JP6899779B2 - コムギ雄性不稔遺伝子wmsおよびその葯特異的発現プロモーターならびにそれらの使用 - Google Patents
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Description
本願は、2015年6月4日に出願された中国特許出願第201510303817.0号の優先権を主張するものであり、上記出願の主題はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本発明は、1つのコムギ雄性不稔(WMS)遺伝子、その葯特異的遺伝子プロモーターおよびそれらの使用に関する。
[1]以下の(a)〜(e):(a)配列番号1のヌクレオチド配列を含むcDNA;(b)配列番号2のアミノ酸配列をコードするDNA;(c)配列番号6のヌクレオチド配列を含むDNA;(d)(i)配列番号2のアミノ酸配列を含むタンパク質と機能的に等価であり、かつ(ii)配列番号2のアミノ酸配列を含み、1つまたは複数のアミノ酸が置換、欠失、付加および/または挿入されているタンパク質をコードする、DNA;ならびに(e)(i)配列番号2のアミノ酸配列を含むタンパク質と機能的に等価なタンパク質をコードし、かつ(ii)配列番号1および6のヌクレオチド配列を含むDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNAのいずれか1つの単離DNA;
[2]配列番号1および6のDNAの転写産物に相補的なアンチセンスRNAをコードするDNA;
[3]配列番号1および6のDNAの転写産物を特異的に切断するリボザイム活性を備えたRNAをコードするDNA;
[4]植物細胞内で発現すると共抑制作用によって配列番号1および6のDNAの発現をダウンレギュレートするRNAをコードするDNA;
[5][1]のDNAがコードする植物細胞内の内因性転写産物にドミナントネガティブな特徴を備えたRNAをコードするDNA;または[1]のDNAがコードする植物細胞内の内因性タンパク質にドミナントネガティブな特徴を備えたタンパク質をコードするDNA;
[6][1]〜[5]のいずれか1つのDNAを含むベクター;
[7][1]〜[5]のいずれか1つのDNAまたは[6]のベクターが導入されている形質転換植物細胞;
[8][7]の形質転換植物細胞を含む形質転換植物体;
[9][8]の形質転換植物体の形質転換植物体クローンまたは形質転換植物体子孫であって、[7]の形質転換植物細胞を含む形質転換植物体クローンまたは形質転換植物体子孫;
[10][7]の形質転換植物細胞を含む[8]または[9]の形質転換植物体由来の種子、組織および器官;
[11]以下の(a)〜(c):(a)配列番号5のヌクレオチド配列を含むDNA;(b)配列番号5のヌクレオチド配列を含み、1つまたは複数のヌクレオチドが置換、欠失、付加および/または挿入されているDNA;ならびに(c)配列番号5のヌクレオチド配列を含むDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNAのいずれか1つのDNAであって、葯特異的プロモーター活性を備えた、DNA;
[12][11]のDNAを含むベクター;
[13][11]または[12]のDNAを含む形質転換植物細胞;
[14][13]の形質転換植物細胞を含む形質転換植物体;
[15][14]の形質転換植物体の形質転換植物体クローンまたは形質転換植物体子孫であって、[13]の形質転換植物細胞を含む形質転換植物体クローンまたは形質転換植物体子孫;
[16][13]の形質転換植物細胞を含む[14]または[15]の形質転換植物体由来の種子、組織および器官;
[17]配列番号1および4のヌクレオチド配列を含むDNAに対するゲノム編集ならびに/あるいは変異誘発誘導によって作製した遺伝子改変植物細胞であって、上記の改変が植物の雄性稔性を調節する遺伝子改変植物細胞;
[18][17]の遺伝子改変植物細胞を含む遺伝子改変植物体;
[19][18]の遺伝子改変植物体の植物体クローンまたは植物体子孫であって、[17]の改変植物細胞を含む植物体クローンまたは植物体子孫;ならびに
[20][17]の改変植物細胞を含む[18]または[19]の遺伝子改変植物体由来の種子、組織および器官。
本発明は、WMSタンパク質をコードするDNAを提供する。「Taiguコムギ」のWMS cDNAのヌクレオチド配列は配列番号1で表され、WMS cDNAがコードするタンパク質のアミノ酸配列は配列番号2で表され、「Taiguコムギ」のWMS遺伝子のプロモーター、転写可能なフラグメントおよびターミネーターを含む完全長ヌクレオチド配列は配列番号4で表され、「Taiguコムギ」のWMSプロモーターのヌクレオチド配列は配列番号5で表され、「Taiguコムギ」のWMS遺伝子の転写可能なフラグメントのヌクレオチド配列は配列番号6で表される。
本発明は、山東農業大学(Shandong Agricultural Universtiy)で開発された1対のMs2同質遺伝子コムギ系統「Lumai 15」および「LM15Ms2」に基づくものである。コムギ植物体は、温室内で16時間の光周期下(105μmol・m−2・s−1)、日中温度25〜30℃、夜間温度15〜20℃で維持した。水、通常の化学薬品および植物ホルモンはFisher Scientific社(ピッツバーグ、ペンシルベニア州、米国)およびSigma−Aldrich社(セントルイス、ミズーリ州、米国)から、植物組織培地はPhytoTechnology Laboratories社(オーバーランドパーク、カンザス州、米国)から、微生物増殖培地はBD社(Becton,Dickinson and Company社、フランクリンレイクス、ニュージャージー州、米国)から、抗生物質はGold Biotechnology社(セントルイス、ミズーリ州、米国)から購入したものである。本発明のPCRプライマーを表1に記載する。
トランスクリプトーム解析によって葯特異的発現を示す遺伝子を明らかにする
RNAシーケンシング(RNA−seq)では、ハイスループットなDNAシーケンシング技術を用いるcDNAの直接シーケンシングを実施する(Nagalakshmiら,2001)。RNA−seq法を実施して1対のMs2同質遺伝子系統「Lumai 15」と「LM15Ms2」の葯特異的トランスクリプトームを明らかにした。発育段階がほぼ同じ葯を選択する基準として、止め葉と最後から2番目の葉との間の葉耳間長を用いた。葉耳間長が4cmに達した主茎または分げつ枝から葯、雌ずいおよび止め葉を別個に採取した。葯については、「Lumai 15」および「LM15Ms2」の三つ組をそれぞれ準備した。雌ずいについては、「Lumai 15」および「LM15Ms2」由来の組織を等量プールすることによって三つ組を準備し、止め葉についても同様に準備した。Trizol法(Life Technologies社、グランドアイランド、ニューヨーク州、米国)を用いて全RNAを抽出し、Berry Genomics社(北京、中国)が提供するRNA−seqに供した。
WMS遺伝子の完全長cDNAのクローン化
「LM15Ms2」の葯の全RNA(RNAの一部をRNA−seqに供した)を使用して、RevertAid Frist Strand cDNA Synthesis Kit(Thermo Scientific社、ウォルサム、マサチューセッツ州、米国)を用いてcDNAを調製した。SMARTer RACE cDNA Amplification ket(Clontech Laboratories社、マウンテンビュー、カリフォルニア州、米国)を用いたRACE PCRにより「LM15Ms2」からWMS遺伝子(配列番号1)の5’cDNA末端および3’cDNA末端を同定した。5’RACE PCRにはWMS−RP1およびWMS−RP2の2種類のWMSプライマーを使用し、WMS−RP1にWMS−RP2をはめ込んだ。3’RACE PCRには別の2種類のWMSプライマー、WMS−FP1とWMS−FP2を使用し、WMS−FP1にWMS−FP2をはめ込んだ。5’RACE PCR産物および3’RACE PCR産物のシーケンシングにより、RNA−seq解析時に組み立てられたWMS遺伝子の完全長の状態での妥当性が確認された。したがって、WMSプライマーであるWMS−FP3およびWMS−FP3を用いて「LM15Ms2」からWMSの完全長cDNAをクローン化し、これは配列番号1のヌクレオチド配列と一致するものであった。1,485bpのcDNAには882bpのオープンリーディングフレーム(ORF)が含まれていた。cDNAの5’末端にインフレーム停止コドンが2つあることから、予測ORFが信頼できるものであると考えられた。本発明では、予測開始コドンに隣接する上流領域がWMS遺伝子のプロモーターであると考えた。
「LM15Ms2」のゲノムBACライブラリーの構築
標準プロトトル(prototol)(LuoおよびWing,2003;Shiら,2011)を用いて「LM15Ms2」の細菌人工染色体(BAC)ライブラリーを構築した。簡潔に述べれば、葉組織から高分子量(HMW)ゲノムDNAを抽出し、制限酵素HindIIIを用いて部分的に消化し、1%アガロース上でパルスフィールドゲル電気泳動(PFGE)により分離し;100〜300kbの範囲のDNAフラグメントをアガロースゲルから回収し、再びPFGEを実施することによって再選択し、HindIIIによって開環し脱リン酸化したBACベクターpIndigoBAC536−S内に連結し;連結産物を大腸菌(E.coli)DH10B T1 Phage−Resistant Cell(Invitrogene社、カールスバッド、カリフォルニア州、米国)に形質転換し;12.5mg/Lのクロラムフェニコール、80mg/LのX−gal、100mg/LのIPTGを含むLB培地で形質転換細胞を選択し;白色コロニーを個々に取り出して384ウェルマイクロタイタープレートに入れた。結果として、BACクローン706,176個を取り出し、384ウェルプレート1,839個に配置した(表2)。無作為に選択した337個のBACクローンに品質検査を実施したころ、平均挿入サイズが124.6kbであり、空き率が0.50%であることがわかった。したがって、「LM15Ms2」BACライブラリーのカバレッジはコムギゲノム(約16Gb)の5.5倍であることがわかった。
「LM15Ms2」のBACクローンのスクリーニングおよびシーケンシング
「LM15Ms2」BACライブラリー用にPCRベースのスクリーニング法を開発した。最初に、新たな384ウェルプレートのセットに播種することによってBACライブラリーを複製し、ZR BAC DNA Miniprep Kit(Zymo Research社、アーバイン、カリフォルニア州、米国)を用いて各複製プレートの培養物から一次プラスミドプールを調製し、10個の一次プラドミド(pladmid)プールから等量のプラスミドDNAをプールすることによって超プラスミドプールを作製した。全体で1,839個の一次プラスミドプールを調製し、184個の超プラスミドプールを作製した。
WMS遺伝子の組織特異的発現の解析
逆転写PCR(RT−PCR)およびqRT−PCRの両方を用いて各コムギ組織のWMS遺伝子のmRNAレベルを測定した。RT−PCRには、WMS−FP6およびWMS−RP6の2種類のWMSプライマーを使用し、アクチン対照としてアクチン−FP1およびアクチン−RP1の2種類のプライマーを使用した。qRT−PCRには、別の2種類のWMSプライマー、WMS−FP7とWMS−RP7を使用し、アクチン対照としてアクチン−FP2およびアクチン−RP2の2種類のプライマーを使用した(Fuら,2007)。WMS遺伝子は、コムギの葯には特異的に発現したが、苞穎、葉、外穎、内穎、雌ずい、根および茎などのほかの組織には発現しなかった(図3A)。葯のWMSのmRNAレベルは、ほかの被験組織よりも100倍顕著であった(図3B)。
WMSプロモーターの同定
予測開始コドンの上流にあるDNA領域を優性WMSのものと劣性wmsのものとで比較することによって解析した。機能的プロモーターを回収するため、植物遺伝子、特に未知の植物遺伝子としては比較的長いフラグメント(2〜4kb)を考慮した。本発明では、3502bpのフラグメント(配列番号3)が「Lumai 15」の劣性wms遺伝子のプロモーターであると考えた。「LM15Ms2」の優性WMS遺伝子の対応する領域は5578bp(配列番号4)であった。選択したWMSおよびwmsのプロモーターは、5’末端の2414bpの塩基が一致していたが、wmsプロモーターの残りの1088bpには、WMSプロモーターの残りの3164bpと比較して相当な差がみられた。WMSプロモーターのサイズの増大は、それぞれ275bpおよび1791bpの2つのトランスポゾンの挿入が主な原因であった。WMS遺伝子の5578bpの上流領域が葯特異的活性を備えているのではないかと考えられた。
「LM15RMs2」のEMS集団の開発
メタンスルホン酸エチル(EMS;Sigma−Aldrich社、セントルイス、ミズーリ州)の87.4μM溶液を用いてWMS陽性M1植物体1,200体を含む「LM15Ms2」の変異体集団を作出した。簡潔に述べれば、「LM15Ms2」/「Lumai 15」の交配から得られた種子(M0)全400個を87.4μMのEMS(0.9%水溶液、v/v)100mlに浸漬した後、150rpmで稼働させた振盪器で25℃にて10時間インキュベートした。EMS処置の後、種子を流水下、室温で4時間洗浄した。変異を誘発したM1種子を湿紙上に置き、プラスチックラップで覆ったプラスチック製の箱(長さ×幅×高さ=40cm×30cm×20cm)の中で維持した後、25℃、16時間の光周期下で8日間インキュベートした。根を有する活発な実生を土壌に移植し、4℃の低温室中、12時間の光周期で6週間維持した。次いで、春化処理したM1植物体を25℃の温室中、16時間の光周期で維持した。温室では、優性WMS遺伝子を保有する植物体のみを維持したが、優性WMSを欠く植物体を廃棄し、これにより、WMSを有するM1植物体1200体を含む変異体集団を得た。
「LM15Ms2」のEMS集団のWMS変異のTILLINGスクリーニング
WMSを有するM1植物体1200体にはいずれも優性WMS遺伝子が存在することから、これらは雄性不稔性であると考えられる。しかし、WMS遺伝子の変異のなかには、WMS遺伝子の機能を打ち消し雄性稔性の特性を生じさせるものがあると考えられる。したがって、WMSを有するM1植物体1200体の穂すべてを対象に雄性稔性/不稔性の特性を検討した。調査した穂3138個のうち20個が、正常な葯、花粉分散および結実を特徴とする雄性稔性の表現型を示した(図5)。
微粒子銃撃込みを用いたトランスジェニックBobwhiteの作製
遺伝的相補性試験を実施するため、KOD FXキットおよび2つの特異的PCRプライマーWMS−FP11およびWMS−RP11を用いて、「LM15Ms2」からWMS遺伝子の10,592bpのゲノムフラグメント(配列番号7)をクローン化した。PCR産物をエントリーベクターおよびデスティネーションベクターにクローン化した後、BAR選択マーカーを保有する植物発現構築物(PC976)を調製した(図4A)。本発明では、WMS遺伝子を保有するBACクローンを得た。本発明のBACクローンからWMS遺伝子(配列番号7)をクローン化すると便利である。Taiguコムギから直接クローン化することに興味がある場合、連続PCR(Vaslら,2004)によって完全長WMS遺伝子(配列番号7)の増幅が容易になる。
アグロバクテリウム(Agrobacterium)媒介形質転換を用いたトランスジェニックヤマカモジグサ(Brachypodium)の作製
本発明ではほかにも、モデル植物のヤマカモジグサ(Brachypodium)でWMS遺伝子機能を検証した。エレクトロポレーションによってアグロバクテリウム(Agrobacterium)「AGL1」系統に植物発現構築物PC976(図4A)を送達した。アグロバクテリウム(Agrobacterium)媒介プロトコル(Braggら,2012)を用いてトランスジェニックヤマカモジグサ(Brachypodium)植物体を得た。
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Claims (8)
- 以下の(a)〜(g):
(a)配列番号1のヌクレオチド配列を含むcDNA;
(b)配列番号2のアミノ酸配列をコードするDNA;
(c)配列番号6のヌクレオチド配列を含むDNA;
(d)コムギ雄性不稔を引き起こすタンパク質であって、配列番号2のアミノ酸配列と配列同一性が少なくとも90%のアミノ酸配列を含むタンパク質をコードするDNA;
(e)コムギ雄性不稔を引き起こすタンパク質をコードするDNAであって、配列番号1または6のヌクレオチド配列を含むDNAと高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNAであって、前記高ストリンジェントな条件が、洗浄段階を、0.1×以下の希薄SCC緩衝液中、65℃以上で15分以上実施する条件である、DNA;
(f)コムギ雄性不稔を引き起こすタンパク質をコードするDNAであって、配列番号1または6のヌクレオチド配列と配列同一性が少なくとも90%のヌクレオチド配列を含むDNA;および
(g)配列番号1または6のDNAの転写産物に相補的なアンチセンスRNAをコードする、DNA;
のいずれか1つである単離されたDNA。 - ベクター中に提供されている、請求項1に記載の単離されたDNA。
- 前記ベクターが、以下の(a)〜(c)のいずれか1つのDNAであって、葯特異的プロモーター活性を備えた、DNA:
(a)配列番号5のヌクレオチド配列を含むDNA;
(b)配列番号5のヌクレオチド配列と配列同一性が少なくとも90%のヌクレオチド配列を含むDNA;ならびに
(c)配列番号5のヌクレオチド配列を含むDNAと高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNAであって、前記高ストリンジェントな条件が、0.1×以下の希薄SCC緩衝液中、65℃以上で15分以上実施する条件である、DNA;
をさらに含む、請求項2に記載の単離されたDNA。 - 請求項1に記載のDNAあるいは請求項2または3に記載のベクターで形質転換された形質転換植物細胞。
- 請求項4に記載の形質転換植物細胞を含む、形質転換植物体。
- 請求項5に記載の形質転換植物体の種子、組織および器官。
- 請求項1〜3のいずれか一項に記載のDNAを用いる、植物の雄性稔性を調節する方法。
- 請求項1〜3のいずれか一項に記載のDNAを用いる、植物に雄性不稔性を付与する方法。
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