JPWO2005087784A1 - 電気化学的に活性な配列特異的二本鎖核酸分子検出用リガンド - Google Patents

電気化学的に活性な配列特異的二本鎖核酸分子検出用リガンド Download PDF

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Abstract

本発明の目的は、電気化学的検出における電気化学シグナル対ノイズ比(S/N)を低くすることが出来、その結果、検出感度(精度)を大きく向上させることができ、超微量の核酸分子の定量的測定を可能とする、二重鎖核酸分子の塩基配列に特異的に結合する化合物を提供することである。本発明は、一般式(I)で表されるフェロセン化合物:[化1](I)(一般式(I)中、Aは二価のフェロセン含有リンカー又はフェロセン−1,1’−イルであり、R2は水素原子又はアルキルを示し、n及びmは任意の自然数を示し、V及びXの結合部分はピロール・イミダゾール・ポリアミド(PIPA)である)、該フェロセン化合物から成る電気化学的に活性な配列特異的二本鎖核酸分子検出用リガンド、該リガンドを使用する配列特異的二本鎖核酸分子検出方法、及び、該リガンドを含む電気化学的検出装置又は器具に係る。

Description

本発明は、配列特異的な二本鎖核酸分子検出用リガンドとして使用することが出来る、電気化学的に活性なフェロセン化合物等に関する。
DNAマイクロアレイ(DNAチップ)はスライドグラスやシリコン基盤上にDNA配列断片(プローブ)を高密度に並べたものの総称であり、近年開発された遺伝子の発現解析に用いられる分析ツールである。調整したRNA又はDNA試料(ターゲット)をハイブリダイズし、ハイブリダイズ形式の強度を指標にして、各遺伝子の転写量を測定するものである。又、このようなDNAマイクロアレイは、1塩基多型(SNP)の検出にも使用されるようになってきている。
市販されているDNAチップの代表的なものとして、米国Affimetrix社が販売している「アフィメトリックス型」と、米国スタンフォード大学が開発した「スタンフォード型」が知られている。アフィメトリックス型のチップは半導体加工技術を用いて、シリコン基板上にDNAプローブを高密度で合成していくものであり、1チップの上に数千〜数万種類のプローブを固定することが出来る。スタンフォード型のチップは予め用意したDNA断片をスライドに滴下して作る。これらのチップにおいて検出はターゲットに結合させた蛍光色素を用いて画像解析により行うことが一般的である。
更に、近年、蛍光色素に代わって、プローブとターゲットとのハイブリダイゼーションの結果を電気化学的に測定する技術(electrochemical Array:ECAチップ)も開発されてきた(Drummond,T.G.;Hill,M.G.;Barton,J.K.Natl.Biotechnol.203,21,1192−1199)。このようなハイブリダイゼーションの電気化学的な検出は、二本鎖DNAの隣接した塩基対間に挿入する性質を有する「インターカレート剤」と呼ばれる化合物の中でも導電性を有する化合物を用いて行われる。このような導電性インターカレート剤としては、例えば、アントラキノン、ナフトキノン、ポリフィリン、フェロセン等の多くの化合物が既に知られており、フェロセン誘導体を用いた遺伝子検出の例が報告されている(Fan,C.;Plaxco,K.W.;Heeger,A.J.Proc.Natl.Acad.Sci.USA,2003,100,9134−9137)。更に、フェエロセン化ナフタレンジイミド誘導体等をインターカレート剤として使用したDNAチップ及びそれを用いる各種方法が提案されている(特開2003−300公報、及び、特開2003−83968号公報)。
一方で、通常6量体又は8量体であるヘアピン型のピロール・イミダゾール・ポリアミド(PIPA)は、DNA配列を部位特異的に認識することができる合成有機分子のプロトタイプとして知られており、遺伝子調節としてのPIPA化合物の可能性も提案された(Mrksich,M.;Parks,M.E.;Derevan,P.B.J.Am.Chem.Soc.1994,116,7983−7988)。更に、元のPIPAにおける構造修飾によってその機能と特性を変更する試みが多く報告された。例えば、いくつかの研究グループは、蛍光色素(Rucker,V.C.;Foister,S.;Melander,C.;Dervan,P.B.J.Am.Chem.Soc.2003,125,1195−1202)、又はアルキル化剤(Wang,Y−D.;Dziegielewski,J.;Wurtz,N.R.;Dzielewska,B.;Dervan,P.B.;Beerman,T.A.Nucleic Acids Res.2003,31,1208−1215他)により元のPIPAの構造を修飾して、それを遺伝子検出ツールおよび潜在的な抗癌剤として応用することを提案した。
そのような機能的な修飾とは別に、いくつかの研究グループは、DNA二重鎖に対するピロールとイミダゾールの親和性と配列特異性を改善するために、それらの構造を修飾して他の複素環指揮化合物へと変化させることを報告している。その中のあるものは、配列特異性の改善に成功したことが報告されている(Foister,S.;Marques,M.A.;Doss,R.M.;Dervan,P.B.Bioorganic Med.Chem.Lett.2003,11,4333−4340他)。
特開2003−300公報 特開2003−83968号公報 Fan,C.;Plaxco,K.W.;Heeger,A.J.Proc.Natl.Acad.Sci.USA,2003,100,9134−9137 Mrksich,M.;Parks,M.E.;Derevan,P.B.J.Am.Chem.Soc.1994,116,7983−7988 Rucker,V.C.;Foister,S.;Melander,C.;Dervan,P.B.J.Am.Chem.Soc.2003,125,1195−1202 Wang,Y−D.;Dziegielewski,J.;Wurtz,N.R.;Dzielewska,B.;Dervan,P.B.;Beerman,T.A.Nucleic Acids Res.2003,31,1208−1215 Foister,S.;Marques,M.A.;Doss,R.M.;Dervan,P.B.Bioorganic Med.Chem.Lett.2003,11,4333−4340
これまでの電気化学的DNAチップに使用されてきたインターカレート剤は、二本鎖DNAのみならず一本鎖DNA鎖にも結合して二本鎖DNA以外に基づく電気的シグナルを発生させたり、又は、遊離のインターカレート剤が発生するノイズ電流が検出ノイズとなり、その結果、検出感度、即ち、電気化学シグナル対ノイズ比(S/N)が高い、という問題点があった。
更に、正統のヌクレオチドがG−T、A−G、及びG−Gのような相当に安定したミスマッチ塩基対を形成することはよく知られており、その結果、従来のインターカレート剤を使用する電気化学的検出方法では擬陽性シグナルが生じる可能性もある。
そこで本発明者は、ピロール・イミダゾール・ポリアミド構造におけるリンカー領域を修飾することによって、二本鎖(二重鎖)核酸分子の塩基配列を特異的に認識することができる化合物を開発すべ研究の結果、ピロール・イミダゾール・ポリアミド構造におけるリンカー領域にフェロセン部分を有する化合物を合成することに成功し、上記問題点を解決することが出来た。
即ち、本発明は第一の態様として、一般式(I)で表されるフェロセン化合物:
Figure 2005087784
(一般式(I)中、Aは二価のフェロセン含有リンカー又はフェロセン−1,1’−イルであり、Rは水素原子又はアルキルを示し、n及びmは任意の自然数を示し、V及びXは以下の一般式(II)又は(II−1)であり:
Figure 2005087784
Figure 2005087784
Wは一般式(III)であり:
Figure 2005087784
(一般式(II)及び一般式(III)中、Uは窒素原子、メチン、又はヒドロキシメチンを示す);及び
Zは一般式(IV)又は(V)であり:
Figure 2005087784
Figure 2005087784
且つ、一般式(I)においてV1のフェロセン含有リンカー又はフェロセン−1,1’−イル側の結合は(−CO−NR−)であり、それ以外の各Vn及びXmの両端は(−CO−NH−)結合を形成する)に係る。
上記一般式(I)で示される本発明化合物は、二価のフェロセン含有リンカー及びそれに結合する2つのピロールイミダゾールポリアミド(PIPA)領域から構成されるものである。
従って、フェロセン含有リンカーはフェロセン基を含み、上記の機能を発揮できるような化合物(原子団)である限り、どのような構造を有するものでも良い。
n及びmは、好ましくは3〜20、より好ましくは3〜10の範囲の自然数であり、更に、本発明化合物のフェロセン含有リンカーの両端に連なる原子団におけるイミダゾール誘導体及びピロール誘導体の合計数が最終的に等しくなるように、nはmより一つ少ない数であることが好ましい。
二価のフェロセン含有リンカー(A)の好適例として、以下の一般式(VI)、一般式(VII)又は式(X):
Figure 2005087784
Figure 2005087784
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(式中、R及びRは水素原子又はアルキルを示し、j及びkは同一又は異なる0から5までの整数を示す)を挙げることが出来る。R、R及びRは、例えば、メチル基のような一個ないし数個の炭素原子を有するアルキル基であることが好ましい。
上記化合物の一具体例として、下記構造式(VIII又は1a)、(IX)、(1b)、(1c)、(2)及び(3)で表される化合物がある。
Figure 2005087784
Figure 2005087784
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Figure 2005087784
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本発明化合物は、例えば、以下の実施例に示される工程で合成することが出来る。尚、本明細書に具体的に記載していない各種反応条件等は当業者が容易に選択し採用することが出来る。
従って、本発明は第二の態様として、フェロセンジカルボン酸メチル、アミノフェロセンカルボン酸メチル、又はフェロセンカルボン酸を出発物質とし、縮合反応を含む工程から成る、本発明化合物の製造方法に係る。その一具体例は、本明細書中の以下の化16〜化21の反応スキームに示され、実施例で具体的に記載された各工程から成る製造方法を挙げることが出来る。
本発明は第三の態様として、本発明のフェロセン化合物から成る二本鎖核酸分子の配列特異的検出用リガンドに係る。
更に、本発明は第四の態様として、上記リガンドのような二本鎖核酸分子の配列特異的に結合することができる化合物を使用することを特徴とする二本鎖核酸分子の電気化学的検出方法、及び、電気化学的検出装置又は器具に係る。
二重鎖核酸分子の塩基配列に特異的に結合する化合物、特に本発明の一般式(I)で示されるフェロセン化合物を利用することによって、電気化学的検出における電気化学シグナル対ノイズ比(S/N)を低くすることが出来、その結果、検出感度(精度)を大きく向上させることができ、超微量の核酸分子の定量的測定を可能とする。
図1は、実施例2で得られた15量体DNAの滴定のCDプロフィールである。反応は、10mM KCl,10mM MgCl 5mM CaCl含有10mMカコジル酸ナトリウム(pH6.9)にて行われた。
図2は、実施例5で得られた11量体DNAの滴定のCDプロフィールである。a)1a(0−1.8当量)b)3(0−1.6当量)c)2(0−2.0当量)によるDNA二重鎖(5μM)の滴定を示す。
図3は、実施例6のサイクリックボルタンメトリー(CV)による試験で得られた本発明化合物の電気化学的特性を示した。試験は、本発明化合物(5mM)を使用して、0.2M NaClO含有N,N−ジメチルホルムアミド中で測定した。レファレンス電極:AgCl2;カウンター電極:Pt;作動電極:Pt.。
本発明において、核酸はDNA及びRNAを意味し、従って、二本鎖核酸分子としては、DNA−DNA及びDNA−RNA等が含まれる。例えば、試料(ターゲット)の核酸分子としては、mRNA及び逆転写反応によって調製されたcDNA又はその断片等を用いることが出来る。一方、プローブとして使用する核酸分子としては、cDNA又はその断片、合成オリゴヌクレオチド等を使用することが出来る。これらは、電気化学的検出方法又は装置の種類等に応じて変るものであり、当業者には周知の技術的事項である。
本発明の、電気化学的検出方法において、ハイブリダーゼーションの結果形成される検出対象である二本鎖核酸分子におけるG/C塩基対及びA/T(U)対に対して、一般式(I)中の対応する位置にあるV及びXの対が、夫々、イミダゾール誘導体/ピロール誘導体及びピロール誘導体/誘導体で構成されるように本発明化合物の構造を設計することによって、高い配列特異性を達成することが出来る。
本発明の電気化学的検出方法の測定原理は核酸分子同士のハイブリダーゼーションであり、当業者に公知の任意の手段及び操作で実施することが出来る。例えば、固相におけるハイブリダイゼーションを使用する方法として、DNAマイクロアレイ(DNAチップ)を用いる方法を挙げることが出来る。このような電気化学的検出方法が行われる装置又は器具(例えば、電気化学チップ又はECAチップ)自体は当業者に公知であり、本発明においてもそのような装置又は器具を利用することが出来る。又、このような装置又は器具は当業者に周知の方法で容易に作成することが出来る。
又、検出される電気信号としては、電流、電気導電度、電位、電気容量、インダクタンス、インピーダンス等の電気的な信号が挙げられ、サイクリックボルタンメトリー(CV)、ディファレンシャルパルスボルタンメトリー(DPV)、リニアスィープボルタモグラフィーおよびポテンショスタット等の装置により測定される。
本発明の二本鎖核酸分子の配列特異的検出用リガンドを用いる配列特異的な二本鎖核酸分子の電気化学的検出方法は、一塩基多型(SNP)等の多型解析、塩基配列の決定、遺伝子変異解析、遺伝子発現モニタリング等の核酸分子のハイブリダイゼーションに基づく各種測定に利用することが出来る。
以下、実施例に則して、本発明の一具体例を説明する。尚、当業者であれば、当該技術分野における技術常識及び本明細書の記載に基づき、本発明の技術的特徴を有するその他の各種態様を容易に想到することが可能であり、それらの各種態様も本発明の技術的範囲に属する。
実施例1:構造式(VIII)の化合物に合成
本化合物は以下に示す反応スキームで合成された。
Figure 2005087784
Figure 2005087784
尚、この化合物の構造は、出発原料の入手可能性、及び生成物と中間体の化学安定性の両方を考慮して設計された。PIPA領域の配列は、C型ウィルス肝炎によって感染した患者のインターフェロン耐性を決定した要因であり得るヒトゲノム中の一塩基変異をターゲットとするCGC/GCG配列に結合することを目指して設計された。
フェロセンジカルボン酸メチル(2)は2−クロロ−1−メチルピリジニウムのヨウ化物(CMPI)(Bald,E.;Saigo,K.;Mukaiyama,T.Chem.Lett.1975,1163−1166)を用いて、N−t−ブトキシカルボニル−1,3−プロパンジアミンと縮合し、87%の収率を得た。得られた化合物(3)はアルカリ性水溶液で処理してカルボン酸(4)に変換した。これを、3−アミノプロピオン酸エチルと縮合してフェロセン結合ユニット(5)を得た(収率:62%)。
次に、ピロール・イミダゾール部分を導入するために、上記化合物(5)のエチルエステルをアルカリ性水溶液で処理して除去し、化合物(6)を得た(収率:93%)。化合物(6)の遊離カルボキシル基を、クロロ−1−メチルピリジニウムヨウ化物を用いる3−ニトロピロール誘導体(9)の水素化によってその場で調製した3−アミノピロール誘導体(10)と結合し、化合物(7)を得た(収率:62%)。この化合物(7)を更にCHCl中の10%TFA処理で加水分解してアミン(8)を得た(収率:71%)。
ついで、化合物8(187.6mg,0.477mmol)を塩化メチレン(4.77ml)に溶解させ、ジイソプロピルエチルアミン(0.162ml,0.947mmol)と0−(ベンゾトリアゾール−イル)−N,N,N’,N’−テトラメチルウロニウム ヘキサフルオロフォスフェート(361.8mg,0.954mmol)を縮合剤として加え(Dourtoglou,V.;Ziegler,J.−C.;Gross,B.Tetrahedron Letters 1978,15,1269−1272他)、室温で30分間撹拌した。つづいて、別途合成した(Baird,E.E.,Dervam,P.B.J.Am.Chem.Soc.,1996,118,6414−6416)カルボン酸(11)を塩化メチレン(4.8ml)に溶解させたもの(400mg,0.477mmol)を加え、さらに1時間撹拌させた。水で洗浄し、有機層を回収後、無水硫酸ナトリウムで乾燥し溶媒を減圧下留去した。残渣をシリカゲルクロマトグラフィーを用いて精製し得た(349mg,61%)。この化合物の構造は、H−NMR及び13C−NMRで確認した。
H−NMR(DMSO−d6)δ1.59−1.65(2H,m),2.15(6H,s),2.26−2.28(2H,t,J=7.1Hz),2.56−2.59(2H,t,J=7.0Hz),3.18−3.22(2H,m,),3.37−3.50(6H,m),3.81(3H,s),3.83(3H,s),3.85(3H,s),3.94(3H,s),3.97(3H,s),3.99(3H,s),4.27−4.30(4H,m),4.73(4H,s),6.88(1H,d,J=1.7Hz),6.94(1H,d,J=1.5Hz),7.02(1H,s),7.16(1H,d,J=1.7Hz),7.19(1H,d,J=1.5Hz),7.26(1H,d,J=1.7Hz),7.35−7.36(2H,m),7.46(1H,s),7.49(1H,s),7.86−7,87(1H,t,J=5.6Hz),7.91−7.93(1H,t,J=5.5Hz),7.98−7.80(1H,t,J=5.5Hz),8.05−8.08(1H,t,J=5.7Hz),9.77(1H,s),9.88(1H,s),10.03(1H,s),10.06(1H,s),10.19(1H,s)
13C−NMR(DMSO−d6)δ27.2,35.1,35.1,35.3,36.0,36.1,36.2,36.4,36.5,37.4,38.8,39.0,45.3,57.3,69.8,71.7,71.8,77.9,78.0,79.3,104.1,104.8,106.1,114.6,114.9,118.0,119.4,119.6,121.4,1221.7,122.2,122.3,122.4,123.5,126.6,127.2,134.1,134.4,136.2,138.9,155.9,156.3,158.9,158.9,159.2,161.2,168.2,168.6,169.0MS m/z calcd for C55H66FeN1909+ : 1192.46403,found 1192.37089.
同様に、構造式(IX)の化合物を以下に示す反応スキームで合成した。得られた化合物の構造は、H−NMR及び13C−NMRで確認した。
Figure 2005087784
H−NMR(DMSO−d6)δ1.57−1.63(2H,m),2.13(6H,s),2.22−2.25(2H,t,J=6.9Hz),3.16−3.20(2H,dd,J=6.9Hz),3.76(3H,s),3.79(3H,s),3.82(3H,s),3.85(3H,s),3.96(3H,s),3.99(3H,s)4.04(3H,t,J=1.8Hz),4.35(3H,t,J=1.8Hz),4.85(3H,t,J=2.0Hz),4.95(3H,t,J=1.8Hz),6.88(1H,d,J=1.7Hz),6.97(1H,d,J=1.7Hz),7.03(1H,d,J=1.0Hz),7.07(1H,d,J=1.7Hz),7.19−7.20(2H,m),7.37(1H,s),7.38(1H,s),7.49(1H,s),7.52(1H,s),8.07−8.10(1H,t,J=5.6Hz),9.13(1H,s),9.51(1H,s),9.90(1H,s),10.16(1H,s),10.25(1H,s),10.35(1H,s)
13C−NMR(DMSO−d6)δ27.3,33.6,35.1,35.3,36.2,36.4,36.5,37.4,45.4,57.4,61.9,65.7,69.3,71.1,78.3,79.4,96.1,104.1,105.4,106.1,114.9,115.0,118.0,119.7,119.8,121.3,121.7,121.8,122.3,122.4,123.5,126.6,127.2,133.9,134.3,136.2,136.3,138.9,155.9,156.3,156.9,158.9,158.9,161.2,165.7
MS m/z calcd for C49H56FeN1707+ : 1050.38980,found 1050.40297.
実施例2:構造式(VIII)の化合物のリガンドとしての特性
上記化合物の二重ヘリカルDNAに対するリガンドとして有用性を確認する目的で、ターゲットDNA(TTTCTGCGGCCGGAG/CTCCGGCCGCAGAAA:Tm=67.1℃)への結合をCDスペクトルによって検査した。その結果を図1に示した。図1は、本化合物の0,0.2,0.4,0.6,0.8,1.0,1.2及び1.4当量による上記DNAの滴定のCDプロフィールである。副溝結合との相互作用によって、300−360nmにおける楕円偏光が誘起される(Pilch,D.S.;Poklar,N.;Baird,E.E.;Dervan,P.B.;Breslauer,K.J.Biochemistry,2002,38,2143−2151)ことは良く知られている。従って、ターゲットDNAの5.0μM溶液を添加することによって、濃度依存性の正のコットン効果の増加が見られ、292nmに等吸収点があった。
以下の反応スキームに従い、更に本発明化合物を合成した。
Figure 2005087784
Figure 2005087784
Figure 2005087784
原料合成例1:
1−Methyl−4−(1−methylimidazole−2−carboxamido)pyrrole−2−carboxylic acid(7)
文献記載の方法により化合物4(Baird,E.E.;Dervan,P.B.J.Org.Chem.1996,118,6141−6146)と化合物5(Nishiwaki,E.;Tanaka,S.;Lee,H.;Shibuya,M.Heterocycles 1988,8,1945−1952.)より合成した化合物6(8.8g,33.6mmol)をエタノール(234mL)に溶解し、0.6M水酸化ナトリウム水溶液(168ml,110.7mmol)を加え、70℃で1時間撹拌した。室温に戻した後、3N塩酸を加えpH3.0とした際に生じる白色粉体を濾別し化合物9(8.19,97%)を得た。
HNMR(DMSO−d6)δ3.82(3H,s),3.97(3H,s),6.97(1H,d,J=2.0Hz),7.03(1H,s),7.38(1H,s),7.47(1H,d,J=2.0Hz),10.48(1H,s),12.19(1H,s);13CNMR(DMSO−d6)δ35.3,36.4,109.1,119.9,120.7,122.1,126.6,127.2,138.8,156.3,162.1.Anal.Calcd.for C1112:C,53.22;H,4.89;N,22.57.Found:C,52.45;H,4.72;N,22.34.
原料合成例2:
2−Ethoxycarbonyl−1−methyl−4−{4−(1−methylimidazole−2−carboxamido)−1−methypyrrole−2−carboxamido)imidazole (9)
化合物7をメタノール(94.4ml)に溶解させ、10% Pd/C(1.189)を加え、水素雰囲気下で4時間撹拌させた。セライト濾過により反応系から10% Pd/Cを除去し、溶媒を減圧下留去した。続いて、ジメチルホルムアミド(10ml)を加え、減圧留去した。再びジメチルホルムアミド(10ml)に溶解させ、文献(Baird,E.E.;Dervan,P.B.J.Org.Chem.1996,118,6141−6146)公知の化合物8(5.99,23.6mmol)、EDC(9.05g,47.2mmol)とジメチルアミノピリジン(288mg,2.36mmol)を加え、室温で12時間撹拌した。つづいて、クロロホルムと酢酸エチルにより再沈殿処理を行うことにより、化合物9を白色粉体で得た(5.99,63%)。
HNMR(DMSO−d)δ1.28−1.30(3H,t,J=7.1Hz),3.85(3H,s),3.93(3H,s),3.98(3H,s),4.25−4.29(2H,dd,J=7.1Hz),7.03(1H,d,J=0.7Hz),7.22(1H,d,J=2.0Hz),7.38(1H,s),7.38(1H,s),7.66(1H,s),10.35(1H,s),10.74(1H,s);13CNMR(DMSO−d)δ14.3,35.3,35.7,36.5,60.8,106.4,115.6,119.8,121.6,122.2,126.5,127.2,131.0,138.0,139.0,156.3,158.7,158.9:Anal.Calcd.for C1812・HO:C,53.22;H,4.89;N,22.57.Found:C,50.88;H,4.88;N,23.13.
原料合成例3:
Sodium
1−methyl−4−{4−(1−methylimidazole−2−carboxamido)−1−methypyrrole−2−carboxamido}imidazole−2−carboxylate(10)
化合物9(3.0g,7.5mmol)をメタノール(37.6ml)に溶解し、水酸化ナトリウム水溶液(37.6ml,7.89mmol)を加え、50℃で1時間撹拌した。室温に戻した後、1N塩酸を加えpH2.0とした。続いて、イソプロピルアルコールを加え、生じる白色粉体を濾別し化合物10を得た(2.859,94%)。
HNMR(DMSO−d)δ3.86(3H,s),3.92(3H,s),4.01(3H,s),7.23(1H,s),7.25(1H,s),7.40(1H,s),7.52(1H,s),7.61(1H,s),10.70(1H,s),10.71(1H,s);13CNMR(DMSO−d)δ25.6,35.7,36.5,106.2,115.3,119.9,121.3,122.4,125.1,126.6,131.9,137.3,138.1,154.7,158.8,160.1.MS m/z calcd for C1618 : 372.14203,found 394.11781[M+Na]
原料合成例4:
2−(3−Dimethylaminopropyl)aminocarbonyl−1−methyl−4−nitropyrrole(12)
3−ジメチルアミノプロピルアミン(12.6g,101mmol)をTHF(10ml)に溶かし、0℃下、文献(Nishiwaki,E.;Tanaka,S.;Lee,H.;Shibuya,M.Heterocycles 1988,8,1945−1952.)公知の化合物11(25g,92mmol)を滴下し加えた。反応液を室温まで上げ、1時間攪拌後、溶媒を留去した。残査からエタノールにより再結晶を行い化合物12(19.6g,84%)を得た。
HNMR(DMSO−d)δ1.6(t,J=7.1Hz),2.1(6H,s),2.2(2H,t;J=7.1Hz),3.2(2H,q,J=7.1Hz)3.9(3H,s),7.9(1H,s),8.1(1H,s),8.4(1H,t,J=5.5Hz).
原料合成例5:
1−Methyl−4−(1−methyl−4−nitroimidazole−2−carboxamido)−2−(3−dimethylaminopropylaminocarbonyl)pyrrole(14)
化合物12(2.8g,10.9mmol)をメタノール(44mL)に溶解させ、10% Pd/C(545mg)を加えた。水素雰囲気下、室温で4時間攪拌させた。パラジウム触媒をろ過し溶媒を留去した。この残渣をDMF(10ml)に溶解させ、メタノールを除去するために、体積が半分になるまで共沸した。DMF(10ml)に溶解させた文献公知の化合物13(3.0g,10.9mmol)を0℃下加え、その後室温まで上げた。溶媒を留去後、残った残渣を2−プロパノールで洗浄し、化合物14を得た。(3.68g,90%).:
HNMR(DMSO−d)δ1.6(2H,t,J=7.1Hz),2.1(6H,s),2.2(2H,t;J=7.1Hz),3.2(2H,m),3.8(3H,s),4.0(3H,s),7.0(1H,d,J=1.7Hz),7.3(1H,d,J=1.7Hz),8.1(1H,t,J=5.5Hz),8.6(1H,s),10.8(1H,s).
原料合成例6:
1−Methyl−4−{1−methyl−4−(1−methyl−4−nitropyrole−2−carboxamido)imidazole−2−carboxamido}−2−(3−dimethylaminopropylaminocarbonyl)pyrrole(15)
化合物14(3.6g,9.6mmol)をメタノール(38mL)に溶解させ、10% Pd/C(481mg)を加えた。水素雰囲気下、室温で4時間攪拌させた。パラジウム触媒をろ過し溶媒を留去した。この残渣をDMF(10ml)に溶解させ、メタノールを除去するために、体積が半分になるまで共沸した。DMF(10ml)に溶解させた化合物11(2.6g,9.6mmol)を0℃下加え、その後室温まで上げた。溶媒を留去後、残った残渣を2−プロパノールで洗浄し、化合物15を得た。(3.59,74%).:
HNMR(DMSO−d)δ1.74−1.77(2H,t,J=6.1Hz),2.27(6H,s),2.43−2.46(2H,t,J=6.1Hz),3.49−3.53(2H,m),3.86(3H,s),4.05(6H,s),6.57(1H,s),7.16(1H,s),7.27(1H,s),7.44(1H,s),7.61(1H,s),7.69(1H,s),7.90(1H,m),8.58(1H,s),9.25(1H,s).
原料合成例7:
2−Ethoxycarbonyl−1−methyl−4−{3−(tert−butoxycarbonylamino)propanamido}pyrrole(18)
文献(Baird,E.E.;Dervan,P.B.J.Org.Chem.1996,118,6141−6146.)公知の化合物17(546mg,2.7mmol)をメタノール(11mL)に溶解させ、10% Pd/C(137mg)を加えた。水素雰囲気下、室温で1.5時間攪拌させた。パラジウム触媒をろ過し溶媒を留去した。残渣を塩化メチレンに溶解させ、N−(tert−ブトキシカルボニル)−β−アラニン(518mg,2.7mmol),1−(3−ジメチルアミノプロピル)−3−エチルカルボキシジイミド塩酸塩(578mg,3.0mmol)と1−ヒドロキシベンゾトリアゾール(407mg,3.0mmol)を加え、2時間室温下、攪拌した。酢酸エチル(50ml)と水(50mL)で抽出し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、減圧下濃縮した。残渣をシリカゲルカラム(11g)で精製し化合物18を得た。(510mg,56%):
HNMR(DMSO)δ1.27−1.30(2H,t,J=7.2Hz),1.36(9H,s),2.40−2.43(2H,t,J=7.2z),.3.16−3.20(2H,m),3.90(3H,s),4.23−4.28(2H,q,J=7.1Hz),6.78(1H,m),7.51(1H,s),10.6(1H,s).
原料合成例8:
2−Ethoxycarbonyl−1−methyl−4−{3−(1−methyimidazole−2−carboxamido)propanamido}pyrrole(19)
化合物18(510mg,1.5mmol)に10%トリフルオロ酢酸/塩化メチレン(24mL,30mmol)を加え、室温下1時間攪拌した。溶液を水(15mL)で洗浄後、硫酸ナトリウムで乾燥させ、ろ過後濃縮した。この残渣をDMFに溶解させ、N,N’−ジイソプロピルアミン(128μl,0.75mmol)と化合物5(490mg,1.8mmol)を加え、室温下2時間攪拌した。クロロホルム(30ml)と水(20mL)で抽出し、硫酸ナトリウムで乾燥させ濃縮させた。残渣からクロロホルムとジイソプロピルエーテルにより、再沈殿を行い化合物19を得た。(475mg,91%)
HNMR(DMSO−d)δ1.26−1.28(3H,t,J=7.1Hz),2.53−2.56(2H,t,J=6.8Hz),3.45−3.49(2H,m),3.89(3H,s),3.92(3H,s),4.22−4.26(2H,m),6.94(1H,s),7.31(1H,s),7.53(1H,s),8.34(1H,m),10.7(1H,s).
原料合成例9
:2−pentafluorophenoxycarbonyl−1−methyl−4−{3−(1−methyimidazole−2−carboxamido)propanamido}pyrrole(20)
化合物19(65mg,0.19mmol)をエタノール(1.9mL)に溶解させ、0.4M水酸化ナトリウム水溶液(1.4mL,0.56mmol)を加え、50℃で1時間攪拌した。溶液を室温まで冷まし、1M塩酸を用いpH2に調製した。沈殿した粉体を2−プロパノールで洗浄し、溶媒を留去した。残渣をDMF(1.3mL)に溶解させ、ペンタフルオロフェニルトリフルオロメチルアセテート(68μL,0.39mmol)、ピリジン(32μL,0.39mmol)をアルゴン雰囲気下、室温で1時間攪拌した。溶液を0.1M塩酸(10ml×3)、5%炭酸水素ナトリウム水溶液(10ml)と飽和食塩水(10mL)で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させた。残渣を減圧下、濃縮し化合物20を得た。(88mg,96%):
HNMR(DMSO−d)δ2.58−2.61(2H,t,J=7.0Hz),3.49−3.53(2H,m),3.94(3H,s),3.98(3H,s),6.96(1H,d,J=1.0Hz),7.37(1H,d,J=0.6Hz),8.37−8.39(1H,t,J=6.0Hz),10.9(1H,s).
原料合成例10:フェロセン誘導体22a,22bの一般的合成方法
化合物21(1.0g,3.47mmol)を35mlの塩化メチレンに溶解させ、N−tert−ブトキシカルボニルエチレンジアミン(0.56g,3.47mmol)、n−トリブチルアミン(2.0mL,8.3mmol)2−クロロ−1−メチルピリジニウムヨージド(1.1g,4.16mmol)を加えた。水(20mL)と飽和食塩水で洗浄後、硫酸ナトリウムで乾燥させ減圧下濃縮を行った。残渣をカラムクロマトグラフィーで精製し化合物22aを得た。(1.3g、87%).
22a:
HNMR(DMSO−d)δ1.37(9H,s),3.09(2H,m),3.72(3H,s),4.38−4.80(8H,s),6.85(1H,t),7.84(1H,t).
22bの合成
22aと同様の手法で、N−tert−ブトキシカルボニルエチレンジアミンに代えてN−tert−ブトキシカルボニルプロピレンジアミンをを用いることで、22bを得た。
22b:
HNMR(DMSO−d)δ 1.38(9H,s),1.57−1.63(2H,m,J=6.8,7.1Hz),2.97−3.01(2H,q,J=6.3,6.6Hz),3.14−3.18(2H,q,J=6.3Hz),3.72(3H,s),4.37−4.44(4H,m),4.71−4.81(4H,m),6.81−6.83(1H,t,J=5.6Hz),7.77−7.80(1H,t,J=5.6Hz),
原料合成例11:フェロセン誘導体23a,23b及び23cの一般的合成方法
化合物22a(10.5g,20mmol)をメタノール(200ml)に溶解し、0.5M水酸化ナトリウム水溶液(200ml,40mmol)を加え、80℃で12時間撹拌した後、室温に戻した。つづいて、クエン酸を加えpH3.0とした後、水で洗浄し、有機層を回収後無水硫酸ナトリウムで乾燥し溶媒を減圧下留去した。この残渣を塩化メチレン(220ml)に溶解させ、β−アラニンエチルエステル塩酸塩(3.5g,22.8mmol)、トリエチルアミン(10.8ml,77.5mmol)と2−クロロ−1−メチルヨージド(6.7g,27.4mmol)をアルゴン雰囲気下に加えた。室温で2時間撹拌後、水で洗浄し、有機層を回収し無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、減圧下留去した。残渣をシリカゲルクロマトグラフィーを用いて精製し化合物23a得た(8.7g,85%)。
HNMR(CDCl)δ1.18−1.21(3H,t,J=7.1Hz)1.32(9H,s),2.59−2.61(2H,t,J=6.3Hz),3.32(2H,m),3.42−3.45(2H,dd,J=5.4Hz),3.57−3.60(2H,dd,J=6.3Hz),4.07−4.12(2H,dd,J=7.1Hz),4.27(3H,t,J=2.0Hz),4.29−4.30(3H,t,J=1.8Hz)4.46(4H,d,J=1.5Hz),5.89(1H,m),7.34−7.37(1H,t,J=1.8Hz),7.55−7.57(1H,t,J=1.8Hz);13CNMR(CDCl)δ14.0,28.2,33.9,35.3,40.2,40.5,60.4,70.4,70.5,70.9,71.0,77.6,78.0,78.9,156.5,170.4,170.5,172.2MS m/z calcd for C2334FeN :516.17970,found 516.23203.
化合物23bと23cは上記の一般的合成法に従い、22aと22bを適当なアミノ酸エステルと反応させることで得た。
23b:
H NMR(500MHz,DMSO)δ 1.16−1.19(3H,t,j=7.1Hz),1.38(9H,s),1.75−1.78(2H,m,j=7.1Hz),2.35−2.38(2H,m),3.09−3.11(2H,m,j=5.9,6.1Hz),3.18−3.23(2H,q,j=5.9,6.1,6.6Hz),4.03−4.08(2H,q,j=7.1Hz),4.29−4.31(4H,m),4.69−4.72(4H,m),6.90(1H,t),7.86−7.88(1H,t,j=5.6Hz),7.90−7.92(1H,t.j=5.6Hz)
23c:
H NMR(500MHz,DMSO)δ 1.18−1.21(3H,t,j=7.1Hz),1.38(9H,s),1.59−1.62(2H,m,j=7.1Hz),2.56−2.59(2H,t,j=6.8Hz),2.97−3.01(2H,q,j=6.6Hz),3.15−3.19(2H,q,j=6.6,6.8Hz),3.39−3.43(2H,q,j=6.6,7.1Hz),4.07−4.11(2H q,j=7.1Hz),4.28−4.30(4H,m,),4.69−4.70(4H,m),6.81−6.83(1H,t),7.82−7.85(1H,t,j=5.9Hz),7.96−7.98(1H,t,j=5.8Hz)
原料合成例12:フェロセン誘導体24a,24b及び24cの一般的合成方法
化合物23a(2.0g,3.88mmol)をメタノール(39ml)に溶解し、0.1M水酸化ナトリウム水溶液(41ml,4.07mmol)を加え、室温で12時間撹拌した。室温に戻した後、1N塩酸を加えpH3.0とした。水で洗浄し、有機層を回収後無水硫酸ナトリウムで乾燥し溶媒を減圧下留去した。残渣をシリカゲルクロマトグラフィーを用いて精製し24a得た(1.84g,97%)。
HNMR(DMSO−d)δ1.37(9H,s),2.49−2.53(2H,m),3.07−3.10(2H,dd,J=6.1Hz),3.19−3.22(2H,dd,J=6.1Hz),3.36−3.40(2H,dd,J=6.3Hz),4.28−4.29(4H,t,J=1.7Hz),4.69−4.71(4H,m),6.91−6.94(1H,t,J=5.6Hz),7.83−7.86(1H,t,J=5.7Hz),7.93−7.95(1H,t,J=5.4Hz),12.25(1H,s);13CNMR(DMSO−d)δ28.5,34.3,35.5,38.8,69.8,71.7,71.8,72.2,77.8,77.8,77.9,79.4,155.9,168.7,168.8,173.3.MS m/z calcd for C2230FeN :488.14840,found 488.22584.
化合物24bと24cは上記一般的合成に従い、化合物を23bと23cを原料に用いることで得た。
24b:
H NMR(500MHz,DMSO)δ 1.38(9H,s),1.72−1.77(2H,m,J=7.1,7.3Hz),2.28−2.31(2H,t,J=7.3Hz),3.08−3.11(2H,q,J=6.3Hz),3.18−3.24(4H,m,J=6.3Hz),4.29−4.30(4H,s),4.69−4.72(4H,m),6.91−6.93(1H,t,J=5.6Hz),7.87−7.92(2H,m,J=5.6,5.8Hz),12.1(1H,s).
24c:
H NMR(500MHz,DMSO)δ 1.38(9H,s),1.59−1.63(2H,m,J=6.8Hz),2.97−3.01(2H,m,J=6.6Hz),3.15−3.19(2H,q,J=6.6,6.8Hz),3.36−3.40(2H,m,J=6.8Hz)4.28−4.29(4H,t),4.70−4.72(4H,m),6.81−6.83(1H,t,J=5.6Hz),7.81−7.83(1H,t,J=5.9Hz),7.92−7.94(1H,t,J=5.4Hz),12.2(1H,s).
原料合成例13:フェロセン誘導体25a,25b及び25cの一般的合成方法
化合物15(1.64g,3.28mmol)をメタノール(13.1ml)に溶解させ、10% Pd/Cを(164mg)加え、水素雰囲気下で4時間撹拌させた。セライト濾過により反応系から10% Pd/Cを除去し、溶媒を減圧下留去した。続いて、塩化メチレン(32.8ml)に溶解させ化合物24a(1.60g,3.28mmol)、DCC(744mg,3.61mmol)とヒドロキシベンゾトリアゾール(488mg,3.61mmol)を加え、室温で1時間撹拌した。系内に析出した白色粉体を濾別し、水で洗浄し、有機層を回収後、無水硫酸ナトリウムで乾燥し溶媒を減圧下留去した。残渣をシリカゲルクロマトグラフィーを用いて精製し25aを得た(2.52g,82%)。
HNMR(DMSO−d)δ1.37(9H,s),1.70−1.73(2H,t,J=7.1Hz),2.42(6H,s),2.55−2.61(4H,m),3.09−3.47(16H,m),3.80(3H,s),3.83(3H,s),3.95(3H,s),4.28−4.29(4H,m),4.71−4.73(4H,m),6.92(1H,d,J=1.5Hz),6.94(1H,d,J=1.7Hz),7.21(1H,d,J=1.7Hz),7.29(1H,d,J=1.5Hz),7.51(1H,s),7.88−7.91(1H,t,J=5.5Hz),8.00−8.01(1H,t,J=5.5Hz),8.14−8.16(1H,t,J=5.4Hz),8.31(1H,s),9.95(1H,s),10.23(1H,s);13CNMR(DMSO−d)δ 26.1,28.4,35.0,36.0,36.0,36.2,36.4,36.6,43.9,56.2,69.8,71.7,77.8,77.9,79.3,104.3,104.8,114.9,118.1,119.3,121.4,122.0,122.3,123.3,134.3,136.2,155.9,158.8,161.4,168.1,168.7,168.8.MS m/z calcd for C4459FeN12 :939.39282,found 939.2523.
化合物25bと25cは上記一般的合成に従い、化合物を24bと24cを原料に用いることで得た。
25b:
H NMR(500MHz,DMSO)δ 1.38(9H,s),1.59−1.63(2H,m,j=7.1Hz),1.81−1.84(2H,m,j=7.3Hz),2.14(6H,s),2.23−2.26(2H,t,j=7.1Hz),2.31−2.34(2H,m,j=7.3Hz),3.09−3.12(2H,m,j=5.9Hz),3.17−3.25(6H,m),3.80(3H,s),3.84(3H,s),3.97(3H,s),4.32(4H,s),4.70−4.73(4H,m),6.89−6.93(3H,m,j=1.7,1.9Hz),7.22(1H,d,j=1.7Hz),7.28(1H,d,j=1.7Hz),7.53(1H,s),7.89−7.94(2H,m,j=5.6,5.9Hz),8.09−8.11(1H,t,j=5.6Hz)9.88(1H,s),9.95(1H,s),10.22(1H,s)
25c:
H NMR(500MHz,DMSO)δ 1.38(9H,s),1.58−1.64(4H,m,j=6.8,7,1Hz),2.14(6H,s),2.23−2.26(2H,t,j=7.1Hz),2.56−2.58(2H,t,j=7.1Hz),2.98−3.02(2H,m,j=6.3,6.6Hz),3.16−3.21(4H,m,j=6.3,6.6Hz),3.43−3.47(2H,m,j=6.6,6.8Hz),3.80(3H,s),3.84(3H,s),3.97(3H,s),4.28−4.29(4H,m),4.71−4.73(4H,m)6.81−6.83(1H,t,j=5.6Hz),6.89(1H,d,j=2.0Hz),6.93(1H,d,j=2.0Hz),7.22(1H,d,j=1.7Hz),7.30(1H,d,j=1.7Hz),7.52(1H,s)7.83−7.85(1H,t,j=5.9Hz),7.96−7.97(1H,t,j=5.6Hz),8.08−8.11(1H,t,j=5.6Hz),9.95(1H,s),9.97(1H,s),10.23(1H,s).
原料合成例14:フェロセン誘導体26a,26b及び26cの一般的合成方法
化合物25a(1.5g,1.6mmol)を10%トリフルオロ酢酸/塩化メチレン(25.3ml,32mmol)に溶解させ、室温で5時間撹拌させた。水で洗浄し、有機層を回収後、無水硫酸ナトリウムで乾燥し溶媒を減圧下留去した。残渣をシリカゲルクロマトグラフィーを用いて精製し26aを得た(1.04g,78%)。
HNMR(CDCl)δ1.66−1.71(2H,m),2.20(6H,s),2.35−2.38(2H,t,J=Hz),2.74(2H,s),2.97(2H,m),3.39−3.40(2H,m),3.47(2H,m),3.69(2H,s),3.84(3H,s),3.87(3H,s),3.97(3H,s),4.27(2H,s),4.31(2H,s),4.58−4.60(4H,d,J=),6.70(1H,s),6.90(1H,s),7.20(1H,s),7.23(1H,s),7.38(1H,s),7.45−7.46(1H,m),7.76(2H,m),7.83(1H,m),9.07(1H,br),9.21(1H,br),9.88(1H,s);MS m/z calcd forC3951FeN12 :839.34039,found 839.33831.
化合物26bと26cは上記一般的合成に従い、化合物を25bと25cを原料に用いることで得た。
26b:
H NMR(500MHz,DMSO)δ 1.58−1.64(2H,m,j=7.1Hz),1.80−1.85(2H,m),2.14(6H,s),2.23−2.27(2H,t,j=7.1Hz),2.31−2.36(2H,m,j=7.1Hz),2.69−2.72(2H,t,j=6.6Hz),3.17−3.23(6H,m),3.81(3H,s),3.84(3H,s),3.97(3H,s),4.29−4.33(4H,m),4.70−4.73(4H,m)6.88(1H,s),6.93(1H,s),7.22(1H,s),7.29(1H,m),7.53(1H,s),7.86−7.88(1H,t,j=5.6Hz),7.92−7.97(2H,m),8.10−8.12(1H,t,j=5.6Hz),9.90−9.91(1H,d),9.97(1H,s).
26c:
H NMR(500MHz,DMSO)δ 1.59−1.62(4H,m),2.14(6H,s),2.23−2.26(2H,t,j=7.1Hz),2.57−2.59(2H,t),3.19−3.20(2H,m),3.24−3.25(2H,m),3.45−3.47(2H,m),3.80(3H,s),3.84(3H,s),3.97(3H,s),4.29(4H,s),4.71(4H,d)6.89(1H,d,j=1.5Hz),6.94(1H,s),7.22(1H,s),7.30(1H,s),7.53(1H,s),7.93−7.95(1H,t,j=5.4Hz)7.99−8.10(2H,m,j=5.1Hz),9.99−10.02(1H,m,j=5.1Hz).
原料合成例15:Polyamide(28)
化合物15(806mg,1.61mmol)をメタノール(6.5ml)に溶解させ、10% Pd/C(80.5mg)を加え、水素雰囲気下で4時間撹拌させた。セライト濾過により反応系から10% Pd/Cを除去し、溶媒を減圧下留去した。続いて、塩化メチレン(16ml)に溶解させ2−N−Boc−4−N−Fmoc−2,4−ジアミノ酪酸(710mg,1.61mmol)、DCC(332.2mg,1.61mmol)とヒドロキシベンゾトリアゾール(217.5mg,1.61mmol)を加え、室温で1時間撹拌した。系内に析出した白色粉体を濾別し、つづいて5%ピペリジン/ジメチルホルムアミド(27.7ml,16.1mmol)を加え、室温で30分間撹拌した。水で洗浄し、有機層を回収後、無水硫酸ナトリウムで乾燥し溶媒を減圧下留去した。残渣をシリカゲルクロマトグラフィーを用いて精製し化合物28を得た(453mg,42%)。
HNMR(CDCl)δ 1.44(9H,s),1.71−1.76(2H,t,J=6.3Hz),1.91−1.98(2H,t,J=6.3Hz),2.26(6H,s),2.41−2.44(2H,t,J=6.3Hz),2.90−2.95(2H,m),3.44−3.47(2H,dd,J=5.7Hz),3.83(3H,s),3.91(3H,s),4.01(3H,s),4.52(1H,s),6.46(1H,s),6.63(1H,s),6.67(1H,s),7.15(1H,s),7.26(1H,s),7.37(1H,s),7.77(1H,s),8.24(1H,s),9.10(1H,s),9.64(1H,s).MS m/z calcd for C314811 :670.37890,found 670.33883.
原料合成例16:Polyamide(29)
事前に化合物10(303.6mg,0.772mmol)を塩化メチレン(7.0ml)に溶解させ、ジイソプロピルエチルアミン(0.239ml,1.404mmol)とO−(ベンゾトリアゾール−イル)−N,N,N‘,N’−テトラメチルウロニウム ヘキサフルオロフォスフェート(532.5mg,1.404mmol)を加え、室温で30分間撹拌した。つづいて、塩化メチレン(7.0ml)に溶解させた化合物19(470mg,0.702mmol)を加え、1時間撹拌させた。水で洗浄し、有機層を回収後、無水硫酸ナトリウムで乾燥し溶媒を減圧下留去した。残渣をクロロホルムとジエチルエーテルにより再沈殿処理を行うことで化合物29を得た(673mg,94%)。
HNMR(DMSO−d)δ1.34(9H,s),1.70−1.73(2H,t,)1.75−193(2H,m),2.41(6H,s),2.61(2H.m),3.19−3.22(2H,dd,J=1.7Hz),3.27−3.37(2H,m),3.80(3H,s),3.83(3H,s),3.85(3H,s),3.92(3H,s),3.96(3H,s),3.98(3H,s),4.08−4.13(1H,m)6.94(1H,d,J=1.5Hz),6.97(1H,s),7.02(1H,s),7.16(1H,d,J=1.5Hz),7.22(1H,s),7.26(1H,d,J=1.2Hz),7.37(1H,s),7.38(1H,d,J=1.5Hz),7.49(1H,s),7.53(1H,s),7.97−7.80(1H,,t,J=5.5Hz),8.15−8.17(1H,t,J=5.5Hz),9.94(1H,s),9.99(1H,s),10.27(1H,s),10.34(1H,s),10.36(1H,s);13CNMR(DMSO−d)δ26.1,28.4,32.2,35.1,35.3,35.7,36.3,36.4,36.5,36.6,38.4,43.9,52.6,56.1,78.4,79.4,104.4,105.0,106.1,114.5,115.0,118.2,119.5,119.7,121.4,121.7,121.9,122.1,122.4,123.3,126.6,127.2,134.2,134.4,136.2,136.2,138.9,155.6,155.9,156.3,158.9,158.9,161.4,169.4.MS m/z calcd for C476318 : 1023.50254,found 1023.49821.
実施例3:化合物1a,1b,1c及び2を合成する一般的方法
化合物1aの合成
化合物26a(187.6mg,0.477mmol)を塩化メチレン(4.77ml)に溶解させ、ジイソプロピルエチルアミン(0.162ml,0.947mmol)とO−(ベンゾトリアゾール−イル)−N,N,N‘,N’−テトラメチルウロニウム ヘキサフルオロフォスフェート(361.8mg,0.954mmol)を加え、室温で30分間撹拌した。つづいて、塩化メチレン(4.8ml)に溶解させた化合物10(400mg,0.477mmol)を加えさらに1時間撹拌させた。水で洗浄し、有機層を回収後、無水硫酸ナトリウムで乾燥し溶媒を減圧下留去した。残渣をシリカゲルクロマトグラフィーを用いて精製し化合物1aを得た(349mg,61%)。
HNMR(DMSO−d)δ1.59−1.65(2H,m),2.15(6H,s),2.26−2.28(2H,t,J=7.1Hz),2.56−2.59(2H,t,J=7.0Hz),3.18−3.22(2H,m,),3.37−3.50(6H,m),3.81(3H,s),3.83(3H,s),3.85(3H,s),3.94(3H,s),3.97(3H,s),3.99(3H,s),4.27−4.30(4H,m),4.73(4H,s),6.88(1H,d,J=1.7Hz),6.94(1H,d,J=1.5Hz),7.02(1H,s),7.16(1H,d,J=1.7Hz),7.19(1H,d,J=1.5Hz),7.26(1H,d,J=1.7Hz),7.35−7.36(2H,m),7.46(1H,s),7.49(1H,s),7.86−7,87(1H,t,J=5.6Hz),7.91−7.93(1H,t,J=5.5Hz),7.98−7.80(1H,t,J=5.5Hz),8.05−8.08(1H,t,J=5.7Hz),9.77(1H,s),9.88(1H,s),10.03(1H,s),10.06(1H,s),10.19(1H,s);13CNMR(DMSO−d)δ 27.2,35.1,35.1,35.3,36.0,36.1,36.2,36.4,36.5,37.4,38.8,39.0,45.3,57.3,69.8,71.7,71.8,77.9,78.0,79.3,104.1,104.8,106.1,114.6,114.9,118.0,119.4,119.6,121.4,1221.7,122.2,122.3,122.4,123.5,126.6,127.2,134.1,134.4,136.2,138.9,155.9,156.3,158.9,158.9,159.2,161.2,168.2,168.6,169.0.MS m/z calcd forC5566FeN19 :1192.46403,found 1192.37089.
化合物1bと1cは上記一般的合成に従い、化合物26aの代わりに化合物26bと26cを原料に用いることで得た。化合物2は上記一般的合成に従い、化合物を26aと20を原料に用いることで得た。
1b:
H NMR(500MHz,DMSO)δ 1.59−1.63(2H,m),1.80−1.83(2H,m),2.14(6H,s),2.23−2.26(2H,t,j=6.8Hz),2.31−2.34(2H,t,j=7.2Hz),3.18−3.23(4H,m),3.44−3.50(4H,m),3.80(3H,s),3.83(3H,s),3.85(3H,s),3.94(3H,s),3.96(3H,s),3.99(3H,s),4.29−4.32(4H,d),4.74(4H,s)6.90(1H,s),6.93(1H,s),7.04(1H,s),7.16(1H,s),7.22(1H,s),7.28(1H,s)7.39(1H,m),7.50(1H,s),7.53(1H,s),7.91−7.93(1H,t,j=5.0Hz),8.04(1H,t),8.11−8.12(1H,t,j=5.1Hz),8.14−8.16(1H,t,j=5.3Hz),9.89(1H,s),9.98(1H,s),10.23(1H,s),10.24(1H,s),10.38(1H,s).
1c:
H NMR(500MHz,DMSO)δ 1.58−1.63(2H,m,j=7.1Hz),1.72−1.75(2H,m,j=6.7Hz),2.13(6H,s),2.22−2.25(2H,t,j=7.1Hz),2.56−2.58(2H,t,j=7.0Hz),3.17−3.21(2H,q,j=6.1,6.6Hz),3.22−3.26(2H,q,j=6.1,6.6Hz),3.44−3.48(2H,q,j=6.1,6.8Hz),3.80(3H,s),3.83(3H,s),3.85(3H,s),3.94(3H,s),3.96(3H,s),3.99(3H,s),4.30−4.32(4H,m),4.72−4.75(4H,m),6.89(1H,d,j=2.0Hz),6.92(1H,d,j=1.7Hz),7.03(1H,d,j=1.7Hz),7.17(1H,d,j=1.7Hz),7.21(1H,d,j=1.7Hz),7.30(1H,d,j=1.7Hz)7.39(2H,d,j=2.2Hz),7.50(1H,s),7.52(1H,s),7.93−7.95(1H,t,j=5.9Hz),7.99−8.01(1H,t,j=5.9Hz,8.14−8.16(1H,t,j=5.9Hz),9.97(1H,s),9.99(1H,s),10.24(1H,s),10.27(1H,s),10.38(1H,s).
化合物2
HNMR(DMSO−d)δ1.59−1.62(2H,t,J=7.0Hz),2.14(6H,s),2.23−2.25(2H,t,J=7.0Hz),2.55−2.60(4H,m),3.17−3.21(2H,m),3.35−3.37(2H,m),3.42−3.50(6H,m),3.80(3H.s),3.83(3H,s),3.91(3H,s),3.93(3H,s),3.96(3H,s),4.25−4.26(2H,m),4.29(2H,m),4.72−4.73(2H,m),4.74−4.75(2H,m),6.89(1H,d,J=1.8Hz),6.93(1H,d,J=1.7Hz),6.95(1H,s),7.21(1H,d,J=1.7Hz),7.31(1H,d,J=1.6Hz) 7.32(1H,s) 7.41(1H,s) 7.52(1H,s) 7.99−8.01(2H m) 8.10−8.12(2H,m) 8.34(1H,t,J=6.0Hz) 9.95(1H,s) 10.0(1H s) 10.2(1H,s) 10.2(1H,s) 10.3(1H,s).
実施例4:Fc−PIA 3(化合物3)の合成法
化合物29(300mg,0.293mmol)を20%トリフルオロ酢酸/塩化メチレン(1.16ml,2.93mmol)に溶解させ、室温で1時間撹拌させた。水で洗浄し、有機層を回収後、無水硫酸ナトリウムで乾燥し溶媒を減圧下留去した。つづいて、塩化メチレン(2.9ml)に溶解させ、ジイソプロピルアミン(0.10ml,0.586mmol)、フェロセンカルボン酸(67.4mg,0.293mmol)とO−(ベンゾトリアゾール−イル)−N,N,N‘,N’−テトラメチルウロニウム ヘキサフルオロフォスフェート(111.1mg,0.293mmol)を加え、室温で10時間撹拌した。水で洗浄し、有機層を回収後、無水硫酸ナトリウムで乾燥し溶媒を減圧下留去した。残渣をシリカゲルクロマトグラフィーを用いて精製し化合物3を得た(204mg,61%)。
HNMR(DMSO−d)δ1.57−1.62(2H,m),2.12(6H,s),2.22−2.24(2H,t,J=7.0Hz),3.16−3.20(2H,m),3.37−3.43(2H,m),3.80(3H,s),3.83(3H,s),3.85(3H,s),3.93(3H,s),3.96(3H,s),3.98(3H,s),4.22(5H,s),4.36−4.37(2H,m),4.85(2H,m),4.94(2H,m),6.86(1H,d,J=1.7Hz),6.99(1H,d,J=1.7Hz),7.02(1H,d,J=1.0Hz),7.17(1H,d,J=1.7Hz),7.20(1H,d,J=1.7Hz),7.28(1H,d,J=1.7Hz),7.37(1H,s),7.38(1H,d,J=1.7Hz),7.49(1H,s),7.52(1H,s),7.86−7.87(1H,,d,J=1.7Hz),8.05−8.10(2H,m),9.95(1H,s),10.04(1H,s),10.24(1H,s),10.25(1H,s),10.27(1H,s),10.36(1H,s);13CNMR(DMSO−d)δ 27.2,35.1,35.1,35.3,36.0,36.1,36.2,36.4,36.5,37.4,38.8,39.0,45.3,57.3,69.8,71.7,71.8,77.9,78.0,79.4,104.1,104.8,106.1,114.6,114.9,118.0,119.4,119.6,121.4,121.7,122.0,122.3,122.4,123.5,126.6,127.2,134.1,134.4,136.2,138.9,155.9,156.3,158.9,158.9,159.2,161.2,168.2,168.6,169.0.MS m/z calcd for C5363FeN18 : 1135.44257,found 1135,43889.
実施例5:化合物1a、2、及び3のリガンドとしての特性
実施例2と同様に、上記化合物の二重鎖DNAに対するリガンドとしての有用性を確認する目的でターゲットDNA(5’GACTGCGTAGG3’/3’CTGACGCATCC5’)への結合をCDスペクトルによって検査した。その結果を図2に示した。本化合物による上記DNAの滴定のCDプロフィールである。副溝結合によって300−360nmにおける楕円偏光が誘起される。(Pilch,D.S.;Poklar,N.;Baird,E.E.;Dervan,P.B.;Breslauer,K.J.Biochemistry 1999,38,2143−2151.)ことはよく知られている。従ってターゲットDNAの5μM溶液(緩衝液の組成は上記文献に従った)に添加することによって濃度依存性の正のコットン効果の増加が見られた。
実施例6:サイクリックボルタンメトリー(CV)による電気化学的特性の測定
CVの使用によって上記化合物(1aと3)の電気化学的特性を検討したその結果を図3に示す。この結果から本化合物がフェロセン部分の酸化に起因した電気化学反応の活性を有していることが示された。
本発明は、創薬、臨床検査、医薬品のスクリーニング、化学物質の安全性検査、食品検査、検疫、法医学的検査、醸造、農業、林業、水産業、及び、畜産等の幅広い産業分野で適用することが出来る。

Claims (25)

  1. 一般式(I)で表されるフェロセン化合物:
    Figure 2005087784
    (一般式(I)中、Aは二価のフェロセン含有リンカー又はフェロセン−1,1’−イルであり、Rは水素原子又はアルキルを示し、n及びmは任意の自然数を示し、V及びXは以下の一般式(II)又は式(II−1)であり:
    Figure 2005087784
    Figure 2005087784
    Wは一般式(III)であり:
    Figure 2005087784
    (一般式(II)及び一般式(III)中、Uは窒素原子、メチン、又はヒドロキシメチンを示す);及び
    Zは一般式(IV)又は(V)であり:
    Figure 2005087784
    Figure 2005087784
    且つ、一般式(I)において、V1のフェロセン含有リンカー又はフェロセン−1,1’−イル側の結合は(−CO−NR−)であり、それ以外の各Vn及びXmの両端は(−CO−NH−)結合を形成する)。
  2. n及びmが、3〜20の範囲の自然数であることを特徴とする、請求項1記載のフェロセン化合物。
  3. nはmより一つ少ない数である、請求項1又は2に記載のフェロセン化合物。
  4. フェロセン含有リンカーが以下の一般式(VI)で表される請求項1〜3のいずれか一項に記載のフェロセン化合物:
    Figure 2005087784
    (式中、R及びRは水素原子又はアルキルを示し、j及びkは同一又は異なる0から5までの整数を示す)。
  5. フェロセン含有リンカーが以下の一般式(VII)で表される請求項1〜3のいずれか一項に記載のフェロセン化合物:
    Figure 2005087784
    (式中、R及びRは水素原子又はアルキルを示し、j及びkは同一又は異なる0から5までの整数を示す)。
  6. j及びkが1である、請求項1〜5のいずれか一項に記載のフェロセン化合物。
  7. 及びRは水素原子である、請求項1〜6のいずれか一項に記載のフェロセン化合物。
  8. フェロセン含有リンカーが以下の一般式(X)で表される請求項1〜3のいずれか一項に記載のフェロセン化合物:
    Figure 2005087784
  9. 、R及びRが1個ないし数個の炭素原子を有するアルキル基である、請求項1〜8のいずれか一項に記載のフェロセン化合物。
  10. 下記構造式(VIII)で表されるフェロセン化合物:
    Figure 2005087784
  11. 下記構造式(IX)で表されるフェロセン化合物:
    Figure 2005087784
  12. 下記構造式(1b)で表されるフェロセン化合物:
    Figure 2005087784
  13. 下記構造式(1c)で表されるフェロセン化合物:
    Figure 2005087784
  14. 下記構造式(2)で表されるフェロセン化合物:
    Figure 2005087784
  15. 下記構造式(3)で表されるフェロセン化合物:
    Figure 2005087784
  16. フェロセンジカルボン酸メチル、アミノフェロセンカルボン酸メチル、又は、フェロセンカルボン酸を出発物質とし、縮合反応を含む工程から成る、請求項1〜15のいずれか一項に記載のフェロセン化合物の製造方法。
  17. 請求項1〜15のいずれか一項に記載のフェロセン化合物から成る二本鎖核酸分子の配列特異的検出用リガンド。
  18. 二本鎖核酸分子の配列特異的に結合することができる化合物を使用することを特徴とする二本鎖核酸分子の電気化学的検出方法。
  19. 請求項17記載のリガンドを使用することを特徴とする、請求項18記載の配列特異的な二本鎖核酸分子の電気化学的検出方法。
  20. 検出対象である二本鎖核酸分子におけるG/C塩基対及びA/T(U)対に対して、一般式(I)中の対応する位置にあるV及びXの対が、夫々、イミダゾール誘導体/ピロール誘導体及びピロール誘導体/誘導体で構成される請求項17記載のリガンドを使用することを特徴とする、請求項16記載の方法。
  21. 二本鎖核酸分子の形成が固相上で行われることを特徴とする、請求項18〜20のいずれか一項に記載の核酸分子の電気化学的検出方法。
  22. DNAマイクロアレイを用いることを特徴とする、請求項21記載の核酸分子の電気化学的検出方法。
  23. 請求項18〜22のいずれか一項に記載の核酸分子の電気化学的検出方法を用いる1塩基多型(SNP)の検出方法。
  24. 請求項17記載の配列特異的二本鎖核酸分子検出用リガンドを含む電気化学的検出装置又は器具。
  25. DNAマイクロアレイである、請求項24記載の電気化学的検出装置又は器具。
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