본 발명은 외래의 NADP 의존적 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 유전자에 의하여 형질전환되고 L-라이신 생산능력을 갖는 에세리키아 종 (Escherichia sp.)과 코리네박테리움 종 (Corynebacterium sp.) 미생물을 제공한다.
본 발명에 있어서, 외래의 NADP 의존적 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 유전자는 글리세르알데히드-3-포스페이트 (glyceraldehyde 3 phosphate)를 기질로 하여 3-포스포글리세레이트 (3-phosphoglycerate)로 전환하는 활성을 갖는 폴리펩티드를 코딩하는 것이면 어느 것도 포함된다. 상기 외래 gapN 유전자의 예에는 옥수수 (진뱅크 허가번호: X75326)를 포함한 식물 및 클로스티리디움 아세토부틸리쿰(Clostridium acetobutylicum) (진뱅크 허가번호 NP_350239)를 포함하는 미생물로부터 유래한 유전자가 포함된다.
본 발명에 있어서, 에세리키아 (Escherichia sp.) 종 미생물의 예는 에세리키아 콜라이 (Escherichia coli)가 될 수 있고, 코리네박테리움 종 (Corynebacterium sp.) 미생물의 예는 코리네박테리움 글루타미쿰(Corynebacterium glutamicum), 코리네박테리움 써모아미노게네스 (Corynebacterium thermoaminogenes), 브리비박테리움 플라붐 (Brevibacterium flavum) 및 브리비박테리움 락토페르멘툼 (Brevibacterium lactofermentum)으로 이루어지는 종의 군으로부터 선택되는 미생물이 될 수 있으나, 이들 예에 한정되는 것은 아니다. 바람직하게는, 본 발명의 에세리키아 (Escherichia sp.) 종 미생물은 에세리키아 콜라이 (Escherichia coli) CJ40226 (수탁번호 KCCM-10628)이다.
본 발명의 일 구체예에서는, 클로스티리디움 아세토부틸리쿰 (Clostridium acetobutylicum)의 NADP 의존적 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 유전자 염기서열 (진뱅크 허가번호 NP_350239)을 포함하는 L-라이신 생산능을 갖는 대장균을 제공한다. 상기 유전자는 당업계에 알려진 통상적인 방법에 의하여 대장균내에 도입될 수 있다. 예를 들면, 상기 유전자를 벡터내에 도입하여 재조합 벡터를 제조하고, 상기 벡터를 대장균 내에 도입하여 형질전환된 대장균을 제조함으로써 이루어질 수 있다. 상기 재조합 벡터는 통상적인 방법 즉, 적절한 벡터에 제한효소 (BamHI)를 사용하여 상기 클로스티리디움 아세토부틸리쿰 (Clostridium acetobutylicum)의 NADP 의존적 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 유전자 염기서열을 라이게이션시킴으로써 제조할 수 있다. 본 발명의 재조합 벡터 제조시 사용가능한 벡터로는 박테리아, 바람직하기로는 에세리키아 (Escherichia) 속의 박테리아에서 자율적으로 증식할 수 있는 벡터로부터 유래한 것일 수 있다. 예를 들면, 파지벡터 또는 플라스미드 벡터로부터 유래할 수 있다. 파지 벡터 또는 코스미드 벡터로서는, 예를 들면 pWE15, M13, λEMBL3, λEMBL4, λFIXII, λDASHII, λZAPII, λgt10, λgt11, Charon4A, Charon21A 등을 들 수 있고, 플라스미드 벡터로서는, 예를 들면 pBR계, pUC계, pBluescriptII계, pGEM계, pTZ계, pET계, pMal계, pQE계 등을 들 수 있다.
본 발명에 있어서, 외래 NADP 의존적 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 유전자가 도입되는 에세리키아 (Escherichia sp.) 종 미생물 또는 코리네박테리움 종 (Corynebacterium sp.) 미생물은 야생형 균주뿐만 아니라, L-라이신 생산능이 개선된 변이주도 포함된다. 예를 들면, 메티오닌 요구성, 쓰레오닌 유사체 (AHV: α-아미노-β-히드록시 발레릭산)에 대한 내성, 라이신 유사체 (AEC: S-(2-아미노에틸)-L-시스테인)에 대한 내성, 이소루이신 유사체(α-아미노부티릭에시드)에 대한 내성, 메티오닌의 유사체(에티오닌)에 대한 내성 등의 특성을 지닌 균주들이 될 수 있다. 또한, 본 발명에 있어서, 외래 NADP 의존적 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 유전자가 도입되는 에세리키아 (Escherichia sp.) 종 미생물 또는 코리네박테리움 종 (Corynebacterium sp.) 미생물은 L-라이신 생산능을 향상시키기 위하여, 도입된 상기 유전자의 카피수의 증가시키거나 유전자 조절서열 조작함으로써 L-라이신 생산능이 개선된 균주로 변이될 수 있다.
본 발명은 또한, 본 발명은 본 발명의 외래 NADP 의존적 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 유전자가 도입되는 에세리키아 (Escherichia sp.) 종 미생물 또는 코리네박테리움 종 (Corynebacterium sp.) 미생물을 L-라이신을 생성하기에 적절한 조건하에서 배양하는 단계를 포함하는 L-라이신의 제조 방법을 제공 한다. L-라이신의 생산에 적합한 미생물의 배양조건은 당업계에 잘 알려져 있는 통상적인 배양 조건 예를 들면 배지, 배양 온도 등이 선택될 수 있다. 당업자라면 미생물에 따라 적절한 조건을 용이하게 선택하여 L-라인신 생산을 수행할 수 있다. 배양물로부터 L-라이신의 회수는 당업계에 알려진 통상의 L-라이신의 분리 및 정제 방법이 이용될 수 있다. 예를 들면, 이온교환크로마토그래피 및 재결정 등의 방법이 사용될 수 있으나, 이들 예에 한정되는 것은 아니다.
본원 명세서에 사용된 용어 "형질전환"은 DNA를 숙주로 도입하여 DNA가 염색체외 인자로서 또는 염색체 통합완성에 의해 복제가능하게 되는 것을 의미한다. 본원 명세서에 사용된 용어 "형질감염"은 임의의 코딩 서열이 실제로 발현되든 아니든 발현 벡터가 숙주 세포에 의해 수용되는 것을 의미한다. 본원 명세서에 사용된 용어 "형질감염된 숙주" 및 "형질전환된 숙주"는 DNA의 세포로의 도입을 의미한다. 용어 "벡터"는 적합한 숙주 내에서 DNA의 발현을 실시할 수 있는 적합한 조절 서열에 작동가능하게 연결된 DNA 서열을 함유하는 DNA 제조물을 의미한다. 그러한 조절 서열은 전사를 실시하기 위한 프로모터, 그러한 전사를 조절하기 위한 임의의 오퍼레이터 서열, 적합한 mRNA 리보좀 결합 부위를 코딩하는 서열, 및 전사 및 해독의 종결을 조절하는 서열을 포함한다. 벡터는 플라스미드, 파지 입자, 또는 간단하게 잠재적 게놈 삽입물일 수 있다. 적당한 숙주로 형질전환되면, 벡터는 숙주 게놈과 무관하게 복제하고 기능할 수 있거나, 또는 일부 경우에 게놈 그 자체에 통합될 수 있다. 플라스미드가 현재 벡터의 가장 통상적으로 사용되는 형태이므로, 본 발명의 명세서에서 "플라스미드" 및 "벡터"는 때로 상호교환적으로 사용된다. 용어 "조절 서열"이라는 표현은 특정한 숙주 생물에서 작동가능하게 연결된 코딩 서열의 발현에 필수적인 DNA 서열을 의미한다. 예를 들면, 원핵생물에 적합한 조절 서열은 프로모터, 임의로 오퍼레이터 서열 및 리보좀 결합 부위를 포함한다.
본 발명의 균주 및 그를 이용한 L-라이신의 제조방법의 일 구체예를 구체적으로 설명하면 다음과 같다.
에세리키아 콜라이 (Escherichia coli) TF1 (대한민국 특허공개 제1992-0012444호)를 모균주로 사용하여 라이신 생산균주를 개발하기 위해 N-메틸-N′-니트로-N-니트로소 구아니딘을 변이원으로 변이처리하였다. 지수기로 성장한 대장균을 0.1몰 포스페이트 완충용액 (pH 7.0) 혹은 0.1몰 시트레이트 완충액 (pH 5.5)에 현탁시키고 N-메틸-NN′-니트로-N-니트로소 구아니딘을 최종농도 200-500μg/ml이 되도록 첨가하여 30℃에서 10분내지 30분동안 처리하여 변이를 유발시켰다. 그 다음 라이신 유사체 (AEC: S-(2-아미노에틸)-L-시스테인)를 1∼30 g/l 농도로 첨가하여 최소평판한천배지에 변이처리된 균체액을 도말하여 30 ℃∼37 ℃에서 수일 배양하여 유사체 내성 균주들을 얻었다. 이렇게 얻은 균주들은 메티오닌 요구성, 쓰레오닌 유사체 (AHV: α-아미노-β-하이드록시 발레릭산)에 대한 내성, 라이신 유사체 (AEC: S-(2-아미노에틸)-L-시스테인)에 대한 내성, 이소루이신 유사체 (α-아미노부티릭에시드)에 대한 내성, 메티오닌의 유사체(에티오닌)에 대한 내성 등의 특성을 지닌 균주들이다. 이렇게 선별된 균주는 호기적 조건 (진탕배양: 250 rpm, 33℃ 의 온도 조건)하에서 60 시간 배양하여 라이신을 제조하였다.
L-아미노산은 음이온 교환 크로마토그래피 및 후속으로 닌히드린 유도체화에 의해 분석할 수 있다(Spackman et al. Analytical Chemistry, 30, (1958), 1190).
이하 본 발명을 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예
실시예 1 : 라이신 생산 대장균 균주 K225의 제조 및 특성의 확인
에세리키아 콜라이 (Escherichia coli) TF1 (대한민국 특허공개 제1992-0012444호)를 지수기까지 성장시킨 후 0.1 몰 포스페이트 완충용액 (pH 7.0) 혹은 0.1 몰 시트레이트 완충액 (pH 5.5)에 현탁시키고 N-메틸-N′-니트로-N-니트로소 구아니딘을 최종농도 200-500μg/ml이 되도록 첨가하여 30 ℃에서 10분 내지 30분 동안 처리한 다음 라이신 유사체 (AEC: S-(2-아미노에틸)-L-시스테인)를 1-30g/l의 농도로 첨가된 최소평판한천배지에서 유사체 내성 균주들을 선별하였다. 이 균주를 CJ40225라 명명하였다. 이 균주에 대한 라이신 유도체에 대한 내성실험은 M9 최소배지에서 확인하였고 상대 생육 정도를 표 1에 나타냈었다.
표 1. 야생 대장균 균주, TF1와 CJ40225의 AEC에 대한 상대 생육 정도 (%)
균주 |
상대 생육 정도 (%) *
|
AEC 첨가농도 (g/l) |
0 |
5 |
10 |
20 |
40 |
W3110 |
100 |
66.3 |
39.8 |
7.4 |
- |
TF1 |
100 |
103.5 |
128.9 |
112.5 |
17.5 |
CJ40225 |
100 |
124.3 |
88.4 |
89.2 |
73.9 |
* 상대 생육 정도는 배양액을 562 nm에서 흡광도를 측정하여, AEC 첨가 농도가 0인 경우의 생육 정도를 100으로 기준하여 표시하였음.
M9 최소배지 : 포도당 4g, Na2HPO4ㆍ7H2O 12.8g, KH2
PO4 3g, NaCl 0.5g, NH4Cl 1g (공정수 1리터 기준)
선별된 균주 대장균 CJ40225의 L-라이신 생산성 측정을 위하여 대장균 CJ40225을 아래와 같은 방법으로 배양하였다. 하기의 종배지 25 ml을 함유하는 250 ml 코너-바플 플라스크에 대장균 생산 균주 TF1 및 대장균 CJ40225을 접종하고 33 ℃에서 60 시간 동안 진탕 배양 (250 rpm)하였다. 배양 종료 후 HPLC에 의해 L-라이신의 생산량을 측정하였다. 대장균 W3110, TF1 및 CJ40225에 대한 배양물 중의 L-라이신은 아래 표 2와 같다.
생산배지 (pH 7.0): 포도당 60g, 효모추출물 2g, (NH4)2SO4 17g, KH
2PO4 0.3g, K2HPO4 0.6g, NaCl 1g, MgSO4ㆍH2O 1g, FeSO
4ㆍH2O 10mg, MnSO4ㆍH2O 10mg, CaCO3 30g, L-이소루이신 0.05g, L-메티오닌 0.6g (공정수 1리터 기준)
표 2. 야생 대장균 균주, TF1 및 CJ40225의 플라스크 발효 결과
균주 |
라이신 염산염 농도 (g/l) |
쓰레오닌 농도 (g/l) |
W3110 |
- |
- |
TF1 |
5.4 |
3.0 |
CJ40225 |
1.2 |
8.3 |
실시예 2 : 클로스트리디움 유래 NADP 의존적 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 유전자 (
gapN
)의 검색 및 클로닝
클로스티리디움 유래의 NADP 의존적 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 (gapN) 유전자의 염기서열은 이미 알려져 있다. 미국국립보건원 진뱅크(NIH GenBank)로부터 클로스티리디움 아세토부틸리쿰 (Clostridium acetobutylicum)의 NADP 의존적 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 유전자 (gapN) 정보 (등록번호 NP_350239)를 확보하였다. 보고된 염기서열에 근거하여 서열번호 1과 2의 올리고뉴클레오티드를 프라이머로 하고 클로스티리디움 아세포부틸리쿰 ATCC 824 균주의 염색체 DNA를 주형으로 하여 PCR을 수행하여, 1485 bp의 NADP 의존적 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 유전자 (gapN)를 증폭하였다. PCR 조건은 변성 94℃에서 30초, 어닐링 51℃에서 30초 및 중합 72℃에서 1 분을 25 회 수행하였다. 얻어진 PCR 산물을 TOPO Cloning Kit (Invitrogen 사)을 이용하여 대장균 플라스미드 pCR2.1에 클로닝하여 pCR-gapN 플라스미드를 얻었다.
실시예 3 : NADP 의존적 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 유전자 발현 벡터 제조
실시예 2에서 얻은 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 유전자가 포함된 벡터 pCR-gapN을 제한효소 BamHI으로 절단하여 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제를 코딩하는 유전자 단편만을 분리한 뒤 동일한 BamHI으로 절단된 대장균 발현 벡터 pQE30 (Qiagen 사)에 접합효소를 이용하여 연결하여, 벡터에 존재하는 박테이로파아지의 T5 프로모터에 의해 상기 유전자가 세포 내에서 발현이 될 수 있도록 만들었다. 도 2는 상기 pQE30의 벡터 지도를 나타내는 도면이다. 그 다음, 대장균 DH5α 스트레인에 열충격법으로 형질전환을 실시하였고, 암피실린 100 μg/ml를 함유한 루리아 버타니(LB) 한천배지에 도포한 뒤 형질전환주를 선별 및 수득하였다. 각각의 형질전환주에서 발현벡터 pCJ-gapN를 분리하였다.
실시예 4 : pCJ-gapN로 형질전환된 대장균에서의
NADP 의존적 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 단백질 발현의 확인
pCJ-gapN을 포함한 형질전환 균주인 대장균 DH5α(pCJ-CFK)를 항생제인 암피실린이 포함된 LB 배지에서 하루정도 배양한 다음, 배양액의 일부를 다시 암피실린이 포함된 LB 배지에 접종하여 초기 정체기까지 배양하였다. 초기정체기에 도달한 배양액을 원심분리하여 세포만을 획득한 후 적당한 버퍼에 현탁한 뒤 초음파 파쇄법으로 세포를 파괴하고, 다시 고속원심분리하여 상등액을 얻었다. 얻어진 상등액의 일부를 SDS-PAGE 방법에 의해 단백질 발현을 측정하였다. 그 결과 예상했던 NADP 의존적 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제의 분자량인 52.5 Kd위치에 과발현된 단백질을 확인할 수 있었다.
실시예 5 : NADP 의존적 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 활성 측정
실시예 4에서 확인된 NADP 의존적 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 단백질이 실제로 세포 내에서 효소활성을 갖는지 확인하기 위해서 보완실험 (complementation test)를 실시하였다.
대장균의 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제의 활성이 없는 돌연변이 균주의 경우 배지 내에 탄소원으로 글리세롤과 숙신산을 첨가한 경우 성장하고 LB 배지에서는 성장을 못하는 특성을 지니고 있다. 이 돌연변이 균주로 NADP 의존적 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 발현 벡터인 pCJ-gapN를 형질도입하였을 경우, 발현 벡터인 pCJ-gapN에 의해 NADP 의존적 글리세르알데히드- 3-포스페이트 디히드로게나제가 발현되어 정상적인 효소활성을 나타낸다면 돌연변이 균주는 LB 배지에서도 성장을 할 수 있게 된다.
대장균의 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제의 활성이 없는 돌연변이 균주 DS122 (CGSC 스트레인 #7566)는 예일대학교 대장균 보관센터로부터 분양받은 후 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 발현 벡터인 pCJ-gapN을 열충격법에 의해 형질전환을 실시하여 글리세롤과 숙신산과 클로람페니콜이 포함된 최소배지에서 형질전환주를 선별 및 획득하였다. 이 형질전환주를 LB 배지에 도말하여 성장 유무를 확인한 결과, 돌연변이 균주와는 달리 성장함을 확인하였다. 그리고 LB 배지에서 성장한 형질전환주를 실시예 4에서와 같은 방법으로 SDS-PAGE를 통해 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 단백질의 발현도 확인하였다.
실시예 6 : pCJ-gapN을 포함하는 L-라이신 생산균주의 제조 및 L-라이신의 생산
실시예 5에서 확인된 NADP 의존적 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 발현 벡터 pCJ-gapN를 실시예 1에서 제작된 L-라이신 대장균 생산 균주인 CJ40225에 열충격법을 통해 형질전환하여 형질전환 균주를 획득하고 CJ40226이라고 명명하였다. 획득된 CJ40226 형질전환 균주들은 플라스미드가 있는지를 먼저 확인한 뒤, L-라이신 생산양을 측정하기 위해 실시예 1과 같은 방법으로 배양한 후 배지 내 라이신 농도를 측정하였다. 생산된 L-라이신의 양은 하기 표 3과 같다. 대조군으로서, 대장균 CJ40225를 사용하였다.
표 3. 대장균 CJ40225 및 CJ40226으로부터 생산된 L-라이신의 생산량
균주 |
라이신 염산염 농도 (g/l) |
CJ40225 |
8.3 |
CJ40226 |
10.8 |
본 실시예에 나타낸 바와 같이, 클로스트리디움 아세토부틸리쿰 유래의 외래의 NADP 의존적 글리세르알데히드-3-포스페이트 디히드로게나제 유전자를 포함하는 대장균 CJ40226은 상기 유전자를 포함하고 있지 않은 균주에 비하여 L-라이신의 생산력이 현저하게 증가되었다. 본 발명자들은 대장균 CJ40226을 부다페스트조약 하의 국제기탁기관인 한국미생물보존센터에 2004년 11월 30일에 기탁하였다 (수탁번호 KCCM-10628).