KR20190136048A - 페닐케톤뇨증을 치료하기 위한 조성물 및 방법 - Google Patents

페닐케톤뇨증을 치료하기 위한 조성물 및 방법 Download PDF

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타일러 라후젠
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아메리칸 진 테크놀로지스 인터내셔널 인코포레이티드
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Abstract

렌티바이러스 입자를 발현하기 위한 렌티바이러스 벡터 시스템이 개시된다. 렌티바이러스 벡터 시스템은 치료적 벡터를 포함한다. 치료적 벡터는 적어도 하나의 페닐알라닌 히드록실라아제 (PAH) 를 발현하기 위한 PAH 서열 또는 이의 변이체를 포함하며, 여기서 PAH 서열은 절두된다.

Description

페닐케톤뇨증을 치료하기 위한 조성물 및 방법
관련 출원에 대한 교차 -참조
본 출원은 그 개시물이 본원에 참조로 포함되는 U.S. 가출원 번호 62/480,962 (2017 년 4 월 3 일 출원, 명칭 "COMPOSITIONS AND METHODS FOR TREATING PHENYLKETONURIA") 및 U.S. 가출원 번호 62/491,118 (2017 년 4 월 27 일 출원, 명칭 "COMPOSITIONS AND METHODS FOR TREATING PHENYLKETONURIA") 에 대해 우선권을 주장한다.
기술분야
본 발명의 양태는 페닐케톤뇨증 (PKU) 을 치료하기 위한 유전적 약물에 관한 것이다. 보다 특히, 본 발명의 양태는 PKU 를 치료하기 위해 PAH-함유 렌티바이러스 벡터를 포함하는 렌티바이러스 벡터를 사용하는 것에 관한 것이다.
페닐케톤뇨증 (PKU) 은 혈액 내 페닐알라닌 농도 증가, 또는 고페닐알라닌혈증을 유발할 수 있는 장애의 이종 군을 나타낸다. 고페닐알라닌혈증은 치료받지 않은 채로 있다면 영향을 받는 어린이에서의 지적 장애, 발작, 행동 문제 및 손상된 성장 및 발달을 일으킬 수 있다. 고페닐알라닌 혈증이 지적 장애를 초래하는 메커니즘은 고용량 페닐알라닌의 놀라운 독성을 반영하며 신경계 조직의 저수초화 또는 탈수초화를 포함한다. PKU는 북미에서 12,000 건 중 1 건의 평균 보고 발생률을 가지며, 남성과 여성에게 동일하게 영향을 준다. 이 장애는 유럽인 또는 아메리카 원주민 조상에서 가장 흔하며 동부 지중해 지역에서 훨씬 높은 수준에 이른다.
PKU 환자의 신경학적 변화는 생후 1 개월 이내에 입증되었으며, 성인 PKU 환자의 자기 공명 영상 (MRI) 은 뇌에서의 백질 병변을 보여주었다. 이러한 병변의 크기와 수는 혈액 페닐알라닌 농도와 직접적으로 관련된다. 대조군 대상과 비교하여 PKU 를 갖는 청소년 및 성인의 인지 프로파일은 현저하게 감소된 IQ, 처리 속도, 운동 제어 및 억제 능력, 및 주의력 시험에서의 수행 감소를 포함할 수 있다.
PKU 의 대부분은 간 페닐알라닌 히드록실라아제 (PAH) 의 결핍으로 인해 야기된다. PAH 는 분자 산소 및 촉매량의 테트라히드로바이오프테린 (BH4), 그의 비단백질 보조인자의 존재 하에 페닐알라닌 (Phe) 의 티로신 (Tyr) 으로의 히드록실화를 촉매화하는 다량체성 간 효소이다. PAH 의 충분한 발현의 부재 하에, 혈액 내 페닐알라닌 수치 증가는 PKU 환자에서 고페닐알라닌혈증 및 유해한 부작용을 일으킨다. PAH 활성의 감소 또는 부재는 티로신, 및 멜라닌, l-티록신 및 카테콜아민 신경전달물질 (도파민을 포함) 을 포함하는 그의 다운스트림 생성물의 결핍을 유발할 수 있다.
PKU 는 PAH 에서의 돌연변이 및/또는 PAH 보조인자 (즉, BH4) 의 합성 또는 재생 결함에 의해 유발될 수 있다. 특히, 몇몇 PAH 돌연변이는 소포체에서의 단백질 폴딩에 영향을 미치는 것으로 나타났으며, 이는 효소 촉매 활성을 약화시키거나 크게 철폐시키는 단백질 구조에서의 미스센스 돌연변이 (63%) 및 작은 결실 (13%) 로 인한 가속화된 분해 및/또는 응집을 초래한다.
일반적으로, 혈장 Phe 수준, Phe 에 대한 식이 내성 및 치료요법에 대한 잠재적 반응성을 기반으로 하여 PKU 를 분류하기 위해 3 개의 주요 표현형 군이 사용된다. 이들 군은 고전적 PKU (Phe > 1200 μM), 비정형 또는 경증 PKU (Phe 가 600 - 1200 μM 임) 및 영구적인 경증 고페닐알라닌혈증 (HPA, Phe 120 - 600 μM) 을 포함한다.
PKU 의 검출은 보편적 신생아 스크리닝 (NBS) 에 의존한다. 힐 스틱 (heel stick) 으로부터 채취한 혈액 1 점적을 미국의 모든 50 개 주에서 필수인 스크린에서 페닐알라닌 수치에 대해 검사한다.
현재, Phe 및 BH4 보충의 평생 식이 제한은 PKU 에 대해 유일하게 이용가능한 두 가지 치료 옵션이며, 영향받은 영아에서 최적의 임상 결과를 보장하기 위해 조기 치료 개입이 중요하다. 그러나, 고가의 약물 치료와 특수 저-단백 식품은, 특히 이들 제품이 민감 의료 보험에 의해 완전히 커버되지 않는 경우, 영양결핍, 심리사회적 또는 신경인지적 합병증으로 이어질 수 있는 환자에 대한 큰 부담을 부과한다. 또한, BH4 치료요법은 BH4 생합성에서의 결함과 관련된 바에 따라 경증 고페닐알라닌혈증의 치료에 주로 효과적인 반면, 경증 또는 고전적 PKU 를 갖는 환자의 오직 20-30% 만이 반응성이다. 따라서, 과도한 Phe-제한 식단에 대한 대안으로서 PKU 를 위한 새로운 치료 방식이 절실히 필요하다. 따라서, 페닐케톤뇨증의 치료를 위한 대안적 방법을 개발하는 것이 바람직할 것이다. 유전적 약물은 PKU 를 효과적으로 치료하는 가능성을 갖는다.
발명의 개요
한 양태에서, 바이러스 벡터가 개시된다. 바이러스 벡터는 적어도 하나의 페닐알라닌 히드록실라아제 (PAH) 를 발현하기 위한 PAH 서열 또는 이의 변이체를 포함하며, 여기서 PAH 서열은 절두된다. 구현예에서, PAH 서열은 서열의 3' 미번역 부위 (UTR) 에서 절두된다. 구현예에서, PAH 서열은 SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3 또는 SEQ ID NO: 4 중 적어도 하나와 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100% 동일성 중 적어도 하나를 포함한다.
구현예에서, 바이러스 벡터는 적어도 하나의 사전결정된 상보적 mRNA 서열에 결합할 수 있는 적어도 하나의 작은 RNA 서열을 추가로 포함한다. 구현예에서, 적어도 하나의 사전결정된 상보적 mRNA 서열은 전장 3' 미번역 부위 (UTR) 를 포함한다. 구현예에서, 적어도 하나의 사전결정된 상보적 mRNA 서열은 PAH mRNA 서열이다. 구현예에서, 적어도 하나의 작은 RNA 서열은 shRNA 를 포함한다. 구현예에서, 적어도 하나의 작은 RNA 서열은 SEQ ID NO: 5 또는 SEQ ID NO: 6 중 적어도 하나와 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100% 동일성 중 적어도 하나를 갖는 서열을 포함한다. 구현예에서, 적어도 하나의 작은 RNA 서열은 제 1 프로모터의 제어 하에 있으며, PAH 서열은 제 2 프로모터의 제어 하에 있다. 구현예에서, 제 1 프로모터는 H1 프로모터를 포함한다. 구현예에서, 제 2 프로모터는 간-특이적 프로모터를 포함한다. 구현예에서, 간-특이적 프로모터는 hAAT 프로모터를 포함한다.
또 다른 양태에서, 바이러스 벡터가 개시된다. 바이러스 벡터는 적어도 하나의 페닐알라닌 히드록실라아제 (PAH) 를 발현하기 위한 PAH 서열 또는 이의 변이체, 및 적어도 하나의 사전결정된 상보적 mRNA 서열에 결합할 수 있는 적어도 하나의 작은 RNA 서열을 포함한다. 구현예에서, PAH 서열은 SEQ ID NO: 1 과 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100% 동일성 중 적어도 하나를 포함한다.
또 다른 양태에서, 패키징 세포에 의해 생성되며 표적 세포를 감염시킬 수 있는 렌티바이러스 입자가 개시된다. 렌티바이러스 입자는 표적 세포를 감염시킬 수 있는 외피 단백질을 포함하고, 바이러스 벡터는 적어도 하나의 페닐알라닌 히드록실라아제 (PAH) 를 발현하기 위한 PAH 서열 또는 이의 변이체, 및 적어도 하나의 사전결정된 상보적 mRNA 서열에 결합할 수 있는 적어도 하나의 작은 RNA 서열을 포함한다. 구현예에서, 표적 세포는 간 세포, 근육 세포, 상피 세포, 내피 세포, 신경 세포, 신경내분비 세포, 내분비 세포, 림프구, 골수 세포, 고형 기관 내에 존재하는 세포, 또는 조혈 계통의 세포, 조혈모세포, 또는 전구체 조혈모세포 중 적어도 하나이다.
또 다른 양태에서, 대상에서의 페닐케톤뇨증 (PKU) 의 치료 방법이 개시된다. 방법은 패키징 세포에 의해 생성되며 표적 세포를 감염시킬 수 있는 치료적 유효량의 렌티바이러스 입자를 대상에게 투여하는 것을 포함하고, 여기서 렌티바이러스 입자는 표적 세포를 감염시킬 수 있는 외피 단백질, 및 적어도 하나의 페닐알라닌 히드록실라아제 (PAH) 를 발현하기 위한 PAH 서열 또는 이의 변이체, 및 적어도 하나의 사전결정된 상보적 mRNA 서열에 결합할 수 있는 적어도 하나의 작은 RNA 서열을 포함하는 바이러스 벡터를 포함한다.
구현예에서, 치료적 유효량의 렌티바이러스 입자는 복수의 단일 용량의 렌티바이러스 입자를 포함한다. 구현예에서, 치료적 유효량의 렌티바이러스 입자는 단일 용량의 렌티바이러스 입자를 포함한다. 구현예에서, 대상은 자궁내 (in utero) 에 있다. 구현예에서, 방법은 PKU 표현형과 상호연관되는 대상에서의 PKU 유전자형을 진단하는 것을 추가로 포함한다. 구현예에서, 진단하는 것은 대상에서의 태아기 스크리닝 동안 발생한다. 구현예에서, 진단하는 것은 투여하기 전에 발생한다.
또 다른 양태에서, 대상에서의 페닐케톤뇨증 (PKU) 치료를 위한 치료적 유효량의 렌티바이러스 입자의 용도가 개시된다. 렌티바이러스 입자는 패키징 세포에 의해 생성되고, 표적 세포를 감염시킬 수 있으며, 표적 세포를 감염시킬 수 있는 외피 단백질, 및 바이러스 벡터를 포함한다. 구현예에서, 바이러스 벡터는 적어도 하나의 페닐알라닌 히드록실라아제 (PAH) 를 발현하기 위한 PAH 서열 또는 이의 변이체를 포함하며, 여기서 PAH 서열은 절두된다. 구현예에서, 바이러스 벡터는 적어도 하나의 페닐알라닌 히드록실라아제 (PAH) 를 발현하기 위한 PAH 서열 또는 이의 변이체, 및 적어도 하나의 사전결정된 상보적 mRNA 서열에 결합할 수 있는 적어도 하나의 작은 RNA 서열을 포함한다.
본원에 기재된 본 발명의 다른 양태 및 이점은 예로서 본 발명의 양태를 설명하는 수반되는 도면과 함께 취해져, 하기 상세한 설명으로부터 명백해질 것이다.
1 은 원형화된 형태의 예시적 3-벡터 렌티바이러스 벡터 시스템을 도시한다.
도 2 는 원형화된 형태의 예시적 4-벡터 렌티바이러스 벡터 시스템을 도시한다.
도 3 은 원형화된 형태의 예시적 3-벡터 아데노-관련 바이러스 벡터 시스템을 도시한다.
도 4 는: (A) PAH 를 발현하는 렌티바이러스 벡터의 선형 맵; 및 (B) PAH shRNA 서열 및 PAH 서열을 발현하는 렌티바이러스 벡터의 선형 맵을 도시한다.
도 5 는 완전한 5' 및 3' UTR 을 포함하는 페닐알라닌 히드록실라아제 오픈 리딩 프레임 (open reading frame) 을 도시한다.
도 6 은 완전한 5' UTR 및 절두된 3' UTR 을 포함하는 페닐알라닌 히드록실라아제 오픈 리딩 프레임을 도시한다.
도 7 은 인간 및 마우스 PAH 유전자에 대한 발현 수준을 비교하는 면역블롯 데이터를 도시한다.
도 8 은 Hepa1-6 세포에서 3' UTR 부위를 갖거나 갖지 않는 hPAH 의 렌티바이러스-전달된 발현을 입증하는 데이터를 도시한다.
도 9 는 Hepa1-6 세포에서 절두된 3' UTR 을 갖는 hPAH 를 발현하는 렌티바이러스 벡터의 결과를 도시한다.
도 10 은 마우스 Hepa1-6 세포에서 WPRE 를 갖거나 갖지 않는 코돈-최적화된 hPAH 의 발현을 입증하는 데이터를 도시한다.
도 11 은 shPAH-1 및 shPAH-2 가 인간 Hep3B 세포에서 hPAH 발현을 감소시킨다는 것을 입증하는 데이터를 도시한다.
도 12 는 Hep3B 세포에서 내인성 hPAH 및 hAAT-hPAH-3'UTR289 의 shPAH-1 억제를 입증하는 데이터를 도시한다.
도 13 은 shPAH-2 가 HepG2 세포에서 내인성 hPAH 를 억제하나 hAAT-hPAH-3'UTR289 는 억제하지 않는다는 것을 입증하는 데이터를 도시한다.
도 14 hAAT-PAH-UTR 을 갖는 Pah(enu2) 마우스 치료의 결과를 입증하는 데이터를 도시한다. 도 14A 는 그에 도시된 군에 대한 8 주에 걸친 체중 변화를 도시한다. 도 14B 는 그에 도시된 군에 대한 8 주에 걸친 체중 변화를 도시한다. 14C 는 그에 도시된 군에 대한 8 주에 걸친 체중 변화를 도시한다. 도 14D 는 처리 후 1 개월에 걸친 페닐알라닌의 수준을 도시한다.
도 15 는 Hepa1-6 마우스 간암 세포 (hepatoma cell) 에서 hAAT 및 CMV 프로모터를 사용하는 인간 PAH 유전자의 렌티바이러스-전달된 발현을 입증하는 데이터를 도시한다.
도 16 은 마우스 Hepa1-6 세포에서 hAAT 프로모터 및 간-특이적 인핸서 요소 ApoE (1), ApoE (2), 또는 프로트롬빈을 갖는 발현 구축물을 사용하는 hPAH 의 렌티바이러스-전달된 발현을 입증하는 데이터를 도시한다.
상세한 설명
개시물의 개괄
본 개시물은 치료적 벡터 및 이의 세포에 대한 전달에 관한 것이다. 구현예에서, 치료적 벡터는 PAH 서열 또는 이의 변이체를 포함한다. 구현예에서, 치료적 벡터는 또한 숙주 (내인성) PAH 발현을 표적으로 하는 작은 RNA 를 포함한다.
정의 및 해석
본원에서 달리 정의되지 않는 한, 본 개시물과 관련하여 사용된 과학 및 기술 용어는 당업자에게 일반적으로 이해되는 의미를 가질 것이다. 또한, 문맥에서 달리 요구되지 않는 한, 단수형 용어는 복수형을 포함할 것이고, 복수형 용어는 단수형을 포함할 것이다. 일반적으로, 본원에 기재된 세포 및 조직 배양, 분자 생물학, 면역학, 미생물학, 유전학 및 단백질 및 핵산 화학 및 하이브리드화와 관련하여 사용된 명명법 및 이의 기법은 당업계에 잘 공지되어 있으며 통상적으로 사용되는 것들이다. 본 개시물의 방법 및 기법은 일반적으로 당업계에 잘 공지된 종래의 방법에 따라, 그리고 달리 지시되지 않는 한 본 명세서 전반에 걸쳐 인용되고 논의된 다양한 일반적이고 보다 구체적인 참고문헌에 기재된 바와 같이 수행된다. 예를 들어, 다음을 참조한다: Sambrook J. & Russell D. Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (2000); Ausubel et al., Short Protocols in Molecular Biology: A Compendium of Methods from Current Protocols in Molecular Biology, Wiley, John & Sons, Inc. (2002); Harlow and Lane Using Antibodies: A Laboratory Manual; Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (1998); 및 Coligan et al., Short Protocols in Protein Science, Wiley, John & Sons, Inc. (2003). 임의의 효소 반응 또는 정제 기법은 당업계에서 일반적으로 달성되거나 본원에 기재된 바와 같이 제조사의 사양에 따라 수행된다. 본원에 기재된 분석 화학, 합성 유기 화학, 및 의학 및 제약 화학과 관련하여 사용된 명명법 및 이의 실험실 절차 및 기법은 당업계에 잘 공지되며 통상적으로 사용되는 것들이다.
상세한 설명 및 첨부된 청구범위에 사용되는 바와 같이, 단수형 형태는 문맥에서 명백하게 달리 나타내지 않는 한, 복수형 형태와 상호교환가능하게 사용되며 복수형 형태를 포함하는 것 뿐만 아니라 각각의 의미 내에 포함되는 것으로 의도된다. 또한, 본원에서 사용되는 바와 같이, "및/또는" 은 하나 이상의 열거된 항목의 임의의 및 모든 가능한 조합 뿐만 아니라 대안으로 해석될 때의 조합 부족 ("또는") 을 나타내며 포함한다.
모든 숫자 지정, 예를 들어 범위를 포함하는, pH, 온도, 시간, 농도 및 분자량은 0.1 씩 증가하여 (+) 또는 (-) 로 변동되는 근사치이다. 항상 명확하게 언급되지 않더라도, 모든 수치 지정은 용어 "약" 이 선행된다는 것이 이해된다. 항상 명확하게 언급되지 않더라도, 본원에서 기재되는 시약은 단지 예시적이며 이들의 등가물이 당업계에 공지되어 있다는 것이 이해된다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "약" 은 당업자에 의해 이해될 것이며 사용되는 문맥에 따라서 어느 정도 가변적일 것이다. 사용되는 문맥을 고려했을 때 당업자에게 분명하지 않은 용어가 사용되는 경우, "약" 은 특정한 용어의 10% 까지를 더하거나 뺀 것을 의미할 것이다.
용어 활성제의 "투여" 또는 활성제를 "투여하는" 은 개인의 신체에 치료적으로 유용한 형태 및 치료적 유효량으로 도입될 수 있는 형태로 치료를 필요로 하는 대상에게 활성제를 제공하는 것을 의미하는 것으로 이해되어야 한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "포함하는" 은 조성물 및 방법이 열거된 요소를 포함하지만 다른 것은 배제하지 않는다는 것을 의미하는 것으로 의도된다. 조성물 및 방법을 정의하는데 사용되는 경우 "~로 본질적으로 이루어지는" 은 조성물 또는 방법에 임의의 필수적인 중요한 다른 요소를 배제하는 것을 의미할 것이다. "~로 이루어지는" 은 청구된 조성물 및 실질적인 방법 단계에 대한 다른 구성성분의 미량 초과의 요소를 배제하는 것을 의미할 것이다. 이들 전환 용어 각각에 의해 정의되는 구현예는 본 개시물의 범주 내에 있다. 따라서, 방법 및 조성물이 추가의 단계 및 성분을 포함할 수 있거나 (포함하는), 대안적으로, 중요하지 않은 단계 또는 조성물을 포함하거나 (본질적으로 이루어지는), 또는 대안적으로, 오직 언급된 방법 단계 및 조성물을 의도하는 (이루어지는) 것으로 의도된다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "발현", "발현된" 또는 "인코딩하는" 은 폴리뉴클레오티드가 mRNA 로 전사되는 과정 및/또는 전사된 mRNA 가 이후 펩티드, 폴리펩티드 또는 단백질로 번역되는 과정을 지칭한다. 발현은 진핵생물 세포에서 mRNA 의 스플라이싱 또는 전사후 변형 또는 번역후 변형의 다른 형태를 포함할 수 있다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 본원에서 "PKU" 로도 나타내는 용어 "페닐케톤뇨증" 은 페닐알라닌 히드록실라아제의 만성적 결핍 뿐만 아니라 경증 및 고전적 형태의 질환을 포함하여 이와 관련된 모든 증상을 지칭한다. 따라서, "페닐케톤뇨증" 의 치료는 PKU 와 관련된 모든 또는 일부 증상의 치료에 관한 것일 수 있다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "페닐알라닌 히드록실라아제" 는 또한 본원에서 PAH 로도 지칭될 수 있다. 인간 PAH 는 또한 본원에서 hPAH 로도 지칭될 수 있다. 마우스 PAH 는 또한 본원에서 mPAH 로도 지칭될 수 있다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "shPAH" 는 PAH 를 표적으로 하는 작은 헤어핀 RNA 를 지칭한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "hAAT-hPAH-3'UTR289" 은 또한 본원에서 U289 로도, 또는 일반적으로 이식유전자-발현 절두된 hPAH 3'UTR 로도, 또는 일반적으로 절두된 3' UTR 로도 지칭될 수 있다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "hAAT-hPAH-3'UTR238" 은 또한 본원에서 U238 로도, 또는 일반적으로 이식유전자-발현 절두된 hPAH 3'UTR 로도, 또는 일반적으로 절두된 3' UTR 로도 지칭될 수 있다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "야생형 hPAH" 는 또한 본원에서 "내인성 PAH" 또는 "전장 PAH" 로도 지칭될 수 있다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "절두된" 은 또한 본원에서 "단축된" 또는 "갖지 않는" 으로도 지칭될 수 있다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "변이체" 는 또한 본원에서 유사체 또는 변이로도 지칭될 수 있다. 변이체는 뉴클오티드 서열에 대한 임의의 치환, 결실 또는 부가를 나타낸다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "유전적 약물" 또는 "유전적 약물들" 은 일반적으로 임상적 질환 또는 징후를 치료하기 위해 유전적 표적에 초점을 두는 치료제 및 치료 전략을 지칭한다. 용어 "유전적 약물"은 유전자 요법 등을 포함한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "개인", "대상" 및 "환자" 는 본원에서 상호교환가능하게 사용되며, 임의의 개별 포유동물 대상, 예를 들어 소, 개, 고양이, 말 또는 인간을 지칭한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "LV" 는 일반적으로 "렌티바이러스" 를 지칭한다. 예를 들어, "LV-shPAH" 에 대한 언급은 PAH 를 표적으로 하는 shRNA 를 발현하는 렌티바이러스에 대한 언급이다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "패키징 세포주" 는 렌티바이러스 입자를 발현하는데 사용될 수 있는 임의의 세포주를 지칭한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 2 개 이상의 핵산 또는 폴리펩티드 서열의 문맥에서 용어 "동일성 %" 는, 하기 기재된 서열 비교 알고리즘 중 하나 (예를 들어 BLASTP 및 BLASTN 또는 기타 숙련자가 이용가능한 기타 알고리즘) 또는 육안 검사에 의해 측정된 바와 같은, 최대 상응성을 위해 비교되고 정렬될 때 동일한 특정 백분율의 뉴클레오티드 또는 아미노산 잔기를 갖는 2 개 이상의 서열 또는 하위서열을 지칭한다. 적용에 따라, "동일성 %" 는 비교되는 서열의 부위에 걸쳐, 예를 들어 기능적 도메인에 걸쳐 존재할 수 있거나, 대안적으로, 비교될 2 개 서열의 전체 길이에 걸쳐 존재한다. 서열 비교를 위해, 통상적으로 하나의 서열은 시험 서열을 그에 대해 비교하는 참조 서열로서 역할한다. 서열 비교 알고리즘을 사용하는 경우, 시험 및 참조 서열이 컴퓨터에 입력되고, 필요하다면 하위서열 좌표가 지정되며, 서열 알고리즘 프로그램 매개변수가 지정된다. 이후, 서열 비교 알고리즘은 지정된 프로그램 매개변수를 기반으로 하여, 참조 서열에 대한 시험 서열(들) 의 서열 동일성 % 를 계산한다.
비교를 위한 최적의 서열 정렬을 예를 들어 Smith & Waterman, Adv. Appl. Math. 2:482 (1981) 의 국부적 상동성 알고리즘에 의해, Needleman & Wunsch, J. Mol. Biol. 48:443 (1970) 의 상동성 정렬 알고리즘에 의해, Pearson & Lipman, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 85:2444 (1988) 의 유사성 방법에 대한 검색에 의해, 이들 알고리즘의 컴퓨터화된 실행 (Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, Wis. 에서의 GAP, BESTFIT, FASTA 및 TFASTA) 에 의해, 또는 육안 검사에 의해 (일반적으로, 상기 Ausubel et al. 참조) 실시할 수 있다.
서열 동일성 % 및 서열 유사성을 측정하기에 적합한 알고리즘의 한 예는 BLAST 알고리즘이며 이는 [Altschul et al., J. Mol. Biol. 215:403-410 (1990)] 에 기재되어 있다. BLAST 분석을 수행하기 위한 소프트웨어는 국립생물정보센터 (National Center for Biotechnology Information) 웹사이트로부터 공개적으로 입수가능하다.
2 개 뉴클레오티드 서열 사이의 동일성 % 는 GCG 소프트웨어 패키지에서의 GAP 프로그램을 사용하여 (http://www.gcg.com 에서 이용가능), NWSgapdna.CMP 매트릭스 및 갭 중량 40, 50, 60, 70 또는 80 및 길이 중량 1, 2, 3, 4, 5 또는 6 을 사용하여 측정될 수 있다. 2 개 뉴클레오티드 또는 아미노산 서열 사이의 동일성 % 는 ALIGN 프로그램 (version 2.0) 에 통합된 E. Meyers and W. Miller (CABIOS, 4:11-17 (1989)) 의 알고리즘을 사용하여, PAM120 중량 잔류 테이블 (weight residue table), 갭 길이 패널티 12 및 갭 패널티 4 를 사용하여 또한 측정될 수 있다. 또한, 2 개 아미노산 서열 사이의 동일성 % 는 GCG 소프트웨어 패키지에서의 GAP 프로그램 (http://www.gcg.com 에서 이용가능) 에 통합된 Needleman and Wunsch (J. Mol . Biol . (48):444-453 (1970)) 알고리즘을 사용하여, Blossum 62 매트릭스 또는 PAM250 매트릭스, 및 갭 중량 16, 14, 12, 10, 8, 6 또는 4 및 길이 중량 1, 2, 3, 4, 5 또는 6 을 사용하여 측정될 수 있다.
본 개시물의 핵산 및 단백질 서열은 또한, 예를 들어 관련된 서열을 확인하기 위해 공개적 데이터베이스에 대한 검색을 수행하기 위한 "질의 서열 (query sequence)" 로서 사용될 수 있다. 이러한 검색은 [Altschul, et al. (1990) J. Mol . Biol . 215:403-10] 의 NBLAST 및 XBLAST 프로그램 (version 2.0) 을 사용하여 수행될 수 있다. BLAST 뉴클레오티드 검색은 개시물에서 제공된 핵산 분자와 상동인 뉴클레오티드 서열을 수득하기 위해 NBLAST 프로그램, 스코어 = 100, 단어 길이 = 12 로 수행될 수 있다. BLAST 단백질 검색은 개시물의 단백질 분자와 상동인 아미노산 서열을 수득하기 위해 XBLAST 프로그램, 스코어 = 50, 단어 길이 = 3 으로 수행될 수 있다. 비교 목적을 위한 갭화된 정렬 (gapped alignment) 을 수득하기 위해, Gapped BLAST 를 [Altschul et al., (1997) Nucleic Acids Res. 25(17):3389-3402] 에서 기재된 바와 같이 이용할 수 있다. BLAST 및 Gapped BLAST 프로그램을 이용하는 경우, 각각의 프로그램 (예를 들어 XBLAST 및 NBLAST) 의 디폴트 매개변수를 사용할 수 있다. http://www.ncbi.nlm.nih.gov 를 참조한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "약학적으로 허용가능한" 은 타당한 의료적 판단의 범주 내에서, 과도한 독성, 자극, 알레르기 반응, 또는 기타 문제점 또는 합병증이 합당한 이익/위험 비에 비례하지 않으면서, 인간 및 동물의 조직, 기관 및/또는 체액과 접촉하여 사용하기에 적합한 이러한 화합물, 물질, 조성물 및/또는 투약 형태를 지칭한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "약학적으로 허용가능한 담체" 는 생리적으로 양립가능한 임의의 및 모든 용매, 분산 매질, 코팅물, 항균 및 항진균제, 등장제 및 흡수 지연제 등을 지칭하며 포함한다. 조성물은 약학적으로 허용가능한 염, 예를 들어 산 부가염 또는 염기 부가염을 포함할 수 있다 (예를 들어, Berge et al. (1977) J Pharm Sci 66:1-19 참조).
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "SEQ ID NO" 는 용어 "서열 ID 번호 (Sequence ID No)" 와 동의어이다.
본원에서 사용되는 바와 같이, "작은 RNA" 는 일반적으로 약 200 개 이하의 뉴클레오티드 길이이며 침묵 또는 간섭 기능을 갖는 비-코딩 RNA 를 지칭한다. 다른 구현예에서, 작은 RNA 는 약 175 개 이하의 뉴클레오티드, 약 150 개 이하의 뉴클레오티드, 약 125 개 이하의 뉴클레오티드, 약 100 개 이하의 뉴클레오티드, 또는 약 75 개 이하의 뉴클레오티드 길이이다. 이러한 RNA 는 microRNA (miRNA), 작은 간섭 RNA (siRNA), 이중가닥 RNA (dsRNA) 및 짧은 헤어핀 RNA (shRNA) 를 포함한다. 개시물의 "작은 RNA" 는 일반적으로 표적 유전자 mRNA 의 파괴를 초래하는 경로를 통해 표적 유전자의 유전자 발현을 억제 또는 녹다운시킬 수 있어야 한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "치료적 유효량" 은 특정한 질병, 상해, 질환 또는 병상을 앓고 있는 환자에서 보이는 합병증의 증상, 진행 또는 개시를 치료하거나 예방하기 위한, 적합한 조성물, 및 적합한 투약 형태 중 본 개시물의 활성제의 충분한 양을 지칭한다. 치료적 유효량은 환자의 병상의 상태 또는 이의 중증도, 및 치료하려는 대상의 연령, 체중 등에 따라 가변적일 것이다. 치료적 유효량은 예를 들어 투여 경로, 대상의 병상 뿐만 아니라 당업자에 의해 이해되는 기타 인자를 포함하는, 임의의 수많은 인자에 따라 가변적일 수 있다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "치료적 벡터" 는 비제한적으로, 렌티바이러스 벡터 또는 아데노-관련 바이러스 (AAV) 벡터에 대한 언급을 포함한다. 추가로, 렌티바이러스 벡터 시스템과 관련하여 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "벡터" 는 용어 "플라스미드" 와 동의어이다. 예를 들어, 2-벡터 및 3-벡터 패키징 시스템을 포함하는 3-벡터 및 4-벡터 시스템은 또한, 3-플라스미드 및 4-플라스미드 시스템으로도 지칭될 수 있다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "치료" 또는 "치료하는" 은 일반적으로 치료하는 대상의 자연적 과정을 변경시키려고 시도하는 중재술을 지칭하며, 예방을 위해 또는 임상 병리학 과정 동안 수행될 수 있다. 바람직한 효과는 비제한적으로, 질환의 발생 또는 재발의 예방, 증상의 완화, 질환의 임의의 직접적 또는 간접적 병리학적 결과의 저해, 감소 또는 억제, 질환 상태의 경감 또는 일시적 완화, 및 차도의 야기 또는 개선된 예후를 포함한다. 따라서 특정한 치료는 표적이 될 질환 상태, 및 의학적 치료요법의 현재 또는 미래 상태에 따라 좌우될 것이다. 치료는 관련된 독성을 가질 수 있다.
개시물의 양태 및 구현예의 설명
본 개시물의 한 양태에서, 바이러스 벡터가 개시된다. 바이러스 벡터는 치료적 카고 (cargo) 부분을 포함하며, 여기서 치료적 카고 부분은 PAH 서열 또는 이의 변이체를 포함한다. 구현예에서, PAH 서열 또는 변이체는 절두된다. 구현예에서, 절두되는 PAH 서열 또는 이의 변이체의 부분은 PAH 서열 또는 이의 변이체의 3' 미번역 부위 (UTR) 이다. 구현예에서, PAH 서열 또는 이의 변이체는 하기와 적어도 80%, 또는 적어도 81%, 적어도 82%, 적어도 83%, 적어도 84%, 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95% 또는 그 이상의 동일성 % 를 갖는 서열을 포함한다:
Figure pct00001
Figure pct00002
Figure pct00003
Figure pct00004
구현예에서, 변이체는 상기 기재된 서열 중 임의의 것으로 만들어질 수 있다. 구현예에서, PAH 서열 또는 이의 변이체는 (SEQ ID NO: 1), (SEQ ID NO: 2), (SEQ ID NO: 3) 또는 (SEQ ID NO: 4) 를 포함한다.
구현예에서, 치료적 카고 부분은 적어도 하나의 사전결정된 상보적 mRNA 서열에 결합할 수 있는 적어도 하나의 작은 RNA 서열을 포함한다. 구현예에서, 적어도 하나의 작은 RNA 서열은 전장 UTR 을 함유하는 상보적 mRNA 서열을 표적으로 한다. 구현예에서, 적어도 하나의 작은 RNA 서열은 절두된 UTR 을 함유하는 상보적 mRNA 서열을 표적으로 하지 않는다. 구현예에서, 절두된 UTR 은 본원에 확인된 절두된 서열 또는 이의 임의의 변이체 중 임의의 것을 포함할 수 있다. 구현예에서, 적어도 하나의 사전결정된 상보적 mRNA 서열은 PAH mRNA 서열이다. 구현예에서, 적어도 하나의 작은 RNA 서열은 shRNA 를 포함한다. 구현예에서, 적어도 하나의 작은 RNA 서열은 제 1 프로모터의 제어 하에 있으며, PAH 서열 또는 이의 변이체는 제 2 프로모터의 제어 하에 있다. 구현예에서, 제 1 프로모터는 H1 프로모터를 포함한다. 구현예에서, 제 2 프로모터는 간-특이적 프로모터를 포함한다. 구현예에서, 간-특이적 프로모터는 hAAT 프로모터를 포함한다. 구현예에서, 적어도 하나의 작은 RNA 서열은 하기와 적어도 80%, 적어도 81%, 적어도 82%, 적어도 83%, 적어도 84%, 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95% 또는 그 이상의 동일성 % 를 갖는 서열을 포함한다:
Figure pct00005
구현예에서, 변이체는 상기 기재된 서열로 만들어질 수 있다. 구현예에서, 적어도 하나의 작은 RNA 서열은 (SEQ ID NO: 5) 또는 (SEQ ID NO: 6) 을 포함한다. 구현예에서, 바이러스 벡터는 렌티바이러스 벡터 또는 아데노-관련 바이러스 벡터이다.
또 다른 양태에서, 표적 세포를 감염시킬 수 있는 렌티바이러스 입자가 개시된다. 렌티바이러스 입자는 표적 세포를 감염시키기 위해 최적화된 외피 단백질을 포함하고; 본원에 상세히 나타낸 바와 같은 바이러스 벡터를 추가로 포함한다. 구현예에서, 표적 세포는 간 세포이다.
또 다른 양태에서, 대상에서의 PKU 의 치료 방법이 개시된다. 방법은 본원에서 상세히 나타낸 바와 같은 치료적 유효량의 렌티바이러스 입자를 대상에게 투여하는 것을 포함한다.
또 다른 양태에서, 대상에서의 PKU 의 예방 방법이 개시된다. 방법은 본원에서 상세히 나타낸 바와 같은 치료적 유효량의 렌티바이러스 입자를 대상에게 투여하는 것을 포함한다. 구현예에서, 치료적 유효량의 렌티바이러스 입자는 복수의 단일 용량의 렌티바이러스 입자를 포함한다. 구현예에서, 치료적 유효량의 렌티바이러스 입자는 단일 용량의 렌티바이러스 입자를 포함한다. 구현예에서, 방법은 치료적 유효량의, 바이러스 벡터를 포함하는 제 1 렌티바이러스 입자 및 제 2 렌티바이러스 입자를 대상에게 투여하는 것을 포함한다. 구현예에서, 제 1 렌티바이러스 입자는 PAH 서열 또는 이의 변이체를 포함하며, 제 2 렌티바이러스 입자는 적어도 하나의 사전결정된 상보적 mRNA 서열에 결합할 수 있는 적어도 하나의 작은 RNA 서열을 포함한다.
또 다른 양태에서, 대상에서의 PKU 의 치료 또는 예방 방법이 개시된다. 구현예에서, 대상은 자궁내에 있다. 구현예에서, PKU 의 치료 또는 예방 방법은 PKU 표현형과 상호연관되는 대상에서의 PKU 유전자형을 진단하는 것을 추가로 포함한다. 구현예에서, PKU 의 치료 또는 예방 방법은 대상의 태아기 스크리닝 동안 진단을 포함한다. 그러나 구현예에서, 대상은 치료 전에 또는 치료 후에 언제라도 진단될 수 있다.
본원에 기재된 본 발명의 다른 양태 및 이점은 예로서 본 발명의 양태를 설명하는 수반되는 도면과 함께 취해져, 하기 상세한 설명으로부터 명백해질 것이다.
페닐케톤뇨증
PKU 는 PAH 의 돌연변이 및/또는 PAH 보조인자 (즉; BH4) 의 합성 또는 재생 결함에 의해 유발된다고 여겨진다. 특히, 몇몇 PAH 돌연변이는 소포체에서의 단백질 폴딩에 영향을 미치는 것으로 나타났으며, 이는 효소 촉매 활성을 약화시키거나 크게 철폐시키는 단백질 구조에서의 미스센스 돌연변이 (63%) 및 작은 결실 (13%) 로 인한 가속화된 분해 및/또는 응집을 초래한다. PAH 의 기능성에 영향을 줄 수 있는 수많은 돌연변이가 존재하므로, PKU 를 치료하기 위한 효과적인 치료적 접근방식은 비정상 PAH 및/또는 대체 PAH 가 투여될 수 있는 방식을 다룰 수 있다.
일반적으로, 3 가지 주요 표현형 군은 진단시 측정된 Phe 수준, Phe 에 대한 식이 내성 및 치료요법에 대한 잠재적 반응성을 기반으로 하여 PKU 에서 분류된다. 이들 군은 고전적 PKU (Phe > 1200 μΜ), 비정형 또는 경증 PKU (Phe 가 600 - 1200 μΜ 임) 및 영구적인 경증 고페닐알라닌혈증 (HPA, Phe 120 - 600 μΜ) 을 포함한다.
PKU 의 검출은 전형적으로 보편적 신생아 스크리닝 (NBS) 동안 발생한다. 힐 스틱으로부터 수집한 1 점적의 혈액을 페닐알라닌 수준에 대해 검사한다. NBS 는 USA 의 모든 50 개 주에서 의무적이다.
유전적 약물
유전적 약물은 질환 치료 또는 예방의 목적으로 숙주 세포에 유전적 구축물을 전달하는데 사용되는 바이러스 벡터에 대한 언급을 포함한다.
유전적 구축물은 비제한적으로, 존재하는 결함을 교정하거나 보완하기 위한 기능적 유전자 또는 유전자의 일부, 조절 단백질을 인코딩하는 DNA 서열, 안티센스, 짧은 상동성 RNA, 긴 비-코딩 RNA, 작은 간섭 RNA 또는 기타의 것들을 포함하는 조절 RNA 분자를 인코딩하는 DNA 서열, 및 질환 상태를 변경하기 위해 중요한 세포 인자에 대해 경쟁하도록 설계된 RNA 또는 단백질을 인코딩하는 디코이 서열 (decoy sequence) 을 포함할 수 있다. 유전적 약물은 특징 질환의 치료 또는 완화를 제공하기 위해 이러한 치료적 유전적 구축물을 표적 세포에 전달하는 것을 포함한다.
기능적 PAH 유전자를 간에 생체내 전달함으로써, 그의 활성이 재구성될 수 있어, 혈액 내 Phe 의 정상적인 정리 (clearance) 를 초래하여 따라서 식이 제한 또는 빈번한 효소 대체 치료요법에 대한 필요성을 제거한다. 이러한 치료적 접근방식의 효과는 내인성 PAH 에 대한 shRNA 의 표적화에 의해 개선될 수 있다. 개시물의 한 양태에서, 기능적 PAH 유전자 또는 이의 변이체는, 태아가 PKU 유전자형을 가질 위험성이 있는 것으로 확인된 경우, 특히 부모 유전자형이 공지되는 경우, 자궁내 전달될 수 있다. 치료는 생체내 또는 자궁내 발생할 수 있다. 구현예에서, 진단 단계는 태아가 PKU 표현형에 대한 위험성이 있는지 여부를 결정하기 위해 실행될 수 있다. 진단 단계에서 태아가 PKU 표현형에 대한 위험성이 있는 것으로 결정되는 경우, 태아는 본원에 상세히 나타낸 유전적 약물로 치료될 수 있다.
치료적 벡터
본원의 다양한 양태 및 구현예에 따른 렌티바이러스 비리온 (입자) 은 비리온 (바이러스 입자) 를 생성하기 위해 필요한 바이러스 단백질을 인코딩하는 벡터 시스템에 의해 발현된다. 다양한 구현예에서, 프로모터에 작동가능하게 연결된, 렌티바이러스 pol 단백질을 인코딩하는 핵산 서열을 함유하는 하나의 벡터가 역전사 및 통합을 위해 제공된다. 또 다른 구현예에서, pol 단백질은 다수의 벡터에 의해 발현된다. 다른 구현예에서, 프로모터에 작동가능하게 연결된, 바이러스 캡시드를 형성하기 위한 렌티바이러스 Gag 단백질을 인코딩하는 핵산 서열을 함유하는 벡터가 제공된다. 구현예에서, 이러한 gag 핵산 서열은 적어도 일부의 pol 핵산 서열 외에 별개의 벡터 상에 존재한다. 다른 구현예에서, gag 핵산은 pol 단백질을 인코딩하는 모든 pol 핵산 서열로부터 별개의 벡터 상에 존재한다.
야생형 복귀 돌연변이체 (revertant) 를 수득하는 가능성을 더 최소화하기 위해, 입자 생성에 사용되는 본원의 벡터에 수많은 변형이 이루어질 수 있다. 이들은 비제한적으로, LTR 의 U3 부위의 결실, tat 결실 및 매트릭스 (MA) 결실을 포함한다. 구현예에서, gag, pol 및 env 벡터(들) 는 렌티바이러스 패키징 서열로 지칭되는, 렌티바이러스 RNA 를 패키징하는 렌티바이러스 게놈으로부터의 뉴클레오티드를 함유하지 않는다.
입자를 형성하는 벡터(들) 는 바람직하게는 외피 단백질을 발현하는 렌티바이러스 게놈으로부터의 핵산 서열을 함유하지 않는다. 바람직하게는, 프로모터에 작동가능하게 연결된 외피 단백질을 인코딩하는 핵산 서열을 함유하는 별개의 벡터가 사용된다. 이러한 env 벡터는 또한 렌티바이러스 패키징 서열을 함유하지 않는다. 한 구현예에서 env 핵산 서열은 렌티바이러스 외피 단백질을 인코딩한다.
또 다른 구현예에서 외피 단백질은 렌티바이러스로부터가 아니라 상이한 바이러스로부터 유래된다. 생성된 입자는 위형 입자 (pseudotyped particle) 로 지칭된다. 외피를 적절히 선택함으로써 사실상 임의의 세포를 "감염" 시킬 수 있다. 예를 들어, 인플루엔자 바이러스, VSV-G, 알파 바이러스 (셈리키 삼림열바이러스, 신드비스 바이러스), 아레나바이러스 (림프구성 맥락수막염 바이러스), 플라비바이러스 (진드기 매개 뇌염 바이러스, 뎅기 바이러스, C 형 간염 바이러스, GB 바이러스), 랍도바이러스 (수포성 구내염 바이러스, 광견병 바이러스), 파라믹소바이러스 (볼거리 또는 홍역) 및 오르토믹소바이러스 (인플루엔자 바이러스) 의 것과 같은 세포내이입성 구획을 표적으로 하는 외피 단백질을 인코딩하는 env 유전자를 사용할 수 있다. 바람직하게 사용될 수 있는 다른 외피는 MLV-E, MLV-A 및 GALV 와 같은 몰로니 백혈병 바이러스로부터의 것들을 포함한다. 이들 후자의 외피는 숙주 세포가 1 차 세포인 경우에 특히 바람직하다. 원하는 숙주 세포에 따라 다른 외피 단백질이 선택될 수 있다.
본원에서 제공된 바와 같은 렌티바이러스 벡터 시스템은 전형적으로 gag, pol 또는 rev 유전자 중 적어도 하나를 포함하는 적어도 하나의 헬퍼 플라스미드를 포함한다. 각각의 gag, pol 및 rev 유전자는 개별 플라스미드 상에 제공될 수 있거나, 하나 이상의 유전자가 동일한 플라스미드 상에 함께 제공될 수 있다. 한 구현예에서, gag, pol 및 rev 유전자는 동일한 플라스미드 상에 제공된다 (예를 들어, 도 1). 또 다른 구현예에서, gag 및 pol 유전자는 제 1 플라스미드 상에 제공되며 rev 유전자는 제 2 플라스미드 상에 제공된다 (예를 들어, 도 2). 따라서, 3-벡터 및 4-벡터 시스템 둘 모두가 본원에 기재된 바와 같은 렌티바이러스를 생성하는데 사용될 수 있다. 구현예에서, 치료적 벡터, 적어도 하나의 외피 플라스미드 및 적어도 하나의 헬퍼 플라스미드는 패키징 세포, 예를 들어 패키징 세포주에 형질감염된다. 패키징 세포주의 비제한적인 예는 293T/17 HEK 세포주이다. 치료적 벡터, 외피 플라스미드 및 적어도 하나의 헬퍼 플라스미드가 패키징 세포주에 형질감염되는 경우, 렌티바이러스 입자가 궁극적으로 생성된다.
또 다른 양태에서, 렌티바이러스 입자를 발현하기 위한 렌티바이러스 벡터 시스템이 개시된다. 시스템은 본원에 기재된 바와 같은 렌티바이러스 벡터; 세포를 감염시키기 위해 최적화된 외피 단백질을 발현하기 위한 외피 플라스미드; 및 gag, pol 및 rev 유전자를 발현하기 위한 적어도 하나의 헬퍼 플라스미드를 포함하며, 여기서 렌티바이러스 벡터, 외피 플라스미드 및 적어도 하나의 헬퍼 플라스미드가 패키징 세포주에 형질감염되는 경우, 렌티바이러스 입자가 패키징 세포주에 의해 생성되며, 렌티바이러스 입자는 PAH 의 생성을 억제하고/하거나 내인성 PAH 의 발현을 억제할 수 있다.
또 다른 양태에서, 본원에서 치료적 벡터로도 지칭되는 렌티바이러스 벡터는 하기 요소를 포함한다: 하이브리드 5' 긴 말단 반복부 (RSV/5' LTR) (SEQ ID NO: 7-8), Psi 서열 (RNA 패키징 위치) (SEQ ID NO: 9), RRE (Rev-반응 요소) (SEQ ID NO: 10), cPPT (폴리퓨린 관) (SEQ ID NO: 11), 항 알파 트립신 프로모터 (hAAT) (SEQ ID NO: 12), 페닐알라닌 히드록실라아제 (PAH) (SEQ ID NO: 1-4), 우드척 전사후 조절 요소 (Woodchuck Post-Transcriptional Regulatory Element) (WPRE) (SEQ ID NO: 13) 및 △U3 3' LTR (SEQ ID NO: 14). 구현예에서, 치환, 결실에 의한 서열 변이, 또 다른 양태에서, 본원에서 치료적 벡터로도 지칭되는 렌티바이러스 벡터는 하기 요소를 포함한다: 하이브리드 5' 긴 말단 반복부 (RSV/5' LTR) (SEQ ID NO: 7-8), Psi 서열 (RNA 패키징 위치) (SEQ ID NO: 9), RRE (Rev-반응 요소) (SEQ ID NO: 10), cPPT (폴리퓨린 관) (SEQ ID NO: 11), H1 프로모터 (SEQ ID NO: 15), PAH shRNA (SEQ ID NO: 1-4), 항 알파 트립신 프로모터 (hAAT) (SEQ ID NO: 12), PAH shRNA (SEQ ID NO: 1-4), 우드척 전사후 조절 요소 (WPRE) (SEQ ID NO: 13) 및 △U3 3' LTR (SEQ ID NO: 14). 구현예에서, 치환, 결실, 부가 또는 돌연변이에 의한 서열 변이는 본원에서 서열 참조물을 변형시키는데 사용될 수 있다.
또 다른 양태에서, 헬퍼 플라스미드는 하기 요소를 포함한다: CAG 프로모터 (SEQ ID NO: 16); HIV 성분 gag (SEQ ID NO: 17); HIV 성분 pol (SEQ ID NO: 18); HIV Int (SEQ ID NO: 19); HIV RRE (SEQ ID NO: 20); 및 HIV Rev (SEQ ID NO: 21). 또 다른 양태에서, 헬퍼 플라스미드는 gag 및 pol 유전자를 발현하기 위한 제 1 헬퍼 플라스미드, 및 rev 유전자를 발현하기 위한 제 2 및 별개의 플라스미드를 포함하도록 변형될 수 있다. 구현예에서, 치환, 결실, 부가 또는 돌연변이에 의한 서열 변이는 본원에서 서열 참조물을 변형시키는데 사용될 수 있다.
또 다른 양태에서, 외피 플라스미드는 하기 요소를 포함한다: RNA 폴리머라아제 II 프로모터 (CMV) (SEQ ID NO: 22) 및 수포성 구내염 바이러스 G 당단백질 (VSV-G) (SEQ ID NO: 23). 구현예에서, 치환, 결실, 부가 또는 돌연변이에 의한 서열 변이는 본원에서 서열 참조물을 변형시키는데 사용될 수 있다.
다양한 양태에서, 렌티바이러스 패키징에 사용된 플라스미드는 벡터 기능의 손실 없이 다양한 요소의 치환, 부가, 감산 또는 돌연변이에 의해 변형된다. 예를 들어, 비제한적으로, 하기 요소는 패키징 시스템을 포함하는 플라스미드 내의 유사한 요소를 대체할 수 있다: 신장 인자-1 (EF-1), 포스포글리세레이트 키나아제 (PGK) 및 유비퀴틴 C (UbC) 프로모터는 CMV 또는 CAG 프로모터를 대체할 수 있다. SV40 폴리 A 및 bGH 폴리 A 는 토끼 베타 글로빈 폴리 A 를 대체할 수 있다. 헬퍼 플라스미드 내 HIV 서열은 상이한 HIV 계통 또는 클레이드로부터 구축될 수 있다. VSV-G 당단백질은 고양이 내인성 바이러스 (RD114), 긴팔 원숭이 백혈병 바이러스 (GALV), 광견병 (FUG), 림프성 맥락수막염 바이러스 (LCMV), 인플루엔자 A 가금류 바이러스 (FPV), 로스 리버 알파바이러스 (RRV), 쥐 백혈병 바이러스 10A1 (MLV) 또는 에볼라 바이러스 (EboV) 로부터의 멤브레인 당단백질로 치환될 수 있다.
다양한 렌티바이러스 패키징 시스템은 상업적으로 구입할 수 있으며 (예를 들어 OriGene Technologies, Inc., Rockville, MD 로부터의 Lenti-vpak packaging kit), 또한 본원에 기재된 바와 같이 설계될 수 있다. 더욱이, 렌티바이러스 입자의 생성 효율을 포함하여 임의의 수의 관련 인자를 개선하기 위해 렌티바이러스 패키징 시스템의 양태를 치환하거나 변형시키는 것은 당업자의 기술 내에 있다.
또 다른 양태에서, 아데노-관련 바이러스 (AAV) 벡터를 사용할 수 있다.
AAV 벡터 구축. PAH shRNA 서열 #1 (SEQ ID NO: 5) 또는 PAH shRNA 서열 #2 (SEQ ID NO: 6) 는 pAAV 플라스미드 (Cell Biolabs) 에 삽입될 수 있다. BamHI 및 EcoRI 제한 위치를 함유하는 PAH 올리고뉴클레오티드 서열은 Eurofins MWG Operon 에 의해 합성될 수 있다. 중첩 센스 및 안티센스 올리고뉴클레오티드 서열은 70℃ 에서 실온으로 냉각하는 동안 혼합 및 어닐링될 수 있다. pAAV 는 제한 효소 BamHI 및 EcoRI 으로 1 시간 동안 37℃ 에서 소화될 수 있다. 소화된 pAAV 플라스미드는 아가로오스 겔 전기영동에 의해 정제되고 Thermo Scientific 으로부터의 DNA 겔 추출 키트를 사용하여 겔로부터 추출될 수 있다. DNA 농도를 측정할 수 있고, 벡터 대 올리고 (3:1 비) 를 혼합하고, 어닐링하고, 라이게이션할 수 있다. 라이게이션 반응은 30 분 동안 실온에서 T4 DNA 리가아제에 의해 수행될 수 있다. 2.5 ㎕ 의 라이게이션 믹스를 25 ㎕ 의 STBL3 적격 박테리아 세포에 첨가할 수 있다. 형질전환을 42℃ 에서 열 충격 후 달성할 수 있다. 박테리아 세포를 암피실린을 함유하는 아가 플레이트 상에 스프레딩할 수 있고, 약물-내성 콜로니 (암피실린 내성 플라스미드의 존재를 나타냄) 를 회수하고 LB 브로쓰에서 확장시킬 수 있다. 올리고 서열의 삽입을 확인하기 위해, 플라스미드 DNA 를 Thermo Scientific DNA mini prep 키트를 사용하여 수확된 박테리아 배양물로부터 추출할 수 있다. pAAV 플라스미드 내의 shRNA 서열의 삽입은 shRNA 발현을 조절하는데 사용되는 프로모터에 대한 특이적 프라이머를 사용하여 DNA 서열분석에 의해 확인할 수 있다.
PAH (SEQ ID NO: 1) 를 발현하기 위한 예시적인 AAV 플라스미드 시스템을 도 3 에서 도시한다. 간략하게, 가장 좌측의 AAV 헬퍼 플라스미드는 좌측 ITR (SEQ ID NO: 47), 프로트롬빈 인핸서 (SEQ ID NO: 48), 인간 항 알파 트립신 프로모터 (SEQ ID NO: 12), PAH 요소 (SEQ ID NO: 1), 폴리 A 요소 (SEQ ID NO: 49) 및 우측 ITR (SEQ ID NO: 50) 을 함유한다. 도 3 의 가운데에 도시한 AAV 플라스미드는 적합한 프로모터 요소 (SEQ ID NO: 16; SEQ ID NO: 22), 및 E2A 요소 (SEQ ID NO: 51), E4 요소 (SEQ ID NO: 52), VA RNA 요소 (SEQ ID NO: 53), 및 폴리 A 요소 (SEQ ID NO: 49) 를 함유하는 AAV 플라스미드를 나타낸다. 가장 우측의 플라스미드는 적합한 프로모터 요소, Rep 요소 (SEQ ID NO: 54), Cap 요소 (SEQ ID NO: 55) 및 폴리 A 요소 (SEQ ID NO: 49) 를 함유하는 AAV Rep/Cap 플라스미드를 도시한다.
AAV 입자의 생성. AAV-PAH shRNA 플라스미드는 플라스미드 pAAV-RC2 (Cell Biolabs) 및 pHelper (Cell Biolabs) 와 조합될 수 있다. pAAV-RC2 플라스미드는 Rep 및 AAV2 캡시드 유전자를 함유할 수 있으며, pHelper 는 아데노바이러스 E2A, E4 및 VA 유전자를 함유할 수 있다. AAV 입자를 생성하기 위해, 이들 플라스미드를 1:1:1 비 (pAAV-shPAH: pAAV-RC2: pHelper) 로 293T 세포에 형질감염시킬 수 있다. 150 mm 디쉬 (BD Falcon) 에서 세포의 형질감염을 위해, 10 ㎍ 의 각각의 플라스미드를 1 ㎖ 의 DMEM 중 함께 첨가할 수 있다. 또 다른 튜브에서, 60 ㎕ 의 형질감염 시약 PEI (1 ㎍/㎖) (Polysciences) 를 1 ㎖ 의 DMEM 에 첨가할 수 있다. 2 개의 튜브를 함께 혼합하여 15 분 동안 인큐베이션할 수 있다. 그런 다음, 형질감염 혼합물을 세포에 첨가할 수 있고, 세포를 3 일 후 수집할 수 있다. 세포를 드라이 아이스/이소프로판올 중 동결/해동 용해 (lysis) 에 의해 용해할 수 있다. 벤조나아제 뉴클레아제 (Sigma) 를 37℃ 에서 30 분 동안 세포 용해물에 첨가할 수 있다. 그런 다음, 세포 잔해를 4℃ 에서 15 분 동안 12,000 rpm 에서 원심분리에 의해 펠렛화할 수 있다. 상청액을 수집한 다음, 표적 세포에 첨가할 수 있다.
투약량 및 투약 형태
개시된 벡터 시스템은 개시된 벡터의 에피솜 유지 및 관심 유전자 또는 서열의 단기간, 중간 기간 또는 장기간 발현을 가능하게 한다. 따라서, 용량 용법은 치료되는 병상 및 투여 방법을 기반으로 가변적일 수 있다.
구현예에서, 벡터 조성물은 가변적 용량으로 이를 필요로 하는 대상에게 투여될 수 있다. 특히, 대상은 약 ≥ 106 감염 용량 (여기서 1 용량이 1 표적 세포를 형질도입시키는데 평균적으로 필요함) 이 투여될 수 있다. 보다 특히, 대상은 약 ≥ 107, 약 ≥ 108, 약 ≥ 109 또는 약 ≥ 1010 감염 용량, 또는 이들 값 사이의 임의 수의 용량을 투여받을 수 있다. 용량의 상한치는 특정 암 유형을 포함하는 각각의 질환 징후에 대해 결정될 것이며, 각각의 개별 제품 또는 제품 로트에 대한 독성/안전성 프로파일에 따라 좌우될 것이다.
추가로, 본 개시물의 벡터 조성물은 1 일 1 회 또는 2 회와 같이 주기적으로, 또는 임의의 다른 적합한 시간으로 투여될 수 있다. 예를 들어, 벡터 조성물은 이를 필요로 하는 대상에게 1 주에 1 회, 2 주에 1 회, 3 주에 1 회, 1 개월에 1 회, 2 개월마다, 3 개월마다, 6 개월마다, 9 개월마다, 1 년에 1 회, 18 개월마다, 2 년마다, 30 개월마다, 또는 3 년마다 투여될 수 있다.
구현예에서, 개시된 벡터 조성물은 약학 조성물로서 투여된다. 구현예에서, 약학 조성물은 임상 적용을 위한 코, 폐, 경구, 국소 또는 비경구 투약 형태를 비제한적으로 포함하는 광범위한 투약 형태로 제형화될 수 있다. 각각의 투약 형태는 다양한 가용화제, 붕해제, 계면활성제, 충전제, 증점제, 결합제, 희석제 예컨대 습윤제 또는 다른 약학적으로 허용가능한 부형제를 포함할 수 있다. 약학 조성물은 또한 주사, 흡입, 주입 또는 피내 노출을 위해 제형화될 수 있다. 예를 들어, 주사가능 제형은 적합한 pH 및 등장성에서 수성 또는 비-수성 용액 중에 개시된 벡터를 포함할 수 있다.
개시된 벡터 조성물은 종양 위치 또는 감염 위치에 직접 주사를 통해 대상에게 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 벡터는 전신 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 벡터 조성물은 유도 관삽입 (guided cannulation) 을 통해 종양 또는 감염 위치를 바로 둘러싼 조직에 투여될 수 있다.
개시된 벡터 조성물은 임의의 약학적으로 허용가능한 방법, 예컨대 비내, 구강, 설하, 경구, 직장, 안구, 비경구 (정맥내, 피부내, 근육내, 피하, 복강내), 폐, 질내, 국부 투여, 국소 투여, 난절 이후 국소 투여, 점막 투여를 사용하여, 에어로졸을 통해, 반고체 매질 예컨대 아가로오스 또는 젤라틴에서, 또는 구강 또는 코 스프레이 제형을 통해 투여될 수 있다.
또한, 개시된 벡터 조성물은 임의의 약학적으로 허용가능한 투약 형태, 예컨대 고체 투약 형태, 정제, 알약, 로젠지, 캡슐, 액체 분산액, 겔, 에어로졸, 폐 에어로졸, 코 에어로졸, 연고, 크림, 반고체 투약 형태, 용액, 에멀젼 및 현탁액으로 제형화될 수 있다. 또한, 약학 조성물은 제어 방출 제형, 지속 방출 제형, 즉시 방출 제형 또는 이의 임의 조합일 수 있다. 또한, 약학 조성물은 경피 전달 시스템일 수 있다.
구현예에서, 약학 조성물은 경구 투여용 고체 투약 형태로 제형화될 수 있고, 고체 투약 형태는 분말, 과립, 캡슐, 정제 또는 알약일 수 있다. 구현예에서, 고체 투약 형태는 하나 이상의 부형제 예컨대 칼슘 카르보네이트, 전분, 수크로오스, 락토오스, 미세결정질 셀룰로오스 또는 젤라틴을 포함할 수 있다. 또한, 고체 투약 형태는 부형제에 추가로, 윤활제 예컨대 탈크 또는 마그네슘 스테아레이트를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 경구 투약 형태는 즉시 방출 또는 변형 방출 형태일 수 있다. 변형 방출 투약 형태는 제어 또는 연장 방출, 장 방출 등을 포함한다. 변형 방출 투약 형태에서 사용되는 부형제는 일반적으로 당업자에게 공지되어 있다.
구현예에서, 약학 조성물은 설하 또는 구강 투약 형태로서 제형화될 수 있다. 이러한 투약 형태는 혀 아래에 투여되는 설하 정제 또는 용액 조성물 및 뺨과 잇몸 사이에 놓여지는 구강 정제를 포함한다.
구현예에서, 약학 조성물은 코 투약 형태로서 제형화될 수 있다. 본 발명의 이러한 투약 형태는 코 전달을 위한 용액, 현탁액 및 겔 조성물을 포함한다.
구현예에서, 약학 조성물은 경구 투여용 액체 투약 형태, 예컨대 현탁액, 에멀젼 또는 시럽으로 제형화될 수 있다. 구현예에서, 액체 투약 형태는 통용되는 단순한 희석제 예컨대 물 및 액체 파라핀에 추가로, 다양한 부형제 예컨대 보습제, 감미제, 방향제 또는 보존제를 포함할 수 있다. 구현예에서, 조성물은 소아과 환자에게 투여하기 적합하도록 제형화될 수 있다.
구현예에서, 약학 조성물은 비경구 투여용 투약 형태, 예컨대 멸균 수용액, 현탁액, 에멀젼, 비-수용액 또는 좌제로 제형화될 수 있다. 구현예에서, 용액 또는 현탁액은 프로필렌 글리콜, 폴리에틸렌 글리콜, 식물성 오일 예컨대 올리브 오일 또는 주사가능 에스테르 예컨대 에틸 올레에이트를 포함할 수 있다.
약학 조성물의 투약량은 환자의 체중, 연령, 성별, 투여 시기 및 방식, 배설률, 및 질환의 중증도에 따라 가변적일 수 있다.
구현예에서, 벡터 조성물은 정맥 또는 동맥 관삽입 또는 주사, 피내 전달, 근육내 전달 또는 질환 위치 근처의 배수 기관으로의 주사에 의해 뇌척수액, 혈액 또는 림프 순환에 투여된다.
하기 실시예는 본 발명의 양태를 예시하기 위해 제공된다. 그러나, 본 발명이 이들 실시예에서 기재되는 특정한 상태 또는 세부 사항에 제한되지 않는다는 것이 이해되어야 한다. 본원에서 참조하는 모든 인쇄된 공개물은 명확하게 참조로 통합된다.
실시예
실시예 1: 렌티바이러스 벡터 시스템의 개발
렌티바이러스 벡터 시스템을 도 1 (원형화된 형태) 에서 요약한 바와 같이 개발하였다. 렌티바이러스 입자를 293T/17 HEK 세포 (American Type Culture Collection, Manassas, VA 로부터 구입) 에서 생성시킨 후, 치료적 벡터, 외피 플라스미드 및 헬퍼 플라스미드로 형질감염하였다. 기능적 바이러스 입자를 생성한 293T/17 HEK 세포의 형질감염에는 시약 폴리(에틸렌이민) (PEI) 을 이용하여 플라스미드 DNA 흡수 효율을 증가시켰다. 플라스미드 및 DNA 를 초기에 3:1 의 비 (PEI 대 DNA 의 질량비) 로, 혈청 없는 배양 배지에서 별도로 첨가하였다. 2-3 일 후, 세포 배지를 수집하고 렌티바이러스 입자를 고속 원심분리 및/또는 여과에 의해 정제한 후, 음이온 교환 크로마토그래피를 수행하였다. 렌티바이러스 입자의 농도는 형질도입 단위/㎖ (TU/㎖) 로 표현될 수 있다. TU 의 결정은 배양액 (p24 단백질이 렌티바이러스 입자에 통합됨) 중 HIV p24 수준을 측정함으로써, 정량 PCR 에 의해 형질도입된 세포 당 바이러스 DNA 카피수를 측정함으로써, 또는 세포를 감염시키고 광을 사용하여 (벡터가 루시퍼라아제 또는 형광 단백질 마커를 인코딩하는 경우) 달성되었다.
상기 언급한 바와 같이, 3-벡터 시스템 (즉, 2-벡터 렌티바이러스 패키징 시스템을 포함함) 은 렌티바이러스 입자의 생성을 위해 설계되었다. 3-벡터 시스템의 개략도를 도 1 에 나타낸다. 간략하게, 도 1 을 참조하면, 최상부 벡터는 헬퍼 플라스미드이며, 이러한 경우, 이는 Rev 를 포함한다. 도 1 의 중앙에 나타나는 벡터는 외피 플라스미드이다. 최하부 벡터는 본원에 기재된 바와 같은 치료용 벡터이다.
도 1 을 참조하면, 헬퍼 플러스 Rev 플라스미드는 CAG 인핸서 (SEQ ID NO: 24); CAG 프로모터 (SEQ ID NO: 16); 닭 베타 액틴 인트론 (SEQ ID NO: 25); HIV gag (SEQ ID NO: 17); HIV Pol (SEQ ID NO: 18); HIV Int (SEQ ID NO: 19); HIV RRE (SEQ ID NO: 20); HIV Rev (SEQ ID NO: 21); 및 토끼 베타 글로빈 폴리 A (SEQ ID NO: 26) 를 포함한다.
외피 플라스미드는 CMV 프로모터 (SEQ ID NO: 22); 베타 글로빈 인트론 (SEQ ID NO: 27); VSV-G 외피 당단백질 (SEQ ID NO: 23); 및 토끼 베타 글로빈 폴리 A (SEQ ID NO: 26) 를 포함한다.
헬퍼 (플러스 Rev) 및 외피 플라스미드로 이루어지는 2-벡터 렌티바이러스 패키징 시스템을 포함하는 3-벡터 시스템의 합성이 개시된다.
재료 및 방법:
헬퍼 플라스미드의 구축: Gag, Pol 및 인테그라아제 유전자를 함유하는 pNL4-3 HIV 플라스미드 (NIH Aids Reagent Program) 로부터 DNA 단편의 초기 PCR 증폭에 의해 헬퍼 플라스미드를 구축하였다. 프라이머는, pCDNA3 플라스미드 (Invitrogen) 의 동일한 위치에서 삽입하는데 사용될 수 있는 EcoRI 및 NotI 제한 위치를 갖는 단편이 증폭되도록 설계되었다. 정방향 프라이머는 (5'-TAAGCAGAATTCATGAATTTGCCAGGAAGAT-3') (SEQ ID NO: 28) 였으며, 역방향 프라이머는 (5'-CCATACAATGAATGGACACTAGGCGGCCGCACGAAT-3') (SEQ ID NO: 29) 였다.
Gag, Pol, 인테그라아제 단편에 대한 서열은 하기와 같았다:
Figure pct00006
Figure pct00007
다음으로, XbaI 및 XmaI 측방 (flanking) 제한 위치를 갖는 Rev, RRE 및 토끼 베타 글로빈 폴리 A 서열을 함유하는 DNA 단편을 Eurofins Genomics 에 의해 합성하였다. 그런 다음, DNA 단편을 XbaI 및 XmaI 제한 위치에서 플라스미드에 삽입하였다. DNA 서열은 하기와 같았다:
Figure pct00008
마지막으로, pCDNA3.1 의 CMV 프로모터를 CAG 인핸서/프로모터 + 닭 베타 액틴 인트론 서열로 대체하였다. MluI 및 EcoRI 측방 제한 위치를 갖는 CAG 인핸서/프로모터/인트론 서열을 함유하는 DNA 단편을 Eurofins Genomics 에 의해 합성하였다. 그런 다음, DNA 단편을 MluI 및 EcoRI 제한 위치에서 플라스미드에 삽입하였다. DNA 서열은 하기와 같았다:
Figure pct00009
VSV-G 외피 플라스미드의 구축:
수포성 구내염 인디아나 바이러스 당단백질 (VSV-G) 서열을 측방 EcoRI 제한 위치로, Eurofins Genomics 에 의해 합성하였다. 그런 다음, DNA 단편을 EcoRI 제한 위치에서 pCDNA3.1 플라스미드 (Invitrogen) 에 삽입하고, CMV 특이적 프라이머를 사용하는 서열분석에 의해 올바른 배향을 결정하였다.
DNA 서열은 하기와 같았다:
Figure pct00010
3-벡터 렌티바이러스 패키징 시스템을 포함하는 4-벡터 시스템은 또한, 본원에 기재된 방법 및 재료를 사용하여 설계되고 생성되었다. 4-벡터 시스템의 개략도를 도 2 에 나타낸다. 간략하게, 도 2 를 참조하면, 최상부 벡터는 헬퍼 플라스미드이며, 이러한 경우, 이는 Rev 를 포함하지 않는다. 상부로부터 두 번째 벡터는 별개의 Rev 플라스미드이다. 하부로부터 두 번? 벡터는 외피 플라스미드이다. 최하부 벡터는 본원에 기재된 바와 같은 치료적 벡터이다.
도 2 를 참조하면, 헬퍼 플라스미드는 CAG 인핸서 (SEQ ID NO: 24); CAG 프로모터 (SEQ ID NO: 16); 닭 베타 액틴 인트론 (SEQ ID NO: 25); HIV gag (SEQ ID NO: 17); HIV Pol (SEQ ID NO: 18); HIV Int (SEQ ID NO: 19); HIV RRE (SEQ ID NO: 20); 및 토끼 베타 글로빈 폴리 A (SEQ ID NO: 26) 를 포함한다.
Rev 플라스미드는 RSV 프로모터 (SEQ ID NO: 7); HIV Rev (SEQ ID NO: 21); 및 토끼 베타 글로빈 폴리 A (SEQ ID NO: 26) 를 포함한다.
외피 플라스미드는 CMV 프로모터 (SEQ ID NO: 22); 베타 글로빈 인트론 (SEQ ID NO: 27); VSV-G (SEQ ID NO: 23); 및 토끼 베타 글로빈 폴리 A (SEQ ID NO: 26) 를 포함한다.
한 양태에서, 치료적 PAH 렌티바이러스 플라스미드는 도 4A 에 나타낸 모든 요소를 포함한다. 또 다른 양태에서, 치료적 PAH 렌티바이러스 플라스미드는 도 4B 에서 나타낸 모든 요소를 포함한다.
헬퍼, Rev 및 외피 플라스미드로 이루어지는 3-벡터 렌티바이러스 패키징 시스템을 포함하는 4-벡터 시스템의 합성이 개시된다.
재료 및 방법:
Rev 가 없는 헬퍼 플라스미드의 구축:
RRE 및 토끼 베타 글로빈 폴리 A 서열을 함유하는 DNA 단편을 삽입하여, Rev 가 없는 헬퍼 플라스미드를 구축하였다. 이 서열을 측방 XbaI 및 XmaI 제한 위치로, Eurofins Genomics 에 의해 합성하였다. 그런 다음, RRE/토끼 폴리 A 베타 글로빈 서열을 XbaI 및 XmaI 제한 위치에서 헬퍼 플라스미드에 삽입하였다.
DNA 서열은 하기와 같다:
Figure pct00011
Figure pct00012
Rev 플라스미드의 구축:
측방 MfeI 및 XbaI 제한 위치로, Eurofins Genomics 에 의해 단일 DNA 단편으로서 RSV 프로모터 및 HIV Rev 서열을 합성하였다. 그런 다음, DNA 단편을, CMV 프로모터가 RSV 프로모터로 대체되는 MfeI 및 XbaI 제한 위치에서 pCDNA3.1 플라스미드 (Invitrogen) 에 삽입하였다. DNA 서열은 하기와 같았다:
Figure pct00013
패키징 시스템에서 사용한 플라스미드는 유사한 요소로 변형될 수 있으며, 인트론 서열은 벡터 기능의 손실 없이 잠재적으로 제거될 수 있다. 예를 들어, 하기 요소는 패키징 시스템에서 유사한 요소를 대체할 수 있다:
프로모터: 신장 인자-1 (EF-1) (SEQ ID NO: 34), 포스포글리세레이트 키나아제 (PGK) (SEQ ID NO: 35) 및 유비퀴틴 C (UbC) (SEQ ID NO: 36) 는 CMV (SEQ ID NO: 22) 또는 CAG 프로모터 (SEQ ID NO: 16) 를 대체할 수 있다. 이러한 서열은 또한 첨가, 치환, 결실 또는 돌연변이에 의해 더 가변적일 수 있다.
폴리 A 서열: SV40 폴리 A (SEQ ID NO: 37) 및 bGH 폴리 A (SEQ ID NO: 38) 는 토끼 베타 글로빈 폴리 A (SEQ ID NO: 26) 를 대체할 수 있다. 이러한 서열은 또한 첨가, 치환, 결실 또는 돌연변이에 의해 더 가변적일 수 있다.
HIV Gag, Pol 및 인테그라아제 서열: 헬퍼 플라스미드에서의 HIV 서열은 상이한 HIV 계통 또는 클레이드로부터 구축될 수 있다. 예를 들어, Bal 계통으로부터의 HIV Gag (SEQ ID NO: 17); HIV Pol (SEQ ID NO: 18); 및 HIV Int (SEQ ID NO: 19) 는 본원에 요약된 바와 같은 헬퍼/헬퍼 플러스 Rev 플라스미드에 함유된 gag, pol 및 int 서열과 상호교환될 수 있다. 이러한 서열은 또한 첨가, 치환, 결실 또는 돌연변이에 의해 더 가변적일 수 있다.
외피: VSV-G 당단백질은 고양이 내인성 바이러스 (RD114) (SEQ ID NO: 39), 긴팔 원숭이 백혈병 바이러스 (GALV) (SEQ ID NO: 40), 광견병 (FUG) (SEQ ID NO: 41), 림프성 맥락수막염 바이러스 (LCMV) (SEQ ID NO: 42), 인플루엔자 A 가금류 바이러스 (FPV) (SEQ ID NO: 43), 로스 리버 알파바이러스 (RRV) (SEQ ID NO: 44), 쥐 백혈병 바이러스 10A1 (MLV) (SEQ ID NO: 45) 또는 에볼라 바이러스 (EboV) (SEQ ID NO: 46) 로부터의 멤브레인 당단백질로 치환될 수 있다. 이러한 외피에 대한 서열은 본원의 서열 부분에서 확인된다. 추가로, 이러한 서열은 또한 첨가, 치환, 결실 또는 돌연변이에 의해 더 가변적일 수 있다.
요약하여, 3-벡터 시스템 대 4-벡터 시스템은 하기와 같이 비교되고 대조될 수 있다. 3-벡터 렌티바이러스 벡터 시스템은 하기를 함유한다: 1. 헬퍼 플라스미드: HIV Gag, Pol, 인테그라아제 및 Rev/Tat; 2. 외피 플라스미드: VSV-G/FUG 외피; 및 3. 치료적 벡터: RSV 5'LTR, Psi 패키징 신호, RRE, cPPT, ApoE 인핸서, 항-알파 트립신 프로모터, 페닐알라닌 히드록실라아제, 3' UTR, WPRE, 및 3'델타 LTR. 4-벡터 렌티바이러스 벡터 시스템은 하기를 함유한다: 1. 헬퍼 플라스미드: HIV Gag, Pol, 및 인테그라아제; 2. Rev 플라스미드: Rev; 3. 외피 플라스미드: VSV-G/FUG 외피; 및 4. 치료적 벡터: RSV 5'LTR, Psi 패키징 신호, RRE, cPPT, ApoE 인핸서, 항-알파 트립신 프로모터, 페닐알라닌 히드록실라아제, WPRE, 및 3' 델타 LTR. 상기 요소에 상응하는 서열은 본원의 서열 목록 부분에서 확인된다.
실시예 2. 치료적 벡터
예시적인 치료적 벡터는 예를 들어 도 4 에서 나타낸 바와 같이 설계되고 개발되었다.
먼저 도 4A 를 참조하면, 좌측에서 우측으로, 핵심적 유전적 요소는 하기와 같다: 하이브리드 5' 긴 말단 반복부 (RSV/LTR), Psi 서열 (RNA 패키징 위치), RRE (Rev-반응 요소), cPPT (폴리퓨린 관), hAAT 프로모터, PAH 또는 이의 변이체 (본원에 상세히 나타낸 바와 같음), 우드척 전사후 조절 요소 (WPRE), 및 U3 부위에서의 결실을 갖는 LTR.
다음으로 도 4B 를 참조하면, 좌측에서 우측으로, 핵심적 유전적 요소는 하기와 같다: 하이브리드 5' 긴 말단 반복부 (RSV/LTR), Psi 서열 (RNA 패키징 위치), RRE (Rev-반응 요소), cPPT (폴리퓨린 관), H1 프로모터, PAH shRNA 서열 또는 이의 변이체 (본원에서 상세히 나타낸 바와 같음), hAAT 프로모터, PAH 서열 및 이의 변이체 (본원에 상세히 나타낸 바와 같음) 를 포함하는 PAH 서열, 우드척 전사후 조절 요소 (WPRE), 및 U3 부위에서의 결실을 갖는 LTR.
도 4A 및 4B 에서 일반적으로 요약한 벡터를 생성하기 위해, 하기의 방법 및 재료를 이용하였다.
억제 RNA 설계: 호모 사피엔스 (Homo sapiens) 페닐알라닌 히드록실라아제 (PAH) (NM_000277.1) mRNA 의 서열을, 인간 세포에서 PAH 수준을 녹다운시키기 위한 잠재적 shRNA 후보물에 대한 검색에 사용하였다. 잠재적 RNA shRNA 서열을 Broad Institute 에 의해 주관되는 GPP 웹 포털 (http://portals.broadinstitute.org/gpp/public/) 또는 Thermo Scientific 으로부터의 BLOCK-iT RNAi Designer (https://rnaidesigner.thermofisher.com/rnaiexpress/) 와 같은 siRNA 또는 shRNA 설계 프로그램에 의해 선택된 후보물에서 선택하였다. 개별 선택된 shRNA 서열을 RNA 폴리머라아제 III 프로모터 H1 (SEQ ID NO: 15) 에 바로 3 프라임 (prime) 으로 렌티바이러스 벡터에 삽입하여, shRNA 발현을 조절하였다. 이러한 렌티바이러스 shRNA 구축물을 사용하여, 세포를 형질도입하고 특정 mRNA 수준에서의 변화를 측정하였다.
벡터 구축: PAH shRNA 에 대해, BamHI 및 EcoRI 제한 위치를 함유하는 올리고뉴클레오티드를 Eurofins MWG Operon 에 의해 합성하였다. 중첩 센스 및 안티센스 올리고뉴클레오티드 서열을 70℃ 에서 실온으로 냉각하는 동안 혼합 및 어닐링하였다. 렌티바이러스 벡터를 제한 효소 BamHI 및 EcoRI 으로 1 시간 동안 37℃ 에서 소화시켰다. 소화된 렌티바이러스 벡터를 아가로오스 겔 전기영동에 의해 정제하고, Thermo Scientific 으로부터의 DNA 겔 추출 키트를 사용하여 겔로부터 추출하였다. DNA 농도를 측정하고, 벡터 대 올리고 (3:1 비) 를 혼합하고, 어닐링하고, 라이게이션하였다. 라이게이션 반응을 T4 DNA 리가아제로 30 분 동안 실온에서 수행하였다. 2.5 ㎕ 의 라이게이션 믹스를 25 ㎕ 의 STBL3 적격 박테리아 세포에 첨가하였다. 형질전환을 42℃ 에서 열 충격 후 달성하였다. 박테리아 세포를 암피실린을 함유하는 아가 플레이트 상에 스프레딩하고, 약물-내성 콜로니 (암피실린 내성 플라스미드의 존재를 나타냄) 를 회수하고 LB 브로쓰에서 확장시켰다. 올리고 서열의 삽입을 확인하기 위해, 플라스미드 DNA 를 Thermo Scientific DNA mini prep 키트를 사용하여 수확된 박테리아 배양물로부터 추출하였다. 렌티바이러스 벡터 내의 shRNA 의 삽입은 shRNA 발현을 조절하는데 사용되는 프로모터에 대한 특이적 프라이머를 사용하여 DNA 서열분석에 의해 확인하였다. 하기 표적 서열을 사용하여, 예시적 shRNA 서열을 PAH 를 녹다운시키는 것으로 결정하였다.
PAH shRNA 서열 #1:
Figure pct00014
PAH shRNA 서열 #2:
Figure pct00015
실시예 3 - 완전한 5' 및 3' UTR 을 포함하는 페닐알라닌 히드록실라아제 오픈 리딩 프레임
Hepa1-6 마우스 간암 세포를, 도 5 에서 나타낸 바와 같이 그의 전체 5 프라임 미번역 부위 및 그의 전체 3 프라임 미번역 부위 (SEQ ID NO: 3) 를 포함하는 PAH 유전자 (SEQ ID NO: 1) 를 함유하는 렌티바이러스 벡터로 감염시켰다. 도 5 는 인간 PAH 에 대한 cDNA 발현 구축물의 완전한 DNA 서열을 제공한다 (SEQ ID NO: 57). 이러한 버전은 미손상 (intact) 5' UTR 부위 (볼드체로 나타냄), hPAH 에 대한 코딩 부위, 및 완전한 3' UTR (볼드체로 나타냄) 을 포함한다. 이러한 감염에 대한 결과를 본원의 추가 실시예에서 상세히 나타낸다.
실시예 4 - 완전한 5' UTR 절두된 3' UTR 을 포함하는 페닐알라닌 히드 록실라아제 오픈 리딩 프레임
Hepa1-6 마우스 간암 세포를, 도 6 에서 나타낸 바와 같이 그의 전체 5 프라임 미번역 부위 및 절두된 3 프라임 미번역 부위 (SEQ ID NO: 4) 를 포함하는 PAH 유전자 (SEQ ID NO: 1) 를 함유하는 렌티바이러스 벡터로 감염시켰다. 도 6 은 5' UTR (897 개 뉴클레오티드) (볼드체로 나타냄), hPAH 에 대한 코딩 부위, 및 절두된 3' UTR (289 개 뉴클레오티드) (볼드체로 나타냄) 을 포함하는 인간 PAH 에 대한 cDNA 서열을 제공한다 (SEQ ID NO: 58).
실시예 5. PAH 에 대한 재료 및 방법
호모 사피엔스 페닐알라닌 히드록실라아제 (hPAH) mRNA 의 서열 (Gen Bank: NM_000277.1) 을 유전자의 원위 및 근위 말단에 위치한 EcoRI 및 SalI 제한 효소 위치로 화학적으로 합성하였다. EcoRI 및 SalI 제한 효소로 처리된 hPAH 를 절단하고, ApoE (NM_000001.11, U35114.1) 및 hAAT (HG98385.1) 유전자좌 제어 부위의 부분을 포함하는 하이브리드 프로모터의 제어 하에 pCDH 플라스미드에 라이게이션하였다. 유사하게, 마우스 PAH 유전자 (mPAH) (NM_008777.3) 를 합성하고, 동일한 하이브리드 프로모터의 제어 하에 pCDH 에 삽입하였다. 추가로, 인간 PAH 는 3' 미번역 부위 (UTR) 를 포함하도록 합성하였다.
추가 변형에서, 간-특이적 프로모터 hAAT 에 의해 제어될 때 hPAH 유전자의 발현이 개선되도록 자연 발생적 UTR 을 절두하였다. hPAH, 전장 UTR 을 갖는 hPAH, 절두된 UTR 을 갖는 hPAH, 또는 mPAH 단독 (BamHI 및 EcoRI 제한 위치를 가짐) 을 함유하는 올리고뉴클레오티드 서열을 Eurofins Genomics 에 의해 합성하였다. 올리고뉴클레오티드 서열을 70℃ 에서 인큐베이션하고 실온으로 냉각시켜 어닐링하였다. 렌티바이러스 벡터를 제한 효소 BamHI 및 EcoRI 으로 1 시간 동안 37℃ 에서 소화시켰다. 소화된 렌티바이러스 벡터를 아가로오스 겔 전기영동에 의해 정제하고, Invitrogen 으로부터의 DNA 겔 추출 키트를 사용하여 겔로부터 추출하였다. DNA 농도를 측정한 다음, 3:1 삽입물 대 벡터의 벡터 대 올리고 서열 비를 사용하여 합성 올리고뉴클레오티드 (hPAH 또는 mPAH) 와 혼합하였다. 혼합물을 T4 DNA 리가아제로 30 분 동안 실온에서 라이게이션하였다. 2.5 ㎕ 의 라이게이션 믹스를 25 ㎕ 의 STBL3 적격 박테리아 세포에 첨가하였다. 형질전환을 42℃ 에서 열 충격에 의해 실행하였다. 박테리아 세포를 암피실린을 함유하는 아가 플레이트에 스트리킹한 다음, 콜로니를 LB 브로쓰에서 확장시켰다. 올리고 서열의 삽입을 확인하기 위해, 플라스미드 DNA 를 Invitrogen DNA mini prep 키트를 사용하여 수확된 박테리아 배양물로부터 추출하였다. 렌티바이러스 벡터 (LV) 내의 shRNA 서열의 삽입은 shRNA 발현을 위해 사용되는 프로모터에 대해 상보적인 프라이머를 사용하여 DNA 서열분석에 의해 확인하였다. 그런 다음, 확인된 hPAH 또는 mPAH 서열을 함유하는 렌티바이러스 벡터를 사용하여, PAH 를 발현하는 능력을 시험하기 위해 렌티바이러스 입자를 패키징하였다. 포유동물 세포를 렌티바이러스 입자로 형질도입하였다. 세포를 2-4 일 후 수집하고, 단백질을 PAH 발현에 대해 웨스턴 블롯에 의해 분석하였다.
hPAH 서열의 변형:
hPAH 서열의 여러 변형을 세포 발현 수준을 개선시키기 위해 포함시켰다. 먼저, 정상 hPAH 3' 미번역 부위 (UTR) 를 PAH 코딩 부위 후 및 mRNA 말단 전에 삽입하였다. 이는 LV-hAAT-hPAH-UTR 을 생성시켰다. hPAH 발현의 수준은 3' UTR 을 첨가함으로써 증가하였으나, 유사한 벡터에서 발현된 mPAH 의 수준에 도달하지는 않았다.
다음으로, 간-특이적 프로모터의 제어 하에 발현 수준을 개선시키기 위해 hPAH UTR 부위를 변형시켰다. 서열의 원위 절반과 대략 동일한 미번역 부위의 일부가 제거되었다. 이러한 변형은 LV-hAAT-hPAH-UTR 의 발현을 mPAH 발현에 대해 달성된 것과 유사한 수준까지 증가시켰다. 놀랍게도, 간-특이적 hAAT 프로모터를 사용할 때 UTR 의 절두는 단지 높은 수준 발현에만 요구되었다. CMV 즉시 초기 프로모터의 제어 하에 hPAH 발현 구축물을 생성시키는 것은, UTR 의 존재 또는 부재에 관계없이, 그리고 UTR 이 절두되었는지 여부에 관계없이 높은 수준 발현을 제공하였다. hPAH 유전자의 유전자좌에 대한 구조 기능을 이해하는데 있어서 이러한 중요한 진전은, hPAH 의 높은 수준 생성을 달성하면서 간 조직에서의 특이적 발현을 위한 구축물을 생성할 수 있게 한다. 간 세포에 대한 이식유전자 발현을 제한하는 것은, 페닐케톤뇨증에 대한 유전적 약물에서 벡터 안전성 및 표적 특이성을 위한 중요한 고려 사항이다.
실시예 6. 인간 및 마우스 PAH 유전자에 대한 발현 수준을 비교하는 면역블롯 분석
인간 및 마우스 PAH 유전자에 대한 발현 수준을 비교하는 면역블롯 분석을 도 7 에서 요약한 바와 같이 수행하였다. 이 실시예는 Hepa1-6 마우스 간암 세포 (Hepa1-6) 에서 마우스 PAH 의 발현이 Hepa1-6 에서 인간 PAH 의 거의 검출불가능한 발현과 비교하여 더 높다는 것을 설명한다.
인간 및 마우스 PAH 를 합성하고 렌티바이러스 벡터에 삽입하였다. 그런 다음, 서열의 삽입을 DNA 서열분석에 의해 확인하였다. 이후, 올바른 hPAH 또는 mPAH 서열을 함유하는 렌티바이러스 벡터를 사용하여 Hepa1-6 마우스 간암 세포 (American Type Culture Collection, Manassas, VA 에서 구입) 를 형질도입하였다. 세포를 2-4 일 후 수집하고, 단백질을 PAH 발현에 대해 웨스턴 블롯에 의해 분석하였다. Hepa1-6 세포를 형질도입 효율에 대한 마커로서 녹색 형광 단백질 (GFP) 을 함유하는 렌티바이러스 입자로 감염시켰다. 인간 또는 마우스 PAH 의 상대 발현은 항-PAH 항체 (Abcam) 를 사용하는 면역블롯에 의해 검출되었다.
실시예 7. Hepa1 -6 세포에서 3' UTR 부위를 갖거나 갖지 않는 hPAH 렌티바이러스 -전달된 발현
이 실시예는 도 8 에 나타낸 바와 같이 렌티바이러스 벡터가 5' UTR 및 3' UTR 둘 모두를 포함하는 hPAH 를 발현할 때 Hepa1-6 암종 세포에서 PAH 의 발현이 실질적으로 증가한다는 것을 설명한다. 이 실시예는 또한 hPAH 에 대한 코딩 부위만을 발현하는 렌티바이러스 벡터가 Hepa1-6 세포에서 PAH 단백질의 수준을 증가시키지 않는다는 것을 설명한다.
인간 PAH 를 합성하고 렌티바이러스 벡터에 삽입하였다. 서열의 삽입을 DNA 서열분석에 의해 확인하였다. 그런 다음, 확인된 hPAH 서열을 함유하는 렌티바이러스 벡터를 사용하여 Hepa1-6 마우스 간암 세포 (American Type Culture Collection, Manassas, VA 에서 구입) 를 형질도입시켰다. 렌티바이러스 벡터는 그의 3' UTR 의 존재 또는 부재 하에 인간 PAH 유전자를 포함하였다. 또한, 이들 구축물에서 hPAH 발현은 hAAT 프로모터에 의해 구동되었다. 세포를 렌티바이러스 입자로 형질도입하고, 2-4 일 후 단백질을 PAH 발현에 대해 웨스턴 블롯에 의해 분석하였다. Hepa1-6 세포를 형질도입 효율에 대한 마커로서 녹색 형광 단백질 (GFP) 을 함유하는 렌티바이러스 입자로 감염시켰다. 인간 PAH 의 상대 발현은 항-PAH 항체 (Abcam) 를 사용하는 면역블롯에 의해 검출되었다.
도 8 에서 나타낸 바와 같이, 하기 3 개 군을 비교한다: Hepa1-6 세포 단독을 포함하는 대조군 (레인 1), hPAH 에 대한 코딩 부위만을 발현하는 렌티바이러스 벡터를 발현하는 군 (레인 2), 및 hPAH 를 발현하며 5' 및 3' UTR 부위 둘 모두를 포함하는 렌티바이러스 벡터 (레인 3). 특히, Hepa1-6 암종 세포는 마우스 간 조직으로부터 유래되며, 따라서 레인 1 에서 관찰된 PAH 의 자연적 배경 발현이 존재한다 (표지된 hAAT). 도 8 은 PAH shRNA 를 발현하는 렌티바이러스 (LV) 가 5' UTR 및 3' UTR 둘 모두를 포함할 때 Hepa1-6 암종 세포에서 PAH 의 발현이 실질적으로 증가한다는 것을 입증한다.
실시예 8. Hepa1 -6 세포에서 절두된 3' UTR 을 갖는 hPAH 를 발현하는 렌티바이러스 벡터
이 실시예는 도 9 에 나타낸 바와 같이, 절두된 3' UTR (hPAH-3'UTR) 을 갖는 hPAH 를 발현하는 렌티바이러스 벡터가 전장 3'UTR 서열을 함유하는 구축물에 비해 hPAH 의 실질적으로 증가한 발현을 입증한다는 것을 설명한다.
인간 PAH 를 합성하고 렌티바이러스 벡터에 삽입하였다. 서열의 삽입을 DNA 서열분석에 의해 확인하였다. 그런 다음, 확인된 hPAH 서열을 함유하는 렌티바이러스 벡터를 사용하여 Hepa1-6 간암 세포 (American Type Culture Collection, Manassas, VA 에서 구입) 를 형질도입시켰다. 렌티바이러스 벡터는 그의 3' UTR 의 존재 또는 부재 하에 인간 PAH 유전자를 포함하였다. 또한, 이들 구축물에서 hPAH 발현은 hAAT 프로모터에 의해 구동되었다. 세포를 렌티바이러스 입자로 형질도입하고, 2-4 일 후 단백질을 PAH 발현에 대해 웨스턴 블롯에 의해 분석하였다. Hepa1-6 세포를 형질도입 효율에 대한 마커로서 녹색 형광 단백질 (GFP) 을 함유하는 렌티바이러스 입자로 감염시켰다. 인간 PAH 의 상대 발현은 항-PAH 항체 (Abcam) 및 로딩 대조군 베타-액틴을 사용하는 면역블롯에 의해 검출되었다.
도 9 는 Hepa1-6 암종 세포에서 hPAH 구축물의 발현을 나타낸다. 도 9 에서 나타낸 바와 같이, 하기 3 개 군을 비교한다: hPAH 에 대한 코딩 부위만을 발현하는 대조군 렌티바이러스 벡터 (레인 1), hPAH-3'UTR 을 함유하는 구축물 (레인 2) 및 전장 hPAH 3'UTR 서열 (레인 3). 특히, Hepa1-6 암종 세포는 인간 간 조직으로부터 유래되며, 따라서 레인 1 에서 관찰된 PAH 의 자연적 배경 발현이 존재한다 (표지된 hAAT). 이 실시예는 hPAH-3'UTR 이 Hepa1-6 세포에서 야생형 3'UTR 서열에 비해 hPAH 발현을 증가시킨다는 것을 설명한다.
실시예 9. 마우스 Hepa1 -6 세포에서 WPRE 를 갖거나 갖지 않는 코돈-최적화된 hPAH 의 발현
이 실시예는 hAAT-hPAH-3'UTR289 를 함유하는 렌티바이러스 벡터로부터 WPRE 요소를 제거하는 것이, hPAH 발현을 현저히 감소시킨다는 것을 설명하며, 이는 도 10 에서 나타낸 바와 같이 WPRE 가 최적 단백질 발현에 필요하다는 것을 나타낸다. 이 실시예는 또한 바람직한 인간 코돈 편향 (PAH-OPT) 을 기반으로 하는 코돈 선택 최적화가, hPAH 발현 수준을 증가시키는데 실패하였음을 설명한다.
인간 PAH 를 합성하고 렌티바이러스 벡터에 삽입하였다. 서열의 삽입을 DNA 서열분석에 의해 확인하였다. 그런 다음, 확인된 hPAH 서열을 함유하는 렌티바이러스 벡터를 사용하여 마우스 Hepa1-6 세포 (American Type Culture Collection, Manassas, VA 에서 구입) 를 형질도입시켰다. 또한, 이들 구축물에서 hPAH 발현은 hAAT 프로모터에 의해 구동되었다. 세포를 렌티바이러스 입자로 형질도입하고, 2-4 일 후 단백질을 PAH 발현에 대해 웨스턴 블롯에 의해 분석하였다. 인간 PAH 의 상대 발현은 항-PAH 항체 (Abcam) 및 로딩 대조군 베타-액틴을 사용하는 면역블롯에 의해 검출되었다.
이 실시예는 1) hPAH 코딩 부위의 코돈 최적화 및 2) WPRE 유전자 성분의 결실의, Hepa1-6 세포에서의 hPAH 발현에 대한 효과를 나타낸다. 이 문제점을 다루기 위해 마우스 Hepa1-6 세포에서의 다양한 hPAH 구축물의 발현을 비교하였다. 도 10 에서 나타낸 바와 같이, 하기 5 개 군을 비교한다: 베타-액틴 로딩 대조군 (레인 1), 최적화된 코돈 대조군 구축물 (레인 2), 절두된 hPAH 3'UTR 서열을 함유하는 최적화된 코돈 구축물 (레인 3), 절두된 hPAH 3'UTR 서열을 함유하는 대조군 구축물 (레인 4), 및 결실된 WPRE 서열을 가지며 절두된 hPAH 3'UTR 을 함유하는 구축물 (레인 5). Hepa1-6 암종 세포는 마우스 간 조직으로부터 유래되며, 따라서 레인 1 에서 관찰된 PAH 의 자연적 배경 발현이 존재한다 (표지된 hAAT). 이 실시예는 바람직한 인간 코돈 편향 (PAH-OPT) 을 기반으로 하는 코돈 선택 최적화가, hPAH 발현 수준을 증가시키는데 실패하였음을 설명한다. 야생형 hPAH 유전자에서 관찰된 바와 같이, 절두된 3'UTR (UTR289) 을 포함시키는 것은 hPAH 발현을 증가시키지만 UTR289 에 연결된 야생형 (최적화되지 않은) 서열에서 관찰되는 것보다 실질적으로 낮은 수준으로만 증가시킨다. hAAT-hPAH-3'UTR289 를 함유하는 렌티바이러스 벡터로부터 WPRE 요소를 제거하는 것은 또한 hPAH 발현을 감소시키며, 이는 WPRE 가 최적 단백질 발현에 필요하다는 것을 나타낸다.
실시예 10. shPAH -1 및 shPAH - 2 가 인간 Hep3B 세포에서 hPAH 발현을 감소시킴
이 실시예는 도 11 에서 나타낸 바와 같이, 렌티바이러스-전달된 PAH shRNA 가 인간 Hep3B 세포에서의 hPAH 발현을 감소시킨다는 것을 입증한다.
인간 PAH 를 합성하고 렌티바이러스 벡터에 삽입하였다. 서열의 삽입을 DNA 서열분석에 의해 확인하였다. 그런 다음, hPAH 서열을 함유하는 렌티바이러스 벡터를 사용하여 인간 Hep3B 세포 (American Type Culture Collection, Manassas, VA 에서 구입) 를 형질도입시켰다. 또한, 이들 구축물에서 hPAH 발현은 hAAT 프로모터에 의해 구동되었다. 세포를 렌티바이러스 입자로 형질도입하고, 2-4 일 후 단백질을 PAH 발현에 대해 웨스턴 블롯에 의해 분석하였다. 렌티바이러스 벡터 (LV) 내의 shRNA 서열의 삽입은 shRNA 발현을 조절하는데 사용되는 프로모터에 대해 상보적인 프라이머를 사용하여 DNA 서열분석에 의해 확인하였다. 인간 PAH 의 상대 발현은 항-PAH 항체 (Abcam) 및 로딩 대조군 베타-액틴을 사용하는 면역블롯에 의해 검출되었다.
도 11 은 2 가지 상이한 shRNA 구축물, 즉 PAH shRNA 서열 #1 (shPAH-1) 및 PAH shRNA 서열 #2 (shPAH-2) 의, Hep3B 세포에서의 hPAH 발현을 감소시키는 능력을 비교한다. 도 11 에서 나타낸 바와 같이, 하기 3 개 구축물을 비교한다: Hep3B 세포 단독을 포함하는 대조군 (레인 1), Hep3B 세포 + shPAH-1 을 함유하는 구축물 (레인 2), 및 Hep3B 세포 + shPAH-2 를 함유하는 구축물 (레인 3). 특히, Hep3B 세포는 내인성 PAH 를 유의한 수준으로 발현시킨다. 이 실시예는 shPAH-1 및 shPAH-2 둘 모두가 내인성 hPAH 발현 수준을 감소시키는데 있어서 효과적이었음을 설명한다.
실시예 11. Hep3B 세포에서 내인성 hPAH hAAT - hPAH - 3'UTR 289 shPAH -1 억제
이 실시예는 도 12 에서 나타낸 바와 같이, shPAH-1 이 Hep3B 세포에서 내인성 PAH 및 절두된 hPAH 3'UTR (hAAT-hPAH-3'UTR289) 의 발현을 억제한다는 것을 입증한다.
인간 PAH 를 합성하고 렌티바이러스 벡터에 삽입하였다. 서열의 삽입을 DNA 서열분석에 의해 확인하였다. 그런 다음, hPAH 서열을 함유하는 렌티바이러스 벡터를 사용하여 인간 Hep3B 세포 (American Type Culture Collection, Manassas, VA 에서 구입) 를 형질도입시켰다. 세포를 렌티바이러스 입자로 형질도입하고, 2-4 일 후 단백질을 PAH 발현에 대해 웨스턴 블롯에 의해 분석하였다. 인간 PAH 의 상대 발현은 항-PAH 항체 (Abcam) 및 로딩 대조군 베타-액틴을 사용하는 면역블롯에 의해 검출되었다. 전장 및 3'UTR-절두된 구축물 둘 모두에서의 hPAH 발현은 hAAT 프로모터에 의해 구동되었다. 렌티바이러스 벡터는 다양한 경우에, 그의 3'UTR 을 갖는 인간 PAH 유전자, 절두된 3'UTR 을 갖는 인간 PAH 유전자 및/또는 shPAH-1 을 포함하였다. 렌티바이러스 벡터 (LV) 내의 shRNA 서열의 삽입은 shRNA 발현을 조절하는데 사용되는 프로모터에 대해 상보적인 프라이머를 사용하여 DNA 서열분석에 의해 확인하였다. shPAH-1 에 대한 표적 서열은 전장 및 단축 버전 둘 모두에서 보존되는 3'UTR 의 부분에 존재한다.
도 12 는 인간 Hep3B 세포에서의 hPAH 및 PAH shRNA 의 발현을 나타낸다. 도 12 에서 나타낸 바와 같이, 하기 4 개 군을 비교한다: Hep3B 세포 단독을 포함하는 대조군 (레인 1), Hep3B 세포 + shPAH-1 을 발현하는 렌티바이러스 벡터를 포함하는 군 (레인 2), hAAT-hPAH-3'UTR289 단독을 포함하는 대조군 (레인 3), 및 hAAT-hPAH-3'UTR289 및 shPAH-1 을 발현하는 렌티바이러스 벡터 둘 모두를 함유하는 군 (레인 4). 특히, Hep3B 세포 단독은 내인성 PAH 를 유의한 수준으로 발현시킨다. 이 실시예는 shPAH-1 이 내인성 PAH 및 hAAT-hPAH-3'UTR289 의 발현 둘 모두를 억제한다는 것을 설명한다. 또한, 이는 Hep3B 세포에서 내인성 PAH 및 hAAT-hPAH-3'UTR289 에 대한 shPAH-1의 유의한 효능을 확인시켜준다.
실시예 12. HepG2 세포에서 내인성 hPAH shPAH -2 억제, 그러나 hAAT -hPAH-3'UTR 289 에 대해서는 억제하지 않음
이 실시예는 도 13 에서 나타낸 바와 같이, shPAH-2 이 HepG2 세포에서 내인성 PAH 의 발현을 억제하나 hAAT-hPAH-3'UTR289 의 발현은 억제하지 않는다는 것을 설명한다.
인간 PAH 를 합성하고 렌티바이러스 벡터에 삽입하였다. 서열의 삽입을 DNA 서열분석에 의해 확인하였다. 그런 다음, hPAH 서열을 함유하는 렌티바이러스 벡터를 사용하여 인간 Hep3B 세포 (American Type Culture Collection, Manassas, VA 에서 구입) 를 형질도입시켰다. 세포를 렌티바이러스 입자로 형질도입하고, 2-4 일 후 단백질을 PAH 발현에 대해 웨스턴 블롯에 의해 분석하였다. 인간 PAH 의 상대 발현은 항-PAH 항체 (Abcam) 및 로딩 대조군 베타-액틴을 사용하는 면역블롯에 의해 검출되었다. 전장 및 3'UTR-절두된 구축물 둘 모두에서의 hPAH 발현은 hAAT 프로모터에 의해 구동되었다. 렌티바이러스 벡터는 다양한 경우에, 그의 3'UTR 을 갖는 인간 PAH 유전자, 절두된 3'UTR 을 갖는 인간 PAH 유전자 및/또는 shPAH-2 을 포함하였다. 렌티바이러스 벡터 (LV) 내의 shRNA 서열의 삽입은 shPAH-2 발현을 조절하는데 사용되는 프로모터에 대해 상보적인 프라이머를 사용하여 DNA 서열분석에 의해 확인하였다. shPAH-2 에 대한 표적 서열은 전장 hPAH 구축물에 존재하지만 절두된 hPAH 구축물 (hAAT-hPAH-3'UTR289) 에는 부재하는 hPAH 3'UTR 의 원위 부분에 존재한다.
도 13 은 인간 Hep3B 세포에서의 hPAH 및 PAH shRNA 의 발현을 나타낸다. 도 13 에서 나타낸 바와 같이, 하기 4 개 군을 비교한다: HepG2 세포 단독을 포함하는 대조군 (레인 1), HepG2 세포 + shPAH-2 를 발현하는 렌티바이러스 벡터 (레인 2), 절두된 hPAH 3'UTR 을 발현하는 렌티바이러스 벡터를 포함하는 대조군 (레인 3), 및 절두된 hPAH 3'UTR (hPAH-3'UTR) 을 발현하는 렌티바이러스 벡터 및 shPAH-2 를 발현하는 렌티바이러스 벡터 둘 모두를 포함하는 레인 (레인 4). 이 실시예는 shPAH-2 서열이 내인성 PAH 의 발현을 억제하지만 hAAT-hPAH-3'UTR289 의 발현에는 확실한 효과를 갖지 않는다는 것을 설명한다.
실시예 13. Pah ( enu2 ) 마우스 에서 hAAT - PAH - UTR 의 예비 시험
도 14 는 PKU 에 대한 실험적 연구를 위한 표준 모델인 Pah(enu2) 마우스에서의 hAAT-PAH-UTR 의 예비 시험 결과를 요약한다 (Shedlovsky, McDonald et al. 1993, Fang, Eisensmith et al. 1994, Mochizuki, Mizukami et al. 2004, Oh, Park et al. 2004). 패널 A 는 신생아 Pah(enu2) 마우스의 간에 직접 주사된 렌티바이러스 벡터 hAAT-PAH 가, PAH 를 발현하지 않는 대조군 렌티바이러스 벡터만을 받은 마우스에서 나타난 성장 결함을 실질적으로 교정한다는 것을 보여준다. 패널 B 는 정상 마우스에 대한 체중 증가 곡선과 LV-hAAT-PAH 로 처리된 Pah(enu2) 사이에 명백한 중첩을 나타내는 패널 A 에서의 데이터의 클러스터 플롯 표시를 제공한다. 패널 C 는 LV-hAAT-PAH 가 암컷 마우스에서 효과적이었다는 것을 보여준다. 암컷에서의 PAH 결함은 수컷 마우스에 비해 교정하기가 더 어려우므로, 이는 중요한 것이다. 패널 D 는 대조군 (정상) 마우스, LV-hAAT-PAH 로 처리된 Pah(enu2) 마우스 및 PAH 를 발현하지 않는 대조군 렌티바이러스 벡터로 처리된 Pah(enu2) 마우스에 대한 혈장 페닐알라닌 수준을 플롯팅한다.
실험 방법론:
1 내지 2 일령의 신생아 마우스를 각각 4 마리 신생아 마우스의 3 개 군으로 나누었다. 신생아 마우스의 제 1 군은 정상적인 PAH 발현 활성을 갖는 대조군을 포함한다. 신생아 마우스의 제 2 및 제 3 군은 돌연변이 PAH(enu2) 를 함유하며, 이는 PAH 의 효소 활성을 억제하는 PAH 유전자에서 화학적으로 유도된 돌연변이이다.
신생아 마우스의 제 1 군에 hAAT 프로모터, 인간 PAH, 신장 인자 (EF1) 및 녹색 형광 단백질 (GFP) 을 포함하는 렌티바이러스 벡터를 주사하였다. 신생아 마우스의 제 2 군에 인간 PAH 가 없으나 hAAT 프로모터, 신장 인자 (EF1) 및 녹색 형광 단백질 (GFP) 을 포함하는 렌티바이러스 벡터를 주사하였다. 신생아 마우스의 제 3 군에 hAAT 프로모터, 인간 PAH, 신장 인자 (EF1) 및 녹색 형광 단백질 (GFP) 을 포함하는 렌티바이러스 벡터를 주사하였다.
신생아 마우스에 생리식염수 또는 혈장 대체재 1 ㎖ 당 1x106 내지 1x1010 형질도입 단위를 함유하는 10 ㎕ 의 렌티바이러스 입자 현탁액을 간에 직접 주사하였다. 주사하기 전에, 신생아 마우스를 클로드로네이트 (clodronate) 리포솜으로 처리하여 간 쿠퍼 세포 (liver Kupffer cell) 를 고갈시켰다.
신생아 마우스를 털 색 변화, PAH 및 페닐알라닌 수준, 및 거동을 포함하여 혈액에서 감소된 페닐알라닌 수준과 관련된 표현형 변화에 대해 모니터링하였다. 주사 후 0, 4 및 8 주에, 혈액 페닐알라닌 수준을 측정하였다. 주사 후 0, 2, 4 및 8 주에, 신생아 마우스 체중을 측정하였다. 군 3 에서의 신생아 마우스의 성장이 군 2 에서의 신생아 마우스의 성장에 비해 개선된 경우, T-미로 자발적 교차 시험 (T-maze Spontaneous Alternation Test) 및 윈-스테이 8-팔 방사형 미로 작업 (Win-Stay Eight-arm Radial Maze Task) 을 포함하는 거동 시험이 수행될 것이다. 주사 후 8 주에, 각 군으로터 2 마리의 마우스가 희생되고 간에서의 인간 PAH 발현이 측정될 것이다. 희생된 마우스에 대해 메틸옴 (Methylome) 평가 및 긴 뼈와 척추 뼈 평가가 수행될 것이다. 남아 있는 마우스를 유지시켰고, 주사 후 6 개월에 혈액 페닐알라닌을 측정할 것이다.
실시예 14. Hepa1 -6 마우스 간암 세포에서 hAAT CMV 프로모터를 사용하는 인간 PAH 유전자의 렌티바이러스 -전달된 발현
이 실시예는 도 15 에서 나타낸 바와 같이, CMV 즉시 초기 프로모터의 제어 하에 hPAH 발현 구축물을 이용하는 것이 3'UTR 의 존재 또는 부재에 관계없이, 그리고 3'UTR 이 절두되었는지 여부에 관계없이 높은 수준 발현을 제공한다는 것을 설명한다.
인간 PAH 를 합성하고 렌티바이러스 벡터에 삽입하였다. 서열의 삽입을 DNA 서열분석에 의해 확인하였다. 그런 다음, hPAH 서열을 함유하는 렌티바이러스 벡터를 사용하여 인간 Hep3B 세포 (American Type Culture Collection, Manassas, VA 에서 구입) 를 형질도입시켰다. 세포를 렌티바이러스 입자로 형질도입하고, 2-4 일 후 단백질을 PAH 발현에 대해 웨스턴 블롯에 의해 분석하였다. 인간 PAH 의 상대 발현은 항-PAH 항체 (Abcam) 또는 로딩 대조군으로서 항-튜불린 항체 (Sigma) 를 사용하는 면역블롯에 의해 검출되었다. 전장 및 3'UTR-절두된 구축물 둘 모두에서의 hPAH 발현은 각각 hAAT 프로모터 또는 CMV 프로모터에 의해 구동되었다. 렌티바이러스 벡터는 다양한 경우에, 그의 3'UTR 을 갖는 인간 PAH 유전자, 절두된 3'UTR 을 갖는 인간 PAH 유전자를, hAAT 프로모터 또는 CMV 프로모터의 존재 또는 부재 하에 포함하였다.
도 15 에서 나타낸 바와 같이, 하기 4 개 군을 비교한다: Hepa1-6 세포 및 hAAT 프로모터 단독을 포함하는 대조군 (레인 1), hAAT 프로모터의 제어 하에 전장 3'UTR hPAH 를 발현하는 렌티바이러스 벡터 (레인 2), hAAT 프로모터의 제어 하에 절두된 3'UTR hPAH 를 발현하는 렌티바이러스 벡터 (레인 3) 및 CMV 프로모터의 제어 하에 절두된 3'UTR hPAH 를 발현하는 렌티바이러스 벡터를 포함하는 군 (레인 4). 이 실시예는 CMV 즉시 초기 프로모터의 제어 하의 hPAH 발현이 UTR 의 존재 또는 부재에 관계없이, 그리고 UTR 이 절두되었는지 여부에 관계없이 높은 수준 발현을 야기한다는 것을 설명한다. 이는 hPAH 의 높은 수준 생성을 달성하면서 간 조직에서 특이적 발현을 위한 구축물의 생성을 허용한다. 특히, 간 세포에 대한 이식유전자 발현을 제한하는 것은, 페닐케톤뇨증에 대한 유전적 약물에서 벡터 안전성 및 표적 특이성을 위한 중요한 고려 사항이다.
실시예 15. 마우스 Hepa1 -6 세포에서 hAAT 프로모터 및 간-특이적 인핸서 요소 ApoE (1), ApoE (2), 또는 프로트롬빈을 갖는 발현 구축물을 사용하는 hPAH 렌티바이러스 -전달된 발현
이 실시예는 ApoE (1), ApoE (2) 및 프로트롬빈 인핸서가 마우스 Hepa1-6 세포에서 PAH 의 발현을 증가시키기 위해 이용될 수 있다는 것을 설명한다.
인간 PAH 를 합성하고 렌티바이러스 벡터에 삽입하였다. 서열의 삽입을 DNA 서열분석에 의해 확인하였다. 그런 다음, hPAH 서열을 함유하는 렌티바이러스 벡터를 사용하여 인간 Hep3B 세포 (American Type Culture Collection, Manassas, VA 에서 구입) 를 형질도입시켰다. 세포를 렌티바이러스 입자로 형질도입하고, 2-4 일 후 단백질을 PAH 발현에 대해 웨스턴 블롯에 의해 분석하였다. PAH 는 항-PAH 항체 및 항-베타 액틴 항체 (로딩 대조군용) 를 사용하는 면역 블롯에 의해 검출되었다.
도 16 에서 나타낸 바와 같이, 하기 4 개 군을 비교한다: Hepa1-6 세포 단독을 포함하는 대조군 (레인 1), hAAT 프로모터의 제어 하의 전장 3'UTR hPAH 를 갖는 ApoE(1) 인핸서를 발현하는 렌티바이러스 벡터 (레인 2), hAAT 프로모터의 제어 하의 전장 3'UTR hPAH 를 갖는 ApoE(2) 인핸서를 발현하는 렌티바이러스 벡터 (레인 3) 및 hAAT 프로모터의 제어 하의 전장 3'UTR hPAH 를 갖는 프로트롬빈 인핸서를 발현하는 렌티바이러스 벡터 (레인 4). 이 실시예는 ApoE (1), ApoE (2) 및 프로트롬빈 인핸서가 각각 hAAT 프로모터의 제어 하에 마우스 Hepa1-6 세포에서 PAH 의 발현을 증가시키기 위해 이용될 수 있다는 것을 설명한다.
상기 실시예 구현예의 개시물은 하기 청구범위 및 그의 등가물에 나타내는 본 발명의 범주를 예시하는 것으로 의도되지만 이를 제한하는 것은 아니다. 본 발명의 실시예 구현예가 이해의 명확성을 목적으로 일부 상세히 기재되었으나, 특정 변화 및 변형이 하기의 청구범위의 범주 내에서 실행될 수 있다는 것이 명백할 것이다. 하기 청구범위에서, 요소 및/또는 단계는 청구범위에 명시적으로 언급되거나 본 개시물에 의해 암시적으로 요구되지 않는 한, 임의의 특정 작업 순서를 의미하지 않는다.
서열 목록
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Figure pct00039
Figure pct00040
Figure pct00041
Figure pct00042
Figure pct00043
Figure pct00044
Figure pct00045
Figure pct00046
<110> American Gene Technologies International Inc. <120> COMPOSITIONS AND METHODS FOR TREATING PHENYLKETONURIA <130> 70612.00716 <140> WO PCT/US2018/025733 <141> 2018-04-02 <150> US 62/480,962 <151> 2017-04-03 <150> US 62/491,118 <151> 2017-04-27 <160> 58 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 1359 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PAH <400> 1 atgtccactg cggtcctgga aaacccaggc ttgggcagga aactctctga ctttggacag 60 gaaacaagct atattgaaga caactgcaat caaaatggtg ccatatcact gatcttctca 120 ctcaaagaag aagttggtgc attggccaaa gtattgcgct tatttgagga gaatgatgta 180 aacctgaccc acattgaatc tagaccttct cgtttaaaga aagatgagta tgaatttttc 240 acccatttgg ataaacgtag cctgcctgct ctgacaaaca tcatcaagat cttgaggcat 300 gacattggtg ccactgtcca tgagctttca cgagataaga agaaagacac agtgccctgg 360 ttcccaagaa ccattcaaga gctggacaga tttgccaatc agattctcag ctatggagcg 420 gaactggatg ctgaccaccc tggttttaaa gatcctgtgt accgtgcaag acggaagcag 480 tttgctgaca ttgcctacaa ctaccgccat gggcagccca tccctcgagt ggaatacatg 540 gaggaagaaa agaaaacatg gggcacagtg ttcaagactc tgaagtcctt gtataaaacc 600 catgcttgct atgagtacaa tcacattttt ccacttcttg aaaagtactg tggcttccat 660 gaagataaca ttccccagct ggaagacgtt tctcaattcc tgcagacttg cactggtttc 720 cgcctccgac ctgtggctgg cctgctttcc tctcgggatt tcttgggtgg cctggccttc 780 cgagtcttcc actgcacaca gtacatcaga catggatcca agcccatgta tacccccgaa 840 cctgacatct gccatgagct gttgggacat gtgcccttgt tttcagatcg cagctttgcc 900 cagttttccc aggaaattgg ccttgcctct ctgggtgcac ctgatgaata cattgaaaag 960 ctcgccacaa tttactggtt tactgtggag tttgggctct gcaaacaagg agactccata 1020 aaggcatatg gtgctgggct cctgtcatcc tttggtgaat tacagtactg cttatcagag 1080 aagccaaagc ttctccccct ggagctggag aagacagcca tccaaaatta cactgtcacg 1140 gagttccagc ccctgtatta cgtggcagag agttttaatg atgccaagga gaaagtaagg 1200 aactttgctg ccacaatacc tcggcccttc tcagttcgct acgacccata cacccaaagg 1260 attgaggtct tggacaatac ccagcagctt aagattttgg ctgattccat taacagtgaa 1320 attggaatcc tttgcagtgc cctccagaaa ataaagtaa 1359 <210> 2 <211> 1359 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Codon optimized PAH <400> 2 atgagcacag ctgtgttgga aaatcctggg ctgggccgta agctttccga tttcggccag 60 gagacttcat acattgagga caactgcaac cagaatgggg ccatttcttt gatcttcagt 120 ctcaaagaag aggtaggcgc tctggctaag gtcctgaggc tgtttgagga aaatgacgtg 180 aatctgacac acattgagtc taggccttcc cgacttaaga aggatgagta tgagttcttc 240 acacacctgg acaaacgatc tctcccagca ctgaccaata tcatcaagat tctcaggcat 300 gatatcggtg ccacggtcca cgaactttca cgcgataaga agaaagacac agttccctgg 360 ttcccgagaa ccattcagga actggatagg tttgccaatc agattctgag ctatggggca 420 gagttggatg ccgaccatcc aggcttcaaa gaccccgtat atcgggctcg gagaaagcag 480 tttgcagaca tcgcttacaa ttacaggcat ggacagccca tccctagagt ggagtacatg 540 gaagaaggca agaaaacctg gggaacggtg tttaagaccc tcaaaagcct gtataagacc 600 cacgcgtgtt atgagtacaa ccacattttc ccattgctgg agaagtactg tggctttcac 660 gaggacaaca tccctcaact ggaggatgtt tcacagttcc ttcagacttg cactggtttc 720 cgccttcgac ctgtggctgg gctgcttagc tcacgggact tcctgggagg cctggccttc 780 agagtctttc actgcactca gtacattcgg catggctcta agccaatgta cacccctgaa 840 ccggatatat gccacgagct gttgggacat gtgcccctgt tttctgatcg cagctttgcc 900 cagttttccc aggagattgg cctggcaagt cttggtgcgc ctgatgagta catcgagaag 960 ctcgcgacaa tctactggtt caccgtggaa tttggactct gcaaacaagg ggactctatc 1020 aaagcctacg gagcaggact cctctccagc ttcggtgaac tgcagtattg tctgtccgag 1080 aaacccaaac tcttgcccct ggaactggaa aagactgcca tccaaaacta tactgtcacg 1140 gaatttcagc cactgtatta tgtggctgaa tcctttaacg atgccaagga gaaggtccgt 1200 aattttgctg ccacaatacc acgccccttc agcgtgagat acgacccgta tacacaacgg 1260 atagaggttc tggacaacac ccagcaactg aaaattctgg cagacagtat aaacagcgaa 1320 atagggatcc tctgtagtgc cctgcagaaa atcaaatga 1359 <210> 3 <211> 897 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PAH 3'UTR sequence (897 nucleotides) <400> 3 agccatggac agaatgtggt ctgtcagctg tgaatctgtt gatggagatc caactatttc 60 tttcatcaga aaaagtccga aaagcaaacc ttaatttgaa ataacagcct taaatccttt 120 acaagatgga gaaacaacaa ataagtcaaa ataatctgaa atgacaggat atgagtacat 180 actcaagagc ataatggtaa atcttttggg gtcatctttg atttagagat gataatccca 240 tactctcaat tgagttaaat cagtaatctg tcgcatttca tcaagattaa ttaaaatttg 300 ggacctgctt cattcaagct tcatatatgc tttgcagaga actcataaag gagcatataa 360 ggctaaatgt aaaacccaag actgtcatta gaattgaatt attgggctta atataaatcg 420 taacctatga agtttatttt ttattttagt taactatgat tccaattact actttgttat 480 tgtacctaag taaattttct ttaagtcaga agcccattaa aatagttaca agcattgaac 540 ttctttagta ttatattaat ataaaaacat ttttgtatgt tttattgtaa tcataaatac 600 tgctgtataa ggtaataaaa ctctgcacct aatccccata acttccagta tcattttcca 660 attaattatc aagtctgttt tgggaaacac tttgaggaca tttatgatgc agcagatgtt 720 gactaaaggc ttggttggta gatattcagg aaatgttcac tgaataaata agtaaataca 780 ttattgaaaa gcaaatctgt ataaatgtga aatttttatt tgtattagta ataaaacatt 840 agtagtttaa acaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaactcgact ctagatt 897 <210> 4 <211> 289 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PAH 3'UTR sequence (289 nucleotides) <400> 4 agccatggac agaatgtggt ctgtcagctg tgaatctgtt gatggagatc caactatttc 60 tttcatcaga aaaagtccga aaagcaaacc ttaatttgaa ataacagcct taaatccttt 120 acaagatgga gaaacaacaa ataagtcaaa ataatctgaa atgacaggat atgagtacat 180 actcaagagc ataatggtaa atcttttggg gtcatctttg atttagagat gataatccca 240 tactctcaat tgagttaaat cagtaatctg tcgcatttca tcaagatta 289 <210> 5 <211> 53 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PAH shRNA sequence #1 <400> 5 tcgcatttca tcaagattaa tctcgagatt aatcttgatg aaatgcgatt ttt 53 <210> 6 <211> 53 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PAH shRNA sequence #2 <400> 6 actcataaag gagcatataa gctcgagctt atatgctcct ttatgagttt ttt 53 <210> 7 <211> 228 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Rous Sarcoma virus (RSV) promoter <400> 7 gtagtcttat gcaatactct tgtagtcttg caacatggta acgatgagtt agcaacatgc 60 cttacaagga gagaaaaagc accgtgcatg ccgattggtg gaagtaaggt ggtacgatcg 120 tgccttatta ggaaggcaac agacgggtct gacatggatt ggacgaacca ctgaattgcc 180 gcattgcaga gatattgtat ttaagtgcct agctcgatac aataaacg 228 <210> 8 <211> 180 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> 5' Long terminal repeat (LTR) <400> 8 ggtctctctg gttagaccag atctgagcct gggagctctc tggctaacta gggaacccac 60 tgcttaagcc tcaataaagc ttgccttgag tgcttcaagt agtgtgtgcc cgtctgttgt 120 gtgactctgg taactagaga tccctcagac ccttttagtc agtgtggaaa atctctagca 180 180 <210> 9 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Psi Packaging signal <400> 9 tacgccaaaa attttgacta gcggaggcta gaaggagaga g 41 <210> 10 <211> 233 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Rev response element (RRE) <400> 10 aggagctttg ttccttgggt tcttgggagc agcaggaagc actatgggcg cagcctcaat 60 gacgctgacg gtacaggcca gacaattatt gtctggtata gtgcagcagc agaacaattt 120 gctgagggct attgaggcgc aacagcatct gttgcaactc acagtctggg gcatcaagca 180 gctccaggca agaatcctgg ctgtggaaag atacctaaag gatcaacagc tcc 233 <210> 11 <211> 118 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Central polypurine tract (cPPT) <400> 11 ttttaaaaga aaagggggga ttggggggta cagtgcaggg gaaagaatag tagacataat 60 agcaacagac atacaaacta aagaattaca aaaacaaatt acaaaattca aaatttta 118 <210> 12 <211> 397 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Human alpha-1 antitrypsin promoter (hAAT) <400> 12 gatcttgcta ccagtggaac agccactaag gattctgcag tgagagcaga gggccagcta 60 agtggtactc tcccagagac tgtctgactc acgccacccc ctccaccttg gacacaggac 120 gctgtggttt ctgagccagg tacaatgact cctttcggta agtgcagtgg aagctgtaca 180 ctgcccaggc aaagcgtccg ggcagcgtag gcgggcgact cagatcccag ccagtggact 240 tagcccctgt ttgctcctcc gataactggg gtgaccttgg ttaatattca ccagcagcct 300 cccccgttgc ccctctggat ccactgctta aatacggacg aggacagggc cctgtctcct 360 cagcttcagg caccaccact gacctgggac agtgaat 397 <210> 13 <211> 590 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Long WPRE sequence <400> 13 aatcaacctc tgattacaaa atttgtgaaa gattgactgg tattcttaac tatgttgctc 60 cttttacgct atgtggatac gctgctttaa tgcctttgta tcatgctatt gcttcccgta 120 tggctttcat tttctcctcc ttgtataaat cctggttgct gtctctttat gaggagttgt 180 ggcccgttgt caggcaacgt ggcgtggtgt gcactgtgtt tgctgacgca acccccactg 240 gttggggcat tgccaccacc tgtcagctcc tttccgggac tttcgctttc cccctcccta 300 ttgccacggc ggaactcatc gccgcctgcc ttgcccgctg ctggacaggg gctcggctgt 360 tgggcactga caattccgtg gtgttgtcgg ggaaatcatc gtcctttcct tggctgctcg 420 cctgtgttgc cacctggatt ctgcgcggga cgtccttctg ctacgtccct tcggccctca 480 atccagcgga ccttccttcc cgcggcctgc tgccggctct gcggcctctt ccgcgtcttc 540 gccttcgccc tcagacgagt cggatctccc tttgggccgc ctccccgcct 590 <210> 14 <211> 250 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> 3' delta LTR <400> 14 tggaagggct aattcactcc caacgaagat aagatctgct ttttgcttgt actgggtctc 60 tctggttaga ccagatctga gcctgggagc tctctggcta actagggaac ccactgctta 120 agcctcaata aagcttgcct tgagtgcttc aagtagtgtg tgcccgtctg ttgtgtgact 180 ctggtaacta gagatccctc agaccctttt agtcagtgtg gaaaatctct agcagtagta 240 gttcatgtca 250 <210> 15 <211> 217 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> H1 Promoter <400> 15 gaacgctgac gtcatcaacc cgctccaagg aatcgcgggc ccagtgtcac taggcgggaa 60 cacccagcgc gcgtgcgccc tggcaggaag atggctgtga gggacagggg agtggcgccc 120 tgcaatattt gcatgtcgct atgtgttctg ggaaatcacc ataaacgtga aatgtctttg 180 gatttgggaa tcttataagt tctgtatgag accactt 217 <210> 16 <211> 642 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CAG promoter <400> 16 tagttattaa tagtaatcaa ttacggggtc attagttcat agcccatata tggagttccg 60 cgttacataa cttacggtaa atggcccgcc tggctgaccg cccaacgacc cccgcccatt 120 gacgtcaata atgacgtatg ttcccatagt aacgccaata gggactttcc attgacgtca 180 atgggtggac tatttacggt aaactgccca cttggcagta catcaagtgt atcatatgcc 240 aagtacgccc cctattgacg tcaatgacgg taaatggccc gcctggcatt atgcccagta 300 catgacctta tgggactttc ctacttggca gtacatctac gtattagtca tcgctattac 360 catgggtcga ggtgagcccc acgttctgct tcactctccc catctccccc ccctccccac 420 ccccaatttt gtatttattt attttttaat tattttgtgc agcgatgggg gcgggggggg 480 ggggggcgcg cgccaggcgg ggcggggcgg ggcgaggggc ggggcggggc gaggcggaga 540 ggtgcggcgg cagccaatca gagcggcgcg ctccgaaagt ttccttttat ggcgaggcgg 600 cggcggcggc ggccctataa aaagcgaagc gcgcggcggg cg 642 <210> 17 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660 caaaattttc gggtttatta cagggacagc agagatccag tttggaaagg accagcaaag 720 ctcctctgga aaggtgaagg ggcagtagta atacaagata atagtgacat aaaagtagtg 780 ccaagaagaa aagcaaagat catcagggat tatggaaaac agatggcagg tgatgattgt 840 gtggcaagta gacaggatga ggattaa 867 <210> 20 <211> 234 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HIV RRE <400> 20 aggagctttg ttccttgggt tcttgggagc agcaggaagc actatgggcg cagcgtcaat 60 gacgctgacg gtacaggcca gacaattatt gtctggtata gtgcagcagc agaacaattt 120 gctgagggct attgaggcgc aacagcatct gttgcaactc acagtctggg gcatcaagca 180 gctccaggca agaatcctgg ctgtggaaag atacctaaag gatcaacagc tcct 234 <210> 21 <211> 351 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HIV Rev <400> 21 atggcaggaa gaagcggaga cagcgacgaa gaactcctca aggcagtcag actcatcaag 60 tttctctatc aaagcaaccc acctcccaat cccgagggga cccgacaggc ccgaaggaat 120 agaagaagaa ggtggagaga gagacagaga cagatccatt cgattagtga acggatcctt 180 agcacttatc tgggacgatc tgcggagcct gtgcctcttc agctaccacc gcttgagaga 240 cttactcttg attgtaacga ggattgtgga 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gaattcatga agtgcctttt gtacttagcc tttttattca ttggggtgaa ttgcaagttc 60 accatagttt ttccacacaa ccaaaaagga aactggaaaa atgttccttc taattaccat 120 tattgcccgt caagctcaga tttaaattgg cataatgact taataggcac agccttacaa 180 gtcaaaatgc ccaagagtca caaggctatt caagcagacg gttggatgtg tcatgcttcc 240 aaatgggtca ctacttgtga tttccgctgg tatggaccga agtatataac acattccatc 300 cgatccttca ctccatctgt agaacaatgc aaggaaagca ttgaacaaac gaaacaagga 360 acttggctga atccaggctt ccctcctcaa agttgtggat atgcaactgt gacggatgcc 420 gaagcagtga ttgtccaggt gactcctcac catgtgctgg ttgatgaata cacaggagaa 480 tgggttgatt cacagttcat caacggaaaa tgcagcaatt acatatgccc cactgtccat 540 aactctacaa cctggcattc tgactataag gtcaaagggc tatgtgattc taacctcatt 600 tccatggaca tcaccttctt ctcagaggac ggagagctat catccctggg aaaggagggc 660 acagggttca gaagtaacta ctttgcttat gaaactggag gcaaggcctg caaaatgcaa 720 tactgcaagc attggggagt cagactccca tcaggtgtct ggttcgagat ggctgataag 780 gatctctttg ctgcagccag attccctgaa tgcccagaag ggtcaagtat ctctgctcca 840 tctcagacct cagtggatgt 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cccaacgacc cccgcccatt 120 gacgtcaata atgacgtatg ttcccatagt aacgccaata gggactttcc attgacgtca 180 atgggtggac tatttacggt aaactgccca cttggcagta catcaagtgt atcatatgcc 240 aagtacgccc cctattgacg tcaatgacgg taaatggccc gcctggcatt atgcccagta 300 catgacctta tgggactttc ctacttggca gtacatctac gtattagtca tc 352 <210> 25 <211> 960 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Chicken beta actin intron <400> 25 ggagtcgctg cgttgccttc gccccgtgcc ccgctccgcg ccgcctcgcg ccgcccgccc 60 cggctctgac tgaccgcgtt actcccacag gtgagcgggc gggacggccc ttctcctccg 120 ggctgtaatt agcgcttggt ttaatgacgg ctcgtttctt ttctgtggct gcgtgaaagc 180 cttaaagggc tccgggaggg ccctttgtgc gggggggagc ggctcggggg gtgcgtgcgt 240 gtgtgtgtgc gtggggagcg ccgcgtgcgg cccgcgctgc ccggcggctg tgagcgctgc 300 gggcgcggcg cggggctttg tgcgctccgc gtgtgcgcga ggggagcgcg gccgggggcg 360 gtgccccgcg gtgcgggggg gctgcgaggg gaacaaaggc tgcgtgcggg gtgtgtgcgt 420 gggggggtga gcagggggtg tgggcgcggc ggtcgggctg taaccccccc ctgcaccccc 480 ctccccgagt tgctgagcac ggcccggctt cgggtgcggg gctccgtgcg gggcgtggcg 540 cggggctcgc cgtgccgggc ggggggtggc ggcaggtggg ggtgccgggc ggggcggggc 600 cgcctcgggc cggggagggc tcgggggagg ggcgcggcgg ccccggagcg ccggcggctg 660 tcgaggcgcg gcgagccgca gccattgcct tttatggtaa tcgtgcgaga gggcgcaggg 720 acttcctttg tcccaaatct ggcggagccg aaatctggga ggcgccgccg caccccctct 780 agcgggcgcg ggcgaagcgg tgcggcgccg gcaggaagga aatgggcggg gagggccttc 840 gtgcgtcgcc gcgccgccgt ccccttctcc atctccagcc tcggggctgc cgcaggggga 900 cggctgcctt cgggggggac ggggcagggc ggggttcggc ttctggcgtg tgaccggcgg 960 960 <210> 26 <211> 448 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Rabbit beta globin poly A <400> 26 agatcttttt ccctctgcca aaaattatgg ggacatcatg aagccccttg agcatctgac 60 ttctggctaa taaaggaaat ttattttcat tgcaatagtg tgttggaatt ttttgtgtct 120 ctcactcgga aggacatatg ggagggcaaa tcatttaaaa catcagaatg agtatttggt 180 ttagagtttg gcaacatatg ccatatgctg gctgccatga acaaaggtgg ctataaagag 240 gtcatcagta tatgaaacag ccccctgctg tccattcctt attccataga aaagccttga 300 cttgaggtta gatttttttt atattttgtt ttgtgttatt tttttcttta acatccctaa 360 aattttcctt acatgtttta ctagccagat ttttcctcct ctcctgacta ctcccagtca 420 tagctgtccc tcttctctta tgaagatc 448 <210> 27 <211> 573 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Beta globin intron <400> 27 gtgagtttgg ggacccttga ttgttctttc tttttcgcta ttgtaaaatt catgttatat 60 ggagggggca aagttttcag ggtgttgttt agaatgggaa gatgtccctt gtatcaccat 120 ggaccctcat gataattttg tttctttcac tttctactct gttgacaacc attgtctcct 180 cttattttct tttcattttc tgtaactttt tcgttaaact ttagcttgca tttgtaacga 240 atttttaaat tcacttttgt ttatttgtca gattgtaagt actttctcta atcacttttt 300 tttcaaggca atcagggtat attatattgt acttcagcac agttttagag aacaattgtt 360 ataattaaat gataaggtag aatatttctg catataaatt ctggctggcg tggaaatatt 420 cttattggta gaaacaacta caccctggtc atcatcctgc ctttctcttt atggttacaa 480 tgatatacac tgtttgagat gaggataaaa tactctgagt ccaaaccggg cccctctgct 540 aaccatgttc atgccttctt ctctttccta cag 573 <210> 28 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer <400> 28 taagcagaat tcatgaattt gccaggaaga t 31 <210> 29 <211> 36 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer <400> 29 ccatacaatg aatggacact aggcggccgc acgaat 36 <210> 30 <211> 2745 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Gag, Pol, Integrase fragment <400> 30 gaattcatga atttgccagg aagatggaaa ccaaaaatga tagggggaat tggaggtttt 60 atcaaagtaa gacagtatga tcagatactc atagaaatct gcggacataa agctataggt 120 acagtattag taggacctac acctgtcaac ataattggaa gaaatctgtt gactcagatt 180 ggctgcactt taaattttcc cattagtcct attgagactg taccagtaaa attaaagcca 240 ggaatggatg gcccaaaagt taaacaatgg ccattgacag aagaaaaaat aaaagcatta 300 gtagaaattt gtacagaaat ggaaaaggaa ggaaaaattt caaaaattgg gcctgaaaat 360 ccatacaata ctccagtatt tgccataaag aaaaaagaca gtactaaatg gagaaaatta 420 gtagatttca gagaacttaa taagagaact caagatttct gggaagttca attaggaata 480 ccacatcctg cagggttaaa acagaaaaaa tcagtaacag tactggatgt gggcgatgca 540 tatttttcag ttcccttaga taaagacttc aggaagtata ctgcatttac catacctagt 600 ataaacaatg agacaccagg gattagatat cagtacaatg tgcttccaca gggatggaaa 660 ggatcaccag caatattcca gtgtagcatg acaaaaatct tagagccttt tagaaaacaa 720 aatccagaca tagtcatcta tcaatacatg gatgatttgt atgtaggatc tgacttagaa 780 atagggcagc atagaacaaa aatagaggaa ctgagacaac atctgttgag gtggggattt 840 accacaccag acaaaaaaca tcagaaagaa cctccattcc tttggatggg ttatgaactc 900 catcctgata aatggacagt acagcctata gtgctgccag aaaaggacag ctggactgtc 960 aatgacatac agaaattagt gggaaaattg aattgggcaa gtcagattta tgcagggatt 1020 aaagtaaggc aattatgtaa acttcttagg ggaaccaaag cactaacaga agtagtacca 1080 ctaacagaag aagcagagct agaactggca gaaaacaggg agattctaaa agaaccggta 1140 catggagtgt attatgaccc atcaaaagac ttaatagcag aaatacagaa gcaggggcaa 1200 ggccaatgga catatcaaat ttatcaagag ccatttaaaa atctgaaaac aggaaagtat 1260 gcaagaatga agggtgccca cactaatgat gtgaaacaat taacagaggc agtacaaaaa 1320 atagccacag aaagcatagt aatatgggga aagactccta aatttaaatt acccatacaa 1380 aaggaaacat gggaagcatg gtggacagag tattggcaag ccacctggat tcctgagtgg 1440 gagtttgtca atacccctcc 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tccctacaat ccccaaagtc aaggagtaat agaatctatg 2340 aataaagaat taaagaaaat tataggacag gtaagagatc aggctgaaca tcttaagaca 2400 gcagtacaaa tggcagtatt catccacaat tttaaaagaa aaggggggat tggggggtac 2460 agtgcagggg aaagaatagt agacataata gcaacagaca tacaaactaa agaattacaa 2520 aaacaaatta caaaaattca aaattttcgg gtttattaca gggacagcag agatccagtt 2580 tggaaaggac cagcaaagct cctctggaaa ggtgaagggg cagtagtaat acaagataat 2640 agtgacataa aagtagtgcc aagaagaaaa gcaaagatca tcagggatta tggaaaacag 2700 atggcaggtg atgattgtgt ggcaagtaga caggatgagg attaa 2745 <210> 31 <211> 1586 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA Fragment containing Rev, RRE and rabbit beta globin poly A <400> 31 tctagaatgg caggaagaag cggagacagc gacgaagagc tcatcagaac agtcagactc 60 atcaagcttc tctatcaaag caacccacct cccaatcccg aggggacccg acaggcccga 120 aggaatagaa gaagaaggtg gagagagaga cagagacaga tccattcgat tagtgaacgg 180 atccttggca cttatctggg acgatctgcg gagcctgtgc ctcttcagct accaccgctt 240 gagagactta ctcttgattg taacgaggat tgtggaactt ctgggacgca gggggtggga 300 agccctcaaa tattggtgga atctcctaca atattggagt caggagctaa agaatagagg 360 agctttgttc cttgggttct tgggagcagc aggaagcact atgggcgcag cgtcaatgac 420 gctgacggta caggccagac aattattgtc tggtatagtg cagcagcaga acaatttgct 480 gagggctatt gaggcgcaac agcatctgtt gcaactcaca gtctggggca tcaagcagct 540 ccaggcaaga atcctggctg tggaaagata cctaaaggat caacagctcc tagatctttt 600 tccctctgcc aaaaattatg gggacatcat gaagcccctt gagcatctga cttctggcta 660 ataaaggaaa tttattttca ttgcaatagt gtgttggaat tttttgtgtc tctcactcgg 720 aaggacatat gggagggcaa atcatttaaa acatcagaat gagtatttgg tttagagttt 780 ggcaacatat gccatatgct ggctgccatg aacaaaggtg gctataaaga ggtcatcagt 840 atatgaaaca gccccctgct gtccattcct tattccatag aaaagccttg acttgaggtt 900 agattttttt tatattttgt tttgtgttat ttttttcttt aacatcccta aaattttcct 960 tacatgtttt actagccaga tttttcctcc tctcctgact actcccagtc atagctgtcc 1020 ctcttctctt atgaagatcc ctcgacctgc agcccaagct tggcgtaatc atggtcatag 1080 ctgtttcctg tgtgaaattg ttatccgctc acaattccac acaacatacg agccggaagc 1140 ataaagtgta aagcctgggg tgcctaatga gtgagctaac tcacattaat tgcgttgcgc 1200 tcactgcccg ctttccagtc gggaaacctg tcgtgccagc ggatccgcat ctcaattagt 1260 cagcaaccat agtcccgccc ctaactccgc ccatcccgcc cctaactccg cccagttccg 1320 cccattctcc gccccatggc tgactaattt tttttattta tgcagaggcc gaggccgcct 1380 cggcctctga gctattccag aagtagtgag gaggcttttt tggaggccta ggcttttgca 1440 aaaagctaac ttgtttattg cagcttataa tggttacaaa taaagcaata gcatcacaaa 1500 tttcacaaat aaagcatttt tttcactgca ttctagttgt ggtttgtcca aactcatcaa 1560 tgtatcttat cagcggccgc cccggg 1586 <210> 32 <211> 1614 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA fragment containing the CAG enhancer/promoter/intron sequence <400> 32 acgcgttagt tattaatagt aatcaattac ggggtcatta gttcatagcc catatatgga 60 gttccgcgtt acataactta cggtaaatgg cccgcctggc tgaccgccca acgacccccg 120 cccattgacg tcaataatga cgtatgttcc catagtaacg ccaataggga ctttccattg 180 acgtcaatgg gtggactatt tacggtaaac tgcccacttg gcagtacatc aagtgtatca 240 tatgccaagt acgcccccta ttgacgtcaa tgacggtaaa tggcccgcct ggcattatgc 300 ccagtacatg accttatggg actttcctac ttggcagtac atctacgtat tagtcatcgc 360 tattaccatg ggtcgaggtg agccccacgt tctgcttcac tctccccatc tcccccccct 420 ccccaccccc aattttgtat ttatttattt tttaattatt ttgtgcagcg atgggggcgg 480 gggggggggg ggcgcgcgcc aggcggggcg gggcggggcg aggggcgggg cggggcgagg 540 cggagaggtg cggcggcagc caatcagagc ggcgcgctcc gaaagtttcc ttttatggcg 600 aggcggcggc ggcggcggcc ctataaaaag cgaagcgcgc ggcgggcggg agtcgctgcg 660 ttgccttcgc cccgtgcccc gctccgcgcc gcctcgcgcc gcccgccccg gctctgactg 720 accgcgttac tcccacaggt gagcgggcgg gacggccctt ctcctccggg ctgtaattag 780 cgcttggttt aatgacggct cgtttctttt ctgtggctgc gtgaaagcct taaagggctc 840 cgggagggcc ctttgtgcgg gggggagcgg ctcggggggt gcgtgcgtgt gtgtgtgcgt 900 ggggagcgcc gcgtgcggcc cgcgctgccc ggcggctgtg agcgctgcgg gcgcggcgcg 960 gggctttgtg cgctccgcgt gtgcgcgagg ggagcgcggc cgggggcggt gccccgcggt 1020 gcgggggggc tgcgagggga acaaaggctg cgtgcggggt gtgtgcgtgg gggggtgagc 1080 agggggtgtg ggcgcggcgg tcgggctgta acccccccct gcacccccct ccccgagttg 1140 ctgagcacgg cccggcttcg ggtgcggggc tccgtgcggg gcgtggcgcg gggctcgccg 1200 tgccgggcgg ggggtggcgg caggtggggg tgccgggcgg ggcggggccg cctcgggccg 1260 gggagggctc gggggagggg cgcggcggcc ccggagcgcc ggcggctgtc gaggcgcggc 1320 gagccgcagc cattgccttt tatggtaatc gtgcgagagg gcgcagggac ttcctttgtc 1380 ccaaatctgg cggagccgaa atctgggagg cgccgccgca ccccctctag cgggcgcggg 1440 cgaagcggtg cggcgccggc aggaaggaaa tgggcgggga gggccttcgt gcgtcgccgc 1500 gccgccgtcc ccttctccat ctccagcctc ggggctgccg cagggggacg gctgccttcg 1560 ggggggacgg ggcagggcgg ggttcggctt ctggcgtgtg accggcggga attc 1614 <210> 33 <211> 884 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RSV promoter and HIV Rev <400> 33 caattgcgat gtacgggcca gatatacgcg tatctgaggg gactagggtg tgtttaggcg 60 aaaagcgggg cttcggttgt acgcggttag gagtcccctc aggatatagt agtttcgctt 120 ttgcataggg agggggaaat gtagtcttat gcaatacact tgtagtcttg caacatggta 180 acgatgagtt agcaacatgc cttacaagga gagaaaaagc accgtgcatg ccgattggtg 240 gaagtaaggt ggtacgatcg tgccttatta ggaaggcaac agacaggtct gacatggatt 300 ggacgaacca ctgaattccg cattgcagag ataattgtat ttaagtgcct agctcgatac 360 aataaacgcc atttgaccat tcaccacatt ggtgtgcacc tccaagctcg agctcgttta 420 gtgaaccgtc agatcgcctg gagacgccat ccacgctgtt ttgacctcca tagaagacac 480 cgggaccgat ccagcctccc ctcgaagcta gcgattaggc atctcctatg gcaggaagaa 540 gcggagacag cgacgaagaa ctcctcaagg cagtcagact catcaagttt ctctatcaaa 600 gcaacccacc tcccaatccc gaggggaccc gacaggcccg aaggaataga agaagaaggt 660 ggagagagag acagagacag atccattcga ttagtgaacg gatccttagc acttatctgg 720 gacgatctgc ggagcctgtg cctcttcagc taccaccgct tgagagactt actcttgatt 780 gtaacgagga ttgtggaact tctgggacgc agggggtggg aagccctcaa atattggtgg 840 aatctcctac aatattggag tcaggagcta aagaatagtc taga 884 <210> 34 <211> 1104 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Elongation Factor-1 alpha (EF1-alpha) promoter <400> 34 ccggtgccta gagaaggtgg cgcggggtaa actgggaaag tgatgtcgtg tactggctcc 60 gcctttttcc cgagggtggg ggagaaccgt atataagtgc agtagtcgcc gtgaacgttc 120 tttttcgcaa cgggtttgcc gccagaacac aggtaagtgc cgtgtgtggt tcccgcgggc 180 ctggcctctt tacgggttat ggcccttgcg tgccttgaat tacttccacg cccctggctg 240 cagtacgtga ttcttgatcc cgagcttcgg gttggaagtg ggtgggagag ttcgaggcct 300 tgcgcttaag gagccccttc gcctcgtgct tgagttgagg cctggcctgg gcgctggggc 360 cgccgcgtgc gaatctggtg gcaccttcgc gcctgtctcg ctgctttcga taagtctcta 420 gccatttaaa atttttgatg acctgctgcg acgctttttt tctggcaaga tagtcttgta 480 aatgcgggcc aagatctgca cactggtatt tcggtttttg gggccgcggg cggcgacggg 540 gcccgtgcgt cccagcgcac atgttcggcg aggcggggcc tgcgagcgcg gccaccgaga 600 atcggacggg ggtagtctca agctggccgg cctgctctgg tgcctggcct cgcgccgccg 660 tgtatcgccc cgccctgggc ggcaaggctg gcccggtcgg caccagttgc gtgagcggaa 720 agatggccgc ttcccggccc tgctgcaggg agctcaaaat ggaggacgcg gcgctcggga 780 gagcgggcgg gtgagtcacc cacacaaagg aaaagggcct ttccgtcctc agccgtcgct 840 tcatgtgact ccacggagta ccgggcgccg tccaggcacc tcgattagtt ctcgagcttt 900 tggagtacgt cgtctttagg ttggggggag gggttttatg cgatggagtt tccccacact 960 gagtgggtgg agactgaagt taggccagct tggcacttga tgtaattctc cttggaattt 1020 gccctttttg agtttggatc ttggttcatt ctcaagcctc agacagtggt tcaaagtttt 1080 tttcttccat ttcaggtgtc gtga 1104 <210> 35 <211> 511 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Promoter-PGK <400> 35 ggggttgggg ttgcgccttt tccaaggcag ccctgggttt gcgcagggac gcggctgctc 60 tgggcgtggt tccgggaaac gcagcggcgc cgaccctggg tctcgcacat tcttcacgtc 120 cgttcgcagc gtcacccgga tcttcgccgc tacccttgtg ggccccccgg cgacgcttcc 180 tgctccgccc ctaagtcggg aaggttcctt gcggttcgcg gcgtgccgga cgtgacaaac 240 ggaagccgca cgtctcacta gtaccctcgc agacggacag cgccagggag caatggcagc 300 gcgccgaccg cgatgggctg tggccaatag cggctgctca gcagggcgcg ccgagagcag 360 cggccgggaa ggggcggtgc gggaggcggg gtgtggggcg gtagtgtggg ccctgttcct 420 gcccgcgcgg tgttccgcat tctgcaagcc tccggagcgc acgtcggcag tcggctccct 480 cgttgaccga atcaccgacc tctctcccca g 511 <210> 36 <211> 1162 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Promoter-UbC <400> 36 gcgccgggtt ttggcgcctc ccgcgggcgc ccccctcctc acggcgagcg ctgccacgtc 60 agacgaaggg cgcaggagcg ttcctgatcc ttccgcccgg acgctcagga cagcggcccg 120 ctgctcataa gactcggcct tagaacccca gtatcagcag aaggacattt taggacggga 180 cttgggtgac tctagggcac tggttttctt tccagagagc ggaacaggcg aggaaaagta 240 gtcccttctc ggcgattctg cggagggatc tccgtggggc ggtgaacgcc gatgattata 300 taaggacgcg ccgggtgtgg cacagctagt tccgtcgcag ccgggatttg ggtcgcggtt 360 cttgtttgtg gatcgctgtg atcgtcactt ggtgagttgc gggctgctgg gctggccggg 420 gctttcgtgg ccgccgggcc gctcggtggg acggaagcgt gtggagagac cgccaagggc 480 tgtagtctgg gtccgcgagc aaggttgccc tgaactgggg gttgggggga gcgcacaaaa 540 tggcggctgt tcccgagtct tgaatggaag acgcttgtaa ggcgggctgt gaggtcgttg 600 aaacaaggtg gggggcatgg tgggcggcaa gaacccaagg tcttgaggcc ttcgctaatg 660 cgggaaagct cttattcggg tgagatgggc tggggcacca tctggggacc ctgacgtgaa 720 gtttgtcact gactggagaa ctcgggtttg tcgtctggtt gcgggggcgg cagttatgcg 780 gtgccgttgg gcagtgcacc cgtacctttg ggagcgcgcg cctcgtcgtg tcgtgacgtc 840 acccgttctg ttggcttata atgcagggtg gggccacctg ccggtaggtg tgcggtaggc 900 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<212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Prothrombin enhancer <400> 48 gcgagaactt gtgcctcccc gtgttcctgc tctttgtccc tctgtcctac ttagactaat 60 atttgccttg ggtactgcaa acaggaaatg ggggagggac aggagtaggg cggagggtag 120 120 <210> 49 <211> 228 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PolyA <400> 49 gactgtgcct tctagttgcc agccatctgt tgtttgcccc tcccccgtgc cttccttgac 60 cctggaaggt gccactccca ctgtcctttc ctaataaaat gaggaaattg catcgcattg 120 tctgagtagg tgtcattcta ttctgggggg tggggtgggg caggacagca agggggagga 180 ttgggaagac aatagcaggc atgctgggga tgcggtgggc tctatggc 228 <210> 50 <211> 141 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Right ITR <400> 50 aggaacccct agtgatggag ttggccactc cctctctgcg cgctcgctcg ctcactgagg 60 ccgggcgacc aaaggtcgcc cgacgcccgg gctttgcccg ggcggcctca gtgagcgagc 120 gagcgcgcag ctgcctgcag g 141 <210> 51 <211> 1470 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E2A <400> 51 ttaaaagtcg aaggggttct cgcgctcgtc gttgtgcgcc gcgctgggga gggccacgtt 60 gcggaactgg tacttgggct gccacttgaa ctcggggatc accagtttgg gcactggggt 120 ctcggggaag gtctcgctcc acatgcgccg gctcatctgc agggcgccca gcatgtcagg 180 cgcggagatc ttgaaatcgc agttggggcc ggtgctctgc gcgcgcgagt tgcggtacac 240 tgggttgcag cactggaaca ccatcagact ggggtacttc acactagcca gcacgctctt 300 gtcgctgatc tgatccttgt ccaggtcctc ggcgttgctc aggccgaacg gggtcatctt 360 gcacagctgg cggcccagga agggcacgct ctgaggcttg tggttacact cgcagtgcac 420 gggcatcagc atcatccccg cgccgcgctg catattcggg tagagggcct tgacgaaggc 480 cgcgatctgc ttgaaagctt gctgggcctt ggccccctcg ctgaaaaaca ggccgcagct 540 cttcccgctg aactgattat tcccgcaccc ggcatcatgg acgcagcagc gcgcgtcatg 600 gctggtcagt tgcaccacgc tccgtcccca gcggttctgg gtcaccttgg ccttgctggg 660 ttgctccttc agcgcacgct gcccgttctc actggtcaca tccatctcca ccacgtggtc 720 cttgtggatc atcaccgtcc catgcagaca cttgagctgg ccttccacct cggtgcagcc 780 gtggtcccac agggcactgc cggtgcactc ccagttcttg tgcgcgatcc cgctgtggct 840 gaagatgtaa ccttgcaaca ggcgacccat gatggtgcta aagctcttct gggtggtgaa 900 ggtcagttgc agaccgcggg cctcctcgtt catccaggtc tggcacatct tttggaagat 960 ctcggtctgc tcgggcatga gcttgtaagc atcgcgcagg ccgctgtcga cgcggtagcg 1020 ttccatcagc acattcatgg tatccatgcc cttctcccag gacgagacca gaggcagact 1080 cagggggttg cgcacgttca ggacaccggg ggtcgcgggc tcgacgatgc gttttccgtc 1140 cttgccttcc ttcaacagaa ccggcggctg gctgaatccc actcccacga tcacggcttc 1200 ttcctggggc atctcttcgt ctgggtctac cttggtcaca tgcttggtct ttctggcttg 1260 cttctttttt ggagggctgt ccacggggac cacgtcctcc tcggaagacc cggatcccac 1320 ccgctgatac tttcggcgct tggttggcag aggaggtggc ggcgaggggc tcctctcctg 1380 ctccggcgga tagcgcgctg aaccgtggcc ccggggcgga gtggcctctc ggtccatgaa 1440 ccggcgcacg tcctgactgc cgccggccat 1470 <210> 52 <211> 393 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> E4 <400> 52 tcatgtatct ttattgattt ttacaccagc acgggtagtc agtctcccac caccagccca 60 tttcacagtg taaacaattc tctcagcacg ggtggcctta aatagggcaa tattctgatt 120 agtgcgggaa ctggacttgg ggtctataat ccacacagtt tcctggcgag ccaaacgggg 180 gtcggtgatt gagatgaagc cgtcctctga aaagtcatcc aagcgagcct cacagtccaa 240 ggtcacagta ttatgataat ctgcatgatc acaatcgggc aacaggggat gttgttcagt 300 cagtgaagcc ctggtttcct catcagatcg tggtaaacgg gccctgcgat atggatgatg 360 gcggagcgag ctggattgaa tctcggtttg cat 393 <210> 53 <211> 162 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> VA RNA <400> 53 agcgggcact cttccgtggt ctggtggata aattcgcaag ggtatcatgg cggacgaccg 60 gggttcgagc cccgtatccg gccgtccgcc gtgatccatg cggttaccgc ccgcgtgtcg 120 aacccaggtg tgcgacgtca gacaacgggg gagtgctcct tt 162 <210> 54 <211> 2208 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AAV2 Rep <400> 54 atggctgccg atggttatct tccagattgg ctcgaggaca ctctctctga aggaataaga 60 cagtggtgga agctcaaacc tggcccacca ccaccaaagc ccgcagagcg gcataaggac 120 gacagcaggg gtcttgtgct tcctgggtac aagtacctcg gacccttcaa cggactcgac 180 aagggagagc cggtcaacga ggcagacgcc gcggccctcg agcacgacaa agcctacgac 240 cggcagctcg acagcggaga caacccgtac ctcaagtaca accacgccga cgcggagttt 300 caggagcgcc ttaaagaaga tacgtctttt gggggcaacc tcggacgagc agtcttccag 360 gcgaaaaaga gggttcttga acctctgggc ctggttgagg aacctgttaa gacggctccg 420 ggaaaaaaga ggccggtaga gcactctcct gtggagccag actcctcctc gggaaccgga 480 aaggcgggcc agcagcctgc aagaaaaaga ttgaattttg gtcagactgg agacgcagac 540 tcagtacctg acccccagcc tctcggacag ccaccagcag ccccctctgg tctgggaact 600 aatacgatgg ctacaggcag tggcgcacca atggcagaca ataacgaggg cgccgacgga 660 gtgggtaatt cctcgggaaa ttggcattgc gattccacat ggatgggcga cagagtcatc 720 accaccagca cccgaacctg ggccctgccc acctacaaca accacctcta caaacaaatt 780 tccagccaat caggagcctc gaacgacaat cactactttg gctacagcac cccttggggg 840 tattttgact tcaacagatt ccactgccac ttttcaccac gtgactggca aagactcatc 900 aacaacaact ggggattccg acccaagaga ctcaacttca agctctttaa cattcaagtc 960 aaagaggtca cgcagaatga cggtacgacg acgattgcca ataaccttac cagcacggtt 1020 caggtgttta ctgactcgga gtaccagctc ccgtacgtcc tcggctcggc gcatcaagga 1080 tgcctcccgc cgttcccagc agacgtcttc atggtgccac agtatggata cctcaccctg 1140 aacaacggga gtcaggcagt aggacgctct tcattttact gcctggagta ctttccttct 1200 cagatgctgc gtaccggaaa caactttacc ttcagctaca cttttgagga cgttcctttc 1260 cacagcagct acgctcacag ccagagtctg gaccgtctca tgaatcctct catcgaccag 1320 tacctgtatt acttgagcag aacaaacact ccaagtggaa ccaccacgca gtcaaggctt 1380 cagttttctc aggccggagc gagtgacatt cgggaccagt ctaggaactg gcttcctgga 1440 ccctgttacc gccagcagcg agtatcaaag acatctgcgg ataacaacaa cagtgaatac 1500 tcgtggactg gagctaccaa gtaccacctc aatggcagag actctctggt gaatccgggc 1560 ccggccatgg caagccacaa ggacgatgaa gaaaagtttt ttcctcagag cggggttctc 1620 atctttggga agcaaggctc agagaaaaca aatgtggaca ttgaaaaggt catgattaca 1680 gacgaagagg aaatcaggac aaccaatccc gtggctacgg agcagtatgg ttctgtatct 1740 accaacctcc agagaggcaa cagacaagca gctaccgcag atgtcaacac acaaggcgtt 1800 cttccaggca tggtctggca ggacagagat gtgtaccttc aggggcccat ctgggcaaag 1860 attccacaca cggacggaca ttttcacccc tctcccctca tgggtggatt cggacttaaa 1920 caccctcctc cacagattct catcaagaac accccggtac ctgcgaatcc ttcgaccacc 1980 ttcagtgcgg caaagtttgc ttccttcatc acacagtact ccacgggaca ggtcagcgtg 2040 gagatcgagt gggagctgca gaaggaaaac agcaaacgct ggaatcccga aattcagtac 2100 acttccaact acaacaagtc tgttaatgtg gactttactg tggacactaa tggcgtgtat 2160 tcagagcctc gccccattgg caccagatac ctgactcgta atctgtaa 2208 <210> 55 <211> 1866 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AAV2 Cap <400> 55 atgccggggt tttacgagat tgtgattaag gtccccagcg accttgacga gcatctgccc 60 ggcatttctg acagctttgt gaactgggtg gccgagaagg aatgggagtt gccgccagat 120 tctgacatgg atctgaatct gattgagcag gcacccctga ccgtggccga gaagctgcag 180 cgcgactttc tgacggaatg gcgccgtgtg agtaaggccc cggaggccct tttctttgtg 240 caatttgaga agggagagag ctacttccac atgcacgtgc tcgtggaaac caccggggtg 300 aaatccatgg ttttgggacg tttcctgagt cagattcgcg aaaaactgat tcagagaatt 360 taccgcggga tcgagccgac tttgccaaac tggttcgcgg tcacaaagac cagaaatggc 420 gccggaggcg ggaacaaggt ggtggatgag tgctacatcc ccaattactt gctccccaaa 480 acccagcctg agctccagtg ggcgtggact aatatggaac agtatttaag cgcctgtttg 540 aatctcacgg agcgtaaacg gttggtggcg cagcatctga cgcacgtgtc gcagacgcag 600 gagcagaaca aagagaatca gaatcccaat tctgatgcgc cggtgatcag atcaaaaact 660 tcagccaggt acatggagct ggtcgggtgg ctcgtggaca aggggattac ctcggagaag 720 cagtggatcc aggaggacca ggcctcatac atctccttca atgcggcctc caactcgcgg 780 tcccaaatca aggctgcctt ggacaatgcg ggaaagatta tgagcctgac taaaaccgcc 840 cccgactacc tggtgggcca gcagcccgtg gaggacattt ccagcaatcg gatttataaa 900 attttggaac taaacgggta cgatccccaa tatgcggctt ccgtctttct gggatgggcc 960 acgaaaaagt tcggcaagag gaacaccatc tggctgtttg ggcctgcaac taccgggaag 1020 accaacatcg cggaggccat agcccacact gtgcccttct acgggtgcgt aaactggacc 1080 aatgagaact ttcccttcaa cgactgtgtc gacaagatgg tgatctggtg ggaggagggg 1140 aagatgaccg ccaaggtcgt ggagtcggcc aaagccattc tcggaggaag caaggtgcgc 1200 gtggaccaga aatgcaagtc ctcggcccag atagacccga ctcccgtgat cgtcacctcc 1260 aacaccaaca tgtgcgccgt gattgacggg aactcaacga ccttcgaaca ccagcagccg 1320 ttgcaagacc ggatgttcaa atttgaactc acccgccgtc tggatcatga ctttgggaag 1380 gtcaccaagc aggaagtcaa agactttttc cggtgggcaa aggatcacgt ggttgaggtg 1440 gagcatgaat tctacgtcaa aaagggtgga gccaagaaaa gacccgcccc cagtgacgca 1500 gatataagtg agcccaaacg ggtgcgcgag tcagttgcgc agccatcgac gtcagacgcg 1560 gaagcttcga tcaactacgc agacaggtac caaaacaaat gttctcgtca cgtgggcatg 1620 aatctgatgc tgtttccctg cagacaatgc gagagaatga atcagaattc aaatatctgc 1680 ttcactcacg gacagaaaga ctgtttagag tgctttcccg tgtcagaatc tcaacccgtt 1740 tctgtcgtca aaaaggcgta tcagaaactg tgctacattc atcatatcat gggaaaggtg 1800 ccagacgctt gcactgcctg cgatctggtc aatgtggatt tggatgactg catctttgaa 1860 caataa 1866 <210> 56 <211> 1227 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA Fragment containing RRE and rabbit beta globin poly A <400> 56 tctagaagga gctttgttcc ttgggttctt gggagcagca ggaagcacta tgggcgcagc 60 gtcaatgacg ctgacggtac aggccagaca attattgtct ggtatagtgc agcagcagaa 120 caatttgctg agggctattg aggcgcaaca gcatctgttg caactcacag tctggggcat 180 caagcagctc caggcaagaa tcctggctgt ggaaagatac ctaaaggatc aacagctcct 240 agatcttttt ccctctgcca aaaattatgg ggacatcatg aagccccttg agcatctgac 300 ttctggctaa taaaggaaat ttattttcat tgcaatagtg tgttggaatt ttttgtgtct 360 ctcactcgga aggacatatg ggagggcaaa tcatttaaaa catcagaatg agtatttggt 420 ttagagtttg gcaacatatg ccatatgctg gctgccatga acaaaggtgg ctataaagag 480 gtcatcagta tatgaaacag ccccctgctg tccattcctt attccataga aaagccttga 540 cttgaggtta gatttttttt atattttgtt ttgtgttatt tttttcttta acatccctaa 600 aattttcctt acatgtttta ctagccagat ttttcctcct ctcctgacta ctcccagtca 660 tagctgtccc tcttctctta tgaagatccc tcgacctgca gcccaagctt ggcgtaatca 720 tggtcatagc tgtttcctgt gtgaaattgt tatccgctca caattccaca caacatacga 780 gccggaagca taaagtgtaa agcctggggt gcctaatgag tgagctaact cacattaatt 840 gcgttgcgct cactgcccgc tttccagtcg ggaaacctgt cgtgccagcg gatccgcatc 900 tcaattagtc agcaaccata gtcccgcccc taactccgcc catcccgccc ctaactccgc 960 ccagttccgc ccattctccg ccccatggct gactaatttt ttttatttat gcagaggccg 1020 aggccgcctc ggcctctgag ctattccaga agtagtgagg aggctttttt ggaggcctag 1080 gcttttgcaa aaagctaact tgtttattgc agcttataat ggttacaaat aaagcaatag 1140 catcacaaat ttcacaaata aagcattttt ttcactgcat tctagttgtg gtttgtccaa 1200 actcatcaat gtatcttatc acccggg 1227 <210> 57 <211> 2312 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> hPAH with fill 5' and 3' UTR <400> 57 ggcacgaggt acctgaggcc ctaaaaagcc agagacctca ctcccgggga gccagcatgt 60 ccactgcggt cctggaaaac ccaggcttgg gcaggaaact ctctgacttt ggacaggaaa 120 caagctatat tgaagacaac tgcaatcaaa atggtgccat atcactgatc ttctcactca 180 aagaagaagt tggtgcattg gccaaagtat tgcgcttatt tgaggagaat gatgtaaacc 240 tgacccacat tgaatctaga ccttctcgtt taaagaaaga tgagtatgaa tttttcaccc 300 atttggataa acgtagcctg cctgctctga caaacatcat caagatcttg aggcatgaca 360 ttggtgccac tgtccatgag ctttcacgag ataagaagaa agacacagtg ccctggttcc 420 caagaaccat tcaagagctg gacagatttg ccaatcagat tctcagctat ggagcggaac 480 tggatgctga ccaccctggt tttaaagatc ctgtgtaccg tgcaagacgg aagcagtttg 540 ctgacattgc ctacaactac cgccatgggc agcccatccc tcgagtggaa tacatggagg 600 aagaaaagaa aacatggggc acagtgttca agactctgaa gtccttgtat aaaacccatg 660 cttgctatga gtacaatcac atttttccac ttcttgaaaa gtactgtggc ttccatgaag 720 ataacattcc ccagctggaa gacgtttctc agttcctgca gacttgcact ggtttccgcc 780 tccgacctgt agctggcctg ctttcctctc gggatttctt gggtggcctg gccttccgag 840 tcttccactg cacacagtac atcagacatg gatccaagcc catgtatacc cccgaacctg 900 acatctgcca tgagctgttg ggacatgtgc ccttgttttc agatcgcagc tttgcccagt 960 tttcccagga aattggcctt gcctctctgg gtgcacctga tgaatacatt gaaaagctcg 1020 ccacaattta ctggtttact gtggagtttg ggctctgcaa acaaggagac tccataaagg 1080 catatggtgc tgggctcctg tcatcctttg gtgaattaca gtactgctta tcagagaagc 1140 caaagcttct ccccctggag ctggagaaga cagccatcca aaattacact gtcacggagt 1200 tccagcccct gtattacgtg gcagagagtt ttaatgatgc caaggagaaa gtaaggaact 1260 ttgctgccac aatacctcgg cccttctcag ttcgctacga cccatacacc caaaggattg 1320 aggtcttgga caatacccag cagcttaaga ttttggctga ttccattaac agtgaaattg 1380 gaatcctttg cagtgccctc cagaaaataa agtaaagcca tggacagaat gtggtctgtc 1440 agctgtgaat ctgttgatgg agatccaact atttctttca tcagaaaaag tccgaaaagc 1500 aaaccttaat ttgaaataac agccttaaat cctttacaag atggagaaac aacaaataag 1560 tcaaaataat ctgaaatgac aggatatgag tacatactca agagcataat ggtaaatctt 1620 ttggggtcat ctttgattta gagatgataa tcccatactc tcaattgagt taaatcagta 1680 atctgtcgca tttcatcaag attaattaaa atttgggacc tgcttcattc aagcttcata 1740 tatgctttgc agagaactca taaaggagca tataaggcta aatgtaaaac ccaagactgt 1800 cattagaatt gaattattgg gcttaatata aatcgtaacc tatgaagttt attttttatt 1860 ttagttaact atgattccaa ttactacttt gttattgtac ctaagtaaat tttctttaag 1920 tcagaagccc attaaaatag ttacaagcat tgaacttctt tagtattata ttaatataaa 1980 aacatttttg tatgttttat tgtaatcata aatactgctg tataaggtaa taaaactctg 2040 cacctaatcc ccataacttc cagtatcatt ttccaattaa ttatcaagtc tgttttggga 2100 aacactttga ggacatttat gatgcagcag atgttgacta aaggcttggt tggtagatat 2160 tcaggaaatg ttcactgaat aaataagtaa atacattatt gaaaagcaaa tctgtataaa 2220 tgtgaaattt ttatttgtat tagtaataaa acattagtag tttaaacaaa aaaaaaaaaa 2280 aaaaaaaaaa aaaaaaaact cgactctaga tt 2312 <210> 58 <211> 1704 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> hPAH with full 5' UTR and truncated 3' UTR <400> 58 ggcacgaggt acctgaggcc ctaaaaagcc agagacctca ctcccgggga gccagcatgt 60 ccactgcggt cctggaaaac ccaggcttgg gcaggaaact ctctgacttt ggacaggaaa 120 caagctatat tgaagacaac tgcaatcaaa atggtgccat atcactgatc ttctcactca 180 aagaagaagt tggtgcattg gccaaagtat tgcgcttatt tgaggagaat gatgtaaacc 240 tgacccacat tgaatctaga ccttctcgtt taaagaaaga tgagtatgaa tttttcaccc 300 atttggataa acgtagcctg cctgctctga caaacatcat caagatcttg aggcatgaca 360 ttggtgccac tgtccatgag ctttcacgag ataagaagaa agacacagtg ccctggttcc 420 caagaaccat tcaagagctg gacagatttg ccaatcagat tctcagctat ggagcggaac 480 tggatgctga ccaccctggt tttaaagatc ctgtgtaccg tgcaagacgg aagcagtttg 540 ctgacattgc ctacaactac cgccatgggc agcccatccc tcgagtggaa tacatggagg 600 aagaaaagaa aacatggggc acagtgttca agactctgaa gtccttgtat aaaacccatg 660 cttgctatga gtacaatcac atttttccac ttcttgaaaa gtactgtggc ttccatgaag 720 ataacattcc ccagctggaa gacgtttctc agttcctgca gacttgcact ggtttccgcc 780 tccgacctgt agctggcctg ctttcctctc gggatttctt gggtggcctg gccttccgag 840 tcttccactg cacacagtac atcagacatg gatccaagcc catgtatacc cccgaacctg 900 acatctgcca tgagctgttg ggacatgtgc ccttgttttc agatcgcagc tttgcccagt 960 tttcccagga aattggcctt gcctctctgg gtgcacctga tgaatacatt gaaaagctcg 1020 ccacaattta ctggtttact gtggagtttg ggctctgcaa acaaggagac tccataaagg 1080 catatggtgc tgggctcctg tcatcctttg gtgaattaca gtactgctta tcagagaagc 1140 caaagcttct ccccctggag ctggagaaga cagccatcca aaattacact gtcacggagt 1200 tccagcccct gtattacgtg gcagagagtt ttaatgatgc caaggagaaa gtaaggaact 1260 ttgctgccac aatacctcgg cccttctcag ttcgctacga cccatacacc caaaggattg 1320 aggtcttgga caatacccag cagcttaaga ttttggctga ttccattaac agtgaaattg 1380 gaatcctttg cagtgccctc cagaaaataa agtaaagcca tggacagaat gtggtctgtc 1440 agctgtgaat ctgttgatgg agatccaact atttctttca tcagaaaaag tccgaaaagc 1500 aaaccttaat ttgaaataac agccttaaat cctttacaag atggagaaac aacaaataag 1560 tcaaaataat ctgaaatgac aggatatgag tacatactca agagcataat ggtaaatctt 1620 ttggggtcat ctttgattta gagatgataa tcccatactc tcaattgagt taaatcagta 1680 atctgtcgca tttcatcaag atta 1704

Claims (22)

  1. 적어도 하나의 페닐알라닌 히드록실라아제 (PAH) 를 발현하기 위한 PAH 서열 또는 이의 변이체를 포함하는 바이러스 벡터로서, PAH 서열이 절두되는 바이러스 벡터.
  2. 제 1 항에 있어서, PAH 서열이 서열의 3' 미번역 부위 (UTR) 에서 절두되는 바이러스 벡터.
  3. 제 1 항에 있어서, PAH 서열이 SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3 또는 SEQ ID NO: 4 중 적어도 하나와 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100% 동일성 중 적어도 하나를 포함하는 바이러스 벡터.
  4. 제 1 항에 있어서, 적어도 하나의 사전결정된 상보적 mRNA 서열에 결합할 수 있는 적어도 하나의 작은 RNA 서열을 추가로 포함하는 바이러스 벡터.
  5. 제 4 항에 있어서, 적어도 하나의 사전결정된 상보적 mRNA 서열이 전장 3' 미번역 부위 (UTR) 를 포함하는 바이러스 벡터.
  6. 제 4 항에 있어서, 적어도 하나의 사전결정된 상보적 mRNA 서열이 PAH mRNA 서열인 바이러스 벡터.
  7. 제 4 항에 있어서, 적어도 하나의 작은 RNA 서열이 shRNA 를 포함하는 바이러스 벡터.
  8. 제 4 항에 있어서, 적어도 하나의 작은 RNA 서열이 SEQ ID NO: 5 또는 SEQ ID NO: 6 중 적어도 하나와 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100% 동일성 중 적어도 하나를 갖는 서열을 포함하는 바이러스 벡터.
  9. 제 4 항에 있어서, 적어도 하나의 작은 RNA 서열이 제 1 프로모터의 제어 하에 있고, PAH 서열이 제 2 프로모터의 제어 하에 있는 바이러스 벡터.
  10. 제 9 항에 있어서, 제 1 프로모터가 H1 프로모터를 포함하는 바이러스 벡터.
  11. 제 9 항에 있어서, 제 2 프로모터가 간-특이적 프로모터를 포함하는 바이러스 벡터.
  12. 제 11 항에 있어서, 간-특이적 프로모터가 hAAT 프로모터를 포함하는 바이러스 벡터.
  13. 적어도 하나의 페닐알라닌 히드록실라아제 (PAH) 를 발현하기 위한 PAH 서열 또는 이의 변이체; 및
    적어도 하나의 사전결정된 상보적 mRNA 서열에 결합할 수 있는 적어도 하나의 작은 RNA 서열
    을 포함하는 바이러스 벡터.
  14. 제 13 항에 있어서, PAH 서열이 SEQ ID NO: 1 과 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100% 동일성 중 적어도 하나를 포함하는 바이러스 벡터.
  15. 패키징 세포에 의해 생성되며 표적 세포를 감염시킬 수 있는 렌티바이러스 입자로서:
    표적 세포를 감염시킬 수 있는 외피 단백질; 및
    제 4 항에 따른 바이러스 벡터
    를 포함하는 렌티바이러스 입자.
  16. 제 15 항에 있어서, 표적 세포가 간 세포, 근육 세포, 상피 세포, 내피 세포, 신경 세포, 신경내분비 세포, 내분비 세포, 림프구, 골수 세포, 고형 기관 내에 존재하는 세포, 또는 조혈 계통의 세포, 조혈모세포, 또는 전구체 조혈모세포 중 적어도 하나인 렌티바이러스 입자.
  17. 대상에서 페닐케톤뇨증 (PKU) 을 치료하기 위한 방법으로서, 치료적 유효량의 제 15 항의 렌티바이러스 입자를 대상에게 투여하는 것을 포함하는 치료 방법.
  18. 제 17 항에 있어서, 치료적 유효량의 렌티바이러스 입자가 복수의 단일 용량의 렌티바이러스 입자를 포함하는 치료 방법.
  19. 제 17 항에 있어서, 치료적 유효량의 렌티바이러스 입자가 단일 용량의 렌티바이러스 입자를 포함하는 치료 방법.
  20. 제 17 항에 있어서, 대상이 자궁내 (in utero) 에 있는 치료 방법.
  21. 제 17 항에 있어서, PKU 표현형과 상호연관되는 대상에서의 PKU 유전자형을 진단하는 것을 추가로 포함하는 치료 방법.
  22. 제 21 항에 있어서, 진단이 대상의 태아기 스크리닝 동안 발생하는 치료 방법.
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