JP7137525B2 - 接触性皮膚炎のリスクを判定する方法 - Google Patents
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Description
rs5955543:腎芽細胞腫(ウィルムス腫瘍)に関するSNP(非特許文献 1)
rs6651806:ストレスに対する反応性に関するSNP(非特許文献 2)
rs6651806:疎外感に関するSNP(非特許文献 3)
rs6651806:ネガティブ思考に関するSNP(非特許文献 4)
rs2074356:善玉コレステロール値に関するSNP(非特許文献 5)
rs2074356:血液中の尿素窒素濃度に関するSNP(非特許文献 6)
rs2074356:コーヒーの摂取量に関するSNP(非特許文献 7)
rs7108738:骨密度(大腿骨の付け根)に関するSNP(非特許文献 8)
rs5945326:2型糖尿病に関するSNP(非特許文献 9)
rs762551:カフェイン代謝の速さに関するSNP(非特許文献 10)
rs12688220:膵炎に関するSNP(非特許文献 11)
rs754466:肝臓酵素レベル(γGTP)に関するSNP(非特許文献 12)
rs1934179:尿道下裂に関するSNP(非特許文献 13)
rs479336:骨密度(大腿骨の付け根)に関するSNP(非特許文献 14)
染色体番号 X
染色体上の位置 17698397
塩基配列 GGCTGATTATCCCCATGGGAGGAAG[A/G]GGCTGCTGAGGGAAGTGCATGGGCC(配列番号1)
染色体番号 X
染色体上の位置 43688964
塩基配列 TTGTGATGACAGATGTTTGAAGTTA[A/C]CAGAATAAAGGAAGTTAATTTGCGA(配列番号2)
染色体番号 12
染色体上の位置 112645401
塩基配列 CTGTGGTCTGGTGGTTAACAGTTCA[T/C]ATCTGAAGTCATACTGTTTACCAGC(配列番号3)
染色体番号 11
染色体上の位置 15710084
塩基配列 CCAGCATTGACCAGCTTCTCTTTGC[T/G]GCCAACCATATTCCCCTTTCAGTTT(配列番号4)
染色体番号 X
染色体上の位置 152899922
塩基配列 ATTCCTTCCCTCCTGGGGTCTACAC[A/G]CATTGCTACGGCCCCATCCCAGAGC(配列番号5)
染色体番号 15
染色体上の位置 75041917
塩基配列 TGCTCAAAGGGTGAGCTCTGTGGGC[A/C]CAGGACGCATGGTAGATGGAGCTTA(配列番号6)
染色体番号 X
染色体上の位置 106244767
塩基配列 ATGTCCTTTGAGCATCATTTTTTAC[T/C]CCCATTGGGTGCTTTACATTTGTCT(配列番号7)
染色体番号 10
染色体上の位置 79680434
塩基配列 GACAAACCTCATGGTAGGATTCTGA[A/T]TGGTCTGGCCAGTGTTATGTGTCCA(配列番号8)
染色体番号 X
染色体上の位置 50182184
塩基配列 TGTATTTCTTCCAATAGTGACTGGC[T/C]TTTAGGAGCCAATTGATAGAAAAAT(配列番号9)
染色体番号 1
染色体上の位置 172199573
塩基配列 TATGTTTTGTAAAAGTTTGCATATT[T/G]TTGTAGGGGATTGATTGTTTTGCTG(配列番号10)
本SNPセットを用いた判定方法の精度について説明する。上記データベースから、テスト用に、利用者の遺伝子型情報と罹患情報とを対応付けたデータセットを作成した。データセットにおける各利用者の本SNPセットの各SNPの遺伝子型を、ホモ接合型(AA,BB)と、ヘテロ接合型(AB)に分類し、分類した各遺伝子型が図2に示す網掛けをした遺伝子型と一致する場合には、xiの値を1と評価し、一致しない場合には0と評価して、x1~xNを特徴量として算出した。
本SNPセットを用いる判定モデルが、各比較SNPセットを用いる比較判定モデルよりも有意に優れたモデルであることを確かめるために、ノンパラメトリック検定の一種であるウィルコクソンの順位和検定を行った。具体的には、本SNPセットを用いる判定モデルのAUCと、各比較SNPセットを用いる比較判定モデルのAUCとに差が無いという帰無仮説を設定し、有意水準を0.01としてウィルコクソンの順位和検定を行った。
Claims (2)
- 接触性皮膚炎に罹患したヒトの遺伝子型データと、接触性皮膚炎に罹患していないヒトの遺伝子型データと、を学習データとして用いて機械学習したモデルを用いて、接触性皮膚炎と正の相関があるrs12688220(配列番号7)、rs1934179(配列番号9)、rs5955543(配列番号1)、rs5945326(配列番号5)、及びrs6651806(配列番号2)と、接触性皮膚炎と負の相関があるrs754466(配列番号8)、rs7108738(配列番号4)、rs2074356(配列番号3)、rs762551(配列番号6)、及びrs479336(配列番号10)を少なくとも含む一塩基多型セットの遺伝子型情報であって、
rs12688220(配列番号7)の遺伝子型がTC、rs1934179(配列番号9)の遺伝子型がTC、rs5955543(配列番号1)の遺伝子型がAG、rs5945326(配列番号5)の遺伝子型がAG、rs6651806(配列番号2)の遺伝子型がAC、rs754466(配列番号8)の遺伝子型がAT、rs7108738(配列番号4)の遺伝子型がTT、rs2074356(配列番号3)の遺伝子型がCC、rs762551(配列番号6)の遺伝子型がAA、及びrs479336(配列番号10)の遺伝子型がTGであるか否かに関する遺伝子型情報に基づいて、接触性皮膚炎のリスクを判定する、方法。 - リスクの判定を受ける対象者の体液サンプル、細胞サンプル又は体毛を用いる、請求項1に記載の方法。
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Citations (4)
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Non-Patent Citations (1)
Title |
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YUCESOY, B. et al.,Association of MHC region SNPs with irritant susceptibility in healthcare workers,Journal of Immunotoxicology,2016年,Vol. 13, No. 5,P. 738-744 |
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Publication number | Publication date |
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