 2014-05-13 | 2015-11-18 | Evonik Degussa GmbH | Method of producing nylon |
-
2016
- 2016-11-18 EP EP16199533.7A patent/EP3173478A1/en active Pending
- 2016-11-22 JP JP2016226603A patent/JP6925118B2/ja active Active
- 2016-11-22 CA CA2949410A patent/CA2949410A1/en active Pending
- 2016-11-23 MY MYPI2016704355A patent/MY191006A/en unknown
- 2016-11-23 SG SG10201609831UA patent/SG10201609831UA/en unknown
- 2016-11-23 TW TW105138454A patent/TWI790195B/zh active
- 2016-11-23 US US15/359,932 patent/US10913960B2/en active Active
- 2016-11-23 SG SG10202002995VA patent/SG10202002995VA/en unknown
- 2016-11-24 AU AU2016262715A patent/AU2016262715B2/en active Active
- 2016-11-24 MX MX2016015380A patent/MX2016015380A/es unknown
- 2016-11-25 CN CN201611053536.5A patent/CN107034246A/zh active Pending
- 2016-11-25 KR KR1020160157963A patent/KR20170061088A/ko unknown
- 2016-11-25 UA UAA201611957A patent/UA127099C2/uk unknown
- 2016-11-25 AR ARP160103611A patent/AR106816A1/es unknown
- 2016-11-25 BR BR102016027703A patent/BR102016027703A2/pt unknown
- 2016-11-25 RU RU2016146334A patent/RU2751363C2/ru active
-
2021
- 2021-06-07 JP JP2021095179A patent/JP7186261B2/ja active Active
Patent Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2371474C2 (ru) * | 2003-01-17 | 2009-10-27 | Даниско А/С | Способ получения сложного эфира углерода, сложного эфира белка, сложного эфира белковой субъединицы или сложного эфира гидроксикислоты с использованием липидацилтрансферазы |
WO2008119082A2 (en) * | 2007-03-28 | 2008-10-02 | Ls9, Inc. | Enhanced production of fatty acid derivatives |
US20110072714A1 (en) * | 2009-09-25 | 2011-03-31 | Ls9, Inc. | Production of fatty acid derivatives |
US20140256904A1 (en) * | 2011-08-15 | 2014-09-11 | Evonik Degussa Gmbh | Biotechnological synthesis process of omega-functionalized carbon acids and carbon acid esters from simple carbon sources |
US20130078684A1 (en) * | 2011-09-27 | 2013-03-28 | Exxonmobil Research And Engineering Company | Acyl-acp wax ester synthases |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
JI Y, et al. "Structural insights into diversity and n-alkane biodegradation mechanisms of alkane hydroxylases." Front Microbiol. 2013, v.4, no.58, p.1-13, doi: 10.3389/fmicb.2013.00058. PMID: 23519435; PMCID: PMC3604635. * |
THRONE-HOLST M. et al. "Identification of novel genes involved in long-chain n-alkane degradation by Acinetobacter sp. strain DSM 17874." Appl. Microbiol. Biotechnol. 2007, v.73, p.3327-3332. * |
van BEILEN, J. B. et al. "Genetics of alkane oxidation by Pseudomonas oleovorans." Biodegradation, 1994, v.5, p.161-174. * |
van BEILEN, J. B. et al. "Genetics of alkane oxidation by Pseudomonas oleovorans." Biodegradation, 1994, v.5, p.161-174. THRONE-HOLST M. et al. "Identification of novel genes involved in long-chain n-alkane degradation by Acinetobacter sp. strain DSM 17874." Appl. Microbiol. Biotechnol. 2007, v.73, p.3327-3332. * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
BR102016027703A2 (pt) | 2017-05-30 |
MY191006A (en) | 2022-05-27 |
RU2016146334A3 (ru) | 2020-04-30 |
JP6925118B2 (ja) | 2021-08-25 |
CN107034246A (zh) | 2017-08-11 |
JP2017140015A (ja) | 2017-08-17 |
RU2016146334A (ru) | 2018-05-28 |
AR106816A1 (es) | 2018-02-21 |
CA2949410A1 (en) | 2017-05-25 |
US10913960B2 (en) | 2021-02-09 |
SG10202002995VA (en) | 2020-05-28 |
KR20170061088A (ko) | 2017-06-02 |
SG10201609831UA (en) | 2017-06-29 |
JP2021129603A (ja) | 2021-09-09 |
TW201739914A (zh) | 2017-11-16 |
AU2016262715B2 (en) | 2022-12-22 |
TWI790195B (zh) | 2023-01-21 |
MX2016015380A (es) | 2017-05-24 |
UA127099C2 (uk) | 2023-04-19 |
US20170145448A1 (en) | 2017-05-25 |
EP3173478A1 (en) | 2017-05-31 |
AU2016262715A1 (en) | 2017-06-08 |
JP7186261B2 (ja) | 2022-12-08 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
EP3377612B1 (en) | Functional expression of monooxygenases and methods of use | |
US20140256904A1 (en) | Biotechnological synthesis process of omega-functionalized carbon acids and carbon acid esters from simple carbon sources | |
JP2021129603A (ja) | ω−官能化カルボン酸及びそのエステルの生物工学的な製造 | |
TW201439325A (zh) | 使羧酸酯反應之方法 | |
JP2016533162A (ja) | 再生可能資源から化合物を生成するための高収量経路 | |
EP2041266A2 (en) | Methods and compositions for butanol production | |
EP3613850A1 (en) | Amino acid production | |
US9765344B2 (en) | Method for enhancing the fermentative potential and growth rate of microorganisms under anaerobiosis | |
WO2020099425A1 (en) | Isomaltulose production | |
US11034938B2 (en) | Microorganism expressing mutant AlkB enzyme and use to prepare omega-hydroxy carboxylic acid and/or ester | |
US20230357806A1 (en) | Fermentation process to produce bioacrolein and bioacrylic acid | |
KR20240051254A (ko) | 포르메이트 데하이드로게나제 변이체 및 이용 방법 | |
EP4396334A2 (en) | Formate dehydrogenase variants and methods of use |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
HZ9A | Changing address for correspondence with an applicant |