JP2024037894A - 抗nkg2a抗体およびその使用 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2018年11月16日に出願された米国仮出願第62/768,471号および2019年10月29日に出願された米国仮出願第62/927,211号の優先権の利益を主張し、これらはいずれも参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本出願は、ASCII形式で電子的に提出された、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、配列表を含む。2019年11月4日に作成された該ASCIIコピーは、13119-WO-PCT_SL.txtという名称であり、サイズが273,467バイトである。
(a)NKG2Aリガンド(例えば、ヒトにおけるHLA-E)のヒトNKG2Aタンパク質との結合および/もしくは相互作用を低減(例えば、遮断)すること、
(b)NKG2Aに媒介される阻害性シグナル伝達を逆転させること、
(c)ヒトNKG2Cタンパク質と結合しないか、もしくは低い親和性で結合すること、
(d)ヒトおよび/もしくはカニクイザルNKG2Aと結合すること、
(e)ナチュラルキラー細胞応答を増強すること、
(f)T細胞の機能的活性を増強すること、
(g)ヒトFcガンマ受容体(FcγR)との結合が低減されていること、
(h)抗腫瘍免疫応答を誘導および/もしくは増強すること、
(i)抗ウイルス免疫応答を誘導および/もしくは増強すること、
ならびに/または
(j)ヒト対象を含む、対象において低い免疫原性を有すること
のうちの少なくとも1つを呈する、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片を提供する。
(a)細胞結合アッセイによって測定される場合、ヒトNKG2Aタンパク質との結合に関して、約0.6nM以下のEC50値を有すること、
(b)細胞結合アッセイによって測定される場合、ヒトNKG2Cタンパク質との結合に関して、約9.0nM以上のEC50値を有すること、
(c)ヒトNKG2Aタンパク質との結合に関して、ヒトNKG2Cタンパク質との結合に関する第2のEC50値よりも約15倍低いEC50値を有すること、
(d)細胞遮断アッセイによって測定される場合、HLA-EのヒトNKG2Aタンパク質との結合および/もしくはそれとの相互作用を低減することに関して、約1.0nM以下のIC50値を有すること、
(e)スキャッチャード解析によって測定される場合、約0.4nM以下のKDで、ヒトNKG2Aタンパク質と結合すること、
(f)表面プラズモン共鳴によって測定される場合、約61nM以下のKDで、ヒトNKG2Aと結合すること、
(g)スキャッチャード解析によって測定される場合、約1.0nM以下のKDで、カニクイザルNKG2Aと結合すること、
(h)NKG2A発現細胞と結合すると、内部移行されること、
(i)インターフェロン-ガンマ(IFNγ)産生を増大させること、
(j)約0.5nM以下のEC50値で内部移行(internationalization)を示すこと、ならびに/または
(k)抗NKG2A抗体:NKG2A複合体の半減期が、約40秒以上であること
のうちの1つまたは複数を有する。いくつかの実施形態では、抗NKG2A抗体:NKG2A複合体の半減期は、表面プラズモン共鳴分析を使用して測定される。
(a)配列番号10、11、12のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、ならびに配列番号13、14、および15のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(b)配列番号10、11、および12のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、ならびに配列番号154、14、および15のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、または
(c)配列番号10、11、および12のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、ならびに配列番号155、14、および15のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン
を含む、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片を提供する。
それぞれ、
(a)重鎖可変領域が、配列番号8もしくは配列番号167のアミノ酸配列と少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、約100%、もしくは100%同一であるアミノ酸配列を含み、かつ/または
(b)軽鎖可変領域が、配列番号9、配列番号164、もしくは配列番号169のアミノ酸配列と少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、約100%、もしくは100%同一であるアミノ酸配列を含む、
単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片を提供する。
(a)それぞれ、配列番号7および5のアミノ酸配列、
(b)それぞれ、配列番号7および19のアミノ酸配列、または
(c)それぞれ、配列番号35および36のアミノ酸配列
から本質的になる、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片を提供する。
(a)LSIDNEEMKF(配列番号156);
(b)PSSWIGVFRNSSHHPW(配列番号157);
(c)LAFKHEIKDSDN(配列番号158);および
(d)QVNRLKSAQQCGSSIIYHC(配列番号159)
と特異的に結合する、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片を提供する。
(a)LSIDNEEMKF(配列番号156)
(b)PSSWIGVFRNSSHHPW(配列番号157)
(c)LAFKHEIKDSDN(配列番号158)
(d)L;および
(e)QVNRLKSAQQCGSSIIYHC(配列番号159)
と特異的に結合する、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片を提供する。
(a)重鎖が、配列番号7のアミノ酸配列と少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、約100%、もしくは100%同一であるアミノ酸配列を含み、かつ/または
(b)軽鎖が、配列番号5のアミノ酸配列と少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、約100%、もしくは100%同一であるアミノ酸配列を含む、
単離された全長モノクローナル抗体を提供する。
本明細書において説明がより容易に理解され得るために、特定の用語をまず定義する。別途定義されない限り、本明細書に使用されるすべての技術用語および科学用語は、本開示が関連する当業者によって広く理解されているものと同一の意味を有する。さらなる定義は詳細な説明を通じて示されている。本明細書において提供される見出しは、全体として本明細書への参照によって理解することができる本開示の様々な態様を制限するものではない。したがって、すぐ下に定義されている用語は、本明細書を全体として参照することによってより完全に定義される。
(1)変異体1:ヒトNGK2Aアイソフォーム1(ヌクレオチド配列は配列番号1または209(受託番号NM 002259.5)に記載され、アミノ酸配列は配列番号2(受託番号NP 002250.2、UniProt ID P26715-1)に記載される):
(2)変異体2:ヒトNGK2Aアイソフォーム2はまた、NKG2AアイソフォームNKG2Bとも称される(ヌクレオチド配列は配列番号210(受託番号NM 007328.4)に記載され、アミノ酸配列は配列番号206(受託番号NP 015567.2、UniProt ID P26715-2)に記載される):
(3)変異体3:ヒトNGK2Aアイソフォーム1、太字かつ強調して示されるN29S SNPを有する(ヌクレオチド配列は配列番号212(受託番号NM 213658.2)に記載され、アミノ酸配列は配列番号182(受託番号NP 998823.1またはAAL65234.1)に記載される:
(4)変異体4:ヒトNKG2Aアイソフォーム2はまた、変異体4にも対応する(ヌクレオチド配列は配列番号211(受託番号NM_213657.2)に記載され、アミノ酸配列は配列番号207(受託番号NP 998822.1)に記載される):
(5)変異体5:ヒトNGK2Aアイソフォーム3はまた、NKG2AアイソフォームCとも称される(ヌクレオチド配列は配列番号208(受託番号NM 001304448.1)に記載され、アミノ酸配列は配列番号205(受託番号NM 001291377.1)に記載される):
以下の表は、上述のDNAおよびタンパク質の受託番号および対応する配列番号の概要を提供する。
(1)Fab断片(パパイン切断に由来する断片)またはVL、VH、LC、およびCH1ドメインからなる類似の一価断片、
(2)F(ab’)2断片(ペプシン切断に由来する断片)またはヒンジ領域においてジスルフィド架橋によって連結された2つのFab断片を含む類似の二価断片、
(3)VHおよびCH1ドメインからなるFd断片、
(4)抗体の単一のアームのVLおよびVHドメインからなるFv断片、
(5)VHドメインからなる単一ドメイン抗体(dAb)断片(Ward et al., (1989) Nature 341:544-46)、
(6)単離された相補性決定領域(CDR)、ならびに
(7)合成リンカーによって接続されていてもよい、2つ以上の単離されたCDRの組合せ
が挙げられる。
本開示は、いくつかの実施形態において、望ましい機能または特性を有する抗NKG2A抗体、例えば、完全ヒト、ヒト化、およびキメラ抗体について記載する。例えば、抗体は、高い親和性で、ヒトNKG2Aタンパク質と特異的に結合する。特定の実施形態では、抗体は、免疫細胞、例えば、T細胞およびNK細胞においてNKG2A媒介性阻害を遮断または逆転させる、アンタゴニスト抗体である。いくつかの実施形態では、抗ヒトNKG2A(抗huNKG2A)抗体は、疾患、例えば、癌または感染を治療する際に治療剤として使用するのに望ましい特性を有する。
(1)ヒトNKG2Aタンパク質と特異的に結合すること、
(2)NKG2Aリガンド(例えば、ヒトにおけるHLA-E)のヒトNKG2Aタンパク質との結合および/もしくは相互作用を遮断もしくは低減すること(他の実施形態では、本明細書に記載される抗NKG2A抗体は、NKG2Aリガンドの非ヒトNKG2Aタンパク質との結合および/もしくは相互作用を遮断もしくは低減する)、
(3)NKG2Aに媒介される阻害性シグナル伝達を逆転させること、
(4)ヒトNKG2Cタンパク質と結合しないか、もしくは低い親和性で結合すること、
(5)高い親和性で、ヒトおよびカニクイザルNKG2Aと結合すること、
(6)マウスもしくはラットNKG2Aと結合しないか、もしくはそれに対して低い親和性を示すこと、
(7)HLA-EのNKG2Cタンパク質との結合による活性化シグナルを妨害しないこと、
(8)ヒトFcガンマ受容体(FcγR)との結合が低減されていること、
(9)抗腫瘍免疫応答を誘導および/もしくは増強すること、
(10)T細胞の機能的活性を増強すること(いくつかの実施形態では、例えば、HLA-E発現腫瘍細胞の溶解によって測定される場合、細胞傷害性T細胞機能を増大させること)、
(11)例えば、ナチュラルキラー(NK)細胞活性化を誘導することによって、NK細胞の機能的活性を増強すること、
(12)サイトカイン、例えば、IFNγ産生を増大させること、ならびに/または
(13)HDX-MSおよび/もしくはFPOPエピトープマッピングによって判定される場合、以下のアミノ酸残基:
領域1:155LSIDNEEEMKF165(配列番号2のアミノ酸残基155~165、
領域2:171PSSWIGVFRNSSHHPW186(配列番号2のアミノ酸残基171~186、
領域3:192LAFKHEIKDSDN203(配列番号2のアミノ酸残基192~203、
領域4:L(配列番号2のアミノ酸残基206)、および
領域5:212QVNRLKSAQCGSSIIYHC229(配列番号2のアミノ酸残基212~229)
を含む不連続な領域内に位置するエピトープと特異的に結合すること、
(14)HDX-MSによって判定される場合、以下のアミノ酸残基:
領域1:155LSIDNEEEMKF165(配列番号2のアミノ酸残基155~165)、
領域2:171PSSWIGVFRNSSHHPW186(配列番号2のアミノ酸残基171~186)、
領域3:192LAFKHEIKDSDN203(配列番号2のアミノ酸残基192~203)、および
領域5:212QVNRLKSAQCGSSIIYHC229(配列番号2のアミノ酸残基212~229)
を含む不連続な領域内に位置するエピトープと特異的に結合すること、
のうちの1つまたは複数を示す。
(a)細胞結合アッセイによって測定される場合、ヒトNKG2Aタンパク質との結合に関して、約0.6nM以下のEC50値を有すること、
(b)細胞結合アッセイによって測定される場合、ヒトNKG2Cタンパク質との結合に関して、約9.0nM以上のEC50値を有すること、
(c)細胞遮断アッセイによって測定される場合、HLA-EのヒトNKG2Aタンパク質との結合および/もしくは相互作用を低減することに関して、約1.0nM以下のIC50値を有すること、
(d)スキャッチャード解析によって測定される場合、約0.4nM以下のKDで、ヒトNKG2Aタンパク質と結合すること、
(e)表面プラズモン共鳴によって測定される場合、約61nM以下のKDで、ヒトNKG2Aタンパク質と結合すること、
(f)スキャッチャード解析によって測定される場合、約1.0nM以下のKDで、カニクイザルNKG2Aタンパク質と結合すること、
(g)NKG2A発現細胞と結合すると、内部移行されること、
(h)インターフェロン-ガンマ(IFNγ)産生を増大させること、ならびに/または
(i)抗NKG2A抗体:NKG2Aタンパク質複合体の半減期が、約40秒以上であること
のうちの1つまたは複数を示す。
a)抗NKG2A抗体が、NKLについては約0.30nMのIC50およびCHO-hNKG2A細胞については約1.0nMのIC50で、HLA-E五量体がヒトNKG2Aを発現する細胞と結合するのを遮断すること、
b)HNKG2A-CD94-mFCまたはカニクイザルNKG2A-CD94-mFcタンパク質と複合体を形成した抗NKG2A抗体が、ヒトHLA-E結合を遮断すること
のうちの1つまたは複数を示す。
a)抗NKG2A抗体のヒトNKG2Aとの結合に関して、抗NKG2A抗体のヒトNKG2Cタンパク質との結合に関する第2のEC50値よりも約15倍低いEC50値を有すること。いくつかの実施形態では、抗NKG2A抗体のヒトNKG2Aとの結合に関するEC50値は、約0.6nMであり、一方で抗NKG2A抗体のヒトNKG2Cとの結合に関するEC50値は、約9.0nMであった。
b)SPR分析に基づいて、抗NKG2A抗体のヒトNKG2Cとの特異的結合がないこと、および/または
c)フローサイトメトリーによって測定される場合、ヒトNKG2CおよびHLA-Eの相互作用を遮断しないこと
のうちの1つまたは複数を示す。
a)約0.2nM以下のEC50値で、CHO/scOKT3/HLA-Eによって刺激されるNKG2A発現Jurkat T細胞株におけるNK-κBシグナル伝達の阻害を逆転させること、
b)CHO/scOKT3/HLA-E/PD-L1と共培養した健常ドナーPBMCから単離したNKG2A+ CD8 Tにおいて、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)を誘導すること、
c)CHO/scOKT3/HLA-E/PD-L1と共培養したヒト腫瘍から単離したNKG2A+ CD8 T細胞において、IFN-γを誘導すること
のうちの1つまたは複数を示す。
a)CHO/MICA/HLA-Eと共培養したNKL細胞において、IFN-γ産生を増大させること、
b)NK細胞脱顆粒化およびHLA-E発現腫瘍細胞の溶解の用量依存的増大を誘導すること
のうちの1つまたは複数を示す。
領域1:155LSIDNEEEMKF165(配列番号2(天然のhNKG2Aアミノ酸配列)のアミノ酸残基155~165、
領域2:171PSSWIGVFRNSSHHPW186(配列番号2のアミノ酸残基171~186)、
領域3:192LAFKHEIKDSDN203(配列番号2のアミノ酸残基192~203)、
領域4:L(配列番号2のアミノ酸残基206)、および
領域5:212QVNRLKSAQCGSSIIYHC229(配列番号2のアミノ酸残基212~229)
を含む不連続な領域内に位置するエピトープと特異的に結合する、抗NKG2Aモノクローナル抗体またはその抗原結合部分に関する。
領域1:155LSIDNEEEMKF165(配列番号2のアミノ酸残基155~165)、
領域2:171PSSWIGVFRNSSHHPW186(配列番号2のアミノ酸残基171~186)、
領域3:192LAFKHEIKDSDN203(配列番号2のアミノ酸残基192~203)、および
領域5:212QVNRLKSAQCGSSIIYHC229(配列番号2のアミノ酸残基212~229
を含む不連続な領域内に位置するエピトープと特異的に結合する、抗NKG2Aモノクローナル抗体またはその抗原結合部分を対象とする。
a)HDX-MSおよび/もしくはFPOPエピトープマッピングによって判定される場合、以下の残基のうちの1つもしくは複数と結合すること:
領域1:155LSIDNEEEMKF165(配列番号2(天然のhNKG2Aアミノ酸配列)のアミノ酸残基155~165、
領域2:171PSSWIGVFRNSSHHPW186(配列番号2のアミノ酸残基171~186)、
領域3:192LAFKHEIKDSDN203(配列番号2のアミノ酸残基192~203)、
領域4:L(配列番号2のアミノ酸残基206)、および
領域5:212QVNRLKSAQCGSSIIYHC229(配列番号2のアミノ酸残基212~229)、
b)NKG2A.11および13F3.A4抗体と同一のヒトNKG2A上のエピトープと結合すること、
c)ヒトNKG2Aとの結合について、NKG2A.11および13F3.A4抗体と競合すること、
d)Biocoreによって測定される場合、約0.4nMのEC50で、ヒトNK細胞と結合すること、
e)Biacoreによって測定される場合、約0.3nMのIC50で、ヒトNK細胞のHLA-Eとの結合を遮断すること、
f)約1nM以下のEC50で、カニクイザルNKG2A発現CHO細胞と結合すること、
g)約9.0nM以上のEC50で、ヒトNKG2Cとの低い結合を有すること(換言すると、抗NKG2A抗体は、ヒトNKG2CのHLA-Eとの相互作用を遮断しない)、ならびに/または
h)CD8+ T細胞およびNK細胞の抗腫瘍応答を増強すること、例えば、
i.初代T:CHO-OKT3-HLA-E-PDL1アッセイにおいて、IFN-γ産生を増大させること、
ii.T細胞腫瘍浸潤リンパ球(TIL):CHO-OKT3-HLA-E-PDL1アッセイにおいて、IFN-γ産生を増大させること、および/もしくは
iii.初代NK細胞アッセイにおいて、細胞傷害性およびIFN-γ産生を増大させること
のうちの少なくとも1つを示す。
いくつかの実施形態では、本発明の抗体は、モノクローナル抗体13F3.A4、NKG2A.9、およびNKG2A.11であり、これらは、以下の実施例に記載されるように、単離され構造的に特徴付けされている。VHおよびVLアミノ酸配列は、配列表および配列一覧に記載されている。
(a)それぞれ、配列番号9および8のアミノ酸配列、
(b)それぞれ、配列番号164および8のアミノ酸配列、または
(c)それぞれ、配列番号169および167のアミノ酸配列
を含む、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片を提供する。
(a)それぞれ、配列番号10、11、12のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、およびCDR3領域を含む重鎖可変ドメイン、ならびにそれぞれ、配列番号13、14、および15のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、およびCDR3領域を含む軽鎖可変ドメイン、
(b)それぞれ、配列番号10、11、および12のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、およびCDR3領域を含む重鎖可変ドメイン、ならびにそれぞれ、配列番号154、14、および15のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、およびCDR3領域を含む軽鎖可変ドメイン、または
(c)それぞれ、配列番号10、11、および12のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、およびCDR3領域を含む重鎖可変ドメイン、ならびにそれぞれ、配列番号155、14、および15のアミノ酸配列を含むCDR1、CDR2、およびCDR3領域を含む軽鎖可変ドメイン
を含む、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片を提供する。
特定の実施形態では、本発明の抗NKG2A抗体は、CDR1、CDR2、およびCDR3配列を含む重鎖可変領域、ならびにCDR1、CDR2、およびCDR3配列を含む軽鎖可変領域を含み、ここで、これらのCDR配列のうちの1つまたは複数は、本明細書に記載される抗体(例えば、13F3.A4、NKG2A.9、およびNKG2A.11抗体)に基づく指定のアミノ酸配列またはその保存的修飾を含み、それらの抗体は、本発明の抗hNKG2A抗体の所望される機能的特性を保持する。抗原結合を除去しない特定の保存的配列修飾が行われてもよいことが、当技術分野において理解される。(例えば、Brummell et al. (1993) Biochem 32:1180-8を参照されたい)。したがって、本開示は、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片であって、CDR1、CDR2、およびCDR3配列を含む重鎖可変領域、ならびにCDR1、CDR2、およびCDR3配列を含む軽鎖可変領域を含み、
(a)重鎖可変領域が、配列番号12に記載されるアミノ酸配列を含むCDR3配列またはその保存的修飾を含み、
(b)抗体またはその抗原結合部分が、ヒトNKG2Aと特異的に結合する、
単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片を提供する。
別の実施形態では、本開示は、本発明の抗hNKG2Aモノクローナル抗体のうちのいずれかと同一のヒトNKG2Aタンパク質上のエピトープと結合する抗体(すなわち、ヒトNKG2Aタンパク質との結合について、本発明のモノクローナル抗体のうちのいずれかと交差競合する能力を有する抗体)を提供する。いくつかの実施形態では、交差競合研究の参照抗体は、標準的なヒトNKG2A結合アッセイにおけるモノクローナル抗体NKG2A.9、NKG2A.11、および13F3.A4である。例えば、組換えヒトNKG2Aタンパク質をプレートに固定化し、抗体のうちの1つを蛍光標識し、非標識化抗体が標識化抗体の結合と競合する能力を評価する、標準的なELISAアッセイを使用することができる。さらに、またはあるいは、Biacore分析を使用して、抗体が交差競合する能力を評価することができる。試験抗体が、例えば、NKG2A.9、NKG2A.11、および/または13F3.A4のヒトNKG2Aとの結合を阻害する能力は、試験抗体が、ヒトNKG2Aとの結合について、NKG2A.9、NKG2A.11、および/または13F3.A4と競合し得、したがって、NKG2A.9、NKG2A.11、および/または13F3.A4と同一のヒトNKG2A.9上のエピトープと結合することを示す。いくつかの実施形態では、NKG2A.9、NKG2A.11、および/または13F3.A4と同一のヒトNKG2A上のエピトープと結合する抗体は、ヒト化またはヒトモノクローナル抗体である。
(e)LSIDNEEMKF(配列番号156);
(f)PSSWIGVFRNSSHHPW(配列番号157);
(g)LAFKHEIKDSDN(配列番号158);および
(h)QVNRLKSAQQCGSSIIYHC(配列番号159)
と特異的に結合する、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片であって、モノクローナル抗体が、NKG2Aリガンド(例えば、ヒトにおけるHLA-E)のヒトNKG2Aタンパク質との結合を遮断する、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片を提供する。
(f)LSIDNEEMKF(配列番号156);
(g)PSSWIGVFRNSSHHPW(配列番号157);
(h)LAFKHEIKDSDN(配列番号158);
(i)L;および
(j)QVNRLKSAQQCGSSIIYHC(配列番号159)
と特異的に結合する、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片であって、モノクローナル抗体が、NKG2Aリガンド(例えば、ヒトにおけるHLA-E)のヒトNKG2Aタンパク質との結合を遮断する、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片を提供する。
いくつかの実施形態では、本発明の抗hNKG2A抗体は、高い親和性でhNKG2Aと結合するため、有効な治療剤となっている。種々の実施形態では、本発明の抗hNKG2A抗体は、10nM未満、5nM未満、2nM未満、1nM未満、300pM未満、または100pM未満のKDで、hNKG2Aと結合する。hNKG2Aに対する抗体の結合能力を評価するための標準アッセイとしては、ELISA、RIA、ウエスタンブロット、biolayer interferometry(BLI)、およびBiacore(商標)SPR分析(実施例10を参照されたい)が挙げられる。
本明細書において開示される抗NKG2A抗体配列変異体は、本明細書において開示される望ましい機能的特性を維持する。CDR領域は、別途示されない限り、Kabatシステム(Kabat, et al., 1991)を使用して描写される。いくつかの実施形態では、本発明は、さらに、本明細書において開示される抗体のCDR配列と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、または95%、96%、97%、98%、99%、または99.5%同一であるCDR配列を含むヒトまたはヒト化抗hNKG2A抗体を提供する。本発明はまた、本明細書において開示される抗体の重鎖および/または軽鎖可変ドメイン配列と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または99.5%同一である重鎖および/または軽鎖可変ドメイン配列を含む抗抗hNKG2A抗体、ならびに本明細書において開示される抗体の重鎖および/または軽鎖配列と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または99.5%同一である全長重鎖および/または軽鎖配列を含む抗hNKG2A抗体を提供する。
a.VHおよびVL領域
修飾された抗体を遺伝子操作するために、出発材料として本明細書において開示されるVHおよび/またはVL配列のうち1種または複数を有する抗体を使用して調製され得る、遺伝子操作された、および修飾された抗体もまた提供され、この修飾された抗体は、出発抗体から変更された特性を有し得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される抗体は、一方または両方の可変領域(すなわち、VHおよび/またはVL)内の、例えば、1つもしくは複数のCDR領域内の、および/または1つもしくは複数のフレームワーク領域内の1つまたは複数の残基を修飾することによって、遺伝子操作した。さらに、またはあるいは、本明細書に記載される抗体は、例えば、抗体のエフェクター機能(単数または複数)を変更するために、定常領域(単数または複数)内の残基を修飾することによって遺伝子操作した。
いくつかの実施形態では、本明細書において開示される抗体は、特定の細胞および/または組織との結合を制限するように修飾される。一実施形態では、そのような抗体は、抗体の抗原結合表面と特異的に結合し、抗原結合に干渉する、遮断ペプチド「マスク」を含む。いくつかの実施形態では、マスクは、プロテアーゼ切断可能リンカーによって、抗体の結合アームのそれぞれに連結されている。例えば、CytomXの米国特許第8,518,404号を参照のこと。プロテアーゼ切断可能リンカーを有する抗体は、非腫瘍組織と比較して、腫瘍微小環境においてプロテアーゼレベルが大幅に増大されている癌の治療にとって有用である。腫瘍微小環境における切断可能なリンカーの選択的切断によって、マスキング/遮断ペプチドの解離が可能となり、これが、抗原結合が不要な副作用を引き起こし得る末梢組織においてではなく腫瘍における抗原結合選択性を可能にする。
一実施形態では、本明細書に記載される抗体は、抗体の生物学的活性に基づいて選択されるFc領域を含み得る。Salfeld, Nat. Biotechnol. 25:1369 (2007)。ヒトIgGは、例えば、4つのサブクラスIgG1、IgG2、IgG3、およびIgG4に分類することができる。これらのサブクラスのそれぞれは、Fcγ受容体(活性化受容体FcγRI(CD64)、FcγRIIA、FcγRIIC(CD32a,c)、FcγRIIIAおよびFcγRIIIB(CD16a,b)、ならびに阻害性受容体FcγRIIB(CD32b)のうちの1つまたは複数との結合について、ならびに補体の第1成分(C1q)について、固有のプロファイルを有するFc領域を含む。ヒトIgG1およびIgG3は、すべてのFcγ受容体と結合し;IgG2は、FcγRIIAH131と結合し、FcγRIIAR131 FcγRIIIAV158に対してより低い親和性を有し;IgG4は、FcγRI、FcγRIIA、FcγRIIB、FcγRIICおよびFcγRIIIAV158と結合し;阻害性受容体FcγRIIBは、IgG1、IgG2およびIgG3に対して、すべてのその他のFcγ受容体よりも低い親和性を有する。(Bruhns et al. (2009) Blood 113:3716)。研究によって、FcγRIは、IgG2と結合せず、FcγRIIIBは、IgG2またはIgG4と結合しないことが示された。同著。一般に、ADCC活性に関して、ヒトIgG1≧IgG3≫IgG4≧IgG2。いくつかの実施形態では、例えば、ADCCが所望されるため、治療組成物における使用については、IgG2でもIgG4でもなく、IgG1定常ドメインが選択される。
いくつかの実施形態では、抗NKG2A抗体は、その生物学的半減期、例えば、抗体の血清半減期を増大させるように修飾される。種々のアプローチが、当技術分野において公知である。一実施形態では、抗体は、Presta et alによって米国特許第5,869,046号および同6,121,022号に記載されるようにIgGのFc領域のCH2ドメインの2つのループからとられるサルベージ受容体結合エピトープを含有するようCH1またはCL領域内で変更される。例えば、M252Y、S254TおよびT256Eを含む組合せFc変異体は、半減期を4倍近く増大する。(Dall'Acqua et al. (2006) J. Biol. Chem. 281:23514)。FcRn結合を増大するためのその他の修飾は、Yeung et al. (2010) J. Immunol. 182:7663-7671;第6,277,375号;同6,821,505号;WO97/34631;WO2002/060919に記載されている。
いくつかの実施形態では、IgG1定常ドメインを使用する場合、IgG1コンストラクトのヒンジ中の可能性あるプロテアーゼ切断部位を、D221GおよびK222S修飾によって排除し、抗体の安定性を増大させることができる。(WO2014/043344)。
特定の実施形態では、本明細書に記載される抗体は、軽鎖または重鎖可変領域のいずれかに1つまたは複数のグリコシル化部位を含有する。このようなグリコシル化部位は、抗体の免疫原性の増大または変更された抗原結合による抗体薬物動態の変更をもたらし得る(Marshall et al (1972) Ann. Rev. Biochem. 41:673-702、Gala and Morrison (2004) J. Immunol. 172:5489-94、Wallick et al (1988) J. Exp. Med. 168:1099-109、Spiro (2002) Glycobiology 12:43R-56R、Parekh et al (1985) Nature 316:452-7、Mimura et al. (2000) Mol Immunol 37:697-706)。グリコシル化は、N-X-S/T配列を含有するモチーフで起こると知られている。いくつかの実施形態では、抗hNKG2A抗体は、可変領域グリコシル化を含有しない。このような抗体は、可変領域中にグリコシル化モチーフを含有しない抗体を選択することによってか、またはグリコシル化領域内の残基を突然変異させることによって得ることができる。
本明細書に記載される別の態様は、本明細書に記載される抗hNKG2A抗体をコードする核酸分子に関する。核酸は、全細胞、例えば、宿主細胞中に、細胞溶解物中に、または部分精製されたかもしくは実質的に純粋な形態で存在し得る。核酸は、アルカリ/SDS処理、CsClバンド形成、カラムクロマトグラフィー、制限酵素、アガロースゲル電気泳動、および当技術分野で周知のその他のものを含めた標準的な技術によって、その他の細胞成分またはその他の夾雑物、例えば、その他の細胞性核酸(例えば、その他の染色体DNA、例えば、自然界では単離されたDNAと連結している染色体DNA)またはタンパク質から精製された場合に、「単離される」かまたは「実質的に純粋にされる」。(F. Ausubel, et al., ed. (1987) Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing and Wiley Interscience, New Yorkを参照されたい)。本明細書に記載される核酸は、例えば、DNAまたはRNAであり得、イントロンを含有する場合も、含有しない場合もある。特定の実施形態では、核酸は、cDNA分子である。
本発明の種々の抗体、例えば、選択された本明細書に開示される抗hNKG2A抗体と同一のエピトープと結合するものは、Kohler and Milstein, Nature 256: 495 (1975)によって記載される標準的な体細胞ハイブリダイゼーション技術などの種々の公知の技術を使用して産生することができる。モノクローナル抗体を産生するためのその他の技術、例えば、Bリンパ球のウイルス性または発癌性形質転換、ヒト抗体遺伝子のライブラリーを使用するファージディスプレイ技術も使用できる。
ヒトNKG2Aに対する完全ヒト抗体を作製するために、例えば、Lonberg et al. (1994) Nature 368(6474): 856-859、Fishwild et al. (1996) Nature Biotechnology 14: 845-851、およびWO98/24884によって、その他の抗原について記載されるように、ヒト免疫グロブリン遺伝子を含有するマウスまたはトランスジェニックもしくはトランスクロモソーマルマウス(例えば、HCo12、HCo7、もしくはKMマウス)を、NKG2A抗原および/またはNKG2Aを発現する細胞の精製または濃縮された調製物を用いて免疫処置することができる。あるいは、マウスを、ヒトNKG2AをコードするDNAを用いて免疫処置することができる。好ましくは、マウスは、第1の注入の際に6~16週齢とする。例えば、マウスを腹膜内に免疫処置するために、組換えヒトNKG2A抗原の精製または濃縮された調製物(例えば、5μg~50μg)を使用することができる。NKG2A抗原の精製または濃縮された調製物を使用する免疫処置により抗体が生じない場合には、NKG2Aを発現する細胞、例えば、細胞株を用いてマウスを免疫処置して、免疫応答を促進することもできる。
本明細書に記載されるモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマを作製するために、免疫処置されたマウスから脾細胞および/またはリンパ節細胞を単離し、マウス骨髄腫細胞系統などの適当な不死化細胞系統と融合できる。得られたハイブリドーマを抗原特異的抗体の産生についてスクリーニングできる。例えば、50% PEGを用いて、免疫処置マウス由来の脾臓リンパ球の単細胞懸濁液を、Sp2/0非分泌性マウス骨髄腫細胞(ATCC、CRL 1581)と融合できる。細胞を、およそ2×105で平底マイクロタイタープレートにプレーティングし、続いて、10%胎児クローン血清、18%「653」コンディショニング培地、5%オリゲン(origen)(IGEN)、4mM L-グルタミン、1mM ピルビン酸ナトリウム、5mM HEPES、0.055mM 2-メルカプトエタノール、50ユニット/mlペニシリン、50mg/mlストレプトマイシン、50mg/mlゲンタマイシンおよび1X HAT(Sigma)を含有する選択培地で2週間インキュベートする。およそ2週間後、細胞をHATがHTと置換されている培地で培養できる。次いで、個々のウェルを、ヒトモノクローナルIgMおよびIgG抗体についてELISAによってスクリーニングできる。広範なハイブリドーマ成長が起こると、10~14日後に普通に培地を観察できる。抗体を分泌するハイブリドーマを再プレーティングし、再度スクリーニングでき、ヒトIgGについて依然として陽性である場合に、制限希釈によってモノクローナル抗体を少なくとも2回サブクローニングできる。次いで、安定なサブクローンをインビトロで培養して、特性決定のために組織培養培地において少量の抗体を作製できる。
NKG2Aに対するモノクローナル抗体を産生するトランスフェクトーマの作製
配列が提供される特異的抗体およびその他の関連抗NKG2A抗体の両方を含めた、本発明の抗体は、例えば、当技術分野で周知の組換えDNA技術および遺伝子トランスフェクション方法の組合せを使用して宿主細胞トランスフェクトーマにおいて産生させることができる(Morrison, S. (1985) Science 229:1202)。
本明細書に記載される抗体は、NKG2Aとの結合について、例えば、標準ELISAによって試験することができる。例えば、マイクロタイタープレートを、PBS中1~2μg/mLの精製されたNKG2Aでコーティングし、次いで、PBS中5%ウシ血清アルブミンを用いてブロッキングする。各ウェルに抗体の希釈物(例えば、NKG2A免疫処置マウスから得た血漿の希釈物)を添加し、37℃で1~2時間インキュベートする。プレートをPBS/Tweenを用いて洗浄し、次いで、西洋ワサビペルオキシダーゼ(HRP)とコンジュゲートしている二次試薬(例えば、ヒト抗体、またはそれ以外はヒト重鎖定常領域を有する抗体、ヤギ抗ヒトIgG Fc特異的ポリクローナル試薬)とともに37℃で1時間インキュベートする。洗浄した後、プレートをABTS基質(Moss Inc、product:ABTS-1000)を用いて発色させ、OD415~495で分光光度計によって分析する。次いで、免疫処置されたマウスから得た血清を、NKG2Aを発現しない対照細胞株とではなく、ヒトNKG2Aを発現する細胞株との結合についてフローサイトメトリーによってさらにスクリーニングする。手短には、抗NKG2A抗体の結合を、NKG2A発現性CHO細胞を1:20希釈の抗NKG2A抗体とともにインキュベートすることによって評価する。細胞を洗浄し、結合を、PE標識された抗ヒトIgG Abを用いて検出する。FACScanフローサイトメトリー(Becton Dickinson、San Jose、CA)を使用してフローサイトメトリー分析を実施する。最高の力価を発生するマウスが、融合に使用されることが好ましい。マウス抗HNKG2A抗体を検出しようとする場合には、類似の実験を、抗マウス検出抗体を使用して行ってもよい。
特定の実施形態では、本明細書に記載される抗体は、多重特異性、例えば、二重特異性または三重特異性の分子である。多重特異性抗原結合分子、例えば、多重特異性抗体は、それぞれが異なるエピトープに対して特異的な2つ以上の抗原結合部位を含む。異なるエピトープは、同じ抗原または異なる抗原の一部であり得る。一実施形態では、一方の抗原結合部位は、ヒトNKG2Aに特異的であり、他方は、異なる抗原に特異的である。一実施形態では、本明細書に記載される抗h NKG2A抗体またはその抗原結合断片は、少なくとも2つの異なる結合部位または標的分子と結合する二重特異性分子を生成するように、異なる結合特異性を有する別の抗原結合分子、例えば、別のペプチドまたはタンパク質(例えば、別の抗体もしくは抗体断片または受容体のリガンド)と連結している。一実施形態では、本明細書に記載される抗体は、2つを上回る異なる結合部位および/または標的分子と結合する多重特異性分子を生成するように、誘導体化されるか、または1つを上回る他の抗原結合分子と連結している。したがって、少なくとも1つのNKG2Aに対する第1の結合特異性および第2の標的エピトープに対する第2の結合特異性を含む二重特異性分子が、本明細書において提供される。二重特異性分子が多重特異性である本明細書に記載される一実施形態では、分子は、第3の結合特異性をさらに含み得る。
医薬上許容される担体と一緒に製剤化された、1種または複数の本明細書に記載される抗NKG2A抗体またはその抗原結合断片(単数または複数)を含有する組成物、例えば、医薬組成物が、さらに提供される。したがって、本発明の組成物は、本明細書に記載されるCDR配列、重鎖および/もしくは軽鎖可変領域配列、または全長重鎖および/もしくは軽鎖配列を有するヒトまたはヒト化抗hNKG2A抗体(またはその抗原結合断片)を含む。本発明の組成物はまた、配列表に記載される配列の変異体である配列を有する抗hNKG2A抗体も含む。例えば、そのような抗体は、配列表に記載されるCDR配列、重鎖および/もしくは軽鎖可変領域配列、または全長重鎖および/もしくは軽鎖配列と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、または95%、96%、97%、98%、または99%同一である配列を含み得る。
本明細書に記載される抗体、抗体組成物および方法は、例えば、NKG2A/HLA-E相互作用を遮断することによる免疫応答の増強を含む、多数のインビトロおよびインビボでの用途がある。一実施形態では、本明細書に記載される抗NKG2A抗体は、モノクローナルヒトまたはヒト化抗体である。一実施形態では、本明細書に記載される抗hNKG2A抗体(例えば、13F3.A4、NKG2A.9、およびNKG2A.11)は、インビトロもしくはエキソビボで培養液中の細胞に、または種々の疾患において免疫性を増強するためにヒト対象に、投与することができる。具体的な実施形態では、抗hNKG2A抗体は、アンタゴニスト抗体である。対象において免疫応答を修飾する方法であって、対象において免疫応答が増強、刺激、または上方制御されるように、対象に、本明細書に記載される抗NKG2A抗体またはその抗原結合断片を投与することを含む、方法が、本明細書において提供される。一実施形態では、本明細書に記載される方法に従って抗hNKG2A抗体を投与することにより、T細胞および/またはNK細胞応答が増強される。一実施形態では、本明細書に記載される方法に従って抗hNKG2A抗体を投与することにより、腫瘍に対する抗原特異的T細胞応答が刺激、増強、または上方制御される。T細胞は、Teff細胞、例えば、CD4+ Teff細胞、CD8+ Teff細胞、ヘルパーT(Th)細胞、および細胞傷害性T(Tc)細胞であり得る。腫瘍は、固形腫瘍または液体腫瘍、例えば、血液悪性腫瘍であり得る。特定の実施形態では、腫瘍は、免疫原性腫瘍である。特定の実施形態では、腫瘍は、非免疫原性である。特定の実施形態では、腫瘍は、PD-L1陽性である。特定の実施形態では、腫瘍は、PD-L1陰性である。対象はまた、ウイルスを有する対象であり得、ウイルスに対する免疫応答が増強される。一実施形態では、本明細書に記載される方法に従って抗hNKG2A抗体を投与することにより、NK細胞応答が刺激、増強、または上方制御される。
癌を有する対象を治療するための方法であって、対象が治療されるように、例えば、癌性腫瘍の成長が阻害もしくは低減される、および/または腫瘍が退縮するように、対象に、本明細書に記載される抗hNKG2A抗体を投与することを含む、方法が、本明細書において提供される。抗NKG2A抗体を単独で使用して、癌性腫瘍の成長を阻害することができる。あるいは、抗NKG2A抗体は、別の薬剤、例えば、以下に記載されるような、その他の免疫原性剤、標準癌治療、またはその他の抗体とともに使用することができる。PD-1の阻害剤、例えば、抗PD-1または抗PD-L1抗体との組合せもまた、提供される。CTLA-4の阻害剤、例えば、抗CTLA-4抗体との組合せもまた、提供される。PD-1の阻害剤およびCTLA-4の阻害剤との組合せもまた、提供される。ICOSのアゴニスト抗体との組合せもまた、提供される。
(a)LSIDNEEMKF(配列番号156);
(b)PSSWIGVFRNSSHHPW(配列番号157);
(c)LAFKHEIKDSDN(配列番号158);および
(d)QVNRLKSAQQCGSSIIYHC(配列番号159)
のうちの1つまたは複数のアミノ酸残基においてヒトNKG2Aと接触する抗NKG2A抗体を投与することを含む。
(a)LSIDNEEMKF(配列番号156);
(b)PSSWIGVFRNSSHHPW(配列番号157);
(c)LAFKHEIKDSDN(配列番号158);
(d)L;および
(e)QVNRLKSAQQCGSSIIYHC(配列番号159)
のうちの1つまたは複数のアミノ酸残基においてヒトNKG2Aと接触する抗NKG2A抗体を投与することを含む。
以下の132アミノ酸配列を有するタンパク質にコンジュゲートすることによって産生される。
別の態様では、本明細書に記載される発明は、ヒト対象を含む対象における感染性疾患を治療する方法であって、対象が感染性疾患について治療されるように、対象に、抗hNKG2A抗体またはその抗原結合断片を投与することを含む、方法を提供する。他の実施形態では、抗NKG2A抗体は、キメラ抗体またはヒト化抗体である。
いくつかの態様では、抗NKG2A抗体は、自己免疫応答を増大させる。腫瘍細胞およびペプチドワクチンを使用した抗腫瘍応答の誘導により、多くの抗腫瘍応答には、抗自己反応性が関与することがわかっている(van Elsas et al. (2001) J. Exp. Med. 194:481-489、Overwijk, et al. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96: 2982-2987、Hurwitz, (2000)前掲、Rosenberg & White (1996) J. Immunother Emphasis Tumor Immunol 19 (1): 81-4)。したがって、抗NKG2A抗体は、疾患の治療のためのこれらの自己タンパク質に対する免疫応答を効率的に生成するワクチン接種プロトコールを考案するために、これらの自己タンパク質とともに使用される。例えば、アルツハイマー病は、脳内でのアミロイド沈着におけるAβペプチドの不適切な蓄積を伴い、アミロイドに対する抗体応答により、これらのアミロイド沈着を除去することができる(Schenk et al., (1999) Nature 400: 173-177)。
一態様では、抗hNKG2A抗体を、1つまたは複数のさらなる薬剤、例えば、免疫応答を刺激するのに有効である抗体とともに投与し、それによって、ヒト対象を含む対象において免疫応答を増強、刺激、または上方制御する、併用治療の方法、例えば、癌の治療のための方法が、本明細書において提供される。個体における癌を治療するかまたはその進行を遅延させるための方法であって、個体に、別の抗癌剤または癌療法とともに抗hNKG2A抗体(例えば、NKG2A.9、NKG2A.11、および13F3.A4)を投与することを含む、方法が、本明細書において提供される。いくつかの実施形態では、抗hNKG2A抗体は、上述のように、化学療法もしくは化学療法剤、または放射線療法もしくは放射線療法剤とともに投与され得る。いくつかの実施形態では、抗hNKG2A抗体は、アゴニスト抗体、例えば、抗hICOS抗体とともに投与され得る。いくつかの実施形態では、抗hNKG2A抗体は、標的化療法または標的化療法剤とともに投与され得る。いくつかの実施形態では、抗hNKG2A抗体は、免疫療法または免疫療法剤、例えば、モノクローナル抗体とともに投与され得る。
腫瘍応答は、例えば、NCIによって確立された、修正されたResponse Evaluation Criteria in Solid Tumors (RECIST)によって、判定される。
本明細書に記載される抗NKG2A抗体は、抗NKG2A抗体と対象の抗原(例えば、ワクチン)との共投与によって、抗原特異的免疫応答を増強させるために使用することができる。したがって、対象における抗原に対する免疫応答を増強する方法であって、対象における抗原に対する免疫応答が増強されるように、対象に、(i)抗原、および(ii)抗NKG2A抗体またはその抗原結合断片を投与することを含む、方法が、本明細書において提供される。抗原は、例えば、腫瘍抗原、ウイルス抗原、細菌抗原、または病原体に由来する抗原であり得る。このような抗原の限定されない例として、上記で論じられた腫瘍抗原(もしくは腫瘍ワクチン)、または上記のウイルス、細菌、もしくはその他の病原体に由来する抗原など、上記のセクションにおいて論じられたものが挙げられる。
別の態様では、サンプル中のヒトNKG2A抗原の存在を検出するか、またはヒトNKG2A抗原の量を測定するための方法であって、サンプルおよび対照サンプルを、ヒトNKG2Aと特異的に結合する抗NKG2A抗体、例えば、モノクローナル抗ヒトNKG2A抗体、またはその抗原結合断片と、抗体またはその断片とヒトNKG2Aとの間で複合体の形成を可能にする条件下において接触させることを含む、方法が、本明細書において提供される。次いで、複合体の形成を検出し、ここで、対照サンプルと比較した、サンプル間の複合体形成の相違が、サンプル中のヒトNKG2A抗原の存在を示す。さらに、本明細書に記載される抗NKG2A抗体は、イムノアフィニティー精製によってヒトNKG2Aを精製するために使用できる。
完全ヒトおよびキメラ抗NKG2Aモノクローナル抗体、ならびに抗NKG2A抗体と同一のエピトープと結合するおよび/またはその結合を交差遮断する完全ヒトおよびキメラ抗体が、本開示において記載されている。本発明者らは、ヒトおよびカニクイザルNKG2A発現細胞と特異的に結合するが、ヒトおよびカニクイザルNKG2C発現細胞とは特異的に結合しない、抗体を所望していた。本明細書に記載される抗NKG2A抗体は、この実施例に記載されるいくつかの方法を使用して、生成することができる。
1.ハイブリドーマ方法および開発
ハイブリドーマ方法を使用して、抗NKG2A抗体を、ヒト抗体遺伝子を発現するトランスジェニックマウスを使用して生成した。ヒトIgGトランスジェニックKunming(KM)マウスを、BAF3(マウス前駆B細胞株)-ヒトNKG2A(BAF3-hNKG2A)およびhCD94細胞の形質膜、またはhNKG2A-hCD94-mFcタンパク質で、足蹠注射によって免疫処置した。これらのマウスのリンパ節を採取し、電流パルスを使用して細胞膜の透過性を増大させ、例えば、DNAを細胞内に導入することを可能にする、CytoPulseエレクトロポレーション機器を使用して、ハイブリドーマを生成した。ヒトNKG2Aに特異的な抗体を、CHO-S-ヒトNKG2Aと結合するそれらの能力に関してFluorescent Microvolume Assay Technology(FMAT)による一次スクリーニングで選択した。蛍光活性化細胞分取(FACS)分析による二次的な確認スクリーニングを行って、CHO-Sトランスフェクタント細胞の細胞表面上に発現されるヒトNKG2Aと特異的に結合するモノクローナル抗体を特定した。
抗体を生成するためのハイブリドーマ方法に加えて、抗体ライブラリー方法も使用して、さらなる抗NKG2A抗体を生成した。この方法により、P1-069366抗体を含む抗NKG2A抗体が生成され、それらは、ヒトおよびカニクイザルの両方のNKG2A発現細胞株との望ましい特異的結合を示したが、有利なことにヒトNKG2C発現細胞との結合が観察されなかった。
抗NKG2A抗体を生成するためのハイブリドーマ方法および抗体ライブラリー方法とともに、第3の方法を使用して、200個を上回るさらなる抗NKG2A抗体を生成した。
突然変異スキャンを行い、そこで、単一部位突然変異のライブラリーにより、NKG2A.11抗体(13F3.A4 VH I107T、VK N30Pとしても知られる)を含む、抗NKG2A抗体のさらなる変異体を生成した。
完全な高深度突然変異スキャニングデータを使用することで、当業者であれば、図5A~Eのデータに示されるように、多数のアミノ酸位置が突然変異に耐容であること、すなわち、アミノ酸置換をこれらの位置に行うことができ、NKG2Aタンパク質と特異的に結合する所望される機能的能力を依然として維持できることを理解するであろう。当業者であれば、特定の位置、例えば、LCDR 89位(図5Bに示される)、ならびにHCDR 26位、27位、29位、32位、および34位(図5Cに示される);HCDR 52位、52a位、53位、54位、56位、57位(図5Dに示される);およびHDCR 95位、96位、97位、98位、99位、100位、100a位、および101位(図5Eに示される)が、最も保存されており、これらの位置における単一または数個のアミノ酸型のみにより、NKG2Aタンパク質との結合が維持されたことを理解するであろう。当業者であれば、このデータを使用して、NKG2Aタンパク質との結合を維持するアミノ酸置換を設計することができるであろう。
(1)抗NKG2A抗体の発見、設計、および実験的試験
数百個の抗NKG2A抗体の開発は、これらの抗体が本明細書に記載される特定の所望される機能的特性を示していなかったため、追求しなかった。所望される機能的特性を有する抗NKG2A抗体の発見におけるこの困難は、図6に例示されるように、ヒトNKG2Aタンパク質とヒトNKG2Cタンパク質との間の高度な配列相同性に部分的に起因していた。Vector NTIソフトウェアおよびAlign Xプログラムを使用して、配列アラインメントを行った。図6は、アミノ酸残基のうちの76%(233個中177個のアミノ酸残基)が、保存されており、アミノ酸残基のうちの6%(233個中13個のアミノ酸残基)が、ヒトNKG2Aタンパク質のカノニカル配列(配列番号182)とヒトNKG2Cタンパク質(hNKG2C、配列番号3)との間で類似であることを示す。
図16は、B細胞クローニング方法によって生成された例示的な抗体のエピトープビニング結果の円形プロットを示す。エピトープビニングは、「インタンデム(in-tandem)形式」を使用して、Octet HTX機器において行った。まず、hNKG2A-hCD94-mFc融合タンパク質を、Octetセンサーチップに捕捉した。次に、必要に応じて、残りの捕捉部位を遮断した。第3に、抗原を、上清から、単一B細胞クローニングで得られた抗体で飽和させた。最後に、参照抗体の結合を試験した。エピトープビニング実験を、添加、先に参照抗体で飽和させ、次いで単一B細胞クローニングで得られた抗体を含む上清の結合を調べるという逆の順序で反復した。このエピトープビニングにより、エピトープにおける高い多様性に対応する、結合および遮断挙動における高い多様性が示された。図16は、互いに交差遮断する抗体を線で接続して示すことによって、エピトープビニングの結果を示す。ベンチマーク抗体(13F3.A4、Z270、RD-ahNKG2a(クローン131411、カタログ番号MAB1059)、およびRD-ahCD94(クローン131412、カタログ番号MAB1058))と比較して類似の遮断プロファイルを有するサンプル抗体を、群1~4、6~7、および9に一緒にグループ分けする。サンプル抗体と類似の遮断プロファイルを有するベンチマーク抗体も、群5、8、および10に一緒にグループ分けする。同じ群の抗体は、同様に互いに交差遮断し得る可能性があるが、これはこれらの実験では試験しなかった。サンプル抗体は、互いに対して試験せず、ベンチマーク抗体は、交差遮断に関して互いに対して試験しなかった。
NKG2A/HLA-EおよびNKG2C/HLA-E相互作用を遮断する抗ヒトNKG2A抗体の能力を評価した。図18Dに示されるように、1×106個のヒトNKG2A発現CHO細胞を、滴定量の抗NKG2A抗体とともに、4℃で30分間インキュベートした。細胞を洗浄し、蛍光標識したHLA-E五量体(Proimmune)で染色して、細胞表面上の結合したHLA-Eを検出した。細胞は、BD LSRFortessaで新しく読み取った。図18E~Fは、HLA-EのヒトNKG2A発現またはNKG2C発現CHO細胞との結合の遮断に関する、抗NKG2A抗体のHLA-E遮断曲線およびIC50を示す。13F3.A4および11H9.A1抗体は、望ましいことに、ヒトNKG2A発現CHO細胞との特異的結合を示し(図18E)、望ましいことに、NKG2C/HLA-E相互作用を遮断しなかった(図18F)。しかしながら、2EB.B1抗体は、望ましくないことに、ヒトNKG2C発現CHO細胞と結合し、NKG2C/HLA-E相互作用を遮断した。したがって、2EB.B1抗体は、さらなる開発には選択しなかった。
図18Aに示されるように、1×106個のヒトNKG2A発現またはヒトNKG2C発現CHO細胞を、滴定量の抗NKG2A抗体とともに、4℃で30分間インキュベートした。細胞を洗浄し、蛍光標識したヤギ抗ヒトIgG-PE二次抗体で、4℃で30分間染色して、細胞表面上の結合した抗体を検出した。細胞は、BD LSRFortessaで新しく読み取った。図18B~Cは、抗NKG2A抗体のヒトNKG2A発現またはNKG2C発現CHO細胞との、結合曲線およびEC50(nM)を示す。13F3.A4、11H9.A1、および2EB.B1抗体は、それぞれ、0.7nM、0.7nM、および0.3nMのEC50値によって示されるように、ヒトNKG2A発現CHO細胞との特異的な結合を示した。
カニクイザルNKG2A発現CHO細胞と結合した抗NKG2A抗体の能力を評価した。図22Aに示されるように、1×106個のカニクイザルNKG2A発現CHO細胞を、滴定量の抗NKG2A抗体(10μg/ml)とともに、4℃で30分間インキュベートした。細胞を洗浄し、蛍光標識したHLA-E五量体(Proimmune)で染色して、細胞表面上の結合したHLA-Eを検出した。細胞は、BD LSRFortessaで新しく読み取った。図22B~Cは、抗ヒトNKG2A抗体のカニクイザルNKG2A発現CHO細胞との、結合曲線およびEC50値を示す。
図19Aに示されるように、1×106個のNKG2Aを内因的に発現するヒトNKL細胞を、滴定量の抗NKG2A抗体とともに、4℃で30分間インキュベートした。細胞を洗浄し、蛍光標識したヤギ抗ヒトIgG-PE二次抗体で、4℃で30分間染色して、細胞表面上の結合した抗体を検出した。細胞は、BD LSRFortessaで新しく読み取った。図19Bは、抗NKG2A抗体のヒトNKG2A発現NKL細胞との、結合曲線およびEC50値(nM)を示す。13F3.A4、11H9.A1、4G5.D1、およびIG5.B2抗体のEC50値は、それぞれ、0.2nM、0.1nM、0.2nM、および0.3nMであり、これらの値は、これらの抗NKG2A抗体が、望ましいことに、NKG2A+ナチュラルキラー細胞と特異的に結合したことを示した。
図24Aに示されるように、カニクイザルから単離した1×106個の末梢血単核細胞(PBMC)を、滴定量の抗NKG2A抗体とともに、4℃で30分間インキュベートした。細胞を洗浄し、蛍光標識したヤギ抗ヒトIgG-PE二次抗体で、4℃で30分間染色して、細胞表面上の結合した抗体を検出した。細胞は、BD LSRFortessaで新しく読み取った。図24Bは、抗NKG2A抗体のカニクイザルNKG2A発現NK細胞との、結合曲線およびEC50値(nM)を示す。図24Bに示されるように、11H9.A1および4G5.D1抗体は、それぞれ、28nMおよび38nMのEC50値によって示されるように、カニクイザルNKG2A+ NK細胞と結合しなかった。したがって、カニクイザルNKG2A+ NK細胞との結合の欠如に起因して、11H9.A1および4G5.D1抗体は、例えば、癌を治療するためのさらなる開発から除外した。13F3.A4抗体は、望ましいことに、0.2nMのEC50値によって示されるように、カニクイザルNKG2A+NK細胞と結合した。したがって、13F3.A4抗体は、望ましい結合機能性を示し、さらなる修飾および開発に選択した。
健常ヒトドナーに由来する末梢血単核細胞(PBMC)を使用したインビトロ実験において、活性化NK細胞における抗NKG2A抗体によるNKG2A/HLA-E相互作用の遮断は、NK細胞脱顆粒化を増大させた。NK細胞がそれらの標的、例えば腫瘍細胞を排除する機序の1つは、溶解酵素パーフォリンおよびグランザイムを含む顆粒の指向的分泌をもたらす複雑な多段階プロセスを通じたものである。この顆粒からの分子の指向的分泌の細胞プロセスは、脱顆粒化として知られている。NK細胞が、例えば、標的腫瘍細胞に、分泌性溶解顆粒を放出した後、パーフォリンは、標的腫瘍細胞膜に細孔を生成し、グランザイムは、次いで、標的腫瘍細胞の細胞質にアクセスし、腫瘍細胞死(アポトーシスとしても知られる)を誘導する。このプロセス中に、リソソーム膜タンパク質-1(LAMP-1、CD107Aとしても知られる)は、NK細胞の表面へと輸送され、それによって、抗体結合にアクセス可能となり、したがって、脱顆粒化において活性となっているNK細胞を特定することが可能となる。本発明者らは、次いで、腫瘍細胞死の増大をもたらす脱顆粒化プロセスにおけるNK細胞活性化およびNK細胞機能性の増強に対する本明細書において開示される抗NKG2A抗体の作用を測定した。このプロセスは、図25Aに部分的に図示されている。NK細胞内のXは、NKG2AがHLA-Eと相互作用する際の阻害性シグナルを示す。NK細胞内の濃い円は、顆粒を表す。
抗ヒトNKG2A抗体は、CHO/MICA/HLA-E(HLA-E、およびNK細胞活性化受容体NKG2DのリガンドであるMICAを発現するように遺伝子操作されたCHO細胞)と共培養したNKL細胞においてIFN-γ産生を増大させた。図26Aに示されるように、NKL細胞およびCHO/MICA/HLA-Eを使用したインビトロ実験において、活性化NK細胞(MICA-NKG2D経路による)における抗NKG2A抗体によるNKG2A/HLA-E相互作用の遮断は、望ましいことに、IFN-γ産生を増大させた。本発明者らは、まず、活性化されたNKL細胞が、標的細胞、CHO/MICA/HLA-E細胞を殺滅することができるように、CHO細胞にトランスフェクトしたMICAを使用してNKL細胞を活性化した。MICAは、NK細胞の表面上に発現される活性化受容体NKG2Dによって認識されるリガンドとして機能する。抗体は、NKLおよびCHO/MICA/HLA-E細胞の共培養物を使用して、アッセイにおいて評価した。このアッセイにおいて、CHO細胞上のMICAは、NKG2AによってNKL細胞を活性化するように機能し(正のシグナル)、CHO細胞上のHLA-Eの発現は、NKG2A発現NKL細胞を阻害する(負のシグナル)。アッセイでは、抗NKG2A抗体が、NKG2A/HLA-E相互作用を遮断し、望ましいことに、IFN-γ産生を増大させるかどうかを試験した。
抗ヒトNKG2A抗体は、膵臓癌細胞株Hs766Tと共培養したCD8+ T細胞においてIFN-γ産生を増大させた。
抗体凝集体は、細胞培養物における抗体発現、産物精製、または抗体薬製品としての保管中に不可逆的に形成される変性した抗体分子のクラスターである。凝集のプロセスは、複雑であり、抗体の生化学的および生物物理学的特性、ならびに抗体が処理および保管中に曝露される物理化学的環境によって影響を受ける。抗体凝集は、通常は露出されていないエピトープを露出させ、免疫原性の増大につながり得る。抗体産物の精製プロセスは、低い凝集レベル、例えば、2%未満の可溶性凝集体を達成することを目指している。加速安定性研究(強制分解研究としても知られる)を、13F3.A4抗体の8つの変異体(NKG2A.9、NKG2A.13、NKG2A.18、NKG2A.19、NKG2A.21、NKG2A.22、NKG2A.23、およびNKG2A.24)に行って、1ヶ月間、4℃および25℃におけるこれらの抗体の凝集傾向を確認した。NKG2A.20の安定性は、材料の入手可能性の制限に起因して、4℃でのみ試験した。20mMヒスチジン(pH6.0)、260mMスクロース、50μM DTPA、および0.05%ポリソルベート80を含む製剤を、すべての抗体の試験製剤として使用した。可溶性凝集体を、サイズ排除クロマトグラフィー(SEC)分析によってモニタリングした。試験した濃度は、材料の入手可能性に基づいた。SECにより、複数のピークが観察されたNKG2A.19を除き、すべての抗体で同様の凝集傾向が明らかとなった。任意の他の機序に束縛されるものではないが、NKG2A.19は、試験した材料のバッチにおける相当レベルのプロテアーゼの存在に起因して、分解を受けた可能性がある。
NKG2A.9抗体の、NKG2Cタンパク質を上回る、NKG2Aタンパク質に対する特異性を、Biacore T200 SPR機器を使用して、動態および親和性を判定することによって評価した。NKG2Aタンパク質およびNKG2Cタンパク質の細胞外ドメインを、それぞれ、CD94の細胞外ドメインとのヘテロ二量体として調製した。アッセイ温度は37℃であり、泳動緩衝液は、0.05%Tween-20および1g/L牛血清アルブミン(BSA)を補充したHEPES緩衝食塩水(10mM HEPES、150mM NaCl)、pH7.4であった。NKG2A.9抗体を、抗ヒトFc捕捉試薬(Southern Biotechカタログ番号2081-01)を事前に固定化したCM4センサーチップに捕捉した。NKG2A-CD94およびNKG2C-CD94ヘテロ二量体を、検体として、それぞれ、2つの5連続3倍希釈系列において、捕捉された抗体上に流した。一方の濃度系列を、単一サイクル動態に使用し、もう一方は、多重サイクル動態に使用した。多重サイクル動態分析については、2番目に高い濃度を、二連に注入した。NKG2A-CD94の最高濃度は、250nMであり、NKG2C-CD94の最高濃度は、1.5uMであった。すべてのデータは、二重参照し、Biacore T200 Evaluationソフトウェアバージョン3.1を使用して、質量移行を用いて1:1結合モデルに適合させた。
まとめると、本発明者らは、予想外なことに、例えば、癌の治療のための種々の所望される機能的特性を示した特定の抗NKG2A抗体を発見した。特定の実施形態では、これらの抗NKG2A抗体には、所望される機能的特性を示さなかった数百個の抗体から特定および選択された、13F3.A4抗体クローンならびにNKG2A.9およびNKG2A.11抗体を含む変異体が含まれる。具体的には、NKG2A.9抗体は、13F3.A4-VH-I107T-N30S IgG1.3としても知られる抗hNKG2A抗体であり、本明細書において、「NKG2A.9」抗体と称される。残基VH-107Tにおける突然変異(生殖系列に逆転したフレームワーク突然変異)および脱アミド化能を低くし免疫原性リスクを低減させるための残基VK-N30Sにおける突然変異により、NKG2A.9抗体の発見がもたらされた。本明細書に記載され、図13に示されるように、種々の配列傾向を、13F3.A4抗体において評価し、これが、例えば、NKG2A.9抗体の最適化および開発につながった。
a)NKG2A/HLA-E相互作用を遮断したこと、
b)NKG2Aに媒介される阻害性シグナル伝達を逆転させたこと、
c)ヒトNKG2Cタンパク質を発現する細胞と結合しなかったか、もしくは低い親和性で結合したこと、
d)高い親和性で、ヒトおよびカニクイザルNKG2Aを発現する細胞と結合したこと、ならびに/または
e)ヒトおよびカニクイザルNKG2A+ナチュラルキラー細胞と結合したこと、
f)例えば、インターフェロン-ガンマ(IFNγ)の増大であるナチュラルキラー細胞応答を増強したこと、ならびに/または
g)例えば、IFNγ産生の増大であるCD8+ T細胞応答を増強したこと、ならびに/または
h)NKG2Cタンパク質とよりも迅速にNKG2Aタンパク質と複合体を形成したこと、いくつかの実施形態では、NKG2Cタンパク質とよりも15倍迅速にNKG2Aタンパク質と複合体を形成したこと。
当技術分野において公知の方法を使用して、抗NKG2A抗体、具体的には、13F3.A4およびNKG2A.9抗体が結合するNKG2Aの領域を探求した。水素/重水素交換質量分析(HDX-MS)およびタンパク質の迅速光化学酸化(FPOP)を使用して、13F3.A4およびNKG2A.9抗体とのhNKG2Aの結合エピトープを探求した。
領域1:155LSIDNEEEMKF165(配列番号2(天然のhNKG2Aアミノ酸配列)のアミノ酸残基155~165、
領域2:171PSSWIGVFRNSSHHPW186(配列番号2のアミノ酸残基171~186)、
領域3:192LAFKHEIKDSDN203(配列番号2のアミノ酸残基192~203)、
領域4:L(配列番号2のアミノ酸残基206)、および
領域5:212QVNRLKSAQCGSSIIYHC229(配列番号2のアミノ酸残基212~229)
に及ぶ不連続な領域内に位置するエピトープと特異的に結合する、抗NKG2Aモノクローナル抗体またはその抗原結合部分に関する。
領域1:155LSIDNEEEMKF165(配列番号2のアミノ酸残基155~165)、
領域2:171PSSWIGVFRNSSHHPW186(配列番号2のアミノ酸残基171~186)、
領域3:192LAFKHEIKDSDN203(配列番号2のアミノ酸残基192~203)、および
領域5:212QVNRLKSAQCGSSIIYHC229(配列番号2のアミノ酸残基212~229)
からなる不連続な領域内に位置するエピトープと特異的に結合する、抗NKG2Aモノクローナル抗体またはその抗原結合部分を対象とする。
エピトープマッピング実験の前に、非変性実験を行って、組換えmFc-hNKG2A-hCD94ならびにmFc-NKG2A-CD94および親13F3 FabまたはNKG2A.9 Fabのタンパク質複合体(15μM、1:1のモル比)について、共通のペプチドの一覧を得た。HDX-MS実験では、5μLのそれぞれのサンプル(mFc-hNKG2A-hCD94またはFabを有するmFc-hNKG2A-hCD94)を、55μLの酸化重水素(D2O)緩衝液(10mMリン酸緩衝液、D2O、pD7.0)中に希釈して、標識反応を開始した。反応は、異なる期間:20秒間、1分間、10分間、および4時間行った。それぞれの標識反応期間の終わりに、反応停止緩衝液(4M塩酸グアニジン(GdnCl)および0.4Mトリス(2-カルボキシルエチル)ホスフィン(TCEP)を含む100mMリン酸緩衝液、pH2.5、1:1、体積/体積)を添加することによって、反応を停止させ、反応停止したサンプル50μLを、分析のためにWaters HDX-MSシステムに注入した。共通の消化性ペプチドの重水素取込みレベルを、Fabの不在下または存在下でモニタリングした。
HDX-MS。HDX-MSは、骨格アミドの水素原子の重水素交換の速度および程度をモニタリングすることによって、溶液中のタンパク質立体構造および立体構造動態を探求する(R. Huang and G. Chen, Analytical and Bioanalytical Chemistry, 406: 6541-58 (2014)、Wei et al., Drug Discovery Today, 19: 95-102 (2014)。HDXのレベルは、骨格アミドの水素原子の溶媒接触可能性およびタンパク質の水素結合に依存する。HDX時のタンパク質の質量増大は、MSによって正確に測定することができる。この技術を酵素消化と組み合わせた場合、ペプチドレベルでの構造特性を分解することができ、表面に露出しているペプチドを内部に折り畳まれているものと区別することが可能となる。典型的には、重水素標識および後続の反応停止処理の実験を行い、続いて、酵素消化、ペプチド分離、およびMS分析を行う。
領域1:155LSIDNEEEMKF165(配列番号2のアミノ酸残基155~165)、
領域2:171PSSWIGVFRNSSHHPW186(配列番号2のアミノ酸残基171~186)、
領域3:192LAFKHEIKDSDN203(配列番号2のアミノ酸残基192~203)、および
領域5:212QVNRLKSAQCGSSIIYHC229(配列番号2アミノ酸残基212~229)。
FPOP。タンパク質の迅速光化学酸化(FPOP)は、ヒドロキシル(OH)ラジカルによって誘導される酸化をマッピングすることによって、構造情報を判定するためのタンパク質フットプリント技術である。(Li et al., Analytical Chemistry, 2017, 89, 2250-2258)。ヒドロキシルラジカルに誘導される酸化の程度は、アミノ酸側鎖の溶媒露出性および露出したアミノ酸の化学特性に直接的に依存する。レーザー活性化により過酸化水素(H2O2)から生じるヒドロキシルラジカルは、高度に反応性であり、骨格切断を引き起こすことなく、側鎖の共有結合による不可逆的修飾をもたらす。FPOPを酵素消化およびMS分析と併用することにより、タンパク質-タンパク質相互作用に起因して、側鎖の溶媒露出性の変化をペプチドレベルで評価することが可能である。残基レベルの情報は、MS/MSにより選択されたペプチド領域の気相断片化によって達成することができる。この技術は、HDXに対する補完的な情報を提供する。
図30に示されるように、HDX-MSおよびFPOPによって判定したNKG2A.9および13F3.A4抗体のエピトープを、mFc-hNKG2A-hCD94配列にマッピングした。mFc-hNKG2A-hCD94配列において、mFcは、マウスFc領域であり、これが、リンカー配列ASIEGR(配列番号123)(破線の枠で示される)によって、hNKG2Aの細胞外ドメインと連結しており、これが、リンカー配列GGSGGS(配列番号124)(破線の枠で示される)によってヒトCD94タンパク質であるhCD94に連結されている。
領域1:LSIDNEEEMKF(配列番号2のアミノ酸残基155~165)、
領域2:PSSWIGVFRNSSHHPW(配列番号2のアミノ酸残基171~186)、
領域3:LAFKHEIKDSDN(配列番号2のアミノ酸残基192~203)、
領域4:L(配列番号2のアミノ酸残基206)、および
領域5:QVNRLKSAQCGSSIIYHC(配列番号2のアミノ酸残基212~229)。
領域1:LSIDNEEEMKF(配列番号2のアミノ酸残基155~165)、
領域2:PSSWIGVFRNSSHHPW(配列番号2のアミノ酸残基171~186)、
領域3:LAFKHEIKDSDN(配列番号2のアミノ酸残基192~203)、および
領域5:QVNRLKSAQCGSSIIYHC(配列番号2のアミノ酸残基212~229)。
(1)P1-069366抗体は13F3.A4を交差遮断した
P1-069366および13F3.A4のエピトープビニング実験を、「サンドイッチ形式」を使用してSPRによって行ったが、この形式では、抗体1を、Biacore T100 CM5チップに固定化し、組換えヒトNKG2A-CD94タンパク質を、Biacore T100 CM5チップに流して結合させた後、抗体2をチップに流す。具体的には、13F3.A4またはP1-抗体を、アミン結合によって、CM5センサーチップに固定化した。組換えNKG2Aタンパク質の溶液を、センサーチップに流すと、P1-069366および13F3.A4の両方の抗体との結合が観察された。次いで、競合抗体の溶液を、チップに流し、さらなる結合を測定した(NKG2Aとの共結合を示す)。最後に、センサーチップを、結合したNKG2Aおよび競合抗体を除去するMgCl2の溶液を使用して再生させた。実験は、25℃で行った。分析のために、参照フローセルとの非特異的結合を、解析フローセルとの結合から除算した。P1-069366抗体を、フローセル2に直接固定化した。次いで、200nMのNKG2Aを、フローセル2に流し、およそ600RUの結合が観察された。続いての13F3.A4抗体、P1-069366抗体、または緩衝液(HBS-P)の注入では、結合シグナルの増大は生じなかった。13F3.A4抗体を、フローセル3に固定化した。次いで、200nMのNKG2Aを、フローセル3に流し、およそ900RUの結合が観察された。続いてのP1-069366抗体、13F3.A4抗体、または緩衝液(HBS-P)の注入では、結合シグナルの増大は生じなかった。結論として、P1-069366抗体は、エピトープビニング実験の結果に基づくと、13F3.A4を交差遮断すると思われた。
「サンドイッチ形式」を使用してOctet HTX機器で行った別のエピトープビニングおよび遮断実験では、13F3.A4抗体、2G6.C2抗体、ならびにHLA-Eを、ヒトNKG2Aとの同時結合について試験した。抗体およびビオチン化HLA-Eを、別個のOctetセンサーチップに捕捉した。次に、必要に応じて、残りの捕捉部位を遮断し、ヒトNKG2A-CD94を結合させた。続いて、13F3.A4抗体、2G6.C2抗体、およびHLA-Eの、事前に結合させたNKG2A-CD94との結合を、試験し、これらの3つのサンプルの対での組合せをすべて調べた。これらのエピトープビニング実験により、13F3.A4および2G6.C2抗体が、互いに、ならびにHLA-Eを、ヒトNKG2A-CD94との結合から遮断することが示された。
Octet実験はまた、2G6.C2抗体が、ヒトNKG2A-CD94と結合するだけでなく、カニクイザルNKG2A-CD94-mFcコンストラクトとも結合することも示した。2G6.C2抗体の、ヒトNKG2A-CD94およびNKG2C-CD94ヘテロ二量体との結合の動態を、37℃でBiacore T200機器において、抗hFc抗体を事前に固定化したCM4チップに抗体を捕捉し、抗原を適切な濃度範囲で検体として流すことによって、測定した。すべてのデータは、二重参照し、Biacore T200 Evaluationソフトウェアバージョン3.1を使用して、1:1結合モデルに適合させた。Biacore実験により、以下に要約されるように、2G6.C2抗体が、13F3.A4抗体よりも弱い結合親和性を有すること、およびそれがNKG2Cとのいくらかの交差反応性を有することが、示された。
図32A~Bに示されるように、特定の抗NKG2A抗体(13F3.A4、NKG2A.9、およびNKG2A.11)の重鎖および軽鎖可変領域を、Clutsal 2.1ソフトウェアを使用してアラインメントした。このアラインメントは、以下のコンセンサスCDR配列を有する抗NKG2A抗体の発見をもたらした。
NKG2Aは、CD8+ TおよびNK細胞上に発現される阻害性受容体であるため、本発明者らは、NKG2A+ CD8+ TまたはNK細胞のアゴニズムまたは枯渇を回避または低減させることにより、抗腫瘍免疫が増強されると考えている。したがって、NKG2A/HLA-E相互作用の遮断は、ヒトFcγRと相互作用することができない抗NKG2A抗体に所望される。
このアッセイでは、NKG2A.9抗体を、CHO/scOKT3/HLA-E(一本鎖OKT3およびリガンドHLA-Eを発現するように遺伝子操作されているチャイニーズハムスター卵巣細胞)によって刺激したNKG2A発現Jurkat T細胞株において、NK-κBシグナル伝達の阻害を逆転させるその機能的活性に関して試験した。NKG2A発現Jurkatエフェクター細胞を、CHO/scOKT3/HLA-E標的細胞とともに、1:1のエフェクター細胞対標的細胞の比(E:T)で、共培養した。NKG2A.9抗体またはアイソタイプ抗体(ヒトIgG1.3)を、滴定濃度で、共培養物に添加した。37℃で4時間の刺激の後、Bio-Glo Reagent(100μl/ウェル)およびEnVisionプレートリーダーを使用して、ルシフェラーゼ活性を定量した。相対ルシフェラーゼ単位(RLU)データを、GraphPad IncからのPrism v5.01ソフトウェアを使用してプロットした。
NKG2A.9抗体は、CHO/scOKT3/HLA-E/PD-L1(一本鎖OKT3およびリガンドHLA-EおよびPD-L1を発現するように遺伝子操作されているチャイニーズハムスター卵巣細胞)と共培養した、健常ドナーのPBMCから単離したNKG2A+ CD8 Tにおいて、IFN-γを誘導した。増強されたIFN-γ産生は、T細胞機能性の増強の尺度である。効果は、NKG2A.9を抗PD-L1モノクローナル抗体と組み合わせた場合に有意に増幅された。
(CHO/scOKT3/HLAE/PD-L1細胞は、一本鎖OKT3ならびにリガンドHLA-EおよびPD-L1を発現するように遺伝子操作されているチャイニーズハムスター卵巣細胞である)。培養の4日目に、細胞を採取し、抗ヒトCD4、抗ヒトCD8、生/死、抗ヒトNKG2A(27H4クローン)で染色した。IFN-γ産生を、BD Cytofix/Cytoperm(商標)キットを使用して、細胞内サイトカイン染色によって評価した。固定された細胞を、BD LSRFortessa(商標)で読み取った。NKG2A+またはNKG2A- CD8 T細胞間でのIFN-γのパーセントを、FlowJoによって計算した。
上述の実施例に記載されるように、本発明者らは、ヒトCD8+ T またはNK細胞をNKG2A.9抗体とともにインキュベートした後に、NKG2Aの表面発現の下方制御を観察した。NKG2A.9抗体が、細胞内に内部移行されたかどうかを判定するために、Alexa Fluor 488標識NKG2A.9抗体またはアイソタイプ対照モノクローナル抗体(KLHヒトIgG1抗体)を、NKL細胞に添加し、細胞内および表面に結合したモノクローナル抗体のレベルを、測定した。抗体の内部移行は、抗体の受容体との標的結合を示す。図36Aに示されるように、NKG2A.9抗体は、1時間以内に内部移行を示し、20時間にわたって増大した。NKG2A.9抗体は、NKL細胞に徐々に内部移行され、20時間で約40%の内部移行のプラトーレベルに達した。用量応答形式でNKG2A.9抗体の内部移行を定量するために、pH感受性色素アッセイを、NKL細胞を使用して行った。図36Bに示されるように、2時間で、NKG2A.9抗体は、0.5nMのEC50で用量依存的内部移行を示した。
正常ドナーに由来するPBMCを使用したインビトロ実験において、活性化NK細胞における抗NKG2A抗体によるNKG2A/HLA-E相互作用の遮断は、NK細胞脱顆粒化の増大をもたらした。図37Aに示されるように、正常なPBMCドナーから単離されたNK細胞を、組換えヒト(rh)IL-2で一晩活性化した。NK細胞を、次いで、HLA-Eを発現するヒトB-リンパ芽球様標的細胞株721.221と共培養した。図37Bに示されるように、NKG2A.9抗体は、フローサイトメトリーによりCD107a発現%によって測定される場合、アイソタイプと比較して、用量依存的様式で、NK細胞脱顆粒化を増大させた。NKG2A/HLA-Eに媒介されるNK細胞細胞傷害性の阻害の逆転を、インビトロで評価した。図37Cに示されるように、ヒト口腔癌細胞株HSC-3を、その内因性HLA-E発現に基づいて選択した。NKL細胞を、NKG2A.9またはアイソタイプ対照抗体(ヒトIgG1.3)の存在下において、20:1のエフェクター対標的の比で、カルセインAM(細胞透過性色素)で標識したHSC-3標的細胞と共培養した。2時間後に放出されたカルセインの量を測定し、これを使用して標的細胞溶解のレベルを示した。図37Dに示されるように、NKG2A.9抗体は、アイソタイプと比較して、用量依存的様式で、HLA-E発現腫瘍細胞の溶解を増大させた。
図38Aは、CHO/MICA/HLA-Eと共培養したNKL細胞におけるIFN-γ産生に対する13F3.A4抗体の作用を測定するために使用した方法を図示する。NKG2A.9抗体と同様に、図38Bは、13F3.A4抗体が、アイソタイプと比較して、CHO/MICA/HLA-E(MICAおよびHLA-Eを発現するように遺伝子操作されているチャイニーズハムスター卵巣細胞)と共培養したナチュラルキラーリンパ球(NKL)におけるIFN-γ産生を増大させたことを示す。
hNKG2A-hCD94との結合に関するNKG2A.9、Z270、およびモナリズマブの動態および結合親和性の比較を、Biacore T200バイオセンサー機器、ならびにヒトNKG2AおよびCD94の細胞外ドメインのヘテロ二量体を使用して、行った。温度は37℃であり、泳動緩衝液は、0.05%Tween-20および1g/L BSAを補充したHepes緩衝食塩水(10mM HEPES、150mM NaCl)、pH7.4であった。抗体を、抗ヒトFc捕捉試薬(Southern Biotechカタログ番号2081-01)を事前に固定化したC1センサーチップに捕捉した。ヒトNKG2Aの細胞外ドメインを、最高濃度250nMで2つの5連続3倍濃度系列において、捕捉した抗体に検体として流した。一方の濃度系列を、単一サイクル動態に使用し、もう一方は、多重サイクル動態に使用し、83nMで二連に注入した。すべてのデータは、二重参照し、Biacore T200 Evaluationソフトウェアバージョン3.1を使用して、1:1結合モデルに適合させた。独立して2回行い、2回目はそれぞれのモノクローナル抗体について、異なるフローセルを使用した。したがって、4つのKD測定値を得た。該当する場合、動態適合および安定状態適合の両方を使用して、データを分析した。
KDは、4回の測定から平均した。標準偏差は、該当する場合に示す。
抗mNKG2A代理抗体であるNKG2A.2(20D5クローン、eBioscience、mIgG1-D265A)およびNKG2A.3(7E6クローン、mIgG1-D265A)は、インビトロで評価した場合、NKG2A.9抗体と類似の機能的特性を有していたため、これらの抗体は、概念の証明、作用機序(MOA)、およびヒト用量予測研究のための代理抗体として機能することが可能である。抗NKG2Aマウス抗体NKG2A.2およびNKG2A.3は、以下の機能的特性を有していた:
1)mNKG2A発現CHO細胞との結合に関するEC50値が、0.2nM(NKG2A.2)および0.3nM(NKG2A.3)であったこと。
2)Qa-1b四量体のmNKG2A発現CHO細胞との結合の遮断に関するIC50値が、0.3nM(NKG2A.2)および0.4nM(NKG2A.3)であったこと。(Qa-1bは、ヒトにおけるHLA-Eの社内相同体である。したがって、これは、CHO hNKG2A/HLA-E遮断アッセイに匹敵する)。
3)NKG2A.2およびNKG2A.3が、NKG2A-/- NKまたはCD8 T細胞とは結合しなかったため、mNKG2Aと特異的に結合したこと。
4)NKG2A.2およびNKG2A.3抗体が、マウスNK細胞脱顆粒化の用量依存的増大を誘導したこと。
(1)抗mNKG2A抗体は、マウスモデルにおいて、単剤療法として抗腫瘍活性を誘導した
抗mNKG2Aモノクローナル抗体(NKG2A.2およびNKG2A.3抗体を含む)は、以下の研究2に要約されるように、単一の薬剤として投与した場合に、CT26結腸癌、1956肉腫、およびA20 B細胞リンパ腫皮下(SC)モデルにおいて、腫瘍成長を阻害した。
抗NKG2A(mNKG2A.3-mG1-D265A(7E6クローン)および抗PD-1抗体(PD1-4H2-mG1-D265A、6A1クローン)での共遮断は、抗NKG2Aモノクローナル抗体単独により単剤活性が示されたモデルにおいて、腫瘍成長を低減した。抗mPD-1および抗mNKG2A抗体の組合せは、CT26腫瘍モデルにおいて、いずれか単一の薬剤のみよりも高い抗腫瘍活性を示した。
NKG2A/PD-1共遮断の有効性は、CD8+ T細胞およびNK細胞の両方に依存していた。CT26保持マウスを、抗mNKG2Aおよび抗mPD-1モノクローナル抗体での処置の前に、CD8+ TまたはNK細胞のいずれかを枯渇させた。抗mNKG2A(NKG2A.3、7E6クローン、mIgG1-D265A)/抗mPD-1(4H2クローン、mIgG1-D265A)抗体で処置したマウスは、以下の研究8に要約されるように、枯渇モノクローナル抗体を受容しなかったマウス(平均腫瘍体積778±686mm3)と比較して、CD8+ T細胞(191%の増大、平均腫瘍体積2271±699mm3)またはNK細胞(94%の増大、平均腫瘍体積1509±800mm3)のいずれかを枯渇させた場合に、平均腫瘍体積の増大を有した。
抗LAG-3および抗PD-1抗体によるPD-1と、抗TIGIT抗体との二重遮断は、マウス腫瘍モデルにおいて、単剤処置と比較して、腫瘍成長を相乗的に遅延させることが、これまでに示されている。(Woo et al., "Immune inhibitory molecules LAG-3 and PD-1 synergistically regulate T-cell function to promote tumoral immune escape." Cancer Res 72:917-27 (2012)、Johnston RJ et al., "The immunoreceptor TIGIT regulates antitumor and antiviral CD8 (+) T cell effector function." Cancer Cell 26:923-937 (2014)。
抗mNKG2Aモノクローナル抗体(NKG2A.3(7E6クローン)、mIgG1-D265A)での処置の後に、NKG2Aの発現レベルは、図44に示されるように、脾臓およびTIL NK細胞の両方において、アイソタイプと比較して、低減された。図44は、マウスCT26結腸癌モデルの脾臓および腫瘍において、最初の処置後5日目に測定した、NKG2A+ NK細胞におけるNKG2A発現NK細胞のパーセントを示す。本発明者らは、抗NKG2A抗体の投与後にNKG2A発現の下方制御を観察し、これは、それを標的結合のマーカーとして使用することができることを示す。下方制御とは、表面NKG2A発現の下方制御を指す。標的結合は、抗NKG2A抗体がNKG2A受容体と結合することを意味する。
本明細書に記載されるように、完全ヒト抗NKG2Aモノクローナル抗体NKG2A.9の可変配列は、VH-I107T生殖系列逆突然変異およびVK-N30アミノ酸残基の脱アミド化傾向を軽減するためのVK-N30S突然変異を有する13F3.A4ハイブリドーマに由来する。定常領域は、IgG1f骨格(IgG1.3)に由来し、抗体のFcγ受容体およびC1qとの結合を最小化または排除するために、重鎖における3つの突然変異:L234A、L235E、およびG237Aを含む。NKG2A.9抗体は、13F3-VH-I107T-VH-N30S IgGf1.3およびNKG2A.9 IgGf1.3としても知られている。以下の表は、ExpiCHO一過的発現系に由来する材料の分析に基づくNKG2A.9抗体の生物物理学的特徴を要約する。
*脱グリコシル化および部分的還元方法を軽鎖および重鎖の質量の確認に使用した。
**ヒトNKG2A-CD94ヘテロ二量体(hNKG2A-CD94-mFc)を結合研究の抗原として使用した。
薬物動態データは、NKG2A.9抗体の有効性を裏付けた。カニクイザルへの静脈内(IV)投与後に、NKG2A.9は、0.5mg/kg以上の用量で、線形抗体薬物動態(PK)特徴を示し、予測されるヒト半減期(T1/2)は16日であった。血中における完全(99%)受容体占有率(RO)を達成するための安定状態トラフ濃度(Ctrough,ss)を標的とするヒト有効用量は、4週間ごとに2.5mg/kg IVと算出された。皮下(SC)投与後の用量は、ヒトにおけるSCバイオアベイラビリティ(典型的には50~100%)および緩徐なSC吸収率によりCtrough,ssが改善されるかどうかに応じて変動し得る。
薬物動態研究を、C57BL6マウスへの静脈内(IV)または腹膜内(IP)投与後に、NKG2A.9抗体と類似の特性を有する抗mNKG2Aマウス代理物(NKG2A.3)を用いて、行った。表3は、この研究から得られた薬物動態パラメーターを要約する。
注記:PKパラメーターは、血清薬物濃度-時間データの非コンパートメント解析を使用して得た。n.a.は該当なしを示す。
*血清薬物レベルは、連続マイクロサンプリングから得たものであり、理論上の希釈係数17または実験により判定した希釈係数20のいずれかについて補正した。**初回サンプリング時点。
本発明者らは、0.5mg~50mg/kgの用量範囲で、カニクイザルにおけるNKG2A.9抗体の薬物動態特徴を特徴付けた)。単回用量毒物動態(TK)/PDおよび耐容性研究から得られたNKG2A.9抗体のPKパラメーターを、以下の表4に要約する。
注記:PKパラメーターは、血清薬物濃度-時間データの非コンパートメント解析を使用して得た。*初回サンプリング時点。
**ADAにより影響を受ける2つの薬物濃度は、T1/2計算に含めなかった。
NKG2A.9抗体のヒトPKは、サルにおけるものと同一となることが想定される。結果として、以下の表5に要約されるように、NKG2A.9抗体の予測されるヒト静脈内用量は、10mg/kgとなり、ヒトにおけるNKG2A.9抗体の予測される半減期は、16日間となる。
NKG2A.9抗体のヒト有効用量を、ROに基づくアプローチを使用して、予測した。マウスおよびサルにおけるROならびにマウス抗腫瘍有効性を含む、利用可能なインビトロおよびインビボ前臨床データを、評価した。抗mPD-1と組み合わせた最大抗腫瘍効果は、1956およびCT26同系モデルにおいて、3~4日ごとに1mg/kgを合計5用量(Q3/4D x5)投与する投与計画で示され、10mg/kgまでの用量で、有効性にさらなる改善はなかった。重要なことに、1mg/kgにおいて、血中および腫瘍(すなわち、TIL)の両方において、NKG2A受容体は完全に占有されており、完全なROを示した。加えて、サル血中ROデータのPK/PDモデリングにより、インビトロおよびインビボのRO EC50間で、一致が明らかとなり、これは、インビトロEC50を使用して、インビボROを予測することができることを示唆した。まとめると、NKG2A.9抗体のヒト有効用量は、1nMのインビトロヒトRO EC50を使用して、トラフにおける血中99% ROを標的とすることによって、予測される。マウスにおいてNKG2A.3で観察された平均の腫瘍対血清薬物濃度比は、約0.10であったため、ヒト腫瘍生検サンプルにおいて抗OX40抗体(BMS-986178)で同様の比が観察されたという事実と合わせると、トラフにおける血中99% ROを標的とすることにより、処置期間全体で腫瘍において約90% ROが得られるであろう。結果として、予測されるヒト有効用量は、4週間ごとに2.5mg/kgの投与となる。この用量では、予測されるヒト安定状態AUCおよびCtroughは、マウスにおける1mg/kg Q3/4Dx5の最大有効用量で達成される曝露をカバーする。
製剤化の取り組みにより、プラットフォーム製剤アプローチを、NKG2A.9抗体のすぐに使用できる(RTU)製剤の開発に使用することができることが示された。150mg/mLでの予備的な粘度および安定性の評価は、NKG2A.9抗体を、最適化された製剤化条件下において、皮下投与により投与することができることを示した。
*LMW=低分子量、HMW=高分子量
20個の凍結ヒト組織パネルにおけるNKG2A.9抗体を使用した免疫組織化学は、時折の単核細胞発現を示したが、予想外の結合はなかった。主として脾臓において、単核細胞の小サブセットに強力な染色があり、扁桃腺、子宮、胃、小腸、胸腺、および肝臓における単核細胞の染色はわずかであった。
カニクイザルは、完全抗体のNKG2Aとの結合が類似しているため、前臨床毒物学種である。加えて、NKG2A.9抗体を使用したサル組織の免疫組織化学的分析は、ヒトのものに類似しており、単核細胞の少サブセットにおいて陽性染色を示す。本明細書において論じられるように、NKG2A.9抗体は、サルにおいてはNKG2AおよびNKG2Cの両方と結合するが、ヒトにおいてはNKG2Aに選択的に結合し、NKG2Cには結合しない。NKG2Cは、活性化受容体であるため、サルにおいて、免疫応答の上方制御(NKG2A遮断に起因する)および免疫応答の下方制御(NKG2C遮断に起因する)が同時に存在し得ることが可能である。
インビトロサイトカイン放出アッセイを、可溶性NKG2A.9抗体および15人のヒトドナーに由来する全血を使用して行った。NKG2A.9抗体での処置が、サイトカイン放出症候群の安全性リスクを有するかどうかを判定するために、75個のサイトカイン/ケモカインのLuminexパネルによって、サイトカインおよびケモカインを評価した。アッセイしたNKG2A.9関連のヒトサイトカインまたはケモカインの誘導は、観察されなかった。
治療用抗体は、患者において治療用抗体に対する免疫応答を誘起する可能性を有する。この免疫応答は、通常、ヒト抗ヒト抗体(HAHA)応答によるものなど、抗薬物抗体(ADA)の生成によって顕在化し、これは、曝露を変化させ、治療機能を中和し、および/またはさらには患者に重篤な臨床上の結果をもたらす可能性がある。免疫系によって「自己ではない」として認識される治療用抗体の「外来性」が、MHCクラスII媒介型ADA免疫応答の主要な作動因子であると考えられる。本明細書に記載される安全かつ有効な抗NKG2A抗体が、低い免疫原性を有するかまたは免疫原性を有さないことが、重要である。いくつかの抗NKG2Aモノクローナル抗体のヒト免疫原性の可能性を、インシリコHLA結合ツールによって、およびDC:T細胞増殖アッセイによってインビトロで、評価した。本明細書において論じられるように、NKG2A.9抗体を、インシリコHLA結合ツールによって評価される場合、低いヒト免疫原性傾向を有するように遺伝子操作した。種々の抗NKG2A抗体(NKG2A.6、NKG2A.9、およびNKG2A.11抗体)が、抗体に対するヒトにおいて望ましくない免疫応答を誘起するリスクは、インビトロDC:T細胞増殖アッセイに基づいて、低いと判定された。
T細胞活性化および増殖は、免疫応答を生じるために必要な工程である。具体的には、ペプチド抗原のHLAクラスII結合が、高親和性IgG抗体に媒介される免疫応答の発生における重要な工程である。インシリコHLA結合ツール(IEDB)(例えば、Wang P, et al., PLoS Comput Biol.4(4) (2008)を参照されたい)を使用して、本発明者らは、アミノ酸配列をオーバーラップする15個のペプチドに分割し、27個のHLA DRB1対立遺伝子の結合を、IEDBデータベースに提出されたすべての他のペプチドに対して、ランク付けすることによって(ヒト集団の約95%をカバーする)、モノクローナル抗体のCDR領域を分析した。所与のHLA対立遺伝子に関して、上位10パーセンタイルにランク入りするペプチドは、「結合因子」と考えられ、対立遺伝子の50%について結合因子を示す領域を、「結合クラスター」と表記する。生物学的分子内の「結合因子」または「結合クラスター」は、免疫原性の発生における作動因子であると考えられる(Sinu, P et al., Clinical & Developmental Immunology Vol. 2013 (2013))。
HLAクラスII分子がペプチド抗原に結合した後、治療用抗体に対する免疫応答の発生における次の重要な工程は、CD4+ T細胞の活性化である。このT細胞活性化は、抗原提示細胞における同種ペプチド-MHC複合体(HLA)の認識の結果として生じる。T細胞活性化および増殖(複数のその他の因子の中でもとりわけ)は、免疫応答の発生に必要である。インビトロで、多様なドナーセットを使用した末梢血単核細胞(PBMC)に基づく免疫原性予測アッセイを使用して、分子が、これらの特定の活性化CD4+ T細胞をエキソビボで刺激する能力によって、免疫原性となる可能性があるかどうかを判定する。
NKG2A.9抗体は、0.5mg/kg、10mg/kg、および50mg/kgで単回用量としてカニクイザルに静脈内投与した場合、十分に耐容性であり(AUC0-42days≦101μM・日)、臨床病理による異常は特定されなかった。
1ヶ月研究を行って、(1)任意の所見の可能性のある可逆性を評価するため、(2)NKG2A.9に対する全身曝露を判定するため、および(3)ヒトにおけるNKG2A.9の使用を裏付けるデータを提供するために、週1回1ヶ月間カニクイザルに投与した場合のNKG2A.9抗体の可能性のある毒性を判定した。NKG2A.9を、0mg/kg(ビヒクル)、10mg/kg、または100mg/kgの用量で、5匹のサル/性別/群の3つの群に皮下注射によって投与した。10mg/kgまたは100mg/kgのNKG2A.9の皮下投薬用の製剤には、2000U/mLのrHuPH20が含まれた。加えて、NKG2A.9を、1mg/kgの用量で、5匹のサル/性別の単一の群に静脈内注射(緩徐なボーラス)によって投与した。すべての用量は、20mMヒスチジン、250mMスクロース、0.05mMジエチレントリアミン五酢酸(DTPA)、および0.05%(w/v)ポリソルベート-80(PS-80)、pH6のビヒクルにおいて、2mL/kgで投与した。
a値は、すべての利用可能なサル/8日目(すなわち、1日目の投薬から168時間後)および/またはそれ以降に検出された検出可能な処置により生じた抗NKG2A.9抗体(ADA)のないサルのみから得られたデータを用いて計算した。
本発明者らは、NKG2A.9抗体の活性が、NKG2Aの阻害性活性を低減させ、腫瘍部位における細胞傷害性の増強をもたらすと考えている。その結果、腫瘍優先順位付けの基準には、NKG2AおよびHLA-Eの発現が含まれた。
HLA-E発現を評価するために、市販の抗HLA-E抗体(クローンMEM-E/02)を、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織における免疫組織化学について検証した。HLA-Eは、試験した腫瘍サンプルにおいて広く発現していた。陽性染色が、腫瘍上皮および間質の両方で観察された。HALO(商標)ソフトウェアを使用した全スライド画像分析により、図47に示されるように、HNSCCおよびNSCLCにおける比較的高いHLA-Eの存在度、ならびに膵臓癌および結腸直腸癌(CRC)における低い存在度が明らかとなった。図47は、13個のHPV+頭頸部扁平上皮細胞癌(NNSCC/HPV+)、11個のHPV-頭頸部扁平上皮細胞癌(HNSCC/HPV-)、10個の非小細胞肺癌腺癌(NSCLC-ADC)、10個のHNSCC、10個の非小細胞肺扁平上皮細胞癌(NSCLC-SCC)、6個の膵臓癌、および10個の結腸直腸癌(CRC)サンプルにおける、HALOソフトウェアを使用したHLA-E発現の全スライド画像分析の結果を示す。HLA-Eの免疫反応性は、次のように計算した:「茶色」の全面積×「茶色」の平均OD/組織の全面積。データは、mm2に対して正規化した。結果を、平均+標準誤差として示す。
本発明者らは、免疫組織化学的(IHC)評価によって、17個の腫瘍型にわたってHLA-E発現をプロファイリングした。本発明者らは、高レベルのHLA-Eを発現する腫瘍型について、癌患者が、本明細書に記載される抗NKG2A抗体での抗腫瘍処置に対して応答する可能性が最も高いと考える。
組織サンプル
全体として、2つのサンプルセットから17個の癌型/サブタイプを研究した。結腸直腸腺癌(CRC)、頭頸部扁平上皮細胞癌(HNSCC)、非小細胞肺腺癌(NSCLC-AD)、非小細胞肺扁平上皮細胞癌(NSCLC-SQC)、膵臓癌、および小細胞肺癌(SCLC)を含む、6つの腫瘍型/サブタイプの完全サイズのFFPEスライドを、1腫瘍型当たり14~24個のサンプルを用いて研究した。FFPE組織サンプルを、種々の市販組織供給業者(BioIVT、Detroit、MI;BioChain Institute Inc. Newark、CA;Conversant Biologics Inc、Huntsville、AL;Cooperative Human Tissue Network、Philadelphia、PA;Indivumed GmbH、Lewisburg、PA;The MT Group Inc. Van Nuys、CA;TriStar Technology Group LLC、Rockville、MD)から入手した。さらに、膀胱、乳房、GBM、胃、RCC、NSCLC-AD、NSCLC-SQC、黒色腫、子宮内膜、卵巣、CRC、HNSCC、前立腺、子宮頸、膵臓癌、および非ホジキンリンパ腫(濾胞性リンパ腫)を含む16個の腫瘍型/サブタイプを含む多重腫瘍ブロック(MTB)を、20症例/腫瘍型で、研究した。それぞれのMTBは、FFPEブロック当たり単一の適応症の5症例、および陽性対照として1つの過形成扁桃腺を含んだ。MTBは、BMSのために、Folio Biosciences(現Discovery Life Sciences)によって作製された。
・マウスモノクローナル抗体抗ヒトHLA-E、クローンMEM/02(Abcam、Cambridge、MA、カタログab2216、ロットGR251472-15)
・マウスIgG1アイソタイプ、クローン11711(R&D Systems、Minneapolis、MN、カタログMAB002、ロットIX2415091)
・結合ポリマー精査検出(Leica Biosystems、Buffalo Grove、IL、カタログDS9800、ロット46396および46794)
・結合エピトープ賦活2(Leica Biosystems、Buffalo Grove、IL、カタログAR9640、ロットER20180)
・タンパク質遮断、無血清(Agilent Technologies、Santa Clara、CA、カタログX0909、ロット10117172)ヒトガンマグロブリン(Sigma-Aldrich、St. Louis、MO、カタログG-4386、ロットSLV M0524V)
4μmのFFPE切片を調製し、パラフィンに浸漬し、使用するまで4℃で保管した。MTBのために、4μmの切片を切り出し、使用するまで真空密封バッグにおいて4℃で保管した。それぞれのアイソタイプ対照を含むすべてのIHCアッセイは、Leica BondRXプラットフォームを使用した自動化IHC用に最適化した。同じ過形成ヒト扁桃腺組織ブロックに由来するFFPE切片を、すべてのIHC実行の陽性対照として使用した。
研究病理学者が、スライドを評価して、組織の適切さおよび染色の品質を判定した。研究病理学者は、HLA-E IHC染色したスライドを手作業でスコア付けし、アイソタイプおよび陽性対照スライドを評価した。病理評価は、腫瘍含量を判定し、腫瘍型を確認するために、H&E評価からなっていた。HLA-E免疫組織化学(IHC)染色スライドは、腫瘍および免疫細胞陽性率に関して、全スライドのスキャン画像を使用して手作業でスコア付けした。アイソタイプ対照スライドにおいてバックグラウンド染色は観察されなかった。腫瘍細胞(TC)、免疫細胞(IC)、および内皮細胞におけるHLA-E発現を、評価した。細胞質HLA-Eおよび膜HLA-Eのパーセンテージを記録した。総HLA-Eスコアは、HLA-E発現の重要な報告できるデータであり、これは、腫瘍細胞における細胞質および/または膜HLA-Eの陽性率を合わせたもので構成され、総腫瘍細胞に対するHLA-E陽性パーセントとして報告した。HLA-E陽性免疫細胞および内皮の主要な地理的位置とともに、HLA-E免疫細胞陽性パーセントもまた、評価した。
HLA-Eは、過形成扁桃腺において拡散的に陽性であった。HLA-E膜/細胞質染色は、腺窩上皮、胚中心、および毛包間帯に認められ、外套帯で強度が最も強かった。腫瘍組織において、特異的HLA-E発現が、腫瘍細胞、免疫細胞、および内皮細胞において観察された。HLA-Eの細胞質および膜の局在化が、適応症全体で腫瘍細胞内で認められ、弱い(強度1+)~強い(強度3+)の強度の動的範囲を示した。HLA-E発現は、ヒト腫瘍型にわたって主として細胞質にあり、形質膜に認められた発現は限られていた。総HLA-E発現は、拡散的な腫瘍細胞陽性から、不均一な発現に及び、一部の事例ではHLA-E発現は低いかまたは非常に低かった。図59に示されるように、子宮頸、HNSCC、膵臓、NSCLC、膀胱、および非ホジキンリンパ腫腫瘍は、総HLA-E発現レベルが最も高く、一方で前立腺、GBM、およびSCLCは、最も低かった。RCCは、試験した腫瘍型の中で膜HLA-Eの発現レベルが最も高かったが、総HLA-Eレベルは比較的低かった。
結論として、データは、種々の腫瘍適応症にわたって、またその中で、動的な総HLA-Eの発現範囲を示した。子宮頸、HNSCC、膵臓、NSCLC、膀胱腫瘍は、総HLA-E発現レベルが最も高く、一方で前立腺、GBM、およびSCLCは、最も低い発現頻度を示した。この研究により、本明細書に記載される抗NKG2A抗体の臨床開発において、例えば、HNSCC、RCC、NSCLC、およびCRC癌を含むように適応症の選択肢を優先順位付けするのを補助するための腫瘍プロファイリングデータが得られた。いくつかの実施形態では、本発明者らは、低いHLA-E発現を有する腫瘍型を有する患者もまた、本明細書に記載される抗NKG2A抗体での抗腫瘍処置に応答するであろうと考える。
黒色腫を有する癌患者は、健常ドナーと比較して、高い力価の血清中の可溶性HLA-Eを示す。(Allard M et al., "Serum soluble HLA-E in melanoma: a new potential immune-related marker in cancer," PLoS One, 6:e21118 (2011))。
本発明者らは、癌を治療するための安全かつ有効な治療法を開発するために、NKG2A.9抗体を用いてフェーズI/II研究を行う。いずれの機序によっても束縛されるものではないが、治療法は、PD-L1耐性/不応性腫瘍において、チェックポイント阻害剤に対するT細胞応答を回復させ、かつ/またはNK濃縮固形腫瘍においてNK活性を増強させる。
Claims (52)
- 単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片であって、ヒトナチュラルキラー細胞阻害性受容体2A群(NKG2A)タンパク質と特異的に結合し、以下の特性:
(a)HLA-EのヒトNKG2Aタンパク質との結合および/もしくは相互作用を低減すること、
(b)NKG2Aに媒介される阻害性シグナル伝達を逆転させること、
(c)ヒトNKG2Cタンパク質と結合しないか、もしくは低い親和性で結合すること、
(d)ヒトもしくはカニクイザルNKG2Aタンパク質と結合すること、
(e)ナチュラルキラー細胞応答を増強すること、
(f)T細胞の機能的活性を増強すること、
(g)ヒトFcガンマ受容体(FcγR)との結合が低減されていること、
(h)抗腫瘍免疫応答を誘導および/もしくは増強すること、ならびに/または
(i)ヒト対象において低い免疫原性を有すること
のうちの少なくとも1つを呈する、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。 - 抗体が、以下の特性:
(a)細胞結合アッセイによって測定される場合、ヒトNKG2Aタンパク質との結合に関して、約0.6nM以下のEC50値を有すること、
(b)細胞結合アッセイによって測定される場合、ヒトNKG2Cタンパク質との結合に関して、約9.0nM以上のEC50値を有すること、
(c)ヒトNKG2Aタンパク質との結合に関して、ヒトNKG2Cタンパク質との結合に関する第2のEC50値よりも約15倍低いEC50値を有すること、
(d)細胞遮断アッセイによって測定される場合、約1.0nM以下のIC50値を有すること、
(e)スキャッチャード解析によって測定される場合、約0.4nM以下のKDで、ヒトNKG2Aタンパク質と結合すること、
(f)表面プラズモン共鳴によって測定される場合、約61nM以下のKDで、ヒトNKG2Aタンパク質と結合すること、
(g)スキャッチャード解析によって測定される場合、約1.0nM以下のKDで、カニクイザルNKG2Aタンパク質と結合すること、
(h)NKG2A発現細胞と結合すると、内部移行されること、
(i)インターフェロン-ガンマ(IFNγ)産生を増大させること、
(j)抗NKG2A抗体:NKG2Aタンパク質複合体の半減期が、約40秒以上であること、ならびに/または
(k)約0.5nM以下のEC50値で内部移行を示すこと
のうちの1つまたは複数を有する、請求項1に記載の抗体またはその抗原結合断片。 - 抗体が、HLA-EのヒトNKG2Aタンパク質との結合および/または相互作用を低減する、請求項1または2に記載の抗体またはその抗原結合断片。
- 抗体が、ヒトNKG2Aタンパク質と結合する、請求項3に記載の抗体またはその抗原結合断片。
- ヒトNKG2Aタンパク質と特異的に結合する単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片であって、
(a)配列番号10、11、12のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、ならびに配列番号13、14、および15のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(b)配列番号10、11、および12のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、ならびに配列番号154、14、および15のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、または
(c)配列番号10、11、および12のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、ならびに配列番号155、14、および15のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン
を含む、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。 - ヒトNKG2Aタンパク質と特異的に結合し、重鎖および軽鎖可変領域を含む、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片であって、
(a)重鎖可変領域が、配列番号8もしくは配列番号167のアミノ酸配列と少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、約100%、もしくは100%同一であるアミノ酸配列を含み、かつ/または
(b)軽鎖可変領域が、配列番号9、配列番号164、もしくは配列番号169のアミノ酸配列と少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、約100%、もしくは100%同一であるアミノ酸配列を含む、
単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。 - 重鎖可変領域が、配列番号8のアミノ酸配列を含み、軽鎖可変領域が、配列番号9のアミノ酸配列を含む、請求項6に記載の抗体またはその抗原結合断片。
- 重鎖可変領域が、配列番号8のアミノ酸配列を含み、軽鎖可変領域が、配列番号164のアミノ酸配列を含む、請求項6に記載の抗体またはその抗原結合断片。
- 重鎖可変領域が、配列番号167のアミノ酸配列を含み、軽鎖可変領域が、配列番号169のアミノ酸配列を含む、請求項6に記載の抗体またはその抗原結合断片。
- ヒトNKG2Aタンパク質と特異的に結合する単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片であって、重鎖および軽鎖が、
(a)それぞれ、配列番号7および5のアミノ酸配列、
(b)それぞれ、配列番号7および19のアミノ酸配列、または
(c)それぞれ、配列番号35および36のアミノ酸配列
から本質的になる、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。 - NKG2Aタンパク質との結合について、請求項1から10のいずれか一項に記載の抗体のうちのいずれかと競合するか、またはそれと同一のエピトープと結合する、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。
- 単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片であって、ヒトNKG2Aタンパク質と結合したときに、水素-重水素交換質量分析(HDX-MS)によって判定すると、以下のアミノ酸残基:
(a)LSIDNEEMKF(配列番号156);
(b)PSSWIGVFRNSSHHPW(配列番号157);
(c)LAFKHEIKDSDN(配列番号158);および
(d)QVNRLKSAQQCGSSIIYHC(配列番号159)
と特異的に結合し、
HLA-EのヒトNKG2Aタンパク質との結合を遮断する、
単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。 - 単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片であって、ヒトNKG2Aと結合したときに、HDX-MSおよび/またはタンパク質の迅速光化学酸化(FPOP)エピトープマッピングによって判定すると、以下のアミノ酸残基:
(a)LSIDNEEMKF(配列番号156)
(b)PSSWIGVFRNSSHHPW(配列番号157)
(c)LAFKHEIKDSDN(配列番号158)
(d)L;および
(e)QVNRLKSAQQCGSSIIYHC(配列番号159)
と特異的に結合し、
HLA-EのヒトNKG2Aタンパク質との結合を遮断する、
単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片。 - 抗体が、全長抗体である、請求項1から13のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
- 高長抗体が、IgG1抗体である、請求項14に記載の抗体またはその抗原結合断片。
- 抗体が、抗体断片である、請求項1から13のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
- 抗体断片が、Fab、Fab’、(Fab’)2、Fv、またはscFv断片である、請求項16に記載の抗原結合断片。
- 抗体が、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体である、請求項1から17のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
- ヒトNKG2Aタンパク質と特異的に結合する単離された全長モノクローナル抗体であって、
重鎖が、配列番号7のアミノ酸配列と少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、約100%、もしくは100%同一であるアミノ酸配列を含み、かつ/または
軽鎖が、配列番号5のアミノ酸配列と少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、約100%、もしくは100%同一であるアミノ酸配列を含む、
単離された全長モノクローナル抗体。 - ヒトNKG2Aタンパク質と特異的に結合する単離された全長モノクローナル抗体であって、重鎖が、配列番号7に記載されるアミノ酸配列を含み、軽鎖が、配列番号19に記載されるアミノ酸配列を含む、単離された全長モノクローナル抗体。
- ヒトNKG2Aと特異的に結合する単離された全長モノクローナル抗体であって、重鎖が、配列番号7に記載されるアミノ酸配列から本質的になり、軽鎖が、配列番号19に記載されるアミノ酸配列から本質的になる、単離された全長モノクローナル抗体。
- ヒトNKG2Aタンパク質と特異的に結合する単離された全長モノクローナル抗体であって、
重鎖が、配列番号7のアミノ酸配列と少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、約100%、もしくは100%同一であるアミノ酸配列を含み、
軽鎖が、配列番号19のアミノ酸配列と少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、約100%、もしくは100%同一であるアミノ酸配列である、
単離された全長モノクローナル抗体。 - ヒトNKG2Aタンパク質と結合し、ヒトNKG2Aタンパク質との結合について参照抗体と交差競合する、単離された抗体またはその抗原結合断片であって、重鎖可変領域(VH)および軽鎖可変領域(VL)を含み、
(a)VHが、配列番号8に記載されるアミノ酸配列を含み、VLが、配列番号9に記載されるアミノ酸配列を含む、
(b)VHが、配列番号8に記載されるアミノ酸配列を含み、VLが、配列番号164に記載されるアミノ酸配列を含む、または
(c)VHが、配列番号167に記載されるアミノ酸配列を含み、VLが、配列番号169に記載されるアミノ酸配列を含む、
単離された抗体またはその抗原結合断片。 - 請求項1から23のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片の重鎖および/または軽鎖可変領域をコードする、単離された核酸分子。
- 核酸分子が、相補的DNA(cDNA)である、請求項24に記載の単離された核酸。
- 請求項24または25に記載の核酸分子を含む、発現ベクター。
- 請求項26に記載の発現ベクターがトランスフェクトされた宿主細胞。
- 薬剤と連結している請求項1から23のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片を含む、イムノコンジュゲート。
- 抗体またはその抗原結合断片を産生する方法であって、請求項27に記載の宿主細胞を培養することを含み、抗体が産生される、方法。
- 宿主細胞から、抗体またはその抗原結合断片を回収することをさらに含む、請求項29に記載の方法。
- 第2の機能性部分と連結している請求項1から23のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片を含む、二重特異性分子。
- 請求項1から23のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合断片、または請求項31に記載の二重特異性分子と、医薬上許容される担体とを含む、組成物。
- さらなる治療剤をさらに含む、請求項32に記載の組成物。
- さらなる治療剤が、抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、および/または抗CTLA-4抗体である、請求項33に記載の組成物。
- 癌を治療するための医薬品として使用するための、請求項1から23のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
- 癌が、膀胱癌、乳癌、子宮癌/子宮頸癌、卵巣癌、前立腺癌、精巣癌、食道癌、胃腸癌、膵臓癌、結腸直腸癌、腎臓癌、頭頸部癌、肺癌、胃癌、生殖細胞癌、骨癌、肝臓癌、甲状腺癌、皮膚癌、中枢神経系の新生物、リンパ腫、白血病、骨髄腫、肉腫、子宮内膜癌、子宮頸癌、胃癌、黒色腫、腎癌、尿路上皮癌、多型神経膠芽腫、またはウイルス関連癌である、請求項35に記載の抗体またはその抗原結合断片。
- 癌が、子宮頸癌、頭頸部扁平上皮細胞癌、膵臓癌、非小細胞肺癌-腺癌型、非小細胞肺癌-扁平上皮細胞型、胃癌、黒色腫、結腸直腸癌、子宮内膜癌、卵巣癌、腎細胞癌、尿路上皮癌、乳癌、小細胞肺癌、多型神経膠芽腫、前立腺癌、または非ホジキンリンパ腫である、請求項36に記載の抗体またはその抗原結合断片。
- 免疫応答を増強させるのに使用するための、請求項1から23のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
- 癌の治療のための医薬品の製造における、請求項1から23のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片の使用。
- ヒト対象における癌を治療するかまたはその進行を遅延させるための方法であって、ヒト対象に、有効量の請求項1から23のいずれか一項に記載の抗体、請求項28に記載のイムノコンジュゲート、請求項31に記載の二重特異性分子、または請求項33もしくは34に記載の組成物を投与して、癌を治療するかまたはその進行を遅延させることを含む、方法。
- 癌が、膀胱癌、乳癌、子宮癌/子宮頸癌、卵巣癌、前立腺癌、精巣癌、食道癌、胃腸癌、膵臓癌、結腸直腸癌、腎臓癌、頭頸部癌、肺癌、胃癌、生殖細胞癌、骨癌、肝臓癌、甲状腺癌、皮膚癌、中枢神経系の新生物、リンパ腫、白血病、骨髄腫、肉腫、子宮内膜癌、子宮頸癌、胃癌、黒色腫、腎癌、尿路上皮癌、多型神経膠芽腫、またはウイルス関連癌である、請求項40に記載の方法。
- 癌が、子宮頸癌、頭頸部扁平上皮細胞癌、膵臓癌、非小細胞肺癌-腺癌型、非小細胞肺癌-扁平上皮細胞型、胃癌、黒色腫、結腸直腸癌、子宮内膜癌、卵巣癌、腎細胞癌、尿路上皮癌、乳癌、小細胞肺癌、多型神経膠芽腫、前立腺癌、または非ホジキンリンパ腫である、請求項41に記載の方法。
- ヒト対象に、1つまたは複数のさらなる治療剤を投与することをさらに含む、請求項41または42に記載の方法。
- 1つまたは複数のさらなる治療剤が、化学療法剤、放射線療法剤、および/または免疫療法剤である、請求項43に記載の方法。
- 免疫療法剤が、抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、および/または抗CTLA-4抗体である、請求項44に記載の方法。
- 抗PD-1抗体が、ニボルマブであり、抗CTLA-4抗体が、イピルリマブである、請求項45に記載の方法。
- ヒト対象における免疫応答を刺激する方法であって、ヒト対象に、有効量の請求項1から23のいずれか一項に記載の抗体、請求項28に記載のイムノコンジュゲート、請求項31に記載の二重特異性分子、または請求項33、34、もしくは35に記載の組成物を投与して、免疫応答を刺激することを含む、方法。
- ヒト対象が、腫瘍を有し、抗腫瘍免疫応答が刺激される、請求項47に記載の方法。
- ヒト対象が、慢性ウイルス感染症を有し、抗ウイルス免疫応答が刺激される、請求項47に記載の方法。
- サンプル中のNKG2Aタンパク質の存在を検出する方法であって、
サンプルを、請求項1から23のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片と、抗体またはその抗原結合断片とNKG2Aタンパク質との間の複合体の形成を可能にする条件下において接触させることと、
複合体の形成を検出することと
を含む、方法。 - 抗体またはその抗原結合断片が、NKG2Cタンパク質とよりも迅速に、NKG2Aタンパク質と複合体を形成する、請求項50に記載の方法。
- 抗体またはその抗原結合断片が、NKG2Cタンパク質とよりも15迅速に、NKG2Aタンパク質と複合体を形成する、請求項51に記載の方法。
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