JP7107885B2 - 化学物質過敏症のリスクを判定する方法 - Google Patents
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Description
rs5945326:2型糖尿病に関するSNP(非特許文献 1)
rs4911495:男性のウエスト-ヒップ比に関するSNP(非特許文献 2)
rs9642880:膀胱がんに関するSNP(非特許文献 3)
rs4148941:椎間板変性症に関するSNP(非特許文献 4)
rs7579899:腎臓がんに関するSNP(非特許文献 5)
rs1535:血液中のαリノレン酸濃度に関するSNP(非特許文献 6)
rs4820268:血液中の鉄分濃度に関するSNP(非特許文献 7)
rs11066280:収縮期血圧に関するSNP(非特許文献 8)
rs11066280:拡張期血圧に関するSNP(非特許文献 9)
染色体番号 X
染色体上の位置 152899922
塩基配列 ATTCCTTCCCTCCTGGGGTCTACAC[A/G]CATTGCTACGGCCCCATCCCAGAGC(配列番号1)
染色体番号 20
染色体上の位置 33971978
塩基配列 CAGATCTATGCAACACTGAGCACTT[A/C]CAGGGTTAATCTGAACAGAGCTGTT(配列番号2)
染色体番号 8
染色体上の位置 128718068
塩基配列 GCAAAGGCTGGAGTTAGGAGAACCC[T/G]TGGTTGATGGCTTTGTTAATTATTA(配列番号3)
染色体番号 10
染色体上の位置 73768992
塩基配列 ATGACACACCTCAGAGGAGCCTGTG[A/C]TTAACATTTGTAGGATTATTTCGAG(配列番号4)
染色体番号 2
染色体上の位置 46537604
塩基配列 AACTGTTCATTGCACACCCTGTACA[A/G]AGCACTGCGACCAAGCTGTTCCTTG(配列番号5)
染色体番号 11
染色体上の位置 61597972
塩基配列 CACATCTCTCCTAACAGAGGACTAG[A/G]ATGACCTACTCTTCCCTGACCTTTT(配列番号6)
染色体番号 22
染色体上の位置 37469591
塩基配列 CCCTACCTTCCTGGCACTGCTCTTC[A/G]TCGCTGCCGTTGAGACAATCAGGCT(配列番号7)
染色体番号 12
染色体上の位置 112817783
塩基配列 AGAGGTTCTTTCCTTTGAAAACCAT[A/T]CTTCTGTGGAAATAGCTGACAAATT(配列番号8)
本SNPセットを用いた判定方法の精度について説明する。上記データベースから、テスト用に、利用者の遺伝子型情報と罹患情報とを対応付けたデータセットを作成した。データセットにおける各利用者の本SNPセットの各SNPの遺伝子型を、ホモ接合型(AA,BB)と、ヘテロ接合型(AB)に分類し、分類した各遺伝子型が図2に示す網掛けをした遺伝子型と一致する場合には、xiの値を1と評価し、一致しない場合には0と評価して、x1~xNを特徴量として算出した。
本SNPセットを用いる判定モデルが、各比較SNPセットを用いる比較判定モデルよりも有意に優れたモデルであることを確かめるために、ノンパラメトリック検定の一種であるウィルコクソンの順位和検定を行った。具体的には、本SNPセットを用いる判定モデルのAUCと、各比較SNPセットを用いる比較判定モデルのAUCとに差が無いという帰無仮説を設定し、有意水準を0.01としてウィルコクソンの順位和検定を行った。
Claims (2)
- 化学物質過敏症に罹患したヒトの遺伝子型データと、化学物質過敏症に罹患していないヒトの遺伝子型データと、を学習データとして用いて機械学習したモデルを用いて、化学物質過敏症と正の相関があるrs5945326、rs4148941、及びrs4820268と、化学物質過敏症と負の相関があるrs7579899、rs4911495、rs9642880、及びrs11066280と、化学物質過敏症と正の相関又は負の相関があるrs1535を少なくとも含む一塩基多型セットの遺伝子型情報であって、
rs5945326の遺伝子型がAG、rs4148941の遺伝子型がAC、rs1535の遺伝子型がAG、rs4820268の遺伝子型がAG、rs7579899の遺伝子型がAA又はAG、rs1535の遺伝子型がAA、rs4911495の遺伝子型がAC、rs9642880の遺伝子型がTG、及びrs11066280の遺伝子型がTTであるか否かに関する遺伝子型情報に基づいて、化学物質過敏症のリスクを判定する、方法。 - リスクの判定を受ける対象者の体液サンプル、細胞サンプル又は体毛を用いる、請求項1に記載の方法。
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Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
Clinical Toxicology,2009年,Vol.47,p.436, 440, Abstract No.11 |
日農医誌,2014年,Vol.63, No.4,p.683-692 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP2020178554A (ja) | 2020-11-05 |
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