RU2010122759A - Способ измерения резистентности или чувствительности к доцетакселу - Google Patents

Способ измерения резистентности или чувствительности к доцетакселу Download PDF

Info

Publication number
RU2010122759A
RU2010122759A RU2010122759/15A RU2010122759A RU2010122759A RU 2010122759 A RU2010122759 A RU 2010122759A RU 2010122759/15 A RU2010122759/15 A RU 2010122759/15A RU 2010122759 A RU2010122759 A RU 2010122759A RU 2010122759 A RU2010122759 A RU 2010122759A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
mrna
catalog number
homo sapiens
genbank catalog
genbank
Prior art date
Application number
RU2010122759/15A
Other languages
English (en)
Inventor
Дорре ГРЮНЕБЕРГ (US)
Дорре ГРЮНЕБЕРГ
Си ХУАН (US)
Си ХУАН
Сридаран НАТЕСАН (US)
Сридаран НАТЕСАН
Пол ОГАСТ (US)
Пол ОГАСТ
Original Assignee
Авентис Фармасьютикалз Инк. (Us)
Авентис Фармасьютикалз Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Авентис Фармасьютикалз Инк. (Us), Авентис Фармасьютикалз Инк. filed Critical Авентис Фармасьютикалз Инк. (Us)
Publication of RU2010122759A publication Critical patent/RU2010122759A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/5308—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for analytes not provided for elsewhere, e.g. nucleic acids, uric acid, worms, mites
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6893—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/178—Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)

Abstract

1. Способ прогнозирования или мониторинга реакции онкологического пациента, страдающего раком толстой кишки, на доцетаксел, включающий следующие стадии: ! a) отбор образца для тестирования из области злокачественного поражения у данного пациента; ! b) отбор контрольного образца; ! c) измерение уровня одного или нескольких генетических маркеров; выбранных из группы, состоящей из: ! P21(Waf1), ингибитор циклин-зависимой киназы 1А Homo sapiens (p21, Cip1) (CDKN1A), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000389); ! Pim-1, pim-1 онкоген Homo sapiens (PIM1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002648); ! GBP-1, гуанилат-связывающий белок 1 Homo sapiens, индуцируемый интерфероном, 67 кДа (GBP1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002053); ! RXRA, ретиноид Х-рецептор Homo sapiens, альфа (RXRA), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002957); ! SPF45, белок 17 с РНК-связывающим мотивом Homo sapiens (RBM17), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_032905); ! Hec1, связанный с центромером 2 Homo sapiens (KNTC2), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006101); ! Raf1, человеческая иРНК для онкогена raf (номер в каталоге GenBank: X03484); ! Aurora A, киназа 1 семейства Aurora Homo sapiens (ARK1), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: AF008551); ! TACC3, трансформирующий кислый биспиральный белок 3 Homo sapiens (TACC3), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006342); ! RelB, гомолог В вирусного онкогена ретикулоэндотелиоза v-rel Homo sapiens, ядерный фактор ген-энхансера легкой цепи полипептида каппа в В-клетках 3 (птиц) (RELB), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006509); ! PRKCD, протеинкиназа С Homo sapiens, дельта (PRKCD), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006254); ! BRAF35, высокоподвижная группа Homo sapiens 20B (HMG20B), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006339); ! HSPA1L, белок теплового шока 70 кДа 1А Homo sapiens (HSPA1A), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_005345); ! STK11, серин-треонинкиназа 11 Homo sa

Claims (16)

1. Способ прогнозирования или мониторинга реакции онкологического пациента, страдающего раком толстой кишки, на доцетаксел, включающий следующие стадии:
a) отбор образца для тестирования из области злокачественного поражения у данного пациента;
b) отбор контрольного образца;
c) измерение уровня одного или нескольких генетических маркеров; выбранных из группы, состоящей из:
P21(Waf1), ингибитор циклин-зависимой киназы 1А Homo sapiens (p21, Cip1) (CDKN1A), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000389);
Pim-1, pim-1 онкоген Homo sapiens (PIM1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002648);
GBP-1, гуанилат-связывающий белок 1 Homo sapiens, индуцируемый интерфероном, 67 кДа (GBP1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002053);
RXRA, ретиноид Х-рецептор Homo sapiens, альфа (RXRA), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002957);
SPF45, белок 17 с РНК-связывающим мотивом Homo sapiens (RBM17), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_032905);
Hec1, связанный с центромером 2 Homo sapiens (KNTC2), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006101);
Raf1, человеческая иРНК для онкогена raf (номер в каталоге GenBank: X03484);
Aurora A, киназа 1 семейства Aurora Homo sapiens (ARK1), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: AF008551);
TACC3, трансформирующий кислый биспиральный белок 3 Homo sapiens (TACC3), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006342);
RelB, гомолог В вирусного онкогена ретикулоэндотелиоза v-rel Homo sapiens, ядерный фактор ген-энхансера легкой цепи полипептида каппа в В-клетках 3 (птиц) (RELB), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006509);
PRKCD, протеинкиназа С Homo sapiens, дельта (PRKCD), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006254);
BRAF35, высокоподвижная группа Homo sapiens 20B (HMG20B), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006339);
HSPA1L, белок теплового шока 70 кДа 1А Homo sapiens (HSPA1A), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_005345);
STK11, серин-треонинкиназа 11 Homo sapiens (полипоз кишечника II) (STK11), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000455); и
MKK3, MAP киназа киназа 3 Homo sapiens (MKK3), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: L36719); и
d) сопоставление измеренных уровней указанного одного или нескольких генетических маркеров в образце для тестирования и контрольном образце;
при этом снижение уровня указанного одного или нескольких генетических маркеров, измеренного в образце для тестирования по сравнению с контрольным образцом, указывает на повышенную чувствительность к доцетакселу.
2. Способ по п.1, в котором указанный уровень одного или нескольких генетических маркеров измеряется по иРНК, ДНК или белку.
3. Способ по п.2, в котором указанная иРНК измеряется с использованием способа, выбранного из группы, включающей гибридизацию в момент образования, полимеразную цепную реакцию с участием обратной транскриптазы, гибридизацию нуклеиновой кислоты, электрофорез, норзерн-блоттинг и масс-спектрометрию.
4. Способ по п.2, в котором указанная ДНК измеряется с использованием метода, выбранного из группы, включающей количественную полимеразную цепную реакцию, геномные ДНК-чипы, гибридизацию в момент образования, электрофорез, саузерн-блоттинг и масс-спектрометрию.
5. Способ по п.2, в котором указанный белок измеряется с использованием метода, выбранного из группы, включающей иммуноанализ, вестерн-блоттинг, ИФА и масс-спектрометрию.
6. Набор для прогнозирования или мониторинга реакции страдающего раком толстой кишки пациента на доцетаксел в соответствии со способом по п.1, где в набор входят антитела, меченные детектируемой меткой, фрагменты антител, меченные детектируемой меткой, или олигонуклеотиды, меченные детектируемой меткой, включающие нуклеиновые кислоты, способные к гибридизации в жестких условиях с одним или несколькими генетическими маркерами, выбранными из группы, состоящей из:
P21(Waf1), ингибитор циклин-зависимой киназы 1А Homo sapiens (p21, Cip1) (CDKN1A), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000389);
Pim-1, pim-1 онкоген Homo sapiens (PIM1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002648);
GBP-1, гуанилат-связывающий белок 1 Homo sapiens, индуцируемый интерфероном, 67 кДа (GBP1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002053);
RXRA, ретиноид Х-рецептор Homo sapiens, альфа (RXRA), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002957);
SPF45, белок 17 с РНК-связывающим мотивом Homo sapiens (RBM17), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_032905);
Hec1, связанный с центромером 2 Homo sapiens (KNTC2), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006101);
Raf1, человеческая иРНК для онкогена raf (номер в каталоге GenBank: X03484);
Aurora A, киназа 1 семейства Aurora Homo sapiens (ARK1), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: AF008551);
TACC3, трансформирующий кислый биспиральный белок 3 Homo sapiens (TACC3), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006342);
RelB, гомолог В вирусного онкогена ретикулоэндотелиоза v-rel Homo sapiens, ядерный фактор ген-энхансера легкой цепи полипептида каппа в В-клетках 3 (птиц) (RELB), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006509);
PRKCD, протеинкиназа С Homo sapiens, дельта (PRKCD), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006254);
BRAF35, высокоподвижная группа Homo sapiens 20B (HMG20B), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006339);
HSPA1L, белок теплового шока 70 кДа 1А Homo sapiens (HSPA1A), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_005345);
STK11, серин-треонинкиназа 11 Homo sapiens (полипоз кишечника II) (STK11), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000455); и
MKK3, MAP киназа киназа 3 Homo sapiens (MKK3), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: L36719).
7. Набор для прогнозирования или мониторинга реакции страдающего раком прямой кишки пациента на доцетаксел в соответствии со способом по п.1, где в набор входят средства:
a) получения суммарной РНК из взятого из организма образца для тестирования;
b) обратной транскрипции суммарной РНК с получением кДНК; и
c) проведения полимеразной цепной реакции с кДНК с использованием набора праймеров, где один или оба праймера имеют детектируемую метку, и оба праймера извлекаются из нуклеотидной последовательности одного или нескольких генетических маркеров, выбранных из группы, состоящей из:
P21(Waf1), ингибитор циклин-зависимой киназы 1А Homo sapiens (p21, Cip1) (CDKN1A), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000389);
Pim-1, pim-1 онкоген Homo sapiens (PIM1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002648);
GBP-1, гуанилат-связывающий белок 1 Homo sapiens, индуцируемый интерфероном, 67 кДа (GBP1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002053);
RXRA, ретиноид Х-рецептор Homo sapiens, альфа (RXRA), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002957);
SPF45, белок 17 с РНК-связывающим мотивом Homo sapiens (RBM17), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_032905);
Hec1, связанный с центромером 2 Homo sapiens (KNTC2), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006101);
Raf1, человеческая иРНК для онкогена raf (номер в каталоге GenBank: X03484);
Aurora A, киназа 1 семейства Aurora Homo sapiens (ARK1), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: AF008551);
TACC3, трансформирующий кислый биспиральный белок 3 Homo sapiens (TACC3), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006342);
RelB, гомолог В вирусного онкогена ретикулоэндотелиоза v-rel Homo sapiens, ядерный фактор ген-энхансера легкой цепи полипептида каппа в В-клетках 3 (птиц) (RELB), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006509);
PRKCD, протеинкиназа С Homo sapiens, дельта (PRKCD), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006254);
BRAF35, высокоподвижная группа Homo sapiens 20B (HMG20B), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006339);
HSPA1L, белок теплового шока 70 кДа 1А Homo sapiens (HSPA1A), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_005345);
STK11, серин-треонинкиназа 11 Homo sapiens (полипоз кишечника II) (STK11), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000455); и
MKK3, MAP киназа киназа 3 Homo sapiens (MKK3), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: L36719).
8. Набор по п.6 или 7, где детектируемая метка выбрана из группы, включающей фермент, радиоактивный изотоп или химическое соединение, которое флуоресцирует, хемилюминесцентную молекулу, рентгеноконтрастные вещества, липосомы и гаптеновые молекулы.
9. Способ прогнозирования или мониторинга реакции онкологического пациента, страдающего раком прямой кишки, на доцетаксел, включающий стадии:
а) отбор образца для тестирования из области злокачественного поражения у данного пациента;
b) измерение уровня одного или нескольких генетических маркеров, выбранных из группы, включающей:
P21(Waf1), ингибитор циклин-зависимой киназы 1А Homo sapiens (p21, Cip1) (CDKN1A), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000389);
Pim-1, pim-1 онкоген Homo sapiens (PIM1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002648);
GBP-1, гуанилат-связывающий белок 1 Homo sapiens, индуцируемый интерфероном, 67 кДа (GBP1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002053);
RXRA, ретиноид Х-рецептор Homo sapiens, альфа (RXRA), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002957);
SPF45, белок 17 с РНК-связывающим мотивом Homo sapiens (RBM17), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_032905);
Hec1, связанный с центромером 2 Homo sapiens (KNTC2), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006101);
Raf1, человеческая иРНК для онкогена raf (номер в каталоге GenBank: X03484);
Aurora A, киназа 1 семейства Aurora Homo sapiens (ARK1), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: AF008551);
TACC3, трансформирующий кислый биспиральный белок 3 Homo sapiens (TACC3), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006342);
RelB, гомолог В вирусного онкогена ретикулоэндотелиоза v-rel Homo sapiens, ядерный фактор ген-энхансера легкой цепи полипептида каппа в В-клетках 3 (птиц) (RELB), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006509);
PRKCD, протеинкиназа С Homo sapiens, дельта (PRKCD), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006254);
BRAF35, высокоподвижная группа Homo sapiens 20B (HMG20B), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006339);
HSPA1L, белок теплового шока 70 кДа 1А Homo sapiens (HSPA1A), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_005345);
STK11, серин-треонинкиназа 11 Homo sapiens (полипоз кишечника II) (STK11), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000455); и
MKK3, MAP киназа киназа 3 Homo sapiens (MKK3), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: L36719);
c) измерение уровня одного или нескольких контрольных генетических маркеров, выбранных из группы, состоящей из:
GAPDH, глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназа Homo sapiens (GAPD), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002046); и
RPS9, клон кДНК Homo sapiens IMAGE:6647283, частичный код (номер в каталоге: BC071941);
d) сопоставление измеренных уровней указанного одного или нескольких генетических маркеров и указанного одного или нескольких контрольных генетических маркеров в образце для тестирования;
при этом снижение уровня указанного одного или нескольких генетических маркеров по сравнению с уровнем одного или нескольких контрольных генетических маркеров указывает на повышенную чувствительность к доцетакселу.
10. Способ по п.9, в котором указанный уровень одного или нескольких генетических маркеров измеряется по иРНК, ДНК или белку.
11. Способ по п.10, в котором указанная иРНК измеряется с использованием метода, выбранного из группы, включающей гибридизацию в момент образования, полимеразную цепную реакцию с участием обратной транскриптазы, гибридизацию нуклеиновой кислоты, электрофорез, норзерн-блоттинг и масс-спектрометрию.
12. Способ по п.10, в котором указанная ДНК измеряется с использованием метода, выбранного из группы, включающей количественную полимеразную цепную реакцию, геномные ДНК-чипы, гибридизацию в момент образования, электрофорез, саузерн-блоттинг и масс-спектрометрию.
13. Способ по п.10, в котором указанный белок измеряется с использованием метода, выбранного из группы, включающей иммуноанализ, вестерн-блоттинг, ИФА и масс-спектрометрию.
14. Набор для прогнозирования или мониторинга реакции страдающего раком прямой кишки пациента на доцетаксел в соответствии со способом по п.9, где в набор входят антитела, меченные детектируемой меткой, фрагменты антител, меченные детектируемой меткой, или олигонуклеотиды, меченные детектируемой меткой, включающие нуклеиновые кислоты, способные к гибридизации в жестких условиях с одним или несколькими указанными генетическими маркерами, выбранными из группы, состоящей из:
P21(Waf1), ингибитор циклин-зависимой киназы 1А Homo sapiens (p21, Cip1) (CDKN1A), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000389);
Pim-1, pim-1 онкоген Homo sapiens (PIM1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002648);
GBP-1, гуанилат-связывающий белок 1 Homo sapiens, индуцируемый интерфероном, 67 кДа (GBP1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002053);
RXRA, ретиноид Х-рецептор Homo sapiens, альфа (RXRA), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002957);
SPF45, белок 17 с РНК-связывающим мотивом Homo sapiens (RBM17), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_032905);
Hec1, связанный с центромером 2 Homo sapiens (KNTC2), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006101);
Raf1, человеческая иРНК для онкогена raf (номер в каталоге GenBank: X03484);
Aurora A, киназа 1 семейства Aurora Homo sapiens (ARK1), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: AF008551);
TACC3, трансформирующий кислый биспиральный белок 3 Homo sapiens (TACC3), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006342);
RelB, гомолог В вирусного онкогена ретикулоэндотелиоза v-rel Homo sapiens, ядерный фактор ген-энхансера легкой цепи полипептида каппа в В-клетках 3 (птиц) (RELB), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006509);
PRKCD, протеинкиназа С Homo sapiens, дельта (PRKCD), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006254);
BRAF35, высокоподвижная группа Homo sapiens 20B (HMG20B), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006339);
HSPA1L, белок теплового шока 70 кДа 1А Homo sapiens (HSPA1A), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_005345);
STK11, серин-треонинкиназа 11 Homo sapiens (полипоз кишечника II) (STK11), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000455); и
MKK3, MAP киназа киназа 3 Homo sapiens (MKK3), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: L36719).
GAPDH, глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназа Homo sapiens (GAPD), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002046); и
RPS9, клон кДНК Homo sapiens IMAGE:6647283, частичный код (номер в каталоге: BC071941).
15. Набор для прогнозирования или мониторинга реакции страдающего раком прямой кишки пациента на доцетаксел в соответствии со способом по п.9, где в набор входят средства:
a) получения суммарной РНК из взятого из организма образца для тестирования;
b) обратной транскрипции суммарной РНК с получением кДНК; и
c) проведения полимеразной цепной реакции с кДНК с использованием набора праймеров,
при этом один или оба праймера имеют детектируемую метку, и оба праймера извлекаются из нуклеотидной последовательности одного или нескольких генетических маркеров, выбранных из группы, состоящей из:
P21(Waf1), ингибитор циклин-зависимой киназы 1А Homo sapiens (p21, Cip1) (CDKN1A), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000389);
Pim-1, pim-1 онкоген Homo sapiens (PIM1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002648);
GBP-1, гуанилат-связывающий белок 1 Homo sapiens, индуцируемый интерфероном, 67 кДа (GBP1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002053);
RXRA, ретиноид Х-рецептор Homo sapiens, альфа (RXRA), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002957);
SPF45, белок 17 с РНК-связывающим мотивом Homo sapiens (RBM17), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_032905);
Hec1, связанный с центромером 2 Homo sapiens (KNTC2), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006101);
Raf1, человеческая иРНК для онкогена raf (номер в каталоге GenBank: X03484);
Aurora A, киназа 1 семейства Aurora Homo sapiens (ARK1), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: AF008551);
TACC3, трансформирующий кислый биспиральный белок 3 Homo sapiens (TACC3), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006342);
RelB, гомолог В вирусного онкогена ретикулоэндотелиоза v-rel Homo sapiens, ядерный фактор ген-энхансера легкой цепи полипептида каппа в В-клетках 3 (птиц) (RELB), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006509);
PRKCD, протеинкиназа С Homo sapiens, дельта (PRKCD), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006254);
BRAF35, высокоподвижная группа Homo sapiens 20B (HMG20B), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006339);
HSPA1L, белок теплового шока 70 кДа 1А Homo sapiens (HSPA1A), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_005345);
STK11, серин-треонинкиназа 11 Homo sapiens (полипоз кишечника II) (STK11), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000455); и
MKK3, MAP киназа киназа 3 Homo sapiens (MKK3), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: L36719);
GAPDH, глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназа Homo sapiens (GAPD), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002046); и
RPS9, клон кДНК Homo sapiens IMAGE:6647283, частичный код (номер в каталоге: BC071941).
16. Набор по п.14 или 15, где детектируемая метка состоит из фермента, радиоактивного изотопа или химического соединения, которое флуоресцирует, хемилюминесцентной молекулы, рентгеноконтрастных веществ, липосом и гаптеновых молекул.
RU2010122759/15A 2004-12-08 2010-06-03 Способ измерения резистентности или чувствительности к доцетакселу RU2010122759A (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US63429804P 2004-12-08 2004-12-08
US60/634,298 2004-12-08

Related Parent Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2007125722/15A Division RU2403574C2 (ru) 2004-12-08 2005-12-01 Способ измерения резистентности или чувствительности к доцетакселу

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2010122759A true RU2010122759A (ru) 2011-12-10

Family

ID=36512512

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2007125722/15A RU2403574C2 (ru) 2004-12-08 2005-12-01 Способ измерения резистентности или чувствительности к доцетакселу
RU2010122759/15A RU2010122759A (ru) 2004-12-08 2010-06-03 Способ измерения резистентности или чувствительности к доцетакселу

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2007125722/15A RU2403574C2 (ru) 2004-12-08 2005-12-01 Способ измерения резистентности или чувствительности к доцетакселу

Country Status (16)

Country Link
US (2) US20090226894A1 (ru)
EP (10) EP2395107A1 (ru)
JP (5) JP5139811B2 (ru)
KR (10) KR101323574B1 (ru)
CN (10) CN102618642B (ru)
AR (1) AR051523A1 (ru)
AU (1) AU2005314335C1 (ru)
BR (1) BRPI0518884A2 (ru)
CA (1) CA2589918A1 (ru)
HK (2) HK1111441A1 (ru)
IL (9) IL183718A (ru)
MX (1) MX2007006867A (ru)
RU (2) RU2403574C2 (ru)
SG (2) SG156625A1 (ru)
TW (10) TW201241176A (ru)
WO (1) WO2006062811A2 (ru)

Families Citing this family (20)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB0606096D0 (en) * 2006-03-27 2006-05-03 Cbmm Sa Screening method
EP2468887A1 (en) * 2006-12-13 2012-06-27 Oncotherapy Science, Inc. TTK as tumor marker and therapeutic target for lung cancer
EP2546651A1 (en) * 2007-03-14 2013-01-16 Bionsil S.r.l. Modulator compounds of the drug resistance in epithelial tumour cells
US7816084B2 (en) * 2007-11-30 2010-10-19 Applied Genomics, Inc. TLE3 as a marker for chemotherapy
EP2177630A1 (en) 2008-10-02 2010-04-21 Institut Gustave Roussy Methods for predicting or monitoring whether a patient affected by a cancer is responsive to a treatment with a molecule of the taxoid family
TW201102081A (en) 2009-05-11 2011-01-16 Oncotherapy Science Inc TTK peptides and vaccines including the same
AU2010310986A1 (en) 2009-10-29 2012-06-14 Aventis Pharma S.A. Novel antitumoral use of cabazitaxel
US20130130928A1 (en) 2010-04-08 2013-05-23 Institut Gustave Roussy Methods for predicting or monitoring whether a patient affected by a cancer is responsive to a treatment with a molecule of the taxoid family
JP2012005479A (ja) * 2010-05-26 2012-01-12 Japanese Foundation For Cancer Research 抗癌剤のスクリーニング方法
PL2666016T3 (pl) * 2011-01-21 2017-07-31 Basilea Pharmaceutica Ag Zastosowanie BUBR1 jako biomarkera odpowiedzi lekowej
SG11201402143YA (en) * 2011-11-21 2014-06-27 Taivex Therapeutics Corp Biomarkers for cancers responsive to modulators of hec1 activity
CN104024851A (zh) * 2011-11-28 2014-09-03 加拿大国家研究委员会 针对癌症的紫杉醇反应标志物
CN102621325B (zh) * 2012-04-06 2014-11-12 上海蓝怡科技有限公司 用于检测血液中多西他赛浓度的试剂盒
CN105803053B (zh) * 2014-12-31 2021-03-16 上海吉凯基因科技有限公司 人rbm17基因的用途及其相关药物
CN105925611A (zh) * 2016-04-23 2016-09-07 同济大学苏州研究院 靶向hsp70基因rna干扰重组慢病毒载体及其构建方法
CN107447028A (zh) * 2017-09-13 2017-12-08 赵小刚 检测rb1基因i680t位点突变的试剂盒
CN108931633B (zh) * 2018-05-22 2021-08-27 郑州大学第一附属医院 胆囊癌诊断和预后判断标志物pim1
CN111944905B (zh) * 2020-08-20 2023-06-02 武汉凯德维斯医学检验实验室有限公司 人类基因组合及其在制备评估宫颈癌新辅助化疗药物敏感性试剂盒中的应用
KR102596893B1 (ko) 2022-03-04 2023-11-01 우순 표적지 이송장치
KR102605155B1 (ko) 2022-03-04 2023-11-23 우순 다기능 표적 이송장치

Family Cites Families (36)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
NL7807532A (nl) * 1978-07-13 1980-01-15 Akzo Nv Metaal-immunotest.
NL8000173A (nl) 1980-01-11 1981-08-03 Akzo Nv Toepassing van in water dispergeerbare, hydrofobe kleurstoffen als label in immunochemische testen.
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
US4703017C1 (en) 1984-02-14 2001-12-04 Becton Dickinson Co Solid phase assay with visual readout
JPS61231031A (ja) * 1985-04-08 1986-10-15 Agency Of Ind Science & Technol 二硫化炭素重合体の製造方法
US5225539A (en) 1986-03-27 1993-07-06 Medical Research Council Recombinant altered antibodies and methods of making altered antibodies
EP0280559B1 (en) 1987-02-27 1993-10-20 EASTMAN KODAK COMPANY (a New Jersey corporation) Agglutination immunoassay and kit for determination of a multivalent immune species using a buffered salt wash solution
EP0281327B1 (en) 1987-02-27 1993-06-30 EASTMAN KODAK COMPANY (a New Jersey corporation) Immunoreactive reagent, method of preparation and its use to determine an immunoreactive species
US4857453A (en) * 1987-04-07 1989-08-15 Syntex (U.S.A.) Inc. Immunoassay device
EP1248112A3 (en) 1987-04-27 2004-08-25 Inverness Medical Switzerland GmbH Immunochromatographic specific binding assay device
US5530101A (en) 1988-12-28 1996-06-25 Protein Design Labs, Inc. Humanized immunoglobulins
US5859205A (en) * 1989-12-21 1999-01-12 Celltech Limited Humanised antibodies
WO1997005157A1 (en) * 1995-08-01 1997-02-13 Sloan-Kettering Institute For Cancer Research Gene encoding the human homolog of mad2
US6410312B1 (en) * 1997-12-19 2002-06-25 Chiron Corporation huBUB3 gene involved in human cancers
WO1998056910A1 (en) * 1997-06-11 1998-12-17 Chiron Corporation DETECTION OF LOSS OF THE WILD-TYPE huBUB1 GENE
US6800436B1 (en) * 1997-11-27 2004-10-05 Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha Diagnostic method, diagnostic reagent and therapeutic preparation for diseases caused by variation in LKB1 gene
DE69907153T2 (de) * 1998-02-18 2004-01-29 Theryte Ltd Krebsbehandlung
ATE382148T1 (de) * 1998-09-24 2008-01-15 Promega Corp Antikörper für apoptosemarker und anwendungsverfahren
AU2055300A (en) * 1998-12-18 2000-07-03 Scios Inc. Methods for detection and use of differentially expressed genes in disease states
US20020120004A1 (en) * 2000-02-17 2002-08-29 Roth Frederick P. Methods and compositions for the identification, assessment, prevention and therapy of human cancers
WO2001061048A2 (en) * 2000-02-17 2001-08-23 Millennium Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for the identification, assessment, prevention and therapy of human cancers
WO2002068444A1 (en) * 2001-02-21 2002-09-06 Chiron Corporation Ttk in diagnosis and as a therapeutic target in cancer
US6783597B2 (en) * 2001-03-13 2004-08-31 3M Innovative Properties Company Filament recoating apparatus and method
US7229774B2 (en) * 2001-08-02 2007-06-12 Regents Of The University Of Michigan Expression profile of prostate cancer
DE10139283A1 (de) * 2001-08-09 2003-03-13 Epigenomics Ag Verfahren und Nukleinsäuren zur Analyse von Colon-Krebs
US20030235581A1 (en) * 2002-06-20 2003-12-25 George Pieczenik Ligands for Reproductive Science
US20120045390A1 (en) * 2002-09-11 2012-02-23 Genentech, Inc. Composition and Methods for the Diagnosis and Treatment of Tumor
WO2004052184A2 (en) * 2002-12-12 2004-06-24 Oncotech, Inc. Genes related to sensitivity and resistance to chemotherapeutic drug treatment
DE10260264A1 (de) * 2002-12-20 2004-07-01 GSF-Forschungszentrum für Umwelt und Gesundheit GmbH Verfahren und Zelllinie zur Identifizierung proliferationshemmender, anti-inflammatorischer oder proliferationsfördender Wirkstoffe
EP1661991A4 (en) * 2003-08-24 2007-10-10 Univ Nihon WITH HEPATOCELLULAR CARCINOMA ASSOCIATED GEN
US20050136177A1 (en) * 2003-08-25 2005-06-23 Anthony Hesse Method for coloring landscaping materials using foamable dry colorant
CA2563074C (en) * 2004-04-09 2014-05-20 Genomic Health, Inc. Gene expression markers for predicting response to chemotherapy
JP2006014722A (ja) * 2004-06-02 2006-01-19 Keio Gijuku 遺伝子マーカー及びその利用
GB0426393D0 (en) * 2004-12-01 2005-01-05 Cancer Rec Tech Ltd Materials and methods relating to modulators of spindle checkpoint kinases
US7957910B2 (en) * 2005-01-31 2011-06-07 Sysmex Corporation Method for predicting effectiveness of chemotherapy
EP2177630A1 (en) * 2008-10-02 2010-04-21 Institut Gustave Roussy Methods for predicting or monitoring whether a patient affected by a cancer is responsive to a treatment with a molecule of the taxoid family

Also Published As

Publication number Publication date
KR20130105762A (ko) 2013-09-25
EP2395105A1 (en) 2011-12-14
CA2589918A1 (en) 2006-06-15
TW201237177A (en) 2012-09-16
EP2395107A1 (en) 2011-12-14
US20130252837A1 (en) 2013-09-26
WO2006062811A2 (en) 2006-06-15
KR20130004381A (ko) 2013-01-09
TW201241178A (en) 2012-10-16
KR101347106B1 (ko) 2014-01-02
TW201237179A (en) 2012-09-16
KR101357040B1 (ko) 2014-02-03
HK1111441A1 (en) 2008-08-08
TW201237174A (en) 2012-09-16
KR101347107B1 (ko) 2014-01-02
AU2005314335C1 (en) 2012-08-16
IL210298A (en) 2012-12-31
IL210299A (en) 2012-12-31
KR101323574B1 (ko) 2013-10-30
CN101974619B (zh) 2012-11-21
JP2012115267A (ja) 2012-06-21
IL221772A0 (en) 2012-10-31
CN102618641B (zh) 2014-08-13
EP2395108A1 (en) 2011-12-14
KR101357035B1 (ko) 2014-02-03
KR101357037B1 (ko) 2014-02-03
TW201241176A (en) 2012-10-16
TW201237175A (en) 2012-09-16
BRPI0518884A2 (pt) 2008-12-30
CN102747142A (zh) 2012-10-24
CN102747141A (zh) 2012-10-24
EP2395106A1 (en) 2011-12-14
CN102605066A (zh) 2012-07-25
CN102618642B (zh) 2014-12-31
KR20070085986A (ko) 2007-08-27
CN102634574A (zh) 2012-08-15
IL210299A0 (en) 2011-03-31
KR101357032B1 (ko) 2014-02-03
SG194337A1 (en) 2013-11-29
IL225469A0 (en) 2013-06-27
HK1153786A1 (en) 2012-04-05
JP2008522615A (ja) 2008-07-03
KR20130099246A (ko) 2013-09-05
EP2395102A1 (en) 2011-12-14
JP5530999B2 (ja) 2014-06-25
KR20130105759A (ko) 2013-09-25
CN101072883B (zh) 2012-05-23
CN102618641A (zh) 2012-08-01
CN102605067A (zh) 2012-07-25
KR20130105758A (ko) 2013-09-25
IL205636A (en) 2012-08-30
IL205702A0 (en) 2011-07-31
KR20130113527A (ko) 2013-10-15
SG156625A1 (en) 2009-11-26
TW201241177A (en) 2012-10-16
MX2007006867A (es) 2007-08-06
IL205635A (en) 2013-02-28
IL183718A0 (en) 2007-09-20
JP5531002B2 (ja) 2014-06-25
WO2006062811A3 (en) 2006-09-14
AU2005314335A1 (en) 2006-06-15
JP5531001B2 (ja) 2014-06-25
CN102634574B (zh) 2014-11-12
KR20130105761A (ko) 2013-09-25
EP2395109A1 (en) 2011-12-14
CN102618642A (zh) 2012-08-01
JP2012120532A (ja) 2012-06-28
JP2012100665A (ja) 2012-05-31
EP2395104A1 (en) 2011-12-14
CN101974619A (zh) 2011-02-16
KR101357033B1 (ko) 2014-02-03
EP1831398A2 (en) 2007-09-12
RU2403574C2 (ru) 2010-11-10
JP2012100666A (ja) 2012-05-31
TW200636076A (en) 2006-10-16
JP5139811B2 (ja) 2013-02-06
TW201237176A (en) 2012-09-16
IL210298A0 (en) 2011-03-31
KR20130105760A (ko) 2013-09-25
KR101357038B1 (ko) 2014-02-03
AU2005314335B2 (en) 2012-02-02
IL183718A (en) 2013-04-30
TW201237178A (en) 2012-09-16
KR101357039B1 (ko) 2014-02-03
CN102747140A (zh) 2012-10-24
IL225468A0 (en) 2013-06-27
US20090226894A1 (en) 2009-09-10
EP1831398B1 (en) 2014-10-29
EP2395103A1 (en) 2011-12-14
EP2395110A1 (en) 2011-12-14
RU2007125722A (ru) 2009-01-20
CN101072883A (zh) 2007-11-14
AR051523A1 (es) 2007-01-17
IL221772A (en) 2014-06-30
KR20130113526A (ko) 2013-10-15
JP5531000B2 (ja) 2014-06-25

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2010122759A (ru) Способ измерения резистентности или чувствительности к доцетакселу
ES2653851T3 (es) Biomarcadores transcriptómicos para evaluación de riesgo individual en insuficiencia cardíaca de nueva aparición
Kidd et al. GeneChip, geNorm, and gastrointestinal tumors: novel reference genes for real-time PCR
WO2010129860A2 (en) Microrna expression profiling and targeting in chronic obstructive pulmonary disease (copd) lung tissue and methods of use thereof
EP2218794A1 (en) Detection of instability in regions of genomic DNA containing simple tandem repeats
WO2007100913A2 (en) Genes differentially expressed in bipolar disorder and/or schizophrenia
JP2009050189A (ja) 抗癌剤の有効性予測方法
Sasaki et al. Identification and characterization of human non-coding RNAs with tissue-specific expression
CN1549864A (zh) 用于预测癌症复发的评定体系
WO2005021745A1 (ja) 肝細胞癌に関連する遺伝子
KR101847815B1 (ko) 삼중음성유방암의 아형 분류 방법
CN109504773B (zh) 一种与口腔鳞癌分化等级相关的生物标志物
WO2010085124A2 (ko) 간암진단과 재발 및 생존 예측용 마커, 이를 포함한 키트 및 상기 마커를 이용한 간암환자 예후 예측
KR101657051B1 (ko) 만성폐쇄성폐질환 진단용 마커 조성물
WO2006132983A2 (en) Differential expression of molecules associated with vascular disease risk
KR102062976B1 (ko) 삼중음성 유방암의 항암제에 대한 반응 및 예후 측정용 바이오마커
KR102460127B1 (ko) 치주 질환 진단용 바이오마커 및 이의 용도
CN112941179B (zh) 基因在评估口腔鳞癌中的应用
JP6788256B2 (ja) 冠動脈イベント予測のための方法及び試薬
CN109439760B (zh) Arrdc2在评估口腔鳞癌发展进程中的应用
KR20120031740A (ko) 위암 환자의 항암제 민감성을 예측하기 위한 키트 및 방법
Domes et al. Is there a role for proteomics in Peyronie's disease?
WO2015031628A1 (en) Synthetic oligonucleotides for detection of nucleic acid binding proteins
WO2020021026A1 (en) Method of diagnosing asthma subtypes
US7534875B2 (en) Compositions for glioma classification

Legal Events

Date Code Title Description
FA92 Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted)

Effective date: 20150810