RU2019107207A - Cпособы выявления aav - Google Patents

Cпособы выявления aav Download PDF

Info

Publication number
RU2019107207A
RU2019107207A RU2019107207A RU2019107207A RU2019107207A RU 2019107207 A RU2019107207 A RU 2019107207A RU 2019107207 A RU2019107207 A RU 2019107207A RU 2019107207 A RU2019107207 A RU 2019107207A RU 2019107207 A RU2019107207 A RU 2019107207A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
capsid
aav
particle
amino acid
optionally
Prior art date
Application number
RU2019107207A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2771622C2 (ru
RU2019107207A3 (ru
Inventor
Сяоин ЦЗИНЬ
Кэтрин Р. О'РИОРДАН
Линь Лю
Кейт ЧЖАН
Original Assignee
Джензим Корпорейшн
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=59762045&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=RU2019107207(A) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by Джензим Корпорейшн filed Critical Джензим Корпорейшн
Publication of RU2019107207A publication Critical patent/RU2019107207A/ru
Publication of RU2019107207A3 publication Critical patent/RU2019107207A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2771622C2 publication Critical patent/RU2771622C2/ru

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
    • G01N33/6848—Methods of protein analysis involving mass spectrometry
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C12N15/86—Viral vectors
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N30/00—Investigating or analysing materials by separation into components using adsorption, absorption or similar phenomena or using ion-exchange, e.g. chromatography or field flow fractionation
    • G01N30/02—Column chromatography
    • G01N30/62—Detectors specially adapted therefor
    • G01N30/72—Mass spectrometers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N30/00—Investigating or analysing materials by separation into components using adsorption, absorption or similar phenomena or using ion-exchange, e.g. chromatography or field flow fractionation
    • G01N30/02—Column chromatography
    • G01N30/62—Detectors specially adapted therefor
    • G01N30/72—Mass spectrometers
    • G01N30/7233—Mass spectrometers interfaced to liquid or supercritical fluid chromatograph
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
    • C12N2750/00011—Details
    • C12N2750/14011—Parvoviridae
    • C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
    • C12N2750/14121—Viruses as such, e.g. new isolates, mutants or their genomic sequences
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
    • C12N2750/00011—Details
    • C12N2750/14011—Parvoviridae
    • C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
    • C12N2750/14122—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
    • C12N2750/00011—Details
    • C12N2750/14011—Parvoviridae
    • C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
    • C12N2750/14123—Virus like particles [VLP]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
    • C12N2750/00011—Details
    • C12N2750/14011—Parvoviridae
    • C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
    • C12N2750/14141—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
    • C12N2750/14143—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector viral genome or elements thereof as genetic vector
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
    • C12N2750/00011—Details
    • C12N2750/14011—Parvoviridae
    • C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
    • C12N2750/14151—Methods of production or purification of viral material
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N30/00—Investigating or analysing materials by separation into components using adsorption, absorption or similar phenomena or using ion-exchange, e.g. chromatography or field flow fractionation
    • G01N30/02—Column chromatography
    • G01N2030/022—Column chromatography characterised by the kind of separation mechanism
    • G01N2030/027—Liquid chromatography
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/005—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from viruses
    • G01N2333/01—DNA viruses
    • G01N2333/075—Adenoviridae

Claims (92)

1. Способ определения серотипа вирусной частицы, предусматривающий:
a) денатурирование вирусной частицы, где необязательно вирусную частицу денатурируют с помощью уксусной кислоты, гуанидингидрохлорида и/или органического растворителя, и где необязательно вирусная частица содержит вирусный вектор, кодирующий гетерологичный трансген;
b) подвергание денатурированной вирусной частицы жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (LC/MS), где необязательно жидкостная хроматография представляет собой обращенно-фазовую жидкостную хроматографию, эксклюзионную хроматографию, жидкостную хроматографию гидрофильных взаимодействий или катионообменную хроматографию; и
c) определение масс одного или нескольких капсидных белков вирусной частицы;
где конкретная комбинация масс одного или нескольких капсидных белков характеризует серотип вируса; где необязательно рассчитанные массы фрагментов одного или нескольких капсидных белков сравнивают с теоретическими массами фрагментов одного или нескольких капсидных белков одного или нескольких серотипов вируса; и где необязательно вирусная частица представляет собой частицу аденоассоциированного вируса (AAV), и один или несколько капсидных белков представляют собой VP1, VP2 и VP3, и необязательно (A) частица AAV представляет собой частицу рекомбинантного AAV (rAAV), и/или (B) N-конец VP1 и/или VP3 является ацетилированным.
2. Способ определения серотипа вирусной частицы, предусматривающий:
a) денатурирование вирусной частицы, где необязательно вирусную частицу денатурируют с помощью уксусной кислоты, гуанидингидрохлорида и/или органического растворителя, и где необязательно вирусная частица содержит вирусный вектор, кодирующий гетерологичный трансген;
b) подвергание денатурированной вирусной частицы восстановлению и/или алкилированию;
c) подвергание денатурированной вирусной частицы расщеплению с образованием фрагментов одного или нескольких капсидных белков вирусной частицы;
d) подвергание фрагментов одного или нескольких капсидных белков жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии-масс-спектрометрии (LC/MS/MS), где необязательно жидкостная хроматография представляет собой обращенно-фазовую жидкостную хроматографию, эксклюзионную хроматографию, жидкостную хроматографию гидрофильных взаимодействий или катионообменную хроматографию; и
e) определение масс фрагментов одного или нескольких капсидных белков вирусной частицы;
где конкретная комбинация масс фрагментов одного или нескольких капсидных белков характеризует серотип вируса; где необязательно рассчитанные массы фрагментов одного или нескольких капсидных белков сравнивают с теоретическими массами фрагментов одного или нескольких капсидных белков одного или нескольких серотипов вируса; и где необязательно вирусная частица представляет собой частицу аденоассоциированного вируса (AAV), и один или несколько капсидных белков представляют собой VP1, VP2 и VP3, и необязательно (A) частица AAV представляет собой частицу рекомбинантного AAV (rAAV), и/или (B) N-конец VP1 и/или VP3 является ацетилированным.
3. Способ определения гетерогенности вирусной частицы, предусматривающий:
a) денатурирование вирусной частицы, где необязательно вирусную частицу денатурируют с помощью уксусной кислоты, гуанидингидрохлорида и/или органического растворителя, и где необязательно вирусная частица содержит вирусный вектор, кодирующий гетерологичный трансген;
b) подвергание денатурированной вирусной частицы жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии/масс-спектрометрии (LC/MS/MS), где необязательно жидкостная хроматография представляет собой обращенно-фазовую жидкостную хроматографию, эксклюзионную хроматографию, жидкостную хроматографию гидрофильных взаимодействий или катионообменную хроматографию;
c) определение масс одного или нескольких капсидных белков вирусной частицы и
d) сравнение масс из стадии c) с теоретическими массами одного или нескольких капсидных белков серотипа вируса;
где отклонение одной или нескольких масс одного или нескольких капсидных белков характеризует гетерогенность капсида вируса; где необязательно гетерогенность предусматривает одно или несколько из смешанных серотипов, вариантных капсидов, аминокислотных замен капсидов, усеченных капсидов или модифицированных капсидов; и где необязательно вирусная частица представляет собой частицу аденоассоциированного вируса (AAV), и один или несколько капсидных белков представляют собой VP1, VP2 и VP3, и необязательно (A) частица AAV представляет собой частицу рекомбинантного AAV (rAAV), и/или (B) N-конец VP1 и/или VP3 является ацетилированным.
4. Способ определения гетерогенности серотипа вирусной частицы, предусматривающий:
a) денатурирование вирусной частицы, где необязательно вирусную частицу денатурируют с помощью уксусной кислоты, гуанидингидрохлорида и/или органического растворителя, и где необязательно вирусная частица содержит вирусный вектор, кодирующий гетерологичный трансген;
b) подвергание денатурированной вирусной частицы восстановлению и/или алкилированию;
c) подвергание денатурированной вирусной частицы расщеплению с образованием фрагментов одного или нескольких капсидных белков вирусной частицы;
d) подвергание фрагментов одного или нескольких капсидных белков жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии-масс-спектрометрии (LC/MS/MS), где необязательно жидкостная хроматография представляет собой обращенно-фазовую жидкостную хроматографию, эксклюзионную хроматографию, жидкостную хроматографию гидрофильных взаимодействий или катионообменную хроматографию;
e) определение масс фрагментов одного или нескольких капсидных белков вирусной частицы и
f) сравнение масс из стадии e) с теоретическими массами фрагментов одного или нескольких капсидных белков серотипа вируса;
где отклонение одной или нескольких масс одного или нескольких капсидных белков характеризует гетерогенность капсида вируса; где необязательно гетерогенность предусматривает одно или несколько из смешанных серотипов, вариантных капсидов, аминокислотных замен капсидов, усеченных капсидов или модифицированных капсидов; и где необязательно вирусная частица представляет собой частицу аденоассоциированного вируса (AAV), и один или несколько капсидных белков представляют собой VP1, VP2 и VP3, и необязательно (A) частица AAV представляет собой частицу рекомбинантного AAV (rAAV), и/или (B) N-конец VP1 и/или VP3 является ацетилированным.
5. Способ по п. 1 или 2, где:
(i) масс-спектрометрия предусматривает:
(1) капиллярное напряжение, составляющее приблизительно 3,5 кВ,
(2) напряжение пробоотборного конуса, составляющее приблизительно 45 В, и/или
(3) калибровку, выполняемую с помощью дополнительного средства, где необязательно применяют йодид натрия в качестве калибранта; и/или
(ii) жидкостная хроматография представляет собой ультраэффективную жидкостную хроматографию (UPLC) и/или обращенно-фазовую жидкостную хроматографию, и где необязательно:
(1) жидкостная хроматография представляет собой хроматографию с обращенной фазой C4 или C8;
(2) в хроматографии применяют подвижную фазу A, содержащую муравьиную кислоту в воде, необязательно приблизительно 0,1% муравьиной кислоты;
(3) в хроматографии применяют подвижную фазу В, содержащую муравьиную кислоту в ацетонитриле, необязательно приблизительно 0,1% муравьиной кислоты, и необязательно долю подвижной фазы B в хроматографии увеличивают со временем, увеличивают поэтапно, увеличивают от приблизительно 10% до приблизительно 20%, увеличивают от приблизительно 20% до приблизительно 30%, увеличивают от приблизительно 30% до приблизительно 38%, увеличивают от приблизительно 10% до приблизительно 20% в течение приблизительно 6 минут, увеличивают от приблизительно 20% до приблизительно 30% в течение приблизительно 10 минут или увеличивают от приблизительно 30% до приблизительно 38% в течение приблизительно 40 минут.
6. Способ по п. 3 или 4, где:
(i) масс-спектрометрия предусматривает:
(1) напряжение источника, составляющее приблизительно 2,5 кВ,
(2) температуру капилляра, составляющую приблизительно 275°C,
(3) уровень RF S-линзы, составляющий приблизительно 55%; и/или
(ii) жидкостная хроматография представляет собой высокоэффективную жидкостную хроматографию (HPLC) и/или обращенно-фазовую жидкостную хроматографию, и где необязательно предусмотрено одно или несколько из следующего:
(1) обращенно-фазовая хроматография представляет собой хроматографию с обращенной фазой C18;
(2) в хроматографии применяют подвижную фазу A, содержащую муравьиную кислоту в воде, необязательно приблизительно 0,1% муравьиной кислоты;
(3) в хроматографии применяют подвижную фазу В, содержащую муравьиную кислоту в ацетонитриле, необязательно приблизительно 0,1% муравьиной кислоты, и необязательно долю подвижной фазы B в хроматографии увеличивают со временем, увеличивают от приблизительно 2% до приблизительно 60% или увеличивают от приблизительно 2% до приблизительно 60% в течение приблизительно 121 минуты.
7. Способ по п. 2 или 4, где вирусная частица представляет собой частицу AAV, и где:
(i) восстановление осуществляют с помощью подвергания частицы AAV воздействию дитиотреитола, бета-меркаптоэтанола или трис(2-карбоксиэтил)фосфина (TCEP);
(ii) алкилирование осуществляют с помощью подвергания частицы AAV воздействию йодуксусной кислоты, йодацетамида или 4-винилпиридина; и/или
(iii) расщепление представляет собой ферментативное расщепление, необязательно расщепление с помощью эндопептидазы, необязательно расщепление с помощью трипсина, расщепление с помощью LysC, расщепление с помощью Asp-N или расщепление с помощью Glu-C; или химическое расщепление, необязательно расщепление с помощью бромциана или кислотное расщепление.
8. Способ определения серотипа частицы AAV, включающий способ по п. 1 в комбинации со способом по п. 2.
9. Способ определения гетерогенности частицы AAV, включающий способ по п. 3 в комбинации со способом по п. 4.
10. Способ по любому из пп. 1-9, где вирусная частица представляет собой частицу AAV, и при этом частица AAV содержит:
(i) капсид AAV1, капсид AAV2, капсид AAV3, капсид AAV4, капсид AAV5, капсид AAV6, капсид AAV7, капсид AAV8, капсид AAVrh8, капсид AAV9, капсид AAV10, капсид AAVrh10, капсид AAV11, капсид AAV12, капсид AAV LK03, капсид AAV2R471A, капсид AAV2/2-7m8, капсид AAV DJ, капсид AAV DJ8, капсид AAV2 N587A, капсид AAV2 E548A, капсид AAV2 N708A, капсид AAV V708K, капсид AAV козы, химерный капсид AAV1/AAV2, капсид AAV крупного рогатого скота, капсид AAV мыши rAAV2/HBoV1 (химерный AAV/вирус 1, относящийся к бокавирусам человека), капсид AAV2HBKO, капсид AAVPHP.B или капсид AAVPHP.eB, и/или капсид AAV содержит мутацию по тирозину, мутацию, влияющую на связывание с гепарином, или мутацию HBKO; и/или
(ii) ITR AAV1, ITR AAV2, ITR AAV3, ITR AAV4, ITR AAV5, ITR AAV6, ITR AAV7, ITR AAV8, ITR AAVrh8, ITR AAV9, ITR AAV10, ITR AAVrh10, ITR AAV11 или ITR AAV12.
11. Способ по любому из пп. 1-10, где массы VP1, VP2 и VP3 сравнивают с теоретическими массами одного или нескольких из капсида AAV1, капсида AAV2, капсида AAV3, капсида AAV4, капсида AAV5, капсида AAV6, капсида AAV7, капсида AAV8, капсида AAVrh8, капсида AAV9, капсида AAV10, капсида AAVrh10, капсида AAV11, капсида AAV12, капсида AAV LK03, капсида AAV2R471A, капсида AAV2/2-7m8, капсида AAV DJ, капсида AAV DJ8, капсида AAV2 N587A, капсида AAV2 E548A, капсида AAV2 N708A, капсида AAV V708K, капсида AAV козы, химерного капсида AAV1/AAV2, капсида AAV крупного рогатого скота, капсида AAV мыши rAAV2/HBoV1 (химерный AAV/вирус 1, относящийся к бокавирусам человека), капсида AAV2HBKO, капсида AAVPHP.B или капсида AAVPHP.eB.
12. Способ по любому из пп. 1-6, где вирусная частица принадлежит к семейству вирусов, выбранному из группы, состоящей из Adenoviridae, Parvoviridae, Retroviridae, Baculoviridae и Herpesviridae, где необязательно вирусная частица принадлежит к роду вирусов, выбранному из группы, состоящей из Atadenovirus, Aviadenovirus, Ichtadenovirus, Mastadenovirus, Siadenovirus, Ambidensovirus, Brevidensovirus, Hepandensovirus, Iteradensovirus, Penstyldensovirus, Amdoparvovirus, Aveparvovirus, Bocaparvovirus, Copiparvovirus, Dependoparvovirus, Erythroparvovirus, Protoparvovirus, Tetraparvovirus, Alpharetrovirus, Betaretrovirus, Deltaretrovirus, Epsilonretrovirus, Gammaretrovirus, Lentivirus, Spumavirus, Alphabaculovirus, Betabaculovirus, Deltabaculovirus, Gammabaculovirus, Iltovirus, Mardivirus, Simplexvirus, Varicellovirus, Cytomegalovirus, Muromegalovirus, Proboscivirus, Roseolovirus, Lymphocryptovirus, Macavirus, Percavirus и Rhadinovirus.
13. Способ повышения стабильности частицы rAAV, улучшения сборки частиц rAAV в клетке или улучшения трансдукции частиц rAAV в клетке, предусматривающий замену по аминокислотному остатку 2 VP1 и/или VP3 исходного VP1 и/или VP3; где замена аминокислоты в положении 2 обеспечивает изменение N-концевого ацетилирования VP1 и/или VP3 по сравнению с аминокислотным остатком 2 исходного VP1 и/или VP3, где необязательно замена по аминокислотному остатку 2 приводит к более высокой частоте N-концевого ацетилирования или более низкой частоте N-концевого ацетилирования, и/или где аминокислотный остаток 2 заменен Cys, Ser, Thr, Val, Gly, Asn, Asp, Glu, Ile, Leu, Phe, Gln, Lys, Met, Pro или Tyr, необязательно аминокислотный остаток 2 заменен Ser, Asp или Glu.
14. Способ повышения стабильности частицы rAAV, улучшения сборки частиц rAAV в клетке или улучшения трансдукции частиц rAAV в клетке, предусматривающий замену по одному или нескольким аминокислотным остаткам VP1 и/или VP3 исходного VP1 и/или VP3, где один или несколько аминокислотных остатков представляют собой A35, N57, G58, N382, G383, N511, G512, N715 или G716, при этом нумерация остатков приведена на основе VP1 AAV2; где аминокислотная замена обеспечивает изменение дезамидирования по сравнению с аминокислотным остатком 2 исходного VP1 и/или VP3, где необязательно одна или несколько аминокислотных замен осуществляются по A35 VP1, N57 VP1, G58 VP1, N382 VP3, G383 VP3, N511 VP3, G512 VP3, N715 VP3 или G716 VP3; где аминокислотная замена обеспечивает изменение дезамидирования по сравнению с дезамидированием VP1 и/или VP3 частицы исходного AAV, где дополнительно необязательно исходный остаток Ala в положении 35 VP1 заменен Asn, и/или исходный остаток Gly в положении 58 VP1 заменен Asp.
15. Способ по п. 13 или 14, где частицу rAAV получают с помощью:
a) трансфекции клетки-хозяина нуклеиновой кислотой, кодирующей вектор на основе rAAV, и нуклеиновой кислотой, кодирующей функциональные элементы rep и cap AAV, и получения нуклеиновой кислоты, кодирующей функциональные элементы помощника AAV; или
b) клетки-продуцента AAV, содержащей нуклеиновую кислоту, кодирующую вектор на основе rAAV, и нуклеиновую кислоту, кодирующую функциональные элементы rep и cap AAV, и получения нуклеиновой кислоты, кодирующей функциональные элементы помощника AAV,
где необязательно функциональные элементы cap AAV обеспечивают аминокислотную замену VP1 и/или VP3, где аминокислотная замена VP1 и/или VP3 обеспечивает изменение дезамидирования по сравнению с дезамидированием VP1 и/или VP3 частицы исходного AAV.
16. Способ по любому из пп. 13-15, где частица AAV содержит:
(i) капсид серотипов AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAVrh8, AAVrh8R, AAV9, AAV10, AAVrh10, AAV11, AAV12, AAV LK03, AAV2R471A, AAV2/2-7m8, AAV DJ, капсид AAV DJ8, AAV2 N587A, AAV2 E548A, AAV2 N708A, AAV V708K, AAV козы, химерного AAV1/AAV2, AAV крупного рогатого скота, AAV мыши, rAAV2/HBoV1, AAV2HBKO, AAVPHP.B или AAVPHP.eB, где необязательно капсид частицы rAAV дополнительно содержит мутацию по тирозину или мутацию, влияющую на связывание с гепарином; и/или
(ii) вектор на основе rAAV, необязательно самокомплементарный вектор.
17. Частица рекомбинантного AAV (rAAV), содержащая аминокислотную замену по аминокислотному остатку 2 VP1 и/или VP3 или исходного полипептида; где аминокислотная замена по аминокислотному остатку 2 VP1 и/или VP3 обеспечивает изменение N-концевого ацетилирования по сравнению с N-концевым ацетилированием по аминокислотному остатку 2 VP1 и/или VP3 частицы исходного AAV, где необязательно:
a) замена по аминокислотному остатку 2 приводит к более высокой частоте N-концевого ацетилирования или более низкой частоте N-концевого ацетилирования;
b) частица rAAV содержит аминокислотную замену по аминокислотному остатку 2 VP1, и при этом аминокислотная замена по аминокислотному остатку 2 VP1 обеспечивает изменение N-концевого ацетилирования по сравнению с N-концевым ацетилированием по аминокислотному остатку 2 VP1 частицы исходного AAV;
c) частица rAAV содержит аминокислотную замену по аминокислотному остатку 2 VP3; и при этом аминокислотная замена по аминокислотному остатку 2 VP3 обеспечивает изменение N-концевого ацетилирования по сравнению с N-концевым ацетилированием по аминокислотному остатку 2 VP3 частицы исходного AAV; и/или
d) аминокислотный остаток 2 заменен Cys, Ser, Thr, Val, Gly, Asn, Asp, Glu, Ile, Leu, Phe, Gln, Lys, Met, Pro или Tyr, необязательно Ser, Asp или Glu.
18. Частица rAAV по п. 17, где частица rAAV содержит:
(i) капсид серотипов AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAVrh8, AAVrh8R, AAV9, AAV10, AAVrh10, AAV11, AAV12, AAV LK03, AAV2R471A, AAV2/2-7m8, AAV DJ, капсид AAV DJ8, AAV2 N587A, AAV2 E548A, AAV2 N708A, AAV V708K, AAV козы, химерного AAV1/AAV2, AAV крупного рогатого скота, AAV мыши, rAAV2/HBoV1, AAV2 HBKO, капсид серотипов AAVPHP.B или AAVPHB.eB, и/или капсид AAV содержит мутацию по тирозину или мутацию, влияющую на связывание с гепарином; и/или
(ii) вектор на основе rAAV, необязательно самокомплементарный вектор, и где необязательно вектор на основе rAAV содержит:
(1) один или несколько ITR AAV;
(2) ITR AAV1, ITR AAV2, ITR AAV3, ITR AAV4, ITR AAV5, ITR AAV6, ITR AAV7, ITR AAV8, ITR AAVrh8, ITR AAV9, ITR AAV10, ITR AAVrh10, ITR AAV11 или ITR AAV12;
(3) кодируемый гетерологичный трансген, фланкированный одним или несколькими ITR AAV; и/или
(4) первую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую трансген, и вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую комплементарную трансгену последовательность, где первая последовательность нуклеиновой кислоты может образовывать внутринитевые пары оснований со второй последовательностью нуклеиновой кислоты по большей части или по всей ее длине, где необязательно первая последовательность нуклеиновой кислоты и вторая последовательность нуклеиновой кислоты соединены мутантным ITR AAV, и при этом мутантный ITR AAV характеризуется делецией D-области и характеризуется мутацией последовательности концевого разрешения.
19. Частица рекомбинантного AAV (rAAV), необязательно частица AAV1 или частица AAV2, содержащая одну или несколько аминокислотных замен по аминокислотному остатку A35, N57, G58, N382, G383, N511, G512, N715 или G716 VP1 или VP3 частицы исходного AAV, где нумерация остатков приведена на основе VP1 AAV2, и одна или несколько аминокислотных замен обеспечивают изменение дезамидирования по сравнению с дезамидированием VP1 и/или VP3 частицы исходного AAV, и где необязательно:
a) одна или несколько аминокислотных замен осуществляются по аминокислотному остатку A35 VP1, N57 VP1, G58 VP1, N382 VP3, G383 VP3, N511 VP3, G512 VP3, N715 VP3 или G716 VP3 и обеспечивают изменение дезамидирования по сравнению с дезамидированием VP1 и/или VP3 частицы исходного AAV;
b) одна или несколько аминокислотных замен предусматривают замену Asp по N57 VP1, N382 VP3, N511 VP3 или N715 VP3 и приводят к более высокой частоте дезамидирования по сравнению с дезамидированием VP1 и/или VP3 частицы исходного AAV;
c) одна или несколько аминокислотных замен предусматривают замену N57K или N57Q и приводят к более низкой частоте дезамидирования по сравнению с дезамидированием VP1 и/или VP3 частицы исходного AAV;
d) одна или несколько аминокислотных замен предусматривают замену Asn по A35 VP1 и приводят к более высокой частоте дезамидирования по сравнению с дезамидированием VP1 частицы исходного AAV или
e) одна или несколько аминокислотных замен осуществляются по G58 VP1, G383 VP3, G512 VP3 или G716 VP3 и приводят к более низкой частоте дезамидирования по сравнению с дезамидированием VP1 и/или VP3 частицы исходного AAV, где необязательно G58 VP1 заменен Asp.
20. Фармацевтическая композиция, содержащая частицу rAAV по любому из пп. 17-19.
21. Набор, содержащий частицу rAAV по любому из пп. 17-19 или фармацевтическую композицию по п. 20.
22. Изделие, содержащее частицу rAAV по любому из пп. 17-19 или фармацевтическую композицию по п. 20.
23. Капсидный белок AAV, содержащий аминокислотную замену по аминокислотному остатку 2 капсидного белка исходного AAV; при этом аминокислотная замена по аминокислотному остатку 2 обеспечивает изменение N-концевого ацетилирования по сравнению с N-концевым ацетилированием по аминокислотному остатку 2 капсидного белка исходного AAV, и где необязательно:
a) замена приводит к более высокой частоте N-концевого ацетилирования или более низкой частоте N-концевого ацетилирования;
b) капсидный белок AAV представляет собой VP1 или VP3;
c) аминокислотный остаток 2 заменен Cys, Ser, Thr, Val, Gly, Asn, Asp, Glu, Ile, Leu, Phe, Gln, Lys, Met, Pro или Tyr, необязательно Ser, Asp или Glu; и/или
d) аминокислотная замена приводит к меньшей степени дезамидирования капсида AAV.
24. Капсидный белок AAV по п. 23, где капсидный белок относится к серотипу AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAVrh8, AAVrh8R, AAV9, AAV10, AAVrh10, AAV11, AAV12, AAV LK03, AAV2R471A, AAV2/2-7m8, AAV DJ, капсиду AAV DJ8, AAV2 N587A, AAV2 E548A, AAV2 N708A, AAV V708K, AAV козы, химерного AAV1/AAV2, AAV крупного рогатого скота, AAV мыши, rAAV2/HBoV1, AAV2HBKO, AAVPHP.B или AAVPHP.eB; и/или капсидный белок AAV дополнительно содержит мутацию по тирозину или мутацию, влияющую на связывание с гепарином.
25. Капсидный белок AAV, содержащий аминокислотную замену капсидного белка исходного AAV; где аминокислотная замена обеспечивает изменение дезамидирования капсида по сравнению с капсидным белком исходного AAV.
RU2019107207A 2016-08-15 2017-08-14 Способы выявления aav RU2771622C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201662375314P 2016-08-15 2016-08-15
US62/375,314 2016-08-15
PCT/US2017/046814 WO2018035059A1 (en) 2016-08-15 2017-08-14 Methods for detecting aav

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2022110175A Division RU2022110175A (ru) 2016-08-15 2017-08-14 Способы выявления aav

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2019107207A true RU2019107207A (ru) 2020-09-15
RU2019107207A3 RU2019107207A3 (ru) 2021-04-29
RU2771622C2 RU2771622C2 (ru) 2022-05-11

Family

ID=

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2023022631A1 (ru) * 2021-08-20 2023-02-23 Акционерное общество "БИОКАД" Способ получения модифицированного капсида аденоассоциированного вируса

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2023022631A1 (ru) * 2021-08-20 2023-02-23 Акционерное общество "БИОКАД" Способ получения модифицированного капсида аденоассоциированного вируса

Also Published As

Publication number Publication date
KR102538037B1 (ko) 2023-05-30
EP3851449A1 (en) 2021-07-21
EP3497207A1 (en) 2019-06-19
AU2017312951A1 (en) 2019-04-04
SG10201913002QA (en) 2020-03-30
KR102425289B1 (ko) 2022-07-27
BR112019002934A2 (pt) 2019-05-14
EP3497207B1 (en) 2021-01-06
JP2019533803A (ja) 2019-11-21
ZA201900945B (en) 2021-06-30
AU2024200349A1 (en) 2024-02-08
MX2019001938A (es) 2019-07-04
US20240044910A1 (en) 2024-02-08
SG11201901221YA (en) 2019-03-28
CN110168080A (zh) 2019-08-23
KR20220107327A (ko) 2022-08-02
JP2024023460A (ja) 2024-02-21
TN2019000047A1 (en) 2020-07-15
CL2019000392A1 (es) 2019-05-10
WO2018035059A1 (en) 2018-02-22
US11698377B2 (en) 2023-07-11
CA3033856A1 (en) 2018-02-22
KR20190039253A (ko) 2019-04-10
US20210041451A1 (en) 2021-02-11
TW202309068A (zh) 2023-03-01
KR20230078834A (ko) 2023-06-02
RU2019107207A3 (ru) 2021-04-29
CL2019002912A1 (es) 2020-03-06
TWI781953B (zh) 2022-11-01
JP7021191B2 (ja) 2022-02-16
PH12019500316A1 (en) 2019-08-05
CR20190127A (es) 2019-06-25
MX2023009081A (es) 2023-08-08
HUE053747T2 (hu) 2021-07-28
WO2018035059A9 (en) 2019-03-14
ES2863674T3 (es) 2021-10-11
TW201825898A (zh) 2018-07-16
JP2022064980A (ja) 2022-04-26
DK3497207T3 (da) 2021-03-22
CY1124364T1 (el) 2022-07-22
AU2017312951B2 (en) 2024-02-08
MA55748A (fr) 2022-03-02

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2019533803A5 (ru)
AU2017312951B2 (en) Methods for detecting AAV
CN107864653B (zh) 衣壳
CA2622233C (en) Improved aav vectors produced in insect cells
ES2580044T3 (es) Método de incremento de la función de un vector de AAV
CA2655957C (en) Vectors with modified initiation codon for the translation of aav-rep78 useful for production of aav in insect cells
RU2018138778A (ru) Способы усиления биологической активности рекомбинантного аденоассоциированного вуруса, продуцируемого бакуловирусной системой
JPWO2019168961A5 (ru)
BR112021007550A2 (pt) métodos para análise da composição de proteína de capsídeo viral
US20230374540A1 (en) Improved adeno-associated virus gene therapy vectors
RU2022110175A (ru) Способы выявления aav
Van Vliet et al. Adeno-associated virus capsid serotype identification: Analytical methods development and application
US20220275358A1 (en) Methods of size exclusion chromatography for the characterization of recombinant adeno-associated virus compositions
JPWO2020168222A5 (ru)
CA3132193A1 (en) Methods of size exclusion chromatography for the characterization of recombinant adeno-associated virus compositions
RU2021126774A (ru) Модуляция активности rep белка при получении днк с замкнутыми концами (зкднк)
WO2024056561A1 (en) Method for separating full and empty aav particles
RU2771622C2 (ru) Способы выявления aav
KR20240032120A (ko) 바이러스 입자를 검정하기 위한 온라인 고유 질량 분광분석 방법
AU2016202153B2 (en) Vectors with modified initiation codon for the translation of AAV-Rep78 useful for production of AAV in insect cells
CN117836421A (zh) 在昆虫细胞中制备腺相关病毒载体
CN117343943A (zh) 腺相关病毒的衣壳蛋白编码基因改造方法