JP7161441B2 - 慢性副鼻腔炎のリスクを判定する方法 - Google Patents
慢性副鼻腔炎のリスクを判定する方法 Download PDFInfo
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Description
rs10157379:血液中のフィブリノーゲン濃度に関するSNP(非特許文献 1)
rs13336428:骨密度(大腿骨の付け根)に関するSNP(非特許文献 2)
rs6947045:計算速度に関するSNP(非特許文献 3)
rs74225573:角膜曲率に関するSNP(非特許文献 4)
rs9349379:冠動脈の石灰化に関するSNP(非特許文献 5)
rs9349379:冠動脈疾患に関するSNP(非特許文献 6)
rs9349379:片頭痛に関するSNP(非特許文献 7)
rs9349379:前兆のない片頭痛に関するSNP(非特許文献 8)
rs1004467:高血圧に関するSNP(非特許文献 9)
rs762551:カフェイン代謝の速さに関するSNP(非特許文献 10)
rs1042725:出生時体重に関するSNP(非特許文献 11)
rs1042725:幼少期の頭の大きさに関するSNP(非特許文献 12)
染色体番号 1
染色体上の位置 247605599
塩基配列 TTCTGTATTTCTATTTTTCCTGCCT[T/C]GTAGACACCAAAGAGCTTAAAAAAC(配列番号1)
染色体番号 16
染色体上の位置 1532463
塩基配列 AGAAGCACAACTCGGTGAGTGACTC[A/G]GGGAACCGTCACGCCGGCATCCGCG(配列番号2)
染色体番号 7
染色体上の位置 107499947
塩基配列 AGTTTCGTGTTAAAAATCATAGAAT[T/C]GGTTGGCTAAACAGGATAAATTGTG(配列番号3)
染色体番号 1
染色体上の位置 11280994
塩基配列 GAAGCTAGACGTTGCTAGATAAGAT[T/C]TTATTTATAGTTCTAGCTCTGGAAC(配列番号4)
染色体番号 6
染色体上の位置 12903957
塩基配列 TCTATGCCCTTGAGATCATATAAAA[A/G]TAGCTTAAAATCATTGGCCATAGTT(配列番号5)
染色体番号 10
染色体上の位置 104594507
塩基配列 TGCCAGCCCTGCCTTCAGGTTCTAG[T/C]AGACCCTGACATTGTCCCCAATCTT(配列番号6)
染色体番号 15
染色体上の位置 75041917
塩基配列 TGCTCAAAGGGTGAGCTCTGTGGGC[A/C]CAGGACGCATGGTAGATGGAGCTTA(配列番号7)
染色体番号 12
染色体上の位置 66358347
塩基配列 TCAATACTACCTCTGAATGTTACAA[T/C]GAATTTACAGTCTAGTACTTATTAC(配列番号8)
本SNPセットを用いた判定方法の精度について説明する。上記データベースから、テスト用に、利用者の遺伝子型情報と罹患情報とを対応付けたデータセットを作成した。データセットにおける各利用者の本SNPセットの各SNPの遺伝子型を、ホモ接合型(AA,BB)と、ヘテロ接合型(AB)に分類し、分類した各遺伝子型が図2に示す網掛けをした遺伝子型と一致する場合には、xiの値を1と評価し、一致しない場合には0と評価して、x1~xNを特徴量として算出した。
本SNPセットを用いる判定モデルが、各比較SNPセットを用いる比較判定モデルよりも有意に優れたモデルであることを確かめるために、ノンパラメトリック検定の一種であるウィルコクソンの順位和検定を行った。具体的には、本SNPセットを用いる判定モデルのAUCと、各比較SNPセットを用いる比較判定モデルのAUCとに差が無いという帰無仮説を設定し、有意水準を0.01としてウィルコクソンの順位和検定を行った。
Claims (2)
- 慢性副鼻腔炎に罹患したヒトの遺伝子型データと、慢性副鼻腔炎に罹患していないヒトの遺伝子型データと、を学習データとして用いて機械学習したモデルを用いて、慢性副鼻腔炎と正の相関があるrs9349379、rs1042725、rs10157379、及びrs6947045と、慢性副鼻腔炎と負の相関があるrs13336428、rs74225573、及びrs1004467(配列番号6)と、慢性副鼻腔炎と正の相関又は負の相関があるrs762551を少なくとも含む一塩基多型セットの遺伝子型情報であって、
rs762551の遺伝子型がCC、rs9349379の遺伝子型がAG、rs1042725の遺伝子型がTT、rs10157379の遺伝子型がTC、rs6947045の遺伝子型がCC、rs13336428の遺伝子型がAA、rs74225573の遺伝子型がTT、rs1004467(配列番号6)の遺伝子型がTT又はTC、及びrs762551の遺伝子型がAAであるか否かに関する遺伝子型情報に基づいて、慢性副鼻腔炎のリスクを判定する、方法。 - リスクの判定を受ける対象者の体液サンプル、細胞サンプル又は体毛を用いる、請求項1に記載の方法。
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---|---|
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Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP7255603B2 (ja) | 2018-03-19 | 2023-04-11 | タクトテック オーイー | 電子機器用の多層構造及び関連する製造方法 |
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- 2019-04-23 JP JP2019081989A patent/JP7161441B2/ja active Active
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
BMC Medical Genetics,2008年,Vol.9, No.21,pp.1-9 |
PLoS ONE,2012年,Vol.7, No.6, e39247,pp.1-8 |
The Laryngoscope,2000年,Vol.110,pp.1711-1714 |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
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JP7255603B2 (ja) | 2018-03-19 | 2023-04-11 | タクトテック オーイー | 電子機器用の多層構造及び関連する製造方法 |
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---|---|
JP2020178565A (ja) | 2020-11-05 |
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