RU2008128853A - Катионные олигонуклеотиды, автоматизированные способы их получения и их применение - Google Patents
Катионные олигонуклеотиды, автоматизированные способы их получения и их применение Download PDFInfo
- Publication number
- RU2008128853A RU2008128853A RU2008128853/04A RU2008128853A RU2008128853A RU 2008128853 A RU2008128853 A RU 2008128853A RU 2008128853/04 A RU2008128853/04 A RU 2008128853/04A RU 2008128853 A RU2008128853 A RU 2008128853A RU 2008128853 A RU2008128853 A RU 2008128853A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- oligonucleotide
- molecules
- lower alkylene
- prot
- index
- Prior art date
Links
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 title claims abstract 14
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims 10
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims 2
- 150000001768 cations Chemical class 0.000 title 1
- 125000002947 alkylene group Chemical group 0.000 claims abstract 12
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims abstract 8
- KIDHWZJUCRJVML-UHFFFAOYSA-N putrescine Chemical group NCCCCN KIDHWZJUCRJVML-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract 8
- ATHGHQPFGPMSJY-UHFFFAOYSA-N spermidine Chemical group NCCCCNCCCN ATHGHQPFGPMSJY-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract 8
- PFNFFQXMRSDOHW-UHFFFAOYSA-N spermine Chemical group NCCCNCCCCNCCCN PFNFFQXMRSDOHW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract 7
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims abstract 6
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 claims abstract 5
- 239000005700 Putrescine Substances 0.000 claims abstract 4
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims abstract 4
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 claims abstract 4
- 229940063673 spermidine Drugs 0.000 claims abstract 4
- 229940063675 spermine Drugs 0.000 claims abstract 3
- MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N (2S)-2-Amino-3-hydroxypropansäure Chemical compound OC[C@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N 0.000 claims abstract 2
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract 2
- 150000001414 amino alcohols Chemical class 0.000 claims abstract 2
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims abstract 2
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims abstract 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 claims abstract 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 claims abstract 2
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims abstract 2
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 claims abstract 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims 8
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 claims 8
- RWRDLPDLKQPQOW-UHFFFAOYSA-N Pyrrolidine Chemical compound C1CCNC1 RWRDLPDLKQPQOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 6
- NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N Piperidine Chemical compound C1CCNCC1 NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 4
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims 4
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 claims 3
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 claims 3
- YNAVUWVOSKDBBP-UHFFFAOYSA-N Morpholine Chemical group C1COCCN1 YNAVUWVOSKDBBP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims 2
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims 2
- SKWCZPYWFRTSDD-UHFFFAOYSA-N 2,3-bis(azaniumyl)propanoate;chloride Chemical compound Cl.NCC(N)C(O)=O SKWCZPYWFRTSDD-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 claims 1
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 claims 1
- AHLPHDHHMVZTML-BYPYZUCNSA-N L-Ornithine Chemical compound NCCC[C@H](N)C(O)=O AHLPHDHHMVZTML-BYPYZUCNSA-N 0.000 claims 1
- ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P L-argininium(2+) Chemical compound NC(=[NH2+])NCCC[C@H]([NH3+])C(O)=O ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P 0.000 claims 1
- HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N L-histidine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N 0.000 claims 1
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 claims 1
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 claims 1
- AHLPHDHHMVZTML-UHFFFAOYSA-N Orn-delta-NH2 Natural products NCCCC(N)C(O)=O AHLPHDHHMVZTML-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- UTJLXEIPEHZYQJ-UHFFFAOYSA-N Ornithine Natural products OC(=O)C(C)CCCN UTJLXEIPEHZYQJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 claims 1
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 125000002091 cationic group Chemical group 0.000 claims 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 claims 1
- 150000002009 diols Chemical class 0.000 claims 1
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 claims 1
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 claims 1
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 claims 1
- 239000000543 intermediate Substances 0.000 claims 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims 1
- 229960003104 ornithine Drugs 0.000 claims 1
- 230000037361 pathway Effects 0.000 claims 1
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 claims 1
- 229920000768 polyamine Polymers 0.000 claims 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 claims 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 claims 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims 1
- -1 cationic amino acids Chemical group 0.000 abstract 1
Classifications
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
- C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
- C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
- C07F9/02—Phosphorus compounds
- C07F9/06—Phosphorus compounds without P—C bonds
- C07F9/22—Amides of acids of phosphorus
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
- A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
- A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
- A61K47/56—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an organic macromolecular compound, e.g. an oligomeric, polymeric or dendrimeric molecule
- A61K47/59—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an organic macromolecular compound, e.g. an oligomeric, polymeric or dendrimeric molecule obtained otherwise than by reactions only involving carbon-to-carbon unsaturated bonds, e.g. polyureas or polyurethanes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
- A61K48/0008—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'non-active' part of the composition delivered, e.g. wherein such 'non-active' part is not delivered simultaneously with the 'active' part of the composition
- A61K48/0025—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'non-active' part of the composition delivered, e.g. wherein such 'non-active' part is not delivered simultaneously with the 'active' part of the composition wherein the non-active part clearly interacts with the delivered nucleic acid
- A61K48/0041—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'non-active' part of the composition delivered, e.g. wherein such 'non-active' part is not delivered simultaneously with the 'active' part of the composition wherein the non-active part clearly interacts with the delivered nucleic acid the non-active part being polymeric
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/87—Introduction of foreign genetic material using processes not otherwise provided for, e.g. co-transformation
- C12N15/88—Introduction of foreign genetic material using processes not otherwise provided for, e.g. co-transformation using microencapsulation, e.g. using amphiphile liposome vesicle
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
- Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
- Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
- Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Organic Low-Molecular-Weight Compounds And Preparation Thereof (AREA)
- Medicinal Preparation (AREA)
Abstract
1. Олигонуклеотид-олигокатионные молекулы AiBjH, которые могут быть синтезированы посредством автоматизированной фосфорамидитной химии, имеющие олигонуклеотидные фрагменты Ai и олигокатионные фрагменты Bj, где ! Ai представляет собой i-мерный олигонуклеотидный остаток, с индексом i = от 5 до 50, с природными и неприродными нуклеиновыми основаниями и/или пентафуранозильными группами и/или нативными сложными фосфодиэфирными связями, а также их химические модификации или замещения, ! Bj представляет собой j-мерный органический олигокатионный фрагмент, с индексом j = от 1 до 50, где В выбран из группы, включающей ! -HPO3-R1-(X-R2)n1-X-R3-O-, где R1, R2 и R3, идентичные или различные, представляют собой низший алкилен, Х представляет собой NH или NC(NH2)2, и индекс n1 = от 2 до 20, ! -HPO3-R4-СН(R5X1)-R6-O-, где R4 представляет собой низший алкилен, R5 и R6, идентичные или различные, представляют собой низший алкилен, и Х1 представляет собой путресциновый, спермидиновый или сперминовый остаток, ! -HPO3-R7-(аа)n2-R8-O-, где R7 представляет собой низший алкилен и R8 представляет собой низший алкилен, серин, аминоспирт, полученный восстановлением природной аминокислоты, (аа)n2 представляет собой пептид, содержащий природные аминокислоты с катионными боковыми цепями, и индекс n2 = от 2 до 20. ! 2. Молекулы по п.1, в которых олигонуклеотид выбран из группы, включающей дезоксирибо-, рибо-, замкнутые (LNA) нуклеотиды, а также их химические модификации или замещения. ! 3. Молекулы по п.2, в которых модификации или замещения представляют собой фосфоротиоат, 2'-фтор-, 2'-О-алкил. ! 4. Молекулы по любому из пп.1-3, в которых маркерная группа представляет собой флуоресцентный агент. ! 5. Молекулы по любому из пп.1-3, в
Claims (19)
1. Олигонуклеотид-олигокатионные молекулы AiBjH, которые могут быть синтезированы посредством автоматизированной фосфорамидитной химии, имеющие олигонуклеотидные фрагменты Ai и олигокатионные фрагменты Bj, где
Ai представляет собой i-мерный олигонуклеотидный остаток, с индексом i = от 5 до 50, с природными и неприродными нуклеиновыми основаниями и/или пентафуранозильными группами и/или нативными сложными фосфодиэфирными связями, а также их химические модификации или замещения,
Bj представляет собой j-мерный органический олигокатионный фрагмент, с индексом j = от 1 до 50, где В выбран из группы, включающей
-HPO3-R1-(X-R2)n1-X-R3-O-, где R1, R2 и R3, идентичные или различные, представляют собой низший алкилен, Х представляет собой NH или NC(NH2)2, и индекс n1 = от 2 до 20,
-HPO3-R4-СН(R5X1)-R6-O-, где R4 представляет собой низший алкилен, R5 и R6, идентичные или различные, представляют собой низший алкилен, и Х1 представляет собой путресциновый, спермидиновый или сперминовый остаток,
-HPO3-R7-(аа)n2-R8-O-, где R7 представляет собой низший алкилен и R8 представляет собой низший алкилен, серин, аминоспирт, полученный восстановлением природной аминокислоты, (аа)n2 представляет собой пептид, содержащий природные аминокислоты с катионными боковыми цепями, и индекс n2 = от 2 до 20.
2. Молекулы по п.1, в которых олигонуклеотид выбран из группы, включающей дезоксирибо-, рибо-, замкнутые (LNA) нуклеотиды, а также их химические модификации или замещения.
3. Молекулы по п.2, в которых модификации или замещения представляют собой фосфоротиоат, 2'-фтор-, 2'-О-алкил.
4. Молекулы по любому из пп.1-3, в которых маркерная группа представляет собой флуоресцентный агент.
5. Молекулы по любому из пп.1-3, в которых аминокислоты представляют собой аргинин, лизин, орнитин, гистидин, диаминопропионовую кислоту.
6. Молекулы по любому из пп.1-3, имеющие 3'A5'-В-последовательность.
7. Молекулы по любому из пп.1-3, имеющие В-3'A5'-последовательность.
8. Молекулы по любому из пп.1-3, имеющие В-3'A5'-В или 3'A5'-В-3'A5'-последовательности, а также их комбинации.
9. Способ получения олигонуклеотид-олигокатионных молекул по любому из пп.1-8 путем использования постадийного синтеза на олигонуклеотидном синтезаторе, по фосфорамидитному пути, включающий
размещение пробирок, содержащих активированные и защищенные олигокатионы В, в олигонуклеотидном синтезаторе, с добавлением к пробиркам олигонуклеотидов А, или наоборот,
остановку синтеза, когда достигается желаемая длина,
отщепление олигомеров от твердого носителя, и
удаление защитных групп.
10. Способ по п.9, в котором фосфорамидитные реагенты выбраны из группы, включающей
P(OR9)(N(R10)2)-O-R1-(X-R2)n1-X-R3-O-Prot, где R1, R2, R3 и индекс n1 такие, как определено выше, Х представляет собой подходящим образом защищенный NH или NC(NH2)2, R9 представляет собой -CH2CH2CN или низший алкил, R10 представляет собой низший алкил, или -N(R10)2 представляет собой пирролидиновую, пиперидиновую или морфолиновую группу, и Prot представляет собой защитную группу, используемую в олигонуклеотидном синтезе, такую как DMT, MMT;
P(OR9)(N(R10)2)-O-R4-СН(R5X1)-R6-O-Prot, где R4, R5, R6 представляют собой низший алкилен, Х1 представляет собой подходящим образом защищенный путресцин, спермидин или спермин, R9 и R10 такие, как описанные выше;
P(OR9)(N(R10)2)-O-R7-(аа)n2-R8-O-Prot, где R7, R8, R9, R10, n2, (аа)n2 и Prot такие, как описанные выше.
11. Способ по п.9 или 10, в котором постадийный синтез олигонуклеотидной последовательности продолжается постадийным синтезом олигокатионого фрагмента для получения соединений, имеющих последовательность (3'A5'-В).
12. Способ по п.9 или 10, в котором постадийный синтез олигокатионого фрагмента продолжается постадийным синтезом олигонуклеотидной последовательности для получения соединений, имеющих последовательность (В-3'A5').
13. Способ по п.9 или 10, включающий синтез смешанных последовательностей.
14. Способ по п.13, включающий синтез олигонуклеотидных последовательностей, кэппированных на обоих концах (В-3'A5'-В), или катион-прерываемых последовательностей олигонуклеотидных последовательностей (3'A5'-В-3'A5').
15. Способ по п.9 или 10, в котором активированные и защищенные олигокатионы В получают защитой аминогрупп полиамина, с последующим α,ω-бисгидроксиалкилированием, ведущим к диолам, совместимым с олигонуклеотидным синтезом.
16. В качестве промежуточных соединений, фосфорамидитные реагенты формулы
P(OR9)(N(R10)2)-O-R1-(X-R2)n1-X-R3-O-Prot, где R1, R2, R3 и индекс n1 такие, как определено выше, Х представляет собой подходящим образом защищенный NH или NC(NH2)2, R9 представляет собой -CH2CH2CN или низший алкил, R10 представляет собой низший алкил, или -N(R10)2 представляет собой пирролидиновую, пиперидиновую или морфолиновую группу, и Prot представляет собой защитную группу, используемую в олигонуклеотидном синтезе, такую как DMT, MMT;
P(OR9)(N(R10)2)-O-R4-СН(R5X1)-R6-O-Prot, где R4, R5, R6 представляют собой низший алкилен, Х1 представляет собой подходящим образом защищенный путресцин, спермидин или спермин, R9 и R10 такие, как описанные выше;
P(OR9)(N(R10)2)-O-R7-(аа)n2-R8-O-Prot, где R7, R8, R9, R10, n2 и Prot такие, как описанные выше.
17. Способ применения в биологии и диагностике, включающий использование олигонуклеотид-олигокатионных молекул по любому из пп.1-8.
18. Способ по п.17, для применения в ПЦР, ПЦР в реальном времени, генотипировании, in situ гибридизации и изготовлении ДНК-чипов.
19. Фармацевтические композиции, содержащие эффективное количество олигонуклеотид-олигокатионных молекул по любому из пп.1-8, в сочетании с фармацевтически приемлемым носителем.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US75034605P | 2005-12-15 | 2005-12-15 | |
| US60/750,346 | 2005-12-15 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2008128853A true RU2008128853A (ru) | 2010-01-20 |
| RU2451022C2 RU2451022C2 (ru) | 2012-05-20 |
Family
ID=38163300
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2008128853/04A RU2451022C2 (ru) | 2005-12-15 | 2006-12-14 | Катионные олигонуклеотиды, автоматизированные способы их получения и их применение |
Country Status (14)
| Country | Link |
|---|---|
| US (2) | US9090648B2 (ru) |
| EP (1) | EP1973927B1 (ru) |
| JP (1) | JP5346585B2 (ru) |
| KR (1) | KR101388320B1 (ru) |
| CN (1) | CN101370817B (ru) |
| AU (1) | AU2006325054B2 (ru) |
| BR (1) | BRPI0619932A2 (ru) |
| CA (1) | CA2633065C (ru) |
| ES (1) | ES2435420T3 (ru) |
| HK (1) | HK1127360A1 (ru) |
| IL (1) | IL192158A0 (ru) |
| NZ (1) | NZ569138A (ru) |
| RU (1) | RU2451022C2 (ru) |
| WO (1) | WO2007069092A2 (ru) |
Families Citing this family (34)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2451022C2 (ru) | 2005-12-15 | 2012-05-20 | Сантр Насьональ Де Ля Решерш Сьентифик (Снрс) | Катионные олигонуклеотиды, автоматизированные способы их получения и их применение |
| EP2075342A1 (en) * | 2007-12-27 | 2009-07-01 | PolyPlus Transfection | Method for hybridizing nucleic acids |
| FR2926818B1 (fr) * | 2008-01-30 | 2012-04-06 | Centre Nat Rech Scient | siRNA CATIONIQUES, SYNTHESE ET UTILISATION POUR L'ARN INTERFERENCE |
| EP3216874A1 (en) | 2008-09-05 | 2017-09-13 | TOMA Biosciences, Inc. | Methods for stratifying and annotating cancer drug treatment options |
| SG179196A1 (en) | 2009-09-16 | 2012-04-27 | Genentech Inc | Coiled coil and/or tether containing protein complexes and uses thereof |
| CN102140458B (zh) * | 2010-01-29 | 2013-05-22 | 苏州瑞博生物技术有限公司 | 小干扰核酸和药物组合物及其制药应用 |
| CN102140459B (zh) * | 2010-01-29 | 2013-04-03 | 苏州瑞博生物技术有限公司 | 一种小干扰核酸和药物组合物及其制药应用 |
| CN102140461B (zh) * | 2010-01-29 | 2012-12-05 | 苏州瑞博生物技术有限公司 | 小干扰核酸和药物组合物及其制药应用 |
| WO2011108930A1 (en) | 2010-03-04 | 2011-09-09 | Interna Technologies Bv | A MiRNA MOLECULE DEFINED BY ITS SOURCE AND ITS DIAGNOSTIC AND THERAPEUTIC USES IN DISEASES OR CONDITIONS ASSOCIATED WITH EMT |
| TW201138821A (en) | 2010-03-26 | 2011-11-16 | Roche Glycart Ag | Bispecific antibodies |
| NZ719520A (en) | 2010-07-06 | 2017-07-28 | Int Tech Bv | Mirna and its diagnostic and therapeutic uses in diseases or conditions associated with melanoma, or in diseases or conditions associated with activated braf pathway |
| CA2817928C (en) | 2010-12-23 | 2019-10-01 | Michael Gerg | Detection of a posttranslationally modified polypeptide by a bi-valent binding agent |
| WO2012085111A1 (en) | 2010-12-23 | 2012-06-28 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Polypeptide-polynucleotide-complex and its use in targeted effector moiety delivery |
| JP6162044B2 (ja) | 2010-12-23 | 2017-07-12 | エフ．ホフマン−ラ ロシュ アーゲーＦ． Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ Ｒｏｃｈｅ Ａｋｔｉｅｎｇｅｓｅｌｌｓｃｈａｆｔ | 結合剤 |
| EP2474617A1 (en) | 2011-01-11 | 2012-07-11 | InteRNA Technologies BV | Mir for treating neo-angiogenesis |
| DK2711370T3 (en) * | 2011-05-17 | 2018-02-26 | Ajinomoto Kk | PROCEDURE FOR THE PREPARATION OF OLIGONUCLEOTIDES |
| US10174314B2 (en) | 2011-12-22 | 2019-01-08 | Interna Technologies B.V. | MiRNA for treating head and neck cancer |
| MX2014009565A (es) | 2012-02-10 | 2014-11-10 | Genentech Inc | Anticuerpos monocatenarios y otros heteromultimeros. |
| BR112014032193A2 (pt) | 2012-06-27 | 2017-06-27 | Hoffmann La Roche | métodos de produção de anticorpos biespecíficos e de determinação de combinação, anticorpo biespecífico, formulação e uso de anticorpo biespecífico |
| WO2014001325A1 (en) | 2012-06-27 | 2014-01-03 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Method for making antibody fc-region conjugates comprising at least one binding entity that specifically binds to a target and uses thereof |
| US10201556B2 (en) | 2012-11-06 | 2019-02-12 | Interna Technologies B.V. | Combination for use in treating diseases or conditions associated with melanoma, or treating diseases or conditions associated with activated B-raf pathway |
| CN105579584B (zh) | 2013-06-28 | 2020-08-28 | 埃泽瑞斯公司 | 用于将rna引入细胞的组合物 |
| US9410172B2 (en) | 2013-09-16 | 2016-08-09 | General Electric Company | Isothermal amplification using oligocation-conjugated primer sequences |
| AU2014384269A1 (en) | 2014-02-26 | 2016-09-08 | Ethris Gmbh | Compositions for gastrointestinal administration of RNA |
| RU2553349C1 (ru) * | 2014-05-07 | 2015-06-10 | Федеральное бюджетное учреждение науки "Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии "Вектор" (ФБУН ГНЦ ВБ "Вектор") | Олигодезоксирибонуклеотидный ингибитор днк-метилтрансферазы 1 человека |
| EP3034539A1 (en) | 2014-12-19 | 2016-06-22 | Ethris GmbH | Compositions for introducing nucleic acid into cells |
| DE102017123919A1 (de) | 2017-10-13 | 2019-04-18 | Gna Biosolutions Gmbh | Verfahren und Vorrichtung zur Lyse von Mikroorganismen |
| EP3704250A1 (en) | 2017-11-03 | 2020-09-09 | InteRNA Technologies B.V. | Mirna molecule, equivalent, antagomir, or source thereof for treating and/or diagnosing a condition and/or a disease associated with neuronal deficiency or for neuronal (re)generation |
| JP2021513508A (ja) | 2018-02-12 | 2021-05-27 | インテアールエヌエー テクノロジーズ ビー．ヴイ．ＩｎｔｅＲＮＡ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｂ．Ｖ． | 抗がんマイクロｒｎａ及びその脂質製剤 |
| US20210137846A1 (en) | 2018-04-25 | 2021-05-13 | Ethris Gmbh | Cryoprotective agents for particulate formulations |
| KR20200045212A (ko) * | 2018-10-22 | 2020-05-04 | (주)바이오니아 | 옥타민 또는 옥타민 유도체가 결합된 프로브 및 이의 용도 |
| IL305353A (en) | 2021-02-26 | 2023-10-01 | Ethris Gmbh | Spray formulations for the administration of acid bases |
| WO2024042236A1 (en) | 2022-08-26 | 2024-02-29 | Ethris Gmbh | Stable lipid or lipidoid nanoparticle suspensions |
| EP4327829A1 (en) | 2022-08-26 | 2024-02-28 | Ethris GmbH | Stabilization of lipid or lipidoid nanoparticle suspensions |
Family Cites Families (19)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5656611A (en) * | 1994-11-18 | 1997-08-12 | Supratek Pharma Inc. | Polynucleotide compositions |
| US6071890A (en) * | 1994-12-09 | 2000-06-06 | Genzyme Corporation | Organ-specific targeting of cationic amphiphile/DNA complexes for gene therapy |
| CA2298061A1 (en) * | 1997-08-01 | 1999-02-11 | Supratek Pharma, Inc. | Polynucleotide compositions |
| EP1013770A1 (en) * | 1998-12-23 | 2000-06-28 | Université Louis Pasteur de Strasbourg | Non-viral transfection vector |
| US6147200A (en) * | 1999-08-19 | 2000-11-14 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | 2'-O-acetamido modified monomers and oligomers |
| DE10207177A1 (de) * | 2002-02-19 | 2003-09-04 | Novosom Ag | Fakultativ kationische Lipide |
| US20040019008A1 (en) * | 2002-05-28 | 2004-01-29 | Lewis David L. | Compositions and processes using siRNA, amphipathic compounds and polycations |
| JP2004137143A (ja) | 2002-08-21 | 2004-05-13 | Fuji Photo Film Co Ltd | 有機変性層状珪酸塩及びその組成物 |
| EP1585756B1 (en) * | 2002-11-26 | 2010-04-21 | University of Massachusetts | Delivery of sirnas |
| RU2236467C1 (ru) * | 2003-04-14 | 2004-09-20 | Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН | Способ получения днк-чипов |
| JP4695075B2 (ja) | 2003-06-18 | 2011-06-08 | イッスム・リサーチ・ディベロップメント・カンパニー・オブ・ザ・ヘブルー・ユニバーシティ・オブ・エルサレム | トランスフェクションで使用するためのスフィンゴ脂質ポリアルキルアミン抱合体 |
| JP5059411B2 (ja) * | 2003-12-19 | 2012-10-24 | ノバルティス バクシンズ アンド ダイアグノスティックス，インコーポレーテッド | 短鎖干渉ｒｎａの細胞トランスフェクティング処方物、関連する組成物および作製方法ならびに使用 |
| JP4743714B2 (ja) * | 2004-04-16 | 2011-08-10 | 独立行政法人科学技術振興機構 | Ｐｅｇ−機能性核酸コンジュケート |
| CA2581869A1 (en) | 2004-11-04 | 2006-05-18 | Raul Andino | Syntheses of polyamine conjugates of small interfering rnas (si-rnas) and conjugates formed thereby |
| EP1812016A4 (en) * | 2004-11-17 | 2010-07-14 | Univ Maryland | HIGHLY BRANCHED HK PEPTIDES AS EFFECTIVE CARRIERS OF SMALL INTERFERING RNA |
| RU2451022C2 (ru) | 2005-12-15 | 2012-05-20 | Сантр Насьональ Де Ля Решерш Сьентифик (Снрс) | Катионные олигонуклеотиды, автоматизированные способы их получения и их применение |
| EP1844772A1 (en) * | 2006-04-06 | 2007-10-17 | Polyplus-Transfection SA | Compositions for transfection of oligonucleotides active for gene silencing and their biological and therapeutical applications |
| JP2009534342A (ja) * | 2006-04-20 | 2009-09-24 | サイレンス・セラピューティクス・アーゲー | 血管内皮に特異的に送達するためのリポプレックス処方剤 |
| FR2926818B1 (fr) * | 2008-01-30 | 2012-04-06 | Centre Nat Rech Scient | siRNA CATIONIQUES, SYNTHESE ET UTILISATION POUR L'ARN INTERFERENCE |
-
2006
- 2006-12-14 RU RU2008128853/04A patent/RU2451022C2/ru active
- 2006-12-14 ES ES06847298T patent/ES2435420T3/es active Active
- 2006-12-14 EP EP06847298.4A patent/EP1973927B1/en active Active
- 2006-12-14 JP JP2008545144A patent/JP5346585B2/ja active Active
- 2006-12-14 CN CN2006800510864A patent/CN101370817B/zh active Active
- 2006-12-14 US US12/086,599 patent/US9090648B2/en active Active
- 2006-12-14 AU AU2006325054A patent/AU2006325054B2/en active Active
- 2006-12-14 CA CA2633065A patent/CA2633065C/en active Active
- 2006-12-14 BR BRPI0619932-1A patent/BRPI0619932A2/pt not_active IP Right Cessation
- 2006-12-14 WO PCT/IB2006/004085 patent/WO2007069092A2/en active Application Filing
- 2006-12-14 KR KR1020087017193A patent/KR101388320B1/ko active IP Right Grant
- 2006-12-14 NZ NZ569138A patent/NZ569138A/en unknown
-
2008
- 2008-06-15 IL IL192158A patent/IL192158A0/en active IP Right Grant
-
2009
- 2009-07-16 HK HK09106495.8A patent/HK1127360A1/xx unknown
-
2015
- 2015-06-22 US US14/745,871 patent/US9676798B2/en active Active
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| HK1127360A1 (en) | 2009-09-25 |
| EP1973927B1 (en) | 2013-08-14 |
| BRPI0619932A2 (pt) | 2011-10-25 |
| AU2006325054A1 (en) | 2007-06-21 |
| KR101388320B1 (ko) | 2014-04-22 |
| RU2451022C2 (ru) | 2012-05-20 |
| IL192158A0 (en) | 2009-02-11 |
| ES2435420T3 (es) | 2013-12-19 |
| US9090648B2 (en) | 2015-07-28 |
| CA2633065A1 (en) | 2007-06-21 |
| NZ569138A (en) | 2012-06-29 |
| JP2009519317A (ja) | 2009-05-14 |
| WO2007069092A3 (en) | 2008-04-17 |
| JP5346585B2 (ja) | 2013-11-20 |
| KR20080087001A (ko) | 2008-09-29 |
| WO2007069092B1 (en) | 2008-06-19 |
| EP1973927A2 (en) | 2008-10-01 |
| US20160280728A1 (en) | 2016-09-29 |
| CN101370817B (zh) | 2012-08-08 |
| WO2007069092A2 (en) | 2007-06-21 |
| US20090069262A1 (en) | 2009-03-12 |
| CA2633065C (en) | 2016-10-18 |
| US9676798B2 (en) | 2017-06-13 |
| AU2006325054B2 (en) | 2013-05-02 |
| CN101370817A (zh) | 2009-02-18 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2008128853A (ru) | Катионные олигонуклеотиды, автоматизированные способы их получения и их применение | |
| Caruthers | Chemical synthesis of DNA and DNA analogs | |
| US5955599A (en) | Process for making oligonucleotides containing o- and s- methylphosphotriester internucleoside linkages | |
| Kamer et al. | An efficient approach toward the synthesis of phosphorothioate diesters via the Schönberg reaction | |
| USRE38169E1 (en) | Hyperstabilizing antisense nucleic acid binding agents | |
| JP3368353B2 (ja) | オリゴヌクレオチド類を開裂及び脱保護する方法及び試薬 | |
| Davies et al. | Synthesis of fluorescently labelled oligonucleotides and nucleic acids | |
| AU6527094A (en) | Modified oligonucleotides having improved anti-influenza activity | |
| JPH07505903A (ja) | オリゴヌクレオチド合成に有用な保護基 | |
| Muller et al. | Current strategies for the synthesis of RNA | |
| CA2671351A1 (en) | Compounds and methods for synthesis and purification of oligonucleotides | |
| Earnshaw et al. | Modified oligoribonucleotides as site‐specific probes of RNA structure and function | |
| Kozlov et al. | Nonenzymatic template-directed synthesis of RNA from monomers | |
| Vorobjev et al. | Nuclease resistance and RNase H sensitivity of oligonucleotides bridged by oligomethylenediol and oligoethylene glycol linkers | |
| ATE447625T1 (de) | Zusammensetzungen und verfahren zur verwendung von fmoc-derivaten bei der dna-/rna-synthese | |
| CN101155821A (zh) | 用于寡核苷酸合成的亚磷酰胺活化剂 | |
| RU2010136047A (ru) | КАТИОННЫЕ siPНК, СИНТЕЗ И ПРИМЕНЕНИЕ В РНК-ИНТЕРФЕРЕНЦИИ | |
| KR20160150051A (ko) | Rna 올리고뉴클레오티드 절단 방법 | |
| Fettes et al. | Synthesis and nucleic-acid-binding properties of sulfamide-and 3′-N-sulfamate-modified DNA | |
| EP0804414A1 (en) | Complementary dna and toxins | |
| US11993801B2 (en) | Base-modified nucleotides as substrates for TdT-based enzymatic nucleic acid synthesis | |
| AU2018298658A1 (en) | Improved process for preparing imetelstat | |
| Pon et al. | Tandem oligonucleotide synthesis on solid-phase supports for the production of multiple oligonucleotides | |
| Gaglione et al. | Current methods in synthesis of cyclic oligonucleotides and analogues | |
| Pfleiderer et al. | Recent progress in oligonucleotide synthesis. |