JP2021129603A - ω−官能化カルボン酸及びそのエステルの生物工学的な製造 - Google Patents

ω−官能化カルボン酸及びそのエステルの生物工学的な製造 Download PDF

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Abstract

【課題】ω−官能化カルボン酸及びそのエステルの生物工学的な製造を提供する。【解決手段】遺伝的に改変されていない対応する細胞と比較して、特定のアミノ酸配列と少なくとも95%同一のアミノ酸配列を有するAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(Eb)および別の特定のアミノ酸配列と少なくとも95%同一のアミノ酸配列を有するワックスエステルシンターゼ(Ef)の発現を増加させるように遺伝的に改変された微生物細胞であって、単純な炭素源からのカルボン酸またはカルボン酸エステルの形成を増加させる遺伝的改変を含まない微生物細胞。【選択図】なし

Description

本発明は、ω−官能化カルボン酸エステルを製造するための生物工学的な方法に関する。詳細には、この方法は、出発物質としてアルカン及びアルカンを対応するω−官能化カルボン酸エステル物へと変換するために、遺伝的に改変された細胞を使用してもよい。
ω−アミノカルボン酸及びそれらの対応するラクタム、例えば、ω−アミノラウリン酸、ω−アミノウンデカン酸、ラウロラクタムなどを含む、ω−官能化カルボン酸及び対応するエステルは、高性能なポリアミドの製造のための重要なモノマーである。これらのモノマーを石油化学又は再生可能な原料から製造するため使用されてきた既存の化学的な科学技術の一部には、
i)ラウリン酸メチルエステルからのω−アミノラウリン酸、パーム核又はココナツ油から調製されるバイオディーゼル画分の製造
ii)ヒマシ油から調製される、リシノール酸からのω−アミノウンデカン酸の製造
iii)ブタジエンからのラウロラクタムの製造
が含まれる。
これらの製造の3方法の全ては依然として競争力があるが、ある特定の地域及び時点での、それらの競争力は、原料のコスト及び方法を実施するエネルギーコストを含む、いくつかの因子に依存する。
ω−官能化カルボン酸及び/又はそのエステルを製造する幾つかの生物工学的な手段が、当技術分野において知られている。例えば、基質として使用されるカルボン酸からω−官能化カルボン酸を製造する能力のある遺伝的に改変された細胞は、少なくともWO2009077461及びEP2322598中に以前に記載されている。非常に類似する手順は、カンジダ細胞を用いるWO2011008232中に記載されており、ここでは、β−酸化経路が細胞中でブロックされ、ω−官能化カルボン酸が、基質として使用される脂肪酸から形成される。これらの方法には、脂肪酸を出発原料として用いるという不利な点がある。これは、使用される脂肪酸及びその誘導体は、主に植物及び動物油又は脂肪からもっぱら得られるからである。原料としての動物脂肪は今なお少数の顧客の採用条件しか満たさず、短鎖及び中鎖脂肪酸(short− and middle−length
fatty acid)を含有する植物油は得ることが困難であるか又は(雨林の破壊の結果)熱帯地域のみで製造される。さらに、特定の植物及び動物油又は脂肪原料は、特有の、しかし規定された脂肪酸プロファイルを有しているため、連携した製造が行われている。
WO2013024114は、(グルコース、サッカロース、アラビノース、キシロース、ラクトース、果糖、マルトース、糖蜜、デンプン、セルロース及びヘミセルロース、またグリセリン又は非常に単純な有機分子、例えば、CO、CO又は合成ガス)などの単純な炭素源からω−官能化カルボン酸及び/又はそのエステルを製造する方法を開示する。これらの単純な糖、特にグルコースを得ることは通常、より高価である。ω−官能化カルボン酸及び/又はそのエステルを単純な炭素源から製造する方法も複雑であると考えられ得る。これは、この方法に使用される細胞をまず遺伝的に改変してこれらの単純な炭素源からのカルボン酸の産生を増加させなければならないからである。したがって、このことから製造のコストが増加する。
このように、当技術分野において、製造を効率的且つ有効とすることが可能である別の供給源の原料からω−官能化カルボン酸エステルを製造する方法について必要性が存在する。
本発明は、少なくとも1つのω−官能化カルボン酸エステルを少なくとも1つのアルカンから産生する能力のある少なくとも1つの遺伝的に改変された微生物細胞を提供することにより上記課題の解決を試みる。ω−官能化カルボン酸エステルは、ω−ヒドロキシ、ω−オキソ、ω−カルボキシ及びω−アミノカルボン酸エステルからなる群から選択され得る。ω−官能化カルボン酸エステルを製造する方法にこれらの遺伝的に改変された細胞を使用することにより、製造に関して容易に利用可能な代替石油化学原料の使用を可能にすることで、これらの化合物の製造に柔軟性が追加される可能性がある。また、全細胞生体触媒内でアルカンを脂肪酸エステルに、また対応するω−官能化誘導体に変換する全体の手段を統合する能力のある全細胞生体触媒を使用することにより、僅かに少数のプロセスステップが転換に関与することになるため転換のプロセスが単純になる。炭素基質としての脂肪酸及び単純な炭素源に依存することもなくなる。
本発明の第一の態様によると、少なくとも1つのω−官能化カルボン酸エステルを少なくとも1つのアルカンから製造するための微生物細胞であって、
(i)アルカンを対応する1−アルカノールに変換する能力のある酵素E
(ii)(i)の1−アルカノールを対応する1−アルカナールに変換する能力のある酵素E
(iii)(ii)の1−アルカナールを対応するアルカン酸に変換する能力のある酵素E
(iv)(iii)のアルカン酸を対応するアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E;及び
(v)(iv)のアルカン酸エステルを対応するω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E
の発現を、野生型細胞と比較して増加させる遺伝的な改変を含む微生物細胞が提供される。
本発明の任意の態様による微生物細胞は、少なくとも1つの単純な炭素源からのカルボン酸又はカルボン酸エステルの形成を増加する、以前の/元からある改変を有していない細胞を指す。用語「単純な炭素源」は、炭素骨格中で少なくとも1つのC−C結合が破壊されている炭素源を意味するものと理解される。詳細には、単純な炭素源は、少なくとも1つの炭水化物、例えば、グルコース、サッカロース、アラビノース、キシロース、ラクトース、果糖、マルトース、糖蜜、デンプン、セルロース及びヘミセルロースなどであってもよいが、炭素源はまた、グリセリン又は非常に単純な有機分子、例えば、CO、CO又は合成ガスを含んでもよい。より詳細には、本発明の任意の態様による微生物細胞は、以下の酵素のうちの少なくとも1つの発現が野生型細胞と比較して増加するように遺伝的に改変されていなくてもよい:
− E20 EC3.1.2.14又はEC3.1.2.22のアシル−ACPチオエステラーゼ、
− E21 EC3.1.2.2、EC3.1.2.18、EC3.1.2.19、EC3.1.2.20又はEC3.1.2.22のアシル−CoAチオエステラーゼ、
− E22 アシル−CoA:ACPアシル基転移酵素、
− E23 カルボン酸及びカルボン酸エステルの合成に関与する反応を触媒する、ポリケチドシンターゼ、並びに− E24 ヘキサン酸シンターゼ。
一例では、本発明の任意の態様による細胞は、
(vi)(v)のω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルを対応するω−オキソアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E;及び
(vii)(vi)のω−オキソアルカン酸エステルを対応するω−アミノアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E
の発現を、野生型細胞と比較して増加させる遺伝的な改変をさらに含んでよい。
別の例では、本発明の任意の態様による細胞は、
(vi)(v)のω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルを対応するω−オキソアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E
(vii)(vi)のω−オキソアルカン酸エステルを対応するω−カルボキシアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E13、及び
(viii)(vi)のω−カルボキシアルカン酸エステルを対応するω−カルボキシアルカン酸ジエステルに変換する能力のある酵素E14
の発現を、野生型細胞と比較して増加させる遺伝的な改変をさらに含んでよい。
本発明の任意の態様による細胞は、ω−官能化カルボン酸エステルを全てのアルカンから、培養上清中に高い空時収率(space−time yield)、高い炭素収率及び高濃度で製造するために使用され得る。これらの利点の結果として、効率的な後処理が促進される。
本明細書で細胞又は微生物とともに使用される語句「野生型」は、野生において天然で見られるような形態のゲノムメーキャップを伴う細胞を意味し得る。その用語は、細胞全体及び個別の遺伝子の双方に適用可能であり得る。したがって、用語「野生型」は、他の点(すなわち、1つ又は複数の遺伝子に関して)で遺伝的に改変されているが、目的とする遺伝子との関係においては遺伝的に改変されていない細胞も含み得る。したがって、用語「野生型」は、目的とする特異的な遺伝子の遺伝子配列が、少なくとも部分的に人間によって組換え法を用いて変更されている細胞を含まない。したがって、本発明の任意の態様による野生型細胞は、全ゲノム及び/又は特定の遺伝子に関して遺伝的な変異を有さない細胞を指す。したがって、一例では、酵素Eに関して野生型細胞は、細胞において酵素Eの天然/非変更発現を有する細胞を指し得る。酵素E、E、E、E、E、E、E、E、E10、E11、E12、E13、E14、E15などに関して野生型細胞は、同じ様式で解釈し得、細胞においてそれぞれ酵素E、E、E、E、E、E、E、E、E10、E11、E12、E13、E14、E15などの天然/非変更発現を有する細胞を指し得る。
本発明の任意の態様に従って使用される任意の酵素は、単離された酵素であってもよい。詳細には、本発明の任意の態様に従って使用される酵素は、その活性に必須である、全ての補因子、基質、補助的な及び/又は活性化するポリペプチド又は因子の活性状態及び存在下において使用され得る。本明細書で使用される用語「単離された」は、目的とする酵素が、それが天然で生じる細胞と比較して濃縮されることを意味する。酵素は、SDSポリアクリルアミド電気泳動法及び/又は活性アッセイによって濃縮され得る。例えば、目的とする酵素は、クーマシーブルー色素での染色後のポリアクリルアミドゲルの目視検査で判断する際に、調製物中に存在する全てのポリペプチドの5、10、20、50、75、80、85、90、95又は99パーセント超を構成し得る。
本発明の任意の態様に従って使用される酵素は、組換え体であってもよい。本明細書で使用される用語「組換え体」は、詳細には、天然にはそれ自体として存在しないが、遺伝的なエンジニアリングの結果生じる、ポリペプチド又は核酸のような分子によりコードされる分子を指す又は組換え体分子を含む細胞を指す。例えば、核酸分子は、触媒的に活性なポリペプチドをコードする配列と機能的に連結しているプロモーターを含み、その触媒的に活性なポリペプチドが、オリジナルの未変化の核酸分子を含む対応する野生型細胞におけるポリペプチドのレベルと比較して、過剰発現されるように、そのプロモーターが操作されている場合、組換え体である。
当業者は、細胞又は微生物を遺伝的に改変する、当技術分野において知られている任意の方法を使用できるであろう。本発明の任意の態様によると、遺伝的に改変される細胞は、2時間内、詳細には8時間又は24時間内の規定の時間間隔において、野生型細胞よりも、少なくとも1又は2倍、特に、少なくとも10倍、少なくとも100倍、少なくとも1000倍又は少なくとも10000倍多くω−官能化カルボン酸エステルを形成するように、遺伝的に改変され得る。産物形成の増加は、例えば、本発明の任意の態様による細胞及び野生型細胞を各々別々に同じ条件下(同じ細胞密度、同じ栄養培地、同じ培養条件)で、適切な栄養培地において特定の時間間隔で培養すること、次いで栄養培地における標的産物(ω−官能化カルボン酸エステル)の量を決定することにより決定することができる。
遺伝的に改変された細胞又は微生物は、野生型細胞又は微生物とは遺伝的に異なり得る。本発明の任意の態様による遺伝的に改変された微生物と野生型微生物との間の遺伝的な差は、野生型微生物に非存在であり得る遺伝的に改変された微生物における完全な遺伝子、アミノ酸、ヌクレオチドなどの存在にあってもよい。一例では、本発明の任意の態様による遺伝的に改変された微生物は、野生型細胞と比較して、微生物が1−アルカノール、1−アルカナール、アルカン酸、アルカン酸エステル、オメガ−ヒドロキシアルカン酸エステルなどをより多く産生することを可能とする酵素を含んでいてもよい。野生型微生物は、本発明の遺伝的に改変された微生物と比較して、遺伝的に改変された微生物が1−アルカノール、1−アルカナール、アルカン酸、アルカン酸エステル、オメガ−ヒドロキシアルカン酸エステルなどを産生することを可能とする酵素の検出可能な活性を有さなくてもよい。本明細書で使用される、用語「遺伝的に改変された微生物」は、用語「遺伝的に改変された細胞」と互換的に使用され得る。本発明の任意の態様による遺伝的な改変は、微生物の細胞において実施される。
本発明の任意の態様による細胞は、当技術分野において知られている任意の方法に従って遺伝的に形質転換される。詳細には、細胞は、WO2013024114に開示されている方法に従って製造され得る。
本明細書で使用される語句「遺伝的に改変された細胞は、酵素において、その野生型と対比して増加した活性を有する」は、少なくとも2、詳細には、少なくとも10、より詳細には、少なくとも100、さらにより詳細には、少なくとも1000及び、さらにより詳細には、少なくとも10000の倍率で増加される、それぞれの酵素の活性を指す。
本明細書で使用される、語句「酵素の増加した活性」は、増加した細胞内活性と理解される。基本的には、酵素活性における増加は、酵素をコードする遺伝子配列のコピー数又は遺伝子配列を増加させること、強力なプロモーターを用いること或いは増加した活性を有する対応する酵素をコードする遺伝子又は対立遺伝子を採用すること、遺伝子のコドン利用を変更すること、様々な様式でmRNAの又は酵素の半減期を増加させること、遺伝子の発現の制御を改変することによって及び場合によりこれらの手段を組合せることによって、達成することができる。本発明の任意の態様に従って使用される遺伝的に改変された細胞は、所望の遺伝子、この遺伝子の対立遺伝子又はその部分を含有するベクター、及び遺伝子の発現を可能とするベクターを用いた、例えば、形質転換、トランスダクション、コンジュゲーション又はこれらの方法の組合せによって製造され得る。異種発現は、詳細には、細胞の染色体又は染色体外複製ベクターにおける遺伝子の又は対立遺伝子の統合によって達成される。
同じ文脈において、本発明の任意の態様を参照して使用される語句「酵素Exの減少した活性」は、少なくとも0.5、詳細には、少なくとも0.1、より詳細には、少なくとも0.01、さらにより詳細には、少なくとも0.001及び最も詳細には、少なくとも0.0001の倍率で減少する活性を意味すると理解され得る。語句「減少した活性」はまた、検出可能な活性を含まない(「ゼロの活性」)。特定の酵素の活性における減少は、例えば、特定の酵素の活性を減少させるための、選択的な変異によって又は当業者に知られている他の手段によって影響され得る。詳細には、当業者は、例えば、少なくともDubeauら2009、Singh&Rohm.2008、Leeら2009などに、特定の遺伝子を妨害する手段によってタンパク質発現の改変及び減少並びに付随する酵素活性を低下させることのための指示を見出す。本発明の任意の態様による細胞における酵素活性の減少は、遺伝子における外来DNAの挿入、遺伝子の少なくとも一部の欠失、遺伝子配列における点突然変異、RNA干渉(siRNA)、アンチセンスRNA或いは遺伝子に隣接する、プロモーター及びターミネーターなどの制御配列の又はリボソーム結合部位の改変(挿入、欠失又は点突然変異)からなる、含む群から選択される、核酸配列の1つを含む遺伝子の改変によって達成され得る。
外来DNAは、この関連において、遺伝子に対して(生物に対してではなく)「外来」である、任意のDNA配列を意味すると理解される、すなわち、内因性DNA配列も、この関連において、「外来DNA」として機能できる。この関連において、遺伝子が選択マーカー遺伝子の挿入によって妨害され、したがって、外来DNAは、好ましくは挿入が遺伝子座位中の相同的組換えによって成される選択マーカー遺伝子であることが特に好ましい。
上記で言及した及び下記に言及される酵素及び遺伝子の発現は、1次元及び2次元タンパク質ゲル分離、続いて適切な評価ソフトウェアでのゲル中のタンパク質濃度の光学的な同定の手段によって確定できる。
酵素活性の増加が対応する遺伝子の発現を増加させることにもっぱら基づく場合、酵素活性の増加の定量は、野生型と遺伝的に改変された細胞の間の1次元又は2次元タンパク質分離の比較により単純に決定することができる。細菌でのタンパク質ゲルの調製のための及びタンパク質の同定のための一般的な方法は、Hermannら(Electrophoresis、22:1712−23(2001)によって記載された手順である。タンパク質濃度は、決定されるタンパク質に特異的な抗体でのウエスタンブロットハイブリダイゼーション(Sambrook et al.、Molecular Cloning: a laboratory manual、2nd Ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press、Cold Spring Harbor、N.Y. USA、1989)、続いて、濃度決定のための適切な評価ソフトウェアでの光学的な評価(Lohaus and Meyer(1989)Biospektrum、5:32−39;Lottspeich(1999)、Angewandte Chemie 111:2630−2647)によっても分析することができる。決定される酵素活性によって触媒される反応の潜在的な産物が微生物中で急速に代謝される、又は代わりに野生型における活性自体が、産物形成に基づいて決定される酵素活性を適切に決定することが可能となるには低過ぎる場合、この方法も常に選択肢である。
詳細には、
− 酵素Eは、P450アルカンヒドロキシラーゼ(E)及びEC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)からなる群から選択され得る;− 酵素Eは、P450アルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.1.3.20のアルコールオキシダーゼ(E)及びアルコールデヒドロゲナーゼ(E)からなる群から選択され得る;
− 酵素Eは、EC1.14.15.3−のP450アルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ(E)、EC1.1.3.20の二機能性アルコールオキシダーゼ(E)、二機能性AlkJアルコールデヒドロゲナーゼ(Edi)及びEC1.1.1.1又はEC1.1.1.2の二機能性アルコールデヒドロゲナーゼ(Edii)からなる群から選択され、ここで、E、Edi、及びEdiiは、1−アルカノールを1−アルカナールを経て対応するアルカン酸に直接酸化する能力がある;
− 酵素Eは、ワックス−エステルシンターゼ(E)及びアルコールO−アシルトランスフェラーゼ(E)からなる群から選択され得る;
− 酵素Eは、P450アルカンヒドロキシラーゼ(E)及びEC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)からなる群から選択され得る;
− 酵素Eは、P450アルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)、アルコールオキシダーゼ(E)及びアルコールデヒドロゲナーゼ(E)からなる群から選択され得る;
− 酵素Eは、ω−トランスアミナーゼ(E)であってもよい。
一例では、酵素E、E、E及びEは、各々、それらの活性を果たす能力を有し得る異なる酵素であってもよい。例えば、EはAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)であってもよく、Eはアルコールオキシダーゼ(E)であってもよく、Eは二機能性AlkJアルコールデヒドロゲナーゼであってもよく、Eは二機能性AlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)であってもよい。別の例では、EはP450アルカンヒドロキシラーゼ(E)であってもよく、Eはアルコールデヒドロゲナーゼ(E)であってもよく、Eはアルデヒドデヒドロゲナーゼ(E)であってもよく、EはP450アルカンヒドロキシラーゼであってもよい。詳細には、E、E、E及びEの酵素の任意の組合せは、それらの特異的な機能を実施するために使用され得る。さらなる例では、E、E、E及びEは、同じ酵素であってもよい。この例では、E、E、E及びEは、P450アルカンヒドロキシラーゼ(E)及びAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)からなる群から選択され得る。一例では、E、E、E及びEは、P450アルカンヒドロキシラーゼ(E)であってもよい。この例では、本発明の任意の態様による細胞は、酵素E、E、E及びEの機能に十分な、野生型細胞と比較して増加したP450アルカンヒドロキシラーゼ(E)の発現を含む。別の例では、E、E、E及びEは、AlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)であってもよい。この例では、本発明の任意の態様による細胞は、酵素E、E、E及びEの機能に十分な、野生型細胞と比較して増加したAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)の発現を含む。
酵素EからEはポリペプチド配列を含んでもよく、ここで、アミノ酸残基の60%まで、好ましくは25%まで、特に15%まで、特に10、9、8、7、6、5、4、3、2又は1%までが、以下の参照配列(欠失、挿入、置換又はその組合せによる受託番号)と比較して、改変され、これは少なくとも50%、好ましくは65%、特に好ましくは80%、特に90%超のタンパク質の活性を、対応する以下の参照配列に対してなおも有し、ここで、参照タンパク質の100%活性が、生体触媒として使用される細胞の活性の増加、すなわち、参照タンパク質の非存在下での生体触媒の活性と対比して、使用される細胞量(グラム細胞乾燥重量あたりの単位[U/g CDW])に基づく単位時間あたりの変換される物質の量を意味するものと理解される。
所与のポリペプチドの特性及び機能の有意な改変を招くことがない、所与のポリペプチド配列のアミノ酸残基の改変は、当業者に知られている。したがって、例えば、多くのアミノ酸は、しばしば問題なく互いに交換することができる;このような適切なアミノ酸置換の例は:AlaとSer;ArgとLys;AsnとGln又はHis;AspとGlu;CysとSer;GlnとAsn;GluとAsp;GlyとPro;HisとAsn又はGln;IleとLeu又はVal;LeuとMet又はVal;LysとArg又はGln又はGlu;MetとLeu又はIle;PheとMet又はLeu又はTyr;SerとThr;ThrとSer;TrpとTyr;TyrとTrp又はPhe;ValとIle又はLeuである。特に、アミノ酸挿入又は欠失などの形式でのポリペプチドのN又はC末端での改変は、ポリペプチドの機能に有意な影響をおよぼさないことが多いことも知られている。
本明細書全体を通じて言及される本発明に関連して提示される受託番号は、日付26.07.2011でエントリーしたNCBI ProteinBankデータベースに対応する;原則として、そのエントリーのバージョン番号は、例えば「.1」などの「数字」によってここで識別される。
全ての提示されるパーセンテージ(%)は、別段の提示がない限り、質量パーセントである。
本発明のあらゆる場面に応じて、微生物細胞は、Abiotrophia、Acaryochloris、Accumulibacter、Acetivibrio、Acetobacter、Acetohalobium、Acetonema、Achromobacter、Acidaminococcus、Acidimicrobium、Acidiphilium、Acidithiobacillus、Acidobacterium、Acidothermus、Acidovorax、Acinetobacter、Actinobacillus、Actinomyces、Actinosynnema、Aerococcus、Aeromicrobium、Aeromonas、Afipia、Aggregatibacter、Agrobacterium、Ahrensia、Akkermansia、Alcanivorax、Alicycliphilus、Alicyclobacillus、Aliivibrio、Alkalilimnicola、Alkaliphilus、Allochromatium、Alteromonadales、Alteromonas、Aminobacterium、Aminomonas、Ammonifex、Amycolatopsis、Amycolicicoccus、Anabaena、Anaerobaculum、Anaerococcus、Anaerofustis、Anaerolinea、Anaeromyxobacter、Anaerostipes、Anaerotruncus、Anaplasma、Anoxybacillus、Aquifex、Arcanobacterium、Arcobacter、Aromatoleum、Arthrobacter、Arthrospira、Asticcacaulis、Atopobium、Aurantimonas、Azoarcus、Azorhizobium、Azospirillum、Azotobacter、Bacillus、Bartonella、Basfia、Baumannia、Bdellovibrio、Beggiatoa、Beijerinckia、Bermanella、Beutenbergia、Bifidobacterium、Bilophila、Blastopirellula、Blautia、Blochmannia、Bordetella、Borrelia、Brachybacterium、Brachyspira、Bradyrhizobium、Brevibacillus、Brevibacterium、Brevundimonas、Brucella、Buchnera、Bulleidia、Burkholderia、Butyrivibrio、Caldalkalibacillus、Caldanaerobacter、Caldicellulosiruptor、Calditerrivibrio、Caminibacter、Campylobacter、Carboxydibrachium、Carboxydothermus、Cardiobacterium、Carnobacterium、Carsonella、Catenibacterium、Catenulispora、Catonella、Caulobacter、Cellulomonas、Cellvibrio、Centipeda、Chelativorans、Chloroflexus、Chromobacterium、Chromohalobacter、Chthoniobacter、Citreicella、Citrobacter、Citromicrobium、Clavibacter、Cloacamonas、Clostridium、Collinsella、Colwellia、Comamonas、Conexibacter、Congregibacter、Coprobacillus、Coprococcus、Coprothermobacter、Coraliomargarita、Coriobacterium、corrodens、Corynebacterium、Coxiella、Crocosphaera、Cronobacter、Cryptobacterium、Cupriavidus、Cyanobium、Cyanothece、Cylindrospermopsis、Dechloromonas、Deferribacter、Dehalococcoides、Dehalogenimonas、Deinococcus、Delftia、Denitrovibrio、Dermacoccus、Desmospora、Desulfarculus、Desulphateibacillum、Desulfitobacterium、Desulfobacca、Desulfobacterium、Desulfobulbus、Desulfococcus、Desulfohalobium、Desulfomicrobium、Desulfonatronospira、Desulforudis、Desulfotalea、Desulfotomaculum、Desulfovibrio、Desulfurispirillum、Desulfurobacterium、Desulfuromonas、Dethiobacter、Dethiosulfovibrio、Dialister、Dichelobacter、Dickeya、Dictyoglomus、Dietzia、Dinoroseobacter、Dorea、Edwardsiella、Ehrlichia、Eikenella、Elusimicrobium、Endoriftia、Enhydrobacter、Enterobacter、Enterococcus、Epulopiscium、Erwinia、Erysipelothrix、Erythrobacter、Escherichia、Ethanoligenens、Eubacterium、Eubacterium、Exiguobacterium、Faecalibacterium、Ferrimonas、Fervidobacterium、Fibrobacter、Finegoldia、Flexistipes、Francisella、Frankia、Fructobacillus、Fulvimarina、Fusobacterium、Gallibacterium、Gallionella、Gardnerella、Gemella、Gemmata、Gemmatimonas、Geobacillus、Geobacter、Geodermatophilus、Glaciecola、Gloeobacter、Glossina、Gluconacetobacter、Gordonia、Granulibacter、Granulicatella、Grimontia、Haemophilus、Hahella、Halanaerobiumns、Haliangium、Halomonas、Halorhodospira、Halothermothrix、Halothiobacillus、Hamiltonella、Helicobacter、Heliobacterium、Herbaspirillum、Herminiimonas、Herpetosiphon、Hippea、Hirschia、Histophilus、Hodgkinia、Hoeflea、Holdemania、Hydrogenivirga、Hydrogenobaculum、Hylemonella、Hyphomicrobium、Hyphomonas、Idiomarina、Ilyobacter、Intrasporangium、Isoptericola、Isosphaera、Janibacter、Janthinobacterium、Jonesia、Jonquetella、Kangiella、Ketogulonicigenium、Kineococcus、Kingella、Klebsiella、Kocuria、Koribacter、Kosmotoga、Kribbella、Ktedonobacter、Kytococcus、Labrenzia、Lactobacillus、Lactococcus、Laribacter、Lautropia、Lawsonia、Legionella、Leifsonia、Lentisphaera、Leptolyngbya、Leptospira、Leptothrix、Leptotrichia、Leuconostoc、Liberibacter、Limnobacter、Listeria、Loktanella、Lutiella、Lyngbya、Lysinibacillus、Macrococcus、Magnetococcus、Magnetospirillum、Mahella、Mannheimia、Maricaulis、Marinithermus、Marinobacter、Marinomonas、Mariprofundus、Maritimibacter、Marvinbryantia、Megasphaera、Meiothermus、Melissococcus、Mesorhizobium、Methylacidiphilum、Methylibium、Methylobacillus、Methylobacter、Methylobacterium、Methylococcus、Methylocystis、Methylomicrobium、Methylophaga、Methylophilales、Methylosinus、Methyloversatilis、Methylovorus、Microbacterium、Micrococcus、Microcoleus、Microcystis、Microlunatus、Micromonospora、Mitsuokella、Mobiluncus、Moorella、Moraxella、Moritella、Mycobacterium、Myxococcus、Nakamurella、Natranaerobius、Neisseria、Neorickettsia、Neptuniibacter、Nitratifractor、Nitratiruptor、Nitrobacter、Nitrococcus、Nitrosomonas、Nitrosospira、Nitrospira、Nocardia、Nocardioides、Nocardiopsis、Nodularia、Nostoc、Novosphingobium、Oceanibulbus、Oceanicaulis、Oceanicola、Oceanithermus、Oceanobacillus、Ochrobactrum、Octadecabacter、Odyssella、Oligotropha、Olsenella、Opitutus、Oribacterium、Orientia、Ornithinibacillus、Oscillatoria、Oscillochloris、Oxalobacter、Paenibacillus、Pantoea、Paracoccus、Parascardovia、Parasutterella、Parvibaculum、Parvimonas、Parvularcula、Pasteurella、Pasteuria、Pectobacterium、Pediococcus、Pedosphaera、Pelagibaca、Pelagibacter、Pelobacter、Pelotomaculum、Peptoniphilus、Peptostreptococcus、Persephonella、Petrotoga、Phaeobacter、Phascolarctobacterium、Phenylobacterium、Photobacterium、Pirellula、Planctomyces、Planococcus、Plesiocystis、Polaromonas、Polaromonas、Polymorphum、Polynucle

obacter、Poribacteria、Prochlorococcus、Propionibacterium、Proteus、Providencia、Pseudoalteromonas、Pseudoflavonifractor、Pseudomonas、Pseudonocardia、Pseudoramibacter、Pseudovibrio、Pseudoxanthomonas、Psychrobacter、Psychromonas、Puniceispirillum、Pusillimonas、Pyramidobacter、Rahnella、Ralstonia、Raphidiopsis、Regiella、Reinekea、Renibacterium、Rhizobium、Rhodobacter、Rhodococcus、Rhodoferax、Rhodomicrobium、Rhodopirellula、Rhodopseudomonas、Rhodospirillum、Rickettsia、Rickettsiella、Riesia、Roseburia、Roseibium、Roseiflexus、Roseobacter、Roseomonas、Roseovarius、Rothia、Rubrivivax、Rubrobacter、Ruegeria、Ruminococcus、Ruthia、Saccharomonospora、Saccharophagus、Saccharopolyspora、Sagittula、Salinispora、Salmonella、Sanguibacte、Scardovia、Sebaldella、Segniliparus、Selenomonas、Serratia、Shewanella、Shigella、Shuttleworthia、Sideroxydans、Silicibacter、Simonsiella、Sinorhizobium、Slackia、Sodalis、Solibacter、Solobacterium、Sorangium、Sphaerobacter、Sphingobium、Sphingomonas、Sphingopyxis、Spirochaeta、Sporosarcina、Stackebrandtia、Staphylococcus、Starkeya、Stenotrophomonas、Stigmatella、Streptobacillus、Streptococcus、Streptomyces、Streptosporangium、Subdoligranulum、subvibrioides、Succinatimonas、Sulfitobacter、Sulfobacillus、Sulfuricurvum、Sulfurihydrogenibium、Sulfurimonas、Sulfurospirillum、Sulfurovum、Sutterella、Symbiobacterium、Synechocystis、Syntrophobacter、Syntrophobotulus、Syntrophomonas、Syntrophothermus、Syntrophus、taiwanensis、Taylorella、Teredinibacter、Terriglobus、Thalassiobium、Thauera、Thermaerobacter、Thermanaerovibrio、Thermincola、Thermoanaerobacter、Thermoanaerobacterium、Thermobaculum、Thermobifida、Thermobispora、Thermocrinis、Thermodesulphateator、Thermodesulfobacterium、Thermodesulfobium、Thermodesulfovibrio、Thermomicrobium、Thermomonospora、Thermosediminibacter、Thermosinus、Thermosipho、Thermosynechococcus、Thermotoga、Thermovibrio、Thermus、Thioalkalimicrobium、Thioalkalivibrio、Thiobacillus、Thiomicrospira、Thiomonas、Tolumonas、Treponema、tribocorum、Trichodesmium、Tropheryma、Truepera、Tsukamurella、Turicibacter、Variovorax、Veillonella、Verminephrobacter、Verrucomicrobium、Verrucosispora、Vesicomyosocius、Vibrio、Vibrionales、Victivallis、Weissella、Wigglesworthia、Wolbachia、Wolinella、Xanthobacter、Xanthomonas、Xenorhabdus、Xylanimonas、Xylella、Yersinia、Zinderia and Zymomonasのみから成る群のバクテリア種から選択され得る。
詳細には、微生物細胞は、大腸菌(E.coli)、Pseudomonas sp.、Pseudomonas fluorescens、Pseudomonas putida、Pseudomonas stutzeri、Acinetobacter sp.、Burkholderia sp.、Burkholderia thailandensis、Cyanobakterien、Klebsiella sp.、Klebsiella oxytoca、Salmonella sp.、Rhizobium sp.及びRhizobium meliloti、Bacillus sp.、枯草菌(Bacillus subtilis)、Clostridium sp.、Corynebacterium sp.、Corynebacterium glutamicum、Brevibacterium sp.、Chlorella sp.並びにNostoc sp.から由来し得る。より詳細には、微生物細胞は、大腸菌から由来し得る。
アルカンは、炭素原子の数及びアルカンの構造(すなわち、分枝状、直鎖状、環状など)に応じて様々な適用を有する飽和炭化水素である。アルカン(技術的に、常に、非環式又は開鎖化合物)は、一般化学式C2n+2を有する。本発明の任意の態様に従って使用されるアルカンは、少なくとも6のC原子を含み得る。
詳細には、本発明の任意の態様に従って使用されるアルカンは、6〜22、6〜20、6〜18、6〜17、6〜16、6〜15、6〜14、6〜13、6〜12、6〜11、6〜10、8〜20、8〜19、8〜18、8〜16、8〜15、8〜12、8〜10の炭素原子(端点を含む)を含み得る。アルカンは、ヘキサン、ヘプタン、オクタン、ノナン、デカン、ウンデカン、ドデカン、トリデカン、テトラデカン ペンタデカン、ヘキサデカン、及びイコサンからなる群から選択され得る。詳細には、使用されるアルカンは、デカン、ウンデカン又はドデカンであってもよい。
酵素E
酵素Eは、少なくとも1つのアルカンを対応する1−アルカノールに変換する能力があり得る。詳細には、Eは、少なくとも1つのEC1.14.15.1のP450アルカンヒドロキシラーゼ(E)又はEC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)であってもよい。P450アルカンヒドロキシラーゼ(E)は、
− 二酵素成分 チトクロムP450アルカンヒドロキシラーゼ及びEC1.6.2.4のNAD(P)HチトクロムP450オキシドレダクターゼ、又は
− 三酵素成分 CYP153タイプのチトクロムP450アルカンヒドロキシラーゼ、EC1.18.1.2若しくはEC1.18.1.3のフェレドキシンNAD(P)+レダクターゼ及びフェレドキシンを含む反応系の成分である。
AlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E1b)は、
− 三酵素成分 EC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ、EC1.18.1.1の又はEC1.18.1.4のAlkTルブレドキシンNAD(P)+レダクターゼ及びルブレドキシンAlkGを含む反応系の成分であるEC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼを含む反応系の成分である。
詳細には、Eは、アルカンモノオキシゲナーゼとしても知られているAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)であってもよい。より詳細には、Eは、alkBGTによりコードされるPseudomonas putida GPo1に由来するアルカンモノオキシゲナーゼに対して少なくとも50%の配列同一性を含み得る。さらにより詳細には、Eは、ポリペプチドYP_001185946.1に対して少なくとも50%の配列同一性を含み得る。より詳細には、Eは、ポリペプチドYP_001185946.1に対して少なくとも50、60、65、70、75、80、85、90、91、94、95、98又は100%の配列同一性を含み得る。
酵素Ea
特に、酵素Eは少なくとも、AAO73954.1、AAO73953.1、XP_002546279.1、AAA34353.2、P30607.1、XP_002421627.1、XP_718670.1、CAA39366.1、XP_001527524.1、AAO73955.1、AAO73956.1、XP_002546278.1、EEQ43157.1、XP_718669.1、AAA34354.1、P10615.3、XP_002421628.1、226487、P16141.3、CAA39367.1、Q9Y757.2、XP_001485567.1、AAO73958.1、XP_001383506.2、XP_460111.2、AAO73959.1、Q12586.1、XP_460112.2、AAO73960.1、Q12589.1、AAO73961.1、XP_460110.2、EEQ43763.1、XP_710174.1、EDK41572.2、XP_001482650.1、CAA75058.1、XP_002548818.1、Q12588.1、XP_002422222.1、XP_001383636.2、XP_001525381.1、XP_002548823.1、P30610.1、AAO73952.1、XP_002548428.1、CAA36197.1、XP_002421126.1、AAA34320.1、P16496.3、P30608.1、P24458.1、XP_717999.1、XP_001383817.1、Q9Y758.1、XP_001482092.1、XP_001383710.2、P30609.1、AAB24479.1、XP_457792.1、XP_001524144.1、XP_457727.2、XP_001525578.1、XP_002616743.1、XP_002614836.1、XP_001525577.1、AAO73957.1、Q12585.1、XP_001386440.2、XP_002616857.1、XP_001483276.1、XP_500402.1、EDK39907.2、XP_500560.1、XP_001211376.1、XP_002560027.1、XP_504857.1、XP_500855.1、XP_504406.1、BAA31433.1、XP_500856.1、XP_501148.1、XP_746567.1、XP_001262425.1、XP_001274843.1、XP_002840588.1、XP_002377641.1、XP_001825995.1、XP_001400739.1、XP_718066.1、CAA35593.1、XP_664735.1、XP_002150795.1、XP_500097.1、XP_002483325.1、XP_504311.1、XP_500273.1、XP_002548817.1、EDP54484.1、XP_755288.1、XP_001260447.1、EFY97851.1、ACD75398.1、ADK36660.1、XP_001213081.1、XP_002377989.1、XP_001826299.1、XP_001554811.1、XP_501667.1、XP_002148942.1、ADK36662.1、XP_002565827.1、P30611.1、XP_001267871.1、XP_002372373.1、EFY84686.1、P43083.1、XP_001263094.1、XP_002148355.1、XP_002568429.1、XP_001817314.1、Q12587.1、XP_001396435.1、XP_001938589.1、XP_001388497.2、XP_663661.1、XP_003295335.1、XP_002152088.1、XP_001212071.1、Q12573.1、XP_002379858.1、XP_001821592.1、XP_002844341.1、XP_001394678.1、ACD75400.1、BAK03594.1、XP_003170343.1、XP_001265480.1、XP_002550661.1、EDP55514.1、XP_001528842.1、XP_749919.1、XP_001593058.1、P30612.1、EGC48494.1、EEH04429.1、XP_001585586.1、XP_003236182.1、XP_001400199.1、EEQ46951.1、XP_721410.1、EGP87864.1、XP_002380808.1、XP_001792771.1、XP_001208515.1、XP_001216161.1、XP_003071804.1、EFW16963.1、XP_002542118.1、XP_001936677.1、EGD95268.1、XP_003015678.1、XP_501748.1、XP_003169562.1、EFY96492.1、XP_682653.1、XP_002421356.1、CAK43439.1、EFY93677.1、XP_747767.1、XP_001244958.1、XP_003019635.1、XP_002847463.1、EGP83273.1、EGR52487.1、XP_002622526.1、XP_002563618.1、CBX99718.1、XP_001552081.1、XP_003066638.1、XP_003176049.1、ACD75402.1、BAA05145.1、XP_002482834.1、XP_001257501.1、XP_001934574.1、XP_001269972.1、XP_001587438.1、XP_001215856.1、XP_002149824.1、XP_001550556.1、XP_003011982.1、XP_001827121.1、XP_003233566.1、XP_003022481.1、EGR47044.1、EFQ34695.1、XP_003170005.1、BAG09241.1、XP_002796370.1、XP_003019300.1、XP_002563873.1、CAK40654.1、EEH19741.1、XP_003012518.1、EGD95716.1、XP_003239409.1、BAJ04363.1、XP_001537012.1、BAE66393.1、EGP85214.1、XP_002487227.1、AAV66104.1、EGE07669.1、XP_362943.2、XP_003016806.1、EFQ27388.1、XP_002384360.1、XP_002836323.1、XP_001274959.1、EFZ03093.1、XP_661521.1、XP_002849803.1、XP_001589398.1、AAR99474.1、XP_003189427.1、XP_001823699.1、XP_364111.1、XP_001262753.1、EFY86805.1、XP_001390153.2、XP_002384738.1、XP_001941811.1、XP_001220831.1、XP_003296981.1、XP_002480829.1、BAD83681.1、XP_001827526.2、XP_369556.1、CAK38224.1、EFQ26532.1、XP_002562328.1、XP_001904540.1、EGO52476.1、XP_002382002.1、XP_001225874.1、XP_958030.2、XP_002540883.1、XP_001908957.1、XP_001559255.1、XP_364102.1、EDP48064.1、XP_365075.1、XP_381460.1、CBX95930.1、XP_003054099.1、XP_361347.2、XP_002846867.1、XP_001214985.1、EFQ35175.1、XP_002479062.1、XP_001908613.1、XP_003345380.1、EGR50567.1、XP_002479350.1、XP_001394417.2、XP_001394159.2、XP_002146776.1、EGP86783.1、EFX02953.1、CAK45889.1、XP_003006887.1、XP_002541427.1、XP_750735.1、XP_001257962.1、EGO51720.1、XP_003005336.1、EGP83197.1、XP_002149832.1、XP_003052680.1、XP_365851.1、XP_001799910.1、XP_003347175.1、XP_002565258.1、EGR48918.1、EGR52524.1、XP_964653.2、XP_002147083.1、XP_002843935.1、EEH19393.1、CAC10088.1、EEH47609.1、EEQ92528.1、XP_001246560.1、XP_002626168.1、XP_003024880.1、XP_003169255.1、XP_003013780.1、XP_003235691.1、XP_746816.1、EGD98483.1、XP_001389925.2、XP_002842817.1、XP_002797278.1、ADK36666.1、XP_003305469.1、XP_001548471.1、XP_001806478.1、EFQ34989.1、XP_001552987.1、CAC24473.1、XP_002541530.1、EEQ89262.1、XP_001247332.1、XP_003066043.1、EDP47672.1、XP_002628451.1、XP_001910644.1、EGR44510.1、EFQ36733.1、XP_003052472.1、XP_001393445.2、XP_001522438.1、EGO04179.1、XP_001397944.2、CAK49049.1、EFQ30109.1、XP_001585052.1、EGO30123.1、XP_388496.1、XP_003173913.1、CBF76609.1、XP_003028593.1、EGO04180.1、CAK46976.1、XP_370476.1、XP_002145942.1、XP_003004457.1、ADK36663.1、XP_003040708.1、XP_003351473.1、EFY84692.1、XP_748328.2、XP_003190325.1、XP_002378813.1、EGR46513.1、XP_003033448.1、XP_002145326.1、XP_662462.1、XP_747469.1、XP_001935085.1、EGR45892.1、EGO01601.1、EGP89995.1、XP_001222615.1、XP_001224356.1、EGN93507.1、XP_001934479.1、BAK09464.1、EGO30124.1、XP_001267956.1、ADK36661.1、EFY97845.1、XP_001834501.1、EGO03790.1、XP_001884320.1、XP_003028899.1、AAP79879.1、EFY84206.1、BAK09467.1、XP_003030469.1、XP_001412594.1、XP_001834508.1、XP_001839436.2、XP_002583529.1、XP_001886288.1、XP_002843371.1、XP_001587730.1、BAK09418.1、BAK09442.1、EGO28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1、BAE47485.1、ACP39673.1、BAE47483.1、ACP39669.1、BAE47482.1、ACP39674.1、ACP39704.1、ACP39703.1、YP_497095.1、ACP39672.1、ACP39702.1、ACP39670.1、ACP39666.1、YP_458852.1、ACP39687.1、ACP39688.1、ACP39634.1、ACP39686.1、ACP39660.1、ACP39700.1、YP_001411309.1、ZP_01465241.1、ACP39701.1、ACP39679.1、ACP39657.1、ACP39694.1、ACP39659.1、ACP39671.1、ACP39693.1、及びYP_003342921.1のみから成る群から選択される1のP450アルカンヒドロキシラーゼ(E)であってよい。
酵素E
他の実施例では、酵素Eは少なくとも、YP_001185946.1、Q9WWW6.1、YP_957898.1、YP_957728.1、YP_694427.1、BAC98365.1、ZP_00957064.1、CAC86944.1、YP_001672212.1、CAB59525.1、ACH99213.1、ACH99215.1、ACH99216.1、AAK56792.1、ACH99229.1、ACS91348.1、AAP41820.1、ZP_05128075.1、CAM58121.1、CAM58085.1、ACQ44675.1、ACZ62808.1、ZP_01738706.1、ZP_01916228.1、ZP_01225325.1、YP_001023605.1、ACJ22747.1、ACT91140.1、AAT91722.2、CBA27418.1、YP_001889129.1、EGC97932.1、ACT91201.1、ZP_05083049.1、YP_554098.1、ZP_01900149.1、ADG26619.1、ADG26657.1、ADG26640.1、ZP_06838771.1、ADG26649.1、ADG26651.1、ZP_02374120.1、YP_368326.1、ZP_02380481.1、ADG26643.1、ADG26628.1、YP_442346.1、ADG26620.1、ADG26647.1、ZP_07673680.1、ADG26638.1、YP_002232139.1、YP_001118743.1、ZP_01764629.1、YP_108945.1、YP_334185.1、ZP_04897834.1、ZP_02889567.1、YP_620386.1、YP_002897546.1、ZP_02166109.1、ZP_02904755.1、ADG26639.1、YP_001892637.1、ADG26642.1、ZP_04939380.1、ZP_02464124.1、YP_102417.1、CAC36356.1、ACJ22727.1、YP_001764240.1、YP_002765609.1、YP_001945311.1、ZP_03586616.1、ACJ22665.1、ZP_03574223.1、CAC37038.1、ZP_02456517.1、YP_001807560.1、YP_002779449.1、AAK97454.1、YP_002912304.1、ACR55689.1、YP_003397515.1、YP_004361423.1、YP_772734.1、ACJ65014.1、ACT31523.1、ACJ22750.1、ZP_07375042.1、YP_002776786.1、ACB11552.1、ZP_02363472.1、ADG26653.1、ZP_04383196.1、ZP_02356342.1、ACJ22751.1、YP_952571.1、ACU43494.1、YP_001135977.1、YP_002764193.1、YP_003855036.1、YP_004078475.1、AAK97448.1、ZP_04388098.1、ACX30747.1、ADG26632.1、ACJ22719.1、ADO21492.1、ZP_05061580.1、ADR72654.1、ACZ65961.1、ACX30755.1、YP_001849604.1、AAV64895.1、YP_004495037.1、YP_702497.1、YP_001069662.1、ZP_06850622.1、BAF34299.1、CAB51024.2、YP_004008018.1、YP_003768535.1、ACJ65013.1、ZP_07282765.1、YP_886209.1、ACJ22725.1、ZP_08155372.1、YP_004493362.1、ZP_05228000.1、ZP_07717360.1、BAD67020.1、YP_004524245.1、ZP_07715778.1、NP_217769.1、ACS91349.1、YP_960105.1、ZP_07014137.1、YP_004746682.1、ZP_08022271.1、ACN62569.1、ADQ37951.1、YP_003647687.1、YP_003837040.1、ADG26600.1、YP_002768905.1、ZP_08553310.1、ADG26597.1、ACJ22749.1、ADG26598.1、YP_001704327.1、ZP_04385381.1、ZP_04751264.1、ADG26609.1、ADG26610.1、ZP_06417258.1、ADG26607.1、ADP98338.1、YP_003275257.1、YP_004084103.1、ADG26630.1、ADG26625.1、ADG26605.1、ADG26599.1、ZP_05218167.1、ADQ37950.1、YP_921354.1、ADG26645.1、ADG26612.1、YP_004493370.1、YP_638501.1、YP_003809668.1、NP_962298.1、ZP_04750514.1、ADG26608.1、ADT82701.1、ACJ06773.1、YP_120833.1、ADG26618.1、ADG26602.1、ADG26623.1、ZP_04383566.1、ZP_08122407.1、YP_004077166.1、ZP_05041651.1、ZP_04608296.1、ABU93351.2、YP_003658078.1、ADQ37949.1、ADG26652.1、YP_002765850.1、AAK97447.1、CAD24434.1、CAC40954.1、ACT91203.1、YP_120829.1、ZP_07282558.1、YP_003298195.1、YP_001851790.1、ZP_05827357.1、ADG26633.1、CAB51020.1、YP_953908.1、ZP_07990416.1、YP_119532.1、ZP_08442348.1、ZP_08276444.1、ZP_04661203.1、ABO12068.2、YP_001846325.1、ADQ37952.1、ZP_08198697.1、ZP_00996652.1、YP_001707231.1、ZP_08433663.1、ZP_08205256.1、YP_003732372.1、YP_906529.1、ACT91204.1、YP_001506534.1、YP_001713880.1、YP_883357.1、YP_004525252.1、ADG26604.1、YP_001134633.1、ZP_08195602.1、ZP_06690500.1、ZP_05826167.1、ADY81595.1、ZP_06056754.1、AAK31348.1、YP_251715.1、ZP_08461977.1、ZP_05847237.1、YP_712218.1、YP_001084670.1、ZP_04387164.1、YP_260041.1、YP_002873097.1、ADG26614.1、AAK97446.1、YP_001280943.1、ZP_04386125.1、AAC36353.2、CCA29159.1、CAD10804.1、CCA29151.1、CAC40953.1、CCA29161.1、ABA55770.1、AAS93604.4、CCA29173.1、CCA29155.1、CCA29156.1、ABA55772.1、CCA29154.1、ABA55793.1、CCA29162.1、CCA29170.1、ZP_03824539.1、CCA29166.1、CCA29136.1、ZP_06065934.1、ABB54493.1、CCA29169.1、YP_003112137.1、CCA29127.1、CCA29148.1、CCA29160.1、ZP_06057458.1、ABA55773.1、YP_004016090.1、CCA29139.1、YP_480358.1、ABA55787.1、CCA29150.1、CCA29130.1、ZP_07775830.1、ABA55779.1、CCA29132.1、YP_003732938.1、BAB33284.1、CCA29149.1、CCA29145.1、ABA55783.1、CCA29137.1、CCA29129.1、CCA29158.1、CCA29176.1、CCA29142.1、CCA29144.1、BAB33287.1、CCA29133.1、CCA29140.1、CCA29135.1、ZP_06066074.1、ZP_03823182.1、CCA29171.1、CCA29152.1、CCA29131.1、ABA55780.1、CCA29163.1、CCA29143.1、CCA29153.1、YP_001580600.1、CCA29134.1、CCA29138.1、YP_046098.1、ZP_06072466.1、ZP_05361594.1、ACU43504.1、CCA29147.1、CCA29146.1、ZP_06061712.1、ACT91185.1、ACT91147.1、ACT91178.1、ACT91167.1、ACT91181.1、ACT91188.1、ZP_06069784.1、ACT91205.1、ZP_06725872.1、ACT91171.1、CCA29128.1、ABY56787.1、ADE05602.1、ACU43474.1、ACJ22718.1、ABB90688.1、ACU43519.1、ABB96093.1、ACU43485.1、ACU43493.1、ABW76857.1、ACT91163.1、ACJ22673.1、ZP_06188150.1、ACT91242.1、ACT91225.1、ACT91211.1、ACU43479.1、ACU43491.1、ACU43522.1、ACU43486.1、ACT91221.1、ACJ22662.1、ACU43506.1、ACU43487.1、ACT91259.1、AAA97866.1、ACU43502.1、YP_001252544.1、ABB96084.1、ACU43520.1、ACJ22668.1、ACU43503.1、ACT91230.1、ABA55777.1、ACT91231.1、ZP_01748311.1、ACJ22724.1、ACU43475.1、ACU43511.1、ACU43490.1、ZP_08330953.1、ACU43484.1、CBX01596.1、ACT91168.1、YP_096989.1、ACT91215.1、YP_125370.1、ACT91233.1、ACU43478.1、ADE05603.1、ACJ22715.1、ACU43512.1、ACT91196.1、ACJ22692.1、ACU43510.1、ACU43521.1、ACT91174.1、ACT91213.1、ACT91142.1、ACT91206.1、ACT91216.1、ACT91182.1、ACT91255.1、ACT91246.1、ACT91217.1、ACT91155.1、ACT91240.1、ACT91207.1、ACU43495.1、YP_128249.1、ACT91160.1、YP_004052990.1、ACT91226.1、ACU43507.1、ABO61855.1、ACT91214.1、ACT91220.1、YP_001188237.1、ACJ22689.1、ZP_01689499.1、YP_004379711.1、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酵素E
酵素Eは、1−アルカノールを対応する1−アルカナールに変換する能力があり得る。詳細には、Eは、少なくとも1つのEC1.14.15.3のP450アルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.1.3.20のアルコールオキシダーゼ(E)又はEC1.1.1.1又はEC1.1.1.2のアルコールデヒドロゲナーゼ(E)であってもよい。より詳細には、Eは、P450アルカンヒドロキシラーゼ(E)、AlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.1.3.20のアルコールオキシダーゼ(E)、AlkJアルコールデヒドロゲナーゼ(Edi)、及びEC1.1.1.1又はEC1.1.1.2のアルコールデヒドロゲナーゼ(Edii)からなる群から選択され得る。
詳細には、Eは、アルカンモノオキシゲナーゼとしても知られているAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)であってもよい。より詳細には、Eは、alkBGTによりコードされるPseudomonas putida GPo1に由来するアルカンモノオキシゲナーゼに対して少なくとも50%の配列同一性を含み得る。さらにより詳細には、Eは、ポリペプチドYP_001185946.1に対して少なくとも50%の配列同一性を含み得る。より詳細には、Eは、ポリペプチドYP_001185946.1に対して少なくとも50、60、65、70、75、80、85、90、91、94、95、98又は100%の配列同一性を含み得る。
酵素E
アルコールオキシダーゼ(E)は、AAS46878.1、ACX81419.1、AAS46879.1、CAB75353.1、AAS46880.1、XP_712350.1、XP_002422236.1、XP_712386.1、EEQ43775.1、XP_001525361.1、XP_001386087.1、XP_459506.2、CAB75351.1、CAB75352.1、XP_001385255.2、EDK39369.2、XP_001484086.1、XP_002618046.1、XP_002548766.1、XP_002548765.1、XP_003041566.1、XP_003328562.1、XP_001214264.1、XP_001904377.1、XP_658227.1、XP_001591990.1、XP_753079.1、XP_002569337.1、XP_001268562.1、XP_003348911.1、EGP90120.1、XP_001389382.1、EER37923.1、XP_001264046.1、EGO58212.1、XP_001554225.1、XP_003298648.1、XP_959005.1、XP_002841296.1、XP_001940486.1、EGR52262.1、EEQ89581.1、EGD99881.1、EFQ33355.1、XP_001821106.1、XP_002622231.1、EGG03784.1、EGC44059.1、XP_003018036.1、XP_003011696.1、EFY90752.1、XP_001227812.1、XP_758170.1、XP_001243546.1、XP_002479333.1、XP_003344707.1、EFW14100.1、XP_003071927.1、XP_003171263.1、XP_003051757.1、XP_002147053.1、EEH19591.1、EEH50473.1、XP_001792978.1、XP_387094.1、EFY98644.1、XP_002788971.1、XP_002842592.1、EFX04185.1、XP_003231449.1、XP_001729067.1、CBX94189.1、XP_001413535.1、ACF22878.1、B5WWZ9.1、XP_002994642.1、XP_002269629.1、XP_002519938.1、XP_002982582.1、NP_001047464.1、EEC73620.1、XP_002981110.1、XP_002960521.1、NP_566729.1、XP_001541970.1、XP_002967201.1、BAK00483.1、XP_002182547.1、BAK02336.1、XP_002454190.1、XP_002328753.1、XP_002867943.1、XP_002285334.1、CAC87643.1、CAN71289.1、XP_002454188.1、AAL31049.1、XP_002464494.1、AAL31021.1、YP_117187.1、XP_002543430.1、CAA18625.1、XP_002883430.1、NP_193673.2、XP_002529832.1、XP_001753124.1、NP_001142399.1、ACN27562.1、XP_002464495.1、ACR36691.1、BAJ86655.1、B5WWZ8.1、NP_001148058.1、ABR17814.1、EAY78905.1、NP_194586.1、AAM63097.1、AAK64154.1、NP_001064839.2、XP_002869492.1、XP_002314488.1、AAL31024.1、ZP_06967355.1、AAP54248.2、XP_002311685.1、ACF87929.1、YP_907078.1、EGE07035.1、YP_001849908.1、XP_002464496.1、EEC67160.1、AAL31027.1、XP_001761391.1、XP_002961172.1、XP_002528823.1、XP_002966834.1、NP_001176205.1、XP_001763007.1、XP_002272123.1、XP_002889487.1、XP_003003157.1、NP_285451.1、EGG23219.1、NP_171895.2、YP_003395677.1、Q9ZWB9.1、ACF88407.1、ZP_06413771.1、EEE51131.1、YP_003835264.1、YP_003397164.1、YP_004081922.1、XP_003294587.1、EEE51130.1、YP_003647529.1、YP_003647985.1、CBI29206.3、XP_629786.1、ZP_07964664.1、EEE57396.1、EEH09589.1、YP_003265796.1、YP_001840752.1、ZP_08620775.1、ACR36076.1、ZP_05043749.1、YP_980677.1、ZP_05043728.1、YP_692894.1、NP_710223.1、EEC67159.1、AAP03110.1、EFA85697.1、YP_691805.1、YP_551012.1、YP_001174466.1、YP_002796294.1、YP_004716331.1、YP_001019547.1、YP_585737.1、AEA86007.1、YP_960830.1、YP_004743970.1、ZP_03431349.1、ZP_06448642.1、ZP_07430351.1、NP_215006.2、ZP_03535393.1、ZP_06801690.1、YP_001849132.1、NP_854165.1、ZP_03427234.1、CBJ27378.1、NP_334920.1、ZP_08571383.1、YP_728161.1、ZP_01896040.1、ZP_03530923.1、YP_551306.1、YP_003167456.1、YP_606070.1、ZP_06850167.1、ADP99095.1、YP_907986.1、ZP_04924166.1、ZP_08139923.1、YP_001270300.1、YP_521830.1、YP_003147410.1、YP_002007173.1、ADR62464.1、YP_004382294.1、NP_747223.1、YP_004687462.1、NP_902159.1、ZP_04936784.1、YP_003914667.1、ZP_01306356.1、ZP_04750553.1、YP_002875279.1、YP_004704374.1、YP_001671392.1、NP_249055.1、ZP_06876360.1、YP_001345853.1、YP_002437969.1、YP_004356853.1、YP_351075.1、CBI23676.3、YP_001189668.1、YP_001528881.1、YP_001613612.1、YP_001747218.1、YP_003393002.1、YP_001365074.1、ZP_07778129.1、ZP_07392715.1、YP_001553329.1、YP_262925.1、YP_751961.1、YP_564183.1、YP_003811876.1、YP_002356821.1、YP_001051828.1、YP_001837525.1、NP_716513.1、ZP_01915079.1、ZP_02156621.1、YP_001184631.1、YP_001475595.1、ZP_05042393.1、YP_962228.1、YP_001612275.1、ADV55625.1、YP_001675797.1、YP_003555260.1、ZP_01075039.1、YP_003812822.1、YP_001503351.1、EFN52938.1、YP_001759063.1、ZP_06503577.1、YP_871025.1、ZP_08564919.1、YP_002310162.1、YP_732875.1、YP_001092722.1、YP_739324.1、XP_002333995.1、NP_085596.1、YP_928870.1、EGD05748.1、NP_443993.1、ZP_08138057.1、ZP_05041587.1、ZP_07011380.1、YP_001612684.1、ZP_07669342.1、ZP_06508361.1、ZP_03423639.1、YP_923293.1、ZP_05061865.1、ZP_08181496.1、YP_559605.1、ZP_06841320.1、ZP_01620712.1、YP_001896340.1、ZP_03276650.1、YP_004303194.1、ZP_08180715.1、ZP_06382740.1、ZP_01034555.1、YP_004604560.1、YP_001020142.1、YP_935375.1、ZP_01546137.1、ZP_07661079.1、YP_001860640.1、ZP_06052841.1、ZP_01881170.1、ZP_05781455.1、YP_932732.1、ZP_08119300.1、YP_004715268.1、ZP_03697402.1、YP_004126957.1、ZP_06703136.1、NP_642445.1、ZP_08273900.1、YP_004524313.1、ZP_01902993.1、YP_001900094.1、AEA84888.1、YP_004690289.1、NP_714358.1、YP_682471.1、YP_003239.1、YP_997465.1、YP_003452130.1、ZP_01739153.1、YP_004219483.1、YP_001761298.1、ZP_01438251.1、CBI37146.3、ZP_04748383.1、YP_004362245.1、ZP_05912795.1、YP_003390234.1、YP_003122799.1、CCB77579.1、EGB06416.1、ZP_08389346.1、YP_191496.1、ZP_05224727.1、ZP_01125614.1、YP_466287.1、YP_001368620.1、YP_001380256.1、YP_002361951.1、YP_002756103.1、YP_001801399.1、ZP_06847140.1、YP_003200069.1、YP_001940247.1、YP_001584322.1、ZP_04679227.1、YP_002493674.1、YP_002135530.1、YP_004290424.1、YP_001772011.1、ZP_08189046.1、ZP_03423640.1、YP_001834251.1、ZP_01041752.1、YP_001533410.1、YP_269751.1、YP_002432994.1、YP_003694653.1、CAD47896.1、NP_769359.1、YP_004239460.1、YP_004605221.1、YP_001961214.1、YP_001837513.1、YP_004335962.1、YP_004358600.1、ZP_05050026.1、YP_003202983.1、BAD03777.1、ZP_02165013.1、NP_774131.1、YP_432169.1、ZP_05000547.1、YP_001261233.1、XP_002593969.1、XP_002603265.1、YP_003342435.1、

ZP_01253183.1、EGO36831.1、YP_001866737.1、YP_001523879.1、YP_133594.1、YP_003768990.1、YP_001237820.1、YP_003133224.1、ZP_01896771.1、ZP_01865125.1、NP_960319.1、YP_826958.1、YP_003326608.1、YP_002219515.1、NP_217926.1、ZP_07441899.2、YP_001208178.1、ADM42038.1、YP_002433510.1、ZP_08274313.1、EGO38668.1、ZP_03393221.1、NP_356358.1、ZP_06055780.1、YP_001684562.1、ZP_08528157.1、BAD03162.1、YP_001800712.1、ACL37106.1、YP_883489.1、ZP_01075202.1、NP_969446.1、ZP_01129577.1、YP_001530285.1、ZP_04746501.1、YP_001341980.1、YP_905003.1、ZP_05218299.1、及びZP_08665577.1のみから成る群から選択され得る。
特に、アルコールオキシダーゼ(E)は、AAS46878.1、ACX81419.1、AAS46879.1、CAB75353.1、AAS46880.1、XP_712350.1、XP_002422236.1、XP_712386.1、EEQ43775.1、CAB75351.1、CAB75352.1、XP_002548766.1、及びXP_002548765.1のみから成る群から選択され得る。
酵素Edi
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76113.1、YP_001068288.1、ZP_02457871.1、ZP_01014169.1、EGE60620.1、YP_001346810.1、YP_003408795.1、YP_003769675.1、YP_001257876.1
、EGH93583.1、ZP_01442222.1、YP_331617.1、ZP_05636703.1、YP_001594896.1、YP_002822967.1、YP_118823.1、ZP_01878717.1、ZP_07375284.1、YP_001371250.1、ZP_07658682.1、YP_002898825.1、ZP_01547199.1、YP_223070.1、ZP_05161482.1、ZP_04679742.1、YP_002778618.1、ZP_01626756.1、ZP_05101564.1、YP_002947374.1、NP_385053.1、YP_001328117.1、YP_004493948.1、YP_003339515.1、YP_004699488.1、ZP_05101969.1、YP_485352.1、ZP_01746033.1、ZP_06712293.1、ZP_01158125.1、ZP_01058616.1、ZP_05739755.1、NP_949067.1、ZP_02364657.1、YP_570690.1、YP_001208663.1、ZP_02357557.1、ZP_04751682.1、YP_001326253.1、YP_487666.1、ZP_05167919.1、ADI18237.1、YP_002825245.1、ZP_02144858.1、ZP_02188790.1、ZP_06794586.1、YP_001809828.1、YP_997974.1、YP_001476791.1、ZP_08635286.1、YP_676287.1、ZP_07308228.1、ZP_04596242.1、YP_001622726.1、NP_699590.1、ZP_01446884.1、YP_001168504.1、ZP_01616388.1、ZP_05117189.1、ZP_05876432.1、ADT64694.1、ZP_01754911.1、ZP_05880498.1、ZP_02360829.1、ZP_06052433.1、ZP_08663540.1、YP_003768966.1、ZP_02165422.1、ZP_00960985.1、ZP_07026655.1、YP_001753039.1、YP_371288.1、YP_002974725.1、YP_776880.1、ZP_05784963.1、ZP_05124380.1、YP_459030.1、ZP_05090690.1、ZP_05064893.1、ZP_02367982.1、ZP_01890564.1、NP_541848.1、ZP_00960263.1、ZP_02961617.1、YP_001242097.1、及びZP_05838258.1のみから成る群から選択され得る。
詳細には、Ediは、Q00593.1、Q9WWW2.1、ZP_00957061.1、YP_957894.1、CAC38030.1、YP_694430.1、YP_957725.1、及びYP_001672216.1からなる群から選択され得る。
酵素Edii
アルコールデヒドロゲナーゼ(Edii)は、細菌、特に大腸菌に由来する、AdhE、AdhP、YjgB、YqhD、GldA、EutG、YiaY、AdhE、AdhP、YhhX、YahK、HdhA、HisD、SerA、Tdh、Ugd、Udg、Gmd、YefA、YbiC、YdfG、YeaU、TtuC、YeiQ、YgbJ、YgcU、YgcT、YgcV、YggP、YgjR、YliI、YqiB、YzzH、LdhA、GapA、Epd、Dld、GatD、Gcd、GlpA、GlpB、GlpC、GlpD、GpsA及びYphCからなる群から選択され得る。
酵素E
酵素Eは、少なくとも1つの1−アルカナールを対応するアルカン酸に変換する能力があり得る。詳細には、Eは、EC1.14.15.3−のP450アルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)、1−アルカノールを1−アルカナールを経て対応するアルカン酸に直接酸化する能力がある、EC1.1.3.20の二機能性アルコールオキシダーゼ(E)、二機能性AlkJアルコールデヒドロゲナーゼ(Edi)又はEC1.1.1.1若しくはEC1.1.1.2の二機能性アルコールデヒドロゲナーゼ(Edii)、及びアルデヒドデヒドロゲナーゼ(E)からなる群から選択され得る。
酵素E
酵素E、アルデヒドデヒドロゲナーゼは、転換ω−オキソアルカン酸(エステル)=ω−カルボキシアルカン酸(エステル)を触媒する能力があり得る。
上記反応を触媒するために、Eは、EC1.2.1.3、EC1.2.1.4若しくはEC1.2.1.5のアルデヒドデヒドロゲナーゼ、EC1.1.3.20の脂肪アルコールオキシダーゼ、EC1.1.99.−のAlkJアルコールデヒドロゲナーゼ及びEC1.1.1.1若しくはEC1.1.1.2のアルコールデヒドロゲナーゼであってもよい。
一例では、Eは、以下の反応を特異的に触媒する能力があり得る:
ω−オキソアルカン酸(エステル)+NAD(P)=ω−カルボキシアルカン酸(エステル)+NAD(P)H+H
この場合、酵素Eは、細菌、特に大腸菌に由来する、EC1.2.1.3、EC1.2.1.4又はEC1.2.1.5のアルデヒドデヒドロゲナーゼであってもよい、並びにPrr、Usg、MhpF、AstD、GdhA、FrmA、Feab、Asd、Sad、PuuE、GabT、YgaW、BetB、PutA、PuuC、FeaB、AldA、Prr、EutA、GabD、AldB、TynA及びYneIからなる群から選択され得る。
別の例では、酵素Eは、以下の反応を触媒する能力があり得る:
ω−オキソアルカン酸(エステル)+O=ω−カルボキシアルカン酸(エステル)+H
この場合、Eは、EC1.1.3.20の脂肪アルコールオキシダーゼであってもよく、上記酵素Eとして提供されるリストから選択されてもよい。
別の例では、Eは、少なくとも1つのEC1.1.99のAlkJアルコールデヒドロゲナーゼであってもよく、Ediとして上記で提供されるリストから選択されてもよい。
さらなる例では、Eは、酵素Ediiとして提供されるリストから選択される、EC1.1.1.1又はEC1.1.1.2のアルコールデヒドロゲナーゼであってもよい。
酵素E
酵素Eは、少なくとも1つのアルカン酸を対応するアルカン酸エステルに変換する能力があり得る。詳細には、Eは、少なくとも1つのワックス−エステルシンターゼであってもよく、これはアルコールO−アシルトランスフェラーゼ(EC2.3.1.20、EC2.3.1.75)(E)、又はアルコールO−アセチルトランスフェラーゼ(E)(EC2.3.1.20、EC2.3.1.75又はEC2.3.1.84)としても知られている。
一例では、Eは、少なくとも1つのワックス−エステルシンターゼ(E)であってもよい。より詳細には、Eは、Acinetobacter calcoaceticus ADP1、又はHahella chejuensisのO−アセチルトランスフェラーゼ(acetyltranferase)に対して少なくとも50%の配列同一性を含み得る。さらにより詳細には、Eは、ポリペプチドP_045555.1、WP_011398768.1又はNP_808414.2に対して少なくとも50%の配列同一性を含み得る。より詳細には、Eは、ポリペプチドYP_045555.1、WP_011398768.1及びNP_808414.2からなる群から選択されるポリペプチドに対して少なくとも50、60、65、70、75、80、85、90、91、94、95、98又は100%の配列同一性を有するポリペプチドを含み得る。一例では、Eは、配列番号2に対して少なくとも50、60、65、70、75、80、85、90、91、94、95、98又は100%の配列同一性を有するポリペプチドを含み得る。
酵素E
特に、酵素Eは、WP_011398768.1、NP_808414.2、NP_001178653.1、XP_003272721.1、XP_002720111.1、NP_001002254.1、XP_529027.1、XP_002831804.1、BAC28882.1、XP_549056.2、XP_002918053.1、XP_001085075.1、XP_002763005.1、XP_002700092.1、XP_599558.4、EDL95940.1、XP_001496780.1、CAD89267.1、EFB28125.1、YP_004747160.1、YP_004746900.1、YP_004746665.1、YP_004746558.1、YP_004746531.1、YP_004746530.1、YP_004745948.1、YP_004745222.1、YP_004744358.1、YP_004743710.1、YP_002492297.1、AEK40846.1、YP_001847685.1、YP_001712672.1、YP_001706290.1、YP_004724737.1、YP_004723134.1、AEJ51098.1、AEJ48174.1、AEJ47480.1、YP_004392630.1、YP_004099725.1、YP_003912033.1、YP_003652731.1、YP_003301387.1、YP_003298139.1、YP_001509672.1、YP_001505948.1、YP_001432486.1、YP_001432432.1、YP_924893.1、YP_923981.1、YP_922869.1、YP_922597.1、YP_922419.1、ZP_08629145.1、ZP_08628906.1、YP_001380027.1、YP_001280731.1、YP_001280730.1、YP_888966.1、YP_890540.1、YP_888236.1、YP_888223.1、YP_888574.1、YP_884705.1、YP_889488.1、YP_886248.1、YP_882534.1、YP_881069.1、YP_881444.1、YP_883472.1、YP_879642.1、YP_884073.1、YP_880917.1、YP_882201.1、YP_879422.1、YP_707862.1、YP_707847.1、YP_707633.1、YP_707572.1、YP_707571.1、YP_706785.1、YP_706267.1、YP_705586.1、YP_705294.1、YP_702929.1、YP_701572.1、YP_700576.1、YP_700081.1、YP_700033.1、YP_700018.1、YP_700017.1、YP_699999.1、CCB78299.1、CCB78283.1、CCB72233.1、YP_004663601.1、YP_004525283.1、YP_004524901.1、YP_004524237.1、YP_004524223.1、YP_004523752.1、YP_004522677.1、YP_004521797.1、YP_004521441.1、YP_004020500.1、YP_004014348.1、EGO40684.1、EGO38684.1、EGO38655.1、EGO37244.1、EGO36970.1、EGO36701.1、YP_003951335.1、YP_003812176.1、YP_003811992.1、YP_003810691.1、YP_003810418.1、YP_003809501.1、ZP_08574204.1、CCA19760.1、XP_002900672.1、ZP_06414567.1、ZP_06413635.1、ZP_06411773.1、ZP_06411772.1、ZP_06271823.1、ZP_05620754.1、ZP_05360001.1、ZP_04752019.1、ZP_04751943.1、ZP_04750965.1、ZP_04750465.1、ZP_04750453.1、ZP_04750228.1、ZP_04750091.1、ZP_04749363.1、ZP_04749348.1、ZP_04749293.1、ZP_04749287.1、ZP_04749022.1、ZP_04748677.1、ZP_04747379.1、ZP_04747377.1、ZP_04747348.1、ZP_04747282.1、ZP_04747159.1、ZP_04747093.1、ZP_04746958.1、ZP_04717323.1、ZP_04684258.1、ZP_04386203.1、ZP_04385082.1、ZP_04384030.1、ZP_04384029.1、ZP_03534755.1、ZP_01115502.1、ZP_01102322.1、YP_004583872.1、YP_004583323.1、YP_004573656.1、YP_004571392.1、YP_003513699.1、ZP_08553011.1、ZP_08552672.1、YP_003467054.1、YP_003572597.1、YP_579515.1、YP_001136465.1、YP_001136231.1、YP_001135959.1、YP_001135349.1、YP_001133828.1、YP_001133806.1、YP_001133693.1、YP_001133270.1、YP_001132329.1、YP_001131721.1、YP_001131631.1、YP_001073715.1、YP_001073143.1、YP_001072388.1、YP_001072036.1、YP_001071893.1、YP_001071814.1、YP_001071689.1、YP_001070856.1、YP_001069682.1、YP_001069164.1、YP_001068496.1、YP_939377.1、YP_642242.1、YP_641664.1、YP_641419.1、YP_640919.1、YP_640783.1、YP_640704.1、YP_640572.1、YP_640571.1、YP_640494.1、YP_639709.1、YP_639198.1、YP_638523.1、YP_638030.1、YP_637968.1、YP_637380.1、YP_446603.1、NP_001185377.1、NP_200151.2、NP_568547.1、NP_197641.1、NP_200150.1、NP_197139.1、NP_190490.1、NP_190488.1、NP_177356.1、YP_004495408.1、YP_004495023.1、YP_004494197.1、YP_004494168.1、YP_004493973.1、YP_004493936.1、YP_004493628.1、YP_004493589.1、YP_004493509.1、YP_004493477.1、YP_004493462.1、YP_004492352.1、YP_004492155.1、YP_004492039.1、YP_004491716.1、YP_004491715.1、YP_004491501.1、YP_003375642.1、YP_003411203.1、YP_003410436.1、YP_003395271.1、YP_003395089.1、YP_003393635.1、YP_003384208.1、YP_003379551.1、ZP_04388235.1、YP_002134168.1、ZP_01900421.1、ZP_01900085.1、ZP_01899829.1、ZP_01898741.1、BAK05274.1、BAJ93623.1、BAJ97841.1、BAK08349.1、BAJ93204.1、BAJ92722.1、BAK06983.1、BAJ86545.1、BAK02325.1、BAJ85619.1、BAJ84892.1、ZP_05218281.1、ZP_05218149.1、ZP_05217310.1、ZP_05216978.1、ZP_05216447.1、ZP_05216446.1、ZP_05216025.1、ZP_05214687.1、ZP_08476543.1、ZP_04749239.1、YP_823060.1、ADP99639.1、ADP98951.1、ADP98855.1、ADP98710.1、ADP96265.1、ZP_08461736.1、ZP_08461735.1、ZP_07608690.1、YP_045555.1、YP_872243.1、YP_004009106.1、YP_004008736.1、YP_004008003.1、YP_004007600.1、YP_004006799.1、YP_004006436.1、YP_004006072.1、YP_004005008.1、YP_003486913.1、NP_301898.1、ZP_08434757.1、YP_004079491.1、YP_004078785.1、YP_004077880.1、YP_004076486.1、YP_004076464.1、YP_004076350.1、YP_004075391.1、YP_004074864.1、ZP_01103855.1、YP_465274.1、ZP_08403393.1、ZP_08402717.1、ZP_08402716.1、YP_004427559.1、YP_001277083.1、YP_001276783.1、YP_524767.1、YP_522739.1、YP_521788.1、YP_004335162.1、YP_004333708.1、YP_004332973.1、YP_004332349.1、YP_004157731.1、YP_004224204.1、YP_003275673.1、YP_003275371.1、YP_003274979.1、YP_003274924.1、YP_003274705.1、YP_956544.1、YP_955502.1、YP_955007.1、YP_954887.1、YP_954886.1、YP_954859.1、YP_954399.1、YP_953715.1、YP_953073.1、YP_952592.1、YP_951909.1、YP_951298.1、YP_951083.1、ZP_08287899.1、ZP_08272356.1、ZP_08270967.1、CCA60099.1、CCA56737.1、YP_983728.1、YP_550833.1、YP_549124.1、YP_121795.1、YP_120815.1、YP_118589.1、YP_117783.1、YP_117375.1、YP_003646883.1、YP_003646055.1、YP_003645661.1、EGE49469.1、ZP_08234310.1、CBZ53121.1、YP_004010866.1、EGE24961.1、EGE18726.1、EGE15701.1、EGE12950.1、EGE10026.1、EGB03968.1、ZP_08206563.1、ZP_08205089.1、ZP_08204958.1、ZP_08204416.1、ZP_08203326.1、YP_714381.1、YP_713817.1、YP_694462.1、YP_693524.1、YP_003341775.1、YP_003339587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ZP_06801236.1、ZP_06799517.1、ZP_05769718.1、ZP_05768326.1、ZP_05767970.1、ZP_05766272.1、ZP_05763839.1、YP_003204265.1、YP_003203570.1、YP_003200768.1、YP_003134884.1、YP_003134608.1、ZP_05140320.1、NP_001140997.1、EEE64643.1、EEE55448.1、EEE32548.1、ZP_03534756.1、ZP_03533653.1、ZP_03531929.1、EEC71274.1、EAY98969.1、EAY75974.1、EAY75973.1、ADZ24988.1、ZP_08157247.1、ZP_08156660.1、ZP_08156249.1、ZP_08153292.1、ZP_08152876.1、ZP_08152662.1、YP_002946672.1、YP_960669.1、YP_960629.1、YP_960328.1、YP_958134.1、YP_957462.1、YP_001022272.1、ZP_08123690.1、ZP_08120547.1、ZP_08119498.1、EGB29195.1、EGB27143.1、YP_003770089.1、YP_003769971.1、YP_003764703.1、YP_003764513.1、YP_003103950.1、YP_003168536.1、YP_003168331.1、YP_003166844.1、CAJ88696.1、NP_769520.1、YP_001141853.1、YP_001108534.1、YP_001106516.1、YP_907824.1、YP_907344.1、YP_906945.1、YP_906856.1、YP_906855.1、YP_906831.1、YP_906494.1、YP_906243.1、YP_905962.1、YP_905765.1、YP_905343.1、YP_905239.1、YP_325796.1、YP_130413.1、NP_625255.1、NP_624462.1、NP_338129.1、NP_338004.1、NP_337859.1、NP_337740.1、NP_337694.1、NP_336266.1、NP_335919.1、NP_335351.1、NP_334638.1、NP_218257.1、NP_218251.1、NP_217997.1、NP_217888.1、NP_217751.1、NP_217750.1、NP_217646.1、NP_217604.1、NP_217603.1、NP_217000.1、NP_216801.1、NP_216276.1、NP_215941.1、NP_215410.1、NP_214735.1、ZP_04661667.1、EFW44815.1、EFW44455.1、ZP_08024634.1、ZP_08024620.1、ZP_08023777.1、ZP_08023597.1、YP_002784032.1、YP_002783585.1、YP_002782904.1、YP_002782647.1、YP_002780099.1、YP_002779887.1、YP_002778497.1、YP_002777657.1、YP_002777402.1、ZP_07966321.1、ZP_07944768.1、CBI21867.3、CBI40547.3、CBI40544.3、CBI40540.3、CBI40536.3、CBI40534.3、CBI40533.3、CBI32385.3、ZP_05765756.1、ZP_05765643.1、ZP_05765597.1、ZP_05765596.1、YP_001705267.1、YP_001704692.1、YP_001704281.1、YP_001702654.1、YP_001701260.1、ZP_05770434.1、ZP_05766274.1、ZP_05762133.1、ZP_05762130.1、ZP_01101223.1、YP_481580.1、YP_979623.1、YP_979196.1、ZP_07414300.2、ZP_03537340.1、ZP_03537339.1、ZP_03536772.1、ZP_03536404.1、ZP_03433478.1、ZP_03430367.1、ZP_03430260.1、ZP_03429345.1、ZP_03428583.1、ZP_03426905.1、ZP_03426458.1、ZP_03426456.1、ZP_03426455.1、ZP_03425014.1、ZP_03424082.1、ZP_03421649.1、ZP_03419291.1、ZP_03418394.1、ZP_03417976.1、ZP_03414875.1、ZP_06952098.1、ZP_05528769.1、ZP_05527907.1、ZP_05227984.1、ZP_05227897.1、ZP_05227653.1、ZP_05227585.1、ZP_05227420.1、ZP_05227202.1、ZP_05226387.1、ZP_05226386.1、ZP_05225355.1、ZP_05225200.1、ZP_05223431.1、ZP_05223402.1、ZP_04697793.1、ZP_02550609.1、ZP_02548969.1、EEE25493.1、ABO13188.2、ZP_07205208.1、YP_589436.1、BAJ33896.1、ZP_07718107.1、ZP_07717513.1、ZP_07717390.1、ZP_07716424.1、ZP_04384387.1、ZP_07376578.1、ZP_06871097.1、ZP_06852444.1、ZP_06852442.1、ZP_06852283.1、ZP_06852150.1、ZP_06852032.1、ZP_06850980.1、ZP_06850766.1、ZP_06850644.1、ZP_06849846.1、ZP_06849446.1、ZP_06849265.1、ZP_06848894.1、ZP_06848550.1、ZP_06847321.1、ZP_06847245.1、ZP_06728640.1、ZP_06155537.1、ZP_03822106.1、ZP_03822105.1、ZP_03264909.1、ZP_01915979.1、ZP_01914209.1、ZP_01909198.1、ZP_01895985.1、ZP_01893763.1、ZP_01893601.1、ZP_01893547.1、ZP_01864269.1、ZP_01736818.1、ZP_01693481.1、ZP_01626518.1、ZP_01616172.1、ZP_01461648.1、ZP_01439861.1、ZP_01311414.1、ZP_01222733.1、ZP_01038993.1、ZP_00997001.1、ZP_06533596.1、ZP_07308012.1、ZP_07282351.1、ZP_07282257.1、ZP_07278697.1、ZP_07277986.1、ZP_07277799.1、ZP_07011797.1、ZP_06913634.1、ZP_06711075.1、ZP_06575037.1、ZP_06523715.1、ZP_06522644.1、ZP_06520408.1、ZP_06518751.1、ZP_06514733.1、ZP_06511304.1、ZP_06510466.1、ZP_06509700.1、ZP_06504004.1、ZP_06452618.1、ZP_06451687.1、ZP_06450049.1、ZP_06444722.1、ZP_06443996.1、ZP_06443677.1、ZP_06438510.1、ZP_06435077.1、ZP_06434554.1、ZP_06432969.1、ZP_06431341.1、ZP_06430915.1、ZP_05129423.1、ZP_05127637.1、ZP_05126217.1、ZP_05096686.1、ZP_05095013.1、ZP_05094400.1、ZP_05093434.1、ZP_05043539.1、ZP_05041631.1、ZP_04959394.1、ZP_04956551.1、ZP_01052702.1、YP_437020.1、YP_436128.1、YP_432512.1、YP_432391.1、ZP_06072118.1、ZP_06069021.1、ZP_06065092.1、ZP_06062254.1、YP_003032200.1、YP_003030813.1、YP_002766854.1、YP_002766842.1、YP_002766292.1、YP_002765623.1、YP_002765076.1、YP_002764977.1、YP_002764976.1、YP_002764693.1、YP_002764633.1、YP_002646305.1、YP_002646304.1、YP_001853537.1、YP_001853530.1、YP_001853214.1、YP_001852100.1、YP_001851711.1、YP_001851686.1、YP_001851684.1、YP_001851611.1、YP_001851610.1、YP_001851579.1、YP_001850950.1、YP_001850935.1、YP_001850900.1、YP_001850899.1、YP_001850378.1、YP_001849911.1、YP_001849825.1、YP_001849624.1、YP_001849470.1、YP_001848848.1、YP_001848784.1、YP_001822237.1、YP_001289190.1、YP_001289078.1、YP_001288434.1、YP_001287727.1、YP_001286168.1、YP_001085790.1、YP_856793.1、YP_629387.1、YP_615587.1、YP_615252.1、YP_457389.1、YP_263530.1、NP_962591.1、NP_962411.1、NP_962281.1、NP_961234.1、NP_960903.1、NP_960387.1、NP_960090.1、NP_959281.1、NP_959065.1、NP_857403.1、NP_857149.1、NP_857148.1、NP_857047.1、NP_856907.1、NP_856759.1、NP_856156.1、NP_855443.1、NP_855112.1、NP_853892.1、NP_828432.1、NP_603766.1、XP_003081224.1、YP_003778608.1、YP_003730939.1、XP_003059244.1、ADI13131.1、XP_002992800.1、XP_002963877.1、XP_001419779.1、XP_002988280.1、XP_002987493.1、CBH32551.1、CBH32550.1、CBH19575.1、CBH19574.1、YP_003627553.1、XP_002879777.1、XP_002877657.1、XP_002877655.1、XP_002873570.1、XP_002871716.1、XP_002870738.1、XP_002868506.1、XP_002865972.1、XP_002864239.1、XP_002862308.1、ZP_05823139.1、NP_001043877.1、ZP_06693274.1、ZP_06058985

.1、NP_001044374.1、XP_002835451.1、XP_002787542.1、XP_002785958.1、XP_002785645.1、XP_002783220.1、XP_002774061.1、XP_002767852.1、XP_002766051.1、XP_002765456.1、XP_002765455.1、XP_002677788.1、XP_002671612.1、XP_002736281.1、CBA31373.1、XP_002184474.1、XP_002325936.1、XP_002323705.1、XP_002325937.1、XP_002323911.1、XP_002323706.1、XP_002328965.1、XP_002318416.1、XP_002310400.1、ACY38597.1、ACY38596.1、ACY38595.1、ACY38594.1、ACY38593.1、ACY38592.1、ACY38591.1、ACY38590.1、ACX81315.1、ACX81314.1、XP_001868729.1、XP_001847517.1、XP_001847515.1、XP_002502575.1、ACU20370.1、ACU18073.1、XP_002523348.1、XP_002516707.1、XP_002429016.1、BAH89673.1、XP_002440221.1、XP_002459294.1、XP_002458560.1、XP_320167.4、XP_001780431.1、XP_002364905.1、XP_002263196.1、XP_002263137.1、XP_002263409.1、XP_002263252.1、XP_002268615.1、XP_002278404.1、XP_002274522.1、XP_002282418.1、XP_001633379.1、XP_001632267.1、XP_001632004.1、XP_001622638.1、XP_002155609.1、XP_759225.1、XP_002152406.1、XP_001914129.1、XP_001738032.1、XP_001731626.1、XP_001209859.1、CAN79451.1、CAN78449.1、CAN72806.1、CAN71951.1、CAN71950.1、CAN76656.1、CAN62907.1、AAZ08051.1、ABO21022.1、ABO21021.1、ABO21020.1、ABJ96321.1、BAF01088.1、XP_758106.1、BAC42871.1、BAB09801.1 and BAB09102.1のみからなる群から選択され得る。
他の実施例では、酵素Eは、以下のNCBI遺伝子識別子:
6647910、13882037、13883719、50084045、83635736、118163591、118569740、118570272、119538589、119959533、126237252、126567232、126629771、148572721、148572722、149823553、149825234、169147806、196196001、214037899、219677786、257447091、262316603、283813570、301796553、301796826、311312714、311696766、325556018、332970561、333482117、333482229、333482837、333484048、334890574、334890744、353189260、358244577、359308666、359732244、359818908、363993190、365814880、374845325、377531673、378802538、384523048、391857871、391858262、391861199、396932954、396935129、399235093、400203587、407372801、407812577、432156225、433296179、442581482、443888426、444755700、449424446、464803513、479864102、479886236、479966651、480005669、480024154、480028610、490485999、498274456、500625946、515076064、516264416、516277644、516906883、516908681、516909557、516913828、516945324、517143888、517432433、517516200、518350146、518501601、518568414、518644062、518944419、518947555、521014811、521056034、521076792、521077398、521090665、521712969、521812448、521986522、522129827、522136843、522139413 and 522139737
のみから成る群から選択され得る。
酵素E
詳細には、酵素Eは、EGA72844.1、NP_015022.1、S69991、AAP72991.1、EDN63695.1、BAA05552.1、AAP72992.1、S69992、AAP72995.1、XP_002552712.1、XP_001646876.1、XP_002551954.1、EGA82692.1、EDN61766.1、EGA86689.1、EGA74966.1、AAU09735.1、NP_011693.1、XP_445666.1、BAA13067.1、AAP72993.1、EGA62172.1、XP_455762.1、及びEGA58658.1からなる群から選択され得る。
酵素E
酵素Eは、少なくとも1つのアルカン酸エステルを対応するω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルに変換する能力があり得る。詳細には、Eは、Eとしてリストされる任意の酵素であってもよい。詳細には、Eは、少なくとも1つのEC1.14.15.3のP450アルカンヒドロキシラーゼ(E)又はEC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)であってもよい。
酵素E
酵素Eは、少なくとも1つのω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルを対応するω−オキソアルカン酸エステルに変換する能力があり得る。詳細には、Eは、Eとしてリストされる任意の酵素であってもよい。詳細には、酵素Eは、EC1.14.15.3−のP450アルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.1.3.20のアルコールオキシダーゼ(E)及びEC1.1.1.1又はEC1.1.1.2のアルコールデヒドロゲナーゼ(E)からなる群から選択され得る。
酵素Eとの関係において使用される語句「存在する場合」は、ω−オキソアルカン酸エステルを産生するために遺伝的に改変されている細胞を指す。本発明の任意の態様による細胞は、野生型細胞と比較して、酵素Eの増加した発現を含んでもよく、したがって、ω−オキソアルカン酸エステルを産生することが可能である。別の例では、本発明の任意の態様による細胞は、野生型細胞と比較して、酵素Eの増加した発現を含まなくてもよく、したがって、ω−オキソアルカン酸エステルを産生することが可能ではない。したがって、これらの細胞は、主にω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルを産生し得る。したがって、本発明の任意の態様による細胞が酵素Eの増加した発現を含む場合(すなわち、存在する場合)、ω−オキソアルカン酸エステルが産生され得る。
酵素E
酵素Eは、少なくとも1つのω−オキソアルカン酸を対応するω−アミノアルカン酸エステルに変換する能力があり得る。詳細には、Eは、EC2.6.1のω−トランスアミナーゼ(E)であってもよい。
特に、酵素Eは、
Pseudomonas putida(WP_016502144;WP_016500675.1)、Chromobacterium violaceum(NP_901695.1)、Rhodobacter sphaeroides 2.4.1(YP_353455.1)及び3HMU_A、AAD41041.1、AAK15486.1、ABE03917.1、ADR60699.1、ADR61066.1、ADR62525.1、AEL07495.1、CAZ86955.1、EFW82310.1、EFW87681.1、EGC99983.1、EGD03176.1、EGE58369.1、EGH06681.1、EGH08331.1、EGH24301.1、EGH32343.1、EGH46412.1、EGH55033.1、EGH62152.1、EGH67339.1、EGH70821.1、EGH71404.1、EGH78772.1、EGH85312.1、EGH97105.1、EGP57596.1、NP_102850.1、NP_106560.1、NP_248912.1、NP_248990.1、NP_354026.2、NP_421926.1、NP_637699.1、NP_642792.1、NP_744329.1、NP_744732.1、NP_747283.1、NP_795039.1、XP_002943905.1、YP_001021095.1、YP_001059677.1、YP_001061726.1、YP_001066961.1、YP_001074671.1、YP_001120907.1、YP_001140117.1、YP_001170616.1、YP_001185848.1、YP_001188121.1、YP_001233688.1、YP_001268866.1、YP_001270391.1、YP_001345703.1、YP_001412573.1、YP_001417624.1、YP_001526058.1、YP_001579295.1、YP_001581170.1、YP_001668026.1、YP_001669478.1、YP_001671460.1、YP_001685569.1、YP_001747156.1、YP_001749732.1、YP_001765463.1、YP_001766294.1、YP_001790770.1、YP_001808775.1、YP_001809596.1、YP_001859758.1、YP_001888405.1、YP_001903233.1、YP_001977571.1、YP_002229759.1、YP_002231363.1、YP_002280472.1、YP_002297678.1、YP_002543874.1、YP_002549011.1、YP_002796201.1、YP_002801960.1、YP_002875335.1、YP_002897523.1、YP_002912290.1、YP_002974935.1、YP_003060891.1、YP_003264235.1、YP_003552364.1、YP_003578319.1、YP_003591946.1、YP_003607814.1、YP_003641922.1、YP_003674025.1、YP_003692877.1、YP_003755112.1、YP_003896973.1、YP_003907026.1、YP_003912421.1、YP_004086766.1、YP_004142571.1、YP_004147141.1、YP_004228105.1、YP_004278247.1、YP_004305252.1、YP_004356916.1、YP_004361407.1、YP_004378186.1、YP_004379856.1、YP_004390782.1、YP_004472442.1、YP_004590892.1、YP_004612414.1、YP_004676537.1、YP_004693233.1、YP_004701580.1、YP_004701637.1、YP_004704442.1、YP_108931.1、YP_110490.1、YP_168667.1、YP_237931.1、YP_260624.1、YP_262985.1、YP_271307.1、YP_276987.1、YP_334171.1、YP_337172.1、YP_350660.1、YP_351134.1、YP_364386.1、YP_366340.1、YP_369710.1、YP_370582.1、YP_426342.1、YP_440141.1、YP_442361.1、YP_468848.1、YP_521636.1、YP_554363.1、YP_608454.1、YP_610700.1、YP_614980.1、YP_622254.1、YP_625753.1、YP_680590.1、YP_751687.1、YP_767071.1、YP_774090.1、YP_774932.1、YP_788372.1、YP_858562.1、YP_928515.1、YP_983084.1、YP_995622.1、ZP_00948889.1、ZP_00954344.1、ZP_00959736.1、ZP_00998881.1、ZP_01011725.1、ZP_01037109.1、ZP_01058030.1、ZP_01076707.1、ZP_01103959.1、ZP_01167926.1、ZP_01224713.1、ZP_01442907.1、ZP_01446892.1、ZP_01550953.1、ZP_01625518.1、ZP_01745731.1、ZP_01750280.1、ZP_01754305.1、ZP_01763880.1、ZP_01769626.1、ZP_01865961.1、ZP_01881393.1、ZP_01901558.1、ZP_02145337.1、ZP_02151268.1、ZP_02152332.1、ZP_02167267.1、ZP_02190082.1、ZP_02242934.1、ZP_02360937.1、ZP_02367056.1、ZP_02385477.1、ZP_02456487.1、ZP_02883670.1、ZP_03263915.1、ZP_03263990.1、ZP_03400081.1、ZP_03452573.1、ZP_03456092.1、ZP_03517291.1、ZP_03529055.1、ZP_03571515.1、ZP_03572809.1、ZP_03587785.1、ZP_03588560.1、ZP_03697266.1、ZP_03697962.1、ZP_04521092.1、ZP_04590693.1、ZP_04890914.1、ZP_04891982.1、ZP_04893793.1、ZP_04902131.1、ZP_04905327.1、ZP_04941068.1、ZP_04944536.1、ZP_04945255.1、ZP_04959332.1、ZP_04964181.1、ZP_05053721.1、ZP_05063588.1、ZP_05073059.1、ZP_05077806.1、ZP_05082750.1、ZP_05091128.1、ZP_05095488.1、ZP_05101701.1、ZP_05116783.1、ZP_05121836.1、ZP_05127756.1、ZP_05637806.1、ZP_05742087.1、ZP_05783548.1、ZP_05786246.1、ZP_05843149.1、ZP_05945960.1、ZP_06459045.1、ZP_06487195.1、ZP_06492453.1、ZP_06493162.1、ZP_06703644.1、ZP_06731146.1、ZP_06839371.1、ZP_07007312.1、ZP_07266194.1、ZP_07374050.1、ZP_07662787.1、ZP_07778196.1、ZP_07797983.1、ZP_08099459.1、ZP_08138203.1、ZP_08141719.1、ZP_08142973.1、ZP_08177102.1、ZP_08185821.1、ZP_08186468.1、ZP_08208888.1、ZP_08266590.1、ZP_08402041.1、ZP_08406891.1、ZP_08522175.1、ZP_08527488.1、ZP_08631252.1、ZP_08636687.1のみから成る群から選択されるアミノトランスフェラーゼ(E)であってよい。
特に、酵素Eは、NP_901695.1、ZP_03697266.1、AAD41041.1、YP_002796201.1、ZP_03697962.1、YP_001859758.1、YP_002229759.1、YP_001120907.1、YP_110490.1、ZP_04964181.1、YP_774932.1、YP_001766294.1、YP_001581170.1、YP_622254.1、ZP_03588560.1、YP_001809596.1、YP_370582.1、ZP_03572809.1、NP_248990.1、YP_001888405.1、ZP_04905327.1、YP_001061726.1、YP_001668026.1、ZP_01750280.1、ZP_07778196.1、EGH71404.1、NP_744329.1、YP_004147141.1、ADR61066.1、ZP_05783548.1、YP_004701637.1、YP_366340.1、YP_003264235.1、EGD03176.1、YP_001268866.1、ZP_01901558.1、ZP_05121836.1、YP_003692877.1、ZP_03517291.1、YP_002974935.1、YP_001668026.1、ADR61066.1、NP_744329.1、YP_001268866.1、YP_004701637.1、ZP_08142973.1、ADR62525.1、YP_610700.1、NP_747283.1、ADR62525.1、YP_001270391.1、YP_004704442.1、YP_610700.1、YP_001747156.1、ZP_08138203.1、ZP_07266194.1、EGH70821.1、YP_351134.1、EGH32343.1、EGH08331.1、EGH67339.1、YP_001668026.1、YP_004701637.1、YP_237931.1、ZP_03400081.1、ZP_05116783.1、ZP_01550953.1、ZP_07662787.1、YP_928515.1、YP_788372.1、YP_001021095.1、ZP_07797983.1、YP_003578319.1、YP_004305252.1、NP_248912.1、ZP_08636687.1、YP_003912421.1、YP_751687.1、ZP_08142973.1、YP_271307.1、ZP_05082750.1、YP_001417624.1、及びYP_353455.1のみから成る群から選択されるアミノトランスフェラーゼ(E)であってよい。
酵素Eとの関係において使用される語句「存在する場合」は、ω−アミノアルカン酸エステルを産生するために遺伝的に改変されている細胞を指す。本発明の任意の態様による細胞は、野生型細胞と比較して、酵素Eの増加した発現を含んでもよく、したがって、ω−アミノアルカン酸エステルを産生することが可能である。別の例では、本発明の任意の態様による細胞は、野生型細胞と比較して、酵素Eの増加した発現を含まなくてもよく、したがって、ω−アミノアルカン酸エステルを産生することが可能ではない。したがって、これらの細胞は、主にω−オキソ−アルカン酸エステルを産生し得る。一例では、野生型細胞と比較して、酵素Eの増加した発現を含み、Eを含まない細胞は、ω−オキソ−アルカン酸エステルを産生することが可能であり得る。細胞が、Eではなく、Eの発現が増加するように遺伝的に改変されていない別の例では、細胞はω−ヒドロキシアルカン酸エステルを産生し得る。
酵素E
特に、酵素Eは、3HMU_A、AAD41041.1、AAK15486.1、ABE03917.1、ADR60699.1、ADR61066.1、ADR62525.1、AEL07495.1、CAZ86955.1、EFW82310.1、EFW87681.1、EGC99983.1、EGD03176.1、EGE58369.1、EGH06681.1、EGH08331.1、EGH24301.1、EGH32343.1、EGH46412.1、EGH55033.1、EGH62152.1、EGH67339.1、EGH70821.1、EGH71404.1、EGH78772.1、EGH85312.1、EGH97105.1、EGP57596.1、NP_102850.1、NP_106560.1、NP_248912.1、NP_248990.1、NP_354026.2、NP_421926.1、NP_637699.1、NP_642792.1、NP_744329.1、NP_744732.1、NP_747283.1、NP_795039.1、NP_901695.1、XP_002943905.1、YP_001021095.1、YP_001059677.1、YP_001061726.1、YP_001066961.1、YP_001074671.1、YP_001120907.1、YP_001140117.1、YP_001170616.1、YP_001185848.1、YP_001188121.1、YP_001233688.1、YP_001268866.1、YP_001270391.1、YP_001345703.1、YP_001412573.1、YP_001417624.1、YP_001526058.1、YP_001579295.1、YP_001581170.1、YP_001668026.1、YP_001669478.1、YP_001671460.1、YP_001685569.1、YP_001747156.1、YP_001749732.1、YP_001765463.1、YP_001766294.1、YP_001790770.1、YP_001808775.1、YP_001809596.1、YP_001859758.1、YP_001888405.1、YP_001903233.1、YP_001977571.1、YP_002229759.1、YP_002231363.1、YP_002280472.1、YP_002297678.1、YP_002543874.1、YP_002549011.1、YP_002796201.1、YP_002801960.1、YP_002875335.1、YP_002897523.1、YP_002912290.1、YP_002974935.1、YP_003060891.1、YP_003264235.1、YP_003552364.1、YP_003578319.1、YP_003591946.1、YP_003607814.1、YP_003641922.1、YP_003674025.1、YP_003692877.1、YP_003755112.1、YP_003896973.1、YP_003907026.1、YP_003912421.1、YP_004086766.1、YP_004142571.1、YP_004147141.1、YP_004228105.1、YP_004278247.1、YP_004305252.1、YP_004356916.1、YP_004361407.1、YP_004378186.1、YP_004379856.1、YP_004390782.1、YP_004472442.1、YP_004590892.1、YP_004612414.1、YP_004676537.1、YP_004693233.1、YP_004701580.1、YP_004701637.1、YP_004704442.1、YP_108931.1、YP_110490.1、YP_168667.1、YP_237931.1、YP_260624.1、YP_262985.1、YP_271307.1、YP_276987.1、YP_334171.1、YP_337172.1、YP_350660.1、YP_351134.1、YP_364386.1、YP_366340.1、YP_369710.1、YP_370582.1、YP_426342.1、YP_440141.1、YP_442361.1、YP_468848.1、YP_521636.1、YP_554363.1、YP_608454.1、YP_610700.1、YP_614980.1、YP_622254.1、YP_625753.1、YP_680590.1、YP_751687.1、YP_767071.1、YP_774090.1、YP_774932.1、YP_788372.1、YP_858562.1、YP_928515.1、YP_983084.1、YP_995622.1、ZP_00948889.1、ZP_00954344.1、ZP_00959736.1、ZP_00998881.1、ZP_01011725.1、ZP_01037109.1、ZP_01058030.1、ZP_01076707.1、ZP_01103959.1、ZP_01167926.1、ZP_01224713.1、ZP_01442907.1、ZP_01446892.1、ZP_01550953.1、ZP_01625518.1、ZP_01745731.1、ZP_01750280.1、ZP_01754305.1、ZP_01763880.1、ZP_01769626.1、ZP_01865961.1、ZP_01881393.1、ZP_01901558.1、ZP_02145337.1、ZP_02151268.1、ZP_02152332.1、ZP_02167267.1、ZP_02190082.1、ZP_02242934.1、ZP_02360937.1、ZP_02367056.1、ZP_02385477.1、ZP_02456487.1、ZP_02883670.1、ZP_03263915.1、ZP_03263990.1、ZP_03400081.1、ZP_03452573.1、ZP_03456092.1、ZP_03517291.1、ZP_03529055.1、ZP_03571515.1、ZP_03572809.1、ZP_03587785.1、ZP_03588560.1、ZP_03697266.1、ZP_03697962.1、ZP_04521092.1、ZP_04590693.1、ZP_04890914.1、ZP_04891982.1、ZP_04893793.1、ZP_04902131.1、ZP_04905327.1、ZP_04941068.1、ZP_04944536.1、ZP_04945255.1、ZP_04959332.1、ZP_04964181.1、ZP_05053721.1、ZP_05063588.1、ZP_05073059.1、ZP_05077806.1、ZP_05082750.1、ZP_05091128.1、ZP_05095488.1、ZP_05101701.1、ZP_05116783.1、ZP_05121836.1、ZP_05127756.1、ZP_05637806.1、ZP_05742087.1、ZP_05783548.1、ZP_05786246.1、ZP_05843149.1、ZP_05945960.1、ZP_06459045.1、ZP_06487195.1、ZP_06492453.1、ZP_06493162.1、ZP_06703644.1、ZP_06731146.1、ZP_06839371.1、ZP_07007312.1、ZP_07266194.1、ZP_07374050.1、ZP_07662787.1、ZP_07778196.1、ZP_07797983.1、ZP_08099459.1、ZP_08138203.1、ZP_08141719.1、ZP_08142973.1、ZP_08177102.1、ZP_08185821.1、ZP_08186468.1、ZP_08208888.1、ZP_08266590.1、ZP_08402041.1、ZP_08406891.1、ZP_08522175.1、ZP_08527488.1、ZP_08631252.1、and ZP_08636687.1のみから成る群から選択されてよい。
本発明の任意の態様による細胞は、酵素EからEの発現が野生型細胞と比較して増加するように遺伝的に改変されていてもよい。細胞は、少なくとも酵素E及び/又はEの発現が増加するようにさらに遺伝的に改変されていてもよい。一例では、酵素E、E、E、E及びEは少なくとも1つのAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)であってもよく、酵素Eはワックス−エステルシンターゼ(E)であってもよい。詳細には、
− AlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)は、配列番号1と比較して少なくとも60%配列同一性を含む;及び
− ワックス−エステルシンターゼ(E)は、配列番号2と比較して少なくとも60%配列同一性を含む。
別の例では、本発明の任意の態様による細胞が、少なくとも1つのω−アミノアルカン酸エステルを産生するように遺伝的に改変されている場合、細胞は、配列番号3と比較して少なくとも60%配列同一性を含み得る少なくとも1つのω−トランスアミナーゼ(E)を発現するように改変されていてもよい。
酵素E
本発明の任意の態様による細胞は、アルカンをω−官能化カルボン酸エステルに変換するプロセスにおいて少なくとも1つの中間体を分解する少なくとも1つの酵素Eの発現が減少するようにさらに遺伝的に改変されていてもよい。詳細には、酵素Eは、細胞の脂肪酸分解能において役割を果たす能力のある酵素であってもよい。詳細には、Eは、アシル−CoAデヒドロゲナーゼ(Ei)(FadE)、エノイルCoAヒドラターゼ(Ej)(FadB)、3−ヒドロキシアシル−CoAデヒドロゲナーゼ(Ek)(FadB)及びβ−ケトチオラーゼ(これは3−ケトアシル−CoAチオラーゼ(FadA)(El)としても知られている)からなるリストから選択され得る。
脂肪酸は、輸送/アシル−活性化機構を介し細胞膜を横切って取り込まれる及びトランスロケートされる。最初の細胞内ステップには、アシル−CoAからエノイル−CoAへの転換が関与しており、これはアシル−CoAデヒドロゲナーゼ(Ei)を経由してなされ、後者は大腸菌の場合、FadEと称される。アシル−CoAデヒドロゲナーゼの活性は、最新技術に記載されたようにアッセイされてもよく、例えば、NADHの濃度を、分光光度的に340nmで100mM MOPS、pH7.4、0.2mMエノイル−CoA、0.4mM NADH中でモニタリングすることによってアッセイされてもよい。生成したエノイル−CoAは、大腸菌においてFadB及びFadJと称される、エノイル−CoAヒドラターゼ/(R)−3−ヒドロキシアシル−CoAデヒドロゲナーゼ(Ej/Ek)によって触媒される、水和及び酸化を経由して3−ヒドロキシアシル−CoAを経て3−ケトアシル−CoAへと変換される。エノイル−CoAヒドラターゼ/3−ヒドロキシアシル−CoAデヒドロゲナーゼ活性、より具体的には、産物NADHの形成は、最新技術に記載されたように分光光度的にアッセイされてもよく、例えば、FadEについて概説されたようにアッセイされてもよい。最終的に、大腸菌においてはFadA及びFadIである3−ケトアシル−CoAチオラーゼ(El)は、3−ケトアシル−CoAの切断を触媒してアセチル−CoAを与え、インプットのアシル−CoAが2炭素原子短縮される。ケトアシル−CoAチオラーゼの活性は、Antonenkov、Vら1997などの最新技術に記載されたようにアッセイされてもよい。
一例では、本明細書で使用される、用語「アシル−CoAデヒドロゲナーゼ」は、β−酸化経路の一部として、アシル−CoAからエノイル−CoAへの転換を触媒する能力のあるポリペプチドであってもよい。例えば、大腸菌におけるポリペプチドFadE(受託番号:BAA77891.2)は、アシル−CoAデヒドロゲナーゼであり得る。本明細書で使用される、用語「エノイル−CoAヒドラターゼ」は、3−ヒドロキシアシル−CoAデヒドロゲナーゼとも称され、β−酸化経路の一部として、水和及び酸化を経由して、エノイル−CoAから3−ケトアシル−CoAへの転換を触媒する能力のあるポリペプチドを指す。例えば、大腸菌におけるポリペプチドFadB及びFadJ(受託番号:それぞれBAE77457.1及びP77399.1)は、エノイル−CoAヒドラターゼである。本明細書で使用される、用語「ケトアシル−CoAチオラーゼ」は、3−ケトアシル−CoAの切断を触媒する能力のあるポリペプチドを指し得、これによってアシル−CoAが2炭素原子短縮され、β−酸化経路の最終的なステップとして、アセチル−CoAがもたらされる。例えば、大腸菌におけるポリペプチドFadA及びFadI(受託番号:それぞれYP_491599.1及びP76503.1)は、ケトアシル−CoAチオラーゼである。
酵素E及びE10
本発明の任意の態様による細胞は、以下のものの発現が野生型細胞と比較して増加するようにさらに遺伝的に改変されていてもよい:
− 酵素Eは、脂肪酸アシル−補酵素AメチルエステルエステラーゼBioH(Em)である;並びに/又は
− 酵素E10は、TesA、TesB、YciA、FadM、YbfF及びYbgCからなる群から選択される脂肪酸アシル−補酵素Aチオエステラーゼ(En)である。
詳細には、Emは脂肪酸エステルを遊離脂肪酸及びそれぞれのアルコールに加水分解する能力があり得る並びに/又はEnは脂肪酸アシル−補酵素Aを遊離脂肪酸及び補酵素Aに加水分解する能力があり得る。
酵素E11
本発明の任意の態様による細胞は、野生型細胞と比較して少なくとも1つの輸送体タンパク質の発現が増加する遺伝的な変異をさらに含んでよい。このさらなる変異により、細胞が少なくとも1つの脂肪酸の取り込みを増加させることが可能になる。詳細には、輸送体タンパク質は、AlkL(配列番号4又は5)及び/又はFadL(配列番号6)であってもよい。AlkL及び/又はFadLは、野生型細胞と比較して、少なくとも1つの輸送体タンパク質として機能し得る。一例では、細胞は、fadL及びalkL遺伝子の双方を過剰発現するように遺伝的に改変されていてもよい。本発明の任意の態様による細胞は、AlkL及び/又はFadLの発現が野生型細胞と比較して増加するようにさらに遺伝的に改変されていてもよい。
一例では、酵素E11は、FadL又はBAA16205.1であってもよい。
酵素E12
本発明の任意の態様による細胞は、EC6.2.1.3、EC2.3.1.86のアシル−CoA合成酵素(酵素E12)の発現を、野生型細胞と比較して増加させるさらなる遺伝的な変異を含んでいてもよい。酵素E12は、脂肪酸から脂肪酸のCoAエステル(すなわち、カルボキシ基の官能基−OHが−S−CoAで置き換えられた分子)への転換を触媒し得る。例えば、大腸菌におけるポリペプチドFadD及びFadK(受託番号:それぞれBAA15609.1及びNP_416216.4)は、アシル−CoA合成酵素である。別の例では、E12は、YP_001724804.1の長鎖脂肪酸CoAリガーゼであってもよい。
酵素E13
酵素E13はω−オキソアルカン酸エステルを対応するω−カルボキシアルカン酸エステルに変換する能力があり得、詳細には酵素E13は上記で定義した任意の酵素Eであってもよい。より詳細には、酵素E13は、EC1.14.15.3−のP450アルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)、ω−ヒドロキシアルカン酸エステルをω−オキソアルカン酸エステルを経て対応するω−カルボキシアルカン酸エステルに直接酸化する能力がある、EC1.1.3.20の二機能性アルコールオキシダーゼ(E)、二機能性AlkJアルコールデヒドロゲナーゼ(Edi)又はEC1.1.1.1若しくはEC1.1.1.2の二機能性アルコールデヒドロゲナーゼ(Edii);及びアルデヒドデヒドロゲナーゼ(E)からなる群から選択され得る。
酵素E14
酵素E14は、ω−カルボキシアルカン酸エステルを対応するω−カルボキシアルカン酸ジエステルに変換する能力があり得る。詳細には、酵素E14は、上記で定義した任意の酵素Eであってもよい。より詳細には、E14は、少なくとも1つのワックス−エステルシンターゼ(E)又はアルコールO−アシルトランスフェラーゼ(E)(EC2.3.1.20、EC2.3.1.75又はEC2.3.1.84)であってもよい。
本発明の任意の態様による細胞は、以下からなる群から選択される少なくとも1つの酵素E20〜E24の発現を、野生型細胞と比較して増加させる遺伝的な改変を含まない:− E20 EC3.1.2.14又はEC3.1.2.22のアシル−ACPチオエステラーゼ、
− E21 EC3.1.2.2、EC3.1.2.18、EC3.1.2.19、EC3.1.2.20又はEC3.1.2.22のアシル−CoAチオエステラーゼ、
− E22 アシル−CoA:ACPアシル基転移酵素、
− E23 ポリケチドシンターゼ、及び
− E24 ヘキサン酸シンターゼ。
詳細には、本発明の任意の態様による細胞は、酵素E20〜E24の野生型発現を有する。したがって、酵素E20〜E24は、本発明の方法による細胞において過剰発現もノックアウトもされていない。より詳細には、酵素E20〜E24のいずれか(すなわち、酵素E20、E21、E22、E23又はE24 全酵素E20、E21、E22、E23及びE24)の発現は、本発明の任意の態様による細胞において遺伝的に改変されていない。さらにより詳細には、本発明の任意の態様による細胞は、初めに細胞において天然で存在し得る任意の酵素E20〜E24の天然、野生型発現を含み得る。したがって、本発明の任意の態様による細胞は、酵素E20〜E24いずれかの組換え発現を含まないと考えられ得る。酵素E20〜E24のいずれかの増加した発現(酵素E20〜E24のいずれかの野生型発現と共に)のない細胞は、ω−官能化カルボン酸エステル形成のための炭素源としてアルカンを使用することを容易に選択し得るので、このことは特に有利である。詳細には、酵素E20〜E24のいずれかの増加した発現を有する任意の細胞は、酵素E20〜E24のいずれかの増加した発現を有する細胞によるω−官能化カルボン酸及び/又はそのエステルの形成のための炭素源として使用し得る脂肪酸の増加した産生をもたらし得る。したがって、酵素E20〜E24のいずれかの増加した発現を有する細胞はω−官能化カルボン酸エステルの産生のための基質として高濃度の脂肪酸の使用を好み得、したがって、アルカンは細胞によるω−官能化カルボン酸エステル形成に使用されない。脂肪酸をより多く製造するためには、細胞はグルコースなどの炭素の他の供給源を必要とするであろうから、ω−官能化カルボン酸エステル形成のためにアルカン以外の他の炭素源を使用すると製造のコストが劇的に増加し得る。従って、酵素E20〜E24のうちの少なくとも1つの発現を、野生型細胞と比較して増加させる遺伝的な改変を含まない本発明の任意の態様による細胞の使用が、少なくとも1つのω−官能化カルボン酸エステルを少なくとも1つのアルカンから製造するために、本発明の任意の態様に従って使用される。
酵素E20〜E24
酵素E20〜E24はWO2013024114中で詳細に説明され、酵素EiからEivはそれぞれWO2013024114の60〜79頁に説明される。
本発明の別の態様によると、少なくとも1つのω−官能化カルボン酸エステルを製造する方法であって、少なくとも1つの本発明の任意の態様による細胞を少なくとも1つのアルカンに接触させることを含む方法が提供される。詳細には、形成されるω−官能化カルボン酸エステルは、ω−ヒドロキシ−アルカン酸、ω−オキソ−アルカン酸、ω−カルボキシ−アルカン酸、ω−アミノ−アルカン酸エステルからなる群から選択され得る。詳細には、ω−官能化カルボン酸エステルは、12−アミノラウリン酸メチルエステル、12−ヒドロキシラウリン酸メチルエステル、12−カルボキシラウリン酸メチル(ジ)エステル及び/又はラウリン酸メチルエステル及びアルカンドデカンであってもよい。別の例では、産生されるω−官能化カルボン酸エステルは、アルカンウンデカンからの11−アミノウンデカン酸メチルエステル、11−ヒドロキシウンデカン酸メチルエステル、11−カルボキシウンデカン酸メチル(ジ)エステル及び/又はウンデカン酸メチルエステルであってもよい。少なくとも1つのさらなる例では、単官能性アルコール及び/又はアルデヒドは、副産物として形成され得る。
本明細書で使用される、用語「接触させること」は、水溶液中でアルカン及び/又は本発明の任意の態様による細胞の間の直接的な接触を引き起こすことを意味する。例えば、細胞及びアルカンは、無機膜などの障壁によって分離される異なるコンパートメント中になくてもよい。アルカンが可溶性であり且つ細胞によって取り込まれ得る又は生体膜を横切って拡散することができる場合、アルカンは水溶液中で本発明の任意の態様による細胞に単純に添加されてもよい。不十分に可溶性である場合、水溶液に添加される前に適切な有機溶媒中に溶解されてもよい。当業者は、適切な有機及び/又は極性の溶媒を添加することによって不十分な溶解性を有するアルカンの水溶液を調製できる。このような溶媒は、液体有機溶媒を含む有機相の形態で提供され得る。一例では、液体が25℃且つ標準気圧にある場合、有機溶媒又は有機相は液体であると考えられ得る。別の例では、脂肪酸は、それぞれメチル又はエチルエステルなどの脂肪酸エステルの形態で提供されてもよい。別の例では、化合物及び触媒は、インビトロで、すなわち、多かれ少なかれ濃縮され若しくはさらには精製された状態で接触させてもよい、又はインサイチューで接触させてもよい、すなわち、それらは細胞の代謝の一部として作られ、引き続いて細胞の内側で反応する。
用語「水溶液」は、用語「水性媒体」と互換的に使用され得、代謝的に活性及び/又は実行可能な状態において少なくとも一時的に本発明の任意の態様による細胞を保持するために使用され得、このようなものが必要とされる場合には、任意の付加的な基質を含む、主に溶媒としての水を含む任意の溶液を指す。大腸菌の場合はLB培地などである、発明による細胞を保持するために使用され得る培地と通常称される、多数の水溶液の調製について当業者は熟知している。望まれない副産物を伴う産物の不必要な混入を回避するために、複雑な培地とは対照的に、最少培地、すなわち、代謝的に活性及び/又は実行可能な状態において細胞を保持するために不可欠な最小セットの塩及び栄養のみを含む適度に単純な組成の培地を水溶液として使用することが有利である。例えば、M9培地は、最少培地として使用され得る。
本発明の別の態様によると、少なくとも1つのω−官能化カルボン酸エステルをアルカンから製造する方法であって、
(a)(i)アルカンを対応する1−アルカノールに変換する能力のある酵素E
(ii)(i)の1−アルカノールを対応する1−アルカナールに変換する能力のある酵素E
(iii)(ii)の1−アルカナールを対応するアルカン酸に変換する能力のある酵素E
(iv)(iii)のアルカン酸を対応するアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E;及び
(v)(iv)のアルカン酸エステルを対応するω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E
の酵素をアルカンと接触させること
を含む方法が提供される。
本発明の任意の態様による方法は、
(b)(vi)(v)の対応するω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルを対応するω−オキソアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E;又は
(vii)(v)の対応するω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルを対応するω−オキソアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E、及びω−オキソアルカン酸エステルを対応するω−アミノアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E;又は
(viii)(v)の対応するω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルを対応するω−オキソアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E、及びω−オキソアルカン酸エステルを対応するω−カルボキシアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E13、及びω−カルボキシアルカン酸エステルを対応するω−カルボキシアルカン酸ジエステルに変換する能力のある酵素E14
の酵素をω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルと接触させるステップ
を含み得る
本発明の任意の態様に従って使用される酵素は、本発明による細胞の文脈において開示される酵素と同じであってもよい。
前述の内容には、好ましい実施形態が記載されており、当業者に理解されるように、請求項から逸脱することなく、デザイン、構造又は操作において変形又は改変を受けることがある。これらの変形は、たとえば、特許請求の範囲によって保護されることが意図される。
それぞれ、アルカンモノオキシゲナーゼ及びワックスエステルシンターゼを保有し、脂肪酸エステルから遊離脂肪酸への分解を触媒する酵素、並びに脂肪酸エステルから遊離脂肪酸及びそれぞれのアルコールに加水分解する酵素を減弱させた全細胞生体触媒での、ラウリン酸(メチルエステル)及びウンデカン酸(メチルエステル)のドデカン及びウンデカン(ならびにメチルエステルの場合はメタノール)からの製造。
それぞれ、アルカンモノオキシゲナーゼ、ワックスエステルシンターゼ及びω−トランスアミナーゼを保有し、脂肪酸の分解を触媒する酵素、並びに脂肪酸エステルから遊離脂肪酸及びそれぞれのアルコールに加水分解する酵素を減弱させた全細胞生体触媒での、12−アミノラウリン酸メチルエステル及び11−アミノウンデカン酸メチルエステルのドデカン及びウンデカンからの製造。
ワックスエステルシンターゼをコードする大腸菌fadD遺伝子及びHahella chejuensis遺伝子の過剰発現のための発現ベクターの構築
ベクターpCDF−fadD_Ec−wes_Hche(配列番号7)は、大腸菌からの遺伝子fadD(アシル−CoAシンターゼをコード)及びHahella chejuensisからのワックスエステルシンターゼ遺伝子(配列番号2)を保有し、大腸菌における発現についてコドン最適化された。アシル−CoAシンターゼは脂肪酸を対応するCoAチオエステルに活性化することを担っており、一方ワックスエステルシンターゼは脂肪酸アシル−CoAと、アルコール、より具体的にはメタノールとの間のエステル形成に必要とされる。ベクターは、プラスミドpCDFDuet−1(Merck Biosciences;Nottingham、UK)に基づいており、tacプロモーターの制御下のfadD遺伝子及びT5プロモーターの制御下のHahella chejuensisワックスエステルシンターゼコード遺伝子を保有する。大腸菌fadDならびにtac及びT5プロモーターカセットをそれぞれPCRによって大腸菌W3110のゲノムDNAから増幅し、Hahella chejuensisワックスエステルシンターゼコード遺伝子をDNA合成によって得た。ベクターバックボーン及び大腸菌fadD、tac及びT5プロモーターカセット及びHahella chejuensisワックスエステルシンターゼコード遺伝子の4つのDNA断片を、市販されているインビトロ組換えのためのキット(NEBuilder HiFi DNA Assemblyクローニングキット;NEB;Frankfurt/Main、Germany)を用いて融合してベクターpCDF−fadD_Ec−wes_Hche(配列番号7)を得た。
アルカンを対応するω−官能化脂肪酸メチルエステルに変換する能力のある大腸菌株の構築
発現ベクターpBT10_alkL(構築の詳細及びリストされた配列番号8についてWO/2011/131420の実施例1を参照されたい)は、Pseudomonas
oleovoransのalkオペロンからの遺伝子alkB、alkG、alkT、alkS及びalkLを含有する。対応する遺伝子産物は、アルカンから対応するアルカノール、アルカナール及び脂肪酸への酸化(AlkBGT)ならびに基質の取り込み(AlkL)を触媒する。加えて、AlkBGT遺伝子産物はまた、酵素アシル−CoA合成酵素及びワックスエステルシンターゼの作用によって脂肪酸及びメタノールから脂肪酸メチルエステルが形成されるとその脂肪酸メチルエステルへの酸化を触媒する(実施例1を参照されたい)。ベクターpJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct)(構築の詳細及びリストされた配列番号17についてWO/2013/024114の実施例1を参照されたい)は、枯草菌からの遺伝子ald(アラニンデヒドロゲナーゼをコード)及びChromobacterium violaceumからのCv_2505(ω−トランスアミナーゼをコード)を保有する。ω−トランスアミナーゼはOLAME及びOUAMEから対応するアミンALAME及びAUAMEへの転換を担っていおり、一方アラニンデヒドロゲナーゼはピルビン酸及び無機アンモニアからのアミンドナーアラニンの供給に必要とされる。
プラスミドpBT10_alkL及びpCDF−fadD_Ec−wes_Hche plus(適切な場合pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct))を、エレクトロポレーションを介して大腸菌W3110ΔbioHΔfadEに形質転換し、適用できるようにカナマイシン(50μg/ml)、アンピシリン(100μg/ml)及びスペクチノマイシン(100μg/ml)を有するLB寒天プレートに入れた。形質転換体を、プラスミド調製及び制限消化分析によってプラスミドの存在及び信頼性についてスクリーニングした。以下の株を作出した:
・大腸菌W3110ΔbioHΔfadE pBT10_alkL/pCDF−fadD_Ec−wes_Hche
・大腸菌W3110ΔbioHΔfadE pBT10_alkL/pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct)/pCDF−fadD_Ec−wes_Hche
アルカンから対応するω−官能化脂肪酸メチルエステルへの転換のための生体内変換
大腸菌株W3110ΔbioHΔfadE pBT10_alkL/pCDF−fadD_Ec−wes_Hche及び大腸菌株W3110ΔbioHΔfadE pBT10_alkL/pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct)/pCDF−fadD_Ec−wes_Hcheを、フェッドバッチ発酵、続いて、ドデカンからオメガ−ヒドロキシラウリン酸メチルエステル(HLAME)、オメガ−オキソラウリン酸メチルエステル(OLAME)、オメガ−アミノラウリン酸メチルエステル(ALAME)、ドデカン2酸モノメチルエステル(DDAME)及びドデカン2酸ジメチルエステル(DDADME)を製造するそれらの能力を調査するために生体内変換に付した。また、その株を、フェッドバッチ発酵、続いて、ウンデカンからオメガ−ヒドロキシウンデカン酸メチルエステル(HUAME)、オメガ−オキソウンデカン酸メチルエステル(OUAME)、オメガ−アミノウンデカン酸メチルエステル(AUAME)、ウンデカン2酸モノメチルエステル(UDAME)及びウンデカン2酸ジメチルエステル(UDADME)を製造するそれらの能力を調査するために生体内変換に付した。これはDASGIPからの8フォールド並行発酵システム(8−fold parallel fermentation system)において実施された。
発酵には、オーバーヘッド撹拌器及びインペラータービンを備えた1lのリアクターを使用した。プロセスをモニターするため、pH及びpOをオンラインで測定した。OTR/CTR測定は、とりわけ、細胞の代謝活性及び適応度を推定するために役立つ。
pHプローブを、DASGIPにより提供される技術的な参照に従ってpH4.0及びpH7.0の測定溶液での2ポイント較正の手段によって較正した。DASGIPにより提供される技術的な参照に従って必要とされるセンサー及び連結によりリアクターを準備し、撹拌シャフトを取り付けた。次いで、リアクターに300mlの水を充填し、無菌状態を確実とするために20分間121℃でオートクレーブ処理した。pOプローブを、測定増幅器に連結後一晩(少なくとも6時間)分極させた。次いで、水をクリーンベンチ下で除去し、(NHSO 1.76g/l、KHPO 19.08g/l、KHPO 12.5g/l、酵母抽出物6.66g/l、クエン酸三ナトリウム二水和物11.2g/l、17ml/lのフィルター滅菌した1%強度クエン酸鉄アンモニウム溶液、及び5ml/lのフィルター滅菌した微量元素ストック溶液(HCl(37%)
36.50g/l、MnCl*4 HO 1.91g/l、ZnSO*7 HO 1.87g/l、エチレンジアミン四酢酸二水和物0.84g/l、HBO 0.30g/l、NaMoO*2 HO 0.25g/l、CaCl*2 H
4.70g/l、FeSO*7 HO 17.80g/l、CuCl*2 HO 0.15g/lから構成される)に、炭素源としての15g/lグルコース(500g/lグルコース、1%(w/v)MgSO*7HO及び2.2%(w/v)NHClからなる無菌のフィード溶液の30ml/lの定量的な添加により添加される)と50mg/lカナマイシンを有するものからなる高細胞密度培地で置き換えた。
引き続いて、pOプローブを100%に1ポイント較正(撹拌機:600rpm/ガッシング:10sL/h空気)を用いて較正し、フィード、校正剤及び誘導剤ストレッチを、DASGIPにより提供される技術的な参照に従って定置洗浄の手段によって洗浄した。これのために、チューブを、最初に70%エタノール、次いで1M NaOH、引き続いて無菌の脱塩水で洗い流し、最終的にそれぞれの培地を充填した。
全ての上述の大腸菌株を、最初に凍結培養物からLB培地(100mlバッフル振盪フラスコ中に25ml)に50mg/lカナマイシンを有するもので一晩37℃及び200rpmで約18h培養した。次いで、2mlのこの培養物を、(NHSO 1.76g、KHPO 19.08g/l、KHPO 12.5g/l、酵母抽出物6.66g/l、クエン酸三ナトリウム二水和物11.2g/l、17ml/lのフィルター滅菌した1%強度クエン酸鉄アンモニウム溶液、及び5ml/lのフィルター滅菌した微量元素ストック溶液(HCl(37%) 36.50g/l、MnCl*4 HO 1.91g/l、ZnSO*7 HO 1.87g/l、エチレンジアミン四酢酸二水和物0.84g/l、HBO 0.30g/l、NaMoO*2 H
0.25g/l、CaCl*2 HO 4.70g/l、FeSO*7 H
17.80g/l、CuCl*2 HO 0.15g/lから構成される)に、炭素源としての15g/lグルコース(500g/lグルコース、1%(w/v)MgSO*7HO及び2.2%(w/v)NHClからなる無菌のフィード溶液の30ml/lの定量的な添加により添加される)と既に記載された抗生物質を有するものからなる25mlの高細胞密度培地での100ml振盪フラスコ中での第2前培養段階に移し、37℃/200rpmでさらに6hインキュベートした。
0.1の光学密度でリアクターを播種するために、第2前培養段階のOD600を測定し、接種に必要とされる培養物の量を計算した。必要とされる量の培養物を、5mlシリンジの助けを借りてセプタムを通して、熱処理及び通気したリアクターに添加した。
以下の標準プログラムを使用した:
Figure 2021129603
Figure 2021129603
Figure 2021129603
片側で、pHを、pH6.8に12.5%強度アンモニア溶液で制御した。培養及び生体内変換の間に、培養において溶存酸素(pO又はDO)を、撹拌機フィード及びガッシング速度の手段によって少なくとも30%に制御した。接種後、DOは100%から30%に低下し、発酵の残りの間、安定に維持した。
発酵をフェッドバッチとして実施した、ここでフィード開始を、バッチ相の終わりを誘導するDOピークを経て、500g/lグルコース、1%(w/v)MgSO*7 HO及び2.2%(w/v)NHClからなる5g/l*hグルコースフィードを有するフィード相への送達として誘発した。フィード開始で、37℃の温度を30℃に低下させた。フィード開始の10h後、酸化遺伝子の発現を0.025%(v/v)DCPKで誘導した。産生の開始(=生体内変換の開始)をフィード開始の14h後に実施した。この目的に関して、150mlのドデカン又はウンデカンをバッチとして発酵ブロスに添加した。
発酵サンプル中のLSME及びHLSを定量するために、サンプルを生体内変換の開始の1/2/4/20/22h後に採取した。これらのサンプルを実施例6に提供されるように分析のために調製した。
産物のLC−ESI/MS2に基づく定量
発酵サンプルにおけるHLAME、OLAME、ALAME、DDAME及びDDADMEならびにHUAME、OUAME、AUAME、UDAME及びUDADMEの定量を、全ての分析物(0.1〜50mg/l)についての外部較正の参照及び内部標準アミノウンデカン酸(HLSMEについてAUA)、及びd3−LSME(LSMEについて)を用いてLC−ESI/MS2の手段によって実施した。
ここで、以下の機器を使用した:
・オートサンプラー(G1367E)、バイナリーポンプ(G1312B)及びカラムオーブン(G1316A)を備えるHPLCシステム1260(Agilent;Boblingen)
・ESI源を備える質量分析計TripelQuad6410(Agilent;Boblingen)
・HPLCカラム:KinetexC18、100x2.1mm、粒子サイズ:2.6μm、ポアサイズ100A(Phenomenex;Aschaffenburg)
・プレカラム:KrudKatcher Ultra HPLC In−Line Filter;0.5μmフィルターデプス及び0.004mm内径(Phenomenex;Aschaffenburg)
サンプルを、2ml反応容器中に1900μlの溶媒(80%(v/v)アセトニトリル、20%再蒸留HO(v/v)、+0.1%ギ酸)及び100μlサンプルをピペッティングすることにより調製した。混合物を、約10秒間ボルテックスし、次いで約13000rpmで5分間遠心分離した。透明な上清を、ピペットを用いて除去し、適切な希釈後、希釈物(80%(v/v)ACN、20%再蒸留HO(v/v)、+0.1%ギ酸)で分析した。100μLのISTDを、各々900μLサンプル中にピペットで入れた(90μLのサンプル容量に対して10μL)。
HPLC分離を、上述のカラム及びプレカラムで実施した。注射容量は0.7μLであり、カラム温度50℃、流速0.6mL/minであった。移動相は、溶離剤A(0.1%(v/v)水性ギ酸)及び溶離剤B(0.1%(v/v)ギ酸を有するアセトニトリル)からなるものであった。以下の勾配プロファイルを使用した:
時間[分] 溶離剤A[%] 溶離剤B[%]
0 77 23
0.3 77 23
0.4 40 60
2.5 40 60
2.6 2 98
5.5 2 98
5.6 77 23
9 77 23
ESI−MS2分析を、ESI源の以下のパラメータでポジティブイオン化モードにおいて実施した:
・ガス温度280℃
・ガス流速11L/min
・噴霧圧50psi
・キャピラリー電位4000V
化合物HLAME、OLAME、ALAME、DDAME、DDADME、HUAME、OUAME、AUAME、UDAME及びUDADMEの検出及び定量を以下のMRMパラメータで実施し、いずれの場合にも、プロダクトイオンはクォリファイアーとして及びクオンティファイアーとして使用した。
Figure 2021129603
大腸菌W3110ΔbioHΔfadE pBT10_alkL/pCDF−fadD_Ec−wes_Hche及び大腸菌W3110ΔbioHΔfadE pBT10_alkL/pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct)/pCDF−fadD_Ec−wes_Hcheによるアルカンから対応するω−官能化脂肪酸メチルエステルへの転換
上に記載されたプロトコールを用いて、大腸菌W3110ΔbioHΔfadE pBT10_alkL/pCDF−fadD_Ec−wes_Hcheが、DDAME及びDDADMEをドデカンからならびにUDAME及びUDADMEをウンデカンから製造することを示すことができた(表1及び2を参照されたい)。さらに、大腸菌W3110ΔbioHΔfadE pBT10_alkL/pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct)/pCDF−fadD_Ec−wes_Hcheが、HLAME及びALAMEをドデカンからならびにHUAME及びAUAMEをウンデカンから製造することを示すことができた(表2及び3を参照されたい)。
Figure 2021129603
Figure 2021129603

Claims (15)

  1. 少なくとも1つのω−官能化カルボン酸エステルを少なくとも1つのアルカンから製造するための微生物細胞であって、
    (i)アルカンを対応する1−アルカノールに変換する能力のある酵素E
    (ii)(i)の1−アルカノールを対応する1−アルカナールに変換する能力のある酵素E
    (iii)(ii)の1−アルカナールを対応するアルカン酸に変換する能力のある酵素E
    (iv)(iii)のアルカン酸を対応するアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E;及び
    (v)(iv)のアルカン酸エステルを対応するω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E
    の発現が野生型細胞と比較して増加するように遺伝的に改変されており、
    − E20 EC3.1.2.14又はEC3.1.2.22のアシル−ACPチオエステラーゼ、
    − E21 EC3.1.2.2、EC3.1.2.18、EC3.1.2.19、EC3.1.2.20又はEC3.1.2.22のアシル−CoAチオエステラーゼ、
    − E22 アシル−CoA:ACPアシル基転移酵素、
    − E23 ポリケチドシンターゼ、及び
    − E24 ヘキサン酸シンターゼ
    からなる群から選択される少なくとも1つの酵素E20〜E24の発現を、野生型細胞と比較して増加させる遺伝的な改変を含まない微生物細胞。
  2. (vi)(v)の対応するω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルを対応するω−オキソアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E;又は
    (vii)(v)の対応するω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルを対応するω−オキソアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E、及びω−オキソアルカン酸エステルを対応するω−アミノアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E;又は
    (viii)(v)の対応するω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルを対応するω−オキソアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E、及びω−オキソアルカン酸エステルを対応するω−カルボキシアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E13、及びω−カルボキシアルカン酸エステルを対応するω−カルボキシアルカン酸ジエステルに変換する能力のある酵素E14
    の発現が野生型細胞と比較して増加するようにさらに遺伝的に改変された、請求項1に記載の細胞。
  3. − 酵素Eは、EC1.14.15.3−のP450アルカンヒドロキシラーゼ(E)及びEC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)からなる群から選択され;
    − 酵素Eは、EC1.14.15.3−のP450アルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.1.3.20のアルコールオキシダーゼ(E)及びEC1.1.1.1又はEC1.1.1.2のアルコールデヒドロゲナーゼ(E)からなる群から選択され;
    − 酵素Eは、EC1.14.15.3−のP450アルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ(E)、EC1.1.3.20の二機能性アルコールオキシダーゼ(E)、二機能性AlkJアルコールデヒドロゲナーゼ(Edi)及びEC1.1.1.1又はEC1.1.1.2の二機能性アルコールデヒドロゲナーゼ(Edii)からなる群から選択され、ここで、E、Edi、及びEdiiは、ω−ヒドロキシアルカン酸エステルを対応するω−カルボキシアルカン酸エステルに直接酸化する能力があり;
    − 酵素Eは、EC2.3.1.75のワックス−エステルシンターゼ(E)又はEC2.3.1.84のアルコールO−アシルトランスフェラーゼ(E)からなる群から選択され;
    − 酵素Eは、EC1.14.15.3−のP450アルカンヒドロキシラーゼ(E)及びEC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)からなる群から選択され;
    − 酵素Eは、EC1.14.15.3−のP450アルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.1.3.20のアルコールオキシダーゼ(E)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ(E)及びEC1.1.1.1又はEC1.1.1.2のアルコールデヒドロゲナーゼ(E)からなる群から選択され;
    − 酵素Eは、存在する場合、ω−トランスアミナーゼ(E)EC2.6.1であり;
    − 酵素E13は、存在する場合、EC1.14.15.3−のP450アルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ(E)、EC1.1.3.20の二機能性アルコールオキシダーゼ(E)、二機能性AlkJアルコールデヒドロゲナーゼ(Edi)及びEC1.1.1.1又はEC1.1.1.2の二機能性アルコールデヒドロゲナーゼ(Edii)からなる群から選択され、ここで、E、Edi、及びEdiiは、ω−ヒドロキシアルカン酸エステルをω−オキソアルカン酸エステルを経て対応するω−カルボキシアルカン酸エステルに直接酸化する能力があり;
    − 酵素E14は、存在する場合、EC2.3.1.75のワックス−エステルシンターゼ(E)又はEC2.3.1.84のアルコールO−アシルトランスフェラーゼ(E)からなる群から選択される、請求項1又は2に記載の細胞。
  4. 酵素E、E、E、E及びEは少なくとも1つのAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)であり、酵素Eはワックス−エステルシンターゼ(E)である、請求項1から3のいずれか一項に記載の細胞。
  5. − AlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)は、配列番号1と比較して少なくとも60%配列同一性を含み;
    − ワックス−エステルシンターゼ(E)は、配列番号2と比較して少なくとも60%配列同一性を含み;
    − ω−トランスアミナーゼ(E)は、存在する場合、配列番号3と比較して少なくとも60%配列同一性を含む、請求項4に記載の細胞。
  6. EC6.2.1.3又はEC2.3.1.86のアシル−CoA合成酵素(E12)のうちの少なくとも1つの発現が野生型細胞と比較して増加するようにさらに遺伝的に改変された、請求項1から5のいずれか一項に記載の細胞。
  7. 少なくとも1つのω−官能化カルボン酸エステルを製造する方法であって、請求項1から6のいずれか一項に記載の少なくとも1つの細胞を少なくとも1つのアルカンに接触させるステップを含む方法。
  8. − ω−官能化カルボン酸エステルは、アルカンドデカンからの12−アミノラウリン酸メチルエステル、12−ヒドロキシラウリン酸メチルエステル、12−カルボキシラウリン酸メチル(ジ)エステル及び/又はラウリン酸メチルエステルであり;及び/又は
    − ω−官能化カルボン酸エステルは、アルカンウンデカンからの11−アミノウンデカン酸メチルエステル、11−ヒドロキシウンデカン酸メチルエステル、11−カルボキシウンデカン酸メチル(ジ)エステル及び/又はウンデカン酸メチルエステルである、請求項7に記載の方法。
  9. 少なくとも1つのω−官能化カルボン酸エステルをアルカンから製造する方法であって、
    (a)(i)アルカンを対応する1−アルカノールに変換する能力のある酵素E
    (ii)(i)の1−アルカノールを対応する1−アルカナールに変換する能力のある酵素E
    (iii)(ii)の1−アルカナールを対応するアルカン酸に変換する能力のある酵素E
    (iv)(iii)のアルカン酸を対応するアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E;及び
    (vi)(iv)のアルカン酸エステルを対応するω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E
    の酵素をアルカンと接触させること
    を含む方法。
  10. (b)(vi)(v)の対応するω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルを対応するω−オキソアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E;又は
    (vii)(v)の対応するω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルを対応するω−オキソアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E、及びω−オキソアルカン酸エステルを対応するω−アミノアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E;又は
    (viii)(v)の対応するω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルを対応するω−オキソアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E、及びω−オキソアルカン酸エステルを対応するω−カルボキシアルカン酸エステルに変換する能力のある酵素E13、及び(vi)のω−カルボキシアルカン酸エステルを対応するω−カルボキシアルカン酸ジエステルに変換する能力のある酵素E14
    の酵素をω−ヒドロキシ−アルカン酸エステルと接触させること
    を含む、請求項9に記載の方法。
  11. − 酵素Eは、P450アルカンヒドロキシラーゼ(E)及びEC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)からなる群から選択され;
    − 酵素Eは、P450アルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)、アルコールオキシダーゼ(E)及びアルコールデヒドロゲナーゼ(E)からなる群から選択され;
    − 酵素Eは、EC1.14.15.3−のP450アルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ(E)、EC1.1.3.20の二機能性アルコールオキシダーゼ(E)、二機能性AlkJアルコールデヒドロゲナーゼ(Edi)及びEC1.1.1.1又はEC1.1.1.2の二機能性アルコールデヒドロゲナーゼ(Edii)からなる群から選択され、ここで、E、Edi、及びEdiiは、1−アルカノールを1−アルカナールを経て対応するアルカン酸に直接酸化する能力があり;
    − 酵素Eは、ワックス−エステルシンターゼ(E)及びアルコールO−アシルトランスフェラーゼ(E)からなる群から選択され;
    − 酵素Eは、P450アルカンヒドロキシラーゼ(E)及びEC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)からなる群から選択され;
    − 酵素Eは、存在する場合、P450アルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)、アルコールオキシダーゼ(E)及びアルコールデヒドロゲナーゼ(E)からなる群から選択され;
    − 酵素Eは、存在する場合、ω−トランスアミナーゼ(E)であり;− 酵素E13は、存在する場合、EC1.14.15.3−のP450アルカンヒドロキシラーゼ(E)、EC1.14.15.3のAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ(E)、EC1.1.3.20の二機能性アルコールオキシダーゼ(E)、二機能性AlkJアルコールデヒドロゲナーゼ(Edi)及びEC1.1.1.1又はEC1.1.1.2の二機能性アルコールデヒドロゲナーゼ(Edii)からなる群から選択され、ここで、E、Edi、及びEdiiは、ω−ヒドロキシアルカン酸エステルをω−オキソアルカン酸エステルを経て対応するω−カルボキシアルカン酸エステルに直接酸化する能力があり;
    − 酵素E14は、存在する場合、ワックス−エステルシンターゼ(E)及びアルコールO−アシルトランスフェラーゼ(E)からなる群から選択される、請求項9又は10のいずれかに記載の方法。
  12. 酵素E、E、E、及びEは、少なくとも1つのAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)であり、Eは、存在する場合、少なくとも1つのAlkBアルカンヒドロキシラーゼ(E)であり、酵素Eは、ワックス−エステルシンターゼ(E)である、請求項9から11のいずれか一項に記載の方法。
  13. 酵素EからE及び場合によりE及びEの発現が野生型細胞と比較して増加するように遺伝的に改変された形態の細胞中で、酵素をアルカンと接触させる、請求項9から12のいずれか一項に記載の方法。
  14. 細胞が、大腸菌(E.coli)、Pseudomonas sp.、Pseudomonas fluorescens、Pseudomonas putida、Pseudomonas stutzeri、Acinetobacter sp.、Burkholderia sp.、Burkholderia thailandensis、Cyanobakterien、Klebsiella sp.、Klebsiella oxytoca、Salmonella sp.、Rhizobium sp.及びRhizobium meliloti、Bacillus sp.、枯草菌(Bacillus subtilis)、Clostridium sp.、Corynebacterium sp.、Corynebacterium glutamicum、Brevibacterium sp.、Chlorella sp.並びにNostoc sp.からなる群から選択される、請求項13に記載の方法。
  15. − ω−官能化カルボン酸エステルは、アルカンドデカンからの12−アミノラウリン酸メチルエステル、12−ヒドロキシラウリン酸メチルエステル、12−カルボキシラウリン酸メチル(ジ)エステル及び/若しくはラウリン酸メチルエステルであり;並びに/又は
    − ω−官能化カルボン酸エステルは、アルカンウンデカンからの11−アミノウンデカン酸メチルエステル、11−ヒドロキシウンデカン酸メチルエステル、11−カルボキシウンデカン酸メチル(ジ)エステル及び/若しくはウンデカン酸メチルエステルである、請求項9から14のいずれか一項に記載の方法。
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