JPWO2021154893A5

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Publication number: JPWO2021154893A5
Application number: JP2022546652A
Authority: JP
Publication date: 2024-02-08

Description

本開示の好ましい実施形態を本明細書で示し、説明したが、このような実施形態を単なる例として提供することは当業者には明らかであろう。本開示から逸脱することなく、非常に多くの変形形態、変更形態および置換形態が、今や当業者の心に浮かぶことであろう。本明細書に記載する本開示の実施形態の様々な代替形態を、本開示の実施の際に利用す
ることができることは、理解されるはずである。下記の請求項により本開示の範囲が定義されること、およびこれらの請求項の範囲内の方法および構造ならびにそれらの均等物がこれらの請求項に包含されることを意図している。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
対象からの生物流体試料とともにインキュベートされた生理化学的に明確に異なる粒子に対応する生体分子コロナからのタンパク質情報を含むデータセットを得ること；および分類指標を使用して、前記データセットに基づいて、前記対象における健常状態、がん状態、またはその併存疾患を示す前記生物流体試料を同定すること
を含む方法。
（項目２）
前記がんが、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）であり、前記併存疾患が、肺の併存疾患である、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記肺の併存疾患が、非小細胞肺がん以外の慢性肺疾患である、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記肺の併存疾患が、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、肺気腫、心血管疾患、高血圧、肺線維症、喘息、慢性肺疾患、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される、項目２に記載の方法。
（項目５）
前記がん状態が、約８０％またはそれより高い感度または特異度で同定される、項目１から４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６）
前記タンパク質情報が、アンジオポエチン関連タンパク質６（ＡＮＧＬ６）、セリンプロテアーゼＨＴＲＡ１（ＨＴＲＡ１）、ペルオキシダシンホモログ（ＰＸＤＮ）、Ｃ－Ｃモチーフケモカイン１８（ＣＣＬ１８）、炭疽毒素受容体２（ＡＮＴＲ２）、チューブリンアルファ－１Ａ鎖（ＴＢＡ１Ａ）、シンデカン－１（ＳＤＣ１）、血清アミロイドＡ－２タンパク質（ＳＡＡ２）、バーシカンコアタンパク質（ＣＳＰＧ２）、炭疽毒素受容体１（ＡＮＴＲ１）、パルミトレオイル－タンパク質カルボキシルエステラーゼＮＯＴＵＭ（ＮＯＴＵＭ）、軟骨中間層タンパク質１（ＣＩＬＰ１）、カルパイン－２触媒サブユニット（ＣＡＮ２）、６０Ｓ酸性リボソームタンパク質Ｐ２（ＲＬＡ２）、ベータ－ガラクトシドアルファ－２，６－シアリルトランスフェラーゼ１（ＳＩＡＴ１）、および血小板糖タンパク質Ｉｂベータ鎖（ＧＰ１ＢＢ）からなる群から選択されるタンパク質についての発現情報を含む、項目１から５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
前記タンパク質情報が、ＡＮＧＬ６、ＨＴＲＡ１、ＰＸＤＮ、ＡＮＴＲ２、ＣＳＰＧ２、ＡＮＴＲ１、ＮＯＴＵＭ、ＣＩＬＰ１、ＣＡＮ２、およびＧＰ１ＢＢからなる群から選択されるタンパク質についての発現情報を含む、項目１から６のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
前記タンパク質情報が、分泌タンパク質についての発現情報を含む、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９）
データセットを得ることが、前記生物流体試料を前記生理化学的に明確に異なる粒子と接触させて前記生体分子コロナを形成することを含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０）
前記生理化学的に明確に異なる粒子が、脂質粒子、金属粒子、シリカ粒子、またはポリマー粒子を含む、項目１から９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
前記生理化学的に明確に異なる粒子が、カルボキシレート粒子、ポリアクリル酸粒子、デキストラン粒子、ポリスチレン粒子、ジメチルアミン粒子、アミノ粒子、シリカ粒子、またはＮ－（３－トリメトキシシリルプロピル）ジエチレントリアミン粒子を含む、項目１から１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
データセットを得ることが、前記生体分子コロナのタンパク質を、質量分析、クロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー、固相クロマトグラフィー、ラテラルフローアッセイ、イムノアッセイ、酵素結合免疫吸着検定法、ウェスタンブロット、ドットブロット、もしくは免疫染色、またはこれらの組合せにより検出することを含む、項目１から１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
データセットを得ることが、質量分析により前記生体分子コロナの前記タンパク質を検出することを含む、項目１から１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
データセットを得ることが、前記生体分子コロナのタンパク質の存在、非存在または量を示す読み出しを測定することを含む、項目１から１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５）
前記分類指標が、急性期応答に関連する生体分子を除去すること、またはフィルターにかけて除外することにより生成される、項目１から１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６）
前記ＮＳＣＬＣが、早期ＮＳＣＬＣ（ステージ１、ステージ２、またはステージ３）を含む、項目２から１５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７）
前記ＮＳＣＬＣが、後期ＮＳＣＬＣ（ステージ４）を含む、項目２から１５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８）
前記対象に前記疾患状態に基づいてＮＳＣＬＣ処置を施すことをさらに含む、項目１から１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９）
前記分類指標が、枯渇血漿試料からのプロテオームデータを使用して生成された第２の分類指標と比べて増大したタンパク質検出一貫性を有する、項目１から１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
前記生物流体が、赤血球を除去してある血液試料を含む、項目１から１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
前記生物流体が、血漿を含む、項目１から２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２）
がんのステータスを評価する方法であって、
前記がんを有する疑いがある対象からの生物流体試料中のバイオマーカーを、バイオマーカー測定値を得るために測定することを含み、前記バイオマーカーが、アンジオポエチン関連タンパク質６（ＡＮＧＬ６）、セリンプロテアーゼＨＴＲＡ１（ＨＴＲＡ１）、ペルオキシダシンホモログ（ＰＸＤＮ）、炭疽毒素受容体２（ＡＮＴＲ２）、バーシカンコアタンパク質（ＣＳＰＧ２）、炭疽毒素受容体１（ＡＮＴＲ１）、パルミトレオイル－タンパク質カルボキシルエステラーゼＮＯＴＵＭ（ＮＯＴＵＭ）、軟骨中間層タンパク質１（ＣＩＬＰ１）、カルパイン－２触媒サブユニット（ＣＡＮ２）、血小板糖タンパク質Ｉｂベータ鎖（ＧＰ１ＢＢ）からなる群から選択される１つまたは複数のバイオマーカーを含む、方法。
（項目２３）
前記１つまたは複数のバイオマーカーを測定することが、タンパク質に結合して検出可能なシグナルを生じさせる検出試薬を使用することを含む、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記１つまたは複数のバイオマーカーを測定することが、前記１つまたは複数のバイオマーカーの存在、非存在または量を示す読み出しを測定することを含む、項目２２または２３に記載の方法。
（項目２５）
前記バイオマーカーを測定することが、質量分析、クロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー、固相クロマトグラフィー、ラテラルフローアッセイ、イムノアッセイ、酵素結合免疫吸着検定法、ウェスタンブロット、ドットブロット、もしくは免疫染色、またはこれらの組合せを行うことを含む、項目２２から２４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２６）
前記バイオマーカーを測定することが、質量分析を行うことを含む、項目２２から２５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７）
前記バイオマーカーを測定することが、イムノアッセイを行うことを含む、項目２２から２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８）
前記バイオマーカーを測定することが、前記生物流体試料を複数の生理化学的に明確に異なるナノ粒子と接触させることを含む、項目２２から２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９）
前記がんが肺がんを含む、項目２２から２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３０）
分類指標を前記バイオマーカー測定値に適用することをさらに含む、項目２２から２９のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１）
前記分類指標が、前記がんと、慢性肺障害、慢性閉塞性肺疾患、肺気腫、心血管疾患、高血圧、肺線維症、または喘息を区別する、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
前記がんが、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）を含む、項目２２から３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目３３）
前記ＮＳＣＬＣが、早期ＮＳＣＬＣ（ステージ１、ステージ２、またはステージ３）を含む、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
分類指標を前記バイオマーカー測定値に適用することをさらに含み、前記分類指標が、早期ＮＳＣＬＣと後期ＮＳＣＬＣとを区別するための特徴を含む、項目３２に記載の方法。
（項目３５）
前記特徴が、ＳＤＣ１、ＯＣ０８５、ＫＶ４０１、ＭＹＬ６、ＪＩＰ２、ＨＶ４５９、ＨＶ４６１、ＨＶ１６９、ＨＮＲＰＣ、ＲＯＡ１、ＳＴＯＮ２、ＬＶ３０１、ＫＶＤ２０、ＳＡＥ１、ＰＤＥ５Ａ、ＲＴＮ３、ＨＶ３７３、ＬＶ３２５、Ｈ２Ｂ１Ｃ、Ｈ２Ｂ１Ｄ、Ｈ２Ｂ１Ｈ、Ｈ２Ｂ１Ｋ、Ｈ２Ｂ１Ｌ、Ｈ２Ｂ１Ｍ、Ｈ２Ｂ１Ｎ、Ｈ２Ｂ２Ｆ、Ｈ２ＢＦＳ、およびＮＭＴ１からなる群から選択される、より多くのバイオマーカーのうちの１つを含む、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
分類指標を前記バイオマーカー測定値に適用することをさらに含み、前記分類指標が、ＮＳＣＬＣが存在するのか非存在であるのかを区別するための特徴を含む、項目３２に記載の方法。
（項目３７）
前記特徴が、ＳＤＣ１、ＡＮＧＬ６、ＰＸＤＮ、ＡＮＴＲ１、ＯＣ０８５、ＳＡＡ２、ＨＴＲＡ１、ＫＰＣＢ、ＫＶ４０１、ＯＣＬ１８、ＭＹＬ６、ＡＮＴＲ２、ＧＴＰＢ２、ＨＤＧＦ、ＴＢＡ１Ａ、ＣＳＲＰ１、ＴＣＯ２、ＣＳＰＧ２、ＰＴＰＲＺ、ＩＬＦ２、ＳＩＡＴ１、ＩＴＡ２Ｂ、ＤＯＫ２、Ｈ３１、Ｈ３１Ｔ、Ｈ３２、Ｈ３３、Ｈ３Ｃ、ＲＡＣ２、ＡＲＲＢ１、ＤＨＢ４、ＨＶ１０２、ＲＨＧ１８、ＧＤＦ１５、ＰＣＳＫ６、ＦＨＯＤ１、またはＩＴＬＮ２からなる群から選択される、より多くのバイオマーカーのうちの１つを含む、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
前記対象を前記バイオマーカー測定値に基づいて前記がんを有すると同定することをさらに含む、項目２２から３７のいずれか一項に記載の方法。
（項目３９）
がん処置を前記対象に投与することをさらに含む、項目２２から３８のいずれか一項に記載の方法。
（項目４０）
前記生物流体が、赤血球を除去してある血液試料を含むか、または血漿を含む、項目２２から３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目４１）
前記対象が、ヒトである、項目２２から４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目４２）
（ａ）対象からの生物学的試料を、生体分子を同定するためにアッセイすること；
（ｂ）訓練された分類指標を使用して、前記試料または前記対象が、（ａ）で同定された前記生体分子に基づいて非小細胞肺がんについて陽性または陰性であることを同定することであって、前記訓練された分類指標が、既知の健常試料および既知の非小細胞肺がん試料を含む訓練試料からのデータを使用して訓練され、前記訓練試料が、前記データを得るために物理化学的に明確に異なる特性を有する複数の粒子を使用してアッセイされた、こと
を含む、方法。
（項目４３）
前記生体分子が、タンパク質を含む、項目４２に記載の方法。
（項目４４）
前記生体分子が、タンパク質である、項目４２に記載の方法。
（項目４５）
前記データが、前記訓練試料におけるタンパク質の存在または非存在を識別するプロテオームデータを含む、項目４２から４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目４６）
前記訓練された分類指標が、急性期応答の偏りまたはストレスタンパク質の偏りを除去するように構成される、項目４２から４５のいずれか一項に記載の方法。
（項目４７）
前記訓練された分類指標が、タンパク質に関連する特徴を含み、前記特徴が、前記生物学的試料における急性期応答および／またはストレスタンパク質の偏りを除外するように選択される、項目４２から４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目４８）
前記分類指標の前記特徴が、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、ハプトグロビン、およびＳ１０ａ８／９からなる群から選択されるタンパク質を除外する、項目４７に記載の方法。
（項目４９）
前記分類指標の前記特徴が、ＣＲＰ、ハプトグロビン、およびＳ１０ａ８／９を除外する、項目４７に記載の方法。
（項目５０）
前記分類指標の前記特徴が、表３に収載されているタンパク質を除外する、項目４７に記載の方法。
（項目５１）
前記分類指標の前記特徴が、分泌タンパク質を含む、項目４７から５０のいずれか一項に記載の方法。
（項目５２）
前記分類指標の前記特徴が、表５に収載されている複数のタンパク質を含む、項目４７から５１のいずれか一項に記載の方法。
（項目５３）
前記分類指標の前記特徴が、表５に収載されている、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
前記特徴が、チューブリンアルファ－１Ａ鎖（ＴＢＡ１Ａ）およびシンデカン－１（ＳＤＣ１）を含む、項目４７から５３に記載の方法。
（項目５５）
対象から生物学的試料を取ることをさらに含む、項目４２から５４のいずれか一項に記載の方法。
（項目５６）
前記生物学的試料が、複雑な生物学的試料である、項目５５に記載の方法。
（項目５７）
前記複雑な生物学的試料が、血漿試料または血清試料である、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
物理化学的に明確に異なる特性を有する前記複数の粒子が、表２または表４に収載されている２つまたはそれより多くの粒子を含む、項目４２から５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目５９）
物理化学的に明確に異なる特性を有する前記複数の粒子が、表２に収載されている、項目４２から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目６０）
前記訓練された分類指標が、前記既知の健常試料および前記既知の非小細胞肺がん試料と同じ対象からの枯渇血漿試料からのプロテオームデータを使用して訓練される分類指標と比べて、ＡＵＣに基づいて、向上した性能を有する、項目４２から５９のいずれか一項に記載の方法。
（項目６１）
前記試料または前記対象が前記非小細胞肺がんについて陽性または陰性であることを示すレポートを出力することをさらに含む、項目４２から６０のいずれか一項に記載の方法。
（項目６２）
前記アッセイすることが、質量分析またはＥＬＩＳＡを行うことを含み、前記生体分子がタンパク質を含む、項目４２から６１のいずれか一項に記載の方法。
（項目６３）
前記アッセイすることが、標的質量分析を行うことを含む、項目４２から６２のいずれか一項に記載の方法。
（項目６４）
前記訓練された分類指標が、訓練されたアルゴリズムである、項目４２から６３のいずれか一項に記載の方法。
（項目６５）
前記既知の非小細胞肺がん試料が、早期（ステージ１～３）非小細胞肺がん試料を含む、項目４２から６４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６６）
前記訓練された分類指標が、前記試料または前記対象が前記非小細胞肺がんについて陽性であること、および前記非小細胞肺がんのステージを識別する、項目４２から６０のいずれか一項に記載の方法。
（項目６７）
前記試料または前記対象が非小細胞肺がんについて陽性または陰性であることを約８０％より高い感度で同定することをさらに含む、項目４２から６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目６８）
前記感度が、約８５％、約９０％、約９５％、または約９９％より高い、項目６７に記載の方法。
（項目６９）
前記試料または前記対象が非小細胞肺がんについて陽性または陰性であることを約８０％より高い特異度で同定することをさらに含む、項目４２から６８のいずれか一項に記載の方法。
（項目７０）
前記特異度が、約８５％、約９０％、約９５％、または約９９％より高い、項目６９に記載の方法。

Claims

本願明細書に記載の発明。