RU2519148C2 - Биомаркеры и биомаркерные признаки почечной сохранности, обладающие предсказательной силой, для использования в мониторинге состояния почек - Google Patents
Биомаркеры и биомаркерные признаки почечной сохранности, обладающие предсказательной силой, для использования в мониторинге состояния почек Download PDFInfo
- Publication number
- RU2519148C2 RU2519148C2 RU2009139295/15A RU2009139295A RU2519148C2 RU 2519148 C2 RU2519148 C2 RU 2519148C2 RU 2009139295/15 A RU2009139295/15 A RU 2009139295/15A RU 2009139295 A RU2009139295 A RU 2009139295A RU 2519148 C2 RU2519148 C2 RU 2519148C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- biomarker
- renal
- biomarkers
- damage
- kidneys
- Prior art date
Links
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 title claims abstract description 102
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 title claims abstract description 13
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 title description 82
- 239000000092 prognostic biomarker Substances 0.000 title 1
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 50
- 231100000417 nephrotoxicity Toxicity 0.000 claims abstract description 31
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 claims abstract description 29
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims abstract description 22
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims abstract description 14
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims abstract description 7
- 102000015736 beta 2-Microglobulin Human genes 0.000 claims abstract description 6
- 108010081355 beta 2-Microglobulin Proteins 0.000 claims abstract description 6
- 230000006378 damage Effects 0.000 claims description 57
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 24
- 230000008859 change Effects 0.000 claims description 8
- 230000001434 glomerular Effects 0.000 claims description 6
- 239000003814 drug Substances 0.000 abstract description 31
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract description 16
- 238000011282 treatment Methods 0.000 abstract description 5
- 238000012631 diagnostic technique Methods 0.000 abstract 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 69
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 50
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 49
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 48
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 44
- 210000005239 tubule Anatomy 0.000 description 34
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 29
- DDRJAANPRJIHGJ-UHFFFAOYSA-N creatinine Chemical compound CN1CC(=O)NC1=N DDRJAANPRJIHGJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 24
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 22
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 19
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 17
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 16
- 239000000902 placebo Substances 0.000 description 16
- 229940068196 placebo Drugs 0.000 description 16
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 15
- 210000005084 renal tissue Anatomy 0.000 description 15
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 13
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 13
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 13
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 13
- 229940109239 creatinine Drugs 0.000 description 12
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 12
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 11
- 230000002440 hepatic effect Effects 0.000 description 11
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 11
- 102000003780 Clusterin Human genes 0.000 description 10
- 108090000197 Clusterin Proteins 0.000 description 10
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 10
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 10
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 description 10
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 description 10
- 102000004264 Osteopontin Human genes 0.000 description 9
- 108010081689 Osteopontin Proteins 0.000 description 9
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 9
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 9
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 9
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 8
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 8
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 description 8
- VBEQCZHXXJYVRD-GACYYNSASA-N uroanthelone Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O)C(C)C)[C@@H](C)O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC=1NC=NC=1)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CNC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CS)NC(=O)CNC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O)C(C)C)[C@@H](C)CC)C1=CC=C(O)C=C1 VBEQCZHXXJYVRD-GACYYNSASA-N 0.000 description 8
- 108010051335 Lipocalin-2 Proteins 0.000 description 7
- 102000013519 Lipocalin-2 Human genes 0.000 description 7
- 206010028851 Necrosis Diseases 0.000 description 7
- 231100000784 hepatotoxin Toxicity 0.000 description 7
- 230000017074 necrotic cell death Effects 0.000 description 7
- 230000008569 process Effects 0.000 description 7
- 206010004173 Basophilia Diseases 0.000 description 6
- 102400001368 Epidermal growth factor Human genes 0.000 description 6
- 101800003838 Epidermal growth factor Proteins 0.000 description 6
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 6
- 230000001174 ascending effect Effects 0.000 description 6
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 6
- DQLATGHUWYMOKM-UHFFFAOYSA-L cisplatin Chemical compound N[Pt](N)(Cl)Cl DQLATGHUWYMOKM-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 6
- 229960004316 cisplatin Drugs 0.000 description 6
- 238000011161 development Methods 0.000 description 6
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 6
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 6
- 229940116977 epidermal growth factor Drugs 0.000 description 6
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 6
- 230000002485 urinary effect Effects 0.000 description 6
- 102000003855 L-lactate dehydrogenase Human genes 0.000 description 5
- 108700023483 L-lactate dehydrogenases Proteins 0.000 description 5
- 102100036037 Podocin Human genes 0.000 description 5
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 5
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 5
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 5
- 231100000673 dose–response relationship Toxicity 0.000 description 5
- 208000014674 injury Diseases 0.000 description 5
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 5
- 230000011278 mitosis Effects 0.000 description 5
- 231100000252 nontoxic Toxicity 0.000 description 5
- 230000003000 nontoxic effect Effects 0.000 description 5
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 5
- 230000008929 regeneration Effects 0.000 description 5
- 238000011069 regeneration method Methods 0.000 description 5
- 210000005233 tubule cell Anatomy 0.000 description 5
- JBDOSUUXMYMWQH-UHFFFAOYSA-N 1-naphthyl isothiocyanate Chemical compound C1=CC=C2C(N=C=S)=CC=CC2=C1 JBDOSUUXMYMWQH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 206010016654 Fibrosis Diseases 0.000 description 4
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 4
- 208000001647 Renal Insufficiency Diseases 0.000 description 4
- 108010073929 Vascular Endothelial Growth Factor A Proteins 0.000 description 4
- 102000005789 Vascular Endothelial Growth Factors Human genes 0.000 description 4
- 108010019530 Vascular Endothelial Growth Factors Proteins 0.000 description 4
- 208000027418 Wounds and injury Diseases 0.000 description 4
- HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N cholesterol Chemical compound C1C=C2C[C@@H](O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H]([C@H](C)CCCC(C)C)[C@@]1(C)CC2 HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N 0.000 description 4
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 4
- 230000004761 fibrosis Effects 0.000 description 4
- 231100000304 hepatotoxicity Toxicity 0.000 description 4
- 208000017169 kidney disease Diseases 0.000 description 4
- 201000006370 kidney failure Diseases 0.000 description 4
- 230000003907 kidney function Effects 0.000 description 4
- 210000003584 mesangial cell Anatomy 0.000 description 4
- 230000003589 nefrotoxic effect Effects 0.000 description 4
- 231100000637 nephrotoxin Toxicity 0.000 description 4
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 4
- 201000001474 proteinuria Diseases 0.000 description 4
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 4
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 4
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 4
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 4
- 102100036475 Alanine aminotransferase 1 Human genes 0.000 description 3
- 108010082126 Alanine transaminase Proteins 0.000 description 3
- 102000009027 Albumins Human genes 0.000 description 3
- 108010088751 Albumins Proteins 0.000 description 3
- 101150042405 CCN1 gene Proteins 0.000 description 3
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102000012192 Cystatin C Human genes 0.000 description 3
- 108010061642 Cystatin C Proteins 0.000 description 3
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 3
- 206010019851 Hepatotoxicity Diseases 0.000 description 3
- 208000000913 Kidney Calculi Diseases 0.000 description 3
- 102000019298 Lipocalin Human genes 0.000 description 3
- 108050006654 Lipocalin Proteins 0.000 description 3
- 206010029148 Nephrolithiasis Diseases 0.000 description 3
- 208000037273 Pathologic Processes Diseases 0.000 description 3
- 101710162479 Podocin Proteins 0.000 description 3
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- PNNCWTXUWKENPE-UHFFFAOYSA-N [N].NC(N)=O Chemical compound [N].NC(N)=O PNNCWTXUWKENPE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000031018 biological processes and functions Effects 0.000 description 3
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 3
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 3
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 3
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 3
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 3
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 3
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 3
- 230000006870 function Effects 0.000 description 3
- 231100000334 hepatotoxic Toxicity 0.000 description 3
- 230000003082 hepatotoxic effect Effects 0.000 description 3
- 239000012245 hepatotoxicant Substances 0.000 description 3
- 231100001114 hepatotoxicant Toxicity 0.000 description 3
- 230000007686 hepatotoxicity Effects 0.000 description 3
- 230000001771 impaired effect Effects 0.000 description 3
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 description 3
- 210000003292 kidney cell Anatomy 0.000 description 3
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 3
- 231100000381 nephrotoxic Toxicity 0.000 description 3
- 239000012246 nephrotoxicant Substances 0.000 description 3
- 231100001115 nephrotoxicant Toxicity 0.000 description 3
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 3
- 230000009054 pathological process Effects 0.000 description 3
- 210000000557 podocyte Anatomy 0.000 description 3
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 3
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 3
- 210000000512 proximal kidney tubule Anatomy 0.000 description 3
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 3
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 3
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 3
- 108700012359 toxins Proteins 0.000 description 3
- KZMAWJRXKGLWGS-UHFFFAOYSA-N 2-chloro-n-[4-(4-methoxyphenyl)-1,3-thiazol-2-yl]-n-(3-methoxypropyl)acetamide Chemical compound S1C(N(C(=O)CCl)CCCOC)=NC(C=2C=CC(OC)=CC=2)=C1 KZMAWJRXKGLWGS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 2
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 2
- 244000105975 Antidesma platyphyllum Species 0.000 description 2
- 108010003415 Aspartate Aminotransferases Proteins 0.000 description 2
- 102000004625 Aspartate Aminotransferases Human genes 0.000 description 2
- 102000016838 Calbindin 1 Human genes 0.000 description 2
- 108010028310 Calbindin 1 Proteins 0.000 description 2
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M Chloride anion Chemical compound [Cl-] VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 229930105110 Cyclosporin A Natural products 0.000 description 2
- PMATZTZNYRCHOR-CGLBZJNRSA-N Cyclosporin A Chemical compound CC[C@@H]1NC(=O)[C@H]([C@H](O)[C@H](C)C\C=C\C)N(C)C(=O)[C@H](C(C)C)N(C)C(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)[C@@H](C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)CN(C)C1=O PMATZTZNYRCHOR-CGLBZJNRSA-N 0.000 description 2
- 108010036949 Cyclosporine Proteins 0.000 description 2
- 102000005889 Cysteine-Rich Protein 61 Human genes 0.000 description 2
- 108010019961 Cysteine-Rich Protein 61 Proteins 0.000 description 2
- 102000013382 Gelatinases Human genes 0.000 description 2
- 108010026132 Gelatinases Proteins 0.000 description 2
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 2
- 101000595193 Homo sapiens Podocin Proteins 0.000 description 2
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 2
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 2
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 2
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 description 2
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OVRNDRQMDRJTHS-UHFFFAOYSA-N N-acelyl-D-glucosamine Natural products CC(=O)NC1C(O)OC(CO)C(O)C1O OVRNDRQMDRJTHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OVRNDRQMDRJTHS-FMDGEEDCSA-N N-acetyl-beta-D-glucosamine Chemical compound CC(=O)N[C@H]1[C@H](O)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O OVRNDRQMDRJTHS-FMDGEEDCSA-N 0.000 description 2
- MBLBDJOUHNCFQT-LXGUWJNJSA-N N-acetylglucosamine Natural products CC(=O)N[C@@H](C=O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO MBLBDJOUHNCFQT-LXGUWJNJSA-N 0.000 description 2
- 206010029155 Nephropathy toxic Diseases 0.000 description 2
- 206010029164 Nephrotic syndrome Diseases 0.000 description 2
- 102000007982 Phosphoproteins Human genes 0.000 description 2
- 108010089430 Phosphoproteins Proteins 0.000 description 2
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NPYPAHLBTDXSSS-UHFFFAOYSA-N Potassium ion Chemical compound [K+] NPYPAHLBTDXSSS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010062237 Renal impairment Diseases 0.000 description 2
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 description 2
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 2
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 2
- 239000000556 agonist Substances 0.000 description 2
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 2
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- 230000033558 biomineral tissue development Effects 0.000 description 2
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 2
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 2
- 210000002665 bowman capsule Anatomy 0.000 description 2
- 235000012000 cholesterol Nutrition 0.000 description 2
- 229960001265 ciclosporin Drugs 0.000 description 2
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 2
- 229940127089 cytotoxic agent Drugs 0.000 description 2
- 239000002254 cytotoxic agent Substances 0.000 description 2
- 231100000050 cytotoxic potential Toxicity 0.000 description 2
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 2
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 206010012601 diabetes mellitus Diseases 0.000 description 2
- 230000004064 dysfunction Effects 0.000 description 2
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 2
- 210000004602 germ cell Anatomy 0.000 description 2
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 2
- 235000009424 haa Nutrition 0.000 description 2
- 210000004276 hyalin Anatomy 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 2
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 2
- 210000005229 liver cell Anatomy 0.000 description 2
- 208000019423 liver disease Diseases 0.000 description 2
- 210000000210 loop of henle Anatomy 0.000 description 2
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 2
- 229950006780 n-acetylglucosamine Drugs 0.000 description 2
- 230000007694 nephrotoxicity Effects 0.000 description 2
- 210000000440 neutrophil Anatomy 0.000 description 2
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 2
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 2
- 230000000149 penetrating effect Effects 0.000 description 2
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 description 2
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 description 2
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 2
- 101150058261 polr2g gene Proteins 0.000 description 2
- 231100000857 poor renal function Toxicity 0.000 description 2
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 2
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 2
- 230000008664 renal activity Effects 0.000 description 2
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 230000004044 response Effects 0.000 description 2
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 2
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 2
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 2
- 150000003626 triacylglycerols Chemical class 0.000 description 2
- ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 7553-56-2 Chemical compound [I] ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000009304 Acute Kidney Injury Diseases 0.000 description 1
- 206010048998 Acute phase reaction Diseases 0.000 description 1
- 206010067484 Adverse reaction Diseases 0.000 description 1
- 206010003445 Ascites Diseases 0.000 description 1
- 101710180684 Beta-hexosaminidase Proteins 0.000 description 1
- 101710124976 Beta-hexosaminidase A Proteins 0.000 description 1
- 102000004506 Blood Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010017384 Blood Proteins Proteins 0.000 description 1
- 101150092532 CALB1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150076592 CST3 gene Proteins 0.000 description 1
- 208000004434 Calcinosis Diseases 0.000 description 1
- 102000005701 Calcium-Binding Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010045403 Calcium-Binding Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000019034 Chemokines Human genes 0.000 description 1
- 108010012236 Chemokines Proteins 0.000 description 1
- 206010010356 Congenital anomaly Diseases 0.000 description 1
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 1
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 description 1
- 208000030453 Drug-Related Side Effects and Adverse reaction Diseases 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 101150053089 GSTM1 gene Proteins 0.000 description 1
- 102000006395 Globulins Human genes 0.000 description 1
- 108010044091 Globulins Proteins 0.000 description 1
- 102000005720 Glutathione transferase Human genes 0.000 description 1
- 108010070675 Glutathione transferase Proteins 0.000 description 1
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 1
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 1
- 241001467044 Groundnut rosette assistor virus Species 0.000 description 1
- 101150071461 HAVCR1 gene Proteins 0.000 description 1
- 206010020772 Hypertension Diseases 0.000 description 1
- 206010020880 Hypertrophy Diseases 0.000 description 1
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 1
- 206010023424 Kidney infection Diseases 0.000 description 1
- 101150055061 LCN2 gene Proteins 0.000 description 1
- 206010067125 Liver injury Diseases 0.000 description 1
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102100039364 Metalloproteinase inhibitor 1 Human genes 0.000 description 1
- 101150052769 NPHS2 gene Proteins 0.000 description 1
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 102000007079 Peptide Fragments Human genes 0.000 description 1
- 108010033276 Peptide Fragments Proteins 0.000 description 1
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 1
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 1
- 102100030122 Protein O-GlcNAcase Human genes 0.000 description 1
- 101710081801 Protein O-GlcNAcase Proteins 0.000 description 1
- 101710199095 Putative beta-hexosaminidase Proteins 0.000 description 1
- 206010037596 Pyelonephritis Diseases 0.000 description 1
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 208000033626 Renal failure acute Diseases 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 206010040047 Sepsis Diseases 0.000 description 1
- 208000000223 Solitary Kidney Diseases 0.000 description 1
- 102100030684 Sphingosine-1-phosphate phosphatase 1 Human genes 0.000 description 1
- 101710168942 Sphingosine-1-phosphate phosphatase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101150077804 TIMP1 gene Proteins 0.000 description 1
- 102000005353 Tissue Inhibitor of Metalloproteinase-1 Human genes 0.000 description 1
- 108010031374 Tissue Inhibitor of Metalloproteinase-1 Proteins 0.000 description 1
- 238000008050 Total Bilirubin Reagent Methods 0.000 description 1
- 206010070863 Toxicity to various agents Diseases 0.000 description 1
- 241000251539 Vertebrata <Metazoa> Species 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- FRWLNLKLBMLLGN-UHFFFAOYSA-N [Mg].NC(N)=O Chemical compound [Mg].NC(N)=O FRWLNLKLBMLLGN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 239000013543 active substance Substances 0.000 description 1
- 201000011040 acute kidney failure Diseases 0.000 description 1
- 208000012998 acute renal failure Diseases 0.000 description 1
- 230000006838 adverse reaction Effects 0.000 description 1
- 108010018360 alpha 2u globulin Proteins 0.000 description 1
- 230000033115 angiogenesis Effects 0.000 description 1
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000005557 antagonist Substances 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 238000003149 assay kit Methods 0.000 description 1
- 210000000941 bile Anatomy 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 230000037396 body weight Effects 0.000 description 1
- 210000004556 brain Anatomy 0.000 description 1
- 230000002308 calcification Effects 0.000 description 1
- 230000003913 calcium metabolism Effects 0.000 description 1
- QXDMQSPYEZFLGF-UHFFFAOYSA-L calcium oxalate Chemical compound [Ca+2].[O-]C(=O)C([O-])=O QXDMQSPYEZFLGF-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 230000021164 cell adhesion Effects 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 230000005779 cell damage Effects 0.000 description 1
- 230000024245 cell differentiation Effects 0.000 description 1
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 1
- 208000037887 cell injury Diseases 0.000 description 1
- 230000008614 cellular interaction Effects 0.000 description 1
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 description 1
- 238000009614 chemical analysis method Methods 0.000 description 1
- 230000003399 chemotactic effect Effects 0.000 description 1
- 208000020832 chronic kidney disease Diseases 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 239000002872 contrast media Substances 0.000 description 1
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 description 1
- 208000029078 coronary artery disease Diseases 0.000 description 1
- 208000031513 cyst Diseases 0.000 description 1
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 1
- 150000001945 cysteines Chemical class 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 230000010339 dilation Effects 0.000 description 1
- 208000028208 end stage renal disease Diseases 0.000 description 1
- 201000000523 end stage renal failure Diseases 0.000 description 1
- 210000000981 epithelium Anatomy 0.000 description 1
- 210000003608 fece Anatomy 0.000 description 1
- 210000003754 fetus Anatomy 0.000 description 1
- 210000002950 fibroblast Anatomy 0.000 description 1
- 231100000854 focal segmental glomerulosclerosis Toxicity 0.000 description 1
- 201000005206 focal segmental glomerulosclerosis Diseases 0.000 description 1
- 230000037406 food intake Effects 0.000 description 1
- 235000012631 food intake Nutrition 0.000 description 1
- 210000002980 germ line cell Anatomy 0.000 description 1
- 231100000853 glomerular lesion Toxicity 0.000 description 1
- 239000008187 granular material Substances 0.000 description 1
- 230000005484 gravity Effects 0.000 description 1
- 231100000234 hepatic damage Toxicity 0.000 description 1
- 208000005252 hepatitis A Diseases 0.000 description 1
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000001822 immobilized cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 1
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 1
- 231100000268 induced nephrotoxicity Toxicity 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 230000008595 infiltration Effects 0.000 description 1
- 238000001764 infiltration Methods 0.000 description 1
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 1
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 1
- 150000002484 inorganic compounds Chemical class 0.000 description 1
- 229910010272 inorganic material Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 1
- 229910052740 iodine Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011630 iodine Substances 0.000 description 1
- 230000000302 ischemic effect Effects 0.000 description 1
- 230000007654 ischemic lesion Effects 0.000 description 1
- 210000002439 juxtaglomerular apparatus Anatomy 0.000 description 1
- 230000008818 liver damage Effects 0.000 description 1
- 230000003908 liver function Effects 0.000 description 1
- 230000007056 liver toxicity Effects 0.000 description 1
- 230000004807 localization Effects 0.000 description 1
- 206010025135 lupus erythematosus Diseases 0.000 description 1
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 description 1
- 210000002540 macrophage Anatomy 0.000 description 1
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 238000002483 medication Methods 0.000 description 1
- 230000002503 metabolic effect Effects 0.000 description 1
- 230000037323 metabolic rate Effects 0.000 description 1
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 1
- 210000001616 monocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 230000001338 necrotic effect Effects 0.000 description 1
- 210000000885 nephron Anatomy 0.000 description 1
- 208000009928 nephrosis Diseases 0.000 description 1
- 231100001027 nephrosis Toxicity 0.000 description 1
- 230000003448 neutrophilic effect Effects 0.000 description 1
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 1
- 150000002894 organic compounds Chemical class 0.000 description 1
- 239000000816 peptidomimetic Substances 0.000 description 1
- 230000035699 permeability Effects 0.000 description 1
- 231100000614 poison Toxicity 0.000 description 1
- 239000002574 poison Substances 0.000 description 1
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 1
- 238000007781 pre-processing Methods 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 238000004321 preservation Methods 0.000 description 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 1
- 230000002250 progressing effect Effects 0.000 description 1
- 230000002035 prolonged effect Effects 0.000 description 1
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 230000008327 renal blood flow Effects 0.000 description 1
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 1
- 230000035939 shock Effects 0.000 description 1
- 208000007056 sickle cell anemia Diseases 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 208000019411 steroid-resistant nephrotic syndrome Diseases 0.000 description 1
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 1
- 230000007838 tissue remodeling Effects 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- 238000002054 transplantation Methods 0.000 description 1
- 230000007723 transport mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000008733 trauma Effects 0.000 description 1
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 1
- 230000003827 upregulation Effects 0.000 description 1
- 238000002562 urinalysis Methods 0.000 description 1
- 230000008728 vascular permeability Effects 0.000 description 1
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 1
- 230000029663 wound healing Effects 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
- G01N33/5014—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics for testing toxicity
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6893—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/08—Hepato-biliairy disorders other than hepatitis
- G01N2800/085—Liver diseases, e.g. portal hypertension, fibrosis, cirrhosis, bilirubin
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/34—Genitourinary disorders
- G01N2800/347—Renal failures; Glomerular diseases; Tubulointerstitial diseases, e.g. nephritic syndrome, glomerulonephritis; Renovascular diseases, e.g. renal artery occlusion, nephropathy
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Toxicology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Группа изобретений относится к медицине, а именно к нефрологии, и может быть использована для оценки почечной токсичности у индивидуума после введения соединения, которое, предположительно, может вызывать почечную токсичность. При этом почечную токсичность определяют путем измерений количества биомаркера в образце мочи, полученном от индивидуума, и сравнения измеренного количества биомаркера с соответствующим количеством у здорового индивидуума. Почечная токсичность представляет собой изменение или повреждение клубочков, а в качестве биомаркера используют белок β-2-микроглобулина. Также предложены способ диагностики или предсказания изменения или повреждения клубочков и способ мониторинга эффекта лечения почечной токсичности у пациента агентом. Группа изобретений обеспечивает достоверную оценку почечной токсичности у пациента за счет определения специфического и чувствительного биомаркера повреждения клубочков. 3 н. и 1 з.п. ф-лы, 9 ил., 2 табл.
Description
ОБЛАСТЬ, К КОТОРОЙ ОТНОСИТСЯ ИЗОБРЕТЕНИЕ
[01] Изобретение относится к биомаркерным признакам и их использованию в методах и приемах для мониторинга, прогнозирования, диагностики и/или лечения почечного или печеночного токсического повреждения, конкретнее токсического повреждения почечных канальцев как следствия заболевания или применения лекарственных препаратов.
Предпосылки к созданию изобретения
[02] Прогрессия до конечной стадии почечной недостаточности является широко распространенным исходом различных протеинурических нефропатий. Уровень протеинурии связан со степенью прогрессирования поражения почек.
[03] В случае протеинурии у человека тубулоинтерстициальное поражение является более достоверным предсказателем ухудшения почечной функции, чем клубочковое поражение. Проникающие тубулотоксичные белки плазмы, по-видимому, ответственны за эту связь, хотя природа данных белков точно не известна. Проникающие белки проявляют свое негативное влияние частично через активацию проксимальных тубулярных клеток (ПТК), которые экскретируют хемокины и цитокины, что вызывает воспаления, миотрансформацию интерстициальных фибробластов, фиброз и апоптоз. В итоге это приводит к конечной стадии почечной недостаточности. Таким образом, эпителиальные клетки почечных канальцев играют важнейшую роль в развитии интерстициального поражения. Предполагается, что протеинурия вызывает поражение канальцев и интерстициальный фиброз.
[04] Существует постоянная потребность в методах определения и мониторинга почечной и печеночной функции у животных и людей после применения лекарственных препаратов или при возможном влиянии перенесенного заболевания на почечную функцию.
[05] Изобретение предоставляет тесты и приемы для диагностики и предсказания состояния, функции и сохранности почек и печени. Биомаркеры изобретения, другие клинико-химические параметры или их комбинации могут быть использованы в тестах и устройствах для диагностики состояния почек или печени, мониторинга неблагоприятных изменений, таких как нефро- или гепатотоксические повреждения, вызванные применением лекарственных препаратов, для подбора режима лечения на базе оценки состояния почек или печени, разработки клинических тестов для диагностики заболеваний почек или печени и оценки степени поражения этих органов.
[06] Изобретение позволяет проводить предсказание, классификацию, оценку взаимосвязанности и диагностику почечного или печеночного токсичного поражения, основанную на данных, представленных в этом документе.
[07] Также здесь описаны испытания на животных, в которых проводилось изучение влияние разных нефро- и гепатотоксинов с использованием различных режимов дозирования. Различные биологические образцы были получены от животных на разных временных промежутках. Моча, кровь, образцы тканей органов, мРНК из образцов тканей и крови получали в различные моменты времени и для разных исследованных групп. Оценка состояния животных на протяжении in vivo периода и после него проводилась с использованием различных методов, в частности с использованием клинического наблюдения и полученных in vivo данных (таких как масса тела, потребление пищи, макроскопическое и микроскопическое обследование органов (в частности, почек и печени)).
КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ РИСУНКОВ
[08] Приведенные рисунки демонстрируют предпочтительные варианты выполнения в качестве примеров, а не в качестве единственно возможных.
[09] РИС.1 - это список соединений, примененных на животных в in vivo испытаниях.
[10] РИС.2 отражает случаи повреждений почек, обнаруженных во всех 10 испытаниях. Повреждения разделены по степени тяжести и группам воздействия (животные, на которых применялись нефротоксины, в сравнении с животными, на которых применялись гепатотоксины или плацебо).
[11] РИС.3 - это ТАБЛИЦА, в которой описаны гистопатологические изменения в почках, показанные в 10 in vivo испытаниях. Проявления повреждений разделены по степени и группам воздействия (применение нефротоксинов в сравнении с применением гепатотоксинов и плацебо).
[12] РИС.4 - это матрица гистопатологических данных исследования состояния почек при изучении цисплатина. Каждая колонка представляет собой локализованное повреждение. Каждый ряд соответствует животному, они следуют в порядке полученной животным дозы (контрольная группа, низкая доза, средняя доза и высокая доза) и в пределах каждой группы дозирования - по времени окончания испытания. Если наблюдалось повреждение, оно отмечается с помощью оранжевого поля с указанием в нем соответствующей степени повреждения (степень 1, степень 2-5, нет повреждения/степень 0). Преобладающие процессы обозначены.
[13] РИС.5 - это ТАБЛИЦА, в которой описаны гистопатологические изменения в печени, отмеченные в 10 in vivo испытаниях. Повреждения перечислены.
[14] РИС.6 - это ТАБЛИЦА, демонстрирующая результаты ROC-анализа для биомаркеров и современные стандарты для определенных патологий. В колонке 1 перечислены биомаркеры, в колонке 2 - их молекулярная природа, в колонке 3 - среды, в которых проводились измерения, и в колонке 4 - патологии, для которых проводился ROC-анализ. В колонке 5 представлены значения площади под кривой и стандартных ошибок для них. Колонка 6 показывает, возрастает (+) или снижается (-) значение уровня биомаркера при наличии соответствующей патологии. В колонках 7 и 8 указано число животных, участвовавших в соответствующем анализе. В колонке 11 представлены данные о соответствующей чувствительности при 95% специфичности (колонка 10), в колонке 9 - соответствующий порог для каждого биомаркера. Кроме исследованных биомаркеров, также показаны современные стандартные значения для уровня азота мочевины крови и сывороточного креатинина в случае 10 интересующих патологий. Эта ТАБЛИЦА отражает использование и достижения применения различных устройств, способов, диагностических тестов и диагностических наборов на основе перечисленных специфических биомаркеров при мониторинге почечных патологий.
[15] РИС.7 - это набор диаграмм разброса данных по оценке гепатотоксичности с использованием различных белковых биомаркеров. Биомаркеры получали из животных, на которых применялись плацебо или различные дозы гепатотоксичного АНИТ (альфа-нафтилизотиоцианата). В этом исследовании были обнаружены зависящие от дозы гистопатологические изменения в печени, но не в почках. На диаграммах показаны относительные концентрационные уровни (кратные изменения по отношению к уровню в контрольной группе). Уровни полученных доз представлены различными цветами точек, время получения образцов указано числовыми метками. Определяемые уровни биомаркеров хорошо коррелируют с полученной дозой, а потому и с зависящей от дозы гепатотоксичностью. Биомаркеры, представленные на данных графиках: уровень АЛТ в плазме (РИС.7А вверху), уровень липокалина-2 в плазме (РИС.7А внизу), уровень глутатион-S-трансферазы-мю в плазме (РИС.7Б вверху) и уровень липокалина-2 в моче (РИС.7Б внизу).
[16] РИС.8 - это набор диаграмм разброса данных по оценке повреждений почек с использованием различных белковых биомаркеров и клинико-химических параметров. Биомаркеры получали из животных, у которых применялись плацебо или различные дозы нефротоксичного цисплатина. На диаграммах показаны относительные концентрационные уровни (изменения по отношению к уровню в контрольной группе). Уровни полученных доз показаны как отметки на оси х, время получения образцов указано числовыми метками. Образцы помечены различными цветами в соответствии с наивысшей степенью гистопатологических изменений, обнаруженных в почках. Горизонтальная черта обозначает наивысший уровень биомаркера, обнаруженный в контрольной группе животных (группа, получавшая плацебо, без гистопатологических изменений в почках). Уровни выше этой черты значительно повышены (100% специфичность в испытании методом случай-контроль). Различные клинические параметры и белки определяют повреждения почек с различной степенью чувствительности. Измерение уровня креатинина в сыворотке крови, которое стандартно используется как периферический показатель повреждения почек и их функции, является наименее чувствительным методом (РИС.8А вверху). Измерение уровня цистатина С в плазме (РИС.8А внизу), уровня Kim-1 в моче (РИС.8Б вверху), уровня липокалина-2 в моче (РИС.8Б внизу), уровня остеопонтина в моче (РИС.8 В вверху) и уровня кластерина в моче (РИС.8В внизу) выявляет больше животных со значимыми изменениями в почках..
[17] РИС.9 - это набор диаграмм разброса данных по оценке повреждения почек с помощью уровня транскрипции различных генов в мРНК в почках. Биомаркеры получали из животных, на которых применялись плацебо или различные дозы нефротоксичного цисплатина. На диаграммах показаны уровни экспрессии (значения Ct против Polr2g). Уровни полученных доз показаны как отметки на оси х, время получения образцов указано числовыми метками. Образцы помечены различными цветами в соответствии с наивысшей степенью гистопатологических изменений, обнаруженных в почках. Горизонтальная черта показывает наивысший уровень экспрессии (наименьшее значение на диаграмме), обнаруженный в контрольной группе животных. Значения под чертой соответствуют значительному увеличению уровня экспрессии (100% специфичность для животных, не получавших дозы). Как уровень Kim-1 (РИС.9А), так и уровень Cyr61 (РИС.9Б) могут определять повреждение почек раньше (по истечении меньшего времени после начала процесса) и более чувствительным образом, чем гистопатологические обследование.
Детальное описание изобретения
[18] Определения. Используемые в этом документе определения "токсическое повреждение почек" или "повреждение почек" или, аналогично, "почечная недостаточность" или "дисфункция" следует понимать как ренальную или почечную недостаточность или дисфункцию внезапного (острого) характера или медленно прогрессирующую во времени (хроническую), которая может возникать в результате некоторых заболеваний или патологических процессов, включая (но не ограничиваясь) острое токсическое повреждение типа сепсиса (инфекции), шока, травмы, почечных камней, почечной инфекции, лекарственной токсичности, действия ядов или токсинов, неблагоприятного воздействия инъекции йодсодержащего контрастного вещества, а для хронического - длительную гипертонию, диабет, ишемическую болезнь сердца, волчанку или серповидноклеточную анемию. Обе формы почечной недостаточности приводят к угрожающим жизни нарушениям метаболических процессов.
[19] Определение "образцы" включает биопсии, в основном почек, и пробы жидкостей организма, таких как кровь, плазма, сыворотка крови, лимфа, ликвор, содержимое кист, асциты, моча, кал и желчь, но не ограничивается ими. Одним из преимуществ изобретения является то, что уровень каждого маркера может чрезвычайно хорошо определяться в жидкостях организма, таких как плазма крови или моча. Например, уровень экспрессии кластерина может хорошо определяться в плазме.
[20] Используемый здесь термин "индивидуум" означает человека, животное, такое как мышь или крыса, популяцию или группу особей.
[21] Используемый термин "потенциальный агент" или "потенциальное лекарство" означает природные или синтетические молекулы, такие как белки или их фрагменты, антитела, небольшие молекулы-ингибиторы или молекулы-агонисты, молекулы нуклеиновой кислоты, органические или неорганические соединения и тому подобное.
[22] Основные методы. При применении изобретения используются многие традиционные методы молекулярной биологии и микробиологии, а также рекомбинантные ДНК. Эти методы хорошо известны и описаны, например, в Current Protocols in Molecular Biology, Volumes I, II, and III, 1997 (F.M.Ausubel ed.); Sambrook et al. Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition (Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1989); DNA Cloning: A Practical Approach, Volumes I and II, D.N.Glover ed. (1985); Oligonucleotide Synthesis, M. L. Gait ed. (1984); Hames & Higgins, Nucleic Acid Hybridization, (1985); Transcription and Translation, Hames & Higgins eds. (1984); Animal Cell Culture, R.I.Freshney ed. (1986); Immobilized Cells and Enzymes, (IRL Press, 1986); Perbal, A Practical Guide to Molecular Cloning, the series. Methods in Enzymology (Academic Press, Inc., 1984); Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells, J.H.Miller & M.P.Calos eds. (Cold Spring Harbor Laboratory, 1987); and Methods in Enzymology Vol.154 and Vol.155 (Wu & Grossman, and Wu, eds., respectively).
[23] Все упоминания документов, указанные здесь по любой теме, включены как ссылки, по которым возможно получение полной необходимой информации, как если бы каждая отдельная публикация, или патент, или заявка на патент были определенно и индивидуально описаны в данном документе. Например, все номера из GenBank, Unigen Cluster и кодовые номера белков, указанные здесь, дают возможность получить полную информацию так, как если бы информация по ним была указана в этом документе.
[24] Биомаркеры изобретения. Измерялись геномная и белковая экспрессия некоторых биомаркеров (перечислены в ТАБЛИЦАХ 1 и 2) в тканях почек. Также измерялись уровни соответствующего белка в моче и плазме крови. Были обнаружены корреляции между геномной или белковой экспрессией в тканях, концентрациями белка в моче и плазме, с одной стороны, и гистопатологией, параметрами анализа мочи, такими как протеинурия (ТАБЛИЦА 2), и клинико-химическими параметрами (см. ТАБЛИЦУ 2), такими как креатинин, азот мочевины крови (BUN) и коэффициент очищения, с другой стороны. Исследуемым вопросом было то, отражают ли почечные биомаркеры мочи повреждение почечных тканей и, возможно, функцию почек.
[25] В ТАБЛИЦЕ 1 представлен список биомаркеров, оцененных при помощи измерения уровня транскрипции (с использованием мРНК из печени или почек) и белкового уровня (в моче и крови). Измерение уровней этих биомаркеров из ТАБЛИЦЫ 1 описано ниже.
| ТАБЛИЦА 1.1 | ||||
| Список биомаркеров, оцененных при помощи измерения уровня транскрипции и белкового уровня | ||||
| Название | мРНК | Белок | Номер Swissprot | Символ гена |
| β-2-микроглобулин | нет | да | Р07151 | B2m |
| N-ацетил-бета-глюкозаминидаза, Альфа- | нет | да | Q641X3 | Гекса- |
| цепь бета-гексоаминидазы, Н-Ацетил-глюкозамин | ||||
| Альфа-глутатион-8-трансфераза(альфа-ГСТ) / глутатион-3-трансфераза 5 | да | да | Р46418 | Gsta5 |
| Кальбиндин d28 | да | да | Р07171 | Calb1 |
| Кластерин | да | да | Р05371 | Clu |
| Цистатин С | да | да | Р14841 | Cst3 |
| Цистеин-богатый белок 61 (CYR61) | да | да | Q9ES72 | Cyr61 |
| Эпидермальный фактор роста (ЭФР) | да | да | Р07522 | Egf |
| Глутатион-8-трансфераза мю 1, ГСТ | да | да | Р04905 | Gstm1 |
| Yb1, мю-ГСТ | ||||
| Повреждающая почки молекула-1, | да | да | 054947 | Haver1 |
| Гомолог клеточного рецептора вируса | или Kim1 | |||
| гепатита A, Kim-1 | ||||
| Нейтрофильный желатиназо- | да | да | Р30152 | Lcn2 |
| ассоциированный липокалин, | ||||
| Липокалин 2 | ||||
| Остеопонтин, Секретируемый | да | да | Р08721 | Spp1 или |
| фосфопротеин 1 | 2b7 | |||
| Подоцин | да | да | Q8K4G9 | Nphs2 |
| Ингибитор металла протеиназ-1, TIMP-1 | да | да | Р30120 | Timp1 |
| ФРЭС / Фактор роста эндотелия сосудов | да | да | Р16612 | ФРЭС |
| А | [или] ФРЭС-А | |||
[26] Среди биомаркеров изобретения имеются следующие:
[27] Кальбиндин D-28k - кальций-связывающий белок большого семейства белков EF-руки. Кальбиндин D-28k присутствует в организмах всех классов позвоночных во многих тканях. Некоторые исследователи показали, что наибольшие количества кальбиндина D-28k находятся в дистальных отделах канальцев, что коррелирует с ролью дистальных отделов канальцев в абсорбции кальция. Rhoten WB et al., Anat. Rec. 227:145-151; Borke JL et al., Am. J. Physiol. (Renal Fluid Electrolyte Physiol) 257: F842-F849 26 (1989). Более того, было показано, что снижение экспрессии кальбиндина D-28R с возрастом может способствовать возрастному снижению Са++-транспорта в кишечник и почки. Armbrecht HJ et al., Endocrinology 125: 2950-2956 (1989). Индуцированное циклоспорином А снижение почечного кальбиндина D-28R у крыс является следствием снижения уровня его мРНК. Grenet О et al., Biochem. Pharmacol. 55(7): 1131-1133 (1998); Grenet O et al., Biochem. Pharmacol. 59(3): 267-272 (2000).
[28] Кластерин, также известный как сульфатированный гликопротеин-2 (TRPM-2), -это широко распространенный гликопротеин, секретируемый в различных органах, включая почки, при повреждении или изменениях в тканях. Он был обнаружен в трубчатых просветах эпителиальных каналов. Jenne DE & Tschopp J, Trends Biochem. Sci. 14: 154-159 (1992). Кластерин способен сохранять клеточные взаимодействия, которые иначе нарушаются в результате повреждений почек. Silkensen JR et al,, J. Am. Soc. Nephrol. 8(2); 302-305 (1997). Более того, циклоспорин А увеличивает уровень мРНК кластерина в почках крысы. Darby IA et al., Exp. Nephrol. 3(4): 234-239 (1995).
[29] Эпидермальный фактор роста (ЭФР) - это маленький полипептид, относящийся к классу веществ, вызывающих клеточный рост, дифференцировку и острофазные реакции. мРНК ЭФР транскрибируются преимущественно в клетках почек. При различных экспериментально вызванных формах острой почечной недостаточности уровни почечного ЭФР и его мРНК значительно снижались и оставались низкими в течение долгого времени. Price РМ et al., Am J Physiol. 268(4 Pt 2): F664-670 (1995). Более того, считается, что ЭФР играет главную роль в восстановлении почечных канальцев после ишемического повреждения почек (Di Paolo S, et al., Nephrol Dial Transplant 1: 2687-2693 (1997)) и в восстановлении почечных тканей после вызванного лекарственными препаратами нефротоксического повреждения.(Моrin NJ et al., Am. J. Physiol. 263: F806-F811 (1992). Было показано значительное снижение уровней экспрессии ЭФР у пациентов, страдающих от хронического отторжения после почечной трансплантации или вызванной лекарствами нефротоксичности. Кроме того, было показано снижение уровня экспрессии ЭФР в почках после применения циклоспорина A. Deng JT et al., Transplant Proc. 26(5): 2842-2844; Yang CW, et al., Kindey Int. 60: 847-857 (2001).
[30] Повреждающая почки молекула-1 (Kim-1) относится к мембранным белкам первого типа и включает внеклеточный иммуноглобулиновый домен из шести цистеинов. Уровень экспрессии Kim-1 и его мРНК очень низкий, практически не выявляемый при нормальном состоянии почек, однако он резко возрастает в проксимальных отделах канальцев пост-ишемической почки. Kim-1 участвует в восстановлении морфологической целостности и функционирования почек после ишемического поражения. Ichimura Т et al., J. Biol. Chem. 273: 4135-4142 (1998). Kim-1 иногда описывается как "Havcrl". Ранняя и интенсивная канальцевая экспрессия, которая следует за повреждениями различных типов, делает Kim-1 специфическим маркером повреждения клеток канальцев, которое может быть связано с восстановительными или повреждающими механизмами, управляющими процессом интерстициального поражения. См. включенную в документ ссылку на WO 2004/005544.
[31] Альфа-2u глобулин-связанный белок (Альфа-2u), также известный как липокалин-2 или нейтрофильный желатиназо-ассоциированный липокалин, у человека находится в гранулах нейтрофилов. Он связывается с небольшими липофильными субстанциями и, как считается, играет роль в развитии воспалительного процесса. Bundgaard JR et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 202: 1468-1475 (1994); Cowland JB & Borregaard N, Genomics 45: 17-23 (1997); Zerega В et al., Eur. J. Cell Biol. 79(165): 172-2000 (2000).
[32] Остеопонтин, также известный как секретируемый фосфопротеин 1, содержит высокое количество кислых групп, является высокогликозилированным фосфопротеином, содержащим мотив клеточной адгезии "аргинин-глицин-аспарагиновая кислота". Положительная регуляция остеопонтина была показана в некоторых моделях почечного повреждения, что позволяет предположить его возможную роль в процессах изменения и восстановления тканей. Persy VP et al., Kidney Int. 56(2): 601-611 (1999). Также было обнаружено, что остеопонтин является основным компонентом кальциевых оксалатных почечных камней. Kohri К et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 84: 859-864 (1992). Более того, наблюдается высокая экспрессия остеопонтина в клетках дистальных отделов канальцев крыс, склонных к образованию почечных камней. Kohri К et al., Biochem. Biol. Chem. 26S: 15180-15184 (1993).
[33] Подоцин, также известный как PDCN, SRN1, белок нефроза 2, идиопатический белок, является протеином, экспрессируемым в подоцитах почек, который играет роль в регуляции гломерулярной проницаемости. Этот белок экпрессируется практически исключительно в подоцитах гломерул плода и взрослого организма. Мутации в белках подоцитов, например в подоцине, вызывают врожденный фокальный сегментарный гломерулосклероз (Komatsuda A et al., Ren. Fail. 25(1): 87-93 (2003)), и вовлечен, главным образом, в развитие стероид-устойчивого нефротического синдрома.
[34] Фактор роста эндотелия сосудов (ФРЭС) индуцирует ангиогенез, увеличивает проницаемость сосудов, служит хемотаксическим веществом для моноцитов и играет роль в протекании диабета, заживлении ран, воспалительных реакциях и изменениях в тканях. Benjamin LE, Am J Pathol. 158: 1181-1184 (2001).
[35] Так как каждый маркер можно связать с определенными патологическими изменениями в почках, существует возможность определить продукты экспрессии генов таких маркеров, которые сами связаны с почечной патологией. Например, уровень кальбиндина-D28k используется как ранний маркер нарушения обмена кальция в почках, предсказывающий развитие кальциноза. Уровень белка Kim-1 является маркером генерализованного инсульта почки. Уровень остеопонтина является ранним маркером инфильтрации макрофагами, что часто бывает связано с почечной токсичностью, а также маркером перестроек в тканях после повреждения почек. Уровень ЭФР является ранним маркером генерализованного токсического повреждения почек. Уровень кластерина является ранним маркером иммунно-опосредованного токсического повреждения почек.
[36] В ТАБЛИЦЕ 2 представлен список параметров клинико-химических анализов мочи и крови. Измерения уровней этих биомаркеров из ТАБЛИЦЫ 2 описаны ниже.
| ТАБЛИЦА 2 | |
| Список клинико-химических параметров | |
| Параметры мочи | Параметры крови |
| Кальций (Са++) | Альбумин (ALB) |
| Хлорид (Cl-) | Соотношение альбумин/глобулин (A/G) |
| Креатинин (CREAT) | Щелочная фосфатаза (ALP) |
| Очищение креатинина (CLEAR) | Аланиновая аминотрансфераза (ALAT) |
| Неорганический фосфор (I.PHOS) | Аспартат-аминотрансфераза (ASAT) |
| Лактат-дегидрогеназа (LDH) | Кальций (Са++) |
| Магний (Mg++) | Хлорид (Cl-) |
| Калий (К+) | Креатинин (CREAT) |
| Натрий (Na+) | Глюкоза (GLUC) |
| Удельный вес (SP.GRAV) | Неорганический фосфор (I.PHOS) |
| Общий белок (PROT) | Лактат-дегидрогеназа (LDH) |
| Мочевина (UREA) | Магний (MAGN) |
| Объем (VOLUME) | Калий (К+) |
| Цвет (COLOR) | Натрий (Na+) |
| Проявление (АРР) | Общий билирубин (ТОТ.Вт) |
| Общий холестерин (CHOL) | |
| Общий белок (PROT) | |
| Триглицериды (TRIG) | |
| Мочевина (UREA) | |
[37] Результаты исследований in vivo и гистопатологических исследований. Все 10 испытаний in vivo на крысах были успешно проведены. Достаточное количество мочи было собрано практически от всех животных в конце дней 3, 7, 14, 21 и 22. Только животные, для которых были доступны полные наборы данных (данные гистопатологического исследования почек, клинико-химического анализа мочи, данные о выделении белковых биомаркеров с мочой, клинико-химического анализа крови, о содержании белковых биомаркеров в плазме крови, содержании мРНК-биомаркеров в почках), участвовали в анализе и описаны здесь. В целом, были проанализированы данные по 739 животным, в том числе по 447, у которых применялись нефротоксины, по 104, у которых применялись гепатотоксины, и по 188, которые получали плацебо. Для 9 проб не были доступны данные об уровне Kim-1 в моче, для 84 - данные об уровне Kim-1 в крови. Эти пробы не были включены в анализ данных по Kim-1, но были включены в анализ по другим параметрам и биомаркерам.
[38] На РИС.2 показано распределение по степеням гистопатологических изменений. Преобладание изменений степени 1 и степени 2, как и отсутствие изменений степени 5, указывают на то, что цель вызвать, в основном, умеренное токсическое повреждение почек была достигнута. Обнаружение значительного количества изменений степени 1 и некоторого количества изменений степени 2 у животных, которым было назначено применение гепатотоксинов или плацебо, указывает на уровень чувствительности гистопатологической оценки, примененной в этом проекте. Не было случаев существенного проявления дозозависимой нефротоксичности при применении гепатотоксинов. На РИС.3 представлен детальный список обнаруженных локализованных повреждений, в том числе количество наблюдений каждой степени изменений отдельно для группы животных, получавших нефротоксины, и контрольной группы (животные, получавшие плацебо и гепатотоксины). Было обнаружено 75 локализованных изменений.
[39] Различные типы повреждений наблюдались обычно не изолированно, а группами с высокой корреляцией, отражающими протекание различных молекулярных процессов. На РИС.4 показаны все гистопатологические изменения, обнаруженные в исследовании применения цисплатина. Протекавшие процессы затрагивали не отдельные изолированные сегменты нефрона, а несколько сегментов коррелируемым образом (например, проксимальные отделы канальцев и нисходящие прямые отделы канальцев). Кроме того, прослеживается логическая последовательность протекающих молекулярных процессов при распределении животных по времени исследования и полученной дозе препарата. Сначала наблюдается некроз как следствие повреждения, после чего наблюдаются регенерационные процессы, такие как базофилия и митоз, а параллельно развиваются вторичные процессы (такие как увеличение канальцев, дилатация канальцев, отторжение некротических масс и т.п..).
[40] Существуют два условия использования конкретного биомаркера. Во-первых, необходимо иметь достаточное количество данных, по которым можно судить о его локализованности, которая лучше всего коррелирует с уровнем экспрессии биомаркера. Во-вторых, отдельные виды гистопатологических изменений необходимо связать с протеканием определенных молекулярных процессов, вызывающих изменения уровня экспрессии биомаркера. Поэтому в данном исследовании локализованные повреждения были связаны с протеканием 10 различных процессов, в результате чего для каждого образца наибольшая степень соответствующего локализованного повреждения связывалась с определенным патологическим процессом. В частности, были исследованы следующие 10 патологических процессов:
[41] 1. Повреждение проксимальных отделов канальцев: повреждения степени 1 ("минимальные", "единичные", "небольшие") или более высокой степени типа "некроз", "апоптоз" или "отторжение клеток канальцев", локализованные в любом из сегментов канальца S1, S2 или S3 либо нелокализуемые.
[42] 2. Гломерулярные изменения/повреждения: повреждения степени 1 ("минимальные", "единичные", "небольшие") или более высокой степени типа "пролиферация мезангиальных клеток", "увеличение мезангиальных клеток", "гломерулярная вакуолизация" или "интерстициальный фиброз капсулы Боумена".
[43] 3. Повреждение/регенерация/дилатация канальцев: повреждения степени 1 ("минимальные", "единичные", "небольшие") или более высокой степени типа "некроз", "апоптоз", "отторжение клеток канальцев", "базофилия" или "усиление митоза", локализованные в любом из сегментов канальцев S1, S2, S3, петле Генле, толстых восходящих отделах канальцев, дистальных отделах канальцев или собирающих канальцах либо нелокализуемые, "дилатация канальцев" в коре, мозговом слое или папилле почек.
[44] 4. Гломерулярные изменения/повреждения или повреждение/регенерация/дилатация канальцев: повреждения степени 1 ("минимальные", "единичные", "небольшие") или более высокой степени типа "пролиферация мезангиальных клеток", "увеличение мезангиальных клеток", "гломерулярная вакуолизация" или "интерстициальный фиброз капсулы Боумена" или типа "некроз", "апоптоз", "отторжение клеток канальцев", "базофилия" или "усиление митоза", локализованные в сегментах канальцев S1, S2, S3, петле Генле, толстых восходящих отделах канальцев, дистальных отделах канальцев или собирающих канальцах либо нелокализуемые, или "дилатация канальцев" в коре, мозговом слое или папилле почек.
[45] 5. Повреждение/регенерация толстых восходящих отделов канальцев: повреждения степени 1 ("минимальные", "единичные", "небольшие") или более высокой степени типа "некроз", "апоптоз", "базофилия" или "усиление митоза", локализованные в толстых восходящих отделах канальцев.
[46] 6. Повреждение/регенерация дистальных отделов канальцев: повреждения степени 1 ("минимальные", "единичные", "небольшие") или более высокой степени типа "некроз", "базофилия" или "усиление митоза", локализованные в дистальных отделах канальцев.
[47] 7. Повреждение/регенерация собирающих канальцев: повреждения степени 1 ("минимальные", "единичные", "небольшие") или более высокой степени типа "некроз", "апоптоз", "отторжение клеток канальцев" или "базофилия", локализованные в собирающих канальцах.
[48] 8. Минерализация канальцев: повреждения степени 1 ("минимальные", "единичные", "небольшие") или более высокой степени типа "интратубулярные включения - минерализация", локализованные в любом из сегментов канальцев S1, S2, S3, петле Генле, толстых восходящих отделах канальцев, дистальных отделах канальцев или собирающих канальцах.
[49] 9. Межканальцевые гиалиновые цилиндры: Повреждения степени 1 ("минимальные", "одиночные", "небольшие") или выше, типа "межканальцевые цилиндры - гиалин (белковый, пигментированный)", локализованные в каком-либо из канальцевых сегментов S1, S2, S3, в петле Генли, толстых восходящих отделах, дистальных канальцах или собирающих трубках.
[50] 10. Гипертрофия юкстагломерулярного аппарата: Патологии, наблюдаемые в 10 исследованиях печени животных, показаны на РИС. 5.
[51] Описание метода анализа. Протеиновые биомаркеры определялись с помощью проверенных мультиплексных методов анализа белков, разработанных и предоставляемых компанией RulesBasedMedicine (Техас, США). Клинические химические показатели (например, азот мочевины крови, н-ацетил-глюкозамин, креатинин и ЛДГ) измерялись с помощью стандартных методов клинико-химического анализа (прибор ADVIA 1650). Биомаркеры мРНК измерялись с помощью методов генной экспрессии TaqMan фирмы Applied Biosystems в матрицах низкой плотности на приборе для ПЦР в реальном времени (Applied Biosystems 7900HT). мРНК была получена из половины почки с использованием стандартных методов.
[52] Описание предварительной обработки данных. Значения концентраций биомаркеров, полученные аналитическими устройствами, были предварительно обработаны в следующем порядке: (1) значения концентраций выше предельного значения количественного определения заменяются верхними предельными значениями количественного определения; (2) значения концентраций ниже предельного значения количественного определения заменяются нижними предельными значениями количественного определения; (3) биомаркеры в моче приводятся к концентрации креатинина в моче делением для каждого образца на соответствующее значение креатинина в моче; и (4) для выражения данных в виде кратных изменений, каждое значение делилось на среднее арифметическое для контрольной группы с одинаковым временем и методом исследования (обычно из 6 животных).
[53] Описание анализа данных. Все количественные анализы данных были основаны на анализе рабочих характеристик приемника (ROC). При ROC-анализе порог принятия решения систематически изменялся для проблемы альтернативных решений (например, соотношение контрольных и больных животных), и истинно положительные значения (чувствительность) были представлены как функция истинно отрицательных значений (1-специфичность). Площадь под кривой (AUC) является мерой диагностической силы, объединяющей чувствительность и специфичность в одном значении, при котором случайный дискриминатор соответствует AUC 0,5, а идеальный дискриминатор - 1. Расчет AUC проводился с использованием численного интегрирования по формуле трапеций, описанного Bradley АР, Pat. Recogn. 30 (7): 1145-1159 (1997). Стандартная погрешность для AUC была рассчитана на основании стандартной погрешности статистики Уилкоксона, описанной Bradley (1997).
[54] В качестве примера применения ROC-анализа для данного биомаркера и патологии порог для биомаркера / патологии для заранее заданного минимального значения специфичности был установлен следующим образом:
[55] Для данной минимальной специфичности (например, 95%) сначала определяется наименьшая точная специфичность при минимальном значении специфичности или выше этого значения. Для этой точной специфичности выбирается порог с наибольшей соответствующей чувствительностью. Алгоритм не выполняет проверку, если возможны более высокие значения специфичности для данной чувствительности при дальнейшем изменении порога. Для этого порога здесь приводятся соответствующие специфичность и чувствительность.
[56] При анализе данных были использованы следующие определения для контрольных животных и заболевших животных: (а) Контрольная группа: Животные, которым ввели плацебо или гепатотоксиканты и для которых изучаемые повреждения не были обнаружены. (b) Заболевшая группа: Животные, которым ввели нефротоксиканты и повреждениям которых была присвоена как минимум степень 1 при гистопатологической оценке.
[57] Животные, которым ввели гепатотоксиканты, были включены в контрольную группу для тестирования зависимости специфичности маркеров от других гепатотоксических изменений и благодаря тому, что в этих исследованиях не было отмечено зависимости нефротоксичности от дозы.
[58] Животные, которым ввели дозу, но которые не получили никаких повреждений или получили только другие повреждения (не те, которые представляли интерес для данного гистопатологического исследования), были исключены из ROC, принимая во внимание, что такие животные не являлись "чистыми". Эта группа животных находится в неопределенном состоянии, особенно в том случае, когда ответная реакция на молекулярном уровне наступает раньше и быстрее, чем гистопатологические проявления. В таком случае невозможно определить, (1) что отдельный гистопатологический срез одной почки не представителен для общего состояния почки (ложная отрицательная гистопатология); (2) что ответная реакция на молекулярном уровне является боле ранней/более чувствительной, чем гистопатология, так называемое продромальное состояние; или (3) что животные являются ложноположительными, если гистопатология - единственный установленный факт (ложный положительный биомаркер). Наиболее консервативным способом обращения с такими животными является исключение их из какого-либо анализа, поскольку их невозможно однозначно причислить ни к одной из групп.
[59] Результаты для исследуемых биомаркеров и патологий при наблюдении за повреждениями почек. Результаты ROC-анализа, включающие гистопатологию, информацию об исследовании и значения биомаркеров для представляющих наибольший интерес почечных патологий и биомаркеров, показаны на ФИГ.6.
[60] Протеины и клинические химические показатели для наблюдения и установления повреждений печени. Биомаркеры были получены из животных, которым вводились плацебо или различные концентрации гепатотоксиканта ANIT (альфа-нафтилизотиоцианата). См. РИС.7. Показатели гистопатологии, зависящие от дозы, наблюдались в печени, но не наблюдались в почках. На графиках показаны уровни отплацебных концентраций (зависимость кратных изменений от числа контрольных животных). Уровни доз представлены разными цветовыми оттенками, моменты взятия образцов обозначены метками. Уровни биомаркеров хорошо коррелируют с дозами, а значит и с зависящей от дозы гепатотоксичностью. Биомаркеры, представленные на этих графиках, представляют собой действующую стандартную аланин-аминотрансферазу, определенную в плазме (РИС.7А вверху), и новые маркеры липокалина-2, определенные в плазме (РИС.7А внизу), GST-мю, определенный в плазме (РИС.7В вверху), и липокалин-2, определенный в моче (РИС.7В внизу).
[61] Протеины и клинико-химические показатели для наблюдения и установления повреждений почек. Биомаркеры были получены из животных, которым вводились плацебо или различные дозы нефротоксиканта цисплатина. См. РИС.7. На графиках показаны уровни отплацебных концентраций (зависимость кратных изменений от числа контрольных животных). Уровни дозировки представлены в виде обозначений на оси абсцисс, моменты взятия образцов обозначены метками. Образцы отмечены разными цветовыми оттенками по наибольшей степени гистопатологии, наблюдаемой в почках. Горизонтальная полоса показывает наибольший уровень биомаркера, наблюдаемый в случае контрольных животных (животных без гистопатологических показателей в почках, которым ввели плацебо). Уровни протеина, которые находятся выше этой полосы, являются значительно увеличенными (100% специфичность в контрольном случае). Также возможны другие пороги. Характерные пороги для 95% специфичности показаны на РИС.6. Различные клинические показатели и протеины обнаруживают повреждения почек с разной чувствительностью. Измерение креатинина в сыворотке, являющееся текущим стандартом периферического теста для определения повреждений почек и функционирования почек, является наименее чувствительным методом (РИС.8А вверху). Цистатин С, измеренный в плазме (РИС.8А внизу), Kim-1, измеренный в моче (РИС.8 В вверху), липокалин-2, измеренный в моче (РИС.8 В внизу), остеопонтин, измеренный в моче (РИС.8С вверху), и кластерин, измеренный в моче (РИС.8С внизу), определяют большее число животных со значительными показателями для почек.
[62] Транскрипция генов для наблюдения и определения повреждений почек. Биомаркеры были получены из животных, которым вводились либо плацебо, либо нефротоксикант цисплатин. См. РИС.12. На графиках показаны значения экспрессии (значения Ct относительно Polr2g). Уровни дозировки представлены в виде обозначений на оси абсцисс, моменты взятия образцов обозначены метками. Образцы отмечены разными цветовыми оттенками по наибольшей степени гистопатологии, наблюдаемой в почках. Горизонтальная полоса показывает наибольшее значение экспрессии (наименьшее значение на графике), наблюдаемое для контрольных животных. Значения под полосой соответствуют значительно увеличенным уровням экспрессии (100% специфичность для животных, которым не вводились препараты). Также возможны другие пороги. Характерные пороги для 95% специфичности предлагаются на РИС.6. Как Kirn-1 (РИС.9А), так и Cyr61 (РИС.9 В), могут использоваться для раннего обнаружения повреждения почек (в более ранние моменты времени) и с более высокой чувствительностью (при более низких уровнях доз), чем при гистопатологическом исследовании.
[63] Варианты осуществления и аспекты изобретения. Используя описанные здесь математические операции и данные, изобретение предлагает следующие варианты осуществления.
[64] Изобретение предлагает методы для диагностики, прогнозирования и классификации почечной токсичности и/или печеночной токсичности путем использования отдельных биомаркеров данного изобретения или комбинаций биомаркеров (клинико-химические показатели, протеины, транскрипция мРНК) в биологических матрицах (моча, кровь, мРНК из почек и крови). Изобретение также предлагает методы для диагностики, прогнозирования и классификации гистопатологических показателей, комбинаций гистопатологических показателей и механизмов, проявляемых гистопатологическими показателями в почках, печени или в почках и печени, с помощью измерений отдельных биомаркеров или комбинаций биомаркеров (клинико-химические показатели, протеины, транскрипция мРНК) в отдельных биологических матрицах или в различных биологических матрицах. При использовании изобретения гистопатологический показатель в почках соответствует почечной токсичности или симптому почечного заболевания, а гистопатологический показатель в печени соответствует печеночной токсичности или симптому заболевания печени.
[65] Таким образом, может быть определен уровень экспрессии или уровень функционирования маркера в индивидууме для выбора подходящего средства для терапевтического или профилактического лечения данного индивидуума. Применяя эту информацию к дозировке или выбору препарата, можно избежать побочных реакций или неблагоприятных исходов лечения, и таким образом усилить терапевтическую или профилактическую эффективность при лечении субъекта с помощью модулятора экспрессии маркера. См. WO 2004/005544, включенный для справки.
[66] Изобретение также предлагает методы диагностики, прогнозирования и классификации отдельных биомаркеров или комбинаций биомаркеров в биологических матрицах с помощью отдельных биомаркеров или комбинаций биомаркеров в биологических матрицах.
[67] Кроме того, изобретение предлагает методы для прогнозирования исхода для индивидуумов (например, уровень выживаемости) с помощью измерения биомаркеров изобретения в биологических матрицах.
[68] С одной стороны, изобретение показывает, что биомаркеры изобретения могут быть использованы для прогнозирования, классификации и диагностики гистопатологических показателей, комбинаций гистопатологических показателей и механизмов, проявляемых гистопатологическими показателями в почках, в печени или в почках и печени, с более высокой чувствительностью и специфичностью, в более раннее время и при более низких уровнях доз, чем другие биомаркеры.
[69] С другой стороны, изобретение показывает, что биомаркеры изобретения могут быть использованы для прогнозирования, классификации и диагностики гистопатологических показателей, комбинаций гистопатологических показателей и механизмов, проявляемых гистопатологическими показателями в почках, в печени или в почках и печени в ходе исследования на более ранних стадиях, чем оценка гистопатологии печени и почек на данный момент исследования. Это означает, что моделирование, диагностика, классификация и прогноз гистопатологии с помощью биомаркеров являются более ранними, более чувствительными и более специфичными, чем сама оценка гистопатологии.
[70] Методы изобретения могут быть использованы не только с описанными биомаркерами изобретения, но также с продуктами их распада или с комбинацией описанных биомаркеров и продуктов распада. Продуктами распада могут быть пептиды или пептидные фрагменты описанных протеинов или фрагменты мРНК и продукты распада описанных транскрипций мРНК. Кроме того, для методов изобретения могут использоваться не только описанные биомаркеры, но также и биомаркеры, в значительной степени подобные им, например различные изоформы, варианты или фрагменты сплайсинга. Для некоторых вариантов осуществления методы изобретения могут использовать полиморфизм в гене описанных биомаркеров изобретения.
[71] Изобретение также предлагает внедрение в приборы этих маркеров, комбинаций этих биомаркеров и моделей, корреляций, прогнозов, классификации и диагностики биомаркеров для гистопатологии и других биомаркеров. В особенности, изобретение предлагает тест, прибор, анализ, тест биомаркеров, набор для клинических тестов или диагностическое устройство для наблюдения или диагностики состояния и функционирования почек или состояния и функционирования печени. В другом варианте осуществления изобретение предлагает тест, прибор, анализ, тест биомаркеров, набор для клинических тестов или диагностический прибор для наблюдения или диагностики отрицательного действия лекарственных препаратов на почки или на печень. Еще в одном варианте осуществления изобретение предлагает тест, прибор, анализ, биомаркерный тест, набор для клинических тестов или диагностический прибор для идентификации подходящих средств (препаратов), которые не вызывают и не производят неблагоприятного воздействия на почки или на печень. Еще в одном варианте осуществления изобретение предлагает тест, прибор, анализ, биомаркерный тест, набор для клинических тестов или диагностический прибор для того, чтобы определить, реагирует ли индивидуум на терапию в отношении почечной, печеночной или почечной и печеночной токсичности.
[72] Компоненты набора могут использоваться для определения экспрессии генов Нозерн-блоттинга, ПЦР с обратной транскрипцией или количественной ПЦР в реальном времени, разветвленных ДНК, амплификации, основанной на последовательности нуклеиновых кислот (NASBA), амплификации посредством транскрипции, непрямого анализа рибонуклеазы либо микроматриц. Другой конкретный вариант осуществления предлагает набор, в котором средства для определения уровня экспрессии генов или продукта экспрессии генов включают в себя как минимум одно антитело, специфическое для протеина, закодированного маркерным геном, выбранным из биомаркеров изобретения. Антитело предпочтительно выбирать из поликлональных антител, моноклональных антител, гуманизированных или химерных антител, а также биологически функциональных фрагментов антител, достаточных для связывания фрагмента антитела с маркером. Методы иммуноанализа являются наиболее предпочтительными для определения уровня экспрессии генов.
[73] В другом предпочтительном варианте осуществления изобретения предлагается набор, который включает в себя средства для получения образца из организма индивидуума, в частности из плазмы или мочи. Особо предпочтительный вариант осуществления, кроме того, включает в себя емкость, пригодную для хранения средств определения уровня экспрессии генов и образцов из организма индивидуума. В другом предпочтительном варианте набор, кроме того, включает в себя указания для применения и интерпретации результатов.
[74] В нескольких вариантах осуществления, изобретение предлагает тесты, приборы, анализы, биомаркерные тесты, наборы для клинических тестов или диагностические приборы (i) для идентификации подходящих средств (препаратов), которые улучшают один или несколько симптомов почечной токсичности; (ii) для идентификации подходящих средств (препаратов), которые улучшают один или несколько симптомов печеночной токсичности; (iii) для сравнения вероятности почечной токсичности для двух средств (препаратов); и (iv) для сравнения вероятности печеночной токсичности двух средств (препаратов).
[75] Например, эффективность воздействия средства на экспрессию маркера может контролироваться при клинических испытаниях субъектов, проходящих лечение от почечной болезни или токсичности. В предпочтительном варианте осуществления изобретение предлагает метод контроля эффективности лечения субъекта с использованием средства (например, агониста, антагониста, пептидомиметика, протеина, пептида, нуклеиновой кислоты, малой молекулы или другого потенциального препарата), включающего в себя следующие шаги: (i) получение образца у субъекта до приема данного средства; (ii) определение уровня экспрессии одного или нескольких выбранных маркеров изобретения в образце, взятом до приема средства; (iii) получение одного или нескольких образцов у субъекта после приема средства; (iv) определение уровня экспрессии маркеров в образцах, взятых после приема средства; (v) сравнение уровня экспрессии маркеров в образце, взятом до приема средства, с уровнем экспрессии маркеров в образце или образцах, взятых после приема средства; и (vi) внесение соответствующих изменений в прием средства субъектом. Например, измененный прием препарата может быть необходим для увеличения экспрессии маркеров на 1 уровень выше обнаруженного, т.е. для увеличения эффективности препарата. В качестве альтернативы можно использовать увеличенные/уменьшенные дозы приема препарата для соответствующего увеличения/уменьшения эффективности препарата.
[76] В конкретном варианте осуществления изобретение предлагает метод идентификации потенциальных средств для использования при лечении почечной токсичности, включающий в себя следующие шаги: (а) контакт образца почечной ткани, подверженной токсичности, с потенциальным средством; (b) определение по данной почечной ткани уровня экспрессии генов или продуктов экспрессии генов, в особенности протеина, соответствующего одному или нескольким генам, выбранным из биомаркеров изобретения, для получения первого набора значений; и (с) сравнение первого набора значений со вторым набором значений, соответствующим уровню экспрессии генов или продукта экспрессии генов, в особенности протеина, определенного для тех же генов и при тех же условиях, что и для шага (b) в почечной ткани, подверженной токсичности, которая не была вызвана потенциальным средством.
[77] В другом конкретном варианте осуществления, изобретение предлагает метод для идентифицирования потенциальных средств, которые не вызывают и не производят почечную токсичность, включающий в себя следующие шаги: (а) контакт образца почечной ткани, не подверженной токсичности, с потенциальным средством; (b) определение уровня экспрессии генов или продуктов экспрессии генов, в особенности протеина, соответствующего одному или нескольким генам, выбранным из биомаркеров изобретения, для получения первого набора значений; и (с) сравнение первого набора значений со вторым набором значений, соответствующим уровню экспрессии генов или продукта экспрессии генов, определенного для того же гена и при тех же условиях, что и для шага (b) в почечной ткани, не подверженной токсичности.
[78] Еще в одном конкретном варианте осуществления, изобретение предлагает метод для сравнения почечных цитотоксических потенциалов двух вероятных препаратов, включающий в себя следующие шаги: (а) контакт образца почечной ткани, не подверженной токсичности, с первым потенциальным препаратом и определение уровней экспрессии генов или продуктов экспрессии генов, в особенности протеина, соответствующего одному или нескольким генам, выбранным из биомаркеров изобретения, для получения первого значения; (b) контакт образца почечной ткани, не подверженной токсичности, со вторым потенциальным препаратом и определение уровня экспрессии генов, соответствующего одному или нескольким генам, выбранным из биомаркеров изобретения, для получения второго значения; и (с) сравнение первого значения со вторым значением.
[79] В других вариантах осуществления изобретение предлагает терапевтический метод для лечения почечной и/или печеночной токсичности индивидуального пациента путем приема терапевтически эффективной дозы модулирующего соединения, которое регулирует в печени и/или почках синтез, экспрессию или активность одного или нескольких генов, продуктов экспрессии генов или протеинов, приведенных в ТАБЛИЦЕ 1, таким образом, чтобы улучшить хотя бы один симптом почечной и/или печеночной токсичности.
[80] В конкретном аспекте изобретения предлагается метод для профилактических и терапевтических методов лечения субъекта, у которого имеется или существует риск нарушения деятельности почек или почечной токсичности. Прием профилактического средства может иметь место до проявления симптомов, характерных для нарушения деятельности почек, с тем чтобы можно было предотвратить или замедлить развитие нарушения деятельности почек.
[81] В другом конкретном варианте осуществления изобретение предлагает метод для лечения или предупреждения почечной токсичности индивидуума, включающий в себя прием данным индивидуумом терапевтически эффективной дозы модулирующего соединения, которое регулирует в почках синтез, экспрессию или активность одного или нескольких генов или продуктов экспрессии генов, в особенности протеинов, из группы генов биомаркеров изобретения, таким образом, чтобы улучшить хотя бы один симптом почечной токсичности.
[82] Еще в одном конкретном варианте осуществления изобретение предлагает метод лечения почечной токсичности индивидуума, включающий в себя прием данным индивидуумом терапевтически эффективной дозы модулирующего соединения, которое регулирует в почках синтез, экспрессию или активность одного или нескольких генов или продуктов экспрессии генов, в особенности протеинов, из группы генов биомаркеров изобретения, таким образом, чтобы улучшить хотя бы один симптом почечной токсичности.
[83] В другом варианте осуществления изобретение предлагает метод лечения почечной токсичности индивидуума, находящегося на лечении цитотоксическим препаратом, включающий в себя прием данным индивидуумом терапевтически эффективной дозы модулирующего соединения, которое регулирует в почках синтез, экспрессию или активность одного или нескольких генов или продуктов экспрессии генов, в особенности протеинов, из группы генов биомаркеров изобретения, таким образом, чтобы улучшить хотя бы один симптом почечной токсичности.
[84] Изобретение предлагает метод выявления других новых биомаркеров для диагностики, прогнозирования, классификации или контроля печеночной и/или почечной токсичности или их симптомов с помощью маркеров, комбинации биомаркеров и моделей, корреляций, прогнозов, классификаций и диагностики, содержащихся в данном изобретении.
[85] Одним особым преимуществом вышеописанных методов, т.е. методов, предназначенных (i) для идентификации потенциальных препаратов, (ii) для сравнения почечных цитотоксических потенциалов двух потенциальных препаратов и (iii) для идентификации потенциальных препаратов, которые не вызывают почечную токсичность, является тот факт, что они могут проводиться in vitro. Используемые почечные ткани желательно получать из культивированных почечных тканей или клеток, которые находились в контакте с цитотоксическим препаратом. Почечная ткань может также представлять собой образец печени, полученный у индивидуума, подверженного почечной токсичности, но это может ограничить широкое применение таких методов in vitro.
[86] Таким образом, изобретение предлагает тест, которым измеряются упомянутые выше биомаркеры в культивируемых почечных тканях или клетках для прогнозирования, классификации или диагностики почечной и/или печеночной токсичности in viva. Это могут быть, к примеру, отдельные почечные или печеночные клетки или их набор, как клеточная линия эпителиальных клеток 293Т и НК2 из почек человека, клеточная линия из первичных почек или линии зародышевых клеток печени человека. Изменение профиля экспрессии по сравнению с базовым при воздействии на клетки различных изменяющихся условий, таких как контакт с препаратом или другими активными молекулами, может использоваться в качестве индикатора таких эффектов.
[87] Культивированные почечные ткани или клетки могут быть успешно основаны на in vivo модели для животных, которая воспроизводит нарушения в клетках и тканях человека, преимущественно для почек. Это также могут быть отдельные почечные клетки или набор клеток, например эпителиальные клетки 293Т из почек человека или клеточная линия зародышевых клеток из почек человека. Почка особенно подвержена нефротоксическому действию препаратов, благодаря своим функциональным свойствам, включающим в себя (а) большой объем потока почечной крови, которая приносит большое количество токсина; (b) большая площадь контакта с препаратом в эпителии клубочка или канальца, что позволяет токсину взаимодействовать и усваиваться; (с) способность почки переносить активные вещества, которая обеспечивает специфические механизмы переноса, посредством которых происходит усвоение в клетках; (d) расщепление препарата, которое может происходить в почечных канальцах и приводить к образованию токсичных метаболитов из нетоксичных исходных веществ; е) механизмы концентрирования в почках, которые могут увеличивать концентрацию неадсорбированных продуктов в моче и тканях; высокая скорость метаболизма клеток канальцев необходима для нормального функционирования, которое подвержено отклонениям.
ЭКВИВАЛЕНТЫ
[88] Изобретение не ограничивается условиями вариантов осуществления, описанными в этом документе, которые предназначаются только для иллюстрации индивидуальных аспектов изобретения. Различные модификации и видоизменения этого изобретения могут быть получены без нарушения его принципов и идеи, которые являются очевидными для лиц, имеющих опыт в данной области. Функционально эквивалентные методы и аппараты в рамках изобретения, помимо тех, которые перечислены здесь, будут очевидными для лиц, имеющих опыт в данной области. Такие модификации и видоизменения должны находиться в рамках прилагаемой формулы изобретения. Изобретение должно ограничиваться только условиями прилагаемой формулы изобретения вместе с полным объемом эквивалентов, к которым может применяться эта формула изобретения.
Claims (4)
1. Способ оценки почечной токсичности у индивидуума после введения соединения, которое, предположительно, может вызывать почечную токсичность, при котором почечную токсичность определяют путем измерений количества биомаркера в образце мочи, полученном от индивидуума, и сравнения измеренного количества биомаркера с соответствующим количеством у здорового индивидуума, где почечная токсичность представляет собой изменение или повреждение клубочков, отличающийся тем, что в качестве биомаркера используют белок β-2-микроглобулина.
2. Способ диагностики или предсказания изменения или повреждения клубочков, включающий измерение количества биомаркера в образце мочи, полученном от тестируемого индивидуума, и сравнение измеренного количества биомаркера с соответствующим количеством у здорового индивидуума, причем повышение биомаркера у тестируемого индивидуума по сравнению со здоровым индивидуумом указывает изменение или повреждение клубочков, отличающийся тем, что в качестве биомаркера используют белок β-2-микроглобулина.
3. Способ мониторинга эффекта лечения почечной токсичности у пациента агентом, включающий стадии:
(i) получения образца мочи у пациента перед введением агента;
(ii) определения количества биомаркера в образце перед введением;
(iii) получения у пациента одного или более образцов мочи после введения;
(iv) обнаружения количества биомаркера в образцах после введения;
(v) сравнения количества биомаркера в образцах перед введением с количеством биомаркера в образце или образцах после введения; и
(vi) изменение введения агента пациенту в зависимости от того, показывает ли биомаркер изменение или повреждение клубочков, отличающийся тем, что в качестве биомаркера используют белок β-2-микроглобулина.
(i) получения образца мочи у пациента перед введением агента;
(ii) определения количества биомаркера в образце перед введением;
(iii) получения у пациента одного или более образцов мочи после введения;
(iv) обнаружения количества биомаркера в образцах после введения;
(v) сравнения количества биомаркера в образцах перед введением с количеством биомаркера в образце или образцах после введения; и
(vi) изменение введения агента пациенту в зависимости от того, показывает ли биомаркер изменение или повреждение клубочков, отличающийся тем, что в качестве биомаркера используют белок β-2-микроглобулина.
4. Способ по одному из пп.1-3, в котором белок β-2-микроглобулина в образце мочи измеряют с использованием антитела.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US90809407P | 2007-03-26 | 2007-03-26 | |
| US60/908,094 | 2007-03-26 | ||
| PCT/EP2008/053504 WO2008116867A1 (en) | 2007-03-26 | 2008-03-25 | Predictive renal safety biomarkers and biomarker signatures to monitor kidney function |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2009139295A RU2009139295A (ru) | 2011-05-10 |
| RU2519148C2 true RU2519148C2 (ru) | 2014-06-10 |
Family
ID=39325830
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2009139295/15A RU2519148C2 (ru) | 2007-03-26 | 2008-03-25 | Биомаркеры и биомаркерные признаки почечной сохранности, обладающие предсказательной силой, для использования в мониторинге состояния почек |
Country Status (15)
| Country | Link |
|---|---|
| US (2) | US8609812B2 (ru) |
| EP (12) | EP2479572B1 (ru) |
| JP (2) | JP5450375B2 (ru) |
| CN (2) | CN101679525B (ru) |
| AU (1) | AU2008231738B2 (ru) |
| BR (1) | BRPI0809432A2 (ru) |
| CA (1) | CA2681792A1 (ru) |
| DK (1) | DK2125899T3 (ru) |
| ES (4) | ES2397484T3 (ru) |
| HR (1) | HRP20130127T1 (ru) |
| PL (1) | PL2125899T3 (ru) |
| PT (1) | PT2125899E (ru) |
| RU (1) | RU2519148C2 (ru) |
| SI (1) | SI2125899T1 (ru) |
| WO (1) | WO2008116867A1 (ru) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2687256C1 (ru) * | 2018-03-26 | 2019-05-08 | Федеральное Государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования Дагестанский государственный медицинский университет Министерства здравоохранения Российской Федерации Даггосмедуниверситет | Способ персонализированного лечения хронической болезни почек у больных с диабетической нефропатией |
| RU2807530C1 (ru) * | 2022-11-28 | 2023-11-16 | Федеральное бюджетное учреждение науки "Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека" (ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера) | Способ прогностической оценки гепатотоксичности у ВИЧ-инфицированных лиц при антиретровирусной терапии на основе определения делеционного полиморфизма генов биотрансформации ксенобиотиков GSTM1, GSTT1, CYP2D6 человека и набор олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно меченых зондов |
Families Citing this family (56)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP2192887A1 (en) | 2007-08-29 | 2010-06-09 | Agency for Science, Technology And Research | Sugar-based surfactant microemulsions containing essential oils for cosmetic and pharmaceutical use |
| KR20110073471A (ko) | 2008-08-28 | 2011-06-29 | 아스튜트 메디컬 인코포레이티드 | 신손상 및 신부전의 진단 및 예후를 위한 방법 및 조성물 |
| EP2324354B1 (en) | 2008-08-29 | 2014-07-16 | Astute Medical, Inc. | Methods for prognosis of acute renal failure |
| EP2347260A4 (en) * | 2008-10-21 | 2012-09-26 | Astute Medical Inc | METHODS AND COMPOSITIONS FOR THE DIAGNOSIS AND PROGNOSIS OF RENAL INJURY AND RENAL FAILURE |
| EP3246707B1 (en) * | 2008-10-21 | 2020-09-30 | Astute Medical, Inc. | Methods and compositions for diagnosis and prognosis of renal injury and renal failure |
| CN104330574B (zh) * | 2008-11-10 | 2017-04-12 | 阿斯图特医药公司 | 用于诊断和预后肾损伤和肾衰竭的方法和组合物 |
| NZ592552A (en) * | 2008-11-22 | 2013-12-20 | Astute Medical Inc | Methods and compositions for diagnosis and prognosis of renal injury and renal failure |
| MX2011007811A (es) | 2009-01-28 | 2012-03-14 | Ind Tech Res Inst | Biomarcadores en orina y suero asociados con nefropatia diabetica. |
| NZ594771A (en) * | 2009-02-06 | 2013-06-28 | Astute Medical Inc | Methods and compositions for diagnosis and prognosis of renal injury and failure |
| EP2393946B1 (en) * | 2009-02-06 | 2013-12-04 | Metabolon Inc. | Determination of the liver toxicity of an agent |
| US9229010B2 (en) | 2009-02-06 | 2016-01-05 | Astute Medical, Inc. | Methods and compositions for diagnosis and prognosis of renal injury and renal failure |
| WO2011017654A1 (en) | 2009-08-07 | 2011-02-10 | Astute Medical, Inc. | Methods and compositions for diagnosis and prognosis of renal injury and renal failure |
| EP2425257A1 (en) * | 2009-04-30 | 2012-03-07 | Roche Diagnostics GmbH | Means and methods for the differentiation of cardiac and diabetes mellitus-based causes of kidney damage |
| US20120118737A1 (en) * | 2009-07-02 | 2012-05-17 | Harald Mischak | Method And Markers For Diagnosing Acute Renal Failure |
| US8735080B2 (en) * | 2009-08-07 | 2014-05-27 | Rules-Based Medicine, Inc. | Methods and devices for detecting obstructive uropathy and associated disorders |
| JP2013510322A (ja) | 2009-11-07 | 2013-03-21 | アスチュート メディカル，インコーポレイテッド | 腎損傷および腎不全の診断および予後診断のための方法ならびに組成物 |
| EP2514821B1 (en) * | 2009-12-17 | 2017-09-06 | School Juridical Person Kitasato Institute | Cystatin C, antibody |
| CN102725636B (zh) | 2009-12-20 | 2015-04-01 | 阿斯图特医药公司 | 用于肾损伤和肾衰竭的诊断及预后的方法和组合物 |
| BR112012019542A2 (pt) | 2010-02-05 | 2018-03-27 | Astute Medical Inc | "método para avaliar o estado renal em um indivíduo, medição de um ou mais biomarcadores, e, kit" |
| EA201290711A1 (ru) * | 2010-02-26 | 2013-10-30 | Астьют Медикал, Инк. | Способы и композиции для диагностики и прогнозирования повреждений почек и почечной недостаточности |
| WO2011149962A1 (en) | 2010-05-24 | 2011-12-01 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Mutant ngal proteins and uses thereof |
| JP5855094B2 (ja) | 2010-06-03 | 2016-02-09 | アイデックス ラボラトリーズ インコーポレイテッドＩＤＥＸＸ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ， Ｉｎｃ． | 腎疾患のためのマーカー |
| NZ703055A (en) | 2010-06-23 | 2016-07-29 | Astute Medical Inc | Methods and compositions for diagnosis and prognosis of renal injury and renal failure |
| NZ605698A (en) | 2010-06-23 | 2015-03-27 | Astute Medical Inc | Methods and compositions for diagnosis and prognosis of renal injury and renal failure |
| JP5830329B2 (ja) * | 2010-09-28 | 2015-12-09 | 国立大学法人 岡山大学 | 腎障害の新規マーカー |
| CN103238068B (zh) * | 2010-10-07 | 2016-06-08 | 阿斯图特医药公司 | 用于肾损伤和肾衰竭的诊断及预后的方法和组合物 |
| CN102147413A (zh) * | 2010-12-08 | 2011-08-10 | 武汉生之源生物科技有限公司 | 一种小粒径匀相溶胶颗粒型胱抑素c测定试剂盒及其制备方法 |
| CN102353782A (zh) * | 2010-12-31 | 2012-02-15 | 上海华谷生物技术有限公司 | 抗人肾损伤分子1的体外诊断试剂盒及检测方法 |
| CN102243241A (zh) * | 2011-04-07 | 2011-11-16 | 武汉生之源生物科技有限公司 | 一种匀相溶胶颗粒型中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白测定试剂盒及其制备方法 |
| MX2014000283A (es) * | 2011-07-09 | 2014-05-01 | Astute Medical Inc | Metodos y composiciones para diagnóstico y pronóstico de lesión e insuficiencia renal. |
| EA201490384A1 (ru) * | 2011-08-26 | 2014-08-29 | Астьют Медикал, Инк. | Способы и композиции для диагностики и прогнозирования повреждений почек и почечной недостаточности |
| US20130062516A1 (en) * | 2011-09-09 | 2013-03-14 | Hsien-Shou Kuo | Diganosis of a renal disease by oxygen and hydrogen isotopes in a biological sample |
| WO2013067420A1 (en) * | 2011-11-03 | 2013-05-10 | Tumlin James A | Acth for treatment of kidney disease |
| EP2788759B1 (en) | 2011-12-08 | 2019-02-20 | Astute Medical, Inc. | Methods and uses for diagnosis of renal injury and renal failure |
| GB201210587D0 (en) * | 2012-06-14 | 2012-08-01 | Belfast Health And Social Care Trust | Predictive biomarker |
| EP3572809A1 (en) * | 2012-07-23 | 2019-11-27 | Astute Medical, Inc. | Methods for diagnosis of sepsis |
| WO2014081980A2 (en) | 2012-11-21 | 2014-05-30 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Mutant ngal proteins and uses thereof |
| ES2681955T3 (es) | 2013-01-17 | 2018-09-17 | Astute Medical, Inc. | Métodos y composiciones para el diagnóstico y pronóstico de lesión renal e insuficiencia renal |
| CN104280477B (zh) * | 2014-11-03 | 2016-03-30 | 天津中医药大学 | 内源性小分子物质在快速检测肝毒性方面的应用 |
| US11037070B2 (en) * | 2015-04-29 | 2021-06-15 | Siemens Healthcare Gmbh | Diagnostic test planning using machine learning techniques |
| WO2016208776A1 (ja) | 2015-06-25 | 2016-12-29 | 株式会社国際電気通信基礎技術研究所 | 多器官連関システムを基盤とした予測装置、及び予測プログラム |
| US20180265914A1 (en) * | 2015-08-31 | 2018-09-20 | Hitachi Chemical Co., Ltd. | Molecular methods for assessing post kidney transplant complications |
| US11028443B2 (en) | 2015-08-31 | 2021-06-08 | Showa Denko Materials Co., Ltd. | Molecular methods for assessing urothelial disease |
| CN114778845A (zh) | 2016-03-29 | 2022-07-22 | 无限生物制药公司 | 药物组合物或食品组合物及评价活性成分体内效果的方法 |
| US12091701B2 (en) | 2016-03-29 | 2024-09-17 | Karydo Therapeutix, Inc. | Screening method for candidate substances for active component to prevent or treat at least one disease selected from the group consisting of renal hypofunction, chronic kidney disease and kidney failure |
| US11243217B2 (en) | 2016-06-06 | 2022-02-08 | Astute Medical, Inc. | Management of acute kidney injury using insulin-like growth factor-binding protein 7 and tissue inhibitor of metalloproteinase 2 |
| EP3472347B1 (en) | 2016-06-17 | 2023-01-04 | F. Hoffmann-La Roche AG | In vitro nephrotoxicity screening assay |
| CN106126972B (zh) * | 2016-06-21 | 2018-10-02 | 哈尔滨工业大学 | 一种用于蛋白质功能预测的层级多标签分类方法 |
| CN114088950A (zh) | 2017-01-12 | 2022-02-25 | 机敏医药股份有限公司 | 基于c-c基序趋化因子配体14测量结果评价和治疗肾损伤和肾衰竭的方法和组合物 |
| US11346846B2 (en) | 2017-02-06 | 2022-05-31 | Astute Medical, Inc. | Methods and compositions for diagnosis and prognosis of renal injury and renal failure |
| CN111647670A (zh) * | 2019-03-04 | 2020-09-11 | 中国医学科学院药物研究所 | 一种与肾病综合征相关的肠道菌属Faecalitalea及其应用 |
| RU2761730C1 (ru) * | 2020-12-25 | 2021-12-13 | Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Астраханский государственный медицинский университет" Министерства здравоохранения Российской Федерации (ФГБОУ ВО Астраханский ГМУ Минздрава России) | Способ дифференциальной диагностики уремического панкреатита и деструктивного панкреатита у пациентов, получающих заместительную почечную терапию - программный гемодиализ |
| RU2761725C1 (ru) * | 2020-12-26 | 2021-12-13 | Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Астраханский государственный медицинский университет" Министерства здравоохранения Российской Федерации (ФГБОУ ВО Астраханский ГМУ Минздрава России) | Способ дифференциальной диагностики уремического псевдоперитонита и перитонита у пациентов, получающих заместительную почечную терапию - программный гемодиализ |
| RU2761732C1 (ru) * | 2020-12-26 | 2021-12-13 | Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Астраханский государственный медицинский университет" Министерства здравоохранения Российской Федерации (ФГБОУ ВО Астраханский ГМУ Минздрава России) | Способ дифференциальной диагностики уремического псевдоперитонита и перитонита у пациентов, получающих заместительную почечную терапию - программный гемодиализ |
| RU2761733C1 (ru) * | 2020-12-28 | 2021-12-13 | Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Астраханский государственный медицинский университет" Министерства здравоохранения Российской Федерации (ФГБОУ ВО Астраханский ГМУ Минздрава России) | Способ дифференциальной диагностики уремического панкреатита и деструктивного панкреатита у пациентов, получающих заместительную почечную терапию - программный гемодиализ |
| CN115469026B (zh) * | 2022-07-14 | 2023-10-20 | 中日友好医院(中日友好临床医学研究所) | 用于检测环孢素a肾毒性相关标志物的检测试剂、试剂盒及其用途 |
Family Cites Families (18)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO1997013877A1 (en) * | 1995-10-12 | 1997-04-17 | Lynx Therapeutics, Inc. | Measurement of gene expression profiles in toxicity determination |
| AU9510498A (en) | 1997-09-26 | 1999-04-12 | University Of Washington | Methods and compositions for diagnosing renal pathologies |
| US7351541B1 (en) | 1999-10-13 | 2008-04-01 | Fuso Pharmaceutical Industries, Ltd. | Method for diagnosing a renal disorder |
| RU2180965C1 (ru) * | 2000-07-03 | 2002-03-27 | Габбасова Наталья Вадимовна | Способ дифференциальной диагностики заболеваний почек |
| AU2001281322A1 (en) * | 2000-07-13 | 2002-01-30 | Biogen, Inc. | Methods of identifying renal protective factors |
| US20040241774A1 (en) * | 2001-10-02 | 2004-12-02 | Uchida Kazuo | Kits for diagnosing kidney diseases |
| WO2004005934A2 (en) | 2002-07-04 | 2004-01-15 | Oxford Glycosciences (Uk) Ltd | Toxicity markers |
| GB0215509D0 (en) * | 2002-07-04 | 2002-08-14 | Novartis Ag | Marker genes |
| WO2004088276A2 (en) * | 2003-03-27 | 2004-10-14 | Children's Hospital Medical Center | A method and kit for detecting the early onset of renal tubular cell injury |
| EP1631682A1 (en) * | 2003-06-04 | 2006-03-08 | Agency for Science, Technology and Research | Differentially regulated hepatocellular carcinoma genes and uses thereof |
| UA88879C2 (en) * | 2003-09-02 | 2009-12-10 | Эплайд Рисерч Системз Эрс Холдинг Н.В. | Fsh glycosylation mutant |
| WO2005100989A2 (en) * | 2004-04-07 | 2005-10-27 | Gene Logic, Inc. | Hepatotoxicity molecular models |
| CA2589291A1 (en) * | 2004-09-21 | 2006-06-01 | University Of Manitoba | Method of detecting kidney dysfunction |
| GB0507838D0 (en) * | 2005-04-18 | 2005-05-25 | Epsom & St Helier University H | A method of measuring the glomerular filtration rate of an human or animal patient, a self-use kit for providing blood samples for use in measuring glomerular |
| ATE481094T1 (de) * | 2005-12-22 | 2010-10-15 | Kiacta Sarl | Behandlung von diabetischer nephropathie |
| EP2469279A1 (en) * | 2006-03-11 | 2012-06-27 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Cystatin C, lysozyme and beta-2-microglobulin as biomarker for peripheral artery disease |
| US7645616B2 (en) * | 2006-10-20 | 2010-01-12 | The University Of Hong Kong | Use of lipocalin-2 as a diagnostic marker and therapeutic target |
| WO2008057806A1 (en) * | 2006-11-01 | 2008-05-15 | Vermillion, Inc. | A panel of biomarkers for peripheral arterial disease |
-
2008
- 2008-03-25 WO PCT/EP2008/053504 patent/WO2008116867A1/en active Application Filing
- 2008-03-25 EP EP12154627.9A patent/EP2479572B1/en not_active Not-in-force
- 2008-03-25 JP JP2010500250A patent/JP5450375B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2008-03-25 ES ES08718189T patent/ES2397484T3/es active Active
- 2008-03-25 SI SI200830880T patent/SI2125899T1/sl unknown
- 2008-03-25 CA CA002681792A patent/CA2681792A1/en not_active Abandoned
- 2008-03-25 RU RU2009139295/15A patent/RU2519148C2/ru not_active IP Right Cessation
- 2008-03-25 EP EP12154622.0A patent/EP2479568B1/en not_active Not-in-force
- 2008-03-25 EP EP12154624A patent/EP2479570A3/en not_active Withdrawn
- 2008-03-25 EP EP12154619.6A patent/EP2479566B1/en not_active Not-in-force
- 2008-03-25 CN CN2008800174699A patent/CN101679525B/zh not_active Expired - Fee Related
- 2008-03-25 ES ES12154627.9T patent/ES2532229T3/es active Active
- 2008-03-25 PL PL08718189T patent/PL2125899T3/pl unknown
- 2008-03-25 CN CN2013102137911A patent/CN103399155A/zh active Pending
- 2008-03-25 DK DK08718189.7T patent/DK2125899T3/da active
- 2008-03-25 ES ES12154619.6T patent/ES2532220T3/es active Active
- 2008-03-25 EP EP12154620A patent/EP2479567A3/en not_active Withdrawn
- 2008-03-25 EP EP12154625A patent/EP2479571A3/en not_active Withdrawn
- 2008-03-25 EP EP12154617A patent/EP2479564A3/en not_active Withdrawn
- 2008-03-25 BR BRPI0809432-2A patent/BRPI0809432A2/pt not_active IP Right Cessation
- 2008-03-25 ES ES12154622.0T patent/ES2532221T3/es active Active
- 2008-03-25 EP EP12154618A patent/EP2479565A3/en not_active Withdrawn
- 2008-03-25 AU AU2008231738A patent/AU2008231738B2/en not_active Ceased
- 2008-03-25 EP EP12154628A patent/EP2479573A3/en not_active Withdrawn
- 2008-03-25 US US12/532,903 patent/US8609812B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2008-03-25 EP EP12154623A patent/EP2479569A3/en not_active Withdrawn
- 2008-03-25 EP EP08718189A patent/EP2125899B1/en not_active Not-in-force
- 2008-03-25 EP EP12154629A patent/EP2479574A3/en not_active Withdrawn
- 2008-03-25 PT PT87181897T patent/PT2125899E/pt unknown
-
2013
- 2013-02-13 HR HRP20130127AT patent/HRP20130127T1/hr unknown
- 2013-11-27 US US14/091,570 patent/US20140171335A1/en not_active Abandoned
- 2013-12-25 JP JP2013267356A patent/JP2014074721A/ja active Pending
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| ГЛУШКОВ С.И. Нарушения системы глутатиона и их роль в патогенезе острых интоксикаций ксенобиотиками с различными механизмами токсического действия. Автореферат диссерт. на соиск.уч.степ. доктора мед. наук., Санкт-Петербург, 2006. ZOFIA MARCHEWKA Low Volecular Weight Biomarkers in the Nephrotoxicity, Adv Clin Ex Med, 2006, 15, 6, 1129-1138. WON K.HAN et al. Kidney Injury Molecule-1 (KIM-1): A novel biomarker for human renal proximal tubule injury, Kidney International, 2002, vol.62, p.237-244 * |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2687256C1 (ru) * | 2018-03-26 | 2019-05-08 | Федеральное Государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования Дагестанский государственный медицинский университет Министерства здравоохранения Российской Федерации Даггосмедуниверситет | Способ персонализированного лечения хронической болезни почек у больных с диабетической нефропатией |
| RU2807530C1 (ru) * | 2022-11-28 | 2023-11-16 | Федеральное бюджетное учреждение науки "Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека" (ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера) | Способ прогностической оценки гепатотоксичности у ВИЧ-инфицированных лиц при антиретровирусной терапии на основе определения делеционного полиморфизма генов биотрансформации ксенобиотиков GSTM1, GSTT1, CYP2D6 человека и набор олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно меченых зондов |
Also Published As
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2519148C2 (ru) | Биомаркеры и биомаркерные признаки почечной сохранности, обладающие предсказательной силой, для использования в мониторинге состояния почек | |
| AU2003250879B2 (en) | Marker genes for determining renal toxicity | |
| Famulski et al. | Kidney transplants with progressing chronic diseases express high levels of acute kidney injury transcripts | |
| US20130137116A1 (en) | Method and kit for detecting the early onset of renal tubular cell injury | |
| JP2012073274A (ja) | 変形性関節症のタンパク質プロフィール | |
| Zeng et al. | Urinary and kidney podocalyxin and podocin levels in diabetic kidney disease: a kidney biopsy study | |
| AU2012261729A1 (en) | Predictive renal safety biomarkers and biomarker signatures to monitor kidney function | |
| US20160376657A1 (en) | Method of diagnosing renal disorders | |
| JP2011177144A (ja) | 化学物質の生体毒性の検出方法 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20190326 |