KR20150035821A - 질환 또는 병태를 검출하는 방법 - Google Patents

질환 또는 병태를 검출하는 방법 Download PDF

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Abstract

본 발명은 질환 또는 병태의 진단, 예후 또는 모니터링에서 다수의 분석 성분들을 갖는 샘플을 사용하는 방법을 제공한다. 본 발명은 질환 또는 병태의 마커를 확인하는 방법도 제공한다.

Description

질환 또는 병태를 검출하는 방법{METHODS OF DETECTING DISEASES OR CONDITIONS}
우선권 정보
본원은 2012년 6월 15일자로 출원된 미국 가특허출원 제61/660,427호로부터의 이익을 주장한다. 상기 출원의 내용 및 개시는 온전히 그대로 본원에 참고로 도입된다.
발명의 분야
본 발명은 일반적으로 질환 또는 병태의 진단, 예후 또는 모니터링에서 세포 무함유 체액, 식세포, 순환 소포 및 순환 병든 세포로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들의 조합을 사용하는 방법에 관한 것이다. 또한, 본 발명은 질환 또는 병태의 마커를 확인하기 위해 상기 조합을 사용하는 방법에 관한 것이다.
백혈구는 골수에서 다분화능 조혈 줄기 세포로서 시작하여 골수 계통(단핵세포, 대식세포, 호중구, 호산구 및 호염구) 또는 림프 계통(T 림프구, B 림프구 및 천연 살해 세포)을 따라 발달한다. 골수 계통 세포(예를 들면, 호중구 및 대식세포)의 주요 기능은 감염성 유기체, 살아있는 원치않는 손상된 세포, 노화 및 사멸된 세포(아폽토시스 및 괴사)의 식세포작용, 및 세포 잔해(debris)의 제거이다. 건강한 동물로부터의 식세포는 복제하지 않고 이배체이다(즉, 2n의 DNA 함량을 갖는다). 평균적으로, 각각의 세포는 10 ng 미만의 DNA, 20 ng 미만의 RNA 및 300 ng 미만의 단백질을 함유한다. 비-식세포도 이배체이고, 사멸된 세포 또는 감염성 유기체의 내재화(internalization)에 관여하지 않고, 마찬가지로 2n의 DNA 함량을 갖는다.
다양한 백혈구 세포 하위집단의 수명은 수일(예를 들면, 호중구) 내지 수개월(예를 들면, 대식세포)이다. 다른 종류의 세포들처럼, 백혈구는 노화하고 궁극적으로 사멸한다. 그들의 노화 과정 동안 인간 혈액 및 조직 유래의 식세포(예를 들면, 호중구)는 캐스파제(caspase) 활성화, 농축 핵 및 염색질 단편화를 포함하는, 프로그래밍된 세포 사멸(즉, 아폽토시스)의 모든 고전적인 마커들을 나타낸다. 또한, 이들 세포들은 그들의 원형질막의 세포외 표면 상에서 다수의 "잇-미(eat-me)" 플래그(예를 들면, 포스파티딜세린, 당)를 표시한다. 그 결과, 사멸하고 있는 세포, 사멸된 세포 및 이들의 준세포(subcellular) 단편은 다른 식세포에 의해 조직 및 혈액으로부터 제거된다.
질환의 초기 진단은 종종 이러한 질환의 성공적인 치료 또는 치유의 가능성을 증가시킨다. 그러나, 현행 진단 방법들은 전혈을 사용하는 것, 또는 혈액을 상이한 성분들(이들 중 단일 성분이 검사를 위해 선택됨)로 분리하는 것에 초점을 맞추고 있다. 이 방법이 검출되는 신호를 풍부하게 할 수 있지만, 잠재적으로 중요한 정보의 상실도 초래한다. 질환을 갖는 것으로 공지되어 있지 않는 개체 또는 재발성 질환을 갖는 개체에서 질환 또는 병태의 존재의 진단, 특히 조기 진단을 가능하게 하는 맞춤형 진단 방법이 필요하다.
본 발명의 목적은 세포 무함유 체액, 식세포, 순환 소포 및 순환 병든 세포로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들의 조합을 사용하여 질환 또는 병태 특이적 마커, 예를 들면, 핵산, 단백질, 탄수화물 및/또는 지질의 검출을 용이하게 할 수 있는 진단 방법을 제공하는 것이다. 본 발명의 또 다른 목적은 질환 또는 병태 특이적 마커를 확인하고 추가로 질환 또는 병태를 진단하기 위해 단독으로 또는 임의의 공지된 마커와 함께 이러한 마커를 사용하는 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 일부 실시양태들은 다음과 같다:
1. 대상체에서 질환 또는 병태를 진단하거나 이러한 진단을 보조하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포), 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
b) 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(=2n 식세포), 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단 및 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 대조군으로부터 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계; 및
c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 존재를 표시하는 것인 단계.
2. 대상체에서 질환 또는 병태를 발생시킬 위험을 평가하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포), 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
b) 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(=2n 식세포), 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단 및 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 대조군으로부터 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계; 및
c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태를 발생시킬 위험을 표시하는 것인 단계.
3. 대상체에서 질환 또는 병태를 예후하거나 이러한 예후를 보조하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포), 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
b) 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(=2n 식세포), 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단 및 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 대조군으로부터 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계; 및
c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 예후를 표시하는 것인 단계.
4. 대상체에서 질환 또는 병태에 대한 치료의 효능을 평가하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 치료 전 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 치료 전 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 치료 전 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포), 치료 전 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 치료 전 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계,
치료 전 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(=2n 식세포), 치료 전 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단 및 치료 전 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제1 대조군으로부터 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계;
b) 치료 후 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 치료 후 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 치료 후 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포), 치료 후 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 치료 후 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제3 프로파일을 결정하는 단계,
치료 후 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(=2n 식세포), 치료 후 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단 및 치료 후 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제2 대조군으로부터 하나 이상의 마커의 제4 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
제3 프로파일과 제4 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계; 및
c) a)에서 확인된 차이와 b)에서 확인된 차이 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 c)에서 확인된 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태에 대한 치료의 효능을 표시하는 것인 단계.
5. 대상체에서 질환 또는 병태의 진행 또는 퇴행을 모니터링하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포), 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계,
제1 시점에서 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(=2n 식세포), 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단 및 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제1 대조군으로부터 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계;
b) 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포), 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제3 프로파일을 결정하는 단계,
제2 시점에서 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(=2n 식세포), 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단 및 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제2 대조군으로부터 하나 이상의 마커의 제4 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
제3 프로파일과 제4 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계; 및
c) a)에서 확인된 차이와 b)에서 확인된 차이 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 c)에서 확인된 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 진행 또는 퇴행을 표시하는 것인 단계.
6. 대상체에서 질환 또는 병태를 호전시킬 수 있거나 치료할 수 있는 화합물을 확인하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포), 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계,
화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(=2n 식세포), 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단 및 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제1 대조군으로부터 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계;
b) 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포), 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제3 프로파일을 결정하는 단계,
화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(=2n 식세포), 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단 및 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제2 대조군으로부터 하나 이상의 마커의 제4 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
제3 프로파일과 제4 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계; 및
c) a)에서 확인된 차이와 b)에서 확인된 차이 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 c)에서 확인된 차이는 상기 화합물이 대상체에서 상기 질환 또는 병태를 호전시킬 수 있거나 치료할 수 있다는 것을 표시하는 것인 단계.
7. 대상체에서 질환 또는 병태에 대한 치료의 효능을 평가하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 치료 전 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 치료 전 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 치료 전 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포), 치료 전 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 치료 전 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
b) 치료 후 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 치료 후 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 치료 후 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포), 치료 후 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계; 및
c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 확인된 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 치료 효능을 표시하는 것인 단계.
8. 대상체에서 질환 또는 병태의 진행 또는 퇴행을 모니터링하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포), 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
b) 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포), 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계; 및
c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 확인된 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 진행 또는 퇴행을 표시하는 것인 단계.
9. 대상체에서 질환 또는 병태를 호전시킬 수 있거나 치료할 수 있는 화합물을 확인하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포), 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
b) 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포), 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계; 및
c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 확인된 차이는 상기 화합물이 대상체에서 상기 질환 또는 병태를 호전시킬 수 있거나 치료할 수 있다는 것을 표시하는 것인 단계.
10. 대상체에서 질환 또는 병태를 진단하거나 이러한 진단을 보조하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
b) 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(=2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 대조군으로부터 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계; 및
c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 존재를 표시하는 것인 단계.
11. 대상체에서 질환 또는 병태를 발생시킬 위험을 평가하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
b) 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(=2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 대조군으로부터 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계; 및
c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태를 발생시킬 위험을 표시하는 것인 단계.
12. 대상체에서 질환 또는 병태를 예후하거나 이러한 예후를 보조하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
b) 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(=2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 대조군으로부터 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계; 및
c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 예후를 표시하는 것인 단계.
13. 대상체에서 질환 또는 병태에 대한 치료의 효능을 평가하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 치료 전 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 치료 전 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 치료 전 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 치료 전 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 치료 전 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계,
치료 전 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(=2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 치료 전 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단으로부터 단리된 분석물 및 치료 전 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제1 대조군으로부터 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계;
b) 치료 후 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 치료 후 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 치료 후 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 치료 후 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 치료 후 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제3 프로파일을 결정하는 단계,
치료 후 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(=2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 치료 후 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단으로부터 단리된 분석물 및 치료 후 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제2 대조군으로부터 하나 이상의 마커의 제4 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
제3 프로파일과 제4 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계; 및
c) a)에서 확인된 차이와 b)에서 확인된 차이 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 c)에서 확인된 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태에 대한 치료의 효능을 표시하는 것인 단계.
14. 대상체에서 질환 또는 병태의 진행 또는 퇴행을 모니터링하는 단계로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계,
제1 시점에서 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(=2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단으로부터 단리된 분석물 및 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제1 대조군으로부터 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계;
b) 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제3 프로파일을 결정하는 단계,
제2 시점에서 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(=2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단으로부터 단리된 분석물 및 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제2 대조군으로부터 하나 이상의 마커의 제4 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
제3 프로파일과 제4 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계; 및
c) a)에서 확인된 차이와 b)에서 확인된 차이 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 c)에서 확인된 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 진행 또는 퇴행을 표시하는 것인 단계.
15. 대상체에서 질환 또는 병태를 호전시킬 수 있거나 치료할 수 있는 화합물을 확인하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계,
화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(=2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단으로부터 단리된 분석물 및 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제1 대조군으로부터 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계;
b) 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제3 프로파일을 결정하는 단계,
화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(=2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단으로부터 단리된 분석물 및 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제2 대조군으로부터 하나 이상의 마커의 제4 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
제3 프로파일과 제4 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계; 및
c) a)에서 확인된 차이와 b)에서 확인된 차이 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 c)에서 확인된 차이는 상기 화합물이 대상체에서 상기 질환 또는 병태를 호전시킬 수 있거나 치료할 수 있다는 것을 표시하는 것인 단계.
16. 대상체에서 질환 또는 병태에 대한 치료의 효능을 평가하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 치료 전 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 치료 전 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 치료 전 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 치료 전 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 치료 전 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
b) 치료 후 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 치료 후 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 치료 후 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 치료 후 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계; 및
c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 확인된 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태에 대한 치료의 효능을 표시하는 것인 단계.
17. 대상체에서 질환 또는 병태의 진행 또는 퇴행을 모니터링하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
b) 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계; 및
c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 확인된 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 진행 또는 퇴행을 표시하는 것인 단계.
18. 대상체에서 질환 또는 병태를 호전시킬 수 있거나 치료할 수 있는 화합물을 확인하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
b) 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계; 및
c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 확인된 차이는 상기 화합물이 대상체에서 상기 질환 또는 병태를 호전시킬 수 있거나 치료할 수 있다는 것을 표시하는 것인 단계.
19. 대상체에서 질환 또는 병태를 진단하거나 이러한 진단을 보조하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포), 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계; 및
b) 상기 제1 프로파일과, 상기 질환 또는 병태의 상기 마커의 저장소(repository)로부터의 하나 이상의 마커의 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 상기 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 존재를 표시하는 것인 단계.
20. 대상체에서 질환 또는 병태를 발생시킬 위험을 평가하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포), 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계; 및
b) 상기 제1 프로파일과, 상기 질환 또는 병태의 상기 마커의 저장소로부터의 하나 이상의 마커의 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 상기 대상체에서 상기 질환 또는 병태를 발생시킬 위험을 표시하는 것인 단계.
21. 대상체에서 질환 또는 병태를 예후하거나 이러한 예후를 보조하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포), 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계; 및
b) 상기 제1 프로파일과, 상기 질환 또는 병태의 상기 마커의 저장소로부터의 하나 이상의 마커의 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 상기 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 예후를 표시하는 것인 단계.
22. 대상체에서 질환 또는 병태를 진단하거나 이러한 진단을 보조하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계; 및
b) 상기 제1 프로파일과, 상기 질환 또는 병태의 상기 마커의 저장소로부터의 하나 이상의 마커의 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 상기 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 존재를 표시하는 것인 단계.
23. 대상체에서 질환 또는 병태를 발생시킬 위험을 평가하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계; 및
b) 상기 제1 프로파일과, 상기 질환 또는 병태의 상기 마커의 저장소로부터의 하나 이상의 마커의 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 상기 대상체에서 상기 질환 또는 병태를 발생시킬 위험을 표시하는 것인 단계.
24. 대상체에서 질환 또는 병태를 예후하거나 이러한 예후를 보조하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포 집단(>2n 식세포)으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계; 및
b) 상기 제1 프로파일과, 상기 질환 또는 병태의 상기 마커의 저장소로부터의 하나 이상의 마커의 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 상기 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 예후를 표시하는 것인 단계.
25. 실시양태 1 내지 3 및 10 내지 12 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 마커가 대조군에 비해 샘플에서 상향조절되어 있거나 활성화되어 있는 것인 방법.
26. 실시양태 1 내지 3 및 10 내지 12 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 마커가 대조군에 비해 샘플에서 하향조절되어 있거나 억제되어 있는 것인 방법.
27. 실시양태 4 내지 6 및 13 내지 15 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 마커가 제1 대조군에 비해 제1 샘플에서 또는 제2 대조군에 비해 제2 샘플에서 상향조절되어 있거나 활성화되어 있는 것인 방법.
28. 실시양태 4 내지 6 및 13 내지 15 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 마커가 제1 대조군에 비해 제1 샘플에서 또는 제2 대조군에 비해 제2 샘플에서 하향조절되어 있거나 억제되어 있는 것인 방법.
29. 실시양태 7 내지 9 및 16 내지 18 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 마커가 제2 샘플에 비해 제1 샘플에서 상향조절되어 있거나 활성화되어 있는 것인 방법.
30. 실시양태 7 내지 9 및 16 내지 18 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 마커가 제2 샘플에 비해 제1 샘플에서 하향조절되어 있거나 억제되어 있는 것인 방법.
31. 실시양태 19 내지 24 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 마커가 저장소에 비해 샘플에서 상향조절되어 있거나 활성화되어 있는 것인 방법.
32. 실시양태 19 내지 24 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 마커가 저장소에 비해 샘플에서 하향조절되어 있거나 억제되어 있는 것인 방법.
33. 실시양태 1 내지 32 중 어느 한 실시양태에 있어서, 제1 프로파일 또는 제2 프로파일이 상기 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 부재를 포함하는 것인 방법.
34. 실시양태 4 내지 6 및 13 내지 15 중 어느 한 실시양태에 있어서, 제3 프로파일 또는 제4 프로파일이 상기 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 부재를 포함하는 것인 방법.
35. 실시양태 1 내지 9 및 19 내지 21 중 어느 한 실시양태에 있어서, 순환 병든 세포, 질환 또는 병태에 의해 영향받지 않은 대조군 세포, 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 또는 비-식세포를 포함하고, 순환 병든 세포, 질환 또는 병태에 의해 영향받지 않은 대조군 세포, 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 또는 비-식세포를 용해시키는 단계를 추가로 포함하는 방법.
36. 실시양태 1 내지 9, 19 내지 21 및 35 중 어느 한 실시양태에 있어서, 순환 병든 세포, 질환 또는 병태에 의해 영향받지 않은 대조군 세포, 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 또는 비-식세포를 포함하고, 순환 병든 세포, 질환 또는 병태에 의해 영향받지 않은 대조군 세포, 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 또는 비-식세포로부터의 세포 내용물 중 적어도 일부를 추출하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
37. 실시양태 1 내지 9, 19 내지 21, 35 및 36 중 어느 한 실시양태에 있어서, 세포 무함유 체액을 포함하고, 세포 무함유 체액으로부터 하나 이상의 마커를 추출하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
38. 실시양태 1 내지 9 및 19 내지 21 중 어느 한 실시양태에 있어서, 세포 무함유 체액을 포함하는 방법으로서, 상기 세포 무함유 체액이 경신장(transrenal) 핵산을 포함하는 것인 방법.
39. 실시양태 1 내지 38 중 어느 한 실시양태에 있어서, 상기 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커가 순환 병든 세포, 세포 무함유 체액 샘플, 식세포 또는 >2n 식세포에 존재하는 것인 방법.
40. 실시양태 1 내지 39 중 어느 한 실시양태에 있어서, 상기 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커가 순환 병든 세포, 세포 무함유 체액 샘플, 식세포 또는 >2n 식세포에 존재하지 않는 것인 방법.
41. 실시양태 1 내지 40 중 어느 한 실시양태에 있어서, 순환 병든 세포, 질환 또는 병태에 의해 영향받지 않은 대조군 세포, 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 및 비-식세포 중 하나 이상의 세포가 제핵되는(enucleated) 것인 방법.
42. 실시양태 41에 있어서, 세포가 물리적 제거, 화학적 처리, 광절제 또는 자외선 조사를 이용함으로써 제핵되는 것인 방법.
43. 실시양태 42에 있어서, 물리적 제거가 미세바늘, 광학 집게 또는 흡입을 이용하는 것인 방법.
44. 실시양태 19 내지 24 중 어느 한 실시양태에 있어서, 저장소가 데이터 마이닝(mining)에 의해 수득되는 것인 방법.
45. 실시양태 1 내지 44 중 어느 한 실시양태에 있어서, 식세포, >2n 식세포 또는 =2n 식세포가 호중구, 대식세포, 단핵세포, 수지상세포, 포말세포, 비만세포, 호산구, 각질세포 또는 이들의 혼합물인 방법.
46. 실시양태 1 내지 45 중 어느 한 실시양태에 있어서, 비-식세포가 T 세포, B 세포, 널(null) 세포, 호염구 또는 이들의 혼합물인 방법.
47. 실시양태 1 내지 46 중 어느 한 실시양태에 있어서, 순환 병든 세포가 혈액 세포, 종양 세포, 림프종 세포, 태아 세포, 아폽토시스 세포, 상피세포, 내피세포, 줄기세포, 전구세포, 중간엽세포, 조골세포, 골세포, 조혈 줄기세포, 포말세포, 지방세포, 경자궁경부 세포, 순환 심장세포, 순환 섬유세포, 순환 근육세포, 신장으로부터의 순환 세포, 위장관으로부터의 순환 세포, 폐로부터의 순환 세포, 생식 장기로부터의 순환 세포, 중추신경계로부터의 순환 세포, 순환 간세포, 비장으로부터의 순환 세포, 흉선으로부터의 순환 세포, 갑상선으로부터의 순환 세포, 내분비선으로부터의 순환 세포, 부갑상선으로부터의 순환 세포, 뇌하수체로부터의 순환 세포, 부신으로부터의 순환 세포, 랑게르한스섬으로부터의 순환 세포, 췌장으로부터의 순환 세포, 시상하부로부터의 순환 세포, 전립선 조직으로부터의 순환 세포, 유방 조직으로부터의 순환 세포, 순환 망막세포로부터의 순환 세포, 순환 시세포, 순환 청세포, 순환 표피세포, 요로로부터의 순환 세포 또는 이들의 혼합물인 방법.
48. 실시양태 1 내지 47 중 어느 한 실시양태에 있어서, 대조군 세포가 정상 세포인 방법.
49. 실시양태 1 내지 48 중 어느 한 실시양태에 있어서, 대조군 세포가 순환 세포인 방법.
50. 실시양태 1 내지 49 중 어느 한 실시양태에 있어서, 순환 소포가 순환 미세소포, 아폽토시스 소체, 미세입자, 막-결합된 소포, 다소포체, 나노소포, 미세입자 및 ARRDC-1 매개 미세소포(ARMM)로 구성된 군으로부터 선택되는 것인 방법.
51. 실시양태 50에 있어서, 순환 미세소포가 엑소좀 또는 소변 엑소좀인 방법.
52. 실시양태 1 내지 51 중 어느 한 실시양태에 있어서, 세포 무함유 체액이 체액으로부터 분리되는 것인 방법.
53. 실시양태 52에 있어서, 체액이 혈액, 소변, 대변, 타액, 림프액, 뇌척수액, 활액, 낭액, 복수, 흉막 삼출액, 제1 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 제2 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 제3 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 모체 혈액, 양수, 융모막 융모 샘플, 착상전 배아로부터의 유체, 모체 소변, 모체 타액, 태반 샘플, 태아 혈액, 세척액 및 자궁경부 질 유체, 간질액, 협측 면봉 샘플, 객담, 기관지 세척액, 팝 도말(Pap smear) 샘플 또는 안액인 방법.
54. 실시양태 52 또는 53에 있어서, 세포 무함유 체액이 여과, 원심분리, 유동세포측정(flow cytometry), 형광 활성화된 세포 분류, 구배-기초 원심분리, 용출, 마이크로플루이딕스(microfluidics), 자기 분리 기법, 형광-자기 분리 기법, 나노구조, 양자점, 고처리율 현미경-기초 플랫폼 또는 이들의 조합에 의해 분리되는 것인 방법.
55. 실시양태 52 내지 54 중 어느 한 실시양태에 있어서, 세포 무함유 체액이 샘플에 존재하는 물질을 사용함으로써 분리되는 것인 방법.
56. 실시양태 55에 있어서, 물질이 상기 질환 또는 병태의 마커의 생성물인 방법.
57. 실시양태 1 내지 56 중 어느 한 실시양태에 있어서, 세포 무함유 체액이 혈장 또는 혈청인 방법.
58. 실시양태 1 내지 57 중 어느 한 실시양태에 있어서, 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 또는 비-식세포가 대상체의 체액, 조직 또는 세포로부터 단리되는 것인 방법.
59. 실시양태 58에 있어서, 체액 샘플이 혈액, 소변, 대변, 타액, 림프액, 뇌척수액, 활액, 낭액, 복수, 흉막 삼출액, 제1 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 제2 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 제3 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 모체 혈액, 양수, 융모막 융모 샘플, 착상전 배아로부터의 유체, 모체 소변, 모체 타액, 태반 샘플, 태아 혈액, 세척액 및 자궁경부 질 유체, 간질액, 협측 면봉 샘플, 객담, 기관지 세척액, 팝 도말 샘플 또는 안액인 방법.
60. 실시양태 58에 있어서, 세포가 백혈구 세포인 방법.
61. 실시양태 58 내지 60 중 어느 한 실시양태에 있어서, 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 또는 비-식세포가 항체를 사용함으로써 단리되는 것인 방법.
62. 실시양태 58 내지 60 중 어느 한 실시양태에 있어서, 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 또는 비-식세포가 유동세포측정, 형광 활성화된 세포 분류, 여과, 구배-기초 원심분리, 용출, 마이크로플루이딕스, 자기 분리 기법, 형광-자기 분리 기법, 나노구조, 양자점, 고처리율 현미경-기초 플랫폼 또는 이들의 조합에 의해 단리되는 것인 방법.
63. 실시양태 1 내지 62 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 마커가 핵산, 단백질, 지질, 탄수화물, 대사물질 또는 이의 조합인 방법.
64. 실시양태 63에 있어서, 핵산이 뉴클레오티드, 올리고뉴클레오티드, DNA, RNA 또는 DNA-RNA 혼성체인 방법.
65. 실시양태 64에 있어서, DNA가 이중 가닥 DNA, 단일 가닥 DNA, 다중 가닥 DNA, 상보적 DNA, 게놈 DNA 또는 비-코딩 DNA인 방법.
66. 실시양태 64에 있어서, RNA가 메신저 RNA(mRNA), 마이크로RNA(miRNA), 작은 핵인 RNA(snoRNA), 리보좀 RNA(rRNA), 전달 RNA(tRNA), 작은 간섭 RNA(siRNA), 이종 핵 RNA(hnRNA) 또는 작은 헤어핀 RNA(shRNA)인 방법.
67. 실시양태 63에 있어서, 단백질이 아미노산, 펩티드, 효소, 항원, 항체, 사이토카인, 지단백질, 당단백질 또는 호르몬인 방법.
68. 실시양태 63에 있어서, 지질이 지방산, 중성 지방, 포스파타이드, 콜레스테롤, 콜레스테롤 에스테르, 트리글리세라이드, 당지질, 글리세로지질, 글리세로인지질, 스핑고지질, 스테롤 지질, 프레놀 지질, 사카로지질, 폴리케타이드, 콜린 글리세로인지질, 에탄올아민 글리세로인지질, 포스파티딜이노시톨, 포스파티딜글리세롤, 포스파티딜세린, 라이소-콜린 글리세로인지질, 라이소-에탄올아민 글리세로인지질, 포스파티드산, 라이소-포스파티드산, 스핑고미엘린, 갈락토실세라마이드, 글루코실세라마이드, 유리 지방산, 프로스타글란딘, 트리아실글리세롤, 디아실글리세롤, 모노아실글리세롤, 아실-CoA, 아실카르니틴, 옥시스테롤, 세라마이드, 카디오리핀, 스핑고이드 염기-1-포스페이트, 싱고신(shingosine), 라이소-스핑고미엘린, 강글리오사이드, 플라스말로겐, 설파타이드, 저밀도 지단백질(LDL), 초저밀도 지단백질(VLDL), 고밀도 지단백질(HDL), 스핑고이드 염기-1-포스페이트 또는 이들의 유도체인 방법.
69. 실시양태 63에 있어서, 탄수화물이 단당류, 이당류, 다당류, 올리고당류 또는 이들의 유도체인 방법.
70. 실시양태 63에 있어서, 대사물질이 일차 대사물질, 이차 대사물질, 유기 대사물질, 무기 대사물질, 프로스타글란딘, 하이드록시에이코사테트라엔산, 하이드록시옥타데카디엔산, 스테로이드, 담즙산, 비타민 또는 이들의 유도체인 방법.
71. 실시양태 1 내지 3, 10 내지 12 및 19 내지 24 중 어느 한 실시양태에 있어서, 프로파일이 핵산 프로파일, 단백질 프로파일, 지질 프로파일, 탄수화물 프로파일, 대사물질 프로파일 또는 이들의 조합인 방법.
72. 실시양태 65에 있어서, 프로파일이 정성 분석, 정량 분석 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
73. 실시양태 4 내지 9 및 13 내지 18 중 어느 한 실시양태에 있어서, 제1 프로파일 또는 제2 프로파일이 핵산 프로파일, 단백질 프로파일, 지질 프로파일, 탄수화물 프로파일, 대사물질 프로파일 또는 이들의 조합인 방법.
74. 실시양태 65에 있어서, 제1 프로파일 또는 제2 프로파일이 정성 분석, 정량 분석 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
75. 실시양태 4 내지 6 및 74 중 어느 한 실시양태에 있어서, 제3 프로파일 또는 제4 프로파일이 핵산 프로파일, 단백질 프로파일, 지질 프로파일, 탄수화물 프로파일, 대사물질 프로파일 또는 이들의 조합인 방법.
76. 실시양태 75에 있어서, 제3 프로파일 또는 제4 프로파일이 정성 분석, 정량 분석 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
77. 실시양태 72, 66 및 76 중 어느 한 실시양태에 있어서, 정량 분석이 서열결정, 표적화된 서열결정, 단일 분자 실시간 서열결정, 전자 현미경관찰-기초 서열결정, 트랜지스터-매개 서열결정, 직접적인 서열결정, 무작위 숏건(shotgun) 서열결정, 생거(Sanger) 디데옥시 종결 서열결정, 엑손 서열결정, 전체 게놈 서열결정, 혼성화에 의한 서열결정, 피로서열결정, 모세관 전기영동, 겔 전기영동, 이중체 서열결정, 사이클 서열결정, 단일-염기 연장 서열결정, 고체-상 서열결정, 고처리율 서열결정, 대량 병렬 시그너처(signature) 서열결정, 에멀젼 PCR, 다중(multiplex) PCR, 보다 낮은 변성 온도에서의 공-증폭 PCR(COLD-PCR), 가역적 염료 종결제에 의한 서열결정, 짝지어진-말단(paired-end) 서열결정, 단기(near-term) 서열결정, 엑소뉴클레아제(exonuclease) 서열결정, 연결(ligation)에 의한 서열결정, 짧은-판독(short-read) 서열결정, 단일-분자 서열결정, 합성에 의한 서열결정, 실시간 서열결정, 역방향-종결제 서열결정, 나노공극 서열결정, 454 서열결정, 솔렉사(Solexa) 게놈 분석기 서열결정, SOLiD® 서열결정, MS-PET 서열결정, 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에(Fourier) 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 중합효소 연쇄 반응(PCR) 분석, 보다 낮은 변성 온도에서의 공-증폭 PCR(COLD-PCR), 다중 PCR, 정량 PCR, 실시간 PCR, 형광 분석, 비색 분석, 화학발광 분석 또는 이들의 조합을 이용하는 것인 방법.
78. 실시양태 77에 있어서, 핵산 프로파일이 유전형 프로파일, 단일 뉴클레오티드 다형성 프로파일, 유전자 돌연변이 프로파일, 유전자 카피수 프로파일, DNA 메틸화 프로파일, DNA 아세틸화 프로파일, 염색체량 프로파일, 유전자 발현 프로파일 또는 이들의 조합인 방법.
79. 실시양태 77에 있어서, 핵산 프로파일이 중합효소 연쇄 반응(PCR) 분석, 서열결정 분석, 전기영동 분석, 제한 단편 길이 다형성(RFLP) 분석, 노던 블롯 분석, 정량 PCR, 역전사효소-PCR 분석(RT-PCR), 대립형질 특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화 분석, 비교 게놈 혼성화, 이종이중체 이동성 분석(HMA), 단일 가닥 입체구조 다형성(SSCP), 변성 구배 겔 전기영동(DGGE), RNAase 불일치 분석, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 표면 플라스몬 공명, 서던 블롯 분석, 제자리 혼성화, 형광 제자리 혼성화(FISH), 발색 제자리 혼성화(CISH), 면역조직화학(IHC), 마이크로어레이, 비교 게놈 혼성화, 핵형분석, 다중 연결 의존성 프로브 증폭(MLPA), 짧은 형광 단편의 정량 다중 PCR(QMPSF), 현미경관찰, 메틸화 특이적 PCR(MSP) 분석, 연결-매개된 PCR에 의한 HpaII 소단편 농축(HELP) 분석, 방사성 아세테이트 라벨링 분석, 비색 DNA 아세틸화 분석, 마이크로어레이와 조합된 염색질 면역침전(ChlP-온-칩) 분석, 제한 랜드마크 게놈 스캐닝, 메틸화된 DNA 면역침전(MeDIP), DNA 아데닌 메틸트랜스퍼라제 활성에 대한 분자 절단 광 분석, 크로마토그래피 분리, 메틸화 민감성 제한효소 분석, 우라실로의 비-메틸화된 사이토신의 중아황산염-유도된 전환, 보다 낮은 변성 온도에서의 공-증폭 PCR(COLD-PCR), 다중 PCR, 메틸 결합 PCR 분석 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
80. 실시양태 77에 있어서, 핵산 프로파일이 표적화된 서열결정, 단일 분자 실시간 서열결정, 엑손 서열결정, 전자 현미경관찰-기초 서열결정, 트랜지스터-매개 서열결정, 직접적인 서열결정, 무작위 숏건 서열결정, 생거 디데옥시 종결 서열결정, 전체 게놈 서열결정, 혼성화에 의한 서열결정, 피로서열결정, 모세관 전기영동, 겔 전기영동, 이중체 서열결정, 사이클 서열결정, 단일-염기 연장 서열결정, 고체-상 서열결정, 고처리율 서열결정, 대량 병렬 시그너처 서열결정, 에멀젼 PCR, 보다 낮은 변성 온도에서의 공-증폭 PCR(COLD-PCR), 다중 PCR, 가역적 염료 종결제에 의한 서열결정, 짝지어진-말단 서열결정, 단기 서열결정, 엑소뉴클레아제 서열결정, 연결에 의한 서열결정, 짧은-판독 서열결정, 단일-분자 서열결정, 합성에 의한 서열결정, 실시간 서열결정, 역방향-종결제 서열결정, 나노공극 서열결정, 454 서열결정, 솔렉사 게놈 분석기 서열결정, SOLiD® 서열결정, MS-PET 서열결정, 질량 분광측정 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된 서열결정 기법에 의해 결정되는 것인 방법.
81. 실시양태 77에 있어서, 단백질 프로파일이 단백질 발현 프로파일, 단백질 활성화 프로파일 또는 이들의 조합인 방법.
82. 실시양태 77에 있어서, 단백질 프로파일이 면역조직화학분석, 효소-연결된 면역흡착 분석(ELISA), 제자리 혼성화, 크로마토그래피, 액체 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피, 고성능 액체 크로마토그래피(HPLC), 기체 크로마토그래피, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 방사면역분석, 현미경관찰, 마이크로플루이딕 칩-기초 분석, 표면 플라스몬 공명, 서열결정, 웨스턴 블롯팅 분석 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
83. 실시양태 77에 있어서, 단백질 활성화 프로파일이 하나 이상의 마커의 인산화 상태, 유비퀴틴화 상태, 미리스토일화 상태, 입체구조적 상태 또는 이들의 조합을 결정하는 것을 포함하는 것인 방법.
84. 실시양태 77에 있어서, 지질 프로파일이 크로마토그래피, 액체 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피, 고성능 액체 크로마토그래피(HPLC), 기체 크로마토그래피, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 방사면역분석, 마이크로플루이딕 칩-기초 분석, 형광의 검출, 화학발광의 검출 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
85. 실시양태 77에 있어서, 탄수화물 프로파일이 크로마토그래피, 액체 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피, 박동 전류측정 검출을 이용하는 고성능 음이온 교환 크로마토그래피(HPAEC-PAD), 액체 크로마토그래피, 기체 크로마토그래피, 형광 분석, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 방사면역분석, 마이크로플루이딕 칩-기초 분석, 형광의 검출, 화학발광의 검출 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
86. 실시양태 1 내지 85 중 어느 한 실시양태에 있어서, 대상체가 2개 이상의 질환 또는 병태를 갖는 것인 방법.
87. 실시양태 86에 있어서, 대상체가 하나 이상의 출생전 또는 임신 관련 질환 또는 병태를 갖는 것인 방법.
88. 실시양태 1 내지 87 중 어느 한 실시양태에 있어서, 대상체가 포유동물인 방법.
89. 실시양태 89에 있어서, 포유동물이 인간인 방법.
90. 실시양태 1 내지 89 중 어느 한 실시양태에 있어서, 질환 또는 병태가 심혈관 질환 또는 병태, 신장 관련 질환 또는 병태, 출생전 또는 임신 관련 질환 또는 병태, 신경 또는 신경정신 질환 또는 병태, 자가면역 또는 면역 관련 질환 또는 병태, 암, 감염성 질환 또는 병태, 미토콘드리아 장애, 호흡-위장관 질환 또는 병태, 생식 질환 또는 병태, 안 질환 또는 병태, 근육-골격 질환 또는 병태, 또는 피부 질환 또는 병태인 방법.
91. 실시양태 1 내지 90 중 어느 한 실시양태에 있어서, 차이가 1배 초과의 차이인 방법.
92. 실시양태 91에 있어서, 차이가 1.05배, 1.1배, 1.2배, 1.3배, 1.4배, 1.5배, 2배, 2.5배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배 또는 10배 이상의 차이인 방법.
93. 실시양태 4 내지 6 및 13 내지 15 중 어느 한 실시양태에 있어서, 제2 프로파일과 제4 프로파일이 동일한 것인 방법.
94. 질환 또는 병태에 대한 하나 이상의 마커를 확인하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체로부터의 세포 무함유 체액, 및 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체로부터의 식세포 집단 또는 >2n 식세포 집단을 포함하는 샘플로부터의 분석물의 제1 프로파일을 결정하는 단계,
상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체로부터의 =2n 식세포 집단 또는 비-식세포 집단으로부터의 분석물의 제2 프로파일을 결정하는 단계, 및
제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이의 세트를 확인하는 단계로서, 이때 차이의 제1 세트는 제2 프로파일에 비해 상대적으로 제1 프로파일에 대해 특이적인 것인 단계;
b) 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체로부터의 세포 무함유 체액, 및 상기 질환 또는 병태를 갖지 않는 대조군 대상체로부터의 식세포 집단 또는 >2n 식세포 집단을 포함하는 샘플로부터의 분석물의 제3 프로파일을 결정하는 단계,
상기 질환 또는 병태를 갖지 않는 대조군 대상체로부터의 =2n 식세포 집단 또는 비-식세포 집단으로부터의 분석물의 제4 프로파일을 결정하는 단계, 및
제3 프로파일과 제4 프로파일 사이의 차이의 세트를 확인하는 단계로서, 이때 차이의 제2 세트는 제4 프로파일에 비해 상대적으로 제3 프로파일에 대해 특이적인 것인 단계; 및
c) b)에서 확인된 차이의 세트에 비해 상대적으로 a)에서 확인된 차이의 세트에 대해 특이적인 하나 이상의 분석물을 확인하는 단계로서, 이때 c)에서 확인된 분석물은 상기 질환 또는 병태의 마커인 단계.
95. 질환 또는 병태에 대한 하나 이상의 마커를 확인하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
a) 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체로부터의 세포 무함유 체액, 및 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체로부터의 식세포 집단 또는 >2n 식세포 집단을 포함하는 샘플로부터의 분석물의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
b) 상기 제1 프로파일을, 상기 질환 또는 병태를 갖지 않는 대조군 대상체로부터의 분석물의 저장소로부터 유래된 제2 프로파일과 비교하는 단계;
c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이의 세트를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이의 세트는 제2 프로파일에 비해 상대적으로 제1 프로파일에 대해 특이적인 것인 단계; 및
d) 상기 차이의 세트에 대해 특이적인 하나 이상의 분석물을 확인하는 단계로서, 이때 확인된 분석물은 상기 질환 또는 병태의 마커인 단계.
96. 실시양태 95에 있어서, 하기 단계들을 추가로 포함하는 방법:
a) 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체에서 상기 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포 또는 조직으로부터의 분석물의 제5 프로파일을 수득하는 단계,
상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체에서 상기 질환 또는 병태에 의해 영향받지 않은 세포 또는 조직으로부터의 분석물의 제6 프로파일을 수득하는 단계, 및
제5 프로파일과 제6 프로파일 사이의 차이의 세트를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이의 세트는 제6 프로파일에 비해 상대적으로 제5 프로파일에 대해 특이적인 것인 단계; 및
b) d)에서 확인된 차이의 세트에 존재하는 c)의 하나 이상의 마커를 확인하는 단계.
97. 실시양태 90 내지 96 중 어느 한 실시양태에 있어서, 세포 무함유 체액으로부터 하나 이상의 마커를 추출하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
98. 실시양태 90 내지 97 중 어느 한 실시양태에 있어서, 단계 a) 전에 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 또는 비-식세포를 용해시키는 단계를 추가로 포함하는 방법.
99. 실시양태 90 내지 98 중 어느 한 실시양태에 있어서, 단계 a) 전에 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 또는 비-식세포로부터 세포 내용물 중 적어도 일부를 추출하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
100. 실시양태 90 내지 99 중 어느 한 실시양태에 있어서, 식세포 또는 >2n 식세포가 생존가능한 병든 세포, 사멸된 병든 세포, 아폽토시스성 병든 세포, 순환 종양 세포, 감염성 물질, 태아 세포, 영양막세포 또는 이들의 단편을 포함하는 것인 방법.
101. 실시양태 90 내지 100 중 어느 한 실시양태에 있어서, 상기 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커가 세포 무함유 체액 샘플, 식세포 또는 >2n 식세포에 존재하는 것인 방법.
102. 실시양태 90 내지 101 중 어느 한 실시양태에 있어서, 상기 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커가 세포 무함유 체액 샘플, 식세포 또는 >2n 식세포에 존재하지 않는 것인 방법.
103. 실시양태 90 내지 102 중 어느 한 실시양태에 있어서, 단계 c)의 확인된 차이를 상기 질환 또는 병태의 하나 이상의 공지된 마커의 저장소와 비교하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
104. 실시양태 97에 있어서, 저장소가 데이터 마이닝에 의해 수득되는 것인 방법.
105. 실시양태 90 내지 104 중 어느 한 실시양태에 있어서, 식세포, >2n 식세포 또는 =2n 식세포가 호중구, 대식세포, 단핵세포, 수지상세포, 포말세포, 비만세포, 호산구, 각질세포 또는 이들의 혼합물인 방법.
106. 실시양태 90 내지 105 중 어느 한 실시양태에 있어서, 비-식세포가 T 세포, B 세포, 널 세포, 호염구 또는 이들의 혼합물인 방법.
107. 실시양태 90 내지 106 중 어느 한 실시양태에 있어서, 세포 무함유 체액이 체액으로부터 분리되는 것인 방법.
108. 실시양태 107에 있어서, 체액 샘플이 혈액, 소변, 대변, 타액, 림프액, 뇌척수액, 활액, 낭액, 복수, 흉막 삼출액, 제1 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 제2 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 제3 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 모체 혈액, 양수, 융모막 융모 샘플, 착상전 배아로부터의 유체, 모체 소변, 모체 타액, 태반 샘플, 태아 혈액, 세척액 및 자궁경부 질 유체, 간질액 또는 안액인 방법.
109. 실시양태 107 또는 108에 있어서, 세포 무함유 체액 샘플이 여과, 원심분리, 유동세포측정, 형광 활성화된 세포 분류, 구배-기초 원심분리, 용출, 마이크로플루이딕스, 자기 분리 기법, 형광-자기 분리 기법, 나노구조, 양자점, 고처리율 현미경-기초 플랫폼 또는 이들의 조합에 의해 분리되는 것인 방법.
110. 실시양태 109에 있어서, 세포 무함유 체액 샘플이 샘플에 존재하는 물질을 사용함으로써 분리되는 것인 방법.
111. 실시양태 90 내지 110 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 마커가 핵산, 단백질, 지질, 탄수화물, 대사물질 또는 이들의 조합인 방법.
112. 실시양태 111에 있어서, 핵산이 뉴클레오티드, 올리고뉴클레오티드, DNA, RNA 또는 DNA-RNA 혼성체인 방법.
113. 실시양태 112에 있어서, DNA가 이중 가닥 DNA, 단일 가닥 DNA, 다중 가닥 DNA, 상보적 DNA, 게놈 DNA 또는 비-코딩 DNA인 방법.
114. 실시양태 112에 있어서, RNA가 메신저 RNA(mRNA), 마이크로RNA(miRNA), 작은 핵인 RNA(snoRNA), 리보좀 RNA(rRNA), 전달 RNA(tRNA), 작은 간섭 RNA(siRNA), 이종 핵 RNA(hnRNA) 또는 작은 헤어핀 RNA(shRNA)인 방법.
115. 실시양태 111에 있어서, 단백질이 아미노산, 펩티드, 효소, 항원, 항체, 사이토카인, 지단백질, 당단백질 또는 호르몬인 방법.
116. 실시양태 111에 있어서, 지질이 지방산, 중성 지방, 포스파타이드, 콜레스테롤, 콜레스테롤 에스테르, 트리글리세라이드, 당지질, 글리세로지질, 글리세로인지질, 스핑고지질, 스테롤 지질, 프레놀 지질, 사카로지질, 폴리케타이드, 콜린 글리세로인지질, 에탄올아민 글리세로인지질, 포스파티딜이노시톨, 포스파티딜글리세롤, 포스파티딜세린, 라이소-콜린 글리세로인지질, 라이소-에탄올아민 글리세로인지질, 포스파티드산, 라이소-포스파티드산, 스핑고미엘린, 갈락토실세라마이드, 글루코실세라마이드, 유리 지방산, 프로스타글란딘, 트리아실글리세롤, 디아실글리세롤, 모노아실글리세롤, 아실-CoA, 아실카르니틴, 옥시스테롤, 세라마이드, 카디오리핀, 스핑고이드 염기-1-포스페이트, 싱고신, 라이소-스핑고미엘린, 강글리오사이드, 플라스말로겐, 설파타이드, 저밀도 지단백질(LDL), 초저밀도 지단백질(VLDL), 고밀도 지단백질(HDL), 스핑고이드 염기-1-포스페이트 또는 이들의 유도체인 방법.
117. 실시양태 111에 있어서, 탄수화물이 단당류, 이당류, 다당류, 올리고당류 또는 이들의 유도체인 방법.
118. 실시양태 111에 있어서, 대사물질이 일차 대사물질, 이차 대사물질, 유기 대사물질, 무기 대사물질, 프로스타글란딘, 하이드록시에이코사테트라엔산, 하이드록시옥타데카디엔산, 스테로이드, 담즙산, 비타민 또는 이들의 유도체인 방법.
119. 실시양태 90 내지 118 중 어느 한 실시양태에 있어서, 프로파일이 핵산 프로파일, 단백질 프로파일, 지질 프로파일, 탄수화물 프로파일, 대사물질 프로파일 또는 이들의 조합인 방법.
120. 실시양태 119에 있어서, 프로파일이 정성 분석, 정량 분석 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
121. 실시양태 120에 있어서, 정량 분석이 서열결정, 표적화된 서열결정, 단일 분자 실시간 서열결정, 엑손 서열결정, 전자 현미경관찰-기초 서열결정, 트랜지스터-매개 서열결정, 직접적인 서열결정, 무작위 숏건 서열결정, 생거 디데옥시 종결 서열결정, 전체 게놈 서열결정, 혼성화에 의한 서열결정, 피로서열결정, 모세관 전기영동, 겔 전기영동, 이중체 서열결정, 사이클 서열결정, 단일-염기 연장 서열결정, 고체-상 서열결정, 고처리율 서열결정, 대량 병렬 시그너처 서열결정, 에멀젼 PCR, 보다 낮은 변성 온도에서의 공-증폭 PCR(COLD-PCR), 다중 PCR, 가역적 염료 종결제에 의한 서열결정, 짝지어진-말단 서열결정, 단기 서열결정, 엑소뉴클레아제 서열결정, 연결에 의한 서열결정, 짧은-판독 서열결정, 단일-분자 서열결정, 합성에 의한 서열결정, 실시간 서열결정, 역방향-종결제 서열결정, 나노공극 서열결정, 454 서열결정, 솔렉사 게놈 분석기 서열결정, SOLiD® 서열결정, MS-PET 서열결정, 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 중합효소 연쇄 반응(PCR) 분석, 정량 PCR, 실시간 PCR, 형광 분석, 비색 분석, 화학발광 분석 또는 이들의 조합을 이용하는 것인 방법.
122. 실시양태 119에 있어서, 핵산 프로파일이 유전형 프로파일, 단일 뉴클레오티드 다형성 프로파일, 유전자 돌연변이 프로파일, 유전자 카피수 프로파일, DNA 메틸화 프로파일, DNA 아세틸화 프로파일, 염색체량 프로파일, 유전자 발현 프로파일 또는 이들의 조합인 방법.
123. 실시양태 119에 있어서, 핵산 프로파일이 중합효소 연쇄 반응(PCR) 분석, 서열결정 분석, 전기영동 분석, 제한 단편 길이 다형성(RFLP) 분석, 노던 블롯 분석, 정량 PCR, 역전사효소-PCR 분석(RT-PCR), 대립형질 특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화 분석, 비교 게놈 혼성화, 이종이중체 이동성 분석(HMA), 단일 가닥 입체구조 다형성(SSCP), 변성 구배 겔 전기영동(DGGE), RNAase 불일치 분석, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 표면 플라스몬 공명, 서던 블롯 분석, 제자리 혼성화, 형광 제자리 혼성화(FISH), 발색 제자리 혼성화(CISH), 면역조직화학(IHC), 마이크로어레이, 비교 게놈 혼성화, 핵형분석, 다중 연결 의존성 프로브 증폭(MLPA), 짧은 형광 단편의 정량 다중 PCR(QMPSF), 현미경관찰, 메틸화 특이적 PCR(MSP) 분석, 연결-매개된 PCR에 의한 HpaII 소단편 농축(HELP) 분석, 방사성 아세테이트 라벨링 분석, 비색 DNA 아세틸화 분석, 마이크로어레이와 조합된 염색질 면역침전(ChlP-온-칩) 분석, 제한 랜드마크 게놈 스캐닝, 메틸화된 DNA 면역침전(MeDIP), DNA 아데닌 메틸트랜스퍼라제 활성에 대한 분자 절단 광 분석, 크로마토그래피 분리, 메틸화 민감성 제한효소 분석, 우라실로의 비-메틸화된 사이토신의 중아황산염-유도된 전환, 보다 낮은 변성 온도에서의 공-증폭 PCR(COLD-PCR), 다중 PCR, 메틸 결합 PCR 분석 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
124. 실시양태 119에 있어서, 핵산 프로파일이 표적화된 서열결정, 단일 분자 실시간 서열결정, 엑손 서열결정, 전자 현미경관찰-기초 서열결정, 트랜지스터-매개 서열결정, 직접적인 서열결정, 무작위 숏건 서열결정, 생거 디데옥시 종결 서열결정, 전체 게놈 서열결정, 혼성화에 의한 서열결정, 피로서열결정, 모세관 전기영동, 겔 전기영동, 이중체 서열결정, 사이클 서열결정, 단일-염기 연장 서열결정, 고체-상 서열결정, 고처리율 서열결정, 대량 병렬 시그너처 서열결정, 에멀젼 PCR, 보다 낮은 변성 온도에서의 공-증폭 PCR(COLD-PCR), 다중 PCR, 가역적 염료 종결제에 의한 서열결정, 짝지어진-말단 서열결정, 단기 서열결정, 엑소뉴클레아제 서열결정, 연결에 의한 서열결정, 짧은-판독 서열결정, 단일-분자 서열결정, 합성에 의한 서열결정, 실시간 서열결정, 역방향-종결제 서열결정, 나노공극 서열결정, 454 서열결정, 솔렉사 게놈 분석기 서열결정, SOLiD® 서열결정, MS-PET 서열결정, 질량 분광측정 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된 서열결정 기법에 의해 결정되는 것인 방법.
125. 실시양태 119에 있어서, 단백질 프로파일이 단백질 발현 프로파일, 단백질 활성화 프로파일 또는 이들의 조합인 방법.
126. 실시양태 119에 있어서, 단백질 프로파일이 면역조직화학분석, 효소-연결된 면역흡착 분석(ELISA), 제자리 혼성화, 크로마토그래피, 액체 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피, 고성능 액체 크로마토그래피(HPLC), 기체 크로마토그래피, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 방사면역분석, 현미경관찰, 마이크로플루이딕 칩-기초 분석, 표면 플라스몬 공명, 서열결정, 웨스턴 블롯팅 분석 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
127. 실시양태 119에 있어서, 단백질 활성화 프로파일이 하나 이상의 마커의 인산화 상태, 유비퀴틴화 상태, 미리스토일화 상태, 입체구조적 상태 또는 이들의 조합을 결정하는 것을 포함하는 것인 방법.
128. 실시양태 119에 있어서, 지질 프로파일이 크로마토그래피, 액체 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피, 고성능 액체 크로마토그래피(HPLC), 기체 크로마토그래피, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 방사면역분석, 마이크로플루이딕 칩-기초 분석, 형광의 검출, 화학발광의 검출 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
129. 실시양태 119에 있어서, 탄수화물 프로파일이 크로마토그래피, 액체 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피, 박동 전류측정 검출을 이용하는 고성능 음이온 교환 크로마토그래피(HPAEC-PAD), 액체 크로마토그래피, 기체 크로마토그래피, 형광 분석, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 방사면역분석, 마이크로플루이딕 칩-기초 분석, 형광의 검출, 화학발광의 검출 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
130. 실시양태 90 내지 129 중 어느 한 실시양태에 있어서, 대상체가 포유동물인 방법.
131. 실시양태 130에 있어서, 포유동물이 인간인 방법.
132. 실시양태 90 내지 131 중 어느 한 실시양태에 있어서, 질환 또는 병태가 심혈관 질환 또는 병태, 신장 관련 질환 또는 병태, 출생전 또는 임신 관련 질환 또는 병태, 신경 또는 신경정신 질환 또는 병태, 자가면역 또는 면역 관련 질환 또는 병태, 암, 감염성 질환 또는 병태, 미토콘드리아 장애, 호흡-위장관 질환 또는 병태, 생식 질환 또는 병태, 안 질환 또는 병태, 근육-골격 질환 또는 병태, 또는 피부 질환 또는 병태인 방법.
133. 실시양태 90 내지 132 중 어느 한 실시양태에 있어서, 차이가 1배 초과의 차이인 방법.
134. 실시양태 133에 있어서, 차이가 1.05배, 1.1배, 1.2배, 1.3배, 1.4배, 1.5배, 2배, 2.5배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배 또는 10배 이상의 차이인 방법.
135. 실시양태 1 내지 93 중 어느 한 실시양태에 있어서, 상기 질환 또는 병태의 하나 이상의 진단 파라미터를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
136. 실시양태 135에 있어서, 진단 파라미터가 신체 검사, 시각적 검사, 생검, 스캐닝, 조직학, 방사선학, 영상화, 초음파, 상업적 키트의 사용, 유전적 시험, 면역학적 시험, 체액의 분석 또는 신경 활성의 모니터링에 의해 결정되는 것인 방법.
137. 실시양태 1 내지 93, 135 및 136 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 마커가 AKT2, BAK1, EGFR, ERBB2, ETS2, FOS, JUN, MAP2K1, MMP2, PDGFB, RB1, SERPINB2, SNCG 및 SPP1로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함하는 것인 방법.
138. 실시양태 1 내지 93 및 135 내지 137 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 마커가 AKT1, AKT2, BAK2, CDC25A, E2F1, EGFR, ERBB2, FOS, JUN, MAP2K1, MMP2, NFKB1, PDGFB, PIK3R1, PNN, RB1, SERPINB2, SERPINB5, SNCG, SPP1, TERT, TIMP3 및 TP53으로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함하는 것인 방법.
139. 실시양태 1 내지 93 및 135 내지 138 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 마커가 CASP8, CASP9, COL18A1, ETS2, HTATIP2, MMP9, SRC 및 TWIST1로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함하는 것인 방법.
140. 실시양태 1 내지 93 및 135 내지 139 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 마커가 AKT1, APAF1, ATM, CDC25A, CDKN1A, ETS2, FOS, IL8, ITGA4, ITGA6, ITGAV, JUN, MAP2K1, NFKBIA, PLAU, PLAUR, RAF1, SERPINB2, SYK, TIMP1, TNF, TNFRSF10B 및 TNFRSF1A로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함하는 것인 방법.
141. 실시양태 1 내지 93 및 135 내지 140 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 마커가 ACP2, AK2, AKT3, ARL5B, ATP2B3, BGN, BRAF, BTG2, CAMKK2, CAPG, CAPN12, CPLX2, DENND5A, DNA2, FAM104A, FNIP1, GFRA4, GLUD1, GNAQ, GP1BB, HNRPLL, HOXA2, HPS3, INPP4A, ITGAV, KLHL23, LANCL2, LYPD6, MAPKAPK3, MEF2A(EG:4205를 포함함), MEF2C, NVL, PCYT1A, PGLYRP4, PLOD1, PPP1CB, PRKAB2, PROS1, PTPRE, RASA4(EG:10156을 포함함), RBMS2, RBPJ, STAT5B, THBS1, TRIB1, TRIM2, TSPAN6 및 ZDHHC21로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함하는 것인 방법.
142. 실시양태 1 내지 93 및 135 내지 141 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 마커가 B4GALT5, BOP1, CCL2, CCL3, CCL3L1, CCRL2, CD83, CLEC4G, CLIC4, CTSC, CTSO, CXCL10, FCGR3A, FPR3, HBA1, HBB, LRMP, MAP1LC3B2, MS4A4A, MSR1, MYADML, NID1, PF4, PION, RNF217, SAMD9L, SERPING1 및 SPARC로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함하는 것인 방법.
143. 실시양태 1 내지 93 및 135 내지 142 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 마커가 ACOT9, AMPD2, ARHGAP15, BATF2, C3AR1, C5orf41, CCL3, CCL3L1, CD63, CHST11, CHSY1, CLEC4G, CTSZ, CXorf21, CYTH4, CYTIP, DLEU2, DNAJA1, DOCK8, DTX3L, DUSP6, EPSTI1, ERF, F2RL1, FYB, GABRB2, GBP5, GLRX, GNB4, ICAM1, IFI35, IFIH1, IFNAR2, IL1R1, IRF1, ITGA5, LAP3, LAPTM5, LCP2, MAP1LC3B, MAP1LC3B2, MICAL2, MT1DP, MT1JP, MT1M, MT2A, MYADML, NEK6, NINJ2, NNMT, NT5C3L, NUB1, PDE4B, PLOD1, PML, PRKCB, PSMB9, RCN3, RGS4, RNASE6, RTP4, SAMD9L, SEL1L, SERPING1, SETX, SIGLEC10, SKIL, SLC7A7, SNORA21, SP100, SP110, SP140, SSFA2, STAT2, STK17B, STK3, TDRD7, TMCC1, TMPRSS11E2, TNFRSF1B, TPM1, TRIM21, TXNDC4, UBE2L6, UBE2W, USP18, VAV1, WARS, WIPF1 및 WIPI1로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함하는 것인 방법.
144. 실시양태 1 내지 93 및 135 내지 143 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 마커가 ADAR, ADM, ALAS1, ANKRD22, ARHGAP27, B3GNT5, BCL10, C12orf35, C15orf29, C2orf59, CD177, CEACAM1, CPEB2, DDX58, F2RL1, GDPD3, GNAI3, HIST2H3A, HIST2H3D, HIST2H4A, HMGCR, HSPA6, HSPC159, IL4R, IMPA2, KPNB1, KREMEN1, KRT23, LDLR, LOC100130904, LTB4R, MAEA, MARK2, MBOAT2, MPZL3, N4BP1, NBEAL2, NMI, NPEPPS, PARP14, PGM2, PPIF, PXN, RALBP1, ROD1, RPS6KA1, S100P, SERTAD2, SLC9A1, SLPI, SP110, SPINT1, ST14, TBC1D3, TNFRSF9, TRIM21, UPP1, VPS24, ZBTB34 및 ZNF256으로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함하는 것인 방법.
145. 실시양태 1 내지 93 및 135 내지 144 중 어느 한 실시양태에 있어서, 하나 이상의 마커가 실시양태 94 내지 134 중 어느 한 실시양태의 방법에 의해 확인된 하나 이상의 마커를 포함하는 것인 방법.
146. 실시양태 94 내지 134 중 어느 한 실시양태의 방법에 의해 확인된 하나 이상의 마커를 검출하는 다수의 마커 검출제를 포함하는 키트.
147. 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 예방하는 방법으로서, 실시양태 6 또는 15의 방법에 의해 확인된 화합물을 포함하는 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
148. 실시양태 1 내지 93 및 135 내지 145 중 어느 한 실시양태에 있어서, 순환 병든 세포가 감염성 물질에 의해 감염되어 있는 것인 방법.
149. 실시양태 148에 있어서, 감염성 물질이 바이러스, 세균, 진균, 기생충, 원생동물, 감염성 단백질 또는 미생물인 것인 방법.
150. 실시양태 1 내지 93, 135 내지 145, 148 및 149 중 어느 한 실시양태에 있어서, 식세포 또는 >2n 식세포를 포함하는 방법으로서, 이때 상기 식세포 또는 >2n 식세포가 경신장 핵산을 포함하는 것인 방법.
도 1은 CD2 양성 말초 혈액 세포의 모체 기준 샘플 및 조합 샘플에서 잠재적 정보제공 마커의 세트 및 관련된 대립형질 빈도의 판독치의 상대적인 백분율을 보여준다. x-축을 따라 마커가 표시되어 있고, y-축을 따라 상이한 대립형질에 대한 퍼센트 판독치가 표시되어 있다. 삼각형: 모체 샘플 기준 대립형질의 퍼센트; 원: 모체 샘플 대안적 대립형질의 퍼센트; 정사각형: 조합 샘플 기준 대립형질의 퍼센트; 및 마름모꼴: 조합 샘플 대안적 대립형질의 퍼센트.
도 2는 모체 기준 샘플 및 조합 샘플에서 잠재적 정보제공 마커의 세트 및 관련된 대립형질 빈도의 판독치의 상대적인 백분율을 보여준다. x-축을 따라 마커가 표시되어 있고, y-축을 따라 상이한 대립형질에 대한 퍼센트 판독치가 표시되어 있다. 삼각형: 모체 샘플 기준 대립형질의 퍼센트; 원: 모체 샘플 대안적 대립형질의 퍼센트; 정사각형: 조합 샘플 기준 대립형질의 퍼센트; 및 마름모꼴: 조합 샘플 대안적 대립형질의 퍼센트.
도 3은 순환 세포 무함유 유체(ccff) 샘플과 모체 기준 샘플 사이에 비교되었을 때 잠재적 정보제공 마커의 세트 및 관련된 대립형질 빈도의 판독치의 상대적인 백분율을 보여준다. x-축을 따라 마커가 표시되어 있고, y-축을 따라 상이한 대립형질에 대한 퍼센트 판독치가 표시되어 있다. 삼각형: 기준 대립형질; 원: 대안적 대립형질.
도 4는 T 세포 샘플에서 잠재적 정보제공 마커의 세트 및 관련된 대립형질 빈도의 판독치의 상대적인 백분율을 보여준다. x-축을 따라 마커가 표시되어 있고, y-축을 따라 상이한 대립형질에 대한 퍼센트 판독치가 표시되어 있다. 삼각형: 기준 대립형질; 원: 대안적 대립형질.
도 5는 순환 세포 무함유 체액(ccff) + 1% 단핵세포 샘플의 조합 샘플에서 잠재적 정보제공 마커의 세트 및 관련된 대립형질 빈도의 판독치의 상대적인 백분율을 보여준다. x-축을 따라 마커가 표시되어 있고, y-축을 따라 상이한 대립형질에 대한 퍼센트 판독치가 표시되어 있다. 삼각형: 기준 대립형질; 원: 대안적 대립형질.
도 6은 모체 T 세포에서 정보제공 마커의 결여와 비교된, 모체 혈액의 순환 세포 무함유 체액 분획에서 정보제공 마커의 출현을 보여준다. x-축을 따라 마커가 표시되어 있고, y-축을 따라 상이한 대립형질에 대한 퍼센트 판독치가 표시되어 있다.
도 7은 T 세포를 함유하는 모체 기준 샘플에서 정보제공 마커의 결여와 비교된, 모체 혈액으로부터의 세포 무함유 체액 + 단핵세포를 함유하는 조합 샘플에서 정보제공 마커의 출현을 보여준다. x-축을 따라 마커가 표시되어 있고, y-축을 따라 상이한 대립형질에 대한 퍼센트 판독치가 표시되어 있다.
도 8은 모체 단독 샘플 및 조합 샘플에서 예시적인 정보제공 마커를 보여준다. 삼각형: 기준 대립형질; 원: 대안적 대립형질.
도 9는 모체 단독 샘플 및 조합 샘플에서 예시적인 정보제공 마커를 보여준다. 삼각형: 기준 대립형질; 원: 대안적 대립형질.
도 10은 모체 단독 샘플 및 조합 샘플에서 예시적인 비-정보제공 마커를 보여준다. 삼각형: 기준 대립형질; 원: 대안적 대립형질.
본원에서 달리 정의되어 있지 않은 한, 본원에서 사용된 과학 용어 및 기술 용어는 당분야에서 통상의 기술을 가진 자에 의해 통상적으로 이해되는 의미를 가질 것이다. 일반적으로, 본원에 기재된, 세포 및 조직 배양, 분자생물학, 세포 및 암 생물학, 신경생물학, 신경화학, 바이러스학, 면역학, 미생물학, 약학, 유전학, 및 단백질 및 핵산 화학과 관련하여 사용된 명명법 및 이들 분야들의 기법은 당분야에서 잘 공지되어 있고 통상적으로 이용되는 명명법 및 기법이다.
전술된 사항들 전부, 및 본원에서 인용된 임의의 다른 공개문헌, 특허 및 공개된 특허출원은 본원에 참고로 구체적으로 도입된다. 불일치가 존재하는 경우, 그의 특정 정의를 포함하는 본 명세서가 좌우할 것이다.
본 명세서 전체에서 용어 "포함한다", 또는 이의 어미변화, 예컨대, "포함하고" 또는 "포함하는"은 기재된 정수(또는 성분) 또는 정수(또는 성분)의 군의 포함을 함축하는 것으로 이해될 것이지만, 임의의 다른 정수(또는 성분) 또는 정수(또는 성분)의 군을 배제하지 않는다.
문맥이 달리 명시하지 않은 한, 단수형 용어는 복수형을 포함한다.
용어 "포함하는"은 "포함하나 이들로 한정되지 않는"을 의미하기 위해 사용된다. "포함하는" 및 "포함하나 이들로 한정되지 않는"은 상호교환가능하게 사용된다.
"환자", "대상체" 또는 "개체"는 상호교환적으로 사용되고 인간 또는 비-인간 동물을 지칭한다. 이들 용어들은 포유동물, 예컨대, 인간, 영장류, 가축 동물(예를 들면, 소, 돼지), 애완 동물(예를 들면, 개, 고양이) 및 설치류(예를 들면, 마우스 및 래트)를 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 대조군 대상체는 분석되는 질환 또는 병태를 갖는 것으로서 진단받지 않은 임의의 개체를 지칭한다. 용어 "정상 대조군", "건강한 대조군" 및 "병들지 않은 세포"도 마찬가지로 분석되는 병태 또는 질환을 갖지 않으므로 측정되는 병태 또는 장애에 대한 기준을 결정하는 데에 사용될 수 있는 공급원(예를 들면, 대상체, 대조군 대상체, 세포주)으로부터 채취된 샘플(예를 들면, 세포, 혈청, 조직)을 의미한다. 대조군 대상체, 정상 대조군 및 건강한 대조군은 표준물로서 수득되고 사용되는 데이터를 포함한다는 것, 즉 다수의 상이한 대상체들에 대해 여러 번 반복해서 사용될 수 있다는 것도 이해된다. 즉, 예를 들면, 대상체 샘플을 대조군 샘플과 비교할 때, 대조군 샘플로부터의 데이터는 상이한 실험 세트에서 수득되었을 수 있다(예를 들면, 상기 데이터는 다수의 건강한 대상체들로부터 수득된 평균일 수 있고, 대상체에 대한 데이터가 수득되었을 때 실제로 수득되지 않을 수 있다).
본원에서 사용될 때, 용어 "진단"은 환자가 주어진 질환 또는 병태를 앓고 있는지 아닌지를 평가할 수 있고/있거나 결정할 수 있도록 당업자에 의해 이용되는 방법을 지칭한다. 당업자는 종종 질병의 존재, 중증도 또는 부재를 표시하는 하나 이상의 진단 표시자, 예를 들면, 마커, 존재, 부재, 양, 또는 양의 변화를 기초로 진단한다.
본원에서 사용될 때, 용어 "예후"는 질환 또는 병태의 재발을 포함하는, 질환 또는 병태 진행의 가능성을 지칭하기 위해 본원에서 사용된다.
국제 특허출원 제PCT/US09/31395호, 제PCT/US11/45009호, 제PCT/US11/44969호, 제PCT/US11/44973호, 제PCT/US11/44991호, 제PCT/US11/45002호, 제PCT/US11/44996호 및 제PCT/US11/45018호의 개시내용은 모든 목적을 위해 본원에 참고로 도입된다.
본원에 기재된 각각의 실시양태는 본원에 기재된 임의의 다른 실시양태와 조합될 수 있다.
본 발명의 방법의 설명
당업자는 공급원의 조합으로부터 유래된 프로파일을 사용함으로써 시험용 샘플로부터 성분을 분리하는 과정에서 통상적으로 상실되는 데이터를 포획할 수 있다. 동시에, 조합되는 분석 성분들은 사용되는 마커에 대해 농축된다. 따라서, 본 발명의 방법은 불필요한 "노이즈(noise)"를 신호 내로 도입하지 않는다. 대상체 특이적 프로파일 비교를 이용하는 실시양태는 특정 질환 또는 병태에 대한 집단-유래의 평균 프로파일에의 의존성도 제거한다. 집단-유래의 평균 프로파일의 사용은 오류를 대상체에서의 특정 질환 또는 병태의 검출 또는 진단 내로 도입할 수 있다. 따라서, 본 발명의 방법은 검출, 진단 및 치료가 개체에 맞춤화될 수 있게 한다.
본 발명의 방법은 높은 특이성, 민감성 및 정확성을 갖고, 체액 샘플, 세포 또는 조직 내에 존재하는 질환 또는 병태 특이적 마커를 검출할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 방법은 현행 방법에 비해 개선된 특이성, 민감성 및 정확성을 갖는다. 본 발명의 방법은 예를 들면, 환자 샘플이 채취되고 개별 성분(이들 중 하나만이 시험을 위해 선택됨)으로 분리될 때 귀중한 신호를 상실한다는 문제점도 감소시킨다. 따라서, 일부 양태에서, 본 발명은 질환 또는 병태의 조기 검출, 즉 질환이 보편적인 진단 기법, 예를 들면, 영상화 기법에 의해 진단될 수 있기 전의 검출을 위한 비-침습적 분석을 제공하므로, 이러한 질환 또는 병태를 갖는 개체의 중재, 예방 및 치료에 대한 필요성 및 전략에 대한 개선된 결정을 하기 위한 토대를 제공한다.
본 발명은 질환 또는 병태 관련 마커(예를 들면, 핵산, 단백질, 지질, 탄수화물, 대사물질)의 프로파일(예를 들면, 유전자/단백질/지질/탄수화물 발현 프로파일, 유전형, 유전자 카피수, 유전자 용량, DNA 메틸화 등)을 비교함으로써 질환 또는 병태를 진단하거나 이러한 진단을 보조하는 방법을 제공한다. 상기 비교에 사용되는 한 프로파일은 대상체로부터의 2개 이상의 상이한 성분들(예를 들면, 세포 무함유 체액, 식세포, 순환 소포 및 순환 병든 세포)의 조합을 포함하는 샘플로부터의 프로파일일 수 있다. 대안적으로, 비교에 사용되는 프로파일은 예를 들면, 대상체로부터의 세포 무함유 체액, 식세포, 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포), 순환 소포 및 순환 병든 세포로부터 단리된 분석물을 포함하는 샘플로부터의 프로파일일 수 있다. 예를 들면, 식세포 및 세포 무함유 체액으로부터의 분석물을 포함하는 샘플은 (예를 들면, 세포를 용해시키고 친화성-기초 기법을 이용하여 분석물을 단리함으로써) 식세포로부터 분석물(예를 들면, 핵산 또는 단백질)을 단리하고 세포 무함유 체액으로부터 분석물(예를 들면, 핵산 또는 단백질)을 단리하고 이 분석물들을 조합하여 프로파일의 생성에 유용한 샘플을 생성함으로써 발생될 수 있다. 언급의 용이성을 위해, 2개 이상의 상이한 성분들(예를 들면, 세포 무함유 체액, 식세포, >2n 식세포, 순환 소포 및 순환 병든 세포, 또는 이들로부터 단리된 분석물)의 조합을 포함하는 샘플은 본원에서 "조합 샘플"로서 지칭될 수 있다. 일부 실시양태에서, 조합 샘플은 식세포 집단, >2n 식세포 집단, 순환 소포 집단 또는 순환 병든 세포 집단 대신에 각각 식세포 집단, >2n 식세포 집단, 순환 소포 집단 또는 순환 병든 세포 집단의 용해물, 또는 용해물의 분획 또는 부분을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 조합 샘플은 식세포 집단, >2n 식세포 집단, 순환 소포 집단 또는 순환 병든 세포 집단 대신에 각각 식세포 집단, >2n 식세포 집단, 순환 소포 집단 또는 순환 병든 세포 집단의 용해물로부터 단리된 분석물, 또는 용해물로부터 단리된 분석물의 분획 또는 부분을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 조합 샘플은 세포 무함유 체액 자체보다는 오히려 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 또는 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물의 부분 또는 분획을 포함할 수 있다. 대조군 프로파일은 동일한 개체로부터 채취된, 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 식세포, 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포(=2n 식세포), 비-식세포 또는 대조군 세포로부터의 프로파일일 수 있다. 대안적으로, 대조군 프로파일은 질환 또는 병태의 마커의 저장소로부터의 프로파일일 수 있다. 본 발명과 관련하여, "질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 대조군 세포"는 순환 병든 세포에 비해 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 유의하게 더 적은 양으로 포함하는 세포 집단을 지칭한다. 일부 실시양태에서, "질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 대조군 세포"는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5% 또는 100% 이상 갖지 않는 세포이다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 방법에서 사용될 수 있는 대조군 세포는 태아 물질(예를 들면, 핵산, 단백질 및 본원에 기재된 임의의 분석물)을 실질적으로 갖지 않는다(예컨대, 태아 물질을 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5% 또는 100% 이상 갖지 않는 대조군 세포).
본 발명은 질환 또는 병태를 발생시킬 위험을 평가하거나, 상기 질환을 예후하거나, 상기 질환 진행 또는 퇴행을 모니터링하거나, 치료의 효능을 평가하거나, 상기 질환 또는 병태를 호전시킬 수 있거나 치료할 수 있는 화합물을 확인하는 방법도 제공한다.
일부 실시양태에서, 질환 또는 병태의 마커를 실질적으로 갖지 않는 전혈의 하나 이상의 성분은 전혈 샘플로부터 단리될 수 있다. 이들 실시양태에서, 마커를 실질적으로 갖지 않는 전혈의 하나 이상의 성분은 (예를 들면, 대조군 프로파일을 결정하기 위한) 대조군 샘플로서 사용될 수 있고, 전혈 샘플의 나머지 부분은 (예를 들면, 분석 프로파일을 결정하기 위한) 분석 샘플로서 사용될 수 있다. 예를 들면, 비-식세포 집단은 전혈 샘플로부터 단리될 수 있고 대조군 프로파일을 결정하는 데에 사용될 수 있지만, 전혈 샘플의 나머지 부분은 분석 프로파일을 결정하는 데에 사용된다.
본 발명의 방법은 임의의 공지된 진단 방법, 예컨대, 신체 검사, 시각적 검사, 생검, 스캐닝, 조직학, 방사선학, 영상화, 초음파, 상업적 키트의 사용, 유전적 시험, 면역학적 시험, 체액의 분석 또는 신경 활성의 모니터링과 함께 이용될 수 있다.
본 발명의 방법에서 사용될 수 있는 식세포는 다양한 종류의 물질들(예를 들면, 아폽토시스성 세포, 감염성 물질, 사멸된 세포, 생존가능한 세포, 세포 무함유 DNA, 세포 무함유 RNA, 세포 무함유 단백질)을 섭취할 수 있는 모든 종류의 세포를 포함한다. 일부 실시양태에서, 식세포는 호중구, 대식세포, 단핵세포, 수지상세포, 포말세포, 비만세포, 호산구 또는 각질세포이다. 일부 실시양태에서, 식세포는 상이한 종류의 식세포들의 혼합물일 수 있다. 일부 실시양태에서, 식세포는 활성화된 식세포, 예를 들면, 활성화된 대식세포 또는 호중구일 수 있다. 일부 실시양태에서, 식세포는 조직구, 예를 들면, 랑게르한스 세포이다.
본원에서 사용될 때, ">2n 식세포"는 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포를 지칭하는 반면, "=2n 식세포"는 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포를 지칭한다. 본 발명에 따라, 일부 식세포는 체액에 존재하는 생존/사멸하는/사멸된 병든 세포(및 이들의 준세포 단편), 및/또는 세포 무함유 질환 특이적 핵산, 단백질, 탄수화물 및/또는 지질을 삼킨다. 이러한 식세포작용은 이들 질환 마커들이 식세포 내로 내재화되게 하므로, 이들 식세포의 DNA 함량은 2n보다 크게 될 것이다. 대조적으로, 일부 식세포는 체액에 존재하는 생존/사멸하는/사멸된 병든 세포 또는 단편, 및/또는 세포 무함유 질환 특이적 핵산, 단백질, 지질 및/또는 탄수화물을 삼키지 않는다. 이 식세포 군의 DNA 함량은 2n으로 유지된다. 일부 실시양태에서, 질환 특이적 마커(예를 들면, 질환 특이적 돌연변이를 갖는 DNA)는 >2n 식세포에 의해 발현될 수 있다. 예를 들면, 병든 세포의 돌연변이된 DNA는 >2n 식세포의 정상 DNA 내로 삽입된다. >2n 식세포의 "삽입된" DNA의 RNA로의 후속 전사 및 상기 RNA의 단백질로의 번역은 병든 세포를 삼키지 않은 식세포(즉, =2n 식세포)와 상이한 표현형을 생성한다. 다른 실시양태에서, 내재화된 질환 특이적 마커는 >2n 식세포에 의해 발현되지 않는다. 상기 마커는 >2n 식세포의 막 내로 전위될 수 있거나, >2n 식세포에 의해 분비될 수 있다.
본 발명의 방법에서 사용될 수 있는 순환 병든 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받을 수 있거나 감염성 물질에 의해 감염될 수 있는 모든 종류의 순환 세포들을 포함한다. 순환 세포는 체액에 존재하는 세포를 지칭한다. 순환 세포는 반드시 전신 전체에 걸쳐 또는 순환 시스템에서 순환하는 것은 아닐 수 있다. 예를 들면, 순환 세포는 국소적으로, 예컨대, 활액, 뇌척수액 또는 림프액에 존재할 수 있다. 순환 병든 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받았거나 감염성 물질에 의해 감염된 조직 또는 장기로부터 탈착될 수도 있다.
본 발명의 방법에서 대조군 세포로서 사용될 수 있는 세포는 모든 종류의 정상 세포 또는 건강한 세포, 질환 또는 병태를 실질적으로 갖지 않는 세포, 또는 감염성 물질을 실질적으로 갖지 않는 세포를 포함한다. 대조군 세포는 하나 이상의 질환 관련 마커가 순환 병든 세포와 대조군 세포 사이에 상이한 수준으로 존재하는지를 결정하기 위해 순환 병든 세포에 대한 측정치와 비교되는 정상 또는 비-질환 상태를 나타내는 순환 세포 또는 비-순환 세포(예를 들면, 생검된 세포)일 수 있다. 대조군 세포의 성질은 특정 분석에 대한 디자인 선택의 문제일 수 있고, 환자 그 또는 그녀 자신의 정상 조직으로부터 유래될 수 있거나 결정될 수 있다.
일부 실시양태에서, 순환 병든 세포는 혈액 세포, 종양 세포, 림프종 세포, 태아 세포, 아폽토시스 세포, 상피세포, 내피세포, 줄기세포, 전구세포, 중간엽세포, 조골세포, 골세포, 조혈 줄기세포, 포말세포, 지방세포, 경자궁경부 세포, 순환 심장세포, 순환 섬유세포, 순환 암 줄기세포, 순환 근육세포, 신장으로부터의 순환 세포, 위장관으로부터의 순환 세포, 폐로부터의 순환 세포, 생식 장기로부터의 순환 세포, 중추신경계로부터의 순환 세포, 순환 간세포, 비장으로부터의 순환 세포, 흉선으로부터의 순환 세포, 갑상선으로부터의 순환 세포, 내분비선으로부터의 순환 세포, 부갑상선으로부터의 순환 세포, 뇌하수체로부터의 순환 세포, 부신으로부터의 순환 세포, 랑게르한스섬으로부터의 순환 세포, 췌장으로부터의 순환 세포, 시상하부로부터의 순환 세포, 전립선 조직으로부터의 순환 세포, 유방 조직으로부터의 순환 세포, 순환 망막세포로부터의 순환 세포, 순환 시세포, 순환 청세포, 순환 표피세포 또는 요로로부터의 순환 세포이다. 다른 실시양태에서, 순환 병든 세포는 상이한 종류의 순환 병든 세포들의 혼합물일 수 있다.
본 발명의 방법에서 사용될 수 있는 순환 병든 세포는 다양한 질환 또는 병태에 의해 영향받을 수 있다. 예시적인 질환 또는 병태는 심혈관 질환 또는 병태, 신장 관련 질환 또는 병태, 출생전 또는 임신 관련 질환 또는 병태, 신경 또는 신경정신 질환 또는 병태, 자가면역 또는 면역 관련 질환 또는 병태, 암, 감염성 질환 또는 병태, 미토콘드리아 장애, 호흡-위장관 질환 또는 병태, 생식 질환 또는 병태, 안 질환 또는 병태, 근육-골격 질환 또는 병태, 또는 피부 질환 또는 병태이다.
본 발명의 방법에서 사용될 수 있는 순환 병든 세포는 감염성 물질, 예컨대, 바이러스, 세균, 진균, 기생충, 원생동물, 감염성 단백질 또는 미생물에 의해 감염될 수 있다.
일부 실시양태에서, 본 발명의 방법에 유용한 세포(예를 들면, 순환 병든 세포, 질환 또는 병태에 의해 영향받지 않은 대조군 세포, 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 또는 비-식세포)는 제핵된다. 세포는 예를 들면, (예를 들면, 미세바늘, 광학 집게 또는 흡입을 통한) 물리적 제거, 화학적 처리, 광절제 또는 자외선 조사의 이용에 의해 제핵될 수 있다.
본원에서 사용될 때, "순환 소포(circulating vesicle)"는 세포로부터 유래된 막-결합된 소포를 지칭한다. 순환 소포는 반드시 전신 전체에 걸쳐 또는 순환 시스템에서 순환하는 것은 아닐 수 있다. 예를 들면, 순환 소포는 국소적으로, 예컨대, 활액, 뇌척수액 또는 림프액에 존재할 수 있다. 일부 실시양태에서, 순환 소포는 순환 미세소포, 아폽토시스 소체, 미세입자, 막-결합된 소포, 다소포체, 나노소포, 미세입자 및 ARRDC-1 매개 미세소포(ARMM)로 구성된 군으로부터 선택된다. 추가 실시양태에서, 순환 미세소포는 엑소좀 또는 소변 엑소좀이다.
일부 실시양태에서, 조합 샘플은 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 대상체로부터 단리된 >2n 식세포 집단, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조합 샘플은 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 >2n 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물을 포함한다.
본원에서 사용될 때, 질환 또는 병태의 마커의 "프로파일"은 광범위하게는 상기 마커에 대한 임의의 정보를 지칭할 수 있다. 이 정보는 정성적(예를 들면, 존재 또는 부재) 또는 정량적(예를 들면, 수준, 카피수 또는 용량)일 수 있다. 일부 실시양태에서, 마커의 프로파일은 이 마커의 부재를 표시할 수 있다. 상기 프로파일은 핵산(예를 들면, DNA 또는 RNA) 프로파일, 단백질 프로파일, 지질 프로파일, 탄수화물 프로파일, 대사물질 프로파일 또는 이들의 조합일 수 있다. 본원에서 사용될 때, "마커"는 일반적으로 식세포에서 상이하게 검출될 수 있고 질환 또는 병태의 존재를 표시하는 분석물을 지칭한다. 분석물은 식세포에서 정량적으로 또는 정성적으로 식별될 수 있는 경우 분별가능하게 검출될 수 있다.
본 발명의 방법은 다양한 질환 또는 병태에 적용될 수 있다. 예시적인 질환 또는 병태는 심혈관 질환 또는 병태, 신장 관련 질환 또는 병태, 출생전 또는 임신 관련 질환 또는 병태, 신경 또는 신경정신 질환 또는 병태, 자가면역 또는 면역 관련 질환 또는 병태, 암, 감염성 질환 또는 병태, 소아과 질환, 장애 또는 병태, 미토콘드리아 장애, 호흡-위장관 질환 또는 병태, 생식 질환 또는 병태, 안 질환 또는 병태, 근육-골격 질환 또는 병태, 또는 피부 질환 또는 병태이다.
본원에서 사용될 때, 용어 "심혈관 질환 또는 병태"는 심장 또는 혈관(동맥 및 정맥)의 시스템에 영향을 미치는 임의의 병태를 지칭한다. 심혈관 병태의 예로는 하기 질환들이 있으나 이들로 한정되지 않는다: 심근경색, 관상 동맥 질환, 경피 경관 관상 혈관성형술(PTCA), 관상 동맥 우회술(CABG), 재협착, 말초 동맥 질환, 뇌졸중, 복부대동맥류, 두개내 동맥류, 대동맥 죽상경화성 뇌졸중, 심장발생성 뇌졸중, 조기 발병 심근경색, 심부전, 폐색전증, 급성 관상 증후군(ACS), 협심증, 심장비대증, 동맥경화증, 심근염, 췌장염, 심내막염, 고혈압, 울혈성 심부전, 죽상동맥경화증, 뇌혈관 질환, 쇠퇴하는 심장 건강, 허혈성 심장 질환, 심막염, 심장발생성 쇼크, 알코올성 심근병증, 선천성 심장 질환, 허혈성 심근병증, 고혈압성 심근병증, 판막 심근병증, 염증성 심근병증, 전신 대사 질환에 부착적인 심근병증, 확장 심근병증, 비대 심근병증, 부정맥유발 우측 심실 심근병증, 제한성 심근병증, 비-압축 심근병증, 판막 심장 질환, 고혈압 심장 질환, 심근 허혈성 발작, 불안정한 협심증, 심근 파열, 심장발생성 쇼크, 색전증, 심부정맥 혈전증, 부정맥, 부정맥유발 우측 심실 심근병증, 당뇨병 심근병증, 승모판 역류, 승모판 탈출증, 말초 혈관 질환, 동맥 질환, 경동맥 질환, 심부정맥 혈전증, 정맥 질환, 뇌혈관 질환, 동맥류, 좌측 심실 비대증, 고혈압 신장 질환, 고혈압 망막 질환, 혈관염, 좌주 질환, 동맥 혈관 질환, 정맥 혈관 질환, 미세순환의 혈전증, 일시적인 뇌혈관 사고, 사지 허혈증, 동맥류, 혈전증, 표재 정맥 혈전증 및 심부정맥 혈전증.
본원에서 사용될 때, 용어 "신장 관련 질환 또는 병태"는 신장 또는 콩팥 시스템에 영향을 미치는 임의의 질환 또는 병태를 지칭한다. 신장 관련 질환의 예로는 하기 질환들이 있으나 이들로 한정되지 않는다: 만성 신장 질환, 일차 신장 질환, 비-당뇨병 신장 질환, 사구체신염, 간질 신염, 당뇨병 신장 질환, 당뇨병 신장병증, 사구체경화증, 신속 진행성 사구체신염, 신장 섬유증, 알포트 증후군, IDDM 신염, 혈관사이 증식성 사구체신염, 막증식성 사구체신염, 초승달 사구체신염, 신장 간질 섬유증, 초점 분절 사구체경화증, 막신장병증, 최소 변화 질환, 극소-면역 신속 진행성 사구체신염, IgA 신장병증, 다낭성 신장 질환, 덴트병, 신시스틴증, 헤이만 신염, 상염색체 우성(성인) 다낭성 신장 질환, 상염색체 열성(소아) 다낭성 신장 질환, 급성 신장 손상, 신증후군, 신장 허혈증, 발세포 질환 또는 장애, 단백뇨, 사구체 질환, 막사구체신염, 초점 분절 사구체신염, 자간전증, 자간, 신장 병변, 콜라겐 혈관 질환, 양성 기립(체위) 단백뇨, IgM 신장병증, 막신장병증, 사르코이드증, 진성 당뇨병, 약물로 인한 신장 손상, 파브리병, 아미노산뇨, 판코니 증후군, 고혈압 신경화증, 간질 신염, 겸상세포 질환, 헤모글로빈뇨, 미요글로빈뇨, 베게너 육아종증, 글리코겐 저장 질환 1형, 만성 신장 질환, 만성 신부전, 낮은 사구체 여과 속도(GFR), 신혈관경화증, 루푸스 신염, ANCA-양성 극소-면역 초승달 사구체신염, 만성 동종이식 신장병증, 신독성, 신장 독성, 신장 괴사, 신장 손상, 사구체 및 세뇨관 손상, 신장 기능이상, 신염 증후군, 급성 신부전, 만성 신부전, 근위 세뇨관 기능이상, 급성 신장 이식 거부, 만성 신장 이식 거부, 비-IgA 혈관사이증식성 사구체신염, 감염 후 사구체신염, 임의의 종류의 신장 수반을 갖는 혈관염, 임의의 유전성 신장 질환, 임의의 간질 신염, 신장 이식 실패, 신장암, 다른 병태(예를 들면, 고혈압, 당뇨병 및 자가면역 질환)와 관련된 신장 질환, 덴트병, 신시스틴증, 헤이만 신염, 일차 신장 질환, 붕괴 사구체병증, 고밀도침착 질환, 한랭글로불린혈증 관련 사구체신염, 헤노흐-쇤라인 질환, 감염 후 사구체사구체신염, 세균 심내막염, 현미경적 다발혈관염, 처르그-스트라우스 증후군, 항-GBM-항체 매개 사구체신염, 아밀로이드증, 단일클론 면역글로불린 침착 질환, 원섬유 사구체신염, 이뮤노탁토이드(immunotactoid) 사구체병증, 허혈성 세뇨관 손상, 약물치료-유도된 세뇨관-간질 신염, 독성 세뇨관-간질 신염, 감염성 세뇨관-간질 신염, 세균성 신우신염, 폴리오마바이러스 감염 또는 HIV 감염으로부터 초래되는 바이러스 감염성 세뇨관-간질 신염, 대사-유도된 세뇨관-간질 질환, 혼합된 결합 질환, 캐스트 신장병증, 유레이트 또는 옥살레이트 또는 약물-유도된 결정 침착으로부터 발생될 수 있는 결정 신장병증, 급성 세포성 세뇨관-간질 동종이식 거부, 림프종 또는 이식 후 림프증식성 질환으로부터 발생되는 종양 침윤성 질환, 신장의 폐쇄성 질환, 혈관 질환, 혈전성 미세혈관병증, 신혈관경화증, 죽상전색 질환, 혼합된 결합 조직 질환, 결절 다발동맥염, 칼시뉴린-억제제 유도된 혈관 질환, 급성 세포성 혈관 동종이식 거부, 급성 체액성 동종이식 거부, 조기 신장 기능 쇠퇴(ERFD), 말기 신장 질환(ESRD), 신장 정맥 혈전증, 급성 세뇨관 괴사, 급성 간질 신염, 확립된 만성 신장 질환, 신장 동맥 협착증, 허혈성 신장병증, 요독증, 약물 및 독소-유도된 만성 세뇨관-간질 신염, 역류 신장병증, 신장 결석, 굿파스처 증후군 및 수신증.
본원에서 사용될 때, 용어 "출생전 또는 임신 관련 질환 또는 병태"는 임신 여성, 배아 또는 태아에게 영향을 미치는 임의의 질환, 장애 또는 병태를 지칭한다. 또한, 출생전 또는 임신 관련 병태는 직접적으로 또는 간접적으로 임신과 관련되거나, 임신의 결과로서 발생되는 임의의 질환, 장애 또는 병태를 지칭할 수 있다. 이들 질환들 또는 병태들은 임의의 모든 출생 결함, 선천성 질병, 또는 유전성 질환 또는 병태를 포함할 수 있다. 출생전 또는 임신 관련 질환의 예로는 하기 질환들이 있으나 이들로 한정되지 않는다: 레서스병, 신생아의 용혈 질환, 베타-지중해빈혈, 성별 결정, 임신의 결정, 유전성 멘델 유전 장애, 염색체 이상, 태아 염색체 이수성, 태아 염색체 삼염색체, 태아 염색체 일염색체, 삼염색체 8, 삼염색체 13(파타우 증후군), 삼염색체 16, 삼염색체 18(에드워드 증후군), 삼염색체 21(다운 증후군), X-염색체 연관 장애, 삼염색체 X(XXX 증후군), 일염색체 X(터너 증후군), XXY 증후군, XYY 증후군, XYY 증후군, XXXY 증후군, XXYY 증후군, XYYY 증후군, XXXXX 증후군, XXXXY 증후군, XXXYY 증후군, XXYYY 증후군, 취약(Fragile) X 증후군, 태아 성장 제한, 낭성 섬유증, 혈색소병증, 태아 사망, 태아 알코올 증후군, 겸상세포빈혈, 혈우병, 클라인펠터 증후군, dup(17)(p11.2p1.2) 증후군, 자궁내막증, 펠리체우스-메르츠바허병, dup(22)(q11.2q11.2) 증후군, 고양이 눈 증후군, 고양이울음 증후군, 울프-허쉬호른 증후군, 윌리암스-보이렌 증후군, 샤르코-마리-투스병, 압박마비유전신경병증, 스미스-마게니스 증후군, 신경섬유종증, 알라질 증후군, 구개심장안면 증후군, 디조지 증후군, 스테로이드 설파타제 결핍, 프라더-윌리 증후군, 칼만 증후군, 선형 피부 결함을 갖는 소안구증, 부신 발육부전, 글리세롤 키나제 결핍, 펠리체우스-메르츠바허병, Y 상의 정소 결정 인자, 무정자증(인자 a), 무정자증(인자 b), 무정자증(인자 c), lp36 결실, 페닐케톤뇨, 테이-삭스병, 부신 과다형성, 판코니 빈혈, 척수근육위축증, 뒤시엔느 근육퇴행위축증, 헌팅톤병, 근육긴장 퇴행위축증, 로버트슨 전위, 안겔만 증후군, 결절성 경화증, 모세관확장실조, 척추 이분증, 신경관 결함, 복부벽 손상, 임신주기보다 작은 영아, 선천성 사이토메겔로바이러스, 연골무형성증, 마르판 증후군, 선천성 갑상선기능저하증, 선천성 톡소포자충증, 바이오티니다제 결핍, 갈락토스혈증, 단풍시럽뇨병, 호모시스틴뇨증, 중간-쇄 아실 Co-A 데하이드로게나제 결핍, 구조적 출생 손상, 심장 손상, 비정상적 사지, 곤봉발, 무뇌증, 후각뇌결여증/완전전뇌증, 수두증, 무안구증/소안구증, 무이증/소이증, 대혈관의 전위, 팔로사징, 저형성 좌측 심장 증후군, 대동맥축착증, 구순열 없는 구개열, 구개열이 있거나 없는 구순열, 누공이 있거나 없는 식도 폐쇄/협착, 소장 폐쇄/협착, 항문직장 폐쇄/협착, 요도하열증, 불명확한 성별, 신장 무발생, 낭성 신장, 축앞 다지증, 사지 감소 결함, 횡격막탈장, 시각 상실, 백내장, 시력 문제, 청각 상실, 난청, X-연관된 부신백색질형성장애증, 레트 증후군, 라이소좀 장애, 뇌성마비, 자폐증, 무혀증, 백색증, 눈백색증, 눈비부백색증, 임신 당뇨병, 아놀드-키아리 기형, CHARGE 증후군, 선천성 횡격막탈장, 단지증, 무홍채증, 갈라진 발 및 손, 얼룩증, 다와니안(Dwarnian) 귀, 엘러스 단로스(Ehlers Danlos) 증후군, 증식물집표피박리증, 고햄병, 하시모토 증후군, 태아수종, 근육긴장저하, 클리펠-페일(Klippel-Feil) 증후군, 근육 퇴행위축, 불완전골생성증, 유전조로증, 스미스 렘리 오피츠(Smith Lemli Opitz) 증후군, 색시증, X-연관된 림프증식성 질환, 배꼽내장탈장, 복벽파열증, 자간전증, 자간, 만삭 전 분만, 조산, 유산, 지연된 자궁내 성장, 자궁외 임신, 임신입덧, 아침병, 또는 성공적인 유도 분만에 대한 가능성.
본원에서 사용될 때, 용어 "신경 또는 신경정신 질환 또는 병태"는 신경계에 영향을 미치는 임의의 질환 또는 병태를 지칭한다. 신경 또는 신경정신 질환 또는 병태의 예로는 하기 질환들 또는 병태들이 있으나 이들로 한정되지 않는다: 머리 외상, 뇌졸중, 허혈성 뇌졸중, 출혈성 뇌졸중, 지주막하 출혈, 두개내 출혈, 일시적 허혈성 발작, 혈관 치매, 피질기저 신경절 퇴행, 뇌염, 간질, 랜다우-클레프너(Landau-Kleffner) 증후군, 수두증, 가성뇌종양, 시상 질환, 수막염, 골수염, 운동 장애, 본태 떨림, 척수 질환, 척수구멍증, 알쯔하이머병(조기 발병), 알쯔하이머병(후기 발병), 다발경색 치매, 픽병, 헌팅톤병, 파킨슨병, 파킨슨 증후군, 치매, 이마관자 치매, 피질기저 퇴행, 다계통 위축증, 진행성 핵상마비, 레비소체병, 크로이츠펠트-야콥병, 댄디-워커(Dandy-Walker) 증후군, 프리이드라이히(Friedreich) 운동실조증, 마카도-조셉병, 편두통, 정신분열증, 기분 장애 및 우울증, 레비소체를 갖는 치매(DLB), 이마관자 치매(FTD), 다양한 형태의 혈관 치매(VD), 피질하 혈관 치매(빈스방거병), 자폐증, 발달 지체, 운동 신경 질환, 근위축 측삭 경화증(ALS), 신경 또는 뇌 손상, 뇌의 저산소증, 뇌성마비(CP), 기억 장애, 운동 장애, 피질기저 신경절 퇴행, 다계통 위축증의 형태, 뇌졸중 관련 장애, 뇌혈관 사고, 발작을 갖는 방사선조사 후 뇌병증, 혈관 파킨슨증, 시상 뇌혈관 사고, 만성 염증성 탈수초 다발신경병증, 알코올 관련 치매, 문의성 치매, 운동실조증, 비정형 파킨슨증, 근긴장이상증, 진행성 핵상마비, 본태 떨림, 경미한 인지 손상, 근위축 측삭 경화증, 다발성 경화증, 신경병증, 픽병, 콩고레드친화성 아밀로이드 혈관병증, 크로이츠펠트-야콥병, AIDS 치매 합병증, 우울증, 불안 장애, 공포증, 벨(Bell's) 마비, 간질, 뇌염, 신경근육 장애, 신경종양학적 장애, 뇌종양, 신경혈관 장애, 신경면역학적 장애, 신경과학적 질환, 척수 손상을 포함하는 신경외상, 신경병증성 통증을 포함하는 통증, 소아과 신경 및 신경정신 장애, 수면 장애, 뚜렛 증후군, 피질기저 신경절 퇴행, 알코올 관련 치매, 문의성 치매, 다발경색 치매와 조합된 알쯔하이머병, 레비소체 치매와 조합된 알쯔하이머병, 레비소체 치매와 조합된 파킨슨병, 레비소체 치매와 조합된 알쯔하이머 및 파킨슨병, 만성 염증성 탈수초 다발신경병증과 조합된 이마관자 치매, 주의력 결핍 과다행동 장애, 정신분열증, 강박 장애, 정신 지체, 자폐 스펙트럼 장애, 눈간대경련 증후군(OMS) 발작, 발음 장애, 학습 장애(즉, 읽기 또는 산술), 언어 또는 수행 태도 결핍, 주의력 결핍 장애, 아밀로이드 질환, 프리온 질환, 타우병증, 알파-시누클레인병증, 중독 상태(예컨대, 코카인, 니코틴, 알코올, 식품, 엑스타시, 카트(kat), 카페인, 아편, 헤로인, 마리화나, 암페타민, 메탐페타민 및 도박 중 하나 이상에 의해 야기된 중독 상태), 및 파브리병.
본원에서 사용될 때, 용어 "자가면역 또는 면역 관련 질환 또는 병태"는 면역 시스템의 기능에 영향을 미치는 임의의 질환 또는 병태를 지칭한다. 자가면역 또는 면역 관련 질환 또는 병태의 예로는 하기 질환들 또는 병태들이 있으나 이들로 한정되지 않는다: 항인지질 증후군, 전신홍반루푸스, 류마티스성 관절염, 자가면역 혈관염, 복강 질환, 자가면역 갑상선염, 수혈 후 면역화, 모체-태아 부적합, 수혈 반응, 면역학적 결핍, 예컨대, IgA 결핍, 공통 가변성 면역결핍증, 약물-유도된 루푸스, 진성 당뇨병, I형 당뇨병, II형 당뇨병, 소아 발병 당뇨병, 소아 류마티스성 관절염, 건선 관절염, 다발성 경화증, 면역결핍, 알레르기, 천식, 건선, 아토피성 피부염, 알레르기성 접촉 피부염, 만성 피부 질환, 근위축 측삭 경화증, 화학치료-유도된 손상, 이식편-대-숙주 질환, 골수 이식 거부, 강직 척추염, 아토피성 습진, 천포창, 베체트병, 만성 피로 증후군, 섬유근육통, 화학치료-유도된 손상, 중증근육무력증, 사구체신염, 알레르기성 망막염, 전신경화증, 아급성 피부홍반루푸스, 동창홍반루푸스를 포함하는 피부홍반루푸스, 쇼그렌 증후군, 자가면역 신염, 자가면역 혈관염, 자가면역 간염, 자가면역 심장염, 자가면역 뇌염, 자가면역 매개 혈액 질환, 1c-SSc(피부경화증의 한정된 피부 형태), dc-SSc(피부경화증의 확산된 피부 형태), 자가면역 갑상선염(AT), 그레이브스병(GD), 중증근육무력증, 다발성 경화증(MS), 강직 척추염, 이식 거부, 면역 노화, 류마티스성/자가면역 질환, 혼합된 결합 조직 질환, 척추관절병증, 건선, 건선 관절염, 근육염, 피부경화증, 피부근육염, 자가면역 혈관염, 혼합된 결합 조직 질환, 특발성 저혈소판자색반병, 크론병, 인간 항원보강제 질환, 골관절염, 소아 만성 관절염, 척추관절병증, 특발성 염증성 근육병증, 전신 혈관염, 사르코이드증, 자가면역 용혈성 빈혈, 자가면역 혈소판감소증, 갑상선염, 면역 매개 신장 질환, 중추 또는 말초 신경계의 탈수초 질환, 특발성 탈수초 다발신경병증, 귈랭-바레 증후군, 만성 염증성 탈수초 다발신경병증, 간답즙 질환, 감염성 또는 자가면역 만성 활성 간염, 일차 담관간경화증, 육아종 간염, 경화담관염, 염증성 장 질환, 글루텐 민감성 장병증, 휘플병, 자가면역 또는 면역 매개 피부 질환, 수포성 피부 질환, 다형홍반, 알레르기성 비염, 아토피성 피부염, 식품 과민성, 두드러기, 폐의 면역학적 질환, 호산구친화성 폐렴, 특발성 폐 섬유증, 과민성 폐렴, 이식 관련 질환, 이식편 거부 또는 이식편-대-숙주 질환, 건선 관절염, 건선, 피부염, 다발근육염/피부근육염, 독성 표피 괴사용해, 전신 피부경화증 및 경화증, 염증성 장 질환과 관련된 반응, 크론병, 궤양성 결장염, 호흡 곤란 증후군, 성인 호흡 곤란 증후군(ARDS), 수막염, 뇌염, 포도막염, 결장염, 사구체신염, 알레르기성 병태, 습진, 천식, T 세포의 침윤 및 만성 염증성 반응을 수반하는 질병, 죽상동맥경화증, 자가면역 심근염, 백혈구 부착 결핍, 알레르기성 뇌척수염, 사이토카인 및 T 림프구에 의해 매개된 급성 및 지연된 과민성과 관련된 면역 반응, 결핵, 사르코이드증, 베게너 육아종증을 포함하는 육아종증, 무과립구증, 혈관염(ANCA를 포함함), 재생불량빈혈, 다이아몬드 블랙팬(Diamond Blackfan) 빈혈, 자가면역 용혈성 빈혈(AIHA)을 포함하는 면역 용혈성 빈혈, 악성 빈혈, 순수 적혈구 세포 무형성(PRCA), 인자 VIII 결핍, 혈우병 A, 자가면역 호중구감소증, 혼혈구감소증, 백혈구감소증, 백혈구 혈구누출을 수반하는 질환, 중추신경계(CNS) 염증성 장애, 다발성 장기 손상 증후군, 중증근육무력증, 항원-항체 복합체 매개 질환, 항-사구체 기저막 질환, 항-인지질 항체 증후군, 알레르기성 신경염, 베체트병, 캐슬맨 증후군, 굿파스처 증후군, 람버트-이튼(Lambert-Eaton) 근무력 증후군, 레이나우드 증후군, 쇼그렌 증후군, 스티븐스-존슨 증후군, 수포성 천포창, 천포창, 자가면역 다발내분비병증, 레이터병, 강직 증후군, 거인 세포 동맥염, 면역 복합 신염, IgA 신장병증, IgM 다발신경병증 또는 IgM 매개 신경병증, 특발성 저혈소판자색반병(ITP), 혈전성 저혈소판자색반병(TTP), 자가면역 혈소판감소증, 자가면역 고환염 및 난소염을 포함하는 정소 및 난소의 자가면역 질환, 일차 갑성선기능저하증, 자가면역 갑상선염을 포함하는 자가면역 내분비 질환, 만성 갑상선염(하시모토 갑상선염), 아급성 갑상선염, 특발성 갑상선기능저하증, 애디슨병, 그레이브스병, 자가면역 다분비선 증후군(또는 다분비선 내분비병증 증후군), 시한 증후군, 자가면역 간염, 림프모양 간질 폐렴(HIV), 폐쇄세기관지염(비-이식) 대 NSIP, 귈랭-바레 증후군, 대혈관 혈관염(류마티스성 다발근육통 및 거대 세포(타카야수) 동맥염을 포함함), 중간 혈관 혈관염(카와사키병 및 결절성 다발동맥염을 포함함), 강직 척추염, 버거병(IgA 신장병증), 신속 진행성 사구체신염, 일차 담관간경화증, 복강 스프루(글루텐 장병증), 한랭글로불린혈증 및 근위축 측삭 경화증(ALS).
본원에서 사용될 때, 용어 "암"은 다양한 종류의 악성 신생물들(이들 중 대다수는 주변 조직을 침습할 수 있고 상이한 부위로 전이할 수 있음)(예를 들면, 모든 목적을 위해 온전히 그대로 본원에 참고로 도입되는 문헌(PDR Medical Dictionary, 1st edition (1995)) 참조)을 지칭한다. 용어 "신생물" 및 "종양"은 정상 조직보다 더 신속히 세포 증식에 의해 성장하고 개시된 증식을 제거하는 자극 후 계속 성장하는 비정상적인 조직을 지칭한다. 이러한 비정상적인 조직은 양성(즉, 양성 종양) 또는 악성(즉, 악성 종양)일 수 있는 정상 조직과의 구조적 조직화 및 기능적 협동의 부분적 또는 완전한 결여를 보여준다. 암의 일반적인 카테고리의 예로는 하기 카테고리들이 있으나 이들로 한정되지 않는다: 암종(즉, 상피세포로부터 유래된 악성 종양, 예를 들면, 흔한 형태의 유방암, 전립선암, 폐암 및 결장암), 육종(즉, 결합 조직 또는 중간엽세포로부터 유래된 악성 종양), 림프종(즉, 조혈세포로부터 유래된 악성 종양), 백혈병(즉, 조혈세포로부터 유래된 악성 종양), 생식세포 종양(즉, 분화전능 세포로부터 유래된 종양)(성인에서 이들 대부분은 정소 또는 난소에서 가장 흔히 발견되고, 태아, 아기 및 어린 소아에서 신체 중심선, 특히 꼬리등벼의 정점에서 가장 흔히 발겸됨), 모세포 종양(즉, 미성숙 또는 배아 조직과 유사한 전형적인 악성 종양) 등. 본 발명에 의해 포괄되고자 하는 신생물의 종류의 예로는 신경 조직, 혈액 형성 조직, 유방, 피부, 골, 전립선, 난소, 자궁, 자궁경부, 간, 폐, 뇌, 후두, 담낭, 췌장, 직장, 부갑상선, 갑상선, 부신, 면역 시스템, 두경부, 결장, 위, 기관지 및/또는 신장의 암과 관련된 신생물이 있으나 이들로 한정되지 않는다.
본원에서 사용될 때, 용어 "감염성 질환 또는 병태"는 감염성 물질로부터 발생되는 임의의 질환 또는 병태를 지칭한다. 감염성 물질은 세균, 바이러스, 진균, 원생동물, 감염성 단백질, 기생충 미생물 및 다른 기생충을 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 감염성 질환 또는 병태의 예로는 세균 감염, 바이러스 감염, 진균 감염, 원생동물 감염, 기생충 감염, 간염(예를 들면, 간염 A, B, C, D 및 E), 헤르페스, 인플루엔자, 인간 유두종(HPV) 감염, AIDS, 탄저병, 폐렴(세균성 또는 바이러스성), 연조직염, 인간 파라인플루엔자, 보통 감기, 재향군인병(레기오넬라증), 콜레라, 크로이츠펠트-야콥병(CJD), 변이체 크로이츠펠트-야콥병(vCJD), 치명적 가족성 불면증(FFI), 게르스트만-슈투로이슬러-샤잉커(GSS) 증후군, 클라미디아, 닭 천연두, 에볼라 출혈성 발열, 뎅기 발열, 람블편모충증, 라임병, 말라리아, 홍역, 볼거리, 풍진, 백일해, 임질, 스타필로코커스 감염, 스트렙토코커스 감염, 뉴모코커스 감염, 광견병, 헬리코박터 파일로리 감염, 호흡기 세포융합 바이러스 감염, 록키산 홍반열, SARS, 패혈증, 결핵 및 서부나일 발열이 있으나 이들로 한정되지 않는다.
바이러스는 DNA 또는 RNA 동물 바이러스를 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 본원에서 사용될 때, RNA 바이러스는 바이러스 패밀리, 예컨대, 피코르나비리대(예를 들면, 폴리오바이러스), 레오비리대(예를 들면, 로타바이러스), 토가비리대(예를 들면, 뇌염 바이러스, 황열 바이러스, 풍진 바이러스), 오르토믹소비리대(예를 들면, 인플루엔자 바이러스), 파라믹소비리대(예를 들면, 호흡기 세포융합 바이러스, 홍역 바이러스, 볼거리 바이러스, 파라인플루엔자 바이러스), 라브도비리대(예를 들면, 광견병 바이러스), 코로나비리대, 번야비리대, 플라비비리대, 필로비리대, 아레나비리대, 번야비리대 및 레트로비리대(예를 들면, 인간 T 세포 림프구친화성 바이러스(HTLV), 인간 면역결핍 바이러스(HIV))를 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 본원에서 사용될 때, DNA 바이러스는 바이러스 패밀리, 예컨대, 파포바비리대(예를 들면, 유두종 바이러스), 아데노비리대(예를 들면, 아데노바이러스), 헤르페스비리대(예를 들면, 헤르페스 심플렉스 바이러스) 및 폭스비리대(예를 들면, 바리올라 바이러스)를 포함하나 이들로 한정되지 않는다.
세균은 그람 양성 세균, 그람 음성 세균, 항산 세균 등을 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 그람 양성 세균은 악티노메두라, 악티노마이세스 이스라엘리이, 바실러스 안쓰라시스, 바실러스 세레우스, 클로스트리듐 보툴리늄, 클로스트리듐 디피사일, 클로스트리듐 퍼프링겐스, 클로스트리듐 테타니, 코리네박테리움, 엔테로코커스 패칼리스, 리스테리아 모노사이토게네스, 노카르디아, 프로피오니박테리움 애크네스, 스타필로코커스 아우레우스, 스타필로코커스 에피데름, 스트렙토코커스 뮤탄스, 스트렙토코커스 뉴모니아 등을 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 그람 음성 세균은 아피피아 펠리스, 박테리오데스, 바르토넬라 바실리포르미스, 보르타델라 퍼투시스, 보렐리아 부르그도르페리, 보렐리아 레커렌티스, 브루셀라, 칼리마토박테리움 그래눌로마티스, 캄필로박터, 에스케리키아 콜라이, 프란시셀라 툴라렌시스, 가르드네렐라 바지날리스, 해모필리우스 애깁티우스, 해모필리우스 듀크레이, 해모필리우스 인플루엔지아, 헬리오박터 파일로리, 레기오넬라 뉴모필라, 렙토스피라 인터로간스, 네이세리아 메닝기티디아, 포르파이로모나스 깅기발리스, 프로비덴시아 스투르티, 슈도모나스 애루기노사, 살모넬라 엔테리디스, 살모넬라 타이피, 세라티아 마르세센스, 쉬겔라 보이디이, 스트렙토바실러스 모닐리포르미스, 스트렙토코커스 피오게네스, 트레포네마 팔리둠, 비브리오 콜레라, 예르시니아 엔테로콜리티카, 예르시니아 페스티스 등을 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 본원에서 사용될 때, 황산 세균은 미요박테리움 아비움, 미요박테리움 레프라, 미요박테리움 투버쿨로시스 등을 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 상기 3개의 카테고리들에 속하지 않는 다른 세균은 바르토넬라 헨세이아, 클라미디아 시타시, 클라미디아 트라코마티스, 콕시엘라 부르네티이, 마이코플라즈마 폐렴, 리케차 아카리, 리케차 프로와제키이, 리케차 릭케치이, 릭케차 쯔쯔가무시, 리케차 타이피, 우레아플라스마 우레아라이티쿰, 디플로코커스 뉴모니아, 에를리키아 카펜시스, 엔테로코커스 패시움, 메닝고코커스 등을 포함하나 이들로 한정되지 않는다.
본원에서 사용될 때, 진균은 아스퍼길러스, 캔디다, 캔디다 알비칸스, 콕시디오이데스 이미티스, 크립토코커스 및 이들의 조합을 포함하나 이들로 한정되지 않는다.
본원에서 사용될 때, 기생충 미생물은 발란티디움 콜라이, 크립토스포리디움 파르붐, 사이클로스포라 카야타넨시스, 엔세팔리토조아, 엔타모에바 히스톨라이티카, 엔테로사이토조온 비에네우시, 기아르디아 람블리아, 레쉬마니아, 플라스모디이, 톡소플라스마 곤디이, 트립파노소마, 트라페조이달 아모에바 등을 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 다른 기생충은 벌레(예를 들면, 장내기생충), 특히 네마토다(선충, 예를 들면, 편충, 구충, 요충, 회충, 사상충 등) 및 세스토다(예를 들면, 촌충)를 포함하나 이들로 한정되지 않는 기생충 벌레를 포함한다.
본원에서 사용될 때, 감염성 단백질은 프리온(예를 들면, PrPSc 형태, CJD 프리온, vCJD 프리온, FFI 프리온 및 GSS 프리온)을 포함한다.
본원에서 사용될 때, 용어 "소아과 질환, 장애 또는 병태"는 유아 또는 소아에게 영향을 미치거나 발달 또는 유년기 동안 시작되는 임의의 질환 또는 장애를 지칭한다. 소아과 질환, 장애 및 병태의 예로는 자폐증, 가와사키병, 선천성 난청, 소아과 암, I형 당뇨병, 선천성 심장 결함, 팔로사징, 뒤시엔느 근육퇴행위축증, 불완전 골형성, 크라베병, 폼페병, 고쉐병, 파브리병, 울프-파킨슨-화이트 증후군, 히르슈스프룽병, 크론병, 이글-바렛 증후군, 낭성 섬유증, 과민성 장 증후군 및 뇌성마비가 있으나 이들로 한정되지 않는다. 소아과 병태의 예로는 발달하는 태아의 유전적 속성도 있다. 예를 들면, 소아과 병태는 지능, 눈 색채, 모발 색채 및 근육 종류를 포함하나 이들로 한정되지 않는다.
본원에서 사용될 때, 질환 또는 병태를 "치료하는"은 임상 결과를 포함하는 유리한 또는 원하는 결과를 수득하기 위한 조치를 취하는 것을 지칭한다. 유리한 또는 원하는 임상 결과는 질환 또는 병태와 관련된 하나 이상의 증상의 완화 또는 호전을 포함하나 이들로 한정되지 않는다.
본원에서 사용될 때, 화합물 또는 물질을 대상체에게 "투여하는" 또는 "투여"는 당업자에게 공지된 다양한 방법들 하나를 이용함으로써 수행될 수 있다. 예를 들면, 화합물 또는 물질은 정맥내, 동맥, 피내, 근육내, 복강내, 정맥내, 피하, 안내, 설하, 경구(섭취에 의해), 코내(흡입에 의해), 척추내, 뇌내 및 경피(예를 들면, 피부 관을 통한 흡수에 의해) 투여될 수 있다. 화합물 또는 물질은 이 화합물 또는 물질의 연장 방출, 서방출 또는 조절 방출을 제공하는 재충전가능한 또는 생분해가능한 중합체 장치 또는 다른 장치, 예를 들면, 패취 및 펌프, 또는 제제에 의해 적절하게 도입될 수도 있다. 투여는 예를 들면, 1회, 다회, 및/또는 하나 이상의 연장된 기간에 걸쳐 수행될 수도 있다. 일부 양태에서, 투여는 자가-투여를 포함하는 직접적인 투여, 및 약물을 처방하는 행위를 포함하는 간접적인 투여 둘다를 포함한다. 예를 들면, 본원에서 사용될 때, 환자가 약물을 자가-투여하거나 또 다른 사람에 의해 약물이 투여되도록 환자에게 지시하고/하거나, 약물에 대한 처방전을 환자에게 제공하는 의사는 약물을 환자에게 투여하는 것이다. 일부 실시양태에서, 화합물 또는 물질은 경구, 예를 들면, 섭취에 의해 대상체에게 투여되거나, 정맥내, 예를 들면, 주사에 의해 대상체에게 투여된다. 일부 실시양태에서, 경구 투여되는 화합물 또는 물질은 연장 방출 또는 서방출 제제로 존재하거나, 이러한 서방출 또는 연장 방출을 위한 장치의 사용을 통해 투여된다.
특정 실시양태에서, 본 발명의 방법에서 사용되는 마커는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 식세포, =2n 식세포, 비-식세포 또는 대조군 세포에 비해 조합 샘플에서 상향조절되어 있거나 활성화되어 있다. 상이한 질환 또는 병태는 상이한 마커의 상향조절(또는 활성화) 또는 하향조절(또는 억제)과 관련될 수 있다. 본원에서 사용될 때, "상향조절 또는 상향조절되어 있는"은 마커의 발현 수준(예를 들면, 유전자 발현 또는 단백질 발현), 유전자 카피수, 유전자 용량 및 다른 정성적 또는 정량적 검출가능한 상태의 증가를 지칭할 수 있다. 유사하게, "하향조절 또는 하향조절되어 있는"은 마커의 발현 수준, 유전자 카피수, 유전자 용량 및 다른 정성적 또는 정량적 검출가능한 상태의 감소를 지칭할 수 있다. 특정 실시양태에서, 본 발명의 방법에서 사용되는 마커는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 식세포, =2n 식세포, 비-식세포 또는 대조군 세포에 비해 조합 샘플에서 하향조절되어 있거나 억제되어 있다. 상이한 질환 또는 병태는 상이한 마커의 상향조절(또는 활성화) 또는 하향조절(또는 억제)과 관련될 수 있다. 본원에서 사용될 때, "활성화 또는 활성화되어 있는"은 마커의 활성 상태, 예를 들면, 인산화 상태, DNA 메틸화 상태 또는 DNA 아세틸화 상태를 지칭할 수 있다. 유사하게, "억제 또는 억제되어 있는"은 마커의 억제된 상태 또는 불활성화된 상태, 예를 들면, 탈인산화 상태, 유비퀴틴화 상태 또는 DNA 탈메틸화 상태를 지칭할 수 있다.
특정 실시양태에서, 본 발명의 방법은 세포 무함유 체액으로부터 마커를 추출하거나 농축하는 단계를 포함할 수 있다. 임의의 공지된 추출 및 농축 방법이 본원에서 이용될 수 있다. 특정 실시양태에서, 본 발명의 방법은 다양한 프로파일의 결정 전에 하기 단계들 중 하나 이상의 단계도 포함한다: i) =2n 식세포, 비-식세포 또는 대조군 세포를 용해시키는 단계; 및 ii) 용해된 세포로부터 세포 내용물을 추출하는 단계. 임의의 공지된 세포 용해 및 추출 방법이 본원에서 이용될 수 있다. 특정 실시양태에서, 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커는 조합 샘플에 존재한다. 특정 실시양태에서, 비-식세포, =2n 식세포 또는 대조군 세포의 세포 내용물에 존재하는 마커가 없다.
특정 실시양태에서, 본 발명의 방법은 다양한 프로파일의 결정 전에 하기 단계들 중 하나 이상의 단계도 포함한다: i) 식세포, >2n 식세포 또는 =2n 식세포를 용해시키는 단계; 및 ii) 용해된 식세포, >2n 식세포 또는 =2n 식세포로부터 세포 내용물을 추출하는 단계. 특정 실시양태에서, 식세포 또는 >2n 식세포의 세포 내용물은 이들 세포들이 삼킨 다양한 종류의 물질들, 예컨대, 생존가능한 병든 세포, 사멸된 병든 세포, 아폽토시스성 병든 세포, 순환 종양 세포, 감염성 물질, 태아 세포, 영양막세포 또는 이들의 단편을 포함한다. 특정 실시양태에서, 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커는 식세포 또는 >2n 식세포의 세포 내용물에 존재한다.
특정 실시양태에서, 본 발명의 방법은 다양한 프로파일의 결정 전에 하기 단계들 중 하나 이상의 단계도 포함한다: i) 순환 소포를 용해시키는 단계; 및 ii) 용해된 순환 소포로부터 내용물을 추출하는 단계. 특정 실시양태에서, 순환 소포의 내용물은 다양한 종류의 물질들, 예컨대, 단백질 및 핵산을 포함한다. 특정 실시양태에서, 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커는 순환 소포의 내용물에 존재한다.
특정 실시양태에서, 본 발명의 방법은 다양한 프로파일의 결정 전에 하기 단계들 중 하나 이상의 단계도 포함한다: i) 순환 병든 세포를 용해시키는 단계; 및 ii) 용해된 순환 병든 세포로부터 내용물을 추출하는 단계. 특정 실시양태에서, 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커는 순환 병든 세포의 내용물에 존재한다.
특정 실시양태에서, 본 발명의 방법은 질환 또는 병태 특이적 마커의 확인된 차이를 당분야에서 공지된 하나 이상의 마커의 저장소와 비교하는 단계를 추가로 포함한다. 이러한 비교는 질환 또는 병태의 존재를 추가로 확인시켜줄 수 있다. 일부 실시양태에서, 공지된 마커의 저장소는 데이터 마이닝에 의해 수득될 수 있다. 본원에서 사용될 때, 용어 "데이터 마이닝"은 데이터베이스의 공지된 데이터로부터 유래된 신규 데이터 패턴, 관계 또는 상관관계를 발견하고 실용적인 정보를 향후에 추출하는 과정을 지칭한다. 전형적으로, 컴퓨터-기초 시스템은 데이터 마이닝을 수행하도록, 예를 들면, 입력 데이터를 분류하도록 데이터에 대해 학습된 후 새로운 입력 데이터와 함께 사용되어 학습 데이터를 기초로 결정할 수 있다. 이들 시스템은 전문가 시스템, 퍼지 이론(fuzzy logic), 비-선형 회귀 분석, 다변량 분석, 결정 나무 분류자 및 베이지안 신뢰 네트워크(Bayesian belief network)를 포함하나 이들로 한정되지 않는다.
특정 실시양태에서, 식세포, >2n 식세포, 순환 소포, 순환 병든 세포, 대조군 세포 및 =2n 식세포는 체액 샘플, 조직 또는 세포로부터 단리된다. 예시적인 체액 샘플은 전혈, 소변, 대변, 타액, 림프액, 뇌척수액, 활액, 낭액, 복수, 흉막 삼출액, 제1 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 제2 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 제3 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 모체 혈액, 양수, 융모막 융모 샘플, 착상전 배아로부터의 유체, 모체 소변, 모체 타액, 태반 샘플, 태아 혈액, 세척액 및 자궁경부 질 유체, 간질액, 협측 면봉 샘플, 객담, 기관지 세척액, 팝 도말 샘플 또는 안액일 수 있다. 일부 실시양태에서, 식세포, >2n 식세포 및 =2n 식세포는 백혈구 세포로부터 단리된다. 특정 실시양태에서, >2n 식세포 및 =2n 식세포는 식세포 집단으로부터 분리된다.
특정 실시양태에서, 세포 무함유 체액은 체액 샘플로부터 나온다. 예시적인 체액 샘플은 전혈, 소변, 대변, 타액, 림프액, 뇌척수액, 활액, 낭액, 복수, 흉막 삼출액, 제1 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 제2 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 제3 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 모체 혈액, 양수, 융모막 융모 샘플, 착상전 배아로부터의 유체, 모체 소변, 모체 타액, 태반 샘플, 태아 혈액, 세척액 및 자궁경부 질 유체, 간질액, 협측 면봉 샘플, 객담, 기관지 세척액, 팝 도말 샘플 또는 안액일 수 있다. 일부 실시양태에서, 세포 무함유 체액은 당분야에서 공지된 방법, 예컨대, 추출, 원심분리 및 여과로 세포를 체액 샘플로부터 분리함으로써 수득된다.
일부 실시양태에서, 조합 샘플에서 사용되는 성분은 체액으로부터 세포를 제거함으로써 수득될 수 있다. 일부 실시양태에서, 조합 샘플에서 사용되는 성분은 체액 중의 세포를 파괴(예를 들면, 용해)함으로써 수득될 수 있다. 이들 실시양태들은 조합되어, 예를 들면, 세포의 일부 집단을 제거하고 세포의 다른 집단을 파괴함으로써 실시될 수 있다. 일부 실시양태에서, 백혈구 샘플은 예를 들면, 적혈구 세포, 혈청 및 T 세포를 제거하고 나머지를 조합 샘플로서 사용함으로써 조합 샘플을 생성하도록 사용될 수 있다.
특정 실시양태에서, 2n의 DNA 함량을 갖는 세포를 포함하는 조직 또는 체액 샘플은 정맥 또는 동맥의 천공에 의해 수득된 체액의 비-세포 분획의 분리(예를 들면, 원심분리를 통한 분리)에 이어서, 혈액, 조직 생검, 기관지폐포 세척액, 코 세척액, 눈 세척액, 복강 세척액, 질 세척액, 방광 세척액, 직장 세척액, 척수액의 미세 바늘 흡입물, 활액 흡입물 등의 회수 후 수득된다. 세포 무함유 체액은 정맥 또는 동맥의 천공에 의해 수득된 체액의 세포 분획의 분리(예를 들면, 원심분리를 통한 분리)에 이어서, 혈액, 조직 생검, 기관지폐포 세척액, 코 세척액, 눈 세척액, 복강 세척액, 질 세척액, 방광 세척액, 직장 세척액, 척수액의 미세 바늘 흡입물, 활액 흡입물 등의 회수 후 수득된다.
본 발명의 방법에서, 세포 분리/단리/정제 방법은 대상체의 체액 샘플, 세포 또는 조직으로부터 세포 집단을 단리하는 데에 이용된다. 당업자는 임의의 공지된 세포 분리/단리/정제 기법을 이용하여 체액으로부터 식세포, >2n 식세포, 병든 세포, 대조군 세포 및 =2n 식세포를 단리할 수 있거나 =2n 식세포로부터 >2n 식세포를 분리할 수 있다. 예시적인 기법은 항체의 사용, 유동세포측정, 형광 활성화된 세포 분류, 여과, 구배-기초 원심분리, 용출, 마이크로플루이딕스, 자기 분리 기법, 형광-자기 분리 기법, 나노구조, 양자점, 고처리율 현미경-기초 플랫폼 또는 이들의 조합을 포함하나 이들로 한정되지 않는다.
본 발명의 방법에서, 세포 분리/단리/정제 방법은 대상체의 체액 샘플, 세포 또는 조직으로부터 순환 병든 세포 집단을 단리하는 데에 이용된다. 순환 병든 세포는 체액에 드문 또는 적은 양으로 존재할 수 있다. 따라서, 농축 기법(예를 들면, 자기 농축)이 단리 전에 순환 병든 세포를 농축하는 데에 이용될 수 있다. 당업자는 임의의 공지된 세포 분리/단리/정제 기법을 이용하여 체액으로부터 순환 병든 세포를 단리할 수 있다. 예시적인 기법은 항체의 사용, 유동세포측정, 형광 활성화된 세포 분류, 여과, 구배-기초 원심분리, 용출, 마이크로플루이딕스, 자기 분리 기법, 형광-자기 분리 기법, 나노구조, 양자점, 고처리율 현미경-기초 플랫폼, 마이크로플루이딕 기법, 섬유-광학 어레이-스캐닝 기법, 레이저-스캐닝 세포측정 기법, 다광자 생체 유동세포측정, 광음향 유속측정, 세포 표면 항원을 표적화하는 나노입자, 검출가능한 분비된 생성물을 사용한 순환 병든 세포의 염색, 또는 이들의 조합을 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 순환 병든 세포는 정상 순환 세포에 비해 상이한 물성, 예컨대, 크기, 밀도, 전하, 이동성 및 특정 종류의 세포의 일부 성질(예를 들면, 순환 흑색종 세포 내의 멜라닌세포 과립)에서의 차이를 가질 수 있다. 당업자는 이러한 상이한 성질을 기초로 임의의 공지된 세포 분리/단리/정제 기법을 이용하여 순환 병든 세포를 단리할 수 있다. 예를 들면, 부유 밀도의 차이를 이용하여 구배 원심분리를 통해 정상 혈액 세포로부터 순환 병든 세포(예를 들면, 순환 종양 세포)를 분리할 수 있다. 여과-기초 방법을 이용하여 정상 순환 세포에 비해 그들의 증가된 크기를 기초로 순환 병든 세포(예를 들면, 순환 종양 세포)를 단리할 수 있다. 항체-기초 단리 방법을 이용하여, 정상 순환 혈액 세포에 존재하지 않는 상피세포 표면 마커를 발현하는 순환 병든 세포를 포획할 수 있다. 예를 들면, 상피세포 부착 분자(EpCAM)에 대한 항체와 자기 비드의 접합에 이어서, 자기장을 통한 포획된 세포의 정제를 이용하여 유방암, 전립선암 및 결장암을 갖는 환자의 혈액으로부터 순환 종양 세포를 농축할 수 있다. 특정 실시양태에서, 순환 병든 세포(예를 들면, 경자궁경부 세포)를 레어셀렉트(RareCellect)™ 장치(제네틱 테크놀로지스(Genetic Technologies)) 또는 유사한 장치로 채취할 수 있다.
특정 실시양태에서, 식세포, >2n 식세포, 병든 세포, 대조군 세포 및 =2n 식세포는 이들 세포들에 의해 분비된 생성물을 사용함으로써 단리된다. 특정 실시양태에서, 식세포, >2n 식세포, 병든 세포, 대조군 세포 및 =2n 식세포는 이들 세포들의 표면 상의 세포 표면 표적(예를 들면, 수용체 단백질)을 사용함으로써 단리된다. 일부 실시양태에서, 세포 표면 표적은 >2n 식세포에 의해 삼켜진 단백질이다. 일부 실시양태에서, 세포 표면 표적은 그들의 원형질막 상에서 세포에 의해 발현된다. 일부 실시양태에서, 세포 표면 표적은 원형질막 상으로 전위되지만 세포(예를 들면, >2n 식세포)에 의해 발현되지 않는 외생성 단백질이다. 일부 실시양태에서, 세포 표면 표적은 검출될 질환 또는 병태의 마커이다.
특정 실시양태에서, 순환 소포는 크로마토그래피 단리, 친화성 단리 또는 한외여과를 이용함으로써 단리된다.
본원에 기재된 방법의 특정 양태에서, 분석물은 핵산, 단백질, 지질, 탄수화물, 대사물질, 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다. 본원에 기재된 방법의 특정 양태에서, 마커는 핵산, 단백질, 지질, 탄수화물, 대사물질 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다. 본원에서 사용될 때, 용어 "핵산"은 DNA 분자(예를 들면, cDNA 또는 게놈 DNA), RNA 분자(예를 들면, mRNA), DNA-RNA 혼성체, 및 뉴클레오티드 유사체의 사용에 의해 발생된 DNA 또는 RNA의 유사체를 포함하기 위한 것이다. 핵산 분자는 뉴클레오티드, 올리고뉴클레오티드, 이중 가닥 DNA, 단일 가닥 DNA, 다중 가닥 DNA, 상보적 DNA, 게놈 DNA, 비-코딩 DNA, 메신저 RNA(mRNA), 마이크로RNA(miRNA), 작은 핵인 RNA(snoRNA), 리보좀 RNA(rRNA), 전달 RNA(tRNA), 작은 간섭 RNA(siRNA), 이종 핵 RNA(hnRNA) 또는 작은 헤어핀 RNA(shRNA)일 수 있다. 일부 실시양태에서, 핵산은 경신장 핵산이다. 경신장 핵산은 소변에서 배출되는 세포외 핵산이다. 예를 들면, 미국 특허 공보 제20100068711호 및 제20120021404호를 참조한다.
본원에서 사용될 때, 용어 "아미노산"은 염기성 아미노 기 및 산성 카복실 기 둘다를 함유하는 유기 화합물을 포함한다. 천연 아미노산(예를 들면, L-아미노산), 변경된 아미노산 및 비-일반 아미노산(예를 들면, D-아미노산 및 β-아미노산)뿐만 아니라, 생물학적으로 자유 또는 조합된 형태로 존재하되 통상적으로 단백질에 존재하지 않는 것으로 공지되어 있는 아미노산도 이 용어에 포함된다. 천연 단백질에 존재하는 아미노산은 알라닌, 아르기닌, 아스파라긴, 아스파르트산, 시스테인, 글루탐산, 글루타민, 글리신, 히스티딘, 이소류신, 류신, 라이신, 메티오닌, 페닐알라닌, 세린, 쓰레오닌, 티로신, 트립토판, 프롤린 및 발린을 포함한다. 천연 비-단백질 아미노산은 아그리노석신산, 시트룰린, 시스테인 황산, 3,4-디하이드록시페닐알라닌, 호모시스테인, 호모세린, 오르니틴, 3-모노요오도티로신, 3,5-디요오도트리오신, 3,5,5-트리요오도티로닌 및 3,3',5,5'-테트라요오도티로닌을 포함한다. 변경된 또는 비-일반 아미노산은 D-아미노산, 하이드록시라이신, 4-하이드록시프롤린, N-Cbz-보호된 아미노산, 2,4-디아미노부티르산, 호모아르기닌, 노르류신, N-메틸아미노부티르산, 나프틸알라닌, 페닐글리신, 알파-페닐프롤린, tert-류신, 4-아미노사이클로헥실알라닌, N-메틸-노르류신, 3,4-데하이드로프롤린, N,N-디메틸아미노글리신, N-메틸아미노글리신, 4-아미노피페리딘-4-카복실산, 6-아미노카프로산, 트랜스-4-(아미노메틸)-사이클로헥산카복실산, 2-, 3- 및 4-(아미노메틸)-벤조산, 1-아미노사이클로펜탄카복실산, 1-아미노사이클로프로판카복실산 및 2-벤질-5-아미노펜탄산을 포함한다.
본원에서 사용될 때, 용어 "펩티드"는 펩티드 결합에 의해 연결된 2개 이상의 아미노산들로 구성된 화합물을 포함한다. 펩티드는 10,000 달톤 미만, 5,000 달톤 미만 또는 2,500 달톤 미만의 분자량을 가질 수 있다. 용어 "펩티드"는 펩티드 성분 및 비-펩티드 성분 둘다, 예컨대, 슈도펩티드 또는 펩티도미메틱 잔기 또는 다른 비-아미노산 성분을 함유하는 화합물도 포함한다. 펩티드 성분 및 비-펩티드 성분 둘다를 함유하는 이러한 화합물은 "펩티드 유사체"로서도 지칭될 수 있다.
본원에서 사용될 때, 용어 "단백질"은 선형 쇄로 배열되어 있고 인접 아미노산 잔기들의 카복실 기와 아미노 기 사이의 펩티드 결합에 의해 함께 연결된 아미노산들로 구성된 화합물을 포함한다. 본 발명의 방법에서 사용되는 단백질은 아미노산, 펩티드, 항체, 항체 단편, 사이토카인, 지단백질 또는 당단백질을 포함하나 이들로 한정되지 않는다.
본원에서 사용될 때, 용어 "항체"는 다중클론 항체, 단일클론 항체(면역글로불린 Fc 영역을 갖는 전체 길이 항체를 포함함), 다중에피토프 특이성을 갖는 항체 조성물, 다중특이적 항체(예를 들면, 이중특이적 항체), 디아바디 및 단일 쇄 분자, 및 항체 단편(예를 들면, Fab 또는 F(ab')2 및 Fv)을 포함한다. 항체들의 상이한 클래스들의 구조 및 성질에 대해서는 예를 들면, 문헌(Basic and Clinical Immunology, 8th Edition, Daniel P. Sties, Abba I. Terr and Tristram G. Parsolw (eds), Appleton & Lange, Norwalk, Conn., 1994, page 71 and Chapter 6)을 참조한다.
본원에서 사용될 때, 용어 "사이토카인"은 면역 시스템의 세포의 활성을 조절하는 분비된 단백질, 또는 이의 활성 단편 또는 돌연변이체를 지칭한다. 사이토카인의 예로는 인터류킨, 인터페론, 케모카인, 종양 괴사 인자, 면역 세포 전구체에 대한 콜로니 자극 인자 등이 있으나 이들로 한정되지 않는다.
본원에서 사용될 때, 용어 "지단백질"은 자유 콜레스테롤 및 아포지단백질과 연결되는 양친매성 인지질의 표면층에 의해 둘러싸인, 소수성 콜레스테릴 에스테르 및 트리글리세라이드로 구성된 코어를 포함하는 음으로 하전된 조성물을 포함한다. 지단백질은 그들의 크기, 및 지질 및 단백질의 상대적인 양에 의해 결정되는 그들의 밀도(예를 들면, 극저밀도 지단백질(VLDL), 저밀도 지단백질(LDL) 및 고밀도 지단백질(HDL))를 특징으로 할 수 있다. 지단백질은 특정 변경(예를 들면, 산화, 아세틸화 또는 당화)의 존재 또는 부재를 특징으로 할 수도 있다.
본원에서 사용될 때, 용어 "당단백질"은 펩티드 또는 단백질에 공유부착된 하나 이상의 올리고당류 또는 다당류를 갖는 글리코사이드를 포함한다. 예시적인 당단백질은 면역글로불린, 주조직적합성 복합체의 구성원, 콜라겐, 뮤신, 당단백질 Ilb/IIIa, 당단백질-41(gp41) 및 당단백질-120(gp12), 여포 자극 호르몬, 알파-페토단백질, 에리쓰로포이에틴, 트랜스페린, 알칼리성 포스파타제 및 렉틴을 포함할 수 있으나 이들로 한정되지 않는다.
본원에서 사용될 때, 용어 "지질"은 일반적으로 양친매성 및 생체적합성을 갖는 합성 또는 천연 발생 화합물을 포함한다. 지질은 전형적으로 친수성 성분 및 소수성 성분을 포함한다. 예시적인 지질은 지방산, 중성 지방, 포스파타이드, 콜레스테롤, 콜레스테롤 에스테르, 트리글리세라이드, 당지질, 글리세로지질, 글리세로인지질, 스핑고지질, 스테롤 지질, 프레놀 지질, 사카로지질, 폴리케타이드, 콜린 글리세로인지질, 에탄올아민 글리세로인지질, 포스파티딜이노시톨, 포스파티딜글리세롤, 포스파티딜세린, 라이소-콜린 글리세로인지질, 라이소-에탄올아민 글리세로인지질, 포스파티드산, 라이소-포스파티드산, 스핑고미엘린, 갈락토실세라마이드, 글루코실세라마이드, 설파타이드, 유리 지방산, 프로스타글란딘, 트리아실글리세롤, 디아실글리세롤, 모노아실글리세롤, 아실-CoA, 아실카르니틴, 옥시스테롤, 세라마이드, 카디오리핀, 스핑고이드 염기-1-포스페이트, 싱고신, 라이소-스핑고미엘린, 강글리오사이드, 플라스말로겐, 설파타이드, 세라마이드, 저밀도 지단백질(LDL), 초저밀도 지단백질(VLDL), 고밀도 지단백질(HDL), 스핑고이드 염기-1-포스페이트 또는 이들의 유도체를 포함하나 이들로 한정되지 않는다.
본원에서 사용될 때, 용어 "탄수화물"은 산소, 수소 및 탄소 원자를 함유하는 화합물들, 전형적으로 (CH20)n(이때, n은 정수임)을 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 예시적인 탄수화물은 단당류, 이당류, 다당류 또는 올리고당류를 포함하나 이들로 한정되지 않는다.
본원에서 사용될 때, 용어 "대사물질"은 대사에서 사용된 임의의 분자를 포함한다. 대사물질은 대사 과정에서의 생성물, 기질 또는 중간체일 수 있다. 일차 대사물질, 이차 대사물질, 유기 대사물질 또는 무기 대사물질이 이 용어에 포함된다. 대사물질은 아미노산, 펩티드, 아실카르니틴, 단당류, 지질 및 인지질, 프로스타글란딘, 하이드록시에이코사테트라엔산, 하이드록시옥타데카디엔산, 스테로이드, 담즙산, 및 당지질 및 인지질을 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 예시적인 대사물질은 스핑고지질, 당스핑고지질, 싱고신, 세라마이드, 스핑고미엘린, 스핑고실포스포릴콜린, 디하이드로스핑고신, 포스파티딜콜린, 포스파티딜이노시톨, 포스파티딜세린, 라이소포스파티딜콜린, 라이소포스파티딜이노시톨, 라이소포스파티딜세린, 플라스메닐포스파티딜콜린, 플라스매닐포스파티딜콜린, 단백질형성 아미노산, 알라닌, 아스파르트산, 글루탐산, 페닐알라닌, 글리신, 히스티딘, 류신, 이소류신, 라이신, 메티오닌, 프롤린, 아르기닌, 세린, 쓰레오닌, 발린, 트립토판, 티로신, 비대칭 디메일 아르기닌, 대칭 디메틸 아르기닌, 글루타민, 아스파라긴, 니트로티로신, 하이드록시프롤린, 키누레닌, 3-하이드록시 키누레닌, 비-단백질형성 아미노산, 오르니틴, 시트룰린, 아실카르니틴, 카르니틴, 자유 카르니틴, 아실카르니틴, 하이드록실아실카르니틴, 디카복실아실카르니틴, 환원 단당류, 헥소스, 펜토스, 데옥시헥소스, 크레아티닌, 크레아틴, 스퍼미딘 스퍼민, 푸트레신, 도파민, 세로토닌, 프로스타글란딘, 하이드록시에이코사테트라엔산, 하이드록시옥타데카디엔산, 류카트리엔, 트롬복산, 담즙산, 스테롤, 콜레스테롤, 비타민 및 보조인자, 약물, 및 약물 대사물질일 수 있다.
본 발명의 일부 실시양태에서, 샘플은 세포 또는 분석물, 예컨대, DNA, RNA, 단백질 및/또는 지질에 대한 하나 이상의 안정화제를 포함할 수 있다. 예를 들면, 샘플은 DNA 안정화제, RNA 안정화제 및/또는 단백질 안정화제를 포함할 수 있다. 안정화제는 당분야에서 잘 공지되어 있고, 예를 들면, DNAse 억제제, RNAse 억제제 및 프로테아제 억제제, 또는 이들의 등가물을 포함한다.
본 발명의 일부 실시양태에서, 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 프로파일들이 비교된다. 이 비교는 정량적 또는 정성적 비교일 수 있다. 정량적 측정치는 본원에 기재된 분석들 중 임의의 분석을 이용함으로써 수득될 수 있다. 예를 들면, 서열결정, 직접적인 서열결정, 무작위 숏건 서열결정, 생거 디데옥시 종결 서열결정, 표적화된 서열결정, 전체 게놈 서열결정, 혼성화에 의한 서열결정, 피로서열결정, 모세관 전기영동, 겔 전기영동, 이중체 서열결정, 사이클 서열결정, 단일-염기 연장 서열결정, 고체-상 서열결정, 고처리율 서열결정, 대량 병렬 시그너처 서열결정, 에멀젼 PCR, 보다 낮은 변성 온도에서의 공-증폭 PCR(COLD-PCR), 가역적 염료 종결제에 의한 서열결정, 짝지어진-말단 서열결정, 단기 서열결정, 엑소뉴클레아제 서열결정, 연결에 의한 서열결정, 짧은-판독 서열결정, 단일-분자 서열결정, 합성에 의한 서열결정, 실시간 서열결정, 역방향-종결제 서열결정, 나노공극 서열결정, 454 서열결정, 솔렉사 게놈 분석기 서열결정, SOLiD® 서열결정, MS-PET 서열결정, 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 중합효소 연쇄 반응(PCR) 분석, 정량 PCR, 실시간 PCR, 형광 분석, 비색 분석, 화학발광 분석 또는 이들의 조합이 이용될 수 있다.
정량적 비교는 통계학적 분석, 예컨대, t-검정, ANOVA, 크루스탈-왈리스(Krustal-Wallis), 윌콕손(Wilcoxon), 만-휘트니(Mann-Whitney) 및 승산비(odds ratio)를 포함할 수 있다. 정량적 차이는 프로파일들 사이의 마커의 수준의 차이, 프로파일들 사이에 존재하는 마커의 수의 차이, 및 이들의 조합을 포함할 수 있다. 마커의 수준의 예로는 유전자 발현 수준, 핵산 수준, 단백질 수준, 지질 수준 등일 수 있으나 이들로 한정되지 않는다. 정성적 차이는 활성화 및 불활성화, 단백질 분해, 핵산 분해, 및 공유 변경을 포함할 수 있으나 이들로 한정되지 않는다.
본 발명의 특정 실시양태에서, 프로파일은 핵산 프로파일, 단백질 프로파일, 지질 프로파일, 탄수화물 프로파일, 대사물질 프로파일, 또는 이들의 조합이다. 프로파일은 정성적으로 또는 정량적으로 결정될 수 있다.
핵산 프로파일은 유전형 프로파일, 단일 뉴클레오티드 다형성 프로파일, 유전자 돌연변이 프로파일, 유전자 카피수 프로파일, DNA 메틸화 프로파일, DNA 아세틸화 프로파일, 염색체량 프로파일, 유전자 발현 프로파일 또는 이들의 조합일 수 있으나 이들로 한정되지 않는다.
핵산 프로파일은 유전형, 단일 뉴클레오티드 다형성, 유전자 돌연변이, 유전자 카피수, DNA 메틸화 상태, DNA 아세틸화 상태 또는 염색체량을 검출하는 것으로 당분야에서 공지되어 있는 임의의 방법에 의해 결정될 수 있다. 예시적인 방법은 중합효소 연쇄 반응(PCR) 분석, 서열결정 분석, 전기영동 분석, 제한 단편 길이 다형성(RFLP) 분석, 노던 블롯 분석, 정량 PCR, 역전사효소-PCR 분석(RT-PCR), 대립형질 특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화 분석, 비교 게놈 혼성화, 이종이중체 이동성 분석(HMA), 단일 가닥 입체구조 다형성(SSCP), 변성 구배 겔 전기영동(DGGE), RNAase 불일치 분석, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 표면 플라스몬 공명, 서던 블롯 분석, 제자리 혼성화, 형광 제자리 혼성화(FISH), 발색 제자리 혼성화(CISH), 면역조직화학(IHC), 마이크로어레이, 비교 게놈 혼성화, 핵형분석, 다중 연결 의존성 프로브 증폭(MLPA), 짧은 형광 단편의 정량 다중 PCR(QMPSF), 현미경관찰, 메틸화 특이적 PCR(MSP) 분석, 연결-매개된 PCR에 의한 HpaII 소단편 농축(HELP) 분석, 방사성 아세테이트 라벨링 분석, 비색 DNA 아세틸화 분석, 마이크로어레이와 조합된 염색질 면역침전(ChlP-온-칩) 분석, 제한 랜드마크 게놈 스캐닝, 메틸화된 DNA 면역침전(MeDIP), DNA 아데닌 메틸트랜스퍼라제 활성에 대한 분자 절단 광 분석, 크로마토그래피 분리, 메틸화 민감성 제한효소 분석, 우라실로의 비-메틸화된 사이토신의 중아황산염-유도된 전환, 보다 낮은 변성 온도에서의 공-증폭 PCR(COLD-PCR), 다중 PCR, 메틸 결합 PCR 분석 또는 이들의 조합을 포함하나 이들로 한정되지 않는다.
본원에서 사용될 때, 용어 "서열결정"은 넓은 의미로 사용되고, 연장 생성물 또는 벡터 삽입물의 적어도 일부를 포함하나 이들로 한정되지 않는 핵산의 적어도 일부에서 적어도 일부 연속 뉴클레오티드들의 순서가 확인될 수 있게 하는, 당분야에서 공지된 임의의 기법을 지칭한다. 예시적인 서열결정 기법은 표적화된 서열결정, 단일 분자 실시간 서열결정, 전자 현미경관찰-기초 서열결정, 트랜지스터-매개 서열결정, 직접적인 서열결정, 무작위 숏건 서열결정, 생거 디데옥시 종결 서열결정, 엑손 서열결정, 전체 게놈 서열결정, 혼성화에 의한 서열결정, 피로서열결정, 모세관 전기영동, 겔 전기영동, 이중체 서열결정, 사이클 서열결정, 단일-염기 연장 서열결정, 고체-상 서열결정, 고처리율 서열결정, 대량 병렬 시그너처 서열결정, 에멀젼 PCR, 보다 낮은 변성 온도에서의 공-증폭 PCR(COLD-PCR), 다중 PCR, 가역적 염료 종결제에 의한 서열결정, 짝지어진-말단 서열결정, 단기 서열결정, 엑소뉴클레아제 서열결정, 연결에 의한 서열결정, 짧은-판독 서열결정, 단일-분자 서열결정, 합성에 의한 서열결정, 실시간 서열결정, 역방향-종결제 서열결정, 나노공극 서열결정, 454 서열결정, 솔렉사 게놈 분석기 서열결정, SOLiD® 서열결정, MS-PET 서열결정, 질량 분광측정 및 이들의 조합을 포함한다. 일부 실시양태에서, 서열결정은 장치, 예를 들면, ABI PRISM® 377 DNA 서열결정기, ABI PRISM® 310, 3100, 3100-Avant, 3730 또는 373OxI 유전분석기, ABI PRISM® 3700 DNA 분석기 또는 어플라이드 바이오시스템스(Applied Biosystems) SOLiD™ 시스템(모두 어플라이드 바이오시스템스 제품), 게놈 서열결정기 20 시스템(로슈 어플라이드 사이언스(Roche Applied Science)), 또는 질량 분광측정기(그러나, 이들로 한정되지 않음)를 이용하여 생성물을 검출하고 서열결정하는 것을 포함한다. 특정 실시양태에서, 서열결정은 에멀젼 PCR을 포함한다. 특정 실시양태에서, 서열결정은 고처리율 서열결정 기법, 예를 들면, 대량 병렬 시그너처 서열결정(MPSS)(그러나, 이것으로 한정되지 않음)을 포함한다.
본 발명의 추가 실시양태에서, 단백질 프로파일은 단백질 발현 프로파일, 단백질 활성화 프로파일 또는 이들의 조합일 수 있다. 일부 실시양태에서, 단백질 활성화 프로파일은 단백질의 인산화 상태, 유비퀴틴화 상태, 미리스토일화 상태 또는 입체구조적 상태를 결정하는 것을 포함할 수 있다.
단백질 프로파일은 단백질 발현 수준, 단백질 인산화 상태, 단백질 유비퀴틴화 상태, 단백질 미리스토일화 상태 또는 단백질 입체구조적 상태를 검출하는 것으로 당분야에서 공지된 임의의 방법에 의해 검출될 수 있다. 일부 실시양태에서, 단백질 프로파일은 면역조직화학분석, 효소-연결된 면역흡착 분석(ELISA), 제자리 혼성화, 크로마토그래피, 액체 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피, 고성능 액체 크로마토그래피(HPLC), 기체 크로마토그래피, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 방사면역분석, 현미경관찰, 마이크로플루이딕 칩-기초 분석, 표면 플라스몬 공명, 서열결정, 웨스턴 블롯팅 분석, 또는 이들의 조합에 의해 결정될 수 있다.
본 발명의 일부 실시양태에서, 지질 프로파일은 크로마토그래피, 액체 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피, 고성능 액체 크로마토그래피(HPLC), 기체 크로마토그래피, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 방사면역분석, 마이크로플루이딕 칩-기초 분석, 형광의 검출, 화학발광의 검출, 또는 이들의 조합에 의해 결정될 수 있다. 생물학적 샘플에서 지질 함량을 분석하는 추가 방법은 당분야에서 공지되어 있다(예를 들면, 문헌(Kang et al. (1992) Biochim. Biophys. Acta. 1128:267); 문헌(Weylandt et al. (1996) Lipids 31:977); 문헌(J. Schiller et al. (1999) Anal. Biochem. 267:46); 문헌(Kang et al. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98:4050); 문헌(Schiller et al. (2004) Prog. Lipid Res. 43:499) 참조). 한 예시적인 지질 분석 방법은 (예를 들면, 0.005% 부틸화된 하이드록시톨루엔(BHT, 항산화제로서)을 함유하는 클로로포름-메탄올(2:1, 부피/부피)을 사용하여) 생물학적 샘플로부터 지질을 추출하고, (예를 들면, 14% BF3-메탄올 시약을 사용하여) 지방산 메틸 에스테르를 제조하고, (예를 들면, HPLC, TLC, 상업적으로 입수가능한 기체 크로마토그래프를 이용하는 기체 크로마토그래피-질량 분광법, 질량 분광측정기, 및/또는 조합 기체 크로마토그래프/질량 분광측정기로) 지방산 메틸 에스테르를 정량하는 것이다. 지방산 질량은 다양한 분석된 지방산의 면적을 고정된 농도의 내부 표준물의 면적과 비교함으로써 결정된다.
본 발명의 일부 실시양태에서, 탄수화물 프로파일은 크로마토그래피, 액체 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피, 고성능 액체 크로마토그래피(HPLC), 기체 크로마토그래피, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 방사면역분석, 마이크로플루이딕 칩-기초 분석, 형광의 검출, 화학발광의 검출, 또는 이들의 조합에 의해 결정될 수 있다.
본 발명의 일부 실시양태에서, 대사물질 프로파일은 크로마토그래피, 액체 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피, 고성능 액체 크로마토그래피(HPLC), 기체 크로마토그래피, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 방사면역분석, 마이크로플루이딕 칩-기초 분석, 형광의 검출, 화학발광의 검출, 또는 이들의 조합에 의해 결정될 수 있다.
본원에서 사용될 때, 본 발명의 방법에 의해 검출된 상이한 프로파일들 사이의 "차이"는 상이한 유전자 카피수, 상이한 DNA, RNA, 단백질, 지질 또는 탄수화물 발현 수준, 상이한 DNA 메틸화 상태, 상이한 DNA 아세틸화 상태, 및 상이한 단백질 변경 상태를 지칭할 수 있다. 차이는 1배 초과의 차이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 차이는 1.05배, 1.1배, 1.2배, 1.3배, 1.4배, 1.5배, 2배, 2.5배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배 또는 10배 차이이다. 일부 실시양태에서, 차이는 1배 내지 20배, 2배 내지 10배, 5배 내지 10배, 10배 내지 20배 또는 10배 내지 100배의 임의의 배수 차이이다.
일부 실시양태에서, 차이는 차등 유전자 발현(DGE), 예를 들면, 식세포 대 비-식세포 또는 >2n 식세포 대 =2n 식세포의 DGE이다. DGE는 X = log2(Yp) - log2(YNp)로서 측정될 수 있다. 조합 샘플과 =2n 식세포, 비-식세포, 대조군 세포 또는 마커의 저장소 사이에 유의하게 상이한 한, DGE는 임의의 수치일 수 있다. 예를 들면, 유전자 발현에서의 2배 증가는 X = log2(Yp) - log2(YNp) = log2(Yp/YNP) =log2(2) = 1로서 표시될 수 있는 반면, 유전자 발현에서의 2배 감소는 X = log2(YP) - log2(YNP) = log2(YP/YNP) =log2(l/2) = -1로서 표시될 수 있다. 하향조절된 유전자는 0 미만의 X를 갖는 반면, 상향조절된 유전자는 0 초과의 X를 갖는다. 예를 들면, 문헌(Efron, J Am Stat Assoc 104: 1015-1028 (2009))을 참조한다.
마커를 검출하는 분석의 일반적인 원리는 마커와 프로브가 상호작용하고 결합함으로써 반응 혼합물에서 제거될 수 있고/있거나 검출될 수 있는 복합체를 형성하기에 적합한 조건 하에서 충분한 시간 동안 마커(예를 들면, DNA, RNA, 단백질, 폴리펩티드, 탄수화물, 지질, 대사물질 등 중 하나 이상) 및 프로브를 함유할 수 있는 샘플 또는 반응 혼합물을 제조하는 것을 포함한다. 이들 분석들은 다양한 방식으로 수행될 수 있다.
예를 들면, 이러한 분석을 수행하는 한 방법은 마커 또는 프로브를 기판으로서도 지칭되는 고체상 지지체에 고착시키는 단계, 및 반응 말기에 고체상에 고착된 표적 마커/프로브 복합체를 검출하는 단계를 포함할 것이다. 이러한 방법의 한 실시양태에서, 마커의 존재 및/또는 농도에 대해 분석될, 대상체로부터의 샘플은 담체 또는 고체상 지지체에 고착될 수 있다. 또 다른 실시양태에서, 프로브가 고체상에 고착될 수 있고 대상체로부터의 샘플이 분석의 비-고착된 성분으로서 반응할 수 있는 반대 상황도 가능하다.
분석 성분을 고체상에 고착시키는 많은 확립된 방법들이 존재한다. 이들은 바이오틴 및 스트렙타비딘의 접합을 통해 고정된 마커 또는 프로브 분자를 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 이러한 바이오티닐화된 분석 성분은 당분야에서 공지된 기법(예를 들면, 바이오티닐화 키트, 피어스 케미칼스(Pierce Chemicals), 미국 일리노이주 록포드 소재)을 이용함으로써 바이오틴-NHS(N-하이드록시-석신이미드)로부터 제조될 수 있고, 스트렙타비딘-코팅된 96웰 플레이트(피어스 케미칼)의 웰 내에 고정될 수 있다. 특정 실시양태에서, 고정된 분석 성분을 갖는 표면은 미리 제조되어 저장될 수 있다.
이러한 분석을 위한 다른 적합한 담체 또는 고체상 지지체는 마커 또는 프로브가 속하는 클래스의 분자에 결합할 수 있는 임의의 물질을 포함한다. 잘 공지된 지지체 또는 담체는 유리, 폴리스티렌, 나일론, 폴리프로필렌, 나일론, 폴리에틸렌, 덱스트란, 아밀라제, 천연 셀룰로스 및 변경된 셀룰로스, 폴리아크릴아미드, 반려암 및 자철석을 포함하나 이들로 한정되지 않는다.
상기 언급된 방법들을 이용하여 분석을 수행하기 위해, 비-고정된 성분은 제2 성분이 고착되어 있는 고체상에 첨가된다. 반응이 완료된 후, 비-복합체화된 성분은 형성된 임의의 복합체가 고체상에 고정된 상태로 남아있게 하는 조건 하에서 (예를 들면, 세척에 의해) 제거될 수 있다. 고체상에 고착된 마커/프로브 복합체의 검출은 본원에 요약된 다수의 방법들로 달성될 수 있다.
특정 예시적인 실시양태에서, 프로브는 비-고착된 분석 성분일 때 분석의 검출 및 판독을 목적으로 본원에서 논의되어 있고 당업자에게 잘 공지되어 있는 검출가능한 표지로 직접적으로 또는 간접적으로 표지될 수 있다.
예를 들면, 형광 에너지 전달 기법(예를 들면, 미국 특허 제5,631,169호 및 제4,868,103호 참조)을 이용함으로써 성분(마커 또는 프로브)의 추가 조작 또는 라벨링 없이 마커/프로브 복합체 형성을 직접적으로 검출하는 것도 가능하다. 제1 '공여자' 분자 상의 형광단 표지는 적절한 파장의 입사 광에 의해 여기될 때 그의 방사된 형광 에너지가 제2 '수용자' 분자 상의 형광 표지에 의해 흡수되고 상기 형광 표지가 흡수된 에너지로 인해 형광을 발생킬 수 있도록 선택된다. 대안적으로, '공여자' 단백질 분자는 단순히 트립토판 잔기의 천연 형광 에너지를 사용할 수 있다. '수용자' 분자 표지가 '공여자'의 표지와 식별될 수 있도록 상이한 광 파장을 방사하는 표지들이 선택된다. 표지들 사이의 에너지 전달의 효율이 분자를 분리시키는 거리와 관련되어 있기 때문에, 분자들 사이의 공간적 관계가 평가될 수 있다. 분자들 사이에 결합이 발생하는 상황에서, 분석에서 '수용자' 분자 표지의 형광 방사는 최대이어야 한다. FET 결합 사건은 당분야에서 잘 공지된 표준 형광측정 검출 수단을 통해(예를 들면, 형광측정기를 이용함으로써) 편리하게 측정될 수 있다.
또 다른 실시양태에서, 마커를 인식하는 프로브의 능력의 측정은 실시간 생체분자 상호작용 분석(BIA)과 같은 기술을 이용함으로써 분석 성분(프로브 또는 마커)의 라벨링 없이 달성될 수 있다(예를 들면, 문헌(Sjolander, S. and Urbaniczky, C, 1991, Anal. Chem. 63:2338-2345) 및 문헌(Szabo et al., 1995, Curr. Opin. Struct. Biol. 5:699-705) 참조). 본원에서 사용될 때, "BIA" 또는 "표면 플라스몬 공명"은 임의의 상호작용제의 라벨링 없이 실시간으로 생체특이적 상호작용을 연구하는 기법(예를 들면, 비아코어(BIAcore))이다. (결합 사건을 표시하는) 결합 표면에서의 질량 변화는 표면 근처의 굴절 지수의 변경(표면 플라스몬 공명(SPR)의 광학 현상)을 초래하여, 생물학적 분자들 사이의 실시간 반응의 표시로서 사용될 수 있는 검출가능한 신호를 발생시킨다.
대안적으로, 또 다른 실시양태에서, 액체상에서 용질로서 마커 및 프로브를 사용하여 유사한 진단 및 예후 분석을 수행할 수 있다. 이러한 분석에서, 복합체화된 마커와 프로브는 하기 기법들을 포함하나 이들로 한정되지 않는 다수의 표준 기법들 중 임의의 표준 기법에 의해 비-복합체화된 성분으로부터 분리된다: 분별 원심분리, 크로마토그래피, 전기영동 및 면역침전. 분별 원심분리에서, 마커/프로브 복합체들은 그들의 상이한 크기 및 밀도에 기초한 복합체의 상이한 침강 평형으로 인해 일련의 원심분리 단계들을 통해 비-복합체화된 분석 성분으로부터 분리될 수 있다(예를 들면, 문헌(Rivas and Minton (1993) Trends Biochem. Sci. 18:284) 참조). 표준 크로마토그래피 기법을 이용하여 비-복합체화된 분자로부터 복합체화된 분자를 분리할 수도 있다. 예를 들면, 겔 여과 크로마토그래피는 크기를 기초로 분자들을 분리하고, 예를 들면, 상대적으로 더 큰 복합체는 컬럼 포맷에서 적절한 겔 여과 수지의 사용을 통해 상대적으로 더 작은 비-복합체화된 성분으로부터 분리될 수 있다. 유사하게, 비-복합체화된 성분에 비해 마커/프로브 복합체의 상대적으로 상이한 전하 성질이 예를 들면, 이온-교환 크로마토그래피 수지의 사용을 통해 복합체를 비-복합체화된 성분으로부터 구별하는 데에 이용될 수 있다. 이러한 수지 및 크로마토그래피 기법은 당업자에게 잘 공지되어 있다(예를 들면, 문헌(Heegaard (1998) J. Mol. Recognit. 11:141); 및 문헌(Hage and Tweed (1997) J. Chromatogr. B. Biomed. Sci. Appl. 12:499) 참조). 겔 전기영동도 비-결합된 성분으로부터 복합체화된 분석 성분을 분리하는 데에 이용될 수 있다(예를 들면, 문헌(Ausubel et al., ed., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York, 1987-1999) 참조). 이 기법에서, 단백질 또는 핵산 복합체는 예를 들면, 크기 또는 전하를 기초로 분리된다. 전기영동 과정 동안 결합 상호작용을 유지하기 위해, 환원제의 부재 하에서 비-변성 겔 매트릭스 물질 및 조건이 전형적으로 바람직하다. 특정 분석 및 이의 성분들에 적합한 조건은 당업자에게 잘 공지되어 있을 것이다.
특정 예시적인 실시양태에서, 마커에 상응하는 mRNA의 수준은 당분야에서 공지되어 있는 방법을 이용함으로써 생물학적 샘플에서 제자리 및/또는 시험관내 포맷으로 측정될 수 있다. 많은 발현 검출 방법들이 단리된 RNA를 사용한다. 시험관내 방법에서, mRNA의 단리에 대해 선택하지 않는 임의의 RNA 단리 기법이 혈액 세포로부터 RNA를 정제하는 데에 이용될 수 있다(예를 들면, 문헌(Ausubel et al., ed., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York 1987-1999) 참조). 추가로, 많은 수의 세포들 및/또는 샘플들이 당업자에게 잘 공지되어 있는 기법, 예를 들면, 미국 특허 제4,843,155호(Chomczynski, 1989)의 단일 단계 RNA 단리 과정을 이용함으로써 용이하게 프로세싱될 수 있다.
단리된 RNA는 서던 또는 노던 분석, 중합효소 연쇄 반응 분석 및 프로브 어레이를 포함하나 이들로 한정되지 않는 혼성화 또는 증폭 분석에서 사용될 수 있다. 특정 예시적인 실시양태에서, mRNA 수준을 검출하는 진단 방법은 단리된 mRNA를 검출될 유전자에 의해 코딩된 mRNA에 혼성화할 수 있는 핵산 분자(프로브)와 접촉시키는 단계를 포함한다. 핵산 프로브는 예를 들면, 전체 길이 cDNA 또는 이의 부분, 예컨대, 본 발명의 마커를 코딩하는 mRNA 또는 게놈 DNA에 엄격한 조건 하에서 특이적으로 혼성화하기에 충분한 7개, 15개, 30개, 50개, 100개, 250개 또는 500개 이상의 뉴클레오티드 길이를 갖는 올리고뉴클레오티드일 수 있다. 본 발명의 진단 분석에서 사용되기에 적합한 다른 프로브는 본원에 기재되어 있다. mRNA와 프로브의 혼성화는 해당 마커가 발현되고 있다는 것을 표시한다.
한 포맷에서, mRNA는 예를 들면, 단리된 mRNA를 아가로스 겔 상에서 런닝시키고 mRNA를 상기 겔로부터 막, 예컨대, 니트로셀룰로스로 전달함으로써 고체 표면 상에 고정되고 프로브와 접촉된다. 대안적 포맷에서, 프로브(들)는 고체 표면 상에 고정되고, mRNA는 예를 들면, 유전자 칩 어레이에서 프로브(들)와 접촉한다. 당업자는 본 발명의 마커에 의해 코딩된 mRNA의 수준을 검출하는 데에 이용될 공지된 mRNA 검출 방법을 용이하게 채택할 수 있다.
샘플에서 본 발명의 마커에 상응하는 mRNA의 수준을 측정하는 대안적 방법은 예를 들면, RT-PCR(미국 특허 제4,683,195호 및 제4,683,202호에 기재된 실험 실시양태), COLD-PCR(Li et al. (2008) Nat. Med. 14:579), 연결효소 연쇄 반응(Barany, 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88: 189), 자가-지속된 서열 복제(Guatelli et al., 1990, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87: 1874), 전사 증폭 시스템(Kwoh et al. (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 1173), Q-베타 복제효소(Lizardi et al. (1988) Bio/Technology 6: 1197), 롤링 서클 복제(미국 특허 제5,854,033호) 또는 임의의 다른 핵산 증폭 방법에 의한 핵산 증폭 과정에 이어서, 당업자에게 잘 공지된 기법을 이용한 증폭된 분자의 검출 과정을 포함한다. 이들 검출 과정은 핵산 분자가 매우 낮은 수로 존재하는 경우 이러한 핵산 분자의 검출에 특히 유용하다. 본원에서 사용될 때, 증폭 프라이머는 유전자의 5' 또는 3' 영역(각각 플러스 가닥 및 마이너스 가닥, 또는 역으로 각각 마이너스 가닥 및 플러스 가닥)에 어닐링할 수 있고 이들 사이의 짧은 영역을 함유할 수 있는 한 쌍의 핵산 분자로서 정의된다. 일반적으로, 증폭 프라이머들은 약 10개 내지 30개 뉴클레오티드 길이를 갖고, 약 50개 내지 200개 뉴클레오티드 길이를 갖는 영역을 플랭킹한다. 적절한 조건 하에서 적절한 시약을 사용할 때, 이러한 프라이머들은 이들 프라이머들에 의해 플랭킹된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산 분자의 증폭을 허용한다.
제자리 방법을 위해, mRNA는 검출 전에 샘플(예를 들면, 체액(예를 들면, 혈액 세포))로부터 단리될 필요가 없다. 이러한 방법에서, 세포 또는 조직 샘플은 공지된 조직학적 방법을 이용함으로써 제조/가공된다. 그 다음, 샘플은 지지체, 전형적으로 유리 슬라이드 상에 고정된 후, 마커를 코딩하는 mRNA에 혼성화할 수 있는 프로브와 접촉된다.
마커의 절대적인 발현 수준에 기초한 측정에 대한 대안으로서, 마커의 표준화된 발현 수준에 기초한 측정이 가능할 수 있다. 발현 수준은 마커의 발현을 마커가 아닌 유전자, 예를 들면, 항시적으로 발현되는 하우스킵핑 유전자의 발현과 비교하여 마커의 절대적인 발현 수준을 보정함으로써 표준화된다. 표준화에 적합한 유전자는 하우스킵핑 유전자, 예컨대, 액틴 유전자 또는 상피세포 특이적 유전자를 포함한다. 이 표준화는 한 공급원으로부터의 환자 샘플 중의 발현 수준을 또 다른 공급원으로부터의 환자 샘플과 비교할 수 있게, 예를 들면, 개체로부터의 조합 샘플을 개체로부터의 =2n 식세포 또는 비-식세포 혈액 세포와 비교할 수 있게 한다.
본 발명의 한 실시양태에서, 마커에 상응하는 단백질 또는 폴리펩티드가 검출된다. 특정 실시양태에서, 단백질 또는 폴리펩티드를 검출하는 시약은 폴리펩티드에 결합할 수 있는 항체, 예컨대, 검출가능한 표지를 갖는 항체일 수 있다. 본원에서 프로브 또는 항체에 대해 사용될 때, 용어 "표지된"은 검출가능한 물질과 프로브 또는 항체의 커플링(즉, 물리적 연결)에 의한 프로브 또는 항체의 직접적인 라벨링뿐만 아니라, 직접적으로 표지된 또 다른 시약과의 반응성에 의한 프로브 또는 항체의 간접적인 라벨링도 포괄하기 위한 것이다. 간접적인 라벨링의 예로는 형광 표지된 이차 항체를 사용하여 일차 항체를 검출하는 것, 및 DNA 프로브가 형광 표지된 스트렙타비딘으로 검출될 수 있도록 상기 DNA 프로브를 바이오틴으로 말단-라벨링하는 것이 있다. 항체는 다중클론 또는 단일클론 항체일 수 있다. 온전한 항체 또는 이의 단편(예를 들면, Fab 또는 F(ab')2)이 사용될 수 있다. 한 포맷에서, 항체 또는 항체 단편은 발현된 단백질을 검출하는 방법, 예컨대, 웨스턴 블롯 또는 면역형광 기법에서 사용될 수 있다. 이러한 용도에서, 항체 또는 단백질을 고체 지지체 상에 고정시키는 것이 일반적으로 바람직할 수 있다. 적합한 고체상 지지체 또는 담체는 항원 또는 항체에 결합할 수 있는 임의의 지지체를 포함한다. 잘 공지된 지지체 또는 담체는 유리, 폴리스티렌, 폴리프로필렌, 폴리에틸렌, 덱스트란, 나일론, 아밀라제, 천연 셀룰로스 및 변경된 셀룰로스, 폴리아크릴아미드, 반려암, 자철석 등을 포함한다.
다양한 포맷들을 이용하여 샘플이 주어진 항체에 결합하는 단백질을 함유하는지를 확인할 수 있다. 이러한 포맷의 예로는 경쟁 및 비-경쟁 면역분석, 효소 면역분석(EIA), 방사면역분석(RIA), 항원 포획 분석, 2-항체 샌드위치 분석, 웨스턴 블롯 분석, 효소-연결된 면역흡착 분석(ELISA), 평면 분석, 비색 분석, 화학발광 분석, 형광 분석 등이 있으나 이들로 한정되지 않는다. 방사면역분석 및 효소-연결된 면역분석을 포함하는 면역분석은 본 발명의 방법에 유용하다. 당업자는 세포(예를 들면, 체액 세포, 예컨대, 혈액 세포)가 본 발명의 마커를 발현하는지를 확인하는 데에 사용될 공지된 단백질/항체 검출 방법을 용이하게 채택할 수 있다.
당업자는 결합 항체 또는 항원에 대한 많은 다른 적합한 담체들을 알고 있을 것이고, 본 발명과 함께 사용될 이러한 지지체를 채택할 수 있을 것이다. 예를 들면, 세포(예를 들면, 체액 세포, 예컨대, 혈액 세포)로부터 단리된 단백질은 폴리아크릴아미드 겔 전기영동 상에서 런닝될 수 있고 고체상 지지체, 예컨대, 니트로셀룰로스 상에 고정될 수 있다. 그 다음, 지지체는 적절한 완충제로 세척된 후, 검출가능한 표지된 항체로 처리될 수 있다. 그 다음, 고체상 지지체는 결합되지 않은 항체를 제거하기 위해 완충제로 다시 한번 세척될 수 있다. 그 다음, 고체 지지체 상의 결합된 표지의 양은 통상적인 수단에 의해 검출될 수 있다.
특정 예시적인 실시양태에서, 질환을 진단하거나, 예후하거나 질환을 발생시킬 위험을 평가하는 분석, 치료의 효능을 평가하는 분석, 질환의 진행 또는 퇴행을 모니터링하는 분석, 및 질환을 호전시킬 수 있거나 치료할 수 있는 화합물을 확인하는 분석이 제공된다. 이들 방법들에 대한 예시적인 방법은 시험 대상체로터 체액 샘플을 수득하는 단계; 및 마커의 존재가 생물학적 샘플에서 검출되도록 상기 체액 샘플을, 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커, 예를 들면, 마커 핵산(예를 들면, mRNA, 게놈 DNA), 마커 펩티드(예를 들면, 폴리펩티드 또는 단백질), 마커 지질(예를 들면, 콜레스테롤), 또는 마커 대사물질(예를 들면, 크레아티닌)을 검출할 수 있는 화합물 또는 물질과 접촉시키는 단계를 포함한다. 한 실시양태에서, 마커 mRNA 또는 게놈 DNA를 검출하는 물질은 마커 mRNA 또는 게놈 DNA에 혼성화할 수 있는 표지된 핵산 프로브이다. 핵산 프로브는 예를 들면, 전체 길이 마커 핵산 또는 이의 부분일 수 있다. 본 발명의 진단 분석에서 사용될 다른 적합한 프로브는 본원에 기재되어 있다.
본원에서 사용될 때, 질환 또는 병태를 호전시킬 수 있거나 치료할 수 있는 화합물은 증상 또는 예후를 개선할 수 있거나, 질환 또는 병태의 진행을 예방할 수 있거나, 질환 또는 병태의 퇴행을 촉진할 수 있거나, 질환 또는 병태를 제거할 수 있는 임의의 물질을 포함할 수 있으나 이들로 한정되지 않는다.
본 발명의 방법은 마커 유전자에서의 유전적 변경을 검출하여, 변경된 유전자가 암 및/또는 감염성 물질과 관련된 질환 및/또는 장애, 및/또는 마커 단백질 활성 또는 핵산 발현의 잘못된 조절을 특징으로 하는 본원에 기재된 하나 이상의 다른 장애, 예컨대, 암을 발생시킬 위험에 있는지를 확인하는 데에 이용될 수도 있다. 특정 실시양태에서, 상기 방법은 대상체로부터의 세포 무함유 체액 샘플에서 마커 펩티드를 코딩하는 유전자 및/또는 마커 유전자의 통합성에 영향을 미치는 변경을 특징으로 하는 유전자 변경의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 포함한다. 예를 들면, 이러한 유전적 변경은 하기 1) 내지 10) 중 하나 이상의 존재를 확인함으로써 검출될 수 있다: 1) 하나 이상의 마커 유전자로부터의 하나 이상의 뉴클레오티드의 결실; 2) 하나 이상의 마커 유전자에의 하나 이상의 뉴클레오티드의 추가; 3) 하나 이상의 마커 유전자의 하나 이상의 뉴클레오티드의 치환; 4) 하나 이상의 마커 유전자의 염색체 재배열; 5) 하나 이상의 마커 유전자의 메신저 RNA 전사체의 수준에서의 변경; 6) 하나 이상의 마커 유전자, 예컨대, 게놈 DNA의 메틸화 패턴의 비정상적 변경; 7) 하나 이상의 마커 유전자의 메신저 RNA 전사체의 비-야생형 스플라이싱 패턴의 존재; 8) 하나 이상의 마커 단백질의 비-야생형 수준; 9) 하나 이상의 마커 유전자의 대립형질 상실; 및 10) 하나 이상의 마커 단백질의 부적절한 번역 후 변경. 본원에 기재된 바와 같이, 하나 이상의 마커 유전자에서의 변경을 검출하는 데에 사용될 수 있는 다수의 분석이 당분야에서 공지되어 있다.
특정 실시양태에서, 변경의 검출은 중합효소 연쇄 반응(PCR)(예를 들면, 미국 특허 제4,683,195호, 제4,683,202호 및 제5,854,033호 참조), 예컨대, 실시간 PCR, COLD-PCR(Li et al. (2008) Nat. Med. 14:579), 앵커 PCR, 반복 PCR 또는 RACE PCR, 또는 대안적으로 연결 연쇄 반응(LCR)(예를 들면, 문헌(Landegran et al. (1988) Science 241:1077); 문헌(Prodromou and Pearl (1992) Protein Eng. 5:827); 및 문헌(Nakazawa et al. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:360) 참조)에서 프로브/프라이머의 사용을 수반하는데, 이들 중 후자는 마커 유전자의 점 돌연변이를 검출하는 데에 특히 유용할 수 있다(문헌(Abravaya et al. (1995) Nucleic Acids Res. 23:675) 참조). 이 방법은 대상체로부터 세포 무함유 체액 샘플을 채취하는 단계, 상기 샘플로부터 핵산(예를 들면, 게놈, mRNA 또는 이들 둘다)을 단리하는 단계, 마커 유전자(존재하는 경우)의 혼성화 및 증폭이 일어나는 조건 하에서 핵산 샘플을 마커 유전자에 특이적으로 혼성화하는 하나 이상의 프라이머와 접촉시키는 단계, 및 증폭 생성물의 존재 또는 부재를 검출하거나, 증폭 생성물의 크기를 검출하고 길이를 대조군 샘플과 비교하는 단계를 포함할 수 있다. PCR 및/또는 LCR이 본원에 기재된 돌연변이를 검출하는 데에 이용된 기법들 중 임의의 기법과 함께 예비적인 증폭 단계로서 사용하는 것이 바람직할 수 있을 것으로 예상된다.
대안적 증폭은 자가-지속된 서열 복제(Guatelli et al., (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:1874), 전사 증폭 시스템(Kwoh et al., (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:1173), Q 베타 복제효소(Lizardi et al. (1988) Bio-Technology 6:1197), 또는 임의의 다른 핵산 증폭 방법에 이어서, 당업자에게 잘 공지된 기법을 이용한 증폭된 분자의 검출을 포함한다. 이들 검출 방법은 핵산 분자가 매우 낮은 수로 존재하는 경우 이러한 핵산 분자의 검출에 특히 유용하다.
대안적 실시양태에서, 샘플로부터의 하나 이상의 마커 유전자에서의 돌연변이는 제한효소 절단 패턴에서의 변경에 의해 확인될 수 있다. 예를 들면, 샘플 및 대조군 DNA가 단리되고, 임의적으로 증폭되고, 하나 이상의 제한 엔도뉴클레아제로 분해되고, 단편 길이 크기가 겔 전기영동에 의해 확인되고 비교된다. 샘플과 대조군 DNA 사이의 단편 길이 크기의 차이는 샘플 DNA에서의 돌연변이를 표시한다. 더욱이, 서열 특이적 리보자임(예를 들면, 미국 특허 제5,498,531호 참조)의 사용은 리보자임 절단 부위의 발생 또는 상실로 특정 돌연변이의 존재에 대해 점수화하는 데에 사용될 수 있다.
다른 실시양태에서, 본원에 기재된 마커들 중 하나 이상의 마커에서의 유전적 돌연변이는 샘플 및 대조군 핵산, 예를 들면, DNA 또는 RNA를, 수백 개 또는 수천 개의 올리고뉴클레오티드 프로브들을 함유하는 고밀도 어레이에 혼성화시킴으로써 확인될 수 있다(Cronin et al. (1996) Human Mutation 7:244; Kozal et al. (1996) Nature Medicine 2:753). 예를 들면, 마커 핵산에서의 유전적 돌연변이는 상기 문헌(Cronin, M. T. et al.)에 기재된 바와 같이 경쇄-발생된 DNA 프로브를 함유하는 2차원적 어레이에서 확인될 수 있다. 요약하건대, 프로브의 제1 혼성화 어레이는 샘플 및 대조군에서 긴 DNA 스트레치를 통해 스캐닝하여 순차적 중첩 프로브들의 선형 어레이를 제조함으로써 서열들 사이의 염기 변화를 확인하는 데에 이용될 수 있다. 이 단계는 점 돌연변이의 확인을 가능하게 한다. 이 단계에 이어서, 검출되는 모든 변이체들 또는 돌연변이들에 상보적인 보다 작은 전문화된 프로브 어레이를 사용함으로써 특정 돌연변이의 특징규명을 가능하게 하는 제2 혼성화 어레이가 사용된다. 각각의 돌연변이 어레이는 야생형 유전자에 상보적인 병렬 프로브 세트 및 돌연변이체 유전자에 상보적인 병렬 프로브 세트로 구성된다.
또 다른 실시양태에서, 당분야에서 공지된 다양한 서열결정 반응들 중 임의의 서열결정 반응을 이용하여 마커 유전자의 서열을 직접적으로 결정하고 샘플 마커 유전자의 서열을 상응하는 야생형(대조군) 서열과 비교함으로써 돌연변이를 검출할 수 있다. 서열결정 반응의 예로는 맥삼 및 길버트(Maxam and Gilbert)(Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74:560) 또는 생거(Sanger)((1977) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74:5463)에 의해 개발된 기법에 기초한 서열결정 반응이 있다. 질량 분광측정에 의한 서열결정(예를 들면, PCT 국제 공보 제WO 94/16101호; 문헌(Cohen et al. (1996) Adv. Chromatogr. 36:127-162); 및 문헌(Griffm et al. (1993) Appl. Biochem. Biotechnol. 38:147) 참조)을 비롯한 진단 분석((1995) Biotechniques 19:448)을 수행할 때 다양한 자동화된 서열결정 절차들 중 임의의 서열결정 절차가 이용될 수 있다는 것도 고려된다.
마커 유전자에서 돌연변이를 검출하는 다른 방법은 절단제로부터의 보호를 이용하여 RNA/RNA 또는 RNA/DNA 이종이중체에서 불일치된 염기를 검출하는 방법을 포함한다(Myers et al. (1985) Science 230:1242). 일반적으로, "불일치 절단"의 기법은 야생형 마커 서열을 함유하는 (표지된) RNA 또는 DNA를 조직 샘플로부터 수득된 잠재적 돌연변이 RNA 또는 DNA와 혼성화함으로써 형성된 이종이중체를 제공함으로써 시작된다. 이중 가닥 이중체는 이중체의 단일 가닥 영역, 예컨대, 대조군 가닥과 샘플 가닥 사이의 염기쌍 불일치로 인해 존재할 단일 가닥 영역을 절단하는 물질로 처리된다. 예를 들면, RNA/DNA 이중체를 RNase로 처리하고 DNA/DNA 혼성체를 S1 뉴클레아제로 처리하여 불일치된 영역을 효소적으로 분해할 수 있다. 다른 실시양태에서, DNA/DNA 또는 RNA/DNA 이중체를 하이드록실아민 또는 오스뮴 테트라옥사이드 및 피페리딘으로 처리하여 불일치된 영역을 분해할 수 있다. 불일치된 영역의 분해 후, 발생된 물질을 변성 폴리아크릴아미드 겔 상에서 크기에 따라 분리하여 돌연변이의 부위를 결정한다. 예를 들면, 문헌(Cotton et al. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:4397); 및 문헌(Saleeba et al. (1992) Methods Enzymol. 217:286)을 참조한다. 한 실시양태에서, 대조군 DNA 또는 RNA는 검출을 위해 표지될 수 있다.
또 다른 실시양태에서, 불일치 절단 반응은 세포의 샘플로부터 수득된 마커 cDNA에서 점 돌연변이를 검출하고 맵핑하기 위한 정의된 시스템에서 이중 가닥 DNA 중의 불일치된 염기쌍을 인식하는 하나 이상의 단백질(소위 "DNA 불일치 복구" 효소)을 사용한다. 예를 들면, 이. 콜라이의 mutY 효소는 G/A 불일치에서 A를 절단하고, HeLa 세포로부터의 티미딘 DNA 글리코실라제는 G/T 불일치에서 T를 절단한다(Hsu et al. (1994) Carcinogenesis 15:1657). 예시적인 실시양태에 따르면, 마커 서열, 예를 들면, 야생형 마커 서열에 기초한 프로브는 시험 세포(들)로부터의 cDNA 또는 또 다른 DNA 생성물에 혼성화된다. 이중체는 DNA 불일치 복구 효소로 처리되고, 존재하는 경우 절단 생성물은 전기영동 프로토콜 등으로부터 검출될 수 있다. 예를 들면, 미국 특허 제5,459,039호를 참조한다.
다른 실시양태에서, 전기영동 이동성의 변경이 마커 유전자에서 돌연변이를 확인하는 데에 이용될 것이다. 예를 들면, 단일 가닥 입체구조 다형성(SSCP)은 돌연변이체 핵산과 야생형 핵산 사이에 전기영동 이동성의 차이를 검출하는 데에 이용될 수 있다(문헌(Orita et al. (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:2766); 문헌(Cotton (1993) Mutat. Res. 285:125); 및 문헌(Hayashi (1992) Genet. Anal. Tech. Appl. 9:73) 참조). 샘플 및 대조군 마커 핵산의 단일 가닥 DNA 단편은 변성되고 재생될 것이다. 단일 가닥 핵산의 이차 구조는 서열에 따라 달라지고, 발생된 전기영동 이동성의 변경은 심지어 단일 염기 변화의 검출을 가능하게 한다. DNA 단편은 표지된 프로브로 표지될 수 있거나 검출될 수 있다. 분석의 민감성은 (DNA 보다는 오히려) RNA를 사용함으로써 향상될 수 있고, 이때 이차 구조는 서열의 변화에 더 민감하다. 한 실시양태에서, 본 방법은 이종이중체 분석을 이용하여 전기영동 이동성의 변화를 기초로 이중 가닥 이종이중체 분자를 분리한다(Keen et al. (1991) Trends Genet. 7:5).
또 다른 실시양태에서, 변성제의 구배를 함유하는 폴리아크릴아미드 겔에서 돌연변이체 또는 야생형 단편의 이동을 변성 구배 겔 전기영동(DGGE)(Myers et al. (1985) Nature 313:495)을 이용하여 분석한다. DGGE가 분석의 방법으로서 이용될 때, 예를 들면, 고용융 GC-풍부 DNA의 대략 40 bp의 GC 클램프를 PCR로 첨가함으로써 DNA가 완전히 변성되지 않도록 DNA를 변경시킬 것이다. 추가 실시양태에서, 온도 구배를 변성 구배 대신에 이용하여 대조군 및 샘플 DNA의 이동성의 차이를 확인한다(Rosenbaum and Reissner (1987) Biophys. Chem. 265:12753).
점 돌연변이를 검출하는 다른 기법의 예로는 선택적 올리고뉴클레오티드 혼성화, 선택적 증폭 또는 선택적 프라이머 연장이 있으나 이들로 한정되지 않는다. 예를 들면, 공지된 돌연변이가 중심에 배치된 후 완전한 일치가 발견되는 경우에만 혼성화를 허용하는 조건 하에서 표적 DNA에 혼성화하는 올리고뉴클레오티드 프라이머를 제조할 수 있다(Saiki et al. (1986) Nature 324:163; Saiki et al. (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:6230). 이러한 대립형질 특이적 올리고뉴클레오티드는 이 올리고뉴클레오티드가 혼성화 막에 부착되고 표지된 표적 DNA와 혼성화될 때 PCR 증폭된 표적 DNA 또는 다수의 상이한 돌연변이에 혼성화된다.
대안적으로, 선택적 PCR 증폭에 의존하는 대립형질 특이적 증폭 기술이 본 발명과 함께 이용될 수 있다. 특이적 증폭을 위한 프라이머로서 사용되는 올리고뉴클레오티드는 (증폭이 차등 혼성화에 의존하도록) 분자의 중심(Gibbs et al. (1989) Nucl. Acids Res. 17:2437) 또는 한 프라이머의 가장 먼 3' 말단에서 관심있는 돌연변이를 보유할 수 있고, 이때 적절한 조건 하에서 불일치는 중합효소 연장을 방해할 수 있거나 감소시킬 수 있다(Prossner (1993) Tibtech 11:238). 또한, 신규 제한 부위를 돌연변이의 영역에 도입하여 절단-기초 검출을 생성하는 것이 바람직할 수 있다(Gasparini et al. (1992) Mol. Cell Probes 6:1). 특정 실시양태에서, 증폭을 위한 Taq 연결효소(Barany (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:189)를 사용하여 증폭을 수행할 수도 있을 것으로 예상된다. 이러한 경우, 연결은 5' 서열의 3' 말단에 완벽한 일치가 존재하는 경우에만 일어날 것이고, 이로써 증폭의 존재 또는 부재를 확인하여 특정 부위에서 공지된 돌연변이의 존재를 검출하는 것이 가능하다.
일부 실시양태에서, 본 발명은 하기 단계들을 포함하는, 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커를 확인하는 방법을 제공한다: a) 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체로부터의 세포 무함유 체액 및 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체로부터의 식세포 집단 또는 >2n 식세포 집단을 포함하는 샘플로부터의 분석물의 제1 프로파일을 결정하는 단계; 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체로부터의 =2n 식세포 집단 또는 비-식세포 집단으로부터의 분석물의 제2 프로파일을 결정하는 단계; 및 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이의 세트를 확인하는 단계로서, 이때 차이의 제1 세트가 제2 프로파일에 비해 상대적으로 제1 프로파일에 대해 특이적인 것인 단계; b) 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체로부터의 세포 무함유 체액 및 상기 질환 또는 병태를 갖지 않는 대조군 대상체로부터의 식세포 집단 또는 >2n 식세포 집단을 포함하는 샘플로부터의 분석물의 제3 프로파일을 결정하는 단계; 상기 질환 또는 병태를 갖지 않는 대조군 대상체로부터의 =2n 식세포 집단 또는 비-식세포 집단으로부터의 분석물의 제4 프로파일을 결정하는 단계; 및 제3 프로파일과 제4 프로파일 사이의 차이의 세트를 확인하는 단계로서, 이때 차이의 제2 세트가 제4 프로파일에 비해 상대적으로 제3 프로파일에 대해 특이적인 것인 단계; 및 c) b)에서 확인된 차이의 세트에 비해 상대적으로 a)에서 확인된 차이의 세트에 대해 특이적인 하나 이상의 분석물을 확인하는 단계로서, 이때 c)에서 확인된 분석물이 상기 질환 또는 병태의 마커인 단계. 일부 실시양태에서, 본 발명은 하기 단계들을 포함하는, 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커를 확인하는 방법을 제공한다: a) 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체로부터의 세포 무함유 체액 및 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체로부터의 식세포 집단 또는 >2n 식세포 집단을 포함하는 샘플로부터의 분석물의 제1 프로파일을 결정하는 단계; b) 제1 프로파일을 상기 질환 또는 병태를 갖지 않는 대조군 대상체로부터의 분석물의 저장소로부터 유래된 제2 프로파일과 비교하는 단계; c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이의 세트를 확인하는 단계로서, 이때 차이의 세트가 제2 프로파일에 비해 상대적으로 제1 프로파일에 대해 특이적인 것인 단계; 및 d) 차이의 세트에 대해 특이적인 하나 이상의 분석물을 확인하는 단계로서, 이때 확인된 분석물이 상기 질환 또는 병태의 마커인 단계. 추가 실시양태에서, 상기 방법은 하기 단계들을 추가로 포함한다: e) 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체에서 상기 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포 또는 조직으로부터의 분석물의 제5 프로파일을 수득하는 단계; 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체에서 상기 질환 또는 병태에 의해 영향받지 않은 세포 또는 조직으로부터의 분석물의 제6 프로파일을 수득하는 단계; 제5 프로파일과 제6 프로파일 사이의 차이의 세트를 확인하는 단계로서, 이때 차이의 세트가 제6 프로파일에 비해 상대적으로 제5 프로파일에 대해 특이적인 것인 단계; 및 f) d)에서 확인된 차이의 세트에 존재하는 c)의 하나 이상의 마커를 확인하는 단계. 일부 실시양태에서, 본 발명은 질환 또는 병태의 치료에 사용될 수 있는 하나 이상의 마커를 확인하는 방법을 제공한다. 예를 들면, 본 발명의 방법에 의해 확인된 마커(예를 들면, 단백질 또는 유전자)는 치료제에 대한 분자 표적으로서 사용될 수 있다. 본 발명의 방법에 의해 확인되는 마커는 본 발명의 다른 방법들 중 임의의 방법, 예를 들면, 질환 또는 병태의 진행 또는 퇴행을 모니터링하는 데에 사용될 수도 있다. 특정 실시양태에서, 본 발명의 방법에 의해 확인되는 하나 이상의 마커는 치료 잠재력을 가질 수 있다. 예를 들면, 마커가 질환 또는 병태를 갖는 대상체로부터의 순환 병든 세포에서 상향조절되어 있는 것으로서(또는 하향조절되어 있는 것으로서) 확인되는 경우, 상기 마커를 하향조절(상향조절)할 수 있는 화합물 또는 물질이 상기 질환 또는 병태의 치료에 유용할 수 있다. 유사하게, 유전자/단백질/지질/탄수화물 발현 프로파일, 단일 뉴클레오티드 다형성 프로파일, 유전자 돌연변이 프로파일, 유전자 카피수 프로파일, DNA 메틸화 프로파일, DNA 아세틸화 프로파일, 염색체량 프로파일, 유전자 발현 프로파일 또는 이들의 조합이 이들 실시양태들에서 유용할 수 있다.
생물학적 샘플에서 본 발명의 마커에 사용하는 분석물(예를 들면, DNA, RNA, 단백질, 폴리펩티드, 탄수화물, 지질 등)의 존재 또는 부재를 검출하는 예시적인 방법은 시험 대상체로부터 체액 샘플(예를 들면, 혈액)을 수득하는 단계 및 상기 체액 샘플을 하나 이상의 마커를 검출할 수 있는 화합물 또는 물질과 접촉시키는 단계를 포함한다. 본원에 기재된 검출 방법은 시험관내 생물학적 샘플뿐만 아니라 생체내 생물학적 샘플에서도 하나 이상의 마커를 검출하는 데에 이용될 수 있다. 예를 들면, mRNA의 검출을 위한 시험관내 기법은 노던 혼성화 및 제자리 혼성화를 포함한다. 본 발명의 마커에 상응하는 폴리펩티드의 검출을 위한 시험관내 기법은 효소-연결된 면역흡착 분석(ELISA), 웨스턴 블롯, 면역침전 및 면역형광을 포함한다. 게놈 DNA의 검출을 위한 시험관내 기법은 서던 혼성화를 포함한다. 나아가, 본 발명의 마커에 상응하는 폴리펩티드의 검출을 위한 생체내 기법은 상기 폴리펩티드에 대해 유도된 표지된 항체를 대상체 내로 도입하는 것을 포함한다. 예를 들면, 상기 항체는 방사성 마커로 표지될 수 있고, 이때 대상체에서의 상기 마커의 존재 및 위치는 표준 영상화 기법에 의해 검출될 수 있다. 각각의 마커가 분석물이기도 하기 때문에, 마커의 존재 또는 부재를 검출하는 본원에 기재된 임의의 방법이 분석물의 존재 또는 부재를 검출하는 데에도 이용될 수 있다.
본 발명의 방법에서 유용한 마커는 상기 확인된 마커들 중 어느 한 마커 내에 임의의 돌연변이를 포함할 수 있다. 돌연변이 부위 및 서열은 예를 들면, 이러한 정보의 데이터베이스 또는 저장소, 예를 들면, 인간 유전자 돌연변이 데이터베이스(The Human Gene Mutation Database)(www.hgmd.cf.ac.uk), 단일 뉴클레오티드 다형성 데이터베이스(Single Nucleotide Polymorphism Database)(dbSNP, www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP) 및 온라인 인간 멘델 유전(Online Mendelian Interitance in Man)(OMIM) 웹사이트(www.ncbi.nlm.nih.gov/omim)에 의해 확인될 수 있다.
본 발명의 방법에서 유용한 마커는 질환 또는 병태와 관련되어 있는 것으로 공지되어 있는 임의의 마커를 포함할 수 있다. 본 발명에서 사용될 수 있는 마커는 특정 질환 또는 병태와 관련되어 있는 것으로서 잘 특징규명되어 있는 임의의 마커, 또는 본 발명의 방법에 의해 확인되어 있는 임의의 마커일 수 있다.
일부 실시양태에서, 마커는 AKT2, BAK1, EGFR, ERBB2, ETS2, FOS, JUN, MAP2K1, MMP2, PDGFB, RB1, SERPINB2, SNCG 및 SPP1로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 마커는 AKT1, AKT2, BAK2, CDC25A, E2F1, EGFR, ERBB2, FOS, JUN, MAP2K1, MMP2, NFKB1, PDGFB, PIK3R1, PNN, RB1, SERPINB2, SERPINB5, SNCG, SPP1, TERT, TIMP3 및 TP53으로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 마커는 CASP8, CASP9, COL18A1, ETS2, HTATIP2, MMP9, SRC 및 TWIST1로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 마커는 AKT1, APAF1, ATM, CDC25A, CDKN1A, ETS2, FOS, IL8, ITGA4, ITGA6, ITGAV, JUN, MAP2K1, NFKBIA, PLAU, PLAUR, RAF1, SERPINB2, SYK, TIMP1, TNF, TNFRSF10B 및 TNFRSF1A로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 마커는 ACP2, AK2, AKT3, ARL5B, ATP2B3, BGN, BRAF, BTG2, CAMKK2, CAPG, CAPN12, CPLX2, DENND5A, DNA2, FAM104A, FNIP1, GFRA4, GLUD1, GNAQ, GP1BB, HNRPLL, HOXA2, HPS3, INPP4A, ITGAV, KLHL23, LANCL2, LYPD6, MAPKAPK3, MEF2A(EG:4205를 포함함), MEF2C, NVL, PCYT1A, PGLYRP4, PLOD1, PPP1CB, PRKAB2, PROS1, PTPRE, RASA4(EG:10156을 포함함), RBMS2, RBPJ, STAT5B, THBS1, TRIB1, TRIM2, TSPAN6 및 ZDHHC21로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 마커는 B4GALT5, BOP1, CCL2, CCL3, CCL3L1, CCRL2, CD83, CLEC4G, CLIC4, CTSC, CTSO, CXCL10, FCGR3A, FPR3, HBA1, HBB, LRMP, MAP1LC3B2, MS4A4A, MSR1, MYADML, NID1, PF4, PION, RNF217, SAMD9L, SERPING1 및 SPARC로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 마커는 ACOT9, AMPD2, ARHGAP15, BATF2, C3AR1, C5orf41, CCL3, CCL3L1, CD63, CHST11, CHSY1, CLEC4G, CTSZ, CXorf21, CYTH4, CYTIP, DLEU2, DNAJA1, DOCK8, DTX3L, DUSP6, EPSTI1, ERF, F2RL1, FYB, GABRB2, GBP5, GLRX, GNB4, ICAM1, IFI35, IFIH1, IFNAR2, IL1R1, IRF1, ITGA5, LAP3, LAPTM5, LCP2, MAP1LC3B, MAP1LC3B2, MICAL2, MT1DP, MT1JP, MT1M, MT2A, MYADML, NEK6, NINJ2, NNMT, NT5C3L, NUB1, PDE4B, PLOD1, PML, PRKCB, PSMB9, RCN3, RGS4, RNASE6, RTP4, SAMD9L, SEL1L, SERPING1, SETX, SIGLEC10, SKIL, SLC7A7, SNORA21, SP100, SP110, SP140, SSFA2, STAT2, STK17B, STK3, TDRD7, TMCC1, TMPRSS11E2, TNFRSF1B, TPM1, TRIM21, TXNDC4, UBE2L6, UBE2W, USP18, VAV1, WARS, WIPF1 및 WIPI1로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 마커는 ADAR, ADM, ALAS1, ANKRD22, ARHGAP27, B3GNT5, BCL10, C12orf35, C15orf29, C2orf59, CD177, CEACAM1, CPEB2, DDX58, F2RL1, GDPD3, GNAI3, HIST2H3A, HIST2H3D, HIST2H4A, HMGCR, HSPA6, HSPC159, IL4R, IMPA2, KPNB1, KREMEN1, KRT23, LDLR, LOC100130904, LTB4R, MAEA, MARK2, MBOAT2, MPZL3, N4BP1, NBEAL2, NMI, NPEPPS, PARP14, PGM2, PPIF, PXN, RALBP1, ROD1, RPS6KA1, S100P, SERTAD2, SLC9A1, SLPI, SP110, SPINT1, ST14, TBC1D3, TNFRSF9, TRIM21, UPP1, VPS24, ZBTB34 및 ZNF256으로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함한다.
일부 실시양태에서, 마커는 ACTN4, BC020163, CMIP, CNN2, EDNRB, GPM6B, KIT, MGC40222, NAMPT, PRAME, RPL18, RPL21, RPS15, TMEM80, TRIB2, TTC3 및 VDAC1로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 생체마커를 포함한다. 한 실시양태에서, 마커는 ACTN4, BC020163, CMIP, CNN2, EDNRB, GPM6B, KIT, MGC40222, NAMPT, PRAME, RPL18, RPL21, RPS15, TMEM80, TRIB2, TTC3 및 VDAC1이다. 이들 마커들은 흑색종의 진단, 예후 또는 모니터링, 또는 다양한 종류의 피부 병변, 예를 들면, 흑색종과 모반 사이의 식별에 유용하다(예를 들면, 문헌(Wachsman et al., "Noninvasive genomic detection of melanoma," Br J Dermatol. 2011 Apr;164(4):797-806) 참조).
일부 실시양태에서, 출생전 또는 임심 관련 질환 또는 병태를 위한 본 발명의 방법에서 유용한 마커는 예를 들면, 하기 특허문헌들에 개시된 마커들을 포함한다: 미국 특허 제7,655,399호, 제7,651,838호, 제6,660,477호, 제6,172,198호, 제5,594,637호, 제5,514,598호, 제6,258,540호, 제6,664,056호, 제7,235,359호 및 제7,645,576호; 미국 특허출원 공보 제20090162842호, 제20090155776호, 제20070207466호, 제20060019278호, 제20040086864호, 제20020045176호, 제20010051341호, 제20020192642호, 제20040009518호, 제20040203037호, 제20050282185호, 제20060252071호, 제20070275402호, 제20080153090호, 제20090170102호, 제20090061425호, 제20020045176호, 제20040137452호, 제20050164241호, 제20060019278호, 제20060252068호, 제20060252071호, 제20060257901호, 제20070141625호, 제20070218469호, 제20070275402호, 제20090155776호, 제20090162842호, 제20090170102호, 제20090317797호, 제20100120056호, 제20100120076호 및 제20100137263호; 및 국제 특허출원 공보 제WO/2006/026020호, 제WO/2002/068685호, 제WO/2005/111626호, 제WO/2009/055487호, 제WO/2009/001392호 및 제WO/2008/014516호.
일부 실시양태에서, 신경 또는 신경정신 질환 또는 병태를 위한 본 발명의 방법에서 유용한 마커는 예를 들면, 하기 특허문헌들에 개시된 마커들을 포함한다: 미국 특허 제7,723,117호 및 제6,867,236호; 미국 특허출원 공보 제20060115854호, 제20060115855호, 제20060166283호, 제20060234301호, 제20060259990호, 제20060259991호, 제20070162983호, 제20070264197호, 제20080026405호, 제20080038730호, 제20080051334호, 제20080152589호, 제20080220013호, 제20080261226호, 제20080269103호, 제20080286263호, 제20090041862호, 제20090239241호, 제20090275046호, 제20090318354호, 제20090324611호, 제20100009352호, 제20100021929호, 제20100028356호, 제20100055722호, 제20100062463호, 제20100075891호, 제20100105623호, 제20100124756호, 제20100159486호, 제20100167937호, 제20100169988호, 제20100167320호, 제20100112587호, 제20100098705호, 제20100068705호, 제20100009356호, 제20090305265호, 제20100124746호, 제20100092983호, 제20070148661호, 제20070141625호, 제20100120050호, 제20090155230호 및 제20090274709호; 및 국제 특허출원 공보 제WO/2004/040016호, 제WO/2004/071269호, 제WO/2005/033341호, 제WO/2005/052592호, 제WO/2005/103712호, 제WO/2005/114222호, 제WO/2006/020269호, 제WO/2006/048778호, 제WO/2006/050475호, 제WO/2006/061609호, 제WO/2006/105907호, 제WO/2006/133423호, 제WO/2006/134390호, 제WO/2007/098585호, 제WO/2007/119179호, 제WO/2008/010660호, 제WO/2008/014314호, 제WO/2008/028257호, 제WO/2008/046509호, 제WO/2008/046510호, 제WO/2008/046511호, 제WO/2008/046512호, 제WO/2008/063369호, 제WO/2008/085035호, 제WO/2008/095261호, 제WO/2008/100596호, 제WO/2008/120684호, 제WO/2008/125651호, 제WO/2008/127317호, 제WO/2008/132464호, 제WO/2009/000520호, 제WO/2009/001392호, 제WO/2009/068591호, 제WO/2009/074331호, 제WO/2009/100131호, 제WO/2010/005750호, 제WO/2010/011506호, 제WO/2010/019553호, 제WO/2010/059242호, 제WO/2010/061283호, 제WO/2010/063009호, 제WO/2010/066000호, 제WO/2009/121152호, 제WO/2009/121951호, 제WO/2009/097450호, 제WO/2009/092382호, 제WO/2009/075579호, 제WO/2009/058168호, 제WO/2009/053523호, 제WO/2009/034470호, 제WO/2009/032722호, 제WO/2009/014639호, 제WO/2009/003142호, 제WO/2010/041046호, 제WO/2007/131345호, 제WO/2008/003826호 및 제WO/2009/07556호.
일부 실시양태에서, 심혈관 질환 또는 병태를 위한 본 발명의 방법에서 유용한 마커는 예를 들면, 하기 특허문헌들에 개시된 마커들을 포함한다: 미국 특허 제7,670,769호, 제7,445,886호, 제7,432,107호, 제7,157,235호 및 제7,009,038호; 미국 특허출원 공보 제20100167320호, 제20100112587호, 제20100098705호, 제20100068705호, 제20100009356호, 제20090305265호, 제20100124746호, 제20100092983호, 제20070148661호, 제20070141625호, 제20100120050호, 제20090155230호 및 제20090274709호; 및 국제 특허출원 공보 제WO/2009/121152호, 제WO/2009/121951호, 제WO/2009/097450호, 제WO/2009/092382호, 제WO/2009/075579호, 제WO/2009/058168호, 제WO/2009/053523호, 제WO/2009/034470호, 제WO/2009/032722호, 제WO/2009/014639호, 제WO/2009/003142호, 제WO/2010/041046호, 제WO/2007/131345호, 제WO/2008/003826호 및 제WO/2009/075566호.
일부 실시양태에서, 신장 관련 질환 또는 병태를 위한 본 발명의 방법에서 유용한 마커는 예를 들면, 하기 특허문헌들에 개시된 마커들을 포함한다: 미국 특허 제7,488,584호, 제7,459,280호, 제7,294,465호 및 제7,662,578호; 미국 특허출원 공보 제20100143951호, 제20100124746호, 제20100120056호, 제20100120041호, 제20100081142호, 제20090155230호 및 제20090239242호; 및 국제 특허출원 공보 제WO/2010/059996호, 제WO/2010/054389호, 제WO/2010/048347호, 제WO/2010/048497호, 제WO/2010/054167호, 제WO/2010/048346호, 제WO/2010/046137호, 제WO/2010/025434호, 제WO/2010/018185호, 제WO/2010/012306호, 제WO/2009/122387호, 제WO/2009/083950호, 제WO/2009/080780호, 제WO/2009/060035호, 제WO/2009/059259호, 제WO/2008/154238호, 제WO/2008/089936호, 제WO/2008/084331호, 제WO/2008/042012호, 제WO/2007/131345호, 제WO/2005/012907호, 제WO/2004/024098호, 제WO/2003/019193호, 제WO/2007/112999호, 제WO/2007/082733호, 제WO/2006/073941호, 제WO/2010/068686호, 제WO/2010/022210호 및 제WO/2009/127644호.
일부 실시양태에서, 자가면역 또는 면역 관련 질환 또는 병태를 위한 본 발명의 방법에서 유용한 마커는 예를 들면, 하기 특허문헌들에 개시된 마커들을 포함한다: 미국 특허 제7,604,948호, 제7,670,764호, 제6,986,995호 및 제6,631,330호; 미국 특허출원 공보 제20070141625호, 제20090263474호, 제20100075891호, 제20100104579호, 제20100105086호, 제20100131286호, 제20090176217호, 제20090202469호, 제20020119118호, 제20090258025호, 제20100137393호, 제20100120629호, 제20090318392호, 제20090196927호, 제20090023166호, 제20080227709호, 제20080039402호, 제20080026378호, 제20070224638호, 제20070218519호, 제20060210562호, 제20050266432호, 제20050164233호, 제20050130245호, 제20090130683호, 제20090110667호, 제20090054321호, 제20090023166호 및 제20080274118호; 및 국제 특허출원 공보 제WO/2009/043848호, 제WO/2010/053587호, 제WO/2010/046503호, 제WO/2010/039714호, 제WO/2009/100342호, 제WO/2009/053537호, 제WO/2009/017444호, 제WO/2008/156867호, 제WO/2008/147938호, 제WO/2008/129296호, 제WO/2008/137835호, 제WO/2008/082519호, 제WO/2008/064336호, 제WO/2008/043782호, 제WO/2008/043725호, 제WO/2007/047907호, 제WO/2006/125117호, 제WO/2006/114661호, 제WO/2006/020899호, 제WO/2005/114222호, 제WO/2005/007836호, 제WO/2004/076639호, 제WO/2004/050704호 및 제WO/2001/014881호.
본 발명은 본 발명의 방법에 의해 확인된 마커들 중 하나 이상의 마커를 검출하는 마커 검출제를 포함하는 키트도 제공한다. 본 발명은 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 예방하는 방법으로서, 본 발명의 방법에 의해 확인된 마커들 중 하나 이상의 마커의 활성 또는 발현을 조절하거나 이러한 마커의 기능을 파괴하는 물질을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법도 제공한다.
기재되어 있는 본 발명의 실시양태들은 본 발명의 원리의 적용의 일부를 단지 예시한다는 것을 이해해야 한다. 당업자는 본 발명의 진정한 사상 및 범위를 벗어나지 않으면서 본원에서 제공된 교시를 기초로 다수의 변경을 만들 수 있다.
하기 실시예들은 본 발명을 대표하는 것으로서 기재된다. 이들 실시양태들 및 다른 동등한 실시양태들이 본 개시내용 및 첨부된 특허청구범위에 비추어 볼 때 자명할 것이기 때문에, 이들 실시예들은 본 발명의 범위를 한정하는 것으로서 해석되어서는 안 된다.
실시예
실시예 1
비-식세포로부터의 2n DNA 함량을 갖는 식세포의 분리 및 발현 프로파일 분석을 위한 대표적인 방법 I
1. 혈액 샘플을 혈장 및 버피 코트(WBC 샘플을 포함함)로 분리한다. WBC 샘플을 수용하기 위해 플레이트를 아비딘으로 코팅한다.
2. 비-식세포성 혈액 세포(예를 들면, T 세포)에 대한 바이오티닐화된 항체를 웰에 첨가하고 실온에서 30분 동안 항온처리하고 웰을 세척한다.
3. 자기 비드를 첨가한다.
4. WBC 혈액 샘플을 첨가한다.
5. 37℃에서 (30분 내지 1시간 동안) 항온처리한다.
6. 식세포에 의한 비드의 식세포작용 및 아비딘-바이오틴-항체와 비-식세포의 결합 후, 플레이트를 자석의 상부에 배치하고 세척한다(자기 비드가 내재화된 식세포, 및 항체에 결합된 비-식세포는 남아있을 것이고; 모든 다른 세포들은 씻겨나갈 것이다).
7. 자석을 제거하고 식세포를 회수하고, 2n에 해당하는 DNA를 갖는 식세포와 2n 초과의 DNA를 갖는 식세포로 분리한다. 2n에 해당하는 DNA를 갖는 비-식세포 및 식세포는 2n에 해당하는 DNA를 갖는 세포로서 지칭된다.
실시예 2
비-식세포로부터의 식세포의 분리를 위한 대표적인 방법 II
1. 혈액 샘플을 혈장 및 버피 코트(WBC 샘플을 포함함)로 분리한다.
2. 유리 슬라이드 상에서 WBC를 세포원심분리한다.
3. 아세톤/메탄올에서 (-20℃, 5분 동안) 세포를 고정시킨다.
4. 헤마톡실린 및 에오신 염색, 및 항-T 세포 항체로 염색한다.
5. 레이저 포착 현미경관찰(LCM)을 이용하여 T 세포(비-식세포) 및 대식세포(식세포)를 단리한다. 2n에 해당하는 DNA를 갖는 식세포와 2n 초과의 DNA를 갖는 식세포로 분리한다. 2n에 해당하는 DNA를 갖는 비-식세포 및 식세포는 2n에 해당하는 DNA를 갖는 세포로서 지칭된다.
실시예 3
비-식세포로부터의 식세포의 분리를 위한 대표적인 방법 III
1. 전혈로부터 혈장을 분리한다.
2. 자기 항체-접합된 비드를 이용하여 비-식세포(예를 들면, T 세포) 및 식세포(예를 들면, 호중구 및/또는 대식세포 및/또는 단핵세포)를 전혈로부터 단리한다. 2n에 해당하는 DNA를 갖는 식세포와 2n 초과의 DNA를 갖는 식세포로 분리한다. 2n에 해당하는 DNA를 갖는 비-식세포 및 식세포는 2n에 해당하는 DNA를 갖는 세포로서 지칭된다.
실시예 4
비-식세포로부터의 식세포의 분리 및 발현 프로파일의 분석을 위한 대표적인 방법 IV
1. 혈액 샘플을 혈장 및 버피 코트(WBC 샘플을 포함함)로 분리한다. WBC를 특정 세포 하위집단(예를 들면, 호중구, 대식세포, 단핵세포, T 세포 등)에 대한 특이적 형광 항체 및 DNA 염료(예를 들면, 훽스트(Hoechst) 33342, 프로피듐 요오다이드)로 염색한다.
2. (예를 들면, FACS로) 세포를 분류한다.
실시예 5
발현 프로파일의 분석을 위한 대표적인 방법
1. 하기 성분들로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 조합함으로써 조합 샘플을 생성한다: 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 대상체로부터 단리된 식세포, 대상체로부터 단리된 >2n 식세포, 대상체로부터 단리된 순환 소포, 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포.
2. 상기 조합 샘플, 및 하기 성분들로부터 선택된 성분을 갖는 대조군 샘플로부터 RNA를 단리한다: 대상체로부터 단리된 =2n 식세포, 대상체로부터 단리된 비-식세포, 및 대상체로부터 단리된 대조군 세포. cDNA 또는 cRNA를 제조하고 사용하여 상기 조합 샘플과 상기 대조군 샘플 사이에 유전 프로파일(예를 들면, 암 유전자 어레이)을 구별한다.
3. 조합 샘플 및 대조군 샘플로부터 DNA를 단리한다. DNA 어레이를 실시하고 상기 조합 샘플 및 상기 대조군 샘플로부터 수득된 프로파일들을 비교한다.
4. 상기 조합 샘플 및 상기 대조군 샘플로부터 단백질을 단리한다. 인간 종양에 의해 과다발현된 공지된 단백질(예를 들면, 전립선 암에서 PSA 및 PSMA; 결장암에서 CEA; 및 난소암에서 CA125)에 대한 항체를 사용하여 웨스턴 블롯을 실시하고 상기 조합 샘플 및 상기 대조군 샘플로부터 수득된 프로파일들을 비교한다.
5. 상기 조합 샘플 및 상기 대조군 샘플로부터 지질을 단리한다. 예를 들면, HPLC를 이용하여 상기 조합 샘플과 상기 대조군 샘플 사이에 지질의 양 및 질을 비교한다.
실시예 6
일부 임신은 태아에서의 유전적 기형의 존재에 의해 복잡해지고, 상당한 임상적 관심은 이들 기형들을 검출할 수 있고 특징규명할 수 있는 분석의 개발에 초점을 맞춘다. 가장 흔한 문제점들 중에는 염색체들 중 하나 이상의 염색체가 정상 존재량 이외의 존재량으로 존재하는 염색체 이수성(aneuploidies)의 존재가 있다. 이수성의 발생률은 모체 연령에 따라 빈도 면에서 증가하고, 13번, 18번 및 21번 염색체의 이배체 수로부터의 이탈, 또는 남성 또는 여성 태아에서의 X 염색체의 비정상적인 수를 갖는 잠재적으로 생존가능한 임신을 포괄한다. 이들 이수성 상태는 전통적인 세포유전학적 핵형분석 또는 어레이 비교 게놈 혼성화(CGH), 정량 PCR(qPCR) 또는 태아 게놈 DNA의 서열결정을 이용하여 양수천자 또는 융모막 융모 샘플링(CVS)에 의해 채취된 태아 세포를 직접적으로 분석함으로써 검출될 수 있지만, 이들 방법들은 세포 채취의 외상의 결과로서 태아 또는 모체 사망 및 유산의 위험을 갖는다. 추가로, 이들 침습성 세포 채취 절차는 임신의 제1 석달에서 늦게 적용될 때에만 효과적이고, 위험 임신에 대한 보다 빠르고 보다 우수한 결정을 할 수 있기 위해서는 보다 이른 유전형분석이 바람직하다.
침습성 검사의 사망 위험을 피하기 위해, 모체 혈액에서 낮은 수준으로 존재하는 분해된 게놈 태아 DNA(순환하는 세포 무함유 태아 DNA(ccff DNA)로서도 공지되어 있음)의 서열 조성을 분석함으로써 태아 이수성을 검출하는 비-침습성 절차들이 개발되었다. 그러나, 이들 절차들은 절차가 의존하는 관찰가능한 신호를 증가시키기 위해 혈액의 세포 성분으로부터의 온전한 모체 게놈 DNA를 배제하는 것에 의존한다. 대조적으로, 다른 방법들은 순수하게 세포 분획을 사용하지만, 이들 방법들은 높은 수준의 모체 세포 오염을 가질 수 있다(Bianchi et al., Proc Natl Acad Sci USA. 87(9):3279-3283 (1990); Bianchi et al., Am J Hum Genet. 61(4):822-829 (1997)).
상기 언급된 방법들과 대조적으로, 본 발명의 방법의 원리 증명으로서, cfff DNA에 의존하는 절차 및 세포 분획에만 의존하는 절차의 힘을 이용하는 예시적인 방법이 개발되었다. 이때, 상기 방법은 태반 및 다른 구획에서 태아 세포의 식세포작용에 의해 배출된 태아 게놈 마커를 함유할 것으로 예측된 세포 무함유 체액 및 식세포성 혈액 세포를 명확히 포함한다. 모체 샘플에 존재하는 태아 DNA의 증거는 모체에 존재하지 않으나 순수한 모체 DNA 샘플을 모체 DNA와 태아 DNA의 조합 샘플과 비교할 때 새로 발견되는 DNA 서열인 부계(paternal) 마커의 존재에 의해 제공된다. 실제로, 부계 마커는 다형성 부위를 함유하는 인간 게놈의 선택된 절편에서 DNA 서열결정 분석에 의해 관찰될 수 있다. 다형성 부위는 종종 단일 뉴클레오티드 다형성(SNP)이고, 대립형질들을 구별한다. 이러한 종류의 마커는 어머니가 SNP 서열에 대한 동형접합성을 나타내고 아버지가 태아에게 전달된 변이체 SNP를 가질 때 정보를 제공한다. 예를 들면, 어머니가 특정 SNP 위치에서 A/A 뉴클레오티드를 보유하고 아버지가 그 동일한 SNP 위치에서 G/G 뉴클레오티드를 보유하는 경우, SNP의 G 대립형질은 샘플에서 태아 DNA의 상대적인 양을 표시하는 비율로 발견될 것이다. 서열결정 기법을 이용하여 "A" 보유 분자(모체 유래의 물질)의 수를 "G" 분자(태아 유래의 물질)의 수와 비교함으로써 태아 물질의 비율을 계산할 수 있다. 이 원리를 이용하여 샘플에서 태아 DNA 함량을 계산하는 예시적인 분석은 예를 들면, 문헌(Chiu et al., Proc Natl Acad Sci USA 105:20458-63 (2008)); 문헌(Ehrich et al., Am J Obstet Gynecol 204:205 e201-211 (2011)); 및 문헌(Sehnert et al., Clin Chem 57:1042-9 (2011))(이들 각각은 온전히 그대로 본원에 참고로 도입됨)에 기재되어 있다. 태아 DNA 함량의 계산은 6개 이상의 정보제공 SNP를 갖는 조합 샘플에서 태아 DNA의 존재를 정확히 검출하는 신뢰도가 99.9%보다 더 높았다는 것을 보여주는 연구(Tynan et al., J Mol Diagn 13(4):382-9 (2011))에서 예시된 바와 같이 정확하다. 어머니가 동형접합성을 나타내는 경우 태아 분획은 변이체 분획으로서 직접적으로 관찰되지만, 어머니가 이형접합성을 나타내는 경우 태아 대립형질 분획은 모체에 추가되고 태아가 동형접합성을 나타낸다면 관찰된 비를 왜곡할 수 있다. 이들 경우들은 제시된 데이터에 의심할 여지없이 존재하지만, 분석을 단순화하기 위해 분석되지 않았다.
잠재적으로 정보를 제공하는 SNP의 편견 없는 패널을 생성하기 위해, 모든 집단들이 유사한 비율로 기준 SNP 및 대안적 SNP를 보유하고 소수 대립형질 빈도(MAF)가 40%보다 더 크도록 기준을 선택하였다. 이들 질을 갖는 SNP의 카탈로그는 상업적으로 입수될 수 있다(Durbin et al., Nature 467(7319):1061-1073 (2010) and McVean et al., Nature 491:56-65 (2012)). MAF는 주어진 유전자에 대한 가장 덜 흔한 대립형질이 집단에서 존재하는 빈도이다. 태아 분획에서 이형접합체를 발견할 확률을 증가시키되 동시에 모체 분획에서 풍부한 동형접합체를 가짐으로써 정보제공 SNP를 발견할 확률을 증가시키기 위해 40% 초과의 MAF를 목표로 설정하였다. 167개의 마커들로 구성된 초기 세트를 분석을 위해 선택하였다. 이전 분석을 기초로 할 때, 임의의 모체-태아 조합 샘플(예를 들면, 식세포와 함께 세포 무함유 체액)의 경우 패널 SNP의 10% 내지 20%는 정보를 제공할 것으로 예측될 것이다. 167개의 SNP 마커들을 함유하고 부분적으로 분해된 DNA로부터의 증폭 가능성이 가장 클 정도로 충분히 작은 크기(80 내지 120 bp)를 갖는 PCR 프라이머들을 디자인하였다. SNP들, 및 이들의 증폭을 위해 사용된 이들의 게놈 기준물 및 프라이머 서열의 목록이 표 1에 제공되어 있다.
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프라이머들이 한정된 샘플 양을 사용한 다중 배열 PCR로 증폭될 수 있게 하기 위해 이들 프라이머들을 풀링에 적합하도록 디자인하였다. 대량 병렬 서열결정은 조합 샘플 중의 태아 물질의 분율이 1% 이하일 때조차도 MAF가 신뢰가능하게 검출될 수 있도록 높은 판독 강도를 제공한다.
3명의 임신 자원자들(제2 석달) 각각으로부터 10 ㎖ 말초 혈액을 표준 EDTA 혈액 채취 튜브 내로 채취하였다. 로셋트셉(RosetteSep)™ 인간 T 세포 농축 칵테일(스템 셀 테크놀로지스(Stem Cell Technologies), 15061) 및 로셋트셉™ 인간 단핵세포 농축 칵테일(스템 셀 테크놀로지스, 15068)을 제조자의 설명서에 따라 사용하여 각각 5 ㎖의 혈액으로부터 T 세포 림프구 및 단핵세포를 단리하였다. 혈장 상청액을 10분 동안 고속으로 2회 원심분리하여 펠렛을 수득하고 잔류 세포를 제거하고, 자원자 당 2개의 샘플들로 분할하였다. CD14 발현에 의해 정의된, 재현탁된 단핵세포들 중 1%를 혈장 샘플에 첨가하여 조합 샘플을 생성하였다. CD14 발현으로 단핵세포를 정의함으로써, 세포 집단이 다른 식세포, 예컨대, 대식세포 및 호중구도 함유하는 것이 가능하다. 제2 혈장 샘플을 세포 무함유 대조군으로서 사용하였다. QIAamp 순환 핵산 키트(퀴아젠(Qiagen), 55114)를 사용하여 조합 샘플 및 세포 무함유 대조군 샘플로부터 DNA를 정제하였고, DNeasy 혈액 및 조직 키트(퀴아젠, 69506)를 사용하여 T 세포 림프구로부터 DNA를 정제하였다. 쿠비트(Qubit)® dsDNA BR 분석 키트(라이프 테크놀로지스(Life Technologies), Q32853)를 사용하여 T 세포 림프구로부터 정제된 DNA 농도를 측정하였다. DNA 추출 후, 표 1에 나열된 프라이머들을 사용하여 라이브러리 제조를 수행하였고, 대량 병렬 서열결정을 일루미나(Illumina) MiSeq™ 서열결정기 상에서 수행하였다.
수행된 절차의 요약은 다음과 같다:
3명의 임신 자원자들(제2 석달) 각각으로부터 20 ㎖ 혈액을 EDTA 튜브 내로 채취한다.
하기 a) 내지 c)에 따라 혈액을 15 또는 50 ㎖ 원추형 튜브 내로 피펫팅한다: a) 5 ㎖ 로셋트셉 T 세포; b) 10 ㎖ 로셋트셉 단핵세포; 및 c) 5 ㎖ 로셋트셉 단핵세포.
10 ㎕의 0.5 M EDTA를 튜브 a) 및 c)에 첨가하고 20 ㎕의 0.5 M EDTA를 튜브 b)에 첨가한다.
250 ㎕의 Ab 칵테일(인간 세포 유형에 대해 유도된 항체들의 혼합물)을 튜브 a) 및 c)에 첨가하고 500 ㎕의 Ab 칵테일을 튜브 b)에 첨가한다.
실온에서 10분 동안 항온처리한다.
밀도 분리 매질을 함유하는 (원래의 샘플과) 동등한 부피의 SEP 완충제로 희석한다.
셉메이트(SepMate) 튜브에서 15 ㎖ 피콜 상에 혈액을 배치하여 층을 형성한다.
1200 x g에서 10분 동안 원심분리한다.
상청액을 3개의 새로운 50 ㎖ 원추형 튜브 내에 붓는다. 1개의 튜브를 얼음 상에 따로 놓아두고 이 튜브를 100%라고 표지한다.
500 x g에서 10분 동안 원심분리하여 2개의 남은 튜브들에서 세포를 펠렛화한다.
상청액을 새로운 50 ㎖ 원추형 튜브 내로 따라내고, 2개의 남은 튜브들로부터 상청액을 합하여 단일 튜브 내에 넣고 혈장이라고 표지한다.
T 세포 펠렛을 5 ㎖ PBS에 재현탁하고 단핵세포 펠렛을 10 ㎖ 인산염 완충 식염수(PBS)에 재현탁한다. 얼음 상에 따로 놓아둔다.
혈장을 10분 동안 최대 속도에서 원심분리하여 잔류 세포를 펠렛화한다.
상청액을 새로운 50 ㎖ 튜브 내로 따라내고 10분 동안 최대 속도에서의 원심분리를 반복한다.
상청액을 새로운 50 ㎖ 튜브 내로 따라낸다. 수회 뒤집어 혼합한다.
혈장 상청액을 3개의 50 ㎖ 튜브들 내로 각각 5 ㎖씩 나눈다. 상기 튜브들을 0%, 1% 및 5%라고 표지한다.
단핵세포를 볼텍싱으로 잘 혼합하고 수회 뒤집는다. 50 ㎕를 1% 혈장 튜브 내로 피펫팅하고 250 ㎕를 5% 혈장 튜브 내로 피펫팅한다.
(담체 RNA를 갖는) ccff 키트를 사용하여 하기 샘플들에 대한 DNA 추출을 수행한다: 1) 100% 단핵세포; 2) 5% 단핵세포; 3) 1% 단핵세포; 및 4) 0% 단핵세포.
DNeasy 혈액 및 조직 키트(퀴아젠, 69506)를 사용하여 하기 펠렛화된 세포 샘플들에 대한 DNA 추출을 수행한다: 1) 단핵세포 펠렛; 및 2) T 세포 펠렛.
다음과 같이 MAF 다중 PCR 앰플리콘을 발생시킨다: 전술된 MAF 프라이머들로부터 48개의 다중 프라이머 풀을 발생시킨다. 프라이머들을 혼합하고 풀에서 1 μΜ까지 희석한다. 일루미나 서열결정 시스템 사용자 지침에 대한 액세스 어레이(Access Array)™ 시스템(플루이다임(Fluidigm))으로부터 아래 기재된 바와 같이 PCR 조건을 변경시킨다.
Figure pct00025
하기 열순환반응 프로파일 하에서 384웰 헤드를 갖는 ABI 9700 열순환반응기(thermocycler) 상에서 샘플을 런닝시킨다.
Figure pct00026
샘플로부터의 다중 반응을 단일 튜브 내로 풀링하여 PCR 등급 물로 1:100 희석한다. 일루미나 서열결정 시스템 사용자 지침에 대한 액세스 어레이™ 시스템(플루이다임) 당 플루이다임 바코드 지수를 부착시킨다.
Figure pct00027
Figure pct00028
샘플들을 3회 반복하여 바코딩하고 이들을 3 x 15 ㎕씩 풀링한다. 아젠코트 암퓨어(Agencourt AmPure) XP 비드를 1:1 혼합물로 사용하여 풀을 정제하고 30 ㎕씩 용출한다. 샘플들을 쿠비트® 형광측정 정량(라이프 테크놀로지스)으로 정량하고 2100 생체분석기(아질런트 테크놀로지스 게노믹스(Agilent Technologies Genomics)) 상에서 프라이머 이량체에 대해 확인한다. 서열결정 준비를 위해 샘플들을 10 nM의 농도까지 표준화한다.
라이브러리 정제 및 발생: 라이브러리 발생을 위해 풀링되고 바코딩되고 정제된 샘플을 일루미나 MiSeq™ 매뉴얼에 따라 제조한다. 10 ㎕의 10 nM 샘플을 2 nM까지 희석하고 10 ㎕의 0.2 N NaOH를 첨가한다. 샘플을 5분 동안 실온에서 항온처리하고 980 ㎕의 HTI 완충제를 첨가하여 20 pM 라이브러리를 발생시킨다. 상기 라이브러리를 HTI 완충제에서 12.5 pM까지 더 희석하고 1% phiX 스파이크(spike)로 적재한다.
서열결정: 일루미나 서열결정 시스템 사용자 지침에 대한 액세스 어레이™ 시스템(플루이다임)에 따라 제조된 FL1 프라이머들을 사용하여 일루미나 MiSeq™ 상에서 600 ㎕의 각각의 샘플을 12.5 pM로 런닝시킨다. 서열결정을 위해 500 nM의 FL1 프라이머를 일루미나 MiSeq™ 시약 카트리지 내로 적재하고 어댑터(Adapter) 판독 2-TGTAGAACCATGTCGT 어댑터 판독 1-AGACCAAGTCTCTGCT로서 어댑터 트리밍(trimming)을 갖는 2x151회 판독을 이용하여 샘플을 런닝시킨다.
줄잡아 추산하였을 때, 데이터는 정보를 제공하는 16개의 조합 샘플 특이적 MAF들, 즉 모체가 동형접합성을 나타내고 태아가 이형접합성을 나타내는 SNP를 보여준다(도 1, 표 2). 이 값은 이론상 10%(16/167) 기대치(Tynan et al., J Mol Diagn. 13(4):382-9 (2011))에 매우 가까운데, 이것은 샘플 중의 태아 DNA 함량을 확인시켜준다. 또한, 16개의 정보제공 MAF들의 존재는 문헌(Tynan et al., J Mol Diagn. 13(4): 82-9 (2011))에서 확립된 99.9% 신뢰 수준을 상회한다. 따라서, 조합 샘플 중의 태아 DNA 함량이 확인되었다. 도 1 및 2는 모체 샘플 및 조합 샘플에서 각각의 대립형질의 판독치의 퍼센트에 대해 작도된 2개의 분석으로부터 잠재적 정보제공 대립형질을 보여준다. 정보제공 MAF들의 대략적인 추정치는 그래프의 상부 및 하부에서 칸막이로 표시된 구획에 의해 관찰될 수 있다. 일반적으로, 조합 샘플에서 대립형질이 다수 빈도 및 소수 빈도를 보이는 정보제공 MAF들이 관찰된다. 이들의 유의한 차이는 당분야에서 공지된 다수의 통계적 분석에 의해 측정될 수 있다(예를 들면, 평균 값 또는 다른 통계적 측정치로부터의 5개 표준편차인 값들). 특히, 도 2는 50% 표시 근처에서 데이터의 조밀한 밀집을 보여주는데, 이것은 낮은 표준편차를 입증한다. 나아가, 도 5는 세포 무함유 체액 또는 T 세포 샘플 단독(각각 도 3 및 도 4)과 비교될 때 조합 샘플(세포 무함유 체액 + 1% 단핵세포) 사이에 데이터의 개선을 보여준다. 도 6 및 7은 정보제공 마커만을 보여주도록 단순화되어 있고, 조합 샘플이 단핵세포를 갖지 않는 세포 무함유 체액 샘플보다 "더 깨끗한" 데이터를 생성한다는 것을 입증한다. 도 8 및 9는 예시적인 정보제공 마커를 보여준다. 이들 도면들 둘다는 기준 대립형질 판독치가 100%이고 대안적 대립형질 판독치가 100%인 모체 단독 샘플, 및 대안적 대립형질의 판독치(및 반드시 값들의 합계가 100%가 되도록 기준 대립형질의 보다 적은 판독치)를 함유하는 조합 샘플을 보여준다. 대조적으로, 도 10에 나타낸 예시적인 비-정보제공 마커는 모체 단독 샘플 및 조합 샘플 둘다에서 기준 대립형질 및 대안적 대립형질의 대략 50%의 판독치를 갖는다. 또한, 조합 샘플에서 재현가능성은 상응하는 세포 무함유 체액 샘플에서보다 더 우수하다(표 3). 표 3에서, (기준 마커 및 대안적 마커 단독보다 오히려 한 위치에서 모든 염기 요구를 포함하도록) 낮은 수행 마커가 분석 2에서 제거되었고 분석 2에서의 마커들 중 하나도 계산 백분율에 의해 역치 효과로 인해 거절되었기 때문에 분석 1과 분석 2 사이의 차이가 있을 수 있다.
세포 무함유 순환 DNA와 모체 DNA 사이에 정성적 크기 차이가 존재한다는 것이 제안되었다(Fan et al., Clin Chem. 56(8):1279-86 (2010)). 이 크기 차이의 성질은 DNA가 생성되는 경로로부터 발생될 수 있다. 태아 순환 세포 무함유 DNA는 유리된 태아 세포의 아폽토시스를 통해 거의 전적으로 발생된다고 생각되고, 아폽토시스 소체에서 보존된 뉴클레오좀 길이로 혈장에 존재한다. 대조적으로, 모체 순환 세포 무함유 DNA는 아폽토시스 및 괴사뿐만 아니라 자식작용(autophagy) 및 유사분열 파국(mitotic catastrophe)으로부터 생성된 세포들의 혼합물일 가능성이 더 높다. 고도로 정돈된 아폽토시스 과정 동안 생성된 DNA는 다른 세포 사멸 경로 동안 생성된 DNA보다 덜 분해된 상태로 존재할 수 있다. 비-아폽토시스성 세포 사멸 동안 생성된 DNA는 DNA 손상 반응성 산소 종을 포함하는 다양한 유해한 준세포 성분들에 노출된다. 이론에 의해 구속받고자 하지 않지만, 모체 순환 세포 무함유 DNA의 증가된 상대적인 분해는 순환 세포 무함유 DNA로부터 이수성을 검출하는 것을 목적으로 하는 증폭-기초 분석에서 노이즈(noise)에 기여할 수 있다. 따라서, 세포 무함유 체액, 식세포, 순환 소포 및 순환 병든 세포로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들의 조합을 사용하는 방법은 보다 높은 질의 모체 DNA를 제공할 수 있고 신호 편차를 감소시킬 수 있다.
Figure pct00029
Figure pct00030
Figure pct00031
여기서 원리 증명은 예를 들면, 관심있는 염색체(예를 들면, 21번 염색체)에 편중된 정보제공 MAF SNP들의 적절한 패널을 선택하고 판독 강도 계산으로 태아 DNA 함량을 측정하고 대조군 표준물과 비교함으로써 태아 이수성의 진단을 달성할 수 있다는 것을 보여준다.
SEQUENCE LISTING <110> STYLLI, HARRY <120> METHODS OF DETECTING DISEASES OR CONDITIONS <130> 108034-0015-WO1 <140> PCT/US2013/046020 <141> 2013-06-14 <150> 61/660,427 <151> 2012-06-15 <160> 340 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 1 acactgacga catggttcta caaaagaaag gtatcatctg aagtt 45 <210> 2 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 2 acactgacga catggttcta caggatttta aaatgaaaat tgaagaagta 50 <210> 3 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 3 acactgacga catggttcta cattagtacc agaaccactg c 41 <210> 4 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 4 acactgacga catggttcta caacaggtat tcatcattca ctc 43 <210> 5 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 5 acactgacga catggttcta caatcagctt atgctgatga taatc 45 <210> 6 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 6 acactgacga catggttcta cattaaatga cctggattga tcag 44 <210> 7 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 7 acactgacga catggttcta caattggatg caattgctca g 41 <210> 8 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 8 acactgacga catggttcta caggaacttc aaattttctt ctttg 45 <210> 9 <211> 47 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 9 acactgacga catggttcta catttgagct ttacaaataa acataca 47 <210> 10 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 10 acactgacga catggttcta cagctgcctt aagtaggaag a 41 <210> 11 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 11 acactgacga catggttcta cagaaacaga tacctcctat tttga 45 <210> 12 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 12 acactgacga catggttcta cattcattct ttgggagtaa atga 44 <210> 13 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 13 acactgacga catggttcta caaaaacctc agaaaatttg catt 44 <210> 14 <211> 46 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 14 acactgacga catggttcta cagcgtattc taaaatagga aacaag 46 <210> 15 <211> 49 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 15 acactgacga catggttcta cagtatttaa gaattttctg ttttaatgc 49 <210> 16 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 16 acactgacga catggttcta cacataagct gaaaggccag 40 <210> 17 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 17 acactgacga catggttcta caagttaaaa ggctgaaagg aata 44 <210> 18 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 18 acactgacga catggttcta caaggaggaa agctcatgta a 41 <210> 19 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 19 acactgacga catggttcta catatcacgt aaaggcaaat gt 42 <210> 20 <211> 46 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 20 acactgacga catggttcta caagaaaatt tagcaagaag actaac 46 <210> 21 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 21 acactgacga catggttcta cagttcaaaa tttcatgcaa tggt 44 <210> 22 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 22 acactgacga catggttcta cagcattctg tatgtaaggc c 41 <210> 23 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 23 acactgacga catggttcta cataaactga tggaagcaat gaat 44 <210> 24 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 24 acactgacga catggttcta cacataacct ttgtattgca gcc 43 <210> 25 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 25 acactgacga catggttcta cactattgcc tggatcccat 40 <210> 26 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 26 acactgacga catggttcta caccggattt caatgtcata gttc 44 <210> 27 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 27 acactgacga catggttcta cagaatttgt tgagcccgac 40 <210> 28 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 28 acactgacga catggttcta caagcatagc aatgtaaaag gaat 44 <210> 29 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 29 acactgacga catggttcta cagcatcacc aatgttccaa 40 <210> 30 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 30 acactgacga catggttcta cattatcaag aaggccagga a 41 <210> 31 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 31 acactgacga catggttcta catctaagaa aatgaaacgt acct 44 <210> 32 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 32 acactgacga catggttcta caaaccatta cttgacagaa agg 43 <210> 33 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 33 acactgacga catggttcta caatctgata aaatgaccct actc 44 <210> 34 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 34 acactgacga catggttcta caggaaatta atactgataa agactatcag 50 <210> 35 <211> 49 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 35 acactgacga catggttcta catgaagata agtttactga attcataaa 49 <210> 36 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 36 acactgacga catggttcta caagttcagt aaaccagaaa cc 42 <210> 37 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 37 acactgacga catggttcta catacccctg tttcataccc 40 <210> 38 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 38 acactgacga catggttcta cagatccagc taactttgca ta 42 <210> 39 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 39 acactgacga catggttcta cacaatttcg tattcagtag cct 43 <210> 40 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 40 acactgacga catggttcta caccttttgt aattgtaggc attc 44 <210> 41 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 41 acactgacga catggttcta catgataact tattttaaga tgccttaaaa 50 <210> 42 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 42 acactgacga catggttcta catagtatgg ggattttagc atg 43 <210> 43 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 43 acactgacga catggttcta cataacatca gatgaggtca ct 42 <210> 44 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 44 acactgacga catggttcta caccactaac caactcctag at 42 <210> 45 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 45 acactgacga catggttcta cacagactga ccgtcaaaga 40 <210> 46 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 46 acactgacga catggttcta cattttccgg ggaaggtttt 40 <210> 47 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 47 acactgacga catggttcta caactggaaa attaccaagg c 41 <210> 48 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 48 acactgacga catggttcta catgatgcct taattttggg g 41 <210> 49 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 49 acactgacga catggttcta cagaacaagg tggacttctg 40 <210> 50 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primer <400> 55 acactgacga catggttcta catctttcca aatgttgcaa ga 42 <210> 56 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 56 acactgacga catggttcta caagtcattt gccaaaataa caata 45 <210> 57 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 57 acactgacga catggttcta caccactgta cccagtacat c 41 <210> 58 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 58 acactgacga catggttcta cacggatcca tgttgacaga 40 <210> 59 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 59 acactgacga catggttcta catcttcttg aatgccataa agta 44 <210> 60 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 60 acactgacga catggttcta caaccaagaa tacatttagc atct 44 <210> 61 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 61 acactgacga catggttcta caacttaaac atcaatggtt ttgg 44 <210> 62 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 62 acactgacga catggttcta catgactgga taccgcttct 40 <210> 63 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 63 acactgacga catggttcta catagattta aaggtcgaat gatct 45 <210> 64 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 64 acactgacga catggttcta cacatctact agcattggtc c 41 <210> 65 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 65 acactgacga catggttcta catccccgaa atccatcatc 40 <210> 66 <211> 49 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 66 acactgacga catggttcta cataaatttt atttcatgtt tcctacttg 49 <210> 67 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 67 acactgacga catggttcta caatacagtc ccttccaact c 41 <210> 68 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 68 acactgacga catggttcta caagttgttg aaagaatcag ct 42 <210> 69 <211> 48 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 69 acactgacga catggttcta catacagata agttttagaa agactcaa 48 <210> 70 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 70 acactgacga catggttcta cagaagcttc ctacctacca 40 <210> 71 <211> 47 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 71 acactgacga catggttcta caaagcaatt tgatttattt cttttgg 47 <210> 72 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence 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Sequence: Synthetic primer <400> 83 acactgacga catggttcta caacttggtg cagtcttcta 40 <210> 84 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 84 acactgacga catggttcta catttctgga ctcaccacta t 41 <210> 85 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 85 acactgacga catggttcta cattcttttc ttctttaggg gaag 44 <210> 86 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 86 acactgacga catggttcta cattaggtat ctgttctgct tgat 44 <210> 87 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 87 acactgacga catggttcta caagcagaag aatgtcaact ttta 44 <210> 88 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 88 acactgacga catggttcta cagacctgtt tcataggcac 40 <210> 89 <211> 49 <212> 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primer <400> 94 acactgacga catggttcta caggtcttaa gacaggaagc ta 42 <210> 95 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 95 acactgacga catggttcta catgttccct ttcggatgag 40 <210> 96 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 96 acactgacga catggttcta caactcgctg tactaaagga t 41 <210> 97 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 97 acactgacga catggttcta caccttcctg atgtaatcct ca 42 <210> 98 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 98 acactgacga catggttcta caagtggaag aacttttgaa taagt 45 <210> 99 <211> 52 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 99 acactgacga catggttcta caaaatactt aagtatgtag tcaagttaat tt 52 <210> 100 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 100 acactgacga catggttcta cagatgatgg aaacctgctc 40 <210> 101 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 101 acactgacga catggttcta caaaaagttc ctggaatttt cca 43 <210> 102 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 102 acactgacga catggttcta caggggttaa ataagaagtt gatga 45 <210> 103 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 103 acactgacga catggttcta cagttggcaa atttaatgga ca 42 <210> 104 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 104 acactgacga catggttcta caagttttga tcagaccatg aaag 44 <210> 105 <211> 46 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 105 acactgacga catggttcta caagaaacaa atcattttct atgcat 46 <210> 106 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 106 acactgacga catggttcta cacagataca aagcagtttc aga 43 <210> 107 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 107 acactgacga catggttcta caactaaaca gaatttggaa acca 44 <210> 108 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 108 acactgacga catggttcta catctggaaa catgactcag tt 42 <210> 109 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 109 acactgacga catggttcta caagaaagaa cgccaacaac 40 <210> 110 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 110 acactgacga catggttcta catttgtacc tgtcttttac tatga 45 <210> 111 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 111 acactgacga catggttcta cacccctcct taagcattgt 40 <210> 112 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 112 acactgacga catggttcta caaagaaata cttcagtcca aca 43 <210> 113 <211> 49 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 113 acactgacga catggttcta caggatcaat gtcagtagat tatttaaaa 49 <210> 114 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 114 acactgacga catggttcta caagtttcct tgaggttctg a 41 <210> 115 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 115 acactgacga catggttcta catacctcct agtggtttgg 40 <210> 116 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 116 acactgacga catggttcta caggggattt aaatttcagg atg 43 <210> 117 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 117 acactgacga catggttcta cagctactga ccgatgttta aaa 43 <210> 118 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 118 acactgacga catggttcta cactacttac ctggtttgta tgtta 45 <210> 119 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 119 acactgacga catggttcta caagtaaaac tgaatttcaa gatgc 45 <210> 120 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 120 acactgacga catggttcta caaagtcctc aactgaccca 40 <210> 121 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 121 acactgacga catggttcta catggaagga aaggttatca aga 43 <210> 122 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 122 acactgacga catggttcta cactccctgt ttaggatgac ta 42 <210> 123 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 123 acactgacga catggttcta cagtgacctg ctaaagaaat aca 43 <210> 124 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 124 acactgacga catggttcta catgaaaact gtctttcatt agct 44 <210> 125 <211> 47 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 125 acactgacga catggttcta cacatgaata caatggcaaa taataat 47 <210> 126 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 126 acactgacga catggttcta caaagacttg aaccctatta gaaaa 45 <210> 127 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer 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Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 155 acactgacga catggttcta cactcactac tgcaaatgca t 41 <210> 156 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 156 acactgacga catggttcta cataggacga atgacaggaa 40 <210> 157 <211> 49 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 157 acactgacga catggttcta caaaacctat taattcatct gttttaacc 49 <210> 158 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 158 acactgacga catggttcta cacataagct gaaaggccag 40 <210> 159 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 159 acactgacga catggttcta catttccttt tgtacgtcag act 43 <210> 160 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 160 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Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 166 acactgacga catggttcta catgggattt ctttgtcact atct 44 <210> 167 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 167 acactgacga catggttcta caggaccttg catggaaatt a 41 <210> 168 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 168 acactgacga catggttcta caatgaactt aaaacttcag ggg 43 <210> 169 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 169 acactgacga catggttcta caatgcaaag caagggtatt taa 43 <210> 170 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 170 tacggtagca gagacttggt cttagaacta cttactttta cttattagga 50 <210> 171 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer 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primer <400> 182 tacggtagca gagacttggt ctaaaacaga aaagtgccta tttaag 46 <210> 183 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 183 tacggtagca gagacttggt ctatagtgga tgaaaacatg catt 44 <210> 184 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 184 tacggtagca gagacttggt ctgtgggtta aatcccattt aga 43 <210> 185 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 185 tacggtagca gagacttggt ctatgaccca tctgagtcta tc 42 <210> 186 <211> 46 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 186 tacggtagca gagacttggt ctagttttca taaagtgcaa taaaca 46 <210> 187 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 187 tacggtagca gagacttggt ctaagtctac cctttgttct tac 43 <210> 188 <211> 45 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primer <400> 193 tacggtagca gagacttggt ctatacatgt aacgaattgt ctttg 45 <210> 194 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 194 tacggtagca gagacttggt ctaagcttag gctttcagat tttac 45 <210> 195 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 195 tacggtagca gagacttggt ctgtacatct gccagtgctc 40 <210> 196 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 196 tacggtagca gagacttggt cttatttcag gttttggcca ga 42 <210> 197 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 197 tacggtagca gagacttggt ctactcattc ataatgcctc ctta 44 <210> 198 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 198 tacggtagca gagacttggt ctgagggttc caaacatact g 41 <210> 199 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 199 tacggtagca gagacttggt ctgaccattc atttggaatg ct 42 <210> 200 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 200 tacggtagca gagacttggt ctgtccttca ctcaaatttc ct 42 <210> 201 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 201 tacggtagca gagacttggt ctgttgaagc ctcacctttt at 42 <210> 202 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 202 tacggtagca gagacttggt ctcacctaag tttacaatga agg 43 <210> 203 <211> 48 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 203 tacggtagca gagacttggt cttttagtct tatctttcgc aaaacata 48 <210> 204 <211> 49 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 204 tacggtagca gagacttggt ctctcctagt ggaacttaat aaaataagt 49 <210> 205 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 205 tacggtagca gagacttggt ctgtgaacat agctggttta ca 42 <210> 206 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 206 tacggtagca gagacttggt ctctcagctt cagtactatg agg 43 <210> 207 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 207 tacggtagca gagacttggt cttggtacag gattctaagc t 41 <210> 208 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 208 tacggtagca gagacttggt ctgtctgagc cactggaaat a 41 <210> 209 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 209 tacggtagca gagacttggt ctggggatag attcagctac t 41 <210> 210 <211> 51 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 210 tacggtagca gagacttggt ctaaattcta tctaggaaat aagttctatg a 51 <210> 211 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 211 tacggtagca gagacttggt cttcttctgt actgaccctt c 41 <210> 212 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 212 tacggtagca gagacttggt ctggttggct gtttatggtt t 41 <210> 213 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 213 tacggtagca gagacttggt ctacagtggc tccaatagtg 40 <210> 214 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 214 tacggtagca gagacttggt ctaagcttaa caactccact g 41 <210> 215 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 215 tacggtagca gagacttggt ctacctcact tctttgtttg c 41 <210> 216 <211> 46 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 216 tacggtagca gagacttggt ctccgcaaat tctaaatctt aaaaca 46 <210> 217 <211> 52 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 217 tacggtagca gagacttggt ctccagaatt taagttaaat ttaaattatc ct 52 <210> 218 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 218 tacggtagca gagacttggt ctgctgtaag caagtccatg a 41 <210> 219 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 219 tacggtagca gagacttggt ctgaaaactc caagtactgc c 41 <210> 220 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 220 tacggtagca gagacttggt ctattggccc atagtttatc tttc 44 <210> 221 <211> 40 <212> DNA <213> 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226 tacggtagca gagacttggt ctgatcattg accactttat ggt 43 <210> 227 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 227 tacggtagca gagacttggt ctacagcatt ggattgctca 40 <210> 228 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 228 tacggtagca gagacttggt ctggctttaa atcctttgga ca 42 <210> 229 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 229 tacggtagca gagacttggt ctcctgattt tccatcctag ataa 44 <210> 230 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 230 tacggtagca gagacttggt ctacaattta gcaggtagaa gaaaa 45 <210> 231 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 231 tacggtagca gagacttggt ctcggcttct gaataaggat g 41 <210> 232 <211> 41 <212> DNA <213> 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<400> 237 tacggtagca gagacttggt ctatggatgt attcataaga ccatg 45 <210> 238 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 238 tacggtagca gagacttggt ctattgctcc aaagtggatt g 41 <210> 239 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 239 tacggtagca gagacttggt ctgcctattt gagctagaac aaa 43 <210> 240 <211> 48 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 240 tacggtagca gagacttggt ctctaaaggt gaagaattac atgaaaat 48 <210> 241 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 241 tacggtagca gagacttggt ctctaacaag ccaaccagaa c 41 <210> 242 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 242 tacggtagca gagacttggt ctagactggt ccattatctg ag 42 <210> 243 <211> 44 <212> DNA 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tacggtagca gagacttggt ctaaagatct aattggcttt tattagc 47 <210> 249 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 249 tacggtagca gagacttggt ctaaaggtat caatccttgg ttt 43 <210> 250 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 250 tacggtagca gagacttggt cttgctggtc ttaccctagt 40 <210> 251 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 251 tacggtagca gagacttggt ctaagtcaaa ttcaattcct cctag 45 <210> 252 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 252 tacggtagca gagacttggt ctgaagaact ttgagtcagc c 41 <210> 253 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 253 tacggtagca gagacttggt ctcttcagat gtccattaaa tttgc 45 <210> 254 <211> 40 <212> DNA <213> 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tacggtagca gagacttggt ctttatgtat tctggataac tgaaaaca 48 <210> 282 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 282 tacggtagca gagacttggt cttggattgt aatcggtttt atcg 44 <210> 283 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 283 tacggtagca gagacttggt ctgctgaatt cagattcttc aag 43 <210> 284 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 284 tacggtagca gagacttggt ctacagcgat aagttccatg 40 <210> 285 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 285 tacggtagca gagacttggt cttgaaactt ggtaaggatc ttc 43 <210> 286 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 286 tacggtagca gagacttggt ctgagtcact aggttttctg tttt 44 <210> 287 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 287 tacggtagca gagacttggt ctcgctcatg atcccaattt t 41 <210> 288 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 288 tacggtagca gagacttggt ctatttagat acataataaa attcgagcta 50 <210> 289 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 289 tacggtagca gagacttggt ctagaagaac aggataaagc tc 42 <210> 290 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 290 tacggtagca gagacttggt ctagaagatg ggtccaattt tc 42 <210> 291 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 291 tacggtagca gagacttggt ctatttcctg tatttgagtc gg 42 <210> 292 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 292 tacggtagca gagacttggt ctgataaagg ccaaggaaca g 41 <210> 293 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 293 tacggtagca gagacttggt ctaataccat gtctgcctgt 40 <210> 294 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 294 tacggtagca gagacttggt ctgtggattt tcaagatgca aag 43 <210> 295 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 295 tacggtagca gagacttggt ctgaatacat gtagcttaca tggc 44 <210> 296 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 296 tacggtagca gagacttggt ctatcatcta aaccaatggc aag 43 <210> 297 <211> 47 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 297 tacggtagca gagacttggt ctcacctttt agaaaaggat aagtaat 47 <210> 298 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 298 tacggtagca gagacttggt ctggggtaat cctgatttca aaa 43 <210> 299 <211> 46 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 299 tacggtagca gagacttggt ctagaaacaa ccatctttat cttttg 46 <210> 300 <211> 48 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 300 tacggtagca gagacttggt ctagttaaac tattgtttta aaagcctt 48 <210> 301 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 301 tacggtagca gagacttggt cttcgatttg gggtcttcat 40 <210> 302 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 302 tacggtagca gagacttggt ctggcagatt cgacttcatt t 41 <210> 303 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 303 tacggtagca gagacttggt ctttttcttt tgccattagt tgat 44 <210> 304 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 304 tacggtagca gagacttggt ctccatagcc atgaataaag gg 42 <210> 305 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 305 tacggtagca gagacttggt ctgtttggga gcatagactt t 41 <210> 306 <211> 46 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 306 tacggtagca gagacttggt ctcatttgtt ttaattggac cctttt 46 <210> 307 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 307 tacggtagca gagacttggt cttatgattc cagcaattca ga 42 <210> 308 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 308 tacggtagca gagacttggt cttttctaac aaggaagtca tcttt 45 <210> 309 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 309 tacggtagca gagacttggt ctttcgtagt tcagctgttc a 41 <210> 310 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 310 tacggtagca gagacttggt ctgtgacata ccaaatggaa ataag 45 <210> 311 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 311 tacggtagca gagacttggt ctataggtgg tggtaaatgt tttg 44 <210> 312 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 312 tacggtagca gagacttggt ctcttgctcc gaagatttgt t 41 <210> 313 <211> 46 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 313 tacggtagca gagacttggt ctattggacc atttagaaat aaccac 46 <210> 314 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 314 tacggtagca gagacttggt ctaagtttat tgagtgcaga tgtc 44 <210> 315 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 315 tacggtagca gagacttggt cttgtaacag taaaatgggg aaag 44 <210> 316 <211> 49 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 316 tacggtagca gagacttggt ctacctaaga ttatttaggt ctttagatt 49 <210> 317 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 317 tacggtagca gagacttggt ctatggggta atcattttga ctg 43 <210> 318 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 318 tacggtagca gagacttggt cttaccaagg cattcaacaa g 41 <210> 319 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 319 tacggtagca gagacttggt ctctgttagg gcaagtccag 40 <210> 320 <211> 40 <212> DNA <213> 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ctcatacttt tgcttcatgc ag 42 <210> 337 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 337 tacggtagca gagacttggt ctacagaagt catttgcaaa gaa 43 <210> 338 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 338 tacggtagca gagacttggt ctcctgtaat tatctaataa attggcttaa 50 <210> 339 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 339 tgtagaacca tgtcgt 16 <210> 340 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 340 agaccaagtc tctgct 16

Claims (150)

  1. 대상체에서 질환 또는 병태를 진단하거나 이러한 진단을 보조하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
    b) 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포(=2n 식세포) 집단, 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단 및 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 대조군으로부터 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계; 및
    c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 존재를 표시하는 것인 단계.
  2. 대상체에서 질환 또는 병태를 발생시킬 위험을 평가하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
    b) 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포(=2n 식세포) 집단, 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단 및 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 대조군으로부터 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계; 및
    c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태를 발생시킬 위험을 표시하는 것인 단계.
  3. 대상체에서 질환 또는 병태를 예후하거나 이러한 예후를 보조하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
    b) 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포(=2n 식세포) 집단, 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단 및 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 대조군으로부터 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계; 및
    c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 예후를 표시하는 것인 단계.
  4. 대상체에서 질환 또는 병태에 대한 치료의 효능을 평가하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 치료 전 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 치료 전 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 치료 전 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단, 치료 전 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 치료 전 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계,
    치료 전 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포(=2n 식세포) 집단, 치료 전 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단 및 치료 전 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제1 대조군으로부터 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
    제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계;
    b) 치료 후 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 치료 후 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 치료 후 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단, 치료 후 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 치료 후 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제3 프로파일을 결정하는 단계,
    치료 후 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포(=2n 식세포) 집단, 치료 후 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단 및 치료 후 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제2 대조군으로부터 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제4 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
    제3 프로파일과 제4 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계; 및
    c) a)에서 확인된 차이와 b)에서 확인된 차이 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 c)에서 확인된 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태에 대한 치료의 효능을 표시하는 것인 단계.
  5. 대상체에서 질환 또는 병태의 진행 또는 퇴행을 모니터링하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계,
    제1 시점에서 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포(=2n 식세포) 집단, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단 및 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제1 대조군으로부터 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
    제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계;
    b) 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제3 프로파일을 결정하는 단계,
    제2 시점에서 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포(=2n 식세포) 집단, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단 및 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제2 대조군으로부터 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제4 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
    제3 프로파일과 제4 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계; 및
    c) a)에서 확인된 차이와 b)에서 확인된 차이 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 c)에서 확인된 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 진행 또는 퇴행을 표시하는 것인 단계.
  6. 대상체에서 질환 또는 병태를 호전시킬 수 있거나 치료할 수 있는 화합물을 확인하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계,
    화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포(=2n 식세포) 집단, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단 및 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제1 대조군으로부터 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
    제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계;
    b) 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제3 프로파일을 결정하는 단계,
    화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포(=2n 식세포) 집단, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단 및 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제2 대조군으로부터 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제4 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
    제3 프로파일과 제4 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계; 및
    c) a)에서 확인된 차이와 b)에서 확인된 차이 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 c)에서 확인된 차이는 상기 화합물이 대상체에서 상기 질환 또는 병태를 호전시킬 수 있거나 치료할 수 있다는 것을 표시하는 것인 단계.
  7. 대상체에서 질환 또는 병태에 대한 치료의 효능을 평가하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 치료 전 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 치료 전 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 치료 전 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단, 치료 전 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 치료 전 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
    b) 치료 후 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 치료 후 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 치료 후 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단, 치료 후 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계; 및
    c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 확인된 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태에 대한 치료의 효능을 표시하는 것인 단계.
  8. 대상체에서 질환 또는 병태의 진행 또는 퇴행을 모니터링하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
    b) 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계; 및
    c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 확인된 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 진행 또는 퇴행을 표시하는 것인 단계.
  9. 대상체에서 질환 또는 병태를 호전시킬 수 있거나 치료할 수 있는 화합물을 확인하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
    b) 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계; 및
    c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 확인된 차이는 상기 화합물이 대상체에서 상기 질환 또는 병태를 호전시킬 수 있거나 치료할 수 있다는 것을 표시하는 것인 단계.
  10. 대상체에서 질환 또는 병태를 진단하거나 이러한 진단을 보조하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
    b) 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포(=2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 대조군으로부터 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계; 및
    c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 존재를 표시하는 것인 단계.
  11. 대상체에서 질환 또는 병태를 발생시킬 위험을 평가하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
    b) 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포(=2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 대조군으로부터 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계; 및
    c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태를 발생시킬 위험을 표시하는 것인 단계.
  12. 대상체에서 질환 또는 병태를 예후하거나 이러한 예후를 보조하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
    b) 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포(=2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 대조군으로부터 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계; 및
    c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 예후를 표시하는 것인 단계.
  13. 대상체에서 질환 또는 병태에 대한 치료의 효능을 평가하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 치료 전 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 치료 전 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 치료 전 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 치료 전 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 치료 전 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계,
    치료 전 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포(=2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 치료 전 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단으로부터 단리된 분석물 및 치료 전 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제1 대조군으로부터 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
    제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계;
    b) 치료 후 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 치료 후 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 치료 후 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 치료 후 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 치료 후 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제3 프로파일을 결정하는 단계,
    치료 후 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포(=2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 치료 후 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단으로부터 단리된 분석물 및 치료 후 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제2 대조군으로부터 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제4 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
    제3 프로파일과 제4 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계; 및
    c) a)에서 확인된 차이와 b)에서 확인된 차이 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 c)에서 확인된 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태에 대한 치료의 효능을 표시하는 것인 단계.
  14. 대상체에서 질환 또는 병태의 진행 또는 퇴행을 모니터링하는 단계로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계,
    제1 시점에서 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포(=2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단으로부터 단리된 분석물 및 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제1 대조군으로부터 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
    제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계;
    b) 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제3 프로파일을 결정하는 단계,
    제2 시점에서 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포(=2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단으로부터 단리된 분석물 및 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제2 대조군으로부터 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제4 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
    제3 프로파일과 제4 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계; 및
    c) a)에서 확인된 차이와 b)에서 확인된 차이 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 c)에서 확인된 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 진행 또는 퇴행을 표시하는 것인 단계.
  15. 대상체에서 질환 또는 병태를 호전시킬 수 있거나 치료할 수 있는 화합물을 확인하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계,
    화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포(=2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단으로부터 단리된 분석물 및 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제1 대조군으로부터 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
    제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계;
    b) 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제3 프로파일을 결정하는 단계,
    화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 2n의 DNA 함량을 갖는 식세포(=2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 비-식세포 집단으로부터 단리된 분석물 및 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 제2 대조군으로부터 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제4 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계, 및
    제3 프로파일과 제4 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계; 및
    c) a)에서 확인된 차이와 b)에서 확인된 차이 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 c)에서 확인된 차이는 상기 화합물이 대상체에서 상기 질환 또는 병태를 호전시킬 수 있거나 치료할 수 있다는 것을 표시하는 것인 단계.
  16. 대상체에서 질환 또는 병태에 대한 치료의 효능을 평가하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 치료 전 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 치료 전 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 치료 전 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 치료 전 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 치료 전 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
    b) 치료 후 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 치료 후 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 치료 후 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 치료 후 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 대조군 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계로서, 이때 상기 대조군 세포는 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포를 실질적으로 갖지 않는 것인 단계; 및
    c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 확인된 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태에 대한 치료의 효능을 표시하는 것인 단계.
  17. 대상체에서 질환 또는 병태의 진행 또는 퇴행을 모니터링하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 제1 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
    b) 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 제2 시점에서 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계; 및
    c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 확인된 차이는 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 진행 또는 퇴행을 표시하는 것인 단계.
  18. 대상체에서 질환 또는 병태를 호전시킬 수 있거나 치료할 수 있는 화합물을 확인하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 화합물을 대상체에게 투여하기 전에 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제1 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
    b) 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 화합물을 대상체에게 투여한 후에 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 제2 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제2 프로파일을 결정하는 단계; 및
    c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 확인된 차이는 상기 화합물이 대상체에서 상기 질환 또는 병태를 호전시킬 수 있거나 치료할 수 있다는 것을 표시하는 것인 단계.
  19. 대상체에서 질환 또는 병태를 진단하거나 이러한 진단을 보조하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계; 및
    b) 상기 제1 프로파일과, 상기 질환 또는 병태의 상기 마커의 저장소(repository)로부터의 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 상기 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 존재를 표시하는 것인 단계.
  20. 대상체에서 질환 또는 병태를 발생시킬 위험을 평가하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계; 및
    b) 상기 제1 프로파일과, 상기 질환 또는 병태의 상기 마커의 저장소로부터의 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 상기 대상체에서 상기 질환 또는 병태를 발생시킬 위험을 표시하는 것인 단계.
  21. 대상체에서 질환 또는 병태를 예후하거나 이러한 예후를 보조하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액, 대상체로부터 단리된 식세포 집단, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계; 및
    b) 상기 제1 프로파일과, 상기 질환 또는 병태의 상기 마커의 저장소로부터의 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 상기 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 예후를 표시하는 것인 단계.
  22. 대상체에서 질환 또는 병태를 진단하거나 이러한 진단을 보조하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 성분을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계; 및
    b) 상기 제1 프로파일과, 상기 질환 또는 병태의 상기 마커의 저장소로부터의 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 상기 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 존재를 표시하는 것인 단계.
  23. 대상체에서 질환 또는 병태를 발생시킬 위험을 평가하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로부터 단리된 분석물로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계; 및
    b) 상기 제1 프로파일과, 상기 질환 또는 병태의 상기 마커의 저장소로부터의 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 상기 대상체에서 상기 질환 또는 병태를 발생시킬 위험을 표시하는 것인 단계.
  24. 대상체에서 질환 또는 병태를 예후하거나 이러한 예후를 보조하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 대상체로부터 단리된 세포 무함유 체액으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 식세포 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 2n 초과의 DNA 함량을 갖는 식세포(>2n 식세포) 집단으로부터 단리된 분석물, 대상체로부터 단리된 순환 소포 집단으로부터 단리된 분석물 및 대상체로부터 단리된 순환 병든 세포 집단으로 구성된 군으로부터 선택된 2개 이상의 상이한 성분들을 포함하는 샘플로부터 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커의 제1 프로파일을 결정하는 단계; 및
    b) 상기 제1 프로파일과, 상기 질환 또는 병태의 상기 마커의 저장소로부터의 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 마커의 제2 프로파일 사이의 차이를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이는 상기 대상체에서 상기 질환 또는 병태의 예후를 표시하는 것인 단계.
  25. 제1항 내지 제3항 및 제10항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커 중 적어도 하나가 대조군에 비해 샘플에서 상향조절되어 있거나 활성화되어 있는 것인 방법.
  26. 제1항 내지 제3항 및 제10항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커 중 적어도 하나가 대조군에 비해 샘플에서 하향조절되어 있거나 억제되어 있는 것인 방법.
  27. 제4항 내지 제6항 및 제13항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커 중 적어도 하나가 제1 대조군에 비해 제1 샘플에서 또는 제2 대조군에 비해 제2 샘플에서 상향조절되어 있거나 활성화되어 있는 것인 방법.
  28. 제4항 내지 제6항 및 제13항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커 중 적어도 하나가 제1 대조군에 비해 제1 샘플에서 또는 제2 대조군에 비해 제2 샘플에서 하향조절되어 있거나 억제되어 있는 것인 방법.
  29. 제7항 내지 제9항 및 제16항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커 중 적어도 하나가 제2 샘플에 비해 제1 샘플에서 상향조절되어 있거나 활성화되어 있는 것인 방법.
  30. 제7항 내지 제9항 및 제16항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커 중 적어도 하나가 제2 샘플에 비해 제1 샘플에서 하향조절되어 있거나 억제되어 있는 것인 방법.
  31. 제19항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커 중 적어도 하나가 저장소에 비해 샘플에서 상향조절되어 있거나 활성화되어 있는 것인 방법.
  32. 제19항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커 중 적어도 하나가 저장소에 비해 샘플에서 하향조절되어 있거나 억제되어 있는 것인 방법.
  33. 제1항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 프로파일 또는 제2 프로파일이 상기 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 부재를 포함하는 것인 방법.
  34. 제4항 내지 제6항 및 제13항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 제3 프로파일 또는 제4 프로파일이 상기 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커 중 적어도 하나의 부재를 포함하는 것인 방법.
  35. 제1항 내지 제9항 및 제19항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 순환 병든 세포, 질환 또는 병태에 의해 영향받지 않은 대조군 세포, 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 또는 비-식세포를 포함하고, 순환 병든 세포, 질환 또는 병태에 의해 영향받지 않은 대조군 세포, 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 또는 비-식세포를 용해시키는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  36. 제1항 내지 제9항, 제19항 내지 제21항 및 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 순환 병든 세포, 질환 또는 병태에 의해 영향받지 않은 대조군 세포, 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 또는 비-식세포를 포함하고, 순환 병든 세포, 질환 또는 병태에 의해 영향받지 않은 대조군 세포, 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 또는 비-식세포로부터 세포 내용물 중 적어도 일부를 추출하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  37. 제1항 내지 제9항, 제19항 내지 제21항, 제35항 및 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 세포 무함유 체액을 포함하고, 세포 무함유 체액으로부터 하나 이상의 마커를 추출하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  38. 제1항 내지 제9항 및 제19항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 세포 무함유 체액을 포함하고, 상기 세포 무함유 체액이 경신장(transrenal) 핵산을 포함하는 것인 방법.
  39. 제1항 내지 제38항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커 중 적어도 하나가 순환 병든 세포, 세포 무함유 체액 샘플, 식세포 또는 >2n 식세포에 존재하는 것인 방법.
  40. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커 중 적어도 하나가 순환 병든 세포, 세포 무함유 체액 샘플, 식세포 또는 >2n 식세포에 존재하지 않는 것인 방법.
  41. 제1항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 순환 병든 세포, 질환 또는 병태에 의해 영향받지 않은 대조군 세포, 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 및 비-식세포 중 하나 이상의 세포가 제핵되는(enucleated) 것인 방법.
  42. 제41항에 있어서, 세포가 물리적 제거, 화학적 처리, 광절제(photoablation) 또는 자외선 조사를 이용하여 제핵되는 것인 방법.
  43. 제42항에 있어서, 물리적 제거가 미세바늘, 광학 집게(optical tweezer) 또는 흡입(aspiration)을 이용하는 것인 방법.
  44. 제19항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 저장소가 데이터 마이닝(mining)에 의해 수득되는 것인 방법.
  45. 제1항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서, 식세포, >2n 식세포 또는 =2n 식세포가 호중구, 대식세포, 단핵세포, 수지상세포, 포말세포, 비만세포, 호산구, 각질세포 또는 이들의 혼합물인 방법.
  46. 제1항 내지 제45항 중 어느 한 항에 있어서, 비-식세포가 T 세포, B 세포, 널(null) 세포, 호염구 또는 이들의 혼합물인 방법.
  47. 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 순환 병든 세포가 혈액 세포, 종양 세포, 림프종 세포, 태아 세포, 아폽토시스 세포, 상피세포, 내피세포, 줄기세포, 전구세포, 중간엽세포, 조골세포, 골세포, 조혈 줄기세포, 포말세포, 지방세포, 경자궁경부(transcervical) 세포, 순환 심장세포, 순환 섬유세포, 순환 근육세포, 신장으로부터의 순환 세포, 위장관으로부터의 순환 세포, 폐로부터의 순환 세포, 생식 장기로부터의 순환 세포, 중추신경계로부터의 순환 세포, 순환 간세포, 비장으로부터의 순환 세포, 흉선으로부터의 순환 세포, 갑상선으로부터의 순환 세포, 내분비선으로부터의 순환 세포, 부갑상선으로부터의 순환 세포, 뇌하수체로부터의 순환 세포, 부신으로부터의 순환 세포, 랑게르한스섬으로부터의 순환 세포, 췌장으로부터의 순환 세포, 시상하부로부터의 순환 세포, 전립선 조직으로부터의 순환 세포, 유방 조직으로부터의 순환 세포, 순환 망막세포로부터의 순환 세포, 순환 시세포, 순환 청세포, 순환 표피세포, 요로로부터의 순환 세포 또는 이들의 혼합물인 방법.
  48. 제1항 내지 제47항 중 어느 한 항에 있어서, 대조군 세포가 정상 세포인 방법.
  49. 제1항 내지 제48항 중 어느 한 항에 있어서, 대조군 세포가 순환 세포인 방법.
  50. 제1항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, 순환 소포가 순환 미세소포, 아폽토시스 소체(apoptotic bodies), 미세입자, 막-결합된 소포, 다소포체, 나노소포, 미세입자 및 ARRDC-1 매개 미세소포(ARMM)로 구성된 군으로부터 선택되는 것인 방법.
  51. 제50항에 있어서, 순환 미세소포가 엑소좀 또는 소변 엑소좀인 방법.
  52. 제1항 내지 제51항 중 어느 한 항에 있어서, 세포 무함유 체액이 체액으로부터 분리된 것인 방법.
  53. 제52항에 있어서, 체액이 혈액, 소변, 대변, 타액, 림프액, 뇌척수액, 활액, 낭액, 복수, 흉막 삼출액, 제1 석달(trimester)의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 제2 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 제3 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 모체 혈액, 양수, 융모막 융모 샘플, 착상전 배아로부터의 유체, 모체 소변, 모체 타액, 태반 샘플, 태아 혈액, 세척액 및 자궁경부 질 유체, 간질액, 협측 면봉(buccal swab) 샘플, 객담, 기관지 세척액, 팝 도말(Pap smear) 샘플 또는 안액인 방법.
  54. 제52항 또는 제53항에 있어서, 세포 무함유 체액이 여과, 원심분리, 유동세포측정, 형광 활성화된 세포 분류, 구배-기초(based) 원심분리, 용출, 마이크로플루이딕스(microfluidics), 자기 분리 기법, 형광-자기 분리 기법, 나노구조, 양자점, 고처리율 현미경-기초 플랫폼 또는 이들의 조합에 의해 분리되는 것인 방법.
  55. 제52항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 세포 무함유 체액이 샘플에 존재하는 물질을 사용함으로써 분리되는 것인 방법.
  56. 제55항에 있어서, 물질이 상기 질환 또는 병태의 마커의 생성물인 방법.
  57. 제1항 내지 제56항 중 어느 한 항에 있어서, 세포 무함유 체액이 혈장 또는 혈청인 방법.
  58. 제1항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 또는 비-식세포가 대상체의 체액, 조직 또는 세포로부터 단리된 것인 방법.
  59. 제58항에 있어서, 체액 샘플이 혈액, 소변, 대변, 타액, 림프액, 뇌척수액, 활액, 낭액, 복수, 흉막 삼출액, 제1 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 제2 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 제3 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 모체 혈액, 양수, 융모막 융모 샘플, 착상전 배아로부터의 유체, 모체 소변, 모체 타액, 태반 샘플, 태아 혈액, 세척액 및 자궁경부 질 유체, 간질액, 협측 면봉 샘플, 객담, 기관지 세척액, 팝 도말 샘플 또는 안액인 방법.
  60. 제58항에 있어서, 세포가 백혈구 세포인 방법.
  61. 제58항 내지 제60항 중 어느 한 항에 있어서, 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 또는 비-식세포가 항체를 사용함으로써 단리된 것인 방법.
  62. 제58항 내지 제60항 중 어느 한 항에 있어서, 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 또는 비-식세포가 유동세포측정, 형광 활성화된 세포 분류, 여과, 구배-기초 원심분리, 용출, 마이크로플루이딕스, 자기 분리 기법, 형광-자기 분리 기법, 나노구조, 양자점, 고처리율 현미경-기초 플랫폼 또는 이들의 조합에 의해 단리된 것인 방법.
  63. 제1항 내지 제62항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커가 핵산, 단백질, 지질, 탄수화물, 대사물질 또는 이의 조합인 방법.
  64. 제63항에 있어서, 핵산이 뉴클레오티드, 올리고뉴클레오티드, DNA, RNA 또는 DNA-RNA 혼성체인 방법.
  65. 제64항에 있어서, DNA가 이중 가닥 DNA, 단일 가닥 DNA, 다중 가닥 DNA, 상보적 DNA, 게놈 DNA 또는 비-코딩 DNA인 방법.
  66. 제64항에 있어서, RNA가 메신저 RNA(mRNA), 마이크로RNA(miRNA), 작은 핵인 RNA(snoRNA), 리보좀 RNA(rRNA), 전달 RNA(tRNA), 작은 간섭 RNA(siRNA), 이종 핵 RNA(hnRNA) 또는 작은 헤어핀 RNA(shRNA)인 방법.
  67. 제63항에 있어서, 단백질이 아미노산, 펩티드, 효소, 항원, 항체, 사이토카인, 지단백질, 당단백질 또는 호르몬인 방법.
  68. 제63항에 있어서, 지질이 지방산, 중성 지방, 포스파타이드, 콜레스테롤, 콜레스테롤 에스테르, 트리글리세라이드, 당지질, 글리세로지질, 글리세로인지질, 스핑고지질, 스테롤 지질, 프레놀 지질, 사카로지질, 폴리케타이드, 콜린 글리세로인지질, 에탄올아민 글리세로인지질, 포스파티딜이노시톨, 포스파티딜글리세롤, 포스파티딜세린, 라이소-콜린 글리세로인지질, 라이소-에탄올아민 글리세로인지질, 포스파티드산, 라이소-포스파티드산, 스핑고미엘린, 갈락토실세라마이드, 글루코실세라마이드, 유리 지방산, 프로스타글란딘, 트리아실글리세롤, 디아실글리세롤, 모노아실글리세롤, 아실-CoA, 아실카르니틴, 옥시스테롤, 세라마이드, 카디오리핀, 스핑고이드 염기-1-포스페이트, 싱고신(shingosine), 라이소-스핑고미엘린, 강글리오사이드, 플라스말로겐, 설파타이드, 저밀도 지단백질(LDL), 초저밀도 지단백질(VLDL), 고밀도 지단백질(HDL), 스핑고이드 염기-1-포스페이트 또는 이들의 유도체인 방법.
  69. 제63항에 있어서, 탄수화물이 단당류, 이당류, 다당류, 올리고당류 또는 이들의 유도체인 방법.
  70. 제63항에 있어서, 대사물질이 일차 대사물질, 이차 대사물질, 유기 대사물질, 무기 대사물질, 프로스타글란딘, 하이드록시에이코사테트라엔산, 하이드록시옥타데카디엔산, 스테로이드, 담즙산, 비타민 또는 이들의 유도체인 방법.
  71. 제1항 내지 제3항, 제10항 내지 제12항 및 제19항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 프로파일이 핵산 프로파일, 단백질 프로파일, 지질 프로파일, 탄수화물 프로파일, 대사물질 프로파일 또는 이들의 조합인 방법.
  72. 제65항에 있어서, 프로파일이 정성 분석, 정량 분석 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
  73. 제4항 내지 제9항 및 제13항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 프로파일 또는 제2 프로파일이 핵산 프로파일, 단백질 프로파일, 지질 프로파일, 탄수화물 프로파일, 대사물질 프로파일 또는 이들의 조합인 방법.
  74. 제65항에 있어서, 제1 프로파일 또는 제2 프로파일이 정성 분석, 정량 분석 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
  75. 제4항 내지 제6항 및 제74항 중 어느 한 항에 있어서, 제3 프로파일 또는 제4 프로파일이 핵산 프로파일, 단백질 프로파일, 지질 프로파일, 탄수화물 프로파일, 대사물질 프로파일 또는 이들의 조합인 방법.
  76. 제75항에 있어서, 제3 프로파일 또는 제4 프로파일이 정성 분석, 정량 분석 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
  77. 제72항, 제66항 및 제76항 중 어느 한 항에 있어서, 정량 분석이 서열결정, 표적화된 서열결정, 단일 분자 실시간 서열결정, 전자 현미경관찰-기초 서열결정, 트랜지스터-매개 서열결정, 직접적인 서열결정, 무작위 숏건(shotgun) 서열결정, 생거(Sanger) 디데옥시 종결 서열결정, 엑손 서열결정, 전체 게놈 서열결정, 혼성화에 의한 서열결정, 피로서열결정(pyrosequencing), 모세관 전기영동, 겔 전기영동, 이중체 서열결정, 사이클 서열결정, 단일-염기 연장 서열결정, 고체-상 서열결정, 고처리율 서열결정, 대량 병렬 시그너처(signature) 서열결정, 에멀젼 PCR, 다중(multiplex) PCR, 보다 낮은 변성 온도에서의 공-증폭 PCR(COLD-PCR), 가역적 염료 종결제에 의한 서열결정, 짝지어진-말단(paired-end) 서열결정, 단기(near-term) 서열결정, 엑소뉴클레아제(exonuclease) 서열결정, 연결(ligation)에 의한 서열결정, 짧은-판독(short-read) 서열결정, 단일-분자 서열결정, 합성에 의한 서열결정, 실시간 서열결정, 역방향-종결제 서열결정, 나노공극 서열결정, 454 서열결정, 솔렉사(Solexa) 게놈 분석기 서열결정, SOLiD® 서열결정, MS-PET 서열결정, 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에(Fourier) 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 중합효소 연쇄 반응(PCR) 분석, 보다 낮은 변성 온도에서의 공-증폭 PCR(COLD-PCR), 다중 PCR, 정량 PCR, 실시간 PCR, 형광 분석, 비색 분석, 화학발광 분석 또는 이들의 조합을 이용하는 것인 방법.
  78. 제77항에 있어서, 핵산 프로파일이 유전형 프로파일, 단일 뉴클레오티드 다형성 프로파일, 유전자 돌연변이 프로파일, 유전자 카피수 프로파일, DNA 메틸화 프로파일, DNA 아세틸화 프로파일, 염색체량(chromosome dosage) 프로파일, 유전자 발현 프로파일 또는 이들의 조합인 방법.
  79. 제77항에 있어서, 핵산 프로파일이 중합효소 연쇄 반응(PCR) 분석, 서열결정 분석, 전기영동 분석, 제한 단편 길이 다형성(RFLP) 분석, 노던 블롯 분석, 정량 PCR, 역전사효소-PCR 분석(RT-PCR), 대립형질 특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화 분석, 비교 게놈 혼성화, 이종이중체 이동성 분석(HMA), 단일 가닥 입체구조 다형성(SSCP), 변성 구배 겔 전기영동(DGGE), RNAase 불일치 분석, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 표면 플라스몬 공명, 서던 블롯 분석, 제자리 혼성화, 형광 제자리 혼성화(FISH), 발색 제자리 혼성화(CISH), 면역조직화학(IHC), 마이크로어레이, 비교 게놈 혼성화, 핵형분석, 다중 연결 의존성 프로브 증폭(MLPA), 짧은 형광 단편의 정량 다중 PCR(QMPSF), 현미경관찰, 메틸화 특이적 PCR(MSP) 분석, 연결-매개된 PCR에 의한 HpaII 소단편 농축(HELP) 분석, 방사성 아세테이트 라벨링 분석, 비색 DNA 아세틸화 분석, 마이크로어레이와 조합된 염색질 면역침전(ChlP-온-칩) 분석, 제한 랜드마크 게놈 스캐닝, 메틸화된 DNA 면역침전(MeDIP), DNA 아데닌 메틸트랜스퍼라제 활성에 대한 분자 절단 광 분석, 크로마토그래피 분리, 메틸화 민감성 제한효소 분석, 우라실로의 비-메틸화된 사이토신의 중아황산염-유도된 전환, 보다 낮은 변성 온도에서의 공-증폭 PCR(COLD-PCR), 다중 PCR, 메틸-결합 PCR 분석 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
  80. 제77항에 있어서, 핵산 프로파일이 표적화된 서열결정, 단일 분자 실시간 서열결정, 엑손 서열결정, 전자 현미경관찰-기초 서열결정, 트랜지스터-매개 서열결정, 직접적인 서열결정, 무작위 숏건 서열결정, 생거 디데옥시 종결 서열결정, 전체 게놈 서열결정, 혼성화에 의한 서열결정, 피로서열결정, 모세관 전기영동, 겔 전기영동, 이중체 서열결정, 사이클 서열결정, 단일-염기 연장 서열결정, 고체-상 서열결정, 고처리율 서열결정, 대량 병렬 시그너처 서열결정, 에멀젼 PCR, 보다 낮은 변성 온도에서의 공-증폭 PCR(COLD-PCR), 다중 PCR, 가역적 염료 종결제에 의한 서열결정, 짝지어진-말단 서열결정, 단기 서열결정, 엑소뉴클레아제 서열결정, 연결에 의한 서열결정, 짧은-판독 서열결정, 단일-분자 서열결정, 합성에 의한 서열결정, 실시간 서열결정, 역방향-종결제 서열결정, 나노공극 서열결정, 454 서열결정, 솔렉사 게놈 분석기 서열결정, SOLiD® 서열결정, MS-PET 서열결정, 질량 분광측정 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된 서열결정 기법에 의해 결정되는 것인 방법.
  81. 제77항에 있어서, 단백질 프로파일이 단백질 발현 프로파일, 단백질 활성화 프로파일 또는 이들의 조합인 방법.
  82. 제77항에 있어서, 단백질 프로파일이 면역조직화학분석, 효소-연결된 면역흡착 분석(ELISA), 제자리 혼성화, 크로마토그래피, 액체 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피, 고성능 액체 크로마토그래피(HPLC), 기체 크로마토그래피, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 방사면역분석, 현미경관찰, 마이크로플루이딕 칩-기초 분석, 표면 플라스몬 공명, 서열결정, 웨스턴 블롯팅 분석 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
  83. 제77항에 있어서, 단백질 활성화 프로파일이 하나 이상의 마커의 인산화 상태, 유비퀴틴화 상태, 미리스토일화 상태, 입체구조적(conformational) 상태 또는 이들의 조합을 결정하는 것을 포함하는 것인 방법.
  84. 제77항에 있어서, 지질 프로파일이 크로마토그래피, 액체 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피, 고성능 액체 크로마토그래피(HPLC), 기체 크로마토그래피, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 방사면역분석, 마이크로플루이딕 칩-기초 분석, 형광의 검출, 화학발광의 검출 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
  85. 제77항에 있어서, 탄수화물 프로파일이 크로마토그래피, 액체 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피, 박동 전류측정 검출을 이용하는 고성능 음이온 교환 크로마토그래피(HPAEC-PAD), 액체 크로마토그래피, 기체 크로마토그래피, 형광 분석, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 방사면역분석, 마이크로플루이딕 칩-기초 분석, 형광의 검출, 화학발광의 검출 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
  86. 제1항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 2개 이상의 질환 또는 병태를 갖는 것인 방법.
  87. 제86항에 있어서, 대상체가 하나 이상의 출생전 또는 임신 관련 질환 또는 병태를 갖는 것인 방법.
  88. 제1항 내지 제87항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 포유동물인 방법.
  89. 제89항에 있어서, 포유동물이 인간인 방법.
  90. 제1항 내지 제89항 중 어느 한 항에 있어서, 질환 또는 병태가 심혈관 질환 또는 병태, 신장 관련 질환 또는 병태, 출생전 또는 임신 관련 질환 또는 병태, 신경 또는 신경정신 질환 또는 병태, 자가면역 또는 면역 관련 질환 또는 병태, 암, 감염성 질환 또는 병태, 미토콘드리아 장애, 호흡-위장관 질환 또는 병태, 생식 질환 또는 병태, 안 질환 또는 병태, 근육-골격 질환 또는 병태, 또는 피부 질환 또는 병태인 방법.
  91. 제1항 내지 제90항 중 어느 한 항에 있어서, 차이가 1배 초과의 차이인 방법.
  92. 제91항에 있어서, 차이가 1.05배, 1.1배, 1.2배, 1.3배, 1.4배, 1.5배, 2배, 2.5배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배 또는 10배 이상의 차이인 방법.
  93. 제4항 내지 제6항 및 제13항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 프로파일과 제4 프로파일이 동일한 것인 방법.
  94. 질환 또는 병태에 대한 하나 이상의 마커를 확인하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체로부터의 세포 무함유 체액, 및 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체로부터의 식세포 집단 또는 >2n 식세포 집단을 포함하는 샘플로부터의 분석물의 제1 프로파일을 결정하는 단계,
    상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체로부터의 =2n 식세포 집단 또는 비-식세포 집단으로부터의 분석물의 제2 프로파일을 결정하는 단계, 및
    제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이의 세트를 확인하는 단계로서, 이때 차이의 제1 세트는 제2 프로파일에 비해 상대적으로 제1 프로파일에 대해 특이적인 것인 단계;
    b) 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체로부터의 세포 무함유 체액, 및 상기 질환 또는 병태를 갖지 않는 대조군 대상체로부터의 식세포 집단 또는 >2n 식세포 집단을 포함하는 샘플로부터의 분석물의 제3 프로파일을 결정하는 단계,
    상기 질환 또는 병태를 갖지 않는 대조군 대상체로부터의 =2n 식세포 집단 또는 비-식세포 집단으로부터의 분석물의 제4 프로파일을 결정하는 단계, 및
    제3 프로파일과 제4 프로파일 사이의 차이의 세트를 확인하는 단계로서, 이때 차이의 제2 세트는 제4 프로파일에 비해 상대적으로 제3 프로파일에 대해 특이적인 것인 단계; 및
    c) b)에서 확인된 차이의 세트에 비해 상대적으로 a)에서 확인된 차이의 세트에 대해 특이적인 하나 이상의 분석물을 확인하는 단계로서, 이때 c)에서 확인된 분석물은 상기 질환 또는 병태의 마커인 단계.
  95. 질환 또는 병태에 대한 하나 이상의 마커를 확인하는 방법으로서, 하기 단계들을 포함하는 방법:
    a) 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체로부터의 세포 무함유 체액, 및 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체로부터의 식세포 집단 또는 >2n 식세포 집단을 포함하는 샘플로부터의 분석물의 제1 프로파일을 결정하는 단계;
    b) 상기 제1 프로파일을, 상기 질환 또는 병태를 갖지 않는 대조군 대상체로부터의 분석물의 저장소로부터 유래된 제2 프로파일과 비교하는 단계;
    c) 제1 프로파일과 제2 프로파일 사이의 차이의 세트를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이의 세트는 제2 프로파일에 비해 상대적으로 제1 프로파일에 대해 특이적인 것인 단계; 및
    d) 상기 차이의 세트에 대해 특이적인 하나 이상의 분석물을 확인하는 단계로서, 이때 확인된 분석물은 상기 질환 또는 병태의 마커인 단계.
  96. 제95항에 있어서, 하기 단계들을 추가로 포함하는 방법:
    a) 상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체에서 상기 질환 또는 병태에 의해 영향받은 세포 또는 조직으로부터의 분석물의 제5 프로파일을 수득하는 단계,
    상기 질환 또는 병태를 갖는 대상체에서 상기 질환 또는 병태에 의해 영향받지 않은 세포 또는 조직으로부터의 분석물의 제6 프로파일을 수득하는 단계, 및
    제5 프로파일과 제6 프로파일 사이의 차이의 세트를 확인하는 단계로서, 이때 상기 차이의 세트는 제6 프로파일에 비해 상대적으로 제5 프로파일에 대해 특이적인 것인 단계; 및
    b) d)에서 확인된 차이의 세트에 존재하는 c)의 하나 이상의 마커 중 적어도 하나를 확인하는 단계.
  97. 제90항 내지 제96항 중 어느 한 항에 있어서, 세포 무함유 체액으로부터 하나 이상의 마커를 추출하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  98. 제90항 내지 제97항 중 어느 한 항에 있어서, 단계 a) 전에 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 또는 비-식세포를 용해시키는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  99. 제90항 내지 제98항 중 어느 한 항에 있어서, 단계 a) 전에 식세포, >2n 식세포, =2n 식세포 또는 비-식세포로부터 세포 내용물 중 적어도 일부를 추출하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  100. 제90항 내지 제99항 중 어느 한 항에 있어서, 식세포 또는 >2n 식세포가 생존가능한 병든 세포, 사멸된 병든 세포, 아폽토시스성 병든 세포, 순환 종양 세포, 감염성 물질(infectious agents), 태아 세포, 영양막세포 또는 이들의 단편을 포함하는 것인 방법.
  101. 제90항 내지 제100항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커 중 적어도 하나가 세포 무함유 체액 샘플, 식세포 또는 >2n 식세포에 존재하는 것인 방법.
  102. 제90항 내지 제101항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 질환 또는 병태의 하나 이상의 마커 중 적어도 하나가 세포 무함유 체액 샘플, 식세포 또는 >2n 식세포에 존재하지 않는 것인 방법.
  103. 제90항 내지 제102항 중 어느 한 항에 있어서, 단계 c)의 확인된 차이를 상기 질환 또는 병태의 하나 이상의 공지된 마커의 저장소와 비교하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  104. 제97항에 있어서, 저장소가 데이터 마이닝에 의해 수득되는 것인 방법.
  105. 제90항 내지 제104항 중 어느 한 항에 있어서, 식세포, >2n 식세포 또는 =2n 식세포가 호중구, 대식세포, 단핵세포, 수지상세포, 포말세포, 비만세포, 호산구, 각질세포 또는 이들의 혼합물인 방법.
  106. 제90항 내지 제105항 중 어느 한 항에 있어서, 비-식세포가 T 세포, B 세포, 널 세포, 호염구 또는 이들의 혼합물인 방법.
  107. 제90항 내지 제106항 중 어느 한 항에 있어서, 세포 무함유 체액이 체액으로부터 분리된 것인 방법.
  108. 제107항에 있어서, 체액 샘플이 혈액, 소변, 대변, 타액, 림프액, 뇌척수액, 활액, 낭액, 복수, 흉막 삼출액, 제1 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 제2 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 제3 석달의 임신 여성으로부터 수득된 유체, 모체 혈액, 양수, 융모막 융모 샘플, 착상전 배아로부터의 유체, 모체 소변, 모체 타액, 태반 샘플, 태아 혈액, 세척액 및 자궁경부 질 유체, 간질액 또는 안액인 방법.
  109. 제107항 또는 제108항에 있어서, 세포 무함유 체액 샘플이 여과, 원심분리, 유동세포측정, 형광 활성화된 세포 분류, 구배-기초 원심분리, 용출, 마이크로플루이딕스, 자기 분리 기법, 형광-자기 분리 기법, 나노구조, 양자점, 고처리율 현미경-기초 플랫폼 또는 이들의 조합에 의해 분리되는 것인 방법.
  110. 제109항에 있어서, 세포 무함유 체액 샘플이 샘플에 존재하는 물질을 사용함으로써 분리되는 것인 방법.
  111. 제90항 내지 제110항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커가 핵산, 단백질, 지질, 탄수화물, 대사물질 또는 이들의 조합인 방법.
  112. 제111항에 있어서, 핵산이 뉴클레오티드, 올리고뉴클레오티드, DNA, RNA 또는 DNA-RNA 혼성체인 방법.
  113. 제112항에 있어서, DNA가 이중 가닥 DNA, 단일 가닥 DNA, 다중 가닥 DNA, 상보적 DNA, 게놈 DNA 또는 비-코딩 DNA인 방법.
  114. 제112항에 있어서, RNA가 메신저 RNA(mRNA), 마이크로RNA(miRNA), 작은 핵인 RNA(snoRNA), 리보좀 RNA(rRNA), 전달 RNA(tRNA), 작은 간섭 RNA(siRNA), 이종 핵 RNA(hnRNA) 또는 작은 헤어핀 RNA(shRNA)인 방법.
  115. 제111항에 있어서, 단백질이 아미노산, 펩티드, 효소, 항원, 항체, 사이토카인, 지단백질, 당단백질 또는 호르몬인 방법.
  116. 제111항에 있어서, 지질이 지방산, 중성 지방, 포스파타이드, 콜레스테롤, 콜레스테롤 에스테르, 트리글리세라이드, 당지질, 글리세로지질, 글리세로인지질, 스핑고지질, 스테롤 지질, 프레놀 지질, 사카로지질, 폴리케타이드, 콜린 글리세로인지질, 에탄올아민 글리세로인지질, 포스파티딜이노시톨, 포스파티딜글리세롤, 포스파티딜세린, 라이소-콜린 글리세로인지질, 라이소-에탄올아민 글리세로인지질, 포스파티드산, 라이소-포스파티드산, 스핑고미엘린, 갈락토실세라마이드, 글루코실세라마이드, 유리 지방산, 프로스타글란딘, 트리아실글리세롤, 디아실글리세롤, 모노아실글리세롤, 아실-CoA, 아실카르니틴, 옥시스테롤, 세라마이드, 카디오리핀, 스핑고이드 염기-1-포스페이트, 싱고신(shingosine), 라이소-스핑고미엘린, 강글리오사이드, 플라스말로겐, 설파타이드, 저밀도 지단백질(LDL), 초저밀도 지단백질(VLDL), 고밀도 지단백질(HDL), 스핑고이드 염기-1-포스페이트 또는 이들의 유도체인 방법.
  117. 제111항에 있어서, 탄수화물이 단당류, 이당류, 다당류, 올리고당류 또는 이들의 유도체인 방법.
  118. 제111항에 있어서, 대사물질이 일차 대사물질, 이차 대사물질, 유기 대사물질, 무기 대사물질, 프로스타글란딘, 하이드록시에이코사테트라엔산, 하이드록시옥타데카디엔산, 스테로이드, 담즙산, 비타민 또는 이들의 유도체인 방법.
  119. 제90항 내지 제118항 중 어느 한 항에 있어서, 프로파일이 핵산 프로파일, 단백질 프로파일, 지질 프로파일, 탄수화물 프로파일, 대사물질 프로파일 또는 이들의 조합인 방법.
  120. 제119항에 있어서, 프로파일이 정성 분석, 정량 분석 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
  121. 제120항에 있어서, 정량 분석이 서열결정, 표적화된 서열결정, 단일 분자 실시간 서열결정, 엑손 서열결정, 전자 현미경관찰-기초 서열결정, 트랜지스터-매개 서열결정, 직접적인 서열결정, 무작위 숏건 서열결정, 생거 디데옥시 종결 서열결정, 전체 게놈 서열결정, 혼성화에 의한 서열결정, 피로서열결정, 모세관 전기영동, 겔 전기영동, 이중체 서열결정, 사이클 서열결정, 단일-염기 연장 서열결정, 고체-상 서열결정, 고처리율 서열결정, 대량 병렬 시그너처 서열결정, 에멀젼 PCR, 보다 낮은 변성 온도에서의 공-증폭 PCR(COLD-PCR), 다중 PCR, 가역적 염료 종결제에 의한 서열결정, 짝지어진-말단 서열결정, 단기 서열결정, 엑소뉴클레아제 서열결정, 연결에 의한 서열결정, 짧은-판독 서열결정, 단일-분자 서열결정, 합성에 의한 서열결정, 실시간 서열결정, 역방향-종결제 서열결정, 나노공극 서열결정, 454 서열결정, 솔렉사 게놈 분석기 서열결정, SOLiD® 서열결정, MS-PET 서열결정, 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 중합효소 연쇄 반응(PCR) 분석, 정량 PCR, 실시간 PCR, 형광 분석, 비색 분석, 화학발광 분석 또는 이들의 조합을 이용하는 것인 방법.
  122. 제119항에 있어서, 핵산 프로파일이 유전형 프로파일, 단일 뉴클레오티드 다형성 프로파일, 유전자 돌연변이 프로파일, 유전자 카피수 프로파일, DNA 메틸화 프로파일, DNA 아세틸화 프로파일, 염색체량 프로파일, 유전자 발현 프로파일 또는 이들의 조합인 방법.
  123. 제119항에 있어서, 핵산 프로파일이 중합효소 연쇄 반응(PCR) 분석, 서열결정 분석, 전기영동 분석, 제한 단편 길이 다형성(RFLP) 분석, 노던 블롯 분석, 정량 PCR, 역전사효소-PCR 분석(RT-PCR), 대립형질 특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화 분석, 비교 게놈 혼성화, 이종이중체 이동성 분석(HMA), 단일 가닥 입체구조 다형성(SSCP), 변성 구배 겔 전기영동(DGGE), RNAase 불일치 분석, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 표면 플라스몬 공명, 서던 블롯 분석, 제자리 혼성화, 형광 제자리 혼성화(FISH), 발색 제자리 혼성화(CISH), 면역조직화학(IHC), 마이크로어레이, 비교 게놈 혼성화, 핵형분석, 다중 연결 의존성 프로브 증폭(MLPA), 짧은 형광 단편의 정량 다중 PCR(QMPSF), 현미경관찰, 메틸화 특이적 PCR(MSP) 분석, 연결-매개된 PCR에 의한 HpaII 소단편 농축(HELP) 분석, 방사성 아세테이트 라벨링 분석, 비색 DNA 아세틸화 분석, 마이크로어레이와 조합된 염색질 면역침전(ChlP-온-칩) 분석, 제한 랜드마크 게놈 스캐닝, 메틸화된 DNA 면역침전(MeDIP), DNA 아데닌 메틸트랜스퍼라제 활성에 대한 분자 절단 광 분석, 크로마토그래피 분리, 메틸화 민감성 제한효소 분석, 우라실로의 비-메틸화된 사이토신의 중아황산염-유도된 전환, 보다 낮은 변성 온도에서의 공-증폭 PCR(COLD-PCR), 다중 PCR, 메틸-결합 PCR 분석 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
  124. 제119항에 있어서, 핵산 프로파일이 표적화된 서열결정, 단일 분자 실시간 서열결정, 엑손 서열결정, 전자 현미경관찰-기초 서열결정, 트랜지스터-매개 서열결정, 직접적인 서열결정, 무작위 숏건 서열결정, 생거 디데옥시 종결 서열결정, 전체 게놈 서열결정, 혼성화에 의한 서열결정, 피로서열결정, 모세관 전기영동, 겔 전기영동, 이중체 서열결정, 사이클 서열결정, 단일-염기 연장 서열결정, 고체-상 서열결정, 고처리율 서열결정, 대량 병렬 시그너처 서열결정, 에멀젼 PCR, 보다 낮은 변성 온도에서의 공-증폭 PCR(COLD-PCR), 다중 PCR, 가역적 염료 종결제에 의한 서열결정, 짝지어진-말단 서열결정, 단기 서열결정, 엑소뉴클레아제 서열결정, 연결에 의한 서열결정, 짧은-판독 서열결정, 단일-분자 서열결정, 합성에 의한 서열결정, 실시간 서열결정, 역방향-종결제 서열결정, 나노공극 서열결정, 454 서열결정, 솔렉사 게놈 분석기 서열결정, SOLiD® 서열결정, MS-PET 서열결정, 질량 분광측정 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된 서열결정 기법에 의해 결정되는 것인 방법.
  125. 제119항에 있어서, 단백질 프로파일이 단백질 발현 프로파일, 단백질 활성화 프로파일 또는 이들의 조합인 방법.
  126. 제119항에 있어서, 단백질 프로파일이 면역조직화학분석, 효소-연결된 면역흡착 분석(ELISA), 제자리 혼성화, 크로마토그래피, 액체 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피, 고성능 액체 크로마토그래피(HPLC), 기체 크로마토그래피, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 방사면역분석, 현미경관찰, 마이크로플루이딕 칩-기초 분석, 표면 플라스몬 공명, 서열결정, 웨스턴 블롯팅 분석 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
  127. 제119항에 있어서, 단백질 활성화 프로파일이 하나 이상의 마커의 인산화 상태, 유비퀴틴화 상태, 미리스토일화 상태, 입체구조적 상태 또는 이들의 조합을 결정하는 것을 포함하는 것인 방법.
  128. 제119항에 있어서, 지질 프로파일이 크로마토그래피, 액체 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피, 고성능 액체 크로마토그래피(HPLC), 기체 크로마토그래피, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 방사면역분석, 마이크로플루이딕 칩-기초 분석, 형광의 검출, 화학발광의 검출 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
  129. 제119항에 있어서, 탄수화물 프로파일이 크로마토그래피, 액체 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피, 박동 전류측정 검출을 이용하는 고성능 음이온 교환 크로마토그래피(HPAEC-PAD), 액체 크로마토그래피, 기체 크로마토그래피, 형광 분석, 질량 분광측정, 직렬 질량 분광측정, 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-비행시간(MALDI-TOF) 질량 분광측정, 전기분무 이온화(ESI) 질량 분광측정, 표면-향상된 레이저 탈착/이온화-비행시간(SELDI-TOF) 질량 분광측정, 사중극-비행시간(Q-TOF) 질량 분광측정, 대기압 광이온화 질량 분광측정(APPI-MS), 푸리에 변환 질량 분광측정(FTMS), 매트릭스-보조된 레이저 탈착/이온화-푸리에 변환-이온 사이클로트론 공명(MALDI-FT-ICR) 질량 분광측정, 이차 이온 질량 분광측정(SIMS), 방사면역분석, 마이크로플루이딕 칩-기초 분석, 형광의 검출, 화학발광의 검출 또는 이들의 조합에 의해 결정되는 것인 방법.
  130. 제90항 내지 제129항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 포유동물인 방법.
  131. 제130항에 있어서, 포유동물이 인간인 방법.
  132. 제90항 내지 제131항 중 어느 한 항에 있어서, 질환 또는 병태가 심혈관 질환 또는 병태, 신장 관련 질환 또는 병태, 출생전 또는 임신 관련 질환 또는 병태, 신경 또는 신경정신 질환 또는 병태, 자가면역 또는 면역 관련 질환 또는 병태, 암, 감염성 질환 또는 병태, 미토콘드리아 장애, 호흡-위장관 질환 또는 병태, 생식 질환 또는 병태, 안 질환 또는 병태, 근육-골격 질환 또는 병태, 또는 피부 질환 또는 병태인 방법.
  133. 제90항 내지 제132항 중 어느 한 항에 있어서, 차이가 1배 초과의 차이인 방법.
  134. 제133항에 있어서, 차이가 1.05배, 1.1배, 1.2배, 1.3배, 1.4배, 1.5배, 2배, 2.5배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배 또는 10배 이상의 차이인 방법.
  135. 제1항 내지 제93항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 질환 또는 병태의 하나 이상의 진단 파라미터를 결정하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  136. 제135항에 있어서, 진단 파라미터가 신체 검사, 시각적 검사, 생검, 스캐닝, 조직학, 방사선학, 영상화, 초음파, 상업적 키트의 사용, 유전적 시험, 면역학적 시험, 체액의 분석 또는 신경 활성의 모니터링에 의해 결정되는 것인 방법.
  137. 제1항 내지 제93항, 제135항 및 제136항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커가 AKT2, BAK1, EGFR, ERBB2, ETS2, FOS, JUN, MAP2K1, MMP2, PDGFB, RB1, SERPINB2, SNCG 및 SPP1로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함하는 것인 방법.
  138. 제1항 내지 제93항 및 제135항 내지 제137항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커가 AKT1, AKT2, BAK2, CDC25A, E2F1, EGFR, ERBB2, FOS, JUN, MAP2K1, MMP2, NFKB1, PDGFB, PIK3R1, PNN, RB1, SERPINB2, SERPINB5, SNCG, SPP1, TERT, TIMP3 및 TP53으로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함하는 것인 방법.
  139. 제1항 내지 제93항 및 제135항 내지 제138항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커가 CASP8, CASP9, COL18A1, ETS2, HTATIP2, MMP9, SRC 및 TWIST1로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함하는 것인 방법.
  140. 제1항 내지 제93항 및 제135항 내지 제139항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커가 AKT1, APAF1, ATM, CDC25A, CDKN1A, ETS2, FOS, IL8, ITGA4, ITGA6, ITGAV, JUN, MAP2K1, NFKBIA, PLAU, PLAUR, RAF1, SERPINB2, SYK, TIMP1, TNF, TNFRSF10B 및 TNFRSF1A로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함하는 것인 방법.
  141. 제1항 내지 제93항 및 제135항 내지 제140항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커가 ACP2, AK2, AKT3, ARL5B, ATP2B3, BGN, BRAF, BTG2, CAMKK2, CAPG, CAPN12, CPLX2, DENND5A, DNA2, FAM104A, FNIP1, GFRA4, GLUD1, GNAQ, GP1BB, HNRPLL, HOXA2, HPS3, INPP4A, ITGAV, KLHL23, LANCL2, LYPD6, MAPKAPK3, MEF2A(EG:4205를 포함함), MEF2C, NVL, PCYT1A, PGLYRP4, PLOD1, PPP1CB, PRKAB2, PROS1, PTPRE, RASA4(EG:10156을 포함함), RBMS2, RBPJ, STAT5B, THBS1, TRIB1, TRIM2, TSPAN6 및 ZDHHC21로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함하는 것인 방법.
  142. 제1항 내지 제93항 및 제135항 내지 제141항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커가 B4GALT5, BOP1, CCL2, CCL3, CCL3L1, CCRL2, CD83, CLEC4G, CLIC4, CTSC, CTSO, CXCL10, FCGR3A, FPR3, HBA1, HBB, LRMP, MAP1LC3B2, MS4A4A, MSR1, MYADML, NID1, PF4, PION, RNF217, SAMD9L, SERPING1 및 SPARC로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함하는 것인 방법.
  143. 제1항 내지 제93항 및 제135항 내지 제142항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커가 ACOT9, AMPD2, ARHGAP15, BATF2, C3AR1, C5orf41, CCL3, CCL3L1, CD63, CHST11, CHSY1, CLEC4G, CTSZ, CXorf21, CYTH4, CYTIP, DLEU2, DNAJA1, DOCK8, DTX3L, DUSP6, EPSTI1, ERF, F2RL1, FYB, GABRB2, GBP5, GLRX, GNB4, ICAM1, IFI35, IFIH1, IFNAR2, IL1R1, IRF1, ITGA5, LAP3, LAPTM5, LCP2, MAP1LC3B, MAP1LC3B2, MICAL2, MT1DP, MT1JP, MT1M, MT2A, MYADML, NEK6, NINJ2, NNMT, NT5C3L, NUB1, PDE4B, PLOD1, PML, PRKCB, PSMB9, RCN3, RGS4, RNASE6, RTP4, SAMD9L, SEL1L, SERPING1, SETX, SIGLEC10, SKIL, SLC7A7, SNORA21, SP100, SP110, SP140, SSFA2, STAT2, STK17B, STK3, TDRD7, TMCC1, TMPRSS11E2, TNFRSF1B, TPM1, TRIM21, TXNDC4, UBE2L6, UBE2W, USP18, VAV1, WARS, WIPF1 및 WIPI1로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함하는 것인 방법.
  144. 제1항 내지 제93항 및 제135항 내지 제143항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커가 ADAR, ADM, ALAS1, ANKRD22, ARHGAP27, B3GNT5, BCL10, C12orf35, C15orf29, C2orf59, CD177, CEACAM1, CPEB2, DDX58, F2RL1, GDPD3, GNAI3, HIST2H3A, HIST2H3D, HIST2H4A, HMGCR, HSPA6, HSPC159, IL4R, IMPA2, KPNB1, KREMEN1, KRT23, LDLR, LOC100130904, LTB4R, MAEA, MARK2, MBOAT2, MPZL3, N4BP1, NBEAL2, NMI, NPEPPS, PARP14, PGM2, PPIF, PXN, RALBP1, ROD1, RPS6KA1, S100P, SERTAD2, SLC9A1, SLPI, SP110, SPINT1, ST14, TBC1D3, TNFRSF9, TRIM21, UPP1, VPS24, ZBTB34 및 ZNF256으로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 포함하는 것인 방법.
  145. 제1항 내지 제93항 및 제135항 내지 제144항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마커가 제94항 내지 제134항 중 어느 한 항의 방법에 의해 확인된 마커들 중 하나 이상의 마커를 포함하는 것인 방법.
  146. 제94항 내지 제134항 중 어느 한 항의 방법에 의해 확인된 마커들 중 하나 이상의 마커를 검출하는 다수의 마커 검출제를 포함하는 키트.
  147. 대상체에서 질환 또는 병태를 치료하거나 예방하는 방법으로서, 제6항 또는 제15항의 방법에 의해 확인된 화합물을 포함하는 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  148. 제1항 내지 제93항 및 제135항 내지 제145항 중 어느 한 항에 있어서, 순환 병든 세포가 감염성 물질에 의해 감염되어 있는 것인 방법.
  149. 제148항에 있어서, 감염성 물질이 바이러스, 세균, 진균, 기생충, 원생동물, 감염성 단백질 또는 미생물인 방법.
  150. 제1항 내지 제93항, 제135항 내지 제145항, 제148항 및 제149항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법이 식세포 또는 >2n 식세포를 포함하는 경우, 상기 식세포 또는 >2n 식세포가 경신장 핵산을 포함하는 것인 방법.
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