JP7270600B2 - 新規酵素及びそれを用いたペントシジンの測定方法 - Google Patents
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Description
[1]ペントシジンを酸化的に分解する活性を有するタンパク質。
[2]以下の理化学的性質:
(1)作用:ペントシジンを酸化的に分解する活性;及び
(2)SDS-PAGEによる分子量:75,000~85,000
を有するタンパク質。
[3]前記タンパク質が以下の(a)~(f)から成る群から選ばれるいずれかのタンパク質である、[1]又は[2]に記載のタンパク質:
(a)配列番号2又は4に記載のアミノ酸配列から成るタンパク質;
(b)配列番号1、3、5又は6に記載の塩基配列から成る遺伝子によってコードされるタンパク質;
(c)配列番号2又は4に記載のアミノ酸配列と75%以上の同一性を有するアミノ酸配列から成るタンパク質;
(d)配列番号1、3、5又は6に記載の塩基配列と75%以上の同一性を有する塩基配列から成る遺伝子によってコードされるタンパク質;
(e)配列番号2又は4に記載のアミノ酸配列の1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換及び/又は付加されたアミノ酸配列から成るタンパク質;あるいは
(f)配列番号1、3、5又は6に記載の塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする塩基配列によってコードされるタンパク質。
[4]前記活性が、ペントシジンの脱アミノ化生成物、過酸化水素及びアンモニアを生成する活性、又は酸素を消費する活性である、[1]~[3]のいずれかに記載のタンパク質。
[5]糸状菌に由来する、[1]~[4]のいずれか1項に記載のタンパク質。
[6]至適pHがpH約6.5~8.0である、[1]~[5]のいずれかに記載のタンパク質。
[7]至適温度が約37~50℃である、[1]~[6]のいずれかに記載のタンパク質。
[8]30℃で10分間保存した後に前記活性が90%以上保持される、[1]~[7]のいずれかに記載のタンパク質。
[9]pH4.0~9.0の範囲で前記活性が60%以上保持される、[1]~[8]のいずれかに記載のタンパク質。
[10]ペントシジンに対するKm値が1mM以下である、[1]~[9]のいずれかに記載のタンパク質。
[11][1]~[10]のいずれかに記載のタンパク質をコードする、遺伝子。
[12]前記遺伝子が以下の(a)~(f)から成る群から選ばれるいずれかの遺伝子である、[11]に記載の遺伝子:
(a)配列番号1、3、5又は6に記載の塩基配列から成る遺伝子;
(b)配列番号2又は4に記載のアミノ酸配列をコードする遺伝子;
(c)配列番号1、3、5又は6に記載の塩基配列と75%以上の同一性を有する塩基配列から成る遺伝子;
(d)配列番号2又は4に記載のアミノ酸配列と75%以上の同一性を有するアミノ酸配列から成るタンパク質をコードする遺伝子;
(e)配列番号2又は4に記載のアミノ酸配列の1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換及び/又は付加されたアミノ酸配列から成るタンパク質をコードする遺伝子;あるいは
(f)配列番号1、3、5又は6に記載の塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする塩基配列から成る遺伝子。
[13][1]~[10]のいずれかに記載のタンパク質、あるいは、[11]又は[12]に記載の遺伝子を含む、キット。
[14][11]又は[12]に記載の遺伝子を含む、組換えベクター。
[15][14]に記載のベクターを含む、形質転換体。
[16][15]に記載の形質転換体を用いて、[1]~[10]のいずれかに記載のタンパク質を製造する方法。
[17][1]~[10]のいずれかに記載のタンパク質と検体とを接触させる工程;及び
当該接触により生じた変化を検出する工程、を含む、ペントシジンの測定方法。
[18]酸素、過酸化水素又はアンモニアの量の変化が検出される、[17]に記載の方法。
[19][1]~[10]のいずれかに記載のタンパク質とペントシジンとを接触させる工程を含む、ペントシジンの反応生成物の製造方法。
[20]反応生成物が過酸化水素又はアンモニアである、[19]に記載の方法。
本発明の遺伝子は、ペントシジンオキシダーゼのアミノ酸配列をコードする塩基配列を含む。ペントシジンオキシダーゼは、上記した酵素活性を有するものであれば、アミノ酸配列については特に限定されない。例えば、上記したペントシジンオキシダーゼ活性を有する酵素の一態様として配列番号2、配列番号4に示すアミノ酸配列がある。以降、配列番号2及び配列番号4で表されるアミノ酸配列を有するタンパク質をそれぞれペントシジンオキシダーゼ1(又はPenOX1)及びペントシジンオキシダーゼ2(又はPenOX2)という場合がある。ペントシジンオキシダーゼ1をコードする遺伝子(g4462)は6つのエキソン及び5つのイントロンで構成されると予想され、一方、ペントシジンオキシダーゼ2をコードする遺伝子(g10122)は2つのエキソン及び1つのイントロンで構成されることが予想される。両酵素ともペントシジン及びアルギニンに対して高い基質特異性を有する点で共通しているが、その他のL-アミノ酸に対する反応性は異なる。
ペントシジンオキシダーゼをコードする遺伝子(以下、「ペントシジンオキシダーゼ遺伝子」とよぶ場合がある。)は、上記したペントシジンオキシダーゼ活性を有する酵素が有するアミノ酸配列をコードする塩基配列を含むものでれば特に限定されない。一部の態様において、ペントシジンオキシダーゼ遺伝子が形質転換体内で発現することによりペントシジンオキシダーゼが生産される。
塩基配列やアミノ酸配列の配列同一性を求める方法は特に限定されないが、例えば、通常知られている方法を利用して、野生型遺伝子や野生型遺伝子によってコードされる酵素のアミノ酸配列と対象となる塩基配列やアミノ酸配列とをアラインメントし、両者の配列の一致率を算出するためのプログラムを用いることにより求められる。
酵素をコードする遺伝子は、ペントシジンオキシダーゼ生産能がある生物種に由来する。酵素をコードする遺伝子の由来生物としては、例えば、糸状菌などの微生物などが挙げられる。ペントシジンオキシダーゼ生産能を有する微生物の具体例としては、サロクラディウム属(Sarocladium属)などが挙げられる。
・SDS-PAGEによる分子量:75,000~85,000
・至適pH:pH約6.5~8.0
なお、至適pHは酵素が最も好適に作用するpHであって、ペントシジンオキシダーゼは上記範囲以外のpHでも作用し得る。
・至適温度:約37~50℃
なお、至適温度は至適温度は酵素が最も好適に作用する温度であって、ペントシジンオキシダーゼは上記温度範囲以外の温度でも作用し得る。
・温度安定性:30℃で10分間保存した場合、ペントシジンオキシダーゼ活性が90%以上保持される。40℃で10分間保存した場合、ペントシジンオキシダーゼ活性が50%以上保持される。
・pH安定性:pH4.0~9.0の範囲でペントシジンオキシダーゼ活性が60%以上保持される。
・Km値:ペントシジンに対するKm値が1mM以下である。
Km値とはミカエリス定数であって、その具体的な算出方法は特に限定されず、公知の方法を自由に選択して算出することができる。例えば、後述する実施例9に記載の方法のように、ラインウェーバー・バークプロットによる方法で描かれるミカエリス?メンテンの式に従ってKm値を算出することができる。
酵素をコードする遺伝子は、適当な公知の各種ベクター中に挿入することができる。さらに、このベクターを適当な公知の宿主生物に導入して、酵素をコードする遺伝子を含む組換えベクター(組換え体DNA)が導入された形質転換体を作製できる。酵素をコードする遺伝子の取得方法や、酵素をコードする遺伝子の塩基配列、酵素のアミノ酸配列情報の取得方法、各種ベクターの製造方法や形質転換体の作製方法などは、当業者にとって適宜選択することができる。また、本明細書で使用する場合、形質転換や形質転換体にはそれぞれ形質導入や形質導入体が包含される。酵素をコードする遺伝子のクローニングの一例を非限定的に後述する。
酵素をコードする遺伝子を含む組換えベクター(組換え体DNA)は、酵素をコードする遺伝子のいずれかを含むPCR増幅産物と各種ベクターとを、酵素をコードする遺伝子の発現が可能な形で結合することにより構築することができる。例えば、適当な制限酵素で酵素をコードする遺伝子のいずれかを含むDNA断片を切り出し、該DNA断片を適当な制限酵素で切断したプラスミドと連結することにより構築することができる。または、プラスミドと相同的な配列を両末端に付加した該遺伝子を含むDNA断片と、インバースPCRにより増幅したプラスミド由来のDNA断片とを、In-Fusion HD Cloning Kit(クロンテック社製)などの市販の組換えベクター作製キットを用いて連結させることにより得ることができる。
形質転換体の作製方法は特に限定されず、例えば、常法に従って、酵素をコードする遺伝子が発現する態様で宿主生物に挿入する方法などが挙げられる。一部の態様において、酵素をコードする遺伝子のいずれかを発現誘導プロモーター及びターミネーターの間に挿入したDNAコンストラクトを作製し、次いで酵素をコードする遺伝子を含むDNAコンストラクトで宿主生物を形質転換することにより、酵素をコードする遺伝子を過剰発現する形質転換体が得られる。本明細書では、宿主生物を形質転換するために作製された、発現誘導プロモーター-酵素をコードする遺伝子-ターミネーターからなるDNA断片及び該DNA断片を含む組換えベクターをDNAコンストラクトと総称してよぶ。
宿主生物としては、酵素をコードする遺伝子を含むDNAコンストラクトによる形質転換により、酵素を生産することができる生物であれば特に限定されない。例えば、微生物や植物などが挙げられ、微生物としては、アスペルギルス(Aspergillus)属微生物、エシェリキア(Escherichia)属微生物、サッカロマイセス(Saccharomyces)属微生物、ピキア(Pichia)属微生物、シゾサッカロマイセス(Schizosaccharomyces)属微生物、ジゴサッカロマイセス(Zygosaccharomyces)属微生物、トリコデルマ(Trichoderuma)属微生物、ペニシリウム(Penicillium)属微生物、クモノスカビ(Rhizopus)属微生物、アカパンカビ(Neurospora)属微生物、ムコール(Mucor)属微生物、アクレモニウム(Acremonium)属微生物、フザリウム(Fusarium)属微生物、ネオサルトリア(Neosartorya)属微生物、ビッソクラミス(Byssochlamys)属微生物、タラロミセス(Talaromyces)属微生物、アジェロミセス(Ajellomyces)属微生物、パラコッシディオイデス(Paracoccidioides)属微生物、アンシノカルプス(Uncinocarpus)属微
生物、コッシディオイデス(Coccidioides)属微生物、アルフロデルマ(Arthroderma)属微生物、トリコフィトン(Trichophyton)属微生物、エクソフィラ(Exophiala)属微生物、カプロニア(Capronia)属微生物、クラドフィアロフォラ(Cladophialophora)属微生物、マクロホミナ(Macrophomina)属微生物、レプトスファエリア(Leptosphaeria)属微生物、ビポラリス(Bipolaris)属微生物、ドチストローマ(Dothistroma)属微生物、ピレノフォラ(Pyrenophora)属微生物、ネオフシコッカム(Neofusicoccum)属微生物、セトスファエリア(Setosphaeria)属微生物、バウドイニア(Baudoinia)属微生物、ガエウマノミセス(Gaeumannomyces)属微生物、マルッソニナ(Marssonina)属微生物、スファエルリナ(Sphaerulina)属微生物、スクレロチニア(Sclerotinia)属微生物、マグナポルセ(Magnaporthe)属微生物、ヴェルチシリウム(Verticillium)属微生物、シュードセルコスポラ(Pseudocercospora)属微生物、コレトトリカム(Colletotrichum)属微生物、オフィオストーマ(Ophiostoma)属微生物、メタルヒジウム(Metarhizium)属微生物、スポロスリックス(Sporothrix)属微生物、ソルダリア(Sordaria)属微生物、アラビドプシス(Arabidopsis)属植物などが挙げられ、微生物及び植物が好ましい。ただし、どのような場合であっても、宿主生物からヒトは除かれる。
サロクラディウム属由来の酵素をコードする遺伝子としては、例えば、配列番号1及び3に記載の塩基配列をそれぞれ有する遺伝子g4462及びg10122が挙げられる。なお、ペントシジンオキシダーゼ1タンパク質(PenOX1)及びペントシジンオキシダーゼ2タンパク質(PenOX2)のアミノ酸配列をそれぞれ配列番号2、4として示す。
形質転換体の一態様は、微生物や植物などを宿主生物として、遺伝子のいずれか一つ、又はこれらの組み合わせが挿入されており、かつ、該挿入された遺伝子を発現するように形質転換した形質転換体である。
本発明の別の一態様の製造方法は、形質転換体の生育に適した培地を用いて、形質転換体の生育に適した培養条件下で形質転換体を培養することによって、ペントシジンオキシダーゼを製造する方法などが挙げられる。培養方法は特に限定されず、例えば、宿主生物が糸状菌である場合は、通気又は非通気条件下で行う固体培養法や液体培養法などが挙げられる。
本発明に係るペントシジンの測定方法は:
ペントシジンオキシダーゼを検体と接触させる工程;及び
当該接触により生じた変化を検出する工程、を含む。
(A)水と酸素の存在下、検体にペントシジンオキシダーゼを作用させる工程;及び
(B)上記ペントシジンオキシダーゼの作用による反応生成物又は反応消費物の少なくとも一種の量を計測する工程
を含み得る。
・使用培地
MEA培地:Malt extract agar(Oxoid社製)を50g/Lとなるよう蒸留水に溶解した。
YMG培地:Yeast extract 0.4%、Malt extract 1%、グルコース 0.4%、pH5.5
-80℃で保存されたサロクラディウム・エスピー(Sarocladium sp.) F10012株をMEA培地に塗布し、24℃で7~10日間、十分量の菌糸が得られるまで静置培養した。得られた菌糸を1Lフラスコ中のYMG培地250mLに摂取し、30℃で3日間振とう培養した。
菌体を培養したYMG培地を、Miracloth(メルクミリポア社製)を用いてろ過することで菌体を取り除き、培養上清を取得した。培養上清を限外ろ過膜(Vivaspin 20-3k、GEヘルスケア社製)を用いて濃縮し、50mM リン酸カリウムバッファー(pH7.5)で希釈する工程を複数回繰り返すことで低分子を除去するとともに、YMG培地をリン酸カリウムバッファーに置換した。
バッファー置換した粗酵素液を、イオン交換クロマトグラフィー用カラム(HiTrap Q Sepharose Fast Flow 1mL、GEヘルスケア社製)を用いて分画した。具体的な手順は、以下のとおりである。
・酵素粗精製液の活性測定
イオン交換クロマトグラフィー用のカラムより溶出した液をサンプルとし、活性を測定した。サンプル50μLを、100mM リン酸カリウムバッファー(pH8.0)に溶解した4mM ペントシジン(ペプチド研究所社製)25μL及びオキシダーゼ発色試薬(4U/mL ペルオキシダーゼ(TOYOBO社製)、1.8mM 4-アミノアンチピリン(Fluka社製)、2mM TOOS(Dojindo社製))25μLと混合し、室温で反応させた。
酵素粗精製液のペントシジンオキシダーゼ活性を、様々な濃度の基質を用いて測定することで、基質の濃度に対する活性の推移を評価した。用いた基質溶液の濃度は、0.13mM、0.25mM、0.5mM、1.0mM、2.0mM及び4.0mMである。
酵素粗精製液を80℃で1時間熱処理をすることにより、タンパク質を変性させた。この加熱処理サンプルのペントシジンオキシダーゼ活性を上述の活性測定方法にのっとって測定し、未加熱のサンプルの活性と比較した。
サロクラディウム・エスピー(Sarocladium sp.)の培養上清をイオン交換クロマトグラフィー用カラムで分画したサンプルについて、ペントシジンとの反応性を解析した。その結果、0.25M 塩化ナトリウムを含むリン酸カリウムバッファーで溶出したElution1に強い活性が認められ、ペントシジンオキシダーゼが含まれていることが示唆された。このElution1に対し、基質濃度依存性試験(図1)及び熱失活試験(図2)を行ったところ、酵素活性は基質濃度依存的に上昇し、さらに加熱処理により完全に失活することが明らかとなった。このことから、Elution1にみられるペントシジンオキシダーゼ活性は、酵素由来のものであることが示された。
上記結果と、サロクラディウム・エスピー(Sarocladium sp.)の全ゲノム配列情報に基づき、ペントシジンオキシダーゼであると推測される、2種類の遺伝子(配列番号1及び3)とそのアミノ酸配列(配列番号2及び4)が特定された。
上記で特定された2種のペントシジンオキシダーゼについて、酵素活性を解析するために麹菌アスペルギルス・ソーヤを宿主として異種組換発現を行った。
配列番号2と配列番号4のアミノ酸配列を基に麹菌発現用にコドン改変した配列番号5と6の塩基配列を人工遺伝子合成によりそれぞれ取得した。
上記で取得した形質転換用プラスミドp19-pG3-penox1及びp19-pG3-penox2を用いて、アスペルギルス・ソーヤのpyrG遺伝子破壊株(pyrG遺伝子の上流48bp、コード領域896bp、下流240bp欠損株)に対しプロトプラストPEG法により形質転換を行い、penox1及びpenox2の発現カセットが多コピーで挿入されたアスペルギルス・ソーヤ形質転換株As-penox1株を9株、As-penox2株を6株取得した。
各As-penox1株及びAs-penox2株の培養液をMiracloth(メルクミリポア社製)を用いてろ過し、培養上清を取り除いて菌体を取得した。15mLの10mMリン酸カリウムバッファー(pH7.5)に再懸濁した後、Micro Smash MS-100R(トミー精工社製)を用いて菌体を破砕した。菌体破砕液を15,000rpmで15分間遠心分離して、上清を粗酵素液として回収した。
各粗酵素液200μLを、150mM リン酸カリウムバッファー(pH 7.0)に溶解した7.1U/mL ペルオキシダーゼ、 0.70mM 4-アミノアンチピリン、0.79mM TOOS溶液380μLと混合して37℃で5分間インキュベートした後、60mM L-アルギニン溶液20μLを添加して撹拌し、37℃で5分間反応させた。反応中のA555の経時変化を分光光度計(U-3900、日立ハイテクサイエンス社製)で測定した。対照実験は、20μLの60 mM L-アルギニン溶液の代わりに20μLのイオン交換水を添加して実施した。37℃で1分間あたりに1μmolの過酸化水素を生成する酵素量を1unit(U)と定義し、下記の式に従って算出した。
ΔAs:反応液の1分間あたりのA555変化量
ΔA0:対照実験の1分間あたりのA555変化量
39.2:反応により生成されるキノンイミン色素のミリモル吸光係数 (mM-1・cm-1)
0.5:1molの過酸化水素による生成されるキノンイミン色素のmol数
0.6:反応液全体の容量(mL)
df:希釈係数
0.2:酵素液の容量(mL)
As-penox2-16株の粗酵素液を、10mM リン酸カリウムバッファー(pH7.5)にバッファー置換した後、陰イオン交換クロマトグラフィーカラム(HiScreen CaptoQ、GEヘルスケア社製)を用いて分画した。まず、10mMリン酸カリウムバッファー(pH7.5)で平衡化したカラムに粗酵素液をロードし、酵素をカラムに吸着させた後に、10mMリン酸カリウムバッファー(pH7.5)でカラムを洗浄し、未吸着のタンパク質を溶出させた。その後、10mMリン酸カリウムバッファー(pH 7.5)に含まれる塩化ナトリウム濃度を0mMから40mMまで直線的に上昇させ、カラムに吸着したタンパク質を溶出させた。L-アルギニン酸化活性を示す画分をSDS-PAGEで分析し、夾雑タンパク質を含まない画分を精製PenOX2として回収した。回収した精製PenOX2溶液は、Amicon Ultra-15 Ultracel-30k (Millipore社製)を用いて、L-アルギニン酸化活性が24U/mLになるまで濃縮し、ペントシジン定量試験に用いた。
以下の試薬を調製し、Bio Majesty JCA-BM1650(日本電子社製)を利用してペントシジンを測定した。
(試料:ペントシジン溶液)
0.2μM、0.4μM、0.6μM、1.0μM、2.0μM又は4.0μMペントシジン溶液
120mM リン酸カリウムバッファー(pH7.0)
0.2mM DA-67(10-(Carboxymethylaminocarbonyl)-3,7-bis(dimethylamino)phenothiazine, sodium salt)(和光純薬工業社製)
3.0U/mL ペルオキシダーゼ
120mM リン酸カリウムバッファー(pH7.0)
24U/mL PenOX2
ΔA=(第2試薬添加5分後の吸光度)-(第2試薬添加直前の吸光度×0.75)
(第2試薬の添加により反応液中の組成物の濃度は0.75倍(75/100倍)となるため、
第2試薬添加直前の吸光度を0.75倍した値を第2試薬添加直後の吸光度とみなした。)
As-penox2株の菌糸培養液をMiracloth(メルクミリポア社製)を用いてろ過し、菌糸培養上清を回収した。得られた菌糸培養上清75mLを、ポアサイズ0.2μmのシリンジフィルターでフィルターろ過したのち限外ろ過膜(Amicon Ultra 15-30kD、メルク社製)で濃縮した。濃縮液に、硫酸アンモニウムを70%飽和となるように徐々に添加し、2時間、4℃で放置後、遠心(15,000rpm、4℃、5分)し、余分なタンパク質を沈殿させ、上清を回収した。回収した上清を、限外ろ過膜(Amicon Ultra 0.5-30kD、メルク社製)で濃縮した。
PenOX2の理化学的性質を決定するために、以下の酵素活性の測定方法を用いた。
任意のバッファー600μL、脱イオン水に溶解した3.99U/mL ペルオキシダーゼ、1.8mM 4-アミノアンチピリン、2mM TOOS溶液400μL、脱イオン水150μLを任意の温度で10分間インキュベートした後、氷上で保存していた酵素液50μL、任意の温度で10分間インキュベートした100mM リン酸カリウムバッファー(pH8.0)に溶解させた4mM ペントシジン溶液400μLを添加して撹拌し、任意の温度で3分間反応させた。反応中のA555の経時変化を分光光度計(U-3900、日立ハイテクサイエンス社製)で測定した。20秒から60秒までの測定開始後経過時間-A555変化量を活性値とみなした。
さらに、37℃で1分間あたりに1μmolの過酸化水素を生成する酵素量を1unit(U)と定義し、下記の式に従って算出した。
ΔAs:反応液の1分間あたりのA555変化量
ΔA0:対照実験の1分間あたりのA555変化量
1.6:反応液全体の容量(mL)
df:希釈係数
39.2:反応により生成されるキノンイミン色素のミリモル吸光係数 (mM-1・cm-1)
0.5:1molの過酸化水素による生成されるキノンイミン色素のmol数
0.05:酵素液の容量(mL)
(a)至適pHの範囲
終濃度50mM クエン酸-100mM リン酸カリウムバッファー(pH4.0-7.5)、終濃度100mM リン酸カリウムバッファー(pH6.5-8.0)、終濃度100mM グリシンバッファー(pH8.0-11.0)となるように夫々のバッファーを調製し、これらを用いて、夫々のpHにおいて、温度37℃にて酵素反応を行なった。結果を図7に示す。PenOX2は、pH7.5において最も高い活性を示した。また、pH6.5-8.0でもリン酸カリウムバッファーpH7.5付近における活性値の70%以上を示したことから、PenOX2の至適pHはpH6.5-8.0であり、最も好ましい至適pHはpH7.5であると判断した。
(b)至適温度の範囲
終濃度50mM リン酸カリウムバッファー(pH7.5)を用いて、種々の温度にてPenOX2の活性測定を行なった。結果を図8に示す。最も高い活性を示した温度である、50℃付近での活性に対して、80%以上の活性を示す温度範囲は37℃~50℃であった。以上から、PenOX2の至適温度の範囲は37℃~50℃であると判断した。
(c)熱安定性
酵素液を各温度で10分間処理した時の残存活性を、終濃度100mM リン酸カリウムバッファー(活性測定時最終pH7.5)を用い温度37℃にて前記活性測定を行なうことで評価した。熱安定性の結果は、図9に示す通りであり、PenOX2は、30℃付近まで安定であった。
(d)安定pHの範囲
緩衝液として、100mM クエン酸-200mM リン酸カリウムバッファー(pH3.0-6.5)、200mM リン酸カリウムバッファー(pH6.5-8.0)、200mM グリシンバッファー(pH8.0-10.0)を用いて、夫々のpHにおいて25℃で20時間処理した後、PenOX2の残存活性を測定した。結果を図10に示す。4℃で保存しておいたPenOX2の活性に対して90%以上の活性を示すpH範囲はpH4.5-7.5、60%以上の活性を示すpH範囲はpH4.0-9.0であった。
(e)ペントシジンに対する活性値
前記活性測定方法において、終濃度50mM リン酸カリウムバッファー(活性測定時最終pH7.5)、37℃で活性測定を行ない、上記の計算式を用いて活性値(U/mL)を求めた。活性値は7.8U/mL、比活性は29.1U/mg(ブラッドフォード法)であることが判った。
(f)ペントシジンに対するKm値
前記活性測定方法において、終濃度50mM リン酸カリウムバッファー(pH7.5)、37℃で、基質ペントシジンの濃度を変化させて活性測定を行ない、ラインウェーバー・バークプロットから、ミカエリス定数(Km)を求めた。結果を図11に示す。ペントシジンに対するKm値は0.14mMであることが判った。
(g)分子量
Laemmliの方法に従って行なったSDS-PAGE法により分子量を求めた。電気泳動ゲルとしてはMini-PROTEAN TGX Stain-Free Precast Gels 4-20%(Bio-rad社製)を用い、分子量マーカーとしてはPrecision Plus Protein All Blue Prestained Protein Standardsを用いた。結果を図12に示す。PenOX2の分子量は、約80,000であった。
(a)Crotalus adamanteus由来アミノ酸オキシダーゼType VI(メルク社製)(配列番号12)
分子量:130,000
本酵素のPenOX1及びPenOX2とのアミノ酸配列相同性は、夫々26.8%および23.5%であった。酵素濃度が1mg/mL(ビュレット法)になるよう脱イオン水で希釈して活性測定に用いた。本酵素のペントシジンオキシダーゼ活性は0.555(U/mL)、比活性は0.555(U/mg)であった。
(b)Crotalus atrox由来アミノ酸オキシダーゼType I(メルク社製)(配列番号13)
分子量:59,000(アミノ酸配列に基づく計算値)
本酵素のPenOX1及びPenOX2とのアミノ酸配列相同性は、夫々26.3%および23.4%であった。酵素粉末1mgを1mLの脱イオン水で溶解して活性測定に用いた。本酵素のペントシジンオキシダーゼ活性は0.022(U/mL)、比活性は参考値として0.022(U/mg)であった。
(c)Trichoderma viride由来リジンオキシダーゼ(メルク社製)(配列番号14)
分子量:116,000
本酵素のPenOX1及びPenOX2とのアミノ酸配列相同性は、夫々24.0%および23.3%であった。酵素粉末1mgを1mLの脱イオン水で溶解して活性測定に用いた。本酵素のペントシジンオキシダーゼ活性は0.063(U/mL)、比活性は参考値として0.063(U/mg)であった。本実施例で使用した酵素間の配列相同性を以下の表に示す。
Claims (16)
- ペントシジンオキシダーゼ活性を有するタンパク質と検体とを接触させる工程;及び
当該接触により生じた変化を検出する工程、を含み、
ペントシジンオキシダーゼ活性を有するタンパク質が、
(a)配列番号2又は4に記載のアミノ酸配列から成るタンパク質;
(b)配列番号1、3、5又は6に記載の塩基配列から成る遺伝子によってコードされるタンパク質;
(c)配列番号2又は4に記載のアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列から成るタンパク質;
(d)配列番号1、3、5又は6に記載の塩基酸配列と90%以上の同一性を有する塩基配列から成る遺伝子によってコードされるタンパク質;
(e)配列番号2又は4に記載のアミノ酸配列のアミノ酸数100個を一単位として、該一単位あたり1~10個のアミノ酸が欠失、置換及び/又は付加されたアミノ酸配列から成るタンパク質;あるいは
(f)サロクラディウム属の菌体培養液をろ過することによって得られ、SDS-PAGEによる分子量が75,000~85,000であるタンパク質から選択される、ペントシジンの測定方法。 - 前記サロクラディウム属が、サロクラディウム・エスピーである、請求項1に記載の方法。
- ペントシジンオキシダーゼ活性を有するタンパク質は、宿主生物である糸状菌において発現されたタンパク質である、請求項1又は2に記載の方法。
- 酸素、過酸化水素又はアンモニアの量の変化が検出される、請求項1~3のいずれか1項に記載の方法。
- ペントシジンオキシダーゼ活性を有するタンパク質とペントシジンとを接触させる工程を含み、
ペントシジンオキシダーゼ活性を有するタンパク質が、
(a)配列番号2又は4に記載のアミノ酸配列から成るタンパク質;
(b)配列番号1、3、5又は6に記載の塩基配列から成る遺伝子によってコードされるタンパク質;
(c)配列番号2又は4に記載のアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列から成るタンパク質;
(d)配列番号1、3、5又は6に記載の塩基酸配列と90%以上の同一性を有する塩基配列から成る遺伝子によってコードされるタンパク質;
(e)配列番号2又は4に記載のアミノ酸配列のアミノ酸数100個を一単位として、該一単位あたり1~10個のアミノ酸が欠失、置換及び/又は付加されたアミノ酸配列から成るタンパク質;あるいは
(f)サロクラディウム属の菌体培養液をろ過することによって得られ、SDS-PAGEによる分子量が75,000~85,000であるタンパク質から選択される、ペントシジンの反応生成物の製造方法。 - 前記サロクラディウム属が、サロクラディウム・エスピーである、請求項5に記載の方法。
- ペントシジンオキシダーゼ活性を有するタンパク質は、宿主生物である糸状菌において発現されたタンパク質である、請求項5又は6に記載の方法。
- 反応生成物が過酸化水素又はアンモニアである、請求項5~7のいずれか1項に記載の方法。
- 前記活性が、ペントシジンの脱アミノ化生成物、過酸化水素及びアンモニアを生成する活性、又は酸素を消費する活性である、請求項1~8のいずれか1項に記載の方法。
- 以下の(a)~(e)から成る群から選ばれるいずれかのタンパク質である、ペントシジンオキシダーゼ活性を有するタンパク質:
(a)配列番号2又は4に記載のアミノ酸配列から成るタンパク質;
(b)配列番号1、3、5又は6に記載の塩基配列から成る遺伝子によってコードされるタンパク質;
(c)配列番号2又は4に記載のアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列から成るタンパク質;
(d)配列番号1、3、5又は6に記載の塩基酸配列と90%以上の同一性を有する塩基配列から成る遺伝子によってコードされるタンパク質;あるいは
(e)配列番号2又は4に記載のアミノ酸配列のアミノ酸数100個を一単位として、該一単位あたり1~10個のアミノ酸が欠失、置換及び/又は付加されたアミノ酸配列から成るタンパク質。 - 請求項10に記載のタンパク質をコードする、遺伝子。
- ペントシジンオキシダーゼ活性を有するタンパク質をコードする、以下の(a)~(e)から成る群から選ばれるいずれかの遺伝子:
(a)配列番号1、3、5又は6に記載の塩基配列から成る遺伝子;
(b)配列番号2又は4に記載のアミノ酸配列をコードする遺伝子;
(c)配列番号1、3、5又は6に記載の塩基配列と90%以上の同一性を有する塩基配列から成る遺伝子;
(d)配列番号2又は4に記載のアミノ酸配列と90%以上の同一性を有するアミノ酸配列から成るタンパク質をコードする遺伝子;あるいは
(e)配列番号2又は4に記載のアミノ酸配列のアミノ酸数100個を一単位として、該一単位あたり1~10個のアミノ酸が欠失、置換及び/又は付加されたアミノ酸配列から成るタンパク質をコードする遺伝子。 - 請求項10に記載のタンパク質を含む、キット。
- 請求項11又は12に記載の遺伝子を含む、組換えベクター。
- 請求項14に記載のベクターを含む、形質転換体。
- 請求項15に記載の形質転換体を用いて、請求項10に記載のタンパク質を製造する方法。
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