KR20140147797A - 암 및 자가면역 질환의 치료 방법 및 조성물 - Google Patents
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Abstract
본 명세서에 기재된 기술은 세포사(cell death) 유도 방법에 관한 것이다. 본 명세서에 기재된 기술은 추가로 암 및 자가면역 질환을 포함한 이상(condition)을 치료하는 것에 관한 것이며, 본 치료는 이본쇄 절단 수복의 억제제를 투여하는 것을 포함한다. 본 명세서에는 또한, 이본쇄 절단 수복의 억제제 및 그러한 억제제의 선별 방법이 기재된다.
Description
관련 출원에 대한 상호참조
본 출원은 2011년 6월 27일에 출원된 미국 가출원 제61/501,522호에 대하여 35 U.S.C. § 119(e) 하에서 이득을 주장하며, 이의 내용은 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함된다.
서열 목록
본 출원은 EFS-Web을 통해 ASCII 서식으로 제출된 서열 목록을 포함하며, 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함된다. 2012년 6월 7일에 생성된 상기 ASCII 사본의 파일명은 060636PC.txt이며, 그의 크기는 547,092 바이트이다.
기술분야
본 명세서에 기재된 기술은 DNA 이본쇄 절단 수복 기전을 억제함으로써 활성화-유도 시티딘 데아미나제(활성화-유도 시티딘 데아미나제, AID)를 발현하는 암 및 자가면역 질환의 치료 방법에 관한 것이다.
2010년에, 미국에서만 백혈병, 림프종 및 다발성 골수종의 새로운 사례가 137,000 건인 것으로 평가되었으며, 이들 암으로부터의 사망수가 54,000명을 초과하는 것으로 평가되었다. 백혈병/림프종 치료에서의 현재의 표준 치료(standard of care)는 흔히 집중적인 장기간 화학치료를 수반하는데, 이는 환자에게 신체적으로 부담을 줄 수 있다. 종래의 화학치료의 흔한 부작용에는 면역 시스템 붕괴, 골수억제, 골수 파괴, 구역, 피로, 간 독성, 체중 손실, 모발 손실, 장기적 인지 손상 및 치료-관련 2차 종양이 포함된다. 표준 화학치료와 관련된 중대한 문제는 암 환자에서의 건강한 세포 및 조직에 대해 입혀진 손상이다. 현재의 치료는 흔히 장기적 관해(remission)를 달성하는 데 실패하며, 생존한 환자들은 일상적으로 장기간에 걸친 화학치료-관련 건강상의 문제를 경험하는데, 이러한 건강상의 문제는 그들이 언제나 진정으로 잘 살아가는 것을 방해한다.
특이적으로 암 세포에 대한 치료의 선택적 표적화는 이들 심각한 부작용의 대부분을 개선할 수 있다. 불행하게도, 거의 예외 없이 선택적 표적화는 기술적으로 어렵거나 불가능하다. 그러므로, 표적을 벗어난(off-target) 부작용을 최소화하면서 암 세포의 선택적 표적화를 행하기 위한 추가적인 또는 대안적인 접근법이 절실히 요구된다.
본 명세서에 기재된 기술은 DNA 수복의 억제제에 의해 활성 DNA 편집 효소를 갖는 세포를 치료하는 것에 관한 것이다. 본 명세서에 사용되는 "DNA 편집 효소"는 DNA 분절(segment)의 돌연변이, 교환 또는 절제를 정상적으로 촉매하는 효소, 특히 점 돌연변이, DNA 일본쇄 절단, DNA 이본쇄 절단 또는 단백질-DNA 부가물을 발생시키거나 발생을 촉진시킬 수 있는 효소를 말한다. 본 명세서에 언급된 바와 같이 DNA 편집 효소는 반드시 그의 작용에서 부위-특이적인 것은 아니다. 유사하게, 이는 반드시 세포 특이적인 것은 아니다. 일부 실시 형태에서, 세포는 검출가능한 양의 그러한 효소를 발현하는 B 세포이다. DNA 편집 효소의 비제한적인 예에는 재조합 활성화 유전자 1(RAG1; NCBI 유전자 번호(Gene ID): 5896, 예: 서열 번호(SEQ ID NO): 0157; NCBI 참조번호(Ref): NM_000448 (mRNA) 및 서열 번호 0158; NCBI 참조번호: NP_000439 (폴리펩티드)), 재조합 활성화 유전자 1(RAG2; NCBI 유전자 번호: 5897, 예: 서열 번호: 0159; NCBI 참조번호: NM_001243785(mRNA) 및 서열 번호: 160; NCBI 참조번호: NP_001230714 (폴리펩티드)), 포자형성-특이적 단백질 11(SPO11; NCBI 유전자 번호: 23626, 예: 서열 번호: 0161; NCBI 참조번호: NM_012444 (mRNA) 및 서열 번호 0162; NCBI 참조번호: NP_036576 (폴리펩티드)), APOBEC 패밀리 구성원 및/또는 AID가 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다. 일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID일 수 있다.
일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 APOBEC(아포지질단백질 B mRNA 편집 효소, 촉매 폴리펩티드-유사) 패밀리의 구성원일 수 있다. 본 명세서에 사용되는 "APOBEC 패밀리"는 N-말단 아연-의존성 시티딘 데아미나제 촉매 도메인 및 C-말단 유사촉매 도메인을 갖는 시티딘 데아미나제 효소의 패밀리를 말한다. APOBEC 패밀리 구성원의 비제한적인 예에는 AID, APOBEC1, APOBEC2, APOBEC3A, APOBEC3C, APOBEC3E, APOBEC3F, APOBEC3G, APOBEC3H, 및 APOBEC4가 포함된다.
본 명세서에 기재된 기술의 실시 형태는 DNA 편집 효소, 예컨대 B-세포 재조합효소(recombinase)인 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID, 또는 AICDA)를 이용하는데, 이는 세포에서 발현될 때 광범위한 게놈 절단을 일으킨다. 또한, 본 발명자들은 DNA 상동적 재조합 능력(이본쇄 절단 수복)이 저하 및/또는 억제될 경우, DNA 편집 효소, 예컨대 AID의 이러한 활성이 세포사(cell death)를 일으킬 것이라는 것을 알아내었다. 구체적으로는, 본 명세서에 입증된 바와 같이, AID를 발현하는 세포 내의 DNA 이본쇄 절단(DSB) 수복의 억제는 AID에 의해 발생된 올바르지 않은 표적을 벗어난 이본쇄 절단으로 인해 세포독성을 가져온다.
일 태양에서는, AID를 발현하는 세포, 예를 들어 암성 B-세포 또는 자가면역 질환의 B-세포, 또는 다른 암성 세포, 예컨대 장관암 세포, 결장암 세포, 폐암 세포, 간암 세포, 상피암 세포, 유방암 세포, 식도암 세포, 갑상선암 세포, 전립선암 세포, 신장암, 흑색종 등의 자기-파괴(self-destruction)를 선택적으로 유도하는 암 치료 패러다임이 본 명세서에 제공된다. 일부 실시 형태에서, 본 방법은 DNA 재조합 시스템을 활용하여 종양 세포 자기-파괴를 유도함으로써, 예를 들어 (정상 세포를 보존하면서) 암 세포를 선택적으로 치료한다. 이 접근법은, AID가 광범위한 게놈 절단을 유도하고, DNA 상동적 재조합 능력을 저하시킨 세포에서 세포사를 유도한다는 연구결과를 이용한다. 본 명세서에 기재된 바와 같이, 본 발명자들은 AID의 상승된 발현에 의해 특징지워지는 세포 집단이 이본쇄 절단 수복(DSB)의 억제제로 치료될 경우, 세포사가 일어난다는 것을 알아내었다. 따라서, 상승된 AID 발현을 갖는 암 또는 자가면역 질환을 가진 환자를 이본쇄 절단 수복의 억제제로 치료하는 방법이 제공된다.
DSB 수복 억제제는 DSB 수복에 필요한 임의의 유전자 또는 단백질의 발현 또는 활성을 감소시키는 억제제일 수 있다. 본 명세서에 제공된 특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 Rad51; Rad51AP1; Rad51B; Rad51C; Rad51D; XRCC2; XRCC3; RAD54; RAD52; BRCA1; BRCA2; ATM; ATR; MRE11; RAD50; NBS1; WRN; BLM; RECQ4; LIG4 (DNA 리가제 4); XRCC4; PRKDC (DNA-PKcs7 XRCC7); DCLRE1C; XRCC6 (Ku70); XRCC5 (Ku80) 및/또는 XLF (NHEJ1; XRCC4-유사 인자)의 발현 또는 활성을 감소 또는 억제하는 억제제이다. 본 명세서에 제공된 특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 Rad51; Rad51AP1; Rad51B; Rad51C; Rad51D; XRCC3; RAD54; RAD52; BRCA1; BRCA2; ATM; ATR; MRE11; RAD50; NBS1; WRN; BLM; RECQ4; LIG4 (DNA 리가제 4); XRCC4; PRKDC (DNA-PKcs7 XRCC7); DCLRE1C; XRCC6 (Ku70); XRCC5 (Ku80) 및/또는 XLF (NHEJ1; XRCC4-유사 인자)의 발현 또는 활성을 감소시키는 억제제이다. 일부 실시 형태에서, 이본쇄 절단 수복의 억제제는 Rad51 패밀리 구성원(예: Rad51; Rad51AP1; Rad51B; Rad51C; Rad51D; XRCC2; XRCC3)을 억제할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이본쇄 절단 수복의 억제제는 비상동적 말단 결합(non-homologous end joining, NHEJ) 단백질 구성원(예: LIG4; XRCC4; PRKDC; DCLRE1C; XRCC6; XRCC5; XLF)을 억제할 수 있다.
본 명세서에 제공된 특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 RAD51-매개 쇄 교환 수복의 억제제이며, 스틸벤 유도체이다. 스틸벤 유도체에는 스틸벤 ((E)-1,2-디페닐에텐), 트랜스-스틸벤, ((E)-스틸벤, 트랜스-1,2-디페닐에틸렌) 유도체, 시스-스틸벤 유도체, 콤브레타스타틴 (5-[(2R)-2-하이드록시-2-(3,4,5-트리메톡시페닐)에틸]-2-메톡시페놀), 레스베라트롤 (트랜스-3,5,4'-트리하이드록시스틸벤; (E)-5-(4-하이드록시스티릴)벤젠-1,3-디올), 디에틸스틸보에스트롤 (4,4'-(3E)-헥스-3-엔-3,4-디일디페놀), 콜히친, 및 ((S) N-(5,6,7,9-테트라하이드로-1,2,3,IO-테트라메톡시-9-옥소벤조 [알파] 헵타이엔-7-일) 아세트아미드)가 포함될 수 있지만 이로 한정되는 것은 아니다. 일 실시 형태에서, RAD51-매개 쇄 교환 수복의 억제제는 4,4'디이소티오시아노스틸벤-2,2'-디설폰산 (DIDS)이다. DIDS는 Rad51 복합체를 붕괴시키고 헤테로이본쇄(heteroduplex) 형성을 억제한다고 보고된 바 있다(문헌[Ishida, T., et al., Nucleic Acids Res, 2009, 37(10): p. 3367-76]).
본 명세서에 제공된 일부 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 살라진산 또는 그의 유도체이다. 본 명세서에 제공된 특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 스틱트산 또는 그의 유도체이다. 본 명세서에 제공된 일부 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 STK856883 또는 그의 유도체이다. 본 명세서에 제공된 일부 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 4'-브로모-3'니트로프로피오페논 (NS-123) 또는 그의 유도체 (문헌[Lally et al, Cancer Res 2007, 67; 8791])이다.
상승된 수준의 DNA 편집 효소를 갖는 임의의 암이 본 명세서에 기재된 방법 및 조성물에 따라 치료될 수 있다. 예를 들어, 암은 유방암, 전립선암, 난소암, 뇌암, 피부암, 결장직장암(결장암; 대장암), 간암, 림프종, 폐암, 구강암, 두경부암, 비장암, 림프 결절암, 소장암, 혈액세포암, 위암, 신장암, 췌장암, 자궁내막암, 고환암, 피부암, 식도암, 골수암, 혈액암, 자궁경부암, 방광암, 유잉 육종(Ewing's sarcoma), 갑상선암, 신경교종암, 및/또는 위장암일 수 있다. 본 발명은 본 명세서에 논의된 다른 암(전암(pre-cancer) 포함)에도 적용가능하다. 특정 실시 형태에서, 치료하고자 하는 암은 B 세포의 암, 예를 들어 만성 림프구성 백혈병(CLL)이다.
AID를 발현하는 임의의 암이 치료될 수 있다. 특정 실시 형태에서, 치료하고자 하는 암은 림프종 또는 백혈병이다. 특정 실시 형태에서, 치료하고자 하는 림프종은 비호지킨 림프종이며, 이에는 예를 들어 버킷 림프종, 여포성 림프종, 만성 림프구성 백혈병(CLL), B-세포 급성 림프구성 백혈병(B-ALL), 급성 림프모구성 백혈병, 모발상 세포 백혈병, 비장 번연 림프종, 미만성 거대 B-세포 림프종(DLBCL, DLBL, DLCL) 및/또는 형질세포종이 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다. 특정 실시 형태에서, 치료하고자 하는 암은 백혈병이며, 이에는, 예를 들어 호지킨 질환, 급성 골수원성(myelogenous) 백혈병(AML), 만성 골수원성 백혈병(CML), 말트(MALT) 림프종 및/또는 T-세포 백혈병 및 림프종이 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다. 특정 실시 형태에서, 치료하고자 하는 암은 육종, 암종, 결장암, 간암, 위암, 장관암, 폐암, 유방암, 전립선암, 신장암, 흑색종, 전립선암, 식도암, 및/또는 담관암종이다.
상승된 수준의 DNA 편집 효소를 갖는 임의의 자가면역 질환이 치료될 수 있다. 특정 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID이다. 특정 실시 형태에서, 치료하고자 하는 자가면역 질환은 홍반성 루푸스; 비스코트-알드리치 증후군; 자가면역 림프증식성 증후군; 중증근무력증; 류마티스성 관절염(RA); 루푸스 신장염; 다발성 경화증; 전신성 홍반성 루푸스, 아급성 피부 홍반성 루푸스, 피부 홍반성 루푸스(동창 홍반성 루푸스 포함), 만성 관절염, 쇼그렌 증후군, 자가면역 신장염, 자가면역 혈관염, 자가면역 간염, 자가면역 심장염, 자가면역 뇌염, 자가면역 매개 혈액학적 질환, 염증성 만성 비부비동염, 결장염, 셀리악 질환, 염증성 장질환, 바렛 식도, 및/또는 염증성 위염이다.
특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 상기 억제제 및 약제학적으로 허용되는 담체를 포함하는 조성물 내에 함유된다. 추가 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 약제학적으로 허용되는 담체 및 또 다른 화학치료 화합물을 포함하는 조성물 내에 함유될 수 있다. 특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제를 포함하는 조성물이 암을 위한 또 다른 치료를 또한 받고 있는 환자에게 투여될 수 있다. 특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제를 포함하는 조성물이 자가면역 질환을 위한 또 다른 치료를 또한 받고 있는 환자에게 투여될 수 있다.
특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제에 의한 높은 AID 발현을 갖는 암을 가진 환자의 치료는 암의 지표(indicator), 마커, 증상, 중증도, 전이 속도, 재발 및/또는 종양 크기를, DSB 수복 억제제에 의한 치료 전의 지표, 마커, 증상, 중증도, 전이, 재발 및/또는 종양 크기에 대비하여, 또는 DSB 수복 억제제에 의한 치료를 받지 않은 환자에 대비하여, 10% 이상으로, 예를 들어 20% 이상, 30% 이상, 50% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 90% 이상 또는 그 초과로 감소시킨다.
특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제에 의한 높은 AID 발현을 갖는 자가면역 질환을 가진 환자의 치료는 자가면역 질환의 지표, 마커, 증상, 및/또는 중증도를, DSB 수복 억제제에 의한 치료 전의 지표, 마커, 증상, 중증도, 전이, 재발 및/또는 종양 크기에 대비하여, 또는 DSB 수복 억제제에 의한 치료를 받지 않은 환자에 대비하여, 10% 이상으로, 예를 들어 20% 이상, 30% 이상, 50% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 90% 이상 또는 그 초과로 감소시킨다.
또한, 환자의 세포 내의 AID의 단백질 또는 mRNA의 수준을 결정함으로써 환자에서의 암 또는 자가면역 질환이 DSB 수복 억제제에 의한 치료에 반응할지를 결정하는 방법이 본 명세서에 제공된다. 일부 실시 형태에서, 일부 실시 형태에서, 대상체로부터 얻어진 암성 세포 내의 AID mRNA 및/또는 단백질의 수준이 결정된다. 일부 실시 형태에서, AID mRNA 및/또는 단백질의 수준은 대상체로부터 얻어진 자기반응성 세포에서 결정된다. 고수준의 AID 발현 생산물, 즉 mRNA 또는 단백질은 그 질환이 DSB 수복 억제제에 의해 치료가능함을 나타낸다. 예를 들어, 상승된 수준을 가질 것으로 의심되는 대상체로부터 얻어진 세포의 시험 샘플 내의 단백질 또는 mRNA의 수준을 측정하고, 그 수준을 건강한 대상체로부터 얻어진 세포의 동일한 유형의 샘플 내에서 발견된 AID의 수준에 대비함으로써, 상승된 수준의 AID를 발현하는 세포를 갖는 대상체가 확인될 수 있으며, 여기서 시험 샘플 내의 증가된 양의 AID는 이본쇄 절단 수복의 억제제에 의한 치료를 필요로 하는 대상체의 지표가 된다.
특정 실시 형태에서, AID 단백질의 수준의 결정은 하기의 검정 중 하나 이상의 사용을 포함한다: 웨스턴 블롯(Western blot); 면역침전; 효소-결합 면역흡수 검정(ELISA); 방사면역학적 검정(RIA); 샌드위치 검정; 형광 동소 교잡(fluorescence in situ hybridization, FISH); 면역조직학적 염색; 방사면역측정 검정; 겔 확산 침전 반응; 면역확산 검정; 현장 면역검정; 침전 반응; 응집 검정; 보체 고정 검정; 면역형광검정; 단백질 A 검정; 질량 분석 및/또는 면역전기영동 검정. 특정 실시 형태에서, AID 단백질의 수준의 결정은 항체, 항체 단편, 항체의 에피토프-결합성 단편을 포함하는 폴리펩티드, 단일클론 항체, 단일클론 항체 단편, 단백질 결합성 단백질, 및/또는 AID-결합성 펩티드의 사용을 포함한다.
특정 실시 형태에서, AID mRNA의 수준의 결정은 하기의 검정 중 하나 이상의 사용을 포함한다: RT-PCR, 정량적 RT-PCR, RNA-seq, 노턴 블롯(Northern blot), 마이크로어레이 기반 발현 분석, 전사 증폭 및/또는 자기-지속 서열 복제. 특정 실시 형태에서, AID mRNA의 수준의 결정은 항체, 항체 단편, 단일클론 항체, 및/또는 단일클론 항체 단편 및/또는 단백질 결합성 단백질의 사용을 포함한다. 특정 실시 형태에서, RT-PCR을 위한 AID 프라이머에는 서열 번호: 101 및 서열 번호: 102가 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다.
특정 실시 형태에서, AID의 수준은 그의 활성에 의해 결정되고, 그의 표적 유전자 및/또는 그 표적 유전자에 의해 암호화된 전사물(transcript)의 서열 분석, PCR 또는 FISH 분석에 의해 결정될 수 있다. AID 표적 유전자에는 IGH (NCBI 유전자 번호 3492), BCL6 (NCBI 유전자 번호 604; 서열 번호: 001), MYC (NCBI 유전자 번호 4609; 서열 번호: 002), BCL11A (NCBI 유전자 번호 53335; 서열 번호: 003), CD93 (NCBI 유전자 번호 22918; 서열 번호: 004), PIM1 (NCBI 유전자 번호 5292; 서열 번호: 005) 및/또는 PAX5 (NCBI 유전자 번호 5079; 서열 번호: 006)가 포함될 수 있지만 이로 한정되는 것은 아니다.
유전자좌 내의 초돌연변이(hypermutation)의 검출은 AID 활성의 지표이다. 특정 실시 형태에서, AID의 활성은 전체 게놈 서열 분석 또는 완전 게놈 서열 분석을 사용하고, 전체 게놈에 걸치거나 IGH, BCL6, MYC, BCL11a, CD93, PIM1 및/또는 PAX5를 포함한 특이적 표적 유전자 내의 초돌연변이의 수준을 결정함으로써 결정된다.
특정 실시 형태에서, AID의 활성은 FISH 분석을 사용하여 이본쇄 절단을 검출함으로써, 예를 들어 DNA 절단 검출 FISH (DNA breakage detection fish, DBD-FISH)를 사용함으로써 결정된다 (문헌[Volpi and Bridger, BioTechniques, Vol. 45, No. 4, 385-409]).
특정 실시 형태에서, AID의 활성은 포스포(phospho)-H2AX 검정을 사용함으로써 결정된다(문헌[Rakiman et al., Advance Biotech 2008, 39-42]).
특정 실시 형태에서, AID mRNA 또는 단백질의 수준을 결정하는 데 사용되는 항체, 항체 단편, 단일클론 항체, 단일클론 항체 단편, 단백질 결합성 단백질, 및/또는 AID-결합성 펩티드는 검출가능한 표지로 표지된다.
특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제의 유효 용량이 환자에게 1회 투여될 수 있다. 특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제의 유효 용량이 환자에게 반복해서 투여될 수 있다.
일 태양에서, 본 명세서에 기재된 기술은 세포사를 일으키는 방법에 관한 것이며, 본 방법은 (a) DNA 편집 효소의 유효량을 세포에 투여하는 단계; 및 (b) 이후에, 단계 (a)의 세포를 이본쇄 절단 수복의 억제제와 접촉시키는 단계를 포함하며, 그럼으로써 세포사를 일으킨다. 일 태양에서, 본 명세서에 기재된 기술은 세포를 세포사에 감작(sensitize)시키는 방법에 관한 것이며, 본 방법은 (a) 이본쇄 절단 수복의 억제제의 사용에 의해 세포를 세포사에 감작시키기 위해 DNA 편집 효소의 치료학적 유효량을 대상체에게 투여하는 단계; 및 (b) 이후에, 이본쇄 절단 수복의 억제제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 폴리펩티드; DNA 편집 효소를 암호화하는 핵산; 및 DNA 편집 효소를 암호화하는 핵산을 포함하는 벡터로 이루어진 군으로부터 선택된 형태로 투여된다. 일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 APOBEC 패밀리의 구성원일 수 있다. 일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)일 수 있다.
다양한 실시 형태의 세부 사항이 하기의 상세한 설명에 개시된다. 본 명세서에 기재된 기술의 다른 특징, 목적, 및 이점이 상세한 설명 및 도면으로부터, 그리고 특허청구범위로부터 명백할 것이다.
도 1은 유세포 분석(flow cytometry) 데이터의 그래프를 도시하며, 이 그래프는 XRCC2 녹다운(knockdown)이 활성화 유도 세포독성으로 이어진다는 것을 나타낸다. Xrcc2-특이적 shRNA (XKD) 또는 대조 shRNA (Ctrl)를 발현하는 작제물로 형질도입된 야생형 및 Trp53 -/- 마우스 비장세포로부터의 eGFP+ 세포의 유세포 분석을, 자극 후 3일째에 수행하였다. Ctrl 로 형질도입된 야생형(WT) 세포(백색 막대), XKD로 형질도입된 야생형 세포(흑색 막대) 및 XKD로 형질도입된 Trp53 -/- 세포(회색 막대)가 도시되어 있다. 데이터는 3회 반복 실험에 의한 2개의 실험의 대표값(평균 및 s.e.m.)이다.
도 2는 Xrcc2-특이적 (XKD) 또는 대조 shRNA (Ctrl)로 형질도입된, 활성화된(ACT) 및 비활성화된(NON) 야생형(Aicda+/+, 빈 막대) 또는 Aicda -/- 마우스 비장세포(채워진 막대)의 유세포 분석 데이터의 그래프를 도시한다. eGFP+ 세포의 유세포 분석을, 자극 후 3일째에 수행하였다. 데이터는 4회 반복 실험에 의한 2개의 실험의 대표값(평균 및 s.e.m.)이다.
도 3은 Xrcc2-특이적 shRNA로 형질도입되고 항-CD40 + IL-4에 의해 0, 2 또는 3일 동안 자극된 B 세포로부터의 유세포 분석 데이터의 그래프를 도시하며; 이때 항-CD40 및 IL-4로 활성화된 세포의 총 카운트가 항-CD40 단독으로 자극된 세포의 카운트로 정규화되어 있다. 일수 0의 데이터는 백색 막대로 도시되어 있고, 일수 2의 데이터는 회색 막대로 도시되어 있고, 일수 3의 데이터는 흑색 막대로 도시되어 있다. 데이터는 4회 반복 실험에 의한 2개의 실험의 대표값(평균 및 s.e.m.)이다. x축은 세포의 유전자형을 나타낸다.
도 4는 비활성화(Non) 또는 활성화(Act) 조건에서 성장된 Aicda +/+ 및 Aicda -/- XKD 및 대조(Ctrl) 비장 B 세포 내의 γ-H2AX의 좌를 도시하며, 이는 γ-H2AX+ 세포(하나 이상의 좌; 채워진 막대) 대 γ-H2AX- 세포(좌 없음; 빈 막대)의 비로서 제시되어 있다.
도 5는 Aicda +/+ 및 Aicda -/- XKD 및 대조(Ctrl) 비장 B 세포 내의 DSB 수복 좌의 개수를 나타낸 그래프를 도시한다. y축은 γ-H2AX 좌의 개수를 나타내며; 이때 빈 막대는 XKD 또는 대조(Ctrl) shRNA 비장 B 세포로 처리된 Aicda +/+ 및 Aicda -/-에서의 비활성화 조건을 나타내고, 채워진 막대는 그것에서의 활성화 조건을 나타낸다. *P < 0.05 및 **P < 0.01 (2-샘플 t-검정). 데이터는 4개의 실험의 대표값(오차 막대, s.e.m.)이다.
도 6은 활성화된 XKD 또는 대조(Ctrl) 마우스 CH12-F3 세포에서의 감마-H2AX 좌의 좌 분포를 도시한다.
도 7은 세포 카운트의 그래프를 도시하는데, 이 그래프는 DIDS 처리가 자극된 비장세포의 생존을 감소시킨다는 것을 나타낸다. 야생형(AID+/+; 채워진 표시) 또는 AICDA 녹아웃(knock-out) (AID-/-, 빈 표시) 마우스의 비장으로부터 단리된 세포를 일수 0 및 일수 2에 항-CD40 항체 및 IL-4로 자극하였다. DIDS를 일수 0 및 일수 2에 0μM, 50μM, 100μM 및 150μM의 농도로 첨가하였다. 생존 세포의 총 개수를 트리판 블루(Trypan blue) 염색을 사용하여 일수 1, 2, 3, 4 및 6에 결정하였다.
도 8a 및 도 8b에 도시된 그래프는 암세포가 고수준의 AICDA 발현을 나타낸다는 것을 나타낸다. x축 상의 각각의 컬럼/틱은 상이한 세포 또는 조직 유형을 나타내며, 한편 y축은 데이터세트 중간 수준을 초과하는 배율 변화(fold change)로서의 AICDA 발현의 수준을 나타낸다. 도 8a는 59개의 암-유래 인간 세포주의 수집물로부터의 발현 데이터를 도시한다. 도 8b는 1차 인간 조직 및 암으로부터의 발현 데이터를 도시한다.
도 9는 구아바 이지사이트(Guava EasyCyte) 유세포 분석기를 사용한 비장세포 생존력의 그래프를 도시한다. 야생형(WT) 또는 AICDA 녹아웃(-/-) 마우스의 비장으로부터 단리된 세포를 일수 0 및 일수 2에 항-CD40 항체 및 IL-4로 자극하였다. DIDS를 일수 0 및 일수 2에 0 또는 150μM의 농도로 첨가하였다. 항-CD40 항체 + IL-4로 자극되고 DIDS로 처리된 WT 세포는 채워진 네모로 나타나 있으며; 항-CD40 항체 + IL-4로 자극되고 DIDS로 처리된 AICDA-/- 세포는 원으로 나타나 있으며; 항-CD40 항체 + IL-4로 자극된 WT 세포는 빈 다이아몬드로 나타나 있으며; 항-CD40 + IL-4 항체로 자극된 AICDA-/- 세포는 빈 삼각형으로 나타나 있다. 생존 세포의 총 개수를 격일로 결정하였다. 일수는 x축에 나타나 있고, 생존 세포의 분율은 y축에 나타나 있다.
도 10은 멀티톡스-플루오르 다중 세포독성 검정(MultiTox-Fluor Multiplex Cytotoxicity Assay)을 사용한 DIDS 유도체의 선별 결과를 도시한다. 화합물 정체(identity)는 x축에 나타나 있고, 생존 세포의 분율은 y축에 나타나 있다.
도 11은 DIDS로 처리된 14개의 1차 만성 림프구성 백혈병(CLL) 환자로부터의 1차 인간 CLL 세포를 도시한다. CLL 세포를 0 uM (n=5, 대조군), 150 uM (n=4), 또는 600 uM (n=2)로 처리하였다. 배양 일수 2, 4, 6, 및 8에 혈구계에서 수동으로 카운팅함으로써 DIDS에 의한 생존 세포 카운트를 결정하였다. 오차 막대는 평균의 표준 오차를 나타낸다.
도 12는 B-세포를 활성화하기 위해 CD40 + IL-4로 보충된 RPMI 배지 중에서 1X10^6 세포수/ml의 농도로 일수 0에 배양액 중에 시딩된 1차 AID-녹아웃 마우스 비장세포의 그래프를 도시한다. 개별 배양액을 0 (원), 0.5 (삼각형), 5 (다이아몬드), 50 (정사각형), 또는 500 uM (원) NS-123으로 보충하고, 일수 1, 2, 3, 및 4에 트리판 블루 염색 후에 생존 세포를 카운팅하였다.
도 13은 B-세포를 활성화하기 위해 CD40 + IL-4로 보충된 RPMI 배지 중에서 1X10^6 세포수/ml의 농도로 일수 0에 배양액 중에 시딩된 1차 AID-녹아웃 마우스 비장세포의 생존력에 대한 NS-123의 용량 반응의 그래프를 도시한다. 0, 5, 10, 20, 30 및 50 uM의 NS-123 농도를 시험하였다.
도 14는 1차 마우스 B-세포 및 DIDS 에 대한 그들의 반응의 그래프를 도시한다. 이어서, 세포를 0 (채워진 원) 또는 2.5 Gy (=250 rad; 빈 원)에 노출시켰다. 오차 막대는 3개의 독립된 실험으로부터의 평균의 표준 오차(S.E.M)를 나타낸다.
도 15a는 다양한 DIDS 농도로 처리된 비활성화된 CH12-F3 세포의 총 세포수를 도시한다. 도 15b는 다양한 DIDS 농도로 처리된 활성화된 CH12-F3 세포의 총 세포수를 도시한다. 0μM DIDS에 대한 결과는 채워진 정사각형으로 나타나 있으며, 50μM DIDS는 채워진 원으로, 100μM DIDS는 빈 정사각형으로, 그리고 150μM DIDS는 빈 원으로 나타나 있다.
도 16a는 활성화되고 150μM DIDS로 처리된, AID-녹아웃 마우스 및 B6 야생형 마우스로부터 단리된 AID-널(null) (AID-/-) 및 AID 양성 (AID+/+) 비장세포에서 검출된 좌의 개수를 도시한다. 도 16b는 AID-/- 배양액에 대비하여 AID+/+에 대해 정량화된, 포스포-H2AX 양성 세포(채워진 막대) 대 포스포-H2AX 음성 세포(빈 막대)의 비율을 도시한다. 도 16c는 세포당 좌의 개수를 DIDS-처리된 AID+/+ (채워진 막대) 대 AID-/- (빈 막대) 세포에 대해 정량화한 것을 도시한다.
도 17은 비처리 또는 30μM DIDS로 처리된 AID-발현(AID+) 또는 AID-음성(AID-) 1차 인간 CLL 세포의 세포 생존력을 도시한다.
도 18a는 1차 인간 CLL 세포에 대한 AID의 RT-PCR 발현을 도시한다. 도 18b는 DIDS에 따른 1차 인간 CLL 세포의 세포 생존력을 도시한다.
도 19a는 25 mg/kg DIDS로 처리된 BXSB.Yaa Cd8/IL15-/- 마우스의 체중을 도시한다. 도 19b는 25 mg/kg DIDS로 처리된 BXSB.Yaa Cd8/IL15-/- 마우스 내의 IgG2b 혈청 함량을 도시한다.
도 20a 및 도 20b는 BXSB.Yaa Cd8/Il15-/- 마우스를 25 mg/kg DIDS (도 20a) 또는 50 mg/kg DIDS (도 20b)로 처리한 후의 로그-순위 맨틀 콕스 생존 도표(log-rank Mantel Cox survival plot)를 도시하며, 이는 처리 시작 후의 일수로 나타나 있다.
도 21a 및 도 21b는 25 mg/kg DIDS (도 21a) 또는 50 mg/kg DIDS (도 21b)로 처리된 BXSB.Yaa Cd8/IL15-/- 마우스의 생존을 도시하며, 이는 게한-브레슬로우-윌콕산 검증(Gehan-Breslow-Wilcoxan test)을 적용하여 마우스의 일령(age in days)으로 그려져 있다.
도 22는 DIDS가 DNA 손상 후에 RAD51 좌 형성을 파괴하는 것을 도시한다. DIDS에 노출되지 않은(0 mM) 조사된 세포는 효율적인 좌 형성을 나타낸다. DIDS 노출(150 mM)은 방사선-유도 RAD51 좌 형성을 완전히 억제하여, Rad51 좌+ 세포의 분율을 (비조사된 0 Gy 샘플에서의 것과 등가인) 기준선 수준으로 감소시킨다. 오차 막대는 3개의 독립된 실험으로부터의 평균의 표준 오차(S.E.M)를 나타낸다.
도 23a 및 도 23b는 DIDS 처리에 따른 AID-양성(AID+) 및 AID-음성(AID-) 인간 세포 내의 포스포-H2AX 좌의 개수를 도시한다. 좌의 개수는 x축 상에 나타나 있다. 도 23a는 0μM DIDS 대조군에 의한 처리의 결과를 도시하고, 도 23b는 30μM DIDS에 의한 처리의 결과를 도시한다. 오차 막대는 AID-/- 샘플(빈 막대)의 4개의 독립된 배양액 및 AID+ 샘플(채워진 막대)의 5개의 독립된 배양액에 대한 평균의 표준 오차(S.E.M.)를 나타낸다.
도 24a는 DIDS 처리 및 AID 발현에 따른 활성화된 카스파제 3(AC3) 양성 세포를 도시한다. 오차 막대는 AID-/- 샘플(빈 막대)의 4개의 독립된 배양액 및 AID+ 샘플(채워진 막대)의 5개의 독립된 배양액에 대한 평균의 표준 오차(S.E.M.)를 나타낸다.
도 25a는 마우스 모델에서 전신 DIDS 처리의 효과를 시험하기 위한 실험 설계를 도시한다. 도 25b는 대조 마우스의 체질량의 분율 변화를 도시한다. 도 25c는 DIDS로 처리된 마우스의 체질량의 분율 변화를 도시한다.
도 26은 DNP-KLH로 면역화되고 0, 10, 또는 50 mg/kg DIDS로 처리된 AID-/- 및 AID+/+ 마우스로부터의 골수, 비장, 및 말초 혈액의 종점 유세포 분석 도트 도표 분석을 도시한다. 도표는 B220 (y축) 및 CD19 (x축)의 발현에 대해 염색된 림프구 게이트(lymphocyte gate) 내의 세포의 집단을 나타낸다. 각각의 도표의 상단 우측 코너에 있는 숫자는 각각의 분석에 대한 B220+/CD19+ 세포의 백분율을 제공한다. 초기/전-GC(early/pre-GC)로부터 후-GC(post-GC)까지의 B-세포 성숙의 진행이 하단부에 표시되어 있다.
도 27은 엡스타인-바르 바이러스(Epstein-Barr virus)로 형질전환된 말초 인간 B-림프구에서의 AID 및 GAPDH (대조군)에 대한 RT-PCR 발현 분석을 도시한다.
도 2는 Xrcc2-특이적 (XKD) 또는 대조 shRNA (Ctrl)로 형질도입된, 활성화된(ACT) 및 비활성화된(NON) 야생형(Aicda+/+, 빈 막대) 또는 Aicda -/- 마우스 비장세포(채워진 막대)의 유세포 분석 데이터의 그래프를 도시한다. eGFP+ 세포의 유세포 분석을, 자극 후 3일째에 수행하였다. 데이터는 4회 반복 실험에 의한 2개의 실험의 대표값(평균 및 s.e.m.)이다.
도 3은 Xrcc2-특이적 shRNA로 형질도입되고 항-CD40 + IL-4에 의해 0, 2 또는 3일 동안 자극된 B 세포로부터의 유세포 분석 데이터의 그래프를 도시하며; 이때 항-CD40 및 IL-4로 활성화된 세포의 총 카운트가 항-CD40 단독으로 자극된 세포의 카운트로 정규화되어 있다. 일수 0의 데이터는 백색 막대로 도시되어 있고, 일수 2의 데이터는 회색 막대로 도시되어 있고, 일수 3의 데이터는 흑색 막대로 도시되어 있다. 데이터는 4회 반복 실험에 의한 2개의 실험의 대표값(평균 및 s.e.m.)이다. x축은 세포의 유전자형을 나타낸다.
도 4는 비활성화(Non) 또는 활성화(Act) 조건에서 성장된 Aicda +/+ 및 Aicda -/- XKD 및 대조(Ctrl) 비장 B 세포 내의 γ-H2AX의 좌를 도시하며, 이는 γ-H2AX+ 세포(하나 이상의 좌; 채워진 막대) 대 γ-H2AX- 세포(좌 없음; 빈 막대)의 비로서 제시되어 있다.
도 5는 Aicda +/+ 및 Aicda -/- XKD 및 대조(Ctrl) 비장 B 세포 내의 DSB 수복 좌의 개수를 나타낸 그래프를 도시한다. y축은 γ-H2AX 좌의 개수를 나타내며; 이때 빈 막대는 XKD 또는 대조(Ctrl) shRNA 비장 B 세포로 처리된 Aicda +/+ 및 Aicda -/-에서의 비활성화 조건을 나타내고, 채워진 막대는 그것에서의 활성화 조건을 나타낸다. *P < 0.05 및 **P < 0.01 (2-샘플 t-검정). 데이터는 4개의 실험의 대표값(오차 막대, s.e.m.)이다.
도 6은 활성화된 XKD 또는 대조(Ctrl) 마우스 CH12-F3 세포에서의 감마-H2AX 좌의 좌 분포를 도시한다.
도 7은 세포 카운트의 그래프를 도시하는데, 이 그래프는 DIDS 처리가 자극된 비장세포의 생존을 감소시킨다는 것을 나타낸다. 야생형(AID+/+; 채워진 표시) 또는 AICDA 녹아웃(knock-out) (AID-/-, 빈 표시) 마우스의 비장으로부터 단리된 세포를 일수 0 및 일수 2에 항-CD40 항체 및 IL-4로 자극하였다. DIDS를 일수 0 및 일수 2에 0μM, 50μM, 100μM 및 150μM의 농도로 첨가하였다. 생존 세포의 총 개수를 트리판 블루(Trypan blue) 염색을 사용하여 일수 1, 2, 3, 4 및 6에 결정하였다.
도 8a 및 도 8b에 도시된 그래프는 암세포가 고수준의 AICDA 발현을 나타낸다는 것을 나타낸다. x축 상의 각각의 컬럼/틱은 상이한 세포 또는 조직 유형을 나타내며, 한편 y축은 데이터세트 중간 수준을 초과하는 배율 변화(fold change)로서의 AICDA 발현의 수준을 나타낸다. 도 8a는 59개의 암-유래 인간 세포주의 수집물로부터의 발현 데이터를 도시한다. 도 8b는 1차 인간 조직 및 암으로부터의 발현 데이터를 도시한다.
도 9는 구아바 이지사이트(Guava EasyCyte) 유세포 분석기를 사용한 비장세포 생존력의 그래프를 도시한다. 야생형(WT) 또는 AICDA 녹아웃(-/-) 마우스의 비장으로부터 단리된 세포를 일수 0 및 일수 2에 항-CD40 항체 및 IL-4로 자극하였다. DIDS를 일수 0 및 일수 2에 0 또는 150μM의 농도로 첨가하였다. 항-CD40 항체 + IL-4로 자극되고 DIDS로 처리된 WT 세포는 채워진 네모로 나타나 있으며; 항-CD40 항체 + IL-4로 자극되고 DIDS로 처리된 AICDA-/- 세포는 원으로 나타나 있으며; 항-CD40 항체 + IL-4로 자극된 WT 세포는 빈 다이아몬드로 나타나 있으며; 항-CD40 + IL-4 항체로 자극된 AICDA-/- 세포는 빈 삼각형으로 나타나 있다. 생존 세포의 총 개수를 격일로 결정하였다. 일수는 x축에 나타나 있고, 생존 세포의 분율은 y축에 나타나 있다.
도 10은 멀티톡스-플루오르 다중 세포독성 검정(MultiTox-Fluor Multiplex Cytotoxicity Assay)을 사용한 DIDS 유도체의 선별 결과를 도시한다. 화합물 정체(identity)는 x축에 나타나 있고, 생존 세포의 분율은 y축에 나타나 있다.
도 11은 DIDS로 처리된 14개의 1차 만성 림프구성 백혈병(CLL) 환자로부터의 1차 인간 CLL 세포를 도시한다. CLL 세포를 0 uM (n=5, 대조군), 150 uM (n=4), 또는 600 uM (n=2)로 처리하였다. 배양 일수 2, 4, 6, 및 8에 혈구계에서 수동으로 카운팅함으로써 DIDS에 의한 생존 세포 카운트를 결정하였다. 오차 막대는 평균의 표준 오차를 나타낸다.
도 12는 B-세포를 활성화하기 위해 CD40 + IL-4로 보충된 RPMI 배지 중에서 1X10^6 세포수/ml의 농도로 일수 0에 배양액 중에 시딩된 1차 AID-녹아웃 마우스 비장세포의 그래프를 도시한다. 개별 배양액을 0 (원), 0.5 (삼각형), 5 (다이아몬드), 50 (정사각형), 또는 500 uM (원) NS-123으로 보충하고, 일수 1, 2, 3, 및 4에 트리판 블루 염색 후에 생존 세포를 카운팅하였다.
도 13은 B-세포를 활성화하기 위해 CD40 + IL-4로 보충된 RPMI 배지 중에서 1X10^6 세포수/ml의 농도로 일수 0에 배양액 중에 시딩된 1차 AID-녹아웃 마우스 비장세포의 생존력에 대한 NS-123의 용량 반응의 그래프를 도시한다. 0, 5, 10, 20, 30 및 50 uM의 NS-123 농도를 시험하였다.
도 14는 1차 마우스 B-세포 및 DIDS 에 대한 그들의 반응의 그래프를 도시한다. 이어서, 세포를 0 (채워진 원) 또는 2.5 Gy (=250 rad; 빈 원)에 노출시켰다. 오차 막대는 3개의 독립된 실험으로부터의 평균의 표준 오차(S.E.M)를 나타낸다.
도 15a는 다양한 DIDS 농도로 처리된 비활성화된 CH12-F3 세포의 총 세포수를 도시한다. 도 15b는 다양한 DIDS 농도로 처리된 활성화된 CH12-F3 세포의 총 세포수를 도시한다. 0μM DIDS에 대한 결과는 채워진 정사각형으로 나타나 있으며, 50μM DIDS는 채워진 원으로, 100μM DIDS는 빈 정사각형으로, 그리고 150μM DIDS는 빈 원으로 나타나 있다.
도 16a는 활성화되고 150μM DIDS로 처리된, AID-녹아웃 마우스 및 B6 야생형 마우스로부터 단리된 AID-널(null) (AID-/-) 및 AID 양성 (AID+/+) 비장세포에서 검출된 좌의 개수를 도시한다. 도 16b는 AID-/- 배양액에 대비하여 AID+/+에 대해 정량화된, 포스포-H2AX 양성 세포(채워진 막대) 대 포스포-H2AX 음성 세포(빈 막대)의 비율을 도시한다. 도 16c는 세포당 좌의 개수를 DIDS-처리된 AID+/+ (채워진 막대) 대 AID-/- (빈 막대) 세포에 대해 정량화한 것을 도시한다.
도 17은 비처리 또는 30μM DIDS로 처리된 AID-발현(AID+) 또는 AID-음성(AID-) 1차 인간 CLL 세포의 세포 생존력을 도시한다.
도 18a는 1차 인간 CLL 세포에 대한 AID의 RT-PCR 발현을 도시한다. 도 18b는 DIDS에 따른 1차 인간 CLL 세포의 세포 생존력을 도시한다.
도 19a는 25 mg/kg DIDS로 처리된 BXSB.Yaa Cd8/IL15-/- 마우스의 체중을 도시한다. 도 19b는 25 mg/kg DIDS로 처리된 BXSB.Yaa Cd8/IL15-/- 마우스 내의 IgG2b 혈청 함량을 도시한다.
도 20a 및 도 20b는 BXSB.Yaa Cd8/Il15-/- 마우스를 25 mg/kg DIDS (도 20a) 또는 50 mg/kg DIDS (도 20b)로 처리한 후의 로그-순위 맨틀 콕스 생존 도표(log-rank Mantel Cox survival plot)를 도시하며, 이는 처리 시작 후의 일수로 나타나 있다.
도 21a 및 도 21b는 25 mg/kg DIDS (도 21a) 또는 50 mg/kg DIDS (도 21b)로 처리된 BXSB.Yaa Cd8/IL15-/- 마우스의 생존을 도시하며, 이는 게한-브레슬로우-윌콕산 검증(Gehan-Breslow-Wilcoxan test)을 적용하여 마우스의 일령(age in days)으로 그려져 있다.
도 22는 DIDS가 DNA 손상 후에 RAD51 좌 형성을 파괴하는 것을 도시한다. DIDS에 노출되지 않은(0 mM) 조사된 세포는 효율적인 좌 형성을 나타낸다. DIDS 노출(150 mM)은 방사선-유도 RAD51 좌 형성을 완전히 억제하여, Rad51 좌+ 세포의 분율을 (비조사된 0 Gy 샘플에서의 것과 등가인) 기준선 수준으로 감소시킨다. 오차 막대는 3개의 독립된 실험으로부터의 평균의 표준 오차(S.E.M)를 나타낸다.
도 23a 및 도 23b는 DIDS 처리에 따른 AID-양성(AID+) 및 AID-음성(AID-) 인간 세포 내의 포스포-H2AX 좌의 개수를 도시한다. 좌의 개수는 x축 상에 나타나 있다. 도 23a는 0μM DIDS 대조군에 의한 처리의 결과를 도시하고, 도 23b는 30μM DIDS에 의한 처리의 결과를 도시한다. 오차 막대는 AID-/- 샘플(빈 막대)의 4개의 독립된 배양액 및 AID+ 샘플(채워진 막대)의 5개의 독립된 배양액에 대한 평균의 표준 오차(S.E.M.)를 나타낸다.
도 24a는 DIDS 처리 및 AID 발현에 따른 활성화된 카스파제 3(AC3) 양성 세포를 도시한다. 오차 막대는 AID-/- 샘플(빈 막대)의 4개의 독립된 배양액 및 AID+ 샘플(채워진 막대)의 5개의 독립된 배양액에 대한 평균의 표준 오차(S.E.M.)를 나타낸다.
도 25a는 마우스 모델에서 전신 DIDS 처리의 효과를 시험하기 위한 실험 설계를 도시한다. 도 25b는 대조 마우스의 체질량의 분율 변화를 도시한다. 도 25c는 DIDS로 처리된 마우스의 체질량의 분율 변화를 도시한다.
도 26은 DNP-KLH로 면역화되고 0, 10, 또는 50 mg/kg DIDS로 처리된 AID-/- 및 AID+/+ 마우스로부터의 골수, 비장, 및 말초 혈액의 종점 유세포 분석 도트 도표 분석을 도시한다. 도표는 B220 (y축) 및 CD19 (x축)의 발현에 대해 염색된 림프구 게이트(lymphocyte gate) 내의 세포의 집단을 나타낸다. 각각의 도표의 상단 우측 코너에 있는 숫자는 각각의 분석에 대한 B220+/CD19+ 세포의 백분율을 제공한다. 초기/전-GC(early/pre-GC)로부터 후-GC(post-GC)까지의 B-세포 성숙의 진행이 하단부에 표시되어 있다.
도 27은 엡스타인-바르 바이러스(Epstein-Barr virus)로 형질전환된 말초 인간 B-림프구에서의 AID 및 GAPDH (대조군)에 대한 RT-PCR 발현 분석을 도시한다.
정의
편의상, 본 명세서, 실시예, 및 첨부된 특허청구범위에 사용된 특정 용어 및 어구의 의미가 이하에 제공된다. 당업계에서의 용어의 용법과 본 명세서에 제공된 그의 정의 사이에 명백한 차이가 있다면, 본 명세서 내에서 제공된 정의가 우선할 것이다.
세포 생물학 및 분자 생물학에서의 일반 용어의 정의는 문헌["The Merck Manual of Diagnosis and Therapy", 18th Edition, published by Merck Research Laboratories, 2006 (ISBN 0-911910-18-2)]; [Robert S. Porter et al. (eds.), The Encyclopedia of Molecular Biology, published by Blackwell Science Ltd., 1994 (ISBN 0-632-02182-9)]; 및 [Robert A. Meyers (ed.), Molecular Biology and Biotechnology: a Comprehensive Desk Reference, published by VCH Publishers, Inc., 1995 (ISBN 1-56081-569-8)]; [The ELISA guidebook (Methods in molecular biology 149) by Crowther J. R. (2000)]; [Fundamentals of RIA and Other Ligand Assays by Jeffrey Travis, 1979, Scientific Newsletters]; [Immunology by Werner Luttmann, published by Elsevier, 2006. Definitions of common terms in molecular biology are also be found in Benjamin Lewin, Genes IX, published by Jones & Bartlett Publishing, 2007 (ISBN-13: 9780763740634)]; [Kendrew et al. (eds.), , Molecular Biology and Biotechnology: a Comprehensive Desk Reference, published by VCH Publishers, Inc., 1995 (ISBN 1-56081-569-8)] 및 [Current Protocols in Protein Sciences 2009, Wiley Intersciences, Coligan et al., eds.]에서 찾아볼 수 있다.
달리 기재되지 않는 한, 본 명세서에 기재된 기술은, 예를 들어 문헌[Methods in Enzymology, Volume 289: Solid-Phase Peptide Synthesis, J. N. Abelson, M. I. Simon, G. B. Fields (Editors), Academic Press; 1st edition (1997) (ISBN-13: 978-0121821906)]; 미국 특허 제4,965,343호, 및 제5,849,954호; 문헌[Maniatis et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., USA (1982)]; [Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (3 ed.), Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., USA (2000)]; [Davis et al., Basic Methods in Molecular Biology, Elsevier Science Publishing, Inc., New York, USA (1995)]; 또는 [Methods in Enzymology: Guide to Molecular Cloning Techniques Vol.152, S. L. Berger and A. R. Kimmel Eds., Academic Press Inc., San Diego, USA (1987)]; [Current Protocols in Protein Science (CPPS) (John E. Coligan, et. al., ed., John Wiley and Sons, Inc.), Current Protocols in Cell Biology (CPCB) (Juan S. Bonifacino et. al. ed., John Wiley and Sons, Inc.), and Culture of Animal Cells: A Manual of Basic Technique by R. Ian Freshney, Publisher: Wiley-Liss; 5th edition (2005)], [Animal Cell Culture Methods (Methods in Cell Biology, Vol. 57, Jennie P. Mather and David Barnes editors, Academic Press, 1st edition, 1998)]에 기재된 바와 같은 표준 절차를 사용하여 수행하였으며, 이들은 모두 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함된다.
단수 용어("a", "an" 및 "the")는 문맥이 달리 명확히 지시하지 않는 한 복수 지시대상을 포함한다. 유사하게, 단어 "또는"은 문맥이 달리 명확히 지시하지 않는 한 "및"을 포함하고자 한다. 본 명세서에 기재된 것들과 유사하거나 등가인 방법 및 재료가 본 발명의 실시 또는 시험에 사용될 수 있긴 하지만, 적합한 방법 및 재료가 하기에 기재된다. 약어 "예(e.g.)"는 라틴어('exempli gratia')로부터 유래되며, 본 명세서에서 비제한적인 예를 지시하는 데 사용된다. 따라서, 약어 "예"는 용어 "예를 들어(for example)"와 동의어이다.
실행 중인 실시예에서나 달리 지시된 곳 이외에, 본 발명에 사용되는 성분의 양 또는 반응 조건을 표현하는 모든 수치는 모든 경우에 용어 "약"에 의해 수식된 것으로 이해되어야 한다. 용어 "약"은 백분율과 함께 사용될 때 ±1%를 의미할 수 있다.
본 명세서에 사용된 용어 "투여하다"는 원하는 효과가 생성되도록 원하는 부위에서 조성물의 적어도 부분적인 국부화를 가져오는 방법 또는 경로에 의해 대상체 내로 조성물을 투입하는 것을 말한다. 본 명세서에 기재된 화합물 또는 조성물은 당업계에 공지된 임의의 적절한 경로에 의해 투여될 수 있으며, 이러한 경로에는 경구, 장내 또는 비경구 경로(정맥내, 근육내, 피하, 경진피, 기도(에어로졸), 폐, 경비, 비강내, 직장, 및 국소(구강 및 설하 포함) 투여 포함)가 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다.
예시적인 투여 방식에는 주사, 주입, 점적, 흡입, 또는 섭취가 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다. "주사"에는 제한 없이, 정맥내, 근육내, 동맥내, 수강내, 뇌실내, 낭내, 안와내, 심장내, 진피내, 복강내, 경기관, 피하, 표피하, 관절내, 낭하, 지주막하, 척수내, 뇌척수내, 및 흉골내 주사 및 주입이 포함된다. 바람직한 실시 형태에서, 조성물은 정맥내 주입 또는 주사로 투여된다.
본 명세서에 사용된 용어 "자가면역 질환" 또는 "자가면역 장애"는 대상체 자신의 항체가 숙주 조직과 반응하는 경우와 같이 자기-조직에 대한 공격으로 인한 면역-매개 이상(condition)을 말하지만, 또한 미생물에 대한 면역 반응을 수반할 수 있다. 그러한 이상에는 홍반성 루푸스; 비스코트-알드리치 증후군; 자가면역 림프증식성 증후군; 중증근무력증; 류마티스성 관절염(RA); 루푸스 신장염; 다발성 경화증; 전신성 홍반성 루푸스, 원판상 루푸스, 아급성 피부 홍반성 루푸스, 피부 홍반성 루푸스(동창 홍반성 루푸스 포함), 만성 관절염, 쇼그렌 증후군, 염증성 만성 비부비동염, 결장염, 셀리악 질환, 염증성 장질환, 바렛 식도, 염증성 위염, 자가면역 신장염, 자가면역 혈관염, 자가면역 간염, 자가면역 심장염, 자가면역 뇌염, 및 자가면역 매개 혈액학적 질환이 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다.
용어 "감소하다", "저하하다", "저하", "억제하다" 또는 "억제"는 모두 본 명세서에서 일반적으로 통계학적으로 유의한 양으로의 감소를 의미하는 데 사용된다. 그러나, 불확실함을 피하기 위해, "감소하다", "저하된", "저하", "억제하다" 또는 "억제"는 참조 수준과 비교하여 5% 이상 감소, 예를 들어 참조 수준과 비교하여 약 10% 이상, 또는 약 20% 이상, 또는 약 30% 이상, 또는 약 40% 이상, 또는 약 50% 이상, 또는 약 60% 이상, 또는 약 70% 이상, 또는 약 80% 이상, 또는 약 90% 이상, 또는 약 95% 이상, 또는 약 98% 이상 또는 약 99% 이상, 또는 그 초과의 감소를 의미한다.
용어 "증가된", "증가하다" 또는 "향상시키다" 또는 "활성화하다" 또는 "상승된"은 모두 본 명세서에서 일반적으로 통계학적으로 유의한 양으로의 증가를 의미하는 데 사용되며; 불확실함을 피하기 위해, 용어 "증가된", "증가하다" 또는 "향상시키다" 또는 "활성화하다" 또는 "상승된"은 통계학적으로 유의한 증가, 예컨대 참조 수준과 비교하여 5% 이상의 증가, 예를 들어 참조 수준과 비교하여 약 10% 이상, 약 20% 이상, 또는 약 30% 이상, 또는 약 40% 이상, 또는 약 50% 이상, 또는 약 60% 이상, 또는 약 70% 이상, 또는 약 80% 이상, 또는 약 90% 이상의 증가 또는 최대 100% 증가 또는 5 내지 100%의 임의의 증가, 또는 참조 수준과 비교하여 약 2배 이상, 또는 약 3배 이상, 또는 약 4배 이상, 또는 약 5배 이상 또는 약 10배 이상의 증가, 또는 2배 내지 10배 또는 그 초과의 임의의 증가를 의미한다.
용어 "통계학적으로 유의한" 또는 "유의하게"는 통계학적 유의성을 말하며, 일반적으로 마커의 농도가 정상보다 2 표준 편차(2SD) 미만 또는 초과이거나, 또는 더 낮거나, 또는 더 높은 것을 의미한다. 이 용어는 차이가 있다는 통계학적 증거를 말한다. 이는 귀무 가설이 실제로 진실일 경우 귀무 가설을 거부할 결정을 내릴 확률로서 정의된다. 이러한 결정은 흔히 p-값을 사용하여 내려진다.
본 명세서에 사용된 용어 "화합물" 또는 "작용제(agent)"는 상호교환가능하게 사용되며, DSB 수복을 억제하는 분자 및/또는 조성물을 말한다. 화합물/작용제에는 화학적 화합물 및 화학적 화합물의 혼합물, 예를 들어 유기 또는 무기 소분자; 사카라이드; 올리고사카라이드; 폴리사카라이드; 생물학적 거대분자, 예를 들어 펩티드, 단백질, 및 펩티드 유사체 및 유도체; 펩티드모방체(peptidomimetic); 핵산; 핵산 유사체 및 유도체; 세균, 식물, 진균, 또는 포유류 세포 또는 조직과 같은 생물학적 재료로부터 제조된 추출물; 천연 발생 또는 합성 조성물; 펩티드; 압타머(aptamer); 및 항체, 또는 그의 단편이 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다.
본 명세서에 사용된 용어 "시험 화합물" 또는 "시험 작용제"는 본 명세서에 확인된 바와 같이, DSB 수복에 관여하는 유전자 또는 단백질의 발현 및/또는 활성을 억제할 수 있는 그들의 능력에 대해 선별하고자 하는 화합물 또는 작용제 및/또는 그의 조성물을 말한다.
본 명세서에 사용된 용어 "DSB 수복 억제제"는 이본쇄 DNA 절단의 수복을 억제하는 임의의 화합물 또는 작용제이다. 특정 실시 형태에서, 그러한 억제제에는 상동적 재조합 및 비상동적 말단 결합(NHEJ)을 억제하는 것이 포함될 수 있다. 특정 실시 형태에서, 그러한 억제제에는 RAD51-매개 쇄 교환의 억제제가 포함될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 그러한 억제제에는, 예를 들어 Rad51; Rad51AP1; Rad51B; Rad51C; Rad51D; XRCC2; XRCC3; RAD54; RAD52; BRCA1; BRCA2; ATM; ATR; MRE11; RAD50; NBS1; WRN; BLM; RECQ4; LIG4; XRCC4; PRKDC; DCLRE1C; XRCC6; XRCC5; 및 XLF의 억제제가 포함될 수 있다.
본 명세서에 사용된 용어 "항체"는 면역글로불린 분자 및 면역글로불린 분자의 면역학적으로 활성인 부분, 즉 하나 이상의 에피토프를 포함하는 항원과 특이적으로 결합하는 항원 결합 부위를 함유하는 분자를 말한다. 이들 용어는 또한 2개의 면역글로불린 중쇄 및 2개의 면역글로불린 경쇄로 구성된 항체뿐만 아니라 항체 이외의 다양한 형태를 말하는데; 이에는, 예를 들어 Fv, Fab, 및 F(ab)'2뿐만 아니라 이작용성 하이브리드 항체(예: 문헌[Lanzavecchia et al., Eur. J. Immunol. 17, 105 (1987)]) 및 단쇄(예: 문헌[Hustonet al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 85, 5879-5883 (1988)] 및 [Bird et al., Science 242, 423-426 (1988)], 이들은 본 명세서에 참고로 포함됨) 및 단일 도메인 항체(sdAb) (예를 들어, 나노바디(nanobody), 카멜리드(camelid) (VHH 단편) 및 면역글로불린 새로운 항원 수용체(immunoglobulin new antigen receptor, IgNAR) 포함) (문헌[Harmsen et al. 2007, Appl. Microbiol. Biotechnol. 77 (1): 13-22]; [Holt et al. 2003, Trends in Biotechnology 21 (11): 484-490]; 이들은 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함됨)가 포함된다. (일반적으로 문헌[Hood et al., Immunology, Benjamin, N.Y., 2ND ed. (1984)], [Harlow and Lane, Antibodies. A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory (1988)] 및 [Hunkapiller and Hood, Nature, 323, 15-16 (1986)]을 참조하며, 이들은 본 명세서에 참고로 포함된다). 이 용어는 또한 인트라바디(intrabody), 즉 세포 내에서 작용하고 세포내 단백질에 결합하는 항체를 포함한다. 인트라바디에는 전 항체 또는 그의 항체 결합성 단편, 예를 들어 단일 Fv, Fab 및 F(ab)'2 등이 포함될 수 있다. 본 명세서에 사용된 용어 "에피토프"는 동물에서, 바람직하게는 포유류에서, 가장 바람직하게는 인간에서 항원성 또는 면역원성 활성을 갖는 비단백질 분자 또는 폴리펩티드 또는 단백질의 단편을 말한다. 면역원성 활성을 갖는 에피토프는 동물에서 항체 반응을 이끌어내는 폴리펩티드 또는 단백질의 단편이다. 항체가 면역특이적으로 결합되는 에피토프는 당업자에게 익히 공지된 임의의 방법에 의해, 예를 들어 면역검정에 의해 결정될 수 있다. 항원성 에피토프는 반드시 면역원성일 필요는 없다.
용어 "단백질 결합성 단백질"은 비면역글로불린 결합성 단백질을 말하며, 항체 하위구조(예: Fc 단편), 미니바디(minibody), 애드넥틴(adnectin), 안티칼린(anticalin), 아피바디(affibody), 아필린(affilin), 안키린 반복 단백질(ankyrin repeat protein), DARPin, 크노틴(knottin), 글루바디(glubody), C형 렉틴-유사 도메인 단백질, 테트라넨틴, 크링글 도메인(kringle domain, KD), 쿠니츠 도메인 단백질(kunitz domain protein), 티오레독신, 시토크롬 b562, 아연 손가락 골격(zinc finger scaffold), 포도상구균 뉴클레아제 골격(Staphylococcal nuclease scaffold), 피브로넥틴 또는 피브로넥틴 이량체, 테나신, N-카드헤린, E-카드헤린, ICAM, 티틴, GCSF-수용체, 사이토카인 수용체, 글리코시다제 억제제, 항생물질 색소단백질, 수초막 접착 분자(myelin membrane adhesion molecule) P0, CD8, CD4, CD2, 클래스 I MHC, T-세포 항원 수용체, CD1, C2 및 VCAM-1의 I-세트 도메인, 미오신-결합성 단백질 C의 1-세트 면역글로불린 도메인, 미오신-결합성 단백질 H의 1-세트 면역글로불린 도메인, 텔로킨의 I-세트 면역글로불린 도메인, NCAM, 트위친(twitchin), 뉴로글리안(neuroglian), 성장 호르몬 수용체, 에리트로포이에틴 수용체, 프로락틴 수용체, 인터페론-감마 수용체, β-갈락토시다제/글루쿠로니다제, β-글루쿠로니다제, 트랜스글루타미나제, T-세포 항원 수용체, 초산화물 디스뮤타제, 조직 인자 도메인, 시토크롬 F, 녹색 형광 단백질, GroEL, 및 타우마틴으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 그러한 비면역글로불린 결합성 단백질의 제조 방법은 당업계에 익히 공지되어 있다(문헌[Binz et al. 2005, Nat Biotechnol 1257-6]; [Lee et al. 2010, Proc Natl Acad Sci USA 107(21):9567-71]; [Gebauer and Skerra 2009, Curr Opin Chem Biol. 13(3):245-255]).
용어 "발현"은 RNA 및 단백질을 생산하는 데, 그리고 필요에 따라 단백질을 분비하는 데 관여하는 세포 과정을 말하며, 이에는, 적용가능한 경우, 예를 들어 전사, 번역, 접힘(folding), 개질(modification) 및 처리(processing)가 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다. 용어 "발현 생산물" 또는 "발현 생산물들"은 유전자로부터 전사된 RNA, 및 유전자로부터 전사된 mRNA의 번역에 의해 수득된 폴리펩티드를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 발현 생산물은 폴리펩티드를 암호화하지 않는 서열, 예컨대 microRNA 또는 RNAi로부터 전사된다.
본 명세서에 사용된 용어 "상보적인" 또는 "상보적인 염기쌍"은 DNA 내의 A:T 및 G:C와 RNA 내의 A:U를 말한다. 대부분의 DNA는 단지 4개의 질소성 염기의 뉴클레오티드의 서열로 이루어진다: 염기 또는 염기 아데닌(A), 티민(T), 구아닌(G), 및 시토신(C). 이들 염기가 함께 유전 알파벳을 형성하고, 그들의 정돈된 긴 서열은 암호화된 형태로 유전자 내에 존재하는 많은 정보를 함유한다. 대부분의 RNA 또한 단지 4개의 염기의 서열로 이루어진다. 그러나 RNA에서, 티민은 우리딘(U)으로 대체된다.
본 명세서에 사용된 용어 "핵산" 또는 "핵산 서열"은 리보핵산, 데옥시리보핵산 또는 그의 유사체의 단위, 폴리뉴클레오티드, 예컨대 데옥시리보핵산(DNA), 및 필요에 따라, 리보핵산(RNA), 그의 중합체를 일본쇄 또는 이본쇄 형태로 포함하는 임의의 분자, 바람직하게는 중합체 분자를 말한다. 일본쇄 핵산은 변성 이본쇄 DNA의 하나의 쇄 핵산일 수 있다. 대안적으로, 이는 어떠한 이본쇄 DNA로부터도 유래되지 않은 일본쇄 핵산일 수 있다. 일 태양에서, 주형 핵산은 DNA이다. 또 다른 태양에서, 주형은 RNA이다. 적합한 핵산 분자는 DNA이며, 이에는 게놈 DNA, 리보솜 DNA 및 cDNA가 포함된다. 다른 적합한 핵산 분자는 RNA이며, 이에는 mRNA, rRNA 및 tRNA가 포함된다. 핵산 분자는 게놈 DNA에서와 같이 천연 발생일 수 있거나, 또는 이는 합성, 즉 인간 활동에 기초하여 제조될 수 있거나, 또는 이들의 조합일 수 있다. 달리 특별히 제한되지 않는 한, 이 용어는 천연 뉴클레오티드의 공지된 유사체를 함유하는 핵산을 포함하는데, 이때 이러한 핵산은 참조 핵산과 유사한 결합 특성을 가지며 천연 발생 뉴클레오티드와 유사한 방식으로 대사된다. 달리 나타내지 않는 한, 특정 핵산 서열은 또한 명시적으로 지시된 서열뿐만 아니라, 그의 보존적으로 개질된 변이체(예: 축퇴 코돈 치환) 및 상보적인 서열을 암시적으로 포함한다. 구체적으로, 축퇴 코돈 치환은 하나 이상의 선택된(또는 모든) 코돈의 제3 위치가 혼합된-염기 및/또는 데옥시이노신 잔기로 치환된 서열을 발생시킴으로써 달성될 수 있다(문헌[Batzer, et al., Nucleic Acid Res. 19:5081 (1991)]; [Ohtsuka, et al., J. Biol. Chem. 260:2605-2608 (1985)], 및 [Rossolini, et al., Mol. Cell. Probes 8:91-98 (1994)]). 핵산 분자는 또한 특정 개질, 예컨대 미국 특허 출원 제20070213292호에 기재된 바와 같은 2'-데옥시, 2'-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸 (2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필 (2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸 (2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필 (2'-O-DMAP), 2'-O-디메틸아미노에틸옥시에틸 (2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O--N-메틸아세트아미도 (2'-O-NMA), 콜레스테롤 부가, 및 포스포로티오에이트 골격; 및 미국 특허 제6,268,490호에 기재된 바와 같은 2'-산소와 4'-탄소 원자 사이에서 메틸렌 단위에 의해 결합된 특정 리보뉴클레오시드를 가질 수 있으며, 여기서 특허 및 특허 출원 둘 모두는 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함된다. 용어 "핵산"은 또한 뉴클레오티드 유사체, 및 일본쇄(센스 또는 안티센스) 및 이본쇄 폴리뉴클레오티드로부터 제조된 RNA 또는 DNA의 등가체, 유도체, 변이체 또는 유사체를 포함하는 것으로 이해되어야 한다.
용어 "유전자"는 적절한 조절 서열에 작동가능하게 연결될 때 시험관내에서(in vitro) 또는 생체내에서(in vivo) RNA로 전사되는 핵산 서열(DNA)을 의미한다. 유전자는 암호화 영역의 전과 후의 영역, 예를 들어 5' 비번역(5'UTR) 또는 "선도(leader)" 서열 및 3' UTR 또는 "꼬리(trailer)" 서열뿐만 아니라 개별 암호화 분절(엑손)들 사이에 개재 서열(인트론)을 포함할 수 있거나 포함할 수 없다.
본 명세서에 사용된 용어 "단백질" 및 "폴리펩티드 및 "펩티드"는 인접한 잔기의 알파-아미노 기와 카르복시 기 사이에서 펩티드 결합에 의해 다른 것에 연결된 일련의 아미노산 잔기를 지정하기 위하여 본 명세서에서 상호교환가능하게 사용된다. 본 명세서에서 상호교환가능하게 사용되는 용어 "단백질", 및 "폴리펩티드 및 "펩티드"는 개질된 아미노산(예: 인산화, 당화, 글리코실화 등) 및 아미노산 유사체를 포함한 아미노산의 중합체를 말하며, 이때 그의 크기 또는 기능에는 관계 없다. "단백질"은 흔히 상대적으로 큰 폴리펩티드를 말할 때 사용되고, "펩티드"는 흔히 작은 폴리펩티드를 말할 때 사용되긴 하지만, 당업계에서의 이들 용어의 용법은 중첩되고 변동된다. 본 명세서에 사용된 용어 "펩티드"는 달리 언급되지 않는 한, 펩티드, 폴리펩티드, 단백질 및 단백질의 단편을 말한다. 용어 "단백질" 및 "폴리펩티드" 및 "펩티드"는 유전자 생산물 및 그의 단편에 대해 말할 때 본 명세서에서 상호교환가능하게 사용된다. 따라서, 예시적인 펩티드 또는 단백질에는 유전자 생산물, 천연 발생 단백질, 호몰로그(homolog), 오솔로그(ortholog), 파랄로그(paralog), 단편 및 상기의 다른 등가체, 변이체, 단편, 및 유사체가 포함된다.
본 명세서에 사용된 용어 "벡터"는 숙주 세포에의 전달 또는 상이한 숙주 세포들 사이에서의 이동을 위해 설계된 핵산 작제물을 말한다. 본 명세서에 사용된 바와 같이, 벡터는 바이러스성 또는 비바이러스성일 수 있다. 벡터에는 클로닝 벡터, 발현 벡터, 플라스미드, 파지, 트랜스포존, 코스미드, 세균 인공 염색체(bacterial artificial chromosome, BAC), 효모 인공 염색체(yeast artificial chromosome, YAC), 바이러스, 비리온, 레트로바이러스 등이 포함될 수 있지만 이로 한정되는 것은 아니다. 일부 실시 형태에서, 벡터는 에피솜성(episomal)이다. 적합한 에피솜성 벡터의 사용은 고 복제수 염색체외 DNA(high copy number extra chromosomal DNA) 내에 대상체에서의 관심 대상의 뉴클레오티드를 유지하는 수단을 제공하며, 그럼으로써 염색체 통합의 잠재적인 효과를 제거한다.
본 명세서에 사용된 용어 "발현 벡터"는 세포 내에 이종 핵산 단편을 포함시키고 발현하는 능력을 갖는 벡터를 말한다. 발현 벡터는 추가 요소를 포함할 수 있는데, 예를 들어 발현 벡터는 2개의 복제 시스템을 가질 수 있으며, 이에 따라 그것이 2개의 유기체 내에, 예를 들어 발현을 위한 인간 세포 내에, 그리고 클로닝 및 증폭을 위한 원핵생물 숙주 내에 유지되게 할 수 있다. 발현 벡터는 그 벡터 상의 전사적 조절 서열에 연결된 서열로부터 RNA 또는 폴리펩티드의 발현을 지시할 수 있다. 발현된 서열은 반드시는 아니지만 흔히 세포에 대해 이종일 것이다. 발현 벡터는 추가 요소를 포함할 수 있는데, 예를 들어 발현 벡터는 2개의 복제 시스템을 가질 수 있으며, 이에 따라 그것이 2개의 유기체 내에, 예를 들어 발현을 위한 인간 세포 내에, 그리고 클로닝 및 증폭을 위한 원핵생물 숙주 내에 유지되게 할 수 있다.
본 명세서에 사용된 용어 "바이러스성 벡터"는 바이러스 기원의 적어도 하나의 요소를 포함하고 바이러스성 벡터 입자 내로 패키징될 수 있는 능력을 갖는 핵산 벡터 작제물을 말한다. 바이러스성 벡터는 비필수 바이러스성 유전자 대신에 표적 유전자를 함유할 수 있다. 벡터 및/또는 입자는 임의의 핵산을 시험관내 또는 생체내에서 세포 내로 이동시키려는 목적에 이용될 수 있다. 다수의 형태의 바이러스성 벡터가 당업계에 공지되어 있으며, 이에는 거대세포바이러스, 아데노바이러스, 렌티바이러스, 폭스 바이러스, 헤르페스 바이러스, 레트로바이러스(예: MMLV, HIV-1 또는 ALV)가 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다. 바이러스성 벡터는 세포 내로의 핵산 조절 화합물의 캐리어로서 사용될 수 있다. 예를 들어, 조절 화합물을 함유하는 작제물은 세포 내로의 감염 또는 형질도입을 위하여, 아데노바이러스, 아데노-관련 바이러스(AAV), 또는 헤르페스 단순 바이러스(HSV) 또는 기타(레트로바이러스성 및 렌티바이러스성 벡터 포함)와 같은 비복제성의 결함 바이러스성 게놈 내로 통합되고 패키징될 수 있다. 대안적으로, 이 작제물은 에피솜성 복제가 가능한 벡터, 예를 들어 EPV 및 EBV 벡터 내로 포함될 수 있다. 그러한 벡터 내로 포함된 핵산은, 발현 제어 서열이 그 폴리뉴클레오티드 서열의 전사 및 번역을 제어 및 조절할 때, 발현 제어 서열에 작동적으로 연결될 수 있다.
본 명세서에 사용된 용어 "작동적으로 연결된" 또는 "작동가능하게 연결된"은 제2 핵산과 기능적인 관계에 있는 핵산을 말한다. 용어 "작동가능하게 연결된"은 2개 이상의 핵산 분자, 예컨대 전사하고자 하는 올리고뉴클레오티드 또는 폴리뉴클레오티드 및 조절 요소(예컨대, 프로모터 또는 인핸서 요소, 이는 전사하고자 하는 올리고뉴클레오티드 또는 폴리뉴클레오티드의 전사를 가능하게 함)의 기능적 결합을 포함한다. 일부 예에서, 핵산 조절 화합물의 전사는 발현이 의도된 세포 유형에서의 핵산의 발현을 제어하는 프로모터 서열(또는 다른 전사적 조절 서열)의 제어 하에 있다. 또한, 조절 핵산은 단백질의 천연 발생 형태의 전사를 제어하는 서열과 동일하거나 상이한 전사적 조절 서열의 제어 하에 있을 수 있다는 것이 이해될 것이다. 일부 경우에, 프로모터 서열은 세포의 합성 장치(synthetic machinery), 또는 도입된 합성 장치에 의해 인식되며, 특이적 유전자의 전사를 개시하는 데 필요하다. 프로모터 서열은 "조직-특이적 프로모터"일 수 있는데, 이는 프로모터로서의 역할을 하는, 즉 프로모터에 작동가능하게 연결된 선택된 핵산 서열의 발현을 조절하는 핵산 서열을 의미하고, 특이적 세포, 예를 들어 림프구 또는 상피 세포 내에서의 선택된 핵산 서열의 발현에 영향을 준다. 이 용어는 또한 이른바 "리키(leaky)" 프로모터도 포함하는데, 이는 선택된 핵산의 발현을 한 조직 내에서 1차적으로 조절하지만, 다른 조직에서도 마찬가지로 발현을 일으킨다.
본 명세서에 사용된 용어 "이종 핵산 단편"은 그 세포 내에서 천연적으로 발생하지 않는 핵산 서열을 말한다. 예를 들어, 이종 유전자, 예컨대 DNA 편집 효소(예: AID)가 세균 또는 바이러스의 게놈 내로 삽입될 경우, 그 유전자는 그 수용 세균 또는 바이러스에 대해 이종인데, 그 이유는 세균성 및 바이러스성 게놈은 DNA 편집 효소 유전자를 천연적으로 갖지 않기 때문이다.
본 명세서에 사용된 용어 "복제 불능(replication incompetent)"은 바이러스성 벡터가 그의 게놈을 추가로 복제 및 패키징할 수 없다는 것을 의미한다. 예를 들어, 대상체의 세포를 복제 불능 재조합 아데노-관련 바이러스(recombinant adeno-associated virus, rAAV) 비리온으로 감염시키는 경우, 이종 유전자(도입유전자(transgene)로도 알려짐)는 환자의 세포 내에서 발현되지만, rAAV는 복제 결함을 나타내며(예를 들어, 바이러스를 패키징하는 것으로부터 필수 단백질을 암호화하는 악세서리 유전자가 결여되며), 바이러스성 입자가 환자의 세포 내에 형성될 수 없다.
본 명세서에 사용된 용어 "단리된" 또는 "부분 정제된"은, 핵산 또는 폴리펩티드의 경우, 그의 천연 공급원에서 발견된 핵산 또는 폴리펩티드와 함께 존재하고/하거나 분비된 폴리펩티드의 경우 분비되거나, 세포에 의해 발현될 때 핵산 또는 폴리펩티드와 함께 존재하게 될 적어도 하나의 다른 성분(예: 핵산 또는 폴리펩티드)으로부터 분리된 핵산 또는 폴리펩티드를 말한다. 화학적으로 합성된 핵산 또는 폴리펩티드 또는 시험관내 전사/번역을 사용하여 합성된 것은 "단리된" 것으로 간주된다.
질환과 관련하여 본 명세서에 사용된 바와 같이, 용어 "치료하다", "치료", "치료하는" 등은 본 명세서에 기재된 바와 같이 암의 지표, 증상, 마커, 물리적 파라미터, 종양 크기 또는 재발의 심각도의 감소를 말한다. 본 명세서에 기재된 기술와 관련하여, 본 명세서에 언급된 이상 중 임의의 것에 관한 한에 있어서, 용어 "치료하다", "치료", "치료하는" 등은 그러한 암 또는 자가면역 장애와 관련된 적어도 하나의 증상 또는 합병증의 진행, 증악, 악화, 진행, 예측된 진행 또는 중증도의 완화, 경감, 개선, 억제, 감속, 지연, 반전, 또는 중지를 의미하거나, 또는 그러한 질환 또는 장애의 발병을 지연시키는 것을 의미한다. 일 실시 형태에서, 암 또는 자가면역 장애의 증상은 5% 이상, 10% 이상, 20% 이상, 30% 이상, 40% 이상, 또는 50% 이상으로 경감된다.
질환 또는 장애 마커 또는 증상과 관련하여 "낮추다"는 그러한 수준에서의 통계학적으로 유의한 감소를 의미한다. 이러한 감소는, 예를 들어 10% 이상, 20% 이상, 30% 이상, 40% 이상 또는 그 초과일 수 있으며, 바람직하게는 그러한 질환 또는 장애를 갖지 않는 개체에 대하여 정상 범위 내에서 허용되는 수준까지 내려간다.
질환 또는 장애 마커 또는 증상과 관련하여 "높이다"는 그러한 수준에서의 통계학적으로 유의한 증가를 의미한다. 이러한 감소는, 예를 들어 10% 이상, 20% 이상, 30% 이상, 40% 이상, 50% 이상 또는 그 초과일 수 있으며, 바람직하게는 그러한 질환 또는 장애를 갖지 않는 개체에 대하여 정상 범위 내에서 허용되는 수준으로부터 올라간다.
본 명세서에 사용되는 어구 "치료학적 유효량", "유효량" 또는 "유효 용량"은 본 명세서에 기재된 이상(예: 암 또는 자가면역 질환)의 치료, 예방, 또는 관리에서 치료학적 이득을 제공하는 양, 예를 들어 그러한 이상의 적어도 하나의 증상에서 통계학적으로 유의한 감소를 제공하는 양을 말한다. 치료학적 유효량의 결정은 충분히 당업자의 능력 내에 있다. 일반적으로, 치료학적 유효량은 대상체에서의 의학적 상태의 중증도 및 유형, 및 다른 약제학적 활성제의 투여뿐만 아니라 대상체의 이력, 연령, 상태, 성별에 따라서도 변동될 수 있다.
본 명세서에 사용된 용어 "약제학적 조성물"은 제약 산업에서 일반적으로 사용되는 약제학적으로 허용되는 담체와 배합된 활성제를 말한다.
본 명세서에 사용된 용어 "약제학적으로 허용되는"은 과도한 독성, 자극, 알러지성 반응, 또는 다른 문제 또는 합병증 없이 올바른 의학적 판단의 범주 내에서 인간 및 동물의 조직과의 접촉에 사용하기에 적합하며 합리적인 이득/위험 비에 부합되는 화합물, 재료, 조성물, 및/또는 투여형을 말한다.
본 명세서에 사용된 용어 "약제학적으로 허용되는 담체"는 임의의 약제학적으로 허용되는 재료, 조성물, 매질, 또는 비히클, 예컨대 액체 또는 고체 충전제, 희석제, 부형제(예: 염료, 향미제, 결합제, 연화제, 충전제, 윤활제, 방부제, 옥수수 전분, 락토오스, 활석, 마그네슘 스테아레이트, 수크로오스, 젤라틴, 칼슘 스테아레이트, 이산화규소, 셸락 및 글레이즈), 용매 또는 캡슐화 재료, 코팅, 계면활성제, 흡수 지연제, 제조 보조제(예: 윤활제, 활석 마그네슘, 칼슘 또는 아연 스테아레이트, 또는 스테아르산), 염, 방부제, 안정제, 젤, 붕해제, 감미제, 유사 재료 및 이들의 조합을 의미하며, 이들은 당업자에게 공지되어 있는 바와 같을 것이다(예를 들어, 문헌[Remington's Pharmaceutical Sciences, 18th Ed. Mack Printing Company, 1990, pp. 1289-1329] 참조). 임의의 통상적인 담체가 활성 성분과 불상용성인 경우를 제외하고는, 치료학적 또는 약제학적 조성물에서의 그의 사용이 고려된다. 각각의 담체는 제형의 다른 성분들과 상용성이고 환자에게 해롭지 않다는 의미에서 "허용"되어야 한다. 예를 들어, 담체는 치료에 대한 작용제의 영향을 감소시키지 않는다. 다시 말하면, 담체는 약제학적으로 불활성이다. 약제학적으로 허용되는 담체로서의 역할을 할 수 있는 재료의 일부 예에는 하기가 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다: (1) 당, 예컨대 락토오스, 글루코오스 및 수크로오스; (2) 전분, 예컨대 옥수수 전분 및 감자 전분; (3) 셀룰로오스, 및 그의 유도체, 예컨대 나트륨 카르복시메틸 셀룰로오스, 메틸셀룰로오스, 에틸 셀룰로오스, 미세결정질 셀룰로오스 및 셀룰로오스 아세테이트; (4) 분말형 트래거캔스; (5) 맥아; (6) 젤라틴; (7) 윤활제, 예컨대 마그네슘 스테아레이트, 나트륨 라우릴 설페이트 및 탈크; (8) 부형제, 예컨대 코코아 버터 및 좌제 왁스; (9) 오일, 예컨대 땅콩유, 면실유, 홍화유, 참깨유, 올리브유, 옥수수유 및 대두유; (10) 글리콜, 예컨대 프로필렌 글리콜; (11) 폴리올, 예컨대 글리세린, 소르비톨, 만니톨 및 폴리에틸렌 글리콜 (PEG); (12) 에스테르, 예컨대 에틸 올레에이트 및 에틸 라우레이트; (13) 한천; (14) 완충제, 예컨대 수산화마그네슘 및 수산화알루미늄; (15) 알긴산; (16) 발열성 물질 제거수(pyrogen-free water); (17) 등장성 식염수; (18) 링거액; (19) 에틸 알코올; (20) pH 완충 용액; (21) 폴리에스테르, 폴리카르보네이트 및/또는 폴리무수물; (22) 증량제(bulking agent), 예컨대 폴리펩타이드 및 아미노산; (23) 혈청 성분, 예컨대 혈청 알부민, HDL 및 LDL; (22) C2-C12 알코올, 예컨대 에탄올; 및 (23) 약제학적 제형에 사용되는 다른 비독성의 상용성 물질. 습윤제, 결합제, 충전제, 윤활제, 착색제, 붕해제, 이형제, 코팅제, 감미제, 향미제, 방향제, 방부제, 물, 염 용액, 알코올, 산화방지제, 폴리에틸렌 글리콜, 젤라틴, 락토오스, 아밀로오스, 마그네슘 스테아레이트, 활석, 규산, 점성 파라핀, 하이드록시메틸셀룰로오스, 폴리비닐피롤리돈 등이 또한 제형 내에 존재할 수 있다. "부형제", "담체", "약제학적으로 허용되는 담체" 등과 같은 용어는 본 명세서에서 상호교환가능하게 사용된다.
본 명세서에 사용된 용어 "소분자"는 펩티드, 펩티드모방체, 아미노산, 아미노산 유사체, 폴리뉴클레오티드, 폴리뉴클레오티드 유사체, 압타머, 뉴클레오티드, 뉴클레오티드 유사체, 분자량이 약 10,000 g/mol 미만인 유기 또는 무기 화합물(즉, 헤테로유기 및 유기금속 화합물 포함), 분자량이 약 5,000 g/mol 미만인 유기 또는 무기 화합물, 분자량이 약 1,000 g/mol 미만인 유기 또는 무기 화합물, 분자량이 약 500 g/mol 미만인 유기 또는 무기 화합물, 및 그러한 화합물의 염, 에스테르, 및 다른 약제학적으로 허용되는 형태를 포함할 수 있지만 이로 한정되지는 않는 화학적 작용제를 말한다.
본 명세서에 사용된 바와 같이, "대상체"는 인간 또는 동물을 의미한다. 일 실시 형태에서, 동물은 영장류, 설치류, 가축, 조류, 어류 또는 수렵 동물과 같은 척추동물이다. 용어 "환자", "개체" 및 "대상체"는 본 명세서에서 상호교환가능하게 사용된다.
바람직하게는, 대상체는 포유류이다. 포유류는 인간, 인간 이외의 영장류, 마우스, 래트, 개, 고양이, 말, 또는 소일 수 있지만, 이들 예로 한정되는 것은 아니다. 유리하게는 인간 이외의 포유류가 암, 자가면역 질환, 또는 염증성 질환의 동물 모델을 나타내는 대상체로서 사용될 수 있다. 게다가, 본 명세서에 기재된 방법은 가축 및/또는 애완동물을 치료하는 데 사용될 수 있다. 대상체는 남성(수컷) 또는 여성(암컷)일 수 있다. 대상체는 이전에 암 또는 자가면역 질환으로 진단받았던 자, 또는 암 또는 자가면역 질환과 관련된 하나 이상의 합병증을 갖는 것으로 확인된 대상체일 수 있으며, 선택적으로, 그러나 이들은 이미 암 또는 자가면역 질환 또는 암 또는 자가면역 질환과 관련된 하나 이상의 합병증에 대한 치료를 받았을 필요는 없다. 대상체는 또한 암 또는 자가면역 질환을 앓지 않는 자일 수 있다. 예를 들어, 대상체는 암 또는 자가면역 질환 또는 암 또는 자가면역 질환과 관련된 하나 이상의 합병증에 대한 하나 이상의 위험 인자를 나타내는 자일 수 있다. 대상체는 암 또는 자가면역 질환 또는 암 또는 자가면역 질환과 관련된 하나 이상의 합병증에 대해 무증상일 수 있다. 일 실시 형태에서, 대상체는 암 또는 자가면역 질환을 갖거나 가질 위험에 있는 자로 선택된다. 대상체는 또한 암 또는 자가면역 질환과 관련된 하나 이상의 합병증으로 진단받았거나 이를 갖는 것으로 확인되었던 자일 수 있거나, 또는 대안적으로, 대상체는 이전에 암 또는 자가면역 질환과 관련된 하나 이상의 합병증으로 진단받았거나 이를 갖는 것으로 확인되었된 적이 없는 자일 수 있다.
본 명세서에 사용된 용어 "알킬"은 포화 직쇄, 분지쇄, 또는 사이클릴 탄화수소 라디칼을 말한다. 용어 "알킬"은 사이클로알킬 또는 사이클릭 알킬을 포함한다. 게다가, 알킬의 골격은 하나 이상의 헤테로원자, 예컨대 O, N, 또는 S를 포함할 수 있다. 알킬 라디칼의 예에는 메틸, 에틸, 프로필, 이소프로필, n-부틸, tert-부틸, 네오펜틸, n-헥실, 및 n-옥틸 라디칼이 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다.
본 명세서에 사용된 용어 "알케닐"은 적어도 하나의 탄소-탄소 이중 결합을 갖는 불포화 직쇄, 분지쇄, 또는 사이클릴 탄화수소 라디칼을 말한다. 용어 "알케닐"은 사이클로알킬 또는 사이클로알케닐을 포함한다. 게다가, 알케닐의 골격은 하나 이상의 헤테로원자, 예컨대 O, N, 또는 S를 포함할 수 있다. 알케닐 라디칼의 예에는 알릴, 부테닐, 및 헥세닐 라디칼이 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다.
본 명세서에 사용된 용어 "알키닐"은 적어도 하나의 탄소-탄소 삼중 결합을 갖는 불포화 탄화수소 라디칼을 말한다. 게다가, 알키닐의 골격은 하나 이상의 헤테로원자, 예컨대 O, N, 또는 S를 포함할 수 있다. 대표적인 알키닐 기에는 에티닐, 1-프로피닐, 1-부티닐, 이소펜티닐, 1,3-헥사디이닐, n-헥시닐, 3-펜티닐, 1-헥센-3-이닐 등이 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다.
본 명세서에 사용된 용어 "할로겐"은 불소, 염소, 브롬 및 요오드로부터 선택된 원자를 말한다. 용어 "할로겐 방사성 동위원소"는 불소, 염소, 브롬 및 요오드로부터 선택된 원자의 방사성 핵종을 말한다.
본 명세서에 사용된 용어 "사이클릴"은 3 내지 12개의 탄소, 바람직하게는 3 내지 8개의 탄소, 그리고 더 바람직하게는 3 내지 6개의 탄소를 갖는 포화 및 부분 불포화 사이클릭 탄화수소 기를 말하며, 여기서 사이클릴 기는 선택적으로 치환될 수 있다. 사이클릴 기의 예에는 제한 없이, 사이클로프로필, 사이클로부틸, 사이클로펜틸, 사이클로펜테닐, 사이클로헥실, 사이클로헥세닐, 사이클로헵틸, 및 사이클로옥틸이 포함된다.
본 명세서에 사용된 용어 "헤테로사이클릴"은 모노사이클릭일 경우 1 내지 3개의 헤테로원자, 바이사이클릭일 경우 1 내지 6개의 헤테로원자, 또는 트리사이클릭일 경우 1 내지 9개의 헤테로원자를 갖는 비방향족 5 내지 8원 모노사이클릭, 8 내지 12원 바이사이클릭, 또는 11 내지 14원 트리사이클릭 고리 시스템을 말하며, 이때 상기 헤테로원자는 O, N, 또는 S로부터 선택되며(예를 들어, 모노사이클릭, 바이사이클릭, 또는 트리사이클릭일 경우 각각 N, O, 또는 S의 1 내지 3개, 1 내지 6개, 또는 1 내지 9개의 헤테로원자 및 탄소 원자), 여기서 각각의 고리의 0, 1, 2 또는 3개의 원자는 치환체로 치환될 수 있다. 헤테로사이클릴 기의 예에는 피페라지닐, 피롤리디닐, 디옥사닐, 모르폴리닐, 테트라하이드로푸라닐 등이 포함된다.
본 명세서에 사용된 용어 "아릴"은 6-탄소 모노사이클릭, 10-탄소 바이사이클릭, 14-탄소 트리사이클릭 방향족 고리 시스템을 말하며, 여기서 각각의 고리는 1 내지 4개의 치환체를 가질 수 있다. 아릴 기의 예에는 페닐, 메틸페닐, 나프틸, 및 안트라세닐이 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다.
본 명세서에 사용된 용어 "헤테로아릴"은 모노사이클릭일 경우 1 내지 3개의 헤테로원자, 바이사이클릭일 경우 1 내지 6개의 헤테로원자, 또는 트리사이클릭일 경우 1 내지 9개의 헤테로원자를 갖는 방향족 5 내지 8원 모노사이클릭, 8 내지 12원 바이사이클릭, 또는 11 내지 14원 트리사이클릭 고리 시스템을 말하며, 이때 상기 헤테로원자는 O, N, 또는 S로부터 선택되며(예를 들어, 모노사이클릭, 바이사이클릭, 또는 트리사이클릭일 경우 각각 N, O, 또는 S의 1 내지 3개, 1 내지 6개, 또는 1 내지 9개의 헤테로원자 및 탄소 원자), 여기서 각각의 고리는 1 내지 5개의 치환체를 가질 수 있다. 헤테로아릴 기의 예에는 피리딜, 푸릴 또는 푸라닐, 이미다졸릴, 벤즈이미다졸릴, 피리미디닐, 피롤릴, 피라지닐, 티오페닐 또는 티에닐, 퀴놀리닐, 인돌릴, 티아졸릴 등이 포함된다.
본 명세서에 사용된 용어 "치환된"은 치환된 부분 상의 수소 원자 중 하나 이상을 알킬, 알케닐, 헤테로사이클로알킬, 알콕시, 아릴옥시, 하이드록시, 아미노, 아미도, 알킬아미노, 아릴아미노, 시아노, 할로, 메르캅토, 니트로, 카르보닐, 아실, 아릴 및 헤테로아릴 기로부터 독립적으로 선택되지만 이로 한정되지는 않는 치환체로 독립적으로 대체하는 것을 말한다.
본 명세서에 사용된 용어 "이성체"는 동일한 분자식을 갖지만 구조가 상이한 화합물을 말한다. 단지 입체배치(configuration) 및/또는 입체형태(conformation)만이 상이한 이성체는 "입체이성체"라 지칭된다. 용어 "이성체"는 또한 거울상 이성체를 말하는 데 사용된다.
용어 "거울상 이성질체"는 서로 거울상이고 겹쳐질 수 없는 한 쌍의 분자 이성체 중 하나를 기술하는 데 사용된다. 거울상 이성체를 지정하거나 말하는 데 사용되는 다른 용어에는 "입체이성체" (키랄 중심 주위의 상이한 배열 또는 입체화학 때문이며; 모든 거울상 이성체는 입체이성체이지만, 모든 입체이성체가 거울상 이성체인 것은 아님) 또는 "광학 이성체" (순수 거울상 이성체의 광학 활성 때문이며, 이는 상이한 순수 거울상 이성체가 평면 편광을 상이한 방향으로 회전시킬 수 있는 능력임)가 포함된다. 거울상 이성체는 일반적으로 동일한 물리적 특성, 예컨대 융점 및 비점을 가지며, 또한 동일한 분광학적 특성을 갖는다. 거울상 이성체는 평면 편광과의 그들의 상호작용에 대해, 그리고 생물학적 활성에 대해 서로 상이할 수 있다.
용어 "라세미 혼합물", "라세미 화합물" 또는 "라세미체"는 한 화합물의 2개의 거울상 이성체의 혼합물을 말한다. 이상적인 라세미 혼합물은, (+) 거울상 이성체의 광학 회전이 (-) 거울상 이성체의 광학 회전을 상쇄하도록 화합물의 양쪽 거울상 이성체의 50:50 혼합물이 존재하는 것이다.
라세미 혼합물과 관련하여 사용될 경우 용어 "분할하는" 또는 "분할"은 라세미체를 그의 2개의 거울상 형태(enantiomorphic form) (즉, (+) 및 (-); 또는 (R) 및 (S) 형태)로 분리하는 것을 말한다. 이들 용어는 또한 라세미체의 한 이성체의 생성물로의 거울상 선택적 전환을 말할 수 있다.
용어 "거울상 이성체 과잉(enantiomeric excess)" 또는 "ee"는 한 거울상 이성체가 다른 한 거울상 이성체의 과잉으로 생성되는 반응 생성물을 말하며, (+)- 및 (-)-거울상 이성체의 혼합물에 대해 정의되는데, 이때 조성은 몰 또는 중량 또는 부피 분율 F(+) 및 F(-) (여기서, F(+)와 F(-)의 합 = 1)로서 주어진다. 거울상 이성체 과잉은 * F(+) -F(-) *로 정의되며, %거울상 이성체 과잉은 100x* F(+) -F(-) *로 정의된다. 거울상 이성체의 "순도"는 그의 ee 또는 % ee 값(% ee)으로 기술된다.
"정제된 거울상 이성체" 또는 "순수 거울상 이성체" 또는 "분할된 거울상 이성체" 또는 "거울상 이성체 과잉의 화합물"로서 표현되든, 이들 용어는 한 거울상 이성체의 양이 다른 한 거울상 이성체의 양을 초과하는 것을 나타내는 것으로 의미된다. 따라서, 거울상 이성체 제제에 대해 언급할 경우, 주요 거울상 이성체의 % (예를 들어, 몰 기준 또는 중량 기준 또는 부피 기준) 및(또는) 주요 거울상 이성체의 % 거울상 이성체 과잉의 양쪽(또는 어느 한쪽)이, 그 제제가 정제된 거울상 이성체 제제를 나타내는지의 여부를 결정하는 데 사용될 수 있다.
이성체의 "거울상 이성체 순도" 또는 "거울상체 순도"라는 용어는 정제된 거울상 이성체의 정성적 또는 정량적 척도를 말하며; 통상적으로, 이 측정은 ee 또는 거울상 이성체 과잉에 기초하여 표현된다.
용어 "실질적으로 정제된 거울상 이성체", "실질적으로 분할된 거울상 이성체", "실질적으로 정제된 거울상 이성체 제제"는 한 거울상 이성체가 다른 한 거울상 이성체에 비하여 부화(enrich)되어 있으며, 더 바람직하게는 다른 한 거울상 이성체는 거울상 이성체 또는 거울상 이성체 제제의 20% 미만, 더 바람직하게는 10% 미만, 그리고 더 바람직하게는 5% 미만, 그리고 훨씬 더 바람직하게는, 2% 미만을 나타내는 제제(예를 들어, 광학적으로 비활성인 출발 재료, 기질, 또는 중간체로부터 유도됨)를 가리키는 것으로 의미된다.
용어 "정제된 거울상 이성체", "분할된 거울상 이성체" 및 "정제된 거울상 이성체 제제"는 한 거울상 이성체(예를 들어, R-거울상 이성체)가 다른 한 거울상 이성체에 비하여 부화되며, 더 바람직하게는 다른 한 거울상 이성체(예를 들어, S-거울상 이성체)는 제제의 30% 미만, 바람직하게는 20% 미만, 더 바람직하게는 10% 미만(예를 들어, 이러한 특정 경우에, R-거울상 이성체는 S-거울상 이성체가 실질적으로 없음), 그리고 더 바람직하게는 5% 미만, 그리고 훨씬 더 바람직하게는, 2% 미만을 나타내는 제제(예를 들어, 광학적으로 비활성인 출발 재료, 기질, 또는 중간체로부터 유도됨)를 가리키는 것으로 의미된다. 정제된 거울상 이성체는 다른 한 거울상 이성체가 실질적으로 없도록 합성될 수 있거나, 또는 정제된 거울상 이성체는 입체적으로 바람직한 절차(stereopreferred procedure)로 합성된 후 분리 단계가 후속될 수 있거나, 또는 정제된 거울상 이성체는 라세미 혼합물로부터 유도될 수 있다.
기호 "E"로 표시된 거울상 이성체 비로도 불리는 용어 "거울상 선택성"은 라세미 기질로부터 한 거울상 이성체를 생성물 라세미 혼합물 내의 다른 한 거울상 이성체에 대해 발생시킬 수 있는 효소의 선택적 능력을 말한다. 비선택적 반응은 E가 1이며, E가 20 초과인 분할이 일반적으로 합성 또는 분할에 유용한 것으로 여겨진다. 거울상 선택성은 대상이 되는 거울상 이성체들 사이의 전환율의 차이에 놓여 있다. 거울상 이성체 중 하나가 부화된 반응 생성물이 수득되며; 대조적으로, 남아 있는 기질은 다른 한 거울상 이성체가 부화된다. 실용적으로는, 거울상 이성체 중 하나가 크게 과잉으로 수득될 것이 일반적으로 요망된다. 이는 특정 전환도에서 전환 공정을 종결시킴으로써 달성된다.
본 발명의 화합물은 전구약물 형태로 존재할 수 있다. 본 명세서에 사용된 바와 같이, "전구약물"은 그러한 전구약물이 대상체에게 투여될 경우 생체내 본 발명의 방법에 사용된 활성 약물 또는 다른 화합물로 생체내에서 대사되는 활성 부모 약물 또는 화합물을 방출하는 임의의 캐리어를 포함하고자 한다. 전구약물은 약제의 다수의 바람직한 품질(예: 용해성, 생체이용률, 제조성 등)을 향상시키는 것으로 알려져 있기 때문에, 본 발명의 일부 방법에 사용된 화합물은, 필요에 따라, 전구약물 형태로 전달될 수 있다. 따라서, 본 발명은 본 발명의 화합물의 전구약물뿐만 아니라 전구 약물의 전달 방법도 고려한다. 본 발명에 사용된 화합물의 전구약물은 화합물 내에 존재하는 작용기를 개질하되, 일상적인 조작으로 또는 생체내에서 그 개질체가 부모 화합물로 절단되는 방법으로 개질함으로써 제조될 수 있다. 따라서 전구약물에는 예를 들어, 전구약물이 대상체에게 투여될 경우 절단되어 유리 하이드록실산, 유리 아미노산, 또는 카르복실산을 형성하는 임의의 기에 각각 하이드록시, 아미노, 또는 카르복시 기가 결합된 본 명세서에 기재된 화합물이 포함된다. 다른 예에는 알코올 및 아민 작용기의 아세테이트, 포르메이트, 및 벤조에이트 유도체; 및 알킬, 카르보사이클릭, 아릴, 및 알킬 아릴 에스테르, 예컨대 메틸, 에틸, 프로필, 이소-프로필, 부틸, 이소부틸, sec-부틸, tert-부틸, 사이클로프로필, 페닐, 벤질, 및 페네틸 에스테르 등이 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다.
본 명세서에 사용된 용어 "약제학적으로 허용되는 염"은, 예를 들어 비독성 유기 또는 무기 산으로부터의, 치료제 또는 화합물 또는 전구약물의 무기 및 유기 염, 통상적인 비독성 염 또는 4급 암모늄 염을 말한다. 이들 염은 투여 비히클 또는 투여형 제조 공정에서 동일계내에서(in situ) 제조될 수 있거나, 또는 유리 염기 또는 산 형태의 치료제를 적합한 유기 또는 무기 산 또는 염기와 별도로 반응시키고, 이렇게 형성된 염을 후속 정제 동안 단리함으로써 제조될 수 있다. 통상적인 비독성 염에는 황산, 설팜산, 인산, 질산 등과 같은 무기 산으로부터 유도된 염; 및 아세트산, 프로피온산, 석신산, 글리콜산, 스테아르산, 락트산, 말산, 타르타르산, 시트르산, 아스코르브산, 팔미트산, 말레산, 하이드록시말레산, 페닐아세트산, 글루탐산, 벤조산, 살리실산, 설파닐산, 2-아세톡시벤조산, 푸마르산, 톨루엔설폰산, 메탄설폰산, 에탄디설폰산, 옥살산, 이소티온산, 아디프산, 아스파르트산, 카르본산, 글루콘산, 글루쿠론산, 말론산, 올레산, 파모산 등과 같은 유기 산으로부터 제조된 염이 포함된다. 예를 들어, 문헌[Berge et al., "Pharmaceutical Salts", J. Pharm . Sci . 66:1-19 (1977)] 또는 [P. H. Stahl and C. G. Wermuth, editors, Handbook of Pharmaceutical Salts: Properties, Selection and Use, Weinheim/Zuerich:Wiley-VCH/VHCA, 2002]을 참조하며, 이들 내용은 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함된다. 용어 "염" 또는 "염들"은 "약제학적으로 허용되는 염"과 상호교환가능하게 사용된다.
본 명세서에 기재된 태양의 일부 실시 형태에서, 대표적인 염에는 브롬화수소산염, 염산염, 황산염, 중황산염, 인산염, 질산염, 아세트산염, 석신산염, 발레르산염, 올레산염, 팔미트산염, 스테아르산염, 라우르산염, 벤조산염, 락트산염, 토실산염, 시트르산염, 말레산염, 푸마르산염, 석신산염, 타르트산염, 나프틸산염, 메실산염, 인산일수소염, 글루코헵톤산염, 락토비온산염, 라우릴 설폰산염, 피로인산염, 피로황산염, 및 나트륨 염 등이 포함된다.
확인된 모든 특허 및 다른 간행물은, 예를 들어 본 명세서에 기재된 기술과 함께 사용될 수 있는 그러한 간행물에서 기술된 방법론을 설명하고 개시하려는 목적으로 본 명세서에 그 전문이 참고로 명시적으로 포함된다. 이들 간행물은 오로지 본 출원의 출원일 전에 그들의 개시만을 위해 제공된다. 이에 관하여 어떤 것도, 본 발명자들이 종래 발명에 의해 또는 임의의 다른 이유로 그러한 개시보다 선행되지 않음을 인정하는 것으로 해석되어서는 안 된다. 이들 문헌의 내용에 관한 표현 및 날짜에 관한 모든 진술은 출원인이 이용가능한 정보에 기초하며, 이들 문헌의 내용 또는 날짜의 정확함에 대해 어떠한 것도 인정하는 것으로 여겨지지 않는다.
DNA
-편집 효소 및
이본쇄
DNA
절단 수복
본 명세서에 기재된 기술의 실시 형태는 아포지질단백질 B mRNA 편집 효소, 촉매 폴리펩티드-유사(APOBEC)의 구성원인 DNA-편집 효소인 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID, 또는 AICDA, 이는 ARP2, CDA2 또는 HIGM2로도 알려짐)가 저하된 상동적 재조합 능력을 갖는 세포(예: 저하된 DNA 이본쇄 절단 수복 능력을 갖는 세포)에서 폭넓은 게놈성 절단 및 세포사를 일으킬 것이라는 발견에 기초한다. 따라서, 세포사를 일으키는 방법이 본 명세서에 제공되며, 본 방법은 세포에서 DNA-편집 효소(예: AID)의 증가된 발현을 검출하는 단계 및 이후에 세포를 이본쇄 절단 수복의 억제제와 접촉시키는 단계를 포함하며; 그럼으로써 세포사가 일어난다. 따라서, 세포사를 일으키는 방법이 본 명세서에 제공되며, 본 방법은 세포에서 DNA-편집 효소(예: AID)의 발현을 증가시키는 단계 및 이후에 세포를 이본쇄 절단 수복의 억제제와 접촉시키는 단계를 포함하며; 그럼으로써 세포사가 일어난다. 따라서, 세포사를 일으키는 방법이 본 명세서에 제공되며, 본 방법은 DNA 편집 효소(예: AID)의 치료학적 유효량을 세포에 투여하는 단계 및 이후에 세포를 이본쇄 절단 수복의 억제제와 접촉시키는 단계를 포함하며; 그럼으로써 세포사가 일어난다.
AICDA 유전자(NCBI 유전자 번호: 57379)에 의해 암호화된 AID는 적절한 B-세포 기능에 필요하며, 중심모세포(centroblast) B-세포 내에서 가장 현저히 발현된다. 단백질은 체세포 초돌연변이, 유전자 변환, 및 면역글로불린 유전자의 클래스-스위치 재조합(class-switch recombination)에 관여한다. AID는 정상적으로는 항원-활성화된 배중심(germinal center) B-세포에서 거의 독점적으로 발현되는데, 여기서 그것은 면역글로불린 동형 클래스 스위칭을 개시한다(문헌[Manis et al. 2002, Trends Immunol, 23, 31-39]; [Chaudhuri and Alt, Nat Rev Immunol, 2004, 4, 541-552]; [Longerich et al., CurrOpinImmunol, 2006, 18, 164-174]; [Chaudhuri et al., Adv Immunol 2007, 94, 157-214]). AID는 활성화된 B 세포에서의 면역글로불린 클래스 스위칭 및 체세포 초돌연변이에 필요하다. AID 발현은 CD40 리간드, B-세포 수용체, IL4R, 또는 톨-유사 수용체(Toll-like receptor) 자극에 의해 조절된다(문헌[Crouch et al., J Exp Med 2007 204:1145-1156]; [Muramatsu et al., J Biol Chem 1999 274:18470-6]). 활성화 후에, AID는 과도적으로 상향조절되고, 면역글로불린 유전자 내에서 비특이적 방식으로 서열 내 DNA 이본쇄 절단 및 점 돌연변이를 유도하고, 이어서 하향조절된다(문헌[Longerich et al., CurrOpinImmunol, 2006, 18, 164-176]; [Chaudhuri et al., Adv Immunol 2007, 94, 157-214]). 전체적으로, AID는 임의의 주어진 시간에서 정상 세포(항원-활성화된 B-세포)의 미소한 집단에서만 활성이다. AID에 의해 제어된 게놈성 재배열 및 돌연변이는 항원-인식 다양성, 수용체 편집, 및 기능적 적응 면역에 필요한 림프성 이펙터(lymphoid effector) 기능의 발생으로 이어진다(문헌[Mills, et al. Immunol Rev 2003 194:77-95]). 최근에, AID가 표적을 벗어난 점 돌연변이 활성을 갖는다는 것으로 보고된 바 있다(문헌[Liu, M. et al., Nature 2008, 451, 841-845]; [Liuand Schatz, Trends Immunol. 2009, 30, 173-181]; [Perez-Duran et al., Carcinogenesis. 2007, 28(12):2427-33]). Robbiani et al.은 B-세포에서 AID의 표적을 벗어난 활성, 특히 c-myc/IgH 전좌를 보고한 바 있다(문헌[Robbiani et al., Mol Cell 2009, 36(4):631-41]). AID 발현은 Bcl6 유전자 도입 마우스에서 종양 발생의 속도를 가속시킨다(문헌[Pasqualucci et al., 2008, Nat. Genet. 40, 108-112]). 그러나, 탈조절된 AID는 B 세포에서 그대로는 악성 종양 또는 전좌-관련 암을 반드시 일으키지는 않는다(문헌[Muto et al., 2006, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103, 2752-2757]; [Okazaki et al., 2003, J. Exp. Med. 197, 1173-1181]; [Shen et al., 2008, Mol. Immunol. 45, 1883-1892]). 게다가, c-myc/IgH 전좌에서의 그의 필수적인 역할에도 불구하고, AID는 각각 IL-6 유전자 도입 마우스 또는 프리스탄-처리된 마우스에서 형질세포증가증 또는 형질세포종의 발생에 필요하지 않다(문헌[Kovalchuk et al., 2007, J. Exp. Med. 204, 2989-3001]; [Ramiro et al., 2004, J. Exp. Med. 200, 1103-1110]). 그러나, 대부분의 인간 B 세포 림프종-관련 전좌는 c-myc를 수반하지 않으며, 다수는 Ig 유전자를 수반하지 않는다(문헌[Kuppers, 2005, Oncogene 20, 5580-5594]).
AID의 과다발현이 만성 림프구성 백혈병(CLL)에서 보고된 바 있다(문헌[Hancer et al. Leuk Lymphoma. 2011 Jan; 52(1):79-84]; [Heintel et al., Leukemia. 2004 Apr; 18(4):756-62]). 또한, AID 발현은 골수성 백혈병(myeloid leukemia)에서의 치료 내성 및 모세포 발증 B 계통 백혈병(blast crisis B lineage leukemia)과 상관관계가 있는 것으로, 그리고 만성 B 림프구성 백혈병에서의 전반적으로 불량한 예후와 관련된 것으로 밝혀져 있다(문헌[Mao et al., Br J Dermatol 2001, 145:117-122]; [Chaudhuri et al., Nature 2004, 430:992-8]). 다양한 암으로부터의 종양 세포에서의 AID의 추가의 발현이 보고된 바 있으며, 이에는 하기가 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다: 폐암, 유방암, 위암, 결장암, 장관암, 간암 및 담낭암종(문헌[Greeve et al., Blood 2003, 1010, 3574-3580]; [Feldhahn et al., J Exp Med 2007, 204, 1157-1166]; [Kotani et al., PNAS USA 2007, 104, 1616-1620]; [Engels et al., 2008, ApplImmunohistochem Mol Morphol16, 521-529]; [Klemm et al., 2009, Cancer Cell 6, 232-245]; [alacios et al., 2010, Blood 115(22), 4488-4496]; [Leuenberger et al., 2009, Mod Pathol 32, 177-186]; [Gruber et al., 2010, Cancer Res 70, 7411-7420]); 염증성 암(문헌[Marusawa 2008, Int J Biochem Cell Biol.40, 399-402]); 여포성 림프종(문헌[Hardianti et al., 2004, Leukemia 18, 826-831]; [Shikataet al., 2012, Cancer Sci. 103(3):415-21]); 갑상선암(문헌[Qiu et al. 2012, Mod Pathol 25(1), 36-45]); 유방암(문헌[Borchert et al. 2011, BMC Cancer 11:347]; [Marusawa, et al., 2011, Adv Immunol 111:109-41]; [Zhang et al. 2012, Hum Pathol 43(3):423-34]; [Komori et al., 2008, Hepatology 47(3):888-896]; [Hockley 2010, Leukemia 24(5):1084-6]); 성체 T-세포 백혈병(문헌[Nakamura et al., 2011, Br J Dermatol. 165(2):437-9]). 전술한 단락 내의 모든 참고문헌은 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함된다.
상승된 수준의 AID가 관절염(문헌[Xu et al. Scand. J. Immunol. 2009, 296, 2033-6])에서, 그리고 MRL/Fas(lpr/lpr) 마우스 루푸스 모델(문헌[White et al. 2011, Autoimmunity 44(8), 585-98])에서 보고된 바 있다. 전술한 단락 내의 모든 참고문헌은 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함된다.
DSB 수복이 억제될 경우, AID에 의해 발생되는 DSB의 정도가 이전에 의심되었던 것보다 훨씬 더 높고 게놈성 손상의 정도가 너무 심각해서 세포사로 이어진다는 것이 본 명세서에 입증되어 있다. 따라서, 본 명세서에 기재된 기술의 일 실시 형태에는 치료 방법이 제공되어 있으며, 본 방법은 (a) 상승된 수준의 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)를 발현하는 세포를 갖는 대상체를 선택하는 단계; 및 (b) 대상체에게 이본쇄 절단 수복의 억제제의 치료학적 유효량을 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 상승된 수준의 AID란, AID의 수준이 건강한 개체로부터의 동일한 유형의 세포 내의 AID의 수준보다 더 높은 수준의 것이다. 일부 실시 형태에서, 상승된 수준의 AID를 발현하는 세포는 B 세포이다. 일부 실시 형태에서, 상승된 수준의 AID를 발현하는 B 세포는 암성 B 세포 또는 자가면역 질환과 관련된 B 세포이다. 일부 실시 형태에서, 대상체는 인간 대상체일 수 있다.
본 명세서에 제공된 방법은 이본쇄 절단 수복을 억제함으로써 암 및/또는 자가면역 장애를 치료한다. 이러한 억제는 AID를 발현하는 세포에 치명적인 것으로 입증되는데, 그 이유는 AID가 폭넓은 게놈성 절단을 발생시키고, 이본쇄 절단 수복의 억제제에 의한 치료가 세포 그 자체에 의해 발생되고 있는 이들 병변의 수복을 방해하기 때문이다. 이는 대상체에서 세포사로 이어지는데, 이때 이러한 세포사는 AID를 발현하는 세포, 예를 들어 암성 B 세포 및/또는 자가면역 세포에 특이적이다. 따라서, 본 명세서에 기재된 바와 같이, 일 실시 형태에는 건강한 조직에서의 의도하지 않은 부작용을 줄이면서 특정 병든 세포의 자기-파괴를 선택적으로 유도하는 치료 패러다임이 제공되어 있다.
RAD51-매개 쇄 교환 수복은 상동적 재조합의 구성요소이며, 이는 조사, 가교결합성 약물에 의해 발생되거나 AID와 같은 효소의 활성의 결과로서 발생되는 DNA 이본쇄 절단(DSB)을 수복하는 데 사용된다(문헌[Klein2008, DNA Repair, 7:686-93]).
RAD51(NCBI 유전자 번호: 5888)은 ATP-의존성 DNA 결합 활성을 갖는 진핵생물의 재조합효소이며, 포유류에서 감수분열성 재조합 및 DNA 수복에서 역할을 한다. RAD51은 DSB의 3'-꼬리(tailed) 일본쇄에 결합하고, 상동적 서열과의 대합(pairing)을 촉진시킨다. 추가의 단계는 쇄 침입 및 수복을 포함한다(문헌[San Filippo et al., Annual Review of Biochemistry 2008, 77:229-257] 참조). 추가로, RAD51은 항체 성숙 동안 클래스 스위치 재조합에서 기능을 갖는 것으로 밝혀져 있다(문헌[Li et al., PNAS 1996, 93:10222-7]). 특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 RAD51의 발현 또는 활성을 억제한다.
특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 하기를 포함하지만 이로 한정되지는 않는 단백질 및/또는 전사물 중 하나 이상의 발현 또는 활성을 억제한다: Rad51AP1 (NCBI 유전자 번호: 10635; 예: 서열 번호: 007 (mRNA) 및 서열 번호: 114 (단백질)); Rad51B (NCBI 유전자 번호: 5890; 예: 서열 번호: 008 (mRNA) 및 서열 번호: 115 (단백질)); Rad51C (NCBI 유전자 번호: 5889 예: 서열 번호: 0163 (mRNA; NM_058216) 및 서열 번호: 0164 (단백질; NP_478123) 또는 서열 번호: 0165 (mRNA; NM_002876) 및 서열 번호: 0166 (단백질; NP_002867); Rad51D (NCBI 유전자 번호: 5892; 예: 서열 번호: 009 (mRNA) 및 서열 번호: 116 (단백질)) ; XRCC2 (NCBI 유전자 번호: 7516; 예: 서열 번호: 010 (mRNA) 및 서열 번호: 117 (단백질)); XRCC3 (NCBI 유전자 번호: 7517; 예: 서열 번호: 011 (mRNA) 및 서열 번호: 118 (단백질)); RAD54 (NCBI 유전자 번호: 546; 예: 서열 번호: 012 (mRNA) 및 서열 번호: 119 (단백질)); RAD52 (NCBI 유전자 번호: 5893; 예: 서열 번호: 013 (mRNA) 및 서열 번호: 120 (단백질)); BRCA1 (NCBI 유전자 번호: 672; 예: 서열 번호: 014 (mRNA) 및 서열 번호: 121 (단백질)); BRCA2 (NCBI 유전자 번호: 675; 예: 서열 번호: 015 (mRNA) 및 서열 번호: 122 (단백질)); ATM (NCBI 유전자 번호: 472; 예: 서열 번호: 016 (mRNA) 및 서열 번호: 123 (단백질)); ATR (NCBI 유전자 번호: 545; 예: 서열 번호: 017 (mRNA) 및 서열 번호: 124 (단백질)); MRE11 (NCBI 유전자 번호: 4361; 예: 서열 번호: 018 (mRNA) 및 서열 번호: 125 (단백질)); RAD50 (NCBI 유전자 번호: 10111: 예: 서열 번호: 019 (mRNA) 및 서열 번호: 126 (단백질)); NBS1 (NCBI 유전자 번호: 4683; 예: 서열 번호: 020 (mRNA) 및 서열 번호: 127 (단백질)); WRN (NCBI 유전자 번호: 7486; 예: 서열 번호: 021 (mRNA) 및 서열 번호: 128 (단백질)); BLM (NCBI 유전자 번호: 641; 예: 서열 번호: 022 (mRNA) 및 서열 번호: 129)); RECQ4 (NCBI 유전자 번호: 9401; 예: 서열 번호: 023 (mRNA) 및 서열 번호: 130 (단백질)); LIG4 (DNA 리가제 4; NCBI 유전자 번호: 3981; 예: 서열 번호: 024 (mRNA) 및 서열 번호: 131 (단백질)); XRCC4 (NCBI 유전자 번호: 7518; 예: 서열 번호: 025 (mRNA) 및 서열 번호: 132 (단백질)); PRKDC (DNA-PKcs7; XRCC7; NCBI 유전자 번호: 5591; 예: 서열 번호: 026 (mRNA) 및 서열 번호: 133 (단백질)); DCLRE1C (NCBI 유전자 번호: 64421; 예: 서열 번호: 027 (mRNA) 및 서열 번호: 134 (단백질)); XRCC6 (Ku70; NCBI 유전자 번호: 2547; 예: 서열 번호: 028 (mRNA) 및 서열 번호: 135 (단백질)); XRCC5 (Ku80; NCBI 유전자 번호: 7520; 예: 서열 번호: 029 (mRNA) 및 서열 번호: 136 (단백질)) 및/또는 XLF (NHEJ1; XRCC4-유사 인자; NCBI 유전자 번호: 79840; 예: 서열 번호: 030 (mRNA) 및 서열 번호: 137 (단백질)).
특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된 하나 이상의 단백질 및/또는 전사물의 발현 또는 활성을 억제한다: Rad51AP1; Rad51B; Rad51C; Rad51D; XRCC3; RAD54; RAD52; BRCA1; BRCA2; ATM; ATR; MRE11; RAD50; NBS1; WRN; BLM; RECQ4; LIG4; XRCC4; PRKDC; DCLRE1C; XRCC6; XRCC5; 및 XLF.
특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 유전자에 의해 암호화된 하나 이상의 단백질 및/또는 전사물의 발현 또는 활성을 억제한다: Rad51AP1; Rad51B; Rad51C; Rad51D; RAD54; RAD52; BRCA1; BRCA2; ATM; ATR; MRE11; RAD50; NBS1; WRN; BLM; RECQ4; LIG4; 및 PRKDC.
특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 하기를 포함하지만 이로 한정되지는 않는 단백질 및/또는 전사물 중 하나 이상에 결합한다: Rad51AP1; Rad51B; Rad51C; 및/또는 Rad51D.
일부 실시 형태에서, 이본쇄 절단 수복의 억제제는 Rad51 패밀리 구성원(예: Rad51; Rad51AP1; Rad51B; Rad51C; Rad51D; XRCC2; XRCC3)의 발현 또는 활성을 억제할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이본쇄 절단 수복의 억제제는 비상동적 말단 결합(NHEJ) 단백질 구성원(예: LIG4; XRCC4; PRKDC; DCLRE1C; XRCC6; XRCC5; XLF)을 억제할 수 있다.
효모에서, Rad52는 Rad51의 ssDNA에 대한 결합을 매개하는 것으로 밝혀져 있다. BRCA2 또한 재조합 매개체로서의 기능, 즉 RAD51의 ssDNA에 대한 결합의 촉진 기능 및 경우에 따라서는 RAD51의 핵에 대한 전좌의 매개 기능을 하는 것으로 나타난다. RAD51B, Rad51C, RAD51D, XRCC2 및 XRCC3은 RAD51의 파랄로그이며, 이들 모두는 DSBR 경로의 HR에서 기능하고 있다(문헌[Yokoyama et al. J Biol Chem. 2003, 278(4):2767-72]; [Thacker, Trends Genet. 1999, 15:166-168]; [Schild D, et al., J. Biol. Chem. 2000, 275:16443-16449]). Rad51AP1은 분지된 DNA 분자에 대한 결합을 촉진시키는 RAD51 관련 단백질이다(문헌[Modesti et al., Mol Cell 2007, 28:468-481]; [Dunlop et al., 2012, J Biol Chem 6, 287, 12343-7]). RAD54는 dsDNA-의존성 ATPase 활성을 갖는 단백질이며, 이 활성은 RAD51의 존재에 의해 향상된다. 효모에서, Rad54는 DNA 상동성에 대한 탐색, 염색질의 재구성(remodeling), 침입 복합체의 형성, 및 dsDNA로부터의 Rad51의 최종적인 제거를 촉진시킨다. 인간에서, 그것은 DNA 수복 및 재조합에서의 핵심 중간체인 홀리데이 접합(Holliday junction)의 분지 이동에서 기능하는 것으로 밝혀져 있다(문헌[San Filippo et al., Annual Review of Biochemistry 2008, 77:229-257]; [Mazina et al., 2012, J Biol Chem 6, 287(15):11820-32]). BRCA1은 DSB의 RAD51-매개 수복을 촉진시키고 교차형(crossover type) 수복을 억제한다(문헌[Cousineau et al., Cancer Res 2005 65:11384-91]). ATM 및 ATR은 단백질 키나제이다. ATM은 DSB가 검출될 때 표적을 인산화하고, 세포 주기를 정지한다. MRE11, RAD50 및 NBS1은 DSB에 ATM을 동원하는 MRN 복합체를 형성한다. 대조적으로, ATR은 ssDNA에 의해 활성화된다. WRN, BLM, 및 RECQ4는 RECQ 헬리카제 패밀리의 구성원이다. WRN은 헬리카제 및 엑소뉴클레아제이며, 이는 HR 동안 형성된 홀리데이 접합을 풀며, 이에 의해 부적절한 재조합을 감소시키는 것으로 여겨진다(문헌[Yang et al., J Biol Chem 2002, 277, 31980-7]). BLM 및 RECQ4는 둘 모두 헬리카제이며, 이는 RAD51과의 상호작용에 의해 활성화된다(문헌[Brosh et al., 2000, J Biol Chem, 275:23500-8]; [Rossi et al., 2010, DNA Repair 9:796-804]).
XRCC2는 포유류의 상동적-재조합 인자의 RAD51 패밀리의 핵심 구성원이며(문헌[Thacker, Biochimie 1999, 81:77-85]; [Braybrooke et al., J Biol Chem 2000, 275:29110-6]; [Deans et al., EMBO J 2000, 19:6675-6685]), 그의 DSB 수복 기능에 대해 알려져 있다(문헌[Johnson et al., Nature 1999, 401:397-9]). 인간 게놈에서, XRCC2는 다양한 암에서 빈번하게 재배열되는 영역인 염색체 7의 시토밴드(cytoband) q36 (7q36) 상에 위치된다(문헌[Dohner et al., Blood 1998, 92:4031-5]; [Simmons et al., Leukemia 2002, 16:2408-2416]; [Mao et al., Br J Dermatol 2001, 145:117-122]). XRCC2-결핍 세포는 증식 결함, 이온화 방사선 및 다른 DNA-손상제에 대한 과다감수성, 및 자발적 염색체 불안정성을 보여준다(문헌[Deans et al., EMBO J 2000, 19:6675-6685]; [Liu et al., J Biomed Biotechnol 2002, 2:106-113]; [Deans et al., Cancer Res 2003, 63:8181-7]). XRCC2는 초기에 발생하는 B 세포에서 성공적인 증식 및 게놈 완전성에 필요하다(문헌[Caddle, et al., 2008, Mol. Cell. Biol. 28, 2295-2303]). Xrcc2의 동형접합성 결실을 갖는 마우스는 임신 중기(mid-gestation) 동안 사망하는데, 이는 폭넓은 세포 아폽토시스와 관련된다(문헌[Deans et al., EMBO J 2000, 19:6675-6685]; [Orii et al., PNAS 2006, 103:10017-10022]; [Adam et al., DNA Repair(Amst.) 2007, 6:224-234]). 본 명세서 및 문헌[Hasham et al. (Nature Immunology, 2010, 11 (9), 820-826)]에 기재된 바와 같이, 본 발명자들은 XRCC2-결함 성숙 B 세포에서의 AID 발현이 폭넓은 고도로 세포독성인 DSB로 이어진다는 것을 알아내었다.
XRCC3은, 상동적 재조합에 참여하여 염색체 안정성을 유지하고 DNA 손상을 수복하는 RecA/Rad51-관련 단백질 패밀리의 구성원이다. XRCC4는 DNA 이본쇄 절단 수복 유전자이며, 게놈 안정성에 중요하다. 이는 DNA 리가제 IV와 상호작용하는 것으로 알려져 있다.
DSB
수복 억제제
특정 실시 형태에서, 예를 들어 RAD51-매개 쇄 교환 수복의 억제제인 DSB 수복 억제제는 스틸벤 유도체일 수 있다. 스틸벤 유도체에는 스틸벤, 트랜스-스틸벤 유도체, 시스-스틸벤 유도체, 시스-스틸벤 옥사이드, 트랜스-스틸벤 옥사이드, 4,4'-비스(2-벤족사졸릴)스틸벤, 4-니트로-4'-(옥타데실아미노)스틸벤, α, β-비스(페닐아조)스틸벤, 메소-1,2-디브로모-1,2-디페닐에탄, (Z)-1,2-디페닐-1,2-에틸렌디보론산 비스(피나콜) 에스테르, 2,4-디니트로-3',4'-(메틸렌디옥시)-스틸벤, 폴리메톡시스틸벤, 디하이드로스틸벤, 콤브레타스타틴, 콤브레타스타틴 A-4,3,5,4'-트리메톡시-트랜스-스틸벤, 3,4,5,4'-테트라메톡시스틸벤, 레스베라트롤, 디에틸스틸보에스트롤, 2,4,6-트리하이드로페난트렌-2-O-글루코사이드, 레스베라트롤-2-C-글루코사이드, 시스-ε-비니페린 디글루코사이드, 트랜스-ε-비니페린 디글루코사이드, 팔리돌 글루코사이드, 팔리돌 디글루코사이드, 시스-3,4',5-트리메톡시-3'-아미노스틸벤, 시스-3,4',5-트리메톡시-3'-하이드록시스틸벤, 콜히친, 콤브레타스타틴 A4-포스페이트, 데속시라폰티제닌(desoxyrhapontigenin), 디메틸아미노니트로스틸벤, 라폰티제닌, 피세아타놀, 4-하이드록시스틸벤, 4,4'-디하이드록시스틸벤, 3,5-디하이드록시스틸벤, 트리메틸레스베라트롤, 실바미딘, 디에틸스틸베스트롤, 파르테노시신, 팔리돌, 쿼드란굴라린 A, 쿼드란굴라린 B, 쿼드란굴라린 C, ZD6126이 포함될 수 있지만 이로 한정되는 것은 아니다. 스틸벤 유도체의 비제한적인 예에는 미국 특허 제4,723,034호, 제4,326,055호, 제4,723,028호, 제4,892,949호, 제6,562,834호, 제5,589,506호, 제7,655,696호, 제4,996,237호, 제5,561,122호, 제5,525,632호, 제5,430,062호, 제5,731,353호, 제7,781,580호, 미국 특허 출원 공개 US2004/0147788호, US2008/071364호, 일본 특허 출원 공개(Kokai) JP-A-7-225558호, JP-A-8-301831호 및 JP-A-10-81673호, 문헌[Roberti et al., J. Med. Chem 2003 46:3546-54]; [Baderschneider and Winterhalter J of Agricultural and Food Chem 2000 48:2681-6]; [Hillis and Ishikura, Journal of Chromatography A 1968 32:323-336]; [Kim et al., J Med Chem 2002 45:160-4]; [Young et al., J Am Chem Soc 1972 94:3976-81]; [Iliya et al., Phytochemistry 2003 62:601-6]; [Aguamah et al., Phytochemistry 1981 20:1381-3]; 및 [Kim et al., J Biol Chem2002 277:16340-4]에 개시된 구조가 포함되며, 이들은 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함된다. 공지된 화합물뿐만 아니라 미래에 발견될 스틸벤 화합물도 그러한 새롭게 발견된 화합물이 스틸벤 유도체로 분류된다면, 본 명세서에 기재된 기술에서의 스틸벤 유도체에 포함된다. 본 명세서에 기재된 기술의 스틸벤 유도체는 또한 대상체 체내에서 스틸벤 유도체로 전환될 수 있는 바이오전구체 또는 화합물을 포함한다. 스틸벤 유도체(이는 약제학적으로 허용되는 염, 에스테르, 수화물 및 용매화물의 형태일 수 있음)의 제조업체, 및 스틸벤 유도체, 그의 불활성인 약제학적으로 허용되는 담체(들) 및/또는 희석제(들)를 포함하는 약제학적 조성물의 제조업체는 미국 특허 제5,525,632호 및 상기에 열거된 간행물에 개시되어 있다. 특정 스틸벤 유도체는 또한 구매가능한데, 예를 들어 시스-스틸벤 (#S2259 시그마-알드리치(Sigma-Aldrich), 미국 미주리주 세인트 루이스 소재), 트랜스-스틸벤 (#S6382 시그마-알드리치, 미국 미주리주 세인트 루이스 소재), 레스베라트롤 (#R5010 시그마-알드리치, 미국 미주리주 세인트 루이스 소재), 또는 4,4'디이소티오시아노스틸벤-2,2'-디설폰산 (#D3514 시그마-알드리치, 미국 미주리주 세인트 루이스 소재)이 있다.
특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 RAD51-매개 쇄 교환 수복의 억제제인 4,4'디이소티오시아노스틸벤-2,2'-디설폰산 (DIDS; 화학식 XXVI)일 수 있다.
[화학식 XXVI]
일부 실시 형태에서는, 화학식 V의 스틸벤 또는 그의 유도체가 본 명세서에 기재된다:
[화학식 V]
R1은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 바람직하게는, R1은 수소, OR21, NO2, N(R22)2, OP(O)(OH)2, 또는 SO3R21이며, 여기서 R21 및 R22는 독립적으로 H 또는 C1-C4 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1은 수소, OH, OCH3, NO2, NH2, OP(O)(OH)2, SO3H, 또는 SO3Na이다.
R2는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 바람직하게는, R2는 수소, OR21, NO2, N(R22)2, OP(O)(OH)2, 또는 SO3R21이며, 여기서 R21 및 R22는 독립적으로 H 또는 C1-C4 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R2는 수소, OH, OCH3, NO2, NH2, OP(O)(OH)2, SO3H, 또는 SO3Na이다.
R3은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 바람직하게는, R3은 수소, 헤테로사이클릴, OR21, NO2, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHSO2R21, N(R22)2, NHC(O)N(R22)2, NHC(S)N(R22)2, 또는 NHSO2N(R22)2이며, 여기서 R21 및 R22는 독립적으로 H 또는 C1-C4 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R3은 수소, OH, OCH3, N=C=S, NH2, NHCH3, NO2, NH-옥타데칸, NHC(O)CH3, NHC(O)CH(CH3)2, NHC(O)CH2OCH3, NHSO2CH3, NHSO2-사이클로프로판, NHSO2CH(CH3)2, NHSO2N(CH3)2, NHC(S)NHCH3, NHC(S)NHCH(CH3)2, NHC(S)NH-사이클로프로판, NHC(O)NHCH3, NHC(O)NHCH(CH3)2, 벤족사졸릴, 또는 NHC(O)NH-사이클로프로판이다.
R4는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 바람직하게는, R4는 수소, OR21, NO2, N(R22)2, OP(O)(OH)2, 또는 SO3R21이며, 여기서 R21 및 R22는 독립적으로 H 또는 C1-C4 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R4는 수소, OH, OCH3, NO2, NH2, OP(O)(OH)2, SO3H, 또는 SO3Na이다.
R5는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 바람직하게는, R5는 수소, OR21, NO2, N(R22)2, OP(O)(OH)2, 또는 SO3R21이며, 여기서 R21 및 R22는 독립적으로 H 또는 C1-C4 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R5는 수소, OH, OCH3, NO2, NH2, OP(O)(OH)2, SO3H, 또는 SO3Na이다.
R6은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 바람직하게는, R6은 수소, OR21, NO2, N(R22)2, OP(O)(OH)2, 또는 SO3R21이며, 여기서 R21 및 R22는 독립적으로 H 또는 C1-C4 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R6은 수소, OH, OCH3, NO2, NH2, OP(O)(OH)2, SO3H, 또는 SO3Na이다.
R7은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 바람직하게는, R7은 수소, OR21, NO2, N(R22)2, OP(O)(OH)2, 또는 SO3R21이며, 여기서 R21 및 R22는 독립적으로 H 또는 C1-C4 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R7은 수소, OH, OCH3, NO2, NH2, OP(O)(OH)2, SO3H, 또는 SO3Na이다.
R8은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 바람직하게는, R8은 수소, 헤테로사이클릴, OR21, NO2, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHSO2R21, N(R22)2, NHC(O)N(R22)2, NHC(S)N(R22)2, 또는 NHSO2N(R22)2이며, 여기서 R21 및 R22는 독립적으로 H 또는 C1-C4 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R8은 수소, OH, OCH3, N=C=S, NH2, NHCH3, NO2, NH-옥타데칸, NHC(O)CH3, NHC(O)CH(CH3)2, NHC(O)CH2OCH3, NHSO2CH3, NHSO2-사이클로프로판, NHSO2CH(CH3)2, NHSO2N(CH3)2, NHC(S)NHCH3, NHC(S)NHCH(CH3)2, NHC(S)NH-사이클로프로판, NHC(O)NHCH3, NHC(O)NHCH(CH3)2, 벤족사졸릴, 또는 NHC(O)NH-사이클로프로판이다.
R9는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 바람직하게는, R9는 수소, OR21, NO2, N(R22)2, OP(O)(OH)2, 또는 SO3R21이며, 여기서 R21 및 R22는 독립적으로 H 또는 C1-C4 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R9는 수소, OH, OCH3, NO2, NH2, OP(O)(OH)2, SO3H, 또는 SO3Na이다.
R10은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 바람직하게는, R10은 수소, OR21, NO2, N(R22)2, OP(O)(OH)2, 또는 SO3R21이며, 여기서 R21 및 R22는 독립적으로 H 또는 C1-C4 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R10은 수소, OH, OCH3, NO2, NH2, OP(O)(OH)2, SO3H, 또는 SO3Na이다.
X는 C(R21)2, -C(O)N(R22)-, -C(O)-, -C(O)O-, -S(O)-, -SO2- -CH(R11)CH(R12)-, -C(R11)=C(R12)-, 및 로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 바람직하게는 X는 -C(R11)=C(R12)- 또는 이다. X가 -C(R11)=C(R12)- 또는 일 경우, 치환체 R11 및 R12 는 시스- 또는 트랜스-형태 중 어느 하나로 존재할 수 있다는 것이 이해되어야 한다. 추가로, X가 일 경우, R11 및 R12가 부착된 탄소는 독립적으로 R 또는 S 배치를 가질 수 있다. 따라서, X는 , 또는 일 수 있다.
R11은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2 NC(O)R21, NC(O)OR21, NC(S)R21, NC(S)N(R22)2, NSO2R21, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 바람직하게는, R11은 수소, C1-C10 알킬, 할로겐, OR21, 사이클릴, 또는 헤테로사이클릴이다. 일부 실시 형태에서, R11은 수소, 메틸, 에틸, OH, OCH3, Br, N2-페닐, 이다.
R12는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2 NC(O)R21, NC(O)OR21, NC(S)R21, NC(S)N(R22)2, NSO2R21, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 일부 실시 형태에서, R12는 수소이다.
추가로, R11 및 R12는 둘 모두 동일하거나 둘 모두 상이할 수 있다. 일부 실시 형태에서, R11 및 R12는 둘 모두 수소이다. 일부 실시 형태에서, X는 -CH2CH2-, -CH=CH-, , 또는 이다.
각각의 R21은 수소, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 선택적으로 치환된 헤테로아릴, 및 이들의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택될 수 있다. 바람직하게는, R21은 수소 또는 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬렌이다. 일부 실시 형태에서, R21은 메틸, 에틸, 프로필, 이소프로필, 부틸, 이소부틸, 펜틸, t-부틸, 사이클로프로필, 또는 CH2OCH3일 수 있다.
각각의 R22는 수소, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 선택적으로 치환된 헤테로아릴, 및 이들의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택될 수 있다. 바람직하게는, R22는 수소 또는 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬렌이다. 일부 실시 형태에서, R22는 수소, 메틸, 에틸, 프로필, 이소프로필, 부틸, 이소부틸, 펜틸, t-부틸, 또는 사이클로프로필일 수 있다.
R3 및 R8은 동일하거나 상이할 수 있다. 따라서, 일부 실시 형태에서, R3 및 R8은 수소, 헤테로사이클릴, OR21, NO2, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHSO2R21, N(R22)2, NHC(O)N(R22)2, NHC(S)N(R22)2, 및 NHSO2N(R22)2로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되며, 여기서 R21은 H 또는 C1-C4알킬일 수 있고, R22는 H 또는 C1-C10 알킬일 수 있다. 예를 들어, R3 및 R8은 수소, OH, OCH3, N=C=S, NH2, NHCH3, NO2, NH-옥타데칸, NHC(O)CH3, NHC(O)CH(CH3)2, NHC(O)CH2OCH3, NHSO2CH3, NHSO2-사이클로프로판, NHSO2CH(CH3)2, NHSO2N(CH3)2, NHC(S)NHCH3, NHC(S)NHCH(CH3)2, NHC(S)NH-사이클로프로판, NHC(O)NHCH3, NHC(O)NHCH(CH3)2, 벤족사졸릴, 또는 NHC(O)NH-사이클로프로판으로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택될 수 있다.
일부 실시 형태에서, R3 및 R8 중 적어도 하나는 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R3 및 R8 둘 모두는 수소가 아니다.
일부 실시 형태에서, R3 및 R8은 상이하며, 수소, OH, OCH3, N=C=S, NH2, NHCH3, NO2, NH-옥타데칸, NHC(O)CH3, NHC(O)CH(CH3)2, NHC(O)CH2OCH3, NHSO2CH3, NHSO2-사이클로프로판, NHSO2CH(CH3)2, NHSO2N(CH3)2, NHC(S)NHCH3, NHC(S)NHCH(CH3)2, NHC(S)NH-사이클로프로판, NHC(O)NHCH3, NHC(O)NHCH(CH3)2, 벤족사졸릴, 또는 NHC(O)NH-사이클로프로판으로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택된다. 예를 들어, R3 및 R8 중 하나는 H일 수 있고 다른 하나는 NH2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 H일 수 있고 다른 하나는 NHCH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 H일 수 있고 다른 하나는 N(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 H일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 H일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 H일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)CH2OCH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 H일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 H일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 H일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 H일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 H일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-N(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 H일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 H일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 H일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 H일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 H일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 H일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 H일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 H일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NH2일 수 있고 다른 하나는 NHCH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NH2일 수 있고 다른 하나는 N(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NH2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NH2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NH2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)CH2OCH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NH2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NH2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NH2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NH2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NH2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-N(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NH2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NH2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NH2일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NH2일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NH2일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NH2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NH2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NH2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHCH3일 수 있고 다른 하나는 N(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)CH2OCH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-N(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHCO)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)CH2OCH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-N(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)CH2OCH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-N(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)CH2OCH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-N(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH2OCH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH2OCH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH2OCH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH2OCH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH2OCH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-N(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH2OCH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH2OCH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH2OCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH2OCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH2OCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH2OCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH2OCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)CH2OCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-N(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-N(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-사이클로프로판일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-사이클로프로판일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-N(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-사이클로프로판일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-사이클로프로판일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-사이클로프로판일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-사이클로프로판일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-사이클로프로판일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-사이클로프로판일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-사이클로프로판일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-사이클로프로판일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-N(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NHCH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-N(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NHCH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHSO2-NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NHCH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NHCH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NHCH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NHCH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NHCH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NHCH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NH-사이클로프로판일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NH-사이클로프로판일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NH-사이클로프로판일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NH-사이클로프로판일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NH-사이클로프로판일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHSO2-NH-사이클로프로판일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(S)NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(S)NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(S)NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(S)NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(S)NHCH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(S)NH-CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(S)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(S)NH-CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH3일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(S)NH-CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(S)NH-CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)NH-CH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH(CH3)2일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)NH-CH3일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-사이클로프로판일 수 있거나, R3 및 R8 중 하나는 NHC(O)NH-CH(CH3)2일 수 있고 다른 하나는 NHC(O)NH-CH(CH3)2일 수 있다.
일부 실시 형태에서, R3 및 R8은 둘 모두 N=C=S, NH2, NHC(O)CH3, NHC(O)CH(CH3)2, NHC(O)CH2OCH3, NHSO2CH3, NHSO2-사이클로프로판, NHSO2CH(CH3)2, NHSO2N(CH3)2, NHC(S)NHCH3, NHC(S)NHCH(CH3)2, NHC(S)NH-사이클로프로판, NHC(O)NHCH3, NHC(O)NHCH(CH3)2, 또는 NHC(O)NH-사이클로프로판이다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R6 중 적어도 하나(예를 들어, 하나 또는 둘 모두)는 SO3R21이다. 예를 들어, R1 및 R6 중 적어도 하나(예를 들어, 하나 또는 둘 모두)는 SO3H 또는 그의 염이다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R6 중 적어도 하나(예를 들어, 하나 또는 둘 모두)는 SO3R21일 수 있고, R3 및 R8은 수소, 헤테로사이클릴, OR21, NO2, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHSO2R21, N(R22)2, NHC(O)N(R22)2, NHC(S)N(R22)2, 및 NHSO2N(R22)2로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택될 수 있으며, 여기서 R21 및 R22는 독립적으로 H 또는 C1-C4 알킬이다. 예를 들어, R1 및 R6 중 적어도 하나(예를 들어, 하나 또는 둘 모두)는 SO3H일 수 있고, R3 및 R8은 수소, OH, OCH3, N=C=S, NH2, NHCH3, NO2, NH-옥타데칸, NHC(O)CH3, NHC(O)CH(CH3)2, NHC(O)CH2OCH3, NHSO2CH3, NHSO2-사이클로프로판, NHSO2CH(CH3)2, NHSO2N(CH3)2, NHC(S)NHCH3, NHC(S)NHCH(CH3)2, NHC(S)NH-사이클로프로판, NHC(O)NHCH3, NHC(O)NHCH(CH3)2, 벤족사졸릴, 또는 NHC(O)NH-사이클로프로판으로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택될 수 있다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R6 중 적어도 하나(예를 들어, 하나 또는 둘 모두)는 SO3R21일 수 있고, R3 및 R8은 둘 모두 동일하며 수소, N=C=S, NHC(O)R21, NHSO2R21, N(R22)2, NHC(O)N(R22)2, NHC(S)N(R22)2, 및 NHSO2N(R22)2로 이루어진 군으로부터 선택된다. 예를 들어, R1 및 R6 중 적어도 하나(예를 들어, 하나 또는 둘 모두)는 SO3H일 수 있고, R3 및 R8은 동일하며 수소, N=C=S, NH2, NHC(O)CH3, NHC(O)CH(CH3)2, NHC(O)CH2OCH3, NHSO2CH3, NHSO2-사이클로프로판, NHSO2CH(CH3)2, NHSO2N(CH3)2, NHC(S)NHCH3, NHC(S)NHCH(CH3)2, NHC(S)NH-사이클로프로판, NHC(O)NHCH3, NHC(O)NHCH(CH3)2, 및 NHC(O)NH-사이클로프로판으로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.
일부 실시 형태에서, R1 내지 R10 중 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개는 OH 또는 OCH3이다.
화학식 V의 화합물은 그의 약제학적으로 허용되는 염, 입체이성체 혼합물, 및 거울상 이성체를 포함한다. 본 명세서에 기재된 기술의 화합물은 또한 화학식 V의 화합물의 생리학적으로 허용되는 염을 포함할 수 있다. 화학식 V의 화합물은 라세미 혼합물로서 또는 실질적으로 순수한 입체이성체 또는 거울상 이성체로서 존재할 수 있다.
스틸벤의 제조 방법은 당업계에 익히 공지되어 있으며, 예를 들어 미국 특허 제7,321,050호; 제6,022,998호; 제6,177,220호; 제5,068,300호; 제3,387,050호; 제5,563,298호; 제7,820,848호; 제8,101,804호; 제6,218,108호; 및 제7,714,161호; 미국 특허 출원 공개 제2007/0276172호 및 제2004/0143023호; 문헌[Likhtenstein, Gertz I. "Stilbenes Synthesis and Applications" in Kirk-Othmer Encyclopedia of Chemical Technology. 2000, John Wiley & Sons, Inc.]; [Likhtenshtein, G. "Stilbenes Preparation and Analysis" in "Applications in Chemistry, Life Sciences and Materials Science" 2010, Wiley-VCH]에 기재되어 있으며, 이들은 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함된다. 스틸벤 및 스틸벤 유도체의 합성은 또한 상업 서비스로서 이용가능하다(예: 메르카켐(Mercachem, 네덜란드 네이메헨 소재); 프로테로스(Proteros, 독일 마틴즈리트 소재); AMRI(미국 뉴욕주 알바니 소재); WuXi Apptec(중국 상하이 소재); 및 리치맨 케미칼 인크.(Richman Chemical Inc., 미국 펜실베이니아주 귀네드 소재). 일부 실시 형태에서, 스틸벤은 아미드 및 설폰아미드 유도체로 추가로 작용화될 수 있다.
일부 예시적인 화학식 V의 화합물은 (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))디아세트아미드; (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(2-메틸프로판아미드); (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(2-메톡시아세트아미드); (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))디메탄설폰아미드; (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))디사이클로프로판설폰아미드; (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(프로판-2-설폰아미드); (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(디메틸아미노-설폰아미드); (E)-N-(4-(4-아미노스티릴)페닐)프로판-2-설폰아미드; (E)-1,1'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(3-메틸티오우레아); (E)-1,1'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(3-이소프로필티오우레아); (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)아세트아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)이소부티르아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-2-메톡시아세트아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)메탄설폰아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)사이클로프로판설폰아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)프로판-2-설폰아미드; N'-(4-{(E)-2-[4-(디메틸아미노)페닐]-1-에테닐}페닐)-N,N-디메틸설파미드; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-메틸티오우레아; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-이소프로필티오우레아; (E)-1-사이클로프로필-3-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)티오우레아; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-메틸우레아; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-이소프로필우레아; (E)-1-사이클로프로필-3-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)우레아; 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-아세트아미도벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-이소부티르아미도벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(2-메톡시아세트아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(사이클로프로판설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(1-메틸에틸설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-((N,N-디메틸설파모일)아미노)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-아세트아미도벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-이소부티르아미도벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(2-메톡시아세트아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(메틸설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(사이클로프로판설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(1-메틸에틸설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-((N,N-디메틸설파모일)아미노)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-사이클로프로필티오우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-에틸우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(사이클로프로판설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(2-메톡시아세트아미도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(2-메톡시아세트아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(메틸설폰아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-에틸우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-에틸우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(2-메톡시아세트아미도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-메틸티오우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-메틸티오우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필티오우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-에틸우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트); (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N-메틸벤즈아미드); (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N-이소프로필벤즈아미드); (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N,N-디메틸벤즈아미드); (E)-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(모르폴리노메타논); 및 (E)-5-(4-하이드록시스티릴)벤젠-1,3디올(3,5,4'-트리하이드록시-트랜스-스틸벤)이다.
일부 실시 형태에서, 스틸벤 유도체는 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(사이클로프로판설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(사이클로프로판설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트 (화학식 VI, 본 명세서에서 BB5-4로도 지칭됨); (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)사이클로프로판설폰아미드 (화학식 VII, 본 명세서에서 BB2-5로도 지칭됨); (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(프로판-2-설폰아미드) (화학식 VIII, 본 명세서에서 BB1-6으로도 지칭됨); (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(디메틸아미노-설폰아미드) (화학식 IX, 본 명세서에서 BB1-7로도 지칭됨); (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)프로판-2-설폰아미드 (화학식 X, 본 명세서에서 BB2-6으로도 지칭됨); (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트 (화학식 XI, 본 명세서에서 BB5-39로도 지칭됨); 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트) (화학식 XII, 본 명세서에서 BB4B-2로도 지칭됨); (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트 (화학식 XIII, 본 명세서에서 BB5-47로도 지칭됨); (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N-메틸벤즈아미드) (화학식 XIV, 본 명세서에서 BB8-1로도 지칭됨); (E)-5-아세트아미도-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트 (화학식 XXIII, 본 명세서에서 BB5-6으로도 지칭됨); 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트 (화학식 XXVII); 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트 (화학식 XXVIII); 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트 (화학식 XXIX); 및 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트 (화학식 XXX)로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.
[화학식 VI]
[화학식 VII]
[화학식 VIII]
[화학식 IX]
[화학식 X]
[화학식 XI]
[화학식 XII]
[화학식 XIII]
[화학식 XIV]
[화학식 XXIII]
[화학식 XXVII]
[화학식 XXVIII]
[화학식 XXIX]
[화학식 XXX]
특정 실시 형태에서, 스틸벤 유도체는 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(사이클로프로판설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트 (화학식 VI); 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트 (화학식 XXVII); 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트 (화학식 XXIX); 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트 (화학식 XXVIII); 및 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트 (화학식 XII, 본 명세서에서 BB4B-2로도 지칭됨)로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 스틸벤 유도체는 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(사이클로프로판설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 스틸벤 유도체는 화학식 XXIV의 구조를 가질 수 있다:
[화학식 XXIV]
상기 화학식 XXIV에서, X는 임의의 약제학적으로 허용되는 염의 양이온일 수 있다. 비제한적인 예로서, X는 나트륨, 칼륨, 알루미늄, 칼슘, 리튬, 마그네슘, 바륨, 또는 아연일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 스틸벤 유도체는 (E)-5-아세트아미도-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 스틸벤 유도체는 화학식 XXV의 구조를 가질 수 있다:
[화학식 XXV]
상기 화학식 XXV에서, X는 임의의 약제학적으로 허용되는 염의 양이온일 수 있다. 비제한적인 예로서, X는 나트륨, 칼륨, 알루미늄, 칼슘, 리튬, 마그네슘, 바륨, 또는 아연일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 스틸벤 유도체는 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 스틸벤 유도체는 화학식 XXXI의 구조를 가질 수 있다:
[화학식 XXXI]
상기 화학식 XXXI 에서, X는 임의의 약제학적으로 허용되는 염의 양이온일 수 있다. 비제한적인 예로서, X는 나트륨, 칼륨, 알루미늄, 칼슘, 리튬, 마그네슘, 바륨, 또는 아연일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 스틸벤 유도체는 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 스틸벤 유도체는 화학식 XXXII의 구조를 가질 수 있다:
[화학식 XXXII]
상기 화학식 XXXII에서, X는 임의의 약제학적으로 허용되는 염의 양이온일 수 있다. 비제한적인 예로서, X는 나트륨, 칼륨, 알루미늄, 칼슘, 리튬, 마그네슘, 바륨, 또는 아연일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 스틸벤 유도체는 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 스틸벤 유도체는 화학식 XXXIII의 구조를 가질 수 있다:
[화학식 XXXIII]
상기 화학식 XXXIII에서, X는 임의의 약제학적으로 허용되는 염의 양이온일 수 있다. 비제한적인 예로서, X는 나트륨, 칼륨, 알루미늄, 칼슘, 리튬, 마그네슘, 바륨, 또는 아연일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 스틸벤 유도체는 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트)일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 스틸벤 유도체는 화학식 XXXIV의 구조를 가질 수 있다:
[화학식 XXXIV]
상기 화학식 XXXIV에서, X는 임의의 약제학적으로 허용되는 염의 양이온일 수 있다. 비제한적인 예로서, X는 나트륨, 칼륨, 알루미늄, 칼슘, 리튬, 마그네슘, 바륨, 또는 아연일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 스틸벤 유도체는 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 스틸벤 유도체는 화학식 XXXV의 구조를 가질 수 있다:
[화학식 XXXV]
상기 화학식 XXXV에서, X는 임의의 약제학적으로 허용되는 염의 양이온일 수 있다. 비제한적인 예로서, X는 나트륨, 칼륨, 알루미늄, 칼슘, 리튬, 마그네슘, 바륨, 또는 아연일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 본 명세서에서 상기에 기재된 스틸벤 및 스틸벤 유도체는 이본쇄 절단 수복의 억제제일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 상기에 기재된 스틸벤 및 스틸벤 유도체는 본 명세서에 기재된 방법에 사용될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 이본쇄 절단 수복의 억제제는 스틸베노이드일 수 있다. 본 명세서에 사용된 바와 같이, "스틸베노이드"는 하이드록실화 스틸벤 유도체이다. 스틸베노이드의 비제한적인 예에는 레스베라트롤; 아글리콘; 피세타놀; 피노실빈; 프테로스틸벤; 알파-비니페린; 암펠롭신 A; 암펠롭신 E; 디프토인도네신 C; 디프토인도네신 F; 엡실론-비니페린; 플렉수오솔 A; 그네틴 H; 헴슬레이아놀 D; 호페아페놀; 트랜스-디프토인도네신 B; 바티카놀 B; 아스트린진; 피세이드; 디프토인도네신 A가 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다.
본 명세서에 제공된 특정 실시 형태에서, 억제제는 살라진산 (화학식 I) (퍼브켐 물질 번호(Pubchem Substance ID): 24840333; 화합물 A03)일 수 있다. 살라진산은 1,4,10-트리하이드록시-5-(하이드록시메틸)-8-메틸-3,7-디옥소-1,3-디하이드로-7H-2,6,12-트리옥사벤조[5,6]사이클로헵타[1,2-e]인덴-11-카르브알데하이드로도 지칭될 수 있다.
[화학식 I]
본 명세서에 제공된 특정 실시 형태에서, 억제제는 스틱트산 (화학식 II)(퍼브켐 물질 번호: 24840609; 화합물 A10)일 수 있다. 이 화합물은 NSC-87511, 스코풀라르산, 스테로카울론산; 및 1,3-디하이드로-1,4-디하이드록시-10-메톡시-5,8-디메틸-3,7-디옥소-7H-이소벤조푸로[4,5-b][1,4]벤조디옥세핀-11-카르브알데하이드로도 알려져 있다.
[화학식 II]
본 명세서에 제공된 특정 실시 형태에서, 억제제는 STK856883 (화학식 III)(퍼브켐 물질 번호: 24787209; 화합물 B02)일 수 있다. 이 화합물은 또한 3-벤질-2-[(E)-2-피리딘-3-일에테닐]퀴나졸린-4-온으로도 지칭될 수 있다. STK856883은 RAD51 억제제로서 확인되어 있다(문헌[Huang et al. ACS Chem Biol. 2011 Mar 23]).
[화학식 III]
본 명세서에 제공된 특정 실시 형태에서, 억제제는 4'-브로모-3'니트로프로피오페논 (화학식 IV)(칼바이오켐(Calbiochem) 카탈로그 번호 323115)일 수 있다. 4'-브로모-3'-니트로프로피오페논(NS-123 또는 1-(4-브로모-3-니트로페닐)프로판-1-온으로도 알려짐)은 WO2009036297호에 기재된 세포-투과성 니트로-로피오페논 화합물이며, 이 화합물은 우선적으로는 이온화 방사선의 종양 성장-억제 효과를 향상시키는데(약 5μM; U251, HT-29 및 A549 종양 세포 내에서, 그리고 U251 이종이식 마우스 모델 내에서; 50 mg/kg, i.p.), 이때 정상 인간 교세포, 제브라피시 배아(Zebrafish embryo) 및 누드 마우스에 대해서는 명확한 효과를 갖지 않는다. 이는 비수복 이본쇄 DNA 절단의 축적을 증가시키고 손상-의존성 신호전달을 연장시키는 것으로 밝혀져 있다.
[화학식 IV]
일부 실시 형태에서, 억제제는 4-메틸퀴나졸린-2-카르복스아미드 (화학식 XV); 벤즈[h]이소퀴놀린-6-아민 (화학식 XVI); 5,6-디메틸-2-메르캅토메틸벤즈이미다졸 (화학식 XVII); (E)-1-(2-하이드록시페닐)-3-(피리딘-3-일)프로프-2-엔-1-온 (화학식 XVIII); N4-부틸-6-클로로피리미딘-2,4-디아민 (화학식 XIX); 1-테르모프신 (화학식 XX); 6-아미노-5-니트로소-2-페닐피리미딘-4(1H)-온 (화학식 XXI); 및 4-(2-아미노-4-니트로페닐아미노)페닐 (화학식 XXII)로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.
[화학식 XV]
[화학식 XVI]
[화학식 XVII]
[화학식 XVIII]
[화학식 XIX]
[화학식 XX]
[화학식 XXI]
[화학식 XXII]
일부 실시 형태에서, 억제제는 7-아자인돌-3-카르복스알데하이드 (CAS4649-09-6); 2-아미노-4-페닐페놀 (CAS1134-36-7); 3-(1-메틸-3-피롤리디닐)인돌 (CAS3671-00-9); 1-메틸- [1,2,4]트리아졸로[4,3-a]퀴놀론 (CAS35359-22-9); 2-아미노-5-니트로-1H-벤즈이미다졸 (CAS6232-92-4); 2-(5-니트로-2-푸르푸릴리덴)아미노에탄올-N-옥사이드 (CAS19561-70-7; 니푸라트론); 알파-메르캅토-N,2-나프틸아세트아미드 (CAS93-42-5; 티오날리드); (CAS486-90-8; 1-테르모스핀); N4-부틸-6-클로로-2,4-피리미딘디아민 (CAS5457-91-0); 2-(2-하이드록시-6-프로판-2-일옥시-사이클로헥실)아세트산 (CAS7248-04-6); 6-아미노-5-니트로소-2-페닐-1H-피리미딘-4-온 (CAS5466-66-0); 4-아미노-2-하이드록시페닐)아르손산 (CAS6318-57-6); 스피로[1,2-디하이드로인덴-3,5'-이미다졸리딘]-2',4'-디온 (CAS6252-98-8); N~4~-(4-메톡시페닐)-6-메틸피리미딘-2,4-디아민 (CAS93001-35-5); 2-아미노-9-펜틸-3H-퓨린-6-티온(CAS24397-98-6); 2-(4-메톡시페닐)-3-(피리딘-3-일)프로프-2-엔니트릴 (CAS92437-25-7); 2-클로로피리미딘-4,6-디카르복스아미드 (CAS7150-30-3); 2-아미노-3H-페녹사진-3-온 (CAS1916-59-2); 2-메틸-N-벤질-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘-4-아민; 4-(벤질아미노)-2-메틸-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘; NSC-106570 (CAS1866-43-9; 롤로딘); 2-아미노-1-나프탈렌설폰산 (CAS81-16-3); N-sec-부틸-3-메틸벤즈아미드 (NSC 34983); 벤즈[h]이소퀴놀린-6-아민; 및 2-(2-메틸사이클로헥실리덴)하이드라진카르복스아미드로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.
특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 ATM 억제제일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 억제제는 2-모르폴린-4-일-6-티안트렌-1-일-피란-4-온 (KU-55933, S1092 셀렉 케미칼스 엘엘씨(Selleck Chemicals LLC, 미국 텍사스주 휴스턴 소재); WO/03070726호) 또는 2-((2R, 6S)-2,6-디메틸-모르폴린-4-일)-N-[5-(6-모르폴린-4-일-4-옥소-4H-피란-2-일)-9H-티오잔텐-2-일]-아세트아미드 (KU-60019 또는 KU60019; WO/2007/026157호; S1570 셀렉 케미칼스 엘엘씨(미국 텍사스주 휴스턴 소재); 문헌[Mol Cancer Ther 2009, 8(10): 2894-2902])이다. 또한 비제한적인 예로서, DSB 수복 억제제는 유럽 특허 EP1946757호 및 WO 03/070726호 및 WO 2005/016919호에 개시된 것들과 같은 화합물일 수 있다.
본 명세서에 제공된 특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 DSB 수복을 촉진시키는 임의의 유전자 또는 단백질의 발현 또는 활성을 저하시키는 억제제이다. 이들 유전자 또는 단백질은, DSB 수복에 참여하는 효소의 활성을 제어하는 RAD51-매개 쇄 교환 또는 조절 또는 골격형성 유전자 또는 단백질에서, DSB 수복에 참여하는 효소일 수 있다. 유전자 또는 단백질은 그러한 유전자 또는 단백질의 발현 또는 활성의 감소가 DSB 수복의 감소로 이어질 경우 DSB 수복을 촉진시키는 유전자 또는 단백질인 것으로 여겨진다. DSB 수복의 저하는 시험되는 유전자 또는 단백질의 정상 발현 또는 활성을 갖는 대조군에 대비하여 약 5%, 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 약 90%, 약 100%, 약 125%, 약 150% 또는 그 초과일 수 있다. DSB 수복은 당업자에게 익히 공지된 방법에 의해 측정될 수 있다. 비제한적인 예로서, DSB 수복은 H2AX-S139PO4 (γ-H2AX, 인산화 히스톤 2A) 좌의 비색 또는 면역형광 검출에 의해 측정될 수 있다(문헌[Rogakou et al., J Biol Chem 1998, 273:5858-5868]; [Rothkamm and Loerich, Proc Natl Acad Sci USA, 2003, 100(9): 5057-5062]; [Redon et al., Aging 2011, 3(2):168-74]; [Rakiman et al. 2008, Advanced Biotech 39]). 비제한적인 예로서, DSB 수복은 감마-H2AX 인산화의 검출에 의해 측정될 수 있다. 비제한적인 예로서, DSB 수복은 COMET 검정에 의해 측정될 수 있다(문헌[Orlow et al.2008, J. Clin. Oncol. 26, 3560-3566]; [Muller et al 1994, International Journal of Radiation Biology 65, 315-319]; [Fairbairn et al. 1995, Mutation Research/Reviews in Genetic Toxicology 339, 37-59]). 비제한적인 예로서, DSB 수복은 DSB 수복의 구성요소인 RAD51-매개 쇄 교환을 측정함으로써 평가될 수 있다. RAD51-매개 쇄 교환은 문헌[Ishida et al., Nucleic Acids Res 2009 37:3367-3376]에 기재된 시험관내 쇄-교환 검정에 의해 측정될 수 있다. 전술한 단락 내의 모든 참고문헌은 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함된다.
본 명세서에 제공된 특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 하기를 포함하지만 이로 한정되지는 않는 단백질 중 하나 이상의 발현 또는 활성을 저하시키는 억제제이다: Rad51AP1 (NCBI 유전자 번호: 10635; 서열 번호: 007); Rad51B (NCBI 유전자 번호: 5890; 서열 번호: 008); Rad51D (NCBI 유전자 번호: 5892; 서열 번호; 009); Rad51C (NCBI 유전자 번호: 5889 예: 서열 번호: 0163 (mRNA; NM_058216) 및 서열 번호: 0164 (단백질; NP_478123) 또는 서열 번호: 0165 (mRNA; NM_002876) 및 서열 번호: 0166 (단백질; NP_002867); XRCC2 (NCBI 유전자 번호: 7516; 서열 번호: 010); XRCC3 (NCBI 유전자 번호: 7517; 서열 번호: 011); RAD54 (NCBI 유전자 번호: 546; 서열 번호: 012); RAD52 (NCBI 유전자 번호: 5893; 서열 번호: 013); BRCA1 (NCBI 유전자 번호: 672; 서열 번호: 014); BRCA2 (NCBI 유전자 번호: 675; 서열 번호: 015); ATM (NCBI 유전자 번호: 472; 서열 번호: 016); ATR (NCBI 유전자 번호: 545; 서열 번호: 017); MRE11 (NCBI 유전자 번호: 4361; 서열 번호: 018); RAD50 (NCBI 유전자 번호: 10111: 서열 번호: 019); NBS1 (NCBI 유전자 번호: 4683; 서열 번호: 020); WRN (NCBI 유전자 번호: 7486; 서열 번호: 021); BLM (NCBI 유전자 번호: 641; 서열 번호: 022); RECQ4 (NCBI 유전자 번호: 9401; 서열 번호: 023); LIG4 (DNA 리가제 4; NCBI 유전자 번호: 3981; 서열 번호: 024; XRCC4 (NCBI 유전자 번호: 7518; 서열 번호: 025); PRKDC (DNA-PKcs7; XRCC7; NCBI 유전자 번호: 5591; 서열 번호: 026); DCLRE1C (NCBI 유전자 번호: 64421; 서열 번호: 027); XRCC6 (Ku70; NCBI 유전자 번호: 2547; 서열 번호: 028); XRCC5 (Ku80; NCBI 유전자 번호: 7520; 서열 번호: 029) 및/또는 XLF (NHEJ1; XRCC4-유사 인자; NCBI 유전자 번호: 79840; 서열 번호: 030).
DSB 수복 억제제는 핵산(DNA 또는 RNA), 소분자, 압타머, 단백질, 펩티드, 항체, 항체의 에피토프-결합성 단편을 포함하는 폴리펩티드, 항체 단편, 펩티드-핵산(PNA), 잠금 핵산(locked nucleic acid, LNA) 또는 리보자임일 수 있다. 일부 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 소분자, 압타머, 단백질, 펩티드, 항체, 항체의 에피토프-결합성 단편을 포함하는 폴리펩티드, 항체 단편, 및 펩티드-핵산(PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.
LNA 염기는 리보스 고리의 2' 산소와 4' 탄소 사이에 메틸렌 결합을 함유하는 리보뉴클레오티드 유사체이다(문헌[Koshkin A.A., 1998, Tetrahedron, 54:3607-3630]; [Obika S., 1998, Tetrahedron Lett., 39:5401-5404]). 당 부분에 대한 구속은 잠겨진 3'-엔도 형태를 발생시키는데, 이러한 형태는 교잡을 위해 염기를 사전조직화하고 염기당 10℃만큼 용융 온도(Tm) 값을 증가시킨다(문헌[Wengel J., 1999, Acc. Chem. Res., 32:301-310]; [Braasch D.A. and Corey, D.R., 2001, Chem. Biol., 8:1-7]). LNA 염기는 DNA 합성에 대한 표준 프로토콜을 사용하여 올리고뉴클레오티드 내로 포함될 수 있다. LNA 염기의 도입은 또한 올리고머의 5' 및 3' 말단에 포함될 경우 뉴클레아제에 대한 내성을 제공한다(문헌[Crinelli R., et. al., 2002, Nucleic Acids Res., 30:2435-2443]). 일부 실시 형태에서, 유전자 사일런싱제(gene silencing agent)는 LNA-DNA 키메라이다. LNA-함유 올리고머의 합성은 당업계에 알려져 있으며, 예를 들어 미국 특허 제6316198호, 제6670461호, 제6794499호, 제6977295호, 제6998484호, 제7053195호, 및 미국 특허 출원 공개 US 2004/0014959호에 기재된 것들이 있다.
일부 실시 형태에서, DSB 억제제는 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 RNA 간섭 서열(interfering sequence)을 포함한다: 서열 번호: 050, 서열 번호: 051, 서열 번호: 052, 서열 번호: 053, 서열 번호: 054, 서열 번호: 055, 서열 번호: 056, 서열 번호: 057, 서열 번호: 058, 서열 번호: 059, 서열 번호: 060, 서열 번호: 061, 서열 번호: 062, 서열 번호: 063, 서열 번호: 064, 서열 번호: 065, 서열 번호: 066, 서열 번호: 067, 서열 번호: 068, 서열 번호: 069, 서열 번호: 070, 서열 번호: 071, 서열 번호: 072, 서열 번호: 073, 서열 번호: 074, 서열 번호: 075, 서열 번호: 076, 서열 번호: 077, 서열 번호: 078, 서열 번호: 079, 서열 번호: 080, 서열 번호: 081, 서열 번호: 082, 서열 번호: 083, 서열 번호: 084, 서열 번호: 085, 서열 번호: 086, 서열 번호: 087, 서열 번호: 088, 서열 번호: 089, 서열 번호: 090, 서열 번호: 091, 서열 번호: 092, 서열 번호: 093, 서열 번호: 094, 서열 번호: 095, 서열 번호: 096, 서열 번호: 097, 및 서열 번호: 098.
DSB 수복 억제제는 당업자에게 익히 공지된 방법을 사용하여 재조합적으로 생산될 수 있다(문헌[Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2 ed.), Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., USA (1989)] 참조). 대안적으로, DSB 수복은 상업적으로 입수될 수 있거나(예: DIDS (#38440 시그마-알드리치; 미국 미주리주 세인트 루이스 소재); 4'-브로모-3'니트로프로피오페논(칼바이오켐 카탈로그 번호 323115)), 또는 화학적으로 합성될 수 있다.
시험 화합물 및 작용제는 DSB 수복을 억제할 수 있는 그들의 능력에 대해 선별될 수 있다. DSB 수복의 억제는 생체내에서 또는 시험관내에서 모니터링될 수 있다. 일 실시 형태에서, DSB 수복의 붕괴는 시험 화합물의 존재하 및 부재하에 DNA 편집 효소(예: AID)를 발현하는 세포 내에 존재하는 이본쇄 절단(DSB)의 수준을, 예를 들어 본 명세서에 기재된 바와 같이 핵형 분석(karyotyping)에 의해 평가함으로써 모니터링된다. 일 실시 형태에서, DSB는 γ-H2AX 좌 형성에 의해 측정된다. 일 실시 형태에서, DSB 수복은 53BP1 또는 Rad50 좌 형성에 의해 측정된다. 일 실시 형태에서, DSB 수복을 붕괴시킬 수 있는 시험 화합물의 능력은 생체내에서, 예를 들어 암성 세포가 AID를 발현하는 암의 마커, 증상 또는 종양 성장을 방지 또는 저하시킬 수 있는 능력을 결정함으로써 모니터링된다. DSB 수복은 또한 문헌[Ishida et al., Nucleic Acids Res 2009 37:3367-3376]에 기재된 쇄-교환 검정에 의해 시험관내에서 측정될 수 있다.
일 실시 형태에서는, 결합된 핵산 분자의 생산을 모니터링하는 시험관내 쇄 교환 검정이 수행된다. 예를 들어, 45 mM NaCl, 0.03 mM EDTA, 0.6 mM 2-메르캅토에탄올, 3% 글리세롤, 1 mM MgCl2, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 0.1 mg/ml 소혈청 알부민, 2 mM CaCl2, 20 mM 크레아틴 포스페이트 및 75μg/ml 크레아틴 키나제를 함유하는 10μl의 26 mM HEPES 완충액(pH 7.5) 중에서 37℃에서 10분 동안 시험 작용제의 존재하에 RAD51 (6μM)과 함께 ΦX174 환형 ssDNA (20μM)를 인큐베이션한다. 이 인큐베이션 후에, 2μM RPA를 반응 혼합물에 첨가하고, 이 혼합물을 추가 10분 동안 37℃에서 인큐베이션한다. 이어서, 20μM ΦX174 선형 dsDNA를 첨가함으로써 반응을 개시하고, 60분 동안 계속한다. 0.1% SDS 및 1.97 mg/ml 단백질분해효소 K (로슈 어플라이드 사이언스(Roche Applied Science), 스위스 바젤 소재)를 첨가함으로써 반응을 중단시키고, 20분 동안 37℃에서 추가로 인큐베이션한다. 6배 로딩 염료(6-fold loading dye)를 첨가한 후에, 탈단백화된 반응 생성물을 4시간 동안 3.3 V/cm로 1x TAE 완충액 중에서 1% 아가로오스 겔 전기영동을 행함으로써 분리한다. 이러한 생성물은 SYBR 골드(SYBR Gold) (인비트로겐(Invitrogen), 미국 캘리포니아주 칼스배드 소재) 염색에 의해 시각화된다.
검정의 또 다른 실시 형태에서, 반응은 32P-표지 dsDNA를 사용하여 수행될 수 있다. 시각화는 겔을 건조시키고, 그들을 이미징 플레이트에 노출시키고, FLA-7000 이미징 분석기(후지필름(Fujifilm), 일본 도쿄 소재)를 사용하여 플레이트를 시각화함으로써 수행된다.
반응이 시각화될 때, 과잉으로 제공된 ssDNA 및 dsDNA 분자는 가시적이게 될 것이다. DSB 수복이 일어날 경우, 더 큰 결합 분자(joint molecule)가 검출될 것이다. DSB 수복 억제제는 결합 분자의 양의 저하가 가시적이게 할 것이다.
시험 작용제는 통상적으로 먼저 시험관내에서 유전자 발현 또는 단백질 활성을 억제할 수 있는 그들의 능력에 대해 선별되며, 유전자 발현 또는 단백질 활성에 대해 억제 효과를 갖는 시험 작용제가 확인된다. 이어서, 양성 억제제가 시험관내 또는 생체내 검정에 의해 DSB 수복의 억제에 대한 효능에 대해 시험된다.
일반적으로, 화합물은 적절한 기간에 걸쳐 대조군에 대해 발현 또는 단백질 활성을 조절할 수 있는 임의의 농도에서 시험될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 화합물은 약 0.1 nM 내지 약 1000 mM 범위의 농도에서 시험된다. 일 실시 형태에서, 화합물은 약 0.1μM 내지 약 20μM, 약 0.1μM 내지 약 10μM, 또는 약 0.1μM 내지 약 5μM의 범위에서 시험된다. 일 실시 형태에서, 화합물은 1 μM에서 시험된다.
실시되는 특정 실시 형태에 따라, 시험 화합물은 용액 중에서 자유로운 상태로 제공될 수 있거나, 담체, 또는 고체 지지체(예: 비드)에 부착될 수 있다. 다수의 적합한 고체 지지체가 시험 화합물의 고정화에 사용될 수 있다. 적합한 고체 지지체의 예에는 아가로오스, 셀룰로오스, 덱스트란(즉, 세파덱스(Sephadex), 세파로스(Sepharose)로서 구매가능함) 카르복시메틸 셀룰로오스, 폴리스티렌, 폴리에틸렌 글리콜 (PEG), 여과지, 니트로셀룰로오스, 이온 교환 수지, 플라스틱 필름, 폴리아민메틸비닐에테르 말레산 공중합체, 유리 비드, 아미노산 공중합체, 에틸렌-말레산 공중합체, 나일론, 실크 등이 포함된다. 추가적으로, 본 명세서에 기재된 방법을 위해, 시험 화합물은 개별적으로, 또는 그룹으로 선별될 수 있다. 그룹 선별은 효과적인 시험 화합물에 대한 히트율(hit rate)이, 주어진 그룹에 대해 하나 초과의 양성 결과를 예측할 수 없을 정도로 낮을 것으로 예측되는 경우에 특히 유용하다.
시험 작용제를 선별하기 위하여, 시험관내 검정 시스템 및/또는 세포-기반 검정 시스템이 사용될 수 있다. 예를 들어, 시험 작용제는 유전자 또는 유전자에 의해 암호화된 단백질에 대한 결합에 대해 선별되거나, 유전자의 발현 수준의 변경에 대해 선별되거나, 유전자에 의해 암호화된 단백질의 활성/기능의 조절에 대해 선별될 수 있다.
일 실시 형태에서, 단백질/펩티드 시험 작용제(항체, 또는 그의 단편 포함)는 시험관내에서 암호화된 단백질과 결합할 수 있는 그들의 능력에 대해 평가될 수 있다. 직접 결합 검정의 에에는 시험관내 표지 단백질-단백질 결합 검정, 전기영동 이동도 시프트 검정, 단백질 결합에 대한 면역검정, ELISA 검정, 공동-면역침전 검정, 경쟁 검정(예: 공지된 결합제를 이용함) 등이 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다. 예를 들어, 미국 특허 제4,366,241호; 제4,376,110호; 제4,517,288호; 및 제4,837,168호; 및 또한 문헌[Bevan et al., Trends in Biotechnology 13:115-122, 1995]; [Ecker and Crooke, 1995, Biotechnology (NY)13:351-360]; 및 [Hodgson, Biotechnology (NY)10:973-980, 1992]를 참조한다. 시험 작용제는 또한 그 작용제가 관심 대상의 단백질에 결합된다는 것을 나타내는 신호, 예를 들어 형광 소광(fluorescence quenching) 또는 FRET를 검출함으로써 확인될 수 있다. 시험 작용제 폴리펩티드는 또한 시험관내에서 핵산과 결합하는 그들의 능력에 대해 모니터링될 수 있으며, 예를 들어 ELISA-포맷 검정은 핵산에 결합되는 단백질의 분석을 위하여 겔 이동도 시프트 검정(EMSA)의 편리한 대안이 될 수 있다. 암호화된 단백질에 대한 시험 작용제의 결합은 그 작용제가 단백질 활성의 억제제일 수 있다는 지표를 제공한다.
일 실시 형태에서, 시험 작용제는 유전자에 의해 암호화된 단백질의 생물학적 활성 또는 기능을 하향조절할 수 있는 능력에 대해 검정된다. 사용된 검정은 단백질의 기능에 좌우될 것이며, 숙련자에 의해 용이하게 결정될 수 있는데, 예를 들어 시험관내에서 RAD51-매개 수복의 억제를 모니터링하는 것이다.
일 실시 형태에서, 시험 작용제는 유전자의 전사를 억제할 수 있는 능력에 대해 검정된다. 전사 검정은 당업자에게 익히 알려져 있다(예를 들어, 미국 특허 제7,319,933호 및 제6,913,880호 참조). 예를 들어, 유전자의 발현의 조절은 배양된 세포주 내로의 리포터 발현 벡터의 일시적 또는 안정한 형질감염에 의해 세포-기반 시스템에서 조사될 수 있다. 시험 화합물은 유전자의 전사 조절 요소(예: 프로모터 서열)의 제어 하에서 리포터 유전자(예: 루시페라제 유전자)의 발현을 억제 또는 증가시킬 수 있는 능력에 대해 검정될 수 있다. 리포터 유전자에 작동가능하게 연결된 전사 조절 요소를 담지하는 검정 벡터가 프로모터 활성의 검정을 위한 임의의 포유류 세포주 내로 형질감염될 수 있다. 통상적으로 리포터 유전자는, 숙주 세포로부터는 천연적으로 존재하지 않는 용이하게 검정되는 효소 활성을 갖는 폴리펩티드를 암호화한다. 진핵생물의 프로모터를 위한 통상적인 리포터 폴리펩티드에는, 예를 들어 클로람페니콜 아세틸 아세틸트랜스페라제(CAT), 반딧불이 또는 레닐라(Renilla) 루시페라제, 베타-갈락토시다제, 베타-글루쿠로니다제, 알칼리성 포스파타제, 덴드라2(Dendra2), mCherry, mRaspberry, mPlum, tdTomato, 녹색 형광 단백질(GFP), 황색 형광 단백질(YFP), 향상된 녹색 형광 단백질(eGFP), 적색 형광 단백질(RFP), 시안 형광 단백질(CFP) 등이 포함된다. 유전자의 전자 조절 요소의 제어 하에서 리포터 유전자를 발현하는 벡터는 분자생물학의 일상적으로 실시되는 기술 및 방법을 사용하여 제조될 수 있다(예를 들어, 문헌[Sambrook et al., 상기 참조]; 문헌[Brent et al., 상기 참조] 참조).
리포터 유전자에 더하여, 벡터는 또한 숙주 세포에서의 증식 또는 유지에 필요한 요소, 및 폴리아데닐화 서열 및 전사 종결자와 같은 요소를 포함할 수 있다. 예시적인 검정 벡터의 예에는 pGL3 시리즈의 벡터(프로메가(Promega), 미국 위스콘신주 매디슨 소재; 미국 특허 제5,670,356호)가 포함되는데, 이 시리즈는 루시페라제 유전자의 폴리링커 서열 5'를 포함한다. 세포 배양, 형질감염, 및 리포터 유전자 검정의 일반적 방법은 당업계에 기재되어 있다(예를 들어, 문헌[Sambrook et al., 상기 참조]; 및 [Transfection Guide, Promega Corporation, Madison, WI (1998)]). 임의의 용이하게 형질감염 가능한 포유류 세포주가 벡터로부터 리포터 유전자의 발현을 검정하는 데 사용될 수 있으며, 예를 들어 3T3, 카코-2(Caco-2), CCRF-CEM, CHO, COS-7, HCT 116, HEK 293, CH12-F3, MCF-7, HepG2, 주르카트(Jurkat), Mo-B, KG-1, K-562, MOLT-4 및 HL-60 세포가 있다.
대안적으로, 예를 들어 생화학적 및 분자생물학 기술, 예컨대 노턴 블로팅 또는 다른 교잡 검정, 뉴클레아제 보호 검정, 역전사(정량적 RT-PCR) 기술, RNA-Seq, 고성능 서열 분석(high throughput sequencing) 등을 사용하여 mRNA 수준의 결정이 평가될 수 있다. 그러한 검정은 당업자에게 익히 공지되어 있다. 일 실시 형태에서는, 핵 "런-온(run-on)" (또는 "런-오프(run-off)") 전사 검정이 사용된다(예를 들어, 문헌[Methods in Molecular Biology, Volume: 49, Sep-27-1995, Page Range: 229-238] 참조). 어레이가 또한 사용될 수 있는데; 어레이, 및 그러한 어레이를 사용하여 mRNA를 분석하는 방법은, 예를 들어 EP0834575호, EP0834576호, WO96/31622호, 미국 특허 제5,837,832호 또는 WO98/30883호에 이전에 기재된 바 있다. WO97/10365호는 고밀도 올리고뉴클레오티드 어레이를 사용하여 다양한 유전자의 발현 수준을 모니터링하는 방법을 제공한다.
일 실시 형태에서, 시험하고자 하는 대상체로부터의 하나 이상의 세포가 얻어지고 RNA가 그 세포로부터 단리된다. 세포를 얻을 때에는, 원하는 유형의 세포를 주로 함유하는 샘플, 예를 들어 세포의 약 50% 이상, 바람직하게는 약 60% 이상, 더욱 더 바람직하게는 약 70%, 80% 이상, 그리고 더욱 더 바람직하게는, 약 90% 이상이 원하는 유형을 갖는 세포의 샘플을 얻는 것이 바람직하다. 조직 샘플은 당업계에 공지된 방법에 따라 얻을 수 있다.
또한, 대상체로부터 세포 샘플을 얻고, 이어서 그것을 원하는 세포 유형으로 부화시키는 것이 가능하다. 예를 들어, 세포는 다양한 기술을 사용하여 단리될 수 있는데, 예컨대 원하는 세포 유형의 세포 표면 상의 에피토프에 결합되는 항체에 의한 단리를 사용하여 다른 세포로부터 단리될 수 있다. 원하는 세포가 고체 조직 내에 있는 경우, 특정 세포가, 예를 들어 미세해부(microdissection), 또는 레이저 포획 미세해부(laser capture microdissection, LCM)에 의해 해부될 수 있다.
개체로부터의 조직 샘플 또는 세포로부터 RNA를 단리할 경우에는, 조직 또는 세포가 대상체로부터 적출된 후에 유전자 발현에서의 어떠한 추가의 변화를 방지하는 것이 중요할 수 있다. 발현 수준의 변화는 교란(perturbation), 예를 들어 리포폴리사카라이드(LPS) 또는 다른 시약에 의한 활성화 또는 열 충격 후에
급속히 변화되는 것으로 알려져 있다. 게다가, 조직 및 세포 내의 RNA는 재빨리 분해되게 될 수 있다. 따라서, 바람직한 실시 형태에서, 대상체로부터 얻어진 조직 또는 세포는 급속 냉동되거나 또는 가능한 한 곧바로 RNAlater로 처리된다.
RNA는 다양한 방법, 예를 들어 구아니듐 티오시아네이트 용해 및 후행하는 CsCl 원심분리에 의해 조직 샘플로부터 추출될 수 있다(문헌[Chirgwin et al., 1979, Biochemistry 18:5294-5299]). 단일 세포로부터의 RNA는 단일 세포로부터 cDNA 라이브러리를 제조하는 방법에 기재된 바와 같이 얻을 수 있으며, 예컨대 그러한 방법에는 문헌[Dulac, C. (1998) Curr. Top. Dev. Biol. 36, 245] 및 [Jena et al. (1996) J. Immunol. Methods 190: 199]에 기재된 것들이 있다. 예를 들어 RNAsin의 포함에 의해, RNA 분해를 피하도록 주의해야 한다.
이어서, RNA 샘플이 특정 종에서 부화될 수 있다. 일 실시 형태에서, 폴리(A)+ RNA가 RNA 샘플로부터 단리된다. 일반적으로, 그러한 정제는 mRNA 상의 폴리-A 꼬리를 이용한다. 상기에 기재된 바와 같이 특히, 폴리-T 올리고뉴클레오티드는 고체 지지체 상 내에서 고정화되어 mRNA를 위한 친화성 리간드로서의 역할을 할 수 있다. 이 목적을 위한 키트는, 예를 들어 퀵엑스트랙트(QuickExtract)® 키트(에피센트레 바이오테크놀로지스(Epicentre Biotechnologies), 미국 위시콘신주 매디슨 소재; 올리고텍스 디렉트(Oligotex Direct) mRNA 키트, 퀴아젠(Qiagen), 미국 캘리포니아주 발렌시아 소재)로 구매가능하다.
본 명세서에 기재된 방법에 사용될 수 있는 프로브의 유형에는 cDNA, 리보프로브, 합성 올리고뉴클레오티드 및 게놈성 프로브가 포함된다. 사용되는 프로브의 유형은 일반적으로 특정 상황에 의해 결정될 것이며, 예컨대 동소 교잡의 경우에는 리보프로브, 그리고 노턴 블로팅의 경우에는 cDNA이다. 일 실시 형태에서, 프로브는 RNA에 고유한 뉴클레오티드 영역으로 안내된다. 이들 프로브는 조절가능한 단백질의 mRNA 전사물을 차별적으로 인식하는 데 요구되는 만큼 짧을 수 있으며, 예를 들어 15개의 염기만큼 짧을 수 있지만; 그러나, 17, 18, 19 또는 20개 이상 또는 그 초과의 염기의 프로브가 사용될 수 있다. 일 실시 형태에서, 프라이머 및 프로브는 검정하고자 하는 단백질을 암호화하는 유전자에 상응하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 DNA 단편에 대해 엄격한 조건 하에서 특이적으로 교잡된다. 본 명세서에 사용된 용어 "엄격한 조건"은 뉴클레오티드 서열에서 95% 이상의 동일성(identity)이 존재하는 경우에만 교잡이 일어날 것임을 의미한다. 또 다른 실시 형태에서, "엄격한 조건" 하에서의 교잡은 서열들 사이에 97% 이상의 동일성이 존재할 경우에 일어난다.
일 실시 형태에서, 시험 작용제는 유전자의 번역을 억제할 수 있는 능력에 대해 검정된다. 유전자 번역은 유전자로부터 발현되는 단백질의 정량화에 의해, 예를 들어 웨스턴 블로팅, 단백질의 면역학적 검출, ELISA (효소-결합 면역흡수 검정), 방사면역검정(RIA) 또는 다른 면역검정 및 형광-활성화된 세포 분석(FACS), 질량 분석, 또는 단백질을 검출하기 위한 단백질 서열 분석에 의해 측정될 수 있다.
소분자, 중합체 및 게놈 기반 라이브러리를 개발하는 방법은, 예를 들어 문헌[Ding, et al., J Am. Chem. Soc. 124: 1594-1596 (2002)] 및 [Lynn, et al., J. Am. Chem. Soc. 123: 8155-8156 (2001)]에 기재되어 있다. 구매가능한 화합물 라이브러리는, 예를 들어 아르쿨레(ArQule), 파르마코피아(Pharmacopia), 그래피니티(graffinity), 판베라(Panvera), 비타스-엠 랩(Vitas-M Lab), 바이오몰 인터내셔널(Biomol International), 셀렉 케미칼스(Selleck Chemicals) 및 옥스포드 케미칼스 리미티드(Oxford Chemicals Limited)로부터 입수될 수 있다. 이들 라이브러리는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 DSB 수복을 억제할 수 있는 능력에 대해 선별될 수 있다.
특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 DSB 수복을 촉진시키는 단백질을 암호화하는 유전자의 발현을 억제할 수 있는 핵산이다. 비제한적인 예로서, DSB 수복 억제제는 DSB 수복의 안티센스 억제제, 예를 들어 미국 특허 출원 공개 제2002/0137698호에 개시된 RAD51의 안티센스 억제제일 수 있다. 유전자 사일런싱 또는 RNAi가 사용될 수 있다. 특정 실시 형태에서, 세포를 DSB 수복 억제제와 접촉시키면, 그 결과 표적 유전자를 위한 세포 내 mRNA 수준이 miRNA 또는 RNA 간섭 분자의 부재하에 세포 내에서 발견된 mRNA 수준의 적어도 약 5%, 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 약 90%, 약 95%, 약 99%, 약 100%로 감소된다. 일 실시 형태에서, mRNA 수준은 적어도 약 70%, 약 80%, 약 90%, 약 95%, 약 99%, 약 100%로 감소된다. 특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 RNAi 분자를 포함하는 발현 벡터 또는 바이러스성 벡터를 포함한다.
본 명세서에 사용된 용어 "RNAi"는 RNAi, siRNA, shRNA, 내인성 microRNA 및 인공 microRNA를 포함하지만 이로 한정되지는 않는 임의의 유형의 간섭 RNA를 말한다. 예를 들어, 이는 RNA의 다운-스트림 과정의 기전에 관계없이 이전에 siRNA로서 확인된 서열을 포함한다(즉, siRNA가 mRNA의 절단으로 이어지는 생체내 과정의 특이적 방법을 갖는 것으로 여겨지더라도, 그러한 서열은 본 명세서에 기재된 플랭킹 서열(flanking sequence)과 관련하여 벡터 내로 포함될 수 있음). 본 명세서에 기재된 기술의 작용제에 관하여 용어 "RNAi" 및 "RNA 간섭"은 본 명세서에서 상호교환가능하게 사용된다.
본 명세서에 사용된 바와 같이, "siRNA"는 이본쇄 RNA를 형성하는 핵산을 말하며, 이때 이본쇄 RNA는 siRNA가 표적 유전자와 동일한 세포 내에 존재하거나 발현될 때 유전자 또는 표적 유전자의 발현을 저하 또는 억제하는 능력을 갖는다. 이본쇄 RNA siRNA는 상보적인 쇄들에 의해 형성될 수 있다. 일 실시 형태에서, siRNA는 이본쇄 siRNA를 형성할 수 있는 핵산을 말한다. siRNA의 서열은 전 길이 표적 유전자, 또는 그의 부분서열(subsequence)에 상응할 수 있다. 통상적으로, siRNA는 약 15 내지 50개 이상의 뉴클레오티드 길이이다(예를 들어, 이본쇄 siRNA의 각각의 상보적인 서열은 약 15 내지 50개의 뉴클레오티드 길이이며, 이본쇄 siRNA는 약 15 내지 50개의 염기쌍 길이, 바람직하게는 약 19 내지 30개의 염기 뉴클레오티드, 바람직하게는 약 20 내지 25개의 뉴클레오티드 길이, 예를 들어 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30개의 뉴클레오티드 길이임).
본 명세서에 사용된 바와 같이, "shRNA" 또는 "짧은 헤어핀(small hairpin) RNA" (스템 루프(stem loop)로도 불림)는 siRNA 유형이다. 일 실시 형태에서, 이들 shRNA는 짧은(예를 들어, 약 19 내지 약 25개의 뉴클레오티드) 안티센스 쇄와, 후행하는 약 5 내지 약 9개의 뉴클레오티드의 뉴클레오티드 루프, 및 유사 센스 쇄로 구성된다. 대안적으로, 센스 쇄는 뉴클레오티드 루프 구조를 선행할 수 있으며, 안티센스 쇄는 후행할 수 있다.
RNAi는, 예를 들어 문헌[Schiffelers and Storm, Expert Opin Drug Deliv. 2006 May; 3(3):445-54]에 기재된 나노입자, 또는 리포솜(예를 들어, 문헌[Hughes et al., Methods Mol Biol. 2010; 605:445-59])의 도움으로 전달될 수 있다.
특정 실시 형태에서, 핵산인 DSB 수복 억제제는 안티센스 RNA일 수 있다.
특정 실시 형태에서, 핵산인 DSB 수복 억제제는 리보자임일 수 있다. 세포 mRNA 전사물을 촉매적으로 절단하도록 설계된 리보자임 분자가 또한 세포 mRNA의 번역 및 세포 폴리펩티드의 발현, 또는 둘 모두를 방지하는 데 사용될 수 있다(예를 들어, PCT 국제 공개 W090111364호; 문헌[Sarver et al. 1990, Science 247, 1222-1225] 및 미국 특허 제5,093,246호 참조). 부위 특이적 인식 서열에서 mRNA를 절단하는 리보자임이 세포 mRNA를 파괴하는 데 사용될 수 있지만, 햄머헤드(hammerhead) 리보자임의 사용이 바람직하다. 햄머헤드 리보자임은 표적 mRNA와 상보적인 염기쌍을 형성하는 플랭킹 영역에 의해 결정되는 위치에서 mRNA를 절단한다. 유일한 요건은 표적 mRNA가 다음과 같은 2개의 염기의 서열을 갖는다는 것이다: 5'-UG-3'. 햄머헤드 리보자임의 작제 및 생산은 당업계에 익히 공지되어 있으며, 문헌[Haseloff and Gerlach 1988, Nature 334:585-591]에 더 상세히 기재되어 있다. 리보자임은 절단 인식 부위가 세포 mRNA의 5' 말단 부근에 위치되도록 가공될 수 있는데, 즉 이는 효율을 증가시키고 비기능적 mRNA 전사물의 세포내 축적을 최소화하기 위함이다.
본 명세서에 제시된 방법 및 조성물의 리보자임은 또한 RNA 엔도리보뉴클레아제(이하, "세치-유형(Cech-type) 리보자임"), 예컨대 테트라히메나 서모필라(Tetrahymena thermophia)에서 천연적으로 발생되고(IVS, 또는 L-19IVS RNA로 알려짐), 세치 및 공동연구자에 의해 광범위하게 기재된 것을 포함한다(문헌[Zaug, et al. 1984, Science 224:574-578]; [Zaug, et al. 1986, Science 231:470-475]; [Zaug, et al. 1986 Nature 324:429-433]; 공개된 국제 특허 출원 WO88/04300호; 문헌[Been, et al. 1986, Cell 47:207-216]). 세치-유형 리보자임은, 표적 RNA 서열에 교잡되고 이후에는 표적 RNA의 절단이 일어나는 8개의 염기쌍 활성 부위를 갖는다. 본 발명의 방법 및 조성물은 세포 유전자 내에 존재하는 8개의 염기쌍 활성 부위 서열을 표적으로 하는 세치-유형 리보자임을 포함한다.
안티센스 접근에서와 같이, 리보자임은 개질된 올리고뉴클레오티드(예를 들어, 개선된 안정성, 표적화 등을 위하여)로 구성될 수 있으며, 생체내에서 DNA 편집 효소 유전자를 발현하는 세포로 전달되어야 한다. 바람직한 전달 방법은 강한 구성적 pol HI 또는 pol II 프로모터의 제어 하에서 리보자임을 암호화하는 DNA 작제물을 사용하는 것을 포함하는데, 이러한 작제물의 사용으로 형질감염된 세포가 충분한 양의 리보자임을 생산하여 내인성 세포 메시지를 파괴하고 번역을 억제하게 될 것이다. 안티센스 분자와 달리 리보자임은 촉매적이기 때문에, 효율에 있어 더 낮은 세포내 농도가 필요하다.
본 명세서에서 상호교환가능하게 사용되는 용어 "microRNA" 또는 "miRNA"는 내인성 RNA이며, 이들 중 일부는 전사 후 수준에서 단백질-암호화 유전자의 발현을 조절하는 것으로 알려져 있다. 내인성 microRNA는 게놈 내에 천연적으로 존재하는 작은 RNA이며, 이때 작은 RNA는 mRNA의 생산적 이용을 조절할 수 있다. 용어 "인공 microRNA"는 내인성 microRNA 이외에, mRNA의 생산적 이용을 조절할 수 있는 RNA 서열의 유형을 포함한다. microRNA 서열은 문헌[Lim, et al., Genes & Development, 17, p. 991-1008 (2003)]; [Lim et al., Science 299, 1540 (2003)]; [Lee and Ambros, Science, 294, 862 (2001)]; [Lau et al., Science 294, 858-861 (2001)]; [Lagos-Quintana et al., Current Biology, 12, 735-739 (2002)]; [Lagos Quintana et al., Science 294, 853-857 (2001)]; 및 [Lagos-Quintana et al., RNA, 9, 175-179 (2003)]와 같은 간행물에 기재된 바 있으며, 이들은 참고로 포함된다. 다수의 microRNA가 또한 전구체 분자 내로 포함될 수 있다. 더욱이, miRNA-유사 스템-루프가 비히클로서 세포 내에서 발현되어, miRNA 및 또는 RNAi 경로를 통한 내인성 유전자의 발현을 조절하려는 목적으로 인공 miRNA 및 짧은 간섭 RNA(siRNA)를 전달할 수 있다.
본 명세서에 사용된 바와 같이, "이본쇄 RNA" 또는 "dsRNA"는 2개의 쇄로 구성된 RNA 분자를 말한다. 이본쇄 분자는 그 스스로가 다시 겹쳐져서 이본쇄 구조를 형성하는 단일 RNA 분자로 구성된 것들을 포함한다. 예를 들어, 일본쇄 miRNA가 유래되는 전구 분자(progenitor molecule; 전구-miRNA (pre-miRNA)라 불림) (문헌[Bartel et al., 2004, Cell 116:281-297])의 스템 루프 구조는 dsRNA 분자를 포함한다.
표적 유전자 발현의 억제제 또는 활성화제로서의 역할을 할 수 있는 뉴클레오티드 서열(예: RNAi, siRNA, shRNA)을 선택하기 위한 수단은 당업자에게 익히 공지되어 실시되고 있다. 특정 핵산 서열에 대한 RNAi 작용제를 설계하는 데 많은 컴퓨터 프로그램이 이용가능하다. RNAi의 표적화된 영역(예: siRNA 등)이 주어진 표적 유전자 서열(예: RAD51)로부터 선택될 수 있는데, 이때 출발 코돈의 다운스트림은 약 25 내지 50개의 뉴클레오티드, 약 50 내지 75개의 뉴클레오티드, 또는 약 75 내지 100개의 뉴클레오티드로부터 시작된다. 뉴클레오티드 서열은 5' 또는 3' UTR 및 출발 코돈 부근의 영역을 함유할 수 있다. 본 명세서에 기재된 기술의 siRNA 분자를 설계하는 한 가지 방법은 23 뉴클레오티드 서열 모티프 AA(N19)TT (여기서, N은 임의의 뉴클레오티드일 수 있음) (서열 번호: 156)를 확인하고, 적어도 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70% 또는 75% G/C 함량을 갖는 히트를 선택하는 것을 포함한다. 이 서열의 "TT" 부분은 선택적이다. 대안적으로, 그러한 서열이 발견되지 않을 경우, 검색은 모티프 NA(N21)을 사용하여 확장될 수 있으며, 여기서 N은 임의의 뉴클레오티드일 수 있다. 이러한 상황에서, 센스 siRNA의 3' 말단은 TT로 변환되어 센스 및 안티센스 3' 오버행의 서열 조성에 대해 대칭 이본쇄(symmetric duplex)의 생성을 가능하게 한다. 이어서, 안티센스 RNAi 분자는 23 뉴클레오티드 서열 모티프의 뉴클레오티드 위치 1 내지 21에 대한 보체로서 합성될 수 있다. 대칭 3' TT 오버행의 사용은, 예를 들어 작은 간섭 리보핵단백질 입자(siRNP)가 대략 동일한 비의 센스 및 안티센스 표적 RNA-절단성 siRNP로 형성되는 것을 보장하는 데 유리할 수 있다(문헌[Elbashir et al. 2001], 상기 참조).
일부 실시 형태에서, RNAi 작용제는 확인된 표적 유전자 서열 내의 적어도 5개의 연속된 뉴클레오티드를 표적으로 한다. 일 실시 형태에서, RNAi 작용제는 확인된 표적 서열 내의 적어도 6, 7, 8, 9 또는 10개의 연속된 뉴클레오티드를 표적으로 한다. 일부 실시 형태에서, RNAi 작용제는 확인된 표적 서열 내의 적어도 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 또는 19개의 연속된 뉴클레오티드를 표적으로 한다.
일부 실시 형태에서, 본 명세서에 개시된 RNAi 작용제에서 뉴클레아제 내성을 증가시키기 위하여, 비-인산디에스테르 골격 결합, 예를 들어 메틸포스포네이트, 포스포로티오에이트 또는 포스포로디티오에이트 결합 또는 이들의 조합을 RNAi 작용제의 하나 이상의 비-RNASE H-활성화 영역 내로 포함시킬 수 있다. 그러한 비활성화 영역은 추가적으로 2'-치환체를 포함할 수 있으며, 또한 키랄적으로 선택된 골격 결합을 포함하여 결합 친화성 및 이본쇄의 안정성을 증가시킬 수 있다. 다른 작용기가 또한 올리고뉴클레오시드 서열에 결합되어 다양한 바람직한 특성을 부여할 수 있는데, 예컨대 세포막을 통한 올리고뉴클레오시드 서열의 흡수를 향상시키거나, 안정성을 향상시키거나 표적 핵산과의 하이브리드 형성을 향상시키거나, 또는 (프소랄렌 광가교결합성 치환체와 같이) 표적과의 가교결합을 촉진시킬 수 있다. 예를 들어, PCT 공개 WO 92/02532호를 참조하며, 이는 본 명세서에 참고로 포함된다.
특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 항체, 단일클론 항체, 또는 항체 단편이다(전반적으로 문헌[Hood et al., Immunology, Benjamin, N.Y., 2ND ed. (1984), Harlow and Lane, Antibodies], [A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory (1988)] 및 [Hunkapiller and Hood, Nature, 323, 15-16 (1986)], 이들은 본 명세서에 참고로 포함됨). 항체는 당업자에게 익히 공지된 방법을 사용하여 제조된다. 통상적으로, 원하는 항원으로 면역화된 동물로부터의 비장 세포가, 일반적으로는 골수종 세포와의 융합에 의해 불사화(immortalize)된다(문헌[Kohler and Milstein (1976) Eur, J. Immunol. 6:511-519] 참조, 이는 본 명세서에 참고로 포함됨). 불사화의 대안적인 방법에는 엡스타인 바르 바이러스, 암유전자, 또는 레트로바이러스에 의한 형질전환, 또는 당업계에 공지된 다른 방법이 포함된다. 단일 불사화 세포로부터 발생되는 콜로니는 항원에 대한 원하는 특이성 및 친화성의 항체의 생산에 대해 선별되며, 그러한 세포에 의해 생산된 단일클론 항체의 수율은 척추동물 숙주의 복막강 내로의 주사를 포함한 다양한 기술에 의해 향상될 수 있다. 대안적으로, 예를 들어 문헌[Huse, et al. (1989), Science 246:1275-1281]에 개략적으로 설명된 일반적 프로토콜에 따라 인간 B 세포로부터 DNA 라이브러리를 선별함으로써, 또는 파지 제시(phage display) 라이브러리를 선별함으로써 단일클론 항체 또는 항체 단편 또는 그의 결합성 단편을 암호화하는 DNA 서열을 단리할 수 있다(예를 들어, WO 91/17271호 및 WO 92/01047호 참조). 특정 실시 형태에서, RAD51-매개 쇄 교환 수복의 억제제는 인트라바디이다. 인트라바디 생산 방법은, 예를 들어 WO 2002/086096호에 기재된 바와 같이 당업자에게 익히 공지되어 있다. 항체는 적어도 KD가 약 1 mM, 예를 들어 1 mM 이하, 300μM 이하, 30μM 이하, 10μM 이하, 3μM 이하, 1μM 이하, 100 nM 이하, 또는 10 nM 이하인 값으로 통상 결합할 것이다.
특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 단백질 또는 펩티드이다. 펩티드 작용제는 천연 발생 단백질의 단편, 또는 RAD51-매개 교환 수복의 단백질의 모방체 또는 펩티드모방체일 수 있다. 단백질 및/또는 펩티드 또는 그의 단편의 형태의 작용제는 본 명세서에 기재된 DSB 수복에 관여하는 유전자 또는 단백질을 조절하도록, 즉 유전자 발현 또는 암호화된 단백질 활성을 조절하도록 설계될 수 있다. 그러한 작용제는 통상 부재하는 단백질뿐만 아니라 세포 내에서 통상 내재적으로 발현되는, 예를 들어 저수준으로 발현되는 단백질도 포함하고자 한다. 유용한 단백질의 예는 돌연변이 단백질, 유전자 가공 단백질, 펩티드, 합성 펩티드, 재조합 단백질, 키메라 단백질, 인간화 단백질, 개질 단백질 및 이들의 단편이다. 유전자 발현 또는 단백질 활성의 조절은 직접적 또는 간접적일 수 있다. 일 실시 형태에서, 단백질/펩티드 작용제는 본 명세서에서 확인된 유전자에 의해 암호화된 단백질에 직접 결합되거나, 또는 본 명세서에서 확인된 유전자의 핵산에 직접 결합된다.
펩티드는 억제 활성에 대해 선별될 수 있다. 펩티드 라이브러리, 예를 들어 펩티드 또는 다른 화합물의 조합 라이브러리는 완전 랜덤화될 수 있으며, 임의의 위치에서의 서열 선호 또는 일정은 없다. 대안적으로, 라이브러리는 바이어스될 수 있으며, 즉 서열 내의 일부 위치는 일정하게 유지되거나, 또는 한정된 수의 가능성으로부터 선택된다. 예를 들어, 일부 경우에, 뉴클레오티드 또는 아미노산 잔기는, 예를 들어, 시스테인의 생성을 향하거나, SH-3 도메인을 위한 프롤린, 인산화 부위를 위한 세린, 트레오닌, 티로신 또는 히스티딘의 가교결합을 위하거나, 퓨린에 대한, 소수성 아미노산, 친수성 잔기, 입체적으로 바이어스된(작거나 큰) 잔기의 규정된 클래스 내에서 랜덤화된다.
시험 작용제는 천연 발생 단백질 또는 그의 단편일 수 있다. 그러한 시험 작용제는 천연 공급원, 예를 들어 세포 또는 조직 용해물로부터 얻어질 수 있다. 폴리펩티드 작용제의 라이브러리는 또한, 예를 들어 구매가능하거나 또는 일상적 방법에 의해 생성된 cDNA 라이브러리로부터 제조될 수 있다. 시험 작용제는 또한 펩티드, 예를 들어 약 5 내지 약 30개의 아미노산의 펩티드일 수 있으며, 약 5 내지 약 20개의 아미노산이 바람직하며, 약 7 내지 약 15개가 특히 바람직하다. 펩티드는 천연 발생 단백질의 소화물(digest), 랜덤 펩티드, 또는 "바이어스된" 랜덤 펩티드일 수 있다. 일부 방법에서, 시험 작용제는 폴리펩티드, 펩티드 또는 단백질이다. 시험 작용제는 또한 핵산일 수 있다. 핵산 시험 작용제는 천연 발생 핵산, 랜덤 핵산, 또는 "바이어스된" 랜덤 핵산일 수 있다. 예를 들어, 원핵생물 또는 진핵생물 게놈의 소화물이 단백질에 대해 상기에 기재된 것과 유사하게 사용될 수 있다.
선별하고자 하는 시험 작용제의 라이브러리는 또한 본 명세서에서 확인된 유전자에 의해 암호화된 단백질 또는 그의 단편의 구조적 연구에 기초하여 생성될 수 있다. 그러한 구조적 연구는 단백질에 결합되고 그의 활성을 조절할 가능성이 더 높은 시험 작용제의 확인을 가능하게 한다. 단백질의 3차원적 구조는 다수의 방법, 예를 들어 결정 구조 및 분자 모델링으로 연구될 수 있다. X선 결정학을 사용하여 단백질 구조를 연구하는 방법은 문헌에 익히 공지되어 있다. 문헌[Physical Bio-chemistry, Van Holde, K. E. (Prentice-Hall, New Jersey 1971), pp. 221-239], 및 [Physical Chemistry with Applications to the Life Sciences, D. Eisenberg & D. C. Crothers (Benjamin Cummings, Menlo Park 1979)]을 참조한다. 구조의 컴퓨터 모델링은 시험 작용제를 조절제에 대해 선별하도록 설계하기 위한 또 다른 수단을 제공한다. 분자 모델링 방법은 문헌, 예를 들어 발명의 명칭이 "감도 인자를 이용하여 분자 모델링을 하기 위한 시스템 및 방법" (System and method for molecular modeling utilizing a sensitivity factor)인 미국 특허 제5,612,894호, 및 발명의 명칭이 "분자 모델링 방법 및 시스템" (Molecular modeling method and system)인 미국 특허 제5,583,973호에 기재된 바 있다. 게다가, 단백질 구조는 또한 중성자 회절 및 핵자기 공명(NMR)에 의해 결정될 수 있다. 예를 들어, 문헌[Physical Chemistry, 4th Ed. Moore, W. J. (Prentice-Hall, New Jersey 1972)], 및 [NMR of Proteins and Nucleic Acids, K. Wuthrich (Wiley-Interscience, New York 1986)]을 참조한다.
일부 실시 형태에서, 본 명세서에서 확인된 유전자의 발현을 억제하는 것으로 선별되고 확인하거나, 또는 본 명세서에서 확인된 유전자에 의해 암호화된 단백질의 활성을 억제하는 것으로 확인된 시험 화합물은 DSB 수복을 비처리된 대조군에 대하여 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 50%, 70%, 80%, 90%, 1배, 1.1배, 1.5배, 2배, 3배, 4배, 5배, 10배, 50배, 100배 이상 또는 그 초과로 억제할 수 있다.
대안적으로, 작용제는 유전자를 조절하는 어떤 것을 생산하도록 세포내에서 이용되거나 개질될 수 있는데, 예를 들어 세포 내로의 핵산 서열의 도입, 및 유전자 발현 또는 단백질 활성의 억제제 또는 활성화제의 생산으로 이어지는 그의 전사가 있다.
치료
일부 실시 형태에서, 본 명세서에 기재된 기술은 (a) 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포를 갖는 대상체를 선택하는 단계; 및 (b) 대상체에게 이본쇄 절단 수복의 억제제의 치료학적 유효량을 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 상승된 수준이란, AID의 수준이 건강한 개체로부터의 동일한 유형의 세포 내의 DNA 편집 효소의 수준보다 더 높은 수준의 것인 치료 방법에 관한 것이다. 일부 실시 형태에서, 본 명세서에 기재된 기술은 (a) 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 B 세포를 갖는 대상체를 선택하는 단계; 및 (b) 대상체에게 이본쇄 절단 수복의 억제제의 치료학적 유효량을 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 상승된 수준이란, DNA 편집 효소의 수준이 건강한 개체로부터의 B 세포 내의 DNA 편집 효소의 수준보다 더 높은 수준의 것인 치료 방법에 관한 것이다. 일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소의 발현은 건강한 대상체에서 검출 불가능하다. 일부 실시 형태에서, 대상체는 인간 대상체일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 건강한 개체로부터의 동일한 유형의 세포 내의 DNA 편집 효소의 수준과 비교하여 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포를 갖는 대상체는 대상체로부터 얻어진 세포의 샘플 내의 DNA 편집 효소 단백질 및/또는 mRNA의 수준을 결정함으로써 확인된다. 일부 실시 형태에서, 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포 내의 DNA 편집 효소의 수준은 건강한 대상체로부터의 정상 세포보다 유의하게 더 높다. 일부 실시 형태에서, 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포 내의 DNA 편집 효소의 수준은 건강한 대상체로부터의 비활성화된 B 세포에서 발현되는 DNA 편집 효소의 수준보다 유의하게 더 높다. 일부 실시 형태에서, 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 B 세포 내의 DNA 편집 효소의 수준은 건강한 대상체로부터의 비활성화된 B 세포에서 발현되는 AID의 수준보다 유의하게 더 높다.
일부 실시 형태에서, 본 명세서에 기재된 기술은 (a) 상승된 수준의 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)를 발현하는 세포를 갖는 대상체를 선택하는 단계; 및 (b) 대상체에게 이본쇄 절단 수복의 억제제의 치료학적 유효량을 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 상승된 수준이란, AID의 수준이 건강한 개체로부터의 동일한 유형의 세포 내의 AID의 수준보다 더 높은 수준의 것인 치료 방법에 관한 것이다. 일부 실시 형태에서, 본 명세서에 기재된 기술은 (a) 상승된 수준의 AID를 발현하는 B 세포를 갖는 대상체를 선택하는 단계; 및 (b) 대상체에게 이본쇄 절단 수복의 억제제의 치료학적 유효량을 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 상승된 수준이란, AID의 수준이 건강한 개체로부터의 B 세포 내의 AID의 수준보다 더 높은 수준의 것인 치료 방법에 관한 것이다. 일부 실시 형태에서, AID 발현은 건강한 대상체에서 검출 불가능하다.
일부 실시 형태에서, 건강한 개체로부터의 동일한 유형의 세포 내의 AID의 수준과 비교하여 상승된 수준의 AID를 발현하는 세포를 갖는 대상체는 대상체로부터 얻어진 세포의 샘플 내의 AID 단백질 및/또는 mRNA의 수준을 결정함으로써 확인된다. 일부 실시 형태에서, 상승된 수준의 AID를 발현하는 세포 내의 AID의 수준은 건강한 대상체로부터의 정상 세포보다 유의하게 더 높다. 일부 실시 형태에서, 상승된 수준의 AID를 발현하는 세포 내의 AID의 수준은 건강한 대상체로부터의 비활성화된 B 세포에서 발현되는 AID의 수준보다 유의하게 더 높다. 일부 실시 형태에서, 상승된 수준의 AID를 발현하는 B 세포 내의 AID의 수준은 건강한 대상체로부터의 비활성화된 B 세포에서 발현되는 AID의 수준보다 유의하게 더 높다.
또한, 대상체의 세포 내의 DNA 편집 효소(예: AID) 단백질, mRNA 및/또는 활성의 수준을 결정함으로써 대상체에서의 이상(예: 암 또는 자가면역 질환)이 DSB 수복 억제제에 의한 치료에 반응할지를 결정하는 방법이 본 명세서에 제공된다. 대상체의 세포(시험 샘플) 내의 고수준의 DNA 편집 효소의 존재는 대상체가 DSB 수복 억제제에 의한 치료에 반응할 것이라는 지표가 될 수 있다. DNA 편집 효소의 수준은, 대상체로부터 얻어진 생물학적 샘플 내의 수준을 평가하고, 관찰된 수준을 대조 참조 샘플 내에서 발견된 DNA 편집 효소의 수준에 대비함으로써 결정될 수 있다. 일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID이다.
일 실시 형태에서, 치료하고자 하는 이상(예: 암 또는 자가면역 질환)은 고수준의 DNA 편집 효소를 갖는 것으로 당업자에게 이미 알려져 있으며, 따라서 DSB 수복 억제제에 의한 치료는 환자로부터 얻어진 생물학적 샘플 내의 DNA 편집 효소 단백질, mRNA, 및/또는 발현의 수준을 측정할 필요 없이 적응된다. 특정 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID이다. 본 명세서에 사용된 바와 같이, "생물학적 샘플"은 환자, 바람직하게는 인간 환자로부터 얻어진 생물학적 재료의 샘플을 말하며, 이러한 샘플에는 조직 샘플(예: 조직 생검, 예컨대 흡인 생검, 브러시 생검, 표면 생검, 바늘 생검, 펀치 생검, 절제 생검, 개방 생검, 절개 생검 또는 내시경 생검 또는 세포 샘플(예: 상피 세포 또는 림프구)이 포함된다. 생물학적 샘플은 또한 생물학적 유체 샘플, 예를 들어 정액, 소변, 혈액, 혈청, 타액, 뇌척수액, 및 세포 용해물(cell lysate)로부터의 상청액(예: 림프구 분획)일 수 있다. 본 명세서에 기재된 기술의 일부 실시 형태는 또한 본 명세서에 기재된 방법에서의 생물학적 샘플의 단리물(isolate)의 사용을 포함한다.
대조 참조 샘플은 건강한 개체, 즉 암 또는 자가면역 질환을 갖지 않는 개체로부터 얻어진 (동일한 유형의) 생물학적 샘플일 수 있다. 대조 참조 샘플은 또한 동일한 유형의 생물학적 샘플에서 정상적으로 발견되는 것과 동일한 농도의 DNA 편집 효소를 함유하고 건강한 개체로부터 얻어진 표준 샘플일 수 있다. 예를 들어, 특정 세포 분획(예: 림프구), 정액, 소변, 혈액, 뇌척수액, 또는 조직과 같은 생물학적 샘플에서 정상적으로 발견되는 DNA 편집 효소의 양에 대한 표준 참조 대조 샘플이 있을 수 있다. 일 실시 형태에서, 대조 참조 샘플은 암 또는 자가면역 질환을 갖지 않는 건강한 개체 집단으로부터의 세포에서 발견되는 DNA 편집 효소 mRNA 또는 DNA 편집 효소 단백질의 평균 또는 중앙값 농도를 함유하는 표준 참조 샘플이다. 일 실시 형태에서, 예를 들어 세포가 B 세포일 경우, 참조 수준은 건강한 개체로부터의 비활성화된 B-림프구 집단에서 발견되는 DNA 편집 효소 단백질 또는 mRNA의 수준이다. 일 실시 형태에서, 대조 참조 샘플은 환자로부터의 건강한 세포 또는 조직으로부터의 환자의 생물학적 샘플이며, 예를 들어 환자가 림프종을 가질 경우, 구강 면봉 채취 검체(cheek swab) 또는 피부 생검이 참조 샘플로서 사용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 클래스 스위칭을 거친 B-세포의 집단에서 발견되는 DNA 편집 효소 mRNA, 단백질, 및/또는 활성의 수준은 적합한 대조 참조 샘플이 아니다.
대상체로부터 얻어진 세포는 대상체의 세포(예: 암성 또는 자가면역 세포를 포함하는 생물학적 샘플)에서 검출된 DNA 편집 효소 단백질, DNA 편집 효소 mRNA, 및/또는 DNA 편집 효소 활성의 수준이 건강한 대상체로부터의 동일한 유형의 세포 내의 DNA 편집 효소의 수준을 대표하는 참조 대조 샘플에서 발견된 DNA 편집 효소 단백질, mRNA 및/또는 활성의 수준보다 통계학적으로 유의한 양으로 더 높을 경우, 증가된 또는 상승된 수준의 DNA 편집 효소 단백질 및/또는 mRNA를 갖는 것으로 특징지워진다. DNA 편집 효소의 수준은 임의의 단위, 예를 들어 덴시토미터, 루미노미터, 또는 ELISA 플레이트 리더 등으로부터 얻어진 단위로 나타낼 수 있다. 특정 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID이다.
본 명세서에 사용된 바와 같이, DNA 편집 효소단백질, mRNA, 및/또는 활성의 "고수준", "상승된 수준", 및/또는 "증가된 수준"이란 용어는 상호교환가능하게 사용되며, 건강한 개체로부터의 동일한 유형의 세포 내의 DNA 편집 효소의 수준을 대표하는 대조 참조 샘플 내에 존재하는 DNA 편집 효소단백질, mRNA, 및/또는 활성의 양보다 유의하게 더 큰 DNA 편집 효소단백질, mRNA, 및/또는 활성의 양을 말한다. 특정 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID이다.
일부 실시 형태에서, 대조 참조 샘플은 DNA 편집 효소 수준을 결정하고자 하는 세포와 동일한 유형의 건강한 세포를 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 대조 참조 샘플의 세포는 DNA 편집 효소 발현의 수준을 결정하고자 하는 세포와 유사한 연령, 발달 상태, 성별, 및/또는 세포 유형의 것일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 대조 참조 샘플은 DNA 편집 효소 발현의 수준을 결정하고자 하는 대상 유기체와 유사한 연령, 발달 상태, 및/또는 성별의 건강한 유기체로부터 얻어질 수 있다. 일부 실시 형태에서, 시험 샘플 및 대조 참조 샘플은 동일한 유형의 것이며, 즉 동일한 생물학적 공급원으로부터 얻어지고, 동일한 조성, 예를 들어 동일한 개수 또는 유형의 세포를 포함한다. 특정 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID이다.
일부 실시 형태에서, 대조 참조 샘플은 건강한, 비활성화된 및/또는 비형질전환된 B 세포를 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 상승된 수준의 DNA 편집 효소는 건강한, 비활성화된 및/또는 비형질전환된 B 세포에서의 것보다 유의하게 더 큰 수준이다. 일부 실시 형태에서, 클래스-스위칭을 거친 B-세포는 유용한 참조 샘플인 것으로 여겨지지 않는다. 특정 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID이다.
대부분의 정상 세포에서, AID 단백질/mRNA는 검출 불가능하며, 따라서 일부 실시 형태에서, AID의 단순한 검출은 건강한 개체로부터의 세포 내에 검출 불가능한 수준이 존재하는 것과 비교하여 증가된 수준인 것으로 여겨질 수 있다. 일부 실시 형태에서, 상승된 수준의 AID란, AID의 수준이, 예를 들어 본 명세서의 실시예 11에서 추가로 기재된 바와 같이 프라이머 서열 번호 서열 번호: 101 및 서열 번호: 102를 사용하는 RT-PCR 검정을 사용하여 검출가능한 수준의 것일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 검출가능한 수준의 AID는 혈액 1 mL당 1 pg의 AID mRNA 또는 그 초과, 예를 들어 10 pg/mL, 100 pg/mL, 1 ng/mL, 10 ng/mL 또는 그 초과일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 검출가능한 수준의 AID는 혈액 1 mL당 10 pg의 AID mRNA 또는 그 초과일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 검출가능한 수준의 AID는 혈액 1 mL당 100 pg의 AID mRNA 또는 그 초과일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 검출가능한 수준의 AID는 혈액 1 mL당 1 ng의 AID mRNA 또는 그 초과일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 검출가능한 수준의 AID는 혈액 1 mL당 1 ng의 AID mRNA 또는 그 초과일 수 있다. 검출가능한 수준의 AID는 혈액 1 mL당 10 ng의 AID mRNA 또는 그 초과일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 검출가능한 수준의 AID는 혈액 1 mL당 100 ng의 AID mRNA 또는 그 초과일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 검출가능한 수준의 AID는 세포당 5개의 복제물(예: 전사물)의 AID mRNA 또는 그 초과, 예를 들어 세포당 10개의 복제물, 100개의 복제물, 1,000개의 복제물 또는 그 초과일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 검출가능한 수준의 AID는, 면역조직화학에 의해 측정했을 때, 조직 절편 내 20 제곱마이크로미터당 1개의 AID 폴리펩티드 또는 그 초과, 예를 들어 조직 절편 내 20 제곱마이크로미터당 1개의 폴리펩티드, 10개의 폴리펩티드, 100개의 폴리펩티드, 1,000개의 폴리펩티드일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 검출가능한 수준의 AID는 혈액 또는 혈청 mL당 0.1 pg의 AID 폴리펩티드 또는 그 초과, 예를 들어 혈액 mL당 0.1 pg, 1 pg, 10 pg, 100 pg, 1 ng, 10 ng, 또는 그 초과일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 검출가능한 수준의 AID는 혈액 또는 혈청 mL당 0.1 pg 이상의 AID 폴리펩티드일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 검출가능한 수준의 AID는 혈액 mL당 10 pg 이상의 AID 폴리펩티드일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 검출가능한 수준의 AID는 혈액 mL당 100 pg 이상의 AID 폴리펩티드일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 검출가능한 수준의 AID는 혈액 mL당 1 ng 이상의 AID 폴리펩티드일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 검출가능한 수준의 AID는 혈액 mL당 10 ng 이상의 AID 폴리펩티드일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 검출가능한 수준의 AID는 혈액 mL당 100 ng 이상의 AID 폴리펩티드일 수 있다.
일부 실시 형태에서는, 혈청을 포함하는 샘플로부터 먼저 혈청 알부민을 감소시켜 감도를 증가시킬 수 있다. 일부 실시 형태에서는, DNA 편집 효소의 수준을 검출하기 전에 혈액을 포함하는 샘플이 B-세포에 대해 또는 암성 세포에 대해 부화될 수 있다. 일부 실시 형태에서는, 발현 수치가 소프트웨어(예: 마이크로소프트(Microsoft) 엑셀(EXCEL)® 스프레드시트 및 어피메트릭스(Affymetrix) 진칩(GENECHIP)® 소프트웨어)에 의해 정량화되고 분석될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 대상체는 대상체의 세포 내 AID의 수준이 대조 참조 샘플 내에 존재하는 AID의 수준보다 유의하게 더 클 경우, 본 명세서에 기재된 방법에 따라 치료하기 위한 후보대상이다. 일부 실시 형태에서, 대상체는 대상체의 세포 내 AID의 수준이 대조 참조 샘플 내에 존재하는 AID의 수준보다 적어도 1.5배, 2배, 5배, 10배 더 클 경우, 예를 들어 1.5배 이상, 2배 이상, 3배 이상, 4배 이상, 5배 이상, 또는 6배 이상일 경우, 본 명세서에 기재된 방법에 따라 치료하기 위한 후보대상이다.
일부 실시 형태에서, 건강한 대상체 및/또는 본 명세서에 기재된 방법에 따른 치료를 필요로 하지 않는 대상체는 세포가 검출가능한 수준의 DNA 편집 효소를 발현하지 않는 자이다. 일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID일 수 있다.
본 명세서에 기재된 바와 같은 AID의 수준은 당업자에게 공지된 임의의 수단에 의해 측정될 수 있다. 특정 실시 형태에서, AID 단백질의 수준의 결정은 하기의 검정 중 하나 이상의 사용을 포함한다: 웨스턴 블롯; 면역침전; 효소-결합 면역흡수 검정(ELISA); 방사면역학적 검정(RIA); 샌드위치 검정; 형광 동소 교잡(FISH); 면역조직학적 염색; 방사면역측정 검정; 겔 확산 침전 반응; 면역확산 검정; 현장 면역검정; 침전 반응; 응집 검정; 보체 고정 검정; 면역형광 검정; 단백질 A 검정; 질량 분석 및/또는 면역전기영동 검정. 특정 실시 형태에서, AID 단백질의 수준의 결정은 항체, 항체 단편, 단일클론 항체, 단일클론 항체 단편, 단백질 결합성 단백질, 및/또는 AID-결합성 펩티드의 사용을 포함한다.
특정 실시 형태에서, AID mRNA의 수준의 결정은 하기의 검정 중 하나 이상의 사용을 포함한다: RT-PCR, 정량적 RT-PCR, 교잡 검정, RNA-Seq, 노턴 블롯, 고성능 서열 분석, 마이크로어레이 기반 발현 분석, 전사 증폭 및/또는 자기-지속 서열 복제. 특정 실시 형태에서, AID mRNA의 수준의 결정은 항체, 항체 단편, 단일클론 항체, 및/또는 단일클론 항체 단편의 사용을 포함한다.
mRNA 의 수준을 평가하는 방법은 당업자에게 익히 공지되어 있다. 바람직한 실시 형태가 본 명세서에 기재되어 있다. 레이저 포획 미세해부(LCM)가 당업자에게 공지되어 있으며, 예를 들어 문헌[Simon et al. (1998) Trends in Genetics 14:272] 및 [Emmert-Buck et al. (1996) Science 274:998-1001]을 참조한다. 본 명세서에 기재된 기술의 일 실시 형태에서는, 종양 샘플 또는 생검이 얻어지고, 분석을 위한 유전 물질, 예컨대 mRNA를 얻기 위해 LCM이 사용된다. 당업계에 익히 공지된 다수의 절차 중 임의의 것을 사용하여 특정 생물학적 샘플로부터 핵산 분자가 단리될 수 있으며, 이때 선택된 특정 단리 절차는 특정 생물학적 샘플에 적절한 것이다. 예를 들어, 냉동-해동 및 알칼리 용해 절차는 고체 재료로부터 핵산 분자를 얻는 데 유용할 수 있으며; 열 및 알칼리 용해 절차는 소변으로부터 핵산 분자를 얻는 데 유용할 수 있으며; 단백질분해효소 K 추출은 혈액으로부터 핵산을 얻는 데 사용될 수 있다(문헌[Rolff, A et al. PCR: Clinical Diagnostics and Research, Springer (1994)]).
실시간 PCR은 mRNA 발현의 수준을 결정하는 데 사용될 수 있는 증폭 기술이다. (예를 들어 문헌[Gibson et al., Genome Research 6:995-1001, 1996]; [Heid et al., Genome Research 6:986-994, 1996] 참조). 실시간 PCR은 증폭 동안 PCR 생산물 축적의 수준을 평가한다. 이 기술은 다수의 샘플에서의 mRNA 수준의 정량적 평가를 가능하게 한다. mRNA 수준의 경우, 생물학적 샘플, 예를 들어 종양 및 정상 조직으로부터 mRNA를 추출하고, 표준 기술을 사용하여 cDNA를 제조한다. 예를 들어, 퍼킨 엘머/어플라이드 바이오시스템즈(Perkin Elmer/Applied Biosystems, 미국 캘리포니아주 포스터 시티 소재) 7700 프리즘 기기를 사용하여 실시간 PCR이 수행될 수 있다. 프라이머 및 형광 프로브의 정합이, 예를 들어 퍼킨 엘머/어플라이드 바이오시스템즈(미국 캘리포니아주 포스터 시티 소재)에 의해 제공된 프라이머 발현 프로그램을 사용하여 관심 대상의 유전자에 대해 설계될 수 있다. 프라이머 및 프로브의 최적 농도가 초기에 당업자에 의해 결정될 수 있으며, 대조(예를 들어, 베타-액틴) 프라이머 및 프로브가, 예를 들어 퍼킨 엘머/어플라이드 바이오시스템즈(미국 캘리포니아주 포스터 시티 소재)로부터 상업적으로 입수될 수 있다.
샘플 내의 관심 대상의 특정 핵산의 양을 정량화하기 위해, 대조군을 사용하여 표준 곡선을 생성한다. 표준 곡선은 실시간 PCR에서 결정된 Ct 값을 사용하여 생성될 수 있는데, 이 값은 검정에 사용된 관심 대상의 핵산의 초기 농도와 관련된다. 관심 대상의 유전자의 10 내지 106개 범위의 복제물에 이르는 표준 희석액이면 일반적으로 충분하다. 게다가, 표준 곡선은 대조 서열에 대해 생성된다. 이는 비교 목적을 위한 대조군의 양에 대해 조직 샘플 내의 관심 대상의 핵산의 초기 함량의 표준화를 가능하게 한다. TaqMan 프로브를 사용한 실시간 정량적 PCR의 방법이 당업계에 익히 공지되어 있다. 실시간 정량적 PCR에 대한 상세 프로토콜이, 예를 들어 RNA에 대해서는 문헌[Gibson et al., 1996 Genome Res., 10:995-1001]에, 그리고 DNA에 대해서는 문헌[Heid et al., 1996 Genome Res., 10:986-994]에 제공되어 있다.
TaqMan-기반 검정은 또한 발현 수준을 정량화하는 데 사용될 수 있다. TaqMan-기반 검정은 5' 형광 염료 및 3' 소광제를 함유하는 형광성 올리고뉴클레오티드 프로브를 사용한다. 이 프로브는 PCR 생산물에 교잡되지만, 3' 말단에서의 차단제로 인해 그 자체는 연장될 수 없다. PCR 생산물이 후속 주기에서 증폭될 경우, 폴리머라제, 예를 들어 AmpliTaq의 5' 뉴클레아제 활성은 TaqMan 프로브의 절단을 발생시킨다. 이 절단은 5' 형광 염료와 3' 소광제를 분리시키고, 그럼으로써 증폭의 함수로서 형광을 증가시킨다.
또 다른 실시 형태에서, 예를 들어 RNA 전사물의 검출이 노턴 블로팅에 의해 달성될 수 있는데, 여기서는 RNA의 조제물이 변성 아가로스 겔 상에서 러닝(running)되고, 적합한 지지체, 예컨대 활성화된 셀룰로오스, 니트로셀룰로오스 또는 유리 또는 나일론 막으로 이동된다. 이어서, 표지된(예를 들어, 방사성 표지된) cDNA 또는 RNA가 조제물에 교잡되고, 세척되고, 오토라디오그래피와 같은 방법에 의해 분석된다.
mRNA 수준을 모니터링하기 위해, 예를 들어 시험하고자 하는 생물학적 샘플로부터 mRNA를 추출하고, 역전사하고, 형광-표지된 cDNA 프로브를 생성한다. 이어서, 조절가능한 단백질을 암호화하는 전사물로부터 생성된 cDNA에 교잡될 수 있는 마이크로어레이를 표지된 cDNA 프로브로 프로빙하고, 슬라이드를 스캐닝하고 형광 강도를 측정한다. 이 강도는 교잡 강도 및 발현 수준과 상관된다.
특정 종 또는 서열로 부화되거나 그렇지 않은 RNA 집단은 추가로 증폭될 수 있다. 본 명세서에 정의된 바와 같이, "증폭 과정"은 RNA 내의 분자를 강화, 증가, 또는 증강시키도록 설계된다. 예를 들어, RNA가 mRNA일 경우, 신호가 검출가능하거나 검출이 향상되도록 mRNA를 증폭시키기 위하여 증폭 과정, 예컨대 RT-PCR이 이용될 수 있다. 그러한 증폭 과정은 생물학적 조직 또는 종양 샘플이 작은 크기 또는 부피를 가질 경우에 특히 유익하다.
RNA 전사물의 검출은 추가로 공지된 증폭 방법을 사용하여 달성될 수 있다. 예를 들어, mRNA를 cDNA에 역전사한 후 폴리머라제 연쇄 반응(RT-PCR)을 행하거나; 또는 미국 특허 제5,322,770호에 기재된 바와 같이 두 단계 모두에 대해 단일 효소를 사용하거나, 문헌[R. L. Marshall, et al., PCR Methods and Applications 4: 80-84 (1994)]에 기재된 바와 같이 mRNA를 cDNA에 역전사한 후 비대칭 갭 리가제 연쇄 반응(RT-AGLCR)을 행하는 것은 본 명세서에 기재된 기술의 범주 내에 있다. 실시간 PCR이 또한 사용될 수 있다. 다른 적합한 방법은 하기를 포함하지만 이로 한정되지는 않는 등온 검출 방법이다: 리가제 사슬 반응(LCR) (예를 들어, 문헌[Wu and Wallace 1989, Genomics 4, 560 Landegren et al. 1988, Science 241, 1077] 참조); 자기-지속 서열 복제(SSR) (예를 들어, 문헌[Guatelli et al. 1990, PNAS USA, 87, 1874] 참조); 전사 증폭 (예를 들어, 문헌[Kwoh et al. 1989, PNAS USA 86, 1173] 참조); 쇄 치환 증폭(문헌[G. T. Walker et al., 1996, Clin. Chem. 42: 9-13] 및 유럽 특허 출원 제684315호); 롤링 서클 증폭(rolling circle amplification); 루프-매개 등온 증폭; 핵산의 등온 키메라 프라이머-개시 증폭; Q-베타 증폭 시스템(유럽 특허 출원(EPA) 제4544610호); 또는 OCEAN (OneCutEventAmplificatioN; 문헌[Clinical Chemistry 52, 1855-1863 (2006)]). 이러한 등온 검출 방법은 추가로 뉴클레아제 연쇄 반응(NCR), RNAse-매개 뉴클레아제 연쇄 반응(RNCR), 폴리머라제 뉴클레아제 연쇄 반응(PNCR), RNAse-매개 검출(RMD), 탠덤 반복 제한 효소 촉진(TR-REF) 연쇄 반응 또는 반전된 역보체 제한 효소 촉진(Inverted reverse Complement Restriction Enzyme Facilitated (IRC-REF)) 연쇄 반응을 이용할 수 있다. 본 발명에서 이용될 수 있는 다른 공지된 증폭 방법에는 문헌[PNAS USA 87: 1874-1878 (1990)]에 기재되고 또한 문헌[Nature 350 (No. 6313): 91-92 (1991)] 및 [Mollasalehi et al., 2012, Anal Biochem, 425, 91-95]에 기재된 이른바 "NASBA" (핵산 서열 기반 증폭) 또는 "3SR" (자기-지속 서열 복제) 기술; 및 PCT 공개 WO9322461호 및 PCT 공개 WO2010/019898A1호에 기재된 표적 매개 증폭이 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다.
일부 실시 형태에서, AID 핵산은 서열 분석 방법, 예를 들어 고성능 서열 분석, 전체 전사체 숏건 서열 분석(whole transcriptome shotgun sequencing) 또는 RNA-seq를 사용하여 검출될 수 있다. RNA-seq는 다수의 차세대 구매가능한 서열 분석 기술(예: 454 시퀀싱(SEQUENCING)™ 또는 일루미나(ILLUMINA)™) 중 임의의 것을 이용하여 전체 전사체 또는 그의 일부의 고성능 서열 분석을 생성할 수 있다. RNA-seq는, 예를 들어 문헌[Ryan et al. (2008). BioTechniques 45 (1): 81-94]; [Wang Z, et al. (2009). Nature Reviews Genetics 10 (1): 57-63]; [Maher CA, et al.(2009). Nature 458 (7234): 97-101]에 기재되어 있으며, 이들은 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함된다.
또 다른 실시 형태에서, AID 핵산은 "자기-지속 서열 복제"를 사용하여 검출될 수 있다. 이는 레트로바이러스 복제에 본질적인 3개의 효소 활성, 즉 (1) 역전사효소, (2) RNase H, 및 (3) DNA-의존성 RNA 폴리머라제를 이용함으로써 등온 조건 하에서 시험관내에서 지수적으로 증폭되는(복제되는) 표적 핵산 서열을 사용하는 핵산 증폭의 방법이다(문헌[Guatelli, et al. 1990, Proc . Natl. Acad . Sci . USA 87:1874]). cDNA 중간체에 의한 RNA 복제의 레트로바이러스 전략을 모방함으로써, 이 반응은 원래 표적의 cDNA 및 RNA 복제물을 축적한다. '실질적으로 등온'이란, 온도가 대략 1시간 반응 시간 과정에 걸쳐 약 37℃ 내지 50℃의 온도 범위 내에서 변동될 수 있다는 것을 의미한다. 대안적으로, 하나의 온도가 전체 반응을 수행하도록 선택될 수 있다. 45℃에서의 자기-지속 서열 복제가 바람직하다.
또 다른 실시 형태에서, AID 핵산은 "전사 증폭"을 사용하여 검출될 수 있다. 핵산 증폭의 이 방법에서, 각각의 주기는 2개의 단계로 구성된다. 제1 단계에서는, RNA 또는 DNA 표적의 cDNA 복제가 이루어지고, 제2 단계에서는, 각각의 cDNA 복제의 다수의 RNA 전사물이 생성된다(예를 들어, 문헌[Kwoh (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 1173] 참조).
동소 교잡 시각화가 또한 사용될 수 있는데, 여기서는 방사능으로 표지된 안티센스 RNA 프로브가 생검 샘플의 박편과 함께 교잡되고, 세척되고, RNase로 절단되고, 오토라디오그래피를 위한 감광성 에멀젼(sensitive emulsion)에 노출된다. 샘플은 헤마톡실린으로 염색되어 샘플의 조직학적 조성을 입증할 수 있으며, 적합한 광 필터에 의한 암시야 이미징(dark field imaging)은 현상된 에멀젼을 보여준다. 디곡시게닌과 같은 비방사성 표지가 또한 사용될 수 있다.
대안적으로, mRNA 발현은 DNA 어레이, 칩 또는 마이크로어레이 상에서 검출될 수 있다. DNA 편집 효소에 상응하는 핵산이 칩 상에 고정화되고, 이어서 이것은 환자로부터 얻어진 시험 샘플의 표지된 핵산과 교잡된다. DNA 편집 효소의 전사물을 함유하는 샘플에 대해 양성 교잡 신호가 얻어진다. DNA 어레이의 제조 방법 및 그들의 용도는 당업계에 익히 공지되어 있다. (예를 들어, 미국 특허 제6,618,6796호; 제6,379,897호; 제6,664,377호; 제6,451,536호; 제548,257호; 미국 특허 출원 공개 제20030157485호 및 문헌[Schena et al. 1995, Science 20:467-470]; [Gerhold et al. 1999, Trends in Biochem. Sci. 24, 168-173]; 및 [Lennon et al. 2000, Drug discovery Today 5: 59-65] 참조, 이들은 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함됨). 유전자 발현의 연속 분석(SAGE)이 또한 수행될 수 있다(예를 들어, 미국 특허 출원 공개 20030215858호 참조). mRNA 수준을 모니터링하기 위해, 예를 들어 시험하고자 하는 생물학적 샘플로부터 mRNA를 추출하고, 역전사하고, 형광-표지된 cDNA 프로브를 생성한다. 이어서, DNA 편집 효소 cDNA에 교잡될 수 있는 마이크로어레이를 표지된 cDNA 프로브로 프로빙하고, 슬라이드를 스캐닝하고 형광 강도를 측정한다. 이 강도는 교잡 강도 및 발현 수준과 상관된다. "정량적" 증폭의 정량적 PCR 방법은 당업자에게 익히 공지되어 있다. 예를 들어, 정량적 PCR은 동일한 프라이머를 사용하여 기지량의 대조 서열을 동시에 공증폭(co-amplify)시키는 것을 포함한다. 이는 PCR 반응을 교정하는 데 사용될 수 있는 내부 표준을 제공한다. 정량적 PCR에 대한 상세 프로토콜은, 예를 들어 문헌[Innis et al. (1990), PCR Protocols, A Guide to Methods and Applications, Academic Press, Inc. N.Y.]에 제공되어 있다.
DNA 편집 효소 단백질 수준 또는 DNA 편집 효소 활성이 또한, 특히 생물학적 샘플이 세포 용해물과 같은 유체 샘플일 경우에 측정될 수 있다. 일 실시 형태에서, DNA 편집 효소 단백질의 수준은 생물학적 샘플을 DNA 편집 효소 또는 DNA 편집 효소의 단편에 특이적으로 결합되는 항체 부분 또는 단백질-결합성 단백질과 접촉시킴으로써 측정될 수 있다. 이어서, 항체-DNA 편집 효소 복합체의 형성이 DNA 편집 효소 수준의 척도로서 검출될 수 있다. DNA 편집 효소(예: AID)를 인식하는 항체는 상업적으로 입수되거나 본 명세서의 어딘가 다른 곳에 기재된 방법에 따라 제조될 수 있다.
AID 단백질 수준 또는 AID 활성이 또한 측정될 수 있다. 일 실시 형태에서, AID 단백질의 수준은 생물학적 샘플을 AID 또는 AID의 단편에 특이적으로 결합되는 항체 부분 또는 단백질-결합성 단백질과 접촉시킴으로써 측정된다. 이어서, 항체-AID 복합체의 형성이 AID 수준의 척도로서 검출된다. AID를 인식하는 항체는 상업적으로 입수되거나(ab59361, ab93596 또는 ab77401; 에이비캠(AbCam), 미국 매사추세츠주 케임브리지 소재), 본 명세서의 어딘가 다른 곳에 기재된 방법에 따라 제조될 수 있다. 조직 샘플은 절편으로서, 예를 들어 냉동 또는 고정된 절편으로서 제조되고 항체로 염색될 수 있다. 액체 샘플은, 예를 들어 ELISA 또는 유세포 분석으로 분석될 수 있다.
일 실시 형태에서, 항체 부분은 검출가능하게 표지된다. 본 명세서에 사용된 바와 같이, "표지된 항체"에는 검출가능한 수단에 의해 표지된 항체가 포함되며, 효소로, 방사능으로, 형광으로, 그리고 화학발광으로 표지된 항체가 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다. 항체는 또한 검출가능한 태그, 예컨대 c-Myc, HA, VSV-G, HSV, FLAG, V5, 또는 HIS로 표지될 수 있다. AID의 검출을 위한 항체-기반 결합 부분을 사용하는 본 명세서에 기재된 진단 및 예후 방법에서, 생물학적 샘플 내에 존재하는 AID의 수준은 검출가능하게 표지된 항체로부터 방출되는 신호의 강도에 상관된다. 일 바람직한 실시 형태에서, 항체-기반 결합 부분은 항체를 효소에 연결시킴으로써 검출가능하게 표지된다. 다시, 효소는 그의 기질에 노출될 때, 예를 들어 분광광도법, 형광측정법에 의해 또는 시각적 수단에 의해 검출될 수 있는 화학적 부분을 생성하도록 하는 방법으로 기질과 반응할 것이다. 본 명세서에 기재된 기술의 항체를 검출가능하게 표지하는 데 사용될 수 있는 효소에는 말레이트 탈수소효소, 포도상구균 뉴클레아제, 델타-V-스테로이드 이성화효소, 효모 알코올 탈수소효소, 알파-글리세로인산 탈수소효소, 트리오스 인산 이성화효소, 고추냉이 과산화효소, 알칼리 포스파타제, 아스파라기나제, 글루코오스 옥시다제, 베타-갈락토시다제, 리보뉴클레아제, 우레아제, 카탈라제, 글루코오스-VI-인산 탈수소효소, 글루코아밀라제 및 아세틸콜린에스테라제가 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다.
다양한 다른 면역검정 중 임의의 것을 사용하여 검출이 또한 수행될 수 있다. 예를 들어, 항체를 방사능으로 표지함으로써, 방사면역 검정의 사용을 통해 항체를 검출하는 것이 가능하다. 방사성 동위원소는 감마 계수기 또는 섬광 계수기의 사용과 같은 수단에 의해 또는 오토라디오그래피에 의해 검출될 수 있다. 본 명세서에 기재된 기술의 목적에 특히 유용한 동위원소는 3H, 131I, 35S, 14C, 그리고 바람직하게는 125I이다. 또한, 항체를 형광 화합물로 표지하는 것이 가능하다. 형광으로 표지된 항체가 적절한 파장의 광에 노출될 경우, 형광으로 인해 그의 존재가 검출될 수 있다. 가장 흔히 사용되는 형광 표지 화합물 중에는 CYE 염료, 플루오레세인 이소티오시아네이트, 로다민, 피코에리트린, 피코시아닌, 알로피코시아닌, o-프탈알데하이드 및 플루오레스카민이 있다. 항체는 또한 형광 방출 금속, 예컨대 152Eu, 또는 란탄족 계열의 다른 금속을 사용하여 검출가능하게 표지될 수 있다. 이들 금속은 디에틸렌트리아민펜타아세트산 (DTPA) 또는 에틸렌디아민테트라아세트산 (EDTA)과 같은 금속 킬레이트 기를 사용하여 항체에 부착될 수 있다. 항체는 또한 그것을 화학발광 화합물에 커플링함으로써 검출가능하게 표지될 수 있다. 이어서, 화학 반응 과정 동안 발생되는 발광의 존재를 검출함으로써 화학발광-항체의 존재가 결정된다. 특히 유용한 화학발광 표지 화합물의 예는 루미놀, 루시페린, 이소루미놀, 테로마틱(theromatic) 아크리디늄 에스테르, 이미다졸, 아크리디늄 염 및 옥살산 에스테르이다.
일 실시 형태에서, AID 단백질의 수준은 면역검정, 예컨대 효소 결합 면역흡수 검정(ELISA), 웨스턴 블로팅, 면역세포화학 또는 유세포 분석에 의해 검출된다. 면역검정, 예컨대 ELISA, 유세포 분석 또는 RIA는 매우 신속할 수 있다. 항체 어레이 또는 단백질 칩이 또한 사용될 수 있으며, 예를 들어 미국 특허 출원 공개 제20030013208A1호; 제20020155493A1호; 제20030017515호 및 미국 특허 제 6,329,209호; 제6,365,418호를 참조하며, 이들은 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함된다.
가장 흔한 효소 면역검정은 효소-결합 면역흡수 검정(ELISA)이다. ELISA는 항체의 표지된(예: 효소 결합된) 형태를 사용하여 항원의 농도를 검출 및 측정하기 위한 기술이다. 상이한 형태의 ELISA가 있으며, 이러한 형태는 당업자에게 익히 공지되어 있다. ELISA에 대해 당업계에 공지된 표준 기술은 문헌["Methods in Immunodiagnosis", 2nd Edition, Rose and Bigazzi, eds. John Wiley & Sons, 1980]; [Campbell et al., "Methods and Immunology", W. A. Benjamin, Inc., 1964]; 및 [Oellerich, M. 1984, J. Clin. Chem. Clin. Biochem., 22:895-904]에 기재되어 있다.
"샌드위치 ELISA"에서는, 항체(예: 항-AID)가 고체상(solid phase) (즉, 마이크로타이터 플레이트)에 결합되고, 이는 항원(예: AID)을 함유하는 생물학적 샘플에 노출된다. 이어서, 고체상을 세척하여 비결합 항원을 제거한다. 이어서, 표지된 항체(예: 효소 결합된)가 결합 항원(존재한다면)에 결합되어 항체-항원-항체 샌드위치를 형성한다. 그 항체에 결합될 수 있는 효소의 예는 알칼리 포스파타제, 고추냉이 과산화효소, 루시페라제, 우레아제, 및 B-갈락토시다제이다. 효소-결합된 항체는 기질과 반응하여 측정될 수 있는 착색된 반응 생성물을 생성한다.
"경쟁적 ELISA"에서는, 항체가 항원(즉, AID)을 함유하는 샘플과 인큐베이션된다. 이어서, 항원-항체 혼합물을 항원(즉, AID)으로 코팅된 고체상(예: 마이크로타이터 플레이트)과 접촉시킨다. 샘플 내에 존재하는 항원이 더 많을수록, 고체상에 결합되는 데 이용가능하게 될 유리 항체는 더 적다. 이어서, 표지된(예: 효소 결합된) 2차 항체를 고체상에 첨가하여 고체상에 결합된 1차 항체의 양을 결정한다. "면역조직화학 검정"에서는, 조직 또는 세포의 절편이 특정 단백질에 대해 시험되는데, 이는 검정되고 있는 단백질에 특이적인 항체에 조직을 노출시킴으로써 행해진다. 면역조직화학 검정에는 동소 면역형광, 또는 광시야 낙사형광 현미경법(widefield epifluorescence microscopy), 및 면역형광 현미경법이 포함될 수 있지만 이로 한정되는 것은 아니다.
"침전 검정" 또는 "겔 확산 침전 반응"이 또한 AID 단백질을 검출하는 데 사용될 수 있다. 항체가 항원(즉, AID)을 함유하는 샘플과 인큐베이션된다. 당량점에 도달할 때 침전물이 형성될 것이다. 겔 확산 침전 반응에서, 항원 및 항체는, 통상적으로 상이한 점에서 한천 겔 내로 도입되고, 겔 내로 자유롭게 확산된다. 반응물이 최적 비율로 접촉할 경우, 침전물이 형성될 것이다. 침전 검정의 변형 형태에는 방사상 면역확산(radial immunodiffusion), 이중 확산 겔 침전 및 오크터로니 이중 면역확산(Ouchterlony double immunodiffusion)이 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다. 정량적 침전 검정은 당업자에게 공지되어 있다(문헌[Basic Techniques in Biochemistry and Molecular Biology, Sharma and Sangha (Eds), I.K. International Publishers Pvt. Lt, New Delhi, India (2009)]; [Essentials of Immunology and Serology, Stanley, J. Thomson, Albany, New York, (2002)]).
이어서, 항체는 존재하는 단백질의 존재 및 양을 결정하기 위해 다수의 방법 중 임의의 것에 의해 시각화된다. 항체를 시각화하기 위해 사용되는 방법의 예에는, 예를 들어 항체에 결합된 효소(예: 루시페라제, 알칼리 포스파타제, 고추냉이 과산화효소, 또는 베타-갈락토시다제)를 통한 방법, 또는 화학적 방법(예: DAB/기질 크로마겐)이 있다. 대안적으로, "방사면역검정"이 사용될 수 있다. 방사면역검정은 표지된(예: 방사능으로 또는 형광으로 표지된) 형태의 항원 또는 에피토프를 사용하여 항원의 농도를 검출 및 측정하기 위한 기술이다. 항원을 위한 방사성 표지의 예에는 3H, 14C, 및 125I가 포함된다. 생물학적 샘플 내의 항원의 농도는 생물학적 샘플 내의 항원 또는 에피토프가 항원에 대한 항체에 결합되기 위한 표지된(예: 방사능으로 표지된) 항원과 경쟁되게 함으로써 측정된다. 표지된 항원과 비표지된 항원 사이의 경쟁적 결합을 보장하기 위하여, 표지된 항원은 항체의 결합 부위를 포화시키기에 충분한 농도로 존재한다. 샘플 내의 항원의 농도가 더 높을수록, 항체에 결합되게 될 표지된 항원의 농도는 더 낮다.
일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소의 수준은 동소 어레이 내 단백질(protein in situ array, PISA)을 사용함으로써 측정될 수 있다. 간단히 말해서, PISA는 유리된 또는 고정화된 PCR DNA를 포함하여 무세포 시스템(예: 래빗 망상적혈구 추출물) 내에서 단백질 합성을 템플레이팅하는 어레이 표면을 포함하며, 단백질은 어레이 표면 상에 이미 사전코팅된 포획 시약과 조합하는 태크 서열을 통한 동시 고정화를 거친다. PISA는, 예를 들어 특허 공개 WO 02/14860호에 기재되어 있으며, 이는 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함된다. 특정 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID이다.
일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소의 수준은 정량적 동소 단백질 분석, 예를 들어 AQUA™를 사용함으로써 측정될 수 있다. AQUA™는, 예를 들어 문헌[Stemmann O., Zou H., Gerber S. A., Gygi S. P., Kirschner M. W.]; [Dual inhibition of sister chromatid separation at metaphase, Cell 2001, Dec 14, 107: 715-726] 및 [Keshishian, et al. 2007, Molecular & Cellular Proteomics6.12, 2212-2229]에 기재되어 있으며, 이들은 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함된다. 특정 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID이다.
본 개시내용에 기초하여 실시자의 선호에 따라 DNA 편집 효소를 검출하는 데 다른 기술이 사용될 수 있다. 한 가지 그러한 기술은 웨스턴 블로팅(문헌[Towbin et al., Proc. Nat. Acad. Sci. 76:4350 (1979)])이며, 여기서는 적합하게 처리된 샘플이 고체 담체, 예컨대 니트로셀룰로오스 필터로 이동되기 전에 SDS-PAGE 겔 상에서 러닝된다. 이어서, 검출가능하게 표지된 항-DNA 편집 효소 항체가 DNA 편집 효소 수준을 평가하는 데 사용될 수 있는데, 여기서 검출가능한 표지로부터의 신호의 강도는 존재하는 DNA 편집 효소의 양에 상응한다. 수준은, 예를 들어 덴시토미터에 의해 정량화될 수 있다. 특정 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID이다.
게다가, 질량 분석, 예컨대 MALDI/TOF (time-of-flight, 비행 시간), SELDI/TOF, 액체 크로마토그래피-질량 분석(LC-MS), 기체 크로마토그래피-질량 분석(GC-MS), 고성능 액체 크로마토그래피-질량 분석(HPLC-MS), 모세관 전기영동-질량 분석, 핵자기 공명 분광법, 또는 탠덤 질량 분석(예: MS/MS, MS/MS/MS, ESI-MS/MS 등)을 사용하여 DNA 편집 효소가 검출될 수 있다. 예를 들어, 미국 특허 출원 공개 제20030199001호, 제20030134304호, 및 제20030077616호를 참조하며, 이들은 본 명세서에 참고로 포함된다. 질량 분석 방법은 당업계에 익히 공지되어 있으며, 생체분자, 예컨대 단백질을 정량 및/또는 확인하는 데 사용되어 왔다(예를 들어, 문헌[Li et al. (2000), Tibtech 18:151-160]; [Rowley et al. (2000), Methods 20: 383-397]; 및 [Kuster and Mann (1998), Curr. Opin. Structural Biol. 8: 393-400] 참조). 추가로, 단리된 단백질의 적어도 부분적인 데 노보 서열 분석(de novo sequencing)을 가능하게 하는 질량 분석 기술이 개발되어 있으며(문헌[Chait et al., Science 262:89-92 (1993)]; [Keough et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 96:7131-6 (1999)]); [Bergman, EXS 88:133-44 (2000)]에 개관되어 있다. 특정 실시 형태에서, 가스상 이온 분광광도계가 사용된다. 특정 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID이다.
다른 실시 형태에서는, 레이저-탈착/이온화 질량 분석이 샘플을 분석하는 데 사용된다. 현대의 레이저 탈착/이온화 질량 분석("LDI-MS")은 2개의 주요 변형 형태로 실시될 수 있다: 매트릭스 지원 레이저 탈착/이온화(matrix assisted laser desorption/ionization, "MALDI") 질량 분석 및 표면-향상 레이저 탈착/이온화(surface-enhanced laser desorption/ionization, "SELDI"). MALDI에서는, 분석물을 매트릭스를 함유하는 용액과 혼합하고, 액체 한 방울을 기질의 표면 상에 떨어뜨린다. 이어서, 매트릭스 용액이 생물학적 분자와 공결정화된다. 기질을 질량 분석계 내로 삽입한다. 레이저 에너지를 기질 표면에 직행시키며, 여기서 레이저 에너지는 생물학적 분자를 크게 단편화하지 않고서 이들을 탈착 및 이온화시킨다. 그러나, MALDI는 분석 툴로서 제한을 갖는다. 이는 샘플을 분획화하기 위한 수단을 제공하지 않으며, 매트릭스 재료는, 특히 저분자량 분석물에 대한 검출을 방해할 수 있다. 예를 들어, 미국 특허 제5,118,937호(Hillenkamp et al.), 및 미국 특허 제5,045,694호(Beavis & Chait)를 참조한다. SELDI에서는, 기질 표면이 탈착 과정에서 능동적인 참여체가 되도록 개질된다. 일 변형 형태에서, 표면은, 관심 대상의 단백질과 선택적으로 결합하는 흡착제 및/또는 포획 시약에 의해 유도체화된다. 또 다른 변형 형태에서, 표면은, 레이저와 충돌될 때 탈착되지 않는 에너지 흡수 분자에 의해 유도체화된다. 또 다른 변형 형태에서, 표면은, 관심 대상의 단백질과 결합하고 레이저 적용시에 파괴되는 광분해 결합을 함유하는 분자에 의해 유도체화된다. 각각의 이들 방법에서, 유도체화제는 일반적으로 샘플이 적용되는 기질 표면 상의 특정 위치로 국재화된다. 예를 들어, 미국 특허 제5,719,060호 및 WO 98/59361호를 참조한다. 이들 2가지 방법은 조합될 수 있는데, 이러한 조합은, 예를 들어 SELDI 친화성 표면을 사용하여 분석물을 포획하고 매트릭스-함유 액체를 포획된 분석물에 첨가하여 에너지 흡수 물질을 제공함으로써 행해질 수 있다.
질량 분석계에 관한 추가 정보에 대해서는, 예를 들어 문헌[Principles of Instrumental Analysis, 3rd edition, Skoog, Saunders College Publishing, Philadelphia, 1985]; 및 [Kirk-Othmer Encyclopedia of Chemical Technology, 4.sup.th ed. Vol. 15 (John Wiley & Sons, New York 1995), pp. 1071-1094]을 참조한다. DNA 편집 효소 mRNA 또는 단백질의 존재의 검출은 통상적으로 신호 강도의 검출을 수반할 것이다. 다시, 이는 기질에 결합된 폴리펩티드의 양 및 특징을 반영할 수 있다. 예를 들어, 특정 실시 형태에서는, 제1 샘플 및 제2 샘플의 스펙트럼으로부터의 피크값의 신호 강도를 (예를 들어, 시각적으로, 컴퓨터 분석 등에 의해) 비교하여 특정 생체분자들의 상대량을 결정할 수 있다. 소프트웨어 프로그램, 예컨대 바이오마커 위저드(Biomarker Wizard) 프로그램(사이퍼젠 바이오시스템즈, 인크.(Ciphergen Biosystems, Inc.), 미국 캘리포니아주 프레몬트 소재)이 질량 스펙트럼을 분석하는 데 사용될 수 있다. 질량 분석계 및 그의 기술은 당업자에게 익히 공지되어 있다.
일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소의 활성은 세포의 게놈의 전부 또는 일부에서의 전체 돌연변이 상태를 결정함으로써 측정될 수 있다. 참조 세포 내의 전체 돌연변이 상태의 적어도 2% 초과, 예를 들어 2% 초과 또는 그 초과, 3% 초과 또는 그 초과, 5% 초과 또는 그 초과, 10% 초과 또는 그 초과, 또는 20% 초과 또는 그 초과인 전체 돌연변이 상태는 증가된, 상승된, 및/또는 유의한 수준의 DNA 편집 효소 활성의 지표가 될 수 있다. 일부 실시 형태에서는, 초돌연변이의 수준이 결정될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 전체 게놈 또는 그의 일부에서의 전체 돌연변이 상태는 FISH, 전체 게놈 서열 분석, 고성능 서열 분석, 엑솜 서열 분석, 교잡, 및/또는 PCR을 사용하여 결정될 수 있다. 일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소의 활성은 IGH, BCL6, MYC, BCL11A, CD93, PIM1 및/또는 PAX5를 포함하지만 이로 한정되지는 않는 특이적 표적 유전자에서의 초돌연변이의 수준을 결정함으로써 측정될 수 있다. 특정 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID이다. 유전자좌에서의 초돌연변이의 검출은 AID 활성의 지표가 된다. 일부 실시 형태에서, IGH, BCL6, MYC, BCL11A, CD93, PIM1 및/또는 PAX5를 포함한 특이적 표적 유전자에서의 돌연변이의 수준이 참조 세포 내의 IGH, BCL6, MYC, BCL11A, CD93, PIM1 및/또는 PAX5에서의 돌연변이의 수준의 적어도 2% 초과, 예를 들어 2% 초과 또는 그 초과, 3% 초과 또는 그 초과, 5% 초과 또는 그 초과, 10% 초과 또는 그 초과, 또는 20% 초과 또는 그 초과일 경우, 이 수준은 증가된, 상승된, 및/또는 유의한 수준의 AID 활성의 지표가 될 수 있다.
일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소의 활성은 FISH 분석을 사용하여 DNA 이본쇄 절단을 검출함으로써, 예를 들어 DNA 절단 검출 FISH (DBD-FISH)를 사용함으로써 결정된다(문헌[Volpi and Bridger, BioTechniques, Vol. 45, No. 4, October 2008, pp. 385-409]). 특정 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID이다.
일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소의 활성은 포스포-H2AX 검정(예를 들어, 문헌[Rakiman et al., Advance Biotech 2008, 39-42]; 이는 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함됨), 53BP1 검정(예를 들어, 문헌[Schultz et al., Journal of Cell Biology 2000, 151:1381-1390]; 이는 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함됨), 또는 RAD51 검정(예를 들어, 문헌[Hochegger and Takeda (2006), Subcell Biochem., 40, 313-325]; 이는 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함됨)을 사용함으로써 결정된다. 특정 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID이다.
본 명세서에 사용된 어구 "적어도 하나의 DSB 수복 억제제를 필요로 하는 대상체"는 암을 앓고 있는 것으로 진단되거나 확인된 대상체를 말할 수 있는데, 이때 상기 암의 세포는 증가된 수준의 DNA 편집 효소 단백질 또는 DNA 편집 효소 mRNA 또는 DNA 편집 효소 활성을 갖는다. 본 명세서에 사용된 어구 "적어도 하나의 DSB 수복 억제제를 필요로 하는 대상체"는 또한 자가면역 질환을 앓고 있는 것으로 진단되거나 확인된 대상체를 말할 수 있는데, 이때 상기 자가면역 질환의 세포는 증가된 수준의 DNA 편집 효소 단백질 또는 DNA 편집 효소 mRNA 또는 DNA 편집 효소 활성을 갖는다. 적어도 하나의 DSB 수복 억제제를 필요로 하는 대상체는 본 명세서에 기재된 생물학적 샘플 내에 존재하는 mRNA 또는 단백질 또는 DNA 편집 효소 활성의 수준을 결정하는 데 사용된 임의의 방법을 사용하여 확인될 수 있다. 대안적으로, 어구 "적어도 하나의 DSB 수복 억제제를 필요로 하는 대상체"는 B-세포 질환 또는 자가면역 장애 또는 암을 앓고 있는 것으로 진단되거나 확인된 대상체를 말할 수 있다. 대상체의 암 세포 또는 B-세포는 증가된 수준의 DNA 편집 효소 단백질 또는 DNA 편집 효소 mRNA 또는 DNA 편집 효소 활성을 가질 수 있다. B-세포 질환의 비제한적인 예에는 B 세포 암(예: 림프종 및 백혈병), 이상(aberrant) B 세포 증식, 클래스 스위칭, 및/또는 활성화에 의해 특징지워지는 자가면역 질환이 포함된다. 일부 실시 형태에서, 자가면역 질환은 세포에서의 이상 DNA 편집 효소 활성에 의해 특징지워진다. 이상 DNA 편집 효소 활성을 갖는 자가면역 질환에는 홍반성 루푸스; 비스코트-알드리치 증후군; 자가면역 림프증식성 증후군; 중증근무력증; 류마티스성 관절염(RA); 루푸스 신장염; 다발성 경화증; 전신성 홍반성 루푸스, 아급성 피부 홍반성 루푸스, 피부 홍반성 루푸스(동창 홍반성 루푸스 포함), 만성 관절염, 쇼그렌 증후군, 자가면역 신장염, 자가면역 혈관염, 자가면역 간염, 자가면역 심장염, 자가면역 뇌염, 염증성 만성 비부비동염, 결장염, 셀리악 질환, 염증성 장질환, 바렛 식도, 염증성 위염 및 자가면역 매개 혈액학적 질환이 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다. 특정 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID이다.
일부 실시 형태에서, 본 명세서에 기재된 방법은 DSB 수복 억제제를 필요로 하는 것으로 확인된 대상체를 선택하는 단계를 추가로 포함한다. DSB 수복 억제제를 필요로 하는 대상체는 DNA 편집 효소 mRNA, 또는 DNA 편집 효소 단백질 또는 DNA 편집 효소 활성의 수준에 기초하여 선택될 수 있다. 특정 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID이다.
일부 실시 형태에서, DSB 수복 억제제를 필요로 하는 것으로 확인된 대상체는 증가된 수준의 DNA 편집 효소 단백질 또는 DNA 편집 효소 mRNA 또는 DNA 편집 효소 활성에 더하여, IGH 에서 초돌연변이를 나타낼 수 있다. 특정 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID이다.
DNA
편집 효소의 비정상 발현에 의해
특징지워지는
암의 치료 방법
본 명세서에서 상기에 기재된 바와 같이, 본 발명의 일부 실시 형태는 (a) DNA 편집 효소, 예를 들어 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)를 발현하는 세포를 갖는 대상체를 선택하는 단계; 및 (b) 대상체에게 이본쇄 절단 수복의 억제제의 치료학적 유효량을 투여하는 단계를 포함하는 치료 방법에 관한 것이다.
본 발명의 일부 실시 형태는 (a) 상승된 수준의 DNA 편집 효소, 예를 들어 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)를 발현하는 세포를 갖는 대상체를 선택하는 단계; 및 (b) 대상체에게 이본쇄 절단 수복의 억제제의 치료학적 유효량을 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 상승된 수준의 DNA 편집 효소란, DNA 편집 효소의 수준이 건강한 개체로부터의 동일한 유형의 세포 내의 DNA 편집 효소의 수준보다 더 높은 수준의 것인 치료 방법에 관한 것이다. 일부 실시 형태에서, 치료 방법은 (a) DNA 편집 효소를 발현하는 B 세포를 갖는 대상체를 선택하는 단계; 및 (b) 대상체에게 이본쇄 절단 수복의 억제제의 치료학적 유효량을 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 치료 방법은 (a) 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 B 세포를 갖는 대상체를 선택하는 단계; 및 (b) 대상체에게 이본쇄 절단 수복의 억제제의 치료학적 유효량을 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 상승된 수준의 DNA 편집 효소란, DNA 편집 효소의 수준이 건강한 개체로부터의 B 세포 내의 DNA 편집 효소의 수준보다 더 높은 수준의 것이다. 일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소를 발현하는 세포는 암성 세포이다. 일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소를 발현하는 B 세포는 암성 세포이다. 일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID이다. 본 명세서에 사용된 용어 "암성 세포"는 비조절된 방식으로 증식되는 세포를 말한다. 일부 실시 형태에서, 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 암성 B 세포를 갖는 대상체는 본 명세서에서 하기에 기재된 바와 같이, B-세포 암(예: B 세포 림프종 또는 백혈병)을 갖거나 이를 갖는 것으로 진단된 대상체일 수 있다. 일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID이다. 일부 실시 형태에서, 고수준의 DNA 편집 효소는 혈액, 혈청 또는 생검 샘플에서 검출된다.
특정 실시 형태에서, 본 명세서에 기재된 방법은 재조합 및 DNA 수복 시스템을 활용하여 종양 세포 자기-파괴를 유도함으로써 B-세포 신생물, 림프종, 및 백혈병을 선택적으로 치료한다. 이 접근법은 DNA 편집 효소가 저하된 상동적 재조합 능력을 갖는 1차 B-세포에서 폭넓은 게놈성 절단 및 세포사를 유도한다는 연구결과를 이용한다. 본 명세서에 기재된 바와 같이, 본 발명자들은 증가된 발현의 AID에 의해 특징지워지는 세포 집단이 DSB 수복 억제제로 치료되는 경우, 그 결과 세포사가 발생된다는 것을 알아내었다. 따라서, DNA 편집 효소(예: AID)의 높은 발현을 갖는 암을 가진 환자를 DSB 수복 억제제로 치료하는 방법이 본 명세서에 제공된다.
특정 실시 형태에서, 치료하고자 하는 암은 DNA 편집 효소의 높은 발현을 갖는 유형이다. 특정 실시 형태에서, 치료하고자 하는 암은 B-세포 신생물이다. 특정 실시 형태에서, 치료하고자 하는 암은 림프종이다. 특정 실시 형태에서, 치료하고자 하는 암은 버킷 림프종, 여포성 림프종, 말트(MALT) 림프종, 다발성 골수종, 소 림프구성 림프종, 림프형질세포성 림프종, 형질 세포 골수종, 거대 B-세포 림프종 및/또는 T-세포 림프종이다. 림프종은 면역 시스템의 림프 세포(예: B 세포, T 세포, 또는 천연 살해(NK) 세포) 내의 악성 종양이다. 림프종은 흔히 림프절에서 기원되고 고체 종양으로 제시된다. 이들은 뇌, 골, 또는 피부와 같은 다른 기관으로 전이될 수 있다. 림프절외 부위는 흔히 복부 내에 위치된다. 림프종은 림프성 백혈병과 밀접하게 관련되어 있으며, 일부 경우에 특정 형태의 암은 림프종 및 백혈병 둘 모두로 분류된다.
몇몇 분류 시스템이 림프종에 대해 존재하는데, 가장 최근의 것은 2001년에 개발되고 2008년에 업데이트된 세계보건기구(World Health Organization) 분류이다(문헌[Jaffe, E.S., et al., (Eds.) World Health Organization Classification of Tumors, Pathology and Genetics of tumors of hematopoietic and lymphoid tissues IARC Press: Lyon, France 2001]). WHO 시스템은 림프종을 3개의 1차 카테고리로 나눈다: 성숙 B-세포 림프종, 성숙 T-세포 림프종 및 성숙 NK 세포 림프종. 구분된 카테고리 내에는 호지킨 림프종(비정상 B 세포로 구성됨) 및 다수의 다른 덜 일반적인 림프종이 포함된다.
림프종은 생검에 의해 진단될 수 있다. 생검으로부터 얻어진 조직은 조직학적 검사를 받아서 악성 세포의 존재, 유형, 및 배열을 결정한다. 세포는 또한, 그것이 림프구인지, 그리고 만약 그렇다면, 무슨 유형의 림프구인지를 결정하기 위해 시험된다. 림프종의 범주를 결정하고 그것이 체내 어디에 위치하는지를 결정하기 위한 추가의 시험에는 추가의 생검, 핵 의학, X선, CT 스캔 또는 MRI가 포함될 수 있다(미국 특허 출원 공개 US2003/0129665호 참조). 호지킨 림프종은 리드-스턴버그 세포(Reed-Sternberg cell)의 존재 및 이에 더하여 이 질환의 특징인 다른 비정상 세포 패턴에 의해 진단될 수 있다. 각각의 유형의 림프종을 구별하는 마커 및 조직학적 징후는 당업자에게 공지되어 있다(문헌[Jaffe, E.S., et al. (Eds.) World Health Organization Classification of Tumors, Pathology and Genetics of tumors of hematopoietic and lymphoid tissues IARC Press: Lyon, France 2001]).
특정 실시 형태에서, 치료하고자 하는 암은 백혈병이다. 백혈병은 조혈 조직의 악성 신생물이다. 백혈병은 2개의 우세형, 즉 만성 및 급성으로 분류된다. 급성 백혈병은 미성숙 혈액 세포의 급속한 증가에 의해 특징지워지는데, 이는 건강한 혈액 세포를 생산할 수 있는 골수의 능력을 손상시킨다. 만성 백혈병은 상대적으로 성숙하지만 비정상인 백혈구의 축적에 의해 특징지워진다. 비정상 세포는 정상 세포보다 훨씬 더 높은 속도로 생산되며, 그 결과 혈액 내에 비정상 백혈구가 축적되게 된다. 그러나 이들 분류에도 불구하고, 정상 조혈의 병리학적 손상은 모든 백혈병의 특징이다.
추가로, 백혈병은 어떤 혈액 세포가 영향을 받는냐에 따라 세분된다. 예를 들어, 백혈병은 림프모구성 또는 림프구성 백혈병 및 골수성(myeloid) 또는 골수원성(myelogenous) 백혈병으로 나누어질 수 있다. 림프모구성 또는 림프구성 백혈병에서는, 전구-림프구 세포가 통상적으로 영향을 받으며, 이는 림프구로부터 유래되는 세포의 감염-방어 특성을 손상시킨다. 대부분의 림프구성 백혈병은 림프구의 특정 아형인 B 세포가 관여한다. 골수성 또는 골수원성 백혈병에서는, 백혈구 전구체가 흔히 영향을 받으며, 일부 다른 유형의 적혈구, 및 혈소판도 영향을 받는다. 따라서, 백혈병은 일반적으로 다음과 같이 4개의 카테고리로 세분될 수 있다: 급성 림프모구성 백혈병(ALL), 만성 림프구성 백혈병(CLL), 및 만성 골수원성 백혈병(CML). 각각의 아형의 특이적 소견은 B 세포가 관여할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 용어 "백혈병"은 버킷 백혈병; 만성 림프구성 백혈병(CLL), 급성 골수원성 백혈병(AML); B-세포 급성 림프구성 백혈병(B-ALL) 및 T-세포 급성 림프모구성 백혈병(T-ALL)을 포함한다. 일 실시 형태에서, 본 명세서에 기재된 용어 "백혈병"은 또한 모발상 세포 백혈병을 포함하는데, 이는 흔히 상기에 기재된 분류 체계 밖에 있는 것으로 여겨진다.
백혈병은 당업계에 공지된 임의의 방법에 의해 진단될 수 있다. 통상적으로, 전혈 카운트(complete blood count, CBC) 시험이 초기에 수행된다. CBC는 혈액 샘플 내의 백혈구, 적혈구, 및 혈소판의 개수를 카운트한다. 높은 수의 백혈구 및 저수준의 적혈구 또는 혈소판을 갖는 혈액의 샘플은 백혈병임을 나타낼 수 있으며, 비정상 간 및 신장 기능 시험은 백혈병이 그러한 기관에 영향을 주었는지를 알려줄 것이다. 보다 정확한 진단을 위해, 유세포 분석이 또한 사용될 수 있는데, 이는 예를 들어 성숙 골수성 마커, 예컨대 CD11b 및 Gr-1을 사용하여 세포 유형, 세포수, 및/또는 세포 형태를 결정함으로써 행해질 수 있다. 각각의 유형의 암을 구별하는 마커 및 조직학적 징후는 당업자에게 공지되어 있다(문헌[Jaffe, E.S., et al. (Eds.) World Health Organization Classification of Tumors, Pathology and Genetics of tumors of hematopoietic and lymphoid tissues IARC Press: Lyon, France 2001]). AML의 경우, 적혈구, 혈소판, 및 정상 백혈구의 저하가 있을 것이다. 이들 증상에는 피로, 숨가쁨(shortness of breath), 타박상 및 출혈이 쉽게 일어남, 및 증가된 감염 위험이 포함된다. 이들 증상은 정상 골수가 백혈병 세포로 대체됨으로써 일어나는데, 이때 백혈병 세포는 주로 골수 내에 축적되고 정상 혈액 세포의 생산을 방해하는 미성숙된 비정상 백혈구이다.
특정 실시 형태에서, 치료하고자 하는 암은 B-세포 신생물, B-세포 백혈병, B-세포 급성 림프모구성 백혈병, 만성 림프구성 백혈병, 만성 골수원성 백혈병, 버킷 백혈병, 급성 골수원성 백혈병 및/또는 T-ALL이다. B 세포의 성숙은 외래 항원이 중화되었을 때 대부분 통상적으로는 중단되거나 실질적으로 감소된다. 그러나, 때때로, 특정 B 세포의 증식은 약화되지 않고 계속될 것이며; 그러한 증식은 "B-세포 림프종" 또는 "B-세포 백혈병"으로 지칭되는 암으로 이어질 수 있다. 특정 실시 형태에서, 치료하고자 하는 암은 만성 림프구성 백혈병(CLL) 또는 만성 골수원성 백혈병(CML)이다.
일 실시 형태에서, 골수 생검이 백혈병의 진단을 돕는 데 사용된다. 골수 생검 샘플은 골수 조직 또는 골수 및 골의 혼합물을 포함할 수 있다. 또 다른 실시 형태에서, 개별 세포 내의 염색체를 조사하는 데 세포유전학이 사용된다. 세포유전학 시험은 채혈 또는 골수 또는 림프절 생검으로부터 취해진 샘플을 사용한다. 샘플의 염색체는 세포의 DNA에 대한 손상을 나타내는 비정상성에 대해 현미경으로 조사되고 백혈병의 진단을 지지한다. 또 다른 실시 형태에서, 백혈병의 진단에 척추 천자가 사용될 수 있다. 통상적으로, 뇌척수액의 샘플이 하배부(요부)로부터 취해진다. 이어서, 뇌척수액 샘플은 백혈병 세포 및 다른 비정상성에 대해 검사된다. MRI(자기 공명 영상화), CT(컴퓨터 체축 단층촬영) 스캔, 및 X선이 백혈병의 진단을 지지하는 데 사용될 수 있는 영상화 기법이다.
특정 실시 형태에서, 치료하고자 하는 암은 형질 세포 신생물(plasma cell neoplasm)이다. 형질 세포 신생물에 대한 예에는 다발성 골수종; 형질 세포 골수종; 형질 세포 백혈병 및 형질세포종이 포함된다.
고수준의 DNA 편집 효소 발현에 의해 특징지워지는 임의의 암은 DSB 수복 억제제로 치료될 수 있다. 예를 들어, 육종, 상피 세포암(암종), 결장암, 위암, 장관암, 간암, 간세포암, 유방암, 갑상선암, 식도암, 폐암, 뇌암, 두경부암, 흑색종, 신장암, 전립선암, 혈관종, 횡문근육종, 연골육종, 골육종, 섬유육종 및 담관암종은 고수준의 DNA 편집 효소(예: AID) 발현에 의해 특징지워질 수 있다. 특정 실시 형태에서, 치료하고자 하는 암은 결장암, 간암, 위암, 장관암, 유방암, 폐암, 갑상선암 및/또는 담관암종이다. 이들 암 중 임의의 것이 당업계에 공지된 임의의 방법에 의해 진단될 수 있다. 생검, 결장내시경검사, 스툴 샘플, 영상화 또는 당업계에 공지된 다른 수단이 종양 및/또는 폴립의 존재를 검출하는 데 사용될 수 있다. 이들 방법에 의해 얻어진 조직은 조직학적 검사를 받아서 악성 세포의 존재, 유형, 및 배열을 결정한다. 각각의 유형의 림프종을 구별하는 마커 및 조직학적 징후는 당업자에게 공지되어 있다(문헌[Diagnostic Histopathology of Tumors, Fletcher, C.D.M. (Ed.), 3rd Edition, Churchill Livingstone Elsevier, China (2007)]; [Methods of Cancer Diagnosis, Therapy and Prognosis. Hayat, M.A. (Ed), (Vol 3), Springer (2009)]). 암의 범주를 결정하고 그것이 체내 어디에 위치하는지를 결정하기 위한 추가의 시험에는 추가의 생검, 핵 의학, X선, CT 스캔 또는 MRI가 포함될 수 있다.
특정 실시 형태에서, 높은 DNA 편집 효소(예: AID) 발현을 갖는 암을 가진 환자의 DSB 수복 억제제에 의한 치료는 암의 지표, 마커, 증상, 중증도, 전이, 재발 및/또는 종량 크기를, DSB 수복 억제제에 의한 치료 전의 지표, 마커, 증상, 중증도, 전이, 재발 및/또는 종량 크기에 대비하여, 또는 DSB 수복 억제제에 의한 치료를 받지 않은 환자에 대비하여, 10% 이상, 예를 들어 20% 이상, 30% 이상, 50% 이상, 75% 이상, 100% 이상, 200% 이상 또는 그 초과로 감소시킨다.
본 명세서에 기재된 기술은 증가된 수준의 AID 단백질 또는 mRNA를 갖는 암의 치료를 위한 적어도 하나의 DSB 수복 억제제 및 적어도 하나의 그러한 DSB 수복 억제제를 포함하는 조성물의 용도에 관한 것일 수 있다. 예를 들어, 암의 종양 크기, 종양 성장, 암세포 카운트, 암세포 확장 또는 전이를 저하시키기 위해 DSB 수복 억제제를 함유하는 조성물이 사용된다. 예를 들어, 단지 예로서 제공된 하기 중 하나와 관련된 증상의 중증도, 지속기간, 또는 개수를 저하시키기 위해 DSB 수복 억제제를 함유하는 조성물이 사용된다: B-세포암, 백혈병, 림프종, 결장암, 간암, 위암, 장관암, 유방암, 폐암, 갑상선암, 뇌암, 신장암, 흑색종, 전립선암 또는 담관암종.
본 명세서에 기재된 기술은 또한, DSB 수복 억제제로 치료받지 않은 환자에 대비하여, DSB 수복 억제제로 치료받은 환자에서 기대 수명(life expectancy)을 증가시키거나 관해에 이르기까지의 시간을 증가시키기 위한 RAD51-매개 쇄 교환 수복의 적어도 하나의 억제제 또는 RAD51-매개 쇄 교환 수복의 억제제를 포함하는 조성물의 용도에 관한 것일 수 있다.
특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 DSB 수복 억제제 및 약제학적으로 허용되는 담체를 포함하는 조성물 내에 함유된다. 추가 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 약제학적으로 허용되는 담체 및 또 다른 약제학적으로 유효한 화합물을 포함하는 조성물 내에 함유될 수 있다.
본 명세서에 기재된 기술의 약제학적 조성물은 단독으로 또는 다른 치료와 조합하여 투여될 수 있으며, 이때 조합될 수 있는 다른 치료에는 제한 없이, 면역치료 또는 면역치료제, 또는 암을 가진 환자에게 유익할 수 있는 다른 치료 또는 이들의 조합이 포함된다. 본 명세서에 기재된 기술의 치료제는 본 명세서에 기재된 암 중 하나에 대해 유효한 임의의 다른 치료와 함께 투여될 수 있다는 것이 고려된다. 2개 이상의 치료제가 함께 투여될 경우, 이들은 동시에 투여되거나 또는 이들의 투여 사이에 약간의 지연을 두고서 (즉, 최적화된 전달 일정에 따라) 투여될 수 있다. 추가 실시 형태에서, 본 명세서에 기재된 기술의 약제학적 조성물은 적어도 하나의 DSB 수복 억제제 및 적어도 하나의 추가 약제학적 작용제를 포함할 수 있다.
본 명세서에 사용된 용어 "면역치료"는 항체 또는 항체-기반 치료제에 의한 대상체의 치료를 말한다. 본 명세서에 사용된 바와 같이, 면역치료는 수동적 또는 능동적일 수 있다. 본 명세서에 정의된 바와 같이, 수동적 면역치료는 항체의 대상체(환자)에 대한 수동적 전달이다. 능동적 면역화는 대상체(환자) 내에서의 항체 및/또는 T-세포 반응의 유도이다.
예시적인 면역치료제에는 베바시주맙(아바스틴(Avastin)®), 알렘투주맙(캠파스(Campath)®), 세툭시맙(에르비툭스(Erbitux)), 이브리투모맙 티욱세탄(제발린(Zevalin)), 파니투무맙(벡티빅스), 리툭시맙(리툭산(Rituxan)®), 및 131I를 갖는 토시투모맙(벡사르(Bexxar)®, 코릭시아 코포레이션(Corixia Corp.))가 포함된다. 리툭시맙은 CD20+ B 세포를 선택적으로 고갈함으로써 작용한다. 리툭시맙의 치료 유효성은 문헌[Collins-Burow et al., Rituximab and its Role as Maintenance Therapy in non-Hodgkin Lymphoma, Expert Rev Anticancer Ther 7(3):257-73 (2007)]; [Marcus et al., The Therapeutic Use of Rituximab in non-Hodgkin's Lymphoma, Eur J Haemotal Suppl(67):5-14 (2007)]; [Plosker et al., Rituximab: A Review of its Use in non-Hodgkin's Lymphoma and Chronic Lymphocytic Leukaemia, Drugs (2003)]에 기재되어 있으며, 이들은 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함된다. 베바시주맙(아바스틴(Avastin)®, 제넨텍/로슈(Genentech/Roche))은 혈관신생을 차단하고, 다양한 암을 치료하는 데 사용된다. 세툭시맙(IMC-C225; 에르비툭스®)은 상피 성장 인자 수용체(EGFR) 억제제에 대한 키메라(마우스/인간) 단일클론 항체이며, 전이성 결장직장암 및 두경부의 편평 세포 암종의 치료를 위하여 정맥내 주입에 의해 제공된다. 이브리투모맙 티욱세탄(제발린)은 일부 형태의 B 세포 비호지킨 림프종을 위한 단일클론 항체 방사면역치료제이며, CD20 항원에 결합된다. 파니투무맙은 결장직장암을 치료하기 위한 상피 성장 인자 수용체(EGF 수용체, EGFR, ErbB-1 및 HER1로도 알려짐)에 특이적인 완전 인간 단일클론 항체이다.
본 명세서에 기재된 일부 암을 위한 추가 형태의 치료는 줄기 세포 이식이다.
일부 실시 형태에서, 본 명세서에 기재된 기술의 약제학적 조성물은 다른 치료 후 또는 전에 투여될 수 있는데, 이때 이러한 다른 치료에는 제한 없이, 면역치료제, 화학치료제, 방사선 치료 또는 암을 가진 환자에게 유익할 수 있는 다른 치료 또는 이들의 조합이 포함된다.
일부 실시 형태에서는, 본 명세서에 기재된 DSB 수복 억제제를 포함하는 조성물의 투여를 포함하는 한 주기의 치료가 대상체에게 투여된다. 이어서, 또 다른 화학치료, 면역치료, 방사선 또는 암을 가진 환자에게 유익할 수 있는 다른 치료 또는 이들의 조합의 투여를 포함하는 한 주기의 치료가 대상체에게 투여된다. 각각의 치료 주기는 조성물 또는 치료제의 1회 이상의 투여, 즉 1회 투여, 2회 투여, 3회 투여, 5회 투여, 10회 투여, 20회 투여 또는 그 초과를 포함할 수 있다. 각각의 치료 주기는 적어도 1일, 즉 1일 이상, 2일 이상, 1주 이상, 2주 이상, 3주 이상, 4주 이상, 6주 이상 또는 그 초과로 지속될 수 있다. 일부 실시 형태에서는, 치료 주기 사이에 공백 또는 휴지기간이 적어도 1일, 즉 1일 이상, 2일 이상, 1주 이상, 2주 이상, 3주 이상, 4주 이상, 6주 이상 또는 그 초과로 지속될 수 있다. 본 명세서에 기재된 DSB 수복 억제제에 의한 한 주기의 치료, 선택적으로 휴지기간, 및 또 다른 화학치료, 면역치료, 방사선 또는 암을 가진 환자에게 유익할 수 있는 다른 치료 또는 이들의 조합에 의한 한 주기의 치료, 및 선택적으로 제2 휴지기간을 포함하는 치료 과정은 부분적으로 또는 전체적으로 반복될 수 있다. 일부 실시 형태에서는, DSB 수복 억제제에 의한 치료 주기가 제2 주기이고, 다른 항암 치료가 제1 주기에 사용된다. 일부 실시 형태에서, 다른 화학치료, 면역치료, 방사선 또는 암을 가진 환자에게 유익할 수 있는 다른 치료 또는 이들의 조합은 대상체의 DNA에 대해 손상을 일으키는 치료를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 다른 화학치료, 면역치료, 방사선 또는 암을 가진 환자에게 유익할 수 있는 다른 치료 또는 이들의 조합은 독소루비신을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 다른 화학치료, 면역치료, 방사선 또는 암을 가진 환자에게 유익할 수 있는 다른 치료 또는 이들의 조합은 플루다라빈을 포함한다.
다른 치료에는 제한 없이, 본 명세서에 기재된 방법 전, 동안 또는 후에 행해질 수 있는 화학치료가 포함된다. 일 실시 형태에서, 화학치료는 본 명세서에 기재된 조성물 또는 방법에 의한 치료 전 또는 후에 투여되지만, 치료 동안에는 투여되지 않는다. 화학치료의 비제한적인 예에는 방사선 또는 다음과 같은 화학치료제에 의한 치료가 포함된다: 악티노마이신, 암사크린(암시딘(Amsidine)®), 안트라사이클린, 블레오마이신(블레녹산(Blenoxane)®), 부술판, 캄프토테신, 카르보플라틴(파라플라틴(Paraplatin)®), 클로람부실(류케란®), 시스플라틴, 사이클로포스파미드(사이톡산(Cytoxan®), 클라드리빈, 사이타라빈(사이토사르(Cytosar)-U®), 사이톡산, 다카르바진(DTIC-Dome®), 닥티노마이신, 다우노루비신, 덱사메타손(데카드론(Decadron)®), 도세탁셀, 독소루비신(아드리아마이신(Adriamycin)®), 에피루비신, 에토포시드(에토포포스(Etopophos)®), 플루다라빈(플루다라(Fludara)®), 헥사메틸멜라민옥살리플라틴, 이포스파미드(이펙스(Ifex)®), 이포스파미드, 멜팔란, 메르클로레타민, 메토트렉세이트, 미토마이신, 미톡산트론, 니트로소우레아, 파클리탁셀, 플리카마이신, 프레드니손, 프로카르바진, 테니포시드, 트리에틸렌티오포스포르아미드, 에토포시드(VPI6), 빈크리스틴(온코빈(Oncovin)®), 빈블라스틴, 벤다무스틴(로보무스틴(Ribomustin) 및 트레안다(Treanda)), CHOP 치료, c-myc 유전자의 단일클론 항체 및 억제제, DNA 메틸트랜스페라제, 프로테아솜 및 사이클린-의존성 키나제의 억제제.
화학치료제에는 DNA 손상을 유도할 수 있는 작용제가 포함될 수 있다. 그러한 작용제의 비제한적인 예에는 알킬화제, 니트로소우레아, 항대사물, 식물 알칼로이드, 식물 추출물, 또는 방사성 동위원소가 포함될 수 있다.
또한, 하기를 포함하지만 이로 한정되지는 않는 치료 과정이 포함된다: 1) CODOX-M/IVAC 계획(regimen) (마그라스(Magrath) 프로토콜) - IVAC(이포스파미드, 에토포시드 및 고용량 사이타라빈)와 교대하는 CODOX-M(사이클로포스파미드, 빈크리스틴, 독소루비신 및 고용량 메토트렉세이트) 2회 주기, 2) CODOX-M 3회 주기. 또한, 그러한 병용 치료의 변형된 버전, 예컨대 영국 림프종 그룹(United Kingdom Lymphoma Group) 및 다나-파버 암 연구소(Dana-Farber Cancer Institute)의 개조된 마그라스 프로토콜이 포함된다.
자가면역 장애의 치료 방법
본 명세서에서 상기에 기재된 바와 같이, 본 발명의 일부 실시 형태는 (a) 상승된 수준의 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)를 발현하는 세포를 갖는 대상체를 선택하는 단계; 및 (b) 대상체에게 이본쇄 절단 수복의 억제제의 치료학적 유효량을 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 상승된 수준의 AID란, AID의 수준이 건강한 개체로부터의 동일한 유형의 세포 내의 AID의 수준보다 더 높은 수준의 것인 치료 방법에 관한 것이다. 일부 실시 형태에서, 상승된 수준의 AID를 발현하는 세포는 자가면역 세포이다. 본 명세서에 사용된 바와 같이, "자가면역 세포" 또는 "자가반응성 세포"는 세포가 유래되는 유기체의 세포 또는 생물학적 성분에 대하여 활성을 갖고/갖거나 이를 인식하는 면역 세포를 말한다. 자가면역 세포일 수 있는 세포의 예에는 성체 비장세포, T 세포, 및 B 세포가 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다. 일부 실시 형태에서, 대상체는 인간 대상체일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 본 치료 방법은 (a) 상승된 수준의 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)를 발현하는 B 세포를 갖는 대상체를 선택하는 단계; 및 (b) 대상체에게 이본쇄 절단 수복의 억제제의 치료학적 유효량을 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 상승된 수준의 AID란, AID의 수준이 건강한 개체로부터의 B 세포 내의 AID의 수준보다 더 높은 수준의 것이다. 일부 실시 형태에서, 상승된 수준의 AID 를 발현하는 B 세포는 자가면역 질환과 관련된 B 세포이다. 본 명세서에 사용된 용어 "자가면역 질환과 관련된 B 세포"는 특정 자가면역 질환에서 비정상 기능, 거동, 및/또는 증식을 갖는 B 세포를 말한다. 일부 실시 형태에서, 자가면역 질환과 관련된 B 세포는 그의 비정상 기능, 거동, 및/또는 증식으로 인해 질환을 일으키는 B 세포일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 자가면역 질환과 관련된 B 세포는 그의 비정상 기능, 거동, 및/또는 증식으로 인해 자가면역 질환의 하나 이상의 증상을 일으키는 B 세포일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 자가면역 질환과 관련된 B 세포를 갖는 대상체는 비정상 기능, 거동, 및/또는 증식을 갖는 B 세포에 의해 특징지워지거나 야기된 자가면역 질환을 갖거나 이를 갖는 것으로 진단된 대상체일 수 있다. 비제한적인 예로서, 전신성 홍반성 루푸스에서는, 대상체의 B 세포가 자가-항원에 특이적인 항체를 비정상적으로 생산하고, 류마티스성 관절염에서는, 대상체의 B 세포가 대상체의 T 세포와 비정상적으로 상호작용한다.
특정 실시 형태에서, 본 명세서에 기재된 방법은 림프성 재조합 시스템(lymphoid recombination system)을 활용하여, 정상 세포는 보존하면서 병든 B-세포의 자기-파괴를 유도함으로써 자가면역 질환을 선택적으로 치료한다. 이 접근법은 B-세포 재조합효소 AID 가 저하된 상동적 재조합 능력을 갖는 1차 B-세포에서 폭넓은 게놈성 절단 및 세포사를 유도한다는 연구결과를 이용한다. 본 명세서에 기재된 바와 같이, 증가된 발현의 DNA 편집 효소(예: AID)에 의해 특징지워지는 세포 집단이 DSB 수복 억제제로 치료되는 경우, 그 결과 세포사가 발생된다는 것을 알아내었다. 따라서, 이상 B 세포 증식, 클래스 스위칭, 또는 활성화에 의해 특징지워지는 자가면역 질환을 가진 환자를 치료하는 방법이 본 명세서에 제공된다. 일부 실시 형태에서, 자가면역 질환은 증가된 B 세포 증식, 클래스 스위칭, 또는 활성화에 의해 특징지워질 수 있다. 일부 실시 형태에서, 자가면역 질환은 높은 AID 발현을 갖는 B 세포를 갖는 것에 의해 특징지워질 수 있다. 일부 실시 형태에서, 본 방법은 높은 DNA 편집 효소 발현을 갖는 자가면역 질환을 가진 대상체를 DSB 수복 억제제로 치료하는 것에 관한 것이다. 일부 실시 형태에서, 본 방법은 높은 AID 발현을 갖는 B 세포 및 자가면역 질환을 가진 대상체를 DSB 수복 억제제로 치료하는 것에 관한 것이다. 특정 실시 형태에서, 치료하고자 하는 자가면역 질환은 AID의 높은 발현을 갖는 B 세포를 가진 유형이다. 이상 B 세포 증식, 클래스 스위칭 및/또는 활성화에 의해 특징지워지는 것으로 알려진 자가면역 질환에는 하기와 같은 것이 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다: 홍반성 루푸스; 비스코트-알드리치 증후군; 자가면역 림프증식성 증후군; 중증근무력증; 류마티스성 관절염(RA); 루푸스 신장염; 다발성 경화증; 전신성 홍반성 루푸스; 원판상 루푸스; 아급성 피부 홍반성 루푸스; 피부 홍반성 루푸스(동창 홍반성 루푸스 포함); 만성 관절염; 쇼그렌 증후군; 자가면역 신장염; 자가면역 혈관염; 자가면역 간염; 자가면역 심장염; 자가면역 뇌염; 및 자가면역 매개 혈액학적 질환. 특정 실시 형태에서, 자가면역 질환은 DNA 편집 효소의 이상 발현에 의해 특징지워진다. 특정 실시 형태에서, 치료하고자 하는 자가면역 질환은 크론병, 궤양성 결장염, 혈관염, 강직 척추염; 베체트병; 종양수반성 자가면역 또는 피부근염이다. 일부 실시 형태에서, 본 명세서에 기재된 방법에 따라 치료하고자 하는 자가면역 질환은 이상 B 세포 증식에 의해 특징지워지는 자가면역 질환이다.
루푸스 또는 홍반성 루푸스 또는 전신성 홍반성 루푸스(SLE)는 신체의 다양한 부위, 특히 피부, 관절, 혈액, 및 신장에서 만성 염증을 일으킬 수 있는 자가면역 장애이다. 신체의 면역 시스템은 정상적으로는 바이러스, 세균, 및 다른 외래 물질(즉, 항원)에 대해 신체를 보호하기 위해 항체라 불리는 단백질을 만든다. 루푸스, 또는 홍반성 루푸스 또는 SLE와 같은 자가면역 장애에서, 면역 시스템은 항원과 그 자신의 세포 및 조직 사이를 식별할 수 있는 능력을 상실하며, 따라서 그 자신의 세포 및 조직에 대한 항체를 만들어서 면역 복합체를 형성할 수 있다. 이들 면역 복합체는 조직 내에 축적되고 염증, 조직에 대한 손상 및/또는 통증을 일으킬 수 있다. 루푸스의 가장 흔한 3가지 유형에는 전신성 홍반성 루푸스(SLE), 피부 홍반성 루푸스(CLE) 및 약물-유도 루푸스가 포함된다. 자가면역 장애의 추가 유형에는 아급성 피부 홍반성 루푸스, 피부 홍반성 루푸스(동창 홍반성 루푸스 포함), 류마티스성 관절염, 만성 관절염, 쇼그렌 증후군, 자가면역 신장염, 자가면역 혈관염, 자가면역 간염, 자가면역 심장염, 자가면역 뇌염, 및 자가면역 매개 혈액학적 질환이 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다. 루푸스 또는 홍반성 루푸스에 대한 보다 상세한 설명은 문헌[Wallace, 2000, The Lupus Book : A Guide for Patients and Their Families, Oxford University Press, Revised and Expanded Edition]; [Kuhn et al., 2004, Cutaneous Lupus Erythematosus, Springer, First Edition]; 및 [Lahita, 1999, Systemic Lupus Erythematosus, Academic Press, Third Edition]에서 찾아볼 수 있으며, 이들은 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함된다.
홍반성 루푸스의 진단 방법은 당업계에 익히 공지되어 있다. 루푸스의 존재에 대한 실험실 시험에는 LE 세포 시험, 항-핵 항체 시험, 및 항-DNA 항체를 위한 시험이 포함된다. 그러나, 루푸스는 하기를 포함한 특정 임상 소견에 의해 흔히 인식된다: (i) 관절염(전신성 루푸스를 가진 사람의 90 내지 95%에서 발생됨), (ii) 피부 변화, 예컨대 콧등을 가로지르고/가로지르거나, 뺨을 가로지르고/지르거나 및/또는 눈 바로 아래에 나타나는 광민감성 유도 "나비(butterfly)" 발진, 및/또는 신체상 어느 곳에서도 나타나는, 원판상 루푸스로 알려진 적색의 융기된 낙설성 반점(루푸스를 가진 사람의 75 내지 80%에서 일어남), (iii) 혈액학적 비정상, 예컨대 빈혈, 백혈구감소증, 및 혈소판감소증(루푸스를 가진 사람의 약 50%에서 일어남), (iv) 신장 손상(루푸스를 가진 사람의 약 50%에서 일어남), (v) 심장 또는 폐 질환, 예컨대 심장염 또는 흉막염을 일으키는 심장 또는 폐 점막의 자극(루푸스를 가진 사람의 약 30%에서 일어남), 및 (vi) 신경정신병학적 변화(루푸스를 가진 사람의 약 10% 내지 20%에서 일어남). 비제한적인 예로서, 대상체는 전신성 홍반성 루푸스로 진단되지 않은 대상체에서의 자가항체의 수준에 비하여 상승된 수준의 적어도 하나의 자가항체를 가짐으로써 전신성 홍반성 루푸스로 진단될 수 있다. 전신성 홍반성 루푸스의 진단을 위한 예시적인 자가항체에는 항-핵 항체(ANA), 항-이본쇄 DNA 항체(항-dsDNA), 항 Sm 핵 항원 항체(항-Sm), 항-인지질 항체, 및 이들의 임의의 조합이 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다. 그러한 상승된 수준은 전신성 홍반성 루푸스로 진단되지 않은 대상체에 대비하여 5% 이상, 10% 이상, 15% 이상, 20% 이상, 25% 이상, 30% 이상, 40% 이상, 50% 이상, 60% 이상, 70% 이상, 80% 이상, 90% 이상, 1배 이상, 2배 이상, 3배 이상, 4배 이상, 5배 이상, 또는 10배 이상 또는 그 초과일 수 있다. 대안적으로, 대상체는 전신성 홍반성 루푸스로 진단되지 않은 대상체에서의 수준에 비하여 상승된 수준의 인터페론-베타 및 또는 인터페론-베타 유전자 발현을 가짐으로써 전신성 홍반성 루푸스로 진단될 수 있다. 그러한 상승된 수준은 전신성 홍반성 루푸스로 진단되지 않은 대상체에 대비하여 5% 이상, 10% 이상, 15% 이상, 20% 이상, 25% 이상, 30% 이상, 40% 이상, 50% 이상, 60% 이상, 70% 이상, 80% 이상, 90% 이상, 1배 이상, 2배 이상, 3배 이상, 4배 이상, 5배 이상, 또는 10배 이상 또는 그 초과일 수 있다.
특정 실시 형태에서, 높은 AID 발현을 갖는 B 세포를 갖는 자가면역 질환 또는 자가면역 장애를 가진 환자의 DSB 수복 억제제에 의한 치료는 자가면역 질환의 지표, 마커, 증상, 및/또는 중증도를, DSB 수복 억제제에 의한 치료 전의 지표, 마커, 증상, 및/또는 중증도에 대비하여, 또는 DSB 수복 억제제에 의한 치료를 받지 않은 환자에 대비하여, 10% 이상, 예를 들어 20% 이상, 30% 이상, 50% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 90% 이상, 95% 이상 또는 그 초과로 감소시킨다.
본 명세서에 기재된 기술은 증가된 수준의 AID 단백질 또는 mRNA를 갖는 B 세포를 갖는 자가면역 질환 또는 자가면역 장애의 치료를 위한 적어도 하나의 DSB 수복 억제제 및 적어도 하나의 그러한 DSB 수복 억제제를 포함하는 조성물의 용도에 관한 것일 수 있다. 예를 들어, 단지 예로서 제공된 하기 중 하나와 관련된 증상의 중증도, 지속기간, 또는 개수를 저하시키기 위해 DSB 수복 억제제를 함유하는 조성물이 사용된다: 홍반성 루푸스; 전신성 홍반성 루푸스(SLE); 피부 홍반성 루푸스(CLE); 약물-유도 루푸스; 아급성 피부 홍반성 루푸스; 피부 홍반성 루푸스(동창 홍반성 루푸스 포함); 류마티스성 관절염; 쇼그렌 증후군; 자가면역 신장염; 자가면역 혈관염; 자가면역 간염; 자가면역 심장염; 자가면역 뇌염; 및 자가면역 매개 혈액학적 질환. 이와 관련하여 "저하시킨다"는 그러한 수준에서의 통계학적으로 유의한 감소를 의미한다. 이러한 감소는, 예를 들어 10% 이상, 20% 이상, 50% 이상, 90% 이상 또는 그 초과일 수 있다.
특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 DSB 수복 억제제 및 약제학적으로 허용되는 담체를 포함하는 조성물 내에 함유된다. 추가 실시 형태에서, DSB 수복 억제제는 약제학적으로 허용되는 담체 및 또 다른 약제학적으로 유효한 화합물을 포함하는 조성물 내에 함유될 수 있다.
본 명세서에 기재된 기술의 약제학적 조성물은 단독으로 또는 다른 치료와 조합하여 투여될 수 있으며, 이때 이러한 다른 치료에는 제한 없이, 항염증제, 또는 자가면역 질환을 가진 환자에 유익할 수 있는 다른 치료 또는 이들의 조합이 포함된다. 본 명세서에 기재된 기술의 치료제는 본 명세서에 기재된 자가면역 질환 중 하나에 대해 유효한 임의의 다른 치료와 함께 투여될 수 있다는 것이 고려된다. 2개 이상의 치료제가 함께 투여될 경우, 이들은 동시에 투여되거나 또는 이들의 투여 사이에 약간의 지연을 두고서 (즉, 최적화된 전달 일정에 따라) 투여될 수 있다. 추가 실시 형태에서, 본 명세서에 기재된 기술의 약제학적 조성물은 적어도 하나의 DSB 수복 억제제 및 적어도 하나의 추가 약제학적 작용제를 포함할 수 있다.
홍반성 루푸스의 치료를 위한 작용제에는 비스테로이드성 항염증 약물(NSAID), 코르티코스테로이드, 항말라리아제(예: 클로로퀴닌; 하이드록시클로로퀸; 및 퀴나크린), 면역억제제(예: 아자티오프린, 사이클로스포린 A, 알킬화제, 질소 머스타드, 클로람부실 또는 사이클로포스파미드), 헤파린, 아스피린, 다나졸(다노크린(Danocrine)), 데하이드로에피안드로스테론(DHEA), 빈크리스틴(온코빈), 와르파린, 메틸프레드니솔론 플러스 테라피, 다프손, 탈리도미드(사이노비르(Synovir)); 메틸프레드니솔론 나트륨 석시네이트(A-메타프레드(A-Methapred), 솔루-메드롤(Solu-Medrol)), 메토트렉세이트(류마트렉스(Rheumatrex)), 하이드록시클로로퀸(플라퀘닐(Plaquenil)), 트리암시놀론(아리스토스판(Aristospan)), 레티노이드(예: 이스트레티노인 및 에트레티네이트)가 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다. 항염증 약물(NSAID)의 비제한적인 예에는 아스피린, 살리실레이트, 이부프로펜, 나프록센, 클리노릴, 옥사프로진 및 톨메틴과 같은 것이 포함된다.
일부 실시 형태에서, 본 명세서에 기재된 기술의 약제학적 조성물은 다른 치료 후 또는 전에 투여될 수 있는데, 이때 이러한 다른 치료에는 제한 없이, 항염증제 또는 면역억제제 또는 자가면역 질환을 가진 환자에게 유익할 수 있는 다른 치료 또는 이들의 조합이 포함된다.
세포사에
대한 세포의 감작(
sensitizing
)
일부 실시 형태에서, 세포를 세포사에 감작시키고/시키거나 세포사를 유도 또는 일으키는 방법이 본 명세서에 제공되어 있다. 일부 실시 형태에서, 세포사를 일으키는 방법이 본 명세서에 제공되어 있으며, 본 방법은 DNA 편집 효소의 유효량을 세포에 투여하는 단계; 및 이후에, 상기 세포를 이본쇄 절단 수복의 억제제와 접촉시키는 단계를 포함하며, 그럼으로써 세포사를 일으킨다. 일부 실시 형태에서, 세포를 세포사에 감작시키는 방법이 본 명세서에 제공되어 있으며, 본 방법은 DNA 편집 효소의 치료학적 유효량을 대상체에게 투여하는 단계; 및 이후에, 이본쇄 절단 수복의 억제제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하며, 그럼으로써 대상체 내의 세포를 세포사에 감작시킨다. 일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 APOBEC패밀리의 구성원, 또는 AID, Rag1 또는 Rag2 또는 SPO11일 수 있다.
일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 APOBEC 패밀리의 구성원일 수 있다. APOBEC 패밀리 구성원의 비제한적인 예에는 APOBEC1 (예: 서열 번호: 138); APOBEC2 (예: 서열 번호: 139), APOBEC3A (예: 서열 번호: 140); APOBEC3C (예: 서열 번호: 141); APOBEC3E (예: 서열 번호: 142); APOBEC3F (예: 서열 번호: 143); APOBEC3G (예: 서열 번호: 144); APOBEC3H (예: 서열 번호: 145); 및 APOBEC4 (예: 서열 번호: 146)가 포함된다.
일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 폴리펩티드, DNA 편집 효소를 암호화하는 핵산, 및 DNA 편집 효소를 암호화하는 핵산을 포함하는 벡터의 형태로 투여될 수 있다. 일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소는 AID일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 세포에 투여되는 DNA 편집 효소는 서열 번호: 099의 서열을 포함하는 폴리펩티드 또는 그의 변이체, 기능적 단편, 또는 호몰로그이다. 일부 실시 형태에서, 세포에 투여되는 DNA 편집 효소는 AID 폴리펩티드를 암호화하는 핵산, 예를 들어 서열 번호: 100의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산이며, AID 또는 그의 변이체, 기능적 단편, 또는 호몰로그가 그 핵산을 투여한 세포에서 발현되도록 하는 그러한 것이다.
유전자 치료 조성물 및 방법이 또한 본 명세서에 기재된 방법과 함께 사용되는 것에 대해 고려된다. 그러한 방법은 임상의가 관심 대상의 폴리펩티드 또는 RNA 분자를 암호화하는 DNA를 환자 내로(생체내 유전자 치료) 또는 환자 또는 공여자로부터 단리된 세포 내로(생체외(ex vivo) 유전자 치료) 직접 도입하는 것을 가능하게 한다. 유전자 치료 후 형질도입된 세포에 의해 생산된 치료용 단백질은 직접 투여되는 단백질과 비교하여, 예를 들어 암성 세포(예: 대상체의 종양) 내에서 상대적으로 일정한 수준으로 유지될 수 있다. 치료제, 예컨대 AID 및/또는 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제의 그러한 지속된 생산은 만성 질환, 예컨대 암의 치료에 있어 특히 적절하다.
추가로, 소분자 유도제를 사용한 조절가능한 유전자 작제물이 개발되어 왔는데, 이는 본 명세서에 기재된 본 발명의 일부 실시 형태에서 사용하고자 하는 벡터 내에 포함될 수 있다. (문헌[Rivera et al. (1996) Nat. Med. 2:1028-32]; [No et al. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93:3346-51]; [Gossen and Bujard (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:5547-51]; 진스위치(GeneSwitch)® 시스템(발렌티스, 인크.(Valentis, Inc.), 미국 캘리포니아주 벌링게임 소재)). 이들 시스템은, 소분자 약물 및 도입유전자에 의해 활성이 제어되고, 조절된 전사 인자에 의해 발현이 유도되는 가공된 전사 인자의 사용에 기초한다(문헌[Rivera et al. (1996) Nat. Med. 2:1028-32]; [Pollock et al. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:13221-26]; 미국 특허 제6,043,082호 및 제6,649,595호; 문헌[Rivera et al. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96:8657-62]).
본 명세서에 기재된 방법에 유용한 벡터에는, 플라스미드, 레트로바이러스성 벡터, 아데노바이러스성 벡터, 아데노-관련 바이러스성 벡터, 헤르페스 바이러스 및 폭스 바이러스 벡터가 포함될 수 있지만 이로 한정되는 것은 아니다.
본 명세서에 사용된 용어 "형질도입"은 바이러스성 입자 또는 바이러스를 사용하여 외인성 핵산을 세포 내로 도입하는 것을 말한다.
방법, 예컨대 화학적 방법과 관련하여 본 명세서에 사용된 용어 "형질감염"은 외인성 핵산, 예컨대 본 명세서에 기재된 AID의 활성 및/또는 수준을 증가시키는 작용제를 암호화하는 핵산 서열을 세포 내로 도입하는 것을 말한다. 본 명세서에 사용된 용어 "형질감염"은 외인성 핵산을 세포 내로 도입하는 바이러스-기반 방법을 포함시키지 않는다. 형질감염의 방법에는 물리적 처리(전기천공법, 나노입자, 마그네토펙션(magnetofection)), 및 화학적-기반 형질감염 방법이 포함된다. 화학적-기반 형질감염 방법에는 사이클로덱스트린, 중합체, 리포솜, 나노입자, 양이온성 지질 또는 이들의 혼합물(예: DOPA, 리포펙타민(Lipofectamine) 및 업티펙틴(UptiFectin)), 및 양이온성 중합체, 예컨대 DEAE-덱스트란 또는 폴리에틸렌이민을 사용하는 방법이 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다.
이본쇄 절단 수복의 억제제, 예를 들어 본 명세서에서 상기에 기재된 소분자, 폴리펩티드, 단백질, RNAi 작용제, 스틸벤 유도체, 항체, 또는 항체의 에피토프-결합성 단편을 포함하는 폴리펩티드가 본 명세서에서 상기에 기재된 바와 같이 사용될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 세포는 시험관내 세포, 세포 배양액 내의 세포, 또는 대상체로부터 얻어진 샘플 내의 세포일 수 있다. 일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소, 및/또는 이본쇄 절단 수복의 억제제는, 예를 들어 세포가 유지되고 있는 세포 배양 배지에 첨가될 수 있다. 일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소, 및/또는 이본쇄 절단 수복의 억제제는, 예를 들어 세포 내로의 그들의 진입을 매개하거나 향상시키는 조성물에 의해 포함될 수 있다. 작용제를 생체내에서 또는 시험관내에서 세포로 전달하기에 적합한 조성물, 예를 들어 리포솜이 본 명세서에서 하기에 기재되어 있다.
일부 실시 형태에서, 세포는 생체내 세포, 예를 들어 대상체 내의 세포일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 예를 들어 벡터의 유효성을 향상시키기 위해, 유효 용량을 최소화하기 위해, 및/또는 부작용 또는 표적을 벗어난 효과를 최소화하기 위해 관심 대상의 특이적 세포 또는 조직(표적화된 세포 또는 조직)을 표적으로 하는 것이 바람직하다. 작용제를 특정 세포 유형에 대해 표적화하는 방법은 당업계에 익히 공지되어 있다. 개관을 위하여, 문헌[Peng et al., "Viral Vector Targeting", Curr. Opin. Biotechnol. 10:454-457, 1999]; [Gunzburg et al., "Retroviral Vector Targeting for Gene Therapy", Cytokines Mol. Ther. 2:177-184, 1996.]; [Wickham, "Targeting Adenovirus", Gene Ther. 7:110-114, 2000]; [Dachs et al., "Targeting Gene Therapy to Cancer: A Review", Oncol. Res. 9:313-325, 1997]; [Curiel, "Strategies to Adapt Adenoviral Vectors for Targeted Delivery", Ann NY Acad. Sci. 886:158171, 1999]; [Findeis et al., "Targeted Delivery of DNA for Gene Therapy via Receptors", Trends Biotechnol. 11:202205, 1993]을 참조하며, 이들 모두는 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함된다.
일부 표적화 전략은 전체적으로 또는 부분적으로 세포 수용체 및 그의 천연 리간드를 사용한다. 예를 들어, 문헌[Cristiano et al., "Strategies to Accomplish Gene Delivery Via the Receptor-Mediated Endocytosis Pathway", Cancer Gene Ther., Vol. 3, No. 1, pp. 49-57, January-February 1996.]; [S. C. Philips, "Receptor-Mediated DNA Delivery Approaches to Human Gene Therapy", Biologicals, Vol. 23, No. 1, pp. 13-6, March 1995]; [Michael et al., "Strategies to Achieve Targeted Gene Delivery Via the Receptor-Mediated Endocytosis Pathway", Gene Ther., Vol. 1, No. 4, pp. 223-32, July 1994]; [Lin et al., "Antiangiogenic Gene Therapy Targeting The Endothelium-Specific Receptor Tyrosine Kinase Tie2", Proc. Natl. Acad. Sci., USA, Vol. 95, pp. 8829-8834, 1998. Sudimack et al, "Targeted Drug Delivery Via the Folate Receptor", Adv. Drug Deliv., pp. 147-62, March 2000]; [Fan et al., "Therapeutic Application of Anti-Growth Factor Receptor Antibodies", Curr. Opin. Oncol., Vol. 10, No. 1, pp. 67-73, January 1998]; [Wadhwa et al., "Receptor Mediated Glycotargeting", J. Drug Target, Vol. 3, No. 2, pp. 111-27, 1995]; [Perales et al, "An Evaluation of Receptor-Mediated Gene Transfer Using Synthetic DNA-Ligand Complexes", Eur. J. Biochem, Vol. 1, No 2, pp. 226, 255-66, December 1994]; [Smith et al., "HepatocyteDirected Gene Delivery by Receptor-Mediated Endocytosis", Semin Liver Dis., Vol. 19, No. 1, pp. 83-92, 1999]을 참조하며, 이들은 모두 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함된다.
특정 세포 유형에 특이적인 표면 항원에 대한 항체, 특히 일본쇄 항체가 또한 표적화 요소로서 사용될 수 있다. 예를 들어, 문헌[Kuroki et al., "Specific Targeting Strategies of Cancer Gene Therapy Using a Single-Chain Variable Fragment (scFv) with a High Affinity for CEA", Anticancer Res., pp. 4067-71, 2000]; 발명의 명칭이 "항체-외피 융합 단백질을 함유하는 레트로바이러스성 벡터를 사용한 세포-유형 특이적 유전자 도입" (Cell-Type Specific Gene Transfer Using Retroviral Vectors Containing Antibody-Envelope Fusion Proteins)인 Dornburg의 미국 특허 제6,146,885호; [Jiang et al., "In Vivo Cell Type-Specific Gene Delivery With Retroviral Vectors That Display Single Chain Antibodies", Gene Ther. 1999, 6:1982-7]; [Engelstadter et al., "Targeting Human T Cells By Retroviral Vectors Displaying Antibody Domains Selected From A Phage Display Library", Hum. Gene Ther. 2000, 11:293-303]; [Jiang et al., "Cell-Type-Specific Gene Transfer Into Human Cells With Retroviral Vectors That Display Single-Chain Antibodies", J. Virol 1998,72:10148-56]; [Chu et al., "Toward Highly Efficient Cell-Type-Specific Gene Transfer With Retroviral Vectors Displaying Single-Chain Antibodies", J. Virol 1997, 71:720-5]; [Chu et al., Retroviral Vector Particles Displaying The Antigen-Binding Site Of An Antibody Enable Cell-Type-Specific Gene Transfer, J. Virol 1995, 69:2659-63]; 및 [Chu et al, "Cell Targeting With Retroviral Vector Particles Containing Antibody-Envelope Fusion Proteins", Gene Ther. 1994, 1:292-9]을 참조하며, 이들 모두는 본 명세서에 그 전문이 참고로 포함된다.
투여 및 투여량
DSB 수복 억제제 및 제2 약제학적 활성제는 동일한 약제학적 조성물로 또는 (동시에 또는 상이한 시간에) 상이한 약제학적 조성물로 대상체에게 투여될 수 있다. 상이한 시간에 투여되는 경우, DSB 수복 억제제 및 약제학적 활성제는 다른 하나를 투여한지 5분, 10분, 20분, 60분, 2시간, 3시간, 4시간, 8시간, 12시간, 24시간, 48시간, 72시간, 1주, 2주, 3주 또는 그 초과 이내에 투여될 수 있다. DSB 수복 억제제 및 약제학적 활성제가 상이한 약제학적 조성물로 투여되는 경우, 투여 경로는 상이할 수 있다. 예를 들어, DSB 수복의 억제제는 경구 또는 비경구 경로(정맥내, 근육내, 종양내, 병변내, 진피내, 복강내, 피하, 경진피, 기도(에어로졸), 폐, 경비, 직장, 및 국소(구강 및 설하 포함) 투여 포함)를 포함하지만 이로 한정되지는 않는 당업계에 공지된 임의의 적절한 경로에 의해 투여되고, 약제학적 활성제는 상이한 경로, 예를 들어 상기 약제학적 활성제의 투여를 위해 당업계에서 흔히 사용되는 경로에 의해 투여된다. 비제한적인 예로, DSB 수복 억제제는 경구 투여될 수 있으며, 한편 약제학적 활성제는 피하 투여될 수 있다.
DSB 수복 억제제의 투여를 위한 투여량 범위는 화합물의 형태, 그의 효능, 및 암의 증상, 마커, 또는 지표가 저하되어야 하는 정도, 예를 들어 증상, 구역, 종양 크기 등에 요구되는 백분율 감소에 좌우된다. 특정 실시 형태에서, 투여량은 유해한 부작용을 일으킬 정도로 커서는 안 된다. 일반적으로, 투여량은 환자의 연령, 상태, 및 성별에 따라 변동될 것이며, 당업자에 의해 결정될 수 있다. 투여량은 또한 임의의 합병증이 발생될 경우 개별 의사에 의해 조정될 수 있다.
특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제의 유효 용량이 환자에게 1회 투여된다. 특정 실시 형태에서, DSB 수복 억제제의 유효 용량이 환자에게 반복해서 투여된다. DSB 수복 억제제의 치료량, 예컨대 0.5 mg/kg, 1.0 mg/kg, 2.0 mg/kg, 2.5 mg/kg, 5 mg/kg, 10 mg/kg, 15 mg/kg, 20 mg/kg, 25 mg/kg, 30 mg/kg, 40 mg/kg 또는 50 mg/kg이 환자에게 투여될 수 있다. DSB 수복 억제제는 일정 기간에 걸쳐, 예를 들어 5분, 10분, 15분, 20분, 또는 25분의 기간에 걸쳐 정맥내 주입에 의해 투여될 수 있다. 투여는, 예를 들어, 정기적으로, 예컨대 3시간, 6시간, 12시간 또는 그 초과의 시간 동안 매시간마다, 또는 예컨대 1개월, 2개월, 3개월, 4개월 또는 그 초과의 개월 동안 2주마다(즉, 격주로) 반복된다. 초기 치료 계획 후에, 치료는 덜 빈번하게 투여될 수 있다. 예를 들어, 3개월 동안 2주마다 투여 후에, 투여는 6개월 또는 1년 또는 그 초과의 기간 동안 1개월당 1회 반복될 수 있다. DSB 수복 억제제의 투여는 암의 마커 또는 증상, 예를 들어 종양 크기의 수준을 10% 이상, 15% 이상, 20% 이상, 25% 이상, 30% 이상, 40% 이상, 50% 이상, 60% 이상, 70% 이상, 80% 이상 또는 90% 이상 또는 그 초과로 저하시킬 수 있다.
DSB 수복 억제제의 전체 용량의 투여 전에, 더 작은 용량, 예컨대 5% 주입량이 환자에게 투여되고 부작용, 예컨대 알러지성 반응에 대해 모니터링될 수 있다.
암 또는 자가면역에 대한 영향 덕택으로, DSB 수복 억제제 또는 그로부터 제조된 약제학적 조성물은 생활의 질을 향상시킬 수 있다.
효능 측정
질환의 치료 또는 예방의 효능은, 예를 들어 암의 마커, 지표, 또는 증상 또는 적절한 임의의 다른 측정가능한 파라미터를 측정함으로써 평가될 수 있다. 그러한 파라미터 중 어느 하나, 또는 파라미터의 임의의 조합을 측정함으로써 치료 또는 예방의 효능을 모니터링하는 것은 충분히 당업자의 능력 내에 있다.
암의 하나 이상의 파라미터에서 통계학적으로 유의한 개선이 있을 경우, 또는 그렇지 않으면 예측될 수 있는 증상의 악화 또는 발생이 일어나지 않은 것에 의해 치료가 명백하다. 한 예로서, 암의 측정가능한 파라미터에서의 10% 이상, 그리고 바람직하게는 적어도 20%, 30%, 40%, 50% 또는 그 초과의 유리한 변화는 효과적인 치료의 지표일 수 있다. 주어진 DSB 수복 억제제 또는 그러한 약물의 제형에 대한 효능은 또한 당업계에 공지된 바와 같이 암을 위한 실험용 동물 모델을 사용하여 판단될 수 있다. 실험용 동물 모델을 사용할 경우, 마커에서의 통계학적으로 유의한 증가가 관찰될 때 치료 효능이 입증된다.
주어진 RAD51-쇄 변환 수복 억제제의 효능은 숙련된 임상의에 의해 결정될 수 있다. 그러나, 치료는, 이 용어가 본 명세서에 사용된 바와 같이, 본 명세서에 기재된 화합물에 의한 치료 후, 암의 징후, 증상 또는 마커 중 어느 하나 또는 전부가 유익한 방식으로 변경되거나, 다른 임상적으로 허용되는 증상이 개선되거나, 또는 심지어는, 예를 들어 10% 이상으로 향상되는 경우에 "효과적인 치료"로 여겨진다. 효능은 또한 입원, 또는 의학적 중재에 대한 필요성에 의해 평가했을 때 개체의 악화가 일어나지 않은 것(즉, 질환의 진행이 정지됨)에 의해 측정될 수 있다. 이들 지표의 측정 방법은 당업자에게 공지되어 있고/있거나 본 명세서에 기재되어 있다. 예를 들어, 백혈병의 치료에는 개체 또는 동물(일부 비제한적인 예에는 인간, 또는 포유류가 포함됨)에서의 백혈병의 임의의 치료가 포함되며, (1) 질환을 억제하는 것, 예를 들어 신생 혈관의 병원성 성장을 정지 또는 감속시키는 것; 또는 (2) 질환을 완화시키는 것, 예를 들어 증상의 퇴행을 일으키는 것, 백혈병 개시 세포(leukemia initiating cell)의 개수를 저하시키는 것; 및 (3) 백혈병 발생의 가능성을 방지 또는 저하시키는 것이 포함된다. 질환의 치료에 대한 유효량은 질환의 치료를 필요로 하는 포유류에 투여되는 경우, 그 용어가 본 명세서에 정의된 바와 같이 그 질환에 대해 효과적인 치료를 가져오기에 충분한 양을 의미한다. 작용제의 효능은, 예를 들어 백혈병의 물리적 지표(예: 높은 백혈구 카운트, 감염에 대한 손상된 면역 반응, 백혈병 개시 세포의 존재 등)를 평가함으로써 결정될 수 있다. 효능은 암의 동물 모델, 예를 들어 인간 암 세포가 이식된 마우스에서 평가될 수 있으며, 조성물 또는 제형의 임의의 치료 또는 투여는 암의 적어도 하나의 증상, 마커, 또는 파라미터의 감소로 이어진다.
본 명세서에 기재된 암의 증상 중 임의의 것에서의 저하, 예를 들어 타박상, 출혈, 점상출혈, 감염, 호흡곤란, 창백, 구역, 열, 오한, 야간 발한, 플루-유사 증상, 피로, 팽만감, 및/또는 혈액의 혈소판, 백혈구, 및/또는 적혈구에서의 증가에 의해 효능이 측정될 수 있다.
효능은 또한 입원, 또는 의학적 중재에 대한 필요성에 의해 평가했을 때 개체의 악화가 일어나지 않은 것(즉, 질환의 진행이 정지되거나 적어도 감속됨)에 의해 측정될 수 있다.
본 명세서에 기재된 치료의 효능의 또 다른 마커는 생존이다. 특정 암에 대한 통계학적 생존율이 잘 확립되어 있다 - 본 명세서에 기재된 방법에 따라 치료된 개체 또는 개체 집단이 예측 시간을 초과하여 또는 예측률보다 더 큰 값으로 생존할 경우, 그 치료는 효과적이라고 여겨질 수 있다.
효능 시험은 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 치료 과정 동안 수행될 수 있다. 특정 병과 관련된 다수의 증상의 중증도의 측정은 치료 시작 전에, 그리고 이어서 치료 시작 후 나중의 특정 기간에 수행된다. 예를 들어, 백혈병은 골수에서 개시되고 그것이 검출되기 전에 다른 장기로 퍼질 수 있으며, 따라서 다른 암 유형에 대해 일상적으로 수행되는 종양의 전통적인 병기분류(staging)는 백혈병의 병기분류에는 유용하지 않다. 대신에, 의사는 세포학적(세포) 분류 시스템을 이용하여 백혈병의 유형 및 아형을 확인한다. 특정 백혈병의 예후 또는 결과, 및 또한 치료에 대한 예상 반응은 그러한 세포 분류 시스템을 사용하여 결정될 수 있다. 일 실시 형태에서, 급성 백혈병의 분류 방법은 프랑스-미국-영국(FAB) 시스템이다. FAB 분류에 따르면, 급성 백혈병은 8개의 아형의 급성 골수원성 백혈병(AML) 및 3개의 아형의 급성 림프구성 백혈병(ALL)으로 나누어진다. 당업자는 다양한 상이한 백혈병에서의 질환 중증도를 결정하기 위한 그러한 방법을 인식하며, 그러한 분류 체계에 기초하여 백혈병의 중증도를 용이하게 진단할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법에 따른 치료의 효능은 암의 대리 또는 간접 마커를 추적함으로써 평가될 수 있다. 제한하고자 함이 없이, 암의 치료의 효능을 나타내는 그러한 마커에는 적혈구 또는 혈소판 카운트에서의 증가, 백혈구 카운트의 정상화, 간 및 신장 기능 시험에서의 개선, 락테이트 탈수소효소 수준에서의 감소, 여포성 림프종 국제 예후 지수(FLIPI)에 대한 개선된 점수(문헌[Lopez-Guillermo, A. et al., J Clin Oncol 1994; 12:1343-1348]; [Solal-Celigny et al., Blood 2004 104:1258-1265]), CD11b+ 및 Gr-1+ 세포에서의 감소, 골수 생검에 의해 결정했을 때 개선된 골수 형태, 세포발생 시험에 의해 결정했을 때 비정상 DNA를 갖는 세포에서의 감소, 및 뇌척수액 내의 암 세포의 감소된 존재가 포함될 수 있다. 각각의 유형의 암에 특이적인 시험은 당업자에게 공지되어 있다. 비제한적인 예로서, 버킷 림프종은 사실상 모든 세포 Ki67+(증식)와 함께, CD20+, CD10+, Bcl-6+, Bcl-2-, TdT-, 및 단일형 sIg+인 면역표현형, 및 bcl -2 또는 bcl -6 유전자가 관여하는 재배열 없이 c-myc 및 IgH 또는 IgL이 관여하는 전좌를 갖는 세포를 검출함으로써 진단되고 모니터링될 수 있다.
숙련된 기술자는 조사 중에 진단적 질문을 개선하기 위하여 2개 이상의 마커의 측정을 사용하는 많은 방법이 있다는 것을 이해할 것이다. 매우 단순하지만, 그럼에도 불구하고 흔히 효과적인 접근법에서는, 조사되는 마커 중 적어도 하나에 대해 샘플이 양성일 경우 양성 결과인 것으로 가정된다. 이는, 예를 들어, 사실상 모든 세포 Ki67+(증식)와 함께, CD20+, CD10+, Bcl-6+, Bcl-2-, TdT-, 및 단일형 sIg+인 면역표현형, 및 bcl -2 또는 bcl -6 유전자가 관여하는 재배열 없이 c-myc 및 IgH 또는 IgL이 관여하는 전좌를 갖는 세포를 검출함으로써 암인 버킷 림프종을 진단하는 경우일 수 있다. 그러나 빈번하게는, 마커들의 조합이 수학적으로/통계적으로 평가된다. 바람직하게는, 마커 패널의 마커들, 예를 들어 버킷 림프종에 대한 면역표현형 및 혈액 패널 카운트에 대해 측정된 값은 수학적으로 조합되고, 조합된 값은 기초적인 진단적 질문과 상관된다. 바람직하게는, 진단적 질문은 암의 치료에 있어서의 DSB 수복 억제제의 유효성이다. 바람직하게는, DSB 수복 억제제를 투여받지 않은 대조군에 대비하여 상대 위험도(relative risk)가 제공된다. 바람직하게는, 대조군은 연령 및 다른 공변량에 대해 매칭된다.
마커 값은 임의의 적절한 최신의 수학적 방법에 의해 조합될 수 있다. 마커 조합을 질환 또는 질환 발생 위험에 상관시키기 위한 익히 공지된 수학적 방법은 판별 분석(Discriminant Analysis, DA) (즉, 선형-, 2차-, 정규화-DA), 커널(Kernel) 방법(즉, SVM), 비파라미터적 방법(즉, k-최근린 분류자(k-Nearest-Neighbor Classifier)), PLS (Partial Least Square, 부분 최소 제곱법), 트리-기반 방법(Tree-Based Method) (즉, 논리 회귀, CART, 랜덤 포레스트 방법(Random Forest Method), 부스팅/배킹 방법(Boosting/Bagging Method)), 일반화 선형 모델(즉, 로지스틱 회귀), 주성분 기반 방법(Principal Components based Method) (즉, SIMCA), 일반화 가법 모델, 퍼지 논리 기반 방법, 신경망 및 유전적 알고리즘 기반 방법과 같은 방법을 이용한다. 숙련된 기술자는 본 명세서에 기재된 기술의 마커 조합을 평가하기에 적절한 방법을 선택하는 데 문제가 없을 것이다. 바람직하게는, 마커를, 예를 들어 암의 부재 또는 존재에 상관시키는 데 사용되는 방법은 DA(즉, 선형-, 2차-, 정규화 판별 분석), 커널 방법(즉, SVM), 비파라미터적 방법(즉, k-최근린 분류자), PLS(부분 최소 제곱법), 트리-기반 방법(즉, 로직 회귀, CART, 랜덤 포레스트 방법, 부스팅 방법), 또는 일반화 선형 모델(즉, 로지스틱 회귀)로부터 선택된다. 이들 통계학적 방법에 관한 상세 내용은 하기의 참고문헌에서 찾아진다: 문헌[Ruczinski, I., J. of Computational and Graphical Statistics, 12 (2003) 475-511]; [Friedman, J. H., Regularized Discriminant Analysis, JASA 84 (1989) 165-175]; [Hastie, T., Tibshirani, R., Friedman, J., The Elements of Statistical Learning, Springer Series in Statistics, 2001]; [Breiman, L., Friedman, J. H., Olshen, R. A., Stone, C. J., (1984) Classification and regression trees, California: Wadsworth; Breiman, L. Random Forests, Machine Learning, 45 (2001) 5-32]; [Pepe, M. S., The Statistical Evaluation of Medical Tests for Classification and Prediction, Oxford Statistical Science Series, 28 (2003)] 및 [Duda, R. O., Hart, P. E., Stork, D. G., Pattern Classification, Wiley Interscience, 2nd Edition (2001)].
일부 실시 형태에서, 생물학적 마커들의 기초적인 조합을 위해 최적화된 다변량 컷-오프가, 예를 들어 암 발생의 저위험, 중간위험 및 고위험을 가진 환자들을 판별하는 데 사용될 수 있다. 이러한 유형의 다변량 분석에서, 마커들은 더 이상 독립적이지 않고 마커 패널을 형성한다.
진단 방법의 정확도는 그의 수용자-반응 특성(receiver-operating characteristic, ROC)에 의해 가장 잘 설명된다(특히 문헌[Zweig, M. H., and Campbell, G., Clin. Chem. 39 (1993) 561-577] 참조). ROC 그래프는 관찰되는 데이터의 전체 범위에 걸쳐 결정 역치(decision threshhold)를 연속적으로 변동시키는 것으로부터 생성된 모든 감도/특이도 쌍의 도표이다.
실험실 시험의 임상 성적은 그것의 진단 정확도, 또는 대상체를 임상적으로 관련된 하위집단으로 올바르게 분류하는 능력에 좌우된다. 진단 정확도는 해당 시험이 조사되는 대상체의 2개의 상이한 상태를 올바르게 구별할 수 있는 능력을 측정한다. 그러한 상태는, 예를 들어 각각 건강과 질환 또는 양성 대 악성 질환이다.
각각의 경우에, ROC 도표는 결정 역치의 전체 범위에 대해 감도 대 1-특이도를 표시함으로써 2개의 분포 사이의 중첩을 도시한다. y축 상에는 감도, 또는 참-양성(true-positive) 분율[(참-양성 시험 결과의 개수)/(참-양성 시험 결과의 개수 + 거짓-음성(false-negative) 시험 결과의 개수)로 정의됨]이 있다. 이는 또한 질환 또는 이상의 존재시에 양성으로 지칭되어 왔다. 이는 오로지 영향을 받은 하위집단으로부터만 계산된다. x축 상에는 거짓-양성(false-positive) 분율, 또는 1-특이도[(거짓-양성 결과의 개수)/(참-음성(true-negative) 결과의 개수 + 거짓-양성 결과의 개수)로 정의됨]이 있다. 이는 특이도의 지수이며, 영향받지 않은 하위집단으로부터 전적으로 계산된다. 참-양성 분율 및 거짓-양성 분율은 2개의 상이한 하위집단으로부터의 시험 결과를 사용함으로써 전적으로 별개로 계산되기 때문에, ROC 도표는 샘플에서의 질환의 유병률과 독립적이다. ROC 도표 상의 각각의 점은 특정 결정 역치에 상응하는 감도/1-특이도 쌍을 나타낸다. 완전한 차별화(2개의 결과 분포에 중첩이 없음)를 갖는 시험은 상단 좌측 코너를 통과하는 ROC 도표를 가지며, 여기서 참-양성 분율은 1.0, 또는 100% (완전한 감도)이고, 거짓-양성 분율은 0이다(완전한 특이도). (2개의 집단에 대한 결과의 동일한 분포를 갖는) 차별화를 갖지 않는 시험에 대한 이론상의 도표는 하단 좌측 코너로부터 상단 우측 코너까지의 45도 대각선이다. 대부분의 도표는 이들 2개의 극한 사이에 들어온다. (ROC 도표가 45 대각선 아래에 완전히 들어오는 경우, 이는 "양성"에 대한 기준을 "초과"로부터 "미만" 또는 그 반대로 역전시킴으로써 용이하게 교정된다.) 정성적으로, 도표가 상단 좌측 코너에 근접할수록, 시험의 전체 정확도는 더 높아진다.
실험실 시험의 진단 정확도를 정량화하기 위한 한 가지 편리한 목표는 단일 숫자로 그의 성적을 나타내는 것이다. 가장 흔한 전체적 측정은 ROC 도표 아래의 면적이다. 관례상, 이 면적은 항상 >0.5이다(만약 그것이 아닌 경우, 결정 규칙을 역전시켜 그것을 그렇게 되게 할 수 있다). 값은 1.0 (2개의 집단의 시험 값의 완전한 분리)과 0.5 (시험 값의 2개의 집단 사이에 명확한 분포 차이가 없음) 사이의 범위에 있다. 이 면적은 대각선에 가장 근접한 점 또는 90% 특이도에서의 감도과 같은 도표의 특정 부분에만 좌우되지 않고 전체 도표에 좌우된다. 이는 ROC 도표가 완전한 것(면적=1.0)에 얼마나 근접하는지에 대한 정량적이며 기술적인 표현이다.
용량-제한 독성(
DLT
)의 정의
용량 점증을 평가하려는 목적을 위한 DLT의 결정은 특정 약물의 공지되고 수용된 독성의 고려하에 NCI CTC 버전 3.0 기준을 사용하여 하기와 같이 정의된다. 전투약(pre-medication) 없이 도달한 독성은 DLT로 여겨지지 않는다. DLT에 대한 기준에는 하기가 포함된다: 최대 진토 (anti-emetic) 전투약에 의한 등급 3 이상의 임의의 구역, 구토; 등급 3 이상의 모든 다른 약물-관련 비혈액학적 독성; 7일 초과 동안 호중구 카운트 <500 세포수/ul; 약물 투여 후 호중구 카운트 <500 세포수/ul의 임의의 발열성 호중구감소증(T >101℉로 정의됨); 혈액 생산 또는 혈소판 수혈을 필요로 하는 출혈의 증거인 등급 3 또는 혈소판 카운트 <10,000 세포수/ul; 에리트로포이에틴 동시투여와 함께 등급 4 독성 이상의 헤모글로빈. 이 반응은 표준 기준에 의해 측정된다. 환자는 매 2회의 치료 주기 후에 재평가된다. 기준선/선별 스캔에 더하여, 객관적 반응의 초기 문서화 후 4주째에 확인 스캔이 얻어진다.
약제학적 조성물
대상체에 대한 투여를 위하여, 본 화합물은 약제학적으로 허용되는 조성물로 제공될 수 있다. 이들 약제학적으로 허용되는 조성물은 상기에 기재된 적어도 하나의 DSB 수복 억제제의 치료학적 유효량을, 하나 이상의 약제학적으로 허용되는 담체(첨가제) 및/또는 희석제와 함께 제형화하여 포함한다. 하기에 상세히 기재된 바와 같이, 본 명세서에 기재된 기술의 약제학적 조성물은 고체 또는 액체 형태로의 투여를 위하여 특별히 제형화될 수 있는데, 이에는 하기의 투여에 적합화된 것들이 포함된다: (1) 경구 투여, 예를 들어 드렌치(drench) (수성 또는 비수성 용액 또는 현탁액), 로젠지, 당의정, 캡슐, 환제, 정제(예: 구강, 설하, 및 전신 흡수를 목표로 한 것들), 볼루스, 분말, 과립, 혀에 적용하기 위한 페이스트; (2) 비경구 투여(예를 들어, 피하, 근육내, 정맥내 또는 경막외 주사에 의한 투여), 예를 들어 멸균 용액 또는 현탁액, 또는 지속 방출 제형으로서의 것; (3) 국소 적용, 예를 들어 크림, 로션, 겔, 연고, 또는 피부에 적용되는 제어-방출 패치 또는 스프레이로서의 것; (4) 질내 또는 직장내 투여, 예를 들어 페서리(pessary), 크림, 좌제 또는 폼(foam)으로서의 것; (5) 설하 투여; (6) 안내 투여; (7) 경진피 투여; (8) 경점막 투여; 또는 (9) 경비 투여. 추가적으로, 화합물은 환자 내로 삽입되거나 약물 전달 시스템을 사용하여 주입될 수 있다. 코팅된 전달 장치가 또한 유용할 수 있다. 예를 들어, 문헌[Urquhart, et al., Ann. Rev. Pharmacol. Toxicol. 24: 199-236 (1984)]; [Lewis, ed. "Controlled Release of Pesticides and Pharmaceuticals" (Plenum Press, New York, 1981)]; 미국 특허 제3,773,919호; 미국 특허 제6,747,014호; 및 미국 특허 제35 3,270,960호를 참조한다.
많은 유기화된 계면활성제 구조가 약물의 제형을 위해 연구되고 사용되어 왔다. 이들에는 단분자층, 미셀(micelle), 이분자층 및 소포(vesicle)가 포함된다. 소포, 예컨대 리포솜은 약물 전달의 관점으로부터 그들이 제공하는 작용의 지속기간 및 그들의 특이성으로 인해 큰 관심을 끌어 왔다. 리포솜은 친유성 재료로부터 형성된 막 및 수성 내부(aqueous interior)를 갖는 단층(unilamellar) 또는 다층(multilamellar) 소포이다. 수성 부분은 전달하고자 하는 조성물을 함유한다. 리포솜은 양이온성(문헌[Wang et al., Biochem. Biophys. Res. Commun., 1987, 147, 980-985]), 음이온성(문헌[Zhou et al., Journal of Controlled Release, 1992, 19, 269-274]), 또는 비이온성(문헌[Hu et al. S.T.P.Pharma. Sci., 1994, 4, 6, 466])일 수 있다. 리포솜은 특정 응용에 유용한 특정 성질을 부여할 수 있고 당업계에 기재된 바 있는, 다수의 상이한 인지질, 지질, 당지질, 및/또는 중합체를 포함할 수 있다(문헌[Allen et al., FEBS Letters, 1987, 223, 42]; [Wu et al., Cancer Research, 1993, 53, 3765]; [Papahadjopoulos et al. Ann. N.Y. Acad. Sci., 1987, 507, 64]; [Gabizon et al. PNAS, 1988, 85, 6949]; [Klibanov et al. FEBS Lett., 1990, 268, 235]; [Sunamoto et al. Bull. Chem. Soc. Jpn., 1980, 53, 2778]; [Illum et al. FEBS Lett., 1984, 167, 79]; [Blume et al. Biochimica et Biophysica Acta, 1990, 1029, 91]; [Hughes et al., Methods Mol Biol. 2010; 605:445-59]; 미국 특허 제4,837,028호; 제5,543,152호; 제4,426,330호; 제4,534,899호; 제5,013,556호; 제5,356,633호; 제5,213,804호; 제5,225,212호; 제5,540,935호; 제5,556,948호; 제5,264,221호; 제5,665,710호; 유럽 특허 EP 0 445 131 B1호; EP 0 496 813 B1호; 및 유럽 특허 공개 WO 88/04924호; WO 97/13499호; WO 90/04384호; WO 91/05545호; WO 94/20073호; WO 96/10391호; WO 96/40062호; WO 97/0478호).
본 명세서에 기재된 기술의 조성물은 에멀젼 또는 마이크로에머젼으로서 제조되고 제형화될 수 있다. 에멀젼은 통상적으로 한 액체가 또 다른 액체 중에 분산된 불균일 시스템이며, 이는 직경이 0.1μm를 통상 초과하는 소적(droplet)의 형태이며, 당업계에 기재된 바 있다. 마이크로에멀젼은 광학적으로 등방성이고 열역학적으로 안정한 단일 액체 용액인 물, 오일 및 양친매성 물질의 시스템으로서 정의될 수 있으며, 계면활성제 및 공계면활성제를 포함할 수 있다. 이들 약물 전달 수단 둘 모두는 당업계에 기재된 바 있다(예를 들어, 문헌[Ansel's Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems, Allen, LV., Popovich NG., and Ansel HC., 2004, Lippincott Williams & Wilkins (8th ed.), New York, NY]; [Idson, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p. 199]; [Rosoff, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., Volume 1, p. 245]; [Block in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 2, p. 199, 245, & 335]; [Higuchi et al., in Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co., Easton, Pa., 1985, p. 301]; [Leung and Shah, in: Controlled Release of Drugs: Polymers and Aggregate Systems, Rosoff, M., Ed., 1989, VCH Publishers, New York, pages 185-215]; [Schott, in Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co., Easton, Pa., 1985, p. 271]; [Constantinides et al., Pharmaceutical Research, 1994, 11, 1385-1390]; [Ritschel, Meth. Find. Exp. Clin. Pharmacol., 1993, 13, 205]; [Ho et al., J. Pharm. Sci., 1996, 85, 138-143]; [Lee et al., Critical Reviews in Therapeutic Drug Carrier Systems, 1991, p. 92]; 미국 특허 제6,191,105호; 제7,063,860호; 제7,070,802호; 제7,157,099호 참조).
일 실시 형태에서, 리포솜 또는 에멀젼 제형은 계면활성제를 포함한다. 계면활성제는 에멀젼(마이크로에멀젼 포함) 및 리포솜과 같은 제형에서 넓은 응용을 갖는다. 친수성 기("헤드"로도 알려짐)의 성질은 제형에 사용되는 상이한 계면활성제를 분류하는 데 가장 유용한 수단을 제공한다(문헌[Rieger, in Pharmaceutical Dosage Forms, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., 1988, p. 285]). 적합한 계면활성제에는 지방산 및/또는 에스테르 또는 그의 염, 담즙산 및/또는 그의 염이 포함된다. 일부 실시 형태에서, 계면활성제는 음이온성, 양이온성, 또는 비이온성일 수 있다. 약물 제품, 제형 및 에멀젼에서의 계면활성제의 사용은 검토된 바 있다(문헌[Rieger, in Pharmaceutical Dosage Forms, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., 1988, p. 285]).
일 실시 형태에서, 본 명세서에 기재된 기술은 세포막을 가로질러 DSB 수복 억제제의 효율적인 전달을 달성하기 위해 다양한 침투 향상제(penetration enhancer)를 사용한다. 침투 향상제는 5개의 넓은 카테고리, 즉 계면활성제, 지방산, 담즙 염, 킬레이트화제, 및 비킬레이트화 비계면활성제(이들 모두는 어딘가에 기재된 바 있음) 중 하나에 속하는 것으로 분류될 수 있다(예를 들어, 문헌[Malmsten, M. Surfactants and polymers in drug delivery, Informa Health Care, New York, NY, 2002]; [Lee et al., Critical Reviews in Therapeutic Drug Carrier Systems, 1991, p.92]; [Takahashi et al., J. Pharm. Pharmacol., 1988, 40, 252]; [Touitou, E., et al. Enhancement in Drug Delivery, CRC Press, Danvers, MA, 2006]; [Muranishi, Critical Reviews in Therapeutic Drug Carrier Systems, 1990, 7, 1-33]; [El Hariri et al., J. Pharm. Pharmacol., 1992, 44, 651-654]; [Brunton, Chapter 38 in: Goodman & Gilman's The Pharmacological Basis of Therapeutics, 9th Ed., Hardman et al. Eds., McGraw-Hill, New York, 1996, pp. 934-935]; [Swinyard, Chapter 39 In: Remington's Pharmaceutical Sciences, 18th Ed., Gennaro, ed., Mack Publishing Co., Easton, Pa., 1990, pages 782-783]; [Yamamoto et al., J. Pharm. Exp. Ther., 1992, 263, 25]; [Yamashita et al., J. Pharm. Sci., 1990, 79, 579-583]; [Jarrett, J. Chromatogr., 1993, 618, 315-339]; [Katdare, A. et al., Excipient development for pharmaceutical, biotechnology, and drug delivery, CRC Press, Danvers, MA, 2006]; [Buur et al., J. Control Rel., 1990, 14, 43-51] 참조).
경구 제형 및 그들의 제조는 미국 특허 제6,887,906호, 미국 특허 출원 공개 제20030027780호, 및 미국 특허 제6,747,014호에 상세히 기재되어 있으며, 이들 각각은 본 명세서에 참고로 포함된다. 비경구, 뇌실질내, 경막내, 뇌실내 또는 간내 투여를 위한 조성물 및 제형은 멸균 수용액을 포함할 수 있으며, 이때 멸균 수용액은 또한 완충제, 희석제 및 다른 적합한 첨가제, 예컨대, 이로 한정되지는 않지만, 침투 향상제, 담체 화합물 및 다른 약제학적으로 허용되는 담체 또는 부형제를 함유할 수 있다. 수성 현탁액은 현탁액의 점도를 증가시키는 물질을 추가로 함유할 수 있으며, 이러한 물질에는, 예를 들어 나트륨 카르복시메틸셀룰로오스, 소르비톨 및/또는 덱스트란이 포함된다. 현탁액은 또한 안정제를 함유할 수 있다.
본 명세서에 기재된 기술의 조성물은 약제학적 조성물에서 종래적으로 발견되는 다른 보조 성분들을 본 기술분야에서 확립된 그들의 사용 수준으로 추가로 함유할 수 있다. 따라서, 예를 들어, 조성물은 추가의 상용성인 약제학적으로 활성인 물질, 예컨대 항소양제, 수렴제, 국소 마취제 또는 항염증제를 함유할 수 있거나, 또는 본 명세서에 기재된 기술의 조성물의 다양한 투여형을 물리적으로 제형화하는 데 유용한 추가의 물질, 예컨대 염료, 향미제, 방부제, 산화방지제, 불투명화제, 증점제 및 안정제를 함유할 수 있다. 그러나, 그러한 물질이 첨가될 경우, 이들은 본 명세서에 기재된 기술의 조성물의 성분들의 생물학적 활성을 과도하게 방해해서는 안 된다. 제형은 멸균화될 수 있으며, 필요하다면, 보조제, 예를 들어 윤활제, 방부제, 안정제, 습윤제, 유화제, 삼투압에 영향을 주기 위한 염, 완충제, 착색제, 향미제 및/또는 방향족 물질 등과 혼합될 수 있는데, 이때 이들은 제형의 DSB 수복 억제제(들)와 유해하게 상호작용하지 않는 것이다.
적합한 유화제에는 합성 비이온성 유화제, 예컨대 에톡실화 에테르, 에톡실화 에스테르, 폴리옥시프로필렌-폴리옥시에틸렌 블록 공중합체 및 인지질이 포함된다. 천연 발생 인지질, 예컨대 난황 인지질 또는 대두 인지질, 및 개질된 또는 인공적으로 조작된 인지질 또는 이들의 혼합물이 또한 사용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 유화제는 난황 인지질 및 대두 인지질이다. 난황 인지질에는 포스파티딜콜린, 레시틴 및 포스파티딜에탄올아민이 포함된다.
본 명세서에 기재된 기술의 조성물은 또한 안정제를 포함할 수 있다. 음이온성 안정제에는, 예를 들어 폴리에틸렌 글리콜과 컨쥬게이트된 포스파티딜에탄올아민(PEG-PE) 및 포스파티딜글리세롤이 포함되며, 이의 구체적인 예는 디미리스톨포스파티딜글리세롤 (DMPG)이다. 추가의 안정제에는 올레산 및 그의 나트륨 염, 콜산 및 데옥시콜산 및 이들의 각각의 염, 양이온성 지질, 예컨대 스테아릴아민 및 올레일아민, 및 3|3-[N-(N', N'-디메틸아미노에탄)카르바모일]콜레스테롤 (DC-Chol)이 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다.
본 명세서에 기재된 기술의 조성물은 적절한 장력 개질제(tonicity modifier)를 포함시킴으로써 혈액과 등장성이 되게 할 수 있다. 장력 개질제로서 글리세롤이 가장 빈번하게 사용된다. 대안적인 장력 개질제에는 자일리톨, 만니톨 및 소르비톨이 포함된다. 약제학적 조성물은 통상적으로 생리학적으로 중성인 pH(통상적으로 6.0 내지 8.5의 범위)에 있도록 제형화된다. pH는 염기, 예를 들어 NaOH 또는 NaHCO3, 또는 일부 경우에는 산, 예컨대 HCl의 첨가에 의해 조정될 수 있다.
본 기술의 조성물은 식물성 오일, 포스파티드 유화제(통상적으로는, 난황 레시틴 또는 대두 레시틴), 및 장력 개질제, 예컨대 리포신(Liposyn)® II 및 리포신® III (아보트 래버러토리즈(Abbott Laboratories), 미국 일리노이주 노스 시카고 소재) 및 인트라리피드(Intralipid)® (프레세니우스 카비 에이비(Fresenius Kabi AB), 스웨덴 웁살라 소재)를 포함하는 약제학적으로 안전한 유-수 에멀젼(oil-water emulsion), 또는 다른 유사한 유-수 에멀젼과 함께 제형화될 수 있다.
독성 및 치료 효능은 세포 배양액 또는 실험용 동물에서, 예를 들어 LD50 (집단의 50%까지 치사되는 용량) 및 ED50 (집단의 50%에서의 치료학적으로 유효한 용량)을 결정하기 위한 표준 약제학적 절차에 의해 결정될 수 있다. 독성 효과와 치료 효과 사이의 용량비가 치료 치수이며, 이는 LD50/ED50 비로 표현될 수 있다. 큰 치료 지수를 나타내는 조성물이 바람직하다. 쥣과 유전학(murine genetics)은 DSB 수복 억제제의 연구를 위한 다수의 마우스 모델을 발생시켜 왔다. 그러한 모델은 DSB 수복 억제제의 생체내 시험에 사용될 뿐만 아니라 치료학적 유효 용량의 결정에도 사용될 수 있다. 적합한 마우스 모델은, 예를 들어 본 명세서에 기재된 AICDA -/- 마우스 또는 환자 유래 조직 이종이식(PDX)을 사용하여 발생시킨 모델이다. DSB 수복 억제제 연구에 유용하게 될 본 기술의 특정 실시 형태에서는, 면역손상된 마우스 주, 예컨대 Nod-scid, NSG (NOD-scid Il2ry-null; NOD.Cg-Prkdc-scid<Il2rg>/Wjl/SzJ) 또는 NRG (NOD-RagIl2ry-null; NOD-Rag1<null> IL2rg<null>/Wjl/SzJ)가 1차 인간 암 세포(예컨대, 백혈병)로 생착된다.
세포 배양액 검정 및 동물 연구로부터 얻어진 데이터는 인간에서 사용하기 위한 일정 범위의 투여량을 제형화하는 데 사용될 수 있다. 그러한 화합물의 투여량은, 바람직하게는 거의 또는 전혀 독성 없이 ED50을 포함하는 일정 범위의 계산 농도 내에 놓여 있다. 투여량은 사용되는 투여형 및 이용되는 투여 경로에 따라 이 범위 내에서 변동될 수 있다.
치료학적 유효 용량은 세포 배양액 검정으로부터 초기에 평가될 수 있다. 동물 모델에서, 세포 배양액에서 결정된 IC50(즉, 증상의 최대 절반 억제를 달성하는 치료제의 농도)을 포함하는 순환 혈장 농도 범위를 달성하도록 용량이 제형화될 수 있다. 혈장 내 화합물의 수준은, 예를 들어 고성능 액체 크로마토그래피에 의해 측정될 수 있다. 임의의 특정 투여량의 효과가 적합한 생물검정에 의해 모니터링될 수 있다.
단회 투여형을 생산하기 위해 담체 재료와 병용될 수 있는 DSB 수복 억제제의 양은 일반적으로 치료 효과를 생성하는 화합물의 양일 것이다. 일반적으로 100%로부터, 이 양은 화합물의 약 0.1% 내지 99%, 바람직하게는 약 5% 내지 약 70%, 가장 바람직하게는 10% 내지 약 30%의 범위일 것이다.
투여량은 의사에 의해 결정되고, 필요에 따라 치료의 관찰된 효과에 적합하도록 조정될 수 있다. 일반적으로, 조성물은 DSB 수복 억제제가 1μg/kg 내지 150 mg/kg, 1μg/kg 내지 100 mg/kg, 1μg/kg 내지 50 mg/kg, 1μg/kg 내지 20 mg/kg, 1μg/kg 내지 10 mg/kg, 1μg/kg 내지 1 mg/kg, 100μg/kg 내지 100 mg/kg, 100μg/kg 내지 50 mg/kg, 100μg/kg 내지 20 mg/kg, 100μg/kg 내지 10 mg/kg, 100μg/kg 내지 1 mg/kg, 1 mg/kg 내지 100 mg/kg, 1 mg/kg 내지 50 mg/kg, 1 mg/kg 내지 20 mg/kg, 1 mg/kg 내지 10 mg/kg, 10 mg/kg 내지 100 mg/kg, 10 mg/kg 내지 50 mg/kg, 또는 10 mg/kg 내지 20 mg/kg의 용량으로 제공되도록 투여된다. 본 명세서에 제공된 범위는 모든 중간 범위의 범위를 포함한다는 것이 이해되어야 하며, 예를 들어 범위 1 mg/kg 내지 10 mg/kg은 1 mg/kg 내지 2 mg/kg, 1 mg/kg 내지 3 mg/kg, 1 mg/kg 내지 4 mg/kg, 1 mg/kg 내지 5 mg/kg, 1 mg/kg 내지 6 mg/kg, 1 mg/kg 내지 7 mg/kg, 1 mg/kg 내지 8 mg/kg, 1 mg/kg 내지 9 mg/kg, 2 mg/kg 내지 10 mg/kg, 3 mg/kg 내지 10 mg/kg, 4 mg/kg 내지 10 mg/kg, 5 mg/kg 내지 10 mg/kg, 6 mg/kg 내지 10 mg/kg, 7 mg/kg 내지 10 mg/kg, 8 mg/kg 내지 10 mg/kg, 9 mg/kg 내지 10 mg/kg 등을 포함한다. 상기에 제공된 것에 대한 중간 범위가 또한 본 명세서에 기재된 기술의 범주 내에 있다는 것이 추가로 이해되어야 하며, 예를 들어 범위 1 mg/kg 내지 10 mg/kg에서, 2 mg/kg 내지 8 mg/kg, 3 mg/kg 내지 7 mg/kg, 4 mg/kg 내지 6 mg/kg 등과 같은 용량 범위이다.
치료의 지속기간 및 빈도에 대하여, 숙련된 임상의는 치료가 언제 치료 이득을 제공하는지를 결정하기 위해, 그리고 투여량을 증가 또는 감소시킬지의 여부, 투여 빈도를 증가 또는 감소시킬지의 여부, 치료 중지의 여부, 치료 재개의 여부 또는 치료 계획에 대한 다른 변경 여부를 결정하기 위해 대상체를 모니터링하는 것이 통상적이다. 투약 일정은 다수의 임상 인자, 예컨대 DSB 수복 억제제에 대한 대상체의 감도에 따라 주 1회로부터 매일에 이르기까지 변동될 수 있다. 원하는 용량은 한꺼번에 투여되거나 하위용량, 예를 들어 2 내지 4개의 하위용량으로 나누어질 수 있으며, 예를 들어 하루를 통해 적절한 간격으로 또는 다른 적절한 일정으로 일정 기간에 걸쳐 투여될 수 있다. 그러한 하위용량은 단위 투여형으로서 투여될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 투여는 만성적이며, 예를 들어 수 주 또는 수 개월의 기간에 걸쳐 매일마다 1회 이상의 용량이다. 투약 일정의 예는 1주, 2주, 3주, 4주, 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 또는 6개월 또는 그 초과의 기간에 걸쳐 매일 2회, 매일 3회 또는 매일 4회 이상의 매일 투여이다. 원하는 용량은 연속 주입 또는 제어 방출 제형을 통한 지연을 사용하여 투여될 수 있다. 그 경우에, 각각의 하위용량 내에 함유된 DSB 수복의 억제제는 총 일일 투여량을 달성하기 위해 상응하여 더 작아야 한다. 투여 단위는 또한, 예를 들어 수 일 기간에 걸쳐 DSB 수복 억제제의 지속 방출을 제공하는 통상의 지속 방출 제형을 사용하여, 수 일에 걸쳐 전달하기 위해 배합될 수 있다. 지속 방출 제형은 당업계에 익히 공지되어 있으며, 본 명세서에 기재된 기술의 작용제와 함께 사용될 수 있는 것과 같은, 특정 부위에서의 작용제의 전달에 특히 유용하다. 이 실시 형태에서, 투여 단위는 상응하는 다회의 일일 용량을 함유한다.
숙련된 기술자는 특정 인자들이 대상체를 효과적으로 치료하는 데 필요한 투여량 및 시기에 영향을 줄 수 있다는 것을 이해할 것이며, 이때 이러한 특정 인자에는 질환 또는 장애의 중증도, 이전 치료, 대상체의 전반적인 건강 및/또는 연령, 및 존재하는 다른 질환이 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다. 더욱이, 조성물의 치료학적 유효량에 의한 대상체의 치료는 단회 치료 또는 연속 치료를 포함할 수 있다. 본 명세서에 기재된 DSB 수복 억제제에 대한 유효 투여량 및 생체내 반수명의 평가가 통상의 방법을 사용하거나, 또는 본 명세서의 어딘가 다른 곳에 기재된 바와 같이 적절한 동물 모델을 사용한 생체내 시험에 기초하여 행해질 수 있다.
일부 실시 형태에서, 약제학적 조성물은 본 명세서에 기재된 바와 같이 (a) 하나 이상의 DSB 수복 억제제 및 (b) 하나 이상의 치료학적으로 유효한 화합물을 포함할 수 있다.
선별 검정
일부 실시 형태에서, 본 명세서에 기재된 기술은 작용제가 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제인지를 결정하는 방법, 예를 들어 작용제 중 하나 이상이 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제인지를 결정하기 위해 작용제를 선별하는 방법에 관한 것이다.
일부 실시 형태에서, 시험 작용제가 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제인지를 결정하는 방법은 (a) DNA 편집 효소를 발현하는 세포를 시험 작용제와 접촉시키는 단계; 및 (b) 세포 생존력을 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 감소된 세포 생존력은 시험 작용제가 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제임을 나타낸다.
일부 실시 형태에서, 시험 작용제가 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제인지를 결정하는 방법은 (a) DNA 편집 효소를 발현하는 세포를 시험 작용제와 접촉시키는 단계; 및 (b) 단계 (a)의 세포의 세포 생존력을 결정하는 단계; (c) DNA 편집 효소를 발현하지 않는 세포를 상기 시험 작용제와 접촉시키는 단계; (d) 단계 (c)의 세포의 세포 생존력을 결정하는 단계; 및 (e) 단계 (c)의 생세포의 분율을 단계 (d)의 생세포의 분율로 나눔으로써 비를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 0.8 미만의 비는 시험 작용제가 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제임을 나타낸다.
본 명세서에 기재된 선별 방법과 관련하여, DNA 편집 효소를 발현하는 세포는 대조 참조 세포에서의 수준보다 더 높은 수준으로 DNA 편집 효소를 발현하는 세포이다. 일부 실시 형태에서, 대조 참조 세포는 비활성화되고 비형질전환된 건강한 B 세포일 수 있다. 일부 실시 형태에서, "DNA 편집 효소를 발현하는 세포"는 비활성화되고 비형질전환된 건강한 인간 B 세포에서 관찰된 전체 돌연변이율보다 더 높은 전체 돌연변이율을 갖는 세포일 수 있다. 일부 실시 형태에서, DNA 편집 효소를 발현하는 세포는 상승된 수준의 AID를 발현하는 세포이다.
일부 실시 형태에서, 시험 작용제와 접촉되는 DNA 편집 효소를 발현하는 세포는 세포당 적어도 하나의 복제물의 DNA 편집 효소 mRNA, 예를 들어 세포당 1개 이상의 복제물, 세포당 10개 이상의 복제물, 또는 세포당 10개 이상의 복제물을 발현하는 세포일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 시험 작용제와 접촉되는 DNA 편집 효소를 발현하는 세포는 세포당 적어도 5개의 복제물의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 시험 작용제와 접촉되는 DNA 편집 효소를 발현하는 세포는 세포당 적어도 10개의 복제물의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 시험 작용제와 접촉되는 DNA 편집 효소를 발현하는 세포는 세포당 적어도 100개의 복제물의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 시험 작용제와 접촉되는 DNA 편집 효소를 발현하는 세포는 세포당 적어도 100개의 복제물의 DNA 편집 효소 폴리펩티드, 예를 들어 세포당 100개 이상의 복제물, 세포당 200개 이상의 복제물, 세포당 300개 이상의 복제물, 세포당 400개 이상의 복제물, 세포당 500개 이상의 복제물, 세포당 600개 이상의 복제물, 세포당 1000개 이상의 복제물, 세포당 5000개 이상의 복제물, 또는 세포당 10,000개 이상의 복제물을 발현하는 세포일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 시험 작용제와 접촉되는 DNA 편집 효소를 발현하는 세포는 세포당 적어도 200개의 복제물의 DNA 편집 효소 폴리펩티드를 발현하는 세포일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 시험 작용제와 접촉되는 DNA 편집 효소를 발현하는 세포는 세포당 적어도 300개의 복제물의 DNA 편집 효소 폴리펩티드를 발현하는 세포일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 시험 작용제와 접촉되는 DNA 편집 효소를 발현하는 세포는 세포당 적어도 400개의 복제물의 DNA 편집 효소 폴리펩티드를 발현하는 세포일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 시험 작용제와 접촉되는 DNA 편집 효소를 발현하는 세포는 세포당 적어도 500개의 복제물의 DNA 편집 효소 폴리펩티드를 발현하는 세포일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 시험 작용제와 접촉되는 DNA 편집 효소를 발현하는 세포는 세포당 적어도 600개의 복제물의 DNA 편집 효소 폴리펩티드를 발현하는 세포일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 시험 작용제와 접촉되는 DNA 편집 효소를 발현하는 세포는 세포당 적어도 1,000개의 복제물의 DNA 편집 효소 폴리펩티드를 발현하는 세포일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 시험 작용제와 접촉되는 DNA 편집 효소를 발현하는 세포는 세포당 적어도 5,000개의 복제물의 DNA 편집 효소 폴리펩티드를 발현하는 세포일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 시험 작용제와 접촉되는 DNA 편집 효소를 발현하는 세포는 세포당 적어도 10,000개의 복제물의 DNA 편집 효소 폴리펩티드를 발현하는 세포일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 시험 작용제와 접촉되는 세포는 자극된 B 세포, 비장 B 세포, 암성 세포, 또는 자가면역 세포로 이루어진 군으로부터 선택된 세포일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 암성 세포는 림프종; 백혈병; 버킷 림프종; 여포성 림프종; 미만성 거대 B-세포 림프종; B-세포 백혈병; B-세포 급성 림프모구성 백혈병; 만성 림프구성 백혈병(CLL); 급성 골수원성 백혈병(AML); 만성 골수원성 백혈병(CML)으로 이루어진 군으로부터 선택된 질환을 갖는 대상체로부터의 B 세포; 및 엡스타인-바르 바이러스로 형질전환된 말초 인간 B-림프구 유래 세포주 GM05881, GM07323, 및 GM13689일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 시험 작용제와 접촉되는 세포는 안정하게 형질감염된 세포주일 수 있으며, 여기서 세포주는 DNA 편집 효소를 암호화하는 벡터로 형질감염되었다. 형질감염에 적합한 세포주에는 3T3, CH12F3, 카코(Caco)-2, CCRF-CEM, CHO, CH12-F3, COS-7, HCT 116, HEK 293, HL-60, HepG2, 주르카트(Jurkat), KG-1, K-562, MCF-7, MDCK, MG-63, Mo-B, MOLT-4, 라모스(Ramos) (RA 1) 및 U2-OS가 포함되지만 이로 한정되는 것은 아니다. 추가로, 1차 세포, 배아 줄기 세포 및 유도 다능성 세포(induced pluripotent cell, iPS)로부터 확립된 세포주가 선별에 유용할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 세포는 더 높은 수준의 DNA 편집 효소를 발현시키도록 조작된 세포, 예를 들어 자극된 B 세포 또는 DNA 편집 효소를 포함하는 외인성 폴리펩티드를 함유하는 세포 및/또는 DNA 편집 효소를 암호화하는 외인성 핵산일 수 있다.
본 명세서에 기재된 선별 방법과 관련하여, "시험 작용제" 또는 "시험 화합물"은 핵산(DNA 또는 RNA), 소분자, 압타머, 단백질, 펩티드, 항체, 항체의 에피토프-결합성 단편을 포함하는 폴리펩티드, 항체 단편, 펩티드-핵산(PNA), 잠금 핵산(LNA), 유기 또는 무기 소분자; 사카라이드; 올리고사카라이드; 폴리사카라이드; 생물학적 거대분자, 예를 들어 펩티드, 단백질, 및 펩티드 유사체 및 유도체; 펩티드모방체; 핵산; 핵산 유사체 및 유도체; 세균, 식물, 진균, 또는 포유류 세포 또는 조직과 같은 생물학적 재료로부터 제조된 추출물; 천연 발생 또는 합성 조성물; 펩티드; 압타머; 및 항체, 또는 그의 단편일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 시험 작용제는 본 명세서에서 상기에 기재된 스틸벤, 스틸벤 유도체, 또는 스틸베노이드일 수 있다. 스틸벤, 스틸벤 유도체, 스틸베노이드, 및 DNA 이본쇄 절단 수복의 다른 억제제의 예가 본 명세서에서 상기에 기재되어 있다. 시험 작용제 및 화합물이 또한 본 명세서에서 상기에 기재되어 있다.
본 명세서에 기재된 선별 방법과 관련하여, "세포 생존력을 결정하는 것"은 세포 대사, 성장, 구조, 및/또는 증식의 임의의 양상을 측정하거나 검출하는 것을 말하며, 이는 건강한 생존 세포 또는 죽고/죽거나 생존불가능한 세포의 지표이다. 당업계에 공지된 비색, 발광, 방사측정, 및/또는 형광측정 검정이 사용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 세포 생존력을 결정하는 것은 혈구계를 사용한 세포의 수동 카운팅을 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 세포 생존력을 결정하는 것은 생세포-사세포 염색(live-dead cell stain), 예를 들어 생세포 또는 사세포 중 어느 하나를 염색하게 될 염색의 사용을 포함할 수 있다.
세포 생존력을 결정하기 위한 비색 기술에는, 비제한적인 예로서 트리판 블루 배제(Trypan Blue exclusion)가 포함된다. 간단히 말해서, 트리판 블루로 세포가 염색되고 혈구계를 사용하여 카운팅된다. 생존 세포는 염료를 배제시키며, 한편 사세포 및 죽어가는 세포는 청색 염료를 흡수하여 광학 현미경 하에서 용이하게 구별된다. 중성 적색이 생존 세포에 의해 흡착되고 세포 리소좀 내에 농축되며; 광학 현미경을 사용하여, 중성 적색으로 염색된 세포의 개수를 정량함으로써 생존 세포가 결정될 수 있다.
세포 생존력을 결정하기 위한 형광측정 기술에는, 비제한적인 예로서, 형광 DNA 삽입제인 요오드화프로피디움이 포함된다. 요오드화프로피디움은 생존 세포로부터는 배제되지만 사세포의 핵은 염색한다. 이어서, 요오드화프로피디움 표지 세포의 유세포 분석이 생존 세포 및 사세포를 정량화하는 데 사용될 수 있다. 락테이트 탈수소효소(LDH)의 방출은 세포의 구조적 손상 및 죽음을 나타내며, 이는 분광광도 효소 검정에 의해 측정될 수 있다. 브로모데옥시우리딘(BrdU)은 새로 합성된 DNA 내로 포함되며, 형광색소 표지 항체로 검출될 수 있다. 형광 염료 회히스트(Hoechst) 33258은 DNA를 표지하며, 세포의 증식을 정량화(예: 유세포 분석)하는 데 사용될 수 있다. 형광 염료 카르복시플루오레세인 디아세테이트 석신이미딜 에스테르 (CFSE 또는 CFDA-SE)의 정량적 포함은 세포 분열 분석(예: 유세포 분석)을 제공할 수 있다. 이 기술은 시험관내 또는 생체내에서 사용될 수 있다. 7-아미노악티노마이신 D (7-AAD)는 DNA와의 회합시에 스펙트럼 이동을 겪는 형광 삽입제이며, 세포 분열 분석(예: 유세포 분석)을 제공할 수 있다.
세포 증식을 결정하기 위한 방사측정 기술에는, 비제한적인 예로서, [3H]-티미딘이 포함되며, 이는 생세포의 새로 합성된 DNA 내로 포함되어 세포의 증식을 결정하는 데 빈번하게 사용된다. 세포 생존력을 정량화하기 위해 사세포로부터의 크롬(51Cr)-방출이 섬광 카운팅에 의해 정량화될 수 있다.
세포 생존력을 결정하기 위한 발광 기술에는, 비제한적인 예로서, 셀타이터-글로(CellTiter-Glo) 발광 세포 생존력 검정(프로메가, 미국 위스콘신주 매디슨 소재)이 포함된다. 이 기술은 존재하는 ATP의 양을 정량화하여 생존 세포의 개수를 결정한다.
세포 생존력을 결정하기 위한 키트는 구매가능하며, 예를 들어 멀티톡스-플루오르™ 다중 세포독성 검정(카탈로그 번호 G9200; 프로메가, 인크.; 미국 위스콘신주 매디슨 소재)이다.
일부 실시 형태에서, 세포 생존력을 결정하는 수단은 고처리량 방법을 포함할 수 있으며, 예를 들어 생세포-사세포 염색이 형광-가능 멀티플레이트 리더를 사용하여 검출될 수 있다. 일부 실시 형태에서는, 자동화된 영상 획득 및 분석을 통해 영상화 분석이 수행될 수 있다.
본 명세서에 기재된 기술의 일부 실시 형태는 하기의 번호 매긴 단락 중 어느 한 단락으로서 정의될 수 있다:
1.
(a) 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플을 얻는 단계;
(b) DNA 편집 효소의 수준을 측정하는 단계; 및
(c) 검출가능한 수준의 DNA 편집 효소를 갖는 대상체에게 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제의 치료학적 유효량을 투여하는 단계
를 포함하는 치료 방법.
2.
검출가능한 수준의 DNA 편집 효소를 갖는 것으로 결정된 대상체에게 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제의 치료학적 유효량을 투여하는 단계
를 포함하는 치료 방법.
3.
(a) 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포를 갖는 대상체를 선택하는 단계; 및
(b) 대상체에게 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제의 치료학적 유효량을 투여하는 단계를 포함하며,
여기서 상승된 수준의 DNA 편집 효소란, DNA 편집 효소의 수준이 건강한 개체로부터의 동일한 유형의 세포 내의 DNA 편집 효소의 수준보다 더 높은 수준의 것인 치료 방법.
4. 단락 1에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 혈액 세포(blood cells)를 포함하는, 방법.
5. 단락 1에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 B 세포를 포함하는, 방법.
6. 단락 1 내지 단락 5 중 어느 한 단락에 있어서, 검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포 내의 DNA 편집 효소의 수준은 건강한 대상체로부터의 정상 세포에서보다 통계학적으로 유의하게 더 높은, 방법.
7. 단락 1 내지 단락 6 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 DNA 편집 효소는
재조합 활성화 유전자 1(RAG1); 재조합 활성화 유전자 2(RAG2); 포자형성-특이적 단백질 11(SPO11); 아포지질단백질 B mRNA 편집 효소, 촉매 폴리펩티드-유사(APOBEC) 패밀리 구성원; 및 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
8. 단락 7에 있어서, 상기 DNA 편집 효소는 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)인, 방법.
9. 단락 8에 있어서, 상승된 수준의 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)를 발현하는 B 세포 내의 AID의 수준은 건강한 대상체로부터의 비활성화된 B 세포에서 발현되는 AID의 수준보다 유의하게 더 높은, 방법.
10. 단락 1 내지 단락 9 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 대상체는 인간 대상체인, 방법.
11. 단락 1 내지 단락 10 중 어느 한 단락에 있어서, 검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 상기 생물학적 샘플 또는 세포는 암성 세포인, 방법.
12. 단락 1 내지 단락 11 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 대상체는 암을 갖는, 방법.
13. 단락 1 내지 단락 11 중 어느 한 단락에 있어서, 검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 상기 생물학적 샘플 또는 세포는 자가면역 세포인, 방법.
14. 단락 1 내지 단락 13 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 대상체는
림프종, 백혈병, 및 형질 세포 신생물
로 이루어진 군으로부터 선택된 이상(condition)을 갖는, 방법.
15. 단락 14에 있어서, 상기 림프종은
비호지킨 림프종; 버킷 림프종, 소 림프구성 림프종; 림프형질세포성 림프종; 말트(MALT) 림프종; 여포성 림프종; 미만성 거대 B-세포 림프종; 및 T-세포 림프종
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
16. 단락 14에 있어서, 상기 백혈병은
급성 림프모구성 백혈병(ALL), 버킷 백혈병; B-세포 백혈병; B-세포 급성 림프모구성 백혈병; 만성 림프구성 백혈병(CLL); 급성 골수원성 백혈병(AML); 만성 골수원성 백혈병(CML); 및 T-세포 급성 림프모구성 백혈병(T-ALL)
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
17. 단락 14에 있어서, 상기 형질 세포 신생물은
다발성 골수종; 형질 세포 골수종; 형질 세포 백혈병; 및 형질세포종
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
18. 단락 12에 있어서, 상기 대상체는
상피 세포암; 결장암, 간암, 위암; 장관암; 식도암; 유방암; 폐암; 및 갑상선암
으로 이루어진 군으로부터 선택된 암을 갖는, 방법.
19. 단락 1 내지 단락 10 또는 단락 13 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 대상체는 자가면역 질환을 갖는, 방법.
20. 단락 19에 있어서, 상기 자가면역 질환은
홍반성 루푸스; 비스코트-알드리치 증후군; 자가면역 림프증식성 증후군; 중증근무력증; 류마티스성 관절염(RA); 루푸스 신장염; 다발성 경화증; 전신성 홍반성 루푸스, 원판상 루푸스, 아급성 피부 홍반성 루푸스, 피부 홍반성 루푸스(동창 홍반성 루푸스 포함), 만성 관절염, 쇼그렌 증후군, 염증성 만성 비부비동염, 결장염, 셀리악 질환(celiac disease), 염증성 장질환, 바렛 식도, 염증성 위염 자가면역 신장염, 자가면역 혈관염, 자가면역 간염, 자가면역 심장염, 자가면역 뇌염, 및 자가면역 매개 혈액학적 질환
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
21. 단락 1 내지 단락 20 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
Rad51; Rad51AP1; Rad51B; Rad51C; Rad51D; XRCC2; XRCC3; RAD54; RAD52; BRCA1; BRCA2; ATM; ATR; MRE11; RAD50; NBS1; WRN; BLM; RECQ4; LIG4; XRCC4; PRKDC; DCLRE1C; XRCC6; XRCC5; 및 XLF
로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 발현 또는 활동을 감소시키는, 방법.
22. 단락 1 내지 단락 21 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
소분자; 단백질; 펩티드; 항체; 항체 단편; 단백질 결합 단백질; 리보핵산; 데옥시리보핵산; 압타머(aptamer); 펩티드 핵산(PNA); 및 잠금 핵산(locked nucleic acid, LNA)
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
23. 단락 1 내지 단락 20 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는 스틸벤, 스틸베노이드, 또는 그의 유도체인, 방법.
24. 단락 23에 있어서, 상기 스틸벤 또는 스틸벤 유도체는 화학식 V의 화합물, 또는 그의 입체이성체, 거울상 이성체, 전구약물, 또는 약제학적으로 허용되는 염인, 방법:
[화학식 V]
상기 화학식 V에서,
R1은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R2는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R3은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R4는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R5는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R6은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R7은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R8은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R9는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R10은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
X는 C(R21)2, -C(O)N(R22)-, -C(O)-, -C(O)O-, -S(O)-, -SO2- -CH(R11)CH(R12)-, -C(R11)=C(R12)-, 및 로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
여기서,
R11은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2 NC(O)R21, NC(O)OR21, NC(S)R21, NC(S)N(R22)2, NSO2R21, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R12는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2 NC(O)R21, NC(O)OR21, NC(S)R21, NC(S)N(R22)2, NSO2R21, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
각각의 R21 은 수소, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 선택적으로 치환된 헤테로아릴, 및 이들의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택될 수 있고;
각각의 R22는 수소, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 선택적으로 치환된 헤테로아릴, 및 이들의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택될 수 있다.
25. 단락 21에 있어서, 상기 스틸벤 유도체는 4,4'디이소티오시아노스틸벤-2,2'-디설폰산 (DIDS)인, 방법.
26. 단락 21에 있어서, 상기 스틸벤 또는 스틸벤 유도체는
(E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))디아세트아미드; (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(2-메틸프로판아미드); (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(2-메톡시아세트아미드); (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))디메탄설폰아미드; (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))디사이클로프로판설폰아미드; (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(프로판-2-설폰아미드); (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(프로판-2-설폰아미드); (E)-N-(4-(4-아미노스티릴)페닐)프로판-2-설폰아미드; (E)-1,1'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(3-메틸티오우레아); (E)-1,1'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(3-이소프로필티오우레아); (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)아세트아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)이소부티르아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-2-메톡시아세트아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)메탄설폰아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)사이클로프로판설폰아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)프로판-2-설폰아미드; N'-(4-{(E)-2-[4-(디메틸아미노)페닐]-1-에테닐}페닐)-N,N-디메틸설파미드; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-메틸티오우레아; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-이소프로필티오우레아; (E)-1-사이클로프로필-3-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)티오우레아; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-메틸우레아; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-이소프로필우레아; (E)-1-사이클로프로필-3-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)우레아; 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-아세트아미도벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-이소부티르아미도벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(2-메톡시아세트아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(사이클로프로판설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(1-메틸에틸설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-((N,N-디메틸설파모일)아미노)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-아세트아미도벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-이소부티르아미도벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(2-메톡시아세트아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(메틸설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(사이클로프로판설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(1-메틸에틸설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-((N,N-디메틸설파모일)아미노)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-사이클로프로필티오우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-에틸우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(사이클로프로판설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(2-메톡시아세트아미도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(2-메톡시아세트아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(메틸설폰아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-에틸우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-에틸우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(2-메톡시아세트아미도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-메틸티오우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-메틸티오우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필티오우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-에틸우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트); (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N-메틸벤즈아미드); (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N-이소프로필벤즈아미드); (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N,N-디메틸벤즈아미드); (E)-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(모르폴리노메타논); (E)-5-(4-하이드록시스티릴)벤젠-1,3-디올(3,5,4'-트리하이드록시-트랜스-스틸벤); 및 레스베라트롤
로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
27. 단락 21에 있어서, 상기 스틸벤 또는 스틸벤 유도체는
(E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(프로판-2-설폰아미드); (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)사이클로프로판설폰아미드; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(사이클로프로판설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(디메틸아미노-설폰아미드); (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)프로판-2-설폰아미드; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N-메틸벤즈아미드); (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트); (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-5-아세트아미도-2-(4-(사이클로프로판설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 및 (E)-5-아세트아미도-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트
로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
28. 단락 20에 있어서, 상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
4-메틸퀴나졸린-2-카르복스아미드; 벤즈[h]이소퀴놀린-6-아민; 5,6-디메틸-2-메르캅토메틸벤즈이미다졸; (E)-1-(2-하이드록시페닐)-3-(피리딘-3-일)프로프-2-엔-1-온; N4-부틸-6-클로로피리미딘-2,4-디아민; 1-테르모프신(thermopsine); 6-아미노-5-니트로소-2-페닐피리미딘-4(1H)-온; 및 4-(2-아미노-4-니트로페닐아미노)페닐
로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
29. 단락 20에 있어서, 상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
7-아자인돌-3-카르복스알데하이드; 2-아미노-4-페닐페놀; 3-(1-메틸-3-피롤리디닐)인돌; 1-메틸-[1,2,4]트리아졸로[4,3-a]퀴놀론; 2-아미노-5-니트로-1H-벤즈이미다졸; 2-(5-니트로-2-푸르푸릴리덴)아미노에탄올-N-옥사이드; 니푸라트론; 알파-메르캅토-N,2-나프틸아세트아미드; 1-테르모스핀; N4-부틸-6-클로로-2,4-피리미딘디아민; 2-(2-하이드록시-6-프로판-2-일옥시-사이클로헥실)아세트산; 6-아미노-5-니트로소-2-페닐-1H-피리미딘-4-온; 4-아미노-2-하이드록시페닐)아르손산; 스피로[1,2-디하이드로인덴-3,5'-이미다졸리딘]-2',4'-디온; N~4~-(4-메톡시페닐)-6-메틸피리미딘-2,4-디아민; 2-아미노-9-펜틸-3H-퓨린-6-티온; 2-(4-메톡시페닐)-3-(피리딘-3-일)프로프-2-엔니트릴; 2-클로로피리미딘-4,6-디카르복스아미드; 2-아미노-3H-페녹사진-3-온; 2-메틸-N-벤질-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘-4-아민; 4-(벤질아미노)-2-메틸-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘; 2-아미노-1-나프탈렌설폰산; N-sec-부틸-3-메틸벤즈아미드; 벤즈[h]이소퀴놀린-6-아민; 및 2-(2-메틸사이클로헥실리덴)하이드라진카르복스아미드
로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
30. 단락 1 내지 단락 20 중 어느 한 단락에 있어서,
상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는 항체 또는 항체의 항원-결합성 단편을 포함하는 폴리펩티드 또는 단백질 결합 단백질인, 방법.
31. 단락 1 내지 단락 20 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
miRNA; shRNA; siRNA; amiRNA; dsRNA, 안티센스 RNA 또는 리보자임
으로 이루어진 군으로부터 선택된 RNAi 작용제(RNAi agent)인, 방법.
32. 단락 1 내지 단락 31 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는 약제학적으로 허용되는 담체를 추가로 포함하는, 방법.
33. 단락 1 내지 단락 32 중 어느 한 단락에 있어서, 치료제의 투여를 추가로 포함하는, 방법.
34. 단락 1 내지 단락 33 중 어느 한 단락에 있어서, 검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포를 갖는 상기 대상체는 검출가능하거나 상승된 수준을 가질 것으로 의심되는 대상체로부터 얻어진 생물학적 샘플 내의 DNA 편집 효소 폴리펩티드, mRNA, 또는 활성의 수준을 측정함으로써 확인되는, 방법.
35. 단락 1 내지 단락 34 중 어느 한 단락에 있어서,
검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포를 갖는 상기 대상체는 상승된 수준을 가질 것으로 의심되는 대상체로부터 얻어진 생물학적 샘플 내의 DNA 편집 효소 폴리펩티드, mRNA, 또는 활성의 수준을 측정하고, 그 수준을 건강한 대상체로부터 얻어진 생물학적 샘플 내에서 발견된 DNA 편집 효소 폴리펩티드, mRNA, 또는 활성의 수준에 대비함으로써 확인되며,
여기서 시험 샘플 내의 증가된 양의 DNA 편집 효소 폴리펩티드, mRNA, 또는 활성은 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제에 의한 치료를 필요로 하는 대상체의 지표가 되는, 방법.
36. 단락 34 또는 단락 35에 있어서, 상기 DNA 편집 효소 폴리펩티드의 수준의 측정은
웨스턴 블롯(Western blot); 면역침전; 효소-결합 면역흡수 검정(ELISA); 방사면역학적 검정(RIA); 샌드위치 검정; 단백질 동소 어레이(protein in situ array); 면역조직학적 염색; 방사면역측정 검정; 겔 확산 침전 반응; 면역확산 검정; 현장(in situ) 면역검정; 침전 반응; 면역형광 검정; 정량적 동소 단백질 분석(AQUA); 질량 분석 및 면역전기영동 검정
으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 검정을 사용하는 것을 포함하는, 방법.
37. 단락 34 내지 단락 36 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 DNA 편집 효소 폴리펩티드의 수준의 측정은 항체, 항체 단편, 단백질 결합 단백질, 또는 DNA 편집 효소 폴리펩티드에 결합되는 펩티드를 사용하는 검정을 포함하는, 방법.
38. 단락 34 내지 단락 37 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 항체 또는 항체 단편은 단일클론 항체인, 방법.
39. 단락 34 내지 단락 38 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 항체, 항체 단편, 단백질 결합 단백질 또는 DNA 편집 효소 폴리펩티드에 결합되는 펩티드는 검출가능한 표지로 표지되는, 방법.
40. 단락 34 또는 단락 35에 있어서, 상기 DNA 편집 효소 mRNA의 수준의 측정은
RT-PCR; 정량적 RT-PCR; 교잡 검정; 노턴 블롯(Northern blot); 마이크로어레이 기반 발현 분석; 전사 증폭; 자기-지속 서열 복제; 고성능 서열 분석(high throughput sequencing); 및 RNA-Seq
로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 검정을 사용하는 것을 포함하는 방법.
41. 단락 1 내지 단락 40 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 DNA 편집 효소 활성의 활성의 측정은
교잡; 고성능 서열 분석; 엑솜(exome) 서열 분석; 형광 동소 교잡(FISH), PCR, 및 게놈 서열 분석
으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 검정을 사용하여 게놈 또는 그의 단백질의 전체 돌연변이 상태를 결정하는 것을 포함하며,
여기서 정상 돌연변이 상태의 2% 이상의 돌연변이 상태는 DNA 편집 효소의 활성임을 나타내는, 방법.
42. 단락 35 또는 단락 36 또는 단락 41 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)의 활성의 측정은
교잡; 고성능 서열 분석; 엑솜 서열 분석; 형광 동소 교잡(FISH), PCR, 및 게놈 서열 분석
으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 검정을 사용하여 표적 유전자 IGH, BCL6, MYC, BCL11A, CD93, PIM1 및/또는 PAX5에서의 초돌연변이(hypermutation)의 상태를 결정하는 것을 포함하는, 방법.
43. 단락 35 또는 단락 36에 있어서, 상기 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)의 활성의 측정은 포스포(phospho)-H2AX 검정, 53BP1 검정, 또는 RAD51 검정을 사용하는 것을 포함하는, 방법.
44. 세포사(cell death)를 일으키는 방법으로서,
(a) DNA 편집 효소의 유효량을 세포에 투여하는 단계; 및
(b) 이후에, 단계 (a)의 세포를 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제와 접촉시키는 단계를 포함하며,
그럼으로써 세포사를 일으키는, 방법.
45. 세포를 세포사에 감작(sensitize)시키는 방법으로서,
(c) DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제의 사용에 의해 세포를 세포사에 감작시키기 위해 DNA 편집 효소의 치료학적 유효량을 대상체에게 투여하는 단계; 및
(d) 이후에, DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제를 대상체에게 투여하는 단계
를 포함하는, 방법.
46. 단락 44 또는 단락 44에 있어서, 상기 DNA 편집 효소는
폴리펩티드; DNA 편집 효소를 암호화하는 핵산; 및 DNA 편집 효소를 암호화하는 핵산을 포함하는 벡터
로 이루어진 군으로부터 선택된 형태로 투여되는, 방법.
47. 단락 44 내지 단락 46 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 DNA 편집 효소는
재조합 활성화 유전자 1(RAG1); 재조합 활성화 유전자 2(RAG2); 포자형성-특이적 단백질 11(SPO11); 아포지질단백질 B mRNA 편집 효소, 촉매 폴리펩티드-유사(APOBEC) 패밀리 구성원; 및 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)
로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
48. 단락 44 내지 단락 47 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 DNA 편집 효소는 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)인, 방법.
49. 시험 작용제가 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제인지를 결정하는 방법으로서,
a) DNA 편집 효소를 발현하는 세포를 시험 작용제와 접촉시키는 단계; 및
b) 단계 a)의 세포의 세포 생존력을 결정하는 단계
를 포함하며,
여기서 감소된 세포 생존력은 시험 작용제가 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제임을 나타내는, 방법.
50. 단락 49에 있어서,
c) DNA 편집 효소를 발현하지 않는 세포를 상기 시험 작용제와 접촉시키는 단계;
d) 단계 c)의 세포의 세포 생존력을 결정하는 단계; 및
e) 단계 b)의 생세포의 분율을 단계 d)의 생세포의 분율로 나눔으로써 비를 결정하는 단계
를 추가로 포함하며,
여기서 0.8 미만의 비는 시험 작용제가 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제임을 나타내는, 방법.
51. 단락 49 또는 단락 50에 있어서, 상기 DNA 편집 효소를 발현하는 세포는 AID를 발현하는 세포인, 방법.
52. 단락 51에 있어서, 상기 AID를 발현하는 세포는 자극된 B 세포인, 방법.
53. 단락 49 내지 단락 52 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 세포는 암성 세포인, 방법.
54. 단락 49 내지 단락 53 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 세포는 DNA 편집 효소를 암호화하는 핵산 벡터로 형질감염된, 방법.
55. 단락 49 내지 단락 54 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 세포는 CH12-F3, 3T3, CH12F3, 카코(Caco)-2, CCRF-CEM, CHO, CH12-F3, COS-7, HCT 116, HEK 293, HL-60, HepG2, 주르카트(Jurkat), KG-1, K-562, MCF-7, MDCK, MG-63, Mo-B, MOLT-4, 라모스(Ramos) (RA 1) 및 U2-OS로 이루어진 군으로부터 선택된 세포주(cell line)인, 방법.
56. 단락 49 내지 단락 55 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 세포는 자가면역 세포인, 방법.
57. 화학식 XXIV의 화합물, 그의 입체이성체, 또는 전구약물:
[화학식 XXIV]
상기 화학식 XXIV에서,
X는 나트륨, 칼륨, 알루미늄, 칼슘, 리튬, 마그네슘, 바륨, 또는 아연이다.
58. 단락 57에 있어서, X는 나트륨인, 화합물.
59. 화학식 VIII의 화합물, 그의 입체이성체, 전구약물, 또는 약제학적으로 허용되는 염:
[화학식 VIII]
60. 화학식 X의 화합물, 그의 입체이성체, 전구약물, 또는 약제학적으로 허용되는 염:
[화학식 X]
61. 화학식 XXV의 화합물, 그의 입체이성체, 또는 전구약물:
[화학식 XXV]
상기 화학식 XXV에서,
X는 나트륨, 칼륨, 알루미늄, 칼슘, 리튬, 마그네슘, 바륨, 또는 아연이다.
62. 단락 61에 있어서,
X는 나트륨인, 화합물.
63. 화학식 XXXI의 화합물, 그의 입체이성체, 또는 전구약물:
[화학식 XXXI]
상기 화학식 XXXI에서,
X는 나트륨, 칼륨, 알루미늄, 칼슘, 리튬, 마그네슘, 바륨, 또는 아연이다.
64. 단락 63에 있어서,
X는 나트륨인, 화합물.
65. 화학식 XXXII의 화합물, 그의 입체이성체, 또는 전구약물:
[화학식 XXXII]
상기 화학식 XXXII에서,
X는 나트륨, 칼륨, 알루미늄, 칼슘, 리튬, 마그네슘, 바륨, 또는 아연이다.
66. 단락 65에 있어서, X는 나트륨인, 화합물.
67. 화학식 XXXIII의 화합물, 그의 입체이성체, 또는 전구약물:
[화학식 XXXIII]
상기 화학식 XXXIII에서,
X는 나트륨, 칼륨, 알루미늄, 칼슘, 리튬, 마그네슘, 바륨, 또는 아연이다.
68. 단락 67에 있어서, X는 나트륨인, 화합물.
69. 화학식 XXXIV의 화합물, 그의 입체이성체, 또는 전구약물:
[화학식 XXXIV]
상기 화학식 XXXIV에서,
X는 나트륨, 칼륨, 알루미늄, 칼슘, 리튬, 마그네슘, 바륨, 또는 아연이다.
70. 단락 69에 있어서,
X는 나트륨인, 화합물.
71. 화학식 XXXV의 화합물, 그의 입체이성체, 또는 전구약물:
[화학식 XXXV]
상기 화학식 XXXV에서,
X는 나트륨, 칼륨, 알루미늄, 칼슘, 리튬, 마그네슘, 바륨, 또는 아연이다.
72. 단락 71에 있어서, X는 나트륨인, 화합물.
73. 검출가능한 수준의 DNA 편집 효소를 갖는 것으로 결정된 대상체를 치료하기 위한 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제의 용도.
74. 단락 73에 있어서, 상기 대상체는
(a) 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플을 얻는 단계; 및
(b) DNA 편집 효소의 수준을 측정하는 단계
에 의해 검출가능한 수준의 DNA 편집 효소를 갖는 것으로 결정되는, 용도.
75. 대상체를 치료하기 위한 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제의 용도로서, 방법은
(a) 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포를 갖는 대상체를 선택하는 단계; 및
(b) 대상체에게 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제의 치료학적 유효량을 투여하는 단계를 포함하며,
여기서 상승된 수준의 DNA 편집 효소란, DNA 편집 효소의 수준이 건강한 개체로부터의 동일한 유형의 세포 내의 DNA 편집 효소의 수준보다 더 높은 수준의 것인 용도.
76. 단락 73에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 혈액 세포를 포함하는, 용도.
77. 단락 73에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 B 세포를 포함하는, 용도.
78. 단락 73 내지 단락 77 중 어느 한 단락에 있어서,
검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포 내의 DNA 편집 효소의 수준은 건강한 대상체로부터의 정상 세포에서보다 통계학적으로 유의하게 더 높은, 용도.
79. 단락 73 내지 단락 78 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 DNA 편집 효소는
재조합 활성화 유전자 1(RAG1); 재조합 활성화 유전자 2(RAG2); 포자형성-특이적 단백질 11(SPO11); 아포지질단백질 B mRNA 편집 효소, 촉매 폴리펩티드-유사(APOBEC) 패밀리 구성원; 및 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도.
80. 단락 79에 있어서, 상기 DNA 편집 효소는 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)인, 용도.
81. 단락 80에 있어서, 상승된 수준의 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)를 발현하는 B 세포 내의 AID의 수준은 건강한 대상체로부터의 비활성화된 B 세포에서 발현되는 AID의 수준보다 유의하게 더 높은, 용도.
82. 단락 73 내지 단락 81 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 대상체는 인간 대상체인, 용도.
83. 단락 73 내지 단락 82 중 어느 한 단락에 있어서, 검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 상기 생물학적 샘플 또는 세포는 암성 세포인, 용도.
84. 단락 73 내지 단락 83 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 대상체는 암을 갖는, 용도.
85. 단락 73 내지 단락 84 중 어느 한 단락에 있어서, 검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 상기 생물학적 샘플 또는 세포는 자가면역 세포인, 용도.
86. 단락 73 내지 단락 85 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 대상체는
림프종, 백혈병, 및 형질 세포 신생물
로 이루어진 군으로부터 선택된 이상을 갖는, 용도.
87. 단락 86에 있어서, 상기 림프종은
비호지킨 림프종; 버킷 림프종, 소 림프구성 림프종; 림프형질세포성 림프종; 말트 림프종; 여포성 림프종; 미만성 거대 B-세포 림프종; 및 T-세포 림프종
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도.
88. 단락 86에 있어서, 상기 백혈병은
급성 림프모구성 백혈병(ALL), 버킷 백혈병; B-세포 백혈병; B-세포 급성 림프모구성 백혈병; 만성 림프구성 백혈병(CLL); 급성 골수원성 백혈병(AML); 만성 골수원성 백혈병(CML); 및 T-세포 급성 림프모구성 백혈병(T-ALL)
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도.
89. 단락 86에 있어서, 상기 형질 세포 신생물은
다발성 골수종; 형질 세포 골수종; 형질 세포 백혈병; 및 형질세포종
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도.
90. 단락 86에 있어서, 상기 대상체는
상피 세포암; 결장암; 간암, 위암; 장관암; 식도암; 유방암; 폐암; 및 갑상선암
으로 이루어진 군으로부터 선택된 암을 갖는, 용도.
91. 단락 73 내지 단락 82 또는 단락 85 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 대상체는 자가면역 질환을 갖는, 용도.
92. 단락 91에 있어서, 상기 자가면역 질환은
홍반성 루푸스; 비스코트-알드리치 증후군; 자가면역 림프증식성 증후군; 중증근무력증; 류마티스성 관절염(RA); 루푸스 신장염; 다발성 경화증; 전신성 홍반성 루푸스, 원판상 루푸스, 아급성 피부 홍반성 루푸스, 피부 홍반성 루푸스(동창 홍반성 루푸스 포함), 만성 관절염, 쇼그렌 증후군, 염증성 만성 비부비동염, 결장염, 셀리악 질환, 염증성 장질환, 바렛 식도, 염증성 위염 자가면역 신장염, 자가면역 혈관염, 자가면역 간염, 자가면역 심장염, 자가면역 뇌염, 및 자가면역 매개 혈액학적 질환
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도.
93. 단락 73 내지 단락 92 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
Rad51; Rad51AP1; Rad51B; Rad51C; Rad51D; XRCC2; XRCC3; RAD54; RAD52; BRCA1; BRCA2; ATM; ATR; MRE11; RAD50; NBS1; WRN; BLM; RECQ4; LIG4; XRCC4; PRKDC; DCLRE1C; XRCC6; XRCC5; 및 XLF
로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 발현 또는 활동을 감소시키는, 용도.
94. 단락 73 내지 단락 93 중 어느 한 단락에 있어서, DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
소분자; 단백질; 펩티드; 항체; 항체 단편; 단백질 결합 단백질; 리보핵산; 데옥시리보핵산; 압타머; 펩티드 핵산(PNA); 및 잠금 핵산(LNA)
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도.
95. 단락 73 내지 단락 93 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는 스틸벤, 스틸베노이드, 또는 그의 유도체인, 용도.
96. 단락 95에 있어서, 상기 스틸벤 또는 스틸벤 유도체는 화학식 V의 화합물, 또는 그의 입체이성체, 거울상 이성체, 전구약물, 또는 약제학적으로 허용되는 염인, 용도:
[화학식 V]
상기 화학식 V에서,
R1은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R2는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R3은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R4는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R5는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R6은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R7은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R8은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R9는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R10은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
X는 C(R21)2, -C(O)N(R22)-, -C(O)-, -C(O)O-, -S(O)-, -SO2- -CH(R11)CH(R12)-, -C(R11)=C(R12)-, 및 로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
여기서,
R11은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2 NC(O)R21, NC(O)OR21, NC(S)R21, NC(S)N(R22)2, NSO2R21, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R12는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2 NC(O)R21, NC(O)OR21, NC(S)R21, NC(S)N(R22)2, NSO2R21, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
각각의 R21 은 수소, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 선택적으로 치환된 헤테로아릴, 및 이들의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택될 수 있고;
각각의 R22는 수소, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 선택적으로 치환된 헤테로아릴, 및 이들의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택될 수 있다.
97. 단락 95에 있어서, 상기 스틸벤 유도체는 4,4'디이소티오시아노스틸벤-2,2'-디설폰산 (DIDS)인, 용도.
98. 단락 95에 있어서, 상기 스틸벤 또는 스틸벤 유도체는
(E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))디아세트아미드; (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(2-메틸프로판아미드); (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(2-메톡시아세트아미드); (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))디메탄설폰아미드; (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))디사이클로프로판설폰아미드; (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(프로판-2-설폰아미드); (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(프로판-2-설폰아미드); (E)-N-(4-(4-아미노스티릴)페닐)프로판-2-설폰아미드; (E)-1,1'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(3-메틸티오우레아); (E)-1,1'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(3-이소프로필티오우레아); (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)아세트아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)이소부티르아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-2-메톡시아세트아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)메탄설폰아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)사이클로프로판설폰아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)프로판-2-설폰아미드; N'-(4-{(E)-2-[4-(디메틸아미노)페닐]-1-에테닐}페닐)-N,N-디메틸설파미드; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-메틸티오우레아; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-이소프로필티오우레아; (E)-1-사이클로프로필-3-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)티오우레아; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-메틸우레아; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-이소프로필우레아; (E)-1-사이클로프로필-3-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)우레아; 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-아세트아미도벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-이소부티르아미도벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(2-메톡시아세트아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(사이클로프로판설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(1-메틸에틸설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-((N,N-디메틸설파모일)아미노)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-아세트아미도벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-이소부티르아미도벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(2-메톡시아세트아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(메틸설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(사이클로프로판설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(1-메틸에틸설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-((N,N-디메틸설파모일)아미노)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-사이클로프로필티오우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-에틸우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(사이클로프로판설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(2-메톡시아세트아미도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(2-메톡시아세트아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(메틸설폰아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-에틸우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-에틸우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(2-메톡시아세트아미도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-메틸티오우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-메틸티오우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필티오우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-에틸우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트); (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N-메틸벤즈아미드); (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N-이소프로필벤즈아미드); (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N,N-디메틸벤즈아미드); (E)-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(모르폴리노메타논); (E)-5-(4-하이드록시스티릴)벤젠-1,3-디올(3,5,4'-트리하이드록시-트랜스-스틸벤); 및 레스베라트롤
로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도.
99. 단락 95에 있어서, 상기 스틸벤 또는 스틸벤 유도체는
(E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(프로판-2-설폰아미드); (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)사이클로프로판설폰아미드; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(사이클로프로판설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(디메틸아미노-설폰아미드); (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)프로판-2-설폰아미드; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N-메틸벤즈아미드); (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트); (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-5-아세트아미도-2-(4-(사이클로프로판설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 및 (E)-5-아세트아미도-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트
로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도.
100. 단락 94에 있어서, 상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
4-메틸퀴나졸린-2-카르복스아미드; 벤즈[h]이소퀴놀린-6-아민; 5,6-디메틸-2-메르캅토메틸벤즈이미다졸; (E)-1-(2-하이드록시페닐)-3-(피리딘-3-일)프로프-2-엔-1-온; N4-부틸-6-클로로피리미딘-2,4-디아민; 1-테르모프신; 6-아미노-5-니트로소-2-페닐피리미딘-4(1H)-온; 및 4-(2-아미노-4-니트로페닐아미노)페닐
로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도.
101. 단락 94에 있어서, 상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
7-아자인돌-3-카르복스알데하이드; 2-아미노-4-페닐페놀; 3-(1-메틸-3-피롤리디닐)인돌; 1-메틸-[1,2,4]트리아졸로[4,3-a]퀴놀론; 2-아미노-5-니트로-1H-벤즈이미다졸; 2-(5-니트로-2-푸르푸릴리덴)아미노에탄올-N-옥사이드; 니푸라트론; 알파-메르캅토-N,2-나프틸아세트아미드; 1-테르모스핀; N4-부틸-6-클로로-2,4-피리미딘디아민; 2-(2-하이드록시-6-프로판-2-일옥시-사이클로헥실)아세트산; 6-아미노-5-니트로소-2-페닐-1H-피리미딘-4-온; 4-아미노-2-하이드록시페닐)아르손산; 스피로[1,2-디하이드로인덴-3,5'-이미다졸리딘]-2',4'-디온; N~4~-(4-메톡시페닐)-6-메틸피리미딘-2,4-디아민; 2-아미노-9-펜틸-3H-퓨린-6-티온; 2-(4-메톡시페닐)-3-(피리딘-3-일)프로프-2-엔니트릴; 2-클로로피리미딘-4,6-디카르복스아미드; 2-아미노-3H-페녹사진-3-온; 2-메틸-N-벤질-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘-4-아민; 4-(벤질아미노)-2-메틸-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘; 2-아미노-1-나프탈렌설폰산; N-sec-부틸-3-메틸벤즈아미드; 벤즈[h]이소퀴놀린-6-아민; 및 2-(2-메틸사이클로헥실리덴)하이드라진카르복스아미드
로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도.
102. 단락 73 내지 단락 94 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는 항체 또는 항체의 항원-결합성 단편을 포함하는 폴리펩티드 또는 단백질 결합 단백질인, 용도.
103. 단락 73 내지 단락 94 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
miRNA; shRNA; siRNA; amiRNA; dsRNA; 안티센스 RNA 또는 리보자임
으로 이루어진 군으로부터 선택된 RNAi 작용제인, 용도.
104. 단락 73 내지 단락 103 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는 약제학적으로 허용되는 담체를 추가로 포함하는, 용도.
105. 단락 73 내지 단락 104 중 어느 한 단락에 있어서, 치료제의 투여를 추가로 포함하는, 용도.
106. 단락 73 내지 단락 105 중 어느 한 단락에 있어서, 검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포를 갖는 상기 대상체는 검출가능하거나 상승된 수준을 가질 것으로 의심되는 대상체로부터 얻어진 생물학적 샘플 내의 DNA 편집 효소 폴리펩티드, mRNA, 또는 활성의 수준을 측정함으로써 확인되는, 용도.
107. 단락 73 내지 단락 106 중 어느 한 단락에 있어서,
검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포를 갖는 상기 대상체는 상승된 수준을 가질 것으로 의심되는 대상체로부터 얻어진 생물학적 샘플 내의 DNA 편집 효소 폴리펩티드, mRNA, 또는 활성의 수준을 측정하고, 그 수준을 건강한 대상체로부터 얻어진 생물학적 샘플 내에서 발견된 DNA 편집 효소 폴리펩티드, mRNA, 또는 활성의 수준에 대비함으로써 확인되며,
여기서 시험 샘플 내의 증가된 양의 DNA 편집 효소 폴리펩티드, mRNA, 또는 활성은 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제에 의한 치료를 필요로 하는 대상체의 지표가 되는, 용도.
108. 단락 106 또는 단락 107에 있어서, 상기 DNA 편집 효소 폴리펩티드의 수준의 측정은
웨스턴 블롯; 면역침전; 효소-결합 면역흡수 검정(ELISA); 방사면역학적 검정(RIA); 샌드위치 검정; 단백질 동소 어레이; 면역조직학적 염색; 방사면역측정 검정; 겔 확산 침전 반응; 면역확산 검정; 현장 면역검정; 침전 반응; 면역형광 검정; 정량적 동소 단백질 분석(AQUA); 질량 분석 및 면역전기영동 검정
으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 검정을 사용하는 것을 포함하는, 용도.
109. 단락 106 또는 단락 107에 있어서, 상기 DNA 편집 효소 폴리펩티드의 수준의 측정은 항체, 항체 단편, 단백질 결합 단백질, 또는 DNA 편집 효소 폴리펩티드에 결합되는 펩티드를 사용하는 검정을 포함하는, 용도.
110. 단락 106 내지 단락 109 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 항체 또는 항체 단편은 단일클론 항체인, 용도.
111. 단락 106 내지 단락 110 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 항체, 항체 단편, 단백질 결합 단백질 또는 DNA 편집 효소 폴리펩티드에 결합되는 펩티드는 검출가능한 표지로 표지되는, 용도.
112. 단락 106 또는 단락 107에 있어서, 상기 DNA 편집 효소 mRNA의 수준의 측정은
RT-PCR; 정량적 RT-PCR; 교잡 검정; 노턴 블롯; 마이크로어레이 기반 발현 분석; 전사 증폭; 자기-지속 서열 복제; 고성능 서열 분석; 및 RNA-Seq
로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 검정을 사용하는 것을 포함하는 용도.
113. 단락 106 또는 단락 107에 있어서, 상기 DNA 편집 효소의 활성의 측정은
교잡; 고성능 서열 분석; 엑솜 서열 분석; 형광 동소 교잡(FISH), PCR, 및 게놈 서열 분석
으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 검정을 사용하여 게놈 또는 그의 단백질의 전체 돌연변이 상태를 결정하는 것을 포함하며,
여기서 정상 돌연변이 상태의 2% 이상의 돌연변이 상태는 DNA 편집 효소의 활성임을 나타내는, 용도.
114. 단락 106 또는 단락 107 또는 단락 113 중 어느 한 단락에 있어서, 상기 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID) 활성의 활성의 측정은
교잡; 고성능 서열 분석; 엑솜 서열 분석; 형광 동소 교잡(FISH), PCR, 및 게놈 서열 분석
으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 검정을 사용하여 표적 유전자 IGH, BCL6, MYC, BCL11A, CD93, PIM1 및/또는 PAX5에서의 초돌연변이의 상태를 결정하는 것을 포함하는, 용도.
115. 단락 106 또는 단락 107에 있어서, 상기 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)의 활성의 측정은 포스포(phospho)-H2AX 검정, 53BP1 검정, 또는 RAD51 검정을 사용하는 것을 포함하는, 용도.
실시예
실시예
1:
비장세포에서의
XRCC2
의 억제
4 내지 6개월령 C57BL6/J 마우스로부터 성체 비장세포를 단리하였다. 미세 멸균 메쉬를 통한 비장을 10% (v/v) 열-불활성화된 소태아 혈청(FBS, 깁코(Gibco))과 함께 2 내지 10 mM L-글루타민(깁코)을 함유하는 RPMI-1640 배지 중에 분산시킴으로써 기계적 파괴에 의해 단일 세포 현탁액을 제조하였다. pH 7.5에서 0.01 M Tris-HCl 완충액 중 8.3 g/L의 염화암모늄을 사용하여 저장성 용해에 의해 적혈구를 제거하였다. 남아 있는 비장세포를 37℃에서 5% CO2 가습된 대기 중에서 10% 소태아 혈청(FBS)으로 보충된 2 내지 10 mM L-글루타민을 함유하는 보충된 RPMI-1640 중에서 배양하였다. Xrcc2를 표적으로 하는 렌티바이러스성 shRNA 벡터(TRCN0000071023, TRCN0000071024 및 TRCN0000071027; 시그마(Sigma)로부터의 것임)로 세포를 형질도입시켰다. Xrcc2-특이적 짧은 헤어핀 RNA(shRNA) 또는 (스크램블 서열을 갖는) 대조 shRNA를 안정하게 발현하는 CH12-F3-유도체주를, 개별 shRNA 벡터에 의한 직접 형질도입 후, 퓨로마이신 내성에 대한 선택을 행함으로써 발생시켰다. 1차 비장세포의 형질도입의 경우, 퓨로마이신-내성 카세트를 향상된 녹색 형광 단백질(eGFP) (클론테크(Clontech))을 암호화하는 서열로 대체함으로써 원래의 벡터를 변형시켰다. 대조군으로서, 엠티(empty) pLKO.1-eGFP 벡터 또는 스크램블 shRNA를 발현하는 벡터를 사용하였다. 벡터를 위형(pseudotyped) 바이러스 내로 패키징하고, 이를 사용하여 문헌[Hasham, and Tsygankov, 2004, Virology 320, 313-329]에 기개된 바와 같이 1차 세포를 형질도입시켰다. Xrcc2-특이적shRNA로 형질도입된 세포를 XKD 세포라 불렀으며, 대조군을 Ctrl로 표지하였다. 하나의 하위세트는 CD40에 대한 1 μg/ml 항체(항-CD40; HM40-3; 파르민젠(Pharmingen)) 단독을 사용하여 비활성화된(Non) 것으로서 배양하여 클래스 스위칭 없이 증식을 유도하고, 다른 하나는 1 μg/ml 항-CD40 + 25 ng/ml 인터루킨 4 (IL-4; 페프로테크(Peprotech), 카탈로그 번호 214-14)를 사용하여 활성화된(Act) 것으로서 설정하여 증식 및 클래스-스위치 재조합을 유도하였다. 배지 및 사이토카인을 2일 후에 보충하였다. 3일의 자극 후, eGFP의 발현을 사용하여 생존력에 대해 세포를 평가하였다. 도 1은 모든 비활성화된 세포는 동일하게 거동한다는 것을 보여준다. 활성화된 세포에서, Xrcc2의 녹다운은 세포수를 크게 감소시킨다. 도 1은 p53의 결여(Trp53-/-)가 Xrcc2 shRNA를 발현하는 집단에서 관찰된 세포독성을 부분적으로 저지할 수 있다는 것을 추가로 보여준다.
실시예
2:
AID
발현 세포와
AID
-결핍 세포의 비교
실시예 1에 기재된 바와 같이 야생형 마우스 (AID +/+) 또는 AID-결핍 (AID -/- ) 마우스(문헌[Muramatsu et al. et al., 2000, Cell 102:553-63])로부터 비장세포를 단리하고 배양하였으며, 실시예 1에 기재된 바와 같이 Xrcc2 shRNA (XKD) 또는 대조 shRNA로 형질도입시켰다. AID +/+ B 세포 내의 XRCC2의 녹다운은 활성화 후의 생존을 손상시켰다(도 2). 대조적으로, AID -/- 마우스로부터의 XKD B 세포의 활성화는 세포 생존력 또는 생존에서 검출가능한 변화를 초래하지 않았다. 자기 비드-기반 세포 분류(120-000-302; 밀테니(Miltenyi))를 통한 CD43-발현 세포의 고갈에 의해 B220+IgM+ B 세포에 대해 XKD 세포를 특이적으로 부화시키고 세포 생존력 또는 생존에 대하여 활성화 후의 다양한 시점에서 검정했을 때, AID -/- 세포에서 어떠한 변화도 관찰되지 않았다(도 3). AID를 발현하는 B-세포(WT)에서는, 일수 2 및 일수 3에 세포사에서의 증가가 관찰되었다.
AID +/+ 또는 AID -/- XKD B 세포 배양액을 1μg/ml 항-CD40 (비활성화됨, Non) 또는 1μg/ml 항-CD40 + 25 ng/ml IL-4 (활성화됨, Act)와 함께 배양하고, 이어서 인산화된 γ-H2AX에 대한 다중클론 항체(1:400 희석액; A300-018A; 베틸 래버러토리즈(Bethyl Laboratories), 미국 텍사스주 몽고메리 소재)를 사용하여 비수복된 이본쇄 절단(DSB)의 마커인 γ-H2AX의 좌에 대해 세포를 염색하였다(문헌[Rogakou et al., J Biol Chem 1998, 273:5858-5868]). 대조 및 XKD B 세포 배양액 둘 모두는 활성화 후 γ-H2AX+ 세포(하나의 γ-H2AX 좌 또는 그 초과의 γ-H2AX 좌를 함유하는 세포)의 AID-의존성 분율이 더 크다는 것을 보여주었다(도 4). 대조 shRNA 또는 AID -/- XKD 배양액으로 형질도입된 AID -/- 배양액은 활성화 후 γ-H2AX 양성에서 어떠한 변화도 나타내지 않았다(도 5). 그러나, 세포당 좌를 γ-H2AX+ 분율로 정량화했을 때, XKD 세포는 세포당 γ-H2AX 좌의 개수에서 특이하고 유의한 증가를 가진다는 것을 확인하였다(활성화 전의 세포당 대략 2개의 좌로부터 활성화 후의 세포당 4개 초과의 좌까지; 도 5). 이 효과는 AID -/- 세포에서는 관찰되지 않았으며, 이는 그것이 AID에 좌우된다는 것을 제시한다.
1차 세포(CH12-XKD 세포)에서 사용된 것과 동일한 Xrcc2-녹다운 작제물을 함유하는 클래스-스위치-경쟁 마우스 B 세포주 CH12-F3 (문헌[Nakamura, M. et al. 1996, Int. Immunol. 8, 193-201])에서 유사한 γ-H2AX 반응을 관찰하였다(도 6). 2 내지 10 mM L-글루타민(깁코) 10% (v/v) 열-불활성화된 소태아 혈청(FBS) (오메가 사이언티픽(Omega Scientific)) 및 5% (v/v) NCTC 109 배지(깁코)로 보충된 RPMI-1640 배지 중에 CH12-F3 세포를 유지하였다. Xrcc2-특이적 shRNA 또는 (스크램블 서열을 갖는) 대조 shRNA를 안정하게 발현하는 CH12-F3-유도체주를, 개별 shRNA 벡터에 의한 직접 형질도입 후, 퓨로마이신 내성에 대한 선택을 행함으로써 발생시켰다. DNA DSB의 또 다른 마커인 DNA 손상-반응 인자 53BP1을 사용하여, 활성화-유도 좌의 축적이 XKD 세포에서는 특이적으로 관찰되었지만 대조 세포에서는 관찰되지 않았다.
요약하면, AID가 B 세포 게놈을 무차별하게 공격하여 폭넓은 DSB를 초래할 수 있다는 것이 본 명세서에서 입증된다. 상동적 재조합 인자 XRCC2가 AID-유도 부수적 손상에 대한 내성(이는 B 세포 생존력 및 게놈 안정성을 보장함)에서 중요하다는 것이 본 명세서에 추가로 입증되어 있다. 구체적으로, 이들 연구결과는 발생적으로 프로그램된 DSB를 도입시키는 것과 동일한 기전이 대체적으로 게놈에 대해 고유의 동시적 위험을 가질 수 있다는 것을 나타낸다. 이는 상동적 재조합이 정상 림프구 발생에 있어서뿐만 아니라 면역결핍 또는 암과 같은 림프성 병상(lymphoid pathology)의 방지에 있어서도 중요하다는 것을 제시한다.
실시예
3:
DIDS
는 수용 세포의 세포 생존력을 감소시킨다
잠재적인 작용제로서의 DIDS를 입증하기 위하여, 그리고 그의 DSB 수복 억제 활성을 확인하기 위하여, DIDS에 노출시킨 후에 1차 야생형 마우스 비장세포의 방사선 감수성(radiosensitivity)을 측정하였다. 총 2x106개의 비장세포를 0, 300 μM, 600μM 또는 1000μM DIDS를 함유하는 배지 중에, 또는 비히클 단독 대조군 중에 현탁시키고, 137Cs 조사기(셰파드(Shepard))를 사용하여 여기에 2.5 Gy 이온화 방사선을 즉시 제공하였다. 이어서, 동일한 DIDS 농도를 함유하는 배지 중에서 세포를 배양하고, 36시간의 회복 시간 후에 세포 카운트를 결정하였다. DIDS 처리는 비히클-대조군에 비하여, 용량 의존적으로 2.5 Gy 조사에 대해 고감수성을 가져왔다. 0 및 300μM DIDS에서, 세포 카운트는 비히클-단독인 것과 유사하였다. 그러나, 600μM DIDS 중에서 배양된 세포는 생존력에서 대략 25% 감소를 나타냈으며, 1000μM DIDS 중에서 배양된 세포는 생존력에서 87% 감소를 나타냈다. 이들 데이터는, DIDS 처리가 RAD51 억제에서의 그의 공지된 역할과 일치하여, 1차 비장세포에 대해 예측된 방사선 감수성을 제공한다는 것을 보여준다.
성체 C57BL/6J 마우스 (AID+/+)의 비장으로부터 및 AID 녹아웃 마우스 (AID-/-)로부터 1차 마우스 B-세포를 단리하였다(실시예 1 및 실시예 2 참조). 1x10^6개의 1차 B-세포를 조직 배양 플레이트 내로 시딩(seeding)하고, 일수 0 및 일수 2에 1μg/ml 항-CD40 항체 (항-CD40; 비디 파르민젠(BD Pharmingen); 카탈로그 번호 553721) 및 25 ng/ml IL-4로, 또는 항-CD40 단독으로 자극하였다. 배양 부피를 세포 성장을 수용하도록 조정했을 때, 배양 개시 후 0 및 2일째에 0, 50 μM, 100μM 또는 150μM의 DIDS를 첨가하였다. 세포를 6일에 걸쳐 배양하였다. 일수 1, 2, 3, 4 및 6에 트리판 블루로 염색한 후에 혈구계를 사용하여 생존 세포의 개수를 카운팅하였다. 도 7에는, DIDS로 처리한 후의 C57BL/6J 마우스 (AID +/+) 및 AID -녹아웃 마우스 (AID -/-)로부터의 생존 1차 B-세포의 개수가 나타나 있다. AID +/+ B-세포에서, 150μM DIDS는 일수 3에서부터 세포 생존력을 크게 저하시킨다. B-세포 생존력의 감소는 또한 100μM DIDS의 농도에서 관찰된다. AID+/+ B-세포가 항-CD40 + IL-4로 자극되지 않을 경우, DIDS는 세포 생존력에 영향을 주지 않는다. 추가로, AID-/- 세포는 DIDS에 의해 영향을 받지 않으며, 세포 생존력에서 어떠한 유의한 변화도 나타내지 않는다.
야생형 또는 AID 녹아웃(-/-) 마우스의 비장으로부터 세포를 단리하고, 배양하고, 일수 0 및 일수 2에 항-CD40 항체 및 IL-4로 자극하였다. DIDS를 0 또는 150μM의 농도로 일수 0 및 일수 2에 첨가하였다. 구아바 이지사이트 유세포 분석기 검정을 사용하여 격일로 생존 세포의 총 개수를 결정하였다. 150μM DIDS로 처리된 자극된 세포는 더 낮은 생존력을 나타내었다(도 9).
실시예
4:
AID
유전자 발현 프로파일링
다양한 조직, 즉 뇌, 혈액 및 골수, 가슴, 결장, 신장, 폐, 난소, 전립선 및 피부로부터 유래된 59개의 인간 암세포주의 NCI-60 세트에서 AID의 발현을 프로파일링하였다. 도 8a에 도시된 바와 같이, 높은 AID 발현이 림프종 및 백혈병 세포주에서 검출되었다. 1차 인간 세포/조직에서 발현을 추가로 특징규명하였으며, 높은 발현이 백혈병 및 림프종 샘플에서 검출되었다(도 8b).
실시예
5: 새로운
생체활성
화합물의 선별
DIDS의 생체활성 유도체를 확인하기 위하여, 설포네이트 또는 이소티오시아네이트 기를 다른 화학적 독립체(chemical entity)로 대체함으로써, 또는 스틸벤 골격 내의 2개의 고리를 연결시키는 이중 결합을 변경시킴으로써 DIDS의 105개의 화학적 변이체의 라이브러리를 발생시켰다. 모든 화합물을 100 마이크로몰의 스톡(stock) 농도로 디메틸 설폭사이드 (DMSO) 중에 재현탁시키고, 10, 50, 또는 150μM의 작업 농도를 생성하도록 연속 희석에 의해 사용하였다. 이들을 개별적으로2회 반복하여 96웰 마이크로타이터 배양 디쉬 내로 피펫팅하여, 10μM 화합물의 2개의 플레이트, 50μM 화합물의 2개의 플레이트, 및 150μM 화합물의 2개의 플레이트를 생성하였다. 각각의 세트에서, 하나의 플레이트는 자기 비드 기반 분류에 의해 단리되어 B220+ IgM+ B-세포에 대해 부화시킨 100,000개의 정상 C57BL/6J 비장 B-세포 (AID+/+)로 시딩하고, 하나의 플레이트는 동일하게 단리된 AID-/- 마우스로부터의 100,000개의 비장 B-세포로 시딩하였다. 각각의 배양액을 일수 0에 1μg/ml 항-CD40 + 25 ng/ml IL-4의 첨가에 의해 자극하여 증식 및 클래스-스위치 재조합을 유도하였다. 2일 후에, 각각의 배양액을 추가의 1 μg/ml 항-CD40 + 25 ng/ml IL-4에 의해 재자극하였다. 총 4일의 자극을 위하여 배양하에서의 추가 2일 후, 멀티톡스-플루오르 다중 세포독성 검정(프로메가, 인크.)을 사용하여 각각의 플레이트의 각각의 웰에서 생존 세포 카운트를 결정하였다. 생존력 측정을 위하여, 100 마이크로리터의 2X 멀티톡스-플루오르 다중 세포독성 시약을 각각의 웰에 첨가하고 혼합한 후, 30분 동안 37℃에서 인큐베이션하였다. 이어서, 플레이트를 형광-가능 멀티플레이트 리더로 이동시키고, 400 nm 여기 및 505 nm 방출의 검출을 사용하여 분석하여 남아있는 생세포의 분율을 측정하였다. 대조군으로서, 비히클 단독(DMSO) 또는 150μM DIDS가 들어 있는 웰을 각각의 플레이트 상에 포함시켰다. 정상 B-세포 플레이트 내의 생세포의 분율을 상응하는 AID 녹아웃 플레이트 내의 생세포의 분율로 나눈 것으로서 각각의 화합물에 대한 생존력 점수를 결정하였다. 정상/AID 녹아웃 비를 DIDS 비의 수준 이하로 생성하는 화합물은 추가의 입증 및 시험을 위한 후보 화합물로서 고려하였다. DIDS 화합물의 부재시에, AID-/- 세포에 비하여 AID+/+ 세포에서 선택적으로 세포 생존력이 저하된 결과(AID+/+ : AID-/- 비가 1 미만이 됨)는 초기 양성 히트로서 점수를 매긴다. 초기 선별은 10개의 유도체, 즉 BB5-6, BB1-6, BB1-7, BB2-6, BB2-5, BB5-39, BB4B-2, BB5-4, BB5-47, 및 BB8-1을 확인하였다(도 10).
실시예
6: 인간
CLL
세포에 대한
DIDS
의 영향
비디 배큐테이너(BD Vacutainer) CPT 튜브(비디(BD), 미국 뉴저지주 프랭클린 레이크스) 내로의 말초 출혈을 통해 환자로부터의 혈액 샘플(8 내지 16 mL)을 수집하고, 제조업체의 사용설명서에 따라 원심분리하여 분리 겔 아래로 적혈구를 격리시키고, 24시간 이내에 잭슨 래버리토리(Jackson Laboratory)로 이송하였다. 수령시, 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)를 제조업체의 사양서에 따라 샘플로부터 단리하였다. 인간 환자로부터의 14개의 1차 만성 림프구성 백혈병(CLL) 샘플로부터의 백혈구(WBC) 카운트를 차이를 두고서 전혈 카운트(CBC)로부터 계산하였다. 세포를 분리하고 밤새 운송된 후의 실험적 세포 카운트와 계산값을 비교하였다. 이는 현저하게 일관성 있는 단리 효율임을 밝혀낸다. 1차 CLL 샘플(WBC)을 표준 농도로 희석하고, 3.0x10^6개의 세포를 배양액 중에 시딩하였다. 복제(replicate) 배양액을 0μM (n=5), 150μM DIDS (n=4), 또는 600μM DIDS (n=2)로 보충하였다. 배양 일수 2, 4, 6, 및 8에 혈구계를 사용하여 수동으로 카운팅함으로써 생존 세포 카운트를 결정하였다. DIDS-처리된 배양액은 비처리된 대조군에 비하여 생존 세포 카운트에서 유의한 하강을 나타내었다(도 11).
실시예
7:
비장세포에
대한 4'-
브로모
-3'-
니트로프로피오페논의
영향
실시예 1에 기재된 바와 같이 성체 AID-/- 마우스의 비장으로부터 1차 마우스 B-세포를 단리하였다. 10% FBS를 함유하는 PMI-1640 배지 중에 ml당 1x10^6개 세포의 농도로 배양액을 확립하였다. 배양액을 항-CD40 항체 + IL-4로 활성화시키고, 0.5, 5, 50, 또는 500μM 농도의 4'-브로모-3'니트로프로피오페논 (NS-123) (칼바이오켐로부터 구매됨; CAS 번호 101860-83-7)으로 처리하였다. 세포를 배양하에 2일 후에 항-CD40 + IL-4에 의해 재활성화시켰다. 배양하에서의 1, 2, 3, 및 4일 후에 트리판 블루 염색에 의해 세포 카운트를 결정하였다. 50μM 및 500μM 농도의 NS-123에서, AID-널(null) 비장세포는 생존 불가능하였다. 5μM 농도의 NS-123에서, 비장세포의 생존력은 비처리된 비장세포에 대비할 때 저하된다(도 12).
B-세포를 활성화시키기 위해 항-CD40 + IL-4로 보충된 RPMI-1640 배지 중에, 1차 AID-녹아웃 마우스 비장세포를 1x10^6개 세포수/ml의 농도로 일수 0에 배양액 중에 시딩하였다. 개별 배양액을 0, 5, 10, 20, 30, 40, 또는 50μM NS-123으로 보충하고, 일수 1, 2, 3, 및 4에 트리판 블루 염색 후에 생존 세포를 카운팅하였다(도 13). AID-널 비장세포에서의 NS-123에 대한 LD50은 14 μM인 것으로 결정되었다. NS-123의 유효성을 입증하기 위하여, 야생형 마우스(AID 발현)로부터 단리된 비장세포를 AID -/- 마우스로부터의 비장세포(활성화된 것 및 비활성화된 것)에 대비하여 시험할 수 있다.
실시예
8:
DSB
억제제의
생체내
시험
AID를 어디에서나 또는 조직-특이적으로 과다발현하는 마우스를 DSB 억제제로 처리한다. 하나의 그러한 적합한 마우스 모델은 B6.Cg-Tg(Igk-Aicda)14Mnz/J(여기서는 AID가 B 림프구(B 세포)에서 과다발현됨) 또는 C57BL/6-Tg(CAG-Aicda)B1Hon/HonRbrc(여기서는 AID가 어디에서나 발현됨)이며, 이때 발현은 CAG (치킨 베타-액틴 프로모터, 래빗 베타-글로빈 폴리 A, CMV-IE 인핸서) 프로모터를 사용한다(문헌[Okazaki et al., J Exp Med. 2003, 197(9):1173-81]). 그러한 마우스 모델은 림프종 및 다른 암성 병변을 발생시키는 것으로 보고된 바 있다. DSB 억제제(예: 스틸벤, DIDS, NS-123, 또는 레스베라트롤)를 마우스에 투여할 수 있다. 투여는 정맥내(i.v.), 복강내(i.p.), 근육내(i.m.) 또는 피하(s.c.) 주사에 의해, 또는 연속 처리용 삼투 펌프를 사용하여 또는 음용수를 통해 행해질 수 있다.
C57BL/6-Tg(CAG-Aicda) 마우스의 경우에, 이들 마우스는 T 세포 림프종을 발생시키고 도입유전자 삽입에 따라 40 내지 80주에 사망하는 것으로 보고된 바 있다(문헌[Okazaki et al., J Exp Med. 2003, 197(9):1173-81]). DSB 억제제에 의한 처리는 림프종의 감소 및 수명 연장을 가져올 수 있다.
실시예
9: 이종이식 마우스 모델
AID 활성을 갖는 1차 만성 림프구성 백혈병(CLL) 환자로부터의 5x10^6 1차 백혈구(WBC)를 0.1 mL의 PBS 중에 현탁시키고, 이어서 면역결핍 마우스, 예를 들어 NOD-scid 또는 NOD-scid IL2R감마 (NSG) 내로 정맥내 주사할 수 있거나 삼투 펌프에 의해 투여할 수 있다. 종양이 말초 혈액 상에 유동을 형성한 후에, 마우스를 4개의 집단 중 하나에 무작위로 할당할 수 있다: 비히클 대조군, 5 mg/kg DIDS, 25 mg/kg DIDS 및 50 mg/kg DIDS를 30% 프로필렌 글리콜을 함유하는 DMSO 중에서 혼합하고, 4 내지 8주 동안 1주 간격으로 정맥내 주사한다. DIDS를 투여받지 않은 집단은 30% 프로필렌 글리콜 중에 용해된 동일한 부피의 DMSO 단독으로 처리될 수 있다. 말초 혈액을 1주 간격으로 유동에 의해 분석할 수 있다. 연구의 종료시에, 마우스를 희생시키고 조직학적 분석을 수행할 수 있다.
실시예
10:
AID
+
또는
AID
-
인간 종양 샘플을 갖는 이종이식 마우스 모델
NOD-scid IL2R감마 (NSG 마우스)를 AID+ 및 AID- 인간 종양 샘플로 생착시켜 환자 질환을 가능한 한 근접하게 반영하는 다수의 복제 생체내 모델을 생성할 수 있다. 이어서, 이들을 사용하여 유전자 화학치료의 생체내 효능을 시험하고, 효능을 AID 발현 수준에 관련시키고, 잠재적인 유전자 화학치료 부작용을 평가할 수 있다.
각각의 환자 샘플로부터 다수의 수용자(recipient) (최대 15마리)를 생성하기 위하여, 각각의 환자 샘플로부터의 1x10^6 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)를 정맥내, 비장내, 또는 필요하다면, 골수내 주사에 의해 6주령 수컷 NSG 마우스 내로 도입할 수 있다. 이전 연구는 B-림프성 암이 60% 초과의 NSG 마우스의 성공적인 생착률을 가진다는 것을 나타내어 왔다(문헌[Immunol, 2005, 174(10), 6477-89]; [Leukemia. 24(11), 1859-66]; [Ann NY Acad Sci, 2007. 1103: p. 90-3]). 생착 후, 각각의 수용자 집단은 각각 최대 5마리 마우스의 처리 하위군으로 세분될 수 있다. 주사 후 1주 내지 1개월에, 마우스(최대 5마리 집단 내)를 DIDS (실험적으로 결정된 농도를 사용함), 비히클 대조군으로 처리하거나, 또는 그대로의 처리하지 않은 상태로 둘 수 있다. 출발 계획으로서, 4 내지 8주 동안 1주 간격으로 정맥내 주사에 의해 DIDS 또는 다른 화합물로 마우스를 처리할 수 있거나, 또는 약물 주사 사이에 1주 간격으로 말초 혈액을 수집하여, 유세포 분석에 의해 순환 중인 인간 림프성 세포에 대해 모니터링할 수 있다. 4 내지 8주의 처리 후, 모든 수용 마우스를 안락사시킬 수 있으며, 이어서 종양 발생, 부하(burden), 퇴행, 및 생존 시간을 각각의 처리군 내의 모든 마우스에 대해 결정할 수 있다.
종양 부하: 희생시, 말초 혈액 및 림프성 기관 조직을 유세포 분석 또는 면역형광에 의해 인간 백혈병 세포에 대해 분석할 것이다. 인간 세포를 검출하고 이들을 마우스 세포로부터 구별하기 위하여, 인간 백혈병 진단 마커 hCD19, hCD22, 및 hCD79a뿐만 아니라 마우스 마커, 예컨대 mCD19에 대한 공염색(co-stain)을 수행할 수 있다. 인간 세포의 개수를 비처리된 수용자, 비히클-처리된 수용자, 및 DIDS-처리된 수용자에서 비교할 수 있다. DIDS가 유전자 화학치료 반응을 이끌어낸다면, 대조군에 비하여 처리군에서 더 적은 개수의 인간 백혈병 세포가 예측될 것이다.
아폽토시스는 형광 표지된 아넥신(Annexin) V로 염색하고, DNA 결합성 염료인 7-아미노-악티노마이신 D (7-AAD)로 대비염색함으로써 측정할 수 있다. 인간 세포를 상기에서와 같이 마우스로부터 구별할 수 있다. 아폽토시스성 세포의 백분율은 유세포 분석에 의해 결정할 수 있다. 대안적으로, 아폽토시스는 면역형광 현미경법에 의해 AC3를 검출함으로써 측정할 수 있다.
처리 후( post - treatment ) 조직병리 분석. 환자 유래 이종이식 마우스의 유전자 화학치료에 대한 반응 또는 내성을 평가하기 위해, 약물 처리된 모든 마우스 및 대조 마우스에 철저한 조직병리 분석이 행해질 수 있다. 이전 연구는 골수 미세환경 내의 백혈병 세포가 그 외의 다른 세포독성 화학치료에서 생존할 수 있다는 것을 제시해 왔다. 따라서, 종양 세포 점유에 대한 골수, 다른 림프성 니치(nich), 및 잠재적인 피난 부위(sanctuary site), 예컨대 CNS에 대한 분석뿐만 아니라 CD5, CD19, CD22, CD23, 또는 CD79a와 같은 인간 B-세포 마커에 대한 염색을 수행할 수 있다. 니치 그 자체에 대한 약물 처리의 영향은 적절한 마우스 조직 염색 및 마커를 사용하여 병행 마우스 조직병리를 수행함으로써 조사할 수 있다. 조직병리를 위해 수집된 모든 조직(골수, 비장, 비정상의 증거를 나타내는 다른 조직)은 포르말린 중에 고정시키고, 트리밍하고, 파라핀 포매할 수 있다. 모두 고정되었으면, 조직을 헤마톡실린 및 에오신(H&E)으로 염색할 수 있다. 이들 분석을 위하여, 마우스 내의 인간 백혈병의 존재, 및 약물 처리 계획에 의해 야기된 해부학적 비정상이 탐색될 수 있다. 이종이식 마우스로부터의 대퇴골 및 비장의 포르말린-고정된 파라핀 포매 절편을 인간 CD19, CD22, 및 CD79a (B-세포 백혈병 마커)뿐만 아니라 음성 대조군으로서의 다른 계통 마커 패널(예: CD33, CD34 골수성 마커)에 대해 특이적으로 면역염색시켜 골수 및 2차 조혈 기관의 인간 세포 성분을 정확히 찾아낼 수 있다. 이들 분석의 목표는 잔존하는 인간 세포를 측정하고, 그들이 거주하는 미세환경을 확인하는 것일 것이다.
실시예
11:
AID
발현 분석 및 유전자형 결정(
genotyping
)
RNA 및 DNA 제조를 위하여, 표준 분자 생물학 프로토콜을 사용하여 1x10^6개 세포 내지 5x10^7개 세포가 추출될 수 있다. 각각의 샘플에서 정량적 역전사 PCR (qRT-PCR)에 의해 AID mRNA 발현을 측정할 수 있다. 인간 AID 전사물을 검출하기 위한 올리고뉴클레오티드 프라이머 서열은 hAID fwd 5'- TCCTTTTCACTGGACTTTGG-3' (서열 번호: 101); 및 hAID rev 5'-GACTGAGGTTGGGGTTCC-3' (서열 번호: 102)이다. 이들 프라이머에 의한 RT-PCR은 인간 AID에 특이적인 196 bp 반응 생산물을 생산한다. (로딩 대조군(loading control)의 유형에 대한) 인간 GAPDH 전사물에 대한 프라이머 서열은 hGAPDH fwd 5'-GAGTCAACGGATTTGGTCGT-3' (서열 번호: 103); 및 hGAPDH rev 5'-TTGATTTTGGAGGGATCTCG-3' (서열 번호: 104)이다. 이들 프라이머에 의한 RT-PCR은 인간 GAPDH 유전자에 특이적인 238 bp의 반응 생산물을 생산한다. 발현 수준은 문헌[Woo et al., Oncogene 2007, 26(41), 6010-20]에 따른 다중 정규화 프로토콜을 사용하여 정량화하여, 종양 세포 집합체 전체에 걸쳐 샘플-대-샘플 비교에서의 최고 수준의 신뢰도를 보장한다. 각각의 qRT-PCR 검정에서는, 정상 인간 섬유모세포(NHF)와 같은 AID-음성 대조군을 포함시킬 수 있다. 음성 대조군에서의 기준선 수준 초과의 AID mRNA 수준을 나타내는 종양은 AID 발현(+)으로 분류될 수 있으며; 대조 수준 이하의 AID mRNA 수준을 갖는 샘플은 AID 음성(-) 카테고리로 분류될 수 있다. AID 발현 데이터는 임상 진단 정보, 특히 표면 Ig 및 체세포 초돌연변이 상태와 통합될 수 있다. AID+ 카테고리 내에서, 샘플은 AID mRNA 발현 수준, 및 Ig 좌에서의 체세포 초돌연변이의 존재 또는 부재에 따라 등급 매겨질 수 있는데, 이때 이는 표준 임상 대리 마커에 의해 또는 샘플 수집 후의 직접 서열 분석에 의해 결정된다.
실시예
12:
AID
활성을 측정하기 위한 서열 분석
유전자 화학치료에 대한 기초는 종양 세포에서의 AID 활성이다. 따라서, AID 돌연변이적 활성을 측정하기 위해 게놈 서열 분석을 수행할 수 있다. AID는 Igh (주요 생리학적 표적)에, 그리고 Myc, Bcl6, Bcl11a (모두 빈번하게 표적화되는 암유전자), CD93 및 빈도가 다양한 다수의 기타를 포함한 비-Ig 유전자의 숙주에 작용하는 것으로 알려져 있다. 모든 알려진 인간 단백질 암호화 유전자 - 대략 26,000개의 유전자 - 에 대한 게놈성 DNA 플랭킹 프로모터 요소(유전자당 1 내지 2 kb)를 단리하기 위해 로봇 포획 시스템을 사용할 수 있다. 이러한 방법으로, 기지 및 미지 둘 모두의 AID 표적뿐만 아니라 비표적화된(음성 대조) 유전자를 분석할 수 있다. 모든 포획된 서열은 HiSeq 기기(일루미나(Illumina), 미국 캘리포니아주 샌디에고 소재)를 사용한 서열 분석을 위하여 바코드화되고 다중화(레인(lane)당 2 내지 4개의 샘플)될 수 있다. 현재, 표준 HiSeq 레인은 서열의 200억 개 초과의 뉴클레오티드를 제공하기 때문에, 4X 다중화는 2% 미만 빈도로 임의의 단일 유전자에서 일어나는 돌연변이를 검출하기에 충분한 커버리지를 제공할 수 있다(하기의 "분석 전략" 참조). 알려진 AID 표적 (IGH (NCBI 유전자 번호 3492), BCL6 (NCBI 유전자 번호 604), MYC (NCBI 유전자 번호 4609), BCL11A (NCBI 유전자 번호 53335), CD93 (NCBI 유전자 번호 22918), PIM1 (NCBI 유전자 번호 5292) 및/또는 PAX5)뿐만 아니라 MEF2B CD93 (NCBI 유전자 번호 100271849) 및 LTB (NCBI 유전자 번호 4050) (이들 2개의 유전자는 점 돌연변이 또는 DNA 절단(음성 대조군)을 위하여 AID에 의해 아주 드물게 표적화됨)을 분석할 수 있다. 이 접근법은 종양 및 비종양 세포의 혼합을 함유하는 이종 세포 집단에서 비선택된 체세포 돌연변이를 검출하는 데 이상적이다. 버로우즈-휠러 정렬기(Burrows-Wheeler Aligner, BWA)를 사용하여 서열을 인간 참조 게놈 서열에 대해 정렬한 후에, 자발적으로 발생하는 체세포 돌연변이를 다음과 같은 서열 차이로서 확인할 수 있다: (1) 샘플당 적어도 2개의 독립된 판독값에서 생기고, 따라서 서열 분석 오차가 아닐 가능성이 높은 서열 차이; 및 50% 미만의 빈도로 생기고, 따라서 생식계열 다형이라기보다는 오히려 비-클론성 체세포 사건인 서열 차이(문헌[Bioinformatics 2009, 25(14): 1754-60]). 대부분의 샘플에 대해, AID-의존성 종양 돌연변이율을 측정할 수 있는 내부의 환자-특이적 샘플로서 사용하기 위해 많은 환자의 혈액으로부터 비-CLL 세포를 분류할 수 있다.
|
CH12-Ctrl | CH12-XKD | ||||
비처리됨 | 비활성화됨 | 활성화됨 | 비처리됨 | 비활성화됨 | 활성화됨 | |
절단을 갖는 세포수 (%) | 13 | 9 | 21 | 29 | 29 | 76 |
염색체수 (평균) | 40 | 41 | 40 | 40 | 41 | 39 |
중기(metaphse) 세포수 | 23 | 22 | 24 | 21 | 21 | 21 |
실시예
13:
DIDS
는 1차 마우스 B를 방사선
감작(radiosensitize)시킨다
1차 마우스 비장 B-세포를 실시예 1에 기재된 바와 같이 정상 야생형 C57BL/6J 마우스로부터 단리하고, 자기 비드(밀테니)로 분류하여 B220+ IgM+ B-세포를 부화시켰다. 정제된 B-세포를 0, 50, 100, 또는 150 마이크로몰 DIDS와 함께 10% FBS를 갖는 완전 중에서 배양하였다. 이어서, Cs137 조사기에서 0 (도 14, 채워진 원) 또는 2.5 Gy (=250 rad; 도 14, 빈 원)의 감마 조사를 세포에 가하였다. 이어서, 조사 후 24시간째에 혈구계 및 트리판 블루 염료 배제를 사용하여 수동 세포분석(manual cytometry)에 의해, 세포 생존력을 각각의 조건에 대해 점수 매기고 DIDS 무함유 조건에 대하여 도시하였다. 생존 세포의 분율은 상응하는 0μM DIDS 조건에 대해 정규화하여 보고한다. 오차 막대는 3개의 독립된 실험으로부터의 평균의 표준 오차(S.E.M)를 나타낸다. 이 데이터는 DIDS와 조합된 조사 처리가 50 마이크로몰 DIDS의 농도에서 출발하여 유의하게 생존력을 감소시킨다는 것을 나타낸다.
실시예
14:
DIDS
는
AID
(
AICDA
)와 상승작용하여 형질전환된 B-세포의 성장을 억제하고 생존을 저해시킨다
마우스 B-림프구성 백혈병 세포주 CH12-F3을 2 내지 10 mM L-글루타민(깁코), 10% (v/v) 열-불활성화된 소태아 혈청(오메가 사이언티픽) 및 5% (v/v) NCTC 109 배지(깁코)로 보충된 RPMI-1640 배지(완전 RPMI; 비활성화됨), 또는 1μg/ml 항-CD40 항체, 25 ng/ml IL-4 및 1 ng/ml 형질전환 성장 인자 베타 1 (TGF-beta1)을 함유하는 완전 RPMI-1640 배지(활성화됨) 중에서 배양하였다. 배양액을 0, 50, 100, 또는 150 마이크로몰 DIDS로 보충하고, 배양하에서의 0, 1, 2, 3, 4, 또는 6일 후에 수동 세포분석에 의해 총 세포 카운트를 결정하였다. 도 15a에서, 다양한 DIDS 농도로 처리된 비활성화된 세포는 세포 생존력 또는 세포 증식에서 어떠한 차이도 나타내지 않는다. 대조적으로, 150 마이크로몰 DIDS에 노출된 활성화된 CH12-F3 세포에서는 총 세포수의 큰 감소가 관찰되었다(도 15b).
실시예
15:
DIDS
처리는
AID
에 의해
발생된
DNA
손상의 수복을 방지한다
실시예 1에 기재된 8 내지 12주령 야생형(AID+/+) 및 AID-녹아웃(AID-/-) 마우스로부터 단리된 마우스 1차 비장세포를 150 마이크로몰 DIDS에 노출시키고, 항-CD40 항체 + 인터루킨-4에 의해 활성화하고, 고정시키고, 형광 DNA 염색 염료인 4',6-디아미디노-2-페닐인돌 (DAPI)을 사용하여 DNA 절단 마커인 포스포-H2AX 및 핵 DNA에 대해 염색하였다. 도 16a에서는, 0, 1 내지 2개, 또는 2개 초과의 포스포-H2AX 양성 좌를 함유하는 세포의 분율을 AID+/+ (채워진 막대) 및 AID-/- (빈 막대) 세포에 대해 정량화하였다. 2개 초과의 좌를 갖는 세포의 유의한 더 높은 분율이 DIDS-처리된 AID+/+ 세포에서 특이적으로 관찰되었다. 도 16b에서는, 포스포-H2AX 양성 세포(채워진 막대) 대 포스포-H2AX 음성 세포(빈 막대)의 비율을 AID-/- 배양액에 대비하여 AID+/+ 배양액에 대해 정량화하였다. AID+/+ 세포는 더 높은 백분율의 포스포-H2AX 양성 세포를 나타낸다. 도 16c에서는, 세포당 좌의 개수를 DIDS-처리된 AID+/+ (채워진 막대) 대 AID-/- (빈 막대) 세포에 대해 정량화하였다. 데이터는 표시된 개수의 포스포-H2AX 좌(0 내지 >20; x축)를 품는 세포의 절대 개수(y축)로서 표현되어 있다.
실시예
16:
AID
(
AICDA
) 발현 상태는 유전자 화학치료에 대한 후보 환자를 확인하는
바이오마커이다
IGVH 초돌연변이 상태와 조합된 AID (AICDA) 발현 상태는 유전자 화학치료에 대한 후보 환자를 추가로 계층화하는 바이오마커이다. 표준 실무에서, IGVH 돌연변이-양성(참조 서열로부터의 편차가 2% 초과임) CLL은 IGVH 돌연변이 음성(참조 서열로부터의 편차가 2% 미만임)보다 일반적으로 더 우수한 예후와 관련된다. 게놈 DNA를 1차 인간 만성 림프구성 백혈병(CLL) 세포로부터 단리하고, 특이적 IGVH 분절을 PCR에 의해 증폭시키고, 표준 생거 서열 분석(standard Sanger sequencing)을 사용하여 서열 분석하였다. IGVH 유전자 분절의 증폭을 위한 프라이머 서열은 다음과 같다:
VH1-FR1 5'-GGCCTCAGTGAAGGTCTCCTGCAAG-3' (서열 번호: 107);
VH2-FR1 5'-GTCTGGTCCTACGCTGGTGAAACCC-3' (서열 번호: 108);
VH3-FR1 5'-CTGGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTG-3' (서열 번호: 109);
VH4-FR1 5'-CTTCGGAGACCCTGTCCCTCACCTG-3' (서열 번호: 110);
VH5-FR1 5'-CGGGGAGTCTCTGAAGATCTCCTGT-3' (서열 번호: 111);
VH6-FR1 5'-TCGCAGACCCTCTCACTCACCTGTG-3' (서열 번호: 112);
JH 공통(consensus) 5'-CTTACCTGAGGAGACGGTGACC (서열 번호: 113).
참조 게놈 서열에 대한 뉴클레오티드 차이로서 돌연변이를 확인하였으며, 전체 뉴클레오티드의 백분율로서 정량화하였다. 돌연변이-양성 샘플을, 임상 진단 표준에 따라, 참조로부터 2% 초과의 편차를 갖는 샘플로서 확인하였다. 표 2에서 돌연변이 양성 샘플은 JE1010, JE1014, JE1015, JE1021, JE1030, JE1048 및 JE1061이다. 샘플 JE1050은 돌연변이를 나타내지 않는다. 샘플 JE1010, JE1014, JE1048 및 JE1050은 또한 AID 발현에 대해 양성이었다.
CDR2 (IGVH4-34) | 서열 번호 | |
생식계열 | GAAATCAATCATAGTGGAAGCACCAACTACAACCCGTCCCTCAAGAGT | 147 |
JE1010(AID+) | GATATCAGTCATAGTGGCATCCCCAAGTACAACCCGTCCCTCAAGAGT | 148 |
JE1014(AID+) | GAAATCAATCATGGTGGAAATCCCAACTACAACCCGTCTCTCAGGAGC | 149 |
JE1015(AID-) | GAAATCAATCATGTTGGAAGTACCACCTACAACCCCTCCCTCAAGAGT | 150 |
JE1021(AID-) | GCAATCAATAATAGTGGAAACACCTTGTTCACCCCATCCCTCACGAGT | 151 |
JE1030(AID-) | GAAATCAATCACAGTGGAAGAACCAACCACAACCCGTCCCTCAGGAGT | 152 |
JE1048(AID+) | GAAACCTATCATAGTGCATACACCAAGTACAGCCCGTCCCTCCAGGGT | 153 |
JE1061(AID-) | GAGATCGATTATAGTGGAAACGCCAACTACAACCCGTCCCTCAAGAGT | 154 |
JE1050(AID+) | GAAATCAATCATAGTGGAAGCACCAACTACAACCCGTCCCTCAAGAGT | 155 |
실시예
17:
DIDS
는
AID
(
AICDA
)와 상승작용하여
CLL
세포의 생존을
저하시킨다
AID-발현(AID+) 또는 AID-음성(AID-) 1차 인간 CLL 세포를 실시예 4에 기재된 바와 같이 배양하였다. 보충 없이(비처리됨; 도 17에서 삼각형) 또는 30 마이크로몰 DIDS와 함께 염기성 RPMI-1640 배지 중에서 세포를 배양하였다. 빈 원은 30 마이크로몰 DIDS로 처리된 AID-음성 세포에 대한 데이터를 나타내고, 채워진 네모는 30 마이크로몰 DIDS로 처리된 AID-양성 세포에 대한 데이터를 나타낸다. 2, 4, 또는 8일의 노출 후의 생존 세포에 대한 수동 세포분석에 의해 세포 생존을 점수 매겼다. 비처리 및 DIDS-처리된 AID- 세포 배양액은 구별 불가능하였으며, 한편 DIDS-처리된 AID+ 배양액은 저하된 세포 생존력을 나타내었다.
실시예
18:
바이오마커로서의
AID
발현의 사용은
DIDS
에 의한 유전자 화학치료에 반응하는
CLL
환자를 확인한다
인간 AID 또는 인간 GAPDH (로딩 대조군)에 특이적인 올리고뉴클레오티드 프라이머로 역전사(RT)-PCR을 사용하여 4개의 개별 AID-발현(AID+) 인간 CLL 샘플(JE1010, JE1036, JE1070, JE1075) 및 4개의 개별 AID-음성(AID-) 인간 CLL 샘플(JE1015, JE1019, JE1031, JE1057)을 확인하였다. RT-PCR은 제조업체의 프로토콜(퀴아젠(Qiagen))에 따라 원-스텝(One-Step) RT-PCR 키트를 사용하여 행하였다. Xrcc2 및 GAPDH를 검출하는 데 사용된 올리고뉴클레오티드 프라이머 및 PCR 조건은 기재된 바 있다(문헌[Deans et al., EMBO J 2000 19:6675-6685]). 녹다운 연구에 대한 특이성 대조군으로서, 관련 유전자 Rad51을 RT-PCR에 의해 검출하였다. AID 전사물을 검출하기 위한 올리고뉴클레오티드는 hAID fwd 5'-TCCTTTTCACTGGACTTTGG-3' (서열 번호: 101); 및 hAID rev 5'-GACTGAGGTTGGGGTTCC-3' (서열 번호: 102)였다. 이들 프라이머에 의한 RT-PCR은 196 bp 반응 생산물을 생산한다. 인간 GAPDH를 검출하기 위한 올리고뉴클레오티드는 5'-ACCACAGTCCATGCCATCAC-3' (서열 번호: 105) 및 5'-TCCACCACCCTGTGGCTGTA-3' (서열 번호: 106)였으며, 이들은 238 bp 반응 생산물을 생산한다. 역전사 및 PCR 조건은 다음과 같았다: 단계 1. 50℃, 30분; 단계 2. 95℃, 15분; 단계 3. 94℃, 1분; 단계 4. 55℃, 30초; 단계 5.℃, 1분; 단계 6. 단계 3 내지 5를 순환함, 35회; 단계 7. 72℃, 10분; 단계 8. 4℃, 및 무한 유지.
RT-PCR 생산물을 1.0% 아가로오스 겔(브롬화에티듐 함유) 상에서 전기영동에 의해 분리하고, 바이오-라드(Bio-Rad) 겔 독(Gel Doc) 시스템으로 시각화하였다.
이 검정은 도 18a에 도시된 바와 같이, 신속하게 그리고 민감하게 AID+ 및 AID- 환자 샘플을 확인하며, 이 도면에서는 8개의 대표 샘플이 나타나 있다. 8개의 AID+ 및 8개의 AID- CLL 샘플을 염기성 RPMI-1640 배지 + 30 마이크로몰 DIDS 중에서 배양하였으며, 2, 4, 6, 또는 8일 후의 생존 세포에 대한 수동 세포분석에 의해 생존을 점수 매겼다. 이 분석은 DIDS가 AID-음성 1차 인간 CLL 세포에서보다 AID-양성에서 세포 생존력을 더 강하게 저하시킨다는 것을 밝혀내었다. 이는 또한 단일 마커로서의 AID 발현이 DIDS-반응성 샘플을 효과적으로 확인한다는 것을 밝혀낸다. AID를 발현하는 CLL 세포를 10μM DIDS로 처리하였을 때, 세포 생존력에 대한 유의한 효과를 결정하였다. 총 117명의 림프종 또는 백혈병 환자를 연구하였으며, 이들 중 106명은 CLL 환자였다. 47%에서, RT-PCR에 의해 AID 발현이 결정되었다.
실시예
16: 전신성 홍반성
루푸스
(
SLE
) 마우스 모델에 대한
DIDS
의 영향
BXSB.Yaa Cd8/IL15-/- 마우스는 SLE에 대해 확립된 모델이다. 이들 마우스는 고감마글로불린혈증, 순환성 항-핵 항체 및 면역 복합체 매개 사구체신염을 포함한 인간 SLE의 많은 특성을 나타내며, 결국에는 약 24주령에 질환에 걸리게 된다(문헌[Andrews et al. 1978, J Exp Med 148: 1198-215]; [Dixon et al. 1978, Arthritis Rheum 21: S64-7]; [Izui et al. 2000, Int Rev Immunol 19: 447-72]). 모델로부터의 Cd8a 및 IL15의 유전자 결실은 유사한 임상 표현형을 가져오는데, 이러한 표현형은 훨씬 초기에 나타나며, 이때 생존 평균은 14주령이다(문헌[McPhee et al. 2011, J Immunol 187:4695-4704]).
6주령 수컷 BXSB.Cg-Cd8a<tm1Mak>IL15<tm1Imx>/Dcr (BXSB.Yaa Cd8/IL15-/-로 약기됨) 마우스를 헤파린 프라이밍된 튜브 내로 후완와(retro-orbital) 출혈하여 혈청을 수집하였다. PBS를 함유하는 4% 중탄산칼륨 중 25 mg/kg (n=5) 또는 50 mg/kg DIDS (n=6) 또는 등가 부피의 4% 중탄산칼륨(n=2 및 n=4)을 일수 0, 및 5주 동안 매 7일마다 복강내 투여하였다. 마우스의 체중을 매주 측정하고, 5주 기간 동안 14일 간격으로 혈청을 수집하였다. 이어서, 이들 마우스를 생존을 위해 노령화시켰다. 혈청을 IgG1 및 IgG2b 함량에 대해 ELISA에 의해 분석하였다. ELISA를 위하여, 플레이트를 염소 항-마우스 Ig (IgG1 또는 IgG2b)로 코팅하고, 40℃에서 하룻밤 인큐베이션하였다. 플레이트를 세척하고, 혈청 샘플을 마우스 동형 표준물(mouse isotype standard)과 함께 적절한 희석액으로 적용하고, 37℃에서 1시간 동안 인큐베이션하였다. 플레이트를 3회 세척하고, 1시간 동안 알칼리성 포스파타제에 접합된 염소 항-마우스 항체와 함께 인큐베이션하였다. 플레이트를 3회 세척하고, P-니트로페닐 포스페이트(p-NPP, 암레스코(AMRESCO))를 적용하고, 표준물이 적절하게 발생될 때까지 인큐베이션하고, 소프트맥스프로(SoftmaxPro) 소프트웨어를 사용하여 스펙트라맥스(SpectraMax) ELISA 플레이트 리더 상에서 판독하였다. 데이터는 동형-특이적 정제된 마우스 표준물의 적정에 기초하여 IgG의 농도(mg/ml)로서 표현되어 있다. 도 19a는 대조군과 처리된 동물 사이에 어떠한 체중 차이도 나타내지 않는다. 그러나, IgG2b의 분석은 현저한 감소를 나타내었는데, 이는 루푸스 치료에 효과적임을 나타낸다(도 20b). IgG1에 대해서는 어떠한 유의한 차이도 관찰되지 않았다(데이터는 나타내지 않음). 그래프패드 프리즘(Graphpad Prism) 소프트웨어를 사용하여 생존 데이터를 분석하고, 로그-순위 맨틀 곡스(도 20a는 25 mg/kg 집단에 대한 것으로, 이때 p 값은 0.4289이고, 도 20b는 50 mg/kg 집단에 대한 것으로, 이때 p 값은 0.3698임) 및 게한-브레슬로우-윌콕산 검증(도 21a는 25 mg/kg 집단에 대한 것으로, 이때 p 값은 0.7003이고, 도 21b는 50 mg/kg 집단에 대한 것으로, 이때 p 값은 0.7505임) 둘 모두를 사용하여 통계학적 유의성에 대해 평가하였다.
실시예
17:
DIDS
는
DNA
손상 후
RAD51
좌 형성을 파괴한다
자기 비드 기반 분류(밀테니)에 의해 야생형 C57BL/6J 마우스의 비장으로부터 1차 마우스 B-세포를 단리하여 B220+ IgM+ B-세포를 정제하였다. 이어서, B-세포를 0 또는 150μM DIDS의 존재하에 10% FBS로 보충된 표준 RPMI-1640 배지 중에서 배양하고, Cs137 조사기에서 0 또는 2.5 Gy 이온화 방사선에 노출시키고, 이어서 상동적 재조합 인자 RAD51의 좌에 대해 면역형광에 의해 염색하였다. 핵 내 RAD51 좌의 형성을 나타내는 각각의 배양액 내의 세포의 분율을 보고한다. DIDS (0μM)와 함께 배양되지 않은 조사된 세포는 효율적인 좌 형성을 나타낸다. DIDS 노출 (150μM)은 방사선-유도 RAD51 좌 형성을 완전히 억제하여, 도 22에 도시된 바와 같이 Rad51 좌+ 세포의 분율을 기준선 수준(비조사된, 0 Gy 샘플에서의 것과 등가임)으로 감소시킨다. 오차 막대는 3개의 독립된 실험으로부터의 평균의 표준 오차(S.E.M)를 나타낸다.
실시예
18:
DIDS
처리는, 우선적으로
AID
-발현 1차 인간 만성 림프구성 백혈병(
CLL
) 세포에서
포스포
-
H2AX
좌의
증가된
수준으로 이어진다
일상의 임상 모니터링시에 수집된 말초 출혈로부터 1차 인간 CLL 환자 유래 세포를 얻었다. 일상의 정맥천자를 통해 비디 배큐테이너 CPT 세포 분리 튜브(벡톤 딕킨슨(Becton Dickinson)) 내로 1차 말초 혈액 샘플을 수집하였다. 샘플을 원심분리하여 적혈구(RBC)를 분리하고, 이어서 도치시켜 그들 자신의 혈장 내에 단핵 세포를 재현탁시켰다. 샘플을 실온에서 수집 현장에서 하룻밤 저장하고, 이어서 배달업체를 통해 분석 현장으로 운송하였다. 인간 AID mRNA의 존재를 검출하기 위해 각각의 샘플을 역전사 PCR (RT-PCR)에 의해 AID 발현 상태에 대해 시험하였다(실시예 11 참조). 이어서, 샘플을 AID+ (검출가능한 수준의 AID mRNA를 나타내는 것) 및 AID- (백그라운드를 초과하는 어떠한 검출가능한 AID mRNA도 나타내지 않는 것) 집단으로 나누었다. 상이한 AID+ 및 AID- 샘플로부터의 다수의 독립된 배양을 10% FBS + 0 또는 30 μM DIDS를 함유하는 표준 RPMI-1640 배지 중에서 개시하였다. 배양하에서의 2일 후, 각각의 배양액/조건으로부터의 세포를 파라포름알데하이드를 사용하여 고정시키고, 현미경 커버슬립 위에 올려 놓고, 약한 세제로 세척함으로써 투과되게 하고, DNA 이본쇄 절단 마커인 포스포-H2AX (1차 항체: 카탈로그 번호 A300-081A, 베틸 래버러토리즈; 1:400 희석액)의 면역형광 검출을 위해 처리하였다. 염색 후, 니콘(Nikon) 90i 정립 낙사형광 현미경을 사용하여 세포를 영상화하고, 100개의 개별 핵을 각각의 샘플에 대해 영상화하였다. 핵 DNA를 4',6-디아미디노-2-페닐인돌 (DAPI)로 대비염색하였다. 1 내지 2개(낮음), 3 내지 10개(보통), 또는 10개 초과(높음)의 포스포-H2AX 좌를 나타내는 세포의 평균 백분율이 도 23a 및 도 23b에 도시되어 있다. 오차 막대는 AID- (빈 막대) 샘플의 4개의 독립된 배양액 및 AID+ 샘플(채워진 막대)의 5개의 독립된 배양액에 대한 평균의 표준 오차(S.E.M.)를 나타낸다. 이들 데이터는 DIDS가 AID-매개 게놈 DNA 이본쇄 절단(DSB)의 수복을 억제한다는 것을 나타낸다.
실시예
19:
DIDS
처리는, 우선적으로
AID
+
1차 인간
CLL
세포에서
아폽토시스로
이어진다
일상의 임상 모니터링시에 수집된 말초 출혈로부터 1차 인간 CLL 환자 유래 세포를 얻었다. 일상의 정맥천자를 통해 비디 배큐테이너 CPT 세포 분리 튜브 내로 1차 말초 혈액 샘플을 수집하였다. 샘플을 원심분리하여 적혈구(RBC)를 분리하고, 이어서 도치시켜 그들 자신의 혈장 내에 단핵 세포를 재현탁시켰다. 샘플을 실온에서 수집 현장에서 하룻밤 저장하고, 이어서 배달업체를 통해 분석 현장으로 운송하였다. 인간 AID mRNA의 존재를 검출하기 위해 각각의 샘플을 역전사 PCR (RT-PCR)에 의해 AID 발현 상태에 대해 시험하였다(실시예 11 참조). 이어서, 샘플을 AID+ (검출가능한 수준의 AID mRNA를 나타내는 것) 및 AID- (백그라운드를 초과하는 어떠한 검출가능한 AID mRNA도 나타내지 않는 것) 집단으로 나누었다. 상이한 AID+ 및 AID- 샘플로부터의 다수의 독립된 배양을 10% FBS + 0 또는 30 μM DIDS를 함유하는 표준 RPMI-1640 배지 중에서 개시하였다. 배양하에서의 3일 후, 세포를 파라포름알데하이드를 사용하여 고정시키고, 현미경 커버슬립 위에 올려 놓고, 약한 세제로 세척함으로써 투과되게 하고, 아폽토시스 마커인 활성화된 카스파제 3 (AC3) (1차 항체: 카탈로그 번호 ab13847, 에이비캠; 1:100 희석액)의 면역형광 검출을 위해 처리하였다. 핵 DNA를 4',6-디아미디노-2-페닐인돌 (DAPI)로 대비염색하였다. 염색 후, 니콘 90i 정립 낙사형광 현미경을 사용하여 세포를 영상화하였다. AC3에 대해 양성 염색을 나타내는 세포의 분율이 AID+ (도 24, 채워진 막대) 및 AID- 샘플(도 24, 빈 막대)에 대해 나타나 있다. 오차 막대는 AID- 샘플의 4개의 독립된 배양액 및 AID+ 샘플의 5개의 독립된 배양액에 대한 평균의 표준 오차(S.E.M.)를 나타낸다. 30μM DIDS로 처리된 AID 양성 세포는 더 높은 분율의 AC3-양성 세포를 나타낸다.
실시예
20:
AID
발현 및 1차 인간 만성 림프구성 백혈병 예후와의 그의 관련
AID 발현은 1차 인간 만성 림프구성 백혈병에서 더 나쁜 전체 질환과 관련된다. 8개의 개별 AID+ 및 8개의 개별 AID- 1차 인간 CLL 샘플을 높은 백혈구(WBC) 카운트(마이크로리터당 58,000 초과)에 기초하여 선택하였다. 이어서, 이들을 진단시의 평균 및 중앙값 연령(Age @ Dx)에 대해 그리고 치료에 대해 분석하였다. AID+ 샘플은 진단시에 더 낮은 평균 연령(63.75세 대 68세) 및 중앙값 연령(62.5세 대 68.5세)을 나타내었다(표 3). 더욱이, 4/8의 AID+ 환자가 치료를 받았으며, 한편 1/8의 AID- 환자가 치료를 받았다.
[표 3] AID 발현을 분석한 인간 CLL 샘플
실시예
21: 마우스 모델에서의
AID
의
생체내
시험
DIDS의 생체내 유효성을 시험하기 위하여, AID+/+ (C57BL/6) 또는 AID-/- 마우스(문헌[Muramatsu et al. et al., 2000], 상기 참조)에 매주 간격으로 DIDS (10 mg/kg 또는 50 mg/kg)를 투여하고, 프로인트 완전 애쥬번트(complete Freund's adjuvant, CFA) 중에서 1주째에 디니트로페놀 컨쥬게이트된 키홀 림펫 헤모시아닌(DNP-KLH(Keyhole limpet hemocyanin))으로 면역화하여 림프구 활성화를 자극하고, (프로인트 불완전 애쥬번트(incomplete Freund's adjuvant, IFA) 중에서) DNP-KLH로 4주 후에 부스팅(boosting)하였다. 총 7주(도 25a) 후에, 마우스를 안락사시켰다. 집단 크기는 n=5였다. 대조군 또는 DIDS-처리군에서의 어떠한 동물들도 비처리된 대조군에 비하여 독성의 뚜렷한 징후를 나타내지 않았다. 5주 후에, AID+/+ 마우스는 AID-/- 마우스보다 약간 더 큰 체중 획득을 나타내었지만, 이 효과는 DIDS 노출과는 무관해서, 0 mg/kg 대조 코호트(cohort) 및 50 mg/kg 실험 코호트에 동일하게 영향을 주었다(도 25b). 이를 위해, 마우스의 체중을 매주 측정하였으며, 데이터는 5마리의 동물에 대한 체질량에서의 평균 분율 변화를 나타내고, 오차 막대는 S.E.M을 나타낸다.
7주의 시험 기간(trial window) 후에, 처리된 동물 및 대조 동물로부터의 조직을 고정시키고, 절편화하고, 헤마톡실린 및 에오신(H&E) 염색 후에 분석하였다. 비장 절편의 분석은 비처리된 동물과 DIDS-처리된 동물 사이의 배중심(GC) 구조에서의 육안 해부학적 결함 또는 차이가 없고, AID+/+ 마우스와 AID-/- 대조군 사이에 차이가 없다는 것을 밝혀내었다. 이들 데이터는 DIDS(적어도 최대 50 mg/kg)가 AID+/+ 또는 AID-/- 마우스에서 비장 생리에서의 유의한 독성 또는 일반적 결함을 유도하지 않는다는 것을 제시한다. DIDS가 DIDS-처리된 AID+/+ 대 AID-/- 마우스로부터 AID, 골수, 비장, 및 말초 혈액에 관한 B-세포 특이적 표현형을 유도하였는지의 여부를 결정하기 위하여, 유세포 분석에 의해 B220+ CD19+ B-세포의 존재에 대해 분석하였다(도 26). B220+ CD19+ B-세포에서의 작은(25%) 저하가 10μM 및 50μM로 처리된 AID+/+ 마우스 둘 모두의 골수에서 관찰되었지만, AID+/+ 또는 AID-/- 마우스에서의 비장 B-세포의 백분율에서는 어떠한 일관성 있는 차이도 관찰되지 않았다. 대조적으로, 10μM 및 50μM DIDS 둘 모두는, 특히 AID-/- 마우스는 아니고 AID+/+ 마우스에서, 순환성 B-림프성 세포에서 특히 유의한(9 내지 11배) 저하를 유도하였다. 도 26에는, DNP-KLH로 면역화되고 0, 10, 또는 50 mg/kg DIDS로 처리된 AID-/- 및 AID+/+ 마우스로부터의 골수, 비장, 및 말초 혈액의 종점 유세포 분석 도트 도표 분석이 도시되어 있다. 도표는 B220 (y축) 및 CD19 (x축)의 발현에 대해 염색된 림프구 게이트 내의 세포의 집단을 나타낸다. 각각의 도표의 상단 우측 코너에 있는 숫자는 각각의 분석에 대한 B220+/CD19+ 세포의 백분율을 제공한다. 초기/전-GC로부터 후-GC까지의 B-세포 성숙의 진행이 하단부에 표시되어 있다.
이들 데이터는 생체내 전신 DIDS 처리가 선택적으로 성숙한 후-배중심 B-세포에는 영향을 주지만 초기 또는 전-GC B-세포에 대해서는 무시할 만한 영향을 가졌다는 것을 제시한다. 이는 본 명세서에 기재된 세포 배양 데이터와 일치하며, 이는 AID 및 DIDS의 조합 효과에 의해 유도된 상승적 세포독성을 입증한다. 유의하게는, AID+/+ 또는 AID-/- 코호트에서 DIDS 처리된 동물 중 어느 것도 뚜렷한 비-B-세포 독성의 증거를 나타내지 않았다. 종합했을 때, 이들 데이터는 DIDS의 생체내 투여가 AID-발현 B-세포 - 배중심 반응을 거쳤거나 AID를 이소성으로 발현하는 것 - 를 특이적으로 감작시킨다는 것을 강하게 암시한다.
실시예
22: 엡스타인-
바르
바이러스로 형질전환된 말초 인간 B-림프구에서의
AID
발현 분석
엡스타인-바르 바이러스로 형질전환된 말초 인간 B-림프구 유래 세포주 GM05881, GM07323, 및 GM13689 (코리엘 인스터튜트(Coriell Institute), NIGMS HGCR (Human Genetic Cell Repository)로부터 얻어짐)는 인간 비호지킨 림프종의 우수한 표현물이다. 이들 세포를 2 mM 글루타민 및 15% 소태아 혈청으로 보충된 RPMI1640 배지 중에 배양하였다. 표준 리보핵산 추출 방법에 의해, 각각의 배양된 세포주로부터, 또는 인간 1차 자극된 B-세포(Stim B)로부터, 또는 인간 배아 신장 세포주 HEK293T로부터 전체 RNA를 제조하였다(실시예 11 참조). 실시예 11에 기재된 것과 동일한 프라이머를 사용하여 AID 전사물에 대해, 그리고 GAPDH 전사물(로딩 대조군)에 대해 역전사(RT)-PCR에 의해 RNA를 분석하였다. 이들 데이터는 정제된 활성화된 1차 B-세포에서보다 훨씬 더 높은 수준으로 이들 형질전환된 B-세포주에서 AID가 고도로 발현된다는 것을 나타낸다(도 27 참조).
서열 번호 | 설명 |
001 | BCL6 mRNA; NM_001130845 |
002 | MYC mRNA; NM_002467 |
003 | BCL11A mRNA; NM_018014 |
004 | CD93 mRNA; NM_012072 |
005 | PIM1 mRNA; NM_002648 |
006 | PAX5 mRNA; NM_016734 |
007 | Rad51AP1 mRNA; NM_001130862 |
008 | Rad51B mRNA; NM_002877 |
009 | Rad51D mRNA; NM_002878 |
010 | XRCC2 mRNA; NM_005431 |
011 | XRCC3 mRNA; NM_001100119 |
012 | RAD54 mRNA; NM_000489 |
013 | RAD52 mRNA; NM_134424 |
014 | BRCA1 mRNA; NM_007300 |
015 | BRCA2 mRNA; NM_000059 |
016 | ATM mRNA; NM_000051 |
017 | ATR mRNA; NM_001184 |
018 | MRE11 mRNA; NM_005591 |
019 | RAD50 mRNA; NM_005732 |
020 | NBS1 mRNA; NM_002485 |
021 | WRN mRNA; NM_000553 |
022 | BLM mRNA; NM_000057 |
023 | RECQ4 mRNA; NM_004260 |
024 | LIG4 mRNA; NM_001098268 |
025 | XRCC4 mRNA; NM_003401 |
026 | PRKDC mRNA; NM_006904 |
027 | DCLRE1C mRNA; NM_001033855 |
028 | XRCC6 mRNA; NM_001469 |
029 | XRCC5 mRNA; NM_021141 |
030 | XLF mRNA; NM_024782 |
050 | XRCC2 억제 RNA |
051 | XRCC2 억제 RNA |
052 | XRCC2 억제 RNA |
053 | XRCC2 억제 RNA |
054 | XRCC2 억제 RNA |
055 | XRCC2 억제 RNA |
056 | XRCC2 억제 RNA |
057 | XRCC2 억제 RNA |
058 | XRCC2 억제 RNA |
059 | XRCC3 억제 RNA |
060 | XRCC3 억제 RNA |
061 | XRCC3 억제 RNA |
062 | XRCC3 억제 RNA |
063 | XRCC3 억제 RNA |
064 | RAD51 억제 RNA |
065 | RAD51 억제 RNA |
066 | RAD51 억제 RNA |
067 | RAD51 억제 RNA |
068 | RAD51 억제 RNA |
069 | RAD51 억제 RNA |
070 | RAD51 억제 RNA |
071 | RAD51 억제 RNA |
072 | RAD51 억제 RNA |
073 | RAD51B 억제 RNA |
074 | RAD51B 억제 RNA |
075 | RAD51B 억제 RNA |
076 | RAD51B 억제 RNA |
077 | RAD51B 억제 RNA |
078 | RAD51B 억제 RNA |
079 | RAD51B 억제 RNA |
080 | RAD51B 억제 RNA |
081 | RAD51C 억제 RNA |
082 | RAD51C 억제 RNA |
083 | RAD51C 억제 RNA |
084 | RAD51C 억제 RNA |
085 | RAD51C 억제 RNA |
086 | RAD51C 억제 RNA |
087 | RAD51C 억제 RNA |
088 | RAD51C 억제 RNA |
089 | RAD51C 억제 RNA |
090 | RAD51D 억제 RNA |
091 | RAD51D 억제 RNA |
092 | RAD51D 억제 RNA |
093 | RAD51D 억제 RNA |
094 | RAD51D 억제 RNA |
095 | RAD51D 억제 RNA |
096 | RAD51D 억제 RNA |
097 | RAD51D 억제 RNA |
098 | RAD51D 억제 RNA |
099 | AID 아미노산 서열; NCBI 참조 서열(Ref Seq): NP_065712 |
0100 | AID mRNA 서열; NCBI 참조 서열: NP_020661 |
0101 | hAID 순방향 프라이머 |
0102 | hAID 역방향 프라이머 |
0103 | hGAPDH 순방향 프라이머 |
0104 | hGAPDH 역방향 프라이머 |
0105 | GAPDH 프라이머 |
0106 | GAPDH 프라이머 |
0107 | VH1-FR1 |
0108 | VH2-FR1 |
0109 | VH3-FR1 |
0110 | VH4-FR1 |
0111 | VH5-FR1 |
0112 | VH6-FR1 |
0113 | JH 공통 |
0114 | Rad51AP1 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_001124334 |
0115 | RAD51B 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_002868 |
0116 | RAD51D 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_001136043 |
0117 | XRCC2 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_005422 |
0118 | XRCC3 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_001093588 |
0119 | RAD54 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_000480 |
0120 | RAD52 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_602296 |
0121 | BRCA1 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_009225 |
0122 | BRCA2 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_000050 |
0123 | ATM 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_000042 |
0124 | ATR 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_001175 |
0125 | MRE11 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_005582 |
0126 | RAD50 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_005723 |
0127 | NBS1 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_002476 |
0128 | WRN 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_000544 |
0129 | BLM 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_000048 |
0130 | RECQ4 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_004251 |
0131 | LIG4 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_001091738 |
0132 | XRCC4 아미노산 서열; NCBI 참조번호:NP_071801 |
0133 | PRKDC 아미노산 서열; NCBI 참조번호:NP_008835 |
0134 | DCLRE1C 아미노산 서열; NCBI 참조번호:NP_001029027 |
0135 | XRCC6 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_001460 |
0136 | XRCC5 아미노산 서열; NCBI 참조번호:NP_066964 |
0137 | XLF 아미노산 서열; NCBI 참조번호:NP_079058 |
0138 | APOBEC1 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_001635 |
0139 | APOBEC2 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_006780 |
0140 | APOBEC3A 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NNP_663745 |
0141 | APOBEC3C 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_055323 |
0142 | APOBEC3E 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_689639 |
0143 | APOBEC3F 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_660341 |
0144 | APOBEC3G 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_068594 |
0145 | APOBEC3H 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_001159475 |
0146 | APOBEC4 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_982279 |
0157 | RAG1 mRNA 서열; NCBI 참조번호: NM_00448 |
0158 | RAG1 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_000439 |
0159 | RAG2 mRNA 서열; NCBI 참조번호:NM_001243785 |
0160 | RAG2 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_001230714 |
0161 | SPO11 mRNA 서열; NCBI 참조번호: NM_012444 |
0162 | SPO11 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_036576 |
0163 | Rad51C 이소형(isoform) 1 mRNA 서열; NCBI 참조번호: NM_058216 |
0164 | Rad51C 이소형 1 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_478123 |
0165 | Rad51C 이소형 2 mRNA 서열; NCBI 참조번호: NM_002876 |
0166 | Rad51C 이소형 2 아미노산 서열; NCBI 참조번호: NP_002867 |
SEQUENCE LISTING
<110> JACKSON LABORATORY
<120> METHODS FOR TREATING CANCERS EXPRESSING ACTIVATION-INDUCED
CYTIDINE DEAMINASE
<130> 060636-069471-PCT
<140>
<141>
<150> 61/501,522
<151> 2011-06-27
<160> 156
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 3662
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 1
gcgagctggt ggttgaagct ggttaaagaa cagcctaggt attccagaag tgtttgagga 60
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ggtgtccccc aatgtgtgcc acagcaatat ctattcaccc aaggaaacaa tcccagaaga 1260
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ggaagatgag attgccctgc atttcgagcc ccccaatgca cccctgaacc ggaagggtct 1440
ggttagtcca cagagccccc agaaatctga ctgccagccc aactcgccca cagagtcctg 1500
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tgaccccaaa gcctgcaact ggaagaaata caagttcatc gtgctcaaca gcctcaacca 1620
gaatgccaaa ccagaggggc ctgagcaggc tgagctgggc cgcctttccc cacgagccta 1680
cacggcccca cctgcctgcc agccacccat ggagcctgag aaccttgacc tccagtcccc 1740
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catcgttaac aggtccatga cgggctctcc ccgcagcagc agcgagagcc actcaccact 1860
ctacatgcac cccccgaagt gcacgtcctg cggctctcag tccccacagc atgcagagat 1920
gtgcctccac accgctggcc ccacgttccc tgaggagatg ggagagaccc agtctgagta 1980
ctcagattct agctgtgaga acggggcctt cttctgcaat gagtgtgact gccgcttctc 2040
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tgaccgctgc caggcctcct tccgctacaa gggcaacctc gccagccaca agaccgtcca 2160
taccggtgag aaaccctatc gttgcaacat ctgtggggcc cagttcaacc ggccagccaa 2220
cctgaaaacc cacactcgaa ttcactctgg agagaagccc tacaaatgcg aaacctgcgg 2280
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cctgcgaatc cacacaggag agaaacctta ccattgtgag aagtgtaacc tgcatttccg 2460
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ggtgcaatac cgcgtgtcag ccactgacct gcctccggag ctccccaaag cctgctgaag 2580
catggagtgt tgatgctttc gtctccagcc ccttctcaga atctacccaa aggatactgt 2640
aacactttac aatgttcatc ccatgatgta gtgcctcttt catccactag tgcaaatcat 2700
agctgggggt tgggggtggt gggggtcggg gcctggggga ctgggagccg cagcagctcc 2760
ccctccccca ctgccataaa acattaagaa aatcatattg cttcttctcc tatgtgtaag 2820
gtgaaccatg tcagcaaaaa gcaaaatcat tttatatgtc aaagcagggg agtatgcaaa 2880
agttctgact tgactttagt ctgcaaaatg aggaatgtat atgttttgtg ggaacagatg 2940
tttcttttgt atgtaaatgt gcattctttt aaaagacaag acttcagtat gttgtcaaag 3000
agagggcttt aattttttta accaaaggtg aaggaatata tggcagagtt gtaaatatat 3060
aaatatatat atatataaaa taaatatata taaacctaaa aaagatatat taaaaatata 3120
aaactgcgtt aaaggctcga ttttgtatct gcaggcagac acggatctga gaatctttat 3180
tgagaaagag cacttaagag aatattttaa gtattgcatc tgtataagta agaaaatatt 3240
ttgtctaaaa tgcctcagtg tatttgtatt tttttgcaag tgaaggttta caatttacaa 3300
agtgtgtatt aaaaaaaaca aaaagaacaa aaaaatctgc agaaggaaaa atgtgtaatt 3360
ttgttctagt tttcagtttg tatatacccg tacaacgtgt cctcacggtg ccttttttca 3420
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gggacttgaa gttgttacta actaaactct ctttgggaat gtttgtctca tcccattctg 3540
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ccgcgttgta aaatatagct gtacaaatat aagaataaaa tgttgaaaag tcaaactgga 3660
aa 3662
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<213> Homo sapiens
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<210> 13
<211> 2673
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 13
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<210> 14
<211> 7287
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<213> Homo sapiens
<400> 14
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aaaatatttg aattgggatg ctgtttttag atttttacag aaatatattc agaaagaaac 600
agaatgtctg agaatagcaa aaccaaatgt atcagcctca acacaagcct ccaggcagaa 660
aaagatgcag gaaatcagta gtttggtcaa atacttcatc aaatgtgcaa acagaagagc 720
acctaggcta aaatgtcaag aactcttaaa ttatatcatg gatacagtga aagattcatc 780
taatggtgct atttacggag ctgattgtag caacatacta ctcaaagaca ttctttctgt 840
gagaaaatac tggtgtgaaa tatctcagca acagtggtta gaattgttct ctgtgtactt 900
caggctctat ctgaaacctt cacaagatgt tcatagagtt ttagtggcta gaataattca 960
tgctgttacc aaaggatgct gttctcagac tgacggatta aattccaaat ttttggactt 1020
tttttccaag gctattcagt gtgcgagaca agaaaagagc tcttcaggtc taaatcatat 1080
cttagcagct cttactatct tcctcaagac tttggctgtc aactttcgaa ttcgagtgtg 1140
tgaattagga gatgaaattc ttcccacttt gctttatatt tggactcaac ataggcttaa 1200
tgattcttta aaagaagtca ttattgaatt atttcaactg caaatttata tccatcatcc 1260
gaaaggagcc aaaacccaag aaaaaggtgc ttatgaatca acaaaatgga gaagtatttt 1320
atacaactta tatgatctgc tagtgaatga gataagtcat ataggaagta gaggaaagta 1380
ttcttcagga tttcgtaata ttgccgtcaa agaaaatttg attgaattga tggcagatat 1440
ctgtcaccag gtttttaatg aagataccag atccttggag atttctcaat cttacactac 1500
tacacaaaga gaatctagtg attacagtgt cccttgcaaa aggaagaaaa tagaactagg 1560
ctgggaagta ataaaagatc accttcagaa gtcacagaat gattttgatc ttgtgccttg 1620
gctacagatt gcaacccaat taatatcaaa gtatcctgca agtttaccta actgtgagct 1680
gtctccatta ctgatgatac tatctcagct tctaccccaa cagcgacatg gggaacgtac 1740
accatatgtg ttacgatgcc ttacggaagt tgcattgtgt caagacaaga ggtcaaacct 1800
agaaagctca caaaagtcag atttattaaa actctggaat aaaatttggt gtattacctt 1860
tcgtggtata agttctgagc aaatacaagc tgaaaacttt ggcttacttg gagccataat 1920
tcagggtagt ttagttgagg ttgacagaga attctggaag ttatttactg ggtcagcctg 1980
cagaccttca tgtcctgcag tatgctgttt gactttggca ctgaccacca gtatagttcc 2040
aggaacggta aaaatgggaa tagagcaaaa tatgtgtgaa gtaaatagaa gcttttcttt 2100
aaaggaatca ataatgaaat ggctcttatt ctatcagtta gagggtgact tagaaaatag 2160
cacagaagtg cctccaattc ttcacagtaa ttttcctcat cttgtactgg agaaaattct 2220
tgtgagtctc actatgaaaa actgtaaagc tgcaatgaat tttttccaaa gcgtgccaga 2280
atgtgaacac caccaaaaag ataaagaaga actttcattc tcagaagtag aagaactatt 2340
tcttcagaca acttttgaca agatggactt tttaaccatt gtgagagaat gtggtataga 2400
aaagcaccag tccagtattg gcttctctgt ccaccagaat ctcaaggaat cactggatcg 2460
ctgtcttctg ggattatcag aacagcttct gaataattac tcatctgaga ttacaaattc 2520
agaaactctt gtccggtgtt cacgtctttt ggtgggtgtc cttggctgct actgttacat 2580
gggtgtaata gctgaagagg aagcatataa gtcagaatta ttccagaaag ccaagtctct 2640
aatgcaatgt gcaggagaaa gtatcactct gtttaaaaat aagacaaatg aggaattcag 2700
aattggttcc ttgagaaata tgatgcagct atgtacacgt tgcttgagca actgtaccaa 2760
gaagagtcca aataagattg catctggctt tttcctgcga ttgttaacat caaagctaat 2820
gaatgacatt gcagatattt gtaaaagttt agcatccttc atcaaaaagc catttgaccg 2880
tggagaagta gaatcaatgg aagatgatac taatggaaat ctaatggagg tggaggatca 2940
gtcatccatg aatctattta acgattaccc tgatagtagt gttagtgatg caaacgaacc 3000
tggagagagc caaagtacca taggtgccat taatccttta gctgaagaat atctgtcaaa 3060
gcaagatcta cttttcttag acatgctcaa gttcttgtgt ttgtgtgtaa ctactgctca 3120
gaccaatact gtgtccttta gggcagctga tattcggagg aaattgttaa tgttaattga 3180
ttctagcacg ctagaaccta ccaaatccct ccacctgcat atgtatctaa tgcttttaaa 3240
ggagcttcct ggagaagagt accccttgcc aatggaagat gttcttgaac ttctgaaacc 3300
actatccaat gtgtgttctt tgtatcgtcg tgaccaagat gtttgtaaaa ctattttaaa 3360
ccatgtcctt catgtagtga aaaacctagg tcaaagcaat atggactctg agaacacaag 3420
ggatgctcaa ggacagtttc ttacagtaat tggagcattt tggcatctaa caaaggagag 3480
gaaatatata ttctctgtaa gaatggccct agtaaattgc cttaaaactt tgcttgaggc 3540
tgatccttat tcaaaatggg ccattcttaa tgtaatggga aaagactttc ctgtaaatga 3600
agtatttaca caatttcttg ctgacaatca tcaccaagtt cgcatgttgg ctgcagagtc 3660
aatcaataga ttgttccagg acacgaaggg agattcttcc aggttactga aagcacttcc 3720
tttgaagctt cagcaaacag cttttgaaaa tgcatacttg aaagctcagg aaggaatgag 3780
agaaatgtcc catagtgctg agaaccctga aactttggat gaaatttata atagaaaatc 3840
tgttttactg acgttgatag ctgtggtttt atcctgtagc cctatctgcg aaaaacaggc 3900
tttgtttgcc ctgtgtaaat ctgtgaaaga gaatggatta gaacctcacc ttgtgaaaaa 3960
ggttttagag aaagtttctg aaacttttgg atatagacgt ttagaagact ttatggcatc 4020
tcatttagat tatctggttt tggaatggct aaatcttcaa gatactgaat acaacttatc 4080
ttcttttcct tttattttat taaactacac aaatattgag gatttctata gatcttgtta 4140
taaggttttg attccacatc tggtgattag aagtcatttt gatgaggtga agtccattgc 4200
taatcagatt caagaggact ggaaaagtct tctaacagac tgctttccaa agattcttgt 4260
aaatattctt ccttattttg cctatgaggg taccagagac agtgggatgg cacagcaaag 4320
agagactgct accaaggtct atgatatgct taaaagtgaa aacttattgg gaaaacagat 4380
tgatcactta ttcattagta atttaccaga gattgtggtg gagttattga tgacgttaca 4440
tgagccagca aattctagtg ccagtcagag cactgacctc tgtgactttt caggggattt 4500
ggatcctgct cctaatccac ctcattttcc atcgcatgtg attaaagcaa catttgccta 4560
tatcagcaat tgtcataaaa ccaagttaaa aagcatttta gaaattcttt ccaaaagccc 4620
tgattcctat cagaaaattc ttcttgccat atgtgagcaa gcagctgaaa caaataatgt 4680
ttataagaag cacagaattc ttaaaatata tcacctgttt gttagtttat tactgaaaga 4740
tataaaaagt ggcttaggag gagcttgggc ctttgttctt cgagacgtta tttatacttt 4800
gattcactat atcaaccaaa ggccttcttg tatcatggat gtgtcattac gtagcttctc 4860
cctttgttgt gacttattaa gtcaggtttg ccagacagcc gtgacttact gtaaggatgc 4920
tctagaaaac catcttcatg ttattgttgg tacacttata ccccttgtgt atgagcaggt 4980
ggaggttcag aaacaggtat tggacttgtt gaaatactta gtgatagata acaaggataa 5040
tgaaaacctc tatatcacga ttaagctttt agatcctttt cctgaccatg ttgtttttaa 5100
ggatttgcgt attactcagc aaaaaatcaa atacagtaga ggaccctttt cactcttgga 5160
ggaaattaac cattttctct cagtaagtgt ttatgatgca cttccattga caagacttga 5220
aggactaaag gatcttcgaa gacaactgga actacataaa gatcagatgg tggacattat 5280
gagagcttct caggataatc cgcaagatgg gattatggtg aaactagttg tcaatttgtt 5340
gcagttatcc aagatggcaa taaaccacac tggtgaaaaa gaagttctag aggctgttgg 5400
aagctgcttg ggagaagtgg gtcctataga tttctctacc atagctatac aacatagtaa 5460
agatgcatct tataccaagg cccttaagtt atttgaagat aaagaacttc agtggacctt 5520
cataatgctg acctacctga ataacacact ggtagaagat tgtgtcaaag ttcgatcagc 5580
agctgttacc tgtttgaaaa acattttagc cacaaagact ggacatagtt tctgggagat 5640
ttataagatg acaacagatc caatgctggc ctatctacag ccttttagaa catcaagaaa 5700
aaagttttta gaagtaccca gatttgacaa agaaaaccct tttgaaggcc tggatgatat 5760
aaatctgtgg attcctctaa gtgaaaatca tgacatttgg ataaagacac tgacttgtgc 5820
ttttttggac agtggaggca caaaatgtga aattcttcaa ttattaaagc caatgtgtga 5880
agtgaaaact gacttttgtc agactgtact tccatacttg attcatgata ttttactcca 5940
agatacaaat gaatcatgga gaaatctgct ttctacacat gttcagggat ttttcaccag 6000
ctgtcttcga cacttctcgc aaacgagccg atccacaacc cctgcaaact tggattcaga 6060
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ctggctggat ttaaattatc tagaagttgc caaggtagct cagtcttgtg ctgctcactt 6240
tacagcttta ctctatgcag aaatctatgc agataagaaa agtatggatg atcaagagaa 6300
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aagtaaagaa gaaactggaa taagtttaca ggatcttctc ttagaaatct acagaagtat 6420
aggggagcca gatagtttgt atggctgtgg tggagggaag atgttacaac ccattactag 6480
actacgaaca tatgaacacg aagcaatgtg gggcaaagcc ctagtaacat atgacctcga 6540
aacagcaatc ccctcatcaa cacgccaggc aggaatcatt caggccttgc agaatttggg 6600
actctgccat attctttccg tctatttaaa aggattggat tatgaaaata aagactggtg 6660
tcctgaacta gaagaacttc attaccaagc agcatggagg aatatgcagt gggaccattg 6720
cacttccgtc agcaaagaag tagaaggaac cagttaccat gaatcattgt acaatgctct 6780
acaatctcta agagacagag aattctctac attttatgaa agtctcaaat atgccagagt 6840
aaaagaagtg gaagagatgt gtaagcgcag ccttgagtct gtgtattcgc tctatcccac 6900
acttagcagg ttgcaggcca ttggagagct ggaaagcatt ggggagcttt tctcaagatc 6960
agtcacacat agacaactct ctgaagtata tattaagtgg cagaaacact cccagcttct 7020
caaggacagt gattttagtt ttcaggagcc tatcatggct ctacgcacag tcattttgga 7080
gatcctgatg gaaaaggaaa tggacaactc acaaagagaa tgtattaagg acattctcac 7140
caaacacctt gtagaactct ctatactggc cagaactttc aagaacactc agctccctga 7200
aagggcaata tttcaaatta aacagtacaa ttcagttagc tgtggagtct ctgagtggca 7260
gctggaagaa gcacaagtat tctgggcaaa aaaggagcag agtcttgccc tgagtattct 7320
caagcaaatg atcaagaagt tggatgccag ctgtgcagcg aacaatccca gcctaaaact 7380
tacatacaca gaatgtctga gggtttgtgg caactggtta gcagaaacgt gcttagaaaa 7440
tcctgcggtc atcatgcaga cctatctaga aaaggcagta gaagttgctg gaaattatga 7500
tggagaaagt agtgatgagc taagaaatgg aaaaatgaag gcatttctct cattagcccg 7560
gttttcagat actcaatacc aaagaattga aaactacatg aaatcatcgg aatttgaaaa 7620
caagcaagct ctcctgaaaa gagccaaaga ggaagtaggt ctccttaggg aacataaaat 7680
tcagacaaac agatacacag taaaggttca gcgagagctg gagttggatg aattagccct 7740
gcgtgcactg aaagaggatc gtaaacgctt cttatgtaaa gcagttgaaa attatatcaa 7800
ctgcttatta agtggagaag aacatgatat gtgggtattc cgactttgtt ccctctggct 7860
tgaaaattct ggagtttctg aagtcaatgg catgatgaag agagacggaa tgaagattcc 7920
aacatataaa tttttgcctc ttatgtacca attggctgct agaatgggga ccaagatgat 7980
gggaggccta ggatttcatg aagtcctcaa taatctaatc tctagaattt caatggatca 8040
cccccatcac actttgttta ttatactggc cttagcaaat gcaaacagag atgaatttct 8100
gactaaacca gaggtagcca gaagaagcag aataactaaa aatgtgccta aacaaagctc 8160
tcagcttgat gaggatcgaa cagaggctgc aaatagaata atatgtacta tcagaagtag 8220
gagacctcag atggtcagaa gtgttgaggc actttgtgat gcttatatta tattagcaaa 8280
cttagatgcc actcagtgga agactcagag aaaaggcata aatattccag cagaccagcc 8340
aattactaaa cttaagaatt tagaagatgt tgttgtccct actatggaaa ttaaggtgga 8400
ccacacagga gaatatggaa atctggtgac tatacagtca tttaaagcag aatttcgctt 8460
agcaggaggt gtaaatttac caaaaataat agattgtgta ggttccgatg gcaaggagag 8520
gagacagctt gttaagggcc gtgatgacct gagacaagat gctgtcatgc aacaggtctt 8580
ccagatgtgt aatacattac tgcagagaaa cacggaaact aggaagagga aattaactat 8640
ctgtacttat aaggtggttc ccctctctca gcgaagtggt gttcttgaat ggtgcacagg 8700
aactgtcccc attggtgaat ttcttgttaa caatgaagat ggtgctcata aaagatacag 8760
gccaaatgat ttcagtgcct ttcagtgcca aaagaaaatg atggaggtgc aaaaaaagtc 8820
ttttgaagag aaatatgaag tcttcatgga tgtttgccaa aattttcaac cagttttccg 8880
ttacttctgc atggaaaaat tcttggatcc agctatttgg tttgagaagc gattggctta 8940
tacgcgcagt gtagctactt cttctattgt tggttacata cttggacttg gtgatagaca 9000
tgtacagaat atcttgataa atgagcagtc agcagaactt gtacatatag atctaggtgt 9060
tgcttttgaa cagggcaaaa tccttcctac tcctgagaca gttcctttta gactcaccag 9120
agatattgtg gatggcatgg gcattacggg tgttgaaggt gtcttcagaa gatgctgtga 9180
gaaaaccatg gaagtgatga gaaactctca ggaaactctg ttaaccattg tagaggtcct 9240
tctatatgat ccactctttg actggaccat gaatcctttg aaagctttgt atttacagca 9300
gaggccggaa gatgaaactg agcttcaccc tactctgaat gcagatgacc aagaatgcaa 9360
acgaaatctc agtgatattg accagagttt caacaaagta gctgaacgtg tcttaatgag 9420
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gaaagcttgg gtgtgatctt cagtatatga attacccttt cattcagcct ttagaaatta 9600
tattttagcc tttattttta acctgccaac atactttaag tagggattaa tatttaagtg 9660
aactattgtg ggtttttttg aatgttggtt ttaatacttg atttaatcac cactcaaaaa 9720
tgttttgatg gtcttaagga acatctctgc tttcactctt tagaaataat ggtcattcgg 9780
gctgggcgca gcggctcacg cctgtaatcc cagcactttg ggaggccgag gtgagcggat 9840
cacaaggtca ggagttcgag accagcctgg ccaagagacc agcctggcca gtatggtgaa 9900
accctgtctc tactaaaaat acaaaaatta gccgagcatg gtggcgggca cctgtaatcc 9960
cagctactcg agaggctgag gcaggagaat ctcttgaacc tgggaggtga aggttgctgt 10020
gggccaaaat catgccattg cactccagcc tgggtgacaa gagcgaaact ccatctcaaa 10080
aaaaaaaaaa aaaaaacaga aacgtatttg gatttttcct agtaagatca ctcagtgtta 10140
ctaaataatg aagttgttat ggagaacaaa tttcaaagac acagttagtg tagttactat 10200
ttttttaagt gtgtattaaa acttctcatt ctattctctt tatcttttaa gcccttctgt 10260
actgtccatg tatgttatct ttctgtgata acttcataga ttgccttcta gttcatgaat 10320
tctcttgtca gatgtatata atctctttta ccctatccat tgggcttctt ctttcagaaa 10380
ttgtttttca tttctaatta tgcatcattt ttcagatctc tgtttcttga tgtcattttt 10440
aatgtttttt taatgttttt tatgtcacta attattttaa atgtctgtac ttgatagaca 10500
ctgtaatagt tctattaaat ttagttcctg ctgtttatat ctgttgattt ttgtatttga 10560
taggctgttc atccagtttt gtctttttga aaagtgagtt tattttcagc aaggctttat 10620
ctatgggaat cttgagtgtc tgtttatgtc atattcccag ggctgttgct gcacacaagc 10680
ccattcttat tttaatttct tggctttagg gtttccatac ctgaagtgta gcataaatac 10740
tgataggaga tttcccaggc caaggcaaac acacttcctc ctcatctcct tgtgctagtg 10800
ggcagaatat ttgattgatg cctttttcac tgagagtata agcttccatg tgtcccacct 10860
ttatggcagg ggtggaagga ggtacattta attcccactg cctgcctttg gcaagccctg 10920
ggttctttgc tccccatata gatgtctaag ctaaaagccg tgggttaatg agactggcaa 10980
attgttccag gacagctaca gcatcagctc acatattcac ctctctggtt tttcattccc 11040
ctcatttttt tctgagacag agtcttgctc tgtcacccag gctggagtgc agtggcatga 11100
tctcagctca ctgaaacctc tgcctcctgg gttcaagcaa ttctcctgcc tcagcctccc 11160
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ctcctcggcc tcccaaagtg ctgggattac aggtgtgagc caccgcgccc ggcctcattc 11340
ccctcatttt tgaccgtaag gatttcccct ttcttgtaag ttctgctatg tatttaaaag 11400
aatgttttct acattttatc cagcatttct ctgtgttctg ttggaaggga agggcttagg 11460
tatctagttt gatacatagg tagaagtgga acatttctct gtcccccagc tgtcatcata 11520
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gggtgattga gctttctcct cgtatttgga ccttgaaggt tatataaatt tttttcttat 11700
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accttcccct cccctaaaac caatctccag aactttttgg actataaatt tcttggtttg 11820
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ctgctggaga aatcagaatt tggagaaata agttgtccaa ggcaagaaga tagtaaatta 12600
taagtacaag tgtaatatgg acagtatcta acttgaaaag atttcaggcg aaaagaatct 12660
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caaactcttg gtcattatag tatatgccta aaatgtatgc acttaggaat gctaaaaatt 12900
taaatatggt ctaaagcaaa taaaagcaaa gaggaaaaac tttggacagc gtaaagacta 12960
gaatagtctt ttaaaaagaa agccagtata ttggtttgaa atatagagat gtgtcccaat 13020
ttcaagtatt ttaattgcac cttaatgaaa ttatctattt tctatagatt ttagtactat 13080
tgaatgtatt actttactgt tacctgaatt tattataaag tgtttttgaa taaataattc 13140
taaaagc 13147
<210> 17
<211> 8258
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 17
ttccgggagg agttttggcc tccacacggc tccgtcgggc gccgcgctct tccggcagcg 60
gtagctttgg agacgccggg aacccgcgtt ggcgtggttg actagtgcct cgcagcctca 120
gcatggggga acatggcctg gagctggctt ccatgatccc cgccctgcgg gagctgggca 180
gtgccacacc agaggaatat aatacagttg tacagaagcc aagacaaatt ctgtgtcaat 240
tcattgaccg gatacttaca gatgtaaatg ttgttgctgt agaacttgta aagaaaactg 300
actctcagcc aacctccgtg atgttgcttg atttcatcca gcatatcatg aaatcctccc 360
cacttatgtt tgtaaatgtg agtggaagcc atgaggccaa aggcagttgt attgaattca 420
gtaattggat cataacgaga cttctgcgga ttgcagcaac tccctcctgt catttgttac 480
acaagaaaat ctgtgaagtc atctgttcat tattatttct ttttaaaagc aagagtcctg 540
ctatttttgg ggtactcaca aaagaattat tacaactttt tgaagacttg gtttacctcc 600
atagaagaaa tgtgatgggt catgctgtgg aatggccagt ggtcatgagc cgatttttaa 660
gtcaattaga tgaacacatg ggatatttac aatcagctcc tttgcagttg atgagtatgc 720
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gactaccagc acaaccagct agcacttttt tcagctcatt tttggaatta ttaaaacacc 960
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gcatattatg gagtgcactg aaacagaaag ctgaatccct tcagatttcc cttgaataca 1560
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<210> 20
<211> 4639
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 20
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<210> 21
<211> 5765
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 21
cagccgcccc tcctgcggcc gctgcggggg ccgccgcctg acttcggaca ccggccccgc 60
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ccgggctgca attaagaaag ccaaactcga gtttggcttt cttaattgca gctttttg 58
<210> 62
<211> 58
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 62
ccggctgctt cagaagctcc gatttctcga gaaatcggag cttctgaagc agtttttg 58
<210> 63
<211> 58
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 63
ccggcttgtt ggagtgtgtg aataactcga gttattcaca cactccaaca agtttttg 58
<210> 64
<211> 57
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
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oligonucleotide"
<400> 64
ccgggctgaa gctatgttcg ccattctcga gaatggcgaa catagcttca gcttttt 57
<210> 65
<211> 57
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
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oligonucleotide"
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ccggcggtca gagatcatac agattctcga gaatctgtat gatctctgac cgttttt 57
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<211> 57
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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oligonucleotide"
<400> 66
ccgggctaag actaactcaa gataactcga gttatcttga gttagtctta gcttttt 57
<210> 67
<211> 57
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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ccggcgccct ttacagaaca gactactcga gtagtctgtt ctgtaaaggg cgttttt 57
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<211> 57
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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ccggccacaa cccatttcac ggttactcga gtaaccgtga aatgggttgt ggttttt 57
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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ccggcggtca gagatcatac agattctcga gaatctgtat gatctctgac cgtttttg 58
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<211> 58
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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ccggcgccct ttacagaaca gactactcga gtagtctgtt ctgtaaaggg cgtttttg 58
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<211> 58
<212> DNA
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ccggttagag cagtgtggca taaatctcga gatttatgcc acactgctct aatttttg 58
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<211> 58
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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ccgggctgaa gctatgttcg ccattctcga gaatggcgaa catagcttca gctttttg 58
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<213> Artificial Sequence
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ccggcctgtg atgaagttct acaaactcga gtttgtagaa cttcatcaca ggttttttg 59
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<211> 59
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<400> 74
ccggccatta tgcaagtgtt cctatctcga gataggaaca cttgcataat ggttttttg 59
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<211> 59
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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ccgggcaaac ggcttatggg ataaactcga gtttatccca taagccgttt gcttttttg 59
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<211> 59
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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ccggcccagt tatcttgacg aatcactcga gtgattcgtc aagataactg ggttttttg 59
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<212> DNA
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ccggcccaaa gatgcaaacg gcttactcga gtaagccgtt tgcatctttg ggttttttg 59
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<211> 58
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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oligonucleotide"
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ccggccaaag atgcaaacgg cttatctcga gataagccgt ttgcatcttt ggtttttg 58
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<211> 58
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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oligonucleotide"
<400> 79
ccggggcatc ctccttgaag tatttctcga gaaatacttc aaggaggatg cctttttg 58
<210> 80
<211> 58
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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ccggttgaca cagagtctgc atttactcga gtaaatgcag actctgtgtc aatttttg 58
<210> 81
<211> 59
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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oligonucleotide"
<400> 81
ccggcagaag agaatgtctc acaaactcga gtttgtgaga cattctcttc tgttttttg 59
<210> 82
<211> 59
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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ccgggttggg atatctaaag cagaactcga gttctgcttt agatatccca acttttttg 59
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<211> 59
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<400> 83
ccgggcttca taatcacctt ctgttctcga gaacagaagg tgattatgaa gcttttttg 59
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<211> 59
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<213> Artificial Sequence
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<400> 84
ccgggcaaag aagttgggat atctactcga gtagatatcc caacttcttt gcttttttg 59
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<211> 59
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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ccgggaagcc ttagaaactc tgcaactcga gttgcagagt ttctaaggct tcttttttg 59
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<211> 58
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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ccgggttggg atatctaaag cagaactcga gttctgcttt agatatccca actttttg 58
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<211> 58
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 87
ccggcagaag agaatgtctc acaaactcga gtttgtgaga cattctcttc tgtttttg 58
<210> 88
<211> 58
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 88
ccggagcata cccagggctt cataactcga gttatgaagc cctgggtatg cttttttg 58
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<211> 58
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 89
ccgggcaaag aagttgggat atctactcga gtagatatcc caacttcttt gctttttg 58
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<211> 59
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<400> 90
ccgggaaatg tggcttgtct tacaactcga gttgtaagac aagccacatt tcttttttg 59
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<211> 59
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<400> 91
ccgggtctct atactggaga agtgactcga gtcacttctc cagtatagag acttttttg 59
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<211> 59
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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ccggccacgt ttccttccct tatttctcga gaaataaggg aaggaaacgt ggttttttg 59
<210> 93
<211> 59
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 93
ccggcgtgta tgtttctggt ggaaactcga gtttccacca gaaacataca cgttttttg 59
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<211> 59
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 94
ccgggctggt ctctatactg gagaactcga gttctccagt atagagacca gcttttttg 59
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<211> 59
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 95
ccgggctcag aaatgtggct tgtctctcga gagacaagcc acatttctga gcttttttg 59
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<211> 59
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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oligonucleotide"
<400> 96
ccggcctgtg ctgttgtttg ggaaactcga gtttcccaaa caacagcaca ggttttttg 59
<210> 97
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 97
ccggctggaa gaggtagctc agaaactcga gtttctgagc tacctcttcc agttttttg 59
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<211> 59
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 98
ccggcaggta tgtctctgta tggcactcga gtgccataca gagacatacc tgttttttg 59
<210> 99
<211> 198
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 99
Met Asp Ser Leu Leu Met Asn Arg Arg Lys Phe Leu Tyr Gln Phe Lys
1 5 10 15
Asn Val Arg Trp Ala Lys Gly Arg Arg Glu Thr Tyr Leu Cys Tyr Val
20 25 30
Val Lys Arg Arg Asp Ser Ala Thr Ser Phe Ser Leu Asp Phe Gly Tyr
35 40 45
Leu Arg Asn Lys Asn Gly Cys His Val Glu Leu Leu Phe Leu Arg Tyr
50 55 60
Ile Ser Asp Trp Asp Leu Asp Pro Gly Arg Cys Tyr Arg Val Thr Trp
65 70 75 80
Phe Thr Ser Trp Ser Pro Cys Tyr Asp Cys Ala Arg His Val Ala Asp
85 90 95
Phe Leu Arg Gly Asn Pro Asn Leu Ser Leu Arg Ile Phe Thr Ala Arg
100 105 110
Leu Tyr Phe Cys Glu Asp Arg Lys Ala Glu Pro Glu Gly Leu Arg Arg
115 120 125
Leu His Arg Ala Gly Val Gln Ile Ala Ile Met Thr Phe Lys Asp Tyr
130 135 140
Phe Tyr Cys Trp Asn Thr Phe Val Glu Asn His Glu Arg Thr Phe Lys
145 150 155 160
Ala Trp Glu Gly Leu His Glu Asn Ser Val Arg Leu Ser Arg Gln Leu
165 170 175
Arg Arg Ile Leu Leu Pro Leu Tyr Glu Val Asp Asp Leu Arg Asp Ala
180 185 190
Phe Arg Thr Leu Gly Leu
195
<210> 100
<211> 2794
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 100
agagaaccat cattaattga agtgagattt ttctggcctg agacttgcag ggaggcaaga 60
agacactctg gacaccacta tggacagcct cttgatgaac cggaggaagt ttctttacca 120
attcaaaaat gtccgctggg ctaagggtcg gcgtgagacc tacctgtgct acgtagtgaa 180
gaggcgtgac agtgctacat ccttttcact ggactttggt tatcttcgca ataagaacgg 240
ctgccacgtg gaattgctct tcctccgcta catctcggac tgggacctag accctggccg 300
ctgctaccgc gtcacctggt tcacctcctg gagcccctgc tacgactgtg cccgacatgt 360
ggccgacttt ctgcgaggga accccaacct cagtctgagg atcttcaccg cgcgcctcta 420
cttctgtgag gaccgcaagg ctgagcccga ggggctgcgg cggctgcacc gcgccggggt 480
gcaaatagcc atcatgacct tcaaagatta tttttactgc tggaatactt ttgtagaaaa 540
ccacgaaaga actttcaaag cctgggaagg gctgcatgaa aattcagttc gtctctccag 600
acagcttcgg cgcatccttt tgcccctgta tgaggttgat gacttacgag acgcatttcg 660
tactttggga ctttgatagc aacttccagg aatgtcacac acgatgaaat atctctgctg 720
aagacagtgg ataaaaaaca gtccttcaag tcttctctgt ttttattctt caactctcac 780
tttcttagag tttacagaaa aaatatttat atacgactct ttaaaaagat ctatgtcttg 840
aaaatagaga aggaacacag gtctggccag ggacgtgctg caattggtgc agttttgaat 900
gcaacattgt cccctactgg gaataacaga actgcaggac ctgggagcat cctaaagtgt 960
caacgttttt ctatgacttt taggtaggat gagagcagaa ggtagatcct aaaaagcatg 1020
gtgagaggat caaatgtttt tatatcaaca tcctttatta tttgattcat ttgagttaac 1080
agtggtgtta gtgatagatt tttctattct tttcccttga cgtttacttt caagtaacac 1140
aaactcttcc atcaggccat gatctatagg acctcctaat gagagtatct gggtgattgt 1200
gaccccaaac catctctcca aagcattaat atccaatcat gcgctgtatg ttttaatcag 1260
cagaagcatg tttttatgtt tgtacaaaag aagattgtta tgggtgggga tggaggtata 1320
gaccatgcat ggtcaccttc aagctacttt aataaaggat cttaaaatgg gcaggaggac 1380
tgtgaacaag acaccctaat aatgggttga tgtctgaagt agcaaatctt ctggaaacgc 1440
aaactctttt aaggaagtcc ctaatttaga aacacccaca aacttcacat atcataatta 1500
gcaaacaatt ggaaggaagt tgcttgaatg ttggggagag gaaaatctat tggctctcgt 1560
gggtctcttc atctcagaaa tgccaatcag gtcaaggttt gctacatttt gtatgtgtgt 1620
gatgcttctc ccaaaggtat attaactata taagagagtt gtgacaaaac agaatgataa 1680
agctgcgaac cgtggcacac gctcatagtt ctagctgctt gggaggttga ggagggagga 1740
tggcttgaac acaggtgttc aaggccagcc tgggcaacat aacaagatcc tgtctctcaa 1800
aaaaaaaaaa aaaaaaaaga aagagagagg gccgggcgtg gtggctcacg cctgtaatcc 1860
cagcactttg ggaggccgag ccgggcggat cacctgtggt caggagtttg agaccagcct 1920
ggccaacatg gcaaaacccc gtctgtactc aaaatgcaaa aattagccag gcgtggtagc 1980
aggcacctgt aatcccagct acttgggagg ctgaggcagg agaatcgctt gaacccagga 2040
ggtggaggtt gcagtaagct gagatcgtgc cgttgcactc cagcctgggc gacaagagca 2100
agactctgtc tcagaaaaaa aaaaaaaaaa gagagagaga gagaaagaga acaatatttg 2160
ggagagaagg atggggaagc attgcaagga aattgtgctt tatccaacaa aatgtaagga 2220
gccaataagg gatccctatt tgtctctttt ggtgtctatt tgtccctaac aactgtcttt 2280
gacagtgaga aaaatattca gaataaccat atccctgtgc cgttattacc tagcaaccct 2340
tgcaatgaag atgagcagat ccacaggaaa acttgaatgc acaactgtct tattttaatc 2400
ttattgtaca taagtttgta aaagagttaa aaattgttac ttcatgtatt catttatatt 2460
ttatattatt ttgcgtctaa tgatttttta ttaacatgat ttccttttct gatatattga 2520
aatggagtct caaagcttca taaatttata actttagaaa tgattctaat aacaacgtat 2580
gtaattgtaa cattgcagta atggtgctac gaagccattt ctcttgattt ttagtaaact 2640
tttatgacag caaatttgct tctggctcac tttcaatcag ttaaataaat gataaataat 2700
tttggaagct gtgaagataa aataccaaat aaaataatat aaaagtgatt tatatgaagt 2760
taaaataaaa aatcagtatg atggaataaa cttg 2794
<210> 101
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
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primer"
<400> 101
tccttttcac tggactttgg 20
<210> 102
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
primer"
<400> 102
gactgaggtt ggggttcc 18
<210> 103
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
primer"
<400> 103
gagtcaacgg atttggtcgt 20
<210> 104
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
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primer"
<400> 104
ttgattttgg agggatctcg 20
<210> 105
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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primer"
<400> 105
accacagtcc atgccatcac 20
<210> 106
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
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primer"
<400> 106
tccaccaccc tgtggctgta 20
<210> 107
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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primer"
<400> 107
ggcctcagtg aaggtctcct gcaag 25
<210> 108
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
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primer"
<400> 108
gtctggtcct acgctggtga aaccc 25
<210> 109
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
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primer"
<400> 109
ctggggggtc cctgagactc tcctg 25
<210> 110
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
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primer"
<400> 110
cttcggagac cctgtccctc acctg 25
<210> 111
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
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primer"
<400> 111
cggggagtct ctgaagatct cctgt 25
<210> 112
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
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primer"
<400> 112
tcgcagaccc tctcactcac ctgtg 25
<210> 113
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
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consensus sequence"
<400> 113
cttacctgag gagacggtga cc 22
<210> 114
<211> 352
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 114
Met Val Arg Pro Val Arg His Lys Lys Pro Val Asn Tyr Ser Gln Phe
1 5 10 15
Asp His Ser Asp Ser Asp Asp Asp Phe Val Ser Ala Thr Val Pro Leu
20 25 30
Asn Lys Lys Ser Arg Thr Ala Pro Lys Glu Leu Lys Gln Asp Lys Pro
35 40 45
Lys Pro Asn Leu Asn Asn Leu Arg Lys Glu Glu Ile Pro Val Gln Glu
50 55 60
Lys Thr Pro Lys Lys Arg Leu Pro Glu Gly Thr Phe Ser Ile Pro Ala
65 70 75 80
Ser Ala Val Pro Cys Thr Lys Met Ala Leu Asp Asp Lys Leu Tyr Gln
85 90 95
Arg Asp Leu Glu Val Ala Leu Ala Leu Ser Val Lys Glu Leu Pro Thr
100 105 110
Val Thr Thr Asn Val Gln Asn Ser Gln Asp Lys Ser Ile Glu Lys His
115 120 125
Gly Ser Ser Lys Ile Glu Thr Met Asn Lys Ser Pro His Ile Ser Asn
130 135 140
Cys Ser Val Ala Ser Asp Tyr Leu Asp Leu Asp Lys Ile Thr Val Glu
145 150 155 160
Asp Asp Val Gly Gly Val Gln Gly Lys Arg Lys Ala Ala Ser Lys Ala
165 170 175
Ala Ala Gln Gln Arg Lys Ile Leu Leu Glu Gly Ser Asp Gly Asp Ser
180 185 190
Ala Asn Asp Thr Glu Pro Asp Phe Ala Pro Gly Glu Asp Ser Glu Asp
195 200 205
Asp Ser Asp Phe Cys Glu Ser Glu Asp Asn Asp Glu Asp Phe Ser Met
210 215 220
Arg Lys Ser Lys Val Lys Glu Ile Lys Lys Lys Glu Val Lys Val Lys
225 230 235 240
Ser Pro Val Glu Lys Lys Glu Lys Lys Ser Lys Ser Lys Cys Asn Ala
245 250 255
Leu Val Thr Ser Val Asp Ser Ala Pro Ala Ala Val Lys Ser Glu Ser
260 265 270
Gln Ser Leu Pro Lys Lys Val Ser Leu Ser Ser Asp Thr Thr Arg Lys
275 280 285
Pro Leu Glu Ile Arg Ser Pro Ser Ala Glu Ser Lys Lys Pro Lys Trp
290 295 300
Val Pro Pro Ala Ala Ser Gly Gly Ser Arg Ser Ser Ser Ser Pro Leu
305 310 315 320
Val Val Val Ser Val Lys Ser Pro Asn Gln Ser Leu Arg Leu Gly Leu
325 330 335
Ser Arg Leu Ala Arg Val Lys Pro Leu His Pro Asn Ala Thr Ser Thr
340 345 350
<210> 115
<211> 350
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 115
Met Gly Ser Lys Lys Leu Lys Arg Val Gly Leu Ser Gln Glu Leu Cys
1 5 10 15
Asp Arg Leu Ser Arg His Gln Ile Leu Thr Cys Gln Asp Phe Leu Cys
20 25 30
Leu Ser Pro Leu Glu Leu Met Lys Val Thr Gly Leu Ser Tyr Arg Gly
35 40 45
Val His Glu Leu Leu Cys Met Val Ser Arg Ala Cys Ala Pro Lys Met
50 55 60
Gln Thr Ala Tyr Gly Ile Lys Ala Gln Arg Ser Ala Asp Phe Ser Pro
65 70 75 80
Ala Phe Leu Ser Thr Thr Leu Ser Ala Leu Asp Glu Ala Leu His Gly
85 90 95
Gly Val Ala Cys Gly Ser Leu Thr Glu Ile Thr Gly Pro Pro Gly Cys
100 105 110
Gly Lys Thr Gln Phe Cys Ile Met Met Ser Ile Leu Ala Thr Leu Pro
115 120 125
Thr Asn Met Gly Gly Leu Glu Gly Ala Val Val Tyr Ile Asp Thr Glu
130 135 140
Ser Ala Phe Ser Ala Glu Arg Leu Val Glu Ile Ala Glu Ser Arg Phe
145 150 155 160
Pro Arg Tyr Phe Asn Thr Glu Glu Lys Leu Leu Leu Thr Ser Ser Lys
165 170 175
Val His Leu Tyr Arg Glu Leu Thr Cys Asp Glu Val Leu Gln Arg Ile
180 185 190
Glu Ser Leu Glu Glu Glu Ile Ile Ser Lys Gly Ile Lys Leu Val Ile
195 200 205
Leu Asp Ser Val Ala Ser Val Val Arg Lys Glu Phe Asp Ala Gln Leu
210 215 220
Gln Gly Asn Leu Lys Glu Arg Asn Lys Phe Leu Ala Arg Glu Ala Ser
225 230 235 240
Ser Leu Lys Tyr Leu Ala Glu Glu Phe Ser Ile Pro Val Ile Leu Thr
245 250 255
Asn Gln Ile Thr Thr His Leu Ser Gly Ala Leu Ala Ser Gln Ala Asp
260 265 270
Leu Val Ser Pro Ala Asp Asp Leu Ser Leu Ser Glu Gly Thr Ser Gly
275 280 285
Ser Ser Cys Val Ile Ala Ala Leu Gly Asn Thr Trp Ser His Ser Val
290 295 300
Asn Thr Arg Leu Ile Leu Gln Tyr Leu Asp Ser Glu Arg Arg Gln Ile
305 310 315 320
Leu Ile Ala Lys Ser Pro Leu Ala Pro Phe Thr Ser Phe Val Tyr Thr
325 330 335
Ile Lys Glu Glu Gly Leu Val Leu Gln Ala Tyr Gly Asn Ser
340 345 350
<210> 116
<211> 348
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 116
Met Gly Val Leu Arg Val Gly Leu Cys Pro Gly Leu Thr Glu Glu Met
1 5 10 15
Ile Gln Leu Leu Arg Ser His Arg Ile Lys Thr Val Val Asp Leu Val
20 25 30
Ser Ala Asp Leu Glu Glu Val Ala Gln Lys Cys Gly Leu Ser Tyr Lys
35 40 45
Thr Trp Arg Ala His Ser Ser Gly Asn Leu Gly Gly Leu Gln Leu Pro
50 55 60
Gln Val Pro Ala Gly Arg Ser Trp Ser Gly Val Arg Asn Ala Leu Lys
65 70 75 80
Lys Ala Gly Leu Gly His Gly Gly Thr Asp Gly Leu Ser Leu Asn Ala
85 90 95
Phe Asp Glu Arg Gly Thr Ala Val Ser Thr Ser Arg Leu Asp Lys Leu
100 105 110
Leu Asp Ala Gly Leu Tyr Thr Gly Glu Val Thr Glu Ile Val Gly Gly
115 120 125
Pro Gly Ser Gly Lys Thr Gln Val Cys Leu Cys Met Ala Ala Asn Val
130 135 140
Ala His Gly Leu Gln Gln Asn Val Leu Tyr Val Asp Ser Asn Gly Gly
145 150 155 160
Leu Thr Ala Ser Arg Leu Leu Gln Leu Leu Gln Ala Lys Thr Gln Asp
165 170 175
Glu Glu Glu Gln Ala Glu Ala Leu Arg Arg Ile Gln Val Val His Ala
180 185 190
Phe Asp Ile Phe Gln Met Leu Asp Val Leu Gln Glu Leu Arg Gly Thr
195 200 205
Val Ala Gln Gln Val Thr Gly Ser Ser Gly Thr Val Lys Val Val Val
210 215 220
Val Asp Ser Val Thr Ala Val Val Ser Pro Leu Leu Gly Gly Gln Gln
225 230 235 240
Arg Glu Gly Leu Ala Leu Met Met Gln Leu Ala Arg Glu Leu Lys Thr
245 250 255
Leu Ala Arg Asp Leu Gly Met Ala Val Val Val Thr Asn His Ile Thr
260 265 270
Arg Asp Arg Asp Ser Gly Arg Leu Lys Pro Ala Leu Gly Arg Ser Trp
275 280 285
Ser Phe Val Pro Ser Thr Arg Ile Leu Leu Asp Thr Ile Glu Gly Ala
290 295 300
Gly Ala Ser Gly Gly Arg Arg Met Ala Cys Leu Ala Lys Ser Ser Arg
305 310 315 320
Gln Pro Thr Gly Phe Gln Glu Met Val Asp Ile Gly Thr Trp Gly Thr
325 330 335
Ser Glu Gln Ser Ala Thr Leu Gln Gly Asp Gln Thr
340 345
<210> 117
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<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 117
Met Cys Ser Ala Phe His Arg Ala Glu Ser Gly Thr Glu Leu Leu Ala
1 5 10 15
Arg Leu Glu Gly Arg Ser Ser Leu Lys Glu Ile Glu Pro Asn Leu Phe
20 25 30
Ala Asp Glu Asp Ser Pro Val His Gly Asp Ile Leu Glu Phe His Gly
35 40 45
Pro Glu Gly Thr Gly Lys Thr Glu Met Leu Tyr His Leu Thr Ala Arg
50 55 60
Cys Ile Leu Pro Lys Ser Glu Gly Gly Leu Glu Val Glu Val Leu Phe
65 70 75 80
Ile Asp Thr Asp Tyr His Phe Asp Met Leu Arg Leu Val Thr Ile Leu
85 90 95
Glu His Arg Leu Ser Gln Ser Ser Glu Glu Ile Ile Lys Tyr Cys Leu
100 105 110
Gly Arg Phe Phe Leu Val Tyr Cys Ser Ser Ser Thr His Leu Leu Leu
115 120 125
Thr Leu Tyr Ser Leu Glu Ser Met Phe Cys Ser His Pro Ser Leu Cys
130 135 140
Leu Leu Ile Leu Asp Ser Leu Ser Ala Phe Tyr Trp Ile Asp Arg Val
145 150 155 160
Asn Gly Gly Glu Ser Val Asn Leu Gln Glu Ser Thr Leu Arg Lys Cys
165 170 175
Ser Gln Cys Leu Glu Lys Leu Val Asn Asp Tyr Arg Leu Val Leu Phe
180 185 190
Ala Thr Thr Gln Thr Ile Met Gln Lys Ala Ser Ser Ser Ser Glu Glu
195 200 205
Pro Ser His Ala Ser Arg Arg Leu Cys Asp Val Asp Ile Asp Tyr Arg
210 215 220
Pro Tyr Leu Cys Lys Ala Trp Gln Gln Leu Val Lys His Arg Met Phe
225 230 235 240
Phe Ser Lys Gln Asp Asp Ser Gln Ser Ser Asn Gln Phe Ser Leu Val
245 250 255
Ser Arg Cys Leu Lys Ser Asn Ser Leu Lys Lys His Phe Phe Ile Ile
260 265 270
Gly Glu Ser Gly Val Glu Phe Cys
275 280
<210> 118
<211> 346
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 118
Met Asp Leu Asp Leu Leu Asp Leu Asn Pro Arg Ile Ile Ala Ala Ile
1 5 10 15
Lys Lys Ala Lys Leu Lys Ser Val Lys Glu Val Leu His Phe Ser Gly
20 25 30
Pro Asp Leu Lys Arg Leu Thr Asn Leu Ser Ser Pro Glu Val Trp His
35 40 45
Leu Leu Arg Thr Ala Ser Leu His Leu Arg Gly Ser Ser Ile Leu Thr
50 55 60
Ala Leu Gln Leu His Gln Gln Lys Glu Arg Phe Pro Thr Gln His Gln
65 70 75 80
Arg Leu Ser Leu Gly Cys Pro Val Leu Asp Ala Leu Leu Arg Gly Gly
85 90 95
Leu Pro Leu Asp Gly Ile Thr Glu Leu Ala Gly Arg Ser Ser Ala Gly
100 105 110
Lys Thr Gln Leu Ala Leu Gln Leu Cys Leu Ala Val Gln Phe Pro Arg
115 120 125
Gln His Gly Gly Leu Glu Ala Gly Ala Val Tyr Ile Cys Thr Glu Asp
130 135 140
Ala Phe Pro His Lys Arg Leu Gln Gln Leu Met Ala Gln Gln Pro Arg
145 150 155 160
Leu Arg Thr Asp Val Pro Gly Glu Leu Leu Gln Lys Leu Arg Phe Gly
165 170 175
Ser Gln Ile Phe Ile Glu His Val Ala Asp Val Asp Thr Leu Leu Glu
180 185 190
Cys Val Asn Lys Lys Val Pro Val Leu Leu Ser Arg Gly Met Ala Arg
195 200 205
Leu Val Val Ile Asp Ser Val Ala Ala Pro Phe Arg Cys Glu Phe Asp
210 215 220
Ser Gln Ala Ser Ala Pro Arg Ala Arg His Leu Gln Ser Leu Gly Ala
225 230 235 240
Thr Leu Arg Glu Leu Ser Ser Ala Phe Gln Ser Pro Val Leu Cys Ile
245 250 255
Asn Gln Val Thr Glu Ala Met Glu Glu Gln Gly Ala Ala His Gly Pro
260 265 270
Leu Gly Phe Trp Asp Glu Arg Val Ser Pro Ala Leu Gly Ile Thr Trp
275 280 285
Ala Asn Gln Leu Leu Val Arg Leu Leu Ala Asp Arg Leu Arg Glu Glu
290 295 300
Glu Ala Ala Leu Gly Cys Pro Ala Arg Thr Leu Arg Val Leu Ser Ala
305 310 315 320
Pro His Leu Pro Pro Ser Ser Cys Ser Tyr Thr Ile Ser Ala Glu Gly
325 330 335
Val Arg Gly Thr Pro Gly Thr Gln Ser His
340 345
<210> 119
<211> 2492
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 119
Met Thr Ala Glu Pro Met Ser Glu Ser Lys Leu Asn Thr Leu Val Gln
1 5 10 15
Lys Leu His Asp Phe Leu Ala His Ser Ser Glu Glu Ser Glu Glu Thr
20 25 30
Ser Ser Pro Pro Arg Leu Ala Met Asn Gln Asn Thr Asp Lys Ile Ser
35 40 45
Gly Ser Gly Ser Asn Ser Asp Met Met Glu Asn Ser Lys Glu Glu Gly
50 55 60
Thr Ser Ser Ser Glu Lys Ser Lys Ser Ser Gly Ser Ser Arg Ser Lys
65 70 75 80
Arg Lys Pro Ser Ile Val Thr Lys Tyr Val Glu Ser Asp Asp Glu Lys
85 90 95
Pro Leu Asp Asp Glu Thr Val Asn Glu Asp Ala Ser Asn Glu Asn Ser
100 105 110
Glu Asn Asp Ile Thr Met Gln Ser Leu Pro Lys Gly Thr Val Ile Val
115 120 125
Gln Pro Glu Pro Val Leu Asn Glu Asp Lys Asp Asp Phe Lys Gly Pro
130 135 140
Glu Phe Arg Ser Arg Ser Lys Met Lys Thr Glu Asn Leu Lys Lys Arg
145 150 155 160
Gly Glu Asp Gly Leu His Gly Ile Val Ser Cys Thr Ala Cys Gly Gln
165 170 175
Gln Val Asn His Phe Gln Lys Asp Ser Ile Tyr Arg His Pro Ser Leu
180 185 190
Gln Val Leu Ile Cys Lys Asn Cys Phe Lys Tyr Tyr Met Ser Asp Asp
195 200 205
Ile Ser Arg Asp Ser Asp Gly Met Asp Glu Gln Cys Arg Trp Cys Ala
210 215 220
Glu Gly Gly Asn Leu Ile Cys Cys Asp Phe Cys His Asn Ala Phe Cys
225 230 235 240
Lys Lys Cys Ile Leu Arg Asn Leu Gly Arg Lys Glu Leu Ser Thr Ile
245 250 255
Met Asp Glu Asn Asn Gln Trp Tyr Cys Tyr Ile Cys His Pro Glu Pro
260 265 270
Leu Leu Asp Leu Val Thr Ala Cys Asn Ser Val Phe Glu Asn Leu Glu
275 280 285
Gln Leu Leu Gln Gln Asn Lys Lys Lys Ile Lys Val Asp Ser Glu Lys
290 295 300
Ser Asn Lys Val Tyr Glu His Thr Ser Arg Phe Ser Pro Lys Lys Thr
305 310 315 320
Ser Ser Asn Cys Asn Gly Glu Glu Lys Lys Leu Asp Asp Ser Cys Ser
325 330 335
Gly Ser Val Thr Tyr Ser Tyr Ser Ala Leu Ile Val Pro Lys Glu Met
340 345 350
Ile Lys Lys Ala Lys Lys Leu Ile Glu Thr Thr Ala Asn Met Asn Ser
355 360 365
Ser Tyr Val Lys Phe Leu Lys Gln Ala Thr Asp Asn Ser Glu Ile Ser
370 375 380
Ser Ala Thr Lys Leu Arg Gln Leu Lys Ala Phe Lys Ser Val Leu Ala
385 390 395 400
Asp Ile Lys Lys Ala His Leu Ala Leu Glu Glu Asp Leu Asn Ser Glu
405 410 415
Phe Arg Ala Met Asp Ala Val Asn Lys Glu Lys Asn Thr Lys Glu His
420 425 430
Lys Val Ile Asp Ala Lys Phe Glu Thr Lys Ala Arg Lys Gly Glu Lys
435 440 445
Pro Cys Ala Leu Glu Lys Lys Asp Ile Ser Lys Ser Glu Ala Lys Leu
450 455 460
Ser Arg Lys Gln Val Asp Ser Glu His Met His Gln Asn Val Pro Thr
465 470 475 480
Glu Glu Gln Arg Thr Asn Lys Ser Thr Gly Gly Glu His Lys Lys Ser
485 490 495
Asp Arg Lys Glu Glu Pro Gln Tyr Glu Pro Ala Asn Thr Ser Glu Asp
500 505 510
Leu Asp Met Asp Ile Val Ser Val Pro Ser Ser Val Pro Glu Asp Ile
515 520 525
Phe Glu Asn Leu Glu Thr Ala Met Glu Val Gln Ser Ser Val Asp His
530 535 540
Gln Gly Asp Gly Ser Ser Gly Thr Glu Gln Glu Val Glu Ser Ser Ser
545 550 555 560
Val Lys Leu Asn Ile Ser Ser Lys Asp Asn Arg Gly Gly Ile Lys Ser
565 570 575
Lys Thr Thr Ala Lys Val Thr Lys Glu Leu Tyr Val Lys Leu Thr Pro
580 585 590
Val Ser Leu Ser Asn Ser Pro Ile Lys Gly Ala Asp Cys Gln Glu Val
595 600 605
Pro Gln Asp Lys Asp Gly Tyr Lys Ser Cys Gly Leu Asn Pro Lys Leu
610 615 620
Glu Lys Cys Gly Leu Gly Gln Glu Asn Ser Asp Asn Glu His Leu Val
625 630 635 640
Glu Asn Glu Val Ser Leu Leu Leu Glu Glu Ser Asp Leu Arg Arg Ser
645 650 655
Pro Arg Val Lys Thr Thr Pro Leu Arg Arg Pro Thr Glu Thr Asn Pro
660 665 670
Val Thr Ser Asn Ser Asp Glu Glu Cys Asn Glu Thr Val Lys Glu Lys
675 680 685
Gln Lys Leu Ser Val Pro Val Arg Lys Lys Asp Lys Arg Asn Ser Ser
690 695 700
Asp Ser Ala Ile Asp Asn Pro Lys Pro Asn Lys Leu Pro Lys Ser Lys
705 710 715 720
Gln Ser Glu Thr Val Asp Gln Asn Ser Asp Ser Asp Glu Met Leu Ala
725 730 735
Ile Leu Lys Glu Val Ser Arg Met Ser His Ser Ser Ser Ser Asp Thr
740 745 750
Asp Ile Asn Glu Ile His Thr Asn His Lys Thr Leu Tyr Asp Leu Lys
755 760 765
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770 775 780
Thr Ser Gly Ser Asp Phe Asp Thr Lys Lys Gly Lys Ser Ala Lys Ser
785 790 795 800
Ser Ile Ile Ser Lys Lys Lys Arg Gln Thr Gln Ser Glu Ser Ser Asn
805 810 815
Tyr Asp Ser Glu Leu Glu Lys Glu Ile Lys Ser Met Ser Lys Ile Gly
820 825 830
Ala Ala Arg Thr Thr Lys Lys Arg Ile Pro Asn Thr Lys Asp Phe Asp
835 840 845
Ser Ser Glu Asp Glu Lys His Ser Lys Lys Gly Met Asp Asn Gln Gly
850 855 860
His Lys Asn Leu Lys Thr Ser Gln Glu Gly Ser Ser Asp Asp Ala Glu
865 870 875 880
Arg Lys Gln Glu Arg Glu Thr Phe Ser Ser Ala Glu Gly Thr Val Asp
885 890 895
Lys Asp Thr Thr Ile Met Glu Leu Arg Asp Arg Leu Pro Lys Lys Gln
900 905 910
Gln Ala Ser Ala Ser Thr Asp Gly Val Asp Lys Leu Ser Gly Lys Glu
915 920 925
Gln Ser Phe Thr Ser Leu Glu Val Arg Lys Val Ala Glu Thr Lys Glu
930 935 940
Lys Ser Lys His Leu Lys Thr Lys Thr Cys Lys Lys Val Gln Asp Gly
945 950 955 960
Leu Ser Asp Ile Ala Glu Lys Phe Leu Lys Lys Asp Gln Ser Asp Glu
965 970 975
Thr Ser Glu Asp Asp Lys Lys Gln Ser Lys Lys Gly Thr Glu Glu Lys
980 985 990
Lys Lys Pro Ser Asp Phe Lys Lys Lys Val Ile Lys Met Glu Gln Gln
995 1000 1005
Tyr Glu Ser Ser Ser Asp Gly Thr Glu Lys Leu Pro Glu Arg Glu
1010 1015 1020
Glu Ile Cys His Phe Pro Lys Gly Ile Lys Gln Ile Lys Asn Gly
1025 1030 1035
Thr Thr Asp Gly Glu Lys Lys Ser Lys Lys Ile Arg Asp Lys Thr
1040 1045 1050
Ser Lys Lys Lys Asp Glu Leu Ser Asp Tyr Ala Glu Lys Ser Thr
1055 1060 1065
Gly Lys Gly Asp Ser Cys Asp Ser Ser Glu Asp Lys Lys Ser Lys
1070 1075 1080
Asn Gly Ala Tyr Gly Arg Glu Lys Lys Arg Cys Lys Leu Leu Gly
1085 1090 1095
Lys Ser Ser Arg Lys Arg Gln Asp Cys Ser Ser Ser Asp Thr Glu
1100 1105 1110
Lys Tyr Ser Met Lys Glu Asp Gly Cys Asn Ser Ser Asp Lys Arg
1115 1120 1125
Leu Lys Arg Ile Glu Leu Arg Glu Arg Arg Asn Leu Ser Ser Lys
1130 1135 1140
Arg Asn Thr Lys Glu Ile Gln Ser Gly Ser Ser Ser Ser Asp Ala
1145 1150 1155
Glu Glu Ser Ser Glu Asp Asn Lys Lys Lys Lys Gln Arg Thr Ser
1160 1165 1170
Ser Lys Lys Lys Ala Val Ile Val Lys Glu Lys Lys Arg Asn Ser
1175 1180 1185
Leu Arg Thr Ser Thr Lys Arg Lys Gln Ala Asp Ile Thr Ser Ser
1190 1195 1200
Ser Ser Ser Asp Ile Glu Asp Asp Asp Gln Asn Ser Ile Gly Glu
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Gly Ser Ser Asp Glu Gln Lys Ile Lys Pro Val Thr Glu Asn Leu
1220 1225 1230
Val Leu Ser Ser His Thr Gly Phe Cys Gln Ser Ser Gly Asp Glu
1235 1240 1245
Ala Leu Ser Lys Ser Val Pro Val Thr Val Asp Asp Asp Asp Asp
1250 1255 1260
Asp Asn Asp Pro Glu Asn Arg Ile Ala Lys Lys Met Leu Leu Glu
1265 1270 1275
Glu Ile Lys Ala Asn Leu Ser Ser Asp Glu Asp Gly Ser Ser Asp
1280 1285 1290
Asp Glu Pro Glu Glu Gly Lys Lys Arg Thr Gly Lys Gln Asn Glu
1295 1300 1305
Glu Asn Pro Gly Asp Glu Glu Ala Lys Asn Gln Val Asn Ser Glu
1310 1315 1320
Ser Asp Ser Asp Ser Glu Glu Ser Lys Lys Pro Arg Tyr Arg His
1325 1330 1335
Arg Leu Leu Arg His Lys Leu Thr Val Ser Asp Gly Glu Ser Gly
1340 1345 1350
Glu Glu Lys Lys Thr Lys Pro Lys Glu His Lys Glu Val Lys Gly
1355 1360 1365
Arg Asn Arg Arg Lys Val Ser Ser Glu Asp Ser Glu Asp Ser Asp
1370 1375 1380
Phe Gln Glu Ser Gly Val Ser Glu Glu Val Ser Glu Ser Glu Asp
1385 1390 1395
Glu Gln Arg Pro Arg Thr Arg Ser Ala Lys Lys Ala Glu Leu Glu
1400 1405 1410
Glu Asn Gln Arg Ser Tyr Lys Gln Lys Lys Lys Arg Arg Arg Ile
1415 1420 1425
Lys Val Gln Glu Asp Ser Ser Ser Glu Asn Lys Ser Asn Ser Glu
1430 1435 1440
Glu Glu Glu Glu Glu Lys Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu
1445 1450 1455
Glu Glu Glu Glu Glu Glu Asp Glu Asn Asp Asp Ser Lys Ser Pro
1460 1465 1470
Gly Lys Gly Arg Lys Lys Ile Arg Lys Ile Leu Lys Asp Asp Lys
1475 1480 1485
Leu Arg Thr Glu Thr Gln Asn Ala Leu Lys Glu Glu Glu Glu Arg
1490 1495 1500
Arg Lys Arg Ile Ala Glu Arg Glu Arg Glu Arg Glu Lys Leu Arg
1505 1510 1515
Glu Val Ile Glu Ile Glu Asp Ala Ser Pro Thr Lys Cys Pro Ile
1520 1525 1530
Thr Thr Lys Leu Val Leu Asp Glu Asp Glu Glu Thr Lys Glu Pro
1535 1540 1545
Leu Val Gln Val His Arg Asn Met Val Ile Lys Leu Lys Pro His
1550 1555 1560
Gln Val Asp Gly Val Gln Phe Met Trp Asp Cys Cys Cys Glu Ser
1565 1570 1575
Val Lys Lys Thr Lys Lys Ser Pro Gly Ser Gly Cys Ile Leu Ala
1580 1585 1590
His Cys Met Gly Leu Gly Lys Thr Leu Gln Val Val Ser Phe Leu
1595 1600 1605
His Thr Val Leu Leu Cys Asp Lys Leu Asp Phe Ser Thr Ala Leu
1610 1615 1620
Val Val Cys Pro Leu Asn Thr Ala Leu Asn Trp Met Asn Glu Phe
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Glu Lys Trp Gln Glu Gly Leu Lys Asp Asp Glu Lys Leu Glu Val
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Leu Gln Arg Trp Gln Glu Asp Gly Gly Val Met Ile Ile Gly Tyr
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1745 1750 1755
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1760 1765 1770
Lys Glu Phe Arg Asn Arg Phe Ile Asn Pro Ile Gln Asn Gly Gln
1775 1780 1785
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Ala His Ile Leu Tyr Glu Met Leu Ala Gly Cys Val Gln Arg Lys
1805 1810 1815
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1820 1825 1830
Val Leu Ala Val Arg Met Thr Ser Ile Gln Cys Lys Leu Tyr Gln
1835 1840 1845
Tyr Tyr Leu Asp His Leu Thr Gly Val Gly Asn Asn Ser Glu Gly
1850 1855 1860
Gly Arg Gly Lys Ala Gly Ala Lys Leu Phe Gln Asp Phe Gln Met
1865 1870 1875
Leu Ser Arg Ile Trp Thr His Pro Trp Cys Leu Gln Leu Asp Tyr
1880 1885 1890
Ile Ser Lys Glu Asn Lys Gly Tyr Phe Asp Glu Asp Ser Met Asp
1895 1900 1905
Glu Phe Ile Ala Ser Asp Ser Asp Glu Thr Ser Met Ser Leu Ser
1910 1915 1920
Ser Asp Asp Tyr Thr Lys Lys Lys Lys Lys Gly Lys Lys Gly Lys
1925 1930 1935
Lys Asp Ser Ser Ser Ser Gly Ser Gly Ser Asp Asn Asp Val Glu
1940 1945 1950
Val Ile Lys Val Trp Asn Ser Arg Ser Arg Gly Gly Gly Glu Gly
1955 1960 1965
Asn Val Asp Glu Thr Gly Asn Asn Pro Ser Val Ser Leu Lys Leu
1970 1975 1980
Glu Glu Ser Lys Ala Thr Ser Ser Ser Asn Pro Ser Ser Pro Ala
1985 1990 1995
Pro Asp Trp Tyr Lys Asp Phe Val Thr Asp Ala Asp Ala Glu Val
2000 2005 2010
Leu Glu His Ser Gly Lys Met Val Leu Leu Phe Glu Ile Leu Arg
2015 2020 2025
Met Ala Glu Glu Ile Gly Asp Lys Val Leu Val Phe Ser Gln Ser
2030 2035 2040
Leu Ile Ser Leu Asp Leu Ile Glu Asp Phe Leu Glu Leu Ala Ser
2045 2050 2055
Arg Glu Lys Thr Glu Asp Lys Asp Lys Pro Leu Ile Tyr Lys Gly
2060 2065 2070
Glu Gly Lys Trp Leu Arg Asn Ile Asp Tyr Tyr Arg Leu Asp Gly
2075 2080 2085
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2090 2095 2100
Asp Glu Thr Asn Val Arg Gly Arg Leu Phe Ile Ile Ser Thr Lys
2105 2110 2115
Ala Gly Ser Leu Gly Ile Asn Leu Val Ala Ala Asn Arg Val Ile
2120 2125 2130
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Phe Arg Val Tyr Arg Phe Gly Gln Thr Lys Pro Val Tyr Val Tyr
2150 2155 2160
Arg Phe Leu Ala Gln Gly Thr Met Glu Asp Lys Ile Tyr Asp Arg
2165 2170 2175
Gln Val Thr Lys Gln Ser Leu Ser Phe Arg Val Val Asp Gln Gln
2180 2185 2190
Gln Val Glu Arg His Phe Thr Met Asn Glu Leu Thr Glu Leu Tyr
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Thr Phe Glu Pro Asp Leu Leu Asp Asp Pro Asn Ser Glu Lys Lys
2210 2215 2220
Lys Lys Arg Asp Thr Pro Met Leu Pro Lys Asp Thr Ile Leu Ala
2225 2230 2235
Glu Leu Leu Gln Ile His Lys Glu His Ile Val Gly Tyr His Glu
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Lys Glu Asn Met Asn Leu Ser Glu Ala Gln Val Gln Ala Leu Ala
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Leu Ser Arg Gln Ala Ser Gln Glu Leu Asp Val Lys Arg Arg Glu
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Ala Ile Tyr Asn Asp Val Leu Thr Lys Gln Gln Met Leu Ile Ser
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Asn Gln Gln Gln Gln Gln Gln Met Thr Tyr Gln Gln Ala Thr Leu
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Ser Asn Tyr Gln Gln Ile Asp Met Arg Gly Met Tyr Gln Pro Val
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Met Arg Ser Lys Asn Pro Gly Pro Ser Gln Gly Lys Ser Met
2480 2485 2490
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<213> Homo sapiens
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Glu Ala Val Thr Asp Gly Leu Lys Arg Ala Leu Arg Ser Phe Gly Asn
145 150 155 160
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<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 121
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1 5 10 15
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1355 1360 1365
Ser Gly Gln Phe Met Lys Glu Gly Asn Thr Gln Ile Lys Glu Asp
1370 1375 1380
Leu Ser Asp Leu Thr Phe Leu Glu Val Ala Lys Ala Gln Glu Ala
1385 1390 1395
Cys His Gly Asn Thr Ser Asn Lys Glu Gln Leu Thr Ala Thr Lys
1400 1405 1410
Thr Glu Gln Asn Ile Lys Asp Phe Glu Thr Ser Asp Thr Phe Phe
1415 1420 1425
Gln Thr Ala Ser Gly Lys Asn Ile Ser Val Ala Lys Glu Ser Phe
1430 1435 1440
Asn Lys Ile Val Asn Phe Phe Asp Gln Lys Pro Glu Glu Leu His
1445 1450 1455
Asn Phe Ser Leu Asn Ser Glu Leu His Ser Asp Ile Arg Lys Asn
1460 1465 1470
Lys Met Asp Ile Leu Ser Tyr Glu Glu Thr Asp Ile Val Lys His
1475 1480 1485
Lys Ile Leu Lys Glu Ser Val Pro Val Gly Thr Gly Asn Gln Leu
1490 1495 1500
Val Thr Phe Gln Gly Gln Pro Glu Arg Asp Glu Lys Ile Lys Glu
1505 1510 1515
Pro Thr Leu Leu Gly Phe His Thr Ala Ser Gly Lys Lys Val Lys
1520 1525 1530
Ile Ala Lys Glu Ser Leu Asp Lys Val Lys Asn Leu Phe Asp Glu
1535 1540 1545
Lys Glu Gln Gly Thr Ser Glu Ile Thr Ser Phe Ser His Gln Trp
1550 1555 1560
Ala Lys Thr Leu Lys Tyr Arg Glu Ala Cys Lys Asp Leu Glu Leu
1565 1570 1575
Ala Cys Glu Thr Ile Glu Ile Thr Ala Ala Pro Lys Cys Lys Glu
1580 1585 1590
Met Gln Asn Ser Leu Asn Asn Asp Lys Asn Leu Val Ser Ile Glu
1595 1600 1605
Thr Val Val Pro Pro Lys Leu Leu Ser Asp Asn Leu Cys Arg Gln
1610 1615 1620
Thr Glu Asn Leu Lys Thr Ser Lys Ser Ile Phe Leu Lys Val Lys
1625 1630 1635
Val His Glu Asn Val Glu Lys Glu Thr Ala Lys Ser Pro Ala Thr
1640 1645 1650
Cys Tyr Thr Asn Gln Ser Pro Tyr Ser Val Ile Glu Asn Ser Ala
1655 1660 1665
Leu Ala Phe Tyr Thr Ser Cys Ser Arg Lys Thr Ser Val Ser Gln
1670 1675 1680
Thr Ser Leu Leu Glu Ala Lys Lys Trp Leu Arg Glu Gly Ile Phe
1685 1690 1695
Asp Gly Gln Pro Glu Arg Ile Asn Thr Ala Asp Tyr Val Gly Asn
1700 1705 1710
Tyr Leu Tyr Glu Asn Asn Ser Asn Ser Thr Ile Ala Glu Asn Asp
1715 1720 1725
Lys Asn His Leu Ser Glu Lys Gln Asp Thr Tyr Leu Ser Asn Ser
1730 1735 1740
Ser Met Ser Asn Ser Tyr Ser Tyr His Ser Asp Glu Val Tyr Asn
1745 1750 1755
Asp Ser Gly Tyr Leu Ser Lys Asn Lys Leu Asp Ser Gly Ile Glu
1760 1765 1770
Pro Val Leu Lys Asn Val Glu Asp Gln Lys Asn Thr Ser Phe Ser
1775 1780 1785
Lys Val Ile Ser Asn Val Lys Asp Ala Asn Ala Tyr Pro Gln Thr
1790 1795 1800
Val Asn Glu Asp Ile Cys Val Glu Glu Leu Val Thr Ser Ser Ser
1805 1810 1815
Pro Cys Lys Asn Lys Asn Ala Ala Ile Lys Leu Ser Ile Ser Asn
1820 1825 1830
Ser Asn Asn Phe Glu Val Gly Pro Pro Ala Phe Arg Ile Ala Ser
1835 1840 1845
Gly Lys Ile Val Cys Val Ser His Glu Thr Ile Lys Lys Val Lys
1850 1855 1860
Asp Ile Phe Thr Asp Ser Phe Ser Lys Val Ile Lys Glu Asn Asn
1865 1870 1875
Glu Asn Lys Ser Lys Ile Cys Gln Thr Lys Ile Met Ala Gly Cys
1880 1885 1890
Tyr Glu Ala Leu Asp Asp Ser Glu Asp Ile Leu His Asn Ser Leu
1895 1900 1905
Asp Asn Asp Glu Cys Ser Thr His Ser His Lys Val Phe Ala Asp
1910 1915 1920
Ile Gln Ser Glu Glu Ile Leu Gln His Asn Gln Asn Met Ser Gly
1925 1930 1935
Leu Glu Lys Val Ser Lys Ile Ser Pro Cys Asp Val Ser Leu Glu
1940 1945 1950
Thr Ser Asp Ile Cys Lys Cys Ser Ile Gly Lys Leu His Lys Ser
1955 1960 1965
Val Ser Ser Ala Asn Thr Cys Gly Ile Phe Ser Thr Ala Ser Gly
1970 1975 1980
Lys Ser Val Gln Val Ser Asp Ala Ser Leu Gln Asn Ala Arg Gln
1985 1990 1995
Val Phe Ser Glu Ile Glu Asp Ser Thr Lys Gln Val Phe Ser Lys
2000 2005 2010
Val Leu Phe Lys Ser Asn Glu His Ser Asp Gln Leu Thr Arg Glu
2015 2020 2025
Glu Asn Thr Ala Ile Arg Thr Pro Glu His Leu Ile Ser Gln Lys
2030 2035 2040
Gly Phe Ser Tyr Asn Val Val Asn Ser Ser Ala Phe Ser Gly Phe
2045 2050 2055
Ser Thr Ala Ser Gly Lys Gln Val Ser Ile Leu Glu Ser Ser Leu
2060 2065 2070
His Lys Val Lys Gly Val Leu Glu Glu Phe Asp Leu Ile Arg Thr
2075 2080 2085
Glu His Ser Leu His Tyr Ser Pro Thr Ser Arg Gln Asn Val Ser
2090 2095 2100
Lys Ile Leu Pro Arg Val Asp Lys Arg Asn Pro Glu His Cys Val
2105 2110 2115
Asn Ser Glu Met Glu Lys Thr Cys Ser Lys Glu Phe Lys Leu Ser
2120 2125 2130
Asn Asn Leu Asn Val Glu Gly Gly Ser Ser Glu Asn Asn His Ser
2135 2140 2145
Ile Lys Val Ser Pro Tyr Leu Ser Gln Phe Gln Gln Asp Lys Gln
2150 2155 2160
Gln Leu Val Leu Gly Thr Lys Val Ser Leu Val Glu Asn Ile His
2165 2170 2175
Val Leu Gly Lys Glu Gln Ala Ser Pro Lys Asn Val Lys Met Glu
2180 2185 2190
Ile Gly Lys Thr Glu Thr Phe Ser Asp Val Pro Val Lys Thr Asn
2195 2200 2205
Ile Glu Val Cys Ser Thr Tyr Ser Lys Asp Ser Glu Asn Tyr Phe
2210 2215 2220
Glu Thr Glu Ala Val Glu Ile Ala Lys Ala Phe Met Glu Asp Asp
2225 2230 2235
Glu Leu Thr Asp Ser Lys Leu Pro Ser His Ala Thr His Ser Leu
2240 2245 2250
Phe Thr Cys Pro Glu Asn Glu Glu Met Val Leu Ser Asn Ser Arg
2255 2260 2265
Ile Gly Lys Arg Arg Gly Glu Pro Leu Ile Leu Val Gly Glu Pro
2270 2275 2280
Ser Ile Lys Arg Asn Leu Leu Asn Glu Phe Asp Arg Ile Ile Glu
2285 2290 2295
Asn Gln Glu Lys Ser Leu Lys Ala Ser Lys Ser Thr Pro Asp Gly
2300 2305 2310
Thr Ile Lys Asp Arg Arg Leu Phe Met His His Val Ser Leu Glu
2315 2320 2325
Pro Ile Thr Cys Val Pro Phe Arg Thr Thr Lys Glu Arg Gln Glu
2330 2335 2340
Ile Gln Asn Pro Asn Phe Thr Ala Pro Gly Gln Glu Phe Leu Ser
2345 2350 2355
Lys Ser His Leu Tyr Glu His Leu Thr Leu Glu Lys Ser Ser Ser
2360 2365 2370
Asn Leu Ala Val Ser Gly His Pro Phe Tyr Gln Val Ser Ala Thr
2375 2380 2385
Arg Asn Glu Lys Met Arg His Leu Ile Thr Thr Gly Arg Pro Thr
2390 2395 2400
Lys Val Phe Val Pro Pro Phe Lys Thr Lys Ser His Phe His Arg
2405 2410 2415
Val Glu Gln Cys Val Arg Asn Ile Asn Leu Glu Glu Asn Arg Gln
2420 2425 2430
Lys Gln Asn Ile Asp Gly His Gly Ser Asp Asp Ser Lys Asn Lys
2435 2440 2445
Ile Asn Asp Asn Glu Ile His Gln Phe Asn Lys Asn Asn Ser Asn
2450 2455 2460
Gln Ala Ala Ala Val Thr Phe Thr Lys Cys Glu Glu Glu Pro Leu
2465 2470 2475
Asp Leu Ile Thr Ser Leu Gln Asn Ala Arg Asp Ile Gln Asp Met
2480 2485 2490
Arg Ile Lys Lys Lys Gln Arg Gln Arg Val Phe Pro Gln Pro Gly
2495 2500 2505
Ser Leu Tyr Leu Ala Lys Thr Ser Thr Leu Pro Arg Ile Ser Leu
2510 2515 2520
Lys Ala Ala Val Gly Gly Gln Val Pro Ser Ala Cys Ser His Lys
2525 2530 2535
Gln Leu Tyr Thr Tyr Gly Val Ser Lys His Cys Ile Lys Ile Asn
2540 2545 2550
Ser Lys Asn Ala Glu Ser Phe Gln Phe His Thr Glu Asp Tyr Phe
2555 2560 2565
Gly Lys Glu Ser Leu Trp Thr Gly Lys Gly Ile Gln Leu Ala Asp
2570 2575 2580
Gly Gly Trp Leu Ile Pro Ser Asn Asp Gly Lys Ala Gly Lys Glu
2585 2590 2595
Glu Phe Tyr Arg Ala Leu Cys Asp Thr Pro Gly Val Asp Pro Lys
2600 2605 2610
Leu Ile Ser Arg Ile Trp Val Tyr Asn His Tyr Arg Trp Ile Ile
2615 2620 2625
Trp Lys Leu Ala Ala Met Glu Cys Ala Phe Pro Lys Glu Phe Ala
2630 2635 2640
Asn Arg Cys Leu Ser Pro Glu Arg Val Leu Leu Gln Leu Lys Tyr
2645 2650 2655
Arg Tyr Asp Thr Glu Ile Asp Arg Ser Arg Arg Ser Ala Ile Lys
2660 2665 2670
Lys Ile Met Glu Arg Asp Asp Thr Ala Ala Lys Thr Leu Val Leu
2675 2680 2685
Cys Val Ser Asp Ile Ile Ser Leu Ser Ala Asn Ile Ser Glu Thr
2690 2695 2700
Ser Ser Asn Lys Thr Ser Ser Ala Asp Thr Gln Lys Val Ala Ile
2705 2710 2715
Ile Glu Leu Thr Asp Gly Trp Tyr Ala Val Lys Ala Gln Leu Asp
2720 2725 2730
Pro Pro Leu Leu Ala Val Leu Lys Asn Gly Arg Leu Thr Val Gly
2735 2740 2745
Gln Lys Ile Ile Leu His Gly Ala Glu Leu Val Gly Ser Pro Asp
2750 2755 2760
Ala Cys Thr Pro Leu Glu Ala Pro Glu Ser Leu Met Leu Lys Ile
2765 2770 2775
Ser Ala Asn Ser Thr Arg Pro Ala Arg Trp Tyr Thr Lys Leu Gly
2780 2785 2790
Phe Phe Pro Asp Pro Arg Pro Phe Pro Leu Pro Leu Ser Ser Leu
2795 2800 2805
Phe Ser Asp Gly Gly Asn Val Gly Cys Val Asp Val Ile Ile Gln
2810 2815 2820
Arg Ala Tyr Pro Ile Gln Trp Met Glu Lys Thr Ser Ser Gly Leu
2825 2830 2835
Tyr Ile Phe Arg Asn Glu Arg Glu Glu Glu Lys Glu Ala Ala Lys
2840 2845 2850
Tyr Val Glu Ala Gln Gln Lys Arg Leu Glu Ala Leu Phe Thr Lys
2855 2860 2865
Ile Gln Glu Glu Phe Glu Glu His Glu Glu Asn Thr Thr Lys Pro
2870 2875 2880
Tyr Leu Pro Ser Arg Ala Leu Thr Arg Gln Gln Val Arg Ala Leu
2885 2890 2895
Gln Asp Gly Ala Glu Leu Tyr Glu Ala Val Lys Asn Ala Ala Asp
2900 2905 2910
Pro Ala Tyr Leu Glu Gly Tyr Phe Ser Glu Glu Gln Leu Arg Ala
2915 2920 2925
Leu Asn Asn His Arg Gln Met Leu Asn Asp Lys Lys Gln Ala Gln
2930 2935 2940
Ile Gln Leu Glu Ile Arg Lys Ala Met Glu Ser Ala Glu Gln Lys
2945 2950 2955
Glu Gln Gly Leu Ser Arg Asp Val Thr Thr Val Trp Lys Leu Arg
2960 2965 2970
Ile Val Ser Tyr Ser Lys Lys Glu Lys Asp Ser Val Ile Leu Ser
2975 2980 2985
Ile Trp Arg Pro Ser Ser Asp Leu Tyr Ser Leu Leu Thr Glu Gly
2990 2995 3000
Lys Arg Tyr Arg Ile Tyr His Leu Ala Thr Ser Lys Ser Lys Ser
3005 3010 3015
Lys Ser Glu Arg Ala Asn Ile Gln Leu Ala Ala Thr Lys Lys Thr
3020 3025 3030
Gln Tyr Gln Gln Leu Pro Val Ser Asp Glu Ile Leu Phe Gln Ile
3035 3040 3045
Tyr Gln Pro Arg Glu Pro Leu His Phe Ser Lys Phe Leu Asp Pro
3050 3055 3060
Asp Phe Gln Pro Ser Cys Ser Glu Val Asp Leu Ile Gly Phe Val
3065 3070 3075
Val Ser Val Val Lys Lys Thr Gly Leu Ala Pro Phe Val Tyr Leu
3080 3085 3090
Ser Asp Glu Cys Tyr Asn Leu Leu Ala Ile Lys Phe Trp Ile Asp
3095 3100 3105
Leu Asn Glu Asp Ile Ile Lys Pro His Met Leu Ile Ala Ala Ser
3110 3115 3120
Asn Leu Gln Trp Arg Pro Glu Ser Lys Ser Gly Leu Leu Thr Leu
3125 3130 3135
Phe Ala Gly Asp Phe Ser Val Phe Ser Ala Ser Pro Lys Glu Gly
3140 3145 3150
His Phe Gln Glu Thr Phe Asn Lys Met Lys Asn Thr Val Glu Asn
3155 3160 3165
Ile Asp Ile Leu Cys Asn Glu Ala Glu Asn Lys Leu Met His Ile
3170 3175 3180
Leu His Ala Asn Asp Pro Lys Trp Ser Thr Pro Thr Lys Asp Cys
3185 3190 3195
Thr Ser Gly Pro Tyr Thr Ala Gln Ile Ile Pro Gly Thr Gly Asn
3200 3205 3210
Lys Leu Leu Met Ser Ser Pro Asn Cys Glu Ile Tyr Tyr Gln Ser
3215 3220 3225
Pro Leu Ser Leu Cys Met Ala Lys Arg Lys Ser Val Ser Thr Pro
3230 3235 3240
Val Ser Ala Gln Met Thr Ser Lys Ser Cys Lys Gly Glu Lys Glu
3245 3250 3255
Ile Asp Asp Gln Lys Asn Cys Lys Lys Arg Arg Ala Leu Asp Phe
3260 3265 3270
Leu Ser Arg Leu Pro Leu Pro Pro Pro Val Ser Pro Ile Cys Thr
3275 3280 3285
Phe Val Ser Pro Ala Ala Gln Lys Ala Phe Gln Pro Pro Arg Ser
3290 3295 3300
Cys Gly Thr Lys Tyr Glu Thr Pro Ile Lys Lys Lys Glu Leu Asn
3305 3310 3315
Ser Pro Gln Met Thr Pro Phe Lys Lys Phe Asn Glu Ile Ser Leu
3320 3325 3330
Leu Glu Ser Asn Ser Ile Ala Asp Glu Glu Leu Ala Leu Ile Asn
3335 3340 3345
Thr Gln Ala Leu Leu Ser Gly Ser Thr Gly Glu Lys Gln Phe Ile
3350 3355 3360
Ser Val Ser Glu Ser Thr Arg Thr Ala Pro Thr Ser Ser Glu Asp
3365 3370 3375
Tyr Leu Arg Leu Lys Arg Arg Cys Thr Thr Ser Leu Ile Lys Glu
3380 3385 3390
Gln Glu Ser Ser Gln Ala Ser Thr Glu Glu Cys Glu Lys Asn Lys
3395 3400 3405
Gln Asp Thr Ile Thr Thr Lys Lys Tyr Ile
3410 3415
<210> 123
<211> 3056
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 123
Met Ser Leu Val Leu Asn Asp Leu Leu Ile Cys Cys Arg Gln Leu Glu
1 5 10 15
His Asp Arg Ala Thr Glu Arg Lys Lys Glu Val Glu Lys Phe Lys Arg
20 25 30
Leu Ile Arg Asp Pro Glu Thr Ile Lys His Leu Asp Arg His Ser Asp
35 40 45
Ser Lys Gln Gly Lys Tyr Leu Asn Trp Asp Ala Val Phe Arg Phe Leu
50 55 60
Gln Lys Tyr Ile Gln Lys Glu Thr Glu Cys Leu Arg Ile Ala Lys Pro
65 70 75 80
Asn Val Ser Ala Ser Thr Gln Ala Ser Arg Gln Lys Lys Met Gln Glu
85 90 95
Ile Ser Ser Leu Val Lys Tyr Phe Ile Lys Cys Ala Asn Arg Arg Ala
100 105 110
Pro Arg Leu Lys Cys Gln Glu Leu Leu Asn Tyr Ile Met Asp Thr Val
115 120 125
Lys Asp Ser Ser Asn Gly Ala Ile Tyr Gly Ala Asp Cys Ser Asn Ile
130 135 140
Leu Leu Lys Asp Ile Leu Ser Val Arg Lys Tyr Trp Cys Glu Ile Ser
145 150 155 160
Gln Gln Gln Trp Leu Glu Leu Phe Ser Val Tyr Phe Arg Leu Tyr Leu
165 170 175
Lys Pro Ser Gln Asp Val His Arg Val Leu Val Ala Arg Ile Ile His
180 185 190
Ala Val Thr Lys Gly Cys Cys Ser Gln Thr Asp Gly Leu Asn Ser Lys
195 200 205
Phe Leu Asp Phe Phe Ser Lys Ala Ile Gln Cys Ala Arg Gln Glu Lys
210 215 220
Ser Ser Ser Gly Leu Asn His Ile Leu Ala Ala Leu Thr Ile Phe Leu
225 230 235 240
Lys Thr Leu Ala Val Asn Phe Arg Ile Arg Val Cys Glu Leu Gly Asp
245 250 255
Glu Ile Leu Pro Thr Leu Leu Tyr Ile Trp Thr Gln His Arg Leu Asn
260 265 270
Asp Ser Leu Lys Glu Val Ile Ile Glu Leu Phe Gln Leu Gln Ile Tyr
275 280 285
Ile His His Pro Lys Gly Ala Lys Thr Gln Glu Lys Gly Ala Tyr Glu
290 295 300
Ser Thr Lys Trp Arg Ser Ile Leu Tyr Asn Leu Tyr Asp Leu Leu Val
305 310 315 320
Asn Glu Ile Ser His Ile Gly Ser Arg Gly Lys Tyr Ser Ser Gly Phe
325 330 335
Arg Asn Ile Ala Val Lys Glu Asn Leu Ile Glu Leu Met Ala Asp Ile
340 345 350
Cys His Gln Val Phe Asn Glu Asp Thr Arg Ser Leu Glu Ile Ser Gln
355 360 365
Ser Tyr Thr Thr Thr Gln Arg Glu Ser Ser Asp Tyr Ser Val Pro Cys
370 375 380
Lys Arg Lys Lys Ile Glu Leu Gly Trp Glu Val Ile Lys Asp His Leu
385 390 395 400
Gln Lys Ser Gln Asn Asp Phe Asp Leu Val Pro Trp Leu Gln Ile Ala
405 410 415
Thr Gln Leu Ile Ser Lys Tyr Pro Ala Ser Leu Pro Asn Cys Glu Leu
420 425 430
Ser Pro Leu Leu Met Ile Leu Ser Gln Leu Leu Pro Gln Gln Arg His
435 440 445
Gly Glu Arg Thr Pro Tyr Val Leu Arg Cys Leu Thr Glu Val Ala Leu
450 455 460
Cys Gln Asp Lys Arg Ser Asn Leu Glu Ser Ser Gln Lys Ser Asp Leu
465 470 475 480
Leu Lys Leu Trp Asn Lys Ile Trp Cys Ile Thr Phe Arg Gly Ile Ser
485 490 495
Ser Glu Gln Ile Gln Ala Glu Asn Phe Gly Leu Leu Gly Ala Ile Ile
500 505 510
Gln Gly Ser Leu Val Glu Val Asp Arg Glu Phe Trp Lys Leu Phe Thr
515 520 525
Gly Ser Ala Cys Arg Pro Ser Cys Pro Ala Val Cys Cys Leu Thr Leu
530 535 540
Ala Leu Thr Thr Ser Ile Val Pro Gly Thr Val Lys Met Gly Ile Glu
545 550 555 560
Gln Asn Met Cys Glu Val Asn Arg Ser Phe Ser Leu Lys Glu Ser Ile
565 570 575
Met Lys Trp Leu Leu Phe Tyr Gln Leu Glu Gly Asp Leu Glu Asn Ser
580 585 590
Thr Glu Val Pro Pro Ile Leu His Ser Asn Phe Pro His Leu Val Leu
595 600 605
Glu Lys Ile Leu Val Ser Leu Thr Met Lys Asn Cys Lys Ala Ala Met
610 615 620
Asn Phe Phe Gln Ser Val Pro Glu Cys Glu His His Gln Lys Asp Lys
625 630 635 640
Glu Glu Leu Ser Phe Ser Glu Val Glu Glu Leu Phe Leu Gln Thr Thr
645 650 655
Phe Asp Lys Met Asp Phe Leu Thr Ile Val Arg Glu Cys Gly Ile Glu
660 665 670
Lys His Gln Ser Ser Ile Gly Phe Ser Val His Gln Asn Leu Lys Glu
675 680 685
Ser Leu Asp Arg Cys Leu Leu Gly Leu Ser Glu Gln Leu Leu Asn Asn
690 695 700
Tyr Ser Ser Glu Ile Thr Asn Ser Glu Thr Leu Val Arg Cys Ser Arg
705 710 715 720
Leu Leu Val Gly Val Leu Gly Cys Tyr Cys Tyr Met Gly Val Ile Ala
725 730 735
Glu Glu Glu Ala Tyr Lys Ser Glu Leu Phe Gln Lys Ala Lys Ser Leu
740 745 750
Met Gln Cys Ala Gly Glu Ser Ile Thr Leu Phe Lys Asn Lys Thr Asn
755 760 765
Glu Glu Phe Arg Ile Gly Ser Leu Arg Asn Met Met Gln Leu Cys Thr
770 775 780
Arg Cys Leu Ser Asn Cys Thr Lys Lys Ser Pro Asn Lys Ile Ala Ser
785 790 795 800
Gly Phe Phe Leu Arg Leu Leu Thr Ser Lys Leu Met Asn Asp Ile Ala
805 810 815
Asp Ile Cys Lys Ser Leu Ala Ser Phe Ile Lys Lys Pro Phe Asp Arg
820 825 830
Gly Glu Val Glu Ser Met Glu Asp Asp Thr Asn Gly Asn Leu Met Glu
835 840 845
Val Glu Asp Gln Ser Ser Met Asn Leu Phe Asn Asp Tyr Pro Asp Ser
850 855 860
Ser Val Ser Asp Ala Asn Glu Pro Gly Glu Ser Gln Ser Thr Ile Gly
865 870 875 880
Ala Ile Asn Pro Leu Ala Glu Glu Tyr Leu Ser Lys Gln Asp Leu Leu
885 890 895
Phe Leu Asp Met Leu Lys Phe Leu Cys Leu Cys Val Thr Thr Ala Gln
900 905 910
Thr Asn Thr Val Ser Phe Arg Ala Ala Asp Ile Arg Arg Lys Leu Leu
915 920 925
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930 935 940
His Met Tyr Leu Met Leu Leu Lys Glu Leu Pro Gly Glu Glu Tyr Pro
945 950 955 960
Leu Pro Met Glu Asp Val Leu Glu Leu Leu Lys Pro Leu Ser Asn Val
965 970 975
Cys Ser Leu Tyr Arg Arg Asp Gln Asp Val Cys Lys Thr Ile Leu Asn
980 985 990
His Val Leu His Val Val Lys Asn Leu Gly Gln Ser Asn Met Asp Ser
995 1000 1005
Glu Asn Thr Arg Asp Ala Gln Gly Gln Phe Leu Thr Val Ile Gly
1010 1015 1020
Ala Phe Trp His Leu Thr Lys Glu Arg Lys Tyr Ile Phe Ser Val
1025 1030 1035
Arg Met Ala Leu Val Asn Cys Leu Lys Thr Leu Leu Glu Ala Asp
1040 1045 1050
Pro Tyr Ser Lys Trp Ala Ile Leu Asn Val Met Gly Lys Asp Phe
1055 1060 1065
Pro Val Asn Glu Val Phe Thr Gln Phe Leu Ala Asp Asn His His
1070 1075 1080
Gln Val Arg Met Leu Ala Ala Glu Ser Ile Asn Arg Leu Phe Gln
1085 1090 1095
Asp Thr Lys Gly Asp Ser Ser Arg Leu Leu Lys Ala Leu Pro Leu
1100 1105 1110
Lys Leu Gln Gln Thr Ala Phe Glu Asn Ala Tyr Leu Lys Ala Gln
1115 1120 1125
Glu Gly Met Arg Glu Met Ser His Ser Ala Glu Asn Pro Glu Thr
1130 1135 1140
Leu Asp Glu Ile Tyr Asn Arg Lys Ser Val Leu Leu Thr Leu Ile
1145 1150 1155
Ala Val Val Leu Ser Cys Ser Pro Ile Cys Glu Lys Gln Ala Leu
1160 1165 1170
Phe Ala Leu Cys Lys Ser Val Lys Glu Asn Gly Leu Glu Pro His
1175 1180 1185
Leu Val Lys Lys Val Leu Glu Lys Val Ser Glu Thr Phe Gly Tyr
1190 1195 1200
Arg Arg Leu Glu Asp Phe Met Ala Ser His Leu Asp Tyr Leu Val
1205 1210 1215
Leu Glu Trp Leu Asn Leu Gln Asp Thr Glu Tyr Asn Leu Ser Ser
1220 1225 1230
Phe Pro Phe Ile Leu Leu Asn Tyr Thr Asn Ile Glu Asp Phe Tyr
1235 1240 1245
Arg Ser Cys Tyr Lys Val Leu Ile Pro His Leu Val Ile Arg Ser
1250 1255 1260
His Phe Asp Glu Val Lys Ser Ile Ala Asn Gln Ile Gln Glu Asp
1265 1270 1275
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1280 1285 1290
Ile Leu Pro Tyr Phe Ala Tyr Glu Gly Thr Arg Asp Ser Gly Met
1295 1300 1305
Ala Gln Gln Arg Glu Thr Ala Thr Lys Val Tyr Asp Met Leu Lys
1310 1315 1320
Ser Glu Asn Leu Leu Gly Lys Gln Ile Asp His Leu Phe Ile Ser
1325 1330 1335
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1340 1345 1350
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1355 1360 1365
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1370 1375 1380
His Val Ile Lys Ala Thr Phe Ala Tyr Ile Ser Asn Cys His Lys
1385 1390 1395
Thr Lys Leu Lys Ser Ile Leu Glu Ile Leu Ser Lys Ser Pro Asp
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1415 1420 1425
Thr Asn Asn Val Tyr Lys Lys His Arg Ile Leu Lys Ile Tyr His
1430 1435 1440
Leu Phe Val Ser Leu Leu Leu Lys Asp Ile Lys Ser Gly Leu Gly
1445 1450 1455
Gly Ala Trp Ala Phe Val Leu Arg Asp Val Ile Tyr Thr Leu Ile
1460 1465 1470
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1475 1480 1485
Arg Ser Phe Ser Leu Cys Cys Asp Leu Leu Ser Gln Val Cys Gln
1490 1495 1500
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1535 1540 1545
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Pro Phe Pro Asp His Val Val Phe Lys Asp Leu Arg Ile Thr Gln
1565 1570 1575
Gln Lys Ile Lys Tyr Ser Arg Gly Pro Phe Ser Leu Leu Glu Glu
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Ile Asn His Phe Leu Ser Val Ser Val Tyr Asp Ala Leu Pro Leu
1595 1600 1605
Thr Arg Leu Glu Gly Leu Lys Asp Leu Arg Arg Gln Leu Glu Leu
1610 1615 1620
His Lys Asp Gln Met Val Asp Ile Met Arg Ala Ser Gln Asp Asn
1625 1630 1635
Pro Gln Asp Gly Ile Met Val Lys Leu Val Val Asn Leu Leu Gln
1640 1645 1650
Leu Ser Lys Met Ala Ile Asn His Thr Gly Glu Lys Glu Val Leu
1655 1660 1665
Glu Ala Val Gly Ser Cys Leu Gly Glu Val Gly Pro Ile Asp Phe
1670 1675 1680
Ser Thr Ile Ala Ile Gln His Ser Lys Asp Ala Ser Tyr Thr Lys
1685 1690 1695
Ala Leu Lys Leu Phe Glu Asp Lys Glu Leu Gln Trp Thr Phe Ile
1700 1705 1710
Met Leu Thr Tyr Leu Asn Asn Thr Leu Val Glu Asp Cys Val Lys
1715 1720 1725
Val Arg Ser Ala Ala Val Thr Cys Leu Lys Asn Ile Leu Ala Thr
1730 1735 1740
Lys Thr Gly His Ser Phe Trp Glu Ile Tyr Lys Met Thr Thr Asp
1745 1750 1755
Pro Met Leu Ala Tyr Leu Gln Pro Phe Arg Thr Ser Arg Lys Lys
1760 1765 1770
Phe Leu Glu Val Pro Arg Phe Asp Lys Glu Asn Pro Phe Glu Gly
1775 1780 1785
Leu Asp Asp Ile Asn Leu Trp Ile Pro Leu Ser Glu Asn His Asp
1790 1795 1800
Ile Trp Ile Lys Thr Leu Thr Cys Ala Phe Leu Asp Ser Gly Gly
1805 1810 1815
Thr Lys Cys Glu Ile Leu Gln Leu Leu Lys Pro Met Cys Glu Val
1820 1825 1830
Lys Thr Asp Phe Cys Gln Thr Val Leu Pro Tyr Leu Ile His Asp
1835 1840 1845
Ile Leu Leu Gln Asp Thr Asn Glu Ser Trp Arg Asn Leu Leu Ser
1850 1855 1860
Thr His Val Gln Gly Phe Phe Thr Ser Cys Leu Arg His Phe Ser
1865 1870 1875
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1880 1885 1890
Glu His Phe Phe Arg Cys Cys Leu Asp Lys Lys Ser Gln Arg Thr
1895 1900 1905
Met Leu Ala Val Val Asp Tyr Met Arg Arg Gln Lys Arg Pro Ser
1910 1915 1920
Ser Gly Thr Ile Phe Asn Asp Ala Phe Trp Leu Asp Leu Asn Tyr
1925 1930 1935
Leu Glu Val Ala Lys Val Ala Gln Ser Cys Ala Ala His Phe Thr
1940 1945 1950
Ala Leu Leu Tyr Ala Glu Ile Tyr Ala Asp Lys Lys Ser Met Asp
1955 1960 1965
Asp Gln Glu Lys Arg Ser Leu Ala Phe Glu Glu Gly Ser Gln Ser
1970 1975 1980
Thr Thr Ile Ser Ser Leu Ser Glu Lys Ser Lys Glu Glu Thr Gly
1985 1990 1995
Ile Ser Leu Gln Asp Leu Leu Leu Glu Ile Tyr Arg Ser Ile Gly
2000 2005 2010
Glu Pro Asp Ser Leu Tyr Gly Cys Gly Gly Gly Lys Met Leu Gln
2015 2020 2025
Pro Ile Thr Arg Leu Arg Thr Tyr Glu His Glu Ala Met Trp Gly
2030 2035 2040
Lys Ala Leu Val Thr Tyr Asp Leu Glu Thr Ala Ile Pro Ser Ser
2045 2050 2055
Thr Arg Gln Ala Gly Ile Ile Gln Ala Leu Gln Asn Leu Gly Leu
2060 2065 2070
Cys His Ile Leu Ser Val Tyr Leu Lys Gly Leu Asp Tyr Glu Asn
2075 2080 2085
Lys Asp Trp Cys Pro Glu Leu Glu Glu Leu His Tyr Gln Ala Ala
2090 2095 2100
Trp Arg Asn Met Gln Trp Asp His Cys Thr Ser Val Ser Lys Glu
2105 2110 2115
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2120 2125 2130
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Tyr Ala Arg Val Lys Glu Val Glu Glu Met Cys Lys Arg Ser Leu
2150 2155 2160
Glu Ser Val Tyr Ser Leu Tyr Pro Thr Leu Ser Arg Leu Gln Ala
2165 2170 2175
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2180 2185 2190
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Ser Gln Leu Leu Lys Asp Ser Asp Phe Ser Phe Gln Glu Pro Ile
2210 2215 2220
Met Ala Leu Arg Thr Val Ile Leu Glu Ile Leu Met Glu Lys Glu
2225 2230 2235
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2240 2245 2250
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2360 2365 2370
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2390 2395 2400
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2420 2425 2430
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2435 2440 2445
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2495 2500 2505
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2540 2545 2550
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2660 2665 2670
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2840 2845 2850
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3005 3010 3015
Gly Val Glu Glu Gly Thr Val Leu Ser Val Gly Gly Gln Val Asn
3020 3025 3030
Leu Leu Ile Gln Gln Ala Ile Asp Pro Lys Asn Leu Ser Arg Leu
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Phe Pro Gly Trp Lys Ala Trp Val
3050 3055
<210> 124
<211> 2644
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 124
Met Gly Glu His Gly Leu Glu Leu Ala Ser Met Ile Pro Ala Leu Arg
1 5 10 15
Glu Leu Gly Ser Ala Thr Pro Glu Glu Tyr Asn Thr Val Val Gln Lys
20 25 30
Pro Arg Gln Ile Leu Cys Gln Phe Ile Asp Arg Ile Leu Thr Asp Val
35 40 45
Asn Val Val Ala Val Glu Leu Val Lys Lys Thr Asp Ser Gln Pro Thr
50 55 60
Ser Val Met Leu Leu Asp Phe Ile Gln His Ile Met Lys Ser Ser Pro
65 70 75 80
Leu Met Phe Val Asn Val Ser Gly Ser His Glu Ala Lys Gly Ser Cys
85 90 95
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100 105 110
Thr Pro Ser Cys His Leu Leu His Lys Lys Ile Cys Glu Val Ile Cys
115 120 125
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130 135 140
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165 170 175
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210 215 220
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225 230 235 240
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245 250 255
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260 265 270
Phe Leu Glu Leu Leu Lys His Leu Val Glu Met Asp Thr Asp Gln Leu
275 280 285
Lys Leu Tyr Glu Glu Pro Leu Ser Lys Leu Ile Lys Thr Leu Phe Pro
290 295 300
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305 310 315 320
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325 330 335
Leu Lys Ser Asp Leu Leu Lys Ala Ala Leu Cys His Leu Leu Gln Tyr
340 345 350
Phe Leu Lys Phe Val Pro Ala Gly Tyr Glu Ser Ala Leu Gln Val Arg
355 360 365
Lys Val Tyr Val Arg Asn Ile Cys Lys Ala Leu Leu Asp Val Leu Gly
370 375 380
Ile Glu Val Asp Ala Glu Tyr Leu Leu Gly Pro Leu Tyr Ala Ala Leu
385 390 395 400
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405 410 415
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435 440 445
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450 455 460
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Gly Leu Lys Asn Pro Val Ile Glu Met Leu Glu Gly Ile Ala Val Val
485 490 495
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500 505 510
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515 520 525
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530 535 540
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545 550 555 560
Ala Thr Ile Asp Lys Val Val Lys Ile Tyr Asp Ala Leu Ile Tyr Met
565 570 575
Gln Val Asn Ser Ser Phe Glu Asp His Ile Leu Glu Asp Leu Cys Gly
580 585 590
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610 615 620
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625 630 635 640
Thr Leu Phe Pro Arg Arg Ile Phe Leu Glu Trp Arg Thr Ala Val Tyr
645 650 655
Asn Trp Ala Leu Gln Ser Ser His Glu Val Ile Arg Ala Ser Cys Val
660 665 670
Ser Gly Phe Phe Ile Leu Leu Gln Gln Gln Asn Ser Cys Asn Arg Val
675 680 685
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690 695 700
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705 710 715 720
Met Phe Tyr Leu Thr Ser Ser Leu Thr Glu Pro Phe Ser Glu His Gly
725 730 735
His Val Asp Leu Phe Cys Arg Asn Leu Lys Ala Thr Ser Gln His Glu
740 745 750
Cys Ser Ser Ser Gln Leu Lys Ala Ser Val Cys Lys Pro Phe Leu Phe
755 760 765
Leu Leu Lys Lys Lys Ile Pro Ser Pro Val Lys Leu Ala Phe Ile Asp
770 775 780
Asn Leu His His Leu Cys Lys His Leu Asp Phe Arg Glu Asp Glu Thr
785 790 795 800
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805 810 815
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820 825 830
Glu Ser Leu Asp Ser Glu Asp Gly Phe Ile Lys Glu Leu Phe Val Leu
835 840 845
Arg Met Lys Glu Ala Tyr Thr His Ala Gln Ile Ser Arg Asn Asn Glu
850 855 860
Leu Lys Asp Thr Leu Ile Leu Thr Thr Gly Asp Ile Gly Arg Ala Ala
865 870 875 880
Lys Gly Asp Leu Val Pro Phe Ala Leu Leu His Leu Leu His Cys Leu
885 890 895
Leu Ser Lys Ser Ala Ser Val Ser Gly Ala Ala Tyr Thr Glu Ile Arg
900 905 910
Ala Leu Val Ala Ala Lys Ser Val Lys Leu Gln Ser Phe Phe Ser Gln
915 920 925
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930 935 940
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945 950 955 960
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965 970 975
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Arg Thr Leu Gln Val Leu Leu Pro Asp Leu Ala Ala Lys Ala Ser Pro
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Ala Ala Ser Ala Leu Ile Arg Thr Leu Gly Lys Gln Leu Asn Val
1010 1015 1020
Asn Arg Arg Glu Ile Leu Ile Asn Asn Phe Lys Tyr Ile Phe Ser
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His Leu Val Cys Ser Cys Ser Lys Asp Glu Leu Glu Arg Ala Leu
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His Tyr Leu Lys Asn Glu Thr Glu Ile Glu Leu Gly Ser Leu Leu
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1070 1075 1080
Gly Glu His Tyr Gln Gln Val Phe Asn Gly Leu Ser Ile Leu Ala
1085 1090 1095
Ser Phe Ala Ser Ser Asp Asp Pro Tyr Gln Gly Pro Arg Asp Ile
1100 1105 1110
Ile Ser Pro Glu Leu Met Ala Asp Tyr Leu Gln Pro Lys Leu Leu
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Gly Ile Leu Ala Phe Phe Asn Met Gln Leu Leu Ser Ser Ser Val
1130 1135 1140
Gly Ile Glu Asp Lys Lys Met Ala Leu Asn Ser Leu Met Ser Leu
1145 1150 1155
Met Lys Leu Met Gly Pro Lys His Val Ser Ser Val Arg Val Lys
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Met Met Thr Thr Leu Arg Thr Gly Leu Arg Phe Lys Asp Asp Phe
1175 1180 1185
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1205 1210 1215
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1220 1225 1230
Phe His Tyr Leu Ile Ile Glu Asn Arg Asp Ala Val Gln Asp Phe
1235 1240 1245
Leu His Glu Ile Tyr Phe Leu Pro Asp His Pro Glu Leu Lys Lys
1250 1255 1260
Ile Lys Ala Val Leu Gln Glu Tyr Arg Lys Glu Thr Ser Glu Ser
1265 1270 1275
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Cys Gly Glu Cys Leu Gly Glu Leu Gly Ala Ile Asp Pro Gly Arg
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1685 1690 1695
Glu Pro Ser Leu Lys Glu Gln Ile Leu Glu His Glu Ser Leu Gly
1700 1705 1710
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1730 1735 1740
Leu Gly Leu Gly Gln Leu Ser Thr Val Ile Thr Gln Val Asn Gly
1745 1750 1755
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1760 1765 1770
Arg Val Glu Ala Ala Trp Lys Leu Ser Gln Trp Asp Leu Val Glu
1775 1780 1785
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Leu Gly Gln Leu Leu Leu Ser Ala Lys Lys Arg Asp Ile Thr Ala
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Leu Ser Ala Ala Ser Phe Glu Arg Gly Ser Tyr Gln Arg Gly Tyr
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1850 1855 1860
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1865 1870 1875
Asp Ser Leu Asn Trp Val Ala Arg Leu Glu Met Thr Gln Asn Ser
1880 1885 1890
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1910 1915 1920
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1925 1930 1935
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Glu Leu Cys Asn Lys Pro Val Asp Gly Ser Ser Ser Thr Leu Ser
2225 2230 2235
Met Ser Thr His Phe Lys Met Leu Lys Lys Leu Val Glu Glu Ala
2240 2245 2250
Thr Phe Ser Glu Ile Leu Ile Pro Leu Gln Ser Val Met Ile Pro
2255 2260 2265
Thr Leu Pro Ser Ile Leu Gly Thr His Ala Asn His Ala Ser His
2270 2275 2280
Glu Pro Phe Pro Gly His Trp Ala Tyr Ile Ala Gly Phe Asp Asp
2285 2290 2295
Met Val Glu Ile Leu Ala Ser Leu Gln Lys Pro Lys Lys Ile Ser
2300 2305 2310
Leu Lys Gly Ser Asp Gly Lys Phe Tyr Ile Met Met Cys Lys Pro
2315 2320 2325
Lys Asp Asp Leu Arg Lys Asp Cys Arg Leu Met Glu Phe Asn Ser
2330 2335 2340
Leu Ile Asn Lys Cys Leu Arg Lys Asp Ala Glu Ser Arg Arg Arg
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Glu Leu His Ile Arg Thr Tyr Ala Val Ile Pro Leu Asn Asp Glu
2360 2365 2370
Cys Gly Ile Ile Glu Trp Val Asn Asn Thr Ala Gly Leu Arg Pro
2375 2380 2385
Ile Leu Thr Lys Leu Tyr Lys Glu Lys Gly Val Tyr Met Thr Gly
2390 2395 2400
Lys Glu Leu Arg Gln Cys Met Leu Pro Lys Ser Ala Ala Leu Ser
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Glu Lys Leu Lys Val Phe Arg Glu Phe Leu Leu Pro Arg His Pro
2420 2425 2430
Pro Ile Phe His Glu Trp Phe Leu Arg Thr Phe Pro Asp Pro Thr
2435 2440 2445
Ser Trp Tyr Ser Ser Arg Ser Ala Tyr Cys Arg Ser Thr Ala Val
2450 2455 2460
Met Ser Met Val Gly Tyr Ile Leu Gly Leu Gly Asp Arg His Gly
2465 2470 2475
Glu Asn Ile Leu Phe Asp Ser Leu Thr Gly Glu Cys Val His Val
2480 2485 2490
Asp Phe Asn Cys Leu Phe Asn Lys Gly Glu Thr Phe Glu Val Pro
2495 2500 2505
Glu Ile Val Pro Phe Arg Leu Thr His Asn Met Val Asn Gly Met
2510 2515 2520
Gly Pro Met Gly Thr Glu Gly Leu Phe Arg Arg Ala Cys Glu Val
2525 2530 2535
Thr Met Arg Leu Met Arg Asp Gln Arg Glu Pro Leu Met Ser Val
2540 2545 2550
Leu Lys Thr Phe Leu His Asp Pro Leu Val Glu Trp Ser Lys Pro
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Val Lys Gly His Ser Lys Ala Pro Leu Asn Glu Thr Gly Glu Val
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Val Asn Glu Lys Ala Lys Thr His Val Leu Asp Ile Glu Gln Arg
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Met
<210> 125
<211> 708
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 125
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1 5 10 15
Val Ala Thr Asp Ile His Leu Gly Phe Met Glu Lys Asp Ala Val Arg
20 25 30
Gly Asn Asp Thr Phe Val Thr Leu Asp Glu Ile Leu Arg Leu Ala Gln
35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
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85 90 95
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100 105 110
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115 120 125
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Ser Cys Ala Gly Phe Val Asn His Phe Gly Arg Ser Met Ser Val Glu
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165 170 175
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195 200 205
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210 215 220
Ser Thr Asn Phe Ile Pro Glu Gln Phe Leu Asp Asp Phe Ile Asp Leu
225 230 235 240
Val Ile Trp Gly His Glu His Glu Cys Lys Ile Ala Pro Thr Lys Asn
245 250 255
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260 265 270
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275 280 285
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305 310 315 320
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Gly Asn Ser His Gln Pro Glu Lys Pro Leu Val Arg Leu Arg Val Asp
355 360 365
Tyr Ser Gly Gly Phe Glu Pro Phe Ser Val Leu Arg Phe Ser Gln Lys
370 375 380
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385 390 395 400
His Arg Glu Gln Lys Glu Lys Thr Gly Glu Glu Ile Asn Phe Gly Lys
405 410 415
Leu Ile Thr Lys Pro Ser Glu Gly Thr Thr Leu Arg Val Glu Asp Leu
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Ser Ile Ser Ala Ala Thr Asn Lys Gly Arg Gly Arg Gly Arg Gly Arg
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<213> Homo sapiens
<400> 126
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<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 127
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595 600 605
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<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 128
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145 150 155 160
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165 170 175
Leu Asn Ser Leu Val Lys His Leu Leu Gly Lys Gln Leu Leu Lys Asp
180 185 190
Lys Ser Ile Arg Cys Ser Asn Trp Ser Lys Phe Pro Leu Thr Glu Asp
195 200 205
Gln Lys Leu Tyr Ala Ala Thr Asp Ala Tyr Ala Gly Phe Ile Ile Tyr
210 215 220
Arg Asn Leu Glu Ile Leu Asp Asp Thr Val Gln Arg Phe Ala Ile Asn
225 230 235 240
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245 250 255
Ile Ser Glu Glu Val Met Asp Leu Ala Lys His Leu Pro His Ala Phe
260 265 270
Ser Lys Leu Glu Asn Pro Arg Arg Val Ser Ile Leu Leu Lys Asp Ile
275 280 285
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Glu Leu Gln Ile Leu Glu Gln Gln Ser Gln Glu Glu Tyr Leu Ser Asp
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595 600 605
Leu Lys Met Ser Asn Ile Pro Ala Cys Phe Leu Gly Ser Ala Gln Ser
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Glu Asn Val Leu Thr Asp Ile Lys Leu Gly Lys Tyr Arg Ile Val Tyr
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Ala Leu Asn Glu Ala Ile Asp Lys Arg Glu Glu Gly Ile Met Val Lys
420 425 430
Gln Pro Leu Ser Ile Tyr Lys Pro Asp Lys Arg Gly Glu Gly Trp Leu
435 440 445
Lys Ile Lys Pro Glu Tyr Val Ser Gly Leu Met Asp Glu Leu Asp Ile
450 455 460
Leu Ile Val Gly Gly Tyr Trp Gly Lys Gly Ser Arg Gly Gly Met Met
465 470 475 480
Ser His Phe Leu Cys Ala Val Ala Glu Lys Pro Pro Pro Gly Glu Lys
485 490 495
Pro Ser Val Phe His Thr Leu Ser Arg Val Gly Ser Gly Cys Thr Met
500 505 510
Lys Glu Leu Tyr Asp Leu Gly Leu Lys Leu Ala Lys Tyr Trp Lys Pro
515 520 525
Phe His Arg Lys Ala Pro Pro Ser Ser Ile Leu Cys Gly Thr Glu Lys
530 535 540
Pro Glu Val Tyr Ile Glu Pro Cys Asn Ser Val Ile Val Gln Ile Lys
545 550 555 560
Ala Ala Glu Ile Val Pro Ser Asp Met Tyr Lys Thr Gly Cys Thr Leu
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Arg Phe Pro Arg Ile Glu Lys Ile Arg Asp Asp Lys Glu Trp His Glu
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Cys Met Thr Leu Asp Asp Leu Glu Gln Leu Arg Gly Lys Ala Ser Gly
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Lys Leu Ala Ser Lys His Leu Tyr Ile Gly Gly Asp Asp Glu Pro Gln
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Glu Lys Lys Arg Lys Ala Ala Pro Lys Met Lys Lys Val Ile Gly Ile
625 630 635 640
Ile Glu His Leu Lys Ala Pro Asn Leu Thr Asn Val Asn Lys Ile Ser
645 650 655
Asn Ile Phe Glu Asp Val Glu Phe Cys Val Met Ser Gly Thr Asp Ser
660 665 670
Gln Pro Lys Pro Asp Leu Glu Asn Arg Ile Ala Glu Phe Gly Gly Tyr
675 680 685
Ile Val Gln Asn Pro Gly Pro Asp Thr Tyr Cys Val Ile Ala Gly Ser
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Glu Asn Ile Arg Val Lys Asn Ile Ile Leu Ser Asn Lys His Asp Val
705 710 715 720
Val Lys Pro Ala Trp Leu Leu Glu Cys Phe Lys Thr Lys Ser Phe Val
725 730 735
Pro Trp Gln Pro Arg Phe Met Ile His Met Cys Pro Ser Thr Lys Glu
740 745 750
His Phe Ala Arg Glu Tyr Asp Cys Tyr Gly Asp Ser Tyr Phe Ile Asp
755 760 765
Thr Asp Leu Asn Gln Leu Lys Glu Val Phe Ser Gly Ile Lys Asn Ser
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Tyr Arg Tyr Ser Trp Asp Cys Ser Pro Leu Ser Met Phe Arg Arg His
805 810 815
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820 825 830
Asn Glu Gly Thr Arg Leu Ala Ile Lys Ala Leu Glu Leu Arg Phe His
835 840 845
Gly Ala Lys Val Val Ser Cys Leu Ala Glu Gly Val Ser His Val Ile
850 855 860
Ile Gly Glu Asp His Ser Arg Val Ala Asp Phe Lys Ala Phe Arg Arg
865 870 875 880
Thr Phe Lys Arg Lys Phe Lys Ile Leu Lys Glu Ser Trp Val Thr Asp
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Ser Ile Asp Lys Cys Glu Leu Gln Glu Glu Asn Gln Tyr Leu Ile
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<213> Homo sapiens
<400> 132
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<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 133
Met Ala Gly Ser Gly Ala Gly Val Arg Cys Ser Leu Leu Arg Leu Gln
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850 855 860
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885 890 895
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930 935 940
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980 985 990
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1430 1435 1440
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1445 1450 1455
His Arg Ala Gly Leu Leu His Asn Ile Leu Pro Ser Gln Ser Thr
1460 1465 1470
Asp Leu His His Ser Val Gly Thr Glu Leu Leu Ser Leu Val Tyr
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Phe Ala Phe Gly Gly Leu Cys Glu Arg Leu Val Ser Leu Leu Leu
1520 1525 1530
Asn Pro Ala Val Leu Ser Thr Ala Ser Leu Gly Ser Ser Gln Gly
1535 1540 1545
Ser Val Ile His Phe Ser His Gly Glu Tyr Phe Tyr Ser Leu Phe
1550 1555 1560
Ser Glu Thr Ile Asn Thr Glu Leu Leu Lys Asn Leu Asp Leu Ala
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Leu Glu Thr Lys Met Ala Val Leu Ala Leu Leu Ala Lys Ile Leu
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1655 1660 1665
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2660 2665 2670
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Lys Gln Asp Ala Gln Val Val Leu Tyr Arg Ser Tyr Arg His Gly
2765 2770 2775
Asp Leu Pro Asp Ile Gln Ile Lys His Ser Ser Leu Ile Thr Pro
2780 2785 2790
Leu Gln Ala Val Ala Gln Arg Asp Pro Ile Ile Ala Lys Gln Leu
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2840 2845 2850
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Ala Arg Leu Pro Pro Asp Val Leu Arg Trp Val Glu Leu Ala Lys
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Leu Tyr Arg Ser Ile Gly Glu Tyr Asp Val Leu Arg Gly Ile Phe
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Thr Ser Glu Ile Gly Thr Lys Gln Ile Thr Gln Ser Ala Leu Leu
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Ala Glu Ala Arg Ser Asp Tyr Ser Glu Ala Ala Lys Gln Tyr Asp
2960 2965 2970
Glu Ala Leu Asn Lys Gln Asp Trp Val Asp Gly Glu Pro Thr Glu
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Ala Glu Lys Asp Phe Trp Glu Leu Ala Ser Leu Asp Cys Tyr Asn
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Ile Asp Ser Glu Asn Pro Pro Asp Leu Asn Lys Ile Trp Ser Glu
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Pro Phe Tyr Gln Glu Thr Tyr Leu Pro Tyr Met Ile Arg Ser Lys
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Leu Lys Leu Leu Leu Gln Gly Glu Ala Asp Gln Ser Leu Leu Thr
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Asp Asp Val Asp Arg Ala Lys Tyr Tyr Ile Gln Asn Gly Ile Gln
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Ser Phe Met Gln Asn Tyr Ser Ser Ile Asp Val Leu Leu His Gln
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<213> Homo sapiens
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Leu Arg His Lys Val Pro Tyr Pro Glu Thr Phe His Pro Glu Val Phe
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370 375 380
Leu Leu Ile Lys Cys Leu Glu Lys Glu Val Ala Ala Leu Cys Arg Tyr
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Pro Val Leu Gln Gln His Phe Arg Asn Leu Glu Ala Leu Ala Leu Asp
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His Leu Gln Asn Cys His Tyr Gln Thr Ile Pro Pro His Ile Leu Leu
210 215 220
Ala Thr Gly Leu Ile His Pro Ser Val Ala Trp Arg
225 230 235
<210> 139
<211> 224
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 139
Met Ala Gln Lys Glu Glu Ala Ala Val Ala Thr Glu Ala Ala Ser Gln
1 5 10 15
Asn Gly Glu Asp Leu Glu Asn Leu Asp Asp Pro Glu Lys Leu Lys Glu
20 25 30
Leu Ile Glu Leu Pro Pro Phe Glu Ile Val Thr Gly Glu Arg Leu Pro
35 40 45
Ala Asn Phe Phe Lys Phe Gln Phe Arg Asn Val Glu Tyr Ser Ser Gly
50 55 60
Arg Asn Lys Thr Phe Leu Cys Tyr Val Val Glu Ala Gln Gly Lys Gly
65 70 75 80
Gly Gln Val Gln Ala Ser Arg Gly Tyr Leu Glu Asp Glu His Ala Ala
85 90 95
Ala His Ala Glu Glu Ala Phe Phe Asn Thr Ile Leu Pro Ala Phe Asp
100 105 110
Pro Ala Leu Arg Tyr Asn Val Thr Trp Tyr Val Ser Ser Ser Pro Cys
115 120 125
Ala Ala Cys Ala Asp Arg Ile Ile Lys Thr Leu Ser Lys Thr Lys Asn
130 135 140
Leu Arg Leu Leu Ile Leu Val Gly Arg Leu Phe Met Trp Glu Glu Pro
145 150 155 160
Glu Ile Gln Ala Ala Leu Lys Lys Leu Lys Glu Ala Gly Cys Lys Leu
165 170 175
Arg Ile Met Lys Pro Gln Asp Phe Glu Tyr Val Trp Gln Asn Phe Val
180 185 190
Glu Gln Glu Glu Gly Glu Ser Lys Ala Phe Gln Pro Trp Glu Asp Ile
195 200 205
Gln Glu Asn Phe Leu Tyr Tyr Glu Glu Lys Leu Ala Asp Ile Leu Lys
210 215 220
<210> 140
<211> 199
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 140
Met Glu Ala Ser Pro Ala Ser Gly Pro Arg His Leu Met Asp Pro His
1 5 10 15
Ile Phe Thr Ser Asn Phe Asn Asn Gly Ile Gly Arg His Lys Thr Tyr
20 25 30
Leu Cys Tyr Glu Val Glu Arg Leu Asp Asn Gly Thr Ser Val Lys Met
35 40 45
Asp Gln His Arg Gly Phe Leu His Asn Gln Ala Lys Asn Leu Leu Cys
50 55 60
Gly Phe Tyr Gly Arg His Ala Glu Leu Arg Phe Leu Asp Leu Val Pro
65 70 75 80
Ser Leu Gln Leu Asp Pro Ala Gln Ile Tyr Arg Val Thr Trp Phe Ile
85 90 95
Ser Trp Ser Pro Cys Phe Ser Trp Gly Cys Ala Gly Glu Val Arg Ala
100 105 110
Phe Leu Gln Glu Asn Thr His Val Arg Leu Arg Ile Phe Ala Ala Arg
115 120 125
Ile Tyr Asp Tyr Asp Pro Leu Tyr Lys Glu Ala Leu Gln Met Leu Arg
130 135 140
Asp Ala Gly Ala Gln Val Ser Ile Met Thr Tyr Asp Glu Phe Lys His
145 150 155 160
Cys Trp Asp Thr Phe Val Asp His Gln Gly Cys Pro Phe Gln Pro Trp
165 170 175
Asp Gly Leu Asp Glu His Ser Gln Ala Leu Ser Gly Arg Leu Arg Ala
180 185 190
Ile Leu Gln Asn Gln Gly Asn
195
<210> 141
<211> 190
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 141
Met Asn Pro Gln Ile Arg Asn Pro Met Lys Ala Met Tyr Pro Gly Thr
1 5 10 15
Phe Tyr Phe Gln Phe Lys Asn Leu Trp Glu Ala Asn Asp Arg Asn Glu
20 25 30
Thr Trp Leu Cys Phe Thr Val Glu Gly Ile Lys Arg Arg Ser Val Val
35 40 45
Ser Trp Lys Thr Gly Val Phe Arg Asn Gln Val Asp Ser Glu Thr His
50 55 60
Cys His Ala Glu Arg Cys Phe Leu Ser Trp Phe Cys Asp Asp Ile Leu
65 70 75 80
Ser Pro Asn Thr Lys Tyr Gln Val Thr Trp Tyr Thr Ser Trp Ser Pro
85 90 95
Cys Pro Asp Cys Ala Gly Glu Val Ala Glu Phe Leu Ala Arg His Ser
100 105 110
Asn Val Asn Leu Thr Ile Phe Thr Ala Arg Leu Tyr Tyr Phe Gln Tyr
115 120 125
Pro Cys Tyr Gln Glu Gly Leu Arg Ser Leu Ser Gln Glu Gly Val Ala
130 135 140
Val Glu Ile Met Asp Tyr Glu Asp Phe Lys Tyr Cys Trp Glu Asn Phe
145 150 155 160
Val Tyr Asn Asp Asn Glu Pro Phe Lys Pro Trp Lys Gly Leu Lys Thr
165 170 175
Asn Phe Arg Leu Leu Lys Arg Arg Leu Arg Glu Ser Leu Gln
180 185 190
<210> 142
<211> 386
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 142
Met Asn Pro Gln Ile Arg Asn Pro Met Glu Arg Met Tyr Arg Asp Thr
1 5 10 15
Phe Tyr Asp Asn Phe Glu Asn Glu Pro Ile Leu Tyr Gly Arg Ser Tyr
20 25 30
Thr Trp Leu Cys Tyr Glu Val Lys Ile Lys Arg Gly Arg Ser Asn Leu
35 40 45
Leu Trp Asp Thr Gly Val Phe Arg Gly Pro Val Leu Pro Lys Arg Gln
50 55 60
Ser Asn His Arg Gln Glu Val Tyr Phe Arg Phe Glu Asn His Ala Glu
65 70 75 80
Met Cys Phe Leu Ser Trp Phe Cys Gly Asn Arg Leu Pro Ala Asn Arg
85 90 95
Arg Phe Gln Ile Thr Trp Phe Val Ser Trp Asn Pro Cys Leu Pro Cys
100 105 110
Val Val Lys Val Thr Lys Phe Leu Ala Glu His Pro Asn Val Thr Leu
115 120 125
Thr Ile Ser Ala Ala Arg Leu Tyr Tyr Tyr Arg Asp Arg Asp Trp Arg
130 135 140
Trp Val Leu Leu Arg Leu His Lys Ala Gly Ala Arg Val Lys Ile Met
145 150 155 160
Asp Tyr Glu Asp Phe Ala Tyr Cys Trp Glu Asn Phe Val Cys Asn Glu
165 170 175
Gly Gln Pro Phe Met Pro Trp Tyr Lys Phe Asp Asp Asn Tyr Ala Ser
180 185 190
Leu His Arg Thr Leu Lys Glu Ile Leu Arg Asn Pro Met Glu Ala Met
195 200 205
Tyr Pro His Ile Phe Tyr Phe His Phe Lys Asn Leu Leu Lys Ala Cys
210 215 220
Gly Arg Asn Glu Ser Trp Leu Cys Phe Thr Met Glu Val Thr Lys His
225 230 235 240
His Ser Ala Val Phe Arg Lys Arg Gly Val Phe Arg Asn Gln Val Asp
245 250 255
Pro Glu Thr His Cys His Ala Glu Arg Cys Phe Leu Ser Trp Phe Cys
260 265 270
Asp Asp Ile Leu Ser Pro Asn Thr Asn Tyr Glu Val Thr Trp Tyr Thr
275 280 285
Ser Trp Ser Pro Cys Pro Glu Cys Ala Gly Glu Val Ala Glu Phe Leu
290 295 300
Ala Arg His Ser Asn Val Asn Leu Thr Ile Phe Thr Ala Arg Leu Cys
305 310 315 320
Tyr Phe Trp Asp Thr Asp Tyr Gln Glu Gly Leu Cys Ser Leu Ser Gln
325 330 335
Glu Gly Ala Ser Val Lys Ile Met Gly Tyr Lys Asp Phe Val Ser Cys
340 345 350
Trp Lys Asn Phe Val Tyr Ser Asp Asp Glu Pro Phe Lys Pro Trp Lys
355 360 365
Gly Leu Gln Thr Asn Phe Arg Leu Leu Lys Arg Arg Leu Arg Glu Ile
370 375 380
Leu Gln
385
<210> 143
<211> 373
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 143
Met Lys Pro His Phe Arg Asn Thr Val Glu Arg Met Tyr Arg Asp Thr
1 5 10 15
Phe Ser Tyr Asn Phe Tyr Asn Arg Pro Ile Leu Ser Arg Arg Asn Thr
20 25 30
Val Trp Leu Cys Tyr Glu Val Lys Thr Lys Gly Pro Ser Arg Pro Arg
35 40 45
Leu Asp Ala Lys Ile Phe Arg Gly Gln Val Tyr Ser Gln Pro Glu His
50 55 60
His Ala Glu Met Cys Phe Leu Ser Trp Phe Cys Gly Asn Gln Leu Pro
65 70 75 80
Ala Tyr Lys Cys Phe Gln Ile Thr Trp Phe Val Ser Trp Thr Pro Cys
85 90 95
Pro Asp Cys Val Ala Lys Leu Ala Glu Phe Leu Ala Glu His Pro Asn
100 105 110
Val Thr Leu Thr Ile Ser Ala Ala Arg Leu Tyr Tyr Tyr Trp Glu Arg
115 120 125
Asp Tyr Arg Arg Ala Leu Cys Arg Leu Ser Gln Ala Gly Ala Arg Val
130 135 140
Lys Ile Met Asp Asp Glu Glu Phe Ala Tyr Cys Trp Glu Asn Phe Val
145 150 155 160
Tyr Ser Glu Gly Gln Pro Phe Met Pro Trp Tyr Lys Phe Asp Asp Asn
165 170 175
Tyr Ala Phe Leu His Arg Thr Leu Lys Glu Ile Leu Arg Asn Pro Met
180 185 190
Glu Ala Met Tyr Pro His Ile Phe Tyr Phe His Phe Lys Asn Leu Arg
195 200 205
Lys Ala Tyr Gly Arg Asn Glu Ser Trp Leu Cys Phe Thr Met Glu Val
210 215 220
Val Lys His His Ser Pro Val Ser Trp Lys Arg Gly Val Phe Arg Asn
225 230 235 240
Gln Val Asp Pro Glu Thr His Cys His Ala Glu Arg Cys Phe Leu Ser
245 250 255
Trp Phe Cys Asp Asp Ile Leu Ser Pro Asn Thr Asn Tyr Glu Val Thr
260 265 270
Trp Tyr Thr Ser Trp Ser Pro Cys Pro Glu Cys Ala Gly Glu Val Ala
275 280 285
Glu Phe Leu Ala Arg His Ser Asn Val Asn Leu Thr Ile Phe Thr Ala
290 295 300
Arg Leu Tyr Tyr Phe Trp Asp Thr Asp Tyr Gln Glu Gly Leu Arg Ser
305 310 315 320
Leu Ser Gln Glu Gly Ala Ser Val Glu Ile Met Gly Tyr Lys Asp Phe
325 330 335
Lys Tyr Cys Trp Glu Asn Phe Val Tyr Asn Asp Asp Glu Pro Phe Lys
340 345 350
Pro Trp Lys Gly Leu Lys Tyr Asn Phe Leu Phe Leu Asp Ser Lys Leu
355 360 365
Gln Glu Ile Leu Glu
370
<210> 144
<211> 384
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 144
Met Lys Pro His Phe Arg Asn Thr Val Glu Arg Met Tyr Arg Asp Thr
1 5 10 15
Phe Ser Tyr Asn Phe Tyr Asn Arg Pro Ile Leu Ser Arg Arg Asn Thr
20 25 30
Val Trp Leu Cys Tyr Glu Val Lys Thr Lys Gly Pro Ser Arg Pro Pro
35 40 45
Leu Asp Ala Lys Ile Phe Arg Gly Gln Val Tyr Ser Glu Leu Lys Tyr
50 55 60
His Pro Glu Met Arg Phe Phe His Trp Phe Ser Lys Trp Arg Lys Leu
65 70 75 80
His Arg Asp Gln Glu Tyr Glu Val Thr Trp Tyr Ile Ser Trp Ser Pro
85 90 95
Cys Thr Lys Cys Thr Arg Asp Met Ala Thr Phe Leu Ala Glu Asp Pro
100 105 110
Lys Val Thr Leu Thr Ile Phe Val Ala Arg Leu Tyr Tyr Phe Trp Asp
115 120 125
Pro Asp Tyr Gln Glu Ala Leu Arg Ser Leu Cys Gln Lys Arg Asp Gly
130 135 140
Pro Arg Ala Thr Met Lys Ile Met Asn Tyr Asp Glu Phe Gln His Cys
145 150 155 160
Trp Ser Lys Phe Val Tyr Ser Gln Arg Glu Leu Phe Glu Pro Trp Asn
165 170 175
Asn Leu Pro Lys Tyr Tyr Ile Leu Leu His Ile Met Leu Gly Glu Ile
180 185 190
Leu Arg His Ser Met Asp Pro Pro Thr Phe Thr Phe Asn Phe Asn Asn
195 200 205
Glu Pro Trp Val Arg Gly Arg His Glu Thr Tyr Leu Cys Tyr Glu Val
210 215 220
Glu Arg Met His Asn Asp Thr Trp Val Leu Leu Asn Gln Arg Arg Gly
225 230 235 240
Phe Leu Cys Asn Gln Ala Pro His Lys His Gly Phe Leu Glu Gly Arg
245 250 255
His Ala Glu Leu Cys Phe Leu Asp Val Ile Pro Phe Trp Lys Leu Asp
260 265 270
Leu Asp Gln Asp Tyr Arg Val Thr Cys Phe Thr Ser Trp Ser Pro Cys
275 280 285
Phe Ser Cys Ala Gln Glu Met Ala Lys Phe Ile Ser Lys Asn Lys His
290 295 300
Val Ser Leu Cys Ile Phe Thr Ala Arg Ile Tyr Asp Asp Gln Gly Arg
305 310 315 320
Cys Gln Glu Gly Leu Arg Thr Leu Ala Glu Ala Gly Ala Lys Ile Ser
325 330 335
Ile Met Thr Tyr Ser Glu Phe Lys His Cys Trp Asp Thr Phe Val Asp
340 345 350
His Gln Gly Cys Pro Phe Gln Pro Trp Asp Gly Leu Asp Glu His Ser
355 360 365
Gln Asp Leu Ser Gly Arg Leu Arg Ala Ile Leu Gln Asn Gln Glu Asn
370 375 380
<210> 145
<211> 200
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 145
Met Ala Leu Leu Thr Ala Glu Thr Phe Arg Leu Gln Phe Asn Asn Lys
1 5 10 15
Arg Arg Leu Arg Arg Pro Tyr Tyr Pro Arg Lys Ala Leu Leu Cys Tyr
20 25 30
Gln Leu Thr Pro Gln Asn Gly Ser Thr Pro Thr Arg Gly Tyr Phe Glu
35 40 45
Asn Lys Lys Lys Cys His Ala Glu Ile Cys Phe Ile Asn Glu Ile Lys
50 55 60
Ser Met Gly Leu Asp Glu Thr Gln Cys Tyr Gln Val Thr Cys Tyr Leu
65 70 75 80
Thr Trp Ser Pro Cys Ser Ser Cys Ala Trp Glu Leu Val Asp Phe Ile
85 90 95
Lys Ala His Asp His Leu Asn Leu Gly Ile Phe Ala Ser Arg Leu Tyr
100 105 110
Tyr His Trp Cys Lys Pro Gln Gln Lys Gly Leu Arg Leu Leu Cys Gly
115 120 125
Ser Gln Val Pro Val Glu Val Met Gly Phe Pro Lys Phe Ala Asp Cys
130 135 140
Trp Glu Asn Phe Val Asp His Glu Lys Pro Leu Ser Phe Asn Pro Tyr
145 150 155 160
Lys Met Leu Glu Glu Leu Asp Lys Asn Ser Arg Ala Ile Lys Arg Arg
165 170 175
Leu Glu Arg Ile Lys Ile Pro Gly Val Arg Ala Gln Gly Arg Tyr Met
180 185 190
Asp Ile Leu Cys Asp Ala Glu Val
195 200
<210> 146
<211> 367
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 146
Met Glu Pro Ile Tyr Glu Glu Tyr Leu Ala Asn His Gly Thr Ile Val
1 5 10 15
Lys Pro Tyr Tyr Trp Leu Ser Phe Ser Leu Asp Cys Ser Asn Cys Pro
20 25 30
Tyr His Ile Arg Thr Gly Glu Glu Ala Arg Val Ser Leu Thr Glu Phe
35 40 45
Cys Gln Ile Phe Gly Phe Pro Tyr Gly Thr Thr Phe Pro Gln Thr Lys
50 55 60
His Leu Thr Phe Tyr Glu Leu Lys Thr Ser Ser Gly Ser Leu Val Gln
65 70 75 80
Lys Gly His Ala Ser Ser Cys Thr Gly Asn Tyr Ile His Pro Glu Ser
85 90 95
Met Leu Phe Glu Met Asn Gly Tyr Leu Asp Ser Ala Ile Tyr Asn Asn
100 105 110
Asp Ser Ile Arg His Ile Ile Leu Tyr Ser Asn Asn Ser Pro Cys Asn
115 120 125
Glu Ala Asn His Cys Cys Ile Ser Lys Met Tyr Asn Phe Leu Ile Thr
130 135 140
Tyr Pro Gly Ile Thr Leu Ser Ile Tyr Phe Ser Gln Leu Tyr His Thr
145 150 155 160
Glu Met Asp Phe Pro Ala Ser Ala Trp Asn Arg Glu Ala Leu Arg Ser
165 170 175
Leu Ala Ser Leu Trp Pro Arg Val Val Leu Ser Pro Ile Ser Gly Gly
180 185 190
Ile Trp His Ser Val Leu His Ser Phe Ile Ser Gly Val Ser Gly Ser
195 200 205
His Val Phe Gln Pro Ile Leu Thr Gly Arg Ala Leu Ala Asp Arg His
210 215 220
Asn Ala Tyr Glu Ile Asn Ala Ile Thr Gly Val Lys Pro Tyr Phe Thr
225 230 235 240
Asp Val Leu Leu Gln Thr Lys Arg Asn Pro Asn Thr Lys Ala Gln Glu
245 250 255
Ala Leu Glu Ser Tyr Pro Leu Asn Asn Ala Phe Pro Gly Gln Phe Phe
260 265 270
Gln Met Pro Ser Gly Gln Leu Gln Pro Asn Leu Pro Pro Asp Leu Arg
275 280 285
Ala Pro Val Val Phe Val Leu Val Pro Leu Arg Asp Leu Pro Pro Met
290 295 300
His Met Gly Gln Asn Pro Asn Lys Pro Arg Asn Ile Val Arg His Leu
305 310 315 320
Asn Met Pro Gln Met Ser Phe Gln Glu Thr Lys Asp Leu Gly Arg Leu
325 330 335
Pro Thr Gly Arg Ser Val Glu Ile Val Glu Ile Thr Glu Gln Phe Ala
340 345 350
Ser Ser Lys Glu Ala Asp Glu Lys Lys Lys Lys Lys Gly Lys Lys
355 360 365
<210> 147
<211> 48
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 147
gaaatcaatc atagtggaag caccaactac aacccgtccc tcaagagt 48
<210> 148
<211> 48
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 148
gatatcagtc atagtggcat ccccaagtac aacccgtccc tcaagagt 48
<210> 149
<211> 48
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 149
gaaatcaatc atggtggaaa tcccaactac aacccgtctc tcaggagc 48
<210> 150
<211> 48
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 150
gaaatcaatc atgttggaag taccacctac aacccctccc tcaagagt 48
<210> 151
<211> 48
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 151
gcaatcaata atagtggaaa caccttgttc accccatccc tcacgagt 48
<210> 152
<211> 48
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 152
gaaatcaatc acagtggaag aaccaaccac aacccgtccc tcaggagt 48
<210> 153
<211> 48
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 153
gaaacctatc atagtgcata caccaagtac agcccgtccc tccagggt 48
<210> 154
<211> 48
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 154
gagatcgatt atagtggaaa cgccaactac aacccgtccc tcaagagt 48
<210> 155
<211> 48
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 155
gaaatcaatc atagtggaag caccaactac aacccgtccc tcaagagt 48
<210> 156
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<220>
<221> modified_base
<222> (3)..(21)
<223> a, c, t, g, unknown or other
<400> 156
aannnnnnnn nnnnnnnnnn ntt 23
Claims (115)
- (d) 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플을 얻는 단계;
(e) DNA 편집 효소의 수준을 측정하는 단계; 및
(f) 검출가능한 수준의 DNA 편집 효소를 갖는 대상체에게 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제의 치료학적 유효량을 투여하는 단계
를 포함하는 치료 방법. - 검출가능한 수준의 DNA 편집 효소를 갖는 것으로 결정된 대상체에게 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제의 치료학적 유효량을 투여하는 단계
를 포함하는 치료 방법. - (c) 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포를 갖는 대상체를 선택하는 단계; 및
(d) 대상체에게 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제의 치료학적 유효량을 투여하는 단계를 포함하며,
여기서 상승된 수준의 DNA 편집 효소란, DNA 편집 효소의 수준이 건강한 개체로부터의 동일한 유형의 세포 내의 DNA 편집 효소의 수준보다 더 높은 수준의 것인 치료 방법. - 제1항에 있어서,
상기 생물학적 샘플은 혈액 세포를 포함하는, 방법. - 제1항에 있어서,
상기 생물학적 샘플은 B 세포를 포함하는, 방법. - 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서,
검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포 내의 DNA 편집 효소의 수준은 건강한 대상체로부터의 정상 세포에서보다 통계학적으로 유의하게 더 높은, 방법. - 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 DNA 편집 효소는
재조합 활성화 유전자 1(RAG1); 재조합 활성화 유전자 2(RAG2); 포자형성-특이적 단백질 11(SPO11); 아포지질단백질 B mRNA 편집 효소, 촉매 폴리펩티드-유사(APOBEC) 패밀리 구성원; 및 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제7항에 있어서,
상기 DNA 편집 효소는 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)인, 방법. - 제8항에 있어서,
상승된 수준의 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)를 발현하는 B 세포 내의 AID의 수준은 건강한 대상체로부터의 비활성화된 B 세포에서 발현되는 AID의 수준보다 유의하게 더 높은, 방법. - 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 대상체는 인간 대상체인, 방법. - 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서,
검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 상기 생물학적 샘플 또는 세포는 암성 세포인, 방법. - 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 대상체는 암을 갖는, 방법. - 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서,
검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 상기 생물학적 샘플 또는 세포는 자가면역 세포인, 방법. - 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 대상체는
림프종, 백혈병, 및 형질 세포 신생물
로 이루어진 군으로부터 선택된 이상(condition)을 갖는, 방법. - 제14항에 있어서,
상기 림프종은
비호지킨 림프종; 버킷 림프종, 소 림프구성 림프종; 림프형질세포성 림프종; 말트(MALT) 림프종; 여포성 림프종; 미만성 거대 B-세포 림프종; 및 T-세포 림프종
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제14항에 있어서,
상기 백혈병은
급성 림프모구성 백혈병(ALL), 버킷 백혈병; B-세포 백혈병; B-세포 급성 림프모구성 백혈병; 만성 림프구성 백혈병(CLL); 급성 골수원성(myelogenous) 백혈병(AML); 만성 골수원성 백혈병(CML); 및 T-세포 급성 림프모구성 백혈병(T-ALL)
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제14항에 있어서,
상기 형질 세포 신생물은
다발성 골수종; 형질 세포 골수종; 형질 세포 백혈병; 및 형질세포종
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제12항에 있어서,
상기 대상체는
상피 세포암; 결장암, 간암, 위암; 장관암; 식도암; 유방암; 폐암; 및 갑상선암
으로 이루어진 군으로부터 선택된 암을 갖는, 방법. - 제1항 내지 제10항 또는 제13항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 대상체는 자가면역 질환을 갖는, 방법. - 제19항에 있어서,
상기 자가면역 질환은
홍반성 루푸스; 비스코트-알드리치 증후군; 자가면역 림프증식성 증후군; 중증근무력증; 류마티스성 관절염(RA); 루푸스 신장염; 다발성 경화증; 전신성 홍반성 루푸스, 원판상 루푸스, 아급성 피부 홍반성 루푸스, 피부 홍반성 루푸스(동창 홍반성 루푸스 포함), 만성 관절염, 쇼그렌 증후군, 염증성 만성 비부비동염, 결장염, 셀리악 질환(celiac disease), 염증성 장질환, 바렛 식도, 염증성 위염 자가면역 신장염, 자가면역 혈관염, 자가면역 간염, 자가면역 심장염, 자가면역 뇌염, 및 자가면역 매개 혈액학적 질환
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
Rad51; Rad51AP1; Rad51B; Rad51C; Rad51D; XRCC2; XRCC3; RAD54; RAD52; BRCA1; BRCA2; ATM; ATR; MRE11; RAD50; NBS1; WRN; BLM; RECQ4; LIG4; XRCC4; PRKDC; DCLRE1C; XRCC6; XRCC5; 및 XLF
로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 발현 또는 활동을 감소시키는, 방법. - 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
소분자; 단백질; 펩티드; 항체; 항체 단편; 단백질 결합 단백질; 리보핵산; 데옥시리보핵산; 압타머(aptamer); 펩티드 핵산(PNA); 및 잠금 핵산(locked nucleic acid, LNA)
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는 스틸벤, 스틸베노이드, 또는 그의 유도체인, 방법. - 제23항에 있어서,
상기 스틸벤 또는 스틸벤 유도체는 화학식 V의 화합물, 또는 그의 입체이성체, 거울상 이성체, 전구약물, 또는 약제학적으로 허용되는 염인, 방법:
[화학식 V]
상기 화학식 V에서,
R1은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R2는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R3은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R4는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R5는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R6은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R7은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R8은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R9는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R10은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
X는 C(R21)2, -C(O)N(R22)-, -C(O)-, -C(O)O-, -S(O)-, -SO2- -CH(R11)CH(R12)-, -C(R11)=C(R12)-, 및 로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
여기서,
R11은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2 NC(O)R21, NC(O)OR21, NC(S)R21, NC(S)N(R22)2, NSO2R21, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R12는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2 NC(O)R21, NC(O)OR21, NC(S)R21, NC(S)N(R22)2, NSO2R21, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
각각의 R21 은 수소, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 선택적으로 치환된 헤테로아릴, 및 이들의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택될 수 있고;
각각의 R22는 수소, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 선택적으로 치환된 헤테로아릴, 및 이들의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택될 수 있다. - 제21항에 있어서,
상기 스틸벤 유도체는 4,4'디이소티오시아노스틸벤-2,2'-디설폰산 (DIDS)인, 방법. - 제21항에 있어서,
상기 스틸벤 또는 스틸벤 유도체는
(E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))디아세트아미드; (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(2-메틸프로판아미드); (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(2-메톡시아세트아미드); (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))디메탄설폰아미드; (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))디사이클로프로판설폰아미드; (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(프로판-2-설폰아미드); (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(프로판-2-설폰아미드); (E)-N-(4-(4-아미노스티릴)페닐)프로판-2-설폰아미드; (E)-1,1'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(3-메틸티오우레아); (E)-1,1'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(3-이소프로필티오우레아); (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)아세트아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)이소부티르아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-2-메톡시아세트아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)메탄설폰아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)사이클로프로판설폰아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)프로판-2-설폰아미드; N'-(4-{(E)-2-[4-(디메틸아미노)페닐]-1-에테닐}페닐)-N,N-디메틸설파미드; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-메틸티오우레아; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-이소프로필티오우레아; (E)-1-사이클로프로필-3-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)티오우레아; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-메틸우레아; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-이소프로필우레아; (E)-1-사이클로프로필-3-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)우레아; 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-아세트아미도벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-이소부티르아미도벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(2-메톡시아세트아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(사이클로프로판설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(1-메틸에틸설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-((N,N-디메틸설파모일)아미노)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-아세트아미도벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-이소부티르아미도벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(2-메톡시아세트아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(메틸설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(사이클로프로판설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(1-메틸에틸설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-((N,N-디메틸설파모일)아미노)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-사이클로프로필티오우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-에틸우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(사이클로프로판설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(2-메톡시아세트아미도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(2-메톡시아세트아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(메틸설폰아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-에틸우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-에틸우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(2-메톡시아세트아미도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-메틸티오우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-메틸티오우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필티오우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-에틸우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트); (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N-메틸벤즈아미드); (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N-이소프로필벤즈아미드); (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N,N-디메틸벤즈아미드); (E)-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(모르폴리노메타논); (E)-5-(4-하이드록시스티릴)벤젠-1,3-디올(3,5,4'-트리하이드록시-트랜스-스틸벤); 및 레스베라트롤
로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제21항에 있어서,
상기 스틸벤 또는 스틸벤 유도체는
(E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(프로판-2-설폰아미드); (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)사이클로프로판설폰아미드; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(사이클로프로판설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(디메틸아미노-설폰아미드); (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)프로판-2-설폰아미드; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N-메틸벤즈아미드); (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트); (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-5-아세트아미도-2-(4-(사이클로프로판설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 및 (E)-5-아세트아미도-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트
로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제20항에 있어서,
상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
4-메틸퀴나졸린-2-카르복스아미드; 벤즈[h]이소퀴놀린-6-아민; 5,6-디메틸-2-메르캅토메틸벤즈이미다졸; (E)-1-(2-하이드록시페닐)-3-(피리딘-3-일)프로프-2-엔-1-온; N4-부틸-6-클로로피리미딘-2,4-디아민; 1-테르모프신(thermopsine); 6-아미노-5-니트로소-2-페닐피리미딘-4(1H)-온; 및 4-(2-아미노-4-니트로페닐아미노)페닐
로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제20항에 있어서,
상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
7-아자인돌-3-카르복스알데하이드; 2-아미노-4-페닐페놀; 3-(1-메틸-3-피롤리디닐)인돌; 1-메틸-[1,2,4]트리아졸로[4,3-a]퀴놀론; 2-아미노-5-니트로-1H-벤즈이미다졸; 2-(5-니트로-2-푸르푸릴리덴)아미노에탄올-N-옥사이드; 니푸라트론; 알파-메르캅토-N,2-나프틸아세트아미드; 1-테르모스핀; N4-부틸-6-클로로-2,4-피리미딘디아민; 2-(2-하이드록시-6-프로판-2-일옥시-사이클로헥실)아세트산; 6-아미노-5-니트로소-2-페닐-1H-피리미딘-4-온; 4-아미노-2-하이드록시페닐)아르손산; 스피로[1,2-디하이드로인덴-3,5'-이미다졸리딘]-2',4'-디온; N~4~-(4-메톡시페닐)-6-메틸피리미딘-2,4-디아민; 2-아미노-9-펜틸-3H-퓨린-6-티온; 2-(4-메톡시페닐)-3-(피리딘-3-일)프로프-2-엔니트릴; 2-클로로피리미딘-4,6-디카르복스아미드; 2-아미노-3H-페녹사진-3-온; 2-메틸-N-벤질-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘-4-아민; 4-(벤질아미노)-2-메틸-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘; 2-아미노-1-나프탈렌설폰산; N-sec-부틸-3-메틸벤즈아미드; 벤즈[h]이소퀴놀린-6-아민; 및 2-(2-메틸사이클로헥실리덴)하이드라진카르복스아미드
로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는 항체 또는 항체의 항원-결합성 단편을 포함하는 폴리펩티드 또는 단백질 결합 단백질인, 방법. - 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
miRNA; shRNA; siRNA; amiRNA; dsRNA, 안티센스 RNA 또는 리보자임
으로 이루어진 군으로부터 선택된 RNAi 작용제(RNAi agent)인, 방법. - 제1항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는 약제학적으로 허용되는 담체를 추가로 포함하는, 방법. - 제1항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서,
치료제의 투여를 추가로 포함하는, 방법. - 제1항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서,
검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포를 갖는 상기 대상체는 검출가능하거나 상승된 수준을 가질 것으로 의심되는 대상체로부터 얻어진 생물학적 샘플 내의 DNA 편집 효소 폴리펩티드, mRNA, 또는 활성의 수준을 측정함으로써 확인되는, 방법. - 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서,
검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포를 갖는 상기 대상체는 상승된 수준을 가질 것으로 의심되는 대상체로부터 얻어진 생물학적 샘플 내의 DNA 편집 효소 폴리펩티드, mRNA, 또는 활성의 수준을 측정하고, 그 수준을 건강한 대상체로부터 얻어진 생물학적 샘플 내에서 발견된 DNA 편집 효소 폴리펩티드, mRNA, 또는 활성의 수준에 대비함으로써 확인되며,
여기서 시험 샘플 내의 증가된 양의 DNA 편집 효소 폴리펩티드, mRNA, 또는 활성은 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제에 의한 치료를 필요로 하는 대상체의 지표가 되는, 방법. - 제34항 또는 제35항에 있어서,
상기 DNA 편집 효소 폴리펩티드의 수준의 측정은
웨스턴 블롯(Western blot); 면역침전; 효소-결합 면역흡수 검정(ELISA); 방사면역학적 검정(RIA); 샌드위치 검정; 단백질 동소 어레이(protein in situ array); 면역조직학적 염색; 방사면역측정 검정; 겔 확산 침전 반응; 면역확산 검정; 현장(in situ) 면역검정; 침전 반응; 면역형광 검정; 정량적 동소 단백질 분석(AQUA); 질량 분석 및 면역전기영동 검정
으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 검정을 사용하는 것을 포함하는, 방법. - 제34항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 DNA 편집 효소 폴리펩티드의 수준의 측정은 항체, 항체 단편, 단백질 결합 단백질, 또는 DNA 편집 효소 폴리펩티드에 결합되는 펩티드를 사용하는 검정을 포함하는, 방법. - 제34항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 항체 또는 항체 단편은 단일클론 항체인, 방법. - 제34항 내지 제38항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 항체, 항체 단편, 단백질 결합 단백질 또는 DNA 편집 효소 폴리펩티드에 결합되는 펩티드는 검출가능한 표지로 표지되는, 방법. - 제34항 또는 제35항에 있어서,
상기 DNA 편집 효소 mRNA의 수준의 측정은
RT-PCR; 정량적 RT-PCR; 교잡 검정; 노턴 블롯(Northern blot); 마이크로어레이 기반 발현 분석; 전사 증폭; 자기-지속 서열 복제; 고성능 서열 분석(high throughput sequencing); 및 RNA-Seq
로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 검정을 사용하는 것을 포함하는 방법. - 제1항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 DNA 편집 효소 활성의 활성의 측정은
교잡; 고성능 서열 분석; 엑솜(exome) 서열 분석; 형광 동소 교잡(FISH), PCR, 및 게놈 서열 분석
으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 검정을 사용하여 게놈 또는 그의 단백질의 전체 돌연변이 상태를 결정하는 것을 포함하며,
여기서 정상 돌연변이 상태의 2% 이상의 돌연변이 상태는 DNA 편집 효소의 활성임을 나타내는, 방법. - 제35항 또는 제36항 또는 제41항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)의 활성의 측정은
교잡; 고성능 서열 분석; 엑솜 서열 분석; 형광 동소 교잡(FISH), PCR, 및 게놈 서열 분석
으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 검정을 사용하여 표적 유전자 IGH, BCL6, MYC, BCL11A, CD93, PIM1 및/또는 PAX5에서의 초돌연변이(hypermutation)의 상태를 결정하는 것을 포함하는, 방법. - 제35항 또는 제36항에 있어서,
상기 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)의 활성의 측정은 포스포(phospho)-H2AX 검정, 53BP1 검정, 또는 RAD51 검정을 사용하는 것을 포함하는, 방법. - 세포사(cell death)를 일으키는 방법으로서,
(e) DNA 편집 효소의 유효량을 세포에 투여하는 단계; 및
(f) 이후에, 단계 (a)의 세포를 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제와 접촉시키는 단계를 포함하며,
그럼으로써 세포사를 일으키는, 방법. - 세포를 세포사에 감작(sensitize)시키는 방법으로서,
(g) DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제의 사용에 의해 세포를 세포사에 감작시키기 위해 DNA 편집 효소의 치료학적 유효량을 대상체에게 투여하는 단계; 및
(h) 이후에, DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제를 대상체에게 투여하는 단계
를 포함하는, 방법. - 제44항 또는 제44항에 있어서,
상기 DNA 편집 효소는
폴리펩티드; DNA 편집 효소를 암호화하는 핵산; 및 DNA 편집 효소를 암호화하는 핵산을 포함하는 벡터
로 이루어진 군으로부터 선택된 형태로 투여되는, 방법. - 제44항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 DNA 편집 효소는
재조합 활성화 유전자 1(RAG1); 재조합 활성화 유전자 2(RAG2); 포자형성-특이적 단백질 11(SPO11); 아포지질단백질 B mRNA 편집 효소, 촉매 폴리펩티드-유사(APOBEC) 패밀리 구성원; 및 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)
로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법. - 제44항 내지 제47항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 DNA 편집 효소는 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)인, 방법. - 시험 작용제가 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제인지를 결정하는 방법으로서,
a) DNA 편집 효소를 발현하는 세포를 시험 작용제와 접촉시키는 단계; 및
b) 단계 a)의 세포의 세포 생존력을 결정하는 단계
를 포함하며,
여기서 감소된 세포 생존력은 시험 작용제가 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제임을 나타내는, 방법. - 제49항에 있어서,
c) DNA 편집 효소를 발현하지 않는 세포를 상기 시험 작용제와 접촉시키는 단계;
d) 단계 c)의 세포의 세포 생존력을 결정하는 단계; 및
e) 단계 b)의 생세포의 분율을 단계 d)의 생세포의 분율로 나눔으로써 비를 결정하는 단계
를 추가로 포함하며,
여기서 0.8 미만의 비는 시험 작용제가 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제임을 나타내는, 방법. - 제49항 또는 제50항에 있어서,
상기 DNA 편집 효소를 발현하는 세포는 AID를 발현하는 세포인, 방법. - 제51항에 있어서,
상기 AID를 발현하는 세포는 자극된 B 세포인, 방법. - 제49항 내지 제52항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 세포는 암성 세포인, 방법. - 제49항 내지 제53항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 세포는 DNA 편집 효소를 암호화하는 핵산 벡터로 형질감염된, 방법. - 제49항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 세포는 CH12-F3, 3T3, CH12F3, 카코(Caco)-2, CCRF-CEM, CHO, CH12-F3, COS-7, HCT 116, HEK 293, HL-60, HepG2, 주르카트(Jurkat), KG-1, K-562, MCF-7, MDCK, MG-63, Mo-B, MOLT-4, 라모스(Ramos) (RA 1) 및 U2-OS로 이루어진 군으로부터 선택된 세포주(cell line)인, 방법. - 제49항 내지 제55항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 세포는 자가면역 세포인, 방법. - 제57항에 있어서,
X는 나트륨인, 화합물. - 제61항에 있어서,
X는 나트륨인, 화합물. - 제63항에 있어서,
X는 나트륨인, 화합물. - 제65항에 있어서,
X는 나트륨인, 화합물. - 제67항에 있어서,
X는 나트륨인, 화합물. - 제69항에 있어서,
X는 나트륨인, 화합물. - 제71항에 있어서,
X는 나트륨인, 화합물. - 검출가능한 수준의 DNA 편집 효소를 갖는 것으로 결정된 대상체를 치료하기 위한 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제의 용도.
- 제73항에 있어서,
상기 대상체는
(c) 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플을 얻는 단계; 및
(d) DNA 편집 효소의 수준을 측정하는 단계
에 의해 검출가능한 수준의 DNA 편집 효소를 갖는 것으로 결정되는, 용도. - 대상체를 치료하기 위한 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제의 용도로서, 방법은
(c) 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포를 갖는 대상체를 선택하는 단계; 및
(d) 대상체에게 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제의 치료학적 유효량을 투여하는 단계를 포함하며,
여기서 상승된 수준의 DNA 편집 효소란, DNA 편집 효소의 수준이 건강한 개체로부터의 동일한 유형의 세포 내의 DNA 편집 효소의 수준보다 더 높은 수준의 것인 용도. - 제73항에 있어서,
상기 생물학적 샘플은 혈액 세포를 포함하는, 용도. - 제73항에 있어서,
상기 생물학적 샘플은 B 세포를 포함하는, 용도. - 제73항 내지 제77항 중 어느 한 항에 있어서,
검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포 내의 DNA 편집 효소의 수준은 건강한 대상체로부터의 정상 세포에서보다 통계학적으로 유의하게 더 높은, 용도. - 제73항 내지 제78항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 DNA 편집 효소는
재조합 활성화 유전자 1(RAG1); 재조합 활성화 유전자 2(RAG2); 포자형성-특이적 단백질 11(SPO11); 아포지질단백질 B mRNA 편집 효소, 촉매 폴리펩티드-유사(APOBEC) 패밀리 구성원; 및 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도. - 제79항에 있어서,
상기 DNA 편집 효소는 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)인, 용도. - 제80항에 있어서,
상승된 수준의 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)를 발현하는 B 세포 내의 AID의 수준은 건강한 대상체로부터의 비활성화된 B 세포에서 발현되는 AID의 수준보다 유의하게 더 높은, 용도. - 제73항 내지 제81항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 대상체는 인간 대상체인, 용도. - 제73항 내지 제82항 중 어느 한 항에 있어서,
검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 상기 생물학적 샘플 또는 세포는 암성 세포인, 용도. - 제73항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 대상체는 암을 갖는, 용도. - 제73항 내지 제84항 중 어느 한 항에 있어서,
검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 상기 생물학적 샘플 또는 세포는 자가면역 세포인, 용도. - 제73항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 대상체는
림프종, 백혈병, 및 형질 세포 신생물
로 이루어진 군으로부터 선택된 이상을 갖는, 용도. - 제86항에 있어서,
상기 림프종은
비호지킨 림프종; 버킷 림프종, 소 림프구성 림프종; 림프형질세포성 림프종; 말트 림프종; 여포성 림프종; 미만성 거대 B-세포 림프종; 및 T-세포 림프종
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도. - 제86항에 있어서,
상기 백혈병은
급성 림프모구성 백혈병(ALL), 버킷 백혈병; B-세포 백혈병; B-세포 급성 림프모구성 백혈병; 만성 림프구성 백혈병(CLL); 급성 골수원성 백혈병(AML); 만성 골수원성 백혈병(CML); 및 T-세포 급성 림프모구성 백혈병(T-ALL)
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도. - 제86항에 있어서,
상기 형질 세포 신생물은
다발성 골수종; 형질 세포 골수종; 형질 세포 백혈병; 및 형질세포종
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도. - 제86항에 있어서,
상기 대상체는
상피 세포암; 결장암; 간암, 위암; 장관암; 식도암; 유방암; 폐암; 및 갑상선암
으로 이루어진 군으로부터 선택된 암을 갖는, 용도. - 제73항 내지 제82항 또는 제85항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 대상체는 자가면역 질환을 갖는, 용도. - 제91항에 있어서,
상기 자가면역 질환은
홍반성 루푸스; 비스코트-알드리치 증후군; 자가면역 림프증식성 증후군; 중증근무력증; 류마티스성 관절염(RA); 루푸스 신장염; 다발성 경화증; 전신성 홍반성 루푸스, 원판상 루푸스, 아급성 피부 홍반성 루푸스, 피부 홍반성 루푸스(동창 홍반성 루푸스 포함), 만성 관절염, 쇼그렌 증후군, 염증성 만성 비부비동염, 결장염, 셀리악 질환, 염증성 장질환, 바렛 식도, 염증성 위염 자가면역 신장염, 자가면역 혈관염, 자가면역 간염, 자가면역 심장염, 자가면역 뇌염, 및 자가면역 매개 혈액학적 질환
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도. - 제73항 내지 제92항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
Rad51; Rad51AP1; Rad51B; Rad51C; Rad51D; XRCC2; XRCC3; RAD54; RAD52; BRCA1; BRCA2; ATM; ATR; MRE11; RAD50; NBS1; WRN; BLM; RECQ4; LIG4; XRCC4; PRKDC; DCLRE1C; XRCC6; XRCC5; 및 XLF
로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 발현 또는 활동을 감소시키는, 용도. - 제73항 내지 제93항 중 어느 한 항에 있어서,
DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
소분자; 단백질; 펩티드; 항체; 항체 단편; 단백질 결합 단백질; 리보핵산; 데옥시리보핵산; 압타머; 펩티드 핵산(PNA); 및 잠금 핵산(LNA)
으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도. - 제73항 내지 제93항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는 스틸벤, 스틸베노이드, 또는 그의 유도체인, 용도. - 제95항에 있어서,
상기 스틸벤 또는 스틸벤 유도체는 화학식 V의 화합물, 또는 그의 입체이성체, 거울상 이성체, 전구약물, 또는 약제학적으로 허용되는 염인, 용도:
[화학식 V]
상기 화학식 V에서,
R1은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R2는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R3은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R4는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R5는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R6은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R7은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R8은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R9는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R10은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2, N=C=S, NHC(O)R21, NHC(O)OR21, NHC(S)R21, NHC(S)N(R22)2, NHSO2R21, NHSO2N(R22)2, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
X는 C(R21)2, -C(O)N(R22)-, -C(O)-, -C(O)O-, -S(O)-, -SO2- -CH(R11)CH(R12)-, -C(R11)=C(R12)-, 및 로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
여기서,
R11은 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2 NC(O)R21, NC(O)OR21, NC(S)R21, NC(S)N(R22)2, NSO2R21, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
R12는 수소, 할로겐, CF3, CN, C(O)R21, CO2R21, C(O)N(R22)2, OH, OR21, N(R22)2 NC(O)R21, NC(O)OR21, NC(S)R21, NC(S)N(R22)2, NSO2R21, NO2, N2-R22, SOR21, SO2R21, SO3R21, OP(O)(OH)2, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 및 선택적으로 치환된 헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있고;
각각의 R21 은 수소, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 선택적으로 치환된 헤테로아릴, 및 이들의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택될 수 있고;
각각의 R22는 수소, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C1-C10 알킬, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알케닐, 선택적으로 치환된 선형 또는 분지형 C2-C10 알키닐, 선택적으로 치환된 사이클릴, 선택적으로 치환된 헤테로사이클릴, 선택적으로 치환된 아릴, 선택적으로 치환된 헤테로아릴, 및 이들의 임의의 조합으로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택될 수 있다. - 제95항에 있어서,
상기 스틸벤 유도체는 4,4'디이소티오시아노스틸벤-2,2'-디설폰산 (DIDS)인, 용도. - 제95항에 있어서,
상기 스틸벤 또는 스틸벤 유도체는
(E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))디아세트아미드; (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(2-메틸프로판아미드); (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(2-메톡시아세트아미드); (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))디메탄설폰아미드; (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))디사이클로프로판설폰아미드; (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(프로판-2-설폰아미드); (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(프로판-2-설폰아미드); (E)-N-(4-(4-아미노스티릴)페닐)프로판-2-설폰아미드; (E)-1,1'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(3-메틸티오우레아); (E)-1,1'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(3-이소프로필티오우레아); (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)아세트아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)이소부티르아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-2-메톡시아세트아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)메탄설폰아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)사이클로프로판설폰아미드; (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)프로판-2-설폰아미드; N'-(4-{(E)-2-[4-(디메틸아미노)페닐]-1-에테닐}페닐)-N,N-디메틸설파미드; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-메틸티오우레아; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-이소프로필티오우레아; (E)-1-사이클로프로필-3-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)티오우레아; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-메틸우레아; (E)-1-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)-3-이소프로필우레아; (E)-1-사이클로프로필-3-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)우레아; 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-아세트아미도벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-이소부티르아미도벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(2-메톡시아세트아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(사이클로프로판설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(1-메틸에틸설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-((N,N-디메틸설파모일)아미노)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-아세트아미도벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-이소부티르아미도벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(2-메톡시아세트아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(메틸설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(사이클로프로판설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(1-메틸에틸설폰아미도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-((N,N-디메틸설파모일)아미노)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-사이클로프로필티오우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-에틸우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(사이클로프로판설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(2-메톡시아세트아미도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(2-메톡시아세트아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(메틸설폰아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-에틸우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-이소부티르아미도-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(4-(메틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-에틸우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-이소부티르아미도-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(2-메톡시아세트아미도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-메틸티오우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필티오우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-5-(3-이소프로필우레이도)-2-(2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-메틸티오우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필티오우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-에틸우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-6,6'-(에텐-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트); (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N-메틸벤즈아미드); (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N-이소프로필벤즈아미드); (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N,N-디메틸벤즈아미드); (E)-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(모르폴리노메타논); (E)-5-(4-하이드록시스티릴)벤젠-1,3-디올(3,5,4'-트리하이드록시-트랜스-스틸벤); 및 레스베라트롤
로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도. - 제95항에 있어서,
상기 스틸벤 또는 스틸벤 유도체는
(E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(프로판-2-설폰아미드); (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)사이클로프로판설폰아미드; 나트륨 (E)-5-아세트아미도-2-(4-(사이클로프로판설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-N,N'-(에텐-1,2-디일비스(4,1-페닐렌))비스(디메틸아미노-설폰아미드); (E)-N-(4-(4-(디메틸아미노)스티릴)페닐)프로판-2-설폰아미드; 나트륨 (E)-5-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-(4-(1-메틸에틸설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 나트륨 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트); 나트륨 (E)-5-(3-에틸우레이도)-2-(4-(2-메톡시아세트아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-4,4'-(에텐-1,2-디일)비스(N-메틸벤즈아미드); (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-사이클로프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-5-(사이클로프로판설폰아미도)-2-(4-(3-이소프로필우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-5-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-(4-(3-메틸티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 6,6'-(에탄-1,2-디일)비스(3-(3-이소프로필우레이도)벤젠설포네이트); (E)-5-아세트아미도-2-(4-(3-이소프로필티오우레이도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; (E)-5-아세트아미도-2-(4-(사이클로프로판설폰아미도)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트; 및 (E)-5-아세트아미도-2-(4-((N,N-디메틸설파모일)아미노)-2-설포네이토스티릴)벤젠설포네이트
로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도. - 제94항에 있어서,
상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
4-메틸퀴나졸린-2-카르복스아미드; 벤즈[h]이소퀴놀린-6-아민; 5,6-디메틸-2-메르캅토메틸벤즈이미다졸; (E)-1-(2-하이드록시페닐)-3-(피리딘-3-일)프로프-2-엔-1-온; N4-부틸-6-클로로피리미딘-2,4-디아민; 1-테르모프신; 6-아미노-5-니트로소-2-페닐피리미딘-4(1H)-온; 및 4-(2-아미노-4-니트로페닐아미노)페닐
로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도. - 제94항에 있어서,
상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
7-아자인돌-3-카르복스알데하이드; 2-아미노-4-페닐페놀; 3-(1-메틸-3-피롤리디닐)인돌; 1-메틸-[1,2,4]트리아졸로[4,3-a]퀴놀론; 2-아미노-5-니트로-1H-벤즈이미다졸; 2-(5-니트로-2-푸르푸릴리덴)아미노에탄올-N-옥사이드; 니푸라트론; 알파-메르캅토-N,2-나프틸아세트아미드; 1-테르모스핀; N4-부틸-6-클로로-2,4-피리미딘디아민; 2-(2-하이드록시-6-프로판-2-일옥시-사이클로헥실)아세트산; 6-아미노-5-니트로소-2-페닐-1H-피리미딘-4-온; 4-아미노-2-하이드록시페닐)아르손산; 스피로[1,2-디하이드로인덴-3,5'-이미다졸리딘]-2',4'-디온; N~4~-(4-메톡시페닐)-6-메틸피리미딘-2,4-디아민; 2-아미노-9-펜틸-3H-퓨린-6-티온; 2-(4-메톡시페닐)-3-(피리딘-3-일)프로프-2-엔니트릴; 2-클로로피리미딘-4,6-디카르복스아미드; 2-아미노-3H-페녹사진-3-온; 2-메틸-N-벤질-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘-4-아민; 4-(벤질아미노)-2-메틸-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘; 2-아미노-1-나프탈렌설폰산; N-sec-부틸-3-메틸벤즈아미드; 벤즈[h]이소퀴놀린-6-아민; 및 2-(2-메틸사이클로헥실리덴)하이드라진카르복스아미드
로 이루어진 군으로부터 선택되는, 용도. - 제73항 내지 제94항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는 항체 또는 항체의 항원-결합성 단편을 포함하는 폴리펩티드 또는 단백질 결합 단백질인, 용도. - 제73항 내지 제94항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는
miRNA; shRNA; siRNA; amiRNA; dsRNA; 안티센스 RNA 또는 리보자임
으로 이루어진 군으로부터 선택된 RNAi 작용제인, 용도. - 제73항 내지 제103항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제는 약제학적으로 허용되는 담체를 추가로 포함하는, 용도. - 제73항 내지 제104항 중 어느 한 항에 있어서,
치료제의 투여를 추가로 포함하는, 용도. - 제73항 내지 제105항 중 어느 한 항에 있어서,
검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포를 갖는 상기 대상체는 검출가능하거나 상승된 수준을 가질 것으로 의심되는 대상체로부터 얻어진 생물학적 샘플 내의 DNA 편집 효소 폴리펩티드, mRNA, 또는 활성의 수준을 측정함으로써 확인되는, 용도. - 제73항 내지 제106항 중 어느 한 항에 있어서,
검출가능하거나 상승된 수준의 DNA 편집 효소를 발현하는 세포를 갖는 상기 대상체는 상승된 수준을 가질 것으로 의심되는 대상체로부터 얻어진 생물학적 샘플 내의 DNA 편집 효소 폴리펩티드, mRNA, 또는 활성의 수준을 측정하고, 그 수준을 건강한 대상체로부터 얻어진 생물학적 샘플 내에서 발견된 DNA 편집 효소 폴리펩티드, mRNA, 또는 활성의 수준에 대비함으로써 확인되며,
여기서 시험 샘플 내의 증가된 양의 DNA 편집 효소 폴리펩티드, mRNA, 또는 활성은 DNA 이본쇄 절단 수복의 억제제에 의한 치료를 필요로 하는 대상체의 지표가 되는, 용도. - 제106항 또는 제107항에 있어서,
상기 DNA 편집 효소 폴리펩티드의 수준의 측정은
웨스턴 블롯; 면역침전; 효소-결합 면역흡수 검정(ELISA); 방사면역학적 검정(RIA); 샌드위치 검정; 단백질 동소 어레이; 면역조직학적 염색; 방사면역측정 검정; 겔 확산 침전 반응; 면역확산 검정; 현장 면역검정; 침전 반응; 면역형광 검정; 정량적 동소 단백질 분석(AQUA); 질량 분석 및 면역전기영동 검정
으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 검정을 사용하는 것을 포함하는, 용도. - 제106항 또는 제107항에 있어서,
상기 DNA 편집 효소 폴리펩티드의 수준의 측정은 항체, 항체 단편, 단백질 결합 단백질, 또는 DNA 편집 효소 폴리펩티드에 결합되는 펩티드를 사용하는 검정을 포함하는, 용도. - 제106항 내지 제109항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 항체 또는 항체 단편은 단일클론 항체인, 용도. - 제106항 내지 제110항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 항체, 항체 단편, 단백질 결합 단백질 또는 DNA 편집 효소 폴리펩티드에 결합되는 펩티드는 검출가능한 표지로 표지되는, 용도. - 제106항 또는 제107항에 있어서,
상기 DNA 편집 효소 mRNA의 수준의 측정은
RT-PCR; 정량적 RT-PCR; 교잡 검정; 노턴 블롯; 마이크로어레이 기반 발현 분석; 전사 증폭; 자기-지속 서열 복제; 고성능 서열 분석; 및 RNA-Seq
로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 검정을 사용하는 것을 포함하는 용도. - 제106항 또는 제107항에 있어서,
상기 DNA 편집 효소의 활성의 측정은
교잡; 고성능 서열 분석; 엑솜 서열 분석; 형광 동소 교잡(FISH), PCR, 및 게놈 서열 분석
으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 검정을 사용하여 게놈 또는 그의 단백질의 전체 돌연변이 상태를 결정하는 것을 포함하며,
여기서 정상 돌연변이 상태의 2% 이상의 돌연변이 상태는 DNA 편집 효소의 활성임을 나타내는, 용도. - 제106항 또는 제107항 또는 제113항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID) 활성의 활성의 측정은
교잡; 고성능 서열 분석; 엑솜 서열 분석; 형광 동소 교잡(FISH), PCR, 및 게놈 서열 분석
으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 검정을 사용하여 표적 유전자 IGH, BCL6, MYC, BCL11A, CD93, PIM1 및/또는 PAX5에서의 초돌연변이의 상태를 결정하는 것을 포함하는, 용도. - 제106항 또는 제107항에 있어서,
상기 활성화-유도 시티딘 데아미나제(AID)의 활성의 측정은 포스포(phospho)-H2AX 검정, 53BP1 검정, 또는 RAD51 검정을 사용하는 것을 포함하는, 용도.
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