JP7410868B2 - Ｔ細胞受容体およびそれを発現する操作された細胞 - Google Patents

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Description

関連出願の相互参照
本出願は、「T CELL RECEPTORS AND ENGINEERED CELLS EXPRESSING SAME」という名称の2018年4月5日に出願された米国仮出願第62/653,516号および「T CELL RECEPTORS AND ENGINEERED CELLS EXPRESSING SAME」という名称の2018年9月28日に出願された米国仮出願第62/739,145号の優先権を主張するものであり、それらの内容はその全体が参照により組み入れられる。
配列表の参照による組み入れ
本出願は、電子的フォーマットでの配列表と一緒に提出されている。配列表は、2019年4月3日に作成された664キロバイトサイズである735042015140SeqList.txtと題されるファイルとして提供される。配列表の電子的フォーマットでの情報はその全体が参照により組み入れられる。
分野
本開示は、いくつかの局面では、結合分子、例えば、主要組織適合性複合体（MHC）分子に関連して、ヒトパピローマウイルス（HPV）に感染したまたはHPV DNA配列を含有する細胞を含むがん細胞上に発現されるようながん抗原のペプチドエピトープを認識するまたはそれに結合する結合分子、および／あるいは、HPV 16 E6またはE7のペプチドエピトープを認識するまたはそれに結合する結合分子に関する。特に、本開示は、そのようなペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識する、T細胞受容体（TCR）または抗体（その抗原結合断片を含む）に関する。本開示はさらに、そのような結合分子、例えば、TCRまたは抗体（および該抗体を含有するキメラ抗原受容体）を含む、操作された細胞、および養子細胞療法におけるその使用に関する。
背景
ヒトパピローマウイルス（HPV）は、時に皮膚間接触によって伝播される可能性のある、ヒト対象の間でよく見られるウイルスであり、よく見られる性行為感染ウイルスである。HPV 16などのある特定のHPVサブタイプは、子宮頸がんおよび他のがんなどのある特定のがんをもたらし得る。いくつかの場合に、がんは、HPV腫瘍性タンパク質E6および／またはE7の発現に関連し得る。例えば、HPV E6および／またはE7は、細胞成長制御に関与する腫瘍抑制シグナル伝達経路を標的とすることによってがん進行の一因となる可能性がある。HPV 16発現細胞またはがんを標的としたある特定の治療用物質が利用可能であるが、HPV 16に対する改善された作用物質が必要とされている。そのような必要性に応える態様が提供される。
概要
主要組織適合性複合体（MHC）分子に関連して、HPV 16 E6もしくはE7のペプチドエピトープおよび／またはヒトパピローマウイルス（HPV）に感染したもしくはHPV DNA配列を含有する細胞上のペプチドエピトープに結合する、結合分子、例えばT細胞受容体（TCR）、例えば組換えTCR、そのような分子を発現する操作された細胞、例えば操作された免疫細胞、例えば操作されたCD4+および／またはCD4+ T細胞、ならびに関係する方法または使用が本明細書に提供される。
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって：Vα領域が、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含む相補性決定領域1（CDR-1）、相補性決定領域2（CDR-2）、および相補性決定領域3（CDR-3）を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：61、62および63のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；Vα領域が、SEQ ID NO：78、79および80のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：89、90および91のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；Vα領域が、SEQ ID NO：104、105および106のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：89、90および115のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；Vα領域が、SEQ ID NO：127、128および129のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：89、90および138のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；Vα領域が、SEQ ID NO：127、128および150のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：89、90および158のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；Vα領域が、SEQ ID NO：170、171および172のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：181、182および183のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；Vα領域が、SEQ ID NO：196、197および198のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：207、208および209のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；またはVα領域が、SEQ ID NO：222、223および224のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：233、234および235のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片が本明細書に提供される。そのような提供されるTCRのいずれかの特定の態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、MHC分子に関連してヒトパピローマウイルス（HPV）16 E7のペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識する。いくつかの態様では、ペプチドエピトープは、E7（11-19）YMLDLQPET（SEQ ID NO：271）であるまたはそれを含む。
また、SEQ ID NO：47、77、103、126、149、169、195、または221のいずれかに示されるアミノ酸配列を含むVα領域に含有されるようなCDR1、CDR2およびCDR3を含有するVα領域；ならびにSEQ ID NO：60、88、114、137、157、180、206、または232のいずれかに示されるアミノ酸配列を含むVβ領域に含有されるようなCDR1、CDR2およびCDR3を含有するVβ領域を含有するTCRも本明細書に提供される。そのような提供されるTCRのいずれかの特定の態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、MHC分子に関連してヒトパピローマウイルス（HPV）16 E7のペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識する。いくつかの態様では、ペプチドエピトープは、E7（11-19）YMLDLQPET（SEQ ID NO：271）であるまたはそれを含む。
任意のそのような態様のいくつかでは、Vα領域は、SEQ ID NO：47、77、103、126、149、169、195、もしくは221のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはSEQ ID NO：47、77、103、126、149、169、195、もしくは221のいずれかと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：60、88、114、137、157、180、206、もしくは232のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはSEQ ID NO：60、88、114、137、157、180、206、もしくは232のいずれかと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって：Vα領域が、SEQ ID NO：47、77、103、126、149、169、195、もしくは221のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ／あるいは、Vβ領域が、SEQ ID NO：60、88、114、137、157、180、206、もしくは232のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片が本明細書に提供される。そのような提供されるTCRのいずれかの特定の態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、MHC分子に関連してヒトパピローマウイルス（HPV）16 E7のペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識する。いくつかの態様では、ペプチドエピトープは、E7（11-19）YMLDLQPET（SEQ ID NO：271）であるまたはそれを含む。
また、可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって：Vα領域が、SEQ ID NO：47、77、103、126、149、169、195、もしくは221のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：60、88、114、137、157、180、206、もしくは232のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片も本明細書に提供される。そのような提供されるTCRのいずれかの特定の態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、MHC分子に関連してヒトパピローマウイルス（HPV）16 E7のペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識する。いくつかの態様では、ペプチドエピトープは、E7（11-19）YMLDLQPET（SEQ ID NO：271）であるまたはそれを含む。
そのような提供されるTCRのいずれかは、中でも、本明細書に記載されるようなCDRを含有するものである。いくつかの態様では、そのようなTCRは、中でも、SEQ ID NO：47、77、103、126、149、169、195、または221のいずれかに示されるアミノ酸配列を含むVα領域に含有されるようなCDR1、CDR2およびCDR3を含有するVα領域；ならびにSEQ ID NO：60、88、114、137、157、180、206、または232のいずれかに示されるVβ領域に含有されるようなCDR1、CDR2およびCDR3を含有するVβ領域を含有するものである。
本明細書に提供されるTCRのいずれかの特定の態様では、Vα領域は、SEQ ID NO：47、149、169、195、もしくは221のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。他の特定の態様では、Vα領域は、SEQ ID NO：103、126のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
本明細書に提供されるTCRのいずれかのある特定の態様では、Vβ領域が、SEQ ID NO：60、180、もしくは232のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、本明細書に記載のT細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片が本明細書に提供される。他のある特定の態様では、Vβ領域は、SEQ ID NO：206に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90.5％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。他のある特定の態様では、Vβ領域は、SEQ ID NO：114もしくは137に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも97.5％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。他のある特定の態様では、Vβ領域は、SEQ ID NO：157に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも98.5％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。他のある特定の態様では、Vβ領域は、SEQ ID NO：88に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも99.5％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
そのような提供されるTCRのいずれかの特定の態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、MHC分子に関連してヒトパピローマウイルス（HPV）16 E7のペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識する。いくつかの態様では、ペプチドエピトープは、E7（11-19）YMLDLQPET（SEQ ID NO：271）であるまたはそれを含む。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、T細胞の表面で発現されたときに、標的がん細胞に対する細胞傷害活性を刺激する。いくつかの態様では、標的がん細胞は、HPV DNA配列を含有するまたはHPV 16を発現する。いくつかの態様では、標的がん細胞は、SCC152である。ある特定の態様では、標的がん細胞は、MHC分子に関連してヒトパピローマウイルス（HPV）16 E7のペプチドエピトープを発現する。いくつかの態様では、ペプチドエピトープは、E7（11-19）YMLDLQPET（SEQ ID NO：271）であるまたはそれを含む。
そのような提供されるTCRのいずれかの特定の態様では、Vα領域は、SEQ ID NO：47、77、103、126、149、169、195、または221のいずれかに示されるVα領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；かつ／あるいは、Vβ領域は、SEQ ID NO：60、88、114、137、157、180、206、または232のいずれかに示されるVβ領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む。
任意のそのような態様のいくつかでは：Vα領域は、SEQ ID NO：50、80、106、129、150、172、198、または224のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む；かつ／あるいは、Vβ領域は、SEQ ID NO：63、91、115、138、158、183、209、または235のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む。そのような提供されるTCRのいずれかのある特定の態様では、Vα領域は、SEQ ID NO：48、78、104、127、170、196、または222のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；および／あるいはSEQ ID NO：49、79、105、128、171、197、または223のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）を含む。特定の態様では、Vβ領域は、SEQ ID NO：61、89、181、207、または233のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；および／あるいはSEQ ID NO：62、90、182、208、または234に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）を含む。
任意のそのような態様のいくつかでは：Vα領域は、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：61、62および63のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；Vα領域は、SEQ ID NO：78、79および80のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：89、90および91のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；Vα領域は、SEQ ID NO：104、105および106のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：89、90および115のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；Vα領域は、SEQ ID NO：127、128および129のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：89、90および138のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；Vα領域は、SEQ ID NO：127、128および150のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：89、90および158のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；Vα領域は、SEQ ID NO：170、171および172のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：181、182および183のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；Vα領域は、SEQ ID NO：196、197および198のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：207、208および209のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；またはVα領域は、SEQ ID NO：222、223および224のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：233、234および235のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む。
ある特定の態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：47および60のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む。ある特定の態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：77および88のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む。ある特定の態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：77および88のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99.5％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む。ある特定の態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：103および114のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97.5％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む。ある特定の態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：126および137のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97.5％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む。ある特定の態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：149および157のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98.5％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む。ある特定の態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：169および180のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む。ある特定の態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：195および206のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90.5％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む。ある特定の態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：221および232のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む。
特定の態様では：VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：47および60のアミノ酸配列をそれぞれ含む。特定の態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：77および88のアミノ酸配列をそれぞれ含む。特定の態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：77および88のアミノ酸配列をそれぞれ含む。特定の態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：103および114のアミノ酸配列をそれぞれ含む。特定の態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：126および137のアミノ酸配列をそれぞれ含む。特定の態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：149および157のアミノ酸配列をそれぞれ含む。特定の態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：169および180のアミノ酸配列をそれぞれ含む。特定の態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：195および206のアミノ酸配列をそれぞれ含む。特定の態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：221および232のアミノ酸配列をそれぞれ含む。
任意の態様のいくつかでは、Vα領域は、SEQ ID NO：47に示されるVα領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：60に示されるVβ領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む。
任意のそのような態様のいくつかでは：Vα領域は、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：61、62、および63のアミノ酸配列を含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：47および60のアミノ酸配列をそれぞれ含む。
ある特定の態様では：Vα領域は、SEQ ID NO：196、197および198のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：207、208および209のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：195および206のアミノ酸配列をそれぞれ含む。
ある特定の態様では、Vα領域は、SEQ ID NO：222、223および224のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：233、234および235のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：221および232のアミノ酸配列をそれぞれ含む。
任意のそのような態様のいくつかでは、アルファ鎖はさらに、アルファ定常（Cα）領域を含み、かつ／または、ベータ鎖はさらに、ベータ定常（Cβ）領域を含む。ある特定の態様では、CαおよびCβ領域は、マウス定常領域である。特定の態様では、CαおよびCβ領域は、ヒト定常領域である。特定の態様では、Cαおよび／またはCβ領域は、アルファ鎖とベータ鎖との間に1つまたは複数の非天然ジスルフィド架橋を形成可能な1つまたは複数のシステイン残基の導入を含む。
任意のそのような態様のいくつかでは、Cα領域は、SEQ ID NO：15、275、276、277、278、279、280、281もしくは282に示されるアミノ酸配列、またはSEQ ID NO：15、275、276、277、278、279、280、281もしくは282に示される配列と少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、Cβ領域は、SEQ ID NO：30、283、284もしくは285に示されるアミノ酸配列、またはSEQ ID NO：30、283、284もしくは285に示されるアミノ酸配列と少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。ある特定の態様では、Cα領域は、SEQ ID NO：15に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、Cβ領域は、SEQ ID NO：30に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。
特定の態様では：アルファ鎖は、SEQ ID NO：44、74、100、123、146、166、192、もしくは218に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖は、SEQ ID NO：57、85、111、134、154、177、203、もしくは229に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：44および57のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：74および85のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：100および111のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：123および134のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：146および154のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：166および177のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：192および202のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：218および229のアミノ酸配列をそれぞれ含む。
任意のそのような態様のいくつかでは、Cα領域は、SEQ ID NO：14、333、334、335、336、337、338、341、344、345、346、347もしくは348に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、Cβ領域は、SEQ ID NO：29、339、340、342、343、350、351もしくは352に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。
任意のそのような態様のいくつかでは、Cα領域は、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、Cβ領域は、SEQ ID NO：29に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、Cα領域は、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、Cβ領域は、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。
任意のそのような態様のいくつかでは、1つまたは複数のシステイン残基の導入は、非システイン残基をシステイン残基で置換することを含む。任意のそのような態様のいくつかでは、提供されるTCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：333～337のいずれかに示される番号付けで48位に対応する位置にまたはSEQ ID NO：338もしくは341に示される番号付けで49位に対応する位置にシステインを含むCα領域；および／あるいは、SEQ ID NO：339もしくは340に示される番号付けで57位に対応する位置にまたはSEQ ID NO：342もしくは343に示される番号付けで58位に対応する位置にシステインを含むCβ領域を含む。
ある特定の態様では：アルファ鎖は、SEQ ID NO：43、73、99、122、145、165、191、もしくは217に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖は、SEQ ID NO：56、84、110、133、153、176、202、もしくは228に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：43および56のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：73および84のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：99および110のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：122および133のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：145および153のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：165および176のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：191および201のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：217および228のアミノ酸配列をそれぞれ含む。
任意のそのような態様のいくつかでは、アルファ鎖は、SEQ ID NO：43、73、99、122、145、165、191、もしくは217に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖は、SEQ ID NO：359、370、371、372、373、374、375もしくは376に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：43および359のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：73および370のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：99および371のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：122および372のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：145および373のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：165および374のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：191および375のアミノ酸配列をそれぞれ含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：217および376のアミノ酸配列をそれぞれ含む。
特定の態様では、TCRまたは抗原結合断片は、（i）SEQ ID NO：44および57のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；（ii）SEQ ID NO：43およびSEQ ID NO：56に示されるアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；（iii）SEQ ID NO：43およびSEQ ID NO：359に示されるアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；あるいは（iv）（i）におけるアルファおよびベータ鎖配列それぞれとまたは（ii）におけるアルファおよびベータ鎖配列それぞれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはこれを超える配列同一性を独立して示すアルファおよびベータ鎖を含み、ここで、アルファ鎖は、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖は、SEQ ID NO：61、62、および63のアミノ酸配列を含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む。
任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたは抗原結合断片は、SEQ ID NO：43および56のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖配列と少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはこれを超える配列同一性を独立して示すアルファおよびベータ鎖を含み、ここで、アルファ鎖は、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖は、SEQ ID NO：61、62、および63のアミノ酸配列を含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたは抗原結合断片は、SEQ ID NO：43および56のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたは抗原結合断片は、SEQ ID NO：43および56のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖を含む。
任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたは抗原結合断片は、SEQ ID NO：43および359のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖配列と少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはこれを超える配列同一性を独立して示すアルファおよびベータ鎖を含み、ここで、アルファ鎖は、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖は、SEQ ID NO：61、62、および63のアミノ酸配列を含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたは抗原結合断片は、SEQ ID NO：43および359のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖を含む。
任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたは抗原結合断片は、（i）SEQ ID NO：192および203のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；（ii）SEQ ID NO：191およびSEQ ID NO：202に示されるアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；（iii）SEQ ID NO：191およびSEQ ID NO：375のアミノ酸配列を含むアルファおよびベータ鎖、あるいは（iv）（i）におけるアルファおよびベータ鎖配列それぞれとまたは（ii）におけるアルファおよびベータ鎖配列それぞれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはこれを超える配列同一性を独立して示すアルファおよびベータ鎖を含み、ここで、アルファ鎖は、SEQ ID NO：196、197および198のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖は、SEQ ID NO：207、208および209のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたは抗原結合断片は、SEQ ID NO：191およびSEQ ID NO：375に示されるアミノ酸配列を含むアルファおよびベータ鎖を含む。
ある特定の態様では、TCRまたは抗原結合断片は、（i）SEQ ID NO：218および229のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；（ii）SEQ ID NO：217およびSEQ ID NO：228に示されるアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；あるいは（iii）SEQ ID NO：217および376のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；（iv）（i）におけるアルファおよびベータ鎖配列それぞれとまたは（ii）におけるアルファおよびベータ鎖配列それぞれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはこれを超える配列同一性を独立して示すアルファおよびベータ鎖を含み、ここで、アルファ鎖は、SEQ ID NO：222、223および224のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖は、SEQ ID NO：233、234および235のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたは抗原結合断片は、SEQ ID NO：217および376のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖を含む。
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって：Vα領域が、SEQ ID NO：248に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；SEQ ID NO：249に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）；およびSEQ ID NO：250に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む；かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：259に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；SEQ ID NO：260に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）；およびSEQ ID NO：261に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片が本明細書に提供される。任意のそのような態様のいくつかでは、Vα領域は、SEQ ID NO：247のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ／あるいは、Vβ領域は、SEQ ID NO：258のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたはその抗原結合断片は、MHC分子に関連してヒトパピローマウイルス（HPV）16 E6のペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識し、ペプチドエピトープは、E6（29-38）TIHDIILECV（SEQ ID NO：268）であるまたはそれを含む。
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって：Vα領域が、SEQ ID NO：247のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ／あるいは、Vβ領域が、SEQ ID NO：258のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片が本明細書に提供される。任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたはその抗原結合断片は、MHC分子に関連してヒトパピローマウイルス（HPV）16 E6のペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識し、ペプチドエピトープは、E6（29-38）TIHDIILECV（SEQ ID NO：268）であるまたはそれを含む。
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって：Vα領域が、SEQ ID NO：247のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：258のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片が本明細書に提供される。任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたはその抗原結合断片は、MHC分子に関連してヒトパピローマウイルス（HPV）16 E6のペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識し、ペプチドエピトープは、E6（29-38）TIHDIILECV（SEQ ID NO：268）であるまたはそれを含む。
特定の態様では：Vα領域は、SEQ ID NO：247のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ／あるいは、Vβ領域は、SEQ ID NO：258のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたはその抗原結合断片は、MHC分子に関連してヒトパピローマウイルス（HPV）16 E6のペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識し、ペプチドエピトープは、E6（29-38）TIHDIILECV（SEQ ID NO：268）であるまたはそれを含む。
ある特定の態様では：Vα領域は、SEQ ID NO：250に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）、またはSEQ ID NO：247に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR3を含む；かつ／あるいは、Vβ領域は、SEQ ID NO：261に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）、またはSEQ ID NO：258に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR3を含む。特定の態様では、Vα領域は、SEQ ID NO：248に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）またはSEQ ID NO：247に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-1；および／あるいはSEQ ID NO：249に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）またはSEQ ID NO：247に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-2を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、Vβ領域は、SEQ ID NO：259に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）またはSEQ ID NO：258に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-1；および／あるいはSEQ ID NO：260に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）またはSEQ ID NO：258に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-2を含む。
ある特定の態様では：Vα領域は、SEQ ID NO：248に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；SEQ ID NO：249に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）；および／またはSEQ ID NO：250に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む；かつ／あるいは、Vβ領域は、SEQ ID NO：259に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；SEQ ID NO：260に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）；および／またはSEQ ID NO：261に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む。
特定の態様では：Vα領域は、SEQ ID NO：247に示されるVα領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；かつ／または、Vβ領域は、SEQ ID NO：258に示されるVβ領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む。任意のそのような態様のいくつかでは：Vα領域は、SEQ ID NO：248、249、および250のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：259、260、および261のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む。ある特定の態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：247および258のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む。特定の態様では：VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：247および258のアミノ酸配列をそれぞれ含む。
任意のそのような態様のいくつかでは、アルファ鎖はさらに、アルファ定常（Cα）領域を含み、かつ／または、ベータ鎖はさらに、ベータ定常（Cβ）領域を含む。ある特定の態様では、CαおよびCβ領域は、マウス定常領域である。特定の態様では、CαおよびCβ領域は、ヒト定常領域である。任意のそのような態様のいくつかでは、Cαおよび／またはCβ領域は、アルファ鎖とベータ鎖との間に1つまたは複数の非天然ジスルフィド架橋を形成可能な1つまたは複数のシステイン残基の導入を含む。
任意のそのような態様のいくつかでは、Cα領域は、SEQ ID NO：15、275、276、277、278、279、280、281もしくは282に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、Cβ領域は、SEQ ID NO：30、283、284もしくは285に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。ある特定の態様では：Cα領域は、SEQ ID NO：15に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、Cβ領域は、SEQ ID NO：30に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。
特定の態様では：（a）アルファ鎖は、SEQ ID NO：244に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖は、SEQ ID NO：255に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。いくつかの態様では、アルファ鎖は、SEQ ID NO：248、249、および250のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖は、SEQ ID NO：259、260、および261のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；または（b）アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：244および255のアミノ酸配列をそれぞれ含む。
任意のそのような態様のいくつかでは、Cα領域は、SEQ ID NO：14、333、334、335、336、337、338、341、344、345、346、347もしくは348に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、Cβ領域は、SEQ ID NO：29、339、340、342、343、350、351もしくは352に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。
任意のそのような態様のいくつかでは：Cα領域は、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、Cβ領域は、SEQ ID NO：29に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、Cα領域は、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、Cβ領域は、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。
任意のそのような態様のいくつかでは、1つまたは複数のシステイン残基の導入は、非システイン残基をシステイン残基で置換することを含む。任意のそのような態様のいくつかでは、Cα領域は、SEQ ID NO：333～337のいずれかに示される番号付けで48位に対応する位置にまたはSEQ ID NO：338もしくは341に示される番号付けで49位に対応する位置にシステインを含む；かつ／あるいは、Cβ領域は、SEQ ID NO：339もしくは340に示される番号付けで57位に対応する位置にまたはSEQ ID NO：342もしくは343に示される番号付けで58位に対応する位置にシステインを含む。
ある特定の態様では：（a）アルファ鎖は、SEQ ID NO：243に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖は、SEQ ID NO：254に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。いくつかの態様では、アルファ鎖は、SEQ ID NO：248、249、および250のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖は、SEQ ID NO：259、260、および261のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；または（b）アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：243および254のアミノ酸配列をそれぞれ含む。
任意のそのような態様のいくつかでは、アルファ鎖は、SEQ ID NO：243に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖は、SEQ ID NO：377に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。いくつかの態様では、アルファ鎖は、SEQ ID NO：248、249、および250のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖は、SEQ ID NO：259、260、および261のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む。いくつかの態様では、アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：243および377のアミノ酸配列をそれぞれ含む。
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって：Vα領域が、SEQ ID NO：10に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；SEQ ID NO：11に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）；および／またはSEQ ID NO：12に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む；かつ／あるいは、Vβ領域が、SEQ ID NO：25に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；SEQ ID NO：26に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）；および／またはSEQ ID NO：27に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片が本明細書に提供される。ある特定の態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、T細胞の表面で発現されたときに、標的がん細胞に対する細胞傷害活性を刺激する。いくつかの態様では、標的がん細胞は、HPV DNA配列を含有しもしくはHPV 16を発現し、かつ／または、任意で、標的がん細胞は、SCC152である。
任意のそのような態様のいくつかでは、Vα領域は、SEQ ID NO：9に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：24に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって：Vα領域が、SEQ ID NO：9のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ／あるいは、Vβ領域が、SEQ ID NO：24のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片が本明細書に提供される。ある特定の態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、T細胞の表面で発現されたときに、標的がん細胞に対する細胞傷害活性を刺激する。いくつかの態様では、標的がん細胞は、HPV DNA配列を含有しもしくはHPV 16を発現し、かつ／または、任意で、標的がん細胞は、SCC152である。
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって：Vα領域が、SEQ ID NO：9のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：24のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片が本明細書に提供される。ある特定の態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、T細胞の表面で発現されたときに、標的がん細胞に対する細胞傷害活性を刺激する。いくつかの態様では、標的がん細胞は、HPV DNA配列を含有しもしくはHPV 16を発現し、かつ／または、任意で、標的がん細胞は、SCC152である。
任意のそのような態様のいくつかでは：Vα領域は、SEQ ID NO：9のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ／あるいは、Vβ領域は、SEQ ID NO：24のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。ある特定の態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、T細胞の表面で発現されたときに、標的がん細胞に対する細胞傷害活性を刺激する。いくつかの態様では、標的がん細胞は、HPV DNA配列を含有しもしくはHPV 16を発現し、かつ／または、任意で、標的がん細胞は、SCC152である。
特定の態様では：Vα領域は、SEQ ID NO：12に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）、またはSEQ ID NO：9に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR3を含む；かつ／あるいは、Vβ領域は、SEQ ID NO：27に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）、またはSEQ ID NO：24に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR3を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、Vα領域は、SEQ ID NO：10に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）またはSEQ ID NO：9に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-1；および／あるいはSEQ ID NO：11に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）またはSEQ ID NO：9に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-2を含む。ある特定の態様では、Vβ領域は、SEQ ID NO：25に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）またはSEQ ID NO：24に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-1；および／あるいはSEQ ID NO：26に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）またはSEQ ID NO：24に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-2を含む。
特定の態様では：Vα領域は、SEQ ID NO：10に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；SEQ ID NO：11に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）；および／またはSEQ ID NO：12に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む；かつ／あるいは、Vβ領域は、SEQ ID NO：25に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；SEQ ID NO：26に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）；および／またはSEQ ID NO：27に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む。
任意のそのような態様のいくつかでは：Vα領域は、SEQ ID NO：9に示されるVα領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；かつ／あるいは、Vβ領域は、SEQ ID NO：24に示されるVβ領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む。ある特定の態様では：Vα領域は、SEQ ID NO：10、11、および12のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：25、26、および27のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む。特定の態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：9および24のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む。任意のそのような態様のいくつかでは、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：9および24のアミノ酸配列をそれぞれ含む。
ある特定の態様では、アルファ鎖はさらに、アルファ定常（Cα）領域を含み、かつ／または、ベータ鎖はさらに、ベータ定常（Cβ）領域を含む。特定の態様では、CαおよびCβ領域は、マウス定常領域である。任意のそのような態様のいくつかでは、CαおよびCβ領域は、ヒト定常領域である。ある特定の態様では、Cαおよび／またはCβ領域は、アルファ鎖とベータ鎖との間に1つまたは複数の非天然ジスルフィド架橋を形成可能な1つまたは複数のシステイン残基の導入を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、Cα領域は、SEQ ID NO：15、275、276、277、278、279、280、281もしくは282に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、Cβ領域は、SEQ ID NO：30、283、284もしくは285に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。
特定の態様では：Cα領域は、SEQ ID NO：15に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、Cβ領域は、SEQ ID NO：30に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。
任意のそのような態様のいくつかでは：（a）アルファ鎖は、SEQ ID NO：6に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖は、SEQ ID NO：21に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。いくつかの態様では、アルファ鎖は、SEQ ID NO：10、11、および12のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖は、SEQ ID NO：25、26、および27のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；または（b）アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：6および21のアミノ酸配列をそれぞれ含む。
任意のそのような態様のいくつかでは、Cα領域は、SEQ ID NO：14、333、334、335、336、337、338、341、344、345、346、347もしくは348に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、Cβ領域は、SEQ ID NO：29、339、340、342、343、350、351もしくは352に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。
ある特定の態様では：Cα領域は、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、Cβ領域は、SEQ ID NO：29に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、Cα領域は、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、Cβ領域は、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。
任意のそのような態様のいくつかでは、1つまたは複数のシステイン残基の導入は、非システイン残基をシステイン残基で置換することを含む。任意のそのような態様のいくつかでは、Cα領域は、SEQ ID NO：333～337のいずれかに示される番号付けで48位に対応する位置にまたはSEQ ID NO：338もしくは341に示される番号付けで49位に対応する位置にシステインを含む；かつ／あるいは、Cβ領域は、SEQ ID NO：339もしくは340に示される番号付けで57位に対応する位置にまたはSEQ ID NO：342もしくは343に示される番号付けで58位に対応する位置にシステインを含む。
特定の態様では：（a）アルファ鎖は、SEQ ID NO：5に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖は、SEQ ID NO：20に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。いくつかの態様では、アルファ鎖は、SEQ ID NO：10、11、および12のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖は、SEQ ID NO：25、26、および27のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；または（b）アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：5および20のアミノ酸配列をそれぞれ含む。
任意のそのような態様のいくつかでは、（a）アルファ鎖は、SEQ ID NO：5に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖は、SEQ ID NO：369に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含み、任意で、アルファ鎖は、SEQ ID NO：10、11、および12のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖は、SEQ ID NO：25、26、および27のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；または（b）アルファおよびベータ鎖は、SEQ ID NO：5および369のアミノ酸配列をそれぞれ含む。
任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたはその抗原結合断片は、コドン最適化されているヌクレオチド配列によってコードされる。ある特定の態様では、アルファおよび／またはベータ鎖はさらに、シグナルペプチドを含む。特定の態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、単離もしくは精製される、または組換えである。任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたは抗原結合断片は、組換えである。任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたはその抗原結合断片は、ヒトである。ある特定の態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、モノクローナルである。特定の態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、一本鎖である。任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたはその抗原結合断片は、二本の鎖を含む。
ある特定の態様では、抗原特異性は、少なくとも部分的にCD8非依存性である。
特定の態様では、MHC分子は、HLA-A2分子である。
提供されるTCRもしくはその抗原結合断片、またはそのアルファもしくはベータ鎖のいずれかをコードする核酸分子が本明細書に提供される。任意のそのような態様のいくつかでは、ヌクレオチド配列は、コドン最適化されている。ある特定の態様では、アルファ鎖をコードするヌクレオチド配列とベータ鎖をコードするヌクレオチド配列は、リボソームスキッピングを引き起こすペプチド配列によって隔てられている。任意のそのような態様のいくつかでは、リボソームスキッピングを引き起こすペプチドは、P2AもしくはT2Aペプチドであり、かつ／または、SEQ ID NO：32もしくは302に示されるアミノ酸の配列を含む。特定の態様では、核酸は、合成である。任意のそのような態様のいくつかでは、核酸は、cDNAである。
本明細書に提供されるいずれかの核酸を含むベクターが本明細書に提供される。ある特定の態様では、ベクターは、発現ベクターである。特定の態様では、ベクターは、ウイルスベクターである。任意のそのような態様のいくつかでは、ウイルスベクターは、レトロウイルスベクターである。ある特定の態様では、ウイルスベクターは、レンチウイルスベクターである。特定の態様では、レンチウイルスベクターは、HIV-1に由来する。
本明細書に提供されるいずれかの核酸分子または本明細書に提供されるいずれかのベクターを含む操作された細胞が本明細書に提供される。また、本明細書に提供されるいずれかのTCRまたはその抗原結合断片を含む操作された細胞も本明細書に提供される。任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたはその抗原結合断片は、前記細胞とは異種である。ある特定の態様では、操作された細胞は、細胞株である。特定の態様では、操作された細胞は、対象から得られた初代細胞である。任意のそのような態様のいくつかでは、対象は、哺乳動物対象である。ある特定の態様では、対象は、ヒトである。特定の態様では、操作された細胞は、T細胞である。任意のそのような態様のいくつかでは、T細胞は、CD8+である。ある特定の態様では、T細胞は、CD4+である。任意のそのような態様のいくつかでは、細胞は、ヒト細胞である。
任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたはその抗原結合断片は、ヒトアルファ定常（Cα）領域およびヒトベータ定常（Cβ）領域を含み、操作された細胞は、内因性ヒトTCRを含むまたは発現する。任意のそのような態様のいくつかでは、Vα領域は、SEQ ID NO：48、49、および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：61、62、および63のアミノ酸配列を含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有する。任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたはその抗原結合断片のVα領域は、SEQ ID NO：47に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：60に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたはその抗原結合断片のVαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：47および60のアミノ酸配列をそれぞれ含む。任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたはその抗原結合断片のCα領域は、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、TCRまたはその抗原結合断片のCβ領域は、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。
ヒトアルファ定常（Cα）領域とヒトベータ定常（Cβ）領域とを含有する組換えヒトTCRを含有する操作された細胞が本明細書において提供され、操作された細胞は、内因性ヒトTCRを含むまたは発現する。任意のそのような態様のいくつかでは、組換えヒトTCRは、SEQ ID NO：48、49、および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVα領域、ならびにSEQ ID NO：61、62、および63のアミノ酸配列を含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVβ領域を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたはその抗原結合断片のVα領域は、SEQ ID NO：47に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：60に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたはその抗原結合断片のVαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：47および60のアミノ酸配列をそれぞれ含む。任意のそのような態様のいくつかでは、TCRまたはその抗原結合断片のCα領域は、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、TCRまたはその抗原結合断片のCβ領域は、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。
特定の態様では、操作された細胞は、T細胞受容体アルファ定常（TRAC）遺伝子および／またはT細胞受容体ベータ定常（TRBC）遺伝子の遺伝子破壊を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、TRBC遺伝子は、T細胞受容体ベータ定常1（TRBC1）またはT細胞受容体ベータ定常2（TRBC2）遺伝子の一方または両方である。
提供されるベクターのいずれかを細胞内にインビトロまたはエクスビボで導入することを含む、提供される態様のいずれかの細胞を生産するための方法が本明細書に提供される。ある特定の態様では、ベクターは、ウイルスベクターであり、導入することは、形質導入によって実行される。特定の態様では、該方法はさらに、各々がT細胞受容体アルファ定常（TRAC）遺伝子および／またはT細胞受容体ベータ定常（TRBC）遺伝子の遺伝子破壊を独立して誘導可能である1つまたは複数の作用物質を細胞内に導入することを含む。任意のそのような態様のいくつかでは、遺伝子破壊を誘導可能である1つまたは複数の作用物質は、標的部位に特異的に結合するまたはハイブリダイズするDNA結合タンパク質またはDNA結合核酸を含む。
ある特定の態様では、遺伝子破壊を誘導可能である1つまたは複数の作用物質は、（a）DNA標的指向タンパク質およびヌクレアーゼを含む融合タンパク質または（b）RNAによってガイドされるヌクレアーゼを含む。特定の態様では、DNA標的指向タンパク質またはRNAによってガイドされるヌクレアーゼは、TRACおよび／またはTRBC遺伝子内の標的部位に特異的な、ジンクフィンガータンパク質（ZFP）、TALタンパク質、またはクラスター化して規則的な配置の短い回文配列核酸（CRISPR）関連ヌクレアーゼ（Cas）を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、1つまたは複数の作用物質は、標的部位に特異的に結合する、それを認識する、またはそれにハイブリダイズする、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）、TALエフェクターヌクレアーゼ（TALEN）、または／およびCRISPR-Cas9の組み合わせを含む。ある特定の態様では、1つまたは複数の作用物質の各々は、少なくとも1つの標的部位と相補的な標的指向ドメインを有するガイドRNA（gRNA）を含む。特定の態様では、1つまたは複数の作用物質は、gRNAおよびCas9タンパク質を含むリボ核タンパク質（RNP）複合体として導入される。任意のそのような態様のいくつかでは、RNPは、エレクトロポレーション、パーティクルガン、リン酸カルシウムトランスフェクション、細胞圧縮または圧搾を介して導入される。ある特定の態様では、RNPは、エレクトロポレーションを介して導入される。特定の態様では、1つまたは複数の作用物質は、gRNAおよび／またはCas9タンパク質をコードする1つまたは複数のポリヌクレオチドとして導入される。
本明細書に記載の操作された細胞のいずれかを含む組成物が本明細書に提供される。任意のそのような態様のいくつかでは、操作された細胞は、CD4+および／またはCD8+ T細胞を含む。ある特定の態様では、操作された細胞は、CD4+およびCD8+ T細胞を含む。また、本明細書に記載の操作されたCD8+細胞および本明細書に記載の操作されたCD4+細胞を含む組成物も本明細書に提供される。特定の態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、少なくとも部分的にCD8非依存性であるMHC分子に関連してHPV 16のペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識する。
任意のそのような態様のいくつかでは、CD8+細胞およびCD4+細胞は、同じTCRまたはその抗原結合断片で操作されており、かつ／または、各々は、MHC分子に関連してHPV 16の同じペプチドエピトープに結合するもしくはそれを認識するTCRまたはその抗原結合断片で操作されている。ある特定の態様では、組成物はさらに、薬学的に許容される賦形剤を含む。
提供される操作された細胞のいずれかをHPVに関連する疾患または障害を有する対象に投与することを含む処置の方法が本明細書に提供される。また、提供される組成物のいずれかをHPVに関連する疾患または障害を有する対象に投与することを含む処置の方法も本明細書に提供される。特定の態様では、疾患または障害は、HPV16に関連する。特定の態様では、疾患または障害は、がんである。
本明細書に記載の操作された細胞をHPVに関連する疾患または障害を有する対象に投与することを含む処置の方法が本明細書に提供される。また、本明細書に記載の組成物をがんを有する対象に投与することを含む処置の方法も本明細書に提供される。対象においてHPVに関連する疾患または障害を処置する際に使用するための本明細書に記載の組成物のいずれか1つが本明細書に提供される。
対象においてHPVに関連する疾患または障害を処置するための医薬の製造のための組成物の使用が本明細書に提供される。任意のそのような態様のいくつかでは、疾患または障害は、HPV16に関連する。特定の態様では、疾患または障害は、がんである。また、対象においてがんを処置する際に使用するための本明細書に記載の組成物も本明細書に提供される。また、対象においてがんを処置するための医薬の製造のための本明細書に記載の組成物のいずれかの使用も本明細書に提供される。特定の態様では、対象は、ヒトである。
[本発明1001]
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって、
Vα領域が、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含む相補性決定領域1（CDR-1）、相補性決定領域2（CDR-2）、および相補性決定領域3（CDR-3）を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：61、62および63のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；
Vα領域が、SEQ ID NO：78、79および80のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：89、90および91のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；
Vα領域が、SEQ ID NO：104、105および106のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：89、90および115のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；
Vα領域が、SEQ ID NO：127、128および129のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：89、90および138のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；
Vα領域が、SEQ ID NO：127、128および150のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：89、90および158のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；
Vα領域が、SEQ ID NO：170、171および172のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：181、182および183のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；
Vα領域が、SEQ ID NO：196、197および198のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：207、208および209のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；または
Vα領域が、SEQ ID NO：222、223および224のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：233、234および235のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片。
[本発明1002]
Vα領域が、SEQ ID NO：47、77、103、126、149、169、195、もしくは221のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：60、88、114、137、157、180、206、もしくは232のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
本発明1001のT細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片。
[本発明1003]
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって、
Vα領域が、SEQ ID NO：47、77、103、126、149、169、195、もしくは221のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：60、88、114、137、157、180、206、もしくは232のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片。
[本発明1004]
Vα領域が、SEQ ID NO：47、149、169、195、もしくは221のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；あるいは
Vα領域が、SEQ ID NO：103、126のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
本発明1001～1003のいずれかのT細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片。
[本発明1005]
Vβ領域が、SEQ ID NO：60、180、もしくは232のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；
Vβ領域が、SEQ ID NO：206に示されるアミノ酸配列、それと少なくとも90.5％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；
Vβ領域が、SEQ ID NO：114もしくは137に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも97.5％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；
Vβ領域が、SEQ ID NO：157に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも98.5％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；あるいは
Vβ領域が、SEQ ID NO：88に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも99.5％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
本発明1001～1004のいずれかのT細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片。
[本発明1006]
TCRまたはその抗原結合断片が、MHC分子に関連してヒトパピローマウイルス（HPV）16 E7のペプチドエピトープに結合しまたはそれを認識し、
ペプチドエピトープが、E7（11-19）YMLDLQPET（SEQ ID NO：271）であるまたはそれを含む、
本発明1001～1005のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1007]
TCRまたはその抗原結合断片が、T細胞の表面で発現されたときに、標的がん細胞に対する細胞傷害活性を刺激し、
任意で、標的がん細胞が、HPV DNA配列を含有しまたはHPV 16を発現し、
任意で、標的がん細胞が、SCC152である、
本発明1001～1006のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1008]
標的がん細胞が、MHC分子に関連してヒトパピローマウイルス（HPV）16 E7のペプチドエピトープを発現し、ペプチドエピトープが、E7（11-19）YMLDLQPET（SEQ ID NO：271）であるまたはそれを含む、本発明1007のTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1009]
Vα領域が、SEQ ID NO：47、77、103、126、149、169、195、または221のいずれかに示されるVα領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：60、88、114、137、157、180、206、または232のいずれかに示されるVβ領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
本発明1001～1008のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1010]
Vα領域が、SEQ ID NO：50、80、106、129、150、172、198、または224のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：63、91、115、138、158、183、209、または235のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む、
本発明1001～1009のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1011]
Vα領域が、SEQ ID NO：48、78、104、127、170、196、または222のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；およびSEQ ID NO：49、79、105、128、171、197、または223のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：61、89、181、207、または233のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；およびSEQ ID NO：62、90、182、208、または234に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）を含む、
本発明1010のTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1012]
Vα領域が、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：61、62および63のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；
Vα領域が、SEQ ID NO：78、79および80のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：89、90および91のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；
Vα領域が、SEQ ID NO：104、105および106のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：89、90および115のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；
Vα領域が、SEQ ID NO：127、128および129のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：89、90および138のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；
Vα領域が、SEQ ID NO：127、128および150のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：89、90および158のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；
Vα領域が、SEQ ID NO：170、171および172のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：181、182および183のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；
Vα領域が、SEQ ID NO：196、197および198のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：207、208および209のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；または
Vα領域が、SEQ ID NO：222、223および224のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：233、234および235のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
本発明1002～1011のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1013]
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：47および60のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：77および88のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：103および114のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97.5％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：126および137のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97.5％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：149および157のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98.5％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：169および180のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：195および206のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90.5％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む；あるいは
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：221および232のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む、
本発明1001～1012のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1014]
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：47および60のアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：77および88のアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：103および114のアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：126および137のアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：149および157のアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：169および180のアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：195および206のアミノ酸配列をそれぞれ含む；または
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：221および232のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
本発明1001～1013のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1015]
Vα領域が、SEQ ID NO：47に示されるVα領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：60に示されるVβ領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
本発明1001～1014のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1016]
Vα領域が、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：61、62、および63のアミノ酸配列を含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、本発明1001～1015のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1017]
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：47および60のアミノ酸配列をそれぞれ含む、本発明1001～1016のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1018]
Vα領域が、SEQ ID NO：196、197および198のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：207、208および209のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、本発明1001～1015のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1019]
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：195および206のアミノ酸配列をそれぞれ含む、本発明1001～1015および1018のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1020]
Vα領域が、SEQ ID NO：222、223および224のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：233、234および235のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、本発明1001～1014のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1021]
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：221および232のアミノ酸配列をそれぞれ含む、本発明1001～1015および1020のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1022]
アルファ鎖が、アルファ定常（Cα）領域をさらに含み、かつ／または、ベータ鎖が、ベータ定常（Cβ）領域をさらに含む、本発明1001～1021のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1023]
CαおよびCβ領域が、マウス定常領域である、本発明1022のTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1024]
CαおよびCβ領域が、ヒト定常領域である、本発明1022のTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1025]
Cαおよび／またはCβ領域が、アルファ鎖とベータ鎖との間に1つまたは複数の非天然ジスルフィド架橋を形成可能な1つまたは複数のシステイン残基の導入を含む、本発明1022～1024のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1026]
Cα領域が、SEQ ID NO：15、275、276、277、278、279、280、281もしくは282に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：30、283、284もしくは285に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
本発明1022、1023および1025のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1027]
Cα領域が、SEQ ID NO：15に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：30に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
本発明1022、1023、1025および1026のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1028]
（a）アルファ鎖が、SEQ ID NO：44、74、100、123、146、166、192、もしくは218に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖が、SEQ ID NO：57、85、111、134、154、177、203、もしくは229に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；あるいは
（b）アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：44および57のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：74および85のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：100および111のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：123および134のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：146および154のアミノ酸配列それぞれを含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：166および177のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：192および202のアミノ酸配列をそれぞれ含む；またはアルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：218および229のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
本発明1022、1023および1025～1027のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1029]
Cα領域が、SEQ ID NO：14、333、334、335、336、337、338、341、344、345、346、347もしくは348に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：29、339、340、342、343、350、351もしくは352に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
本発明1022、1024および1025のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1030]
Cα領域が、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：29に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
本発明1022、1024、1025および1029のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1031]
Cα領域が、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
本発明1022、1024、1025および1029のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1032]
1つまたは複数のシステイン残基の導入が、非システイン残基をシステイン残基で置換することを含む、本発明1025～1031のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1033]
Cα領域が、SEQ ID NO：333～337のいずれかに示される番号付けで48位に対応する位置にまたはSEQ ID NO：338もしくは341に示される番号付けで49位に対応する位置にシステインを含む；かつ／あるいは、Cβ領域が、SEQ ID NO：339もしくは340に示される番号付けで57位に対応する位置にまたはSEQ ID NO：342もしくは343に示される番号付けで58位に対応する位置にシステインを含む、本発明1025～1032のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1034]
（a）アルファ鎖が、SEQ ID NO：43、73、99、122、145、165、191、もしくは217に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖が、SEQ ID NO：56、84、110、133、153、176、202、もしくは228に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；あるいは
（b）アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：43および56のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：73および84のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：99および110のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：122および133のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：145および153のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：165および176のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：191および202のアミノ酸配列をそれぞれ含む；またはアルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：217および228のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
本発明1022、1024、1025、1029、1030、1032および1033のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1035]
（a）アルファ鎖が、SEQ ID NO：43、73、99、122、145、165、191、もしくは217に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖が、SEQ ID NO：359、370、371、372、373、374、375もしくは376に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；あるいは
（b）アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：43および359のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：73および370のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：99および371のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：122および372のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：145および373のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：165および374のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：191および375のアミノ酸配列をそれぞれ含む；またはアルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：217および376のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
本発明1022、1024、1025、1029、1031、1032および1033のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1036]
（i）SEQ ID NO：44および57のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；
（ii）SEQ ID NO：43およびSEQ ID NO：56に示されるアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；あるいは
（iii）（i）におけるアルファおよびベータ鎖配列それぞれとまたは（ii）におけるアルファおよびベータ鎖配列それぞれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはこれを超える配列同一性を独立して示すアルファおよびベータ鎖
を含み、
ここで、アルファ鎖が、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：61、62、および63のアミノ酸配列を含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
本発明1001～1035のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1037]
SEQ ID NO：43および56のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖配列と少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはこれを超える配列同一性を独立して示すアルファおよびベータ鎖を含み、
ここで、アルファ鎖が、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：61、62、および63のアミノ酸配列を含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
本発明1001～1036のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1038]
SEQ ID NO：43および56のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖を含む、本発明1001～1037のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1039]
SEQ ID NO：43および359のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖を含む、本発明1001～1037のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1040]
（i）SEQ ID NO：192および203のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；
（ii）SEQ ID NO：191およびSEQ ID NO：202に示されるアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；あるいは
（iii）（i）におけるアルファおよびベータ鎖配列それぞれとまたは（ii）におけるアルファおよびベータ鎖配列それぞれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはこれを超える配列同一性を独立して示すアルファおよびベータ鎖
を含み、
ここで、アルファ鎖が、SEQ ID NO：196、197および198のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：207、208および209のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
本発明1001～1035のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1041]
SEQ ID NO：191およびSEQ ID NO：375に示されるアミノ酸配列を含むアルファおよびベータ鎖を含む、本発明1001～1035および1040のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1042]
（i）SEQ ID NO：218および229のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；
（ii）SEQ ID NO：217およびSEQ ID NO：228に示されるアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；あるいは
（iii）（i）におけるアルファおよびベータ鎖配列それぞれとまたは（ii）におけるアルファおよびベータ鎖配列それぞれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはこれを超える配列同一性を独立して示すアルファおよびベータ鎖
を含み、
ここで、アルファ鎖が、SEQ ID NO：222、223および224のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：233、234および235のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
本発明1001～1028のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1043]
SEQ ID NO：217および376のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖を含む、本発明1001～1035および1042のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1044]
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって、
Vα領域が、SEQ ID NO：248に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；SEQ ID NO：249に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）；およびSEQ ID NO：250に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：259に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；SEQ ID NO：260に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）；およびSEQ ID NO：261に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む、
T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片。
[本発明1045]
Vα領域が、SEQ ID NO：247に示されるアミノ酸配列またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：258に示されるアミノ酸配列またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
本発明1044のTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1046]
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって、
Vα領域が、SEQ ID NO：247に示されるアミノ酸配列またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：258に示されるアミノ酸配列またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片。
[本発明1047]
TCRまたはその抗原結合断片が、MHC分子に関連してヒトパピローマウイルス（HPV）16 E6のペプチドエピトープに結合しまたはそれを認識し、
ペプチドエピトープが、E6（29-38）TIHDIILECV（SEQ ID NO：268）であるまたはそれを含む、
本発明1044～1046のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1048]
Vα領域が、SEQ ID NO：250に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）、またはSEQ ID NO：247に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR3を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：261に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）、またはSEQ ID NO：258に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR3を含む、
本発明1044～1047のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1049]
Vα領域が、SEQ ID NO：248に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）またはSEQ ID NO：247に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-1；およびSEQ ID NO：249に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）またはSEQ ID NO：247に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-2を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：259に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）またはSEQ ID NO：258に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-1；およびSEQ ID NO：260に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）またはSEQ ID NO：258に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-2を含む、
本発明1048のTCRまたは抗原結合断片。
[本発明1050]
Vα領域が、SEQ ID NO：247に示されるVα領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：258に示されるVβ領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
本発明1044～1049のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1051]
Vα領域が、SEQ ID NO：248、249、および250のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：259、260、および261のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
本発明1044～1050のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1052]
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：247および258のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む、本発明1044～1051のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1053]
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：247および258のアミノ酸配列をそれぞれ含む、本発明1044～1052のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1054]
アルファ鎖が、アルファ定常（Cα）領域をさらに含み、かつ／または、ベータ鎖が、ベータ定常（Cβ）領域をさらに含む、本発明1044～1053のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1055]
CαおよびCβ領域が、マウス定常領域である、本発明1054のTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1056]
CαおよびCβ領域が、ヒト定常領域である、本発明1054のTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1057]
Cαおよび／またはCβ領域が、アルファ鎖とベータ鎖との間に1つまたは複数の非天然ジスルフィド架橋を形成可能な1つまたは複数のシステイン残基の導入を含む、本発明1054～1056のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1058]
Cα領域が、SEQ ID NO：15、275、276、277、278、279、280、281もしくは282に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：30、283、284もしくは285に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
本発明1054、1055および1057のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1059]
Cα領域が、SEQ ID NO：15に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：30に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
本発明1054、1055、1057および1058のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1060]
（a）アルファ鎖が、SEQ ID NO：244に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖が、SEQ ID NO：255に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含み、任意で、アルファ鎖が、SEQ ID NO：248、249、および250のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：259、260、および261のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；あるいは
（b）アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：244および255のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
本発明1044～1059のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1061]
Cα領域が、SEQ ID NO：14、333、334、335、336、337、338、341、344、345、346、347もしくは348に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：29、339、340、342、343、350、351もしくは352に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
本発明1054、1056および1057のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1062]
Cα領域が、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：29に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
本発明1054、1056、1057および1061のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1063]
Cα領域が、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
本発明1054、1056、1057および1061のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1064]
1つまたは複数のシステイン残基の導入が、非システイン残基をシステイン残基で置換することを含む、本発明1057～1063のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1065]
Cα領域が、SEQ ID NO：333～337のいずれかに示される番号付けで48位に対応する位置にまたはSEQ ID NO：338もしくは341に示される番号付けで49位に対応する位置にシステインを含む；かつ／あるいは、Cβ領域が、SEQ ID NO：339もしくは340に示される番号付けで57位に対応する位置にまたはSEQ ID NO：342もしくは343に示される番号付けで58位に対応する位置にシステインを含む、本発明1057～1064のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1066]
（a）アルファ鎖が、SEQ ID NO：243に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖が、SEQ ID NO：254に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含み、任意で、アルファ鎖が、SEQ ID NO：248、249、および250のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：259、260、および261のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；あるいは
（b）アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：243および254のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
本発明1044～1059のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1067]
（a）アルファ鎖が、SEQ ID NO：243に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖が、SEQ ID NO：377に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含み、任意で、アルファ鎖が、SEQ ID NO：248、249、および250のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：259、260、および261のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；あるいは
（b）アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：243および377のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
本発明1044～1059のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1068]
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって、
Vα領域が、SEQ ID NO：10に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；SEQ ID NO：11に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）；および／またはSEQ ID NO：12に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：25に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；SEQ ID NO：26に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）；および／またはSEQ ID NO：27に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む、
T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片。
[本発明1069]
Vα領域が、SEQ ID NO：9に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：24に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
本発明1068のTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1070]
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって、
Vα領域が、SEQ ID NO：9に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：24に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片。
[本発明1071]
TCRまたはその抗原結合断片が、T細胞の表面で発現されたときに、標的がん細胞に対する細胞傷害活性を刺激し、
任意で、標的がん細胞が、HPV DNA配列を含有しもしくはHPV 16を発現し、かつ／または、
任意で、標的がん細胞が、SCC152である、
本発明1068～1070のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1072]
Vα領域が、SEQ ID NO：12に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）、またはSEQ ID NO：9に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR3を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：27に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）、またはSEQ ID NO：24に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR3を含む、
本発明1068～1071のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1073]
Vα領域が、SEQ ID NO：10に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）またはSEQ ID NO：9に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-1；およびSEQ ID NO：11に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）またはSEQ ID NO：9に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-2を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：25に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）またはSEQ ID NO：24に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-1；およびSEQ ID NO：26に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）またはSEQ ID NO：24に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-2を含む、
本発明1072のTCRまたは抗原結合断片。
[本発明1074]
Vα領域が、SEQ ID NO：9に示されるVα領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：24に示されるVβ領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
本発明1068～1073のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1075]
Vα領域が、SEQ ID NO：10、11、および12のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：25、26、および27のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、本発明1068～1074のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1076]
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：9および24のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む、本発明1068～1075のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1077]
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：9および24のアミノ酸配列をそれぞれ含む、本発明1068～1076のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1078]
アルファ鎖が、アルファ定常（Cα）領域をさらに含み、かつ／または、ベータ鎖が、ベータ定常（Cβ）領域をさらに含む、本発明1068～1077のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1079]
CαおよびCβ領域が、マウス定常領域である、本発明1078のTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1080]
CαおよびCβ領域が、ヒト定常領域である、本発明1078のTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1081]
Cαおよび／またはCβ領域が、アルファ鎖とベータ鎖との間に1つまたは複数の非天然ジスルフィド架橋を形成可能な1つまたは複数のシステイン残基の導入を含む、本発明1078～1080のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1082]
Cα領域が、SEQ ID NO：15、275、276、277、278、279、280、281もしくは282に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：30、283、284もしくは285に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
本発明1078、1079および1081のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1083]
Cα領域が、SEQ ID NO：15に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：30に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
本発明1078、1079、1081および1082のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1084]
（a）アルファ鎖が、SEQ ID NO：6に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖が、SEQ ID NO：21に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含み、任意で、アルファ鎖が、SEQ ID NO：10、11、および12のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：25、26、および27のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；あるいは
（b）アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：6および21のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
本発明1068～1083のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1085]
Cα領域が、SEQ ID NO：14、333、334、335、336、337、338、341、344、345、346、347もしくは348に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：29、339、340、342、343、350、351もしくは352に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
本発明1078、1080および1081のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1086]
Cα領域が、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：29に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
本発明1078、1080、1081および1085のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1087]
Cα領域が、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
本発明1078、1080、1081および1085のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1088]
1つまたは複数のシステイン残基の導入が、非システイン残基をシステイン残基で置換することを含む、本発明1081～1087のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1089]
Cα領域が、SEQ ID NO：333～337のいずれかに示される番号付けで48位に対応する位置にまたはSEQ ID NO：338もしくは341に示される番号付けで49位に対応する位置にシステインを含む；かつ／あるいは、Cβ領域が、SEQ ID NO：339もしくは340に示される番号付けで57位に対応する位置にまたはSEQ ID NO：342もしくは343に示される番号付けで58位に対応する位置にシステインを含む、本発明1081～1088のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1090]
（a）アルファ鎖が、SEQ ID NO：5に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖が、SEQ ID NO：20に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含み、任意で、アルファ鎖が、SEQ ID NO：10、11、および12のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：25、26、および27のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；あるいは
（b）アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：5および20のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
本発明1068～1089のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1091]
（a）アルファ鎖が、SEQ ID NO：5に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖が、SEQ ID NO：369に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含み、任意で、アルファ鎖が、SEQ ID NO：10、11、および12のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：25、26、および27のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；あるいは
（b）アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：5および369のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
本発明1068～1089のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1092]
コドン最適化されているヌクレオチド配列によってコードされる、本発明1001～1091のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1093]
アルファおよび／またはベータ鎖が、シグナルペプチドをさらに含む、本発明1001～1092のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1094]
単離もしくは精製された、または組換えである、本発明1001～1093のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1095]
組換えである、本発明1001～1094のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1096]
ヒトである、本発明1001～1095のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1097]
モノクローナルである、本発明1001～1096のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1098]
一本鎖である、本発明1001～1097のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1099]
二本の鎖を含む、本発明1001～1097のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1100]
抗原特異性が、少なくとも部分的にCD8非依存性である、本発明1001～1099のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1101]
MHC分子が、HLA-A2分子である、本発明1006～1043および1047～1067のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
[本発明1102]
本発明1001～1101のいずれかのTCRもしくはその抗原結合断片、またはそのアルファもしくはベータ鎖をコードする、核酸分子。
[本発明1103]
ヌクレオチド配列が、コドン最適化されている、本発明1102の核酸分子。
[本発明1104]
アルファ鎖をコードするヌクレオチド配列とベータ鎖をコードするヌクレオチド配列が、リボソームスキッピングを引き起こすペプチド配列によって隔てられている、本発明1102または本発明1103の核酸分子。
[本発明1105]
リボソームスキッピングを引き起こすペプチドが、P2AもしくはT2Aペプチドであり、かつ／または、SEQ ID NO：32もしくは302に示されるアミノ酸の配列を含む、本発明1104の核酸分子。
[本発明1106]
合成である、本発明1102～1105のいずれかの核酸。
[本発明1107]
cDNAである、本発明1102～1106のいずれかの核酸。
[本発明1108]
本発明1102～1107のいずれかの核酸を含む、ベクター。
[本発明1109]
発現ベクターである、本発明1108のベクター。
[本発明1110]
ウイルスベクターである、本発明1108または本発明1109のベクター。
[本発明1111]
ウイルスベクターが、レトロウイルスベクターである、本発明1110のベクター。
[本発明1112]
ウイルスベクターが、レンチウイルスベクターである、本発明1110または本発明1111のベクター。
[本発明1113]
レンチウイルスベクターが、HIV-1に由来する、本発明1112のベクター。
[本発明1114]
本発明1102～1107のいずれかの核酸分子または本発明1108～1113のいずれかのベクターを含む、操作された細胞。
[本発明1115]
本発明1001～1101のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片を含む、操作された細胞。
[本発明1116]
TCRまたはその抗原結合断片が、前記細胞とは異種である、本発明1114または本発明1115の操作された細胞。
[本発明1117]
細胞株である、本発明1114～1116のいずれかの操作された細胞。
[本発明1118]
対象から得られた初代細胞である、本発明1114～1116のいずれかの操作された細胞。
[本発明1119]
対象が、哺乳動物対象である、本発明1118の操作された細胞。
[本発明1120]
対象が、ヒトである、本発明1118または本発明1119の操作された細胞。
[本発明1121]
T細胞である、本発明1114～1120のいずれかの操作された細胞。
[本発明1122]
T細胞が、CD8+である、本発明1121の操作された細胞。
[本発明1123]
T細胞が、CD4+である、本発明1121の操作された細胞。
[本発明1124]
細胞が、ヒト細胞である、本発明1114～1123のいずれかの操作された細胞。
[本発明1125]
（a）TCRまたはその抗原結合断片が、ヒトアルファ定常（Cα）領域およびヒトベータ定常（Cβ）領域を含み、操作された細胞が、内因性ヒトTCRを含むまたはそれを発現する；
（b）操作された細胞が、内因性ヒトTCRアルファ鎖タンパク質および／または内因性TCRベータ鎖タンパク質を含むまたはそれを発現する；かつ／あるいは
（c）操作された細胞が、完全な内因性ヒトTCRアルファ鎖および／または完全な内因性ヒトTCRベータ鎖をコードするヌクレオチド配列を含む、
本発明1115～1124のいずれかの操作された細胞。
[本発明1126]
TCRまたはその抗原結合断片のVα領域が、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、TCRまたはその抗原結合断片のVβ領域が、SEQ ID NO：61、62、および63のアミノ酸配列を含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、本発明1115～1125のいずれかの操作された細胞。
[本発明1127]
TCRまたはその抗原結合断片のVα領域が、SEQ ID NO：47に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：60に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、本発明1115～1126のいずれかの操作された細胞。
[本発明1128]
TCRまたはその抗原結合断片のVαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：47および60のアミノ酸配列をそれぞれ含む、本発明1115～1127のいずれかの操作された細胞。
[本発明1129]
TCRまたはその抗原結合断片のCα領域が、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
TCRまたはその抗原結合断片のCβ領域が、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
本発明1115～1128のいずれかの操作された細胞。
[本発明1130]
ヒトアルファ定常（Cα）領域とヒトベータ定常（Cβ）領域とを含む組換えヒトTCRを含む操作された細胞であって、内因性ヒトTCRを含むまたはそれを発現する、操作された細胞。
[本発明1131]
組換えヒトTCRが、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含むVα領域、ならびにSEQ ID NO：61、62、および63のアミノ酸配列を含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含むVβ領域を含む、本発明1130の操作された細胞。
[本発明1132]
組換えヒトTCRが、SEQ ID NO：47に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むVα領域；およびSEQ ID NO：60に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むVβ領域を含む、本発明1130または本発明1131の操作された細胞。
[本発明1133]
組換えヒトTCRが、SEQ ID NO：47および60のアミノ酸配列をそれぞれ含むVα領域およびVβ領域を含む、本発明1130～1132のいずれかの操作された細胞。
[本発明1134]
組換えヒトTCRが、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含むCα領域；および／あるいは、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含むCβ領域を含む、本発明1130～1133のいずれかの操作された細胞。
[本発明1135]
本発明1114～1134のいずれかの操作された細胞を生産するための方法であって、本発明1108～1113のいずれかのベクターを細胞内にインビトロまたはエクスビボで導入することを含む、方法。
[本発明1136]
ベクターが、ウイルスベクターであり、導入することが、形質導入によって実行される、本発明1135の方法。
[本発明1137]
本発明1114～1134のいずれかの操作された細胞を含む、組成物。
[本発明1138]
操作された細胞が、CD4+および／またはCD8+ T細胞を含む、本発明1137の組成物。
[本発明1139]
操作された細胞が、CD4+およびCD8+ T細胞を含む、本発明1137または本発明1138の組成物。
[本発明1140]
本発明1122の操作されたCD8+細胞および本発明1123の操作されたCD4+細胞を含む、組成物。
[本発明1141]
TCRまたはその抗原結合断片が、少なくとも部分的にCD8非依存性であるMHC分子に関連してHPV 16のペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識する、本発明1137～1140のいずれかの組成物。
[本発明1142]
CD8+細胞およびCD4+細胞が、同じTCRまたはその抗原結合断片で操作されており、かつ／あるいは、各々が、MHC分子に関連してHPV 16の同じペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識するTCRまたはその抗原結合断片で操作されている、本発明1137～1141のいずれかの組成物。
[本発明1143]
薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、本発明1137～1142のいずれかの組成物。
[本発明1144]
本発明1114～1134のいずれかの操作された細胞をHPVに関連する疾患または障害を有する対象に投与することを含む、処置の方法。
[本発明1145]
本発明1137～1143のいずれかの組成物をHPVに関連する疾患または障害を有する対象に投与することを含む、処置の方法。
[本発明1146]
疾患または障害が、HPV16に関連する、本発明1144または本発明1145の方法。
[本発明1147]
疾患または障害が、がんである、本発明1144～1146のいずれかの方法。
[本発明1148]
本発明1114～1134のいずれかの操作された細胞を、がんを有する対象に投与することを含む、処置の方法。
[本発明1149]
本発明1137～1143のいずれかの組成物を、がんを有する対象に投与することを含む、処置の方法。
[本発明1150]
対象が、ヒトである、本発明1144～1149のいずれかの方法。
[本発明1151]
対象においてHPVに関連する疾患または障害を処置する際に使用するための、本発明1137～1143のいずれかの組成物。
[本発明1152]
対象においてHPVに関連する疾患または障害を処置するための医薬の製造のための、本発明1137～1143のいずれかの組成物の使用。
[本発明1153]
疾患または障害が、HPV16に関連する、本発明1151の組成物または本発明1152の使用。
[本発明1154]
疾患または障害が、がんである、本発明1151～1153のいずれかの組成物または使用。
[本発明1155]
対象においてがんを処置する際に使用するための、本発明1137～1143のいずれかの組成物。
[本発明1156]
対象においてがんを処置するための医薬の製造のための、本発明1137～1143のいずれかの組成物の使用。
[本発明1157]
対象が、ヒトである、本発明1151～1156のいずれかの組成物または使用。
様々な評価時点での生存標的細胞の喪失に基づいた、SCC152標的細胞とインキュベートしたTCR形質導入初代T細胞の溶解活性を示す。 様々な評価時点での生存標的細胞の喪失に基づいた、様々なエフェクター：標的（E：T）比でSCC152標的細胞とインキュベートしたTCR 57を発現するTCR形質導入初代T細胞の溶解活性を対照と比較して示す。 抗原発現がん細胞株を使用した、標的細胞を抗原特異的な様式で溶解する参照TCR形質導入初代ヒトT細胞の評価を示す。 組換えTCR発現エフェクター細胞を、NucLight Red（NLR）で標識されたHPV 16 E7を発現する標的細胞と培養することによって評価した場合の、TCR発現CD8+ T細胞の細胞溶解活性およびサイトカイン産生を示す。 組換えTCR発現エフェクター細胞を、NucLight Red（NLR）で標識されたHPV 16 E7を発現する標的細胞と培養することによって評価した場合の、TCR発現CD4+ T細胞の細胞溶解活性およびサイトカイン産生を示す。 操作された細胞をマウス腫瘍モデルに投与することによって評価される、組換えTCR 57を発現するCD4+およびCD8+ヒトT細胞のインビボ抗腫瘍活性を示す。図5Aは、平均腫瘍体積を示す。 操作された細胞をマウス腫瘍モデルに投与することによって評価される、組換えTCR 57を発現するCD4+およびCD8+ヒトT細胞のインビボ抗腫瘍活性を示す。図5Bは、1群当たりの個々のマウスの腫瘍体積を示す。 フローサイトメトリーによって評価してモック対照と比較した場合の、組換えTCR 57または参照TCR（E7 Ref）を発現する初代ヒトCD4+およびCD8+ T細胞におけるVベータ、CD8およびMHC/E7（11-19）ペプチドテトラマー結合の細胞表面発現を示す（図6A）。 各群についてのVベータ陽性CD8+およびCD4+ T細胞の割合を示す。 IncuCyte（登録商標）Live Cell Analysis System（Essen Bioscience）を使用した、赤色蛍光標識標的細胞の喪失によって示される、組換えTCR57、参照TCR（E7 Ref）およびモック対照を発現するCD8+ T細胞の細胞溶解活性を示す。 図7B～7Dは、HPV 16 E7を発現する様々なNucLight Red（NLR）標識標的細胞（SCC152、SCC090、CaSKi）と共培養した後の標的細胞死滅の割合の曲線下面積（AUC）によって表した場合の、組換えTCR 57または参照TCR（E7 Ref）を発現するCD4+ T細胞（図7Bおよび図7C）およびCD8+ T細胞（図7Bおよび図7D）の細胞溶解活性を示す。 図7Bの説明を参照のこと。 図7Bの説明を参照のこと。 HPV E7発現標的細胞SCC152、SCC090、CaSKiおよびK562-E7（E7を発現するK562細胞）と共培養した後のCD8+およびCD4+ T細胞についてのインターフェロン-ガンマ（IFN-γ）産生を示す。K562-E6細胞（非特異的抗原を発現する）またはHPV16 E7を発現するがHLA-A02:01を発現しないSiHa扁平上皮がん細胞を対照として評価した。 操作された細胞をマウス腫瘍モデルに投与した後に経時的な平均腫瘍体積の変化として表した場合の、組換えTCR 57を発現するCD4+およびCD8+ヒトT細胞のインビボ抗腫瘍活性を示す。 非標的ペプチドであるペプチドAおよびペプチドBに対するTCR 57の感受性を判定する、ペプチドタイトレーションの結果を示す。
詳細な説明
提供される態様は、中でも、T細胞受容体（TCR）、例えば、MHC分子に関連して、がん細胞および／またはヒトパピローマウイルス（HPV）に感染したもしくはHPV DNA配列を含有する細胞の表面に発現されるペプチドエピトープなどのがん抗原に関連するペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識するTCRなどの結合分子である。提供される態様は、中でも、そのような疾患および病態の処置において、ならびに／または、がん細胞、もしくはHPVに感染した細胞などのそのような細胞タイプを標的とするために有用なアプローチである。いくつかの態様では、TCRなどの提供される結合分子は、MHC分子に関連してHPV 16 E6またはE7のペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識する。そのような結合分子は、HPV 16 E6またはE7のペプチドエピトープへの特異的結合または認識を示す、T細胞受容体（TCR）およびその抗原結合断片ならびに抗体およびその抗原結合断片を含む。
また、結合分子をコードする核酸分子、結合分子を含有する操作された細胞、結合分子または細胞を含有する組成物、およびそのような結合分子、操作された細胞または組成物を投与することを伴う処置の方法、およびそのような結合分子、細胞または組成物の使用も提供される。いくつかの局面では、提供される結合分子、例えば、TCRまたはその抗原結合断片を発現する操作された細胞は、がん細胞、またはHPVに感染した細胞などのペプチドエピトープを発現する標的細胞に対して細胞傷害活性を示す。
養子細胞療法（関心対象の疾患または障害に特異的な組換え受容体または結合分子、例えば、組換えT細胞受容体（TCR）および／または他の組換え抗原受容体（キメラ抗原受容体など）を発現する細胞の投与を伴うもの、ならびに他の養子免疫細胞および養子T細胞療法を含む）は、がんならびに他の疾患および障害の処置において有効であり得る。ある特定の状況では、養子細胞療法に対する利用可能なアプローチは、必ずしも十分満足のいくものではない可能性がある。いくつかの状況では、最適な有効性は、投与された細胞が組換え受容体を発現する能力、ならびに組換え受容体が対象、腫瘍およびその環境内の標的、例えば、HPV 16 E6またはE7のペプチドエピトープなどの標的抗原を認識および結合する能力、ならびに免疫細胞の集団および／または治療用細胞組成物中の細胞などの細胞間での一様な、均一な、および／または一貫性のある受容体の発現能力に左右され得る。
いくつかの状況では、療法に対する最適な応答は、TCRなどの操作された組換え受容体が、細胞の表面に一貫してかつ確実に発現され、かつ／または、標的抗原に結合する能力に左右され得る。例えば、いくつかの場合に、ある特定の組換え受容体、例えば、TCRの特性は、ヒトT細胞などの細胞療法において使用される細胞において発現されるいくつかの場合に、組換え受容体の発現および／または活性に影響を及ぼし得る。いくつかの状況では、特定の組換え受容体、例えば、TCRの発現のレベルは、低い場合があり、そのような組換え受容体を発現するヒトT細胞などの操作された細胞の活性は、弱い発現または弱いシグナル伝達活性に起因して制限される可能性がある。いくつかの場合に、組換え受容体の発現の一貫性および／または効率、ならびに受容体の活性は、利用可能な治療アプローチのある特定の細胞またはある特定の細胞集団において制限される。いくつかの場合に、機能的活性を示すのに多数の操作されたT細胞（高いエフェクター：標的（E：T）比）が必要である。
いくつかの局面では、ヒト化および／または完全ヒト組換えTCRの開発は、技術的課題を提起している。例えば、いくつかの局面では、ヒト化および／または完全ヒト組換えTCR受容体は、ヒトT細胞へと操作されたときに、内因性TCR複合体と競合し、かつ／または内因性TCRαおよび／もしくはTCRβ鎖と誤対合を形成し得、これが、ある特定の局面では、組換えTCRのシグナル伝達、活性、および／または発現を低下させ、最終的には、操作された細胞の活性低下をもたらし得る。例えば、いくつかの場合に、細胞表面の複合体の発現を可能にする際に関与するインバリアントCD3シグナル伝達分子（例えば、共発現されたCD3 δ、ε、γおよびζ鎖の共発現が利用可能）などのシグナル伝達分子および／またはドメインに対する内因性TCRおよび／または誤対合した鎖を有するTCRとの競合に起因して、操作されたまたは組換えTCRの最適以下の発現が起こり得る。いくつかの局面では、利用可能なCD3ζ分子が、細胞におけるTCRの発現および機能を制限し得る。
いくつかの状況では、TCRなどのある特定の利用可能な組換え受容体は、内因性TCR鎖および／または他の因子との誤対合および／または競合に一部起因して、弱い発現または活性を示す可能性がある。いくつかの場合に、そのような組換えTCRがヒトT細胞において発現されたときの発現、活性および／または機能に関連したものを含め、ある特定のTCRについて内因性ヒトTCR鎖（1つまたは複数）の負の影響が観察されている。
これらの課題に取り組むための1つの方法は、内因性ヒトTCRαまたはTCRβ鎖との誤対合を防止するようにマウス定常ドメインを用いて組換えTCRを設計することであった。例えば、国際PCT公報番号WO 2015/184228に記載されているようなある特定の参照TCRは、そのような問題を回避するために参照TCR可変領域と組み合わせたマウス定常領域を用いることによって操作されている。しかしながら、マウス配列を有する組換えTCRの使用は、いくつかの局面では、免疫応答に対するリスクを示す可能性がある。これらの課題に取り組むための他のアプローチは、遺伝子破壊を、例えば、遺伝子編集によって、1つまたは複数のTCR鎖をコードする内因性遺伝子に導入することを含む。
いくつかの局面では、他の利用可能な組換えTCRと比較して、提供される組換えTCRは、中でも、マウス定常ドメインを用いて操作することおよび／または1つもしくは複数のTCR鎖をコードする内因性遺伝子に遺伝子破壊を導入することなどのアプローチを用いる必要なく、類似したまたは改善された発現および／または活性を可能にするTCRである。いくつかの局面では、提供される態様は、マウス定常ドメインを用いることまたは内因性TCRをコードする遺伝子に遺伝子破壊を導入することなしに、ある特定の完全ヒト組換えTCR（HPV E7に特異的なある特定の提供されるTCRなど）の発現および活性が改善されたという観察に基づく。いくつかの局面では、例示的なTCRを含めた、提供される組換えTCRは、ヒト定常ドメインを含有する完全ヒトTCRである。いくつかの局面では、提供される態様は、ヒトT細胞において内因性TCRの存在下であっても高くかつ一貫性のある発現および改善された機能的活性を示す組換えTCRの利点を提供する。
いくつかの態様では、提供される完全ヒトは、遺伝子破壊を、例えば、遺伝子編集によって、1つまたは複数のTCR鎖をコードする内因性遺伝子に導入することを含む。いくつかの場合に、そのような追加のアプローチはさらに、操作された細胞の1つまたは複数の活性を改善する可能性がある。
いくつかの局面では、提供される組換えTCRは、少なくとも部分的にCD8依存性であるTCRを含む。いくつかの場合に、MHC分子に関連したペプチドのTCR認識とそれに続くT細胞活性化は、CD8共受容体の存在下で促進される。例えば、CD8共受容体会合は、低～中程度のTCR親和性相互作用および／またはT細胞活性化を促進することができる（例えば、Kerry et al. J. Immunology (2003) 171(9): 4493-4503 および Robbins et al. J Immunology (2008) 180(9): 6116-6131を参照のこと）。提供される結合分子は、中でも、HPV E6またはE7ペプチドエピトープに対してCD8依存的結合を示す分子、例えばTCRである。そのような結合分子、例えばTCRは、CD8共発現の存在を必要とするTCRまたはその抗原結合断片よりも高い機能的アビディティーまたは親和性の利点を提供する可能性がある。いくつかの局面では、提供されるCD8依存性の結合分子、例えばTCRを、CD8を発現しない細胞、例えばT細胞において発現または操作することができる、例えば、CD4+細胞において発現または操作することができる。いくつかの局面では、提供されるTCRで操作されたCD4+細胞は、CD8共受容体の必要なく、機能的活性を示す。特定の態様では、提供される態様は、TCRで操作されたCD4+ T細胞、TCRで操作されたCD8+ T細胞、またはTCRで操作されたCD4+ T細胞およびTCRで操作されたCD8+ T細胞を含有する組成物の作製を可能にする。操作されたCD4+ T細胞および操作されたCD8+ T細胞を別々の組成物として提供することも、同じ組成物中に、例えば、特定のCD4+細胞またはその操作されたサブセット：CD8+ T細胞またはその操作されたサブセット比、例えば1：3～3：1の比、例えば1：2～2：1の比、例えば1：1または約1：1で製剤化または作製することもできる。いくつかの態様では、提供されるTCRを発現するCD4+およびCD8+ T細胞を含有するようにCD3+ T細胞組成物を操作することができる。
いくつかの局面では、提供される態様は、低いエフェクター：標的（E：T）比であっても例示的な完全ヒト組換えTCR（HPV E7に特異的なある特定の提供されるTCRなど）の発現および活性が改善されたという観察に基づく。組換え受容体を発現する操作されたT細胞の活性、例えば、細胞溶解活性は、いくつかの場合に、標的細胞（例えば、抗原を発現するがん細胞）と比較して操作されたT細胞がより少なく存在するときに制限される可能性がある。いくつかの局面では、とりわけ低いE：T比で完全ヒト配列を使用した際のそのような活性の改善は、療法、例えば、養子細胞療法の有効性を改善する上で有益である。
いくつかの場合に、組換えTCRなどの抗原特異的な組換え受容体を得るためのある特定の利用可能なアプローチは、異なる非標的抗原への交差反応性を示す組換え受容体をもたらすことができる（例えば、Cameron et al., (2013) Science Translational Medicine, 5(197): 197ra103を参照のこと）。いくつかの局面では、提供される態様は、本明細書に記載される通り、提供されるTCRが、中でも、他のペプチド抗原を発現する細胞への交差反応性または他のヒト白血球抗原（HLA）サブタイプへの同種反応性を示さない、完全ヒト組換えTCR（HPV E7に特異的なある特定の提供されるTCRなど）であるという観察に基づく。したがって、提供されるTCRは、対象において存在し得る非標的抗原などの他の抗原または非標的HLAサブタイプ上に存在するペプチドエピトープへの交差反応性のリスクが最小で、改善された発現および活性を示す。
いくつかの局面では、そのようなTCRを使用した治療的アプローチ、例えば、提供される組換えTCRを発現する操作されたヒトT細胞を用いた養子細胞療法は、最終的には、マウス定常領域を使用することに由来する免疫原性のリスクまたは交差反応性もしくはオフターゲット反応性に由来するリスクを最小限に抑えつつ、高い有効性をもたらすことができる。いくつかの場合に、そのような有効性は、細胞の追加の操作工程を必要とすることなく達成することができるが、いくつかの場合に、1つまたは複数の活性をさらに改善するために追加の操作をさらに使用することができる。いくつかの状況では、組換え受容体、そのような受容体をコードするポリヌクレオチド、操作された細胞および細胞組成物を含めた、提供される態様は、組換え受容体の活性およびHPVに関連するがんを標的とした養子細胞療法への応答を改善するために、組換え受容体を用いた利用可能な療法に勝る様々な利点を提供することができる。
本出願において言及される特許文書、科学論文およびデータベースを含む全ての刊行物は、あたかも各個々の刊行物が個別に参照により組み入れられるのと同程度に、全ての目的のためにその全体が参照により組み入れられる。本明細書に記載される定義が、参照により本明細書に組み入れられる特許、出願、公開出願および他の刊行物に記載される定義と相反する、またはそうでなければ矛盾する場合、本明細書に記載される定義が、参照により本明細書に組み入れられる定義より優先する。
本明細書において使用されるセクションの見出しは、編成を目的としたものにすぎず、記載されている主題を限定するものと解釈されるべきではない。
I. T細胞受容体および結合分子
結合分子、例えば、MHC分子に関連して、がん細胞および／またはヒトパピローマウイルス（HPV）に感染したもしくはHPV DNA配列を含有する細胞の表面に発現されるペプチドエピトープなどのがん抗原に関連するペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識する結合分子が本明細書に提供される。いくつかの態様では、提供される結合分子は、MHC分子に関連してHPV 16 E6またはE7のペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識する。いくつかの態様では、結合分子は、がん細胞または不死細胞株（例示的な細胞株SCC152など）の表面に発現される抗原のペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識する。そのような結合分子は、そのようなペプチドエピトープへの結合または認識について抗原特異性を示す、T細胞受容体（TCR）およびその抗原結合断片ならびに抗体およびその抗原結合断片を含む。また、いくつかの態様では、結合分子をコードする核酸分子、結合分子を含有する操作された細胞、組成物、ならびにそのような結合分子、操作された細胞または組成物を投与することを伴う処置の方法も提供される。いくつかの局面では、提供される結合分子、例えば、TCRまたは抗原結合断片を発現する操作された細胞は、がん細胞、またはHPVに感染したもしくはHPV DNA配列を含有する細胞（例えば、例示的な細胞株SCC152）などのペプチドエピトープを発現する標的細胞に対して細胞傷害活性を示す。
HPVは、子宮頸がんの大部分の症例において原因となる生物であり、肛門がん、膣がん、外陰部がん、陰茎がんおよび口咽頭がん、ならびに他のがんに関係している。一般的には、HPVゲノムは、細胞形質転換および複製に関与するタンパク質をコードする6個のオープンリーディングフレーム（E1、E2、E4、E5、E6およびE7）を含有する初期領域と、ウイルスカプシドのタンパク質をコードする2個のオープンリーディングフレーム（L1およびL2）を含有する後期領域を含有する。一般に、E6およびE7は、細胞周期調節に影響を及ぼし、がんの形成の一因となり得るがん遺伝子である。例えば、E6遺伝子産物は、p53分解を引き起こす可能性があり、E7遺伝子産物は、網膜芽細胞腫（Rb）不活性化を引き起こす可能性がある。
いくつかの局面では、TCRもしくはその抗原結合断片または抗体（例えば、その抗体断片）、およびタンパク質（前述の1つまたは複数を含有するキメラ分子、例えばキメラ受容体、例えば、TCR様CARなど）を含めた、提供される結合分子、ならびに／またはTCRもしくはCARを発現する操作された細胞は、HPV16 E6タンパク質、HPV16 E7タンパク質に由来するペプチドエピトープ、および／またはHPVに感染した細胞上に発現されるペプチドエピトープに結合する。いくつかの態様では、結合分子は、抗HPV16 E6結合分子または抗HPV16 E7結合分子などの抗HPV-16結合分子である。
いくつかの局面では、結合分子は、MHCクラスI分子などのMHC分子に関連してHPV 16 E6またはE7エピトープを認識するまたはそれに結合する。いくつかの局面では、MHCクラスI分子は、ヒト白血球抗原(HLA)-A2分子（その任意の1つまたは複数のサブタイプ、例えば、HLA-A*0201、*0202、*0203、*0206、または*0207を含む）である。いくつかの場合に、異なる集団間でサブタイプの頻度に差がある場合がある。例えば、いくつかの態様では、HLA-A2陽性の白色人種の95％超はHLA-A*0201であるが、中国系人種ではその頻度は、およそHLA-A*0201が23％、HLA-A*0207が45％、HLA-A*0206が8％およびHLA-A*0203が23％であると報告されている。いくつかの態様では、MHC分子は、HLA-A*0201である。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、HPV16 E6またはHPV 16 E7のエピトープまたは領域、例えば、SEQ ID NO：267～274のいずれかに示されるアミノ酸配列を含有する、以下の表1に示されるようなペプチドエピトープを認識するまたはそれに結合する。
（表１）HPV-16エピトープ
Figure 0007410868000001
いくつかの態様では、結合分子、例えば、TCRもしくはその抗原結合断片または抗体もしくはその抗原結合断片は、単離もしくは精製される、または組換えである。特定の態様では、提供される結合分子、例えば、TCRもしくはその抗原結合断片または抗体もしくはその抗原結合断片のいずれかは、組換えである。いくつかの局面では、結合分子、例えば、TCRもしくはその抗原結合断片または抗体もしくはその抗原結合断片は、ヒトである。いくつかの態様では、結合分子は、モノクローナルである。いくつかの局面では、結合分子は、一本鎖である。他の態様では、結合分子は、二本の鎖を含有する。いくつかの態様では、結合分子、例えば、TCRもしくはその抗原結合断片または抗体もしくはその抗原結合断片は、細胞の表面に発現される。
いくつかの局面では、提供される結合分子は、記載されるような特定のエピトープとの結合性、および／または特定の結合親和性を含めた結合特性などの、1つまたは複数の特定の機能的特徴を有する。
A. T細胞受容体（TCR）
いくつかの態様では、提供する結合分子は、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合フラグメントである。いくつかの態様では、「T細胞受容体」または「TCR」は、可変αおよびβ鎖（それぞれTCRαおよびTCRβとしても知られている）もしくは可変γおよびδ鎖（それぞれTCRγおよびTCRδとしても知られている）、またはその抗原結合部分を含有する分子であって、抗原、例えばMHC分子と結合したペプチド抗原もしくはペプチドエピトープと特異的に結合可能な分子である。いくつかの態様では、TCRは、αβ形である。典型的には、αβおよびγδ形で存在するTCRは、一般的に構造が類似しているが、それらを発現しているT細胞は、別個の解剖学的位置または機能を有し得る。TCRは、細胞表面にまたは可溶性形態で見出すことができる。一般的にTCRは、主要組織適合抗原複合体（MHC）分子と結合した、ペプチドなどの抗原を認識することを一般的に担うT細胞（またはTリンパ球）の表面に見出される。
特に述べないかぎり、「TCR」という用語は、完全TCRおよびその抗原結合部分または抗原結合フラグメントを包含すると理解すべきである。いくつかの態様では、TCRは、α鎖およびβ鎖を含有するTCRなどの、無傷または完全長TCRである。いくつかの態様では、TCRは、完全長TCRよりも小さいが、MHC分子において結合した特定のペプチドと結合する、例えばMHC-ペプチド複合体と結合する、抗原結合部分である。場合により、TCRの抗原結合部分またはフラグメントは、完全長または無傷TCRの構造ドメインの一部だけを含有する可能性があるが、それでも、完全TCRが結合するMHC-ペプチド複合体などのペプチドエピトープと結合することが可能である。場合により、抗原結合部分は、TCRの可変α（Vα）鎖および可変β（Vβ）鎖などのTCRの可変ドメイン、または特異的MHC-ペプチド複合体と結合するための結合部位を形成するために十分なその抗原結合フラグメントを含有する。
いくつかの態様では、TCRの可変ドメインは、一般的に抗原認識ならびに結合能ならびにペプチド、MHCおよび／またはMHC-ペプチド複合体の特異性への主要な寄与因子である相補性決定領域（CDR）を含有する。いくつかの態様では、TCRのCDRまたはその組み合わせは、所与のTCR分子の抗原結合部位の全てまたは実質的に全てを形成する。TCR鎖の可変領域内の様々なCDRは、CDRと比較してTCR分子間でより小さい多様性を一般的に示すフレームワーク領域（FR）によって一般的に隔てられている（例えば、Jores et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. U.S.A. 87:9138, 1990；Chothia et al., EMBO J. 7:3745, 1988を参照されたく、Lefranc et al., Dev. Comp. Immunol. 27:55, 2003も参照されたい）。いくつかの態様では、CDR3が、抗原結合性もしくは特異性を担う主なCDRであり、または所与のTCR可変領域上の3つのCDRの中で抗原認識および／もしくはペプチド-MHC複合体のプロセシング済みペプチド部分との相互作用に最も重要である。いくつかの状況では、アルファ鎖のCDR1は、ある特定の抗原ペプチドのN末端部分と相互作用することができる。いくつかの状況では、ベータ鎖のCDR1は、ペプチドのC末端部分と相互作用することができる。いくつかの状況では、CDR2は、MHC-ペプチド複合体のMHC部分との相互作用またはその認識に最も強く寄与する、またはそれを担う主CDRである。いくつかの態様では、β鎖の可変領域は、一般的に超抗原の結合に関与し、抗原を認識しない、さらなる超可変領域（CDR4またはHVR4）を含有することができる（Kotb (1995) Clinical Microbiology Reviews, 8:411-426）。
いくつかの態様では、TCRのα鎖および／またはβ鎖は、定常ドメイン、膜貫通ドメインおよび／または短い細胞質尾部も含有することができる（例えば、Janeway et al., Immunobiology: The Immune System in Health and Disease, 3rd Ed., Current Biology Publications, p. 4:33, 1997を参照されたい）。いくつかの局面では、TCRの各鎖（例えばアルファまたはベータ）は、1つのN末端免疫グロブリン可変ドメイン、1つの免疫グロブリン定常ドメイン、膜貫通領域、およびC末端に短い細胞質尾部を有することができる。いくつかの態様では、TCRは、例えば細胞質尾部を介して、シグナル伝達の媒介に関与するCD3複合体のインバリアントタンパク質と関連している。場合により、その構造のせいで、TCRはCD3のような他の分子およびそのサブユニットと関連することが可能になる。例えば、膜貫通領域と共に定常ドメインを含有するTCRは、該タンパク質を細胞膜に固定し、CD3シグナル伝達機構または複合体のインバリアントサブユニットと関連し得る。CD3シグナル伝達サブユニット（例えば、CD3γ、CD3δ、CD3εおよびCD3ζ鎖）の細胞内尾部は、1つまたは複数の免疫受容活性化チロシンモチーフまたはITAMを含有し、一般的にTCR複合体のシグナル伝達能に関与する。
TCRの様々なドメインまたは領域を決定または同定することは、当業者のレベルの範囲内である。場合により、ドメインまたは領域の正確な遺伝子座は、特定のドメインを説明するために使用される特定の構造的もしくは相同性モデリングまたは他の特徴に応じて変動することができる。TCRのドメイン編成を説明するために使用されるSEQ ID NOとして示される特定の配列への参照を含むアミノ酸への参照は、例証目的であり、提供される態様の範囲を限定するつもりはないことが理解されている。場合により、特定のドメイン（例えば、可変または定常）は、数個のアミノ酸（1、2、3または4つなど）だけ長いまたは短いことができる。いくつかの局面では、TCRの残基は、公知である、またはInternational Immunogenetics Information System （IMGT）番号付けシステムに従って同定することができる（例えば、www.imgt.orgを参照されたく；Lefranc et al. (2003) Developmental and Comparative Immunology, 27(1)；55-77；およびThe T Cell Factsbook 2nd Edition, Lefranc and LeFranc Academic Press 2001も参照されたい）。このシステムを使用して、TCR Vα鎖および／またはVβ鎖内のCDR1配列は、残基番号27～38（両端の数字を含む）の間に存在するアミノ酸に対応し、TCR Vα鎖および／またはVβ鎖内のCDR2配列は、残基番号56～65（両端の数字を含む）の間に存在するアミノ酸に対応し、TCR Vα鎖および／またはVβ鎖内のCDR3配列は、残基番号105～117（両端の数字を含む）の間に存在するアミノ酸に対応する。
いくつかの態様では、TCRのα鎖およびβ鎖は、それぞれ定常ドメインをさらに含有する。いくつかの態様では、α鎖定常ドメイン（Cα）およびβ鎖定常ドメイン（Cβ）は、個別に、ヒトまたはマウスなどの哺乳動物の定常ドメインである。いくつかの態様では、定常ドメインは、細胞膜に隣接する。例えばいくつかの場合では、2つの鎖によって形成されるTCRの細胞外部分は、2つの膜近位定常ドメインおよび2つの膜遠位可変ドメインを含有し、それらの可変ドメインは、それぞれCDRを含有する。
いくつかの局面では、ヒトCα領域を含有するアルファ鎖およびヒトCβを含有するベータ鎖などのヒト定常領域を含有するTCRが本明細書に提供される。いくつかの態様では、提供されるTCRは、完全ヒトである。提供されるTCRは、中でも、完全ヒトTCRなどのヒト定常領域を含有するTCRであり、その発現および／または活性は、ヒト細胞、例えば、初代ヒトT細胞などのヒトT細胞において発現されたときなどに、内因性ヒトTCRの存在によって影響を受けないまたはほとんど影響を受けない。特に、ある特定のTCR、例えば、TCR 57と称される例示的なTCR；またはSEQ ID NO：47に示されるVαおよびSEQ ID NO：60に示されるVβを含有するTCR；またはSEQ ID NO：48、49、50、61、62および63に示されるCDRを含有するTCRが、ヒト定常領域を用いてフォーマットされたときに、内因性TCRを含有する初代ヒトT細胞においてかなりの活性を示すことが本明細書において観察される。いくつかの態様では、ヒト定常領域を含有するそのようなTCRは、CD3複合体の成分などに対して、内因性ヒトTCRと競合して負けることはない。
いくつかの態様では、ヒト定常領域を含有するそのようなTCRは、ヒトT細胞などの内因性ヒトTCRを含有するまたは発現するヒト細胞によって発現されたとき、類似のヒト細胞であるが内因性TCRの発現が低下しているまたは排除されているヒト細胞における同じTCRの発現のレベル、機能的活性および／または抗腫瘍活性と比較した場合に、類似したもしくは改善されたレベルで細胞表面に発現され、類似したもしくはより大きな機能的活性（例えば、細胞溶解活性）を示し、かつ／または、類似したもしくはより大きな抗腫瘍活性を示す。いくつかの例では、本明細書に提供されるヒト定常領域を含有するTCRは、ヒトT細胞において発現されたとき、類似のヒトT細胞であるが内因性TCRの発現が低下しているまたは排除されているヒトT細胞において発現されたときの同じTCRの発現のレベルの少なくとも80％、85％、90％、95％、100％、105％、110％、115％もしくは120％または少なくとも約80％、85％、90％、95％、100％、105％、110％、115％もしくは120％であるレベルで細胞表面に発現される。いくつかの例では、本明細書に提供されるヒト定常領域を含有するTCRは、ヒトT細胞において発現されたとき、類似のヒト細胞であるが内因性TCRの発現が低下しているまたは排除されているヒト細胞において発現される同じTCRの活性の少なくとも80％、85％、90％、95％、100％、105％、110％、115％もしくは120％または少なくとも約80％、85％、90％、95％、100％、105％、110％、115％もしくは120％である抗原依存性の機能的活性、例えば細胞溶解活性を示す。いくつかの例では、本明細書に提供されるヒト定常領域を含有するTCRは、ヒトT細胞において発現されたとき、対象にインビボ投与されたときなどに、類似のヒト細胞であるが内因性TCRの発現が低下しているまたは排除されているヒト細胞において発現されたときの同じTCRの抗腫瘍活性の少なくとも80％、85％、90％、95％、100％、105％、110％、115％もしくは120％または少なくとも約80％、85％、90％、95％、100％、105％、110％、115％もしくは120％である抗腫瘍活性を示す。任意の上記態様のいくつかでは、内因性TCRの発現が低下しているまたは排除されている細胞は、TRACおよび／またはTRBCなどのTCRをコードする遺伝子および／または遺伝子産物が、例えば多種多様な遺伝子編集法のいずれかによって、低下、欠失、排除、ノックアウトまたは破壊された細胞を含むことができる。
いくつかの態様では、ヒト定常領域を含有するそのようなTCRは、ヒトT細胞などの内因性ヒトTCRを含有するまたは発現するヒト細胞によって発現されたとき、同じVβおよびVα領域を含有するがマウス定常領域を用いてフォーマットされた類似のTCRのヒト細胞において発現されたときの発現のレベル、機能的活性および／または抗腫瘍活性と比較した場合に、類似したもしくは改善されたレベルで細胞表面に発現され、類似したもしくはより大きな機能的活性（例えば、細胞溶解活性）を示し、かつ／または、類似したもしくはより大きな抗腫瘍活性を示す。いくつかの例では、本明細書に提供されるヒト定常領域を含有するTCRは、ヒトT細胞において発現されたとき、同じVβおよびVα領域を含有するがマウス定常領域を用いてフォーマットされた類似のTCRのヒトT細胞において発現されたときの発現のレベルの少なくとも80％、85％、90％、95％、100％、105％、110％、115％もしくは120％または少なくとも約80％、85％、90％、95％、100％、105％、110％、115％もしくは120％であるレベルで細胞表面に発現される。いくつかの例では、本明細書に提供されるヒト定常領域を含有するTCRは、ヒトT細胞において発現されたとき、同じVβおよびVα領域を含有するがマウス定常領域を用いてフォーマットされた類似のTCRのヒトT細胞において発現されたときの活性の少なくとも80％、85％、90％、95％、100％、105％、110％、115％もしくは120％または少なくとも約80％、85％、90％、95％、100％、105％、110％、115％もしくは120％である抗原依存性の機能的活性、例えば細胞溶解活性を示す。いくつかの例では、本明細書に提供されるヒト定常領域を含有するTCRは、ヒトT細胞において発現されたとき、対象にインビボ投与されたときなどに、同じVβおよびVα領域を含有するがマウス定常領域を用いてフォーマットされた類似のTCRのヒトT細胞において発現されたときの抗腫瘍活性の少なくとも80％、85％、90％、95％、100％、105％、110％、115％もしくは120％または少なくとも約80％、85％、90％、95％、100％、105％、110％、115％もしくは120％である抗腫瘍活性を示す。
いくつかの態様では、CαおよびCβドメインの各々は、ヒトである。いくつかの態様では、Cαは、TRAC遺伝子（IMGT命名法）によってコードされるかまたはそのバリアントである。いくつかの態様では、Cαのバリアントは、少なくとも1つの非天然システインの置換（本明細書に記載の任意の置換など）を含有する。いくつかの態様では、Cαまたはそのバリアントは、SEQ ID NO：14、333、334、335、336、337、338、341、344、345、346、347もしくは348に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：14、333、334、335、336、337、338、341、344、345、346、347もしくは348と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはこれを超える配列同一性を示すアミノ酸の配列を有するまたはそれを含む。いくつかの態様では、Cαは、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸の配列を有するまたはそれを含む。いくつかの態様では、Cβは、TRBC1もしくはTRBC2遺伝子（IMGT命名法）によってコードされるかまたはそのバリアントである。いくつかの態様では、Cβのバリアントは、少なくとも1つの非天然システインの置換（本明細書に記載の任意の置換など）を含有する。いくつかの態様では、Cβまたはそのバリアントは、SEQ ID NO：29、339、340、342、343、349、350、351もしくは352に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：29、339、340、342、343、349、350、351もしくは352と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはこれを超える配列同一性を示すアミノ酸の配列を有するまたはそれを含む。いくつかの態様では、Cβは、SEQ ID NO：29に示されるアミノ酸の配列を有するまたはそれを含む。いくつかの態様では、Cβは、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸の配列を有するまたはそれを含む。
いくつかの態様では、Cαは、SEQ ID NO：14、333、334、335、336、337、338、341、344、345、346、347もしくは348に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：14、333、334、335、336、337、338、341、344、345、346、347もしくは348と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはこれを超える配列同一性を示すアミノ酸の配列であるまたはそれを含み、かつ／あるいは、Cβは、SEQ ID NO：29、339、340、342、343、350、351もしくは352に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：29、339、340、342、343、350、351もしくは352と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはこれを超える配列同一性を示すアミノ酸の配列であるまたはそれを含む。
いくつかの態様では、提供されるTCRまたはその抗原結合断片のいずれかは、ヒト／マウスキメラTCRであることができる。いくつかの場合に、TCRまたはその抗原結合断片は、マウス定常領域を含むアルファ鎖および／またはベータ鎖を含む。いくつかの態様では、Cαは、SEQ ID NO：15もしくは275～282に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：15もしくは275～282と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはこれを超える配列同一性を示すアミノ酸の配列であるまたはそれを含む、マウス定常領域である。いくつかの態様では、Cαは、SEQ ID NO：15または275～282に示されるアミノ酸の配列であるまたはそれを含む。いくつかの態様では、Cβは、SEQ ID NO：30もしくは283～285に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：30もしくは283～285と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはこれを超える配列同一性を示すアミノ酸の配列であるまたはそれを含む、マウス定常領域である。いくつかの態様では、Cβは、SEQ ID NO：30または283～285に示されるアミノ酸の配列であるまたはそれを含む。
いくつかの態様では、Cαは、SEQ ID NO：275、276もしくは279に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：275、276もしくは279と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはこれを超える配列同一性を示すアミノ酸の配列であるまたはそれを含み、かつ／あるいは、Cβは、SEQ ID NO：283もしくは284に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：283もしくは284と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはこれを超える配列同一性を示すアミノ酸の配列であるまたはそれを含む。いくつかの態様では、Cαおよび／またはCβは、WO 2015/184228、WO 2015/009604およびWO 2015/009606に記載の任意のCαおよび／またはCβであるまたはそれを含む。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、アルファ鎖および／またはベータ鎖のバリアントを含む。いくつかの態様では、バリアントは、アルファまたはベータ鎖の定常領域に1つ、2つ、3つまたは4つまたはより多くのアミノ酸置換を有する、本明細書に記載のTCRのいずれかのアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、置換アミノ酸配列（1つまたは複数）を含むTCR（またはその機能的部分）は、有利なことに、非置換アミノ酸配列を含む親TCRと比較した場合に、内因性TCR鎖（1つまたは複数）との誤対合の減少、宿主細胞による発現の増加、HPV 16標的の認識の増加、および抗腫瘍活性の増加の1つまたは複数を提供する。
いくつかの態様では、定常領域は、非置換マウス定常領域のアルファアミノ酸配列、例えばSEQ ID NO：275、276または279、およびベータアミノ酸配列、例えば282、283または284の全部または一部とそれぞれ対応するTCR αおよびβ鎖のマウス定常領域の置換アミノ酸配列を含有する。いくつかの態様では、定常領域は、SEQ ID NO：280および285にそれぞれ示されるマウス定常領域TCR αおよびβ鎖の置換アミノ酸配列であり、ここで、SEQ ID NO：280は、SEQ ID NO：279と比較して1つ、2つ、3つ、または4つのアミノ酸置換を有し、SEQ ID NO：285は、SEQ ID NO：284と比較して1つのアミノ酸置換を有する。いくつかの態様では、TCRのバリアントは、（a）SEQ ID NO：280（アルファ鎖の定常領域）［配列中、（i）48位のXは、ThrまたはCysであり；（ii）112位のXは、Ser、Gly、Ala、Val、Leu、Ile、Pro、Phe、Met、またはTrpであり；（iii）114位のXは、Met、Gly、Ala、Val、Leu、Ile、Pro、Phe、Met、またはTrpであり；（iv）115位のXは、Gly、Ala、Val、Leu、Ile、Pro、Phe、Met、またはTrpである］；および（b）SEQ ID NO：285（ベータ鎖の定常領域）［配列中、56位のXは、SerまたはCysである］のアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、Cαは、SEQ ID NO：280に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：280と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはこれを超える配列同一性を示すアミノ酸の配列であるまたはそれを含み、かつ／あるいは、Cβは、SEQ ID NO：285に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：285と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはこれを超える配列同一性を示すアミノ酸の配列であるまたはそれを含む。
いくつかの態様では、TCRは、ジスルフィド結合（1つまたは複数）などによって連結されている、二本の鎖αおよびβのヘテロダイマーであってよい。いくつかの態様では、TCRの定常ドメインは、システイン残基がジスルフィド結合を形成することによってTCRの二本の鎖を連結する、短い接続配列を含有してよい。いくつかの態様では、TCRは、TCRが定常ドメイン中に2つのジスルフィド結合を含有するように、α鎖およびβ鎖の各々に追加のシステイン残基を有してよい。いくつかの態様では、定常ドメインおよび可変ドメインの各々は、システイン残基によって形成されるジスルフィド結合を含有する。
いくつかの態様では、TCRは、導入されたジスルフィド結合（1つまたは複数）を含有することができる。いくつかの態様では、天然ジスルフィド結合は存在しない。いくつかの態様では、天然鎖間ジスルフィド結合を形成する天然システインの1つまたは複数（例えば、α鎖およびβ鎖の定常ドメイン中）は、セリンまたはアラニンなどの別の残基に置換される。いくつかの態様では、導入されたジスルフィド結合は、アルファおよびベータ鎖上の非システイン残基（例えば、α鎖およびβ鎖の定常ドメイン中の）をシステインに変異させることによって形成することができる。TCR αおよびβ鎖中の反対のシステインは、置換されたTCRのTCR αおよびβ鎖の定常領域を互いに連結し、かつ、非置換天然ヒト定常領域または非置換天然マウス定常領域などの天然ジスルフィド結合が存在する非置換定常領域を含むTCR中に存在しない、ジスルフィド結合を提供する。いくつかの態様では、非天然システイン残基（例えば、1つまたは複数の非天然ジスルフィド結合をもたらす）が組換えTCR中に存在することは、それが導入された細胞において、天然TCR鎖を含有するミスマッチしたTCR対の発現よりも所望の組換えTCRの産生に有利に働き得る。
TCRの例示的な非天然ジスルフィド結合は、公開された国際PCT番号WO2006/000830およびWO2006/037960に記載されている。いくつかの態様では、SEQ ID NO：333～335もしくは337のいずれかに示されるCαまたはSEQ ID NO：339もしくは340に示されるCβの番号付けを参照にして、Cα鎖のThr48およびCβ鎖のSer57に対応する残基、Cα鎖のThr45およびCβ鎖のSer77残基、Cα鎖のTyr10およびCβ鎖のSer17残基、Cα鎖のThr45およびCβ鎖のAsp59残基ならびに／またはCα鎖のSer15およびCβ鎖のGlu15残基にシステインを導入または置換することができる。
いくつかの態様では、提供されるシステイン変異のいずれかを、別の配列中、例えば、上記のヒトまたはマウスのCαおよびCβ配列中の対応する位置に作ることができる。タンパク質の位置に関する「対応する」という用語、例えば、アミノ酸位置が、配列表に示されるような開示の配列中のアミノ酸位置「に対応する」との記述は、開示の配列とアラインメントさせたときに構造配列アラインメントに基づいてまたはGAPアルゴリズムなどの標準的なアライメントアルゴリズムを使用して特定されるアミノ酸位置を指す。例えば、対応する残基は、本明細書に記載されるような構造アラインメント法による参照配列と、SEQ ID NO：333、334、335、336もしくは337のいずれかに示されるCα配列、またはSEQ ID NO：339もしくは340に示されるCβ配列とのアラインメントによって決定することができる。配列をアラインすることによって、当業者は、例えば、保存されたおよび同一のアミノ酸残基をガイドとして使用して、対応する残基を特定することができる。例えば、Cα鎖中のThr48は、SEQ ID NO：338または341に示される配列中のThr49とアラインするかまたはそれに対応し、Cβ鎖中のSer57は、SEQ ID NO：342または343に示される配列中のSer58とアラインするかまたはそれに対応する。
いくつかの態様では、定常領域は、天然ヒト定常領域と比較して、上記のようなThr48およびSer57位に対応する位置でシステイン置換される。いくつかの態様では、TCRのバリアントは、SEQ ID NO：334の天然Thr48およびSEQ ID NO：339の天然Ser57の一方または両方がCysで置換されている、システイン置換されたものである。いくつかの態様では、Cαは、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：14と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはこれを超える配列同一性を示すアミノ酸の配列であるまたはそれを含み、かつ／あるいは、Cβは、SEQ ID NO：29に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：29と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはこれを超える配列同一性を示すアミノ酸の配列であるまたはそれを含む。いくつかの態様では、TCRは、SEQ ID NO：14および29にそれぞれ示されるCα鎖およびCβ鎖を含む。いくつかの態様では、Cαは、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：14と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはこれを超える配列同一性を示すアミノ酸の配列であるまたはそれを含み、かつ／あるいは、Cβは、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：350と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはこれを超える配列同一性を示すアミノ酸の配列であるまたはそれを含む。いくつかの態様では、TCRは、SEQ ID NO：14および350にそれぞれ示されるCα鎖およびCβ鎖を含む。
いくつかの態様では、定常領域は、天然マウス定常領域と比較して、上記のようなThr48およびSer57位に対応する位置でシステイン置換される。いくつかの態様では、TCRのバリアントは、SEQ ID NO：279の天然Thr48およびSEQ ID NO：284の天然Ser57の一方または両方がCysで置換されている、システイン置換されたキメラTCRである。いくつかの態様では、Cαは、SEQ ID NO：15もしくは281に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：15もしくは281と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはこれを超える配列同一性を示すアミノ酸の配列であるまたはそれを含み、かつ／あるいは、Cβは、SEQ ID NO：30に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：30と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはこれを超える配列同一性を示すアミノ酸の配列であるまたはそれを含む。いくつかの態様では、TCRは、SEQ ID NO：15および30にそれぞれ示されるCα鎖およびCβ鎖を含む。いくつかの態様では、TCRは、SEQ ID NO：281および30にそれぞれ示されるCα鎖およびCβ鎖を含む。
いくつかの態様では、バリアントは、αおよびβ鎖の一方または両方の定常領域の膜貫通（TM）ドメインにおける1、2または3つのアミノ酸を疎水性アミノ酸により置換して、疎水性アミノ酸置換TCRを提供することを含む。TCRのTMドメインにおける疎水性アミノ酸置換は、TMドメインにおいて疎水性アミノ酸置換を欠如するTCRと比較して、TCRのTMドメインの疎水性を増加させ得る。いくつかの態様では、TCRのバリアントは、SEQ ID NO：279の天然Ser112、Met114、およびGly115のうちの1、2、または3つを含み、それらの残基は、独立して、Gly、Ala、Val、Leu、He、Pro、Phe、Met、またはTrpで；例えばLeu、Ile、またはValで置換されている場合がある。いくつかの態様では、Cαは、SEQ ID NO：282に示されるアミノ酸配列またはSEQ ID NO：282と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれよりも大きい配列同一性を示すアミノ酸配列であるまたはそれを含み、かつ／あるいはCβは、SEQ ID NO：284に示されるアミノ酸配列またはSEQ ID NO：284と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれよりも大きい配列同一性を示すアミノ酸配列であるまたはそれを含む。
いくつかの態様では、バリアントは、αおよびβ鎖の一方または両方の定常領域の膜貫通（TM）ドメインにおける1、2、または3つのアミノ酸の、疎水性アミノ酸による置換と組み合わせて、αおよびβ鎖の一方または両方の定常領域にシステイン置換を含む。いくつかの態様では、バリアントは、SEQ ID NO：279の天然Thr48がCysにより置換されている；SEQ ID NO：279の天然Ser112、Met114、およびGly115のうちの1、2、または3つが独立してGly、Ala、Val、Leu、Ile、Pro、Phe、Met、またはTrpにより、例えばLeu、Ile、またはValにより置換されている；ならびにSEQ ID NO：284の天然Ser57がCysにより置換されている。いくつかの態様では、Cαは、SEQ ID NO：277に示されるアミノ酸配列またはSEQ ID NO：277と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれよりも大きい配列同一性を示すアミノ酸配列であるまたはそれを含み、かつ／あるいはCβは、SEQ ID NO：30に示されるアミノ酸配列またはSEQ ID NO：30と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれよりも大きい配列同一性を示すアミノ酸配列であるまたはそれを含む。
提供されるTCRの例示的な配列（例えばCDR、Vαおよび／またはVβならびに定常領域配列）を、本明細書の以下、例えばセクションI.A.1に記載する。
いくつかの態様では、TCRは、完全長TCRである。いくつかの態様では、TCRは、抗原結合部分である。いくつかの態様では、TCRは、ダイマー性TCR（dTCR）である。いくつかの態様では、TCRは、単鎖TCR（sc-TCR）である。TCRは、細胞結合型または可溶性形態であり得る。いくつかの態様では、TCRは、細胞表面に発現された細胞結合型である。
いくつかの態様では、dTCRは、提供されるTCR α鎖可変領域配列に対応する配列が、TCR α鎖定常領域細胞外配列に対応する配列のN末端に融合されている第一のポリペプチド、および提供されるTCR β鎖可変領域配列に対応する配列が、TCR β鎖定常領域細胞外配列に対応する配列のN末端に融合されている第二のポリペプチドを含有し、第一および第二のポリペプチドは、ジスルフィド結合によって連結されている。いくつかの態様では、結合は、天然ダイマー性αβTCRに存在する天然鎖間ジスルフィド結合に対応することができる。いくつかの態様では、鎖間ジスルフィド結合は、天然TCR中に存在しない。例えば、いくつかの態様では、1つまたは複数のシステインをdTCRポリペプチド対の定常領域細胞外配列に組み入れることができる。場合により、天然および非天然ジスルフィド結合の両方が望ましい場合がある。いくつかの態様では、TCRは、膜に固定するための膜貫通配列を含有する。
いくつかの態様では、dTCRは、可変αドメイン、定常αドメインおよび定常αドメインのC末端に結合した第一のダイマー化モチーフを含有する、提供されるTCR α鎖、ならびに可変βドメイン、定常βドメインおよび定常βドメインのC末端に結合した第一のダイマー化モチーフを含む、提供されるTCR β鎖を含有し、その際、第一および第二のダイマー化モチーフは、容易に相互作用して、第一のダイマー化モチーフにおけるアミノ酸と第二のダイマー化モチーフにおけるアミノ酸との間にTCR α鎖とTCR β鎖とを一緒に連結する共有結合を形成する。
いくつかの態様では、TCRは、MHC-ペプチド複合体と結合可能な、α鎖およびβ鎖を含有するアミノ酸単鎖であるscTCRである。典型的には、scTCRは、当業者に公知の方法を用いて作製することができる。例えば、国際公開公報PCT WO96／13593、WO96／18105、WO99／18129、WO04／033685、WO2006／037960、WO2011／044186；米国特許第7,569,664号；およびSchlueter, C. J. et al. J. Mol. Biol. 256, 859 (1996)を参照されたい。
いくつかの態様では、scTCRは、提供されるTCR α鎖可変領域配列に対応するアミノ酸配列によって構成される第一のセグメント、提供されるTCR β鎖可変領域配列が、TCR β鎖定常ドメイン細胞外配列に対応するアミノ酸配列のN末端と融合したものに対応するアミノ酸配列によって構成される第二のセグメント、および第一のセグメントのC末端を第二のセグメントのN末端に連結しているリンカー配列を含有する。
いくつかの態様では、scTCRは、提供されるTCR β鎖可変領域に対応するアミノ酸配列によって構成される第一のセグメント、提供されるTCR α鎖可変領域配列が、TCR α鎖定常ドメイン細胞外配列に対応するアミノ酸配列のN末端と融合したものに対応するアミノ酸配列によって構成される第二のセグメント、および第一のセグメントのC末端を第二のセグメントのN末端に連結しているリンカー配列を含有する。
いくつかの態様では、scTCRは、提供されるα鎖可変領域配列がα鎖細胞外定常ドメイン配列のN末端と融合したものによって構成される第一のセグメント、ならびに提供されるβ鎖可変領域配列がβ鎖細胞外定常配列および膜貫通配列のN末端と融合したものによって構成される第二のセグメント、ならびに任意で、第一のセグメントのC末端を第二のセグメントのN末端に連結しているリンカー配列を含有する。
いくつかの態様では、scTCRは、提供されるTCR β鎖可変領域配列がβ鎖細胞外定常ドメイン配列のN末端と融合したものによって構成される第一のセグメント、ならびに提供されるα鎖可変領域配列がα鎖細胞外定常配列および膜貫通配列のN末端と融合したものによって構成される第二のセグメント、ならびに任意で、第一のセグメントのC末端を第二のセグメントのN末端に連結しているリンカー配列を含有する。
いくつかの態様では、scTCRがMHC-ペプチド複合体と結合するために、αおよびβ鎖は、対形成しなければならず、それにより、その可変領域配列はそのような結合のために配向する。scTCRにおけるαおよびβの対形成を促進する様々な方法は、当技術分野において周知である。いくつかの態様では、α鎖とβ鎖を連結してポリペプチド単鎖を形成するリンカー配列が含まれる。いくつかの態様では、リンカーは、α鎖のC末端とβ鎖のN末端との間、またはその逆の距離にわたるために十分な長さを有するべきである一方で、リンカーの長さは、標的ペプチド-MHC複合体とのscTCRの結合を遮断または減少させるほどは長くない。
いくつかの態様では、第一および第二のTCRセグメントを連結するscTCRのリンカーは、ポリペプチド単鎖を形成可能であるが、一方でTCRの結合特異性を保持する任意のリンカーであることができる。いくつかの態様では、リンカー配列は、例えば式-P-AA-P-［式中、Pはプロリンであり、AAは、アミノ酸がグリシンおよびセリンであるアミノ酸配列を表す］を有し得る。いくつかの態様では、第一および第二のセグメントは、対形成することにより、その可変領域配列はそのような結合のために配向する。したがって、リンカーは、場合により第一のセグメントのC末端と第二のセグメントのN末端との間、またはその逆の距離にわたるために十分な長さを有するが、標的リガンドとのscTCRの結合を遮断または減少させるほどは長くない。いくつかの態様では、リンカーは、約10から45個のアミノ酸、例えば10から30個のアミノ酸または26から41個のアミノ酸残基、例えば29、30、31または32個のアミノ酸を含有することができる。いくつかの態様では、リンカーは、式-PGGG-(SGGGG)n-P-［式中、nは5または6であり、Pはプロリンであり、Gはグリシンであり、Sはセリンである］（SEQ ID NO：287）を有する。いくつかの態様では、リンカーは、配列
Figure 0007410868000002
を有する。
いくつかの態様では、scTCRは、アミノ酸単鎖の残基間にジスルフィド結合を含有し、ジスルフィド結合は、場合により単鎖分子のα領域とβ領域との間の対形成の安定性を促進することができる（例えば米国特許第7,569,664号を参照されたい）。いくつかの態様では、scTCRは、α鎖の定常ドメインの免疫グロブリン領域残基を単鎖分子のβ鎖の定常ドメインの免疫グロブリン領域残基に連結しているジスルフィド共有結合を含有する。いくつかの態様では、ジスルフィド結合は、天然dTCRに存在する天然ジスルフィド結合に対応する。いくつかの態様では、天然TCR中のジスルフィド結合は存在しない。いくつかの態様では、ジスルフィド結合は、例えば1つまたは複数のシステインをscTCRポリペプチドの第一および第二の鎖領域の定常領域細胞外配列に組み入れることにより、導入された非天然ジスルフィド結合である。例示的なシステイン変異には、上記のいずれかが含まれる。場合により、天然および非天然ジスルフィド結合の両方が存在し得る。
いくつかの態様では、scTCRは、そのC末端に融合された異種ロイシンジッパーが鎖の会合を容易にする、非ジスルフィド結合短縮TCRである（例えば国際公開公報PCT WO99／60120を参照されたい）。いくつかの態様では、scTCRは、ペプチドリンカーを介してTCRβ可変ドメインと共有結合的に連結したTCRα可変ドメインを含有する（例えば、国際公開公報PCT WO99／18129を参照されたい）。
いくつかの態様では、dTCRまたはscTCRを含めた、提供されるTCRのいずれかを、T細胞表面に活性TCRをもたらすシグナル伝達ドメインと連結することができる。いくつかの態様では、TCRは、細胞表面に発現される。いくつかの態様では、TCRは、膜貫通配列に対応する配列を実際に含有する。いくつかの態様では、膜貫通ドメインは、正電荷を帯びている。いくつかの態様では、膜貫通ドメインは、CαまたはCβ膜貫通ドメインであることができる。いくつかの態様では、膜貫通ドメインは、非TCR起源、例えば、CD3z、CD28またはB7.1からの膜貫通領域であることができる。いくつかの態様では、TCRは、細胞質配列に対応する配列を実際に含有する。いくつかの態様では、TCRは、CD3zシグナル伝達ドメインを含有する。いくつかの態様では、TCRは、CD3とTCR複合体を形成可能である。
いくつかの態様では、TCRは、可溶性TCRである。いくつかの態様では、可溶性TCRは、WO99／60120またはWO03／020763に記載の構造を有する。いくつかの態様では、TCRは、例えばそれが発現される細胞への膜固定を許すために、膜貫通配列に対応する配列を含有しない。いくつかの態様では、TCRは、細胞質配列に対応する配列を含有しない。
1. 例示的なTCR
MHC分子に関連して、がん細胞、および／またはHPVに感染した細胞、もしくはHPV DNA配列を含有する細胞の表面に発現されるペプチドエピトープなどのがん抗原のエピトープまたは領域を認識するまたはそれに結合する、TCRまたはその抗原結合断片が本明細書に提供される。いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、扁平上皮がんに由来するおよびHPV DNA配列を含有する細胞株であるSCC152と称される細胞株（ATCC（登録商標）CRL-3240（商標））の表面に発現される抗原に結合するまたはそれを認識する。いくつかの局面では、結合分子、例えば、TCRを含有するT細胞の細胞傷害活性は、そのような細胞と、抗原を発現する標的細胞、例えば、がん細胞および／またはHPV 16（HPV 16 E6またはHPV 16 E7など）を発現するもの（例えば、SCC152細胞）との接触によって刺激される。いくつかの態様では、本明細書に提供される提供されるTCRまたはその抗原結合断片は、中でも、MHCに関連してHPV 16のペプチドエピトープ（例えば、HPV 16 E6のペプチドエピトープまたはHPV 16 E7のペプチドエピトープ）に結合するまたはそれを認識するものである。
そのようなTCRまたはその抗原結合断片は、中でも、記載のようなアルファおよび／もしくはベータ鎖可変（VαまたはVβ）領域配列のいずれかを個々に、またはそのような鎖（1つまたは複数）の十分な抗原結合部分を含有する、TCRまたはその抗原結合断片である。いくつかの態様では、提供されるTCRまたはその抗原結合断片（例えば、抗HPV 16 E6または抗HPV 16 E7 TCR）は、記載のようなCDR-1、CDR-2および／もしくはCDR-3を含有するVα領域配列またはその十分な抗原結合部分を含有する。いくつかの態様では、提供されるTCRまたはその抗原結合断片（例えば、抗HPV 16 E6または抗HPV 16 E7 TCR）は、記載のようなCDR-1、CDR-2および／もしくはCDR-3を含有するVβ領域配列または十分な抗原結合部分を含有する。いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片（例えば 抗HPV 16 E6または抗HPV 16 E7 TCR）は、記載のようなCDR-1、CDR-2および／またはCDR-3を含有するVα領域配列を含有し、かつ、記載のようなCDR-1、CDR-2および／またはCDR-3を含有するVβ領域配列を含有する。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を有するものである。
いくつかの態様では、TCRは、アミノ酸配列X1X2X3X4X5X6X7X8X9X10X11X12X13（SEQ ID NO：292）［配列中、X1=AまたはGであり；X2=A、G、P、V、またはLであり；X3=A、K、N、Y、D、またはSであり；X4=R、M、I、T、またはGであり；X5=N、E、L、D、V、または不在であり；X6=Y、G、N、D、または不在であり；X7=S、N、G、または不在であり；X8=G、N、Y、または不在であり；X9=D、F、G、N、または不在であり；X10=A、N、Q、またはYであり；X11=K、R、またはNであり；X12=F、L、またはYであり；X13=I、M、S、T、V、またはYである］を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有するVα領域を含有する。いくつかの態様では、TCRは、アミノ酸配列X1X2X3X4X5X6X7X8X9X10X11X12X13（SEQ ID NO：356）［配列中、X1=AまたはGであり；X2=A、G、P、V、またはLであり；X3=A、K、N、Y、D、またはSであり；X4=R、M、I、T、またはGであり；X5=N、E、L、V、または不在であり；X6=Y、G、N、D、または不在であり；X7=S、N、G、または不在であり；X8=G、N、Y、または不在であり；X9=D、F、G、N、または不在であり；X10=A、N、Q、またはYであり；X11=K、R、またはNであり；X12=F、L、またはYであり；X13=I、M、S、T、V、またはYである］を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有するVα領域を含有する。いくつかの態様では、TCRは、アミノ酸配列AVNX4X5X6X7X8NX10X11LX13（SEQ ID NO：293）［配列中、X4=MまたはIであり；X5=EまたはLであり；X6=GまたはNであり；X7=S、G、または不在であり；X8=SまたはNであり；X10=YまたはAであり；X11=KまたはRであり；X13=TまたはMである］を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有するVα領域を含有する。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：12、50、80、106、129、150、172、198、224、もしくは250のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有するVα領域を含有する。いくつかの局面では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：9、47、77、103、126、149、169、195、221、もしくは247のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列内に含有されるCDR3を含有するVα領域を含有する。
いくつかの態様では、TCRは、アミノ酸配列X1X2X3X4X5X6X7X8X9X10X11X12X13（SEQ ID NO：289）［配列中、X1=AまたはSであり；X2=A、I、S、またはYであり；X3=S、T、またはRであり；X4=G、K、R、L、P、S、またはQであり；X5=D、G、R、T、またはWであり；X6=A、E、F、R、S、Q、TまたはVであり；X7=A、R、G、Y、または不在であり；X8=G、N、S、または不在であり；X9=A、D、G、S、またはYであり；X10=L、N、またはYであり；X11=EまたはVであり；X12=LまたはQであり；X13=F、Y、またはTである］を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有するVβ領域を含有する。いくつかの態様では、TCRは、アミノ酸配列X1X2X3X4X5X6X7X8X9X10X11X12X13（SEQ ID NO：357）［配列中、X1=AまたはSであり；X2=A、I、S、またはYであり；X3=S、T、またはRであり；X4=G、K、R、L、P、S、またはQであり；X5=D、G、T、またはWであり；X6=A、E、F、R、S、Q、TまたはVであり；X7=A、R、G、Y、または不在であり；X8=G、N、S、または不在であり；X9=A、D、G、S、またはYであり；X10=L、N、またはYであり；X11=EまたはVであり；X12=LまたはQであり；X13=F、Y、またはTである］を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有するVβ領域を含有する。いくつかの態様では、TCRは、アミノ酸配列X1X2X3X4X5X6X7X8X9X10EQF（SEQ ID NO：290）［配列中、X1=AまたはSであり；X2=AまたはSであり；X3=SまたはRであり；X4=S、L、またはPであり；X5=W、D、またはRであり；X6=R、T、またはQであり；X7=R、G、Y、または不在であり；X8=G、N、またはSであり；X9=G、D、またはYであり；X10=NまたはLである］を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有するVβ領域を含有する。いくつかの態様では、TCRは、アミノ酸配列X1X2X3X4X5X6X7X8X9X10EQY（SEQ ID NO：291）［配列中、X1=AまたはSであり；X2=I、S、またはYであり；X3=SまたはTであり；X4=G、P、R、またはTであり；X5=RまたはTであり；X6=F、S、A、またはVであり；X7=SまたはTである］を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有するVβ領域を含有する。
いくつかの場合に、TCRは、SEQ ID NO：27、63、91、115、138、158、183、209、235、もしくは261のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有するVβ領域を含有する。いくつかの態様では、TCRは、SEQ ID NO：24、60、88、114、137、157、180、206、232、もしくは258のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列内に含有されるCDR3を含有するVβ領域を含有する。
いくつかの態様では、Vα領域は、SEQ ID NO：10、48、78、104、127、170、196、222、もしくは248のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）を含有する。いくつかの局面では、Vα領域は、SEQ ID NO：9、47、77、103、126、149、169、195、221、もしくは247のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列内に含有されるCDR-1を含有する。いくつかの態様では、Vα領域は、SEQ ID NO：11、49、79、105、128、171、197、223、もしくは249のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）を含有する。いくつかの態様では、Vα領域は、SEQ ID NO：9、47、77、103、126、149、169、195、221、もしくは247のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列内に含有されるCDR-2を含有する。
いくつかの場合に、Vβ領域は、SEQ ID NO：25、61、89、181、207、233、もしくは259のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）を含有する。いくつかの局面では、Vβ領域は、SEQ ID NO：24、60、88、114、137、157、180、206、232、もしくは258のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列内に含有されるCDR-1を含有する。いくつかの態様では、Vβ領域は、SEQ ID NO：26、62、90、182、208、234、もしくは260のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）を含有する。いくつかの態様では、Vβ領域は、SEQ ID NO：24、60、88、114、137、157、180、206、232、もしくは258のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列内に含有されるCDR-2を含有する。
いくつかの態様では、Vα領域は、SEQ ID NO：9、47、77、103、126、149、169、195、221、もしくは247のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含有する。いくつかの場合に、Vβ領域は、SEQ ID NO：24、60、88、114、137、157、180、206、232、もしくは258のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含有する。いくつかの態様では、TCRは、そのようなVα鎖配列のいずれかを含むアルファ鎖およびそのようなVβ鎖配列のいずれかを含有する。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片のアルファ鎖はさらに、アルファ定常（Cα）領域またはその部分を含有する。いくつかの局面では、ベータ鎖はさらに、ベータ定常（Cβ）領域またはその部分を含有する。したがって、いくつかの態様では、TCR、例えば、HPV 16 E6またはE7 TCRまたはその抗原結合断片は、可変アルファ（Vα）領域およびアルファ定常（Cα）領域を含むアルファ鎖もしくはその部分、ならびに／または、可変ベータ（Vβ）領域およびベータ定常領域（Cβ）を含むベータ鎖もしくはその部分を含有する。
いくつかの場合に、CαおよびCβ領域は、上記のようないずれかを含む、マウス定常領域、例えば、天然またはバリアント（例えば、システイン置換された）マウス定常領域である。いくつかの態様では、Cα領域は、SEQ ID NO：15、275、276、277、278、279、281もしくは282に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含有する。いくつかの場合に、Cβ領域は、SEQ ID NO：30、283、284もしくは285に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含有する。いくつかの態様では、Cα領域は、SEQ ID NO：15に示されるアミノ酸配列を含有する。いくつかの態様では、Cβ領域は、SEQ ID NO：30に示されるアミノ酸配列を含有する。
いくつかの態様では、CαおよびCβ領域は、上記のようないずれかを含む、ヒト定常領域、例えば、天然またはバリアント（例えば、システイン置換された）ヒト定常領域である。いくつかのそのような態様では、Cα領域は、SEQ ID NO：14、333、334、335、336、337、338、341、344、345、346、347もしくは348のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含む。いくつかの局面では、Cβ領域は、SEQ ID NO：29、339、340、342、343、349、350、351もしくは352に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含有する。いくつかの態様では、Cα領域は、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列を含有する。いくつかの態様では、Cβは、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸の配列を有するまたはそれを含む。いくつかの態様では、Cβ領域は、SEQ ID NO：29に示されるアミノ酸配列を含有する。
そのようなCαおよび／またはCβ領域は、中でも、例えば、1つまたは複数の非天然システイン残基の組み込みによって修飾されているものである。いくつかの態様では、修飾は、SEQ ID NO：333～335もしくは337のいずれかに示されるCαまたはSEQ ID NO：339もしくは340に示されるCβの番号付けを参照にして、Cα鎖のThr48および／またはCβ鎖のSer57残基、Cα鎖のThr45および／またはCβ鎖のSer77残基、Cα鎖のTyr10および／またはCβ鎖のSer17残基、Cα鎖のThr45およびCβ鎖のAsp59残基および／またはCα鎖のSer15およびCβ鎖のGlu15残基でのシステインの導入に相当する。
いくつかのそのような態様では、Cα領域は、残基48に対応する位置に非天然システインを含有し、SEQ ID NO：14のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有し、導入された非天然システイン残基（1つまたは複数）を含有する、配列を含む。いくつかの局面では、Cβ領域は、残基57に対応する位置に非天然システインを含有し、SEQ ID NO：29に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有し、非天然システイン残基（1つまたは複数）を含有する、配列を含有する。いくつかの局面では、Cβ領域は、残基57に対応する位置に非天然システインを含有し、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有し、非天然システイン残基（1つまたは複数）を含有する、配列を含有する。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：5、43、73、99、122、145、165、191、217、もしくは243に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列であるまたはそれを含むアルファ鎖、および／あるいは、SEQ ID NO：20、56、84、110、133、153、176、202、228、もしくは254に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列であるまたはそれを含むベータ鎖を含む。いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：5、43、73、99、122、145、165、191、217、もしくは243に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列であるまたはそれを含むアルファ鎖、および／あるいは、SEQ ID NO：369、359、370、371、372、373、374、375、376もしくは377に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列であるまたはそれを含むベータ鎖を含む。
いくつかのそのような態様では、Cα領域は、残基48に対応する位置に非天然システインを含有し、SEQ ID NO：15のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有し、導入された非天然システイン残基（1つまたは複数）を含有する、配列を含む。いくつかの局面では、Cβ領域は、残基57に対応する位置に非天然システインを含有し、SEQ ID NO：30に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有し、非天然システイン残基（1つまたは複数）を含有する、配列を含有する。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：6、44、74、100、123、146、166、192、218もしくは244に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列であるまたはそれを含むアルファ鎖、および／あるいは、SEQ ID NO：21、57、85、111、134、154、177、203、229もしくは255に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列であるまたはそれを含むベータ鎖を含む。
いくつかの態様では、TCRのアルファ鎖および／またはベータ鎖は、シグナルペプチド（リーダー配列とも呼ばれる）を含むヌクレオチドの配列によってコードされる。そのようなシグナルペプチドの非限定例は、SEQ ID NO：13、28、51、64、81、92、107、130、173、199、225、251、184、210、236、262、286、294、327～332、349および353～355のいずれかに示されるアミノ酸の配列を有するまたはそれを含むシグナルペプチドである。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：7、45、75、101、124、147、167、193、219もしくは245に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列であるまたはそれを含むアルファ鎖、および／あるいは、SEQ ID NO：22、58、86、112、135、155、178、204、230もしくは256に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列であるまたはそれを含むベータ鎖を有する。いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、（a）SEQ ID NO：7、45、75、101、124、147、167、193、219もしくは245に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列であるまたはそれを含むアルファ鎖、および／あるいは、（b）SEQ ID NO：22、58、86、112、135、155、178、204、230もしくは256に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列であるまたはそれを含むベータ鎖をコードするヌクレオチドの配列によってコードされる。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：7、45、75、101、124、147、167、193、219もしくは245に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列であるまたはそれを含むアルファ鎖、および／あるいは、SEQ ID NO：378、360、379、380、381、382、383、384、385もしくは386に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列であるまたはそれを含むベータ鎖を有する。いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、（a）SEQ ID NO：7、45、75、101、124、147、167、193、219もしくは245に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列であるまたはそれを含むアルファ鎖、および／あるいは、（b）SEQ ID NO：378、360、379、380、381、382、383、384、385もしくは386に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列であるまたはそれを含むベータ鎖をコードするヌクレオチドの配列によってコードされる。
いくつかの態様では、アルファ鎖をコードする核酸およびベータ鎖をコードする核酸を、本明細書の他の箇所に記載のいずれかなどのリンカーによって接続することができる。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：8、46、76、102、125、148、168、194、220もしくは246に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列であるまたはそれを含むアルファ鎖、および／あるいは、SEQ ID NO：23、59、87、113、136、156、179、205、231もしくは257に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列であるまたはそれを含むベータ鎖を有する。いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、（a）SEQ ID NO：8、46、76、102、125、148、168、194、220もしくは246に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列であるまたはそれを含むアルファ鎖、および／あるいは、（b）SEQ ID NO：23、59、87、113、136、156、179、205、231もしくは257に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列であるまたはそれを含むベータ鎖をコードするヌクレオチドの配列によってコードされる。いくつかの態様では、アルファ鎖をコードする核酸およびベータ鎖をコードする核酸を、本明細書の他の箇所に記載のいずれかなどのリンカーによって接続することができる。
いくつかの態様では、本明細書に提供されるTCRまたはその抗原結合断片は、中でも、がん細胞、および／またはHPVに感染したもしくはHPV DNA配列を含有する細胞の表面に発現される抗原に結合するまたはそれを認識するものである。いくつかの局面では、そのような結合または認識は、SCC152と称される細胞株に関するものである。いくつかの局面では、そのようなTCRまたはその抗原結合断片を含有するまたは発現する操作されたT細胞は、がん標的細胞、および／またはHPVに感染したもしくはHPV DNA配列を含有する標的細胞、例えばSCC152細胞と接触させたときに細胞傷害活性を示す。
例示的なそのようなTCRまたは抗原結合断片は、表2Aおよび2B、例えばその中の各行に示されるものである。いくつかの態様では、VαおよびVβ領域は、表2Aまたは2B、例えばその中の各行に示されるSEQ ID NOに対応するアミノ酸配列を含有する。いくつかの態様では、VαおよびVβ領域は、表2Aまたは2B、例えばその中の各行に示されるVαおよびVβ領域内に含有されるCDR-1、CDR-2およびCDR-3配列を含有する。いくつかの局面では、TCRは、定常アルファおよび定常ベータ領域配列、例えば、表2Aまたは2B、例えばその中の各行に示されるSEQ ID NOに対応するものを含有する。いくつかの場合に、TCRは、可変および定常鎖を含む完全配列、例えば、表2Aまたは2B、例えばその中の各行に示されるSEQ ID NOに対応する配列（「完全」）を含有する。いくつかの態様では、可変および定常領域を含有する完全配列はまた、シグナル配列を含み、したがって、表2Aまたは2B、例えばその中の各行に示されるSEQ ID NOに対応する配列（「完全＋シグナル」）を含む。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を含有するものである。そのような配列を含有する例示的なTCR、または本明細書の他の箇所に記載のようなそれらの修飾型も、表2Aおよび2B、例えばその中の各行にそれぞれ示される。
（表２Ａ）ヒト定常を有するがん抗原（例えば、SCC152）TCRのSEQ ID NO
Figure 0007410868000003
（表２Ｂ）マウス定常を有するがん抗原（例えば、SCC152）TCRのSEQ ID NO
Figure 0007410868000004
いくつかの態様では、本明細書に提供されるTCRまたはその抗原結合断片は、中でも、アミノ酸配列TIHDIILECV（SEQ ID NO. 268）を含むペプチドエピトープE6（29-38）などのHPV16 E6のエピトープまたは領域を認識するまたはそれに結合するものである。いくつかの局面では、本明細書に提供されるTCRまたはその抗原結合断片は、中でも、アミノ酸配列YMLDLQPET（SEQ ID NO. 271）を含むペプチドエピトープE7（11-19）などのHPV16 E7タンパク質のエピトープまたは領域を認識するまたはそれに結合するものである。例示的なそのようなTCRが以下に記載される。
a. HPV 16 E6（29-38）
抗HPV 16 E6（29-38）TCRまたはその抗原結合断片が本明細書に提供される。いくつかの場合に、TCRは、E6（29-38）TIHDIILECV（SEQ ID NO：268）であるまたはそれを含有するHPV16 E6に由来するペプチドエピトープを認識するまたはそれに結合する。いくつかの態様では、TCRは、MHCクラスI、例えばHLA-A2などのMHCに関連してHPV 16 E6（29-38）を認識するまたはそれに結合する。いくつかの態様では、提供されるTCRまたはその抗原結合断片は、HPV 16 E6（29-38）-ペプチド-MHCテトラマー複合体に結合可能であるまたはそれに結合する。
いくつかの態様では、Vα領域は、SEQ ID NO：250に示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有する。いくつかの態様では、Vα領域はさらに、SEQ ID NO：248に示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）を含有する。いくつかの態様では、Vα領域はさらに、SEQ ID NO：249に示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）を含有する。いくつかの場合に、Vα領域は、SEQ ID NO：247に示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列内に含有されるCDR-1、CDR-2 およびCDR-3を含有する。
いくつかの態様では、Vβ領域は、SEQ ID NO：261に示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有する。いくつかの態様では、Vβ領域はさらに、SEQ ID NO：259に示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）を含有する。いくつかの態様では、Vβ領域はさらに、SEQ ID NO：260に示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）を含有する。いくつかの例では、Vβ領域は、SEQ ID NO：258に示されるアミノ酸配列、またはそのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列内に含有されるCDR-1、CDR-2 およびCDR-3を含有する。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：248に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）、SEQ ID NO：249に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）、および／またはSEQ ID NO：250に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有するVα領域を含有する。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を有するものである。いくつかの局面では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：259に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）、SEQ ID NO：260に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）および／またはSEQ ID NO：261に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有するVβ領域を含有する。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を有するものである。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：248、249、および250のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVα領域を含有し、かつ、Vβ領域は、SEQ ID NO：259、260、および261のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有する。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を有するものである。
いくつかの態様では、TCRまたは抗原結合断片は、表3に示される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVα領域；ならびに表3に示される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVβ領域を含む。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を含有するものである。そのようなCDRを含有する例示的なTCR、または本明細書の他の箇所に記載のようなそれらの修飾型も、表3に示される。
（表３）HPV16 E6（29-38）TCRのCDRのSEQ ID NO
Figure 0007410868000005
いくつかの場合に、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：247および258のアミノ酸配列をそれぞれ含有するVαおよびVβ領域を含有する。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を含有するものである。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片のアルファ鎖はさらに、Cα領域またはその部分を含有し、かつ／あるいは、ベータ鎖はさらに、Cβ領域またはその部分を含有する。いくつかの態様では、Cα領域またはその部分は、例えば、SEQ ID NO：14、333、334、335、336、337、338、341、344、345、346、347もしくは348のいずれか、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列に示される、ヒトCα領域、例えば、天然ヒトCα領域またはそのバリアントであるまたはそれを含む。いくつかの局面では、Cβ領域またはその部分は、例えば、SEQ ID NO：29、339、340、342、343、349、350、351もしくは352、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列に示される、ヒトCβ領域、例えば、天然ヒトCβ領域またはそのバリアントであるまたはそれを含む。いくつかの態様では、Cαおよび／またはCβ領域は、例えば、本明細書に記載のいずれかなどの、1つまたは複数の非天然システイン残基の組み込みによって、修飾されているバリアントである。いくつかの態様では、Cα領域またはその部分は、残基48に非天然システインを含有し、SEQ ID NO：14のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有し、導入された非天然システイン残基（例えば、Cys48）を含有する、配列を含む。いくつかの局面では、Cβ領域は、残基57に非天然システインを含有し、SEQ ID NO：29に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含有する。いくつかの局面では、Cβ領域は、残基57に非天然システインを含有し、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含有する。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：243に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含むアルファ鎖、および／あるいは、SEQ ID NO：254に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含むベータ鎖を含む。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：243に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含むアルファ鎖、および／あるいは、SEQ ID NO：377に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含むベータ鎖を含む。
いくつかの態様では、Cα領域またはその部分は、例えば、SEQ ID NO：15、275、276、277、278、279、281もしくは282のいずれか、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列に示される、マウスCα領域、例えば、天然マウスCα領域またはそのバリアントであるまたはそれを含む。いくつかの局面では、Cβ領域またはその部分は、例えば、SEQ ID NO：30、283、284もしくは285、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列に示される、マウスCβ領域、例えば、天然マウスCβ領域またはそのバリアントであるまたはそれを含む。いくつかの態様では、Cαおよび／またはCβ領域は、例えば、本明細書に記載のいずれかなどの、1つまたは複数の非天然システイン残基の組み込みによって、修飾されているバリアントである。いくつかの態様では、Cα領域またはその部分は、残基48に非天然システインを含有し、SEQ ID NO：15のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有し、導入された非天然システイン残基（例えば、Cys48）を含有する、配列を含む。いくつかの局面では、Cβ領域は、残基57に非天然システインを含有し、SEQ ID NO：30に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含有する。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：244に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含むアルファ鎖、および／あるいは、SEQ ID NO：255に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含むベータ鎖を含む。
例示的なTCRまたは抗原結合断片は、表4Aおよび4B、例えばその中の各行に示されるものを含む。いくつかの態様では、VαおよびVβ領域は、表4Aまたは4B、例えばその中の各行に示されるSEQ ID NOに対応するアミノ酸配列を含有する。いくつかの態様では、VαおよびVβ領域は、表4Aまたは4B、例えばその中の各行に示されるVαおよびVβ領域内に含有されるCDR-1、CDR-2およびCDR-3配列を含有する。いくつかの局面では、TCRは、定常アルファおよび定常ベータ領域配列、例えば、表4Aまたは4B、例えばその中の各行に示されるSEQ ID NOに対応するものを含有する。いくつかの場合に、TCRは、可変および定常鎖を含む完全配列、例えば、表4Aまたは4B、例えばその中の各行に示されるSEQ ID NOに対応する配列（「完全」）を含有する。いくつかの態様では、可変および定常領域を含有する完全配列はまた、シグナル配列を含み、したがって、表4Aまたは4B、例えばその中の各行に示されるSEQ ID NOに対応する配列（「完全＋シグナル」）を含む。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を含有するものである。そのような配列を含有する例示的なTCR、または本明細書の他の箇所に記載のようなそれらの修飾型も、表4Aおよび4Bにそれぞれ、例えばその中の各行に示される。
（表４Ａ）ヒト定常を有するHPV16 E6（29-38）TCRのSEQ ID NO
Figure 0007410868000006
（表４Ｂ）マウス定常を有するHPV16 E6（29-38）TCRのSEQ ID NO
Figure 0007410868000007
b. HPV 16 E7（11-19）
抗HPV 16 E7（11-19）TCRまたはその抗原結合断片が本明細書に提供される。いくつかの場合に、TCRは、E7（11-19）YMLDLQPET（SEQ ID NO：271）であるまたはそれを含有するHPV 16 E7に由来するペプチドエピトープを認識するまたはそれに結合する。いくつかの態様では、TCRは、MHCクラスI、例えば、HLA-A2などのMHCに関連してHPV 16 E7（11-19）を認識するまたはそれに結合する。いくつかの態様では、提供されるTCRまたはその抗原結合断片は、HPV 16 E7（11-19）-ペプチド-MHCテトラマー複合体に結合可能であるまたはそれに結合する。いくつかの局面では、そのようなTCRまたはその抗原結合断片を含有するまたは発現する操作されたT細胞は、がん標的細胞、および／またはHPVに感染したもしくはHPV DNA配列を含有する標的細胞、例えばSCC152細胞と接触させたときに細胞傷害活性を示す。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、アミノ酸配列X1X2X3X4X5X6X7X8X9X10X11X12X13（SEQ ID NO：292）［配列中、X1=AまたはGであり；X2=A、G、P、V、またはLであり；X3=A、K、N、Y、D、またはSであり；X4=R、M、I、T、またはGであり；X5=N、E、L、D、V、または不在であり；X6=Y、G、N、D、または不在であり；X7=S、N、G、または不在であり；X8=G、N、Y、または不在であり；X9=D、F、G、N、または不在であり；X10=A、N、Q、またはYであり；X11=K、R、またはNであり；X12=F、L、またはYであり；X13=I、M、S、T、V、またはYである］を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有するVα領域を含有する。いくつかの態様では、TCRは、アミノ酸配列X1X2X3X4X5X6X7X8X9X10X11X12X13（SEQ ID NO：356）［配列中、X1=AまたはGであり；X2=A、G、P、V、またはLであり；X3=A、K、N、Y、D、またはSであり；X4=R、M、I、T、またはGであり；X5=N、E、L、V、または不在であり；X6=Y、G、N、D、または不在であり；X7=S、N、G、または不在であり；X8=G、N、Y、または不在であり；X9=D、F、G、N、または不在であり；X10=A、N、Q、またはYであり；X11=K、R、またはNであり；X12=F、L、またはYであり；X13=I、M、S、T、V、またはYである］を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有するVα領域を含有する。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、アミノ酸配列AVNX4X5X6X7X8X9X10X11LX13（SEQ ID NO：293）［配列中、X4=MまたはIであり；X5=EまたはLであり；X6=GまたはNであり；X7=S、G、または不在であり；X8=SまたはNであり；X10=YまたはAであり；X11=KまたはRであり、X13=TまたはMである］を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有するVα領域を含有する。
いくつかの局面では、TCRまたはその抗原結合断片は、アミノ酸配列X1X2X3X4X5X6X7X8X9X10X11X12X13（SEQ ID NO：289）［配列中、X1=AまたはSであり；X2=A、I、S、またはYであり；X3=S、T、またはRであり；X4=G、K、R、L、P、S、またはQであり；X5=D、G、R、T、またはWであり；X6=A、E、F、R、S、Q、TまたはVであり；X7=A、R、G、Y、または不在であり；X8=G、N、S、または不在であり；X9=A、D、G、S、またはYであり；X10=L、N、またはYであり；X11=EまたはVであり；X12=LまたはQであり；X13=F、Y、またはTである］を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有するVβ領域を含有する。いくつかの態様では、TCRは、アミノ酸配列X1X2X3X4X5X6X7X8X9X10X11X12X13（SEQ ID NO：357）［配列中、X1=AまたはSであり；X2=A、I、S、またはYであり；X3=S、T、またはRであり；X4=G、K、R、L、P、S、またはQであり；X5=D、G、T、またはWであり；X6=A、E、F、R、S、Q、TまたはVであり；X7=A、R、G、Y、または不在であり；X8=G、N、S、または不在であり；X9=A、D、G、S、またはYであり；X10=L、N、またはYであり；X11=EまたはVであり；X12=LまたはQであり；X13=F、Y、またはTである］を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有するVβ領域を含有する。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、アミノ酸配列X1X2X3X4X5X6X7X8X9X10EQF（SEQ ID NO：290）［配列中、X1=AまたはSであり；X2=AまたはSであり；X3=SまたはRであり；X4=S、L、またはPであり；X5=W、D、またはRであり；X6=R、T、またはQであり；X7=R、G、Y、または不在であり；X8=G、N、またはSであり；X9=G、D、またはYであり；X10=NまたはLである］を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有するVβ領域を含有する。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、アミノ酸配列X1X2X3X4X5X6X7X8X9X10EQY（SEQ ID NO：291）［配列中、X1=AまたはSであり；X2=I、S、またはYであり；X3=SまたはTであり；X4=G、P、R、またはTであり；X5=RまたはTであり；X6=F、S、A、またはVであり；X7=SまたはTである］を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含有するVβ領域を含有する。
いくつかの態様では、Vα領域は、SEQ ID NO：50、80、106、129、150、172、198もしくは224のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）、またはSEQ ID NO：47、77、103、126、149、169、195、もしくは221のいずれかに示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR3を含有する。いくつかの態様では、Vα領域は、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一のCDR3配列を含有する。
いくつかの態様では、Vα領域はさらに、SEQ ID NO：48、78、104、127、170、196、もしくは222のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）、またはSEQ ID NO：47、77、103、126、149、169、195、もしくは221のいずれかに示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR1を含有する。いくつかの態様では、Vα領域は、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一のCDR-1配列を含有する。いくつかの局面では、Vα領域はさらに、SEQ ID NO：49、79、105、128、171、197、もしくは223のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）、またはSEQ ID NO：47、77、103、126、149、169、195、もしくは221のいずれかに示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR2を含有する。いくつかの態様では、Vα領域は、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一のCDR-1配列を含有する。
いくつかの局面では、Vβ領域は、SEQ ID NO：27、63、91、115、138、158、183、209、もしくは235のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）、またはSEQ ID NO：60、88、114、137、157、180、206、もしくは232のいずれかに示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR3を含有する。いくつかの態様では、Vβ領域は、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一のCDR3配列を含有する。
いくつかの態様では、Vβ領域は、SEQ ID NO：61、89、181、207、もしくは233に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）、またはSEQ ID NO：60、88、114、137、157、180、206、もしくは232のいずれかに示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-1を含有する。いくつかの態様では、Vβ領域は、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一のCDR-1配列を含有する。いくつかの場合に、Vβ領域は、SEQ ID NO：62、90、182、208、もしくは234に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）、またはSEQ ID NO：60、88、114、137、157、180、206、もしくは232のいずれかに示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-2を含有する。いくつかの態様では、Vβ領域は、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一のCDR-2配列を含有する。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVα領域、ならびに、SEQ ID NO：61、62、および63のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVβ領域を含有する。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を有するものである。
いくつかの局面では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：78、79、および80のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVα領域、ならびに、SEQ ID NO：89、90、および91のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVβ領域を含有する。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を有するものである。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：104、105、および106のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVα領域、ならびに、SEQ ID NO：89、90、および115のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVβ領域を含有する。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を有するものである。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：127、128、および129のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVα領域、ならびに、SEQ ID NO：89、90、および138のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVβ領域を含有する。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を有するものである。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：127、128、および150のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVα領域、ならびに、SEQ ID NO：89、90、および158のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVβ領域を含有する。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を有するものである。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：170、171、および172のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVα領域、ならびに、SEQ ID NO：181、182、および183のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVβ領域を含有する。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を有するものである。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：196、197、および198のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVα領域、ならびに、SEQ ID NO：207、208、および209のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVβ領域を含有する。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を有するものである。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：222、223、および224のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVα領域、ならびに、SEQ ID NO：233、234、および235のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVβ領域を含有する。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を有するものである。
いくつかの場合に、Vα領域は、SEQ ID NO：47、77、103、126、149、169、195、または221のいずれかに示されるVα領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有する。いくつかの場合に、Vβ領域は、SEQ ID NO：60、88、114、137、157、180、206、または232のいずれかに示されるVβ領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有する。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を含有するものである。
いくつかの態様では、TCRまたは抗原結合断片は、表5に示される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVα領域、ならびに、表5に示される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含有するVβ領域を含む。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を含有するものである。そのようなCDRを含有する例示的なTCR、または本明細書の他の箇所に記載のようなそれらの修飾型も、表5に示される。
（表５）HPV16 E7（11-19）TCRのCDRのSEQ ID NO
Figure 0007410868000008
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：47および60のアミノ酸配列をそれぞれ含有するVαおよびVβ領域を含有する。いくつかの局面では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：77および88のアミノ酸配列をそれぞれ含有する。いくつかの局面では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：103および114のアミノ酸配列をそれぞれ含有する。いくつかの場合に、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：126および137のアミノ酸配列をそれぞれ含有する。いくつかの場合に、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：149および157のアミノ酸配列をそれぞれ含有する。いくつかの局面では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：169および180のアミノ酸配列をそれぞれ含有する。いくつかの態様では、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：195および206のアミノ酸配列をそれぞれ含有する。いくつかの場合に、VαおよびVβ領域は、SEQ ID NO：221および232のアミノ酸配列をそれぞれ含有する。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を含有するものである。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片のアルファ鎖はさらに、Cα領域またはその部分を含有し、かつ／あるいは、ベータ鎖はさらに、Cβ領域またはその部分を含有する。いくつかの態様では、Cα領域またはその部分は、例えば、SEQ ID NO：14、333、334、335、336、337、338、341、344、345、346、347もしくは348のいずれか、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列に示される、ヒトCα領域、例えば、天然ヒトCα領域またはそのバリアントであるまたはそれを含む。いくつかの局面では、Cβ領域またはその一部は、例えば、SEQ ID NO：29、339、340、342、343、349、350、351もしくは352、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列に示される、ヒトCβ領域、例えば、天然ヒトCβ領域またはそのバリアントであるまたはそれを含む。いくつかの態様では、Cαおよび／またはCβ領域は、例えば、本明細書に記載のいずれかなどの、1つまたは複数の非天然システイン残基の組み込みによって、修飾されているバリアントである。いくつかの態様では、Cα領域またはその部分は、残基48に非天然システインを含有し、SEQ ID NO：14のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有し、導入された非天然システイン残基（例えば、Cys48）を含有する、配列を含む。いくつかの局面では、Cβ領域は、残基57に非天然システインを含有し、SEQ ID NO：29に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含有する。いくつかの局面では、Cβ領域は、残基57に非天然システインを含有し、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含有する。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：43、73、99、122、145、165、191、もしくは217に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含むアルファ鎖、および／あるいは、SEQ ID NO：56、84、110、133 153、176、202、228もしくは359に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含むベータ鎖を含む。いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：43、73、99、122、145、165、191、もしくは217に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含むアルファ鎖、および／あるいは、SEQ ID NO：359、370、371、372、373、374、375もしくは376に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含むベータ鎖を含む。
いくつかの態様では、Cα領域またはその部分は、例えば、SEQ ID NO：15、275、276、277、278、279、281もしくは282のいずれか、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列に示される、マウスCα領域、例えば、天然マウスCα領域またはそのバリアントであるまたはそれを含む。いくつかの局面では、Cβ領域またはその部分は、例えば、SEQ ID NO：30、283、284もしくは285、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列に示される、マウスCβ領域、例えば、天然マウスCβ領域またはそのバリアントであるまたはそれを含む。いくつかの態様では、Cαおよび／またはCβ領域は、例えば、本明細書に記載のいずれかなどの、1つまたは複数の非天然システイン残基の組み込みによって、修飾されているバリアントである。いくつかの態様では、Cα領域またはその部分は、残基48に非天然システインを含有し、SEQ ID NO：15のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有し、導入された非天然システイン残基（例えば、Cys48）を含有する、配列を含む。いくつかの局面では、Cβ領域は、残基57に非天然システインを含有し、SEQ ID NO：30に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含有する。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、SEQ ID NO：46、76、102、125、148、168、194、もしくは220に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含むアルファ鎖、および／あるいは、SEQ ID NO：57、85、111、134、154、177、203、もしくは229に示されるアミノ酸の配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列、例えば、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％もしくは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％の同一性を有する配列を含むベータ鎖を含む。
例示的なTCRまたは抗原結合断片は、表6Aおよび6B、例えばその中の各行に示されるものを含む。いくつかの態様では、VαおよびVβ領域は、表6Aまたは6B、例えばその中の各行に示されるSEQ ID NOに対応するアミノ酸配列を含有する。いくつかの態様では、VαおよびVβ領域は、表6Aまたは6B、例えばその中の各行に示されるVαおよびVβ領域内に含有されるCDR-1、CDR-2およびCDR-3配列を含有する。いくつかの局面では、TCRは、定常アルファおよび定常ベータ領域配列、例えば、表6Aまたは6B、例えばその中の各行に示されるSEQ ID NOに対応するものを含有する。いくつかの場合に、TCRは、可変および定常鎖を含む完全配列、例えば、表6Aまたは6B、例えばその中の各行に示されるSEQ ID NOに対応する配列（「完全」）を含有する。いくつかの態様では、可変および定常領域を含有する完全配列はまた、シグナル配列を含み、したがって、表6Aまたは6B、例えばその中の各行に示されるSEQ ID NOに対応する配列（「完全＋シグナル」）を含む。また、提供されるTCRは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を含有するものである。そのような配列を含有する例示的なTCR、または本明細書の他の箇所に記載のようなそれらの修飾型も、表6Aおよび6Bにそれぞれ、例えばその中の各行に示される。
（表６Ａ）ヒト定常を有するHPV16 E7（11-19）TCRのSEQ ID NO
Figure 0007410868000009
（表６Ｂ）マウス定常を有するHPV16 E7（11-19）TCRのSEQ ID NO
Figure 0007410868000010
本明細書に提供されるTCRは、中でも、SEQ ID NO：48、49および50にそれぞれ示されるCDR1、2および3を有するVα、ならびに、SEQ ID NO：61、62および63にそれぞれ示されるCDR1、2、および3を有するVβを含有するTCRである。いくつかの態様では、そのようなTCRは、SEQ ID NO：47に示されるVαおよびSEQ ID NO：60に示されるVβを含有する。いくつかの態様では、そのようなTCRは、Cα領域をさらに含有するアルファ鎖およびCβ領域をさらに含有するベータ鎖を含有する。いくつかの態様では、CαおよびCβは、ヒト定常領域であるまたはその機能的バリアントである。いくつかの態様では、そのようなTCRは、本明細書に記載のいずれかなどの、非天然システイン置換を含有するCαヒト定常領域またはそのバリアントを含有するアルファ鎖を含有する。いくつかの態様では、そのようなTCRは、SEQ ID NO：14に示されるCα定常領域を含有するアルファ鎖を含有する。いくつかの態様では、そのようなTCRは、本明細書に記載のいずれかなどの、非天然システイン置換を含有するCβヒト定常領域またはそのバリアントを含有するベータ鎖を含有する。いくつかの態様では、そのようなTCRは、SEQ ID NO：29またはSEQ ID NO：350に示されるCβ領域を含有するベータ鎖を含有する。いくつかの態様では、そのようなTCRは、SEQ ID NO：14に示されるCαおよびSEQ ID NO：29に示されるCβを含有する。いくつかの態様では、そのようなTCRは、SEQ ID NO：14に示されるCαおよびSEQ ID NO：350に示されるCβを含有する。いくつかの態様では、そのようなTCRは、SEQ ID NO：43に示されるアルファ鎖およびSEQ ID NO：56に示されるベータ鎖を含有する。いくつかの態様では、そのようなTCRは、SEQ ID NO：43に示されるアルファ鎖およびSEQ ID NO：359に示されるベータ鎖を含有する。いくつかの態様では、TCRは、SEQ ID NO：69に示される配列をコードするポリヌクレオチドによってコードされる。いくつかの態様では、TCRは、SEQ ID NO：362に示される配列をコードするポリヌクレオチドによってコードされる。また、提供されるTCRは、中でも、いくつかの局面では、SEQ ID NO：48、49および50にそれぞれ示されるCDR1、2および3を有するVα、ならびに、SEQ ID NO：61、62および63にそれぞれ示されるCDR1、2、および3を有するVβを含む、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を含有するものである。
2. バリアント & 修飾
いくつかの態様において、結合分子、例えばTCRまたはその抗原結合抗原結合フラグメントは、修飾されるかまたは修飾されている。ある特定の態様において、結合分子、例えばTCRまたはその抗原結合フラグメントは、本明細書に記載の結合分子、例えばTCRの配列と比較して、1以上のアミノ酸バリエーション、例えば、置換、欠失、挿入、および/または突然変異を含む。例示的なバリアントは、結合分子の結合親和性および/または他の生物学的特性を改善するように設計されたものを含む。結合分子のアミノ酸配列バリアントを、結合分子をコードするヌクレオチド配列に適切な修飾を導入することによってまたはペプチド合成によって調製してよい。そのような修飾は、例えば、結合分子のアミノ酸配列内からの残基の欠失、および/またはそこへの残基の挿入および/またはその中での残基の置換を含む。最終構築物が所望の特徴、例えば抗原結合を保有するという条件の下、最終構築物に到達するように、欠失、挿入、および置換を任意に組み合わせることができる。
いくつかの態様において、変更された特性を有する、例えばMHC分子に関連して特異的ペプチドに対するより高い親和性を有するTCRを作製するために、指向性進化法が使用される。いくつかの態様において、指向性進化は、酵母ディスプレイ(Holler et al. (2003) Nat Immunol, 4, 55-62; Holler et al. (2000) Proc Natl Acad Sci U S A, 97, 5387-92)、ファージディスプレイ(Li et al. (2005) Nat Biotechnol, 23, 349-54)、またはT細胞ディスプレイ(Chervin et al. (2008) J Immunol Methods, 339, 175-84)を非限定的に含むディスプレイ法によって達成される。いくつかの態様において、ディスプレイアプローチは、公知、親もしくは参照TCRを操作することまたは修飾することを伴う。例えば、場合によっては、参照TCR、例えば本明細書に提供されるいずれかを、CDRの1以上の残基が突然変異された突然変異誘発TCRを生産するための鋳型として使用することができ、所望の変更された特性を有する、例えばMHC分子に関連してペプチドエピトープに対するより高い親和性を有する突然変異体が選択される。
ある特定の態様において、結合分子、例えばTCRまたはその抗原結合フラグメントは、例えば、本明細書に記載の結合分子、例えばTCRの配列と比較して、および/または天然レパートリー、例えばヒトレパートリーの配列と比較して、1以上のアミノ酸置換を含む。置換突然変異誘発のための関心対象の部位は、CDR、FRおよび/または定常領域を含む。アミノ酸置換を、関心対象の結合分子に導入し、生成物を、所望の活性、例えば、保持された/改善された抗原親和性もしくはアビディティ、減少された免疫原性、改善された半減期、CD8非依存的結合もしくは活性、表面発現、TCR鎖対合の促進および/または他の改善された特性もしくは機能についてスクリーニングしてよい。
いくつかの態様において、親結合分子、例えばTCRのCDR内の1以上の残基が置換される。いくつかの態様において、置換を行って、配列または配列中の位置を、生殖系列配列、例えば生殖系列(例えば、ヒト生殖系列)に見いだされる結合分子配列に戻して、例えば、免疫原性の可能性を、例えば、ヒト対象への投与の際に低減させる。
ある特定の態様において、置換、挿入、または欠失は、そのような変更が結合分子、例えばTCRまたはその抗原結合フラグメントの抗原に結合する能力を実質的に低減させない限り、1以上のCDR内で起こってよい。例えば、結合親和性を実質的に低減させない保存的変更(例えば、本明細書に提供される通りの保存的置換)をCDR中で行ってよい。そのような変更は、例えば、CDR中の抗原接触残基の外側であってよい。本明細書に提供される可変配列のある特定の態様において、各CDRは、変更されてないか、または1、2もしくは3つ以下のアミノ酸置換を含有するかのいずれかである。
アミノ酸配列挿入は、1個の残基から100以上の残基を含有するポリペプチドまでの長さの範囲のアミノおよび/またはカルボキシル末端融合、ならびに単一または複数のアミノ酸残基の配列内挿入を含む。
いくつかの局面において、TCRまたはその抗原結合フラグメントが細胞中で発現された場合に、TCRアルファ鎖およびベータ鎖と内因性TCRアルファ鎖およびベータ鎖との間の誤対合の頻度が低減される、TCRアルファ鎖およびベータ鎖の発現が増加される、ならびに/またはTCRアルファ鎖およびベータ鎖の安定性が増加されるように、TCRまたはその抗原結合フラグメントは、アルファ鎖および/またはベータ鎖中に1以上の修飾を含有してよい。
いくつかの態様において、TCRは、α鎖の定常ドメインの免疫グロブリン領域の残基をβ鎖の定常ドメインの免疫グロブリン領域の残基に連結する共有ジスルフィド結合を導入するために、1以上の非天然システイン残基を含有する。いくつかの態様において、TCRポリペプチドの第一および第二のセグメントの定常領域細胞外配列に、1以上のシステインを組み込むことができる。非天然システイン残基を導入するためのTCRにおける例示的な非限定修飾は、本明細書に記載される(また、国際PCT第WO2006/000830号および第WO2006037960号も参照のこと)。場合によっては、天然および非天然の両方のジスルフィド結合が望ましい場合がある。いくつかの態様において、天然TCR中の鎖間ジスルフィド結合が存在しないように、TCRまたは抗原結合フラグメントが修飾される。
いくつかの態様において、より多くの数の疎水性残基を含有するようにTCRの定常領域の膜貫通ドメインを修飾することができる(例えば、Haga-Friedman et al. (2012) Journal of Immunology, 188:5538-5546を参照のこと)。いくつかの態様において、TCR α鎖の膜貫通領域は、SEQ ID NO:212、213、215、217、220、または524のいずれかに示されるCαのナンバリングを参照して、S116L、G119VまたはF120Lに対応する1以上の突然変異を含有する。
いくつかの態様において、TCRを発現する細胞は、TCR、例えば短縮型の細胞表面受容体、を発現させるための細胞の形質導入または操作を確認するために使用され得る代用マーカー、例えば細胞表面マーカーをさらに含む。いくつかの局面において、マーカーは、CD34、NGFR、HER2、または上皮成長因子受容体(例えば、tEGFR)の全てまたは一部(例えば、短縮形態)を含む。いくつかの態様において、マーカーをコードする核酸は、リンカー配列、例えば切断可能リンカー配列、例えばT2Aをコードするポリヌクレオチドに機能的に連結される。WO2014031687を参照のこと。いくつかの態様において、T2A、P2Aまたは他のリボソームスイッチによって隔てられたTCRおよび代用マーカーをコードする構築物の導入は、同じ構築物から2つのタンパク質を発現させることができるので、そのような構築物を発現する細胞を検出するためのマーカーとして代用マーカーを使用することができる。使用することができる例示的なそのようなマーカーを以下に記載する。
いくつかの態様において、TCRまたはその抗原結合フラグメントは、コドン最適化されるまたはコドン最適化されている、かつ/あるいは潜在性のスプライス部位を除去するよう修飾されるまたは修飾されているヌクレオチド配列によってコードされる。例示的なコドン最適化されたバリアントを本明細書の他の箇所に記載する。
B. 抗体
いくつかの態様において、結合分子は、TCRに関して上記した通りのCDRのいずれか1以上を含有する、抗体またはその抗原結合フラグメントである。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、表3、または表５に示される通りの、アルファ鎖に含有されるCDR1、CDR2および/またはCDR3ならびにベータ鎖に含有されるCDR1、CDR2および/またはCDR3を含有する、可変重鎖および軽鎖を含有する。また、中でも、提供される抗体または抗原結合フラグメントは、そのような配列と少なくともまたは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、または99%同一である配列を含有するものである。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、SEQ ID NO:247に示されるVα領域アミノ酸配列内に含有されるCDR-1、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含む相補性決定領域1(CDR-1)、CDR-2、およびCDR-3を含有する可変領域を含有する。いくつかの局面において、抗体または抗原結合フラグメントは、SEQ ID NO:258に示されるVβ領域アミノ酸配列内に含有されるCDR-1、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含む相補性決定領域1(CDR-1)、CDR-2、およびCDR-3を含有する可変領域を含有する。また、中でも、提供される抗体または抗原結合フラグメントは、そのような配列と少なくともまたは約90、91、92、93、94、95、96、97、98、または99%同一である配列を含有するものである。
いくつかの態様において、提供される抗体または抗体断片は、ヒト抗体である。いくつかの態様において、提供される抗体または抗体断片は、生殖系列ヌクレオチドヒト重鎖Vセグメントによってコードされるアミノ酸配列と少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%の配列同一性を有する部分、生殖系列ヌクレオチドヒト重鎖Dセグメントによってコードされるアミノ酸配列と少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%の同一性を有する部分、および/または生殖系列ヌクレオチドヒト重鎖Jセグメントによってコードされるアミノ酸配列と少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%の同一性を有する部分を含有するVH領域を含有し；かつ/または、生殖系列ヌクレオチドヒトカッパもしくはラムダ鎖Vセグメントによってコードされるアミノ酸配列と少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%の同一性を有する部分、および/または生殖系列ヌクレオチドヒトカッパもしくはラムダ鎖Jセグメントによってコードされるアミノ酸配列と少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%の同一性を有する部分を含有するVL領域を含有する。いくつかの態様において、VH領域の部分は、CDR-H1、CDR-H2および/またはCDR-H3に対応する。いくつかの態様において、VH領域の部分は、フレームワーク領域1(FR1)、FR2、FR2および/またはFR4に対応する。いくつかの態様において、VL領域の部分は、CDR-L1、CDR-L2および/またはCDR-L3に対応する。いくつかの態様において、VL領域の部分は、FR1、FR2、FR2および/またはFR4に対応する。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ヒト生殖系列遺伝子セグメント配列を含有するフレームワーク領域を含有する。例えば、いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、フレームワーク領域、例えばFR1、FR2、FR3およびFR4が、ヒト生殖系列抗体セグメント、例えばVおよび/またはJセグメントによってコードされるフレームワーク領域と少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%の配列同一性を有する、VH領域を含有する。いくつかの態様において、ヒト抗体は、フレームワーク領域、例えばFR1、FR2、FR3およびFR4が、ヒト生殖系列抗体セグメント、例えばVおよび/またはセグメントによってコードされるフレームワーク領域と少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%の配列同一性を有する、VL領域を含有する。例えば、いくつかのそのような態様において、VHおよび/またはVL配列のフレームワーク配列は、ヒト生殖系列抗体セグメントによってコードされるフレームワーク領域と比較して、10以下のアミノ酸、例えば9、8、7、6、5、4、3、2または1以下のアミノ酸が異なる。いくつかの態様において、抗体およびその抗原結合フラグメント、例えばTCR様抗体は、MHC分子、例えばMHCクラスIに関連してペプチドエピトープを特異的に認識する。場合によっては、MHCクラスI分子は、HLA-A2分子、例えばHLA-A2*01である。
いくつかの態様において、抗体またはその抗原結合フラグメントは、HPV16 E6のエピトープまたは領域、例えばSEQ ID NO:267～269のいずれかに示されるアミノ酸配列を含有するペプチドエピトープを認識するかまたはそれに結合する。場合によっては、HPV16 E6に由来するペプチドエピトープを認識するかまたはそれに結合するTCRまたはその抗原結合フラグメントは、SEQ ID NO:268に示される配列であるかまたはそれを含む。
いくつかの局面において、TCRまたは抗原結合フラグメントは、HPV16 E7タンパク質のエピトープまたは領域、例えばSEQ ID NO:270～274のいずれかに示されるアミノ酸配列を含有するペプチドエピトープを認識するかまたはそれに結合する。いくつかの態様において、TCRまたはその抗原結合フラグメントは、アミノ酸配列YMLDLQPET(SEQ ID NO：271)を含むエピトープE7(11-19)を認識することもそれに結合することもない。場合によっては、HPV16 E7に由来するペプチドは、SEQ ID NO:270に示される配列であるかまたはそれを含有する。
したがって、いくつかの態様において、機能的抗体断片を含む、抗HPV抗体が提供される。いくつかの態様において、抗体VHおよび/もしくはVLドメイン、またはその抗原結合部位は、HPV 16のペプチドエピトープに特異的に結合することができる。いくつかの態様において、抗体は、可変重鎖および可変軽鎖、例えばscFvを含む。抗体は、HPV、例えばHPV 16 E6またはHPV 16 E7に特異的に結合する抗体を含む。中でも、提供される抗HPV抗体は、ヒト抗体である。抗体は、単離された抗体を含む。また、そのような抗体を含有する分子、例えば、単鎖タンパク質、融合タンパク質、および/または組換え受容体、例えばキメラ受容体(抗原受容体を含む)が提供される。
用語「抗体」は、本明細書において、最も広い意味で使用され、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体、例えば、無傷抗体および機能的(抗原結合)抗体断片、例えば、抗原結合性断片(Fab)断片、F(ab')2断片、Fab'断片、Fv断片、組換えIgG(rIgG)断片、抗原に特異的に結合することができる可変重鎖(VH)領域、単鎖可変断片(scFv)を含む単鎖抗体断片、および単一ドメイン抗体(例えば、sdAb、sdFv、ナノボディ)断片を含む。この用語は、遺伝子操作されたおよび/またはそれ以外の方法で修飾された形態の免疫グロブリン、例えば、イントラボディ、ペプチボディ、キメラ抗体、完全ヒト抗体、ヒト化抗体、およびヘテロコンジュゲート抗体、多重特異性、例えば二重特異性の抗体、ダイアボディ、トリアボディ、およびテトラボディ、タンデム ジ-scFv、タンデム トリ-scFvを包含する。他に明示のない限り、用語「抗体」は、その機能的抗体断片を包含すると理解されるべきである。この用語はまた、無傷または完全長抗体、例えば、任意のクラスまたはサブクラスの抗体、例えば、IgGおよびそのサブクラス、IgM、IgE、IgA、およびIgDも包含する。
いくつかの態様において、抗体の重鎖および軽鎖は、完全長であることも、抗原結合部分(Fab、F(ab’)2、Fvまたは単鎖Fv断片(scFv))であることもできる。他の態様において、抗体重鎖定常領域は、例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgM、IgA1、IgA2、IgD、およびIgEから選ばれ、特定すると、例えば、IgG1、IgG2、IgG3、およびIgG4、より特定すると、IgG1(例えば、ヒトIgG1)から選ばれる。別の態様において、抗体軽鎖定常領域は、例えば、カッパまたはラムダ、特にカッパから選ばれる。
中でも、提供される抗体は、抗体断片である。「抗体断片」は、無傷抗体が結合する抗原に結合する無傷抗体の一部を含む無傷抗体以外の分子を指す。抗体断片の例は、Fv、Fab、Fab'、Fab’-SH、F(ab')2；ダイアボディ；線状抗体；可変重鎖(VH)領域、単鎖抗体分子、例えばscFvおよび単一ドメインVH単一抗体；ならびに抗体断片から形成される多重特異性抗体を含むが、これらに限定されない。特定の態様において、抗体は、可変重鎖領域および/または可変軽鎖領域、例えばscFvを含む、単鎖抗体断片である。
用語「可変領域」または「可変ドメイン」は、抗体、例えば抗体断片に関して使用されるとき、抗原への抗体の結合に関与する抗体重鎖または軽鎖のドメインを指す。天然抗体の重鎖および軽鎖の可変ドメイン(それぞれ、VHおよびVL)は、一般に、各ドメインが4つの保存されたフレームワーク領域(FR)および3つのCDRを含む類似の構造を有する(例えば、Kindt et al. Kuby Immunology, 6th ed., W.H. Freeman and Co., page 91 (2007)を参照のこと)。抗原結合特異性を付与するのに、単一VHまたはVLドメインで十分であり得る。さらに、特定の抗原に結合する抗体を、その抗原に結合する抗体由来のVHまたはVLドメインを使用して単離して、それぞれ、相補的なVLまたはVHドメインのライブラリーをスクリーニングしてもよい。例えば、Portolano et al., J. Immunol. 150:880-887 (1993); Clarkson et al., Nature 352:624-628 (1991)を参照のこと。
単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全てもしくは一部または軽鎖可変ドメインの全てもしくは一部を含む抗体断片である。ある特定の態様において、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である。
無傷抗体のタンパク分解消化ならびに組換え宿主細胞による生産を非限定的に含む様々な技術によって抗体断片を製造することができる。いくつかの態様において、抗体は、組換え生産された断片、例えば、天然に存在しない配置を含む断片、例えば、2以上の抗体領域または鎖が合成リンカー、例えばペプチドリンカーによって接続されているもの、および/または天然に存在する無傷抗体の酵素消化によって生産され得ないものである。いくつかの局面において、抗体断片は、scFvである。
中でも、提供される抗HPV抗体は、ヒト抗体である。「ヒト抗体」は、ヒトもしくはヒト細胞によって生産される、またはヒト抗体レパートリーもしくは他のヒト抗体をコードする配列(ヒト抗体ライブラリーを含む)を利用する非ヒト供給源によって生産される抗体のものに対応するアミノ酸配列を有する抗体である。この用語は、非ヒト抗原結合領域を含む非ヒト抗体のヒト化形態、例えば全てまたは実質的に全てのCDRが非ヒトであるものを除外する。この用語は、ヒト抗体の抗原結合フラグメントを含む。
「ヒト化」抗体は、全てまたは実質的に全てのCDRアミノ酸残基が非ヒトCDRに由来しかつ全てまたは実質的に全てのFRアミノ酸残基がヒトFRに由来する、抗体である。ヒト化抗体は、ヒト抗体に由来する抗体定常領域の少なくとも一部を場合により含んでよい。非ヒト抗体の「ヒト化形態」は、ヒト化を受けて、典型的には非ヒト親抗体の特異性および親和性を保持しながらもヒトに対する免疫原性が低減された、非ヒト抗体のバリアントを指す。いくつかの態様において、ヒト化抗体中のいくつかのFR残基は、非ヒト抗体(例えば、CDR残基が由来する抗体)由来の対応する残基で置換されて、例えば、抗体特異性または親和性が回復または改善される。
抗原チャレンジに応答して無傷ヒト抗体またはヒト可変領域を有する無傷抗体を産生するよう修飾されているトランスジェニック動物に免疫原を投与することによって、ヒト抗体を調製してよい。そのような動物は、典型的には、内因性免疫グロブリン遺伝子座を置換するか、または染色体外に存在するもしくは動物の染色体にランダムに組み込まれている、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の全てまたは一部を含有する。そのようなトランスジェニック動物では、内因性免疫グロブリン遺伝子座は、一般に不活化されている。ヒト抗体はまた、ヒトレパートリーに由来する抗体コード配列を含有する、ファージディスプレイおよび無細胞ライブラリーを含むヒト抗体ライブラリーに由来してもよい。
中でも、提供される抗体は、モノクローナル抗体断片を含む、モノクローナル抗体である。用語「モノクローナル抗体」は、本明細書において使用される場合、実質的に同種の抗体の集団から得られるかまたはその集団内の抗体を指し、すなわち、その集団を含む個々の抗体は、天然に存在する突然変異を含有するまたはモノクローナル抗体調製物の生産の間に生じる可能なバリアント(そのようなバリアントは一般に微量で存在する)を除いて、同一である。典型的には異なるエピトープに対して指向する異なる抗体を含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一のエピトープに対して指向する。この用語は、任意の特定の方法による抗体の生産を要するものとして解釈されるべきではない。モノクローナル抗体は、ハイブリドーマからの作製、組換えDNA法、ファージディスプレイ法および他の抗体ディスプレイ法を非限定的に含む、多様な技術によって製造されてよい。
本明細書において使用される場合、抗体の「対応する形態」への言及は、2つの抗体の特性または活性を比較するとき、抗体の同じ形態を使用して特性が比較されることを意味する。例えば、抗体が、第一の抗体の対応する形態の活性と比較して、より大きな活性を有すると述べられている場合、その抗体の特定の形態、例えばscFvが、第一の抗体のscFv形態と比較して、より大きな活性を有することを意味する。
「エフェクター機能」は、抗体アイソタイプと共に変動する、抗体のFc領域に起因する生物学的活性を指す。抗体エフェクター機能の例は、C1q結合および補体依存性細胞傷害(CDC)；Fc受容体結合；抗体依存性細胞介在性細胞傷害(ADCC)；食作用；細胞表面受容体(例えば、B細胞受容体)のダウンレギュレーション；ならびにB細胞活性化を含む。
いくつかの態様において、抗体、例えば抗体断片は、免疫グロブリン定常領域の少なくとも一部、例えば1以上の定常領域ドメインを含有してよい。いくつかの態様において、定常領域は、軽鎖定常領域および/または重鎖定常領域1(CH1)を含む。いくつかの態様において、抗体は、CH2および/またはCH3ドメイン、例えばFc領域を含む。いくつかの態様において、Fc領域は、ヒトIgG、例えばIgG1またはIgG4のFc領域である。
用語「Fc領域」は、本明細書において、定常領域の少なくとも一部を含有する免疫グロブリン重鎖のC末端領域を定義するために使用される。この用語は、天然配列Fc領域およびバリアントFc領域を含む。一態様において、ヒトIgG重鎖Fc領域は、Cys226から、またはPro230から、重鎖のカルボキシル末端まで伸長している。しかしながら、Fc領域のC末端リジン(Lys447)は、存在してもしなくてもよい。本明細書において他に指定のない限り、Fc領域または定常領域におけるアミノ酸残基のナンバリングは、Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991に記載の通りのEUインデックスとも呼ばれるEUナンバリングシステムに従う。
用語「完全長抗体」、「無傷抗体」、および「全抗体」は、本明細書において互換的に使用され、天然抗体構造に実質的に類似した構造を有するまたは本明細書に定義する通りのFc領域を含有する重鎖を有する抗体を指す。
「単離された」抗体は、その天然環境の構成要素から分離されているものである。いくつかの態様において、抗体は、例えば、電気泳動(例えば、SDS-PAGE、等電点電気泳動(IEF)、キャピラリー電気泳動)またはクロマトグラフ(例えば、イオン交換または逆相HPLC)によって決定した場合に、95%または99%超の純度まで精製される。抗体純度の評価のための方法に関する概説については、例えば、Flatman et al., J. Chromatogr. B 848:79-87 (2007)を参照のこと。
1. バリアントおよび修飾
ある特定の態様において、抗体またはその抗原結合フラグメントは、本明細書に記載の抗体の配列と比較して、1以上のアミノ酸バリエーション、例えば、置換、欠失、挿入、および/または突然変異を含む。例示的なバリアントは、抗体の結合親和性および/または他の生物学的特性を改善するように設計されたものを含む。抗体のアミノ酸配列バリアントを、抗体をコードするヌクレオチド配列に適切な修飾を導入することによってまたはペプチド合成によって調製してよい。そのような修飾は、例えば、抗体のアミノ酸配列内からの残基の欠失、および/またはそこへの残基の挿入および/またはその中での残基の置換を含む。最終構築物が所望の特徴、例えば抗原結合を保有するという条件の下、最終構築物に到達するように、欠失、挿入、および置換を任意に組み合わせることができる。
ある特定の態様において、抗体は、例えば、本明細書に記載の抗体配列と比較して、および/または天然レパートリー、例えばヒトレパートリーの配列と比較して、1以上のアミノ酸置換を含む。置換突然変異誘発のための関心対象の部位は、CDRおよびFRを含む。アミノ酸置換を、関心対象の抗体に導入し、生成物を、所望の活性、例えば、保持された/改善された抗原結合、減少された免疫原性、改善された半減期、および/または改善されたエフェクター機能、例えば抗体依存性細胞傷害(ADCC)または補体依存性細胞傷害(CDC)を促進する能力についてスクリーニングしてよい。
いくつかの態様において、親抗体(例えば、ヒト化またはヒト抗体)のCDR内の1以上の残基が置換される。いくつかの態様において、置換を行って、配列または配列中の位置を、生殖系列配列、例えば生殖系列(例えば、ヒト生殖系列)に見いだされる抗体配列に戻して、例えば、免疫原性の可能性を、例えば、ヒト対象への投与の際に低減させる。
いくつかの態様において、変更は、体細胞成熟プロセスの間に高頻度で突然変異を受けるコドンによってコードされるCDR「ホットスポット」残基(例えば、Chowdhury, Methods Mol. Biol. 207:179-196 (2008)を参照のこと)、および/または抗原に接触する残基において行われ、得られたバリアントVHまたはVLが結合親和性について試験される。二次ライブラリーからの構築および再選択による親和性成熟が、例えば、Hoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O’Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, (2001))に記載されている。親和性成熟のいくつかの態様において、任意の様々な方法（例えば、エラープローンPCR、チェーンシャッフリングまたはオリゴヌクレオチド指向突然変異誘発）によって、成熟のために選択された可変遺伝子に多様性が導入される。次いで、二次ライブラリーを作製して、所望の親和性を有する任意の抗体バリアントを同定するためにスクリーニングしてよい。多様性を導入する別の方法は、いくつかのCDR残基(例えば、一度に4～6残基)が無作為化されるCDR指向アプローチを伴う。抗原結合に関与するCDR残基を、例えばアラニンスキャニング突然変異誘発またはモデリングを使用して、具体的に同定してよい。特に、CDR-H3およびCDR-L3がしばしば標的とされる。
ある特定の態様において、置換、挿入、または欠失は、そのような変更が抗体の抗原に結合する能力を実質的に低減させない限り、1以上のCDR内で起こってよい。例えば、結合親和性を実質的に低減させない保存的変更(例えば、本明細書に提供される通りの保存的置換)をCDR中で行ってよい。そのような変更は、例えば、CDR中の抗原接触残基の外側であってよい。上に提供されるバリアントVHおよびVL配列のある特定の態様において、各CDRは、変更されてないか、または1、2もしくは3つ以下のアミノ酸置換を含有するかのいずれかである。
アミノ酸配列挿入は、1個の残基から100以上の残基を含有するポリペプチドまでの長さの範囲のアミノおよび/またはカルボキシル末端融合、ならびに単一または複数のアミノ酸残基の配列内挿入を含む。末端挿入の例は、N末端メチオニル残基を有する抗体を含む。抗体分子の他の挿入バリアントは、抗体のNまたはC末端に抗体の血清半減期を増加させる酵素またはポリペプチドを融合させたものを含む。
ある特定の態様において、抗体またはその抗原結合フラグメントは、例えば、ある特定の細胞株を使用して、例えば、アミノ酸配列を変更することによって1以上のグリコシル化部位を除去もしくは挿入することによっておよび/またはグリコシル化部位に付着されたオリゴ糖を修飾することによって、抗体がグリコシル化される程度を増加または減少させるように変更される。
例示的な修飾、バリアント、および細胞株は、例えば、特許公報第US 2003/0157108、US 2004/0093621、US 2003/0157108; WO 2000/61739; WO 2001/29246; US 2003/0115614; US 2002/0164328; US 2004/0093621; US 2004/0132140; US 2004/0110704; US 2004/0110282; US 2004/0109865; WO 2003/085119; WO 2003/084570; WO 2005/035586; WO 2005/035778; WO2005/053742; WO2002/031140; Okazaki et al. J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004); Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004). Ripka et al. Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986); 米国特許出願第US 2003/0157108 A1号, Presta, L;およびWO 2004/056312 A1, Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004); Kanda, Y. et al., Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006);およびWO2003/085107); WO 2003/011878 (Jean-Mairet et al.); 米国特許第6,602,684号(Umana et al.);およびUS 2005/0123546 (Umana et al.); WO 1997/30087 (Patel et al.); WO 1998/58964 (Raju, S.);ならびにWO 1999/22764 (Raju, S.)に記載されている。
中でも、修飾された抗体は、Fc領域に1以上のアミノ酸修飾を有するもの、例えば、1以上のアミノ酸位置にアミノ酸修飾(例えば、置換)を含むヒトFc領域配列または定常領域の他の部分(例えば、ヒトIgG1、IgG2、IgG3またはIgG4 Fc領域)を有するものである。
そのような修飾を、例えば、半減期を改善する、Fc受容体の1以上のタイプへの結合を変更する、および/またはエフェクター機能を変更するために行うことができる。
また、中でも、バリアントは、システイン操作抗体、例えば「thioMAb」および他のシステイン操作バリアントであって、接近可能な部位に、例えば作用物質およびリンカー-作用物質のコンジュゲーションに使用して免疫コンジュゲートを生産するための反応性チオール基を作製するために、抗体の1以上の残基がシステイン残基で置換されているものである。システイン操作抗体は、例えば、米国特許第7,855,275号および第7,521,541号に記載されている。
いくつかの態様において、抗体は、水溶性ポリマーを含む追加の非タンパク質性部分を含有するように修飾される。例示的なポリマーは、ポリエチレングリコール(PEG)、エチレングリコール/プロピレングリコールのコポリマー、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ-1,3-ジオキソラン、ポリ-1,3,6-トリオキサン、エチレン/無水マレイン酸コポリマー、ポリアミノ酸(ホモポリマーまたはランダムコポリマーのいずれか)、およびデキストランまたはポリ(n-ビニルピロリドン)ポリエチレングリコール、プロプロピレングリコールホモポリマー、プロイルプロピレンオキシド(prolypropylene oxide)/エチレンオキシドコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオール(例えば、グリセロール)、ポリビニルアルコール、およびそれらの混合物を含むが、これらに限定されない。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドが、その水中安定性が原因で製造において有利であり得る。ポリマーは、任意の分子量のものであってよく、分岐していても分岐していなくてもよい。抗体に付着されるポリマーの数は、変動してよく、1を超えるポリマーが付着される場合、これらは同じ分子であっても異なる分子であってもよい。一般に、誘導体化に使用されるポリマーの数および/またはタイプを、改善されるべき抗体の特定の特性または機能、抗体誘導体が既定の条件下で治療に使用されるかどうかなどを非限定的に含む考慮事項に基づいて決定することができる。
2. TCR様CAR
いくつかの態様において、抗体またはその抗原結合部分は、組換え受容体、例えば抗原受容体の一部として、細胞上に発現される。中でも、抗原受容体は、機能的な非TCR抗原受容体、例えばキメラ抗原受容体(CAR)である。一般に、MHC分子に関連してペプチドに対して指向するTCR様特異性を示す抗体または抗原結合フラグメントを含有するCARを、TCR様CARと称してもよい。
したがって、中でも、提供される結合分子、例えば、HPV 16 E6またはE7結合分子は、抗原受容体、例えば、提供される抗体、例えばTCR様抗体の1つを含むものである。いくつかの態様において、抗原受容体および他のキメラ受容体、例えば提供される抗HPV 16 E6もしくはE7抗体または抗体断片、例えばTCR様抗体を含有する抗原受容体は、HPV16 E6またはE7の領域またはエピトープに特異的に結合する。中でも、抗原受容体は、機能的な非TCR抗原受容体、例えばキメラ抗原受容体(CAR)である。また、CARを発現する細胞、ならびに、養子細胞療法、例えばHPV 16 E6またはE7発現に関連する疾患および障害の処置におけるその使用が提供される。
したがって、例えば、MHC分子に関連してディスプレイまたは提示されたときにT細胞エピトープまたはペプチドエピトープに対して、T細胞受容体特異性を示す非TCR分子を含有するTCR様CARが本明細書に提供される。いくつかの態様において、TCR様CARは、抗体またはその抗原結合部分、例えばTCR様抗体、例えば本明細書に記載のものを含有することができる。いくつかの態様において、抗体またはその抗体結合部分は、MHC分子に関連して特異的ペプチドエピトープに対して反応性であり、ここで、抗体または抗体断片は、MHC分子に関連して特異的ペプチドを、MHC分子単独、特異的ペプチド単独、場合によっては、MHC分子に関連して無関係のペプチドと区別することができる。いくつかの態様において、抗体またはその抗原結合部分は、T細胞受容体より高い結合親和性を示すことができる。
CARを含む例示的な抗原受容体、およびそのような受容体を操作して細胞に導入する方法は、例えば、国際特許出願公開番号WO2000/14257、WO2013/126726、WO2012/129514、WO2014/031687、WO2013/166321、WO2013/071154、WO2013/123061、米国特許出願公開番号US2002/131960、US2013/287748、US2013/0149337、米国特許第6,451,995号、第7,446,190号、第8,252,592号、第8,339,645号、第8,398,282号、第7,446,179号、第6,410,319号、第7,070,995号、第7,265,209号、第7,354,762号、第7,446,191号、第8,324,353号、および第8,479,118号、ならびに欧州特許出願番号EP2537416号に記載されているもの、および/または、Sadelain et al., Cancer Discov. 2013 April; 3(4): 388-398; Davila et al. (2013) PLoS ONE 8(4): e61338; Turtle et al., Curr. Opin. Immunol., 2012 October; 24(5): 633-39; Wu et al., Cancer, 2012 March 18(2): 160-75に記載されているものを含む。いくつかの局面において、抗原受容体は、米国特許第7,446,190号に記載の通りのCAR、および国際特許出願公報第WO2014/055668 A1に記載されているものを含む。例示的なCARは、前述の公報のいずれか、例えばWO2014/031687、US 8,339,645、US 7,446,179、US 2013/0149337、米国特許第7,446,190号、米国特許第8,389,282号などに開示されている通りのCAR、および、抗原結合部分、例えばscFvが抗体、例えば本明細書に提供される通りの抗体に置き換わっているCARを含む。
いくつかの態様において、CARは、一般に、1以上の細胞内シグナル伝達成分に、いくつかの局面においてはリンカーおよび/または膜貫通ドメインを介して連結されている、細胞外抗原(またはリガンド)結合ドメイン(MHC分子に関連してペプチドに特異的な抗体またはその抗原結合フラグメントのようなものを含む)を含む。いくつかの態様において、そのような分子は、典型的には、天然の抗原受容体、例えばTCRを通じたシグナル、および場合により、共刺激受容体と組み合わせたそのような受容体を通じたシグナルを、模倣または近似することができる。
いくつかの態様において、CARは、典型的には、その細胞外部分に1以上の抗原結合分子、例えば1以上の抗原結合フラグメント、ドメイン、もしくは部分、または1以上の抗体可変ドメイン、および/または抗体分子を含む。いくつかの態様において、CARは、抗体分子の抗原結合部分(1または複数)、例えばモノクローナル抗体(mAb)の可変重(VH)鎖および可変軽(VL)鎖に由来する単鎖抗体断片(scFv)を含む。いくつかの態様において、CARは、TCR様抗体、例えば、MHC分子に関連して細胞表面上に提示されるペプチドエピトープを特異的に認識する抗体または抗原結合フラグメント(例えば、scFv)を含有する。
いくつかの局面において、抗原特異的結合成分、または認識成分は、1以上の膜貫通および細胞内シグナル伝達ドメインに連結される。いくつかの態様において、CARは、CARの細胞外ドメインに融合された膜貫通ドメインを含む。一態様において、天然ではCAR中のドメインの1つに会合している膜貫通ドメインが使用される。場合によっては、膜貫通ドメインは、そのようなドメインが同じまたは異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインに結合するのを回避するように選択されるかまたはアミノ酸置換によって修飾されて、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用が最小限に抑えられる。
膜貫通ドメインは、いくつかの態様において、天然または合成源のいずれかに由来する。供給源が天然である場合、ドメインは、いくつかの局面において、任意の膜結合タンパク質または膜貫通タンパク質に由来する。膜貫通領域は、T細胞受容体のアルファ、ベータまたはゼータ鎖、CD28、CD3イプシロン、CD45、CD4、CD5、CD8、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154に由来するものを含む(すなわち、少なくともその膜貫通領域を含む)。代替的に、膜貫通ドメインは、いくつかの態様において、合成物である。いくつかの局面において、合成膜貫通ドメインは、ロイシンおよびバリンなどの主に疎水性の残基を含む。いくつかの局面において、フェニルアラニン、トリプトファンおよびバリンのトリプレットが合成膜貫通ドメインの各端に見いだされる。
いくつかの態様において、短いオリゴペプチドまたはポリペプチドリンカー、例えば、2～10アミノ酸長のリンカー、例えばグリシンおよびセリン、例えばグリシン-セリンダブレットを含有するものが存在し、CARの膜貫通ドメインと細胞質シグナル伝達ドメインとの間で連結を形成する。
いくつかの態様において、CAR、例えばTCR様CAR、例えばその抗体部分は、免疫グロブリン定常領域またはそのバリアントもしくは修飾型の少なくとも一部、例えばヒンジ領域、例えばIgG4ヒンジ領域、ならびに/またはCH1/CLおよび/もしくはFc領域であってもまたはそれを含んでいてもよいスペーサーをさらに含む。いくつかの態様において、定常領域または部分は、ヒトIgG、例えばIgG4またはIgG1のものである。いくつかの局面において、定常領域の部分は、抗原認識成分、例えばscFvと膜貫通ドメインとの間のスペーサー領域としての役割を果たす。スペーサーは、スペーサーの非存在と比較して、抗原結合後に細胞の増加された応答性を提供する長さのスペーサーであることができる。いくつかの例では、スペーサーは、12アミノ酸長もしくは約12アミノ酸長であるか、または12アミノ酸長以下である。例示的なスペーサーは、少なくとも約10～229アミノ酸、約10～200アミノ酸、約10～175アミノ酸、約10～150アミノ酸、約10～125アミノ酸、約10～100アミノ酸、約10～75アミノ酸、約10～50アミノ酸、約10～40アミノ酸、約10～30アミノ酸、約10～20アミノ酸、または約10～15アミノ酸を有するもの、および列挙した範囲のいずれかの終点間の任意の整数を含むものを含む。いくつかの態様において、スペーサー領域は、約12アミノ酸以下、約119アミノ酸以下、または約229アミノ酸以下を有する。例示的なスペーサーは、IgG4ヒンジ単独、CH2およびCH3ドメインに連結されたIgG4ヒンジ、またはCH3ドメインに連結されたIgG4ヒンジを含む。例示的なスペーサーは、Hudecek et al. (2013) Clin. Cancer Res., 19:3153または国際特許出願公開番号WO2014/031687に記載されているものを含むが、これらに限定されない。
いくつかの態様において、定常領域または部分は、ヒトIgG、例えばIgG4またはIgG1のものである。いくつかの態様において、スペーサーは、配列ESKYGPPCPPCP(SEQ ID NO:314に示される)を有し、かつ、SEQ ID NO:295に示される配列によってコードされる。いくつかの態様において、スペーサーは、SEQ ID NO:296に示される配列を有する。いくつかの態様において、スペーサーは、SEQ ID NO:297に示される配列を有する。いくつかの態様において、定常領域または部分は、IgDのものである。いくつかの態様において、スペーサーは、SEQ ID NO:298に示される配列を有する。いくつかの態様において、スペーサーは、SEQ ID NO:296、297、298、または314のいずれかと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を有する。
抗原認識ドメインは、一般に、1以上の細胞内シグナル伝達成分、例えば、CARの場合にはTCR複合体などの抗原受容体複合体を通じた活性化を模倣するおよび/または別の細胞表面受容体を介してシグナルを伝える、シグナル伝達成分に連結される。したがって、いくつかの態様において、抗体またはその抗原結合フラグメントは、1以上の膜貫通および細胞内シグナル伝達ドメインに連結される。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、細胞外ドメインに融合される。一態様において、天然では受容体、例えばCAR中のドメインの一つに会合している膜貫通ドメインが使用される。場合によっては、膜貫通ドメインは、そのようなドメインが同じまたは異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインに結合するのを回避するように選択されるかまたはアミノ酸置換によって修飾されて、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用が最小限に抑えられる。
膜貫通ドメインは、いくつかの態様において、天然または合成源のいずれかに由来する。供給源が天然である場合、ドメインは、いくつかの局面において、任意の膜結合タンパク質または膜貫通タンパク質に由来する。膜貫通領域は、T細胞受容体のアルファ、ベータまたはゼータ鎖、CD28、CD3イプシロン、CD45、CD4、CD5、CD8、CD9、CD 16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154に由来するものを含む(すなわち、少なくともその膜貫通領域を含む)。代替的に、膜貫通ドメインは、いくつかの態様において、合成物である。いくつかの局面において、合成膜貫通ドメインは、ロイシンおよびバリンなどの主に疎水性の残基を含む。いくつかの局面において、フェニルアラニン、トリプトファンおよびバリンのトリプレットが合成膜貫通ドメインの各端に見いだされる。いくつかの態様において、連結は、リンカー、スペーサー、および/または膜貫通ドメインによるものである。
中でも、細胞内シグナル伝達ドメインは、天然の抗原受容体を通じたシグナル、共刺激受容体と組み合わせたそのような受容体を通じたシグナル、および/または共刺激受容体単独を通じたシグナルを模倣または近似するものである。いくつかの態様において、短いオリゴペプチドまたはポリペプチドリンカー、例えば、2～10アミノ酸長のリンカー、例えばグリシンおよびセリン、例えばグリシン-セリンダブレットを含有するものが存在し、CARの膜貫通ドメインと細胞質シグナル伝達ドメインとの間で連結を形成する。
CARは、一般に、少なくとも1つの細胞内シグナル伝達成分を含む。いくつかの態様において、CARは、TCR複合体の細胞内成分、例えばT細胞活性化および細胞傷害を媒介するTCR CD3+鎖、例えば、CD3ゼータ鎖を含む。したがって、いくつかの局面において、抗原結合分子は、1以上の細胞シグナル伝達モジュールに連結される。いくつかの態様において、細胞シグナル伝達モジュールは、CD3膜貫通ドメイン、CD3細胞内シグナル伝達ドメイン、および/または他のCD膜貫通ドメインを含む。いくつかの態様において、CARは、1以上の追加の分子、例えばFc受容体γ、CD8、CD4、CD25、またはCD16の一部をさらに含む。例えば、いくつかの局面において、CARは、CD3-ゼータ(CD3-ζ)またはFc受容体γとCD8、CD4、CD25またはCD16との間にキメラ分子を含む。
いくつかの態様において、CARのライゲーションによって、CARの細胞質ドメインまたは細胞内シグナル伝達ドメインは、免疫細胞、例えば、CARを発現するように操作されたT細胞の正常なエフェクター機能または応答の少なくとも1つを活性化する。例えば、いくつかの状況において、CARは、T細胞の機能、例えば細胞溶解活性またはTヘルパー活性、例えばサイトカインまたは他の因子の分泌を誘導する。いくつかの態様において、抗原受容体成分または共刺激分子の細胞内シグナル伝達ドメインの短縮型部分が、例えばエフェクター機能シグナルを伝達する場合に、無傷免疫刺激鎖の代わりに使用される。いくつかの態様において、細胞内シグナル伝達ドメイン(1つまたは複数)は、T細胞受容体(TCR)の細胞質配列を含み、いくつかの局面において、天然の状況においてそのような受容体と協力して抗原受容体会合後にシグナル伝達を開始するように働く共受容体の細胞質配列、および/またはそのような分子の任意の誘導体もしくはバリアント、および/または同じ機能的能力を有する任意の合成配列も含む。
天然TCRに関連して、完全活性化は、一般に、TCRを通じたシグナル伝達だけでなく共刺激シグナルも必要とする。したがって、いくつかの態様において、完全活性化を促進するために、二次シグナルまたは共刺激シグナルを発生させるための成分もCARに含まれる。他の態様において、CARは、共刺激シグナルを発生させるための成分を含まない。いくつかの局面において、追加のCARが同じ細胞において発現され、二次シグナルまたは共刺激シグナルを発生させるための成分を提供する。いくつかの局面において、細胞は、一次シグナルを誘導するシグナル伝達ドメインを含有する第一のCARと、第二の抗原に結合し、共刺激シグナルを発生させるための成分を含有する第二のCARを含む。例えば、第一のCARは、活性化CARであることができ、第二のCARは、共刺激CARであることができる。いくつかの局面において、両CARは、細胞において特定のエフェクター機能を誘導するためにライゲーションされなければならず、このことによって、標的とされている細胞タイプに対する特異性および選択性を提供することができる。
T細胞活性化は、いくつかの局面において、2つのクラスの細胞質シグナル伝達配列:TCRを通じて抗原依存的一次活性化を開始するもの(一次細胞質シグナル伝達配列)、および抗原非依存的に二次シグナルまたは共刺激シグナルを提供するように働くもの(二次細胞質シグナル伝達配列)によって媒介されると説明される。いくつかの局面において、CARは、そのようなシグナル伝達成分の一方または両方を含む。
いくつかの局面において、CARは、TCR複合体の一次活性化を調節する一次細胞質シグナル伝達配列を含む。共刺激的に働く一次細胞質シグナル伝達配列は、免疫受容体活性化チロシンモチーフまたはITAMとして知られるシグナル伝達モチーフを含有してよい。一次細胞質シグナル伝達配列を含有するITAMの例は、TCRまたはCD3ゼータ、FcRガンマ、CD3ガンマ、CD3デルタまたはCD3イプシロンに由来するものを含む。いくつかの態様において、CAR中の細胞質シグナル伝達分子は、CD3ゼータに由来する細胞質シグナル伝達ドメイン、その部分、または配列を含有する。
いくつかの態様において、CARは、共刺激受容体のシグナル伝達ドメインおよび/または膜貫通部分、例えばCD28、4-1BB、OX40、DAP10、およびICOSを含む。いくつかの局面において、同じCARは、活性化成分および共刺激成分の両方を含む；他の局面において、あるCARによって活性化ドメインが提供されるが、別の抗原を認識する別のCARによって共刺激成分が提供される。
いくつかの態様において、あるCAR内に活性化ドメインが含まれるが、別の抗原を認識する別のキメラ受容体によって共刺激成分が提供される。いくつかの態様において、CARは、活性化または刺激CAR、および共刺激受容体を含み、両方とも同じ細胞上に発現される(WO2014/055668を参照のこと)。いくつかの局面において、HPV 16 E6またはE7抗体を含有する受容体は、刺激または活性化CARである；他の局面において、それは、共刺激受容体である。いくつかの態様において、細胞は、阻害CAR(iCAR、Fedorov et al., Sci. Transl. Medicine, 5(215) (December, 2013)を参照のこと)、例えば、HPV 16 E6またはHPV16 E7以外のペプチドエピトープを認識する阻害受容体をさらに含み、それによって、HPV 16標的指向CARを通じて送達された活性化シグナルが、阻害CARのそのリガンドへの結合によって減少または阻害され、例えば、オフターゲット効果が低減される。
いくつかの態様において、提供されるTCRまたは他の結合分子を発現する細胞は、追加の受容体、例えば共刺激もしくは生存促進シグナルを送達することができる受容体、例えば共刺激受容体(WO2014/055668を参照のこと)、および/または、阻害シグナルの結果を遮断もしくは変化させる受容体、例えば典型的には免疫チェックポイントもしくは他の免疫抑制分子を介して送達されるもの、例えば腫瘍微小環境で発現されるものを、例えば、そのような操作された細胞の増加された有効性を促進するためにさらに発現する。例えば、Tang et al., Am J Transl Res. 2015; 7(3): 460-473を参照のこと。いくつかの態様において、細胞は、細胞上もしくはその内部に発現されるかまたはそれによって分泌されて、例えば微小環境において機能を促進することができる、1以上の他の外因性または組換えまたは操作された成分、例えば1以上の外因性因子および/または共刺激リガンドをさらに含んでよい。例示的なそのようなリガンドおよび成分は、例えば、TNFRおよび/もしくはIgファミリー受容体またはリガンド、例えば、41BBL、CD40、CD40L、CD80、CD86、サイトカイン、ケモカイン、ならびに/または抗体もしくは他の分子、例えばscFvを含む。例えば、特許出願公報第WO2008121420 A1、WO2014134165 A1、US20140219975 A1を参照のこと。いくつかの態様において、細胞は、1以上の阻害受容体((iCAR、Fedorov et al., Sci. Transl. Medicine, 5(215) (December, 2013)を参照のこと)、例えば、疾患もしくは病態に関連しないまたは細胞内もしくは細胞上に発現されない、リガンドまたは抗原に結合するものを含む。
ある特定の態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3(例えば、CD3-ゼータ)細胞内ドメインに連結されたCD28膜貫通およびシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3ゼータ細胞内ドメインに連結されたキメラCD28およびCD137(4-1BB、TNFRSF9)共刺激ドメインを含む。
いくつかの態様において、CARは、1以上、例えば2以上の共刺激ドメインおよび活性化ドメイン、例えば一次活性化ドメインを細胞質部分に包含する。例示的なCARは、CD3-ゼータ、CD28、および4-1BBの細胞内成分を含む。
いくつかの態様において、CARまたは他の抗原受容体を発現する細胞は、受容体、例えば短縮型の細胞表面受容体を発現する細胞の形質導入または操作を確認するために使用され得る代用マーカー、例えば細胞表面マーカーをさらに含む。いくつかの局面において、マーカーは、CD34、NGFR、HER2または上皮成長因子受容体(例えば、tEGFR)の全てまたは一部(例えば、短縮形態)を含む。いくつかの態様において、マーカーをコードする核酸は、リンカー配列、例えば切断可能リンカー配列、例えばT2Aをコードするポリヌクレオチドに機能的に連結される。WO2014031687を参照のこと。いくつかの態様において、T2Aリボソームスイッチによって隔てられたCARおよび代用マーカーをコードする構築物の導入は、同じ構築物から2つのタンパク質を発現させることができるので、そのような構築物を発現する細胞を検出するためのマーカーとして代用マーカーを使用することができる。いくつかの態様において、マーカー、および場合によりリンカー配列は、公開された特許出願第WO2014031687に開示されているいずれかであることができる。例えば、マーカーは、場合によりリンカー配列、例えばT2A切断可能リンカー配列に連結された、細胞表面受容体であることができる。短縮型EGFR(例えば、tEGFR)のための例示的なポリペプチドは、SEQ ID NO:299もしくは300に示されるアミノ酸配列またはSEQ ID NO:299もしくは300と少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を示すアミノ酸配列を含む。例示的なT2Aリンカー配列は、SEQ ID NO:302もしくは301に示されるアミノ酸配列またはSEQ ID NO:302もしくは301と少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を示すアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様において、マーカーは、T細胞上に天然に見いだされないかまたはT細胞の表面上に天然に見いだされない、分子、例えば細胞表面タンパク質、またはその一部である。
いくつかの態様において、分子は、非自己分子、例えば非自己タンパク質、すなわち、細胞が養子移入される宿主の免疫系によって「自己」と認識されない分子である。
いくつかの態様において、マーカーは、治療機能を果たさず、かつ/または、遺伝子操作するための、例えば首尾良く操作された細胞を選択するためのマーカーとして使用する以外の作用をもたらさない。他の態様において、マーカーは、治療用分子であっても、ある所望の効果を別の方法で発揮する分子、例えば、細胞がインビボで遭遇するリガンド、例えば、養子移入時に細胞の応答を増強および/または減弱するための、ならびにリガンドに遭遇するための共刺激分子または免疫チェックポイント分子であってもよい。
場合によっては、CARは、第一、第二、および/または第三世代CARと称される。いくつかの局面において、第一世代CARは、抗原結合時に、CD3鎖によって誘導されるシグナルしか提供しないCARである；いくつかの局面において、第二世代CARは、そのようなシグナルおよび共刺激シグナルを提供するCAR、例えば、CD28またはCD137などの共刺激受容体由来の細胞内シグナル伝達ドメインを含むCARである；いくつかの局面において、第三世代CARは、いくつかの局面において、異なる共刺激受容体の複数の共刺激ドメインを含むCARである。
いくつかの態様において、キメラ抗原受容体は、本明細書に記載のTCR様抗体またはフラグメントを含有する細胞外部分および細胞内シグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様において、抗体またはフラグメントは、scFvを含み、細胞内ドメインは、ITAMを含有する。いくつかの局面において、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3-ゼータ(CD3ζ)鎖のゼータ鎖のシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様において、キメラ抗原受容体は、細胞外ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインを連結する膜貫通ドメインを含む。いくつかの局面において、膜貫通ドメインは、CD28の膜貫通部分を含有する。細胞外ドメインおよび膜貫通部は、直接的または間接的に連結することができる。いくつかの態様において、細胞外ドメインおよび膜貫通部は、スペーサー、例えば本明細書記載のいずれかによって連結される。いくつかの態様において、キメラ抗原受容体は、T細胞共刺激分子の細胞内ドメインを、例えば膜貫通ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインとの間に含有する。いくつかの局面において、T細胞共刺激分子は、CD28または41BBである。
例えば、いくつかの態様において、CARは、本明細書に提供される通りのTCR様抗体、例えば抗体フラグメントと、CD28の膜貫通部分またはその機能的バリアントであるかまたはそれを含有する膜貫通ドメインと、CD28のシグナル伝達部分またはその機能的バリアントおよびCD3ゼータのシグナル伝達部分またはその機能的バリアントを含有する細胞内シグナル伝達ドメインを含有する。いくつかの態様において、CARは、本明細書に提供される通りのTCR様抗体、例えば抗体フラグメントと、CD28の膜貫通部分またはその機能的バリアントであるかまたはそれを含有する膜貫通ドメインと、4-1BBのシグナル伝達部分またはその機能的バリアントおよびCD3ゼータのシグナル伝達部分またはその機能的バリアントを含有する細胞内シグナル伝達ドメインを含有する。いくつかのそのような態様において、CARは、Ig分子、例えばヒトIg分子の一部、例えばIgヒンジ、例えばIgG4ヒンジ、例えばヒンジのみのスペーサーを含有するスペーサーをさらに含む。
いくつかの態様において、受容体、例えばTCR様CARの膜貫通ドメインは、ヒトCD28の膜貫通ドメイン(例えば、アクセッション番号P01747.1)またはそのバリアント、例えばSEQ ID NO:303に示されるアミノ酸配列またはSEQ ID NO:303と少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を示すアミノ酸配列を含む膜貫通ドメインである。いくつかの態様において、CARの膜貫通ドメイン含有部分は、SEQ ID NO:304に示されるアミノ酸配列またはSEQ ID NO:304と少なくとももしくは約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様において、CAR、例えばTCR様CARの細胞内シグナル伝達成分は、ヒトCD28の細胞内共刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能的バリアントもしくは部分、例えば、天然CD28タンパク質の位置186～187がLLからGGへ置換されたドメインを含有する。例えば、細胞内シグナル伝達ドメインは、SEQ ID NO:305もしくは306に示されるアミノ酸配列またはSEQ ID NO:305もしくは306と少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を示すアミノ酸配列を含むことができる。いくつかの態様において、細胞内ドメインは、4-1BBの細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン(例えば(アクセッション番号Q07011.1)またはその機能的バリアントもしくは部分、例えば、SEQ ID NO:307に示されるアミノ酸配列またはSEQ ID NO:307と少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を示すアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様において、CAR、例えばTCR様CARの細胞内シグナル伝達ドメインは、ヒトCD3ゼータ刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能的バリアント、例えばヒトCD3ζのアイソフォーム3の112 AA細胞質ドメイン(アクセッション番号:P20963.2)または米国特許第:7,446,190もしくは米国特許第8,911,993に記載の通りのCD3ゼータシグナル伝達ドメインを含む。例えば、いくつかの態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、SEQ ID NO:308、309、もしくは310のアミノ酸配列、またはSEQ ID NO:308、309、もしくは310と少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を示すアミノ酸配列を含む。
いくつかの局面において、スペーサーは、IgGのヒンジ領域のみ、例えばIgG4またはIgG1のヒンジのみ、例えばSEQ ID NO:314に示されるヒンジのみのスペーサーを含有する。他の態様において、スペーサーは、場合によりCH2および/またはCH3ドメインに連結された、Igヒンジ、例えばIgG4由来ヒンジであるかまたはそれを含有する。いくつかの態様において、スペーサーは、例えばSEQ ID NO:297に示される、CH2およびCH3ドメインに連結された、Igヒンジ、例えばIgG4ヒンジである。いくつかの態様において、スペーサーは、例えばSEQ ID NO:296に示される、CH3ドメインのみに連結された、Igヒンジ、例えばIgG4ヒンジである。いくつかの態様において、スペーサーは、グリシン-セリンリッチ配列または他のフレキシブルリンカー、例えば公知のフレキシブルリンカーであるかまたはそれを含む。
例えば、いくつかの態様において、TCR様CARは、TCR様抗体またはフラグメント、例えば本明細書に提供されるいずれか(scFvを含む)と、スペーサー、例えばIg-ヒンジを含有するスペーサーのいずれかと、CD28膜貫通ドメインと、CD28細胞内シグナル伝達ドメインと、CD3ゼータシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様において、TCR様CARは、TCR様抗体またはフラグメント、例えば本明細書に提供されるいずれか(scFvを含む)と、スペーサー、例えばIg-ヒンジを含有するスペーサーのいずれかと、CD28膜貫通ドメインと、CD28細胞内シグナル伝達ドメインと、CD3ゼータシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様において、そのようなTCR様CAR構築物はさらに、T2Aリボソームスキップエレメントおよび/またはtEGFR配列を、例えば、CARの下流に含む。
いくつかの態様において、そのようなCAR構築物はさらに、T2Aリボソームスキップエレメントおよび/またはtEGFR配列、例えばSEQ ID NO:301もしくは302に示されるものおよびSEQ ID NO:299もしくは300に示されるtEGFR配列、またはSEQ ID NO:299、300、301、もしくは302と少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を示すアミノ酸配列を、例えば、CARの下流に含む。
いくつかの態様において、CARは、HPV 16 E6またはE7抗体またはフラグメント、例えばHPV16 E6またはE7抗体のいずれか(本明細書に記載のsdAb(例えば、VH領域のみを含有する)およびscFvを含む)と、スペーサー、例えばIg-ヒンジを含有するスペーサーのいずれかと、CD28膜貫通ドメインと、CD28細胞内シグナル伝達ドメインと、CD3ゼータシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様において、CARは、HPV 16抗体またはフラグメント、例えばHPV 16 E6またはE7抗体のいずれか(本明細書に記載のsdAbおよびscFvを含む)と、スペーサー、例えばIg-ヒンジを含有するスペーサーのいずれかと、CD28膜貫通ドメインと、CD28細胞内シグナル伝達ドメインと、CD3ゼータシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様において、そのようなCAR構築物はさらに、T2Aリボソームスキップエレメントおよび/またはtEGFR配列を、例えば、CARの下流に含む。
II. 核酸、ベクターおよび発現の方法
また、提供される結合分子、例えば、TCRもしくはその抗原結合フラグメントまたは抗体もしくはその抗原結合フラグメントまたはそのような抗体を含有するCAR、例えば本明細書に記載のもののいずれかをコードする核酸が提供される。核酸は、例えば骨格修飾を有するものを含む、天然のおよび/または天然に存在しないヌクレオチドおよび塩基を包含するものを含んでよい。用語「核酸分子」、「核酸」、および「ポリヌクレオチド」は、互換的に使用してよく、ヌクレオチドのポリマーを指す。そのようなヌクレオチドのポリマーは、天然のおよび/または非天然のヌクレオチドを含有してよく、DNA、RNA、およびPNAを含むが、これらに限定されない。「核酸配列」は、核酸分子またはポリヌクレオチドを含むヌクレオチドの直鎖状配列を指す。
いくつかの態様において、結合分子、例えばTCR、またはその抗原結合部分は、1以上の特性、例えば結合特性が変更された、組換え生産された天然タンパク質またはその突然変異形態であってよい。いくつかの局面において、核酸は、合成核酸である。場合によっては、核酸は、cDNAであるかまたはそれを含有する。いくつかの局面において、核酸分子を、本明細書に記載の構築物において使用するために、例えばコドン最適化のために修飾することができる。場合によっては、ベクターへのクローニングの目的のために末端制限部位配列を含有するように、配列を設計することができる。
いくつかの態様において、結合分子、例えばTCRをコードする核酸分子を、多様な供給源から、例えば、所与の細胞(1つまたは複数)内のまたはそれから単離されたコード核酸のポリメラーゼ連鎖反応(PCR)増幅によって得ることができる。いくつかの態様において、TCRは、生物学的供給源から、例えば細胞から、例えばT細胞(例えば、細胞傷害性T細胞)、T細胞ハイブリドーマまたは他の公的に入手可能な供給源から得られる。いくつかの態様において、TCRは、様々な動物種、例えばヒト、マウス、ラット、または他の哺乳動物の1つに、例えば一般にヒトに由来してよい。いくつかの態様において、末梢血単核細胞(PBMC)または腫瘍浸潤リンパ球(TIL)に存在するT細胞を含むT細胞を、インビボ単離された細胞から、例えば正常(または健康な)対象または疾患対象から得ることができる。いくつかの態様において、T細胞は、培養T細胞ハイブリドーマまたはクローンであることができる。例えば、いくつかの態様において、TCRをコードするベクターを作製するために、αおよびβ鎖を、関心対象のTCRを発現するT細胞クローンから単離された総cDNAからPCR増幅して、発現ベクターにクローニングすることができる。いくつかの態様において、αおよびβ鎖を合成によって作製することができる。いくつかの態様において、αおよびβ鎖が同じベクターにクローニングされる。
いくつかの態様において、TCRまたはその抗原結合部分を、TCRの配列の知識から合成によって作製することができる。
いくつかの態様において、核酸分子は、アルファ鎖をコードする核酸配列および/またはベータ鎖をコードするヌクレオチド配列を含有する。
いくつかの態様では、アルファ鎖をコードする核酸配列は、以下のうちの1つを含む：SEQ ID NO：1の残基103～870；SEQ ID NO：2の残基103～858、SEQ ID NO：39の残基55～810、SEQ ID NO：40の残基55～789、SEQ ID NO：71の残基67～825、SEQ ID NO：72の残基67～813、SEQ ID NO：97の残基73～831、SEQ ID NO：98の残基73～819、SEQ ID NO：120の残基67～837、SEQ ID NO：121の残基67～825、SEQ ID NO：143の残基67～828、SEQ ID NO：144の残基67～816、SEQ ID NO：163の残基61～819、SEQ ID NO：164の残基61～807、SEQ ID NO：189の残基61～816、SEQ ID NO：190の残基61～804、SEQ ID NO：215の残基67～840、またはSEQ ID NO：216の残基67～828、SEQ ID NO：241の残基64～828、SEQ ID NO：242の残基64～816、その縮重配列またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれを超える配列同一性を有する配列。いくつかの局面では、ベータ鎖をコードするヌクレオチド配列は、以下のうちの1つを含む：SEQ ID NO：16の残基73～957、SEQ ID NO：17の残基73～957、SEQ ID NO：52の残基43～924、SEQ ID NO：53の残基43～912、SEQ ID NO：82の残基58～930、SEQ ID NO：83の残基58～918、SEQ ID NO：108の残基58～930、SEQ ID NO：109の残基58～918、SEQ ID NO：131の残基58～930、SEQ ID NO：132の残基58～918、SEQ ID NO：151の残基58～930、SEQ ID NO：152の残基58～918、SEQ ID NO：174の残基58～942、SEQ ID NO：175の残基58～930、SEQ ID NO：200の残基58～939、SEQ ID NO：201の残基58～927、SEQ ID NO：226の残基58～933、SEQ ID NO：227の残基58～921、SEQ ID NO：252の残基58～936、SEQ ID NO：253の残基58～924、その縮重配列またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれを超える配列同一性を有する配列。
いくつかの態様では、アルファ鎖をコードするヌクレオチド配列および／またはベータ鎖をコードするヌクレオチド配列は、コドン最適化されている。典型的には、コドン最適化は、選択されたコドンの割合を、過剰になることも律速になることもないように、公表されたヒト転移RNAの存在度と均衡させることを伴う。大部分のアミノ酸が1超のコドンによってコードされ、コドン使用頻度が生物間で変動するので、いくつかの場合に、これが必要となり得る。トランスフェクトされた遺伝子と宿主細胞との間のコドン使用頻度の差は、核酸構築物のタンパク質発現および免疫原性に対して効果を有し得る。一般に、コドン最適化のために、ヒト使用頻度と均衡したコドンが選択されるように、コドンが選ばれる。典型的には、アミノ酸に対するコドンの冗長性は、異なるコドンが1つのアミノ酸をコードするようなものである。いくつかの態様では、置換のためのコドンを選択する際には、コドン変化がアミノ酸配列に影響を及ぼさないように、得られる変異がサイレント変異であることが望ましい場合がある。一般的には、コドンの最後のヌクレオチドは、アミノ酸配列に影響を及ぼすことなく、不変のままであり得る。いくつかの場合に、結合分子、例えば、TCRまたはその抗原結合断片をコードする核酸配列は、隠れたスプライス部位が除去されるように修飾される。いくつかの態様では、SEQ ID NO：365に示されるTCRをコードするポリヌクレオチドが本明細書に提供される。
いくつかの場合に、アルファ鎖をコードする核酸配列は、以下のうちの1つを含有する：SEQ ID NO：3の残基103～907、SEQ ID NO：4の残基103～895、SEQ ID NO：41の残基55～810、SEQ ID NO：42の残基55～789、その縮重配列またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれを超える配列同一性を有する配列。いくつかの例では、ベータ鎖をコードするヌクレオチド配列は、以下のうちの1つを含有する： SEQ ID NO：18の残基82～966、SEQ ID NO：19の残基82～954、SEQ ID NO：54の残基43～924、SEQ ID NO：55の残基43～912、その縮重配列またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれを超える配列同一性を有する配列。
いくつかの態様では、TCRのアルファ鎖および／またはベータ鎖をコードする核酸分子は、表7に示されるSEQ ID NOに対応する核酸配列を含む。また、TCRをコードする提供される核酸分子は、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を含有するものである。また、表7、例えばその中の各行に示される配列のいずれかによってコードされる任意のTCRアルファ鎖も提供される。また、表7、例えばその中の各行に示される配列のいずれかによってコードされる任意のTCRベータ鎖も提供される。また、表7、例えばその中の各行に示される配列のいずれかによってコードされる任意のTCRアルファおよびベータ鎖も提供される。そのような配列によってコードされる例示的なTCR、またはそれらの修飾型も表7に示される。
（表７）HPV16 E6 & E7 TCRヌクレオチドのSEQ ID NO
Figure 0007410868000011
いくつかの態様では、SEQ ID NO：39に示されるTCRのアルファ鎖および／またはSEQ ID NO：52に示されるTCRのベータ鎖をコードする核酸（1つまたは複数）が本明細書に提供される。いくつかの態様では、SEQ ID NO：39に示されるTCRのアルファ鎖および／またはSEQ ID NO：361に示されるTCRのベータ鎖をコードする核酸（1つまたは複数）が本明細書に提供される。いくつかの態様では、SEQ ID NO：69に示されるTCRをコードするポリヌクレオチドが本明細書に提供される。いくつかの態様では、SEQ ID NO：363に示されるTCRをコードするポリヌクレオチドが本明細書に提供される。いくつかの態様では、SEQ ID NO：389に示されるTCRをコードするポリヌクレオチドが本明細書に提供される。いくつかの態様では、SEQ ID NO：365に示されるTCRをコードするポリヌクレオチドが本明細書に提供される。いくつかの態様では、SEQ ID NO：402に示されるTCRをコードするポリヌクレオチドが本明細書に提供される。また、本明細書に提供される提供される核酸（1つまたは複数）またはポリヌクレオチドは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を含有するものである。
いくつかの態様では、SEQ ID NO：1、39、71、97、120、143、163、189、215もしくは241に示されるTCRのアルファ鎖をコードする核酸（1つまたは複数）および／またはSEQ ID NO：411、361、414、415、416、417、418、419、423もしくは424に示されるTCRのベータ鎖をコードする核酸（1つまたは複数）が本明細書に提供される。また、本明細書に提供される提供される核酸（1つまたは複数）またはポリヌクレオチドは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を含有するものである。また、提供される態様は、中でも、そのようなポリヌクレオチドのいずれかによってコードされるTCRまたはその結合断片の1つまたは複数の鎖（例えば、アルファ鎖および／またはベータ鎖）である。
また、そのような核酸分子を含有するベクターまたは構築物が提供される。いくつかの態様において、ベクターまたは構築物は、アルファ鎖および/またはベータ鎖をコードするヌクレオチドに機能的に連結された1以上のプロモーターを含有する。いくつかの態様において、プロモーターは、1または2以上の核酸分子に機能的に連結される。
いくつかの態様において、ベクターまたは構築物は、1以上の核酸分子の発現を駆動する単一プロモーターを含有することができる。いくつかの態様において、そのようなプロモーターは、マルチシストロン性(バイシストロン性またはトリシストロン性、例えば、米国特許第6,060,273号を参照のこと)であることができる。例えば、いくつかの態様において、転写単位を、IRES(内部リボソーム進入部位)を含有するバイシストロン性単位として操作することができ、それによって、単一プロモーターからのメッセージによって遺伝産物(例えば、TCRのアルファ鎖および/またはベータ鎖をコードする)の共発現が可能になる。代替的に、場合によっては、単一プロモーターは、自己切断ペプチド(例えば、T2A)またはプロテアーゼ認識部位(例えば、フーリン)をコードする配列によって互いに隔てられた2または3つの遺伝子(例えば、TCRのアルファ鎖および/またはベータ鎖をコードする)を単一オープンリーディングフレーム(ORF)に含有するRNAの発現を指令し得る。したがって、ORFは、翻訳中(2A、例えばT2Aの場合)または翻訳後のいずれかに個々のタンパク質に切断される単一ポリタンパク質をコードする。場合によっては、ペプチド、例えばT2Aは、リボソームに2AエレメントのC末端でのペプチド結合の合成をスキップさせ(リボソームスキッピング)、2A配列の端と次のペプチド下流との間を隔てさせることができる(例えば、de Felipe. Genetic Vaccines and Ther. 2:13 (2004)およびdeFelipe et al. Traffic 5:616-626 (2004)を参照のこと)。リボソームスキッピングを誘導することができるものを含む2A切断ペプチドの例は、Thosea asignaウイルス(T2A、例えば、SEQ ID NO:301または302)、ブタテッショウウイルス-1(P2A、例えば、SEQ ID NO:32または311)、ウマ鼻炎Aウイルス(E2A、例えば、SEQ ID NO:313)および口蹄疫ウイルス由来の2A配列(F2A、例えば、SEQ ID NO:312)であり、米国特許公報第2007/0116690号に記載の通りである。
場合によっては、アルファ鎖をコードするヌクレオチド配列およびベータ鎖をコードするヌクレオチド配列は、内部リボソーム進入部位(IRES)をコードするヌクレオチド配列またはリボソームスキッピングを引き起こすペプチド配列によって隔てられる。場合によっては、アルファ鎖をコードするヌクレオチド配列およびベータ鎖をコードするヌクレオチド配列は、リボソームスキッピングを引き起こすペプチド配列によって隔てられる。いくつかのそのような場合では、リボソームスキッピングを引き起こすペプチドは、P2AまたはT2Aペプチドであり、かつ/または、SEQ ID NO:32、301、302もしくは311に示されるアミノ酸配列を含有する。いくつかの局面において、リボソームスキッピングを引き起こすペプチドをコードするヌクレオチド配列は、SEQ ID NO:31、または315～326に示される配列を含有する。
いくつかの態様において、アルファ鎖をコードする核酸配列およびベータ鎖をコードするヌクレオチド配列は、内部リボソーム進入部位(IRES)をコードするヌクレオチド配列またはリボソームスキッピングを引き起こすペプチド配列によって隔てられて任意の順序で存在する。例えば、いくつかの態様において、核酸分子は、ベータ鎖をコードする核酸配列、IRESをコードする核酸配列またはリボソームスキッピングを引き起こすペプチド配列、例えば本明細書に記載のP2AまたはT2A配列、およびアルファ鎖をその順序でコードする核酸配列を含む。他の態様において、核酸分子は、アルファ鎖をコードする核酸配列、IRESをコードする核酸配列またはリボソームスキッピングを引き起こすペプチド配列、およびベータ鎖をその順序でコードする核酸配列を含有する。
したがって、いくつかの局面において、核酸分子は、ベータ鎖、IRESまたはリボソームスキッピングを引き起こすペプチド、およびアルファ鎖をその順序で含むポリペプチドをコードする。他の局面において、核酸分子は、アルファ鎖、IRESまたはリボソームスキッピングを引き起こすペプチド、およびベータ鎖をその順序で含むポリペプチドをコードする。
いくつかの態様では、核酸分子は、表8に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有する配列を含有するポリペプチドをコードする。いくつかの態様では、核酸分子は、SEQ ID NO：37、38、69、70、95、96、118、119、141、142、161、162、187、188、213、214、239、240、265、もしくは266のいずれかに示されるポリペプチド、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有する配列をコードする。いくつかの態様では、核酸分子は、SEQ ID NO：33～36、65～68、93、94、116、117、139、140、159、160、185、186、211、212、237、238、263、264のいずれかに示される核酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの態様では、SEQ ID NO：400、363、403、404、405、406、407、408、409または410のいずれか1つに示されるTCRをコードするポリヌクレオチドが本明細書に提供される。いくつかの態様では、SEQ ID NO：364、65、93、116、139、159、185、211、237または263のいずれか1つに示されるTCRをコードするポリヌクレオチドが本明細書に提供される。いくつかの態様では、SEQ ID NO：387、389、391、392、393、394、395、396、397 または398のいずれか1つに示されるTCRをコードするポリヌクレオチドが本明細書に提供される。いくつかの態様では、SEQ ID NO：399に示されるTCRをコードするポリヌクレオチドが本明細書に提供される。いくつかの態様では、SEQ ID NO：67に示されるTCRをコードするポリヌクレオチドが本明細書に提供される。いくつかの態様では、SEQ ID NO：388に示されるTCRをコードするポリヌクレオチドが本明細書に提供される。いくつかの態様では、SEQ ID NO：390に示されるTCRをコードするポリヌクレオチドが本明細書に提供される。いくつかの態様では、SEQ ID NO：401に示されるTCRをコードするポリヌクレオチドが本明細書に提供される。いくつかの態様では、SEQ ID NO：402に示されるTCRをコードするポリヌクレオチドが本明細書に提供される。また、本明細書に提供される提供される核酸（1つまたは複数）またはポリヌクレオチドは、中でも、そのような配列と少なくとも90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％または約90、91、92、93、94、95、96、97、98、もしくは99％同一の配列を含有するものである。また、提供される態様は、中でも、そのようなポリヌクレオチドのいずれかによってコードされるTCRまたはその結合断片の1つまたは複数の鎖（例えば、アルファ鎖および／またはベータ鎖）である。
また、提供される核酸のいずれかによってコードされる配列を含有するポリペプチドも提供される。いくつかの局面では、ポリペプチドは、表8に示されるSEQ ID NOに対応するアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、SEQ ID NO：37、38、69、70、95、96、118、119、141、142、161、162、187、188、213、214、239、240、265、もしくは266のいずれかに示される配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの態様では、ポリペプチドは、SEQ ID NO：362に示される配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有する配列を含む。例示的なそのようなTCR、またはそれらの修飾型も表8に示される。
（表８）HPV16 E6 & E7 TCRのSEQ ID NO
Figure 0007410868000012
いくつかの態様において、核酸分子は、リンカー、例えばリボソームスキッピングを引き起こす切断可能リンカー配列またはペプチド配列、例えばT2AまたはP2AによってCARからまたはTCR鎖から隔てられたマーカー(例えば、記載の通りのEGFRtまたは他のマーカー)をさらにコードしてよい。
いくつかの態様において、コードマーカー配列がアルファおよび/またはベータ配列の3’、アルファおよび/またはベータ配列の5’、および/またはアルファ配列とベータ配列との間のいずれかにあるように構築物を任意の順序で配置させることができ、その場合、場合によっては、隔てられる各成分は、切断可能リンカー配列またはリボソームスキッピングを引き起こすペプチド(例えば、T2AまたはP2A)またはIRESによって隔てられる。いくつかの態様において、核酸分子は、マーカー(例えば、EGFRt)、切断可能リンカーまたはリボソームスキップ配列(例えば、T2AまたはP2A)、ベータ鎖、切断可能リンカーまたはリボソームスキップ配列(例えば、T2AまたはP2A)、およびアルファ鎖をその順序でコードする核酸配列を含有する。いくつかの態様において、核酸分子は、マーカー(例えば、EGFRt)、切断可能リンカーまたはリボソームスキップ配列(例えば、T2AまたはP2A)、アルファ鎖、切断可能リンカーまたはリボソームスキップ配列(例えば、T2AまたはP2A)、およびベータ鎖をその順序でコードする核酸配列を含有する。いくつかの態様において、核酸分子は、ベータ鎖、切断可能リンカーまたはリボソームスキップ配列(例えば、T2AまたはP2A)、アルファ鎖、切断可能リンカーまたはリボソームスキップ配列(例えば、T2AまたはP2A)およびマーカー(例えば、EGFRt)をその順序でコードする核酸配列を含有する。いくつかの態様において、核酸分子は、アルファ鎖、切断可能リンカーまたはリボソームスキップ配列(例えば、T2AまたはP2A)、ベータ鎖、切断可能リンカーまたはリボソームスキップ配列(例えば、T2AまたはP2A)およびマーカー(例えば、EGFRt)をその順序でコードする核酸配列を含有する。いくつかの態様において、核酸分子は、アルファ鎖、切断可能リンカーまたはリボソームスキップ配列(例えば、T2AまたはP2A)、マーカー(例えば、EGFRt)、切断可能リンカーまたはリボソームスキップ配列(例えば、T2AまたはP2A)およびベータ鎖をその順序でコードする核酸配列を含有する。いくつかの態様において、核酸分子は、ベータ鎖、切断可能リンカーまたはリボソームスキップ配列(例えば、T2AまたはP2A)、マーカー(例えば、EGFRt)、切断可能リンカーまたはリボソームスキップ配列(例えば、T2AまたはP2A)およびアルファ鎖をその順序でコードする核酸配列を含有する。
いくつかの態様において、T2Aリボソームスイッチによって隔てられたCARおよびEGFRtをコードする構築物の導入は、同じ構築物から2つのタンパク質を発現させることができるので、そのような構築物を発現する細胞を検出するためのマーカーとしてEGFRtを使用することができる。
核酸は、それぞれTCRまたは抗体の可変アルファ(Vα)領域または可変軽(VL)領域を含むアミノ酸配列をコードしてよい。場合によっては、核酸は、それぞれTCRまたは抗体の可変ベータ(Vβ)領域または可変重(VH)領域を含むアミノ酸配列をコードする。さらなる態様において、そのような核酸を含む1以上のベクター(例えば、発現ベクター)が提供される。
また、ベクター、例えば本明細書に記載の核酸のいずれかを含有するものが提供される。いくつかの態様において、結合分子、例えばTCRの一方または両方の鎖をコードする核酸(1つまたは複数)が、好適な発現ベクター(1つまたは複数)にクローニングされる。発現ベクターは、任意の好適な組換え発現ベクターであることができ、これを使用して任意の好適な宿主を形質転換またはそれにトランスフェクトすることができる。好適なベクターは、伝播および拡大のためもしくは発現のためまたは両方のために設計されたもの、例えばプラスミドおよびウイルスを含む。いくつかの態様において、ベクターは、発現ベクターである。
いくつかの態様において、ベクターは、pUC系(Fermentas Life Sciences)、pBluescript系(Stratagene, LaJolla, Calif.)、pET系(Novagen, Madison, Wis.)、pGEX系(Pharmacia Biotech, Uppsala, Sweden)、またはpEX系(Clontech, Palo Alto, Calif.)のベクターであることができる。場合によっては、バクテリオファージベクター、例えばλG10、λGT11、λZapII(Stratagene)、λEMBL4、およびλNM1149を使用することもできる。いくつかの態様において、植物発現ベクターを使用することができ、pBI01、pBI101.2、pBI101.3、pBI121およびpBIN19(Clontech)を含む。いくつかの態様において、動物発現ベクターは、pEUK-Cl、pMAMおよびpMAMneo(Clontech)を含む。場合によっては、ベクターは、ウイルスベクターである。いくつかのそのような局面において、ウイルスベクターは、レトロウイルスベクター、例えばレンチウイルスベクターである。場合によっては、レンチウイルスベクターは、HIV-1に由来する。
いくつかの態様において、標準的な組換えDNA技術を使用して組換え発現ベクターを調製することができる。いくつかの態様において、ベクターは、必要に応じて、かつ、ベクターがDNAベースであるかRNAベースであるかを考慮して、ベクターが導入される宿主のタイプ(例えば、細菌、真菌、植物、または動物)に特異的な調節配列、例えば転写および翻訳開始および終結コドンを含有することができる。いくつかの態様において、ベクターは、結合分子、例えばTCR、抗体またはその抗原結合フラグメントをコードするヌクレオチド配列に機能的に連結される非天然プロモーターを含有することができる。いくつかの態様において、プロモーターは、非ウイルスプロモーターまたはウイルスプロモーター、例えばサイトメガロウイルス(CMV)プロモーター、SV40プロモーター、RSVプロモーター、およびマウス幹細胞ウイルスの長い末端反復に見いだされるプロモーターであることができる。当業者に公知の他のプロモーターも想定される。
また、結合分子(抗原結合フラグメントを含む)を製造する方法が提供される。いくつかの態様において、そのような核酸を含む宿主細胞が提供される。結合分子の組換え生産のために、結合分子、例えば、上記の通りの結合分子をコードする核酸を単離して、宿主細胞におけるさらなるクローニングおよび/または発現のために1以上のベクターに挿入してよい。そのような核酸は、従来の手順を使用して(例えば、TCRのアルファおよびベータ鎖または抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合することができるオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって)容易に単離および配列決定してよい。いくつかの態様において、上に提供される通りの結合分子をコードする核酸を含む宿主細胞を、結合分子の発現に好適な条件下で培養すること、および場合により、宿主細胞(または宿主細胞培養培地)から結合分子を回収することを含む、結合分子を製造する方法が提供される。
1つのそのような態様において、宿主細胞は、TCRまたはその抗原結合フラグメントのVβ領域を含むアミノ酸配列をコードする核酸およびTCRまたはその抗原結合フラグメントのVα領域を含むアミノ酸配列をコードする核酸を含むベクターを含む(例えば、該ベクターで形質転換されている)。別のそのような態様において、宿主細胞は、抗体またはその抗原結合フラグメントのVHおよび抗体またはその抗原結合フラグメントのVLを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含むベクターを含む(例えば、該ベクターで形質転換されている)。いくつかの局面において、宿主細胞は、TCRまたはその抗原結合フラグメントのVα領域を含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第一のベクターおよびTCRまたはその抗原結合フラグメントのVβ領域を含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第二のベクターを含む(例えば、該ベクターで形質転換されている)。他の局面において、宿主細胞は、抗体またはその抗原結合フラグメントのVLを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第一のベクターおよび抗体またはその抗原結合フラグメントのVHを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第二のベクターを含む(例えば、該ベクターで形質転換されている)。
原核生物に加えて、糸状菌または酵母などの真核微生物も、結合分子をコードするベクターのための好適なクローニングまたは発現宿主であり、ヒト細胞においてクローニングまたは発現を模倣または近似するようグリコシル化経路が修飾されている真菌および酵母株を含む。Gerngross, Nat. Biotech. 22:1409-1414 (2004)、およびLi et al., Nat. Biotech. 24:210-215 (2006)を参照のこと。
ポリペプチドを発現させるために使用され得る例示的な真核生物細胞は、COS 7細胞を含むCOS細胞；293-6E細胞を含む293細胞；CHO-S、DG44. Lec13 CHO細胞、およびFUT8 CHO細胞を含むCHO細胞；PER.C6(登録商標)細胞；およびNSO細胞を含むが、これらに限定されない。いくつかの態様において、特定の真核生物宿主細胞は、結合分子に所望の翻訳後修飾を加えるその能力に基づいて選択される。例えば、いくつかの態様において、CHO細胞は、293細胞において産生された同じポリペプチドより高いレベルのシアリル化を有するポリペプチドを産生する。いくつかの態様において、結合分子は、無細胞系で産生される。例示的な無細胞系は、例えば、Sitaraman et al., Methods Mol. Biol. 498: 229-44 (2009); Spirin, Trends Biotechnol. 22: 538-45 (2004); Endo et al., Biotechnol. Adv. 21: 695-713 (2003)に記載されている。
3. 結合分子および操作された細胞の例示的な特徴
いくつかの局面において、提供される結合分子、例えばTCRまたはTCR様CARは、1以上の特定された機能的特徴、例えば、特定のエピトープへの結合を含む結合特性、オフターゲット結合もしくは活性の欠如および/または特定の結合親和性を有する。いくつかの態様において、提供されるTCRの特徴のいずれか1以上を、TCRを発現させることによって、例えば、TCRをコードする1以上の核酸をT細胞、例えば初代T細胞またはT細胞株に導入することによって評価することができる。いくつかの態様において、T細胞株は、Jurkat細胞またはJurkat由来細胞株である。例示的なJurkat由来細胞株は、Jurkat白血病細胞株を放射線突然変異誘発で処理してOKT3モノクローナル抗体で陰性選択することによって産生される、J.RT3-T3.5(ATCC(登録商標)TIB-153(商標))細胞株である(Weiss & Stobo, J. Ex. Med. 160(5):1284-1299 (1984)を参照のこと)。
いくつかの態様において、提供される結合分子は、HPV16のペプチドエピトープ、例えば上記したようなHPV 16 E6またはE7のエピトープに、多数の公知の方法のいずれかによって測定した場合に少なくともある特定の親和性で結合することができる。いくつかの態様において、ペプチドエピトープは、MHC分子またはリガンドに関連してのペプチドである。いくつかの態様において、親和性は、平衡解離定数(KD)または会合定数(ka)によって表される。いくつかの態様において、親和性は、EC50によって表される。
いくつかの態様において、結合分子、例えばTCRは、ペプチドエピトープ、例えばMHC分子と複合体化されたペプチドエピトープに、105 M-1に等しいまたはそれより大きい親和性またはKA(すなわち、1/M単位の特定の結合相互作用の平衡会合定数；二分子の相互作用と仮定すると、この会合反応についての結合速度(on-rate)[konまたはka]と解離速度(off-rate)[koffまたはkd]の比に等しい)で結合、例えば特異的に結合する。いくつかの態様において、TCRまたはそのフラグメントは、ペプチドエピトープに対して10-5 Mに等しいまたはそれより低いKD(すなわち、M単位の特定の結合相互作用の平衡解離定数；二分子の相互作用と仮定すると、この会合反応についての解離速度[koffまたはkd]と結合速度[konまたはka]の比に等しい)の結合親和性を示す。例えば、平衡解離定数KDは、10-5 Mもしくは約10-5 Mから、10-12 Mもしくは約10-12 Mまでの範囲、例えば10-6 Mもしくは約10-6 Mから、10-10 Mもしくは約10-10 Mまでの範囲、10-7 Mもしくは約10-7 Mから、10-11 Mもしくは約10-11 Mまでの範囲、10-6 Mもしくは約10-6 Mから、10-8 Mもしくは約10-8 Mまでの範囲、または10-7 Mもしくは約10-7 Mから、10-8 Mもしくは約10-8 Mまでの範囲である。結合速度(会合速度定数；konまたはka；1/Ms単位)および解離速度(解離速度定数；koffまたはkd；1/s単位)を、当技術分野において公知のアッセイ法のいずれか、例えば、表面プラズモン共鳴(SPR)を使用して決定することができる。
いくつかの態様において、結合親和性を、高親和性としてまたは低親和性として分類してよい。場合によっては、低～中程度の親和性結合を示す結合分子(例えば、TCR)は、最大107 M-1、最大106 M-1、最大105 M-1のKAを示す。場合によっては、特定のエピトープへの高親和性結合を示す結合分子(例えば、TCR)は、そのようなエピトープと少なくとも107 M-1、少なくとも108 M-1、少なくとも109 M-1、少なくとも1010 M-1、少なくとも1011 M-1、少なくとも1012 M-1、または少なくとも1013 M-1のKAで相互作用する。いくつかの態様において、HPV 16 E6またはE7のペプチドエピトープへの結合分子の結合親和性(EC50)および/または解離定数は、0.1nMもしくは約0.1nMから、1μMまで、1nMもしくは約1nMから、1μMまで、1nMもしくは約1nMから、500nMまで、1nMもしくは約1nMから、100nMまで、1nMもしくは約1nMから、50nMまで、1nMもしくは約1nMから、10nMまで、10nMもしくは約10nMから、500nMまで、10nMもしくは約10nMから、100nMまで、10nMもしくは約10nMから、50nMまで、50nMもしくは約50nMから、500nMまで、50nMもしくは約50nMから、100nMまで、または100nMもしくは約100nMから、500nMまで、である。ある特定の態様において、HPV 16 E6またはE7のペプチドエピトープへの結合分子の結合親和性(EC50)および/または解離定数は、1μM、500nM、100nM、50nM、40nM、30nM、25nM、20nM、19nM、18nM、17nM、16nM、15nM、14nM、13nM、12nM、11nM、10nM、9nM、8nM、7nM、6nM、5nM、4nM、3nM、2nM、もしくは1nM、またはそれ未満、あるいは約1μM、500nM、100nM、50nM、40nM、30nM、25nM、20nM、19nM、18nM、17nM、16nM、15nM、14nM、13nM、12nM、11nM、10nM、9nM、8nM、7nM、6nM、5nM、4nM、3nM、2nM、もしくは1nM、またはそれ未満である。
結合親和性を評価するためのおよび/または結合分子が特定のリガンド(例えば、MHC分子に関連してのペプチド)に特異的に結合するかどうかを決定するための多様なアッセイが公知である。標的ポリペプチドのT細胞エピトープに対する結合分子、例えばTCRの結合親和性を、例えば、当技術分野において周知である多数の結合アッセイのいずれかを使用することによって決定することは、当業者の技能の範囲内である。例えば、いくつかの態様において、BIAcore機器を使用して、2つのタンパク質間の複合体の結合定数を決定することができる。複合体についての解離定数を、緩衝液がチップ上を通過するときの時間に関する屈折率の変化をモニタリングすることによって決定することができる。あるタンパク質の別のものへの結合を測定するための他の好適なアッセイは、例えば、酵素結合免疫吸着測定法(ELISA)および放射免疫測定法(RIA)などの免疫測定法、または、蛍光、UV吸収、円偏光二色性、もしくは核磁気共鳴(NMR)を通じたタンパク質の分光もしくは光学特性の変化をモニタリングすることによる結合の決定を含む。他の例示的なアッセイは、ウエスタンブロット、ELISA、分析用超遠心法、分光法および表面プラズモン共鳴(Biacore(登録商標))分析(例えば、Scatchard et al., Ann. N.Y. Acad. Sci. 51:660, 1949; Wilson, Science 295:2103, 2002; Wolff et al., Cancer Res. 53:2560, 1993；および米国特許第5,283,173号、第5,468,614号、または等価物を参照のこと)、フローサイトメトリー、配列決定および発現された核酸の他の検出法を含むが、これらに限定されない。一例では、TCRに対する見かけの親和性は、様々な濃度の四量体への結合を、例えば、標識四量体を使用したフローサイトメトリーによって評価することによって測定される。一例では、TCRの見かけのKDは、広範な濃度の標識四量体の2倍希釈物を使用し、続いて、非線形回帰による結合曲線の決定によって測定され、見かけのKDは、半最大結合をもたらすリガンドの濃度として決定される。
いくつかの態様において、結合分子は、HPV 16 E6またはE7陰性細胞、例えば、HPV 16 E6もしくはE7を発現することが公知および/または本明細書に記載の特定の細胞ならびにHPV 16 E6もしくはE7を発現しないことが公知の特定の細胞と比較して、HPV 16 E6またはE7を発現する細胞の抗原認識について結合優先性を示す。いくつかの態様において、HPV 16 E6またはE7を発現しない細胞と比較して、HPV 16 E6またはE7を発現する細胞への有意に高い結合度が測定された場合に、結合優先性が観察される。いくつかの態様において、例えば、フローサイトメトリーに基づくアッセイでの平均蛍光強度および/または解離定数またはEC50によって測定した場合に検出される、HPV 16 E6またはE7を発現しない細胞と比較したHPV 16 E6またはE7を発現する細胞への結合度の変化倍率は、少なくともまたは約1.5、2、3、4、5、6以上である。
いくつかの態様において、結合分子、例えばTCRは、交差反応性またはオフターゲット結合、例えば望ましくないオフターゲット結合、例えば健康なまたは正常な組織または細胞中に存在する抗原へのオフターゲット結合を示さない。いくつかの態様において、結合分子、例えばTCRは、ただ1つのペプチドエピトープまたは抗原複合体を認識、例えばそれに特異的に結合する、例えば、SEQ ID NO:268に示される特定のHPV 16 E6エピトープもしくはSEQ ID NO:271に示されるE7エピトープまたはその抗原複合体のみを認識する。したがって、いくつかの態様において、提供される結合分子、例えばTCRは、例えば非標的ペプチドエピトープの認識に起因する、不要な副作用を引き起こすリスクの低減を有する。
いくつかの態様において、結合分子、例えばTCRは、SEQ ID NO268に示されるHPV 16 E6エピトープまたはSEQ ID NO:271に示されるE7エピトープの配列関連ペプチドエピトープを認識しない、例えばそれに特異的に結合しない、すなわち、それぞれSEQ ID NO:268または271のいずれかに示されるHPV 16 E6またはE7エピトープと共通のいくつかのアミノ酸を有するエピトープを認識しない、例えば、エピトープが配列されたときにそのようなエピトープと1、2、3、4、5または6アミノ酸残基が異なるエピトープを認識しない。いくつかの態様において、結合分子、例えばTCRは、SEQ ID NO:268に示されるHPV 16 E6エピトープまたはSEQ ID NO:271に示されるE7エピトープの配列に無関係なエピトープを認識しない、すなわち、それぞれSEQ ID NO:268または271のいずれかに示されるHPV 16 E6またはE7エピトープと比較して、配列が実質的に異なる、例えば、エピトープが配列されたときにそのようなエピトープと6、7、8、9、10以上のアミノ酸残基が異なるエピトープを認識しない。いくつかの態様において、結合分子、例えばTCRは、異なるMHCアレルに関連して、例えばHLA-A2以外のMHCアレルに関連してSEQ ID NO:268に示されるHPV 16 E6エピトープまたはSEQ ID NO:271に示されるE7エピトープを認識しない。
典型的には、結合分子、例えばTCRの、ペプチドエピトープ、例えばMHCと複合体化されたペプチドエピトープへの特異的結合は、1以上の相補性決定領域(CDR)を含有する抗原結合部位の存在によって支配される。一般に、特異的に結合するとは、特定のペプチドエピトープ、例えばMHCと複合体化されたペプチドエピトープが、MHC-ペプチド分子が結合し得る唯一のものであることを意味するものではないと理解される。なぜなら他の分子との非特異的な結合相互作用も生じ得るからである。いくつかの態様において、MHC分子に関連してペプチドへの結合分子の結合は、そのような他の分子、例えばMHC分子に関連して別のペプチドまたはMHC分子に関連して無関係の(対照)ペプチドへの結合より高い親和性での結合であり、例えば、そのような他の分子への結合親和性より少なくとも約2倍、少なくとも約10倍、少なくとも約20倍、少なくとも約50倍、または少なくとも約100倍高い。
いくつかの態様では、提供される結合分子、例えば、TCRは、がんまたは腫瘍などの疾患、障害または病態の細胞または組織に関連する、特異的である、および／または発現される抗原に、結合するまたはそれを認識する、例えば、特異的に結合するまたはそれを認識することが可能である。いくつかの局面では、抗原は、ペプチドの形態であり、例えば、ペプチド抗原またはペプチドエピトープである。いくつかの態様では、提供されるTCRは、主要組織適合性複合体（MHC）分子に関連してペプチドである抗原に結合、例えば特異的に結合する。
結合分子が、抗原、例えば、ペプチド抗原に結合する、または抗原、例えば、ペプチド抗原に特異的に結合するという観察は、必ずしもそれがすべての種の抗原に結合するということを意味するわけではない。例えば、いくつかの態様では、MHCに関連して抗原、例えば、ペプチド抗原に結合する特徴、例えば、それに特異的に結合する能力および／またはそれとの結合に対して参照結合分子もしくは受容体と競合する能力、および／または特定の親和性で結合するもしくは特定の程度まで競合する能力は、いくつかの態様では、ヒト抗原に関する能力を指し、結合分子は、マウスなどの別の種由来の抗原に関してこの特徴を有しない可能性がある。いくつかの局面では、結合分子またはその抗原結合断片の無関係の抗原またはタンパク質、例えば無関係のペプチド抗原への結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（RIA）、ペプチドタイトレーションアッセイまたはレポーターアッセイによって測定した場合、結合分子またはその抗原結合断片の抗原、例えば、同族抗原への結合の10％未満または約10％未満である。
いくつかの態様において、結合分子、例えばTCRを、当技術分野において公知の多数のスクリーニングアッセイのいずれかを使用して安全性またはオフターゲット結合活性について評価することができる。いくつかの態様において、特定の結合分子、例えばTCRへの免疫応答の生成を、標的ペプチドエピトープを発現しないことが公知の細胞、例えば正常組織に由来する細胞、1以上の異なるMHCタイプを発現する同種細胞株、または他の組織もしくは細胞供給源の存在下で測定することができる。いくつかの態様において、細胞または組織は、正常細胞または組織を含む。例えば、場合によっては、細胞または組織は、脳、筋肉、肝臓、結腸、腎臓、肺、卵巣、胎盤、心臓、膵臓、前立腺、上皮もしくは皮膚、精巣、副腎、腸、骨髄または脾臓を含むことができる。いくつかの態様において、細胞への結合を2次元培養において試験することができる。いくつかの態様において、細胞への結合を3次元培養において試験することができる。いくつかの態様において、対照として、組織または細胞は、標的エピトープを発現することが公知のものであることができる。免疫応答を、例えば、T細胞などの免疫細胞の活性化(例えば、細胞傷害性活性)、サイトカイン(例えば、インターフェロンガンマ)の産生、またはシグナル伝達カスケードの活性化を例えばレポーターアッセイによって評価することによって、直接的または間接的に評価することができる。
いくつかの態様において、特定の標的エピトープを使用したヒトゲノムの相同性検索を実施することによって潜在的なオフターゲットを同定して、例えば、潜在的な配列関連エピトープを同定することができる。場合によっては、タンパク質配列データベースを分析して、標的ペプチドエピトープに対して類似性を有するペプチドを同定することができる。いくつかの態様において、関心対象の潜在的な配列関連エピトープの同定を容易にするために、結合モチーフを最初に同定することができる。いくつかの態様において、結合モチーフを、標的エピトープ(例えば、SEQ ID NO:268または271に示されるHPV 16 E6またはE7エピトープ)のペプチド検索、例えばアラニン突然変異誘発検索によって同定して、結合分子によって認識される結合モチーフを同定することができる。例えば、WO2014/096803を参照のこと。いくつかの態様において、標的ペプチドの突然変異誘発によって結合モチーフを同定することができ、それによって、各アミノ酸またはそのサブセットが別のアミノ酸残基に変化した一連の突然変異体が作製され、その活性を元の標的エピトープと比べて試験し、結合に関与するかまたはそれに必要な残基が同定される。いくつかの態様において、標的エピトープの各位置におけるアミノ酸残基が全て代わりのアミノ酸に突然変異された一連の突然変異体を製造してよい。場合によっては、結合モチーフ(すなわち、結合を容認しないが結合に関与するかまたはそれに必要なアミノ酸残基)が同定されたら、結合モチーフを含有するタンパク質についてタンパク質データベースを検索してよい。
いくつかの態様において、好適なタンパク質データベースは、UniProtKB/Swiss-Prot (http://www.uniprot.org/)、Protein Information Resource (PI R) (http://pir.georgetown.edu/pirwww/index.shtml)、および/またはReference Sequence (RefSeq) (www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq)を含むが、これらに限定されない。ペプチドモチーフについての検索は、ExPASY(http://www.expasy.org/)などのバイオインフォマティクス情報サイト(bioinformatics resource sites)に見いだされ得る多数のツールのいずれか1つを使用して行ってよい。例えば、検索ツールScanPrositeは、UniProtKB/Swiss-Prot Protein Knowledgebaseにおける全てのタンパク質配列においてユーザーが定義したモチーフを同定する(De Castro et al. Nucleic acids Res. 2006 Jul 1; 34 (Web Server issue):W362-5)。場合によっては、ヒト起源のペプチド、または、通常ヒトに存在する生物、例えばウイルスもしくは細菌病原体、または常在細菌のペプチドについて検索を行ってよい。
いくつかの態様において、潜在的なオフターゲットエピトープが同定された場合、標的ペプチドエピトープへの結合を好ましくは高親和性で維持しながらも、もはやオフターゲットペプチドへいかなる交差反応性もないように、結合分子、例えばTCRを再設計することができる。例えば、WO 03/020763に記載されている方法を使用した突然変異誘発によってT細胞受容体を再設計することができる。
いくつかの態様では、結合分子、例えば、結合分子、例えば、TCRを含む操作された細胞は、HPV 16に対する免疫応答を誘発する。いくつかの態様では、細胞傷害Tリンパ球（CTL）は、結合分子、例えば、TCRを含有する細胞を、標的細胞、例えば、がん細胞、HPVに感染したもしくはHPV DNA配列を含有するものおよび／またはHPV 16 E6もしくはHPV 16 E7などのHPV 16を発現するものと接触させたときに活性化され得る。例えば、TCRを含有する細胞は、これらが標的細胞、例えば、がん細胞、またはHPVを発現するもしくはHPV DNA配列を含有することが知られている細胞（HPV 16発現細胞、例えば、HPV 16 E6もしくはE7発現細胞を含む）の溶解を誘導する場合に、細胞傷害活性を示す。いくつかの場合に、細胞傷害活性は、例示的な細胞株SCC152と、提供されるTCRまたはその抗原結合断片のいずれかなどの提供される結合分子を発現するT細胞とのインキュベーションまたは接触によって評価することができる。
ある特定の態様では、操作された細胞の標的細胞を破壊する能力は、例えば、Kochenderfer et al., J. Immunotherapy, 32(7): 689-702 (2009)、およびHerman et al. J. Immunological Methods, 285(1): 25-40 (2004)に記載されているような、細胞傷害性アッセイまたはCTL活性化などの当技術分野において公知の任意の好適な方法を使用して測定することができる。CTLの活性をアッセイするために多種多様な技術が存在する。いくつかの態様では、CTL活性は、特異的なペプチドがパルスされた標的などの放射標識された標的細胞を溶解するCTLの存在について培養物をアッセイすることによって評価することができる。これらの技術は、Na2、51CrO4または3H-チミジンなどの放射性核種で標的細胞を標識し、細胞死の指数として標的細胞からの放射性核種の放出または保持を測定することを含む。いくつかの態様では、CTLは、関係するMHC分子および対応するペプチドエピトープを発現する腫瘍細胞などの適切な標的細胞によって刺激されたときに、多種多様なサイトカインを放出することが知られており、そのようなエピトープ特異的CTLの存在は、サイトカイン放出を測定することによって判定することができる。そのようなサイトカインの非限定例は、IFN-γ、TNF-α、およびGM-CSFを含む。これらのサイトカインのためのアッセイは、当技術分野において周知であり、それらの選択は当業者に委ねられる。CTL反応性の尺度として標的細胞死およびサイトカイン放出の両方を測定するための方法論は、Coligan, J. E. et al.（Current Protocols in Immunology, 1999, John Wiley & Sons, Inc., New York）に与えられる。
いくつかの局面では、結合分子、例えば、結合分子、例えばTCRまたはCARを発現する細胞の免疫応答を誘発する能力は、サイトカイン放出を測定することによって判定することができる。いくつかの態様では、結合分子、例えば、TCRまたはCARを発現する細胞との共培養またはそれへの曝露に応答して、HPV 16 E6またはHPV 16 E7などのHPV 16を発現することが知られている適切な標的細胞によって細胞が刺激されたときに多種多様なサイトカインが放出される。そのようなサイトカインの非限定例は、IFN-γ、TNF-α、およびGM-CSFを含む。いくつかの態様では、サイトカイン産生を免疫応答の指標として測定することができる。いくつかの場合に、そのような測定されたサイトカインは、非限定的に、インターロイキン-2（IL-2）、インターフェロン-ガンマ（IFNγ）、インターロイキン-4（IL-4）、TNF-アルファ、インターロイキン-6（IL-6）、インターロイキン-10（IL-10）、インターロイキン-12（IL-12）またはTGF-ベータを含むことができる。サイトカインを測定するためのアッセイは、当技術分野において周知であり、非限定的に、ELISA、細胞内サイトカイン染色、サイトメトリックビーズアレイ、RT-PCR、ELISPOT、フローサイトメトリー、および関係するサイトカインに応答する細胞が試験試料の存在下で応答性（例えば、増殖）について試験されるバイオアッセイを含む。
HPV 16を発現することが知られている例示的な細胞は、CaSki細胞（ATCC No. CRL-1550、組み込まれたHPV16の約600コピーを含有する）、SCC152、または関係するMHC分子および対応するペプチドエピトープ、例えば、HPV 16 E6もしくはE7エピトープ、例えばSEQ ID NO：268もしくは271に示されるエピトープのいずれかを発現する他の腫瘍細胞を含むが、それらに限定されない。
いくつかの態様では、結合分子に曝露される細胞、例えば、TCRまたはCARなどの結合分子を含有する細胞は、T細胞アッセイを使用するなどして、免疫学的読み出しについて評価される。いくつかの態様では、結合分子を含有する細胞は、CD8+ T細胞応答を活性化することができる。一態様では、CD8+ T細胞応答は、51Cr放出を介した標的細胞溶解またはインターフェロンガンマ放出の検出を非限定的に含むアッセイを使用して、例えば酵素結合免疫吸着スポットアッセイ（ELISA）、細胞内サイトカイン染色またはELISPOTによって、CTL反応性をモニタリングすることによって評価することができる。いくつかの態様では、結合分子、例えば、TCRまたはCARなどの結合分子を含有する細胞は、CD4+ T細胞応答を活性化することができる。いくつかの局面では、CD4+ T細胞応答は、例えば細胞DNAへの[3H]-チミジンの組み入れによっておよび／またはサイトカインの産生によって増殖を測定するアッセイによって、例えばELISA、細胞内サイトカイン染色またはELISPOTによって評価することができる。いくつかの場合に、サイトカインは、例えば、インターロイキン-2（IL-2）、インターフェロン-ガンマ（IFN-ガンマ）、インターロイキン-4（IL-4）、TNF-アルファ、インターロイキン-6（IL-6）、インターロイキン-10（IL-10）、インターロイキン-12（IL-12）またはTGFベータを含むことができる。いくつかの態様では、結合分子によるMHCクラスIIエピトープなどのペプチドエピトープの認識または結合は、CD4+ T細胞応答および／またはCD8+ T細胞応答を誘発するまたは活性化することができる。
いくつかの態様では、結合分子、例えば、TCRまたはその抗原結合断片の結合特異性および／または機能（例えば、HPV 16に対する免疫応答を誘発する能力）は、少なくとも部分的にCD8依存性である。いくつかの場合に、MHC分子に関連したペプチドのTCR認識とそれに続くT細胞活性化は、CD8共受容体の存在下で促進される。例えば、CD8共受容体会合は、低～中程度のTCR親和性相互作用および／またはT細胞活性化を促進することができる（例えば、Kerry et al. J. Immunology (2003) 171(9): 4493-4503 および Robbins et al. J Immunology (2008) 180(9): 6116-6131を参照のこと）。提供される結合分子は、中でも、HPV E6またはE7ペプチドエピトープに対してCD8依存的結合を示す分子、例えばTCRである。例示的なそのようなTCRは、本明細書に記載されるようなTCR 57と称されるTCR、またはTCR 57と称されるTCRのCDRを含有するTCR、および／またはそのようなTCRのVαもしくはVβ鎖であり、例えば、表5、6および7を参照されたい。いくつかの態様では、そのような結合分子、例えばTCRは、CD8共発現の存在を必要とするTCRまたはその抗原結合断片よりも高い機能的アビディティーまたは親和性を有し得る。いくつかの局面では、提供されるCD8依存性の結合分子、例えばTCRを、CD8を発現しない細胞、例えばT細胞において発現または操作することができる、例えば、CD4+細胞において発現または操作することができる。いくつかの態様では、提供される操作された非CD8発現細胞、例えばCD4+細胞は、中でも、MHC分子に関連してペプチドに対して、CD8+ T細胞上に発現される同じ結合分子（例えば、TCRまたはその抗原結合断片）の少なくとも20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％または少なくとも約20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％またはより多くの結合特異性、親和性および／またはアビディティーを示す、組換え結合分子、例えば、TCRまたは抗原結合断片を発現する細胞である。
III. T細胞受容体を同定および作製するための方法
いくつかの態様において、標的抗原に対して指向するT細胞受容体を同定および作製するための方法が提供される。いくつかの局面において、該方法は、関心対象の疾患または病態を有する正常ドナーまたは患者に由来するものを含むT細胞、例えば初代T細胞を含有する生物学的試料を、多回の抗原曝露および評価のラウンドに供することを伴う。いくつかの局面において、該ラウンドは、人工のまたは操作された抗原提示細胞、例えば所望のペプチド抗原がパルスされた自己樹状細胞または他のAPCを使用して、MHC、例えばクラスIまたはII MHC上の提示を促進することを伴う。いくつかの局面において、多回の抗原曝露ラウンドが行われ、いくつかの局面において、1以上のラウンド後に、例えば、所望の抗原(例えば、ペプチド-MHC四量体)に結合する能力に基づいてT細胞が選別される。いくつかの局面において、選別は、フローサイトメトリーによって行われる。いくつかの局面において、所望の抗原に結合すると見なされる細胞(陽性画分)および抗原に結合しないと見なされる細胞に由来する細胞が、例えば、単一細胞配列決定法によって評価される。いくつかの局面において、該方法は、単一細胞レベルで、各試料中に存在するTCR対を配列決定および同定する。いくつかの局面において、該方法は、試料中に存在する所与のTCR対のコピー数を定量することができ、よって、所与の試料中の所与のTCRの、別の試料に対する存在度、および/またはその濃縮度、例えば陽性(抗原結合)画分中の、例えば1以上のラウンドにわたる、例えば陰性画分と比較した場合の濃縮度または存在度を評価することができる。いくつかの局面において、そのようなアッセイを実施して、例えばMHC-I分子上に提示されかつ残存しているヒトパピローマウイルス16または18ペプチド抗原、例えばE6またはE7に由来するペプチド、例えばE6(29-38)またはE7(11-19)ペプチドに特異的に結合するおよび/または多回の抗原刺激ラウンド後に経時的に濃縮された、抗原特異的T細胞受容体(TCR)を作製する。いくつかの局面において、クローンT細胞株を作製し、個々の対になったTCRアルファおよびベータ鎖の配列ならびに様々な集団中のその存在度を、ハイスループット対TCR配列決定を使用して単一細胞基準で決定した。
いくつかの局面において、ペプチドパルスされたHLA:A02:01APCを、HPV 16 E6(29-38)ペプチド(TIHDIILECV; SEQ ID NO:268)またはE7(11-19)ペプチド(YMLDLQPET; SEQ ID NO:271)を用いて作製した。正常ヒトドナー由来の自己CD8+T細胞を、ペプチドパルスされた細胞と複数回ラウンドにわたってインキュベートし、ペプチド負荷された自己MHC四量体への結合に基づいて選択を行った。
いくつかの局面において、細胞を、多回の、例えば合計2回または3回以上の刺激ラウンドに、ペプチドパルスされた細胞の存在下で供した(例えば、3回のラウンドにわたって特定のペプチド濃度1000ng/mLを維持した)。1回以上の刺激ラウンドの後、例えば刺激ラウンドの第一回後および/または第二および第三回後、フローサイトメトリーによって、細胞を、それぞれ適切な四量体を含有するペプチド-MHC四量体への結合について陽性および陰性の集団へ選別した。ラウンドの各々または1回以上のラウンドの後、例えば第二回および第三回後の、四量体に陽性および陰性の集団の細胞を、いくつかの局面において、単一細胞TCR配列決定へ供して、異なる集団中の個々のTCRの存在および頻度、ならびに多回の抗原刺激ラウンドにわたるTCRクローンの持続を評価する。
いくつかの局面において、1回以上のラウンド後の陽性および陰性画分由来の細胞集団(すなわち、例えば、フローサイトメトリーによって決定した場合に、それぞれ、関連する抗原、例えばペプチド-MHC、例えば負荷された四量体への結合について、陽性および陰性染色に基づいてフローサイトメトリーによって選別された)を、TCRアルファおよびベータ鎖対についてハイスループット単一細胞配列決定へ供する。ハイスループット単一細胞TCR配列決定を、いくつかの局面において、公開されたPCT特許出願公開番号WO2012/048340、WO2012/048341およびWO2016/044227に一般に記載されている通り実施する。したがって、配列決定法は、いくつかの局面において、単一細胞液滴および試料および分子バーコードを用いて、単一開始組成物中に存在する多数(例えば、数百万)の単一細胞ごとにTCRアルファおよびベータ鎖配列の個々の対を単一細胞レベルで同定し、評価される様々な集団中の各TCR対の存在度を評価する。TCR対を単一細胞レベルで同定および定量する能力は、いくつかの態様において、個々の陽性および陰性画分ごとの様々なTCR対ごとの頻度の評価を可能にし、多回の抗原刺激ラウンドにわたるTCRの濃縮および持続を評価する。
いくつかの局面において、該方法は、少なくとも1回、いくつかの局面において、複数の多回の刺激ラウンド後の抗原結合、例えばペプチド結合画分中に濃縮されたTCR対を作製、同定、単離および/または選択する。いくつかの局面において、TCRは、抗原曝露ラウンド1、2および/または3、いくつかの局面において、少なくとも多回のラウンドに、存在するおよび/もしくは所望の存在度で存在する、ならびに/または、その後に優先的に濃縮される。いくつかの局面において、TCRは、集団中に、多回の抗原曝露ラウンド後に経時的に濃縮される。また、そのような方法を使用して作製または同定されたTCR、例えばそのような特性、例えば多回の抗原曝露ラウンドにわたり生存および/または拡大する能力を、例えばペプチドパルスされたAPCアッセイにおいて有するTCRが提供される。
IV. 操作された細胞
また、細胞、例えば本明細書に記載の結合分子を含有するように操作されている細胞が提供される。また、そのような細胞の集団、そのような細胞を含有するおよび/またはそのような細胞が濃縮された組成物、例えば、結合分子を発現する細胞が、組成物中の総細胞の少なくとも15%、20%、25%、30%、35%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上のパーセントを構成するかまたはある特定のタイプの細胞、例えばT細胞またはCD8+もしくはCD4+細胞である組成物が提供される。いくつかの態様において、細胞は、初代T細胞である。中でも、組成物は、投与のための、例えば養子細胞療法のための薬学的組成物および製剤である。また、細胞および組成物を対象、例えば患者に投与するための治療法が提供される。
したがって、また、結合分子を発現する遺伝子操作された細胞が提供される。細胞は、一般に、真核生物細胞、例えば哺乳動物細胞であり、典型的には、ヒト細胞である。いくつかの態様において、細胞は、血液、骨髄、リンパ液、またはリンパ系器官に由来し、免疫系の細胞、例えば自然または適応免疫の細胞、例えば骨髄性またはリンパ系細胞(リンパ球を含む)、典型的にはT細胞および/またはNK細胞である。他の例示的な細胞は、幹細胞、例えば、誘導多能性幹細胞(iPSC)を含む複能性および多能性幹細胞を含む。細胞は、典型的には、初代細胞、例えば対象から直接単離されたものおよび/または対象から単離され凍結されたものである。いくつかの態様において、細胞は、T細胞または他の細胞タイプ、例えば全T細胞集団、CD4+細胞、CD8+細胞の1以上のサブセット、およびそれらの亜集団、例えば、機能、活性化状態、成熟、分化能、拡大、再循環、局在、および/もしくは持続能、抗原特異性、抗原受容体のタイプ、特定の器官もしくはコンパートメント中の存在、マーカーもしくはサイトカイン分泌プロファイル、ならびに/または分化度によって定義されたものを含む。処置すべき対象に関して、細胞は、同種および/または自己であってよい。中でも、該方法は、既製の方法を含む。いくつかの局面において、例えば既製の技術について、細胞は、多能性および/または複能性、例えば幹細胞、例えば誘導多能性幹細胞(iPSC)である。いくつかの態様において、該方法は、対象から細胞を単離すること、それらを本明細書に記載の通り調製すること、処理すること、培養すること、および/または操作すること、ならびに凍結保存の前または後にそれらを同じ患者に再導入することを含む。
中でも、T細胞ならびに/またはCD4+および/もしくはCD8+T細胞のサブタイプおよび亜集団は、ナイーブT(TN)細胞、エフェクターT細胞(TEFF)、メモリーT細胞およびそのサブタイプ、例えば幹細胞メモリーT(TSCM)、セントラルメモリーT(TCM)、エフェクターメモリーT(TEM)、または最終分化エフェクターメモリーT細胞、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、未熟T細胞、成熟T細胞、ヘルパーT細胞、細胞傷害性T細胞、粘膜関連インバリアントT(MAIT)細胞、天然に存在するおよび適応制御性T(Treg)細胞、ヘルパーT細胞、例えばTH1細胞、TH2細胞、TH3細胞、TH17細胞、TH9細胞、TH22細胞、濾胞ヘルパーT細胞、アルファ/ベータT細胞、ならびにデルタ/ガンマT細胞である。
いくつかの態様において、細胞は、ナチュラルキラー(NK)細胞である。いくつかの態様において、細胞は、単球または顆粒球、例えば、骨髄性細胞、マクロファージ、好中球、樹状細胞、マスト細胞、好酸球、および/または好塩基球である。
いくつかの態様において、細胞は、遺伝子操作を介して導入された1以上の核酸を含み、それによって、そのような核酸の組換えまたは遺伝子操作された産物を発現する。いくつかの態様において、核酸は、異種であり、すなわち、細胞または細胞から得られた試料中、例えば、別の生物または細胞(例えば、操作されている細胞および/またはそのような細胞が由来する生物中に通常見いだされない)から得られたものに一般的に存在しない。いくつかの態様において、核酸は、天然に存在しない、例えば自然に見いだされない核酸であり、複数の異なる細胞タイプ由来の様々なドメインをコードする核酸のキメラ組み合わせを含むものを含む。
いくつかの態様では、提供される細胞、および／またはそのような細胞を含有する組成物中の遺伝子および／または遺伝子産物（および／またはその発現）が、低減、欠失、排除、ノックアウトまたは破壊される。そのような遺伝子および／または遺伝子産物は、いくつかの局面では、TCRアルファ（TRAC）および／またはTCRベータ（TRBC）をコードする遺伝子（またはその産物）の1つまたは複数を含み、例えば、細胞、例えばT細胞における内因性TCRおよび／またはその鎖の発現を低減または防止する。いくつかの態様では、内因性TCR発現を低減または防止することは、操作されたTCRの鎖と内因性TCRとの間の誤対合のリスクまたは機会の低減を導き、それによって、望ましくないもしくは意図しない抗原認識および／もしくは副作用のリスクを潜在的により高め得るかつ／または所望の外因性TCRの発現レベルを低減させ得る、新たなTCRを作製することができる。いくつかの局面では、内因性TCR発現を低減または防止することは、細胞における操作されたTCRの発現を、TCRの発現が低減または防止されない細胞と比較して増加させる、例えば、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍またはより多く増加させることができる。例えば、いくつかの場合に、細胞表面での複合体の発現を可能にする際に関与するインバリアントCD3シグナル伝達分子に対する内因性TCRおよび／または誤対合した鎖を有するTCRとの競合に起因して、操作されたまたは組換えTCRの最適以下の発現が起こり得る。いくつかの態様では、低減、欠失、排除、ノックアウトまたは破壊は、遺伝子編集によって、例えば、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）、TALENまたはCRISPR/Casシステムを、TCR遺伝子を切断する操作された単一ガイドRNA（gRNA）と共に使用して行われる。いくつかの態様では、内因性TCRの発現を低減させることは、特異的TCR（例えば、TCR-αおよびTCR-β）をコードする標的核酸に対する阻害性核酸分子を使用して行われる。いくつかの態様では、阻害性核酸は、低分子干渉RNA（siRNA）、マイクロRNA適応shRNA、低分子ヘアピンRNA（shRNA）、ヘアピンsiRNA、マイクロRNA（miRNA前駆体）またはマイクロRNA（miRNA）であるかまたはそれを含有するかまたはそれをコードする。内因性TCR発現を低減または防止するための例示的な方法は、当技術分野において公知であり、例えば、米国特許第9,273,283号；米国公報番号US2014/0301990；およびPCT公報番号WO2015/161276を参照されたい。
A. 遺伝子操作のための細胞の調製
いくつかの態様において、操作された細胞の調製は、1以上の培養工程および/または調製工程を含む。結合分子、例えばTCRまたはCARの導入のための細胞は、試料、例えば生物学的試料、例えば、対象から得られるまたはそれに由来するものから単離されてよい。いくつかの態様において、細胞が単離される対象は、疾患または病態を有するものまたは細胞療法を必要とするものまたは細胞療法が投与されるものである。対象は、いくつかの態様において、特定の治療的介入、例えば、細胞が単離され、処理され、および/または操作される養子細胞療法を必要とするヒトである。
したがって、細胞は、いくつかの態様において、初代細胞、例えば初代ヒト細胞である。試料は、対象から直接採取される組織、流体、および他の試料、ならびに、1以上の処理工程、例えば分離、遠心分離、遺伝子操作(例えば、ウイルスベクターを用いた形質導入)、洗浄、および/またはインキュベーションから生じる試料を含む。生物学的試料は、生物学的供給源から直接得られる試料または処理されている試料であることができる。生物学的試料は、体液、例えば血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿および汗、組織および器官試料(それらに由来する処理試料を含む)を含むが、これらに限定されない。
いくつかの局面において、細胞が由来または単離される試料は、血液もしくは血液由来試料であるか、または、アフェレーシスもしくは白血球アフェレーシス産物であるかもしくはそれに由来する。例示的な試料は、全血、末梢血単核細胞(PBMC)、白血球、骨髄、胸腺、組織生検、腫瘍、白血病、リンパ腫、リンパ節、消化管関連リンパ系組織、粘膜関連リンパ系組織、脾臓、他のリンパ系組織、肝臓、肺、胃、腸、結腸、腎臓、膵臓、乳房、骨、前立腺、子宮頸部、精巣、卵巣、扁桃腺、もしくは他の器官、および/またはそれらに由来する細胞を含む。試料は、細胞療法、例えば養子細胞療法に関連して、自己源および同種源由来の試料を含む。
いくつかの態様において、細胞は、細胞株、例えばT細胞株に由来する。細胞は、いくつかの態様において、異種源から、例えば、マウス、ラット、ヒト以外の霊長類、またはブタから得られる。
いくつかの態様において、細胞の単離は、1以上の調製工程および/または非親和性に基づく細胞分離工程を含む。いくつかの例では、細胞は、洗浄、遠心分離、および/または1以上の試薬の存在下でインキュベートされて、例えば、不要な成分を除去、所望の成分を濃縮、特定の試薬に感受性の細胞を溶解または除去する。いくつかの例では、細胞は、1以上の特性、例えば密度、付着特性、サイズ、特定の成分への感受性および/または耐性に基づいて分離される。
いくつかの例では、対象の循環血液由来の細胞が、例えば、アフェレーシスまたは白血球アフェレーシスによって得られる。試料は、いくつかの局面において、T細胞、単球、顆粒球、B細胞、他の有核白血球、赤血球、および/または血小板を含むリンパ球を含有し、いくつかの局面において、赤血球および血小板以外の細胞を含有する。
いくつかの態様において、対象から収集される血液細胞が、洗浄されて、例えば、血漿画分が除去され、細胞がその後の処理工程のために適切な緩衝液または媒体中に入れられる。いくつかの態様において、細胞は、リン酸緩衝生理食塩水(PBS)で洗浄される。いくつかの態様において、洗浄液は、カルシウムおよび/またはマグネシウムおよび/または多くのもしくは全ての二価カチオンを欠いている。いくつかの局面において、洗浄工程は、半自動「フロースルー」遠心分離(例えば、Cobe 2991細胞プロセッサー、Baxter)で製造業者の説明書に従って達成される。いくつかの局面において、洗浄工程は、タンジェンシャルフロー濾過(TFF)によって製造業者の説明書に従って達成される。いくつかの態様において、細胞は、洗浄後に、例えばCa++/Mg++不含PBSなどの多様な生体適合性緩衝液中に再懸濁される。ある特定の態様において、血液細胞試料の成分が除去され、細胞が培養培地中に直接再懸濁される。
いくつかの態様において、該方法は、密度に基づく細胞分離法、例えば、赤血球の溶解とPercollまたはFicoll勾配を通す遠心分離による末梢血からの白血球の調製を含む。
いくつかの態様において、単離法は、1以上の特異的分子、例えば表面マーカー、例えば表面タンパク質、細胞内マーカー、または核酸の細胞中の発現または存在に基づく異なる細胞タイプの分離を含む。いくつかの態様において、そのようなマーカーに基づく任意の公知の分離法を使用してよい。いくつかの態様において、分離は、親和性または免疫親和性に基づく分離である。例えば、単離は、いくつかの局面において、1以上のマーカー、典型的には細胞表面マーカーの細胞の発現または発現レベルに基づく細胞および細胞集団の分離であって、例えば、そのようなマーカーに特異的に結合する抗体または結合パートナーとのインキュベーションと、それに一般に続く、抗体または結合パートナーに結合している細胞の洗浄工程および抗体または結合パートナーに結合していない細胞からの分離による分離を含む。
そのような分離工程は、試薬に結合している細胞がさらなる使用のために保持される陽性選択、および/または、抗体もしくは結合パートナーに結合していない細胞が保持される陰性選択に基づくことができる。いくつかの例では、両画分がさらなる使用のために保持される。いくつかの局面において、不均一な集団中の細胞タイプを特異的に同定する抗体が利用可能でないことで、所望の集団以外の細胞によって発現されるマーカーに基づいて分離が最も良く行われる場合に、陰性選択が特に有用であり得る。
分離は、特定の細胞集団または特定のマーカーを発現する細胞の100％の濃縮または除去をもたらす必要はない。例えば、特定のタイプの細胞、例えばあるマーカーを発現する細胞の陽性選択または濃縮は、そのような細胞の数またはパーセンテージを増加させることを指すが、該マーカーを発現していない細胞の完全な不在をもたらす必要はない。同様に、特定のタイプの細胞、例えばあるマーカーを発現する細胞の陰性選択、除去、または枯渇は、そのような細胞の数またはパーセンテージを減少させることを指すが、そのような細胞全ての完全な除去をもたらす必要はない。
いくつかの例では、1つの工程から陽性または陰性選択された画分が、別の分離工程、例えばその後の陽性または陰性選択に供される、多回ラウンドの分離工程が行われる。いくつかの例では、複数のマーカーを発現する細胞を、例えば、それぞれが陰性選択のために標的とされたマーカーに特異的な複数の抗体または結合パートナーと細胞をインキュベートすることによって、単一の分離工程で同時に枯渇させることができる。同様に、様々な細胞タイプ上に発現される複数の抗体または結合パートナーと細胞をインキュベートすることによって、複数の細胞タイプを同時に陽性選択することができる。
例えば、いくつかの局面において、1以上の表面マーカーに陽性またはそれらを高レベルで発現する細胞などのT細胞の特異的亜集団、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および/またはCD45RO+T細胞が、陽性または陰性選択技術によって単離される。
例えば、CD3+、CD28+T細胞を、抗CD3/抗CD28コンジュゲート磁性ビーズ(例えば、DYNABEADS(登録商標) M-450 CD3/CD28 T Cell Expander)を使用して陽性選択することができる。
いくつかの態様において、単離は、陽性選択による特定の細胞集団の濃縮、または陰性選択による特定の細胞集団の枯渇によって行われる。いくつかの態様において、陽性または陰性選択は、陽性または陰性選択された細胞上にそれぞれ発現される1以上の表面マーカー(マーカー+)または相対的により高いレベルで発現される1以上の表面マーカー(マーカーhigh)に特異的に結合する1以上の抗体または他の結合物質と細胞をインキュベートすることによって達成される。
いくつかの態様において、T細胞は、非T細胞、例えばB細胞、単球、または他の白血球、例えばCD14上に発現されるマーカーの陰性選択によってPBMC試料から分離される。いくつかの局面において、CD4+またはCD8+選択工程が、CD4+ヘルパーおよびCD8+細胞傷害性T細胞を分離するために使用される。そのようなCD4+およびCD8+集団は、1以上のナイーブ、メモリー、および／もしくはエフェクターT細胞亜集団上に発現されるかまたは相対的により高い程度発現されるマーカーについての陽性または陰性選択によって、さらに亜集団に選別することができる。
いくつかの態様において、CD8+細胞は、ナイーブ、セントラルメモリー、エフェクターメモリー、および／またはセントラルメモリー幹細胞について、例えば、それぞれの亜集団に関連する表面抗原に基づく陽性または陰性選択によって、さらに濃縮または枯渇される。いくつかの態様において、セントラルメモリーT(TCM)細胞の濃縮は、投与後の長期生存、拡大、および／または生着を改善するなどの有効性を増加させるために行われ、有効性は、いくつかの局面において、そのような亜集団において特にロバストである。Terakura et al. (2012) Blood.1:72-82; Wang et al. (2012) J Immunother. 35(9):689-701を参照のこと。いくつかの態様において、TCMが濃縮されたCD8+T細胞とCD4+T細胞を組み合わせることは、有効性をさらに高める。
態様において、メモリーT細胞は、CD8+末梢血リンパ球のCD62L+サブセットおよびCD62L-サブセットの両方に存在する。PBMCを、例えば抗CD8および抗CD62L抗体を使用して、CD62L-CD8+画分および/またはCD62L+CD8+画分について濃縮または枯渇させることができる。
いくつかの態様において、セントラルメモリーT(TCM)細胞の濃縮は、CD45RO、CD62L、CCR7、CD28、CD3、および/またはCD127の陽性または高い表面発現に基づく；いくつかの局面において、それは、CD45RAおよび/またはグランザイムBを発現するかまたは高度に発現する細胞の陰性選択に基づく。いくつかの局面において、TCM細胞が濃縮されたCD8+集団の単離は、CD4、CD14、CD45RAを発現する細胞の枯渇、およびCD62Lを発現する細胞の陽性選択または濃縮によって行われる。一局面において、セントラルメモリーT(TCM)細胞の濃縮は、CD4発現に基づいて選択された細胞の陰性画分で開始して行われ、陰性画分は、CD14およびCD45RAの発現に基づく陰性選択、およびCD62Lに基づく陽性選択に供される。そのような選択は、いくつかの局面において、同時に行われ、他の局面においては、いずれかの順序で逐次的に行われる。いくつかの局面において、また、CD8+細胞集団または亜集団の調製に使用される同じCD4発現に基づく選択工程を使用して、CD4+細胞集団または亜集団を作製することで、CD4に基づく分離からの陽性画分および陰性画分の両方が、場合により1以上のさらなる陽性または陰性選択工程の後で、保持され、該方法のその後の工程に使用される。
特定の例では、PBMCの試料または他の白血球試料がCD4+細胞の選択に供され、この場合、陰性画分および陽性画分の両方が保持される。次いで、陰性画分は、CD14およびCD45RAの発現に基づく陰性選択に、およびセントラルメモリーT細胞、例えばCD62LまたはCCR7に特徴的なマーカーに基づく陽性選択に供され、この場合、陽性および陰性選択は、いずれかの順序で行われる。
CD4+Tヘルパー細胞は、細胞表面抗原を有する細胞集団を同定することによって、ナイーブ、セントラルメモリー、およびエフェクター細胞に選別される。CD4+リンパ球は、標準的な方法によって得ることができる。いくつかの態様において、ナイーブCD4+Tリンパ球は、CD45RO-、CD45RA+、CD62L+、CD4+T細胞である。いくつかの態様において、セントラルメモリーCD4+細胞は、CD62L+およびCD45RO+である。いくつかの態様において、エフェクターCD4+細胞は、CD62L-およびCD45RO-である。
一例では、陰性選択によってCD4+細胞を濃縮するために、モノクローナル抗体カクテルは、典型的には、CD14、CD20、CD11b、CD16、HLA-DR、およびCD8に対する抗体を含む。いくつかの態様において、抗体または結合パートナーは、陽性および／または陰性選択のための細胞の分離を可能にするように、固体支持体またはマトリックス、例えば磁性ビーズまたは常磁性ビーズに結合される。例えば、いくつかの態様において、細胞および細胞集団は、免疫磁気(または親和性磁気)分離技術を使用して分離または単離される(Methods in Molecular Medicine, vol. 58: Metastasis Research Protocols, Vol. 2: Cell Behavior In Vitro and In Vivo, p 17-25 Edited by: S. A. Brooks and U. Schumacher (著作権) Humana Press Inc., Totowa, NJに概説されている)。
いくつかの局面において、分離されるべき細胞の試料または組成物は、小型の磁化可能材料または磁気応答性材料、例えば磁気応答性粒子またはマイクロ粒子、例えば常磁性ビーズ(例えば、DynalbeadsまたはMACSビーズなど)とインキュベートされる。磁気応答性材料、例えば粒子は、一般に、分離することが望ましい、例えば陰性または陽性選択をすることが望ましい1種の細胞、複数の細胞、または細胞の集団上に存在する分子、例えば表面マーカーに特異的に結合する結合パートナー、例えば抗体に直接的または間接的に付着される。
いくつかの態様において、磁性粒子またはビーズは、特異的結合メンバー、例えば抗体または他の結合パートナーに結合された磁気応答性材料を含む。磁気分離法において使用される多くの周知の磁気応答性材料がある。好適な磁性粒子は、参照によって本明細書に組み入れられるMoldayの米国特許第4,452,773号、および欧州特許明細書EP 452342 Bに記載されているものを含む。コロイドサイズの粒子、例えばOwenの米国特許第4,795,698号、およびLibertiらの米国特許第5,200,084号に記載されているものは、他の例である。
インキュベーションは、一般に、磁性粒子またはビーズに付着されている、抗体もしくは結合パートナー、またはそのような抗体または結合パートナーに特異的に結合する分子、例えば二次抗体もしくは他の試薬が、存在するならば試料内の細胞上の細胞表面分子に特異的に結合する条件下で行われる。
いくつかの局面において、試料が磁場中に置かれ、磁気応答性または磁化可能粒子を付着させた細胞が、磁石に引き寄せられ、未標識の細胞から分離される。陽性選択のために、磁石に引き寄せられた細胞が保持され；陰性選択のために、引き寄せられなかった細胞(未標識の細胞)が保持される。いくつかの局面において、陽性選択と陰性選択の組み合わせが同じ選択工程中に実施され、この場合、陽性画分および陰性画分が保持され、さらに処理されるか、またはさらなる分離工程に供される。
ある特定の態様において、磁気応答性粒子は、一次抗体もしくは他の結合パートナー、二次抗体、レクチン、酵素、またはストレプトアビジンでコーティングされる。ある特定の態様において、磁性粒子は、1以上のマーカーに特異的な一次抗体のコーティングを介して細胞に付着される。ある特定の態様において、ビーズではなく細胞が、一次抗体または結合パートナーで標識され、次いで、細胞タイプに特異的な二次抗体または他の結合パートナー(例えば、ストレプトアビジン)でコーティングされた磁性粒子が加えられる。ある特定の態様において、ストレプトアビジンでコーティングされた磁性粒子が、ビオチン化一次抗体または二次抗体と共に使用される。
いくつかの態様において、磁気応答性粒子は、その後にインキュベート、培養および/または操作されるべき細胞に付着したままにされ；いくつかの局面において、粒子は、患者への投与のために細胞に付着したままにされる。いくつかの態様において、磁化可能粒子または磁気応答性粒子は、細胞から除去される。細胞から磁化可能粒子を除去するための方法は、公知であり、例えば、競合非標識抗体、磁化可能粒子または切断可能リンカーにコンジュゲートされた抗体などの使用を含む。いくつかの態様において、磁化可能粒子は、生分解性である。
いくつかの態様において、親和性に基づく選択は、磁気活性化細胞選別(MACS)(Miltenyi Biotec, Auburn, CA)を介したものである。磁気活性化細胞選別(MACS)システムは、磁化粒子を付着させた細胞の高純度選択を可能にする。ある特定の態様において、MACSは、外部磁場の適用後に非標的種および標的種が逐次的に溶出される方式で作動する。すなわち、磁化粒子に付着した細胞はその場に保たれ、一方で、未付着種は溶出される。次いで、この第一の溶出工程が完了した後、磁場内に補足されて溶出が防止された種が、溶出および回収できるようなある様式で、遊離される。ある特定の態様において、非標的細胞が標識され、不均一な細胞集団から枯渇される。
ある特定の態様において、単離または分離は、該方法の単離、細胞調製、分離、処理、インキュベーション、培養、および/または製剤化工程の1以上を実施する、システム、デバイス、または装置を使用して行われる。いくつかの局面において、システムを使用して、これらの工程の各々を閉鎖環境または無菌環境中で行って、例えば、誤差、ユーザーの取り扱い、および/または汚染を最小限にする。一例では、システムは、国際特許出願公開番号WO2009/072003、またはUS 2011/0003380 A1に記載の通りのシステムである。
いくつかの態様において、システムまたは装置は、統合型もしくは自己充足型システムで、および/または自動化もしくはプログラム可能な様式で、単離、処理、操作、および製剤化工程の1以上、例えば全てを行う。いくつかの局面において、システムまたは装置は、処理、単離、操作、および製剤化工程の様々な局面をユーザーがプログラム、制御、結果の評価、および/または調整することを可能にするシステムまたは装置と通信している、コンピューターおよび/またはコンピュータープログラムを含む。
いくつかの局面において、分離および/または他の工程は、例えば、閉鎖された無菌系の臨床規模レベルでの細胞の自動分離のために、CliniMACSシステム(Miltenyi Biotec)を使用して行われる。構成要素は、統合型マイクロコンピューター、磁気分離ユニット、蠕動ポンプ、および様々なピンチバルブを含むことができる。統合型コンピューターは、いくつかの局面において、機器の全ての構成要素を制御し、反復手順を標準化シーケンスで実行するようシステムに指令する。磁気分離ユニットは、いくつかの局面において、可動式永久磁石、および選択カラム用のホルダーを含む。蠕動ポンプは、チュービングセットを通過する流速を制御し、ピンチバルブと一緒になって、システムを通過する緩衝液の制御流動および細胞の連続的懸濁を保証する。
CliniMACSシステムは、いくつかの局面において、無菌の非発熱性溶液中に供給された抗体カップリング型の磁化可能粒子を使用する。いくつかの態様において、細胞を磁性粒子で標識した後に、細胞が洗浄され、過剰な粒子が除去される。次いで、細胞調製バッグがチュービングセットに接続され、次にチュービングセットが、緩衝液を含有するバッグおよび細胞収集バッグに接続される。チュービングセットは、プレカラムおよび分離カラムを含めた組み立て済みの無菌チュービングからなり、1回のみの使用型である。分離プログラムの開始後に、システムは、細胞試料を分離カラム上に自動的に装填する。標識された細胞は、カラム内に保持され、一方で、未標識の細胞は、一連の洗浄工程によって除去される。いくつかの態様において、本明細書に記載の方法と共に使用するための細胞集団は、未標識であり、カラム内に保持されない。いくつかの態様において、本明細書に記載の方法と共に使用するための細胞集団は、標識されており、カラム内に保持される。いくつかの態様において、本明細書に記載の方法と共に使用するための細胞集団は、磁場の除去後にカラムから溶出され、細胞収集バッグ内に収集される。
ある特定の態様において、分離および/または他の工程は、CliniMACS Prodigyシステム(Miltenyi Biotec)を使用して行われる。CliniMACS Prodigyシステムは、いくつかの局面において、遠心分離による細胞の自動洗浄および分画を可能にする細胞処理ユニットを備える。CliniMACS Prodigyシステムはまた、供給源の細胞産物の肉眼的な層を見分けることによって最適な細胞分画エンドポイントを決定する搭載カメラおよび画像認識ソフトウェアを含むこともできる。例えば、末梢血を、赤血球、白血球、および血漿層に自動的に分離してよい。CliniMACS Prodigyシステムはまた、例えば細胞分化および拡大、抗原負荷、および長期細胞培養などの細胞培養プロトコルを達成する、統合型細胞培養チャンバーを含むこともできる。入力ポートは、培地の無菌除去および補充を可能にすることができ、統合型顕微鏡を使用して細胞をモニタリングすることができる。例えば、Klebanoff et al. (2012) J Immunother. 35(9): 651-660, Terakuraet al. (2012) Blood.1:72-82、およびWang et al. (2012) J Immunother. 35(9):689-701を参照のこと。
いくつかの態様において、本明細書に記載の細胞集団は、複数の細胞表面マーカーが染色された細胞が流体流で運ばれるフローサイトメトリーを介して収集および濃縮(または枯渇)される。いくつかの態様において、本明細書に記載の細胞集団は、分取規模の(FACS)選別を介して収集および濃縮(または枯渇)される。ある特定の態様において、本明細書に記載の細胞集団は、FACSに基づく検出システムと組み合わせた微小電気機械システム(MEMS)チップの使用によって収集および濃縮(または枯渇)される(例えば、WO 2010/033140, Cho et al. (2010) Lab Chip 10, 1567-1573；およびGodin et al. (2008) J Biophoton. 1(5):355-376を参照のこと。どちらの場合も、細胞を複数のマーカーで標識することができ、詳細に定義されたT細胞サブセットを高純度で単離することが可能である。
いくつかの態様において、抗体または結合パートナーは、陽性および/または陰性選択のための分離を容易にするために、1以上の検出可能なマーカーで標識される。例えば、分離は、蛍光標識抗体への結合に基づいてよい。いくつかの例では、1以上の細胞表面マーカーに特異的な抗体または他の結合パートナーの結合に基づく細胞の分離は、例えば、分取規模(FACS)を含む蛍光活性化細胞選別(FACS)および/または例えばフローサイトメトリー検出システムと組み合わせた微小電気機械システム(MEMS)チップによって流体流中で行われる。そのような方法は、複数のマーカーに基づく陽性および陰性選択を同時に可能にする。
いくつかの態様において、調製法は、単離、インキュベーションおよび/または操作の前または後のいずれかで細胞を凍結、例えば凍結保存するための工程を含む。いくつかの態様において、凍結およびその後の解凍工程は、細胞集団中の顆粒球およびある程度まで単球を除去する。いくつかの態様において、細胞は、例えば血漿および血小板を除去するための洗浄工程の後に、凍結溶液中に懸濁される。任意の多様な公知の凍結溶液およびパラメーターが、いくつかの局面において使用されてよい。一例は、20% DMSOおよび8%ヒト血清アルブミン(HSA)を含有するPBS、または他の好適な細胞凍結媒体を使用することを伴う。次いで、これは、DMSOおよびHSAの最終濃度がそれぞれ10%および4%となるように媒体で1:1に希釈される。次いで、細胞は、1分間あたり1℃の速度で-80℃まで凍結され、液体窒素貯蔵タンクの気相中で貯蔵される。
いくつかの態様において、提供される方法は、培養(cultivation)、インキュベーション、培養(culture)、および/または遺伝子操作工程を含む。例えば、いくつかの態様において、枯渇された細胞集団および培養開始組成物をインキュベートおよび/または操作するための方法が提供される。
したがって、いくつかの態様において、細胞集団は、培養開始組成物中でインキュベートされる。インキュベーションおよび/または操作は、ユニット、チャンバー、ウェル、カラム、チューブ、チュービングセット、バルブ、バイアル、培養皿、バッグ、または細胞を培養(culture)もしくは培養(cultivation)するための他の容器などの培養槽中で行われてよい。
いくつかの態様において、細胞は、遺伝子操作前にまたは遺伝子操作と併せて、インキュベートおよび/または培養される。インキュベーション工程は、培養(culture)、培養(cultivation)、刺激、活性化、および/または伝播を含むことができる。いくつかの態様において、組成物または細胞は、刺激条件または刺激物質の存在下でインキュベートされる。そのような条件は、集団中の細胞の増殖、拡大、活性化、および/もしくは生存を誘導するように、抗原曝露を模倣するように、かつ/または、遺伝子操作のため、例えば抗原受容体の導入のために細胞を予備刺激するように設計された条件を含む。
条件は、特定の培地、温度、酸素含量、二酸化炭素含量、時間、作用物質、例えば栄養分、アミノ酸、抗生物質、イオン、ならびに/または刺激因子、例えばサイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質、組換え可溶性受容体、および細胞を活性化するように設計された任意の他の作用物質の1以上を含むことができる。
いくつかの態様において、刺激条件または刺激物質は、TCR複合体の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化することができる、1以上の作用物質、例えばリガンドを含む。いくつかの局面において、作用物質は、T細胞におけるTCR/CD3細胞内シグナル伝達カスケードを始めるかまたは開始する。そのような作用物質は、抗体、例えばTCR成分および／もしくは共刺激受容体に特異的な抗体、例えば、抗CD3を含むことができる。いくつかの態様において、刺激条件は、共刺激受容体、例えば抗CD28を刺激することができる、1以上の作用物質、例えばリガンドを含む。いくつかの態様において、そのような作用物質および/またはリガンドは、ビーズなどの固体支持体に結合されても、かつ/または、1以上のサイトカインであってもよい。場合により、拡大法は、培養培地に抗CD3および/または抗CD28抗体を(例えば、少なくとも約0.5ng/mlの濃度で)加える工程をさらに含んでよい。いくつかの態様において、刺激物質は、IL-2、IL-15および/またはIL-7を含む。いくつかの局面において、IL-2濃度は、少なくとも約10ユニット/mLである。
いくつかの局面において、インキュベーションは、例えば、Riddellらへの米国特許第6,040,177号、Klebanoff et al.(2012) J Immunother. 35(9): 651-660, Terakuraet al. (2012) Blood.1:72-82、および/またはWang et al. (2012) J Immunother. 35(9):689-701に記載されているような技術に従って行われる。
いくつかの態様において、T細胞は、培養開始組成物フィーダー細胞、例えば非分裂末梢血単核細胞(PBMC)に(例えば、得られた細胞集団が、拡大されるべき出発集団中の各Tリンパ球について少なくとも約5、10、20、または40以上のPBMCフィーダー細胞を含有するように)添加し；培養物を(例えば、T細胞数を拡大させるために十分な時間)インキュベートすることによって、拡大される。いくつかの局面において、非分裂フィーダー細胞は、ガンマ照射PBMCフィーダー細胞を含むことができる。いくつかの態様において、PBMCは、細胞分裂を防止するために約3000～3600radの範囲のガンマ線で照射される。いくつかの局面において、フィーダー細胞は、T細胞集団の添加前に培養培地に添加される。
いくつかの態様において、刺激条件は、ヒトTリンパ球の成長に好適な温度、例えば、少なくともセ氏約25度、一般に少なくとも約30度、一般にセ氏37度または約37度を含む。場合により、インキュベーションは、非分裂EBV形質転換リンパ芽球様細胞(LCL)をフィーダー細胞として添加することをさらに含んでよい。LCLに、約6000～10,000radの範囲のガンマ線を照射することができる。LCLフィーダー細胞は、いくつかの局面において、任意の適切な量で、例えば少なくとも約10:1のLCLフィーダー細胞と出発Tリンパ球の比で提供される。
態様において、抗原特異的T細胞、例えば抗原特異的CD4+および/またはCD8+T細胞は、ナイーブまたは抗原特異的Tリンパ球を抗原で刺激することによって得られる。例えば、抗原特異的T細胞株またはクローンは、感染した対象からT細胞を単離し、該細胞をサイトメガロウイルス抗原でインビトロ刺激することによって、同抗原に対して作製することができる。
B. 遺伝子操作のためのベクターおよび方法
また、結合分子を発現させるためのおよびそのような結合分子を発現する遺伝子操作された細胞を産生するための、方法、核酸、組成物、およびキットが提供される。遺伝子操作は、一般に、結合分子、例えばTCRまたはCAR、例えばTCR様CARをコードする核酸を、例えばレトロウイルス形質導入、トランスフェクション、または形質転換によって細胞に導入することを伴う。
いくつかの態様において、遺伝子移入は、最初に、細胞を刺激し、例えば、細胞を、例えばサイトカインまたは活性化マーカーの発現によって測定した場合に、増殖、生存、および/または活性化などの応答を誘導する刺激と組み合わせ、続いて、活性化された細胞に形質導入し、臨床用途に十分な数まで培養で拡大させることによって達成される。
いくつかの状況において、刺激因子(例えば、リンホカインまたはサイトカイン)の過剰発現が対象に対して毒性であり得る。したがって、いくつかの状況において、操作された細胞は、例えば養子免疫治療において投与されたときに、インビボで細胞を陰性選択に対して感受性にする遺伝子セグメントを含む。例えば、いくつかの局面において、細胞は、投与された患者のインビボ状態の変化の結果として細胞が排除できるように操作される。陰性選択可能な表現型は、投与された作用物質、例えば化合物に対する感受性を付与する遺伝子の挿入から生じ得る。陰性選択可能な遺伝子は、ガンシクロビル感受性を付与する単純ヘルペスウイルスI型チミジンキナーゼ(HSV-I TK)遺伝子(Wigler et al., Cell 2 :223, I977)；細胞ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ(HPRT)遺伝子、細胞アデニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(APRT)遺伝子、細菌シトシンデアミナーゼ(Mullen et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89:33 (1992))を含む。
いくつかの局面において、細胞は、サイトカインまたは他の因子の発現を促進するようにさらに操作される。遺伝子操作された成分を導入するための様々な方法が周知であり、提供される方法および組成物と共に使用してよい。例示的な方法は、ウイルス、例えばレトロウイルスまたはレンチウイルス、形質導入、トランスポゾン、およびエレクトロポレーションを介した方法を含む、結合分子をコードする核酸を移入するための方法を含む。
いくつかの態様において、組換え核酸は、組換え感染性ウイルス粒子、例えば、シミアンウイルス40(SV40)、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス(AAV)に由来するベクターを使用して細胞に移入される。いくつかの態様において、組換え核酸は、組換えレンチウイルスベクターまたはレトロウイルスベクター、例えばガンマレトロウイルスベクターを使用してT細胞に移入される(例えば、Koste et al. (2014) Gene Therapy 2014 Apr 3. doi: 10.1038/gt.2014.25; Carlens et al. (2000) Exp Hematol 28(10): 1137-46; Alonso-Camino et al. (2013) Mol Ther Nucl Acids 2, e93; Park et al., Trends Biotechnol. 2011 November 29(11): 550-557を参照のこと)。
いくつかの態様において、レトロウイルスベクター、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス(MoMLV)、骨髄増殖性肉腫ウイルス(myeloproliferative sarcoma virus)(MPSV)、マウス胚性幹細胞ウイルス(MESV)、マウス幹細胞ウイルス(MSCV)、脾フォーカス形成ウイルス(SFFV)、またはアデノ随伴ウイルス(AAV)に由来するレトロウイルスベクターは、長い末端反復配列(LTR)を有する。ほとんどのレトロウイルスベクターは、マウスレトロウイルスに由来する。いくつかの態様において、レトロウイルスは、任意のトリ類または哺乳動物細胞供給源に由来するものを含む。レトロウイルスは、典型的には、両種指向性であり、このことは、レトロウイルスが、ヒトを含む、いくつかの種の宿主細胞に感染できることを意味する。一態様において、発現させようとする遺伝子はレトロウイルスgag配列、pol配列、および/またはenv配列に置き換わる。多数の例示的なレトロウイルス系が記載されている(例えば、米国特許第5,219,740号；第6,207,453号；第5,219,740号；Miller and Rosman (1989) BioTechniques 7:980-990; Miller, A. D. (1990) Human Gene Therapy 1:5-14; Scarpa et al. (1991) Virology 180:849-852; Burns et al. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:8033-8037；およびBoris-Lawrie and Temin (1993) Cur. Opin. Genet. Develop. 3:102-109)。
レンチウイルス形質導入法は、公知である。例示的な方法は、例えば、Wang et al. (2012) J. Immunother. 35(9): 689-701; Cooper et al. (2003) Blood. 101:1637-1644; Verhoeyen et al. (2009) Methods Mol Biol. 506: 97-114；およびCavalieri et al. (2003) Blood. 102(2): 497-505に記載されている。
いくつかの態様において、組換え核酸は、エレクトロポレーションを介してT細胞に移入される(例えば、Chicaybam et al, (2013) PLoS ONE 8(3): e60298およびVan Tedeloo et al. (2000) Gene Therapy 7(16): 1431-1437を参照のこと)。いくつかの態様において、組換え核酸は、転位を介してT細胞に移入される(例えば、Manuri et al. (2010) Hum Gene Ther 21(4): 427-437; Sharma et al. (2013) Molec Ther Nucl Acids 2, e74；およびHuang et al. (2009) Methods Mol Biol 506: 115-126を参照のこと)。免疫細胞において遺伝物質を導入および発現する他の方法は、リン酸カルシウムトランスフェクション(例えば、Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York. N.Y.に記載の通り)、プロトプラスト融合、カチオン性リポソーム媒介性トランスフェクション；タングステン粒子によって促進されるマイクロパーティクルボンバードメント(Johnston, Nature, 346: 776-777 (1990))；およびリン酸ストロンチウムDNA共沈殿(Brash et al., Mol. Cell Biol., 7: 2031-2034 (1987))を含む。
結合分子または組換え産物をコードする核酸の移入のための他のアプローチおよびベクターは、例えば、国際特許出願公開番号WO2014/055668、および米国特許第7,446,190号に記載されているものである。
中でも、追加の核酸、例えば、導入のための遺伝子は、Lupton S. D. et al., Mol. and Cell Biol., 11:6 (1991)；およびRiddell et al., Human Gene Therapy 3:319-338 (1992)に記載のように、療法の有効性を改善するための、例えば、移入された細胞の生存および/または機能を促進することによって療法の有効性を改善するための遺伝子；細胞の選択および/または評価のための、例えば、インビボ生存または局在化を評価するための遺伝子マーカーを提供するための遺伝子；安全性を改善する、例えば、細胞をインビボでの陰性選択に対して感受性にすることによって安全性を改善する遺伝子がある；また、ドミナント陽性選択マーカーと陰性選択マーカーとの融合に由来する二機能性の選択可能な融合遺伝子の使用について説明しているLuptonらによるPCT/US91/08442およびPCT/US94/05601の公報も参照のこと。例えば、Riddellらの米国特許第6,040,177号14～17段を参照のこと。
したがって、いくつかの態様において、操作された細胞、例えば、本明細書に記載の通りの結合分子(例えば、TCRもしくはその抗原結合フラグメントまたは抗体もしくはその抗原結合フラグメント)、核酸、またはベクターを含有するものが提供される。いくつかの局面において、細胞は、インビトロまたはエクスビボで細胞を本明細書に記載のベクターで形質導入することによって生産される。いくつかの局面において、細胞は、T細胞、例えばCD8+またはCD4+T細胞である。いくつかの態様において、結合分子は、細胞に対して異種である。
V. 組成物、方法、および使用
また、結合分子、例えばTCR、および操作された細胞を含む、薬学的組成物および製剤を含む組成物、ならびに、該分子および組成物を、例えばHPV16 E6またはE7が発現される疾患、病態、および障害の処置、ならびに/または検出、診断、および予後判定法において使用する方法および使用が提供される。
C. 薬学的組成物および製剤
結合分子、例えば、TCRもしくはその抗原結合フラグメントまたは抗体もしくはその抗原結合フラグメント、および/または結合分子を発現する操作された細胞を含む、薬学的製剤が提供される。薬学的組成物および製剤は、一般に、1以上の場合による薬学的に許容される担体または賦形剤を含む。いくつかの態様において、組成物は、少なくとも1つの追加の治療用物質を含む。
用語「薬学的製剤」は、その中に含有される活性成分の生物学的活性が有効になるような形態でありかつ製剤が投与される対象に対して許容されない毒性である追加の成分を含有しない、調製物を指す。
「薬学的に許容される担体」は、対象に無毒である、活性成分以外の薬学的製剤中の成分を指す。薬学的に許容される担体は、緩衝剤、賦形剤、安定剤、または保存料を含むが、これらに限定されない。
いくつかの局面において、担体の選択は、一部には、特定の細胞または結合分子によって、および/または投与方法によって決定される。したがって、多様な好適な製剤がある。例えば、薬学的組成物は、保存料を含有することができる。好適な保存料は、例えば、メチルパラベン、プロピルパラベン、安息香酸ナトリウム、および塩化ベンザルコニウムを含んでよい。いくつかの局面において、2以上の保存料の混合物が使用される。保存料またはその混合物は、典型的には、全組成物の重量に対して約0.0001%～約2%の量で存在する。担体は、例えば、Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)に記載されている。薬学的に許容される担体は、一般に、用いられる投与量および濃度でレシピエントに無毒であり、緩衝液、例えば、リン酸、クエン酸、および他の有機酸；アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化物質；保存料(例えば、オクタデシルジメチルベンジル塩化アンモニウム；塩化ヘキサメトニウム；塩化ベンザルコニウム；塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチルアルコールもしくはベンジルアルコール；アルキルパラベン、例えば、メチルパラベンもしくはプロピルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；3-ペンタノール；およびm-クレゾール)；低分子量(約10残基未満)ポリペプチド；タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリジン；単糖、二糖、およびグルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む他の炭水化物；キレート剤、例えば、EDTA；糖、例えば、スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトール；塩を形成する対イオン、例えば、ナトリウム；金属錯体(例えば、Zn-タンパク質錯体)；ならびに/または非イオン界面活性剤、例えば、ポリエチレングリコール(PEG)を含むが、これらに限定されない。
緩衝剤が、いくつかの局面において、組成物に含まれる。好適な緩衝剤は、例えば、クエン酸、クエン酸ナトリウム、リン酸、リン酸カリウム、ならびに様々な他の酸および塩を含む。いくつかの局面において、2以上の緩衝剤の混合物が使用される。緩衝剤またはその混合物は、典型的には、全組成物の重量に対して約0.001%～約4%の量で存在する。投与可能な薬学的組成物を調製するための方法は公知である。例示的な方法は、例えば、Remington: The Science and Practice of Pharmacy, Lippincott Williams & Wilkins; 21st ed. (May 1, 2005)により詳述されている。
結合分子の製剤は、凍結乾燥製剤および水溶液を含むことができる。製剤または組成物はまた、結合分子または細胞で処置されている特定の適応症、疾患、または病態に有用な1を超える活性成分、好ましくは結合分子または細胞を補完する活性を有するものを含有してもよく、この場合、それぞれの活性は、互いに悪影響を及ぼさない。そのような活性成分は、意図する目的に有効な量で組み合わされて適切に存在する。したがって、いくつかの態様において、薬学的組成物は、他の薬学的に活性な作用物質または薬物、例えば、化学療法剤、例えば、アスパラギナーゼ、ブスルファン、カルボプラチン、シスプラチン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、フルオロウラシル、ゲムシタビン、ヒドロキシウレア、メトトレキセート、パクリタキセル、リツキシマブ、ビンブラスチン、ビンクリスチンなどをさらに含む。いくつかの態様において、結合分子は、塩、例えば薬学的に許容される塩の形態で投与される。好適な薬学的に許容される酸付加塩は、鉱酸、例えば塩酸、臭化水素酸、リン酸、メタリン酸、硝酸、および硫酸、ならびに、有機酸、例えば酒石酸、酢酸、クエン酸、リンゴ酸、乳酸、フマル酸、安息香酸、グリコール酸、グルコン酸、コハク酸、およびアリールスルホン酸、例えばp-トルエンスルホン酸に由来するものを含む。
活性成分を、マクロカプセル中、コロイダル薬物送達系(例えば、リポソーム、アルブミンマイクロスフェア、ミクロエマルジョン、ナノ粒子およびナノカプセル)中またはマクロエマルジョン中に封入してよい。ある特定の態様において、薬学的組成物は、包接複合体、例えばシクロデキストリン包接複合体として、またはリポソームとして製剤化される。リポソームは、宿主細胞(例えば、T細胞またはNK細胞)を特定の組織へ標的指向させるために役立ち得る。例えば、Szoka et al., Ann. Rev. Biophys. Bioeng., 9: 467 (1980)、ならびに米国特許4,235,871、4,501,728、4,837,028、および5,019,369に記載されているものなどの多くの方法がリポソームを調製するために利用可能である。
薬学的組成物は、いくつかの局面において、処置すべき部位の感作の前にかつ感作を引き起こすのに十分な時間で組成物の送達が起こるような、徐放性、遅延放出および持続放出送達系を用いることができる。多くのタイプの放出送達系が利用可能であり、公知である。そのような系は、組成物の繰り返し投与を回避することができ、それによって対象および医師の利便性が増大する。
薬学的組成物は、いくつかの態様において、結合分子および/または細胞を疾患または病態を治療または予防するのに有効な量、例えば、治療有効量または予防有効量で含有する。治療有効性または予防有効性は、いくつかの態様において、処置される対象を定期的に評価することによってモニタリングされる。数日またはより長期にわたる繰り返し投与のために、病態に応じて、所望の疾患症状の抑制が起こるまで処置が繰り返される。しかしながら、他の投薬レジメンも有用であってよく、かつ、これを決定することができる。所望の投与量は、組成物の単回ボーラス投与によって、組成物の複数回のボーラス投与によって、または組成物の連続注入投与によって、送達されることができる。
ある特定の態様において、結合分子を含有する遺伝子操作された細胞に関連して、対象は、100万～2000億の細胞の範囲、例えば、100万～500億の細胞(例えば、500万の細胞、2500万の細胞、5億の細胞、10億の細胞、50億の細胞、200億の細胞、300億の細胞、400億の細胞、または前述の値の任意の2つによって定義される範囲)など、または例えば1000万～1000億の細胞(例えば、2000万の細胞、3000万の細胞、4000万の細胞、6000万の細胞、7000万の細胞、8000万の細胞、9000万の細胞、100億の細胞、250億の細胞、500億の細胞、750億の細胞、900億の細胞、または前述の値の任意の2つによって定義される範囲)、場合によっては、1億の細胞～500億の細胞(例えば、1億2000万の細胞、2億5000万の細胞、3億5000万の細胞、4億5000万の細胞、6億5000万の細胞、8億の細胞、9億の細胞、30億の細胞、300億の細胞、450億の細胞)またはこれらの範囲の間の任意の値、および/または対象の体重1キログラム当たりのそのような多数の細胞を投与され、あるいは、約100万～約2000億の細胞の範囲、例えば、100万～約500億の細胞(例えば、約500万の細胞、約2500万の細胞、約5億の細胞、約10億の細胞、約50億の細胞、約200億の細胞、約300億の細胞、約400億の細胞、または前述の値の任意の2つによって定義される範囲)など、または例えば約1000万～約1000億の細胞(例えば、約2000万の細胞、約3000万の細胞、約4000万の細胞、約6000万の細胞、約7000万の細胞、約8000万の細胞、約9000万の細胞、約100億の細胞、約250億の細胞、約500億の細胞、約750億の細胞、約900億の細胞、または前述の値の任意の2つによって定義される範囲)、場合によっては、約1億の細胞～約500億の細胞(例えば、約1億2000万の細胞、約2億5000万の細胞、約3億5000万の細胞、約4億5000万の細胞、約6億5000万の細胞、約8億の細胞、約9億の細胞、約30億の細胞、約300億の細胞、約450億の細胞)またはこれらの範囲の間の任意の値、および/または対象の体重1キログラム当たりのそのような多数の細胞を投与される。
細胞または結合分子は、標準的な投与技術、製剤、および/またはデバイスを使用して投与されてよい。組成物の保存および投与のための製剤およびデバイス、例えばシリンジおよびバイアルが提供される。細胞の投与は、自己または異種であることができる。例えば、免疫応答性細胞または前駆細胞を、ある対象から得て、同じ対象または適合性のある異なる対象に投与することができる。末梢血由来免疫応答性細胞またはそれらの子孫(例えば、インビボ、エクスビボまたはインビトロ由来)を、カテーテル投与を含む局所注射、全身注射、局所注射、静脈内注射、または非経口投与を介して投与することができる。治療用組成物(例えば、遺伝子修飾された免疫応答性細胞を含有する薬学的組成物)を投与するとき、それは、一般に、注射用単位剤形(溶液、懸濁液、エマルジョン)で製剤化されるであろう。
製剤は、経口、静脈内、腹腔内、皮下、肺、経皮、筋肉内、鼻腔内、頬、舌下、または坐剤投与のための製剤を含む。いくつかの態様において、細胞集団は、非経口投与される。用語「非経口」は、本明細書において使用される場合、静脈内、筋肉内、皮下、直腸、腟、頭蓋内、胸腔内、および腹腔内投与を含む。いくつかの態様において、細胞集団は、静脈内、腹腔内、または皮下注射による末梢全身送達を使用して対象に投与される。
組成物は、いくつかの態様において、滅菌液体調製物、例えば、等張性水溶液、懸濁液、エマルジョン、分散液、または粘性組成物として提供され、これらは、いくつかの局面において、選択されたpHまで緩衝化されてもよい。液体調製物は、通常、ゲル、他の粘性組成物、および固体組成物より調製しやすい。追加的に、液体組成物が、投与に、とりわけ、注射による投与にいくらかより便利である。他方で、粘性組成物を、特定の組織とのより長い接触期間をもたらすように適切な粘性の範囲内で製剤化することができる。液体組成物または粘性組成物は、例えば、水、食塩水、リン酸緩衝食塩水、ポリオール(例えば、グリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコール)およびそれらの好適な混合物を含有する、溶媒または分散媒であることができる担体を含むことができる。
滅菌注射液は、結合分子を、溶媒中に、例えば、好適な担体、希釈剤、または賦形剤、例えば、滅菌水、生理食塩水、グルコース、デキストロースなどとの混合物で取り入れて調製することができる。
インビボ投与に使用しようとする製剤は、一般に滅菌状態のものである。滅菌状態は、例えば滅菌濾過膜で濾過することによって、容易に達成され得る。
D. 治療法および予防法ならびに使用
また、TCRおよびその抗原結合フラグメントおよび抗体またはその抗原結合フラグメントを含む結合分子、ならびに/または結合分子を発現する操作された細胞の投与方法および使用、例えば治療的および予防的使用が提供される。そのような方法および使用は、例えば、分子、細胞、またはそれを含有する組成物の、HPV、例えばHPV16を発現するもしくはそれに関連する、および/または細胞もしくは組織がHPV16、例えばHPV16 E6もしくはE7を発現する、例えば特異的に発現する疾患、病態、または障害を有する対象への投与を伴う、治療法および使用を含む。いくつかの態様において、分子、細胞、および/または組成物は、疾患または障害の処置を達成する有効量で投与される。使用は、そのような方法および処置における、ならびにそのような治療法を行うための医薬の調製における、結合分子および細胞の使用を含む。いくつかの態様において、該方法は、結合分子または細胞、またはそれを含む組成物を疾患または病態を有するか、それ有していたか、またはそれを有する疑いのある対象に投与することによって行われる。いくつかの態様において、該方法は、それによって、対象における疾患または病態または障害を処置する。
本明細書において使用される場合、「処置(treatment)」(および「処置する(treat)」または「処置すること(treating)」などのその文法上の変形)は、疾患もしくは病態もしくは障害、またはそれに関連する症状、有害作用もしくは転帰、もしくは表現型の完全または部分的な改善または低減を指す。望ましい処置効果は、疾患の発生または再発の防止、症状の緩和、疾患のあらゆる直接的または間接的な病理学的結果の減少、転移の防止、疾患進行速度の減少、疾患状態の改善または軽減、および寛解または予後の改善を含むが、これらに限定されない。この用語は、疾患の完治、またはあらゆる症状の完全な排除、または全ての症状もしくは転帰に及ぼす影響を意味しない。
本明細書において使用される場合、「疾患の発症を遅延させる」とは、疾患(例えば、がん)の発症を延ばす、邪魔する、遅らせる、減速する、安定化する、抑制する、および/または延期することを意味する。この遅延は、病歴および/または処置されている個体に応じて様々な長さの時間であることができる。当業者に明らかなように、十分なまたは顕著な遅延は、実際には、個体が疾患を発症しない点では予防を含む。例えば、転移の発症などの末期がんを遅延させることができる。
「予防すること(preventing)」は、本明細書において使用される場合、疾患の素因があり得るがまだ疾患と診断されていない対象における疾患の発生または再発に関する予防を提供することを含む。いくつかの態様において、提供される分子および組成物は、疾患の発症を遅延させる、または疾患の進行を遅らせるために使用される。
本明細書において使用される場合、機能または活性を「抑制する」ことは、関心対象の条件もしくはパラメーター以外は同じ条件と比較したときに、または代替的に、別の条件と比較して、機能または活性を低減させることである。例えば、腫瘍成長を抑制する結合分子または組成物または細胞は、結合分子または組成物または細胞の非存在下での腫瘍成長の速度と比較して、腫瘍成長の速度を低減させる。
投与に関連して、作用物質、例えば、薬学的製剤、結合分子、または細胞、または組成物の「有効量」は、所望の結果、例えば、治療結果または予防結果を達成するための必要な投与量/量および期間にわたる、有効な量を指す。
作用物質、例えば、薬学的製剤、結合分子、または細胞の「治療有効量」は、所望の治療結果、例えば、疾患、病態、もしくは障害の処置のための所望の治療結果、および/または処置の薬物動態学的もしくは薬力学的効果を達成するための必要な投与量および期間にわたる、有効な量を指す。治療有効量は、対象の疾患状態、年齢、性別、および体重、ならびに投与される細胞集団などの要因に応じて変動し得る。いくつかの態様において、提供される方法は、有効量、例えば治療有効量の結合分子、細胞、および/または組成物を投与することを伴う。
「予防有効量」は、所望の予防結果を達成するための必要な投与量および期間にわたる有効な量を指す。典型的には、疾患の前にまたはその初期段階に対象において予防用量が使用されるので、予防有効量は治療有効量より少ないが、必ずしもそうとは限らない。
本明細書において使用される場合、「対象」は、ヒトまたは他の動物などの哺乳動物であり、典型的にはヒトである。
中でも、処置すべき疾患は、がん、である。いくつかの態様では、がんは、HPVが関連するがん、および任意のHPVが関連する、例えばHPV 16が関連する疾患もしくは病態、または、HPVがんタンパク質、例えばE6もしくはE7、例えばHPV 16がんタンパク質、例えば、HPV 16 E6もしくはE7が発現される疾患もしくは病態である。ある特定の疾患および病態において、ウイルスタンパク質、例えばがんタンパク質、例えばHPV 16 E6またはE7が悪性細胞およびがんにおいてまたはそれによって発現され、かつ/または、そのペプチドエピトープがそのような悪性がんまたは組織上に、例えばMHC提示によって発現される。いくつかの態様において、疾患または病態は、HPV16を発現するがんである。いくつかの態様において、がんは、HPV、例えばHPV-16によって引き起こされるかまたはそうでなければそれに関連する、がん腫、黒色腫または他の前がん状態もしくはがん性状態である。いくつかの態様において、がん腫は、扁平細胞または腺がんであることができる。いくつかの態様において、疾患または病態は、発がん性HPV感染、例えばコイロサイトーシスに関連する上皮細胞異常；過角化；上皮内新生物または上皮内病変を包含する前がん状態；高度異形成；および浸潤または悪性がんによって特徴付けられ得る。中でも、処置することができるHPV 16が関連する疾患または病態は、子宮頚部がん、子宮がん、肛門がん、大腸がん、膣がん、外陰がん、陰茎がん、口腔咽頭がん、扁桃腺がん、咽頭がん(pharyngeal cancer、pharynx cancer)、喉頭がん(laryngeal cancer、larynx cancer)、口腔がん、皮膚がん、食道がん、頭頚部がん、例えば扁平細胞がん腫(SCC)頭頚部がん、または小細胞肺がんを含むが、これらに限定されない。いくつかの態様において、疾患または病態は、子宮頸部がん腫である。
いくつかの態様において、該方法は、HPV 16が関連する疾患または障害を有するか、それを有する疑いがあるか、またはそれを発症するリスクのある対象を同定する工程または特徴を含んでよく(例えば、米国特許第6,355,424号および第8,968,995号を参照のこと)、かつ/または、処置すべき対象は、そのようなHPVが関連する疾患または病態またはがんを有するかまたはそれを有するもしくは発症するリスクがあると同定された対象であってよい。これ故、いくつかの局面において、HPV 16 E6またはE7発現に関連する疾患または障害を有する対象を同定すること、ならびに、処置のためにそれらを選択することおよび/またはそのような対象を処置すること、例えば、そのような対象を、提供されるHPV 16結合分子で、いくつかの局面において、そのような結合分子、いくつかの局面において、HPV 16 E6もしくはE7 TCRまたはその抗原結合フラグメント、または抗HPV 16 E6もしくはE7抗体、例えば、それを含有する抗体フラグメントおよびタンパク質、例えばキメラ受容体、例えばTCR様CAR、および/またはTCRまたはCARを発現する操作された細胞のいずれかを含むものを発現するように操作された細胞を含むもので選択的に処置するための方法が提供される。
例えば、対象は、HPV 16 E6またはE7発現に関連する疾患または障害、例えばHPV 16 E6またはE7を発現するがんの存在についてスクリーニングされてよい。いくつかの態様において、該方法は、HPV 16 E6またはE7が関連する疾患、例えば腫瘍の存在についてスクリーニングすることまたはそれを検出することを含む。したがって、いくつかの局面において、試料は、HPV 16 E6またはE7発現に関連する疾患または障害を有する疑いのある患者から得て、HPV 16 E6またはE7の発現レベルについてアッセイしてよい。いくつかの局面において、HPV 16 E6またはE7が関連する疾患または障害について陽性反応を示す対象を、本方法による処置のために選択してよく、本明細書に記載の結合分子、そのような結合分子を発現するCAR、結合分子を含有する細胞、または本明細書に記載の通りのその薬学的組成物の治療有効量を投与してよい。いくつかの態様において、該方法を使用して、HPV 16 E6またはE7を発現する組織、例えば腫瘍のサイズまたは密度を、経時的に、例えば、該方法による処置の前、その間、またはその後にモニタリングすることができる。いくつかの局面において、本明細書に提供される方法によって処置される対象は、そのような方法に従って、例えば、処置の開始前またはその間に、HPV発現について選択されているかまたは陽性反応を示している。
いくつかの態様において、HPV 16 E6もしくはE7 TCRまたはその抗原結合フラグメントまたは抗HPV 16 E6もしくはE7抗体、例えば、それを含有する抗体フラグメントおよびタンパク質、例えばキメラ受容体、例えばTCR様CAR、および/またはTCRまたはCARを発現する操作された細胞のいずれかを含む、提供されるHPV 16結合分子の投与を、HPV疾患の処置のための別の治療法と組み合わせることができる。例えば、追加の治療的処置は、子宮頚部がんの処置のための別の抗がん剤での処置を含むことができる。そのような共投与される作用物質の好適な投与量は、作用物質および提供されるHPV 16結合分子の組み合わせ作用(相乗効果)に起因して低下されてよい。
いくつかの態様において、対象は、例えば、別のHPV 16特異的結合分子、ならびに/またはHPV 16標的指向結合分子を発現する細胞、ならびに/または化学療法、放射線療法、および/もしくは造血幹細胞移植(HSCT)、例えば同種HSCTを含む他の療法での処置後に、持続性または再発性の疾患を有する。いくつかの態様において、対象が別のHPV 16標的化療法に対して耐性になったのにもかかわらず、投与は対象を効果的に処置する。いくつかの態様において、対象は、再発していないが、再発のリスク、例えば再発の高いリスクがあると決定され、したがって、化合物または組成物が、例えば再発の可能性を低減または再発を防止するために、予防的に投与される。
いくつかの態様において、処置は、療法に対する対象による免疫応答を誘発せず、かつ/または、疾患もしくは病態の有効な処置を防止する程度までそのような応答を誘導しない。いくつかの局面において、免疫原性および/または移植片対宿主応答の程度は、異なるが同等の処置で観察されるものより低い。例えば、提供される結合分子を含むTCRまたはCARを発現する細胞を使用した養子細胞療法の場合、免疫原性の程度は、いくつかの態様において、異なる結合分子を含むTCRまたはCARと比較して低減される。
いくつかの態様において、該方法は、提供される結合分子を発現する遺伝子操作された細胞が対象に投与される養子細胞療法を含む。そのような投与は、疾患または障害の細胞が破壊のために標的とされるように、HPV 16標的化様式で細胞の活性化(例えば、T細胞活性化)を促進することができる。
したがって、提供される方法および使用は、養子細胞療法のための方法および使用を含む。いくつかの態様において、該方法は、細胞、または細胞を含有する組成物の、対象、組織、または細胞、例えば、疾患、病態または障害を有する、そのリスクのある、またはそれを有する疑いのあるものへの投与を含む。いくつかの態様において、細胞、集団、および組成物は、処置すべき特定の疾患または病態を有する対象に、例えば、養子細胞療法、例えば養子T細胞療法を介して投与される。いくつかの態様において、細胞または組成物は、対象、例えば、疾患または病態を有するまたはそのリスクのある対象に投与される。いくつかの局面において、該方法は、それによって、疾患または病態の1以上の症状を、例えばHPV 16 E6またはE7を発現するがんにおける腫瘍量を低下させることによって、処置、例えば改善する。
養子細胞療法のための細胞の投与法は、公知であり、提供される方法および組成物と併用してよい。例えば、養子T細胞療法は、例えば、Gruenbergらへの米国特許出願公報第2003/0170238; Rosenbergに対する米国特許第4,690,915号; Rosenberg (2011) Nat Rev Clin Oncol. 8(10):577-85)に記載されている。例えば, Themeli et al. (2013) Nat Biotechnol. 31(10): 928-933; Tsukahara et al. (2013) Biochem Biophys Res Commun 438(1): 84-9; Davila et al. (2013) PLoS ONE 8(4): e61338を参照のこと。
いくつかの態様において、細胞療法、例えば、養子細胞療法、例えば、養子T細胞療法は、細胞療法を受けようとする対象からまたはそのような対象に由来する試料から細胞が単離されかつ/または別の方法で調製される、自己移入によって行われる。したがって、いくつかの局面において、細胞は、処置を必要とする対象、例えば患者に由来し、単離および処理された後にその細胞が同じ対象に投与される。
いくつかの態様において、細胞療法、例えば、養子細胞療法、例えば、養子T細胞療法は、細胞療法を受けようとする対象または細胞療法を最終的に受ける対象以外の対象、例えば第一の対象から細胞が単離されかつ/または別の方法で調製される、同種移入によって行われる。そのような態様において、次いで、細胞が同じ種の異なる対象、例えば第二の対象に投与される。いくつかの態様において、第一および第二の対象は、遺伝的に同一である。いくつかの態様において、第一および第二の対象は、遺伝的に類似している。いくつかの態様において、第二の対象は、第一対象と同じHLAクラスまたはスーパータイプを発現する。
いくつかの態様において、細胞、細胞集団、または組成物が投与される対象は、霊長類、例えばヒトである。いくつかの態様において、霊長類は、サルまたは類人猿である。対象は、雄または雌であることができ、幼年期、若年期、青年期、成年期、および老年期の対象を含む任意の好適な年齢であることができる。いくつかの態様において、対象は、霊長類以外の哺乳動物、例えば齧歯動物である。いくつかの例では、患者または対象は、疾患、養子細胞療法のための、および/またはサイトカイン放出症候群(CRS)などの毒性転帰を評価するための検証された動物モデルである。
提供される結合分子、例えばTCRおよびその抗原結合フラグメントならびに抗体およびその抗原結合フラグメント、ならびにそれを発現する細胞を、任意の好適な手段によって、例えば、注射、例えば、静脈内または皮下注射、眼内注射、眼周囲注射、網膜下注射、硝子体内注射、経中隔注射、強膜下注射、脈絡膜内注射、前房内注射、結膜下(subconjectval、subconjuntival)注射、テノン嚢下注射、眼球後注射、眼球周囲注射、または強膜近傍後方(posterior juxtascleral)送達によって投与することができる。いくつかの態様において、これらは、非経口、肺内、および鼻腔内、局所処置が望ましい場合は病巣内投与によって投与される。非経口注入は、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、頭蓋内、胸腔内、または皮下投与を含む。投薬および投与は、一部には、投与が短期であるか慢性であるかに依存し得る。様々な投薬計画は、単回投与または様々な時点にわたる複数回投与、ボーラス投与、およびパルス注入を含むが、これらに限定されない。
疾患の予防または治療のために、結合分子または細胞の適切な投与量は、処置すべき疾患のタイプ、結合分子のタイプ、疾患の重症度および経過、細胞が予防目的で投与されるか治療目的で投与されるか、以前の療法、患者の病歴および結合分子に対応する応答、ならびに主治医の判断に依存し得る。組成物および分子および細胞は、いくつかの態様において、一度または一連の処置にわたって患者に適切に投与される。
ある特定の態様では、結合分子を含有する遺伝子操作された細胞に関連して、対象には、100万もしくは約100万～2000億もしくは約2000億の細胞の範囲、例えば、100万～500億もしくは約500億の細胞（例えば、500万もしくは約500万の細胞、2500万もしくは約2500万の細胞、5億もしくは約5億の細胞、10億もしくは約10億の細胞、50億もしくは約50億の細胞、200億もしくは約200億の細胞、300億もしくは約300億の細胞、400億もしくは約400億の細胞、または前述の数値の任意の2つによって規定される範囲）など、または、1000万もしくは約1000万～1000億もしくは約1000億の細胞（例えば、2000万もしくは約2000万の細胞、3000万もしくは約3000万の細胞、4000万もしくは約4000万の細胞、6000万もしくは約6000万の細胞、7000万もしくは約7000万の細胞、8000万もしくは約8000万の細胞、9000万もしくは約9000万の細胞、100億もしくは約100億の細胞、250億もしくは約250億の細胞、500億もしくは約500億の細胞、750億もしくは約750億の細胞、900億もしくは約900億の細胞、または前述の数値の任意の2つによって規定される範囲）など、いくつかの場合に、1億もしくは約1億の細胞～500億もしくは約500億の細胞（例えば、1億2000万もしくは約1億2000万の細胞、2億5000万もしくは約2億5000万の細胞、3億5000万もしくは約3億5000万の細胞、4億5000万もしくは約4億5000万の細胞、6億5000万もしくは約6億5000万の細胞、8億もしくは約8億の細胞、9億もしくは約9億の細胞、30億もしくは約30億の細胞、300億もしくは約300億の細胞、450億もしくは約450億の細胞）またはこれらの範囲の間の任意の数値および／または対象の体重1キログラム当たりのそのような数の細胞で投与される。いくつかの態様では、結合分子を含む遺伝子操作された細胞に関連して、対象には、1000万もしくは約1000万の細胞、1億もしくは約1億の細胞、10億もしくは約10億の細胞、100億もしくは約100億の細胞、1000億もしくは約1000億の細胞、またはこれらの範囲の間の任意の数値および／または体重1キログラム当たりのそのような数の細胞で投与される。この場合も同じく、投与量は、疾患もしくは障害および／または患者および／または他の処置に特有の属性に依存して変動し得る。
投与量は、疾患もしくは障害および／または患者および／または他の処置に特有の属性に依存して変動し得る。いくつかの態様では、そのような数値は、組換え受容体発現細胞の数を指す。
いくつかの態様では、例えば、対象がヒトである場合、用量は、約2×1011未満の総組換え受容体（例えば、TCR）発現細胞、例えば、合計1×106または約1×106～1.5×1011または約1.5×1011の範囲のそのような細胞、例えば、合計1×107もしくは約1×107、3×107もしくは約3×107、1×108もしくは約1×108、5×108もしくは約5×108、1×109もしくは約1×109、1×1010もしくは約1×1010、5×1010もしくは約5×1010、1×1011もしくは約1×1011、1.25×1011もしくは約1.25×1011のそのような細胞、または前述の数値の任意の2つの間の範囲を含む。いくつかの態様では、例えば、対象がヒトである場合、用量は、1×107または約1×107超の総組換え受容体（例えば、TCR）発現細胞、かつ、1×1011または約1×1011未満の総組換え受容体（例えば、TCR）発現細胞、例えば、1×107または約1×107～1×1011または約1×1011の範囲のそのような細胞、例えば、合計5×107もしくは約5×107、1×108もしくは約1×108、5×108もしくは約5×108、1×109もしくは約1×109、1×1010もしくは約1×1010、5×1010もしくは約5×1010、7.5×1010もしくは約7.5×1010、1×1011もしくは約1×1011のそのような細胞、または前述の数値の任意の2つの間の範囲を含む。
いくつかの態様では、遺伝子操作された細胞の用量は、1×106または約1×106～2×1011または約2×1011の総TCR発現細胞、1×106または約1×106～1.5×1011または約1.5×1011の総TCR発現細胞、1×106または約1×106～1×1011または約1×1011の総TCR発現細胞、1×106または約1×106～5×1010または約5×1010の総TCR発現細胞、1×106または約1×106～1×1010または約1×1010の総TCR発現細胞、1×106または約1×106～1×109または約1×109の総TCR発現細胞、1×106または約1×106～5×108または約5×108の総TCR発現細胞、1×106または約1×106～1×108または約1×108の総TCR発現細胞、1×106または約1×106～5×107または約5×107の総TCR発現細胞、1×106または約1×106～1×107または約1×107の総TCR発現細胞、1×106または約1×106～5×106または約5×106の総TCR発現細胞、1×106または約1×106～2.5×106または約2.5×106の総TCR発現細胞、1×106または約1×106～2×106または約2×106の総TCR発現細胞、2×106または約2×106～2×1011または約2×1011の総TCR発現細胞、2.5×106または約2.5×106～2×1011または約2×1011の総TCR発現細胞、5×106または約5×106～2×1011または約2×1011の総TCR発現細胞、1×107または約1×107～2×1011または約2×1011の総TCR発現細胞、3×107または約3×107～2×1011または約2×1011の総TCR発現細胞、1×108または約1×108～2×1011または約2×1011の総TCR発現細胞、5×108または約5×108～2×1011または約2×1011の総TCR発現細胞、1×109または約1×109～2×1011または約2×1011の総TCR発現細胞、1×1010または約1×1010～2×1011または約2×1011の総TCR発現細胞、5×1010または約5×1010～2×1011または約2×1011の総TCR発現細胞、1×106または約1×106～2×1011または約2×1011の総TCR発現細胞、1.5×1010または約1.5×1010～2×1011または約2×1011の総TCR発現細胞を含む。いくつかの態様では、遺伝子操作された細胞の用量は、1×107または約1×107～1×1011または約1×1011の総TCR発現細胞、例えば、1×109または約1×109～1×1010または約1×1010の総TCR発現細胞を含む。
いくつかの態様では、遺伝子操作された細胞の用量は、少なくとも2×1011または約2×1011のTCR発現細胞、少なくとも1.75×1011または約1.75×1011のTCR発現細胞、少なくとも1.5×1011または約1.5×1011のTCR発現細胞、少なくとも1.25×1011または約1.25×1011のTCR発現細胞、少なくとも1×1011または約1×1011のTCR発現細胞、少なくとも7.5×1010または約7.5×1010のTCR発現細胞、少なくとも5×1010または約5×1010のTCR発現細胞、少なくとも2.5×1010または約2.5×1010のTCR発現細胞、少なくとも1×1010または約1×1010のTCR発現細胞、少なくとも5×109または約5×109のTCR発現細胞、少なくとも1×109または約1×109のTCR発現細胞、少なくとも5×108または約5×108のTCR発現細胞、少なくとも6×107または約6×107のTCR発現細胞、少なくとも3×107または約3×107のTCR発現細胞、少なくとも1×107または約1×107のTCR発現細胞、少なくとも5×106または約5×106のTCR発現細胞、少なくとも1×106または約1×106のTCR発現細胞を含む。
いくつかの態様では、遺伝子操作された細胞の用量は、2×1011または約2×1011のTCR発現細胞、1.75×1011または約1.75×1011のTCR発現細胞、1.5×1011または約1.5×1011のTCR発現細胞、1.25×1011または約1.25×1011のTCR発現細胞、1×1011または約1×1011のTCR発現細胞、7.5×1010または約7.5×1010のTCR発現細胞、5×1010または約5×1010のTCR発現細胞、2.5×1010または約2.5×1010のTCR発現細胞、1×1010または約1×1010のTCR発現細胞、5×109または約5×109のTCR発現細胞、1×109または約1×109のTCR発現細胞、5×108または約5×108のTCR発現細胞、1×108または約1×108のTCR発現細胞、5×107または約5×107のTCR発現細胞、3×107または約3×107のTCR発現細胞、1×107または約1×107のTCR発現細胞、5×106または約5×106のTCR発現細胞、1×106または約1×106のTCR発現細胞を含む。
いくつかの態様では、細胞、例えば、組換え受容体発現T細胞（例えば、TCR発現細胞）の用量は、対象に単回用量として投与されるかまたは2週間、1ヶ月、3ヶ月、6ヶ月、1年もしくはより長い期間の間に1回だけ投与される。いくつかの態様では、対象に、1回または複数回の用量で投与される。
いくつかの態様において、結合分子または細胞は、組み合わせ処置の一部として、例えば、別の治療的介入、例えば別のTCR、抗体または操作された細胞または受容体または作用物質、例えば細胞傷害性または治療用物質と同時にまたは任意の順序で逐次的に投与される。
細胞または抗体は、いくつかの態様において、1以上の追加の治療用物質と共に、または別の治療的介入と併せて、同時にまたは任意の順序で逐次的に同時投与される。いくつかの状況において、細胞は、細胞集団が1以上の追加の治療用物質の効果を増強するような十分に短い期間で別の療法と共に同時投与され、逆もまた同じである。いくつかの態様において、細胞または抗体は、1以上の追加の治療用物質の前に投与される。いくつかの態様において、細胞または抗体は、1以上の追加の治療用物質の後に投与される。
細胞が哺乳動物(例えば、ヒト)に投与されたら、操作された細胞集団および/または結合分子の生物学的活性が、いくつかの局面において、多数の公知の方法のいずれかによって測定される。評価するパラメーターは、インビボでは、例えば、画像検査による、またはエクスビボでは、例えば、ELISAもしくはフローサイトメトリーによる、操作されたもしくは天然のT細胞または他の免疫細胞の抗原への特異的結合を含む。ある特定の態様において、標的細胞を破壊する操作された細胞の能力を、当技術分野において公知の任意の好適な方法、例えばKochenderfer et al., J. Immunotherapy, 32(7): 689-702 (2009)、およびHerman et al. J. Immunological Methods, 285(1): 25-40 (2004)に記載されている、例えば細胞傷害アッセイを使用して測定することができる。ある特定の態様において、また、CD 107a、IFNγ、IL-2、およびTNFなどのある特定のサイトカインの発現および/または分泌をアッセイすることによって細胞の生物学的活性を測定することもできる。いくつかの局面において、生物学的活性は、臨床的転帰、例えば腫瘍量または負荷の低減を評価することによって測定される。
ある特定の態様において、操作された細胞は、治療的または予防有効性が増加するようないくつもの手法で修飾される。例えば、操作された細胞によって発現される、操作されたTCRまたは抗体を発現するCARは、いくつかの態様において、標的化部分に直接的にまたはリンカーを通じて間接的にコンジュゲートされる。化合物、例えばTCRまたはCARを標的化部分にコンジュゲートする実践は、当技術分野において公知である。例として、Wadwa et al., J. Drug Targeting 3: 1 1 1 (1995)、および米国特許5,087,616を参照のこと。
E. 診断法および検出法
また、提供される結合分子、例えば、TCRまたはその抗原結合フラグメントならびに抗体およびその抗原結合フラグメントの、HPV 16、例えば、HPV 16 E6またはHPV 16 E7の検出における、例えば、HPV 16を発現する疾患または病態に関連した診断法および/または予後判定法における使用を伴う方法が提供される。該方法は、いくつかの態様においては、生物学的試料を結合分子とインキュベートすることおよび/または結合分子を対象に投与することを含む。ある特定の態様において、生物学的試料は、細胞または組織、例えば腫瘍またはがん組織を含む。HPV 16、例えば、HPV 16 E6またはE7の領域またはペプチドエピトープへのある特定の結合分子では、結合分子とペプチドエピトープとの間で複合体が形成されるかどうかを検出すること。そのような方法は、インビトロ法であってもインビボ法であってもよい。一態様において、例えば、HPV 16、例えばHPV 16 E6またはE7が患者の選択のためのバイオマーカーである場合、抗HPV 16結合分子を使用して、抗HPV 16結合分子またはそのような分子を含む操作された細胞を用いた療法を受けるのに適する対象を選択する。
いくつかの態様において、試料、例えば細胞、組織試料、溶解物、組成物、またはそれらに由来する他の試料を、結合分子と接触させて、結合分子と試料(例えば、試料中のHPV16の領域またはエピトープ)との間の結合または複合体形成を決定または検出する。同じ組織タイプの参照細胞と比較して試験試料中で結合が実証または検出されたとき、それは、関連する疾患または病態の存在を指示し得る。いくつかの態様において、試料は、ヒト組織由来である。
特異的結合分子-抗原結合を検出するための当技術分野において公知の様々な方法を使用することができる。例示的な免疫測定法は、蛍光偏光免疫測定法(FPIA)、蛍光免疫測定法(FIA)、酵素免疫測定法(EIA)、比濁阻害免疫測定法(NIA)、酵素結合免疫吸着測定法(ELISA)、および放射免疫測定法(RIA)を含む。指示部分、または標識基を、対象の結合分子に付着させることができ、多くの場合アッセイ装置および適合する免疫測定法手順の利用可能性によって決定される該方法の様々な用途の必要性を満たすように選択してよい。例示的な標識は、放射性核種(例えば、125I、131I、35S、3H、または32P)、酵素(例えば、アルカリホスファターゼ、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、ルシフェラーゼ、またはβ-ガラクトシダーゼ)、蛍光部分もしくはタンパク質(例えば、フルオレセイン、ローダミン、フィコエリスリン、GFP、またはBFP)、または発光部分(例えば、Quantum Dot Corporation, Palo Alto, Calif.によって供給されるQdot(商標)ナノ粒子)を含む。上記の様々な免疫測定法を実施する際に使用される一般的な技術は、当業者に公知である。
診断のために、結合分子を、当技術分野において公知の放射性同位体、蛍光標識、および様々な酵素-基質標識を非限定的に含む検出可能部分で標識することができる。標識を結合分子、例えばTCRまたは抗体にコンジュゲートする方法は、当技術分野において公知である。いくつかの態様において、結合分子は、標識する必要はなく、結合分子に結合する標識抗体を使用してその存在を検出することができる。
提供される結合分子は、いくつかの態様において、任意の公知のアッセイ法、例えば競合結合アッセイ、直接的および間接的サンドイッチアッセイ、ならびに免疫沈降アッセイにおいて用いることができる。結合分子はまた、インビボ診断アッセイ、例えばインビボ画像検査に使用することもできる。一般に、結合分子は、対象へ投与の後に関心対象の細胞または組織がインビボで局在化できるように、放射性核種(例えば、111In、99Tc、14C、131I、125I、または3H)で標識される。結合分子はまた、例えば公知の技術を使用する、病理の染色試薬として使用してもよい。
VII. 製造品
また、提供される結合分子、例えば、TCR、抗体、およびCARならびに/または操作された細胞、ならびに/または組成物を含有する製造品が提供される。製造品は、容器と容器上のまたはそれに付随したラベルまたは添付文書を含んでよい。好適な容器は、例えば、瓶、バイアル、シリンジ、IV輸液バッグなどを含む。容器は、ガラスまたはプラスチックなどの多様な材料から形成されてよい。容器は、いくつかの態様において、組成物を、それ自体で、または、病態を治療、予防および/もしくは診断するのに有効である別の組成物と組み合わされて収容する。いくつかの態様において、容器は、滅菌アクセスポートを有する。例示的な容器は、注射用の針で貫通可能な栓を有するものを含む静脈内輸液バッグ、バイアルを含む。ラベルまたは添付文書は、HPV 16 E6もしくはE7を発現するかまたはそれが関連する疾患または病態を処置するために組成物が使用されることを示し得る。製造品は、(a)組成物がその中に含有された第一の容器であって、組成物が抗体または操作された抗原受容体を含む第一の容器；および(b)組成物がその中に含有された第二の容器であって、組成物がさらなる作用物質、例えば細胞傷害性物質または他の治療用物質を含む第二の容器を含んでよい。製造品は、組成物を使用して特定の病態を処置できることを示す添付文書をさらに含んでよい。代替的に、または追加的に、製造品は、薬学的に許容される緩衝液を含む別のまたは同じ容器をさらに含んでよい。それは、他の緩衝液、希釈剤、フィルター、針、および/またはシリンジなどの他の材料をさらに含んでよい。
VII. 定義
他に定義のない限り、本明細書において使用される専門用語、注釈、ならびに他の技術用語および科学用語または専門語は全て、請求される主題が属する当業者に一般的に理解するものと同じ意味を有することが意図される。場合によっては、理解しやすいようにかつ/または容易に参照できるように、一般的に理解されている意味を有する用語が本明細書において定義され、本明細書におけるそのような定義の包含は、必ずしも、当技術分野において一般的に理解されているものと大きく異なると解釈されるべきではない。
用語「ポリペプチド」および「タンパク質」は、互換的に使用され、アミノ酸残基のポリマーを指し、最小の長さに限定されない。提供される抗体および抗体鎖および他のペプチド、例えばリンカーを含む、ポリペプチドは、天然および/または非天然アミノ酸残基を含むアミノ酸残基を含んでもよい。この用語はまた、ポリペプチドの発現後修飾、例えば、グリコシル化、シアリル化、アセチル化、およびリン酸化なども含む。いくつかの局面において、ポリペプチドは、タンパク質が所望の活性を維持する限り、天然または自然の配列に対して修飾を含有してよい。これらの修飾は、部位特異的突然変異誘発を介した修飾のように意図的なものでもよく、あるいはタンパク質を産生する宿主の突然変異またはPCR増幅によるエラーを介した修飾のように偶発的なものでもよい。
「単離された」核酸は、その天然環境の構成要素から分離されている核酸分子を指す。単離された核酸は、核酸分子を通常含有する細胞に含有される核酸分子を含むが、核酸分子は、染色体外にまたはその天然の染色体位置とは異なる染色体位置に存在する。
「TCRまたは抗体をコードする単離された核酸」は、TCRアルファもしくはベータ鎖(またはそのフラグメント)または抗体重鎖および軽鎖(またはそのフラグメント)をコードする1以上の核酸分子を指し、単一ベクターまたは別個のベクター中のそのような核酸分子、および宿主細胞中の1以上の位置に存在するそのような核酸分子を含む。
用語「宿主細胞」、「宿主細胞株」、および「宿主細胞培養物」は、互換的に使用され、外因性核酸が導入されている細胞(そのような細胞の子孫を含む)を指す。宿主細胞は、初代の形質転換された細胞および継代数を問わずそれに由来する子孫を含む「形質転換体」および「形質転換された細胞」を含む。子孫は、核酸含量が親細胞と完全に同一でなくてよいが、突然変異を含有してよい。元々の形質転換された細胞においてスクリーニングまたは選択されたものと同じ機能または生物学的活性を有する突然変異体子孫が本明細書に含まれる。
本明細書において使用される場合、「アミノ酸配列同一性パーセント(%)」および「同一性パーセント」は、アミノ酸配列(参照ポリペプチド配列)に関して使用されるとき、配列を整列させ、必要であれば、最大の配列同一性パーセントを達成するために、ギャップを導入した後、いかなる保存的置換も配列同一性の一部として考慮しないとした場合の、参照ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列(例えば、対象抗体またはフラグメント)中のアミノ酸残基のパーセンテージとして定義される。アミノ酸配列同一性パーセントを決定するためのアライメントは、当技術分野の技能の範囲内の様々な手法で、例として、公的に入手可能なコンピューターソフトウェア、例えば、BLAST、BLAST-2、ALIGNまたはMegalign(DNASTAR)ソフトウェアを使用して達成することができる。当業者は、比較される配列の全長にわたって最大アライメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含め、配列を整列させるための適切なパラメーターを決定することができる。
アミノ酸置換は、ポリペプチド中のあるアミノ酸を別のアミノ酸で置き換えることを含み得る。アミノ酸置換を、関心対象の結合分子、例えば、TCRまたは抗体に導入し、生成物を、所望の活性、例えば、保持された/改善された抗原結合、減少された免疫原性、または改善された細胞溶解活性についてスクリーニングしてよい。
アミノ酸は、一般に、以下の共通する側鎖特性に従って分類することができる。
(1)疎水性：ノルロイシン、Met、Ala、Val、Leu、Ile；
(2)中性親水性：Cys、Ser、Thr、Asn、Gln；
(3)酸性：Asp、Glu；
(4)塩基性：His、Lys、Arg；
(5)鎖配向に影響を及ぼす残基：Gly、Pro；
(6)芳香族：Trp、Tyr、Phe
いくつかの態様において、保存的置換は、これらのクラスの1つのメンバーを同じクラスの別のメンバーに交換することを伴うことができる。いくつかの態様において、非保存的アミノ酸置換は、これらのクラスの1つのメンバーを別のクラスに交換することを伴うことができる。
用語「ベクター」は、本明細書において使用される場合、それに連結されている別の核酸を増殖させることができる核酸分子を指す。この用語は、自己複製核酸構造としてのベクター、ならびに、それが導入されている宿主細胞のゲノムに組み込まれたベクターを含む。ある特定のベクターは、これらが機能的に連結されている核酸の発現を指令することができる。そのようなベクターは、本明細書において「発現ベクター」と称される。
用語「添付文書」は、適応症、用法、投与量、投与、併用療法、禁忌症についての情報、および/または治療製品の使用に関する警告を含有する、市販の治療製品パッケージに慣例に従って含まれる説明書を指すために使用される。
本明細書において使用される場合、単数形「1つの(a)」、「1つの(an)」、および「その(the)」は、文脈が明確に他のことを指示していない限り複数の指示対象を含む。例えば、「1つの(a)」または「1つの(an)」は、「少なくとも1つの」または「1以上の」を意味する。本明細書に記載の局面およびバリエーションは、局面およびバリエーション「からなる」および/または「から本質的になる」ことを含むと理解される。
本開示全体を通じて、請求される主題の様々な局面が範囲の形で提示される。範囲の形での説明は、単に便宜および簡略のためであり、請求される主題の範囲に対する融通の利かない限定として解釈すべきではないと理解されるべきである。したがって、範囲の説明は、可能性のある部分範囲ならびにその範囲内にある個々の数値全てを具体的に開示したとみなされるべきである。例えば、広範な値が提供された場合、その範囲の上限と下限との間の各介在値と、その述べられた範囲内にある任意の他の述べられた値または介在値が、請求される主題の範囲内に包含されると理解される。これらのより小さな範囲の上限および下限は、独立してそのより小さな範囲に含まれてよく、その述べられた範囲内にある明確に除外されるあらゆる限界を条件として、請求される主題の範囲内にも包含される。述べられた範囲が限界の一方または両方を含む場合、それらの含まれる限界のいずれかまたは両方を除外する範囲もまた、請求される主題に含まれる。このことは、範囲の幅に関係なく適用される。
用語「約」は、本明細書において使用される場合、この技術分野の当業者に容易に分かる、それぞれの値の通常の誤差範囲を指す。本明細書における「約」のついた値またはパラメーターについての言及は、その値またはパラメーターそれ自体に向けられた態様を含む(およびそれを説明する)。例えば、「約X」についての説明は、「X」の説明を含む。
本明細書において使用される場合、組成物は、2以上の生成物、物質、または化合物(細胞を含む)の任意の混合物を指す。それは、溶液、懸濁液、液体、粉末、ペースト、水性、非水性、またはその任意の組み合わせでよい。
本明細書において使用される場合、細胞または細胞の集団が特定のマーカーについて「陽性」であるという記載は、特定のマーカー、典型的には表面マーカーが細胞の表面にまたは細胞中に検出可能に存在することを指す。表面マーカーについて言及するとき、この用語は、フローサイトメトリーによって、例えば、マーカーに特異的に結合する抗体で染色し、前記抗体を検出することによって検出されるときに表面発現が存在することを指し、ここで、染色は、フローサイトメトリーによって、他の点で同一の条件下で、アイソタイプが一致する対照を用いた同じ手順を行って検出される染色を大幅に上回るレベルで、および/または、マーカーに陽性であることが分かっている細胞のレベルと実質的に類似するレベルで、および/または、マーカーに陰性であることが分かっている細胞のレベルより大幅に高いレベルで検出可能である。
本明細書において使用される場合、細胞または細胞の集団が特定のマーカーについて「陰性」であるという記載は、特定のマーカー、典型的には表面マーカーが細胞の表面にまたは細胞中に実質的に検出可能に存在することが無いことを指す。表面マーカーについて言及するとき、この用語は、フローサイトメトリーによって、例えば、マーカーに特異的に結合する抗体で染色し、前記抗体を検出することによって検出されるときに表面発現が存在しないことを指し、ここで、染色は、フローサイトメトリーによって、他の点で同一の条件下で、アイソタイプが一致する対照を用いた同じ手順を行って検出される染色を大幅に上回るレベルで、および/または、マーカーに陽性であることが分かっている細胞のレベルより大幅に低いレベルで、および/または、マーカーに陰性であることが分かっている細胞のレベルと比較して、実質的に類似するレベルで検出されない。
VIII. 例示的な態様
提供される態様の中に、以下が含まれる。
1.
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって、
Vα領域が、SEQ ID NO：47、77、103、126、149、169、195、もしくは221のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ／または
Vβ領域が、SEQ ID NO：60、88、114、137、157、180、206、もしくは232のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片。
2.
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって、
Vα領域が、SEQ ID NO：47、77、103、126、149、169、195、もしくは221のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：60、88、114、137、157、180、206、もしくは232のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片。
3.
Vα領域が、SEQ ID NO：47、149、169、195、もしくは221のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；あるいは
Vα領域が、SEQ ID NO：103、126のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
態様1または態様２のT細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片。
4.
Vβ領域が、SEQ ID NO：60、180、もしくは232のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；
Vβ領域が、SEQ ID NO：206に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90.5％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；
Vβ領域が、SEQ ID NO：114もしくは137に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも97.5％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；
Vβ領域が、SEQ ID NO：157に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも98.5％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；あるいは
Vβ領域が、SEQ ID NO：88に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも99.5％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
態様1～3のいずれかのT細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片。
5.
TCRまたはその抗原結合断片が、MHC分子に関連してヒトパピローマウイルス（HPV）16 E7のペプチドエピトープに結合しまたはそれを認識し、
ペプチドエピトープが、E7（11-19）YMLDLQPET（SEQ ID NO：271）であるまたはそれを含む、
態様1～4のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
6.
TCRまたはその抗原結合断片が、T細胞の表面で発現されたときに、標的がん細胞に対する細胞傷害活性を刺激し、
任意で、標的がん細胞が、HPV DNA配列を含有しまたはHPV 16を発現し、
任意で、標的がん細胞が、SCC152である、
態様1～5のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
7.
標的がん細胞が、MHC分子に関連してヒトパピローマウイルス（HPV）16 E7のペプチドエピトープを発現し、ペプチドエピトープが、E7（11-19）YMLDLQPET（SEQ ID NO：271）であるまたはそれを含む、態様7のTCRまたは抗原結合断片。
8.
Vα領域が、SEQ ID NO：47、77、103、126、149、169、195、または221のいずれかに示されるVα領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；かつ／または
Vβ領域が、SEQ ID NO：60、88、114、137、157、180、206、または232のいずれかに示されるVβ領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
態様1～7のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
9.
Vα領域が、SEQ ID NO：50、80、106、129、150、172、198、または224のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む；かつ／または
Vβ領域が、SEQ ID NO：63、91、115、138、158、183、209、または235のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む、
態様1～8のいずれかのTCRまたは抗原結合断片。
10.
Vα領域が、
SEQ ID NO：48、78、104、127、170、196、または222のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；および／または
SEQ ID NO：49、79、105、128、171、197、または223のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）
を含む、態様9のTCRまたはその抗原結合断片。
11.
Vβ領域が、
SEQ ID NO：61、89、181、207、または233のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；および／または
SEQ ID NO：62、90、182、208、または234に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）
を含む、態様9または態様10のTCRまたはその抗原結合断片。
12.
Vα領域が、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：61、62および63のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；
Vα領域が、SEQ ID NO：78、79および80のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：89、90および91のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；
Vα領域が、SEQ ID NO：104、105および106のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：89、90および115のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；
Vα領域が、SEQ ID NO：127、128および129のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：89、90および138のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；
Vα領域が、SEQ ID NO：127、128および150のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：89、90および158のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；
Vα領域が、SEQ ID NO：170、171および172のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：181、182および183のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；
Vα領域が、SEQ ID NO：196、197および198のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：207、208および209のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；または
Vα領域が、SEQ ID NO：222、223および224のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：233、234および235のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
態様1～11のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
13.
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：47および60のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：77および88のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：77および88のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99.5％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：103および114のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97.5％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：126および137のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97.5％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：149および157のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98.5％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：169および180のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：195および206のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90.5％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む；あるいは
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：221および232のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む、
態様1～10のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
14.
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：47および60のアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：77および88のアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：77および88のアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：103および114のアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：126および137のアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：149および157のアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：169および180のアミノ酸配列をそれぞれ含む；
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：195および206のアミノ酸配列をそれぞれ含む；または
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：221および232のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
態様1～12のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
15.
Vα領域が、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：61、62、および63のアミノ酸配列を含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；および／または
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：47および60のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
態様1～14のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
16.
Vα領域が、SEQ ID NO：196、197および198のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：207、208および209のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；および／または
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：195および206のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
態様1～14のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
17.
Vα領域が、SEQ ID NO：222、223および224のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：233、234および235のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；および／または
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：221および232のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
態様1～14のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
18.
アルファ鎖が、アルファ定常（Cα）領域をさらに含み、かつ／または、ベータ鎖が、ベータ定常（Cβ）領域をさらに含む、態様1～17のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
19.
CαおよびCβ領域が、マウス定常領域である、態様18のTCRまたはその抗原結合断片。
20.
CαおよびCβ領域が、ヒト定常領域である、態様18のTCRまたはその抗原結合断片。
21.
Cαおよび／またはCβ領域が、アルファ鎖とベータ鎖との間に1つまたは複数の非天然ジスルフィド架橋を形成可能な1つまたは複数のシステイン残基の導入を含む、態様18～20のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
22.
Cα領域が、SEQ ID NO：15に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：30に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
態様18、19、および21のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
23.
（a）アルファ鎖が、SEQ ID NO：44、74、100、123、146、166、192、もしくは218に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖が、SEQ ID NO：57、85、111、134、154、177、203、もしくは229に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；あるいは
（b）アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：44および57のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：74および85のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：100および111のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：123および134のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：146および154のアミノ酸配列それぞれを含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：166および177のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：192および202のアミノ酸配列をそれぞれ含む；またはアルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：218および229のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
態様18、19、21、および22のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
24.
Cα領域が、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：29に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
態様18、20、および21のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
25.
Cα領域が、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
態様18、20、および21のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
26.
1つまたは複数のシステイン残基の導入が、非システイン残基をシステイン残基で置換することを含む、態様21～25のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
27.
Cα領域が、SEQ ID NO：333～337のいずれかに示される番号付けで48位に対応する位置にまたはSEQ ID NO：338もしくは341に示される番号付けで49位に対応する位置にシステインを含む；かつ／あるいは、Cβ領域が、SEQ ID NO：339もしくは340に示される番号付けで57位に対応する位置にまたはSEQ ID NO：342もしくは343に示される番号付けで58位に対応する位置にシステインを含む、態様21～26のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
28.
（a）アルファ鎖が、SEQ ID NO：43、73、99、122、145、165、191、もしくは217に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖が、SEQ ID NO：56、84、110、133、153、176、202、もしくは228に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；あるいは
（b）アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：43および56のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：73および84のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：99および110のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：122および133のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：145および153のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：165および176のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：191および202のアミノ酸配列をそれぞれ含む；またはアルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：217および228のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
態様18、20、21、および24～27のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
29.
（a）アルファ鎖が、SEQ ID NO：43、73、99、122、145、165、191、もしくは217に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖が、SEQ ID NO：359、370、371、372、373、374、375もしくは376に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；あるいは
（b）アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：43および359のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：73および370のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：99および371のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：122および372のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：145および373のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：165および374のアミノ酸配列をそれぞれ含む；アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：191および375のアミノ酸配列をそれぞれ含む；またはアルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：217および376のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
態様18、20、21、23、および25～27のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
30.
（i）SEQ ID NO：44および57のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；
（ii）SEQ ID NO：43およびSEQ ID NO：56に示されるアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；あるいは
（iii）（i）におけるアルファおよびベータ鎖配列それぞれとまたは（ii）におけるアルファおよびベータ鎖配列それぞれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはこれを超える配列同一性を独立して示すアルファおよびベータ鎖
を含み、
ここで、アルファ鎖が、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：61、62、および63のアミノ酸配列を含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
態様1～29のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
31.
SEQ ID NO：43および56のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖配列と少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはこれを超える配列同一性を独立して示すアルファおよびベータ鎖を含み、
ここで、アルファ鎖が、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：61、62、および63のアミノ酸配列を含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
態様1～30のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
32.
SEQ ID NO：43および56のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖を含む、態様1～31のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
33.
SEQ ID NO：43および359のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖を含む、態様1～31のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
34.
（i）SEQ ID NO：192および203のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；
（ii）SEQ ID NO：191およびSEQ ID NO：202に示されるアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；あるいは
（iii）（i）におけるアルファおよびベータ鎖配列それぞれとまたは（ii）におけるアルファおよびベータ鎖配列それぞれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはこれを超える配列同一性を独立して示すアルファおよびベータ鎖
を含み、
ここで、アルファ鎖が、SEQ ID NO：196、197および198のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：207、208および209のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
態様1～29のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
35.
SEQ ID NO：191およびSEQ ID NO：375に示されるアミノ酸配列を含むアルファおよびベータ鎖を含む、態様1～29および34のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
36.
（i）SEQ ID NO：218および229のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；
（ii）SEQ ID NO：217およびSEQ ID NO：228に示されるアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖；あるいは
（iii）（i）におけるアルファおよびベータ鎖配列それぞれとまたは（ii）におけるアルファおよびベータ鎖配列それぞれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはこれを超える配列同一性を独立して示すアルファおよびベータ鎖
を含み、
ここで、アルファ鎖が、SEQ ID NO：222、223および224のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：233、234および235のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
態様1～29のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
37.
SEQ ID NO：217および376のアミノ酸配列をそれぞれ含むアルファおよびベータ鎖を含む、態様1～29および36のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
38.
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって、
Vα領域が、SEQ ID NO：247またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列のいずれかを含む；かつ／または
Vβ領域が、SEQ ID NO：258またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む、
T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片。
39.
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって、
Vα領域が、SEQ ID NO：247またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：258またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む、
T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片。
40.
Vα領域が、SEQ ID NO：247のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ／または
Vβ領域が、SEQ ID NO：258のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
態様38または態様39のTCRまたはその抗原結合断片。
41.
TCRまたはその抗原結合断片が、MHC分子に関連してヒトパピローマウイルス（HPV）16 E6のペプチドエピトープに結合しまたはそれを認識し、
ペプチドエピトープが、E6（29-38）TIHDIILECV（SEQ ID NO：268）であるまたはそれを含む、
態様38～40のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
42.
Vα領域が、SEQ ID NO：250に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）、またはSEQ ID NO：247に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR3を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：261に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）、またはSEQ ID NO：258に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR3を含む、
態様38～41のいずれかのTCRまたは抗原結合断片。
43.
Vα領域が、
SEQ ID NO：248に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）またはSEQ ID NO：247に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-1；および／または
SEQ ID NO：249に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）またはSEQ ID NO：247に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-2
を含む、態様42のTCRまたは抗原結合断片。
44.
Vβ領域が、
SEQ ID NO：259に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）またはSEQ ID NO：258に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-1；および／または
SEQ ID NO：260に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）またはSEQ ID NO：258に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-2
を含む、態様42または態様43のTCRまたは抗原結合断片。
45.
Vα領域が、SEQ ID NO：248に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；SEQ ID NO：249に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）；および／またはSEQ ID NO：250に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む；かつ／または
Vβ領域が、SEQ ID NO：259に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；SEQ ID NO：260に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）；および／またはSEQ ID NO：261に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む、
態様38～44のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
46.
Vα領域が、SEQ ID NO：247に示されるVα領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；かつ／または
Vβ領域が、SEQ ID NO：258に示されるVβ領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
態様38～45のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
47.
Vα領域が、SEQ ID NO：248、249、および250のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：259、260、および261のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
態様38～46のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
48.
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：247および258のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む、態様38～47のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
49.
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：247および258のアミノ酸配列をそれぞれ含む、態様38～48のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
50.
アルファ鎖が、アルファ定常（Cα）領域をさらに含み、かつ／または、ベータ鎖が、ベータ定常（Cβ）領域をさらに含む、態様38～49のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
51.
CαおよびCβ領域が、マウス定常領域である、態様50のTCRまたはその抗原結合断片。
52.
CαおよびCβ領域が、ヒト定常領域である、態様50のTCRまたはその抗原結合断片。
53.
Cαおよび／またはCβ領域が、アルファ鎖とベータ鎖との間に1つまたは複数の非天然ジスルフィド架橋を形成可能な1つまたは複数のシステイン残基の導入を含む、態様50～52のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
54.
Cα領域が、SEQ ID NO：15に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：30に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
態様50、51、および53のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
55.
（a）アルファ鎖が、SEQ ID NO：244に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖が、SEQ ID NO：255に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含み、任意で、アルファ鎖が、SEQ ID NO：248、249、および250のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：259、260、および261のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；あるいは
（b）アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：244および255のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
態様50、51、53、および54のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
56.
Cα領域が、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：29に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
態様50、52、および53のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
57.
Cα領域が、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
態様50、52、および53のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
58.
1つまたは複数のシステイン残基の導入が、非システイン残基をシステイン残基で置換することを含む、態様53～57のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
59.
Cα領域が、SEQ ID NO：333～337のいずれかに示される番号付けで48位に対応する位置にまたはSEQ ID NO：338もしくは341に示される番号付けで49位に対応する位置にシステインを含む；かつ／あるいは、Cβ領域が、SEQ ID NO：339もしくは340に示される番号付けで57位に対応する位置にまたはSEQ ID NO：342もしくは343に示される番号付けで58位に対応する位置にシステインを含む、態様53～58のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
60.
（a）アルファ鎖が、SEQ ID NO：243に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖が、SEQ ID NO：254に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含み、任意で、アルファ鎖が、SEQ ID NO：248、249、および250のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：259、260、および261のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；あるいは
（b）アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：243および254のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
態様38～59のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
61.
（a）アルファ鎖が、SEQ ID NO：243に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖が、SEQ ID NO：377に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含み、任意で、アルファ鎖が、SEQ ID NO：248、249、および250のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：259、260、および261のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；あるいは
（b）アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：243および377のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
態様38～59のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
62.
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって、
Vα領域が、SEQ ID NO：9、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む；かつ／または
Vβ領域が、SEQ ID NO：24、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む、
T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片。
63.
可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって、
Vα領域が、SEQ ID NO：9、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む；かつ
Vβ領域が、SEQ ID NO：24、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む、
T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片。
64.
Vα領域が、SEQ ID NO：9のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ／または
Vβ領域が、SEQ ID NO：24のいずれかに示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
態様62または態様63のTCRまたはその抗原結合断片。
65.
TCRまたはその抗原結合断片が、T細胞の表面で発現されたときに、標的がん細胞に対する細胞傷害活性を刺激し、
任意で、標的がん細胞が、HPV DNA配列を含有しもしくはHPV 16を発現し、かつ／または、
任意で、標的がん細胞が、SCC152である、
態様62～64のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
66.
Vα領域が、SEQ ID NO：12に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）、またはSEQ ID NO：9に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR3を含む；かつ／または
Vβ領域が、SEQ ID NO：27に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）、またはSEQ ID NO：24に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR3を含む、
態様62～65のいずれかのTCRまたは抗原結合断片。
67.
Vα領域が、
SEQ ID NO：10に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）またはSEQ ID NO：9に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-1；および／または
SEQ ID NO：11に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）またはSEQ ID NO：9に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-2
を含む、態様66のTCRまたは抗原結合断片。
68.
Vβ領域が、
SEQ ID NO：25に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）またはSEQ ID NO：24に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-1；および／または
SEQ ID NO：26に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）またはSEQ ID NO：24に示されるアミノ酸配列内に含有されるCDR-2
を含む、態様66または態様67のTCRまたは抗原結合断片。
69.
Vα領域が、SEQ ID NO：10に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；SEQ ID NO：11に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）；および／またはSEQ ID NO：12に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む；かつ／または
Vβ領域が、SEQ ID NO：25に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域1（CDR-1）；SEQ ID NO：26に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域2（CDR-2）；および／またはSEQ ID NO：27に示されるアミノ酸配列を含む相補性決定領域3（CDR-3）を含む、
態様62～68のTCRまたは抗原結合断片。
70.
Vα領域が、SEQ ID NO：9に示されるVα領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；かつ／または
Vβ領域が、SEQ ID NO：24に示されるVβ領域アミノ酸配列内に含有される相補性決定領域1（CDR-1）、CDR-2、およびCDR-3アミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
態様62～69のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
71.
Vα領域が、SEQ ID NO：10、11、および12のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：25、26、および27のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、態様62～70のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
72.
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：9および24のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列をそれぞれ含む、態様62～71のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
73.
VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：9および24のアミノ酸配列をそれぞれ含む、態様62～72のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
74.
アルファ鎖が、アルファ定常（Cα）領域をさらに含み、かつ／または、ベータ鎖が、ベータ定常（Cβ）領域をさらに含む、態様62～73のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
75.
CαおよびCβ領域が、マウス定常領域である、態様74のTCRまたはその抗原結合断片。
76.
CαおよびCβ領域が、ヒト定常領域である、態様74のTCRまたはその抗原結合断片。
77.
Cαおよび／またはCβ領域が、アルファ鎖とベータ鎖との間に1つまたは複数の非天然ジスルフィド架橋を形成可能な1つまたは複数のシステイン残基の導入を含む、態様74～76のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
78.
Cα領域が、SEQ ID NO：15に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：30に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
態様74、75、および77のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
79.
（a）アルファ鎖が、SEQ ID NO：6に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖が、SEQ ID NO：21に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含み、任意で、アルファ鎖が、SEQ ID NO：10、11、および12のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：25、26、および27のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；あるいは
（b）アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：6および21のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
態様74、75、77、および78のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
80.
Cα領域が、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：29に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
態様74、76、および77のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
81.
Cα領域が、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
Cβ領域が、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
態様74、76、および77のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
82.
1つまたは複数のシステイン残基の導入が、非システイン残基をシステイン残基で置換することを含む、態様77～81のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
83.
Cα領域が、SEQ ID NO：333～337のいずれかに示される番号付けで48位に対応する位置にまたはSEQ ID NO：338もしくは341に示される番号付けで49位に対応する位置にシステインを含む；かつ／あるいは、Cβ領域が、SEQ ID NO：339もしくは340に示される番号付けで57位に対応する位置にまたはSEQ ID NO：342もしくは343に示される番号付けで58位に対応する位置にシステインを含む、態様81～88のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
84.
（a）アルファ鎖が、SEQ ID NO：5に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖が、SEQ ID NO：20に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含み、任意で、アルファ鎖が、SEQ ID NO：10、11、および12のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：25、26、および27のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；あるいは
（b）アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：5および20のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
態様62～83のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
85.
（a）アルファ鎖が、SEQ ID NO：5に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは、ベータ鎖が、SEQ ID NO：369に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含み、任意で、アルファ鎖が、SEQ ID NO：10、11、および12のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：25、26、および27のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む；あるいは
（b）アルファおよびベータ鎖が、SEQ ID NO：5および369のアミノ酸配列をそれぞれ含む、
態様62～83のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
86.
コドン最適化されているヌクレオチド配列によってコードされる、態様1～85のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
87.
アルファおよび／またはベータ鎖が、シグナルペプチドをさらに含む、態様1～86のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
88.
単離もしくは精製された、または組換えである、態様1～87のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
89.
ヒトである、態様1～88のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
90.
モノクローナルである、態様1～89のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
91.
一本鎖である、態様1～90のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
92.
二本の鎖を含む、態様1～91のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
93.
抗原特異性が、少なくとも部分的にCD8非依存性である、態様1～92のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
94.
MHC分子が、HLA-A2分子である、態様7～37および41～61のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片。
95.
態様1～94のいずれかのTCRもしくはその抗原結合断片、またはそのアルファもしくはベータ鎖をコードする、核酸分子。
96.
ヌクレオチド配列が、コドン最適化されている、態様95の核酸分子。
97.
アルファ鎖をコードするヌクレオチド配列とベータ鎖をコードするヌクレオチド配列が、リボソームスキッピングを引き起こすペプチド配列によって隔てられている、態様95または態様96の核酸分子。
98.
リボソームスキッピングを引き起こすペプチドが、P2AもしくはT2Aペプチドであり、かつ／または、SEQ ID NO：32もしくは302に示されるアミノ酸の配列を含む、態様97の核酸分子。
99.
合成である、態様95～98のいずれかの核酸。
100.
cDNAである、態様95～99のいずれかの核酸。
101.
態様95～100のいずれかの核酸を含む、ベクター。
102.
発現ベクターである、態様101のベクター。
103.
ウイルスベクターである、態様101または態様102のベクター。
104.
ウイルスベクターが、レトロウイルスベクターである、態様103のベクター。
105.
ウイルスベクターが、レンチウイルスベクターである、態様103または態様104のベクター。
106.
レンチウイルスベクターが、HIV-1に由来する、態様105のベクター。
107.
態様95～100のいずれかの核酸分子または態様101～106のいずれかのベクターを含む、操作された細胞。
108.
態様1～94のいずれかのTCRまたはその抗原結合断片を含む、操作された細胞。
109.
TCRまたはその抗原結合断片が、前記細胞とは異種である、態様107または態様108の操作された細胞。
110.
細胞株である、態様107～109のいずれかの操作された細胞。
111.
対象から得られた初代細胞である、態様107～110のいずれかの操作された細胞。
112.
対象が、哺乳動物対象である、態様111の操作された細胞。
113.
対象が、ヒトである、態様111または態様112の操作された細胞。
114.
T細胞である、態様111～113のいずれかの操作された細胞。
115.
T細胞が、CD8+である、態様114の操作された細胞。
116.
T細胞が、CD4+である、態様114の操作された細胞。
117.
（a）TCRまたはその抗原結合断片が、ヒトアルファ定常（Cα）領域およびヒトベータ定常（Cβ）領域を含み、操作された細胞が、内因性ヒトTCRを含むまたはそれを発現する；
（b）操作された細胞が、内因性ヒトTCRアルファ鎖タンパク質および／または内因性TCRベータ鎖タンパク質を含むまたはそれを発現する；かつ／あるいは
（c）操作された細胞が、完全な内因性ヒトTCRアルファ鎖および／または完全な内因性ヒトTCRベータ鎖をコードするヌクレオチド配列を含む、
態様107～116のいずれかの操作された細胞。
118.
TCRまたはその抗原結合断片のVα領域が、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含み、かつ、TCRまたはその抗原結合断片のVβ領域が、SEQ ID NO：61、62、および63のアミノ酸配列を含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、態様107～117のいずれかの操作された細胞。
119.
TCRまたはその抗原結合断片のVα領域が、SEQ ID NO：47に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む；かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：60に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様107～118のいずれかの操作された細胞。
120.
TCRまたはその抗原結合断片のVαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：47および60のアミノ酸配列をそれぞれ含む、態様107～119のいずれかの操作された細胞。
121.
TCRまたはその抗原結合断片のCα領域が、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む；かつ／あるいは
TCRまたはその抗原結合断片のCβ領域が、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
態様107～120のいずれかの操作された細胞。
122.
T細胞受容体アルファ定常（TRAC）遺伝子および／またはT細胞受容体ベータ定常（TRBC）遺伝子の遺伝子破壊を含む、態様107～121のいずれかの操作された細胞。
123.
TRBC遺伝子が、T細胞受容体ベータ定常1（TRBC1）またはT細胞受容体ベータ定常2（TRBC2）遺伝子の一方または両方である、態様122の操作された細胞。
124.
態様84～89のいずれかのベクターを細胞内にインビトロまたはエクスビボで導入することを含む、態様107～123のいずれかの細胞を生産するための方法。
125.
ベクターが、ウイルスベクターであり、導入することが、形質導入によって実行される、態様124の方法。
126.
各々がT細胞受容体アルファ定常（TRAC）遺伝子および／またはT細胞受容体ベータ定常（TRBC）遺伝子の遺伝子破壊を独立して誘導可能である1つまたは複数の作用物質を細胞内に導入することをさらに含む、態様124または態様125の方法。
127.
遺伝子破壊を誘導可能である1つまたは複数の作用物質が、標的部位に特異的に結合するまたはハイブリダイズするDNA結合タンパク質またはDNA結合核酸を含む、態様126のいずれかの方法。
128.
遺伝子破壊を誘導可能である1つまたは複数の作用物質が、（a）DNA標的指向タンパク質およびヌクレアーゼを含む融合タンパク質または（b）RNAによってガイドされるヌクレアーゼを含む、態様127の方法。
129.
DNA標的指向タンパク質またはRNAによってガイドされるヌクレアーゼが、TRACおよび／またはTRBC遺伝子内の標的部位に特異的な、ジンクフィンガータンパク質（ZFP）、TALタンパク質、またはクラスター化して規則的な配置の短い回文配列核酸（CRISPR）関連ヌクレアーゼ（Cas）を含む、態様128の方法。
130.
1つまたは複数の作用物質が、標的部位に特異的に結合する、それを認識する、またはそれにハイブリダイズする、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）、TALエフェクターヌクレアーゼ（TALEN）、または／およびCRISPR-Cas9の組み合わせを含む、態様129の方法。
131.
1つまたは複数の作用物質の各々が、少なくとも1つの標的部位と相補的な標的指向ドメインを有するガイドRNA（gRNA）を含む、態様129または態様130の方法。
132.
1つまたは複数の作用物質が、gRNAおよびCas9タンパク質を含むリボ核タンパク質（RNP）複合体として導入される、態様131の方法。
133.
RNPが、エレクトロポレーション、パーティクルガン、リン酸カルシウムトランスフェクション、細胞圧縮または圧搾を介して導入される、態様132の方法。
134.
RNPが、エレクトロポレーションを介して導入される、態様132または態様133の方法。
135.
1つまたは複数の作用物質が、gRNAおよび／またはCas9タンパク質をコードする1つまたは複数のポリヌクレオチドとして導入される、態様131の方法。
136.
ヒトアルファ定常（Cα）領域とヒトベータ定常（Cβ）領域とを含む組換えヒトTCRを含む操作された細胞であって、内因性ヒトTCRを含むまたはそれを発現する、操作された細胞。
137.
組換えヒトTCRが、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含むVα領域、ならびにSEQ ID NO：61、62、および63のアミノ酸配列を含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含むVβ領域を含む、態様136の操作された細胞。
138.
組換えヒトTCRが、SEQ ID NO：47に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むVα領域；およびSEQ ID NO：60に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むVβ領域を含む、態様136または態様137の操作された細胞。
139.
組換えヒトTCRが、SEQ ID NO：47および60のアミノ酸配列をそれぞれ含むVα領域およびVβ領域を含む、態様136～138のいずれかの操作された細胞。
140.
組換えヒトTCRが、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含むCα領域；および／あるいは、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含むCβ領域を含む、態様136～139のいずれかの操作された細胞。
141.
態様107～123および136～140のいずれかの操作された細胞を生産するための方法であって、態様108～113のいずれかのベクターを細胞内にインビトロまたはエクスビボで導入することを含む、方法。
142.
ベクターが、ウイルスベクターであり、導入することが、形質導入によって実行される、態様141の方法。
143.
態様107～123および136～140のいずれかの操作された細胞を含む、組成物。
144.
操作された細胞が、CD4+および／またはCD8+ T細胞を含む、態様143の組成物。
145.
操作された細胞が、CD4+およびCD8+ T細胞を含む、態様144または態様145の組成物。
146.
態様115の操作されたCD8+細胞および態様116の操作されたCD4+細胞を含む、組成物。
147.
TCRまたはその抗原結合断片が、少なくとも部分的にCD8非依存性であるMHC分子に関連してHPV 16のペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識する、態様143～146のいずれかの組成物。
148.
CD8+細胞およびCD4+細胞が、同じTCRまたはその抗原結合断片で操作されており、かつ／あるいは、各々が、MHC分子に関連してHPV 16の同じペプチドエピトープに結合するまたはそれを認識するTCRまたはその抗原結合断片で操作されている、態様143～147のいずれかの組成物。
149.
薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、態様143～148のいずれかの組成物。
150.
態様107～123および136～140のいずれかの操作された細胞をHPVに関連する疾患または障害を有する対象に投与することを含む、処置の方法。
151.
態様143～149のいずれかの組成物をHPVに関連する疾患または障害を有する対象に投与することを含む、処置の方法。
152.
疾患または障害が、HPV16に関連する、態様150または態様151の方法。
153.
疾患または障害が、がんである、態様150～152のいずれかの方法。
154.
態様107～123および136～140のいずれかの操作された細胞を、がんを有する対象に投与することを含む、処置の方法。
155.
態様143～149のいずれかの組成物を、がんを有する対象に投与することを含む、処置の方法。
156.
対象が、ヒトである、態様151～155のいずれかの方法。
157.
対象においてHPVに関連する疾患または障害を処置する際に使用するための、態様143～149のいずれかの組成物。
158.
対象においてHPVに関連する疾患または障害を処置するための医薬の製造のための、態様143～149のいずれかの組成物の使用。
159.
疾患または障害が、HPV16に関連する、態様157の組成物または態様158の使用。
160.
疾患または障害が、がんである、態様157～159のいずれかの組成物または使用。
161.
対象においてがんを処置する際に使用するための、態様143～149のいずれかの組成物。
162.
対象においてがんを処置するための医薬の製造のための、態様143～149のいずれかの組成物の使用。
163.
対象が、ヒトである、態様157～162のいずれかの組成物または使用。
IX. 実施例
以下の実施例は、例証を目的としてのみ含まれ、本発明の範囲を限定する意図はない。
実施例1：ドナーからの、HPV-16 E6およびE7エピトープ特異的T細胞受容体のスクリーニングおよび選択
自己樹状細胞およびT細胞を使用したスクリーニングプロセスを実施して、MHC-I分子上に提示されかつ残存しているヒトパピローマウイルス16（HPV16）E6（29-38）もしくはE7（11-19）ペプチドに特異的に結合する抗原特異的T細胞受容体（TCR）を作製し、かつ／または、複数回の抗原刺激ラウンド後に経時的に濃縮した。クローンT細胞株を作製し、ペプチド-MHCテトラマーへの結合および細胞溶解活性について評価した。次いで、観察された結合または機能的活性を有するクローンT細胞株における個々の対になったTCRアルファおよびベータ鎖の配列を、ハイスループット対TCR配列決定を使用して単一細胞基準で決定した。
A. ヒトHPV特異的T細胞およびTCRの作製およびクローニング
簡潔に述べると、ペプチドパルスされた抗原提示細胞を末梢血単核細胞（PBMC）から作製した。具体的には、ペプチドパルスされたHLA：A02:01APCを、HPV 16 E6（29-38）ペプチド（TIHDIILECV；SEQ ID NO：268）またはE7（11-19）ペプチド（YMLDLQPET；SEQ ID NO：271）で作製した。正常なヒトドナー（または、TCR 56およびTCR 65と称される特定されたTCRの場合、HPV+頭頚部がんを有するドナー）由来の自己CD8+ T細胞を、ペプチドパルスされた細胞と複数回ラウンドにわたってインキュベートし、ペプチド負荷された自己MHCテトラマーへの結合に基づいて選択を行った。一般的には、細胞を、ペプチドパルスされた細胞の存在下で2回の刺激ラウンドに供した（2回のラウンドにわたってペプチド濃度100ng/mLが維持された）。
2回の刺激ラウンドに続いて、細胞を、フローサイトメトリーによって、それぞれ適切なテトラマーを含有するペプチド-MHCテトラマーへの結合に陽性および陰性である集団に選別した。反復刺激に続いて、ペプチド負荷された自己MHCテトラマーに染色陽性の細胞集団をフローサイトメトリーによって特定した。
B. 配列の決定
テトラマー結合に基づいて上記で選択された細胞集団を、TCRアルファおよびベータ鎖対についてハイスループット単一細胞配列決定に供した。ハイスループット単一細胞TCR配列決定を、一般的には、公開されたPCT特許出願公開番号WO2012/048340、WO2012/048341およびWO2016/044227に記載されているように実施した。配列決定法は、単一細胞液滴ならびに試料および分子バーコードを用いて、単一開始組成物中に存在する多数（例えば、数百万）の単一細胞毎にTCRアルファおよびベータ鎖配列の個々の対を単一細胞レベルで特定し、評価される様々な集団中の各TCR対の存在度を評価した。TCR対を単一細胞レベルで特定および定量する能力は、個々の陽性および陰性画分毎の様々なTCR対毎の頻度の評価を可能にし、複数回の抗原刺激ラウンドにわたるTCRの濃縮および持続を評価した。このアッセイにおいて特定されたTCR対を、ラウンド2および3後のペプチド結合画分中のそれらの存在、これらのラウンド毎の陽性画分対陰性画分中のより高い存在度、ならびに抗原への複数回の曝露ラウンド後の経時的な濃縮に基づいて選択した。
クローン化されたTCRのベータ鎖およびアルファ鎖をそれぞれコードするヌクレオチド配列を、P2Aポリペプチドをコードする配列によって隔て、ベクター、例えばレンチウイルスベクターに挿入し、標準的な方法を使用してT細胞株および初代T細胞においてTCR鎖を発現させるためにこれを使用した。アルファおよびベータ鎖中に付加されたシステインを含有するマウス定常領域を含有するようにTCRをクローニングして、操作されたジスルフィド結合を作製した。Cα領域中の残基48でThrからCysへ、Cβ領域の残基57でSerからCysへ、TCR鎖を修飾することによって非天然ジスルフィド結合を促進した（Kuball et al. (2007) Blood, 109:2331-2338を参照のこと）。レンチウイルス構築物はまた、T2Aリボソームスキップ配列をコードする配列によって組換えTCRをコードする配列から隔てられている、形質導入および発現のための代理マーカーとしての短縮型受容体をコードする配列を含有した。
C. T細胞受容体で形質導入された細胞の機能性評価
初代CD4+およびCD8+ T細胞に、選択されたTCRをコードするレンチウイルスベクター粒子で形質導入した。そのような形質導入されたT細胞を、機能的活性、例えば、抗原に特異的に結合して、ペプチド：MHCを発現する細胞に応答して溶解活性を示す能力について評価した。
CD8+およびCD4+ T細胞を正常なヒトドナーから単離し、抗CD3／抗CD28試薬で刺激し、次いで、これを、様々なTCRをコードするレンチウイルス調製物で形質導入するか、またはモック形質導入対照に供した（レンチウイルス形質導入に使用された同じ条件下で処理したが、レンチウイルスを添加しなかった細胞）。形質導入に続いて、細胞を、ヒト血清およびサイトカインを含有する培地中で培養した。
形質導入後、フローサイトメトリーによって、代理マーカーを認識した抗体、抗CD8抗体、およびHPV 16 E6（29-38）またはHPV16 E7（11-19）ペプチド-MHCテトラマー複合体での染色について細胞を評価した。例示的なE6（29-38）または例示的なE7（11-19）特異的TCRに結合することが知られている参照TCRを発現する細胞もこの研究で評価した（国際PCT公報番号WO 2015/184228に記載されている）。参照TCRは、マウス定常領域を含有する。
また、抗原発現がん細胞株を使用して、参照対照を含めたTCR形質導入初代T細胞を、標的細胞を抗原特異的な様式で溶解するそれらの能力について評価した。TCR形質導入T細胞を、扁平上皮がん細胞株UPCI：SCC152（ATCC（登録商標）CRL-3240（商標））と、10：1、5：1および2.5：1を含めた様々なエフェクター：標的（E：T）比でインキュベートした。細胞溶解活性を有するTCRを発現しなかった標的細胞との培養物（「Neg」）を陰性対照として使用した。E7（11-19）特異的TCRであるTCR49を発現するT細胞も試験した。顕微鏡検査による追跡が可能となるように、標的SCC152細胞をNucLight Red（NLR）で標識した。細胞溶解活性は、赤色蛍光シグナルによる判定（IncuCyte（登録商標）Live Cell Analysis Systemを使用、Essen Bioscience）で、2日間にわたる生存標的細胞の喪失を約48～72時間測定することによって評価された。例示的なTCR形質導入T細胞のE：T比10：1でのSCC152標的細胞に対する細胞溶解活性を図1に示す。TCR 57発現T細胞の評価されたE：T比10：1（高）、5：1（中）および2.5：1（低）の各々での細胞溶解活性を、同じペプチドエピトープに結合することが知られている参照TCRと比較して図2に示す。示すように、TCR 57発現T細胞は、評価された最低のE：T比であっても顕著な細胞溶解活性を示した。
例示的な特定されたTCRについての結合および細胞溶解活性の研究結果を表E1にまとめる。3列目および4列目は、フローサイトメトリーにおける、E7（11-19）特異的テトラマー染色に陽性のCD8+細胞およびCD8-細胞（CD4+細胞）の割合を示す。5列目および6列目は、フローサイトメトリーにおける、E6（29-38）特異的テトラマー染色に陽性のCD8+細胞およびCD8-細胞（CD4+細胞）の割合を示す。示すように、TCR 57は、CD8依存的結合を示した。表の7列目は、3列目～6列目の関係するペプチドへの結合活性をまとめており、初代T細胞によって発現されるTCRがHLA：A02:01に関連してペプチドに特異的に結合する能力を示している。8列目に示すように、4つのTCR発現T細胞（TCR 56、TCR 57、TCR63およびTCR64）、および参照対照のTCR発現T細胞が、HLA-A02:01に関連して関係するHPV16由来ペプチドを提示する標的細胞に対して溶解活性を示すことが観察された。興味深いことに、このアッセイにおける溶解活性は、フローサイトメトリーによる測定でテトラマーへの検出可能な結合を示さなかったTCR発現細胞について観察された。
（表Ｅ１）HPV 16 E6（29-38）特異的TCRのアミノ酸およびヌクレオチド配列
Figure 0007410868000013
D. 例示的な特定されたTCR
また、特定されたTCRを、ヒト定常鎖を含有する完全ヒトフォーマットで再フォーマットした。マウス定常領域配列と同様に、Cα領域中の残基48でThrからCysへ、Cβ領域の残基57でSerからCysへ、TCR鎖を修飾することによって、TCR定常ドメイン間の界面で非天然ジスルフィド結合の形成を促進してTCRの対合および安定性を増加させる変異を含めた（Kuball et al. (2007) Blood, 109:2331-2338を参照のこと）。
表E2は、上記の方法を使用して単離、評価および配列決定された例示的なE6（29-38）およびE7（11-19）特異的TCRを列記する。アルファ鎖およびベータ鎖のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列について、ならびにヒトまたはマウスのいずれかの定常領域配列を有する配列識別子（SEQ ID NO：）が示される。表はまた、リボソームスキップP2A配列（SEQ ID NO：31に示されるヌクレオチドによってコードされるSEQ ID NO：32に示されるP2Aリンカー）（「ベータ-P2A-アルファ」と称される）をコードする配列によって隔てられている、各々それぞれのTCRのベータ鎖およびアルファ鎖の配列を含有する例示的な完全長のコードされたアミノ酸配列に対応する配列識別子（SEQ ID NO）も列記する。いくつかの場合に、TCR 57および／または他のTCRを、SEQ ID NO：350に示されるヒトベータ定常領域で代わりにフォーマットした。
（表Ｅ２）HPV TCRのアミノ酸およびヌクレオチド配列
Figure 0007410868000014
いくつかの場合に、上記のように作製されたTCRをコードするヌクレオチド配列をコドン最適化によって修飾した。各TCRの修飾型についての、生じた修飾されたヌクレオチド配列および対応するコードされたアミノ酸配列の対応するSEQ ID NOを表E3に示す。上記のように修飾された個々のTCRについて、P2Aポリペプチドをコードする配列によって隔てられた、クローン化されたTCRのベータ鎖およびアルファ鎖の可変領域をコードする修飾されたヌクレオチド配列を含有した構築物を作製し、これも表に提供する。
（表Ｅ３）TCRについてのコドン最適化ヌクレオチド配列
Figure 0007410868000015
実施例2：例示的な組換えT細胞受容体（TCR）の発現および活性の評価
例示的なTCR 57（実施例1Dに記載したようなシステイン修飾を有するヒト定常領域がSEQ ID NO：350に示されるヒトベータ定常領域でフォーマットされており、その中で、TCRα鎖をコードする配列とTCRβ鎖をコードする配列は、2Aリボソームスキップエレメントによって隔てられている）をコードするポリヌクレオチドを、例示的なHIV-1由来レンチウイルスベクターに組み込んだ。生じたベクター、ヘルパープラスミド（gagpolプラスミドおよびrevプラスミドを含有する）および偽型プラスミドをHEK-293T細胞に一過性にトランスフェクトすることによる標準的な手順によって偽型のレンチウイルスベクター粒子を生産し、これを使用して細胞を形質導入した。
5人の独立したドナーから免疫親和性に基づく方法によって初代ヒトCD4+およびCD8+ T細胞を単離した。単離されたCD8+およびCD4+ T細胞を抗CD3／抗CD28試薬で別々に刺激し、次いで、TCRをコードするレンチウイルスベクターで別々に形質導入した。対照として、細胞に、参照E7（11-19）特異的TCR（マウス定常領域を含有する；国際PCT公報番号WO 2015/184228）をコードするレンチウイルスベクターで形質導入した。形質導入に続いて、細胞を、ヒト血清およびサイトカインを含有する培地中で培養した。細胞溶解活性およびサイトカインの産生を誘導する能力について細胞を評価した。
A. 参照TCR
この研究のために、E7（11-19）に結合して、それに応答して活性を示し、かつ、マウス定常領域を含む、参照E7（11-19）特異的TCR（国際PCT公報番号WO 2015/184228）と活性の比較を行った。ヒト定常領域を含有するTCRに含まれるときに参照TCRの抗原結合領域がE7（11-19）抗原特異的活性を示すか否かを評価するために、参照TCRのアルファ鎖およびベータ鎖をそれぞれ完全ヒトアルファ鎖およびベータ鎖定常領域と置き換えた。使用されるヒト定常領域は、上記のような、Cα領域中の残基48にThrからCysへの変異、およびCβ領域の残基57にSerからCysへの変異を含んだ（Kuball et al. (2007) Blood, 109:2331-2338を参照のこと）。初代ヒトCD8+ T細胞を、参照TCR可変領域およびマウス定常領域またはヒト定常領域のいずれかを含有するTCRをコードするレンチウイルスベクター粒子で形質導入するか、またはモック形質導入対照に供した（レンチウイルス形質導入に使用された同じ条件下で処理したが、レンチウイルスを添加しなかった細胞）。
抗原発現がん細胞株を使用して、参照TCR可変領域を含有するTCR形質導入初代ヒトT細胞を、標的細胞を抗原特異的な様式で溶解するそれらの能力について評価した。TCR形質導入T細胞を、扁平上皮がん細胞株UPCI：SCC152（ATCC（登録商標）CRL-3240（商標））と、エフェクター：標的（E：T）比5：1でインキュベートした。顕微鏡検査による追跡が可能となるように、標的SCC152細胞をNucLight Red（NLR）で標識した。細胞溶解活性は、赤色蛍光シグナルによる判定（IncuCyte（登録商標）Live Cell Analysis Systemを使用、Essen Bioscience）で、2日間にわたる生存標的細胞の喪失を約46時間測定することによって評価された。図3に示すように、参照TCR可変領域を含むTCRを発現するT細胞は、そのようなTCRがマウス定常領域を含んだときに細胞溶解活性を示したが、そのようなTCRがヒト定常領域を含んだときには細胞溶解活性を示さなかった。結果は、ヒトT細胞において発現されたとき、参照TCRの可変領域を含む組換えTCRの発現、活性および／または機能に及ぼす内因性ヒトTCR鎖の負の影響と一致し、そのような影響は、参照TCR可変領域と組み合わせたマウス定常領域の包含によって軽減され得る（国際PCT公報番号WO 2015/184228）。
B. 細胞溶解活性およびサイトカイン産生
TCR 57（ヒト定常領域を含有する）または上記実施例2Aに記載の参照TCR（マウス定常領域を含有する）を発現するように個々に操作された初代ヒトCD8+ T細胞および初代ヒトCD4+ T細胞を抗原特異的活性について評価した。それぞれの組換えTCRを発現する細胞（エフェクター細胞）を、NucLight Red（NLR）で標識したHPV 16 E7を発現する標的細胞と培養した。標識された標的細胞の喪失を、共培養後2時間毎に48時間測定することによって、標的細胞を抗原特異的に溶解するT細胞の能力を評価した。死滅割合(%)についての曲線下面積（AUC）を計算した。上記の標的細胞との共培養の48時間後に収集した上清のインターフェロン-ガンマ（IFNγ）をELISAによって測定することによって、サイトカイン産生を評価した。参照TCR発現T細胞との比較ために、参照TCR発現T細胞（CD8+またはCD4+）の死滅のAUCおよびサイトカイン産生をTCR 57発現T細胞（CD8+またはCD4+）によって観察された死滅に対して正規化し、変化倍率を判定した。
TCR発現CD8+ T細胞についての結果を図4Aに示し、TCR発現CD4+ T細胞についての結果を図4Bに示す。示すように、TCR 57発現CD8+ T細胞およびTCR 57発現CD4+ T細胞は、標的細胞に対する細胞溶解活性および抗原特異的サイトカイン産生を示した。結果は、参照TCR（マウス定常領域を含有する）発現T細胞について観察された活性と少なくとも同等であった。CD4+ T細胞において観察された活性は、TCR 57またはその抗原結合領域を有するTCRを発現する細胞がCD8依存性的に抗原特異的活性を示す能力と一致する。その上、結果は、参照TCRの可変領域とは異なり、TCR 57の抗原結合領域を有しかつヒト定常領域を含む組換えTCRを発現するヒトT細胞は、ヒトT細胞においてそのような活性を示すことができたことを実証する。これらの結果は、TCR 57の可変領域を含有する組換えTCRの能力が、内因性ヒトTCR鎖の存在による負の影響を、参照TCRの可変領域などの他の可変領域を含有するTCRについて観察された程度までは受けない可能性があるという知見と一致する。いくつかの態様では、ヒト細胞において発現されたときに本明細書に提供されるTCRが内因性ヒトTCR鎖によりあまり影響を受けない能力、またはそのような細胞が内因性TCR鎖の存在下で活性を維持する能力は、提供されるTCRが、CD3シグナル伝達成分などのシグナル伝達成分に対して内因性TCRとより良好に競合することができることに起因し得る。そのような能力は、いくつかの態様では、配列特異的特性などの、TCRの（例えば、TCRの可変領域および／または抗原結合領域の）1つまたは複数の特性によって付与され得る。
実施例3：組換えT細胞受容体（TCR）を発現するように操作されたT細胞の、マウスにおけるインビボ抗腫瘍効果の評価
TCR 57の可変領域を含有する組換えTCR（SEQ ID NO：350に示されるヒトベータ定常領域と共に実施例1Dに記載したようなシステイン修飾を有するヒト定常領域を含有し、その中で、TCRα鎖をコードする配列とTCRβ鎖をコードする配列は、2Aリボソームスキップエレメントによって隔てられている）を発現する初代ヒトCD4+および初代ヒトCD8+ T細胞の抗腫瘍活性を、操作された細胞の、マウス腫瘍モデルへの投与によってインビボで評価した。これらの細胞の抗腫瘍活性を、E7（11-19）参照TCR（上記実施例2Aに記載されるマウス定常領域を含有する；国際PCT公報番号WO 2015/184228）を発現するように操作されたヒトT細胞の活性と比較した。雌のNOD/SCID/IL-2Rγnull（NSG）マウスへの、扁平上皮がん細胞株UPCI:SCC152（ATCC（登録商標）CRL-3240（商標））細胞の皮下注射によって、マウス腫瘍モデルを作製した。注射のおよそ3週間後（腫瘍担持マウスが約150mm3の平均腫瘍体積を示した時点）、マウスを複数の群に段階分けした（n=7匹のマウス／群）。各群のマウスに、3×106個または1.5×106個のいずれかのTCR発現細胞を静脈内投与した。この研究では、操作された細胞の投与の80日後まで、平均腫瘍体積を週2回評価した。
結果を図5A（平均腫瘍体積）および図5B（1群当たりの個々のマウスの腫瘍体積）に示す。組換えTCR 57を発現する初代ヒトT細胞は、このモデルにおいて抗腫瘍活性を示したが、この活性は、この研究にて両被験細胞用量で評価された最後の時点である少なくとも80日目を終えて腫瘍体積が実質的に完全に低下したことによって明らかなように、マウス定常領域を含有する組換え参照TCRを発現する細胞と少なくとも同程度であった。結果は、TCR 57の抗原結合領域を有しかつヒト定常領域を含有するTCRを発現するように操作されたT細胞が、内因性ヒトTCRの存在下で大幅な抗腫瘍活性を示すことができるという観察と一致する。
実施例4：例示的な組換えT細胞受容体（TCR）の発現の参照TCRと比較した評価
例示的な抗ヒトパピローマウイルス16（HPV16）E7（11-19）T細胞受容体（TCR）の細胞表面発現を評価し、参照抗HPV16 TCRの細胞表面発現と比較した。
独立したドナーから免疫親和性に基づく方法によって初代ヒトCD4+およびCD8+ T細胞を単離し、抗CD3／抗CD28試薬で刺激し、次いで、例示的なTCR（TCR 57由来の可変領域、およびSEQ ID NO：350に示されるヒトベータ定常領域と共に実施例1Dに記載したようなシステイン修飾を有するヒト定常領域を含有し、その中で、TCRα鎖をコードする配列とTCRβ鎖をコードする配列は、2Aリボソームスキップエレメントによって隔てられている）をコードするレンチウイルスベクターで、一般的には上記実施例2に記載したように形質導入した。対照として、細胞に、参照E7（11-19）特異的TCR（上記実施例2Aに記載のマウス定常領域を含有する）をコードするレンチウイルスベクターで形質導入した。形質導入および培養後、抗Vベータ2抗体（TCR 57に対する）または抗Vベータ22抗体（参照TCRに対する）、HPV16 E7（11-19）-ペプチド-MHCテトラマー複合体、および抗CD8抗体での染色によって、組換えTCRの細胞表面発現およびCD8依存性についてフローサイトメトリーによって細胞を評価した。
図6A～6Bに示すように、例示的なTCR（TCR 57由来の可変領域およびヒト定常領域を含有する）が細胞の表面に発現され、E7（11-19）ペプチド-MHCテトラマー複合体に、マウス定常領域を含有する参照TCRと同程度のレベルで結合した。3人以上の独立したドナー由来の細胞を使用して、平均で、形質導入細胞のおよそ50～60％がTCRの細胞表面発現を示した。結果は、内因性ヒトTCR鎖の存在下であっても、例示的なTCRを発現するCD4+およびCD8+細胞の高レベル発現および特異的テトラマー結合を示した。
実施例5：例示的な組換えT細胞受容体（TCR）の活性の参照TCRと比較した評価
例示的な抗ヒトパピローマウイルス16（HPV16）E7（11-19）T細胞受容体（TCR）の細胞溶解活性およびサイトカイン分泌を評価し、参照抗HPV16 TCRの細胞溶解活性およびサイトカイン分泌と比較した。
TCR 57または対照としての参照TCRを発現するように操作された3人の独立したドナー由来の初代ヒトCD4+およびCD8+ T細胞（上記実施例3および4に記載）を、抗原特異的細胞溶解活性およびサイトカイン産生について評価した。例示的なTCRを発現する細胞（エフェクター細胞）を、NucLight Red（NLR）で標識した様々な標的細胞：HPV16 E7を発現するK562ヒト慢性骨髄性白血病（CML）細胞（ATCC（登録商標）CCL-243（商標））、HPV 16 E7を発現するUPCI:SCC152ヒト扁平上皮がん（ATCC（登録商標）CRL-3240（商標））細胞、UPCI:SCC090ヒト扁平上皮がん（ATCC（登録商標）CRL-3239（商標））細胞またはCaSkiヒト類表皮がん（ATCC（登録商標）CRL-1550（商標））細胞と、エフェクター：標的（E：T）比1：25：1、2.5：1、5：1または10：1で培養した。赤色蛍光シグナルによる判定（IncuCyte（登録商標）Live Cell Analysis Systemを使用、Essen Bioscience）で、標識された標的細胞の喪失を測定することによって、標的細胞を抗原特異的に溶解するT細胞の能力を評価した。死滅割合(%)についての曲線下面積（AUC）を計算し、結果をモック対照のAUCに対して正規化した。インターフェロン-ガンマ（IFNγ）、腫瘍壊死因子アルファ（TNFα）およびインターロイキン-2（IL-2）を、一般的には、上記実施例2Bに記載したように測定することによって、サイトカイン産生を評価した。対照として、HPV16 E6（非特異的抗原）を発現するK562細胞、またはHPV16 E7を発現するがHLA-A02:01を発現しないSiHa扁平上皮がん細胞（ATCC（登録商標）HTB-35（商標））と培養した後の細胞溶解活性およびサイトカイン産生も評価した。
図7A～7Dに示すように、例示的な抗HPV16 E7 TCRであるTCR 57を発現するCD8+ T細胞（図7A～7C）およびCD4+ T細胞（図7Bおよび7D）は共に、試験した様々なE：T比で、マウス定常領域を含有する参照TCRを発現する細胞と同程度まで、様々な標的細胞の抗原特異的細胞傷害性を示した。図7Eに示すように、CD8+ T細胞およびCD4+ T細胞は共に、HPV16 E7を発現する様々なタイプの標的細胞と共培養した後、一般的にはマウス定常領域を含有する参照TCRを発現する細胞と同程度まで、IFNγを産生した。TNFαおよびIL-2の産生についても類似の結果が観察された。
結果は、低いE：T比を含め、TCR 57（ヒト定常領域を含有する）を発現するように操作されたT細胞による抗原特異的およびHLAサブタイプ特異的な細胞溶解活性ならびにサイトカイン産生と一致しており、このことは、例示的なTCRの強力な活性を示している。結果はまた、CD8+ T細胞を助けるためにサイトカインを産生することに加えて、操作されたCD4+細胞それ自体が細胞溶解活性に寄与し得ることも示した。
実施例6：例示的な組換えT細胞受容体（TCR）を発現するように操作されたCD4+またはCD8+ T細胞のマウスにおけるインビボ抗腫瘍効果の評価
システイン修飾を有する例示的なTCR（TCR 57の可変領域、およびSEQ ID NO：350に示されるヒトベータ定常領域と共に実施例1Dに記載したようなシステイン修飾を有するヒト定常領域を含有し、その中で、TCRα鎖をコードする配列とTCRβ鎖をコードする配列は、2Aリボソームスキップエレメントによって隔てられている）を発現するように操作されたヒトドナー由来のCD4+およびCD8+初代T細胞の抗腫瘍活性を、操作された細胞のSCC152腫瘍異種移植マウスモデルへの投与によって、一般的には以下の例外を加えて、上記実施例3に記載したようにインビボで評価した：3×106個の操作されたCD8+細胞のみまたは3×106個の操作されたCD4+細胞のみをマウス1匹毎に投与した。操作された細胞の投与の80日後まで平均腫瘍体積を評価し、腫瘍異種移植のみを受けたマウス（腫瘍のみ）またはモック形質導入されたT細胞を受けたマウス（モック）における平均腫瘍体積と比較した。
図8に示すように、例示的なTCR（TCR 57由来の可変領域およびヒト定常領域を含有する）を発現するように操作された初代ヒトCD4+細胞のみまたは操作された初代ヒトCD8+細胞のみが投与されたマウスはいずれも、腫瘍体積の実質的に完全な低下を示した。結果は、CD4+細胞およびCD8+細胞が共にマウスにおける抗腫瘍活性に寄与するという観察と一致した。
実施例7：例示的な組換えT細胞受容体（TCR）の標的特異性の評価
例示的な抗HPV16 E7（11-19）TCRの標的結合特異性およびヒト白血球抗原（HLA）サブタイプ特異性を評価した。
A. ペプチドスキャニング
合成ペプチドスキャニングライブラリーを作製して、例示的な抗HPV16 E7（11-19）TCR（TCR 57由来の可変領域、およびSEQ ID NO：350に示されるヒトベータ定常領域と共に実施例1Dに記載したようなシステイン修飾を有するヒト定常領域を含有し、その中で、TCRα鎖をコードする配列とTCRβ鎖をコードする配列は、2Aリボソームスキップエレメントによって隔てられている）が結合するエピトープの結合モチーフを評価した。20個のアミノ酸すべてがHPV16 E7（11-19）の9個すべてのペプチド位置（YMLDLQPET；SEQ ID NO：271）に存在する、180個のメンバーのペプチドライブラリーを合成した。抗原提示のために、主要組織適合性複合体（MHC）タイプHLA-A02:01を発現しかつ内因性ペプチドを欠いているT2（174×CEM.T2）リンパ芽球（ATCC（登録商標）CRL-1992（商標））細胞を、ライブラリー中の合成ペプチドでパルスした。ペプチドパルスされたT2細胞を、TCR 57を発現しかつT細胞受容体からのシグナルの活性化によって誘導される発光レポーターを含有するJurkat Tレポーター細胞株と共培養し、発光を評価した。
レポーターアッセイの結果は、E7（11-19）ペプチドの各位置にある潜在的に許容される残基を特定し、それを以下の表E4に示す。
（表Ｅ４）E7（11-19）ペプチドの各位置にある許容残基
Figure 0007410868000016
内因性ヒトタンパク質中に存在し得る許容モチーフについてヒトゲノムを検索した。22個の候補ペプチドを特定し、これらをT2細胞に対してパルスし、上記のJurkatレポーターを使用して評価した。2個のペプチド（ペプチドAおよびペプチドB）は、このアッセイを使用して発光シグナルを示した。2個のペプチドを、TCR 57への結合について、ペプチドタイトレーションアッセイ、および免疫エピトープデータベース（IEDB）を使用したHLA-A02:01への親和性についてのインシリコ解析によって評価した。
図9に示すように、TCR 57は、ペプチドAおよびペプチドBに対するその感受性と比較して、HPV16 E7（11-19）ペプチドに対してより大きな感受性を示した。ペプチドAは、インシリコ解析による判定でHLA-A02:01に対して比較的高い親和性を示したが、ペプチドBは示さなかった。
また、TCR 57を発現する操作されたレポーターT細胞も、活性化シグナル（発光レポーターを介した）、およびペプチドAまたはペプチドBを含有するタンパク質を内因性発現することが知られている標的細胞（B細胞およびT細胞）に対する細胞溶解活性について評価した。結果は、TCR 57が、活性化も、ペプチドAまたはペプチドBを内因性発現する細胞（B細胞およびT細胞）に対する細胞溶解活性も示さなかったことを示した。
B. HLAサブタイプ特異性
例示的なTCR（SEQ ID NO：350に示されるヒトベータ定常領域と共に実施例1Dに記載したようなシステイン修飾を有する、TCR 57由来の可変領域を含有し、その中で、TCRα鎖をコードする配列とTCRβ鎖をコードする配列は、2Aリボソームスキップエレメントによって隔てられている）によって認識されるヒト白血球抗原（HLA）サブタイプの特異性を、様々な共通HLAアレルを発現するBリンパ芽球様細胞株（BLCL）の一団を使用して評価した。北米系人種において最も一般的なHLAアレルの95％を占める、95を超える異なるHLA-Aアレル、BアレルまたはCアレルを発現する70を超えるBLCLの一団は、内因性ペプチドを表示したか、またはE7（11-19）ペプチドでパルスし、上記のTCR57を発現するJurkat Tレポーター細胞株と共培養した。
結果は、TCR 57だけが、HLA-A02:01を発現するE7（11-19）ペプチドパルスされた細胞に対して活性を示したことを示した。他の被験HLAサブタイプ全体にわたって同種反応性は観察されなかった。
結果は、例示的なTCR（TCR 57由来の可変領域を含有する）が大幅なオフターゲット活性も、異なるHLAサブタイプに対する反応性も示さないという観察と一致した。結果は、例示的なTCRが、HPV 16 E7（11-19）ペプチドに対して特異的かつ高感受性の活性、および低下したまたは低リスクのオフターゲット活性を示したことを示した。
本発明は、例えば本発明の様々な局面を例証するために提供されている特定の開示した態様に、範囲が限定されることを意図していない。本明細書の説明および教示から記載の組成物および方法への様々な改変が明らかであろう。そのような変形は、本開示の真の範囲および主旨から逸脱することなく実施されてよく、これらが本開示の範囲内にあると意図される。
配列表
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Claims (32)

  1. 可変アルファ（Vα）領域を含むアルファ鎖と可変ベータ（Vβ）領域を含むベータ鎖とを含む、抗HPV 16 E7 T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片であって、
    Vα領域が、SEQ ID NO：48、49および50のアミノ酸配列をそれぞれ含む相補性決定領域1（CDR-1）、相補性決定領域2（CDR-2）、および相補性決定領域3（CDR-3）を含み、かつ、Vβ領域が、SEQ ID NO：61、62および63のアミノ酸配列をそれぞれ含むCDR-1、CDR-2、およびCDR-3を含む、
    抗HPV 16 E7 T細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片。
  2. Vα領域が、SEQ ID NO：47に示されるアミノ酸配列、もしくはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、かつ
    Vβ領域が、SEQ ID NO：60に示されるアミノ酸配列、もしくはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
    請求項1記載のT細胞受容体（TCR）またはその抗原結合断片。
  3. TCRまたはその抗原結合断片が、MHC分子に関連してヒトパピローマウイルス（HPV）16 E7のペプチドエピトープに結合しまたはそれを認識し、
    ペプチドエピトープが、E7（11-19）YMLDLQPET（SEQ ID NO：271）であるまたはそれを含む、
    請求項1または2記載TCRまたはその抗原結合断片。
  4. VαおよびVβ領域が、SEQ ID NO：47および60のアミノ酸配列をそれぞれ含む、請求項1～3のいずれか一項記載のTCRまたはその抗原結合断片。
  5. アルファ鎖が、アルファ定常（Cα）領域をさらに含み、かつ／または、ベータ鎖が、ベータ定常（Cβ）領域をさらに含む、請求項1～4のいずれか一項記載のTCRまたはその抗原結合断片。
  6. CαおよびCβ領域が、マウス定常領域である、請求項5記載のTCRまたはその抗原結合断片。
  7. CαおよびCβ領域が、ヒト定常領域である、請求項5記載のTCRまたはその抗原結合断片。
  8. Cαおよび／またはCβ領域が、アルファ鎖とベータ鎖との間に1つまたは複数の非天然ジスルフィド架橋を形成可能な1つまたは複数のシステイン残基の導入を含む、請求項5～7のいずれか一項記載のTCRまたはその抗原結合断片。
  9. アルファ鎖が、SEQ ID NO：43に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：359に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、請求項1～8のいずれか一項記載のTCRまたはその抗原結合断片。
  10. Cα領域が、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含み、かつ
    Cβ領域が、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも90％の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む、
    請求項5および7～9のいずれか一項記載のTCRまたはその抗原結合断片。
  11. Cα領域が、SEQ ID NO：14に示されるアミノ酸配列を含み；かつ
    Cβ領域が、SEQ ID NO：350に示されるアミノ酸配列を含む、
    請求項5および7～10のいずれか一項記載のTCRまたはその抗原結合断片。
  12. アルファ鎖が、SEQ ID NO：43に示されるアミノ酸配列を含み、かつ、ベータ鎖が、SEQ ID NO：359に示されるアミノ酸配列を含む、請求項1～5および7～11のいずれか一項記載のTCRまたはその抗原結合断片。
  13. TCRが、SEQ ID NO: 362に示される配列、またはそれと少なくとも90%の配列同一性を有する配列をコードするポリヌクレオチドによってコードされている、請求項1～11のいずれか一項記載のTCRまたはその抗原結合断片。
  14. TCRが、SEQ ID NO: 362に示される配列をコードするポリヌクレオチドによってコードされている、請求項1～13のいずれか一項記載のTCRまたはその抗原結合断片。
  15. ヒトのTCRまたはその抗原結合断片である、請求項1～5および7～14のいずれか一項記載のTCRまたはその抗原結合断片。
  16. 抗原特異性が、少なくとも部分的にCD8非依存性である、請求項1～15のいずれか一項記載のTCRまたはその抗原結合断片。
  17. 請求項1～16のいずれか一項記載のTCRもしくはその抗原結合断片をコードする、核酸分子。
  18. SEQ ID NO:362に示される配列、またはSEQ ID NO:362と少なくとも90％の配列同一性を有する配列を含むポリペプチドをコードする、請求項17記載の核酸分子。
  19. 請求項17または18記載の核酸分子を含む、ベクター。
  20. 請求項1～16のいずれか一項記載のTCRまたはその抗原結合断片、請求項17もしくは18記載の核酸分子、または請求項19記載のベクターを含む、操作された細胞。
  21. T細胞である、請求項20記載の操作された細胞。
  22. T細胞受容体アルファ定常（TRAC）遺伝子および／またはT細胞受容体ベータ定常（TRBC）遺伝子の遺伝子破壊を含む、請求項20または21記載の操作された細胞。
  23. 遺伝子破壊が、T細胞受容体アルファ定常（TRAC）遺伝子の破壊を含む、請求項22記載の操作された細胞。
  24. 請求項20～23のいずれか一項記載の操作された細胞を生産するための方法であって、請求項19記載のベクターを細胞内にインビトロまたはエクスビボで導入することを含む、方法。
  25. 請求項20～23のいずれか一項記載の操作された細胞を含む、組成物。
  26. 操作された細胞が、CD4+および／またはCD8+ T細胞を含む、請求項25記載の組成物。
  27. 操作された細胞が、CD4+およびCD8+ T細胞を含む、請求項25または26記載の組成物。
  28. 薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、請求項25～27のいずれか一項記載の組成物。
  29. 対象においてHPVに関連する疾患または障害を処置するための医薬として使用するための、請求項25～28のいずれか一項記載の組成物。
  30. 対象においてHPVに関連する疾患または障害を処置するための医薬の製造のための、請求項25～28のいずれか一項記載の組成物の使用。
  31. 疾患または障害が、がんである、請求項29記載の組成物。
  32. 疾患または障害が、がんである、請求項30記載の使用。
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Families Citing this family (19)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3519433A1 (en) 2016-10-03 2019-08-07 Juno Therapeutics, Inc. Hpv-specific binding molecules
SG11202002728VA (en) 2017-10-03 2020-04-29 Juno Therapeutics Inc Hpv-specific binding molecules
MA52193A (fr) 2018-04-05 2021-02-17 Juno Therapeutics Inc Récepteurs de lymphocytes t et cellules modifiées les exprimant
EP3810780A1 (en) * 2018-06-22 2021-04-28 Kite Pharma Eu B.V. Compositions and methods for making engineered t cells
CN112469733B (zh) * 2018-07-12 2022-04-19 深圳华大生命科学研究院 Mart-1(27-35)表位特异性t细胞受体
CN113321726A (zh) * 2020-02-28 2021-08-31 香雪生命科学技术（广东）有限公司 一种识别hpv的t细胞受体
JP2023518578A (ja) * 2020-03-23 2023-05-02 ザ・カウンシル・オヴ・ザ・クイーンズランド・インスティテュート・オヴ・メディカル・リサーチ Ｈｐｖ感染細胞を標的とするための組成物及び方法
CN113512124A (zh) * 2020-04-10 2021-10-19 香雪生命科学技术（广东）有限公司 一种识别hpv16的高亲和力tcr
CA3186594A1 (en) * 2020-06-09 2021-12-16 Board Of Regents, The University Of Texas System Engineered t cell receptors and methods of use
WO2022060904A1 (en) 2020-09-16 2022-03-24 Obsidian Therapeutics, Inc. Compositions and methods for expression of t-cell receptors with small molecule-regulated cd40l in t cells
WO2022155375A2 (en) * 2021-01-13 2022-07-21 Washington University MHC-INDEPENDENT TCRs AND METHODS OF MAKING AND USING SAME
CN114853878A (zh) * 2021-02-03 2022-08-05 香雪生命科学技术（广东）有限公司 一种针对hpv的高亲和力tcr
JP2024509853A (ja) 2021-03-03 2024-03-05 ジュノー セラピューティクス インコーポレイテッド Ｔ細胞療法およびｄｇｋ阻害剤の組合せ
EP4322971A1 (en) * 2021-04-14 2024-02-21 Tscan Therapeutics, Inc. Binding proteins recognizing ha-2 antigen and uses thereof
WO2023288271A1 (en) * 2021-07-14 2023-01-19 Emory University T cell receptors (tcr) to human papillomavirus proteins, compositions, and uses thereof
WO2023081900A1 (en) 2021-11-08 2023-05-11 Juno Therapeutics, Inc. Engineered t cells expressing a recombinant t cell receptor (tcr) and related systems and methods
WO2023133296A2 (en) * 2022-01-07 2023-07-13 Sorrento Therapeutics, Inc. Engineered pd-l1-targeting gamma delta t cell receptors
WO2023196884A1 (en) 2022-04-06 2023-10-12 Juno Therapeutics, Inc. Detection assay for human papillomavirus (hpv) type 16 (hpv-16)
WO2024054944A1 (en) 2022-09-08 2024-03-14 Juno Therapeutics, Inc. Combination of a t cell therapy and continuous or intermittent dgk inhibitor dosing

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2016527730A (ja) 2014-07-11 2016-09-08 インテル・コーポレーション 屈曲可能で伸縮自在な電子デバイスおよびその製造方法
JP2016527230A (ja) 2013-07-15 2016-09-08 アメリカ合衆国 抗ヒトパピローマウイルス１６ ｅ６ ｔ細胞受容体
JP2017524372A (ja) 2014-05-29 2017-08-31 アメリカ合衆国 抗ヒトパピローマウイルス１６ ｅ７ ｔ細胞受容体
JP2018500006A5 (ja) 2015-10-15 2018-11-22

Family Cites Families (153)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4235871A (en) 1978-02-24 1980-11-25 Papahadjopoulos Demetrios P Method of encapsulating biologically active materials in lipid vesicles
US4452773A (en) 1982-04-05 1984-06-05 Canadian Patents And Development Limited Magnetic iron-dextran microspheres
US4501728A (en) 1983-01-06 1985-02-26 Technology Unlimited, Inc. Masking of liposomes from RES recognition
US5019369A (en) 1984-10-22 1991-05-28 Vestar, Inc. Method of targeting tumors in humans
US4690915A (en) 1985-08-08 1987-09-01 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Adoptive immunotherapy as a treatment modality in humans
US4795698A (en) 1985-10-04 1989-01-03 Immunicon Corporation Magnetic-polymer particles
US4777239A (en) 1986-07-10 1988-10-11 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Diagnostic peptides of human papilloma virus
IN165717B (ja) 1986-08-07 1989-12-23 Battelle Memorial Institute
US4837028A (en) 1986-12-24 1989-06-06 Liposome Technology, Inc. Liposomes with enhanced circulation time
US5219740A (en) 1987-02-13 1993-06-15 Fred Hutchinson Cancer Research Center Retroviral gene transfer into diploid fibroblasts for gene therapy
ES2067018T3 (es) 1988-12-28 1995-03-16 Stefan Miltenyi Procedimiento y materiales para la separacion en alto gradiente magnetico de materiales biologicos.
US5283173A (en) 1990-01-24 1994-02-01 The Research Foundation Of State University Of New York System to detect protein-protein interactions
US5200084A (en) 1990-09-26 1993-04-06 Immunicon Corporation Apparatus and methods for magnetic separation
WO1992008796A1 (en) 1990-11-13 1992-05-29 Immunex Corporation Bifunctional selectable fusion genes
DE4228458A1 (de) 1992-08-27 1994-06-01 Beiersdorf Ag Multicistronische Expressionseinheiten und deren Verwendung
JPH09500783A (ja) 1993-05-21 1997-01-28 ターゲッティッド ジェネティクス コーポレイション シトシンデアミナーゼ（ｃｄ）遺伝子に基づく二機能性選択融合遺伝子
WO1995019431A1 (en) 1994-01-18 1995-07-20 The Scripps Research Institute Zinc finger protein derivatives and methods therefor
US6140466A (en) 1994-01-18 2000-10-31 The Scripps Research Institute Zinc finger protein derivatives and methods therefor
JP4118327B2 (ja) 1994-08-20 2008-07-16 ゲンダック・リミテッド Ｄｎａ認識のための結合タンパク質におけるまたはそれに関連する改良
US5827642A (en) 1994-08-31 1998-10-27 Fred Hutchinson Cancer Research Center Rapid expansion method ("REM") for in vitro propagation of T lymphocytes
WO1996013593A2 (en) 1994-10-26 1996-05-09 Procept, Inc. Soluble single chain t cell receptors
WO1996018105A1 (en) 1994-12-06 1996-06-13 The President And Fellows Of Harvard College Single chain t-cell receptor
US5789538A (en) 1995-02-03 1998-08-04 Massachusetts Institute Of Technology Zinc finger proteins with high affinity new DNA binding specificities
GB9603256D0 (en) 1996-02-16 1996-04-17 Wellcome Found Antibodies
DE19608753C1 (de) 1996-03-06 1997-06-26 Medigene Gmbh Transduktionssystem und seine Verwendung
US6451995B1 (en) 1996-03-20 2002-09-17 Sloan-Kettering Institute For Cancer Research Single chain FV polynucleotide or peptide constructs of anti-ganglioside GD2 antibodies, cells expressing same and related methods
GB9710809D0 (en) 1997-05-23 1997-07-23 Medical Res Council Nucleic acid binding proteins
GB9710807D0 (en) 1997-05-23 1997-07-23 Medical Res Council Nucleic acid binding proteins
PT994903E (pt) 1997-06-24 2005-10-31 Genentech Inc Metodos e composicoes para glicoproteinas galactosiladas
KR100712256B1 (ko) 1997-10-02 2007-04-27 알토 바이오사이언스 코포레이션 가용성 단일쇄 ｔ-세포 수용체 단백질
US6183746B1 (en) 1997-10-09 2001-02-06 Zycos Inc. Immunogenic peptides from the HPV E7 protein
AU759779B2 (en) 1997-10-31 2003-05-01 Genentech Inc. Methods and compositions comprising glycoprotein glycoforms
ES2246546T3 (es) 1997-12-12 2006-02-16 Digene Corporation Valoracion de enfermedades relacionadas con el virus de papiloma humano.
ATE458007T1 (de) 1998-04-20 2010-03-15 Glycart Biotechnology Ag Glykosylierungs-engineering von antikörpern zur verbesserung der antikörperabhängigen zellvermittelten zytotoxizität
EA200001216A1 (ru) 1998-05-19 2001-06-25 Авидекс Лимитед Растворимый т-лимфоцитный рецептор
WO2000014257A1 (en) 1998-09-04 2000-03-16 Sloan-Kettering Institute For Cancer Research Fusion receptors specific for prostate-specific membrane antigen and uses thereof
US6140081A (en) 1998-10-16 2000-10-31 The Scripps Research Institute Zinc finger binding domains for GNN
WO2000023573A2 (en) 1998-10-20 2000-04-27 City Of Hope Cd20-specific redirected t cells and their use in cellular immunotherapy of cd20+ malignancies
US6534261B1 (en) 1999-01-12 2003-03-18 Sangamo Biosciences, Inc. Regulation of endogenous gene expression in cells using zinc finger proteins
US6453242B1 (en) 1999-01-12 2002-09-17 Sangamo Biosciences, Inc. Selection of sites for targeting by zinc finger proteins and methods of designing zinc finger proteins to bind to preselected sites
EP2264166B1 (en) 1999-04-09 2016-03-23 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. Method for controlling the activity of immunologically functional molecule
CN101173295A (zh) 1999-05-06 2008-05-07 威克福雷大学 用于鉴定引起免疫反应的抗原的组合物和方法
US7504256B1 (en) 1999-10-19 2009-03-17 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Process for producing polypeptide
US20020061512A1 (en) 2000-02-18 2002-05-23 Kim Jin-Soo Zinc finger domains and methods of identifying same
US20020131960A1 (en) 2000-06-02 2002-09-19 Michel Sadelain Artificial antigen presenting cells and methods of use thereof
JP2002060786A (ja) 2000-08-23 2002-02-26 Kao Corp 硬質表面用殺菌防汚剤
US7064191B2 (en) 2000-10-06 2006-06-20 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Process for purifying antibody
US6946292B2 (en) 2000-10-06 2005-09-20 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Cells producing antibody compositions with increased antibody dependent cytotoxic activity
DK2314686T4 (da) 2000-10-06 2023-08-21 Kyowa Kirin Co Ltd Celler, der danner antistofsammensætninger
WO2002077029A2 (en) 2000-11-07 2002-10-03 City Of Hope Cd19-specific redirected immune cells
US7189513B2 (en) 2001-03-23 2007-03-13 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Human papilloma virus immunoreactive peptides
US7070995B2 (en) 2001-04-11 2006-07-04 City Of Hope CE7-specific redirected immune cells
US20090257994A1 (en) 2001-04-30 2009-10-15 City Of Hope Chimeric immunoreceptor useful in treating human cancers
WO2003011878A2 (en) 2001-08-03 2003-02-13 Glycart Biotechnology Ag Antibody glycosylation variants having increased antibody-dependent cellular cytotoxicity
EP1421177A4 (en) 2001-08-20 2006-06-07 Scripps Research Inst ZINC FINGER FASTENING DOMAINS FOR CNN
IL160359A0 (en) 2001-08-31 2004-07-25 Avidex Ltd Soluble t cell receptor
WO2003035835A2 (en) 2001-10-25 2003-05-01 Genentech, Inc. Glycoprotein compositions
US7939059B2 (en) 2001-12-10 2011-05-10 California Institute Of Technology Method for the generation of antigen-specific lymphocytes
US20040093621A1 (en) 2001-12-25 2004-05-13 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd Antibody composition which specifically binds to CD20
US20030170238A1 (en) 2002-03-07 2003-09-11 Gruenberg Micheal L. Re-activated T-cells for adoptive immunotherapy
US20040110704A1 (en) 2002-04-09 2004-06-10 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Cells of which genome is modified
US20040132140A1 (en) 2002-04-09 2004-07-08 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Production process for antibody composition
CA2481656A1 (en) 2002-04-09 2003-10-16 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Cells in which activity of the protein involved in transportation of gdp-fucose is reduced or lost
US7691568B2 (en) 2002-04-09 2010-04-06 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd Antibody composition-containing medicament
EP1502603A4 (en) 2002-04-09 2006-12-13 Kyowa Hakko Kogyo Kk AN ANTIBODY COMPOSITION CONTAINING MEDICAMENT FOR PATIENTS WITH Fc gamma RIIIa POLYMORPHISM
AU2003236018A1 (en) 2002-04-09 2003-10-20 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. METHOD OF ENHANCING ACTIVITY OF ANTIBODY COMPOSITION OF BINDING TO FcGamma RECEPTOR IIIa
US7446190B2 (en) 2002-05-28 2008-11-04 Sloan-Kettering Institute For Cancer Research Nucleic acids encoding chimeric T cell receptors
JP4436319B2 (ja) 2002-10-09 2010-03-24 メディジーン リミテッド 単鎖組換えｔ細胞レセプター
CN103833854B (zh) 2002-12-16 2017-12-12 健泰科生物技术公司 免疫球蛋白变体及其用途
US20050129671A1 (en) 2003-03-11 2005-06-16 City Of Hope Mammalian antigen-presenting T cells and bi-specific T cells
CA2542046A1 (en) 2003-10-08 2005-04-21 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Fused protein composition
CA2542125A1 (en) 2003-10-09 2005-04-21 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Process for producing antibody composition by using rna inhibiting the function of .alpha.1,6-fucosyltransferase
SI2380911T1 (en) 2003-11-05 2018-07-31 Roche Glycart Ag ANTIGEN-RELATED PATIENTS WITH INCREASED ATTENTION ON THE RECEPTOR FC AND EFFECTORAL FUNCTION
US7435596B2 (en) 2004-11-04 2008-10-14 St. Jude Children's Research Hospital, Inc. Modified cell line and method for expansion of NK cell
WO2005053742A1 (ja) 2003-12-04 2005-06-16 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. 抗体組成物を含有する医薬
US7399467B2 (en) 2003-12-23 2008-07-15 Arbor Vita Corporation Antibodies for oncogenic strains of HPV and methods of their use
WO2006000830A2 (en) 2004-06-29 2006-01-05 Avidex Ltd Cells expressing a modified t cell receptor
SI1791565T1 (sl) 2004-09-23 2016-08-31 Genentech, Inc. Cisteinsko konstruirana protitelesa in konjugati
AU2005291039A1 (en) 2004-10-01 2006-04-13 Avidex Ltd. T-cell receptors containing a non-native disulfide interchain bond linked to therapeutic agents
JP2008044848A (ja) 2004-11-30 2008-02-28 Univ Kurume Ｈｌａ−ａ２４拘束性腫瘍抗原ペプチド
US8252893B2 (en) 2005-01-31 2012-08-28 Board Of Trustees Of The University Of Arkansas CD8 T cell epitopes in HPV 16 E6 and E7 proteins and uses thereof
US8968995B2 (en) 2008-11-12 2015-03-03 Oncohealth Corp. Detection, screening, and diagnosis of HPV-associated cancers
US20100003704A1 (en) 2008-06-13 2010-01-07 Shuling Cheng IN SITU detection of early stages and late stages HPV infection
HUE038506T2 (hu) 2007-03-30 2018-10-29 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Kostimuláló ligand konstitutív expressziója adoptív módon átvitt T-limfocitákon
ES2496916T3 (es) 2007-05-31 2014-09-22 Academisch Ziekenhuis Leiden H.O.D.N. Lumc Epítopo de HPV al que se dirigen células T que infiltran tumores malignos cervicales para su uso en vacunas
US20090117140A1 (en) 2007-09-26 2009-05-07 Mayumi Nakagawa Human papilloma virus dominant CD4 T cell epitopes and uses thereof
EP2433713B1 (en) 2007-12-07 2017-07-26 Miltenyi Biotec GmbH Cell processing systems and methods
US8479118B2 (en) 2007-12-10 2013-07-02 Microsoft Corporation Switching search providers within a browser search box
KR20090103571A (ko) 2008-03-28 2009-10-01 바이오코아 주식회사 면역성 펩타이드 및 그 펩타이드를 포함하는 ｈｐｖ 관련질환 예방 또는 치료용 조성물
US20120164718A1 (en) 2008-05-06 2012-06-28 Innovative Micro Technology Removable/disposable apparatus for MEMS particle sorting device
JP5173594B2 (ja) 2008-05-27 2013-04-03 キヤノン株式会社 管理装置、画像形成装置及びそれらの処理方法
KR20090125629A (ko) 2008-06-02 2009-12-07 바이오코아 주식회사 면역성 펩타이드 및 그 펩타이드를 포함하는 ｈｐｖ 관련질환 예방 또는 치료용 조성물
KR20090125628A (ko) 2008-06-02 2009-12-07 바이오코아 주식회사 면역성 펩타이드 및 그 펩타이드를 포함하는 ｈｐｖ 관련질환 예방 또는 치료용 조성물
CN102159722B (zh) 2008-08-22 2014-09-03 桑格摩生物科学股份有限公司 用于靶向单链切割和靶向整合的方法和组合物
US20120141502A1 (en) 2009-04-20 2012-06-07 Eric Dixon Antibodies specific to e6 proteins of hpv and use thereof
WO2011044186A1 (en) 2009-10-06 2011-04-14 The Board Of Trustees Of The University Of Illinois Human single-chain t cell receptors
US9273283B2 (en) 2009-10-29 2016-03-01 The Trustees Of Dartmouth College Method of producing T cell receptor-deficient T cells expressing a chimeric receptor
SI2496698T1 (sl) 2009-11-03 2019-07-31 City Of Hope Skrajšan epiderimalni receptor faktorja rasti (EGFRt) za selekcijo transduciranih T celic
US8956828B2 (en) 2009-11-10 2015-02-17 Sangamo Biosciences, Inc. Targeted disruption of T cell receptor genes using engineered zinc finger protein nucleases
WO2011100058A1 (en) 2010-02-09 2011-08-18 Sangamo Biosciences, Inc. Targeted genomic modification with partially single-stranded donor molecules
ES2712892T3 (es) 2010-02-16 2019-05-16 Oesterreichische Akademie Der Wss Anticuerpos anti-E7 del HPV
US9228007B1 (en) * 2010-03-11 2016-01-05 The Regents Of The University Of California Recombinant human progenitor cells, engineered human thymocytes, and engineered human T cells
AU2011256838B2 (en) 2010-05-17 2014-10-09 Sangamo Therapeutics, Inc. Novel DNA-binding proteins and uses thereof
KR101415554B1 (ko) 2010-09-13 2014-07-04 바이오코아 주식회사 면역성 펩타이드 및 그 펩타이드를 포함하는 ｈｐｖ 관련 질환 예방 또는 치료용 조성물
EP3561159B1 (en) 2010-10-08 2023-09-20 President and Fellows of Harvard College High-throughput single cell barcoding
DK2625295T3 (da) 2010-10-08 2019-06-11 Harvard College High-throughput-immunsekvensering
JP5947311B2 (ja) 2010-12-09 2016-07-06 ザ トラスティーズ オブ ザ ユニバーシティ オブ ペンシルバニア 癌を治療するためのキメラ抗原受容体改変ｔ細胞の使用
MX359513B (es) 2011-03-23 2018-10-01 Hutchinson Fred Cancer Res Metodo y composiciones para inmunoterapia celular.
US8398282B2 (en) 2011-05-12 2013-03-19 Delphi Technologies, Inc. Vehicle front lighting assembly and systems having a variable tint electrowetting element
AU2012290342A1 (en) 2011-07-29 2014-01-30 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Switch costimulatory receptors
EP2567972A1 (en) 2011-09-12 2013-03-13 Adriacell S.p.A. Antibodies against E7 protein of Human Papilloma Virus (HPV)
CN107011426B (zh) 2011-11-11 2021-05-14 弗雷德哈钦森癌症研究中心 针对癌症的靶向细胞周期蛋白a1的t细胞免疫疗法
EP2814846B1 (en) 2012-02-13 2020-01-08 Seattle Children's Hospital d/b/a Seattle Children's Research Institute Bispecific chimeric antigen receptors and therapeutic uses thereof
WO2013126726A1 (en) 2012-02-22 2013-08-29 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Double transgenic t cells comprising a car and a tcr and their methods of use
NZ702108A (en) 2012-05-03 2016-09-30 Hutchinson Fred Cancer Res Enhanced affinity t cell receptors and methods for making the same
WO2013169386A1 (en) 2012-05-08 2013-11-14 The Johns Hopkins University Methods and compositions for infusion of transiently engrafting, selected populations of allogeneic lymphocytes to treat cancer
PL2855667T3 (pl) 2012-05-25 2024-03-25 Cellectis Sposoby uzyskiwania metodami inżynierii allogenicznych i opornych na immunosupresję limfocytów t do immunoterapii
RU2700765C2 (ru) 2012-08-20 2019-09-19 Фред Хатчинсон Кансэр Рисёч Сентер Способ и композиции для клеточной иммунотерапии
EP3597215A1 (en) 2012-10-02 2020-01-22 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Compositions and methods for immunotherapy
DE112012007250T5 (de) 2012-12-20 2015-10-08 Mitsubishi Electric Corp. Fahrzeuginterne Vorrichtung und Programm
GB201223172D0 (en) 2012-12-21 2013-02-06 Immunocore Ltd Method
HUE050787T2 (hu) 2013-02-26 2021-01-28 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Immunterápiás készítmények és eljárások
CA2906970C (en) 2013-03-21 2021-05-18 Ospedale San Raffaele Srl Targeted disruption of t cell receptor genes using engineered zinc finger protein nucleases
WO2014186585A2 (en) 2013-05-15 2014-11-20 Sangamo Biosciences, Inc. Methods and compositions for treatment of a genetic condition
DK3004337T3 (da) 2013-05-29 2017-11-13 Cellectis Fremgangsmåde til konstruktion af T-celler til immunoterapi ved brug af RNA-guidet Cas nuklease-system
EP4137564A1 (en) 2013-07-15 2023-02-22 The United States of America, as represented by the Secretary, Department of Health and Human Services Methods of preparing anti-human papillomavirus antigen t cells
CN103342738B (zh) 2013-07-24 2015-02-18 广州恒上医药技术有限公司 人乳头瘤病毒e6蛋白可诱发同源蛋白间交叉反应性抗体的精细表位肽
EP3156797B1 (en) 2013-08-08 2019-06-12 Institut Pasteur Correlation of disease activity with clonal expansions of human papillomavirus 16-specific cd8+ t-cells in patients with severe erosive oral lichen planus
US9108442B2 (en) 2013-08-20 2015-08-18 Ricoh Company, Ltd. Image forming apparatus
BR112016009898A2 (pt) 2013-10-31 2017-12-05 Hutchinson Fred Cancer Res células-tronco/progenitoras hematopoiéticas e efetoras não-t modificadas e usos das mesmas
KR102228828B1 (ko) 2014-03-11 2021-03-16 셀렉티스 동종이형 이식에 양립성인 t-세포들을 만들어내는 방법
US10627411B2 (en) 2014-03-27 2020-04-21 British Columbia Cancer Agency Branch T-cell epitope identification
KR20230152175A (ko) 2014-04-18 2023-11-02 에디타스 메디신, 인코포레이티드 암 면역요법을 위한 crispr-cas-관련 방법, 조성물 및 구성성분
CN107074973A (zh) 2014-07-29 2017-08-18 辉瑞大药厂 用于癌症免疫疗法的EGFRvIII特异性嵌合抗原受体
CN107074970B (zh) * 2014-08-04 2021-07-30 弗雷德哈钦森癌症研究中心 特异性针对wt-1的t细胞免疫疗法
EP3194593B1 (en) 2014-09-15 2019-02-06 AbVitro LLC High-throughput nucleotide library sequencing
US20170335331A1 (en) 2014-10-31 2017-11-23 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Altering Gene Expression in CART Cells and Uses Thereof
CN107636152B (zh) 2015-03-16 2021-09-21 马克思-德布鲁克-分子医学中心亥姆霍兹联合会 通过mhc细胞文库检测新免疫原性t细胞表位和分离新抗原-特异性t细胞受体的方法
AU2016291778B2 (en) 2015-07-13 2021-05-06 Sangamo Therapeutics, Inc. Delivery methods and compositions for nuclease-mediated genome engineering
US11047011B2 (en) 2015-09-29 2021-06-29 iRepertoire, Inc. Immunorepertoire normality assessment method and its use
WO2017070429A1 (en) 2015-10-22 2017-04-27 Regents Of The University Of Minnesota Methods involving editing polynucleotides that encode t cell receptor
BR112018011089A2 (pt) 2015-12-04 2018-12-04 Intellia Therapeutics Inc composições e métodos para a imuno-oncologia
CA3008413A1 (en) 2015-12-18 2017-06-22 Sangamo Therapeutics, Inc. Targeted disruption of the t cell receptor
GB201604494D0 (en) * 2016-03-16 2016-04-27 Immatics Biotechnologies Gmbh Transfected T-Cells and T-Cell receptors for use in immunotherapy against cancers
CN109843915B (zh) 2016-05-06 2023-03-03 朱诺治疗学股份有限公司 基因工程化细胞及其制备方法
WO2018005559A1 (en) 2016-06-27 2018-01-04 Juno Therapeutics, Inc. Method of identifying peptide epitopes, molecules that bind such epitopes and related uses
MA45491A (fr) 2016-06-27 2019-05-01 Juno Therapeutics Inc Épitopes à restriction cmh-e, molécules de liaison et procédés et utilisations associés
EP3519433A1 (en) 2016-10-03 2019-08-07 Juno Therapeutics, Inc. Hpv-specific binding molecules
US10806780B2 (en) 2017-06-28 2020-10-20 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Anti-human papillomavirus (HPV) antigen-binding proteins and methods of use thereof
SG11202002728VA (en) 2017-10-03 2020-04-29 Juno Therapeutics Inc Hpv-specific binding molecules
CN112585276A (zh) 2018-04-05 2021-03-30 朱诺治疗学股份有限公司 产生表达重组受体的细胞的方法和相关组合物
MA52193A (fr) 2018-04-05 2021-02-17 Juno Therapeutics Inc Récepteurs de lymphocytes t et cellules modifiées les exprimant
US20210015869A1 (en) 2018-04-05 2021-01-21 Juno Therapeutics, Inc. T cells expressing a recombinant receptor, related polynucleotides and methods

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2016527230A (ja) 2013-07-15 2016-09-08 アメリカ合衆国 抗ヒトパピローマウイルス１６ ｅ６ ｔ細胞受容体
JP2017524372A (ja) 2014-05-29 2017-08-31 アメリカ合衆国 抗ヒトパピローマウイルス１６ ｅ７ ｔ細胞受容体
JP2016527730A (ja) 2014-07-11 2016-09-08 インテル・コーポレーション 屈曲可能で伸縮自在な電子デバイスおよびその製造方法
JP2018500006A5 (ja) 2015-10-15 2018-11-22

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