KR102460127B1

KR102460127B1 - 치주 질환 진단용 바이오마커 및 이의 용도

Info

Publication number: KR102460127B1
Application number: KR1020220064131A
Authority: KR
Inventors: 윤정호; 홍지연
Original assignee: 주식회사 바질바이오텍; 전북대학교산학협력단; 경희대학교 산학협력단
Priority date: 2022-05-25
Filing date: 2022-05-25
Publication date: 2022-10-28
Also published as: KR102562614B1

Abstract

본 발명은 치주 질환 진단할 수 있는 조성물, 이를 포함하는 진단용 키트 및 상기 조성물을 이용하여 진단을 위한 정보를 제공하는 방법에 관한 것이다.
본 발명에 따른 치주 질환 진단용 조성물은 비침습적인 방법으로 간단하고 신속하지만, 매우 정확하게 치주 질환을 진단할 수 있다. 또한, 치주 질환의 조기 진단을 가능하게 함으로써, 치주 질환의 조기 발견 및 치료에 활용될 수 있다.

Description

치주 질환 진단용 바이오마커 및 이의 용도{Biomarker for Diagnosing Periodontal Disease and Use Thereof}

본 발명은 치주 질환을 진단할 수 있는 조성물, 이를 포함하는 진단용 키트 및 상기 조성물을 이용하여 진단을 위한 정보를 제공하는 방법에 관한 것이다.

치주질환은 잇몸에 발생하는 치은염과 치조골에 발생하는 치주염을 포함하며, 치아 자체가 손상되는 질환이 아닌 치아를 지지하는 주위 조직이 파괴되는 질환으로서 염증성 만성질환에 속한다. 이러한 치주질환은 환자가 느끼지 못하는 사이에 염증이 점차적으로 진행되어 치아 주변의 치조골이 파괴되어 치아를 뽑아야 하는 상태가 되어서야 발병을 인지하는 경우가 많다. 이를 막기 위해서는 치주질환을 조기에 진단할 수 있는 기술이 필요하다.

현재까지 전 세계적으로 치주질환과 관련된 다양한 연구가 진행 중이지만 치주질환이 어느 정도 진행이 된 후에 이를 치료하는 것에 연구가 집중되어 있을 뿐, 치주질환의 진단과 관련하여서는 육안으로 확인하거나 X-ray촬영을 통한 정성적 진단에 그치고 있는 것이 현실이다. 현재 치주질환의 진단은 환자의 자각증상, 방사선 촬영 후 치주낭 탐침기를 이용하여 치주낭 깊이, 잇몸의 퇴축 정도를 측정하여 치주염 진행 정도를 파악하거나, 세균감염 정도를 분석하는 것에 의존하고 있다.

하지만 치주질환의 효과적인 치료를 위해서는 조기 진단 및/또는 간편한 검사가 가능한 치주질환 진단 인자에 대한 개발이 필요하나 미비한 실정이다.

이에, 본 발명자들은 치주 질환 진단을 위한 신뢰성 높은 바이오마커를 개발하던 중, 치주염환자와 정상인의 조직 및 치은열구액 (gingival crevicular fluid, GCF)에서 획득한 시료 내 단백질에 대하여 Proteomics 분석을 진행하여 DEP (Differentially expressed protein)을 찾았으며, 그 결과, 치주질환 진단에 유효한 바이오마커 군을 확인하여 본 발명을 완성하였다.

본 발명의 일 목적은 치주질환을 간편하고 정확하게 진단할 수 있는 조성물 또는 키트를 제공하고자 한다.

본 발명의 다른 목적은 치주질환을 진단하기 위한 정보를 제공하는 방법을 제공하고자 한다.

본 발명의 또 다른 목적은 치주질환을 진단하기 위한 장치를 제공하고자 한다.

본 발명의 또 다른 목적은 치주질환을 진단하기 위한 마커 조성물을 제공하고자 한다.

그러나 본 발명이 이루고자 하는 기술적 과제는 이상에서 언급한 과제에 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 과제들은 아래의 기재로부터 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.

본 발명은 P01622, A0A087X0N5, E9PH25, A0A0B4J1V0, H0YI36, Q9NZT2, 및 P07305으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 치주 질환 진단용 조성물을 제공한다.

P01622, A0A0B4J1V0, H0YI36, 및 Q9NZT2으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 단백질은 치주질환 환자의 시료에서 과발현될 수 있다.

또한, A0A087X0N5, E9PH25, 및 P07305으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 단백질은 치주질환 환자의 시료에서 저발현될 수 있다.

상기 치주질환은 치은염(gingivitis), 치주염(periodontal inflammation), 치은출혈(gingival bleeding), 치은퇴축(gingival retraction), 치주낭(periodontal pocket), 치관주위염(pericoronitis) 및 치주 고름집(Periodontal abscess)으로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상일 수 있다.

상기 단백질 발현을 측정하는 제제는 상기 단백질에 특이적으로 결합하는 올리고펩타이드, 모노클로날 항체, 폴리클로날 항체, 키메릭(chimeric) 항체, 리간드, PNA(Peptide nucleic acid) 또는 앱타머(aptamer)일 수 있다.

상기 핵산 발현을 측정하는 제제는 상기 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브, 또는 안티센스 뉴클레오티드일 수 있다.

또한, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 치주 질환 진단용 키트를 제공한다.

상기 키트는 RT-PCR 키트, DNA 칩 키트 또는 단백질 칩 키트일 수 있다.

또한, 본 발명은 생물학적 시료로부터 P01622, A0A087X0N5, E9PH25, A0A0B4J1V0, H0YI36, Q9NZT2, 및 P07305으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 치주질환 진단에 대한 정보 제공 방법을 제공한다.

본 발명은 개체의 생물학적 시료에 대하여 측정된 P01622, A0A087X0N5, E9PH25, A0A0B4J1V0, H0YI36, Q9NZT2, 및 P07305로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 포함하는 데이터에 대하여 치주질환 진단 정보를 판정하는 진단부를 포함하는, 치주질환 진단 장치를 제공한다.

본 발명은 P01622, A0A087X0N5, E9PH25, A0A0B4J1V0, H0YI36, Q9NZT2, 및 P07305로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자를 포함하는 치주질환 진단용 바이오마커 조성물를 제공한다.

본 발명에 따른 치주 질환 진단용 조성물은 비침습적인 방법으로 간단하고 신속하지만, 매우 정확하게 치주 질환을 진단할 수 있다.

또한, 치주 질환의 조기 진단을 가능하게 함으로써, 치주 질환의 조기 발견 및 치료에 활용될 수 있다.

도 1은 BCA protein assay 결과를 나타낸 도이다.
도 2a 및 2b는 치주조직에서의 LC-MS/MS(Q-Exactive)를 이용한 Label-free quantification 결과를 나타낸 도이다.
도 3는 치주질환 환자 군과 정상군의 환자 LC-MS/MS 데이터의 Volcano plots 분석 결과를 나타낸 도이다.
도 4는 치주질환 환자 군와 정상군의 환자 LC-MS/MS 데이터의 Principal component analysis(PCA) 분석결과를 나타낸 도이다.
도 5는 치주 환자 및 정상군의 단백질 분석 결과를 기반으로 Heat map 분석 결과를 나타낸 도이다.
도 6a는 치주염환자 GCF 샘플의 BCA standard curve이며, 도 6b는 정상인 GCF 샘플의 BCA standard curve을 나타낸 도이다.
도 7a 및 도 7b는 GCF에서의 LC-MS/MS(Q-Exactive)를 이용한 Label-free quantification 결과를 나타낸 도이다.
도 8은 치주질환 환자 군과 정상군의 환자 LC-MS/MS 데이터의 Volcano plots 분석 결과를 나타낸 도이다.
도 9는 치주질환 환자 군와 정상군의 환자 LC-MS/MS 데이터의 PCA 분석결과를 나타낸 도이다.
도 10는 치주 환자 및 정상군의 단백질 분석 결과를 기반으로 Heatmap 분석 결과를 나타낸 도이다.
도 11은 치주염환자와 정상인의 Tissue와 GCF 샘플에서 확인된 단백질의 발현 양상에 대한 DEP 분석결과를 나타낸 도이다.

달리 정의되지 않는 한, 기술적이거나 과학적인 용어를 포함해서 여기서 사용되는 모든 용어들은 본 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자에 의해 일반적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖고 있다.

일반적으로 사용되는 사전에 정의되어 있는 것과 같은 용어들은 관련 기술의 문맥상 갖는 의미와 일치하는 의미를 갖는 것으로 해석되어야 하며, 본 출원에서 명백하게 정의하지 않는 한, 이상적이거나 과도하게 형식적인 의미로 해석되지 않는다. 또한, 본 발명을 설명함에 있어서 관련된 공지 기술에 대한 구체적인 설명이 본 발명의 요지를 불필요하게 흐릴 수 있다고 판단되는 경우 그 상세한 설명을 생략한다.

본 발명자들은 치주 질환 진단을 위한 신뢰성 높은 바이오마커를 개발하던 중, 치주염환자와 정상인의 조직 및 치은열구액 (gingival crevicular fluid, GCF)에서 획득한 시료 내 단백질에 대하여 DEP (Differentially expressed protein) proteomics 분석을 진행하였으며, 그 결과 신규한 바이오 마커를 규명하였다.

이에, 본 발명의 일 구현예에 따르면, 본 발명은 P01622, A0A087X0N5, E9PH25, A0A0B4J1V0, H0YI36, Q9NZT2, 및 P07305으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 치주 질환 진단용 조성물에 관한 것이다.

상기 P01622는 IGKV3-20 (Ig kappa chain V-III region Ti) 단백질로, 서열번호 1의 아미노산 서열 또는 이의 변이체 일 수 있다.

상기 A0A087X0N5는 IGKV1-17 (Immunoglobulin Kappa Variable 1-17) 단백질로, 서열번호 2의 아미노산 서열 또는 이의 변이체 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

상기 E9PH25는 GYPA (Glycophorin A)단백질로, 세포막 구성성분으로 알려져있으며, 서열번호 3의 아미노산 서열 또는 이의 변이체 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

상기 A0A0B4J1V0는 IGHV3-15 (Immunoglobulin Heavy Variable 3-15)으로 원형질막 (plasma membrane)의 구성성분이며, 신호전달 (signal transduction)에서 수용체 결합 (receptor binding)하는 역할을 한다. 상기 A0A0B4J1V0는 서열번호 4의 아미노산 서열 또는 이의 변이체 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

상기 H0YI36는 ARHGAP9 (Rho GTPase Activating Protein 9)으로 신호 전달 (signal transduction)에 관여하며, 서열번호 5의 아미노산 서열 또는 이의 변이체 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

상기 Q9NZT2는 OGFR (opioid growth factor receptor)으로 신호전달에 관여하며, 막, 핵 또는 세포의 구성성분이며, 서열번호 6의 아미노산 서열 또는 이의 변이체 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

상기 P07305는 H1-0 (histone H 1.0)로, 세포조직(cell organization)과 생물발생 (biogenesis)의 역할을 하고, ER/골지, 핵, 세포 구성요소이며, 서열번호 7의 아미노산 서열 또는 이의 변이체 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

P01622, A0A0B4J1V0, H0YI36, 및 Q9NZT2으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준은 정상인의 시료에 비하여 치주질환 환자의 시료에서 과발현될 수 있다.

또한, A0A087X0N5, E9PH25, 및 P07305으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준은 정상인의 시료에 비하여 치주질환 환자의 시료에서 저발현될 수 있다.

본 발명에서, “치주질환”은 치주 질환이란 치아 주변을 둘러싸고 있는 치주 인대와 치은 등의 연조직과 치조골 등의 경조직을 파괴하는 염증성 질환과 관련된 증상들을 포함하여 일컫는다.

상기 치주질환은 치은염(gingivitis), 치주염(periodontal inflammation), 치은출혈(gingival bleeding), 치은퇴축(gingival retraction), 치주낭(periodontal pocket), 치관주위염(pericoronitis), 치주 고름집(Periodontal abscess) 등 일 수 있으나 이에 제한되지 않는다.

본 발명에서, “진단”은 병리상태의 존재 또는 특징을 확인하는 것을 의미하여, 특정 질병 또는 질환에 대한 한 객체의 감수성(susceptibility)을 판정하는 것, 한 객체가 특정 질병 또는 질환을 현재 가지고 있는 지 여부를 판정하는 것, 특정 질병 또는 질환에 걸린 한 객체의 예후(prognosis)를 판정하는 것, 또는 테라메트릭스(therametrics)를 포함한다. 본 발명의 목적에서는 상기 특정 질병 또는 질환은 치주 질환에 대한 것일 수 있다.

본 발명에서 “치주 질환 진단용 바이오마커”란 치주질환과 관련한 생물학적 시료를 정상 시료와 구분하여 진단할 수 있는 물질로, 정상 시료에 비하여 치주질환 관련한 생물학적 시료에서 증가, 또는 감소 양상을 보이는 폴리펩타이드 또는 핵산(예: mRNA 등), 지질, 당지질, 당단백질, 당(단당류, 이당류, 올리고당류 등) 등과 같은 유기 생체 분자 등을 포함한다. 본 발명의 목적상, 지주질환 조직, 세포, 또는 치은열구액 (gingival crevicular fluid, GCF)등의 체액에서 발현이 증가 또는 감소하는 유전자 또는 단백질이다.

유의성 있는 진단 마커의 선택과 적용은 진단 결과의 신뢰도를 결정짓는 것으로, 유의성 있는 진단 마커란, 진단하여 얻은 결과가 정확하여 타당도(validity)가 높고 반복 측정시에도 일관된 결과를 나타내도록 신뢰도가(reliability)가 높은 마커를 의미한다. 본 발명의 치주질환 진단 마커는, 치주질환의 발병과 함께 직접적 또는 간접적 요인으로 발현이 정상 시료와 비교하여 변화하는 단백질 또는 유전자 발현으로, 반복된 실험에도 동일한 결과를 나타낼 수 있다. 이에 따라, 본 발명의 유의성 있는 진단 마커의 발현 정도를 측정하여 얻은 결과를 토대로 진단된 결과는 타당하게 신뢰할 수 있다.

본 발명에서, "발현 수준을 측정하는 제제"란 치주 질환의 진단을 위하여 생물학적 시료에서 발현된 단백질 또는 마커 유전자의 mRNA 존재 여부와 발현 정도를 확인할 수 있는 제제이다.

상기 단백질 발현을 측정하는 제제는 상기 단백질에 특이적으로 결합하는 올리고펩타이드, 모노클로날 항체, 폴리클로날 항체, 키메릭(chimeric) 항체, 리간드, PNA(Peptide nucleic acid) 또는 앱타머(aptamer) 일 수 있으며, 이에 제한되지 않는다.

본 발명에 상기 "항체"는 항원과 특이적으로 결합하여 항원-항체 반응을 일으키는 물질을 가리킨다. 본 발명의 목적상, 항체는 상기 바이오마커 단백질에 대해 특이적으로 결합하는 항체를 의미한다. 본 발명의 항체는 다클론 항체, 단클론 항체 및 재조합 항체를 모두 포함한다. 상기 항체는 당업계에 널리 공지된 기술을 이용하여 용이하게 제조될 수 있다. 예를 들어, 다클론 항체는 상기 단백질의 항원을 동물에 주사하고 동물로부터 채혈하여 항체를 포함하는 혈청을 수득하는 과정을 포함하는 당업계에 널리 공지된 방법에 의해 생산될 수 있다. 이러한 다클론 항체는 염소, 토끼, 양, 원숭이, 말, 돼지, 소, 개 등의 임의의 동물로부터 제조될 수 있다. 또한, 단클론 항체는 당업계에 널리 공지된 하이브리도마 방법(hybridoma method; Kohler 및 Milstein(1976) European Journal of Immunology 6:511-519 참조), 또는 파지 항체 라이브러리 기술(Clackson et al, Nature, 352:624-628, 1991; Marks et al, J. Mol. Biol., 222:58, 1-597, 1991 참조)을 이용하여 제조될 수 있다. 상기 방법으로 제조된 항체는 겔 전기영동, 투석, 염 침전, 이온교환 크로마토그래피, 친화성 크로마토그래피 등의 방법을 이용하여 분리, 정제될 수 있다. 또한, 본 발명의 항체는 2개의 전장의 경쇄 및 2개의 전장의 중쇄를 갖는 완전한 형태뿐만 아니라, 항체 분자의 기능적인 단편을 포함한다. 항체 분자의 기능적인 단편이란, 적어도 항원 결합 기능을 보유하고 있는 단편을 의미하며, Fab, F(ab'), F(ab')2 및 Fv 등이 있다.

본 발명에 상기 "PNA(Peptide Nucleic Acid)"는 인공적으로 합성된, DNA 또는 RNA와 비슷한 중합체를 가리키며, 1991년 덴마크 코펜하겐 대학교의 Nielsen, Egholm, Berg와 Buchardt 교수에 의해 처음으로 소개되었다. DNA는 인산-리보스당 골격을 갖는데 반해, PNA는 펩타이드 결합에 의해 연결된 반복된 N-(2-아미노에틸)-글리신 골격을 가지며, 이로 인해 DNA 또는 RNA에 대한 결합력과 안정성이 크게 증가되어 분자 생물학, 진단 분석 및 안티센스 치료법에 사용되고 있다. PNA는 문헌[Nielsen PE, Egholm M, Berg RH, Buchardt O(December 1991). "Sequence-selective recognition of DNA by strand displacement with a thymine-substituted polyamide". Science 254(5037): 1497-1500]에 상세하게 개시되어 있다.

본 발명에서 상기 "앱타머"는 올리고핵산 또는 펩타이드 분자이며, 앱타머의 일반적인 내용은 문헌[Bock LC et al., Nature 355(6360):5646(1992); Hoppe-Seyler F, Butz K "Peptide aptamers: powerful new tools for molecular medicine". J Mol Med. 78(8):42630(2000); Cohen BA, Colas P, Brent R. "An artificial cell-cycle inhibitor isolated from a combinatorial library". Proc Natl Acad Sci USA. 95(24): 142727(1998)]에 상세하게 개시되어 있다.

단백질의 양을 확인하기 위한 분석 방법으로는 웨스턴블롯팅(western blotting), 조직면역 염색, 면역 침전분석법(immunoprecipitation assay), 보체 고정 분석법(complete fixation assay), FACS, 단백질 칩(protein chip) 등이 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

단백질 발현 수준의 측정은 ELISA 방법(직접적 ELISA, 간접적 ELISA 또는 샌드위치 ELISA 등), 웨스턴 블랏 또는 단백질 칩을 이용할 수 있다. 상기 단백질 칩은 마커에 대한 하나 이상의 항체가 기판 위에 정해진 위치에 배열되어 고밀도로 고정화되어있는 단백질을, 단백질칩과 혼성화시켜서 항원-항체 복합체를 형성시키고, 이를 판독하여, 단백질의 존재 또는 발현 정도를 확인할 수 있다. 본 발명에서는 이러한 방법을 통하여 정상 대조군 개체와 치주 질환 의심 개체에서의 마커 단백질 발현 수준을 비교할 수 있고, 마커 단백질의 과발현 또는 저발현이 확인되는 경우, 대상 환자가 치주질환 환자인 것으로 진단할 수 있다.

유전자 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 유전자 또는 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브, 또는 안티센스 뉴클레오티드일 수 있다.

마커 유전자의 mRNA의 양을 확인하기 위한 분석방법으로는 RT-PCR, 경쟁적 RT-PCR(competitive RT-PCR), 실시간 RT-PCR(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(northern blotting), 또는 DNA 마이크로어레이 칩 등이 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. 본 발명에서는 이러한 검출 방법을 통하여, 정상 대조군 개체와 치주질환 의심 개체에서의 mRNA 발현 수준을 비교할 수 있다.

상기 "프라이머"는 짧은 자유 3말단 수산화기(free 3`hydroxyl group)를 가지는 핵산 서열로 상보적인 주형(template)과 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형의 복사를 위한 시작지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 중합효소 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성이 개시할 수 있다. 본 발명에서는 상기 본 발명 마커 폴리뉴클레오티드의 센스 및 안티센스 프라이머를 이용하여 PCR 증폭을 실시하여 원하는 생성물의 생성 여부를 통해 치주 질환 발병 여부를 진단하거나 예후 예측이 가능하다. PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.

상기 "프로브"란 mRNA와 특이적 결합을 이룰 수 있는 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 RNA 또는 DNA 등의 핵산 단편을 의미하며 표지(Labelling)되어 있어서 특정 mRNA의 존재 유무를 확인할 수 있다. 프로브는 올리고 뉴클레오티드 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다. 본 발명에서는 본 발명의 마커 폴리뉴클레오티드와 상보적인 프로브를 이용하여 혼성화를 실시하여, 혼성화 여부를 통해 치주질환의 진단 또는 예후를 예측할 수 있다. 적당한 프로브의 선택 및 혼성화 조건은 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.

이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오티드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오티드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미 데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다.

본 발명에서 상기 "안티센스"는 안티센스 올리고머가 왓슨-크릭 염기쌍 형성에 의해 RNA 내의 표적 서열과 혼성화되어, 표적서열 내에서 전형적으로 mRNA와 RNA:올리고머 헤테로이중체의 형성을 허용하는, 뉴클레오티드 염기의 서열 및 서브유닛간 백본을 갖는 올리고머를 의미한다. 올리고머는 표적 서열에 대한 정확한 서열 상보성 또는 근사 상보성을 가질 수 있다.

본 발명은 또 다른 양태로, 상기 진단용 조성물을 포함하는 치주질환 진단용 키트에 관한 것이다. 구체적으로, 상기 치주질환 진단용 키트는 역전자 중합효소-PCR(RT-PCR) 키트, DNA 칩 키트 또는 단백질 칩 키트 일 수 있다.

상기 치주질환 진단용 키트는 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성성분 조성 물, 용액 또는 장치를 더 포함하여 구성될 수 있다. 상기 진단용 키트는 역전사 중합효소반응을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 것을 특징으로 하는 진단용 키트일 수 있다. 역전사 중합효소반응 키트는 마커 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍을 포함한다. 프라이머는 각 마커 유전자의 핵산서열에 특이적인 서열을 가지는 뉴클레오타이드로서, 약 7 bp 내지 50 bp의 길이, 보다 바람직하게는 약 10 bp 내지 30 bp의 길이이다. 또한 대조군 유전자의 핵산 서열에 특이적인 프라이머를 포함할 수 있다. 그 외 역전사 중합효소반응 키트는 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNAse, RNAse 억제제 DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다.

또한 DNA 칩을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 것을 특징으로 하는 진단 키트일 수 있다. DNA 칩 키트는 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA 또는 올리고뉴클레오티드 (oligonucleotide)가 부착되어 있는 기판, 및 형광표식 프로브를 제작하기 위한 시약, 제제, 효소 등을 포함할 수 있다. 또한 기판은 대조군 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA 또는 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다.

또한 단백질 칩을 수행하거나, ELISA를 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 것을 특징으로 하는 진단 키트일 수 있다. 단백질 칩 키트나 ELISA 키트는 마커 단백질에 대한 특이적인 항체를 포함한다. 항체는 각 마커 단백질에 대한 특이성 및 친화성이 높고 다른 단백질에 대한 교차 반응성이 거의 없는 항체로, 단클론 항체, 다클론 항체 또는 재조합 항체이다. 또한 ELISA 키트는 대조군 단백질에 특이적인 항체를 포함할 수 있다. 그 외 ELISA 키트는 결합된 항체를 검출할 수 있는 시약, 예를 들면, 표지된 2차 항체, 발색단 (chromophores), 효소(예: 항체와 컨주게이트됨) 및 그의 기질 또는 항체와 결합할 수 있는 다른 물질 등을 포함할 수 있다.

본 발명은 또 다른 양태로, 생물학적 시료로부터 P01622, A0A087X0N5, E9PH25, A0A0B4J1V0, H0YI36, Q9NZT2, 및 P07305으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 치주질환 진단에 대한 정보 제공 방법에 관한 것이다.

상기 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자는 전술한 바와 같다.

본 발명의 치주 질환 진단을 위한 정보제공 방법에 있어서, 구체적으로 MFSD7-ATP5I 융합단백질을 암호화하는 융합유전자의 mRNA 발현 수준 또는 이로부터 발현되는 융합단백질 수준을 검출할 수 있으며, 환자로부터 분리된 생물학적 시료에서 mRNA 또는 단백질을 분리하여 공지의 공정을 통해 발현 수준을 검출할 수 있다. 여기에서, 환자로부터 분리된 생물학적 시료는 MFSD7-ATP5I 융합단백질을 암호화하는 융합유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 수준이 차이나는 조직, 예를 들면, 세포, 조직, 장기, 체액(혈액, 림프액, GCF 등), 소화액, 객담, 폐포-기관지 세정액, 뇨, 변뿐만 아니라, 이들의 생체 시료로부터 얻어지는 핵산 추출물(유전체 추출물, 전사체 추출물, 전사체 추출물로부터 조제된 cDNA 조제물이나 aRNA 조제물 등)이나 단백질 추출물도 포함등을 포함하며, 이에 제한되지 않는다. 또한, 상기 시료는, 포르말린 고정 처리, 알코올 고정 처리, 동결 처리 또는 파라핀 포매 처리가 실시되어 있는 것이어도 된다. 또한, 유전자, 전사산물, cDNA 또는 단백질은, 상기 시료의 종류 및 상태 등을 고려하여, 거기에 적합한 공지의 수법을 선택하여 조제하는 것이 가능하다.

본 발명에서 개체의 생물학적 시료에 대하여 측정된 상기 P01622, A0A087X0N5, E9PH25, A0A0B4J1V0, H0YI36, Q9NZT2, 및 P07305으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준이 정상 대조군에 비하여 증가되거나, 감소된 경우, 치주 질환이 발병하였거나 치주질환의 발병 가능성이 높은 것으로 예측하는 단계를 더 포함할 수 있다.

P01622, A0A0B4J1V0, H0YI36, 및 Q9NZT2으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준은 정상인의 시료에 비하여 치주질환 환자의 시료에서 과발현하는 경우, 치주 질환이 발병하였거나 치주질환의 발병 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 상기 측정된 단백질 또는 코딩하는 유전자의 발현 수준이 정상 대조군에 비해 1.2 내지 20배(fold) 이상, 예를 들어, 1.2배 이상, 2배 이상, 3배 이상, 4배 이상, 5배 이상, 6배 이상, 7배 이상, 또는 8배 이상인 경우, 치주질환의 발병 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다.

또한, A0A087X0N5, E9PH25, 및 P07305으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준은 정상인의 시료에 비하여 치주질환 환자의 시료에서 저발현하는 경우, 치주 질환이 발병하였거나 치주질환의 발병 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 상기 측정된 단백질 또는 코딩하는 유전자의 발현 수준이 정상 대조군에 비해 0.9 내지 0.00001배(fold) 이상, 예를 들어, 0.9배 이상, 0.8배 이상, 0.7배 이상, 0.6배 이상, 0.5배 이상, 0.1배 이상, 0.01배 이상, 또는 0.001배 이상, 0.0001, 0.00001 인 경우, 치주질환의 발병 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다.

더 나아가, 본 발명에서 상기와 같이 개체의 생물학적 시료에 대하여 측정된 상기 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하여 치주질환의 발병 가능성이 높은 것으로 예측 또는 진단하는 경우, 상기 개체에 대하여 그 질환에 대한 약제 투여, 물리적 치료, 유전자 치료, 방사선 치료 또는 면역 치료 등 적절한 치료를 수행하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.

본 발명의 또 다른 구현 예에 따르면, 개체의 생물학적 시료에 대하여 측정된 P01622, A0A087X0N5, E9PH25, A0A0B4J1V0, H0YI36, Q9NZT2, 및 P07305로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 포함하는 데이터에 대하여 치주질환 진단 정보를 판정하는 진단부를 포함하는, 치주 질환 진단 장치에 관한 것이다.

본 발명의 치주질환 진단 장치는 개체의 생물학적 시료를 수용하는 시료 수용부를 더 포함할 수 있다.

본 발명에서 상기 생물학적 시료는 개체로부터 얻어지거나 개체로부터 유래된 임의의 물질로, 예를 들어, 액체 생검을 의미하며, 예를 들면 혈액, 혈청, 혈장, GCF, 타액일 수 있다.

본 발명의 치주 질환 진단 장치는 상기 시료 수용부에 수용된 생물학적 시료에 대하여 측정된 P01622, A0A087X0N5, E9PH25, A0A0B4J1V0, H0YI36, Q9NZT2, 및 P07305로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준(진단 대상 데이터)을 입력하는 입력부를 더 포함할 수 있다. 본 발명에서 상기 입력부에서는 상기 진단 대상 데이터로, 예를 들어, 개체의 생물학적 시료에 대하여 측정된 표준화 하우스 키핑(housekeeping) 단백질 또는 유전자에 대한 P01622, A0A087X0N5, E9PH25, A0A0B4J1V0, H0YI36, Q9NZT2, 및 P07305로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 상대적인 발현 수준의 값인 △Ct 값을 입력할 수 있다.

또한, 본 발명에서는 상기 입력부에서 진단 대상 데이터에 대해 정렬, 정규화 및/또는 스케일링과 같은 전처리 과정을 거치게 하거나, 미리 전처리 과정을 마친 진단대상 데이터를 입력부에 입력할 수 있다.

본 발명에서는 상기 입력부에 개체 한 명에 대해서도 여러 개의 진단 대상 데이터를 입력할 수 있다.

본 발명의 치주 질환 진단 장치 중 특히 상기 입력부에 있어서, 상기 P01622, A0A087X0N5, E9PH25, A0A0B4J1V0, H0YI36, Q9NZT2, 및 P07305로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 입력하기 위하여 상기 발현 수준을 측정하는 제제 및 그 방법은 상기 치주질환을 진단하기 위한 정보 제공 방법에 기재된 바와 중복되어 명세서의 과도한 복잡을 방지하기 위하여 이하 그 자세한 기재를 생략한다.

본 발명의 치주질환 진단 장치는 상기 입력부에서 입력된 진단 대상 데이터에 대하여 치주질환 진단 정보를 판정하는 진단부를 포함할 수 있다.

본 발명에서 상기 진단부는 진단 대상 데이터에 대하여 치주질환의 발병 가능성 또는 치주질환의 발병 여부로, 치주질환 양성 또는 음성을 판정할 수 있다.

본 발명에서 상기 진단부는 상기 입력부에 입력된 진단 대상 데이터로, 개체의 생물학적 시료에 대하여 측정된 상기 P01622, A0A087X0N5, E9PH25, A0A0B4J1V0, H0YI36, Q9NZT2, 및 P07305로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준이 정상 대조군에 비하여 증가되거나, 감소된 경우, 치주질환의 발병 가능성이 높거나, 치주질환 양성으로 판정할 수 있다.

이하 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세하게 설명하기로 한다. 이들 실시예는 단지 본 발명을 예시하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되는 것으로 해석되지는 않는다.

<실시예 1> 치주 조직에서의 발현 마커 분석

실시예 1-1: 치주 조직 분석 방법

정상군 (HT1-HT5)과 치주염 환자군 (IT1-IT18)의 치주 조직을 준비하였다.

치주 조직을 분석하기 위하여 하기의 단계로 분석을 진행하였다.

1) -80℃ 조건에서 Covaris사의 분쇄기를 이용하여 조직을 분쇄(Tissue pulverization)하여 protein mixture를 수득하였다.

2) 상기 protein mixture에 8M urea를 처리하여 20분간 high frequency sonication을 통하여 lysis를 수행하였으며, 이에 lysis 된 protein mixture를 수득하였다.

3) 상기 수득한 protein mixture에 대하여 BCA protein assay를 통해 단백질을 정량화하였다.

4) 5mM TCEP(tris(2-carboxyethyl)phosphine)의 환원제를 처리하고 37℃, 30분간 인큐베이션을 수행하였다.

5) 15mM IAA(Iodoacetamide)를 처리하여 25℃, 30분간, 어두운 환경에서 인큐베이션을 수행하였다.

6)샘플의 3배 부피의 1M Tris를 처리하고 pH 8~9 확인을 확인하였다.

7) Trypsin을 단백질 양의 1:50 비율로 처리하여 37 ℃에서 16시간 인큐베이션 하였다.

8) 포름산 (Formic acid)를 처리하여 pH 2~3를 확인하였다.

9) 샘플에 탈염 (Desalting) 과정을 수행하였다.

10) LC-MS/MS(Q-Exactive)를 이용하여 단백질을 분석하였다.

11) Thermo Scientific™ Proteome Discoverer 2.5.0.400를 통하여 도출된 데이터를 분석하였다.

실시예 1-2: 단백질 정량법 (BCA protein assay)

정상군 (HT1-HT5)과 치주염 환자군 (IT1-IT18)의 시료에 대하여 BCA 단백질 분석 결과를 도 1에 나타내었다.

또한, Bicinchoninic acid assay (BCA protein assay)를 통한 샘플 별 단백질 양을 하기 표 1에 나타내었다.

[표 1]

표1은 BCA 단백질 정량분석법을 이용하여 시료의 Quality control(QC)를 통해 단백질을 정량분석하여 나타낸 결과이다. 동량의 단백질을 Trypsin digestion 하기 위해 진행하였다. 동량의 단백질을 Trypsin digestion 진행한 후 동량의 펩타이드를 LC-MS/MS 분석을 진행하였다.

실시예 1-3: 발현 단백질 도출

LC-MS/MS(Q-Exactive)를 이용한 Label-free quantification를 수행하여 단백질을 분석하였다. 각 sample 별로의 단백질 분석 Chromatograms 결과를 도 2a 및 도 2b에 나타내었다.

도 2a와 도2b는 정상군과 치주염 환자군의 조직 시료별 단백질 LC-MS/MS 분석결과를 Base peak chromatogram을 나타낸다. 분석시간은 180분이며 용매의 Gradient에 의해 분리되어 용출된 펩타이드가 MS/MS분석되어 peak으로 나타난다. 펩타이드의 Peak의 intensity를 이용하여 조직 단백질의 Label-free quantification 분석을 진행하였다. 그 조건은 하기와 같다.

[표 2]

또한, LC-MS/MS(Q-Exactive)를 이용한 Label-free quantification를 통해 도출된 각 시료별 단백질의 수를 하기 표 3에 나타내었다.

[표 3]

표 3은 Thermo Scientific™ Proteome Discoverer 2.5.0.400를 통하여 정상군과 치주염 환자군의 치주 조직 시료에서 정량 및 정성분석 된 단백질의 개수를 나타낸 결과이다. 정량분석되어진 단백질 중 치주염 환자군에서 과발현 단백질은 262개이고, 저발현 단백질은 869개이다. 정량 및 정성분석 된 단백질의 개수가 치주염 환자군에서 더 많이 나오는 것을 확인할 수 있다. 또한 치주염 환자군에서 저발현 단백질은 더 많은 것을 확인할 수 있다.

실시예 1-4: Proteomics 분석

상기 LC-MS/MS 분석 결과를 바탕으로, Thermo Scientific™ Proteome Discoverer 2.5.0.400를 이용하여 Proteomics 분석을 수행하였다.

먼저, 치주질환 환자 군과 정상군의 LC-MS/MS 분석결과를 Volcano plot 분석을 수행하여 비교하였으며, 그 결과를 도 3에 나타내었다. (P-value = 0.05, Log2 fold change = 1)

도 3은 정상군과 치주염 환자군의 조직 시료를 통계분석 (t-test)하여 P-value < 0.05 이고 Log2 ratio > 1 혹은 < -1 인 DEP를 Volcano plot을 이용하여 나타낸다. x축은 Log2 ratio를 나타내고 y축은 -Log10(P-value)를 나타낸다. 치주염 환자군의 과발현 단백질에서 Log2 ratio > 1인 단백질은 1886개이며 P-value < 0.05인 단백질은 869개이다. 치주염 환자군의 저발현 단백질에서 Log2 ratio < -1인 단백질은 444개이며 P-value < 0.05인 단백질은 262개이다. 정상군과 치주염 환자군의 조직시료에서 차이 나는 DEP는 총 1131개로 바이오마커 후보군으로 결정하였다.

또한, 치주질환 환자 군과 정상군의 LC-MS/MS 분석결과를 PCA (Principal component analysis)를 수행하였다 (X data = PC1, Y data = PC2). 그 결과를 도 4에 나타내었다.

도 4는 정상군과 치주염 환자군의 조직 시료의 단백질 정량을 단백질 각각의 peak의 intensity 값으로 통계분석하여 각 그룹의 차이를 PCA 결과를 통해 나타낸다. PCA는 DEP에 대한 전반적인 이해를 보여주며, 그룹에 따른 단백질의 정량이 어떻게 다른지 나타낸다.

또한, 치주 환자 및 정상군의 단백질 분석 결과를 기반으로 Heatmap 분석을 진행하였으며, 그 결과를 도5에 나타내었다.

도 5는 정상군과 치주염 환자군의 조직 시료의 단백질 정량을 통계분석하여 Heatmap으로 나타내었다. Heatmap은 군 간 단백질 정량의 비교를 시각화하여 나타낸다. Heatmap은 4043개의 정량분석 된 단백질로 만들어졌으며 군 간의 단백질의 정량 차이를 비교할 수 있다.

<실시예 2> 치은열구액 (gingival crevicular fluid, GCF)에서의 발현 마커 분석

실시예 2-1: 치은 열구액 분석 방법

정상군 (normal1-6)과 치주염 환자군 (perio1-7)의 GCF를 준비하였다.

치은 열구액 내의 단백질 발현 정도를 분석하기 위하여 하기의 단계로 분석을 진행하였다.

1) 8M urea에 GCF가 묻은 치실을 20분간 high frequency sonication을 진행하여 lysis를 수행하였으며, protein mixutre를 수득하였다.

2) 상기 수득한 lysis된 protein mixture에 대하여 BCA protein assay를 통해 단백질을 정량화하였다.

3) 5mM TCEP(tris(2-carboxyethyl)phosphine)의 환원제를 처리하고 37 ℃, 30분간 인큐베이션을 수행하였다.

4) 15mM IAA(Iodoacetamide)를 처리하여 25℃, 30분간, 어두운 환경에서 인큐베이션을 수행하였다.

5) 샘플의 3배 부피의 1M Tris를 처리하고 pH 8~9 확인을 확인하였다.

6) Trypsin을 단백질 양의 1:50 비율로 처리하여 37 ℃에서 16시간 인큐베이션 하였다.

7) 포름산 (Formic acid)를 처리하여 pH 2~3를 확인하였다.

8) 샘플에 탈염 (Desalting) 과정을 수행하였다.

9) LC-MS/MS(Q-Exactive)를 이용하여 단백질을 분석하였다.

10) Thermo Scientific™ Proteome Discoverer 2.5.0.400를 통하여 도출된 데이터를 분석하였다.

실시예 2-2: 단백질 정량법 (BCA protein assay)

Thermo Scientific™의 Pierce™ BCA Protein Assay Kit를 사용하여 샘플의 단백질양(농도)을 확인하였다.

BCA protein assay standard 용액을 이용하여 농도별로 흡광도를 측정하였으며, 그 결과를 하기 표 4 및 표 5에 나타내었다.

하기 표 4는 치주염환자 샘플에서의 흡광도이며, 표 5는 정상인의 BCA protein assay에서의 흡광도이다.

[표 4]

[표 5]

상기 흡광도 데이터를 토대로 y = ax+b의 검량선을 BCA standard curve로 도식화하였다. 도 6a는 치주염환자 GCF 샘플의 BCA standard curve이며, 도 6b는 정상인 GCF 샘플의 BCA standard curve이다.

또한, 각 샘플별로 반복한 샘플에서의 BCA Protein Assay에서 측정한 단백질 양을 하기 표에 나타내었다.

하기 표 6은 치주염 환자의 샘플 7개에서의 단백질 정량 결과이며, 표 7은 정상인의 샘플 6개에서의 단백질 정량 결과이다.

[표 6]

[표 7]

실시예 2-3: 발현 단백질 도출

LC-MS/MS(Q-Exactive)를 이용한 Label-free quantification을 수행하여 단백질을 분석하였다. 각 sample 별로의 단백질 분석 Chromatogram 결과를 도 7a 및 도 7b에 나타내었다.

도 7a와 도7b는 정상군과 치주염 환자군의 조직 시료별 단백질 LC-MS/MS 분석결과를 Base peak chromatogram을 나타낸다. 분석시간은 180분이며 용매의 Gradient에 의해 분리되어 용출된 펩타이드가 MS/MS분석되어 peak으로 나타난다. 그 조건은 하기 표 8과 같다.

[표 8]

실시예 2-4: Proteomics 분석

먼저, 치주질환 환자 군과 정상군의 LC-MS/MS 분석결과를 Volcano plots 분석을 수행하여 비교하였으며, 그 결과를 도 8에 나타내었다. (P-value = 0.05, Log2 fold change = 1)

도 8은 정상군과 치주염 환자군의 GCF 시료를 t-test 통계분석하여 P-value < 0.05 이고 Log2 ratio > 1 혹은 < -1 인 DEP를 Volcano plot을 이용하여 나타낸다. x축은 Log2 ratio를 나타내고 y축은 -Log10(P-value)를 나타낸다. 치주염 환자군의 과발현 단백질에서 Log2 ratio > 1인 단백질은 332개이며 P-value < 0.05인 단백질은 166개이다. 치주염 환자군의 저발현 단백질에서 Log2 ratio < -1인 단백질은 444개이며 P-value < 0.05인 단백질은 148개이다. 정상군과 치주염 환자군의 조직시료에서 차이 나는 DEP는 총 314개로 바이오마커 후보군으로 결정하였다.

또한, 치주질환 환자 군과 정상군의 LC-MS/MS 분석결과를 PCA (Principal component analysis)를 수행하였다 (X data = PC1, Y data = PC2). 그 결과를 도 9에 나타내었다.

도 9는 정상군과 치주염 환자군의 GCF 시료의 단백질 정량을 단백질 각각의 peak의 intensity 값으로 통계분석하여 각 그룹의 차이를 PCA 결과를 통해 나타낸다. PCA는 DEP에 대한 전반적인 이해를 보여주며, 그룹에 따른 단백질의 정량이 어떻게 다른지 나타낸다.

또한, 치주 환자 및 정상군의 단백질 분석 결과를 기반으로 Heat map 분석을 진행하였으며, 그 결과를 도 10에 나타내었다.

도 10는 정상군과 치주염 환자군의 GCF 시료의 단백질 정량을 통계분석하여 Heatmap으로 나타내었다. Heatmap은 군 간 단백질 정량의 비교를 시각화하여 나타낸다. Heatmap은 1491개의 정량분석 된 단백질로 만들어졌으며 군 간의 단백질의 정량 차이를 비교할 수 있다.

<실시예 3> Differentially Expressed Protein (DEP)를 통한 마커 발굴

실시예 3-1: 치주조직 및 GCF 샘플의 DEP 분석

치주염환자와 정상인의 Tissue와 GCF 샘플에서 확인된 단백질의 발현 양상에 대하여 DEP 분석을 진행하였으며, 양 샘플 모두에서 확인되는 단백질 발현 양상을 교집합하였으며, 교집합으로 나타나는 단백질은 38개였다 (2.7%) (도11). 이러한 38개의 단백질 중 DEP결과 발현량의 증가 또는 감소 양상이 일치하는 20의 바이오마커 후보군을 확인하였다. 그 결과를 하기 표 9에 나타내었다.

[표 9]

실시예 3-2: 신규한 바이오 마커의 확인

상기 20개의 바이오마커 후보군 중 종래 치주질환의 바이오마커로 알려지지 않은 단백질을 분류하였으며, 그 결과는 하기 표와 같다.

[표 10]

Claims

A0A087X0N5, E9PH25, A0A0B4J1V0, H0YI36, Q9NZT2, 및 P07305으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 치주 질환 진단용 조성물.
청구항 1에 있어서, A0A0B4J1V0, H0YI36, 및 Q9NZT2으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준은 정상인의 시료에 비하여 치주질환 환자의 시료에서 과발현되는 것인, 치주 질환 진단용 조성물.
청구항 1에 있어서, A0A087X0N5, E9PH25, 및 P07305으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준은 정상인의 시료에 비하여 치주질환 환자의 시료에서 저발현되는 것인, 치주 질환 진단용 조성물.
청구항 1에 있어서, 상기 치주질환은 치은염(gingivitis), 치주염(periodontal inflammation), 치은출혈(gingival bleeding), 치은퇴축(gingival retraction), 치주낭(periodontal pocket), 치관주위염(pericoronitis) 및 치주 고름집(Periodontal abscess)으로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상인 것인, 치주 질환 진단용 조성물.
청구항 1에 있어서, 상기 단백질 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질에 특이적으로 결합하는 올리고펩타이드, 모노클로날 항체, 폴리클로날 항체, 키메릭(chimeric) 항체, 리간드, PNA(Peptide nucleic acid) 또는 앱타머(aptamer)인 것인, 치주 질환 진단용 조성물.
청구항 1에 있어서, 상기 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브, 또는 안티센스 뉴클레오티드인 것인, 치주 질환 진단용 조성물.
청구항 1 내지 6 중 어느 한 항의 조성물을 포함하는 치주질환 진단용 키트.
청구항 7에 있어서, 상기 키트는 RT-PCR 키트, DNA 칩 키트 또는 단백질 칩 키트인, 치주질환 진단용 키트.
개체의 치주조직, 세포, 또는 치은열구액(GCF) 중 선택된 어느 하나 이상으로부터 A0A087X0N5, E9PH25, A0A0B4J1V0, H0YI36, Q9NZT2, 및 P07305으로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 치주질환 진단에 대한 정보 제공 방법.
개체의 치주조직, 세포, 또는 치은열구액(GCF) 중 선택된 어느 하나 이상에 대하여 측정된 A0A087X0N5, E9PH25, A0A0B4J1V0, H0YI36, Q9NZT2, 및 P07305로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 포함하는 데이터에 대하여 치주질환 진단 정보를 판정하는 진단부를 포함하는, 치주질환 진단 장치.
A0A087X0N5, E9PH25, A0A0B4J1V0, H0YI36, Q9NZT2, 및 P07305로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자를 포함하는 치주질환 진단용 바이오마커 조성물.